Le chef du service de la statistique et de la prospective est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint. 
Le service de la statistique et de la prospective comprend :
1. La sous-direction de la prospective et de l'évaluation.
2. La sous-direction des statistiques agricoles, forestières et agroalimentaires.
3. La sous-direction des synthèses statistiques et des revenus.
4. La mission diffusion des données.
5. Le bureau des méthodes et de l'informatique statistiques.
I. - La sous-direction de la prospective et de l'évaluation constitue le centre d'études et de prospective. Celui-ci anime et favorise le développement des réflexions stratégiques du ministère en matière économique, sociale et environnementale. Il exerce un rôle d'alerte, d'initiative et de proposition au sein du ministère, au vu des évolutions qu'il observe. Il diffuse, le cas échéant, les informations et analyses résultant de ces travaux. Il anime, oriente et coordonne la fonction de prospective et d'intelligence économique. Il assure à ce titre le secrétariat des structures en charge de la prospective nationale, européenne et internationale au sein du ministère et le représente auprès des instances compétentes dans ce domaine. Il conduit et coordonne les travaux d'analyse économique et d'évaluation relatifs aux politiques publiques que le ministère met en œuvre. Il prépare les programmes d'études et d'évaluation du ministère. Il suit leur exécution, valorise et diffuse les résultats obtenus. 
Le centre d'études et de prospective comprend : 
- le bureau de la prospective, de la stratégie et de l'intelligence économique ; 
- le bureau de l'évaluation et de l'analyse économique. 
II. - La sous-direction des statistiques agricoles, forestières et agroalimentaires assure la conception et la réalisation d'enquêtes statistiques dans le domaine de l'occupation des territoires, des structures d'exploitation, des productions agricoles et forestières, et des pratiques agricoles ; elle pilote à ce titre les actions de mise en œuvre du programme statistique national par les services déconcentrés et en analyse les résultats ; elle contribue aux actions statistiques visant à mesurer l'activité agricole et son impact sur l'environnement ; elle conçoit des enquêtes statistiques dans le domaine des industries agricoles et alimentaires et exerce le contrôle technique des organismes professionnels ou interprofessionnels agréés par les pouvoirs publics pour l'exécution de certaines de ces enquêtes ; elle en analyse les résultats et valorise les sources statistiques disponibles dans ce domaine.
La sous-direction des statistiques agricoles, forestières et agroalimentaires comprend : 
- le bureau des statistiques des industries agricoles et alimentaires ; 
- le bureau des statistiques végétales et animales ; 
- le bureau des statistiques structurelles, environnementales et forestières.
III. - La sous-direction des synthèses statistiques et des revenus assure les analyses et synthèses statistiques tant structurelles que conjoncturelles ; elle contribue à l'élaboration des comptes de l'agriculture établis par l'Institut national de la statistique et des études économiques et établit les comptes aux échelons plus détaillés ; elle coordonne l'établissement de l'état des concours publics à l'agriculture ; elle assure le secrétariat de la commission des comptes de l'agriculture de la nation ; elle pilote le réseau d'information comptable agricole.
La sous-direction des synthèses statistiques et des revenus comprend :
- le bureau des synthèses statistiques conjoncturelles ;
- le bureau des statistiques sur les productions et les comptabilités agricoles.
IV. - La mission diffusion des données est responsable de la mise à disposition du public des informations statistiques. Elle a en charge les publications papier et électronique, le site Agreste, les bases de données statistiques et la réponse à la demande. Elle assure la composition, l'impression et la commercialisation des publications statistiques. Elle anime les actions de diffusion des services déconcentrés du ministère.
La mission diffusion des données comprend :
- le bureau de l'information statistique ;
- l'atelier national de composition et de diffusion.
V. - Le bureau des méthodes et de l'informatique statistiques assiste, conseille et forme les utilisateurs de la statistique agricole sur les méthodes et outils statistiques. En cohérence avec le système d'information du ministère, il assiste les maîtrises d'ouvrage informatiques de la statistique agricole. Il participe à la réalisation des enquêtes notamment par l'élaboration des plans de sondage, le tirage d'échantillons, le déploiement des logiciels d'enquête dans les services déconcentrés et la mise en œuvre de traitements statistiques.