日本の哺乳類一覧（にほんのほにゅうるいいちらん、list of mammals in Japan）では、日本に生息する野生哺乳類について記す。

 概論 
日本列島はアジア大陸に隣接した島嶼（とうしょ）群であり、氷期に大陸から移入した生物が孤立個体群として独自に進化を遂げてきた。また、南北に3,000kmと長く、3,000m以上の高山地帯をもつため、亜寒帯から亜熱帯までの多様な環境が含まれる。このような背景のもと、日本に生息する約130種の陸生哺乳類のうち3割を超える固有種、7属の固有属による、多様かつ独特の哺乳類相が存在している。その一方で、北海道や対馬などのユーラシア大陸に近い地域では、それら固有種に加え大陸系の種も生息している。

日本の哺乳類相は、北海道と本州の間にあるブラキストン線、トカラ列島と奄美群島の間にある渡瀬線で区切られており、これらを境に異なる動物群が生息している。また、動物地理学的に見れば、渡瀬線以北に分布する旧北区系の動物群と、渡瀬線以南に分布する東南アジアを起源とする東洋区系の動物群の2群に構成される。

この項では、竹島や尖閣諸島など領有権争いがある場所（詳しくは尖閣諸島問題、竹島を参照）にのみ生息する種も日本固有種とする。

【凡例】
 移：帰化・人為移入種 
 国内外来種：国内移入種 
 家：野生化した家畜種
 地域

 北：北海道
 本：本州・四国・九州
 島：島嶼部
 (南)：南西諸島 
 (対)：対馬
 (小)：小笠原諸島 
 (ト)：トカラ列島
 (奄)：奄美大島
 (徳)：徳之島 
 (沖)：沖縄本島
 (西)：西表島
 (屋)：屋久島 
 (種)：種子島 
 (馬)：馬毛島 
 (佐)：佐渡島 
 (先)：先島諸島
 (隠)：隠岐諸島 
 (慶)：慶良間列島 
 (尖)：尖閣諸島 
 (竹)：竹島
 海：海洋

 環境省によるレッドリストでの絶滅危惧種等のカテゴリー：
 ：絶滅(EX) 
 ：絶滅危惧 I A類 (CR)
 ：絶滅危惧 I B類 (EN) 
 ：絶滅危惧 I I 類 (VU) 
 ：準絶滅危惧 (NT) 
 ：情報不足 (DD)
 ：地域個体群 (LP)
 ※ ジュゴン以外の海棲哺乳類は対象外。
 稀少性
 固：日本の固有種・固有亜種
 天然記念物・特別天然記念物：国が指定する天然記念物・特別天然記念物。（哺乳類天然記念物一覧も参照）
 希少：「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」（種の保存法）に基づき、政令で定められた「国内希少野生動植物種」。

 真無盲腸目 
〔在来2科・移入1科：計3科〕
 トガリネズミ科 
 （チビトガリネズミ ）
 トウキョウトガリネズミ（亜種） 【北/】 世界最小の哺乳類の1つ。
 ヒメトガリネズミ（カラフトヒメトガリネズミ） 【北】
 アズミトガリネズミ 【本//固】
 （バイカルトガリネズミ（トガリネズミ） ）
 エゾトガリネズミ（亜種） 【北】
 （シントウトガリネズミ ） 【固】 バイカルトガリネズミ の亜種とする説もある。
 ホンシュウトガリネズミ（亜種） 【本】
 シコクトガリネズミ（亜種） 【本//固】
 サドトガリネズミ（亜種） 【島(佐)/固】 独立種 とする説もある。
 オオアシトガリネズミ 【北】
 （ジャコウネズミ ）
 【移】 ジャコウネズミ 【本】 長崎県・鹿児島県。15世紀以前の熱帯アジアからの移入種か。
 リュウキュウジャコウネズミ（亜種） 【島(南)】
 カワネズミ 【本/：九州地方/固】 大陸に広く分布する と同種とする説もある。
 （ジネズミ（ニホンジネズミ） ほぼ【固】）
 サイゴクジネズミ（亜種） 【本】
 ホンシュウジネズミ（亜種） 【本】
 タネジネズミ（亜種） 【島(種)】
 オキノシマジネズミ（亜種） 【島】
 ヤク（シマ）ジネズミ（亜種） 【島(屋)】
 コジネズミ 【島(対)/】 かつてはチョウセンコジネズミ とされた。
 ワタセジネズミ 【島(南)//固】 中琉球の固有種。かつてはオナガジネズミ の亜種とされた（1998年版レッドリストでは で掲載）。
 オリイジネズミ 【島(奄・徳)//固】 奄美群島（奄美大島、加計呂麻島及び徳之島）の固有種。

 モグラ科 
 ヒメヒミズ 【本/固】
 ヒミズ 【本・島(対)/固】
 ミズラモグラ 【本//固】
 アズマモグラ 【本・島(対・種・屋)/固】
 コウベモグラ 【本】
 （サドモグラ 【本・島(佐)/固】 佐渡島と越後平野。）
 エチゴモグラ（亜種） 【本(新潟県)//固】 越後平野。 として独立種とする説もある（2007年版レッドリストでは で掲載）。
 サドモグラ（亜種） 【島(佐)//固】
 センカクモグラ 【島(尖)//固】 1976年採取、1991年新種認定。標本は魚釣島で捕獲された1体のみ。センカクモグラ属 に含める説もある。

 ハリネズミ科 
 【移】 アムールハリネズミ 【本】 ペットに由来するものが神奈川県・静岡県など各地で野生化、定着。

 コウモリ目（翼手目） 
〔在来5科〕

 オオコウモリ科 
 （クビワオオコウモリ ）
 エラブオオコウモリ（亜種） 【島(南)/】 天然記念物。
 ダイトウオオコウモリ（亜種） 【島(南)//希少】 天然記念物。
 オリイオオコウモリ（亜種） 【島(南)】
 ヤエヤマオオコウモリ（亜種） 【島(南)】
 オガサワラオオコウモリ 【島(小)//固/希少】 天然記念物。
 オキナワオオコウモリ 【島(沖)//固】 19世紀に3-4頭の採取記録。

 キクガシラコウモリ科 
 コキクガシラコウモリ 【北・本・島(対・南)】
 オリイコキクガシラコウモリ（亜種） 【島(奄)//固/希少】
 オキナワコキクガシラコウモリ 【島(南)/固】
 オキナワコキクガシラコウモリ（亜種） 【島(南)//固/希少】
 ミヤココキクガシラコウモリ（亜種） 【島(宮古島)//固】
 ヤエヤマコキクガシラコウモリ 【島(先)//固】 石垣島・西表島。
 キクガシラコウモリ 【北・本・島(対)】日本に分布するものをニホンキクガシラコウモリ という亜種とする場合もある。

 カグラコウモリ科 
 カグラコウモリ 【島(南)/：与那国島、波照間島】 ほぼ固有種だが、タイ南部にも飛び地的に分布。

 ヒナコウモリ科 
 （ヒメホオヒゲコウモリ 【北・本】）
 ヒメホオヒゲコウモリ（亜種） 【北】
 シナノホオヒゲコウモリ（亜種） 【本/：紀伊半島、中国地方】
 ウスリホオヒゲコウモリ 【北/】 かつてはヨーロッパホオヒゲコウモリ の亜種 とされた（2007年版レッドリストでは として記載）。
 （カグヤコウモリ ）
 カグヤコウモリ（亜種） 【北・本/固】
 モモジロコウモリ 【北・本】
 （ドーベントンコウモリ ）
 ウスリドーベントンコウモリ（亜種） 【北】
 クロホオヒゲコウモリ 【本//固】
 ヤンバルホオヒゲコウモリ 【島(奄・徳・沖)//固/希少】 1997年発見、1998年新種認定。
 （ノレンコウモリ（タイリクノレンコウモリ） ）
 ホンドノレンコウモリ（亜種） 【北・本/】
 クロアカコウモリ 【島(対)//固】
 シナアブラコウモリ Hypsugo pulveratus　【島(奄)】 2018年奄美大島で初確認
 オオアブラコウモリ 【北・本・島(対)/】 6例のみ。いずれも大陸からの迷行と思われる
 モリアブラコウモリ 【本//固】
 アブラコウモリ（イエコウモリ） 【本・島(対・南)】 史前帰化動物。本種を日本固有種とし、アジア大陸に分布するものを という別種とする説もある。
 オガサワラアブラコウモリ 【島(小)/】 19世紀末に母島で採取された1例のみ。
 コヤマコウモリ 【本/】4例のみ。ヨーロッパヤマコウモリ と同一種とする場合もある。
 ヤマコウモリ（ニホンヤマコウモリ） 【北・本・島(対・南)/】
 （ヒメホリカワコウモリ ）
 ヒメホリカワコウモリ（キタクビワコウモリ）（亜種） 【北】
 クビワコウモリ 【本//固】
 ヒナコウモリ 【北・本】
 ヒメヒナコウモリ 【礼文島/】日本では、2002年の北海道礼文島での1例があるのみ。大陸からの迷行と思われる。
 チチブコウモリ 【北・本/：本州、四国】
 ニホンウサギコウモリ 【北・本/：近畿地方以西/固】 かつてはウサギコウモリ の亜種 とされた。
 リュウキュウユビナガコウモリ（コユビナガコウモリ） 【島(南)//希少】 かつては本州にも生息していたと考えられる。1933年、紀伊半島での記録あり。
 ユビナガコウモリ 【本・島(対)】
 （コテングコウモリ ）
 ニホンコテングコウモリ（亜種） 【北・本・島(対)】
 （テングコウモリ ）
 ニホンテングコウモリ（亜種） 【北・本】 として独立種とする説もある（2007年版レッドリストでは で掲載）。
 クチバテングコウモリ 【島(対)//固】 1962年に対馬で発見、1970年新種記載。標本は1点のみ。
 リュウキュウテングコウモリ 【島(奄・徳・沖)//固/希少】 1997年発見、1998年新種認定。

 オヒキコウモリ科 
 オヒキコウモリ 【北・本/】 日本で最大の食虫性コウモリ。
 スミイロオヒキコウモリ 【島(奄美大島・口永良部島)/】 2例のみ。

 サル目（霊長目） 
〔在来2科〕

 オナガザル科 

 ニホンザル 【固】
 ホンドザル（亜種） 【本/：北奥羽・北上山系、金華山/固】 種子島には人為分布。下北半島の群れはサル類の世界北限。生息地5か所が天然記念物。
 ヤクシマザル （ヤクザル）（亜種） 【島(屋)/固】
 【移】 タイワンザル 【本】 台湾原産。伊豆半島・和歌山県・青森県で野生化。ニホンザルと交雑。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。
 【移】 アカゲザル 【本】 房総半島南部で野生化。ニホンザルと交雑。

 ヒト科 
 ヒト （ホモ・サピエンス） 【ほぼ全国】 各地に広く分布。

 ウサギ目（兎目、重歯目） 
〔在来2科〕
 ナキウサギ科 
 （キタナキウサギ ）
 エゾナキウサギ（亜種） 【北/】
 ウサギ科 
 （ユキウサギ ）
 エゾユキウサギ（亜種） 【北】
 ニホンノウサギ（ノウサギ） 【本/固】）
 トウホクノウサギ（亜種） 【本】
 キュウシュウノウサギ（亜種） 【本】
 サドノウサギ（亜種） 【島(佐)/】 国内移入種のホンドテンにより激減。
 オキノウサギ（亜種） 【島(隠)】
 【家】 イエウサギ（カイウサギ） 【北・本・島】 原種はヨーロッパ・アフリカに分布したアナウサギ。全国の小島で野生化、環境破壊で問題となる。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

 アマミノクロウサギ 【島(奄・徳)//固/希少】 外来種のイエネコに捕食される。奄美大島ではフイリマングースが根絶されたことにより個体数は回復傾向にある。特別天然記念物。

 ネズミ目（齧歯目） 
〔在来3科・移入1科：計4科〕

 リス科 
 （クリハラリス ）
 【移】 タイワンリス（亜種） 【本】 台湾南部原産。観光用に放され、神奈川県以西に定着。ニホンリスを圧迫。ツバキ等の食害も。
 （キタリス ）
 エゾリス（亜種） 【北】
 ニホンリス（ホンドリス） 【本/：中国地方、九州地方/固】 九州・中国地方では絶滅寸前。
 （シマリス（シベリアシマリス、アジアシマリス） ）
 エゾシマリス（亜種） 【北/】
 【移】 チョウセンシマリス（亜種） 【本・北】 ペットが各地で逸出・野生化。エゾシマリスと交雑の恐れ。
 （タイリクモモンガ ）
 エゾモモンガ（亜種） 【北/固】
 ニホンモモンガ（ホンシュウモモンガ、ホンドモモンガ、モモンガ） 【本/固】
 ムササビ（ホオジロムササビ） 【本/固】

 ヤマネ科 
 ヤマネ（ニホンヤマネ） 【本・島（隠）/固】 天然記念物。

 ネズミ科 
 （ヒメヤチネズミ ）
 ミカドネズミ（亜種） 【北/固】
 （タイリクヤチネズミ ）
 エゾヤチネズミ（亜種） 【北】
 ムクゲネズミ 【北】
 ミヤマムクゲネズミ（亜種） 【北//固】
 リシリムクゲネズミ（亜種） 【島(利尻島・礼文島)//固】
 ヤチネズミ 【本/固】 3種に分ける説もある。
 スミスネズミ 【本・島(隠)/固】 かつては関東地方から新潟県以東のものを別種のカゲネズミ とした。
 ハタネズミ（ニホンハタネズミ） 【本・島(佐)/固】
 【移】 マスクラット 【本】 北米原産。東京都・埼玉県。毛皮用に養殖されたものが野生化。
 アカネズミ 【北・本・島(対・屋・種・ト・隱)/固】
 （ハントウアカネズミ ）
 カラフトアカネズミ（亜種） 【北】
 ヒメネズミ 【北・本・島(対・屋・種・佐・隠)/固】
 セスジネズミ（セスジアカネズミ） 【島(尖)/】 2例のみ。海外には広く分布。
 カヤネズミ 【本・島(対・隠)】 日本で最小のネズミ類。
 ハツカネズミ 【ほぼ全国】 史前帰化動物。
 オキナワハツカネズミ 【島(南)】
 オキナワトゲネズミ 【島(沖)//固/希少】 本種とアマミトゲネズミ・トクノシマトゲネズミは、以前は一括してトゲネズミ（リュウキュウトゲネズミ） として扱われていたが、奄美大島・徳之島・沖縄島の個体群でそれぞれ染色体数などが異なることは、従来から知られていた。オキナワトゲネズミ（沖）・アマミトゲネズミ（奄・徳）の2亜種に分類されていたが、2001年にオキナワトゲネズミを別種として扱うことが報告された。外来種のフイリマングース・イエネコにより圧迫。「トゲネズミ」として天然記念物。
 アマミトゲネズミ 【島(奄)//固/希少】 外来種のイエネコにより圧迫。フイリマングースが根絶されたことにより個体数は回復傾向にある。「トゲネズミ」として天然記念物。
 トクノシマトゲネズミ 【島(徳)//固/希少】 外来種のイエネコにより圧迫。オキナワトゲネズミに続いて2006年にアマミトゲネズミから別種として新種記載された（Endo and Tsuchiya, 2006）。「トゲネズミ」として天然記念物。
 クマネズミ 【ほぼ全国】 史前帰化動物。
 ドブネズミ 【ほぼ全国】 史前帰化動物。
 ナンヨウネズミ 【島（宮古島）】 日本では宮古島の宮古港にのみ分布する、との報告があるが（Motokawa et al., 2001）、採集は1955年以前であり、現在の分布状況は不明。

 ケナガネズミ 【島(奄・徳・沖)//固/希少】 日本最大の在来ネズミ。外来種のマングース・イエネコにより圧迫。天然記念物。

 ヌートリア科 （かつては カプロミス科 とされた）
 【移】 ヌートリア 【本】 中部以西。南米原産の毛皮獣が戦後野生化。農作物被害大。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

 ネコ目（食肉目） 
〔在来6科（迷行の1科除く）・移入3科：計9科〕

 クマ科 
 （ヒグマ 【北】）
 エゾヒグマ（亜種） （ウスリーヒグマ と同亜種とされることもある）【北/：石狩西部、天塩・増毛地方】 日本最大の陸生哺乳類。
 （ツキノワグマ（ヒマラヤグマ、アジアクロクマ） または ）
 ニホンツキノワグマ（亜種） （かつては とされることもあった）【本/：下北半島、紀伊半島、東中国地域、西中国地域、四国山地】 四国・九州では絶滅または絶滅寸前。
 ホッキョクグマ 【北・本】 北海道、新潟県で各1例があり、北極圏から漂流したものと思われるが、後者はツキノワグマ（アルビノ）の誤記載の疑いあり。

 アライグマ科 
 【移】 アライグマ 【北・本】 北米原産。1962年以来、ペットが各地で野生化。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

 イヌ科 

 （タヌキ ）
 ホンドタヌキ（亜種）【屋久島では国内外来種】 【本・島(佐)】 隠岐諸島には人為分布。山口県向島タヌキ生息地は天然記念物。
 エゾタヌキ（亜種） 【北】 奥尻島には人為分布。
 （キツネ（アカキツネ、アカギツネ） ）
 ホンドキツネ（ホンドギツネ）（亜種） 【本】
 キタキツネ（亜種） 【北】
 【移】ギンギツネ 【北】 シベリアやアラスカのキツネで、黒い体毛の血統。毛皮獣だが、野生化したものがキタキツネと交雑している可能性がある。
 （オオカミ（ハイイロオオカミ） ）
 エゾオオカミ（亜種） 【北/】 最後の記録は1896年。
 ニホンオオカミ（亜種） 【本/】 1905年奈良県もしくは1910年福井県での捕獲が最後。
 【家】 イエイヌ（亜種）（ノイヌ） 【北・本・島】 離島などで固有種を圧迫。

 イタチ科 

 （テン ）
 ホンドテン（ニホンテン）（亜種）【北海道・佐渡島では国内外来種】 【北・本・島(佐)】 サドノウサギを激減させた。
 ツシマテン（亜種） 【島(対)/】 天然記念物。
 （クロテン ）
 エゾクロテン（亜種） 【北/】
 ニホンイタチ（イタチ）【北海道・南西諸島などでは国内外来種】 【北・本・島(南)/固】 三宅島などで在来動物を圧迫。シベリアイタチの亜種とする説もある。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。
 コイタチ（亜種） 【島(屋)】
 （シベリアイタチ（タイリクイタチ） ）
 チョウセンイタチ【対馬以外では移】 【本・島(対)/】 西日本から分布を広げつつあり、ニホンイタチを圧迫。亜種に分けない説もある。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。
 （イイズナ ）
 キタイイズナ（亜種） 【北】 大陸に分布するものと同じ亜種。
 ニホンイイズナ（亜種） 【本//固】
 （オコジョ ）【高山帯】
 エゾオコジョ（亜種） 【北/】 平地では移入種のニホンイタチ・ミンクの圧迫により姿を消す。
 ホンドオコジョ（亜種） 【本//固】
 【移】 アメリカミンク（ミンク） 【北】 北米原産。1960年代から。平地でエゾオコジョ・ニホンイタチを圧迫。養魚場等にも被害。
 【移】 フェレット 原種はヨーロッパケナガイタチ。
 ニホンアナグマ 
 （カワウソ（ユーラシアカワウソ） ）
 ニホンカワウソ（亜種） 【本/】 1983年高知県の死体発見が最後。特別天然記念物。2012年絶滅種に指定。
 ニホンカワウソ（亜種） 【北/】 2012年絶滅種に指定。
 ラッコ 【海/】 北海道東部沿岸で一旦絶滅。近年、千島列島のものが冬期に知床・根室周辺に出現。

 ジャコウネコ科 
 【移】 ハクビシン 【北(奥尻島)・本】 かつては在来種であるとの説もあった。

 マングース科 
 【移】 フイリマングース 【島(南)】 ハブ駆除のため沖縄島（1910年）、奄美大島（1979年）で放された。2005年に特定外来生物に指定され、2024年奄美大島では根絶された。鹿児島県本土で逸出個体が発見されたことがある。

 ネコ科 

 （ベンガルヤマネコ ）
 イリオモテヤマネコ（亜種） 【島(西)//固/希少】 1967年新種記載。100頭前後か。特別天然記念物。かつては独立種とされることもあったが、現在はベンガルヤマネコの亜種とされる。
 ツシマヤマネコ（亜種） 【島(対)/希少】 100頭前後か。天然記念物。かつては独立種とされることもあったが、現在はアムールヤマネコ の対馬個体群とされる。
 （ヤマネコ ）
 【家】 イエネコ（亜種）（ノネコ） 【北・本・島(南)】 南西諸島などで固有種を含む多くの在来小動物を捕食、ヤマネコ類への病気伝播も。

 アシカ科 
 （アシカ（カリフォルニアアシカ） ）
 ニホンアシカ（亜種） 【海(竹)/】 すでに絶滅している可能性が高い。
 トド 【海/】 10-5月に北海道沿岸に回遊。
 オットセイ（キタオットセイ） 【海】 冬から春に、銚子沖に至る近海沖合いに回遊。

 セイウチ科 
 セイウチ 【海】 北極海周辺から、ごくまれに北海道・青森県に迷行。

 アザラシ科 
 ゴマフアザラシ 【海】 冬に北海道東部周辺に南下。
 ゼニガタアザラシ 【海/】 日本で繁殖する唯一のアザラシ類。北海道東岸を中心に生息。
 ワモンアザラシ 【海】 冬に少数が北海道東部周辺に南下。
 クラカケアザラシ 【海】 冬に北海道東部周辺に南下。
 アゴヒゲアザラシ 【海】 北極圏から稀に迷行。2002年「タマちゃん」が話題に。
 キタゾウアザラシ 【海】北米西岸から稀に迷行。明確な記録は1989年に伊豆諸島新島に衰弱した雄（保護され、1996年まで鴨川シーワールドで飼育された）と2001年に館山市波左間で確認され、日本海側では2017年に山形県沿岸に漂着し加茂水族館で飼育されている雌のみ。

 ウマ目（奇蹄目） 
〔移入（家畜種）1科〕

 ウマ科 
 【家】 ウマ（ノウマ） 【本・島】 宮崎県串間市の都井岬と北海道根室支庁のユルリ島の2か所に、野生化したウマ（ノウマ）が棲息。前者はミサキウマ（御崎馬）と呼ばれる。ミサキウマおよびその繁殖地は天然記念物。

 クジラ偶蹄目（鯨偶蹄目） 
〔在来11科（迷行の1科除く）〕

 イノシシ科 
 （イノシシ ）
 ニホンイノシシ（亜種） 【本/固】 亜種ではなく1種を立てるべきとの議論もある。
 リュウキュウイノシシ（亜種） 【島(南)/：徳之島/固】 亜種ではなく1種を立てるべきとの議論もある。
 【家】 ブタ 【北・本・島(小)】 離島で野生化。また、イノシシとの雑種であるイノブタが各地でニホンイノシシと交雑。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

 シカ科 

 （ニホンジカ ）
 エゾシカ（エゾジカ）（亜種） 【北/固】
 ホンシュウジカ（亜種） 【本/固】 奈良（奈良県奈良市一円）のシカは天然記念物。
 キュウシュウジカ（亜種） 【本/固】
 ケラマジカ（亜種） 【島(慶)/固/国内外来種】 1600年代に薩摩（鹿児島県）から移入されたキュウシュウジカが島嶼の環境に適応して特異化したものとされる。農林資源への食害あり。個体数が少なく絶滅が危惧されるが、（国内）外来種としての側面を併せ持つためか、環境省レッドリストには記載がない。なお、IUCNレッドリストではCR（絶滅寸前）、日本哺乳類学会のレッドリスト（1997年）では危急亜種。ケラマジカおよびその生息地は天然記念物。
 ツシマジカ（亜種） 【島(対)/固】 独立種とする説もある。
 ヤクシカ（ヤクジカ、ヤクシマシカ）（亜種） 【島(屋)/固】
 マゲジカ（マゲシカ、マゲシマジカ）（亜種） 【島(馬)/固】 環境省第4次レッドリストでは「馬毛島のニホンジカ」としてに記載。
 【移】 タイワンジカ（亜種） 【本】 観光用に放され和歌山県友ヶ島などで野生化。本土に渡れば在来亜種と交雑の恐れあり。
 【移】 キョン 【本】 1980年ごろ、房総半島で野生化。

 ウシ科 

 ニホンカモシカ（カモシカ） 【本/：九州地方/固】 中国地方では絶滅、九州でも希少。特別天然記念物。笠堀（新潟県）のカモシカ生息地は天然記念物。
 【家】 ヤギ（ノヤギ） 【島(南・小・尖)】 八丈小島・三宅島でも野生化。離島での環境被害甚大。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。
 【家】 ウシ（ノウシ） 【島(南)】 1918年 - 1919年にトカラ列島の諏訪之瀬島から導入された日本在来牛が、同列島の口之島で野生化。口之島牛またはトカラ牛と呼ばれる。

 ナガスクジラ科 
 シロナガスクジラ 【海】 現生の動物中で最大。太平洋を回遊中に近海を通過するが、沿岸ではほぼ絶滅。
 ナガスクジラ 【海】 夏に北上、オホーツク海や東シナ海に回遊。
 イワシクジラ 【海】 夏に三陸沿岸・北海道太平洋海域に出現。
 ニタリクジラ 【海】 太平洋側・東シナ海に回遊、五島列島から鹿児島県笠沙町沖、高知県大方町沿岸で4-10月に見られる。現・カツオクジラが種として分離されるまで、「カツオクジラ」は本種の別称だった。
 カツオクジラ 【海】かつてはニタリクジラと同種とされた。
 ミンククジラ（ナミミンククジラ、コイワシクジラ） 【海】 春から初夏に三陸、夏に北海道沖やオホーツク海、日本海側では1年中。
 ツノシマクジラ 【海】 1998年に山口県角島で死体が発見され、2002年に新種として発表。
 ザトウクジラ 【海】 小笠原諸島と南西諸島で繁殖、ベーリング海とカムチャツカ沖の餌場に回遊。

 セミクジラ科 
 ホッキョククジラ 【海】 北極圏周辺に生息、国内ではオホーツク海からの放浪個体が大阪湾に迷入した1例のみ。北海道などで化石は出土している。オホーツク海の個体群は絶滅危惧であり、数百頭程度。
 セミクジラ 【海】 絶滅危惧であり、発見は極めて稀。夏から秋にオホーツク海及び知床半島をはじめとする北海道周辺や三陸沖、冬から春にかけて伊豆半島周辺から伊豆諸島・小笠原諸島、熊野灘や奄美諸島などで見られることがある。北太平洋での全生息数は200頭以上だが、詳しい事は不明。

 コククジラ科 
 コククジラ 【海】 沿岸部を南北に回遊、日本では春と秋に太平洋沿岸を通過するが、日本海側でも確認されている。東アジア沿岸の個体数の総数は130頭前後。

 マッコウクジラ科 
 マッコウクジラ 【海】 三陸・熊野沖など大陸斜面のある深い海域に多い。日本近海に産する大型鯨類では最も豊富。

 コマッコウ科 
 コマッコウ 【海】 宮城・石川県以南で漂着・観察例。
 オガワコマッコウ 【海】 座礁例あり。日本では、熊野灘で比較的よく目撃される。

 アカボウクジラ科 
 アカボウクジラ 【海】
 タイヘイヨウアカボウモドキ 【海】 2002年鹿児島県で座礁、世界初の全身確認例。
 オウギハクジラ 【海】 日本海側での座礁例が多い。しばしば胃内にビニール等が発見され、座礁数増加との関係が考えられる。
 ハッブスオウギハクジラ 【海】 太平洋側で数例の座礁記録。
 コブハクジラ 【海】 国内では、沖縄以外ではまれ。
 イチョウハクジラ 【海】 数例の座礁記録以外に情報がない。
 ツチクジラ 【海】 夏に房総から三陸沖の大陸棚斜面海域に生息。

 イッカク科 
 シロイルカ（ベルーガ） 【海】 北極海・オホーツク海周辺から、まれに近海に迷入。
 イッカク 【海】 江戸時代に一度のみ、北極海周辺から、近海に迷入。

 マイルカ科 
 シャチ 【海】 8-11月に北海道東岸やオホーツク海南部で、2-3月に紀伊半島沖でよく見られる。
 コビレゴンドウ 【海】 太平洋側の外洋と沿岸部。
 ヒレナガゴンドウ 【海】12世紀ごろに日本近海（北半球）では。他海洋では生存。
 オキゴンドウ 【海】 沖縄・九州北部・和歌山の沖合いでよく見られる。
 ユメゴンドウ 【海】 まれに沖縄から銚子沖で捕獲、座礁。1874年以来、1952年に80年ぶりに再発見。
 カズハゴンドウ 【海】 沖縄でよく見られる。
 ハナゴンドウ 【海】 日本海や太平洋岸の沖合いでよく見られる。
 マイルカ 【海】 北海道から九州の太平洋を回遊。
 ハセイルカ 【海】 かつては、マイルカの亜種とされていた。西日本に多く、伊勢湾や土佐湾などには定住群が存在。
 スジイルカ 【海】 冬は紀伊半島以南、夏は北海道周辺まで、太平洋側に分布。過剰捕獲により、伊豆半島沖の個体群は壊滅。
 マダライルカ 【海】 沖縄でよく見られる。スジイルカ同様、伊豆半島沖では壊滅状態。
 ハシナガイルカ 【海】 小笠原海域に多い。
 ハンドウイルカ（バンドウイルカ） 【海】 冬は北九州以南の東シナ海、夏は北海道以南。
 ミナミハンドウイルカ（ミナミバンドウイルカ） 【海】かつては、同じハンドウイルカ属に属するハンドウイルカ（バンドウイルカ）の亜種とされることもあった。小笠原諸島や伊豆諸島において、ホエールウォッチングや、ドルフィンスイムの多くの場合はハンドウイルカではなく、このミナミハンドウイルカである。
 カマイルカ 【海】 5月ごろに東北沖でよく見られる。
 セミイルカ 【海】 春と秋に見られ、銚子以北の太平洋側では夏に見られることも。
 シワハイルカ 【海】 三陸以南の太平洋、東シナ海に生息、夏には日本海にも。沖縄周辺に多い。
 サラワクイルカ 【海】 熱帯の外洋性、日本では漂着1例、捕獲2例。最新の1991年は和歌山県での群れの捕獲。小笠原ではさらに豊富。

 ネズミイルカ科 
 ネズミイルカ 【海】 日本海北部、銚子以北の太平洋沿岸。
 イシイルカ 【海】 外洋性。日本海や、三陸沖など太平洋側にも分布。
 スナメリ（スナメリクジラ） 【海】 能登半島・牡鹿半島以南の沿岸。瀬戸内海、有明海、伊勢湾などでよく見られる。阿波島（広島県）のスナメリクジラ回遊海面は天然記念物。各海域で減少傾向にあり、九州・大村湾や東京湾および房総半島以外の関東近辺は絶滅危惧。

 ジュゴン目（海牛目） 
〔在来1科〕

 ジュゴン科 
 ジュゴン 【海：島(南)/】 南西諸島の浅海に分布、環境省等の調査で現在の残存個体数は3頭程度だと思われ、極めて絶滅が心配されている。近年の通常分布は沖縄本島および古宇利島沿岸に限られているが、それ以外の島々での近年の確認例が存在する。目撃記録があるのは奄美大島、久高島、久米島、石垣島、西表島、新城島等である。