Article 60 
Organisation des instituts 
Il est institué au sein de l'UCA quatre regroupements de composantes, au sens de l'article L. 713-1 du code de l'éducation, désignés sous le terme : " instituts ". 
La liste de ces instituts figure en annexe des présents statuts. 
La dénomination, les missions, les attributions du directeur, la composition du bureau, les modalités d'élection du directeur, l'organisation administrative et les modalités de révision des statuts de chaque institut, outre les dispositions des présents statuts, sont définis dans les statuts de chaque institut. 
La liste des composantes et des unités de recherche qu'ils regroupent figure dans le règlement intérieur de l'UCA. Cette liste, telle qu'elle existe à l'établissement des présents statuts, figure également en annexe 1. 
La gouvernance de chacun de ces instituts est assurée par un directeur, assisté d'un bureau. 
Le président de l'UCA est membre de droit du bureau de chacun des instituts. 
Article 61 
Directeur des instituts 
Le directeur d'institut remplit les missions suivantes :
-la représentation d'un ensemble d'opérateurs de formation et de recherche et le portage de la stratégie de cet ensemble, à l'intérieur comme à l'extérieur de l'université ;
-l'animation, la coordination, l'impulsion de projets transversaux au sein de l'institut ;
-une contribution à la stratégie générale, au fonctionnement quotidien et à la gouvernance de l'établissement UCA ;
-l'interface d'une part entre opérateurs de formation et de recherche, d'autre part entre les opérateurs et la gouvernance centrale de l'université. 
Le directeur de chaque institut est nommé par le conseil d'administration de l'UCA, sur proposition du bureau de l'institut et après avis du président de l'UCA, parmi les enseignants, enseignants-chercheurs, chercheurs, en exercice à l'UCA et affectés au sein d'au moins une structure fédérée au sein de l'institut. 
Il exerce un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois. 
Le mandat du directeur d'institut expire à l'échéance du mandat du président de l'UCA. Dès lors, si le président de l'UCA ou le directeur d'institut démissionne avant le terme de son mandat, le successeur du directeur d'institut est nommé pour la durée du mandat qui reste à courir. 
Le directeur de chaque institut produit un rapport annuel d'activité, soumis au vote du bureau de l'institut et transmis au conseil d'administration de l'UCA. 
Cette fonction ne peut être cumulée avec d'autres responsabilités de direction (directeur de composante, de structure de recherche ou de service) ou de gouvernance (vice-président, chargé de mission) au sein de l'UCA. 
Article 62 
Bureau des instituts 
Chaque institut est doté d'un bureau, composé comme suit :
-les directeurs de composantes, d'unités de recherche et d'écoles doctorales ;
-des représentants étudiants élus par et parmi les élus étudiants aux conseils de gestion des composantes, conseils de laboratoires et écoles doctorales relevant de l'institut ;
-des représentants BIATSS élus par et parmi les élus BIATSS aux conseils des composantes et des structures de recherche relevant de l'institut. 
Le bureau peut également intégrer des personnalités extérieures. 
La répartition des sièges au sein du bureau est déterminée par les statuts de chaque institut. 
Le bureau de l'institut se réunit au moins quatre fois par an. 
Article 63 
Compétences des instituts 
Ces instituts disposent des compétences prévues par leurs statuts adoptés par leur bureau, puis validés par le conseil d'administration de l'UCA. L'ensemble de ces compétences s'inscrit dans le cadrage de l'UCA. 
L'organisation de ces compétences entre l'institut et ses composantes est précisée dans les statuts de chaque institut. 
A l'issue de la signature du contrat d'établissement, chaque institut élabore et négocie avec le directoire de l'UCA un contrat pluriannuel d'objectifs et de moyens (CPOM), portant sur l'ensemble de la période quinquennale du projet d'établissement et impliquant l'ensemble des structures (composantes, structures de recherche) qu'il regroupe. Adopté par le bureau de l'institut, ce CPOM met en relation le projet stratégique de l'institut avec le projet de l'établissement et définit, par grandes tendances, les engagements pluriannuels de l'UCA en matière d'affectation et de gestion des moyens humains et financiers. 
Les moyens en fonctionnement, ressources humaines et investissement des composantes et des laboratoires sont discutés dans le cadre du dialogue annuel de gestion. Ce dialogue s'effectue entre le directoire et la composante ou laboratoire, en présence du directeur d'institut et sur la base du CPOM de l'institut. 
Les instituts peuvent porter des services mutualisés pour toute ou partie des structures qu'ils regroupent. Ils peuvent exercer une autorité fonctionnelle directe sur certains services administratifs. 
Article 64 
Création, modification, suppression des instituts 
Les instituts, regroupements de composantes, sont créés, modifiés ou supprimés par délibération du conseil d'administration de l'UCA à la majorité absolue des membres présents ou représentés, sur proposition du directoire après avis conjoint du conseil de la recherche et du conseil de la formation et de la vie universitaire. L'avis du conseil d'institut est requis préalablement à la délibération du conseil d'administration en cas de modification ou de suppression.