Les dépenses réelles justifiées par les bénéficiaires correspondent à des paiements justifiés par des factures acquittées ou par des factures auxquelles sont jointes des pièces permettant de vérifier le paiement effectif aux créanciers ou par des pièces comptables de valeur probante équivalentes.
 Les dotations aux provisions, les charges financières autres que celles éligibles aux conditions fixées par l'article 7 du présent décret ainsi que les charges exceptionnelles ne sont pas éligibles.
 Les dépenses de rémunération, les charges d'amortissement, les contributions en nature et les coûts indirects (frais généraux) constituent des dépenses éligibles aux conditions suivantes :
 1. Dépenses de rémunération.
 Les dépenses de rémunération supportées par le bénéficiaire, nécessaires à la réalisation de l'opération et comportant un lien démontré avec celle-ci, sont éligibles. Elles sont justifiées par des bulletins de salaires, le journal de paye ou la déclaration annuelle des données sociales (DADS).
 Sont compris dans les dépenses de rémunération les salaires et les charges liées (cotisations sociales patronales et salariales) ainsi que les traitements accessoires prévus aux conventions collectives ou au contrat de travail.
 Ces dépenses sont proportionnées au temps effectivement passé par les salariés du bénéficiaire à la réalisation de l'opération cofinancée ou sont établies au moyen de toute autre clé de répartition permettant le calcul des dépenses de rémunération réellement liées à l'opération cofinancée.
 2. Charges d'amortissement.
 Les charges d'amortissement des biens mobiliers ou immobiliers, au prorata de leur durée d'utilisation pour la réalisation de l'opération, sont éligibles dans la mesure où des aides publiques n'ont pas déjà contribué à l'acquisition de ces biens. Elles sont calculées selon les normes comptables admises et justifiées par la présentation de tout document comptable probant.
 Les charges d'amortissement des biens mobiliers ou immobiliers des organismes publics tels que définis à l'article 9 du présent décret sont éligibles au prorata de leur durée d'utilisation pour la réalisation de l'opération. Elles sont calculées selon les normes comptables admises et justifiées par la présentation de tout document comptable probant.
 3. Contributions en nature.
 Les contributions en nature, telles que la fourniture à titre gracieux de biens ou services, constituent des dépenses éligibles si les conditions suivantes sont réunies :
 a) Elles consistent en l'apport de terrains ou de biens immeubles, de biens d'équipement ou de matériaux, en une activité de recherche, une activité professionnelle ou un travail bénévole ;
 b) Elles ne sont pas réalisées dans le cadre de mesures d'ingénierie financière ;
 c) Les apports en nature sont présentés en équilibre en dépenses et en ressources dans le plan de financement de l'opération ;
 d) En cas d'apport de terrains ou de biens immeubles, la valeur est certifiée par un expert indépendant qualifié ou par un organisme officiel dûment agréé ; en cas de bénévolat, la valeur du travail est déterminée compte tenu du temps consacré et du taux horaire ou journalier de rémunération normal pour le travail accompli ;
 La participation des fonds structurels au financement d'une opération n'excède pas la dépense éligible totale, à l'exclusion des contributions en nature, à la fin de l'opération.
 4. Coûts indirects.
 Les coûts indirects (frais généraux) sont éligibles à condition qu'ils soient fondés sur des coûts réels imputables à la mise en oeuvre de l'opération concernée. Ils sont affectés au prorata à l'opération selon une méthode équitable et dûment justifiée sur la base de clés de répartition permettant de distinguer l'activité du bénéficiaire liée à l'opération cofinancée parmi l'ensemble de ses activités ainsi que d'établir la réalité des coûts et leur rattachement effectif à l'opération cofinancée.
 Cette méthode fait l'objet d'une validation, par le service gestionnaire tel que défini par le règlement 1083/2006/CE du 11 juillet 2006 susvisé, lors de l'instruction et de la sélection de l'opération et figure dans une annexe de l'acte attributif de la subvention.