La liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles est fixée ainsi qu'il suit pour la période du 1er janvier 2006 au 31 décembre 2009 :
 Centre national de référence des agents transmissibles non conventionnels (ATNC) :
 Service d'anatomie pathologique-neurologique, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris) ;
 Laboratoires associés :
 - service de biochimie et biologie moléculaire, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris) ;
 - GIDTIP, direction des sciences du vivant, département de recherche médicale, Commissariat à l'énergie atomique, Fontenay-aux-Roses (92) ;
 - équipe avenir maladies humaines à prions, INSERM, IFR 70, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
 Centre national de référence des arbovirus :
 Unité de biologie des infections virales émergentes, IFR 128, Institut Pasteur (Lyon) ;
 Laboratoire associé : institut de médecine tropicale, Le Pharo-Marseille Armées, service de santé des armées (Marseille).
 Centre national de référence des arbovirus et virus Influenzae dans la région Antilles-Guyane :
 Laboratoire de virologie, institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
 Centre national de référence des anaérobies et du botulisme :
 Unité des bactéries anaérobies et toxines, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des Borrelia :
 Laboratoire des spirochètes, Institut Pasteur (Paris) ;
 Laboratoire associé : institut de bactériologie, les hôpitaux universitaires de Strasbourg.
 Centre national de référence des Brucella :
 Unité zoonoses bactériennes, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA), Maisons-Alfort (94) ;
 Laboratoire associé : institut de bactériologie, CHU de Grenoble.
 Centre national de référence des Campylobacter et Helicobacter :
 Laboratoire de bactériologie, INSERM-ERI 10 et EA 3667, université Victor Segalen - Bordeaux-II, hôpital Pellegrin (Bordeaux) ;
 Centre national de référence du charbon :
 Unité des toxines et pathogénie bactérienne, département de pathogenèse microbienne, Institut Pasteur (Paris) ;
 Laboratoire associé : unité des zoonoses bactériennes, LERPAZ, unité ZB, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA), Maisons-Alfort (94).
 Centre national de référence des Chlamydiae :
 Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Hyacinte Vincent, université Victor Segalen - Bordeaux-II (Bordeaux).
 Centre national de référence pour la coqueluche et autres bordetelloses :
 Unité de prévention et thérapies moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des corynebactéries toxinogènes :
 Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, centre d'identification moléculaire des bactéries, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des Cytomégalovirus :
 Service de bactériologie-virologie-hygiène, équipe d'accueil MENRT 3175, hôpital Dupuytren, CHU de Limoges.
 Laboratoires associés :
 - service de bactériologie-virologie-hygiène, université Paris-VII, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris) ;
 - service de bactériologie-virologie-hygiène, université Paris-V, hôpital Necker-Enfants malades, AP-HP (Paris).
 Centre national de référence des entérovirus :
 Laboratoire de virologie du CHU de Lyon, université Claude Bernard - Lyon-I.
 Centre national de référence des Escherichia Coli et shigelles :
 Unité de biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur (Paris) ;
 Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert Debré, AP-HP (Paris).
 Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales :
 Unité de biologie des infections virales émergentes, Institut Pasteur - INSERM IFR128 (Lyon).
 Centre national de référence Francisella Tularensis :
 Laboratoire de bactériologie, CHU de Grenoble.
 Centre national de référence des gonocoques :
 Laboratoire de biologie, institut Alfred Fournier (Paris).
 Centre national de référence des Haemophilus Influenzae :
 Laboratoire de microbiologie, hôpital Purpan, CHU de Toulouse.
 Centre national de référence Legionella :
 Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Laennec, université Claude Bernard - Lyon-I.
 Centre national de référence des Leishmania :
 Laboratoire de parasitologie, CHU de Montpellier.
 Centre national de référence de la leptospirose :
 Laboratoire des spirochètes, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des Listeria :
 Laboratoire des Listeria, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des méningocoques :
 Unité des Neisseria, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des mycobactéries et résistance des mycobactéries aux antituberculeux :
 Laboratoire de bactériologie-hygiène, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris) ;
 Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri Mondor, AP-HP (94 Créteil).
 Centre national de référence mycologie et antifongiques :
 Unité mycologie moléculaire, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence du paludisme :
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, groupes hospitaliers Bichat, Claude Bernard et Avicennes, AP-HP (Paris) ;
 Service de parasitologie-mycologie, faculté de médecine Pitié-Salpêtrière, université Pierre et Marie Curie (Paris-VI) ;
 Laboratoires associés :
 - institut de médecine tropicale, Le Pharo, Marseille Armées, service de santé des armées (Marseille) ;
 - laboratoire de parasitologie, faculté de médecine Pitié-Salpêtrière, université Pierre et Marie Curie (Paris-VI).
 Centre national de référence de la chimiorésistance du paludisme dans la région Antilles-Guyane :
 Laboratoire de parasitologie, institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
 Centre national de référence peste et autres Yersinioses :
 Unité de recherche Yersinia, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des pneumocoques :
 Laboratoire de microbiologie, hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP (Paris) ;
 Centre national de référence de la rage :
 Laboratoire de la rage, centre médical, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques :
 Unité des agents antibactériens, Institut Pasteur (Paris) ;
 Laboratoires associés :
 - service de microbiologie, CHU de Caen ;
 - laboratoire de bactériologie, groupe hospitalier Bichat-Claude Bernard, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire de bactériologie, hôpital Jean Minjoz (Besançon).
 Centre national de référence des Rickettsies, Coxiella et Bartonella :
 Unité des Rickettsies, faculté de médecine, université de la Méditerranée (Marseille).
 Centre national de référence des Salmonella :
 Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des staphylocoques :
 Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Laennec, université Claude Bernard - Lyon-I.
 Centre national de référence de la syphilis :
 Laboratoire départemental de la Seine-Saint-Denis, conseil général (93 - Bondy) ;
 Laboratoire associé : laboratoire fédéré, unité de recherche, service de dermatologie, CHU Cochin - Port-Royal, AP-HP (Paris).
 Centre national de référence de la toxoplasmose :
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Reims ;
 Laboratoires associés :
 - laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Dupuytren de Limoges ;
 - université Louis Pasteur, institut de parasitologie et de pathologie tropicale (Strasbourg) ;
 - laboratoire de parasitologie-mycologie, faculté de médecine (Montpellier).
 Centre national de référence des Trichinella :
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Cochin - Port-Royal, AP-HP (Paris).
 Centre national de référence des vibrions et choléra :
 Unité du choléra et des vibrions, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence des virus entériques (entérovirus exclus) :
 Laboratoire de virologie, CHU de Dijon.
 Centre national de référence des virus des hépatites à transmission entérique (hépatites A et E) :
 Laboratoire de virologie, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris) ;
 Laboratoire associé : laboratoire de biologie clinique, hôpital d'instruction des armées du Val-de-Grâce (Paris).
 Centre national de référence des virus des hépatites B, C et Delta :
 INSERM U635-bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri-Mondor, AP-HP (94 - Créteil) ;
 Laboratoires associés :
 - laboratoire mixte Institut Pasteur, hôpital Paul Brousse et INSERM U370, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire-unité de virologie transfusionnelle, Institut national de la transfusion sanguine (Paris) ;
 - hépatite Delta : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Avicennes, AP-HP (93 - Bobigny).
 Centre national de référence du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) :
 Laboratoire de virologie, UFR des sciences pharmaceutiques, CHRU de Tours ;
 Laboratoires associés :
 - laboratoire de virologie, CHRU de Rouen ;
 - laboratoire de microbiologie, groupe hospitalier Bichat - Claude Bernard, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire-unité de virologie transfusionnelle, Institut national de la transfusion sanguine (Paris).
 Centre national de référence du virus Influenzae, région Nord :
 Unité de génétique moléculaire des virus respiratoires, Institut Pasteur (Paris).
 Centre national de référence du virus Influenzae, région Sud :
 Laboratoire de virologie du CHU de Lyon, université Claude Bernard, Lyon-I.
 Centre national de référence de la rougeole :
 INSERM U404-immunité et vaccination CERVI (Lyon) ;
 Laboratoire associé : laboratoire de virologie humaine et moléculaire, CHU de Caen.