Le décret du 2 février 2006 susvisé est ainsi modifié : 
1° L'article 1er est modifié comme suit : 
a) Au deuxième alinéa, les mots : « les essences reprises aux indices 11,11 bis du tableau B du 1 de l'article 265 du code des douanes, le gazole repris à l'indice 22 de ce même tableau et le superéthanol repris à l'indice 55 » sont remplacés par les mots : « les produits mentionnés aux troisième et quatrième alinéas du III de l'article 266 quindecies du code des douanes » ; 
b) Au troisième alinéa, les mots : « mentionnés aux a, b, c et d du 1 de l'article 265 bis A du code des douanes » sont remplacés par les mots : « mentionnés dans l'arrêté conjoint des ministres chargés des douanes, de l'écologie, de l'énergie et de l'agriculture pris en application de l'article 266 quindecies du code des douanes ». 
2° L'article 2 est modifié comme suit : 
a) Après la première occurrence du mot : « biocarburant » est inséré le mot : « durable » ; 
b) Les mots : « par carburant, de façon ponctuelle ou mensuelle » sont remplacés par les mots : « annuel pour toutes les mises à la consommation de biocarburants de l'année, ventilées par mois » ; 
c) L'article est complété par l'alinéa suivant : 
« Ce document est émis par filière, pour tous les types de biocarburants mis à la consommation de la filière concernée. ». 
3° L'article 3 est modifié comme suit : 
a) Après le mot : « biocarburant » est ajouté le mot : « durable » ; 
b) Les mots : « ou entrepôt fiscal de stockage » sont remplacés par les mots : «, entrepôt fiscal de stockage ou entrepôt fiscal de produits énergétiques » ; 
c) Après les mots : « en entrepôt fiscal de stockage » sont ajoutés les mots : « ou en entrepôt fiscal de produits énergétiques » ; 
d) La première phrase est complétée par les mots : « et précisant, le cas échéant, l'éligibilité de ces biocarburants au double comptage » ; 
e) La deuxième phrase est complétée par les mots : «, par type de biocarburant ». 
4° L'article 4 est modifié comme suit : 
a) Après le mot : « incorporation » est ajouté le mot : « physique » ; 
b) Après le mot : « biocarburant » est ajouté le mot : « durable ». 
5° L'article 6 est modifié comme suit : 
Après les mots : « d'entrepôt fiscal de stockage » sont ajoutés les mots : « ou d'entrepôt fiscal de produits énergétiques ». 
6° L'article 7 est modifié comme suit : 
a) Les mots : « administratif ou commercial d'accompagnement » sont remplacés par les mots : « d'accompagnement électronique » ; 
b) L'article est complété par l'alinéa suivant : 
« En cas de mise à la consommation directe en suite de livraison intracommunautaire ou d'importation, et lorsque le nombre d'opérations est important, un certificat de mise à la consommation de biocarburant peut être émis de façon mensuelle. Dans ce cas, l'opérateur doit tenir une comptabilité matières de teneur en biocarburants du type de celle qui est tenue en entrepôt fiscal de stockage. ». 
7° L'article 8 est modifié comme suit : 
Au premier alinéa, le mot : « par » est remplacé par les mots : « pour chaque ». 
8° Les trois premiers alinéas de l'article 9 sont remplacés par les dispositions suivantes : 
« En entrepôt fiscal de stockage, la comptabilité matières mensuelle mentionnée à l'article 6 retrace, par carburant et par biocarburant :
-en entrée, les volumes de biocarburants, ainsi que leurs pièces justificatives ;
-en sortie, les volumes de biocarburants ventilés en fonction de leurs destinations, ainsi que les pièces justificatives. » 
9° Les articles 10 et 11 deviennent, respectivement, les articles 11 et 12.
10° Après l'article 9, un nouvel article 10 ainsi rédigé est ajouté : 
« Art. 10.-En entrepôt fiscal de produits énergétiques, la comptabilité matières mensuelle mentionnée à l'article 6 retrace, par carburant et par biocarburant :
-en entrée, les volumes de biocarburant, ainsi que les pièces justificatives ;
-en sortie, les volumes de biocarburants ventilés en fonction de leurs destinations, ainsi que les pièces justificatives. 
La comptabilité matières est transmise au service des douanes contrôlant l'établissement, au plus tard le quinzième jour suivant le mois auquel elle se rapporte, accompagnée des certificats de mise à la consommation de biocarburant et des certificats d'acquisition émis au titre du mois considéré. Ces différents documents sont visés par le service des douanes. » 
11° L'article 11 résultant du présent décret est rédigé comme suit : 
« Art. 11.-Lorsqu'un redevable peut se prévaloir d'une part d'énergie renouvelable supérieure à celle permettant de ne pas acquitter la taxe ou d'une part d'énergie renouvelable supérieure à la part d'énergie renouvelable maximale pouvant être prise en compte pour la réduction du taux de la taxe, pour une certaine catégorie de biocarburants, il peut céder les quantités d'énergie renouvelables excédentaires à un autre redevable. Cette cession de droits prend la forme d'un « certificat de transfert de droits à déduction ». Ce certificat est transmis pour visa à l'administration des douanes et droits indirects avant le 10 mars de l'année suivant l'année de mise à la consommation des carburants avant de pouvoir être cédé à un redevable. » 
12° L'article 12 résultant du présent décret est rédigé comme suit : 
« Art. 12.-La déclaration annuelle de la taxe doit être accompagnée des pièces justificatives suivantes :
-les certificats de mise à la consommation de biocarburant ;
-les certificats de transfert de droits à déduction ; 
dûment visés par l'administration des douanes et droits indirects. » 
13° Dans l'ensemble du décret du 2 février 2006 susvisé, les mots : « teneur en biocarburant» sont remplacés par les mots : « mise à la consommation de biocarburant ».