I. ― Jusqu'à la mise en place du conseil d'administration prévu à l'article L. 1313-4 du code de la santé publique, qui intervient au plus tard le 31 décembre 2010, les délibérations nécessaires au fonctionnement courant de l'agence et mentionnées à l'article R. 1313-14 du même code sont adoptées à la majorité simple par la réunion des membres des conseils d'administration de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail et de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments en fonction avant l'entrée en vigueur de l'ordonnance du 7 janvier 2010 susvisée, chacun des membres disposant de la somme des voix qui lui étaient attribuées dans ces deux conseils d'administration. 
Lors de la mise en place du conseil d'administration prévu à l'article L. 1313-4 du même code et jusqu'à l'entrée en vigueur du règlement intérieur prévu à son article R. 1313-14, les représentants du personnel mentionnés au 6° de l'article R. 1313-4 du même code sont désignés sur proposition du directeur général de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail par arrêté des ministres de tutelle après consultation des représentants des personnels aux conseils d'administration de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail et parmi eux. 
II. ― Jusqu'à la création des comités prévus à l'article L. 1313-6 du code de la santé publique qui intervient au plus tard le 31 décembre 2010, les instances d'expertise de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail, dans leurs compositions respectives à la date d'entrée en vigueur du présent décret, assistent l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail. 
Les délibérations prises par les conseils d'administration de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail pour le versement des vacations aux membres des comités d'experts spécialisés, aux personnalités qualifiées des conseils scientifiques, aux membres des commissions mentionnées aux articles R. 5141-48 et R. 5141-97 du code de la santé publique et aux autres experts nommés par décision du directeur général de chacune de ces agences continuent de s'appliquer jusqu'à l'intervention de délibérations du conseil d'administration de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail. 
III. ― Jusqu'à la publication des arrêtés pris en application du décret du 25 août 2000 susvisé et au plus tard le 31 mars 2011, les règles relatives à l'organisation du temps de travail en vigueur respectivement à l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et à l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail continuent de s'appliquer à leurs personnels respectifs. 
Les émoluments versés sur la base des délibérations prises par les conseils d'administration de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail en application des décrets du 7 mars 2003 et du 26 novembre 2004 susvisés continuent de s'appliquer à leurs personnels respectifs jusqu'à l'intervention de délibérations du conseil d'administration de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail. 
IV. ― Les membres des  comités techniques, des comités d'hygiène et de sécurité et des commissions consultatives paritaires de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail poursuivent leur mandat jusqu'aux prochaines élections professionnelles de l'Agence nationale de sécurité sanitaire, de l'alimentation de l'environnement et du travail. 
Jusqu'à la constitution des nouveaux organismes consultatifs, qui intervient au plus tard le 31 décembre 2010, le directeur général peut réunir en formation conjointe, sous sa présidence, les membres des  comités techniques, des comités d'hygiène et de sécurité et des commissions consultatives paritaires de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail en fonction à la date d'entrée en vigueur du présent décret. 
V. ― Par dérogation aux dispositions de l'article R. 1313-14 du code de la santé publique, le budget primitif de l'établissement mentionné à l'article L. 1313-1 du même code relatif à l'exercice 2010 est arrêté, sur proposition du directeur général, par les ministres chargés de l'agriculture, de la consommation, de l'environnement, de la santé, du travail et du budget. 
Il peut être modifié par le conseil d'administration de l'établissement mentionné à l'alinéa précédent dès sa première réunion. 
Les agents comptables de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'établissement du compte financier relatif à la période allant du 1er janvier 2010 à la veille de la date d'entrée en vigueur du présent décret. S'ils n'ont pas été arrêtés par leurs conseils d'administration respectifs à la date d'entrée en vigueur du présent décret, les comptes financiers seront arrêtés par le conseil d'administration de l'établissement mentionné à l'article L. 1313-1 du code de la santé publique, approuvés par les ministres chargés de l'agriculture, de la consommation, de l'environnement, de la santé, du travail et du budget et transmis par chacun des agents comptables concernés en fonction à la veille de la date d'entrée en vigueur du présent décret au service chargé de la mise en état d'examen territorialement compétent pour transmission au juge des comptes.