第6回日本フットボールリーグは、2004年（平成16年）3月28日から同12月5日にかけて行われた。優勝は大塚製薬サッカー部（JFL3チーム目の2連覇）であった。

 参加クラブ 
第6回JFLの参加クラブは以下の通りである。このうちザスパ草津、群馬FCホリコシが前シーズンの全国地域リーグ決勝大会からの昇格クラブである。また、YKK FCがチームの子会社への移管により、YKK APへ名称を変更している。

※前年度成績=特記なきものは第5回JFL（2003年）の成績である。
呼称正式名称監督主なホームゲーム会場前年度成績備考大塚製薬大塚製薬株式会社サッカー部　徳島県鳴門総合運動公園陸上競技場徳島市球技場1位Honda FC本田技研工業株式会社フットボールクラブ　ホンダ都田サッカー場2位愛媛FC愛媛FC　愛媛県総合運動公園陸上競技場同球技場3位佐川急便大阪SC佐川急便株式会社大阪サッカークラブ　大阪市鶴見緑地球技場4位佐川急便東京SC佐川急便株式会社東京サッカークラブ　江東区夢の島競技場5位YKK APYKK APサッカー部　魚津市桃山運動公園陸上競技場6位名称変更（YKK FC）栃木SC栃木サッカークラブ　栃木県グリーンスタジアム8位ソニー仙台FCソニー仙台フットボールクラブ　仙台スタジアム七ヶ浜サッカースタジアム9位SC鳥取SC鳥取　東山運動公園陸上競技場鳥取市営サッカー場10位国士舘大学国士舘大学サッカー部　町田市立陸上競技場11位デンソーデンソーサッカー部　刈谷市総合運動公園多目的グラウンド12位横河武蔵野FC横河武蔵野フットボールクラブ　武蔵野市立武蔵野陸上競技場13位アローズ北陸北陸電力サッカー部アローズ北陸　富山県岩瀬スポーツ公園サッカー・ラグビー場富山県五福公園陸上競技場14位佐川印刷SC佐川印刷株式会社サッカークラブ　京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場15位ザスパ草津（株）草津温泉フットボールクラブ　群馬県立敷島公園サッカー・ラグビー場群馬県立敷島公園県営陸上競技場関東2部1位地域決勝1位昇格（自動昇格）群馬FCホリコシ群馬FCホリコシ　高崎市浜川競技場関東1部1位地域決勝2位昇格（入れ替え戦）

 レギュレーション 

 リーグ・試合形式 
年間2回総当り、1チーム30試合（全240試合）を行い、勝ち点により順位を決定する。全30節を15節ごとに前期・後期に分け、前期の順位によって天皇杯の出場権が与えられる。
試合は前後半90分で行い、決着がつかなければ引き分けとなる。勝利には勝ち点3、引き分けには勝ち点1、敗北には勝ち点0が与えられる。
Jリーグ参入の成績面の条件は年間順位2位以上。その上でJリーグ臨時理事会の承認を得られれば次年度からJ2に参入することができる。
自動降格となるチームはなし。年間順位15位・16位のチームは全国地域リーグ決勝大会の1位・2位のチームと入れ替え戦を行う。

 天皇杯への出場枠 
前期終了時の上位3チームに第84回天皇杯の出場権が与えられる。

 強化費 
各試合において勝利チームに勝利チーム賞10万円を支払う。引き分けの場合でも良いゲームをしたチームには「グッドチーム賞」として5万円を支払う（両チーム対象の場合は2.5万円）。
各試合において1得点につき1万円を支払う（試合結果に関係なし）。

 年間順位 
順位 クラブ勝点勝 分 負 得点 失点 差 備考1大塚製薬7825327420+542Honda FC6219566436+283ザスパ草津6219566335+284YKK AP50155105633+235愛媛FC4914795342+116ソニー仙台FC4713895042+87佐川急便東京SC44135124339+4 8群馬FCホリコシ41118114847+19栃木SC40117124147-610アローズ北陸37107134652-611佐川急便大阪SC3598133840-212佐川印刷SC34104163045-1513横河武蔵野FC3288144151-1014SC鳥取2257183662-2615国士舘大学2055203773-3616デンソー1846202985-56

備考
 Jリーグ参入ライン 入れ替え戦ライン

 個人成績 

 得点ランキング 
順選手名得点所属 1 林威宏 21 大塚製薬 2 大島康明 20 3 村山浩史 18 横河武蔵野FC 新田純也 Honda FC 5 長谷川満 16 YKK AP 友近聡朗 愛媛FC 7 古橋達弥 15 Honda FC 8 森陽一 14 FCホリコシ 9 吉本淳 12 ザスパ草津 小林陽介 横河武蔵野FC

 個人表彰&ベスト11 
Pos選手名所属 監督 田中真二 大塚製薬 GK・敢闘賞 小島伸幸 ザスパ草津 DF 谷池洋平 大塚製薬 石川裕司 向島満 Honda FC 小田島隆幸 ザスパ草津 MF 片岡功二 大塚製薬 筒井紀章 鳥居塚伸人 ザスパ草津 山口貴之 FW・MVP・得点王 林威宏 大塚製薬 FW 大島康明 新人王 鎌田祥平

 入れ替え 

 JFL→J2 
J2加盟を申請していた大塚製薬、ザスパ草津、愛媛FCに対して12月6日のJリーグ臨時理事会で審議が行われ、1位の大塚製薬と3位のザスパ草津のJリーグ加盟が正式に承認された（本来2位以内が加盟の要件であったが、3位のザスパ草津は2位のHonda FCと勝ち点・得失点差が同じで得点差1だったことが考慮された）。5位の愛媛FCの加盟は見送られた。なお、大塚製薬はJリーグ加盟後に徳島ヴォルティスへクラブ名称を変更した。

 JFLからの脱退 
国士舘大学がチーム内の不祥事のため、JFLから脱退する事となった。

 チーム減によるレギュレーション変更 
Jリーグ加盟及びJFL脱退により3チーム減少したため、JFLと地域リーグ間の昇降格のレギュレーションが以下のように変更された。
順位チーム変更前変更後JFL15位国士舘大学入れ替え戦（vs地域決勝2位）脱退JFL16位デンソー入れ替え戦（vs地域決勝1位） JFL残留地域決勝1位三菱自動車水島入れ替え戦（vsJFL16位）JFL自動昇格地域決勝2位流通経済大学入れ替え戦（vsJFL15位）地域決勝3位ホンダロック地域リーグ残留

 地域リーグ→JFL 
レギュレーション変更により、全国地域リーグ決勝大会1位の三菱自動車水島、2位の流通経済大学、3位のホンダロックSCがJFLへの自動昇格となった。

 海外遠征 
8月10日から24日にかけてサウジアラビア・アブハーで行われた第8回国際親善サッカー大会「アブゥドラ アルファイサル プリンスカップ」にJFL選抜チームを結成し参加した。大会方式は、参加10チームを2グループに分けて総当りの予選ラウンドを実施し、各グループの上位2チームが決勝トーナメントに進出する。

 参加スタッフ・選手 

 スタッフ 
役職名前所属チーム監督 田中真二 大塚製薬コーチ 安間貴義 Honda FC

 選手 
PosNo.選手名所属チームGK1 川北裕介 大塚製薬DF2 三本菅崇 群馬FCホリコシ3 石川裕司 大塚製薬4 石井雅之 Honda FC5 安部裕之 6 加藤寿一 ザスパ草津MF7 横山寛真 栃木SC8 筒井紀章 大塚製薬9 川崎元気 アローズ北陸10 濱岡和久 愛媛FC11 宇留野純 Honda FC12 増田勝文 13 堀田利明 栃木SC14 石川裕之 15 佐田聡太郎 ザスパ草津16 寺田武史 17 小山大樹 群馬FCホリコシFW18 大島康明 大塚製薬19 新田純也 Honda FC20 松永一慶 栃木SC21 北川佳男 アローズ北陸GK22 小島伸幸 ザスパ草津

 試合結果 

この結果、1勝1分2敗で予選ラウンド敗退が決まった。