Dans le cadre du système national, les organismes certificateurs pour la durabilité des biocarburants et des bioliquides doivent être accrédités à cet effet par le Comité français d'accréditation (COFRAC) ou par un autre organisme membre de la coopération européenne pour l'accréditation ayant signé les accords de reconnaissance mutuelle multilatéraux ou par un autre organisme mandaté au titre d'un accord bilatéral ou multilatéral conclu par la Communauté avec des pays tiers et contenant des dispositions relatives aux critères de durabilité des biocarburants et des bioliquides.
 Dans le cadre du système national, les organismes certificateurs sont agréés par décision des directeurs chargés de l'énergie, de l'écologie, des douanes et de l'agriculture.
 En cas de suspension ou de retrait de l'accréditation, l'agrément est suspendu ou retiré.
 Les organismes certificateurs peuvent prétendre à un agrément sans être accrédité à condition d'avoir obtenu de l'instance national d'accréditation la recevabilité de leur dossier de demande d'accréditation. L'agrément est retiré s'ils n'ont pas obtenu l'accréditation dans un délai d'un an après la recevabilité de leur dossier.
 Pour obtenir leur agrément, les organismes certificateurs doivent déposer un dossier auprès des services du ministère en charge de l'énergie. Les organismes certificateurs qui en font la demande doivent :
 1° Communiquer les informations suivantes :
 a) Les mentions légales (Kbis, numéro de SIRET) et l'adresse postale ;
 b) Les pays ou Etats dans lesquels ils exécutent les tâches prévues par le présent arrêté ;
 2° Apporter la preuve :
 a) Lorsqu'ils sont accrédités : de leur attestation d'accréditation et des domaines pour lesquels ils sont accrédités ;
 b) Lorsqu'ils ne sont pas encore accrédités : de la recevabilité de leur demande d'accréditation ;
 c) En l'absence d'un programme d'accréditation spécifique :
 ― qu'ils disposent des compétences, de l'équipement, et des infrastructures nécessaires pour exercer leurs activités ;
 ― qu'ils disposent d'un personnel dûment qualifié et expérimenté en nombre suffisant ;
 ― qu'ils sont indépendants, eu égard à l'exécution des tâches qui leur sont confiées, des systèmes de certification, des opérateurs, des entreprises, et des fournisseurs et libres de tout conflit d'intérêt ;
 3° Identifier les dispositions mises en œuvre pour satisfaire les exigences du présent arrêté.
 Sur la base des éléments de preuve cités ci-dessus, l'autorité compétente peut demander la remise de documents complémentaires et procéder, dans le cadre de la procédure d'agrément, à des contrôles sur site auprès des organismes certificateurs, dès lors que cela est nécessaire pour statuer sur la demande.
 Le périmètre de l'agrément peut ne concerner qu'une ou plusieurs filières, une ou plusieurs étapes des filières, un ou plusieurs critères de durabilité et une ou plusieurs zones géographiques.
 Les organismes certificateurs transmettent à l'organisme chargé du système de durabilité des biocarburants et des bioliquides mentionné à l'article 11 du décret du 9 novembre 2011 susvisé :
 ― le nom et la raison sociale des opérateurs économiques une fois certifiés et la durée de validité de la certification ;
 ― un rapport annuel d'activité, comprenant notamment la liste des points évalués, et la liste des opérateurs, des entreprises et des fournisseurs évalués pour attribuer la certification ;
 ― un rapport sur l'expérience acquise précisant en particulier les non-conformités constatées lors des évaluations et les actions d'amélioration qui en découlent.
 Les organismes certificateurs conservent pendant une durée d'au moins dix ans au minimum les rapports qu'ils ont établis ainsi que les copies de tous les certificats qu'ils délivrent en vertu du présent arrêté.