Il est créé une 6e sous-section après la sous-section 5 de la section 1 du chapitre IV du titre Ier du livre IV du code de l'environnement (partie réglementaire) ainsi rédigée : 
« Sous-section 6 
« Régime d'autorisation propre à Natura 2000 
« Art. R. 414-27.-La liste nationale de référence des documents de planification, programmes ou projets ainsi que des manifestations et interventions ne relevant pas d'un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration prévue au IV de l'article L. 414-4 est définie dans le tableau ci-après, avec les seuils et restrictions qu'il précise. 
DOCUMENTS DE PLANIFICATION, 
programmes ou projets, manifestations et interventions 
SEUILS ET RESTRICTIONS 
1) Création de voie forestière. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000 pour des voies permettant le passage de camions grumiers. 
2) Création de voie de défense des forêts contre l'incendie. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
3) Création de pistes pastorales. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000 pour des voies permettant le passage de camions de transport de matériels ou des animaux. 
4) Création de place de dépôt de bois. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000 pour les places de dépôt nécessitant une stabilisation du sol. 
5) Création de pare-feu. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000 pour les seuls pare-feu nécessitant des coupes rases. 
6) Premiers boisements. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000, au-dessus d'une superficie de boisement ou de plantation et dans les zones que détermine l'arrêté fixant la liste locale mentionnée au IV de l'article L. 414-4.
. 
7) Retournement de prairies permanentes ou temporaires de plus de cinq ans ou de landes. 
Pour la partie de la réalisation prévue à l'intérieur d'un site Natura 2000, hors l'entretien nécessaire au maintien de la prairie ou de la lande. 
Installations, ouvrages, travaux et activités au-dessous des seuils fixés pour l'obligation de déclaration par le tableau annexé à l'article R. 214-1 pour les rubriques suivantes (du 8 au 24) : 
8) Prélèvements : 1.1.2.0. 
Prélèvements permanents ou temporaires issus d'un forage, puits ou ouvrage souterrain dans un système aquifère, à l'exclusion de nappes d'accompagnement de cours d'eau, par pompage, drainage, dérivation ou tout autre procédé. 
Volume total prélevé supérieur à 6   000 m ³ par an. 
9) Prélèvements : 1.2.1.0. 
A l'exception des prélèvements faisant l'objet d'une convention avec l'attributaire du débit affecté prévu par l'article L. 214-9 du code de l'environnement, prélèvements et installations et ouvrages permettant le prélèvement, y compris par dérivation, dans un cours d'eau, dans sa nappe d'accompagnement ou dans un plan d'eau ou canal alimenté par ce cours d'eau ou cette nappe. 
Capacité maximale supérieure à 200 m ³/ heure ou à 1 % du débit global d'alimentation du canal ou du plan d'eau. 
10) Rejets : 2.1.1.0. 
Stations d'épuration des agglomérations ou dispositifs d'assainissement non collectif devant traiter une charge brute de pollution organique au sens de l'article R. 2224-6 du code général des collectivités territoriales. 
Charge brute de pollution organique supérieure à 6 kg/ j de DBO5 par unité de traitement. 
11) Rejets : 2.1.3.0. 
Epandage de boues issues du traitement des eaux usées. 
Quantité de boues épandues dans l'année présentant les caractéristiques suivantes : quantité de matière sèche supérieure à 1,5 tonne ou azote total supérieur à 0,075 tonne. 
12) Rejets : 2.1.4.0. 
Epandage d'effluents ou de boues, à l'exception de celles visées au 11. 
Quantité d'effluents ou de boues épandues présentant les caractéristiques suivantes : azote total supérieur à 0,5 tonne/ an ou volume annuel supérieur à 25   000 m ³/ an ou DBO5 supérieure à 250 kg/ an. 
13) Rejets : 2.2.1.0. 
Rejet dans les eaux douces superficielles susceptible de modifier lerégime des eaux, à l'exclusion des rejets des ouvrages visés au 10. 
Capacité totale de rejet de l'ouvrage étant supérieure à 1   000 m ³/ jour ou à 2,5 % du débit moyen interannuel du cours d'eau. 
14) Rejets : 2.2.2.0. 
Rejets en mer. 
Capacité totale de rejet supérieur à 10   000 m ³/ jour. 
15) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.1.1.0. 
Installations, ouvrages, remblais et épis, dans le lit mineur d'un cours d'eau, constituant un obstacle à la continuité écologique. 
Impact entraînant une différence de niveau supérieure à 10 cm lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
16) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.1.4.0. 
Consolidation ou protection des berges, à l'exclusion des canaux artificiels, par des techniques autres que végétales vivantes. 
Consolidation ou protection sur une longueur supérieure à 10 mètres lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
17) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.2.2.0. 
Installations, ouvrages, remblais dans le lit majeur d'un cours d'eau. 
Surface soustraite supérieure à 0,02 ha lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
18) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.2.3.0. 
Création de plans d'eau, permanents ou non. 
Superficie du plan d'eau étant supérieure à 0,05 ha. 
19) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.2.4.0. 
Vidanges de plans d'eau hors opération de chômage des voies navigables, hors piscicultures mentionnées à l'article L. 431-6 du code de l'environnement, hors plans d'eau mentionnés à l'article L. 431-7 du même code. 
Vidange de plans d'eau d'une superficie supérieure à 0,01 ha. 
20) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.2.5.0. 
Création d'un barrage de retenue. 
Barrage de retenue d'une hauteur supérieure à 1 mètre. 
21) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.3.1.0. 
Assèchement, mise en eau, imperméabilisation, remblais de zones humides ou de marais. 
Zone asséchée ou mise en eau d'une surface supérieure à 0,01 ha pour la partie de la réalisation prévue à l'intérieur d'un site Natura 2000.
22) Impacts sur le milieu aquatique ou la sécurité publique : 3.3.2.0. 
Réalisation de réseaux de drainage. 
Drainages d'une superficie supérieure à 1 ha pour la partie de la réalisation prévue à l'intérieur d'un site Natura 2000 ou lorsque le point de rejet se situe en site Natura 2000.
23) Impacts sur le milieu marin : 4.1.2.0. 
Travaux d'aménagement portuaires et autres ouvrages réalisés en contact avec le milieu marin et ayant une incidence directe sur ce milieu. 
Coût des travaux ou ouvrages supérieur à 80   000 €. 
24) Régimes d'autorisation valant autorisation au titre des articles L. 214-1 et suivants du code de l'environnement : 5.1.1.0. 
Réinjection dans une même nappe des eaux prélevées pour la géothermie, l'exhaure des mines et carrières ou lors des travaux de génie civil. 
Capacité totale de réinjection supérieure à 4m ³/ heure. 
25) Défrichement dans un massif boisé dont la superficie est comprise entre 0,01 ha et le seuil mentionné au 1° de l'article L. 311-2 du code forestier. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
26) Travaux d'entretien, de réparation ou de renforcement de la structure des ponts et viaducs ainsi que les travaux dans les tunnels ferroviaires non circulés. 
Hors l'entretien courant et lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
27) Travaux ou aménagements sur des parois rocheuses ou des cavités souterraines. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
28) Mise en culture de dunes. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
29) Arrachage de haies. 
Lorsque la réalisation est prévue à l'intérieur d'un site Natura 2000 et dans les zones que détermine l'arrêté fixant la liste locale mentionnée au IV de l'article L. 414-4.
30) Aménagement d'un parc d'attractions ou d'une aire de jeux et de sports d'une superficie inférieure ou égale à deux hectares. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
31) Installation de lignes ou câbles souterrains. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
32) A moins qu'ils ne soient nécessaires à l'exécution d'un permis de construire, affouillements ou exhaussements du sol dont la profondeur ou la hauteur est inférieure à 2 mètres ou qui portent sur une surface inférieure à 100 m ². 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000 et au-dessus de seuils fixés par le préfet. 
33) Eolienne dont la hauteur du mât et de la nacelle au-dessus du sol est inférieure à douze mètres. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
34) Ouvrage de production d'électricité à partir de l'énergie solaire installés sur le sol dont la puissance crête est inférieure à trois kilowatts et dont la hauteur maximum au-dessus du sol ne peut pas dépasser un mètre quatre-vingts. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
35) Création de chemin ou sentier pédestre, équestre ou cycliste. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000.
36) Utilisation d'une hélisurface mentionnée à l'article 11 de l'arrêté du 6 mai 1995 relatif aux aérodromes et autres emplacements utilisés par les hélicoptères. 
Lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l'intérieur d'un site Natura 2000. 
« Art. R. 414-28.-I. ― Toute personne souhaitant élaborer un document de planification, réaliser un programme ou un projet, organiser une manifestation ou procéder à une intervention dans le milieu naturel ou le paysage qui ne relève pas d'un régime administratif d'autorisation, de déclaration ou d'approbation au titre d'une législation ou d'une réglementation distincte de Natura 2000 et qui figure sur la liste locale prévue au IV de l'article L. 414-4 adresse une demande d'autorisation au préfet ayant arrêté cette liste en application de l'article R. 414-20. 
« II.-Le dossier de demande comprend : 
« 1° S'il s'agit d'une personne physique, ses nom, prénoms et adresse, et, s'il s'agit d'une personne morale, sa dénomination ou raison sociale, sa forme juridique, l'adresse de son siège ainsi que la qualité du demandeur ; 
« 2° L'évaluation des incidences Natura 2000 prévue à l'article R. 414-23. Le contenu de l'évaluation peut se limiter à la présentation et à l'exposé définis au I de cet article, dès lors que cette première analyse permet de conclure à l'absence d'incidence sur tout site Natura 2000. 
« III.-La demande est instruite par le préfet ayant établi la liste locale prévue au IV de l'article L. 414-4 dans les conditions prévues aux 1° et 2° du II de l'article R. 414-24 et à l'article R. 414-25 sous réserve des dispositions de l'article R. 414-26. La décision est prise par le même préfet. 
« Pour des documents de planification, programmes, projets, manifestations ou interventions relevant d'une même liste locale prévue au IV de l'article L. 414-4, présentant un caractère récurrent et émanant de la même personne physique ou morale, le préfet peut accepter de prendre une décision globale pour une année. 
« Art. R. 414-29.-I. ― L'autorité mentionnée au IV bis de l'article L. 414-4 est l'autorité compétente pour autoriser, approuver ou recevoir la déclaration. 
« Lorsque le document de planification, le programme ou projet, la manifestation ou l'intervention ne relèvent pas d'un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration au titre d'une législation ou d'une réglementation distincte de Natura 2000, cette autorité est le préfet de département ou, au-delà de la laisse de basse mer, le préfet maritime. Lorsque le périmètre d'un tel document de planification, programme ou projet, manifestation ou intervention excède le ressort d'un département ou n'est que partiellement localisé au-delà de la laisse de basse mer, la décision motivée mentionnée au IV bis de l'article L. 414-4 est prise conjointement par les préfets de département territorialement compétents et, le cas échéant, le préfet maritime. 
« II.-Lorsque la décision motivée mentionnée au IV bis de l'article L. 414-4 intervient dans le cadre d'une procédure d'autorisation ou d'approbation, cette procédure est interrompue. Elle reprend dans les conditions prévues au I de l'article R. 414-24 à réception de l'évaluation des incidences Natura 2000 par l'autorité chargée d'autoriser ou d'approuver. Un nouveau délai, égal à celui prévu par la procédure applicable, commence à courir. 
« Lorsque la décision motivée mentionnée au IV bis de l'article L. 414-4 intervient dans le cadre d'une procédure de déclaration qui ouvre une faculté d'opposition à l'autorité compétente pendant un certain délai, ce délai est interrompu. La procédure reprend dans les conditions prévues au I de l'article R. 414-24 à réception de l'évaluation des incidences Natura 2000 par l'autorité chargée de recevoir la déclaration. Un nouveau délai, égal à celui prévu par la procédure applicable, commence à courir. 
« Lorsque la décision motivée mentionnée au IV bis de l'article L. 414-4 intervient avant l'achèvement d'une procédure de déclaration qui ne donne pas à l'autorité compétente la faculté de s'opposer, les effets de la déclaration sont suspendus. La procédure reprend dans les conditions prévues au II de l'article R. 414-24 à réception de l'évaluation des incidences Natura 2000 par l'autorité chargée de recevoir la déclaration. 
« Lorsque la décision motivée mentionnée au IV bis de l'article L. 414-4 concerne un document de planification, un programme ou un projet, une manifestation ou une intervention qui ne relève pas d'un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration au titre d'une législation ou d'une réglementation distincte de Natura 2000, sa mise en œuvre est suspendue et l'instruction est, à réception de l'évaluation des incidences Natura 2000, menée conformément aux 1° et 2° du II de l'article R. 414-24. »