Le secrétariat général a en charge l'ensemble des fonctions de soutien visant à fournir aux sous-directions les ressources et les appuis méthodologiques nécessaires à leur action. Il exerce également, en collaboration avec les sous-directions, le département et les missions rattachés à la direction générale, des fonctions de contrôle de gestion, d'animation de réseaux, de programmation, de synthèse et d'évaluation. A ce titre :
 1° Il coordonne dans son champ de compétence l'action des sous-directions, du département des urgences sanitaires et des missions rattachées à la direction générale ;
 2° Il coordonne les travaux relatifs à la mise en oeuvre de la politique de santé publique et en prépare les travaux d'évaluation ; il veille à la participation des citoyens à la définition des politiques de santé ; il assure le secrétariat de la Conférence nationale de santé et du Comité national de santé publique ;
 3° Il veille à la coordination, la qualité, la cohérence et la pertinence des relations de la direction avec les services déconcentrés, leur apporte un appui méthodologique dans la conduite et l'évaluation des budgets opérationnels de programmes régionaux ; coordonne leur action dans les domaines relevant de la compétence de la direction ; concourt, en lien avec la direction de l'administration générale, du personnel et du budget, à la détermination de leurs besoins en personnel et en actions de formation ; il apporte son appui aux présidents et directeurs des groupements régionaux de santé publique ;
 4° Il coordonne l'exercice, par les sous-directions compétentes, du pilotage stratégique et de la tutelle administrative et financière des établissements publics et organismes relevant des programmes dont la direction générale de la santé a la responsabilité ; il définit les orientations stratégiques de l'Institut de veille sanitaire et de l'Institut national de promotion et d'éducation pour la santé, il prépare les contrats de performance passés avec ces établissements et en suit la mise en oeuvre ; il assure leur tutelle administrative et financière ;
 5° Il veille à la qualité des accords de partenariat signés avec le secteur associatif, dans le cadre des programmes dont la direction générale de la santé a la responsabilité ;
 6° Il veille au respect de la participation des usagers au système de santé et assure le secrétariat de la commission nationale d'agrément des associations d'usagers prévue par la loi ;
 7° Il organise la participation de la direction à l'élaboration des projets de loi de financement de la sécurité sociale, à la conception et la mise en oeuvre des dispositifs relatifs à l'assurance maladie, ainsi qu'à l'élaboration et au suivi des dispositifs contractuels établis avec les organismes de l'assurance maladie ; il organise les relations avec ces organismes ;
 8° Il anime une politique de ressources humaines, est chargé de la gestion des personnels et de la logistique interne de la direction, prépare les projets de loi de finances et assure leur exécution pour ce qui concerne les programmes dont la direction a la responsabilité ou auxquels elle participe, assure le contrôle interne relatif aux fonctions budgétaires et comptables ;
 9° Il assure la réflexion stratégique et le suivi opérationnel des projets en matière de systèmes d'information ;
 10° Il apporte aux sous-directions une aide méthodologique et une expertise interne pour la rédaction des textes juridiques et le traitement des contentieux, y compris communautaires, suit la production des textes réglementaires de la direction et veille à leur qualité ;
 11° Il est responsable des travaux de codification concernant le code de la santé publique ; de la définition et du suivi, en lien avec la direction de la sécurité sociale, des dispositifs d'indemnisation de victimes de maladies ou d'accidents médicaux ; il assure le secrétariat de la Commission nationale des accidents médicaux ;
 12° Il apporte son expertise et coordonne les travaux de la direction générale de la santé sur les questions d'éthique médicale, de bioéthique et de droits de la personne dans le domaine de la santé ; il assure la coordination avec les autres départements ministériels concernés, anime les relations avec les instances compétentes dans le domaine de l'éthique des sciences de la vie et de la santé et des droits de l'homme et représente la direction générale de la santé au sein des instances internationales traitant des questions d'éthique médicale et de bioéthique ;
 13° Il est responsable des appels d'offres et de la rédaction des marchés publics passés par la direction.
 Le chef de service, secrétaire général, est assisté d'un sous-directeur, secrétaire général adjoint.