La formation clinique comporte une participation à l'activité hospitalière et un stage chez un praticien agréé-maître de stage des universités.
I. - Participation à l'activité hospitalière
a) Les fonctions hospitalières occupées par les étudiants pendant la deuxième partie du deuxième cycle des études médicales, définies à l'article R. 6153-47 du code de la santé publique comportent trente-six mois de stages et trente-six gardes. Les stages ont une durée de deux à quatre mois. Quatre stages doivent nécessairement se faire dans les spécialités suivantes :
- pédiatrie ;
- gynécologie-obstétrique ;
- chirurgie (y compris activités d'anesthésie et de réanimation) ;
- médecine interne ou gériatrie.
Un stage en psychiatrie est recommandé de même qu'un stage dans un laboratoire hospitalier ou dans un laboratoire de recherche agréé.
Les étudiants doivent, d'autre part, effectuer un stage à temps complet, d'au moins quatre semaines, dans une unité d'accueil des urgences, de réanimation ou de soins intensifs. 
b) Au cours de ces trois années, les étudiants doivent préparer au moins trois exposés sur les sujets en rapport avec la pathologie rencontrée dans les services où ils sont affectés. Ces exposés sont préparés par petits groupes, sous la direction d'un enseignant, à partir de documents et de références bibliographiques réunis à leur intention. Un de ces exposés au moins doit avoir un rapport avec l'évaluation des pratiques de soins, ou avec des problèmes de santé rencontrés aux urgences ou d'autres structures dans lesquelles sont dispensés des soins primaires.
Ces exposés ont pour objet de développer les capacités d'analyse, de synthèse et de communication orale des étudiants. 
c) Les validations des stages d'une année sont prononcées par le directeur de l'unité de formation et de recherche médicale, sur avis des responsables des structures médicales ou médico-techniques ayant accueilli l'étudiant.
Les règles de validation des stages, définies aux articles R. 6153-47 et R. 6153-56 du code de la santé publique, sont précisées par le conseil de l'unité de formation et de recherche.
La note de stage tient compte :
- de l'assiduité des étudiants, leur comportement, la qualité des observations médicales qui leur sont confiées et, le cas échéant, l'exposé effectué au cours de ce stage ;
- de la vérification de l'acquisition d'un certain nombre de gestes pratiques et de comportements correspondant aux objectifs de leur carnet de stage, notamment dans le domaine de l'hygiène hospitalière et de la maîtrise des risques nosocomiaux ;
- et des points obtenus lors d'une épreuve de mise en situation organisée annuellement ou à la fin de chaque stage, devant un jury comportant au moins un professeur des universités-praticien hospitalier. Les points obtenus à cette épreuve comptent pour au moins 30 % de la note totale affectée au stage. 
La validation de la totalité des stages afférents à une année d'études conditionne le passage dans l'année supérieure.
II. - Stage chez le praticien agréé-maître de stage des universités 
Chaque étudiant doit effectuer pendant la deuxième partie du deuxième cycle des études médicales un stage d'initiation à la médecine générale dont la durée et les modalités sont fixées par arrêté. Ce stage est réalisé sur la base d'un projet pédagogique, élaboré par le conseil de l'unité de formation et de recherche de médecine sur les propositions du département de médecine générale ou de la commission de coordination et d'évaluation du troisième cycle de médecine générale visés à l'article 23 du décret du 16 janvier 2004 susvisé. Ce projet fait l'objet d'un contrat entre le directeur de l'unité de formation et de recherche de médecine, le praticien agréé-maître de stage des universités et le directeur du centre hospitalier régional et universitaire.