Le chef du service de la statistique et de la prospective est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint. 
Le service de la statistique et de la prospective comprend :
1. La sous-direction de la prospective et de l'évaluation.
2. La sous-direction des statistiques agricoles, forestières et agroalimentaires.
3. La sous-direction des synthèses statistiques et des revenus.
4. La mission diffusion des données.
5. Le bureau des méthodes et de l'informatique statistiques.
I. - La sous-direction de la prospective et de l'évaluation constitue le centre d'études et de prospective. Celui-ci anime et favorise le développement des réflexions stratégiques du ministère en matière économique, sociale et environnementale. Il exerce un rôle d'alerte, d'initiative et de proposition au sein du ministère, au vu des évolutions qu'elle observe. Il diffuse, le cas échéant, les informations et analyses résultant de ces travaux. Il anime, oriente et coordonne la fonction de prospective. Il assure à ce titre le secrétariat des structures en charge de la prospective nationale, européenne et internationale au sein du ministère et le représente auprès des instances compétentes dans ce domaine. Il conduit et coordonne les travaux d'analyse économique et d'évaluation relatifs aux politiques publiques que le ministère met en œuvre. Il anime et oriente la fonction d'intelligence économique. Il prépare les programmes d'études et d'évaluation du ministère. Il suit leur exécution, valorise et diffuse les résultats obtenus. 
Le centre d'études et de prospective comprend : 
- le bureau de la prospective, de la stratégie et de l'intelligence économique ; 
- le bureau de l'évaluation et de l'analyse économique. 
II. ― La sous-direction des statistiques agricoles, forestières et agroalimentaires assure la conception et la réalisation des statistiques dans le domaine des structures agricoles, du milieu rural, des productions agricoles et forestières et en analyse les résultats ; elle participe aux actions statistiques en matière d'aménagement du territoire et d'impact de l'agriculture sur l'environnement. Elle participe pour le compte du ministère aux travaux relatifs à la préparation des statistiques industrielles ; elle réalise ou assure la maîtrise d'ouvrage des statistiques dans le domaine des industries agricoles et alimentaires et des agrofournitures et en analyse les résultats ; elle exerce le contrôle technique des organismes professionnels ou interprofessionnels agréés par les pouvoirs publics pour l'exécution d'enquêtes statistiques.
La sous-direction des statistiques agricoles, forestières et agroalimentaires comprend : 
- le bureau des statistiques des industries agricoles et alimentaires ; 
- le bureau des statistiques végétales et animales ; 
- le bureau des statistiques structurelles, environnementales et forestières.
III. - La sous-direction des synthèses statistiques et des revenus assure les analyses et synthèses statistiques tant structurelles que conjoncturelles ; elle participe à la préparation des comptes de l'agriculture établis par l'Institut national de la statistique et des études économiques et établit les comptes aux échelons plus détaillés ; elle assure le secrétariat de la commission des comptes de l'agriculture de la nation ; elle pilote le réseau d'information comptable agricole.
La sous-direction des synthèses statistiques et des revenus comprend :
― le bureau des synthèses statistiques conjoncturelles ;
― le bureau des statistiques sur les productions et les comptabilités agricoles.
IV. - La mission diffusion des données est responsable de la mise à disposition du public des informations statistiques. Elle a en charge les publications papier et électronique, le site Agreste, les bases de données statistiques et la réponse à la demande. Elle assure la composition, l'impression et la commercialisation des publications statistiques. Elle coordonne les actions de diffusion des services déconcentrés du ministère.
La mission diffusion des données comprend :
― le bureau de l'information statistique ;
― le bureau des supports statistiques ;
― l'atelier national de composition et de diffusion.
V. - Le bureau des méthodes et de l'informatique statistiques assiste, conseille et forme les utilisateurs de la statistique agricole sur les méthodes et outils statistiques. En cohérence avec le système d'information du ministère, il assiste les maîtrises d'ouvrage informatiques de la statistique agricole. Il participe également à la réalisation des enquêtes (plan de sondage, tirage d'échantillon, déploiement des logiciels d'enquête en région, stockage des enquêtes...).