I. ― Le comité, placé auprès du président du conseil régional et du préfet de région, constitue un lieu d'information, d'échange et de consultation sur tout sujet ayant trait aux continuités écologiques, à leur préservation et à la remise en bon état de ces continuités au sein de la région, y compris en ce qui concerne les initiatives et avancées dans les régions voisines, le cas échéant transfrontalières. 
II. ― Il est associé à l'élaboration, à la mise à jour et au suivi du schéma régional de cohérence écologique, prévu à l'article L. 371-3 et du schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires prévu par l'article L. 4251-1 du code général des collectivités territoriales. Il  s'assure de la prise en compte des orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologiques. Il veille, en lien avec le comité de bassin, à la prise en compte des éléments pertinents des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux. 
Le président du conseil régional porte à la connaissance du comité l'analyse des résultats obtenus du point de vue de la préservation et de la remise en bon état des continuités écologiques par la mise en œuvre du schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires ou du schéma d'aménagement régional ou, conjointement avec le préfet de région, ceux obtenus par la mise en œuvre du schéma régional de cohérence écologique.
L'avis du comité peut notamment être recueilli sur le projet de schéma régional de cohérence écologique avant l'enquête publique prévue au quatrième alinéa de l'article L. 371-3 ainsi que préalablement aux décisions du conseil régional et du préfet de région, mentionnées aux quatrième et quinzième alinéas de l'article L. 371-3, d'adopter, de maintenir en vigueur ou de réviser le schéma régional de cohérence écologique. 
III. ― Le président du conseil régional et le préfet de région peuvent, chacun en ce qui le concerne et dans le cadre de leurs compétences respectives, consulter le comité régional sur toute mesure réglementaire, tout document de planification ou projet sur lesquels ils sont amenés à émettre un avis ou prendre une décision, dès lors que cet avis ou cette décision traitent expressément des continuités écologiques identifiées dans le schéma régional de cohérence écologique dans le schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires ou dans le schéma d'aménagement régional  ou sont susceptibles d'avoir un effet notable sur ces continuités, leur préservation ou leur remise en bon état. 
Le comité est informé, avant son adoption, du contenu du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux, en particulier des aménagements et dispositions retenus pour la mise en place de la trame bleue identifiée dans le schéma régional de cohérence écologique dans le schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires ou dans le schéma d'aménagement régional. 
IV. ― Le comité peut être consulté sur tous les sujets relatifs aux stratégies régionales et locales de la biodiversité. 
V. ― Le comité est informé par le président du conseil régional et le préfet de région des travaux scientifiques menés sur les continuités écologiques, leur préservation ou leur remise en bon état au sein de la région ou des régions voisines, y compris transfrontalières, s'ils en ont connaissance.