Pour pouvoir être agréées les usines de transformation à haut ou faible risque doivent traiter, transformer et entreposer les déchets animaux conformément aux conditions suivantes :
   1° Les déchets animaux doivent être transformés le plus rapidement possible après leur arrivée. Ils doivent être convenablement entreposés jusqu'à leur transformation.
   2° Les récipients, conteneurs et véhicules utilisés pour le transport des déchets animaux doivent être nettoyés, lavés et désinfectés après chaque usage.
   3° L'accès à l'usine des personnes non autorisées et des animaux est interdit.
   4° Des mesures de précaution doivent être prises systématiquement contre les oiseaux, les rongeurs, les insectes et autre vermine.
   5° Les personnes travaillant dans le secteur souillé ne peuvent pas accéder au secteur propre sans changer de vêtements de travail et de chaussures ou sans désinfecter ces derniers. L'équipement et les ustensiles ne peuvent être transférés du secteur souillé au secteur propre.
   6° Les eaux résiduaires venant du secteur souillé doivent être traitées de manière qu'il n'y subsiste pas d'agents pathogènes.
   7° Les matières à haut risque doivent être transformés dans les conditions suivantes :
   - soit par chauffage à une température à coeur d'au moins 133 °C pendant vingt minutes à une pression de 3 bars. La taille des particules de matières brutes avant traitement doit être réduite à 50 mm au moins à l'aide d'un appareil de préconcassage ou d'un broyeur ;
   - soit par tout autre système de traitement thermique à condition qu'il soit reconnu comme offrant des garanties équivalentes en ce qui concerne la sécurité microbiologique conformément à l'annexe II.
   Il doit faire l'objet d'un agrément par la direction générale de l'alimentation selon des modalités fixées par instructions du ministère de l'agriculture et de la forêt.
   7° bis Les déchets animaux de mammifères, visés par la décision 96/449/CE du 18 juillet 1996 relative à l'agrément de systèmes de traitement thermique de remplacement pour la transformation de déchets animaux au regard de l'inactivation des agents de l'encéphalopathie spongiforme, sont transformés conformément aux paramètres minimaux fixés par cette décision.
   8° Quel que soit le procédé thermique utilisé, des thermographes doivent être prévus aux points sensibles pour contrôler le traitement par la chaleur.
   9° Les installations et les équipements doivent être bien entretenus et les équipements de mesure étalonnés à intervalles réguliers.
   10° Les produits finis doivent être manipulés et entreposés dans l'usine de transformation de manière à prévenir toute recontamination.
   11° Les produits finis doivent répondre aux critères microbiologiques fixés en annexe II.
   12° Les cuirs doivent être salés au chlorure de sodium.
   13° Les produits finis issus des matières à haut risque visées aux points 1, 2, 3, 4, 8 et 9 de l'annexe I sont incinérés.
   14° Les établissements n'ayant pas traité les déchets de mammifères visés par la décision 96/449/CE du 18 juillet 1996 précitée, conformément aux paramètres minimaux fixés par cette décision, doivent procéder ou faire procéder au retraitement ou à l'élimination de ces produits afin d'interdire leur entrée dans la chaîne alimentaire animale conformément aux dispositions de la décision 97/735/CE du 21 octobre 1997 relative à des mesures de protection en ce qui concerne les échanges de certains types de déchets animaux de mammifères.