LOI n° 2007-289 du 5 mars 2007 portant modifications du code de justice militaire et du code de la défense
         La prévision dès le temps de paix d'une justice militaire pour le temps de guerre répond à la nécessité d'éviter toute improvisation génératrice de désordres à l'occasion d'une crise nationale grave résultant d'une guerre étrangère ou d'un événement intérieur.
En temps de paix, les tribunaux de droit commun sont compétents sous réserve de quelques particularités procédurales comme l'avis du ministre de la défense préalable à toute décision de poursuite du procureur. En cas de guerre, aux termes de l'article 699 du code de procédure pénale, les tribunaux des forces armées du temps de guerre sont immédiatement rétablis. Selon les dispositions des articles 699-1 et 700 du code de procédure pénale, les tribunaux des forces armées peuvent aussi être établis par décret en Conseil des ministres, dans les cas de mobilisation, d'état de siège ou d'état d'urgence déclaré. Ces cas limitativement énumérés entraînent la mise en œuvre des dispositions du temps de guerre prévues par le code de justice militaire.
L'article 84 de la loi n° 2004-1343 du 9 décembre 2004 de simplification du droit a, dans les conditions prévues par l'article 38 de la Constitution, autorisé le Gouvernement à procéder par ordonnance à la refonte du code de justice militaire.
Conformément aux prescriptions du législateur, l'ordonnance n° 2006-637 du 1er juin 2006 portant refonte du code de justice militaire (partie législative) a été publiée le 2 juin 2006. Ce texte clarifie un code de justice militaire qui était devenu, à la suite de plusieurs réformes, peu lisible et obsolète.
La refonte a respecté la forme du code de justice militaire, qui comprend, après un titre préliminaire rappelant que la justice militaire est rendue en tous temps sous le contrôle de la Cour de cassation, quatre livres :
I. - Organisation et compétence de la justice militaire.
II. - Procédure pénale militaire.
III. - Des peines applicables par les juridictions des forces armées et des infractions d'ordre militaire.
IV. - Des prévôtés et des tribunaux prévôtaux.
Cette refonte s'est faite à droit constant, sous la seule réserve des modifications qui seraient rendues nécessaires pour assurer la cohérence rédactionnelle des textes et harmoniser l'état du droit.
L'article 1er ratifie l'ordonnance du 1er juin 2006 portant refonte du code de justice militaire (partie législative) et modifiant le code de la défense et le code de justice militaire.
L'article 2 du projet de loi de ratification de l'ordonnance précitée contient plusieurs modifications qui n'avaient pu être faites dans le cadre de l'habilitation législative.
Le 1° de l'article 2 modifie le 1° de l'article L. 1 du code de justice militaire. Cette disposition qui concerne le tribunal aux armées, qui est compétent pour juger en temps de paix les infractions commises par des militaires hors du territoire de la République, tient compte de la modification contenue dans le 6° de l'article 2 qui adapte à cette juridiction spécialisée les nouvelles dispositions du code de procédure pénale concernant la procédure d'appel en matière criminelle. Cette adaptation, qui avait été omise dans la loi du 15 juin 2000, impose une modification de l'article L. 221-2. Le 1° de l'article L. 1 mentionne donc expressément que l'appel sera examiné par la juridiction d'appel compétente en faisant application en matière criminelle des dispositions du deuxième alinéa de l'article L. 221-2.
Le 2° de l'article 2 modifie l'article L. 111-9 du code de justice militaire. Cette disposition du temps de paix concerne la composition de la chambre de l'instruction de la cour d'appel en cas d'appel contre une ordonnance rendue par le juge d'instruction du tribunal aux armées de Paris. Elle prévoit que les fonctions du ministère public sont assurées par le procureur de la République près le tribunal aux armées, celles du greffe par un greffier du même tribunal. La modification harmonise cette disposition avec les règles du droit commun, le ministère public près de la chambre de l'instruction étant assuré par le procureur général près la cour d'appel ou l'un de ses substituts ou avocats généraux et celle du greffe par un greffier de la cour d'appel.
Le 3° de l'article 2 est relatif à la qualité d'officier de police judiciaire des gendarmes affectés dans les prévôtés. L'actuel article L. 211-3 donne de plein droit la qualité d'officiers de police judiciaire des forces armées à tous les gendarmes affectés dans les prévôtés, y compris ceux qui n'ont pas la qualité d'officier de police judiciaire en métropole. Dans le cadre de la modernisation de la prévôté, et afin d'assurer une meilleure qualité dans l'établissement des procédures, l'article 3 propose une nouvelle rédaction du 1° de l'article 211-3 en réservant, comme en métropole, la qualité d'officiers de police judiciaire des forces armées au seuls officiers et gradés de la gendarmerie ainsi qu'aux gendarmes qui ont été désignés comme officiers de police judiciaire en application de l'article 16 du code de procédure pénale.
Le 4° de l'article 2 est une disposition d'harmonisation avec le droit commun. Il insère à la suite de l'article L. 212-11 les dispositions des articles 56-2 et 56-3 du code de procédure pénale issues de la loi du 4 janvier 1993 concernant les modalités de certaines perquisitions. Les perquisitions dans les locaux d'une entreprise de presse ou de communication audiovisuelle ne peuvent être effectuées que par un magistrat qui veille à ce que les investigations conduites ne portent pas atteinte au libre exercice de la profession de journaliste et ne constituent pas un obstacle ou n'entraînent pas un retard injustifiés à la diffusion de l'information. L'alinéa suivant prévoit que les perquisitions dans le cabinet d'un médecin, d'un notaire, d'un avoué ou d'un huissier sont effectuées par un magistrat et en présence de la personne responsable de l'organisation professionnelle ou de l'ordre auquel appartient l'intéressé ou son représentant.
Le 5° de l'article 2 est également une disposition d'harmonisation avec le droit commun. Il propose une nouvelle rédaction de l'article L. 212-75 concernant les interceptions de communications en intégrant les dispositions issues des lois des 8 février 1995 et 9 mars 2004. Selon ces dispositions aucune interception ne peut avoir lieu sur la ligne d'un député ou d'un sénateur sans que le président de l'assemblée à laquelle il appartient en soit informé par le juge d'instruction. De même aucune interception ne peut avoir lieu sur une ligne dépendant du cabinet d'un magistrat ou de son domicile sans que le premier président ou le procureur général où il réside en soit informé. S'agissant d'un militaire siégeant dans une juridiction des forces armées ou d'un magistrat de l'ordre judiciaire mobilisé en qualité d'assimilé spécial du service de la justice militaire, le premier président ou le procureur général de la Cour de cassation devra en être informé.
Le 6° de l'article 2 modifie l'article L. 221-2 en tirant les conséquences, comme il a été dit ci-dessus, de la loi du 15 juin 2000 instaurant l'appel en matière criminelle. Par dérogation au deuxième alinéa de l'article 380-1 du code de procédure pénale, la chambre criminelle de la cour de cassation pourra désigner soit une cour d'assises d'appel compétente en matière militaire, soit le même tribunal aux armées, autrement composé, pour connaître de l'appel. S'il existe un risque de divulgation d'un secret de la défense nationale, l'appel est porté devant le tribunal aux armées autrement composé. 
Les 7° et 12° de l'article 2 rectifient des erreurs matérielles dans le visa de textes. Le 7° modifie ainsi le deuxième alinéa de l'article L. 221-4 relatif au tribunal aux armées siégeant en matière criminelle. Cet alinéa renvoie aux dispositions de droit commun s'il n'y a pas de risque de divulgation du secret de la défense nationale, mais vise à tort l'article 305-1 du code de procédure pénale qui est totalement étranger à l'objet de l'article L. 221-4. Il est donc proposé de remplacer l'article 305-1 par l'article 305 du code de procédure pénale. Cette erreur de visa a été signalée dans le dernier rapport annuel de la Cour de cassation. D'autre part le premier alinéa de l'article L. 241-8 relatif au procès-verbal de constat d'absence du destinataire d'une convocation indique des « délais prévus à l'article L. 240-5 ». La modification vise à remplacer la référence à l'article L. 240-5, qui n'existe pas, par celle de l'article L. 241-5 qui traite effectivement du délai minimum de vingt-quatre heures pour comparaître devant le tribunal.
Les 8° à 11° ainsi que les 14°, 16 et 17° de l'article 2 tirent les conséquences du droit d'appel. En effet, l'instauration d'une voie d'appel oblige à opérer des coordinations dans l'économie d'un certain nombre d'articles du code de justice militaire dont la teneur se justifiait jusqu'à présent par l'absence de cette nouvelle voie de recours. Ainsi, comme en droit commun, le pourvoi en cassation sera toujours possible contre toute décision rendue en dernier ressort. L'article L. 231-2 est modifié dans ce sens, de même que l'article L. 222-73 qui prévoit que le président de la juridiction qui prononce la condamnation doit informer le condamné des voies de recours qu'il peut utiliser. Les articles L. 22-68, L. 251-13, L. 261-2 et L. 261-3 sont modifiés afin de mentionner l'éventualité d'un appel.
Le 13° de l'article 2 tient compte des nouvelles dispositions de la loi du 9 mars 2004 qui permettent au prévenu défaillant d'être représenté par un défenseur. L'actuel article L. 251-6 prévoit seulement, en cas de défaut du prévenu, la possibilité pour celui-ci, s'il est dans l'impossibilité absolue de déférer à la convocation, de faire proposer son excuse par ses parents ou ses amis. Il est proposé de remplacer le deuxième alinéa de l'article L. 251-6 par une disposition permettant à un défenseur de se présenter pour le prévenu défaillant. Si aucun défenseur ne se présente, les parents ou amis du prévenu pourront proposer alors son excuse.
Le 15° de l'article 2 est la disposition la plus importante du projet de loi. Elle introduit l'appel des jugements rendus par les juridictions des forces armées en temps de guerre. Le code de justice militaire ne prévoit actuellement que le pourvoi en cassation. A la suite de l'article L. 251-22, il est ainsi créé un nouvel article L. 251-23 dans une nouvelle section 4 intitulée « De l'appel des jugements rendus en temps de guerre ». Cette nouvelle disposition prévoit qu'en temps de guerre, les jugements rendus par les juridictions des forces armées peuvent faire l'objet d'un appel de la part du ministère public, du condamné et de la partie civile. Le délai d'appel sera de cinq jours francs et l'affaire sera réexaminée une nouvelle fois en appel par la juridiction des forces armées qui a rendu la décision, autrement composée, ou, en cas d'impossibilité, par celle désignée par la chambre criminelle de la cour de cassation. Le nouvel article L. 251-28 précise que le délai d'appel ainsi que l'instance d'appel suspendront l'exécution de la condamnation. Tenant compte de l'instauration de cette nouvelle voie de recours, l'intitulé du chapitre Ier du titre V du livre II sera remplacé par l'intitulé suivant : « Des jugements par défaut ou d'itératif défaut et de l'appel en temps de guerre ». Afin d'éviter tout renvoi au code de procédure pénale et répondre au souci d'autonomisation du code de justice militaire, les modalités de l'appel sont précisées dans les nouveaux articles L. 251-24 à L. 251-26. L'article L. 251-27 prévoit en outre que le président de la juridiction des forces armées pourra rendre d'office une ordonnance de non-admission de l'appel qui ne sera pas susceptible de voie de recours lorsque l'appel est interjeté hors délai ou lorsque l'appelant s'est désisté de son appel. Ces dispositions reproduisent des dispositions similaires contenues dans les articles 499, 502, 503, 505-1 et 506 du code de procédure pénale.
Le 18° de l'article 2 concerne une erreur de visa de texte contenue dans l'article L. 311-8. Cette disposition prévoit que toute condamnation de même nature ou degré prononcée dans les conditions prévues à l'article L. 310-7 entraîne de plein droit la perte de grade pour tous les militaires autres que ceux mentionnés au même article et la révocation, s'ils sont commissionnés. Il est proposé de remplacer la référence à l'article L. 310-7 qui n'existe pas à celle de l'article L. 311-7 définissant les conditions de la perte de grade (19° de l'article 2).
L'article 3 du projet de loi modifie les dispositions législatives concernant la protection et le contrôle des matières nucléaires, issues de la loi n° 80-572 du 25 juillet 1980 et codifiées aux articles L. 1333-13 à L. 1333-14 du code de la défense.
Ces dispositions sont applicables à l'ensemble des matières nucléaires sans distinction entre les matières « civiles » et celles « affectées à la défense », mais seul l'article L. 1333-14 prévoit une telle distinction pour l'application des sanctions pénales.
Des dispositions relatives au domaine de la défense ont été fixées par décret n° 81-558 du 15 mai 1981 établissant une distinction entre les matières nucléaires affectées à la défense et matières nucléaires non affectées à la défense.
Cette distinction ne se justifie plus, le droit commun dans ce domaine étant très largement applicable à la défense, à l'exception de ce qui relève de la dissuasion. Il convient désormais de donner un cadre juridique commun à l'ensemble des matières nucléaires ne relevant pas de la dissuasion et de restreindre le champ dérogatoire aux seules matières nucléaires relevant de celle-ci.
En conséquence, les matières nucléaires affectées à la défense mais ne relevant pas de la dissuasion seront protégées et contrôlées dans les conditions du droit commun applicables aux matières nucléaires à usage civil.
L'article L. 1333-1 modifié donnera une base législative à l'instauration d'un régime particulier applicable aux matières nucléaires relevant de la dissuasion et renverra à un décret le soin d'en fixer les conditions particulières d'application.
La modification de l'article L. 1333-14 est cohérente avec celle de l'article L. 1333-1 en reprenant la qualification « matière nucléaires relevant de la dissuasion ».
La ministre de la Défense a présenté un projet de loi ratifiant l’ordonnance du 1er juin 2006 portant refonte du code de justice militaire (partie législative) et modifiant le code de la défense et le code de justice militaire. Cette ordonnance, prise sur le fondement de la loi du 9 décembre 2004 de simplification du droit, a amélioré la clarté et l’accessibilité du droit pénal du temps de guerre : le code de justice militaire intègre désormais dans un même corpus législatif cohérent et autonome toutes les dispositions applicables au temps de guerre jusque là éparses. L’ordonnance a adapté la justice militaire aux exigences de l’État de droit : elle a procédé, à droit constant, à l’extension au temps de guerre des garanties fondamentales du droit et de la procédure pénale applicables en matière militaire au temps de paix (nomination des juges d’instruction aux armées effectuées sur avis conforme du Conseil supérieur de la magistrature, détention provisoire ordonnée, sauf cas d’impossibilité, par le seul juge d’instruction, extension des droits de la défense···). Le projet de loi comporte plusieurs dispositions qui complètent ce travail d’adaptation. Il introduit en particulier la possibilité de faire appel des jugements rendus par les juridictions des forces armées en temps de guerre. Le projet de loi modifie par ailleurs le code de la défense pour préciser que seuls la protection et le contrôle des matières nucléaires affectées aux moyens nécessaires à la mise en œuvre de la politique de dissuasion relèvent d’un régime spécifique défini par décret en Conseil d’État, tandis que les autres matières nucléaires affectées à la défense sont soumises au droit commun.