En application de l'article 10 du décret du 25 août 2000 susvisé, des organisations particulières de travail peuvent être mises en place pour les agents qui exercent leur activité dans le cadre d'une organisation de travail par projet ou qui disposent à titre individuel d'un niveau d'initiative élevé dans le cadre de fonctions comportant une part significative de travaux de conception et dont l'activité ne peut s'inscrire dans le cycle défini pour le service. Dans ce cas, les agents concernés bénéficient de vingt jours de repos intitulés jours d'aménagement et de réduction du temps de travail, pris dans le respect des contraintes de fonctionnement du service et selon des modalités définies au niveau du service. 
La liste des agents auxquels peut s'appliquer ce régime de travail est établie annuellement au sein de chacun des services par le chef de service dans la limite des fonctions définies ci-après : 
a) En administration centrale :
-le directeur général, l'adjoint au directeur général, le chef de cabinet du directeur général, le sous-directeur de la communication, les chefs des missions rattachées au directeur général, les chargés de mission directement rattachés au directeur général ;
-les chargés de secteur géographique de la mission actions extérieures rattachée au directeur général ;
-les directeurs ou chefs de service, les directeurs adjoints, les sous-directeurs, les directeurs de projet ; 
b) Dans les services déconcentrés :
-les directeurs de l'aviation civile et leurs chefs de cabinet, les délégués territoriaux de l'aviation civile ;
-les chefs des départements opérations des directions de l'aviation civile dont le siège est situé sur un aéroport ;
-les directeurs d'aérodrome ;
-le directeur de l'aviation civile aux Antilles-Guyane et son adjoint, les chefs des services de l'aviation civile outre-mer et leurs adjoints, les délégués territoriaux du directeur régional de l'aviation civile aux Antilles-Guyane et du chef du service de l'aviation civile à la Réunion, Mayotte et îles Eparses, les chefs des services de la navigation aérienne dans les services d'Etat de l'aviation civile en Nouvelle-Calédonie et en Polynésie française ;
-les personnels navigants inspecteurs dans les directions de l'aviation civile, la direction régionale de l'aviation civile Antilles-Guyane, les services de l'aviation civile outre-mer et les services d'Etat de l'aviation civile dans les territoires d'outre-mer. 
c) Dans les services à compétence nationale :
-au service du contrôle du trafic aérien : le chef du service, l'adjoint au chef du service, les chefs des départements techniques, le chef du centre d'exploitation des systèmes centraux de la navigation aérienne, les chefs des centres en route de la navigation aérienne, le cas échéant leurs adjoints, les chefs du service exploitation et du service technique de chaque centre en route de la navigation aérienne ;
-au service d'exploitation de la formation aéronautique : le chef du service, l'adjoint au chef du service, les chefs du département technique et du département opérations, les chefs de centre de formation et du centre d'entretien et de révisions, les personnels navigants instructeurs ;
-au centre d'études de la navigation aérienne, le chef du centre et son adjoint ;
-au service de l'information aéronautique, le chef du service, son adjoint et les chefs des départements traitement de l'information et édition / mercatique ;
-le chef du service technique des bases aériennes et son adjoint ; 
d) Le chef du service technique de la navigation aérienne, ses adjoints, les chefs des départements techniques ; 
e) Le chef de l'inspection générale de l'aviation civile et de la météorologie, les inspecteurs généraux et les chargés de mission de l'inspection générale de l'aviation civile et de la météorologie ; 
f) Le directeur et les enquêteurs du bureau enquêtes-accidents ainsi que leurs assistants spécialisés dans l'examen des épaves.