La direction des statistiques d'entreprises coordonne l'ensemble des statistiques sur le système productif ; elle veille notamment à la mise en œuvre des obligations statistiques résultant des principaux règlements européens sur les entreprises, y compris industrielles,  et s'assure que tous les moyens sont mis en œuvre pour y parvenir, à l'intérieur comme à l'extérieur de la direction générale. Elle gère les répertoires d'entreprises et d'établissements (répertoire interadministratif et répertoire statistique), produit les statistiques du commerce et des services marchands, gère des bases de données d'entreprises, construit des indicateurs conjoncturels macroéconomiques et participe à l'élaboration des comptes nationaux annuels à un niveau sectoriel détaillé. Elle anime diverses commissions sectorielles des comptes. 
La direction des statistiques d'entreprises comprend le département " répertoires, infrastructures et statistiques structurelles ", le département " statistiques de court terme ", le département " synthèses sectorielles " et l'unité " méthodologie statistique entreprises ". 
Le département " répertoires, infrastructures et statistiques structurelles " est responsable de la production des statistiques annuelles d'entreprises et des relations avec les fournisseurs et utilisateurs des données. Il assure la gestion du répertoire statistique et des autres dispositifs au service de la statistique d'entreprises (répertoires statistiques particuliers propres aux enquêtes sectorielles annuelles ou aux enquêtes sur la production industrielle, réseau d'enquêteurs auprès des entreprises, collecte par internet, traitement des restructurations d'entreprises, détermination du contour des groupes) en contribuant à l'animation du système statistique d'entreprises. Il est responsable de la gestion du répertoire interadministratif SIRENE des entreprises et établissements et de sa mise à disposition. Il assure la redéfinition des unités " entreprises " au sein des groupes (profilages). Il gère également les nomenclatures d'activités et de produits officielles françaises.
Le département " statistiques de court terme " est responsable de l'élaboration des différents indices de prix (d'achats et de vente) collectés auprès des entreprises et des indices d'activité (indice de la production industrielle, indice des commandes, indices de chiffres d'affaires, etc.) dans l'industrie, le commerce et les services. Il produit aussi l'indice du coût de la construction et l'indice de référence des loyers. Il est également responsable de l'élaboration des statistiques annuelles de production dans l'industrie.
Le département " synthèses sectorielles " est responsable des travaux de synthèse multisources organisés par grand secteur d'activité ; en particulier, il contribue à l'élaboration des comptes nationaux annuels à un niveau détaillé pour les secteurs de l'agriculture, de l'industrie, du commerce, des transports, de la construction et des services marchands ; il anime les commissions sectorielles des comptes pour l'agriculture, le commerce et les services en y présentant un rapport annuel sur les comptes ainsi que des études. Il est responsable du développement des statistiques et des enquêtes thématiques sur le commerce et les services marchands. Enfin, il peut conduire des enquêtes thématiques et des études portant sur l'ensemble des secteurs marchands et sur l'industrie.
L'unité " méthodologie statistique entreprises " assure l'expertise de la direction dans les domaines de l'échantillonnage, de la collecte et du contrôle / redressement des données, ainsi que dans ceux de la gestion de la confidentialité des données et du traitement des séries temporelles.