La liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles (CNR) et de leurs éventuels laboratoires associés est arrêtée ainsi qu'il suit pour la période allant du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2016 :
1. Centre national de référence des agents transmissibles non conventionnels (ATNC)
CNR coordonnateur : équipe maladies à prions, maladie d'Alzheimer, centre de recherche de l'Institut du cerveau et de la moelle épinière (ICM), INSERM (UMRS 975), Paris.
Laboratoire associé : service d'étude des prions et des infections atypiques, Commissariat à l'énergie atomique (CEA), Fontenay-aux-Roses.
Laboratoire associé : service d'anatomie pathologique (neurologie), groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris.
Laboratoire associé : service de biochimie et biologie moléculaire, hôpital Lariboisière, AP-HP, Paris.
2. Centre national de référence des bactéries anaérobies et botulisme
CNR coordonnateur : unité de recherche et d'expertise bactéries anaérobies et toxines, Institut Pasteur, Paris.
Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie, unité d'hygiène et de lutte contre les infections nosocomiales (UHLIN) hôpital Saint-Antoine, Paris.
3. Centre national de référence des arbovirus
CNR coordonnateur : unité de virologie, Institut de recherche biologique des armées, antenne de Marseille, parc du Pharo, Marseille.
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, Institut Pasteur de Guyane, Cayenne, Guyane.
Laboratoire associé : laboratoire d'hémato-microbiologie, centre hospitalier régional Félix Guyon, Saint-Denis de La Réunion.
4. Centre national de référence des Borrelia
Institut de bactériologie de la faculté de médecine - hôpitaux universitaires de Strasbourg, Strasbourg.
5. Centre national de référence des Brucella
CNR coordonnateur : unité zoonoses bactériennes, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Maisons-Alfort.
Laboratoire associé : INSERM U1047, université Montpellier, Nîmes. 
6. Centre national de référence des Campylobacter et Helicobacter
Laboratoire de bactériologie, université Victor Segalen Bordeaux-II, Bordeaux.
7. Centre national de référence de la maladie de Chagas
Laboratoire hospitalier et universitaire de parasitologie et mycologie médicale, centre hospitalier Andrée Rosemon, Cayenne.
8. Centre national de référence du charbon
Cellules d'expertise biologique, institut de recherche biologique des armées, La Tronche.
9. Centre national de référence des Chlamydiae
USC infections humaines à mycoplasmes et à Chlamydiae, université Victor Segalen Bordeaux-II, Bordeaux.
10. Centre national de référence de la coqueluche et autres bordetelloses
Unité de recherche prévention et thérapie moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur, Paris.
11. Centre national de référence des corynebactéries du complexe Diphtheriae
Unité de recherche prévention et thérapie moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur, Paris.
12. Centre national de référence des cytomégalovirus
CNR coordonnateur : laboratoire de bactériologie-virologie, centre hospitalier universitaire Dupuytren, Limoges.
Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Lariboisière, AP-HP, Paris.
Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène hôpital Necker, AP-HP, Paris.
13. Centre national de référence de l'échinococcose alvéolaire
Laboratoire de parasitologie-mycologie, centre hospitalier universitaire, Besançon.
14. Centre national de référence des entérovirus et parechovirus
CNR coordonnateur : centre de biologie et de pathologie Est, groupement hospitalier Est, hospices civils de Lyon, Bron.
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, centre de biologie, centre hospitalier régional universitaire, Clermont-Ferrand.
15. Centre national de référence des Escherichia coli, shigelles, salmonelles
CNR coordonnateur : unité de recherche et d'expertise des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur, Paris.
Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert Debré, Paris.
16. Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales
CNR coordonnateur : unité de biologie des infections virales émergentes (UBIVE) Institut Pasteur, Lyon.
Laboratoire associé : laboratoire P4 Jean Mérieux, INSERM US003, Lyon.
17. Centre national de référence des Francisella tularensis
CNR coordonnateur : université de la méditerranée (URMITE 6236), faculté de médecine, Marseille.
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, département des agents infectieux, centre hospitalier universitaire, Grenoble.
18. Centre national de référence des gonocoques
CNR coordonnateur : Institut Alfred Fournier, Paris.
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, virologie, hygiène, groupe hospitalier Saint-Louis - Lariboisière - Fernand Widal, AP-HP (Paris).
19. Centre national de référence d'Haemophilus influenzae
Laboratoire de bactériologie-hygiène, institut de microbiologie, centre hospitalier régional universitaire, Lille.
20. Centre national de référence des Hantavirus
CNR coordonnateur : unité de biologie des infections virales émergentes (UBIVE), Institut Pasteur, Lyon. 
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, Institut Pasteur de Guyane, Cayenne.
21. Centre national de référence des infections rubéoleuses materno-fœtales
Service de microbiologie, hôpital Antoine Béclère, Clamart.
22. Centre national de référence des Legionella
Centre de biologie et de pathologie Est, institut de microbiologie, hospices civils de Lyon, Bron.
23. Centre national de référence des Leishmania
CNR coordonnateur : laboratoire de parasitologie-mycologie, centre hospitalier régional universitaire, Montpellier.
Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie et mycologie médicale, centre hospitalier, Cayenne.
24. Centre national de référence de la leptospirose
Unité de biologie des spirochètes, Institut Pasteur, Paris.
25. Centre national de référence des Listeria
Groupe micro-organismes et barrières de l'hôte, Institut Pasteur, Paris.
26. Centre national de référence des méningocoques
Département d'infection et épidémiologie, Institut Pasteur, Paris.
27. Centre national de référence des mycobactéries et résistance aux antituberculeux
CNR coordonnateur : laboratoire de bactériologie-hygiène, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, Charles Foix, AP-HP, Paris.
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Lariboisière, AP-HP, Paris.
28. Centre national de référence des mycoses invasives et antifongiques
Unité de mycologie moléculaire, Institut Pasteur, Paris.
29. Centre national de référence de l'orthopoxvirus
Institut de recherche biomédicale des armées, CRSSA, La Tronche.
30. Centre national de référence du paludisme
CNR coordonnateur : service de parasitologie-mycologie, hôpitaux universitaires Paris Nord - Val de Seine - Bichat - Claude Bernard, AP-HP, Paris, service de parasitologie mycologie, CHU Pitié-Salpêtrière, AP-HP, Paris.
Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie, institut de recherche biologique des armées, Marseille.
Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie, institut Pasteur de Guyane, Cayenne.
31. Centre national de référence des papillomavirus
Unité de rétrovirologie moléculaire/unité de génétique, papillomavirus et cancer humain, Institut Pasteur, Paris.
32. Centre national de référence de la peste et autres yersinioses
Unité de recherche des Yersinia, Institut Pasteur, Paris.
33. Centre national de référence des pneumocoques
Laboratoire de microbiologie, hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP, Paris.
34. Centre national de référence de la rage
Unité dynamique des Lyssavirus et adaptation à l'hôte, Institut Pasteur, Paris.
35. Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques
CNR coordonnateur : laboratoire de bactériologie, centre hospitalier universitaire, Besançon. 
Laboratoire associé : laboratoire de microbiologie, centre hospitalier universitaire, Caen.
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, centre hospitalier universitaire, Clermont-Ferrand.
Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie, centre hospitalier universitaire Bicêtre, AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre.
36. Centre national de référence des Rickettsia, Coxiella et Bartonella
Université de la Méditerranée (IHU POLMIT), faculté de médecine, Marseille.
37. Centre national de référence du virus de la rougeole et Paramyxoviridae
Laboratoire de virologie, pôle de biologie, centre hospitalier universitaire, Caen.
38. Centre national de référence des staphylocoques
Centre de biologie et de pathologie Est, institut de microbiologie, laboratoire de bactériologie, Bron.
39. Centre national de référence des streptocoques
Service de bactériologie, groupe hospitalier Cochin-Hôtel Dieu Broca, AP-HP, Paris.
40. Centre national de référence de la syphilis
Service de dermatologie, laboratoire de dermatologie, hôpital Cochin AP-HP, Paris.
41. Centre national de référence de la toxoplasmose
CNR coordonnateur : laboratoire de parasitologie, centre hospitalier universitaire, Reims.
Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie-mycologie, centre hospitalier universitaire, Limoges.
Laboratoire associé : département de parasitologie-mycologie, centre hospitalier régional universitaire, Montpellier.
Laboratoire associé : institut de parasitologie et pathologie tropicale, Strasbourg.
42. Centre national de référence des vibrions et du choléra
Unité de recherche et d'expertise des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur, Paris.
43. Centre national de référence des virus des hépatites à transmission entériques A et E
CNR coordonnateur : laboratoire de virologie, hôpital Paul Brousse, Villejuif.
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, centre hospitalier universitaire, Toulouse.
44. Centre national de référence des virus
des hépatites B, C et Delta
CNR coordonnateur : service de bactériologie-virologie-hygiène, INSERM U955, groupe hospitalier Henri Mondor, AP-HP, Créteil.
Laboratoire associé : laboratoire d'expertise en virologie, Institut national de la transfusion sanguine, Paris.
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, université Paris Nord-XIII, Bobigny.
45. Centre national de référence des virus entériques
(à l'exclusion des entérovirus)
Laboratoire de virologie, centre hospitalier universitaire, Dijon.
46. Centre national de référence des virus Influenzae
CNR coordonnateur : unité de génétique moléculaire des virus à ARN, département de virologie, Institut Pasteur, Paris.
Laboratoire associé : laboratoire de virologie Est, centre de biologie et de pathologie Est, groupement hospitalier Est, hospices civils de Lyon, Bron.
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, Institut Pasteur de Guyane, Cayenne.
47. Centre national de référence du virus de l'immunodéficience humaine (VIH)
CNR coordonnateur : laboratoire de virologie, centre hospitalier régional universitaire, Tours.
Laboratoire associé : laboratoire d'expertise en virologie, Institut national de la transfusion sanguine, Paris.
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, centre hospitalier universitaire, Rouen.
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, hôpital Bichat, AP-HP, Paris.
Laboratoire associé : laboratoire de microbiologie, unité de virologie hôpital Necker, AP-HP, Paris.