加水分解酵素（かすいぶんかいこうそ、）とはEC第3群に分類される酵素で、加水分解反応を触媒する酵素である。ヒドロラーゼと呼ばれる。代表的な反応はタンパク質、脂質、多糖〈炭水化物〉をアミノ酸、脂肪酸、ブドウ糖などに消化分解する生化学反応に関与する。あるいはコリンエステラーゼ、環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼやプロテインホスファターゼのような生体内のシグナル伝達に関与するものも多い。

 概略 
加水分解酵素は、エステル結合〈エステラーゼ〉、グリコシド結合〈グリコシダーゼ〉、エーテル結合、チオエーテル結合、ペプチド結合〈ペプチダーゼ〉などの加水分解を触媒する物の他に、アミドC-N結合、C-C結合、C-ハロゲン結合、P-ハロゲン結合およびP-N結合の一方にHを、他方にOH基をつけて切断する反応を触媒するものが存在する。またATPアーゼのようにシグナル伝達や筋収縮などに関与する酵素も加水分解酵素に分類される。

 EC.3.-(加水分解酵素) 

 EC.3.1.-(エステル結合に作用) 

 EC.3.1.1.-(カルボン酸エステル加水分解酵素) 
 カルボキシルエステラーゼ
 アリールエステラーゼ
 トリアシルグリセロールリパーゼ
 ホスホリパーゼA2
 リゾホスホリパーゼ
 アセチルエステラーゼ
 アセチルコリンエステラーゼ
 コリンエステラーゼ
 EC.3.1.1.9 欠番 削除
 トロピンエステラーゼ
 ペクチンエステラーゼ
 EC.3.1.1.12 欠番 削除
 ステロールエステラーゼ
 クロロフィラーゼ
 L-アラビノノラクトナーゼ
 EC.3.1.1.16 欠番 削除, EC 5.3.3.4とEC.3.1.1.24の混合
 グルコノラクトナーゼ
 EC.3.1.1.18 欠番 → EC.3.1.1.17統合
 ウロノラクトナーゼ
 タンナーゼ
 レチニルパルミチン酸エステラーゼ
 ヒドロキシ酪酸二量体ヒドロラーゼ
 アシルグリセロールリパーゼ
 3-オキソアジピン酸エノールラクトナーゼ
 1,4-ラクトナーゼ
 ガラクトリパーゼ
 4-ピリドキソラクトナーゼ
 アシルカルニチンヒドロラーゼ
 アミノアシルtRNAヒドロラーゼ
 D-アラビノノラクトナーゼ
 6-ホスホグルコノラクトナーゼ
 ホスホリパーゼA1
 6-アセチルグルコースデアセチラーゼ
 リポタンパク質リパーゼ
 ジヒドロクマリンヒドロラーゼ
 リモニンD環ラクトナーゼ
 ステロイドラクトナーゼ
 トリ酢酸ラクトナーゼ
 アクチノマイシンラクトナーゼ
 オルセリン酸デプシドヒドロラーゼ
 セファロスポリンCデアセチラーゼ
 クロロゲン酸ヒドロラーゼ
 α-アミノ酸エステラーゼ
 4-メチルオキサロ酢酸エステラーゼ
 カルボキシメチレンブテノリダーゼ
 デオキシリモン酸A環ラクトナーゼ
 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ
 フサリニンCオルニチンエステラーゼ
 シナピンエステラーゼ
 ワックスエステルヒドロラーゼ
 ホルボールジエステルヒドロラーゼ
 ホスファチジルイノシトールデアシラーゼ
 シアル酸-O-アセチルエステラーゼ
 アセトキシブチニルビチオフェンデアセチラーゼ
 アセチルサリチル酸デアセチラーゼ
 メチルウンベリリフェリル酢酸デアセチラーゼ
 2-ピロン-4,6-ジカルボン酸ラクトナーゼ
 N-アセチルガラクトサミノグリカンデアセチラーゼ
 幼若ホルモンエステラーゼ
 ビス(2-エチルヘキシル)フタル酸エステラーゼ
 プロテイングルタミン酸メチルエステラーゼ
 EC.3.1.1.62 欠番 → EC.3.5.1.47
 11-cis-レチニルパルミチン酸ヒドロラーゼ
 all-trans-レチニルパルミチン酸ヒドロラーゼ
 L-ラムノノ-1,4-ラクトナーゼ
 5-(3,4-ジアセトキシブタ-1-イニル)-2,2'-ビチオフェンデアセチラーゼ
 脂肪アシルエチルエステルシンターゼ
 キシロノ-1,4-ラクトナーゼ
 EC.3.1.1.69 欠番 → EC.3.5.1.89
 セトラキサートベンジルエステラーゼ
 アセチルアルキルグリセロールアセチルヒドロラーゼ
 アセチルキシランエステラーゼ
 フェルロイルエステラーゼ
 クチナーゼ
 ポリ(3-ヒドロキシ酪酸)デポリメラーゼ
 ポリ(3-ヒドロキシオクタン酸)デポリメラーゼ
 アセチロキシアシルヒドロラーゼ
 ポリノイリジンアルデヒトエステラーゼ
 ホルモン感受性リパーゼ
 アセチルアジュマリンエステラーゼ
 クオラム-ケンチング N-アシル-ホモセリンラクトナーゼ
 フェオホルビダーゼ
 モノテルペン ε-ラクトンヒドロラーゼ
 コカインエステラーゼ
 ピメリル-(アシル輸送タンパク質)メチルエステルエステラーゼ
 ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ
 フモニシンB1エステラーゼ
 ピレスロイドヒドロラーゼ
 タンパク質ホスファターゼメチルエステラーゼ-1
 all-trans-レチニルエステル 13-cis イソメロヒドロラーゼ
 2-オキソ-3-(5-オキソフラン-2-イリデン)プロパン酸ラクトナーゼ
 4-スルホムコノラクトンヒドロラーゼ
 ミコフェノール酸アシル-グルクロニドエステラーゼ
 ベルシコナールヘミアセタール酢酸エステラーゼ

 EC.3.1.2.-(チオエステル加水分解酵素) 
 アセチルCoAヒドロラーゼ
 パルミトイルCoAヒドロラーゼ
 スクシニルCoAヒドロラーゼ
 3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ
 ヒドロキシメチルグルタリルCoAヒドロラーゼ
 ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ
 グルタチオンチオールエステラーゼ
 EC.3.1.2.8 欠番 → EC.3.1.2.6へ統合
 EC.3.1.2.9 欠番 削除
 ホルミルCoAヒドロラーゼ
 アセトアセチルCoAヒドロラーゼ
 S-ホルミルグルタチオンヒドロラーゼ
 S-スクシニルグルタチオンヒドロラーゼ
 オレイル(アシル輸送タンパク質)ヒドロラーゼ
 ユビキチンチオールエステラーゼ
 クエン酸リアーゼデアセチラーゼ
 (S)-メチルマロニルCoAヒドロラーゼ
 ADP依存性短鎖アシルCoAヒドロラーゼ
 ADP依存性中鎖アシルCoAヒドロラーゼ
 アリールCoAヒドロラーゼ
 ドデカノイルアシル輸送タンパク質ヒドロラーゼ
 パルミトイルタンパク質ヒドロラーゼ
 4-ヒドロキシベンゾイルCoAチオエステラーゼ
 欠番 →EC 3.13.1.3
 フェニルアセチルCoAヒドロラーゼ
 胆汁酸-CoAヒドロラーゼ
 コロイルCoAヒドロラーゼ
 1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイルCoAヒドロラーゼ
 フルオロアセチルCoA チオエステラーゼ

 EC 3.1.3.-(リン酸モノエステル加水分解酵素) 
 アルカリホスファターゼ
 酸ホスファターゼ
 ホスホセリンホスファターゼ
 ホスファチジン酸ホスファターゼ
 5'-ヌクレオチダーゼ
 3'-ヌクレオチダーゼ
 3'(2'),5'-ビスリン酸ヌクレオチダーゼ
 3-フィターゼ
 グルコース-6-ホスファターゼ
 グルコース-1-ホスファターゼ
 フルクトースビスホスファターゼ
 トレハロースホスファターゼ
 ジホスホグリセリン酸ホスファターゼ
 メチルホスホチオグリセリン酸ホスファターゼ
 ヒスチジノールホスファターゼ
 リンタンパク質ホスファターゼ
 (ホスホリラーゼ)ホスファターゼ
 ホスホグリコール酸ホスファターゼ
 グリセロール-2-ホスファターゼ
 ホスホグリセリン酸ホスファターゼ
 グリセロール-1-ホスファターゼ
 マンニトール-1-ホスファターゼ
 糖ホスファターゼ
 スクロースリン酸ホスファターゼ
 イノシトールリン酸ホスファターゼ
 4-フィターゼ
 ホスファチジルグリセロホスファターゼ
 ADPホスホグリセリン酸ホスファターゼ
 N-アシルノイラミン酸-9-ホスファターゼ
 EC.3.1.3.30 欠番 → EC.3.1.3.31へ統合
 ヌクレオチダーゼ
 ポリヌクレオチド-3'-ホスファターゼ
 ポリヌクレオチド-5'-ホスファターゼ
 デオキシヌクレオチド-3'-ホスファターゼ
 チミジル酸-5'-ホスファターゼ
 ホスホイノシチド-5-ホスファターゼ
 セドヘプツロースビスホスファターゼ
 3-グリセリン酸ホスファターゼ
 ストレプトマイシン-6-ホスファターゼ
 グアニジノデオキシ-scyllo-イノシトール-4-ホスファターゼ
 4-ニトロフェニルホスファターゼ
 (グリコーゲンシンターゼD)ホスファターゼ
 (ピルビン酸デヒドロゲナーゼ(アセチル基転移))ホスファターゼ
 (アセチルCoAカルボキシラーゼ)ホスファターゼ
 3-デオキシ-manno-オクツロソン酸-8-ホスファターゼ
 フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ
 (ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ(NADPH))ホスファターゼ
 タンパク質チロシンホスファターゼ
 (ピルビン酸キナーゼ)ホスファターゼ
 ソルビトール-6-ホスファターゼ
 ドリキルホスファターゼ
 (3-メチル-2-オキソブタン酸デヒドロゲナーゼ (リポアミド))ホスファターゼ
 ミオシンL鎖ホスファターゼ
 フルクトース-2,6-ビスリン酸-6-ホスファターゼ
 カルデスモンホスファターゼ
 イノシトール-ポリリン酸-5-ホスファターゼ
 イノシトール-1,4-ビスリン酸-1-ホスファターゼ
 糖末端ホスファターゼ
 アルキルアセチルグリセロホスファターゼ
 ホスホエノールピルビン酸ホスファターゼ
 EC.3.1.3.61 欠番 削除
 多重イノシトールポリリン酸ホスファターゼ
 2-カルボキシ-D-アラビノトール-1-ホスファターゼ
 ホスファチジルイノシトール-3-ホスファターゼ
 EC.3.1.3.65 欠番 → EC.3.1.3.64
 ホスファチジルイノシトール-3,4-ビスリン酸-4-ホスファターゼ
 ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸-3-ホスファターゼ
 2-デオキシグルコース-6-ホスファターゼ
 グルコシルグリセロール-3-ホスファターゼ
 マンノシル-3-ホスホグリセリン酸ホスファターゼ
 2-ホスホスルホ乳酸ホスファターゼ
 5-フィターゼ
 α-リバゾールホスファターゼ
 ピリドキサルホスファターゼ
 ホスホエタノールアミン／ホスホコリンホスファターゼ
 脂質リン酸ホスファターゼ
 アシレズクトンシンターゼ
 ホスファチジルイノシトール-4,5-ビスリン酸-4-ホスファターゼ
 マンノシルフルクトースリン酸ホスファターゼ
 2,3-ビスホスホグリセリン酸 3-ホスファターゼ
 ジアシルグリセロール二リン酸ホスファターゼ
 D-グリセロ-β-D-マンノ-ヘプトース 1,7-ビスリン酸 7-ホスファターゼ
 D-グリセロ-α-D-マンノ-ヘプトース 1,7-ビスリン酸 7-ホスファターゼ
 ADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ
 グルコシシル-3-ホスホグリセリン酸ホスファターゼ
 ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸 5-ホスファターゼ
 2-ヒドロキシ-3-ケト-5-メチルチオペンテニル-1-リン酸ホスファターゼ
 5''-ホスホリボスタマイシンホスファターゼ
 5'-デオキシヌクレオシダーゼ
 マルトース 6'-リン酸ホスファターゼ

 EC 3.1.4.-(リン酸ジエステル加水分解酵素) 
 ホスホジエステラーゼI
 グリセロホスホコリンホスホジエステラーゼ
 ホスホリパーゼC
 ホスホリパーゼD
 EC.3.1.4.5 欠番 → EC.3.1.21.1
 EC.3.1.4.6 欠番 → EC.3.1.22.1
 EC.3.1.4.7 欠番 → EC.3.1.31.1
 EC.3.1.4.8 欠番 → EC.3.1.27.3
 EC.3.1.4.9 欠番 → EC.3.1.30.2
 EC.3.1.4.10 欠番 → EC 4.6.1.13
 ホスホイノシチド ホスホリパーゼC
 スフィンゴミエリンホスホジエステラーゼ
 セリン-エタノールアミンリン酸ホスホジエステラーゼ
 アシル輸送タンパク質ホスホジエステラーゼ
 アデニリルグルタミン酸アンモニアリガーゼヒドロラーゼ
 2',3'-環状ヌクレオチド-2'-ホスホジエステラーゼ
 3',5'-環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼ
 EC.3.1.4.18 欠番 → EC.3.1.16.1
 EC.3.1.4.19 欠番 → EC.3.1.13.3
 EC.3.1.4.20 欠番 → EC.3.1.13.1
 EC.3.1.4.21 欠番 → EC.3.1.30.1
 EC.3.1.4.22 欠番 → EC.3.1.27.5
 EC.3.1.4.23 欠番 → EC.3.1.27.1
 EC.3.1.4.24 欠番 削除
 EC.3.1.4.25 欠番 → EC.3.1.11.1
 EC.3.1.4.26 欠番 削除
 EC.3.1.4.27 欠番 → EC.3.1.11.2
 EC.3.1.4.28 欠番 → EC.3.1.11.3
 EC.3.1.4.29 欠番 削除
 EC.3.1.4.30 欠番 → EC.3.1.21.2
 EC.3.1.4.31 欠番 → EC.3.1.11.4
 EC.3.1.4.32 欠番 削除
 EC.3.1.4.33 欠番 削除
 EC.3.1.4.34 欠番 削除
 3',5'-環状GMPホスホジエステラーゼ
 EC.3.1.4.36 欠番 → EC.3.1.4.43
 2',3'-環状ヌクレオチド-3'-ホスホジエステラーゼ
 グリセロホスホノコリン-コリンホスホジエステラーゼ
 アルキルグリセロホスホエタノールアミン ホスホジエステラーゼ
 CMP-N-アシルノイラミン酸ホスホジエステラーゼ
 スフィンゴミエリンホスホジエステラーゼD
 グリセロ-1,2-環状リン酸-2-ホスホジエステラーゼ
 グリセロホスホイノシトール-イノシトールホスホジエステラーゼ
 グリセロホスホイノシトール-グリセロホスホジエステラーゼ
 N-アセチルグルコサミン-1-ホスホジエステルαN-グルコサミニダーゼ
 グリセロホスホジエステルホスホジエステラーゼ
 EC.3.1.4.47 欠番 → EC 4.6.1.14
 ドリコリルリン酸-グルコースホスホジエステラーゼ
 ドリコリルリン酸-マンノースホスホジエステラーゼ
 グリコシルホスファチジルイノシトールホスホリパーゼD
 グルコース-1-ホスホ-D-マンノシル糖タンパク質ホスホジエステラーゼ
 環状グアニル酸特異的ホスホジエステラーゼ
 3',5'-環状AMPホスホジエステラーゼ
 N-アセチルホスファチジルエタノールアミン加水分解ホスホリパーゼD
 ホスホリボシル 1,2-環状リン酸ホスホジエステラーゼ
 7,8-ジヒドロネオプテリン 2',3'-環状リン酸ホスホジエステラーゼ

 EC 3.1.5.-(三リン酸モノエステル加水分解酵素) 
 dGTPアーゼ

 EC 3.1.6.-(硫酸エステル加水分解酵素) 
 アリールスルファターゼ
 ステリルスルファターゼ
 グリコスルファターゼ
 N-アセチルガラクトサミン-6-スルファターゼ
 EC.3.1.6.5 欠番 削除
 コリンスルファターゼ
 セルロースポリスルファターゼ
 セレプロシドスルファターゼ
 コンドロ-4-スルファターゼ
 コンドロ-6-スルファターゼ
 ジスルホグルコサミン-6-スルファターゼ
 N-アセチルガラクトサミン-4-スルファターゼ
 イドロ酸-2-スルファターゼ
 N-アセチルグルコサミン-6-スルファターゼ
 N-スルホグルコサミン-3-スルファターゼ
 モノメチルスルファターゼ
 D-乳酸-2-スルファターゼ
 グルクロン酸-2-スルファターゼ
 (R)-特異的二級アルキルスルファターゼ

 EC 3.1.7.-(二リン酸モノエステル加水分解酵素) 
 プレニルジホスファターゼ
 グアノシン-3',5'-ビスピロリン酸-3'-ジホスファターゼ
 モノテルペンジホスファターゼ
 EC 3.1.7.4 削除、EC 4.2.1.133、EC 4.2.3.141に振り分け
 ゲラニルゲラニル二リン酸ジホスファターゼ
 フェルネシルジホスファターゼ
 ドリメノールシクラーゼ
 ツベルクロシノールシンターゼ
 イソツベルクロシノールシンターゼ
 (13E)-ラブダ-7,13-ジエン-15-オールシンターゼ
 ゲラニル二リン酸ジホスファターゼ

 EC 3.1.8.-(リン酸トリエステル加水分解酵素) 
 アリールジアルキルホスファターゼ
 ジイソプロピル-フルオロホスファターゼ

 EC 3.1.11.-(5'-ホスホモノエステル産生エキソデオキシリボヌクレアーゼ) 
 エキソデオキシリボヌクレアーゼI
 エキソデオキシリボヌクレアーゼIII
 エキソデオキシリボヌクレアーゼ(ラムダ誘導)
 エキソデオキシリボヌクレアーゼ(フェーズSP3誘導)
 エキソデオキシリボヌクレアーゼV
 エキソデオキシリボヌクレアーゼVII

 EC 3.1.13.-(5'-ホスホモノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ) 
 エキソリボヌクレアーゼII
 エキソリボヌクレアーゼH
 オリゴヌクレオチダーゼ
 ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ
 リボヌクレアーゼD

 EC 3.1.14.-(3'-ホスホモノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ) 
 酵母リボヌクレアーゼ

 EC 3.1.15.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-ホスホモノエステル産生エキソヌクレアーゼ) 
 毒エキソヌクレアーゼ

 EC 3.1.16.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、3'-ホスホモノエステル産生エキソヌクレアーゼ) 
 脾臓エキソヌクレアーゼ

 EC 3.1.21.-(5'-ホスホモノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ) 
 デオキシリボヌクレアーゼI
 デオキシリボヌクレアーゼIV
 I型制限酵素
 II型制限酵素
 III型制限酵素
 CC選択性エンドリボヌクレアーゼ
 デオキシリボヌクレアーゼV

 EC 3.1.22.-(3'-ホスホモノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ) 
 デオキシリボヌクレアーゼII
 アスペルギルスデオキシリボヌクレアーゼK1
 EC.3.1.22.3 欠番 → EC.3.1.21.7
 クロスオーバー接合エンドヌクレアーゼ
 デオキシリボヌクレアーゼX

 EC 3.1.23.-(欠番) 
- EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 あるいは EC 3.1.21.5へ統合

 EC 3.1.24.-(欠番) 
- EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 あるいは EC 3.1.21.5へ統合

 EC 3.1.25.-(サイト特異性を有する代替塩基特異性エンドデオキシリボヌクレアーゼ) 
 デオキシリボヌクレアーゼ(ピリミジン二量体)
 EC.3.1.25.2 欠番 → EC 4.2.99.18

 EC 3.1.26.-(5'-ホスホモノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
 Physarum polycephalumリボヌクレアーゼα
 リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼα
 リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼIII
 子牛胸腺リボヌクレアーゼH
 リボヌクレアーゼP
 リボヌクレアーゼIV
 リボヌクレアーゼP4
 リボヌクレアーゼM5
 リボヌクレアーゼ(ポリ(U)特異的)
 リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼIX
 tRNアーゼZ
 リボヌクレアーゼE
 レトロウイルス性リボヌクレアーゼH

 EC 3.1.27.-(3'-ホスホモノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
 リボヌクレアーゼT2
 枯草菌リボヌクレアーゼ
 リボヌクレアーゼT1
 リボヌクレアーゼU2
 膵リボヌクレアーゼ
 エンテロバクターリボヌクレアーゼ
 リボヌクレアーゼF
 リボヌクレアーゼV
 tRNAイントロンエンドヌクレアーゼ
 rRNAエンドヌクレアーゼ

 EC 3.1.30.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
 アスペルギルスヌクレアーゼS1
 セラチア・マルセッセンスヌクレアーゼ

 EC 3.1.31.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
 ミクロコッカス・ヌクレアーゼ

 EC.3.2.-.(グリコシラーゼ) 

 EC.3.2.1.-.(O-およびS-グリコシル化合物加水分解酵素) 
 α-アミラーゼ
 β-アミラーゼ
 グルコアミラーゼ
 セルラーゼ
 EC.3.2.1.5 欠番 削除
 エンド-1,3-β-グルカナーゼ
 イヌリナーゼ
 エンド-1,4-β-キシラナーゼ
 EC.3.2.1.9 欠番 削除
 オリゴ-1,6-グルコシダーゼ
 デキストラナーゼ
 EC.3.2.1.12 欠番 → EC.3.2.1.54へ統合
 EC.3.2.1.13 欠番 → EC.3.2.1.54へ統合
 キチナーゼ
 ポリガラクツロナーゼ
 EC.3.2.1.16 欠番 削除
 リゾチーム
 エキソ-α-シアリダーゼ
 EC.3.2.1.19 欠番 削除
 α-グルコシダーゼ
 β-グルコシダーゼ
 α-ガラクトシダーゼ
 β‐ガラクトシダーゼ
 α-マンノシダーゼ
 β-マンノシダーゼ
 β-フルクトフラノシダーゼ
 EC.3.2.1.27 欠番 削除
 トレハラーゼ
 EC.3.2.1.29 欠番 → EC.3.2.1.52へ統合
 EC.3.2.1.30 欠番 → EC.3.2.1.52へ統合
 β-グルクロニダーゼ
 endo-1,3-β-キシラナーゼ
 アミロα-1,6-グルコシダーゼ
 EC.3.2.1.34 欠番 → へ統合 EC.3.2.1.35
 ヒアルロノグルコサミナーゼ
 ヒアルロノグルクロニダーゼ
 キシラン 1,4-β-キシロシダーゼ
 β-D-フコシダーゼ
 グルカン エンド-1,3-β-D-グルコシダーゼ
 α-L-ラムノシダーゼ
 プルラナーゼ
 GDP-グルコシダーゼ
 β-L-ラムノシダーゼ
 フコイダナーゼ
 グルコシルセラミダーゼ
 ガラクトシルセラミダーゼ
 ガラクトシルガラクトシルグルコシルセラミダーゼ
 スクロース α-グルコシダーゼ
 α-N-アセチルガラクトサミニダーゼ
 α-N-アセチルグルコサミニダーゼ
 α-L-フコシダーゼ
 β-N-アセチルヘキソサミニダーゼ
 β-N-アセチルガラクトサミニダーゼ
 シクロマルトデキストリナーゼ
 α-L-アラビノフラノシダーゼ
 グルクロノシル-ジスルホグルコサミングルクロニダーゼ
 イソプルラナーゼ
 グルカン 1,3-β-グルコシダーゼ
 グルカン エンド-1,3-α-グルコシダーゼ
 グルカン-1,4-α-マルトテトラオヒドロラーゼ
 ミコデキストラナーゼ
 グリコシルセラミダーゼ
 1,2-α-L-フコシダーゼ
 2,6-β-フルクタン 6-レバンビオヒドロラーゼ
 レバナーゼ
 クエルシトリナーゼ
 ガラクツラン 1,4-α-ガラクツロニダーゼ
 イソアミラーゼ
 EC.3.2.1.69 欠番 → EC.3.2.1.41へ統合
 グルカン 1,6-α-グルコシダーゼ
 グルカン エンド-1,2-β-グルコシダーゼ
 キシラン 1,3-β-キシロシダーゼ
 リケニナーゼ
 グルカン 1,4-β-グルコシダーゼ
 グルカン エンド-1,6-β-グルコシダーゼ
 L-イズロニダーゼ
 マンナン 1,2-(1,3)-α-マンノシダーゼ
 マンナン エンド-1,4-β-マンノシダーゼ
 EC.3.2.1.79 欠番 → へ統合 * EC.3.2.1.55
 フルクタン β-フルクトシダーゼ
 β-アガラーゼ
 エキソ-ポリ-α-ガラクツロノシダーゼ
 κ-カラギナーゼ
 グルカン 1,3-α-グルコシダーゼ
 6-ホスホ-β-ガラクトシダーゼ
 6-ホスホ-β-グルコシダーゼ
 莢膜多糖 エンド-1,3-α-ガラクトシダーゼ
 β-L-アラビノシダーゼ
 アラビノガラクタン エンド-1,4-β-ガラクトシダーゼ
 EC 3.2.1.90 欠番 削除
 セルロース 1,4-β-セロビオシダーゼ (非還元末端)
 ペプチドグリカン β-N-アセチルムラミダーゼ
 α,α-ホスホトレハラーゼ
 グルカン 1,6-α-イソマルトシダーゼ
 デキストラン 1,6-α-イソマルトトリオシダーゼ
 マンノシル糖タンパク質 エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼ
 エンド-α-N-アセチルガラクトサミニダーゼ
 グルカン 1,4-α-マルトヘキサオシダーゼ
 アラビナン エンド-1,5-α-L-アラビノシダーゼ
 マンナン 1,4-マンノビオシダーゼ
 マンナン エンド-1,6-α-マンノシダーゼ
 血液型物質 エンド-1,4-β-ガラクトシダーゼ
 ケラタン硫酸 エンド-1,4-β-ガラクトシダーゼ
 ステリル-β-グルコシダーゼ
 ストリクトシジン-β-グルコシダーゼ
 マンノシル-オリゴ糖グルコシダーゼ
 タンパク質-グルコシルガラクトシルヒドロキシリシングルコシダーゼ
 ラクターゼ
 エンドガラクトサミニダーゼ
 ムシナミニルセリンムシナミニダーゼ
 1,3-α-L-フコシダーゼ
 2-デオキシグルコシダーゼ
 マンノシル-オリゴ糖 1,2-α-マンノシダーゼ
 マンノシル-オリゴ糖 1,3-1,6-α-マンノシダーゼ
 分岐デキストラン エキソ-1,2-α-グルコシダーゼ
 グルカン 1,4-α-マルトトリオヒドロラーゼ
 アミグダリン β-グルコシダーゼ
 プルナシン β-グルコシダーゼ
 ビシアニン β-グルコシダーゼ
 オリゴキシログルカン β-グリコシダーゼ
 ポリマンヌロン酸ヒドロラーゼ
 マルトース-6'-リン酸グルコシダーゼ
 エンドグリコシルセラミダーゼ
 3-デオキシ-2-オクツロソニダーゼ
 ラウカフリシン β-グルコシダーゼ
 コニフェリン β-グルコシダーゼ
 1,6-α-L-フコシダーゼ
 グリチルリチン酸 β-グルクロニダーゼ
 エンド-α-シアリダーゼ
 糖タンパク質 エンド-α-1,2-マンノシダーゼ
 キシラン α-1,2-グルクロノシダーゼ
 キトサナーゼ
 グルカン 1,4-α-マルトヒドロラーゼ
 ジフルクトース無水物シンターゼ
 ネオプルラナーゼ
 グルクロノアラビノキシラン エンド-1,4-β-キシラナーゼ
 マンナン エキソ-1,2-1,6-α-マンノシダーゼ
 EC.3.2.1.138 欠番 → EC 4.2.2.15
 α-グルクロニダーゼ
 ラクト-N-ビオシダーゼ
 4-α-D-(1,4-α-D-グルカノ)トレハロース トレハロヒドロラーゼ
 限界デキストリナーゼ
 ポリ(ADP-リボース) グリコヒドロラーゼ
 3-デオキシオクツロソナーゼ
 ガラクタン 1,3-β-ガラクトシダーゼ
 β-ガラクトフラノシダーゼ
 チオグルコシダーゼ
 EC.3.2.1.148 欠番 → EC 4.4.1.21
 β-プリメベロシダーゼ
 オリゴキシログルカン 還元末端特異的セロビオヒドロラーゼ
 キシログルカン特異的エンド-β-1,4-グルカナーゼ
 マンノシル糖タンパク質 エンド-β-マンノシダーゼ
 フルクタン β-(2,1)-フルクトシダーゼ
 フルクタン β-(2,6)-フルクトシダーゼ
 キシログルカン特異的エキソ-β-1,4-グルカナーゼ
 オリゴ糖還元末端キシラナーゼ
 ι-カラギナーゼ
 α-アガラーゼ
 α-ネオアガロ-オリゴ糖ヒドロラーゼ
 EC.3.2.1.160 欠番 → EC.3.2.1.155
 β-アピオシル-β-グルコシダーゼ
 λ-カラギナーゼ
 1,6-α-D-マンノシダーゼ
 ガラクタン エンド-1,6-β-ガラクトシダーゼ
 エキソ-1,4-β-D-グルコサミニダーゼ
 ヘパラナーゼ
 バイカリン-β-D-グルクロニダーゼ
 ヘスペリジン 6-O-α-L-ラムノシル-β-D-グルコシダーゼ
 タンパク質 O-GlcNAcアーゼ
 マンノースグリセリン酸ヒドロラーゼ
 ラムノガラクツロナンヒドロラーゼ
 不飽和ラムノガラクツロニルヒドロラーゼ
 ラムノガラクツロナン ガラクツロノヒドロラーゼ
 ラムノガラクツロナン ラムノヒドロラーゼ
 β-D-グルコピラノシルアブシシン酸 β-グルコシダーゼ
 セルロース 1,4-β-セロビオシダーゼ (還元末端)
 α-D-キシロシド キシロヒドロラーゼ
 β-ポルフィラナーゼ
 ゲラン四糖不飽和グルクロニルヒドロラーゼ
 不飽和コンドロイチン二糖ヒドロラーゼ
 ガラクタン エンド-β-1,3-ガラクタナーゼ

 EC 3.2.2.-(N-グリコシル化合物加水分解酵素) 
 プリンヌクレオシダーゼ
 イノシンヌクレオシダーゼ
 DNAグリコシラーゼ
 AMPヌクレオシダーゼ
 NAD+ヌクレオシダーゼ
 NAD(P)+ヌクレオシダーゼ
 アデノシンヌクレオシダーゼ
 リボシルピリミジンヌクレオシダーゼ
 アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ
 ピリミジン-5'-ヌクレオチドヌクレオシダーゼ
 β-アスパルチル-N-アセチルグルコサミニダーゼ
 イノシン酸ヌクレオシダーゼ
 1-メチルアデノシンヌクレオシダーゼ
 NMNヌクレオシダーゼ
 DNA-デオキシイノシングリコシラーゼ
 メチルチオアデノシンヌクレオシダーゼ
 デオキシリボジピリミジン-endoヌクレオシダーゼ
 EC.3.2.2.18 欠番 → EC.3.5.1.52へ統合
 ADP-リボシルアルギニンヒドロラーゼ
 DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼI
 DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII
 rRNA-N-グリコシラーゼ
 DNA-ホルムアミドピリミジングリコシラーゼ
 ADP-リボシル-(二窒素レダクターゼ)ヒドロラーゼ
 N-メチルヌクレオシダーゼ
 フタロシンヒドロラーゼ
 ウラシル-DNAグリコシラーゼ
 二重鎖ウラシル-DNAグリコシラーゼ
 チミン-DNAグリコシラーゼ

 EC 3.2.3.-(S-グリコシル化合物加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.2.3.1 欠番 → EC.3.2.1.147

 EC.3.3.-.(エーテル結合に作用) 

 EC 3.3.1.-(チオエーテルおよびトリアルキルスルホニウム加水分解酵素) 
 アデノシルホモシステイナーゼ
 アデノシルメチオニンヒドロラーゼ
 EC.3.3.1.3 欠番 → EC.3.2.1.148

 EC 3.3.2.-(エーテル加水分解酵素) 
 イソコリスマターゼ
 アルケニルグリセロホスホコリンヒドロラーゼ
 EC.3.3.2.3 欠番 → EC.3.3.2.9とEC.3.3.2.10との混合
 trans-5-エポキシコハク酸ヒドロラーゼ
 アルケニルグリセロホスホエタノールアミンヒドロラーゼ
 ロイコトリエンA4ヒドロラーゼ
 ヘポキシリンエポキシドヒドロラーゼ
 リモネン-1,2-エポキシドヒドロラーゼ
 ミクロソーム性エポキシドヒドロラーゼ
 可溶性エポキシドヒドロラーゼ
 コレステロール-5,6-オキシドヒドロラーゼ

 EC 3.4.-.(ペプチド結合に作用(ペプチダーゼ)) 

 EC 3.4.1.-(α-アミノアシルペプチド加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.1.1 欠番 → EC.3.4.11.1
 EC.3.4.1.2 欠番 → EC.3.4.11.2
 EC.3.4.1.3 欠番 → EC.3.4.11.4
 EC.3.4.1.4 欠番 → EC.3.4.11.5

 EC 3.4.2.-(ペプチド性アミノ酸加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.2.1 欠番 → EC.3.4.17.1
 EC.3.4.2.2 欠番 → EC.3.4.17.2
 EC.3.4.2.3 欠番 → EC.3.4.17.4

 EC 3.4.3.-(ジペプチド加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.3.1 欠番 → EC.3.4.13.18
 EC.3.4.3.2 欠番 → EC.3.4.13.18
 EC.3.4.3.3 欠番 → EC.3.4.13.3
 EC.3.4.3.4 欠番 → EC.3.4.13.5
 EC.3.4.3.5 欠番 → EC.3.4.13.6
 EC.3.4.3.6 欠番 → EC.3.4.13.8
 EC.3.4.3.7 欠番 → EC.3.4.13.9

 EC 3.4.4.-(ペプチド性ペプチド加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.4.1 欠番 → EC.3.4.23.1
 EC.3.4.4.2 欠番 → EC.3.4.23.2
 EC.3.4.4.3 欠番 → EC.3.4.23.4
 EC.3.4.4.4 欠番 → EC.3.4.21.4
 EC.3.4.4.5 欠番 → EC.3.4.21.1
 EC.3.4.4.6 欠番 → EC.3.4.21.1
 EC.3.4.4.7 欠番 → EC.3.4.21.36とEC.3.4.21.37に振り分け
 EC.3.4.4.8 欠番 → EC.3.4.21.9
 EC.3.4.4.9 欠番 → EC.3.4.14.1
 EC.3.4.4.10 欠番 → EC.3.4.22.2
 EC.3.4.4.11 欠番 → EC.3.4.22.6
 EC.3.4.4.12 欠番 → EC.3.4.22.3
 EC.3.4.4.13 欠番 → EC.3.4.21.5
 EC.3.4.4.14 欠番 → EC.3.4.21.7
 EC.3.4.4.15 欠番 → EC.3.4.23.15
 EC.3.4.4.16 欠番 → EC.3.4.21.62 - EC.3.4.21.67に振り分け
 EC.3.4.4.17 欠番 → EC.3.4.23.20 - EC.3.4.23.30に振り分け
 EC.3.4.4.18 欠番 → EC.3.4.22.10
 EC.3.4.4.19 欠番 → EC.3.4.24.3
 EC.3.4.4.20 欠番 → EC.3.4.22.8
 EC.3.4.4.21 欠番 → EC.3.4.21.34
 EC.3.4.4.22 欠番 → EC.3.4.23.3
 EC.3.4.4.23 欠番 → EC.3.4.23.5
 EC.3.4.4.24 欠番 → EC.3.4.22.32とEC.3.4.22.33に振り分け
 EC.3.4.4.25 欠番 削除

 EC 3.4.11.-(アミノペプチダーゼ) 
 ロイシルアミノペプチダーゼ
 膜アラニルアミノペプチダーゼ
 シスチニルアミノペプチダーゼ
 トリペプチドアミノペプチダーゼ
 プロリルアミノペプチダーゼ
 アルギニルアミノペプチダーゼ
 グルタミルアミノペプチダーゼ
 EC.3.4.11.8 欠番 → EC.3.4.19.3
 Xaa-Proアミノペプチダーゼ
 細菌性ロイシルアミノペプチダーゼ
 EC.3.4.11.11 欠番 削除
 EC.3.4.11.12 欠番 削除 (Supplement 4)
 クロストリジウム性アミノペプチダーゼ
 細胞質アラニルアミノペプチダーゼ
 リシルアミノペプチダーゼ
 Xaa-Trpアミノペプチダーゼ
 トリプトファニルアミノペプチダーゼ
 メチオニルアミノペプチダーゼ
 D体立体特異的アミノペプチダーゼ
 アミノペプチダーゼEy
 アスパルチルアミノペプチダーゼ
 アミノペプチダーゼI
 PepBアミノペプチダーゼ
 アミノペプチダーゼS
 β-ペプチジルアミノペプチダーゼ
 中間体開裂ペプチダーゼ55

 EC 3.4.12.-(ペプチド性アミノ酸加水分解酵素ないしはアシルアミノ酸加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.12.1 欠番 → EC.3.4.16.1
 EC.3.4.12.2 欠番 → EC.3.4.17.1
 EC.3.4.12.3 欠番 → EC.3.4.17.2
 EC.3.4.12.4 欠番 → EC.3.4.16.2
 EC.3.4.12.5 欠番 → EC.3.4.19.10
 EC.3.4.12.6 欠番 → EC.3.4.17.8
 EC.3.4.12.7 欠番 → EC.3.4.17.3
 EC.3.4.12.8 欠番 → EC.3.4.17.4
 EC.3.4.12.9 欠番 削除
 EC.3.4.12.10 欠番 → EC.3.4.19.9
 EC.3.4.12.11 欠番 → EC.3.4.17.6
 EC.3.4.12.12 欠番 → EC.3.4.16.1
 EC.3.4.12.13 欠番 削除

 EC 3.4.13.-(ジペプチダーゼ) 
 EC.3.4.13.1 欠番 → EC.3.4.13.18
 EC.3.4.13.2 欠番 → EC.3.4.13.18
 Xaa-Hisジペプチダーゼ
 Xaa-Argジペプチダーゼ
 Xaa-methyl-Hisジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.6 欠番 → EC.3.4.11.2 (Supplement 4)
 Glu-Gluジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.8 欠番 → EC.3.4.17.21 (Supplement 6)
 Xaa-Proジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.10 欠番 → EC.3.4.19.5
 EC.3.4.13.11 欠番 → EC.3.4.13.18へ統合
 Met-Xaaジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.13 欠番 → EC.3.4.13.3へ統合
 EC.3.4.13.14 欠番 削除
 EC.3.4.13.15 欠番 → EC.3.4.13.18へ統合
 EC.3.4.13.16 欠番 削除
 非特異的ジペプチダーゼ
 細胞質非特異的ジペプチダーゼ
 膜ジペプチダーゼ
 β-Ala-His ジペプチダーゼ
 ジペプチダーゼE
 D-Ala-D-Ala ジペプチダーゼ

 EC 3.4.14.-(ジペプチジルペプチダーゼおよびトリペプチジルペプチダーゼ) 
 ジペプチジルペプチダーゼI
 ジペプチジルペプチダーゼII
 EC.3.4.14.3 欠番 → EC.3.4.19.1
 ジペプチジルペプチダーゼIII
 ジペプチジルペプチダーゼIV
 ジペプチジルジペプチダーゼ
 EC.3.4.14.7 欠番 削除
 EC.3.4.14.8 欠番 → EC.3.4.14.9とEC.3.4.14.10に振り分け
 トリペプチジルペプチダーゼI
 トリペプチジルペプチダーゼII
 Xaa-Pro ジペプチジルペプチダーゼ
 プロリルトリペプチジルアミノペプチダーゼ

 EC 3.4.15.-(ペプチジルジペプチダーゼ) 
 ペプチジルジペプチダーゼA
 EC.3.4.15.2 欠番 → EC.3.4.19.2
 EC.3.4.15.3 欠番 → へ統合 * EC.3.4.15.5 (Supplement 2)
 ペプチジルジペプチダーゼB
 ペプチジルジペプチダーゼDcp

 EC 3.4.16.-(セリン性カルボキシペプチダーゼ) 
 EC.3.4.16.1 欠番 → EC.3.4.16.5ないしはEC.3.4.16.6へ統合 (Supplement 1)
 リボソーマルPro-Xaaカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.16.3 欠番 → EC.3.4.16.5へ統合(Supplement 1)
 セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼ
 カルボキシペプチダーゼC
 カルボキシペプチダーゼD

 EC 3.4.17.-.(金属プロテアーゼ) 
 カルボキシペプチダーゼA
 カルボキシペプチダーゼB
 リシンカルボキシペプチダーゼ
 Gly-Xaaカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.17.5 欠番 削除
 アラニンカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.17.7 欠番 → EC.3.4.19.10
 ムラモイルペンタペプチドカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.17.9 欠番 → EC.3.4.17.4へ統合
 カルボキシペプチダーゼE
 グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ
 カルボキシペプチダーゼM
 ムラモイルテトラペプチドカルボキシペプチダーゼ
 亜鉛D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼ
 カルボキシペプチダーゼA2
 膜Pro-Xaaカルボキシペプチダーゼ
 ツブリニルTyrカルボキシペプチダーゼ
 カルボキシペプチダーゼT
 カルボキシペプチダーゼTaq
 カルボキシペプチダーゼU
 グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII
 金属カルボキシペプチダーゼD

 EC 3.4.18.-(システイン性カルボキシペプチダーゼ) 
 カテプシンX

 EC 3.4.19.-(オメガペプチダーゼ) 
 アシルアミノアシルペプチダーゼ
 ペプチジルグリシンアミダーゼ
 ピログルタミルペプチダーゼ
 EC.3.4.19.4 欠番 削除
 β-アスパルチルペプチダーゼ
 ピログルタミルペプチダーゼII
 N-ホルミルメチオニルペプチダーゼ
 EC.3.4.19.8 欠番 → EC.3.4.17.21 (Supplement 6)
 γ-グルタミルヒドロラーゼ
 EC.3.4.19.10 欠番 → EC.3.5.1.28 (Supplement 4)
 γ-D-グルタミル-メソ-ジアミノピメリン酸ペプチダーゼI
 ユビキチニルヒドロラーゼ1

 EC 3.4.21.-(セリンエンドペプチダーゼ) 
 キモトリプシン
 キモトリプシンC
 メトリジン
 トリプシン
 トロンビン
 凝血因子Xa
 プラスミン
 EC.3.4.21.8 欠番 → EC.3.4.21.34ないしはEC.3.4.21.35に振り分け
 エンテロペプチダーゼ
 アクロシン
 EC.3.4.21.11 欠番 →EC.3.4.21.36ないしはEC.3.4.21.37に振り分け
 α溶解エンドペプチダーゼ
 EC.3.4.21.13 欠番 → EC.3.4.16.1
 EC.3.4.21.14 欠番 → EC.3.4.21.62 - EC.3.4.21.65ないしはEC.3.4.21.67に振り分け
 EC.3.4.21.15 欠番 → EC.3.4.21.63
 EC.3.4.21.16 欠番 削除
 EC.3.4.21.17 欠番 削除
 EC.3.4.21.18 欠番 削除
 グルタミルペプチダーゼ
 カテプシンG
 凝血因子VIIa
 凝血因子IXa
 EC.3.4.21.23 欠番 削除
 EC.3.4.21.24 欠番 削除
 ククミシン
 プロリルオリゴペプチダーゼ
 凝血因子XIa
 EC.3.4.21.28 欠番 → EC.3.4.21.74へ統合
 EC.3.4.21.29 欠番 → EC.3.4.21.74へ統合
 EC.3.4.21.30 欠番 → EC.3.4.21.74へ統合
 EC.3.4.21.31 欠番 → EC.3.4.21.68ないしはEC.3.4.21.73に振り分け
 ブラキウリン
 EC.3.4.21.33 欠番 削除
 組織カリクレイン
 血漿カリクレイン
 膵臓エラスターゼ
 顆粒球エラスターゼ
 凝血因子XIIa
 チマーゼ
 EC.3.4.21.40 欠番 削除
 補体サブコンポーネントC
 補体サブコンポーネントC
 補体古典的経路C3/C5コンベルターゼ
 EC.3.4.21.44 欠番 → EC.3.4.21.43へ統合
 補体I因子
 補体D因子
 補体副経路C3/C5コンベルターゼ
 セレビシン
 ヒポデルミンC
 リジンエンドペプチダーゼ
 EC.3.4.21.51 欠番 削除
 EC.3.4.21.52 欠番 削除
 エンドペプチダーゼLa
 γ-レニン
 ベノムビンAB
 EC.3.4.21.56 欠番 削除
 ロイシンエンドペプチダーゼ
 EC.3.4.21.58 欠番 削除
 トリプターゼ
 スクテラリン
 ケキシン
 サブチリシン
 オリジン
 ペプチダーゼK
 テルモミコリン
 テルミターゼ
 エンドペプチダーゼSo
 tプラズミノーゲン活性化因子
 活性化プロテインC
 膵エンドペプチダーゼE
 膵エラスターゼII
 IgA-特異的セリンエンドペプチダーゼ
 uプラズミノーゲン活性化因子
 ベノムビンA
 フーリン
 ミエロブラスチン
 セメノゲラーゼ
 グランザイムA
 グランザイムB
 ストレプトグラシンA
 ストレプトグラシンB
 グルタミルエンドペプチダーゼII
 オリゴペプチダーゼB
 リムルス凝固因子
 リムルス凝固因子
 リムルス凝固酵素
 EC.3.4.21.87 欠番 → EC.3.4.23.49
 LexA受容体
 シグナルペプチダーゼI
 トガビリン
 フラビビリン
 エンドペプチダーゼClp
 プロブロテインコンバルターゼ1
 プロブロテインコンバルターゼ2
 蛇毒因子V活性化因子
 ラクトセピン
 アセンビリン
 ヘパシビリン
 スペルモシン
 シュードモナリシン
 キサントモナリシン
 C端プロセッシングペプチダーゼ
 フィサロリシン
 マンナン結合レクチン関連セリンプロテアーゼ-2
 ロムボイドプロテアーゼ
 ヘプシン
 ペプチダーゼDo
 HtrA2 ペプチダーゼ
 マトリプターゼ
 C5aペプチダーゼ
 アクタリジン1
 サイト-1プロテアーゼ
 ペスチウイルスNS3ポリプロテインペプチダーゼ
 ウマ-アルタウイルスセリンペプチダーゼ
 伝染性膵壊死ピルナウイルスVp4ペプチダーゼ
 SpoIVBペプチダーゼ
 角質層キモトリプシン様酵素
 カリクレイン8
 カリクレイン13

 EC 3.4.22.-.(システインプロテアーゼ) 
 カテプシンB
 パパイン
 フィカイン
 EC.3.4.22.4 欠番 → covered by * EC.3.4.22.32 and * EC.3.4.22.33
 EC.3.4.22.5 欠番 → EC.3.4.22.33
 キモパパイン
 アスクレパイン
 クロストリパイン
 EC.3.4.22.9 欠番 → EC.3.4.21.48
 ストレプトパイン
 EC.3.4.22.11 欠番 → EC.3.4.24.56 (Supplement 3)
 EC.3.4.22.12 欠番 → EC.3.4.19.9
 EC.3.4.22.13 欠番 削除
 アクチニダイン
 カテプシンL
 カテプシンH
 EC.3.4.22.17 欠番 → EC.3.4.22.52またはEC.3.4.22.53
 EC.3.4.22.18 欠番 → EC.3.4.21.26へ統合
 EC.3.4.22.19 欠番 → EC.3.4.24.15へ統合
 EC.3.4.22.20 欠番 削除
 EC.3.4.22.21 欠番 → EC.3.4.99.46へ統合
 EC.3.4.22.22 欠番 → EC.3.4.24.37
 EC.3.4.22.23 欠番 → EC.3.4.21.61へ統合
 カテプシンT
 グリシルエンドペプチダーゼ
 がんプロコアグラント
 カテプシンS
 ピコルナイン3C
 ピコルナイン2A
 カリカイン
 アナナイン
 ステムブロメライン
 果実ブロメライン
 レグマイン
 ヒストリサイン
 カスパーゼ-1
 ジンジパインR
 カテプシンK
 アデナイン
 ブレオミシンヒドロラーゼ
 カテプシンF
 カテプシンO
 カテプシンL2
 nuclear-inclusion-a endopeptidase
 helper-component proteinase
 L-ペプチダーゼ
 ジンジパインK
 スタフォパイン
 セパラーゼ
 V-cath endopeptidase
 クルジパイン
 カルパイン-1
 カルパイン-2
 カスパーゼ-2
 カスパーゼ-3
 カスパーゼ-4
 カスパーゼ-5
 カスパーゼ-6
 カスパーゼ-7
 カスパーゼ-8
 カスパーゼ-9
 カスパーゼ-10
 カスパーゼ-11

 EC 3.4.23.-.(アスパラギン酸プロテアーゼ) 
 ペプシンA
 ペプシンB
 ガストリシン
 キモシン
 カテプシンD
 EC.3.4.23.6 欠番 → EC.3.4.23.18 - EC.3.4.23.28ないしはEC.3.4.23.30に振り分け
 EC.3.4.23.7 欠番 → EC.3.4.23.20
 EC.3.4.23.8 欠番 → EC.3.4.23.25
 EC.3.4.23.9 欠番 → EC.3.4.23.21
 EC.3.4.23.10 欠番 → EC.3.4.23.22
 EC.3.4.23.11 欠番 削除
 ネペンテシン
 EC.3.4.23.13 欠番 削除
 EC.3.4.23.14 欠番 削除
 レニン
 HIV-1レトロペプシン
 Pro-opiomelanocortin converting enzyme
 アスパルギロペプシンI
 アスパルギロペプシンII
 ペニシロペプシン
 リゾープスペプシン
 エンドチアペプシン
 ケカビペプシン
 カンジダペプシン
 サッカロペプシン
 ロドトルラペプシン
 EC.3.4.23.27 欠番 → EC.3.4.21.103
 アクロシルインドロペプシン
 ポリポロペプシン
 ピクノポロペプシン
 シタリドペプシンA
 シタリドペプシンB
 EC.3.4.23.33 欠番 → EC.3.4.21.101
 カテプシンE
 バリアペプシン
 シグナルペプチダーゼII
 EC.3.4.23.37 欠番 → EC.3.4.21.100
 プラスメプシンI
 プラスメプシンII
 フィテプシン
 ヤプシン1
 テルモプシン
 プレピリンペプチダーゼ
 ノダウイルスエンドペプチダーゼ
 メマプシン1
 メマプシン2
 HIV-2レトロペプシン
 プラスミノーゲンアクティベーターPla
 オムプチン

 EC.3.4.24.-(金属エンドペプチダーゼ) 
 アトロリシンA
 EC.3.4.24.2 欠番 削除
 細菌性コラゲナーゼ
 EC.3.4.24.4 欠番 → EC.3.4.24.25 - EC.3.4.24.32, EC.3.4.24.39ないしはEC.3.4.24.40に振り分け
 EC.3.4.24.5 欠番 → EC.3.4.22.17ないしはEC.3.4.25.1に振り分け
 ロイコリシン
 間質性コラゲナーゼ
 EC.3.4.24.8 欠番 → EC.3.4.24.3へ統合
 EC.3.4.24.9 欠番 削除
 EC.3.4.24.10 欠番 削除
 ネプリリシン
 エンベリシン
 IgA特異的メタロエンドペプチダーゼ
 プロコラーゲンNエンドペプチダーゼ
 サイメットオリゴペプチダーゼ
 ノイロリシン
 ストロマリシン1
 メプリンA
 プロコラーゲンC-エンドペプチダーゼ
 ペプチジルLysメタロエンドペプチダーゼ
 アスタシン
 ストロマリシン2
 マトリリシン
 ゼラチナーゼA
 ビブリオリシン
 プソイドリシン
 テルモリシン
 バシロリシン
 オーレオリシン
 ココリシン
 ミコリシン
 β-分解メタロエンドペプチダーゼ
 ペプチジルAspメタロエンドペプチダーゼ
 好中球コラゲナーゼ
 ゼラチナーゼB
 レイシマノリシン
 サッカロリシン
 ガメトリシン
 ドイテロリシン
 セラリシン
 アトロリシンB
 アトロリシンC
 アトロキサーゼ
 アトロリシンE
 アトロリシンF
 アダマリシン
 ホリリシン
 ラバリシン
 ボソロパシン
 ボソロリシン
 オヒトリシン
 トリメロリシンI
 トリメロリシンII
 ムクロリシン
 ピトリリシン
 インスリシン
 O-シアロギル糖タンパク質エンドペプチダーゼ
 ルスセリリシン
 ミトコンドリア間質性ペプチダーゼ
 ダクチリシン
 ナリジリシン
 マグノリシン
 メプリンB
 ミトコンドリア性プロセッシングペプチダーゼ
 マクロファージエラスターゼ
 コリオリシンL
 コリオリシンH
 テントキシリシン
 ボントキシリシン
 オリゴペフチダーゼA
 エントドセリン変換酵素
 フィブロラーゼ
 ジャラハギン
 フラギリシン
 リソスタフィン
 フラバスタシン
 スナパリシン
 gprエンドペプチダーゼ
 パパリシン-1
 膜型マトリックスメタロプロテイナーゼ-1
 ADAM10エンドペプチダーゼ
 ADAMTS-4エンドペプチダーゼ
 炭疽菌致死因子エンドペプチダーゼ
 Ste24エンドペプチダーゼ
 S2Pエンドペプチダーゼ
 ADAM17エンドペプチダーゼ
 ADAMTS13エンドペプチダーゼ

 EC 3.4.25.-(トレオニンエンドペプチダーゼ) 
 プロテオソームエンドペプチダーゼ複合体

 EC 3.4.99.-(触媒機構不明のエンドペプチダーゼ) 
 EC.3.4.99.1 欠番 → EC.3.4.23.28
 EC.3.4.99.2 欠番 削除
 EC.3.4.99.3 欠番 削除
 EC.3.4.99.4 欠番 → EC.3.4.23.12
 EC.3.4.99.5 欠番 → EC.3.4.24.3
 EC.3.4.99.6 欠番 → EC.3.4.24.21
 EC.3.4.99.7 欠番 削除
 EC.3.4.99.8 欠番 削除
 EC.3.4.99.9 欠番 削除
 EC.3.4.99.10 欠番 → EC.3.4.24.56 (Supplement 3)
 EC.3.4.99.11 欠番 削除
 EC.3.4.99.12 欠番 削除
 EC.3.4.99.13 欠番 → EC.3.4.24.32
 EC.3.4.99.14 欠番 削除
 EC.3.4.99.15 欠番 削除
 EC.3.4.99.16 欠番 削除
 EC.3.4.99.17 欠番 削除
 EC.3.4.99.18 欠番 削除
 EC.3.4.99.19 欠番 → EC.3.4.23.15
 EC.3.4.99.20 欠番 削除
 EC.3.4.99.21 欠番 削除
 EC.3.4.99.22 欠番 → EC.3.4.24.29
 EC.3.4.99.23 欠番 削除
 EC.3.4.99.24 欠番 削除
 EC.3.4.99.25 欠番 → EC.3.4.23.21へ統合
 EC.3.4.99.26 欠番 → EC.3.4.21.73ないしはEC.3.4.21.68へ振り分け
 EC.3.4.99.27 欠番 削除
 EC.3.4.99.28 欠番 → EC.3.4.21.60
 EC.3.4.99.29 欠番 削除
 EC.3.4.99.30 欠番 → EC.3.4.24.20へ統合
 EC.3.4.99.31 欠番 → EC.3.4.24.15へ統合
 EC.3.4.99.32 欠番 → EC.3.4.24.20
 EC.3.4.99.33 欠番 削除
 EC.3.4.99.34 欠番 削除
 EC.3.4.99.35 欠番 → EC.3.4.23.36 (Supplement 2)
 EC.3.4.99.36 欠番 → EC.3.4.21.89 (Supplement 2)
 EC.3.4.99.37 欠番 削除
 EC.3.4.99.38 欠番 → EC.3.4.23.17
 EC.3.4.99.39 欠番 削除
 EC.3.4.99.40 欠番 削除
 EC.3.4.99.41 欠番 → EC.3.4.24.64 (Supplement 2)
 EC.3.4.99.42 欠番 削除
 EC.3.4.99.43 欠番 → EC.3.4.23.42 (Supplement 6)
 EC.3.4.99.44 欠番 → EC.3.4.24.55 (Supplement 1)
 EC.3.4.99.45 欠番 → EC.3.4.24.56 (Supplement 1)
 EC.3.4.99.46 欠番 → EC.3.4.25.1 (Supplement 6)

 EC 3.5.-.(ペプチド結合以外の炭素-窒素結合に作用する) 

 EC 3.5.1.-(鎖状アミドに作用) 
 アスパラギナーゼ
 グルタミナーゼ
 ω-アミダーゼ
 アミダーゼ
 ウレアーゼ
 β-ウレイドプロピオナーゼ
 ウレイドスクシiナーゼ
 ホルミルアスパラギン酸デホルミラーゼ
 アリルホルムアミダーゼ
 ホルミルテトラヒドロ葉酸デホルミラーゼ
 ペニシリンアミダーゼ
 ビオチニダーゼ
 アリールアシルアミダーゼ
 アミノアシラーゼ
 アスパルトアシラーゼ
 アセチルオルニチンデアセチラーゼ
 アシルリジンデアセチラーゼ
 コハク酸l-ジアミノピメリン酸デスクシラーゼ
 ニコチンアミダーゼ
 シトルリナーゼ
 N-アセチル-β-アラニンデアセチラーゼ
 パントテナーゼ
 セラミダーゼ
 コロイルグリシンヒドロラーゼ
 N-アセチルグルコサミン-6-リン酸デアセチラーゼ
 N4-(β-N-アセチルグルコサミニル)-L-アスパラギナーゼ
 N-ホルミルメチオニルアミノアシルtRNAデホルミラーゼ
 N-アセチルムラミン酸-L-アラニンアミダーゼ
 2-(アセトアミドメチレン)コハク酸ヒドロラーゼ
 5-アミノペンタンアミダーゼ
 ホルミルメチオニン デホルミラーゼ
 馬尿酸ヒドロラーゼ
 N-アセチルグルコサミンデアセチラーゼ
 EC.3.5.1.34 欠番 → EC.3.4.13.5
 D-グルタミナーゼ
 N-メチル-2-オキソグルタミン酸ヒドロラーゼ
 EC.3.5.1.37 欠番 → EC.3.5.1.26
 グルタミン-(アスパラギン)アーゼ
 アルキルアミダーゼ
 アシルアグマチンアミダーゼ
 キチンデアセチラーゼ
 ニコチンアミドヌクレオチドアミダーゼ
 ペフチジルグルタミナーゼ
 タンパク質グルタミングルタミナーゼ
 EC.3.5.1.45 欠番 → EC 6.3.4.6
 6-アミノヘキサン酸二量体ヒドロラーゼ
 N-アセチルジアミノピメリン酸デアセチラーゼ
 アセチルスペルミジンデアセチラーゼ
 ホルムアミダーゼ
 ペンタンアミダーゼ
 4-アセタミド酪酸CoAデアセチラーゼ
 ペプチド-N4-(N-アセチル-β-グルコサミニル)アスパラギンアミダーゼ
 N-カルバモイルプトレシンアミダーゼ
 アロファン酸ヒドロラーゼ
 長鎖脂肪酸-グルタミン酸デアシラーゼ
 N,N-ジメチルホルムアミダーゼ
 トリプトファンアミダーゼ
 N-ベンゾイルオキシカルボニルグリシンヒドロラーゼ
 N-カルバモイルサルコシン アミダーゼ
 N-長鎖脂肪酸エタノールアミンデアシラーゼ
 ミモシナーゼ
 アセチルプトレシンデアセチラーゼ
 4-アセタミド酪酸デアセチラーゼ
 Nα-ベンゾイルオキシカルボニルロイシンヒドロラーゼ
 テアニンヒドロラーゼ
 2-(ヒドロキシメチル)-3-(アセタミドメチレン)コハク酸ヒドロラーゼ
 4-メチレングルタミナーゼ
 N-ホルミルグルタミン酸デホルミラーゼ
 スフィンゴ糖脂質デアシラーゼ
 アクレアシンAデアシラーゼ
 N-フェルロイルグリシンデアシラーゼ
 D-ベンゾイルアルギニン-4-ニトロアニリドアミダーゼ
 カルニチンアミダーゼ
 ケノデオキシコール酸タウリンヒドロラーゼ
 ウレタナーゼ
 アリールアルキルアシルアミダーゼ
 N-カルバモイル-D-アミノ酸ヒドロラーゼ
 グルタチオニルスペルミジンアミダーゼ
 フタリルアミダーゼ
 EC.3.5.1.80 欠番 → EC.3.5.1.25
 N-アシル-D-アミノ酸デアシラーゼ
 N-アシル-D-グルタミン酸デアシラーゼ
 N-アシル-D-アスパラギン酸デアシラーゼ
 ビュウレットアミドヒドロラーゼ
 (S)-N-アセチル-1-フェネチルアミンヒドロラーゼ
 マンデルアミドアミダーゼ
 N-カルバモイル-L-アミノ酸ヒドロラーゼ
 ペプチドデホルミラーゼ
 N-アセチルグルコサミニルホスファチジルイノシトールデアセチラーゼ
 アデノシルコビンアミドヒドロラーゼ
 N-置換ホルムアミドデホルミラーゼ
 パンテテインヒドロラーゼ
 グルタリル-7-アミノセファロスポリン酸アシルラーゼ
 γ-グルタミル-γ-アミノ酪酸ヒドロラーゼ
 N-マロニルウレアヒドロラーゼ
 スクシニルグルタミン酸デスクシナーゼ
 脂肪酸アミド加水分解酵素

 EC 3.5.2.-(環状アミドに作用) 
 バルビツラーゼ
 ジヒドロピリミジナーゼ
 ジヒドロオロターゼ
 カルボキシメチルヒダントイナーゼ
 アラントイナーゼ
 βラクタマーゼ
 イミダゾロンプロピオナーゼ
 EC.3.5.2.8 欠番 → EC.3.5.2.6へ統合
 5-オキソプロリナーゼ (ATP加水分解)
 クレアチナーゼ
 L-リジン-ラクタマーゼ
 6-アミノヘキサン酸環状二量体ヒドロラーゼ
 2,5-ジオキソピペラジンヒドロラーゼ
 N-メチルヒダントイナーゼ (ATP加水分解)
 シアヌル酸アミドヒドロラーゼ
 マレイミドヒドロラーゼ
 ヒドロキシイソ尿酸ヒドロラーゼ
 エンアミダーゼ

 EC 3.5.3.-(鎖状アミジンに作用) 
 アルギナーゼ
 グアニジンアセターゼ
 クレアチナーゼ
 アラントイカーゼ
 ホルムイミノアスパラギン酸デイミナーゼ
 アルギニンデイミナーゼ
 グアニジノブチラーゼ
 ホルムイミドイルグルタマーゼ
 アラントイン酸デイミナーゼ
 D-アルギナーゼ
 アグマチナーゼ
 アグマチンデイミナーゼ
 ホルムイミノグルタミン酸デイミナーゼ
 アミドアスパラターゼ
 タンパク質アルギニンデイミナーゼ
 メチルグアニジナーゼ
 グアニジノプロピオナーゼ
 ジメチルアルギニナーゼ
 ウレイドグリコール酸ヒドロラーゼ
 ジグアニジノブタナーゼ
 メチレンジウレアデアミナーゼ
 プロクラバミン酸アミジノヒドロラーゼ
 N-スクシニルアルギニンジヒドロラーゼ

 EC 3.5.4.-(環状アミジンに作用) 
 シトシンデアミナーゼ
 アデニンデアミナーゼ
 グアニンデアミナーゼ
 アデノシンデアミナーゼ
 シチジンデアミナーゼ
 AMPデアミナーゼ
 ADPデアミナーゼ
 アミノイミダゾラーゼ
 メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ
 IMPシクロヒドロラーゼ
 プテリンデアミナーゼ
 dCMPデアミナーゼ
 dCTPデアミナーゼ
 デオキシシチジンデアミナーゼ
 グアノシンデアミナーゼ
 GTPシクロヒドロラーゼI
 アデノシンリン酸デアミナーゼ
 ATPデアミナーゼ
 ホスホリボシルAMPシクロヒドロラーゼ
 ピリチアミンデアミナーゼ
 クレアチニンデアミナーゼ
 1-ピロリン-4-ヒドロキシ-2-カルボン酸デアミナーゼ
 ブラスチジンSデアミナーゼ
 セピアプテリンデアミナーゼ
 GTPシクロヒドロラーゼII
 ジアミノヒドロキシホスホリボシルアミノピリミジンデアミナーゼ
 メテニルテトラヒドロメタノプテリンシクロヒドロラーゼ
 S-アデノシルホモシステインデアミナーゼ
 GTPシクロヒドロラーゼIIa
 dCTPデアミナーゼ (dUMP-ホルミル化)

 EC 3.5.5.-(ニトリルに作用) 
 ニトリラーゼ
 リシニンニトリラーゼ
 EC.3.5.5.3 欠番 → EC 4.3.99.1
 シアノアラニンニトリラーゼ
 アリールアセトニトリラーゼ
 ブロモキシニルニトリラーゼ
 脂肪酸ニトリラーゼ
 チオシアン酸ヒドロラーゼ

 EC 3.5.99.-(その他の化合物に作用) 
 リボフラビナーゼ
 チアミナーゼ

 ヒドロキシデクロロアトラジンエチルアミノヒドロラーゼ
 N-イソプロピルアンメリドイソプロピルアミノヒドロラーゼ
 2-アミノムコン酸デアミナーゼ
 グルコサミン-6-リン酸デアミナーゼ
 1-アミノシクロプロパン-1-カルボン酸デアミナーゼ

 EC 3.6.-(酸無水物に作用) 

 EC 3.6.1.-(リン含有酸無水物に作用) 
 無機ジホスファターゼ
 トリメタホスファターゼ
 アデノシントリホスファターゼ
 EC.3.6.1.4 欠番 → EC.3.6.1.3へ統合
 アピラーゼ
 ヌクレオシドジホスファターゼ
 アシルlホスファターゼ
 ATPジホスファターゼ
 ヌクレオチドジホスファターゼ
 エンドポリホスファターゼ
 エキソポリホスファターゼ
 dCTPジホスファターゼ
 ADP-リボースジホスファターゼ
 アデノシンテトラホスファターゼ
 ヌクレオシドトリホスファターゼ
 CDP-グリセロールジホスファターゼ
 ビス(5'-ヌクレオシル)-テトラホスファターゼ (非対称)
 FADジホスファターゼ
 ヌクレオシド三リン酸ジホスファターゼ
 5'-アシルホスホアデノシンヒドロラーゼ
 ADP-糖ジホスファターゼ
 NAD+ジホスファターゼ
 dUTPジホスファターゼ
 ヌクレオシドホスホアシルヒドロラーゼ
 トリホスファターゼ
 CDP-ジアシルグリセロールジホスファターゼ
 ウンデカプレニル-ジホスファターゼ
 チアミントリホスファターゼ
 ビス(5'-アデノシル)トリホスファターゼ
 m7G(5')pppNジホスファターゼ
 ホスホリボシルATPジホスファターゼ
 EC.3.6.1.32 欠番 → EC.3.6.4.1
 EC.3.6.1.33 欠番 → EC.3.6.4.2
 EC.3.6.1.34 欠番 → EC.3.6.3.14
 EC.3.6.1.35 欠番 → EC.3.6.3.6
 EC.3.6.1.36 欠番 → EC.3.6.3.10
 EC.3.6.1.37 欠番 → EC.3.6.3.9
 EC.3.6.1.38 欠番 → EC.3.6.3.8
 チミジントリホスファターゼ
 グアノシン-5'-三リン酸,3'-二リン酸ジホスファターゼ
 ビス(5'-ヌクレオシル)テトラホスファターゼ (対称)
 グアノシンジホスファターゼ
 ドリキルジホスファターゼ
 オリゴサッカライドジホスホドリコールジホスファターゼ
 UDP-糖ジホスファターゼ
 EC.3.6.1.46 欠番 → EC.3.6.5.1
 EC.3.6.1.47 欠番 → EC.3.6.5.2
 EC.3.6.1.48 欠番 → EC.3.6.5.3
 EC.3.6.1.49 欠番 → EC.3.6.5.4
 EC.3.6.1.50 欠番 → EC.3.6.5.5
 EC.3.6.1.51 欠番 → EC.3.6.5.6
 ジホスホイノシトール-ポリリン酸ジホスファターゼ

 EC 3.6.2.-(スルホニル含有酸無水物に作用) 
 アデノシルスルファターゼ
 ホスホアデニリルスルファターゼ

 EC 3.6.3.-(酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する) 
 Mg2+ATPアーゼ
 Mg2+輸入ATPアーゼ
 Cd2+輸出ATPアーゼ
 Cu2+輸出ATPアーゼ
 Zn2+輸出ATPアーゼ
 H+輸出ATPアーゼ
 Na+輸出ATPアーゼ
 Ca2+輸送ATPアーゼ
 Na+/K+-交換ATPアーゼ
 H+/K+-交換ATPアーゼ
 Cl-輸送ATPアーゼ
 K+輸送ATPアーゼ
 EC.3.6.3.13 欠番 → EC.3.6.3.1
 H+輸送二領域ATPアーゼ
 Na+輸送二領域ATPアーゼ
 亜ヒ酸輸送ATPアーゼ
 単糖輸送ATPアーゼ
 オリゴ糖輸送ATPアーゼ
 マルトース輸送ATPアーゼ
 グリセロール-3-リン酸輸送ATPアーゼ
 極性アミノ酸輸送ATPアーゼ
 無極性アミノ酸輸送ATPアーゼ
 オリゴペプチド輸送ATPアーゼ
 ニッケル輸送ATPアーゼ
 硫酸輸送ATPアーゼ
 硝酸輸送ATPアーゼ
 硫酸輸送ATPアーゼ
 リン酸輸送ATPアーゼ
 モリブデン輸送ATPアーゼ
 鉄3+輸送ATPアーゼ
 ポリアミン輸送ATPアーゼ
 四級アミン輸送ATPアーゼ
 ビタミンB12輸送ATPアーゼ
 イオンキレート輸送ATPアーゼ
 マンガン輸送ATPアーゼ
 タウリン輸送ATPアーゼ
 グアニン輸送ATPアーゼ
 莢膜多糖輸送ATPアーゼ
 リポ多糖輸送ATPアーゼ
 テイコ酸輸送ATPアーゼ
 ヘム輸送ATPアーゼ
 β-グルカン輸送ATPアーゼ
 ペプチド輸送ATPアーゼ
 生体異物輸送ATPアーゼ
 EC 3.6.3.45 欠番 → EC 3.6.3.44
 カドミウム輸送ATPアーゼ
 脂肪酸CoA輸送ATPアーゼ
 α-因子輸送ATPアーゼ
 チャネル電導度制御ATPアーゼ
 タンパク質分泌ATPアーゼ
 ミトコンドリアタンパク質輸送ATPアーゼ
 クロロプラストタンパク質輸送ATPアーゼ
 Ag+輸出ATPアーゼ

 EC 3.6.4.-(酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与) 
 ミオシンATPアーゼ
 ダイニンATPアーゼ
 微小管切断ATPアーゼ
 プラス端指向キネシンATPアーゼ
 マイナス端指向キネシンATPアーゼ
 小胞融合ATPアーゼ
 ペルオキソーム構築ATPアーゼ
 プロテアソームATPアーゼ
 シャペロニンATPアーゼ
 非シャペロニン分子シャペロンATPアーゼ
 ヌクレオプラズミンATPアーゼ

 EC 3.6.5.-(GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与) 
 ヘテロ三量体Gタンパク質GTPアーゼ
 小単量体GTPアーゼ
 タンパク質合成GTPアーゼ
 シグナル認識粒子GTPアーゼ
 ダイナミンGTPアーゼ
 チューブリンGTPアーゼ

 EC 3.7.-(炭素-炭素結合に作用) 

 EC 3.7.1.-(ケトン類に作用) 
 オキサロアセターゼ
 フマリルアセトアセターゼ
 キヌレニナーゼ
 フィロレチンヒドロラーゼ
 アシルピルビン酸ヒドロラーゼ
 アセチルピルビン酸ヒドロラーゼ
 β-ジケトンヒドロラーゼ
 2,6-ジオキソ-6-フェニルヘキサ-3-エン酸ヒドロラーゼ
 2-ヒドロキシムコン酸セミアルデヒドヒドロラーゼ
 シクロヘキサン-1,3-ジオンヒドロラーゼ

 EC 3.8.-(ハロゲン化物に作用) 

 EC 3.8.1.-(C-ハロゲン化物に作用) 
 アルキルハライダーゼ
 (S)-2-ハロ酸デハロゲナーゼ
 ハロ酢酸デハロゲナーゼ
 EC 3.8.1.4 欠番 → EC 1.97.1.10
 ハロアルカンデハロゲナーゼ
 4-クロロ安息香酸デハロゲナーゼ
 4-クロロ安息香酸CoAデハロゲナーゼ
 アトラジンクロロヒドラーゼ
 (R)-2-ハロ酸デハロゲナーゼ
 2-ハロ酸デハロゲナーゼ (立体反転型)
 2-ハロ酸デハロゲナーゼ (立体保持型)

 EC 3.8.2.-(P-ハロゲン化物に作用) 
 EC.3.8.2.1 欠番 → EC.3.1.8.2

 EC 3.9.-(リン-窒素結合に作用) 
 ホスホアミダーゼ

 EC 3.10.-(硫黄-窒素結合に作用) 
 N-スルホグルコサミンスルホヒドラーゼ
 シクラミン酸スルホヒドラーゼ

 EC 3.11.-(炭素-リン結合に作用) 
 ホスホノアセトアルデヒドヒドラーゼ
 ホスホノ酢酸ヒドラーゼ

 EC 3.12.-(硫黄-硫黄結合に作用) 
 三チオン酸ヒドラーゼ

 EC 3.13.-(炭素-硫黄結合に作用) 
 UDP-スルホキノボースシンターゼ
 EC.3.13.1.2 欠番 → おそらくEC 4.4.1.21
 2'-ヒドロキシビフェニル-2-スルフィン酸デスルフィナーゼ