Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Il est réuni de plein droit à la demande écrite d'un tiers de ses membres ou à celle du ministre de tutelle, sur les points de l'ordre du jour déterminés par eux, dans le délai d'un mois suivant la demande.
L'ordre du jour est porté à la connaissance des membres du conseil d'administration au moins dix jours avant la réunion, sauf en cas d'urgence motivée. Dans ce cas, le délai ne peut être inférieur à quarante-huit heures.
Les documents nécessaires à la bonne compréhension des points sur lesquels le conseil d'administration est appelé à délibérer, ainsi que les projets de délibération, sont communiqués aux membres du conseil cinq jours ouvrés au moins avant la réunion, sauf urgence motivée où le délai ne peut être inférieur à quarante-huit heures. Si ces délais ne sont pas respectés, le point ne peut être maintenu qu'avec l'accord du commissaire du Gouvernement.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est convoqué à nouveau sur le même ordre du jour ; il délibère alors quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le recours à une procédure de consultation écrite du conseil d'administration peut être décidé à titre exceptionnel par le président, lorsque l'urgence nécessite une décision du conseil dans des délais trop brefs pour que cette décision puisse intervenir en séance ordinaire. Cette consultation peut porter sur toute compétence du conseil d'administration à l'exception de celles prévues aux 6°, 11°, 12° et 14° de l'article 5.

Dans ce cas, les membres du conseil d'administration sont consultés individuellement par voie écrite, le cas échéant par courrier électronique, à l'initiative du président. Leur avis et leur vote doivent également être exprimés par écrit dans les mêmes conditions, dans un délai fixé par le président et qui ne peut être inférieur à trois jours ouvrés. Les conditions de quorum normalement en vigueur sont applicables à cette procédure et leur respect s'apprécie au moment du décompte des votes, qui intervient au terme de ce délai.

La question qui fait l'objet de la consultation accélérée est inscrite de plein droit à l'ordre du jour de la plus prochaine réunion du conseil, pour compte rendu du président et indication des avis recueillis et du résultat du vote.
Le directeur général de l'agence et le contrôleur économique et financier assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le conseil d'administration entend le ministre de tutelle à sa demande.
Le conseil d'administration ou son président peut également inviter à assister à tout ou partie de ses réunions toute personne qu'il souhaite entendre.
Le bureau du conseil d'administration est composé du président de l'agence et de neuf membres du conseil d'administration, à savoir le représentant du ministre chargé de la politique de la ville, le représentant du ministre chargé du logement, le représentant du ministre chargé de l'économie, le représentant de la Caisse des dépôts et consignations, deux représentants du groupe Action Logement, le représentant de l'Union nationale des fédérations d'organismes d'habitations à loyer modéré (Union sociale pour l'habitat) et deux représentants du collège défini au 3° de l'article 2. Il se réunit à l'initiative du président. Il examine les éléments nécessaires à la préparation du conseil d'administration, notamment les questions financières. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur général de l'agence et le contrôleur économique et financier assistent aux séances du bureau avec voix consultative.
Le conseil d'administration institue auprès de lui un comité d'audit, dont les membres sont nommés par le conseil d'administration et le président nommé parmi les membres du conseil d'administration. Le conseil d'administration adopte un règlement intérieur du comité d'audit qui en précise la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement.