L'article 25 de l'arrêté du 16 avril 1986 modifié relatif aux conditions d'aptitude physique à la profession de marin, à bord des navires de commerce, de pêche et de plaisance est remplacé comme suit : 
« Art. 25.-Examens médicaux d'aptitude. 
La constatation de l'aptitude médicale à la navigation selon les conditions définies au chapitre Ier appartient aux médecins des gens de mer ou, à défaut, lorsqu'il n'existe pas de service de santé des gens de mer, aux médecins désignés par l'autorité maritime sur acte de candidature et après agrément du service de santé des gens de mer ; ces médecins sont associés au service dont ils appliquent les règles. 
L'avis médical est prononcé à l'issue d'un examen qui sera complété en tant que de besoin par tous examens paracliniques, y compris éventuellement des tests biochimiques permettant de déceler l'usage de drogues, et par tout avis spécialisé pouvant être nécessaire à sa motivation. Le marin ou le candidat à la profession est tenu de se soumettre aux examens préconisés médicalement justifiables ; à défaut, le médecin examinateur est fondé à refuser tout avis. 
A l'entrée dans la profession, les candidats sont tenus de déclarer au médecin examinateur leurs antécédents médicaux et chirurgicaux, personnels et familiaux ainsi que les traitements suivis et de fournir toutes pièces médicales qu'ils peuvent détenir pour préciser leurs déclarations. En cours de carrière, les marins sont soumis à la même obligation concernant tout événement médical survenu en cours ou hors navigation. 
A chaque visite, ils doivent pouvoir justifier de la validité des vaccinations obligatoires, conformément à la réglementation internationale et nationale en cours. 
Pour les candidats à la profession, l'examen médical est requis :
-à l'entrée dans la profession de marin ;
-à l'entrée dans un établissement d'enseignement ou de formation maritime agréé ; dans ce cas, l'examen doit obligatoirement être passé par un médecin des gens de mer, et ce préalablement à l'admission dans ces établissements de formation. 
Pour les marins en cours de carrière, l'examen médical est, d'une manière générale, requis tous les ans, sauf dans les cas suivants, qui font l'objet de mesures particulières et pour lesquels la visite est requise :
-tous les deux ans pour les marins âgés de dix-huit ans et plus pratiquant la conchyliculture, la petite pêche ou exerçant des fonctions autres que celles de commandement et de veille à bord de navires de commerce armés en 4e ou 5e catégorie ;
-après toute absence pour accident ou maladie susceptible de remettre en cause l'aptitude au métier de marin selon les termes du présent arrêté et notamment après une absence :
-pour congé de maternité ;
-pour accident du travail maritime ayant entraîné un arrêt de travail ;
-pour maladie professionnelle ;
-d'au moins trente jours pour maladie ou accident non professionnel ;
-après une évacuation sanitaire à la mer ou un rapatriement sanitaire et après toute hospitalisation ;
-à la demande motivée de l'autorité maritime sur sollicitation de l'armateur dûment justifiée par un rapport circonstancié. 
La durée de validité du certificat médical d'aptitude à la navigation peut être écourtée à l'appréciation du médecin des gens de mer s'il s'avère qu'une surveillance médicale particulière est nécessaire. 
Pour les marins exposés à des risques professionnels particuliers, la durée de validité du certificat médical peut être réduite à l'appréciation du médecin des gens de mer dans les cas mentionnés à l'article R. 4624-18 du code du travail ou des recommandations de bonnes pratiques médicales en matière de surveillance de la santé au travail. 
A l'issue de son examen, le médecin remet au candidat à la profession ou au marin un certificat médical d'aptitude à la navigation maritime conforme au modèle figurant en annexe II du présent arrêté. 
Le marin est tenu de signer le certificat, attestant ainsi qu'il a connaissance du résultat de sa visite et des limites éventuelles de son aptitude. »