La direction centrale des CRS est organisée comme suit :
1. La direction centrale
Chargée de l'organisation et du contrôle des unités et des personnels, de leur mise opérationnelle en fonction des missions, de la formation des personnels ainsi que de la gestion et de la répartition des moyens qui lui sont alloués, la direction centrale des CRS se compose d'une structure de contrôle dénommée inspection technique et de trois sous-directions.
L'inspection technique et les trois sous-directions de la DCCRS sont dirigées par des fonctionnaires du corps de conception et de direction de la police nationale. Chaque sous-direction comprend un certain nombre de bureaux dirigés, chacun, par un fonctionnaire de ce même corps ou par un fonctionnaire du corps de commandement de la police nationale. Sont placés auprès du directeur central des chargés de mission, membres soit du corps de conception et de direction, soit du corps de commandement de la police nationale.
2. La direction zonale
Structure territoriale de commandement opérationnel, de coordination, de contrôle et d'appui implantée au sein de chaque zone de défense métropolitaine, elle est dirigée par un directeur zonal, fonctionnaire du corps de conception et de direction de la police nationale, conseiller technique du préfet de zone et des préfets de département pour l'emploi des unités dans son ressort de compétence. Elle est autorité de rattachement des groupements opérationnels, des délégations, de l'unité motocycliste zonale, des compagnies et détachements implantés ou déplacés dans le ressort de la zone de défense, sans préjudice des prérogatives de l'autorité d'emploi.
L'adjoint au directeur zonal et le chef du service des opérations appartiennent au corps de conception et de direction de la police nationale ; le chef du service d'appui opérationnel ainsi que les chefs de bureaux de la direction zonale appartiennent au corps de commandement de la police nationale. Les sections peuvent être encadrées par des brigadiers-majors de police du corps d'encadrement et d'application.
3. La délégation
Dans le ressort de certaines directions zonales, la délégation constitue un état-major technique et opérationnel permanent, à vocation interrégionale, régionale ou départementale, subordonné à la direction zonale territorialement compétente. Elle est dirigée par un fonctionnaire du corps de conception et de direction de la police nationale ou par un commandant de police.
Le chef de délégation est le conseiller technique du préfet pour l'emploi des compagnies républicaines de sécurité dans chacun des départements de son ressort.
4. Le centre de formation
Dirigé par un fonctionnaire du corps de commandement de la police nationale, le centre de formation a vocation à assurer la formation continue des personnels relevant de la DCCRS dans les domaines techniques et administratifs. Organiquement subordonné à la direction zonale territorialement compétente, ses missions lui sont confiées par le directeur central des compagnies républicaines de sécurité.
5. La compagnie
Unité organique administrative et tactique, elle est dirigée par un fonctionnaire du corps de commandement de la police nationale du grade de commandant de police, auquel est adjoint un capitaine de police qui le supplée dans ses attributions.
Le commandant de compagnie est responsable de la formation et de la discipline du personnel placé sous ses ordres, de l'administration de son unité et de l'exécution des missions qui lui sont confiées.
La compagnie peut être une compagnie de service général, une compagnie autoroutière ou une compagnie de montagne.
La compagnie de service général est constituée de quatre ou six sections commandées par des lieutenants de police ou des brigadiers-majors de police et d'une section chargée de la gestion et du soutien opérationnel, dont le chef est un brigadier-major de police.
La compagnie autoroutière est constituée de sections de roulement, d'une section motocycliste d'appui, d'un bureau de circulation routière et d'une section de commandement et des services. Un brigadier-major de police peut commander un tel bureau ou l'une de ces sections.
La compagnie républicaine de sécurité montagne est constituée de sections et de détachements. 
6. L'unité motocycliste zonale (UMZ)
Unité organique administrative et tactique, elle est dirigée par un fonctionnaire du corps de commandement de la police nationale, secondé par un officier de police ou un brigadier-major de police titulaire de la spécialité motocycliste.
Sous l'autorité du directeur zonal, l'officier, chef de l'UMZ, est responsable de la formation et de la discipline de l'ensemble des personnels des détachements qui composent son unité, ainsi que de l'administration et de l'organisation des missions de police et de sécurité routière confiées aux CRS dans le ressort territorial de la zone de défense.
Il est assisté dans ses fonctions par les gradés spécialistes motocyclistes-chefs des détachements précités.
7. Le groupement opérationnel (GO)
Echelon hiérarchique, technique et tactique, le groupement opérationnel est une structure constituée ponctuellement pour organiser le service de l'ensemble des compagnies mises à la disposition de l'autorité d'emploi en vue d'une opération déterminée.
Le commandant opérationnel (chef du GO) est désigné, en fonction des circonstances propres à l'événement ayant motivé une telle instauration, parmi les fonctionnaires du corps de conception et de direction de la police nationale ou les commandants de police ; cette désignation, par le directeur général de la police nationale, intervient sur proposition du directeur central des compagnies républicaines de sécurité.