Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement. Il exerce, notamment, les attributions suivantes : 
1° Il arrête l'organisation générale de l'agence et son règlement intérieur. Il approuve le règlement du personnel et fixe la liste des emplois de direction ; 
2° Il approuve les conventions nécessaires au fonctionnement de l'agence ; 
3° Il approuve les conventions conclues avec l'Etat ; 
4° Il approuve les conventions passées avec la Caisse des dépôts et consignations fixant notamment le montant annuel et les modalités de sa participation au financement des programmes confiés à l'agence ; 
5° Il approuve la convention avec l'Union des entreprises et des salariés pour le logement (Action Logement) prise en application de l'article L. 313-3 du code de la construction et de l'habitation ; 
6° Il vote le budget et ses modifications. Il approuve le compte financier et décide de l'affectation des résultats. Il adopte les règlements comptables et financiers ; 
7° Il fixe les programmes pluriannuels et annuels d'action de l'agence pour la réalisation des objectifs des programmes confiés à l'agence, notamment le programme national de rénovation urbaine, le programme national de requalification des quartiers anciens dégradés, le nouveau programme national de renouvellement urbain ; 
8° Il établit les règlements généraux et les chartes nécessaires à la mise en œuvre des programmes confiés à l'agence ; 
9° Il approuve les conventions pluriannuelles mentionnées au deuxième alinéa de l'article 10, à l'article 10-1 et au premier alinéa du I de l'article 10-3 de la loi du 1er août 2003 susvisée, après avoir recueilli l'avis du comité d'engagement propre au programme concerné, ainsi que les conventions types de délégation de gestion des concours financiers octroyés au titre de ces conventions ; 
10° Il se prononce sur le volet renouvellement urbain des contrats de ville, pris en application de l'article 6 de la loi n° 2014-173 du 21 février 2014 de programmation pour la ville et la cohésion urbaine, quand les contrats de ville comprennent au moins un des quartiers inscrits sur la liste mentionnée au II de l'article 9-1 de la loi du 1er août 2003 susvisée ; 
11° Il se prononce sur les demandes de missions de maîtrise d'ouvrage faites à l'agence et approuve les conventions qui en résultent ; 
12° Il autorise les emprunts, dans les limites d'un plafond fixé par décret, conformément à l'article 12 de la loi du 1er août 2003 susvisée ; 
13° Il approuve les transactions ; 
14° Il se prononce sur la création ou la cession de sociétés filiales et la prise, l'extension ou la cession de participations financières dans des sociétés, groupements et organismes, mentionnées au II de l'article 10-3 de la loi du 1er août 2003 susvisée ; 
15° Il se prononce, le cas échéant, sur le programme d'actions concourant à promouvoir l'expertise française à l'international en matière de renouvellement urbain, mentionné à l'article 10-4 de la loi du 1er août 2003 susvisée ; 
16° Il délibère sur le rapport annuel d'activité. 
Le conseil d'administration peut, dans les conditions qu'il détermine, déléguer au directeur général de l'agence tout ou partie de ses attributions, à l'exception de celles prévues aux 1°, 3°, 4°, 5°, 6°, 7°, 8°, 11°, 12°, 14°, 15° et 16°.