第5回日本フットボールリーグは、2003年3月30日から同11月23日にかけて行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。大塚製薬サッカー部が優勝した。

参加クラブ
2003年シーズンのJFLのクラブは以下の通りである。このうち佐川印刷SCが前シーズンの全国地域サッカーリーグ決勝大会からの昇格クラブである。また横河電機がクラブ化し、横河武蔵野FCとなった。

※前年度成績=特記なきものは第4回JFL（2002年）の成績である。
呼称正式名称監督主なホームゲーム会場前年度成績備考Honda FC本田技研工業株式会社フットボールクラブ　ホンダ都田サッカー場1位佐川急便東京SC佐川急便株式会社東京サッカークラブ　江東区夢の島競技場2位大塚製薬大塚製薬株式会社サッカー部　徳島県鳴門総合運動公園陸上競技場徳島市球技場3位ソニー仙台FCソニー仙台フットボールクラブ　仙台スタジアム七ヶ浜サッカースタジアム4位国士舘大学国士舘大学サッカー部　町田市立陸上競技場5位愛媛FC愛媛FC　愛媛県総合運動公園球技場同陸上競技場6位横河武蔵野FC横河武蔵野フットボールクラブ　武蔵野市立武蔵野陸上競技場7位クラブ化（横河電機）YKK FCYKKサッカー部　魚津市桃山運動公園陸上競技場8位佐川急便大阪SC佐川急便株式会社大阪サッカークラブ　大阪市鶴見緑地球技場9位デンソーデンソーサッカー部　刈谷市総合運動公園多目的グラウンド10位FC京都1993FC京都BAMB1993　京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場11位栃木SC栃木サッカークラブ　栃木県グリーンスタジアム12位SC鳥取SC鳥取　東山運動公園陸上競技場鳥取市営サッカー場13位アローズ北陸北陸電力サッカー部アローズ北陸　富山県岩瀬スポーツ公園サッカー・ラグビー場富山県五福公園陸上競技場14位ジヤトコジヤトコサッカー部　愛鷹広域公園多目的競技場15位残留（入れ替え戦）佐川印刷SC佐川印刷株式会社サッカークラブ　京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場関西1部1位地域決勝2位昇格（入れ替え戦）

 レギュレーション 

 リーグ・試合形式 
年間2回総当り、1チーム30試合（全240試合）を行い、勝ち点により順位を決定する。全30節を15節ごとに前期・後期に分け、前期の順位によって天皇杯の出場権が与えられる。
試合は前後半90分で行い、決着がつかなければ引き分けとなる。勝利には勝ち点3、引き分けには勝ち点1、敗北には勝ち点0が与えられる。
Jリーグ参入の成績面の条件は年間順位2位以上。その上でJリーグ臨時理事会の承認を得られれば次年度からJ2に参入することができる。
自動降格となるチームはなし。年間順位15位・16位のチームは全国地域リーグ決勝大会の1位・2位のチームと入れ替え戦を行う。

 天皇杯への出場枠 
前期終了時の上位2チームに第83回天皇杯の出場権が与えられる。

 強化費 
各試合において1得点につき3万円を支払う。
また、「企業チーム」「クラブチーム」「大学チーム」別の最終順位により下記の強化費を支払う。
企業チーム（Honda FC、佐川急便東京SC、大塚製薬、ソニー仙台FC、YKK FC、佐川急便大阪FC、デンソー、アローズ北陸、ジヤトコ、佐川印刷SC）
1位-50万円
2位-40万円
3位-30万円
クラブチーム（愛媛FC、横河武蔵野FC、FC京都1993、栃木SC、SC鳥取）
1位-50万円
2位-40万円
3位-30万円
大学チーム（国士舘大学）
奨学金として50万円

 年間順位 
順位 チーム名勝点勝 分 負 得点 失点 差 備考1大塚製薬7223346521+442Honda FC6721457330+433愛媛FC5617585539+164佐川急便大阪SC5416684829+195佐川急便東京SC5215785437+176YKK FC50155105638+187ジヤトコ48153124544+18栃木SC4512994835+139ソニー仙台FC45136114644+210SC鳥取37107134550-511国士舘大学34104163664-2812デンソー3295164151-1013横河武蔵野FC2992193265-3314アローズ北陸2776172347-2415佐川印刷SC2156193162-3116FC京都19931024242668-42

備考
 Jリーグ参入ライン 入れ替え戦ライン

 個人成績 

 得点ランキング 
順選手名得点所属 1 古橋達弥 31 Honda FC 2 大島康明 19 大塚製薬 3 友近聡朗 18 愛媛FC 4 山根伸 16 SC鳥取 馬目茂樹 佐川急便東京SC

 個人表彰&ベスト11 
Pos選手名所属 GK・新人王 川北裕介 大塚製薬 DF 谷池洋平 石川裕司 向島満 Honda FC 石井雅之 MF・MVP 吉成浩司 大塚製薬 MF 筒井紀章 濱岡和久 愛媛FC FW 友近聡朗 FW・得点王 古橋達弥 Honda FC FW 横山貴之 佐川急便大阪SC 敢闘賞 関口隆男 大塚製薬

 入れ替え 

 JFL→J2 
上位2位のチームがJリーグへの参加を希望していなかったため、この年はJ2に加盟するチームは無かった。

 JFLからの脱退 
ジヤトコが、この年限りでチーム解散となり、JFLから脱退することとなった。

 チーム減によるレギュレーション変更 
撤退により1チーム減少したため、JFLと地域リーグ間の昇降格のレギュレーションが以下のように変更された。
順位チーム変更前変更後JFL15位佐川印刷SC入れ替え戦（vs地域決勝2位）JFL残留JFL16位FC京都1993入れ替え戦（vs地域決勝1位）入れ替え戦（vs地域決勝2位）地域決勝1位ザスパ草津入れ替え戦（vsJFL16位）JFL自動昇格地域決勝2位群馬FCホリコシ入れ替え戦（vsJFL15位）入れ替え戦（vsJFL16位）

 地域リーグ→JFL 
レギュレーション変更により、全国地域リーグ決勝大会1位のザスパ草津がJFLへの自動昇格となった。

 入れ替え戦 
レギュレーション変更により、JFL16位のFC京都1993と全国地域リーグ決勝大会2位の群馬FCホリコシが入れ替え戦を行う事となった。
ホーム・アンド・アウェー方式で2試合行う。
各試合ごとに勝利チームに勝点3、引分の場合は両チームに勝点1を与え、2試合の勝点合計が多いチームを勝利チームとする。
2試合の勝点で並んだ場合は得失点差の多いチームを勝利チームとする。
得失点差でも並んだ場合は第2戦終了後に15分ハーフの延長戦（Vゴール方式）を行い、それでも勝敗が決しない場合はPK戦で勝利チームを決定する（アウェーゴールルールは採用されない）。

この結果、2戦2勝とした群馬FCホリコシがJFLへ昇格、敗れたFC京都1993は地域リーグ（関西サッカーリーグ）降格が決定した。

 海外遠征 
7月6日から11日にかけてミャンマーとインドネシアで遠征を行った。

 参加スタッフ・選手 
PosNo.選手名所属チーム監督-安間貴義 Honda FCGK1 中村元 DF2 河村統 FC京都19933 石井雅之 Honda FC4 堤健吾 YKK FC5 濵野勇気 6 向島満 Honda FCMF7 小原一展 SC鳥取8 川島啓吾 Honda FC9 星出悠 YKK FC10 古橋達弥 Honda FC11 宇留野純 12 山崎邦夫 SC鳥取13 池上寿之 横河武蔵野FC14 上赤坂佳孝 FC京都199315 濱岡和久 愛媛FC16 西原拓己 デンソー17 石川裕之 栃木SCFW18 長谷川満 YKK FC19 小林羊汰 アローズ北陸20 伊藤智弘 デンソー21 板橋裕也 栃木SCGK22 中川雄二 YKK FC

 試合結果