La sous-direction des conditions de travail, de la santé et de la sécurité au travail comprend :
 - le bureau des conditions de travail et de l'organisation de la prévention ;
 - le bureau de la protection de la santé en milieu de travail ;
 - le bureau des équipements et des lieux de travail.
 Elle est chargée de l'élaboration des orientations, des règles et des plans d'action concernant l'amélioration des conditions de travail, la prévention et la protection des salariés contre les risques professionnels et du suivi de leur exécution.
 En matière d'organisation générale de la prévention des risques professionnels :
 - elle assure le suivi de l'exécution des plans d'action gouvernementaux ;
 - elle définit le contenu des actions prioritaires, assure leur suivi et évalue les résultats ;
 - elle définit et coordonne les actions d'études et de recherche destinées à faire progresser les conditions de travail ;
 - en lien avec la cellule communication, elle contribue à la définition des actions de communication en vue de sensibiliser les employeurs et les salariés aux questions de sécurité et de santé au travail ;
 - elle participe aux travaux des organismes communautaires et internationaux compétents ;
 - elle favorise la mise en oeuvre des actions innovantes par la gestion du fonds pour l'amélioration des conditions de travail (FACT) ;
 - elle veille à la mise en oeuvre des dispositions relatives aux comités d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT) ;
 - elle élabore les règles relatives à la médecine du travail, à l'organisation et au fonctionnement des services de santé au travail ;
 - elle détermine les orientations de l'action des services de santé au travail et évalue les actions menées dans ce domaine, en lien avec l'inspection médicale du travail et de la main-d'oeuvre ;
 - elle assure la tutelle de l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail (ANACT) et de l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail (AFSSET), et la coordination des actions de l'organisme professionnel de prévention du bâtiment et des travaux publics (OPPBTP) avec les orientations de l'Etat en matière de conditions de travail ;
 - elle assure le secrétariat du Conseil supérieur de la prévention des risques professionnels et dresse le bilan annuel des conditions de travail.
 En matière de protection de la santé en milieu de travail :
 - elle élabore les orientations et les règles de prévention des risques chimiques, biologiques et physiques, notamment ceux liés aux rayonnements ionisants en milieu de travail, et suit leur mise en oeuvre ;
 - elle élabore et suit la mise en oeuvre, en lien avec la direction de la sécurité sociale, des orientations et des règles relatives à la réparation des risques pour la santé en milieu de travail (création et modification des tableaux des maladies professionnelles, dispositif de cessation anticipée d'activité des travailleurs de l'amiante dont elle assure également la gestion du dispositif) ;
 - elle participe aux négociations communautaires ainsi qu'aux comités techniques d'experts européens et internationaux et assure la transposition et la mise en oeuvre des règles communautaires ;
 - elle diligente des actions d'études et d'expertises en matière de veille scientifique et d'évaluation de risques, en particulier auprès des organismes compétents en matière de sécurité sanitaire ;
 - elle assure la concertation avec les représentants des milieux professionnels ;
 - elle participe à la définition et au suivi de l'exécution des actions prioritaires de contrôles et des campagnes de contrôle ciblées conduites par l'inspection du travail.
 Dans le domaine des équipements, des chantiers et des lieux de travail :
 - elle est chargée de l'élaboration et du suivi de l'exécution des règles relatives à la conception et à l'utilisation des équipements de travail et des équipements de protection individuelle ;
 - elle est chargée de l'élaboration et du suivi de l'exécution des règles relatives à la sécurité des lieux de travail, à la prévention des risques sur les chantiers du bâtiment et des travaux publics et des risques électriques ;
 - en lien avec les autres ministères compétents, elle conduit des travaux de veille et de surveillance du marché des machines et des équipements de protection individuelle (EPI) ;
 - elle participe à la définition des actions prioritaires de contrôle conduites par l'inspection du travail ;
 - elle participe aux négociations communautaires ainsi qu'aux comités techniques d'experts européens et internationaux et assure la transposition et la mise en oeuvre des règles communautaires ;
 - elle assure l'habilitation et l'agrément des organismes experts dans le domaine des machines, des EPI et des installations électriques en application des règles communautaires et nationales ;
 - elle participe aux travaux français et internationaux de normalisation dans les différents domaines intéressant le milieu du travail et participe à la préparation de la réglementation européenne dans ce domaine.