Le service des actions sanitaires en production primaire élabore, veille à la mise en œuvre et évalue les politiques de défense sanitaire, de santés et de protections animale et végétale. Il assure le secrétariat du Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale.
Le service des actions sanitaires en production primaire comprend : 
― la sous-direction de la santé et de la protection animales ; 
― la sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux. 
I. - La sous-direction de la santé et de la protection animales est chargée de la préparation, du suivi, du contrôle et de l'évaluation de la législation et de la réglementation relatives aux mesures de surveillance, de prévention et de lutte contre les dangers sanitaires, à l'identification et aux conditions de mouvement des animaux, à la protection animale, à l'amélioration génétique des carnivores domestiques, aux aliments pour animaux, aux sous-produits animaux, à la pharmacie vétérinaire, à la prévention des zoonoses et de l'antibiorésistance en production primaire et à l'exercice de la profession vétérinaire. Elle élabore les référentiels d'inspection et de contrôle relevant de son domaine de compétence. Elle assure le secrétariat de la section spécialisée " santé animale " du Conseil national d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale (CNOPSAV) et de la Commission nationale d'identification. 
La sous-direction de la santé et de la protection animales comprend : 
― le bureau de la santé animale ; 
― le bureau des intrants et de la santé publique en élevage ; 
― le bureau de la protection animale ; 
― le bureau de l'identification et du contrôle des mouvements des animaux. 
II. - La sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux élabore les politiques de maîtrise des dangers sanitaires, de protection des végétaux et de mise sur le marché des semences et plants et veille à leur mise en œuvre. Elle est chargée de la réglementation de la mise sur le marché et du contrôle des produits phytopharmaceutiques, des matières fertilisantes et des supports de culture. Elle organise la surveillance biologique du territoire et assure la surveillance phytosanitaire des forêts et l'évaluation des risques, l'assistance aux gestionnaires forestiers publics et privés, et l'élaboration de l'information dans le domaine de la santé des forêts. Elle réglemente les organismes nuisibles aux végétaux et la lutte contre ces organismes nuisibles. Elle organise cette lutte et assure la tutelle des organismes chargés de la mise en œuvre de la réglementation sur la commercialisation et la certification des semences végétales. Elle élabore la politique d'orientation de la sélection végétale et veille à sa mise en œuvre. Elle coordonne le soutien et la promotion de l'utilisation durable des produits phytopharmaceutiques. Elle assure la préparation et le suivi de la réglementation relative à la dissémination des organismes génétiquement modifiés ainsi que son contrôle. 
Elle assure le secrétariat de la section spécialisée " santé végétale " du CNOPSAV.
Elle participe également aux travaux menés au plan européen et international dans le domaine de l'obtention végétale.
La sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux comprend : 
― le département de la santé des forêts ; 
― le bureau des semences et de la santé des végétaux ; 
― le bureau de la réglementation et de la mise sur le marché des intrants ; 
― le bureau de la biovigilance, des biotechnologies et de la qualité des végétaux.