Les valeurs seuils sont fixées de façon à permettre de constater que les conditions nécessaires pour atteindre le bon état chimique d'une masse d'eau ou d'un groupe de masses d'eau souterraine sont remplies. Si les résultats de la surveillance obtenus à un point de surveillance représentatif dépassent une de ces valeurs, cela indique qu'une ou plusieurs conditions nécessaires à l'atteinte du bon état chimique risquent de ne pas être remplies. Ces conditions nécessaires sont celles mentionnées à l'article 6 du présent arrêté, et notamment les paragraphes 2 à 5. 
La procédure visant à établir les valeurs seuils prend notamment en compte :
― l'impact et les interactions avec les écosystèmes aquatiques associés et les écosystèmes terrestres dépendants ;
― les entraves aux utilisations ou fonctions légitimes, présentes ou à venir, des eaux souterraines ;
― tous les polluants caractérisant les masses d'eau souterraine comme étant à risque ;
― les caractéristiques hydrogéologiques, y compris les informations sur les concentrations de référence et le bilan hydrologique, et le fond géochimique ;
― l'origine des polluants ainsi que la présence naturelle éventuelle, la toxicologie, le profil de dispersion, la persistance et le potentiel de bioaccumulation des polluants.
Chaque fois que des fonds géochimiques élevés de substances ou d'ions ou de leurs indicateurs sont enregistrés pour des raisons hydrogéologiques naturelles, ces fonds géochimiques de la masse d'eau souterraine concernée sont pris en considération lors de l'établissement des valeurs seuils. 
Pour fixer les fonds géochimiques, les principes suivants sont à prendre en considération : 
a) La fixation des fonds géochimiques devrait se fonder sur la caractérisation des masses d'eau souterraine prévue au II de l'article 10 de l'arrêté du 12 janvier 2010 relatif aux méthodes et aux critères à mettre en œuvre pour délimiter et classer les masses d'eau et dresser l'état des lieux prévu à l'article R. 212-3 du code de l'environnement, ainsi que sur les résultats de la surveillance des eaux souterraines menée conformément à l'arrêté des ministres chargés de l'environnement et de la santé en vigueur pris en application de l'article R. 212-22 du code de l'environnement. La stratégie de surveillance et l'interprétation des données devraient tenir compte du fait que les conditions de circulation et les propriétés chimiques des eaux souterraines connaissent des variations aussi bien latérales que verticales ; 
b) Lorsque les données de surveillance des eaux souterraines ne sont pas disponibles en quantité suffisante, il convient de rassembler davantage de données et, dans l'intervalle, de fixer les fonds géochimiques à partir de ces données de surveillance limitées, le cas échéant à l'aide d'une méthode simplifiée utilisant un sous-ensemble d'échantillons pour lesquels les indicateurs ne révèlent aucune influence de l'activité humaine. Il y a lieu de prendre également en considération les informations sur les transferts et les processus géochimiques, lorsqu'elles sont disponibles ; 
c) En cas de données insuffisantes sur la surveillance des eaux souterraines et d'informations limitées sur les transferts et processus géochimiques, il convient de rassembler davantage de données et d'informations et, dans l'intervalle, d'effectuer une estimation des fonds géochimiques, le cas échéant en se fondant sur des résultats statistiques de référence pour le même type de nappes aquifères situées dans d'autres zones pour lesquelles suffisamment de données de surveillance sont disponibles.