Art. 6. -  A. - La sous-direction de l'environnement aquatique et de la pêche est chargée de l'élaboration et du suivi de la politique de protection et de gestion des milieux aquatiques dans le respect des équilibres naturels, sur la base de la connaissance du fonctionnement des écosystèmes aquatiques continentaux, littoraux et marins. A ce titre :
    - elle élabore les orientations de protection relatives à la gestion des ressources piscicoles, à la pêche en eau douce et participe à la préparation des textes d'application de la loi sur l'eau. Elle élabore, en liaison avec le ministère chargé de la pêche en mer, la politique de gestion des espèces amphihalines ;
    - elle élabore la politique de modernisation des réseaux de mesure et elle développe les connaissances sur les écosystèmes aquatiques continentaux, littoraux et marins. En liaison avec l'Institut français de l'environnement, elle organise le recueil des données sur ces écosystèmes, sur leur évolution, sur la qualité de l'eau, sur les ressources en eau à partir des banques de données et en assure la diffusion ;
    - elle apprécie, en liaison avec la direction des études économiques et de l'évaluation environnementale, l'impact des grands projets sur le milieu ;
    - elle participe à la préparation et à la mise en application des conventions internationales relatives à la protection du milieu marin, notamment contre les pollutions ;
    - elle participe à la mise à jour du plan POLMAR et suit l'utilisation du fonds POLMAR et de l'action du Centre de documentation, de recherches et d'expérimentation sur les pollutions accidentelles des eaux ;
    - elle organise les relations avec les associations agréées de pêche et de pisciculture et leurs fédérations ainsi que les contacts avec les autres associations intéressées à la protection et à la mise en valeur du milieu aquatique ;
    - elle exerce la tutelle du Conseil supérieur de la pêche.
    B. - La sous-direction de la protection et de la gestion des eaux est chargée de l'élaboration et du suivi des règles techniques de protection et de gestion des eaux. A ce titre :
    - elle suit et anime la politique de gestion de la ressource en eaux souterraines et superficielles ;
    - elle élabore la politique technique relative à la prévention et à la réduction des pollutions de l'eau de toutes origines, y compris diffuses et accidentelles, sous réserve des attributions de la direction de la prévention des pollutions et des risques relatives aux installations classées et au contrôle des produits chimiques ;
    - elle prépare la politique de prévention des risques d'inondation, en liaison avec la sous-direction des risques majeurs ;
    - elle suit la gestion du domaine public fluvial confié au ministère de l'environnement. Elle veille à la mise en oeuvre de ces actions ;
    - dans les domaines de compétence de la direction, elle participe aux actions de normalisation.
    C. - La sous-direction de la programmation et des agences de l'eau est chargée de l'élaboration et du suivi des politiques de planification en matière d'eau et de la tutelle des agences de l'eau. A ce titre :
    - elle suit l'élaboration des contrats de rivières et de bassins, des schémas directeurs et des schémas d'aménagement et de gestion des eaux ;
    - elle coordonne et anime la préparation des réformes concernant la politique de l'eau ;
    - elle assure l'animation des contacts avec les industries de l'eau et participe au suivi de l'économie de l'eau ;
    - elle gère le Fonds national de solidarité pour l'eau ;
    - elle exerce la tutelle des agences de l'eau et suit leur programme pluriannuel d'activités ;
    - elle assure le secrétariat du comité technique paritaire spécial inter-agences.
    D. - La sous-direction de la coordination et de la réglementation de l'eau est chargée de la réglementation de l'eau et de la coordination des actions en matière d'eau. A ce titre :
    - elle exerce la coordination nécessaire des ministères intéressés et prépare la programmation des interventions de l'Etat dans le domaine de l'eau, de la pêche et des milieux aquatiques ;
    - elle assure la préparation des textes d'application des lois sur l'eau et sur la pêche ainsi que le suivi des contentieux correspondants ;
    - elle assure, dans les domaines de compétence de la direction, la définition des orientations techniques, la coordination des actions techniques et réglementaires des services déconcentrés et procède à l'évaluation de ces actions ;
    - elle assure le secrétariat de la mission interministérielle de l'eau et du Comité national de l'eau.
    E. - Le secrétariat du comité d'orientation pour la réduction de la pollution des eaux par les nitrates et les phosphates d'origine agricole (CORPEN), créé conjointement par les ministres chargés de l'agriculture et de l'environnement, a vocation à associer les différents partenaires de la mise en oeuvre de cette politique, dont la profession agricole, à l'évaluation des pollutions d'origine agricole, à l'élaboration de règles de bonnes pratiques pouvant réduire cette pollution et à la proposition de toutes mesures législatives ou réglementaires en la matière.