Le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur est une autorité administrative indépendante. 
Pour l'exercice de ses missions, le Haut Conseil s'inspire des meilleures pratiques internationales. Il fonde son action, en ce qui concerne les critères d'évaluation, sur les principes d'objectivité, de transparence et d'égalité de traitement entre les structures examinées et, en ce qui concerne le choix des personnes chargées de l'évaluation, sur les principes d'expertise scientifique au meilleur niveau international, de neutralité et d'équilibre dans la représentation des thématiques et des opinions. Il veille à la prévention des conflits d'intérêts dans la constitution des comités d'experts chargés de conduire les évaluations. Il peut conduire directement des évaluations ou s'assurer de la qualité des évaluations réalisées par d'autres instances en validant les procédures retenues. Il met en mesure les structures et établissements qu'il évalue directement de présenter, à leur demande, des observations tout au long et à l'issue de la procédure d'évaluation. 
Il est chargé : 
1° D'évaluer les établissements d'enseignement supérieur et leurs regroupements, définis à l'article L. 718-3 du code de l'éducation, les organismes de recherche, les fondations de coopération scientifique et l'Agence nationale de la recherche ou, le cas échéant, de s'assurer de la qualité des évaluations conduites par d'autres instances ; 
2° D'évaluer les unités de recherche à la demande de l'établissement dont elles relèvent, en l'absence de validation des procédures d'évaluation ou en l'absence de décision de l'établissement dont relèvent ces unités de recourir à une autre instance ou, le cas échéant, de valider les procédures d'évaluation des unités de recherche par d'autres instances. 
Lorsqu'une unité relève de plusieurs établissements, il n'est procédé qu'à une seule évaluation. Lorsque les établissements décident conjointement de recourir à une autre instance, le Haut Conseil valide les procédures d'évaluation mises en œuvre par cette instance. En l'absence de décision conjointe des établissements de recourir à une autre instance ou en l'absence de validation des procédures d'évaluation, le Haut Conseil évalue l'unité de recherche ; 
3° D'évaluer les formations et diplômes des établissements d'enseignement supérieur ou, le cas échéant, de valider les procédures d'évaluation réalisées par d'autres instances. 
Lorsque ces formations font l'objet d'une demande d'accréditation prévue à l'article L. 613-1 du code de l'éducation, l'évaluation est préalable à l'accréditation ou à sa reconduction. Le Haut Conseil s'assure de la conformité de la formation au cadre national des formations et de l'effectivité de la participation des étudiants à l'évaluation des enseignements ; 
4° De s'assurer de la prise en compte, dans les évaluations des personnels de l'enseignement supérieur et de la recherche, de l'ensemble des missions qui leur sont assignées par la loi et leurs statuts particuliers. Les missions réalisées dans le cadre des dispositifs prévus au chapitre III du titre Ier du livre IV du présent code sont intégrées à cette évaluation ; 
5° De s'assurer de la valorisation des activités de diffusion de la culture scientifique, technique et industrielle dans la carrière des personnels de l'enseignement supérieur et de la recherche ; 
6° D'évaluer a posteriori les programmes d'investissement ainsi que les structures de droit privé recevant des fonds publics destinés à la recherche ou à l'enseignement supérieur. 
Il peut également participer, dans le cadre de programmes de coopération européens ou internationaux ou à la demande des autorités compétentes, à l'évaluation d'organismes étrangers ou internationaux de recherche et d'enseignement supérieur. 
Le décret en Conseil d'Etat mentionné à l'article L. 114-3-6 détermine les règles de confidentialité et de publicité des évaluations des unités de recherche.