Le service des politiques d'appui au pilotage et de soutien, dénommé secrétariat général, conçoit, dirige et met en œuvre les politiques transversales d'appui au pilotage et de soutien des politiques de santé. Il promeut et coordonne le pilotage stratégique des établissements et organismes relevant de la responsabilité de la direction. Il est chargé de l'ensemble des fonctions de soutien visant à fournir à la direction les ressources et les appuis méthodologiques nécessaires à son activité. Il est responsable de la qualité du droit pour la direction et de la gouvernance de systèmes d'information de santé. Il assure la synthèse et la mise en cohérence des fonctions de contrôle de gestion, de contrôle interne et d'animation de réseaux. A ce titre :
1° Il coordonne, dans son champ de compétence, l'action des sous-directions et des missions rattachées à la direction générale ;
2° Il apporte son concours à la rédaction des textes normatifs, y compris de l'Union européenne, préparés par les sous-directions, en relation, le cas échéant, avec la direction des affaires juridiques ; il veille, pour la direction, à la maintenance du code de la santé publique ; il traite, en liaison avec les autres services de la direction, les contentieux, y compris ceux de l'Union européenne, et la représentation de la direction devant les tribunaux administratifs et les cours administratives d'appel ; il assiste les services de la direction dans leurs demandes de consultations juridiques et exerce des fonctions d'information, de conseil et d'expertise juridiques auprès des services de la direction ;
3° Il est responsable de la définition, de l'élaboration et du suivi, en liaison avec la direction de la sécurité sociale, des dispositifs d'indemnisation de victimes de maladies ou d'accidents médicaux ; à ce titre, il assure le secrétariat de la Commission nationale des accidents médicaux et représente la direction au conseil d'administration et au conseil d'orientation de l'Office national d'indemnisation des accidents médicaux, des affections iatrogènes et des infections nosocomiales, dont il assure la tutelle avec la direction de la sécurité sociale ; il participe à la législation et à la réglementation des autres dispositifs d'indemnisation dans lesquels est impliqué le ministère et, notamment, représente la direction au conseil d'administration du Fonds d'indemnisation des victimes de l'amiante ;
4° Il apporte son expertise et coordonne les travaux de la direction sur les questions d'éthique médicale, de bioéthique et de droits de la personne dans le domaine de la santé ; il assure la coordination de ces travaux avec les autres départements ministériels compétents, anime les relations avec les instances compétentes dans le domaine de l'éthique des sciences de la vie et de la santé et des droits de l'homme et représente la direction au sein des instances internationales traitant des questions d'éthique médicale et de bioéthique, en lien avec la sous-direction de la politique des produits de santé et de la qualité des pratiques et des soins ;
5° Il promeut la déontologie et veille au respect de sa mise en œuvre ainsi qu'à la prévention des conflits d'intérêts au sein de la direction ainsi qu'auprès des commissions, conseils et opérateurs qui lui sont rattachés ; il apporte son concours à la direction générale de l'organisation des soins pour la définition des règles déontologiques applicables aux professionnels de santé ;
6° Il veille au respect des droits des usagers du système de santé et à leur représentation dans les instances hospitalières et de santé publique ; il assure le secrétariat de la commission nationale d'agrément des associations représentant les usagers du système de santé dans les instances hospitalières ou de santé publique ;
7° Il coordonne l'exercice, par les sous-directions compétentes, du pilotage stratégique et de la tutelle administrative et financière des établissements publics et organismes dont la direction générale de la santé a la responsabilité ; il assure l'organisation du comité d'animation du système d'agences ;
8° Il coordonne l'action de la direction pour les sujets relatifs à l'animation, au pilotage, au suivi et à l'évaluation de la performance des agences régionales de santé, en liaison avec le secrétariat général des ministères sociaux ; il assure la coordination des relations de la direction avec le conseil national de pilotage des ARS ;
9° Il veille à la participation des citoyens à la définition des politiques de santé ; il assure le secrétariat général de la Conférence nationale de santé ;
10° Il organise la participation de la direction à l'élaboration des projets de loi de financement de la sécurité sociale ainsi qu'à l'élaboration et au suivi des dispositifs contractuels établis avec les organismes de l'assurance maladie ; il organise les relations avec ces organismes ;
11° Il anime une politique de ressources humaines ; il est chargé de la gestion de proximité des personnels, des ressources immobilières, bureautiques et de fonctionnement courant de la direction ; il contribue à la mise en œuvre de la politique des archives ministérielles ; il prépare les projets de loi de finances et assure leur suivi et leur exécution pour ce qui concerne les programmes dont la direction a la responsabilité ou auxquels elle participe ; il veille à la qualité des accords de partenariat signés avec le secteur associatif, dans le cadre des programmes dont la direction a la responsabilité ; il détermine la stratégie d'achat de la direction et assure son pilotage et son suivi ; il prépare et conduit les procédures de commande publique ;
12° Il assure la réflexion stratégique en matière de systèmes d'information de santé et de technologies numériques appliquées à la santé ainsi que la programmation et le suivi opérationnel des projets, en liaison avec la délégation à la stratégie des systèmes d'information de santé, la direction des systèmes d'information et l'agence des systèmes d'information partagés ; il veille à la sécurité des systèmes d'information en liaison avec le haut fonctionnaire de défense et de sécurité ; il réalise la cartographie des systèmes d'information des agences nationales et assure son suivi ;
13° Il est responsable de la mise en œuvre de la politique de maîtrise des risques, du contrôle interne, de l'audit interne, du contrôle de gestion ainsi que du suivi de la mise en œuvre des recommandations des corps d'inspection et de la tenue du référentiel des plans de santé publique au sein de la direction, en liaison avec la direction des finances, des achats et des services et la mission d'audit interne du ministère ; il suit la politique de maîtrise des risques déployée dans les agences de sécurité sanitaires.