Le département des urgences sanitaires assure le recueil des alertes sanitaires ou sociales, gère les alertes sanitaires et prépare la réponse aux menaces sanitaires de grande ampleur. A ce titre :
 1° Il est responsable de la mise en oeuvre du centre opérationnel de réception et de régulation des urgences sanitaires et sociales et assure le pilotage opérationnel de la réponse aux situations d'urgence et de crise sanitaires et des exercices de simulation de crises. Il assure l'interface avec les autres structures de gestion de crise ministérielles ;
 2° Il assure le recueil, l'analyse et l'enregistrement de l'ensemble des signalements d'événements nationaux ou internationaux susceptibles d'appeler en urgence l'intervention du ministère de la santé, dans le respect des compétences des agences sanitaires, notamment celles de l'Institut de veille sanitaire et de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, dans ce domaine ; il informe les directions et services compétents des situations d'urgence sanitaires et sociales ;
 3° Il assure la gestion opérationnelle des situations d'urgence ou de crises sanitaires ou à impact sanitaire de niveau national ou international, en lien avec les directions, services et établissements publics compétents ; il apporte son appui aux services déconcentrés et aux agences régionales de l'hospitalisation dans la gestion des alertes locales ; il organise la réponse ministérielle pour prévenir ou réduire les conséquences sanitaires et sociales des situations d'urgence ou de crise ; il organise les retours d'expérience sur les situations qui le nécessitent et en communique les enseignements aux services de l'Etat et aux professionnels de santé concernés ; il anime et coordonne le réseau de gestion des alertes des services déconcentrés et des agences régionales de l'hospitalisation ;
 4° Il conçoit la politique et la doctrine d'emploi du corps de réserve sanitaire dans le cadre des grandes menaces sanitaires et organise la participation du ministère de la santé aux opérations d'assistance humanitaires à l'étranger, en lien avec les ministères et organismes compétents ;
 5° Il prépare les réponses aux grandes menaces sanitaires ou à impact sanitaire, y compris d'origine terroriste, en lien avec le haut fonctionnaire de défense et de sécurité, les directions, services et organismes concernés, ce qui inclut l'ensemble des aspects techniques, administratifs, juridiques, logistiques et financiers nécessaires à la cohérence de la réponse ; il organise notamment la préparation, l'achat, le stockage et l'acheminement des produits et services nécessaires à la protection de la population en cas de menace ou d'urgence sanitaire. Le département élabore et conduit un programme d'exercices en lien avec les autres ministères et les services territoriaux compétents ;
 6° Il est le correspondant des instances européennes et internationales traitant des menaces sanitaires. A ce titre, il représente le ministère dans ces instances et il est le point focal national prévu à l'article 4 du règlement sanitaire international 2005 de l'Organisation mondiale de la santé ;
 7° Il mobilise, pour l'accomplissement de sa mission, l'établissement public mentionné à l'article L. 3135-1 du code de la santé publique ;
 8° Il définit les orientations stratégiques et prépare le contrat de performance de cet établissement et en suit la mise en oeuvre ; il assure sa tutelle administrative et financière ;
 9° Il assure les missions de défense et de sécurité sanitaires sous l'autorité du haut fonctionnaire de défense et de sécurité.