Pour les substances susceptibles d'être rejetées par l'installation comme précisé au II de l'article 38, que les effluents soient rejetés dans le milieu naturel ou dans un réseau de raccordement à une station d'épuration collective, une mesure est réalisée selon la fréquence indiquée dans le tableau ci-dessous pour les polluants énumérés ci-après, à partir d'un échantillon représentatif prélevé sur une durée de 24 heures.
Débit
Journellement ou en continu lorsque le débit est supérieur à 100 m³/j
Température
Journellement ou en continu lorsque le débit est supérieur à 100 m³/j
pH
Journellement ou en continu lorsque le débit est supérieur à 100 m³/j
DCO (sur effluent non décanté)
Semestrielle pour les effluents raccordés
Mensuelle pour les rejets dans le milieu naturel
Matières en suspension totales
Semestrielle pour les effluents raccordés
Mensuelle pour les rejets dans le milieu naturel
DBO5 (*) (sur effluent non décanté)
Semestrielle pour les effluents raccordés
Mensuelle pour les rejets dans le milieu naturel
Azote global
Semestrielle pour les effluents raccordés
Mensuelle pour les rejets dans le milieu naturel
Phosphore total
Semestrielle pour les effluents raccordés
Mensuelle pour les rejets dans le milieu naturel
Hydrocarbures totaux
Trimestrielle
Composés organiques du chlore (AOX ou EOX)
Trimestrielle
Indice phénols
Trimestrielle
Aluminium et composés (en Al)
Trimestrielle
Etain et composés (en Sn)
Trimestrielle
Fer et composés (en Fe)
Trimestrielle
Manganèse et composés (en Mn)
Trimestrielle
Chrome et composés (en Cr)
Trimestrielle
Cuivre et composés (en Cu)
Trimestrielle
Nickel et composés (en Ni)
Trimestrielle
Plomb et composés (en Pb)
Trimestrielle
Zinc et composés (en Zn)
Trimestrielle
Chrome hexavalent
Trimestrielle
Cyanures
Trimestrielle 
(*) Pour la DBO5, la fréquence peut être moindre s'il est démontré que le suivi d'un autre paramètre est représentatif de ce polluant et lorsque la mesure de la DBO5 n'est pas nécessaire au suivi de la station d'épuration sur lequel le rejet est raccordé.
La mesure quotidienne du paramètre AOX ou EOX n'est pas nécessaire lorsque plus de 80 % des composés organiques halogénés sont clairement identifiés et analysés individuellement et que la fraction organohalogénée non identifiée ne représente pas plus de 0,2 mg/l.
Lorsque les polluants bénéficient, au sein du périmètre autorisé, d'une dilution telle qu'ils ne sont plus mesurables au niveau du rejet au milieu extérieur ou au niveau du raccordement avec un réseau d'assainissement, ils sont mesurés au sein du périmètre autorisé avant dilution.
En cas de dépassement des valeurs seuils autorisées, l'exploitant prend les dispositions nécessaires pour rendre à nouveau ces rejets conformes, en justifiant cette conformité par un contrôle de vérification satisfaisant. Il précise sur un registre les actions réalisées et en informe l'inspection des installations classées. Les résultats des mesures sont tenus à la disposition de l'inspection des installations classées.
Pour les effluents raccordés, les résultats des mesures faites à une fréquence plus contraignante à la demande du gestionnaire de la station d'épuration sont tenus à la disposition de l'inspection des installations classées.