青函連絡船（せいかんれんらくせん）は、本州の幹線鉄道の北端の青森駅と北海道の幹線鉄道の南端に位置する函館駅間の連絡航路で、鉄道国有化後の国営の国鉄、戦後の公共事業体の国鉄ならびに民営化後の北海道旅客鉄道（JR北海道）により、運航された鉄道連絡船である。航路長は61海里、営業キロ上の距離は113.0 km、貨物営業キロ程300 kmであった。陸岸から最も離れる津軽海峡中央部でも20海里以内のため、就航船の航行資格は沿海区域であった。

国鉄・JR以外の組織が青森港 - 函館港間に運航する航路は「津軽海峡フェリー」「青函フェリー」を、帝国鉄道庁（国鉄）による連絡船就航以前の沿革については「青函航路」を参照。

 概要 

イギリスで建造された当時最新鋭の蒸気タービン船 比羅夫丸型2隻を擁して、国鉄直営航路として1908年（明治41年）に開設されて以来、本州と北海道の鉄道を連絡する基幹ルートとして、客貨双方の輸送を担って来た。1925年（大正14年）には、日本初となる大型車載客船 翔鳳丸型4隻による 鉄道車両航送を開始し、貨物輸送効率の画期的な向上を達成した。

しかし太平洋戦争末期の1945年（昭和20年）夏の空襲と、1954年（昭和29年）秋の洞爺丸台風では、多くの尊い人命と連絡船を失い、そこからの復興に努めながら、その後の日本の高度経済成長を支える大動脈として、当時の最先端技術を駆使した連絡船を多数就航させた。1972年（昭和47年）には、1日最大30往復もの運航をする最盛期を迎えたが、この頃から開設され始めた長距離フェリー航路の影響、大型ジェット旅客機の国内線への投入等による航空運賃の相対的低下、1973年（昭和48年）秋の第1次オイルショックに続く景気低迷、さらには、度重なる労働争議による「国鉄離れ」もあって、1970年代後半（昭和50年代）以降は、客貨ともその輸送量を急激に減らし、減船、減便を余儀なくされながらも、1988年（昭和63年）3月13日の青函トンネル開業まで、この基幹ルート維持の使命を全うした。

運航区間は全期間を通して、青森と函館間であったが、1944年（昭和19年）から1984年（昭和59年）までは函館港内有川埠頭の貨物専用岸壁も使用された。また、青森側でも、1946年（昭和21年）から1948年（昭和23年）にかけての短期間、夏泊半島東側の小湊にLST改装貨車渡船用の桟橋を急造し、上記の有川埠頭との間にLST改装貨車渡船航路が開設されていたことがあった。また、夏期を中心とした連絡船による航路外の港への周遊運航は、1926年（大正15年）以来、 終航まで、1936年（昭和11年）から1947年（昭和22年）の輸送力不足と戦争、混乱の時代を除いて度々実施された。

 桟橋 
1908年（明治41年）3月7日の開設当初は、青森、函館とも連絡船が着岸できる岸壁はなく、沖繋りで、旅客、貨物は小蒸気船やハシケを用いて乗下船、荷役が行われた。
 青森桟橋
 開設当初は連絡船着岸岸壁はなく、連絡船は数百メートル沖に錨泊し、小蒸気船やハシケが、後に建設される、最も南側に位置した車載客船・車両渡船岸壁（建設当初は第2岸壁、戦後は第1岸壁と呼ばれた）の向かい側付近にあった第2船入澗に着岸していた。ここは青森駅至近のため、1898年（明治31年）、当時青函航路を経営していた日本郵船と、青森に至る鉄道を経営していた日本鉄道が共同で築造したもので、国鉄連絡船開設当初も日本郵船と共用で、国鉄は西と南側の岸壁を使用した。しかしここだけでは狭いため、1908年（明治41年）5月、青森駅西側の駅裏に貨物専用のハシケ岸壁として第1船入澗も完成させ、ハシケ岸壁の客貨分離を行った。1910年（明治43年）には第2船入澗南側に食堂併設の連絡船待合所を設けた。1914年（大正3年）12月30日に開始された鉄道車両ハシケ車運丸による車両航送用の桟橋は、この第1船入澗内に木製門構えに鋼製桁を用いて建設された。1921年（大正10年）1月、西防波堤の一部完成を受け、防波堤内に係船浮標を設置し、比羅夫丸型で運航される客便の1便・2便に限りここに係留した。1923年（大正12年）12月15日からは、一部完成した車載客船・車両渡船岸壁（南側から2番目、建設当初は第1岸壁、戦後は第2岸壁と呼ばれた）を先行使用する形でようやく直接着岸可能となった。

上記の岸壁は1924年（大正13年）3月31日竣工した後、引き続き車載客船・車両渡船の船尾部を係留するポケット部分と可動橋設置工事が行われ、1925年（大正14年）4月25日竣工し、青森駅の航送線完成を待って、同年5月21日から試験車両航送が開始された。さらに同年7月17日の本州以南の自動連結器への一斉交換作業完了により、北海道内外の車両の連結器が統一され、相互運行が可能となり、同年8月1日から車両航送が正式に開始された。

桟橋待合所は、この岸壁上に1923年（大正12年）11月19日に着工され、1924年（大正13年）11月18日竣工使用開始、これにより青森駅プラットホームから階段と跨線橋を通って乗船可能となった。

しかし、函館の2岸壁に対し、青森側1岸壁では容量不足のため、1926年（大正15年）9月、この岸壁の南側、第2船入澗の入江を更に南西に掘り込む形で岸壁増設工事が始まり、 1928年（昭和3年）8月11日に岸壁工事が、9月20日には可動橋が竣工し、同年10月から使用開始された。これが青森第2岸壁で、戦後は第1岸壁と呼称された最も南側の岸壁である。この対岸の安方岸壁は補助汽船岸壁として使用された。なお、この第2岸壁への手荷物昇降機設置遅れのため、恒常的な旅客扱い便の発着は1929年（昭和4年）からとなった。

 1936年（昭和11年）以降、貨物輸送量が急増し、1937年（昭和12年）の日中戦争勃発以降は毎年前年比120％前後の伸びを示し、1940年（昭和15年）の貨物輸送量は213万トンと、1936年（昭和11年）の110万トン弱の2倍に達し、更に増加を続けていた。このための、車両渡船増強による運航便数増加に対応するため、1940年（昭和15年）11月、第1岸壁北端から東方に延びていた西防波堤の外側に、埋め立てにより貨物専用の第3岸壁の建設工事が開始され、1944年（昭和19年）3月完成。その後、西防波堤を撤去して同年5月1日から昼間のみ使用開始し、7月20日から昼夜の使用開始となった。なお、この時期に完成した当第3岸壁、ならびに函館有川の各岸壁には、船体傾斜にスムーズに追従できる柔構造の補助桁を組み込んだ新型可動橋が設置された。しかし1945年（昭和20年）7月の空襲で、その可動橋も大破、使用不能となり、終戦後の1946年（昭和21年）3月末から6月末まで、後述のLST改装貨車渡船の青森側専用桟橋になったこともあったが、1946年（昭和21年）11月には修復工事完了した。

この3岸壁体制は、その後1988年（昭和63年）3月の終航まで続いたが、戦後は南側から順に、第1、第2、第3岸壁と呼ばれ、第1岸壁と第2岸壁には旅客乗降設備があり、北端の第3岸壁は貨物便専用であった。

さらに津軽丸（2代）型によって、1967年（昭和42年）6月1日開始された乗用車航送に対応するため、第1岸壁船尾右舷の副岸から、津軽丸型の遊歩甲板に至る乗用車乗降用斜路が設置された。しかし当初、この斜路入口付近に青森駅から東へ向かう臨港線を渡る踏切があったため、1970年（昭和45年）1月19日、この部分の車路を高架化して踏切を解消した。さらに1982年（昭和57年）4月1日開始の 石狩丸（3代）型 による乗用車航送のため、同じく第1岸壁船尾右舷副岸に、津軽丸型用の斜路の船首側に隣接して石狩丸型の船楼甲板舷門に至る斜路も設置された。

 函館桟橋
 函館側も開設当初は連絡船着岸岸壁はなく、連絡船は数百メートル沖合に錨泊し、小蒸気船やハシケに乗換える必要があった。函館駅裏の海岸には、後に第1船入澗の北側護岸となる防波堤が1905年（明治38年）完成し、これに守られた小桟橋があり、小蒸気船やハシケはここに着岸した。

 1910年（明治43年）12月15日、その後の若松埠頭の基部から西方に342m突き出したT字型の木造桟橋を建設し、先端部即ち西面に連絡船が1隻着岸できるようにした、さらに1914年（大正3年）2月26日には桟橋および通路を拡張し、桟橋北側を浚渫して、北面にも1隻着岸できるようにした。1913年（大正2年）5月の函館大火で駅本屋が類焼したのを機に、1914年（大正3年）12月25日には連絡船待合所を桟橋先端付近に新設、翌1915年（大正4年）6月16日には、この桟橋上まで鉄道を延長し、函館桟橋乗降場が開業、船車連絡時間の画期的短縮が図られた。また1914年（大正3年）12月就航の鉄道車両ハシケ車運丸用桟橋が、木造桟橋の北で、後に第3船入澗となる海岸に木製門構えに鋼製桁を用いて建設された。

木造桟橋完成後も、貨物の荷役にはハシケが使用され、1915年（大正4年）には駅裏の防波堤周囲を埋め立てて第1船入澗が築造され、小蒸気船やハシケはここに着岸し、中継貨物ホームも建設された。さらに、第1次世界大戦（1914年～1918年）による船腹不足は、海運貨物の鉄道への転移を招き、青函航路も増大する貨物需要に対応しきれず、混乱状態に陥った。1921年（大正10年）には第1船入澗の北側に第2船入澗、第3船入澗が相次いで築造され、第3船入澗には車運丸用の可動橋が設置されていたが、これは車運丸終航後、1927年（昭和2年）7月11日から終戦まで函館ドックへの貨車ハシケ桟橋として使用された。

この貨物輸送混乱が契機となって、青函航路の車両航送が開始されたが、このための車両渡船用岸壁を2バース持つ若松埠頭が木造桟橋のすぐ南側に建設された。この埠頭建設にあたり、1924年（大正13年）4月25日より木造桟橋西面バースを使用停止し撤去開始。一部客貨便を沖繋りに戻し、同年5月1日には桟橋乗降場への列車運転も停止。同年10月1日には若松埠頭先端部の岸壁（当時は第1岸壁と呼称、1945年（昭和20年）6月以降は第2岸壁と呼称）が一部竣工し使用開始、これに伴い同日木造桟橋は廃止された。同年10月4日には若松埠頭上に建設された鉄筋コンクリート3階建ての連絡船待合所1階に完成した1面2線の新しい函館桟橋駅も使用開始した。翌1925年（大正14年）5月20日には、同岸壁の可動橋が竣工したため、同年5月21日より翔鳳丸型による試験車両航送が開始され、同年8月1日から正式に車両航送が開始された。また同年6月1日からは手前側の岸壁（当時は第2岸壁と呼称、1945年（昭和20年）6月以降は第1岸壁と呼称）の使用も開始されたが、可動橋使用は同年9月5日からで、同年10月14日を以って若松埠頭築造工事は完了した。

これら2岸壁はともに旅客乗降設備を備えていた。さらに津軽丸（2代）型によって1967年（昭和42年）6月1日開始された乗用車航送に対応するため、第2岸壁左舷船尾岸壁に乗用車を津軽丸型の遊歩甲板まで上昇させるエレベーターが設置された。さらに1982年（昭和57年）4月1日開始の 石狩丸（3代）型 による乗用車航送のため、同じく第2岸壁左舷船尾岸壁に、津軽丸型用のエレベーターのすぐ船首側に隣接して石狩丸型の船楼甲板までのエレベーターが設置された。

 有川桟橋（函館桟橋有川支所）
 青森第3岸壁と同じ理由で、1941年（昭和16年）4月、若松埠頭の約3 km北の港口近くを埋め立てる有川埠頭建設工事に着手、 1944年（昭和19年）1月3日には埠頭基部の有川第1岸壁が、1944年（昭和19年）11月17日には先端側の有川第2岸壁が竣工した。翌1945年（昭和20年）5月にはそれぞれ、函館第3岸壁、函館第4岸壁へ呼称変更された。これに合わせ、有川桟橋と直結する五稜郭操車場新設工事が1942年（昭和17年）4月に着工され、1944年（昭和19年）9月に完成している。

しかし、太平洋戦争勃発と、その後のおびただしい商船の喪失により、北海道炭の本州への輸送の大部分を鉄道が担うことになり、青函航路の一層の増強が求められた。このため、有川埠頭では、第4岸壁の裏側に、従来とは逆の右舷着けの第5岸壁を建設する工事が続けられ、岸壁の本工事は完成したが、船尾部未完成で終戦を迎えた。

戦後、一向に回復しない青函航路の貨車航送能力に業を煮やした進駐軍は、1945年（昭和20年）12月24日、自ら貸与するLST（戦車揚陸艦）（排水量（計画満載）3,590トン）を速やかに貨車渡船に改装して就航させよ、との命令を下した。このため、無蓋貨車トム換算20両積載のLST　Q021、LST　Q022号のLST改装貨車渡船2隻を使用した貨車航送が1946年（昭和21年）3月31日から開始された。函館側はこの未完の第5岸壁がLST用岸壁として使用され、青森側は当初、空襲で可動橋が大破していた青森第3岸壁が使用されたが、7月1日以降は小湊に変更された。しかしLST　Q022号は翌1947年 1月末、平館海峡東岸、貝埼沖で座礁大破し、以後稼働することなく同年8月返還されたが、LST　Q021 はその後も稼働し、1948年（昭和23年）2月末返還された。

戦後も有川桟橋は函館第3岸壁、第4岸壁の2岸壁を擁し、貨物便専用桟橋として長らく青函航路の一角を担ってきたが、1970年代後半（昭和50年代前半）以降の国鉄貨物の急激な減少による貨物便の削減により、1984年（昭和59年）2月1日を以って廃止された。

 小湊桟橋
 北海道炭の鉄道輸送に対応するため、1943年（昭和18年）12月に着工された。東に突出する長さ128mの突堤の両側に車両渡船を停泊させる2岸壁構造の車両渡船桟橋と、その南に隣接して南側へ突出する機帆船用岸壁で、工事は遅々として進まず、終戦で以後工事は中断していた。戦後、1945年（昭和20年）12月末、上記進駐軍貸与のLST改装車両渡船の青森側桟橋に小湊が選ばれ、これに対応する桟橋設置工事が未完の車両渡船桟橋の北側で直ちに開始された。コンクリートケーソン2個を海岸から直角に沈埋してドルフィン代用とし、橋台もコンクリート製で、1946年（昭和21年）3月完成し、小湊駅からの小運転線利用で、1946年（昭和21年）7月1日から、運航開始された。しかし片道8時間もかかる上、給油のため往復8日もかけて横須賀まで戻らなければならないなど問題が多く、1948年（昭和23年）2月には運航休止となった。この間に本来の車両渡船桟橋や機帆船岸壁の工事も再開され、機帆船岸壁は青函航路補完の石炭・魚類・雑貨輸送の機帆船で一時活況を呈していた。また東北本線の小湊 - 清水川間には、小湊桟橋の航送貨車を扱う小湊操車場が、桟橋と同じ1943年（昭和18年）12月に着工されており、そこから桟橋に至る臨港線工事も含め、1948年（昭和23年）10月27日に竣工したが、翌1949年（昭和24年）からは撤去工事が開始された。この直前の1948年（昭和23年）10月10日、ほぼ完成した突堤南側の小湊桟橋第1岸壁では第六青函丸による着岸試験も行われたが、以後工事は見合わされ、本格的な車両航送は行われないまま、1949年（昭和24年）7月15日、桟橋は業務停止となった。設置された新型可動橋は撤去され、その補助桁は1952年（昭和27年）青森第2岸壁の可動橋改良のため転用された。
なおLST用桟橋跡と、ほぼ完成しながら放棄された車両渡船桟橋、機帆船桟橋は平内町大字東滝字浅所にあり、現在は漁港となっている。
 代行貨物輸送等
 1949年（昭和24年）2月〜3月、岩手県内の山田線における、前年9月のアイオン台風被害により孤立した機関車と貨車を、宮古港から仮設可動橋により船積みし、青森まで十勝丸（初代）で航送した。5往復で機関車8両、貨車55両（資料によっては61両）。
 1966年（昭和41年）8月、集中豪雨による東北本線、奥羽本線不通のため、空知丸（初代）による函館 - 川崎間貨車22両バラ積輸送、檜山丸（初代） 車両甲板に枕木を敷きつめ、青函間トラック輸送が行われた。
 1967年（昭和42年）9月、室蘭本線の豊浦 - 洞爺間が集中豪雨で不通となったため、9月28日～10月11日は貨車バラ積み輸送。 10月12〜18日は室蘭港に未使用の橋梁を運び込んで仮設可動橋を設置し、青森との間で車両航送が行われた。使用船は檜山丸（初代）・空知丸（初代）。
 これらのほかに、鉄道不通区間の代行やイベント運航（東京晴海埠頭〜函館、十和田丸 (2代)）として旅客のみの航路外輸送なども行った。

 運賃・料金 
運賃・料金はすべて廃止時のものである。普通運賃はこども半額で、それ以外の料金は大人子供同額。

 普通運賃:2,000円
 寝台料金:上下段とも2,400円
 グリーン席
 座席指定席:1,600円
 自由席:1,100円

なお、国鉄（JR）の鉄道・バス路線と航路とを乗り継ぐ場合には、それぞれ別々に運賃・料金を計算したが、航路を間に挟んで国鉄（JR）の鉄道路線を利用する場合、前後の鉄道路線の営業キロは通算し、そこに青函航路の運賃を加算する方法がとられていた。通過連絡運輸に準じた取扱いである。例えば東京から東北本線・青函航路・函館本線経由で札幌に行く場合、運賃は東北本線と函館本線の営業キロ数を通算した運賃と、青函航路の運賃の合計となった。

乗用車の航送は、車の長さが3mまでが9,700円、4mまでが12,900円、5mまでが16,200円、5mをこえ5.3mまでが21,100円で、航送料金には運転する人1名の運賃が含まれ、往復割引も設定されていた。航送申込の際には車検証を提示する必要があった。自動車以外は、自転車は700円、オートバイ・スクーターは125cc以下のものが1,100円、125ccをこえるものは2,200円だった。なお、いずれも乗船者の運賃別である。

 旅客輸送と利用状況 

 最盛期 
青函航路は、本州・北海道間の一般的な移動手段が鉄道だった1960年代までは、メインルートの一部を担っていた。青森発着の「はつかり」「みちのく」「白鳥」などの特別急行列車や特急「はくつる」、「ゆうづる」、急行「八甲田」、「十和田」などの夜行列車、函館発着の特急「おおぞら」、「北斗」、「北海」、「おおとり」、急行「宗谷」、「ニセコ」、「すずらん」などの優等列車や夜行普通列車は、青函連絡船との接続を重視したダイヤを組んでいた。青森と函館では深夜・早朝に発着する例（下記の1・2便接続）も見られたが、札幌での時間を有効に使えることから、利用率はかなり高かった。

なお、上野駅 - 青森駅を結ぶ寝台特急「ゆうづる」は、最盛期には7往復が設定され、岩手県内や青森県内での有効時間帯を重視したダイヤ以外に、電車寝台を使用した列車を中心として青函連絡船接続（3・4便）を意図したダイヤも組まれていた。列車番号に関しても、電車寝台を使用した1往復を除き2本ずつの続行運転を行っていたため、下り列車は先発列車が5000番台、続行列車が一桁もしくは二桁の列車番号が与えられていた（上り列車は逆となる）。各列車の列車番号と、接続する青函連絡船の便名は揃えられており、下りの1便接続を例にとると、本州側が「はつかり」の「1M」や白鳥の「4001M」など、北海道側が「おおぞら」の「1D」や「北海」の「11D」などとなっていた（同時間帯の上りはそれぞれが「2」となる）。

青函航路と接続列車との間には最短でも20分程度の乗り換え時間が取られていたが、列車が青森駅や函館駅に到着した際、あるいは連絡船がそれぞれの桟橋に着岸した際には、目指す船や列車の席（自由席）を確保しようとする乗客でプラットホームや跨線橋がごった返す様子もみられ、荷物を抱えた乗客が競って駆け出すことから「桟橋マラソン」と呼ばれる光景を見せていた。ときには接続する連絡船が定員を超えて乗船できない「積み残し」が起こることもあった。

なお、鉄道の座席指定券の発売は乗車1か月前（1980年（昭和55年）9月までは7日前）からが原則であるが、青函連絡の乗客の座席を最優先に確保するため、本州・北海道の指定券を乗継割引で購入する場合は、指定券は1980年（昭和55年）9月までは8日前から、同年10月以降は1か月1日前からそれぞれ発売された。1か月1日前発売（1980年（昭和55年）9月までは8日前）となる列車は指定されており、函館発は全ての列車が対象になっていたのに対し、青森発の列車は「はつかり」（1980年（昭和55年）9月までは全列車、同年10月以降は2号のみ）、「みちのく」、「白鳥」、「しらゆき」、「いなほ4号」（8日前発売は1980年（昭和55年）9月まで、同年10月以降は1か月前発売）のみが対象となった。国鉄・JRの規則では、航路の乗船券の名称も「乗車券」だった。

多数の乗客を安定的に輸送するため、本航路では、青森駅・函館駅での接続列車の指定券を持つ乗客を最優先に乗船させる施策をとった。航路廃止時（1988年（昭和63年）3月13日）には、函館と札幌方面を結ぶ函館本線の特急「北斗」には、青函航路連絡の乗客の乗車を確実なものとするために全車指定席の便が1往復設定されていた。次に優先されたのは優等列車の乗客で、青森、函館着の特急列車・急行列車の車内では、優等列車からの乗継を区別するため、「特」の文字や赤い線が印刷された乗船名簿を配布する方法が用いられた。

 末期の状況 

本州・北海道を結ぶ動脈の役割を担った青函連絡船は、貨物が1971年（昭和46年）に855万3033トン、旅客が1973年（昭和48年）に利用者498万5695人を数え、それぞれピークを迎えたが、航空機とフェリーの利用の増加、国鉄の鉄道利用客（旅客と荷主）の減少などの要因により、1974年（昭和49年）以後は利用が減少傾向に転じた。

1976年（昭和51年）には利用者数が400万人台を割り、1977年（昭和52年）は314万人と急減したため、1978年（昭和53年）にはグリーン自由席（124席）の約1/3のスペースを転用して「サロン海峡」という名の喫茶室、麻雀ができる娯楽室を設置。接客設備の改善とイメージアップを図ったが減少に歯止めはかからなかった。

「国鉄離れ」の加速で末期には閑散としていた。末期でも、青森ねぶた、函館港まつりの行われる旧盆、弘前・函館の観桜と時期が一致するゴールデンウィーク、年末年始などの最多客期には超満員となり、臨時便（臨時客扱）の運航や、乗船名簿に便名、または出航時刻をスタンプで押印した乗船名簿を配布する措置がとられることがあったが、通常期の利用状況は悪かった。

利用客数は最末期で年間に約200万人だった。しかし廃止が決定されてからの1年間は260万人に利用客が増えた。その多くが青函連絡船に別れを惜しんでやってきた者たちであり、それまで一度も連絡船に乗ったことのない者までが、「お別れ乗船」のために全国から訪れた。普段であれば冬季間は閑散としていたが、1988年（昭和63年）1月から3月の土日には、臨時客扱（臨時便）を行うほどの活況を呈した。

 青函トンネル開通・青函連絡船の終焉とその後 
1988年（昭和63年）3月13日の青函トンネルの開通に伴い、同日をもって青函航路の通常運航が終了し、青森 - 函館間の連絡は青函トンネルにゆだねられた。

その後、青函トンネル開通記念博覧会と世界・食の祭典に合わせて同年6月3日から9月18日まで「羊蹄丸」「十和田丸」を用い昼間1日2往復の暫定運航（復活運航）を行うとともに、夜間には函館港に羊蹄丸と青森港に十和田丸を停泊させホテルシップ営業を行った。この期間には通常営業時は入ることができなかった操舵室や車両甲板が乗組員の案内で見学でき、航海中の船尾扉開放も見られた。暫定運航が終了した翌9月19日付で青函連絡船は正式に廃止となった。

廃止後30年以上が経過した現在でも、青森駅には連絡船の案内表示や桟橋の可動橋へ向かう線路など、青函連絡船の痕跡が数多く残っており、函館駅や有川桟橋周辺にも着岸の際に目標として用いていた標識などが今でもわずかに残存している。

 貨物・荷物・郵便輸送の状況 

1986年（昭和61年）には、国鉄が荷物・郵便輸送から撤退したのに伴い、青函連絡船での郵便輸送が廃止された。貨物輸送については、運航終了日の1988年（昭和63年）3月13日101便（青森0時05分発、函館4時00分着）檜山丸をもって下り貨車航送が、170便（函館2時40分発、青森6時35分着）八甲田丸をもって上り貨車航送が終了した。なお、八甲田丸は折り返し青森第1岸壁7時30分発、函館第2岸壁11時20分着の23便で旅客輸送、乗用車航送のほか、青森に配備されていた控車20両を航送し、これが青函連絡船における最後の貨車航送となった。

 乗用車航送（二輪車等含む）
国鉄では1962年（昭和37年）頃から自動車航送を検討していたが、道南海運は1964年（昭和39年）6月に大間 - 函館間に、翌1965年（昭和40年）4月には青森商船が三厩 - 福島間にフェリー航路を開設し、互いに競争しつつ青森 - 函館間フェリー航路開設の準備をしていた。ここに国鉄の乗用車航送計画が表面化したため、フェリー会社からは「民業圧迫だ」との声も上がり、衆院運輸委員の中からも慎重論が出て、計画は一時頓挫した。しかし、1966年（昭和41年）7月・8月の東北集中豪雨では東北・奥羽両本線が不通になり、北海道 - 本州間の貨物列車は運休。その代替輸送のトラックが急増し、上記フェリー航路だけでは到底運びきれず、青函連絡船檜山丸（初代）を用いた緊急のトラック航送が8月18日から23日に実施された。国鉄はこうした実績を重ねながら、運賃を民間フェリーと同一にするなど、共存共栄の方向性を示し国の認可を得ることができた。

このようにして、乗用車航送は1967年（昭和42年）6月1日1便 十和田丸（青森第1岸壁0時01分発　函館第2岸壁3時50分着）、2便 羊蹄丸（函館第2岸壁0時25分発　青森第1岸壁4時15分着）から実施された。積載場所は津軽丸型の遊歩甲板後部遊歩スペースで、甲板上でUターンしなくて済むよう両舷の柵の一部を開閉可能な構造として乗用車乗降口とした。これに対応するため、青森第1岸壁には船尾右舷の副岸側から遊歩甲板船尾右舷乗降口に達する斜路が、函館第2岸壁には遊歩甲板船尾左舷乗船口まで乗用車を昇降するエレベーターが設置された。乗用車は船の進行方向横向きに、2台縦列が3列の6台積載であった。当時は青森・函館両駅の構内配線改良工事は未完で、積載鉄道車両の積卸しを迅速に行い、55分で折り返せる岸壁は、青森第2岸壁と函館第2岸壁だけで、津軽丸型7隻による3時間50分運航は行われてはいたが、5船12往復と1船2往復の組み合わせで、青森と函館の使用岸壁の割り当ては複雑であった。このため乗用車乗降設備のある青森第1岸壁と函館第2岸壁相互間発着便は限られており、また旅客定員の関係から、なるべく特急接続便は避け、さらに同年3月から就航していた東日本フェリーの青函航路と重ならない時間帯での設定、などの条件から、岸壁変更なしで乗用車航送可能な深夜の特急接続便1便・2便、同じく岸壁変更なしの特急非接続208便（函館12時35分発　青森16時25分着）、ならびに青森第2岸壁発ではあるが第1岸壁着発便とは重ならない特急非接続209便（青森14時30分発　函館18時20分着）を第1岸壁発に変更のうえ、これら2往復で乗用車航送を開始した。ところが乗用車航送開始後、まもなく満車状態が続くようになり、8月1日から9月20日まで、津軽丸型で運航される貨物便258便（函館21時35分発　青森1時25分着）・253便（青森2時20分発　函館6時25分着）の青森での折り返しを、期間中のみ第2岸壁から第1岸壁に変更し、乗用車航送便として3往復とした。さらに9月27日発生した室蘭本線 豊浦 - 洞爺間岩石崩落による貨物輸送障害対策として、同年10月10日から10月20日まで、東日本フェリー青函航路がトラック航送に専念できるよう、国鉄は258便・253便の乗用車航送復活のほか、岸壁変更不要であった特急接続便の4便（函館19時15分発　青森23時05分着）と貨物便259便（青森21時35分発　函館1時25分着）でも乗用車航送を行い4往復とした。しかし、その後は元の2往復に戻された。

1968年（昭和43年）7月1日からは多客期に対応するため、上記4往復に加え、貨物便254便（函館4時45分発　青森8時35分着）・特急接続便5便（青森9時40分発　函館13時25分着）の青森折り返し岸壁を第2岸壁から第1岸壁に変更、106便（函館7時20分発　青森11時10分着）・207便（青森12時05分発　函館15時55分着）も同様に青森折り返し岸壁を第2岸壁から第1岸壁に変更し、計6往復の乗用車航送が行われた。

1968年（昭和43年）10月1日ダイヤ改正では、青森・函館両桟橋とも、第1岸壁・第2岸壁同時作業での55分折り返し運航が可能となり、津軽丸型の全面2.5往復運航が開始された。津軽丸型2隻5往復の運用を3組とし、それぞれ、甲・乙・丙系統として計15往復運航された。このうち、1便（青森0時30分発　函館4時20分着　乙系統）と12便（函館0時05分発　青森3時55分着　甲系統）、5便（青森7時25分　函館11時15分着　丙系統）とその反対便の20便（函館7時30分発　青森11時20分着　丙系統）、21便（青森12時15分発　函館16時05分着　丙系統）と反対便の22便（函館12時15分発　青森16時05分着　丙系統）、324便（函館14時25分発　青森18時15分着　甲系統）、105便（青森17時00分発　函館20時50分着　丙系統）と反対便の4便（函館17時00分発　青森20時50分着　丙系統）、27便（青森19時10分発　函館23時00分着　甲系統）と6便（函館19時45分発　青森23時35分着　乙系統）、169便（青森21時45分発　函館1時35分着　丙系統）の6往復で乗用車航送が行われ、この6往復は冬季間を通して継続された。

1969年（昭和44年）6月20日から9月30日までは、さらに、12便の折り返し303便（青森4時50分発　函館8時40分着　甲系統）の函館着岸壁を変更して乗用車航送便とし、岸壁変更なしで162便（函館2時40分発　青森8時30分着　丙系統）と1便の折り返し164便（函館5時15分発　青森9時05分着　乙系統）、青森発岸壁変更した163便（青森14時55分発　函館18時45分着　乙系統）を加えた8往復で乗用車航送が行われた。

1969年（昭和44年）10月1日改正では、甲系統・丙系統は全て青森第1岸壁、函館第2岸壁使用となり、これら10往復全てで乗用車航送可能なダイヤとなったが、閑散期でもあり、11便（青森0時05分発　函館3時55分着　甲系統）・12便（函館0時20分発　青森4時10分着　甲系統）、のほか5便（青森7時35分発　函館11時25分着　丙系統）・20便（函館7時20分発　青森11時10分着　丙系統）、21便（青森12時10分発　函館16時05分着　丙系統）・22便（函館13時20分発　青森17時10分着　丙系統）、38便（函館14時50分発　青森18時40分着　甲系統）、25便（青森17時05分発　函館20時55分着　丙系統）・4便（函館17時00分発　青森20時50分着　丙系統）、27便（青森19時35分発　函館23時25分着　甲系統）・26便（函館19時20分発、青森23時10分着　甲系統）、169便（青森22時45分発、函館1時35分着　丙系統）の6往復で乗用車航送が行われ、1970年（昭和45年）5月1日から、33便（青森5時05分発　函館8時55分着　甲系統）、37便（青森9時45分発　函館13時35分着　甲系統）・166便（函館9時50分発　青森13時40分着　甲系統）、152便（函館21時50分発　青森1時40分着　丙系統）を加えた8往復とし、多客時となる7月1日からは、151便（青森2時40分発　函館6時25分着　丙系統）・162便（函館2時50分発　青森6時40分着　丙系統）、23便（青森14時35分発　函館18時25分着　甲系統）、34便（函館4時55分発　青森8時45分着　甲系統）の2往復が加わり、甲系統・丙系統の10往復全便で乗用車航送が行われた。以後、閑散期6往復、通常期8往復、多客期10往復が続けられた。津軽丸型7隻のうち6隻による甲・乙・丙系統15往復体制は、その後のダイヤ改正でも、便名変更や若干の時刻変更はあったもののその大枠は維持された。

1982年（昭和57年）の津軽丸（2代）・松前丸（2代）引退後も、石狩丸（3代）・檜山丸（2代）の2隻の車両渡船を、旅客定員650名、乗用車20台積載可能な客載車両渡船に改造し、甲系統に充当してこの体制は継続された。両船は石狩丸型と呼ばれ、その乗用車積載場所は、津軽丸型より1層低い船楼甲板後部であったため、石狩丸型用として、青森第1岸壁副岸側に斜路が、函館第2岸壁にはエレベーターが設置された。なお石狩丸型の全長は144.6mと津軽丸型 より12.6mも長いため、函館第1岸壁では岸壁長を148mから165mに延長する工事が行われた。

1984年（昭和59年）2月1日のダイヤ改正では、車両渡船も2隻減船され、空知丸（2代）1隻となった。しかし貨物専用の有川桟橋も廃止されたため、通常 空知丸で運航される2往復の貨物専用便が、函館桟橋に1日2回着発（53便2時10分着から50便3時05分発まで、51便16時35分着から52便17時30分発まで）することになった。しかし函館第1岸壁は長さは125mと短く、全長144.6mの空知丸は、岸壁長165mの函館第2岸壁使用となった。このため、着発時間帯の重なる丙系統の2往復（173便1時45分着から170便2時40分発まで、3便16時05分着から22便17時00分発まで）が函館第1岸壁着発となって、乗用車航送ができなくなり、乗用車航送便可能便数は8往復となった。しかし、この時期は閑散期の6往復のため問題はなかった。この改正後初めての多客期である7月1日からは、この時期まだ明るい17時前後に行われる51便・52便の函館折り返しを第1岸壁に変更し、丙系統の3便・22便を第2岸壁に移し、かろうじて乗用車航送便9往復を確保した。1985年（昭和60年）3月14日のダイヤ改正からは、51便・52便の函館折り返しは第1岸壁となったが、乗用車航送の多い時期以外は、第2岸壁が使用された。

1986年（昭和61年）11月1日のダイヤ改正では不定期貨物便1往復が削減されたが、乗用車航送に変化はなく、閑散期6往復、通常期8往復、多客期9往復が続けられた。1988年（昭和63年）3月13日終航の日の丙系統は八甲田丸と羊蹄丸で、それぞれ4便（函館7時20分発　青森11時15分着）と23便（青森7時30分発　函館11時20分着）まで乗用車航送を行い、以後旅客扱いのみとなったが、甲系統の石狩丸は臨時8011便（青森16時40分発、函館20時30分着）で下り旅客便として下り最終乗用車航送を行い、下り最終便となった7便 八甲田丸に25分先行した。同じく檜山丸は臨時8010便（函館16時40分発　青森20時30分着）で上り旅客便として上り最終乗用車航送を行い、上り最終便となった22便 羊蹄丸に20-25分先行した。

乗用車積載台数は当初は6台、1971年（昭和46年）4月からは車間をつめて4列8台に、1972年（昭和47年）7月からは、遊歩甲板を後方へ延長して12台とし、後に再度車間をつめて13台とした。1982年（昭和57年）参入の石狩丸（3代）・檜山丸（2代）においても当初の20台が、後年22台に増やされていた。積載する乗用車の大きさ制限は、当初は全長5.6m、車幅2.1m、車高1.85m、車両重量2.5トンで、その後、長さ制限が5.3mとなり、1980年（昭和55年）秋からは、車高のみ1.95mに緩和された。積み下ろしの待ち時間が少ないこと、発着場所がそれぞれの都市の中心駅であることなどから、ターミナルが郊外に位置する東日本フェリーとの棲み分けが成立しており、固定需要があった。

津軽丸型では、露天の遊歩甲板後部に乗用車を積載したため、荒天時には、波しぶきが航送車両にかかることもあったが、1982年（昭和57年）参入の石狩丸型の2隻では、船楼甲板後部に新設された甲板室内に乗用車を収容したため、その心配はなくなった。また石狩丸型では1984年（昭和59年）7月7日より乗用車積載区画にバイク・自転車の積載も開始したところ好評で、翌1985年（昭和60年）4月1日からは津軽丸型でも同様サービスが開始された。

乗用車航送開始2ヵ月後の1967年（昭和42年）8月から、臨時扱いながら、津軽丸型で運航される旅客扱いしていない貨物便での乗用車航送が開始され、翌1968年（昭和43年）7月からは津軽丸型による貨物便での乗用車航送は定期化された。そのため日本交通公社などから発売されていた日本国有鉄道監修時刻表の、国鉄の営業案内ページの連絡船に関する部分には航送船の時刻表が掲載されており、欄外には「時刻表本文に載っていない便は、乗用車・自転車・オートバイ・スクーター航送の運転者・同乗者以外はご利用になれません」と書かれていた。

航送予約に関しても自動車の航送予約は乗船日の14日前からの受付で、一部の駅の窓口や一部の旅行センター、日本交通公社と日本旅行の一部営業所しか取り扱わなかった。1982年（昭和57年）当時、窓口で航送予約取り扱っていたのは青森・函館両駅の他に、釧路・帯広・旭川・札幌・東室蘭・長万部・八雲・森・浅虫・一戸・盛岡・弘前・大館・秋田の北海道・青森・岩手・秋田の4道県の16駅のみだった。駅の旅行センターでは新宿のみで取り扱っていた。