Le programme de mesures mentionné au 5° du I de l'article L. 219-9, destiné à atteindre ou à maintenir un bon état écologique des eaux marines, est élaboré et mis en œuvre sur la base de l'évaluation initiale, en se référant aux objectifs environnementaux prévus par l'article R. 219-7 et en tenant compte des types de mesures énumérés à l'annexe VI de la directive n° 2008/56/CE du Parlement européen et du Conseil du 17 juin 2008 mentionnée à l'article R. 219-2.
Le programme tient compte des mesures pertinentes requises au titre de la législation européenne, en particulier au titre des directives n° 91/271/CEE du Conseil du 21 mai 1991 relative au traitement des eaux urbaines résiduaires, n° 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau et n° 2006/7/CE du Parlement européen et du Conseil du 15 février 2006 concernant la gestion de la qualité des eaux de baignade et abrogeant la directive 76/160/CEE, ainsi que des normes de qualité environnementale dans le domaine de l'eau ou des accords internationaux pertinents. Il tient également compte des mesures prises pour la conservation des ressources biologiques de la mer, notamment dans le cadre de la politique commune de la pêche.
Le programme comprend des mesures de protection particulières pour les zones marines susceptibles de constituer des zones spéciales de conservation au titre de la directive n° 92/43/CEE Conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, des zones de protection spéciale au titre de la directive n° 2009/147/CE du Parlement européen et du Conseil du 30 novembre 2009 concernant la conservation des oiseaux sauvages ou des aires marines protégées au sens de l'article L. 334-1.
Il est tenu compte des incidences que ce programme de mesures pourrait avoir sur les eaux situées au-delà des eaux marines sous juridiction, afin de réduire au minimum le risque de dégradation de ces eaux et, si possible, de produire un effet positif sur celles-ci.
Les mesures propres au programme sont assorties de la précision de leur périmètre, de l'autorité à laquelle incombe leur application, des modalités de leur mise en œuvre et de leur contribution à la réalisation des objectifs environnementaux du plan d'action.
Le programme de mesures est assorti du rapport environnemental établi en application des articles L. 122-4 et L. 122-6. L'évaluation préalable des mesures propres au plan d'action pour le milieu marin, et notamment l'évaluation de leur efficacité au regard de leur coût, figure dans le rapport environnemental.
Les mesures, informations et justifications ainsi que les recommandations qui peuvent, dans les cas prévus par le paragraphe 5 de l'article 13 et par l'article 15 de la directive 2008/56/CE du Parlement européen et du Conseil du 17 juin 2008 mentionnée à l'article R. 219-2, être adressées à la Commission européenne sont jointes à la notification qui est faite du programme de mesures dans les trois mois suivant son élaboration.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, de la mer, des pêches maritimes et de la santé précise les méthodes et critères d'élaboration et de mise en œuvre du programme de mesures.