Il est créé un établissement public de l'Etat à caractère administratif dénommé : " Agence française pour la biodiversité ". 
L'agence contribue, s'agissant des milieux terrestres, aquatiques et marins : 
1° A la préservation, à la gestion et à la restauration de la biodiversité ; 
2° Au développement des connaissances, ressources, usages et services écosystémiques attachés à la biodiversité ; 
3° A la gestion équilibrée et durable des eaux ; 
4° A la lutte contre la biopiraterie. 
L'agence apporte son appui scientifique, technique et financier à l'élaboration, à la mise en œuvre et à l'évaluation des politiques de l'Etat et des collectivités territoriales et de leurs groupements menées dans son domaine de compétence. Elle soutient et évalue les actions des personnes publiques et privées qui contribuent à la réalisation des objectifs qu'elle poursuit. Elle contribue à la mise en réseau des initiatives de ces personnes et au développement des filières économiques de la biodiversité. Elle soutient les filières de la croissance verte et bleue dans le domaine de la biodiversité, en particulier le génie écologique et le biomimétisme. Elle assure l'évaluation de l'impact du changement climatique sur la biodiversité et le suivi des actions françaises dans ce domaine dans le cadre de l'agenda des solutions de la convention-cadre des Nations Unies sur les changements climatiques, signée à New York le 9 mai 1992. 
L'agence apporte son soutien à l'Etat pour l'élaboration de la stratégie nationale pour la biodiversité définie à l'article L. 110-3, assure le suivi de sa mise en œuvre et inscrit son activité dans le cadre de cette stratégie et des objectifs définis à l'article L. 211-1. Elle promeut la cohérence des autres politiques de l'Etat susceptibles d'avoir des effets sur la biodiversité et sur l'eau. 
Son intervention porte sur l'ensemble des milieux terrestres, aquatiques et marins du territoire métropolitain, des collectivités régies par l'article 73 de la Constitution, des collectivités de Saint-Martin et de Saint-Pierre-et-Miquelon, ainsi que des Terres australes et antarctiques françaises, y compris dans les eaux placées sous la souveraineté ou la juridiction de l'Etat, ainsi que sur les espaces appartenant au domaine public maritime ou au plateau continental. 
Elle peut aussi mener des actions à Saint-Barthélemy, dans les îles Wallis et Futuna, en Polynésie française, en Nouvelle-Calédonie et dans ses provinces, à la demande de ces collectivités. Le choix, l'organisation et la mise en œuvre de ces actions sont prévus par convention entre les parties. 
Le représentant de l'Etat dans la région, le représentant de l'Etat dans le département et le préfet maritime veillent à la cohérence et à la complémentarité des actions de l'agence avec celles conduites par les administrations et les autres établissements publics de l'Etat, notamment à l'égard des collectivités territoriales. 
L'Agence française pour la biodiversité et les collectivités territoriales coordonnent leurs actions dans les domaines d'intérêt commun. Les régions et l'Agence française pour la biodiversité peuvent mettre en place conjointement des délégations territoriales, dénommées agences régionales de la biodiversité, auxquelles peuvent notamment s'associer les départements, en particulier au titre de leur compétence en matière d'espaces naturels sensibles. Ces délégations exercent tout ou partie des missions de l'agence, à l'exception des missions de police de l'environnement. Elles peuvent être constituées en établissements publics de coopération environnementale mentionnés à l'article L. 1431-1 du code général des collectivités territoriales. Dans les départements et collectivités d'outre-mer, ces délégations peuvent être constituées à la demande de plusieurs collectivités mentionnées au présent article et exercent alors leurs compétences sur tout ou partie du territoire de ces collectivités.