Le président de l'université est élu à la majorité absolue des membres du conseil d'administration parmi les enseignants-chercheurs, chercheurs, professeurs ou maîtres de conférences, associés ou invités, ou tous autres personnels assimilés, sans condition de nationalité. Son mandat, d'une durée de quatre ans, expire à l'échéance du mandat des représentants élus des personnels du conseil d'administration. Il est renouvelable une fois. 
Dans le cas où le président cesse ses fonctions, pour quelque cause que ce soit, un nouveau président est élu pour la durée du mandat de son prédécesseur restant à courir. 
Ses fonctions sont incompatibles avec celles de membre élu du conseil académique, de directeur de composante, d'école ou d'institut ou de toute autre structure interne de l'université et avec celles de dirigeant exécutif de tout établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel ou de l'une de ses composantes ou structures internes. 
Le président assure la direction de l'université. A ce titre : 
1° Il préside le conseil d'administration, prépare et exécute ses délibérations. Il prépare et met en oeuvre le contrat pluriannuel d'établissement. 
2° Il représente l'université à l'égard des tiers ainsi qu'en justice, conclut les accords et les conventions ; 
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'université ; 
4° Il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'université. 
Il affecte dans les différents services de l'université les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service. Aucune affectation d'un agent relevant de ces catégories de personnels ne peut être prononcée si le président émet un avis défavorable motivé, après consultation de représentants de ces personnels dans des conditions fixées par les statuts de l'établissement. Ces dispositions ne sont pas applicables à la première affectation des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers et de service recrutés par concours externe ou interne lorsque leurs statuts particuliers prévoient une période de stage ; 
5° Il nomme les différents jurys, sauf si une délibération du conseil d'administration prévoit que les compétences relatives aux jurys d'examen sont exercées par les directeurs des composantes de l'université ; 
6° Il est responsable du maintien de l'ordre et peut faire appel à la force publique dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat ; 
7° Il est responsable de la sécurité dans l'enceinte de son établissement et assure le suivi des recommandations du comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail permettant d'assurer la sécurité des personnels et des usagers accueillis dans les locaux ; 
8° Il exerce, au nom de l'université, les compétences de gestion et d'administration qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par la loi ou le règlement ; 
9° Il veille à l'accessibilité des enseignements et des bâtiments aux personnes handicapées, étudiants et personnels de l'université ;
10° Il installe, sur proposition conjointe du conseil d'administration et du conseil académique, une mission "égalité entre les hommes et les femmes".
Le président est assisté d'un bureau élu sur sa proposition, dont la composition est fixée par les statuts de l'établissement. 
Le président peut déléguer sa signature aux vice-présidents du conseil d'administration, aux membres élus du bureau âgés de plus de dix-huit ans, au directeur général des services et aux agents de catégorie A placés sous son autorité ainsi que, pour les affaires intéressant les composantes énumérées à l'article L. 713-1, les services communs prévus à l'article L. 714-1 et les unités de recherche constituées avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche, à leurs responsables respectifs.