Le service de la modernisation comprend :
1. La sous-direction du pilotage des services.
2. La sous-direction des systèmes d'information.
3. Le conseil des systèmes d'information.
4. La mission "Simplifions !" 
I. - La sous-direction du pilotage des services est chargée de concevoir les actions de modernisation, de simplification et de déconcentration du ministère ; elle coordonne et accompagne leur mise en œuvre et en organise l'évaluation. Elle coordonne les réformes d'organisation du ministère et des services déconcentrés qui en dépendent. Elle organise en liaison avec les autres composantes du service, les chantiers de modernisation des relations avec les usagers. Elle assure la maîtrise d'ouvrage des outils transversaux permettant le développement de l'usage du numérique dans l'activité des services et dans les relations avec les usagers.
Elle fixe les orientations du contrôle de gestion, assure la maîtrise d'ouvrage de son système d'information et coordonne l'action des contrôleurs de gestion du ministère. Elle coordonne le contrôle interne ministériel.
Elle pilote les relations entre l'administration centrale et les services déconcentrés. En lien avec les responsables des programmes, elle organise la répartition des emplois et des moyens de fonctionnement des services déconcentrés qui dépendent du ministère, et les procédures de dialogue de gestion correspondantes. En lien avec les directions et services d'administration centrale, elle organise la régulation des instructions diffusées aux services déconcentrés et des remontées d'information qui leur sont demandées.
La sous-direction du pilotage des services comprend :
- la mission de contrôle de gestion ;
- le bureau du pilotage des projets de modernisation ;
- le bureau du pilotage de la performance et des relations avec les services.
II. - La sous-direction des systèmes d'information est chargée de l'organisation, de la mise en œuvre et de l'administration de la partie du système d'information et de communication de l'Etat nécessaire à l'exercice des attributions du ministère et gérée par celui-ci. Elle élabore le schéma directeur des systèmes d'information, veille à son application. Elle prépare la programmation des investissements en matière de systèmes d'information.
Elle coordonne avec le conseil des systèmes d'information la politique de développement des systèmes d'information administrés par le ministère ainsi que ceux des opérateurs d'intervention et de paiement.
Elle pilote la conception et la réalisation des applications informatiques, leur exploitation et l'assistance aux utilisateurs. Elle assure l'assistance informatique de proximité de l'administration centrale. Elle contribue à l'identification et à la mise en œuvre de projets de mutualisation avec d'autres départements ministériels ou avec des opérateurs de l'Etat.
La sous-direction des systèmes d'information comprend :
- le bureau du pilotage des systèmes d'information ;
- le bureau des méthodes, du support et de la qualité ;
- le bureau de l'ingénierie applicative ; 
- le bureau de la sécurité et de l'ingénierie de production ;
- le bureau de l'informatique de proximité ;
- la mission de sécurité des systèmes d'information.
III. - Le conseil des systèmes d'information est chargé d'assurer la cohérence et l'interopérabilité des systèmes d'information du ministère. Il veille à la cohérence des systèmes d'information des opérateurs de l'Etat placés sous la tutelle du ministre avec le système d'information du ministère. A ce titre, il s'assure de la coopération entre les services du ministère et les opérateurs placés sous sa tutelle pour garantir l'interopérabilité des systèmes d'information ainsi que le développement des échanges de données. 
Il est le référent du ministère en matière d'ouverture des données et apporte son appui aux services déconcentrés dans le développement de l'utilisation de l'information géographique.
IV. - La mission "Simplifions !" est chargée de susciter et de coordonner l'ensemble des démarches ministérielles de simplification administrative.