La sous-direction E (Union douanière et coopération internationale) comprend quatre bureaux :

 Le bureau E 1. - Coopération et relations internationales
      Il traite les questions de coopération et de relations internationales. Il assure la coordination des contrôles résultant des réglementations communautaires et la gestion des accords de la Communauté européenne avec les pays tiers. Il prépare et suit la politique de coopération bilatérale, en accord avec les bureaux concernés.
   Il organise l'accueil et la visite en France de personnalités étrangères intéressées par les questions douanières ainsi que des agents d'administrations étrangères. Il recueille leurs demandes en terme d'assistance, de formation et assure, à ce titre, la liaison avec les différents bureaux et services concernés. Il assure, en outre, la gestion des accords internationaux sur le caoutchouc naturel, les bois tropicaux, le cacao et le jute.

 Le bureau E 2. - Politique agricole commune et politique commerciale
      Il participe aux travaux des comités de la Commission européenne et assure le suivi de la politique agricole commune dans ses aspects généraux et sectoriels (céréales, viandes, élevage, aviculture, lait et produits laitiers, etc.).
   Il veille à la mise en oeuvre de la politique commerciale et assure la gestion des embargos (à l'exception des produits pétroliers). Il participe à l'élaboration des textes législatifs et réglementaires relatifs à certaines restrictions d'ordre public tels les matériels de guerre, les armes et les munitions. Il participe à l'élaboration de la législation tarifaire et du contrôle du commerce extérieur et veille à leur mise en oeuvre.

 Le bureau E 3. - Procédures, régimes économiques

 et réglementations techniques
      Il élabore la réglementation en toutes matières relatives au mouvement et au dédouanement des marchandises et définit les procédures de droit commun (régime de transit, régimes économiques des moyens de transport et régimes de dédouanement), spéciales (procédures simplifiées, colis postaux, fret express, etc.), ou occasionnelles.
   Il participe à l'élaboration, en coopération avec les ministères concernés, des textes législatifs et réglementaires concernant certaines dispositions d'ordre technique (protection du consommateur, protection de l'homme dans son milieu de travail, protection des biens culturels, etc.).
   Il participe également à la Mission d'analyse de risques et d'orientation des contrôles (MAROC), commune à la direction générale des douanes et droits indirects et à la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes. Cette mission est chargée d'améliorer et d'accentuer la coopération des deux administrations, pour le contrôle des produits industriels soumis à réglementation technique et pour la lutte contre les contrefaçons.

 Le bureau E 4. - Espèce, valeur et origine
      Il participe à l'élaboration et applique les textes réglementaires relatifs à l'espèce, la valeur en douane et l'origine des marchandises. Il représente l'administration des douanes dans les instances européennes et internationales chargées de débattre de ces questions (comités communautaires, organisation mondiale du commerce, organisation mondiale des douanes).
   Il instruit les dossiers de recours à la commission de conciliation et d'expertise douanière et y représente l'administration.