L'échelon central de la direction des services de la navigation aérienne comprend : 
1° La sous-direction de la planification et de la stratégie (DSNA/SDPS), chargée :
- d'établir la stratégie de la DSNA et de coordonner sa mise en œuvre en ce qui concerne les services de navigation aérienne à rendre aux usagers de l'espace aérien, en prenant en compte leurs attentes et en mesurant leur satisfaction ;
- d'établir une planification pluriannuelle du niveau des services à rendre et des moyens de communication, de navigation et de surveillance et de gestion du trafic aérien correspondants et de proposer les objectifs et indicateurs associés ;
- d'assurer le cadrage des opérations majeures de la DSNA en cohérence avec la stratégie d'ensemble, de coordonner, en liaison avec les services de la DSNA, les directeurs de programmes et les chefs de projets, la mise en œuvre des opérations majeures et d'en assurer le suivi ;
- d'organiser la relation avec les usagers et les partenaires civils et militaires de la DSNA ;
- de développer les coopérations avec les prestataires de services de navigation aérienne étrangers, de gérer les participations à des projets internationaux et d'assurer la coordination générale des contributions de la DSNA à la construction du Ciel unique et du FABEC ;
- de contribuer à l'élaboration des exigences réglementaires relatives aux services de navigation aérienne, de veiller à leur prise en compte par les services de la DSNA et d'en rendre compte à l'autorité de surveillance ;
- d'assurer le rôle d'affectataire "aviation civile" tel que défini au tableau national de répartition des bandes de fréquences ;
- de définir la stratégie dans le domaine "recherche et sauvetage" (SAR), d'en préparer les décisions d'organisation générale et les procédures correspondantes.
Elle est organisée en sept pôles et un département :
a) Un pôle "planification" (SDPS/PLN) en charge du plan stratégique, du plan d'action pluriannuel, du programme technique pluriannuel d'allocation des ressources aux opérations de la DSNA et de leurs bilans annuels.
b) Un pôle "systèmes ATM et systèmes d'information", (SDPS/ASI) chargé des systèmes de gestion du trafic aérien et des systèmes d'information.
c) Un pôle "communication - surveillance et infrastructure" (SDPS/CSI) chargé des systèmes de communication, de surveillance et des infrastructures.
d) Un pôle "navigation - AIS - espace" (SDPS/NAE) chargé des procédures de navigation, d'information aéronautique et d'utilisation de l'espace aérien.
e) Un pôle "relations extérieures" (SDPS/EXT) chargé des relations avec les usagers, les exploitants d'aéroport, les partenaires et les prestataires extérieurs nationaux.
f) Un pôle "coopération internationale" (SDPS/INT) chargé de la coordination de la mise en œuvre du Ciel unique européen et du développement de la coopération avec les partenaires internationaux.
g) Un pôle "fréquences et spectre radioélectrique" (SDPS/FSR) chargé de la stratégie relative aux fréquences et au spectre radioélectriques dans le domaine de l'aviation civile.
h) Un département "recherche et sauvetage" (SDPS/SAR) chargé, dans le domaine de la recherche et du sauvetage, des relations nationales et internationales, de l'élaboration des accords, de la préparation des décisions d'organisation générale, de l'harmonisation du plan d'intervention SAR avec les autres plans de secours, de la participation aux études et programmes d'équipement en matériels spécifiques SAR, de l'élaboration de procédures et de la réglementation SAR, y compris celle du service d'alerte, de l'élaboration des programmes d'entraînement, de formation et de qualification, de l'étude des comptes rendus d'opérations SAR et de la liaison avec l'organisme d'études et de coordination pour la recherche et le sauvetage maritime (SECMAR).
2° La sous-direction des ressources humaines (DSNA/SDRH), chargée : 
- des actes de gestion prévus à l'article 3 du décret du 28 février 2005 susvisé portant création de la direction des services de la navigation aérienne ; 
- de l'organisation, en liaison avec les autres services concernés, de la formation initiale et continue des ingénieurs du contrôle de la navigation aérienne, des ingénieurs électroniciens des systèmes de la sécurité aérienne et des techniciens supérieurs des études et de l'exploitation de l'aviation civile ; 
- de la définition des besoins en effectif de la direction, ainsi que des besoins en formation des personnels de la direction, y compris de l'encadrement. 
Elle comporte trois départements : 
a) Le département de la gestion des corps techniques de la navigation aérienne (SDRH / CT) est chargé : 
- des conditions et du suivi de la mise en œuvre du recrutement ; 
- du suivi individuel et collectif des personnels depuis leur recrutement ; 
- de la gestion de la mobilité ; 
- de la gestion des commissions administratives paritaires ; 
- de la synthèse des besoins en effectif, intégrant les besoins exprimés par le secrétariat général de la direction de l'aviation civile pour les autres directions et services de la direction générale de l'aviation civile ; 
- de la politique d'affectation interne à la DSNA ; 
- de la participation à l'élaboration des textes concernant l'organisation du travail de ces personnels ; 
- de la participation à la coordination internationale relative à ses attributions.
A ce titre, il est chargé d'établir les actes, arrêtés et décisions portant sur : 
- les avancements d'échelon ; 
- l'ouverture aux corps gérés des emplois vacants ; 
- les mutations internes à la DSNA ; 
- les mises en disponibilité, congés parentaux, congés formation, ainsi que leur prolongation ou renouvellement, et les réintégrations, les congés de maternité et de paternité ; 
- les autorisations de travail à temps partiel ainsi que leur renouvellement, modification et les réintégrations à temps plein ; 
- l'aptitude et l'inaptitude médicale au contrôle aérien ; 
- les congés de longue maladie, congés de longue durée, les temps partiels thérapeutiques, ainsi que leur prolongation ou renouvellement, et les réintégrations ; 
- les détachements dans les emplois fonctionnels au sein de la DSNA et classements dans ces emplois, ainsi que les renouvellements de ces détachements et les réintégrations ; 
- les reclassements dans les corps ; 
- les détachements dans d'autres corps de la direction générale de l'aviation civile et les réintégrations, en liaison avec les services concernés. 
Il participe en outre à la préparation des actes de gestion, de la compétence du secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile, relatifs à ces corps. 
Il est également chargé de la gestion des mesures individuelles nécessaires à l'application de la loi n° 84-1286 du 31 décembre 1984 relative à l'exercice du droit de grève dans les services de la navigation aérienne. 
b) Le département de la formation des corps techniques de la navigation aérienne (SDRH/FT) est chargé : 
- de la définition du contenu de la formation en prenant en compte les besoins exprimés par les autres directions et services de la direction générale de l'aviation civile ; il s'agit des formations initiales, qualifiantes, pour le maintien de compétence, et continue ; 
- de la vérification de la compatibilité des formations avec les règlements internationaux, dans les domaines de sa compétence ; 
- de la gestion des stages nationaux de formation continue ; 
- de la délivrance des qualifications, habilitations, certificats de sa compétence ; 
- de la participation aux études prospectives relatives à ses attributions ; 
- de la participation à la coordination internationale relative à ses attributions. 
c) Le département de la gestion collective (SDRH/GC) est chargé : 
- de participer à la préparation de la loi de finances et de suivre les effectifs budgétaires ; 
- de définir, en liaison avec le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile, des indicateurs de performance et de les suivre ; 
- de participer à l'élaboration de la convention conclue entre la direction générale de l'aviation civile et l'Ecole nationale de l'aviation civile (ENAC) et des plans pluriannuels de cette dernière ; 
- d'élaborer et de suivre le budget de la formation des agents de la DSNA ; 
- des tâches de coordonnateur formation et de gestion de proximité pour l'échelon central de la DSNA ; 
- d'assurer le suivi des aspects budgétaires et logistiques pour la SDRH ; 
- de suivre les dossiers des comités d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail ; 
- de gérer les dossiers d'accidents de service des agents des corps techniques de la navigation aérienne, et notamment l'imputabilité au service ; 
- de participer à la gestion du contentieux ; 
- de gérer les personnels administratifs, les ingénieurs des ponts, des eaux et des forêts, les ingénieurs des études et de l'exploitation de l'aviation civile, les ouvriers, les agents contractuels et les vacataires, et d'identifier les besoins en effectifs et en formation de ces personnels ; 
- de gérer les primes des corps gérés par la DSNA et de participer à l'élaboration des textes correspondants ; 
- d'être le correspondant du secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile pour la mise en place des moyens automatisés de gestion des ressources humaines de la direction générale de l'aviation civile. 
3° La sous-direction des finances (DSNA/SDFI), en liaison avec le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile, chargée : 
- d'assurer la préparation et l'exécution du budget de la direction ; 
- de déterminer les assiettes et de proposer les taux unitaires des redevances de navigation aérienne et de consulter les usagers à ce sujet ; 
- d'assurer la prévision et l'exécution des produits des redevances de navigation aérienne et des recettes visées à l'article 17 de la loi organique n° 2001-692 du 1er août 2001 relative aux lois de finances et d'en suivre le recouvrement ; 
- de participer à l'élaboration de la comptabilité analytique de la direction générale de l'aviation civile et de ses plans de gestion ; 
- d'assurer le contrôle de gestion de la navigation aérienne ; 
- d'établir le rapport prévu à l'article 12 du règlement CE du 10 mars 2004 relatif à la fourniture des services de navigation aérienne ; 
- de réaliser la synthèse des informations financières prévues à l'article 11 du règlement CE du 10 mars 2004 fixant le cadre pour la réalisation du Ciel unique européen et à l'article 6 du règlement CE du 10 mars 2004 relatif à la fourniture des services de navigation aérienne. 
Elle comporte deux départements : 
a) Le département des redevances et du contrôle de gestion (SDFI/R), chargé : 
- d'assurer le contrôle de gestion des services de la navigation aérienne selon les règles applicables à la direction générale de l'aviation civile ; 
- de déterminer les coûts correspondant aux services de navigation aérienne ; 
- de déterminer l'assiette des redevances de navigation aérienne et de proposer leurs taux unitaires ; 
- de mener les consultations relatives à la tarification des services de navigation aérienne avec les parties intéressées ; 
- d'assurer la facturation de ces services aux usagers et d'instruire les litiges éventuels ; 
- d'émettre les titres de recettes des redevances de navigation aérienne ; 
- d'établir les prévisions mensuelles de recettes des redevances de navigation aérienne ; 
- d'instruire et de négocier les accords financiers avec les organismes extérieurs contribuant à la fourniture des services de navigation aérienne ; 
- de réaliser la synthèse et l'analyse des informations économiques requises pour l'examen et l'évaluation de la performance des services de navigation aérienne ainsi que pour la certification de la DSNA comme prestataire de services de navigation aérienne ; 
- de participer à la coordination internationale dans les domaines relevant de ses attributions, notamment dans le cadre d'EUROCONTROL et des instances communautaires. 
b) Le département des dépenses et recettes hors redevances (SDFI/D), chargé : 
- de préparer la loi de finances initiale, en liaison avec le département des redevances et du contrôle de gestion, pour le programme navigation aérienne ; 
- de préparer et d'exécuter ou de faire exécuter les budgets et de procéder à leur ajustement ; 
- de mettre en œuvre le dialogue de gestion budgétaire avec les responsables de budgets opérationnels de programme ; 
- de réaliser la synthèse des questions budgétaires et financières concernant la navigation aérienne ; 
- d'engager et d'émettre les ordres de dépense pour les crédits de fonctionnement et d'investissements de la DSNA ainsi que les contributions aux organismes extérieurs ; 
- d'établir les ordres de mission des personnels de la navigation aérienne et d'émettre les ordres de dépense correspondants, en particulier pour les missions à destination de l'étranger, ainsi que d'en assurer la gestion, sous réserve des délégations mises en place dans ce domaine ; 
- de préparer et notifier les marchés propres à l'échelon central de la DSNA ; 
- d'établir les prévisions mensuelles de recettes et de dépenses de la DSNA et d'en communiquer la synthèse au secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile ; 
- d'émettre les titres de recettes à l'exception de ceux relatifs aux redevances de navigation aérienne ; 
- de tenir et de diffuser les tableaux de bord de gestion des crédits de la DSNA. 
4° La mission du management de la sécurité, de la qualité et de la sûreté (DSNA/MSQS), chargée : 
- de développer et maintenir le système de management de la sécurité, de la qualité et de la sûreté de la DSNA ; 
- de proposer la stratégie et les objectifs de la DSNA en matière de sécurité et de sûreté ; 
- de garantir le maintien des conditions de délivrance du certificat de prestataire de services de la navigation aérienne dans son domaine de compétence ; 
- d'évaluer le système de management, en particulier par la réalisation d'audits internes et d'inspections relatives au domaine de la sécurité, de la qualité et de la sûreté ; 
- de rendre compte de la performance dans son domaine de compétence par le suivi d'indicateurs et des événements de sécurité ; 
- d'étudier, de développer et de promouvoir des méthodes d'évaluation et d'atténuation des risques ; 
- de suivre l'élaboration et de vérifier certains dossiers de sécurité ; 
- de valider le manuel de référence des procédures à mettre en œuvre par les organismes assurant tout ou partie des services de la circulation aérienne (ATS) ; 
- de développer un plan de sûreté et d'assurer la coordination des mesures de sûreté préventives du ressort de la direction des services de la navigation aérienne, y compris la sécurité des systèmes d'information. 
5° La mission de l'environnement (DSNA/ME), chargée : 
- de participer à l'élaboration de la stratégie relative aux moyens et procédures visant à maîtriser l'impact sonore aux alentours des aéroports, en matière de circulation aérienne et de gestion du trafic aérien ; 
- d'apporter son concours à la direction des affaires stratégiques et techniques de la direction générale de l'aviation civile (DAST) pour l'élaboration et la mise en œuvre des textes réglementaires ; 
- d'établir des outils et des méthodes d'analyse de l'impact des survols pour les projets de procédures de circulation aérienne d'arrivée et de départ des aérodromes ; 
- de réaliser des études dans ces domaines ; 
- de répondre aux demandes d'information de l'Autorité de contrôle des nuisances aéroportuaires (ACNUSA) dans le domaine de la navigation aérienne ; 
- de contribuer à l'élaboration de la formation initiale et continue dans le domaine de l'environnement ; 
- d'assurer le suivi et la cohérence des actions mises en œuvre au niveau local ; 
- de proposer des actions de communication et de préparer les éléments de réponse aux interventions et aux courriers des particuliers ; 
- d'instruire les dossiers d'infraction aux restrictions d'exploitation environnementales en matière de circulation aérienne pour le compte de la Commission nationale de prévention des nuisances. 
6° Les directeurs de programmes en charge de la conduite des grands programmes de la DSNA. Ils planifient les activités de la direction de la technique et de l'innovation (DTI) et de la direction des opérations (DO) relatives au programme dont ils ont la charge. Ils assurent l'attribution des ressources budgétaires allouées au programme et le suivi des dépenses en coordination avec la DO et la DTI.
 7° Le cabinet du directeur, chargé d'assister le directeur, pour la représentation, la communication interne et externe de la DSNA, le traitement des courriers et des interventions, les affaires générales, y compris les questions de chancellerie, les affaires réservées et internationales.