ファーム日本選手権（ファームにほんせんしゅけん）は、日本プロ野球（NPB）二軍（ファーム）リーグの年間チャンピオン決定戦である。

イースタン・リーグとウエスタン・リーグの両リーグ優勝チーム間で二軍の統一チャンピオンを争おうと、1987年に「ジュニア日本選手権」としてスタートした。当初は9月中旬か下旬に行われていたが、1997年から大会名を「ファーム日本選手権」と改め、10月の教育リーグ前に行われている。

一軍の日本選手権シリーズ（日本シリーズ）とは異なり、1試合のみ行われるため名称に「シリーズ」が付かない。

 大会の仕組み 
 一軍の日本シリーズとは異なり、各リーグの優勝チームがそのまま出場チームとなる。
 延長戦は回数・時間制限なし。
 ホームチーム（一塁側ベンチを使用、後攻）は、西暦奇数年はイースタン・リーグのチーム、偶数年はウエスタン・リーグのチームが担当する。
 出場チームは試合の数日前に出場資格者名簿をコミッショナーに提出する。2024年の場合、出場資格は下記のいずれかとなる。
支配下もしくは育成で当年度に登録された新人選手
当年度に一度も出場登録されなかった選手
当年度のファーム公式戦の規定打席もしくは規定投球回のいずれかの3割を満たした選手
 指名打者制度は各リーグの規定に準じ、原則は一軍がパシフィック・リーグに所属するチームがホームチームを担当する場合に採用される。ただし2009年からはイースタンの規則改正に伴い、一軍がセントラル・リーグに所属するイースタンのチーム（読売ジャイアンツ、東京ヤクルトスワローズ、横浜DeNAベイスターズのいずれか）がホームチームの場合でも、指名打者制度の採用が可能になり、その場合は、対戦相手であるウエスタンのチームの一軍がセ・リーグ所属であっても指名打者制度が採用されることとなり、2015年からは一軍がセントラル・リーグに所属するウエスタンのチーム（阪神タイガース、中日ドラゴンズ、広島東洋カープ）がホームチームの場合でも、採用が可能となった。
 2020年は新型コロナウイルス感染拡大防止のための「ファーム日本選手権特例2020」として、延長10回終了時に同点の場合、11回以降は決着がつくまで毎回継続打順で無死一、二塁から始めるタイブレークを採用。翌2021年も継続採用された。

 各年度のファーム日本選手権 
回開催日勝利チーム優勝回数スコア相手チーム開催球場MVP11987年9月14日読売ジャイアンツ（イ）初優勝9 - 0中日ドラゴンズ（ウ）平塚球場21988年9月12日読売ジャイアンツ（イ）2年連続2回目5 - 2中日ドラゴンズ（ウ）京都市西京極総合運動公園野球場松原靖31989年9月18日読売ジャイアンツ（イ）3年連続3回目3 - 0オリックス・ブレーブス（ウ）平塚球場橋本清41990年10月7日中日ドラゴンズ（ウ）初優勝6 - 4読売ジャイアンツ（イ）東京ドーム清水雅治51991年9月21日読売ジャイアンツ（イ）2年ぶり4回目8 - 7広島東洋カープ（ウ）平塚球場呂明賜61992年10月3日読売ジャイアンツ（イ）2年連続5回目3 - 2中日ドラゴンズ（ウ）川崎球場杉山直輝7読売ジャイアンツ（イ）3年連続6回目3 - 0中日ドラゴンズ（ウ）福井県営球場松谷竜二郎81994年10月9日オリックス・ブルーウェーブ（ウ）初優勝6 - 4読売ジャイアンツ（イ）相模原市立相模原球場戎信行91995年10月7日読売ジャイアンツ（イ）2年ぶり7回目1 - 0近鉄バファローズ（ウ）富山市民球場アルペンスタジアム門奈哲寛-1996年未開催（リーグ優勝チームはロッテ（イ）と近鉄（ウ））1997年10月10日日本ハムファイターズ（イ）初優勝1 - 0オリックス・ブルーウェーブ（ウ）宜野湾市立野球場大貝恭史111998年10月10日ヤクルトスワローズ（イ）初優勝4 - 1阪神タイガース（ウ）宜野湾市立野球場五十嵐亮太121999年10月9日阪神タイガース（ウ）初優勝7 - 3日本ハムファイターズ（イ）浦添市民球場濱中治132000年10月7日中日ドラゴンズ（ウ）4 - 2読売ジャイアンツ（イ）浦添市民球場筒井壮142001年10月6日西武ライオンズ（イ）初優勝5 - 0阪神タイガース（ウ）坊っちゃんスタジアム三井浩二152002年10月12日阪神タイガース（ウ）3年ぶり2回目西武ライオンズ（イ）坊っちゃんスタジアム藤原通162003年10月11日阪神タイガース（ウ）2年連続3回目3 - 0日本ハムファイターズ（イ）長野オリンピックスタジアム早川健一郎172004年10月9日中日ドラゴンズ（ウ）4年ぶり3回目4 - 3北海道日本ハムファイターズ（イ）サンマリンスタジアム宮崎土谷鉄平182005年10月8日千葉ロッテマリーンズ（イ）初優勝7 - 5阪神タイガース（ウ）スカイマークスタジアム辻俊哉192006年9月30日阪神タイガース（ウ）3年ぶり4回目6 - 0千葉ロッテマリーンズ（イ）山形県野球場中村泰広202007年9月29日中日ドラゴンズ（ウ）3年ぶり4回目7 - 2読売ジャイアンツ（イ）山形県野球場吉見一起212008年10月4日福岡ソフトバンクホークス（ウ）初優勝5 - 1東京ヤクルトスワローズ（イ）長崎ビッグNスタジアム岩嵜翔222009年10月3日中日ドラゴンズ（ウ）2年ぶり5回目2 - 0読売ジャイアンツ（イ）富山市民球場アルペンスタジアム鈴木義広232010年10月2日千葉ロッテマリーンズ（イ）5年ぶり2回目6 - 5阪神タイガース（ウ）HARD OFF ECOスタジアム新潟細谷圭242011年10月8日中日ドラゴンズ（ウ）2年ぶり6回目4 - 3北海道日本ハムファイターズ（イ）サンマリンスタジアム宮崎前田章宏252012年10月6日千葉ロッテマリーンズ（イ）2年ぶり3回目4 - 0福岡ソフトバンクホークス（ウ）坊っちゃんスタジアム塀内久雄262013年10月6日福岡ソフトバンクホークス（ウ）5年ぶり2回目4 - 3東京ヤクルトスワローズ（イ）サンマリンスタジアム宮崎田上秀則 272014年10月4日千葉ロッテマリーンズ（イ）2年ぶり4回目6 - 4福岡ソフトバンクホークス（ウ）KIRISHIMAサンマリンスタジアム宮崎大嶺翔太282015年10月3日福岡ソフトバンクホークス（ウ）2年ぶり3回目2 - 0読売ジャイアンツ（イ）KIRISHIMAサンマリンスタジアム宮崎岩嵜翔292016年10月1日読売ジャイアンツ（イ）21年ぶり8回目6 - 2福岡ソフトバンクホークス（ウ）KIRISHIMAサンマリンスタジアム宮崎岡本和真302017年10月7日広島東洋カープ（ウ）初優勝5 - 2読売ジャイアンツ（イ）KIRISHIMAサンマリンスタジアム宮崎坂倉将吾312018年10月6日阪神タイガース（ウ）12年ぶり5回目8 - 4読売ジャイアンツ（イ）KIRISHIMAサンマリンスタジアム宮崎熊谷敬宥322019年10月5日福岡ソフトバンクホークス（ウ）4年ぶり4回目6 - 3東北楽天ゴールデンイーグルス（イ）KIRISHIMAサンマリンスタジアム宮崎二保旭332020年11月7日東北楽天ゴールデンイーグルス（イ）初優勝6 - 4福岡ソフトバンクホークス（ウ）ひなたサンマリンスタジアム宮崎村林一輝342021年10月9日阪神タイガース（ウ）3年ぶり6回目3 - 2千葉ロッテマリーンズ（イ）ひなたサンマリンスタジアム宮崎遠藤成352022年10月8日東北楽天ゴールデンイーグルス（イ）2年ぶり2回目8 - 2阪神タイガース（ウ）ひなたサンマリンスタジアム宮崎渡邊佳明362023年10月7日福岡ソフトバンクホークス（ウ）4年ぶり5回目6 - 5読売ジャイアンツ（イ）ひなたサンマリンスタジアム宮崎川村友斗372024年10月5日横浜DeNAベイスターズ（イ）初優勝6-２福岡ソフトバンクホークス（ウ）ひなたサンマリンスタジアム宮崎庄司陽斗

 2024年時点でウエスタン19勝、イースタン18勝となっている。
 第4回（1990年）は9月18日に大阪球場で試合が行われたが、3回表一死の時点で雨天によりノーゲームになったため、東京ドームで再試合を行った（ノーゲームの時点でスコアは巨人が6 - 0とリードを奪っていた）。
 第5回（1991年）は9月20日に試合が行われたが、7回裏二死の時点で降雨により5 - 5のタイのままコールドゲームになったため、翌日再試合（開催地は同じ平塚球場）。
 第17回（2004年）は当初アイビースタジアムで開催される予定だったが、サンマリンスタジアム宮崎に変更になった。
 第26回（2013年）は当初10月5日に行われる予定だったが、雨天により中止になり1日順延している。

 試合中継 
 テレビ中継
 大会初期はテレビ東京から生放送された。
 2008年度まではCS放送のスカイ・A sports+で初回生中継及び録画中継を行っていた。放送席には朝日放送のアナウンサー及び解説者、そしてゲストとして野球雑誌の記者を招くことが多かった。
 2009年度以降はJ SPORTSで試合中継が行われる。また、開催地の地元局でネットされる場合もある。2017年は広島テレビ放送でも生中継された（映像はJ SPORTSから配信されたが、実況はオフチューブにより自社で差し替えた）。