愛媛県の二級水系一覧では、愛媛県を流れる水系のうち、愛媛県が管理する二級水系を記述する。2000年4月現在、181水系、408河川ある。

リストの順序は、河口の位置を基準に、香川県境から西へ並んでいる。島嶼の河川は末尾に記載している。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。

水系名流路延長(km)流域面積(km2)河川数河口のある自治体備考 三谷川 0.4870 0.3 1 四国中央市 金生川 13.1985 58.6 12 四国中央市 契川 5.0920 6.5 1 四国中央市 川茂川 3.0355 3.3 2 四国中央市 赤之井川 2.7570 3.5 3 四国中央市 海岸寺川 2.2240 2 四国中央市 寺川 0.7425 0.2 1 四国中央市 宮川 2.1915 3.1 1 四国中央市 井関川 0.7100 5.2 3 四国中央市 大谷川 2.1825 2.5 1 四国中央市 樋之尾谷川 1.9465 16.6 5 四国中央市 西谷川 1.5050 3.5 1 四国中央市 豊岡川 2.2290 3.9 1 四国中央市 鎌谷川 1.9595 1.0 1 四国中央市 隅田川 1.4715 0.9 1 四国中央市 大地川 2.5425 7.2 2 四国中央市 面白川 2.3130 4.8 1 四国中央市つらじろがわ 檜木川 3.0560 10.5 3 四国中央市 関川 12.6915 61.0 8 四国中央市 千々ノ木川 1.7265 2.4 2 四国中央市 荷内川 2.1550 3.1 1 新居浜市 阿島川 3.0645 11.6 1 新居浜市 又野川 2.4115 1.4 1 新居浜市 落神川 1.8285 1.1 1 新居浜市 国領川 7.3730 73.1 15 新居浜市 尻無川 6.7900 8.6 2 新居浜市 東川 7.7275 13.9 3 新居浜市 王子川 2.6530 2.9 1 新居浜市 渦井川 12.8210 42.2 6 西条市 加茂川 28.6400 191.8 9 西条市 前神寺谷川 5.8285 4.3 1西条市 中山川 23.0915 196.18 22西条市 広江川 1.7355 2.8 1西条市 一ツ橋川 2.0650 2.0 1西条市 崩口川 4.7250 1.8 2西条市くれくちがわ 大曲川 3.6440 3.3 2西条市 新川 3.7715 27.9 6西条市 境川 1.8600 4.0 1西条市 大明神川 8.6530 17.0 1西条市 小向川 3.5235 3.4 1西条市 北川 5.2675 12.0 2西条市 中川 2.0550 6.6 2 今治市 大川 2.5070 4.4 1今治市 頓田川 9.7175 39.1 8今治市 銅川 2.1715 3.2 1今治市あかがねがわ 竜登川 3.4930 6.8 1 今治市りゅうとがわ 蒼社川 22.5565 102.8 13 今治市 浅川 4.2435 5.6 4今治市 中井出川 1.2330 1今治市 樋之口川 3.1315 11.2 3今治市 品部川 5.6715 13.3 3今治市 一心川 0.7355 0.6 1今治市 宮脇川 2.3625 3.0 1今治市 山之内川 3.7185 5.8 1今治市 天満川 2.0660 3.7 1今治市 ナラズ川 0.8650 1.5 1今治市 佐方川 1.3885 3.8 1今治市 種川 2.1920 8.0 1今治市 菊間川 6.0435 24.2 4今治市 仙波川 0.9090 1.1 1 松山市 山本川 1.2295 0.6 1松山市 石風呂川 1.1505 2.8 1松山市 谷川 1.8215 3.2 1松山市 小久保川 2.7740 0.6 1松山市 立岩川 11.7560 46.2 9松山市 河野川 8.3590 7.9 1松山市 高山川 5.1825 8.3 2松山市 片平川 1.4225 0.7 1松山市 粟井川 3.6890 14.4 3松山市 払川 2.1290 1.7 1松山市 郷谷川 5.9080 2.9 1松山市 権現川 3.1060 5.3 2松山市 明神川 2.6220 1.6 1松山市 大川 8.4975 16.3 4松山市 宮前川 9.9020 14.6 2松山市 堂ノ元川 1.9840 4.6 1松山市 洗地川 3.6990 6.4 1松山市 （重信川） 36 445 75 松山市、松前町一級水系 国近川 5.7045 18.3 3 松前町 長尾谷川 6.6520 7.4 2松前町 大谷川 10.1710 23.2 5伊予市 古小川 2.71451.3 1伊予市 天神川 2.3250 1.7 1伊予市 森川 11.0660 29.3 12伊予市 畑川 2.1680 2.5 1伊予市 出口川 0.9005 1.4 1伊予市 小網川 0.5760 0.7 1伊予市 上灘川 6.8335 21.9 6伊予市 引地川 2.4235 2.9 1伊予市 長藪川 1.3960 1.7 1伊予市 本谷川 1.6195 1.9 1伊予市 石の久保川 1.5265 0.9 1伊予市 潤住川 0.9970 0.7 1 伊予市うるすみがわ 富岡川 1.1845 1.8 1伊予市 日喰川 1.8575 1.3 1伊予市ひじきがわ 豊田川 3.7315 5.4 1伊予市 池之窪川 1.9225 1.4 1伊予市 本村川 1.7775 1.3 1伊予市 富貴川 1.6685 1.9 1伊予市とみきがわ 横松郷川 1.4695 2.3 1伊予市、大洲市 （肱川） 103 1210 475 大洲市一級水系 出海川 0.97 3.9 大洲市 河原川 1.1330 2.0 1 八幡浜市 磯崎里川 1.16100.9 1 八幡浜市 中之谷川 0.7065 0.4 1 八幡浜市 峯川 0.5965 0.3 1八幡浜市 丸田川 0.9965 0.7 1八幡浜市 高茂川 2.5870 3.1 1伊方町 大谷川 1.7330 2.9 1伊方町 三崎大川 1.7030 2.8 1伊方町 九町新川 1.6600 2.0 1伊方町 伊方新川 1.3805 1.6 1伊方町 伊方大川 3.3690 5.2 1伊方町 宮内川 7.0540 12.4 3 八幡浜市 喜木川 11.3755 30.8 5 八幡浜市 千丈川 9.869.5 47.0 9八幡浜市 蟻王川 1.0915 1.3 1八幡浜市ぎおうがわ 川上大川 1.2720 2.1 1八幡浜市 東川 1.4775 2.8 1 西予市 朝立川 5.332.5 11.6 2西予市 谷道川 2.8320 6.9 2西予市 三島川 3.5565 13.0 1西予市 皆江大川 1.5245 4.4 1西予市 大川 1.1785 1.9 1 西予市 宮崎川 2.9845 7.0 2 西予市 東川 1.5675 0.3 1西予市 成谷川 2.0395 3.6 1宇和島市 日ノ地川 1.5780 1.4 1宇和島市 渡川 1.3140 1.0 1宇和島市 鶴間川 1.5580 1.8 1宇和島市 立間川 3.3670 24.6 7宇和島市 立間尻川 1.4870 1.5 1宇和島市 広見川 1.7235 2.7 1宇和島市 須賀川 7.9870 37.8 5宇和島市 辰野川 2.8110 2.8 1宇和島市 神田川 2.8035 7.2 2宇和島市 来村川 9.1140 40.9 6宇和島市 本谷川 2.2600 1.3 3宇和島市 岩松川 14.4860 129.6 9宇和島市 神田川 0.4440 1.0 1宇和島市 中実川 1.5620 2.2 1愛南町なかじつがわ 柏川 2.1100 7.9 1愛南町 菊川 4.4000 11.5 1 愛南町 神田川 1.6110 0.8 1愛南町 長洲川 2.2245 3.9 1愛南町 僧都川 17.1530 71.1 9愛南町 蓮乗寺川 3.9060 7.1 2愛南町 太駄川 0.3995 0.7 1愛南町 岡山川 0.6035 0.8 1愛南町 惣川 6.0080 19.9 2愛南町 脇本川 0.4815 0.6 1愛南町 松田川 6.4840 102.7 9高知県宿毛市高知県境へ流出 舫大川 1.7530 9.2 4今治市（大島）もやいおおかわ 仁江川 1.6850 5.0 1今治市（大島） 北谷川 0.7260 1.0 1今治市（大島） 浜田川 0.3160 0.6 1今治市（大島） 相田川 0.6730 1.0 1今治市（大島） 泊北谷川 0.5765 0.8 1今治市（大島） 余所国東川 0.1410 1.0 1今治市（大島） 大川 1.8255 4.0 1今治市（大島） 口総大川 1.5250 1.5 1今治市（大三島）くちすぼおおかわ 野々江大川 1.6740 2.3 2今治市（大三島） 台本川 4.5610 6.4 1今治市（大三島）うてなほんがわ 宮浦本川 1.4855 6.3 2今治市（大三島） 明日本川 1.8615 1.41 1今治市（大三島）あけびほんかわ 高知川 1.2545 2.75 1今治市（大三島） 竹下川 1.5445 1.3 1今治市（大三島） 井口本川 2.5710 10.4 2今治市（大三島） 古戸川 1.2640 1.1 1今治市（大三島） 戸板川 0.8220 1.7 1今治市（大三島） 中川 1.8220 2.7 1今治市（伯方島） 樋ノ口川 0.6915 0.9 1今治市（伯方島） 小漕川 1.2980 1.1 1上島町（岩城島）おこぎがわ 長江川 0.9915 1.1 1上島町（岩城島） 船越川 0.8365 0.5 1上島町（岩城島） 引野川 0.6800 0.9 1上島町（弓削島） 沢津川 0.7590 0.7 1上島町（弓削島） 中村川 1.2150 0.8 1松山市（中島） 流内川 0.9305 0.9 1松山市（中島） 山狩川 1.5530 1.1 1松山市（中島） 天神川 0.7490 1.3 1松山市（中島） 皇ノ川 1.1160 1.0 1松山市（中島）こうのがわ 大川 0.4495 0.5 1松山市（中島） 千歳川 0.3660 0.5 1松山市（中島）

 出典・参考文献 
 日外アソシエーツ　『河川大事典』　日外アソシエーツ、1991年。
 愛媛県土木部河川課発行　『河川調書』　愛媛県、2000年4月。
 出海川水系河川整備基本方針　愛媛県、平成15年4月（更新日：2018年6月14日）。