Le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche assure la représentation, d'une part, des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel et des établissements publics de recherche et, d'autre part, des grands intérêts nationaux, notamment éducatifs, culturels, scientifiques, économiques et sociaux. 
Les établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont représentés par les deux conférences composant la Conférence des chefs d'établissements de l'enseignement supérieur, qui désignent leurs représentants, et par des représentants élus des personnels et des étudiants, élus au scrutin secret par collèges distincts. Les établissements publics de recherche sont représentés par des dirigeants de ces établissements nommés par le ministre chargé de la recherche et des représentants élus des personnels. Le Conseil national de l'emploi, de la formation et de l'orientation professionnelles, prévu à la section 1 du chapitre III du titre II du livre Ier de la sixième partie du code du travail, et le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche agricole, agroalimentaire et vétérinaire, prévu à l'article L. 814-3 du code rural et de la pêche maritime, désignent leurs représentants qui siègent avec voix consultative. Les représentants des grands intérêts nationaux sont nommés conjointement par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et par le ministre chargé de la recherche. 
Le conseil est présidé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ou par le ministre chargé de la recherche, en fonction de l'ordre du jour. 
Le conseil donne son avis sur les questions relatives aux missions confiées aux établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel dans les cas prévus par le présent code ou aux établissements publics de recherche, dans les cas prévus par le code de la recherche. 
Le conseil donne également son avis sur la mise en oeuvre des conventions passées entre les établissements publics et les entreprises ou les personnes physiques pour la mise à disposition de locaux, d'équipements et de matériels, dans les conditions prévues à l'article 10 de la loi n° 99-587 du 12 juillet 1999 sur l'innovation et la recherche. 
Il est obligatoirement consulté sur : 
1° La stratégie nationale de l'enseignement supérieur et la stratégie nationale de recherche ; 
2° Les orientations générales des contrats d'établissements pluriannuels prévus à l'article L. 711-1 du présent code et à l'article L. 311-2 du code de la recherche ; 
3° La répartition des moyens entre les différents établissements ; 
4° Les projets de réformes relatives à l'emploi scientifique. 
Il fait toutes propositions sur les mesures à prendre pour améliorer le fonctionnement des établissements à caractère scientifique, culturel et professionnel et des établissements publics de recherche. 
Il peut être enfin saisi de toutes questions à l'initiative du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou du ministre chargé de la recherche. 
Un décret précise les attributions, la composition et les règles de fonctionnement de ce conseil ainsi que les conditions de nomination ou d'élection de ses membres. Ce décret fixe les conditions dans lesquelles est assurée la parité entre les femmes et les hommes dans les listes de candidats et pour la nomination des représentants des grands intérêts nationaux.