Préambule
Chapitre Ier : La comptabilité de l'ordonnateur
1. Principes généraux
1.1. Objet de la comptabilité de l'ordonnateur
1.2. Registres à tenir
2. Comptabilité des recettes
2.1. Livre d'enregistrement des titres de recettes par chapitre de l'EPRD
2.2. Journal des titres de recettes
3. Comptabilité des dépenses
3.1. Livre d'enregistrement des mandats par chapitre de l'EPRD
3.2. Comptabilité des dépenses engagées
3.2.1. Principes généraux
3.2.2. Cas particuliers 
3.3. Journal des mandats émis
Chapitre 2 : La comptabilité du responsable des services économiques
1. Dispositions générales
2. Gestion des magasins
3. Comptabilité des stocks et en-cours
3.1. Registres à ouvrir
3.2. Journal des stocks-entrées
3.3. Journal des stocks-sorties
3.4. Grand livre des stocks
3.5. Stocks de la pharmacie et autres stocks
3.5.1. Stocks de la pharmacie
3.5.2. Autres stocks spécifiques
3.6. Balance des comptes de stocks
3.7. Compte de gestion du responsable des services économiques
4. Description des opérations budgétaires
5. Inventaire des biens meubles et immeubles
5.1. Généralités
5.2. Fichier des immobilisations
5.3. Inventaire annuel
5.4. Protocole Inventaire
6. Suivi extracomptable des petits matériels et outillages
Chapitre 3 : La comptabilité générale
1. Principes généraux
2. Organisation de la comptabilité
2.1. Modalités de tenue de la comptabilité
2.2. Opérations budgétaires
2.2.1. Prise en charge des titres de recettes
2.2.2. Prise en charge des mandats
2.2.3. Refus de prise en charge
2.2.4. Réquisition de paiement
2.3. Opérations de trésorerie
2.3.1. Encaissements
2.3.2. Paiements
2.4. Opérations relatives aux comptes de résultat annexes
2.4.1. Principes
2.4.2. Comptabilisation des opérations
2.4.3. Balance
2.5. Opérations particulières
2.5.1. Réductions et annulations de dépenses et de recettes
2.5.2. Produits rattachés à l'exercice
2.5.3. Admissions en non-valeur
2.5.4. Charges rattachées à l'exercice
2.5.5. Dettes atteintes par la déchéance quadriennale
2.5.6. Corrections d'erreurs commises au cours d'exercices antérieurs, changements de méthode et changements d'estimation
3. Valeurs inactives
3.1. Définition
3.2. Principes de comptabilité
3.3. Comptes
3.4. Ecritures
3.5. Justification des opérations
3.6. Registres et documents
4. Situations périodiques
4.1. Situation des disponibilités
4.2. Balance générale des comptes
5. Arrêté des écritures. - Compte financier
5.1. Journée complémentaire
5.1.1. Principes
5.1.2. Dispositions relatives à la comptabilisation des recettes et des dépenses d'exploitation de la gestion qui s'achève
5.1.3. Opérations d'ordre
5.1.3.1. Opérations d'ordre budgétaires
5.1.3.2. Dispositions pratiques à mettre en œuvre
5.1.3.3. Contrôle du comptable public sur les amortissements et les provisions
5.1.4. Rattachement des produits et des charges à l'exercice
5.1.5. Stocks de la dotation non affectée et stocks des établissements et services d'aide par le travail
5.2. Reprise des écritures
5.2.1. Dispositions générales
5.2.2. Dispositions particulières applicables aux stocks de la dotation non affectée et des établissements et services d'aide par le travail
6. Le compte financier
6.1. Description du document
6.1.1. Généralités
6.1.2. Modalités d'édition du compte financier
6.1.3. Contexture du compte financier
6.2. Les documents à présenter lors de l'examen des comptes des établissements publics de santé
6.2.1. Définition des documents à produire
6.2.2. Confection des documents
6.3. Le visa sur chiffres par le comptable centralisateur
6.3.1. La transmission du compte financier au comptable centralisateur
6.3.1.1. Rappel
6.3.1.2. Contrôles à effectuer par les services SPL lors du visa sur chiffres des comptes financiers
6.4. Le rapport financier
6.4.1. Rappel réglementaire
6.4.2. Définition et enjeux du rapport portant sur les comptes annuels (ou rapport financier)
6.4.3. Contenu du rapport financier
6.5. Justifications du compte financier
7. La fiabilisation et la certification des comptes
7.1. Généralités
7.2. Référentiel comptable
7.3. La préparation de la venue du certificateur
7.3.1. Le dossier permanent
7.3.1.1. Définition et enjeux
7.3.1.2. Contenu
7.3.1.3. Environnement associé à la constitution et au suivi du dossier permanent
7.3.2. Le dossier de contrôle interne comptable et financier
7.3.2.1. Définition et enjeux
7.3.2.2. Règle de constitution et contenu du dossier de contrôle interne comptable et financier
7.3.3. Le dossier de clôture
7.3.3.1. Définition et enjeux
7.3.3.2. Organisation et contenu
LISTE DES 
ANNEXESAnnexe n° 1. - Les états du compte financier M21
Annexe n° 2. - Les interfaces hospitalières.
Préambule
La durée de l'exercice comptable s'étend du ler janvier au 31 décembre d'une même année, sauf dans les cas d'une création en cours d'année ou d'une cessation définitive d'activité. Toutefois, pour les opérations d'exploitation des comptes de résultat, le principe d'une journée complémentaire est maintenu.
La journée complémentaire est destinée exclusivement à assurer une régularisation des opérations de dépenses et de recettes de fin d'exercice qui, en raison de justifications tardives, exigent des délais d'enregistrement comptable.
La durée de la journée complémentaire s'étend du ler janvier au 31 janvier de l'année qui suit l'exercice budgétaire concerné.
Les opérations de dépenses (mandats) et de recettes (titres) enregistrées au cours de la journée complémentaire ne peuvent se rapporter qu'aux charges et aux produits de l'année précédente.
La comptabilité doit être tenue selon le principe des droits constatés.
La comptabilité des établissements publics de santé doit en outre respecter certains principes généraux :
- les fonctions d'ordonnateur et celles de comptable public sont incompatibles ;
- les fonctions d'engagement des dépenses, de liquidation, de mandatement, la prescription et la liquidation des recettes qui constituent la mission générale d'ordonnancement du budget sont exclusivement exercées par l'ordonnateur principal ou les agents titulaires de l'établissement à qui il aura éventuellement délégué certaines de ses fonctions ;
- les fonctions de prise en charge et de recouvrement des titres de recettes ainsi que de paiement des mandats de dépenses sont exclusivement exercées par le comptable public de l'établissement (comptable de la DGFiP) ;
- en cas de carence de l'ordonnateur, le directeur de l'agence régionale de santé peut, après mise en demeure et à défaut d'exécution dans le délai d'un mois, procéder au mandatement d'office d'une dépense ou à la mise en recouvrement d'une recette régulièrement inscrite au budget initial (art. L. 6145-3, L. 6145-5 et R. 6145-42 du code de la santé publique) ;
- la comptabilité-matières est tenue par un agent spécialement habilité, le responsable des services économiques qui exerce ses fonctions sous le contrôle, d'une part, du conseil de surveillance et, d'autre part, de l'ordonnateur.