Le fonds réunit deux régimes de garanties distincts, l'un en faveur des très petites entreprises et des petites et moyennes entreprises (TPE-PME), l'autre à destination des entreprises de plus grande taille, au sens de l'annexe 1 du règlement général d'exemption par catégorie n° 800/2008 susvisé.
 Il est constitué dans le respect des conditions énoncées aux points 3.4 et 3.5 de la communication de la Commission sur l'application des articles 87 et 88 du traité CE aux aides d'Etat sous forme de garanties susvisée et de l'annexe 1 du règlement général d'exemption par catégorie n° 800/2008 susvisé.
 Sont exclues les entreprises en difficulté au sens des lignes directrices de la Commission européenne concernant les aides d'Etat au sauvetage et à la restructuration d'entreprises en difficulté (2004/C 244/02).
 La garantie du FNCA ne peut être supérieure ni au montant des cautionnements volontaires déposés par les bénéficiaires de la garantie auprès des sociétés de cautionnement mutuel ni à 6 % du montant des achats nets réalisés par les acheteurs sociétaires à la société de cautionnement mutuel au cours de l'année précédant la demande de mise en place de la garantie ou de sa réévaluation.
 Pour les PME, la garantie du FNCA ne dépassera pas le seuil de 2,5 millions d'euros par entreprise.
 La garantie est accordée pour une durée d'un an renouvelable sur décision du directeur général de FranceAgriMer prise après appréciation du montant des encours et des situations financières des bénéficiaires.
 En aucun cas la garantie ne peut couvrir plus de 80 % de la créance du bénéficiaire constituée par les factures des achats de produits de la mer non encore acquittées, ni dépasser la part que représente la garantie du FNCA par rapport aux dépôts de garanties volontaires.
 En rémunération de la garantie accordée, les bénéficiaires versent au fonds une prime de garantie annuelle, conforme au coût du marché et suffisante pour assurer l'autofinancement des deux régimes dont ils dépendent.
 Il est ainsi établi :
 ― une prime unique de garantie à usage des TPE-PME, telle que prévue à l'article 3.5 de la communication de la Commission. Cette prime est calculée sur la base d'un capital à rémunérer égal à 8 % du montant de la garantie accordée ;
 ― une prime par bénéficiaire et par catégorie de risque à usage des entreprises de plus grande taille sur la base d'une notation financière fondée sur la cotation Banque de France. Pour les garanties accordées aux entreprises dont la note est équivalente à 3++ et 3+, le montant de capital à rémunérer est ramené à 2 % du montant des garanties en cours. Pour les garanties accordées aux entreprises dont la note est équivalente à 3, le montant de capital à rémunérer est ramené à 4 % du montant des garanties en cours.
 Dans les autres cas, la prime est calculée sur la base d'un capital à rémunérer égal à 8 % du montant de la garantie accordée.
 La prime de garantie couvre les risques suivants :
 ― les risques normaux associés à l'octroi de la garantie, équivalant à la sinistralité annuelle moyenne des trois années de fonctionnement du fonds précédant l'année de la demande de garantie ;
 ― les coûts administratifs du fonds, correspondant aux coûts d'évaluation initiale, de surveillance et de gestion du risque liés à l'octroi de la garantie ;
 ― la rémunération d'un capital constituée par une prime de risque et majorée du taux d'intérêt sans risque.
 La prime de garantie est calculée à partir de ces données et s'exprime par un taux appliqué au montant garanti.
 Ces taux sont fixés chaque année par une décision du comité de direction du fonds, en fonction de la sinistralité observée et du taux d'intérêt sans risque de chacun des deux régimes.