La commission professionnelle consultative crée cinq commissions nationales spécialisées dénommées comme suit :
- Commission nationale spécialisée des études générales ;
- Commission nationale spécialisée de la production ;
- Commission nationale spécialisée de la transformation ;
- Commission nationale spécialisée de l'aménagement des espaces ;
- Commission nationale spécialisée des services en milieu rural.
Chaque commission nationale spécialisée se réunit au moins une fois par an.
La Commission nationale spécialisée des études générales a pour rôle de préparer les travaux de la commission professionnelle consultative pour les dossiers qui ont un caractère transversal à plusieurs filières et pour les études particulières.
Les commissions nationales spécialisées de la production, de la transformation, de l'aménagement des espaces et des services en milieu rural préparent les travaux de la commission professionnelle consultative pour leurs domaines et définissent, à partir d'analyses sur l'évolution des qualifications et des emplois, les référentiels d'emplois types et d'activités professionnelles, les référentiels des diplômes ainsi que les règles d'accès à la certification pour chaque diplôme, certificat ou titre du ministère de l'agriculture et de la pêche.
Les commissions nationales spécialisées sont constituées comme suit :
1. Dix représentants du collège des employeurs.
La Commission nationale spécialisée des études générales comprend :
- deux représentants de la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles ;
- un représentant des Jeunes agriculteurs ;
- un représentant de la Coordination rurale ;
- un représentant de l'Association nationale des industries alimentaires ;
- un représentant de l'Association professionnelle de développement de l'enseignement du machinisme agricole et des agroéquipements ;
- un représentant de l'Union nationale des entrepreneurs du paysage ;
- un représentant de la Confédération nationale de la mutualité, de la coopération et du crédit agricole ;
- un représentant de la Fédération des entreprises du commerce et de la distribution ;
- un représentant des Forestiers privés de France.
La Commission nationale spécialisée de la production comprend :
- deux représentants de la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles ;
- un représentant des Jeunes agriculteurs ;
- un représentant de la Coordination rurale ;
- un représentant de l'Association nationale des industries alimentaires ;
- un représentant de l'Association professionnelle de développement de l'enseignement du machinisme agricole et des agroéquipements ;
- un représentant de la Fédération nationale du cheval ;
- un représentant de la Fédération nationale des producteurs de l'horticulture et des pépinières ;
- un représentant de la Fédération nationale des entrepreneurs des territoires ;
- un représentant de la Fédération française d'aquaculture.
La Commission nationale spécialisée de la transformation comprend :
- un représentant de la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles ;
- un représentant des Jeunes agriculteurs ;
- trois représentants de l'Association nationale des industries alimentaires ;
- un représentant de la Fédération des entreprises du commerce et de la distribution ;
- un représentant de COOP de France ;
- un représentant de la Fédération des industries avicoles ;
- un représentant du Syndicat national des vétérinaires d'exercice libéral ;
- un représentant de la Fédération nationale des exploitants d'abattoirs publics ou de la Fédération nationale des industries et du commerce de gros des viandes.
La Commission nationale spécialisée de l'aménagement des espaces comprend :
- un représentant de la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles ;
- un représentant de l'Association professionnelle de développement de l'enseignement du machinisme agricole et des agroéquipements ;
- deux représentants de l'Union nationale des entrepreneurs du paysage ;
- un représentant des Forestiers privés de France ;
- un représentant de la Fédération nationale du bois ;
- un représentant de la Fédération des conservatoires régionaux d'espaces naturels - Espaces naturels de France ;
- un représentant de la Fédération nationale des entrepreneurs du territoire ;
- un représentant de l'Association des maires de France ;
- un représentant de l'Union de la coopération forestière française.
La Commission nationale spécialisée des services en milieu rural comprend :
- un représentant de la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles ;
- un représentant de la Fédération du commerce et de la distribution ;
- un représentant de la Fédération nationale du bois ;
- un représentant de la Fédération nationale des métiers de la jardinerie ;
- un représentant de la Confédération générale de l'alimentation au détail ;
- un représentant du Syndicat national des vétérinaires d'exercice libéral ;
- un représentant de l'Union nationale des aides à domicile en milieu rural ;
- un représentant du Groupe Monde rural ;
- un représentant de l'Union nationale de l'aide, des soins et des services aux domiciles (UNA) ;
- un représentant de COOP de France.
2. Dix représentants du collège des salariés :
- un représentant de la Fédération des syndicats chrétiens des organismes et professions de l'agriculture - Confédération française des travailleurs chrétiens (FSCOPA-CFTC Agri) ;
- deux représentants de la Fédération générale de l'agroalimentaire - Confédération française démocratique du travail (FGA-CFDT) ;
- deux représentants de la Fédération générale des travailleurs de l'agriculture, de l'alimentation, des tabacs et allumettes et des services annexes - Force ouvrière (FGTA-FO) ;
- deux représentants de la Fédération nationale agroalimentaire et forestière - Confédération générale du travail (FNAF-CGT) ;
- un représentant du Syndicat national des cadres d'entreprises agricoles - Confédération française de l'encadrement - Confédération générale des cadres (SNCEA CFE/CGC) ;
- deux représentants de l'Union nationale des syndicats autonomes - Agriculture, agroalimentaire (UNSA-AA).
3. Dix représentants désignés à la demande du ministre chargé de l'agriculture par les ministres intéressés des pouvoirs publics :
- trois représentants du ministère chargé de l'agriculture :
- le directeur général de l'enseignement et de la recherche ou son représentant ;
- le directeur général de la forêt et des affaires rurales ou son représentant ;
- le directeur général des politiques économiques et internationales ou son représentant ;
- un représentant du ministère chargé de l'éducation nationale ;
- un représentant du ministère chargé de l'emploi et de la formation professionnelle ;
- un représentant du ministère chargé du développement durable ;
- un représentant du ministère chargé de la santé ;
- un représentant du ministère chargé de la jeunesse, des sports et de la vie associative ;
- un représentant du ministère chargé des petites et moyennes entreprises ;
- un représentant du Centre d'études et de recherche sur les qualifications.
4. Des personnalités qualifiées désignées par le ministre chargé de l'agriculture en raison de leurs activités professionnelles et de leurs travaux :
- cinq représentants des personnels enseignants de l'enseignement agricole public dont :
- deux représentants du Syndicat national de l'enseignement technique agricole public - Fédération syndicale unitaire (SNETAP-FSU) ;
- un représentant du Syndicat Force ouvrière de l'enseignement, de la recherche et des techniques agricoles (SFOERTA) ;
- un représentant de la Fédération des syndicats généraux de l'éducation nationale-Confédération française démocratique du travail (SGEN-CFDT) ;
- un représentant du Syndicat national du ministère de l'agriculture et des établissements publics de la Confédération générale du travail (SYAC-CGT) ;
- un représentant des chambres d'agriculture proposé par le président de l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture ;
- un représentant de la Confédération paysanne ;
- un représentant du Conseil national de l'enseignement agricole privé (CNEAP) ;
- un représentant de l'Union nationale rurale d'éducation et de promotion (UNREP) ;
- un représentant de l'Union nationale des maisons familiales rurales d'éducation et d'orientation (UNMFREO) ;
- un représentant de la Fédération formation et enseignements privés - Confédération française démocratique du travail (FEP-CFDT) ;
- deux représentants d'associations de parents d'élèves de l'enseignement agricole public dont :
- un représentant de l'Union fédérale des associations de parents d'élèves de l'enseignement agricole public (PEEP AGRI) ;
- un représentant de la Fédération des conseils de parents d'élèves (FCPE) ;
- un représentant du Centre national de formation de la fonction publique territoriale ;
- un représentant de l'Union nationale de l'association des familles (UNAF) et un représentant d'une association de consommateurs ;
- un représentant de France Nature Environnement pour les associations de défense de l'environnement.
5. Siègent dans les commissions nationales spécialisées des experts désignés en tant que de besoin par le ministre chargé de l'agriculture :
- un représentant de l'institution mentionnée à l'article L. 5312-1 du code du travail  ;
- un représentant de l'Association pour l'emploi des cadres, ingénieurs et techniciens agricoles ;
- un représentant du Centre national de formation de la fonction publique territoriale ;
- un représentant de la direction générale de l'enseignement et de la recherche - inspection de l'enseignement agricole ;
- un représentant de la Caisse centrale de la mutualité sociale agricole ;
- un représentant de l'Office national d'information sur les enseignements et les professions.
Les commissions nationales spécialisées peuvent, en outre, entendre toute personne dont le concours est jugé utile à leurs travaux.