Les missions dévolues aux sous-directions citées à l'article 5 sont les suivantes :
 La sous-direction des enseignements des écoles et des formations générales et technologiques des collèges et lycées est chargée d'élaborer et d'animer la politique relative à l'organisation pédagogique des enseignements des écoles et des formations générales et technologiques des collèges et des lycées. Elle met en oeuvre les actions à conduire en matière d'intégration des élèves et d'éducation spécialisée. Elle est également chargée de la réglementation, de l'organisation générale et du suivi des examens sanctionnant les formations.
 La sous-direction des formations professionnelles élabore, met en oeuvre et évalue la politique éducative en matière de formation professionnelle initiale et de formation continue des adultes. Elle définit les diplômes professionnels, en partenariat avec les milieux professionnels. Elle définit et réglemente les conditions de délivrance de ces diplômes pour l'ensemble des publics concernés et pilote l'organisation des examens. Elle met en oeuvre les orientations en matière de formation professionnelle sous statut scolaire et en apprentissage et d'insertion. Elle anime, réglemente et aide à développer la formation continue des adultes.
 La sous-direction des actions éducatives et de la formation des enseignants est chargée de définir les orientations de la politique de formation continue des enseignants du premier et du second degré, d'en assurer l'animation et l'évaluation, et de développer les actions nationales de formation. Elle est responsable de l'action éducative et, en particulier, de l'action culturelle et sportive en milieu scolaire. Elle attribue les subventions aux associations du sport scolaire. Elle valorise la diffusion des innovations pédagogiques.
 La sous-direction de la prévision et des moyens est chargée, en liaison avec la direction de l'évaluation et de la prospective, des travaux d'études concernant les effectifs d'élèves, le réseau des écoles et des établissements et les moyens du premier et du second degré. Elle prépare et assure le suivi du budget relatif aux enseignements scolaires. Elle répartit entre les services académiques les moyens en emplois et crédits et veille au bon emploi des moyens délégués.
 La sous-direction des établissements et de la vie scolaire est chargée de définir et d'animer la politique de prévention et d'action sanitaire et sociale en faveur des élèves. Elle suit l'évolution du réseau scolaire et participe à l'élaboration des politiques territoriales, notamment en matière de zones d'éducation prioritaire. Elle est chargée de la réglementation relative à la scolarité des élèves et au fonctionnement des écoles et des établissements publics locaux d'enseignement. Elle élabore et anime la politique en matière de vie scolaire. Elle contribue à l'action internationale relative à l'enseignement scolaire, en liaison avec la direction des relations internationales et de la coopération. Elle exerce la tutelle pédagogique des établissements scolaires français à l'étranger.
 La mission emplois-jeunes est chargée du pilotage de la politique de formation et d'insertion des jeunes concernés et du suivi de sa mise en oeuvre sur le terrain en liaison avec les services académiques et ceux du ministère chargé de l'emploi. Elle coordonne les initiatives entre les services qui ont en charge le développement des actions de formation et d'insertion et ceux qui en assurent la gestion administrative et financière. Elle impulse la mise en place d'accords-cadres, de conventions d'embauche, de plates-formes de professionnalisation. Elle établit des relations au plan national avec les établissements qui interviennent dans ces domaines.