Le service de la régulation et de la sécurité se compose de cinq sous-directions. 
La sous-direction de la politique de la concurrence est chargée de l'élaboration et de la mise en oeuvre de la politique de la concurrence, de la lutte contre les pratiques anticoncurrentielles et restrictives de concurrence, du contrôle des concentrations ainsi que des affaires juridiques et du contentieux. Elle comprend : 
Le bureau des pratiques anticoncurrentielles : 
Droits national et communautaire de la concurrence ; coordination de la lutte contre les pratiques anticoncurrentielles ; veille juridique et concurrence dans le secteur de la commande publique ; contentieux national et communautaire de la concurrence ; relations avec la Commission européenne et les autorités de concurrence étrangères ; OCDE, CNUCED et OMC. 
Le bureau des pratiques restrictives de concurrence et des affaires juridiques : 
Pratiques restrictives de concurrence ; pouvoirs d'enquête (concurrence) ; contentieux civil et pénal, contentieux administratif autre que celui relatif au statut de la fonction publique ; droit des marques ; documentation ; recherches et avis juridiques ; suivi de la jurisprudence ; publication du BOCCRF. 
Le bureau des concentrations et aides : 
Concentrations nationales et communautaires ; aides d'Etat et décentralisées aux entreprises. 
La sous-direction de la politique de consommation et de la sécurité est chargée de l'élaboration et du suivi du droit de la consommation ainsi que de la politique et des règles générales en matière de sécurité et de loyauté des produits et services. Elle est en charge des relations avec les institutions et associations de consommateurs. Elle comprend : 
Le bureau de la protection économique du consommateur : 
Droits national et communautaire de la consommation ; pratiques commerciales réglementées par le code de la consommation ; réseau d'alerte de l'OCDE sur les pratiques commerciales ; crédit à la consommation ; surendettement ; responsabilité du fait des produits ; emploi de la langue française ; procédures de règlement des litiges de la consommation. 
Le bureau de la sécurité et des réseaux d'alerte : 
Politique générale d'hygiène et de sécurité des produits et des services ; relations institutionnelles avec la Commission de la sécurité des consommateurs (CSC) et les agences de sécurité sanitaire ; point de contact des réseaux d'alerte européens et nationaux. 
Participation aux travaux en matière d'hygiène et de sécurité dans les domaines suivants : additifs, nouveaux aliments et nouvelles technologies, matériaux au contact des aliments, arômes, contaminants, produits phytosanitaires, préparations chimiques dangereuses, aérosols. 
Le bureau de la loyauté : 
Politique générale et avis juridiques sur la réglementation en matière de conformité des produits, des services et des organismes génétiquement modifiés ; pouvoirs d'enquêtes (consommation) ; étiquetage et allégations ; valorisation et maîtrise de la qualité ;                normalisation, certification, assurance qualité, appellations d'origine, labels, chartes professionnelles ; métrologie, en liaison avec la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services ; relations avec le codex alimentarius et l'Organisation mondiale du commerce. 
Le bureau des institutions et des associations de consommateurs : 
Conseil national de la consommation ; Institut national de la consommation ; CREDOC ; Comité interministériel de la consommation et Groupe interministériel de la consommation ; relations avec les associations de consommateurs et les centres techniques régionaux de la consommation ; subventions et conventions financières ; agrément pour l'action civile. 
La sous-direction des produits agricoles et alimentaires est chargée de la régulation des marchés, de la protection du consommateur ainsi que de la sécurité et de la gestion des risques pour les produits, dans les secteurs agricoles et alimentaires. Elle comprend : 
Le bureau des marchés agricoles : 
Régulation des marchés, notamment dans le cadre de la politique agricole commune ; structures et organisations agricoles ; marchés d'intérêt national (MIN). 
Le bureau des boissons : 
Toutes boissons ; suivi économique et technique des marchés et de l'Organisation commune des marchés (OCM) viti-vinicole ; organisations professionnelles des secteurs du vin, du cidre et des spiritueux ; pilotage de la mission d'enquêtes vins et spiritueux. 
Le bureau des produits d'origine animale : 
Produits carnés ; produits de la pêche ; oeufs et volailles ; produits laitiers ; alimentation animale ; nutrition et diététique. 
Le bureau des produits d'origine végétale : 
Organisation et fonctionnement des marchés ; fruits et légumes frais et transformés ; semences et plants ; sucre ; supports de culture ; résidus des produits phytosanitaires ; plantes aromatiques et médicinales ; tabac ; graisses et huiles végétales ; chaîne du froid. 
La sous-direction de la santé, de l'industrie et du commerce est chargée de la régulation des marchés, de la protection du consommateur et de la sécurité des produits dans les secteurs de la santé, de l'industrie et du commerce. Elle comprend : 
Le bureau de la santé : 
Médicaments ; dispositifs médicaux ; réactifs de laboratoires ; cosmétiques ; prestations et professions de santé ; secteur médico-social et hébergement des personnes âgées ; suivi des travaux du comité économique des produits de santé ; coordination opérationnelle avec l'AFSSAPS. 
Le bureau des biens d'équipement : 
Biens d'équipement ; machines ; produits électriques et électroniques ; matériaux de construction ; matériels informatiques, logiciels et progiciels ; matériels de télécommunications ; relations interindustrielles ; aires de jeux ; piscine, pneumatiques, outillage à main. 
Le bureau des biens de consommation : 
Autos, cycles et motocycles ; textiles et cuirs, meubles, parfumerie, jouets et articles de puériculture, articles de sport et loisir, biens culturels et presse ; papier ; équipements de protection individuelle ; propriété intellectuelle et industrielle, lutte contre les contrefaçons. 
Le bureau du commerce et de l'artisanat : 
Paracommercialisme ; foires et salons ; relations commerciales entre producteurs et distributeurs ; services aux particuliers ; hôtellerie et restauration ; commerce électronique ; soldes et ventes réglementées. 
La sous-direction des services et des réseaux est chargée de la régulation des marchés et de la protection du consommateur dans les secteurs de l'énergie, de la chimie, du bâtiment et des travaux publics, des transports, de la communication, des services financiers et des professions organisées. Elle coordonne l'activité de la direction générale en matière environnementale. Elle comprend : 
Le bureau de l'énergie, des matières premières et des travaux publics : 
Electricité, gaz et produits pétroliers ; sidérurgie, chimie, bâtiment et travaux publics ; eau, assainissement et déchets. Coordination de l'action de la direction générale en matière environnementale. 
Le bureau des transports et des communications : 
Infrastructures et services de transport ; activités postales ; pompes funèbres ; services de communications électroniques et audiovisuelles, cinéma, publicité. 
Le bureau des services et des professions organisées : 
Banques et établissements de crédit, assurances ; immobilier ; services aux entreprises ; professions juridiques ; activités sportives.