Le service de la coordination des actions sanitaires assure le suivi et la coordination des actions sanitaires transversales nationales, européennes et internationales.
Le service de la coordination des actions sanitaires comprend :
- la sous-direction du pilotage des ressources et des actions transversales ;
- la sous-direction des affaires européennes et internationales.
I. - La sous-direction du pilotage des ressources et des actions transversales coordonne la mise en œuvre des plans de surveillance et de contrôle élaborés par les différentes structures de la direction. Elle coordonne les contrôles sanitaires relevant du ministère. Elle est chargée de la valorisation des données relatives aux activités de contrôle. Elle coordonne les activités de normalisation et d'accréditation. Elle coordonne la mise en œuvre de la conditionnalité des aides pour la direction. Elle élabore la politique en matière de laboratoires nationaux de référence, de laboratoires agréés et reconnus. Elle est chargée de la coordination de l'application de la réglementation communautaire relative aux contrôles officiels. Elle assure le suivi des dossiers relatifs à la traçabilité des produits agricoles et alimentaires dans le cadre de la réglementation communautaire. Elle coordonne l'élaboration des guides de bonnes pratiques d'hygiène. Elle assure la maîtrise d'ouvrage de la base de données législatives, réglementaires et infraréglementaires Galatée relative aux activités sanitaires et phytosanitaires.
Elle est chargée d'assurer la gestion du programme budgétaire dont le directeur général est responsable. A ce titre, elle prépare les éléments de budget du ressort de la direction et en assure l'exécution. Elle définit, en lien avec le secrétaire général, la répartition des moyens humains et financiers du programme budgétaire dont le directeur général est responsable. Elle contribue au contrôle de l'emploi des moyens humains et financiers alloués aux services.
Elle participe à la mise en place et à l'évolution fonctionnelle des systèmes d'information intéressant les missions de contrôle sanitaire et phytosanitaire. Elle assure la maîtrise d'ouvrage des projets informatiques de la direction. Elle veille à l'harmonisation de la collecte et à la validité des données, ainsi qu'à l'appropriation des outils par la direction et les services de contrôle sanitaire.
Elle est chargée de la mise en œuvre de la démarche de management par la qualité de la direction générale et des services de contrôle sanitaire.
Elle a également en charge le contrôle de gestion et le volet performance du programme budgétaire dont la direction générale est responsable, le suivi des audits internes et externes. 
La sous-direction du pilotage des ressources et des actions transversales comprend :
- le bureau des laboratoires et de la coordination des contrôles officiels ;
- le bureau de la maîtrise d'ouvrage des systèmes d'information de l'alimentation ;
- le bureau du pilotage du programme "sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation". 
II. - La sous-direction des affaires sanitaires et européennes et internationales est chargée, avec le concours du service d'inspection vétérinaire et phytosanitaire aux frontières (SIVEP), de la mise en place et du suivi du dispositif de contrôle sanitaire et phytosanitaire aux frontières. Elle est chargée, avec la collaboration du service d'appui aux exportateurs de l'établissement public FranceAgriMer, des négociations sanitaires et phytosanitaires à l'exportation vers les pays tiers. Elle coordonne la politique de certification sanitaire et phytosanitaire à l'exportation vers les pays tiers. Elle élabore les référentiels d'inspection et de contrôle relevant de son domaine de compétence. Elle suit les négociations communautaires, bilatérales et multilatérales dans les domaines sanitaire et phytosanitaire (SPS), en veillant à la cohérence des positions prises auprès des institutions de l'Union européenne et des organisations internationales compétentes. Elle est le point de contact national pour l'accord sur l'application des mesures SPS de l'Organisation mondiale du commerce. Elle coordonne pour le ministère de l'agriculture le suivi des travaux de l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et de la commission du Codex alimentarius. Elle participe à l'élaboration des actions d'assistance technique dans les domaines SPS mises en œuvre par le ministère.
La sous-direction des affaires sanitaires européennes et internationales comprend :
- le bureau des négociations européennes et multilatérales ;
- le bureau de l'exportation pays tiers.
Le service d'inspection vétérinaire et phytosanitaire aux frontières (SIVEP) lui est rattaché.