L'établissement est administré par un conseil d'administration de quarante-six membres, dotés chacun d'un suppléant conformément aux dispositions de l'article R.* 321-4 du code de l'urbanisme.
 Il est composé de :
 1° Quarante-deux représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements :
 a) Douze représentants de la région de la Bretagne désignés par son organe délibérant ;
 b) Douze représentants des départements désignés par chaque organe délibérant, à raison de :
 - trois pour le département des Côtes-d'Armor ;
 - trois pour le département du Finistère ;
 - trois pour le département d'Ille-et-Vilaine ;
 - trois pour le département du Morbihan ;
 c) Deux représentants de la communauté urbaine de Brest Métropole Océane désignés par son organe délibérant ;
 d) Onze représentants des communautés d'agglomération suivantes désignés par chaque organe délibérant, à raison de :
 - un pour la communauté d'agglomération de Concarneau-Cornouaille ;
 - un pour la communauté d'agglomération de Lannion-Trégor agglomération ;
 - un pour la communauté d'agglomération Morlaix Communauté ;
 - un pour la communauté d'agglomération de Lorient Agglomération ;
 - un pour la communauté d'agglomération de Saint-Malo Agglomération ;
 - un pour la communauté d'agglomération de Vannes Agglomération ;
 - un pour la communauté d'agglomération de Vitré Communauté ;
 - un pour la communauté d'agglomération de Quimper Communauté ;
 - deux pour la communauté d'agglomération de Rennes Métropole ;
 - un pour la communauté d'agglomération de Saint-Brieuc Agglomération ;
 e) Cinq représentants des autres établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et des communes non membres des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, mentionnés au 1° du présent article, désignés par l'assemblée prévue à l'article L. 321-9 du code de l'urbanisme.
 Cette désignation devra assurer une répartition de sièges telle que les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre disposent au moins de deux représentants au conseil d'administration ;
 2° Quatre représentants de l'Etat :
 - un représentant désigné par le ministre chargé des collectivités territoriales ;
 - un représentant désigné par le ministre chargé de l'urbanisme ;
 - un représentant désigné par le ministre chargé du logement ;
 - un représentant désigné par le ministre chargé du budget.
 Quatre personnalités socioprofessionnelles, désignées en son sein par l'organe délibérant de l'institution dont elles relèvent, assistent au conseil d'administration avec voix consultative :
 - un représentant de la chambre régionale de commerce et d'industrie ;
 - un représentant de la chambre régionale d'agriculture ;
 - un représentant de la chambre régionale de métiers et de l'artisanat ;
 - un représentant du conseil économique, social et environnemental régional.
 Le préfet de la région Bretagne, le directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable de l'établissement assistent également de droit aux réunions du conseil d'administration et y sont entendus chaque fois qu'ils le demandent.
 Le préfet de la région Bretagne publie par arrêté la liste nominative des membres du conseil d'administration et procède à son installation.