A compter de 2004, les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre perçoivent une dotation de compensation égale aux montants dus au titre de 2003 en application du I du D de l'article 44 de la loi de finances pour 1999 (n° 98-1266 du 30 décembre 1998) et du 2° bis du II de l'article 1648 B du code général des impôts dans sa rédaction antérieure à la loi de finances pour 2004 (n° 2003-1311 du 30 décembre 2003), indexés selon le taux mentionné par le 3° de l'article L. 2334-7. 
A compter de 2012, les montants antérieurement perçus au titre du I du D de l'article 44 de la loi de finances pour 1999 précitée peuvent être diminués d'un pourcentage identique pour l'ensemble des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, dans les conditions prévues à l'article L. 2334-7-1. 
Les établissements publics de coopération intercommunale soumis pour la première fois à compter de 2004 aux dispositions de l'article 1609 nonies C du code général des impôts perçoivent en lieu et place de leurs communes membres la part de la dotation forfaitaire correspondant à la compensation antérieurement perçue en application du I du D de l'article 44 de la loi de finances pour 1999 précitée. Lorsqu'une ou plusieurs de leurs communes membres subissait, l'année précédant la mise en oeuvre des dispositions de l'article 1609 nonies C du code général des impôts, un prélèvement sur la fiscalité en application du 2 du III de l'article 29 de la loi de finances pour 2003 (n° 2002-1575 du 30 décembre 2002), la dotation de compensation versée à l'établissement est minorée du montant de ce prélèvement, actualisé chaque année selon le taux mentionné par le 3° de l'article L. 2334-7. Lorsqu'une ou plusieurs de leurs communes membres subissait, l'année précédant la mise en œuvre des dispositions de l'article 1609 nonies C du code général des impôts, en application du dernier alinéa de l'article L. 2334-7 du présent code, un prélèvement calculé selon les modalités prévues au 1.2.4.2 de l'article 77 de la loi n° 2009-1673 du 30 décembre 2009 de finances pour 2010, la dotation de compensation versée à l'établissement est minorée du montant de ce prélèvement. 
Lorsque, à compter de 2005, le territoire d'un groupement de communes faisant application des dispositions de l'article 1609 nonies C du code général des impôts est modifié, la dotation de compensation revenant à ce groupement est majorée ou minorée en fonction du montant des bases de taxe professionnelle des communes qui adhèrent ou quittent ce groupement, ayant servi au calcul de la compensation prévue au I du D de l'article 44 de la loi de finances pour 1999 (n° 98-1266 du 30 décembre 1998). 
En cas de retrait de communes, la dotation de compensation du groupement est majorée, le cas échéant, en fonction de la part du prélèvement subi par celui-ci en application du 1 du III de l'article 29 de la loi de finances pour 2003 (n° 2002-1575 du 30 décembre 2002) qui a été calculée à partir des bases de taxe professionnelle de France Télécom des communes qui se retirent. 
En cas de retrait de communes, la dotation de compensation du groupement est majorée, le cas échéant, en fonction de la part du prélèvement subi par celui-ci en application du dernier alinéa du L. 2334-7 du présent code et calculé selon les modalités prévues au 1.2.4.2 de l'article 77 de la loi n° 2009-1673 du 30 décembre 2009 de finances pour 2010.