Le massif jurassien comprend :
   Région Rhône-Alpes
   Département de l'Ain :
   - communes de Salavre et Verjon, dans le canton de Coligny ; communes de Courmangoux, Pressiat, Treffort-Cuissiat, Chavannes-sur-Suran, Pouillat, Germagnat, Corveissiat, dans le canton de Treffort-Cuissiat ;
   - communes de Drom, Simandre-sur-Suran, Ramasse, Villereversure, Revonnas, Bohas-Meyriat-Rignat, Grand-Corent, Cize, Hautecourt-Romanèche, dans le canton de Ceyzériat ;
   - communes de Journans, Saint-Martin-du-Mont, Neuville-sur-Ain, dans le canton de Pont-d'Ain ;
   - communes d'Ambronay, Douvres, Ambérieu-en-Bugey, L'Abergement-de-Varey, Bettant, dans le canton d'Ambérieu-en-Bugey ;
   - communes de Souclin, Vaux-en-Bugey, Saint-Sorlin-en-Bugey, Villebois, Sault-Brénaz, dans le canton de Lagnieu.
   Région Franche-Comté
   Département du Jura :
   - communes de L'Aubépin, Chevreaux, Graye-et-Chamay, Loisia, Montagna-le-Reconduit, Nantey, Saint-Jean-d'Etreux, Senaud, Thoissia, Val-d'Epy, Véria, dans le canton de Saint-Amour ;
   - communes d'Augisey, Beaufort, Gizia, Grosse, Rosay, Rotalier, Saint-Laurent-la-Roche, dans le canton de Beaufort ;
   - communes de Bomay, Geruge, Macomay, Moiron, Vemantois, dans le canton de Lons-le-Saunier ;
   - communes de Château-Chalon, Baume-les-Messieurs, Blois-sur-Seille, Le Fied, Frontenay, Granges-sur-Baume, Ladoye-sur-Seille, Lavigny, La Marre, Ménétru-le-Vignoble, Nevy-sur-Seille, Voiteur, dans le canton de Voiteur ;
   - communes de Barretaine, Besain, Bonnefontaine, Chamole, Chaussenans, Fay-en-Montagne, Miéry, Molain, Picarreau, Plasne, Vaux-sur-Poligny, Poligny, dans le canton de Poligny ;
   - communes d'Arbois, La Châtelaine, Mesnay, Les Planches-près-Arbois, dans le canton d'Arbois ;
   - communes de Blye, Briod, Châtillon, Conliège, Crançot, Mirebel, Montaigu, Nogna, Poids-de-Fiole, Publy, Revigny, Saint-Maur, Verges, Vevy, dans le canton de Conliège.
   Département du Doubs :
   - communes d'Abbans-Dessus, Busy, Lamod, Pugey, Vorges-les-Pins, dans le canton de Boussières ;
   - communes de Saint-Maurice-Colombier, Sourans, Hyémondans, Lanthenans, dans le canton de L'Isle-sur-le-Doubs ;
   - communes de Bouclans, Champlive, Dammartin-les-Templiers, Glamondans, Gonsans, Laissey, Naisey, Nancray, Osse, Ougney-Douvot, Roulans, Vauchamps, dans le canton de Roulans ;
   - communes de Bartherans, By, Cademène, Cessey, Châtillon-sur-Lison, Charnay, Chenecey-Buillon, Chouzelot, Courcelles-Quingey, Cussey-sur-Lison, Echay, Epeugney, Goux-sous-Landet, Montfort, Montrond-le-Château, Myon, Palantine, Poinvillers, Quingey, Ronchaux, Rouhe, Rurey, dans le canton de Quingey ;
   - communes d'Adam-lès-Passavant, Aïssey, Baume-les-Dames, Brétigney-Notre-Dame, Cotebrune, Cusance, Esnans, Guillon-les-Bains, Hyèvre-Magny, Lanans, Lomont-sur-Crête, Montivemage, Passavant, Pont-les-Moulins, Saint-Juan, Servin, Silley-Blefond, Vaudrivillers, Villers-Saint-Martin, dans le canton de Baume-les-Dames ;
   - communes d'Anteuil, Bellevoir, Chaux-lès-Clerval, Chazot, Clerval, Crozey-le-Grand, Crozey-le-Petit, Orve, Rahon, Randevillers, Roche-lès-Clerval, Saint-Georges-Armont, Sancey-le-Long, Sancey-le-Grand, Surmont, Vellerat-lès-Belvoir, Vellevans, Vyt-lès-Bellevoir, dans le canton de Clerval.
   Le massif jurassien comprend en outre :
   Les autres cantons ayant tout ou partie de leur territoire classé en zone de montagne dans les départements de l'Ain, du Doubs et du Jura, ainsi que :
   - les cantons d'Arinthod, Orgelet et Saint-Julien, dans le département du Jura ;
   - le canton de Besançon sud dans le département du Doubs ;
   - le canton de Beaucourt et la commune de Courcelles (canton de Delle), dans le Territoire de Belfort.