Dans le cadre de ses missions, Voies navigables de France peut également : 
1° Proposer des prestations aux collectivités territoriales ou à leurs groupements propriétaires de cours d'eau, canaux, lacs, plans d'eau et ports fluviaux ; 
2° Assurer, y compris par l'intermédiaire de sociétés, l'exploitation de ports fluviaux et de toutes installations propres à favoriser le développement de la navigation intérieure ; 
3° Gérer les constructions flottantes et tout matériel intéressant la navigation intérieure, dont l'Etat est propriétaire ; 
4° Gérer toute participation de l'Etat dans les entreprises ayant une activité relative à la navigation intérieure ; 
5° Etre chargé de l'organisation du financement, de la réception et de l'élimination des déchets survenant lors de la navigation conformément aux conventions internationales applicables en la matière ; 
6° Exploiter, à titre accessoire et sans nuire à la navigation, l'énergie hydraulique au moyen d'installations ou d'ouvrages situés sur le domaine public mentionné à l'article L. 4311-1 du présent code en application des articles L. 511-2 ou L. 511-3 du code de l'énergie ; 
7° Valoriser le domaine de l'Etat qui lui est confié en vertu de l'article L. 4314-1 du présent code ainsi que son domaine privé en procédant à des acquisitions foncières, à des opérations d'aménagement ou de développement connexes à ses missions ou complémentaires de celles-ci. L'établissement peut confier la réalisation des opérations d'aménagement et de construction à des organismes visés à l'article L. 411-2 du code de la construction et de l'habitation et aux articles L. 326-1 et L. 327-1 du code de l'urbanisme. Ces opérations doivent être compatibles avec les principes d'aménagement définis dans le schéma de cohérence territoriale du territoire concerné. Quand elles ont pour finalité la création de bureaux ou de locaux d'activité, le programme de construction de ces opérations est défini après consultation des collectivités territoriales ou de leurs groupements compétents en matière de programme local de l'habitat. L'établissement conserve une fraction du domaine en réserve en vue de futurs aménagements utiles au trafic fluvial ; 
8° Créer des filiales ou prendre des participations dans des sociétés, groupements ou organismes en vue de réaliser toute opération utile à ses missions ; 
9° Promouvoir l'usage du vélo sur le réseau qui lui est confié et ouvrir, sauf impossibilité technique avérée, les chemins de halage aux cyclistes en passant des conventions avec les personnes publiques concernées ; 
10° Exercer le droit de préemption urbain et le droit de préemption institué dans les zones d'aménagement différé dans les conditions prévues à l'article L. 213-3 du code de l'urbanisme et exercer le droit de priorité dans les conditions prévues au deuxième alinéa de l'article L. 240-1 du même code ; 
11° Sur le Rhin, gérer et entretenir pour le compte de l'Etat, en dehors du domaine qui lui est confié en vertu de l'article L. 4314-1 et de son domaine propre, des ouvrages dont la liste est fixée par arrêté conjoint du ministre chargé des transports et du ministre chargé de l'environnement et gérer les informations relatives aux crues et aux pollutions. Une convention entre l'Etat et Voies navigables de France précise les modalités de gestion et les moyens mis à disposition de l'établissement pour l'exercice de ses missions.