La demande de subvention est présentée par l'une des personnes mentionnées à l'article R. 321-12 ou par son mandataire. 
Le règlement général de l'agence précise les renseignements et pièces qui doivent être fournis à l'appui de la demande, détermine les modalités permettant d'assurer la confidentialité des informations recueillies et fixe les règles d'instruction des dossiers, en particulier celles relatives à la réception et aux délais d'instruction des demandes ainsi qu'à la notification des décisions. 
Seuls les travaux commencés après le dépôt de la demande de subvention peuvent bénéficier d'une aide de l'agence. Toutefois la commission d'amélioration de l'habitat ou par le président de l'établissement public de coopération intercommunale ou du conseil général ayant conclu la convention mentionnée à l'article L. 321-1-1 peut, à titre exceptionnel, accorder une subvention lorsque le dossier n'a pu être déposé qu'après le commencement des travaux, notamment en cas de travaux réalisés d'office par la commune ou l'Etat en application des articles L. 1331-29 et L. 1334-2 du code de la santé publique, ou des articles L. 129-2 et L. 511-2 et suivant du présent code et en cas d'application de l'article L. 125-1 du code des assurances relatif aux dommages causés par des catastrophes naturelles ou de l'article L. 122-7 du même code relatif aux dommages causés par les effets du vent dû aux tempêtes, ouragans et cyclones. 
La décision d'octroi de subvention mentionne les caractéristiques principales du projet, le montant de la subvention, les conditions de son versement et les dispositions relatives à son reversement éventuel ainsi que le comptable assignataire. Toute demande qui n'a pas donné lieu à la notification d'une décision, au sens du présent article, dans un délai de quatre mois à compter de la réception du dossier complet est réputée rejetée. 
La subvention est versée, sur déclaration d'achèvement des travaux, après vérification de la conformité des travaux réalisés avec les caractéristiques du projet sur lesquelles la décision d'attribution a été fondée. La subvention est versée sur présentation des factures des entreprises, sauf cas exceptionnels dus, notamment, à la défaillance de l'entreprise chargée des travaux. 
Par dérogation aux dispositions de l'alinéa précédent, des acomptes peuvent être versés, au fur et à mesure de l'avancement du projet sans pouvoir excéder 70 % du montant prévisionnel de la subvention, dans les conditions définies par le règlement général de l'agence. 
Dans les conditions définies par le règlement général de l'agence, une avance peut être versée, sans excéder 70 % du montant prévisionnel de l'aide, aux propriétaires occupants et assimilés au sens des 2° et 3° du I de l'article R. 321-12 ainsi que, sans excéder 40 % du montant prévisionnel de l'aide, aux syndicats de copropriétaires définis au 7° du I et aux établissements mentionnés au III du même article. 
Le remboursement de l'avance s'impute sur le montant des acomptes ou le règlement du solde. Les travaux débutent alors dans un délai de six mois à compter de la date de la notification de la décision attributive de subvention, sauf cas exceptionnels prévus au règlement général de l'agence. Dans le cas où les travaux ne sont pas engagés dans ce délai ou si la décision d'attribution de la subvention est retirée ou annulée, l'avance déjà perçue donne lieu à remboursement dans les conditions prévues à l'article R. 321-21. 
Par exception aux dispositions du présent article, des travaux définis par le conseil d'administration de l'agence peuvent être réalisés par les propriétaires occupants, sous réserve d'un encadrement technique des travaux durant leur exécution et de la production de justificatifs des dépenses engagées, dans des conditions définies par le règlement général de l'agence.