Ce conseil comprend vingt-quatre membres répartis comme suit : 
I. – Cinq représentants de l'Etat mentionnés au 2° de l'article D. 5312-40 : 
– le délégué interministériel au développement de l'axe portuaire et logistique Méditerranée-Rhône-Saône ; 
– le préfet de la région Provence-Alpes Côte d'Azur ou son représentant ; 
– le préfet de la région Occitanie ou son représentant ; 
– le préfet de la région Auvergne-Rhône-Alpes ou son représentant ; 
– le préfet de la région Bourgogne-Franche-Comté ou son représentant. 
II. – Six représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements mentionnés au 1° de l'article D. 5312-40 : 
– un représentant désigné par le conseil régional de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur parmi ses membres ; 
– un représentant désigné par le conseil régional de la région Occitanie parmi ses membres ; 
– un représentant désigné par le conseil régional de la région Auvergne-Rhône-Alpes parmi ses membres ; 
– un représentant désigné par le conseil régional de la région Bourgogne-Franche-Comté parmi ses membres ; 
– un représentant désigné par le conseil de la Métropole Aix-Marseille Provence parmi ses membres ; 
– un représentant désigné par le conseil de la Métropole de Lyon parmi ses membres. 
III. – Cinq représentants des ports mentionnés au 3° de l'article D. 5312-40 : 
– le président du directoire du grand port maritime de Marseille ; 
– le directeur général du port de Sète ; 
– un représentant de l'autorité portuaire des ports de Toulon-Provence-Méditerranée ; 
– deux représentants de l'association Medlink Ports ; 
IV. – Cinq personnalités qualifiées mentionnées au 5° de l'article D. 5312-40 : 
– un membre désigné par le conseil de surveillance du grand port maritime de Marseille parmi les personnalités qualifiées de ce conseil ; 
– une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée, parmi ses représentants élus, par la chambre de commerce et d'industrie régionale Provence-Alpes-Côte d'Azur ; 
– une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée, parmi ses représentants élus, par la chambre de commerce et d'industrie régionale Occitanie ; 
– une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée, parmi ses représentants élus, par la chambre de commerce et d'industrie régionale Auvergne-Rhône-Alpes ; 
– une personnalité qualifiée en raison de ses compétences dans les activités intéressant les ports, les transports, l'aménagement ou l'économie désignée, parmi ses représentant élus, par la chambre de commerce et d'industrie régionale Bourgogne-Franche-Comté. 
V. – Trois représentants des établissements gestionnaires d'infrastructures terrestres ou de l'établissement public chargé de la gestion des voies navigables mentionnés au 4° de l'article D. 5312-40 : 
– le président de l'établissement public SNCF Réseau ou son représentant qu'il désigne à titre permanent ; 
– le directeur général de l'établissement public Voies navigables de France ou son représentant qu'il désigne à titre permanent ; 
– le président du directoire de la compagnie nationale du Rhône. 
VI. – Le conseil est présidé par le délégué interministériel au développement de l'axe portuaire et logistique Méditerranée-Rhône-Saône.