1. Centre national de référence
des agents transmissibles non conventionnels (ATNC)
 CNR coordonnateur : service d'anatomie pathologique-neurologie, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : service de biochimie et biologie moléculaire, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : GIDTIP, direction des sciences du vivant, département de recherche médicale, Commissariat à l'énergie atomique (Fontenay-aux-Roses).
 Laboratoire associé : équipe avenir maladies humaines à prions, INSERM, IFR des neurosciences, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
2. Centre national de référence des arbovirus
 CNR coordonnateur : unité interactions moléculaires flavivirus hôtes (IMFH), Institut Pasteur (Paris).
 Laboratoire associé : unité de virologie tropicale, Institut de médecine tropicale du service de santé des armées, Le Pharo (Marseille).
3. Centre national de référence des arbovirus
et virus influenzae dans la région Antilles-Guyane
 Laboratoire de virologie, Institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
4. Centre national de référence des anaérobies et du botulisme
 CNR coordonnateur : unité des bactéries anaérobies et toxines, Institut Pasteur (Paris).
 Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie, hôpital Saint-Antoine, AP-HP (Paris).
5. Centre national de référence des Borrelia
 CNR coordonnateur : unité de génétique moléculaire des bunyavirus, Institut Pasteur (Paris).
 Laboratoire associé : institut de bactériologie, faculté de médecine, université de Strasbourg (Strasbourg).
6. Centre national de référence des Brucella
 CNR coordonnateur : unité zoonoses bactériennes, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) (Maisons-Alfort).
 Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, CHU de Grenoble (Grenoble).
7. Centre national de référence des Campylobacter et Hélicobacter
 EA 516 bactériologie et épidémiologie des infections digestives, université Victor Segalen, Bordeaux-II (Bordeaux).
8. Centre national de référence du charbon
 CNR coordonnateur : unité des toxines et pathogénie bactérienne, Institut Pasteur (Paris).
 Laboratoire associé : unité des zoonoses bactériennes, laboratoire LERPAZ, unité ZB, Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) (Maisons-Alfort).
9. Centre national de référence des Chlamydiae
 Laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Hyacinte Vincent, université Victor Segalen, Bordeaux-II (Bordeaux).
10. Centre national de référence pour la coqueluche
et autres bordetelloses
 Unité de prévention et thérapie moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur (Paris).
 11. Centre national de référence des corynébactéries toxinogènes
 Unité de prévention et thérapie moléculaires des maladies humaines, Institut Pasteur (Paris).
12. Centre national de référence des cytomégalovirus
 CNR coordonnateur : laboratoire de bactériologie, équipe d'accueil MENRT 3175, hôpital universitaire Dupuytren (Limoges).
 Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Lariboisière, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : service de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Necker-Enfants malades, AP-HP (Paris).
13. Centre national de référence des entérovirus
 Centre de biologie et pathologie, institut de microbiologie, groupement hospitalier Est (Bron).
14. Centre national de référence des Escherichia coli et shigelles
 CNR coordonnateur : laboratoire des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur (Paris).
 Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert Debré, AP-HP (Paris).
15. Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales
 Unité de biologie des infections virales émergentes, Institut Pasteur - INSERM, IFR 128 (Lyon).
16. Centre national de référence Francisella tularensis
 Service de bactériologie et virologie, CHU de Grenoble (Grenoble).
17. Centre national de référence des gonocoques
 Institut Alfred Fournier (Paris).
18. Centre national de référence des Haemophilus influenzae
 Laboratoire de bactériologie hygiène hospitalière, centre de biologie pathologie, CHRU de Lille.
19. Centre national de référence Legionella
 Groupement hospitalier Est, centre de biologie et pathologie, institut de microbiologie, université Claude Bernard, Lyon-I (Lyon).
20. Centre national de référence des Leishmania
 Laboratoire de parasitologie, CHU de Montpellier FRE 3013 (CNRS-université Montpellier I) (Montpellier).
21. Centre national de référence de la leptospirose
 Unité postulante de biologie des spirochètes, Institut Pasteur (Paris).
22. Centre national de référence des Listeria
 Groupe micro-organismes et barrières de l'hôte, Institut Pasteur (Paris).
23. Centre national de référence des méningocoques
 Unité postulante infections bactériennes invasives, Institut Pasteur (Paris).
24. Centre national de référence des mycobactéries
et résistance des mycobactéries aux antituberculeux
 CNR coordonnateur : laboratoire de bactériologie-hygiène, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : laboratoire de microbiologie, hôpital Saint-Louis, AP-HP (Paris).
25. Centre national de référence mycologie et antifongiques
 Unité de mycologie moléculaire, Institut Pasteur (Paris).
26. Centre national de référence du paludisme
 CNR coordonnateur : université Pierre et Marie Curie, CRBM des Cordeliers (Paris).
 CNR coordonnateur : service de parasitologie, hôpital Bichat-Claude Bernard, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : Institut de médecine tropicale du service de santé des armées, Le Pharo (Marseille Armées).
 Laboratoire associé : service de parasitologie-mycologie, hôpital Pitié-Salpêtrière (Paris).
27. Centre national de référence de la chimiorésistance
du paludisme dans la région Antilles-Guyane
 Laboratoire de parasitologie, Institut Pasteur de la Guyane (Cayenne).
28. Centre national de référence des papillomavirus humains
 Unité de génétique, papillomavirus et cancer humain, Institut Pasteur (Paris).
29. Centre national de référence peste et autres yersinioses
 Unité des Iersinia, Institut Pasteur (Paris).
30. Centre national de référence des pneumocoques
 Laboratoire de microbiologie, hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP (Paris).
31. Centre national de référence de la rage
 Unité postulante de recherche et d'expertise : dynamique des lyssavirus et adaptation à l'hôte, Institut Pasteur (Paris).
32. Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques
 CNR coordonnateur : unité des agents antibactériens, Institut Pasteur (Paris).
 Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital de la côte de Nacre, CHU de Caen (Caen).
 Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, faculté de médecine Xavier Bichat, université Paris-VII (Paris).
 Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie, hôpital Jean Minjoz, CHU (Besançon).
33. Centre national de référence des rickettsies,
Coxiella et Bartonella
 Unité des rickettsies, faculté de médecine (Marseille).
34. Centre national de référence des Salmonella
 Laboratoire des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur (Paris).
35. Centre national de référence des staphylocoques
 Groupement hospitalier Est, centre de microbiologie et pathologie, institut de microbiologie, université Claude Bernard, Lyon-I (Lyon).
 36. Centre national de référence des streptocoques
 CNR coordonnateur : service de bactériologie, groupe hospitalier Cochin-Saint-Vincent de Paul, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : service de microbiologie, Hôtel-Dieu de Paris, université Paris-VI, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert Debré, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : unité de biologie des bactéries pathogènes à Gram positif, Institut Pasteur (Paris).
 37. Centre national de référence de la syphilis
 CNR coordonnateur : laboratoire départemental de la Seine-Saint-Denis, conseil général du 93 (Bondy).
  Laboratoire associé : laboratoire fédéré, unité de recherche, service de dermatologie, pavillon Gustave Roussy, hôpital Cochin, AP-HP (Paris).
38. Centre national de référence de la toxoplasmose
 CNR coordonnateur : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU hôpital Maison Blanche (Reims).
 Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Dupuytren (Limoges).
 Laboratoire associé : université Louis Pasteur, institut de parasitologie et de pathologie tropicale, faculté de médecine (Strasbourg).
 Laboratoire associé : laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU de Montpellier, hôpital Saint-Charles (Montpellier).
39. Centre national de référence des Trichinella
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, UPRE EA 3623 signalisation et parasites, CHU Cochin - Port-Royal, université Descartes (Paris).
40. Centre national de référence des vibrions et choléra
 Laboratoire des bactéries pathogènes entériques, Institut Pasteur (Paris).
41. Centre national de référence des virus entériques
(entérovirus exclus)
 Laboratoire de virologie, CHU de Dijon (Dijon).
42.  Centre national de référence des virus des hépatites
à transmission entérique (hépatites A et E)
 CNR coordonnateur : laboratoire de virologie, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : laboratoire de biologie clinique, hôpital d'instruction des armées du Val-de-Grâce (Paris).
43. Centre national de référence des virus
des hépatites B, C et delta
 CNR coordonnateur : INSERM U635, bactériologie-virologie-hygiène, CHU Henri Mondor, AP-HP (Créteil).
 Laboratoire associé : laboratoire mixte Pasteur - Paul-Brousse, INSERM U 785, hôpital Paul Brousse, AP-HP (Villejuif).
 Laboratoire associé : Institut national de la transfusion sanguine (Paris).
 Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène, hôpital Avicennes, université Paris-XIII (Bobigny).
44. Centre national de référence du virus
de l'immunodéficience humaine (VIH)
 CNR coordonnateur : département de microbiologie et virologie, faculté de médecine de Tours, CHU Bretonneau (Tours).
  Laboratoire associé : laboratoire de virologie, hôpital Bichat, AP-HP (Paris).
 Laboratoire associé : laboratoire de virologie, CHU Charles Nicolle (Rouen).
 Laboratoire associé : Institut national de la transfusion sanguine (Paris).
45. Centre national de référence du virus influenzae, région Nord
 Unité de génétique moléculaire des virus ARN, Institut Pasteur (Paris).
46. Centre national de référence du virus influenzae, région Sud
 Groupement hospitalier Est, centre de biologie et pathologie, institut de microbiologie (Bron).
47. Centre national de référence du virus de la rougeole
et autres paramyxoviridae respiratoires
 Laboratoire de virologie humaine et moléculaire, CHU de Caen (Caen).