En cas d'arrêt maladie, dûment prescrit, le salarié comptant 6 mois de présence dans la structure bénéficie, sous réserve d'indemnisation par la sécurité sociale :
― du maintien de son salaire net pour les 3 jours de carence, dans la limite de 1 arrêt maladie maximum pour une période de 12 mois de date à date ;
― sous réserve de l'application du paragraphe précédent, du maintien de son salaire mensuel net jusqu'à la prise en charge par le régime de prévoyance ;
― sous réserve de la signature par le salarié concerné de tous documents nécessaires à l'employeur pour le remboursement par la sécurité sociale des indemnités journalières.
Ce maintien de salaire suppose donc que l'employeur fasse l'avance des indemnités journalières pendant l'arrêt maladie du salarié. Celles-ci lui seront remboursées directement par la sécurité sociale, aux lieu et place du salarié, par le biais de la subrogation légale.
Sa mise en oeuvre est subordonnée à deux conditions :
― l'employeur doit maintenir tout ou partie du salaire pendant la durée de la maladie ;
― la part du salaire maintenu doit être au moins égale au montant des indemnités journalières dues pour la même période par la sécurité sociale.
Dans tous les autres cas, l'employeur est seulement fondé à poursuivre auprès de l'assuré le recouvrement de la somme correspondant aux indemnités journalières, dans la limite du salaire maintenu pendant la même période.
Si, au cours d'une même période de 12 mois, un salarié s'est absenté pour un congé maladie d'une durée totale de 6 mois, une reprise effective de travail de 6 mois sera nécessaire pour qu'il puisse à nouveau bénéficier des dispositions ci-dessus.
En cas de maintien d'une partie du salaire par l'employeur, le salarié devra transmettre à l'employeur, et dans les mêmes délais, les informations qu'il communique à la sécurité sociale. L'employeur pourra faire procéder à tout contrôle médical qu'il jugera nécessaire.
En cas de contestation par le salarié de l'avis donné par le médecin chargé de ce contrôle, il aura la possibilité de faire appel devant un médecin expert désigné par accord entre son médecin et le médecin contrôleur désigné par l'employeur.
L'ensemble de ces dispositions ne saurait faire obstacle à l'application des dispositions légales concernant le licenciement quand les exigences du service imposent le remplacement du malade, sous réserve des articles L. 1232-2 et L. 1132-1 du code du travail.
Dans ce cas, l'intéressé conserve jusqu'à l'expiration du délai de 5 ans à compter du début de son absence un droit de priorité d'embauche pour reprendre son ancien emploi, s'il redevenait disponible. S'il désire bénéficier de cette priorité, il lui faut avertir son employeur, avec toutes justifications utiles, au moins 3 mois à l'avance, de la date à partir de laquelle il sera en état de reprendre son travail.
A l'issue de son absence, le salarié doit être affecté en priorité dans l'emploi qu'il occupait antérieurement à son absence, à défaut dans un emploi vacant de sa catégorie.
L'arrêt de travail pour maladie ou accident du travail n'a aucun effet sur l'évolution de carrière.
Les structures devront veiller tout particulièrement à rechercher toutes les mesures, telles que transformations ou mutations de poste de travail ainsi que le reclassement des salariés déclarés inaptes par le médecin du travail.