Le médecin du travail, chef du service de santé et de sécurité au travail organisé dans les conditions prévues à l'article D. 717-34, ou le chef du service de santé au travail prévu à l'article D. 717-35 assure la direction technique de ce service ; il en fixe l'organisation du travail en concertation avec le directeur de la caisse ou de l'association. 
Les membres de l'équipe pluridisciplinaire de santé au travail et les conseillers en prévention dans les services de santé et de sécurité au travail sont placés sous la responsabilité hiérarchique du médecin du travail, chef de service. 
Dans les services de santé et de sécurité au travail, un responsable de la prévention des risques professionnels, agréé à ce titre conformément à l'arrêté prévu à l'article D. 751-158, et un responsable des assistants du service de santé et de sécurité au travail peuvent être nommés par le directeur de la caisse sur proposition du médecin du travail, chef du service. 
Les mesures concernant le recrutement du personnel autre que les médecins du travail qui, pour partie ou totalité de son temps de travail, participe au fonctionnement du service, ne peuvent être prises qu'avec l'accord du médecin-chef du service ; celui-ci donne son avis lorsqu'une mesure de licenciement d'un membre de ce personnel est envisagée. Il a l'initiative des propositions concernant l'avancement et les changements de poste du personnel. 
Le directeur de la caisse ou de l'association délègue au médecin-chef du service le pouvoir d'ordonnancer les dépenses se rapportant aux activités médicales du service de santé au travail ainsi que celles se rapportant aux activités de prévention des risques professionnels dans les services de santé et de sécurité au travail mentionnés à l'article D. 717-34. 
Le budget de la section ou de l'association de santé au travail est préparé par le médecin-chef du service. Il est présenté au conseil d'administration de la caisse ou de l'association par le directeur de cet organisme. Le conseil arrête le budget au cours d'une séance à laquelle le médecin-chef du service assiste avec voix consultative. Ce budget ne devient exécutoire qu'après approbation de l'autorité de tutelle. 
Le médecin-chef du service établit chaque année un rapport d'activité dans la forme prévue par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture et le présente au conseil d'administration au plus tard à la fin du quatrième mois qui suit l'année pour laquelle ce rapport a été établi. Le rapport est transmis, accompagné des observations du conseil d'administration, à l'inspecteur du travail et au préfet de région dans le délai d'un mois à compter de sa présentation. Il adresse les mêmes documents au médecin inspecteur du travail. 
Il présente chaque année le plan d'activité du service prévu à l'article R. 717-4 à la commission paritaire d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail prévue à l'article L. 717-7. Ce document est présenté au conseil d'administration et transmis en même temps et dans les mêmes conditions que le rapport d'activité de l'année précédente prévu ci-dessus. 
Pour les entreprises ou établissements employant plus de 300 salariés, le médecin compétent pour l'entreprise ou l'établissement ou, à défaut, le médecin-chef du service établit chaque année, dans la forme prévue par un arrêté du ministre chargé de l'agriculture, un rapport d'activité propre à l'entreprise et le transmet au président du comité d'entreprise ou d'établissement ainsi qu'au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail au plus tard à la fin du quatrième mois qui suit l'année pour laquelle ce rapport a été établi. 
Il en est de même dans les autres entreprises ou établissements lorsque le comité concerné en fait la demande. 
Le directeur de la caisse de mutualité sociale agricole ou de l'association spécialisée de santé au travail établit, chaque année, dans la forme prévue par un arrêté pris par le ministre chargé de l'agriculture, un rapport sur l'organisation, le fonctionnement technique et comptable de la section ou de l'association. 
Ce rapport est transmis au préfet de région et à la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole. 
Le conseil d'administration de la caisse de mutualité sociale agricole et, s'il y a lieu, celui de l'association spécialisée de santé au travail déterminent les modalités selon lesquelles une coordination est assurée entre, d'une part, la section ou l'association de santé au travail et, d'autre part, les autres sections de la caisse de mutualité sociale agricole, afin que le médecin du travail puisse être informé en temps utile de l'identité des salariés susceptibles de bénéficier des examens prévus au paragraphe 2 de la sous-section 2 de la présente section. 
Dans les sections et les associations, le médecin du travail, chef du service, assiste, avec voix consultative, aux réunions du conseil d'administration et, le cas échéant, du comité de la protection sociale des salariés agricoles, lorsque l'ordre du jour de ces réunions comporte des questions relatives à l'organisation et au fonctionnement de son service.