Le secrétariat général prépare et met en oeuvre les programmes d'action relatifs à la politique du personnel, au développement et à l'emploi des moyens. Il organise les procédures de programmation et de gestion de l'I.N.S.E.E. et gère l'ensemble des moyens. Il coordonne les relations avec les organisations syndicales. Il pilote le pôle statistiques industrielles. 
Le secrétariat général comprend le département de la programmation et de la gestion, le département des ressources humaines, le département des services généraux, le département de l'informatique, le département de l'organisation et des méthodes de la production, la sous-direction " centre d'enquêtes statistiques ", la sous-direction de l'ingénierie et de la coordination statistiques et la sous-direction de l'informatique et de la bureautique 
Le département de la programmation et de la gestion prévoit les ressources, notamment budgétaires, et leurs emplois, prépare les arbitrages de répartition, met en place les ressources et en suit l'emploi à court terme et de façon rétrospective et assure la comptabilité générale de l'INSEE.
Le département des ressources humaines propose et applique les orientations de la politique et de la gestion de personnel de l'INSEE, élabore et met en oeuvre les actions de mise en valeur des ressources humaines, de formation des personnels et d'information interne.
Le département des services généraux assure la gestion du parc immobilier, les achats centralisés de matériels, de mobiliers et de prestations de services, l'appui logistique et les activités de service social pour la direction générale.
Le département de l'informatique élabore, propose et met en oeuvre la politique informatique de l'I.N.S.E.E., en ce qui concerne les matériels, les réseaux et les logiciels ; il assure la gestion particulière des personnels affectés au traitement automatisé de l'information, la préparation et le suivi du plan de charge des centres nationaux informatiques.
Le département de l'organisation des méthodes de la production organise les travaux de production statistique, en particulier les grandes opérations, étudie les questions techniques posées par la collecte et l'élaboration des données, fait évoluer les postes de travail et plus généralement propose des améliorations des conditions de travail.
La sous-direction " centre d'enquêtes statistiques " assure la collecte d'informations statistiques auprès des entreprises industrielles, en réalise le contrôle et l'apurement jusqu'à la production des résultats statistiques diffusables ; elle participe aux actions de valorisation des statistiques industrielles et, en particulier, des informations sectorielles qu'elle élabore. La sous-direction de l'ingénierie et de la coordination statistiques conçoit et développe les outils statistiques correspondants en assurant les coordinations nécessaires à ces opérations ; elle développe une expertise en matière de nomenclatures d'activités et de produits. La sous-direction de l'informatique et de la bureautique définit et coordonne le développement des applications informatiques spécifiques à ce domaine et en réalise une partie ; sous réserve des compétences propres du centre d'enquêtes statistiques, elle assure l'assistance technique auprès des utilisateurs.