La priorité est donnée au développement des modes ferroviaire, fluvial et maritime selon les axes suivants :
  Le développement du transport ferroviaire de voyageurs et de marchandises :
 a) Dès 2008, une réorganisation des circulations des trains sera mise en place en Rhône-Alpes et sur l'axe Paris-Marseille, en concertation étroite entre RFF, les régions concernées et les exploitants ferroviaires. Il s'agira d'offrir aux divers utilisateurs de transport ferroviaire des horaires à fréquence simple et fixe, à caractère répétitif tout au long de la journée. Ce nouveau système cadencé, déjà opérationnel dans des pays voisins et qui sera progressivement généralisé à l'ensemble du réseau ferré national, apportera une amélioration sensible pour les voyageurs avec des horaires plus lisibles. Par ailleurs, les sillons fret seront fiabilisés, permettant un écoulement plus régulier du trafic.
 b) La priorité fret de la voie ferrée en rive droite du Rhône est confirmée, pour maximiser le débit de cette ligne et favoriser ainsi la qualité de l'offre fret. La possibilité de son utilisation par les TER, actuellement étudiée par la région Rhône-Alpes, devra prendre en compte cette priorité.
 c) Le projet de contournement ferroviaire de Nîmes-Montpellier, dont les modalités de financement sont en cours de mise au point, devra être poursuivi avec la plus grande diligence pour être mis en service au plus tard en 2012. Ce projet prévoit également des travaux d'augmentation de la capacité de la ligne existante entre Montpellier et Perpignan.
 d) Le contournement ferroviaire de Lyon progressera de façon cohérente entre sa partie nord et sa partie sud. L'avant-projet de la partie nord, en cours d'étude, sera approuvé, en même temps que sera arrêté le fuseau de passage sud ; l'enquête publique sera lancée sur la partie nord en 2008 ; elle prendra en compte les décisions prises sur la partie sud.
 e) La Commission nationale du débat public sera saisie pour lancer en 2008 un débat public sur l'opportunité de réaliser une ligne ferroviaire nouvelle à grande vitesse entre Perpignan et Montpellier.
 f) La liaison Lyon-Turin est réaffirmée comme seule alternative crédible aux franchissements routiers alpins. Tout sera mis en oeuvre pour permettre le lancement du projet en 2010. La déclaration d'utilité publique de la partie française du tunnel internationnal sera prise avant la fin de l'année 2007. Le tracé des accès français ont été arrêtés en février 2006 et l'avant-projet correspondant est en cours d'étude par RFF.
 g) L'autoroute ferroviaire Perpignan-Bettembourg sera mise en service en mars 2007. Elle apportera au départ une capacité de transfert de 30 000 remorques par an, avec un départ quotidien dans chaque sens. Elle offre un potentiel de développement important. Elle pourra être mise en réseau avec l'autoroute ferroviaire alpine dont l'extension vers l'est lyonnais est à l'étude. Un prolongement vers Marseille est également à l'étude.
 h) Le transport combiné présente également de grandes potentialités. A cet égard, l'allongement des trains de transport combiné sera engagé progressivement dès 2007 au fur et à mesure de l'aménagement de l'infrastructure et en priorité sur l'axe Paris-Marseille.
 i) L'Etat propose dans le cadre du contrat de projets 2007-2013 l'électrification et l'augmentation de capacité de l'axe ferroviaire du sillon alpin, qui relie les agglomérations de Valence, Grenoble et Chambéry, ainsi que le raccordement de cette ligne à la LGV Méditerranée, de façon à améliorer le transport ferroviaire de voyageurs sur ces liaisons interurbaines. D'autre part, la compétitivité du trafic fret entre l'Espagne, le sud de la France et le nord de l'Italie sera renforcée grâce à ce nouvel itinéraire.
 j) Une gare nouvelle « Drôme provençale » doit être créée à Allan en tenant compte d'études complémentaires à réaliser sur l'évolution des dessertes ; l'Etat est prêt à faciliter la mise en oeuvre de ce projet par les collectivités locales, RFF et la SNCF et à s'associer à sa réalisation.
  Le développement du transport fluvial et maritime de marchandises :
 a) L'aménagement et l'équipement des ports fluviaux de la basse vallée du Rhône : création d'un nouveau poste à quai équipé au port d'Arles, rénovation des installations du port d'Avignon-Le Pontet, aménagement des ports de Beaucaire et de l'Ardoise seront réalisés dans le cadre du Plan-Rhône. La mise en service fin 2006 du nouveau terminal conteneurs du port Edouard Herriot à Lyon complétera les capacités portuaires afin de poursuivre la croissance rapide du trafic fluvial conteneurisé. Le canal du Rhône à Sète sera progressivement aménagé.
 b) Le lancement en 2006 de FOS 2XL va permettre de doubler le trafic conteneurisé du port de Marseille. Le développement du transport fluvial fait partie des axes stratégiques du port de Marseille, qui prévoit de réaliser une connexion fluviale plus directe avec le Rhône et d'améliorer le traitement des barges fluviales au sein du port.
 c) La réalisation d'un service d'autoroute de la mer en Méditerranée sera proposée dans les meilleurs délais par un groupe de travail qui associera la France, l'Italie et l'Espagne, dans l'objectif de lancer un appel à projet en 2007.