線路使用料（せんろしようりょう）は、鉄道路線において、運送する事業者が線路を保有する事業者に対して支払う使用料である。他社車両を使用して自社列車として運送する直通運転（乗り入れ）における車両使用料とは本質的に異なる。

 概要 
道路交通や航空交通、海上・水上交通では、輸送に必要なインフラストラクチャーである道路・交通ターミナルや空港・港湾を保有している主体と、それを利用して運送する主体が異なることが多い。一例として、航空会社は航空機を飛行させて旅客や貨物を運送するが空港は保有しない。逆に空港を保有する主体は航空運送をしないことが当たり前である。

一方鉄道においては、長らく列車を走らせる事業者が自ら線路を保有し整備することが普通であった。インフラストラクチャーへの設備投資は固定費用となり経営上の圧迫となることもあり、線路の保有・整備を行う主体と列車の運行を行う主体を分離する動きがでてきた。これが上下分離方式である。

上下分離方式になると、列車を運行する主体は線路を保有する主体に対して、その利用の程度に応じて線路使用料を支払う。これにより列車を運行する主体はインフラストラクチャーにかかる経費を変動費とすることができ、事業の採算性を向上させる可能性がでてくる。一方オープンアクセス方式とも関連があり、特にヨーロッパではそれまで鉄道事業にかかわっていなかった事業者が線路使用料を支払うことで自由に参入することが可能とされている。

 日本 
日本において鉄道事業者は第一種から第三種に分けられており、このうち第二種は第一種または第三種の鉄道事業者から線路を借りて営業する形態となっている。このため第二種で鉄道事業を営業している事業者は、第一種、第三種の事業者に対して線路使用料を支払っている。ただし、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構が保有している鉄道線路については、鉄道事業法59条の規定により第三種とはならず、列車を運行している鉄道事業者が第一種を営んでいるものとみなされる。

 日本における線路使用の関係 
線路の保有旅客等の運送線路使用料の支払備考A社A社（発生しない）A社は第一種A社B社B社からA社B社は第二種（京成成田スカイアクセス線など）C社C社（旅客）、D社（貨物）D社からC社D社は第二種（JR貨物の大半の路線など）E社F社、G社F社、G社からE社E社は第三種（神戸高速鉄道など）H社H社（I社所属の特急列車が乗り入れ）（発生しない）逆にH社からI社へ車両使用料が発生する

 JR貨物の線路使用料 

日本貨物鉄道（JR貨物）は、JR旅客鉄道各社（JR東日本・JR西日本等）や並行在来線事業者（IGRいわて銀河鉄道、青森県（青い森鉄道線の保有事業者）、肥薩おれんじ鉄道等）の第一種・第三種鉄道事業者の線路を使用して自社貨物列車を運行（第二種鉄道事業）しており、大半の区間において線路使用料が発生している。JR貨物が線路を借りて貨物列車を走らせる際には、アボイダブルコスト（回避可能経費） ルールで線路使用料を計算している。これは、仮に貨物列車が運行しなかったとした場合に旅客会社が線路の保守作業に必要だった経費を計算し、それに比べて貨物列車が走行したことによってどれだけ保守経費が増加したかを求めて、この増加費用分だけをJR貨物が支払うという方式である。国鉄分割民営化の際に、JR貨物の経営基盤が脆弱であることが予想されたため、その経営を支援するために線路使用料が低く抑えられるように定められた方式である。

その後、東北新幹線の八戸延長に伴って並行在来線の東北本線盛岡 - 八戸間が東日本旅客鉄道（JR東日本）から経営分離されることになり、この区間を走行していた貨物列車は並行在来線事業者線路を走行することになった。当初から経営難が予想されていた並行在来線事業者は、変動費のみを対象として按分計算したアボイダブルコスト方式をやめて、固定費部分を加味した線路使用料を支払うように要求することとなった。関係者の間で協議が行われた結果、当該区間の整備新幹線を建設した日本鉄道建設公団（後の鉄道建設・運輸施設整備支援機構）がJR東日本から受けとる新幹線に対する線路使用料を原資として、JR貨物の支払う線路使用料を補填することになった。この補填分を貨物調整金と呼んでいる。これにより、平成21年度決算では並行在来線事業者のうちIGRいわて銀河鉄道の旅客収入は約17.0億円であるのに対して、線路使用料収入は約13.4億円とかなりの額を占めるに至っている。

一方、同時に青森県側で並行在来線を引き受けた青森県（青い森鉄道線）についても同じ措置が講じられているが、旅客運送を行っている青い森鉄道も施設保有する青森県に対して線路使用料を支払う立場にある。ただし、青い森鉄道に対する経営支援として東北新幹線新青森開業までの間は線路使用料の大幅な減免措置が講じられており、その額は平成21年度決算では約2.9億円であった。2017年度（平成29年度）に青い森鉄道は初めて線路使用料の減免措置なしに約4億8900万円の線路使用料を納めることになった。

こうした線路使用料の補填措置は、その後開業した九州新幹線鹿児島ルートの並行在来線を引き受けた肥薩おれんじ鉄道に対しても適用されている。肥薩おれんじ鉄道では自社旅客列車の運行を気動車とすることで、JR九州から引き継いだ電化設備を貨物専用とし、その利用に対して応分の負担を求めることで、さらに線路使用料の増額を図る方式となっている。年間の線路使用料は、開業から10年間は毎年最低2.8億円が保証されている。

この整備新幹線並行在来線事業者に対するJR貨物の線路使用料を補填する方式は、鉄道建設・運輸施設整備支援機構の旧日本国有鉄道（国鉄）清算業務における利益剰余金を一部活用することで、さらに増額されることになっている。

 新幹線の線路使用料 
国鉄分割民営化当初、東海道・山陽・東北・上越の4新幹線は「新幹線鉄道保有機構」の所有とされ、東海旅客鉄道（JR東海）、西日本旅客鉄道（JR西日本）、東日本旅客鉄道（JR東日本）の3社は新幹線鉄道保有機構に対して線路使用料を支払って列車の運行を行っていた。機構は旧国鉄債務のうち約5兆7000億円（これに加えて約2兆9000億円を国鉄清算事業団に対して負担）を引き継ぎ、債務の30年元利均等返済に必要な額に管理経費を加えた額を輸送量や施設の価格に応じて3社に分割して線路使用料としていた。初年度ではJR東海4056億円、JR西日本1032億円、JR東日本1979億円であった。しかし貸付期間終了後のJRへの施設譲渡が有償か無償か定められていなかったこと、貸付料の配分が変動するため将来的な負担額が不確定であること、新幹線設備が自己資産ではないため減価償却費を計上できないことなどの問題があり、1991年10月1日付けで新幹線設備はJR3社に有償譲渡とされた。

一方、民営化以降に建設された整備新幹線については、建設を行った日本鉄道建設公団およびその後身の鉄道建設・運輸施設整備支援機構が施設を所有しており、運行するJR各社は機構に対して「貸付料」の名目で線路使用料を支払っている。貸付料は新幹線が整備されたことによるJRの受益を限度として設定されることになっており、実際には「新幹線が開業した場合の30年間の収益の合計値」-「新幹線を建設しなかった場合の30年間の収益の合計値」を30年で割って算出することになっている。算出の対象には、当該線区のほかに当該線区の営業により根元効果などで収益の増える新幹線と在来線の線区を含み、新幹線の並行在来線がJR各社から分離される場合には、分離されない場合のJR各社の収益悪化との差額を含む。

貸付料の年額は、北陸新幹線の高崎 - 長野間は175億円、長野 - 上越妙高間は165億円、上越妙高 - 金沢間は80億円、金沢 - 敦賀間は93億円、東北新幹線の盛岡 - 八戸間は79.3億円、八戸 - 新青森間は70億円、九州新幹線の博多 - 新八代間は81.6億円、新八代 - 鹿児島中央間は20.4億円、北海道新幹線の新青森 - 新函館北斗間は1.1億円、西九州新幹線の武雄温泉 - 長崎間は5.1億円となっている。

+整備新幹線の貸付料 開業日 路線 区間 年額 支払者 1997年10月1日 北陸新幹線 高崎・長野 175億円 JR東日本 2002年12月1日 東北新幹線 盛岡・八戸 79.3億円 JR東日本 2004年3月13日 九州新幹線 新八代・鹿児島中央 20.4億円 JR九州 2010年12月4日 東北新幹線 八戸・新青森 70億円 JR東日本 2011年3月12日 九州新幹線 博多・新八代 81.6億円 JR九州 2015年3月14日 北陸新幹線 長野・上越妙高 165億円 JR東日本 上越妙高・金沢 80億円 JR西日本 2016年3月26日 北海道新幹線 新青森・新函館北斗 1.14億円 JR北海道 （根元受益）22億円 JR東日本 2022年9月23日 西九州新幹線 武雄温泉・長崎 5.1億円 JR九州 2024年3月16日 北陸新幹線 金沢・敦賀 93億円 JR西日本 計 792.54億円