En application des dispositions prévues à l'article 3 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, les déplacements temporaires effectués par les agents, pour les besoins du service ou lors des stages de formation, donnent lieu à la prise en charge des frais de transport. Les agents achètent leur titre de transport lorsque ce dernier n'est pas pris directement en charge par l'administration.
 Pour les stages dont la durée consécutive de formation est égale ou supérieure à quatre semaines, les agents peuvent bénéficier de la prise en charge supplémentaire de leurs frais de transport dans la limite d'un aller et retour toutes les deux semaines. Le montant pris en charge correspond au prix du billet aller-retour égal au tarif ferroviaire de 2e classe. Cette indemnité est exclusive de toute autre indemnité et est égale au montant effectivement engagé par l'agent.
 La prise en charge du transport par voie ferroviaire est effectuée sur la base du tarif de la 2e classe. Le recours à la 1re classe peut être autorisé par l'autorité ayant reçu délégation à cet effet lorsque les conditions de la mission le justifient.
 Lors d'un déplacement temporaire, effectué pour les besoins de service, l'agent peut être autorisé à utiliser son véhicule personnel s'il satisfait aux conditions prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé. Dans ce cas, l'administration verse à l'agent les indemnités correspondant au trajet le plus économique, soit sur la base des taux fixés à l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé relatif aux indemnités kilométriques, soit sur la base du tarif ferroviaire de 2e classe. Le trajet ferroviaire de référence retenu par l'administration doit être d'une durée inférieure à celle de la voie routière.
 Les agents autorisés à utiliser leur véhicule personnel pour les besoins du service peuvent bénéficier du remboursement des frais de péage et de parcs de stationnement dans la limite de la durée de la mission et sur présentation de pièces justificatives. La durée du stationnement ne doit en aucun cas être supérieure à 72 heures.
 Lorsque les agents exercent des fonctions nécessitant de fréquents déplacements, et que l'intérêt du service le justifie, une autorisation permanente, d'une durée limitée à douze mois, d'utiliser leur véhicule personnel peut être donnée par l'autorité ayant reçu délégation à cet effet. Les agents doivent satisfaire aux conditions d'assurance prévues à l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé.
 La prise en charge des frais de transport par voie maritime est effectuée sur la base du tarif de la classe la plus économique sur autorisation de l'autorité ayant reçu délégation à cet effet. Lorsque la mission le justifie, la prise en charge dans une classe supérieure peut être autorisée.
 L'utilisation du transport aérien peut être autorisée par l'autorité ayant reçu délégation à cet effet pour les déplacements en métropole lorsque ce mode de transport permet de réduire les délais de trajets et lorsque la nature de la mission le justifie. La prise en charge comprend le coût du titre de transport lorsque ce dernier n'est pas pris en charge directement par l'administration ainsi que les frais de transport en commun ou de parc de stationnement liés à la mission. Cette prise en charge est exclusive de toute autre indemnité et est assurée sur la base du tarif de la classe la plus économique.
 Pour les déplacements effectués par voie aérienne vers l'outre-mer ou l'étranger, le surclassement peut être autorisé lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et que la durée de la mission est inférieure à sept jours.
 Par dérogation aux dispositions du paragraphe précédent relatif à la voie aérienne, le surclassement peut également être autorisé par l'autorité ayant reçu délégation à cet effet, pour des voyages d'une durée de vol supérieure à quatre heures, au profit de certaines personnes. La liste des bénéficiaires est fixée par l'administration.
 Par dérogation à la liste des personnes prévue au paragraphe précédent, les agents chargés des courriers de cabinet peuvent bénéficier d'un voyage en surclassement, y compris pour les vols d'une durée inférieure à quatre heures.
 Le temps passé à bord des trains-couchettes, des avions et des bateaux n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du transport ne comprend pas la fourniture des repas.