La liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles est actualisée ainsi qu'il suit pour la période allant de la date de publication du présent arrêté au 31 décembre 2011 :
1. Centre national de référence des agents transmissibles non conventionnels (ATNC)
CNR coordonnateur : service d'anatomie pathologique-neurologie, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : service de biochimie et biologie moléculaire, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : GIDTIP, direction des sciences du vivant, département de recherche médicale, Commissariat à l'énergie atomique (Fontenay-aux-Roses).
Laboratoire associé : équipe avenir maladies humaines à prions, INSERM, IFR des neurosciences, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
2. Centre national de référence des arbovirus
CNR coordonnateur : unité interactions moléculaires flavivirus hôtes (IMFH), Institut Pasteur (Paris).
Laboratoire associé : unité de virologie tropicale, Institut de médecine tropicale du service de santé des armées, Le Pharo (Marseille).
3. Centre national de référence des arbovirus et virus influenzae dans la région Antilles-Guyane
Laboratoire de virologie, Institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
4. Centre national de référence des anaérobies et du botulisme
CNR coordonnateur : unité des bactéries anaérobies et toxines, Institut Pasteur (Paris).
Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie, hôpital Saint-Antoine, AP-HP (Paris).
5. Centre national de référence des Borrelia
CNR coordonnateur : unité de génétique moléculaire des bunyavirus, Institut Pasteur (Paris).
Laboratoire associé : institut de bactériologie, faculté de médecine, université de Strasbourg (Strasbourg).
6. Centre national de référence des Brucella
CNR coordonnateur : unité zoonoses bactériennes, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) (Maisons-Alfort).
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, CHU de Grenoble (Grenoble).
7. Centre national de référence des Campylobacter et Hélicobacter
EA 516 bactériologie et épidémiologie des infections digestives, université Victor Segalen, Bordeaux-II (Bordeaux).
8. Centre national de référence du charbon
CNR coordonnateur : unité des toxines et pathogénie bactérienne, Institut Pasteur (Paris).
Laboratoire associé : unité des zoonoses bactériennes, laboratoire LERPAZ, unité ZB, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) (Maisons-Alfort).
9. Centre national de référence des Chlamydiae
Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Hyacinte Vincent, université Victor Segalen, Bordeaux-II (Bordeaux).
10. Centre national de référence pour la coqueluche et autres bordetelloses
Unité de prévention et thérapie moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur (Paris).
11. Centre national de référence des corynébactéries toxinogènes
Unité de prévention et thérapie moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur (Paris).
12. Centre national de référence des cytomégalovirus
CNR coordonnateur : laboratoire de bactériologie, équipe d'accueil MENRT 3175, hôpital universitaire Dupuytren (Limoges).
Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Necker-Enfants malades, AP-HP (Paris).
13. Centre national de référence des entérovirus
Centre de biologie et pathologie, institut de microbiologie, groupement hospitalier Est (Bron).
14. Centre national de référence des Escherichia coli et shigelles
CNR coordonnateur : laboratoire des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur (Paris).
Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert Debré, AP-HP (Paris).
15. Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales
Unité de biologie des infections virales émergentes, Institut Pasteur - INSERM, IFR 128 (Lyon).
16. Centre national de référence Francisella tularensis
Service de bactériologie et virologie, CHU de Grenoble (Grenoble).
17. Centre national de référence des gonocoques
Institut Alfred Fournier (Paris).
18. Centre national de référence des Haemophilus influenzae
Laboratoire de bactériologie hygiène hospitalière, centre de biologie pathologie, CHRU de Lille.
19. Centre national de référence Legionella
Groupement hospitalier Est, centre de biologie et pathologie, institut de microbiologie, université Claude Bernard, Lyon-I (Lyon).
20. Centre national de référence des Leishmania
Laboratoire de parasitologie, CHU de Montpellier FRE 3013 (CNRS-université Montpellier I) (Montpellier).
21. Centre national de référence de la leptospirose
Unité postulante de biologie des spirochètes, Institut Pasteur (Paris).
22. Centre national de référence des Listeria
Groupe micro-organismes et barrières de l'hôte, Institut Pasteur (Paris).
23. Centre national de référence des méningocoques
Unité postulante infections bactériennes invasives, Institut Pasteur (Paris).
24. Centre national de référence des mycobactéries et résistance des mycobactéries aux antituberculeux
CNR coordonnateur : laboratoire de bactériologie-hygiène, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : laboratoire de microbiologie, hôpital Saint-Louis, AP-HP (Paris).
25. Centre national de référence mycologie et antifongiques
Unité de mycologie moléculaire, Institut Pasteur (Paris).
26. Centre national de référence du paludisme
CNR coordonnateur : université Pierre et Marie Curie, CRBM des Cordeliers (Paris).
CNR coordonnateur : service de parasitologie, hôpital Bichat-Claude Bernard, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : Institut de médecine tropicale du service de santé des armées, Le Pharo (Marseille Armées).
Laboratoire associé : service de parasitologie-mycologie, hôpital Pitié-Salpêtrière (Paris).
27. Centre national de référence de la chimiorésistance du paludisme dans la région Antilles-Guyane
Laboratoire de parasitologie, Institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
28. Centre national de référence des papillomavirus humains
Unité de génétique, papillomavirus et cancer humain, Institut Pasteur (Paris).
29. Centre national de référence peste et autres yersinioses
Unité des Iersinia, Institut Pasteur (Paris).
30. Centre national de référence des pneumocoques
Laboratoire de microbiologie, hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP (Paris).
31. Centre national de référence de la rage
Unité postulante de recherche et d'expertise : dynamique des lyssavirus et adaptation à l'hôte, Institut Pasteur (Paris).
32. Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques
CNR coordonnateur : unité des agents antibactériens, Institut Pasteur (Paris).
Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital de la côte de Nacre, CHU de Caen (Caen).
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Xavier Bichat, université Paris-VII (Paris).
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, hôpital Jean Minjoz, CHU (Besançon).
33. Centre national de référence des rickettsies, Coxiella et Bartonella
Unité des rickettsies, faculté de médecine (Marseille).
34. Centre national de référence des Salmonella
Laboratoire des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur (Paris).
35. Centre national de référence des staphylocoques
Groupement hospitalier Est, centre de microbiologie et pathologie, institut de microbiologie, université Claude Bernard, Lyon-I (Lyon).
36. Centre national de référence des streptocoques
CNR coordonnateur : service de bactériologie, groupe hospitalier Cochin-Saint-Vincent de Paul, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : service de microbiologie, Hôtel-Dieu de Paris, université Paris-VI, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert Debré, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : unité de biologie des bactéries pathogènes à Gram positif, Institut Pasteur (Paris).
37. Centre national de référence de la syphilis
CNR coordonnateur : laboratoire départemental de la Seine-Saint-Denis, conseil général du 93 (Bondy).
Laboratoire associé : laboratoire fédéré, unité de recherche, service de dermatologie, pavillon Gustave Roussy, hôpital Cochin, AP-HP (Paris).
38. Centre national de référence de la toxoplasmose
CNR coordonnateur : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU hôpital Maison Blanche (Reims).
Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Dupuytren (Limoges).
Laboratoire associé : université Louis Pasteur, institut de parasitologie et de pathologie tropicale, faculté de médecine (Strasbourg).
Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Montpellier, hôpital Saint-Charles (Montpellier).
39. Centre national de référence des Trichinella
Laboratoire de parasitologie-mycologie, UPRE EA 3623 signalisation et parasites, CHU Cochin - Port-Royal, université Descartes (Paris).
40. Centre national de référence des vibrions et choléra
Laboratoire des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur (Paris).
41. Centre national de référence des virus entériques
(entérovirus exclus)
Laboratoire de virologie, CHU de Dijon (Dijon).
42. Centre national de référence des virus des hépatites à transmission entérique (hépatites A et E) 
Laboratoire de virologie, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris).
43. Centre national de référence des virus des hépatites B, C et delta
CNR coordonnateur : INSERM U635, bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri Mondor, AP-HP (Créteil).
Laboratoire associé : laboratoire mixte Pasteur - Paul-Brousse, INSERM U 785, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Villejuif).
Laboratoire associé : Institut national de la transfusion sanguine (Paris).
Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Avicennes, université Paris-XIII (Bobigny).
44. Centre national de référence du virus de l'immunodéficience humaine (VIH)
CNR coordonnateur : département de microbiologie et virologie, faculté de médecine de Tours, CHU Bretonneau (Tours).
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, hôpital Bichat, AP-HP (Paris).
Laboratoire associé : laboratoire de virologie, CHU Charles Nicolle (Rouen).
Laboratoire associé : Institut national de la transfusion sanguine (Paris).
45. Centre national de référence du virus influenzae, région Nord
Unité de génétique moléculaire des virus ARN, Institut Pasteur (Paris).
46. Centre national de référence du virus influenzae, région Sud
Groupement hospitalier Est, centre de biologie et pathologie, institut de microbiologie (Bron).
47. Centre national de référence du virus de la rougeole et autres paramyxoviridae respiratoires
Laboratoire de virologie humaine et moléculaire, CHU de Caen (Caen).