La demande de subvention est présentée par l'une des personnes mentionnées à l'article R. 321-12 ou par son mandataire, qui en reçoit récépissé. 
Le règlement général de l'agence précise les renseignements et pièces qui doivent être fournis à l'appui de la demande, détermine les modalités permettant d'assurer la confidentialité des informations recueillies et fixe les règles d'instruction des dossiers, en particulier celles relatives à la réception et aux délais d'instruction des demandes ainsi qu'à la notification des décisions. 
Pour les opérations et bénéficiaires mentionnés aux I et II de l'article R. 321-12, aucune aide ne peut être accordée si les travaux ont commencé avant le dépôt de la demande de subvention. Toutefois, le délégué de l'agence dans le département ou le président de l'établissement public de coopération intercommunale ou du conseil départemental ayant conclu la convention mentionnée à l'article L. 321-1-1 peut, à titre exceptionnel, déroger à cette disposition, notamment en cas de travaux réalisés d'office par la commune ou l'Etat en application des articles L. 1331-29 et L. 1334-2 du code de la santé publique, ou des articles L. 129-2 et L. 511-2 du présent code et en cas d'application de l'article L. 125-1 du code des assurances relatif aux dommages causés par des catastrophes naturelles ou de l'article L. 122-7 du même code relatif aux dommages causés par les effets du vent dus aux tempêtes, ouragans et cyclones. 
Pour les opérations et bénéficiaires mentionnés au III de l'article R. 321-12, aucune aide ne peut être accordée si les travaux ont commencé avant que le délégué de l'agence dans le département n'en ait donné l'autorisation dans les conditions fixées par le règlement général de l'agence. 
La décision d'octroi de subvention mentionne le montant de la subvention, les conditions de son versement et les dispositions relatives à son reversement éventuel ainsi que le comptable assignataire. Toute demande qui n'a pas donné lieu à la notification d'une décision, au sens du présent article, dans un délai de quatre mois à compter du récépissé, est réputée rejetée. Si le dossier est incomplet, le responsable de l'instruction du dossier demande à la personne sollicitant la subvention ou à son mandataire de lui adresser les pièces manquantes en précisant le délai de réponse au-delà duquel le dossier sera classé sans suite. Le délai d'instruction de la demande de subvention ne court qu'à compter de la réception des pièces nécessaires à l'instruction du dossier. 
La subvention est versée, sur déclaration d'achèvement de l'opération, après vérification de la conformité des opérations réalisées avec les caractéristiques du projet sur lesquelles la décision d'attribution a été fondée. La subvention est versée sur présentation des justificatifs précisés par le règlement général de l'agence, en particulier des factures des entreprises ayant réalisé les travaux, sauf cas exceptionnels dus, notamment, à la défaillance d'une entreprise. 
Par dérogation aux dispositions de l'alinéa précédent, des acomptes peuvent être versés, au fur et à mesure de l'avancement du projet sans pouvoir excéder 70 % du montant prévisionnel de la subvention, dans les conditions définies par le règlement général de l'agence. 
Dans les conditions définies par le règlement général de l'agence, une avance peut être versée, sans excéder 70 % du montant prévisionnel de l'aide, aux propriétaires occupants et assimilés au sens des 2° et 3° du I de l'article R. 321-12 ainsi que, sans excéder 40 % du montant prévisionnel de l'aide, aux syndicats de copropriétaires définis au 7° du I et aux établissements mentionnés au III du même article. 
Le remboursement de l'avance s'impute sur le montant des acomptes ou le règlement du solde. Les travaux débutent alors dans un délai de six mois à compter de la date de la notification de la décision attributive de subvention, sauf cas exceptionnels prévus au règlement général de l'agence. Dans le cas où les travaux ne sont pas engagés dans ce délai ou si la décision d'attribution de la subvention est retirée ou annulée, l'avance déjà perçue donne lieu à remboursement dans les conditions prévues à l'article R. 321-21. 

Par exception aux dispositions du présent article, des travaux définis par le conseil d'administration de l'agence peuvent être réalisés par les propriétaires occupants, sous réserve d'un encadrement technique des travaux durant leur exécution et de la production de justificatifs des dépenses engagées, dans des conditions définies par le règlement général de l'agence.