I. – Pour chaque site Natura 2000, un document d'objectifs définit les orientations de gestion, les mesures prévues à l'article L. 414-1, les modalités de leur mise en oeuvre et les dispositions financières d'accompagnement. 
Le document d'objectifs est compatible ou rendu compatible, lors de son élaboration ou de sa révision, avec les objectifs environnementaux définis par le plan d'action pour le milieu marin prévu aux articles L. 219-9 à L. 219-18, lorsqu'ils concernent les espèces et les habitats justifiant la désignation du site. 
II. – Pour l'élaboration et le suivi de la mise en oeuvre du document d'objectifs, un comité de pilotage Natura 2000 est créé par l'autorité administrative. 
Ce comité comprend les collectivités territoriales intéressées et leurs groupements concernés ainsi que, notamment, des représentants de propriétaires, exploitants et utilisateurs des terrains et espaces inclus dans le site Natura 2000. Les représentants de l'Etat y siègent à titre consultatif. 
III. – Les représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements désignent parmi eux le président du comité de pilotage Natura 2000 ainsi que la collectivité territoriale ou le groupement chargé de l'élaboration du document d'objectifs et du suivi de sa mise en oeuvre. 
A défaut, la présidence du comité de pilotage Natura 2000 ainsi que l'élaboration du document d'objectifs et l'animation nécessaire à sa mise en oeuvre sont assurées par l'autorité administrative. 
IV. – Une fois élaboré, le document d'objectifs est approuvé par l'autorité administrative. Si le document d'objectifs n'a pas été soumis à son approbation dans les deux ans qui suivent la création du comité de pilotage Natura 2000, l'autorité administrative peut prendre en charge son élaboration. 
IV bis. ― Pour les sites situés dans le périmètre de l'établissement mentionné à l'article L. 213-12-1, les attributions de l'autorité administrative mentionnées au III et à la seconde phrase du IV du présent article sont assurées par le directeur de l'établissement. 
V. – Une convention est conclue entre l'Etat et la collectivité territoriale ou le groupement désigné dans les conditions prévues au III afin de définir les modalités et les moyens d'accompagnement nécessaires à l'élaboration du document d'objectifs et au suivi de sa mise en oeuvre. 
VI. – Nonobstant toutes dispositions contraires, lorsque le site est entièrement inclus dans un terrain relevant du ministère de la défense, l'autorité administrative préside le comité de pilotage Natura 2000, établit le document d'objectifs et suit sa mise en oeuvre en association avec le comité de pilotage. 
VII. – Lorsque le site est majoritairement situé dans le périmètre du coeur d'un parc national et par dérogation aux II à V, l'établissement public chargé de la gestion du parc établit le document d'objectifs et en suit la mise en oeuvre. 
VIII. – Lorsque le site est majoritairement situé dans le périmètre d'un parc naturel marin et par dérogation aux II à V, le conseil de gestion prévu à l'article L. 334-4 élabore le document d'objectifs et en suit la mise en oeuvre. L'établissement public chargé de la gestion du parc approuve le document d'objectifs. 
Sous réserve de l'alinéa précédent et par dérogation aux III à V, lorsque le site comprend majoritairement des espaces marins, l'autorité administrative établit le document d'objectifs et suit sa mise en oeuvre en association avec le comité de pilotage Natura 2000. La présidence du comité de pilotage est assurée par l'autorité administrative qui peut la confier à un représentant d'une collectivité territoriale ou d'un groupement désigné par ses soins. 
IX. – Dans tous les cas, aucune mesure de conservation ou de rétablissement des habitats naturels et des espèces qui ont justifié la désignation du site Natura 2000 ne peut figurer dans le document d'objectifs sans l'accord préalable de l'autorité militaire lorsque cette mesure est susceptible d'affecter l'exécution de la politique militaire au sens de l'article L. 1142-1 du code de la défense.