Le directeur des affaires juridiques est assisté dans l'exercice de ses fonctions par un adjoint. 
Le service des affaires juridiques comprend : 
1. La sous-direction du droit de l'administration, de la concurrence et des procédures juridiques européennes. 
2. La sous-direction du droit des produits, des politiques sectorielles et des exploitations. 
3. La mission des procédures et de la diffusion de l'information juridique. 
4. Le conseiller aux affaires pénales. 
5. La mission de la politique d'archivage.
I. - La sous-direction du droit de l'administration, de la concurrence et des procédures juridiques européennes exerce les attributions définies au II de l'article 2 du décret du 30 juin 2008 susvisé pour les questions juridiques concernant : 
1. Les personnels, l'organisation des services et établissements publics relevant du ministère, le régime du travail et de la protection sociale, la formation et la recherche. 
2. Les contrats publics et délégations de service public relevant de la compétence du ministère, la concurrence, les finances publiques, les aides publiques, la fiscalité et les biens des personnes publiques. 
Elle exerce une fonction de coordination, de conseil, d'expertise et d'assistance juridique dans le domaine du droit européen et international. A ce titre, elle assure, pour l'ensemble des services du ministère, une veille juridique et la diffusion des connaissances dans ce domaine, elle prend en charge, en collaboration avec les services du ministère et les bureaux du service des affaires juridiques, la préparation et le suivi des précontentieux, elle apporte un appui technique aux bureaux du service pour le traitement des contentieux européens et internationaux, elle coordonne l'élaboration des fiches d'impact et la transposition des directives de l'Union européenne, elle assure le suivi des questions institutionnelles de l'Union européenne, elle est associée à la préparation et au suivi des négociations européennes et internationales. Elle exerce une fonction de conseil, d'expertise et d'assistance juridique dans le domaine du droit applicable à l'outre-mer. 
Elle comprend :
- le bureau du droit de l'administration ;
- le bureau du droit financier, des contrats publics et de la concurrence ;
- la mission du droit européen, international et de l'outre-mer. 
II. - La sous-direction du droit des produits, des politiques sectorielles et des exploitations exerce les attributions définies au II de l'article 2 du décret du 30 juin 2008 susvisé pour les questions juridiques concernant : 
1. La qualité et la sécurité des produits agricoles et des aliments. 
2. Les politiques sectorielles dans les domaines de l'agriculture, de la sylviculture, des produits de la mer et de l'aquaculture. 
3. Les exploitations, la forêt, l'environnement, l'aménagement rural et le développement du territoire. 
Elle comprend :
- le bureau du droit de la sécurité et de la qualité des produits ;
- le bureau du droit des politiques sectorielles ;
- le bureau du droit des exploitations et de l'aménagement rural. 
III. - La mission des procédures et de la diffusion de l'information juridique assure l'enregistrement et le suivi administratif des projets de textes et demandes d'avis transmis au service ainsi que de l'ensemble des dossiers contentieux de niveau central du ministère. Elle est chargée de la gestion et de la diffusion des informations juridiques ainsi que de l'animation du réseau juridique des services déconcentrés. Elle assure l'exécution financière des décisions juridictionnelles et le traitement des contestations liées aux véhicules. Elle est également chargée du suivi de questions transversales. 
IV. - Le conseiller aux affaires pénales est chargé de la protection des agents publics dans le cadre de l'article 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983. Il exerce les attributions définies au II de l'article 2 du décret du 30 juin 2008 susvisé pour les questions touchant au droit pénal et au déroulement des contrôles de police administrative et judiciaire. Il contribue à la formation des agents qui exercent des fonctions de police judiciaire. Il est le correspondant de l'agent judiciaire de l'Etat. Il est également chargé des questions liées à la communication, au traitement, à l'utilisation et à la conservation des données publiques. Il assure le traitement de toute autre question juridique qui lui est confiée.
V. - La mission de la politique d'archivage définit et met en œuvre la politique d'archivage de l'administration centrale du ministère. Elle est l'interlocuteur du service interministériel des archives de France. Elle conçoit et met en œuvre les stratégies opérationnelles de traitement des archives du ministère en application des règles et orientations fixées par ce service. Elle fixe les objectifs et les priorités en matière d'archivage en administration centrale et pilote les actions archivistiques en lien avec les structures productrices. Elle assure la collecte et le traitement des archives définitives de l'administration centrale et du cabinet. Elle apporte son expertise aux services déconcentrés et aux opérateurs placés sous la tutelle du ministère.