Le processus de vérification porte sur le rapport méthodologique et sur les paramètres communiqués dans le questionnaire. Il a pour objet de vérifier la fiabilité, la crédibilité et l'exactitude des données fournies par l'exploitant et d'aboutir à un avis concluant, avec une assurance raisonnable, à la présence ou à l'absence d'inexactitudes significatives dans les données communiquées. 
En plus des exigences définies dans l'arrêté du 31 mars 2008 précité, l'ensemble des exigences minimales ci-après doivent être respectées : 
a) Le vérificateur a planifié et exécuté la vérification avec une attitude de scepticisme professionnel consistant à reconnaître que, dans certaines circonstances, il se pourrait que les informations et les données communiquées contiennent des inexactitudes significatives ; 
b) Le vérificateur n'a validé les paramètres communiqués que lorsque ces paramètres offraient un degré élevé de certitude. Pour parvenir à ce degré élevé de certitude, l'exploitant doit démontrer que : 
― les paramètres communiqués sont exempts d'incohérences ; 
― la collecte des paramètres a été effectuée conformément aux normes ou orientations applicables ; 
― les registres correspondants de l'installation sont complets et cohérents. 
c) Le vérificateur a commencé le processus de vérification par une analyse stratégique de toutes les activités concernées menées dans l'installation et dispose d'une vue d'ensemble de toutes les activités et de leur importance aux fins de l'allocation ; 
d) Le vérificateur a tenu compte des informations figurant dans l'autorisation d'exploiter lors de l'évaluation de la capacité installée initiale des sous-installations ; 
e) Le vérificateur a analysé les risques inhérents et les risques de contrôle liés à l'étendue et à la complexité des activités de l'exploitant et aux paramètres d'allocation qui pourraient entraîner des inexactitudes significatives, et a établi un plan de vérification à la suite de cette analyse de risques ; 
f) Le vérificateur a procédé si nécessaire à une visite du site, afin de contrôler le bon fonctionnement des compteurs et des systèmes de surveillance, de mener des entretiens et de recueillir suffisamment d'informations et d'éléments de preuve. Si le vérificateur a jugé inutile de procéder à une visite du site, il doit être en mesure de justifier pleinement sa décision auprès du préfet ou du ministre chargé de l'environnement ; 
g) Le vérificateur a mené à bien le plan de vérification en recueillant les données, y compris les éventuels éléments utiles complémentaires, qui serviront de base à son avis, au moyen des procédures d'échantillonnage, tests de cheminement, analyses documentaires, procédures d'analyse et procédures d'examen des données prévus ; 
h) Le vérificateur a demandé à l'exploitant de fournir les données manquantes ou de compléter les chapitres manquants des journaux d'audit, d'expliquer les variations apparaissant dans les paramètres ou les données d'émission, ou de revoir les calculs, ou d'ajuster les données communiquées ; 
i) Le vérificateur a préparé un rapport de vérification interne. Le rapport de vérification contient les éléments indiquant que l'analyse stratégique, l'analyse des risques et le plan de vérification ont été menés de manière exhaustive et fournit suffisamment d'informations pour étayer l'avis. Le rapport de vérification interne doit également faciliter l'évaluation potentielle de la correcte vérification par l'administration ; 
j) Le vérificateur s'est prononcé sur la présence d'inexactitudes significatives dans les paramètres communiqués, ainsi que sur l'existence d'autres éléments décisifs pour l'avis, sur la base des constatations figurant dans le rapport de vérification interne ; 
k) Le vérificateur a présenté la méthode de vérification, les constatations qu'il a faites et l'avis auquel il est parvenu dans un rapport de vérification adressé à l'exploitant, que celui-ci doit soumettre au préfet avec le rapport méthodologique et les paramètres communiqués. 
Aucun quota d'émission à titre gratuit n'est affecté à une installation lorsque les données la concernant n'ont pas fait l'objet d'un avis d'assurance raisonnable. 
La fiche d'allocation d'une installation dont les données n'ont pas fait l'objet d'un tel avis ne peut être transmise au ministre chargé de l'environnement que lorsque le préfet a pu établir que les lacunes à l'origine des conclusions du vérificateur sont dues à des circonstances exceptionnelles et imprévisibles que même le déploiement de toute la diligence requise n'aurait pas permis d'éviter et qui échappent au contrôle de l'exploitant de l'installation concernée. 
Après la vérification, le préfet s'assure de l'absence de double comptage et de chevauchement entre sous-installations.