二級水系（にきゅうすいけい）とは、日本の河川法によって定められた一級水系以外で「公共の利害に重要な関係がある水系」である。

 概要 
 二級水系とは、一級水系以外で公共の利害に重要な関係がある水系である。本流が二級河川で支流も二級河川・準用河川であれば、本流の二級河川名（○○水系）で呼ばれる。
 二級河川とは、一級水系以外の水系で公共の利害に重要な関係があるもの（二級水系）に係る都道府県知事指定の河川であると河川法で定められている。
 二級河川を指定する場合、国土交通省令の定めにより、都道府県知事は水系ごとに、その名称と区間を公示しなければならない。
 二級河川に係わる記載は「河川台帳」及び「水利台帳」に記載され、二級河川の台帳は、その二級河川を管理する事務所（都道府県管轄）に保管すると国土交通省令で定められている。

 指定方法 
 二級河川を指定しようとする場合において、当該河川が他の都府県との境界に係るものであるときは、当該他の都府県知事に協議しなければならない。
 都道府県知事は、二級河川を指定しようとするときは、あらかじめ、関係市町村長の意見をきかなければならない。
 前項の規定により関係市町村長が意見を述べようとするときは、当該市町村の議会の議決を経なければならない。
 指定を実行した後は速やかに、指定表一覧へ記載をする。
 二級河川の指定の変更又は廃止の手続は、上記の指定の手続に準じて行なわれなければならない。
 二級河川に指定した後、一級河川の指定を受けたならば、二級河川指定の効力を失う。

 主な二級河川を本川（本流）とする水系一覧 
地域都道府県水系数河川数河川総延長(km)流域面積(km2)主要水系名及び湖沼北海道・東北北海道2304674,273.827,652.0佐呂間別川水系阿寒川水系安平川水系北海道の二級水系一覧を参照青森県771521,000.45,350.0奥入瀬川水系赤石川水系堤川水系青森県の二級水系一覧を参照岩手県45106976.15,090.0閉伊川水系久慈川水系気仙川水系岩手県の二級水系一覧を参照宮城県3070347.21,296.0七北田川水系砂押川水系定川水系宮城県の二級水系一覧を参照秋田県2151451.11,457.0馬場目川水系塙川水系水沢川水系秋田県の二級水系一覧を参照山形県1759269.9739.0日向川水系新井田川水系五十川水系山形県の二級水系一覧を参照福島県361601,389.53,409.0木戸川水系夏井川水系鮫川水系福島県の二級水系一覧を参照関東茨城県1759175.8696.0大北川水系花貫川水系十王川水系茨城県の二級水系一覧を参照栃木県0000－群馬県0000－埼玉県0000－千葉県601371,086.73,842.0夷隅川水系栗山川水系小櫃川水系千葉県の二級水系一覧を参照東京都101595.7120.0目黒川水系古川（渋谷川）水系呑川水系東京都の二級水系一覧を参照神奈川県2384516.81,225.0酒匂川水系早川水系帷子川水系神奈川県の二級水系一覧を参照中部新潟県1433951,545.23,710.0胎内川水系加治川水系柿崎川水系新潟県の二級水系一覧を参照山梨県3920.2114.0本栖湖西湖精進湖長野県0000－富山県30101476.51,100.0片貝川水系早月川水系白岩川水系富山県の二級水系一覧を参照石川県60164898.72,505.0犀川水系浅野川水系大聖寺川水系石川県の二級水系一覧を参照福井県2241252.81,231.0大味川水系笙の川水系南川水系福井県の二級水系一覧を参照静岡県832651,222.42,799.0太田川水系都田川水系栃山川水系静岡県の二級水系一覧を参照愛知県55147719.72,313.0天白川水系境川水系日光川水系愛知県の二級水系一覧を参照岐阜県0000－三重県74193792.81,722.0員弁川水系安濃川水系阪内川水系三重県の二級水系一覧を参照近畿滋賀県0000－京都府3789409.1886.0伊佐津川水系野田川水系竹野川水系京都府の二級水系一覧を参照大阪府1740191.0539.0石津川水系芦田川水系大津川水系大阪府の二級水系一覧を参照兵庫県923501,693.63,685.0市川水系武庫川水系夢前川水系兵庫県の二級水系一覧を参照奈良県0000－和歌山県853161,423.92,999.0有田川水系日高川水系日置川水系和歌山県の二級水系一覧を参照中国鳥取県42113397.4744.0蒲生川水系勝部川水系由良川水系鳥取県の二級水系一覧を参照島根県72159847.12,068.0益田川水系三隅川水系浜田川水系島根県の二級水系一覧を参照岡山県2264269.7772.0笹ヶ瀬川水系倉敷川水系里見川水系岡山県の二級水系一覧を参照広島県47136627.81,551.0沼田川水系黒瀬川水系八幡川水系広島県の二級水系一覧を参照山口県1084372,213.14,844.0錦川水系阿武川水系木屋川水系山口県の二級水系一覧を参照四国徳島県39129430.6762.0勝浦川水系海部川水系牟岐川水系徳島県の二級水系一覧を参照香川県792751,008.41,399.0綾川水系香東川水系財田川水系香川県の二級水系一覧を参照愛媛県1824101,247.02,071.0蒼社川水系加茂川水系国領川水系愛媛県の二級水系一覧を参照高知県972681,245.32,489.0奈半利川水系国分川水系鏡川水系高知県の二級水系一覧を参照九州・沖縄福岡県52149875.51,841.0那珂川水系御笠川水系紫川水系福岡県の二級水系一覧を参照佐賀県60174504.9742.0有田川水系塩田川水系伊万里川水系佐賀県の二級水系一覧を参照長崎県2223581,081.92,318.0浦上川水系八郎川水系川棚川水系長崎県の二級水系一覧を参照熊本県81148637.81,994.0坪井川水系水俣川水系氷川水系熊本県の二級水系一覧を参照大分県93211985.71,893.0臼杵川水系駅館川水系八坂川水系大分県の二級水系一覧を参照宮崎県532371,243.03,616.0耳川水系一ツ瀬川水系広渡川水系宮崎県の二級水系一覧を参照鹿児島県1603101,760.54,682.0甲突川水系万之瀬川水系天降川水系鹿児島県の二級水系一覧を参照沖縄県5175355.8903.0比謝川水系国場川水系浦内川水系沖縄県の二級水系一覧を参照

（備考）灰色欄で表示されている自治体は二級水系が存在しない自治体。換言すれば当該自治体にある河川は全て一級水系に所属する河川となり、堰止湖がある山梨県を除く内陸県が該当する。奈良県には例外的に県内も流域とする二級水系が3水系存在する（銚子川水系、日置川水系、日高川水系）が、県内部分はいずれも指定区間外であるためカウントしていない。

 二級河川 
二級水系に係わる河川は、都道府県によって指定される際は支流等も含め原則（後述）として二級河川であり、都道府県知事（都道府県）が指定管理する。日本には2014年4月30日現在二級水系の数が2,711あり、その河川数は7,078となる。管都市部や源流部の小河川などでは、河川法での未指定部分を市町村長が準用河川に指定して管理したり、どこも指定管理しない場合は河川法の適用を受けない普通河川として扱われたりすることもある。一方で国や都道府県が指定管理していた河川が、河川法の指定はそのままに管理権限のみ地元自治体へ移譲される事例もある。

尚、二級水系であっても隣接する一級水系と不可分な河川整備が必要と特に認められた場合は、国土交通省による直轄管理も行われる場合もある。一例として島根県の神戸川水系が、1976年（昭和51年）より『斐伊川・神戸川水系河川整備計画』に基づき国土交通省による河川整備が進められていた。ただし2006年8月1日付けで神戸川水系は斐伊川水系に編入されて二級水系としては消滅し、現在国土交通省が管理を行う二級水系は無い。

二級水系より重要な水系は一級水系とされ、原則として国の管理下におかれる。全国に109水系存在する（詳細は一級水系の項を参照）。また、一級水系、二級水系以外の水系は単独水系と呼ばれる。

 沖縄県における特例 
沖縄県の河川は、その全てが二級河川である。しかし沖縄県においては福地川など幾つかの河川において、二級河川でありながら国土交通大臣が施工・管理を行う特定多目的ダムが建設されているのをはじめ、国土交通省（実質的には内閣府沖縄総合事務局）が直轄事業として河川改修や河川管理を行っている。これは沖縄振興特別措置法における特例措置である。

すなわち、河川法第十条の規定により通常二級河川は都道府県知事の管理下におかれ、国が関与することはない。だが1972年（昭和47年）の沖縄返還以降、本土に比べインフラストラクチャー整備が遅れている沖縄県の発展を図るため、河川整備について沖縄県の振興を図るために特に必要があるものについては、沖縄県知事の要請があった場合に内閣総理大臣との協議によって国土交通大臣（従前は建設大臣）が、指定した河川区間について河川改良工事、修繕工事などを国直轄で行うことを特別措置法によって定めた。

こうした沖縄振興特別措置法の規定により、福地川・普久川・新川川・億首川など、沖縄県の十数河川が指定区間とされ、河川法第十条の例外規定として国土交通大臣が一級河川に準じた直轄管理を行っている。またこれに伴い、特定多目的ダム法についても沖縄県については特例が適用され、福地ダム（福地川）など特定多目的ダムが、二級河川であっても建設されている。