Sous réserve des nécessités du service, les agents peuvent choisir pour une période de douze mois l'un des quatre systèmes pivots suivants :
-système pivot n° 1 : la durée hebdomadaire de travail est fixée à 35 heures 40 minutes sur cinq jours au sein de la semaine ; sans préjudice de l'horaire variable, la durée quotidienne de travail effectif est de 7 heures 8 minutes ; le nombre de jours RTT est de trois par période de douze mois ;
-système pivot n° 2 : la durée hebdomadaire de travail est fixée à 36 heures sur quatre jours au sein de la semaine comprenant, pour un agent à temps plein, obligatoirement le mardi et le jeudi ; sans préjudice de l'horaire variable, la durée quotidienne de travail effectif est de 9 heures ; le nombre de jours RTT est de trois par période de douze mois si la journée non travaillée est le mercredi ou le vendredi et de cinq jours par période de douze mois si la journée non travaillée est le lundi ;
-système pivot n° 3 : la durée hebdomadaire est fixée à 37 heures sur cinq jours au sein de la semaine ; sans préjudice de l'horaire variable, la durée quotidienne de travail effectif est de 7 heures 24 minutes ; le nombre de jours RTT est de onze par période de douze mois ;
-système pivot n° 4 : la durée hebdomadaire de travail est fixée à 36 heures sur quatre jours et demi au sein de la semaine comprenant, pour un agent à temps plein, obligatoirement le mardi et le jeudi ; sans préjudice de l'horaire variable, la durée quotidienne de travail effectif est de 8 heures ; le nombre de jours RTT est de quatre par période de douze mois si la demi-journée non travaillée est le mercredi ou le vendredi et de cinq jours par période de douze mois si la demi-journée non travaillée est le lundi. 
Compte tenu des spécificités de l'organisation du travail à l'Ecole nationale de la météorologie, les personnels qui y sont en fonction ont la possibilité de choisir les systèmes pivots n° s 2 et 3 ainsi qu'un système pivot dont la durée hebdomadaire est fixée à 38 heures sur cinq jours au sein de la semaine. Dans ce dernier cas et sans préjudice de l'horaire variable, la durée quotidienne de travail effectif est de 7 heures 36 minutes et le nombre de jours RTT est de 17 par période de douze mois. 
L'horaire variable bénéficie, dans chacun des systèmes pivots, du régime de crédit-débit régi par l'article 6 du décret du 25 août 2000 susvisé. Compte tenu de l'horaire variable, le respect de la durée hebdomadaire s'apprécie sur une période d'un mois calendaire. Le nombre maximum d'heures qui peuvent être comptabilisées à tout moment au crédit ou au débit est de douze heures, reportables d'un mois sur l'autre. Toutefois, pour les personnels en fonction à l'Ecole nationale de la météorologie, le respect de la durée hebdomadaire s'apprécie sur un trimestre et le nombre maximum d'heures qui peuvent être comptabilisées à tout moment au crédit ou au débit est de 36 heures, reportables d'un trimestre sur l'autre. 
Au-delà de la modulation quotidienne de leur temps de travail effectif, les agents peuvent utiliser le dispositif de crédit-débit pour s'absenter une journée ou une demi-journée. 
La date de trois jours RTT est fixée chaque année par site géographique, à l'exception de l'Ecole nationale de météorologie qui peut bénéficier de ses propres jours RTT, après avis des  comités techniques compétents. La moitié des jours RTT, au-delà des trois dont la date est fixée par site géographique, peuvent être pris dans les mêmes conditions que les congés annuels.