L'interne en activité de service perçoit, après service fait, conformément aux dispositions des articles R. 6153-2 à R. 6153-2-3 : 
1° Des émoluments forfaitaires mensuels dont le montant, qui varie suivant une ancienneté calculée en fonction du nombre de stages semestriels accomplis et dans laquelle n'entre pas en compte le temps passé en disponibilité ou dans la position spéciale dite sous les drapeaux, est fixé par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé. Ces émoluments suivent l'évolution des traitements de la fonction publique constatée par le ministre chargé de la santé ; ils sont majorés, pour les internes chargés de famille, d'un supplément dont le montant est calculé selon les règles fixées à l'article 10 du décret du 24 octobre 1985 relatif à la rémunération des personnels civils et militaires de l'Etat et des personnels des collectivités territoriales pour le supplément familial de traitement. 
Ne sont pas pris en compte pour le calcul de l'ancienneté les stages semestriels au cours desquels l'activité effective a eu une durée inférieure à quatre mois du fait de l'accomplissement du service national ou d'une disponibilité. 
Lorsqu'un ou plusieurs stages ont été interrompus pendant plus de deux mois au titre des articles R. 6153-13 à R. 6153-18 ou R. 6153-25 les émoluments versés au cours de chaque stage supplémentaire correspondant effectué en application de l'article R. 6153-20 demeurent identiques à ceux du stage le précédant immédiatement. 
Lorsqu'un ou plusieurs stages supplémentaires sont effectués en application de l'article R. 6153-20 pour des raisons autres que celles mentionnées à l'alinéa précédent, les émoluments versés varient de la façon suivante :
-pour le premier semestre supplémentaire, ils demeurent identiques à ceux du stage le précédant immédiatement ;
-pour les autres semestres supplémentaires, ils ne varient pas en fonction de l'ancienneté des intéressés et sont fixés dans l'arrêté mentionné ci-dessus à un montant qui ne peut être inférieur à celui des émoluments dus pour le premier stage du troisième cycle des études médicales ; 
2° S'il ne bénéficie pas dans l'établissement ou l'organisme d'affectation du logement, de la nourriture, du chauffage et de l'éclairage, une indemnité représentative, selon le cas, de tout ou partie de ces avantages, fixée dans les conditions prévues au 1° du présent article ; 
3° Le cas échéant, des indemnités liées au service des gardes et d'astreintes selon des modalités fixées par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé ; 
4° Une prime de responsabilité, versée aux internes de médecine générale lorsqu'ils accomplissent un stage autonome en soins primaires ambulatoires supervisé et aux internes de médecine, pharmacie et odontologie à partir de leur quatrième année d'internat, dont le montant est fixé par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé ; 
5° Des indemnités pour participation, en dehors des obligations de service, à des enseignements et aux jurys de concours, à l'enseignement et à la formation des personnels des établissements hospitaliers. Le montant et les conditions d'attribution de ces indemnités sont fixés par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé ; 
6° Le remboursement de ses frais de déplacements temporaires engagés à l'occasion de leur mission dès lors qu'ils ne peuvent utiliser un véhicule de l'établissement, dans les conditions prévues par la réglementation applicable en la matière aux personnels relevant de la fonction publique hospitalière ; 
7° Les internes de première et deuxième année perçoivent une indemnité de sujétion dont le montant est fixé par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé ; 
8° Une indemnité forfaitaire de transport, versée aux internes qui accomplissent un stage ambulatoire dont le lieu est situé à une distance de plus de quinze kilomètres, tant du centre hospitalier universitaire auquel ils sont rattachés administrativement que de leur domicile. Cette indemnité n'est cumulable avec aucun dispositif de prise en charge totale ou partielle de frais de transport directement versé à l'intéressé. Un arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé en fixe le montant et les modalités de versement ; 
9° Une indemnité forfaitaire d'hébergement versée aux internes lorsqu'ils accomplissent un stage ambulatoire situé dans une zone géographique prévue au 1° de l'article L. 1434-4 ou au I de l'article L. 5125-6 pour les internes en pharmacie. Les internes qui bénéficient d'un hébergement octroyé par une collectivité territoriale ou un établissement public, ou qui bénéficient d'une aide financière versée par une collectivité territoriale pour un hébergement, ou qui disposent d'un logement à titre gratuit, ne perçoivent pas cette indemnité. Un arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, de l'enseignement supérieur, du budget et de la fonction publique en fixe le montant et les modalités de versement. 
10° Une indemnité spéciale non soumise à cotisation au régime de retraite complémentaire, égale à 20 % des émoluments mentionnés au 1°, pour les internes qui exercent leurs fonctions dans un lieu de stage agréé au sens des articles R. 632-28 et R. 632-30 du code de l'éducation situé en Guadeloupe, en Martinique, à Saint-Barthélemy ou à Saint-Martin, et à 40 % de ces mêmes émoluments pour ceux qui exercent leurs fonctions dans un lieu de stage agréé situé en Guyane, à La Réunion, à Mayotte ou à Saint-Pierre-et-Miquelon ; 
11° Le remboursement des frais de transport, versé aux internes précédemment domiciliés sur le territoire métropolitain qui sont affectés dans un lieu de stage agréé mentionné au 10°, lors de leur installation et lors de leur retour après affectation, sur la base du prix du voyage par avion en classe économique.