Le secrétaire général exerce les responsabilités définies aux articles 3-2 à 3-7 du décret du 15 juin 1987 modifié susvisé. Il assiste le ministre pour l'administration du ministère. A cette fin, il coordonne l'action de l'ensemble des services du ministère et participe à leur évaluation. Il leur alloue les moyens de leur activité. Il organise la préparation du budget du ministère et s'assure de son exécution. Il veille à l'élaboration et à la bonne application de la législation du travail dans les secteurs agricole, agroalimentaire et forestier ainsi que de la législation relative à la protection sociale des membres des professions agricoles. Il définit les modalités de traitement des questions juridiques et veille à leur mise en œuvre. Il anime et favorise le développement des réflexions stratégiques du ministère en matière économique, sociale et environnementale. Il veille à l'élaboration et à la diffusion de l'information statistique dans le respect de l'indépendance professionnelle du service de la statistique et de la prospective. Il élabore les principes généraux de gestion des ressources humaines et assure leur mise en œuvre. Il conduit les réflexions stratégiques relatives à l'organisation et à l'administration du ministère, propose ses évolutions et met en œuvre la politique de modernisation. Il coordonne les réflexions stratégiques relatives aux missions, aux moyens et aux statuts des établissements placés sous la tutelle du ministre ainsi que les relations des différents services du ministère avec les opérateurs de l'Etat ; il garantit la cohérence de l'exercice de la tutelle du ministère sur ces opérateurs. Il fixe les orientations générales de la politique de communication et assure sa mise en œuvre.
Il préside le comité des directeurs de l'administration centrale, auquel est associé le vice-président du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux.
Il est assisté, pour l'exercice de l'ensemble de ses fonctions, d'un secrétaire général adjoint, directeur.

Outre la délégation à la mobilité et aux carrières qui lui est rattachée, il dirige les activités des services suivants :

a) La direction des affaires juridiques ;

b) Le service des affaires financières, sociales et logistiques ;
c) Le service de la statistique et de la prospective ;
d) Le service des ressources humaines ;
e) Le service du numérique ;
f) La délégation à l'information et à la communication.
I.-La direction des affaires juridiques conseille le ministre en matière juridique. Elle exerce une fonction de conception, de conseil, d'expertise et d'assistance auprès de l'administration centrale du ministère, des services déconcentrés et des établissements publics placés sous la tutelle du ministre. Dans ce cadre, elle veille à la cohérence du traitement des questions juridiques du domaine de compétence du ministère.

Elle assure la diffusion des connaissances juridiques et contribue au développement des compétences dans ce domaine.

Elle est responsable de la qualité de la réglementation et de la codification. Elle assure la coordination de la préparation des textes législatifs et réglementaires intéressant l'ensemble du ministère.

Elle est consultée sur les projets de textes législatifs et les principaux projets de textes réglementaires préparés par les directions et assure le suivi de la procédure d'adoption de ces textes. Elle peut être chargée pour le compte de l'ensemble du ministère, ou à la demande de l'un de ses services, de la rédaction de projets de loi ou de décrets.

Elle est associée à la préparation et à l'élaboration des textes communautaires et internationaux. Elle coordonne les interventions du ministère en matière de transposition des directives communautaires et veille au respect des délais de transposition.

Elle traite le contentieux national de niveau central du ministère et représente le ministre devant les juridictions compétentes. Elle assure pour le ministère la préparation et le suivi du traitement des contentieux communautaires et internationaux et des précontentieux communautaires.

Dans le cadre de l'article 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires, elle assure la protection des agents publics.

Elle veille au respect de la législation sur la communication des documents administratifs et les traitements de données.

Elle élabore et met en œuvre la politique d'archivage.

II.-Le service des affaires financières, sociales et logistiques est responsable de la préparation, de la programmation et de l'exécution du budget. Il est responsable de l'organisation comptable. Il assure la tenue des comptabilités et du bilan prévus à l'article 27 de la loi organique n° 2001-692 du 1er août 2001 relative aux lois de finances. Il organise le contrôle interne.

Il étudie et prépare, pour le compte du ministère, les mesures fiscales.

Dans les domaines de compétence autres que l'enseignement et la recherche, il gère les moyens de fonctionnement des opérateurs de l'Etat, avec le concours du service des ressources humaines, et approuve leurs comptes.

Il est responsable de la logistique. Il définit et met en œuvre, pour l'ensemble du ministère, les politiques de l'achat et de la commande publique ainsi que la politique immobilière ; il programme les implantations pour l'ensemble des services et conduit les opérations pour l'administration centrale

Il élabore la législation du travail dans le secteur agricole, agroalimentaire et forestier et veille à son application. Il définit la politique de prévention des risques professionnels des salariés agricoles et veille à celle des exploitants.

Il élabore la législation relative à la protection sociale des personnes salariées et non salariées des professions agricoles. Il prépare les mesures de financement des régimes correspondants. Il assure la tutelle des organismes de protection sociale et de l'établissement de gestion du Fonds de financement des prestations sociales des non-salariés agricoles. Il participe à l'élaboration de la loi de financement de la sécurité sociale.

Le chef du service des affaires financières, sociales et logistiques peut être désigné responsable de la fonction financière ministérielle au sens de l'article 69 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
III. ― Le service de la statistique et de la prospective anime et favorise le développement des réflexions stratégiques du ministère en matière économique, sociale et environnementale. Il a la responsabilité de l'élaboration et de la diffusion de l'information statistique dans les domaines de l'agriculture, de la forêt, des industries agroalimentaires, des espaces ruraux, de la pêche maritime et de l'aquaculture.
Il anime et oriente les fonctions de prospective et d'intelligence économique dans les domaines de compétence du ministère. Il assure le secrétariat des organismes consultatifs chargés de la prospective nationale, européenne et internationale au sein du ministère.
Il est chargé de la programmation des études, du suivi de leur exécution et de la valorisation de leurs résultats. Il réalise, anime et coordonne les études économiques et les travaux d'évaluation du ministère.
Il est chargé de la programmation, de l'établissement et de la diffusion de l'information statistique, en liaison avec l'Institut national de la statistique et des études économiques, responsable de la coordination statistique. Il est chargé, dans les mêmes conditions, des relations avec les organismes statistiques nationaux, européens et internationaux. Il constitue l'autorité nationale pour la production des statistiques européennes dans les domaines mentionnés au premier alinéa.
Il anime et coordonne l'activité statistique des services déconcentrés, et pilote leurs actions de mise en œuvre du programme statistique national.
Il assure les relations avec le Conseil national de l'information statistique.
IV. ― Le service des ressources humaines élabore et met en œuvre la politique de gestion des ressources humaines. Il anime et coordonne la gestion prévisionnelle des emplois, des effectifs et des compétences. Il assure le pilotage de la gestion des carrières et du suivi individualisé des agents. Il est responsable de l'organisation de la gestion administrative et de la paie des personnels. Il assure la programmation et le suivi de la masse salariale et des effectifs.
Il anime et coordonne le dialogue social. Il définit et met en œuvre la politique d'action sociale, la politique en matière d'hygiène et de sécurité du travail et la politique de formation continue des personnels. Il exerce, pour le compte du ministre, la tutelle sur l'Institut national de formation des personnels du ministère de l'agriculture.
Il assure la maîtrise d'ouvrage du système d'information des ressources humaines.
Il veille à la cohérence de la mise en œuvre par les opérateurs des orientations en matière de gestion des ressources humaines fixées par le ministère de la fonction publique, notamment en ce qui concerne les agents relevant de corps gérés par le ministère.
V.- Le service du numérique définit les orientations et stratégies ministérielles concernant le numérique, les systèmes d'information et l'administration des données dans le secteur agricole public, et il pilote leur mise en œuvre.
 Il coordonne l'action des directions d'administration centrale en matière de développement du numérique dans les domaines de compétence du ministère.
 Il veille à la cohérence du système d'information et de communication et en assure l'organisation, le développement et l'exploitation.
 Il veille à la cohérence des systèmes d'information des opérateurs de l'Etat placés sous la tutelle du ministre avec le système d'information du ministère.
 Il contribue à l'identification et à la mise en œuvre de projets de mutualisation numérique avec d'autres départements ministériels ou avec des opérateurs de l'Etat.
 Il contribue à la stratégie ministérielle de simplification en organisant et en coordonnant la mise en œuvre d'actions de simplification et d'amélioration des relations avec les usagers par le numérique.
 Il met à la disposition des agents du ministère les outils permettant d'améliorer leurs performances et les conditions d'exercice de leur activité. 
VI.-La délégation à l'information et à la communication élabore, met en œuvre et évalue la politique d'information et de communication interne et externe de l'ensemble du ministère.
Elle assure la direction éditoriale et la production de l'ensemble des médias écrits, audiovisuels et numériques du ministère. Elle définit les règles de l'utilisation de l'internet au ministère comme vecteur d'information et de communication. Elle conduit les campagnes de communication et les opérations de relations publiques. Elle dirige le service de presse du ministère.
Elle est responsable de la valorisation du patrimoine photographique et cinématographique du ministère.
Elle est le correspondant du ministère auprès du service d'information du Gouvernement pour la coordination de la communication gouvernementale.
Pour l'exercice de ses missions, elle s'appuie sur un réseau de correspondants dans chaque direction de l'administration centrale et anime le réseau des chargés de communication des services déconcentrés du ministère. Elle veille à la cohérence des actions de communication des établissements placés sous la tutelle du ministre dans les domaines de compétence du ministère.