La liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles (CNR) et, le cas échéant, des CNR-Laboratoires associés, est arrêtée ainsi qu'il suit pour la période allant du 1er avril 2017 au 31 décembre 2022 :
1. Centre national de référence Agents transmissibles non conventionnels (ATNC)

CNR-Laboratoire coordonnateur : Equipe Maladies à Prions, Maladie d'Alzheimer, Centre de recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), INSERM, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Neuropathologie Raymond Escourolle, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Service de Biochimie et Biologie Moléculaire, Hôpital Lariboisière, AP-HP, Paris.
2. Centre national de référence Arbovirus

CNR-Laboratoire coordonnateur : Equipe Résidente de Recherche d'Infectiologie Tropicale (ERRIT), Institut de Recherche Biologique des Armées (IRBA), Hôpital d'Instruction des Armées Laveran, Marseille.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Institut Pasteur de Guyane, Cayenne, Guyane.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier Universitaire Félix Guyon, Saint-Denis, La Réunion.
3. Centre national de référence Bactéries anaérobies et botulisme

CNR-Laboratoire coordonnateur : Unité des Toxines Bactériennes, Institut Pasteur, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Service de Microbiologie de l'Environnement, Hôpital Saint-Antoine, AP-HP, Paris.
4. Centre national de référence Borrelia

CNR : Laboratoire de Bactériologie, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg.
5. Centre national de référence Campylobacter et Helicobacter

CNR : Laboratoire de Bactériologie, Groupe Hospitalier Pellegrin, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Bordeaux.
6. Centre national de référence Coqueluche et autres bordetelloses

CNR : Unité de Recherche Prévention et Thérapie Moléculaire des Maladies Humaines, Institut Pasteur, Paris.
7. Centre national de référence Corynébactéries du complexe diphtheriae

CNR : Unité de Recherche Prévention et Thérapie Moléculaire des Maladies Humaines, Institut Pasteur, Paris.
8. Centre national de référence Echinococcoses

CNR : Laboratoire de Parasitologie et Mycologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire Jean-Minjoz, Besançon.
9. Centre national de référence Entérovirus et parechovirus

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse, Groupement Hospitalier Nord, Hospices civils de Lyon, Lyon.

CNR-Laboratoire associé : Service de Virologie, Centre de Biologie, Centre Hospitalier Universitaire Gabriel-Montpied, Clermont-Ferrand.
10. Centre national de référence Escherichia coli, shigelles, salmonelles

CNR-Laboratoire coordonnateur : Unité de Recherche et d'Expertise des Bactéries Pathogènes Entériques, Institut Pasteur, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Service de Microbiologie, Hôpital Robert Debré, AP-HP, Paris.
11. Centre national de référence Fièvres hémorragiques virales

CNR-Laboratoire coordonnateur : Unité de Biologie des Infections Virales Emergentes (UBIVE), Institut Pasteur, Lyon.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire P4 Jean Mérieux, INSERM, Lyon.
12. Centre national de référence Hantavirus

CNR laboratoire-coordonnateur : Unité de recherche et d'expertise Environnement et risques infectieux, Institut Pasteur, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Institut Pasteur de Guyane, Cayenne, Guyane.
13. Centre national de référence Herpes Virus

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Bactériologie, Virologie, Hygiène, CBRS, Centre Hospitalier Universitaire de Limoges, Limoges.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Hôpital Necker-Enfants Malades, AP-HP, Paris

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris
14. Centre national de référence Infections sexuellement transmissibles (IST) bactériennes

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Bactériologie, Groupe Hospitalier Pellegrin, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Bordeaux.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Bactériologie-Virologie-Hygiène, Hôpital Lariboisière, AP-HP, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Dermatologie, Hôpital Cochin, AP-HP, Paris.
15. Centre national de référence Legionella

CNR : Laboratoire de Microbiologie, Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse, Groupement Hospitalier Nord, Hospices civils de Lyon, Lyon.
16. Centre national de référence Leishmania

CNR-Laboratoire coordonnateur : Département de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier, Montpellier.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Parasito-Mycologie, Centre Hospitalier Andrée Rosemon, Cayenne, Guyane.
17. Centre national de référence Leptospirose

CNR : Unité Biologie des Spirochètes, Institut Pasteur, Paris.
18. Centre national de référence Listeria

CNR : Unité de Biologie des Infections, Institut Pasteur, Paris.
19. Centre national de référence Méningocoques et Haemophilus influenzae

CNR : Unité des Infections Bactériennes Invasives, Institut Pasteur, Paris.
20. Centre national de référence Mycobactéries et résistance aux antituberculeux

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Bactériologie-Hygiène, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Bactériologie-Virologie-Hygiène, Hôpital Lariboisière, AP-HP, Paris.
21. Centre national de référence Mycoses invasives et antifongiques

CNR : Unité de Mycologie Moléculaire, Institut Pasteur, Paris.
22. Centre national de référence Paludisme

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Parasitologie, Hôpital Bichat, AP-HP, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Unité de Parasitologie et d'Entomologie, Institut Hospitalo-Universitaire en Infectiologie, Institut de Recherche Biologique des Armées (IRBA), Marseille

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Parasitologie, Institut Pasteur de Guyane, Cayenne.
23. Centre national de référence Papillomavirus

CNR : Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire, Centre Hospitalier Régional Universitaire Jean-Minjoz, Besançon.
24. Centre national de référence Peste et autres yersinioses

CNR : Unité de Recherche Yersinia, Institut Pasteur, Paris.
25. Centre national de référence Pneumocoques

CNR : Centre de Recherche Clinique et Biologique, Centre Hospitalier Intercommunal Créteil, Créteil.
26. Centre national de référence Rage

CNR : Unité Dynamique des Lyssavirus et Adaptation à l'Hôte, Institut Pasteur, Paris.
27. Centre national de référence Résistance aux antibiotiques

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire Jean-Minjoz, Besançon.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Bactériologie-Hygiène, Hôpital Pontchaillou ; Centre Hospitalier Universitaire de Rennes, Rennes.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier Universitaire Gabriel-Montpied, Clermont-Ferrand.

CNR-Laboratoire associé : Service de Bactériologie-Hygiène, Hôpital Bicêtre, AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre.
28. Centre national de référence Rickettsia, Coxiella et Bartonella

CNR : Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses Tropicales Emergentes (URMITE), Aix-Marseille Université, Faculté de Médecine, Site Timone, Marseille.
29. Centre national de référence Risques infectieux Transfusionnels

CNR : Département d'études des agents transmissibles par le sang, Laboratoire de Virologie, Groupe Hospitalier Henri Mondor, AP-HP, Créteil.
30. Centre national de référence Staphylocoques

CNR : Laboratoire de Microbiologie, Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse, Groupement Hospitalier Nord, Hospices civils de Lyon, Lyon.
31. Centre national de référence Streptocoques

CNR : Service de Bactériologie, Hôpital Cochin, AP-HP, Paris.
32. Centre national de référence Toxoplasmose

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Maison Blanche, Centre Hospitalier Universitaire de Reims, Reims.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CBRS, Centre Hospitalier Universitaire de Limoges, Limoges.

CNR-Laboratoire associé : Département de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Montpellier, Montpellier.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Parasitologie et Mycologie Médicale, Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg.
33. Centre national de référence Vibrions et choléra

CNR : Unité de Recherche et d'Expertise des Bactéries Pathogènes Entériques, Institut Pasteur, Paris.
34. Centre national de référence Virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH)

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Virologie, Hôpital Saint-Louis, AP-HP, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Centre Hospitalier Régional Universitaire Bretonneau, Tours.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Institut de Biologie Clinique, Hôpital Charles Nicolle, Centre Hospitalier Universitaire de Rouen, Rouen.
35. Centre national de référence Virus de la rougeole, de la rubéole et des oreillons

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Virologie, Centre Hospitalier Universitaire de Caen, Caen.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Hôpital Paul-Brousse, AP-HP, Villejuif.
36. Centre national de référence Virus des gastro-entérites

CNR : Laboratoire de Virologie, Pôle de Biologie, Centre Hospitalier Universitaire François Mitterrand, Dijon.
37. Centre national de référence Virus des hépatites à transmission entérique (hépatites A et E)

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Virologie, Institut Fédératif de Biologie, Centre Hospitalier Universitaire Purpan, Toulouse.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Hôpital Paul-Brousse, AP-HP, Villejuif.
38. Centre national de référence Virus des hépatites B, C et Delta

CNR-Laboratoire coordonnateur : Laboratoire de Virologie, Groupe Hospitalier Henri Mondor, AP-HP, Créteil.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Bactériologie-Virologie-Hygiène, Hôpital Avicenne, Hôpitaux Universitaires de Paris-Seine-Saint-Denis, Bobigny.
39. Centre national de référence Virus des infections respiratoires (dont la grippe)

CNR-Laboratoire coordonnateur : Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN, Département de Virologie, Institut Pasteur, Paris.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse, Groupement Hospitalier Nord, Hospices civils de Lyon, Lyon.

CNR-Laboratoire associé : Laboratoire de Virologie, Institut Pasteur de Guyane, Cayenne, Guyane.

CNR-Laboratoire expert pour l'appui au séquençage du SARS-CoV-2 : Pôle infectieux de l'AP-HM, Marseille.

CNR-Laboratoire expert pour l'appui au séquençage du SARS-CoV-2 : Laboratoire de Virologie, Hôpital Henri Mondor, AP-HP, Paris.