Le ou les organismes agréés prévus à l'article R. 382-2 sont administrés chacun par un conseil d'administration comprenant dix représentants des artistes-auteurs et quatre représentants des personnes physiques ou morales mentionnées au premier alinéa de l'article L. 382-4. 
Un arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la sécurité sociale désigne, pour une durée de six ans, les organisations professionnelles et syndicales représentant les artistes-auteurs et les personnes mentionnées au premier alinéa de l'article L. 382-4 qui sont appelées à siéger à ce ou ces conseils d'administration ainsi que la répartition des sièges, en tenant compte des critères mentionnés aux  1°, 2°, 3°, 4°, 6° et 7° de l'article L. 2121-1 du code du travail . 
En outre, le Conseil comprend deux personnalités qualifiées nommées par arrêté conjoint du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé de la culture sur proposition des administrateurs élus. Ces personnalités sont nommées pour six ans et ont voix délibérative. 
Siègent également au conseil d'administration, avec voix consultative : 
1° Deux représentants de l'Etat, désignés respectivement par le ministre chargé de la sécurité sociale et par le ministre chargé de la culture ; 
2° Un représentant de la Caisse nationale de l'assurance maladie ; 
3° Un représentant de l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale ; 
4° Trois personnalités qualifiées représentant les tiers avec lequels l'organisme agréé a conclu des conventions prévues à l'article R. 382-19, nommées par arrêté conjoint du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé de la culture. 
Le président du conseil d'administration est élu en son sein par le conseil. 
Le conseil d'administration siège valablement dès lors que le nombre de ses membres présents est supérieur à la moitié du nombre total des membres dont il est composé. 
Le ou les organismes agréés ne peuvent, en aucun cas, allouer un traitement à leurs administrateurs. Ils peuvent toutefois leur allouer une indemnité forfaitaire de perte de gain, dont le montant est fixé en application du  dernier alinéa de l'article L. 231-12 du code de la sécurité sociale , pour tenir compte de la réduction d'activité professionnelle nécessitée par l'exercice de ces fonctions. Ils leur remboursent en outre leurs frais de déplacement dans les conditions prévues à l'article R. 121-4. 
Le conseil d'administration se réunit au moins une fois tous les trois mois. Il peut en outre être convoqué par le président pour une session extraordinaire. Les décisions sont prises à la majorité des voix. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante. 
Les délibérations du conseil deviennent exécutoires, en l'absence d'opposition du ministre chargé de la sécurité sociale ou du ministre chargé de la culture, dans un délai d'un mois à compter de leur transmission aux autorités précitées. 
Un rapport annuel sur la gestion du recouvrement des cotisations des personnes mentionnées à l'article L. 382-1 est présenté chaque année au ou aux conseils d'administration, réunis le cas échéant en une formation unique, par des représentants de l'organisme mentionné au premier alinéa de l'article L. 382-5.