Le comité de prospective, créé au sein de l'agence, a pour rôle de mener une réflexion prospective à moyen et long termes permettant d'éclairer les choix de l'agence et de garantir la cohérence entre sa politique de recherche appliquée, de diffusion du progrès technique et d'innovation et les contrats d'objectifs d'organismes publics de recherche.
   Il donne un avis au conseil d'administration sur les orientations du programme national pluriannuel de développement agricole.
   Il adresse chaque année un rapport au conseil d'administration. Il fait part de son avis au conseil d'administration sur les questions d'intérêt stratégique chaque fois qu'il le juge nécessaire ou que le conseil le lui demande. Il peut faire appel à des avis scientifiques extérieurs.
   Le comité de prospective de l'agence est présidé par le président du conseil d'administration. Il est composé de vingt autres membres ainsi désignés :
   1° Deux membres, nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, parmi les représentants de l'Etat au conseil d'administration ;
   2° Huit membres proposés par le conseil d'administration en son sein et nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture à raison de :
   - cinq représentants des organisations syndicales d'exploitants agricoles ;
   - deux représentants de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture ;
   - un représentant de la Confédération nationale de la mutualité, de la coopération et du crédit agricoles ;
   3° Dix membres choisis en dehors du conseil d'administration, à raison de :
   Quatre représentants des organismes publics de recherche et d'enseignement supérieur, nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de la recherche ;
   Quatre directeurs d'instituts et centres techniques agricoles placés sous la tutelle du ministre chargé de l'agriculture, nommés par arrêté de ce ministre sur proposition de l'association de coordination technique agricole ;
   Un représentant de l'Association nationale des industries alimentaires, nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture sur proposition de l'association ;
   Un représentant du Conseil national de la consommation, nommé par arrêté du ministre chargé de la consommation sur proposition du Conseil national de la consommation parmi les représentants des consommateurs.
   Les mandats des membres du comité de prospective expirent trois ans après la première réunion suivant le renouvellement du comité. Ils sont renouvelables une fois. Tout membre du comité décédé, démissionnaire ou qui perd la qualité au titre de laquelle il a été désigné, est remplacé. Le mandat du nouveau membre expire en même temps que celui des autres membres. Est réputé démissionnaire tout membre du comité dont l'absence à trois séances consécutives est injustifiée.
   Les fonctions des membres du comité de prospective sont gratuites. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour effectivement supportés à l'occasion des réunions peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.
   Les modalités d'organisation et de fonctionnement du comité de prospective sont définies par le règlement intérieur de l'agence.