Les comptes ouverts dans le registre mentionné à l'article L. 229-16 du code de l'environnement font l'objet de frais de tenue de compte, tels que prévus par l'article R. 229-36 de ce même code, qui se décomposent comme suit :
a) Pour les frais d'ouverture de comptes :
- des frais d'ouverture de compte d'un montant de 600 euros par compte de dépôt d'exploitant ;
- des frais d'ouverture de compte d'un montant de 600 euros par compte de dépôt d'exploitant d'aéronefs ;
- des frais d'ouverture de compte d'un montant de 1 800 euros par compte de dépôt de personne ;
- des frais d'ouverture de compte d'un montant de 1 800 euros par compte de négociation ;
- des frais d'ouverture de compte d'un montant de 1 800 euros par compte de dépôt de personne dans la partie française du système consolidé des registres européens ;
b) Pour les frais fixes de gestion annuels :
- des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 360 euros par compte de dépôt d'exploitant ;
- des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 360 euros par compte de dépôt d'exploitant d'aéronefs à l'exception des comptes, qui au sens du 1. de l'article 10 du règlement n° 389/2013 susvisé, se trouvent dans l'état « exclu » en 2015 ou dans l'état « clôturé » avant le 1er janvier 2015 ;
- des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 3 000 euros par compte de personne ;
- des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 3 000 euros par compte de négociation ;
- des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 3 000 euros par compte de dépôt ouvert dans la partie française du système consolidé des registres européens (1) ;
c) Pour les autres frais de gestion annuels :
- des frais de gestion annuels par tonne déclarée pour les exploitants d'installations fixes au titre de leurs émissions vérifiées pour l'année 2014, dont le montant est de 0,0101 euro. Le montant des frais de gestion annuels est fonction du nombre de tonnes déclarées par les différentes installations fixes, conformément aux dispositions de l'article L. 229-14 du code de l'environnement ;
- des frais de gestion annuels de 0,0543 euro par tonne de dioxyde de carbone déclarée par les exploitants d'aéronefs au titre de leurs émissions vérifiées pour l'année 2015. Le montant des frais de gestion annuels est fonction du nombre de tonnes de dioxyde de carbone déclarées par les exploitants d'aéronefs, conformément aux dispositions de l'article L. 229-14 du code de l'environnement ;
d) Pour les frais de revue dans le cadre des contrôles d'honorabilité prévus par la réglementation :
- des frais de revue de 1 250 euros par titulaire de compte de dépôt d'exploitant, de compte de personne, de compte de négociation, ou de compte de personne dans la partie française du système consolidé des registres européens, ayant fait l'objet d'une telle revue ;
- des frais de revue de 3 792 euros par compte de dépôt d'exploitant d'aéronefs ayant fait l'objet d'une telle revue dans le cadre d'une ouverture de compte ;
- des frais de revue de 3 592 euros par compte de dépôt d'exploitant d'aéronefs ayant fait l'objet d'une telle revue dans le cadre des vérifications périodiques ; 
- des frais de revue d'un montant de 300 euros par représentants autorisés ou représentants autorisés supplémentaires de compte de dépôt d'exploitant, de compte de personne, de compte de négociation, ou de compte de personne dans la partie française du système consolidé des registres européens ayant fait l'objet d'une telle revue.