Sont entendus comme coûts et pertes d'ordre économique et commercial au sens du quatrième alinéa de l'article R. 361-53 du code rural et de la pêche maritime : 
― les coûts ou pertes liés à l'immobilisation des animaux, en raison de restrictions ou d'interdictions de circulation ou d'échange, sur la base du coût d'alimentation, de soins et d'entretien des animaux immobilisés, de la perte de valeur commerciale des animaux immobilisés, des pertes liées à la suspension de la certification des animaux et des pertes consécutives à la fermeture de marchés ou aux pertes de marchés suite à des restrictions posées par les autorités des pays tiers ; 
― les coûts ou pertes liés au confinement des végétaux, en raison de restrictions ou d'interdictions de circulation ou d'échange, sur la base du coût relatif au stockage et à l'entretien des végétaux immobilisés, de la perte de valeur commerciale des végétaux immobilisés, des pertes liées à la suspension du passeport phytosanitaire européen et des pertes consécutives à la fermeture de marchés ou aux pertes de marchés suite à des restrictions posées par les autorités des pays tiers ; 
― les coûts ou pertes liés à une limitation des zones de pâturage, sur la base du coût d'achat et d'acheminement de fourrages acquis en substitution de la limitation des zones de pâturage ; 
― les coûts ou pertes liés à un changement de destination de la production, sur la base de la différence entre la valeur commerciale de la production issue de la destination prévue et la valeur commerciale de la production issue de la nouvelle destination ; 
― les coûts et pertes liés à une restriction d'utilisation ou de la destruction des produits de l'exploitation, sur la base de la perte de valeur commerciale des produits à utilisation restreinte ou détruits et du coût de destruction des produits ; 
― les coûts liés aux traitements sanitaires ou phytosanitaires, aux mesures de lutte contre les maladies des végétaux, contre les maladies animales ou contre les ravageurs, sur la base du coût d'achat du petit matériel, du coût d'achat et d'application des produits, du coût d'administration des traitements et du coût de mise en œuvre des travaux nécessaires ; 
― les coûts ou pertes liés au déclassement commercial des animaux, des végétaux et de leurs produits, sur la base de la différence entre la valeur commerciale de l'animal, du végétal ou du produit issue de la commercialisation prévue et la valeur commerciale de l'animal, du végétal ou du produit issue de la commercialisation consécutive au déclassement ; 
― les coûts liés à la restriction de l'usage des sols pour les productions végétales, sur la base du coût de destruction et de l'élimination des cultures visées par la mesure de restriction et des coûts liés à la remise en production d'une culture de substitution, y compris le déplacement de tunnels ou abris ; 
—  les coûts ou pertes liés à la restriction de l'usage des sols ou des locaux d'élevage pour les productions animales, sur la base du coût de relocalisation des animaux sur de nouveaux pâturages ou de nouveaux locaux d'élevage et du coût de remise en état de pâturages fonctionnels (accessibilité, sécurité, apport d'eau, semis, etc.)
― les coûts et pertes liés à la restriction ou à l'interdiction de cultiver, sur la base de :
-dans le cas d'une interdiction de cultiver : la différence entre la moyenne olympique des valeurs des cultures saines des cinq années précédentes ou sur la base d'un forfait, et zéro ;
-dans le cas d'une restriction de cultures : la différence entre la moyenne olympique des valeurs des cultures saines des cinq années précédentes ou sur la base d'un forfait, et la valeur de la culture de substitution.