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PRÉCONISATIONS POUR LES MÉTHODES UTILISÉES POUR LE CONTRÔLE DES ÉLÉMENTS DE QUALITÉ, PARAMÈTRES OU GROUPES DE PARAMÈTRES POUR LE PROGRAMME DE SURVEILLANCE DES EAUX DE SURFACE
 De manière générale, la période à laquelle les contrôles sont effectués doit être déterminée de manière à réduire au maximum l'effet des variations saisonnières sur les résultats.
 Les analyses des eaux et des sédiments nécessaires à la mise en œuvre et au suivi du programme de surveillance sont effectuées par des laboratoires agrées conformément aux dispositions prévues par l'article L. 212-2-2 du code de l'environnement. Les modalités d'agrément des laboratoires sont définies par l'arrêté du 29 novembre 2006 modifié, portant modalités d'agrément des laboratoires effectuant des analyses dans le domaine de l'eau et des milieux aquatiques au titre du code de l'environnement.
 Dans le cas où ces méthodes ne sont pas disponibles ou ne sont pas adaptées aux spécificités des milieux, notamment en outre-mer, le préfet coordonnateur de bassin fixe les méthodes à utiliser dans le bassin et les notifie à l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques.
1. Description des outils, méthodes d'échantillonnage,
de traitement et d'analyse des échantillons pour les cours d'eau
1.1. Eléments biologiques
 Les méthodes de mesure, de prélèvement et d'analyse à utiliser pour les contrôles des éléments biologiques sont celles indiquées ci-dessous.
 Pour les éléments biologiques, les fréquences de contrôle sont indiquées à l'annexe I du présent arrêté.
1.1.1. Phytoplancton
 Méthode ou principes d'échantillonnage :
 Protocole standardisé d'échantillonnage et de conservation du phytoplancton en grands cours d'eau applicable aux réseaux de mesure DCE, version 2, Cemagref, décembre 2010.
 Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :
 ― norme européenne : NF EN 15204 (01/12/2006). Qualité de l'eau ― Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) ;
 ― l'application de cette norme doit suivre les prescriptions du détail opératoire précisées dans le chapitre "analyse du phytoplancton” du protocole standardisé en plan d'eau (cf. paragraphe 2.1.1.).
1.1.2. Phytobenthos : diatomées
 Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :
 Norme française : NF T90-354 (01/12/2007). Qualité de l'eau ― Détermination de l'Indice Biologique Diatomées (IBD).
1.1.3. Macrophytes : angiospermes, bryophytes
ptéridophytes et macro-algues
 Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :
 ― norme française : NF T90-395 (01/10/2003). Qualité de l'eau ― Détermination de l'indice biologique macrophytique en rivière (IBMR) ;
 ― guide méthodologique d'application de l'IBMR ― AFNOR GA T90-495. A paraître en 2011.
1.1.4. Faune benthique invertébrée
   Cas des cours d'eau peu profonds :
 Méthode ou principes d'échantillonnage :
 Norme française : XP T90-333 (01/09/2009) : Prélèvement des macro-invertébrés aquatiques en rivières peu profondes.
 Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :
 Norme française : XP T90-388 (01/06/2010) : Qualité de l'eau ― Traitement au laboratoire d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau.
   Cas des cours d'eau profonds :
 Méthode ou principes d'échantillonnage :
 Protocole expérimental d'échantillonnage "invertébrés” en grands cours d'eau, décembre 2009, université de Metz, Cemagref.
 Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :
 Norme française : XP T90-388 (2010-06-01) : Qualité de l'eau ― Traitement au laboratoire d'échantillons contenant des macro-invertébrés de cours d'eau.
1.1.5. Ichtyofaune
 Méthode ou principes d'échantillonnage :
 Partie échantillonnage de la norme XP T90-383 (01/05/2008) : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier les chapitres 4, 6 et 7 de la norme.
 Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :
 Niveau de détermination : espèce (réf. Atlas des poissons d'eau douce de France : Keith et Allardi, 2001). Mise à jour de l'Atlas à paraître : été 2011.
 Partie analyse de la norme XP T90-383 (01/05/2008) : échantillonnage des poissons à l'électricité dans le cadre des réseaux de suivi des peuplements de poissons en lien avec la qualité des cours d'eau ; en particulier le chapitre 8.1 de la norme.
1.2. Eléments physico-chimiques
 Les méthodes de mesure, de prélèvement et d'analyse à utiliser pour les contrôles des éléments de qualité, paramètres ou groupes de paramètres physico-chimiques sont celles indiquées ci-dessous ou toute autre méthode garantissant des données de qualité scientifique et de comparabilité équivalentes.
 Paramètres :
Vous pouvez consulter le tableau dans le 

JOn° 217 du 18/09/2011 texte numéro 5

 Paramètres mesurés en laboratoire sur eau brute (non filtrée), à l'exception des métaux mesurées sur la fraction dissoute, obtenue par filtration de l'eau brute à travers un filtre de porosité 0,45 micromètres ou par tout autre traitement préliminaire équivalent
 Groupe 6. ― Substances de l'état chimique et polluants spécifiques de l'état écologique.
 Paramètres mesurés en laboratoire sur le biote
 Groupe 6. ― Substances de l'état chimique et polluants spécifiques de l'état écologique pour lesquels des normes ont été établies sur le biote.
 Paramètres mesurés en laboratoire sur sédiment
 Groupe 6. ― Substances de l'état chimique, substances pertinentes à surveiller et polluants spécifiques de l'état écologique pour lesquels le support sédiment est pertinent.
   Période de prélèvement :
 Sur support eau :
 Période de prélèvement : toute l'année.
 Fréquence annuelle :
 Groupes 1 et 2 : 6 fois par an ;
 Groupe 3 : 2 fois par an.
 Sur support sédiment :
 Fréquence par plan de gestion : tous les trois ans ;
 Période de prélèvement : en dehors des périodes de hautes eaux.
 Fréquence annuelle :
 Groupe 4 et 5 : 1 fois par an.
 Groupe 6 : les fréquences de contrôle sont définies à l'annexe I du présent arrêté.
 Méthode ou principes d'échantillonnage :
 Un point de prélèvement par site. Les mesures in situ et les prélèvements d'eau sont réalisés dans la veine centrale du chenal principal. Les prélèvements de sédiment sont réalisés dans les zones de dépôt. Les sédiments récoltés doivent toujours être immergés à l'étiage. En l'absence de fraction fine ou lorsque la fraction fine est trop réduite pour pouvoir constituer un échantillon analysable, les prélèvements sur sédiment ne sont pas réalisés.
 Caractéristiques du flaconnage (volume, matière) : selon la nature des paramètres à analyser.
 Méthodes ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :
 Conformément aux normes en vigueur.
1.3. Eléments hydromorphologiques
 La mise en œuvre du programme de surveillance pour les éléments de qualité hydromorphologiques nécessite des analyses à différentes échelles allant de la masse d'eau à la station. En effet, la pertinence d'un paramètre à suivre n'a de sens qu'à la juste échelle de collecte de l'information de celui-ci. En outre le contrôle de surveillance et le contrôle opérationnel n'impliquent pas les mêmes échelles d'analyse (respectivement échelle du site de surveillance et échelle de la masse d'eau). Ainsi, pour chaque élément de qualité sont précisés ci-dessous les paramètres à suivre, les outils et méthodes de description ainsi que leur utilisation pour le Réseau de Contrôle de Surveillance (RCS) et pour le contrôle opérationnel (CO).
 Pour les éléments hydromorphologiques, les fréquences de contrôle sont définies à l'annexe I du présent arrêté.
1.3.1. Régime hydrologique
 Paramètres :
 Quantité et dynamique du débit, connexion avec les eaux souterraines.
 Outils, méthodes de description ou de mesure en développement :
 Modification des crues (fréquence de retour 2 ans) ;
 Modification des étiages : durée, fréquence (débit moyen mensuel sec de récurrence 5 ans).
1.3.2. Continuité écologique
 Paramètres :
 Altération de la migration des organismes aquatiques et du transport des sédiments.
 Déconnexion lit mineur/lit majeur.
 Méthodologie de recueil de données pour le programme de surveillance :
 Migration des organismes aquatiques et transport des sédiments :
 Inventaire des obstacles à l'écoulement :
 ― RCS et CO : enrichissement du Référentiel des obstacles à l'écoulement (ROE) : guide d'administration et de gestion partenariale des données, ONEMA 2011 ; http://www.eaufrance.fr/IMG/pdf/Administration_ROE2011.pdf ;
 Diagnostic des discontinuités :
 ― RCS et CO : Protocole de production d'informations sur la continuité écologique (ICE) ― guides techniques ICE 1 et 2, ONEMA 2011.
 Déconnexion lit mineur/lit majeur :
 ― RCS et CO : Protocole de CARactérisation de l'HYdromorphologie des Cours d'Eau (CARHYCE), guide méthodologique, ONEMA 2011 ;
 ― CO : Protocole d'AUdit RApide de l'Hydromorphologie des Cours d'Eau (AURAH-CE), en développement.
 Données existantes mises à disposition pour caractériser l'univers de pressions et les risques d'altérations à l'échelle des masses d'eau :
 ― CO : Système relationnel d'audit de l'hydromorphologique des cours d'eau (SYRAH-CE), Pôle Hydroécologie des cours d'eau ONEMA-CEMAGREF Lyon MAEP-LHQ, 2011.
1.3.3. Conditions morphologiques
 Paramètres :
 Modifications des types de chenaux, des variations de largeur et de profondeur ; altérations des faciès et des vitesses d'écoulement, de l'état du substrat ; perturbation de l'état et de la structure des rives.
 Méthodologie de recueil de données pour le programme de surveillance :
 ― RCS et CO : Protocole de CARactérisation de l'HYdromorphologie des Cours d'Eau (CARHYCE), guide méthodologique, ONEMA 2011 ;
 ― RCS et CO : Enrichissement du Référentiel des Obstacles à l'Ecoulement (ROE) : guide d'administration et de gestion partenariale des données, ONEMA 2011, http://www.eaufrance.fr/IMG/pdf/Administration_ROE2011.pdf ;
 ― CO : Protocole d'AUdit RApide de l'Hydromorphologie des Cours d'Eau (AURAH-CE), en développement.
 Données existantes mises à disposition pour caractériser l'univers de pressions et les risques d'altérations à l'échelle des masses d'eau :
 ― CO : Système relationnel d'audit de l'hydromorphologique des cours d'eau (SYRAH-CE), Pôle Hydroécologie des cours d'eau ONEMA-CEMAGREF Lyon MAEP-LHQ, 2011.
1.3.4. Période d'investigation
 De préférence en période proche de conditions d'étiage et obligatoirement en dehors de période d'événements extrêmes (étiages sévères et hautes eaux).
2. Description des outils, méthodes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons pour les plans d'eau
2.1. Eléments biologiques
 Les méthodes de mesure, de prélèvement et d'analyse à utiliser pour les contrôles des éléments biologiques sont celles indiquées ci-dessous.
 Pour les éléments biologiques, les fréquences de contrôle sont indiquées à l'annexe I du présent arrêté.
2.1.1. Phytoplancton
 Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :
 Protocole standardisé d'échantillonnage, de conservation, d'observation et de dénombrement du phytoplancton en plan d'eau pour la mise en œuvre de la DCE, version 3.3 septembre 2009, CEMAGREF.
2.1.2. Macrophytes (angiospermes, macro-algues, bryophytes)
 Méthode ou principes d'échantillonnage :
 Norme française
 XP T 90-328 (2011-01-18). Echantillonnage des communautés de macrophytes en plans d'eau.
 Méthode ou principes de traitement et d'analyse des échantillons :
 Détermination à l'espèce, sauf macro-algues (genre).
2.1.3. Faune benthique invertébrée
 Méthode ou principes d'échantillonnage, de traitement et d'analyse des échantillons :
 Norme française : NF T90-391 (01-03-2005). Qualité de l'eau ― Détermination de l'indice oligochètes de bioindication lacustre (IOBL).
 Indice biologique lacustre ― IBL. Verneaux V., Verneaux J., Schmitt A., Lovy C., Lambert J.C. 2004 ― The Lake Biotic Index (LBI) : an applied method for assessing the biological quality of lakes using macrobenthos ; the Lake Châlain (French Jura) as an example. Ann. Limnol. ― Int. J. Lim. (accepted, 3 06 28).
 Protocole d'échantillonnage des invertébrés benthiques adapté aux plans d'eau naturels profonds, octobre 2009, CEMAGREF.
 Indice mollusque ― IMOL (1)  (utilisation optionnelle).
 (1) Mouthon, J. (1993) Un indice biologique lacustre basé sur l'examen des peuplements de mollusques. ― Bull. Franç. Pêche Pisc., 331 : 397-406.