La sous-direction des ressources humaines du système de santé a pour mission la régulation des professions de santé, afin de fournir au système de santé les médecins, odontologistes, pharmaciens, sages-femmes et professionnels paramédicaux répondant, par leur nombre et la qualité de leurs pratiques professionnelles, aux besoins actuels et futurs de la population. 
Elle assure également le pilotage des ressources humaines hospitalières, notamment de la fonction publique hospitalière, en veillant à maintenir l'attractivité des fonctions hospitalières et l'équilibre de la répartition des professionnels de santé entre les différents secteurs qui constituent l'organisation des soins : secteurs hospitaliers public et privé, secteur ambulatoire et secteur médico-social. 
En lien avec les différents acteurs intervenant dans ce domaine et notamment les représentants des professions de santé concernées, à partir d'une analyse des besoins de santé actuels et futurs de la population, des évolutions scientifiques et des évolutions de compétence des professions de santé : 
 - elle définit les objectifs, les modalités et les outils de régulation des flux d'entrée en formation et en exercice des différentes professions et spécialités ; 
 - elle définit ou participe à la définition des besoins de formation et des contenus des programmes de formation des professions de santé en lien avec le ministère chargé de l'enseignement supérieur ; elle organise les dispositifs de formation et elle définit les orientations nationales et les dispositifs correspondants en matière de formation continue ; 
 - elle définit les règles relatives à l'exercice des professions de santé en cohérence avec les évolutions de l'offre de soins ; 
 - elle élabore la politique de développement de la qualité et de l'efficience des professions de santé ; 
 - elle expertise et propose la validation des règles déontologiques applicables aux professions de santé et veille au bon fonctionnement des instances ordinales. 
Elle définit les orientations de politique nationale en matière de ressources humaines hospitalières et en suit la mise en œuvre dans les établissements de santé publics et privés.A ce titre : 
 - elle développe des outils de connaissance et de suivi des évolutions de la répartition des professionnels de santé entre les différents secteurs d'activité du système de santé : hospitalier public et privé, ambulatoire, médico-social. Elle élabore les mesures destinées à maintenir l'équilibre de leur répartition entre ces différents secteurs et contribue notamment à l'attractivité des fonctions hospitalières ; 
 - elle développe les outils de connaissance des coûts de personnel et de maîtrise globale de la masse salariale hospitalière ; 
 - elle organise et structure l'observation du climat social et les relations sociales dans le secteur hospitalier ; 
 - elle élabore les réformes nécessaires à la modernisation de la fonction publique hospitalière et des statuts des personnels médicaux hospitaliers ; 
 - elle participe aux évolutions conventionnelles des établissements de santé privés ; 
 - avec le ministère chargé de l'enseignement supérieur, elle gère les personnels hospitalo-universitaires ; 
 - elle est le référent du Centre national de gestion et participe à sa tutelle ; 
 - elle participe à la tutelle de l'Ecole des hautes études en santé publique. 
Elle assure notamment le secrétariat du Conseil supérieur de la fonction publique hospitalière, de la commission des recours, de la commission de déontologie, du Conseil supérieur des professions paramédicales, de l'Observatoire national des emplois et des métiers de la fonction publique hospitalière, de la Commission nationale d'équivalence des titres et diplômes, de la Commission nationale permanente de biologie médicale, des commissions d'autorisation d'exercice des praticiens communautaires à diplôme hors Union européenne reconnus par un Etat membre, de la Commission nationale de l'activité libérale, de la commission permanente d'odontologie, du comité de la démographie médicale. 
Elle est en charge des relations de la direction notamment avec les conseils nationaux des ordres professionnels concernés, les conseils nationaux de la formation médicale et pharmaceutique, le comité de coordination de la formation médicale continue, le Conseil national des universités, l'Association nationale pour la formation des personnels hospitaliers, le comité de gestion des œuvres sociales, la Caisse nationale de retraite des agents des collectivités locales, l'Observatoire national de la démographie des professions de santé, la Commission nationale de la certification professionnelle, le Conseil national de la formation tout au long de la vie, le Fonds pour l'insertion des personnes handicapées, l'établissement de retraite additionnelle de la fonction publique.