L'établissement est administré par un conseil d'administration de vingt-neuf membres dotés chacun d'un suppléant conformément aux dispositions de l'article R. * 321-4 du code de l'urbanisme. 
Il est composé de : 
1° Vingt-cinq représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements : 
a) Quatre représentants de la région Auvergne-Rhône-Alpes désignés en son sein par son organe délibérant ; 
b) Huit représentants des départements désignés en leur sein par leur organe délibérant, à raison de : 
– un pour le département de l'Ardèche ; 
– un pour le département de la Drôme ; 
– un pour le département de l'Isère ; 
– trois pour le département de la Loire ; 
– deux pour le département du Rhône ; 
c) Un représentant de la métropole de Lyon désigné en son sein par son organe délibérant ; 
d) Neuf représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre dont la liste et le nombre respectif de représentants sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'urbanisme et du ministre chargé des collectivités territoriales. Cet arrêté est pris après avis des conseils régionaux, des conseils départementaux, de la métropole de Lyon, des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre compétents en matière de plan local d'urbanisme ainsi que des communes de 20 000 habitants et plus non membres de ces établissements, situés dans le périmètre de compétence de l'établissement public foncier de l'Ouest Rhône-Alpes. L'avis est réputé favorable s'il n'est pas émis dans un délai de trois mois. Ces représentants sont désignés en leur sein par les organes délibérants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre ; 
e) Trois représentants des autres établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et des communes non membres des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, mentionnées au présent 1°, désignés en son sein par l'assemblée prévue à l'article L. 321-9 du code de l'urbanisme. 
Cette désignation devra assurer une répartition de sièges telle que les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre disposent au moins de deux représentants au conseil d'administration. 
2° Quatre représentants de l'Etat : 
– un représentant désigné par le ministre chargé des collectivités territoriales ; 
– un représentant désigné par le ministre chargé de l'urbanisme ; 
– un représentant désigné par le ministre chargé du logement ; 
– un représentant désigné par le ministre chargé du budget. 
Quatre personnalités socioprofessionnelles, désignées en son sein par l'organe délibérant de l'institution dont elles relèvent, assistent au conseil d'administration avec voix consultative : 
– un représentant de la chambre régionale de commerce et d'industrie ; 
– un représentant de la chambre régionale d'agriculture ; 
– un représentant de la chambre régionale de métiers et de l'artisanat ; 
– un représentant du conseil économique, social et environnemental régional. 
Le préfet de la région Auvergne-Rhône-Alpes, les préfets des départements concernés par le périmètre de compétence de l'établissement public foncier, le directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'établissement assistent de droit aux réunions du conseil d'administration et y sont entendus chaque fois qu'ils le demandent. 
Le préfet de la région Auvergne-Rhône-Alpes publie par arrêté la liste nominative des membres du conseil d'administration et procède à son installation.