En application du troisième alinéa de l'article 10 du décret du 16 décembre 1999 susvisé, le montant de la subvention de l'Etat peut avoir pour effet de porter le montant des aides publiques directes à plus de 80 % du montant prévisionnel de la dépense subventionnable engagée par le demandeur, sauf lorsque celui-ci est une collectivité territoriale ou un groupement de collectivités territoriales, dans les cas suivants : 
a) Subventions aux études préalables et aux investissements réalisés à titre expérimental, conduits en application des directives européennes liées à la conservation des habitats naturels et des espèces sauvages dans les sites proposés à la Commission européenne comme sites d'importance communautaire et zones de protection spéciale ; 
b) Subventions aux études préalables et aux investissements conduits pour la gestion et la restauration des milieux naturels hors des sites proposés à la Commission européenne comme sites d'importance communautaire et zones de protection spéciale et dans les espaces naturels définis par le livre III du code de l'environnement, notamment les réserves naturelles, les parcs nationaux et leurs zones périphériques ainsi que les terrains du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ; 
c) Subventions aux études préalables et aux investissements conduits sur le territoire d'un parc naturel régional pour la mise en oeuvre de sa charte par l'organisme de gestion du parc ou tout autre opérateur ; 
d) Subventions aux études préalables et aux actions d'acquisition et de gestion des milieux naturels par les associations de protection de la nature agréées au titre de l'article L. 141-1 du code de l'environnement, notamment les conservatoires régionaux des espaces naturels ; 
e) Subventions aux études préalables et aux investissements conduits par les groupements d'intérêt public dans le domaine de la protection de la nature et par les conservatoires botaniques nationaux ; 
f) Subventions pour l'établissement d'inventaires, de bases de données et d'évaluations du patrimoine environnemental, notamment de la faune et de la flore ainsi que pour des opérations de valorisation de ces données pour l'information et l'éducation du public ; 
g) Subventions allouées pour la création des parcs nationaux ; 
h) Subventions aux études préalables et aux investissements conduits pour la réhabilitation des sites classés au titre du chapitre Ier du titre IV du livre III du code de l'environnement, notamment dans le cadre des opérations grand site ; 
i) Subventions allouées pour les plans d'actions établis en vertu des engagements internationaux de la France pour la conservation des espèces sauvages et la protection des milieux naturels ; 
j) Subventions pour l'acquisition et les actions de restauration, non productives de revenus financiers directs, des zones humides définies à l'article L. 211-1 du code de l'environnement ; 
k) Subventions aux études préalables et aux actions de restauration des populations de poissons migrateurs, à savoir alevinages, construction de dispositifs de franchissement d'ouvrages, actions de sensibilisation et évaluation des résultats sur les cours d'eau classés, pour les espèces figurant sur une liste fixée par arrêté du ministre chargé de l'environnement, lorsque ces opérations ne procurent pas de revenus financiers directs ; 
l) Subventions pour les opérations d'investissement menées par les fédérations départementales des associations agréées de pêche et de pisciculture pour des missions d'intérêt général ; 
m) Subventions de cofinancement dans le cadre d'un programme communautaire de l'instrument financier pour l'environnement dit programme LIFE ; 
n) Subventions de l'Etat à des associations, fondations, groupements d'intérêt public et sociétés détenues majoritairement par l'Etat pour un projet de recherche dans le domaine de l'environnement ; 
o) Subventions aux travaux de restauration des rivières et des zones naturelles d'expansion des crues ; 
p) Subventions accordées pour les travaux de protection des lieux habités contre les crues, le renforcement des dispositifs d'annonce des crues et les études préalables à l'ensemble de ces opérations ; 
q) Subventions aux études préalables aux travaux de mitigation des risques naturels. 
Le bénéfice de ces dérogations est apprécié au cas par cas par l'autorité compétente pour décider de l'attribution de la subvention, en prenant en compte l'intérêt public de l'objet de la subvention requise et la capacité financière de l'organisme demandeur.