Trois sous-directions et un département traitent de l'administration générale :

 La sous-direction A

 Ressources humaines, relations sociales et organisation
   Elle a en charge la politique générale du personnel et la gestion des ressources humaines. Elle participe à la préparation des textes statutaires et des directives ministérielles en la matière dont elle contrôle l'application.
   Elle est chargée des relations avec les représentants du personnel et garantit l'exercice des droits syndicaux.
   Elle assure le suivi des rémunérations et des régimes indemnitaires. Elle définit les axes des politiques de recrutement et de formation professionnelle.
   Elle est chargée de l'organisation des services. A ce titre, elle étudie la politique d'implantation des structures territoriales en fonction des missions dévolues aux services des opérations commerciales, de la surveillance et aux laboratoires, et veille à sa mise en oeuvre. Elle assure l'implantation des effectifs et établit les indicateurs de contrôle de l'activité des services. Elle précise les méthodes de travail et les doctrines d'emploi des agents.
   Elle participe à la politique ministérielle d'action sociale et d'hygiène et de sécurité.
   Elle prépare et assure le suivi, en liaison avec les services compétents de la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes, des travaux du comité stratégique du service commun des laboratoires, service à compétence nationale rattaché conjointement au directeur général des douanes et droits indirects et au directeur général de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes.

La sous-direction B

 Programmation, budget et moyens
   Elle est chargée de la programmation budgétaire et de la gestion des ressources budgétaires allouées à la direction. Elle assure la préparation et l'exécution de la loi de finances, dans un cadre annuel ou pluriannuel.
   Elle définit la politique de déconcentration des crédits et veille à sa mise en oeuvre. Elle est chargée du contrôle de gestion en matière budgétaire et comptable et du suivi des indicateurs afférents.
   Elle assure le suivi des recettes recouvrées par la direction générale des douanes et droits indirects.
   Elle définit et veille à la mise en oeuvre, dans un cadre pluriannuel, de la politique de l'administration en matière d'acquisition et d'utilisation des moyens mobiles terrestres, navals et aériens ainsi qu'en matière d'équipements spécifiques.
   Elle définit, dans un cadre pluriannuel, la politique immobilière et veille à sa mise en oeuvre.
   Elle assure l'expertise, la conception et le suivi de l'ensemble des marchés publics passés par les services centraux de la direction.

La sous-direction C

 Systèmes d'information et de télécommunication
   Elle est chargée d'établir la politique technique informatique de développement et d'exploitation. Elle définit les méthodes d'organisation de l'informatisation de la direction nationale des statistiques du commerce extérieur (DNSCE) et du centre informatique douanier (CID).
   Elle coordonne l'activité du CID et celle de la DNSCE pour les aspects relevant du domaine informatique et des télécommunications.
   Elle assiste les maîtres d'ouvrage dans leurs études de besoins et veille à la satisfaction des utilisateurs du système d'information et de télécommunication.
   Elle participe à la préparation et au suivi du budget de l'informatique douanière.
   Elle est chargée du secrétariat du Conseil national de gestion SOFI.
   Elle participe aux travaux des instances internationales dans le domaine de l'informatique douanière.

 Le département des statistiques et des études économiques
   Il est chargé de la conception, de la réglementation et des études en matière de statistiques du commerce extérieur. Dans ce domaine, il définit la politique de diffusion et coordonne l'activité de la DNSCE et des centres interrégionaux de saisie des données (CISD).
   Il participe aux travaux des instances internationales dans le domaine de la statistique du commerce extérieur.