Bassin du Rhône

 Département des Alpes-de-Haute-Provence
   L'Ubaye ;
   Le torrent de Champanastaîs ;
   Le Grand Riou de la Blanche ;
   Le Bachelard ;
   Le torrent d'Abriès ;
   L'Ubayette ;
   Le Riou Mounal ;
   La Baragne ;
   La Blanche en amont de la prise d'eau de la Garde ;
   Le ravin des Clapes ;
   La Bléone en amont de la commune de Digne ;
   Le Bès ;
   Le Riou du Mousteiret ;
   L'Arigéol ;
   Le torrent de Tercier ;
   Le Riou de la Favière ;
   L'Asse ;
   L'Estoublaïsse ;
   Le ravin de Saint-Pierre ;
   Le ravin de Creisset ;
   Le ravin d'Auran ;
   L'Asse de Clumanc ;
   Le ravin des Sauzeries ;
   Le ravin du Gion ;
   L'Asse de Moriez ;
   L'Asse de Blieux ;
   Le ravin de la Tuillière ;
   La Maîre ;
   Le Verdon en amont de la retenue de Castillon (commune de Saint-André-les-Alpes), et de l'aval du barrage de Chaudanne à l'amont de la retenue de Sainte-Croix (Pont du Galetas) ;
   Le Baou ;
   L'Issole ;
   L'Estelle ;
   La Lance ;
   Le Clignon ;
   La Chasse ;
   Le Chadoulin ;
   Le Bouchier ;
   L'Ivoire ;
   Le Sasse ;
   Le torrent de Reynier ;
   Le Vançon ;
   La source de Valbelle.

 Département des Hautes-Alpes
   La Durance en amont du plan d'eau de Serre-Ponçon ;
   Le Drac en amont du pont du Loup (D 217) ;
   Le Drac Blanc ;
   Le Drac Noir ;
   La Séveraisse en aval du barrage de la prise d'eau de l'usine de Saint-Maurice (commune de Villard-Loubières).

 Département des Alpes-Maritimes
   L'Artuby et ses affluents.

 Département de l'Ardèche
   La Cance en amont du lieu dit " Pont de la Thine " (commune d'Annonay) et ses affluents dans la section considérée ;
   Le Doux en amont du pont de Retourtour (commune de Lamastre) et ses affluents dans la section considérée ;
   L'Eyrieux en amont de sa confluence avec la Saliouse et ses affluents dans la section considérée ;
   La Saliouse et ses affluents ;
   L'Ardèche en amont du pont de la R.N. 102 à Mayres et ses affluents dans la section considérée ;
   La Fonteaulière en amont de sa confluence avec la Bourges et ses affluents dans la section considérée ;
   La Bourges et ses affluents ;
   La Volane en amont de sa confluence avec la Besorgue et ses affluents dans la section considérée ;
   La Besorgue et ses affluents ;
   La Ligne en amont de sa confluence avec le Roubreau et ses affluents dans la section considérée ;
   La Beaume en amont de sa confluence avec la Drobie et ses affluents dans la section considérée ;
   La Drobie et ses affluents ;
   Le Lignon et ses affluents.

 Département des Bouches-du-Rhône
   Le Rhône ;
   Le Petit Rhône ;
   Le Labéou en amont du canal d'amenée E.D.F. ;
   Le Réal de Joucques en amont du canal d'amenée E.D.F. ;
   La Malautière ;
   L'Anguillon.

 Département du Gard
   Le Rhône en aval du barrage de Vallabrègues ;
   Le Petit Rhône et ses affluents ;
   La Cèze en aval du pont de la D. 979 (commune de Tharaux) et en amont du confluent avec le Luech et ses affluents dans les sections considérées ;
   Le Gardon en aval du pont de la D. 979 (commune de Sanilhac-Sagries) et ses affluents dans la section considérée ;
   Le Gardon d'Alès en amont de sa confluence avec le ruisseau d'Andorge et ses affluents dans la section considérée ;
   Le Gardon du Mialet en amont du pont des Abarines (C.D. 50) et ses affluents dans la section considérée ;
   Le Gardon de Saint-Jean en amont du barrage de la Brasserie (face à l'intersection du C.D. 907 et du C.D. 260) et ses affluents dans la section considérée.

 Département de l'Isère
   La Bourne et ses affluents ;
   La Bonne en amont de la prise d'eau de la Bonne (chute de Saint-Pierre-Cognet) et ses affluents dans la section considérée ;
   L'Ebron ;
   La Souloise ;
   Le Guiers ;
   Le Guiers Vif ;
   Le Guiers Mort ;
   L'Ainan ;
   La Bièvre ;
   L'Huert ;
   La Save ;
   La Gère et ses affluents ;
   La Varèze ;
   Le Rhône en amont de la commune de Villette-d'Anthon.

 Département de la Savoie
   Le Sierroz de sa confluence avec la Manderesse au lac du Bourget ;
   La Leysse en aval de sa confluence avec l'Albanne ;
   L'Albanne en aval de sa confluence avec la Torne ;
   L'Hyères ;
   Le Forezan ;
   Le ruisseau des Combes ;
   Le Nant Varon ;
   La Leysse de Novalaise en amont du lac d'Aiguebelette ;
   Le Rhône ;
   Le Flon ;
   Le Guiers ;
   Le Guiers Vif ;
   L'Isère en aval de sa confluence avec le ruisseau de la Savine (commune de Villaroger) ;
   Le Gelon en aval de sa confluence avec le Joudron ;
   Le Versoyen en aval de sa confluence avec le torrent des Glaciers ;
   Le Ponturin ;
   Le Doron de Pralognan de sa confluence avec le Doron de Chavières à sa confluence avec le Doron de Champagny ;
   Le Doron de Champagny en amont de sa confluence avec le Doron de Pralognan ;
   Le Doron de Bozel en aval de sa confluence avec le Doron de Champagny ;
   Le Doron des Allues en amont de sa confluence avec le Doron de Bozel ;
   Le Doron de Belleville en amont de sa confluence avec le Doron de Bozel ;
   L'Arly ;
   L'Arrondine ;
   La Chaise ;
   Le Doron de Beaufort en aval de sa confluence avec la Gitte ;
   L'Arc ;
   Le Doron de Termignon ;
   Le Bugeon ;
   Le torrent de Lescherette ;
   Le Bon de Loge ;
   Le Chéran ;
   Le Nant d'Aillon en aval de sa confluence avec le ruisseau du Lindar ;
   Le ruisseau du Lindar ;
   Le ruisseau de Saint-François ;
   L'eau d'Olle en amont de la retenue de Grand'Maison ;
   Le canal de Savières ;
   Le canal des Moulins.

Département de Vaucluse
   Le Lez de la commune de Bollène à sa confluence avec l'Aigues (cours empruntant le contre-canal de la retenue de Caderousse) ;
   L'Aigues en aval du pont du C.D. 43 (commune de Camaret-sur-Aigues) ;
   L'Ouvèze en aval de sa confluence avec la Sorgue (commune de Bedarrides) ;
   La Sorgue, y compris la Sorgue de Velleron, la Sorgue d'Entraigues, la Sorgue de la Rode et le canal de Vaucluse entre la prise du Prévot et les Sept Espassiers.

 Département des Vosges
   La Saône et ses affluents, à l'exception de l'Ourche ;
   Le Coney en amont de la Forge d'Uzemain ;
   Le ruisseau des Sept Pêcheurs ;
   Le Reblangotte ;
   Le Bagnerot ;
   La Combeauté en aval des étangs d'Hérival ;
   La Combalotte en aval de l'étang des Mousses ;
   L'Augronne en amont de la retenue du Chalet.

 Cours d'eau côtiers méditerranéens

 Département des Alpes-de-Haute-Provence
   Le Var ;
   Le Coulomp ;
   La Vaïre ;
   La Galange ;
   La Bernade ;
   L'Iscle ;
   La Chalvagne.

 Département des Alpes-Maritimes
   La Siagne et ses affluents ;
   La Brague et ses affluents ;
   Le Loup et ses affluents ;
   La Cagne en amont de l'usine de la Gaude et ses affluents dans la section considérée ;
   L'Esteron en amont de la commune de Roquesteron et ses affluents dans la section considérée ;
   Le Var ;
   Le Cians et ses affluents, à l'exception de Vallon de Pierlas ;
   La Tinée et ses affluents, à l'exception de la Guerche, du Chastillon et de l'Ardon ;
   La Vésubie en amont de sa confluence avec le Riou de Lantosque et en aval de la commune de Saint-Jean-de-Rivières et ses affluents dans les sections considérées ;
   Le Paillon de Contès en amont de la commune de Contes ;
   Le Paillon de L'Escarène en amont de la commune de L'Escarène ;
   La Bévéra et ses affluents ;
   La Roya et ses affluents.

 Département de l'Aude
   L'Aude ;
   Ses affluents en amont de Quillan.

 Département des Bouches-du-Rhône
   L'Arc en aval du pont de la D. 543 à Saint-Pons (commune d'Aix-en-Provence) ;
   La Touloubre en aval de la station d'épuration de Grans.

Département du Gard
   L'Hérault et ses affluents ;
   Le Vidourle et ses affluents.

 Département de l'Hérault
   Le Vidourle ;
   L'Hérault en aval de la commune de Saint-Guilhem-le-Désert et ses affluents suivants :
   - la Vis ;
   - la Buège ;
   - la Lergue ;
   - les affluents de la Lergue en amont de Lodève ;
   - le ruisseau de Roque ;
   - la Laurounet.
   L'Orb en amont de sa confluence avec l'Arles et en aval de sa confluence avec le Ronnel et ses affluents suivants :
   - le Jaur et ses affluents à l'exception du Bureau ;
   - la Mare ;
   - l'Héric ;
   - la Colombières ;
   - l'Escagnès ;
   - le ruisseau de Madale ;
   - le ruisseau d'Arles ;
   - le Bouissou ;
   - le Gravezon.
   L'Aude et ses affluents suivants :
   - la Cesse en amont de sa confluence avec le Brian ;
   - le Brian ;
   - le ruisseau d'Authèze.

 Bassin de la Garonne

 Département de la Haute-Garonne
   La Gimone en aval du barrage de la Gimone (commune de Lunax).

 Département des Hautes-Pyrénées
   La Garonne.