MÉTHODOLOGIE DE SÉLECTION DES ÉLÉMENTS DE QUALITÉ, PARAMÈTRES ET FRÉQUENCES POUR LE PROGRAMME DE CONTRÔLES OPÉRATIONNELS DES EAUX DE SURFACE 
I.-Principes généraux 
A.-Sélection des éléments de qualité et paramètres 
Dans le cadre du programme de contrôles opérationnels, un suivi peut être réalisé avant la mise en œuvre des programmes de mesures pour établir l'état et identifier les éléments les plus sensibles aux pressions. 
Après la mise en œuvre des programmes de mesures, le suivi porte d'abord sur le ou les éléments physico-chimiques, chimiques ou hydromorphologiques les plus sensibles aux pressions à l'origine du risque. Le ou les éléments biologiques les plus sensibles aux pressions sont contrôlés lorsqu'une amélioration de ces éléments est constatée. 
La vérification du retour au bon état ou au bon potentiel s'effectue avec l'ensemble des éléments de qualité pertinents pour le type considéré, évalués en un point représentatif de l'état de la masse d'eau, conformément à l'arrêté prévu à l'article R. 212-18 du code de l'environnement.
B.-Sélection des fréquences 
La fréquence des contrôles requise pour tout paramètre est déterminée de manière à apporter des données suffisantes pour une évaluation valable de l'état de l'élément de qualité en question. Les contrôles doivent avoir lieu à des intervalles ne dépassant pas ceux indiqués dans le tableau ci-dessous, à moins que des intervalles plus longs ne se justifient sur la base des connaissances techniques et des avis d'experts. Les fréquences peuvent également dans certains cas être augmentées, par exemple pour les éléments de qualité biologique et chimique les plus sensibles aux pressions afin de suivre la tendance de retour au bon état. 
ELÉMENT DE QUALITÉ 
COURS D'EAU 
PLAN D'EAU 
EAUX DE TRANSITION 
EAUX CÔTIÈRES 
Biologique 
Phytoplancton 
6 mois 
6 mois 
6 mois 
6 mois 
Autre flore aquatique 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
Macro-invertébrés 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
Poissons 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
Hydromorphologique 
Continuité 
6 ans 
Hydrologie 
Continu 
1 mois 
Morphologie 
6 ans 
6 ans 
6 ans 
6 ans 
Physico-chimique 
Température 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
Bilan d'oxygène 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
Salinité 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
Nutriments 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
Etat d'acidification 
3 mois 
3 mois 
Autres polluants 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
3 mois 
Substances prioritaires 
1 mois 
1 mois 
1 mois 
1 mois 
Les fréquences intra-annuelles et interannuelles sont choisies de manière à parvenir à un niveau de confiance et de précision acceptable. Les fréquences interannuelles sont notamment à adapter en fonction des caractéristiques et de l'état de la masse d'eau ainsi que de la nature des mesures mises en place.L'évaluation de la confiance et de la précision atteinte par le système de contrôle utilisé est indiquée dans le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux. 
Les fréquences de contrôle sont choisies de manière à tenir compte de la variabilité des paramètres résultant des conditions à la fois naturelles et humaines.L'époque à laquelle les contrôles sont effectués est déterminée de manière à réduire au minimum l'effet des variations saisonnières sur les résultats, et donc à assurer que les résultats reflètent les modifications subies par la masse d'eau du fait des variations des pressions humaines. 
II.-Paramètres et éléments de qualité à suivre par type d'eaux à titre indicatif 
Les tableaux suivants décrivent les paramètres et éléments de qualité à suivre, à titre indicatif, par type d'eaux en fonction du type de pression.
A.-Eaux côtières (toutes façades) 
TYPE DE PRESSION 
PARAMÈTRES ET ÉLÉMENTS 
de qualité à suivre 
Rejets de nutriments d'origine ponctuelle ou diffuse : enjeu eutrophisation 
Eléments physico-chimiques : 
le suivi dans la masse d'eau n'est pas pertinent pour les eaux côtières (1) 
Eléments biologiques : 
phytoplancton ou macroalgues 
Rejets de micropolluants (d'origine domestique ou industrielle ou agricole) : enjeu pollution par les substances toxiques 
Eléménts chimiques : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques de substrat meuble 
Emprises et constructions littorales : enjeu destruction d'habitats côtiers 
Eléments hydromorphologiques : 
inventaire et surface des emprises 
Eléments biologiques : 
à préciser ultérieurement 
Activités nautiques (ancre, arts traînants...) : enjeu pression physique 
Eléments biologiques : 
angiospermes 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrementrelatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 
(1) Selon les cas, un suivi des tributaires (évaluation des flux) peut être nécessaire.
B.-Eaux de transition de type fleuves et estuaires (toutes façades) 
TYPE DE PRESSION 
PARAMÈTRES ET ÉLÉMENTS 
de qualité à suivre 
Rejets de macropolluants d'origine ponctuelle ou diffuse 
Eléments physico-chimiques : 
bilan d'oxygène, nutriments, particules en suspension 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques, ou macrophytes (rejets de nutriments uniquement), ou phytoplancton (pour les masses d'eau de faible turbidité uniquement) 
Rejets de micropolluants d'origine ponctuelle ou diffuse 
Paramètres chimiques : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques 
Dégradation thermique 
Eléments physico-chimiques : 
température, oxygène 
Eléments biologiques : 
phytoplancton (pour les masses d'eau de faible turbidité seulement), ou macrophytes, ou macro-invertébrés benthiques 
Pressions sur l'hydrologie (prélèvement d'eau, drainage, régulation du débit) 
Eléments hydromorphologiques : 
quantité et dynamique du débit (abaissement des étiages, modification des crues) ou ralentissement des écoulements 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques ou poissons 
Pressions sur la morphologie (altération du lit mineur, des berges, et de la ripisylve) 
Eléments hydromorphologiques :
-indicateurs d'altérations morphologiques (sinuosité, succession des faciès, débit de plein bord, altération du corridor, granulométrie, incision...)
-indicateurs de la dynamique du bouchon vaseux dans les estuaires (position, fréquence d'expulsion) 
Blocage du transit sédimentaire (barrages, gravières) 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques, ou poissons 
Erosion des sols 
Eléments hydromorphologiques : 
colmatage 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques, ou poissons 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrementrelatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 
C.-Eaux de transition de lagunes méditerranéennes 



D.-Cours d'eau 



TYPE DE PRESSION 
PARAMÈTRES ET ÉLÉMENTS 
de qualité à suivre 
Rejets de nutriments d'origine ponctuelle ou diffuse : enjeu eutrophisation 
Eléments physico-chimiques : 
oxygène dissous, turbidité, P minéral et total, N minéral et total 
Eléments biologiques : 
phytoplancton (biomasse), ou macrovégétaux (macroalgues et angiospermes) 
Eléments biologiques : 
macrovégétaux (macroalgues et angiospermes) 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques de substrat meuble 
Rejets de micropolluants (d'origine domestique ou industrielle ou agricole) : enjeu pollution par les substances toxiques 
Eléments chimiques : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques de substrat meuble 
Pressions sur l'hydromorphologie 
Eléments hydromorphologiques : 
à préciser ultérieurement 
Eléments biologiques : 
à préciser ultérieurement 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrementrelatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 



E.-Plans d'eau 

TYPE DE PRESSION 
PARAMÈTRES ET ÉLÉMENTS 
de qualité à suivre 
Rejets de macropolluants d'origine ponctuelle ou diffuse 
Eléments physico-chimiques : 
bilan d'oxygène, nutriments, effets des proliférations végétales pour les cours d'eau lents, particules en suspension 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou diatomées ou macrophytes (nutriments uniquement), phytoplancton pour les grands cours d'eau 
Rejets de micropolluants d'origine ponctuelle ou diffuse 
Paramètres : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique (a) 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou diatomées 
Pollution par acidification 
Eléments physico-chimiques : 
acidification 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou diatomées 
Dégradation thermique 
Eléments physico-chimiques : 
température 
Eléments biologiques : 
diatomées ou macrophytes 
Pressions sur l'hydrologie (prélèvement d'eau, drainage, régulation du débit) 
Eléments hydromorphologiques : 
quantité et dynamique du débit (abaissement des étiages, modification des crues) ou ralentissement des écoulements 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou poissons 
Pressions sur la morphologie (altération physique du lit mineur, des berges, et de la ripisylve) 
Blocage du transit sédimentaire (barrages, gravières) 
Eléments hydromorphologiques : 
indicateurs d'altérations morphologiques (sinuosité, succession des faciès, débit de plein bord, altération du corridor, granulométrie, incision...) 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou poissons 
Erosion des sols 
Eléments hydromorphologiques : 
colmatage 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou poissons 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrementrelatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 
(a) Les substances de l'état chimique sont suivies dans l'eau et, en complément, dans les sédiments si ce support est pertinent. Les polluants spécifiques de l'état écologique sont suivies dans le support le plus pertinent.
Un suivi préalable pour le contrôle opérationnel des plans d'eau est réalisé avant la mise en œuvre des programmes de mesures pour établir l'état et identifier les éléments les plus sensibles aux pressions. 
Le suivi pour le contrôle opérationnel des plans d'eau porte sur l'ensemble des éléments de qualité de l'annexe ID. 
Les suivis des micropolluants et des éléments biologiques seront adaptés à leur pertinence en fonction de l'état et du type de masse d'eau. 
Dans le cas d'espèces exotiques envahissantes, le suivi est complété par la détermination des caractéristiques de colonisation par la ou les espèce (s) (recouvrement relatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes). 
Un suivi des flux sur les tributaires du plan d'eau peut compléter le suivi des plans d'eau (pour les micropolluants et les nutriments).