Bassin de la Seine
Département des Ardennes
La Malacquise, le Thon, la Dyonne, le Plumion, l'Agron, la Vaux.
Département de l'Eure
L'Andelle et ses affluents.
Département de la Meuse
L'Aire, l'Aisne, la Biesme, la Chée, l'Ornain, la Saulx.
Département de l'Orne
L'Iton.
Département de la Seine-Maritime
L'Andelle, le Cailly, L'Austreberthe, la Sainte-Gertrude, l'Ambion, la Rançon.
Département de Seine-et-Marne
La Voulzie, le Betz, le Drognon, le Durteint, le Grand Morin, le Loing, le Lunain, le Petit Morin, le Vannetin, l'Aubetin, l'Ecole, l'Orvain, l'Orvanne.
Cours d'eau normands
Département de l'Eure
La Calonne, la Risle et ses affluents.
Département de la Manche
La Sinope en aval du pont de la D 902 de Valognes à Quettehou. La Gloire en aval du pont de la N 13 de Valognes à Cherbourg. La Vanne en aval du pont de la D 58 de Roncey à Hambye. L'Airou en aval du pont de la N 176 de Villedieu-les-Poêles à Avranches. Le Thar en aval du pont de la D 7 de la Haye-Pesnel à Avranches. L'Oir en aval du pont de la D 47 d'Avranches à Isigny-le-Buat. Le Beuvron. La Sée, de l'aval de sa confluence avec la Sée Rousse et la Sée Blanche, à l'amont de sa confluence avec le Glanon.
Département de l'Orne
L'Orne, en amont de sa confluence avec la Maire et ses affluents suivants : la Sennevière ; la Thouanne ; la Cance ; la Baize ; l'Udon ; la Maire ; le Don ; l'Ure.
Les ruisseaux : de Vienne ; de la Fontaine aux Hérons ; de la Guesnerie ; des Vallées ; d'Houay.
La Rouvre et ses affluents suivants : la Gine ; le Val de Breuil et son affluent le ruisseau la Source Philippe ; la Rouvrette ; le Lembronnet ; le Lembron.
Les ruisseaux : de Courteille ; de Duipont ; de la Coulandre ; d'Arthan.
Le Noireau et ses affluents suivants : la Jouvine ; la Druance ; le ruisseau du Vautigé ; le ruisseau de la Diane ; le Troitre ; le Doinus ; la Vère ; la Visance en aval de la retenue de Landisacq.
La Dives.
La Vie.
La Touques et ses affluents suivants : le Chaumont ; le ruisseau des Aumones ; le ruisseau de l'Eglise ; le Bourgel ; la Ménardière.
La Risle.
Département de la Seine-Maritime
La Bresle et ses affluents.
L'Yères et ses affluents.
L'Arques, l'Eaulne, la Béthune, la Varenne et leurs affluents.
La Scie et ses affluents.
La Saâne et ses affluents.
La Durdent et ses affluents.
La Valmont et ses affluents.
Département de la Somme
La Bresle.
Bassin Artois-Picardie
Département du Pas-de-Calais
Le Baillon, le Bras de Bronne, la Course, la Crésquoise, l'Embryenne, la Planquette.
Bassin de la Loire
Département de l'Allier
La Bouble, le Barbenan.
Département de l'Ardèche
Le Lignon du Velay, l'Espézonnette, le Masmejean.
Département d'Eure-et-Loir
L'Huisne.
Département de l'Orne
L'Huisne et les affluents suivants : le Chêne Galon ; la Villette ; la Commauche et son affluent la Jambée ; la Corbionne ; l'Erre ; la Rougette ; la Même et son affluent la Coudre.
La Sarthe et les affluents suivants : l'Hoëne ; la Briante ; le Sarthon ; le ruisseau de Roche-Elie ; le ruisseau d'Ecubei ; le ruisseau de Chandon ; le ruisseau de Glatigny.
La Mayenne et ses affluents : la Gourbe et son affluent le ruisseau la Maure ; la Vée ; le ruisseau des Vallées ; le ruisseau d'Ortel.
La Varenne et ses affluents : l'Halouze ; le ruisseau de Mousse ; l'Andainette ; le ruisseau de Bazeille ; la Pisse ; l'Egrenne ; le ruisseau de Choisel ; la Sonce.
Cours d'eau côtiers au sud de la Loire
Département de la Charente
La Charente, de Taizé-Aizie à Port-du-Lys (limite avec le département de Charente-Maritime), la Touvre, l'Antenne.
Département des Deux-Sèvres
La Sèvre Niortaise en aval du deuxième pont amont de la RN 11 à Niort.
La Courance en aval du pont de la RN 11, commune d'Epannes.
La Boutonne.
Le canal du Mignon en aval du pont de la RN 11 à Mauzé-sur-le-Mignon.
Département de la Vendée
L'Etier du sud du Falleron, l'Etier du Dain, le Grand Etier de Sallertaine, la Vie, le Ligneron, le Jaunay, l'Auzance, l'Ile ou Vertonne, le Lay, l'Yon, la Smagne, le Petit Lay, le Contre Both de Vix, la Sèvre niortaise, l'Etier du Pont Angelier, l'Etier du Pré Colas, le Graon, la Vendée, la Mère, l'Autize.
Département de la Haute-Vienne
Le Bandiat et ses affluents.
Le Nauzon et ses affluents.
La Tardoire et ses affluents.
Cours d'eau bretons
Département du Morbihan
Le Scorff, de l'aval du moulin inférieur de Tronscorff (commune de Langoelan) à l'aval du pont de tramway de Pontivy au Faouët (commune de Berne) et ses affluents suivants : le ruisseau de Saint-Caradec ; le Scaff ; le Saint Sauveur ; le Pont-ar-Bellec ou Bois Ducrocq ; le ruisseau de Lignol. Le Loch en aval du pont du CD 779 de Vannes à Baud (commune de Grandchamp).
Le ruisseau du Temple en aval du pont de la voie communale n° 3 reliant Inzinzac au CD 769 près de Kéroman-Inzinzac (communes d'Inzinzac et Caudan).
Le Kersalo en aval du pont dit Des Trois Recteurs, sur le CD 102 de Plouay à Sainte-Anne-d'Auray (communes de Plouay, Lanvaudan et Inguiniel).
Le Sebrevet en aval du pont du CD 2 (communes de Bubry et Inguiniel).
Département du Finistère
L'Horn en aval du pont de la D 19 (commune de Plouvorn).
Le Guillec en aval du pont de la D 35 (commune de Plouzévédé).
Le Quillimadec en aval de la digue de la retenue de Moulin-Neuf (communes de Saint-Méen et de Trégarantec).
Le Quillivaron en aval de la D 11 de Lampaul-Guimiliau à Plounzoue-Menez (commune de Guimiliau).
Le Camfrout en aval du pont de Saint-Conval à Kerancuru (commune de Hanvec).
Le Squirriou en aval du chemin rural de Kertanguiuy à Kermarzin (commune de Scrignac).
Le Rivoal en aval du pont de la D 30 de Brasparts à Sizun (commune de Saint-Rivoal).
Le Pont l'Abbé en aval du pont de la D 40 (commune de Plogastel-Saint-Germain).
Le Langelin en aval du pont de la D 72 (communes de Briec de l'Odet et Edern).
Le Corroac'h en aval du pont de la D 156 (commune de Pluguffan).
Le Saint Laurent en aval du pont de la N 165 (commune de Concarneau).
Le Moros en aval du pont de la D 44 (commune de Melgven).
Le Belon en aval du pont de la N 165 (communes de Mellac et Le Trévoux).
Le Naïc en aval du pont de la D 177 (commune de Lanvenegen).