L'Agence de services et de paiement assure la gestion administrative, technique et financière du dispositif de compensation pour le compte de l'Etat des remboursements auxquels a procédé la commune. 
A ce titre, elle est chargée :
-d'instruire les demandes de remboursement présentées par les communes et de procéder aux contrôles nécessaires visant à s'assurer de leur conformité avec la réglementation en vigueur ;
-de procéder au versement de la compensation pour le compte de l'Etat ;
-de recouvrer le cas échéant les sommes indûment perçues par les communes. 
La commune qui souhaite bénéficier de la compensation par l'Etat des frais qu'elle a remboursés en application de l'article L. 2123-18-2, adresse une demande au gestionnaire mentionné au premier alinéa, par courrier signé ou par voie dématérialisée. La demande comporte obligatoirement : 
1° une copie de la délibération du conseil municipal votée en application de l'article D. 2123-22-4-A. 
2° les éléments nécessaires à l'Agence de services et de paiement pour procéder au remboursement de la commune, dont les éléments d'identification de la commune bénéficiaire, le montant total du remboursement à effectuer et les coordonnées de paiement sur lesquelles doit être effectué le remboursement. 
3° un état récapitulatif visé par le comptable public de la commune et résumant par élu le montant des sommes effectivement remboursées par la commune, précisant les dates, horaires et lieu des réunions, le coût horaire de remboursement aux élus (respectant notamment le montant maximal fixé par l'article L. 2123-18-2) et les dates de versement, ainsi qu'une attestation signée du maire certifiant la conformité du tableau aux conditions fixées à l'article D. 2123-22-4-A et à la délibération précitée. 
Le gestionnaire mentionné au premier alinéa accuse réception du dossier complet transmis par la commune et assure le remboursement de celle-ci couvrant au moins un semestre de dépense de la commune. La demande de remboursement doit être envoyée au gestionnaire mentionné au premier alinéa dans un délai maximum d'un an à compter du défraiement des élus par la commune. A défaut, la demande de remboursement ne sera pas prise en charge par l'Agence de services et de paiement. 
Dans le cadre des contrôles susceptibles d'être réalisés par le gestionnaire mentionné au premier alinéa, la commune est tenue de conserver l'ensemble des pièces justificatives ayant fondé le remboursement des frais exposés par les élus selon les délais de conservation des pièces justificatives de dépenses prévus à l'article 52 du le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 modifié relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. 
Ces pièces sont tenues à la disposition du gestionnaire et lui sont transmises sur simple demande dans un délai maximal de 60 jours. L'absence de transmission de ces pièces peut avoir pour conséquence le reversement de la compensation octroyée par l'Etat dès lors qu'un ordre de recouvrer est émis par l'Agence de services et de paiement. 
L'Agence de services et de paiement est responsable des traitements de données, y compris personnelles, nécessaires à l'attribution, au versement de l'aide et à la gestion des réclamations et des recours. Les informations mentionnées dans le dossier de demande de remboursement de la commune sont transmises par l'Agence de services et de paiement dans un format anonymisé afin d'assurer le pilotage et l'évaluation de l'aide.