日本のフェリー会社一覧（にほんのフェリーがいしゃいちらん）では、日本でフェリーを運航する会社を羅列する。

 地域間航路 
商船三井グループ
商船三井さんふらわあ（旧：商船三井フェリー）
名門大洋フェリー

SHKライングループ
新日本海フェリー
阪九フェリー
東京九州フェリー

その他
太平洋フェリー
オーシャントランス（旧:オーシャン東九フェリー）
宮崎カーフェリー
マリックスライン
マルエーフェリー

 各地域内および近距離航路 
☆印は国道海上区間を受け持つ航路がある船舶会社

◎印は総トン数1千トン以上の船舶を保有する船舶会社

 北海道地方 
 ハートランドフェリー（旧東日本海フェリー）◎
 羽幌沿海フェリー

 北海道・東北地方間 
 川崎近海汽船（シルバーフェリー）◎
 津軽海峡フェリー（旧道南自動車フェリー）☆◎
 青函フェリー◎

 東北地方 
 むつ湾フェリー（旧：下北汽船）
 大島汽船
 網地島ライン

 関東地方 
 東京湾フェリー◎

 甲信越・北陸地方 
 佐渡汽船☆◎
 粟島汽船

 東海地方 
 神新汽船：フェリーあぜりあ 下田〜伊豆諸島
 富士山清水港クルーズ◎
 伊勢湾フェリー☆◎
 名鉄海上観光船
 西尾市営渡船

 近畿地方 
 南海フェリー◎

 瀬戸内海 
 四国開発フェリー（四国オレンジフェリー）◎
 ジャンボフェリー◎
四国フェリーグループ
小豆島フェリー☆◎ 国際両備フェリー（新岡山港～土庄港）との共同運航航路あり。
小豆島豊島フェリー
 両備グループ
 国際両備フェリー◎ ※四国フェリー（新岡山港～土庄港）との共同運航航路あり。
 四国汽船◎
 雌雄島海運
 JR西日本宮島フェリー（JR宮島航路）
 宮島松大汽船
 芸予汽船
 日鮮海運グループ
 協和汽船（今治港－下田水港）
石崎汽船グループ
 石崎汽船
 中島汽船
瀬戸内海汽船グループ
 瀬戸内海汽船
 防予フェリー
 山陽商船
 周防大島 松山フェリー☆（旧・岩国松山高速：2007年6月1日会社名変更）
 安芸津フェリー
 大崎汽船
 三光汽船
 土生商船
 大三島フェリー
 大三島ブルーライン

 山陰地方 
 隠岐汽船☆◎

 中国・九州地方間 
 スオーナダフェリー（周防灘フェリー）

 四国・九州地方間 
 宇和島運輸〈宇和島運輸フェリー〉◎
 九四オレンジフェリー◎
 国道九四フェリー☆
松山・小倉フェリー

 九州地方 
 九州郵船☆◎

 島原鉄道（島鉄フェリー、島鉄高速船）☆
 有明フェリー☆
 熊本フェリー◎
九州商船グループ
 九州商船☆◎
 甑島商船
 野母商船◎
三和商船☆
 鹿児島市船舶局（桜島フェリー）☆◎
いわさきグループ
 垂水フェリー（旧:大隅交通ネットワーク）◎
 鹿商海運◎
 なんきゅうドック（2018年に南九船舶を合併） - 山川・根占フェリー
 コスモライン◎
 三島村営（フェリーみしま）◎
 十島村営（フェリーとしま）◎
 奄美海運◎
 瀬戸内町営（フェリーかけろま）

 沖縄県 
 座間味村営（フェリーざまみ3）
 渡嘉敷村営（フェリーとかしき）
 粟国村営（ニューフェリーあぐに）
 久米商船◎（フェリー琉球・フェリー海邦）
 大東海運（だいとう）
 伊是名村営（フェリーいぜな尚円）
 伊平屋村営（フェリーいへや3）
 伊江村営（いえしま・ぐすく）
 神谷観光（フェリーくがに）
 久高海運（フェリーくだかIII）
 多良間海運（フェリーたらまゆう）
 八重山観光フェリー（かりゆし・ゆいまる）
 安栄観光（フェリーはてるま2・ぱいかじ）
 石垣島ドリーム観光（フェリードリーム）
 福山海運（フェリーよなくに）

 国際 
SHKライングループ
関釜フェリー（下関～釜山）
蘇州下関フェリー（下関～太倉 貨物航路）

 かつて存在した会社 
日本国有鉄道（青函連絡船、宇高連絡船、仁堀連絡船、大島連絡船、関門連絡船などの鉄道連絡船）
- 架橋・トンネル開通等（青函トンネル、瀬戸大橋、大島大橋、関門鉄道トンネル・関門道路トンネル）によるものと、民間航路（呉・松山フェリー）との競合からの撤退によるものがある。
日本道路公団（厚岸フェリー、鳴門フェリー、明石フェリー、国道九四フェリーの計4箇所の渡船施設）
- 厚岸フェリーは架橋で廃止、残りは事業譲渡された。事業譲渡された内現在も存続しているものは国道九四フェリーのみ。

長距離フェリー
近海郵船（東京 - 釧路）・・・1999年10月、旅客部門を廃止し貨物輸送に特化
日本沿海フェリー・・・ブルーハイウェイラインに社名変更の後、ブルーハイウェイライン西日本及び商船三井フェリーを分社化し東京-那智勝浦-高知航路の廃止をもって解散。
日本高速フェリー・・・1975年の経営危機以降縮小を続け、1990年11月、最後に残った大阪-志布志航路の営業権を日本沿海フェリーに譲渡後解散。
セントラルフェリー（川崎 - 大阪・神戸航路）・・・採算に乗らず、1972年廃止
西日本フェリー（神戸 - 苅田航路）・・・採算に乗らず、1975年に阪九フェリーに事業譲渡して解散
広島グリーンフェリー（大阪 - 広島航路）・・・採算に乗らず、1982年廃止
フジフェリー（東京 - 松阪航路）・・・採算に乗らず、1979年に九州急行フェリーに営業譲渡して解散
日本カーフェリー・・・シーコムフェリーに再編
宮崎カーフェリー（初代）・・・日本カーフェリーに吸収
シーコムフェリー・・・マリンエキスプレスに再編
三宝海運（松山 - 神戸航路）・・・経営悪化にて
愛媛阪神フェリー（松山 - 神戸航路）・・・経営悪化にて
室戸汽船
高知シーライン（大阪南港（元は東神戸フェリーセンター） - 甲浦港 - あしずり港）・・・経営悪化にて
大阪高知特急フェリー（大阪南港 - 高知港）・・・2005年6月30日をもって航路休止
マリンエキスプレス・・・2005年12月特別清算。宮崎航路のみ宮崎カーフェリーとして分社
名門カーフェリー・・・大洋フェリーと合併し名門大洋フェリーに再編
照国郵船・・・マリックスラインに社名変更
オーシャンフェリー・・・東九フェリーと合併しオーシャン東九フェリーに再編
太平洋沿海フェリー・・・太平洋フェリーに再編
大洋フェリー・・・名門カーフェリーと合併し名門大洋フェリーに再編
東九フェリー・・・オーシャンフェリーと合併しオーシャン東九フェリーに再編
リベラ・・・フェリー事業は100%子会社の東日本フェリーに移管。リベラ自体は親会社として健在
東日本フェリー・・・2003年会社更生法申請後リベラが吸収合併、2006年に分社化され2代目法人となるも、2009年ブルーオーシャン傘下の津軽海峡フェリー（旧道南自動車フェリー）が吸収合併。津軽海峡フェリーが継承した函館港を基点とする航路を除き全航路廃止。
九越フェリー・・・リベラが吸収合併するも2006年に航路は休止、2007年に航路廃止
大島運輸・・・マルエーフェリーに社名変更
琉球海運・・・2006年9月18日をもって旅客輸送から撤退
九州急行フェリー ・・・貨物専用。2007年6月1日、商船三井フェリーと合併
ブルーハイウェイライン西日本　2007年7月1日、ダイヤモンドフェリーと合併
シャトル・ハイウェイライン（横須賀 - 大分航路）・・・2007年9月3日に自己破産申請、航路廃止
有村産業・・・破産
オーシャン東九フェリー・・・王子海運と合併しオーシャントランスに再編
関西汽船・・・ダイヤモンドフェリーと合併しフェリーさんふらわあに再編
ダイヤモンドフェリー・・・関西汽船と合併しフェリーさんふらわあに再編
フェリーさんふらわあ・・・商船三井フェリーと合併し商船三井さんふらわあに再編
中・短距離フェリー
 広別汽船
日本カーフェリー（→マリンエキスプレス、川崎 - 木更津航路）・・・東京湾アクアラインの開通により
大阪淡路ライン
共同汽船
南海徳島シャトルライン
りんくうフェリー（泉佐野 - 徳島航路）・・・採算に乗らず
三原・今治国道フェリー
阪神バイパスフェリー（東神戸 - 泉大津航路）・・・採算に乗らず
児坂汽船（児島－坂出航路）・・・瀬戸大橋架橋により
大三島フェリー（垂水 - 井口航路）・・・多々羅大橋架橋により
中・四国フェリー（竹原 - 波方）・・・2009年4月30日に廃止：採算に乗らず。
呉・松山フェリー・・・2009年6月30日に廃止：採算に乗らず。
防予汽船（柳井 - 開作、松山 - 伊保田 - 岩国航路）・・・大島大橋架橋他にて

中島町営汽船（松山 - 忽那諸島 - 呉、広島。高速艇も）・・・売却し民営化（現：中島汽船）
宿毛観光汽船（宿毛 - 佐伯航路）・・・会社倒産で宿毛フェリーに引き継がれる

徳島阪神フェリー（大阪南港・神戸 - 徳島航路）・・・明石海峡大橋の架橋により
徳島フェリー（深日 - 徳島航路）
小松島フェリー（大阪南港 - 小松島）
淡路フェリーボート（ハーバーランド - 大磯航路、須磨 - 大磯航路、阿那賀 - 亀浦航路）・・・大鳴門橋、明石海峡大橋の架橋により
甲子園高速フェリー（西宮 - 津名航路）・・・明石海峡大橋架橋による経営悪化により
バンパックフェリー（東神戸 - 川之江 - 新居浜航路）・・・明石海峡大橋の架橋により1998年廃止
静岡県総合管理公社（清水 - 下田航路）
大阪湾フェリー・・・2000年、南海淡路ラインへ経営譲渡
南海淡路ライン・・・2007年航路休止
舞鶴汽船・・・2004年航路廃止
福山・多度津フェリー・・・2008年8月31日航路廃止
関門海峡フェリー（SHKライングループ）・・・2011年11月30日より航路休止
大隅交通ネットワーク・・・2011年12月1日垂水フェリーに経営譲渡
明石淡路フェリー（たこフェリー）☆◎・・・2012年6月29日航路廃止
宇高国道フェリー（実際の運航は国道フェリー）☆・・・2012年10月17日より航路休止
はやて・・・伊良部大橋開通により2015年1月31日航路廃止
宮古フェリー（航路廃止）・・・伊良部大橋開通により2015年1月31日航路廃止
 しまなみフェリー
 宿毛フェリー（旧・宿毛観光汽船：会社解散後に継承）・・・2018年10月19日より運航を休止
 鹿児島商船・・・2012年4月1日より岩崎グループと市丸グループと合同で種子屋久高速船を設立し統合

国際航路フェリー
日本海洋高速 1991年廃止
大阪国際フェリー 1993年廃止
オリエントフェリー 2015年12月26日休止