I. – Les programmes d'actions régionaux comprennent, sur tout ou partie des zones vulnérables, les mesures prévues aux 1°, 3°, 7° et 8° du I de l'article R. 211-81, renforcées au regard des objectifs fixés au II de l'article R. 211-80, des caractéristiques et des enjeux propres à chaque zone vulnérable ou partie de zone vulnérable. 
II. – Les programmes d'actions régionaux délimitent les zones correspondant aux zones de captage de l'eau destinée à la consommation humaine mentionnées au 1° du I de l'article R. 212-4 dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre et aux bassins connaissant d'importantes marées vertes sur les plages, mentionnés au 8° du II de l'article L. 211-3, définis par les schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux. Ces zones peuvent être étendues afin d'assurer la cohérence territoriale des mesures. 
Dans ces zones, les programmes d'actions régionaux comprennent une ou plusieurs mesures parmi les mesures suivantes : 
1° L'une ou plusieurs des mesures prévues au I, renforcées au regard de l'état d'atteinte par la pollution des zones considérées ; 
2° Les exigences relatives à une gestion adaptée des terres, notamment les modalités de retournement des prairies ; 
3° Le dispositif de surveillance annuelle de l'azote qui comporte : 
a) La déclaration annuelle des quantités d'azote de toutes origines produites, traitées, épandues, stockées ou cédées ainsi que celle de leurs lieux d'épandage, par les personnes physiques et morales épandant des fertilisants sur des terres agricoles ou dont l'activité génère un fertilisant azoté destiné à l'épandage agricole ; 
b) L'évaluation annuelle par le préfet de région de la pression d'épandage d'azote qui est égale à la quantité d'azote de toutes origines épandue sur des terres agricoles au cours de l'année ramenée à la surface agricole utile. 
Lorsque cette mesure est mise en œuvre, les déclarations annuelles prévues au III de l'article L. 211-3 peuvent être rendues obligatoires. Ces déclarations précisent notamment, pour les expéditions et livraisons de matières fertilisantes azotées mises sur le marché mentionnées aux articles L. 255-2 à L. 255-4 et aux 1° à 4° de l'article L. 255-5 du code rural et de la pêche maritime, leur ventilation selon la localisation du receveur, et pour les échanges de matières fertilisantes autres que celles mentionnées ci-avant, le détail des quantités d'azote par receveur ou fournisseur ; 
4° La limitation du solde du bilan azoté calculé à l'échelle de l'exploitation agricole exprimé en kilogrammes d'azote par hectare ; 
5° L'obligation de traiter ou d'exporter l'azote issu des animaux d'élevage au-delà d'un seuil d'azote produit par les animaux d'élevage à l'échelle de l'exploitation agricole, lorsque les surfaces exploitées ne sont pas suffisantes pour permettre l'épandage des effluents dans le respect de l'équilibre de la fertilisation azotée mentionné au 3° du I de l'article R. 211-81. 
III. – 1° Dans les cantons en excédent structurel d'azote lié aux élevages qui ont été arrêtés à la date du 21 décembre 2011 par les préfets de département en application du décret n° 2011-1257 du 10 octobre 2011, les programmes d'actions régionaux comprennent les mesures définies au 3°, 4° et 5° du II. 
2° Les programmes d'actions régionaux délimitent les zones dans lesquelles la mesure prévue au 3° du II est rendue obligatoire. 
Ces zones incluent au minimum tous les cantons en excédent structurel. Elles peuvent être élargies, dans la limite du département, afin d'assurer la cohérence territoriale de ce dispositif. Des dispositifs de surveillance définis sur des zones plus restreintes peuvent toutefois être maintenus à l'intérieur d'une zone de surveillance élargie. 
3° Les programmes d'actions régionaux définissent, pour chaque zone délimitée conformément au 2°, la valeur de référence, tenant compte d'une marge d'incertitude fixée par arrêté interministériel, qui est égale à la pression d'épandage d'azote de toutes origines au cours de l'année de référence, exprimée en kilogrammes d'azote par hectare. 
4° Les programmes d'actions régionaux comprennent un dispositif à mettre en œuvre dans les zones mentionnées au 2° en cas de dépassement de la valeur de référence assurant le retour à une pression d'épandage d'azote au plus égale à cette valeur de référence. Ce dispositif réduit la pression d'épandage d'azote de toutes origines de chaque exploitation ou élevage de la zone concernée au cours de l'année suivant le constat du dépassement. 
Pour déterminer l'effort de réduction applicable aux exploitations ou élevages, les programmes d'actions régionaux définissent au moins deux classes de pression à partir de la répartition des pressions d'épandage d'azote de toutes origines de l'ensemble des exploitations ou élevages de la zone concernée au cours de l'année du dépassement. 
Pour les exploitations ou élevages de la première classe dont la pression d'épandage est au plus égale à la valeur de référence, la pression d'épandage doit rester en dessous d'un plafond égal à la valeur de référence. 
Pour les exploitations ou élevages dont la pression d'épandage est supérieure à la valeur de référence, l'effort de réduction est proportionné à leur contribution au dépassement. 
5° Les programmes d'actions régionaux peuvent exonérer du dispositif de réduction mentionné au 4° les exploitations agricoles ou élevages respectant les obligations prévues dans le cadre d'un dispositif garantissant le retour à une pression d'azote de toutes origines épandu dans chaque zone mentionnée au 2° au plus égale à la valeur de référence. 
Cet autre dispositif, fondé sur des obligations de résultats en matière de réduction de la pollution azotée, contient au minimum des indicateurs de l'utilisation effective de l'azote par les cultures et des mécanismes de suivi et de contrôle dont il est régulièrement rendu compte au préfet de région. 
IV. – Dans les zones des bassins versants, arrêtées par les préfets de département en application du décret n° 2011-1257 du 10 octobre 2011, où s'appliquaient à la date du 21 décembre 2011 des actions complémentaires, les programmes d'actions régionaux comprennent : 
– soit la mesure mentionnée au 3° du I de l'article R. 211-81, renforcée sous la forme d'une limitation des apports d'azote de toutes origines à l'échelle de l'exploitation agricole ; 
– soit les mesures prévues au 3° et au 4° du II. 
V. – Le préfet de région met fin aux mesures ou dispositifs mentionnés aux articles III et IV dès lors que dans chacune de ces zones les masses d'eaux atteintes ou menacées par la pollution par les nitrates au sens de l'article R. 211-76 ont retrouvé une teneur en nitrate inférieure à 50 milligrammes par litre pendant au moins deux années consécutives et, pour les bassins connaissant d'importantes marées vertes sur les plages mentionnés au 8° du II de l'article L. 211-3, leur bon état mesuré selon les objectifs définis par le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux de leur bassin hydrographique tel que défini à l'article L. 212-3. 
VI. – Les programmes d'actions régionaux comprennent également toute autre mesure utile répondant aux objectifs mentionnés au II de l'article R. 211-80. 
VII. – Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de l'environnement précise les conditions de mise en œuvre du présent article, en particulier la méthodologie d'élaboration des programmes d'actions régionaux, les conditions du renforcement des mesures du programme d'actions national et le cadre technique des programmes d'actions régionaux. Il prévoit notamment la mise en place d'un groupe de concertation réunissant les acteurs concernés par le programme d'actions régional et participant à son élaboration et au suivi de sa mise en œuvre. Il prévoit également la méthodologie d'identification des zones mentionnées au II, les modalités de mise en œuvre des mesures mentionnées au II et la méthodologie de calcul de la valeur de référence et de la marge d'incertitude mentionnées au 3° du III, ainsi que les caractéristiques du dispositif mentionné au 5° du III.