ANALYSES ET LABORATOIRES CHARGÉS DU DIAGNOSTIC DES INFECTIONS À SALMONELLES
Chapitre Ier : Analyses
1. Transfert et documents d'accompagnement des prélèvements
I. - Le propriétaire et le vétérinaire sanitaire s'assurent chacun en ce qui le concerne que les prélèvements parviennent au laboratoire dans les 48 heures ouvrées suivant leur collecte. Les prélèvements parvenus au laboratoire au-delà de ce délai sont mis en analyse. Dans ce cas, le laboratoire prévient aussitôt de ce retard le préfet du lieu de prélèvement.

II. - Un document précisant l'identification de l'élevage et du bâtiment ou de l'enclos, et en particulier l'identifiant national unique atelier de volailles (INUAV), quand il a été attribué, où le troupeau ayant fait l'objet des prélèvements est détenu, le lieu et la nature du prélèvement, la filière, le stade de production et le mode d'élevage (biologique, en plein air, au sol ou en cages) concernés, l'âge des animaux à la date du prélèvement, l'identité de la personne ayant effectué le prélèvement et le nom du vétérinaire sanitaire responsable de sa réalisation doit accompagner chaque prélèvement transmis pour analyse au laboratoire.
2. Méthode d'analyse
I. - La recherche de Salmonella enterica subsp. enterica dans les prélèvements auxquels il est fait référence au chapitre VII du présent arrêté est réalisée dans le cadre du programme d'accréditation LAB GTA 36 du COFRAC selon les textes de référence correspondant à la norme NF U 47 100. Les souches isolées de ces prélèvements doivent faire l'objet d'un sérotypage complet. Lorsque le laboratoire agréé n'est pas en mesure d'assurer ce sérotypage complet parce qu'il ne s'agit pas d'un sérotype listé à l'annexe C de la norme NF U 47 100, il le fait réaliser par le LNR.

II. - La recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Hadar, Salmonella Infantis, Salmonella Kentucky, Salmonella Typhimurium, et Salmonella Virchow dans les prélèvements prévus aux points 1.1, 1.2 et 2.1.1 de l'annexe I du présent arrêté autres que ceux auxquels il est fait référence au chapitre VII du présent arrêté, la recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Kentucky et Salmonella Typhimurium dans les prélèvements prévus au 2.1.2 de l'annexe I du présent arrêté, et la recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Kentucky et Salmonella Typhimurium dans les prélèvements prévus au point 2.2, de l'annexe I du présent arrêté, autres que ceux auxquels il est fait référence au chapitre VII du présent arrêté, doivent être réalisées dans le cadre du programme d'accréditation LAB GTA 36 du COFRAC selon les textes de référence correspondant à la norme NF U 47 100 ou à la norme NF U 47 101, en fonction du type de prélèvement effectué. Il en est de même pour les prélèvements équivalents réalisés au titre de l'annexe III.

III. - La recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Kentucky et Salmonella Typhimurium dans les prélèvements d'aliments prévus au point 2.2.1., de l'annexe I du présent arrêté doit être réalisée dans le cadre du programme d'accréditation LAB GTA 59 du COFRAC selon le texte de référence correspondant à la norme ISO 6579 ou selon toute autre méthode certifiée par une tierce partie conformément au protocole défini dans la norme NF EN ISO 16 140 (2003) ou la norme NF EN ISO 16 140 (2016).

IV. - Les analyses de surface des œufs, le cas échéant de muscles profonds, doivent être réalisées dans le cadre du programme d'accréditation LAB GTA 59 du COFRAC selon la méthode ISO 6579 ou selon toute autre méthode certifiée par une tierce partie conformément au protocole défini dans la norme NF EN ISO 16 140 (2003) ou la norme NF EN ISO 16 140 (2016).

V. - Les échantillons de fientes prévus aux points 1.2.3 et 2.2 de l'annexe I sont rassemblés au laboratoire puis font l'objet d'une dilution au demi suivie d'une homogénéisation, avant la prise d'essai de 50 grammes sur laquelle l'analyse est ensuite poursuivie conformément au point II du présent article. Il en est de même pour les prélèvements équivalents réalisés au titre de l'annexe III.

VI. - La recherche du profil d'antibiorésistance des souches de Salmonella Kentucky isolées dans le cadre du dépistage réglementaire conformément aux annexes I et III du présent arrêté est effectué à l'Anses (Mission Antibiorésistance, Laboratoire de Sécurité des Aliments de Maisons-Alfort) après envoi sans délai des souches isolées par le laboratoire de première intention.
Chapitre II : Laboratoires
Les prélèvements officiels, prévus par l' article R. 200-1 du code rural et de la pêche maritime , réalisés par le préfet ou un vétérinaire sanitaire désigné par celui-ci, sont analysés dans des laboratoires agréés chargés de mettre en évidence les infections à salmonelles dans les conditions fixées au point A.

Les autres prélèvements obligatoires prévus par le présent arrêté sont analysés :
- soit dans des laboratoires agréés chargés de mettre en évidence les infections à salmonelles dans les conditions fixées au point A ;

- soit dans des laboratoires reconnus chargés de mettre en évidence les infections à salmonelles dans les conditions fixées au point B.
A. - Laboratoires agréés
1. Le laboratoire est accrédité dans le cadre du domaine "essais et analyses en bactériologie animale" (LAB GTA 36) ou "analyses microbiologiques des produits agroalimentaires" (LAB GTA 59) du COFRAC selon les matrices sur lesquelles les analyses sont mises en œuvre ;

2. Les analyses de recherche des salmonelles doivent être effectuées dans le cadre du domaine "essais et analyses en bactériologie animale" (LAB GTA 36) selon les textes de référence correspondant à la norme NF U 47 100 variante précisée au point I-2 ou à la norme NF U 47 101, ou dans le cadre du domaine "analyses microbiologiques des produits agroalimentaires" (LAB GTA 59) du COFRAC selon la norme ISO 6579, ou selon toute méthode alternative certifiée par une tierce partie conformément au protocole défini dans la norme NF EN ISO 16 140 (2003) ou la norme NF EN ISO 16 140 (2016), en fonction du type de prélèvement effectué.

3. Le laboratoire dispose des capacités de sérotypage en routine des sérotypes les plus fréquemment isolés dans l'environnement des filières de production animale et listés à l'annexe C de la norme NF U 47 100.

4. Au laboratoire, les échantillons sont réfrigérés jusqu'à l'analyse, qui doit avoir lieu dans les 48 heures suivant la réception, et dans les 96 heures après l'échantillonnage.

5. Le laboratoire participe :
- pour le programme LAB GTA 36, à tous les essais interlaboratoires organisés par le LNR pour les salmonelles ;

- pour le programme LAB GTA 59, a minima une fois par an pour les essais concernés, à un essai interlaboratoire organisé par un organisateur de comparaisons interlaboratoires (OCIL) accrédité par le COFRAC ou par tout organisme européen équivalent signataire de l'accord multilatéral de reconnaissance.
6. Le responsable du laboratoire est tenu d'informer dans les plus brefs délais le préfet du département où se trouve le couvoir ou l'élevage où a été effectué le prélèvement concerné de tout résultat positif de recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Hadar, Salmonella Infantis, Salmonella Kentucky, Salmonella Typhimurium et Salmonella Virchow pour les volailles de reproduction, de Salmonella Enteritidis, Salmonella Kentucky et de Salmonella Typhimurium pour les poulettes futures pondeuses et les pondeuses d'œufs de consommation, en précisant les informations listées à l'annexe II, chapitre Ier, point 1 (II), du présent arrêté, ainsi que le profil antigénique précis en ce qui concerne les souches de Salmonella Typhimurium définies au sens de l'article 2, point p., notamment le profil antigénique des souches correspondant au variant dit immobile de formule antigénique 1,4,[5],12 :- :-. Le responsable du laboratoire est tenu d'informer également dans les plus brefs délais délai le préfet de la réception de prélèvements non conformes, notamment quant au support de prélèvement, ou lorsqu'il est en mesure de suspecter des anomalies de prélèvement, au regard de la réception de matériel non souillé, ou au regard d'absence de pousse ou de cultures stériles.

7. Le laboratoire est tenu d'expédier les souches isolées conformément à l'article 29 du présent arrêté au LNR Salmonella sp. et Salmonelloses aviaires.

8. Le responsable du laboratoire est tenu de transmettre au fur et à mesure de leur obtention tous les résultats de recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Hadar, Salmonella Infantis, Salmonella Kentucky, Salmonella Typhimurium et Salmonella Virchow pour les volailles de reproduction, de Salmonella Enteritidis, Salmonella Kentucky et de Salmonella Typhimurium pour les poulettes futures pondeuses et les pondeuses d'œufs de consommation, en précisant les informations listées à l'annexe II, chapitre Ier, point 1 (II), du présent arrêté, ainsi que le profil antigénique précis en ce qui concerne les souches de Salmonella Typhimurium définies au sens de l'article 2, point p., sous forme informatisée au système d'information du ministère chargé de l'agriculture. Il informe directement et sans délai le préfet de la réception de prélèvements non conformes, notamment quant au support de prélèvement, ou lorsqu'il est en mesure de suspecter des anomalies de prélèvement, au regard de la réception de matériel non souillé, ou au regard d'absence de pousse ou de cultures stériles.

9. En cas d'urgence justifiée du fait des impacts importants des délais d'analyse, notamment sur la dissémination de l'infection dans la pyramide de production, la sécurité du consommateur, l'économie de l'élevage (investigations des toxi-infections alimentaires collectives, alertes aux étages de reproduction), le laboratoire s'organise, à la demande du préfet, pour conduire les analyses et rendre les résultats dans les meilleurs délais.
B. - Laboratoires reconnus
1. Le laboratoire est accrédité pour les programmes LAB GTA 36 et/ou LAB GTA 59 du COFRAC selon les matrices sur lesquelles les analyses sont mises en œuvre.

2. Les analyses de recherche des salmonelles doivent être effectuées dans le cadre du programme d'accréditation LAB GTA 36 du COFRAC selon les textes de référence correspondant à la norme NF U 47 100 ou à la norme NF U 47 101 ou dans le cadre du programme d'accréditation LAB GTA 59 du COFRAC selon la norme ISO 6579 ou selon toute méthode alternative certifiée par une tierce partie conformément au protocole défini dans la norme NF EN ISO 16 140 (2003) ou la norme NF EN ISO 16 140 (2016), en fonction du type de prélèvement effectué.

3. Le laboratoire dispose des capacités de sérotypage en routine des sérotypes les plus fréquemment isolés dans l'environnement des filières de production animale et listés à l'annexe C de la norme NF U 47 100.

4. Au laboratoire, les échantillons sont réfrigérés jusqu'à l'analyse, qui doit avoir lieu dans les 48 heures suivant la réception, et dans les 96 heures après l'échantillonnage.

5. Pour ce qui concerne les essais réalisés selon la méthode NF U 47 100 ou la méthode NF U 47 101, ou dans le cadre du programme d'accréditation LAB GTA 59 du COFRAC selon la norme ISO 6579 ou selon toute méthode alternative certifiée par une tierce partie conformément au protocole défini dans la norme NF EN ISO 16 140 (2003) ou la norme NF EN ISO 16 140 (2016), le laboratoire participe, a minima tous les deux ans, aux essais interlaboratoires organisés par le LNR pour les salmonelles ou par un organisateur de comparaisons interlaboratoires (OCIL) accrédité à cette fin par le COFRAC ou par tout organisme européen équivalent signataire de l'accord multilatéral de reconnaissance.

6. Le responsable du laboratoire est tenu d'informer dans les plus brefs délais le préfet du département où se trouve le couvoir ou l'élevage où a été effectué le prélèvement concerné de tout résultat positif de recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Hadar, Salmonella Infantis, Salmonella Kentucky, Salmonella Typhimurium et Salmonella Virchow pour les volailles de reproduction, de Salmonella Enteritidis, Salmonella Kentucky et de Salmonella Typhimurium pour les poulettes futures pondeuses et les pondeuses d'œufs de consommation, en précisant les informations listées à l'annexe II, chapitre Ier, point 1 (II), du présent arrêté ainsi que le profil antigénique précis en ce qui concerne les souches de Salmonella Typhimurium définies au sens de l'article 2, point p., notamment le profil antigénique des souches correspondant au variant dit immobile de formule antigénique 1,4,[5],12 :- :-. Le responsable du laboratoire est tenu d'informer également dans les plus brefs délais le préfet de la réception de prélèvements non conformes, notamment quant au support de prélèvement, ou lorsqu'il est en mesure de suspecter des anomalies de prélèvement, au regard de la réception de matériel non souillé, ou au regard d'absence de pousse ou de cultures stériles.

7. Le responsable du laboratoire est tenu de transmettre au fur et à mesure de leur obtention tous les résultats de recherche de Salmonella Enteritidis, Salmonella Hadar, Salmonella Infantis, Salmonella Kentucky, Salmonella Typhimurium et Salmonella Virchow pour les volailles de reproduction, de Salmonella Enteritidis, Salmonella Kentucky et de Salmonella Typhimurium pour les poulettes futures pondeuses et les pondeuses d'œufs de consommation, en précisant les informations listées à l'annexe II, chapitre Ier, point 1 (II), du présent arrêté ainsi que le profil antigénique précis en ce qui concerne les souches de Salmonella Typhimurium définies au sens de l'article 2, point p., sous forme informatisée au système d'information du ministère chargé de l'agriculture.

8. Le laboratoire est tenu d'expédier les souches isolées, conformément à l'article 29 du présent arrêté, au LNR Salmonella sp. et Salmonelloses aviaires.

9. Tout responsable d'un laboratoire souhaitant que son laboratoire soit officiellement reconnu pour les analyses citées aux points 1.1.1., 1.1.2., 1.2.1., 1.2.2., 1.2.3., 1.2.4., 2.1.1., 2.1.2. et 2.2.1 de l'annexe I du présent arrêté dépose auprès du préfet de région du lieu d'implantation du laboratoire un dossier de demande de reconnaissance dont la composition est la suivante :
- une demande de reconnaissance conforme au modèle défini par instruction du ministre chargé de l'agriculture ;

- les éléments confirmant la conformité du laboratoire aux alinéas 1 et  3 du II de l'article R. 202-23 du code rural et de la pêche maritime  ;

- l'engagement du laboratoire à participer aux essais interlaboratoires d'aptitude organisés par le LNR, - le numéro d'accréditation du laboratoire : le laboratoire est accrédité selon la norme NF EN ISO 17025 par le Cofrac ou tout organisme européen équivalent signataire de l'accord multilatérale pris dans le cadre de la coordination européenne des organismes d'accréditation. Il doit également être accrédité pour la norme NF U 47 100 pour une demande de reconnaissance pour le dépistage des salmonelles dans l'environnement des productions animales et pour la norme NF EN ISO 47 101 pour le dépistage des salmonelles chez les oiseaux. Dans le cas où le laboratoire sollicite un agrément provisoire pour une période de 18 mois non renouvelable, au titre de l'article R. 202-23 du code rural et de la pêche maritime, un engagement à obtenir l'accréditation pour les essais correspondant à la reconnaissance sollicitée devra être fourni ; - le justificatif de la capacité du laboratoire à transférer les résultats d'analyse sous forme dématérialisée vers le système d'information du ministère chargé de l'agriculture, et en tout état de cause la description des démarches entreprises à ce jour. Cette capacité devra être justifiée en joignant les documents suivants : - une copie du courrier de qualification EDI (échanges de données informatisés) du laboratoire ou, à défaut, l'engagement de qualification EDI du laboratoire conforme au modèle défini par instruction du ministre chargé de l'agriculture ; - l'engagement à mettre en place tous les éléments nécessaires à la transmission des résultats par EDI (mise à jour dans le Laboratory Information Management System, LIMS, du laboratoire de tous les éléments référentiels relatifs à ces analyses et transmission de l'exhaustivité des résultats.
10. La décision de création d'un réseau de laboratoires reconnus pour la détection de salmonelles est publiée par instruction du ministre chargé de l'agriculture précisant notamment :
- le domaine analytique ;

- la compétence initiale requise ;

- la ou les méthodes reconnues ou les critères de performance à respecter ;

- les critères de recevabilité des laboratoires candidats.
11. La décision de reconnaissance est prise par le préfet de région du lieu d'implantation du laboratoire.

La liste des laboratoires reconnus pour les analyses visées aux points 1.1.1., 1.1.2., 1.2.1., 1.2.2., 1.2.3., 1.2.4., 2.1.1., 2.1.2. et 2.2.1. de l'annexe I du présent arrêté est publiée au Bulletin officiel du ministère chargé de l'agriculture.

12. En cas de résultat défavorable à un essai interlaboratoires, les laboratoires identifient les causes de ces résultats et y apportent, dans les meilleurs délais, les mesures correctives. Afin de valider leur efficacité, le LNR Salmonella sp. et Salmonelloses aviaires peut proposer aux laboratoires concernés de participer à une session d'essai d'inter-comparaison dont les résultats sont transmis au ministre chargé de l'agriculture.

13. La reconnaissance peut être suspendue :

1° En cas de manquement aux obligations résultant des articles R. 202-23 à R. 202-25 du code rural et de la pêche maritime ou des textes pris pour leur application ou au terme de la procédure décrite au point 12 susmentionné ;

2° A la demande d'un laboratoire, au terme d'un préavis de trois mois.

La suspension est levée lorsque les justificatifs fournis par le laboratoire concerné sont approuvés par le préfet. Dans le cas contraire, la décision de retrait de la reconnaissance pour tout ou partie d'analyses est notifiée par le préfet.

14. La reconnaissance peut être retirée :

1° En cas de manquement grave ayant un impact sur l'action des services de l'Etat chargés des contrôles officiels, notamment en ce qui concerne l'obligation mentionnée à l' article L. 201-7 du code rural et de la pêche maritime  de transmettre sans délai à l'autorité administrative tout résultat d'analyse indiquant la détection ou la suspicion d'une infection par des Salmonelles, [ou en cas de défaut de déclaration ou de transmission au LNR selon les modalités définies par instruction du ministère chargé de l'agriculture] ;

2° En cas de perte de l'accréditation ;

3° A la demande d'un laboratoire, au terme d'un préavis de trois mois.

15. Lorsqu'un laboratoire, dont la reconnaissance est suspendue ou retirée, détient des échantillons non analysés, ou en est destinataire, à la date de la suspension ou du retrait, il est tenu de les transférer immédiatement à un laboratoire reconnu désigné par le demandeur de l'analyse.