Article 51
 Le Gouverneur et le Vice-gouverneur doivent jouir dans leur statut respectif de leurs droits civils et politiques et n'avoir subi aucune peine afflictive ou infamante. Ils sont astreints à un code de déontologie que la Banque publie.
 Ils exercent leur fonction à la Banque à temps plein. Ils ne peuvent exercer aucune autre profession rémunérée ni faire aucun commerce ni prendre d'intérêts dans une entreprise. Aucun effet ou engagement revêtu de leur signature ne peut être admis au réescompte. Ils sont astreints au secret professionnel sous peine des sanctions prévues par la loi.
Le Gouverneur
Article 52
 Gouverneur de la Banque est nommé par le Président de l'Union des Comores pour une période de cinq ans renouvelable. Il est choisi en fonction de sa compétence et de son expérience professionnelle dans le domaine monétaire ou financier.
Article 53
 Cette nomination intervient sur proposition du Ministre chargé des finances de l'Union des Comores après avis conforme du Conseil d'administration de la Banque.
 Sa révocation est limitée aux cas d'incapacité ou de faute grave. Dans ce cas, son mandat prend fin sur demande motivée du Conseil statuant à la majorité de ses membres. La décision de révocation peut faire l'objet d'un recours par l'intéressé auprès des tribunaux compétents.
 Le renouvellement de son mandat ou son remplacement intervient dans les mêmes conditions que lors de sa nomination.
 La rémunération du Gouverneur est fixée par le Conseil d'administration.
Article 54
 Le Gouverneur assure l'exécution des décisions du Conseil d'administration. Il organise et dirige l'ensemble des services de la Banque.
 Dans le cadre de sa mission, le Gouverneur :
 ― veille au respect de la législation relative à la monnaie et au contrôle des banques et des assurances, du crédit et des changes ;
 ― signe les accords ou conventions approuvés par le Conseil d'administration ainsi que ceux ne nécessitant pas l'approbation préalable du Conseil dans les conditions prévues par le règlement intérieur ;
 ― représente la Banque à l'égard des tiers et notamment de tous les organismes nationaux ou internationaux auxquels la Banque participe ;
 ― prépare et met en ouvre les décisions du Conseil d'administration ;
 ― élabore le budget d'investissement et de fonctionnement qu'il soumet au Conseil d'administration ;
 ― exerce toute action judiciaire et prend toutes les mesures d'exécution ou conservatoires qu'il juge utile ;
 ― recrute, nomme et révoque le personnel de la Banque ;
 ― nomme les Directeurs et arrête les attributions respectives des départements ;
 ― décide les avancements et les promotions des agents ;
 ― arrête les conditions de passation des marchés de la Banque ;
 ― désigne les représentants de la Banque aux Conseils d'administration d'autres institutions lorsqu'une représentation est prévue.
 Le Gouverneur peut déléguer ses pouvoirs.
Article 55
 Le Gouverneur gère les avoirs extérieurs inscrits à l'actif de la Banque dans le cadre défini par le Conseil d'administration conformément à l'article 48 des statuts. Il doit veiller à ce que le rapport entre le montant moyen des avoirs extérieurs de la Banque et le montant moyen de ses engagements à moins d'un an ne soit pas inférieur à 20 %.
 Lorsque ce rapport est demeuré, au cours de trois mois consécutifs, égal ou inférieur à 20 %, le Gouverneur alerte le Président du Conseil d'administration qui convoque immédiatement le Conseil. Celui-ci peut demander cession au profit de la Banque des disponibilités extérieures en euros ou en toute autre devise étrangère détenues par tous organismes publics ou privés ressortissants de l'Union.
Le Vice-gouverneur
Article 56
 Le Vice-gouverneur assiste le Gouverneur. Il est nommé par le Conseil d'administration sur proposition du Ministre chargé des finances de l'Union des Comores pour une durée de quatre ans renouvelable.
 Il est choisi en fonction de ses compétences et de son expérience dans le domaine bancaire, monétaire ou financier.
 Il exerce les fonctions qui lui sont dévolues par délégations définies dans le règlement intérieur.
 Sa rémunération est fixée par le Conseil d'administration.
 Sa révocation est limitée au cas d'incapacité ou de faute grave constaté par le Conseil d'administration. La décision de révocation peut faire l'objet d'un recours par l'intéressé auprès des tribunaux compétents.
 Le renouvellement de son mandat ou son remplacement intervient dans les mêmes conditions que sa nomination.
Article 57
 Le Vice-gouverneur remplace le Gouverneur en cas d'empêchement de celui-ci.