Le Centre national de gestion est l'établissement public national chargé de la gestion des personnels de direction de la fonction publique hospitalière, des directeurs des soins et des praticiens hospitaliers. 
Tout établissement mentionné à l'article 2 verse au Centre national de gestion une contribution. L'assiette de la contribution de chaque établissement est constituée de la masse salariale des personnels employés par l'établissement à la date de clôture du pénultième exercice. Le taux de la contribution est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et des affaires sociales dans la limite de 0,15 %. En vue de la fixation du montant de la contribution, chaque établissement fait parvenir à l'administration une déclaration des charges salariales induites par la rémunération de ses personnels. La contribution est recouvrée par le Centre national de gestion. 
Les ressources du Centre national de gestion comprennent également des subventions, avances, fonds de concours et dotation de l'Etat ainsi qu'une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie   composée de deux parts, l'une au titre de la contribution de l'assurance maladie au fonctionnement du centre et l'autre au titre du financement des contrats d'engagement de service public. Le montant de la dotation est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale. La participation des organismes d'assurance maladie est versée et répartie entre les régimes dans des conditions fixées par décret. 
Dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat, le Centre national de gestion peut également assurer le remboursement des rémunérations, avantages en nature, charges sociales et taxes assises sur les salaires versés par les établissements mentionnés à l'article 2 aux praticiens hospitaliers mentionnés au 1° de l'article L. 6152-1 du code de la santé publique, aux personnels de direction ou aux directeurs des soins qui y sont nommés en surnombre. Dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat, le Centre national de gestion assure en outre le remboursement aux établissements mentionnés à l'article 2, aux administrations de l'Etat ou aux universités de la rémunération des praticiens hospitaliers mentionnés au 1° de l'article L. 6152-1 du code de la santé publique, des personnels enseignants et hospitaliers titulaires mentionnés à l'article L. 952-21 du code de l'éducation et des personnels de direction des établissements mentionnés aux 1° et 2° de l'article 2 de cette loi, qui sont mis à disposition auprès des inspections générales interministérielles.
Le Centre national de gestion exerce ses missions au nom du ministre chargé de la santé ou du directeur de l'établissement de rattachement du personnel qu'il gère. 
Le directeur général du Centre national de gestion est recruté sur un emploi doté d'un statut fonctionnel dans des conditions définies par décret en Conseil d'Etat. 
Le Centre national de gestion emploie des agents régis par les lois n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat ou n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale ou par la présente loi ainsi que des personnels mentionnés aux 1° et 2° de l'article L. 6152-1 du code de la santé publique, en position d'activité, de détachement ou de mise à disposition. 
Il emploie également des agents contractuels de droit public avec lesquels il peut conclure des contrats à durée déterminée ou indéterminée. Le conseil d'administration délibère sur un règlement fixant les conditions de leur gestion administrative et financière.