L'organisme de sélection a la responsabilité de : 
1° L'orientation du programme d'amélioration génétique ou de conservation de la race à moyen et long terme. 
A cet effet :
-il organise la concertation des opérateurs dans le cadre des actions qui concourent à l'amélioration génétique ou à la conservation de la race concernée ;
-il veille à l'adaptation de la race aux systèmes d'élevage et aux attentes de la filière, par la définition des objectifs de sélection ;
-il définit, le cas échéant, des critères de sélection qui pourront servir de support à une évaluation génétique. A la demande de l'organisme de sélection, le calcul est établi par l'     Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ;
-il établit, le cas échéant, la grille de classification des animaux au sein de la section principale du livre généalogique ;
-il propose les modalités de gestion de la variabilité génétique de la race en cohérence avec les besoins économiques, sanitaires et sociétaux. Dans le cas des races de territoires reconnues en France, l'Institut français du cheval et de l'équitation et l'     Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement assurent la production d'outils de suivi de cette variabilité génétique. Ces éléments sont transmis aux organismes de sélection concernés afin d'optimiser ce suivi ;
-il veille à la diffusion du progrès génétique. Par ailleurs, il assure la gestion raisonnée des anomalies génétiques et des gènes d'intérêt ; 
2° La définition des critères qu'il souhaite caractériser ainsi que les techniques mises en œuvre pour collecter les informations relatives à ces critères. 
Pour que les informations collectées puissent, le cas échéant, devenir le support d'une évaluation génétique, il s'assure auprès d'organismes scientifiques de la validité scientifique de ces données en termes statistiques. 
Le cas échéant, il est responsable de la formation des personnes habilitées au jugement des animaux de la race visée par l'agrément et tient à jour la liste des juges officiels ; 
3° La tenue du livre généalogique. 
A cet effet :
-il définit, le cas échéant, les caractéristiques phénotypiques et génotypiques qui servent notamment : 
1. A la sélection des reproducteurs ; 
2. Le cas échéant, à l'inscription de reproducteurs dans la section supplémentaire du livre généalogique ; 
3. A la confirmation, en l'absence d'informations certifiées de parenté, du type racial d'animaux destinés notamment à la reproduction ;
-il réalise, le cas échéant, un contrôle des performances des équidés inscrits dans le livre généalogique satisfaisant aux conditions du cahier des charges prévu pour l'agrément des organismes tiers.
-il affecte les reproducteurs de la race, au sens de la réglementation européenne, à la section principale du livre généalogique ;
-il établit, le cas échéant, les critères de définition des différentes classes au sein de la section principale du livre généalogique ;
-il a accès, pour ses missions réglementaires, aux données partagées du système national d'information génétique, relatives à la population qui le concerne ;
-il est responsable de la délivrance de tout document relatif à ses missions, en particulier du document d'identification de l'équidé, incluant la certification de ses origines, conformément à la réglementation européenne ;
-il est également habilité à gérer les animaux de la race pour laquelle il est agréé et appartenant à des éleveurs dont le siège social de l'exploitation est situé hors du territoire français ; 
4° La transmission au fichier central de l'Institut français du cheval et de l'équitation : 
1. Dans le cadre du système national d'information génétique, des données relatives :
-aux équidés inscrits dans la section principale du livre généalogique, éventuellement selon une classification prédéfinie au sein de ladite section ;
-le cas échéant, les équidés inscrits dans la section supplémentaire dudit livre ;
-aux équidés étrangers, obtenues par échange avec les organismes officiellement reconnus à l'étranger, pour les animaux introduits ou importés sur le territoire français ou pour les ascendants d'animaux nés en France ;
-le cas échéant, au contrôle des performances réalisé par l'organisme de sélection. 
2. En tant que base de données centrale sur l'identification des équidés, des données définies par la réglementation européenne.