富士見ミステリー文庫（ふじみミステリーぶんこ、Fujimi Mystery Bunko）は2000年11月から2009年3月まで富士見書房が刊行していた日本のライトノベル系文庫レーベル。

 概要 
既存のミステリー小説とは異なるキャラクター・ミステリーという新ジャンルの確立を目指し、富士見ファンタジア文庫から派生して創刊。富士見ヤングミステリー大賞というレーベル独自の新人賞を持っていたが、第8回をもって終了している。

2000年に創刊し、2002年からはヤングミステリー大賞の候補者の作品が刊行され始めた。ひさいちよしきのイラストによるマスコットキャラクター「富士見・クリスティ」が雑誌記事や栞に起用されていて、女神転生のノベライズも取り扱い、ミステリー&ホラーをメインにしていた。2003年12月より、いわゆるミステリー（本格推理小説）という固定観念からの脱却を図り、大幅にリニューアルされた。カバーイラストの占有量が増加し裏表紙にまで至り（凡そ表紙と一枚続きの絵である）、黒を基調としていた背表紙もパステル調に改められた。内容面も恋愛要素を多分に取り入れ、その一端は帯に大きく印字された「L・O・V・E!」の文字に象徴されており、「LOVE寄せ」などと表現された。一方で殺人事件などは基本的に御法度とされ、一部の作家にのみ「殺人許可証」が与えられる、と言われた。この恋愛偏重の編集方針への転換 により、幾つかの作品が事実上の打ち切りとなるなどの影響を生じたが、「GOSICK」シリーズなどが刊行され、レーベル自体は概ね好調であり、本レーベルで「ライトノベル」として刊行された『砂糖菓子の弾丸は撃ちぬけない』が、一般文芸書籍としてハードカバー化される（2007年2月）など話題も呼んだ。

しかしながら「ミステリーという枠にとらわれない」という定義付けは、富士見ファンタジア文庫が既にあるなかでの存在理由に齟齬を生じ、読み切り短編を積極的に刊行する「初体験Project」（2006年6月～）、発売日の20日への変更（2008年4月） などをおこなうも、次第に刊行数を減らしていった。2008年頃から富士見ファンタジア文庫への移籍も開始され、2009年3月、人気シリーズ「ROOM NO.1301」「SHI-NO」両シリーズの終了を以て刊行を停止、事実上の廃刊となる。なお富士見ファンタジア文庫へ移植された作品のほか、他社ライトノベルレーベルや、角川文庫、ハードカバーなど一般書籍として新装版・続刊の刊行に至った作品も一部存する。

キャッチフレーズを「ナゾ・解ク・愉シミ」としながらもジャンル外の作品（大まかに言うなればミステリー以外にアクション、恋愛、ファンタジー設定）も扱い、リニューアル後には「富士見ミステリー文庫はあなたに恋をさせます。」と明らかに迷走していたが、正統派の作品も多く存在している。

 作品一覧 

 メディアミックスの一環は黄土色の背景。
全1巻と単巻との違いは、初めからシリーズの巻数を記載していたが続刊が望めない作品をここでは全1巻としている。ただし、外伝や続編などで、本編以外に単巻が刊行された作品についてはそれについて記した上で「1巻」と書き加えている。

 あ行 
タイトル著者イラスト巻数天知未来がいる街田村純一＆レッド・エンタテインメント竜月全3巻アンダーヘヴン-RYO- 翼の境界線三田誠堤利一郎単巻イキガミステイエス 魂は命を尽くさず、神は生を尽くさず。沖永融明KEI単巻イレギュラーズ・パラダイス上田志岐榎宮祐全4巻ヴァーテックテイルズ 麗しのシャーロットに捧ぐ尾関修一山本ケイジ単巻うれしの荘片恋ものがたり ひとつ、桜の下岩久勝昭ごとＰ単巻エクスプローラー北山大詩石田あきら全5巻ANGEL南房秀久深月晏子全2巻エンジェル・ダスト 天使が降ってきた夏マツノダイスケとよた瑣織単巻黄金の血脈伊吹秀明川添真理子単巻

 か行 
タイトル著者イラスト巻数楓の剣!かたやま和華梶山ミカ全3巻描きかけのラブレターヤマグチノボル松本規之単巻カフェ＜白銀館＞物語 一 危険な魅惑のアロマ年見悟早真さとる全1巻仮面は夜に踊る名島ちはやフミオ単巻がらくたのフロンティア師走トオル藤原々々全2巻硝子ノ音色1 蒼い波紋のラプソディ金巻兼一下田正美全1巻かりん増血記甲斐透、原作：影崎由那影崎由那本編9巻外伝2巻着流し探偵事件帖 白いブランコの鎮魂曲村瀬継弥小手川ゆあ単巻極東ジパング探偵録立花薫鷹崎史弥全2巻キリサキ田代裕彦若月さな単巻ぐるぐる渦巻きの名探偵上田志岐煉瓦全3巻黒と白のデュエット岡村流生和泉なぎさ全2巻激アルバイター・美波の事件簿谷原秋桜子まりお金田全2巻月光少女 アンティック・ナナ 満月の長い夜吉田縁北野玲（モーニングスター）単巻業多姫時海結以増田恵本編6巻短編1巻GOSICK -ゴシック-桜庭一樹武田日向本編6巻短編3巻コスプレ探偵花梨じょうもん弥生よしのよしたか全2巻今夜だけ退魔少女 あたしの中の王子さま真坂たま森永あい単巻

 さ行 
タイトル著者イラスト巻数砂糖菓子の弾丸は撃ちぬけない桜庭一樹むー単巻THE DOLL HUNTER 人形はひとりぼっち中島望藤谷単巻さよなら、いもうと。新井輝きゆづきさとこ単巻さよならトロイメライ壱乗寺かるた日吉丸晃本編7巻短編1巻SHAD南房秀久湊ヒロム全2巻しずるさんシリーズ上遠野浩平椋本夏夜全3巻熾天使たちの五分後木ノ歌詠六羽田共単巻シナオシ田代裕彦若月さな単巻式神宅配便の二宮少年イセカタワキカツマツダ単巻SHI-NO -シノ-上月雨音東条さかな全10巻呪の血脈加門七海CLAMP単巻食卓にビールを小林めぐみ剣康之全6巻ショットガン刑事秋口ぎぐるたけひと全3巻真・女神転生 廃墟の中のジン吉村夜金田榮路、カバーイラスト:金子一馬単巻真・女神転生2 復活のジン単巻真・女神転生if... 魔界のジン金田榮路単巻真・女神転生 NINE実弥島巧岩崎美奈子、カバーイラスト:金子一馬単巻真・女神転生III-NOCTURNE吉村夜金田榮路、カバーイラスト:金子一馬単巻真・女神転生III-NOCTURNE アンソロジーあざの耕平・甲斐透・五代ゆう・吉村夜村崎久都・岩崎美奈子・目黒詔子、カバーイラスト:金子一馬単巻聖ウィンチェスター学園の魔女たち 銀の逢魔ヶ刻探偵団ゆうきりんRAMI単巻青春時計川上亮・森橋ビンゴ・緋野莉月櫛衣けい・関川ケイコ単巻	セカイのスキマ田代裕彦綾瀬はづき全3巻空とタマ -Autumn Sky,Spring Fly- 鈴木大輔原建人単巻

 た行 
タイトル著者イラスト巻数タクティカル・ジャッジメント師走トオル緋呂河とも本編9巻短編4巻たましいの反抗記 すてるがかち!水城正太郎ミヤスリサ単巻玉響-たまゆら-時海結以増田メグミ全3巻探偵王女フジコ深見真ひさいちよしき全2巻ちけっと・2・らいど! カシオペアは北天に輝く西奥隆起みけおう単巻注文の多いパズル 夏の雪に溶けたパスワード雅孝司箱田真紀単巻超探偵ハヤブサ 隼は舞い降りた紙谷龍生あらいずみるい単巻月が射す夏 コバヤシ少年の生活と冒険イタバシマサヒロ江川達也単巻DEARシリーズ新井輝久瀬たかし（本編）・季遊月あすか（短編集）本編4巻短編1巻Dクラッカーズあざの耕平村崎久都本編8巻短編2巻ディストラクターXIII大迫純一ほづみりや全2巻東京タブロイド水城正太郎しのざきあきら本編9巻短編3巻遠く6マイルの彼女ヤマグチノボル松本規之単巻トキオカシ萩原麻里鹿澄ハル全2巻

 な行 
タイトル著者イラスト巻数菜子の冒険 猫は知っていたのかも。深沢美潮ひさいちよしき単巻なばかり少年探偵団雑破業ゆうくりっど全3巻七不思議学園の風来坊イタバシマサヒロ小笠原智史単巻ニライカナイをさがして葉山透山都エンヂ単巻ネコのおと リレーノベル・ラブバージョン 新井輝、築地俊彦、水城正太郎、師走トオル、田代裕彦、吉田茄矢、あざの耕平さっち・駒都えーじ・しのざきあきら・緋呂河とも・若月さな・深山和香・村崎久都単巻

 は行 
タイトル著者イラスト巻数ハード・デイズ・ナイツ南房秀久壱河きづく本編9巻短編2巻ハーフダラーを探して水城正太郎ユキヲ全3巻ハイスクール・ミッション! トキメキのチャンスは一度だけ!?岡村流生ゆい単巻ハイブリッド・ソウル そして、光の中を松田朱夏睦月そあ単巻バクト!海冬レイジvanilla全7巻パズルアウト深見真武田みか単巻初恋セクスアリス矢野有花桐野霞単巻BAD×BUDDY吉田茄矢深山和香全2巻B-EDGE AGE桜庭一樹日峨和雅全2巻ヒドラ-HYDRA-吉田茄矢武若丸全2巻平井骸惚此中ニ有リ田代裕彦睦月ムンク全5巻風月綺皇城一夢甘塩コメコ全2巻風水探偵タケル六道慧古張乃莉全3巻フォート探偵団ファイル1 牙王城の殺劇霞流一佐々木あかね全1巻フォルクローロの記憶 あの空に届いた約束伊藤馨太郎小野寺明単巻フォルマント・ブルー カラっぽの僕に、君はうたう。木ノ歌詠ミヤスリサ単巻ブラインド・エスケープ樹川さとみ藤田香単巻BLACK JOKER -少女たちの方程式-あくたゆい風都ノリ単巻BLOOD THE LAST VAMPIRE 闇を誘う血藤咲淳一中村悟単巻ブルー・ムーンにくちづけを一条理希川添真理子全2巻ブロークン・フィスト深見真桐嶋たける全3巻閉鎖のシステム秋田禎信黒星紅白単巻Heaven’s Game ゲームデザイナーは眠れない高山浩藤城陽単巻ホーム・チェリー・ホーム結城貴夜水上カオリ単巻僕たちのパラドクス厚木隼QP:flapper全2巻ぼくのご主人様!?鷹野祐希和泉つばす単巻僕らA.I.川上亮BUNBUN単巻星屑エンプレス小林めぐみぽぽるちゃ全2巻

 ま行 
タイトル著者イラスト巻数待ってて、藤森くん!壱乗寺かるたカントク全4巻魔法遣いに大切なこと枯野瑛、監修：山田典枝よしづきくみち全3巻マルタ・サギーは探偵ですか?野梨原花南すみ兵本編7巻短編2巻マンイーター吉村夜篁龍士単巻Mr.サイレント早見裕司唯月一全5巻ミステリアス・キャッツ柘植めぐみ葉賀ユイ全2巻御手洗学園高等部実践ミステリ倶楽部舞阪洸八雲剣豪（1巻）・仏さんじょ（2巻）全2巻夢幻万華鏡冴木忍緒方剛志全2巻

 や行 
タイトル著者イラスト巻数幽霊列車とこんぺい糖 メモリー・オブ・リガヤ木ノ歌詠尾崎弘宜単巻夜想譚グリモアリス海冬レイジ松竜全3巻

 ら行 
タイトル著者イラスト巻数らぶとラブる!?早見裕司夢野みかん（1巻）・桐野霞（2巻）全2巻理央の科学捜査ファイル夏緑船戸明里全3巻リリカルレストラン あした天使の翼をかりて……大倉らいた四谷嘉一単巻ルーク&レイリア葉山透睦月れい全3巻ROOM NO.1301新井輝さっち本編11巻短編4巻レブリガン・ド・レコール 今宵、すべての悪党たちに日昌晶篁龍士単巻レンテンローズ太田忠司直人全3巻浪漫探偵・朱月宵三郎新城カズマ左全2巻ロクメンダイス、中村九郎DOW単巻LOST MOMENT水城正太郎RURU全2巻