恵那郡（えなぐん）は、岐阜県（美濃国）にあった郡。

 郡域 
1879年（明治12年）に行政区画として発足した当時の郡域は、以下の区域にあたる。

 恵那市の大部分（飯地町・笠置町河合を除く）
 中津川市の大部分（山口・馬籠・神坂を除く）
 瑞浪市の一部（陶町）
 愛知県豊田市の一部（須渕町・浅谷町・三分山町・上切町・下切町・上中町・下中町・島崎町・一色町）
なお、701年（大宝元年）に制定された大宝律令で、日本国内は国郡里制の三段階の行政組織に編成された時には、現在の長野県木曽郡の全域も含んでおり、美濃国内で最大の面積を有する郡であったが、下記の区域は含まれていなかった。
 中津川市加子母の一部（小郷・小和知）
 恵那市中野方町と、笠置町（河合・姫栗・毛呂窪）(正保年間(1645年～1648年) - 姫栗村と毛呂窪村の所属が加茂郡から恵那郡に変更。)
 愛知県豊田市の一部（上切町・下切町・上中町・下中町・島崎町・三分山町・一色町）

 江戸時代以前 
 前述のどおり、鎌倉時代初期ぐらいまで、現在の美濃側の中津川市加子母の小郷・小和知は、大威徳寺領として飛騨国大野郡を経て益田郡に属していた。
寛正年間(1460～1466年)、三河国加茂郡市場城主の小原鱸(鈴木)氏の鱸藤五郎親信が、足助荘野原郷を、領地を隣接する明知遠山氏へ娘を嫁がせる際に化粧料として美濃国恵那郡に割譲した。

 加茂郡から恵那郡へ 
 天文11年（1542年）、岩村城主の遠山景前と延友新右衛門尉が笠木社に梵鐘を寄進した。その鐘銘に『濃州加茂郡笠木山大権現新寄進　本願　延友新右衛門尉　藤原景延　願主　遠山左衛門尉　藤原景前　天文十一稔　寅壬　十一月念日』とあり、藤原景前とは遠山景前のことで、笠木社とは、現在の中野方町にある笠置神社のことである。すなわち当時の中野方村は加茂郡に属していたことが分かる。
太閤検地当時は加茂郡に属していた中野方村は江戸時代中期に恵那郡に編入された。安弘見伝記には、「昔ハ恵那・加茂両郡ノ境ハ坂折川ニテ、川ノ東ハ恵那郡、西ハ加茂郡ナリシヲ、延享三年御巡見ノ節、一村恵那郡ト定メタル」と記述がある。
 慶長6年(1601年)の「美濃一国郷牒」には、蛭川村・福岡村・高山村・田瀬村・下野村・上野村は加茂郡と記述されている。
 元和元年(1615年)の「美濃国之内郷帳」に加茂郡加志母村、元和二年(1616年)の「美濃国村高御領地改帳」にも加茂郡加志母村の記述がある。恵那郡沿革考の一「加子母村の往古」に加子母は元は加茂郡なりと、然れども確証を得ず。との記述がある。
明治30年(1897年)4月1日、加茂郡河合村が、姫栗村・毛呂窪村と合併し恵那郡笠置村となった。
昭和23年(1948年)4月1日、加茂郡飯地村が恵那郡へ所属変更となった。

 恵那の語源 
恵那山は伊弉冉命が天照大神を生んだ際の胞衣（えな = へその緒）を納めた地とされ、胞衣（えな)→恵奈→恵那と変化した。　

 恵奈郡から恵那郡へ 
905年（延喜5年）、醍醐天皇の命により 藤原時平らが編纂を始め、時平の死後は 藤原忠平が編纂に当たった延喜式には恵奈郡と書かれており、平安時代中期の和名類聚抄、拾芥抄にも恵奈と書かれている。

和名類聚抄では恵奈郡六郷に淡気（たむけ）・安岐（あぎ）・繪上（えなのかみ）・繪下（えなのしも）・坂本（さかもと）・竹折（たけおり）が挙げられており、この頃の郡域は現在の恵那市（飯地・笠置を除く）・中津川市（加子母北部を除く）・瑞浪市の陶地区および現在の長野県木曽郡全域であったと考えられる。

また延喜式には中川神社、坂本神社、恵那神社の三社が記されている。

江戸時代の 1651年(慶安4年)に完成した正保国絵図には恵那郡と書かれているが、 元禄以後にまた恵奈郡に戻された。明治になって恵那郡という表記に定められた。
 奈良県の飛鳥池遺跡から見付かった677年12月（天武天皇6年）の木簡に「土岐評恵奈五十造阿利麻」とあることから（「評」は「郡」の意味）、この木簡の書かれた677年の時点では恵奈郡がまだ成立していなかったことが明らかであり、同郡の成立は8世紀初め頃と推定される。
 750年（天平勝宝2年）4月22日　美濃国司解（東南院文書）に「恵奈郡繪下郷」とあり。

 木曽も含んでいた古代から近世 

702年（大宝2年）に「始めて美濃国の岐蘇山道を開く」と続日本紀に記されているのが岐蘇（木曽）の史料上の初見であるが、このとき木曽路を開通させたのは美濃国の役人たちであったため、木曾谷は美濃国に含まれた。はじめ美濃国恵奈郡繪上郷に属していたが、信濃国と所属がしばしば争われた。

9世紀後半の、貞観年中の859年～876年に天皇の勅命により、朝廷より藤原正範と靭負直継雄が派遣され、両国の国司と現地に臨んだ。この時の正範らの報告によると、「もともと吉蘇、小吉蘇の両村（木曾谷の村落）は美濃国恵奈郡繪上郷の地域にあり、和銅6年（713年）に美濃守笠麻呂らが、ここに吉蘇路を開通させた（三代実録）。

ここは美濃の国府（不破郡垂井町府中）から10日余りもかかる距離にあり、信濃国府(松本市)のすぐ近くではあるが、もし信濃国ならば、美濃国司がこのような遠いところで工事をする理由がない。その理由で美濃と信濃の両国の国司立ち会いの上で国境を「懸坂上岑」（木祖村と旧奈川村との境界で木曽川の水源から北にある境峠)と定め、吉蘇・小吉蘇両村を恵奈郡繪上郷の地と裁断。

それでこの報告にしたがって、木曾谷を美濃国と決めた。」という。当時は、境峠を越えて飛騨から来た道と合流し信濃国府へ向かったのである。

しかし平安時代末期になると、源義仲が信濃国木曾の住人とされたように「木曾谷は信濃」という認識が生まれた。

平安時代中期の拾遺和歌集には、源頼光の『なかなかに　いいもはなたで信濃なる木曽路の橋のかけたるやなぞ』という和歌がある。
信濃地名考という文献には、木曾が信濃国に移管されたのは、平安時代の延喜年間（901年 - 923年）と記されている。
文正元年（1466年）11月1日、木曾家豊が興禅寺 (長野県木曽町)に寄進した梵鐘の鐘銘に刻まれている内容は、『壇心離有作々　金匠到無切功　鐘聲廣大　伽藍興隆　群生睡破　利濟無窮　美濃州　慧那郡　木曾庄　萬松山 興禅々寺　住持比丘大壇那　源之朝臣家豊　于時文正元年　丙戌霜月一日』とある。
美濃国恵奈郡であった木曾全域が信濃国に移った時期について、信州大学人文学部の山本英二教授が長野県木曽郡大桑村の定勝寺の古文書の回向文の中から年代が分かる5点で、延徳3年(1491年)には、美濃州恵奈郡木曽庄とあるが、永正12年(1515年)には、信濃州木曾荘と書かれているので木曾が美濃国恵奈郡から信濃国へ移ったのは1491年から1515年の間と結論付けた。
木曾古道記には木曽川より東側にある定勝寺の天文18年(1549年)作の鐘銘には信州木曾庄と書かれてあるのに対し、木曽川より西側にある興禅寺にある承応2年(1653年)作の鐘銘には美濃国恵那郡木曾庄となっていることを述べた上で、天正以来の記録に木曽川より東を信濃国筑摩郡、木曽川より西を美濃国恵那郡と分けていたが、享保9年(1724年)に木曽川の東も西も信濃国筑摩郡木曾と定められたと記されている。
中津川市山口(元・長野県木曽郡山口村)にある諏訪神社の慶長16年(1611年)11月の棟札には「恵那郡木曽山口村」と記されている。
寛文9年(1669年)木曾代官の山村甚兵衛より尾張御領宛、木曽の所属について提出した書状によると、とある。
寛文11年(1671年)山村甚兵衛より千村平右衛門への書状覚の中の触状に　尾州御国奉行に伺いたてたところ「木曽の儀、信濃国中に相極候ヘハ」触状はそのまま廻すようにとの指示を与えているところから、この寛文の頃になると木曽は信濃国の中とはっきりしたのだろう。

 恵奈郡の六郷と郡家郷 
承平年間（931年 - 938年）、勤子内親王の求めに応じて源順が編纂した和名類聚抄に、当時の恵奈郡にあった六箇所の郷が記述されている。しかし郡司が居た郡家郷については記述が無いが、恵那市の大井町・長島町あたりと推測される。
坂本郷　- 中津川市坂本周辺
繪上郷　- 長野県木曽郡
繪下郷　- 中津川市の中津川恵下周辺が推測される。
竹折郷　- 恵那市武並町竹折周辺
安岐郷　- 中津川市阿木周辺
淡氣郷〔手向郷〕　- 恵那市山岡町の上手向・下手向を中心として明智町、上下村(上矢作町)、佐々良木(三郷町)、瑞浪市陶町など

 恵奈郡の式内社・帳内社・国史見在社 
延喜式神名帳より後に作成された『美濃国神名帳』には恵奈郡には式内社三座と帳内社が七社あり、その他、国史見在社として、長田神がある。

式内社
 清坂明神　坂本神社八幡宮もしくは坂本神社諏訪社
 中津川明神　中川神社
 恵奈明神　恵那山頂上にある神社。

帳内社
 加上明神　中津川市川上(かおれ)にある恵那神社。
 阿氣明神　中津川市阿木字大門前の八幡神社もしくは中津川市阿木広岡の血洗神社。
 長窪明神　恵那市明智町杉野字長窪にある八幡神社と推定される。
 鴈栖明神　所在地不明。

国史見在社
 長田神　貞観6年(864年)の日本三代実録に美濃国長田神に神階奉授の記述があり、新撰美濃志では、恵那市長島町永田字田中の神社址を推定している。

 荘園 
 平安時代には恵那郡の木曽川以南は遠山荘に属し、当初は摂関家領、後に近衛家領となった。(近衛家所領目録の中に遠山荘が記されている。)
 中津川市蛭川の和田川以西と、恵那市中野方町、笠置町、飯地、加茂郡の東部にかけては蘇原荘に属していた。
 現在の長野県木曽郡の南部は小木曾荘に属し、高山寺方便智院領であった。
現在の長野県木曽郡の北部は大吉祖荘に属し、東鑑の文治2年3月12日の條には宗像少輔領との記述がある。

 太閤検地 
天正年間に豊臣秀吉の命により、全国で太閤検地が実施された結果は、美濃国は54万石、恵那郡は34,3102斗6升5合であった。太閤検正保書上帳による恵那郡の78ヶ村の石高については以下の通り。

 江戸時代以降 
 戦国時代から江戸時代初期にかけては大川村と水上村は旗本小里氏の領地であったが後継が無く断絶したため幕領とされた。
 裏木曽と呼ばれ良質な木材が採れた恵那郡北部の加子母村、付知村、川上村は尾張藩領とされた。
 茄子川村は旗本茄子川馬場氏と、尾張藩の家臣木曾衆の山村氏、千村氏、原氏、三尾氏など8名の入相支配地であった。
 姫栗村と毛呂窪村は元々加茂郡であったが、正保年間(1645年～1648年)に恵那郡へ編入された。

 沿革 

 町村制施行以前の沿革 
 「旧高旧領取調帳」に記載されている明治初年時点での支配は以下の通り。(81村）
 知行 村数 村名 幕府領 美濃郡代 2村 大川村、水上村幕府領　　藩領 美濃郡代　　 　　　　苗木藩 1村 下野村 藩領 苗木藩 12村 日比野村、上地村、瀬戸村、坂下村、上野村、田瀬村、福岡村、高山村、蛭川村、毛呂窪村、姫栗村、中野方村 岩村藩 20村 岩村、飯羽間村、富田村、上村、漆原村、下村、小田子村、澤中村、串原村、椋實村、佐々良木村、阿木村、飯沼村、永田村、野井村、竹折村、久須見村、中野村、東野村、藤村 岩村藩　　　　　 　　尾張藩(太田代官)　　　　 1村 馬場山田村 尾張藩(太田代官) 4村 大井村 、川上村、付知村、加子母村 尾張藩(木曾衆) 6村 正家村、千旦林村、駒場村、手賀野村、中津川村、落合村 藩領　　旗本領 尾張藩(木曾衆)　　 　茄子川馬場氏 1村 茄子川村 旗本領 明知遠山氏 34村 明知村、馬木村、馬坂村、高波村、峰山村、小杉村、落倉村、門野村、杉平村、野志村、上手向村、久保原村、下手向村、釜屋村、原村、田代村、猿爪村、吉良見村、小泉村、大船村、上田村、大栗村、田良子村、阿妻村、一色村、野原村、浅谷村、須淵村、颪村、上柏尾村、下柏尾村、岩竹村、安主村、土助村、才坂村
　尾張藩領内における木曾衆の領地　 　
落合村480石8斗7升　(山村甚兵衛　240石2斗5升・千村平右衛門　240石2斗5升)
中津川宿　(山村甚兵衛　1,334石6斗3升)
駒場村　(千村平右衛門　772石)
手金野村(手賀野村)　(山村甚兵衛　456石5斗4升)
千旦林村552石6斗2升　(山村甚兵衛　126石3斗1升・千村平右衛門　126石3斗1升・山村八郎左衛門　300石)
茄子川村1,368石6升　旗本茄子川馬場氏との立会。(茄子川馬場氏275石・山村甚兵衛　350石・千村平右衛門　125石・原十郎兵衛　156石6斗・千村助右衛門　145石・山村一學　130石・千村次郎右衛門　119石・三尾左京　86石)
正家村　873石2斗7升(山村甚兵衛　200石・千村平右衛門　400石・三尾左京　300石)
 
 慶応4年
 4月15日（1868年5月7日） - 幕府領・旗本領が笠松裁判所の管轄となる。
 閏4月25日（1868年6月15日） - 笠松裁判所の管轄地域が笠松県の管轄となる。
 明治初年 - 領地替えにより尾張藩の木曾衆の領地（駒場村・手賀野村・中津川村・落合村および正家村・千旦林村・茄子川村の各一部）が笠松県の管轄となる。
 明治4年 
 7月14日（1871年8月29日） - 廃藩置県により、藩領が岩村県、名古屋県、苗木県となる。
 11月22日（1872年1月2日） - 第1次府県統合により、全域が岐阜県の管轄となる。

 大区小区制 
明治5年4月9日（1872年6月10日） - 大区小区制の施行により、恵那郡は岐阜県第十二大区とされた。郡内には63ヶ村があったが、11の小区に分けられた。
第一小区　竹折村、藤村、久須見村、中野村、正家村、永田村、大井村、東野村、佐々良木村、野井村、椋實村
第二小区　馬坂村、馬木村、高波村、峯山村、小杉村、落倉村、明知村
第三小区　杉平村、門野村、野志村、吉良見村、大船村、小泉村、大栗村、田良子村、上田村、阿妻村、猿爪村、大川村、水上村、 原村、釜屋村、田代村、下手向村
第四小区　野原村、一色村、浅谷村、須淵村、土助村、才坂村、安主村、岩竹村、柏尾村、颪村
第五小区　澤中村、串原村、小田子村、漆原村、下村、上村
第六小区　馬場山田村、久保原村、上手向村、飯羽間村、富田村、岩村
第七小区　阿木村、飯沼村
第八小区　千旦林村、茄子川村、駒場村、手賀野村、落合村、中津川村
第九小区　日比野村、上地村、瀬戸村、坂下村、上野村、川上村、下野村、田瀬村、福岡村
第十小区　高山村、蛭川村、中野方村、毛呂窪村、姫栗村
第十一小区　加子母村、付知村
明治11年（1878年）7月22日 - 地方三新法の一つである郡区町村編制法の制定により大区小区制は廃止された。

 自治体の変遷 
 明治5年
 5月 - 上飯羽間村、中飯羽間村、下飯羽間村、根上村が合併し飯羽間村となる。
 8月 - 上村、島村、飯田洞村、小笹原村、横道村、木實村が合併し上村となる。
 明治7年（1874年）9月
 馬木村・馬坂村・高波村・峰山村・小杉村・落倉村・澤中村が合併して東方村となる。（75村）
 日比野村が改称して苗木村となる。
 明治8年（1875年）1月 - 以下の各村の統合が行われる。（63村）
 大泉村 ← 小泉村、大船村
 大田村 ← 上田村、田良子村、大栗村
 杉野村 ← 門野村、杉平村
 浅谷村 ← 浅谷村、須淵村
 野原村 ← 一色村、野原村
 横通村 ← 颪村、柏尾村、岩竹村、安主村、土助村、才坂村
 瀬戸村 ← 上地村、瀬戸村
 明治12年（1879年）2月18日 - 郡区町村編制法の岐阜県での施行により、行政区画としての恵那郡が発足。郡役所が大井村に設置。同日大区小区制廃止。
 明治14年（1881年） - 郡役所が中津川村に移転。

 町村制施行以降の沿革 

 明治22年（1889年）7月1日 - 町村制の施行により、以下の町村が発足。（3町46村）
 中津川町（中津川村が単独町制。現・中津川市）
 駒場村、手賀野村、千旦林村、茄子川村、阿木村、飯沼村（それぞれ単独村制。現・中津川市）
 富田村、飯羽間村、上村（それぞれ単独村制。現・恵那市）
 岩村町（岩村が単独町制。現・恵那市）
 馬場山田村、久保原村、上手向村（単独村制。現・恵那市）
 下原田村 ← 下村、漆原村、小田子村（現・恵那市）
 明知町（明知村が単独町制。現・恵那市）
 串原村（単独村制。現・恵那市）
 三濃村 ← 横通村、野原村、浅谷村（現・恵那市、愛知県豊田市）
 阿妻村、大田村、吉良見村、大泉村、野志村、杉野村、東方村（それぞれ単独村制。現・恵那市）
 猿爪村、水上村、大川村（それぞれ単独村制。現・瑞浪市）
 下手向村、釜屋村、原村、田代村（それぞれ単独村制。現・恵那市）
 三郷村 ← 佐々良木村、椋實村、野井村（現・恵那市）
 竹折村、藤村（それぞれ単独村制。現・恵那市）
 長島村 ← 中野村、久須見村、正家村、永田村（現・恵那市）
 大井村、東野村、毛呂窪村、姫栗村、中野方村（それぞれ単独村制。現・恵那市）
 蛭川村（単独村制。現・中津川市）
 福岡村 ← 福岡村、田瀬村、高山村（現・中津川市）
 下野村（単独村制。現・中津川市）
 苗木村 ← 苗木村、瀬戸村（現・中津川市）
 落合村（単独村制。現・中津川市）
 坂下村 ← 坂下村、上野村、川上村（現・中津川市）
 付知村、加子母村（それぞれ単独村制。現・中津川市）
 明治23年（1890年）
 10月24日 - 苗木村が町制施行して苗木町となる。（4町45村）
 12月27日 - 大井村が町制施行して大井町となる。（5町44村）
 明治30年（1897年）
4月1日 - 以下の町村の統合が行われる。（5町23村）
陶村 ← 猿爪村、大川村、水上村（現・瑞浪市）
 竹折村 ← 藤村、竹折村（現・恵那市）
 笠置村 ← 毛呂窪村、姫栗村、加茂郡河合村（現・恵那市）
 阿木村 ← 阿木村、飯沼村（現・中津川市）
 坂本村 ← 茄子川村、千旦林村（現・中津川市）
 中津町 ← 中津川町、手賀野村、駒場村（現・中津川市）
 吉田村 ← 大田村、阿妻村、吉良見村、大泉村（現・恵那市）
 遠山村 ← 馬場山田村、久保原村、上手向村（現・恵那市）
 鶴岡村 ← 下手向村、原村、釜屋村、田代村（現・恵那市）
 明知町 ← 明知町、野志村、杉野村、東方村（現・恵那市）
 福岡村 ← 福岡村、下野村（現・中津川市）
 本郷村 ← 富田村、飯羽間村（現・恵那市）
 4月16日 - 付知村が町制施行して付知町となる。（6町22村）
 8月1日 - 郡制を施行。
 明治31年（1898年）12月14日 - 長島村が町制施行して長島町となる。（7町21村）
 明治33年（1900年）5月24日 - 竹折村が改称して武並村となる。
 明治38年（1905年）7月1日（7町23村）
 坂下村の一部（旧・川上村）が分立して川上村が発足。
 明知町の一部（旧・東方村・杉野村・野志村）が分立して静波村が発足。
 明治44年（1911年）1月1日 - 坂下村が町制施行して坂下町となる。（8町22村）
 大正12年（1923年）4月1日 - 郡会が廃止。郡役所は存続。
 大正15年（1926年）7月1日 - 郡役所が廃止。以降は地域区分名称となる。
 昭和7年（1932年）10月1日 - 陶村が町制施行して陶町となる。（9町21村）
 昭和23年（1948年）4月1日 - 加茂郡飯地村の所属郡が本郡に変更。（9町22村）
 昭和26年（1951年）4月1日 - 中津町・苗木町が合併して中津川町が発足。（8町22村）
 昭和27年（1952年）4月1日 - 中津川町が市制施行して中津川市となり、郡より離脱。（7町22村）
 昭和29年（1954年）
 4月1日（4町16村）
 大井町・長島町・東野村・三郷村・武並村・笠置村・中野方村・飯地村が合併して恵那市が発足し、郡より離脱。
 陶町が土岐郡瑞浪土岐町・稲津村・釜戸村・大湫村・日吉村および明世村の一部（月吉・山野内・戸狩）と合併して瑞浪市が発足し、郡より離脱。
 7月1日 - 明知町・静波村が合併して明智町が発足。（4町15村）
 7月10日 - 坂本村が中津川市に編入。（4町14村）
 9月10日 - 岩村町・本郷村が合併し、改めて岩村町が発足。（4町13村）
 昭和30年（1955年）
 3月1日 - 鶴岡村・遠山村が合併して山岡町が発足。（5町11村）
 4月1日 - 三濃村の一部（横通）が明智町に、残部（浅谷・野原）が愛知県東加茂郡旭村に編入。（5町10村）
 10月5日 - 吉田村が明智町に編入。（5町9村）
 昭和31年（1956年）9月30日（6町6村）
 落合村が中津川市に編入。
 上村・下原田村が合併して上矢作町が発足。
 昭和32年（1957年）11月1日 - 阿木村が中津川市に編入。（6町5村）
 昭和41年（1966年）4月1日 - 福岡村が町制施行して福岡町となる。（7町4村）
 平成16年（2004年）10月25日 - 恵那市・岩村町・山岡町・明智町・串原村・上矢作町が合併し、改めて恵那市が発足し、郡より離脱。（3町3村）
 平成17年（2005年）2月13日 - 坂下町・川上村・加子母村・付知町・福岡町・蛭川村が長野県木曽郡山口村とともに中津川市に編入。同日恵那郡消滅。

 変遷表 

 明治以前 明治元年 - 明治22年 明治22年7月1日町村制施行 明治23年 - 明治45年 大正元年 - 昭和39年 昭和40年 - 昭和64年 平成元年 - 現在 現在 中津川村 中津川村 中津川町 明治30年4月1日中津町 昭和26年4月1日中津川町 昭和27年4月1日市制 中津川市 中津川市 中津川市 中津川市 駒場村 駒場村 駒場村 手賀野村 手賀野村 手賀野村 日比野村 明治8年1月改称 苗木村 苗木村 明治23年10月24日町制 苗木町 瀬戸村 明治8年1月瀬戸村 上地村 千旦林村 千旦林村 千旦林村 明治30年4月1日坂本村 坂本村 昭和29年7月10日中津川市に編入 茄子川村 茄子川村 茄子川村 落合村 落合村 落合村 落合村 落合村 昭和31年9月30日中津川市に編入 阿木村 阿木村 阿木村 阿木村 阿木村 阿木村 昭和32年11月1日中津川市に編入 飯沼村 飯沼村 飯沼村 明治30年4月1日阿木村に編入 坂下村 坂下村 坂下村 坂下村 明治44年1月1日町制 坂下町 坂下町 坂下町 平成17年2月13日中津川市に編入 上野村 上野村 川上村 川上村 明治38年7月1日分立 川上村 川上村 川上村 付知村 付知村 付知村 明治30年4月16日町制 付知町 付知町 付知町 福岡村 福岡村 福岡村 明治30年4月1日福岡村 福岡村 昭和41年4月1日町制 福岡町 田瀬村 田瀬村 高山村 高山村 下野村 下野村 下野村 蛭川村 蛭川村 蛭川村 蛭川村 蛭川村 蛭川村 加子母村 加子母村 加子母村 加子母村 加子母村 加子母村 大井村 大井村 大井村 明治23年12月27日町制 大井町 大井町 昭和29年4月1日恵那市 恵那市 平成16年10月25日恵那市 恵那市 正家村 正家村 長島村 明治31年12月14日町制 長島町 長島町 永田村 永田村 中野村 中野村 久須見村 久須見村 東野村 東野村 東野村 東野村 東野村 佐々良木村 佐々良木村 三郷村 三郷村 三郷村 野井村 野井村 椋實村 椋實村 竹折村 竹折村 竹折村 明治30年4月1日竹折村 明治35年5月24日改称 武並村 武並村 藤村 藤村 藤村 中野方村 中野方村 中野方村 中野方村 中野方村 毛呂窪村 毛呂窪村 毛呂窪村 明治30年4月1日笠置村 笠置村 姫栗村 姫栗村 姫栗村 加茂郡河合村 加茂郡河合村 加茂郡河合村 加茂郡飯地村 加茂郡飯地村 加茂郡飯地村 加茂郡飯地村 昭和23年4月1日所属変更恵那郡飯地村 岩村 岩村 岩村町 岩村町 岩村町 昭和29年9月10日岩村町 岩村町 富田村 富田村 富田村 明治30年4月1日本郷村 本郷村 上飯羽間村 明治5年5月飯羽間村 飯羽間村 中飯羽間村 下飯羽間村 根上村 馬場山田村 馬場山田村 馬場山田村 明治30年4月1日遠山村 遠山村 昭和30年3月1日山岡町 山岡町 久保原村 久保原村 久保原村 上手向村 上手向村 上手向村 下手向村 下手向村 下手向村 明治30年4月1日鶴岡村 鶴岡村 釜屋村 釜屋村 釜屋村 原村 原村 原村 田代村 田代村 田代村 上村 明治5年8月上村 上村 上村 上村 昭和31年9月30日上矢作町 上矢作町 島村 飯田洞村 小笹原村 横道村 木實村 下村 下村 下原田村 下原田村 下原田村 漆原村 漆原村 小田子村 小田子村 串原村 串原村 串原村 串原村 串原村 串原村 阿妻村 阿妻村 阿妻村 明治30年4月1日吉田村 吉田村 昭和30年10月5日明智町に編入 明智町 田良子村 明治8年1月大田村 大田村 大栗村 上田村 吉良見村 吉良見村 吉良見村 大船村 明治8年1月大泉村 大泉村 小泉村 明知村 明知村 明知町 明治30年4月1日明知町 明知町 明知町 昭和29年7月1日明智町 野志村 野志村 野志村 明治38年7月1日分立 静波村 静波村 杉平村 明治8年1月杉野村 杉野村 門野村 馬坂村 明治7年9月東方村 東方村 馬木村 高波村 峰山村 小杉村 落倉村 澤中村 颪村 明治8年1月横通村 三濃村 三濃村 三濃村 昭和30年4月1日明智町に編入 柏尾村 岩竹村 安主村 土助村 才坂村 一色村 明治8年1月野原村 昭和30年4月1日愛知県東加茂郡旭村に編入 昭和42年4月1日町制愛知県東加茂郡旭町 平成17年4月1日愛知県豊田市に編入 愛知県豊田市 上切村 上中切村 下中切村 下切村 浅谷村 明治8年1月浅谷村 須淵村 大川村 大川村 大川村 明治30年4月1日陶村 昭和7年10月1日町制 陶町 昭和29年4月1日瑞浪市に編入 瑞浪市 瑞浪市 瑞浪市 水上村 水上村 水上村 猿爪村 猿爪村 猿爪村

 行政 
歴代郡長
代氏名就任年月日退任年月日備考1山村良貴明治12年（1879年）2月25日明治14年（1881年）3月6日2神谷道一明治14年（1881年）3月7日明治16年（1883年）3月4日3阿部直輔明治16年（1883年）3月5日明治19年（1886年）3月17日4福田豊明治19年（1886年）3月18日明治26年（1893年）12月20日5国井清廉明治26年（1893年）12月21日明治31年（1898年）1月31日6若林卓爾明治31年（1898年）2月1日明治43年（1910年）12月20日7大野薫明治43年（1910年）12月21日大正4年（1915年）4月27日8立木利道大正4年（1915年）4月28日大正12年（1923年）2月25日9辻寶一大正12年（1923年）2月26日大正13年（1924年）10月3日10河村牧太大正13年（1924年）10月4日大正15年（1926年）6月30日郡役所廃止により、廃官

 恵那郡役所と郡会 
明治11年（1878年）7月22日 - 帝国議会において地方三新法の一つである郡区町村編制法が制定され大区小区制を廃止して各町村を独立させることが決まった。岐阜県は明治12年（1879年）2月18日に大区小区制を廃止して町村を独立させて新たに郡治分割を通達し、旧来からの郡の名称を踏襲して郡役所の位置を指定し、郡村行政区域を明らかにして郡長を選任した。明治12年2月25日に山村良貴が初代恵那郡長に任ぜられるとともに、中山道大井宿の旧本陣に恵那郡役所の仮庁舎が設けられたが、2年後の明治14年（1881年）1月15日に中津川村に移転した。

明治30年（1897年）8月1日、郡制が施行され、8月25日に郡会議員選挙が行われ、各町村選出議員20名、大地主議員5名、総数25名であった。9月16日に第一回目の郡会が招集され法律の定めるところによって役員の選挙を行い、恵那郡会が成立し、郡の自治制が完備した。
 明治32年（1899年）3月に郡制の一部改正が行われた。
 大正12年（1923年）4月1日、郡会が廃止されるが、郡役所は存続。
 大正15年（1926年）7月1日、郡役所が廃止となる。

 恵那郡の警察 
(警察署)中津町、(分署)岩村町、(警部補派出所)大井町、(巡査部長派出所)または(巡査駐在所)付知町、坂下町、明知町に置いた。

 恵那郡の裁判 
裁判事務は岐阜地方裁判所御嵩区裁判所の管轄下にあり、中津町、岩村町、大井町、明知町、付知町に出張所を置いて登記事務を扱った。

 恵那郡の陸軍管区 
第三師管第五旅管岐阜連隊区に属した。