Le règlement de l'aide personnalisée au logement obéit à la même périodicité que le paiement du loyer ou des charges d'emprunt.L'action pour le paiement de l'aide personnalisée au logement se prescrit par deux ans. 
Cette prescription est également applicable à l'action intentée par un organisme payeur en recouvrement des sommes indûment payées, sauf en cas de fraude ou de fausse déclaration. 
La prescription est interrompue par une des causes prévues par le code civil. L'interruption de la prescription peut, en outre, résulter de l'envoi d'une lettre recommandée avec demande d'avis de réception, quels qu'en aient été les modes de délivrance. 
Dans le cas où le bailleur ou l'établissement habilité justifie qu'il a, conformément à l'article L. 351-9, alinéa 5, déduit ces sommes du montant du loyer et des dépenses accessoires de logement ou de celui des charges de remboursement, le recouvrement s'effectue, suivant le cas, auprès du locataire ou de l'emprunteur. 
Par dérogation aux dispositions précédentes, lorsqu'un indu a été constitué sur une prestation versée en tiers payant, l'organisme peut, si d'autres prestations sont versées directement à l'allocataire, recouvrer l'indu sur ces prestations selon des modalités et des conditions précisées par décret. 
Lorsque l'un ou l'autre ne conteste pas l'exactitude de ce trop-perçu, l'organisme payeur récupère cet indu par retenue sur les échéances d'aide personnalisée au logement à venir. A défaut, l'organisme payeur peut, dans des conditions fixées par décret, procéder à la récupération de l'indu par retenues sur les échéances à venir dues soit au titre de l'allocation de logement mentionnée à l'article L. 831-1 du code de la sécurité sociale, soit au titre des prestations familiales mentionnées à l'article L. 511-1 du même code, soit au titre des prestations mentionnées au titre II du livre VIII du même code, soit au titre du revenu de solidarité active mentionné à l'article L. 262-1 du code de l'action sociale et des familles, tel qu'il résulte de la loi n° 2008-1249 du 1er décembre 2008 généralisant le revenu de solidarité active et réformant les politiques d'insertion. 
Dans des conditions définies par décret, les retenues mentionnées au quatrième alinéa, ainsi que celles mentionnées aux articles L. 553-2 et L. 835-3 du code de la sécurité sociale, L. 821-5-1 du même code et L. 262-46 du code de l'action sociale et des familles, tel qu'il résulte de la loi n° 2008-1249 du 1er décembre 2008 précitée, sont déterminées en fonction de la composition de la famille, de ses ressources, des charges de logement et des prestations servies par les organismes débiteurs de prestations familiales, à l'exception de celles précisées par décret. 
Toutefois, par dérogation aux dispositions des alinéas précédents et dans les conditions prévues à l'article L. 351-14 du présent code, le montant de l'indu peut être réduit ou remis en cas de précarité de la situation du débiteur, sauf en cas de manœuvre frauduleuse ou de fausses déclarations.
L'article L. 161-1-5 du code de la sécurité sociale est applicable pour le recouvrement des sommes indûment versées. 
La prescription est interrompue tant que l'organisme débiteur des prestations familiales se trouve dans l'impossibilité de recouvrer l'indu concerné en raison de la mise en œuvre d'une procédure de recouvrement d'indus relevant des articles L. 553-2, L. 821-5-1 ou L. 835-3 du code de la sécurité sociale, L. 262-46 du code de l'action sociale et des familles ou L. 351-11 du code de la construction et de l'habitation.