L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de vingt-huit membres dotés chacun d'un suppléant conformément aux dispositions de l'article R.* 321-4 du code de l'urbanisme.
 Il est composé de :
 1° Vingt-quatre représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements :
 a) Cinq représentants de la région Languedoc-Roussillon, désignés par son organe délibérant ;
 b) Cinq représentants des départements désignés par chaque organe délibérant, à raison de :
 - un pour le département de l'Aude ;
 - un pour le département du Gard ;
 - un pour le département de l'Hérault ;
 - un pour le département de Lozère ;
 - un pour le département des Pyrénées-Orientales ;
 c) Onze représentants des communautés d'agglomération suivantes, désignés par chaque organe délibérant, à raison de :
 - un pour la communauté d'agglomération du Bassin de Thau ;
 - un pour la communauté d'agglomération Béziers-Méditerranée ;
 - un pour la communauté d'agglomération du Gard Rhodanien ;
 - un pour la communauté d'agglomération du Carcassonnais ;
 - un pour la communauté d'agglomération du Grand Alès en Cévennes ;
 - un pour la communauté d'agglomération Hérault-Méditerranée ;
 - un pour la communauté d'agglomération Montpellier agglomération ;
 - un pour la communauté d'agglomération de la Narbonnaise ;
 - un pour la communauté d'agglomération Nîmes métropole ;
 - un pour la communauté d'agglomération Perpignan-Méditerranée ;
 - un pour la communauté d'agglomération du Pays de l'Or ;
 d) Trois représentants des autres établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et des communes non membres des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, mentionnés au 1° du présent article, désignés par l'assemblée prévue à l'article L. 321-9 du code de l'urbanisme.
 Cette désignation devra assurer une répartition de sièges telle que les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre disposent au moins de deux représentants au conseil d'administration ;
 2° Quatre représentants de l'Etat :
 - un représentant désigné par le ministre chargé des collectivités territoriales ;
 - un représentant désigné par le ministre chargé de l'urbanisme ;
 - un représentant désigné par le ministre chargé du logement ;
 - un représentant désigné par le ministre chargé du budget.
 Quatre personnalités socioprofessionnelles, désignées en son sein par l'organe délibérant de l'institution dont elles relèvent, assistent au conseil d'administration avec voix consultative :
 - un représentant de la chambre régionale de commerce et d'industrie ;
 - un représentant de la chambre régionale d'agriculture ;
 - un représentant de la chambre régionale de métiers et de l'artisanat ;
 - un représentant du conseil économique, social et environnemental régional.
 Le préfet de la région Languedoc-Roussillon, le directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'établissement assistent de droit aux réunions du conseil d'administration et y sont entendus chaque fois qu'ils le demandent.
 Le préfet de la région Languedoc-Roussillon publie par arrêté la liste nominative des membres du conseil d'administration et procède à son installation.