L'article 1er a pour objet de prendre acte du regroupement de la police de la pêche et de la police de l'eau en intégrant à cette dernière les opérations de nature à porter atteinte aux zones de frayères ou d'alimentation de la faune piscicole.
 L'article 2 a pour objet de permettre à la nomenclature relative à l'eau de s'appuyer sur des zonages définis au niveau du bassin sur la ressource en eau, tant au plan de la quantité que de la qualité. A titre d'exemple, la nomenclature actuelle fixe des seuils d'autorisation plus bas en matière de prélèvements d'eau dans les zones très déficitaires, appelées « zones de répartition des eaux ». Ces « zones de répartition des eaux » ont été définies au plan national par le décret n° 94-354 du 29 avril 1994, modifié par le décret n° 2003-869 du 11 septembre 2003, faute pour la loi d'avoir prévu la possibilité de déléguer une telle compétence au niveau local. Il est donc proposé que les seuils de la nomenclature puissent s'appuyer sur des zonages déconcentrés au niveau du préfet coordonnateur de bassin, en cohérence avec la loi n° 2004-338 du 21 avril 2004 portant transposition de la directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau. Dans l'avenir, de tels zonages pourraient concerner non seulement la quantité de l'eau mais aussi la qualité de l'eau ou la préservation des écosystèmes aquatiques.
 En contrepartie, d'une refonte, à l'initiative ministérielle, de la nomenclature annexée au décret n° 93-743 du 29 mars 1993 tendant à diminuer par effet de seuil le nombre d'opérations soumises à une autorisation au titre de la police de l'eau, l'article 3 donne au préfet la possibilité de s'opposer à une opération soumise à déclaration, par décision motivée dans un délai fixé par décret en Conseil d'Etat, lorsque celle-ci s'avérerait incompatible avec les dispositions du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux ou schéma d'aménagement et de gestion des eaux ou porterait gravement atteinte à la ressource en eau ou au milieu aquatique sans qu'il soit possible d'y remédier. Le délai proposé pour l'opposition sera de deux mois.
 L'objectif est de maintenir le même niveau de protection des eaux tout en allégeant le régime juridique de ces installations, mesure dont aussi bien les usagers (agriculteurs, industriels, particuliers, collectivités) que l'administration profiteraient. Notamment, celle-ci pourrait recentrer son action sur les installations les plus lourdes, donc les plus « risquées » en terme de protection de la ressource aquatique, en instruisant plus précisément les demandes d'autorisation, dans un délai moindre. Quant aux premiers, ils verraient la procédure passer d'un délai compris entre six et dix mois à deux mois seulement. Enfin, est prévue la possibilité d'organiser une procédure groupée d'autorisation ou de déclaration pour une même activité ou des dispositions connexes, procédure particulièrement adaptée à la gestion de nappes (par exemple la nappe de Beauce) permettant en même temps une diminution du nombre de dossiers à instruire et l'assurance d'une meilleure équité entre les différentes catégories d'utilisateurs.
 L'article 4 simplifie la procédure relative à la connaissance de l'existence des ouvrages qui existaient régulièrement avant l'instauration de la nomenclature annexée au décret n° 93-743 du 29 mars 1993 ou avant ses modifications ultérieures, en sorte qu'ils conservent leurs droits d'antériorité. Cette disposition s'inspire, mais de façon un peu plus large, de celle de l'article L. 513-1 applicable aux installations classées fonctionnant au bénéfice de droits acquis.
 Les installations, ouvrages et activités déclarés ou autorisés en application de législations antérieures à celle de 1992 seront réputés être déclarés ou autorisés au titre de cette dernière législation.
 Pour les installations, ouvrages et activités, qui ne nécessitaient pas de déclaration ou autorisation avant le 4 janvier 1992, mais qui entraient à cette date dans le nouveau champ de la législation sur l'eau, ils conservaient le bénéfice de leur antériorité à condition de faire connaître au préfet avant le 4 janvier 1995 les informations relatives à l'emplacement, la nature, la consistance, le volume et l'objet de l'ouvrage. Dans la pratique, très peu l'ont fait sans que ni eux, ni l'administration n'aient à l'époque pleinement mesuré les conséquences de l'omission de cette formalité.
 L'ordonnance propose de les régulariser, sous réserve de la fourniture à l'administration de ces informations par l'exploitant avant le 30 décembre 2006. In fine, les mesures envisagées permettraient d'éviter de faire perdre leur droit d'antériorité à de nombreux ouvrages créés régulièrement avant la mise en oeuvre des dispositions de la loi sur l'eau et de ne pas obliger leurs propriétaires à engager de nouvelles procédures complexes et coûteuses.
 L'article 5 organise en particulier la continuité de l'information des fédérations départementales des associations agréées de pêche et de pisciculture quant aux procès-verbaux dressés en cas d'infraction au régime de l'autorisation délivrée au titre de la police de l'eau pour des opérations susceptibles d'avoir une incidence particulièrement néfaste sur le milieu aquatique. Cette information, réalisée avant la fusion des procédures en application de l'article L. 437-5, reste justifiée par les missions de service public qui leur sont confiées en matière de protection et gestion durable du milieu aquatique, de protection et de surveillance du patrimoine piscicole.
 L'article 6 étend à la police de l'eau (chapitres Ier à VII du titre II du code de l'environnement) la procédure de la transaction pénale, qui déjà existe en matière de police de la pêche et qui permet d'apporter une réponse rapide et proportionnée à la faute ou négligence et de mettre en oeuvre les mesures propres à éviter que le dommage ne se renouvelle.
 L'article 7 intègre pleinement les piscicultures dans la police de l'eau et fixe une définition commune pour l'application des polices de l'eau et de la pêche.
 L'article 8 exclut du champ d'application de la police de la pêche, sauf exception, les piscicultures et plans d'eau anciens ou bénéficiant déjà d'une concession ou d'une autorisation administrative. Cette dérogation est en effet indispensable pour permettre au pisciculteur de capturer le poisson qu'il a élevé dans son établissement indépendamment de la législation de la pêche relative notamment aux temps et modes de pêche autorisés.
 Les articles 9 et 10 harmonisent les procédures de commissionnements des agents et de délais de transmission des procès-verbaux constatant les infractions en matière de police de la pêche avec ceux existant pour la police de l'eau.
 Enfin, l'article 11 exclut du bénéfice de la transaction pénale relative à la législation de la pêche les contraventions des quatre premières classes soumises à l'acquittement d'une amende forfaitaire et précise les règles d'extinction de l'action publique.