Le service des politiques d'appui au pilotage et de soutien, dénommé secrétariat général, conçoit, dirige et met en œuvre les politiques transversales d'appui au pilotage et de soutien des politiques de santé. Il promeut et coordonne le pilotage stratégique des établissements et organismes relevant de la responsabilité de la direction. Il est chargé de l'ensemble des fonctions de soutien visant à fournir à la direction les ressources et les appuis méthodologiques nécessaires à son activité. Il est responsable de la gouvernance de systèmes d'information de santé. Il assure la synthèse et la mise en cohérence des fonctions de contrôle de gestion, de contrôle interne et d'animation de réseaux. A ce titre :
1° Il coordonne, dans son champ de compétence, l'action des sous-directions et des missions rattachées à la direction générale ;
2° Il coordonne l'exercice, par les sous-directions compétentes, du pilotage stratégique et de la tutelle administrative et financière des établissements publics et organismes dont la direction générale de la santé a la responsabilité ; il assure l'organisation du comité d'animation du système d'agences ;
3° Il coordonne l'action de la direction pour les sujets relatifs à l'animation, au pilotage, au suivi et à l'évaluation de la performance des agences régionales de santé, en liaison avec le secrétariat général des ministères sociaux ; il assure la coordination des relations de la direction avec le conseil national de pilotage des ARS ;
4° Il veille à la participation des citoyens à la définition des politiques de santé ; il assure le secrétariat général de la Conférence nationale de santé ;
5° Il organise la participation de la direction à l'élaboration des projets de loi de financement de la sécurité sociale ainsi qu'à l'élaboration et au suivi des dispositifs contractuels établis avec les organismes de l'assurance maladie ; il organise les relations avec ces organismes ;
6° Il anime une politique de ressources humaines ; il est chargé de la gestion de proximité des personnels, des ressources immobilières, bureautiques et de fonctionnement courant de la direction ; il contribue à la mise en œuvre de la politique des archives ministérielles ; il prépare les projets de loi de finances et assure leur suivi et leur exécution pour ce qui concerne les programmes dont la direction a la responsabilité ou auxquels elle participe ; il veille à la qualité des accords de partenariat signés avec le secteur associatif, dans le cadre des programmes dont la direction a la responsabilité ; il détermine la stratégie d'achat de la direction et assure son pilotage et son suivi ; il prépare et conduit les procédures de commande publique ;
7° Il assure la réflexion stratégique en matière de systèmes d'information de santé et de technologies numériques appliquées à la santé ainsi que la programmation et le suivi opérationnel des projets, en liaison avec la délégation à la stratégie des systèmes d'information de santé, la direction des systèmes d'information et l'agence des systèmes d'information partagés ; il veille à la sécurité des systèmes d'information en liaison avec le haut fonctionnaire de défense et de sécurité ; il réalise la cartographie des systèmes d'information des agences nationales et assure son suivi ;
8° Il est responsable de la mise en œuvre de la politique de maîtrise des risques, du contrôle interne, de l'audit interne, du contrôle de gestion ainsi que du suivi de la mise en œuvre des recommandations des corps d'inspection et de la tenue du référentiel des plans de santé publique au sein de la direction, en liaison avec la direction des finances, des achats et des services et la mission d'audit interne du ministère ; il suit la politique de maîtrise des risques déployée dans les agences de sécurité sanitaires.