I. – Le conseil d'administration de l'agence est constitué, outre le président, de 34 membres nommés ou élus : 
1° Onze représentants, élus par et parmi les membres du collège du comité de bassin mentionné au 1° de l'article L. 213-8, sans que cette désignation puisse porter effet au-delà de la durée de ce mandat ; 
2° Onze représentants, choisis parmi les membres du collège du comité de bassin mentionnés au 2° de l'article L. 213-8, dont : 
a) Un représentant des professions agricoles et un représentant des professionnels de la pêche ou de l'aquaculture, choisis par les membres du sous-collège des usagers professionnels des secteurs de l'agriculture, de la sylviculture, de la pêche, de l'aquaculture, de la batellerie et du tourisme ; 
b) Un représentant des professions industrielles, choisi par les membres du sous-collège des usagers professionnels du secteur industriel et de l'artisanat ; 
c) Un représentant des fédérations départementales des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique, un représentant d'une association agréée de protection de l'environnement et un représentant d'une association nationale de consommateurs, choisis par les membres du sous-collège des usagers non professionnels ; 
d) Cinq autres représentants choisis par et parmi les membres de l'ensemble du collège. 
3° Onze représentants de l'Etat ou de ses établissements publics ; 
4° Un représentant du personnel de l'agence de l'eau élu par ce personnel sur proposition des organisations syndicales habilitées à présenter des candidats à l'élection du comité technique de l'établissement. Un suppléant est désigné selon les mêmes modalités. Le représentant du personnel et son suppléant sont élus pour une durée de six ans. 
II. – Les représentants du collège mentionné au 1° de l'article L. 213-8 sont élus au scrutin de liste à un tour sans adjonction ni suppression de noms et sans modification de l'ordre de présentation. Chaque liste est constituée d'autant de noms qu'il y a de sièges à pourvoir. Les sièges sont répartis entre toutes les listes à la représentation proportionnelle suivant la règle de la plus forte moyenne. 
Les listes qui n'ont pas obtenu au moins 5 % des suffrages exprimés ne sont pas admises à la répartition des sièges. 
Si plusieurs listes ont la même moyenne pour l'attribution du dernier siège, celui-ci revient à la liste qui a obtenu le plus grand nombre de suffrages. En cas d'égalité de suffrages, le siège est attribué au plus âgé des candidats susceptibles d'être proclamés élus. 
III. – La liste des représentants, ès qualités, de l'Etat et de ses établissements publics est fixée par décret. 
IV. – Le président du conseil d'administration est nommé pour trois ans par décret. 
Le conseil élit pour trois ans deux vice-présidents choisis, l'un, parmi les représentants désignés par les membres du collège du comité de bassin mentionné au 1° de l'article L. 213-8, l'autre, parmi les représentants désignés par les membres du collège du comité de bassin mentionné au 2° de l'article L. 213-8. 
En cas d'absence ou d'empêchement, le président est remplacé par le premier vice-président ou, si ce dernier est lui-même absent ou empêché, par le second vice-président.