המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים

המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, הידוע יותר בשמו המקוצר: המוסד, הוא ארגון במערכת הביטחון הישראלית ואחד מהגופים החברים בקהילת המודיעין הישראלית. המוסד הוא ארגון הביון של ישראל, הממונה על איסוף מידע מסוג מודיעין אנושי ומשימות הפקת מודיעין חשאיות מחוץ לגבולות המדינה, דיפלומטיה חשאית, תפקידים מיוחדים וסיכול יעדים אזרחיים וצבאיים של האויב. למוסד מיוחסות התנקשויות בשורה של מחבלים בכירים בארגוני טרור שנלחמים נגד ישראל ופעולות נגד תוכנית הגרעין האיראנית. בניגוד לצה"ל ולשירות הביטחון הכללי – יעדיו, מבנהו וסמכויותיו של המוסד אינם מוסדרים בחקיקה. פעילותו כפופה לנהלים שלא פורסמו מעולם. המוסד כפוף למשרד ראש הממשלה. תפקידים "המוסד" מופקד מטעם מדינת ישראל על איסוף מידע וביצוע פעולות חשאיות מיוחדות מחוץ לגבולות המדינה. הוא מבצע זאת על ידי הפעלת סוכנים, איסוף מידע אלקטרוני, שמירה על קשרי מודיעין ודיפלומטיה. על המוסד הוטלו לאורך השנים תפקידים מיוחדים, עזרה לקהילות יהודיות ברחבי העולם בעת מצוקה (כדוגמת העלאת יהודי אתיופיה), מצוד אחר פושעים נאצים, ועל פי פרסומים זרים, הפסקת פעילותם של ראשי ארגוני טרור בכירים, וטרוריסטים שרצחו חפים מפשע, באמצעות הריגתם. בנוסף עוסק "המוסד" במחקר מודיעיני. אתר האינטרנט של "המוסד" מציג את תפקידיו הבאים: בשנת 2004 המליצה "הוועדה לחקירת מערך המודיעין בעקבות המלחמה בעיראק", אשר הוקמה במסגרת ועדת החוץ והביטחון של הכנסת, לשנות את יעדיו של המוסד מגוף שעיקר עיסוקו בסיכול ריגול, לגוף אשר יוביל את המחקר המודיעיני בישראל בתחום המדיני-אסטרטגי (כולל מודיעין טכנולוגי), לצד מאמצי איסוף ומחקר גם לצורכי סיכול. "המוסד" הוא הגוף העיקרי בקהילת המודיעין הישראלית העוסק בהפעלת סוכנים מחוץ לגבולות ישראל, אך בתקופות שונות הופעלו סוכנים גם על ידי גופי מודיעין נוספים: אגף המודיעין בצה"ל (אמ"ן) – הפעיל את הרשת במצרים שנחשפה בפרשת העסק הביש, ולאחר מכן את אלי כהן. הפעלתו של כהן הועברה למוסד חודשים ספורים לפני תפיסתו, כחלק מהפסקת הפעילות של אמ"ן בנושאים אלו. עם זאת, אמ"ן עדיין מפעיל סוכני ביון מקרב אוכלוסיות שנמצאות בשטחים שבשליטת ישראל. לדוגמה, התושבים בדרום לבנון בעת שישראל שהתה שם באמצעות יחידה 504. שירות הביטחון הכללי (השב"כ) – פעל במהלך מלחמת לבנון הראשונה נגד ארגוני הטרור הלבנוניים, ובראשם חזבאללה. הלק"מ – הלשכה לקשרי מדע במשרד ראש הממשלה, הייתה אחראית על איסוף מודיעין טכנולוגי ומדעי. ידועה בעיקר בעקבות הפעלתה את ג'ונתן פולארד. נתיב – גוף מודיעין שהיה אחראי על מתן סיוע והגנה ליהודי ברית המועצות. מבנה המוסד המוסד מחולק לאגפים המורכבים מיחידות ומחטיבות. מלבד האגפים המנהלתיים מרוכזת רוב העבודה באגפים המבצעיים. בתקופת כהונתו של מאיר דגן נערכה רפורמה בארגון המוסד והוא חולק לשתי מנהלות. המנהלה המבצעית שכוללת את כל האגפים והיחידות המבצעיות (קיסריה, נביעות, צומת, תבל, אגף המודיעין ויחידות טכנולוגיות), ומנהלת המטה בה כלולות היחידות שעוסקות בתכנון, משאבי אנוש, לוגיסטיקה ועוד. האגפים המבצעיים במוסד הם: יחידות מיוחדות כידון – על פי דיווחים בעיתון הבריטי דיילי טלגרף, יחידה זו, שבסיסה בנגב, מונה כ-40 לוחמים ולוחמות, דוברי שפות זרות, המתמחים בשיטות הריגה שונות, ואחראים לפעולות הריגת אויביה של מדינת ישראל במדינות חוץ. לפי ספרם של דן רביב ויוסי מלמן "מלחמות הצללים" (Spies Against Armageddon), לוחמי היחידה מילאו "תפקיד נועז" במבצע לתקיפת הכור הגרעיני בסוריה. יחידות ואגפי עבר יחידת צלצל – יחידה שנועדה לסכל טרור באמצעים כלכליים ופעלה לחיסול התשתיות הפיננסיות של ארגוני הטרור. בראש היחידה עמד ד"ר אודי לוי. ליברטאד – הקרן לחדשנות טכנולוגית ליברטאד היא קרן הון סיכון לחדשנות טכנולוגית של "המוסד", שהוקמה ביוני 2017 להשקעה בחברות סטארט-אפ אזרחיות שלהן טכנולוגיה רלוונטית למוסד. מתקני המוסד מיקום מתקני המוסד, ובהם המטה הראשי, היה חסוי במשך שנים רבות, כמו גם זהות מפקדיו ואנשיו. לפי פרסומים בעיתונות שכן בעבר מטה המוסד בבית הדר דפנה בשדרות שאול המלך בתל אביב, והועבר משם לאזור מחלף גלילות, סמוך למחנות גלילות. סמל המוסד סמל המוסד, אותו עיצב שלמה כהן-אברבנאל, הוא מנורת בית המקדש כפי שהיא מופיעה בשער טיטוס, וסיסמתו – ”באין תחבולות יפול עם, ותשועה ברוב יועץ” (ספר משלי, פרק י"א, פסוק י"ד). פסוק תנ"כי נוסף הנקשר למוסד, והיה ססמתו בעבר: ”כי בתחבולות תעשה לך מלחמה” (ספר משלי, פרק כ"ד, פסוק ו'). היסטוריה הפעילות בקום המדינה ובשנות ה-50 וה-60 של המאה ה-20 ב־13 בדצמבר 1949 הטיל ראש הממשלה דוד בן-גוריון על ראובן שילוח, יועץ לתפקידים מיוחדים במשרד החוץ ובעברו איש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, להקים את "המוסד לריכוז ותיאום פעולות המודיעין" ולעמוד בראשו, אולם בשנה הראשונה לקיומו שימש המוסד כגוף לתאום בין שירותי המודיעין והביטחון בישראל והיה חסר סמכויות ביצועיות לאיסוף מודיעין מחוץ לארץ. רק ב-8 בפברואר 1951 החליט בן-גוריון על הפיכת המוסד לרשות עצמאית לביון בעלת סמכויות לאיסוף מודיעין מחוץ לישראל, אשר בראשה עמד חיים יערי. יערי היה כפוף לראובן שילוח. ב־2 במרץ 1951 הנחה בן-גוריון את שילוח להקים במסגרת המוסד גוף מרכזי שיאחד את כל פעילות המודיעין בחו"ל. הנחיה זו היא ראשיתה של יחידת האיסוף של "המוסד". כמו כן, ביוני 1948 הוקם "שירות מודיעין חיצוני" בתור המחלקה במשרד החוץ, בראשותו מינה בן-גוריון את בוריס גוריאל ומטרתו הוגדרה כ"איסוף ידיעות בחו"ל הקשורות בביטחון ישראל". אחד מעובדיו הכפופים לו היה אשר בן נתן. הארגון פורק ב-1951 וסמכויותיו הועברו למוסד. בספטמבר 1952, התפטר שילוח מתפקידו והציע לדוד בן-גוריון למנות את איסר הראל במקומו. הראל כיהן בתפקיד זה עד להתפטרותו ב-1963. בנוסף לתפקידו כראש המוסד, המשיך הראל להיות האחראי כלפי ראש הממשלה על פעולותיו של השב"כ, כאשר ראש השב"כ כפוף להנחיותיו. בכפל תפקידים זה זכה איסר לתואר "הממונה על שירותי הביטחון" וכדי להדגיש היררכיה זו נקרא אז המוסד בשם "המוסד המרכזי למודיעין וביטחון". בשנים הראשונות משרדיו שכנו בארבעה בתים בשרונה. קרנו של "המוסד" עלתה בעולם כאשר העביר למערב את נאומו הסודי של ניקיטה חרושצ'וב, שנישא ב־24 בפברואר 1956 בוועידה ה־20 של המפלגה הקומוניסטית הסובייטית, ובו הוקיע את פשעי סטלין (אף כי לא המוסד הוא שהשיג את תוכן הנאום; ראו להלן). הייתה זו תפנית חדה במדיניותה של ברית המועצות, כאשר מנהיג המדינה הודה בפשעיו של סטלין ולאחר עשרות שנות תעמולה התנער מן הסטליניזם. על אף שפרטי הנאום היו ידועים בצורה כללית, ראו גורמים במערב חשיבות עליונה בהשגת נוסחו המדויק של הנאום, אך מאמצי ארגוני מודיעין בעולם להשיג את הנאום נכשלו. הנאום במלואו הועבר על ידי העיתונאי ויקטור גרייבסקי לאנשי השב"כ בשגרירות ישראל בוורשה, ומשם הועבר לישראל. העברת הנאום ל־CIA העלתה את קרנו של המוסד בעיני שירותי הביון הזרים, והביאה להכרה העולמית כי המדובר בארגון חשאי המשתווה ואף עולה ביכולותיו על ארגונים ותיקים ומנוסים ממנו. בשנים 1956–1962 פעל המוסד באמצעות סוכניו להעלאת יהדות צפון-אפריקה במדינות: מרוקו, תוניסיה ואלג'יריה. שליחי המוסד פעלו במקביל להקמתם של ארגוני "המסגרת", שפעלו לאימון צעירים וצעירות מקרב הקהילות היהודיות ככוח המגן של הקהילות. באותן השנים קיבלו מרוקו ותוניסיה את עצמאותן משלטון המנדט הצרפתי, ובאלג'יריה, שהייתה חלק מהטריטוריה הצרפתית מעבר לים, התחוללה מלחמת העצמאות עקובה מדם נגד שלטון צרפת. לאור המצב הגאו-פוליטי החדש בצפון אפריקה ראה ראש הממשלה דוד בן-גוריון חשיבות ראשונה במעלה בהעלאתן של קהילות ישראל אלו לארץ, ובד בבד אספקת אנשים, אמצעים, ידע והדרכה להגנה על אותן קהילות, שחיו בליבן של אוכלוסיות מוסלמיות עוינות. המשימה הוטלה על המוסד. שליחי המוסד בצפון אפריקה היו לרוב יוצאי "ההגנה" וצה"ל בעלי ניסיון קרבי עשיר. הקמת ארגוני "המסגרת" כללה: מיון וגיוס צעירים ציוֹנים מקרב הקהילות, אימונם בנשק ובלוחמה עירונית, הסלקת אמצעי לחימה ואמצעי קשר, העברת תשדורות בצפנים ועוד. להישג של המוסד נחשבת גם פרשת יוסל'ה שוחמכר, שהסעירה את הארץ בראשית שנות ה-60. שוחמכר נחטף בינואר 1960 על ידי סבו החרדי, נחמן שטרקס, מידי הוריו החילונים, הוברח לארצות הברית כדי לגדלו כחרדי וכל החיפושים אחריו עלו בתוהו. הפרשה הביאה לקיטוב ולאיבה רבה בין דתיים וחילונים (זכורה "קריאת הקרב" שנקראה אחר חרדים בעוברם ברחוב – "איפה יוסל'ה"). הפרשייה צברה תאוצה עד כדי כך שראש הממשלה הטיל על "המוסד" לאתר את יוסל'ה. "המוסד" הצליח במשימה, וביולי 1962 גילו סוכניו את הילד בשכונה חרדית בניו יורק. הילד שב לחיק הוריו, אירוע שזכה לתגובה נלהבת של דעת הקהל בישראל. הישג נוסף בעל חשיבות היסטורית הוא גילוי מקום המסתור של אדולף אייכמן, ראש המחלקה היהודית בגסטפו, איש הביצוע בארגון השמדת יהודי אירופה על ידי הנאצים. אייכמן הצליח להימלט ולהיעלם בתום מלחמת העולם השנייה למשך חמש עשרה שנה. הוא התגלה על ידי המוסד בארגנטינה ונלכד בפעולה מורכבת, בפיקודו האישי בשטח של הראל, ב־11 במאי 1960. אייכמן הובא לישראל ב־21 במאי 1960 כדי לעמוד לדין במשפט אייכמן הפומבי ההיסטורי, שבו נדון למוות, והוצא להורג בתלייה ב־31 במאי 1962. מאמצים דומים שהשקיע המוסד באיתור יוזף מנגלה, המכוּנה "מלאך המוות", הרופא ממחנה ההשמדה אושוויץ, עלו בתוהו, ומקום הימצאו בברזיל התפרסם רק לאחר מותו. בחודש יולי 1962 התפרסמה ידיעה על ניסוי טילים שנערך במצרים, ובמצעד של יום מהפכת הקצינים החופשיים ב־23 ביולי הוסעו טילים על גוררות. המצרים טענו כי אלו טילים מייצור עצמי מצרי וכי הטווח שלהם הוא עד "דרומה לביירות". המוסד החל לחקור את עניין היכולת המצרית בתחום הטילים והנשק הלא קונבנציונלי, וטען כי יש ממש בידיעות בדבר פיתוחו של נשק כזה. במקביל החלה להתחולל שורת אירועים: אחד המדענים הגרמנים במצרים נעלם, ואל כמה מן האחרים הגיעו מעטפות נפץ. שני שליחי המוסד, יוסף בן גל, ואדם בשם אוטו יוקליק, שבתחילה היה אחד מן המדענים אך חזר בו, ניסו להשפיע על בתו של אחד המדענים הגרמנים במצרים כי תשכנע את אביה להסתלק ממצרים. שני הסוכנים נעצרו בשווייץ, נשפטו ונדונו לעונשי מאסר קלים, אך משפטם הפנה את תשומת הלב אל המדענים הגרמנים במצרים ולמסע המתנהל נגדם על ידי "המוסד" (מבצע "דמוקלס"). ראש הממשלה בן-גוריון לא קיבל את הערכת "המוסד" כי ישנה סכנה ממשית של פיתוח מערכות נשק מתקדמות במצרים, והתבסס בכך על דו"ח של אמ"ן. איסר הראל טען כי דו"ח זה היה דו"ח מוזמן, שמטרתו לתמוך בעמדת בן-גוריון. הוויכוח בין הראל לבן-גוריון עורר סערה ציבורית בישראל. ב־1 באפריל 1963 התפטר איסר הראל מתפקידו כממונה על שירותי הביטחון. על פי פרסומים נבעה התפטרותו מהתנגדותו להוראה שקיבל מבן-גוריון לחדול מן הפעילות נגד המדענים הגרמנים במצרים. בראייה היסטורית התברר כי עמדתו של דוד בן-גוריון, שהתבססה על דו"ח אמ"ן, הייתה הנכונה, ולא זו של איסר הראל והמוסד: טילים בליסטיים מייצור עצמי לא נמצאו בידי מצרים בשתי המלחמות שהתחוללו לאחר מכן בינה לבין מדינת ישראל, מלחמת ששת הימים בשנת 1967 ומלחמת יום הכיפורים ב־1973. שני מרגלים ידועים של המוסד שפעלו בארצות ערב בתחילת שנות השישים היו אלי כהן, שהיה בדמשק מינואר 1962 ועד לכידתו בידי הסורים בינואר 1965 והמרגל וולפגנג לוץ שהיה בקהיר ונלכד אף הוא בתקופה זאת. (שניהם התחילו את שליחותם כאנשי אמ"ן, אך ההפעלה של מרגלים עברה לידי המוסד). הריגתו של הרברט צוקורס הנאצי, רוצח יהודי לטביה, באורוגוואי ב-1965, מיוחסת למוסד. בשנות ה-70 של המאה ה-20 עד סוף שנות השישים נשען המוסד על יחידה 8200 במעקב אחר התקשורת בין אנשי הפח"ע וקשריהם עם תשתיות לסיוע מבצעי שהקימו בארצות שונות. צבי זמיר קבע שההיענות לבקשות המוסד לא תאמה את צרכיו המבצעיים והחליט להקים במוסד יחידה שהתמחתה בתחום הטכנולוגי – "פרודות", שתעניק מענה לוגיסטי בזמן אמת לצרכים המבצעיים. אמ"ן לא ראה בעין יפה את השינוי המוצע ולא שיתף פעולה. במקביל להקמת "פרודות" הוקמה במוסד פונקציה לתקשורת אלחוטית עם סוכני המוסד, שפעלה במקביל ליחידה 220 של אמ"ן, במטרה להתגבר על עיכובים בהגעת תשדירים מסוכנים מתריעים. בסוף שנות ה-60 ותחילת שנות ה-70 ניסה המוסד לפתור את הבעיה הפלסטינית על ידי טרנספר מרצון לפרגוואי. התוכנית נגנזה לאחר שכמה פלסטינים מעזה שהיגרו בשיטה זו ביצעו פיגוע בשגרירות הישראלית בפרגוואי. פעילותו הידועה ביותר של המוסד בשנות ה-70 של המאה ה-20 הייתה מבצע זעם האל, שמטרתו הייתה להרוג את חברי ארגון הטרור "ספטמבר השחור", שהיו אחראים במישרין או בעקיפין לטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן ב-1972. המבצע נמשך עד סוף שנות ה-70, אז חוסל עלי חסן סלאמה, ראש הארגון. לצד ההצלחות בהריגת המחבלים בלט הכישלון של פרשת לילהאמר שבה הרג המוסד בטעות ערבי שזוהה בטעות כסלאמה. בתחילת שנות ה-70 סיפק המוסד מידע רב על התעצמותן הצבאית של מצרים וסוריה, והתריע על כוונתן לצאת למלחמה נגד ישראל. המידע התבסס על מקורות אחדים, שבה בלט את הסוכן המצרי אשרף מרואן, שמסר מידע רב ערך למוסד בשנים 1970–1998. מרואן התריע על מתקפה מצרית סורית כ-24 שעות לפני פרוץ מלחמת יום הכיפורים. מאמצע שנות ה-70 פעל "המוסד" בלבנון לשם הידוק הקשרים בין הנוצרים במדינה זו ובין ישראל. בארצות הברית, המוסד עזר לסוכנויות ה-FBI וה-CIA להילחם בטרור. בשנות ה-90 של המאה ה-20 איתר המוסד פעיל חזבאללה שניסה לרכוש חומרים להכנת מטעני חבלה. סוכנויות המודיעין של ארצות הברית עקבו אחריו בניסיון לאתר עוד מחברי הרשת, ולבסוף עצרו אותו. עיתון הלוס אנג'לס טיימס ציטט בכיר אמריקאי שאמר כי באוגוסט 2001 קיבלו סוכנויות הביון האמריקאיות התרעה מהמוסד ש-200 מחבלים, המקושרים לאל-קאעידה שבאפגניסטן, הסתננו לארצות הברית ומתכננים "מתקפה גדולה" בקרוב. כעבור כחודש, אירעו פיגועי 11 בספטמבר שבהם נרצחו אלפי אזרחים, כאשר מחבלים מאל-קאעידה ריסקו מטוסי נוסעים על מגדלי התאומים והפנטגון. ידיעה זו שימשה בסיס לתאוריית קשר על פיגועי 11 בספטמבר שנפוצה בעיקר בקרב מדינות מוסלמיות המאשימה את המוסד במעורבות בפיגועים. 2002–2010 ב-2002 עם מינויו של מאיר דגן לתפקיד ראש המוסד, הבליט המוסד בפעילותו את ההתמודדות עם סוגיית התחמשותן של מדינות האזור בנשק בלתי קונבנציונלי. במסגרת זו, התמקד המוסד בסיכול תוכניות הגרעין של איראן ושל סוריה באמצעות פעילות מבצעית רחבה.בשנים אלו התמודד המוסד גם עם פעילות חבלנית עוינת (פח"ע) נגד יעדים יהודיים וישראליים ברחבי העולם, ובפרט עם איומים מצד איראן וארגון חזבאללה. בהיבט הארגוני, ביצע דגן שינויים במבנה המוסד כדי להתאימו ליעדים המבצעיים שקבע, פעל ליצירת שילוביות בין דיסציפלינות שונות בתוך המוסד, והגדיל באופן ניכר את היקפו של הארגון. לפי ספרם של דן רביב ויוסי מלמן "מלחמות הצללים" (Spies Against Armageddon), לוחמי המוסד מילאו "תפקיד נועז" במבצע לתקיפת הכור הגרעיני בסוריה, ובפרט בהשגת המודיעין שאפשר את תקיפת הכור והשמדתו. חלק נכבד בפעילות המוסד בתקופה זו הוקדש לסיכול תוכנית הגרעין האיראנית. על פי העיתונות, פעולותיו של המוסד תחת מאיר דגן נחלו הצלחה וגרמו לעיכובים משמעותיים בתוכנית האיראנית, ודגן עצמו העריך שלאיראן לא יהיה נשק גרעיני לפני 2015.‏ בתקופה זו גם המוסד הטה שכם אף הוא למלחמה בטרור ותחת כהונתו של מאיר דגן יוחסה לו הריגת בכירי טרור בחו"ל, בכלל זה הריגת עימאד מורנייה, המפקד הצבאי של חזבאללה. בשלהי כהונתו, בינואר 2010, חוסל בדובאי בכיר חמאס מחמוד אל-מבחוח. הפעולה, אשר מיוחסת למוסד לפי פרסומים זרים, השיגה את יעדה המבצעי, אך עוררה משבר דיפלומטי ותהודה בינלאומית נרחבת לאחר שמשטרת דובאי פרסמה תיעוד מפורט של חברי חוליית החיסול. חקירת המשטרה המקומית חשפה את תנועותיהם של חברי החוליה, את המצלמות שתיעדו אותם ואת השימוש בדרכונים זרים מזויפים. חשיפת המבצע הדגישה את האתגרים החדשים שהציבו מערכות האבטחה הדיגיטליות, זיהוי הפנים וזרימת המידע הטכנולוגית בפני עולם הביון החשאי, והובילה לשינוי בדרכי הפעולה המבצעיות של הארגון בהמשך. 2010–2016 ב-2011, עם כניסתו של תמיר פרדו לתפקיד ראש המוסד, המשיך המוסד לפעול במרבית הערוצים שהתווה קודמו, מאיר דגן, כאשר תוכנית הגרעין האיראנית נותרה היעד המרכזי של המוסד. עם זאת, בניגוד לתקופת דגן, על פי פרסומים זרים נרשם בעידן פרדו רק חיסול אחד של מדען גרעין איראני. מיעוט החיסולים נבע מהערכה מבצעית כי האמצעי מיצה את עצמו, לאחר שבשנים קודמות חוסלו חמישה מדענים ומדען נוסף נפצע בפעולות המיוחסות למוסד. למרות זאת, המוסד המשיך לנסות לפעול נגד יעדים מרכזיים, ובראשם מוחסן פחריזאדה, ראש תוכנית הגרעין הצבאית ("קבוצת הנשק") של איראן, אשר ירד למחתרת לאחר שמשטרו סירב לאפשר לסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית (סבא"א) לחקור אותו. בתקופה זו התחזק שיתוף הפעולה ההדוק עם ארגוני ביון זרים, פעילות המובלת על ידי אגף "תבל" של המוסד. במסגרת זו הידקה ישראל את קשריה הביטחוניים עם מצרים וירדן. ראשי המוסד קיימו מפגשים עם עמיתיהם במדינות האזור על רקע אינטרסים משותפים לבלימת התפשטותה של איראן ולסיכול התעצמותם של ארגוני טרור, בהם דאעש בסוריה, בעיראק ובחצי האי סיני, ואל-קאעידה ברמת הגולן. במקביל, שופרו באופן מתמיד הקשרים עם ה-CIA וסוכנויות ביון אמריקאיות נוספות לצורך החלפת דעות והערכות מצב, בין היתר במסגרת ביקורי עבודה של ראש ה-CIA דאז, ג'ון ברנן, בישראל. כחלק מחיזוק תפקידו של המוסד כאנליטיקאי המגיש מידע מעובד לדרג המדיני, שודרגו וחוזקו יחידות המחקר במנהלת המודיעין של המוסד. הערכות המצב של יחידות אלו החלו לקבל ביטוי משמעותי והערכה רבה בלשכת ראש הממשלה, בישיבות הקבינט המדיני-ביטחוני ובוועדת המשנה לשירותים חשאיים של הכנסת, לצד חטיבת המחקר של אמ"ן. הצורך ביחידות מחקר חזקות גבר על רקע התמורות המהירות במזרח התיכון, שכללו התפרקות של מדינות ועליית ארגונים ג'יהאדיסטיים כגון ג'בהאת א-נוסרה ודאעש בסמוך לגבולות ישראל. ארגון חזבאללה בלבנון נותר היעד השני בחשיבותו עבור המוסד לאחר איראן. המוסד ואמ"ן שיפרו את הכיסוי המודיעיני על הארגון, שנמתח מבצעית בשל מעורבותו במלחמות האזרחים בסוריה, בעיראק ובתימן, ואשר סבל באותה תקופה מוויכוחים פנימיים בצמרתו בעקבות אבדות כבדות, היחלשות במעמדו של המזכ"ל חסן נסראללה ודיווחים על שחיתות פנימית. בזירה הטכנולוגית, פרדו וסגנו נ' הובילו מהלך להצעדת המוסד לקדמת הטכנולוגיה, תוך פיתוח משמעותי בתחומי הסיגינט (מודיעין אותות) והסייבר. עם זאת, המוסד המשיך לראות במודיעין אנושי (יומינט) ובמבצעים מיוחדים את ליבת פעילותו המבצעית. ב-2017 חשף העיתון הצרפתי "לה מונד" כי בשנים 2010–2012 ניהל המוסד, בשיתוף פעולה ובידיעת DGSE, מבצע חשאי משותף בשם "רטפיה" (Ratafia). מטרת המבצע הייתה איסוף מודיעין על תוכנית הנשק הכימי של משטר בשאר אל-אסד בסוריה. במסגרת המבצע פעלו בפריז מספר סוכני מוסד תחת שמות בדויים, תחת פיקודו של ראש שלוחת המוסד בשגרירות ישראל בפריז, אשר כונה בדיווחים באותיות ד"ק. על פי הדיווח, סוכני המוסד ניצלו את המגע היומיומי עם עמיתיהם הצרפתים כדי להדק עמם קשרים אישיים מעבר לגבולות שיתוף הפעולה המקצועי, באופן שנתפס בצרפת כניסיון גיוס בשורותיהם. בעקבות גילוי האירועים התפתח משבר דיפלומטי שקט בין המדינות. שירותי הביון הצרפתיים הגישו תלונה רשמית, ובעקבותיה נאלצו ראש שלוחת המוסד בפריז ועובד נוסף בשגרירות ישראל לעזוב את המדינה, ובקשתם של שני דיפלומטים ישראלים נוספים להגיע לצרפת נדחתה. 2016–2021 ב-2016, עם כניסתו של יוסי כהן לתפקיד ראש המוסד, המוסד עבר שינוי מבני שכלל את איחוד תוכנית העבודה הרב-שנתית, הפעלת הכוח ובניין הכוח, וכן פריצת חומות הפרדה בין האגפים השונים. בשנת 2017 הקים המוסד את "ליברטאד" – קרן להשקעה בחדשנות טכנולוגית בתחומים שמעניינים את המוסד. בתחום המשאב האנושי, הורחבה פעילותה של מחלקת הגיוס במטרה לקלוט כוח אדם איכותי, תוך הגברת התמיכה ברווחת העובדים ומתן ליווי פסיכולוגי שוטף. כמו כן, הארגון שם דגש על שילוב כלל גוני האוכלוסייה בישראל בשורותיו, ובכלל זה גיוס אנשים עם מוגבלויות, חרדים, תושבי הפריפריה ובני לאומים שונים. בתקופה זו שולבה פעילות מבצעית ומדינית חשאית עם מאמצים לסיכול ריגול וטרור. בזירה המבצעית, ניהל הארגון מערכה נגד תוכנית הגרעין האיראנית. לפי פרסומים זרים, המוסד עומד מאחורי חיסולו של ראש תוכנית הגרעין האיראנית, הגנרל והמדען מוחסן פח'ריזאדה. על פי דיווחים בכלי התקשורת בטהרן, החיסול בוצע באמצעות מקלע שהותקן על גבי רכב והופעל מרחוק בלחיצת כפתור ממטה הארגון, במרחק אלפי קילומטרים מזירת האירוע. צרורות הירי חדרו את מעטפת המיגון של מכוניתו של פח'ריזאדה והביאו למותו. בנוסף לכך, אירעו שני פיצוצים במפעל הצנטריפוגות להעשרת אורניום בנתנז, אשר גרמו לנזק נרחב, להרס של אלפי צנטריפוגות ולעצירת תהליך העשרת האורניום במתקן. במקביל, הרחיב הארגון את שיתופי הפעולה שלו עם ארגוני ביון ברחבי העולם, ובראשם גופי המודיעין של ארצות הברית, לצד קשרים עם ארגונים מקבילים באירופה, באפריקה ובמזרח התיכון. במסגרת המאבק בניסיונותיהם של ארגוני טרור להצטייד באמצעי לחימה מתקדמים, יוחסו לארגון בפרסומים זרים חיסולים של שני מדענים בתוניסיה ובמלזיה, אשר עסקו בפיתוח מל"טים ומיני-צוללות. על פי הדיווחים, גורמים מטעם הארגון ביקרו במעבדותיהם של השניים כדי לאמת את עיסוקם, ולאחר מכן הם חוסלו בפיצוץ ובירי מטווח קרוב בסמטה בקואלה לומפור. בזירה המדינית, הארגון לקח חלק מרכזי ברקימת "הסכמי אברהם וסייע בביסוס קשרים אישיים ורשמיים עם הנהגותיהן של איחוד האמירויות וערב הסעודית. בפברואר 2019 פורסם בעיתון הבריטי "סאנדיי אקספרס" כי המוסד, בשיתוף פעולה עם CIA וסוכנות הביון הבריטית (MI6), ניהלו מבצע חשאי מורכב לחילוצו של מדען גרעין איראני ששימש כנכס מודיעיני עבור ישראל במשך שנים, ואף סייע בתכנון ההתנקשות במדען הגרעין מוסטפא אחמדי רושאן בטהראן ב-2012. לאחר שבשלהי 2018 עלה חשש כי זהותו של הטכנאי תיחשף והחל להתנהל אחריו מצוד מצד משמרות המהפכה, הבריח אותו המוסד מאיראן לטורקיה, שם הועבר לאחריות ה-MI6 הביון הבריטי. משם הובל המדען במסע חשאי של אלפי קילומטרים ברחבי אירופה עד שהגיע לצרפת. בשל הרגישות הדיפלומטית והעובדה שבריטניה נותרה מחויבת להסכם הגרעין עם איראן, נמנעו הסוכנויות מלהטיסו ישירות למדינה; תחת זאת, הוא הוברח לבריטניה בערב ראש השנה האזרחית באמצעות סירה שחצתה את תעלת למאנש, תוך ניצול משבר ההגירה והטמעתו במסווה בקרב קבוצת מהגרים איראנים בלתי חוקיים. מבצע חשיפת ארכיון הגרעין בשנת 2016, עם כניסתו של יוסי כהן לתפקיד ראש המוסד, הציב הארגון יעד אסטרטגי להשגת הוכחות חותכות ומפלילות לכך שאיראן מפרה את הסכם הגרעין (ה-JCPOA) וממשיכה בחשאי בתוכנית המרוץ לנשק גרעיני. בעקבות חתימת ההסכם, החליט ראש תוכנית הגרעין האיראנית, מוחסן פח'רי-זאדה, להסתיר את מסמכי הפרויקט מפני פקחי הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית (סבא"א). הארכיון הועבר למחסן תעשייתי מוזנח ורעוע בשירובאד, פרוור דרומי של טהרן, מתוך הנחה שהאתר יישאר מתחת לרדאר של ארגוני הביון המערביים. שילוב של מודיעין אנושי ומודיעין אותות אפשר למוסד להתחקות אחר תנועותיהם של אנשי המפתח ולזהות את המחסן המדויק. כדי לגבש תוכנית פריצה מדויקת, נדרש מידע מפורט בנוגע לסידורי האבטחה ומבנה הכספות. לשם כך שלח המוסד לאיראן סוכנת ישראלית בעלת תואר בהנדסה. הסוכנת שהתה בשירובאד, נטמעה באזור כשהיא בלבוש מסורתי ודוברת פרסית שוטפת, ובליווי גבר מקומי (בהתאם לקודים השמרניים במקום) חלפה על פני המחסן שוב ושוב תוך שינוי חזותה, כדי לאסוף את המודיעין הטקטי המכריע לפריצה. ב-31 בינואר 2018 יצא המבצע אל הפועל. צוות המבצע, שמנה 24 סוכנים, הגיע למחסן באזור התעשייה עם חלון זמנים קשיח של שש שעות וחצי, לפני הגעת משמרת הבוקר של המאבטחים האיראנים. בשעה 22:31 נטרלה חוליית האלקטרוניקה את מערכות האזעקה של המתקן, וחוליית הפריצה הכניעה את דלתות הברזל הכבדות של המחסן. עם הכניסה התברר כי במהלך היממה האחרונה שונה סידור הפריטים במבנה וחלקם הוזזו ממקומם דבר שאיים להכשיל חודשים של תכנון מדוקדק. לאחר התייעצות דחופה עם מטה המוסד בתל אביב, הוחלט להמשיך במשימה תוך התבססות על ההיכרות המעמיקה של הסוכנים עם האתר. חברי החוליה השתמשו בלהביורים מיוחדים המסוגלים לייצר טמפרטורה של כ-3,600 מעלות צלזיוס כדי לנסר במהירות את דופנותיהן של שש מתוך 32 כספות הענק במקום, ושלפו את התיקים המבוקשים תוך סינון קפדני של החומרים. היעד המרכזי של המבצע היה אוסף קלסרים שחורים שהכילו את תוכניות פיתוח הפצצה, אך במהלך הסריקה גילו הסוכנים שלל בלתי צפוי: מעל ל-100 דיסקים ובהם כ-55 אלף קבצים, סרטוני וידאו ותצלומי ניסויים סודיים המתעדים את תוכנית הגרעין האיראנית. בסך הכול הצליח הצוות לנסר ולשלוף חצי טונה של חומרים רגישים. בשעה 05:00 בבוקר בדיוק, הועמס השלל על שתי משאיות שיצאו בנתיבים נפרדים לכיוון הגבול עם אזרבייג'ן. שעתיים לאחר מכן גילו האיראנים את דבר הפריצה ופתחו במרדף, אך תחת תוכנית הטעיה מורכבת של המוסד הצליחו המשאיות לחצות את הגבול בבטחה, וכלל הסוכנים שהשתתפו במבצע חולצו מאיראן ללא פגע. ב-30 באפריל 2018 חשף ראש הממשלה בנימין נתניהו את מסמכי הארכיון במסיבת עיתונאים בינלאומית מיוחדת. הממצאים הוכיחו כי איראן שיקרה לעולם בנוגע לעברה הגרעיני, והיוו בהמשך עוגן מרכזי להחלטת הממשל האמריקאי לפרוש מהסכם הגרעין. ב-30 באפריל 2018 חשף ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו כי כחלק מפעילות המוסד לסיכול חשיפת תוכנית הנשק הגרעיני של איראן, במסגרת פעילותו נגד תוכנית הגרעין הצליח המוסד להעביר לישראל את ארכיון התוכנית לפיתוח הנשק הגרעיני של איראן. סוכני מוסד פרצו לארכיון סודי בטהראן והבריח את תכולתו, למעלה מ-100,000 מסמכים וקובצי מחשב, לישראל. לפי תחקיר בניו יורק טיימס, בפעולה השתתפו כעשרים סוכני מוסד. בפעולה זו השיגה ישראל מסמכי וקובצי ארכיון סודי איראני המוכיחים שאיראן פעלה לפיתוח נשק גרעיני. במבצע חשיפת ארכיון הגרעין השתתפו עשרות לוחמי מוסד ישראלים ומספר חד-ספרתי קטן של סוכנים איראנים. 2021–2026 ביוני 2021, עם כניסתו של דוד ברנע לתפקיד ראש המוסד, הוא הוביל רפורמה ארגונית מקיפה שנועדה להתאים את משימות הליבה של הארגון לשינויים הטכנולוגיים ולאתגרים הגאופוליטיים והביטחוניים של מדינת ישראל. במסגרת הרפורמה עוצבו מחדש היכולות המבצעיות של הארגון; בין היתר, פוצל אגף צומת לשלוש יחידות נפרדות, והורחב נפח הפעילות המבוסס על סוכנים זרים למימוש משימות בעומק שטח האויב. לצד זאת, חוזקו אגפי הטכנולוגיה, הדיגיטל והסייבר, והועמקו שיתופי הפעולה עם גופי הביטחון ועם התעשיות הביטחוניות בישראל. כחלק מהשינויים המבצעיים, הוביל ברנע לראשונה גם את הקמתו של אגף השפעה, שנועד לפתח יכולות תודעה ולוחמה פסיכולוגית לסיכול איומים מצד איראן וחזבאללה. מהלכים אלו, ששינו את המבנה הארגוני המסורתי של המוסד, עוררו חילוקי דעות פנימיים והובילו לעזיבתם של מספר בכירים בארגון, בהם ראש אגף קיסריה וסגנו, וכן ראשי האגפים צומת, טכנולוגיה, ופח״ע. התקרית באגם מאג'ורה במאי 2023 במהלך התהפכות סירה באגם מאג'ורה באיטליה נהרג איש המוסד מ'. על פי הדיווחים בתקשורת האיטלקית, האסון התרחש במהלך פגישה שתוארה כמפגש של אנשי ארגוני ביון מישראל ואיטליה. במהלך התקרית נהרגו גם שני אנשי ביון איטלקים ואזרחית רוסיה. במאי 2024 המודיעין האיטלקי AISE אישר לראשונה בגלוי כי אסון טביעת הספינה באגם מאג'ורה, התרחש במהלך "פעילות מבצעית רגישה". באפריל 2026 במהלך דברים שנשא בטקס יום הזיכרון במטה המוסד, חשף ראש המוסד דוד ברנע כי איש מוסד מ', נפל בעת מילוי תפקידו מחוץ לישראל. ברנע ציין כי מדובר באיש מבצעים מרכזי שלקח חלק בפעילות חשאית נגד איראן, וכי תרומתו הייתה משמעותית למהלכים מבצעיים במבצע עם כלביא ומבצע שאגת הארי. טבח שבעה באוקטובר ומלחמת חרבות ברזל בעקבות טבח שבעה באוקטובר, גברו ניסיונות הפגיעה ביעדים ישראליים ויהודיים ברחבי העולם. המוסד, בשיתוף קהילות מודיעין בארץ ובעולם, פעל לסיכול עשרות פיגועים ותשתיות טרור בהכוונת איראן, חזבאללה, חמאס וגורמים נוספים, בתחום סיכול הטרור בחו"ל המצוי תחת אחריותו הבלעדית. במלחמת חרבות ברזל עסק "המוסד" במאמץ להשבת החטופים. בנוסף עסק "המוסד" בהמשך פעולות הסיכול נגד תוכנית הגרעין האיראנית ונגד התעצמות משמרות המהפכה, סיכול פיגועים נגד ישראלים ויהודים, בהתמודדות מול חזבאללה ובמתן פתרונות טכנולוגיים ללוחמים בשדה הקרב, בהם מיגון רק"ם, רובוטים ומערכות זיהוי פנים לאיתור מחבלים. מבצע הביפרים ב־17–18 בספטמבר 2024, במהלך מלחמת חרבות ברזל התפוצצו אלפי מכשירי זימונית ומכשירי ווקי טוקי של פעילי חזבאללה וגרמו לעשרות הרוגים ואלפי נפגעים בצעד שפתח הסלמה נרחבת מצד ישראל נגד ארגון הטרור, אחרי כשנה של לחימה בחזית הצפונית. ב־17–18 בספטמבר 2024, במסגרת המערכה מול חזבאללה במלחמת חרבות ברזל, הוביל המוסד את מבצע התפוצצות זימוניות חזבאללה, אשר שימש כמכת הפתיחה למערכה, במהלכו התפוצצו אלפי מכשירי זימונית ומכשירי ווקי טוקי של פעילי חזבאללה וגרמו לעשרות הרוגים ואלפי נפגעים. על כך זכה הארגון בפרס ביטחון ישראל בשנת 2024. המוסד פיתח והוציא לפועל את אירוע הפתיחה למבצע חיצי הצפון ובעקבותיו את התמרון הקרקעי בלבנון. הארגון היה שותף מרכזי במבצע סדר חדש לחיסול מזכ"ל חזבאללה חסן נסראללה, במסגרתו פעלו סוכני מוסד בביירות והטמינו מכשירים בבונקר שבו הסתתרו בכירי הארגון. על פעילות זו הוענק למוסד פרס ביטחון ישראל לשנת 2025. בטקס יום העצמאות 77 של מדינת ישראל (2025), כהוקרה ללוחמים ופעילים במוסד הודלקה "משואת אנשי הצללים" על ידי שלושה אנשי מוסד, ובהם ר', משרתת בכירה שפיקדה על מבצע התפוצצות זימוניות חזבאללה במסגרת אגף המבצעים של הארגון, ד' מוביל טכנולוגי באגף טכנולוגיה, וכן נ', קמ"ן במנהלת המודיעין. מבצע עם כלביא במסגרת מכת הפתיחה המפתיעה של מבצע עם כלביא ב-13 ביוני 2025, הפעיל המוסד לראשונה בשעת מלחמה זרוע חשאית לוחמת של סוכנים שאינם ישראלים, אשר פעלו בשיתוף פעולה ובצמוד לצה"ל. זרוע זו הוציאה לפועל מבצעי מודיעין עבור אמ"ן ומבצעים אג"מיים עבור חיל האוויר בהיקף שהביא להשפעה אסטרטגית. ב-13 ביוני 2025, כחלק ממכת הפתיחה המפתיעה של מבצע עם כלביא, הופעלה באיראן רשת סוכנים מקומיים חשאית של המוסד, שפעילותה תועדה במצלמות תרמיות והוצגה בכלי התקשורת. על פי דיווחים בתקשורת הבינלאומית, הפעילות המבצעית לא בוצעה על סוכני מוסד ישראלים, אלא על ידי צוותים של סוכנים ואזרחים איראנים, בהם מתנגדי משטר, אשר אומנו בעבר בישראל ובמדינה שלישית, חזרו לארצם והמשיכו בשגרת חייהם עד למועד הפעלתם. הייתה זו הפעם הראשונה שבה המוסד הפעיל בשעת מלחמה זרוע חשאית לוחמת של סוכנים לא ישראלים, שפעלה בתיאום זמנים קריטי ובמשולב עם תקיפות חיל האוויר וצה"ל, והוציאה לפועל מבצעים מודיעיניים ואג"מיים בהיקף שהביא להשפעה אסטרטגית. ההכנות למבצע החלו באביב 2025 בקבוצת תכנון משותפת למוסד ולחיל האוויר, שבה הוחלט כי תפקיד הצוותים יהיה לשתק רכיבים במערכי ההגנה האווירית והטילים הבליסטיים של משמרות המהפכה באזור טהרן ומערב איראן, במטרה להשיג חופש פעולה אווירי בשמי המדינה. הודעות ההפעלה נמסרו לראשי הצוותים באמצעות מערכות תקשורת חשאיות ומוצפנות, כאשר מועדי הפעילות ונקודות הציון המדויקות נמסרו להם רק סמוך לביצוע מחשש לדליפת מידע. לצורך המשימה, הבריח המוסד לאיראן במשך חודשים ארוכים ציוד אישי, נשק, אמצעי לחימה ייחודיים, טילים, רחפנים וחלקי כטב"מים חמושים בחומרי נפץ. על פי פרסומים בוול סטריט ג'ורנל, האמצעים הוברחו בחלקים קטנים ומוסלקים בתוך מזוודות, משאיות ומכליות דרך ערוצים מסחריים, ונאספו בשטח על ידי סוכנים שחילקו אותם לצוותים אשר למדו להרכיבם בעת הכשרתם. עם פתיחת המבצע, התמקמו הצוותים המצומצמים עם הכטב"מים והציוד בסמוך לאתרי השיגור וההגנה האווירית האיראניים. חלק מהצוותים השביתו בהצלחה את מערכות ההגנה, בעוד צוותים אחרים שיגרו טילים ותקפו את משגרי הטילים ועשרות משאיות ששימשו להובלתם. במקביל, הופעלו סוכנים נוספים למשימות מקבילות, ובהן סיוע לחיל האוויר הישראלי בפעולת סיכול ממוקד נגד כל צמרת חיל האוויר והחלל של משמרות המהפכה. מבצע שאגת הארי על פי תחקיר של רשת CNN שפורסם ב-5 ביוני 2026, במהלך מבצע שאגת הארי, לקח המוסד חלק מרכזי בהקמה ובהפעלה של רשת בסיסים ואתרים חשאיים במדינות שונות במזרח התיכון ובפריפריה של איראן, בהן אזרבייג'ן, איחוד האמירויות, עיראק וסומלילנד. המוסד בשיתוף פעולה עם יחידות קומנדו של צה"ל מתוך מספר מיקומים חשאיים בדרום אזרבייג'ן, סמוך לגבול הצפוני של איראן. על פי פרסומים זרים, המוצבים הקדמיים הללו מוקמו במרחק של כ-96 קילומטרים בלבד מהעיר האיראנית תבריז. הבסיסים הפכו לפלטפורמות מבצעיות לאיסוף מודיעין עמוק ולהפעלת כטב"מים (כלי טיס בלתי מאוישים) בשטח איראן. במסגרת הפעילות המודיעינית והמבצעית שיצאה מאזרבייג'ן בתחילת המלחמה, חוסל רחמן מוקדם, ראש חטיבת המבצעים המיוחדים של משמרות המהפכה, אשר היה אחראי על גיוס והפעלת רשתות טרור ואיסוף מודיעין נגד אישים ויעדים ישראליים ומערביים בעולם. בעקבות פרסום התחקיר, משרד החוץ של אזרבייג'ן ושגרירות המדינה בישראל דחו בתוקף את הטענות, הגדירו אותן כ"משוללות כל יסוד" והדגישו כי אזרבייג'ן לא אפשרה ומצייתת לעיקרון שלא לאפשר למדינה שלישית להשתמש בשטחה לפעילות צבאית או מודיעינית נגד מדינות אחרות. לפי דיווחים זרים, במבצע שאגת הארי, סוכני מוסד ביצעו את חבלות פיזיות במתקני הקשר של משמרות המהפכה, וסימנו בלייזר מטרות עבור טילי השיוט הישראליים. באפריל 2026 דווח בוול סטריט ג'ורנל כי המוסד מנהל מערכה חשאית חובקת עולם לסיכול מאמצי משמרות המהפכה לשקם את תשתיות הייצור הביטחוניות באיראן. על פי הדיווח, הפעילות התמקדה במניעת רכש של טכנולוגיות, חומרי גלם ומכונות שנועדו לשקם פסי ייצור שהושמדו על ידי צה"ל וצבא ארצות הברית במסגרת המבצעים עם כלביא ושאגת הארי. פעילות הניבה פירות מבצעיים במסגרת מערכה חשאית. באפריל 2026 סיכל המוסד תשתית טרור באזרבייג'ן שפעלה בהכוונה איראנית. התשתית תכננה לפגוע ביעדים אסטרטגיים ויהודיים, בהם צינור הנפט באקו-טביליסי-ג'ייהאן, שגרירות ישראל, בית הכנסת בבאקו ובכירי הקהילה היהודית במדינה. מבצע חתול במגפיים בסוף 2024 החלל המוסד, בהנחייתו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, ב"מבצע חתול במגפיים" - תוכנית להפלת המשטר האיראני ומינויו של מחמוד אחמדינז'אד לראש המדינה. המבצע כלל מבצעי השפעה באיראן שנועדו לערער את המשטר, חימוש ואימון של הכורדים בעיראק על מנת שיפלשו לאיראן. ראש המוסד דוד ברנע אף נפגש עם אחמדינז'אד בבודפשט. בתחילת מבצע שאגת הארי הרג חיל האוויר הישראלי את השומרים שאכפו את מעצר הבית של אחמדינז'אד, אך מבצע חתול במגפיים נכשל - המשטר לא הוחלף והכורדים לא פלשו לאיראן. 2026 – הווה עם כניסתו של רומן גופמן לתפקיד ראש המוסד ביוני 2026, הוא החל בהובלת שורה של רפורמות מבניות ותהליכי בחינה מחדש של דפוסי הפעולה בארגון. הוא פעל להטמעת מודל הנהוג בצה"ל בעיתות חירום, לפיו לצד ראשי האגפים ובעלי התפקידים הבכירים ממונים בעלי תפקידים לשעבר המוגדרים כ"צל"- יועצים ומלווים בעלי ניסיון מצטבר הפועלים תחת נושאי התפקיד הנוכחיים ומסייעים להם בניהול השוטף. במסגרת הרחבת תחומי האחריות האופרטיביים של הארגון, ועל רקע התפתחויות מדיניות שכללו את ביקורו של נשיא סומלילנד בישראל ביוני 2026, הופקד המוסד על ידי המטה לביטחון לאומי על הובלת תוכנית להגירה חופשית מרצועת עזה ויישומה. במסגרתה אושרה הקצאת תקציב ייעודי למוסד לצורך קידום וניהול מהלך זה. פעולות מפורסמות של המוסד מטבע הדברים, רוב פעילותו של המוסד חשאית, אבל עם פעולותיו שזכו לפרסום רשמי או לאישוש ברור נמנות: מבצע ברן – חטיפתו של קצין צה"ל אלכסנדר ישראל ממדינה במערב אירופה, שם הציע לרגל עבור מצרים (1954). ישראל, שהורדם לאחר החטיפה, מת במהלך הטסתו לישראל, וגופתו הושלכה לים התיכון. חשיפת "הנאום הסודי" של ניקיטה חרושצ'וב (1956) שבו הוא מוקיע את פשעי סטלין. העלאת יהודים ממרוקו לישראל בשנים 1956–1964, באמצעות פעילות ארגוני "המסגרת". חטיפת אדולף אייכמן, מבכירי המשטר הנאצי בגרמניה, מארגנטינה והבאתו למשפט בישראל (1960). פרשת יוסל'ה שוחמכר – יוסל'ה שוחמכר, שהופקד על ידי הוריו אצל סבו החרדי בגלל מצבם הכלכלי, שסירב להחזירו להוריו, בשל אורח חייהם החילוני. יוסל'ה הוחבא בישראל ולאחר מכן הוברח אל מחוץ לישראל, עד שאותר על ידי המוסד והוחזר להוריו (1962). סיוע למורדים המלוכנים התימנים, שנלחמו נגד צבא מצרים בתקופת מלחמת האזרחים בתימן (1964–1966; ראו גם מבצע רוטב). הריגת פושע המלחמה הלטבי הרברטס צוקורס באורוגוואי (1965). מעורבות בהריגת מנהיג האופוזיציה המרוקאי מהדי בן ברכה (1965). מעורבותו של המוסד בפרשה זו גרמה לסערה פוליטית בישראל. פעולה חשאית בצרפת, שבמהלכה נהרג איש המוסד ניסים בנימין (1965). מבצע יהלום – הבאת מטוס המיג 21 העיראקי עם הטייס העריק מוניר רדפא לישראל (1966). תפיסת חוליית אנשי המוסד במערב גרמניה לאחר שפרצו לביתה של סופי מילר, רעייתו של היינריך מילר, מפקד הגסטפו. מבצע זעם האל להריגתם של האחראים לטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן (1972–1973). מבצע אביב נעורים – סיוע לכוחות צה"ל (סיירת מטכ"ל, שייטת 13 וגדוד 50) לאתר ולחסל מחבלים בכירים באש"ף בלב ביירות (1973). מבצע צרבת – סיכול הפלת מטוס אל על בקניה (1976) על ידי חמישה מחבלים מארגון החזית העממית לשחרור פלסטין ותאי המהפכה, באמצעות שני טילי כתף מסוג סטרלה. השגת מידע והפעלת קשרים בקניה שאיפשרו לבצע את מבצע אנטבה (1976). הריגת בכיר החזית העממית ודיע חדאד באמצעות רעל ביולוגי בגרמניה המזרחית (1978). הריגתו של עלי חסן סלאמה (הנסיך האדום) בחוצות ביירות בזמן שחזר מאירוע משפחתי, בעזרת מכונית תופת בשלט רחוק שנצמדה למכוניתו (1979). חטיפת מרדכי ואנונו ברומא (1986). הכנת התשתית בחילוץ יהודי אתיופיה (מבצע משה ומבצע שלמה). מבצעים חשאיים לחילוץ יהודי סוריה ויהודי תימן. מבצע הצגת תכלית להריגתו של אבו ג'יהאד (ח'ליל אל-וזיר) בעיר תוניס בירת תוניסיה יחד עם לוחמי סיירת מטכ"ל ושייטת 13 (1988). הריגת בכיר אש"ף עאטף בסיסו, שהיה מעורב בטבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן, בפריז (1992). מותם של שני סוכני המוסד בתאונת דרכים בווינה בעת מעקב אחר ד"ר מג'יד עבאספור, סגן שר ההגנה איראני ואיש הקשר של נחום מנבר (1993). הריגת מנהיג הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני פתחי שקאקי במלטה (1995) מבצע כורש, בו התבצע ניסיון התנקשות כושל בראש הלשכה המדינית של חמאס, ח'אלד משעל בעמאן (1997). תפיסת סוכני מוסד במהלך פעילות מבצעית בשווייץ (1998), פעולה שבה ניסו להתקין מכשירי ציתות לדירתו של עבדאללה זֵיין, מגייס הכספים של חזבאללה באירופה, בקפריסין (1998) ובניו זילנד (2004), פעולה שבה ניסו להשיג דרכון ניו זילנדי. חשיפת תוכנית הנשק הגרעיני של איראן – השגת מסמכי תוכנית הגרעין האיראנית ותוכניות שלה לפיתוח נשק גרעיני אשר נשמרו במחסן סודי בטהראן. סוכני המוסד הצליחו לפרוץ למקום, ולקחו עימם חומר מודיעיני רב במשקל כחצי טון בדפוס ובמדיה דיגיטלית (2018). הבאת ציוד רפואי הכולל מכונות הנשמה, מסכות וציוד מיגון נוסף בעקבות התפרצות מגפת הקורונה (2020). פעולות במלחמת חרבות ברזל: ההתנקשות באסמאעיל הנייה – ב-31 ביולי 2024, במהלך מלחמת חרבות ברזל סוכנים שהמוסד גייס מיחידת אבטחת האישים האיראנית, אנסאר אל-מהדי, פוצצו שלושה מטעני חבלה בחדרים שונים בבית הארחה של משמרות המהפכה, שבו התארח יושב ראש הלשכה המדינית של חמאס אסמאעיל הנייה לאחר שהשתתף בטקס השבעת נשיא איראן מסעוד פזשכיאן. הפיצוץ הרג את הנייה ואחד משומריו. התפוצצות זימוניות חזבאללה – ב־17–18 בספטמבר 2024, במהלך מלחמת חרבות ברזל התפוצצו אלפי מכשירי זימונית ומכשירי ווקי טוקי של פעילי חזבאללה וגרמו לעשרות הרוגים ואלפי נפגעים בצעד שפתח הסלמה נרחבת מצד ישראל נגד ארגון הטרור, אחרי כשנה של לחימה בחזית הצפונית. מבצע סדר חדש – ב-27 בספטמבר 2024 תקף חיל האוויר את הבונקר בו שהו מזכ"ל חזבאללה, חסן נסראללה, ושורת בכירים נוספים, לרבות מפקד החזית הדרומית עלי כרכי, וחיסל אותם. המבצע התאפשר הודות לפעילות מודיעינית שביצעו סוכני מוסד בלב ביירות, לרבות הטמנת מכשירים בתוך הבונקר החשאי בו הסתתרו בכירי הארגון. השתתפות במתקפת הפתע במבצע עם כלביא ב-13 ביוני 2025 – הברחה ושיגור כטב"מי נפץ מתוך שטח איראן עצמה כנגד מערכות הגנה אווריות איראניות וביצוע התנקשויות נגד הצמרת הצבאית של צבא איראן. חלק מהפעולות הללו בוצעו באמצעות עשרות סוכנים זרים שהפעיל המוסד בשטחה של איראן. ב-20 באפריל 2026 הודיע המוסד על סיכולה של תשתית טרור באזרבייג'ן שפעלה בהכוונה איראנית. התשתית תכננה לפגוע ביעדים אסטרטגיים ויהודיים, בהם צינור הנפט BTC (באקו-טביליסי-ג'ייהאן), שגרירות ישראל, בית הכנסת בבאקו ובכירי הקהילה היהודית במדינה. פעולות המיוחסות למוסד הפעולות הבאות מיוחסות למוסד, אף על פי שישראל נמנעה מלתת לכך אישור רשמי (ולעיתים אף הכחישה מעורבות) ואין לכך הוכחות: הריגת המהנדס ג'רלד בול אשר פיתח תותח על בהזמנת סדאם חוסיין (1990) הריגת מזכ"ל החזבאללה עבאס מוסאווי (ביחד עם צה"ל) בלבנון (1992) הריגת בכיר החמאס עז א-דין שייח' ח'ליל בדמשק (2004) הריגת בכיר הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני מחמוד אל-מג'זוב בצידון (2006) הריגת בכיר חזבאללה עימאד מורנייה בדמשק (2008) הריגת מנהלו של ראש הלשכה המדינית של חמאס ח'אלד משעל, הישאם פאיז אבו ליבדה בסוריה (2008) הריגת בכיר החמאס מחמוד אל-מבחוח בדובאי (2010) הריגת מדעני הגרעין האיראניים מג'יד שהריארי, מסעוד עלי מוחמדי ודריוש רזא'אי ופציעתו הקשה של מדען גרעין איראני בטהראן בשנים 2010 ו-2011 הריגת כמאל רנאג'ה (ניזאר אבו מוג'האד), בכיר בחמאס ויורשו של אל-מבחוח. רנאג'ה חוסל בדמשק ב-27 ביוני 2012 הריגת חסאן א-לקיס, בכיר החזבאללה בלבנון, ב-3 בדצמבר 2013 פעילות נגד תוכנית הגרעין האיראנית: שורה של חיסולים, פיצוצים ומבצעי חבלה במתקני הגרעין ובסיסי הטילים של איראן (חלק מהם יוחסו למוסד), בהם גם נהרג בכיר במשמרות המהפכה האסלאמית, חסן טהראני מוקדם, שהיה מייסד ומנהל תוכנית הטילים האיראנית הריגת בכיר חזבאללה מוסטפא בדר א-דין בדמשק ב-12 במאי 2016. בצה"ל טענו כי א-דין נרצח על ידי עמיתיו לארגון, ואילו בחזבאללה טענו כי נהרג בידי מורדים סונים בסוריה. הריגת מוחמד א-זווארי, מהנדס חמאס בתוניסיה, ב-16 בדצמבר 2016. א-זווארי עזר לחמאס לפתח ולהפעיל כלי טיס בלתי מאוישים ונורה למוות בתוניסיה. החמאס האשים את המוסד בהריגתו. הריגת פאדי אל-בטש, בוגר אוניברסיטה בעזה, אחראי רכש אמצעי לחימה ומהנדס של החמאס במלזיה, ב-21 באפריל 2018. הריגת שני אנשי משמרות המהפכה האיראניים בלוב. 4 באוגוסט 2018: הריגת מדען סורי בכיר, ד"ר עזיז אסבר, שעבד במכון מחקר לפיתוח נשק כימי וטילים ופיקח על מחסני נשק של איראן וחזבאללה בסוריה. משטר אסד וחזבאללה האשימו בהריגתו את המוסד. לפי הניו יורק טיימס, ב-7 באוגוסט 2020 הרג "המוסד" בטהראן, לבקשת ארצות הברית, את הטרוריסט עבדאללה אחמד עבדאללה המכונה אבו מוחמד אל-מסרי, מספר 2 באל-קאעדה ואחד מהטרוריסטים המבוקשים ביותר על ידי ה-FBI. ב-27 בנובמבר 2020 נהרג ביריות הגנרל מוחסן פח'רי-זאדה, ראש תוכנית הגרעין האיראנית ומדען בכיר שעסק בפיתוח נשק גרעיני, בעיירה ליד טהראן. איראן האשימה את המוסד הישראלי בהריגתו ואיימה בנקמה. ב-22 במאי 2022 נהרג ביריות בטהראן חסן סיאד ח'דאיי, קולונל בכוח קודס של משמרות המהפכה האסלאמית שתכנן פיגועים וחטיפת ישראלים בחו"ל. איראן האשימה את "המוסד" בהריגתו. באפריל 2024 נהרג בטהראן ראמין יקטהפראסט פעיל משמרות המהפכה שהיה מעורב בתכנון פיגועים נגד מוסדות יהודיים וישראליים בגרמניה. ב-2024 "מבצע חתול במגפיים" להפלת המשטר באיראן והכתרת מחמוד אחמדינג'אד. אמ"ן, חטיבת המחקר,המל"ל ובכירים בממשל האמריקאי העריכו כי התוכנית אינה ישימה והתנגדו לה נחרצות, אך נתניהו וראש המוסד דוד ברנע המשיכו לקדמה. התוכנית כללה פגישות חשאיות בין אחמדינג'אד לראש המוסד דוד ברנע, לצד ניסיונות לערעור השלטון באמצעות כוחות אופוזיציה כורדיים. המבצע נכשל לאחר שהכוחות הכורדיים לא פתחו בפלישה, קבוצות מיעוט נוספות לא התקוממו, והמשטר האיראני נותר על כנו. חלק מהפעולות הנ"ל מתוארות בהרחבה בספרם של מיכאל בר-זהר ונסים משעל, המוסד: המבצעים הגדולים, ועל כך כותבים המחברים במבוא לספר: המוניטין של "המוסד" הביא לעיתים לייחוס יכולות מפתיעות לאנשיו. בשנת 2010, בעקבות תקיפות הכרישים בשארם א-שייח', אמר מושל מחוז דרום סיני שאין לפסול את האפשרות שהמוסד שיגר את הכריש, כדי לתקוף תיירים המבלים באזור. בשנת 2011 הוחזק נשר שעף מכיוון ישראל ונחת בערב הסעודית בידי כוחות הביטחון הסעודיים בחשד שמכשיר הניווט הלווייני שהוצמד לרגלו הוא מכשיר ריגול של המוסד (למעשה מכשיר הניווט הוצמד אל הנשר במסגרת מעקב אחרי התקדמות תוכנית שיקום אוכלוסיית הנשרים בישראל בחי בר כרמל). בשנת 2013 הועלו בטורקיה חשדות דומים כלפי בז שטובע בישראל. העיתון וושינגטון פוסט ניסה להסביר את תפוצת תאוריות הקשר האלה לגבי "המוסד" בכך ש"המבצעים החשאיים האמיתיים של ישראל הם פנטסטיים כמעט כמו הפנטזיות האלה." יהודה גיל היה קצין איסוף של המוסד, שהיה אחראי על מקור מודיעיני סורי. בשנת 1997 נעצר והועמד לדין על עבירות של ריגול וגנבה בידי עובד ציבור, באשמה שבמהלך שנות ה-90 העביר מידע כוזב ושלשל לכיסו את הכסף שהועבר אליו לשם הפעלת הסוכן. חלק מהידיעות שהעביר, בשנת 1996, גרמו לבהלה מחשש שסוריה תתקוף את ישראל, ואף להיערכות מיוחדת של צה"ל בגבול הצפון. גיל הורשע ונידון ל-5 שנות מאסר. ישראלי-אוסטרלי בשם בן זיגייר התגייס למוסד בתחילת שנות ה-2000. נטען שזיגייר עבד בחברת קש של המוסד שמכרה ציוד אלקטרוני לאיראן. ב-2010 נחשד בעבירות ביטחון, נכלא בכלא איילון תחת זהות בדויה שסיפק המוסד, וב-15 בדצמבר נמצא תלוי בתאו. כאשר התפוצצה הפרשה בפברואר 2013, זומנה ועדת העורכים לפגישה עם ראש המוסד תמיר פרדו לצורך בקרת נזקים. בשנה שלאחר מכן פורסם כי איש מוסד נוסף ("האסיר X2", שדבר קיומו נחשף בעקבות פרשת זיגייר) מוחזק בכלא במשך כעשור, לאחר שהורשע בבגידה. ביולי 2012, המליצה המשטרה להעמיד לדין את אחד מראשי האגפים במוסד בחשד לאי סדרים כספיים ומנהליים. הבכיר הכחיש את החשדות נגדו אך הוצא לחופשה כפויה על ידי ראש המוסד, תמיר פרדו, עד להחלטה סופית בעניינו. באוגוסט 2021 פורסם כי בכיר במוסד מעל בכספי הארגון, ואולץ לפרוש. באפריל 2026 חשף העיתון ההולנדי "דה טלגרף" כי סוכן המוסד לשעבר, "ג'ונתן מור", פעל בהולנד במשך כ-15 שנה תחת כיסוי של מנהל מלון. מור פעל כ"תושב" והשתמש בתשתיתו האזרחית לסיוע לוגיסטי ומודיעיני במבצעי המוסד לשיבוש פרויקט הגרעין האיראני על אדמת אירופה. גיוס המיונים למוסד עומדים בתקן מחמיר ונשמרים תחת מעטה סודיות קפדני. מרבית הגיוסים לארגון נעשים באופן עצמאי על ידי אנשיו. לחלק מן התפקידים ישנם תנאי סף, כגון השכלה אקדמית, ידיעת שפה זרה, ניסיון צבאי או תעסוקתי מסוים ועוד. תהליך המיונים נמשך בין 4–6 חודשים ומרגע הקבלה לארגון – כשנה נוספת של הכשרה המתבצעת בארץ ובחו"ל. המיונים כוללים בין השאר סימולציות המדמות איומים מבצעיים, מפגשים למטרת התקלות בסיטואציות הכרוכות בלבטים וסיכונים ממשיים עד כדי הרף הפלילי ובחינת ההתמודדות בהן, ומבחני אישיות אשר בודקים היבטים פסיכולוגיים ותכונות אופי הנדרשות לתפקיד, כגון; אמינות ויושרה, כישורים חברתיים שונים, יכולת הסתגלות, אישיות יציבה הנוהגת בקור רוח ומכילה חרדות וכעסים, יצירתיות, יכולת משחק ועוד. כחלק מהמיונים, הנבחנים אינם מקבלים בשום שלב הערכה לגבי טיב תפקודם, מתוך כוונה לבחון כיצד הם מתמודדים במצב של חוסר ודאות ממושך. התהליך חסוי לכל אורכו, ועל הנבחן חל איסור לשתף בעצם קיומו ופרטיו אף את סביבתו הקרובה ביותר, כאשר במקביל למיונים, מתבצע תחקיר מקיף, המוודא את מהימנות המועמד, ניקיון כפיו והיעדר נקודות תורפה. במסגרת התחקיר, נבדקת ההיסטוריה התעסוקתית והפיננסית של המועמד, בני משפחתו ומקורביו עוברים תשאול ולעיתים נעשה שימוש גם בבדיקת פוליגרף.[דרוש מקור] המוסד פרסם בצעד יוצא דופן, ערב יום העצמאות ה-68 של מדינת ישראל, מודעת כתב סתרים לגיוס עובדים לזרוע הסייבר. במודעה שבה מופיע הלוגו של הארגון מצוינים צירופים, חסרי משמעות לכאורה, של אותיות ומספרים שכמה מהם מודגשים. אולם התברר כי מדובר במודעת גיוס באמצעות כתב חידה סודי. יותר מ-25 אלף אנשים נענו לאתגר שהציב המוסד במודעת הדרושים הייחודית וניסו לפתור את כתב החידה שבמודעה. הרוב נשרו בדרך, אך עשרות הצליחו וגויסו לשירות. בראיון ל"ליידי גלובס" ב-2012 סיפרו לוחמות המוסד על גיוס גברים ונשים למוסד, מבחני המיון, עבודתן במוסד לצד הקמת משפחה, היחס בין זמן ההכנה לפעולות ובין הפעולות עצמן, העבודה בצוותים, האינטליגנציה הרגשית הנדרשת מהן, אופי הפעילות, הימנעות מתהילה ומאומניפוטנטיות, ושיחות עם אויבים. פרס ביטחון ישראל פעמים רבות היו צוותים של "המוסד" שותפים לזכייה בפרס ביטחון ישראל: ראשי המוסד כמחצית מראשי המוסד צמחו בתוכו, והיתר הם אלופים שפרשו מצה"ל והתמנו לראשות המוסד. מינוי ראש המוסד למודיעין ותפקידים מיוחדים נעשה על ידי ראש הממשלה באופן אישי, ללא צורך באישור הממשלה או גוף פיקוח אחר (בניגוד לראש המטה הכללי או ראש השב"כ). המינוי נבדק על ידי הוועדה המייעצת למינוי בכירים בשירות המדינה. ראש המוסד מתמנה לתקופה של חמש שנים וראש הממשלה רשאי להאריך את כהונתו בשנה נוספת ללא תנאים כלשהם. עד שנת 1996 היה שמו של ראש המוסד חסוי. המוסד טען באותם ימים כי החשאיות מאפשרת לראש המוסד לנוע בעולם באופן חופשי. בעקבות ביקורת ציבורית החליטה הממשלה לחשוף את שמו של ראש המוסד עם כניסת דני יתום לתפקיד. סגן ראש המוסד סגן ראש המוסד הוא בעל התפקיד השני בדרגתו בהמוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ומשמש כממלא מקומו של ראש המוסד בעת הצורך. בעבר נשא התפקיד את השם "המשנה לראש המוסד", ולעיתים כיהנו בו שני בעלי תפקיד במקביל. סגן ראש המוסד אחראי על מנהלת המבצעים של הארגון וממלא תפקיד מרכזי בניהול פעילותו המבצעית. מינויו לתפקיד נעשה בידי ראש המוסד וטעון את אישורו של ראש הממשלה. המוסד בספרות, בקולנוע ובטלוויזיה בעקבות המבצעים המיוחדים שלו ופעולותיו המתוחכמות והנועזות, המוסד זוכה להילה של ארגון חשאי נועז ומתוחכם בעל יכולות פנטסטיות בישראל וברחבי העולם. כך, למשל, בסרטים הוליוודיים רבים, המוסד מוזכר בנשימה אחת עם סוכנויות ביון משפיעות בעולם, כגון SIS הבריטית (ידועה כ-MI6), ק.ג.ב. הסובייטית, או CIA האמריקנית, ולעיתים אף מוצג בעל יכולות גבוהות משל אלו. להלן רשימה (חלקית) של דוגמאות לכך: סרטי קולנוע הסרט מינכן של סטיבן ספילברג עוסק במבצע זעם האל והריגת מחבלי ספטמבר השחור, ומנסה להציג את הדילמות מאחורי ההתנקשויות. הסרט זכה לביקורות מעורבות ואמנון ליפקין-שחק, שהיה מעורב במבצע אביב נעורים ואחר כך כיהן כרמטכ"ל, אמר שהסרט מציג את סוכני המוסד כחובבנים, אף על פי שמדובר בלוחמים מקצוענים ומיומנים ביותר שביצעו עבודה חלקה ויעילה בהריגת המחבלים המעורבים בטבח הספורטאים במינכן. הסרט "כידון" בבימויו של עמנואל נקש (2013) מבוסס על פרשת הריגתו של מחמוד אל-מבחוח. הסרט הישראלי "ללכת על המים". הסרט "החוב" משנת 2007, בבימויו של אסף ברנשטיין, והרימייק שלו, "החוב" (2011). הסרט הישראלי "המוסד" – סרט קומדיה שיצא לאקרנים בישראל ביוני 2019 ומהווה פרודיה על ארגון המוסד. הסרט הישראלי "מבצע חמניה". הסרט "מבצע פינאלה" בהפקת נטפליקס, מתאר את מאמצי המודיעין הישראלי בלכידת קצין האס אס אדולף אייכמן. הסרט "אתר הצלילה בים האדום" משנת 2019, הסרט מתאר פעילות המוסד בסודאן להעלאת יהודי אתיופיה מסודאן לישראל. בסרט השוד האמריקאי "האיש שבפנים" מוזכר המוסד כהתלוצצות בין שני בני ערובה. בסרט האמריקאי "הספירה לאחור: ירושלים", נעזרים סוכני ה-FBI במוסד. סדרות טלוויזיה מיני סדרה ישראלית, "רשימת חיסול", שיצר אלון בן דוד ברשת 13, 2019, עוסקת בחמישה סיפורי חיסול של "המוסד" וגופי הביון של מדינת ישראל. המוסד מופיע בסדרת הטלוויזיה NCIS ומהווה חלק חשוב בעלילה. העונה השלישית עוסקת בסוכן כפול בשם ארי המופעל על ידי המוסד והחמאס. כמו כן, לצוות של גיבס מצטרפת סוכנת המוסד זיווה דוד, בתו של ראש המוסד אלי דוד. בהתחלה היא משמשת כקצינת קישור של המוסד המסייעת ל-NCIS אך בסוף העונה השביעית היא עוזבת את המוסד ומצטרפת ל-NCIS. זיווה דוד היא אחת הדמויות הראשיות של הסדרה ומשמשת כחלק קבוע מהצוות של גיבס. היא מתוארת כלוחמת מיומנת ביותר. בסדרה מופיעים סוכני מוסד נוספים: מייקל ריבקין, המחסל חוליית טרור ערבית בארצות הברית, ואלי דוד, ראש המוסד ואביה של זיווה. בעונה השמינית מוקדש פרק כפול לביקורו של ראש המוסד ב-NCIS. המוסד מהווה חלק מרכזי בעלילת העונה השנייה של הדרמה "תא גורדין". סדרת הטלוויזיה "המדרשה" עוסקת בקורס ההכשרה לכאורה של סוכני המוסד. סדרת הריגול הבריטית "ספוקס". הסדרה האמריקאית "הרשימה השחורה" הסוכנת נוואבי הגיעה מהמוסד כסוכנת FBI כפרופילית בסדרה האמריקאית - בריטית "מכת המחץ" מופיעה דמות אורח בתפקיד סוכנת מוסד, שמשיגה לא פעם את הסוכנים של הסוכנות הבריטית. בסדרה האמריקאית "פרשיות סמויות" לעיתים מופיע סוכן מוסד, שמסייע לסוכנת ה-CIA אנני ווקר ומחלץ אותה כשאין אף אחד אחר שיכול לעזור לה. המיני סדרה "אלי", גם היא בהפקת נטפליקס, המבוסס על סיפור הכשרתו, פעילותו ותפיסתו של המרגל המפורסם ביותר של הארגון (על אף שבמציאות חלק גדול מתקופת פעילותו הייתה תחת חיל המודיעין בצה"ל), אלי כהן. סדרת הטלוויזיה "טהרן", ששודרה ב"כאן 11" בשנת 2020, עוסקת בסוכנת של "המוסד" שנשלחה למשימה בטהראן. ספרי מתח וריגול ספריו של מישקה בן-דוד: "דואט בביירות", "מפגש בברלין", "ביקור אחרון במוסקבה" ו"תחנה סופית אלג'יר" וספריו של אילן מורדוף הרומן של חיים באר, "חלומותיהם החדשים", עוסק באיש "המוסד" בדימוס, המתכנן את כתיבת הרומן הראשון שלו, ובדרך לכך מעלה זכרונות משירותו ב"מוסד", ואף מנצל את הקשרים שטווה בתקופה זו. ספרו של ג'ון לה קארה, "המתופפת הקטנה", הוא מותחן ריגול שיצא לאור בשנת 1983, ומתאר את המצוד שמנהלים סוכני "המוסד" אחר מחבלי אש"ף באירופה. הספר עובד לסרט בשם זהה. הספר "המתנדב"; ביוגרפיה של סוכן מוסד נכתב על ידי מייקל רוס וג'ונתן קיין. הספר מספר את סיפורו של מייקל רוס, צעיר שעלה מקנדה התגייס לנחל והתחתן עם בת קיבוץ בצפון ועל ההתנדבות שלו למוסד; על תהליך הגיוס ועל המבצעים שהשתתף בהם. סדרת ספריו של דניאל סילבה, העוסקת באיש המוסד גבריאל אלון ודמויות נוספות. סדרת הספרים "שליחות חשאית" של דנה אלעזר-הלוי שעוסקת בחבורת ילדים המגויסים למוסד ופועלים ברחבי העולם. סדרת הספרים "מרגל להשכרה" מאת יונה ספיר – הסדרה מתמקדת בעיקר בסוכן על, בשם אייל גלבוע על משימותיו בשירות המוסד ולאחריו. ספר המתח שירת הברבור מאת טל בר מתאר את סוכן המוסד דניאל גורדון. ספר המתח טפליין מאת ל. יפתח מתאר את של סוכן המוסד נתן, לוחם יחידת כידון של אגף המבצעים "קיסריה". רומן הריגול משחק הדממה מאת ערן בן עמי מתאר את סיפורם ינאי לוין, מפקד צוות לוחמים בשייטת 13, ומאיר הררי, ראש המוסד. לקריאה נוספת גד שמרון, המוסד והמיתוס, ירושלים: הוצאת כתר, 1996 יוסי מלמן ודן רביב, תל אביב: מרגלים לא מושלמים, הוצאת מעריב, 1990; ספר חדש ומעודכן: יוסי מלמן, מרגלים לא מושלמים: המבצעים הגדולים של המוסד הישראלי, פרשות הריגול והתקלות שהדהימו את העולם, הוצאת תכלת, 2020 אפרים הלוי, אדם בצל, הוצאת מטר, 2006 רונן ברגמן, נקודת האל חזור, הוצאת כנרת זמורה ביתן, 2007 רונן ברגמן, מדינת ישראל תעשה הכל, הוצאת כנרת זמורה ביתן, 2009 יוסי מלמן ואיתן הבר, המרגלים, תל אביב: הוצאת ידיעות אחרונות וספרי חמד, 2002 תומאס גורדון, מרגלי גדעון, הוצאת אור-עם, 1999 מייקל רוס, המתנדב, ביוגרפיה של סוכן מוסד, (תרגום מאנגלית: עמירה שגב), תל אביב: הוצאת משכל, תשס"ח-2007 דני יתום, "שותף סוד: מסיירת מטכ"ל ועד המוסד", ידיעות ספרים, 2009 צבי זמיר, בעיניים פקוחות: ראש המוסד מתריע: האם ישראל מקשיבה?, בהוצאת כנרת זמורה-ביתן דביר, 2011 יועז הנדל ויעקב כץ, ישראל נגד איראן, מלחמת הצללים, בהוצאת כנרת זמורה-ביתן, 2011 מיכאל בר-זהר ונסים משעל, המוסד: המבצעים הגדולים, הוצאת ידיעות אחרונות וספרי חמד, תל אביב 2010 יוסי מלמן ודן רביב, מלחמות הצללים: המוסד וקהילת המודיעין, הוצאת ידיעות ספרים, 2012 משה זונדר, סיירת מטכ"ל, כתר ספרים, 2000 אהרון קליין, איש המבצעים, סיפורו של מייק הררי, מפקד היחידה המבצעית של המוסד, כתר ספרים, 2014 כלילה מגן, חשופים בעלטה: המוסד, השב"כ והתקשורת הישראלית. הוצאת ידיעות ספרים, 2017 מישקה בן דוד, "דואט בביירות", "מפגש בברלין", "אהבה אסורה בפטרבורג", "תחנה סופית אלג'יר", "ביקור אחרון במוסקבה" רונן ברגמן, Rise and Kill First, הוצאת רנדום האוס, 2018 אפרים לפיד, לוחמי הסתר - המודיעין הישראלי מבט מבפנים, ידיעות ספרים, 2017, עמ' 131–180 ראובן מרחב, מקום במרחב – כשהאדם נפגש עם נתיבות ההיסטוריה, ידיעות ספרים, 2022 ניסים משעל ומיכאל בר-זהר, לוחמות המוסד, ידיעות ספרים, 2021 אורי רוסט, שי רז, מלשכה למוסד, 2025 מיכאל בר-זהר וניסים משעל, המוסד - מלחמת המוחות, ידיעות ספרים, 2026 קישורים חיצוניים אתר האינטרנט הרשמי של המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים (בעברית ובאנגלית) המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית פייסבוק המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית X (טוויטר) המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית אינסטגרם המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, ברשת החברתית LinkedIn אתר המ.ל.מ. - המרכז למורשת המודיעין, להנצחת חללי קהילת המודיעין יוסי מלמן, את מי נחסל הבוקר, באתר הארץ, 18 בפברואר 2005 נדב שרגאי, מכירת חיסול, באתר ישראל היום, 5 בפברואר 2010 ניר מן, האנטנה ששירתה את המוסד בראשית ימיו הופכת לאנדרטה לימים אחרים, באתר הארץ, 26 באוגוסט 2010 ערן אלדר, דמיון חופשי: הספר שמפרק את מיתוס המוסד, באתר nrg‏, 9 באוגוסט 2012 אריק בנדר, אנשי המוסד המצטיינים: "יותר טובים מ'סקייפול'", באתר nrg‏, 13 בדצמבר 2012 אלון בן דוד, מבעד לצללים: האם המוסד מוריד פרופיל?, באתר nana10‏, 14 ביוני 2013; במקור, כתבה מתוך "שישי", חדשות 10 יוסי מלמן ודן רביב, פרסום בלעדי: המתנקשים; פרק מספרם החדש של יוסי מלמן ודן רביב על מלחמות הצללים של המוסד הישראלי, אתר "israeli life usa",‏ 18 בספטמבר 2012 מאיר דגן, 'המוסד': החזון והמציאות (עמ' 20–21) ושמעון אביבי, רשות מרכזית למודיעין בחוץ לארץ - הקמת 'המוסד' (עמ' 36–41), בספר: עמוס גלבוע ואפרים לפיד (עורכים), מלאכת מחשבת - 60 שנות מודיעין ישראלי - מבט מבפנים, ידיעות ספרים, 2008 יובל מלחי, פרק 189: יעלי – לוחמת המוסד, באתר "קטעים בהיסטוריה", 9 במאי 2017 בעקבות פרסום המחקר על מאמצי המוסד במרדף אחר פושעים נאצים: יוסי חן (חיניץ), המרדף אחרי פושעי מלחמה נאציים: היערכות המטה: "עמל", "מסר" ו"עמל-מסר", פרסום מחלקת היסטוריה של המוסד באתר יד ושם, 2007 יוסי חן (חיניץ), נשיאים ורוח וגשם אין: בעקבות פושעי מלחמה נאציים שלא באו על עונשם, פרסום מחלקת היסטוריה של המוסד באתר יד ושם, 2007 יוסי חן (חיניץ), חיפוש המחט בערימת השחת: בעקבות "רופא המוות" מאושוויץ - יוזף מנגלה, פרסום מחלקת היסטוריה של המוסד באתר יד ושם, 2007 יוסי מלמן, ‏מראש הגסטפו ועד מנגלה: כך כשל המוסד במרדף אחר בכירים נאצים, באתר מעריב אונליין, 25 באפריל 2023 תכניות ההתנקשות הדרמטיות והתקלות שבדרך: הנאצים שנמלטו מהמוסד, באתר מעריב אונליין, 6 בספטמבר 2017 - כתבת המשך סער הס, רשימת החיסול נחשפת: הנאצים שחמקו מהמוסד, באתר ynet, 9 בספטמבר 2017 עופר אדרת, פושעים נאציים בשירות המוסד, באתר הארץ, 24 במאי 2023 אמיר שואן, אמירה לם, לוחמות הצללים, באתר ידיעות אחרונות, 13 בדצמבר 2017 יוסי מלמן, ‏לסרט על המבצע באיראן יקראו "כהן והנועזים", באתר מעריב אונליין, 5 במאי 2018 יגאל בן-נון, "איש לח"י שארגן קורס ראשון לאנשי שירות הביטחון המרוקני", האומה (הגיליון החדש), גיליון 221, פברואר 2021, עמודים 43–49 המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, באתר אנציקלופדיה בריטניקה (באנגלית) בראש של המוסד - מי יכול להיות לוחם מוסד?, בערוץ כאן 11, דצמבר 2020 אופק רימר, מגלים טפח, מגלים טפחיים: הזדמנויות וסיכונים בחשיפות המודיעין של ישראל, עדכן אסטרטגי, כרך 23, גיליון 4, המכון למחקרי ביטחון לאומי, אוקטובר 2020, עמודים 95–100. אמיר אורן, על החיפוש של ראשי המוסד לדורותיהם אחר תהילה אישית, מגזין ליברל, 07.07.2021 70 שנה למוסד - גיליון מיוחד א', מבט מל"מ 85, דצמבר 2019 70 שנה למוסד - גיליון מיוחד ב', מבט מל"מ 86, אפריל 2020 "הברית הסיגינטית" בין המוסד ל-8200, מודיעין - הלכה ומעשה, גיליון 7: שילוביות ושיתופי פעולה בקהילת המודיעין בישראל, נובמבר 2021, עמודים 32–35 א', ‏"מסמכים מספרים" את ההיבטים הארגוניים: עוד זווית ראייה על "המוסד" בראשית הדרך, מבט מל"מ 93, פברואר 2023, עמ' 55 אפרים לפיד, הצצה מבצעית מוסמכת ל"מוסד" של פעם, ביקורת על ספר של אורי רוסט, IsraelDefense, ‏20 במאי 2025 עודד בר-מאיר, בניגוד לכללי הסודיות והעמימות, כנס מדיה, זמן קיבוץ, 5 באוגוסט 2025 יוסי מלמן ודן רביב, "לגיון הזרים" של המוסד, באתר העין השביעית, 16 בספטמבר 2025 (הכתבה המקורית, באתר פרופבליקה) עמי רוחקס דומבה, אדריכל הריגול: מאיר דגן והמוסד בעידן הטרור, IsraelDefense, ‏3 בדצמבר 2025 ישראל, המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, דף שער בספרייה הלאומית הערות שוליים