木曽川（きそがわ）は、長野県から岐阜県・愛知県・三重県を経て伊勢湾に注ぐ木曽川水系の本流で一級河川、いわゆる木曽三川の一つ。

 地理 

 本流 

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長野県木曽郡木祖村の鉢盛山（2,446メートル）南方を水源とし、南西に流れている。鳥居峠西側を南に向かって流れ御嶽山から流れ来る王滝川を合わせた後、木曽の桟や寝覚の床などの渓谷を形成しながら岐阜県中津川市に入り流れを西に変える。

中津川市より可児市までの間は恵那峡、深沢峡、蘇水峡といった峡谷を形成し、濃尾平野東部に出て美濃加茂市と可児市の境界で飛騨川と合流する。飛騨川合流後の可児市から愛知県犬山市の犬山城付近まで再度渓谷を形成し、これらを総称して「日本ライン」と呼ぶ。この区域は1931年（昭和6年）に国の名勝に指定されているほか、中流域が1985年（昭和60年）に環境庁（現・環境省）の「名水百選」に選定された。

各務原市と愛知県犬山市の境界付近から再度濃尾平野に出て、各務原市川島地区で一旦3つの流れに分流し（三派川地区）、国道22号新木曽川橋付近で再度合流する。下流域ではかつて揖斐川、長良川と合流・分流を繰り返し輪中が発達していたが、江戸時代以降何度となく改修工事が繰り返され、現在では分離されている。三重県桑名市長島町と木曽岬町との境で伊勢湾に注ぐ。延長229キロメートルは、最上川と並び全国7位の長さである。揖斐川、長良川流域を除く流域面積は5,275平方キロメートルである。

一級河川指定区間の管理者は国土交通省中部地方整備局で、木曽川・長良川間の背割堤の最上流端（岐阜県海津市海津町成戸）に設置された三川分流碑の近くに木曽川下流河川事務所と木曽川上流河川事務所の管理境界標識が設置されている。

 木曽川水系 
揖斐川及び長良川は、河川法上では木曽川水系に包括されている。江戸時代までは現在の木曽三川公園付近までに木曽川・揖斐川・長良川の三川が全て合流し、東西の2筋に分かれて伊勢湾に注いでいた。明治時代の木曽三川分流工事によって分流がなされ、現在では揖斐川・長良川は伊勢大橋付近で合流するものの、木曽川は揖斐川・長良川と合流することなく伊勢湾まで至っている。

流域は長野・岐阜・愛知・三重・滋賀の5県にまたがり、水系全体の流域面積9,100平方キロメートルは日本国内の水系で5番目に広い。水系全体で391の一級河川があり（詳細は#主な支流）、河川延長は全体で246.5キロメートル。

 流域の自治体（木曽川本流） 
 長野県
 木曽郡木祖村、木曽町、上松町、大桑村、南木曽町
 岐阜県
 中津川市、恵那市、瑞浪市、加茂郡八百津町、可児郡御嵩町、可児市、美濃加茂市、加茂郡坂祝町、各務原市、羽島郡笠松町、岐南町、羽島市、海津市
 愛知県
 犬山市、丹羽郡扶桑町、江南市、一宮市、稲沢市、愛西市、弥富市
 三重県
 桑名市、桑名郡木曽岬町

 歴史 

 河川の名称 
吉蘇川・岐蘇川などの異字の他、場所により、広野川・鵜沼川・境川・墨俣川・美濃川・尾張川などとも呼ばれた。

「木曽」「吉蘇」「岐蘇」の由来については、木曽谷に麻を産出することに由来する「生麻」（キソ）という説と、木曽の人々が麻の服を着ることに由来する「着麻」（キソ）という説がある。ほかにアイヌ語で「キ」は美しい、「ソ」は谷・流れを意味するから、木曽谷にはアイヌの人たちの平和な集落があったという説もある。のちに地名が川の名前となったと見られる。

 前史 
木曽川を含む木曽三川は、木曽山脈の隆起と伊勢湾の沈降などに見られる、濃尾平野下部の基盤が西へ向かうほど沈降している、濃尾傾動運動という造盆地運動により形成されてきた。この運動により、沈降の上部に木曽三川が運搬した土砂が堆積することで濃尾平野を形成してきた。1万数千年前までの最終氷期には海面が現在より百数十メートル低く、木曽三川の河口は伊勢湾口付近にあったが、約1万年前になると急激な温暖化により海面が急上昇した。木曽川が最も東に偏って流れていた時代は、犬山付近より南流し、名古屋市内の鶴舞付近で伊勢湾へ注いだ。縄文海進期には、海岸線が西は養老山地山麓まで、北は大垣市・岐阜市付近まで進入した。木曽三川が流し込む大量の土砂は河口に細長い三角州を形成し、徐々に海岸線を南進させていった。同時に、木曽三川の流路は、濃尾傾動運動の影響を受けて養老山地側へと偏っていった。こうして平野奥部まで標高がほとんど変わらず、かつ、3つの大河川の流路が狭い地域に集中するという、極めて水害の発生させやすい地理条件が成立した。

 古木曽川 

古代には、木曽川本流が美濃国・尾張国の国境だった。尾張川とも呼ばれた。現在の各務原・笠松付近では広野川とも呼ばれた。

 広野川事件 
769年（神護景雲3年）の洪水により本流が移動し（現在の茜部の南を流れるようになった）、川の掘開により本流を元に戻す施工が始まった。しかし土砂の堆積と流量の変化は続き、施工が美濃国側と尾張国側の洪水被害の量にも関わるようになり、866年（貞観8年）には、美濃国の各務郡郡司の各務吉雄と厚見郡郡司の各務吉宗が、前年に太政大臣の藤原良房に派遣され施工した尾張国の郡司とその役夫を襲撃するという「広野川事件（各務原合戦）」が起きた。

 治水と先人達の苦闘 

平安時代には既に水屋が建設されており、後に輪中が形成されて行き住民は洪水に対抗していった。地元に残る言葉に「四刻八刻十二刻」がある。これは大雨が降った際の木曽三川の洪水到達予測時間の事であり、揖斐川は四刻（8時間）、長良川は八刻（16時間）、木曽川は十二刻（24時間）で洪水が到達することを意味している。いかに流域住民が水害に対して敏感であったかが良く分かる。一方で網の目状に流れる木曽三川を利用しての水運は、金華山や大垣の他、烏江湊から陸路を経由しての琵琶湖水運、桑名津からの海運などで大坂などにも繋がっていた。

 軍事の要衝としての歴史 
木曽川は鎌倉時代以降、その豊富な水量と広大な川幅が軍事拠点として利用された。1221年（承久3年）の承久の乱では後鳥羽上皇率いる朝廷軍が鎌倉幕府軍を木曽川で迎撃。下る戦国時代には豊臣秀吉が美濃・墨俣（現・岐阜県大垣市）に一夜城を築き織田信長の美濃攻略を容易にした。信長は木曽川・長良川河口に浮かぶ長島に拠る一向一揆に大いに苦しめられた。関ヶ原の戦いの前哨戦にあたる河田木曽川渡河の戦いでは、岐阜城主であった西軍の織田秀信の激しい抵抗を、池田輝政や山内一豊などが兵士数の差を活かして打ち破った。

 国境線の変更 

通説では戦国時代末期（安土桃山時代）の1585年（天正13年）6月、それまで現在の境川の場所を流れ、墨俣で長良川と合流していた木曽川は、大洪水を起こして南方へ流路を移動したとされる。豊臣秀吉が尾張・美濃の国境を変更し、従来尾張の葉栗郡・中島郡・海西郡などの一部だった25か村を美濃に編入した（美濃の羽栗郡・中島郡・海西郡、近代に合併して羽島郡・海津郡）のも、この大洪水による流路移動がきっかけだとされている。

しかし、1585年（天正13年）の大洪水については、200年以上のちの地誌などに記載があるだけで、同時代の資料がまったく残っていない一方、すでにそれ以前の本能寺の変後（1582年（天正10年））の段階で、尾張国主織田信雄と美濃国主織田信孝とが、古来の木曽川（境川）上に置かれていた濃尾国境を領地の境とする国切か、それとも「大川」を境に分割する大川切かで対立している。「木曽八流」と呼ばれたように、そもそも木曽川はいくつもの派川に分かれ、西尾張の平野を複雑に離合しながら流れ下っていたが、そのほかいくつかの文献資料からも、室町時代中頃には現在の木曽川の位置にすでに大きな分流（をよひ川＝及川と呼ばれていた）が存在しており、1582年（天正10年）時点では元々の木曽川本流にも規模で勝り、従来の国境よりも領土分割線として相応しいと主張しうるまでなっていたと考えられる。

 御囲堤 

江戸時代初期の木曽川の左岸・尾張側には、以下の3つの主要な主流が存在した。
 一之枝川（いちのえがわ） - 木津で木曽川から分岐し、現在の青木川筋で五条川に至る。
 二之枝川（にのえがわ） - 般若で木曽川から分岐し、現在の般若川・大江川・三宅川筋で三之枝川に至る。1400年ごろ以前は、勝幡から南下して善太川筋で伊勢湾に至る古日光川と呼ばれる流路をとった。
 三之枝川（さんのえがわ） - 宮田で木曽川から分岐し、上・中流部は現在の日光川筋（古川・萩原川）を流れ、下流部は天王川を経て佐屋川に至る。
江戸幕府を開いた徳川家康は、江戸防衛の最前線として重要な尾張に実子の松平忠吉、次いで同じく徳川義直を置き、名古屋城を築城した。そして名古屋防衛のため、木曽川が濃尾平野に出る犬山付近から河口部の弥富までの左岸48キロメートルに御囲堤（おかこいつつみ）を引堤した（1608年（慶長13年）完成）。

御囲堤によって一之枝川・二之枝川・三之枝川はいずれも木曽川から切り離され、水量が減少して用排水路としての色合いが濃くなる。派川の分派口があった地点の堤防に杁が設けられ各派川への用水の確保が試みられるが、河道の変化も激しく土砂堆積により取水が困難となることも多かった。この時整備された杁および水路に端を発する用水路は、宮田用水・木津用水・般若用水・新般若用水などとして現存する。

秀吉時代の国境変更とこの御囲堤とによって、濃尾平野部の木曽川はおおむね現在の位置（元の及川）に確定された。軍事施設としての観点から御囲堤の対岸の堤は3尺（約91センチメートル）低くされ、美濃側はさらに水害の被害を受けることとなった。その一方、木曽八流による洪水常襲地帯であった尾張側は、その流量が制御されたことで水害の減少と生産性の向上を見た。

このころの伝承として、ヤロカ水という妖怪が木曽川・長良川・揖斐川に出没するという話がある。これは柳田國男の「妖怪談義」に記されているものだが、川から「ヤロカヤロカ」という声が聞こえ、これに「ヨコサバヨコセ」と応えると洪水に呑まれるというものである。実際に1650年（慶安3年）大垣藩領内で3,000人もの死者を出し、木曽三川が海のようになったと言われている濃尾大洪水では、尾張国丹羽郡上般若村（現在の愛知県江南市付近）の村民が「ヤロカヤロカ」との声に「ヨコサバヨコセ」と応えて村は洪水で全滅したと伝えられている。実際は暴風雨の音が「ヤロカヤロカ」に聞こえるのではないかと考えられているが、それだけ流域の住民は洪水に対して敏感であったことが窺える。

 宝暦治水 

1753年（宝暦3年）12月、幕府は薩摩藩主・島津重年に対し尾張藩領内の木曽三川分流工事を命令した。外様雄藩の経済力を削ぐ為の施策「手伝普請」である。薩摩藩は平田靱負を総奉行として翌1754年（宝暦4年）から1年を掛け、長良川と揖斐川の分流工事を行った。いわゆる宝暦治水事件である。工事に駆り出された薩摩藩士の苦難は並大抵のものでは無く、幕府の厳しい監視下で多くの藩士が切腹したり病死した。かくして不完全とは言え、長良川・揖斐川の分流・締切工事は完成した。現在に残る油島千本松原締切堤である。だが、平田は薩摩藩に多大な負債と多くの藩士を死なせた責めを一身に負い、完成後自刃して果てた。

施策後の洪水の頻度は結果的には増加しているが、彼は1938年（昭和13年）治水神社にまつられ、地元住民は今でも平田を始めとする薩摩藩士の遺徳を慕っている。

 木曽三川分流工事 

明治時代に入ると、内務省はヨーロッパより多くのお雇い技術者を招き入れ、全国各地の治水事業に着手した。

木曽川においては課題の分流工事を本格的に推進するべくヨハニス・デ・レーケを迎え、1888年（明治20年）より「木曽・長良・揖斐三大河水利分流計画」に着手した。川床は木曽川、長良川、揖斐川の順に高く、木曽川河口部の掘り下げと三川の分離により、洪水被害は大幅に減少した。

船頭平閘門は、新木曽川と新長良川を繋ぐ水運のために設けられたものである。

 上流改修工事 

木曽三川の上流部の改修を求める運動は下流改修実施以前から存在し、大正に入ると帝国議会でも上流改修が議論されるようになる。1922年（大正10年）の通常議会で事業に着工するための予算が認められると、支川の改修も一体となった上流改修が行われる。改修事業は順次着工されるが、財政難や戦争によって工期が延長され、一連の工事は1950年代まで続けられた。上流改修において木曽川では、川島付近で乱流していた木曽川の支派川が整理された。

 近代河川工事 

 ダム建設と電源開発 

大正時代に入ると木曽川水系は豊富な水量と急流が水力発電の好適地として注目された。

木曽川には福澤桃介率いる大同電力が日本初のダム式発電所である大井ダムを1924年（大正13年）に建設したことに始まり、落合ダム・兼山ダム・今渡ダムなどを木曽川・王滝川に建設した。

特に、大井ダムと三浦ダム（王滝川）建設工事は日本の土木史に輝く土木工事とされている。一方、飛騨川は松永安左エ門率いる東邦電力によって水力発電所が建設され、上麻生ダムや川辺ダムなどが建設された。だが、これらは後に国家の電力統制の流れには勝てず、日本発送電株式会社に統合されていく。

 木曽川水系の総合開発 
戦後の木曽川水系の河川開発は、他の大河川と同様にまず水力発電の開発に始まり、やや遅れて治水とかんがいに焦点を当てた河川開発が起こってそれらが結合した河川総合開発事業になり、人口の増加が顕著になるに従い上水道需要の確保を目指した水資源開発へと移行した。さらに1970年代以降は電力需要の増大に対応するため揚水発電を主軸とした新規電源開発が行われていった。以下はこれらの流れについてそれぞれ説明する。

 電源開発 
 戦後の飛騨川電力開発の詳細については飛騨川流域一貫開発計画を参照

戦前活発に行われた水力発電事業は太平洋戦争において一時中断を余儀無くされたが、空襲に伴う電力設備破壊などで電力供給が著しく減衰したため停電が頻発。これを解消しかつ早期の経済復興を行うために政府によって電源開発が積極的に推進され、木曽川水系でも早いうちから再開された。

日本発送電は急流で包蔵水力が大きく、開発の手が及んでいない飛騨川最上流域に特に着目した。1946年（昭和21年）ダム式水力発電所の建設計画を検討し、その第一弾として飛騨川上流部の大野郡朝日村地点と支流の秋神川に着目した。ここに比較的規模の大きいコンクリートダムを建設して水力発電を行い、名古屋方面に電力を供給するという計画であった。また、木曽川上流部の王滝川についても三浦ダム完成後さらなる水力発電計画を進め、木曽川本流では戦争で中断した加茂郡八百津町と可児郡御嵩町境の蘇水峡地点でのダム計画を再開した。

ところが日本発送電は戦争に協力した独占資本であると連合国軍最高司令官総司令部（GHQ）によって、過度経済力集中排除法の対象とされ、解体の方針が決定された。そして1951年（昭和26年）に電気事業再編成令によって全国で9つの電力会社に分割・民営化されてしまった経緯がある。木曽川水系については、本流と長野県内支流の発電施設と発電用水利権を福澤桃介が設立した大同電力が保有していたため、その流れをくむ関西電力が継承。飛騨川・長良川・揖斐川については中部電力が発電施設と水利権を継承した。このため同じ水系でありながら、2つの電力会社が全く違う地域（木曽川・王滝川の電力は近畿地方、飛騨川・長良川・揖斐川の電力は名古屋）に送電するために電源開発を行うという奇妙な構図となった。これは発電用水利権の所有者は「最初に開発を行った事業者の流れをくむ法人が継承し開発を独占的に行う権利がある」とした一河川一社主義という概念が根底にあるためである。

中部電力は飛騨川の発電用水利権を受け継ぎ飛騨川・秋神川の水力発電事業を手掛け、1953年（昭和27年）に朝日ダム（飛騨川）と秋神ダム（秋神川）を完成させた。この両ダムは木曽川水系において三浦ダムに次ぐ高さ80メートル台のハイダムであった。関西電力は王滝川中流部の王滝村二子持地点に三浦ダムに匹敵する規模のダムを計画、さらに中流部の八百津町に日本初の100メートル級ダムである丸山ダムの建設に着手した。だが経済安定本部による木曽川水系の治水計画が発表されるとこれらのダム計画は治水計画に組み込まれ、両電力会社は電気事業者として参加することになり事業主体からは離れることになった（詳細は後述）。

その後電力需要が高度経済成長や人口の増加で急激に増加すると、電力会社による新規電源開発はより出力の大きい火力発電や原子力発電へと移行する（火主水従）が、需要のピークが高まる夏季などに電力を安定的に供給するため火力発電や原子力発電との連携が可能な揚水発電が水力発電では注目され、木曽川水系でも揚水発電所が計画・建設されることになった。木曽川水系においての揚水発電の嚆矢（こうし）は1963年（昭和38年）に関西電力が建設した三尾発電所（出力35,500キロワット）であるが、より大規模な揚水発電所が計画されて行く。中部電力は飛騨川流域一貫開発計画を1962年（昭和37年）に策定し揚水発電を主軸とした大規模な水力発電事業を計画する。

その第一弾として建設されたのが1969年（昭和44年）に完成した高根第一発電所である。これは飛騨川最上流部の大野郡高根村（現在の高山市）に高根第一ダムと高根第二ダムを建設し、出力34万キロワットの電力を名古屋市や中京工業地帯に供給するというものである。その後1976年（昭和51年）には益田郡金山町（現在の下呂市）の馬瀬川に馬瀬川第一発電所（出力28万8,000キロワット）が建設され、飛騨川は一大電源地帯へと変貌した。その後は比較的開発の行われていない長良川・揖斐川に目が付けられ、木曽川水系では初となる出力100万キロワット級の揚水発電所・奥美濃発電所が計画された。これは長良川支流板取川の小支流・西ヶ洞谷川上流に川浦（かおれ）ダムを、揖斐川支流根尾川の小支流・根尾東谷川に上大須ダムを建設し、出力150万キロワットの電力を生み出すというものである。奥美濃発電所は1995年（平成7年）に完成し、現在木曽川水系における最大規模の水力発電所として稼働している。

また既存の一般水力発電所の再開発も同時に行われ、新上麻生発電所や新丸山発電所をはじめ、出力5万 - 6万キロワット台の発電能力が増強された。これもピーク時の電力需要に対応するための開発である。現在は徳山ダムの発電事業として中部電力が出力15万5,000キロワットの徳山発電所を建設している。なお、上麻生発電所の取水ダムである上麻生ダムは1968年（昭和43年）8月18日に発生した飛騨川バス転落事故において救助活動援助のため、ダム決壊の危険性から普段は絶対行われない洪水時の水門閉鎖を時間限定で行ったというエピソードが残されている。

 木曽特定地域総合開発計画 

木曽川は宝暦治水や木曽・長良・揖斐三大河水利分流計画によって長良川・揖斐川と完全に切り離され、以前に比して水害による被害は減少した。とはいえそれでも洪水による被害は後を絶たず、1938年（昭和13年）7月5日の梅雨前線豪雨で木曽川は過去最大の洪水量を記録した。その洪水量は愛知県犬山市地点において毎秒13,200トンという過去に例を見ないものであった。

戦後カスリーン台風やアイオン台風を始め毎年の様に台風や豪雨が襲来、これに戦中の河川改修不備や山間部の乱伐による保水力低下もあいまって全国各地の河川は大小問わず大洪水をもたらし、その被害額は留まるところを知らなかった。こうした風水害が戦後疲弊した日本経済に更なる打撃をもたらすことを懸念した経済安定本部は、利根川・淀川・北上川を始め全国10の主要大河川に対して堤防整備に加えてダムによる洪水調節を図る治水方針を立案した。そして1949年（昭和24年）には諮問機関である治水調査会の答申を得て「河川改訂改修計画」を発表。上記の目的に沿った河川改修を計画した。

木曽川についても対象となり、同年木曽川水系流域計画が発表された。この計画では1938年（昭和13年）の洪水を基準としてダムと堤防改修による洪水調節を行うこととし、木曽川本流と飛騨川・長良川・揖斐川流域に多数の治水ダム建設を計画した。当初は既に建設されていた大井ダムや兼山ダムなどの発電専用ダムを転用する計画であったが、何れも洪水調節目的を達成するだけのポテンシャルが無いため既設のダム再開発は断念し、日本発送電が施工を進めていた木曽川中流の丸山ダムを水力発電専用から洪水調節目的を加えた多目的ダムとすることで木曽川中流・下流の治水を図ろうとした。経済安定本部は岐阜県知事を通じて日本発送電に事業主体を建設省にする変更を命じた。これにより丸山ダムは木曽川水系流域計画における治水の要として活用されることになる。

さらに1951年（昭和26年）、第3次吉田内閣は国土復興のために河川を有効に開発して治水のみならず農地開墾のためのかんがいと工業地帯への送電のための電力開発を強力に進めるために今まで別個の事業者が実施していた河川開発を一元化する河川総合開発事業を大規模に遂行し、経済成長を軌道に乗せることを目的に国土総合開発法を成立させ特定地域総合開発計画を発表した。これにより全国22地域がその対象となったが、木曽川水系についても愛知県・岐阜県・長野県の三県にまたがり、建設省（現在の国土交通省）・農林省（現在の農林水産省）・通商産業省（現在の経済産業省）・中部電力・関西電力の5者により治水・かんがい・水力発電の多目的河川開発計画が進められた。その根幹事業として木曽川本流と飛騨川・長良川・揖斐川流域に15基の多目的ダムを建設する計画が立てられたのである。これが木曽特定地域総合開発計画である（愛知用水事業については後述）。

+ 木曽特定地域総合開発計画におけるダム計画ダム名一次支川（本川）二次支川三次支川堤高（メートル）総貯水容量（千立方メートル）型式目的沿革薮原ダム木曽川50.09,000重力式F･P信濃川水系奈良井川の奈良井ダムとの間で導水する計画。一旦立ち消えとなり後に味噌川ダムとして再度計画され、1993年（平成5年）に完成。丸山ダム木曽川98.059,350重力式F･P関西電力による発電専用ダムから多目的ダムに目的拡大。1955年（昭和30年）完成。犬山ダム木曽川35.035,150重力式F･P立ち消えとなり、その後農林省東海農政局により宮田用水などの取水口である犬山頭首工として建設される。二子持ダム王滝川75.068,500重力式F･N･A･P愛知用水事業の水源として計画変更され、治水機能を持たない多目的ダム・牧尾ダムとして1961年（昭和36年）完成。朝日ダム飛騨川92.034,400重力式F･N･A･P中部電力の発電専用ダムに治水とかんがい目的を付加する予定であったが、最終的には発電単独で建設され1953年（昭和28年）完成。久田見ダム飛騨川60.076,000重力式F･P飛水峡に建設され、水没する上麻生ダム・上麻生発電所の発電目的を付設する予定であったが、水没予定数が200戸を超えるため立ち消え。落合ダム飛騨川小坂川70.067,250重力式F･N･A･P出力32,000キロワットの発電能力を有する多目的ダムとして計画されたが、立ち消え。岩屋ダム飛騨川馬瀬川70.024,000重力式F･P支流和良川の岩瀬ダムとの間で導水する発電計画であったが、一旦立ち消え。1960年代に再度計画され、1976年（昭和51年）に1億トン級のダムとして完成。岩瀬ダム飛騨川馬瀬川和良川50.017,500重力式F･P岩屋ダムとの間で導水する計画であったが立ち消え。その後ダム地点を馬瀬川に移し発電専用の馬瀬川第二ダムとして1976年（昭和51年）に完成。洞戸ダム長良川板取川60.0155,550重力式F･A･P一旦立ち消えとなったが1960年代に板取ダム計画として復活。だが地元の反対が激しく1980年代に計画中止。東杉原ダム揖斐川72.0184,000重力式F･N･A･Pダム地点を下流に移し横山ダムとして1964年（昭和39年）に完成したが、電源開発によって同地点にダム計画が立てられ日本最大の多目的ダム・徳山ダムとして2008年（平成20年）完成。黒津ダム揖斐川根尾川84.0130,000重力式F･N･P1950年代には立ち消え。根尾ダム揖斐川根尾川根尾東谷川45.016,000重力式F･N･P1950年代には立ち消え。その後上流部に1995年（平成7年）上大須ダムが完成。一之瀬ダム揖斐川牧田川32.06,710重力式F･N･P1950年代には立ち消え。奈良井ダム信濃川犀川奈良井川30.09,000重力式F･P薮原ダムとの間で導水する発電計画であったが一旦立ち消え。その後長野県営の多目的ダムとして1982年（昭和57年）完成。
（注）目的の略号：F（洪水調節）、N（不特定利水）、A（かんがい）、P（水力発電）

このダム計画はその後変更があり、最終的には木曽川の丸山ダムと揖斐川の横山ダム、王滝川の二子持ダムの三ダム計画に集約され、それぞれ1950年代後半から1960年代には完成を見た。ところが1959年（昭和34年）9月26日、近畿地方から中部地方を伊勢湾台風が襲来し、死者・行方不明者4,645人という戦後最悪の台風被害をもたらした。この台風では長良川・揖斐川流域の水害に加え名古屋市南区を始めとする伊勢湾沿岸地域での高潮が被害をさらに拡大させた。事態を重く見た政府は中曽根康弘を本部長とする「中部日本災害対策本部」を名古屋市に設置し、木曽川水系および伊勢湾沿岸一帯の治水・防災体制強化を図った。特に被害が甚大であった伊勢湾岸については防潮堤や防潮水門などの強化・建設を進め、これらの防潮施設は1990年代にはほぼ完成した。また長良川・揖斐川流域の治水機能を高めるため堤防の強化を進めると同時にダムによる治水の強化も検討し、横山ダムの洪水調節機能を強化する傍ら徳山ダム（揖斐川）や長良川河口堰（長良川）、板取ダム（板取川）の計画が持ち上ることとなった。

 木曽川水系水資源開発基本計画 
濃尾平野は大雨になると洪水の被害を受けやすく、渇水にも悩まされる地域でもあった。古くは1001年（長保3年）に木曽川から大江用水が引かれ、その後宮田用水や木津用水などの用水路が建設され、濃尾平野中部は一大穀倉地帯となった。だが尾張丘陵・知多半島・東濃地域・養老山地一帯は水の便が悪く、特に知多半島は大河川が全くないことから慢性的な水不足に悩まされていた。このためこの一帯ではため池による農業用水補給が行われていたが、それは根本的な解決にはなり得なかった。

戦後に入って、知多半島に水を安定的に供給するための根本解決策として、木曽川から知多半島先端まで農業用水路を整備するという壮大な計画が持ち上がった。これは浜島辰雄によって構想されたものであるが吉田茂によって採用され、やがて木曽特定地域総合開発計画の一環として正式な事業となった。これが愛知用水であるが工事費が莫大なものになることが予想され、政府は世界銀行の融資を仰いだ。1954年（昭和29年）世界銀行の農業調査団一行が来日し、日本各地の農業振興に有用な地域を調査し、融資可能かどうかを調査した。その結果知多半島地域は篠津地域泥炭地開発事業や八郎潟干拓事業などと共に世界銀行の融資を受けることになり、着工に向けて大きく前進した。1955年（昭和30年）10月、事業を運営する特殊法人・愛知用水公団が設立され、1957年（昭和32年）11月に着工した。まず水源として建設省がかつて計画していた王滝川の二子持ダム計画を拡充して牧尾ダムを建設し、関西電力が管理する兼山ダム貯水池に兼山取水口を設けてここから尾張丘陵・知多半島まで水を供給することとした。愛知用水は1961年（昭和36年）に完成し、幹線水路112キロメートル、延べ1,012キロメートルに及ぶ大用水路が渇水に悩まされた地域を今なお潤す。

愛知用水の着工に前後し農林省（農林水産省）は濃尾用水の拡充を図るため1951年（昭和26年）「国営濃尾用水土地改良事業」を施工。愛知県犬山市と岐阜県各務原市の境の木曽川に犬山頭首工を建設して用水補給を増強させ、1968年（昭和43年）に完成した。さらに濃尾用水の完成年には西濃地域のかんがい補給を図るため横山ダム（揖斐川）を水源とする「国営西濃用水土地改良事業」が着工され、1984年（昭和59年）岡島頭首工の竣工によって西濃用水が完成。西濃地域に安定した水供給を行った。そして知多半島と同様に慢性的な水不足に悩む東濃地域（岐阜県多治見市・土岐市・瑞浪市・恵那市・中津川市）に水供給するため岐阜県は1976年（昭和51年）に東濃用水を完成させ、関西電力落合ダムに取水口を設けて東濃地域に安定した水供給をもたらした。現在は濃尾用水の改修を目的に2000年（平成12年）から「新濃尾農地防災事業」が行われており、2014年（平成26年）完成予定である。

こうしたかんがい整備が行われる一方で、名古屋市を中心とする中京圏は急速に人口が増加。さらにトヨタ自動車や新日本製鐵など大型工場が進出することで中京工業地帯も拡充。水需要は青天井の勢いとなった。このため従来治水中心に行われていた河川開発は水資源確保が重要な目的となっていった。利根川や淀川で水資源開発を目的とした河川総合開発事業を行っていた水資源開発公団（現在の独立行政法人水資源機構）は1966年（昭和41年）、木曽川水系を水資源開発促進法に基づく水資源開発水系に指定。愛知用水公団を吸収するとともに「木曽川水系水資源開発基本計画」を定めて水資源開発のための河川施設建設を計画した。

これによって計画されたものとして味噌川ダム・木曽川大堰（木曽川）・阿木川ダム（阿木川）・岩屋ダム（馬瀬川）・長良川河口堰（長良川）・徳山ダム（揖斐川）があり、事業は全て完成し愛知用水の新たな水源となった。また岩屋ダム・木曽川大堰を水源として木曽川用水を建設して愛知用水を補完。さらに1971年（昭和46年）からは三重用水の建設を開始し、揖斐川を水源として1977年（昭和52年）に完成した中里ダムなどを経由し三重県北中部地域に上水道・工業用水道・農業用水を1993年（平成5年）より供給開始した。これらのダム・堰・用水路は名古屋市の水がめとして現在も重要な役割を果たしている。現在は2008年（平成20年）に完成した徳山ダムの水を岐阜県揖斐郡揖斐川町から長良川を経て愛知県犬山市の木曽川まで結ぶ木曽川水系連絡導水路の建設が進められている。また1984年（昭和59年）の長野県西部地震によって大量の土砂が流入した御岳湖の土砂を掘削して貯水容量を確保するための牧尾ダム再開発事業が行われている。

 全国を巻き込んだ論争 - 長良川河口堰・徳山ダム - 

公共事業見直しの風潮は木曽川水系の開発にも影響を及ぼした。
特に木曽川水系は全国的に注目の的になっている。

一つは長良川河口堰である。
高度経済成長期の1968年（昭和43年）に計画発表されたが、ダムの無い長良川に河口堰を建設することに猛烈な反対運動が巻き起こった。これにより本体建設は全く進まず、堰と一体で運用される予定であった板取ダム（板取川）の建設が中止に追い込まれた。長良川固有種のサツキマスを始め魚類に多大な影響を及ぼすとの反対派の主張は新聞社やジャーナリストを味方につけ、中立的な視点での議論が出来なくなってしまったが、結果環境アセスメントを厳密に行う事で建設は進み、1994年（平成6年）完成した。

もう一つは揖斐川に2008年（平成20年）に完成した徳山ダムである。ダム建設により揖斐郡徳山村（現・揖斐川町）全村477戸が水没することになるため、反対運動が激化した。事業者・水没予定者双方のねばり強い交渉の末、代替地集団移転で妥結した。この2事業は、公共事業と環境問題、生存権という複雑な問題を多くの関係者に投げかけ、以降の公共事業に多大な影響を与えた。

木曽川水系の河川整備は環境保護という大きな問題を投げかけた。だが、長良川は1976年（昭和51年）の9.12水害や2000年（平成12年）の東海豪雨による郡上市の大災害など度々流域に被害をもたらす氾濫を起こし、堤防整備では限界との意見がある。揖斐川に関しても、横山ダムによって洪水調節が実施されているが2003年（平成15年）の大垣水害など流域はしばしば洪水の被害を受けており、徳山ダムの必要性を流域自治体が訴求している。木曽川についても1983年（昭和58年）の美濃加茂水害で丸山ダムの計画流入量を超える洪水が発生した事から新丸山ダムを現在建設中である。また、知多半島は1994年（平成6年）の大渇水で1日19時間断水の事態となり、トヨタ自動車の工場操業にも影響を及ぼした。

しかしながら、高度経済成長が終わり、水需要の増大が見込めない中、ダム建設が本当にコストに見合ったものであるのか、という視点での批判もある。治水についても、ダムによる治水にばかり依存するのではなく、旧来からあった輪中を有効活用して洪水被害に対処しようという意見もあり、国土交通省も具体的な検討を行いつつある。

こうした事から、流域住民の生命・財産の保護を取るか、自然保護を取るか、それは住民にとって本当に最適な選択肢かという、難しい決定を関係者は迫られている。両立が難しい為に、中立的な視点で当事者による公開・公正な議論が求められている。

 主な支流 
一級河川のみを下流側から順に記載する（出典：河川コード台帳（国土交通省中部地方整備局）、長野県、岐阜県、三重県）。

 木曽川の支流 
河川よみ次数管理者主な経過地河川延長（km）備考木曽川きそがわ本川中部地方整備局長野県岐阜県122.3松川まつかわ1次支川三重県桑名市揖斐川いびがわ1次支川中部地方整備局岐阜県本川の支流は揖斐川の支流を参照。鍋田川なべたがわ1次支川愛知県三重県木曽岬町、弥富市鍋田川東支川なべたがわひがししせん2次支川愛知県弥富市北派川きたはせん1次支川中部地方整備局笠松町、各務原市2.7新境川しんさかいがわ2次支川岐阜県笠松町、各務原市13.6南派川みなみはせん1次支川中部地方整備局一宮市、各務原市、江南市9.2郷瀬川ごうせがわ1次支川愛知県犬山市新郷瀬川しんごうせがわ2次支川愛知県犬山市大安寺川だいあんじがわ1次支川岐阜県各務原市2.3迫間川はざまがわ1次支川岐阜県坂祝町、関市4.0可児川かにがわ1次支川岐阜県可児市、御嵩町、瑞浪市23.9矢戸川やとがわ2次支川岐阜県可児市4.2横市川よこいちがわ2次支川岐阜県可児市6.0久々利川くくりがわ2次支川岐阜県可児市7.6姫川ひめかわ3次支川岐阜県可児市、多治見市5.7大森川おおもりがわ3次支川岐阜県可児市4.0中郷川なかごうがわ3次支川岐阜県可児市2.7瀬田川せたがわ2次支川岐阜県可児市2.7比衣川ひえがわ2次支川岐阜県御嵩町2.5真名田川まなだがわ2次支川岐阜県御嵩町1.9唐沢川からさわがわ2次支川岐阜県御嵩町1.5平芝川ひらしばがわ2次支川岐阜県御嵩町1.5切木川きりきがわ2次支川岐阜県御嵩町2.5津橋川つばしがわ2次支川岐阜県御嵩町、瑞浪市3.5加茂川かもがわ1次支川岐阜県坂祝町、美濃加茂市11.4寿後川すごがわ2次支川岐阜県坂祝町0.8飛騨川ひだがわ1次支川岐阜県美濃加茂市、川辺町、七宗町、八百津町、白川町、下呂市、高山市、136.8深渡川ふかどがわ2次支川岐阜県美濃加茂市1.8雄鳥川おんどりがわ2次支川岐阜県川辺町5.0飯田川いいだがわ2次支川岐阜県川辺町3.5水無瀬川みなせがわ2次支川岐阜県川辺町1.6尾賀野川おがのがわ2次支川岐阜県川辺町1.8神淵川かぶちがわ2次支川岐阜県七宗町12.8飯高川いいだかがわ3次支川岐阜県七宗町1.2葛屋川くずやがわ3次支川岐阜県七宗町4.5間見川まみがわ3次支川岐阜県七宗町3.0奥田川おくだがわ3次支川岐阜県七宗町3.8八日市川ようかいちがわ4次支川岐阜県七宗町4.3葉津川はずがわ3次支川岐阜県七宗町3.8杉洞川すぎほらがわ3次支川岐阜県七宗町1.6白川しらかわ2次支川岐阜県白川町、東白川村、中津川市31.0田代沢川たしろざわがわ3次支川岐阜県白川町0.4黒川くろかわ3次支川岐阜県白川町22.1赤川あかかわ4次支川岐阜県白川町9.2栃平川とちだいらがわ5次支川岐阜県白川町2.2柿反川かきぞれがわ4次支川岐阜県白川町3.9洞山川ほらやまがわ3次支川岐阜県白川町2.4柏本川かしもとがわ3次支川岐阜県東白川村1.5西洞川にしぼらがわ3次支川岐阜県東白川村2.8佐広川さひろがわ3次支川岐阜県東白川村3.6曲坂川まがりさかがわ3次支川岐阜県東白川村1.8大明神川だいみょうじんがわ3次支川岐阜県東白川村6.0新巣川しんすがわ4次支川岐阜県東白川村1.4佐見川さみがわ2次支川岐阜県白川町19.6稲田川いなだがわ3次支川岐阜県白川町2.2小野日陰川おのひかげがわ3次支川岐阜県白川町2.2菅田川すがたがわ2次支川岐阜県下呂市8.9馬瀬川まぜがわ2次支川中部地方整備局岐阜県下呂市、高山市76.4戸川とがわ3次支川岐阜県下呂市6.9和良川わらがわ3次支川岐阜県下呂市、郡上市9.0土京川どきょうがわ4次支川岐阜県郡上市8.2鬼谷川おんだにがわ4次支川岐阜県郡上市1.3入間川いるまがわ5次支川岐阜県郡上市3.5貢間川ぐまがわ6次支川岐阜県郡上市2.2弓掛川ゆがけがわ3次支川中部地方整備局下呂市、郡上市14.9小原川おばらがわ3次支川岐阜県高山市2.0門和佐川かどわさがわ2次支川岐阜県下呂市16.8竹原川たけはらがわ2次支川岐阜県下呂市8.9輪川わがわ3次支川岐阜県下呂市9.0乗政川のりまさがわ3次支川岐阜県下呂市4.0神梨川かみなしがわ3次支川岐阜県下呂市1.1般若川はんにゃがわ3次支川岐阜県下呂市1.7白山川はくさんかわ4次支川岐阜県下呂市0.8山之口川やまのぐちがわ2次支川岐阜県下呂市11.2カジヤ谷川かじやだにがわ3次支川岐阜県下呂市2.5大ケ洞川おおがぼらがわ2次支川岐阜県下呂市3.5小坂川おさかがわ2次支川岐阜県下呂市28.4大洞川おおぼらがわ3次支川岐阜県下呂市4.1兵衛谷川ひょうえだにがわ4次支川岐阜県下呂市4.6無数河川むすごがわ2次支川岐阜県高山市7.9八尺川はっしゃくがわ2次支川岐阜県高山市4.7青屋川あおやがわ2次支川岐阜県高山市5.4九蔵川くぞうがわ3次支川岐阜県高山市1.0秋神川あきがみがわ2次支川岐阜県高山市5.1道後谷川どうごだにがわ2次支川岐阜県高山市3.3塩蔵川えんぞうがわ2次支川岐阜県高山市2.7黍生川きびふがわ2次支川岐阜県高山市1.8小長谷川こながたにがわ3次支川岐阜県高山市0.8脇谷川わきたにがわ4次支川岐阜県高山市0.0日和田川ひわだがわ2次支川岐阜県高山市8.0幕岩川まくいわがわ3次支川岐阜県高山市4.0沢尻川さわじりがわ1次支川岐阜県恵那市4.1中野方川なかのほがわ1次支川岐阜県恵那市10.5力石川ちからいしがわ2次支川岐阜県恵那市1.1千田川せんだがわ1次支川岐阜県恵那市3.2和田川わだがわ1次支川岐阜県恵那市、中津川市9.0柏ケ根川かしがねがわ2次支川岐阜県中津川市3.9阿木川あぎがわ1次支川中部地方整備局岐阜県恵那市、中津川市16.9濁川にごりがわ2次支川岐阜県恵那市、中津川市4.0横町川よこまちがわ2次支川岐阜県恵那市1.7永田川ながたがわ2次支川岐阜県恵那市5.2田違川たちがいがわ3次支川岐阜県恵那市2.5定蓮寺川じょうれんじがわ2次支川岐阜県恵那市1.5飯沼川いいぬまがわ2次支川岐阜県恵那市、中津川市9.4岩村川いわむらがわ2次支川中部地方整備局恵那市8.4湯壺川ゆつぼがわ3次支川中部地方整備局恵那市1.4富田川とみだがわ3次支川岐阜県恵那市5.5吉田川よしだがわ4次支川岐阜県恵那市2.4飯羽間川いいばまがわ3次支川岐阜県恵那市3.3一色川いしきがわ3次支川岐阜県恵那市2.2野田川のだがわ2次支川中部地方整備局中津川市1.1久須田川くすだがわ2次支川岐阜県中津川市1.9寺川てらがわ2次支川岐阜県中津川市2.8千旦林川せんだばやしがわ1次支川岐阜県中津川市6.0坂本川さかもとがわ2次支川岐阜県中津川市3.6一之瀬川いちのせがわ1次支川岐阜県中津川市4.7付知川つけちがわ1次支川岐阜県中津川市27.5狩宿川かりやどがわ2次支川岐阜県中津川市5.3麦搗川むぎつぎがわ3次支川岐阜県中津川市3.0木積沢川きずみさわがわ2次支川岐阜県中津川市2.5松島川まつしまがわ2次支川岐阜県中津川市2.7長根川ちょうねがわ2次支川岐阜県中津川市3.5柏原川かしわばらがわ2次支川岐阜県中津川市5.0横川よこがわ2次支川岐阜県中津川市3.7山の田川やまのだがわ1次支川岐阜県中津川市3.6中津川なかつがわ1次支川岐阜県中津川市14.0四ツ目川よつめがわ2次支川岐阜県中津川市2.6後田川うしろだがわ2次支川岐阜県中津川市2.6前川まえかわ3次支川岐阜県中津川市2.2落合川おちあいがわ1次支川岐阜県中津川市3.7湯舟沢川ゆぶねざわがわ2次支川岐阜県中津川市5.7島田川しまだがわ3次支川岐阜県中津川市2.8牧沢川まきさわがわ4次支川岐阜県中津川市1.8外洞川そでぼらがわ1次支川岐阜県中津川市5.0川上川かわうえがわ1次支川岐阜県中津川市9.9坪川つぼがわ1次支川長野県南木曽町6.1塚野川つかのがわ2次支川長野県南木曽町2.7長谷川はせがわ1次支川長野県南木曽町3.3蘭川あららぎがわ1次支川長野県南木曽町12.0細野沢ほそのざわ2次支川長野県南木曽町1.5男埵川おたるがわ2次支川長野県南木曽町3.9押手沢おしてざわ2次支川長野県南木曽町1.0額付川ひたいつけがわ2次支川長野県南木曽町2.2南沢川みなみさわがわ2次支川長野県南木曽町3.5鍋割川なべわりがわ2次支川長野県南木曽町2.8桂川かつらがわ3次支川長野県南木曽町5.0長者畑川ちょうじゃばたがわ2次支川長野県南木曽町3.0与川よがわ1次支川長野県南木曽町、大桑村7.5胡桃田川くるみだがわ2次支川長野県南木曽町1.6下山沢川しもやまざわがわ2次支川長野県南木曽町4.4南沢川みなみさわがわ3次支川長野県南木曽町2.1上山沢川かみやまさわがわ2次支川長野県南木曽町5.9柿其川かきぞれがわ1次支川長野県南木曽町10.9岩倉沢いわくらさわ2次支川長野県南木曽町3.0阿寺川あでらがわ1次支川長野県大桑村12.9二段田川にだんだがわ1次支川長野県大桑村2.3長通川ながどうりがわ1次支川長野県大桑村0.8殿小川とのおがわ1次支川長野県大桑村6.4上田沢かみたざわ1次支川長野県大桑村1.5伊那川いながわ1次支川長野県大桑村16.4浦川うらかわ2次支川長野県大桑村4.8越百川こすもがわ2次支川長野県大桑村6.6けさざわ川けさざわがわ2次支川長野県大桑村5.9福栃沢ふくとちさわ3次支川長野県大桑村0.8東川本谷川ひがしかわほんたにがわ2次支川長野県大桑村3.9カナ沢かなざわ2次支川長野県大桑村0.9滑川なめかわ1次支川長野県上松町8.7中沢なかざわ1次支川長野県上松町2.2小川おがわ1次支川長野県上松町17.0十王沢川じゅうおうざわがわ1次支川長野県上松町7.0王滝川おおたきがわ1次支川長野県木曽町、王滝村53.8本洞川ほんぼらがわ2次支川長野県木曽町7.6西野川にしのがわ2次支川長野県木曽町26.7白川しらかわ3次支川長野県木曽町10.0湯川ゆかわ3次支川長野県木曽町8.9鹿ノ瀬川かのせがわ3次支川長野県木曽町0.3末川すえかわ3次支川長野県木曽町11.4把の沢川たばのさわがわ4次支川長野県木曽町3.6ヒゲ沢川ひげさわがわ4次支川長野県木曽町3.0冷川つめたがわ3次支川長野県木曽町5.6西又川にしまたがわ3次支川長野県木曽町5.0藤沢川ふじさわがわ3次支川長野県木曽町2.6樽沢たるざわ2次支川長野県王滝村4.7大又川おおまたがわ2次支川長野県王滝村7.4溝口川みぞぐちがわ2次支川長野県王滝村4.0鈴ケ沢すずがさわ2次支川長野県王滝村3.6鯎川うぐいがわ2次支川長野県王滝村14.4小俣川おまたがわ3次支川長野県王滝村3.0濁沢川にごりざわがわ2次支川長野県王滝村5.2下黒沢しもくろさわ2次支川長野県王滝村0.7白谷川しらたにがわ2次支川長野県王滝村1.0枝川えだがわ3次支川長野県王滝村0.6中沢川なかざわがわ1次支川長野県木曽町5.0八沢川やざわがわ1次支川長野県木曽町6.3黒川くろかわ1次支川長野県木曽町12.2幸沢川こうざわがわ2次支川長野県木曽町7.6西洞川にしほらがわ2次支川長野県木曽町4.1上小川かみおがわ2次支川長野県木曽町2.0熊沢川くまざわがわ1次支川長野県木曽町6.4正沢川しょうざわがわ1次支川長野県木曽町11.2濃ケ池川のうがいけがわ2次支川長野県木曽町6.7神谷川かみやがわ1次支川長野県木曽町3.0菅川すげがわ1次支川長野県木祖村3.9塩沢川しおざわがわ1次支川長野県木祖村7.7笹川ささがわ1次支川長野県木祖村8.7

 揖斐川の支流 
揖斐川は木曽川の1次支川とされるが、下記表中では本川とし、以下の支川は揖斐川に対しての次数を示す。
河川よみ次数管理者主な経過地河川延長（km）備考揖斐川いびがわ本川（木曽川1次支川）中部地方整備局岐阜県新堀川しんぼりがわ1次支川三重県桑名市長良川ながらがわ1次支川中部地方整備局岐阜県本川の支流は長良川の支流を参照。大山田川おおやまだがわ1次支川三重県桑名市沢北川さわきたがわ1次支川三重県桑名市東川あずまがわ2次支川三重県桑名市流石川さざれいしがわ1次支川三重県桑名市三砂川みすながわ1次支川三重県桑名市新田川しんでんがわ1次支川三重県桑名市肱江川大谷川ひじえがわおおたにがわ1次支川中部地方整備局三重県桑名市大杉谷川おおすぎだにがわ2次支川三重県桑名市落合川おちあいがわ2次支川三重県桑名市南谷川みなみだにがわ2次支川三重県桑名市奥南谷川おくみなみだにがわ3次支川三重県桑名市田代川たしろがわ2次支川三重県桑名市多度川狼谷川たどがわおおかみだにがわ1次支川中部地方整備局三重県桑名市赤沢川あかざわがわ2次支川三重県桑名市赤谷川あかたにがわ2次支川三重県桑名市落葉川おちばがわ2次支川三重県桑名市福江川ふくえがわ1次支川岐阜県海津市2.3大江川おおえがわ1次支川岐阜県海津市13.2東大江川ひがしおおえがわ2次支川岐阜県海津市7.3中江川なかえがわ1次支川岐阜県海津市5.6帆引川ほびきがわ1次支川岐阜県海津市0.7山除川やまよけがわ1次支川三重県岐阜県桑名市、海津市6.8長除川ながよけがわ1次支川岐阜県海津市3.5田鶴川たづるがわ2次支川岐阜県海津市3.8三切川みきりがわ2次支川岐阜県海津市0.3津屋川つやがわ1次支川岐阜県海津市、養老町13.8五三川ごさんがわ2次支川岐阜県養老町、海津市6.1大榑川おおぐれがわ1次支川岐阜県海津市、養老町、輪之内町4.2大榑川放水路おおぐれがわほうすいろ2次支川岐阜県輪之内町、養老町0.3牧田川まきたがわ1次支川中部地方整備局岐阜県養老町、輪之内町、大垣市37.2水門川すいもんがわ2次支川岐阜県輪之内町、大垣市14.5中之江川なかのえがわ3次支川岐阜県大垣市5.8新規川曽根川しんきがわそねがわ4次支川岐阜県大垣市2.9加納川かのうがわ3次支川岐阜県大垣市1.9杭瀬川くいせがわ2次支川中部地方整備局岐阜県輪之内町、大垣市、養老町23.9小畑川おばたがわ3次支川岐阜県養老町4.7相川あいかわ3次支川岐阜県養老町、大垣市、垂井町、関ケ原町18.1色目川いろめがわ4次支川岐阜県大垣市、養老町3.0大谷川おおたにがわ4次支川岐阜県養老町8.4矢道川やみちがわ5次支川岐阜県養老町1.1薬師川やくしがわ5次支川岐阜県養老町1.9泥川どろかわ4次支川岐阜県大垣市、養老町、垂井町4.8梅谷川うめたにがわ4次支川岐阜県垂井町、池田町4.5大滝川おおたきがわ4次支川岐阜県垂井町5.2岩手川いわてがわ4次支川岐阜県垂井町4.5大栗毛川おおくりげがわ4次支川岐阜県関ケ原町1.5菅野川すがのがわ3次支川岐阜県大垣市、神戸町3.5奥川おくかわ3次支川岐阜県大垣市、池田町、神戸町3.0東川ひがしかわ3次支川岐阜県池田町5.3中川なかがわ3次支川岐阜県池田町2.1深町川ふかまちがわ4次支川岐阜県池田町1.7金草川かなくさがわ2次支川岐阜県養老町5.4石畑川いしばたがわ3次支川岐阜県養老町0.9五日市川いつかいちがわ2次支川岐阜県養老町3.0藤古川ふじこがわ2次支川岐阜県滋賀県大垣市、関ケ原町、米原市9.5今須川いますがわ3次支川岐阜県大垣市、関ケ原町11.3赤尾川古田川あかおがわふるたがわ2次支川岐阜県三重県大垣市、いなべ市3.3東谷川ひがしだにがわ3次支川岐阜県大垣市1.9平野井川ひらのいがわ1次支川岐阜県大垣市、瑞穂市、神戸町3.0東平野井川ひがしひらのいがわ2次支川岐阜県神戸町2.8根尾川（根尾西谷川）ねおがわ1次支川中部地方整備局岐阜県神戸町、瑞穂市、大野町、本巣市、揖斐川町47.2花田川はなだがわ2次支川岐阜県大野町、神戸町9.2三水川みみずがわ2次支川岐阜県大野町12.3管瀬川くだせがわ2次支川岐阜県揖斐川町6.5府内川ふないがわ2次支川岐阜県揖斐川町2.6根尾東谷川ねおひがしたにがわ2次支川岐阜県本巣市18.8桂川かつらがわ1次支川岐阜県大野町、揖斐川町4.4白石川しらいしがわ2次支川岐阜県揖斐川町3.3粕川かすかわ1次支川岐阜県揖斐川町、池田町18.2高橋谷川たかはしだにがわ2次支川岐阜県揖斐川町6.0長谷川ながたにがわ2次支川岐阜県揖斐川町5.5表川おもてがわ2次支川岐阜県揖斐川町2.0飛鳥川あすかがわ1次支川岐阜県揖斐川町5.5高知川たかちがわ1次支川岐阜県揖斐川町7.5日坂川ひさかがわ1次支川岐阜県揖斐川町6.5坂内川さかうちがわ1次支川中部地方整備局岐阜県揖斐川町18.4白川しろかわ2次支川岐阜県揖斐川町8.2大谷川おおたにがわ2次支川岐阜県揖斐川町3.2広瀬浅又川ひろせあさまたがわ2次支川岐阜県揖斐川町2.2原谷川はらたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町0.1白谷川しろたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町3.2上ノ谷川うえのたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町1.8シツ谷川しつたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町1.5西谷川にしたにがわ1次支川中部地方整備局岐阜県揖斐川町12.5漆谷川うるしたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町2.7磯谷川いそたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町2.5鬼生谷川おにうたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町2.5扇谷川おおぎたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町3.4西赤谷川にしあかたにがわ1次支川中部地方整備局揖斐川町1.2

 長良川の支流 
長良川は木曽川の2次支川（及び揖斐川の1次支川）とされるが、下記表中では本川とし、以下の支川は長良川に対しての次数を示す。
河川よみ次数管理者主な経過地河川延長（km）備考長良川ながらがわ本川（木曽川2次支川）中部地方整備局岐阜県長島川ながしまがわ1次支川三重県桑名市新川しんかわ2次支川三重県桑名市長島川放水路ながしまがわほうすいろ2次支川三重県桑名市桑原川くわばらがわ1次支川岐阜県羽島市8.4犀川さいかわ1次支川中部地方整備局岐阜県大垣市、瑞穂市、本巣市12.9天王川てんのうがわ2次支川中部地方整備局岐阜県瑞穂市、北方町9.0中川なかがわ3次支川岐阜県瑞穂市、本巣市6.7天王川放水路てんのうがわほうすいろ3次支川岐阜県岐阜市、瑞穂市新堀川しんぼりがわ2次支川岐阜県瑞穂市2.4高野川たかのがわ3次支川岐阜県瑞穂市0.3新高野川しんたかのがわ4次支川岐阜県瑞穂市0.2五六川ごろくがわ2次支川中部地方整備局瑞穂市7.6起証田川きしょうでんがわ3次支川岐阜県瑞穂市0.3宝江川ほうえがわ2次支川岐阜県瑞穂市瑞穂市2.6長護寺川ちょうごじがわ2次支川岐阜県瑞穂市4.0政田川まさだがわ2次支川岐阜県本巣市、瑞穂市2.4境川さかいがわ1次支川岐阜県羽島市、岐阜市、笠松町、岐南町、各務原市22.9新荒田川しんあらたがわ2次支川岐阜県岐阜市11.1岩戸川いわどがわ3次支川岐阜県岐阜市1.0岩地川いわちがわ2次支川岐阜県各務原市、岐阜市2.4大江川おおえがわ1次支川岐阜県岐阜市11.3荒田川あらたがわ1次支川岐阜県岐阜市6.4論田川ろんでんがわ2次支川岐阜県岐阜市2.7糸貫川いとぬきがわ1次支川岐阜県瑞穂市、本巣市、北方町15.2伊自良川いじらがわ1次支川中部地方整備局岐阜県岐阜市、山県市18.1根尾川（古根尾川）ねおがわ2次支川岐阜県岐阜市4.5板屋川いたやがわ2次支川岐阜県岐阜市、本巣市9.4早田川そうでんがわ2次支川岐阜県岐阜市3.5則武川のりたけがわ2次支川岐阜県岐阜市0.1新堀川しんぼりがわ2次支川岐阜県岐阜市3.0正木川まさきがわ2次支川岐阜県岐阜市4.8鷺山川さぎやまがわ2次支川岐阜県岐阜市0.3鳥羽川大桑川とばがわおおががわ2次支川岐阜県岐阜市、山県市14.9天神川てんじんがわ3次支川岐阜県岐阜市3.6新川しんかわ3次支川岐阜県岐阜市、山県市3.5石田川いしだがわ4次支川岐阜県山県市、岐阜市8.0椎倉川しぐらがわ3次支川岐阜県山県市1.5東川ひがしがわ3次支川岐阜県山県市1.3椿川つばきがわ4次支川岐阜県山県市0.3城田寺川きだいじがわ2次支川岐阜県岐阜市0.4しびり川しびりがわ2次支川岐阜県山県市1.9両満川りょうまんがわ1次支川岐阜県岐阜市5.3山田川やまだがわ1次支川岐阜県岐阜市、関市4.6津保川つぼがわ1次支川岐阜県岐阜市、関市、富加町45.8関川せきがわ2次支川岐阜県関市3.0吉田川きったがわ2次支川岐阜県関市2.9蜂屋川はちやがわ2次支川岐阜県関市、美濃加茂市9.9詰田川つめたがわ2次支川岐阜県富加町、美濃加茂市4.1川浦川かわうらがわ2次支川岐阜県富加町、美濃加茂市13.7大洞川おおぼらがわ3次支川岐阜県富加町、美濃加茂市4.0廿屋川つづやがわ3次支川岐阜県美濃加茂市4.8太市川たいちがわ3次支川岐阜県美濃加茂市0.8納古川のこがわ3次支川岐阜県美濃加茂市、川辺町1.0志津野川しつのがわ2次支川岐阜県富加町、関市3.0小野川おのがわ2次支川岐阜県関市、美濃市3.7轡野川くつわのがわ2次支川岐阜県関市2.8祖父川川そぶかわがわ2次支川岐阜県関市3.7中之保川なかのほがわ2次支川岐阜県関市4.8水成川みずなりがわ2次支川岐阜県関市2.5武儀倉川むぎくらがわ2次支川岐阜県関市5.3小那比川おなびがわ2次支川岐阜県関市、郡上市8.0少合川しょうごうがわ2次支川岐阜県関市2.3福富川ふくとみがわ1次支川岐阜県岐阜市1.6武儀川むぎがわ1次支川岐阜県関市、岐阜市、山県市24.2エゴ川えごがわ2次支川岐阜県関市、山県市2.2西洞川にしぼらがわ2次支川岐阜県山県市1.8日永谷川ひながたにがわ2次支川岐阜県山県市2.6出戸川でとがわ3次支川岐阜県山県市1.8船越川ふなこしがわ4次支川岐阜県山県市2.7神崎川かんざきがわ2次支川岐阜県山県市4.8伊往戸川いおうどがわ3次支川岐阜県山県市7.6余取川よとりがわ1次支川岐阜県美濃市4.2板取川いたどりがわ1次支川岐阜県美濃市、関市37.3片知川かたちがわ2次支川岐阜県美濃市5.9神洞川かんぼらがわ2次支川岐阜県美濃市2.7半道川はみちがわ2次支川岐阜県美濃市2.9柿野川かきのがわ2次支川岐阜県関市、山県市4.6川浦谷川かおれだにがわ2次支川岐阜県関市4.2西ケ洞谷川にしがほらたにがわ3次支川岐阜県関市12.9粥川かゆかわ1次支川岐阜県郡上市3.1亀尾島川きびしまがわ1次支川岐阜県郡上市22.2吉田川よしだがわ1次支川岐阜県郡上市21.6小駄良川こだらがわ2次支川岐阜県郡上市6.0神路川かんじがわ1次支川岐阜県郡上市8.0落部谷川おちべだにがわ1次支川岐阜県郡上市4.4栗巣川くりすがわ1次支川岐阜県郡上市10.0古道川ふるみちがわ2次支川岐阜県郡上市4.7大間見川おおまみがわ1次支川岐阜県郡上市9.0小間見川こまみがわ2次支川岐阜県郡上市6.0牛道川うしみちがわ1次支川岐阜県郡上市9.2阿多岐川あたぎがわ2次支川岐阜県郡上市4.8板倉川いたくらがわ3次支川岐阜県郡上市1.3曽部地川そべじがわ1次支川岐阜県郡上市2.9鷲見川すみがわ1次支川岐阜県郡上市3.0

 主な河川施設 
木曽川水系では、まず水力発電による電源開発が行われた。大井ダムを皮切りに木曽川・飛騨川に数多くのダム・発電所が建設され、日本土木史の先駆けとなった。

 施設一覧 
二次支流三次支流ダム高さ総貯水容量事業者木曽川味噌川ダムロックフィル140.061,000水資源機構木曽川読書ダム重力32.14,351関西電力木曽川山口ダム重力38.63,484関西電力木曽川落合ダム重力33.33,872関西電力通達第二類ダム木曽川大井ダム重力53.429,400関西電力通達第二類ダム木曽川笠置ダム重力40.814,121関西電力通達第二類ダム木曽川丸山ダム重力98.279,520国土交通省関西電力再開発中木曽川新丸山ダム重力122.5146,000国土交通省事業見直し対象木曽川兼山ダム重力36.39,393関西電力木曽川今渡ダム重力34.39,470関西電力木曽川犬山頭首工堰--農林水産省木曽川木曽川大堰堰--水資源機構王滝川三浦ダム重力83.262,216関西電力王滝川王滝川ダム重力18.2589関西電力王滝川牧尾ダムロックフィル104.575,000水資源機構通達第一類ダム再開発中王滝川常盤ダム重力24.11,288関西電力王滝川木曽ダム重力35.24,367関西電力伊奈川伊奈川ダム重力43.0803関西電力付知川加子母川加子母防災ダム重力35.6733岐阜県阿木川阿木川ダムロックフィル102.048,000水資源機構阿木川富田川岩村ダム重力35.8280岐阜県中野方川中野方ダム重力43.5411岐阜県飛騨川高根第一ダムアーチ133.043,568中部電力飛騨川高根第二ダム中空重力69.011,927中部電力飛騨川朝日ダム重力87.025,513中部電力飛騨川久々野ダム重力26.71,247中部電力飛騨川小坂ダム堰10.6-中部電力飛騨川東上田ダム重力18.01,065中部電力飛騨川瀬戸ダム堰5.4-中部電力飛騨川下原ダム重力23.92,936中部電力飛騨川大船渡ダム堰13.01,660中部電力飛騨川七宗ダム堰10.6783中部電力飛騨川名倉ダム堰13.51,151中部電力飛騨川上麻生ダム堰13.2706中部電力飛騨川川辺ダム重力27.014,492中部電力飛騨川秋神川秋神ダム重力74.017,584中部電力飛騨川大ヶ洞川大ヶ洞ダム重力30.0190岐阜県飛騨川馬瀬川西村ダム重力19.5276中部電力飛騨川馬瀬川岩屋ダムロックフィル127.5173,500水資源機構飛騨川馬瀬川馬瀬川第二ダム重力44.59,736中部電力飛騨川細尾谷細尾谷ダム重力22.471中部電力水無瀬川水無瀬ダム重力43.51,042岐阜県事業見直し対象加茂川蜂屋川蜂屋調整池アース30.0550水資源機構可児川松野ダムアース26.73,313水資源機構岐阜県可児川久々利川小渕ダムロックフィル18.4552岐阜県長良川長良川河口堰堰-38,700水資源機構長良川牛道川阿多岐川阿多岐ダム重力71.42,550岐阜県長良川亀尾島川内ヶ谷ダム重力81.79,100岐阜県事業見直し対象長良川板取川西ヶ洞谷川川浦ダムアーチ107.510,000中部電力長良川伊自良川伊自良ダムアース17.1547岐阜県揖斐川徳山ダムロックフィル161.0660,000水資源機構揖斐川横山ダム中空重力80.843,000国土交通省再開発中揖斐川久瀬ダム重力34.04,631中部電力揖斐川西平ダム重力31.54,490中部電力揖斐川岡島頭首工堰--土地改良区農林水産省施工揖斐川坂内川神岳ダム重力20.0215イビデン揖斐川高橋谷川高橋谷ダム重力18.539中部電力揖斐川根尾川金原ダム堰--中部電力揖斐川根尾川根尾東谷川上大須ダムロックフィル98.012,000中部電力揖斐川牧田川牧田川頭首工堰--水資源機構揖斐川牧田川東谷川打上調整池アース29.72,260水資源機構揖斐川牧田川藤古川藤古川ダム堰--関ケ原町揖斐川牧田川岩手川不破北部防災ダムアース42.51,128岐阜県木曽川用水上飯田調整池アース16.170水資源機構愛知用水（境川）（前川）愛知池アース31.09,100水資源機構愛知用水三好池アース20.02,235水資源機構愛知用水佐布里池アース21.05,300水資源機構
（備考）2010年（平成22年）現在のデータ。黄色欄は施工中、桃色欄は民主党政権により2009年（平成21年）12月事業の再検討を求められているダム。

 用水路一覧 
用水路名所在地取水河川水源取水口管理主体愛知用水岐阜県愛知県木曽川長良川牧尾ダム阿木川ダム味噌川ダム長良川河口堰（緊急時）兼山ダム水資源機構水路事業部木曽川用水岐阜県愛知県三重県木曽川飛騨川岩屋ダム上麻生ダム木曽川大堰水資源機構水路事業部東濃用水岐阜県木曽川牧尾ダム阿木川ダム味噌川ダム落合ダム岐阜県曽代用水岐阜県長良川長良川左岸（美濃市曽代）天神大橋付近曽代用水土地改良区各務用水岐阜県長良川長良川左岸（関市小瀬）鮎ノ瀬橋付近各務用水土地改良区席田用水真桑用水岐阜県根尾川根尾川左岸（本巣市山口）山口取水口席田井水土地改良区真桑方井水土地改良区西濃用水岐阜県揖斐川横山ダム岡島頭首工西濃用水土地改良区濃尾用水（木津・宮田・羽島用水）愛知県岐阜県木曽川丸山ダム犬山頭首工羽島用水土地改良区宮田用水土地改良区など三重用水岐阜県三重県揖斐川員弁川朝明川鈴鹿川など中里ダム打上調整池加佐登調整池宮川調整池菰野調整池牧田川頭首工など水資源機構水路事業部