1998年のJリーグは、3月21日に開幕、11月14日にリーグ戦の日程を終了し、11月21日・11月28日にチャンピオンシップが行われた。優勝は1stステージが、2ndステージがで、チャンピオンシップにより決定された年間総合優勝は鹿島アントラーズ。

 参加クラブ 
1998年シーズンのJリーグのクラブは以下の通り。昨シーズンのジャパンフットボールリーグで準会員かつ上位2位までに入ったが新たに加わり、計18クラブとなった。
※前年成績=1997年のJリーグの前後期通算順位を記載
チーム名監督 所在都道府県ホームスタジアム前年成績 フェルナンデス北海道札幌厚別公園競技場JFL1位 ジョアン・カルロス茨城県茨城県立カシマサッカースタジアム2位 原博実埼玉県浦和駒場スタジアム10位 ヤン・フェルシュライエン千葉県市原臨海競技場13位 西野朗日立柏サッカー場7位 ニカノール・デ・カルバーリョ神奈川県等々力陸上競技場15位 ハビエル・アスカルゴルタ横浜国際総合競技場三ツ沢公園球技場3位 カルロス・レシャック6位 植木繁晴平塚競技場8位 オズワルド・アルディレス静岡県清水市日本平運動公園球技場5位 バウミール・ロールスジュビロ磐田サッカースタジアム1位 田中孝司愛知県名古屋市瑞穂公園陸上競技場9位 ハンス・オフト京都府京都市西京極総合運動公園陸上競技場兼球技場14位 フリードリッヒ・コンシリア大阪府万博記念競技場4位 松木安太郎長居スタジアム11位 ベニート・フローロ兵庫県神戸総合運動公園ユニバー記念競技場16位 エディ・トムソン広島県広島ビッグアーチ12位 森孝慈福岡県東平尾公園博多の森球技場17位

 レギュレーションの変更点 
参加クラブ数が再び偶数となったため、全クラブが毎節試合を行い、1回戦総当たり（17節）×2ステージの全306試合が行われた。試合開催方式そのものの変更点はない。

翌シーズンから新たにリーグを2部制とし、Jリーグ ディビジョン1(J1)を16クラブとするため、シーズン終了後にJ1参入決定戦が行われた。

 スケジュール 
1998 FIFAワールドカップ開催により、1stステージ第12節の5月9日から第13節の7月25日までの期間、インターバルが設けられた。

 リーグ概要 

1stステージは第13節終了時点で磐田・清水・川崎・鹿島・横浜Mの5チームが勝ち点で並ぶという混戦状態になり、そこから4連勝で締めくくった磐田と清水が抜け出し、最終的に得失点の差で磐田がステージ優勝。2ndステージは第10節終了時点で鹿島・磐田・浦和・横浜M・名古屋の5チームが勝ち点差2の中にひしめく状況となり、そこから連勝で抜け出した鹿島と磐田の一騎討ちとなる。第15節で両チームが直接対決し、鹿島がマジーニョのゴールを守り切って勝利。第5節から10連勝で磐田を振り切ってステージ優勝を果たした。

一方、2ndステージ終盤の10月29日、横浜Mと横浜Fの合併が報じられ、同日のJリーグ理事会で承認される。横浜Fの親会社である佐藤工業が経営難からクラブ運営からの撤退を表明、もう一社の親会社である全日本空輸が単体でのクラブ運営に難色を示し、これに対して横浜Mの親会社である日産自動車が救済の手をさしのべたものであるが、地域密着を掲げて誕生したJリーグが皮肉にも実業団同様に親会社の論理で合併（事実上の消滅）となる事態となった。この日以後、横浜Fはリーグ戦4連勝で締めくくり、最終順位は2ndステージ・年間勝ち点とも7位であった。

また、この年の年間勝ち点での下位3クラブは市原・神戸・福岡であったが、J1参入決定戦のレギュレーションの結果、J2参入（事実上の降格）となったのは年間14位の札幌であった。年間勝ち点の下位クラブが残留し、それよりも上位のクラブが降格する事例はこの年のみである。

なお、札幌は本来の本拠地である札幌厚別公園競技場の改修工事のため、第1ステージは主に室蘭市入江運動公園陸上競技場を本拠地にした。また、横浜市の2チームの本拠地が従来の三ツ沢公園球技場に加え横浜国際総合競技場も登録される。

この年よりCS放送の放映をジュピターテレコム運営J SPORTSに完全移行。この年開局のディレクTV（サッカーTV・イレブン）にもサブライセンスして全試合をカバーするようになる。

 順位表 
 以下の順位表において、勝利数・敗戦数はいずれも90分での勝利数・敗戦数を示す。

 1stステージ 
開催期間：3月21日 - 8月8日

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 2ndステージ 
開催期間：8月22日 - 11月14日

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 年間総合順位 

上位2チームの順位はJリーグチャンピオンシップの結果により確定する。

 チャンピオンシップ 
Jリーグチャンピオンシップについてはサントリーが冠スポンサーとなり、サントリー・チャンピオンシップの名称で開催された。

合計スコアが4-2となり、鹿島アントラーズが年間王者に決定。
テレビ中継
第1レグ・第2レグとも　NHK総合テレビジョン

 J1参入決定戦 

J1参入決定戦は、当初1997年シーズンと1998年シーズンの成績をポイント化した下位5チームと、ジャパンフットボールリーグ所属のJリーグ準会員2チームで行われる予定であったが、が消滅し、ブランメル仙台が参入戦参加資格を得られる成績をおさめられなかったため、Jリーグ下位4チームとJリーグ準会員1チームによって争われた。

この結果、市原・神戸・福岡がJリーグ ディビジョン1へ、札幌・川崎のJリーグ ディビジョン2へ参加が決定。

 表彰 
 賞 受賞者 最優秀選手賞 中山雅史（） 得点王 新人王 小野伸二（） 最優秀監督賞 オズワルド・アルディレス（） 優勝監督賞 ゼ・マリオ（） 優秀主審賞 レスリー・モットラム 優秀副審賞 上荒敬司 フェアプレー特別賞 フェアプレー個人賞 相馬直樹（） 功労選手賞 ラモス瑠偉 都並敏史 

 ベストイレブン 
 ポジション 選手名 受賞回数 所属クラブ GK 楢﨑正剛 2 DF 相馬直樹 4 田中誠 初 秋田豊 2 MF 小野伸二 初 奥大介 藤田俊哉 名波浩 3 ドゥンガ 2 FW 中山雅史 柳沢敦 初 

 得点ランキング 
順位選手所属得点 1 中山雅史 36 2 城彰二 25 3 柳沢敦 22 4 バルデス 21 オリバ 6 呂比須ワグナー 18 森島寛晃 8 藤田俊哉 17 小島宏美 金度勲 
出典: J.LEAGUE Data Site

 記録 
 Jリーグ通算5,000ゴール
バジーリオ（柏、1998年9月23日 - 2ndステージ第7節vs札幌・札幌厚別公園競技場）
 個人連続ハットトリック試合（4試合）　ギネス記録
中山雅史（磐田 1stステージ第6節vsC大阪 - 第9節vs札幌、4試合の得点は5・4・4・3の16得点）
 個人連続得点試合（8試合）
フリオ・サリナス（横浜M 1997年2ndステージ第11節vs横浜F - 1998年1stステージ第1節vs横浜F、8試合の得点は2・1・1・1・1・1・1・1） 
 Jリーグ最年少出場記録
阿部勇樹（市原・16歳と333日、1998年8月5日 - 1stステージ第16節vsガンバ大阪・万博記念競技場）

 Jリーグ準会員 
 ブランメル仙台
 川崎フロンターレ
1998年のJFLの成績により、2位の川崎はJ1参入決定予備戦に進出。に敗れたため1999年のJ2リーグ加盟となった。また仙台は7位でおわり、J1参入決定戦進出に必要な2位以内確保ができなかったため自動的にJ2加盟となった。
なおこの年は新規の準会員申請を行ったクラブはなかった。