La CPNEFP est présidée alternativement par l'un ou l'autre des membres du collège salariés ou employeurs, la vice-présidence étant assurée par un représentant de l'autre collège.
Le mandat du président et du vice-président est de 2 ans, chacun d'entre eux étant désigné par son collège.
Le premier président sera un représentant de la délégation patronale.
La commission se réunit obligatoirement une fois par semestre. Elle se réunit également à la demande d'au moins deux organisations membres de la CPNEFP.
En cas de saisine, celle-ci doit être effectuée par lettre recommandée avec avis de réception auprès du président de la commission.
La saisine doit être accompagnée des informations (documents, etc.) sur la nature de la saisine, afin d'éclairer les membres de la commission et qu'elle puisse se prononcer, au préalable, sur la validité de cette saisine eu égard à son domaine de compétence.
La commission siège au plus tard dans les 30 jours de la saisine.
Les convocations doivent parvenir aux membres de la commission accompagnées du compte rendu de la précédente réunion et de tout document nécessaire au moins 3 semaines avant la date de la réunion.
Les suppléants sont convoqués en même temps et sont destinataires des mêmes documents que les membres titulaires.
Le président fixe conjointement avec le vice-président l'ordre du jour ; il anime et conduit les débats et en fait établir le compte rendu. Celui-ci est signé par le président et le vice-président après approbation lors de la réunion suivante.
A. Recommandations
Les recommandations ne sont valables que si la majorité des membres de la commission sont présents ou représentés. Les avis sont pris à la majorité simple des membres présents ou dûment mandatés. Seul le membre titulaire d'une organisation dispose d'un droit de vote, le suppléant ne votant qu'en son absence. Les abstentions ne sont pas comptabilisées comme un vote exprimé.
Les conditions de quorum et de majorité s'apprécient au niveau de chacun des collèges.
Lorsque le quorum n'est pas atteint, l'instance paritaire est convoquée à nouveau dans un délai de 1 mois et peut délibérer sur le même ordre du jour, quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.
En cas de vote ne permettant pas l'expression d'une position valide (à savoir 50 % des votes exprimés + 1 voix) au sein de chacun des collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la prochaine réunion de l'instance paritaire en respectant un délai minimal de convocation de 15 jours, au cours de laquelle un nouveau vote par collège sera effectué. Si ce second vote ne permet toujours pas l'expression d'une position valide au sein d'un ou des collège(s), la décision d'une éventuelle adoption est prise à la majorité qualifiée fixée à plus de 70 % des voix au sein des deux collèges réunis. Les abstentions ne sont pas comptabilisées comme un vote exprimé.
Par exemple, dans l'hypothèse d'une réunion à laquelle participent 7 organisations salariales et 4 organisations patronales (soit 14 sièges au total) et qu'aucune abstention n'est observée, aboutissant à un nombre de voix égal à 14 au niveau des deux collèges réunis, la recommandation pour être adoptée devra avoir recueillie 10 voix.

Le secrétariat est assuré par les organisations d'employeurs.
Les fonctions des membres de la CPNEFP sont gratuites.
Les modalités d'exercice de leur mandat par les représentants salariés sont celles définies à l'article 4.03 de la convention collective des entreprises de prévention et de sécurité.
Le temps passé par les salariés pour l'exercice de leur mandat est considéré comme du temps de travail effectif. Le salaire est donc maintenu par l'employeur.
La partie salariale ou la partie patronale peut ponctuellement se faire assister lors d'une réunion, par un spécialiste des questions de formation professionnelle et/ou d'emploi.
Cette demande doit être exprimée préalablement à la réunion concernée, une fois son ordre du jour établi.
Les frais et honoraires éventuels liés à cette assistance sont à la charge de la ou des organisations syndicales l'ayant sollicitée.