La fédération est chargée de vérifier l'application par les institutions des dispositions du présent accord. À cet effet, les institutions doivent annuellement lui adresser les comptes afférents à l'ensemble de leurs opérations, établis conformément à un plan comptable arrêté par la fédération, ainsi que les rapports des commissaires aux comptes. Les institutions doivent, également à cet effet, transmettre à la fédération tous les états complémentaires définis par son conseil d'administration.
Dans le cadre prévu par les dispositions législatives, afin de veiller notamment au respect des décisions prises par les partenaires sociaux et à la défense des intérêts matériels et valeurs morales du régime, la fédération effectue des contrôles auprès des institutions et, le cas échéant, dans les organismes tiers qui réalisent tout ou partie des opérations en exécution d'une convention de gestion.
Les contrôles peuvent concerner toutes les opérations et tous les fonds de l'institution. Les missions de contrôle peuvent prendre toutes les formes nécessaires : contrôle général, contrôle sur dossier, contrôle ciblé… Le contrôleur a accès à tous les documents, tous les services, toute personne, même extérieure à l'institution, qu'il estimera nécessaire de consulter durant sa mission. Si la fédération juge que la situation l'impose, elle peut diligenter sans préavis un contrôle dans l'institution.
Lorsque cela est nécessaire à la vérification de la situation financière des institutions et au respect de leurs engagements, le contrôle peut être étendu aux groupes dont ces institutions sont membres, ainsi qu'aux personnes morales liées directement ou indirectement à une institution par convention.
La fédération vérifie la permanence de la compatibilité de l'appartenance d'une institution à un groupe avec les règles fixées par les partenaires sociaux et les dispositions d'application arrêtées par le conseil d'administration de la fédération, relatives aux adhésions à des groupes de moyens de gestion.
En outre, le conseil d'administration de la fédération met en œuvre un contrôle de gestion adapté, s'attachant notamment aux modalités de répartition entre les institutions des prélèvements sur cotisations affectés à la couverture des frais de gestion et du fonds social.
En cas de sanction ou de carence constatée par la fédération, des modalités pratiques ou des mesures de redressement que doit suivre l'institution sont arrêtées par la fédération. Le conseil d'administration de la fédération peut désigner un administrateur provisoire qui, sous son contrôle, assure les pouvoirs du conseil d'administration de l'institution. La mission de l'administrateur provisoire, pouvant au besoin être confiée à une institution adhérente de la fédération, débute et prend fin aux dates arrêtées par décision du conseil d'administration de la fédération.
En cas de retrait de l'autorisation de fonctionner prononcé par les pouvoirs publics, l'institution n'est plus habilitée à réaliser les opérations prévues par le présent accord. Le conseil d'administration de la fédération prend toutes dispositions pour que, sous son contrôle, soit assurée la sauvegarde des droits et que soient réalisées la liquidation de l'institution et la dévolution de son patrimoine.