Centre national de référence
des agents transmissibles non conventionnels (ATNC)
 Service d'anatomie pathologique-neurologie, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris) :
 - laboratoire associé : service de biochimie et biologie moléculaire, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire associé : GIDTIP, direction des sciences du vivant, département de recherche médicale, Commissariat à l'énergie atomique (Fontenay-aux-Roses [92]) ;
 - laboratoire associé : équipe avenir maladies humaines à prions, INSERM, IFR. 70, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
Centre national de référence des arbovirus
 Unité de biologie des infections virales émergentes, IFR 128, Institut Pasteur (Lyon) :
 - laboratoire associé : institut de médecine tropicale, Le Pharo-Marseille Armées, service de santé des armées (Marseille).
Centre national de référence des arbovirus
et virus influenzae dans la région Antilles-Guyane
 Laboratoire de virologie, Institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
Centre national de référence des anaérobies
et du botulisme
 Unité des bactéries anaérobies et toxines, Institut Pasteur (Paris) :
 - laboratoire associé : laboratoire de bactériologie-virologie, hôpital Saint-Antoine, groupement hospitalier universitaire Est, APHP (Paris).
Centre national de référence des Borrelia
 Laboratoire des spirochètes, Institut Pasteur (Paris) :
 - laboratoire associé : institut de bactériologie, hôpitaux universitaires de Strasbourg.
Centre national de référence des Brucella
 Unité zoonoses bactériennes, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA), Maisons-Alfort (94) :
 - laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, CHU de Grenoble.
Centre national de référence
des campylobacter et helicobacter
 Laboratoire de bactériologie, INSERM-ERI 10 et EA 3667, université Victor Segalen - Bordeaux-II, hôpital Pellegrin (Bordeaux).
Centre national de référence du charbon
 Unité des toxines et pathogénie bactérienne, département de pathogenèse microbienne, Institut Pasteur (Paris) :
 - laboratoire associé : unité des zoonoses bactériennes, LERPAZ, unité ZB, Agence française de sécurité sanitaire des aliments(AFSSA), Maisons-Alfort (94).
Centre national de référence des Chlamydiae
 Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Hyacinte-Vincent, université Victor Segalen - Bordeaux-II (Gironde).
Centre national de référence pour la coqueluche
et autres bordetelloses
 Unité de prévention et thérapies moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence
des corynebactéries toxinogènes
 Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, centre d'identification moléculaire des bactéries, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des cytomégalovirus
 Service de bactériologie-virologie-hygiène, équipe d'accueil MENRT 3175, hôpital Dupuytren, CHU de Limoges :
 - laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène, université Paris-VII, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène, université Paris-V, hôpital Necker, AP-HP (Paris).
Centre national de référence des entérovirus
 Laboratoire de virologie du CHU de Lyon, université Claude Bernard - Lyon-I.
Centre national de référence
des Escherichia coli et shigelles
 Unité de biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur (Paris) :
 - laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert-Debré, AP-HP (Paris).
Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales
 Unité de biologie des infections virales émergentes, Institut Pasteur-INSERM IFR 128 (Lyon).
Centre national de référence Francisella tularensis
 Laboratoire de bactériologie, CHU de Grenoble.
Centre national de référence des gonocoques
 Laboratoire de biologie, institut Alfred Fournier (Paris).
Centre national de référence des Haemophilus influenzae
 Laboratoire de microbiologie, hôpital Purpan, CHU de Toulouse.
Centre national de référence Legionella
 Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Laennec, université Claude Bernard - Lyon-I.Centre national de référence des Leishmania
 Laboratoire de parasitologie, CHU de Montpellier.
Centre national de référence de la leptospirose
 Laboratoire des spirochètes, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des Listeria
 Laboratoire des Listeria, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des méningocoques
 Unité des Neisseria, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des mycobactéries
et résistance des mycobactéries aux antituberculeux
 Laboratoire de bactériologie-hygiène, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris) :
 - laboratoire associés : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri Mondor, AP-HP (Créteil [94]).
Centre national de référence mycologie et antifongiques
 Unité mycologie moléculaire, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence du paludisme
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, groupes hospitaliers Bichat-Claude-Bernard et Avicenne, AP-HP (Paris), service de parasitologie-mycologie, faculté de médecine Pitié-Salpêtrière, université Pierre et Marie Curie - Paris-VI :
 - laboratoire associé : institut de médecine tropicale, Le Pharo, Marseille Armées, service de santé des armées (Marseille) ;
 - laboratoire associé : laboratoire de parasitologie, faculté de médecine Pitié-Salpêtrière, université Pierre et Marie Curie - Paris-VI.
Centre national de référence de la chimiorésistance
du paludisme dans la région Antilles-Guyane
 Laboratoire de parasitologie, Institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
Centre national de référence
peste et autres yersinioses
 Unité de recherche Yersinia, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des pneumocoques
 Laboratoire de microbiologie, hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP (Paris).
Centre national de référence de la rage
 Laboratoire de la rage, centre médical, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques
 Unité des agents antibactériens, Institut Pasteur (Paris) :
 - laboratoire associé : service de microbiologie, CHU de Caen ;
 - laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, groupe hospitalier Bichat-Claude Bernard, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, hôpital Jean Minjoz (Besançon).
Centre national de référence
des rickettsies, Coxiella et Bartonella
 Unité des rickettsies, faculté de médecine, université de la Méditerranée (Marseille).
Centre national de référence des Salmonella
 Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence des staphylocoques
 Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Laennec, université Claude Bernard - Lyon-I.
Centre national de référence streptocoques
 Service de bactériologie, groupe hospitalier Cochin - Saint-Vincent-de-Paul, AP-HP (Paris) :
 - laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital de l'Hôtel-Dieu, groupe hospitalier universitaire Ouest, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire associé service de microbiologie, hôpital Robert Debré, groupe hospitalier universitaire Nord, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire associé : unité de biologie des bactéries pathogènes à Gram positif, Institut Pasteur.
Centre national de référence de la syphilis
Laboratoire départemental de Seine-Saint-Denis, conseil général (Bondy [93]) :
 - laboratoire associé : laboratoire fédéré, unité de recherche, service de dermatologie, CHU Cochin - Port-Royal, AP-HP (Paris).
Centre national de référence de la toxoplasmose
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Reims :
 - laboratoire associé : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Dupuytren de Limoges ;
 - laboratoire associé : université Louis Pasteur, institut de parasitologie et de pathologie tropical (Strasbourg) ;
 - laboratoire associé : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Montpellier.
Centre national de référence des Trichinella
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Cochin - Port-Royal, AP-HP (Paris).
Centre national de référence
des vibrions et choléra
 Unité du choléra et des vibrions, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence
des virus entériques (entérovirus exclus)
 Laboratoire de virologie, CHU de Dijon.
Centre national de référence des virus
des hépatites à transmission entérique (hépatites A et E)
 Laboratoire de virologie, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris) :
 - laboratoire associé : laboratoire de biologie clinique, hôpital d'instruction des armées du Val-de-Grâce (Paris).
Centre national de référence
des virus des hépatites B, C et Delta
 INSERM U635, bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri Mondor, AP-HP (Créteil [94]) :
 - laboratoire associé : laboratoire mixte Institut Pasteur, hôpital Paul-Brousse et INSERM U370, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire associé : laboratoire-unité de virologie transfusionnelle, Institut national de la transfusion sanguine (Paris) ;
 - laboratoire associé hépatite Delta ;
 - laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Avicennes, UFR de santé, médecine, biologie humaine Léonard de Vinci-Bobigny, université Paris-Nord (Paris-XIII).
Centre national de référence du virus
de l'immunodéficience humaine (VIH)
 Laboratoire de virologie, UFR des sciences pharmaceutiques, CHRU de Tours :
 - laboratoire associé : laboratoire de virologie, CHRU de Rouen ;
 - laboratoire associé : laboratoire de microbiologie, groupe hospitalier Bichat-Claude Bernard, AP-HP (Paris) ;
 - laboratoire associé : laboratoire-unité de virologie transfusionnelle, Institut national de la transfusion sanguine (Paris).
Centre national de référence
du Virus influenzae, région nord
 Unité de génétique moléculaire des virus respiratoires, Institut Pasteur (Paris).
Centre national de référence du Virus influenzae, région sud
 Laboratoire de virologie du CHU de Lyon, université Claude Bernard - Lyon-I.
Centre national de référence de la rougeole
 INSERM U404, immunité et vaccination CERVI (Lyon) :
 - laboratoire associé : laboratoire de virologie humaine et moléculaire, CHU de Caen.