La sous-direction de l'innovation et du développement industriel comprend :
1. Le bureau de l'animation régionale :
Il organise, anime et évalue les actions mises en œuvre par les DRIRE en matière de développement économique et industriel régional. 
Il mobilise les expertises et politiques de la direction générale pour l'animation des réseaux régionaux de développement économique et industriel. En liaison avec les autres administrations et avec l'appui des services sectoriels, il participe à la conception et la mise en oeuvre des politiques d'anticipation des mutations économiques et d'attractivité des territoires et de localisation d'activité. Il contribue à l'élaboration et la mise en oeuvre de la politique du Gouvernement en matière de création d'activités et de transmission d'entreprises. Il conçoit et gère les outils financiers de la conversion industrielle sur les territoires.
Il apporte son concours à l'exercice de la tutelle des chambres de commerce et d'industrie et de l'assemblée des chambres françaises de commerce et d'industrie.
2. Le bureau des politiques d'innovation et de technologie :
Il propose et met en oeuvre toutes mesures visant à favoriser l'innovation et la recherche industrielles ainsi que le développement technologique des entreprises, notamment les petites et moyennes, en liaison avec les DRIRE, les autres ministères, les collectivités territoriales et organismes concernés.
Il assure la cohérence de l'analyse des projets coopératifs de recherche et développement. Il coordonne la prospective sur l'évolution des technologies et les actions de la direction générale en matière de programmes technologiques. Il conçoit et met en oeuvre la politique en faveur de la création industrielle. Il prépare et suit l'exercice de la tutelle de l'ANVAR et assiste le commissaire du Gouvernement. Il contribue à l'évaluation de l'action publique en faveur de la recherche industrielle et de l'innovation. Il participe à l'élaboration et à la mise en oeuvre de la politique du Gouvernement en matière de financement et de fiscalité de l'industrie.
3. Le bureau Europe :
Il assure pour le compte de la direction générale la préparation et le suivi des conseils de l'Union européenne, ainsi que les relations avec le Parlement européen, dans les domaines affectant la compétitivité et notamment de l'industrie, du marché intérieur et de l'environnement. Il analyse et fait valoir les enjeux industriels dans l'élaboration et l'application du droit communautaire de la concurrence, notamment au comité consultatif sur les concentrations. Il négocie avec la Commission européenne une part importante des encadrements en matière d'aides d'Etat et en assure la mise en oeuvre pour les activités industrielles.
Il assure la représentation de la France au comité de l'industrie et de l'environnement des entreprises de l'Organisation de coopération et de développement économiques.
Il est également chargé des relations avec les Etats membres de l'Union européenne, de l'Association européenne de libre-échange, de l'Espace économique européen et avec les pays candidats à l'accession à l'Union européenne. Il suscite et organise des rencontres bilatérales technologiques propres à favoriser les échanges et partenariats entre autorités institutionnelles, centres de recherche et entreprises de ces pays. Il assure la représentation de la direction générale dans les conseils d'administration des associations bilatérales européennes pour la recherche et la technologie.