Les modalités de fixation de la tarification des établissements et services mentionnés au I de l'article L. 312-1 sont déterminées par un décret en Conseil d'Etat qui prévoit notamment : 
1° Les conditions et modalités de la tarification de certains établissements ou services, sous forme de prix de journée, tarifs de prestations ou forfaits journaliers et les modalités de globalisation des financements sous forme de forfaits annuels ou de dotations globales ; 
2° Les conditions dans lesquelles les personnes accueillies temporairement peuvent être dispensées d'acquitter tout ou partie des frais afférents à leur prise en charge. 
L'accueil temporaire est défini par voie réglementaire. Dans un délai de six mois à compter de la promulgation de la loi n° 2009-879 du 21 juillet 2009 portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires, un décret adapte les dispositions du présent code aux modalités de fonctionnement et de tarification de l'accueil temporaire des personnes accueillies dans les établissements et services mentionnés au 6° du I de l'article L. 312-1. Une évaluation du fonctionnement de ces établissements et services fait l'objet d'un rapport remis au Parlement avant le 15 octobre 2012. 
Les dépenses de fonctionnement des appartements de coordination thérapeutique mentionnés au 9° du I de l'article L. 312-1 sont prises en charge par les régimes d'assurance maladie, sans préjudice d'une participation des collectivités locales. 
Les dépenses médico-sociales des centres de soins, d'accompagnement et de prévention en addictologie et des structures dénommées " lits halte soins santé " relevant des catégories d'établissements mentionnées au 9° du I de l'article L. 312-1 sont prises en charge par l'assurance maladie sans préjudice d'autres participations, notamment des collectivités locales, et sans qu'il soit fait application des dispositions du code de la sécurité sociale et du code rural et de la pêche maritime relatives à l'ouverture du droit aux prestations couvertes par les régimes de base, au remboursement de la part garantie par l'assurance maladie, à la participation de l'assuré aux tarifs servant de base aux remboursements, ainsi qu'au forfait mentionné à l'article L. 174-4 du code de la sécurité sociale. 
Dans les établissements et services mentionnés au 6° du I de l'article L. 312-1 qui ne disposent pas de pharmacie à usage intérieur ou qui ne sont pas membres d'un groupement de coopération sanitaire, les prestations de soins mentionnées au 1° de l'article L. 314-2 ne comprennent pas l'achat, la fourniture, la prise en charge et l'utilisation de médicaments inscrits sur la liste des spécialités pharmaceutiques remboursables mentionnées à l'article, L. 162-17 du code de la sécurité sociale, ni ceux des produits et prestations mentionnés à l'article L. 165-1 du même code, à l'exception de certains dispositifs médicaux dont la liste est fixée par arrêté. Ces dispositions s'appliquent à compter du 1er janvier 2008. Elles sont applicables aux conventions mentionnées au I de l'article L. 313-12 en cours à cette date. (1)
Des expérimentations relatives aux dépenses de médicaments et à leur prise en charge sont menées, à compter du 1er janvier 2009 et pour une période n'excédant pas deux ans, dans les établissements et services mentionnés au 6° du I de l'article L. 312-1 qui ne disposent pas de pharmacie à usage intérieur ou qui ne sont pas membres d'un groupement de coopération sanitaire. Ces expérimentations sont réalisées sur le fondement d'une estimation quantitative et qualitative de l'activité de ces établissements et services réalisée. Au titre de ces expérimentations, les prestations de soins mentionnées au 1° de l'article L. 314-2 peuvent comprendre l'achat, la fourniture, la prise en charge et l'utilisation des médicaments inscrits sur la liste des spécialités pharmaceutiques remboursables aux assurés sociaux prévue au premier alinéa de l'article L. 162-17 du code de la sécurité sociale. 
Le Gouvernement remet au Parlement un rapport d'évaluation de ces expérimentations avant le 1er octobre 2010. Ce rapport porte également sur la lutte contre la iatrogénie. 
En fonction du bilan des expérimentations présenté par le Gouvernement, et au plus tard le 1er janvier 2011, dans les établissements et services mentionnés au I de l'article L. 313-12 du présent code, les prestations de soins mentionnées au 1° de l'article L. 314-2 comprennent l'achat, la fourniture, la prise en charge et l'utilisation des médicaments inscrits sur la liste des spécialités pharmaceutiques remboursables aux assurés sociaux prévue au premier alinéa de l'article L. 162-17 du code de la sécurité sociale. Elles comprennent également l'achat, la fourniture, la prise en charge et l'utilisation des dispositifs médicaux, produits et prestations mentionnés à l'article L. 165-1 du même code ou, pour les établissements et services qui ne disposent pas de pharmacie à usage intérieur ou qui ne partagent pas la pharmacie à usage intérieur d'un groupement de coopération sanitaire, de certains d'entre eux dont la liste est fixée par arrêté. 
Un arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale fixe la liste des spécialités pharmaceutiques, bénéficiant d'une autorisation de mise sur le marché et dispensées aux assurés hébergés dans les établissements mentionnés au 6° du I de l'article L. 312-1 du présent code, qui peuvent être prises en charge par les régimes obligatoires d'assurance maladie en sus des prestations de soins mentionnées au 1° de l'article L. 314-2. Ces spécialités pharmaceutiques sont prises en charge dans les conditions de droit commun prévues par la section 4 du chapitre II du titre VI du livre Ier du code de la sécurité sociale. Les dépenses relatives à ces spécialités pharmaceutiques relèvent de l'objectif mentionné à l'article L. 314-3-1 du présent code.