En application des dispositions de l'article 98 du règlement (CE) n° 555 / 2008 et de l'article 18 du règlement (CE) n° 436 / 2009, des réfactions sont effectuées sur le montant de l'aide : 
- si les dépenses éligibles retenues après contrôle sont inférieures au montant pour lequel des justificatifs ont été fournis ; 
- en cas de sous-réalisation des dépenses prévues de plus de 20 % ; 
- en cas de non-respect du délai de transmission de la demande de paiement ; 
- en cas de retard de dépôt des déclarations obligatoires de stocks ou de récolte et de production, 
selon les modalités décrites ci-après. 
Les réfactions peuvent se cumuler, le cas échéant, et s'appliquent dans ce cas selon l'ordre de priorité présenté ci-dessous. 
1. Ecart après contrôle : 
Lorsqu'un écart est constaté entre le montant d'aide établi sur la base de la demande de paiement et le montant d'aide calculé après contrôle de cette demande, et que cet écart est supérieur à 3 % du montant d'aide après contrôle, alors l'aide est calculée sur la base des dépenses éligibles après contrôle, et est minorée de l'écart constaté. 
Toutefois, aucun paiement ne sera effectué s'il est établi que cet écart résulte d'une surdéclaration intentionnelle. 
2. Sous-réalisation des dépenses prévues de plus de 20 % : 
- lorsque les dépenses réalisées, éligibles après contrôle, sont inférieures à 80 % des dépenses prévues et supérieures ou égales à 70 %, l'aide est calculée sur la base des dépenses réalisées éligibles après contrôle, et est minorée de 5 % ; 
- lorsque les dépenses réalisées, éligibles après contrôle, sont inférieures à 70 % des dépenses prévues et supérieures ou égales à 60 %, l'aide est calculée sur la base des dépenses réalisées éligibles après contrôle, et est minorée de 10 % ; 
- lorsque les dépenses réalisées, éligibles après contrôle, sont inférieures à 60 % des dépenses prévues, l'aide est calculée sur la base des dépenses réalisées éligibles après contrôle, et est minorée de 50 %. 
3. Non-respect du délai de transmission de la demande de paiement : 
Les demandes de versement de la subvention doivent parvenir au plus tard six mois après la date limite de réalisation des investissements fixée par la circulaire. 
Lorsque les demandes de versement de la subvention parviennent au-delà de ce délai, l'aide à verser est minorée de 3 % si le retard est compris entre un jour et trois mois, 1 % par mois de retard supplémentaire jusqu'à six mois ; au-delà d'un retard de six mois, aucun paiement n'est effectué. 
4. Retard de dépôt des déclarations obligatoires de stocks ou de récolte et de production : 
Lorsque le bénéficiaire de l'aide à l'investissement a, pour la campagne au cours de laquelle il a déposé son dossier de demande d'aide, présenté la déclaration de stock visée à l'article 11 du règlement (CE) n° 436 / 2009 ou les déclarations de récolte et production visées aux articles 8 et 9 de ce même règlement avec un retard qui ne dépasse pas dix jours ouvrables, l'aide à l'investissement est, sauf cas de force majeure, minorée de 10 % au titre du retard de chaque déclaration. 
En cas de versement par avance, le calcul de ces minorations s'effectue après application des dispositions spécifiques aux avances prévues par le règlement (CEE) n° 2220 / 85.