Le fonds, au titre des missions mentionnées au 4° de l'article 8-1, rembourse aux établissements de santé, sur présentation de la décision attributive de subvention du directeur de l'agence régionale de l'hospitalisation pour ce qui concerne le fonctionnement, ainsi que des factures attestant le début de la réalisation de l'opération pour ce qui concerne l'investissement :
   1° Les dépenses de fonctionnement concourant à la modernisation des établissements ;
   2° Les dépenses d'investissement concourant à l'amélioration et à la modernisation du patrimoine hospitalier ;
   3° Les dépenses relatives à des opérations concernant les instituts de formation des établissements de santé préparant aux carrières paramédicales.
   La décision du directeur de l'agence régionale de l'hospitalisation précise la nature de l'opération ainsi que le cadre et les conditions de sa réalisation, la nature des dépenses subventionnées, le montant de l'aide accordée et, le cas échéant, le taux de subvention accordé par rapport au montant total des dépenses relatives à l'opération.
   Le fonds prend également en charge, dans la limite de montants arrêtés conjointement par les ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et du budget :
   a) Les coûts de fonctionnement d'une mission nationale pour la tarification à l'activité, chargée de conduire les expériences prévues à l'article L. 6122-19 du code de la santé publique, et d'une mission nationale d'appui à l'investissement, placées auprès du ministre chargé de la santé, ainsi que d'une mission nationale d'expertise et d'audit hospitaliers, placée auprès des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale. Ces missions sont rattachées pour tout ou partie de leur gestion à l'agence régionale de l'hospitalisation d'Ile-de-France ou à l'agence technique de l'information sur l'hospitalisation ; la convention constitutive de l'agence régionale de l'hospitalisation d'Ile-de-France peut être modifiée afin de permettre la création de un ou plusieurs budgets annexes retraçant l'activité des missions mentionnées au présent alinéa ;
   b) Les coûts de fonctionnement de missions régionales ou interrégionales d'appui à l'investissement placées auprès du ou des directeurs d'agence régionale de l'hospitalisation concernés ;
   c) Le coût des audits réalisés, à la demande de la mission nationale d'expertise et d'audit hospitaliers, par les agences régionales d'hospitalisation pour les établissements de leur région.
   Une avance de trésorerie correspondant au quart des montants annuels fixés par les arrêtés prévus au sixième alinéa du présent article, au titre du financement des coûts de fonctionnement des missions nationales, régionales et interrégionales d'appui à l'investissement, de la mission nationale pour la tarification à l'activité et de la mission nationale d'expertise et d'audit hospitaliers, est versée, chaque début d'année, aux agences concernées.
   Les coûts de fonctionnement susmentionnés sont remboursés trimestriellement aux agences concernées, sur présentation des justificatifs de dépenses.
   Lorsque les trois quarts des montants annuels correspondant à ces coûts de fonctionnement sont consommés, les dépenses de fonctionnement effectivement réalisées sont imputées sur l'avance consentie en début d'année.
   Au dernier trimestre de l'année concernée, et compte tenu de l'ensemble des dépenses de fonctionnement effectivement réalisées au vu des justificatifs transmis, les sommes avancées et non utilisées sont reversées au fonds de modernisation des établissements de santé publics et privés.
   Les frais d'études, expertises et audits réalisés à la demande des missions nationales sont remboursés aux agences régionales de l'hospitalisation dès présentation des factures.