La méthodologie est présentée en trois points :
 - recensement des risques encourus ;
 - répartition des risques entre la personne publique et le partenaire privé ;
 - évaluation et quantification des risques.
A1.1. Recensement de l'ensemble des risques encourus
 Les risques sont appréciés, au cas par cas, selon les caractéristiques propres à chaque projet et les objectifs poursuivis par la personne publique. La répartition des risques sera fonction de la nature spécifique de l'investissement réalisé sous forme de contrat de partenariat. Il dépendra notamment de ses caractéristiques techniques et des aléas qui peuvent en affecter la construction ou l'exploitation. On peut se référer, pour la personne publique concernée, aux risques habituellement rencontrés sous maîtrise d'ouvrage publique. Les dépassements de délais et de coûts doivent être inclus.
 Les risques sont temporaires ou permanents.
A1.2. Répartition des risques
 On élabore pour chacun des scenarii comparés la matrice des risques. Le principe des contrats de partenariat est de répartir les risques à celui des cocontractants qui sont les mieux à même de les supporter du point de vue technique, économique et financier.
 Les risques seront supportés si possible à 100 % par l'une ou l'autre des parties (certains risques devront par nature rester à la charge de la personne publique, comme par exemple le risque d'évolution du cadre légal et réglementaire, d'autres au contraire seront avantageusement portés par le cocontractant privé). Pour un petit nombre de risques, un partage entre les parties apparaîtra toutefois comme la meilleure solution ; ce sera notamment le cas pour le risque de génie civil lorsque les travaux en question seront par exemple soumis à un risque géologique impossible à évaluer précisément avant la réalisation desdits travaux.
 Si la règle générale est que la personne publique conserve le risque volume, ou risque de fréquentation, le contrat de partenariat peut néanmoins affecter au partenaire privé une partie du risque volume.
 L'élaboration d'une matrice des risques est à la fois un guide (notamment pour le dialogue compétitif qui doit suivre), un élément d'analyse clé de l'équilibre recherché de l'opération, et l'occasion de réfléchir aux diverses garanties et notamment aux mécanismes d'assurances permettant de couvrir - ou non - tel ou tel risque.
 Un exemple de matrice des risques est fourni dans le guide méthodologique.
A1.3. Evaluation et quantification des risques
 Les risques doivent être évalués pour chacun des scenarii (procédure traditionnelle et contrat de partenariat) en s'appuyant sur la matrice des risques réalisée. Ils sont appréciés en coûts et gains potentiels pour la personne publique.
 L'évaluation s'appuie sur la sévérité des risques (montant d'engagement potentiel auquel le maître d'ouvrage peut être appelé en termes de couverture pour chacun des risques identifiés) et sur la probabilité que ce risque survienne.
 Cette analyse doit s'appuyer sur des hypothèses raisonnables et documentées (projets comparables, statistiques récentes, autres méthodes de calcul des probabilités) et utilisera des méthodes simples (analyse en valeur moyenne) ou complexes (outils probabilistes).
 Cette analyse amène à identifier les risques qui seront supportés à un moindre coût par la personne privée et permet d'optimiser la matrice de risques.
 Cette matrice de risques présente la liste des risques identifiés et leur allocation soit à la personne publique, soit à la personne privée. Les risques portent sur toute la vie du contrat : période préliminaire, période de développement et de construction, et période d'exploitation.
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