Le directeur général dirige l'établissement. A ce titre : 
1° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ; 
2° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'établissement et en assure la gestion. Il recrute les personnels contractuels. Il nomme à tous les emplois. Il donne son avis sur l'affectation des personnels titulaires à l'établissement, sauf lorsque l'affectation est consécutive à un concours. Il définit l'organisation des départements et des services de l'établissement ; 
3° Il arrête le règlement de visite après avis du conseil d'administration ; 
4° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ; il conclut les transactions et passe les actes d'acquisition, d'échanges et de vente concernant les immeubles, autorisés dans les conditions prévues à l'article 15 ; 
5° Il accepte, au nom et pour le compte de l'Etat, les dons et legs qui consistent en des oeuvres ou objets destinés à prendre place dans les collections dont l'établissement a la garde. Il en informe le conseil d'administration. Il décide des acquisitions dans les conditions prévues à l'article 8 ; 
6° Il peut créer des régies d'avances et de recettes, sur avis conforme de l'agent comptable ; 
7° Il peut prendre, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, après en avoir informé      le contrôleur budgétaire, des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni accroissement des effectifs permanents ou du montant total des dépenses, ni réduction du montant total des recettes, ni virement de crédits entre les chapitres de fonctionnement hors personnel, ni virement entre dépenses de fonctionnement et opérations en capital. Ces décisions doivent être ratifiées par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance ; 
8° Il signe les conventions engageant l'établissement ; il est l'autorité responsable en matière de marché public et, à ce titre, peut déléguer sa signature aux responsables des services de l'établissement ; il signe les autorisations d'occupation du domaine public ; 
9° Il fixe les prix des droits d'entrée, des prestations et services rendus par l'établissement et des redevances et droits des prises de vue et tournages, conformément aux orientations adoptées par le conseil d'administration ; 
10° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ; 
11° Il met en oeuvre, après avis du conseil d'orientation de l'établissement, les relations avec le réseau des partenaires de l'établissement ; 
12° Il préside le comité technique et le comité d'hygiène et de sécurité ; 
13° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration ; 
Il consulte préalablement le directeur de l'aquarium sur les projets de délibérations du conseil d'administration qui concernent les missions mentionnées au 3° de l'article 2. 
Il peut, pour les actes autres que ceux effectués en tant qu'autorité responsable en matière de marché public, déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité. 
En cas de vacance ou d'empêchement du directeur général pour quelque cause que ce soit, les fonctions d'ordonnateur sont provisoirement exercées par le secrétaire général de l'établissement pour l'exécution courante des recettes et des dépenses de l'établissement.