Le bureau des personnels administratifs d'encadrement (SP/AMT1)
 Il pilote les réformes statutaires et indemnitaires, élabore les doctrines de gestion et prépare les mesures individuelles concernant :
 - les emplois de direction d'administration centrale ;
 - les inspecteurs généraux et inspecteurs de l'équipement ;
 - les emplois d'inspecteur général du travail des transports, de contrôleur général de l'inspection du travail des transports, de secrétaire général de l'inspection du travail des transports et de directeur régional du travail des transports ;
 - les administrateurs civils ;
 - les architectes et urbanistes de l'Etat ;
 - les attachés d'administration de l'équipement ;
 - les emplois de conseiller d'administration de l'équipement ;
 - les chargés d'études documentaires ;
 - les personnels « cadre d'emploi » de l'environnement et les emplois fonctionnels des directeurs régionaux de l'environnement.
Le bureau des personnels administratifs (SP/AMT2)
 Il pilote les réformes statutaires et indemnitaires, élabore les doctrines de gestion et prépare ou pilote les mesures individuelles concernant :
 - les conseillères et conseillers techniques de service social ;
 - les secrétaires administratifs de l'équipement ;
 - les assistantes et assistants de service social ;
 - les adjoints administratifs de l'équipement ;
 - les infirmières et infirmiers.
 Il héberge la cellule de suivi des personnels de l'ancien Office interdépartemental d'habitations à loyer modéré de la région parisienne.
 Il gère les agents mis à disposition par les établissements publics Voies navigables de France et Société nationale des chemins de fer français.
Le bureau des personnels maritimes (SP/AMT3)
 Il pilote les réformes statutaires et indemnitaires, élabore les doctrines de gestion et prépare ou pilote les mesures individuelles concernant :
 - les administrateurs des affaires maritimes ;
 - les inspecteurs des affaires maritimes, les emplois de conseillers des affaires maritimes ;
 - les officiers du corps technique et administratif des affaires maritimes ;
 - les professeurs de l'enseignement maritime ;
 - les professeurs techniques de l'enseignement maritime ;
 - les officiers de port ;
 - les officiers de port adjoints ;
 - les contrôleurs des affaires maritimes ;
 - les syndics des gens de mer ;
 - les techniciens experts de la sécurité et de la sûreté de la navigation maritime ;
 - les surveillants de port ;
 - les auxiliaires des phares et balises ;
 - les auxiliaires des ports maritimes et de commerce ;
 - les marins du dragage et du balisage.
 Il suit, en liaison avec les directions d'administration centrale et les services déconcentrés concernés, les mesures d'organisation des services des affaires maritimes et des capitaineries de port.
Le bureau des personnels des transports terrestres (SP/AMT4)
 Il pilote les réformes statutaires et indemnitaires, élabore les doctrines de gestion, les mesures de titularisation, gère les dossiers administratifs des personnels à gestion nationale et prépare ou pilote les mesures individuelles concernant :
 - les délégués du permis de conduire et de la sécurité routière ;
 - les inspecteurs du permis de conduire et de la sécurité routière ;
 - les personnels contractuels chargés de l'inspection du permis de conduire ;
 - les contrôleurs des transports terrestres.
 Il suit, en liaison avec les directions d'administration centrale et les services déconcentrés concernés, les mesures d'organisation des services du contrôle du transport terrestre et de l'inspection du permis de conduire et de la sécurité routière.
 Il suit le dossier du commissionnement et de l'assermentation des personnels des services des transports et de l'équipement.
 Il gère les dossiers administratifs des personnels à gestion nationale.