L'organisme de sélection a la responsabilité de : 
1° L'orientation du programme d'amélioration génétique de la race à moyen et long terme, en conciliant les intérêts de l'ensemble de ses composantes. 
A cet effet :
-il organise la concertation des opérateurs, en vue de la cohérence des actions qui concourent à l'amélioration génétique de la race ou de la population animale sélectionnée concernée ;
-il veille à l'adaptation de la race ou de la population aux systèmes d'élevage et aux attentes des filières, par la définition des objectifs de sélection ;
-il établit les caractères sélectionnés et leur pondération dans tout index de synthèse qui doit accompagner les reproducteurs diffusés, ainsi que les grilles de qualification mâle et femelle si le programme d'amélioration génétique de la race ou de la population le nécessite ;
-il propose les modalités de gestion de la variabilité génétique de la race ou de la population, en cohérence avec les besoins économiques, sanitaires et sociétaux ;
-il veille à la diffusion du progrès génétique. Par ailleurs, il assure la gestion raisonnée des anomalies génétiques et des gènes d'intérêt ;
-il valide la mise en place de nouvelles stations d'évaluation des performances individuelles des animaux dans un cadre collectif. 
2° L'ingénierie spécifique de la morphologie raciale. 
A cet effet :
-il choisit les postes des tables de pointage et est responsable de la formation des agents qu'il habilite en vue de réaliser ce pointage ;
-il s'assure de la bonne organisation de la collecte et de l'enregistrement des données de morphologie par les différents organismes qui la réalisent et qui enregistrent ces informations dans le système national d'information génétique concerné. 
3° La tenue du livre généalogique. 
A cet effet :
-il définit les caractéristiques phénotypiques et génotypiques, et les aptitudes de la race ou population concernée, qui servent notamment :
-à rattacher à la section annexe du livre généalogique les ancêtres femelles présents à titre initial ;
-à mettre en œuvre les modalités d'affectation déductive du code race lors de la certification des parentés par les établissements de l'élevage ;
-à la confirmation, en l'absence d'informations certifiées de parenté, du type racial d'animaux destinés de façon exclusive à la production ;
-il affecte les reproducteurs de race pure, au sens de la réglementation communautaire applicable, à la section principale du livre généalogique ;
-il est seul habilité à enregistrer dans le système national d'information génétique concerné toute information officielle relative à des animaux ou à leur matériel de reproduction provenant d'autres Etats membres de l'Union européenne ou de pays tiers ;
-il établit les critères de définition des différents niveaux de qualification au sein des deux sections réglementaires du livre généalogique, et contribue à l'harmonisation de ces différents critères entre livres homologues européens et internationaux ;
-il a accès pour ses missions réglementaires aux données partagées du système national d'information génétique, relatives à la population qui le concerne ;
-il est responsable de la délivrance de tout document relatif à ses missions, en particulier du document individuel agrégeant les données individuelles, dénommé certificat généalogique, prévu par la réglementation communautaire applicable ;
-il est habilité à gérer les animaux de la race pour laquelle il est agréé et appartenant à des éleveurs dont le siège social de l'exploitation est situé hors du territoire français. 
4° La représentation de la race ou population animale sélectionnée, conformément à l'article D. 653-31 du code rural et de la pêche maritime. 
5° La transmission à la base centrale des systèmes nationaux d'information génétique des données listées ci-dessous :
-données contenues dans le livre généalogique :
-la section du livre généalogique dans laquelle figure tout animal pouvant prétendre à un rattachement racial compte tenu de sa généalogie et des dispositions réglementaires applicables en cette matière ;
-éventuellement, la classe de mérite au sein de sa section, le niveau de qualification, s'il est différent des classes de mérite précédentes ;
-les données des animaux étrangers obtenues par échange avec les organismes officiellement reconnus à l'étranger, pour les animaux introduits sur le territoire français ou pour les ascendants d'animaux nés en France, et jugées nécessaires au dispositif collectif de sélection de la race ;
-la liste des adhérents à l'organisme de sélection :
-les cheptels adhérents à l'organisme de sélection, directement ou via l'association d'éleveurs adhérente à l'organisme de sélection ;
-les entreprises de sélection adhérentes à l'organisme de sélection ;
-les données relatives à la morphologie des animaux :
-identification des pointeurs habilités par l'organisme de sélection et date d'habilitation ;
-données relatives au type de service souscrit par l'éleveur ;
-données relatives à l'identité des animaux pointés ;
-données relatives aux valeurs attribuées à chaque poste de pointage ;
-données complémentaires figurant dans la table de pointage définie par l'organisme de sélection ;
-données relatives au choix et à la définition des postes de pointage dans la race considérée ;
-les index de synthèse uniques officiels ;
-les données relatives à la gestion des affixes :
-déclaration d'affixe à l'élevage ;
-attribution d'affixe à l'animal ; 
6° Les organismes de sélection peuvent mener, ou participer en collaboration avec toute structure compétente, des programmes de recherche appliquée et de recherche de références techniques et économiques en rapport avec leur race.