Au sein de la direction générale de la mer et des transports, la direction des transports maritimes, routiers et fluviaux :
 - élabore et met en oeuvre les orientations de la politique des transports maritimes, des transports routiers de marchandises, des transports fluviaux et des transports intermodaux de fret ;
 - élabore et coordonne la politique du transport de marchandises ;
 - contribue dans les domaines du transport maritime, du transport fluvial, du transport routier de marchandises, des transports intermodaux de fret, des ports et voies navigables aux analyses et études économiques dans le domaine des transports ;
 - élabore les orientations de la politique relative aux ports ;
 - définit et anime la politique relative à la réglementation du travail, aux conditions de travail, à la formation professionnelle, à l'emploi et à la protection sociale dans les transports terrestres ;
 - coordonne les actions relatives à la mise en valeur du domaine public maritime ;
 - contribue à la définition et à la mise en oeuvre de la politique d'aménagement, et de mise en valeur du littoral ;
 - planifie les projets de développement des infrastructures de navigation intérieure, des ports fluviaux et maritimes et des autoroutes de la mer ;
 - définit en liaison avec la direction des transports ferroviaires et collectifs les modalités de financement de ces projets ;
 - oriente et contrôle la modernisation des réseaux de navigation intérieure ;
 - traite des questions intéressant l'équipement, l'entretien et le développement des ports fluviaux et maritimes relevant de l'Etat ;
 - définit les orientations relatives à la sécurité et la sûreté des transports fluviaux et des ports et à la sûreté des transports routiers de marchandises en liaison avec la mission sûreté défense ;
 - propose à cet effet les dispositions législatives, élabore et met en oeuvre les réglementations, veille à leur respect, en organisant la surveillance des opérateurs, la délivrance des agréments, certificats et autres autorisations administratives et le contrôle des compétences techniques des personnels ;
 - exerce les attributions du ministre en matière de réglementation et de régulation économique des transports routiers de marchandises, des transports fluviaux et des transports maritimes ;
 - exerce les attributions du ministre en matière de réglementation et régulation économique des infrastructures de navigation intérieure, de ports fluviaux et maritimes et de services terrestres et maritimes de transport de marchandises, et des services maritimes de transport de personnes, en liaison en tant que de besoin avec la direction des transports ferroviaires et collectifs ;
 - exerce les attributions du ministre relatives à la tutelle des établissements publics nationaux intervenant dans le domaine des transports fluviaux et des ports ;
 - exerce les attributions du ministre relatives aux relations de l'Etat avec les entreprises publiques de transports maritimes ;
 - anime et coordonne l'action des services dans ses domaines de compétence ;
 - anime la mise en oeuvre des systèmes d'information nécessaires aux activités portuaires et fluviales, notamment en termes de sécurité et de contrôle.
 La direction des transports maritimes, routiers et fluviaux s'appuie en tant que de besoin sur les compétences du centre d'études techniques maritimes et fluviales, du service d'études techniques des routes et autoroutes et du centre d'études sur les réseaux de transport et l'urbanisme, participe dans le cadre de la direction générale de la mer et des transports à la définition de leurs orientations et s'assure de leur mise en oeuvre.