Les missions des sous-directions du protocole sont les suivantes :
La sous-direction du cérémonial assure le protocole du Président de la République, du Premier ministre et du ministre des affaires étrangères. Elle est responsable des questions de préséance dans les cérémonies officielles. Elle organise les déplacements à l'étranger du Président de la République et du Premier ministre. Elle assure la préparation des visites en France des chefs d'Etat et de Gouvernement étrangers. Elle organise les cérémonies de remise de lettres de créance pour les ambassadeurs étrangers. Pour la France, elle établit les lettres de créance des ambassadeurs et les commissions consulaires des consuls généraux et consuls. Elle prépare, selon le cas, les pleins pouvoirs ou les pouvoirs simples pour signer les traités et accords internationaux ainsi que les lettres patentes de ratification des traités et les lettres d'approbation des accords en forme simplifiée.
Au titre de la mise en œuvre du protocole du Président de la République, le protocole assure notamment :
- la préparation et l'organisation des déplacements à l'étranger du Président de la République ;
- la préparation et l'organisation des déplacements en France lorsqu'ils revêtent un caractère diplomatique ou officiel ;
- l'organisation, au palais de l'Elysée, de cérémonies et manifestations diverses, telles que discours, remises de décorations, entretiens, repas, réceptions ou visites lorsqu'ils ont un caractère diplomatique ou officiel ;
- la participation aux cérémonies nationales (8 Mai, 14 Juillet et 11 Novembre entre autres) et aux hommages rendus à des personnalités tant en France qu'à l'étranger.
La sous-direction des privilèges et immunités diplomatiques et consulaires traite de toute question relative aux privilèges et immunités des missions diplomatiques étrangères, des postes consulaires étrangers de plein exercice et honoraires, des organisations internationales et des représentations permanentes auprès d'elles et de leurs personnels. Elle prépare l'exequatur accordé aux chefs de postes consulaires et aux agents consulaires étrangers en France. Elle traite du statut de certains fonctionnaires étrangers en mission en France et des fonctionnaires internationaux. 
La sous-direction de la logistique, de l'interprétation et de la traduction traite des questions financières relatives aux déplacements à l'étranger du Premier ministre et aux visites en France des chefs d'Etat ou de Gouvernement étrangers. Elle est chargée de la gestion budgétaire et de l'organisation logistique des conférences internationales ainsi que de la gestion des manifestations intermédiaires relevant du programme 105. Elle élabore les marchés publics nécessaires à son activité. Elle assure le service d'interprétation et de traduction auprès du Président de la République, du Premier ministre (cellule diplomatique) et du ministre des affaires étrangères ainsi que la traduction de tout document officiel transmis par les services de l'administration centrale ou dans le cadre d'une conférence internationale. Elle participe à la vérification de la concordance linguistique des accords bilatéraux et internationaux de la France.
Le protocole instruit les propositions de nomination dans les ordres nationaux et les ordres ministériels français pour les Français résidant à l'étranger et les ressortissants étrangers, qu'ils résident en France ou à l'étranger. Il prépare les décrets de nomination dans l'ordre national de la Légion d'honneur et dans l'ordre national du Mérite. Il gère la procédure d'agrément de distinctions étrangères, lorsqu'elles sont conférées à des Français.