Ce conseil comprend trente-deux membres répartis comme suit : 
I.-Six représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements mentionnés au 1° de l'article D. 5312-40 :
-un représentant désigné par le conseil régional de la région Auvergne-Rhône-Alpes parmi ses membres ;
-un représentant désigné par le conseil régional de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur parmi ses membres ;
-un représentant désigné par le conseil régional de la région Occitanie parmi ses membres ;
-un représentant désigné par le conseil régional de la région Bourgogne-Franche-Comté parmi ses membres ;
-un représentant désigné par le conseil de la Métropole Aix-Marseille Provence parmi ses membres ;
-un représentant désigné par le conseil de la Métropole de Lyon parmi ses membres. 
II.-Six représentants de l'Etat mentionnés au 2° de l'article D. 5312-40 :
-le préfet de la région Auvergne-Rhône-Alpes, préfet coordonnateur de l'axe Rhône-Saône, ou son représentant ;
-le préfet de la région Provence-Alpes Côte d'Azur ou son représentant ;
-le préfet de la région Occitanie ou son représentant ;
-le préfet de la région Bourgogne-Franche-Comté ou son représentant ;
-une personnalité nommée par le ministre chargé des ports maritimes en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie ;
-le délégué général au développement de l'axe Méditerranée-Rhône-Saône. 
III.-Quatre représentants des ports mentionnés au 3° de l'article D. 5312-40 :
-le président du directoire du grand port maritime de Marseille ;
-le directeur de l'établissement public régional du port de Sète, dénommé Ports Sud de France ;
-un représentant de l'autorité portuaire des ports de Toulon-Provence-Méditerranée ;
-un représentant de l'association Medlink Ports ; 
IV.-Treize personnalités qualifiées mentionnées au 5° de l'article D. 5312-40 :
-un membre désigné par le conseil de surveillance du grand port maritime de Marseille parmi les personnalités qualifiées de ce conseil ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée par la chambre de commerce et d'industrie régionale Provence-Alpes-Côte d'Azur ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée par la chambre de commerce et d'industrie régionale Occitanie ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée par la chambre de commerce et d'industrie régionale Auvergne-Rhône-Alpes ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée par la chambre de commerce et d'industrie régionale Bourgogne-Franche-Comté.
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie et de sa connaissance de la place portuaire marseillaise désignée par le ministre chargé des ports maritimes ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant la logistique désignée par le ministre chargé des transports ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant le transport fluvial désignée par le ministre chargé des transports ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant le transport ferroviaire de marchandises désignée par le ministre chargé des transports ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant le transport combiné désignée par le ministre chargé des transports ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant l'immobilier logistique désignée par le ministre chargé des transports et de l'économie ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie relatifs à la liaison ferroviaire Lyon-Turin désignée par le ministre chargé des transports ;
-une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant le transport maritime désignée par le ministre chargé des ports maritimes. 
V.-Trois représentants des établissements gestionnaires d'infrastructures terrestres ou de l'établissement public chargé de la gestion des voies navigables mentionnés au 4° de l'article D. 5312-40 :
-le président directeur général de la société SNCF Réseau ou son représentant qu'il désigne à titre permanent ;
-le directeur général de l'établissement public Voies navigables de France ou son représentant qu'il désigne à titre permanent ;
-le président du directoire de la Compagnie nationale du Rhône. 
VI.-Le conseil est présidé par le préfet de la région Auvergne-Rhône-Alpes, préfet coordonnateur de l'axe Rhône-Saône, préfet de bassin. En son absence, le conseil est présidé par le délégué général au développement de l'axe Méditerranée-Rhône-Saône.