La présente convention met en œuvre l'article 8 de la loi n° 2010-237 du 9 mars 2010 de finances rectificative pour 2010, relative au programme d'investissements d'avenir,
   Entre :
 L'Etat, représenté par le Premier ministre, la ministre de l'enseignement supérieur et de la recherche, la ministre de la santé et des sports et le ministre de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche, ci-après dénommé l'« Etat »,
   Et :
 L'Agence nationale de la recherche, établissement public administratif institué par l'article L. 329-1 du code de la recherche, représenté par son directeur général, Mme Jacqueline Lecourtier, ci-après dénommée l'« ANR ».
  Il a été préalablement exposé ce qui suit :
 Les sciences du vivant doivent répondre à plusieurs défis majeurs concernant la santé, l'alimentation, l'énergie ou la chimie de demain. La recherche française est de très bon niveau et a ouvert de nombreuses pistes dans ces domaines. Elle doit maintenant faire émerger une bio-économie fondée sur la connaissance du vivant et sur de nouvelles valorisations des ressources biologiques renouvelables.
 Par ailleurs, les avancées récentes des technologies à haut débit de la post-génomique et l'augmentation des capacités d'exploration de l'imagerie conduisent à une forte accélération de l'acquisition des données sur le vivant. La stratégie nationale de recherche et d'innovation a ainsi rappelé la nécessité d'en accélérer l'exploitation et les retombées en matière économique.
 A cet effet, il est prévu, dans le cadre d'une dotation en capital confiée à l'ANR, garante d'une évaluation indépendante et de la qualité des projets, un montant de 1,55 Md€ en autorisations d'engagement et crédits de paiement.
 La dotation sera répartie entre les deux axes suivants :
 ― une dotation en capital de 200 M€ non consomptible sera confiée à l'ANR pour financer par appels à projets des grandes cohortes pour la recherche en santé ;
 ― un montant de 1,35 Md€, non consomptible à hauteur de 900 M€, sera versé à l'ANR pour le lancement de programmes de recherche ambitieux dans le domaine des biotechnologies, de l'agronomie, de la bioinformatique et des nanobiotechnologies.
 En particulier, des infrastructures de recherche (en particulier de génotypage et phénotypage à haut débit, ingénierie cellulaire et moléculaire couplées à un renforcement de la bioinformatique), partagées avec les autres secteurs de la biologie (biologie fondamentale, santé et environnement), contribueront à l'émergence et à la structuration des programmes de recherche.
 Dans le cadre du plan relatif aux nanotechnologies, l'effort dans le champ de la santé et des biotechnologies sera intensifié et des plates-formes de transfert de technologie seront mises en place.
 Ceci exposé, il a été convenu ce qui suit :
S O M M A I R E
 1. Nature de l'action.
  1.1. Description de l'action financée et des objectifs poursuivis.
   1.1.1. Financement de cohortes.
   1.1.2. Infrastructures nationales en biologie-santé.
   1.1.3. Démonstrateurs préindustriels.
   1.1.4. Biotechnologies et bioressources.
   1.1.5. Bio-informatique.
   1.1.6. Nanobiotechnologies.
  1.2. Plus-value des actions du programme d'investissements d'avenir.
  1.3. Volume et rythme des engagements.
 2. Sélection des bénéficiaires.
  2.1. Nature du processus et calendrier de sélection.
  2.2. Elaboration du cahier des charges.
  2.3. Critères de sélection des projets.
  2.4. Mode et instances de décision et de suivi.
 3. Dispositions financières et comptables.
  3.1. Nature des interventions financières de l'opérateur.
  3.2. Opérations réalisées sur les comptes ouverts dans les écritures du comptable du Trésor.
  3.3. Rémunération des dotations conservées en vue de produire intérêt.
  3.4. Versement des fonds.
  3.5. Information de l'Etat relativement aux prévisions de décaissement des fonds par l'opérateur.
  3.6. Organisation comptable de l'opérateur.
  3.7. Retour sur investissement pour l'Etat.
 4. Organisation et moyens prévus au sein de l'opérateur.
 5. Processus d'évaluation.
  5.1. Modalités et budget des évaluations.
  5.2. Objectifs quantifiés et indicateurs de performance.
 6. Suivi de la mise en œuvre de l'action avec l'opérateur.
  6.1. Information de l'opérateur à l'égard de l'Etat.
  6.2. Redéploiement des fonds.
  6.3. Retour final des crédits engagés au titre des investissements d'avenir vers l'Etat.
 7. Suivi de la mise en œuvre des projets avec les bénéficiaires finaux.
  7.1. Contrats passés entre l'ANR et le bénéficiaire final. 
  7.2. Suivi de l'exécution du contrat ― déclenchement des tranches successives.
  7.3. Conditions de modification du contrat.
 8. Dispositions transverses.
  8.1. Communication.
  8.2. Transparence du dispositif.
  8.3. Entrée en vigueur de la convention et modifications. 
1. Nature de l'action
1.1. Description de l'action financée
et des objectifs poursuivis
 Cette action a pour objectif de soutenir la recherche en santé, de favoriser l'émergence d'une bio-économie, basée sur la connaissance du vivant et sur de nouvelles valorisations des ressources biologiques renouvelables. Elle est dotée d'un financement total de 1,55 milliard d'euros dont 29 % est consomptible.
 Plusieurs appels à projets seront lancés en parallèle sur cette action pour sélectionner les projets les plus prometteurs et les plus structurants en matière de biotechnologies et de recherche en santé.
 De façon générale sur ces appels à projets, les questionnements d'ordre juridique, éthique, anthropologique et philosophique, soulevés par la modification et l'utilisation du vivant, devront être pris en compte, de même que l'impact socio-économique des innovations proposées. L'interface avec les sciences humaines et sociales est nécessaire pour cet objectif.
1.1.1. Financement de cohortes
 Outre la recherche clinique traditionnelle, les dernières décennies ont montré l'importance cruciale de la recherche épidémiologique pour appréhender les interactions entre mode de vie (habitudes alimentaires, conditions de travail, exercice physique, vie familiale...), soins médicaux et état de santé. De telles études nécessitent la création de cohortes de volontaires qui acceptent d'être suivis pendant de longues années.
 Un appel à projets sera donc lancé pour sélectionner un petit nombre de cohortes suivies sur une longue période (dix à vingt ans) permettant à la France de se positionner au meilleur niveau international dans la recherche épidémiologique.
1.1.2. Infrastructures nationales en biologie-santé
 La France dispose d'une recherche fondamentale en sciences du vivant reconnue au niveau mondial. Le changement d'échelle induit par l'essor des technologies, et en particulier le séquençage, révolutionne l'approche de l'exploration et de la valorisation du vivant. Si la France était pionnière au début des années 90, en particulier lors du séquençage du génome humain, nous accusons maintenant un retard croissant vis-à-vis de nombreux pays en capacité de traitement des échantillons biologiques à haut débit.
 L'objectif de l'appel à projets multi-thématique est de financer des plates-formes à vocation nationale grâce à une dotation consomptible pour l'achat de matériel.
 Le programme d'investissements d'avenir participera ainsi à la mise en œuvre de la feuille de route des très grandes infrastructures de recherche en sciences du vivant. Ces financements permettront la mise en place de nouvelles plates-formes nationales compétitives internationalement ainsi que l'augmentation de capacité et l'amélioration technologique des plates-formes existantes.
 La gouvernance de ces plates-formes devra être transparente et leur utilisation ouverte à la communauté scientifique et industrielle. Le fonctionnement sera assuré par un ou plusieurs établissements à l'image des très grandes infrastructures de recherche.
 Lorsque les contraintes financières, technologiques et temporelles le permettent, il conviendra de privilégier, lors de la sélection, les plates-formes qui permettront de développer et de valider des nouvelles générations de machines, en partenariat étroit avec les industriels qui seront à même d'amener au marché de nouvelles générations d'appareils.
1.1.3. Démonstrateurs préindustriels
 Avec le passage dans l'ère de la biologie à « haut débit », les démonstrateurs de biotechnologies permettront de lever le deuxième verrou identifié dans le développement des biotechnologies.
 Les démonstrateurs consistent à apporter la « preuve de concept industrielle » en démontrant la faisabilité du passage de la bioproduction en laboratoire à la bioproduction industrielle. Il s'agit d'investissements au stade préindustriel, capables de générer une activité industrielle pérenne. Les cofinancements avec les partenaires privés et les collectivités locales seront fortement recherchés, dans le respect des règlementations européennes sur les aides d'Etat applicables.
 L'appel à projets dédié aux démonstrateurs aura pour objectif de sélectionner les projets les plus prometteurs en matière technologique et industrielle. Les retombées dans le domaine de la santé seront également recherchées en incluant notamment des projets dédiés aux cellules souches.
1.1.4. Biotechnologies et bioressources
 L'OCDE a estimé en 2008 que 55 % de l'augmentation du marché de la chimie (+ 300 M€ sur la décennie en cours) provient des nouveaux procédés et produits résultant majoritairement de l'utilisation croissante des biotechnologies industrielles dans les procédés de production. A titre d'exemple, la production d'enzymes dans le monde augmente de 7 % par an et atteindra 5 milliards d'euros dès 2010, selon l'OCDE.
 L'appel à projets sur les biotechnologies et les bioressources vise à faire émerger de nouveaux systèmes de catalyse biologique (biotechnologies blanches), ainsi que de nouveaux idéotypes végétaux, capables de fournir la ressource nécessaire à l'approvisionnement en biomasse de ces activités nouvelles. Il vise également à répondre à des enjeux environnementaux (azote, eau, changement climatique) et de sécurité alimentaire. Une extension vers les biotechnologies rouges pourrait être envisagée dans un second temps.
 Plus précisément, sur les espèces végétales utiles, le programme de génomique fonctionnelle développé ces dernières années (génoplante) en partenariat avec les opérateurs industriels (semenciers, phytosanitaires, interprofessions et filières...) a permis de créer et de structurer une communauté scientifique d'au moins 500 chercheurs dans le domaine végétal. Il s'agira de financer de volumineux programmes de séquençage et de phénotypage issus de cette communauté scientifique public-privé, sur les « grandes cultures d'intérêt » puis de passer dans un deuxième temps aux plantes plus « orphelines » (fruits, légumes, tabac, lin, chanvre, ornementales, médicinales, etc.).
 S'agissant des biotechnologies blanches, la génomique microbienne ouvre de grandes ambitions avec la biologie synthétique ou le microorganisme reprogrammé. On dispose de peu de données car c'est un secteur émergent en France.
 De plus, les biotechnologies blanches seront décisives pour développer les biocatalyseurs permettant de mieux exploiter la biomasse végétale pour de multiples utilisations, et pas seulement les biocarburants.
 L'appel à projets vise enfin à couvrir les besoins non satisfaits par l'ANR dans un domaine économique stratégique en particulier par le financement de programmes de recherche financièrement volumineux (¹ 2 M€) tels que le séquençage d'un chromosome du génome du blé.
1.1.5. Bio-informatique
 Les enjeux de la bioinformatique se situent dans le domaine de la modélisation multi-physique et multi-échelle pour simuler le vivant de la cellule jusqu'à un système de type cœur (forêt, population animale) dans le domaine de l'algorithmique, du traitement des masses de données ou de l'aide au diagnostic médical.
 Aujourd'hui, il n'existe pas d'appels à projets dédiés à ces thèmes au sein de l'ANR alors qu'il y a en France une communauté scientifique de très grande qualité à la fois dans le domaine de la gestion des masses de données, de la modélisation et de la simulation des processus biologiques, incluant le domaine des neurosciences computationnelles.
 L'appel à projets visera à sélectionner des projets collaboratifs pluridisciplinaires avec un volet important de développement de compétences.
1.1.6. Nanobiotechnologies
 Les nanosciences et nanotechnologies qui permettent de mettre en évidence des propriétés remarquables de la matière trouvent des applications dans un grand nombre de secteurs, en particulier dans celui de la santé.
 Toutes les feuilles de route stratégiques indiquent que la nanomédecine va permettre de soigner de façon plus efficace, de détecter plus en amont les pathologies et d'améliorer l'efficacité du diagnostic par le développement de nouvelles techniques d'imagerie. Une plate-forme européenne sur la nanomédecine vient d'ailleurs d'être créée.
 Par ailleurs, des études toxicologiques seront indispensables pour identifier les effets indésirables, les pollutions environnementales voire l'impact sur les travailleurs dans ce domaine, ce qui répond aux objectifs du plan national santé environnement (phase 2).
 L'objectif de l'appel à projets sera d'accélérer le transfert des applications en nanomédecine vers l'étude clinique et les patients, incluant entre autres les méthodes innovantes d'imagerie, les dispositifs médicaux implantables, les biomatériaux et les nanomatériaux biocompatibles, de renforcer les données scientifiques concernant la toxicologie des nanoparticules, et de faciliter l'acceptation sociale des nanotechnologies.
1.2. Plus-value des actions
du programme d'investissements d'avenir
 L'action financée au titre du programme d'investissements d'avenir présente un caractère exceptionnel et se distingue des appels d'offres « santé et biotechnologies » de l'ANR par leur taille critique.
 La présente action se distingue également de l'action « équipements d'excellence » du programme d'investissements d'avenir en raison de la différence de taille et de coût unitaire des équipements visés.
 L'action « santé et biotechnologies » comprend un volet qui vise à soutenir l'investissement et l'amélioration technologique des infrastructures de biologie et de biotechnologies. Les investissements visés sont structurants au niveau national et compétitifs au niveau international avec un coût de plusieurs millions d'euros et pouvant excéder 20 M€ (coût d'acquisition).
 L'action « équipements d'excellence » du programme d'investissements d'avenir vise à soutenir des équipements de recherche, dans plusieurs champs scientifiques, dont celui de la biologie et des biotechnologies. Dans le cadre de cette action, le coût unitaire des équipements visés est compris entre 1 et 20 M€ et concerne des projets partagés localement, inscrits dans la stratégie d'un pôle d'enseignement supérieur et de recherche et facteur d'attractivité pour de très bonnes équipes.
 La présente action se distingue enfin du programme « démonstrateurs et plates-formes technologiques en énergies renouvelables et décarbonées et chimie verte ». Ce dernier vise à accélérer l'innovation et le déploiement des technologies vertes dans les filières énergétiques et de la chimie, en mobilisant le fond démonstrateur de l'ADEME. Il s'agit de renforcer le volet « non carboné » et propre de la chimie en général.
 Les projets de démonstrateur de la présente action visent, quant à eux, explicitement à la démonstration du cracking végétal, qui reste un verrou majeur pour les biotechnologies industrielles.
 Les deux objectifs sont très différents. Il s'agit dans un cas de poursuivre la politique environnementale et énergétique de l'Etat et dans l'autre de donner une accélération importante à l'innovation dans la branche des biotechnologies industrielles pour laquelle la France dispose de réels atouts.
 Les autres projets de l'action « santé biotechnologie-démonstrateurs » ne sont pas des projets de démonstrateur au sens de l'ADEME mais sont soit des centres d'excellence soit des pilotes de technologies.
Tableau 1. ― Plus-value du programme d'investissements d'avenir
ACTION
ARTICULATION AVEC LES ACTIONS
publiques autres (description)
Santé et biotechnologies
Montants consacrés par l'ANR : 150 M€
Montants consacrés par les établissements d'enseignement supérieur : 853 M€
Montants consacrés par les organismes de recherche : 1 910 M€.
1.3. Volume et rythme des engagements
 Au sein du programme « projets thématiques d'excellence », 1,55 milliard d'euros ont été ouverts par la loi de finances rectificative n° 2010-237 du 9 mars 2010 pour financer l'action « santé et biotechnologies ». Les fonds se répartissent selon les six appels à projets suivants :
 ― une dotation non consomptible de 200 M€ pour les cohortes ;
 ― une dotation consomptible de 450 M€ et une dotation non consomptible de 900 M€ pour les infrastructures de biologie et de biotechnologie et les démonstrateurs, ainsi que les projets de recherche sur les biotechnologies agro-industrielles, la bio-informatique et les nanotechnologies.
 La sélection des cohortes fera l'objet d'un appel à projets lancé fin mai 2010.
 Les autres appels à projets feront l'objet de plusieurs vagues :
 ― les fonds consomptibles seront affectés aux bénéficiaires finaux à l'issu de chacune des vagues d'appel à projets ;
 ― les fonds non consomptibles seront conservés à l'ANR. Les intérêts générés pourront :
  ―  d'une part être affectés aux frais de fonctionnement des infrastructures sélectionnées (hors masse salariale) ;
  ―  d'autre part, ils pourront contribuer au financement des vagues ultérieures de sélection des projets de recherche, démonstrateurs et infrastructures.
Tableau 2. ― Rythme d'engagement des dotations consomptibles
TRANCHE 1
TRANCHE 2
TRANCHE 3
TRANCHE 4
Montant
200 M€
+ 200 M€ (cohortes
non consomptibles)
150 M€
100 M€
Reliquat le cas échéant
Années d'engagement
2010
2011
2012
2013
 Le volume respectif des tranches pourra être ajusté à la marge par le comité de pilotage sur recommandation du jury.
 L'ouverture de ces appels à projets aux biotechnologies rouges pourra être envisagée à partir de 2011.
 Les fonds sont versés intégralement à l'ANR au cours de l'année 2010.
 D'autre part, l'ANR les engagera par tranches correspondant aux appels à projets successifs, le déclenchement de chaque tranche devant faire l'objet d'un accord explicite de l'Etat.
2. Sélection des bénéficiaires
2.1. Nature du processus
et calendrier de sélection
 Afin de sélectionner les meilleurs projets répondant aux objectifs de l'action financée au titre du programme d'investissements d'avenir, l'opérateur organisera plusieurs vagues d'appels à projets compétitifs sur chacune des sous-actions décrites à l'article 1.1.
 Pour la première vague d'appels à projets, le calendrier prévisionnel de sélection est le suivant.
Tableau 2. ― Calendrier prévisionnel de sélection
ÉTAPE
ÉCHÉANCE
Préparation du cahier des charges
Avril 2010
Lancement de l'appel à projets
Juin 2010
Remise des offres
Septembre 2010
Sélection
Novembre 2010
Contractualisation avec les lauréats 
Décembre 2010
2.2. Elaboration du cahier des charges
 La première rédaction du cahier des charges de l'appel à projets est à l'initiative du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche en lien avec l'ANR et avec le commissariat général à l'investissement, dans le respect des principes édictés par la présente convention.
 Le commissaire général à l'investissement (CGI) conduit la concertation interministérielle sur le cahier des charges. Après l'avoir validé, le CGI soumet le cahier des charges à l'approbation du Premier ministre. Cette approbation intervient par arrêté.
 Les proposants peuvent concourir à plusieurs appels à projets de la présente action. Toutefois, ils déposent des dossiers distincts pour chacun des appels à projets concernés. Dans tous les cas, ils devront indiquer sur quels appels à projets du programme d'investissements d'avenir ils concourent, en tant que porteur ou partenaire associé.
 Le cahier des charges comprend les rubriques suivantes :
 ― contexte et objectifs des appels à projets :
  ― contexte ;
  ― objectifs de l'appel à projets ;
  ― coordination avec les autres actions du plan « Investissements d'avenir ».
 ― caractéristiques :
  ― porteurs de projet et nature des projets attendus ;
  ― cohérence avec la stratégie nationale de recherche ;
 ― critères de sélection des projets ;
 ― modalités de mise en œuvre.
2.3. Critères de sélection des projets
 L'instruction des dossiers doit être conduite dans le cadre d'une procédure transparente, sous la coordination du commissariat général à l'investissement. Elle fera appel à un jury par appel à projets composé d'experts nationaux et internationaux. L'ANR peut à leur demande solliciter des expertises externes, fournir des expertises et solliciter les expertises existantes du MESR, de façon à les éclairer.
 Les jurys veilleront, pour chaque appel à projets, à classer les projets en fonction de leur qualité scientifique intrinsèque et du caractère décisif de leur apport à la thématique de recherche à laquelle ils concourront. Leur appréciation reposera sur les critères généraux suivants :
 ― Eligibilité :
  ― nature du porteur de projet ; il peut s'agir d'un établissement d'enseignement supérieur et de recherche, d'un organisme de recherche ou d'une FCS ; le portage par un consortium public-privé est possible, dans le respect de la réglementation européenne relative aux aides d'Etat ;
  ― plan de financement à moyen long terme sur l'investissement et le fonctionnement.
 ―   Sélection :
  ― existence d'une organisation en capacité de porter et gérer le projet (qualité du management...) ;
 ― pertinence de la proposition en regard des orientations de l'appel à projets ;
 ― caractère innovant de la proposition et faisabilité du projet ;
 ― méthodologie, qualité de la construction du projet et de la coordination ;
 ― stratégie de valorisation ;
 ― l'impact socio-économique et les retombées attendues en termes d'amélioration des connaissances et d'innovation : livrables, brevets, publications, partenariats avec l'industrie, retombées sur le tissu industriel ;
 ― inscription du projet dans la stratégie des alliances, la stratégie nationale de recherche et d'innovation et la stratégie européenne ;
 ― cohérence avec la politique scientifique du site et les soumissions aux autres appels à projets du programme d'investissements d'avenir ;
 ― effet de levier des fonds sur les cofinancements publics et privés.
 Les critères de sélection spécifiques à chaque appel à projets sont détaillés dans le cahier des charges.
 L'ANR s'assure de la solidité financière des bénéficiaires sélectionnés et de leur capacité à rendre compte à échéance régulière de la mise en œuvre de l'investissement (cf. 5.1).
2.4. Mode et instances de décision et de suivi
 Afin de sélectionner les meilleurs projets respectant l'ambition du programme d'investissements d'avenir, la procédure de sélection s'appuiera sur les instances suivantes :
 ― des jurys composés d'experts internationaux (cf. composition des comités) ;
 ― un comité de pilotage présidé par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche ou son représentant et composé :
  ― du directeur général pour la recherche et l'innovation ou de son représentant ;
  ― du directeur général pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle ou de son représentant ;
  ― du directeur des affaires financières à l'administration centrale des ministères de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur et de la recherche ou de son représentant ;
  ― du directeur général de la santé ou de son représentant ;
  ― du directeur général de l'enseignement et de la recherche du ministère chargé de l'alimentation, de l'agriculture et de la pêche ou de son représentant ;
  ― du directeur général de la compétitivité, de l'industrie et des services.
 Le directeur général et le directeur de département en charge des investissements d'avenir de l'Agence nationale de la recherche ainsi qu'un représentant du commissariat général aux investissements assistent de droit au comité de pilotage. Il en est de même du président de chacun des jurys.
 La composition nominative du jury sera validée par le CGI, sur proposition du comité de pilotage.
 Le comité de pilotage se réunit une fois par mois et de manière plus fréquente, si nécessaire, dans la phase de mise en place du dispositif.
 Le jury, après évaluation des dossiers et audition des candidats, fait rapport au comité de pilotage. Il classe les candidats pour chacun des appels à projets et se prononce sur les montants de financement demandés.
 Le comité de pilotage :
  ― propose au commissariat général à l'investissement, sur la base du rapport du comité d'évaluation, la désignation des bénéficiaires et les montants correspondants ;
  ― demande au directeur général de l'ANR de signer les conventions ANR-bénéficiaires détaillant les obligations réciproques des parties, après décision du Premier ministre ;
  ― veille au versement de tout ou partie des dotations consomptibles, dans les conditions prévues par les conventions, après décision du Premier ministre.
 L'ANR apportera son expertise en matière d'organisation des appels d'offres, conforme aux meilleures pratiques des agences de financement de la recherche des pays de l'OCDE. Elle assurera sa mission de manière impartiale et garantira la transparence du processus de sélection. Elle veillera à ce que les jurys soient matériellement en mesure d'instruire les dossiers conformément au règlement de consultation joint à chaque cahier des charges.
 A cet effet, l'agence prendra en charge les missions suivantes :
 ― convocations et organisation des jurys ;
 ― recueil des projets provenant des établissements ;
 ― préparation des dossiers pour les membres des jurys ;
 ― secrétariat des jurys et transmission des évaluations au commissariat général à l'investissement et au comité de pilotage.
 Le commissariat général à l'investissement, en lien avec les ministères concernés, s'assure que la procédure de sélection respecte les exigences de qualité et de transparence contenues dans la présente convention et dans le cahier des charges de l'appel à projets. A ce titre, il peut être amené à interagir avec le ministère de tutelle et son opérateur à tous les stades de la procédure. Il s'assure de l'équilibre financier des projets.
 En tant que de besoin, les instances décisionnelles (commissariat général à l'investissement, comité de pilotage) peuvent solliciter de l'ANR un complément d'expertise.
 La répartition des rôles peut être schématisée de la façon suivante tout au long de la procédure.
Tableau 3. ― Schéma de répartition des rôles dans la sélection des projets
ÉTAPES
CGI
MESR ET
ministères
concernés
ANR
COMITÉ
de pilotage
JURY
Elaboration du cahier des charges
Validation
Rédaction
Proposition
Lancement et gestion de l'appel à projets
X
Constitution du comité d'évaluation
X
Instruction des dossiers et notation
X
Sélection des projets et décisions sur les montants
Validation
Proposition
Contractualisation avec les lauréats
X
Notification éventuelle des aides
X
Règlement financier des aides
X
Suivi des projets
X
Déclenchement d'un nouvel appel à projets
Validation
Proposition
Suivi et évaluation de l'action
X
 Les projets de conventions avec les bénéficiaires finaux sont préparés par l'ANR en liaison avec le MESR et le CGI. L'ANR adapte le règlement administratif et financier des aides à cet effet.
3. Dispositions financières et comptables
3.1. Nature des interventions financières de l'opérateur
 Les fonds confiés à l'opérateur devront être employés selon les modalités suivantes.
Tableau 4. ― Répartition des financements de l'action
selon la nature des interventions
FONDS
non consomptibles
FONDS CONSOMPTIBLES
Subventions
dont bonifications
Avances
remboursables
Prêts
Prises
de participations
TOTAL
Montant
1 100 M€
450 M€
1 550 M€
%
71 %
29 %
100 %
Tableau 5. ― Maquette financière prévisionnelle de l'action
SOURCES
de financement
EMPRUNT
national
AUTRE ETAT
(dont opérateurs)
AUTRE PUBLIC
(Europe, collectivités
locales...)
FINANCEMENT PRIVÉ
TOTAL
Montant prévisionnel (en M€)
1 550
150
1 700
% de l'investissement total
91,2 %
8,8 %
100 %
 Un apport privé significatif est attendu pour les démonstrateurs. Un cofinancement industriel est également attendu pour les projets déposés à l'appel concernant les biotechnologies agro-industrielles.
 Le capital des fonds conservés pour produire intérêt mentionnés au 6° du A du II de l'article 8 de la loi susvisée (« dotations non consomptibles ») ne peut être engagé ni par l'opérateur ni par les bénéficiaires finaux. Seuls les produits financiers générés par le placement de ces fonds peuvent être utilisés. Ils sont versés aux bénéficiaires finaux sous forme de subvention.
 Les subventions correspondent à une dépense des bénéficiaires finaux sans contrepartie directe sous forme d'actifs pour l'Etat. Pour les démonstrateurs, un intéressement pourra être consenti à l'Etat selon les modalités précisées dans les conventions conclues entre l'opérateur et les bénéficiaires (cf. 7.1).
3.2. Opérations réalisées sur les comptes ouverts
dans les écritures du comptable du Trésor
 Pour la réalisation des opérations visées par la présente convention l'ANR disposera de plusieurs comptes dans les écritures du receveur général des finances de Paris, trésorier-payeur général de la région Ile-de-France.
 Le compte n° 75000-00001051013 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables non affectées » recevra les dotations non consommables allouées en propre à l'ANR et en attente d'affectation à un projet.
 Le compte n° 75000-00001052008 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables » recevra les dotations non consommables dédiées au financement de projets dans les conditions précisées au 3.3.
 Le compte n° 75000-00001051007 intitulé « ANR-Programmes d'investissements d'avenir ― dotations consommables » recevra les autres dotations et les intérêts des fonds déposés sur le compte n° 75000-00001052008 « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables ».
 Les seules opérations autorisées sur le compte n° 75000-00001051013 « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables non affectées » sont :
 ― en recettes, le versement par l'Etat des fonds prévus par la loi susvisée ainsi que les transferts de fonds en provenance du compte n° 75000-00001052008 « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables » ;
 ― en dépenses, le transfert des dotations vers le compte n° 75000-00001052008 « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables ».
 Les seules opérations autorisées sur le compte n° 75000-00001052008 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables » sont :
 ― en recettes, les dotations non consomptibles prévues dans la présente convention dans les conditions précisées ci-dessous, depuis le compte n° 75000-00001051013, ainsi que le versement par l'Etat des intérêts afférents à ces mêmes fonds ;
 ― en dépenses, le versement des intérêts sur le compte n° 75000-00001051007 intitulé « ANR ― programmes d'investissements d'avenir ― dotations consommables » ainsi que les transferts des dotations non affectées à un projet sur le compte n° 75000-00001051013 « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables non affectées ».
3.3. Rémunération des dotations conservées
en vue de produire intérêt
 Les fonds non consomptibles sont rémunérés dans les conditions et selon les modalités prévues par l'arrêté conjoint du ministre de l'économie, de l'industrie et de l'emploi et du ministre du budget, des comptes publics et de la réforme de l'Etat du 15 juin 2010 fixant les ouvertures des comptes sur lesquels seront déposés les fonds versés à partir des programmes créés par la loi n° 2010-237 de finances rectificative du 9 mars 2010 et les modalités de leur rémunération.
 Les intérêts courent pour des fractions de dotation non consomptible suivant le schéma décrit ci-dessous correspondant aux appels à projets successifs décrits au paragraphe 1.3.
Tableau 6. ― Séquence de déclenchement des intérêts
sur les fonds non consomptibles
TRANCHE 1
TRANCHE 2
TRANCHE 3
Montant
300 M€ 
300 M€ 
300 M€
Années
d'engagement
2010
2011
2012
 A cet effet, à la date de réception des fonds par l'ANR, la première tranche 2010 est transférée du compte n° 75000-00001051013 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables non affectées » sur le compte n° 75000-00001052008 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables ».
 Un an après la date de réception des fonds par l'ANR, la seconde tranche 2011 est transférée du compte n° 75000-00001051013 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables non affectées » sur le compte n° 75000-00001052008 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables ».
 Deux ans après la date de réception des fonds par l'ANR, la troisième tranche 2012 est transférée du compte n° 75000-00001051013 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables non affectées » sur le compte n° 75000-00001052008 intitulé « ANR-Programme d'investissements d'avenir ― dotations non consommables ».
 Les intérêts produits par une dotation sont versés au compte sur lequel cette dotation est déposée avant d'être reversés sur le compte de dépôt n° 75000-00001051007 intitulé « ANR ― Programme d'investissements d'avenir ― dotations consommables ».
 Les intérêts générés par les fonds non consomptibles ne sont pas capitalisés.
3.4. Versement des fonds
 Le responsable de programme ordonnance les crédits ouverts par la loi de finances n° 2010-237 du 9 mars 2010 dans un délai de deux semaines après la signature et la publication de la présente convention. Le comptable ministériel effectue les paiements au bénéfice de l'opérateur dans un délai de deux semaines courant à compter de l'ordonnancement.
 Les bénéficiaires finaux ne reçoivent les fonds qu'après la signature des conventions mentionnées au paragraphe 7.1.
3.5. Information de l'Etat relativement aux prévisions
de décaissement des fonds par l'opérateur
 L'ANR est chargée d'élaborer un calendrier prévisionnel de décaissement des fonds déposés au Trésor qu'elle transmet trimestriellement au commissaire général à l'investissement et à l'Agence France Trésor. Elle veille à la cohérence entre ce calendrier de décaissement et le calendrier de sélection des bénéficiaires mentionné au paragraphe 2.1.
 L'ANR informe le receveur général des finances de Paris, trésorier-payeur général de la région Ile-de-France auprès duquel les fonds reçus conformément à la présente convention sont déposés de toute opération d'un montant unitaire égal ou supérieur à un million d'euros qui affectera, en débit, le compte du Trésor auprès de la Banque de France. Cette information est communiquée avant 16 heures, heure locale, le jour ouvré qui précède le jour demandé pour le règlement financier de l'opération.
  Le règlement financier d'une opération qui n'a pas fait l'objet d'une annonce préalable dans les conditions définies à l'alinéa précédent peut être opéré le jour ouvré suivant le jour demandé pour ce règlement. Le directeur général du Trésor ou son représentant en avise immédiatement l'établissement public à l'origine de l'opération ainsi que le comptable du Trésor auprès duquel ses fonds sont déposés.
3.6. Organisation comptable de l'opérateur
 Les fonds, dont la gestion est confiée à l'ANR, ayant vocation à être redistribués dans le cadre d'appels à projets, sous forme de subventions, sont comptabilisés en comptes de tiers et de trésorerie, dans les comptes de l'ANR lors de la notification de leur versement par l'Etat.
  Lorsque l'ANR redistribue ces fonds aux bénéficiaires finaux, elle solde les comptes de tiers et de trésorerie initialement mouvementés.
  Ce traitement s'applique également aux opérations de redistribution des intérêts perçus sur les fonds conservés dans cet objectif.
  Les fonds non consomptibles dont la gestion est confiée à l'Agence nationale de la recherche sont comptabilisés, dans les comptes de l'agence, en comptes de tiers et de trésorerie.
 Si l'agence redistribue ces fonds aux bénéficiaires finaux, elle solde les comptes de tiers et de trésorerie initialement mouvementés.
 L'ANR prend toutes les dispositions nécessaires pour suivre individuellement la gestion des fonds qui lui sont confiés dans le cadre de la présente convention, notamment en créant les subdivisions de comptes nécessaires et en organisant un suivi analytique dédié.
 En particulier, elle crée, dans les comptes de classe 5, les subdivisions nécessaires pour suivre les mouvements de trésorerie afférents aux crédits dont la gestion lui est confiée par l'Etat afin d'assurer le respect des obligations d'information posées au III de l'article 8 de la loi de finances rectificative pour 2010.
 L'agent comptable de l'ANR communique à la DGFiP avant 15 janvier N + 1 pour les opérations de l'année N les informations nécessaires à l'inscription dans les comptes de l'Etat des opérations réalisées en son nom et pour son compte par elle-même. Ces informations comportent notamment l'intégralité des conventions signées et l'indication des montants reversés aux bénéficiaires finaux au cours de chaque exercice.
3.7. Retour sur investissement pour l'Etat
 Le retour sur investissement pour l'Etat se traduit par la rentabilité socio-économique des travaux de recherche générés par la présente action. Les investissements et les actifs immatériels liés à ces travaux de recherche viennent augmenter le patrimoine des opérateurs de l'Etat.
 Lorsque le programme d'investissements d'avenir permettra le développement de démonstrateurs industriels, un intéressement de l'Etat sera demandé aux industriels bénéficiaires sur les succès commerciaux issus du projet.
 Enfin, des redevances seront négociées pour le recours aux cohortes par des chercheurs du secteur privé.
4. Organisation et moyens prévus au sein de l'opérateur
 Les moyens détaillés dont l'ANR bénéficie pour mettre en œuvre l'ensemble des actions lui étant confiées au terme de la loi de finance rectificative susvisée font l'objet d'une convention financière spécifique.
5. Processus d'évaluation
5.1. Modalités et budget des évaluations
 L'évaluation doit être au cœur de la démarche de sélection et de suivi des actions financées au titre du programme d'investissements d'avenir.
 Au-delà de l'évaluation ex ante des projets établie dans le cadre de la procédure de sélection et du suivi des indicateurs de performance définis par la présente convention, une évaluation scientifique et économique de l'action devra être mise en place par l'opérateur pour apprécier l'impact des investissements consentis sur l'atteinte des objectifs que se sont fixés les bénéficiaires pour la réalisation de leur projet.
 Ainsi, l'opérateur devra consacrer 0,1 % des crédits issus de l'emprunt national à l'évaluation des projets financés. Les évaluations porteront sur les résultats et l'impact de l'action par rapport aux objectifs fixés dans la présente convention et sur l'efficience de l'utilisation des crédits. Elles devront fournir une estimation de la rentabilité économique et financière de l'action.
 A ce titre, l'ANR fera effectuer, pour chacune des opérations retenues, une analyse de la rentabilité des projets financés, ce qui alimentera l'évaluation générale de l'action. La rentabilité socio-économique des projets sera notamment étayée par :
 ― l'apport des cohortes à la recherche en santé publique ;
 ― la rentabilité des investissements mesurée par le taux d'utilisation des équipements et le nombre de projets bénéficiant de leur usage ;
 ― le cofinancement privé des démonstrateurs ;
 ― l'impact de la mesure sur le tissu industriel ;
 ― le traitement éthique et sécuritaire des projets de biotechnologie agro-industrielles et de nanotechnologies.
 Les conventions ANR/bénéficiaires préciseront les données devant être fournies à l'ANR pour chacune de ces analyses.
 Les résultats des évaluations annuelles seront transmis au commissaire général à l'investissement et au comité de pilotage, tout au long de la vie des projets.
 Lorsque l'opérateur contractualise avec les bénéficiaires finaux, le contrat prévoit les modalités de restitution des données nécessaires à l'évaluation des investissements mis en œuvre.
 Ces évaluations permettront de nourrir les rapports du commissariat général à l'investissement au comité de surveillance du programme d'investissements d'avenir ainsi que les rapports annuels au Parlement.
5.2. Objectifs quantifiés et indicateurs de performance
 Au titre de son rôle de gestionnaire, l'Agence est évaluée au moyen des indicateurs suivants :
 ― indicateur 1 : respect du calendrier du processus de sélection ;
 ― indicateur 2 : satisfaction du comité d'évaluation relative à l'organisation de la ou des sessions et à l'assistance technique apportée par l'ANR ;
 ― indicateur 3 : respect des délais de versement des fonds prévus par les conventions avec les bénéficiaires finaux ;
 ― indicateur 4 : qualité du suivi des conventions mesurée par les tableaux de bord remis dans les délais impartis au comité de pilotage ;
 ― indicateur 5 : respect en gestion de l'enveloppe de moyens prévue par l'annexe financière à la convention ;
 ― indicateur 6 : délai de mise en œuvre opérationnelle des projets ;
 ― indicateur 7 : délai et taux de réalisation des résultats attendus (§ 2.3).
 Des indicateurs sur les résultats à atteindre seront fixés par projet.
6. Suivi de la mise en œuvre de l'action avec l'opérateur
6.1. Information de l'opérateur à l'égard de l'Etat
 L'opérateur transmet chaque semestre au ministère de tutelle et au commissariat général à l'investissement un rapport intermédiaire synthétique comportant notamment les informations suivantes :
 ― état d'avancement des projets et conventions conclues avec les bénéficiaires des crédits, opération par opération ;
 ― actualisation du calendrier de décaissement des fonds ;
 ― bilan des fonds appelés et des crédits déjà consommés par opération ;
 ― résultats des indicateurs de résultat intermédiaire/d'avancement des projets.
 En cas de besoin, ces informations seront transmises à première demande par l'opérateur.
 Une réunion trimestrielle de suivi est organisée entre l'opérateur, le commissariat général à l'investissement et les ministères concernés afin d'analyser la mise en œuvre du programme et de réorienter l'action si nécessaire.
 A l'issue des premiers appels à projets, l'opérateur, le commissariat général à l'investissement et les ministères concernés se réunissent pour analyser si les conditions de déclenchement d'un nouvel appel à projets sont réunies.
 L'opérateur informe sans tarder les services du ministère de tutelle et du commissariat général à l'investissement de toute difficulté intervenant dans la mise en œuvre de la présente convention et propose toute action susceptible d'y remédier.
 En outre, afin de permettre l'élaboration de l'annexe générale au projet de loi de finances mentionnée à l'article 8 de la loi n° 2010-237 de finances rectificative du 9 mars 2010 et l'établissement du projet de loi de règlement des comptes, il transmet annuellement au plus tard le 31 mars au commissaire général à l'investissement et au ministère de tutelle un rapport sur la mise en œuvre de l'action au cours de l'exercice N ― 1, comportant notamment les informations suivantes :
 ― état d'avancement des projets et conventions conclues avec les bénéficiaires des crédits ;
 ― calendrier prévisionnel de décaissement des fonds et état des crédits déjà consommés par type d'intervention ;
 ― résultats de l'ensemble des indicateurs de performance mentionnés à la rubrique 5.2.
 Pour les restitutions, l'opérateur utilise l'outil spécifique qui sera mis à sa disposition par le commissariat général à l'investissement. Le renseignement de cet outil sera réalisé par les services internes de l'opérateur. Cette tâche ne peut être déléguée aux bénéficiaires finaux des crédits. L'actualisation sera réalisée une fois par trimestre et, en cas de besoin, à première demande.
 L'opérateur s'engage, par ailleurs, à fournir sans délai toute information utile au suivi de la bonne exécution du programme.
 Ces procédures sont complémentaires des relations entretenues entre l'Etat et l'opérateur dans le cadre des comités organisés pour la sélection et le suivi des appels à projets (cf. 2.4).
6.2. Redéploiement des fonds
 S'il s'avère, au regard des rapports transmis par l'opérateur ou des évaluations annuelles des investissements, que celui-ci ne respecte pas les modalités de la présente convention, utilise les crédits de manière sous-optimale ou n'utilise pas la totalité des crédits qui lui sont confiés, le commissaire général à l'investissement peut proposer de redéployer les crédits vers une autre action au sein du même opérateur ou vers un autre opérateur.
 Les critères d'appréciation d'un emploi sous-optimal des crédits sont notamment les suivants :
 ― résultats des indicateurs insuffisants au regard des cibles fixées ;
 ― rentabilité économique et financière notoirement insuffisante ;
 ― retard important dans le processus de sélection des bénéficiaires ou incapacité à sélectionner des bénéficiaires selon les critères retenus par le cahier des charges.
 Les crédits sont alors redéployés vers une autre action au sein du même opérateur ou reversés par l'opérateur au budget de l'Etat par rétablissement de crédits, afin d'être reversés à un autre opérateur.
 Les éventuels redéploiements de crédits entre différentes actions sont approuvés par le Premier ministre, sur proposition du commissaire général à l'investissement, après information des commissions chargées des finances et des autres commissions compétentes de l'Assemblée nationale et du Sénat.
6.3. Retour final des crédits engagés au titre
des investissements d'avenir vers l'Etat
 L'Etat récupèrera les crédits engagés selon les modalités suivantes :
 ― pour les dotations non consomptibles dont les intérêts servent à financer des projets régulièrement remis en concurrence et renouvelés, l'Etat récupérera ces dotations au terme de la convention (dix ans maximum).
 Ils seront reversés par l'opérateur au budget de l'Etat.
7. Suivi de la mise en œuvre des projets
avec les bénéficiaires finaux
7.1. Contrats passés entre l'ANR
et le bénéficiaire final
 L'ANR est responsable du suivi de la mise en œuvre des projets d'investissement par les bénéficiaires sélectionnés. Elle signe avec chaque bénéficiaire, après avis du comité de pilotage, une convention précisant notamment :
 ― l'utilisation des crédits ;
 ― le contenu du projet ;
 ― le calendrier de réalisation ;
 ― les modalités de pilotage du projet ;
 ― l'encadrement communautaire applicable ;
 ― le montant des tranches et les critères de déclenchement des tranches successives ;
 ― le cas échéant, les modalités de cofinancement des projets ;
 ― les modalités de restitution des données nécessaires au suivi et à l'évaluation des investissements ;
 ― les modalités de communication ;
 ― Une annexe à chacune de ces conventions précise le plan de gestion des équipements financés par les dotations consomptibles.
 Le bénéficiaire met en place un tableau de bord comportant des indicateurs de suivi de l'avancement des projets et des résultats obtenus et le transmet semestriellement à l'ANR.
7.2. Suivi de l'exécution du contrat ―
déclenchement des tranches successives
 L'ANR s'engage, par tous les moyens qu'elle juge utile, à suivre la bonne exécution des projets avec le bénéficiaire final des crédits.
 En cas de difficulté de mise en œuvre, le chef de file du projet doit en informer l'opérateur le plus rapidement possible et doit proposer un plan d'action pour y remédier.
 Les crédits sont décaissés par tranches aux bénéficiaires. S'il s'avère que les crédits ne sont pas utilisés conformément aux conventions mentionnées ci-dessus, l'ANR alerte le comité de pilotage. Ce dernier peut décider, après avis du commissaire général à l'investissement, de ne pas verser les tranches suivantes et d'abandonner le projet.
 Dans l'hypothèse où la non-application d'une convention entre l'ANR et un bénéficiaire final entraînerait une procédure de recouvrement, l'Etat produira un titre de recette et effectuera le recouvrement, après instruction du dossier par l'ANR.
 De façon plus générale, l'ANR rend compte régulièrement de l'état d'avancement des projets et des conventions au commissariat général à l'investissement et au comité de pilotage, conformément à l'article 6.2.
7.3. Conditions de modification du contrat
 Toute modification du contrat sollicitée par le bénéficiaire final sera soumise à une évaluation préalable du projet et de ses conditions de réalisation, diligentée par l'opérateur, dans les conditions définie au point 5 de la présente convention.
 La signature de l'avenant au contrat se fera dans les conditions définies à l'article 7.1.
8. Dispositions transverses
8.1. Communication
 Dans tous les documents relatifs aux investissements d'avenir, ainsi que sur son site internet, l'opérateur s'engage à préciser que les opérations retenues sont financées au titre du programme d'investissements d'avenir lancé par l'Etat.
8.2. Transparence du dispositif
 L'ANR s'engage à mettre à disposition des commissions compétentes du Parlement l'ensemble des documents relatifs au programme d'investissements d'avenir en sa possession.
8.3. Entrée en vigueur de la convention
et modifications
 La présente convention, valable pour une durée de dix ans, entre en vigueur le jour de sa publication au Journal officiel de la République française.
 Par voie d'avenant, les parties engagées peuvent convenir de modifications aux dispositions de la présente convention et de ses annexes.
 Fait à Paris, le 14 juillet 2010 en cinq exemplaires.