AFCチャンピオンズリーグ2006（AFC Champions League 2006）は、2002-2003年に第1回大会が行われて以来、4回目のAFCチャンピオンズリーグである。アラブ首長国連邦、イラク、イラン、ウズベキスタン、カタール、クウェート、サウジアラビア、シリア、韓国、中国、日本、ベトナムの12の国と地域から各2チームと、前回優勝チームのアル・イテハド（サウジアラビア）を加えた25チームが参加。（サウジアラビアは前回優勝チームを加え3チーム出場となる。また、インドネシア、タイの2ヶ国4チームも参加予定だったが事情により失格となり不参加）。2006年3月8日に予選が開幕した。

 出場枠 
出場枠前回大会優勝クラブ1

西アジア協会出場枠 2 2 2 2 2 2 2 2合計参加協会：816

東アジア協会出場枠 2 2 2 2 2 2合計参加協会：612

 参加クラブ 
ノックアウトステージから参加チーム出場資格出場回数 アル・イテハドAFCチャンピオンズリーグ2005優勝3回目

西アジア (グループA-D)チーム出場資格出場回数 アル・ヒラル2004-05 サウジ・プレミアリーグ 優勝2004-05 クラウンプリンスカップ 優勝3回目 アル・シャバブ2004-05 サウジ・プレミアリーグ 2位2回目 アル・ワフダ2004-05 UAEフットボールリーグ 優勝2回目 アル・アイン2004-05 UAEプレジデントカップ 優勝4回目 フーラッド2004-05 イランプロリーグ 優勝1回目 サバ・バッテリー2004-05 ハズフィ・カップ 優勝1回目 アル・ガラファ2004-05 カタール・スターズリーグ 優勝2回目 アル・サッド2004-05 カタール・アミールカップ 優勝4回目 パフタコール2005 ウズベキスタンリーグ 優勝2005 ウズベキスタン・カップ 優勝4回目 マシュアル・ムバレク2005 ウズベキスタンリーグ 2位1回目 アル・クワ・アル・ジャウィヤ2004-05 イラク・プレミアリーグ 優勝2回目 2004-05 イラク・プレミアリーグ 2位1回目 アル・カーディシーヤ2004-05 クウェート・プレミアリーグ 優勝1回目 アル・アラビ2005 クウェート・アミールカップ 優勝3回目 アル・イテハド2004-05 シリア・プレミアリーグ 優勝2004-05 シリア・カップ 優勝2回目 アル・カラーマ2004-05 シリア・プレミアリーグ 2位1回目

東アジア (グループE-G)チーム出場資格出場回数 蔚山現代2005 Kリーグ 優勝1回目 全北現代モータース2005 韓国FAカップ 優勝2回目 ガンバ大阪2005 Jリーグ 優勝1回目 東京ヴェルディ19692004 天皇杯 優勝1回目 大連実徳2005 中国超級 優勝2005 中国FAカップ 優勝2回目 上海申花2005 中国超級 2位2回目 プルシプラ・ジャヤプラ2005 リーガ・インドネシア・プレミア 優勝1回目 アレマ・マラン2005 ピアラ・インドネシア 優勝1回目 タバコ・モノポリー2004-05 タイ・プレミアリーグ 優勝1回目 プロヴィンシャル・エレクトリカル・オーソリティ2004-05 タイ・プレミアリーグ 2位1回目 ドンタム・ロンアン2005 Vリーグ 優勝2005 ベトナム・カップ 優勝1回目 ダナンFC2005 Vリーグ 2位1回目

 グループステージ 
AFC所属国の国別ランキング上位14ヶ国・地域のリーグ戦王者とカップ戦王者チームが出場。

東地区（東アジア・東南アジア地域）では12チームを3グループに、西地区（中央アジア・西アジア・中東地域）では16チームを4グループにそれぞれ抽選によって振り分ける。東西ともに、それぞれのグループでホーム・アンド・アウェー（H&A）による総当たり戦を行い、各組1位がノックアウトステージへ進出。

もしも勝ち点が同じチームが出た場合の順位の付け方は以下のとおりである。
該当チームの直接対決分の勝点 
該当チームの直接対決分の得失点差 
該当チームの直接対決分の総得点 
グループ通算の得失点差 
グループ通算の総得点 
（同勝点が2チームだけ&対戦中の場合）試合後PK 
抽選

ノックアウトステージに進出チームは太字

敗退チームは斜字

で表記。

 グループA 
チーム勝点試合数勝引分負得点失点差1. アル・カーディシーヤ116321911-22. パフタコール106312117+43. アル・イテハド8622267-14. フーラッド4611489-1

2006年3月8日フーラッド 6–0 アル・カーディシーヤ 15:00Dastgerdi Stadiumパフタコール 2–0アル・イテハド 16:30パフタコール・スタジアム2006年3月22日アル・イテハド0–0フーラッド14:00Al Hamadania Stadiumアル・カーディシーヤ2–1パフタコール20:00アル・サダーカ・ワル・サラーム・スタジアム2006年4月12日パフタコール2–0フーラッド17:00パフタコール・スタジアムアル・イテハド2–2アル・カーディシーヤ 19:00Al Hamadania Stadium2006年4月26日フーラッド1–3パフタコール17:00Dastgerdi Stadiumアル・カーディシーヤ1–0アル・イテハド19:00アル・サダーカ・ワル・サラーム・スタジアム2006年5月3日アル・カーディシーヤ2–0フーラッド19:05アル・サダーカ・ワル・サラーム・スタジアムアル・イテハド2–1パフタコール20:00Al Hamadania Stadium2006年5月17日フーラッド1–2アル・イテハド17:00Dastgerdi Stadiumパフタコール2–2アル・カーディシーヤ18:00パフタコール・スタジアム

 グループB 
チーム勝点試合数勝引分負得点失点差1. アル・アイン136411106+42. アル・ヒラル106312127+53. マシュアル・ムバレク86222711-44. アル・ミナ26024611-5

2006年3月8日アル・ミナ 0–1 マシュアル・ムバレク16:00サバーハ・アッ＝サーリム・スタジアムアル・アイン 2–0アル・ヒラル19:30タハヌーン・ビン・モハメド・スタジアム2006年3月22日マシュアル・ムバレク1–1アル・アイン15:00ナジャフ・スタジアムアル・ヒラル3–1アル・ミナ20:30キング・ファハド国際スタジアム2006年4月12日アル・アイン2–1アル・ミナ19:30タハヌーン・ビン・モハメド・スタジアムアル・ヒラル5–0マシュアル・ムバレク20:45キング・ファハド国際スタジアム2006年4月26日マシュアル・ムバレク2–1アル・ヒラル16:00ナジャフ・スタジアムアル・ミナ1–2アル・アイン21:15アル・サダーカ・ワル・サラーム・スタジアム2006年5月3日マシュアル・ムバレク2–2アル・ミナ18:00ナジャフ・スタジアムアル・ヒラル2–1アル・アイン20:45キング・ファハド国際スタジアム2006年5月17日アル・ミナ1–1アル・ヒラル18:45サバーハ・アッ＝サーリム・スタジアムアル・アイン2–1マシュアル・ムバレク19:45タハヌーン・ビン・モハメド・スタジアム

 グループC 
チーム勝点試合数勝引分負得点失点差1. アル・カラーマ1264021011-12. サバ・バッテリー106312138+53. アル・ワハダ762131415-14. アル・ガラファ662041114-3

2006年3月8日アル・ガラファ 0–2 サバ・バッテリー18:30アル・ガラファ・スタジアムアル・カラーマ 2–1アル・ワハダ19:00ハーリド・イブン・アル・ワリード・スタジアム2006年3月22日サバ・バッテリー1–2アル・カラーマ16:00シャヒード・デラハシャン・スタジアムアル・ワハダ2–0アル・ガラファ19:20アール・ナヒヤーン・スタジアム2006年4月12日サバ・バッテリー2–2アル・ワハダ16:00シャヒード・デラハシャン・スタジアムアル・ガラファ4–0アル・カラーマ18:30アル・ガラファ・スタジアム2006年4月26日アル・ワハダ2–4サバ・バッテリー19:40アール・ナヒヤーン・スタジアムアル・カラーマ3–1アル・ガラファ20:00ハーリド・イブン・アル・ワリード・スタジアム2006年5月3日サバ・バッテリー4–1アル・ガラファ16:00シャヒード・デラハシャン・スタジアムアル・ワハダ4–2アル・カラーマ19:40アール・ナヒヤーン・スタジアム2006年5月17日アル・ガラファ5–3アル・ワハダ18:30アル・ガラファ・スタジアムアル・カラーマ1–0サバ・バッテリー20:00ハーリド・イブン・アル・ワリード・スタジアム

 グループD 
チーム勝点試合数勝引分負得点失点差1. アル・シャバブ13641196+32. アル・サッド136411135+83. アル・クワ・アル・ジャウィヤ6620459-44. アル・アラビ36105512-7
2006年3月8日アル・アラビ 0–1 アル・クワ・アル・ジャウィヤ18:30サバーハ・アッ＝サーリム・スタジアムアル・シャバブ 0–0アル・サッド20:30キング・ファハド国際スタジアム2006年3月22日アル・クワ・アル・ジャウィヤ0–2アル・シャバブ15:00トリポリ市営スタジアムアル・サッド4–1アル・アラビ18:30ジャシム・ビン・ハマド・スタジアム2006年4月12日アル・クワ・アル・ジャウィヤ0–2アル・サッド16:30トリポリ市営スタジアムアル・アラビ3–0アル・シャバブ18:45サバーハ・アッ＝サーリム・スタジアム2006年4月26日アル・サッド3–0アル・クワ・アル・ジャウィヤ18:45ジャシム・ビン・ハマド・スタジアムアル・シャバブ2–0アル・アラビ20:15キング・ファハド国際スタジアム2006年5月3日アル・クワ・アル・ジャウィヤ3–0アル・アラビ16:30トリポリ市営スタジアムアル・サッド2–3アル・シャバブ19:00ジャシム・ビン・ハマド・スタジアム2006年5月17日アル・アラビ1–2アル・サッド21:15サバーハ・アッ＝サーリム・スタジアムアル・シャバブ2–1アル・クワ・アル・ジャウィヤ21:15キング・ファハド国際スタジアム

 グループE 
チーム勝点試合数勝引分負得点失点差1. 全北現代136411115+62. 大連実徳12640276+13. ガンバ大阪106312267+194. ダナン06006127-26

2006年3月8日ダナン 0–2 大連実徳16:00チー・ラン・スタジアム全北現代 3–2ガンバ大阪19:00全州ワールドカップ競技場2006年3月22日大連実徳1–0全北現代14:30大連金州体育場ガンバ大阪15–0ダナン19:00万博記念競技場2006年4月12日全北現代3–0ダナン19:00全州ワールドカップ競技場ガンバ大阪3–0大連実徳19:00万博記念競技場2006年4月26日ダナン0–1全北現代16:00チー・ラン・スタジアム大連実徳2–0ガンバ大阪19:00大連金州体育場2006年5月3日ガンバ大阪1–1全北現代14:00万博記念競技場大連実徳1–0ダナン19:00大連金州体育場2006年5月17日ダナン1–5ガンバ大阪16:00チー・ラン・スタジアム全北現代3–1大連実徳19:00全州ワールドカップ競技場

 グループF 
チーム勝点試合数勝引分負得点失点差1. 蔚山現代6220030+32. 東京ヴェルディ19690200203-3

2006年3月8日東京ヴェルディ19690–2蔚山現代19:00国立霞ヶ丘競技場陸上競技場2006年5月3日蔚山現代1–0東京ヴェルディ196919:30蔚山文殊サッカー競技場

 * アレマ・マラン（インドネシア）、 タバコ・モノポリー（タイ）の書類申請の遅れにより失格により2チームによるリーグ戦。

 グループG 
チーム勝点試合数勝引分負得点失点差1. 上海申花6220073+42. ドンタム・ロンアン0200237-4

2006年3月8日上海申花3–1ドンタム・ロンアン19:35上海浦東源深体育場2006年5月3日ドンタム・ロンアン2–4上海申花16:00ロンアン・スタジアム

 * ペルシプラ・ジャヤプラ（インドネシア）、 プロヴィンシャル・エレクトリカル・オーソリティ（タイ）の失格により2チームによるリーグ戦。

 ノックアウトステージ 
各組1位のチームと前回優勝のアル・イテハド（サウジアラビア）を加えた8チームによる、決勝まで一貫したH&Aでのトーナメント方式

 準々決勝 
 第1戦ホーム スコア 第2戦ホーム アル・イテハド 2 2–0 4 アル・カラーマ　 0–4 上海申花 3 1–0 4 全北現代 2–4 アル・カーディシーヤ 5 2–2 2 アル・アイン 3–0 蔚山現代 7 6–0 0 アル・シャバブ 1–0

2006年9月13日アル・イテハド2–0アル・カラーマ20:20プリンス・アブドゥッラー・アル・ファイサル・スタジアム上海申花1–0全北現代20:00上海浦東源深体育場アル・カーディシーヤ2–2アル・アイン19:45アル・サダーカ・ワル・サラーム・スタジアム蔚山現代6–0アル・シャバブ19:00蔚山文殊サッカー競技場2006年9月20日アル・カラーマ4–0アル・イテハド21:30ハーリド・イブン・アル・ワリード・スタジアム全北現代4–2上海申花19:00全州ワールドカップ競技場アル・アイン0–3アル・カーディシーヤ19:25シェイク・ハリーファ国際スタジアムアル・シャバブ0–1蔚山現代20:15キング・ファハド国際スタジアム

 準決勝 
 第1戦ホーム スコア 第2戦ホーム アル・カラーマ 1 0–0 0 アル・カーディシーヤ 1–0 全北現代 6 2–3 4 蔚山現代FC 4–1

2006年9月27日アル・カラーマ0–0アル・カーディシーヤ21:30ハーリド・イブン・アル・ワリード・スタジアム全北現代2–3蔚山現代19:00全州ワールドカップ競技場2006年10月18日アル・カーディシーヤ0–1アル・カラーマ21:30アル・サダーカ・ワル・サラーム・スタジアム蔚山現代1–4全北現代19:30蔚山文殊サッカー競技場

 決勝 
 第1戦ホーム スコア 第2戦ホーム 全北現代 3 2–0 2 アル・カラーマ1–2
 

2006年11月1日全北現代 2–0 アル・カラーマ19:00全州ワールドカップ競技場2006年11月8日アル・カラーマ2–1全北現代19:00ハーリド・イブン・アル・ワリード・スタジアム

AFCチャンピオンズリーグ2006 優勝全北現代初優勝