Le directeur exerce les attributions mentionnées à l'article L. 211-2-2 et dirige la caisse primaire dans le respect des orientations définies par la caisse nationale.
A ce titre, il fixe l'organisation du travail dans les services et a seul autorité sur le personnel. Dans le cadre des dispositions qui régissent le personnel, et sauf en ce qui concerne l'agent comptable, il prend toute décision d'ordre individuel nécessaire à la gestion du personnel et notamment nomme aux emplois, règle l'avancement, assure la discipline et procède aux licenciements. 
Il assure, en liaison avec la caisse nationale, la représentation de l'Union des caisses nationales de sécurité sociale mentionnée à l'article L. 224-5. 

Le directeur prépare les travaux du conseil et met en oeuvre les orientations et délibérations que celui-ci adopte. 
Les propositions du directeur mentionnées aux 1°, 2°, 3°, 4° et au cinquième alinéa de l'article L. 211-2-1 tiennent compte des orientations nationales fixées par le conseil de la caisse nationale et des objectifs figurant dans le contrat négocié avec  le directeur général de l'agence régionale de santé en application de l' article L. 1434-14 du code  de la santé publique. Dans les domaines mentionnés aux 2°, 3° et 4° du deuxième alinéa de l'article L. 211-2-1, le directeur présente ses propositions chaque année. 
En cas d'opposition motivée du conseil à ces propositions, le directeur lui soumet dans le délai de quinze jours une nouvelle proposition tenant compte de cet avis. 
Le directeur négocie et signe le contrat pluriannuel de gestion dont les orientations ont été présentées au conseil dans un délai de trois mois après signature de la convention d'objectifs et de gestion prévue à l'article L. 227-1. 
Conformément aux dispositions de l'article R. 114-6-1, il arrête les comptes annuels établis par l'agent comptable. 
Le directeur met en oeuvre les actions de prévention et d'éducation sanitaire nécessaires au respect des priorités de santé publique arrêtées au niveau régional. 
 Le directeur  met également en œuvre, en liaison avec le service du contrôle médical et  l'agence régionale de santé, les mesures nécessaires à la réalisation des  objectifs figurant dans le contrat négocié avec le directeur général de l'agence  régionale de santé en application de l'article L. 1434-14 du code de la santé publique. Il est responsable dans le ressort de la caisse de la conduite et de la coordination des actions de gestion du risque et de contrôle. 
Il prend les décisions qu'impliquent les mesures arrêtées par la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés pour l'organisation et le pilotage du réseau des caisses du régime général en application des dispositions du 3° de l'article L. 221-3-1.

Il met en oeuvre toutes les mesures nécessaires au respect des objectifs du contrat pluriannuel de gestion et des budgets d'intervention et de gestion de la caisse. Il rend compte de l'exécution du contrat pluriannuel de gestion ainsi que de sa gestion administrative financière et immobilière, selon les modalités fixées par le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés. 
Dans les conditions définies par décret, le directeur engage les dépenses, constate les créances et les dettes, émet les ordres de recettes et de dépenses et peut, sous sa responsabilité, requérir qu'il soit passé outre au refus de visa de paiement éventuellement opposé par l'agent comptable. 
Il a pouvoir de donner la mainlevée des inscriptions et des privilèges ou d'hypothèques sur les immeubles, requises au profit de l'organisme. 
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs à certains agents de l'organisme et leur donner mandat en vue d'assurer la représentation de celui-ci en justice et dans les actes de la vie civile. 
Il rend périodiquement compte au conseil de la mise en oeuvre de ses orientations ainsi que de la gestion de l'organisme. 
Au plus tard à la fin du premier semestre de chaque année, il remet au conseil un rapport d'activité et de fonctionnement pour l'année écoulée retraçant notamment les orientations définies par le conseil, les actions mises en oeuvre pour les atteindre et les résultats constatés. Ce rapport est transmis au président du conseil et au directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés ainsi qu'au service mentionné à l'article R. 155-1. 
En cas d'absence momentanée ou d'empêchement du directeur, ses fonctions sont exercées par le directeur adjoint. En cas d'absence ou d'empêchement du directeur ou du directeur adjoint, ou à défaut de directeur adjoint, les fonctions de directeur sont exercées par un agent de l'organisme désigné préalablement à cet effet par le directeur. En cas de vacance de l'emploi de directeur, le directeur général de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés désigne la personne chargée d'effectuer l'intérim dans l'attente d'une nomination.