En vue de son habilitation, le dispensateur de formation adresse un dossier de demande d'habilitation conjointement à la direction générale de l'enseignement et de la recherche et à la direction générale de l'alimentation, sous format électronique via l'adresse électronique institutionnelle du bureau de la protection animale à la direction générale de l'alimentation. 
Le dispensateur de formation envoie également une copie de ce dossier à la direction (régionale) de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt du lieu de domiciliation dont dépend son siège social, qui formule un avis sur la demande et le transmet à l'adresse électronique institutionnelle du bureau de la protection animale à la direction générale de l'alimentation. 
Le dispensateur de formation, dont le siège social se trouve dans un autre Etat membre de l'Union européenne ou dans un Etat partie à l'accord sur l'Espace économique européen, transmet la copie du dossier de demande d'habilitation à la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt du lieu de domiciliation de son représentant en France et habilité à répondre en son nom aux obligations de la réglementation française. 
Le dispensateur de formation occasionnel, dont le siège social est situé dans un autre Etat membre de l'Union européenne ou dans un Etat partie à l'accord sur l'Espace économique européen, adresse un dossier de demande d'habilitation uniquement à la direction générale de l'enseignement et de la recherche et à la direction générale de l'alimentation, sous format électronique via l'adresse électronique institutionnelle du bureau de la protection animale à la direction générale de l'alimentation. 
Le dossier de demande d'habilitation est composé des éléments suivants : 
a) Un formulaire de demande d'habilitation ; 
b) Chacun des programmes de formation et leurs contenus détaillés, portant sur les points liés à la bien-traitance des animaux, en référence à l'annexe IV du règlement (CE) n° 1099/2009 et leurs durées ; 
c) La présentation de moyens pédagogiques, techniques et d'encadrement mis en œuvre, suffisants pour former un large public ; 
d) Un exemplaire du dossier remis au stagiaire conformément à l'article L. 6353-8 du code du travail ; 
e) La liste des intervenants et leurs qualifications en matière de formation à la bien-traitance des animaux. 
Le dispensateur de formation s'engage à respecter le cahier des charges suivant : 
a) Mettre en œuvre les moyens techniques et d'encadrement nécessaires à l'administration de l'évaluation conformément au règlement précisé à l'annexe I ; 
b) Communiquer sans délai toute modification relative aux éléments du dossier de demande d'habilitation mentionnés au présent article via l'adresse institutionnelle du bureau de la protection animale à la direction générale de l'alimentation ; 
c) Transmettre, avant le 31 mars de chaque année, un bilan de ses actions de formation au titre du présent arrêté à la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt dont dépend son siège social ; 
d) Préciser la durée de validité de son habilitation et l'action de formation qui lui est associée dès lors qu'il communique sur son habilitation. 
L'habilitation est délivrée par le ministre chargé de l'agriculture dans un délai de trois mois à compter de la réception complète du dossier, pour une durée de cinq ans. L'habilitation peut être suspendue ou retirée en cas de constatation par les agents mentionnés à l'article L. 205-1 du code rural et de la pêche maritime du non-respect d'un ou des critères d'octroi de l'habilitation ou de la non-adéquation du contenu des actions de formation avec les règles de protection animale. 
La liste des dispensateurs de formation habilités est publiée par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.