Les réductions ou suppressions prévues à l'article D. 341-15 du code rural sont calculées selon les modalités détaillées ci-dessous : 
1. Pour chaque mesure, la réduction financière correspondant au non-respect d'une ou plusieurs obligations est calculée en multipliant, pour chaque niveau de réduction défini au 2 ci-dessous, le montant de la rémunération annuelle de la mesure agroenvironnementale par le niveau de réduction et par la quantité concernée par ledit niveau de réduction augmentée le cas échéant de pénalités, et en ajoutant les intérêts au taux légal. 
Le montant correspondant à la réduction financière hors pénalité est appelé indu. 
2. Le niveau de réduction résulte de l'addition des gravités des différentes anomalies présentes sur l'élément engagé, dans la limite d'une réduction totale de 100 %. La gravité de chaque anomalie est elle-même obtenue en multipliant l'importance de l'obligation considérée par l'ampleur de l'anomalie constatée.
L'importance de chaque obligation est précisée dans le cahier des charges de la mesure. Les obligations sont classées en rangs d'importance principale ou secondaire, auxquels sont respectivement attribués les coefficients multiplicateurs 1 et 0, 5. 
Selon la nature de l'obligation, l'ampleur de l'anomalie peut être soit totale et correspondre alors à un coefficient multiplicateur égal à 1, soit, pour les obligations dites « à seuil », dépendre du niveau de dépassement du seuil, auquel est affecté un coefficient multiplicateur. 
3. Pour les obligations portant sur des surfaces, des longueurs, des quantités ou un nombre d'éléments hors animaux, la quantité à laquelle est appliquée la réduction de l'aide est établie pour chaque niveau de réduction considéré. Un taux d'écart est défini comme le rapport entre la quantité en anomalie pour le niveau de réduction considéré et la quantité restante après déduction de la quantité en anomalie pour le niveau de réduction considéré. 
a) Si le taux d'écart est inférieur ou égal à 3 %, et, pour une obligation portant sur une surface, si la surface en anomalie est inférieure ou égale à 2 hectares, alors la quantité concernée par la réduction de l'aide est égale à la quantité en anomalie. 
b) Si le taux d'écart est inférieur ou égal à 20 % et, si le taux d'écart est supérieur à 3 % ou, pour une obligation portant sur une surface, si la surface en anomalie est supérieure à 2 hectares, alors la quantité à laquelle est appliquée la réduction de l'aide est égale à la quantité en anomalie augmentée d'une pénalité égale à deux fois la quantité en anomalie. 
c) Si le taux d'écart est supérieur à 20 %, alors la quantité à laquelle est appliquée la réduction de l'aide est égale à la quantité en anomalie augmentée d'une pénalité égale au reste de la quantité engagée au titre de l'obligation. 
Les réductions prévues par le présent paragraphe sont affectées en priorité aux surfaces, longueurs ou nombre d'éléments subissant le plus faible niveau de réduction. Si deux réductions de niveau différent s'appliquent à la même surface en raison des pénalités prévues aux points b et c du présent paragraphe, alors seule est retenue pour la surface concernée la réduction la plus élevée. 
4. Pour les obligations portant sur des animaux, pour chaque niveau de réduction considéré, un taux d'écart est défini comme le rapport entre le nombre d'animaux manquants, défini comme la différence entre le nombre d'animaux engagés et le nombre d'animaux constatés sans anomalie, et le nombre d'animaux constatés sans anomalie. 
a) Si le taux d'écart est inférieur ou égal à 10 %, la réduction de l'aide porte sur le nombre d'animaux manquants. 
b) Si le taux d'écart est supérieur à 10 % mais inférieur ou égal à 20 %, la réduction de l'aide porte sur le nombre d'animaux manquants, augmenté d'une pénalité égale au nombre d'animaux manquants. 
c) Si le taux d'écart est supérieur à 20 % mais inférieur ou égal à 50 %, la réduction de l'aide porte sur le nombre d'animaux manquants augmenté d'une pénalité égale au reste des animaux engagés. 
d) Si le taux d'écart est supérieur à 50 %, la réduction de l'aide porte sur le nombre d'animaux manquants augmenté d'une pénalité égale au reste des animaux engagés à laquelle s'ajoute le nombre d'animaux engagés. 
e) Pour les bovins, lorsque le nombre d'animaux manquants est inférieur ou égal à trois animaux, la réduction de l'aide porte sur le nombre d'animaux manquants. Lorsque le nombre d'animaux manquants est supérieur à trois, les dispositions des points a à d s'appliquent. 
5. Le régime de sanctions est adapté en fonction du caractère définitif ou réversible du non-respect d'une obligation. Le non-respect d'une obligation a un caractère définitif si ses conséquences sur la cohérence et la globalité de mise en oeuvre de la mesure agroenvironnementale dépassent la seule année du constat. 
a) Si le non-respect d'une obligation a un caractère définitif, la quantité en anomalie est considérée comme l'étant depuis le début du contrat et jusqu'à son terme. Le remboursement des aides correspondant aux quantités en anomalie s'applique depuis la prise d'effet de l'engagement, et l'engagement est modifié pour la durée restante en enlevant la quantité en anomalie. Les pénalités prévues aux paragraphes 3 et 4 du présent article s'appliquent le cas échéant l'année du constat de l'anomalie. 
b) Dans le cas de non-respect à caractère définitif, si le taux d'écart calculé pour l'ensemble des engagements agroenvironnementaux est inférieur ou égal à 50 % et supérieur à 30 %, la demande annuelle de paiement pour l'ensemble des engagements agroenvironnementaux souscrits est rejetée. Si le taux d'écart est supérieur à 50 %, un remboursement sur les paiements précédents ou une réduction sur les paiements ultérieurs sera en outre appliqué, pour un montant correspondant à la quantité en anomalie. 
c) Dans le cas de non-respect à caractère réversible, les réductions et pénalités concernent uniquement l'année du constat de l'anomalie. Si ce non-respect est établi pour l'année antérieure au constat, le remboursement de l'aide est également demandé pour l'année antérieure. 
Si le non-respect à caractère réversible est établi également pendant au moins deux années antérieures au constat, le non-respect de l'obligation prend alors un caractère définitif. 
6. Les anomalies constatées pour des obligations portant sur des surfaces ou des quantités non engagées sont prises en compte selon des modalités définies dans le cahier des charges de la mesure concernée. 
7. Les anomalies déclarées spontanément par le bénéficiaire, conformément au quatrième alinéa de l'article D. 341-15 du code rural, ne donnent pas lieu à l'application des pénalités prévues aux paragraphes 3 et 4 du présent article.