Les stages, d'une durée d'un semestre, sont proposés tous les six mois au choix des étudiants de troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques. Pour la phase socle, ils choisissent par ancienneté de fonctions validées pour un nombre entier de semestres. A ancienneté égale, le choix s'effectue selon le rang de classement au concours. Pour la phase d'approfondissement, le choix se fait par ancienneté et en fonction du projet professionnel mentionné dans le contrat de formation. Pour la phase de consolidation, les étudiants établissent une liste de vœux de lieux de stages agréés selon une procédure prévue par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur et du ministre de la défense. 
Le directeur général de l'agence régionale de santé procède aux affectations semestrielles dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur. 
Sont notamment exclus de cette répartition, les laboratoires industriels, les organismes de santé et les laboratoires agréés au titre de l'année de recherche. 
Pour effectuer un stage dans des laboratoires industriels ou des organismes de santé, l'étudiant doit obtenir l'accord écrit du responsable du stage préalablement aux opérations de choix et de manière indépendante à celles-ci ainsi que, pour les assistants des hôpitaux des armées, l'accord écrit de l'autorité militaire. 
La liste des postes effectivement accessibles aux étudiants pour un stage semestriel est déterminée en fonction du nombre prévisible d'internes appelés à choisir, déduction faite de ceux qui, effectuant un stage dans un laboratoire industriel, un organisme de santé ou une année de recherche, en ont prévenu les autorités compétentes au moins deux mois à l'avance. 
Les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et le ministre de la défense fixent, par arrêté, les conditions dans lesquelles les étudiants peuvent être autorisés à accomplir des stages semestriels à l'étranger ou dans une région autre que celle dans laquelle ils ont été affectés à l'issue de la procédure nationale de choix mentionnée à l'article D. 633-8. 
Nul ne peut poursuivre le troisième cycle spécialisé des études pharmaceutiques dès lors qu'il n'a pas validé ses semestres de formation ou une des phases prévues à l'article D. 633-11 la composant dans un délai correspondant à deux fois la durée réglementaire de la formation ou de la phase telle que prévue par la maquette de la spécialité suivie. Toutefois, une dérogation exceptionnelle, en raison de la situation particulière de l'étudiant, peut être accordée par le président de l'université après avis du directeur de l'unité de formation et de recherche dispensant des formations pharmaceutiques. 
Le délai mentionné à l'alinéa précédent est allongé de la durée des congés prévus aux 2° et 3° de l'article D. 633-16 du présent code, de la durée de l'année de recherche prévue à l'article D. 633-13 du présent code et de la durée d'une thèse de doctorat mentionnée au  2° de l'article R. 6153-26 du code de la santé publique , les cas échéants. 
Pour les assistants des hôpitaux des armées, le délai prévu au sixième alinéa est allongé de la durée des congés prévus aux 2° et 3° du II de l'article D. 633-30.