La sous-direction des activités littorales et maritimes comporte :
 Le bureau de la vie des services et des ressources humaines, qui exerce les missions suivantes :
 - conduite des projets de modernisation des services déconcentrés des affaires maritimes et évaluation de leurs impacts ; réflexion sur l'évolution et l'organisation des services ;
 - maîtrise d'ouvrage de la politique de formation initiale et continue des agents des services déconcentrés des affaires maritimes dispensée au centre de formation et de documentation des affaires maritimes, en liaison avec l'inspection générale des services des affaires maritimes et l'inspection générale de l'enseignement maritime pour les personnels sous statut militaire relevant de leur autorité respective ;
 - suivi et répartition des effectifs autorisés entre les services déconcentrés des affaires maritimes et participation à la gestion prévisionnelle des emplois et des effectifs, en liaison avec les autres bureaux concernés ;
 - application de la politique d'action sociale définie par la DGPA, en faveur des agents des services des affaires maritimes ;
 - questions relatives aux organismes paritaires consultatifs et aux comités d'hygiène et de sécurité, tenue du secrétariat du comité technique paritaire central et des comités spécialisés ;
 - conseil aux services déconcentrés des affaires maritimes et relations avec la mission de la documentation et la mission des archives du ministère ;
 - relations avec les fondations et associations s'intéressant au patrimoine des affaires maritimes.
 Le bureau des affaires financières, des moyens des services déconcentrés et du contrôle de gestion, qui exerce les missions suivantes :
 - élaboration et pilotage du budget de la sécurité et des affaires maritimes ; conduite de toutes études et synthèses à caractère budgétaire ;
 - exécution de toutes les opérations comptables des crédits de la direction et contrôle préalable de régularité des dossiers à présenter à l'ordonnancement ;
 - suivi de la commande publique au sein de la direction et conseil aux services gestionnaires ;
 - relations avec les services du contrôle financier ;
 - gestion des crédits des services déconcentrés et des établissements d'enseignement maritime, en liaison avec les bureaux gestionnaires de l'administration centrale responsables des politiques d'emploi ;
 - définition et mise en oeuvre de la politique immobilière des services déconcentrés des affaires maritimes, suivi de la gestion des immeubles et des matériels de ces services ;
 - pilotage du contrôle de gestion dans les services déconcentrés.
 Le bureau du contrôle des activités maritimes, qui exerce les missions suivantes :
 - participation à l'élaboration et au suivi des politiques de l'Etat en mer, dans les domaines de la police des pêches, en liaison avec le ministère chargé de la pêche, de la police de la navigation, de la protection de l'environnement marin et littoral en liaison avec le ministère chargé de l'environnement et des autres polices spéciales en mer ; pilotage et animation du réseau des services chargés de l'AEM, des services actions interministérielles de la mer et du littoral (AIML) et, pour la mise en oeuvre de la politique de contrôle des pêches, des services de surveillance des pêches des CROSS ; organisation, animation, contrôle du centre de surveillance des pêches (CSP) et du centre national des traitements statistiques (CNTS) ; participation à l'élaboration et mise en oeuvre de la politique de formation des agents de l'Etat participant à la police des pêches ;
 - participation à l'élaboration et à la mise en oeuvre de la réglementation relative à la lutte contre la pollution du milieu marin (dispositif POLMAR, terre et mer) ; établissement de programmes d'investissement et de fonctionnement affectés à la mise en oeuvre de POLMAR (terre et mer) ; animation et pilotage du réseau des correspondants POLMAR terre ; suivi des plans et des exercices POLMAR (terre et mer) ; relations avec l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (IFREMER) et le CEDRE ;
 - élaboration de la politique d'emploi, animation et pilotage du DCS des affaires maritimes, qui comprend les patrouilleurs des affaires maritimes, les vedettes régionales de surveillance et les unités littorales des affaires maritimes (ULAM) ; établissement des programmes d'investissement et de fonctionnement affectés au DCS et suivi technique de sa flottille ; évaluation et suivi de l'activité des unités du DCS.
 Le bureau des affaires juridiques et contentieuses, qui exerce les missions suivantes :
 - animation de la fonction juridique pour l'ensemble de la direction et des services déconcentrés des affaires maritimes, en liaison, notamment, avec les services juridiques des autres directions d'administration centrale ;
 - conseil et assistance juridiques aux bureaux rédacteurs pour l'élaboration des projets de textes législatifs et réglementaires et des conventions ou des protocoles ;
 - suivi des contentieux devant les juridictions administratives en matière de législation des gens de mer, de sécurité maritime et de plaisance relevant de la compétence de la direction pour lesquelles la représentation de l'Etat relève du niveau ministériel ;
 - conseil et assistance aux services préfectoraux et déconcentrés concernés pour les contentieux de première instance relatifs aux matières déconcentrées relevant de la compétence des préfets ;
 - analyse de la qualité de la réglementation ;
 - analyse et suivi des demandes de protection juridique susceptibles d'être accordées aux agents civils et militaires de la direction et des services déconcentrés des affaires maritimes ;
 - tenue à jour de la documentation juridique, promotion du droit administratif et diffusion de l'information juridique dans le domaine des gens de mer, de la sécurité maritime et de la plaisance.