Le dossier de demande de subvention et les pièces constitutives sont adressés au préfet du département (DDAF ou DDEA) dans lequel est situé le siège de l'exploitation avant le commencement d'exécution des investissements. Sous réserve qu'elles soient en cours de validité, les pièces déposées antérieurement au guichet unique placé auprès de la DDAF ou de la DDEA ne sont pas exigibles.
 La demande de subvention au titre du plan de modernisation des bâtiments d'élevage, en application des articles 1er et 2 de cet arrêté, est présentée dans le cadre d'un appel à candidatures organisé au niveau régional. Les demandeurs sont informés de la ou des décisions relatives à leur demande dans un délai compatible avec celui fixé par le décret du 16 décembre 1999 susvisé.
 Le demandeur dispose d'un délai d'un an à compter de la date de la première décision d'attribution de la subvention pour commencer le projet. Le demandeur dispose d'un délai de deux ans à compter de la date de déclaration de début de travaux pour réaliser le projet.
 A titre exceptionnel, le préfet du département (DDAF ou DDEA) peut, par décision motivée, accorder, en une ou plusieurs fois, une prorogation de ces délais, sans que la durée totale de la prorogation n'excède un an pour le démarrage du projet et deux ans pour sa réalisation. Pour motiver sa décision, le préfet se fonde sur des circonstances particulières non imputables au bénéficiaire ou justifiées par la situation économique, sociale ou personnelle de celui-ci.
 Passé ces délais, la décision peut être déclarée caduque et les sommes éventuellement versées peuvent faire l'objet d'un recouvrement.
 Le démarrage du projet ne peut intervenir avant la date de la décision d'attribution de la subvention.
 Le commencement d'exécution se détermine à compter du premier acte juridique qui lie le bénéficiaire de l'aide au fournisseur ou à l'entreprise. Un bon de commande, un devis signé du bénéficiaire, un premier versement quel qu'en soit le montant constituent un premier acte juridique. A défaut de ce premier acte juridique, la date de paiement de la première dépense est prise en compte pour définir le commencement d'exécution du projet. Lorsque le projet nécessite des études préalables, ces études ne constituent pas un commencement d'exécution.
 Toutefois, pour l'année 2009 et pour les seuls dossiers comportant un volet « énergie » et financés dans le cadre du plan de relance de l'économie, le démarrage du projet peut se faire dès le dépôt de la demande, sur dérogation explicite du service instructeur. Dans ce cas, le demandeur ne peut déposer de nouvelle demande d'aide pour le même projet si sa première demande fait l'objet d'une décision de refus.
 Au titre de la modernisation des bâtiments d'élevage, une même exploitation ne peut bénéficier que d'une seule aide par période de cinq ans, entre la date de la décision d'octroi de la première subvention et la date de dépôt de la nouvelle demande. Les exploitations bénéficiaires d'une subvention engagée au cours des années 2005 et 2006 peuvent respectivement présenter une nouvelle demande à partir de 2010 et 2011. Au titre de la mécanisation en zone de montagne, aucune règle de périodicité ne s'applique, mais la subvention ne peut dépasser 16 000 € par période de trois ans.
 Trois dérogations sont toutefois à prévoir :
 ― l'installation d'un jeune agriculteur au sein d'une société ou reprenant une exploitation ou créant une société avec une personne physique ou morale déjà bénéficiaires d'une subvention nécessite de nouveaux investissements inscrits dans le plan de développement de ce jeune exploitant, une nouvelle aide pourra être accordée à la société ou à l'exploitation. Un seul plafond d'aide sera attribué en cas d'installation d'un jeune agriculteur dans le cadre d'un groupement agricole d'exploitation en commun (GAEC) ;
 ― une aide au titre du volet mécanisation en zone de montagne n'exclut pas du bénéfice d'un soutien au titre de la modernisation des bâtiments d'élevage ;
 ― les exploitations bénéficiaires d'une subvention du ministère chargé de l'agriculture au titre de la modernisation des bâtiments d'élevage peuvent solliciter une nouvelle aide des autres financeurs sous réserve que le projet concerne les filières autres que bovine, ovine et caprine ou des investissements d'élevage dont le montant hors taxes est compris entre 4 000 € et 15 000 €.