ジャパンラグビートップリーグ2006-2007は2006年9月1日から2007年1月14日までレギュラーシーズンが行われた。

前年（2005-06年度シーズン）までは、リーグ戦とプレーオフの「マイクロソフトカップトップ8トーナメント」は別大会の扱いで、リーグ戦1位チームがリーグ優勝の扱いだったが、本年度より大会の仕組みを変更し、レギュラーシーズンを予選リーグ、マイクロソフトカップを決勝トーナメントと位置づけ、その上でプレーオフ進出枠を上位4チームに減らし、そこで行う「プレーオフ・マイクロソフトカップ」の優勝チームをリーグ優勝とみなす方式にした。

レギュラーシーズン首位通過の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップを制し、3連覇を達成した。

 参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2006-2007の参加チームは下表の通りである（記載は前年シーズンの成績上位順）。

トップリーグの参加チーム数が12チームから14チームに増加、コカ・コーラウエストレッドスパークス（トップウェスト）、日本IBMビッグブルー（トップイースト11）が各地域リーグから昇格した。
チーム名前年成績備考東芝ブレイブルーパストップリーグ 優勝東芝府中ブレイブルーパスから名称変更三洋電機ワイルドナイツトップリーグ 2位NECグリーンロケッツトップリーグ 3位トヨタ自動車ヴェルブリッツトップリーグ 4位神戸製鋼コベルコスティーラーズトップリーグ 5位サントリーサンゴリアストップリーグ 6位ヤマハ発動機ジュビロトップリーグ 7位クボタスピアーズトップリーグ 8位ワールドファイティングブルトップリーグ 9位残留（トップリーグ入替戦勝利）セコムラガッツトップリーグ 10位残留（トップリーグ入替戦勝利）リコーブラックラムズトップリーグ 11位残留（トップリーグ入替戦勝利）福岡サニックスブルーストップリーグ 12位残留（トップリーグ入替戦勝利）コカ・コーラウエストレッドスパークストップウェスト 優勝昇格（トップチャレンジ1 1位）初昇格昇格時に「コカ・コーラウエストジャパンラグビー部」から名称変更日本IBMビッグブルートップイースト11 優勝昇格（トップチャレンジ1 2位）2シーズンぶりの復帰

 順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||13||12||0||1||502||234||268||12||60
|rowspan="4"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||13||11||0||2||545||161||384||12||56
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||13||10||1||2||379||306||73||6||48
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||13||9||0||4||448||267||181||11||47
|-
|5
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||13||8||0||5||525||321||204||11||43
|rowspan="6"|
|-
|6
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||13||8||0||5||360||306||54||10||42
|-
|7
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||13||7||0||6||281||321||-40||10||38
|-
|8
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||13||5||2||6||385||402||-17||6||30
|-
|9
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||13||5||1||7||281||423||-142||6||28
|-
|10
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス
||13||4||0||9||267||368||-101||5||21
|- style="background-color:#ffffcc"
|11
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||13||4||0||9||233||371||-138||5||21
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|12
|style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー
||13||2||2||9||241||503||-262||4||16
|- style="background-color:#ffcccc"
|13
|style="text-align:left"|セコムラガッツ
||13||2||0||11||255||449||-194||6||14
|rowspan="4"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|14
|style="text-align:left"|ワールドファイティングブル
||13||1||0||12||211||481||-270||3||7
|}

 プレーオフトーナメント マイクロソフトカップ 

 セミファイナル 
 1月28日 東芝ブレイブルーパス 38-33 トヨタ自動車ヴェルブリッツ
 1月28日 サントリーサンゴリアス 40-39 ヤマハ発動機ジュビロ

 ファイナル 
 2月4日 東芝ブレイブルーパス 14-13 サントリーサンゴリアス

 入替制度 

 入れ替え制度の変更 
順位前年（2005-2006シーズン）今年（2006-2007シーズン）トップリーグ9位入替戦（トップチャレンジ2 3位）トップリーグ残留トップリーグ10位入替戦（トップチャレンジ2 2位）トップリーグ残留トップリーグ11位入替戦（トップチャレンジ2 1位）入替戦（トップチャレンジ2 1位）トップリーグ12位入替戦（トップチャレンジ1 3位）入替戦（トップチャレンジ1 3位）トップリーグ13位－地域リーグへ自動降格トップリーグ14位－地域リーグへ自動降格トップチャレンジ1 1位トップリーグへ自動昇格トップリーグへ自動昇格トップチャレンジ1 2位トップリーグへ自動昇格トップリーグへ自動昇格トップチャレンジ1 3位入替戦（トップリーグ12位）入替戦（トップリーグ12位）トップチャレンジ2 1位入替戦（トップリーグ11位）入替戦（トップリーグ11位）トップチャレンジ2 2位入替戦（トップリーグ10位）地域リーグ残留トップチャレンジ2 3位入替戦（トップリーグ9位）地域リーグ残留

トップリーグの参加チームが14チームに増加、今シーズンより自動降格が復活し、13位・14位チームが地域リーグに自動降格、11位・12位チームが入替戦出場、これまで入替戦出場だった9位・10位チームはトップリーグ残留となった。
トップチャレンジは2004-2005シーズンまでの制度に戻り、昨年は入替選出場だったトップチャレンジ2の2位・3位チームは地域リーグ残留になった。
またトップチャレンジ2のトップイースト11の代表は、トップノースとの代表決定戦が廃止されたため、トップウェスト・トップキュウシュウ同様2位チームへ変更となった。

 自動降格 
トップリーグの結果、13位セコムラガッツのトップイースト11、14位ワールドファイティングブルのトップウェストへの自動降格が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|九州電力（トップキュウシュウ）
||2||2||0||0||90||33||57||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|三菱重工相模原（トップイースト11）
||2||1||0||1||44||80||-36||1||5
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ（トップウェスト）
||2||0||0||2||52||73||-21||2||2
|入替戦へ
|}

 1月14日 三菱重工相模原 12–49 九州電力（熊谷スポーツ文化公園(県営熊谷ラグビー場) ）
 1月21日 九州電力 41–21 花園近鉄ライナーズ近鉄ライナーズ（博多・陸上競技場）
 1月27日 近鉄ライナーズ 31–32 三菱重工相模原（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位九州電力、2位の三菱重工相模原がトップリーグへ自動昇格、3位近鉄ライナーズのトップリーグ入替戦への進出が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト）
||2||2||0||0||128||44||84||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|東京ガス（トップイースト11）
||2||1||0||1||112||66||46||2||6
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||22||152||-130||0||0
|}

 1月14日 東京ガス 78–12 マツダブルーズーマーズ（熊谷スポーツ文化公園(県営熊谷ラグビー場) ）
 1月21日 マツダブルーズーマーズ 10–74 ホンダヒート（博多・陸上競技場）
 1月27日 ホンダヒート 54–34 東京ガス（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位ホンダヒートのトップリーグ入替戦への進出が決定した。

 トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ11位リコーブラックラムズがトップチャレンジ2・1位のホンダヒートと、トップリーグ12位日本IBMビッグブルーが、トップチャレンジ1・3位の近鉄ライナーズと入替戦を行った。

 2月12日 秩父宮ラグビー場
リコーブラックラムズ 43–24 ホンダヒート
日本IBMビッグブルー 29–29 近鉄ライナーズ

入替戦の結果、リコーブラックラムズ、日本IBMビッグブルーのトップリーグ残留が決定した。

 表彰 
2006-2007シーズンの年間表彰式は、2007年2月6日に東京プリンスホテルで実施された。

 チーム表彰 

 TOP LEAGUE 優勝チーム 
 チーム名備考優勝東芝ブレイブルーパス準優勝サントリーサンゴリアス第3位トヨタ自動車ヴェルブリッツ第3位ヤマハ発動機ジュビロ

 フェアプレーチーム賞 
チーム名備考三洋電機ワイルドナイツ（3年ぶり2回目）

 ベストファンサービス賞 
チーム名備考神戸製鋼コベルコスティーラーズ（3年連続3回目）ヤマハ発動機ジュビロ（2年連続2回目）

 個人表彰 

 トップリーグMVP 
氏名所属チーム備考冨岡鉄平東芝ブレイブルーパス（初受賞）

 新人賞 
氏名所属チーム北川智規三洋電機ワイルドナイツ

 最多トライゲッター 
氏名所属チーム備考北川智規三洋電機ワイルドナイツ19トライ（初受賞）

 得点王 
氏名所属チーム備考ライアン・ニコラスサントリーサンゴリアス159得点（7T/50G/8PG）（初受賞）

 ベストキッカー 
氏名所属チーム備考廣瀬佳司トヨタ自動車ヴェルブリッツ148得点（47G/18PG）（3年連続3回目）

 ベストホイッスル 
氏名備考平林泰三（初受賞）

 マイクロソフトカップMVP 
氏名所属チーム備考ルアタンギ・侍バツベイ東芝ブレイブルーパス（初受賞）

 ベストフィフティーン 
ポジション氏名所属チーム備考PR1西浦達吉コカ･コーラウエストレッドスパークス（初受賞）HO青木佑輔サントリーサンゴリアス（初受賞）PR3山村亮ヤマハ発動機ジュビロ（2年ぶり2回目）LO大野均東芝ブレイブルーパス（2年ぶり2回目）LOルアタンギ・侍バツベイ東芝ブレイブルーパス（2年ぶり2回目）FL渡邉泰憲東芝ブレイブルーパス（3年連続3回目）FLフィリップ・オライリー三洋電機ワイルドナイツ（初受賞）NO8箕内拓郎NECグリーンロケッツ（3年連続3回目）SH後藤翔太神戸製鋼コベルコスティーラーズ（2年連続2回目）SOトニー・ブラウン三洋電機ワイルドナイツ（2年連続2回目）WTB小野澤宏時サントリーサンゴリアス（2年連続3回目）WTB北川智規三洋電機ワイルドナイツ（初受賞）CTBスコット・マクラウド東芝ブレイブルーパス（3年連続3回目）CTBライアン・ニコラスサントリーサンゴリアス（初受賞）FBダミアン・マクイナリクボタスピアーズ（初受賞）