La sous-direction D (Affaires juridiques, contentieux, contrôles et lutte contre la fraude) comprend trois bureaux : 
Le bureau D / 1.-Affaires juridiques et contentieuses
Il effectue des études juridiques pour le compte des autres bureaux de la direction générale et des services déconcentrés. Il participe, à ce titre, à l'élaboration des textes législatifs et réglementaires, notamment ceux relatifs aux missions judiciaires de la douane et veille à leur mise en oeuvre. 
Il est chargé de l'interprétation du droit communautaire et veille à sa mise en œuvre. Il prépare les mémoires relatifs aux affaires traitées par la Cour de justice de l'Union européenne et la Cour européenne des droits de l'homme. 
Il est responsable de la politique contentieuse de l'administration des douanes et de la gestion des affaires contentieuses civiles et administratives, ainsi que des relations entre l'administration des douanes et les services du ministère de la justice. 
Il assure la diffusion aux services des instructions portant sur le contentieux et de la documentation jurisprudentielle. 
Il coordonne l'activité contentieuse des services et veille à l'harmonisation des pratiques administratives concernant les règlements transactionnels ou judiciaires des affaires répressives. 
Il assure également le secrétariat du comité du contentieux fiscal, douanier et des changes. 
Le bureau D / 2.-Politique des contrôles
Il est chargé de l'orientation et de l'évaluation de la politique des contrôles immédiats et ex post opérés par les agents des douanes. A ce titre, il définit les priorités nationales de contrôle et en assure la déclinaison au niveau régional. Il définit la méthodologie de ces contrôles et procède à des analyses de risque (protection des consommateurs). Il veille au respect des orientations données. 
Il est chargé des relations avec la direction générale des finances publiques, la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes, la délégation nationale à la lutte contre la fraude, les organismes payeurs en matière agricole et la commission interministérielle de coordination des contrôles instituée par le décret n° 96-389 du 10 mai 1996, et procède au suivi des contrôles communautaires. 
Il suit les évolutions de la politique des contrôles au niveau communautaire et procède aux adaptations nécessaires au niveau national. Il participe aux opérations de contrôle menées sous l'égide des instances communautaires ou mondiales.
Le bureau D / 3.-Lutte contre la fraude
Il est chargé du suivi des travaux relatifs à la lutte contre la fraude menés au sein des organisations internationales et communautaires. Dans ce domaine, il coordonne et met en œuvre la politique douanière, la protection des intérêts financiers et assure le suivi des missions afférentes. 
Il définit le dispositif et les priorités de la douane en matière de lutte contre la fraude et est chargé des politiques de renseignement, d'analyse de risque et de ciblage.A ce titre, il assure les relations avec la direction nationale du renseignement et des enquêtes douanières (DNRED), l'élaboration et l'exploitation des bilans et procède à des analyses et des études sur les fraudes. 
Il assure le suivi fonctionnel des applications concernant la lutte contre la fraude et la communication des informations aux organismes extérieurs. 
Il procède, en outre, au suivi des relations financières avec l'étranger, en liaison avec la direction générale du Trésor et la Banque de France.