Le conseil d'administration se réunit en séance ordinaire au moins quatre fois par an sur convocation de son président.
Le conseil d'administration peut en outre être réuni en séance extraordinaire, sur un ordre du jour déterminé, à la demande du commissaire du Gouvernement, de la majorité des membres du conseil ou à l'initiative du président du conseil d'administration.
Les convocations aux séances sont adressées dix jours au moins avant la date de réunion du conseil au préfet de la région Ile-de-France, au commissaire du Gouvernement et à l'autorité chargée du contrôle économique et financier ; elles sont accompagnées des ordres du jour et des mêmes documents que ceux qui sont transmis aux membres du conseil d'administration.
Le préfet de la région Ile-de-France, le commissaire du Gouvernement et l'autorité chargée du contrôle économique et financier peuvent demander au président du conseil d'administration l'inscription à l'ordre du jour des questions sur lesquelles ils estiment nécessaire de provoquer une délibération de cette assemblée.
Le préfet de région Ile-de-France ou son représentant, le commissaire du Gouvernement, le directeur général et l'autorité chargée du contrôle économique et financier assistent avec voix consultative aux séances du conseil d'administration. Le secrétaire du comité d'entreprise y assiste également avec voix consultative. L'agent comptable du port assiste avec voix consultative aux séances du conseil d'administration traitant de questions budgétaires et comptables. 
Le conseil ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié au moins de ses membres en exercice assistent à la séance. Toutefois, les délibérations prises à la suite de deux convocations successives, à trois jours d'intervalle, et dûment constatées, sont valables quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Tout membre du conseil d'administration peut, par mandat spécial, déléguer à un autre membre la faculté de voter en ses lieu et place sur les questions portées à l'ordre du jour ; un membre ne peut être mandataire que d'un seul de ses collègues.
Le vote a lieu au scrutin secret dans le cas de nomination ou d'avis sur une désignation. Dans ces deux cas, si, après deux tours de scrutin, aucun candidat n'a obtenu la majorité absolue, il est procédé à un troisième tour de scrutin et la nomination ou la désignation a lieu à la majorité relative ; à égalité de voix, la nomination ou la désignation est acquise au candidat le plus âgé.
Il est établi un procès-verbal de chaque séance signé par le président et le secrétaire.
Ce procès-verbal est adressé au ministre chargé des transports, au ministre chargé de l'économie, au ministre chargé du budget, aux administrateurs, au commissaire du Gouvernement, à l'autorité chargée du contrôle économique et financier et au préfet de la région Ile-de-France.
Les membres du conseil d'administration ont droit au remboursement des frais occasionnés par leur mandat, dans des conditions fixées par décision conjointe du ministre chargé du budget et du ministre chargé des transports.
Chaque représentant des salariés dispose d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de son mandat.