Les comités du travail se réunissent trois fois par an. Une réunion exceptionnelle peut être organisée si des questions relevant des attributions du comité telles qu'elles sont définies à l'article 4 du présent arrêté n'ont pas pu être abordées lors des réunions précédentes, afin qu'elles soient traitées dans un délai raisonnable. 
Les délégués des comités du travail disposent de la journée qui précède la réunion pour examiner en commun les questions figurant à l'ordre du jour. 
Le comité du travail ne peut se tenir sans la participation du directeur régional du travail des transports ou de son représentant. Le comité du travail se tient même en cas d'absence d'un ou de plusieurs de ses membres régulièrement convoqués. 
Les délégués des comités du travail des agents de conduite et des agents d'accompagnement des trains de voyageurs ainsi que le représentant de l'inspection du travail des transports reçoivent les roulements de service établis par la région ainsi que les rectificatifs qui y sont apportés. Ils reçoivent également chaque mois les fiches d'étude des dérogations chroniques et, chaque trimestre civil, un état donnant, par établissement, une statistique des dépassements aux limites maximales prévues par le décret du 29 décembre 1999 susvisé, telles qu'elles sont définies dans l'arrêté du 27 juillet 2001 relatif aux dépassements de limites maximales réglementaires ouvrant droit à indemnités pris en application de l'article 53 du décret n° 99-1161 du 29 décembre 1999.

En outre, sur leur demande, les délégués des différents comités du travail peuvent obtenir communication d'un extrait des bulletins de service ou des attachements se rapportant à la journée de travail à propos de laquelle une difficulté d'application a été portée à l'ordre du jour. 
Un mois avant la date prévue pour la réunion, les délégués titulaires et suppléants du comité du travail envoient au président du comité la liste des questions dont ils demandent l'inscription à l'ordre du jour. Celles-ci sont inscrites à l'ordre du jour dès lors qu'elles entrent dans les attributions du comité telles qu'elles sont définies à l'article 4 du présent arrêté. 
Le président du comité arrête l'ordre du jour de la réunion et l'adresse au représentant de l'inspection du travail des transports et aux délégués du comité quinze jours au plus tard avant la date de cette réunion. 
Si aucune question n'est portée à l'ordre du jour, la réunion n'a pas lieu et les membres du comité en sont avisés. 
Lorsqu'au cours de la réunion un désaccord subsiste entre les représentants de la SNCF et les délégués, le représentant de l'inspection du travail des transports, à défaut de pouvoir concilier les parties, tranche les difficultés résultant de l'application de la réglementation. Cette position fait l'objet d'une décision motivée applicable après notification aux membres du comité présents lors de la réunion. Cette décision est annexée au procès-verbal de la réunion. 
Toutefois, s'il s'agit de difficultés d'ordre général d'application ou d'interprétation des dispositions réglementaires, le représentant de l'inspection du travail des transports saisit, pour avis, la commission nationale mixte dans un délai de quinze jours. La saisine de la commission nationale mixte n'a pas d'effet suspensif à l'égard des mesures appliquées. 
Le président du comité du travail établit un procès-verbal de chaque réunion sous la forme d'un compte rendu comprenant :
-l'énumération des roulements de service, des tableaux de service, des tableaux de roulement et des programmes semestriels ayant suscité des observations des délégués du comité du travail sur le plan de leur conformité à la réglementation du travail, en indiquant les suites données en séance à ces observations ;
-l'énumération des difficultés d'application de la réglementation du travail n'ayant pu être résolues au niveau de l'établissement en précisant pour chacune d'elles les suites données en séance. 
Seules peuvent figurer au procès-verbal les questions qui entrent dans les attributions des comités telles qu'elles sont fixées à l'article 4. 
Si le procès-verbal n'est pas établi et signé en séance, le projet de procès-verbal est communiqué au représentant de l'inspection du travail des transports et aux délégués du comité du travail qui adressent leurs observations éventuelles au président du comité dans un délai de quinze jours. 
Le procès-verbal définitif est adressé aux membres du comité du travail et au représentant de l'inspection du travail des transports ainsi qu'aux délégués du personnel des établissements ou organismes de la direction de l'entreprise relevant du comité.