La CCMOSS se réunit à la diligence du président. Elle assure la publication du calendrier de ses réunions en début d'année civile et l'adresse aux organismes soumis à sa compétence.
Tout dossier envoyé à la commission fait l'objet d'un accusé de réception.
Les dossiers envoyés au titre de l'article 12 à la commission font l'objet d'un premier examen par le secrétariat de la commission. A l'issue de ce premier examen, le président de la commission peut décider de ne pas sélectionner le dossier et de procéder ou non à un envoi direct d'observations et de recommandations au pouvoir adjudicateur ou d'inscrire le dossier à l'ordre du jour de la commission. 
La décision de non-examen doit être portée à la connaissance du pouvoir adjudicateur dans un délai de dix jours francs à compter de la date d'accusé de réception.
Les observations, recommandations et réserves doivent être portées à la connaissance du pouvoir adjudicateur dans un délai maximal de quarante jours francs à compter de la date d'accusé réception du dossier.
La commission, en accord avec le pouvoir adjudicateur ou à la demande de celui-ci, peut décider de la mise en place d'une mesure d'accompagnement à la passation du marché ou de l'accord-cadre. Dans ce cas, le pouvoir adjudicateur adresse à la commission, dès leur établissement, copie des procès-verbaux des pièces retraçant les éléments du choix des candidatures et des offres et du rapport de présentation du marché ou de l'accord-cadre. Au vu de ces documents, la commission ou le président peut faire connaître au pouvoir adjudicateur ou au ministre ses observations, recommandations ou réserves.
Lorsque le dossier fait l'objet d'une mesure d'accompagnement de la part de la commission, les observations, recommandations et réserves suscitées par la transmission des pièces de la procédure sont communiquées au pouvoir adjudicateur dans un délai maximal de dix jours francs à compter de leur réception, sauf si cela nécessite un examen de la commission, auquel cas le délai est de quarante jours francs.
Dès réception des décisions de non-sélection, des observations, des recommandations ou des réserves émises par la commission ou après expiration des délais prévus, le pouvoir adjudicateur peut poursuivre la procédure de passation du marché ou de l'accord-cadre, selon des modalités qu'il lui appartient de déterminer.
Dès qu'il a notifié le marché ou l'accord-cadre, le pouvoir adjudicateur adresse au secrétariat de la commission une copie du rapport de présentation mentionné à l'article 79 du code des marchés publics.
Lorsqu'il estime que les observations, recommandations ou réserves de la commission sont d'une particulière importance, le président peut les communiquer aux ministres intéressés.
Dans le cas où il est signalé que la passation d'un marché ou d'un accord-cadre présente un caractère d'urgence impérieux, il appartient au président de la commission de réunir cette dernière dans le plus bref délai ou de consulter ses membres par écrit s'il le juge nécessaire. Le pouvoir adjudicateur peut prendre la décision motivée d'engager la procédure de passation du marché ou de l'accord-cadre sans saisir au préalable la CCMOSS si les délais qui lui sont proposés par le président lui paraissent incompatibles avec la situation d'urgence.
La commission ne peut valablement délibérer que si six membres au moins sont présents.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Les organismes mentionnés à l'article 1er peuvent interroger, en dehors des cas énumérés à l'article 12, le secrétariat de la commission consultative des marchés des organismes de sécurité sociale soit d'une demande d'avis concernant une difficulté particulière rencontrée lors de la passation ou de l'exécution d'un marché ou d'un accord-cadre, soit d'une demande d'accompagnement pour la préparation et la conduite d'une procédure, soit enfin en cas de difficultés particulières rencontrées lors de l'exécution d'un marché ou d'un accord-cadre, voire d'un recours contentieux.
Cette saisine peut avoir lieu, quel que soit le montant du marché ou de l'accord-cadre, à tous les stades de la procédure de passation, et durant l'exécution du marché ou de l'accord-cadre.
Périodiquement, le secrétariat établit, à l'intention de la commission, un rapport récapitulatif l'informant notamment des problématiques rencontrées à l'occasion du rôle de premier conseil effectué par le secrétariat et des solutions préconisées.