Pour bénéficier de la contribution pour les indemnisations prévue au b et au c du 6 de l'article 71 du règlement (CE) n° 73/2009 du Conseil du 19 janvier 2009 susmentionné, le fonds de mutualisation agréé présente au ministre chargé de l'agriculture une demande sous la forme d'un programme d'indemnisation. 
Ce programme ne peut concerner que des événements intervenus dans les douze mois précédant la date de sa transmission. L'indemnisation des agriculteurs peut avoir été engagée avant la transmission du programme. 
Le programme d'indemnisation comporte : 
― l'identité du fonds de mutualisation ; 
― la documentation relative au fait déclenchant l'indemnisation en faveur des agriculteurs affiliés, en particulier la nature de l'événement sanitaire ou environnemental à l'origine des pertes économiques constatées sur les exploitations, le type de pertes économiques causées, la constatation de l'événement par les autorités administratives ou, à défaut, une attestation de la survenance de l'événement sanitaire ou de l'incident environnemental et, le cas échéant, la ou les zones géographiques concernées ; 
― la nature, la date de survenance, la liste exhaustive des pertes économiques retenues comme éligibles, l'évaluation des montants de chacune des pertes retenues et les modalités de calcul de ces pertes ; 
― le taux d'indemnisation retenu ; 
― le mode de calcul des montants d'indemnisation et le montant total de l'indemnisation prévu par le fonds de mutualisation ; 
― une estimation du nombre d'agriculteurs bénéficiant de l'indemnisation du fonds de mutualisation et les critères utilisés par le fonds de mutualisation pour déterminer ce nombre ; 
― le niveau de mobilisation financière de chacune des sections du fonds de mutualisation concernées au regard de leurs ressources disponibles et le mode de financement des indemnisations envisagées, notamment le montant et la part des indemnisations couverts par les ressources du fonds de mutualisation mentionné à l'article R. 361-56, le montant couvert par recours à l'emprunt commercial ainsi que le montant des frais financiers y afférant et, le cas échéant, l'accord de principe de l'  établissement de crédit ou de la société de financement ; 
― l'organisation et les modalités pratiques envisagées pour la mise en œuvre du programme d'indemnisation, notamment, le cas échéant, la précision des tâches qui seront déléguées à des tiers et les conventions qui encadrent l'exécution de ces tâches déléguées ; 
― un engagement du fonds de mutualisation de s'assurer, pour chaque agriculteur qu'il envisage d'indemniser, que l'ensemble des réparations obtenues par le biais de mécanismes d'indemnisation privés ou publics n'excédera pas le montant de la perte économique subie ; 
― un engagement du fonds de mutualisation que le versement des indemnisations sera subordonné à la cession par les agriculteurs de leurs droits à réparation ; 
― une déclaration du fonds de mutualisation attestant qu'il a pris connaissance des conditions d'octroi de la contribution publique. 
Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture établit la liste des maladies et des organismes nuisibles pour lesquels les fonds de mutualisation agréés peuvent présenter un programme d'indemnisation sous forme simplifiée avant la survenance des sinistres. Cet arrêté précise également le contenu du programme d'indemnisation simplifié.