La sous-direction des transports maritimes et fluviaux comporte :
 Le bureau du développement économique des transports maritimes et fluviaux, qui exerce les mission suivantes :
 - définition et mise en oeuvre de la politique économique du transport maritime, du transport fluvial et des services portuaires nautiques (remorquage, pilotage, lamanage) ;
 - gestion des dispositifs de soutien et de développement aux entreprises des secteurs des transports maritimes et fluviaux et de services portuaires nautiques ;
 - suivi des entreprises de transport maritime, de transport fluvial et des services portuaires nautiques ;
 - suivi des questions économiques des transports maritimes fluviaux et des services portuaires, formation des prix de transport, coûts de revient, analyse financière des entreprises ;
 - financement des investissements des entreprises de transports maritimes et fluviales et des services portuaires nautiques ;
 - questions fiscales relatives aux armements maritimes et fluviaux et aux services portuaires nautiques ;
 - participation à l'élaboration et à la mise en oeuvre du droit de la concurrence dans le domaine des transports ;
 - traitement du contentieux ;
 - tutelle de la Société nationale Corse Méditerranée ;
 - suivi des projets de développement de la voie d'eau.
 Le bureau de l'organisation et de la réglementation du transport maritime, qui exerce les missions suivantes :
 - élaboration et mise en oeuvre des réglementations applicables aux activités et professions liées au transport maritime et fluvio-maritime ;
 - statut légal des navires de commerce et autres bâtiments de mer, suivi des ventes de navires et des procédures de francisation ;
 - suivi des opérations maritimes et fluvio-maritimes ;
 - délivrance des autorisations de transport déterminé ;
 - gestion de la loi du 30 décembre 1992 sur les obligations de capacité de transport de pétrole brut ;
 - financement des exportations de services de transport maritime ;
 - traitement du contentieux ;
 - études de droit maritime et législation maritime sur le plan interne et international ;
 - assurances maritimes et régimes de responsabilité et d'indemnisation dans le transport maritime ;
 - accords maritimes et gestion des accords internationaux, notamment dans le cadre de l'Organisation maritime internationale.
 Le bureau de l'organisation, de la réglementation et de la sécurité du transport fluvial, qui exerce les missions suivantes :
 - élaboration et mise en oeuvre des mesures réglementaires relatives à l'organisation et aux modes de fonctionnement du transport fluvial ;
 - tutelle de la Chambre nationale de la batellerie artisanale ;
 - définition et mise en oeuvre des orientations et de la réglementation relative à la sécurité du transport fluvial et à la police de la navigation fluviale et, en liaison avec la mission sûreté défense, à la sûreté des bateaux et du transport fluvial ;
 - définition et mise en oeuvre des dispositions réglementaires relatives à l'accès aux professions de transporteur fluvial et de courtier fluvial, mise en place et suivi des examens d'attestation de capacité ;
 - définition et mise en oeuvre des dispositions relatives à la régulation et au contrôle économique du transport ;
 - traitement du contentieux ;
 - maîtrise d'ouvrage des applications informatiques nationales de gestion de la réglementation fluviale ;
 - animation et coordination de l'action des services déconcentrés dans le domaine de la régulation et du contrôle des transports fluviaux ;
 - pilotage des accords internationaux (Commission centrale de la navigation du Rhin, Commission internationale de la Moselle) et gestion des dossiers internationaux.
 Le bureau de l'observation économique et des statistiques des transports maritimes et fluviaux et des ports, qui exerce les missions suivantes :
 - observation et veille économique des secteurs du transport fluvial, maritime et du secteur portuaire ;
 - réalisation d'études économiques, socio-économiques et de conjoncture sur le transport maritime, le passage portuaire, le transport fluvial au niveau national et international ;
 - statistiques nationales et internationales relatives au trafic maritime, aux marchés internationaux, aux trafics portuaires et aux zones d'influence des ports en liaison avec le secrétariat général du ministère ;
 - maîtrise d'ouvrage des applications informatiques nationales de suivi des statistiques portuaires maritimes en liaison avec le secrétariat général de la direction générale de la mer et des transports.