日本酒（にほんしゅ）、または和酒（わしゅ）は、通常は米（主に酒米）と麹と水を主な原料とする清酒（せいしゅ）を指す。日本特有の製法で醸造された酒で、醸造酒に分類される。

 定義 

 呼称・名称 
日本古語では「酒々（ささ）」、仏教僧侶の隠語で「般若湯（はんにゃとう）」、江戸時代頃より、「きちがい水」という別称も使われる。現代では「ポン酒（ぽんしゅ）」と呼ばれることもある。

アメリカでは「sake（サーキー）」と呼ばれることが多い。

清酒と日本酒
国税庁および日本酒造組合中央会によれば、「清酒」（Sake）とは、海外産も含め、米、米こうじおよび水を主な原料として発酵させてこしたものを広く言い、「日本酒」（Nihonshu/ Japanese Sake）とは、清酒のうち、原料の米に日本産米を用い、日本国内で醸造したもののみを言うのであり、「日本酒」という呼称は地理的表示（GI:Geographical Indication）として保護されている。地理的表示は、WTOの協定が定める知的財産権の一つであり、特定の産地ならではの酒類の特性（品質等）が確立されている場合、当該産地内で生産され、一定の生産基準を満たした商品だけが、その産地名を独占的に名乗ることができる制度である。

 酒税法による定義とアルコール度数 
日本では、酒類に関しては酒税法が包括的な法律となっている。同法において「清酒」とは、次の要件を満たした酒類で、アルコール分が22度未満のものをいう（3条7号）。

 米、米こうじ（麹）及び水を原料として発酵させて、こしたもの
米、米こうじ、水及び清酒かすその他政令で定める物品を原料として発酵させて、こしたもの
清酒に清酒かすを加えて、こしたもの

なお、日本酒に類似する酒類として「その香味、色沢その他の性状が清酒に類似する」混成酒である「合成清酒」（同条8号）や、どぶろくなど一部の「その他の醸造酒」（同条19号）がある。

一般的な日本酒のアルコール度数は15～16%と醸造酒としては高い部類になる。女性や若者など軽い酒を好む消費者や、輸出を含めた洋酒との競争に対応するため、アルコール度数がビールよりやや高い程度の6～8%台や、ワインと同程度（10%台前半）の低アルコール日本酒も相次ぎ開発・販売されている。発泡日本酒では5%という製品もある。

逆に、清酒と類似の原材料、製法で酒税法上の定義より高いアルコール度数（22度以上）の酒を製造することも技術的には可能である。「越後さむらい」（玉川酒造）のように、清酒の製法（醸造した原酒にアルコール添加・加水しての製造）で製造されながらアルコール度数が46度に達する酒も存在する（酒税法上は3条21号のリキュール扱い）。

 クラフトサケ（クラフト日本酒） 

クラフトサケは、酒税法で定められた米と米麹と水を使った日本酒の製法を基礎としながら伝統的な製法とは異なる方法で作られた日本酒を指し、酒税法上では「清酒」（日本酒）ではなく「その他の醸造酒」に該当する。酒税法の定義では清酒は副原料を用いて作ることはできないが、その他の醸造酒であるクラフトサケでは可能であり、これにより従来の日本酒とは異なる風味を実現でき、蔵元の地元の特産品を副原料に用いることもできるようになる。副原料としてはしばしばフルーツやハーブなどが用いられており、例えば「稲とアガベ」ではアガベシロップ、ホップ、ハッサク、リンゴ、ブドウ、緑茶、コーヒー、ハチミツなどを副原料に用いている。

酒税法では新規参入事業者が新たに酒造免許を取得して国内向けの日本酒造りをすることが禁止されており、新たに酒造りを始めたければ既存の酒造会社の事業を買収するなどして継承するか、輸出専用の日本酒を作るしかない。クラフトサケであるならばこの規制に抵触しないため、若手の醸造家がクラフトサケを作り始める事例が出てきている。2022年6月には稲とアガベの岡住修兵が主導して6つの醸造所により「クラフトサケブリュワリー協会」が設立された。同協会は従来の日本酒になじみのなかった若者や女性にもクラフトサケを訴求したい考えであるが、高い付加価値に基づいてその価格設定は従来の日本酒に比べて約2倍程度である。「クラフト」を冠した酒類については「クラフトビール」参照。

 分類 

 特定名称分類 

 普通酒 
普通酒とは、後述の特定名称酒以外の清酒である。一般に流通している大部分の日本酒は普通酒に分類される。

米、米こうじ、水のほか、清酒かす（酒粕）、政令で定める物品を原料（副原料）として製造される。この物品には、醸造アルコール、焼酎、ぶどう糖その他の糖類、有機酸、アミノ酸塩（うま味調味料など）または清酒がある（酒税法施行令2条）。これらの副原料は、その重量が米・米こうじの重量を50%を超えない範囲という条件つきで使用を認められている（酒税法3条7号ロ）。

三倍増醸清酒、またはそれをブレンドした酒は、2006年（平成18年）の酒税法改正で清酒の範疇には含まれなくなった。合成清酒は元より清酒ではないので、普通酒ではない。

製法や品質が特定名称酒に相当する日本酒であっても、特定名称を表示せず、普通酒として販売する場合もある。

製品としては各メーカーが独自の名称、ランク付けを用いて表記される。

 特定名称酒 
清酒の要件を満たしたもののうち、原料や製法が一定の基準を満たすものは、国税庁告示に定められた特定の名称を容器又は包装に表示することができる。特定名称を表示した清酒を特定名称酒という。

特定名称酒は、農産物検査法に基づく米穀検査により3等以上に格付けされた玄米又はこれに相当する玄米を精米した白米を用い、こうじ米の使用割合（白米の重量に対するこうじ米の重量の割合）が、15%以上のものに限られる。

特定名称酒の表示は、当該特定名称によることとされ、これと類似する用語又は特定名称に併せて「極上」「優良」「高級」等の品質が優れている印象を与える用語は用いることができない。ただし、特定名称の清酒を含めて自社の製品のランク付けとしてのみであれば、表示することができる（「特別」を除く）。

特定名称酒は、原料や精米歩合により、本醸造酒、純米酒、吟醸酒に分類される。

+特定名称の清酒の表示特定名称使用原料精米歩合香味等の要件こうじ米使用割合本醸造酒米、米こうじ、水、醸造アルコール70%以下香味、色沢が良好15%以上特別本醸造酒60%以下又は特別な製造方法（要説明表示）香味、色沢が特に良好純米酒米、米こうじ、水－香味、色沢が良好特別純米酒60%以下又は特別な製造方法（要説明表示）香味、色沢が特に良好吟醸酒米、米こうじ、水、醸造アルコール60%以下吟醸造り、固有の香味、色沢が良好純米吟醸酒米、米こうじ、水大吟醸酒米、米こうじ、水、醸造アルコール50%以下吟醸造り、固有の香味、色沢が特に良好純米大吟醸酒米、米こうじ、水

+特定名称の規則性を表化吟醸造りかつ精米歩合：50%以下吟醸造りかつ精米歩合：60%以下特別な製造方法又は精米歩合：60%以下－醸造アルコール：なし（純米）純米大吟醸酒純米吟醸酒特別純米酒純米酒醸造アルコール：あり（アル添）大吟醸酒吟醸酒特別本醸造酒本醸造酒（精米歩合：70%以下）

 本醸造酒
 本醸造酒とは、精米歩合70%以下の白米、米こうじ、醸造アルコール及び水を原料として製造した清酒で、香味及び色沢が良好なものに用いることができる名称である。使用する白米の重量の10%未満（白米1トンにつきおよそ120リットル以下）の量に限り醸造アルコールを添加することができる。
 特別本醸造酒
 特別本醸造酒とは、本醸造酒のうち、香味及び色沢が「特に良好」であり、かつ、その旨を使用原材料、製造方法その他の客観的事項をもって当該清酒の容器又は包装に説明表示するもの（精米歩合をもって説明表示する場合は、精米歩合が60%以下の場合に限る）に用いることができる名称である。
 純米酒
 純米酒とは、白米、米こうじ及び水のみを原料として製造した清酒で、香味及び色沢が良好なものに用いることができる名称である。ただし、その白米は、他の特定名称酒と同様、3等以上に格付けた玄米又はこれに相当する玄米を使用し、さらに米こうじの総重量は、白米の総重量に対して15%以上必要である。
 特別純米酒
 特別純米酒とは、純米酒のうち、香味及び色沢が「特に良好」であり、かつ、その旨を使用原材料、製造方法その他の客観的事項をもって当該清酒の容器又は包装に説明表示するもの（精米歩合をもって説明表示する場合は、精米歩合が60%以下の場合に限る）に用いることができる名称である。
純米酒は、特定名称酒の中でも（純米のものを含む）吟醸系の酒や本醸造酒に比べて濃厚な味わいがあり、蔵ごとの個性が強いといわれる。
1991年（平成3年）に日本酒級別制度が廃止されて以降、2003年（平成15年）12月31日までの間は、「純米酒」の品位を一定以上に保つため、「精米歩合が70%以下のもの」と法的に規制されていた。当時は精米歩合が低い（玄米をより多く削る）ほど高級酒であるという通念があったからである。
 しかし、近年の規制緩和の一環として、この規定は2004年（平成16年）1月1日に削除され、米だけで造ってあれば、たとえ食用米並の精米歩合であっても「純米酒」の名称を認めることとなった。この改正に関しては、評価は消費者の選択に任せるべきで「消費者の権利拡大である」と賛成する立場と「酒造技術の低下を招くもの」と批判する立場がある。
 この規制緩和によって、醸造アルコール無添加でも米粉などを使用していたために「純米酒」を名乗れなかった銘柄が、数多く格上げされるのではないかという疑念があったが、実際には先述のように「麹歩合15%以上」「規格米使用」といった制約があり、麹歩合15%未満の酒や規格外米・屑米・米粉を使用した酒は「純米酒」を称することはできない。
 一方で上記の条件を満たした上で、かつて普通酒にも用いられなかったような高い精米歩合に敢えてすることで、独特の酒質を引き出す低精白酒などの新しい純米酒の開発も進んだ。
 吟醸酒
 吟醸酒とは、精米歩合60%以下の白米、米こうじ及び水、又はこれらと醸造アルコールを原料とし、吟醸造りによって製造した清酒で、固有の香味及び色沢が良好なものに用いることができる名称である。低温で長時間かけて発酵させて造られ、吟醸香と呼ばれるリンゴやバナナ、メロンを思わせる華やかな香気成分（酢酸イソアミルやカプロン酸エチルなど）を特徴とする。吟醸造りでは、もろみを絞る直前に醸造アルコールを添加することで、芳香成分を酒粕側から日本酒側に移行させることができる。なお、添加できる醸造アルコールの量は、白米の重量の10%未満（白米1トンにつきおよそ120リットル以下）と定められている。
 純米吟醸酒
 純米吟醸酒とは、吟醸酒のうち、醸造アルコールを添加せず、米、米こうじ及び水のみを原料として製造したものに特に用いることができる名称である。一般に醸造アルコールを添加した吟醸酒に比べて香りは穏やか（控えめ）になり、味は厚みのあるものとなる。
 本記事を含めて一般に吟醸系（の酒）と表現する場合は、吟醸酒、純米吟醸酒、大吟醸酒、純米大吟醸酒などの酒を総称している。
 元々は鑑評会向けの特に「吟味して醸した酒」を意味した。1920年代から開発に着手され、1930年代の精米技術の向上、1950年代以降の吟醸酒製造により適した酵母の頒布、1970年代の温度管理技術と麹および酵母の選抜育種技術の進歩に促されて品質が向上するとともに、やがて一般市場に出回るだけの生産量が確保できるようになった。吟醸系の酒が日本国内の市場に流通するようになったのは1980年代以降であり、2000年代以降では日本国外でも日本食ブームに伴って需要が高まっている（参照：「吟醸酒の誕生」）。
 大吟醸酒
 大吟醸酒とは、吟醸酒のうち、精米歩合50%以下の白米を原料として製造し、固有の香味及び色沢が特に良好なものに用いることができる名称である。吟醸酒よりさらに徹底して低温長期発酵する。最後に吟醸香を引き出すために少量の醸造アルコールを添加する。添加できる醸造アルコールの量は、吟醸酒と同じく白米の重量の10%未満である。

 純米大吟醸酒
 純米大吟醸酒とは、大吟醸酒のうち、醸造アルコールを添加せず、米、米こうじ及び水のみを原料として製造したものに特に用いることができる名称である。一般に醸造アルコールを添加した大吟醸酒に比べて穏やかな香りで味わい深い。

 他の分類 
特定名称以外にも特徴的な原料や製法によって様々な分類があるが、これらは国税庁の告示（清酒の製法品質表示基準）によるものと、酒造メーカーや業界団体によって伝統的・慣用的に用いられるものがある。前者は、特定名称といくつかの記載事項・任意記載事項・記載禁止事項を定めている。後者は、付加価値を高めるための、前者において定義されていない多様な分類が見られるが、同意の分類でも地方や世代などによって異なる用語が用いられることがあり（中取り/中汲み等）、統一されていない。「特撰」「上撰」「佳撰」といった呼称も、酒造メーカー独自のランク付けとして一部で使われているものである。

特定名称の使用が定められる以前は、「特級(酒)」」「一級(酒)」「二級(酒)」という級別制度が存在した（詳しくは「日本酒の歴史」を参照）。

 表示 

 ラベル表示用語 

 任意記載事項 
国税庁の清酒の製法品質表示基準による任意記載事項は、以下の通り。
 原料米の品種名
 酒造好適米など、特定の品種を原料米の50%以上使用した場合、品種名とその使用割合を表示できる。
 清酒の産地名
 単一の産地で製造された場合、産地名を表示できる。
 貯蔵年数
 一年以上貯蔵・熟成された清酒には、貯蔵年数を表示できる。酒造メーカーによっては、1年以上経た酒に古酒、古々酒、大古酒、熟成酒、熟成古酒、秘蔵酒などの名称を冠して販売することがある。年数と用語に関する統一された基準はないが、酒蔵や酒販店で組織する長期熟成酒研究会によれば3年以上寝かせた酒を指すことが多い。
 原酒
 上漕後、割水もしくは加水調整（アルコール分1%未満の範囲内の加水調整を除く）をしない清酒。
生酒
 製成後、加熱処理（火入れ）を一度もしない清酒。酵母などの微生物や酵素が残っており品質が変化しやすいので、鮮度には注意が必要であり、冷蔵保存する必要がある。
 生貯蔵酒
 製成後、火入れをしないで貯蔵し、製造場から移出する際に火入れした清酒。貯蔵期間については規定されていない。
 生一本
 清酒の製法品質表示基準「単一の製造場のみで醸造した純米酒である場合」と定められている。表示基準などが制限される以前は、「灘酒」が生一本の代名詞として呼ばれていた。
 樽酒
 木製の樽で貯蔵し、木香のついた清酒（瓶その他の容器に詰め替えたものを含む）。

 その他の表示 

 生詰酒
 生貯蔵酒とは逆に、製成後、火入れをしてから貯蔵し、製造場から移出する際には火入れを行わない清酒。
 ひやおろし
 冬季に醸造した後に春・夏の間涼しい酒蔵で貯蔵・熟成させ、気温の下がる秋に瓶詰めして出荷された清酒。本ページ「ひやおろし」参照。

以下3項目は、上槽時に搾りが施されている間の時期（前期・中期・後期など）で分類されるが、明確な基準はない。
 荒走り（あらばしり）
 上槽時、すなわち槽という搾り器を使って醪（もろみ）を搾るときに、最初にほとばしるように出てくる部分の酒のこと。圧力を加えないで、最初に積まれた酒袋の重みだけで自然に出てくるもの。一般に固形分である滓（おり）が多く、アルコール度は比較的に低めで、香りも高く切れ味が良い。
 中取り（なかどり）、中汲み（なかぐみ）、中垂れ（なかだれ）
 上槽時、荒走りの次に、中間層として出てくる部分。アルコール度や味は、ほどほどの中間点。味と香りのバランスが最も良い、あるいは荒走りより練られた味だ、とも評される。厳密には、この中取り、もしくは中汲み、中垂れという一つの段階の中にも、酒袋が槽一杯になるまで積まれたときに酒袋の山の自重で出てきたものと、自重に加えてさらに圧力を掛けたときに出てきたものの二段階がある。
 責め（せめ）・押し切り（おしきり）
 上槽時、最後に出てくる部分。特に槽搾りにおいて、圧搾して出てきた部分。アルコール度は高く、かなり練られた濃い味。
 袋吊り、袋しぼり、雫しぼり、首吊り
 上槽時、もろみを袋に詰め、袋を吊り下げてそこから垂れてくる酒をとる方法。出品酒などの高級酒に多く用いられる。こうして採られた酒は雫酒（しずくざけ）と呼ばれることもある。
 斗瓶取り、斗瓶囲い
 上槽時、出てきた酒を斗瓶（18リットル瓶）単位に分け、そこから良いものを選ぶ方法。出品酒等の高級酒に多く用いられる。
 無濾過
 「無濾過」については酒税法上の明確な定義はなく、製造者によって使われ方が異なる。「一切濾過行為をしない」「不要な固形物を取り除くための粗い目のフィルター以外には濾過をしない」「活性炭濾過による香味調整をしない」などの意味合いとして表示される。
 濁り酒、おりがらみ
 濁り酒は、上槽の際に粗い目の布などで濾して、意図的に滓を残したもの。火入れをしない場合は瓶内部で発酵が持続し、発泡性のものになる。おりがらみは、滓下げをしないままのもの。どちらも、滓に含まれているや旨み、醪独特の濃厚な香りや味わいを楽しむために造られる。「にごり酒」と表示されていても、清酒に微かな滓が漂っているものから、瓶の向こう側が見えないどぶろく状の商品まで、濁りの度合いは幅広い。
 発泡日本酒
 発酵や封入による炭酸ガスの泡立ちを楽しめる発泡日本酒もあり、製造元の酒蔵が集まって2016年に「awa酒協会」を設立した。
 地理的表示
 国税庁の酒類の地理的表示に関する表示基準を定める件（平成27年国税庁告示第19号）により、国税庁長官の指定を受けた地域においてはその表示できるとともに、産地の特長を生かすよう原料や製法等が制限される。また、「清酒の産地のうち国税庁長官が指定するものを表示する地理的表示は、当該産地以外の地域を産地とする清酒について使用してはならない」ため、他地域で製造された清酒には類似表示（「○○風仕込み」「○○式清酒」）が禁止され、地域ブランドを保護できる。2020年現在、清酒では以下の5地域。
 白山（白山菊酒）：石川県白山市、2005年12月指定
 山形：山形県、2016年12月指定
 灘五郷：兵庫県神戸市灘区・東灘区、芦屋市、西宮市、2018年6月指定
 はりま：兵庫県姫路市、相生市、加古川市、赤穂市、西脇市、三木市、高砂市、小野市、加西市、宍粟市、加東市、たつの市、明石市、多可町、稲美町、播磨町、市川町、福崎町、神河町、太子町、上郡町、佐用町、2020年3月指定
 三重：三重県、2020年6月指定
が指定を受けているほか、日本国内全体を産地として保護する「日本酒」も指定されている。

 外国産清酒の表示 
上述の通り「日本酒」または「Japanese Sake」の表示は、地理的表示保護制度によって日本国内において製造された清酒にのみ認められている。日本国外で製造された清酒は「日本酒」と呼称することができないほか、「日本風」「日本式の製法」などとラベルや広告、店頭ポップ等に表示することもできない。

また、外国産の日本酒については、「酒」「清酒」「〇〇産清酒」としてのみ販売できる。日本以外で作られた「外国産清酒」を日本国内で販売する場合には、原産国名および外国産清酒を使用したことの表示が必要となる。アメリカなどでは「SAKE（サーキー）」が一般的であり、こちらで呼ばれることが多い。

 飲み方と料理への利用 
日本酒は、シャーベット状に半ば凍らせた「みぞれ酒」から常温の「冷や」、約60℃程度までの「熱燗」と、幅広い温度帯で飲まれる。同種のアルコール飲料を同じ地域で、異なる温度により味わうのが常態である例は、他に中国の紹興酒などがある程度であり、比較的珍しい（熱燗について「燗酒」も参照）。

悪酔いを防ぎ、心身の健康を保つため、食事や「和（やわ）らぎ水」と呼ばれる水と一緒に飲むことを、日本酒関連団体などが推奨している。

いずれの温度帯でも日本酒をそのまま飲むことが多いが、熱燗では、火を通した魚を浸して味を付ける骨酒、ひれ酒の伝統もある。さらに現代では、杯に氷を入れるオン・ザ・ロック、水割りやお湯割りと飲み方も多様化した。ハイボールやカクテルの素材にもなる。日欧文化比較によれば江戸時代頃には通年燗をつけて飲むのが普通であり、また水割り（正確に言えば水増し）の酒が多かったとされる。

日本酒は、魚介類の臭み消しのほか、煮物などを含めた味・香り付けなどの調味料として、調理に使用される。調理専用の料理酒も製造・販売される。日本酒の製造過程で生じる酒粕（さけかす）は酒粕焼酎の原料になる他、甘酒などにして飲用したり、粕漬けや粕汁などの料理に用いたりされる。

 歴史 

 製成・販売数量と製造業者数、産地 
2018年度（平成30年度）における清酒の製成数量は40万6,064キロリットル、販売（消費）数量は48万8,696キロリットルである。名産地・灘があり大手日本酒メーカーの集中する兵庫県（約26%）、同じく伏見のある京都府（約22%）が多い。これに、新潟県（約8%）、埼玉県（約4%）、秋田県（約4%）と続く。成人一人当たりの日本酒販売（消費）数量は、新潟県が最も多く、東北・北陸地方の各県がこれに続く。

2017年度（平成29年度）の清酒の製造業者数は1,371業者で、そのうち中小企業が99.6%を占めている。

蔵元が所在する地域の地方自治体にとって、日本酒は重要な地場産業の一つである。このため、東京などに出店したアンテナショップで地酒を販売したり、宴会などでまず地元産日本酒を飲むことを勧める乾杯条例を制定したりと、様々な振興策を展開している。

清酒の酒類製造免許を新たに取得できるのは、既存の清酒製造者が、企業合理化を図るため新たに製造場を設置して清酒を製造しようとする場合等に限られており、新規参入は制限されている。新規参入には、休廃業した酒造会社を買収し酒蔵の免許を移転する方法が使われる（北海道の上川大雪酒造の例）。2021年には海外への輸出を後押しするため、輸出用清酒製造免許が設定された。第1号は福島県のねっかに交付された。

 原料 
日本酒の主な原料は、米と水と麹（米麹）である。広義には、日本酒の醸造を支える酵母・乳酸菌などの全てを「日本酒の原料」と呼ぶこともある。専門的には、香味の調整に使われる醸造アルコール、酸味料、調味料、アミノ酸、糖類などは副原料と呼んで区別する。

 米 
用途によって、麹米（こうじまい）用と掛け米（かけまい）用の2種類がある。

麹米には通常酒米（酒造好適米）が使われる。掛け米には全部または一部に一般米（うるち米）が使われるが、特定名称酒の場合には酒米のみが使われることが多い。普通酒は麹米、掛け米ともにすべて一般米で造られるのがほとんどである。

原料米の選び方や使い方は、かつては特定名称酒などの高級酒ともなると代表的な酒米の山田錦一辺倒の傾向すらあったが、今日では一般米からも高い評価を得る酒が造られており、近年は新種の開発などにより変化が著しい。

米が豊作の年には、米の質の関係から、醸造に失敗しやすい事もある。これは豊作の年の米が比較的硬いため、酵母が充分繁殖するのに時間がかかり、その間に雑菌が繁殖してしまうのだという。大正4年（1915年）には、この現象（後に「大正の大腐造」とも呼ばれたという）により日本各地で醸造に失敗、酒造業全体に深刻なダメージを被ったとされている。

 水 
水は日本酒の80%を占める成分で、品質を左右する大きな要因となる。このため灘の宮水など、地域によっては特別な名称で呼ばれる場合もある。水源はほとんどが伏流水や地下水などの井戸水である。条件が良い所では、これらを水源とする水道水が使われることもあるが、醸造所によって専用の水源を確保することが多い。都市部の醸造所などでは、水質の悪化のために遠隔地から水を輸送したり、良質な水源を求めて移転したりすることもある。酒造りに使われる水は酒造用水と呼ばれ、仕込み水として、また瓶、製造設備などの洗浄用水として利用される。蔵元の一部は、仕込み水を商品として販売している。

東京都心に立地する東京港醸造は敢えて水道水を使っている。その理由としては、東京都水道局が取水する利根川・荒川水系が中軟水で、酒造りに不適な一部ミネラル（鉄分やマンガン）が少ないのと、安全・衛生的で殺菌用塩素も製造工程で抜けるため支障がないことを挙げている。

 硬度
 水の硬度は、酒の味に影響する要素の一つである。おおざっぱに言えば、軟水で造れば醗酵の緩いソフトな酒、硬水で造れば醗酵の進んだハードな酒になる。理由は、醸造過程で硬水を使用するとミネラルが酵母の働きを活発にしてアルコール発酵すなわち糖の分解が速く進み、逆に軟水を使用するとミネラルが少ないため酵母の働きが低調になり発酵がなかなか進まないからである。

 江戸時代以来、灘では宮水と呼ばれる硬水が使用されていたが、1897年（明治30年）には広島県の三浦仙三郎により軟水醸造法が開発された。

 硬度の測定には、日本の日常生活ではアメリカ硬度が用いられるが、醸造業界では長らくドイツ硬度が用いられている（アメリカ硬度も使用される）。

 水質
 酒造用水に課せられている水質基準は、水道水などと比べるとはるかに厳格である。酒蔵は、使用する水を事前にそれぞれの地域の保健所、食品試験所、酒造指導機関などに送って検査を受けなくてはならない。

 検査は以下のような項目で行われる。
 臭気
 味
 色度
 濁度
 pH
 塩素イオン
 カルシウム
 総硬度
 マグネシウム
 トリクロロエチレン
 全燐
 亜硝酸性窒素および硝酸性窒素 - 不検出でなければならない。
 過マンガン酸カリウム消費量
 一般細菌数 - 不検出でなければならない。
 大腸菌群 - 不検出でなければならない。
 水銀
 鉄 - 許容範囲は 0.02mg/L 以下（水道水では 0.3mg/L 以下）。鉄分は日本酒の着色の原因となるほか、香味を低下させる。
 マンガン - 許容範囲は 0.02mg/L 以下（水道水では 0.3mg/L 以下）。

 日本の水は、各地によって小差はあるもののほとんどが中硬水であり、香味を損ねる鉄分やマンガンの含有量が少ないので、醸造に適しているといえる。太平洋戦争前に満州へ渡り在留日本人のために清酒の現地生産を図るも、当地の水は硬水で醸造に適しておらず、安定して製造することは困難だった。

 なお、発酵の助成促進または安全醸造のための必要最小限の塩類（酸性りん酸カリウム、酸性りん酸カルシウム、塩化マグネシウム等）については、仕込み水に添加することができる。

 水の用途
 酒造りに用いられる酒造用水は、以下のように分類される。
 醸造用水 - 醸造作業の最中に酒の中に成分として取りこまれる水。
 洗米浸漬用水 - 米を洗い、浸しておく水。仕込みの前に米の中に吸収される水でもある。
 仕込み用水 - 醸造時に主原料として加える水。
 雑用用水 - 洗浄やボイラーに用いられる水。これにも水質の項で述べられているような厳しい基準を通過した酒造用水が用いられる。
 瓶詰用水
 洗瓶用水 - 瓶を洗う水である。
 加水調整用水 - アルコール度数を調整するために加える水。醸造後に酒に取り込まれる。
 雑用用水 - タンクやバケツの清掃に用いる水。これにも水質の項で述べられているような厳しい基準を通過した酒造用水が用いられる。

 麹（正字は「」） 
日本酒に用いる麹は、一般的に蒸した米に麹菌（ニホンコウジカビの胞子）を振りかけて育てたものであり、その色からニホンコウジカビは黄麹ともいわれ、米麹（こめこうじ）ともいう。これが米のデンプンをブドウ糖に変える糖化の働きをする。ただし21世紀からは日本酒の醸造においても、焼酎や泡盛の醸造で使われていた白麹と黒麹（アワモリコウジカビ）が使われ始めており、白麹（黒麹のアルビノ突然変異体）を醸造に使用した酒は、2009年の新政酒造の「亜麻猫」の発売以来普及した。白麹は多くのクエン酸を生成するため、微生物の繁殖を防ぐ能力が高く、クエン酸由来の酸味が強い風味を持つ傾向に仕上がりやすい。酒母を作る伝統的な方法である生酛づくりや山廃づくりにおいても、より近代的な方法の速醸なみの速さででき、それらは速醸と違い人工的に作られた乳酸を添加しないため「無添加」の表示ができ、特に輸出する際のマーケティングの観点から有利である。

日本酒が原料とする米の主成分は多糖類であるデンプンだが、そのままでは酵母がエネルギー源として利用できない（デンプンから直接アルコール発酵を行えない）ので、まず麹の働きによって分子量の小さな糖へと分解する必要がある。つまり、酵母がブドウ糖からアルコールを生成できるように、下ごしらえとしてデンプンを糖化してブドウ糖を生成する役割を担うのが米麹である。米麹は、コウジカビが生成するデンプンの分解酵素であるα-アミラーゼやグルコアミラーゼを含み、これらの働きによって糖化が行われる。ほかにタンパク質の分解酵素も含んでおり、タンパク質を分解して生じるアミノ酸やペプチドは、酵母の生育や完成した酒の風味に影響する（参照：#麹造り）。

洋酒を代表するワインでは、原料であるブドウ果汁の中に既にブドウ糖が含まれているので、こうした糖化の工程が要らない単発酵文化圏となった。東洋においては、日本酒だけでなく、他の酒類や味噌・味醂・醤油など多くの食品に麹が使われ、食文化的に複発酵文化圏、カビ文化圏などとも呼ばれる。これは東南アジアから東アジアにかけての中高温湿潤地帯という気候上の特性から可能であった、微生物としてのカビの効果を利用した醸造法である。東洋で使われる麹菌にはさまざまな種類があり、焼酎には白麹・黒麹（黒麹菌）・黄麹、泡盛には黒麹、紹興酒には赤麹が用いられるのが通常だが、日本酒の場合は味噌、味醂、醤油と同じく一般的に黄麹（きこうじ、黄麹菌・黄色麹菌）が用いられる。ただし、「黄」と言っても実際の色は緑色や黄緑色に近い。

酒造会社が使う麹や酒蔵に以前から定着している微生物以外の納豆菌や雑菌などは、酒に悪影響を与える。特に納豆菌が麹米に繁殖すると、スベリ麹と呼ばれるヌルヌルした納豆のような麹になる。このため見学者らに来訪直前は納豆を食べないよう求める造り酒屋もあり、また酒造期の蔵人が納豆を食さない所もある。

日本で用いられる麹は、肉眼で見る限り米粒そのままの形状をしており、散麹（ばらこうじ）と呼ばれる。それに対して、中国など他の東洋諸国で用いられる麹は餅麹（もちこうじ）と呼ばれ、原料となる米・麦など穀物の粉に水を加えて練り固めたものに自然界に存在するクモノスカビやケカビの胞子が付着・繁殖してできるものである。

 酵母 
麹の中の米のデンプンから生成されたブドウ糖は、酵母によって分解され、エタノールと二酸化炭素が生成される。酵母は真菌類に属する単細胞生物であって原料ではないが、これが行うアルコール発酵が日本酒造りの過程において大きな要素であるためここに記す（詳細は清酒酵母を参照）。多種多様な酵母の中で日本酒の醸造に用いられるものを清酒酵母といい、種は80%以上がSaccharomyces cerevisiae（出芽酵母）である。何十万もの種類が自然界に広く存在しており、それぞれ異なった資質を持っている。酵母の多様性は酒の味や香りや質を決定付ける重要な鍵となる。

前近代には、麹と水を合わせる過程において空気中に自然に存在する酵母を取り込んだり、酒蔵に棲みついた「蔵つき酵母」（家つき酵母）に頼ったりするなど、その時々の運任せであった。このため、科学的再現性に欠けており、醸造される酒は品質が安定しなかった。

明治時代になると微生物学の導入によって有用な菌株の分離と養育が行われ、それが配布されることによって日本酒全体の品質の安定・向上が図られた。1911年（明治44年）第1回全国新酒鑑評会が開かれ、日本醸造協会が全国レベルで有用な酵母を収集するようになり、鑑評会で1位となるなど客観的に優秀と評価された酵母を純粋培養して頒布した。頒布された酵母（協会系酵母または協会酵母）には、日本醸造協会に因んで「協会ｎ号」(ｎには番号が入る）という名が付けられている。アルコール発酵時に二酸化炭素の泡を出す泡あり酵母（協会1号から協会15号など）と、出さない泡なし酵母に大別される。泡なし酵母は突然変異により生まれた発酵時に泡を出さない酵母で、酒造りの過程において泡守り（あわもり）が不要であるなど利点も多いために研究が進み、従来の泡あり酵母のなかで優良な種株の泡なし版が多く作られていった。

元々、日本酒には米の持つ地味な香りだけがあり、ワインのようなフルーティーな香りは無かったが、鑑評会向けに優れた香りを持つ酒を醸造する工夫が重ねられて吟醸酒が誕生し、各地の蔵で吟醸造りが行われるようになった。これに大きな役割を果たしたのが協会系酵母の中の協会7号（真澄酵母）と協会9号（香露酵母・熊本酵母）であった。1980年代に吟醸酒が一般層にも広く受け入れられて消費が伸びてくると、この他にも少酸性酵母、高エステル生成酵母、リンゴ酸高生産性多酸酵母といった高い香りを出す泡なし酵母が作られ、1990年代以降はそれぞれ開発地の地名を冠する静岡酵母、山形酵母、秋田酵母、福島酵母などが登場し、吟醸造りに用いられる酵母も多様化していった。

最近では、アルプス酵母に代表されるカプロン酸エチル高生産性酵母や、東京農業大学がなでしこ、ベコニア、ツルバラの花から分離した花酵母など、強い吟醸香を引き出すものが注目を集めており、今も大手メーカーやバイオ研究所、大学などで様々な酵母が作られている。協会系酵母として現在頒布されているものの70%近くは泡なし酵母である。

一方、新たに開発された酵母によっては吟醸香が不自然に強すぎて酒の味を損なうなど、却って好まれない場合もあるため、一概に香りを強く鮮やかにすることが望ましいわけではない。

 乳酸 
乳酸は、他の雑菌が繁殖しないようにするために、特に仕込みの初期に重要である。また、乳酸を始めとする有機酸が、酒に“腰”を与える。酛立ての際に醸造用乳酸を加える場合と、乳酸菌に乳酸を作らせる場合があり、前者を速醸（そくじょう）系、後者を生酛（きもと）系と呼ぶ。