Le mandat des membres du Conseil national des universités a une durée de quatre ans.
Nul ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs de membre titulaire du Conseil national des universités. 
La durée du mandat des membres du Conseil national des universités peut être prorogée dans la limite d'un an, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur, notamment pour ne pas interrompre des opérations de recrutement ou de promotion ou dans le cadre de la mise en place de nouvelles instances.
En cas de création d'une section, il est mis fin au mandat des membres de cette section lors du premier renouvellement du Conseil national des universités intervenant après la création de ladite section.
Les membres élus de la liste désignent parmi les membres élus un représentant et un représentant adjoint. Le membre titulaire élu qui est absent ou empêché provisoirement est remplacé par un membre suppléant élu au titre de la même liste, sur désignation du représentant ou, le cas échéant, du représentant adjoint habilité à le représenter.
Le membre titulaire élu qui est empêché définitivement, qui interrompt son mandat, qui perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou qui est frappé au cours de son mandat d'une interdiction d'accéder à une classe, grade ou corps supérieurs pendant une période de deux ans au maximum ou d'une interdiction d'exercer toutes fonctions d'enseignement ou de recherche ou certaines d'entre elles dans son établissement ou dans tout établissement public d'enseignement supérieur pendant cinq ans au maximum, avec privation de la moitié ou de la totalité du traitement, est remplacé pour la fin de son mandat par un membre suppléant élu au titre de la même liste, sur désignation du représentant ou, le cas échéant, du représentant adjoint habilité à le représenter.
Le membre suppléant élu qui est empêché définitivement, qui interrompt son mandat, qui perd la qualité au titre de laquelle il a été élu ou qui est frappé au cours de son mandat d'une interdiction d'accéder à une classe, grade ou corps supérieurs pendant une période de deux ans au maximum ou d'une interdiction d'exercer toutes fonctions d'enseignement ou de recherche ou certaines d'entre elles dans son établissement ou dans tout établissement public d'enseignement supérieur pendant cinq ans au maximum, avec privation de la moitié ou de la totalité du traitement ou qui est amené à remplacer un membre titulaire au titre de l'alinéa précédent est remplacé en qualité de suppléant par l'un des candidats non élus restants de la même liste, sur désignation du représentant ou, le cas échéant, du représentant adjoint habilité à le représenter, ou, à défaut, par un enseignant-chercheur ou assimilé relevant de la section concernée et issu du même collège, élu par les membres de cette section et de ce collège. Dans ce dernier cas, l'élection a lieu au scrutin secret uninominal majoritaire à deux tours.
Le membre titulaire nommé qui ne peut siéger pour l'un des motifs mentionnés aux cinquième et sixième alinéas est remplacé provisoirement ou, le cas échéant, pour la fin de son mandat par son suppléant. Le membre suppléant nommé qui ne peut siéger pour l'un des motifs mentionnés au septième alinéa est remplacé pour la fin de son mandat par un membre nommé dans les conditions prévues au II de l'article 4 ci-dessus. 
Le membre qui, lors de son élection ou de sa nomination, se trouve dans l'un des cas d'incompatibilité mentionnés aux troisième et quatrième alinéas  de l'article 3 du présent décret doit, dans les quinze jours qui suivent son élection ou sa nomination, se démettre des fonctions incompatibles avec son mandat de membre.
A l'expiration du délai prévu à l'alinéa précédent, le membre qui se trouve dans un des cas d'incompatibilité est réputé démissionnaire d'office du Conseil national des universités et remplacé dans les conditions prévues aux cinquième, sixième, septième et huitième alinéas du présent article.
Un membre accédant en cours de mandat à l'une des fonctions mentionnées au troisième  alinéa de l'article 3 du présent décret est réputé démissionnaire d'office du Conseil national des universités et remplacé, sous les mêmes délais et selon les mêmes modalités que ceux prévus aux deux alinéas précédents.