Les candidats admis au cycle de formation sont nommés élèves directeurs par le directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière. 
Ceux d'entre eux qui choisissent d'effectuer un service national volontaire sont tenus de le faire avant de recevoir la formation théorique et pratique. 
Préalablement à leur entrée en formation, les élèves directeurs sont tenus de souscrire un engagement de servir dans les établissements mentionnés à l'article 1er, pendant une durée de dix ans à compter de leur entrée en formation. Toutefois, sur décision du directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière, tout ou partie de cet engagement peut être accompli dans une administration relevant de l'Etat, dans une collectivité territoriale ou dans un établissement public à caractère administratif. 
La rupture de l'engagement entraîne le remboursement à l'Ecole des hautes études en santé publique du montant des traitements et indemnités perçus au cours de la scolarité.L'intéressé peut toutefois être dispensé de tout ou partie de cette obligation par arrêté du directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière. 
Les candidats admis au concours ayant effectué une formation de même niveau que le cycle de formation prévu à l'article 4 dans un Etat membre de l'Union européenne ou d'un autre Etat partie à l'accord sur l'Espace économique européen autre que la France peuvent être dispensés par le directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière de le suivre pour tout ou partie, lorsque cette formation satisfait aux conditions fixées par le  chapitre II du décret du 13 février 2007 susmentionné. 
A titre exceptionnel et sur avis du directeur de l'Ecole des hautes études en santé publique, les élèves directeurs ayant accompli un temps de formation égal à la moitié de la durée totale du cycle et qui ne seraient pas jugés aptes par la commission administrative paritaire nationale à poursuivre leur formation, sont, par arrêté du directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière, soit licenciés, soit remis à la disposition de leur administration d'origine. 
Les élèves directeurs qui ont satisfait aux épreuves de fin de formation choisissent leur affectation dans l'ordre du classement sur la liste des postes offerts arrêtée par le directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière. 
Les élèves directeurs qui n'ont pas satisfait aux épreuves de l'examen de fin de formation sont, par arrêté du directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière, soit licenciés s'ils n'avaient pas déjà la qualité de fonctionnaire, soit remis à la disposition de leur administration d'origine. 
Sur proposition motivée du jury, ils peuvent toutefois être admis à recommencer la deuxième partie de leur formation d'une durée égale à la moitié de la durée totale du cycle selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de la santé.