L'office est administré par un conseil d'administration comprenant deux députés, une femme et un homme, désignés par l'Assemblée nationale, deux sénateurs, une femme et un homme, désignés par le Sénat, deux représentants de la France au Parlement européen, une femme et un homme, désignés par décret, des représentants de l'Etat et un représentant du personnel de l'office. 
Le conseil d'administration comprend, en qualité de représentants de l'Etat, deux personnalités, un homme et une femme, nommées par le Premier ministre, un représentant du ministre de l'intérieur, un représentant du ministre chargé de l'asile, le secrétaire général du ministère des affaires étrangères, le directeur des affaires civiles et du sceau au ministère de la justice, un représentant du ministre chargé des affaires sociales, un représentant du ministre chargé des droits des femmes, un représentant du ministre chargé des outre-mer et le directeur du budget au ministère chargé du budget. 
Le conseil d'administration fixe les orientations générales concernant l'activité de l'office et délibère sur les modalités de mise en oeuvre des dispositions relatives à l'octroi du statut de réfugié ou de la protection subsidiaire. 
Un pays est considéré comme un pays d'origine sûr lorsque, sur la base de la situation légale, de l'application du droit dans le cadre d'un régime démocratique et des circonstances politiques générales, il peut être démontré que, d'une manière générale et uniformément pour les hommes comme pour les femmes, il n'y est jamais recouru à la persécution, ni à la torture, ni à des peines ou traitements inhumains ou dégradants et qu'il n'y a pas de menace en raison d'une violence qui peut s'étendre à des personnes sans considération de leur situation personnelle dans des situations de conflit armé international ou interne.
Le conseil d'administration fixe la liste des pays considérés comme des pays d'origine sûrs, dans les conditions prévues à l'article 37 et à l'annexe I de la directive 2013/32/UE du Parlement européen et du Conseil, du 26 juin 2013, relative à des procédures communes pour l'octroi et le retrait de la protection internationale.
Il examine régulièrement la situation dans les pays considérés comme des pays d'origine sûrs.
Il veille à l'actualité et à la pertinence des inscriptions. Il radie de la liste les pays ne remplissant plus les critères mentionnés au quatrième alinéa et peut, en cas d'évolution rapide et incertaine de la situation dans un pays, en suspendre l'inscription.
Les présidents des commissions permanentes chargées des affaires étrangères et des commissions permanentes chargées des lois constitutionnelles de l'Assemblée nationale et du Sénat, une association de défense des droits de l'homme, une association de défense des droits des étrangers ou des demandeurs d'asile ou une association de défense des droits des femmes ou des enfants peuvent saisir le conseil d'administration, dans des conditions prévues par décret en Conseil d'Etat, d'une demande tendant à l'inscription ou à la radiation d'un Etat sur la liste des pays considérés comme des pays d'origine sûrs.
Le président du conseil d'administration est nommé parmi ses membres par décret sur proposition du ministre chargé de l'asile. 
Le délégué du haut-commissaire des Nations unies pour les réfugiés ainsi que trois personnalités qualifiées nommées par décret assistent aux séances du conseil d'administration et peuvent y présenter leurs observations et leurs propositions. Au moins l'une des trois personnalités qualifiées susmentionnées représente les organismes participant à l'accueil et à la prise en charge des demandeurs d'asile et des réfugiés. Les personnalités qualifiées ont voix délibérative concernant la détermination de la liste des pays considérés comme des pays d'origine sûrs. En cas de partage des voix sur ce sujet, la voix du président du conseil d'administration est prépondérante.