Les rapporteurs désignés par le président du comité, conformément à l'article R. 1123-12 du code de la santé publique, sont indemnisés dans les conditions suivantes :
-une vacation et demi par rapport présenté pour une demande initiale mentionnée au 1° de l'article L. 1121-1, à l'article L. 1123-6 pour les recherches relevant du 1° de l'article L. 1121-1, à l'article L. 1124-1, pour les recherches portant sur un dispositif médical et pour les recherches portant sur un dispositif médical de diagnostic in vitro ;
-une vacation pour les demandes initiales mentionnées au 2° et au 3° de l'article L. 1121-1 du code de la santé publique et à l'article L. 1123-6 pour les recherches relevant du 2° et du 3° de l'article L. 1121-1.
Ces indemnités sont majorées de 15 € pour les dossiers examinés en séance au mois d'août.
Le membre du comité qualifié en raison de sa compétence en matière de bio statistique ou d'épidémiologie participant à l'examen du dossier rapporté est indemnisé :
-à hauteur d'une vacation et demi pour une demande initiale mentionnée au 1° de l'article L. 1121-1, à L. 1123-6 relevant du 1° de l'article L. 1121-1 du code de la santé publique, à l'article L. 1124-1, , pour les investigations cliniques portant sur les dispositifs médicaux de classes IIb non invasifs, IIa invasifs, IIb invasifs et de classe III utilisés en dehors d'une destination marquée CE ou non marqués CE et pour les études des performances mentionnées au II de l'article L. 1126-1 ;
-à hauteur de 0,75 vacation pour une demande initiale mentionnée au 2° de l'article L. 1121-1, à L. 1123-6 pour les recherches relevant du  2° de l'article L. 1121-1 du code de la santé publique, pour les investigations cliniques portant sur les dispositifs médicaux de classe I, IIa non invasifs utilisées en dehors d'une destination marquée CE ou non marqués CE et pour les investigations cliniques comportant une procédure additionnelle lourde ou invasive et portant sur dispositif médical utilisé une de ses destinations marquées CE et pour les études des performances qui ne sont pas mentionnées au II de l'article L. 1126-1.
Lorsqu'un membre du comité qualifié en raison de sa compétence en matière de biostatistique ou d'épidémiologie est désigné rapporteur sur un ou plusieurs dossiers étudiés à la séance à laquelle il assiste, ce membre ne perçoit une indemnisation qu'au titre de ses fonctions de rapporteur sur ce dossier. Il ne peut dans ce cas percevoir une indemnisation au titre de sa participation à l'examen du dossier en séance en tant que membre qualifié en raison de sa compétence en matière de biostatistique ou d'épidémiologie.
Pour les essais cliniques de médicament visés à l'article L. 1124-1 du code de la santé publique dont le dossier est soumis en deux temps conformément à l'article 11 du règlement (UE) n° 536/2014 du Parlement européen et du Conseil du 16 avril 2014 relatif aux essais de médicament, l'indemnisation est versée pour moitié aux rapporteurs ayant réalisé l'évaluation des enjeux éthiques de la partie I du dossier et pour moitié aux rapporteurs ayant réalisé l'évaluation prévue à l'article 7 du règlement susmentionné.

Pour l'évaluation des demandes initiales des projets de recherche évalués dans le cadre de l'action conjointe de la commission européenne visant à établir une procédure d'évaluation accélérée de certains essais clinique, et évalués conformément aux délais prévus dans le cadre de cette action conjointe, l'indemnisation des rapporteurs est doublée.
Pour l'ensemble des projets soumis aux comités de protection des personnes, l'indemnité est fixée à la moitié d'une vacation quand elle concerne un rapport présenté pour une modification substantielle.
Le montant d'une vacation est fixé à 90 €.