3.3. Les contrats relatifs à des programmes
de recherche-développement (art. 3 [6°])
 Cette exclusion ne concerne que les marchés de services, et non les marchés de fournitures et de travaux.
 Elle ne s'applique qu'à des programmes qui portent véritablement sur des projets de recherche et développement, sans prolongements industriels directs. Les simples marchés d'études n'entrent pas dans cette catégorie.
 Les contrats relatifs à des programmes de recherche-développement sont exclus du champ d'application du code dès lors que le pouvoir adjudicateur ne finance que partiellement le programme ou dès lors qu'il n'acquiert pas la propriété exclusive des résultats du programme. Ces deux notions ne sont pas cumulatives pour entraîner l'exclusion du champ d'application du code.
 Ainsi, seul le cas du contrat dans lequel le pouvoir adjudicateur est amené à acquérir l'intégralité de la propriété des résultats du programme de recherche et à assurer l'intégralité de son financement est considéré comme un marché public soumis au code.
3.4. Les contrats qui exigent le secret ou dont l'exécution doit s'accompagner de mesures particulières de sécurité ou pour lesquels la protection des intérêts essentiels de l'Etat l'exige (art. 3 [7°])
 L'article 3 contient une dérogation concernant les contrats qui exigent le secret ou dont l'exécution doit s'accompagner de mesures particulières de sécurité ou pour lesquels la protection des intérêts essentiels de l'Etat l'exige. Cette disposition permet de passer sans publicité ni mise en concurrence des marchés qui sont déclarés secrets ou dont l'exécution doit s'accompagner de mesures particulières de sécurité. Tel est notamment le cas de certaines prestations acquises en vue de prévenir des actions terroristes ou bio-terroristes, et plus généralement de fournisseurs qui du fait de leurs prestations accèdent à des informations ou domaines sensibles dont la divulgation pourrait porter atteinte à la sécurité et la sûreté de l'Etat et de son potentiel scientifique et économique.
 Dans le domaine de la défense nationale, ces contrats peuvent notamment concerner, sur justifications précises :
 - les contrats passés pour la préparation et l'exécution des missions des forces armées engagées dans des opérations extérieures et répondant à des besoins déterminants pour la sûreté, l'efficacité des forces et le respect des engagements internationaux ;
 - les contrats passés au profit des forces armées, lorsque celles-ci ont reçu une mission ponctuelle d'intérêt national de la part du Gouvernement, pour répondre à des besoins urgents concernant la préparation ou l'exécution de cette mission ;
 - les contrats d'acquisition d'images et de services liés aux communications opérationnelles, à l'observation et au renseignement ;
 - les contrats passés pour mettre en oeuvre une aide humanitaire urgente.
3.5. Les exclusions spécifiques (art. 3-15)
 L'exclusion prévue au point 15 de l'article 3 est relative au mécanisme de sortie de la directive secteurs et concerne des activités d'opérateur de réseaux qui cessent d'être soumises aux règles du code des marchés publics parce qu'elles entrent dans un champ concurrentiel (ex : télécommunications).
 Cet article est directement issu du droit communautaire et est explicité par le considérant 40 de la directive 2004/17 : « La présente directive ne devrait pas s'appliquer aux marchés destinés à permettre l'exercice d'une activité (...) si, dans l'Etat membre dans lequel cette activité est exercée, elle est directement exposée à la concurrence sur des marchés dont l'accès n'est pas limité. Il convient donc d'introduire une procédure applicable à tous les secteurs visés par la présente directive permettant de prendre en considération les effets d'une ouverture à la concurrence, actuelle ou future. »
 Le code se limite à reprendre le principe de cette procédure. En effet, son déroulement est du ressort de la Commission européenne, qui a adopté une décision relative à ses modalités d'application (décision de la Commission du 7 janvier 2005 relative aux modalités d'application de la procédure prévue à l'article 30 de la directive 2004/17/CE, publiée au Journal officiel de l'Union européenne du 11 janvier 2005). Seul l'Etat français peut présenter une telle demande.