Au terme de chaque année d'application du contrat, l'agence régionale de santé, conjointement avec la caisse mentionnée à l'article R. 162-43-1, procède à une évaluation. 
Si cette évaluation fait apparaître que l'établissement de santé n'a pas respecté l'objectif de réduction du taux d'évolution des dépenses ou n'a pas atteint l'objectif mentionné au 1° bis de l'article R. 162-43-3  faisant l'objet du contrat, le directeur général de l'agence régionale de santé lui adresse, par tout moyen permettant de rapporter la preuve de sa date de réception, une notification mentionnant la pénalité qu'il encourt et l'informant qu'il dispose d'un délai d'un mois à compter de la réception pour demander à être entendu ou présenter ses observations écrites. 
A l'issue de ce délai, le directeur général de l'agence régionale de santé peut enjoindre à l'établissement, en fonction du ou des écarts constatés par rapport aux objectifs définis aux 1° ou 1° bis de l'article R. 162-43-3, de verser à la caisse mentionnée à l'article R. 162-43-1 : 
 1° Soit une fraction du montant des dépenses mentionnées au premier alinéa du IV de l'article L. 162-30-2 résultant pendant l'année écoulée des prescriptions des médecins qui y exercent et remboursées sur l'enveloppe de soins de ville, dans la limite du dépassement de l'objectif lorsqu'un écart est constaté par rapport à l'objectif défini au 1° de l'article R. 162-43-3 ; 
 2° Soit une fraction d'un montant des dépenses égal au produit du nombre d'unités de conditionnement des médicaments, dont la prescription au sein du répertoire des groupes génériques aurait été nécessaire pour atteindre l'objectif fixé en application du 1° bis de l'article R. 162-43-3, par la valeur représentative de l'écart entre le prix de vente moyen des médicaments inscrits au répertoire des groupes génériques et le prix de vente moyen des médicaments ne figurant pas sur ce répertoire fixée par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale, lorsqu'un écart est constaté entre le taux de prescription des médicaments inscrits au répertoire des groupes génériques réalisé et l'objectif prévu au contrat en application du 1° bis de l'article R. 162-43-3 ; 
 3° Soit la somme d'une fraction du montant défini au 1° et d'une fraction du montant défini au 2° lorsque des écarts sont constatés par rapport aux objectifs définis au 1° et au 1° bis de l'article R. 162-43-3. 
 Chaque fraction est déterminée en fonction de la nature et de l'importance des manquements de l'établissement à ses engagements figurant au contrat. 
 Le montant du versement établi en application du 1°, 2° ou 3° ne peut excéder 10 % des dépenses mentionnées au I de l'article L. 162-30-2. 
Le délai au terme duquel la sanction peut être prononcée est prolongé jusqu'à l'audition de l'établissement si elle a été demandée avant l'expiration de ce délai. 
Quand, compte tenu des explications de l'établissement, le directeur général de l'agence régionale de santé décide de ne pas prononcer de pénalité, il en informe celui-ci sans délai. 
La décision enjoignant le versement mentionne le délai d'un mois à compter de sa notification pour s'acquitter de la somme. Le directeur général de l'agence régionale de santé informe simultanément de cette décision la caisse mentionnée à l'article R. 162-43-1, chargée du recouvrement.