Par arrêté de la ministre de l'économie, de l'industrie et de l'emploi et du ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat en date du 30 octobre 2009 :
 I. ― Il est créé une mission « Santé » au sein du service du contrôle général économique et financier.
 Cette mission exerce, dans son domaine d'intervention, les activités que lui confient les ministres et le chef du service du contrôle général économique et financier.
 Les organismes sur lesquels elle exerce le contrôle économique et financier de l'Etat sont les suivants :
 Agence nationale d'appui à la performance des établissements de santé et médico-sociaux (ANAP) ;
 Agence nationale de l'évaluation et de la qualité des établissements et des services sociaux et médico-sociaux (ANESM) ;
 Agence nationale des systèmes d'information partagés de santé (ASIP Santé) ;
 Agences régionales de l'hospitalisation ;
 Caisse d'assurance maladie des industries électriques et gazières (CAMIEG) ;
 Caisse centrale de la mutualité sociale agricole (CCMSA) ;
 Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés (CNAMTS) ; le contrôleur en charge de ce contrôle, ou son représentant, participe à la commission de surveillance prévue à l'article 5 du décret n° 2001-1242 du 21 décembre 2001 modifié relatif au fonds pour la modernisation des établissements de santé publics et privés (FMESPP) ;
 Caisse nationale militaire de sécurité sociale (CNMSS) ;
 Ensemble pour une solidarité thérapeutique hospitalière en réseau (GIP ESTHER) ;
 Groupement régional de santé publique d'Ile-de-France ; la mission assure la liaison avec les autorités chargées du contrôle des autres groupements régionaux ou territoriaux de santé publique prévue par l'arrêté du 6 septembre 2006 portant désignation des autorités chargées de l'exercice du contrôle économique et financier de l'Etat sur les groupements régionaux ou territoriaux de santé publique ;
 Fonds d'intervention pour la qualité et la coordination des soins (FIQCS) ;
 GIE SESAM VITALE ;
 GIE Système d'information sur les produits de santé (SIPS) ;
 Institut des données de santé (GIP IDS) ;
 Union nationale des caisses d'assurance maladie (UNCAM).
 Les organismes sur lesquels elle exerce le contrôle financier de l'Etat sont les suivants :
 Agence technique de l'information sur l'hospitalisation (ATIH) ;
 Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière (CNG).
 II. ― Dans l'arrêté du 6 septembre 2006 portant désignation des autorités chargées de l'exercice du contrôle économique et financier de l'Etat sur les groupements régionaux ou territoriaux de santé publique, les mots : « mission du service du contrôle général économique et financier "Agences régionales de l'hospitalisation” (ARH) » et « mission ARH » sont remplacés par les mots : « mission "Santé” du service du contrôle général économique et financier ».
 III. ― Dans l'arrêté du 24 avril 2008 portant nomination du contrôleur général en charge du contrôle financier de l'Assistance publique-hôpitaux de Paris (AP-HP) à la mission du service du contrôle général économique et financier « Agences régionales de l'hospitalisation », les mots : « mission du service du contrôle général économique et financier "Agences régionales de l'hospitalisation” » sont remplacés par les mots : « mission "Santé” du service du contrôle général économique et financier ».
 IV. ― Sont abrogés :
 ― l'arrêté du 20 mai 1998 portant création de la mission « Contrôle d'Etat des ARH » et l'arrêté du 24 mai 2005 l'ayant dénommée « Agences régionales de l'hospitalisation » ;
 ― l'arrêté du 24 mai 2005 relatif à la dénomination et aux attributions de la mission « Sécurité sociale et action sociale » du service du contrôle général économique et financier.