La commission permanente est chargée d'arrêter le programme de travail de l'observatoire. Elle approuve les travaux réalisés dans le cadre des commissions spécifiques. Dans le cadre des missions de l'observatoire, elle traite également en propre des sujets qu'elle juge être de son ressort. Elle est composée de quatre-vingt-deux membres nommés par arrêté de la ministre de l'emploi et de la solidarité et du ministre délégué à la santé :
 1° Un président est nommé pour une durée de trois ans renouvelable une fois ;
 2° Treize membres de droit :
 - le directeur général de la santé ou son représentant ;
 - la directrice de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques au ministère chargé de la santé ou son représentant ;
 - le directeur de l'hospitalisation et de l'organisation des soins ou son représentant ;
 - le directeur de la sécurité sociale ou son représentant ;
 - le directeur de la prévision du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie ou son représentant ;
 - le directeur de l'enseignement supérieur au ministère de l'éducation nationale ou son représentant ;
 - un représentant des directeurs des agences régionales de l'hospitalisation ;
 - un représentant des directeurs régionaux des affaires sanitaires et sociales ;
 - le directeur de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés ou son représentant ;
 - le directeur de la Caisse nationale d'assurance maladie et maternité des travailleurs non salariés ou son représentant ;
 - le directeur de la Caisse centrale de mutualité sociale agricole ou son représentant ;
 - le président de l'Observatoire des emplois et métiers de la fonction publique hospitalière ;
 - le président du Haut Comité du travail social ;
 3° Douze membres nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition :
 - du Haut Conseil de la santé ;
 - de la Conférence nationale de santé ;
 - de l'ordre national des médecins ;
 - de l'ordre national des pharmaciens ;
 - de l'ordre national des chirurgiens-dentistes ;
 - de l'ordre national des sages-femmes ;
 - du conseil des professions d'infirmier, masseur-kinésithérapeute, pédicure-podologue, orthophoniste et orthoptiste ;
 - de l'Agence nationale d'accréditation et d'évaluation en santé ;
 - des unions régionales des médecins libéraux ;
 - de la conférence des doyens des facultés de médecine ;
 - de la conférence des doyens des facultés de pharmacie ;
 - de la conférence des doyens des facultés d'odontologie ;
 4° Quatre membres nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition des organisations représentant l'hospitalisation publique et privée ;
 5° Cinq représentants nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition des présidents de conférence médicale des établissements de santé publics et privés ;
 6° Quatorze représentants des professionnels de santé libéraux nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition du Centre national des professions de santé ;
 7° Quatre représentants des praticiens hospitaliers nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition des organisations syndicales représentatives ;
 8° Cinq représentants des internes et des chefs de clinique-assistants nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition des organisations syndicales représentatives ;
 9° Quatre représentants des médecins salariés non hospitaliers nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition des organisations syndicales représentatives ;
 10° Huit professionnels de santé nommés, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, sur proposition des organisations syndicales représentatives de la fonction publique hospitalière ;
 11° Douze personnalités qualifiées, dont au moins six parmi les universitaires ou les chercheurs dont la compétence est reconnue dans le domaine des professions et métiers ou de la démographie des professions de santé et des métiers de santé, et trois représentant les usagers du système de santé ; ces douze personnalités qualifiées sont nommées, pour une durée de trois ans renouvelable une fois, par arrêté.