En application de l'article R. 214-122 du code rural et de la pêche maritime, tout responsable de projet adresse au ministre chargé de la recherche une demande d'autorisation de projet accompagnée d'un dossier comprenant les éléments suivants : 
- la proposition de projet tel que défini au 2° de l'article R. 214-89 du code rural et de la pêche maritime ; 
- un résumé non technique du projet, anonyme et ne contenant ni le nom ni l'adresse de l'utilisateur ou des membres de son personnel, qui, sous réserve de garantir le respect de la propriété intellectuelle et de la confidentialité des informations, fournit des informations sur les objectifs du projet, y compris les avantages et les dommages attendus, ainsi que sur le nombre et les types d'animaux utilisés. Il fournit également une démonstration de la conformité avec les exigences de remplacement, de réduction et de raffinement ; 
- des informations sur : 
a) La justification du projet du point de vue scientifique, éducatif ou requis par la loi ; 
b) La pertinence et la justification : 
i) De l'utilisation d'animaux, y compris en ce qui concerne leur origine, les espèces, les nombres estimés et les stades de développement et, le cas échéant, en application du dernier alinéa de l'article R. 214-90, les éléments scientifiques justifiant la demande de dérogation concernant les espèces utilisées ; 
ii) Des procédures expérimentales ; 
c) L'application de méthodes pour remplacer, réduire et raffiner l'utilisation des animaux dans les procédures expérimentales ; 
d) Le recours prévu à l'anesthésie, à l'analgésie et à d'autres méthodes pour soulager la douleur ; 
e) Les dispositions prises en vue de réduire, d'éviter et d'atténuer toute forme de souffrance des animaux, de la naissance à la mort, le cas échéant ; 
f) Le recours à des points limites adaptés, suffisamment prédictifs et précoces pour permettre de limiter au maximum la douleur, sans remettre en cause les résultats du projet ; 
g) La stratégie d'expérimentation ou d'observation et le modèle statistique utilisé afin de réduire au minimum le nombre d'animaux, la douleur, la souffrance et l'angoisse infligées et l'impact environnemental, le cas échéant ; 
h) La réutilisation des animaux et l'effet cumulatif de cette réutilisation sur les animaux ; 
i) La proposition concernant la classification des procédures expérimentales selon leur degré de gravité, conformément à l'annexe ; 
j) Les dispositions prises pour éviter tout double emploi injustifié des procédures expérimentales, le cas échéant ; 
k) Le numéro d'agrément du ou des établissements utilisateurs, attribué selon les modalités de l'arrêté interministériel du 1er février 2013 fixant les conditions d'agrément, d'aménagement et de fonctionnement des établissements utilisateurs, éleveurs ou fournisseurs d'animaux utilisés à des fins scientifiques et leurs contrôles ; 
l) Les méthodes de mise à mort utilisées et, le cas échéant, en application du quatrième alinéa de l'article R. 214-98, les éléments scientifiques justifiant la demande de dérogation concernant les méthodes utilisées ; 
m) Les compétences des personnes participant au projet, selon les modalités de l'arrêté interministériel du 1er février 2013 relatif à l'acquisition et à la validation des compétences des personnels des établissements utilisateurs, éleveurs et fournisseurs d'animaux utilisés à des fins scientifiques dans les conditions définies à l'article R. 214-114 ; 
n) Le nom de la ou des personnes responsables du bien-être des animaux ; 
o) Le nom de la ou les personnes responsables de la mise en œuvre générale du projet et de sa conformité à l'autorisation. 
Le ministre chargé de la recherche met à disposition des établissements utilisateurs le formulaire de demande d'autorisation de projet.