Auprès de chaque établissement pénitentiaire, le juge de l'application des peines détermine pour chaque condamné les principales modalités du traitement pénitentiaire. Dans les limites et conditions prévues par la loi, il accorde les placements à l'extérieur, la semi-liberté, les réductions, fractionnements et suspensions de peines, les autorisations de sortie sous escorte, les permissions de sortir, la libération conditionnelle, le placement sous surveillance électronique ou il saisit la juridiction compétente pour aménager l'exécution de la peine. Sauf urgence, il statue après avis de la commission de l'application des peines. pour l'octroi des réductions de peine, des autorisations de sortie sous escorte et des permissions de sortir.
Cette commission est réputée avoir rendu son avis si celui-ci n'est pas intervenu dans le délai d'un mois à compter du jour de sa saisine.
Le juge de l'application des peines donne en outre son avis, sauf urgence, sur le transfert des condamnés d'un établissement à un autre.
La commission de l'application des peines est présidée par le juge de l'application des peines ; le procureur de la République et le chef de l'établissement en sont membres de droit.
Les mesures énumérées au premier alinéa, à l'exception des réductions de peines n'entraînant pas de libération immédiate et des autorisations de sortie sous escorte, ne peuvent être accordées sans une expertise psychiatrique préalable à une personne condamnée pour meurtre ou assassinat d'un mineur précédé ou accompagné d'un viol, de tortures ou d'actes de barbarie, ou condamnée pour l'une des infractions visées aux articles 222-23 à 222-32 et 227-25 à 227-27 du code pénal. L'expertise est réalisée par trois experts lorsque la personne a été condamnée pour le meurtre, l'assassinat ou le viol d'un mineur de quinze ans.
Les mesures de placement à l'extérieur, de semi-liberté, de fractionnement et suspension des peines, de placement sous surveillance électronique et de libération conditionnelle sont accordées, ajournées, refusées, retirées ou révoquées par décision motivée du juge de l'application des peines saisi d'office, sur la demande du condamné ou sur réquisition du procureur de la République. Cette décision est rendue, après avis du représentant de l'administration pénitentiaire, à l'issue d'un débat contradictoire tenu en chambre du conseil, au cours duquel le juge de l'application des peines entend les réquisitions du ministère public et les observations du condamné ainsi que, le cas échéant, celle de son avocat ; elle peut être attaquée par la voie de l'appel par le condamné, par le procureur de la République et par le procureur général, dans le délai de dix jours à compter de sa notification. L'appel est porté devant la chambre des appels correctionnels.
Les décisions du juge de l'application des peines sont exécutoires par provision. Toutefois, lorsque l'appel du ministère public est formé, dans les vingt-quatre heures de la notification, contre une décision accordant l'une des mesures prévues par le sixième alinéa, il suspend l'exécution de cette décision jusqu'à ce que la cour ait statué. L'affaire doit venir devant la cour d'appel au plus tard dans les deux mois suivant l'appel du parquet, faute de quoi celui-ci est non avenu.
Un décret détermine les modalités d'application des deux alinéas précédents. Ce décret précise la localisation des débats contradictoires que doit tenir le juge de l'application des peines lorsqu'ils concernent des condamnés incarcérés.