L'autorité portuaire désigne parmi le personnel placé sous son autorité, pour une durée maximale de cinq ans renouvelable, un agent de sûreté chargé de préparer et de mettre en œuvre le plan de sûreté portuaire. Si les limites portuaires de sûreté contiennent une zone d'importance vitale, cet agent exerce les fonctions de délégué pour la défense et la sécurité de cette zone par dérogation aux dispositions de l'article R. 1332-37 du code de la défense. Si elles contiennent un point d'importance vitale non compris dans une installation portuaire, cet agent exerce les fonctions de délégué pour la défense et la sécurité prévues par l'article R. 1332-6 du même code.
L'agent de sûreté portuaire travaille en collaboration avec les agents de sûreté des installations portuaires mentionnés à l'article R. 5332-32 afin de coordonner la mise en œuvre du plan de sûreté portuaire avec celle des plans de sûreté des installations portuaires prévus à l'article R. 5332-29. 
La désignation en qualité d'agent de sûreté portuaire est subordonnée à la possession d'un agrément délivré par le représentant de l'Etat dans le département dans les conditions définies ci-après et d'un certificat d'aptitude dont les conditions d'obtention et de délivrance sont définies par un arrêté du ministre chargé des transports. 
Il est mis fin aux fonctions de l'agent de sûreté portuaire lorsque l'une de ces conditions n'est plus remplie. Afin d'assurer la permanence des fonctions, l'autorité portuaire peut désigner un ou plusieurs suppléants qui sont agréés dans les mêmes conditions que l'agent de sûreté titulaire. 
L'agent de sûreté portuaire et ses suppléants garantissent la confidentialité des faits, informations et documents dont ils ont connaissance dans l'exercice de leurs missions, notamment de l'évaluation de la sûreté du port et des parties sensibles du plan de sûreté. 
L'agrément d'agent de sûreté portuaire ou de suppléant d'agent de sûreté portuaire est valable sur l'ensemble du territoire national. Il est demandé par l'autorité portuaire, qui établit, pour chaque agent, un dossier dont la composition et les modalités de transmission sont fixées par arrêté conjoint des ministres de la justice, de l'intérieur et de la défense et des ministres chargé des transports et chargé des douanes. Ce même arrêté définit en outre la procédure d'agrément. L'agrément est délivré, à l'issue d'une enquête administrative, pour une durée qui ne peut excéder cinq ans. 
L'agrément ne peut être accordé en cas de condamnation criminelle ou correctionnelle incompatible avec les fonctions à exercer. Le représentant de l'Etat dans le département s'assure du respect de cette condition en demandant communication du bulletin n° 2 du casier judiciaire au casier judiciaire national automatisé par un moyen de télécommunication sécurisé ou de son équivalent, s'agissant des ressortissants étrangers, auprès du casier judiciaire de l'Etat de nationalité selon les stipulations des conventions internationales en vigueur. 
L'agrément peut être refusé, retiré ou suspendu par le représentant de l'Etat dans le département lorsque la moralité ou le comportement de l'intéressé ne présentent pas les garanties requises au regard de la sûreté de l'Etat, de la sécurité publique, de la sécurité des personnes, de l'ordre public ou sont incompatibles avec l'exercice d'une des fonctions prévues au présent article. 
Lorsque les conditions de sa délivrance ne sont plus réunies, l'agrément est retiré par le représentant de l'Etat dans le département après que l'intéressé a été mis à même de présenter des observations. 
En cas d'urgence, l'agrément peut être suspendu sans préavis par le représentant de l'Etat dans le département pour une durée maximale de deux mois. 
Les décisions d'agrément et celles de retrait ou de suspension d'agrément sont notifiées à l'intéressé et à l'autorité portuaire. 
L'agrément ouvre à son détenteur les mêmes droits dans le port dont il relève que l'habilitation mentionnée à l'article R. 5332-39.