ANNEXE X
MÉTHODOLOGIE DE SÉLECTION DES ÉLÉMENTS DE QUALITÉ, PARAMÈTRES ET FRÉQUENCES POUR LE PROGRAMME DE CONTRÔLES OPÉRATIONNELS DES EAUX DE SURFACE 
1. Principes généraux 
La règle générale est d'évaluer l'impact des pressions à l'origine du risque de non atteinte des objectifs environnementaux au travers du suivi des éléments de qualité ou paramètres les plus sensibles à ces pressions. 
Ceci correspond :
-pour l'état écologique : à un ou des paramètres physico-chimiques à risque de dépassement des valeurs-seuils (cf. arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d'évaluation de l'état écologique de l'état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface), et/ ou la (ou les) substance (s) rejetée (s) en quantité (s) importante (s) (substances autres que les substances de l'état chimique), et/ ou un (ou des) élément (s) hydromorphologique (s) et/ ou le (ou les) élément (s) biologique (s) le (s) plus sensible (s) ; 
Et/ ou
-pour l'état chimique : à la ou les substance (s) à risque de dépassement des normes de qualité environnementale (annexe VIII de l'arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d'évaluation de l'état écologique, de l'état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface pris en application des articles R. 212-10, R. 212-11 et R. 212-18 du code de l'environnement). 
Le suivi du compartiment écologique et/ ou chimique est à adapter suivant la nature de la pression à l'origine du risque. 
1.1. Sélection des éléments de qualité et paramètres 
Dans le cadre du programme de contrôles opérationnels, un suivi peut être réalisé avant la mise en œuvre des programmes de mesures pour établir l'état et identifier les éléments les plus sensibles aux pressions. 
Après la mise en œuvre des mesures et dans un délai compatible avec la réalisation de leurs effets sur le milieu, le suivi porte d'abord, préférentiellement, sur le ou les éléments physico-chimiques, chimiques ou hydromorphologiques les plus sensibles aux pressions à l'origine du risque. Le ou les éléments biologiques les plus sensibles aux pressions peuvent être contrôlés dans un second temps lorsqu'une amélioration de ces éléments physico-chimiques, chimiques ou hydromorphologiques est constatée. 
L'évaluation du retour au bon état écologique et/ ou chimique, ou au bon potentiel écologique, s'effectue :
-avec l'ensemble des éléments de qualité qui servent à évaluer cet état, dans le type considéré, conformément aux modalités définies par l'arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d'évaluation de l'état des eaux. C'est-à-dire sur la base de données issues de suivis directs menés dans le cadre des contrôles opérationnels (pour les éléments les plus sensibles sélectionnés ci-dessus) et de données mesurées, extrapolées, modélisées ou expertisées (pour les éléments non sensibles aux pressions à l'origine du risques) ;
-sur la base de la chronique de données définies par l'arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d'évaluation de l'état des eaux. 
Les paramètres morphologiques définis pertinents par avis d'expert, sensible (s) aux pressions à l'origine du RNAOE, pourront ainsi être caractérisés en retenant préférentiellement les protocoles des méthodes existantes telles que CARHYCE ou AURAH-CE. Dès lors que l'un de ces protocoles est mis en œuvre, il est recommandé de le réaliser dans son intégralité. 
Guide de référence :
-AFB, 2017. CARHYCE : caractérisation de l'hydromorphologie des cours d'eau : protocole de recueil de données hydromorphologiques à l'échelle de la station sur des cours d'eau prospectables à pied. 56 p.
-ONEMA 2013. Protocole d'audit rapide de l'hydromorphologie des cours d'eau (AURAH-CE). Guide, 46 p. 
1.2. Sélection des fréquences 
La fréquence des contrôles requise pour tout paramètre est déterminée de manière à apporter des données suffisantes pour une évaluation valable de l'état de l'élément de qualité en question. A titre indicatif, les contrôles devraient avoir lieu a minima aux fréquences indiquées dans le tableau ci-dessous, à moins que des fréquences moins importantes ne se justifient sur la base des connaissances techniques et des avis d'experts. Les fréquences peuvent également dans certains cas être augmentées, par exemple pour les éléments de qualité biologique et chimique les plus sensibles aux pressions afin de suivre la tendance de retour au bon état. 
Tableau 61 : fréquences des contrôles opérationnels des eaux de surface 
COURS D'EAU 
PLAN D'EAU 
EAUX DE TRANSITION 
EAUX CÔTIÈRES 
Biologique 
Phytoplancton 
2 fois par an tous les ans (*) 
4 fois par an tous les 3 ans (*) 
6 mois 
6 mois 
Autre flore aquatique 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
Macro-invertébrés 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
Poissons 
3 ans 
3 ans 
3 ans 
Hydromorphologique 
Continuité 
6 ans 
Hydrologie 
Continu 
1 mois 
Morphologie 
6 ans 
6 ans 
6 ans 
6 ans 
Physico-chimique 
Température 
4 fois par an tous les ans 
4 fois par an tous les 3 ans 
3 mois 
3 mois 
Bilan d'oxygène 
4 fois par an tous les ans 
4 fois par an tous les 3 ans 
3 mois 
3 mois 
Salinité 
4 fois par an tous les ans 
4 fois par an tous les 3 ans 
3 mois 
Nutriments 
4 fois par an tous les ans 
4 fois par an tous les 3 ans 
3 mois 
3 mois 
Etat d'acidification 
4 fois par an tous les ans 
4 fois par an tous les 3 ans 
Autres polluants 
4 fois par an tous les ans 
4 fois par an tous les 3 ans 
3 mois 
3 mois 
Substances prioritaires 
1 mois 
4 fois par an tous les 3 ans 
1 mois 
1 mois 
(*) Prévoir les prélèvements en période de croissance de la végétation (mai à octobre pour la métropole) 
Les fréquences intra-annuelles et interannuelles sont choisies de manière à parvenir à un niveau de confiance et de précision acceptable. Les fréquences interannuelles sont notamment à adapter en fonction des caractéristiques et de l'état de la masse d'eau ainsi que de la nature des mesures mises en place. L'évaluation de la confiance et de la précision atteinte par le système de contrôle utilisé est indiquée dans le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux. 
Les fréquences de contrôle sont choisies de manière à tenir compte de la variabilité des paramètres résultant des conditions à la fois naturelles et anthropiques. L'époque à laquelle les contrôles sont effectués est déterminée de manière à réduire au minimum l'effet des variations saisonnières sur les résultats, et donc à assurer que les résultats reflètent les modifications subies par la masse d'eau du fait des variations des pressions anthropiques. 
Pour constater le retour au bon état de la masse d'eau, les fréquences de contrôle seront accrues, lorsque cela est nécessaire, pour disposer de la chronique de données définies par l'arrêté du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d'évaluation de l'état des eaux. Ainsi, pour constater le retour au bon état la périodicité et la fréquence de contrôle sur les stations du contrôle opérationnelle sera identique à celles réalisées sur les stations de contrôle de surveillance (cf. annexe VI). 
Dès lors que la masse d'eau est évaluée en bon état, le contrôle opérationnel réalisé sur celle-ci pourra être adaptée (e. g fréquence interannuelles assouplies) dans l'attente d'une nouvelle évaluation du risque qui viendra le cas échéant confirmer la possibilité de lever le contrôle opérationnel sur cette masse d'eau, à l'occasion de la mise à jour du programme de contrôle opérationnel du bassin. 
2. Paramètres et éléments de qualité à suivre par type d'eaux à titre indicatif 
Les tableaux suivants décrivent les paramètres et éléments de qualité à suivre, à titre indicatif, par type d'eaux en fonction du type de pression. 
Eaux côtières (toutes façades) 
Tableau 62 : paramètres et éléments de qualité à suivre dans les eaux côtières 
Type de pression 
Paramètres et éléments de qualité à suivre 
Rejets de nutriments d'origine ponctuelle ou diffuse : enjeu eutrophisation 
Eléments physico-chimiques (ATL) :
-flux de nutriments
-suivi hivernal de nutriments dans la masse d'eau
-suivi estival de l'oxygène dissous 
Eléments biologiques :
-phytoplancton ou macroalgues 
Rejets de micropolluants (d'origine domestique ou industrielle ou agricole) : enjeu pollution par les substances toxiques 
Eléments chimiques : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique 
Eléments biologiques : 
Tous les éléments pertinents du type 
Emprises et constructions littorales : enjeu destruction d'habitats côtiers 
Eléments hydromorphologiques : 
Inventaire et surface des emprises 
Éléments biologiques :
-en fonction de l'habitat détruit (ATL)
-herbiers surveillance microsurfacique ou macroalgues (MED) 
Activités nautiques (ancre, arts traînants...) : enjeu pression physique 
Eléments biologiques :
-angiospermes et invertébrés (ATL)
-herbiers : surveillance microsurfacique (MED) 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrement relatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 
Activités de dragage, clapage ou rejets : 
enjeu turbidité et transport de micropolluants 
Eléments physico-chimiques : 
turbidité 
Eléments chimiques : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique pertinent (s) 
Eléments biologiques : 
macrophytes ou invertébrés 
Piétinement 
Eléments biologiques : 
macrophytes 
2.2. Eaux de transition (façade Manche Atlantique) 
Tableau 63 : paramètres et éléments de qualité à suivre dans les eaux de transition (façade Manche Atlantique) 
Type de pression 
Paramètres et éléments de qualité à suivre 
Rejets de nutriments d'origine ponctuelle ou diffuse : enjeu eutrophisation 
Eléments physico-chimiques : 
bilan d'oxygène, nutriments 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques, ou macrophytes, ou phytoplancton (pour les masses d'eau de faible turbidité uniquement) 
Rejets de micropolluants d'origi ne ponctuelle ou diffuse 
Paramètres chimiques : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique 
Eléments biologiques : 
tous 
Dégradation thermique 
Eléments physico-chimiques : 
température, oxygène 
Eléments biologiques : 
tous 
Pressions sur l'hydrologie (prélèvement d'eau, drainage, régulation du débit) 
Eléments hydromorphologiques :
-quantité et dynamique du débit (abaissement des étiages, modification des crues) ou modifications des écoulements
-indicateurs de la dynamique du bouchon vaseux dans les estuaires (position, fréquence d'expulsion) 
Eléments biologiques : 
tous 
Pressions sur la morphologie (altération du lit mineur, des berges, et de la ripisylve) 
Eléments hydromorphologiques :
-indicateurs d'altérations morphologiques 
Eléments physico-chimiques : 
oxygène, turbidité 
Eléments biologiques :
-poissons et invertébrés 
Pressions sur le transit sédimentaire (barrages, gravières) 
Eléments hydromorphologiques : bathymétrie, granulométrie sédiments 
Eléments physico-chimiques : turbidité 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés benthiques, ou poissons 
Erosion des sols, colmatage 
Eléments hydromorphologiques : 
à définir 
Eléments physico-chimiques : 
turbidité 
Eléments biologiques : 
macrophytes ou macro-inverébrés ou poissons 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrement relatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 
2.3. Eaux de transition (façade Méditerranée) 
Tableau 64 : paramètres et éléments de qualité à suivre dans les eaux de transition (façade Méditerranée) 
Type de pression 
Paramètres et éléments de qualité à suivre 
Rejets de nutriments d'origine ponctuelle ou diffuse : enjeu eutrophisation 
Eléments physico-chimiques : 
oxygène dissous, turbidité, P minéral et total, N minéral et total 
Eléments biologiques : 
phytoplancton (biomasse), ou macrovégétaux (macroalgues et angiospermes) ou invertébrés 
Rejets de micropolluants (d'origine domestique ou industrielle ou agricole) : enjeu pollution par les substances toxiques 
Eléments chimiques : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique 
Eléments biologiques : 
macrophytes (pesticides) 
Pressions sur l'hydromorphologie 
Eléments hydromorphologiques : 
à préciser ultérieurement 
Eléments biologiques : 
macrophytes principalement 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrement relatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 
2.4. Cours d'eau 
Tableau 65 : paramètres et éléments de qualité dans les cours d'eau 
Type de pression 
Paramètres et éléments de qualité à suivre 
Rejets de macropolluants d'origine ponctuelle ou diffuse 
Eléments physico-chimiques : 
bilan d'oxygène, nutriments, effets des proliférations végétales pour les cours d'eau lents, particules en suspension 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou diatomées ou macrophytes (nutriments uniquement), phytoplancton pour les grands cours d'eau 
Rejets de micropolluants d'origine ponctuelle ou diffuse 
Paramètres : 
substance (s) de l'état chimique ou polluant (s) spécifique (s) de l'état écologique (a) 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés 
Pollution par acidification 
Eléments physico-chimiques : 
acidification 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés 
Dégradation thermique 
Eléments physico-chimiques : 
température 
Eléments biologiques : 
diatomées ou macrophytes 
Pressions sur l'hydrologie (prélèvement d'eau, drainage, régulation du débit) 
Eléments hydromorphologiques : 
quantité et dynamique du débit (abaissement des étiages, modification des crues) ou ralentissement des écoulements 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou poissons 
Pressions sur la morphologie (altération physique du lit mineur, des berges, et de la ripisylve) 
Blocage du transit sédimentaire (barrages, gravières) 
Continuité écologique (blocage des organismes aquatiques, obstacle à la continuité écologique) 
Eléments hydromorphologiques : 
indicateurs d'altérations morphologiques (sinuosité, succession des faciès, débit de plein bord, altération du corridor, granulométrie, incision...) 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou poissons 
Erosion des sols 
Eléments hydromorphologiques : 
colmatage 
Eléments biologiques : 
macro-invertébrés ou poissons 
Espèces exotiques envahissantes 
Eléments biologiques à l'origine de la pression : 
caractéristiques de colonisation par la ou les espèces (recouvrement relatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes) 
Eléments biologiques du même compartiment biologique que l'espèce exotique envahissante 
2.5. Plans d'eau 
Un suivi préalable pour le contrôle opérationnel des plans d'eau peut être réalisé avant la mise en œuvre des programmes de mesures pour établir l'état et identifier les éléments les plus sensibles aux pressions. 
Le suivi pour le contrôle opérationnel des plans d'eau porte sur les éléments de qualité de l'annexe VI les plus sensibles aux pressions à l'origine du risque. En l'absence de recommandations nationales, la sélection des éléments de qualité à suivre se fera par expertise sur la base des recommandations du groupe de travail sur les plans d'eau. 
Les suivis des micropolluants et des éléments biologiques seront adaptés à leur pertinence en fonction de l'état et du type de masse d'eau. 
Dans le cas d'espèces exotiques envahissantes, le suivi est complété par la détermination des caractéristiques de colonisation par la ou les espèce (s) (recouvrement relatif, profondeur maximale de colonisation, compétition avec les communautés indigènes). 
Un suivi des flux sur les tributaires du plan d'eau peut compléter le suivi des plans d'eau (pour les micropolluants et les nutriments).