ジャパンラグビートップリーグ2003-2004は、2003年9月13日から2004年1月25日までレギュラーシーズンが行われた。

 概要 
ジャパンラグビートップリーグは、全国の社会人チームの強豪が一堂に会し、高レベルな試合を増やし、日本ラグビーの活性化につなげる事を目的として発足されたものである。2002年5月に日本ラグビーフットボール協会より発表された。

なお、この年から2005-06年度までのシーズンについては、レギュラーシーズンリーグ戦とマイクロソフトカップトップ8トーナメントは別個の公式戦とみなして行い、リーグ優勝はレギュラーシーズン1位チームが獲得する形式だった。

 参加チーム 
初年度参加チーム数は12チームで、
 2002年度東日本・関西・西日本の各地域リーグ1位
 「第55回全国社会人大会」予選プール上位2チーム
 上記1・2で選出されたチーム数により下記の方法で決定。
 上記での選出チームが8チームの場合、残り4チームは第55回全国社会人大会予選プール3位チームとする。
 上記での選出チームが9～11チームの場合、残りの1～3チームは第55回全国社会人大会予選プール3位チーム間の総当たり戦で出場決定戦を行う。
によって決定された。

上記の条件により初年度の参加チームは以下の12チームとなった。
チーム名参加条件詳細サントリーサンゴリアス1東日本社会人リーグ1位ヤマハ発動機（ジュビロ）1関西社会人リーグ1位福岡サニックスボムズ1西日本社会人リーグ1位三洋電機ワイルドナイツ2第55回全国社会人大会予選プールA組2位近鉄ライナーズ2第55回全国社会人大会予選プールB組1位NECグリーンロケッツ2第55回全国社会人大会予選プールC組1位リコーブラックラムズ2第55回全国社会人大会予選プールC組2位東芝府中ブレイブルーパス2第55回全国社会人大会予選プールD組1位神戸製鋼コベルコスティーラーズ2第55回全国社会人大会予選プールD組2位クボタスピアーズ3.2第55回全国社会人大会予選プールB組3位ワールドファイティングブル3.2第55回全国社会人大会予選プールC組3位セコムラガッツ3.2第55回全国社会人大会予選プールD組3位

 トップリーグ開幕節 
数度に渡ってチャンピオンに輝いたチームであり、好ゲームを期待することが出来るためトップリーグの開幕戦は、サントリーVS神戸製鋼に決定した。

 順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||11||9||0||2||439||286||153||11||47
|rowspan="8"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|東芝府中ブレイブルーパス
||11||8||1||2||503||283||220||10||44
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機（ジュビロ）
||11||8||2||1||334||223||111||6||42
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||11||8||0||3||408||265||143||10||42
|- style="background-color:#ccffcc"
|5
|style="text-align:left"|ワールドファイティングブル
||11||6||0||5||349||285||64||8||32
|- style="background-color:#ccffcc"
|6
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||11||5||2||4||411||274||137||6||30
|- style="background-color:#ccffcc"
|7
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||11||4||1||6||319||331||-12||6||24
|- style="background-color:#ccffcc"
|8
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||11||4||0||7||262||362||-100||6||22
|- style="background-color:#ffffcc"
|9
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||11||3||0||8||273||402||-129||7||19
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|10
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||11||3||0||8||292||510||-218||6||18
|- style="background-color:#ffcccc"
|11
|style="text-align:left"|セコムラガッツ
||11||3||0||8||260||405||-145||3||15
|rowspan="2"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|12
|style="text-align:left"|福岡サニックスボムズ
||11||2||0||9||230||454||-224||6||14
|}

 マイクロソフトカップ 

 入替制度 

 自動降格 
トップリーグの結果、11位セコムラガッツのトップイースト10、12位福岡サニックスボムズのトップキュウシュウへの自動降格が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ1 
トップリーグチャレンジシリーズ1は、トップイースト10、トップウェスト、トップキュウシュウの優勝チームが自動昇格枠「2」、入替戦枠「1」をかけて総当たり方式で対戦する。
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|トヨタ自動車（トップウェスト）
||2||2||0||0||128||27||101||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー（トップイースト10）
||2||1||0||1||64||58||6||1||5
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|九州電力（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||32||139||-107||1||1
|入替戦へ
|}

 1月10日 トヨタ自動車 97–5 九州電力
 1月18日 九州電力 27–42 日本IBMビッグブルー
 1月24日 日本IBMビッグブルー 22–31 トヨタ自動車

以上の結果、1位トヨタ自動車、2位日本IBMビッグブルーがトップリーグへ自動昇格、3位九州電力がトップリーグ入替戦への進出が決定した。

 トップリーグチャレンジシリーズ2 
トップリーグチャレンジシリーズ2は、トップウェスト、トップキュウシュウの2位チームとトップイースト10の代表チーム が入替戦枠「1」をかけて総当たり方式で対戦する。

{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|豊田自動織機（トップウェスト）
||2||2||0||0||102||45||57||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|釜石シーウェイブスRFC（トップイースト10代表）
||2||1||0||1||43||87||-44||1||5
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストジャパン（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||57||70||-13||3||3
|}

 1月10日 豊田自動織機 42–30 コカ・コーラウエストジャパン
 1月18日 コカ・コーラウエストジャパン 27–28 釜石シーウェイブスRFC
 1月24日 釜石シーウェイブスRFC 15–60 豊田自動織機

以上の結果、1位豊田自動織機がトップリーグ入替戦への進出を決めた。

 トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ9位リコーブラックラムズが、トップチャレンジ2・1位豊田自動織機と、トップリーグ10位近鉄ライナーズがトップチャレンジ1・3位の九州電力と入替戦を行った。
 2月7日 リコーブラックラムズ（トップリーグ9位） 31–13 豊田自動織機（トップチャレンジ2・1位）
 2月7日 近鉄ライナーズ（トップリーグ10位） 47–24 九州電力（トップチャレンジ1・3位）

入替戦の結果、リコーブラックラムズと近鉄ライナーズのトップリーグ残留が決まった。

 表彰 
2003-2004シーズンの年間表彰式は、2004年1月29日に実施された。

 チーム表彰 

 TOP LEAGUE 優勝チーム 
 チーム名備考優勝神戸製鋼コベルコスティーラーズ準優勝東芝府中ブレイブルーパス第3位ヤマハ発動機（ジュビロ）

 フェアプレーチーム賞 
チーム名備考三洋電機ワイルドナイツ

 功労賞 
チーム名備考神戸製鋼コベルコスティーラーズ

 特別賞 
チーム名備考三洋電機ワイルドナイツヤマハ発動機（ジュビロ）

 マイクロソフトカップ優勝チーム 
 チーム名備考優勝NECグリーンロケッツ準優勝東芝府中ブレイブルーパス

 個人表彰 

 トップリーグMVP 
氏名所属チーム備考元木由記雄神戸製鋼コベルコスティーラーズ

 新人賞 
氏名所属チーム菅藤心サントリーサンゴリアス

 最多トライゲッター 
氏名所属チーム備考グレン・マーシュNECグリーンロケッツ11トライ

 得点王 
氏名所属チーム備考日原大介東芝府中ブレイブルーパス147得点（7T/50G/4PG）

 ベストキッカー 
氏名所属チーム備考福岡幸治ワールドファイティングブル117得点（33G/17PG）

 ファンサービス賞 
氏名所属チーム大畑大介神戸製鋼コベルコスティーラーズ

 マイクロソフトカップMVP 
氏名所属チーム備考箕内拓郎NECグリーンロケッツ

 ベストフィフティーン 
ポジション氏名所属チーム備考PR1高橋寛東芝府中ブレイブルーパスHO松尾大樹東芝府中ブレイブルーパスPR3清水秀司神戸製鋼コベルコスティーラーズLOジェミー・ワシントンサントリーサンゴリアスLOロイス・ウイリス神戸製鋼コベルコスティーラーズFL大久保直弥サントリーサンゴリアスFLグレン・マーシュNECグリーンロケッツNO8伊藤剛臣神戸製鋼コベルコスティーラーズSH池田渉三洋電機ワイルドナイツSO今村友基神戸製鋼コベルコスティーラーズWTBビリモニ・デラサウヤマハ発動機（ジュビロ）WTB大畑大介神戸製鋼コベルコスティーラーズCTBアラマ・イエレミアサントリーサンゴリアスCTB元木由記雄神戸製鋼コベルコスティーラーズFB小野澤宏時サントリーサンゴリアス