Afin de prévenir la disparition d'espèces végétales menacées et de permettre la conservation des biotopes correspondants, sont interdits, en tout temps, sur le territoire de la région Franche-Comté, la destruction, la coupe, la mutilation, l'arrachage, la cueillette ou l'enlèvement, le colportage, l'utilisation, la mise en vente, la vente ou l'achat de tout ou partie des spécimens sauvages des espèces ci-après énumérées.
   Toutefois, les interdictions de destruction, de coupe, de mutilation et d'arrachage, ne sont pas applicables aux opérations d'exploitation courante des fonds ruraux sur les parcelles habituellement cultivées.

 Bryophytes
    Bryum cyclophyllum (Schwaegr.) B. et S.

 Calliergon trifarium (Web. et Mohr) Kindb.

 Campylostelium saxicola (Web. et Mohr) B. S. et G.

 Cinclidium stygium Sw.

 Geheebia gigantea (Funck) Boul.

 Hyocomium armoricum (Brid.) Wijk et Marg.

 Meesia uliginosa Hedw.

 Paludella squarrosa (Hedw.) Brid.

 Splachnum ampullaceum Hedw.

 Tayloria tenuis (With.) Schimp.

 Tortella nitida (Lindb.) Broth.

 Ptéridophytes

 Adiantum capillus-veneris L.

 Cheveux de Vénus.

 Dryopteris remota (A. Braun ex Döll) Druce

 Equisetum ramosissimum Desf.

 Prêle très rameuse.

 Equisetum variegatum Schl.

 Prêle panachée.

 Lycopodium clavatum L.

 Lycopode en massue.

 Osmunda regalis L.

 Osmonde royale.

 Polystichum setiferum (Forskal) Woynar

 Polystic à frondes soyeuses.

 Thelypteris palustris Schott

 Fougère des marais.

 Phanérogames angiospermes
             1. Monocotylédones :

 Agrostis agrostiflora (Beck) Rausch

 Agrostide délicate.

Baldellia ranunculoides (L.) Parl.

 Alisma fausse-renoncule.

 Butomus umbellatus L.

 Butome en ombelle.

 Calamagrostis stricta (Timm) Koeler

 Calamagrostide négligée.

 Carex cespitosa L.

 Carex en touffes.

 Carex depauperata Curt.

 Carex appauvri.

 Carex pseudocyperus L.

 Carex faux-souchet.

 Corallorhiza trifida Chatel

 Racine de corail.

 Crypsis alopecuroides Schrad.

 Crypsis faux-vulpin.

 Cyperus michelianus (L.) Kink

 Souchet de Micheli.

 Dactylorhiza traunsteineri (Sauter) Soo

 Orchis de Traunsteiner.

 Epipactis microphylla (Ehrh.) Swartz

 Epipactis à petites feuilles.

 Erythronium dens-canis L.

 Erythrone dent-de-chien.

 Festuca amethystina L.

 Fétuque améthyste.

 Fritillaria meleagris L.

 Fritillaire pintade.

 Gymnadenia odoratissima (L.) Rich.

 Orchis odorant.

 Herminium monorchis (L.) R. Br.

 Herminium.

 Limodorum abortivum (L.) Swartz

 Limodore sans feuilles.

 Muscari botryoides (L.) Miller

 Muscari en grappe.

Najas marina L.

 Naïade majeure.

 Najas minor All.

 Naïde mineure.

 Nigritella nigra (L.) Reichenb. Fil.

 Nigritelle noire.

 Ophrys apifera Hudson

 Ophrys abeille.

 Ophrys sphegodes Miller

 Ophrys araignée.

 Orchis laxiflora Lam.

 Orchis à fleurs lâches.

 Orchis palustris Jacq.

 Orchis des marais.

 Orchis purpurea Huds.

 Orchis pourpre.

 Orchis simia Lam.

 Orchis singe.

 Platanthera chlorantha (Custer) Reichenb.

 Orchis vert.

 Potamogeton acutifolius Link

 Potamot à feuilles aiguës.

 Potamogeton alpinus Balbis

 Potamot des Alpes.

 Potamogeton compressus L.

 Potamot à tige comprimée.

 Potamogeton filiformis Pers.

 Potamot filiforme.

 Potamogeton gramineus L.

 Potamot à feuilles de graminée.

 Potamogeton praelongus Wulfen

 Potamot allongé.

 Pseudorchis albida (L.) Löve.

 Orchis blanc.

 Rhynchospora fusca (L.) Aiton fil.

 Rhynchospore brun.

Scirpus fluitans L.

 Scirpe flottant.

 Scirpus mucronatus L.

 Scirpe mucroné.

 Scirpus triqueter L.

 Scirpe à trois angles.

 Sparganium angustifolium Michx

 Rubanier à feuilles étroites.

 Sparganium minimum Wallr.

 Rubanier mineur.

 Spiranthes spiralis (L.) Chevall.

 Spiranthe d'automne.

 Stipa pennata L.

 Stipe penné.

 Stratiotes aloides L.

 Ananas d'eau.

 Streptopus amplexifolius (L.) DC.

 Streptope à feuilles embrassantes.

 Triglochin palustris L.

 Troscart des marais.
         2. Dicotylédones :

 Aconitum anthora L.

 Aconit anthora.

 Adenocarpus complicatus (L.) Gay.

 Adénocarpe plié.

 Alnus viridis (Chaix) DC.

 Aulne vert.

 Alyssum montanum L.

 Alysse des montagnes.

 Androsace lactea L.

 Androsace couleur de lait.

 Anemone narcissiflora L.

 Anémone à fleurs de narcisse.

 Anthyllis montana L.

 Anthyllide des montagnes.

 Arabis stricta Huds.

 Arabette dressée.

 Arctium nemorosum Lej.

 Bardane des forêts.

 Asperula tinctoria L.

 Aspérule des teinturiers.

 Aster alpinus L.

 Aster des Alpes.

 Bombycilaena erecta (L.) Smolj.

 Gnaphale dressé.

 Bupleurum ranunculoides L.

 Buplèvre fausse-renoncule.

 Campanula latifolia L.

 Campanule à larges feuilles.

 Campanula thyrsoides L.

 Campanule en thyrse.

 Cicuta virosa L.

 Ciguë vireuse.

 Circaea alpina L.

 Circée des Alpes.

 Circaea intermedia Ehrh.

 Circée intermédiaire.

 Coronilla coronata L.

 Coronille couronnée.

 Crepis aurea (L.) Cass.

 Crépide doré.

 Daphne alpina L.

 Daphné des Alpes.

 Daphne cneorum L.

 Daphné camélée.

 Descurainia sophia (L.) Webb.

 Sisymbre sagesse.

 Dianthus gratianopolitanus Vill.

 OEillet bleuâtre.

 Dipsacus laciniatus L.

 Cardère à feuilles laciniées.

 Dryas octopetala L.

 Driade à huit pétales.

 Elatine triandra Schkuhr

 Elatine à trois étamines.

 Empetrum nigrum L.

 Camarine noire.

 Epilobium alsinifolium Vill.

 Epilobe à feuilles d'alsine.

 Epilobium anagallidifolium Lam.

 Epilobe à feuilles de mouron.

 Epilobium durieui Gay

 Epilobe de Durieu.

 Euphorbia palustris L.

 Euphorbe des marais.

 Euphorbia seguieriana Necker

 Euphorbe de Seguier.

 Gentiana acaulis L.

 Gentiane acaule.

 Gentiana asclepiadea L.

 Gentiane asclépiade.

 Gentiana clusii Perr. et Song.

 Gentiane de l'écluse.

 Gentiana pneumonanthe L.

 Gentiane des marais.

 Geranium nodosum L.

 Géranium noueux.

 Geranium palustre L.

 Géranium des marais.

 Helianthemum apenninum (L.) Miller

 Hélianthème des Apennins.

 Hepatica nobilis Miller

 Hépatique à trois lobes.

 Hieracium scorzonerifolium Vill.

 Epervière à feuilles de scorzonère.

 Hornungia petraea (L.) Reichenb.

 Hutchinsie des pierres.

 Hottonia palustris L.

 Hottonie des marais.

 Hydrocotyle vulgaris L.

 Ecuelle d'eau.

 Hypericum richeri Vill.

 Millepertuis de Richer.

 Iberis intermedia Guersent

 Ibéris intermédiaire.

 Iberis saxatilis L.

 Ibéris des rochers.

 Illecebrum verticillatum L.

 Illecébre verticillé.

 Inula helvetica Weber

 Inule de Vaillant.

 Lathyrus bauhini Genty

 Gesse de Bauhin.

 Lathyrus heterophyllus L.

 Gesse à feuilles différentes.

 Lathyrus sphaericus Retz.

 Gesse à fruits ronds.

 Littorella uniflora (L.) Asch.

 Littorelle à une fleur.

 Lonicera caerulea L.

 Camérisier bleu.

 Ludwigia palustris (L.) Elliott

 Isnardie des marais.

 Myriophyllum alternifolium DC.

 Myriophylle à fleurs alternées.

 Nuphar X spennerana Gaudin

 Nénuphar intermédiaire.

 Nuphar pumila (Timm.) DC.

 Nénuphar nain.

 Oenanthe peucedanifolia Pollich

 Oenanthe à feuilles de peucédan.

 Orlaya grandiflora (L.) Hoffm.

 Orlaya à grandes fleurs.

 Pedicularis sylvatica L.

 Pédiculaire des forêts.

 Pinguicula grandiflora Lam.

 Grassette à grandes fleurs.

 Pinguicula reuteri Genty

 Grassette de Reuter.

 Pinguicula vulgaris L.

 Grassette vulgaire.

 Plantago serpentina All.

 Plantain serpentin.

 Potentilla caulescens L.

 Potentille à tige courte.

 Potentilla supina L.

 Potentille couchée.

 Pulsatilla alpina (L.) Delarbre

 Pulsatille des Alpes.

 Pyrola média Swartz

 Pyrole intermédiaire.

 Rhamnus pumilus Turra

 Nerprun nain.

 Saxifraga granulata L.

 Saxifrage granulée.

 Saxifraga sponhemica (Gmel.) Webb.

 Saxifrage en rosette.

 Scorzonera hispanica L.

 Scorzonère d'Espagne.

 Senecio helenitis (L.) Schinz et Thell.

 Séneçon à feuilles en spatule.

 Sison amomum L.

 Sison amome.

 Sisymbrium austriacum Jacq.

 Sisymbre d'Autriche.

 Sium latifolium L.

 Berle à larges feuilles.

 Stellaria palustris Retz.

 Stellaire des marais.

 Tanacetum corymbosum (L.) Schultz

 Tanaisie en corymbe.

 Telephium imperati L.

 Téléphium d'Impérato.

 Thalictrum simplex L. ssp. gallicum (Rouy et Fouc.) Tutin

 Pigamon de France.

 Thesium divaricatum Jan ex Mert. et Koch

 Thésium divariqué.

 Thesium linophyllon L.

 Thésium à feuilles de lin.

 Trifolium striatum L.

 Trèfle strié.

 Trinia glauca (L.) Dumort.

 Trinie glauque.

 Ulex minor Roth

 Ajonc nain.

 Utricularia intermedia Hayne

 Utriculaire intermédiaire.

 Utricularia ochroleuca Hartm.

 Utriculaire jaunâtre.

 Viola collina Besser

 Violette des collines.

 Viola mirabilis L.

 Violette étonnante.