Le dossier de demande de subvention et les pièces constitutives sont adressés au préfet du département dans lequel est situé le siège de l'exploitation avant le commencement d'exécution des investissements.
 Les pièces du dossier qui ont déjà été déposées auprès du guichet unique ne sont pas exigibles, sous réserve de leur validité. Dans ce cas, l'exploitant précise dans sa demande la liste des pièces déjà fournies.
 Le demandeur dispose d'un délai d'un an à compter de la date de la première décision juridique attributive de la subvention pour commencer le projet. Les travaux devront être réalisés dans un délai maximal de deux ans après démarrage du projet. A titre exceptionnel, le préfet peut accorder une prorogation d'une durée maximale d'un an pour le démarrage et de deux années pour l'exécution du projet. Cette décision se fonde sur des circonstances particulières et justifiées tenant à la situation économique, sociale ou personnelle du bénéficiaire. Passé ces délais prorogés ou non, la décision peut être déclarée caduque et les sommes éventuellement versées peuvent faire l'objet d'un recouvrement. Cette décision peut être prise en une ou plusieurs fois dans la limite des délais définis précédemment.
 Conformément à l'article 3 du présent arrêté, le commencement d'exécution du projet ne peut intervenir avant la date de décision de l'engagement juridique de l'aide. Le commencement d'exécution se détermine à compter du premier acte juridique qui lie le bénéficiaire de l'aide au fournisseur ou à l'entreprise. Un bon de commande, un devis signé du bénéficiaire, un premier versement quel qu'en soit le montant constituent un premier acte juridique. A défaut de ce premier acte juridique, la date de paiement de la première dépense est prise en compte pour définir le commencement d'exécution du projet. Lorsque le projet nécessite des études préalables, ces études ne constituent pas un commencement d'exécution.
 Durant la période de programmation de développement rural 2007-2013, sur les crédits d'Etat gérés par le ministère en charge de l'agriculture au titre du plan végétal pour l'environnement (PVE), une même exploitation ne peut bénéficier que d'une seule aide.
 Toutefois, si l'installation d'un jeune agriculteur bénéficiant des aides nationales à l'installation au sein d'une société justifie de nouveaux investissements sur l'exploitation au cours de cette période, ceux-ci sont éligibles. Les groupements agricoles d'exploitation en commun (GAEC) ayant bénéficié d'une aide au titre du PVE peuvent déposer une nouvelle demande suite à l'intégration d'un nouvel associé et d'une nouvelle exploitation au sein du GAEC, sous réserve que cette intégration augmente le nombre de parts (nombre d'exploitations regroupées), dans la limite de trois exploitations regroupées, et que ce nouvel associé n'ait pas déjà bénéficié d'une aide au titre du PVE. En ce qui concerne l'enjeu sur les économies d'énergie dans les serres existantes au 31 décembre 2005, l'intégration d'un nouvel associé au sein d'un GAEC ou l'installation d'un jeune agriculteur au sein d'une société peut donner droit à l'octroi d'une nouvelle aide, sous réserve que le montant cumulé des investissements éligibles ne dépasse pas 150 000 €.
 Pour les coopératives d'utilisation de matériel agricole (CUMA), les exploitants ne pourront pas cumuler une demande pour un même matériel à titre individuel et au titre d'adhérent à une CUMA.
 Pour les CUMA, trois dossiers au maximum pourront être déposés sur la période 2007-2013. Dans ce cas, le montant cumulé d'investissement éligible sur la période 2007-2013 ne doit pas dépasser le montant subventionnable maximum défini à l'article 9.
 Pour le cas particulier de l'enjeu « économie d'énergie dans les serres existantes au 31 décembre 2005 », une même exploitation pourra bénéficier d'une aide au titre de cet enjeu et d'une aide au titre des autres enjeux sur la période 2007-2013.
 Si le siège social de son exploitation est situé dans une zone ayant été rendue éligible à de nouveaux enjeux, l'exploitant ayant bénéficié d'une aide au titre du PVE peut déposer une nouvelle demande de subvention pour les nouveaux enjeux visés au titre du PVE.
 L'aide accordée au titre du PVE peut se cumuler avec l'aide du plan de performance énergétique (PPE). Dans ce cas, le projet présenté dans le cadre du PVE conserve ses règles de gestion, les règles spécifiques du PPE s'appliquant uniquement au volet « énergie » du projet.