Le Massif jurassien comprend :
   Dans le département de l'Ain : 
   - les communes de Salavre et Verjon, dans le canton de Coligny ;
   - les communes de Courmangoux, Pressiat, Treffort-Cuissiat, Chavannes-sur-Suran, Pouillat, Germagnat, Corveissiat, dans le canton de Treffort-Cuissiat ; 
   - les communes de Drom, Simandre, Ramasse, Villereversure, Revonnas, Bohas-Meyriat-Rignat, Grand-Corent, Cize, Hautecourt-Romanèche, dans le canton de Ceyzériat ; 
   - les communes de Journans, Saint-Martin-du-Mont, Neuville-sur-Ain, dans le canton de Pont-d'Ain ; 
   - les communes d'Ambronay, Douvres, Ambérieu-en-Bugey, L'Abergement-de-Varey, Bettant, dans le canton d'Ambérieu-en-Bugey ;
   - les communes de Souclin, Vaux-en-Bugey, Saint-Sorlin-en-Bugey, Villebois, Sault-Brenaz, dans le canton de Lagnieu ;
   Dans le département du Jura : 
   - les communes de L'Aubépin, Chevreaux, Graye-et-Charnay, Loisia, Montagna-le-Reconduit, Nantey, Saint-Jean-d'Etreux, Senaud, Thoissia, Val-d'Epy, Véria, dans le canton de Saint-Amour ; 
   - les communes d'Augisey, Beaufort, Gizia, Grusse, Rosay, Rotalier, Saint-Laurent-la-Roche, dans le canton de Beaufort ; 
   - les communes de Bornay, Geruge, Macornay, Moiron, Vernantois, dans le canton de Lons-le-Saunier ; 
   - les communes de Château-Chalon, Baume-les-Messieurs, Blois-sur-Seille, Le Fied, Frontenay, Granges-sur-Baume, Ladoye-sur-Seille, Lavigny, La Marre, Ménétru-le-Vignoble, Nevy-sur-Seille, Voiteur, dans le canton de Voiteur ; 
   - les communes de Barretaine, Besain, Bonnefontaine, Chamole, Chaussenans, Fay-en-Montagne, Miéry, Molain, Picardeau, Plasne, Vaux-sur-Poligny, Poligny, dans le canton de Poligny ; 
   - les communes d'Arbois, La Châtelaine, Mesnay, Les Planches-près-Arbois, dans le canton d'Arbois ; 
   - les communes de Blye, Briod, Châtillon, Conliège, Crancot, Mirebel, Montaigu, Nogna, Poids-de-Fiole, Publy, Revigny, Saint-Maur, Verges, Vevy, dans le canton de Conliège ;
   Dans le département du Doubs : 
   - les communes d'Abbans-Dessus, Busy, Larnod, Pugey, Vorges-les-Pins, dans le canton de Boussières ; 
   - les communes de Saint-Maurice-Colombier, Sourans, Hyemondans, Lanthenas, dans le canton de L'Isle-sur-le-Doubs ; 
   - les communes de Bouclans, Champlive, Dammartin-les-Templiers, Glamondans, Gonsans, Laissey, Naisey, Nancray, Osse, Ougney-Douvot, Roulans, Vauchamps, dans le canton de Roulans ; 
   - les communes de Bartherans, By, Cademène, Cessey, Châtillon-sur-Lison, Charnay, Chenecey-Buillon, Chouzelot, Courcelles-Quingey, Cussey-sur-Lison, Echay, Epeugney, Goux-sous-Landet, Montfort, Montrond-le-Château, Myon, Palantine, Pointvillers, Quingey, Ronchaux, Rouhe, Rurey, dans le canton de Quingey ; 
   - les communes d'Adam-lès-Passavant, Aissey, Baume-les-Dames, Brétigney-Notre-Dame, Cotebrune, Cusance, Esnans, Guillon-les-Bains, Hyèvre-Magny, Lanans, Lomont-sur-Crête, Montivernage, Passavant, Pont-les-Moulins, Saint-Juan, Servin, Silley-Blefond, Vaudrivillers, Villers-Saint-Martin, dans le canton de Baume-les-Dames ; 
   - les communes d'Anteuil, Bellevoir, Chaux-lès-Clerval, Chazot, Clerval, Crosey-le-Grand, Crosey-le-Petit, Orve, Rahon, Randevillers, Roche-lès-Clerval, Saint-Georges-Armont, Saucey-le-Long, Sancey-le-Grand, Surmont, Vellerat-lès-Belvoir, Vellevans, Vyt-lès-Bellevoir, dans le canton de Clerval ;
   Le Massif jurassien comprend en outre : 
   Les autres cantons ayant tout ou partie de leur territoire classé en zone de montagne dans les départements de l'Ain, du Doubs et du Jura, ainsi que : 
   - les cantons d'Arinthod, Orgelet et Saint-Julien, dans le département du Jura ; 
   - le canton de Besançon-Sud dans le département du Doubs ; 
   - le canton de Beaucourt et la commune de Courcelles (canton de Delle), dans le territoire de Belfort.