Les chambres de métiers et de l'artisanat de région adoptent, sur proposition du bureau, leur règlement intérieur et son annexe, qui sont transmis pour approbation à l'autorité de tutelle. 
Le règlement intérieur prévoit notamment la création des cinq commissions suivantes, dont il fixe les règles d'organisation et de fonctionnement : 
La commission des affaires générales, chargée notamment des questions relatives au fonctionnement et à l'organisation de la chambre de métiers et de l'artisanat de région de région ; 
La commission de prévention des conflits d'intérêts chargée notamment d'examiner et de donner un avis sur toute situation susceptible de créer un conflit d'intérêts entre la chambre et l'un de ses membres ; 
La commission des finances, chargée notamment de l'examen des documents comptables et financiers préparés par le président et les membres du bureau ainsi que de la vérification et de l'apurement des comptes dressés par le trésorier ; 
La commission du développement économique et territorial, chargée notamment des questions relatives à l'accompagnement des entreprises dans les différentes phases de leur développement, de l'aménagement et du développement économique des territoires ; 
La commission de la formation professionnelle, chargée de l'étude de toutes les questions d'apprentissage et de perfectionnement professionnel ; 
Les chambres de métiers et de l'artisanat de région départementales peuvent créer une commission du développement économique et territorial et une commission de la formation professionnelle. Ces commissions se prononcent sur les questions qui relèvent de leurs compétences dans le cadre des orientations fixées par la chambre de métiers et de l'artisanat de région de région à laquelle elles sont rattachées. 
Les membres des commissions sont désignés par l'assemblée générale. 
Le président et le trésorier de la chambre de métiers et de l'artisanat de région ne peuvent faire partie de la commission des finances. Le président de la chambre de métiers et de l'artisanat de région est membre de droit de toutes les autres commissions et peut les présider. 
Le règlement intérieur comporte un chapitre particulier concernant l'organisation des services de la chambre de métiers et de l'artisanat de région. Une annexe du règlement intérieur fixe la grille des emplois de la chambre de métiers et de l'artisanat de région et détermine le nombre, la nature et l'indice de base des emplois permanents. 
La chambre élabore également un règlement relatif au fonctionnement de ses services. Ce règlement est transmis à l'autorité de tutelle pour information. 
Les services de la chambre de métiers et de l'artisanat de région sont dirigés par un secrétaire général nommé par le président, après accord du bureau, et placé sous son autorité. Le règlement intérieur comporte l'emploi correspondant, qui doit être pourvu en permanence dans les conditions prévues au statut du personnel des chambres de métiers et de l'artisanat de région établi en application de la loi n° 52-1311 du 10 décembre 1952. 
En cas de vacance, si le remplacement ne peut être immédiat, un agent est désigné à titre intérimaire par le président de la chambre de métiers et de l'artisanat de région. La nomination du secrétaire général doit alors intervenir dans le délai d'un an à compter de la vacance du poste.