1. L'agrément zoosanitaire des établissements de transformation et exploitations aquacoles mentionnés au premier alinéa de l'article 1er-1 est délivré préalablement à la mise sur le marché des animaux d'aquaculture, par le préfet, dans les conditions prévues au présent chapitre. L'agrément zoosanitaire précise les espèces et la nature de l'activité pour laquelle il est accordé, en indiquant pour chaque espèce la nature de l'activité. 
2. La demande d'agrément zoosanitaire pour une exploitation aquacole, mentionnée au premier alinéa de l'article 1er-1, doit être adressée par le responsable de cette exploitation, avant sa mise en activité, au préfet du lieu d'implantation de la ferme aquacole ou de la zone d'élevage de mollusques, à l'aide du formulaire CERFA n° 13985 publié sur le site internet du ministère chargé de l'agriculture. 
Chaque site d'une exploitation aquacole doit faire l'objet d'une demande distincte. Pour que la demande soit recevable, elle doit être accompagnée d'un dossier comprenant les documents descriptifs de la ferme aquacole ou de la zone d'élevage de mollusques et le plan de surveillance zoosanitaire, tels que définis en annexe 6. 
L'agrément ne peut être accordé qu'aux établissements dont le dossier est complet et jugé recevable et pour lesquels la conformité aux conditions sanitaires des installations, d'équipement et du fonctionnement fixées par la réglementation a été constatée par un agent habilité conformément à l'article L. 231-2-1 du code rural et de la pêche maritime, au cours d'une visite de l'établissement. S'il apparaît, à l'issue de l'instruction de la demande d'agrément zoosanitaire prévue au paragraphe 1 du présent article, qu'un établissement, dont le dossier est complet et jugé recevable, respecte les exigences en matière d'installations et d'équipement, un agrément conditionnel est accordé pour une période de trois mois. Cette période est mise à profit par l'exploitant pour fournir les éléments de vérification du bon fonctionnement du plan de surveillance zoosanitaire. Avant la fin de cette période, si un contrôle officiel établit que les conditions sanitaires mentionnées au premier alinéa sont respectées, l'agrément zoosanitaire est accordé. Dans le cas contraire, l'agrément zoosanitaire conditionnel peut être renouvelé pour une nouvelle période de trois mois. La durée totale de l'agrément zoosanitaire conditionnel ne peut excéder six mois. En cas de non-renouvellement de l'agrément conditionnel ou de non-délivrance de l'agrément, les points de non-conformité sont notifiés à l'exploitant. L'exploitant de l'établissement souhaitant présenter une nouvelle demande répondra à ces éléments point par point. 
3. L'agrément zoosanitaire des exploitations visées à l'article 1er-1 n'est accordé qu'aux responsables d'exploitations aquacoles et des zones d'élevage de mollusques qui satisfont, aux exigences suivantes : 
a) Tenue d'un registre :
-de tous les mouvements d'entrée et de sortie des animaux d'aquaculture, mentionnant leur origine, leur destination, ainsi que leur nombre ou poids et leur taille ;
-de l'enregistrement de la mortalité constatée dans chaque segment épidémiologique en rapport avec le type de production ; 
b) Mise en œuvre des bonnes pratiques sanitaires d'élevage appropriées, dans le but de prévenir l'introduction et la propagation des maladies ; 
c) Collecte des résultats du plan de surveillance zoosanitaire approuvé par le préfet ; ce plan, fondé sur une analyse des risques zoosanitaires et adapté au type de production concerné, a en particulier pour objectif de détecter toute hausse inexpliquée et significative de la mortalité ; il s'applique sans préjudice de l'échantillonnage et de la surveillance effectués :
-lors de la mise en œuvre des mesures de lutte contre les maladies des animaux d'aquaculture ;
-en vue d'obtenir le statut indemne de la maladie. 
Les modalités d'application du plan de surveillance sont définies par instruction du ministre chargé de l'agriculture et de la pêche. 
4. Le numéro d'agrément zoosanitaire de l'exploitation est composé :
-du numéro de codification du département du lieu d'implantation ;
-du numéro de codification de la commune du lieu d'implantation ;
-et du numéro d'ordre de l'établissement dans la commune. Ce numéro d'ordre comporte trois chiffres. Cette mesure s'applique au plus tard le 1er janvier 2013 
Avant l'attribution de ce numéro, il conviendra de tenir compte des numéros d'agrément zoosanitaires existants. Les modalités d'attribution du numéro d'agrément zoosanitaire sont définies par instruction du ministre chargé de l'agriculture et de la pêche. 
5. L'agrément zoosanitaire n'est pas accordé si l'activité concernée entraîne un risque inacceptable de propagation de maladies à des fermes aquacoles, à des zones d'élevage de mollusques ou à des stocks sauvages d'animaux aquatiques situés à proximité. Avant tout refus d'attribution d'un agrément zoosanitaire, il est cependant tenu compte des mesures d'atténuation des risques, et notamment de la possibilité éventuelle de déplacer l'activité concernée. 
En cas de non-respect des dispositions du présent chapitre, le préfet suspend ou retire l'agrément zoosanitaire. L'agrément zoosanitaire est rétabli dès que les dispositions du paragraphe 2 du présent article sont respectées.