Le secrétaire général assiste le ministre pour l'administration du ministère. A cette fin, il coordonne l'action de l'ensemble des services et participe à leur évaluation. Il leur alloue les moyens de leur activité. Il organise la préparation du budget et s'assure de son exécution. Il propose au ministre les arbitrages relatifs aux crédits du ministère. Il est l'ordonnateur principal délégué des crédits du ministère. Il conduit les réflexions stratégiques relatives à l'organisation et à l'administration du ministère, propose ses évolutions et met en œuvre la politique de modernisation. Il organise l'exercice de la tutelle des établissements publics nationaux et coordonne la relation du ministère avec ses services déconcentrés. Il élabore les principes généraux de gestion des ressources humaines, assure leur mise en œuvre et garantit le dialogue avec les personnels et leurs représentants. Il élabore la stratégie d'information et de communication interne et externe du ministère, la met en œuvre et évalue son efficacité. Il définit les modalités de traitement des questions juridiques et veille à leur mise en œuvre. Il propose au ministre la nomination des cadres dirigeants et experts de haut niveau. Il assure la préparation des nominations des représentants du ministère dans les différents organismes où il est représenté. Il assiste le ministre pour l'élaboration de la position du ministère dans les choix européens et internationaux. Il est responsable des missions de défense, de sécurité et d'intelligence économique du ministère. Il est assisté d'un adjoint, directeur.
Le délégué à l'action foncière et immobilière et la délégation aux cadres dirigeants lui sont rattachés.
Le secrétaire général dirige les activités des directions et services suivants qui composent le secrétariat général :
― la direction des affaires européennes et internationales ;
― la direction des affaires juridiques ;
― la direction de la communication ;
― la direction des ressources humaines ;
― le service du pilotage et de l'évolution des services ;
― le service des politiques support et des systèmes d'information ;
― le service des affaires financières ;
― le service de défense, de sécurité et d'intelligence économique.
I. ― La direction des affaires européennes et internationales assure la coordination générale des affaires européennes et internationales du ministère et des établissements publics placés sous la tutelle du ministère.
Elle prépare et pilote la politique européenne et internationale du ministère.
Elle coordonne les positions du ministère dans les instances chargées d'élaborer la position de la France sur les questions européennes et internationales et organise la représentation du ministère auprès des organisations internationales et des institutions européennes.
Elle est associée au suivi de la mise en œuvre par le ministère des engagements souscrits par le Gouvernement dans le cadre des institutions européennes et internationales et à la transposition de la législation européenne.
II. ― La direction des affaires juridiques exerce une fonction d'animation, de conseil, d'expertise et d'assistance juridique auprès des directions et services d'administration centrale, des services déconcentrés et des établissements publics sous tutelle du ministère.
Elle est consultée sur les projets de textes législatifs ou réglementaires préparés par les directions générales et les autres directions ou services et assure le suivi des procédures d'adoption de ces textes. Elle coordonne la codification des textes législatifs et réglementaires. Elle est responsable de la qualité de la réglementation. Elle promeut la qualité, la sécurité juridique et la régularité de la commande publique.
Elle est associée à la préparation et à l'élaboration des textes communautaires et internationaux, coordonne les travaux de transposition des directives et en assure le suivi.
Elle traite le contentieux de niveau central du ministère et représente le ministre devant les juridictions compétentes. Sous réserve des instances de cassation et des recours dirigés contre les actes réglementaires, elle ne traite pas le contentieux du personnel de l'aviation civile, du personnel des corps du ministère chargé de l'industrie, ni le contentieux de l'inspection du travail des transports. Elle est le correspondant de l'agent judiciaire du Trésor.
Elle assure la diffusion des connaissances juridiques et contribue au développement des compétences dans ce domaine. Elle donne son accord pour le recours à des prestations juridiques extérieures et coordonne l'intervention des conseils juridiques.
III. ― La direction de la communication élabore, coordonne et met en œuvre la politique d'information et de communication du ministère.
Elle organise et met en œuvre la communication externe du ministère en veillant à sa cohérence d'ensemble. Elle coordonne la communication des organismes placés sous la tutelle ou l'autorité du ministre lorsque ceux-ci concourent aux politiques du ministère.
Elle organise, conjointement avec la délégation à la sécurité et à la circulation routières, les opérations de communication relatives à la sécurité routière et participe à l'évaluation de leur efficacité.
En liaison avec le service de défense, de sécurité et d'intelligence économique, elle élabore et développe le dispositif ministériel de gestion de la communication de crise.
Elle est l'interlocuteur du service d'information du Gouvernement pour la coordination de la communication gouvernementale.
Elle est responsable de la communication interne du ministère et veille à ce titre à répondre aux besoins d'information des agents sur l'ensemble des champs d'action du ministère.
IV. - La direction des ressources humaines élabore et met en œuvre la politique ministérielle des ressources humaines. 
Elle élabore le plan national de gestion prévisionnelle des effectifs, des emplois et des compétences et en conduit la mise en œuvre. Elle élabore le budget du personnel du ministère, en effectifs et en crédits, et en assure la mise en place. 
Elle anime et coordonne les parcours professionnels. 
Elle met en œuvre la politique de modernisation des statuts des personnels et élabore les statuts particuliers auxquels ils sont soumis, à l'exception des personnels gérés par la direction générale de l'aviation civile. 
Elle organise les recrutements et les mobilités des personnels. 
Elle élabore le plan national annuel de formation et le document d'orientation à moyen terme de la formation professionnelle, et les met en œuvre. Elle coordonne et anime les services en charge du développement des compétences et de la formation professionnelle, et oriente leur activité. 
Elle est chargée des politiques sociales. Elle conduit l'action du ministère en matière de conditions de travail, de sécurité et de santé au travail, et de prévention des risques professionnels. Elle conduit la politique d'emploi, pour le ministère, des travailleurs handicapés. 
Elle instruit les dossiers relatifs aux droits à pension des agents et concourt à la mise en œuvre du droit à l'information sur les retraites. 
Elle assure la gestion administrative et la paye des personnels, à l'exception de ceux qui sont gérés par la direction générale de l'aviation civile et de ceux ne relevant pas du périmètre de l'administration centrale et dont la gestion ou la paye est déconcentrée. 
Elle définit et anime la mise en œuvre, dans les services, de la politique de rémunération des personnels. 
Elle est chargée des relations sociales et anime le dialogue social national. 
Elle assure la coordination des entités chargées de la gestion de proximité dans les directions générales. 
Elle promeut la parité et l'égalité professionnelle entre les femmes et les hommes et l'égalité des chances pour l'accès aux emplois au sein du ministère.  
V. ― Le service du pilotage et de l'évolution des services élabore la stratégie de modernisation, d'évolution et d'organisation de l'ensemble des services du ministère, et coordonne sa mise en œuvre.
Il pilote la mise en œuvre de la réforme de l'Etat pour le ministère, et à ce titre il le représente dans les instances interministérielles de réforme de l'Etat.
Il conduit les réflexions relatives aux métiers et missions du ministère et de ses établissements publics et coordonne l'élaboration des propositions relatives à leur évolution.
Il coordonne l'évolution de l'ingénierie du ministère.
Il élabore les orientations stratégiques de la gestion prévisionnelle des effectifs, des emplois et des compétences et en contrôle la mise en œuvre.
Il identifie les besoins prioritaires de formation dans les domaines d'attributions ministérielles, définit les orientations stratégiques en conséquence et veille à leur mise en œuvre au sein du ministère et de ses établissements publics.
Avec l'appui des services concernés, il assure la gouvernance stratégique des systèmes d'information du ministère et veille à la mise en œuvre de la stratégie qu'il a définie.
En liaison avec les ministères compétents et les directions et services concernés du ministère, il coordonne la fixation des objectifs et la définition des moyens des services déconcentrés, suit leur action et participe à leur évaluation. A ce titre, il prépare et coordonne les dialogues de gestion.
Il définit les modalités d'évaluation de la performance et du contrôle de gestion dans les services, en coordonne la mise en place et en assure le pilotage national.
Il assure le pilotage et la coordination de la tutelle des établissements publics.
Il est associé à la définition des orientations du réseau des organismes scientifiques et techniques du ministère.
Il assure la tutelle de :
― l'Ecole nationale des ponts et chaussées ;
― l'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat.
Il oriente l'activité de l'Ecole nationale des techniciens de l'équipement.
Il élabore la politique d'accompagnement et de rénovation des pratiques managériales.
Il établit et propose la politique immobilière, foncière et patrimoniale du ministère et coordonne sa mise en œuvre.
VI. ― Le service des politiques support et des systèmes d'information élabore la politique des moyens de fonctionnement, veille à sa mise en œuvre et gère les moyens budgétaires des fonctions  support  du ministère. Il met en œuvre la politique immobilière du ministère. Il anime et coordonne la politique des achats généraux du ministère de manière écoresponsable. Il élabore la politique documentaire et d'archivage dans les services.
Dans le cadre des orientations fixées par le service du pilotage et de l'évolution des services, il élabore le schéma directeur des systèmes d'information du ministère, y compris les systèmes d'information géographiques et en conduit la mise en œuvre. Il veille à la qualité et à la cohérence des systèmes d'information. Il oriente et coordonne les activités des services informatiques du réseau scientifique et technique du ministère.
Il élabore et met en œuvre la politique de la sécurité des systèmes d'information. Il assure la conduite de projet des systèmes d'information pour la modernisation et le pilotage des activités support.
Il assure les prestations mutualisées, au profit des directions d'administration centrale et des cabinets ministériels en matière de fonctionnement, de gestion du cadre de travail, de bureautique et de logistique.
VII. ― Le service des affaires financières est responsable de la préparation et de l'exécution du budget du ministère.
Il tient la comptabilité de l'ordonnateur et à ce titre anime la fonction comptable, veille à l'organisation des services comptables, à leur animation et aux systèmes d'information du domaine. Il s'assure du respect de la réglementation budgétaire et comptable, et de celle du code des marchés, participe aux travaux de certification des comptes de l'Etat et des établissements publics du ressort du ministère, en lien avec le contrôleur budgétaire et comptable, et assure le pilotage du contrôle interne comptable. Il est le correspondant ministériel de la Cour des comptes.
Il est responsable de la passation des marchés du secrétariat général et des marchés mutualisés pour le compte des directions d'administration centrale.
VIII. ― Le service de défense, de sécurité et d'intelligence économique assiste le secrétaire général dans l'exercice de ses missions de défense, de sécurité et d'intelligence économique.
Il prépare la politique de défense et de sécurité dans l'ensemble des domaines relevant de la compétence du ministère, organise et contrôle sa mise en œuvre.
Il organise l'inventaire des moyens relevant du ministère mobilisables en situation de crise ou de défense et leurs conditions de mobilisation. Il veille aux conditions d'organisation des transports de défense.
Il est chargé de l'application des dispositions relatives à la sécurité de défense, à la protection du secret et à la protection du patrimoine scientifique et technique, ainsi que des dispositions relatives à la sécurité des systèmes d'information.
Il met en œuvre le dispositif ministériel de veille opérationnelle et d'alerte et s'assure de son articulation avec le dispositif interministériel existant. Il met en œuvre les mesures et la veille intéressant l'intelligence économique. Il participe à la continuité des communications gouvernementales.
En outre, il veille à l'élaboration et à l'application de procédures appropriées d'inspection et de contrôle dans ses domaines d'attributions.