La sous-direction du contrôle de gestion, du pilotage de la performance et du budget comprend :
 Le bureau du contrôle de gestion et du pilotage de la performance :
 Il est chargé pour l'ensemble des programmes relevant du champ de compétences de la direction générale :
 - de mettre en place et développer le système de dialogue et de contrôle de gestion en liaison avec la direction générale du personnel et de l'administration ;
 - d'assurer la cohérence du pilotage de chacun des programmes ;
 - de définir le cadre du pilotage de la performance en liaison avec la direction générale du personnel et de l'administration et assurer le suivi des indicateurs ;
 - de développer et assurer le suivi des indicateurs de performance pour les programmes relevant de la responsabilité du directeur général ;
 - de développer une stratégie prévisionnelle des compétences et des emplois dans le champ de compétences de la direction générale, en liaison avec le secrétariat général du ministère et la direction générale du personnel et de l'administration ;
 - d'assurer la cohérence du pilotage de la formation initiale et continue dans le champ de compétences de la direction générale ;
 - de définir une stratégie pluriannuelle d'affectation des moyens nécessaires aux programmes relevant du champ de compétences de la direction générale ;
 - d'assurer le suivi des effectifs et de la masse salariale en liaison avec la direction générale du personnel et de l'administration pour les programmes relevant du directeur général.
 Le bureau du budget et de la comptabilité :
 Il est chargé pour les programmes relevant de la responsabilité du directeur général :
 - de la préparation des différents documents budgétaires et de la présentation des projets de lois de finances et des lois de finances rectificatives en liaison avec le bureau du contrôle de gestion et du pilotage de la performance ;
 - de l'exécution et du contrôle du budget : mise en place des crédits votés, suivi des consommations, préparation des comptes rendus de gestion budgétaire et des éléments attendus par la Cour des comptes ;
 - de la gestion comptable en dépenses et en recettes de l'ensemble des crédits y compris la comptabilité analytique des coûts ;
 - de la préparation, gestion et suivi du budget du Conseil national des transports et des comités consultatifs en recettes et en dépenses ;
 - des relations avec le contrôle financier, le département comptable ministériel et la direction générale du personnel et de l'administration.
 Le bureau de la coordination et de la synthèse administrative :
 Il est chargé pour l'ensemble de la direction générale :
 - de préparer les délégations de signature ;
 - d'assurer le pilotage des courriers parlementaires, questions écrites et questions orales en liaison avec les directions chargées de leur traitement ;
 - d'assurer la coordination et la gestion des réponses aux questionnaires budgétaires ainsi que des réponses à la Cour des comptes ;
 - d'assurer la synthèse des procédures de simplifications administratives et de transpositions des directives ;
 - d'assurer la synthèse de l'ensemble des contentieux traités par la direction générale ;
 - d'assurer l'assistance à la rédaction des marchés et conventions conclus par la direction générale de la mer et des transports ;
 - de tenir des tableaux de bord généraux de synthèse des productions administratives de la direction générale ;
 - d'assurer la gestion des distinctions honorifiques ;
 - d'assurer la gestion des relations avec le haut fonctionnaire à la qualité de la réglementation.