新世紀エヴァンゲリオンの用語一覧（しんせいきエヴァンゲリオンのようごいちらん）では、アニメ・漫画『新世紀エヴァンゲリオン』に登場する用語について解説する。

『新劇場版』で初出の用語については#新劇場版で初出の用語でまとめて記述する。

なお、本稿では1995年から1996年にかけて放送されたテレビアニメ作品をテレビ版、1997年から1998年にかけて公開された一連の劇場作品を旧劇場版、テレビ版と旧劇場版をまとめて扱う場合は旧世紀版、貞本義行によるコミカライズ作品を漫画版、2007年から2021年にかけて公開された一連の劇場作品を新劇場版と略記し、『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序』は『序』、『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破』は『破』、『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』は『Q』、『シン・エヴァンゲリオン劇場版𝄇』は『シン』と略記する。

 エヴァンゲリオン 
 エヴァンゲリオン
 
 正式名称は「汎用人型決戦兵器人造人間エヴァンゲリオン」。略称はEVA（エヴァ）。
 人類が14年の歳月と、天文学的な経費をかけて製造した巨大な人造人間。生命の起源であり神に近い存在とされる第1使徒アダムまたは第2使徒リリスを複製し造られた素体に装甲板（実際は本来の力を抑え込むための拘束具）をつけることにより運用可能としたもの。A.T.フィールドを展開できるため、襲来する使徒を殲滅できる唯一の兵器とされる。しかし建造された真の目的は「人類補完計画」を遂行するためだとされる。
 チルドレン
 EVAのパイロットに選ばれた子供のこと。適格者とも。使徒であったカヲルを除き、母親のいない14歳の少年少女である点が共通している。「ファースト・チルドレン」など、1人を示す場合でも単数形のチャイルド（child）ではなく複数形（children）で呼称される。ただし、英語版のアニメやコミックではchildに直されている。
 新劇場版では「第○の少年（少女）」と呼ばれ、「チルドレン」という語は使われなくなった。
 プラグスーツ
 EVAのパイロットが着用するタイトな戦闘用スーツ。パイロットのサポート（神経接続の補助、衝撃や温度変化の緩和、生命維持）をするのが目的であるため、必須なものではない。神経接続を効率よく行うため、パイロットは下着などを身に着けない。プラグスーツを着た後、左手首にあるスーツフィットスイッチで身体にフィットさせて着用する。中央には心肺蘇生のための電気ショック発生装置である丸いパーツがあり、左手甲部には各モード情報を表示するハンドモニターがある。基本的なデザインは似ているが男性用、女性用ほか、パイロットごとにカラーリングは異なる。また局地仕様の耐熱耐圧仕様のプラグスーツもあり、右側のスイッチで熱からパイロットを守るためにスーツが膨張するようになっている。
 デザインした貞本義行によると、ウォータースポーツなどに用いられるドライスーツが原型となっているとのこと。
 新劇場版では標準デザインのスーツの他に旧型、テスト用など異なるデザインのプラグスーツが登場した。
 『破』冒頭で仮設5号機への搭乗時にマリが着用していた旧型プラグスーツは、大型のヘルメットを着用する必要がある、腕部から伸びたケーブルがインテリアと接続されているなど、他のEVAパイロットのスーツに比べて機能が洗練されていない。またマリによれば「胸がキツくてやだ」とのこと。
 『破』中盤の3号機の起動実験の際にアスカが着用したテスト用プラグスーツは、通常のスーツに比べてインターフェースヘッドセットが大型化している他、胸部から腹部、背部がシースルー素材となっている。アスカ曰く「見えすぎ」。元は旧作の制作当時にプラグスーツのデザイン案の1つとして提案されたもので、新劇場版の制作にあたってリデザインの上再利用された。
 『Q』では前半と後半でアスカ、マリの着用しているスーツのデザインが変わっているが、これについては作中では特に触れられていない。また『シン』序盤ではシンジ、アヤナミ（仮）が着用していたスーツはTV版と異なり右手首内側にバッテリー残量減少を示す通知が表示されたほか、アスカのスーツを電気自動車の電源を利用して充電する描写がある。
 『シン』中盤のヤマト作戦時にアスカ、マリが着用した深々度ダイブ用耐圧試作プラグスーツは白地にブルーグレーと各乗機のベースカラー（アスカは2号機の赤、マリは8号機のピンク）の彩色が入ったデザインとなっている。機能については不明。
 インターフェイス・ヘッドセット
 EVAパイロットが頭部に装着するカチューシャ型のインターフェイス。EVAとのシンクロのため、パイロットの神経パルスをピックアップし、増幅する重要な装置。神経パルスは個人差があるため、各パイロットごとに調整がなされている。重要な装置であるため、プラグスーツを着用していない場合でもこれだけは装着している場面がたびたび見受けられる。ただし装着せずに実験を行ったケースもあり、必須なものではない。設定資料には「作画の手間を考え、つるは描かなくてよい」と指示がある。
 アスカや、新劇場版で登場したマリのものは髪留めと一体化しており、EVA操縦時以外でも身につけている。
 L.C.L.
 EVAのコックピット（エントリープラグ）内に注水される液体。肺の中に満たすことで液体呼吸を可能にし、電荷することで分子配列を変化させ擬似的なスクリーンを形成し、神経接続もこれを媒介に行っている。また精神防壁、物理防壁の役割も持つ。エントリープラグ内には循環装置が設けられているが、L.C.L.自体も浄化能力を持ち、それが失われると血のような生臭さを放つ。色はオレンジだが、場面によっては赤味を帯びている。
 パイロットはL.C.L.内でも問題なく身軽に動くことも喋ることも見聞きすることもでき、また他の液体（血や涙など）と混ざる様子もない。劇中トウジとケンスケが初号機に乗り込んだ際ケンスケはビデオカメラを心配していたが、テレビ版でアスカがコックピット内でイヤホンを使用しており、『破』でレイがシンジのS-DATを持ち込んでいることから、機器に障害をもたらすこともない。
 L.C.L.はリリスの体液であり、生命のスープと呼ばれ、生命がA.T.フィールドを失い還元されたものでもある。リリスが磔にされているNERV本部最深部のターミナルドグマは、L.C.L.プラントとも呼ばれる。
 フィルムブックではLink Connected Liquidの略称と解説されているが、初期DVD1巻に収録された解説や劇場版パンフレットではこれは誤りとされた。後に出版された『エヴァンゲリオン・クロニクル』では「一説では～ともいわれる」「～とも言われているが、その真偽のほどは定かではない」と断定を避けている。しかし、新世紀エヴァンゲリオン絵コンテ集では、L.C.L.について「リンク コネクト リクウィッドの略」という記述がある。
 エントリープラグ
 EVAパイロットが乗り込む白色の細長い円筒状コックピット。内部にはパイロットシートとコントローラーが一体化した「インテリア」が収納されるようになっており、EVA搭乗時には上部のメインハッチが開閉され、パイロットはインテリアと共にプラグ内に収容される。プラグはEVAの頚椎に相当する部分から挿入され、先端についている神経接続用探査針を通してEVAとパイロットの接続が行われる。
 また脱出用ロケットノズル8機（零号機は4機）とパラシュートも備わっており、緊急時にはプラグが射出される脱出装置としての機能も有している。外部から手動で開けられる非常用ハッチほか、初号機以降のモデルでは内部から開けられる非常用ハッチもあり、側面にはL.C.L.排出用の排水口が数点（6〜8個程度）存在し、緊急時には速やかにL.C.L.が排出される。
 プラグ内におけるインテリアの深度位置は「プラグ深度」と呼ばれ、インテリアがコアに近いほどEVAとパイロットの接続度合いは強くなるが、それに比例してEVAからの侵食や精神汚染リスクは上がる。エントリープラグ挿入時に深度調整されるほか、シンクロ率に応じて移動する仕組みになっている。管制室モニター上に於ける、プラグ深度を表す境界線にはそれぞれ名称が設けられており、浅い順から「Safe Depth Limit」→「Absolute Depth Limit（+80）」→「Terminal Depth Limit（+90）」→ 「The Great Beyond Depth（+100）」と4段階表記されている。作中において、プラグ深度100を超えた時点で管制室から精神汚染危険域と判断され、EVA開発責任者である赤木リツコはこれを「人ではなくなってしまう」と表現している。
 ダミーシステム
 パイロットなしでEVAを稼働させるため、EVAにパイロットの存在を誤認させるシステム。ダミーシステムを用いた専用の赤色のエントリープラグはダミープラグと呼ぶ。パイロット搭乗時に制御をダミーに切り替えると、赤色に点灯したモニターで外部は見えるものの一切の制御を受け付けなくなる。第17話では「パイロットの思考の真似をする、ただの機械」であり、レイのパーソナルが移植されているとされた。しかし第22話では、実際にはレイの複製体をコアに用いたものであることが明かされた。
 第18話では戦闘を拒否したシンジに替えてダミーシステムがEVA初号機に接続され、第13使徒バルディエルに寄生されたEVA参号機を殲滅。ただし劇中では複数回「問題がある」と言及されており、第19話ではEVA初号機の単独起動に失敗している。旧劇場版第25話で登場したEVA量産機には「KAWORU」と書かれたダミープラグが使用されている。
 ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』ではダミーシステムとは人工的な魂であり、EVAを動かす程度の機能しか持たせられなかったとある。魂の複製を研究する過程の産物で、ユイやキョウコの事例は失敗例だとされている。
 『破』ではダミープラグに「特1号」という名称が付けられており、プラグの色はメタリックブラックとなっている。3号機との戦いではあらかじめシンジがダミープラグに搭乗して出撃している。テレビ版とは演出が異なり作動中は特殊なマニピュレータがパイロットの上に覆い被さる形となり、プラグ内のモニターもOFFとなって外部状況がわからなくなる。
 シンクロ率
 EVAとパイロットとの神経回路の同調率のこと。この値が高いほどにEVAを自在に動かせるが、フィードバック（EVAの損傷などに伴うパイロットの痛みなど）も大きくなる。ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』によれば、シンクロとはパイロットの意識（自我）を拡大し、EVAの意識に干渉させることとも示唆されており、第19話でEVA初号機がシンクロ率400%を記録した際には、パイロットは自我境界＝A.T.フィールドを失い、肉体はL.C.L.（生命のスープ）に還元され、魂はEVAのコアへと同化した。
 ヘイフリックの限界
 第21話に登場するEVAの細胞再生可能限界。heiflickについてはテロメア、細胞老化、ヘイフリック限界参照。
 アンビリカルケーブル
 EVAに電力を供給するためのケーブル。3極の電源コンセントで、機体背部にマウントする仕組みとなっている。EVA本体による手動脱着のほか、爆砕ボルトによる強制除去が可能。ソケット部分には、落下時の損傷を抑えるためのスラスターが組み込まれている。第3新東京市の各所にある電源ビルには予備ケーブルが装備されているほか電源車などでケーブルを運用することが可能となっており、EVAの広域活動を可能としている。 
 名前は臍帯（へそのお）=umbilical cordから取られたもの。一般的には無人潜水艇やロケットなどに電源や信号を供給するケーブルのことを指し、特別な造語ではない。

 ロンギヌスの槍
 二叉の巨大な槍。先端はスパイク状になっており、持ち手は刀身が一続きに二重螺旋を描いてすぼまっている。色はクリムゾン系の濃赤色。通常兵器ではほぼ突破不可能なA.T.フィールドを貫通する、一度A.T.フィールドによって阻止され停止した状態から自発的にA.T.フィールドを破り目標に刺さるなど特異的な能力を持つ。また投擲時には全体が二重螺旋の細長い投げ槍状になるなど形状も変化する。
 劇中では2000年に死海から南極に運ばれて地下で実験に用いられた後（ビデオフォーマット版第21話）、2015年にNERVによって第3新東京市に運ばれ（第12話）セントラルドグマのリリスに刺された（第14話）。第15使徒アラエル出現時に衛星軌道上の目標を撃破するために投擲され月軌道に到達（第22話）、その後は月面に刺さっていたもののNERV本部への戦自侵攻時にシンジの激昂に応じて飛来する。ロンギヌスの槍が帰還したことで人類補完計画が発動されるが、シンジによって補完が破綻した後は共に補完で用いられたレプリカを消滅させ、初号機とともに宇宙へと旅立った（旧劇場版第26話）。
 旧劇場版で補完の際用いられたレプリカは形状は同じだが灰色をしており、当初は大型の両刃剣に姿を変えてEVA量産機が装備していた。抵抗する弐号機に向けて投擲された際に本来の姿に戻り同機を撃破、補完発動時はレイと同化した量産機が己がコアに槍を突き刺すことで地球生命をL.C.L.に還元した。最終的にはオリジナルの放った光によってL.C.L.に変えられ消滅した。
 ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では、生命の種＝始祖アダムや始祖リリスとセットの意志を持った一種の生命体であり、種が第一始祖民族の目的に沿わない時に活動を止めるための保安装置だとされている。劇中で登場する槍は南極でアダムと共に発見されたもので、リリスの槍はファーストインパクトの衝撃で離ればなれになったか破壊されたかで未発見となっている。また劇中でリリスに刺されたのは、リリスの成長を最終段階で停止させるためとなっている。
 新劇場版ではセカンドインパクト時に複数本が存在した描写がされ、『破』ではコピーである対使徒専用殲滅兵器「簡易式ロンギヌスの槍（似非復元型）」がEVA仮設5号機の装備として登場。『Q』では、2本のロンギヌスの槍がセントラルドグマにあるリリスの骸に刺さっていた（うち1本はEVA Mark.06も貫いていた）。『シン』では希望の槍カシウスと対をなす絶望の槍と呼ばれ、持つ者によって相互に形を変える、世界を書き換える力を持つ人類ではないものが遺した聖なる槍であるとされた。
 2015年1月30日、エヴァンゲリオン20周年公式企画として、「ロンギヌスの槍を月に刺すプロジェクト」が開始した。民間月面探査団体HAKUTO全面協力のもと、1億円を目標にクラウドファンディングが行われたが、期日の4月5日までに到達しなかったためプロジェクトは中止された。このプロジェクトでは、全長240mm、重量30gのチタン合金製のロンギヌスの槍をロケットおよび月着陸船で月面に運び、実際に月面に刺すことを目的としていた。ロケット打ち上げは2015年末から2016年末までの予定だった。なお、このクラウドファンディングの支援額54,695,000円は、当時の日本でのクラウドファンディングの史上最高額である。
 名前は十字架に磔にされたイエス・キリストを刺した「聖槍」から。

 使徒 

 アダム
 第1使徒と呼ばれる生命体の源。中央にコアが見える光の巨人。太古から南極大陸の地下に存在し、第3から第17までの使徒を生み出した存在（ただし第17使徒は人為的に作りだされたもの）だとされている。劇中ではターミナルドグマに磔にされている白い巨人のことをアダムと呼称していたが、後にそれはリリスであることが判明した。
 2000年、ゼーレとゲンドウらは葛城調査隊を利用し、他の使徒が覚醒する前にロンギヌスの槍を使いアダムを卵にまで還元することで被害を最小限に食い止めようとし、結果セカンドインパクトを発生する。それにより魂はどこかへ消え、肉体はバラバラになって退化した。後に、アダム計画により肉体は胎児状にまで復元され、硬化ベークライトによって固められたサンプルは、加持リョウジによって碇ゲンドウに横流しされ、ゲンドウの右手へと移植された。漫画版ではゲンドウが胎児状のアダムを経口摂取し、自らの肉体に取り込むシーンがある。また魂はゼーレにより人型の肉体を与えられ、渚カヲルとなる。由来は創世記のアダムから。
 リリス
 第2使徒と呼ばれる生命体の源。ジオフロントのターミナルドグマに磔にされている白い巨人。アダム系の生命を除く、現在地球上にいる全ての生物はこのリリスが由来であり、その最果てに生み出されたのが第18使徒リリン＝人間である。劇中ではNERV上層部の人間以外にはその存在が伏せられており、さらにそれがアダムであるかのような情報操作が行われていた。魂は抜かれており、それは魂の宿らなかった綾波レイの肉体へと移植されている。
 新劇場版においてはNERV本部最深部のL-EEE（レベルトリプルE）と呼ばれる場所に当初よりロンギヌスの槍で磔にされており、サードインパクトのトリガーとなるものであるとミサトに語られている。シンジが戦う意思を固めた要素のひとつでもある。
 A.T.フィールド（Absolute Terror FIELD）
 全ての生命が自らを形成するべく持っている自我境界、排他的精神領域であり、人間は自らの肉体を形成し個体を維持する程度の強さしか持たないが、使徒やEVAはそこからさらに防御壁（バリアー）の一種として展開できるほどの強力なA.T.フィールドを持つ。その際には位相空間や相転移空間とも呼ばれ、強力になるにつれ視覚化し、さらには物質化され、極めて高い防御力を発揮する。N2兵器含め通常兵器ではほぼA.T.フィールドを突破できずダメージを与えることができないが、A.T.フィールド同士では中和したり強引にこじ開けることが可能であり、それゆえEVAが唯一使徒に対抗できうる兵器だとされる。第5使徒ラミエル戦では、A.T.フィールドを貫くエネルギー産出量は、最低1億8000万キロワット（日本中の電力）が必要とされた。使徒レリエルのように構造の形成に重要な役割を果たしているものもある。
 前述したとおり、A.T.フィールドは全ての生命が自らを形成するべく持っている自我境界であるため、自我＝A.T.フィールドが完全に消失すると、生命は肉体を維持できなくなりL.C.L.へと還元してしまう。シンジがエヴァ初号機に取り込まれたのは、エヴァとの境界線が消失したためである。
 略称の英語表記については原作オープニングのカットインに登場する（1分10秒ごろ）。正式な訳語は「絶対恐怖領域」だが、略して「絶対領域」と表記されることもある。また、新劇場版「序」のDisc02では「絶対不可侵領域」となっている。
 監督の庵野秀明は書籍『スキゾ・エヴァンゲリオン』の対談で「A.T.フィールドは心の壁のようなもの」と語っており、実際に劇中でも渚カヲルがA.T.フィールドのことを「心の壁」と称していた。原動力はリビドー（生、性の欲望）であるとされる。
 アンチA.T.フィールド（Anti Absolute Terror FIELD）
 A.T.フィールドの正反対のものであり、アダムやリリスといった「生命の起源」たる使徒が展開しており、量産機や初号機はS2機関を解放することで発生させている。物質を融解させたり、個体生命はこのアンチA.T.フィールドの干渉を受けると、デストルドー（死、破壊の欲望）の形而下により自我境界＝A.T.フィールドが弱体化し、消失してL.C.L.に還元されてしまう。
 また、ロンギヌスの槍もA.T.フィールドを無力化する力を持ち、セカンドインパクトの際にはアダムはロンギヌスの槍を刺されたことでアンチA.T.フィールドを展開させられる形となった。ゲーム「新世紀エヴァンゲリオン2」では、カヲルが槍を呼び使うことで自分や使徒を還元したと思われる場面も存在し、劇場版では槍の放った光によりレプリカの槍がL.C.L.へと還元させられた。
 新劇場版では『Q』の冒頭で2号機を急襲したMark.4Aが2号機のA.T.フィールドをアンチA.T.フィールドで破り、散弾攻撃を行うシーンがある。
 S2機関
 スーパーソレノイド機関の略称。「エスツーきかん」と呼称される。葛城博士がその理論を提唱し、第1使徒アダムの発見によりその実在が初めて確認された、使徒が体内に持つ永久機関（生命の実）である。スーパーソレノイドとは遺伝子の二重螺旋構造を形成するDNA分子の集合体を指す言葉であり、葛城博士はこの構造から無尽蔵のエネルギーを引き出せると考えた。
 殲滅した第4使徒の残骸から入手したS2機関はドイツ支部にて修復され、米国NERV第2支部においてEVA4号機への搭載実験が行なわれるが、その実験中に原因不明の事故により4号機はおろか周囲89キロ、NERV第2支部ごと消失してしまう。しかしドイツ支部に残っていたデータにより実用化され、旧劇場版第25話で登場するEVA量産型に搭載されることになる。一方でEVA初号機は、第14使徒・ゼルエルを捕食し直接S2機関を体内に取り込むことになる（第19話）。これによりEVA最大の懸案である活動限界を克服したとされているが、これはゼーレの計画にはない事態であった。企画書案では陽電子機関と称されていた。
 波長パターン
 人間や使徒は独自の波長パターン（Blood Type）を持っており、「パターン青」と判断されれば使徒とされる。使徒でない場合はオレンジであるが、具体的にどう違うのかは劇中では語られなかった。またパターンが青とオレンジの間を遷移する、または自在に変換できる使徒も存在する。リリスはパターン青を示しながらも、同時にヒトであるとも判断された。
 A.T.フィールドにもパターンはあるようで、劇場版ではシンジのA.T.フィールドからパターンレッドが検出されている。他にも初号機に取り込まれた碇シンジのサルベージ中に、デストルドー反応についてパターンセピアが確認されたことがある。
 「パターン青」の由来は、現実の1978年公開の東宝映画『ブルークリスマス』からであると公式にはアナウンスされている。
 第1始祖民族
 企画書段階で存在した設定で、使徒やEVAの元になった巨大人造人間「アダム」を造った先史知的生命体。
 ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では、ストーリーに沿う形で小笠原諸島海溝に沈んだ物体を引き上げることで第1始祖民族の情報が得られるイベントがあり、関連性は不明だが、これは『ふしぎの海のナディア』最終回でレッドノアから帰ってきた宇宙船とも思えるものであった。
 その情報によれば、はるか昔に宇宙のどこかにヒト型の知的生命体が存在していた。彼らは自らの星が滅びる運命だと知ったことで、自分たちを生命の根源の姿にまで戻し、いくつかのグループに別れ、それぞれ月に乗り宇宙へと旅立った。月には多くの魂のほか、その魂に肉体を与え生み出す存在である生命の種、そしてその生命の種を止めるための保安措置であるロンギヌスの槍が入っており、旅立つ際に、生命の種は知恵の実か生命の実かを選ばされたとされる。
 地球には生命の実を得た「アダム」と、知恵の実を得た「リリス」という2種類の生命の種が落ちた。先に地球に到達したのはアダムを乗せた「白き月」であり、これは現在の南極大陸に存在した。しかし後にリリスを乗せた「黒き月」も地球に落下する。そしてこの時の衝突が、月形成の原因となったジャイアントインパクトだとされる。この後、地球を支配するのはリリスより生まれた生命であり、その進化の果てに人類、すなわちリリンがいる。一方、アダムより生まれた生命＝使徒は西暦2015年に至るまで活動することはなかった。使徒と人類の戦いは、地球の正当な支配者の位置を巡る争いであることが、ビデオ化以降に追加されたシーンでもゼーレの口より語られている。

 組織 

 特務機関NERV（ネルフ）
 正式名称は国際連合直属非公開組織 特務機関NERV。ゲヒルン（後述）を発展解消して2010年に設立された、使徒殲滅を主要任務とする国連直属の超法規的組織。ドイツ語で神経の意味。本部の所在は日本国の芦ノ湖北湖畔の第3新東京市の地下、箱根大深度地下大規模空間（ジオフロント内）にあり、最高司令官は碇ゲンドウ、副司令官は冬月コウゾウ。また米国に第1・2支部、ドイツに第3支部を擁し、その他にも中国など世界各国に支部がある。
 国連から絶大な権限を委譲されており、使徒殲滅作戦時には国連・日本国政府から作戦指揮の全てを委任されている。EVAを複数保有し、2015年現在、E計画・アダム計画・人類補完計画の3つのプロジェクトも極秘裏に進めている。国連直属の準軍事組織として、一定程度の訓練を受けた武装職員を雇用している。「非公開組織」となっているものの、少なくとも第3新東京市の住民にとっては存在は公然の秘密のようである（その前に第三新東京市は秘匿性を高めるためにNERV関係者と今まで定住してきたものしか住むことが許されない）。外部から接触できる「広報部」が存在し、ヤシマ作戦の際にはトウジとケンスケからの激励のメッセージをシンジに伝えているシーンがある。
 第14使徒ゼルエル戦で本部施設は半壊し、損壊が激しい第一発令所は破棄され予備の第二発令所に移行された。
 実質的にはSEELEの下部組織にあたり、SEELEの計画を実行する組織として存在しているが、NERV司令のゲンドウや冬月らは極秘裏にSEELEとは別の人類補完計画を目論んでおり、旧劇場版ではその対立が顕在化、SEELEの差し金により日本国政府からA-801（特務機関NERVの法的保護の破棄および日本国政府への指揮権の委譲）を発令され、事実上の降伏勧告と共に日本国政府およびNERV各支部からMAGIへのハッキングを受けるがこれを回避、よって、戦略自衛隊による直接占拠に乗り出され、NERV本部はあくまで対使徒を前提とした施設であり、侵入者迎撃用の予算も縮小されていたために錬度・装備とも戦略自衛隊に劣り、最終的には第二発令所までの侵攻を許してしまう。
 シンボルマークの意匠に取り入れられているイチジクの葉は、旧約聖書におけるアダムとイヴの顛末（失楽園）より。知恵の実を手にしたためにエデンの園から追い出された人類の原罪を表しており、葉が半分なのは園にあるもう一つの実である生命の実を手にしていないから。なお、シンボルマークの下部に書かれている「GOD'S IN HIS HEAVEN. ALL'S RIGHT WITH THE WORLD.」（訳：神は天に在り、全て世は事もなし）は、ロバート・ブラウニングの詩『ピッパが通る』の一節から引用された。漫画第1巻の初版では、シンボルマークの一文が今とは違ったものになっていた（現在では修正）。ニュータイプ100%コレクションに掲載されているシンボルマークには「NEO EATH OF RETARN VERERASION TEAM」となっているものがあり、つまりは略するとNERVだが、この設定はアニメ本編では使用されなかったようである（綴り自体に間違いがあるので和訳は出来ない。つまり意味は不明）。
 新劇場版では各国支部の権限が強化され、ほとんど対立関係に近い状態であることが示唆されている（4号機の情報がリツコにすら開示されていなかったこと、日本で稼動している2号機の所有権をユーロが保持し続けられたことなど）。シンボルマークは山下いくとがテレビ版の企画段階において提案した案の一つをサルベージしたものが用いられ、従来のイチジクのマークの背景に「皮を剥かれた」逆さに刻まれた智慧の実とされるリンゴが組み合わされ、イメージが変化している。その新しいロゴは、人類の進化と原罪が示されている。NERVのフォントや詩の位置を変えた別バージョンも存在する。『Q』では旧世紀版と同じ物に変っており、幾何的に単純化された物も使用されている。なお、新劇場版シリーズでは、NERVに関する法律として「特務機関優先保護基本法」が制定されており、法律名が『序』クライマックスのヤシマ作戦でのシーン（通行止めの看板）で登場する。
 ゲヒルン（GEHIRN）
 特務機関NERVの前身となる国連直轄の非公開組織。ドイツ語で脳の意。軍事組織の色彩の濃いNERVとは異なり、あくまで研究機関としての色合いが濃い。実質SEELEの下部組織にあたり、国連直轄の人工進化研究所を隠れ蓑として活動していた。SEELEが求める計画を遂行可能な人材、技術、装備などを揃えるための準備組織としての側面を持ち、MAGIの完成とともに即時解体され、全計画の遂行組織である特務機関NERVへと移行した。
 初期案では『ふしぎの海のナディア』のネオアトランティスの残党にする案もあった。
 人工進化研究所
 箱根の芦ノ湖ほとりにある国連直轄の研究機関。国連直轄の諮問機関である人類補完委員会により設立され、研究所はアダムの破片を手に入れたことでSEELEの強い介入を受けたとされる。それにより組織体形が強化され、非公開組織であるゲヒルンが設立された。そのため、実際は非公開組織ゲヒルンの隠れ蓑としての施設となっており、地下のジオフロント内にある現NERV本部がゲヒルン本部である。
 ゼーレ（SEELE）

 太古より世界を裏から操っていると云われる秘密結社。元は宗教団体であり、作中の時代では国連を隠れ蓑に活動している。使徒などに関する預言が書かれている「裏死海文書」を所持し、それを元にした遠大なシナリオに沿って行動している。巨額の富を持ち自身の宗教の遺構調査の資金援助も良くこなしていた。その中で「裏死海文書」を発掘したことで、己の教義＝神への道へと立ち返ったとされる。アダムの発見は確信となり、セカンドインパクト前後にして、箱根のリリスの発見、人工進化研究所とゲヒルン、人類補完委員会の設立、使徒との戦いをにらんだ国連主導の世界構築などを行った。意志決定会議に参加するメンバーは12人であり、その首魁は人類補完委員会議長でもあるキール・ローレンツ。その会議はモノリスをアイコンとしたホログラムを介して行われる。組織名はドイツ語で魂の意。7つの目のマークは「黙示録の仔羊」から引用されている。
 新劇場版では出渕裕の手によってマークが改められ、従来の7つの目に「知恵の実」とされるリンゴと、イヴにそれを食すよう唆したヘビが加えられ、マークの中心にはフリードリヒ・フォン・シラーの詩「歓喜に寄せて」（ベートーヴェン交響曲第9番第4楽章合唱の歌詞の原詩）の一節、"Überm Sternenzelt richtet Gott, wie wir gerichtet."（星空の上で神が裁く、我等がどう裁いたかを）が書かれている。またメンバーの数も7人に減っている。
 人類補完委員会
 人類補完計画に関するすべての意思決定機関であり、国連直属の諮問機関。業務は特務機関NERVの監督とその予算確保。実態はゼーレが国連を動かすための隠れ蓑となっている。ゼーレのメンバーによって構成されており、メンバーは米・英・独・仏・露の代表者5名と碇ゲンドウ。議長はキール・ローレンツ。
 マルドゥック機関
 表向きは「EVA操縦者選出のために設置された人類補完委員会直属の諮問機関」とされている。108の関連企業を持つがそのほぼ全てがダミーであり、また役員名簿にはNERVや人類補完委員会の面々が名を連ねていることから、加持は機関そのものがダミーで陰で操っているのはNERVそのものだと判断している。
 マルドゥックの由来は古代バビロニアの主神で50の異名を持つマルドゥク（マルドゥーク、MARDUK）、関連企業「シャノンバイオ」は村上龍の小説『愛と幻想のファシズム』に登場する巨大企業「シャノン」から。
 国連軍（UN、UN軍）
 2000年に起こったセカンドインパクトの後、国際復興協調路線を掲げた国連の下に組織された軍隊。各国の軍隊を事実上吸収し、その指揮下に置く。そのため、セカンドインパクト以前の国連軍とは比較にならないほどに権限と兵力は絶大である。日本の陸海空の自衛隊も編入されており、東京都府中市の府中基地に正体不明の物体（使徒）の日本国内侵入を監視する総括総隊司令部がある。また、日本はそれとは別に「戦略自衛隊」を持つ（後述）。NERVとは反目しながらも共同して使徒殲滅作戦にあたる。実際はゼーレによって情報操作されており、戦自同様、物語の核心の蚊帳の外に置かれている。また、通常兵器は使徒のA.T.フィールドに通用しないため、対使徒戦に限れば、その攻撃は「税金の無駄遣い」と評される。車輌、艦艇には「UN」と表記されている。
 戦略自衛隊（J.S.S.D.F.）
 セカンドインパクト後の2003年に起こった南沙諸島を巡る中国とベトナムの紛争を機に創設された日本国国防省直轄の軍事組織。新劇場版では日本国内務省の軍事組織。劇中では「戦自」と略されることが多い。英名表記は Japan Strategy Self Defence Forces、略して「J.S.S.D.F.」。
 B・C兵器やN2兵器を保有している。バレンタイン平和維持体制の下で、陸海空の3自衛隊を国連軍に編入された日本にとっては、唯一の独立した指揮系統の部隊である。その軍事力は国連軍（旧自衛隊）をも凌ぐともされ（主要大国の軍隊が名目上は国連軍の一部であるため）、世界最強の軍隊に位置づけられる。当初はNERVに開発途中の自走陽電子砲を提供する形で使徒殲滅に協力することもあった。
 旧劇場版では、ゼーレの思惑によって「NERVがEVAを使って人類滅亡を謀っている」と伝えられた日本政府の命令の元、サードインパクト阻止のためNERV本部へ一個師団が侵攻し施設の大部分を占拠するが、初号機・弐号機の無力化・パイロット殺害に失敗し、サードインパクト阻止はならなかった。
 旧劇場版でのNERV本部への侵攻の際には、レオパルト2A7/A10主力戦車やM551試作軽戦車、高機動車といった独自の装備の他、9A52-4やM290、UN重戦闘機などの国連軍が使用する装備も使用している（カラーリングは地上兵器は茶色、航空兵器は緑色）。また、NERV本部施設内部に突入した歩兵部隊の個人装備は任務の性格上CQB（近接戦闘）に特化した構成となっており、劇中ではH&K G11、ブローニング・ハイパワー、携帯式無反動砲、火炎放射器を使用している他、第二発令所への侵入の際にはバリスティック・シールド（個人携行用防弾盾）を用いている。戦自車輌には英語略称「J.S.S.D.F」と表記される。
 セガのアミューズメント景品モデルとして、一五式腕時計・戦略自衛隊東部方面隊新富士教導団支給モデルや、レプリカバック・戦略自衛隊新習志野第101空挺団支給タイプが販売された。
 戦略自衛隊技術研究所
 略称は戦自研、 茨城県のつくばに技術研究本部を置く、戦略自衛隊の関連組織。テレビ版第6話および『序』でNERVがヤシマ作戦を実行するに当たり、自走陽電子砲を徴発された。

 場所 
<div style="width:250px;float:center;margin:0;position:relative;">箱根山地の地形図
 神奈川県第3新東京市（Tokyo-3･Tokyo-III）
 表向きは「第二次遷都計画に基づき、将来の首都として建設されている都市」という名目の元に建設されているが、実態はNERV本部を狙って襲来する使徒の迎撃のための対使徒迎撃要塞都市。芦ノ湖北岸に位置する。偽装されたミサイルサイロやEVAの武器、電源コードを収納した兵装ビルなどがEVAの戦闘をサポートする。地下にはジオフロントが広がっており、高層ビルを収容することが可能。
 呼称は小松左京原作のSF映画『さよならジュピター』に登場する宇宙船「TOKYO-III」に因んでいる。
 ジオフロント
 第3新東京市の地下にある巨大な空洞。実際は球状であり、直径は13.75km。しかしその89%が土砂で埋まっており、上部に直径6km、高さ0.9kmの空洞がある。
 その中央にはNERV本部があり、上部は22層にのぼる特殊装甲で防護されている。第3新東京市が戦闘態勢に入ると、それに伴いジオフロントの上部からビルが生えてくる（これは天井都市と呼ばれる）。第3新東京市には集光ビルと呼ばれる巨大反射鏡があり、それによってこの地下にも光が届くようになっている。また周りにはリニアレールが螺旋状に敷設されており、上の都市との行き来を可能にしている。その他にもEVA専用の射出台がある。その地下中心部にはセントラルドグマがあり、その先に最深部のターミナルドグマがある。なお、新劇場版ではターミナルドグマとセントラルドグマの位置関係が逆転しており、ターミナルドグマが中心部であり、セントラルドグマが最深部となっている。
 この箱根にあるジオフロントの正体はリリスの卵とも言える「黒き月」であり、またリリス系の生命の魂が生まれ還る場所であるガフの部屋でもある。また、南極にも同様の巨大な球状の空洞があり、そちらも同様にジオフロントと呼ばれる。こちらは白き月と呼ばれるアダムの卵であり、アダム系の生命の魂が生まれ還るガフの部屋でもある。ただしこの白き月はセカンドインパクトの際に破壊され消滅した。
 セントラルドグマ
 ジオフロントの中心部に位置する。ターミナルドグマや水槽、ダミープラグ開発所、EVA素体廃棄所、射撃訓練所、MAGI（マギ）、地底湖につながっている。由来は生物学用語のセントラルドグマ。
 新劇場版では、ターミナルドグマとセントラルドグマの位置関係が逆転しており、ターミナルドグマは中心部であり、セントラルドグマが最深部となっている。
 ターミナルドグマ
 第1使徒アダムが幽閉されているとされる、ジオフロントの最深部。使徒に侵入された場合に備え、自爆装置が設置されている。もっとも、実際に磔にされているのはアダムではなく、第2使徒リリスであった。
 新劇場版では、ターミナルドグマとセントラルドグマの位置関係が逆転しており、ターミナルドグマは中心部であり、セントラルドグマが最深部となっている。
 長野県第2新東京市
 壊滅した旧東京に替わり、遷都された新たな首都。2001年に建造がはじまり、2003年ごろから首都としての機能を果たすようになった。所在地は長野県旧松本市。脚本では当初、長野県長野市松代町となっていた。
 松代
 長野県長野市松代町のこと。NERVの第2実験場が置かれており、EVA3号機の起動実験が行われた。MAGI 2号も置かれている。
 旧東京市三鷹区
 東京都心はセカンドインパクトとその1週間後に投下された新型爆弾により荒廃、日本政府はその再建を放棄し、東京都を廃止して「旧東京市」とした。
 漫画版においては、第3新東京市に来る前のシンジが預けられていた親戚の家の所在地でもあったが、こちらでは「東京都三鷹市」となっている。
 第28放置區域
 水没した後に干拓された、旧東京都心部の一区域の名称。日本重化学工業共同体の実験機「J.A.（ジェットアローン）」の実験場になった。
 神奈川県新横須賀市
 国連海軍の基地があり、艦隊が停泊している港街。かつて在日米海軍基地があった横須賀市は水没したため、一部水没した小田原市を改称整備し、再建したもの。近くには第3新東京国際空港もある。

 兵器 

 N2兵器（エヌツーへいき）
 国連軍・戦略自衛隊が保有する武器のなかで、最大級の破壊力を持つ兵器のこと。地図を描き直さなければならないほど地形を吹き飛ばす威力があるが、使徒に対しては足止め程度にしかならない。N2地雷、N2爆雷、N2航空爆雷などがある。N2とはNo Nuclearの頭文字をとったものとされるが、水素爆弾の起爆剤に「反物質」を使用した純粋水爆という説もある（反応兵器、窒素爆弾も参照）。漫画版当初では「NN兵器」と表記されていた。庵野秀明と親しく本作品にも参加している樋口真嗣が監督した、2006年版の映画『日本沈没』にもN2爆薬が登場する。
 J.A.（ジェットアローン/JET ALONE）
 第7話に登場。EVAの開発に対抗して日本重化学工業共同体・通産省・防衛庁が共同で開発した人型ロボット。遠隔操作で制御されており、パイロットは搭乗しない。核分裂炉を搭載し、150日間無補給で行動が可能だが、メルトダウンなど現行の原子炉と同等の危険も抱えている。 ロボットゆえにA.T.フィールドの展開や中和はできないが、開発責任者の時田シロウは「それも時間の問題」と意に介していない。戦略自衛隊は表向きは開発に関与していないとされるが、実際は技術提供などを行っている。J.A.の存在を邪魔と考えたゲンドウの策略によってOSを書き換えられて暴走し、計画は中止された。
 名前の由来は『ゴジラ対メガロ』に登場したロボットの名前「ジェットジャガー」と、この元になった映画公開前に発表された一般公募作品「レッドアローン」より。
 ゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』では、条件を満たすと改良型「J.A.改」（ジェットアローン改）が登場する。デザインは新規に描き起こされたものである。動力源にN2リアクターを採用したために放射能汚染の心配は無くなったが、機体冷却用に水源を近辺に確保し、常に冷却用の水を取り込み続ける必要がある。NERVへの対抗意識から完成を早めるため、本来手足の駆動実験機に過ぎなかった機体に原子炉を搭載して間に合わせたものがJ.A.と設定されている。攻撃方法は、胴体ごと腕を1回転させて持っているハンマーで殴りつける、相手を掴んで手首にある放電装置から強力な電流を相手に送り込むという、2つの方法がある。これらの攻撃は、A.T.フィールドを持たないJ.A.改でもEVA量産型の撃破に十分なほどの威力を持っている。なお、同名の機体が『エヴァンゲリオン ANIMA』にも登場する。
 『シン』では同型機「J.A.-02」が登場。NERVユーロ支部に残存していたものをWILLEが奪取し、EVA 2号機の修復のために流用した。