Pour l'application de l'article D. 341-9-1 du code rural et de la pêche maritime, les pourcentages de réduction du montant global des paiements agroenvironnementaux sont fixés comme suit : 
Si, à la suite d'un contrôle de la déclaration des surfaces, il est constaté que la différence entre la superficie totale déclarée par un agriculteur dans sa demande unique, d'une part, et sa superficie déclarée plus la superficie des parcelles non déclarées, d'autre part :
-est supérieure à 3 % de la superficie déclarée mais inférieure ou égale à 30 % de cette même superficie, le montant global de ses paiements agroenvironnementaux est réduit de 0,5 % pour l'année considérée ;
-est supérieure à 30 % de la superficie déclarée mais inférieure ou égale à 60 % de cette même superficie, le montant global de ses paiements agroenvironnementaux est réduit de 1 % pour l'année considérée ;
-est supérieure à 60 % et inférieure ou égale à 90 % de la superficie déclarée, le montant global de ses paiements agroenvironnementaux est réduit de 2 % pour l'année considérée ;
-est supérieure à 90 % de la superficie déclarée, le montant global de ses paiements agroenvironnementaux est réduit de 3 % pour l'année considérée. 
Les réductions ou suppressions prévues à l'article D. 341-15 du code rural et de la pêche maritime sont calculées selon les modalités détaillées ci-dessous : 
1. Pour chaque mesure, la réduction financière correspondant au non-respect d'une ou plusieurs obligations est calculée en multipliant, pour chaque niveau de réduction défini au 2 ci-dessous, le montant de la rémunération annuelle de la mesure agroenvironnementale par le niveau de réduction et par la quantité concernée par ledit niveau de réduction augmentée le cas échéant de pénalités, et en ajoutant les intérêts au taux légal. 
Le montant correspondant à la réduction financière hors pénalité est appelé indu. 
2. Le niveau de réduction résulte de l'addition des gravités des différentes anomalies présentes sur l'élément engagé, dans la limite d'une réduction totale de 100 %. La gravité de chaque anomalie est elle-même obtenue en multipliant l'importance de l'obligation considérée par l'ampleur de l'anomalie constatée. 
L'importance de chaque obligation est précisée dans le cahier des charges de la mesure. Les obligations sont classées en rangs d'importance principale ou secondaire, auxquels sont respectivement attribués les coefficients multiplicateurs 1 et 0,5. 
Selon la nature de l'obligation, l'ampleur de l'anomalie peut être soit totale et correspondre alors à un coefficient multiplicateur égal à 1, soit, pour les obligations dites à seuil, dépendre du niveau de dépassement du seuil, auquel est affecté un coefficient multiplicateur. 
3. Pour les obligations portant sur des surfaces, des longueurs, des quantités ou un nombre d'éléments hors animaux, la quantité à laquelle est appliquée la réduction de l'aide est établie pour chaque niveau de réduction considéré. Un taux d'écart est défini comme le rapport entre la quantité en anomalie et la quantité sans anomalie pour le niveau de réduction considéré. 
a) Si la surface en anomalie est inférieure ou égale à 0,1 hectare et que cette surface ne représente pas plus de 20 % de la superficie déclarée, la surface sans anomalie est considérée égale à la surface déclarée ; 
b) Si le taux d'écart est inférieur ou égal à 3 % de la quantité sans anomalie et si la surface en anomalie est inférieure ou égale à 2 hectares, l'aide à laquelle le bénéficiaire peut prétendre après contrôle est diminuée de la quantité en anomalie ; 
c) Si la surface en anomalie est supérieure à 2 hectares ou si le taux d'écart est supérieur à 3 %, mais n'excède pas 20 % de la quantité sans anomalie, le calcul de l'annuité est basé sur la quantité sans anomalie, et l'annuité est réduite d'une pénalité égale à deux fois la quantité en anomalie ; 
d) Si le taux d'écart est supérieur à 20 % de la quantité sans anomalie, aucune aide n'est octroyée au titre de la mesure ; 
e) Si le taux d'écart est supérieur à 50 % de la quantité sans anomalie, outre le non-paiement de l'annuité, une pénalité supplémentaire est appliquée, à concurrence d'un montant correspondant à la quantité en anomalie ; 
f) Si l'anomalie de superficie résulte d'une surdéclaration intentionnelle et lorsque le taux d'écart est supérieur à 0,5 % de la superficie sans anomalie ou lorsque l'anomalie est supérieure à 1 hectare, aucune aide n'est octroyée au titre de la mesure. Si le taux d'écart excède 20 % de la superficie sans anomalie, outre le non-paiement de l'annuité, une pénalité supplémentaire est appliquée, à concurrence d'un montant correspondant à la différence entre la superficie déclarée et la superficie constatée sans anomalie. 
Les réductions prévues par le présent point 3 sont affectées en priorité aux surfaces, longueurs ou nombre d'éléments subissant le plus faible niveau de réduction. Si deux réductions de niveau différent s'appliquent à la même surface en raison des pénalités prévues aux points a à f du présent point 3, alors seule est retenue pour la surface concernée la réduction la plus élevée. 
4. Pour les obligations portant sur des animaux, pour chaque niveau de réduction considéré, un taux d'écart est défini comme le rapport entre le nombre d'animaux manquants ou en anomalies et le nombre d'animaux constatés sans anomalie. 
a) Si l'anomalie ne concerne pas plus de trois animaux, l'aide à laquelle le bénéficiaire peut prétendre après contrôle est réduite de ce taux d'écart ; 
b) Si l'anomalie concerne plus de trois animaux, le montant de l'aide à laquelle le bénéficiaire peut prétendre après contrôle est réduit : 
- de ce taux d'écart s'il n'excède pas 10 % ; 
- de deux fois ce taux d'écart, s'il est supérieur à 10 % mais inférieur ou égal à 20 % ; 
- si ce taux d'écart est supérieur à 20 %, aucune aide n'est octroyée au titre de la mesure ; 
- si ce taux d'écart excède 50 %, outre le non-paiement de l'annuité, une pénalité supplémentaire est appliquée, à concurrence d'un montant correspondant à la différence entre le nombre d'animaux déclarés et le nombre d'animaux constatés sans anomalie ; 
c) Si l'anomalie est intentionnelle, aucune aide n'est octroyée au titre de la mesure. Si le taux d'écart excède 20 %, outre le non-paiement de l'annuité, une pénalité supplémentaire est appliquée, à concurrence d'un montant correspondant à la différence entre le nombre d'animaux déclarés et le nombre d'animaux constatés sans anomalie.
5. Le régime de sanctions est adapté en fonction du caractère définitif ou réversible du non-respect d'une obligation. Le non-respect d'une obligation a un caractère définitif si ses conséquences sur la cohérence et la globalité de mise en oeuvre de la mesure agroenvironnementale dépassent la seule année du constat. 
a) Si le non-respect d'une obligation a un caractère définitif, la quantité en anomalie est considérée comme l'étant depuis le début du contrat et jusqu'à son terme. Le remboursement des aides correspondant aux quantités en anomalie s'applique depuis la prise d'effet de l'engagement, et l'engagement est modifié pour la durée restante en enlevant la quantité en anomalie. Les pénalités prévues aux paragraphes 3 et 4 du présent article s'appliquent le cas échéant l'année du constat de l'anomalie. 
b) Dans le cas de non-respect à caractère définitif, si le taux d'écart calculé pour l'ensemble des engagements agroenvironnementaux est inférieur ou égal à 50 % et supérieur à 30 %, la demande annuelle de paiement pour l'ensemble des engagements agroenvironnementaux souscrits est rejetée. Si le taux d'écart est supérieur à 50 %, un remboursement sur les paiements précédents ou une réduction sur les paiements ultérieurs sera en outre appliqué, pour un montant correspondant à la quantité en anomalie. 
c) Dans le cas de non-respect à caractère réversible, les réductions et pénalités concernent uniquement l'année du constat de l'anomalie. Si ce non-respect est établi pour l'année antérieure au constat, le remboursement de l'aide est également demandé pour l'année antérieure. 
Si le non-respect à caractère réversible est établi également pendant au moins deux années antérieures au constat, le non-respect de l'obligation prend alors un caractère définitif. 
6. Les anomalies constatées pour des obligations portant sur des surfaces ou des quantités non engagées sont prises en compte selon des modalités définies dans le cahier des charges de la mesure concernée. 
7. Les anomalies déclarées spontanément par le bénéficiaire, conformément au quatrième alinéa de l'article D. 341-15 du code rural et de la pêche maritime, ne donnent pas lieu à l'application des pénalités prévues aux paragraphes 3 et 4 du présent article.