Le GCIIE organise deux pôles de la coordination nationale pour une durée allant jusqu'au 31 décembre 2012. 
D'une part, le pôle de la coordination nationale sur les bilans d'émissions de gaz à effet de serre définis par l'article 75 de la loi n° 2010-788 du 12 juillet 2010 portant engagement national pour l'environnement. Ses missions sont définies à l'article R. 229-49 du code de l'environnement. 
Il propose au GCIIE pour avis les choix méthodologiques nécessaires à la réalisation des bilans d'émissions de gaz à effet de serre et permettant d'assurer la cohérence des résultats vis-à-vis notamment des obligations résultant des conventions internationales, des directives et décisions européennes. Le pôle s'appuie à ce titre sur les principes de la norme ISO 14064-1 « Gaz à effet de serre. ― Partie 1 : Spécification et directives, au niveau des organisations, pour la quantification et la déclaration des gaz à effet de serre et leur suppression » ou de toute méthode de référence internationalement reconnue qui présente des exigences équivalentes. 
Il prépare la mise à disposition d'une méthode d'établissement du bilan d'émissions de gaz à effet de serre pour les collectivités territoriales respectant les exigences mentionnées à l'article 2 du décret n° 2011-829 du 11 juillet 2011 relatif au bilan des émissions de gaz à effet de serre et au plan climat-énergie territorial. 
Il s'assure, en collaboration avec le pôle de la coordination nationale des inventaires territoriaux, de la cohérence dans les méthodes concernant les émissions directes de gaz à effet de serre. 
Ce pôle est piloté par la direction générale de l'énergie et du climat ; son secrétariat est assuré par l'agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (ADEME). La liste des membres de ce pôle est détaillée à l'annexe IV. 
Le pôle s'appuie notamment sur les travaux du comité de gouvernance de la Base Carbone de l'ADEME pour la proposition de facteurs d'émissions par défaut mis à disposition des entités éligibles pour la réalisation, dans le cadre de l'application de l'article 75, de leurs bilans d'émissions de gaz à effet de serre. 
D'autre part, le pôle de la coordination nationale des inventaires territoriaux, prévus aux articles L. 221-6, L. 222-1 et R. 222-15 du code de l'environnement, et définis comme un inventaire d'émissions directes de polluants atmosphériques et gaz à effet de serre, sur un territoire donné en France. 
Ce pôle élabore et propose au GCIIE pour avis la méthode d'inventaire territorial des émissions directes de polluants atmosphériques et gaz à effet de serre dans les agglomérations de plus de 250 000 habitants et dans les zones en dépassement ou risque de dépassement de normes de la qualité de l'air. Cette méthode précise les bases de données et les facteurs d'émission utilisés, ainsi que les modalités de calcul des émissions. 
Il veille en lien avec le GCIIE, à la cohérence avec les formats d'inventaires encadrés par les Directives et Protocoles relatifs aux inventaires d'émissions et s'assure, en collaboration avec le pôle de la coordination nationale sur les bilans d'émissions de gaz à effet de serre, de la cohérence dans les méthodes concernant les émissions directes de gaz à effet de serre. 
Ce pôle propose et évalue toutes les évolutions méthodologiques utilisées dans les inventaires d'émissions territoriaux nécessaires à l'évaluation de la qualité de l'air. Notamment, les organismes agréés pour la surveillance de la qualité de l'air présenteront à ce pôle toutes les évolutions envisagées dans leurs inventaires. 
Ce pôle est également chargé de mettre en place un dispositif de mise à jour des inventaires territoriaux à travers la rédaction de projets de conventions d'échanges de données entre le ministère en charge de l'écologie, les autres organismes détenteurs de données et les organismes agréés pour la surveillance de la qualité de l'air. 
Il s'assure de la qualité de réalisation des inventaires territoriaux, notamment par l'analyse des audits techniques des inventaires réalisés dans les organismes agréés pour la surveillance de la qualité de l'air par le dispositif national de surveillance de la qualité de l'air. 
Il rend compte annuellement au GCIIE de la mise en œuvre des inventaires territoriaux. 
Ce pôle est piloté par la direction générale de l'énergie et du climat, et son secrétariat est assuré par l'Institut national de l'environnement industriel et des risques (INERIS). 
La liste des membres de ce pôle est détaillée à l'annexe V. 
L'animation des productions du pôle de la coordination nationale des inventaires territoriaux sera assurée conjointement par la Fédération nationale des associations agréées de surveillance de la qualité de l'air (ATMO France), le Centre interprofessionnel technique d'études de la pollution atmosphérique (CITEPA) et l'INERIS.