第79回天皇杯全日本サッカー選手権大会（だい79かいてんのうはいぜんにほんサッカーせんしゅけんたいかい）は、1999年（平成11年）11月28日から2000年（平成12年）1月1日まで開かれた天皇杯全日本サッカー選手権大会である。

この大会は名古屋グランパスエイトが4年ぶり2度目の優勝。

概要
本大会出場は80チーム。
準決勝の名古屋と柏レイソル戦に、明仁天皇と美智子皇后の臨席があり、サッカー競技においては1947年（昭和22年）以来52年ぶりの天覧試合となった。

 出場チーム 

 J1リーグ 
鹿島アントラーズ（16回目）
浦和レッドダイヤモンズ（35回目）
ジェフユナイテッド市原（35回目）
柏レイソル（32回目）
ヴェルディ川崎（25回目）
横浜F・マリノス（22回目）
ベルマーレ平塚（28回目）
清水エスパルス（8回目）
ジュビロ磐田（23回目）
名古屋グランパスエイト（23回目）
京都パープルサンガ（17回目）
ガンバ大阪（19回目）
セレッソ大阪（31回目）
ヴィッセル神戸（13回目）
サンフレッチェ広島（48回目）
アビスパ福岡（8回目）

 J2リーグ 
コンサドーレ札幌（19回目）
ベガルタ仙台（6回目）
モンテディオ山形（8回目）
大宮アルディージャ（5回目）
FC東京（6回目）
川崎フロンターレ（16回目）
ヴァンフォーレ甲府（8回目）
アルビレックス新潟（8回目）
サガン鳥栖（8回目）
大分トリニータ（4回目）

 JFL 
本田技研（24回目）
大塚製薬（11回目）</div>
デンソー（7回目）

 大学 
国士舘大学（12回目）
筑波大学（19回目）
愛知学院大学（5回目）

 2種 
ジュビロ磐田ユース（初出場）

 都道府県代表 
 北海道 道都大学（2回目）
 青森県 八戸大学（初出場）
 岩手県 岩手大学（初出場）
 宮城県 ソニー仙台（3回目）
 秋田県 TDK（7回目）
 山形県 山形FC（3回目）
 福島県 FCプリメーロ（3回目）
 茨城県 水戸ホーリーホック（4回目）
 栃木県 栃木SC（2回目）
 群馬県 前橋商業高校（2回目）
 埼玉県 城西大学（初出場）
 千葉県 順天堂大学（8回目）
 東京都 専修大学（2回目）
 神奈川県 横浜FC（初出場）
 山梨県 韮崎アストロス（5回目）
 長野県 日精樹脂工業（8回目）
 新潟県 新潟大学（初出場）
 富山県 アローズ北陸（5回目）
 石川県 テイヘンズFC（6回目）
 福井県 丸岡高校（2回目）
 静岡県 ジャトコ（3回目）
 愛知県 名古屋SC（3回目）
 三重県 マインドハウスTC（4回目）
 岐阜県 各務原高校（初出場）
 滋賀県 草津東高校（2回目）
 京都府 立命館大学（3回目）
 大阪府 阪南大学（5回目）
 兵庫県 甲南大学（初出場）
 奈良県 奈良産業大学（2回目）
 和歌山県 初芝橋本高校（3回目）
 鳥取県 境高校（初出場）
 島根県 石見FC（3回目）
 岡山県 三菱自動車水島（5回目）
 広島県 広島大学（5回目）
 山口県 山口教員団（3回目）
 香川県 香川紫雲FC（4回目）
 徳島県 徳島商業高校（2回目）
 愛媛県 愛媛FC（初出場）
 高知県 南国高知FC（2回目）
 福岡県 福岡大学（19回目）
 佐賀県 九州INAX（初出場）
 長崎県 国見高校（初出場）
 熊本県 ブレイズ熊本（4回目）
 大分県 日本文理大学（2回目）
 宮崎県 ホンダロック（初出場）
 鹿児島県 鹿屋体育大学クラブ（初出場）
 沖縄県 沖縄国際大学（2回目）

試合

1回戦
順天堂大学 2-0 愛知学院大学
栃木SC 0-2 ジュビロ磐田ユース
草津東高校 0-2 FC東京
初芝橋本高校 2-1 八戸大学
日本文理大学 1-2v サガン鳥栖
名古屋SC 3-4 ジャトコ
前橋商業高校 1-2 ヴァンフォーレ甲府
ソニー仙台 2-1 岩手大学
丸岡高校 1-11 大塚
山口教員団 2-3v 福岡大学
ブレイズ熊本 0-8 モンテディオ山形
沖縄国際大学 0-2 テイヘンズFC
FCプリメーロ 0-2 アルビレックス新潟
鹿屋体育大学クラブ 1-0 甲南大学
奈良産業大学 2-7 デンソー
石見FC 7-3 徳島商業高校
国見高校 0-4 国士舘大学
専修大学 1-0 山形FC
広島大学 0-6 大分トリニータ
各務原高校 2-8 アローズ北陸
阪南大学 1-2 コンサドーレ札幌
マインドハウスTC 2v-1 三菱自動車水島
南国高知FC 3-7 本田技研
香川紫雲FC 4v-3 日精樹脂工業
ホンダロック 0-5 ベガルタ仙台
水戸ホーリーホック 5-1 TDK
境高校 0-6 大宮アルディージャ
韮崎アストロス 4(PK2-4)4 道都大学
愛媛FC 0-3 川崎フロンターレ
城西大学 4-1 九州INAX
立命館大学 2-1 筑波大学
横浜FC 8-0 新潟大学

2回戦
順天堂大学 3-0 ジュビロ磐田ユース
FC東京 6-0 初芝橋本高校
サガン鳥栖 2-1 ジャトコ
ヴァンフォーレ甲府 0(PK3-4)0 ソニー仙台
大塚 0-2 福岡大学
モンテディオ山形 3-0 テイヘンズFC
アルビレックス新潟 1-0 鹿屋体育大学クラブ
デンソー 7-0 石見FC
国士舘大学 1-2 専修大学
大分トリニータ 10-0 アローズ北陸
コンサドーレ札幌 3-0 マインドハウスTC
本田技研 6-0 香川紫雲FC
ベガルタ仙台 1-2 水戸ホーリーホック
大宮アルディージャ 3-0 道都大学
川崎フロンターレ 5-1 城西大学
立命館大学 1-4 横浜FC

3回戦
ジュビロ磐田 2-0 順天堂大学
ベルマーレ平塚 3-4v FC東京
鹿島アントラーズ 1-0 サガン鳥栖
名古屋グランパスエイト 4-0 ソニー仙台
セレッソ大阪 4-1 福岡大学
ヴィッセル神戸 0(PK3-4)0 モンテディオ山形
浦和レッドダイヤモンズ 3-1 アルビレックス新潟
柏レイソル 4-2 デンソー
清水エスパルス 2-1 専修大学
京都パープルサンガ 1-0 大分トリニータ
アビスパ福岡 1-0 コンサドーレ札幌
サンフレッチェ広島 3-2 本田技研
横浜F・マリノス 2-1 水戸ホーリーホック
ガンバ大阪 1-0 大宮アルディージャ
ジェフユナイテッド市原 2-3 川崎フロンターレ
ヴェルディ川崎 3v-2 横浜FC

4回戦
ジュビロ磐田 3-0 FC東京
鹿島アントラーズ 1-2 名古屋グランパスエイト
セレッソ大阪 3-4v モンテディオ山形
浦和レッドダイヤモンズ 0-2 柏レイソル
清水エスパルス 2(PK4-2)2 京都パープルサンガ
アビスパ福岡 1-2 サンフレッチェ広島
横浜F・マリノス 2-1 ガンバ大阪
川崎フロンターレ 1-3 ヴェルディ川崎

準々決勝
ジュビロ磐田 0-1 名古屋グランパスエイト
モンテディオ山形 0-2 柏レイソル
清水エスパルス 0-2 サンフレッチェ広島
横浜F・マリノス 0-1 ヴェルディ川崎

準決勝
名古屋グランパスエイト 2-0 柏レイソル
サンフレッチェ広島 7-2 ヴェルディ川崎

決勝

サンフレッチェ広島 GK1 下田崇DF18 トニー・ポポヴィッチDF6 ハイデン・フォックスDF19 上村健一MF5 伊藤哲也MF4 桑原裕義MF38 森崎和幸MF13 古賀聡MF17 服部公太MF15 藤本主税FW11 高橋泰控え:1 前川和也23 川島眞也8 吉田康弘21 大久保誠9 山口敏弘監督: エディ・トムソン名古屋グランパスエイト GK1 楢崎正剛DF3 大岩剛DF2 小川誠一DF4 飯島寿久MF5 トーレスMF7 タリック・ウリダMF6 山口素弘MF9 望月重良MF11 平野孝FW10 ドラガン・ストイコビッチFW30 呂比須ワグナー控え:16 伊藤裕二14 古賀正紘31 石川康21 岡山哲也18 福田健二監督: ジョアン・カルロス