La sous-direction des méthodes et de la qualité (DCS/MQ) comprend :
Le bureau de la qualité interne et de l'analyse des données
de sécurité (DCS/MQ/QAD)
Le bureau de la qualité du programme surveillance et certification définit, en liaison avec les autres sous-directions, les processus de contrôle de la sécurité et de sûreté pour atteindre les objectifs définis au sein du programme  surveillance et certification », apporte un soutien technique et méthodologique dans leur mise en oeuvre, et assure leur cohérence, interne et externe, ainsi que leur maîtrise documentaire. A ce titre, il coordonne les études de la direction relatives à l'amélioration du niveau de sécurité, et aux moyens acceptables pour démontrer la conformité à la réglementation.
Il définit l'organisation du référentiel documentaire de la direction et développe, planifie et met en oeuvre les activités de mesure et d'analyse nécessaires à l'assurance de la conformité et à l'amélioration continue du système de contrôle de la sécurité et de la sûreté. Notamment il élabore et réalise un programme d'audits internes et externes pour déterminer si le système atteint les objectifs définis au sein du programme  surveillance et certification », et est responsable du suivi des indicateurs du programme et du contrôle de gestion.
Sans préjudice des prérogatives du bureau d'enquêtes et d'analyses pour la sécurité de l'aviation civile (BEA) et des responsabilités propres des opérateurs, il est chargé d'organiser le recueil des comptes rendus d'événements dans les domaines d'intervention de la direction du contrôle de la sécurité ; il définit et met en oeuvre les procédures pour l'analyse globale des événements qui lui sont rapportés et s'assure de la prise en compte des conclusions qui en résultent.
Il assure l'échange des informations de sécurité avec les autres Etats, notamment les Etats membres de l'Union européenne.
Il assure le suivi des actions entreprises suite aux recommandations de sécurité.Le bureau du support juridique (DCS/MQ/SJ)
Le bureau du support juridique assure le support juridique nécessaire à la mise en oeuvre de la réglementation. Il mène les actions d'informations et d'explications utiles sur les conditions de l'application des textes, et centralise et coordonne les propositions des autres sous-directions et de la profession en vue de l'établissement des besoins réglementaires à proposer à la direction des affaires stratégiques et techniques.
Il développe des outils de conformité et de suivi des procédures légales et joue le rôle de conseil auprès des autres sous-directions pour la prise des décisions individuelles.
Il gère la documentation réglementaire et juridique intéressant l'activité de la direction du contrôle de la sécurité.
Le bureau de la gestion des ressources humaines (DCS/MQ/RH)
Le bureau de la gestion des ressources humaines est chargé, en liaison avec le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile (DGAC), de l'organisation et du suivi de la fonction personnel et des relations sociales, ainsi que de l'élaboration et de la mise en oeuvre du plan de formation de la direction du contrôle de la sécurité. Il assure la gestion rapprochée des personnels de la direction et mène les études relatives aux évolutions des métiers et des qualifications relevant du domaine d'intervention de la direction du contrôle de la sécurité. Il définit, en concertation avec les services déconcentrés et avec les services chargés de la gestion des personnels, les effectifs à mettre en place dans le cadre du programme surveillance et certification et participe à la préparation et à la mise en place des instances paritaires de concertation.
Le bureau de la gestion financière et budgétaire (DCS/MQ/FIN)
Le bureau de la gestion financière et budgétaire, en liaison avec le secrétariat général de la DGAC, est chargé :
- d'assurer la préparation et l'exécution du budget de la direction du contrôle de la surveillance ;
- de préparer et d'exécuter ou de faire exécuter les budgets opérationnels de programme et de procéder à leur ajustement ;
- de déterminer les assiettes et de proposer les taux unitaires des redevances de surveillance et certification et de consulter les usagers à ce sujet ;
- d'assurer la facturation des services de surveillance et certification aux usagers et d'instruire les litiges éventuels ;
- d'émettre les titres de recette des redevances de surveillance et certification ;
- de réaliser les prévisions mensuelles de recette des redevances de surveillance et certification ;
- de réaliser la synthèse et l'analyse des informations financières requises pour l'examen et l'évaluation de la performance des services de surveillance et de certification ;
- de participer à l'élaboration de la comptabilité analytique de la DGAC et de ses plans de gestion ;
- d'organiser les déplacements professionnels effectués pour le compte de la direction.