Le service Gouvernance et gestion de la politique agricole commune est chargé du pilotage des ressources humaines, de la performance, des moyens de fonctionnement et des crédits d'intervention des programmes budgétaires qui relèvent de la direction générale.

Il coordonne la tutelle des établissements publics et le suivi du réseau des services déconcentrés qui mettent en œuvre les politiques publiques portées par la direction générale.

Il détermine les modalités de gestion nationale des aides directes du premier pilier de la politique agricole commune ainsi que des aides surfaciques du second pilier.

Il coordonne la programmation, la mise en œuvre, le suivi et l'évaluation des programmes de développement rural.

Il définit les règles transversales applicables aux contrôles des aides de la politique agricole commune, coordonne le suivi des audits et de leurs recommandations et supervise les organismes payeurs d'aides européennes.

Il contribue à l'harmonisation, à la simplification et la sécurisation des procédures.

I. - La sous-direction Gouvernance et pilotage est chargée de la gestion des ressources humaines, des moyens de fonctionnement, de la formation, de la gestion de proximité des agents, de la communication, de la documentation et du pilotage de la performance de la direction générale. Elle veille à la simplification, à l'harmonisation et à la sécurisation des procédures conçues par la direction générale, assure un rôle d'appui auprès des bureaux, notamment dans leurs relations avec les organismes payeurs d'aides communautaires. Elle pilote et anime le réseau des services déconcentrés dans la mise en œuvre des politiques publiques portées par la direction générale. Elle assure le secrétariat du conseil supérieur d'orientation et de coordination de l'économie agricole et alimentaire.

Elle est chargée de la programmation et de l'exécution des programmes budgétaires sous responsabilité de la direction générale. Elle coordonne la tutelle sur les établissements publics qui relèvent de la direction générale. Elle coordonne les activités relatives au contrôle des aides européennes et nationales, ainsi que le suivi des audits communautaires et nationaux et de leurs recommandations.

La sous-direction Gouvernance et pilotage comprend :
- la Mission affaires générales et ressources humaines ;

- le bureau Performance, méthode et réseaux ;

- le bureau Budget et établissements publics ;

- le bureau Audits et contrôles .
II. - La sous-direction Gestion des aides de la politique agricole commune détermine les modalités de gestion nationale des aides directes du premier pilier, de la conditionnalité et des aides surfaciques du second pilier, de l'indemnité compensatoire de handicap naturel et des mesures agroenvironnementales, qui relèvent du système intégré de gestion et de contrôle. Elle assure la coordination des autorités de gestion du développement rural dans leurs activités de programmation, de mise en œuvre, de suivi et d'évaluation des programmes de développement rural.
 Elle participe aux politiques publiques de développement, d'animation et d'aménagement des territoires ruraux et veille à leur évaluation en lien avec les régions. Elle assure le rôle d'autorité de gestion du programme spécifique du réseau rural national. Elle concourt à la définition et à la mise en œuvre d'actions territoriales financées par les fonds européens. 
La sous-direction Gestion des aides de la politique agricole commune comprend :
- le bureau Soutiens directs ;

- le bureau Aides aux zones défavorisées et à l'agroenvironnement ;

- le bureau Coordination du développement rural .