Le secrétaire général assiste le ministre pour l'administration du ministère.A cette fin, il coordonne l'action de l'ensemble des services du ministère et participe à leur évaluation. Il leur alloue les moyens de leur activité. Il organise la préparation du budget du ministère et s'assure de son exécution. Il veille à l'élaboration et à la bonne application de la législation du travail dans les secteurs agricole, agroalimentaire et forestier ainsi que de la législation relative à la protection sociale des membres des professions agricoles. Il définit les modalités de traitement des questions juridiques et veille à leur mise en œuvre. Il anime et favorise le développement des réflexions stratégiques du ministère en matière économique, sociale et environnementale. Il veille à l'élaboration et à la diffusion de l'information statistique. Il élabore les principes généraux de gestion des ressources humaines et assure leur mise en œuvre. Il conduit les réflexions stratégiques relatives à l'organisation et à l'administration du ministère, propose ses évolutions et met en œuvre la politique de modernisation. Il fixe les orientations générales de la politique de communication et assure sa mise en œuvre. 
Le secrétaire général dirige les activités des services suivants : 
a) Le service des affaires financières, sociales et logistiques ; 
b) Le service des affaires juridiques ; 
c) Le service de la statistique et de la prospective ; 
d) Le service des ressources humaines ; 
e) Le service de la modernisation ; 
f) La délégation à l'information et à la communication.
I. ― Le service des affaires financières, sociales et logistiques est responsable de la préparation, de la programmation et de l'exécution du budget. Il est responsable de l'organisation comptable. Il assure la tenue des comptabilités et du bilan prévus à l'article 27 de la loi organique n° 2001-692 du 1er août 2001 relative aux lois de finances. Il organise le contrôle interne budgétaire et comptable. 
Il étudie et prépare, pour le compte du ministère, les mesures fiscales. 
Il procède à l'évaluation et à l'analyse des concours publics aux secteurs d'activité de la compétence du ministère. 
Dans les domaines de compétence autres que l'enseignement et la recherche, il gère les moyens de fonctionnement des opérateurs de l'Etat et approuve leurs comptes. 
Il est responsable de la logistique. Il définit et met en œuvre les politiques de l'achat et de la commande publique. Il définit et met en œuvre la politique immobilière ; il programme les implantations pour l'ensemble des services et conduit les opérations pour l'administration centrale. 
Il élabore la législation du travail dans le secteur agricole, agroalimentaire et forestier et veille à son application. Il définit la politique de prévention des risques professionnels des salariés agricoles et veille à celle des exploitants. 
Il élabore la législation relative à la protection sociale des personnes salariées et non salariées des professions agricoles. Il prépare les mesures de financement des régimes correspondants. Il assure la tutelle des organismes de protection sociale et de l'établissement de gestion du Fonds de financement des prestations sociales des non-salariés agricoles. Il participe à l'élaboration de la loi de financement de la sécurité sociale. 
Il est dirigé par le directeur des affaires financières, sociales et logistiques. 
II. ― Le service des affaires juridiques conseille le ministre en matière juridique. Il exerce une fonction de conception, de conseil, d'expertise et d'assistance auprès de l'administration centrale du ministère, des services déconcentrés et des établissements publics placés sous la tutelle du ministre. 
Il assure la diffusion des connaissances juridiques et contribue au développement des compétences dans ce domaine. 
Il est responsable de la qualité de la réglementation et de la codification. Il assure la coordination de la préparation des textes législatifs et réglementaires intéressant l'ensemble du ministère. 
Il est consulté sur les projets de textes législatifs et les principaux projets de textes réglementaires préparés par les directions et assure le suivi de la procédure d'adoption de ces textes. Il peut être chargé pour le compte de l'ensemble du ministère, ou à la demande de l'un de ses services, de la rédaction de projets de loi ou de décrets. 
Il est associé à la préparation et à l'élaboration des textes communautaires et internationaux. Il coordonne les interventions du ministère en matière de transposition des directives communautaires et veille au respect des délais de transposition. 
Il traite le contentieux national de niveau central du ministère et représente le ministre devant les juridictions compétentes. Il assure pour le ministère la préparation et le suivi du traitement des contentieux communautaires et internationaux et des pré-contentieux communautaires. 
Dans le cadre de l'article 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires, il assure la protection des agents publics. 
Il veille au respect de la législation sur la communication des documents administratifs et les traitements de données. 
Il est dirigé par le directeur des affaires juridiques. 
III. ― Le service de la statistique et de la prospective anime et favorise le développement des réflexions stratégiques du ministère en matière économique, sociale et environnementale. Il a la responsabilité de l'élaboration et de la diffusion de l'information statistique dans les domaines de compétence du ministère. 
Il anime et oriente les fonctions de prospective et d'intelligence économique. Il assure le secrétariat des organismes consultatifs chargés de la prospective nationale, européenne et internationale au sein du ministère. 
Il est chargé de la programmation des études, du suivi de leur exécution et de la valorisation de leurs résultats. Il réalise, anime et coordonne les études économiques et les travaux d'évaluation du ministère. 
Il est chargé de la programmation, de la coordination, de l'établissement et de la diffusion de l'information statistique, en liaison avec l'Institut national de la statistique et des études économiques. Il est chargé des relations avec les organismes statistiques nationaux, communautaires et internationaux. Il constitue l'autorité nationale pour la production des statistiques communautaires dans le domaine de compétence du ministère. 
Il anime et coordonne l'activité statistique des services déconcentrés. 
Il assure les relations avec le Conseil national de l'information statistique. 
IV. ― Le service des ressources humaines élabore et met en œuvre la politique de gestion des ressources humaines. Il anime et coordonne la gestion prévisionnelle des emplois, des effectifs et des compétences. Il assure le pilotage de la gestion des carrières et du suivi individualisé des agents. Il est responsable de l'organisation de la gestion administrative et de la paie des personnels. Il assure la programmation et le suivi de la masse salariale et des effectifs. 
Il anime et coordonne le dialogue social. Il définit et met en œuvre la politique d'action sociale, la politique en matière d'hygiène et de sécurité du travail et la politique de formation continue des personnels. Il exerce, pour le compte du ministre, la tutelle sur l'Institut national de formation des personnels du ministère de l'agriculture. 
Il assure la maîtrise d'ouvrage du système d'information des ressources humaines.
V. ― Le service de la modernisation élabore et met en œuvre la politique de modernisation et de déconcentration du ministère. 
Il propose et met en œuvre les réformes d'organisation des services. 
Il définit les modalités du contrôle de gestion au sein du ministère et coordonne sa mise en œuvre. 
Il organise la répartition des moyens des services déconcentrés. 
Il organise et coordonne la mise en œuvre d'actions d'amélioration des relations avec les usagers. 
Il conduit la politique d'appui technique des services déconcentrés du ministère au bénéfice des collectivités territoriales et divers organismes. 
Il conduit la politique de développement des systèmes d'information du ministère ; il veille à la cohérence des systèmes d'information des autres opérateurs de l'Etat avec le système d'information du ministère. 
Il assure l'organisation, la mise en œuvre et l'exploitation des systèmes de communication et d'information du ministère. 
VI. ― La délégation à l'information et à la communication élabore, met en œuvre et évalue la politique d'information et de communication interne et externe de l'ensemble du ministère. 
Pour l'exercice de ses missions, elle s'appuie sur un réseau de correspondants dans chaque direction de l'administration centrale et anime le réseau des chargés de communication des services déconcentrés du ministère. 
Elle dirige le service de presse du ministère. Elle assure la direction éditoriale et la production de l'ensemble des médias écrits, audiovisuels et électroniques du ministère. Elle conduit les campagnes de communication et les opérations de relations publiques. Elle définit les règles de l'utilisation de l'internet au ministère. 
Elle élabore et met en œuvre la politique d'archivage de l'administration centrale. 
Elle est le correspondant du ministère auprès du service d'information du Gouvernement. 
Elle exerce, pour le compte du ministre, la tutelle sur l'Agence française d'information et de communication agricole et rurale.