Pour les projets relevant de l'appel à candidatures régional, le dossier de demande de subvention et les pièces constitutives sont adressés au guichet unique identifié auprès du département dans lequel est situé le siège de l'exploitation avant le commencement d'exécution des investissements. Pour l'appel à candidature national, le dossier de demande de subvention est déposé auprès des directions régionales de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt du siège de l'exploitation. 
Le diagnostic énergétique de l'exploitation pourra être établi antérieurement à la date de dépôt de la demande d'aide dans le cas où le diagnostic est suivi d'une demande d'aide au titre du PPE. 
Le dossier de demande de subvention pourra porter sur la seule réalisation du diagnostic énergétique. 
Les pièces du dossier qui ont déjà été déposées auprès du guichet unique ne sont pas exigibles, sous réserve de leur validité. Dans ce cas, l'exploitant précise au sein de la demande qu'il a déjà fourni antérieurement les pièces. 
Le demandeur dispose d'un délai d'un an à compter de la date de la première décision d'attribution de la subvention pour commencer le projet. Les travaux devront être réalisés dans un délai maximal de deux ans après le commencement du projet.
Pour les projets collectifs et individuels de méthanisation sélectionnés dans le cadre du plan de relance de l'économie de 2009, le demandeur dispose d'un délai de deux ans à compter de la date de la première décision d'attribution de la subvention pour commencer le projet, et les travaux devront être réalisés dans un délai maximal de quatre ans après le commencement du projet. 
A titre exceptionnel et uniquement pour les dossiers sélectionnés hors plan de relance de l'économie, le préfet du département peut, par décision motivée, accorder une prorogation de ces délais d'une durée maximale d'un an pour le commencement et de deux ans pour l'exécution du projet. La prorogation de chacun de ces délais peut être prise en une ou plusieurs fois dans la limite de ces délais. Cette décision se fonde sur des circonstances particulières et justifiées tenant à la situation économique, sociale ou personnelle du bénéficiaire. Passé ces délais prorogés ou non, la décision peut être déclarée caduque et les sommes éventuellement versées peuvent faire l'objet d'un reversement. 
Pour les projets collectifs et individuels de méthanisation sélectionnés dans le cadre du plan de relance de l'économie, le préfet du département peut, par décision motivée, accorder une prorogation du délai pour le commencement de l'exécution du projet d'une durée maximale d'un an.
Nonobstant les délais prévus ci-dessus, pour tous les engagements réalisés avant le 31 décembre 2013 dans le cadre du présent arrêté, le demandeur doit prévoir d'achever ses travaux avant une date fixée par le ministre en charge de l'agriculture, date au-delà de laquelle aucune demande de paiement ne pourra être présentée au guichet unique par le demandeur.
Le commencement d'exécution se détermine à compter du premier acte juridique qui lie le bénéficiaire de l'aide au fournisseur ou à l'entreprise. Un bon de commande, un devis signé du bénéficiaire, un premier versement quel qu'en soit le montant constituent un premier acte juridique. A défaut de ce premier acte juridique, la date de paiement de la première dépense est prise en compte pour définir le commencement d'exécution du projet. Les études préalables ne constituent pas un début de commencement d'exécution du projet.
L'aide du PPE peut se cumuler avec celle accordée au titre du plan de modernisation des bâtiments d'élevage et du plan végétal pour l'environnement sur un même projet mais pas sur un même investissement. 
Dans ces cas, le projet de modernisation présenté dans le cadre du plan de modernisation des bâtiments d'élevage (PMBE) ou un projet présenté dans le cadre du plan végétal pour l'environnement (PVE) conservent leur règle de gestion. Toutefois les règles spécifiques du présent arrêté s'appliquent au volet "énergie" des projets PMBE ou PVE. Des règles d'articulation seront précisées dans l'arrêté préfectoral prévu à l'article 6 de cet arrêté pour les investissements susceptibles d'être financés dans les deux dispositifs.