Le service de la gouvernance et de l'international dans les domaines sanitaire et alimentaire assure le suivi et la coordination des actions sanitaires transversales nationales, européennes et internationales et la gestion du programme sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation (programme 206). A ce titre, il est chargé de coordonner l'expertise de domaine dans le champ de compétence de la DGAL. 
Le service de la gouvernance et de l'international dans les domaines sanitaire et alimentaire comprend : 
La sous-direction du pilotage des ressources et des actions transversales ; 
La sous-direction des affaires sanitaires européennes et internationales ; 
Le département de l'expertise vétérinaire et phytosanitaire. 
I.-La sous-direction du pilotage des ressources et des actions transversales est chargée d'assurer la gestion du programme " sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation ". A ce titre, elle prépare les éléments de budget et en assure l'exécution. Elle définit la répartition des moyens humains et financiers du programme " sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation ". Elle coordonne la mise en œuvre des plans de surveillance et de contrôle élaborés par les différentes structures de la direction. Elle est chargée de la coordination de l'application de la réglementation européenne relative aux contrôles officiels. 
Elle participe à la mise en place et à l'évolution fonctionnelle des systèmes d'information intéressant les missions de contrôle sanitaire et phytosanitaire. Elle assure la maîtrise d'ouvrage des projets informatiques de la direction. Elle veille à l'harmonisation de la collecte et à la validité des données ainsi qu'à l'appropriation des outils par la direction et les services de contrôle sanitaire. 
Elle est chargée de la mise en œuvre de la démarche de management par la qualité de la direction générale et des services de contrôle sanitaire. 
Elle a également en charge le contrôle de gestion et le volet performance du programme budgétaire dont la direction générale est responsable, le suivi des audits internes et externes. 
La sous-direction du pilotage des ressources et des actions transversales comprend : 
Le bureau du management par la qualité et de la coordination des contrôles ; 
Le bureau de la maîtrise d'ouvrage des systèmes d'information de l'alimentation ; 
Le bureau du pilotage du programme " sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation ". 
II. - La sous-direction des affaires sanitaires européennes et internationales est chargée de la mise en place et du suivi du dispositif de contrôle sanitaire et phytosanitaire aux frontières. Elle est chargée des négociations sanitaires et phytosanitaires (SPS) à l'exportation vers les pays tiers. Elle fixe les modalités de la politique de certification sanitaire et phytosanitaire à l'exportation vers les pays tiers. Elle veille à la cohérence des positions prises auprès des institutions de l'Union européenne et des organisations internationales compétentes. Elle est le point de contact national pour l'accord sur l'application des mesures SPS de l'Organisation mondiale du commerce (OMC). Elle coordonne pour le ministère de l'agriculture le suivi des travaux de l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et de la Commission du Codex alimentarius (CCA). Enfin, elle participe à l'élaboration des actions de coopération et d'assistance technique dans les domaines mises en œuvre dans le cadre du plan stratégique à l'international du ministère. 
La sous-direction des affaires sanitaires européennes et internationales comprend : 
Le bureau des négociations européennes et multilatérales ; 
Le bureau de l'exportation pays tiers. 
Le service d'inspection vétérinaire et phytosanitaire aux frontières (SIVEP), service à compétence nationale qui lui est rattaché. 
III. - Le département de l'expertise vétérinaire et phytosanitaire, constitué du réseau des référents du programme " sécurité et qualité sanitaires de l'alimentation ", en poste dans les services déconcentrés, assure la coordination de l'expertise de domaine de la DGAL, en lien avec les services déconcentrés qui les accueillent.