長崎県の二級水系一覧では、長崎県を流れる水系のうち、長崎県が管理する二級水系を記述する。2006年3月31日現在、222水系・358河川ある。

リストの順序は、有明海側の佐賀県境から伊万里湾側の佐賀県境まで海沿いを時計回りに、河口の位置を基準にして並んでいる。島嶼部の河川は末尾に挙げ、島内ではそれぞれ時計回りの順になっている。地形順の参考として一級水系も記載している（括弧付きの名称が一級水系）。

 諫早湾への流入河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 今里川 いまざとがわ － 1.831 2.68太良町大字大浦乙・諫早市小長井町遠竹佐賀県内の左岸流域を除く 船津川 ふなつがわ － 4.466 5.96諫早市小長井町井崎・小川原浦 小深井川 こふかいがわ － 2.239 2.24諫早市小長井町小川原浦・牧 長里川ながさとがわ 本流 5.290 10.8諫早市小長井町打越・大峰小川内川 1.682 (1.46) (右)諫早市小長井町川内 （本明川）※ ほんみょうがわ 34 28 249.0 諫早市高来町金崎・雲仙市吾妻町平江名一級水系 田内川 たないがわ － 5.045 5.00雲仙市吾妻町平江名・本村名 船津川 ふなつがわ － 3.270 2.4雲仙市瑞穂町古部 権現川 ごんげんがわ － 2.945 1.39雲仙市雲仙市瑞穂町古部 松江川 まつえがわ － 3.900 2.70雲仙市瑞穂町伊福 西郷川 さいごうがわ － 7.634 13.34雲仙市瑞穂町伊福・西郷 神代川こうじろがわ 本流 4.341 15.31雲仙市国見町神代みのつる川 1.310 (3.94) (左)雲仙市国見町神代 倉地川 くらちがわ 本流 3.212 2.50雲仙市国見町神代・土黒後牟田川 0.300 (0.05) (左)雲仙市国見町神代

 有明海への流入河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 土黒川 ひじくろがわ 本流 8.554 16.78雲仙市国見町土黒・多比良土黒西川 3.170 (6.14) (右)雲仙市国見町土黒 多比良川 たいらがわ － 3.800 2.60雲仙市国見町多比良 栗谷川 くりやがわ － 4.477 5.00雲仙市国見町多比良・島原市有明町湯江 湯江川 ゆえがわ 本流 4.917 13.47島原市有明町湯江前川内川 1.320 (1.30) (右)島原市有明町湯江 西川 にしかわ － 3.610 5.60島原市洗切町・三会町 中尾川 なかおがわ － 3.757 9.72島原市前浜町 北川 きたがわ － 2.980 2.30島原市前浜町・北門町 大手川 おおてがわ － 1.048 2.10島原市片町・高島 白水川 しらみずがわ － 2.133 2.80島原市津町 新湊川 しんみなとがわ － 1.960 1.50島原市新湊・秩父が浦町 鮎川 あゆかわ － 1.362 1.40島原市北安徳町 水無川 みずなしがわ － 3.162 15.92島原市浜の町・南島原市深江町丁 深江川 ふかえがわ 本流 3.725 12.57南島原市深江町丙・甲中の間川 0.780 (1.05) (左)南島原市深江町甲畔津川 1.280 (1.80) (左)南島原市深江町丙 新川 しんかわ － 0.621 3.50南島原市布津町丙・乙 蒲河川 かまががわ － 3.232 8.52南島原市有家町蒲河 有家川 ありえがわ － 2.240 29.10南島原市有家町中須川・西有家町須川 須川川 すがわがわ － 1.393 2.30南島原市西有家町須川 竜石川 たついしがわ － 0.550 5.50南島原市西有家町龍石 大手川 おおてがわ － 1.637 5.30南島原市北有馬町己・南有馬町戊 有馬川 ありまがわ 本流 7.553 30.54南島原市南有馬町戊七つ川 0.700 (1.45) (右)南島原市南有馬町己恵通谷川 0.560 (1.07) (右)南島原市南有馬町己坂下川 2.500 (8.97) (左)南島原市北有馬町丙西正寺川 2.000 (3.33) (左)南島原市北有馬町丙どんどん川 2.220 (1.96) (右)南島原市南有馬町己高江川 1.500 (4.80) (左)南島原市北有馬町戊 葉山川 はやまがわ － 1.210 1.04南島原市南有馬町丁 田町川 たまちがわ － 1.383 2.15南島原市南有馬町乙 六反田川 ろくたんだがわ － 0.700 1.23南島原市 中谷川 － 0.680 2.05南島原市南有馬町甲 貝瀬川 かいぜがわ － 2.020 2.90南島原市口之津町丁・丙

 橘湾への流入河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 堀川 ほりかわ 本流 4.000 13.17南島原市加津佐町己・乙山口川 1.600 (3.91) (左)南島原市加津佐町戊中尾川 0.260 (2.65) (山口川右)南島原市加津佐町戊千檀川 0.360 (0.96) (右)南島原市加津佐町己 小松川 こまつがわ 本流 3.700 5.52南島原市加津佐町乙谷山川 0.282 (0.97) (右)南島原市加津佐町乙 津波見川 つばみがわ － 1.890 2.70南島原市加津佐町甲 小津波見川 こつばみがわ － 1.288 1.13雲仙市南串山町乙 川内川 かわちがわ － 2.000 3.00雲仙市南串山町乙 境川 さかいがわ － 4.200 8.04雲仙市南串山町甲・小浜町飛子 千々石川 ちぢわがわ 本流 12.680 35.37雲仙市千々石町甲・丙清水川 1.950 (4.71) (右)雲仙市千々石町庚上峯川 1.898 (11.74) (右)雲仙市千々石町丁 唐比川 からこがわ － 1.663 0.9諫早市森山町唐比東・唐比西 有喜川 うきがわ － 2.662 5.65諫早市松里町・有喜町 江ノ浦川 えのうらがわ － 4.488 14.57諫早市飯盛町後田・下釜 田結川 たゆいがわ － 3.468 5.7諫早市飯盛町里 戸石川 といしがわ － 0.897 4.49 長崎市戸石町 八郎川 はちろうがわ 本流 6.415 32.60長崎市かき道・田中町平木場川 1.510 (1.60) (右)長崎市中里町正念川 1.812 (2.40) (右)長崎市古賀町松原川 0.708 (0.68) (右)長崎市松原町間の瀬川 2.788 (3.30) (右)長崎市古賀町清水川 0.208 (1.20) (左)長崎市東町千間田川 0.699 (0.98) (右)長崎市平間町現川川 2.869 (6.50) (右)長崎市平間町中尾川 2.393 (4.80) (右)長崎市矢上町 日見川 ひみがわ － 1.746 4.43長崎市宿町・界 若菜川 わかながわ 本流 3.805 9.00長崎市茂木町川平川 0.284 (2.54) (右)長崎市茂木町 千々川 ちぢがわ － 0.643 6.40長崎市千々町 大川 おおかわ － 2.691 7.00長崎市為石町 宮崎川 みやざきがわ － 2.408 4.50長崎市川原町・宮崎町

 長崎湾・五島灘への流入河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 江川 えがわ 本流 1.701 2.46長崎市高浜町新江川 0.105 (0.14) (高浜ダム)長崎市高浜町 黒浜川 くろはまがわ 本流 1.636 0.80長崎市黒浜町新神上川 0.203 (0.10) (黒浜ダム)長崎市黒浜町 蚊焼大川 かやきおおかわ － 0.925 2.44長崎市蚊焼町 江川川 えがわがわ 本流 2.650 5.24長崎市末石町・江川町落矢川 1.145 (2.15) (右)長崎市江川町 鹿尾川 かのおがわ － 9.913 13.90長崎市磯道町 中島川 なかしまがわ 本流 5.528 19.10長崎市出島町・元船町西山川 4.005 (2.60) (右)長崎市伊勢町 浦上川 うらかみがわ 本流 9.364 38.63長崎市尾上町・旭町三川川 2.887 (3.28) (左)長崎市川平町大井出川 5.551 (7.73) (右)長崎市昭和城山川 0.966 (2.60) (右)長崎市城山町 大浦川 おおうらがわ － 0.317 4.21長崎市大浜町 小江川 こえがわ － 1.997 6.43長崎市小江町 手熊川 てぐまがわ － 1.164 3.30長崎市柿泊町・手熊町 式見川 しきみがわ － 4.145 6.00長崎市向町・式見町 多以良川 たいらがわ 本流 4.028 8.63長崎市多以良町・京泊二股川 2.492 (3.90) (右)長崎市多以良町白川川 0.716 (1.12) (二股川右)長崎市多以良町 三重川 みえがわ － 1.233 6.80長崎市三重町 黒崎川 くろさきがわ － 1.759 6.50長崎市下黒崎町 出津川 しつがわ － 3.709 7.0長崎市東出津町・西出津町 神浦川 こうのうらがわ 本流 9.53628.00長崎市神浦夏井町・神浦江川町鶴山谷川 0.333(0.22) (右)長崎市神浦下大中尾町 川下川 － 1.113 1.47長崎市 雪浦川 ゆきのうらがわ 本流 12.905 55.70西海市大瀬戸町雪浦下郷・雪浦下釜郷羽出川 5.022 (14.70) (右)西海市大瀬戸町羽出川郷河通川 4.207 (15.49) (左)西海市大瀬戸町雪浦上郷 多以良川 たいらがわ － 5.878 11.27西海市大瀬戸町多以良内郷・西海町七釜郷 柚木川 ゆすのきがわ － 3.656 5.50西海市西海町七釜郷 伊佐ノ浦川 いさのうらがわ － 7.565 15.00西海市西海町七釜郷・中浦南郷 江川内川 えがわちがわ － 1.760 4.45西海市西海町中浦北郷 面高川 おもだかがわ － 2.288 3.80西海市西海町面高郷

 大村湾・佐世保湾への流入河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 高地川 こうちがわ － 1.677 3.50西海市西海町丹納郷・川内郷 木場川 こばがわ － 2.512 8.80西海市西海町大田原郷・八木原郷 鳥加川 とりかがわ － 1.858 6.30西海市西彼町鳥加郷 大明寺川 だいみょうじがわ 本流 3.878 19.52西海市西彼町喰場郷・下岳郷中山川 2.985 (5.20) (右)西海市西彼町喰場郷殿井手川 0.562 (1.70) (左)西海市西彼町喰場郷 大江川 おおえがわ － 3.172 6.15長崎市琴海大平町・琴海形上町 手崎川 てさきがわ － 2.585 5.91長崎市長浦町 戸根川 とねがわ － 2.929 7.09長崎市琴海戸根町・琴海村松町 村松川 むらまつがわ － 1.550 5.40長崎市琴海村松町 西海川 にしうみがわ 本流 3.313 12.00長崎市琴海村松町谷口川 1.808 (4.25) (右)長崎市西海町 子々川川 ししがわがわ － 2.239 3.00時津町子々川郷 時津川 とぎつがわ － 3.502 6.00時津町浦郷 長与川 ながよがわ 本流 8.87919.80長与町斉藤郷・岡郷南田川内川 1.507(1.17) (右)長与町吉無田郷高田川 2.591(8.00) (左)長与町高田郷 伊木力川 いきりきがわ 本流 1.827 9.65諫早市多良見町舟津山川内川 1.914 (0.20) (右)諫早市多良見町山川内 喜々津川 ききつがわ 本流 5.660 12.30諫早市多良見町木床・化屋中里川 1.561 (1.90) (左)諫早市多良見町中里丸尾川 1.180 (0.90) (右)諫早市多良見町囲 久山川 くやまがわ － 3.613 4.2諫早市久山町 西大川 にしおおかわ － 1.798 5.1諫早市貝津町 東大川 ひがしおおかわ 本流 9.109 25.96諫早市貝津町・大村市溝陸町楠原川 3.847 (1.9) (左)諫早市土師野尾町今村川 3.159 (6.4) (右)大村市溝陸町真崎川 2.916 (1.9) (今村川左)諫早市真崎町 鈴田川 すずたがわ 本流 5.770 18大村市陰平町・久原小川内川 2.955 (1.8) (右)大村市小川内町稲河内川 2.259 (1.8) (右)大村市岩松町針尾川 2.122 (2.2) (右)大村市岩松町 内田川 うちだがわ － 2.583 4.02大村市片町・西本町 大上戸川 だいじょうごがわ 本流 3.555 7.1大村市水主町・杭出津藤の川 1.196 (2.04) (右)大村市諏訪 郡川 こおりがわ 本流 15.938 54.69大村市黒丸町・寿古町南河内川 2.228 (6.2) (左)大村市中岳町佐奈河内川 2.924 (9.9) (右)大村市今富町 よし川 よしかわ － 1.895 3.66大村市松原本町 江の串川 えのくしがわ 本流 3.316 11.77東彼杵町里郷瀬滝川 0.200 (0.77) (右)東彼杵町里郷 串川 くしかわ － 0.509 3.10東彼杵町里郷・平似田郷 千綿川 ちわたがわ 本流 3.179 27.46東彼杵町瀬戸郷・千綿宿郷塩鶴川 0.455 (4.19) (右)東彼杵町瀬戸郷 彼杵川 そのぎがわ 本流 6.784 25.36東彼杵町彼杵宿郷川内川 3.043 (7.90) (右)東彼杵町三根郷 川棚川 かわたながわ 本流 19.352 81.44川棚町百津郷・下組郷野々川川 2.971 (2.40) (右)波佐見町湯無田郷井石川 3.103 (5.80) (左)波佐見町湯無田郷中尾川 2.513 (1.52) (井石川右)波佐見町井石郷田別当川 2.176 (3.82) (右)波佐見町湯無田郷金屋川 1.969 (3.12) (左)波佐見町金屋郷村木川 2.815 (10.25) (右)波佐見町稗木場郷皿山川 2.677 (2.47) (村木川右)波佐見町稗木場郷川内川 2.176 (3.82) (左)波佐見町川内郷長野川 2.775 (3.85) (右)波佐見町長野郷志折川 1.825 (2.73) (右)波佐見町志折郷猪乗川 3.297 (4.40) (左)川棚町八反田郷石木川 4.553 (11.86) (左)川棚町石木郷 宮村川 みやむらがわ － 5.163 13.34佐世保市長畑町・南風崎町 金田川 きんだがわ － 4.118 5.00佐世保市広田 小森川 こもりがわ 本流 9.822 28.26佐世保市広田・早岐江永川 2.321 (2.20) (左)佐世保市江永町日出川 0.897 (1.47) (右)佐世保市口の尾町鷹巣川 2.446 (1.76) (左)佐世保市下の原町 早岐川 はいきがわ － 3.026 4.40佐世保市早岐 日宇川 ひうがわ 本流 5.550 14.76佐世保市白岳町・沖新町山口川 0.041 (0.80) (右)佐世保市黒髪町黒髪川 0.354 (0.70) (右)佐世保市黒髪町犬尾川 1.476 (2.60) (右)佐世保市日宇町西龍川 1.418 (1.84) (右)佐世保市白岳町 福石川 ふくいしがわ － 1.952 1.89佐世保市干尽町 佐世保川 させぼがわ － 5.220 14.69佐世保市島地町・平瀬町

 平戸瀬戸・九十九島への流入河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 相浦川 あいのうらがわ 本流 20.133 69.21佐世保市日野町・大潟町久保仁田川 1.071 (3.90) (左)佐世保市柚木町牟田川 2.002 (8.11) (右)佐世保市柚木町三本木川 0.420 (0.60) (牟田川左)佐世保市柚木町高尾川 0.271 (1.90) (右)佐世保市柚木元町池野川 0.524 (1.30) (右)佐世保市大野町大野川 0.490 (0.80) (右)佐世保市大野町里見川 0.764 (1.40) (右)佐世保市原分町野中川 0.857 (1.20) (右)佐世保市野中町小川内川 4.460 (12.10) (右)佐世保市上本山町黄斑川 0.455 (0.50) (小川内川右)佐世保市牧の地町新田川 2.346 (1.72) (左)佐世保市川下町小野川 3.137 (5.30) (左)佐世保市椎木町日野川 2.332 (2.43) (左)佐世保市椎木町 佐々川 さざがわ 本流 21.862 85.98 佐々町沖田免・佐世保市小佐々町黒石北河内川 2.429 (2.80) (右)佐世保市世知原町栗迎路木場川 2.429 (2.80) (右)佐世保市世知原町栗迎鍋田川 1.523 (2.00) (左)佐世保市世知原町太田福井川 5.799 (9.26) (右)佐世保市吉井町前岳高峰川 2.814 (5.60) (左)佐世保市吉井町吉元木場川 3.101 (6.60) (左)佐々町沖田免 小佐々川 こさざがわ 本流 4.087 6.45佐世保市小佐々町臼ノ浦・西川内つづら川 1.203 (1.89) (左)佐世保市小佐々町田原 竹田川 たけだがわ － 2.269 3.70佐世保市小佐々町西川内 上矢岳川 かみやたけがわ － 1.517 2.00佐世保市小佐々町矢岳 大加瀬川 おおかせがわ － 1.175 3.80佐世保市鹿町町下歌ヶ浦 樋口川 ひぐちがわ － 1.917 1.60佐世保市鹿町町鹿町・土肥ノ浦 鹿町川 しかまちがわ 本流 4.856 8.93佐世保市鹿町町土肥ノ浦杉谷川 1.206 (2.50) (右)佐世保市鹿町町鹿町 江迎川 えむかえがわ 本流 9.697 31.48佐世保市鹿町町深江潟・江迎町上川内山の田川 3.143 (8.68) (左)佐世保市江迎町乱橋嘉例川 2.612 (2.57) (右)佐世保市江迎町長坂

 玄界灘への流入河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 釜田川 かまたがわ 本流 4.431 11.74平戸市田平町大久保免・里免里川 2.971 (4.65) (右)平戸市田平町里免 久吹川 くぶきがわ － 2.725 3.76平戸市田平町岳崎免・福崎免 坂瀬川 さかせがわ － 6.243 8.00平戸市田平町小崎免・松浦市御厨町西田免 竜尾川 たつおがわ － 4.562 17.37松浦市御厨町大崎免・里免 悪太郎川 あくたろうがわ － 2.742 1.72松浦市御厨町北平免・志佐町白浜免 志佐川 しさがわ 本流 11.446 48.10松浦市志佐町庄野免・浦免佐賀県内の源流域を除くホキ川 0.189 (1.34) (左)松浦市志佐町柚木川内免佐賀県内の右岸流域を除く笛吹川 1.270 (2.90) (右)松浦市志佐町笛吹免 調川川 つきのかわがわ － 3.595 7.26松浦市調川町下免 今福川 いまふくがわ － 2.603 6.90松浦市今福町中免 人柱川 ひとばしらがわ － 1.107 3.40松浦市今福町北免

 鷹島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口所在地備考 谷郷川 － 0.290 0.64松浦市鷹島

 平戸島・周辺島の河川 

 平戸島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 鏡川 かがみがわ 本流 0.665 2.60平戸市宮の町・岩の上町戸石川 (右)平戸市築地町 安満川 やすまんがわ － 2.053 6.55平戸市迎紐差町・紐差町 中川 なかがわ 本流 2.125 4.54平戸市紐差町宴川 0.100 (右)平戸市大石脇町 古田川 こたがわ － 1.546 8.50平戸市鮎川町・津吉町 敷佐川 しきさがわ － 3.580 4.60平戸市下中津良町 中津良川 なかつらがわ － 3.234 8.50平戸市下中津良町 神曾根川 こうぞねがわ － 4.631 8.49平戸市下中野町・木引町

 生月島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口所在地備考 神の川 こうのかわ － 1.088 2.00平戸市生月町南免

 的山大島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口所在地備考 西流川 にしながしがわ － 0.425 0.54平戸市大島村神浦 東流川 ひがしながしがわ － 0.274 0.45平戸市大島村神浦

 五島列島の河川 

 福江島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 前田川 まえだがわ － 0.790 3.67 五島市奥浦町・平蔵町 福江川 ふくえがわ 本流 9.059 27.60五島市福江町・栄町牟田川 4.153 (4.50) (右)五島市吉田町鷹ノ巣川 2.978 (2.50) (右)五島市吉田町後の川 1.593 (2.10) (左)五島市大荒町 増田川 ますだがわ 本流 2.076 6.12五島市増田町岡田川 0.988 (1.60) (右)五島市増田町 田尾川 たおがわ 本流 1.338 2.90五島市富江町田尾山名川 1.093 (0.90) (左)五島市富江町田尾 山手川 やまてがわ － 1.640 5.30五島市富江町黒瀬 丸子川 まるこがわ － 1.601 1.70五島市富江町長峰 小川川 おがわがわ － 3.905 5.80五島市玉之浦町小川 中須川 なかすがわ － 7.700 17.00五島市玉之浦町中須 荒川川 あらかわがわ － 1.850 7.85五島市玉之浦町布浦 丹奈川 たんながわ － 1.400 2.70五島市玉之浦町丹奈 大川原川 おおがわらがわ 本流 5.500 17.58五島市岐宿町川原小川原川 1.506 (5.40) (右)五島市岐宿町川原 鰐川 わにがわ 本流 14.671 32.41五島市岐宿町岐宿・河務郷津川 2.433 (3.14) (右)五島市岐宿町中嶽 浦の川 うらのかわ － 2.345 6.77五島市岐宿町河務 一の川 いちのかわ － 13.995 34.50五島市岐宿町河務

 久賀島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口所在地備考 猪の木川 いのきがわ － 1.500 3.30五島市猪之木町 市小木川 いちこぎがわ － 1.500 4.50五島市久賀町

 中通島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 檮ノ木川 ゆずのきがわ － 0.857 1.60 新上五島町宿ノ浦郷 佐野原川 さのはらがわ － 2.776 7.30新上五島町三日ノ浦郷 相河川 あいこうがわ 本流 4.060 7.10新上五島町相河郷木原川 0.949 (0.80) (右)新上五島町相河郷 釣道川 つりどうがわ － 2.849 4.80新上五島町青方郷 宮ノ川 みやのかわ － 1.934 1.97新上五島町浦桑郷 大川 おおかわ 本流 2.779 8.14新上五島町有川郷木場川 1.673 (4.00) (左)新上五島町有川郷 大川 おおかわ － 0.423 1.97新上五島町岩瀬浦郷

 宇久島の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口所在地備考 江端川 － 0.620 2.00佐世保市宇久町平

 壱岐の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 永田川 ながたがわ － 2.491 壱岐市郷ノ浦町片原触・郷ノ浦 刈田院川 かりたいんがわ － 4.259 壱岐市郷ノ浦町長峰本村触・勝本町立石西触 百合畑川 ゆりはたがわ － 0.253 壱岐市勝本町湯本触・布木触 大左右川 たいそうがわ 本流 1.922 壱岐市芦辺町瀬戸浦・箱崎大左右触蟹田川 0.351 (左)壱岐市芦辺町箱崎大左右触 谷江川 たにえがわ 本流 5.462 22.44壱岐市芦辺町箱崎中山触・中野郷仲触初尾川 2.149 (右)壱岐市勝本町新城東触二ノ坂川 1.162 (初尾川左)壱岐市勝本町片山触後川川 3.353 (初尾川左)壱岐市勝本町新城東触角川 2.400 (左)壱岐市芦辺町箱崎本村触 梅ノ木川 うめのきがわ － 1.622 壱岐市芦辺町諸吉大石触 幡鉾川 はたほこがわ 本流 8.834 25.60壱岐市芦辺町深江鶴亀触・深江平触町谷川 1.293 (右)壱岐市石田町池田西触池田川 1.579 (右)壱岐市石田町池田西触日の本川 1.072 (池田川左)壱岐市石田町池田仲触小川川 1.441 (右)壱岐市芦辺町深江平触

 対馬の河川 
水系名読み支流流路延長(km)流域面積(km2)河口・合流点所在地備考 小浦川 こうらがわ 本流 0.894 4.59対馬市厳原町小浦樫塚川 (右)対馬市厳原町小浦 阿須川 あずがわ － 1.697 6.30対馬市厳原町北里・東里 厳原本川 いづはらほんせん － 1.780 3.65対馬市厳原町大手橋・久田道 久田川 くたがわ － 1.093 7.85対馬市厳原町久田 久和川 くわがわ － 1.132 4.60対馬市厳原町久和 浅藻川 あさもがわ － 1.712 5.10対馬市厳原町浅藻 瀬川 せがわ － 3.821 18.00対馬市厳原町豆ツ瀬・佐須瀬 久根川 くねがわ － 2.260 7.00対馬市厳原町久根浜 椎根川 しいねがわ － 1.814 6.90対馬市厳原町椎根 佐須川 さすがわ － 6.676 40.17対馬市厳原町椎根・小茂田 阿連川 あれがわ － 1.843 11.40対馬市厳原町阿連 今里川 いまざとがわ － 1.369 5.00対馬市美津島町今里 加志川 かしがわ － 2.499 5.90対馬市美津島町加志 洲藻川 すもがわ － 3.780 11.07対馬市美津島町洲藻 鶏知川 けちがわ 本流 5.311 6.50対馬市美津島町鶏知 高浜川 (右)対馬市美津島町鶏知 仁位川 にいがわ － 3.896 13.40対馬市豊玉町仁位 卯麦川 うむぎがわ － 0.663 1.70対馬市豊玉町卯麦 吉田川 よしだがわ － 2.155 7.75対馬市峰町吉田 三根川 みねがわ 本流 6.013 30.30対馬市峰町三根 佐賀ノ内川 (左)対馬市峰町三根 田志川 (右)対馬市峰町三根 鹿見川 ししみがわ － 1.097 3.80対馬市上県町鹿見 仁田川 にたがわ 本流 10.346 79.89対馬市上県町樫滝 飼所川 12.868 (左)対馬市上県町樫滝 伊奈川 いながわ － 1.285 6.20対馬市上県町伊奈 志多留川 したるがわ － 1.638 2.60対馬市上県町志多留 佐護川 さごがわ 本流 7.266 53.94対馬市上県町佐護 中山川 (左)対馬市上県町佐護 佐須奈川 さすながわ － 1.459 5.20対馬市上県町佐須奈 大浦川 おおうらがわ － 1.428 3.10対馬市上対馬町大浦 豊川 とよかわ － 1.822 3.30対馬市上対馬町豊 比田勝川 ひたかつがわ － 0.925 1.93対馬市上対馬町比田勝 玖須川 くすがわ － 1.476 5.88対馬市上対馬町浜玖須・大増 舟志川 しゅうしがわ － 6.627 18.57対馬市上対馬町舟志 琴川 きんがわ － 2.670 6.32対馬市上対馬町琴 芦見川 あしみがわ － 2.886 3.76対馬市上対馬町芦見 一重川 ひとえがわ － 0.790 2.70対馬市上対馬町一重 小鹿川 おしかがわ － 1.395 2.20対馬市上対馬町小鹿 志多賀川 したかがわ － 1.850 7.97対馬市峰町志多賀 佐賀川 さががわ － 2.717 5.05対馬市峰町佐賀 駄道川 だみちがわ － 1.545 2.13対馬市峰町佐賀 曾川 そがわ － 2.320 6.62対馬市豊玉町曾・千尋藻

 本明川水系 
※：2008年4月25日より本明川河口にある諫早湾干拓調整池と調整池への流入河川が「本明川水系」に編入されている。以下の表は編入された二級水系の一覧。本明川のデータは編入前のもの。
水系名流路延長(km)流域面積(km2)河川数河口所在地備考 境川 8.405 18.18 1 諫早市 湯江川 3.376 5.42 1 諫早市 田島川 2.766 4.9 1 諫早市 小江川 3.701 9.6 1 諫早市 深海川 8.125 11.96 2 諫早市 段堂川 1.688 2.5 1 諫早市 （本明川） 21 87 18 諫早市一級水系 仁反田川 4.252 9.75 2 諫早市 有明川 2.974 11.4 2 諫早市・雲仙市 千鳥川 3.565 5.51 1雲仙市 山田川 5.411 8.52 3雲仙市 田川原川 2.292 1.76 1雲仙市たごううらがわ 土井川 1.960 4.72 1雲仙市