Le chef du service des ressources humaines est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint. 
Le service des ressources humaines comprend :
1. La sous-direction mobilité, emplois, carrières.
2. La sous-direction du développement professionnel et des relations sociales.
3. L'observatoire des missions et des métiers.
4. La mission des systèmes d'information des ressources humaines.
5. La mission du pilotage de l'emploi et de la gestion prévisionnelle.
6. La mission du projet AGORHA. 
I. - La sous-direction mobilité, emplois, carrières assure le pilotage de la gestion des carrières, des parcours professionnels et du suivi individualisé des agents. Elle est responsable de l'organisation de la gestion administrative et de la paie des personnels.
Elle assure la mise en œuvre de la politique indemnitaire et contribue à sa conception.
Elle coordonne la politique de mobilité.
Elle participe à l'analyse des compétences et des métiers, et contribue à la gestion prévisionnelle des emplois et compétences.
La sous-direction mobilité, emplois, carrières comprend :
- le bureau de gestion des personnels de catégorie A et des agents contractuels ; 
- le bureau de gestion des personnels de catégorie B et C ; 
- le bureau de gestion des personnels enseignants et des personnels de la filière formation-recherche ; 
- le bureau de la coordination de la paye et des régimes indemnitaires ; 
- le centre interministériel de gestion des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts, service à compétence nationale dont les missions sont définies à l'arrêté du 2 juin 2010 susvisé. 
II. - La sous-direction du développement professionnel et des relations sociales anime le dialogue social et les relations collectives du travail.
Elle élabore les textes réglementaires, notamment ceux relatifs aux statuts des personnels.
Elle pilote la politique de formation continue des personnels et coordonne la mise en œuvre des formations, à l'exception de celles concernant les personnels d'éducation et de formation. Elle exerce la tutelle de l'Institut national de formation des personnels du ministère de l'agriculture.
Elle est responsable de l'action sanitaire et sociale, ainsi que de l'hygiène et de la sécurité du travail.
Elle organise les recrutements des agents.
Elle instruit les droits à pension.
La sous-direction du développement professionnel et des relations sociales comprend :
― le bureau des politiques statutaires et réglementaires ;
― le bureau des concours et des examens professionnels ;
― le bureau de la formation continue et du développement des compétences ;
― le bureau de l'action sanitaire et sociale ;
― le bureau des pensions.
III. ― L'observatoire des missions et des métiers est chargé de suivre les évolutions des missions du ministère et d'en évaluer les conséquences quantitatives ou qualitatives sur les métiers actuels ou émergents.
IV. ― La mission des systèmes d'information des ressources humaines assure la maîtrise d'ouvrage des systèmes d'information ressources humaines. Elle recense et expertise les besoins exprimés par les directions, établissements et utilisateurs concernés. Elle participe à l'assistance aux utilisateurs. Elle assure la cohérence des systèmes d'information en lien avec la gestion des ressources humaines et le suivi des agents.
V. ― La mission du pilotage de l'emploi et de la gestion prévisionnelle anime et coordonne la gestion prévisionnelle des ressources humaines. Elle assure la programmation et le suivi du budget du personnel, de la masse salariale, des effectifs et des recrutements. Elle cordonne la politique indemnitaire.
VI. - La mission du projet AGORHA pilote le projet AGORHA de modernisation du système d'information des ressources humaines du ministère et l'adaptation des outils et procédures de la gestion des ressources humaines aux besoins du raccordement à l'opérateur national de paie.A ce titre, elle mobilise l'ensemble des services concernés au sein du ministère et veille à la bonne coordination de leurs actions ainsi qu'à l'articulation d'AGORHA avec les autres projets informatiques structurants du ministère et pilote les actions d'accompagnement des changements d'organisation ou de méthode de travail liés à ces projets.