La Caisse centrale de la mutualité sociale agricole assure, par son échelon national de santé au travail, la coordination des services de santé au travail mentionnés aux articles R. 717-34 et R. 717-35. L'échelon national, dont les principes d'organisation sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, est placé sous la responsabilité d'un médecin du travail, chef de l'échelon national de santé au travail, assisté d'un adjoint médecin du travail et de médecins conseillers techniques. 
Le budget de l'échelon national est préparé par le médecin-chef de l'échelon national de santé au travail et présenté au conseil central d'administration de la Mutualité sociale agricole par le directeur général de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole. Le conseil central arrête, en présence du médecin-chef de l'échelon national, le budget qui ne devient exécutoire qu'après approbation du ministre chargé de l'agriculture. 
Le médecin-chef de l'échelon national de santé au travail établit chaque année un rapport d'activité dans la forme prévue par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture et le présente au conseil central d'administration au plus tard à la fin du sixième mois suivant l'année pour laquelle ce rapport est établi. 
La caisse de mutualité sociale agricole ou l'association spécialisée de santé au travail établit, chaque année, dans la forme prévue par un arrêté pris par le ministre chargé de l'agriculture, un rapport sur l'organisation, le fonctionnement technique et comptable de la section ou de l'association. 
Ce rapport est transmis au préfet de région et à la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole. 
Le conseil d'administration de la caisse de mutualité sociale agricole et, s'il y a lieu, celui de l'association spécialisée de santé au travail déterminent les modalités selon lesquelles une coordination est assurée entre, d'une part, la section ou l'association de santé au travail et, d'autre part, les autres sections de la caisse de mutualité sociale agricole, afin que le médecin du travail puisse être informé en temps utile de l'identité des salariés susceptibles de bénéficier des examens prévus à la sous-section 2 de la section 4 du présent chapitre, et notamment à l'article R. 717-17. Il détermine également les modalités de la coordination de ses services de santé au travail et de prévention des risques professionnels afin de garantir la cohérence des actions menées dans le domaine de la santé et de la sécurité au travail, dans le respect des dispositions de l'article L. 1110-4 du code de la santé publique. 
Dans les départements du Haut-Rhin, du Bas-Rhin et de la Moselle, les conseils d'administration des caisses de mutualité sociale agricole et les comités directeurs des caisses d'assurance accident agricole déterminent, par convention, les conditions permettant au médecin du travail d'être destinataire, en temps utile, des déclarations d'accident du travail ou de maladie professionnelle. Ces conventions déterminent également les modalités d'une coordination entre les services de santé au travail des caisses de mutualité sociale agricole et les caisses d'assurance accident agricole, dans le domaine de la santé et de la sécurité au travail, dans le respect des dispositions de l'article L. 1110-4 du code de la santé publique. 
Dans les sections et les associations, le médecin du travail, chef du service de santé au travail, assiste, avec voix consultative, aux réunions du conseil d'administration et, le cas échéant, du comité de la protection sociale des salariés agricoles, lorsque l'ordre du jour de ces réunions comporte des questions relatives à l'organisation et au fonctionnement du service de santé au travail.