INDICATEURS ET VALEURS SEUILS DE L'ÉTAT ÉCOLOGIQUE DES EAUX LITTORALES
Les indicateurs, valeurs seuils et modalités de calcul des éléments de qualité de l'état écologique pour lesquels des méthodes sont disponibles actuellement pour établir des valeurs numériques fiables des limites des classes d'état sont indiqués pour les eaux côtières dans la partie 1 de la présente annexe, et pour les eaux de transition dans la partie 2 de la présente annexe.
1. Indicateurs, valeurs seuils et modalités de calcul de l'état des éléments de qualité de l'état écologique des eaux côtières
1.1. Eléments biologiques 
1.1.1. Phytoplancton
Pour le phytoplancton, l'indice français comportera in fine les paramètres requis par la DCE :
- la chlorophylle a (indicateur de biomasse) ; 
- les blooms (indicateurs d'efflorescence et d'abondance) - la composition taxonomique.
La combinaison des trois métriques en un indice reste à définir.
Dans l'attente d'un indice plus complet, le classement des masses d'eau pour l'élément de qualité phytoplancton se fera avec deux paramètres (chlorophylle a et blooms) ; un EQR est calculé pour chaque paramètre ; l'indice final est la moyenne des EQR des deux paramètres.
1.1.1.1. Chlorophylle a
La métrique définie est le percentile 90 des valeurs de chlorophylle a, calculé sur des données mensuelles, et sur six ans. La grille de qualité est présentée dans le tableau 57 ci-dessous.
Tableau 57 : Grille de qualité pour le paramètre chlorophylle a - Pour toutes les façades : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen (1)
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
LIMITES 
supérieure 
et inférieure 
du bon état (µg/l)
VALEUR 
de référence (µg/l)
RATIO 
de qualité écologique
Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26a
Tous (2)
Toutes les masses d'eau côtières des districts Garonne, Loire, Seine
] 5 - 10 ]
3,33
0,08-0,17-0,33-0,67
Mer du Nord
EC
NEA 1/26b
Tous
Toutes les masses d'eau côtières du district Escaut
] 10 - 15 ]
6,67
0,15-0,30-0,44-0,67
Méditerranée
EC
Type I
Tous
FRDC04
] 5 - 10 ]
3,33
0,08-0,17-0,33-0,67
Type II A
Tous
Masses d'eau côtières de FRDC02a à FRDC02f incluse + masse d'eau côtière FRDC05
] 2,4 - 3,6 ]
1,9
0,13-0,26-0,53-0,79
Type III W
Tous
Masses d'eau côtières de FRDC06a à FRDC10c incluse + masse d'eau côtière FRDC01
] 1,1 - 1,8 ]
0,9
0,12-0,25-0,50-0,82
Type Iles
Tous
FREC01ab à FREC04ac
] 0,75 - 1,22 ]
0,6
0,12-0,25-0,49-0,80
(1) La typologie européenne a été définie pour le phytoplancton uniquement.
Type NEA 1/26a : océanique, ouvert, exposé ou protégé, euhalin, peu profond.
Type NEA 1/26b : mers fermées, exposé ou protégé, euhalin, peu profond.
Type I : sous forte influence des apports d'eaux douces ; salinité annuelle moyenne < 34,5 psu.
Type II A : modérément influencés par les apports d'eaux douces ; salinité annuelle moyenne de 34,5 à 37,5 psu.
Type III W : côtes continentales, sans influence des apports d'eau douce ; salinité annuelle moyenne > 37,5 psu.
Type III Iles n'est actuellement pas pris en compte dans la typologie européenne.
(2) Sauf les masses d'eau côtières (MEC) sous influence des estuaires de la façade Manche-Atlantique.
1.1.1.2. Blooms-abondance
Pour le paramètre blooms, la métrique est définie comme le pourcentage d'échantillons pour lequel un taxon dépasse une valeur seuil. Deux valeurs seuils sont définies :
100 000 cellules pour les espèces de taille : ≥ 20 µm ;
250 000 cellules pour les espèces de taille : 5 µm ≤ x < 20 µm.
La métrique se calcule pour l'ensemble des deux classes de taille, sur des données mensuelles, acquises toute l'année et durant six ans.
La grille de qualité est présentée dans le tableau 58 ci-dessous.
Tableau 58 : Grille de qualité pour le paramètre blooms-abondance - Pour toutes les façades : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises 
concernées
LIMITES SUPÉRIEURE 
et inférieure du bon état 
(% d'échantillons avec dépassement d'un seuil 
de bloom)
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26a 
et 26b
Tous (2)
Toutes les masses d'eau côtières des districts Escaut, Garonne, Loire, Seine
[ 20% - 39% [
16,7 %
0,19-0,24-0,43-0,84
Méditerranée
EC
Aucun
Tous
Toutes
(2) Sauf les masses d'eau côtières (MEC) sous influence des estuaires de la façade Manche-Atlantique.
1.1.1.3. Indicateur phytoplancton
La grille de qualité résultante (moyenne des EQR biomasse et abondance) est indiquée dans le tableau 59 ci-dessous.
Tableau 59 : Grille de qualité pour l'indicateur phytoplancton - Pour toutes les façades : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen (1)
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
LIMITES 
supérieure 
et inférieure 
du bon état (μg/l)
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité écologique
Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26a
Tous (2)
Toutes les masses d'eau côtières des districts Garonne, Loire, Seine
Sans objet
Sans objet
0,13-0,2-0,38-0,75
Mer du Nord
EC
NEA 1/26b
Tous
Toutes les masses d'eau côtières du district Escaut
Sans objet
Sans objet
0,17-0,27-0,44-0,75
Méditerranée
EC
Type I
Tous
FRDC04
Sans objet
Sans objet
0,13-0,20-0,38-0,75
Type II A
Tous
Masses d'eau côtières de FRDC02a à FRDC02f incluse + masse d'eau côtière FRDC05
Sans objet
Sans objet
0,16-0,25-0,48-0,81
Type III W
Tous
Masses d'eau côtières de FRDC06a à FRDC10c incluse + masse d'eau côtière FRDC01
Sans objet
Sans objet
0,16-0,24-0,46-0,83
Type Iles
Tous
FREC01ab à FREC04acXX
Sans objet
Sans objet
0,15-0,24-0,46-0,82
(2) Sauf les masses d'eau côtières (MEC) sous influence des estuaires de la façade Manche-Atlantique.
1.1.2. Invertébrés benthiques de substrat meuble
Le classement des masses d'eau côtières des façades mer du Nord, Manche et Atlantique, pour l'élément de qualité invertébrés benthiques, se fera avec l'indice M-AMBI, qui intègre les trois paramètres requis par la DCE :
- AMBI : indice qui s'appuie sur la sensibilité/tolérance des espèces à un enrichissement du milieu ;
- la richesse spécifique ;
- la diversité (indice de Shannon-Weaver).
Le M-AMBI varie entre 0 et 1.
Le classement des masses d'eau côtières de la façade méditerranéenne, pour l'élément de qualité invertébrés benthiques, se fera avec l'indice AMBI.
La grille de qualité pour les invertébrés benthiques est présentée dans le tableau 60 ci-dessous.
Tableau 60 : Grille de qualité pour l'indicateur invertébrés benthiques
- pour mer du Nord, Manche, Atlantique : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée) ;
- pour Méditerranée : grille définitive
TYPE 
européen
TYPES 
français concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26
Tous
Toutes les masses d'eau côtières des districts Escaut, Garonne, Loire, Seine
Sables fins plus 
ou moins envasés 
intertidaux
AMBI = 1 
Diversité = 4 Richesse 
spécifique = 58
0,2-0,39-0,53-0,77
Sables fins plus 
ou moins envasés 
subtidaux
AMBI = 1 
Diversité = 4 Richesse 
spécifique = 35
Sables fins battus
AMBI = 1 
Diversité = 3,5 
Richesse 
spécifique = 15
Méditerranée
EC
Aucun
ME de la Région Corse
1,28
0,21-0,39-0,58-0,83
ME de la Région PACA
1,11
ME de la Région 
Languedoc- 
Roussillon
0,88
1.1.3. Macroalgues : façades mer du Nord, Manche et Atlantique
Pour la mer du Nord, la Manche et l'Atlantique, on distingue les macroalgues intertidales substrat dur, les macroalgues subtidales substrat dur et les macroalgues formant des blooms.
1.1.3.1. Macroalgues intertidales de substrat dur
L'indice de qualité utilisé est le CCO (Cover - Characteristic species - Opportunistic species). Il s'applique à l'intertidal rocheux et prend en compte la contribution de chaque ceinture à la couverture végétale d'un site donné, la richesse spécifique de chaque ceinture en espèces caractéristiques et l'importance du couvert des espèces opportunistes. L'indice correspond ainsi à la somme de trois sous-indices :
- le recouvrement global, noté sur 40 ;
- le nombre d'espèces caractéristiques de l'ensemble des ceintures présentes, noté sur 30 ;
- le recouvrement des espèces opportunistes, noté sur 30.
L'indice est composé en sommant les scores des trois sous-indices. Sa valeur maximale est 100. Les classes de qualité ont une amplitude égale.
La grille de qualité pour les macroalgues intertidales de substrat dur est présentée dans le tableau 61 ci-dessous.
Tableau 61 : Grille de qualité pour l'indicateur macroalgues intertidales de substrat dur
- pour le type NEA 1/26 - biotope B21, au nord de la Loire, la grille est susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée) ;
- pour le type NEA 1/26 - biotope A2, au sud de la Loire, la grille est définitive
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26 - biotope B21
Toutes les masses d'eau côtières des districts Escaut et Seine ; masses d'eau situées au nord de la Loire pour le district Loire
0,20-0,40-0,60-0,80
NEA 1/26 - biotope A2
Toutes les masses d'eau côtières du district Garonne ; masses d'eau situées au sud de la Loire pour le district Loire
0,20-0,40-0,60-0,80
1.1.3.2. Macroalgues subtidales de substrat dur
L'indice de qualité présenté est inspiré du modèle CFR espagnol. Il se base sur le suivi de huit métriques, mesurées à trois niveaux de profondeur (- 3 m, - 8 m, - 13 m), quand elles existent. Les valeurs mesurées sont transformées en scores selon une grille prédéfinie, sur la base de données acquises tous les trois ans (tous les ans pour les sites sensibles).
Tableau 62 : Note maximale par métrique de l'indice biologique pour les macroalgues subtidales de substrat dur
MÉTRIQUE
NOTES
Métrique 1. Limites d'extension en profondeur des différentes ceintures algales (m C.M.*)
Note sur 30
Métrique 2. Densité des espèces d'algues définissant l'étagement (nb. individus/m²)
Note sur 20
Métrique 3. Nombre d'espèces d'algues caractéristiques ayant une occurrence > 10 % (nb)
Note sur 20
Métrique 4. Densité d'espèces d'algues opportunistes (nb. individus/m²)
Note sur 20
Métrique 5. Présence d'espèces d'algues indicatrices de bon état écologique (oui/non)
Note 0-1
Métrique 6. Richesse spécifique algale totale (nb)
Note sur 10
Métrique 7. Longueur moyenne des stipes de Laminaria hyperborea (cm)
Note sur 20
Métrique 8. Surface de stipes de Laminaria hyperborea couverte par des épibioses (surface/ml)
Note sur 20
* Côte marine = profondeur corrigée et rapportée au zéro des cartes marines françaises du SHOM.
Les métriques sont assemblées comme suit :
- limite des ceintures (métrique 1) : note sur 30 ;
- densité des espèces définissant l'étagement (métrique 2) : note sur 20 ;
- composition spécifique (moyenne des métriques 3 et 4 à laquelle on ajoute le score de la métrique 5) : note sur 21 ;
- richesse spécifique totale (métrique 6) : note sur 10 ;
- épibioses (moyenne des métriques 7 et 8) : note sur 20.
L'indicateur du site est obtenu en rapportant sur 100 (règle de 3) la moyenne des notes des niveaux 1-2 et 3.
La grille de qualité pour les macroalgues subtidales de substrat dur est présentée dans le tableau 63 ci-dessous.
Tableau 63 : Grille de qualité pour l'indicateur macroalgues subtidales de substrat dur - Les grilles sont définitives (pas d'intercalibration)
TYPE 
européen
TYPES 
français concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26
Côte rocheuse peu turbide : C1, C2, C14, C15
Cf. ME appartenant aux types concernés
77
0,25-0,45-0,65-0,85
Côte sablo-vaseuse peu turbide :
C3, C4, C7, C9, C10, C11, C13, C17
56,8
Côte rocheuse ou sablo-vaseuse 
turbide :
C12
80,8
1.1.3.3. Macroalgues opportunistes formant des blooms
L'indicateur français, calculé sur la base de trois suivis annuels (mai, juillet, septembre) tous les ans, a été développé en tenant compte des types de proliférations observées :
A. - Marées vertes de type 1
Les marées vertes de type 1 définissent les développements massifs d'ulves ayant lieu dans les grandes baies sableuses. Ces marées vertes se forment à partir d'ulves dérivantes à multiplication végétative.
L'indicateur comprend trois métriques :
- métrique 1 : pourcentage maximum de l'aire potentiellement colonisable recouverte par les ulves (% couv. max./APC) ;
- métrique 2 : pourcentage moyen de l'aire potentiellement colonisable recouverte par les ulves (% couv. moy./APC) ;
- métrique 3 : fréquence des dépôts d'ulves > 1,5 % de l'aire potentiellement colonisable (f > 1,5 % APC).
Les seuils de qualité par métrique ont été définis à dire d'expert et des classes d'EQR équidistantes ont été définies dans le tableau 64 ci-dessous.
Tableau 64 : Seuils de qualité par métrique et EQR pour les macroalgues formant des blooms - marées vertes de type 1
Métrique 1
Métrique 2
Métrique 3
EQR par métrique et indicateur France
Seuils
Seuils
Seuils
[0 - 0,5[
[0 - 0,25[
[0 - 10[
[1 - 0,8[
[0,5 - 1,5[
[0,25 - 0,75[
[10 - 30[
[0,8 - 0,6[
[1,5 - 4[
[0,75 - 2[
[30 - 60[
[0,6 - 0,4[
[4 - 10[
[2 - 5[
[60 - 90[
[0,4 - 0,2[
[10 - 100]
[5 - 100]
[90 - 100]
[0,2 - 0]
B. - Marées vertes de type 2
Les marées vertes de type 2 aussi nommées marées vertes d'arrachage se retrouvent également sur substrat sableux. La différence principale avec les marées vertes de type 1 réside dans le fait qu'elles ont une phase de développement fixée sur platier rocheux préalablement à leur échouage sur plage. Ce type de marée se retrouve essentiellement au sud de la Loire et en Normandie.
L'indicateur comprend trois métriques :
- métrique 1 : pourcentage des dépôts printaniers d'ulves (mai) par rapport à la surface de substrat rocheux ;
- métrique 2 : pourcentage moyen des dépôts estivaux d'ulves (juillet-septembre) par rapport à la surface de substrat rocheux ;
- métrique 3 : pourcentage maximum de substrat meuble touché par des échouages d'ulves.
Les seuils de qualité par métrique ont été définis à dire d'expert et des classes d'EQR équidistantes ont été définies dans le tableau 65 ci-dessous.
Tableau 65 : Seuils de qualité par métrique et EQR pour les macroalgues formant des blooms - marées vertes de type 2
Métrique 1
Métrique 2
Métrique 3
EQR par métrique et indicateur France
Seuils
Seuils
Seuils
[0 - 1[
[0 - 0,5[
[0 - 0,5[
[1 - 0,8[
[1 - 2[
[0,5 - 1[
[0,5 - 1,5[
[0,8 - 0,6[
[2 - 10[
[1 - 5[
[1,5 - 4[
[0,6 - 0,4[
[10 - 20[
[5 - 10[
[4 - 10[
[0,4 - 0,2[
[10 - 200]
[10 - 100]
[10 - 100]
[0,2 - 0]
C. - Marées vertes de type 3
Les marées vertes de type 3 se retrouvent sur les substrats vaseux. Elles sont constituées à la fois d'algues vertes en lame et d'algues vertes filamenteuses. A l'inverse des deux autres types de marées vertes, les algues sont, dans ce cas, peu mobiles.
L'indicateur comprend deux métriques :
- métrique 1 : pourcentage maximum de l'aire potentiellement colonisable recouverte par les algues vertes (% max. couv/APC) ;
- métrique 2 : aire affectée par les algues vertes (AA).
Les seuils de qualité par métrique ont été définis à dire d'expert et des classes d'EQR équidistantes ont été définies dans le tableau 66 ci-dessous.
Tableau 66 : Seuils de qualité par métrique et EQR pour les macroalgues formant des blooms - marées vertes de type 2
Métrique 1
Métrique 2
EQR par métrique et indicateur France
Seuils
Seuils
[0 - 5[
[0 - 10[
[1 - 0,8[
[5 - 15[
[10 - 50[
[0,8 - 0,6[
[15 - 25[
[50 - 100[
[0,6 - 0,4[
[25 - 75[
[100 - 250[
[0,4 - 0,2[
[75 - 100]
[250 - 6 000]
[0,2 - 0]
La grille de qualité pour les macroalgues formant des blooms est présentée dans le tableau 67 ci-dessous.
Tableau 67 : Grille de qualité pour l'indicateur macroalgues formant des blooms - Grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26
Marée verte de type 1
FRGC01 FRGC03 
FRGC05 FRGC06 
FRGC09 FRGC10 
FRGC12 FRGC20
FRGC26 FRGC29 
FRGC34 FRGC35
FRGC36 FRGC48 
FRGC49 FRGC53
FRHC02 FRHC03 
FRHC04 FRHC09 
FRHC12 FRHC 13 
FRHC14 FRHC15
FRFC02
0,20-0,40-0,60-0,80
Marée verte de type 2
FRGC13 FRGC28 
FRGC32 FRGC38 
FRGC42 FRGC44 
FRGC45 FRGC46 
FRGC47 FRGC50 
FRGC51
FRHC07 FRHC08 
FRHC10 FRHC11
FRFC01 et FRFC03
0,20-0,40-0,60-0,80
Marée verte de type 3
FRGC07 FRGC11
FRGC16 FRGC39
0,20-0,40-0,60-0,80
1.1.4. Macroalgues : façade Méditerranée
Pour les masses d'eau côtières de Méditerranée, l'indice adopté en France est l'indice CARLIT (CARtografia LIToral), qui intègre trois paramètres :
- le linéaire côtier rocheux occupé par diverses communautés d'algues et d'invertébrés (moules) ;
- la sensibilité des communautés aux perturbations ;
- les caractéristiques géomorphologiques de la côte.
L'indice CARLIT a une valeur comprise entre 0 et 1. Il s'applique aux côtes rocheuses, dans la zone infralittorale supérieure (3,5 à 0,2 m de profondeur).
La grille de qualité pour les macroalgues est présentée dans le tableau 68 ci-dessous.
Tableau 68 : Grille de qualité pour les macroalgues - Pour Méditerranée : grille définitive
TYPE 
européen
TYPES 
français concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
VALEUR DE RÉFÉRENCE
RATIO 
de qualité 
écologique
Méditerranée
EC
Aucun
Tous
Toutes ME à côte rocheuse
Selon le type morphologique
- Blocs détritiques naturels ou artificiels : référence = 12,2
- Côte basse naturelle ou artificielle : référence = 16,6
- Côte haute naturelle ou artificielle : référence = 15,3
0,25-0,40-0,60-0,75
1.1.5. Angiospermes : façades mer du Nord, Manche et Atlantique
Les angiospermes considérées sont les herbiers à Zostères : zostera noltii et Zostera marina.
L'indice français est composé de trois métriques :
- évolution de l'étendue spatiale de l'herbier (%) ;
- évolution de la densité de l'herbier (%) ;
- évolution du nombre d'espèces (présence/absence des deux espèces).
Les références sont établies par masse d'eau.
Un EQR est établi pour chaque métrique ; la moyenne des trois EQR constitue l'EQR de l'indice.
La grille de qualité pour les angiospermes est présentée dans le tableau 69 ci-dessous.
Tableau 69 : Grille de qualité pour l'indicateur angiospermes - Pour mer du Nord, Manche, Atlantique : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES FRANÇAIS 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
EC
NEA 1/26
Tous
Toutes les masses d'eau côtières des districts Escaut, Garonne, Loire, Seine
Sans objet
0,20-0,40-0,60-0,80
1.1.6. Angiospermes : façade Méditerranée
Pour les masses d'eau côtières de Méditerranée, les angiospermes considérées sont les herbiers à posidonie. L'indice français PREI (Posidonia oceanica Rapid Easy Index) a été défini ; il intègre les cinq paramètres suivants :
- densité des pieds (nombre de faisceaux/m²) à 15 m ;
- surface foliaire par pied (cm²/faisceau) à 15 m ;
- charge en épibiontes sur les feuilles (poids sec des épibiontes/poids sec des feuilles) à 15 m ;
- profondeur de la limite inférieure de l'herbier (m) ;
- type de limite inférieure (franche, progressive, régressive).
L'indice varie entre 0 et 1.
Ces seuils ne sont pas définis par types de masses d'eau mais par écorégion.
La grille de qualité pour les angiospermes est présentée dans le tableau 70 ci-dessous.
Tableau 70 : Grille de qualité pour l'indicateur angiospermes - Pour Méditerranée : grille définitive
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
LIMITES SUPÉRIEURE 
et inférieure du bon état
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Méditerranée (herbiers à posidonie)
EC
Aucun
C18 ; C20 ; C21 ; C24
Masses d'eau côtières de PACA
[ 0,55 - 0,775 [
Densité = 675 Surface 
foliaire = 465 
Charge en épib. = 0 
Prof. limite inf. = 37
0,1-0,325-0,55-0,775
Aucun
C18 ; C23 ; C24 ; C26
Masses d'eau côtières de Corse et côte rocheuse Languedoc-Roussillon
Densité = 483 Surface 
foliaire = 546 
Charge en épib. = 0 
Prof. limite inf. = 41
1.1.7. Cas des départements d'outre-mer
Les connaissances actuelles ne permettent pas de fixer des indices et valeurs seuils fiables pour les éléments de qualité biologiques dans les départements d'outre-mer. Des indicateurs spécifiques adaptés à l'écologie de ces milieux sont en cours de développement. Dans cette attente, le préfet coordonnateur de bassin évalue l'état écologique des masses d'eau de surface, au regard des définitions normatives de l'annexe 1 au présent arrêté, en s'appuyant sur les connaissances actuelles, des indicateurs provisoires et le dire d'expert.
1.2. Eléments physico-chimiques généraux
1.2.1. Oxygène dissous
Pour l'oxygène dissous, la métrique retenue est le percentile 10. Elle se calcule sur des données mensuelles, acquises en période estivale, au fond, sur six ans.
La grille de qualité pour l'oxygène dissous est présentée dans le tableau 71 ci-dessous.
Tableau 71 : Grille de qualité pour l'indicateur oxygène dissous
TYPE EUROPÉEN
TYPES 
français concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
GRILLE OXYGÈNE DISSOUS (MG/L)
Sans objet
Tous types
Toutes masses d'eau côtières
1 - 2 - 3 - 5
1.2.2. Turbidité
La métrique est le percentile 90 des valeurs mensuelles mesurées en subsurface, de mars à octobre, sur six ans.
La grille de qualité pour la turbidité est présentée dans le tableau 72 ci-dessous.
Tableau 72 : Grille de qualité pour l'indicateur turbidité
TYPE 
européen
TYPES FRANÇAIS CONCERNÉS
MASSES 
d'eau françaises 
concernées
GRILLE TURBIDITÉ 
(NTU)
COMMENTAIRES
Sans objet
C01, C02, C05, C10, C14, C15, C16, C18, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26
Ecotype 1
Très bon : < 5
Bon : 5-10
Inférieur à bon : ≥ 10
Voir en annexe 6 bis la liste des ME par écotype
Sans objet
C01, C03, C04, C06, C07, C08, C09, C10, C11, C12, C13, C17, C19
Ecotype 3
Très bon : < 30
Bon : 30-45
Inférieur à bon : ≥ 45
Voir en annexe 6 bis la liste des ME par écotype
1.2.3. Température
La métrique est le pourcentage de valeurs mensuelles, mesurées en subsurface toute l'année pendant six ans, situées hors d'une enveloppe de référence.
La grille de qualité pour la température est présentée dans le tableau 73 ci-dessous.
Tableau 73 : Grille de qualité pour l'indicateur température
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
GRILLE TEMPÉRATURE 
(%)
COMMENTAIRES
Sans objet
Tous
Ecotypes 1 à 5
Bon : [1-0,95[
Inférieur à bon : [0,95-0]
Voir en annexe 6 bis la liste des ME par écotype
2. Indicateurs, valeurs seuils et modalités de calcul de l'état des éléments de qualité de l'état écologique des eaux de transition
2.1. Eléments biologiques
2.1.1. Phytoplancton
Cet élément de qualité est non pertinent dans les estuaires turbides.
2.1.1.1. Chlorophylle a
Comme en eaux côtières, la métrique définie est le percentile 90 des valeurs de chlorophylle a, calculé sur des données mensuelles acquises à des périodes variables suivant les masses d'eau, et sur six ans.
La grille de qualité pour le paramètre chlorophylle a est présentée dans le tableau 74 ci-dessous.
Tableau 74 : Grille de qualité pour le paramètre chlorophylle a - Pour toutes les façades : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen (1)
TYPES 
français 
concernés
MASSES D'EAU 
françaises concernées
LIMITES 
supérieure 
et inférieure 
du bon état (µg/l)
VALEUR 
de référence 
(µg/l)
RATIO 
de qualité 
écologique
Manche-Atlantique
ET
NEA 11
Toutes les masses d'eau côtières des districts Garonne, Loire, Seine
] 5 - 10 ]
3,33
0,08-0,17-0,33-0,67
Mer du Nord
ET
NEA 11
Toutes les masses d'eau côtières du district Escaut
] 10 - 15 ]
6,67
0,15-0,30-0,44-0,67
Méditerranée
ET
Aucun
Masses d'eau de type delta (type 12)
Toutes les ME du type 12, sauf exception argumentée
] 5 - 10 ]
3,33
0,08- 0,17-0,33-0,67
Aucun
Masses d'eau de type lagunaire (type 10)
Toutes les ME du type 10 sauf exception argumentée
] 5 - 7 ]
3,33
0,17-0,33-0,48-0,67
2.1.1.2. Blooms-abondance
Estuaires (MET des façades mer du Nord, Manche et Atlantique et MET de type delta en Méditerranée)
La métrique est définie comme le pourcentage d'échantillons pour lequel un taxon dépasse une valeur seuil. Deux valeurs seuils sont définies :
100 000 cellules pour les espèces de taille : ≥ 20 µm ;
250 000 cellules pour les espèces de taille : 5µm ≤ x < 20 µm.
La métrique se calcule pour l'ensemble des deux classes de taille, sur des données mensuelles, acquises toute l'année et durant six ans.
La grille de qualité pour le paramètre blooms-abondance est présentée dans le tableau 75 ci-dessous.
Lagunes méditerranéennes
Deux métriques sont définies :
- densité de nanophytoplancton (> 3 µm) (percentile 90 sur six ans du nombre de cellules/L > 3 µM) ;
- densité de picophytoplancton (< 3 µM) (percentile 90 sur six ans du nombre de cellules/L < 3 µM).
Pour chaque métrique, un EQR est calculé ; l'EQR le plus bas des deux est retenu comme EQR pour l'indice d'abondance final.
La grille de qualité pour le paramètre blooms est présentée dans le tableau 75 ci-dessous.
Tableau 75 : Grille de qualité pour le paramètre blooms-abondance - Pour toutes les façades : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES 
d'eau françaises 
concernées
LIMITES SUPÉRIEURE 
et inférieure du bon état
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
ET
NEA 11
Tous
Toutes les masses du type, sauf les ME turbides
(% d'échantillons avec 
dépassement d'un seuil 
de bloom)
] 20 - 39 ]
16,7 %
0,19-0,24-0,43-0,84
Méditerranée
ET
Aucun
Type 12
Toutes les ME du type 12, sauf exception argumentée
ET
Aucun
Type 10
Toutes, sauf exception argumentée
Picoplancton : 15*106 cell/L
Nanoplancton : 3*106 cell/L
0,03-0,15-0,30-0,75
2.1.1.3. Indicateur phytoplancton
La grille de qualité résultante (moyenne des EQR biomasse et abondance) est indiquée dans le tableau 76 ci-dessous.
Tableau 76 : Grille de qualité pour l'indicateur phytoplancton - Pour toutes les façades : grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES 
d'eau françaises 
concernées
LIMITES 
supérieure 
et inférieure 
du bon état (µg/l)
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité écologique
Manche-Atlantique
ET
NEA 11
Tous
Masses d'eau côtières des districts Garonne, Loire, Seine, sauf ME turbides
Sans objet
Sans objet
0,13-0,2-0,38-0,75
Mer du Nord
ET
NEA 1/26b
Tous
Masses d'eau côtières du district Escaut, sauf ME turbide
Sans objet
Sans objet
0,17-0,27-0,44-0,75
Méditerranée
ET
Aucun
Type 12 (delta)
Toutes les ME, sauf exception argumentée
Sans objet
Sans objet
0,13-0,20-0,38-0,75
Aucun
Type 10 (lagune)
Toutes les ME, sauf exception argumentée
Sans objet
Sans objet
0,10-0,24-0,39-0,71
2.1.2. Invertébrés benthiques
Estuaires (MET des façades mer du Nord, Manche et Atlantique)
Pour les parties euhalines des masses d'eau de transition, les principes définis à la partie 1.1.2 de la présente annexe pour les eaux côtières sont applicables.
Lagunes méditerranéennes
L'indice retenu est l'indice M-AMBI, qui intègre les trois paramètres requis par la DCE :
- AMBI : indice qui s'appuie sur la sensibilité/tolérance des espèces à un enrichissement du milieu ;
- la richesse spécifique ;
- la diversité (indice de Shannon-Weaver).
Le M-AMBI varie entre 0 et 1.
La grille de qualité pour les invertébrés benthiques est présentée dans le tableau 77 ci-dessous.
Tableau 77 : Grille de qualité pour l'indicateur invertébrés benthiques - Grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES 
d'eau françaises 
concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Méditerranée
ET
Aucun
Type 10 (lagune)
Toutes les masses d'eau du type, sauf lagunes oligo et mésohalines
AMBI = 0,6 
Diversité = 4,23 Richesse 
spécifique = 46
0,2-0,4-0,63-0,80
2.1.3. Macroalgues
Estuaires (MET des façades mer du Nord, Manche et Atlantique)
Pour les estuaires de la mer du Nord, de la Manche et de l'Atlantique, on distingue :
- les macroalgues intertidales substrat dur, pour lesquelles un indicateur spécifique est en cours de développement ;
- les macroalgues formant des blooms opportunistes, pour lesquelles les mêmes types de marées vertes qu'en eaux côtières peuvent avoir lieu (excepté pour les marées vertes de type 2 qui s'observent exclusivement en eaux côtières). Les mêmes indicateurs que ceux décrits en eaux côtières pour les marées vertes de type 1 et de type 3 s'appliquent (voir paragraphe 1.1.3.3).
La grille de qualité pour les macroalgues formant des blooms est présentée dans le tableau 78 ci-dessous.
Tableau 78 : Grille de qualité pour l'indicateur macroalgues formant des blooms - Grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES 
d'eau françaises 
concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité écologique
Mer du Nord - 
Manche-Atlantique
ET
NEA11
Marée verte de type 1
FRHT06
0,20-0,40-0,60-0,80
Marée verte de type 3
FRGT02 FRGT03
FRGT04 FRGT05
FRGT06 FRGT07
FRGT08 FRGT09
FRGT10 FRGT11
FRGT12 FRGT14
FRGT15 FRGT16 FRGT17 
FRGT18 FRGT19 FRGT20 
FRGT21 FRGT22 FRGT23 
FRGT24 FRGT25 FRGT27
0,20-0,40-0,60-0,80
Lagunes méditerranéennes
La France dispose d'un outil global qui inclut les angiospermes et les macroalgues (cf. partie suivante : angiospermes).
2.1.4. Angiospermes
Estuaires (MET des façades mer du Nord, Manche et Atlantique)
Les angiospermes considérées sont les herbiers à zostères : Zostera noltii et Zostera marina.
L'indice français est composé de trois métriques :
- évolution de l'étendue spatiale de l'herbier (%) ;
- évolution de la densité de l'herbier (%) ;
- évolution du nombre d'espèces (présence/absence des deux espèces).
Les références sont établies par masse d'eau.
Un EQR est établi pour chaque métrique ; la moyenne des trois EQR constitue l'EQR de l'indice.
La grille de qualité pour les angiospermes est présentée dans le tableau 79 ci-dessous.
Tableau 79 : Grille de qualité pour l'indicateur angiospermes - Grille susceptible de révision (intercalibration européenne non achevée)
TYPE 
européen
TYPES 
français 
concernés
MASSES 
d'eau françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité écologique
Mer du Nord - Manche-Atlantique
ET
NEA 11
Tous
Toutes les masses d'eau de transition des districts Escaut, Garonne, Loire, Seine
Sans objet
0,20-0,40-0,60-0,80
Lagunes méditerranéennes
La France dispose d'un outil global qui inclut les angiospermes et les macroalgues : l'indicateur EXCLAME (EXamination tool for Coastal Lagoon Macrophyte Ecological status). Cet outil a été établi pour la pression d'eutrophisation, qui est la principale pression anthropique pesant sur les lagunes.
Trois métriques sont combinées :
- recouvrement du fond par les espèces de référence, ou recouvrement relatif - RR - (%) ;
- recouvrement du fond par les macrovégétaux, ou recouvrement total - RT - (%) ;
- richesse spécifique moyenne - RS - (nombre moyen d'espèces recensées), qui discrimine médiocre/mauvais.
L'indice ne peut être utilisé que lorsque le recouvrement global des macrovégétaux est supérieur à 5 %.
Valeurs de référence
RR ≥ 100 %
RT ≥ 100 %
Le classement se réalise en combinant d'abord les deux premières métriques entre elles et en définissant des EQR, selon le tableau 80 ci-dessous.
Tableau 80 : Identification des classes d'état des EQR des métriques de l'indice EXCLAME
Indice Composition
EQRc Composition
Indice Abondance
EQRAAbondance 
Classe
Métrique 1. RS
Métrique 2. RR %
Métrique 3. RT %
≥ 3
[100 - 75]
[1 - 0,8]
[100 - 75]
[1 - 0,8]
Très bon
]75 - 50]
]0,8 - 0,6]
]75 - 50]
]0,8 - 0,6]
Bon
]50 - 5]
]0,6 - 0,4]
]50 - 25]
]0,6 - 0,4]
Moyen
]5 - 0]
]0,4 - 0,2]
]25 - 5]
]0,4 - 0,2]
Médiocre
< 3
0
0,1
]5 - 0]
]0,2 - 0]
Mauvais
≥ 3 ou < 3
Non défini (cas où RT 
< 5 %)
Non défini
L'indicateur final (EQRMAC) résulte de la combinaison de l'EQRC de composition et de l'EQRA d'abondance. Il est basé sur le principe suivant : c'est la présence d'espèces de référence, donc la composition, qui va définir essentiellement la qualité de la masse d'eau pour les macrophytes. Cette qualité sera d'autant plus fortement déclassée que l'abondance n'est pas satisfaisante (à partir de EQRA < 0,6 [recouvrement total < 50 %], soit à partir de la classe de qualité  moyen ). Pour des EQRA supérieurs ou égaux à 0,6 (classe de qualité  très bon  et  bon ), la classe de qualité macrophytes est égale à celle de la composition (EQRMAC = EQRC). Pour des EQRA inférieurs à 0,6, il y a un effet de déclassement progressif et qui s'accentue (fonction polynomiale) au fur et à mesure que l'on s'écarte du seuil bon-moyen de l'EQRA. La grille résultante figure dans le tableau 81 ci-après :
Tableau 81 : Classe d'état de l'indice EXCLAME suite à la combinaison des EQRC et EQRA
EQR MACROPHYTES EXCLAME
CLASSE D'ÉTAT
[1 - 0,8]
Très bon
]0,8 - 0,6]
Bon
]0,6 - 0,4]
Moyen
]0,4 - 0,2]
Médiocre
]0,2 - 0]
Mauvais
La grille de qualité pour les macrophytes est présentée dans le tableau 82 ci-dessous.
Tableau 82 : Grille de qualité pour l'indicateur macrophytes (angiospermes et macroalgues) - Grille définitive
TYPE 
européen
TYPES 
français concernés
MASSES 
d'eau françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Méditerranée
ET
Aucun
Type 10 (lagune)
Toutes les masses d'eau du type, sauf lagunes oligo et mésohalines
RR = 100 % 
RT = 100
0,2-0,4-0,6-0,80
2.1.5. Poissons
Estuaires (MET des façades mer du Nord, Manche et Atlantique)
L'indicateur ELFI comprend les métriques suivantes :
- densité de migrateurs - DDIA (Log_densité/1 000 m²) ;
- densité de juvéniles marins - DMJ (Log_densité/1 000 m²) ;
- densité de poissons d'eau douce dans les zones oligohalines - DFW (Log_densité/1 000 m²) ;
- densité de poissons benthiques - DB (Log_densité/1 000 m²) ;
- densité totale de poissons - DT (Log_densité/1 000 m²) ;
- densité de poissons résidents - DER (Log_densité/1 000 m²) ;
- richesse taxonomique normalisée - RT_lnS (nb de taxons/logarithme népérien de la surface échantillonnée).
L'indicateur final est constitué de l'assemblage des métriques. Les scores obtenus pour chaque saison et classe de salinité ont d'abord été compilés afin d'obtenir une seule note par système, pour la métrique considérée.
ELFI = Σn (somme des scores observés pour la métrique n / somme des scores maxi pour la métrique n)
(nombre de métriques, en général = 7)
Dans le cas où une masse d'eau n'aurait pas de classe de salinité oligohaline, la métrique 3 concernant les espèces d'eau douces n'est pas calculée et le dénominateur de l'équation a la valeur 6.
L'indicateur est d'abord calculé pour chaque année de surveillance ; leur moyenne constitue la valeur finale pour la masse d'eau considérée.
La grille de qualité pour les poissons est présentée dans le tableau 83 ci-dessous.
Tableau 83 : Grille de qualité pour l'indicateur Poisson - Grille définitive
TYPE 
européen
TYPES 
français concernés
MASSES 
d'eau françaises concernées
VALEUR 
de référence
RATIO 
de qualité 
écologique
Mer du Nor - Manche-Atlantique
ET
NEA 11
Tous
Toutes les masses d'eau de transition des districts Escaut, Garonne, Loire, Seine
0,225-0,45-0,675-0,91
2.1.6. Cas des départements d'outre-mer
Les connaissances actuelles ne permettent pas de fixer des indices et valeurs seuils fiables pour les éléments de qualité biologiques dans les départements d'outre-mer. Des indicateurs spécifiques adaptés à l'écologie de ces milieux sont en cours de développement. Dans cette attente, le préfet coordonnateur de bassin évalue l'état écologique des masses d'eau de surface, au regard des définitions normatives de l'annexe 1 au présent arrêté, en s'appuyant sur les connaissances actuelles, des indicateurs provisoires et le dire d'expert.
2.2. Eléments physico-chimiques généraux
2.2.1. Oxygène dissous
Les principes définis à la partie 1.2.1 de la présente annexe pour les eaux côtières sont applicables pour les eaux de transition des façades mer du Nord, Manche et Atlantique, en l'attente de la définition d'une nouvelle stratégie de surveillance.
2.2.2. Nutriments
Dans les eaux de transition de Méditerranée de type lagune (type 10), les grilles de qualité pour les nutriments figurant dans le tableau 84 ci-dessous sont utilisées, en l'attente d'une consolidation ultérieure.
Les formes prises en compte sont l'azote (total et minéral dissous total) et le phosphore (total et minéral dissous total).
La métrique utilisée est le percentile 90 des données estivales sur six ans.
Tableau 84 : Grille de qualité pour les nutriments dans les eaux de transition méditerranéenne de type lagune (type 10)
TYPE 
européen
TYPES 
français concernés
MASSES 
d'eau françaises concernées
PARAMÈTRE
GRILLE 
(µmom/l)
Sans objet
Type 10
Toutes les masses d'eau du type, sauf exception argumentée
NID
20-10-6-2
N total
120-100-75-50
PO4
4-1,5-1-0,3
P total
5-4-3-2