Le département des affaires générales assure, sous la responsabilité d'un chef de département assisté d'un adjoint, le fonctionnement général et la coordination administrative, juridique et financière du centre, la gestion des ressources humaines et des affaires générales ainsi que la gestion et le développement de son système d'information. A cet effet, il est organisé en quatre unités.
 1° L'unité de gestion des ressources humaines et des affaires générales assure la gestion du personnel de l'établissement. Elle tient le secrétariat du comité d'hygiène et de sécurité, de la commission consultative paritaire et de la commission des aides à caractère social. Elle assure également la gestion des conseillers généraux des établissements de santé, des professionnels placés en recherche d'affectation et des directeurs d'hôpital en congé spécial. Elle est responsable de la logistique, du courrier et des archives.
 2° L'unité agence comptable et finances assure le contrôle de la régularité des dépenses et des recettes, le paiement des dépenses, notamment la rémunération des personnels du centre, des conseillers généraux des établissements de santé, des professionnels placés en recherche d'affectation, des directeurs d'hôpital en congé spécial, les allocations versées aux étudiants et internes en médecine ayant souscrit un contrat d'engagement de service public exclusif, le remboursement des rémunérations de praticiens hospitaliers, des directeurs de la fonction publique hospitalière (DH, D 3S et directeurs de soins) affectés en surnombre et le recouvrement des recettes.
 Elle tient la comptabilité du centre et l'inventaire comptable des biens, élabore le compte financier et son rapport de présentation. Elle assure l'exécution financière des marchés et accords-cadres. Elle élabore le projet de budget et les décisions modificatives.
 3° L'unité des affaires juridiques assure l'expertise et le conseil juridiques ainsi que le traitement du contentieux et des transactions concernant l'ensemble des activités du centre.
 Elle assiste les départements concernés, dans la préparation et l'exécution des marchés et des accords-cadres dont ils sont responsables. Elle contrôle la régularité juridique des procédures de marchés et d'accords-cadres et assure le secrétariat du comité d'expertise des marchés.
 4° L'unité du système d'information conduit l'élaboration du système général d'information et de télécommunications du CNG, en cohérence notamment avec ceux des ministères chargés de la santé et des affaires sociales. Elle conçoit l'architecture des infrastructures informatiques (serveurs et réseaux de télécommunications) et la politique de sécurité, les met en œuvre et conduit leur développement, leur gestion et leur exploitation. En coordination avec la cellule statistiques et les départements concernés, elle anime un réseau de partenariats utiles aux missions confiées à l'établissement. Elle administre son parc de matériel informatique (inventaire physique, mises à jour, renouvellements, installation et gestion des licences) et contribue à la mise en place et au développement du répertoire partagé des professions de santé, en lien avec les services du ministère chargé de la santé, l'ASIP et les ordres professionnels nationaux concernés.