La Caisse de garantie du logement locatif social est un établissement public national à caractère administratif. Elle gère un fonds de garantie de prêts au logement social. Elle est substituée de plein droit dans les droits et obligations de la Caisse de garantie du logement social visée à l'article L. 431-1, à compter du 1er janvier 2001. 
Elle contribue, dans les conditions fixées à l'article L. 452-1-1, à la mise en œuvre de la politique du logement en matière de développement de l'offre de logement locatif social et de rénovation urbaine. 
Elle contribue, notamment par des concours financiers, à la prévention des difficultés financières et au redressement des organismes d'habitations à loyer modéré, des sociétés d'économie mixte et des organismes bénéficiant de l'agrément relatif à la maîtrise d'ouvrage prévu à l'article L. 365-2 pour ce qui concerne leur activité locative sociale, pour leur permettre en particulier d'assurer la qualité de l'habitat. 
Elle accorde également des concours financiers destinés à favoriser la réorganisation des organismes d'habitations à loyer modéré, des sociétés d'économie mixte, des organismes bénéficiant de l'agrément relatif à la maîtrise d'ouvrage mentionné à l'article L. 365-2 et leur regroupement. Elle finance des actions de formation ou de soutien technique au profit des organismes d'habitations à loyer modéré et des sociétés d'économie mixte pour leur permettre de mener des actions ou opérations de renouvellement urbain. 
A compter de l'année 2014 et jusqu'en 2024, la Caisse de garantie du logement locatif social verse chaque année à l'Agence nationale pour la rénovation urbaine un concours financier de 30 millions d'euros pour la mise en œuvre des actions de rénovation urbaine et de renouvellement urbain prévues par la loi n° 2003-710 du 1er août 2003 d'orientation et de programmation pour la ville et la rénovation urbaine. 
Elle concourt, par ses participations aux frais de l'union et des fédérations groupant les organismes d'habitations à loyer modéré et aux frais de la fédération groupant les sociétés d'économie mixte, à assurer leur meilleur fonctionnement, la coordination de leurs activités, leurs investissements pour le développement des actions en faveur du logement social, en particulier la prévention des difficultés des organismes. Elle peut aussi soutenir, aux mêmes fins, les fédérations groupant les organismes mentionnés à l'article L. 365-2. Elle participe également au financement des associations nationales de locataires représentatives qui siègent à la Commission nationale de concertation pour leurs activités dans les secteurs locatifs mentionnés aux troisième et quatrième alinéas de l'article 41 ter de la loi n° 86-1290 du 23 décembre 1986 tendant à favoriser l'investissement locatif, l'accession à la propriété de logements sociaux et le développement de l'offre foncière. Elle peut également aider des organismes agréés mentionnés à l'article L. 366-1 à développer l'information en faveur du logement social et participer au financement du groupement d'intérêt public mentionné à l'article L. 441-2-1. 
Il est institué, au sein de la caisse, un fonds de soutien à l'innovation de projets des organismes d'habitations à loyer modéré, des sociétés d'économie mixte et des organismes bénéficiant de l'agrément relatif à la maîtrise d'ouvrage prévu à l'article L. 365-2, pour des actions de recherche, de développement, ainsi que de professionnalisation et de structuration des organismes. Ce fonds est alimenté à partir des cotisations versées à la caisse par ces organismes et géré par la caisse. 
Elle effectue le prélèvement de la cotisation mentionnée à l'article L. 342-21 et en reverse le montant à l'Agence nationale de contrôle du logement social.