Le Conseil d'Etat (section du contentieux, 9e et 10e sous-sections réunies), 
Sur le rapport de la 9e sous-section de la section du contentieux, 
Vu l'arrêt du 7 mai 2009, enregistré au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat le 15 mai 2009, par lequel la cour administrative d'appel de Versailles, avant de statuer sur le recours du ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique, tendant à l'annulation du jugement du 28 mars 2006 par lequel le tribunal administratif de Versailles a prononcé la décharge des cotisations supplémentaires de taxe d'apprentissage et des pénalités correspondantes mises à la charge de la société Vignola au titre des années 1999 et 2000 et à ce que soient remises à la charge de cette société lesdites cotisations, a décidé, par application des dispositions de l'article L. 113-1 du code de justice administrative, de transmettre le dossier de ce recours au Conseil d'Etat, en soumettant à son examen les questions suivantes : 
1° Une entreprise du bâtiment obligatoirement affiliée à une caisse de congés payés est-elle passible de la taxe d'apprentissage à raison des indemnités de congés payés versées à ses salariés par l'intermédiaire de cette caisse ? 
2° Dans l'affirmative, l'assiette de la taxe est-elle constituée : 
― par le montant des indemnités effectivement versées aux salariés de l'entreprise par la caisse de congés payés ? 
― par la totalité du montant des cotisations acquittées par l'entreprise à la caisse de congés payés ? 
― par une partie seulement de ce montant, pour tenir compte du fait que les cotisations versées par les employeurs à la caisse des congés payés sont supérieures aux sommes effectivement reversées aux salariés dès lors qu'elles couvrent aussi d'autres postes tels qu'un fonds de réserve et les dépenses de fonctionnement de la caisse ? 
3° Dans le dernier cas, selon quelles modalités déterminer cette partie ? 
Vu les autres pièces du dossier ; 
Vu le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ; 
Vu le code de la sécurité sociale ; 
Vu le code du travail ; 
Vu le code de justice administrative, notamment son article L. 113-1 ; 
Vu la loi n° 98-546 du 2 juillet 1998 ; 
Après avoir entendu en séance publique : 
― le rapport de Mme Cécile Isidoro, maître des requêtes ; 
― les conclusions de M. Pierre Collin, rapporteur public, 
Rend l'avis suivant : 
L'article 224 du code général des impôts, dans sa rédaction applicable aux années d'imposition concernées, dispose : « 1. Il est établi une taxe, dite taxe d'apprentissage, dont le produit est inscrit au budget de l'Etat pour y recevoir l'affectation prévue par la loi (...) ».L'article 225 du même code, dans sa rédaction issue de la loi du 2 juillet 1998 portant diverses dispositions d'ordre économique et financier, prévoit que : « La taxe est assise sur les rémunérations, selon les bases et les modalités prévues aux chapitres Ier et II du titre IV du livre II du code de la sécurité sociale (...) ».L'article L. 242-1 du code de la sécurité sociale prévoit que : « Pour le calcul des cotisations des assurances sociales, des accidents du travail et des allocations familiales, sont considérées comme rémunérations toutes les sommes versées aux travailleurs en contrepartie ou à l'occasion du travail, notamment les salaires ou gains, les indemnités de congés payés (...) ». Les articles L. 223-11 à L. 223-15 du code du travail, devenus les articles L. 3141-22 à L. 3141-29 de ce code, déterminent les modalités de calcul de l'indemnité de congés payés.
L'article L. 223-16 du code du travail, devenu l'article L. 3141-30 de ce code, prévoit l'affiliation obligatoire de certains employeurs à une caisse de congé, notamment lorsque les salariés ne sont pas habituellement occupés de façon continue chez un même employeur au cours de la période reconnue pour l'appréciation du droit au congé. En vertu de l'article D. 732-1 du code du travail, devenu l'article D. 3141-12 de ce code, dans les entreprises relevant du secteur du bâtiment et des travaux publics, le service des congés payés est assuré par des caisses constituées à cet effet. Selon l'article D. 732-5 du code du travail, devenu l'article D. 3141-29 de ce code : « La cotisation que doit verser chaque entreprise affiliée est déterminée par un pourcentage du montant des salaires payés aux travailleurs déclarés. Ce pourcentage est fixé par le conseil d'administration de la caisse. Le règlement intérieur de celle-ci précise d'autre part les époques et les modes de versement des cotisations, les justifications dont ce versement doit être accompagné et les vérifications auxquelles doivent se soumettre les adhérents ». Enfin, selon les alinéas 4 à 6 de l'article D. 732-6 du code du travail, dont les dispositions sont reprises à l'article D. 3141-31 de ce code : « La caisse assure le service des droits à congés payés des travailleurs déclarés par l'employeur. Toutefois, en cas de défaillance de l'employeur dans le paiement des cotisations, elle verse l'indemnité de congés payés à due proportion des périodes pour lesquelles les cotisations ont été payées (...).L'employeur défaillant n'est pas dégagé de l'obligation de payer à la caisse les cotisations, majorations de retard et pénalités qui restent dues (...). » 
Il résulte de la combinaison de ces dispositions que l'assiette de la taxe d'apprentissage à laquelle est assujetti un employeur est constituée par l'ensemble des rémunérations dues par celui-ci à ses salariés en contrepartie ou à l'occasion du travail, y compris les indemnités de congés payés. La circonstance que le service de ces indemnités soit assuré pour son compte par la caisse de congés payés à laquelle il est affilié en exécution des dispositions de l'article L. 223-16 du code du travail, devenu l'article L. 3141-30 de ce code, est sans incidence sur l'assiette de cette taxe et sur l'assujettissement de l'employeur. 
Pour le calcul des indemnités de congés payés à prendre en compte dans l'assiette de la taxe d'apprentissage, il ne convient pas de retenir les cotisations versées par l'employeur à la caisse de congés payés dès lors que ces cotisations, qui ne constituent pas des rémunérations au sens des dispositions précitées, couvrent par ailleurs des charges autres que les indemnités versées aux salariés, et notamment les frais de fonctionnement des caisses. 
Il ne convient pas davantage de retenir les indemnités versées par les différentes caisses aux salariés au titre d'une période reconnue pour l'appréciation du droit au congé, dès lors que les sommes versées par les caisses à un salarié peuvent correspondre aux droits à congés payés qu'un salarié a acquis auprès de plusieurs employeurs, qui sont seuls redevables de la taxe d'apprentissage. 
Il convient donc de retenir le seul montant des indemnités de congés payés dû par l'employeur à ses salariés en application des dispositions du code du travail et des conventions collectives ou accords applicables à la profession, montant que l'employeur aurait versé à ses salariés en l'absence d'affiliation obligatoire à une caisse. 
Le présent avis sera notifié à la cour administrative d'appel de Versailles, au ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la reforme de l'Etat et à la société A. Vignola. 
Il sera publié au Journal officiel de la République française.