Le conseil d'administration comprend vingt-neuf membres : 
a) Onze membres de droit : 
1° Le doyen de l'inspection générale des bibliothèques ou son représentant ; 
2° Le secrétaire général du Conseil de l'Europe ou son représentant ; 
3° Le président de l'université de Strasbourg ou son représentant ; 
4° Le président de l'université de Mulhouse ou son représentant ; 
5° Le président de la Confédération européenne des universités du Rhin supérieur (EUCOR) ou son représentant ; 
6° Le maire de Strasbourg ou son représentant ; 
7° Le président de la communauté urbaine de Strasbourg ou son représentant ; 
8° Le président du conseil régional d'Alsace ou son représentant ; 
9° Le président du conseil général du Bas-Rhin ou son représentant ; 
10° Le président du conseil général du Haut-Rhin ou son représentant ; 
11° Un représentant du chapitre Saint-Thomas ; 
b) Dix membres élus : 
1° Quatre représentants des enseignants-chercheurs ou chercheurs de l'université de Strasbourg désignés en leur sein par le conseil d'administration de l'université ; 
2° Six représentants du personnel de la bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg, dont trois appartenant au personnel scientifique et trois appartenant au personnel ingénieur, administratif, technique, ouvrier et de service et de bibliothèque en fonctions à la bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg. Ces représentants du personnel sont élus par collèges distincts correspondant aux deux catégories de personnel désignées ci-dessus.L'élection a lieu au scrutin de liste, avec représentation proportionnelle et au plus fort reste, selon des modalités fixées par le règlement intérieur. Le scrutin est secret. Les électeurs qui ne peuvent se rendre au bureau de vote peuvent exercer leur droit par correspondance ou par procuration ; dans ce dernier cas, le mandataire doit appartenir au même collège électoral que le mandant. Chaque mandataire ne peut disposer de plus de deux procurations ; 
c) Deux personnalités du monde culturel et scientifique dont un enseignant-chercheur ou chercheur, nommées en raison de leurs compétences par le recteur de l'académie de Strasbourg, sur proposition de l'administrateur ; 
d) Deux personnalités du monde culturel et scientifique dont un enseignant-chercheur ou chercheur, désignées en raison de leurs compétences par le conseil d'administration de la bibliothèque ; 
e) Deux étudiants inscrits à la bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg désignés par le conseil d'administration de l'université de Strasbourg ; 
f) Deux usagers de la bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg nommés parmi les membres des associations culturelles et éducatives locales par le recteur de l'académie de Strasbourg, sur proposition de l'administrateur. 
Assistent avec voix consultative au conseil d'administration : l'administrateur de la bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg, le secrétaire général, le directeur du service commun de la documentation de l'université de Strasbourg, les directeurs de départements de la bibliothèque nationale et universitaire de Strasbourg s'ils ne figurent pas parmi les membres élus, l'autorité chargée du contrôle financier et l'agent comptable. 
Le président ou, à défaut, le vice-président ainsi que l'administrateur peuvent appeler à participer aux séances toute personne dont ils jugent la présence utile. 
Le conseil d'administration élit au scrutin uninominal majoritaire à deux tours et pour une durée de trois ans renouvelable un président parmi les personnalités mentionnées au c et au d. Le doyen de l'inspection générale des bibliothèques ou son représentant assure la vice-présidence du conseil. 
Le recteur de l'académie de Strasbourg représente le ministre chargé de l'enseignement supérieur au conseil d'administration. Il assiste ou se fait représenter à ses séances.