Du fait de la réduction du nombre d'heures normales de travail effectif sur l'année, il est important pour les entreprises de trouver les solutions d'organisation du travail leur permettant de maintenir leur capacité de production. Ceci peut les amener à recourir aux heures supplémentaires.
5.1. Modalités de paiement
Les heures supplémentaires sont les heures de travail accomplies à la demande de l'employeur à partir de la 36e heure de travail effectif dans le cadre d'un décompte hebdomadaire du temps de travail.
Les jours d'absences indemnisés et les jours fériés payés et non travaillés (à l'exception du 1er Mai), compris à l'intérieur de la période de décompte de l'horaire, ne sont pas pris en compte pour calculer le nombre et le paiement des heures de travail en heures supplémentaires.
Les heures supplémentaires sont payées sous la forme d'un complément de salaire, assorti des majorations légales, s'ajoutant au salaire de base et correspondant au nombre d'heures supplémentaires accompli au cours de chacune des semaines prises en compte dans la période de paie.
La bonification prévue par l'article L. 212-5-I du code du travail pour les 4 premières heures supplémentaires est attribuée en repos. Toutefois, sur demande écrite du salarié, elle peut donner lieu au versement d'une majoration de salaire.
5.2. Volume et mise en oeuvre du contingent
A compter de l'année civile 2001 ou 2002 pour les entreprises de moins de 20 salariés, ou à compter de la date de mise en application de l'accord dans l'entreprise ou l'établissement, le contingent d'heures supplémentaires par an et par salarié en cas de décompte de la durée légale du travail sur la semaine est fixé à 130 heures, auquel pourra s'ajouter, après information du personnel concerné, un second contingent de 50 heures, après consultation des délégués du personnel, s'ils existent.
Ce second contingent sera utilisé par exemple en cas de surcroît exceptionnel d'activité, de remplacement de salariés, d'incidents nécessitant la remise en état de matériels, de travaux urgents liés à des problèmes de sécurité et d'environnement.
Il sera diminué de 40 % en 2 ans à compter de l'an 2002, ou 2003 pour les entreprises de moins de 20 salariés.
En tout état de cause, il ne pourra plus être fait utilisation de ce second contingent au-delà de 3 ans après la mise en application du présent accord dans l'entreprise ou l'établissement.
5.2.1. Organisation du temps de travail sur l'année
En cas de décompte de la durée légale du travail sur l'année comme prévu dans la deuxième partie du présent accord, un contingent unique d'heures supplémentaires est fixé par an et par salarié à 90 heures.
Ce contingent est porté à 130 heures si la modulation d'amplitude est peu élevée, comprise dans une limite basse de 31 heures et une limite haute de 39 heures ou si le nombre d'heures de modulation au-delà de la durée légale (35 heures) ne dépasse pas 70 heures.
5.3. Modalités de prise du repos compensateur
5.3.1. Repos compensateur légal obligatoire
Chaque heure supplémentaire effectuée au-delà de 41 heures par semaine dans la limite du contingent de 130 heures supplémentaires ouvre droit à un repos compensateur de 50 %.
Chaque heure supplémentaire effectuée dans l'année au-delà du contingent autorisé de 130 heures ouvre droit à un repos compensateur de 100 %.
Le droit au repos est réputé ouvert dès que 7 heures de repos sont acquises.
Sauf accord d'entreprise ou d'établissement ou accord individuel, le repos est pris en dehors de la période du 1er juillet au 31 août, par journée entière ou par demi-journée dans un délai maximal de 3 mois suivant l'ouverture des droits.
Le droit au repos est réputé ouvert dès que 7 heures de repos sont acquises.
L'absence de demande de prise de repos par le salarié ne peut entraîner la perte de son droit à repos. Dans ce cas, l'employeur est tenu de lui demander de prendre effectivement son repos dans un délai maximal de 1 an.
La période durant laquelle le salarié est en repos compensateur est assimilée à une période de travail effectif pour le calcul des droits du salarié.
5.3.2. Repos compensateur de remplacement
En l'absence d'opposition des délégués du personnel, s'ils existent, le régime de remplacement de tout ou partie du paiement des heures supplémentaires et des majorations y afférentes par un repos compensateur équivalent peut être institué par l'employeur avec l'accord écrit du salarié concerné.
Le repos compensateur est pris dans les conditions suivantes :
- par demi-journée ou journée entière de repos dans un délai de 3 mois suivant l'ouverture du droit, sauf accord d'entreprise plus favorable ;
- les dates de repos sont fixées à hauteur de 50 % par l'employeur et de 50 % par le salarié.
Les repos compensateurs de l'article L. 212-5-1 du code du travail se cumulent avec les repos de remplacement tels que définis ci-dessus.
Les heures supplémentaires intégralement compensées par un repos équivalent (paiement de l'heure et de la bonification ou majoration afférente) ne sont pas imputables sur le contingent d'heures supplémentaires.
Le 1er alinéa du paragraphe 5.1 de l'article 5 de la 1re partie de l'accord national concernant les entreprises de moins de 50 salariés est étendu sous réserve de l'application de l'article L. 212-5 du code du travail, en tant que constituent des heures supplémentaires celles qui ont été imposées par la nature ou la quantité du travail demandé, ou celles effectuées à la demande ou au moins avec l'accord implicite de l'employeur
(arrêté du 12 novembre 2001, art. 1er)

Le 2e alinéa du paragraphe 5.1 de l'article 5 de la 1re partie de l'accord national concernant les entreprises de moins de 50 salariés est étendu sous réserve de l'application des articles L. 212-5, L. 222-1-1 et L. 226-1 du code du travail, et de la loi n° 78-49 du 19 janvier 1978 (article 3 de l'accord national interprofessionnel annexé), en tant que les jours fériés chômés et les congés pour événements familiaux doivent être pris en compte pour déterminer l'assiette, l'ouverture et le calcul des droits à majoration et à bonification (y compris si celle-ci est attribuée en repos) pour heures supplémentaires (arrêté du 12 novembre 2001, art. 1er).