Pour l'application du troisième alinéa de l'article D. 615-59 du code rural et de la pêche maritime, sont présumés intentionnels les cas de non-conformité mentionnés ci-après : 
1° Au titre du domaine « environnement » : 
Pour le sous-domaine « protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles » :
-le dépassement de plus de 75 kg du plafond annuel de 170 kg d'azote contenu dans les effluents d'élevage épandus par hectare de surface agricole utile ;
-l'absence totale de bande enherbée ou boisée sur les îlots culturaux en zone vulnérable le long de tous les cours d'eau mentionnés au premier alinéa du I de l'article D. 615-46 du code rural et de la pêche maritime et de tous les plans d'eau de plus de dix hectares ; 
2° Au titre du domaine « bonnes conditions agricoles et environnementales » :
-l'absence totale de bande tampon le long de tous les cours d'eau mentionnés au premier alinéa du I de l'article D. 615-46 et à l'article D. 681-4-1 du code rural et de la pêche maritime et traversant l'exploitation ;
-l'absence totale de particularités topographiques ;
-dans tous les départements, à l'exception de la Guyane, La Réunion, la Martinique, la Guadeloupe et Mayotte, le retournement total de la surface en pâturages permanents (prairies naturelles, estives, landes et parcours, prairies temporaires de plus de cinq ans) déterminée en année de référence conformément à l'article D. 615-51 du code rural et de la pêche maritime ;
-dans tous les départements, à l'exception de la Guyane, La Réunion, la Martinique, la Guadeloupe et Mayotte, l'absence des pâturages permanents dont la réimplantation a été notifiée à l'exploitant par le directeur départemental des territoires ou par le directeur départemental des territoires et de la mer ;
-dans les départements de la Guyane, La Réunion, la Martinique et la Guadeloupe, le retournement d'un pâturage permanent malgré un refus signifié par le directeur de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt ;
-dans tous les départements, à l'exception de la Guyane, La Réunion, la Martinique, la Guadeloupe et Mayotte, la valorisation de terres retirées de la production dites « terres gelées » ;
-dans le département de La Réunion, le défrichement, l'exploitation ou le pâturage des terres en application des articles L. 363-12 et R. 363-7 du code forestier ; 
3° Au titre du domaine de contrôle « santé-productions animales » : 
Pour le sous-domaine « bonnes pratiques assurant la sécurité sanitaire des productions primaires animales » :
-le non-respect des mesures de police sanitaire prescrites par un arrêté préfectoral de mise sous surveillance ou par un arrêté portant déclaration d'infection d'une zoonose réputée contagieuse ;
-l'abattage clandestin d'un animal de boucherie en dehors d'un abattoir agréé, à l'exception de l'abattage en vue d'une consommation familiale de porcins, d'ovins ou de caprins et de l'abattage d'animaux accidentés ou dangereux. 
Pour le sous-domaine « interdiction d'utiliser certaines substances en élevage » :
-la détection, dans le cadre du plan de surveillance établi pour l'année en cours, d'une des substances suivantes : thyréostatiques, stilbènes, dérivés de stilbènes, leurs sels et esters, substances β-agonistes, substances à effet œstrogène, androgène ou gestagène. 
Pour le sous-domaine « lutte contre les maladies animales » :
-l'absence de notification à l'autorité compétente, constatée par un procès-verbal dressé par une autorité habilitée, de la présence d'un cas suspect et confirmé d'une ou de plusieurs des maladies suivantes : fièvre aphteuse, peste bovine, peste des petits ruminants, maladie vésiculeuse du porc, fièvre catarrhale du mouton, maladie hémorragique épizootique des cerfs, clavelée et variole caprine, stomatite vésiculeuse, pestes porcines, dermatose nodulaire contagieuse, fièvre de la vallée du Rift. 
Pour le sous-domaine « prévention, maîtrise et éradication des encéphalopathies spongiformes transmissibles » :
-le non-respect des mesures de police sanitaire prescrites par un arrêté préfectoral de mise sous surveillance ou par un arrêté portant déclaration d'infection d'une encéphalopathie subaiguë spongiforme transmissible ;
-la falsification ou la rétention d'éléments nécessaires à l'enquête effectuée lorsque la présence d'une encéphalopathie subaiguë spongiforme transmissible est officiellement confirmée. 
Pour le sous-domaine « identification et enregistrement des bovins » :
-l'ensemble des animaux de plus de vingt jours et plus de dix animaux sont sans marque auriculaire agréée ou avec des marques auriculaires illisibles entraînant une perte de traçabilité ;
-la modification d'au moins une marque auriculaire d'identification bovine ;
-l'absence de notification d'un mouvement d'animaux ou d'une naissance constatée le jour du contrôle alors que plus de sept jours ou vingt-sept jours pour une naissance se sont écoulés depuis l'événement pour au moins 50 % des animaux présents et au moins trois animaux ;
-l'absence totale ou l'absence de présentation ou l'absence de tenue du registre des bovins au moment du contrôle,
-la modification d'au moins un passeport bovin. 
Pour le sous-domaine « identification et enregistrement des ovins et des caprins » :
-l'absence totale d'élément d'identification individuelle pour au moins cinquante animaux de plus de six mois et plus de 1 % des animaux de plus de six mois ;
-l'absence cumulée des éléments constituant le registre d'identification par constat des trois non-conformités :
-le recensement annuel ; et
-le document faisant état de la pose des repères d'identification ; et
-l'ensemble des documents de circulation ; 
4° Au titre du domaine « protection et bien-être animal » : 
Pour le sous-domaine « règles de protection et bien-être animal s'appliquant à tous les élevages, sauf les élevages de porcs (en bâtiment) et de veaux » :
-la constatation de cinq éléments d'appréciation non conformes pour le point de contrôle « santé des animaux ». 
Pour le sous-domaine « règles de protection et bien-être animal s'appliquant aux élevages de veaux » :
-la constatation de cinq éléments d'appréciation non conformes pour le point de contrôle « santé des animaux ». 
Pour le sous-domaine « règles de protection animale s'appliquant aux élevages de porcs (en bâtiment). » :
-la constatation de cinq éléments d'appréciation non conformes pour le point de contrôle « santé des animaux ». 
5° Une non-conformité répétée dont le résultat du pourcentage calculé sur l'une des deux années précédentes est au moins égal à 15 %, l'exploitant ayant été informé des conséquences de cette répétition ; 
6° Un cas de non-conformité non mentionné ci-dessus qui ne peut être considéré comme une négligence. L'appréciation du caractère intentionnel du cas de non-conformité doit faire l'objet d'une demande de validation aux services compétents du ministère en charge de l'agriculture.