Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de la caisse. 
Il détermine les orientations de son activité, en particulier en matière de maîtrise des risques liés aux garanties et aux concours financiers à la prévention et au redressement, d'attribution des garanties des prêts au logement locatif social et d'attribution des concours financiers à la prévention et au redressement. Il fixe les orientations générales relatives à l'octroi des concours financiers destinés à favoriser la réorganisation des organismes d'habitations à loyer modéré ou des sociétés d'économie mixte et leur regroupement. 
Il est notamment compétent pour : 
1° Adopter le budget et ses modifications ; 
2° Arrêter les comptes annuels ; 
3° Donner un avis sur le taux de la cotisation, le montant des réductions prévues à l'article L. 452-4 et sur la fraction des cotisations additionnelles affectée au versement d'une contribution à l'Agence nationale pour la rénovation urbaine ; 
4° Décider des emprunts ; 
5° Décider des remises gracieuses et admissions en non-valeur ; 
6° Décider du placement des fonds de la caisse dans les limites et conditions fixées par le règlement comptable et financier ; 
7° Prendre toutes décisions afférentes à l'exécution des contrats auxquels donnent lieu les interventions de la caisse, notamment l'octroi de délais et l'action en justice ; 
8° Fixer la rémunération perçue par la caisse en contrepartie des garanties qu'elle accorde et les conditions d'octroi de ces garanties ; 
9° Statuer sur les demandes de garantie ; 
10° Fixer les conditions d'octroi des concours financiers aux organismes d'habitations à loyer modéré et aux sociétés d'économie mixte en vue de contribuer à leur redressement ou à la prévention de leurs difficultés financières ; 
11° Statuer sur les demandes de concours financiers mentionnés au 10° ci-dessus ; 
12° Attribuer les subventions mentionnées au sixième  alinéa de l'article L. 452-1, en fixant les contreparties demandées aux bénéficiaires ; 
13° Délibérer sur le rapport annuel de gestion du directeur général ; 
14° Délibérer sur le rapport annuel du directeur général relatif à la mesure et à la surveillance des risques auxquels la caisse est exposée ; 
15° Procéder à l'examen de l'activité et des résultats du contrôle interne ; 
16° Délibérer sur le compte rendu du comité d'audit, désigner les membres de ce comité, en fixer les modalités de fonctionnement ainsi que les conditions dans lesquelles les commissaires aux comptes et toute personne appartenant à la caisse sont associés à ses travaux ; 
17° Délibérer lorsque le commissaire du Gouvernement le saisit en cas de difficultés ou lui adresse une recommandation ; 
18° Désigner le ou les commissaires aux comptes et délibérer sur leurs rapports. 
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur. 
Le conseil d'administration peut déléguer, dans les conditions et limites qu'il fixe, tout ou partie des attributions mentionnées aux 5°, 6° et 7° du présent article au directeur général. 
Le conseil d'administration peut déléguer, dans les conditions et limites qu'il fixe, tout ou partie des attributions mentionnées au 9° du présent article au directeur général. Il fixe les cas dans lesquels le directeur général statue sur avis conforme du comité des aides prévu à l'article R. 452-16. 
Le conseil d'administration peut déléguer, dans les conditions et limites qu'il fixe, tout ou partie des attributions mentionnées au 11° du présent article au directeur général statuant sur avis conforme de ce comité des aides.