司法解剖（しほうかいぼう、）は、犯罪性のある死体またはその疑いのある死体の死因などを究明するために行われる解剖。

 根拠法規 
刑事訴訟法168条1項「鑑定人による死体の解剖」、同法229条「検視」に基づいて、刑事事件の処理を目的に行われる。
なお、死体解剖保存法は司法解剖の根拠となる法律ではないが、死体の取扱については同法の規定を遵守する必要がある。

多くのケースでは被解剖者の遺族への心情的配慮から、その了承を得た上で解剖が行われているが、法律上は裁判所から「鑑定処分許可状」の発行を受ければ、遺族の同意が得られなくても職権で強制的に行うことが可能である。

 施行 
司法解剖を行う者の資格について詳細な規定はなく、法的には、学識を有し、かつ捜査当局の嘱託を受けた者なら誰でも行えると解釈できるので、大学病院から離れた地域においては、警察協力医などの臨床医によって行われるケースも存在する。

しかし、法医学の分野における科学技術が格段に進歩した今日では、解剖によって得られた情報が刑事事件の真相解明や犯人特定などに重大な影響を与えることから、事件発生現場や死体発見現場に最寄の大学病院において、高度な専門知識を持つ法医学者の手で執行するのが原則である。この場合、執刀者は前述の「鑑定処分許可状」のもと、捜査を担当する検察官や警察署長などの嘱託を受けて解剖を行う。

そもそも死体に対する解剖が医行為であるかどうかについても明確な判断が示されていなかったが、平成27年3月31日の参議院文教科学委員会における秋野公造参議院議員の質疑に対して、厚生労働省は死亡診断とそれに付随する死亡診断書および死体検案書の交付が医行為であることに触れて、医行為であることを明確にした。

 運用 
犯罪被害死体の全てが司法解剖されるわけではなく、交通事故など受傷状況が明確で外表検査で死因も明らかにし得る場合は解剖せず、検視のみで終わる場合が多い。しかしいったん「解剖必要」との結論に至れば、死因や状況のいかんに関わらず解剖される運用となっており、遺族も事実上拒否できない。大規模事件・事故の際、この運用を指摘する新聞記事が掲載されることがある。

 現状 

現状として、予算や医師不足などの理由から、警察の死体取扱い件数のほとんどが司法解剖されていない。また、同様の事情により変死と思われるような状況でも、自殺や事故、心不全で片付けられることもあるともいわれている。打開策としてオートプシー・イメージングが提案されているが、運用のための法案等システムが未だ整っていない。

+ 1998年（平成10年）以降の死体取扱数と解剖率 年次 死体取扱数 解剖率 1998年 107,173 8.9% 1999年 114,267 9.0% 2000年 116,164 10.5% 2001年 119,396 9.7% 2002年 125,403 9.7% 2003年 133,922 8.9% 2004年 136,092 9.5% 2005年 148,475 9.1% 2006年 149,239 9.4% 2007年 154,579 9.5% 2008年 161,838 9.7% 2009年 160,858 10.1% 2010年 171,025 11.2% 2011年 173,735 11.0% 2012年 173,833 11.1% 2013年 169,047 11.3% 2014年 166,353 11.7% 2015年 162,881 12.4% 2016年 161,407 12.7% 2017年 165,837 12.4% 2018年 170,174 12.0% 2019年 167,808 11.5% 2020年 169,496 10.8% 2021年 173,220 10.4%

+ 2019年（令和元年）の都道府県別死体取扱状況 都道府県警察 死体取扱数 死体解剖 司法解剖 調査法解剖 その他 解剖総数 解剖率 北海道 7,739 748 49 2 799 10.3% 青　森 2,098 238 2 0 240 11.4% 岩　手 1,886 80 2 0 82 4.3% 宮　城 3,226 239 61 0 300 9.3% 秋　田 1,346 86 12 2 100 7.4% 山　形 1,575 99 53 0 152 9.7%福　島 2,917 132 21 0 153 5.2% 警視庁 21,594 165 593 2,952 3,710 17.2% 茨　城 4,420 186 43 34 263 6.0% 栃　木 3,235 84 130 0 214 6.6% 群　馬 2,653 81 10 0 91 3.4% 埼　玉 9,847 404 26 20 450 4.6% 千　葉 8,777 396 46 5 447 5.1% 神奈川 12,282 668 771 2,879 4,318 35.2% 新　潟 3,212 114 7 3 124 3.9% 山　梨 1,165 47 6 0 53 4.5% 長　野 2,548 173 4 0 177 6.9% 静　岡 4,163 202 19 0 221 5.3% 富　山 1,392 167 16 1 184 13.2% 石　川 1,293 119 5 0 124 9.6% 福　井 1,233 114 25 0 139 11.3% 岐　阜 2,398 110 7 0 117 4.9% 愛　知 7,520 343 74 1 418 5.6% 三　重 2,506 125 38 0 163 6.5% 滋　賀 1,584 99 26 0 125 7.9% 京　都 2,772 201 69 3 273 9.8% 大　阪 12,309 494 111 700 1,305 10.6% 兵　庫 5,283 215 441 1,262 1,918 36.3% 奈　良 1,841 183 23 0 206 11.2% 和歌山 1,434 164 67 0 231 16.1% 鳥　取 946 50 16 0 66 7.0% 島　根 913 74 27 0 101 11.1% 岡　山 2,432 117 18 0 135 5.6% 広　島 3,183 37 2 0 39 1.2% 山　口 2,104 108 16 1 125 5.9% 徳　島 970 47 4 1 52 5.4% 香　川 1,386 89 23 0 112 8.1% 愛　媛 2,052 77 26 0 103 5.0% 高　知 1,238 81 11 0 92 7.4% 福　岡 5,541 384 42 0 426 7.7% 佐　賀 1,010 71 16 2 89 8.8% 長　崎 1,516 148 10 6 164 10.8% 熊　本 2,159 94 5 0 99 4.6% 大　分 1,168 36 2 0 38 3.3% 宮　崎 1,253 54 1 0 55 4.4%鹿児島 1,904 110 18 0 128 6.7% 沖　縄 1,785 190 173 39 402 22.5% 全国 計 167,808 8,243 3,167 7,913 19,323 11.5% 都道府県警察 死体取扱数 司法解剖 調査法解剖 その他 解剖総数 解剖率 死体解剖 注
警察庁刑事局捜査第一課に報告のあったもので、交通関係、東日本大震災による死者を除く。
解剖率は死体取扱数に占める解剖総数の割合。
調査法解剖は、2013年（平成25年）4月に施行された死因・身元調査法に基づいて行われる解剖。死因を明らかにするため特に必要があると認められる場合、遺族の承諾なしに警察署長・海上保安部長などの職権で解剖を実施することができる。新法解剖とも呼ばれている。

他、神奈川県に於いては、司法解剖などをはじめとする解剖を横浜市の開業医1人に事実上任せきりにし、この開業医が2012年度に1人で年3,835件の解剖を行っていたことが判明しており、解剖の質の低下と、それによる犯罪死の見逃しに繋がりかねないと懸念されている。