L'exploitant doit s'assurer que toutes les dispositions nécessaires dans la conception et l'exploitation de l'installation sont prises pour permettre une bonne gestion des déchets issus de ses activités, selon les meilleures techniques disponibles à un coût économiquement acceptable en s'appuyant, le cas échéant, sur les documents de référence. En particulier, l'analyse des effets directs et indirects, temporaires et permanents de l'installation sur l'environnement et sur la santé doit présenter une description des mesures prévues pour :
 - limiter à la source la quantité et la toxicité des déchets produits, notamment en ce qui concerne les résidus de l'incinération ;
 - faciliter le recyclage et l'utilisation des déchets, si cela est possible et judicieux du point de vue de la protection de l'environnement ;
 - s'assurer, à défaut, du traitement ou du prétraitement des déchets pour en extraire la plus grande part valorisable ou en réduire les dangers potentiels ;
 Les déchets et les différents résidus produits doivent être entreposés séparément avant leur utilisation ou leur élimination, dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention d'un lessivage par les eaux météoriques, d'une pollution des eaux superficielles et souterraines, des envols et des odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement. Les mâchefers doivent en particulier être refroidis.
 Les stockages temporaires, avant recyclage ou élimination des déchets dangereux, doivent être réalisés sur des cuvettes de rétention étanches et être protégés des eaux météoriques.
 L'arrêté d'autorisation fixe les conditions d'élimination des différents déchets produits par l'installation. Le stockage des déchets dangereux produits par l'installation doit être réalisé dans des installations autorisées à cet effet par arrêté préfectoral pris au titre du livre V du code de l'environnement. Pour les autres déchets, à l'exclusion des résidus carbonés issus d'installations de pyrolyse non intégrée, les conditions d'élimination fixées par l'arrêté préfectoral d'autorisation tiennent compte notamment de la fraction soluble et des teneurs en métaux lourds dans les lixiviats de ces déchets, mesurées selon les normes en vigueur. Pour ces déchets, l'arrêté préfectoral d'autorisation peut fixer des valeurs limites en ce qui concerne la fraction soluble et les teneurs en métaux lourds dans les lixiviats. L'arrêté préfectoral d'autorisation fixe la périodicité des contrôles à réaliser. Cette périodicité est au moins trimestrielle pour les résidus d'épuration des fumées.
 La teneur en carbone organique total ou la perte au feu des mâchefers est vérifiée au moins une fois par mois et un plan de suivi de ce paramètre est défini.
 Le transport des résidus d'incinération entre le lieu de production et le lieu d'utilisation ou d'élimination doit se faire de manière à éviter tout envol de matériau, notamment dans le cas de déchets pulvérulents.
 L'exploitant doit être en mesure de justifier l'élimination de tous les déchets qu'il produit à l'inspection des installations classées. Il doit tenir à la disposition de l'inspection des installations classées une caractérisation précise et une quantification de tous les déchets générés par ses activités. Le respect des valeurs limites éventuellement fixées par l'arrêté préfectoral d'autorisation est vérifié.
 L'exploitant tiendra en particulier une comptabilité précise des tonnages de résidus d'incinération produits, s'ils font l'objet d'un entreposage spécifique, en distinguant notamment :
 - les mâchefers ;
 - les métaux ferreux extraits des mâchefers ;
 - le cas échéant, les métaux non ferreux extraits des mâchefers ;
 - les résidus d'épuration des fumées de l'incinération des déchets dont :
  - poussières et cendres volantes en mélange ou séparément ;
  - cendres sous chaudière ;
  - gâteaux de filtration provenant de l'épuration des fumées ;
  - déchets liquides aqueux de l'épuration des fumées et autres déchets liquides aqueux traités hors du site ;
  - déchets secs de l'épuration des fumées ;
  - catalyseurs usés provenant par exemple de l'élimination des oxydes d'azote ;
  - charbon actif usé provenant de l'épuration des fumées ;
  - cendres sous cyclone d'incinérateur à lit fluidisé ;
 - résidus carbonés issus d'une installation de pyrolyse non intégrée ;
 - réfractaires usés.
 Dans le cas où un entreposage spécifique n'est pas possible pour certains des déchets mentionnés ci-dessus, l'exploitant le signale et indique dans sa comptabilité la nature des déchets concernés.
 Il suit l'évolution des flux ainsi produits en fonction des quantités de déchets incinérés.