Les agents de la filière scientifique et technique exercent, suivant la catégorie dans laquelle ils ont été recrutés, les fonctions notamment définies ci-après :
 Les agents relevant de la catégorie 1 exécutent, sur la base de directives précises, toutes tâches concourant à la réalisation des activités opérationnelles de l'établissement.
 Les agents relevant de la catégorie 2 mettent en oeuvre l'ensemble des techniques exigées pour la réalisation des activités scientifiques et techniques en archéologie et le traitement du mobilier et participent à l'adaptation des techniques applicables à l'archéologie préventive. Ils peuvent participer à l'exploitation scientifique des résultats des opérations et à des projets de recherche ou de publication. Ils peuvent se voir confier des fonctions d'administration et d'encadrement des activités archéologiques.
 Les agents relevant de la catégorie 3 participent à la définition, à la réalisation et à l'organisation des activités scientifiques et techniques en archéologie. Ils participent à la mise au point et à l'adaptation des méthodes et techniques applicables aux opérations archéologiques. Ils peuvent contribuer à l'exploitation scientifique et technique des opérations archéologiques ainsi qu'à la diffusion et à la valorisation de leurs résultats. Ils peuvent participer à des projets de recherche et de publication. Ils peuvent se voir confier des missions d'administration et d'encadrement des activités archéologiques.
 Les agents relevant de la catégorie 4 participent à la définition, à la réalisation et à l'organisation des activités scientifiques et techniques en archéologie. Ils concourent à l'élaboration, à la mise au point et au développement de méthodes et techniques applicables à l'archéologie préventive. Ils peuvent être chargés d'opérations de conservation et de restauration. Ils peuvent assurer des tâches de coordination, de contrôle de projet et d'expertise ainsi que des formations à l'archéologie préventive. Ils concourent à l'exploitation scientifique et technique des activités de l'établissement ainsi qu'à la diffusion et à la valorisation de leurs résultats. Ils peuvent être associés à des projets de recherche et de publication. Ils peuvent se voir confier des missions d'administration et d'encadrement des activités archéologiques.
 Les agents relevant de la catégorie 5 définissent et organisent les opérations archéologiques. Ils peuvent être chargés de mission d'expertise, de coordination et de contrôle de projets ou d'ensembles de projets scientifiques. Ils peuvent concevoir et assurer des formations à l'archéologie préventive. Ils concourent à l'exploitation scientifique et technique des activités de l'établissement ainsi qu'à la diffusion et la valorisation de leurs résultats. Ils contribuent à la définition et à la mise en oeuvre des programmes d'études, de recherche et de publication, et peuvent être associés à des projets de recherche et de publications ou en assurer la direction. Ils peuvent être chargés de missions d'administration et d'encadrement des activités archéologiques. Ils peuvent avoir la responsabilité de services au siège de l'établissement ou de structures déconcentrées de l'établissement. Ils peuvent participer à la définition et à la mise en oeuvre des politiques de l'établissement.