コモロの行政区画（コモロのぎょうせいくかく）は、アンジュアン島、グランドコモロ島、モヘリ島の3島（）、19の県（）、54のコミューン（）、318の都市・集落（）の4層構造となっている。

 島 
コモロの島（、コモロ語: / 、）は、連邦の構成体である。自治島（）とも呼ばれる。各島には議会が設置されている。2001年憲法以前は県（Governorate）と呼ばれていた。

2001年制定の連合憲法下では、連合を構成する3島には独自の自治政府と大統領が置かれ、それぞれが大幅な自治権を持っていた。しかし2009年の連合憲法改正に伴い、各島の自治権は縮小され、自治政府の大統領は知事へと改称された。知事の任期は5年で、再選は1回まで（憲法第100条）。島の経済計画と社会開発、道路維持管理などは島政府の独占的権限が認められているが（第102条）、教育機関や医療機関の管理は連邦政府との協議が必要になる（第103条）。憲法および法令が定める範囲に限り、連邦政府もしくは島同士で社会的・経済的・財政的協定を結ぶことができる（第104条）。

なおフランスの海外県マヨット（マオレ島）の領有権を主張している。憲法ではマヨットを加えた4島を領土と規定し（第6条）、フランスの占領が終了次第マオレ島の諸機関が創設されることになっている（第122条）。

 島 フランス語 コモロ語 アラビア語 行政所所在地 知事 人口(2017年) 面積(km2) 人口密度(人/km2) / ムツァムドゥ Anissi Chamsidine 327,382 424 772 / モロニ Mhoudine Sitti Farouata 379,367 1,147 331 / フォンボニ Mohamed Said Fazul 51,567 290 178

 県 
コモロには2019年時点で19の県（）が設置されている。内訳はアンジュアン島が6県、グランドコモロ島が10県、モヘリ島が3県となっている。

2017年3月5日、がミツミウリ県とムブデ県に分割された。5月24日、シマ県からモヤ県が分立した。2019年2月12日、がハマハメトット県とムボエンク県に分割された。

 島 県名 フランス語 県庁所在地 人口(2017年) 面積(km2) 人口密度(人/km2) アンジュアン島 ドモニ県 Domoni ドモニ 69,904 126.6 552 5 モヤ県 Moya 24,140 37.8 639 1 Mrémani 65,448 65.7 996 5 ムツァムドゥ県 Mutsamudu ムツァムドゥ 63,831 61.3 1,041 4 Ouani 68,885 55.4 1,244 3 Sima 35,174 80.3 438 2 グランドコモロ島 ハマハメット県 Hamahamet-Mboinkou 25,075 73.9 339 2 Hambou 22,777 73.5 310 2 Itsandra-Hamanvou 57,335 168.4 340 5 Mbadjini-Est 35,312 138.0 256 3 Mbadjini-Ouest 23,599 83.0 284 2 ムボエンク県 Mboinkou 11,573 27.9 415 1 ムブデ県 Mboudé 24,341 87.7 278 2 ミツミウリ県 Mitsamiouli 31,821 66.5 479 4 モロニ＝バンバオ県 Moroni-Bambao モロニ 121,236 116.0 1,045 4 Oichili-Dimani 26,298 176.0 149 3 モヘリ島 Djando 9,349 57.6 162 1 フォンボニ県 Fomboni フォンボニ 30,834 76.0 406 3 Nioumachioi 11,384 76.2 149 2

 コミューン 
コミューン（）はコモロの基礎自治体で、日本における市町村に相当する。2011年時点で54存在し、内訳はアンジュアン島が20、グランドコモロ島が28、モヘリ島が6となっている。

コミューン議会の議員定数は人口規模に比例する。最低は人口2,500人以下で定数が7人、最高は人口5万人以上で定数が31人となる。なおモロニは人口規模に関係なく定数は35人と定められている。

 島 県 コミューン フランス語名 人口(2017年) 面積(km2) 人口密度(人/km2) 都市・集落数 アンジュアン島 ドモニ県 Bambao Mtsanga 13,779 25.1 550 4 ドモニ Domoni 15,623 14.0 1,116 3 Jimlimé 11,480 43.9 262 4 Koni-Djodjo 18,883 16.7 1,128 4 Ngandzalé 10,139 26.9 377 4 モヤ県 Moya 24,140 37.8 639 6 ムレマニ県 Adda Daouéni Adda Douéni 21,482 24.5 877 4 Mramani 9,562 8.9 1,073 4 Mrémani 15,805 10.3 1,530 4 Ongodjou 11,206 12.7 881 5 シャウェニ Shaweni 7,393 9.2 800 5 ムツァムドゥ県 Bandrani-Chironkamba 9,733 16.4 593 7 Bandrani-Mtsangani 7,203 8.9 811 4 Mirontsy 11,955 6.8 1,749 1 ムツァムドゥ Mutsamudu 34,940 29.2 1,199 4 ウアニ県 Bambao Mtrouni Bambao Mtrouni 27,916 20.5 1,362 3 Bazimini 18,469 10.7 1,735 3 Ouani 22,501 24.3 928 4 シマ県 Sima 18,415 30.1 612 6 Vouani 16,758 50.2 334 14 グランドコモロ島 ハマハメット県 Nyuma Mro 11,445 26.2 437 10 Nyuma Msiru 13,630 47.8 285 11 ハンブー県 Djoumoipangua Djoumoipangua 9,334 40.1 233 5 Tsinimoipangua Tsinimoipangua 13,443 33.4 402 7 イサンドラ＝ハマンヴー県 Bangaani 19,355 40.2 481 8 Djoumoichongo Djoumoichongo 7,442 19.1 390 5 Hamanvou 13,789 72.7 190 9 Isahari 8,279 5.3 1,550 4 Mbadani 8,470 31.1 272 6 東ムバジニ県 Domba 8,164 53.1 154 5 Itsahidi 15,225 48.1 316 11 Pimba 11,923 36.8 324 10 西ムバジニ県 Ngouéngoué Ngouéngoué 9,244 35.7 259 11 Nioumagama Nioumagama 14,355 47.3 304 8 ムボエンク県 Mboinkou 11,573 27.9 415 8 ムブデ県 Nyumamro Kiblani Nyumamro Kiblani 12,089 42.3 286 8 Nyumamro Souheili Nyumamro Souheili 12,251 45.4 270 9 ミツミウリ県 Cembenoi Lac-Salé Cembenoi Lac-Salé 7,926 20.5 387 4 Cembenoi Sada-Djoulamlima Cembenoi Sada-Djoulamlima 6,373 22.3 286 3 Mutsamihuli 9,906 10.7 923 6 Nyuma Komo 7,615 13.0 588 8 モロニ＝バンバオ県 Bambao ya Djou 13,525 44.7 303 3 Bambao ya Hari 20,854 48.2 433 9 Bambao ya Mboini 12,107 12.7 957 5 モロニ Moroni 74,749 10.5 7,097 1 オイチリ＝ディマニ県 Dimani 11,414 66.7 171 12 Oichili ya Djou 8,860 67.0 132 10 Oichili ya Mboini 6,025 42.3 143 6 モヘリ島 ジャンド県 Djando 9,349 57.6 162 7 フォンボニ県 フォンボニ Fomboni 17,291 24.4 707 1 Moili Mdjini 7,410 24.1 307 3 Moinbassa 6,133 27.4 224 3 ニウマシワ県 M'Lédjélé 7,914 37.2 213 4 Moimbao Moimbao 3,470 39.0 89 5

 都市・集落 
都市もしくは集落（）はコミューンの下位区画で、総数は2011年時点で318。内訳はアンジュアン島が93、グランドコモロ島が202、モヘリ島が23。

ほとんどのコミューンでは都市・集落どちらも1つ以上所属している。モロニ、フォンボニ、ミロンツィは1つの都市のみ、フォンボニを除くモヘリ島の5コミューンは集落のみで構成される。