L'exercice des responsabilités en matière d'installations classées est organisé de la manière suivante au sein du ministère de la défense : 
1. Exploitant d'installations classées : 
Tout chef d'organisme qui exploite une installation classée est chargé d'appliquer les prescriptions relatives à cette exploitation. Il est appelé « exploitant » de l'installation. Il est responsable de l'utilisation, de l'entretien et du maintien en conformité de cette installation classée. Il s'appuie pour ce faire sur un chargé d'environnement. 
Le chef d'état-major des armées, le délégué général pour l'armement, le secrétaire général pour l'administration, les chefs d'état-major d'armée, les directeurs des services interarmées et le directeur général de la sécurité extérieure s'assurent, chacun pour ce qui le concerne, que les exploitants désignés par les actes administratifs disposent des moyens leur permettant de s'acquitter des obligations prévues aux livres Ier, II et V du code de l'environnement. 
2. Responsable de site : 
On entend par site les emprises relevant du ministère de la défense qui accueillent plusieurs exploitants. 
Sur chaque site relevant du ministère de la défense, un responsable de site est désigné selon les modalités suivantes : 
― lorsque, sur le site, coexistent plusieurs exploitants relevant de la responsabilité d'une même autorité, le responsable de site est désigné, après avis du commandant de base de défense, par l'état-major, direction ou service dont relèvent les exploitants ; 
― lorsque les exploitants relèvent de la responsabilité d'autorités différentes, le responsable de site est désigné par le commandant de base de défense, après consultation des états-majors, directions et services concernés. 
Pour l'ensemble des installations classées du site, le responsable de site assure : 
― la coordination entre les polices de l'environnement, de sécurité pyrotechnique et de sûreté nucléaire ainsi que la coordination de la prévention et des secours, notamment avec les autorités extérieures en cas d'accident dépassant les limites du site sous responsabilité militaire ; 
― la diffusion de consignes écrites à l'attention des exploitants : ces consignes, élaborées en application des recommandations ou prescriptions de l'inspection des installations classées de la défense et des autorités délégataires, peuvent porter sur des restrictions d'usage dans une ou plusieurs installations, l'identification des responsables des installations ou les actions à mener en cas de pollution accidentelle ; 
― la coordination des relations avec les populations riveraines, les administrations locales et les sites situés à l'extérieur de l'emprise, en accord avec le commandant de base de défense ; 
― l'examen des conditions d'intégration d'une installation nouvelle et le suivi de l'élaboration des prescriptions techniques applicables aux installations exploitées dans le périmètre de l'emprise concernée ; 
― le suivi et la prise en charge des effets cumulatifs des risques technologiques et des nuisances dus aux installations. 
Les exploitants du site sont placés, pour les installations classées, et notamment leurs effets induits et les risques de pollution de toute origine, sous la coordination du responsable de site.