Le chef du service des ressources humaines est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint. 
Le service des ressources humaines comprend :
1. La sous-direction mobilité, emplois, carrières.
2. La sous-direction du développement professionnel et des relations sociales.
3. (Supprimé)
4. La mission des systèmes d'information des ressources humaines.
5. La mission du pilotage de l'emploi, de la gestion prévisionnelle des ressources humaines et de l'Observatoire des missions et des métiers .
6. La mission du projet AGORHA-opérateur national de paie (ONP). 
I. - La sous-direction mobilité, emplois, carrières assure le pilotage de la gestion des carrières, des parcours professionnels et du suivi individualisé des agents. Elle est responsable de l'organisation de la gestion administrative des personnels et de la mise en œuvre de la paie des agents. Elle assure le pilotage national de la paie et contribue à la conception et à la mise en œuvre des orientations en matière de politique indemnitaire. 
Elle coordonne la politique de mobilité. 
Elle participe à l'analyse des compétences et des métiers et contribue à la gestion prévisionnelle des emplois et compétences. 
La sous-direction mobilité, emplois, carrières comprend : 
a) Un pôle d'expertise et de services en charge de la gestion administrative et de la mise en œuvre de la paie des agents, qui est constitué par : 
- le bureau de gestion des personnels de catégorie A et des agents contractuels ; 
- le bureau de gestion des personnels de catégorie B et C ; 
- le bureau de gestion des personnels enseignants et des personnels de la filière formation-recherche ; 
- le centre interministériel de gestion des ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts, service à compétence nationale dont les missions sont définies à l'arrêté du 2 juin 2010 ; 
b) Le bureau du pilote national de la paie ; en charge des orientations en matière de politique indemnitaire, ce bureau assure, à compter du raccordement à l'opérateur national de paye (ONP), la relation avec cet opérateur et est le garant du bon fonctionnement des activités de gestion administrative et de paie. 
Au titre de ses fonctions de contrôle interne, le bureau du pilote national de la paie est placé sous l'autorité directe de l'adjoint du chef de service des ressources humaines. 
II. - La sous-direction du développement professionnel et des relations sociales anime le dialogue social et les relations collectives du travail.
Elle élabore les textes réglementaires, notamment ceux relatifs aux statuts des personnels.
Elle pilote la politique de formation continue des personnels et coordonne la mise en œuvre des formations, à l'exception de celles concernant les personnels d'éducation et de formation. Elle exerce la tutelle de l'Institut national de formation des personnels du ministère de l'agriculture.
Elle est responsable de l'action sanitaire et sociale, ainsi que de l'hygiène et de la sécurité du travail.
Elle organise les recrutements des agents.
Elle instruit les droits à pension.
La sous-direction du développement professionnel et des relations sociales comprend :
― le bureau des politiques statutaires et réglementaires ;
― le bureau des concours et des examens professionnels ;
― le bureau de la formation continue et du développement des compétences ;
― le bureau de l'action sanitaire et sociale ;
― le bureau des pensions.
III. La mission du pilotage de l'emploi, de la gestion prévisionnelle des ressources humaines et de l'Observatoire des missions et des métiers anime et coordonne la gestion prévisionnelle des ressources humaines. Elle assure la programmation et le suivi du budget du personnel, de la masse salariale, des effectifs et des recrutements. Elle coordonne la politique indemnitaire. Elle assure le suivi des évolutions des missions du ministère et en évalue les conséquences quantitatives ou qualitatives sur les métiers actuels ou émergents.
L'Observatoire des missions et des métiers, qui lui est rattaché, assure la veille prospective sur les missions mises en œuvre par l'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche, les services déconcentrés et les établissements publics intervenant dans les domaines des politiques relevant de ce ministère, ainsi que sur les compétences requises pour les exercer. Il fait toute recommandation utile à la gestion des ressources humaines, notamment en matière de recrutement, de formation initiale ou continue et de construction raisonnée des parcours de carrière.
L'Observatoire des missions et des métiers comporte un conseil d'orientation dont les attributions, la composition et la présidence sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. 
IV. ― La mission des systèmes d'information des ressources humaines assure la maîtrise d'ouvrage des systèmes d'information ressources humaines. Elle recense et expertise les besoins exprimés par les directions, établissements et utilisateurs concernés. Elle participe à l'assistance aux utilisateurs. Elle assure la cohérence des systèmes d'information en lien avec la gestion des ressources humaines et le suivi des agents.
V. (Supprimé)
VI. - La mission du projet AGORHA-opérateur national de paie (ONP) conduit le programme en vue du raccordement du ministère chargé de l'agriculture à l'opérateur national de paie. Elle assure la préparation des réunions des instances de gouvernance du programme et veille à la mise en œuvre et au suivi des actions nécessaires, notamment la mise en conformité du système d'information des ressources humaines, la vérification de la qualité des données, l'adaptation des outils et procédures de gestion des ressources humaines et la réduction des écarts de gestion. A ce titre, elle coordonne, dans le périmètre du projet, l'action des services concernés, pilote le déploiement du nouveau dispositif et les actions d'accompagnement du changement.