La décision d'agrément est prise par une commission instituée au chef-lieu de région. 
Cette commission, placée sous la présidence du directeur régional des finances publiques en fonction au chef-lieu de région dans laquelle le centre a son siège, comprend également : 
a. un fonctionnaire de la direction régionale des finances publiques ; 
b. un représentant du ministre chargé de l'industrie ; 
c. un représentant du ministre chargé du commerce et de l'artisanat ; 
d. un membre de l'ordre des experts-comptables désigné par le conseil régional de l'ordre ; 
e. un industriel, un commerçant et un artisan désignés respectivement par le président de la chambre de commerce et d'industrie de région et par le président de la chambre régionale de métiers et de l'artisanat. 
Lorsque la demande d'agrément est présentée par un centre de gestion apportant son assistance principalement aux agriculteurs, les représentants du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé du commerce et de l'artisanat sont remplacés par deux représentants du ministre de l'agriculture et les trois représentants de la profession sont désignés parmi les exploitants agricoles de la région par le président de la chambre régionale d'agriculture, au vu d'une liste de six noms présentée par chacune des fédérations départementales de syndicats d'exploitants agricoles de la région. 
Le président désigne des suppléants parmi ses collaborateurs. Les autres membres suppléants de la commission sont nommés dans les mêmes conditions que les titulaires.
Le membre d'une commission qui, au cours de son mandat, décède, démissionne ou perd la qualité au titre de laquelle il a été désigné est remplacé pour la durée du mandat restant à courir par une personne désignée dans les mêmes conditions. 
La commission se réunit sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Cette convocation peut être adressée par tout moyen, y compris par télécopie ou par courrier électronique. Il en est de même des pièces ou documents nécessaires à la préparation de la réunion ou établis à l'issue de celle-ci. 
Sauf urgence, les membres de la commission reçoivent, quinze jours au moins avant la date de la réunion, une convocation comportant l'ordre du jour et, le cas échéant, les documents nécessaires à l'examen des affaires qui y sont inscrites. 
Lorsqu'il n'est pas suppléé, le membre d'une commission peut donner mandat à un autre membre. Sauf dispositions contraires, nul ne peut détenir plus d'un mandat. 
Le quorum est atteint lorsque la moitié au moins des membres composant la commission sont présents, y compris les membres prenant part aux débats au moyen d'une conférence téléphonique ou audiovisuelle. 
Lorsque le quorum n'est pas atteint, la commission délibère valablement sans condition de quorum après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. 
La commission se prononce à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, la voix du président de la commission est prépondérante.
Les membres d'une commission ne peuvent prendre part aux délibérations lorsqu'ils ont un intérêt personnel à l'affaire objet de la délibération. La violation de cette règle entraîne la nullité de la décision prise à la suite de cette délibération lorsqu'il n'est pas établi que la participation du ou des membres intéressés est restée sans influence sur la délibération. 
Le procès-verbal de la réunion de la commission indique le nom et la qualité des membres présents, les questions traitées au cours de la séance et le sens de chacune des délibérations. 
Tout membre de la commission peut demander qu'il soit fait mention de son désaccord avec la décision rendue.