1. Sur la demande d'ECR tendant à faire enjoindre, sous astreinte, à la SNCF d'arrêter immédiatement les actes de malveillance et d'entrave à l'activité d'ECR en gare de Cerbère :
 Sur la compétence de l'Autorité, dans la mesure où les faits relatés par ECR ont rapport avec les conditions de l'accès d'une entreprise ferroviaire à la gare et au réseau ferroviaire, l'Autorité est compétente pour en connaître, au titre de l'article L. 2134-2 du code des transports.
 Sur le fond, les évolutions récentes de l'activité du site ferroviaire de Cerbère, notamment le fort développement de l'activité d'ECR et certains changements organisationnels, ont pu susciter des tensions entre les agents de la SNCF et ceux d'ECR. Toutefois, l'Autorité relève que ni les parties ni l'instruction n'ont apporté d'éléments permettant d'imputer ces faits à l'établissement public SNCF et que la prévention et la sanction de certains comportements humains relèvent davantage d'instances plus à même de les constater, de les sanctionner et de les faire réparer, comme les autorités judiciaires territorialement compétentes.
 Au principal, la SNCF a témoigné avoir pris des mesures et consignes pour accompagner ces évolutions. L'Autorité invite l'établissement public à poursuivre dans le temps cet accompagnement. Elle n'estime pas utile d'ordonner des mesures dans le sens de la demande d'ECR.
   2. Sur la demande d'ECR tendant à faire enjoindre, sous astreinte, à RFF de prendre toutes les mesures nécessaires au transfert de la gestion du poste de chef de régie de Cerbère à la direction de la circulation ferroviaire de la SNCF :
 Dans sa saisine, ECR déplore la situation selon laquelle son concurrent Fret SNCF occupe le poste de chef de régie de la gare de Cerbère et exerce certaines missions devant incomber au gestionnaire d'infrastructure RFF au titre des articles L. 2123-4 et suivants du code des transports. ECR présente cette situation comme susceptible de lui causer un préjudice.
 Les conditions de recevabilité et de compétence matérielle apparaissent dès lors remplies, l'Autorité est compétente pour connaître de cette demande en règlement de différend.
 L'instruction établit que le chef de régie, agent relevant de Fret SNCF, a exercé la gestion de la concomitance de l'activité des deux EF, Fret SNCF et ECR, jusqu'au 1er avril 2011. Cette organisation était manifestement anormale puisque une telle mission incombe au gestionnaire d'infrastructure RFF, au titre des articles L. 2123-4 et suivants du code des transports. Elle était susceptible de constituer une entrave à l'accès au réseau au regard de l'article L. 2134-2 du même code. Le risque d'entrave était amplifié par le caractère particulièrement contraint du site et l'évolution des marchés. Il a été aggravé par l'absence de réponse aux courriers émis à plusieurs reprises par ECR depuis novembre 2010.
 La demande d'ECR est donc fondée.
 A la suite de la décision de l'Autorité en date du 9 mars 2011, RFF a ordonné à son délégataire, la DCF, de reprendre la mission de gestion de la concomitance d'activité, ce qui apparaît appliqué sur le site, sous une forme transitoire.
 Lors de l'audience, l'ensemble des parties s'est accordé sur le principe d'une gestion de la concomitance assurée par des agents sous la seule responsabilité de la DCF et n'exerçant pas d'activité pour le compte des EF. La SNCF et RFF se sont engagés à mettre en œuvre une telle organisation, et se sont dits en mesure de le faire à compter du 1er juin 2011. L`Autorité considère que la demande d'ECR sera alors satisfaite sur ce point.
   3. Sur la demande d'ECR tendant à faire enjoindre, sous astreinte, à RFF de procéder à une répartition des voies en gare de Cerbère en fonction des volumes opérés par les entreprises ferroviaires :
 Il ressort de l'instruction que toutes les parties au présent différend, notamment ECR, sont convenues que l'attribution de blocs de voies serait moins adaptée qu'une gestion dynamique de la concomitance, dès lors que cette gestion serait réalisée de manière impartiale. Dès lors, l'Autorité considère que la demande d'ECR sur ce point n'a plus d'objet.
   4. Sur des demandes incidentes formulées par la SNCF :
 La SNCF a formulé dans ses écritures en défense deux demandes incidentes, tendant à ce que l'ARAF, d'une part, précise les règles de rémunération des prestations assurées par Fret SNCF avant le transfert à la DCF et, d'autre part, ordonne un transfert de missions à RFF comprenant des missions assurées au « commandement unique marchandise » du site de Port-Bou en Espagne. Dans ses dernières écritures, la SNCF se désiste de ces demandes. L'Autorité lui en donne acte.
 Décide :