La conférence de la santé et de l'autonomie de Mayotte est composée de sept collèges dont les membres ont voix délibérative : 
1° Le collège des représentants des collectivités territoriales comprenant : 
a) Le président du conseil général de Mayotte ; 
b) Deux conseillers généraux désignés par le conseil général de Mayotte ; 
c) Deux représentants des communes et groupements de communes de Mayotte désignés par l'Association des maires de France et l'assemblée des communautés de France ; 
2° Le collège des représentants des usagers de services de santé ou médico-sociaux comprenant : 
a) Un représentant des associations d'usagers du système de santé ; 
b) Un représentant des associations de personnes âgées ; 
c) Un représentant des associations de personnes handicapées. 
Ces représentants sont désignés par le directeur général de l'agence de santé de l'océan Indien après appel à candidatures qu'il organise. Toutefois, lors du prochain renouvellement de ce collège, les membres mentionnés aux b et c sont désignés par le directeur général de l'agence de santé sur proposition respectivement du conseil départemental des retraités et personnes âgées mentionné à l'article L. 149-1 du code de l'action sociale et des familles et du conseil départemental consultatif des personnes handicapées mentionné à l'article L. 146-2 de ce même code, s'ils sont constitués. 
3° Le collège des partenaires sociaux comprenant : 
a) Cinq représentants des organisations syndicales de salariés représentatives désignés par celles-ci, sur proposition de leurs instances territoriales ; 
b) Trois représentants des organisations professionnelles d'employeurs représentatives désignés par celles-ci, sur proposition de leurs instances territoriales ; 
c) Un représentant des organisations syndicales représentatives au niveau local des artisans, commerçants et des professions libérales désigné par le directeur de l'agence de santé de l'océan Indien, sur proposition conjointe de la chambre territoriale des métiers et de l'artisanat, de la chambre territoriale de l'industrie et du commerce et d'une organisation représentative des professions libérales ; 
d) Un représentant des organisations syndicales représentatives des exploitants agricoles désigné par la chambre territoriale d'agriculture ; 
4° Le collège des acteurs de la cohésion et de la protection sociales comprenant : 
a) Un représentant d'associations œuvrant dans le champ de la lutte contre la précarité désigné après appel à candidatures organisé dans des conditions fixées par le directeur général de l'agence de santé de l'océan Indien ; 
b) Deux représentants de la caisse de sécurité sociale de Mayotte ; 
c) Un représentant des caisses d'allocations familiales désigné par le conseil de la caisse d'allocations familiales dont il dépend ; 
5° Le collège des acteurs de la prévention et de l'éducation pour la santé comprenant : 
a) Un représentant de chacun des services de santé scolaire et universitaire désignés par le vice-recteur d'académie de Mayotte ; 
b) Un représentant des services de santé au travail désigné par le chef du service de l'Etat à Mayotte chargé du travail et de l'emploi ; 
c) Un représentant des services de protection et de promotion de la santé maternelle et infantile désigné par le président du conseil général de Mayotte ; 
d) Un représentant des organismes ou associations œuvrant dans le champ de la promotion, de l'éducation pour la santé et de la protection de l'environnement désigné par le directeur général de l'agence de santé de l'océan Indien. 
6° Le collège des offreurs des services de santé comprenant : 
a) Cinq représentants des établissements de santé ; 
b) Deux représentants d'établissements accueillant des personnes handicapées et d'établissements accueillant des personnes âgées ; 
c) Un représentant des personnes morales gestionnaires d'institutions accueillant des personnes en difficulté sociale, désigné par le directeur général de l'agence de santé de l'océan Indien ; 
d) Deux représentants des professionnels de santé libéraux désignés par le directeur général de l'agence de santé de l'océan Indien sur propositions des syndicats des professionnels de santé libéraux existants à Mayotte ; 
e) Deux représentants des services de secours et des transporteurs sanitaires désignés par le directeur général de l'agence de santé de l'océan Indien ; 
f) Un représentant de l'ordre des médecins désigné par le président du conseil régional de l'ordre. 
7° Le collège des personnalités qualifiées comprenant deux personnalités qualifiées désignées par le directeur général de l'agence de santé de l'océan Indien en raison de leur qualification dans les domaines de compétence de la conférence.