Le conseil d'administration élit en son sein un président et des vice-présidents dont la nomination est soumise à l'agrément du ministre chargé des transports. Dans le cas où le président ne peut plus exercer ses fonctions, l'élection d'un nouveau président intervient lors de la réunion du conseil d'administration qui suit la constatation de la vacance. 
Le président est élu au scrutin secret. Aux deux premiers tours, la majorité absolue des membres du conseil d'administration, présents ou représentés, est requise. Au troisième tour, la majorité relative des suffrages exprimés suffit. En cas d'égalité de suffrages, le candidat le plus âgé est proclamé élu. 
Le président est élu pour la durée de son mandat d'administrateur. Il ne peut exercer la fonction de président plus de deux mandats successifs. Toutefois, un mandat d'une durée inférieure à un an n'est pas pris en compte. 
Les vice-présidents sont élus à la majorité relative des suffrages exprimés. Le vice-président le plus âgé assure les fonctions de président jusqu'à l'élection d'un nouveau président. 
Dans le cas où le président ou un vice-président est mis dans l'impossibilité d'exercer son mandat, il est remplacé dans les mêmes conditions de vote pour la durée restant à courir du mandat des membres du conseil d'administration. 
Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président au moins trois fois par an. La convocation est en outre obligatoire dans le mois de la demande qui en est faite par le ministre chargé des transports ou par la majorité des membres du conseil d'administration. 
Chaque membre du conseil d'administration est convoqué individuellement. La convocation accompagnée de l'ordre du jour est adressée aux membres du conseil quinze jours avant la date de la réunion, et les documents sur lesquels doivent porter des délibérations huit jours au moins avant la réunion. 
Le conseil d'administration désigne un bureau composé du président, des vice-présidents et d'au moins un membre choisi parmi les personnes qualifiées. 
Le conseil d'administration ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés sans que le nombre des membres présents soit inférieur à sept. Toutefois, les décisions prises au cours d'une nouvelle réunion convoquée dans les huit jours sur le même ordre du jour sont valables quel que soit le nombre des membres du conseil d'administration présents. 
Chaque administrateur peut se faire représenter par un administrateur lors des réunions du conseil d'administration. Nul ne peut détenir plus d'un mandat. 
Les délibérations sont acquises à la majorité des suffrages exprimés. 
En cas de partage égal des voix lors d'un vote à la majorité simple, la voix du président est prépondérante. 
Pour engager les missions visées au d de l'article 2, les délibérations sont acquises à la majorité des deux-tiers des suffrages exprimés. 
Les séances du conseil d'administration ne sont pas publiques. Des personnes extérieures au conseil peuvent cependant être auditionnées en qualité d'experts. 
Le conseil d'administration nomme, hors de ses membres, un directeur, auquel il délègue les pouvoirs nécessaires à la gestion, à la direction des services du comité et à la coordination de ses activités. Le directeur assiste aux séances du conseil d'administration et peut rapporter sur des questions inscrites à l'ordre du jour.