Première section
Administration générale
 La première section exerce ses compétences sur tous les sujets généraux relatifs à l'administration, aux questions juridiques, à la gestion des ressources humaines, au contrôle et à l'inspection en relation avec ses homologues du service de l'inspection générale de l'agriculture, des autres conseils généraux, les directions générales et directions concernées du ministère chargé de l'agriculture et des autres départements ministériels et organismes utilisant ou susceptibles d'utiliser des inspecteurs de la santé publique vétérinaire.
 A ce titre, elle a notamment pour mission d'observer, de suivre et de contribuer à la réflexion sur les questions relatives :
 - à l'organisation et au fonctionnement du ministère chargé de l'agriculture et plus précisément aux conséquences de la réforme de l'Etat et de la mise en oeuvre du plan pluriannuel de modernisation ;
 - à la législation et à la réglementation touchant aux fonctions exercées par les inspecteurs de la santé publique vétérinaire et à leur harmonisation avec celles des autres corps techniques supérieurs ;
 - au statut, à la gestion et à l'évaluation du personnel chargé de mission de santé publique vétérinaire aux différents stades de son parcours professionnel ;
 - à l'évolution des métiers ;
 - à l'enseignement : formation initiale, formation continue, concours de recrutement ;
 - à l'organisation, au fonctionnement, aux principes généraux de l'inspection, de l'évaluation et de l'audit des services déconcentrés.
Deuxième section
Santé publique vétérinaire et environnement
 La deuxième section exerce ses compétences dans les domaines suivants :
 - santé et protection animale, laboratoires d'analyse et de recherche, pharmacie vétérinaire ;
 - hygiène et sécurité sanitaire des aliments ;
 - environnement (installations classées, pollutions d'origine animale, faune sauvage).
 A ce titre, elle a notamment pour mission dans les domaines de référence :
 - de suivre l'évolution réglementaire et les problèmes d'actualité au niveau national, européen et international ;
 - de représenter le conseil auprès des diverses instances et commissions, notamment : OIE, Codex Alimentarius, comité consultatif de la santé et protection animale, Commission nationale de l'expérimentation animale, Conseil national de l'alimentation, Agence française de sécurité sanitaire des aliments, Agence française de l'environnement... et de participer à leurs travaux en tant que de besoin ;
 - d'assurer un lien technique entre le conseil et les directions du ministère de l'agriculture ou d'autres départements ministériels ;
 - d'assurer la liaison avec les instances représentatives des vétérinaires d'exercice libéral.
Troisième section
Etude et prospective
 La troisième section exerce ses compétences, selon une approche transversale et prospective, sur des thèmes liés aux activités d'inspection, d'appui et de conseil exercées par le Conseil général vétérinaire et en assure la coordination et la cohérence avec les orientations politiques du ministère. Elle constitue un lieu d'échange, d'analyse, d'initiative et de promotion du Conseil général vétérinaire.
 A ce titre, elle a notamment pour mission :
 a) En matière de thèmes d'études et de réflexions :
 - d'identifier, en relation avec les présidents des autres sections, de la commission et les inspecteurs généraux chargés de missions permanentes d'inspections interrégionales, les thèmes prioritaires pour le ministère, le corps des inspecteurs de la santé publique vétérinaire ou le conseil dont l'étude présente ou présentera de l'intérêt ;
 - de hiérarchiser ces sujets de réflexion, de proposer un programme d'étude et d'en suivre l'exécution après son acceptation par l'assemblée plénière ;
 - d'assurer le relais avec ses homologues des autres corps d'inspection et des directions pour confronter leurs appréciations sur ces sujets et tout autre problème en commun, en vue si possible de parvenir à un avis convergent ;
 - de représenter le conseil au comité de programmation des études du ministère et de procéder à l'évaluation des études en relation avec les autres corps d'inspection ;
 b) En matière d'attributions particulières :
 - de traiter les questions relatives à l'économie agricole, à l'évolution des systèmes de production, à la mise en oeuvre de la loi d'orientation agricole et de la politique agricole commune, à l'Organisation mondiale du commerce ;
 - de suivre les évolutions technologiques et les choix stragétiques dans leur composante scientifique, mais aussi dans leurs aspects éthique et juridique ;
 - d'observer l'évolution sociologique de la consommation, d'émettre des hypothèses sur son devenir prévisible et d'assurer le contact avec les associations de consommateurs ;
 - de relever les signes précurseurs des crises, d'essayer de les anticiper et de contribuer à leur résolution ;
 - d'assurer les contacts avec les organismes de recherche ainsi qu'avec la direction générale de l'enseignement et de la recherche ;
 c) En matière de suivi des missions, information et communication :
 - de tenir un inventaire et de procéder au suivi en continu des missions confiées au conseil ;
 - d'inviter, dans les limites de la confidentialité requise, les missionnaires à présenter les conclusions des études qu'ils auront réalisées ;
 - d'organiser et de suivre l'activité de la fonction documentation dans son aspect bibliographique mais aussi de la production, de la conservation, de l'exploitation et de la diffusion des documents internes au conseil : comptes rendus de sessions, rapports de mission, dossiers documentaires ;
 - de suivre la production des rapports d'activité, des bulletins du conseil, des articles et communications diverses ;
 - de valoriser les nouvelles techniques d'information et de communication, notamment comme moyen de diffusion des travaux du conseil et de relation avec la société civile et les médias.
La commission permanente de suivi des carrières
des inspecteurs de la santé publique vétérinaire
 La commission permanente de suivi des carrières des inspecteurs de la santé publique vétérinaire est compétente pour toutes questions relatives au déroulement de la carrière et au parcours professionnel des agents appartenant à ce corps.
 Elle a pour mission :
 - de mettre à jour et de tenir à la disposition des inspecteurs de la santé publique vétérinaire les informations utiles concernant le déroulement de leur carrière ;
 - de procéder au recensement, à l'évaluation et à la mise à jour des dimensions de postes occupés par des inspecteurs de la santé publique vétérinaire ;
 - de tenir à jour un annuaire des inspecteurs de la santé publique vétérinaire spécialisés ou aptes à occuper certains emplois dans et hors des structures du ministère ainsi que dans le domaine international ;
 - de participer à la recherche prospective des fonctions, notamment à caractère interministériel ou international, susceptibles d'être exercées par des inspecteurs de la santé publique vétérinaire et d'établir à cet effet une banque de données évolutive des postes correspondants ;
 - de remettre au vice-président un avis technique sur les mobilités des agents en relation avec leurs compétences personnelles et formations spécialisées ;
 - de vérifier la conformité aux conditions statutaires et aux critères d'avancement définis par la direction générale de l'administration des dossiers des agents présentés par les coordonnateurs de notation en prévision d'un éventuel changement de grade ;
 - de donner un avis sur toutes questions touchant les intérêts moraux ou matériels des inspecteurs de la santé publique vétérinaire dont elle est régulièrement tenue informée.