La direction générale de l'aménagement, du logement et de la nature élabore, anime et évalue les politiques de l'urbanisme, de la construction, du logement, des paysages, de la biodiversité, de l'eau et des substances minérales non énergétiques. Elle veille aux conditions de leur mise en œuvre sur le territoire terrestre et marin.
Elle assure le secrétariat du plan urbanisme, construction et architecture ; dans ce cadre elle assure le secrétariat du programme de recherche et d'expérimentation dans le domaine du bâtiment. 
La direction générale comprend : 
― la direction de l'habitat, de l'urbanisme et des paysages ;
― la direction de l'eau et de la biodiversité.
I. ― La direction de l'habitat, de l'urbanisme et des paysages élabore et met en œuvre la politique de mise en valeur et d'aménagement des espaces, notamment urbains. Elle est responsable des politiques urbaines et de l'habitat et définit les instruments techniques, juridiques, économiques et financiers correspondants. 
Elle élabore et met en œuvre la politique relative à la protection et à la gestion des sites et paysages. 
Elle élabore les règles relatives à l'occupation des sols. Elle participe à l'élaboration de la législation de l'expropriation ainsi qu'à la législation fiscale et financière en matière d'urbanisme et en suit l'application. 
Elle définit et coordonne les interventions de l'Etat dans les opérations d'aménagement urbain et en matière de politique foncière, notamment dans le cadre des opérations d'intérêt national. A ce titre, elle assure la tutelle ou la cotutelle des établissements et organismes publics relevant du code de l'urbanisme. 
Elle concourt à l'élaboration et à la mise en œuvre de la politique de la ville dans les domaines relevant de l'aménagement urbain et de l'habitat. Elle traite des questions relatives à l'affichage, à la publicité, aux enseignes et préenseignes en application du code de l'environnement.
Elle prépare les politiques relatives au financement, aux systèmes d'aides publiques, au droit au logement, à la fiscalité du logement et contribue à leur mise en œuvre.
Elle élabore la réglementation applicable aux organismes constructeurs de logements sociaux et organise leur contrôle. 
Elle définit la politique technique de la construction. Elle prépare et met en œuvre la politique économique, industrielle et sociale de l'Etat dans le secteur du bâtiment et de l'ingénierie de la construction.
En relation avec les directions intéressées, elle est chargée d'animer les études prospectives et de planification d'ensemble de l'aménagement de l'espace aux différentes échelles géographiques. 
Elle concourt à la politique de sécurité publique dans les projets d'aménagement et la réalisation des équipements collectifs et des programmes de construction.
Elle assure, pour le compte du ministre chargé de l'urbanisme, la tutelle des établissements publics suivants : 
― les établissements publics d'aménagement et les établissements publics fonciers mentionnés aux articles L. 321-1 et suivants du code de l'urbanisme ;
― l'agence foncière et technique de la région parisienne ;
― l'Etablissement public national d'aménagement et de restructuration des espaces commerciaux et artisanaux.
Elle exerce, pour le compte du ministre chargé du logement, la tutelle des établissements publics suivants : 
― l'            Agence nationale de contrôle du logement social  ;
― la Caisse de garantie du logement locatif social ;
― l'Agence nationale de l'habitat. 
Elle exerce, pour le compte du ministre chargé de la construction, la tutelle du centre scientifique et technique du bâtiment. 
II. ― La direction de l'eau et de la biodiversité élabore, anime et évalue les politiques relatives : 
― à la connaissance, à la protection, à la police et à la gestion de la nature et de la diversité biologique terrestre et marine, à la police de la chasse et à la gestion de la faune sauvage ainsi qu'au contrôle de l'utilisation et du commerce des espèces animales et végétales sauvages ;
― à la connaissance, à la protection, à la police, à la gestion de l'eau et des milieux aquatiques continentaux, littoraux et marins et à la pêche en eau douce, à la gestion équilibrée des eaux superficielles et souterraines, des estuaires et des eaux littorales ainsi qu'à la protection des eaux marines contre les pollutions, y compris accidentelles, et à l'assainissement des eaux ;
― à la recherche et à l'exploitation des substances minérales non énergétiques. 
Elle contribue, dans ses domaines de compétences, à l'application de la législation relative à la protection du littoral et de la montagne. Elle coordonne la politique relative à la mise en valeur du domaine public maritime. Elle contribue à la définition et à la mise en œuvre de la politique d'aménagement, de protection et de mise en valeur du littoral ainsi qu'à celle de la plaisance et des activités nautiques. 
Elle élabore les différentes politiques techniques qui concourent à la politique de l'eau, et les réglementations afférentes. Elle assure la coordination de l'action des ministères dans le domaine de l'eau, et le secrétariat de la mission interministérielle de l'eau et du Comité national de l'eau.
Elle assure le secrétariat du Conseil national de la protection de la nature, du Comité national de l'initiative française pour les récifs coralliens et du Comité de l'environnement polaire.
Elle traite des questions relatives aux parcs naturels régionaux, aux réserves naturelles, aux conservatoires botaniques nationaux et aux parcs naturels marins.
Elle élabore et met en œuvre la politique destinée à assurer la sécurité de l'approvisionnement en substances minérales non énergétiques, dans des conditions économiquement compétitives et respectueuses de l'environnement. 
A ce titre, elle propose et met en œuvre les mesures permettant d'assurer dans les meilleures conditions l'approvisionnement de la France en substances minérales non énergétiques et en produits issus de la première transformation de ces substances, à l'exception des produits sidérurgiques.
Elle propose toutes mesures concourant au développement durable en France et à l'étranger de l'industrie minière et extractive, aux industries de première transformation des substances minérales non énergétiques, à l'exception de la sidérurgie, et aux industries de fabrication des matériaux de construction issus des substances minérales naturelles. Elle élabore les spécifications techniques applicables aux substances minérales non énergétiques. 
Elle exerce, pour le compte du ministre chargé de l'environnement, la tutelle des établissements publics suivants : 
― Agence française pour la biodiversité ;
― parcs nationaux ;
― agences de l'eau ;
― Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ;
― Office national des forêts ; 
― Office national de la chasse et de la faune sauvage ;
― Muséum national d'histoire naturelle ; 
― Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer.