La sous-direction des systèmes d'information maritimes comporte :
 Le bureau de l'assistance à maîtrise d'ouvrage et de la politique d'informatisation, qui exerce les missions suivantes :
 - assistance aux maîtres d'ouvrage pour les projets d'informatisation ; à ce titre, il assure notamment les échanges avec ces maîtres d'ouvrage pour faciliter la réalisation de leurs projets ;
 - mise en cohérence des données communes gérées vis-à-vis des projets ou demandes d'évolutions ;
 - relations avec la DGPA à ce titre, proposition des évolutions du volet affaires maritimes du schéma directeur informatique, suivi et mise en oeuvre de ce schéma directeur ; conduite des procédures liées aux marchés informatiques et relations avec la Commission nationale informatique et libertés ;
 - pilotage de l'informatisation des services déconcentrés des affaires maritimes et correspondant formation pour l'informatique ;
 - suivi des crédits affectés à l'informatique dans les services déconcentrés des affaires maritimes et animation du réseau des cellules informatiques régionales.
 Le bureau des études et de l'accompagnement des projets informatiques, qui exerce les missions suivantes :
 - maîtrise d'oeuvre des applications informatiques des affaires maritimes et d'applications internationales : à ce titre, réalisation de la conception détaillée des projets de systèmes d'information, conduite des actions de réalisation et de test des applications informatiques correspondantes ;
 - conduite des opérations de développement des systèmes d'information conformément à la politique informatique définie par la direction ;
 - maintenance des applications informatiques qu'elle a développées ou qui lui sont confiées ;
 - préparation et mise en oeuvre des projets de recettes fonctionnelle et technique : à ce titre, préparation des dossiers de recette, des scénarios de tests et accompagnement du maître d'ouvrage durant cette phase ;
 - conduite des actions d'accompagnement desdits projets : à ce titre, préparation de la mise en oeuvre des applications informatiques auprès des utilisateurs et organisation de la formation des utilisateurs concernés.
 Le bureau de l'hébergement des systèmes et de l'assistance informatique, qui exerce les missions suivantes :
 - responsabilité du bon fonctionnement du centre serveur des affaires maritimes : à ce titre, surveillance permanente des bases de données et serveurs hébergés et veille du maintien de leurs performances optimales ;
 - supervision de l'infrastructure réseau ;
 - responsabilité de la définition et de la conduite du redémarrage des systèmes en cas de dysfonctionnement ;
 - participation à la validation de l'architecture technique en phase de définition de projet ;
 - intervention en phase de conception technique pour valider les contraintes d'exploitation et de sécurité ;
 - préparation et mise en oeuvre de la qualification technique des systèmes d'information hébergés par le centre serveur ;
 - gestion de la documentation technique ;
 - aide fonctionnelle et technique de premier niveau aux utilisateurs des services : à ce titre, production des statistiques à la demande et traitement des demandes à caractère réglementaire émanant du public.