第88回天皇杯全日本サッカー選手権大会（だい88かい てんのうはいぜんにほんサッカーせんしゅけんたいかい）は、2008年（平成20年）9月13日から2009年（平成21年）1月1日まで開催された、天皇杯全日本サッカー選手権大会である。

 概要 
Jリーグチーム数の拡大に伴い、本戦（決勝大会）の参加チーム数が82チーム（前回から2チーム増）となった。また、本大会からスルガ銀行が特別協賛として筆頭スポンサーとなった。

2008年のJリーグがまれに見る大混戦となったため、Jリーグで上位につけている有力チームの多くがベストメンバーを積極的に出せず、次々に脱落する展開となり、準々決勝時点（ベスト8）にJ2のチームが2チーム残る形となった。

 特典に関して 
この大会から優勝チームの得るAFCチャンピオンズリーグ (ACL) の出場権が、翌々年のものから翌年のものに変わった。また、これまでは優勝チームが翌年のJリーグで優勝した場合は天皇杯の準優勝チームが繰り上がっていたが、ACLの日本の出場枠が2から4に拡大したことに伴い、その年のJリーグ3位までに入ったチームがその年の天皇杯で優勝した場合はその年のJリーグ4位チームが繰り上がる形式となった。

また富士ゼロックス・スーパーカップにおいても、今までその年にJ1リーグで優勝したチームが天皇杯で優勝した場合は天皇杯の準優勝チームが繰り上がっていたが、その年のJ1リーグ2位チームが繰り上がるように変更された。

 スケジュール 
試合会場については後述の試合結果を参照のこと。
1回戦9月13日、9月14日都道府県代表チーム、大学シードチームの出場2回戦9月20日、9月21日3回戦10月12日J2チーム、JFLシードチームの出場4回戦11月2日、11月3日J1チームの出場5回戦11月15日準々決勝12月20日準決勝12月29日決勝2009年1月1日

 出場チーム 

 J1リーグ 
2008年のJリーグ ディビジョン1に参加した18チーム。
 コンサドーレ札幌（27年連続28回目）
 鹿島アントラーズ（17年連続25回目）
 浦和レッドダイヤモンズ（43年連続44回目）
 大宮アルディージャ（13年連続14回目）
 ジェフユナイテッド市原・千葉（22年連続44回目）
 柏レイソル（14年連続41回目）
 FC東京（15年連続15回目）
 東京ヴェルディ（33年連続34回目）
 川崎フロンターレ（14年連続25回目）
 横浜F・マリノス（30年連続31回目）
 アルビレックス新潟（13年連続17回目）
 清水エスパルス（17年連続17回目）
 ジュビロ磐田（29年連続32回目）
 名古屋グランパス（18年連続32回目）
 京都サンガF.C.（15年連続26回目）
 ガンバ大阪（28年連続28回目）
 ヴィッセル神戸（18年連続22回目）
 大分トリニータ（13年連続13回目）

 J2リーグ 
2008年のJリーグ ディビジョン2に参加した15チーム。
 ベガルタ仙台（14年連続15回目）
 モンテディオ山形（13年連続17回目）
 水戸ホーリーホック（13年連続13回目）
 ザスパ草津（6年連続6回目）
 横浜FC（10年連続10回目）
 湘南ベルマーレ（37年連続37回目）
 ヴァンフォーレ甲府（13年連続17回目）
 セレッソ大阪（15年連続40回目）
 FC岐阜（3年連続3回目）
 サンフレッチェ広島（37年連続57回目）
 徳島ヴォルティス（18年連続20回目）
 愛媛FC（10年連続10回目）
 アビスパ福岡（15年連続17回目）
 サガン鳥栖（15年連続17回目）
 ロアッソ熊本（9年連続9回目）

 JFL 
第10回日本フットボールリーグの前期（第17節終了時）首位の1チーム。
 栃木SC（11年連続11回目）

 大学 
第32回総理大臣杯全日本大学サッカートーナメント優勝チーム。
 大阪体育大学（2年連続12回目）

 都道府県代表 
 北海道 - 道都大学（5年ぶり6回目）
 青森県 - 青森山田高校（5年ぶり2回目）
 岩手県 - グルージャ盛岡（3年ぶり2回目）
 宮城県 - ソニー仙台FC（3年連続11回目） 
 秋田県 - TDK SC（7年連続15回目）
 山形県 - 山形大学（3年連続3回目）
 福島県 - 福島ユナイテッドFC（初出場）
 茨城県 - 流通経済大学（3年連続5回目）　
 栃木県 - 日立栃木ウーヴァSC（3年ぶり2回目）
 群馬県 - アルテ高崎（2年ぶり7回目）
 埼玉県 - 尚美学園大学（2年ぶり2回目）
 千葉県 - ジェフリザーブズ（2年ぶり3回目）
 東京都 - 国士舘大学（6年ぶり14回目）
 神奈川県 - Y.S.C.C.（6年ぶり2回目）
 山梨県 - 玉穂FC（初出場）
 長野県 - 松本山雅FC（2年ぶり3回目）
 新潟県 - 新潟経営大学（初出場）
 富山県 - カターレ富山（初出場）
 石川県 - ツエーゲン金沢（2年連続5回目）
 福井県 - サウルコス福井（初出場）
 静岡県 - Honda FC（14年連続33回目）
 愛知県 - 愛知学院大学（2年ぶり8回目）
 三重県 - 四日市大学（2年連続3回目）
 岐阜県 - FC岐阜SECOND（初出場）
 滋賀県 - SAGAWA SHIGA FC（2年連続2回目）
 京都府 - 佐川印刷SC（2年連続5回目）
 大阪府 - 阪南大学（4年ぶり10回目）
 兵庫県 - バンディオンセ加古川（5年連続6回目）
 奈良県 - 奈良産業大学（7年ぶり4回目）
 和歌山県 - 海南FC（7年ぶり2回目）
 鳥取県 - ガイナーレ鳥取（9年連続11回目）
 島根県 - デッツォーラ島根（5年連続5回目）
 岡山県 - ファジアーノ岡山（初出場）
 広島県 - 福山大学（7年ぶり3回目）
 山口県 - 日立笠戸（初出場）
 香川県 - カマタマーレ讃岐（4年連続10回目）
 徳島県 - 徳島ヴォルティス・セカンド（3年連続3回目）
 愛媛県 - 愛媛大学（初出場）
 高知県 - 高知大学（6年連続13回目）
 福岡県 - ニューウェーブ北九州（初出場）
 佐賀県 - 九州INAX（3年ぶり5回目）
 長崎県 - 三菱重工長崎（3年ぶり6回目）
 熊本県 - 大津高校（10年ぶり2回目）
 大分県 - 日本文理大学（5年ぶり4回目）
 宮崎県 - ホンダロック（2年連続7回目）
 鹿児島県 - ヴォルカ鹿児島（5年ぶり5回目）
 沖縄県 - 沖縄かりゆしFC（2年連続5回目）
注釈

 試合結果 

 1回戦 

 2回戦 

 3回戦 

 4回戦 

 5回戦 

 準々決勝 

 準決勝 

 決勝 
2009年元旦の決勝に勝ち残ったのは、準決勝で横浜F・マリノスを延長で下したガンバ大阪と、準決勝でFC東京に終了間際のゴールで逆転勝ちした柏レイソルの2チームであった。

どちらが勝ってもJリーグ発足後初の天皇杯制覇となる決勝の戦いは、前半は柏の、後半はG大阪のペースになりながらどちらも決定力を欠き、試合は0-0のまま第81回大会以来の延長戦に突入することとなった。後半も一進一退の攻防を繰り広げるもどちらも得点を挙げることが出来ず、18年振りのPK戦決着が頭をよぎる中、延長後半11分にFWルーカス - MF遠藤保仁 - MF倉田秋とつながったパスを受けた延長後半から出場のFW播戸竜二がミドルシュート。相手ディフェンダーがはじいたところを播戸が自ら押し込んで貴重な決勝点を挙げ、G大阪が前身の松下電器時代以来、18年ぶり2度目となる優勝を果たした。

G大阪はこの年、Jリーグ公式戦（リーグ戦・ナビスコカップ）に加え、AFCチャンピオンズリーグ2008優勝とFIFAクラブワールドカップ2008への出場もあってJリーグクラブでは一番の過密日程になった。この影響もあって、国内ではリーグ8位に終わり無冠が危ぶまれたが、天皇杯制覇によりAFCチャンピオンズリーグ2009への出場権を獲得、ACL連覇の夢をつないだ。一方、柏は前身の日立製作所時代以来33年振りとなる天皇杯制覇の夢は叶わなかった。