Le licenciement ne peut être prononcé que dans les conditions qui suivent, selon qu'il intervient dans une section de caisse de mutualité sociale agricole ou une association spécialisée. 
1° Dans une section, lorsque le licenciement d'un médecin du travail, la rupture conventionnelle ou la rupture du contrat de travail à durée déterminée dans les cas prévus à l'article L. 4623-5-1 du code du travail est envisagé, le conseil d'administration, le comité de la protection sociale des salariés ainsi que le comité  social et économique se prononcent après audition de l'intéressé. 
Ces mesures ne peuvent intervenir que dans les conditions prévues à l'article L. 723-35 du présent code et à l'issue de l'entretien préalable prévu à l'article L. 1232-2 du code du travail au cours duquel l'intéressé aura été mis en demeure de présenter ses observations devant le directeur de la caisse de mutualité sociale agricole. 
Le comité de la protection sociale des salariés et le conseil d'administration de la caisse ne peuvent valablement délibérer que si la moitié au moins de leurs membres sont présents. L'avis du comité de protection sociale des salariés et la délibération du conseil d'administration de la caisse sont pris à la majorité des membres présents, par un vote à bulletin secret. 
Le comité  social et économique se prononce par un vote à bulletin secret, à la majorité de ses membres, régulièrement convoqués, présents ou représentés ; 
2° Dans une association spécialisée, lorsque le licenciement d'un médecin du travail, la rupture conventionnelle ou la rupture du contrat de travail à durée déterminée dans les cas prévus à l'article L. 4623-5-1 du code du travail est envisagé, le conseil d'administration ainsi que le comité  social et économique se prononcent après audition de l'intéressé. 
Le conseil d'administration doit se prononcer à la majorité des membres présents par un vote à bulletin secret. 
Le comité  social et économique doit se prononcer par un vote à bulletin secret, à la majorité de ses membres, régulièrement convoqués, présents ou représentés. 
L'entretien préalable prévu à l'article L. 1232-2 et qui doit être réalisé devant le directeur de la caisse de mutualité sociale agricole précède la consultation des instances ; 
3° En section comme en association spécialisée, le licenciement, la rupture conventionnelle et la rupture du contrat de travail à durée déterminée dans les cas prévus à l'article L. 4623-5-1 du code du travail ne peuvent intervenir que sur autorisation de l'inspecteur du travail, après avis du médecin inspecteur régional du travail. 
La demande d'autorisation, dans les cas mentionnés au précédant alinéa, est adressée à l'inspecteur du travail dont dépend la caisse de mutualité sociale agricole qui l'emploie, par lettre recommandée avec avis de réception. 
La demande énonce les motifs du licenciement, de la rupture anticipée ou du non-renouvellement du contrat de travail à durée déterminée envisagée. Elle est accompagnée du procès-verbal de la réunion du comité  social et économique et de l'avis du conseil d'administration. Lorsque le service est organisé en section, l'avis du comité de la protection sociale des salariés doit accompagner la demande d'autorisation. 
La demande est transmise dans les quinze jours suivant la délibération du comité  social et économique. 
En cas de mise à pied, la consultation du comité  social et économique, du conseil d'administration et du comité de protection sociale des salariés, lorsque le service est organisé en section, a lieu dans un délai de dix jours à compter de la mise à pied. La demande d'autorisation de licenciement, de rupture conventionnelle ou de rupture du contrat à durée déterminée dans les cas prévus à article L. 4623-5-1 du code du travail est transmise à l'inspecteur du travail dans les quarante-huit heures suivant la délibération des instances compétentes. 
L'inspecteur du travail procède à une enquête contradictoire au cours de laquelle le médecin du travail peut, sur sa demande, se faire assister par une personne de son choix appartenant au personnel du service de santé au travail ou à la caisse de mutualité sociale dans laquelle il est en fonctions. 
L'inspecteur du travail prend sa décision dans un délai de quinze jours, réduit à huit jours en cas de mise à pied. Ce délai court à compter de la réception de la demande motivée présentée par l'employeur. Il n'est prolongé que si les nécessités de l'enquête le justifient. Le silence gardé par l'inspecteur du travail pendant ce délai vaut décision de rejet. 
La décision de l'inspecteur du travail est motivée. Elle est notifiée par lettre recommandée avec avis de réception : 
a) A l'employeur ; 
b) Au médecin du travail ; 
c) Au comité  social et économique. 
Le ministre peut annuler ou réformer la décision de l'inspecteur du travail sur le recours de l'employeur ou du médecin du travail. 
Ce recours est introduit dans un délai de deux mois à compter de la notification de la décision de l'inspecteur. 
Le silence gardé pendant plus de quatre mois sur ce recours vaut décision de rejet.