L'arrêté du 22 août 2006 susvisé est modifié comme suit :
 Titre II : au lieu de : « missions en métropole », lire : « missions ou intérim en métropole ».
 Article 10, ajouter le paragraphe suivant :
 « Des avances peuvent être accordées aux agents qui en font la demande à hauteur de 75 % des indemnités journalières présumées dues. »
 Article 13 (b), remplacer le paragraphe par :
 « Pour la voie aérienne, le surclassement peut être autorisé, par l'autorité qui ordonne le déplacement, lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et que la durée de la mission est inférieure à sept jours. La durée de la mission n'est pas prise en compte pour les déplacements vers et entre les collectivités territoriales d'outre-mer. »
 Article 17, au lieu de : « ... frais divers (taxi, parking, téléphone, navettes aéroports)... », lire : « ... frais divers exposés par l'agent à l'intérieur de la localité où se déroule la mission (transports en commun, taxi, parking, téléphone...)... »
 Article 18, avant-dernier paragraphe : au lieu de : « Lorsqu'un agent est logé ou nourri gratuitement... », lire : « Lorsqu'un agent est logé et nourri gratuitement... ».
 Après le dernier paragraphe, ajouter :
 « Des avances peuvent être accordées aux agents qui en font la demande à hauteur de 100 % des indemnités journalières présumées dues.
 Il est possible de rembourser une indemnité de nuitée en dehors de la plage horaire prévue (0 heure-5 heures) de manière exceptionnelle quand la mission le justifie et notamment pour les missions de reconduite à la frontière. Ce remboursement ne sera effectué que sur autorisation écrite de l'autorité qui ordonne le déplacement, accompagné de la facture d'hébergement.
 Il est possible de rembourser des frais d'hébergement au-delà de la part de 65 % sur présentation du justificatif d'hébergement, lorsque les conditions d'hébergement sont imposées à l'administration ou à l'agent.
 Les frais suivants sont considérés comme des frais supplémentaires et peuvent donner lieu à remboursement sur présentation des justificatifs de dépense : frais de délivrance de passeport ou visa, frais de vaccination et de traitement obligatoires ou recommandés par l'Institut Pasteur, taxes d'aéroport et autres taxes, frais ou impôts touchant le voyageur, frais de transport en commun engagés par l'agent au départ et au retour de sa mission entre sa résidence et l'aéroport, le port ou la gare ou entre le lieu de la mission et l'aéroport, le port ou la gare (et inversement). En cas d'absence de transport en commun, les frais de taxi ou de parking dans la limite de soixante-douze heures peuvent être remboursés sur présentation des justificatifs et autorisation de l'autorité administrative.
 Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'une tournée dans les départements d'outre-mer est réparti de la manière suivante : 15,25 EUR par repas, le reste pour l'hébergement.
 Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'une tournée dans les collectivités d'outre-mer est égal à celui de l'indemnité de mission correspondante.
 Le taux de l'indemnité allouée à l'occasion d'un intérim outre-mer est égal à celui de l'indemnité de mission quand le poste se situe hors du département ou de la collectivité outre-mer et à celui de l'indemnité de tournée dans le cas contraire. »
 Article 21, remplacer le paragraphe unique par :
 « Lorsqu'un agent en poste à l'étranger effectue un déplacement dans le pays de sa résidence administrative, son indemnité journalière est réduite de 10 %.
 Lorsque la durée du trajet d'un déplacement en train, bateau ou avion, effectué par un agent en poste à l'étranger dans le pays de sa résidence administrative ou de sa zone de compétence, coïncide avec la tranche horaire d'un repas et que le prix du billet ne comprend pas la prestation, le remboursement des frais de repas peut être effectué sur présentation du justificatif de dépense. Cette disposition s'applique également pour tout déplacement en véhicule de plus de sept heures après accord préalable de l'autorité qui autorise le déplacement. »
 Article 30, au lieu de : « ... pour passer un concours ou un examen professionnel... », lire : « ... pour se présenter à un concours, une sélection ou un examen professionnel... ».
 Article 32, remplacer par : « L'instruction du 26 octobre 2000 et la décision ministérielle du 15 février 2005 sont abrogées. Les dispositions du présent arrêté sont prises pour une durée de cinq ans ».