大日本帝国海軍の旗章（だいにほんていこくかいぐんのきしょう）は、大日本帝国の海軍において使用された旗章の一覧。大日本帝国憲法施行前の旗章も取り上げる。
以下、特記ない限り、1870年は明治3年太政官布告第651号、1889年は明治22年勅令第111号、1914年は大正3年勅令第11号、1932年は昭和7年勅令第359号に基づくものとする。また、終戦に伴う旗章の廃止は1945年で統一する。

 戊辰戦争 

 幕府海軍 
旗使用期間対象説明19世紀幕府海軍幕府海軍所属を示す旗。幕府海軍幕府海軍の国籍旗。

 藩の船旗(幕末) 
旗藩福島藩姫路藩会津藩庄内藩薩摩藩土佐藩福井藩佐賀藩

 戊辰戦争終結後 

 日章旗 
旗使用期間名称規格根拠法令国旗1870-1889御国旗縦7尺8寸、横1丈1尺7寸。日章の直径は（縦の5分の3）。風下（旗竿の反対側の淵）に5寸8分加える。1870年10月27日（明治3年10月3日）太政官布告第651号「海軍御旗国旗及諸旗章ヲ示シ各省府藩県ヲシテ之ニ擬似スル者ヲ止ム」艦首旗1870-1889艦首旗章縦6尺、横8尺。日章は縦の5分の3で、旗の中心に配する。上に同じ。1889-1945艦首旗縦横比は2:3。直径が縦の3分の2の日章を旗の中心に配する。1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」1914年（大正3年）1月30日勅令第11号「海軍旗章令」1932年（昭和7年）11月27日勅令第359号「海軍旗章令改正」

 海軍旗 
海軍旗は、後の海軍旗章条例により海軍大臣旗に受け継がれた。
旗使用期間規格根拠法令1871-1945縦横比は2:3。1872年1月9日（明治6年11月29日）太政官布告1875年（明治8年）4月22日太政官布告（海軍本省長官と代理乗艦時の掲揚に限定）1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」

 軍艦旗 
海軍御国旗は、日本の海軍における軍艦旗の初代とされる。#日章旗を参照。
軍艦旗は、在役艦において、後檣縦帆架又は艦尾の旗竿に掲揚された。16条旭日旗が使用され、自衛艦旗に受け継がれている。

なお、江戸幕府の公儀軍艦印である中黒之旗の特性は軍艦旗にはあたらない。
旗使用期間名称規格根拠法令1870-1889御国旗縦横比は2:3。日章の直径は縦の5分の3。1870年10月27日（明治3年10月3日）太政官布告第651号1889-1945御国旗縦横比は2:3。直径が縦の2分の1の日章を旗の中心から縦の6分の1竿側に偏した位置に配する。光線の幅と間隔は日章の中心から11と4分の1度（11.25度）。1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」

 皇室関連の旗 
1889年（明治22年）勅令第111号の海軍旗章条例以後、天皇旗は天皇乗御の艦船において大檣頂に掲げられた。天皇旗を掲げた艦船においては、区別旗旈（海軍大臣旗、将旗、代将旗及び先任旗）及び長旗はすべて降下された。
天皇旗を初めとして皇族に関する旗には全て菊花御紋章の意匠が用いられたが、海軍旗章条例以前は金の日章と銀の月章が使用された。これは錦の御旗に同じであり、これを西洋式にしたものである。
また、これら皇族に関する旗の扱いはすべて天皇旗に同じである。ただし、親王旗に関しては親王が親王の資格としてではなく、武官の資格として乗艦している場合には掲げられなかった。
旗使用期間名称規格根拠法令金日銀月章1870-1875御旗海軍御国旗に同じ。裏面は同径の銀の月章。1870年10月27日（明治3年10月3日）太政官布告第651号「海軍御旗国旗及諸旗章ヲ示シ各省府藩県ヲシテ之ニ擬似スル者ヲ止ム」皇族旗同上菊章1875-1889御旗1875-1889皇族旗1889-1945天皇旗1889年（明治22年）10月7日勅令第111号1889-1945皇后旗、太皇太后旗、皇太后旗縦横比は4:7。燕尾開裂は横の3分の1。菊紋の直径は縦の3分の2で、燕尾を除いた旗（横の3分の2）の中心に配する。1889-1945皇太子旗、皇太子妃旗縦横比は2:3。菊紋の直径は縦の2分の1で、旗の中心に配する。紅縁の幅は縦の15分の2で、白枠は縦の15分の1。1889-1914親王旗、内親王旗、親王妃旗縦横比は2:3。菊紋の直径は縦の2分の1で、旗の中心に配する。紅縁の幅は縦の15分の2。1914-1945皇族旗上に同じ。1914年（大正3年）1月30日勅令第11号「海軍旗章令」1926-1945摂政旗縦横比は2:3。菊紋の直径は縦の3分の2で、旗の中心に配する。白縁の幅は縦の15分の1。1926年（大正15年）10月21日皇室令第7号「海軍旗章令中改正」

 海軍大臣旗 
海軍大臣旗は、海軍大臣が公務を帯びて乗艦した場合に掲揚された。掲揚位置は天皇旗に同じ。

旗使用期間規格根拠法令1889-1945縦横比は2:3。山形線と錨の縄の幅は縦の20分の1。山形の頂点の高さは縦の6分の1で、上の山形は縦の2分の1から、下の山形は縦の3分の1からそれぞれ始まる。桜錨は旗の中心で、桜を除いた錨の高さは縦の30分の23。桜は縦の6分の1で、桜を錨に加えると縦の30分の28。桜錨と旗の上下端までの空きはそれぞれ縦の30分の1。（省略）1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」

 将旗 
将旗は、将官が指揮権を帯びて乗艦した場合に掲揚された。海軍大臣旗を除く区別旗旈にはすべて8条旭日旗が用いられた（ただし、後の自衛隊旗とは異なっている。）。明治22年から大正3年までは、大将旗 - 少将旗の区別はなく、単に「将旗」と定められ、階級の違いは掲揚位置や紅球によって区別されていた。この当時の将旗の光線幅は11.25度、光線間隔は33.75度、光線数は8条とされた。

将旗及び代将旗は、司令長官又は司令官が初めて着任する時に掲揚し、解職により退去する時に撤去した。ただし、司令長官又は司令官に事故があり、その職務を執ることができないときは、その間は将旗又は代将旗は撤去された。
なお、縦横比はすべて2:3である。

 大将旗 
大将旗の掲揚位置は天皇旗に同じ。
旗使用期間1870-18891889–1945

 中将旗 
1889年（明治22年）から1914年（大正3年）当時は、中将旗は前檣頂に掲げられた。ただし、二檣以下の艦の場合は、風上の上隅に紅球1個を付した。
旗使用期間1870-18711871-18891889-18961896-1945

 少将旗 
1889年（明治22年）から1914年（大正3年）当時は、少将旗は後檣頂に掲げられた。ただし、二檣艦の場合は前檣頂に掲げられた。二檣以下の艦の場合は、風上の上下隅に紅球1個を付した。大正3年以降は、中将旗に同じく前檣頂に掲げられることとなった。
旗使用期間1870-18711871-18891889-18961896-1945

 代将旗 
代将旗は、司令官たる大佐（代将も参照）が指揮権を帯びて乗艦した場合に掲揚された。燕尾開裂は横の2分の1で上下は当分、縦横比は4:7と定められた。掲揚位置は天皇旗に同じ。

1870年（明治3年）から1889年（明治22年）までは白地の燕尾開裂旗に紅日章であった。縦横比は2:3で、燕尾開裂は横の3分の1とされていた。
旗使用期間1889-1945

 先任旗 
先任旗は、同港内に2艘以上の軍艦が碇泊し、司令長官又は司令官が不在のときに、先任艦長がこれを後檣頂に掲げた。但し、二檣艦の場合は前檣頂に掲げられた。
なお、規格は先任旗に同じであり、白紅を反転させたものである。
旗使用期間1889-1945

 海軍附属護送船旗 
旗使用期間規格根拠法令1870-1889縦横比は3:4。1870年10月27日（明治3年10月3日）太政官布告第651号「海軍御旗国旗及諸旗章ヲ示シ各省府藩県ヲシテ之ニ擬似スル者ヲ止ム」

 水先人旗 
旗使用期間規格根拠法令水路嚮導旗1870-1889縦横比は3:4。1870年10月27日（明治3年10月3日）太政官布告第651号「海軍御旗国旗及諸旗章ヲ示シ各省府藩県ヲシテ之ニ擬似スル者ヲ止ム」要招水先旗1889-1897縦横比は2:3。日章の直径は縦の2分の1で、旗の中心に配する。紺縁の幅は縦の15分の2。1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」
要招水先旗は、海軍艦船において水路嚮導者を要招するときに掲げられた。ただし、普通信号を以て水路嚮導者を要招するときは掲げられなかった。

 当直旗 
旗使用期間規格根拠法令1889-1945縦横比は2:3。山形線の幅は縦の20分の1。その頂点の高さは縦の6分の1で、上の山形は縦の2分の1から、下の山形は縦の3分の1からそれぞれ始まる。1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」

 運送船旗 
 運送船旗 は、海軍所属運送船および運送をする目的で傭役する船舶の大檣頂に掲げられた。ただし、海軍所属船舶において船長が海軍将校の場合は掲げられなかった。
旗使用期間規格根拠法令1889-1932当直旗に同じ。1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」

 軍用船旗 
軍用船旗は、海軍軍人が指揮する特設艦船の大檣頂に掲げられた。ただし、病院船は例外とされた。
旗使用期間規格根拠法令1932-1945当直旗に同じ。1932年（昭和7年）11月27日勅令第359号「海軍旗章令改正」

 病院船旗 
海軍軍医療旗章（軍医療廃止後は海軍病院旗章）は、戦時もしくは事変の際に海軍病院もしくは病院船が掲げた。また、病院附属の物品を運送する舟車などもこれを掲げた。1886年（明治19年）のジュネーヴ条約に日本が加盟したことで、1904年（明治37年）に赤十字旗へと改定された。

海軍病院旗は、赤十字旗である。戦時もしくは事変の際に海軍病院もしくは治療所の旗竿または病院船の大檣頂に掲げられた。また、治療所または病院船用の物品を運送する舟車などもこれを掲げた。
旗使用期間規格根拠法令海軍軍医療旗章1875-1904旗と紅隅の縦横比はどちらも2:3で、紅隅は縦横の4分の1。1889年（明治22年）10月7日勅令第111号「海軍旗章条例」海軍病院旗1904-1945縦横比は2:3。高さが縦の4分の3、幅が縦の4分の1の赤十字を旗の中心に配する。1904年（明治37年）1月勅令第2号

 工作船旗 
工作船旗は、海軍工廠所属の船舶など、工作のために軍用に供する船舶の大檣頂に掲げられた。
ここでの工作船とは、工作艦のことを指しており、同名の別名がある不審船とは異なる。
旗使用期間規格根拠法令1932-1945縦横比は2:3。紅縁はそれぞれ縦の15分の2。紺山形は当直旗に同じ。1896年（明治29年）11月12日「海軍旗章条例ヲ改正ス」