I.-Pour l'application de l'article 23 du règlement du 19 janvier 2009 et des chapitres II et III du titre IV du règlement du 21 avril 2004 susmentionnés, un arrêté du ministre chargé de l'agriculture classe par domaines et sous-domaines subdivisés, le cas échéant, en points de contrôle l'ensemble des cas de non-conformité relatifs au respect des exigences réglementaires en matière de gestion mentionnées à l'article D. 615-45 ou des bonnes conditions agricoles et environnementales mentionnées à la sous-section 2. 
II.-Les cas de non-conformité aux exigences relevant du domaine " environnement " sont classés en sous-domaines relatifs à :
-la conservation des oiseaux sauvages, des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages ;
-la protection des eaux souterraines contre la pollution causée par certaines substances dangereuses ;
-la protection de l'environnement, et notamment des sols, lors de l'utilisation des boues d'épuration en agriculture ;
-la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles. 
III.-Les cas de non-conformité aux exigences relevant du domaine " santé publique, santé des animaux et des végétaux " sont regroupés en deux domaines de contrôle dénommés " santé-productions végétales " et " santé-productions animales " : 
a) Les cas de non-conformité aux exigences relevant du domaine de contrôle " santé-productions végétales " sont classés en sous-domaines relatifs :
-à l'utilisation des produits phytopharmaceutiques ;
-aux bonnes pratiques assurant la sécurité sanitaire des productions primaires végétales ; 
b) Les cas de non-conformité aux exigences relevant du domaine de contrôle " santé-productions animales " sont classés en sous-domaines relatifs :
-aux bonnes pratiques assurant la sécurité sanitaire des productions primaires animales ;
-à l'interdiction d'utiliser certaines substances en élevage ;
-à la lutte contre les maladies animales autres que les encéphalopathies spongiformes transmissibles ;
-à la prévention, la maîtrise et l'éradication des encéphalopathies spongiformes transmissibles ;
-à l'identification et à l'enregistrement, respectivement, des bovins, des porcins, des ovins et caprins. 
IV.-Les cas de non-conformité aux exigences relevant du domaine " protection et bien-être animal " sont classés en sous-domaines relatifs :
-aux règles concernant tous les élevages, sauf les élevages de veaux et de porcs ;
-aux règles concernant les élevages de veaux ;
-aux règles concernant les élevages de porcs.
V.-L'arrêté mentionné au I affecte aux cas de non-conformité une valeur en pourcentage qui prend en compte leur gravité, leur étendue et leur persistance. En ce qui concerne le domaine " protection et bien-être animal " une valeur en pourcentage distincte est affectée à chaque point de contrôle d'un même sous-domaine, en fonction du nombre d'éléments de non-conformité constatés. 
Pour l'application du 2 de l'article 24 du règlement du 19 janvier 2009 susmentionné, ce même arrêté détermine, en tenant compte de leur gravité, de leur étendue et de leur persistance, les cas de non-conformité considérés comme mineurs ainsi que le délai dans lequel il peut y être remédié conformément au 2 ter de l'article 66 du règlement (CE) n° 796 / 2004 de la Commission du 21 avril 2004 modifié portant modalités d'application de la conditionnalité, de la modulation et du système intégré de gestion et de contrôle.