Le préfet de région définit par arrêté préfectoral les priorités locales d'intervention du plan végétal pour l'environnement conformément à l'article 3, pour les seuls enjeux de lutte contre l'érosion, de réduction de la pollution des eaux par les produits phytosanitaires, de réduction de la pollution des eaux par les fertilisants, de réduction de l'impact des prélèvements sur la ressource en eau et de maintien de la biodiversité. 
Le préfet s'appuie sur les différents outils de diagnostic de la situation qualitative des eaux et des zones à risque au regard de l'érosion, en prenant en compte les zones spécifiques déjà délimitées (zones vulnérables, zones d'érosion, zone de protection de bassin versant), les schémas d'aménagement et de gestion des eaux, les diagnostics régionaux établis et publiés par les groupes régionaux d'actions visant à réduire les pollutions de l'eau par les produits phytosanitaires ou toute autre étude locale validée. 
Les priorités d'intervention sont fixées en cohérence avec celles retenues par les autres financeurs de ce plan et en concertation avec les organisations professionnelles agricoles représentatives. Elles sont établies après concertation avec les autres financeurs, le préfet coordonnateur de bassin, les missions interservices de l'eau des départements, la     direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement  et la direction régionale de l'agriculture et la forêt. 
En fonction des enjeux environnementaux cités au premier alinéa du présent article, le préfet de région établit une ou plusieurs zones géographiques spécifiques pour l'intervention du plan et peut être conduit à réduire la liste des investissements éligibles fixée par la circulaire prévue à l'article 3 de cet arrêté. Le préfet de région a également la possibilité de fixer des critères plus restrictifs que ceux définis à l'échelle nationale. Ces critères sont précisés dans l'arrêté préfectoral prévu au premier alinéa. 
Le préfet pourra proposer de gérer le dispositif sous la forme d'appel à candidature sur l'ensemble de la région ou sur un ou plusieurs départements. Dans ce cas, les modalités relatives à l'appel à candidatures sont définies au sein de l'arrêté préfectoral prévu au premier alinéa. 
Par application des objectifs régionaux, le préfet de région fixe les critères de sélection des dossiers et leur pondération afin d'établir l'ordre de classement des dossiers présentés dans le cadre de l'appel à candidature. 
La structure de concertation peut s'appuyer sur la commission régionale de l'économie agricole et du monde rural (COREAMR), dont elle peut constituer une section spécifique. 
Outre les modalités d'examen des projets présentés par appel à candidature, l'arrêté préfectoral définit, dans la limite du cadre fixé par le présent arrêté, le public cible, l'intensité de l'aide, les dépenses retenues au niveau régional et les plafonds d'aide. 
Les subventions du ministère chargé de l'agriculture sont accordées aux projets dans l'ordre du rang de classement et dans la limite des enveloppes allouées. 
Le préfet de région établit également, par arrêté préfectoral, après concertation avec les partenaires financiers du plan et les préfets de département, les conditions de déroulement de l'appel à candidature.