I. ― Sans préjudice des autres obligations réglementaires, la réalisation d'une contre-expertise indépendante est obligatoire si le financement du projet par les personnes morales mentionnées au II de l'article 1er atteint au moins 100 000 000 euros hors taxe et représente au moins 5 % du montant total hors taxe du projet d'investissement. 
Toutefois, les projets d'investissement visant principalement une mise en conformité avec les obligations de sécurité requises par la loi et les règlements ne sont pas soumis à contre-expertise. Le cas échéant, le ministre ou le représentant des personnes morales autres que l'Etat mentionnées au II de l'article 1er fournit, dans le dossier d'évaluation socio-économique mentionné au III de l'article 2, les éléments précisant ces obligations. 
II. ― Lorsque le projet d'investissement est soumis à enquête publique au sens des articles L. 11-1 et suivants du code de l'expropriation pour cause d'utilité publique et L. 123-1 et suivants du code de l'environnement, le rapport de contre-expertise et l'avis du commissaire général à l'investissement sont versés au dossier d'enquête publique. Lorsque le projet d'investissement n'est pas soumis à enquête publique, le rapport de contre-expertise et l'avis du commissaire général à l'investissement sont préalables à l'acte d'engagement comptable et budgétaire relatif au projet, hormis les dépenses relatives aux études préalables. 
III. ― Le rapport de contre-expertise valide et, le cas échéant, actualise les hypothèses du dossier d'évaluation socio-économique, s'assure de la pertinence des méthodes utilisées et évalue les résultats qui en découlent. 
IV. ― Le commissaire général à l'investissement fait réaliser le rapport de contre-expertise mentionné au I. En liaison avec le ministère, l'établissement ou la structure concernés, il fait appel à des experts ou à tout organisme de droit public ou privé. Le rapport de contre-expertise doit être élaboré dans un délai de un à quatre mois. Ce délai est fixé par le commissaire général à l'investissement dès le début de chaque contre-expertise, en fonction du dossier. Le commissaire général à l'investissement rend un avis dans un délai d'un mois après réception du rapport de contre-expertise. 
Le dossier d'évaluation socio-économique préalable, le rapport de contre-expertise et l'avis correspondant sont transmis au Premier ministre, au ministre concerné et, le cas échéant, au représentant des personnes morales autres que l'Etat mentionnées au II de l'article 1er. 
V. ― Les coûts relatifs à la contre-expertise sont pris en charge par le ministère ou par la personne morale autre que l'Etat qui a établi le dossier d'évaluation socio-économique. 
VI. ― Le ministre ou le représentant des personnes morales autres que l'Etat mentionnées au II de l'article 1er informe le commissaire général à l'investissement, dans un délai d'un mois à compter de sa réception, des suites qu'il entend donner à cet avis. 
VII. ― Le commissaire général à l'investissement est garant de l'indépendance des experts chargés du rapport de contre-expertise et prend toutes mesures utiles pour s'en assurer. Il désigne, pour chaque dossier soumis, les experts qui interviennent intuitu personae en s'assurant que ces derniers ne reçoivent ni ordres, ni instructions de quelque personne morale ou physique que ce soit dans le cadre de la mission qu'il leur assigne. Il recueille la déclaration d'intérêts, l'engagement de confidentialité et d'impartialité des experts désignés, ainsi que les informations relatives à leurs activités professionnelles.