Au cours du troisième cycle, un étudiant peut être autorisé à suivre, au choix, une option ou une formation spécialisée transversale.

Les diplômes d'études spécialisées à options dites précoces telles que définies par les maquettes de formation peuvent ouvrir droit à suivre, au choix, une formation spécialisée transversale ou, pour le seul diplôme d'études spécialisées de psychiatrie, une option. Une option précoce est une option au sens de l'article R. 632-21 du code de l'éducation. Elle ouvre droit, en sus, de l'exercice de la spécialité du diplôme d'études spécialisées dans laquelle les étudiants sont affectés, à l'exercice complémentaire de la surspécialité de l'option précoce choisie.
Lorsque la maquette d'un diplôme d'études spécialisées prévoit l'existence d'options précoces, tous les étudiants inscrits dans ce diplôme d'études spécialisées doivent choisir une de ces options, dans les conditions prévues au présent article. Pour répondre aux besoins des armées, les internes des hôpitaux des armées peuvent être tenus de suivre une formation spécialisée transversale choisie par l'autorité militaire.

Les maquettes des diplômes d'études spécialisées précisent les options auxquelles les étudiants sont autorisés à s'inscrire. L'accès aux options et formations spécialisées transversales s'appuie sur le projet professionnel.
Un étudiant peut présenter deux candidatures consécutives à une option ou à une formation spécialisée transversale donnée.

L'étudiant confirme au coordonnateur local de la spécialité ses vœux d'options ou de formations spécialisées transversales au plus tard dans le mois précédant le semestre avant celui pendant lequel il pourra suivre cette formation.
L'interne suit l'option ou la formation spécialisée transversale pour laquelle il a été autorisé à s'inscrire dans l'année universitaire pour laquelle le poste a été ouvert conformément à l'arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé fixant chaque année, par centre hospitalier universitaire, le nombre d'étudiants de troisième cycle des études de médecine autorisés à suivre une option ou une formation spécialisée transversale mentionné aux articles R. 632-21 et 632-22 du code de l'éducation.

Il transmet, dans le même délai, à la commission locale de coordination de la spécialité dont il relève, un dossier comprenant une lettre de motivation faisant apparaitre son projet professionnel.

Les vœux d'options et de formations spécialisées transversales des internes des hôpitaux des armées et des assistants des hôpitaux des armées ainsi que le dossier prévu à l'alinéa précédent sont transmis respectivement au coordonnateur local et à la commission locale de coordination de la spécialité après accord de l'autorité militaire.

La commission locale de coordination de la spécialité est chargée de l'instruction des dossiers de candidature et de l'audition des candidats qu'elle a présélectionnés sur la base des dossiers transmis. Elle établit la liste de classement, par option, des étudiants susceptibles d'être autorisés suivre une option. Cette liste prend en compte, le cas échéant, les éléments figurant dans les arrêtés prévus aux articles L. 632-2 et R. 632-57 du code de l'éducation.
La commission locale de coordination de la spécialité établit une liste de classement, par formation spécialisée transversale, des étudiants candidats et la transmet au pilote de la formation spécialisée transversale concernée. Ce dernier, en concertation avec les coordonnateurs locaux des spécialités auxquelles appartiennent les étudiants classés, transmet au directeur de l'unité de formation et de recherche compétent la liste des étudiants susceptibles d'être autorisés, tous diplômes d'études spécialisées confondus, à suivre la formation spécialisée transversale concernée.

Le directeur de l'unité de formation et de recherche compétent valide celle-ci en dernier ressort et inscrit l'étudiant dans l'option ou la formation spécialisée transversale dans la limite du nombre de places fixées conformément aux articles R. 632-21 et R. 632-22 du code de l'éducation et en tenant compte des besoins spécifiques de formation pour les internes des hôpitaux des armées et les assistants des hôpitaux des armées. Il en informe le directeur général de l'agence régionale de santé et les commissions locales de coordination de spécialité concernées au plus tard quinze jours avant la réunion de la commission de subdivision en vue de la répartition des postes pour la phase de consolidation.

Toute décision individuelle défavorable est motivée par écrit. Une copie de cette décision est transmise au service de santé des armées lorsqu'elle concerne un interne des hôpitaux des armées ou un assistant des hôpitaux des armées.
L'étudiant ayant effectué une option ou une formation spécialisée transversale au titre du présent article voit son ancienneté augmentée du nombre de semestres validés. Conformément à l'article 6 de l'arrêté du 21 avril 2017 relatif aux connaissances, aux compétences et aux maquettes de formation des diplômes d'études spécialisées et fixant la liste de ces diplômes et des options et formations spécialisées transversales du troisième cycle des études de médecine, lorsque l'option ou la formation spécialisée transversale allonge la durée de la formation d'un an ou de deux ans, les étudiants sont reclassés conformément aux règles de l'article 44 du présent arrêté.