Le conseil d'administration de l'agence est composé : 
I.-D'un collège de représentants de l'Etat, qui comprend : 
1° Un représentant du ministre chargé de la protection de la nature ; 
2° Un représentant du ministre chargé de la mer ; 
3° Un représentant du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines ; 
4° Un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ; 
5° Un représentant du ministre de la défense ; 
6° Un représentant du ministre des affaires étrangères ; 
7° Un représentant du ministre chargé du budget ; 
8° Un représentant du ministre chargé du domaine de l'Etat ; 
9° Un représentant du ministre chargé de l'énergie et des matières premières ; 
10° Un représentant du ministre de l'intérieur ; 
11° Un représentant du ministre chargé de la jeunesse et des sports ; 
12° Le secrétaire général de la mer ; 
13° Les préfets maritimes de la Manche et de la mer du Nord, de l'Atlantique, de la Méditerranée et un représentant des autorités chargées de l'action de l'Etat en mer outre-mer. 
II.-D'un autre collège qui comprend : 
1° Un député et un sénateur ; 
2° Trois représentants des collectivités territoriales intéressées et de leurs groupements compétents, désignés respectivement par l'Association des maires de France, l'Assemblée des départements de France et l'Association des régions de France ; 
3° Le président du conseil d'administration de l'établissement public d'un parc national ayant une partie maritime ; 
4° Un représentant des gestionnaires de réserves naturelles ayant une partie maritime ; 
5° Les présidents des conseils de gestion de chaque parc naturel marin ; 
6° Le président du comité de pilotage d'un site Natura 2000 ayant une partie marine ; 
7° Le président du conseil d'administration du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ; 
8° Lorsque d'autres catégories d'aires marines protégées relèvent de l'action de l'agence, un représentant de celles-ci ; 
9° Un représentant des parcs naturels régionaux intéressés, sur proposition de la Fédération nationale des parcs naturels régionaux de France ; 
10° Deux représentants des associations de protection de l'environnement agréées au titre de l'article L. 141-1 ou de fondations ; 
11° Le président du Conseil supérieur de la navigation de plaisance et des sports nautiques ; 
12° Un représentant désigné par le Comité national des pêches maritimes et des élevages marins et un représentant désigné par le Comité national de la conchyliculture ; 
13° Un représentant du secteur professionnel des transports maritimes, désigné par le ministre chargé des transports ; 
14° Un représentant du secteur professionnel de la recherche et de l'exploitation des ressources minérales, désigné par le ministre chargé de l'énergie ; 
15° Le directeur général de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer ; 
16° Le directeur général de l'Institut de recherche pour le développement ; 
17° Un représentant du personnel élu par le personnel de l'agence sur une liste présentée par les organisations syndicales habilitées à présenter des candidats à l'élection du comité technique de l'établissement ; 
18° Deux personnalités qualifiées en raison de leur compétence dans le domaine de la protection, de la restauration ou de la gestion durable du patrimoine naturel marin. 
Lorsque la nomination au conseil d'administration du président du conseil de gestion d'un parc naturel marin nouvellement créé ou d'un représentant d'une autre catégorie d'aires marines protégées a pour effet de ramener la proportion des membres du collège des représentants de l'Etat à moins des deux cinquièmes des membres de ce conseil, il est procédé à la désignation d'un représentant supplémentaire de l'Etat par, successivement, le ministre chargé de la protection de la nature, le ministre chargé de la mer, le ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines et le ministre chargé de l'outre-mer.