La sous-direction de la sécurité maritime comporte :
 Le bureau du sauvetage et de la circulation maritimes, qui exerce les missions suivantes :
 - participation à l'élaboration et application des normes juridiques en matière de circulation maritime et de recherche et sauvetage en mer, en liaison avec les préfets maritimes, les administrations et organisations concernées ;
 - organisation, animation et contrôle de l'activité des CROSS dans l'exécution des missions suivantes : recherche et sauvetage en mer, surveillance de la circulation maritime, surveillance des pollutions, diffusion des renseignements de sécurité maritime, diffusion des renseignements de sûreté maritime et traitement des alertes de sûreté des navires ;
 - établissement des programmes d'équipement et d'entretien des installations des CROSS et suivi de leur exécution ;
 - élaboration et suivi de l'organisation et des plans d'armement en personnel en liaison avec les différents services concernés ;
 - relations avec la Société nationale de sauvetage en mer (SNSM).
 Le bureau de la réglementation et du contrôle de la sécurité des navires, qui exerce les missions suivantes pour les navires professionnels français de commerce et de pêche effectuant une navigation maritime :
 - participation à l'élaboration et application des normes juridiques relatives à la sauvegarde de la vie humaine en mer et à la prévention de la pollution en matière de conception et d'équipement des navires ;
 - contrôle de la mise en oeuvre du code de gestion de la sécurité pour les compagnies maritimes opérant des navires battant pavillon français ;
 - participation à l'organisation, animation et contrôle de l'activité des CSN concernant les contrôles par l'Etat du pavillon, en liaison avec les services spécialisés ;
 - organisation et suivi du contrôle de la sécurité des navires ; à ce titre, il assure le secrétariat de la commission consultative supérieure, de la commission du conteneur et de la commission centrale de sécurité ;
 - contrôle de l'activité des organismes habilités pour agir au nom de l'administration en matière de sécurité maritime ;
 - mise à jour et diffusion de la documentation relative aux règlements de sécurité des navires ; gestion du suivi des travaux de normalisation en matière d'équipements marins.
 Le bureau du contrôle des navires au titre de l'Etat du port, qui exerce les missions suivantes :
 - participation à l'élaboration et application des normes juridiques concernant le contrôle par l'Etat du port ;
 - participation à l'organisation, animation et contrôle de l'activité des CSN concernant les contrôles par l'Etat du port, en liaison avec les services spécialisés ;
 - oordination et suivi, en liaison avec le bureau de la réglementation et du contrôle de la sécurité des navires, des suites à donner aux inspections à l'étranger des navires français.
 Le bureau des phares et balises, qui exerce les missions suivantes :
 - participation à l'élaboration et application des normes juridiques en matière de signalisation maritime et de systèmes d'aides à la navigation radioélectriques et d'information nautique en liaison avec les administrations et organisations concernées ;
 - participation à l'organisation, animation et évaluation de l'activité des services déconcentrés chargés de la signalisation maritime ;
 - établissement des programmes d'équipement et d'entretien des installations des services déconcentrés chargés de la signalisation maritime ;
 - élaboration et suivi de l'organisation et des plans d'armement en personnel en liaison avec les différents services concernés ;
 - secrétariat de la commission des phares ;
 - institution des servitudes de protection des champs de vue et des portées des installations radioélectriques ;
 - contrôle, analyse et transmission d'une information nautique validée au service hydrographique et océanographique de la marine (SHOM) ;
 - tenue à jour de l'état de la signalisation maritime ;
 - suivi du patrimoine des phares et balises, en liaison avec le bureau des affaires financières, des moyens des services déconcentrés et du contrôle de gestion ;
 - participation à la gestion des centres de stockage du dispositif de lutte antipollution à terre (POLMAR terre), en liaison avec le bureau du contrôle des activités maritimes et le CETMEF.