Par arrêté de la garde des sceaux, ministre de la justice, en date du 7 avril 2009, le schéma d'organisation du programme 107 du budget général « Administration pénitentiaire » pour l'année 2009 est structuré en unités opérationnelles, responsables de l'exécution budgétaire des recettes et des dépenses, sous l'autorité des directeurs interrégionaux des services pénitentiaires, des hauts-commissaires de la République pour la Nouvelle-Calédonie et la Polynésie française, du préfet, représentant du Gouvernement, de la collectivité départementale de Mayotte, du préfet, représentant du Gouvernement, dans la collectivité territoriale d'outre-mer de Saint-Pierre-et-Miquelon et des préfets de région d'outre-mer.
 La liste des établissements et services rattachés à chaque unité opérationnelle est présentée ci-après :
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE BORDEAUX
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Paies.
Unités opérationnelles gestion du siège et service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Charente, Charente-Maritime, Corrèze, Dordogne, Gironde, Landes, Lot-et-Garonne, Pyrénées-Atlantiques, Deux-Sèvres, Vienne, Haute-Vienne/Creuse
Maison centrale de Saint-Martin-de-Ré, maison d'arrêt de Rochefort, maison d'arrêt de Saintes, maison d'arrêt de Niort, centre de détention Bédenac, maison d'arrêt d'Angoulême, maison d'arrêt de Poitiers, centre de détention Uzerche, maison d'arrêt de Tulle, maison d'arrêt de Guéret, maison d'arrêt de Limoges, maison d'arrêt de Bordeaux-Gradignan, maison d'arrêt de Pau, maison d'arrêt de Bayonne, centre de détention Mauzac, centre de détention Neuvic, maison d'arrêt d'Agen, centre de détention d'Eysses, maison d'arrêt de Périgueux, centre pénitentiaire de Poitiers-Vivonne, centre pénitentiaire de Mont-de-Marsan
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE DIJON
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Ardennes, Aube et Haute-Marne, Côte-d'Or, Marne, Saône-et-Loire, Yonne, Nièvre
Centre pénitentiaire de Varennes-le-Grand, maison d'arrêt de Dijon, centre pénitentiaire Joux-la-Ville, maison d'arrêt d'Auxerre, maison d'arrêt de Nevers, centre de détention de Villenauxe, maison d'arrêt de Troyes, centre pénitentiaire de Clairvaux, maison d'arrêt de Chaumont, maison d'arrêt de Châlons-en-Champagne, maison d'arrêt de Charleville-Mézières, maison d'arrêt de Reims
Unités opérationnelles (centre) et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Cher, Indre, Indre-et-Loire, Loir-et-Cher, Loiret, Eure-et-Loir
Maison d'arrêt de Blois, maison d'arrêt de Bourges, maison d'arrêt de Chartres, maison d'arrêt d'Orléans, maison d'arrêt de Tours, centre pénitentiaire de Châteauroux, maison centrale Saint-Maur, centre de semi-liberté de Montargis, centre de détention de Châteaudun
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE LILLE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Maison d'arrêt d'Amiens, centre pénitentiaire Laon, centre pénitentiaire Château-Thierry, centre de détention Liancourt, maison d'arrêt de Beauvais, maison d'arrêt de Compiègne, centre de détention Val-de-Reuil, maison d'arrêt de Rouen, maison d'arrêt du Havre, maison d'arrêt d'Evreux, maison d'arrêt de Dunkerque, centre de semi-liberté Haubourdin, maison d'arrêt de Douai, maison d'arrêt de Valenciennes, centre pénitentiaire Maubeuge, centre de détention Bapaume, maison d'arrêt d'Arras, centre pénitentiaire Longuenesse, maison d'arrêt de Béthune, établissement pour mineurs Quiévrechain, centre pénitentiaire de Lille
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Oise, Aisne, Somme, Eure, Seine-Maritime, Nord, Pas-de-Calais
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE LYON
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Maison d'arrêt de Montluçon, maison d'arrêt de Grenoble, centre de semi-liberté Grenoble, maison d'arrêt de Valence, maison d'arrêt de Villefranche-sur-Saône, maison d'arrêt de Privas, maison d'arrêt de Saint-Etienne, centre pénitentiaire Saint-Quentin-Fallavier, centre pénitentiaire Moulins, établissement pour mineurs Rhône-Meyzieu, centre pénitentiaire Aiton, maison d'arrêt de Chambéry, maison d'arrêt de Bonneville, maison d'arrêt de Bourg-en-Bresse, centre de détention Riom, maison d'arrêt de Clermont-Ferrand, maison d'arrêt d'Aurillac, maison d'arrêt de Riom, maison d'arrêt du Puy, centre de semi-liberté de Lyon, maison d'arrêt de Lyon, maison d'arrêt de Lyon-Corbas, centre de détention de Roanne, centre pénitentiaire de Bourg-en-Bresse
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Ain, Allier, Ardèche, Drôme, Isère, Loire, Rhône, Savoie, Haute-Savoie, Cantal, Puy-de-Dôme, Haute-Loire
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE MARSEILLE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies.
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Alpes-de-Haute-Provence/Hautes-Alpes, Alpes-Maritimes, Bouches-du-Rhône, Haute-Corse/Corse-du-Sud, Var, Vaucluse
Maison d'arrêt de Borgo, centre de détention Casabianda, maison d'arrêt d'Ajaccio, maison d'arrêt de Digne, maison d'arrêt de Gap, maison d'arrêt d'Aix-Luynes, maison centrale Arles, centre pénitentiaire Avignon - Le Pontet, centre pénitentiaire Draguignan, maison d'arrêt de Grasse, centre pénitentiaire Marseille-Baumettes, maison d'arrêt de Nice, centre de détention Salon, centre de détention Tarascon, centre pénitentiaire Toulon-La Farlède, établissement pour mineurs Marseille
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE PARIS
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies.
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation 
Gestion du siège
Musée, maison d'arrêt d'Osny, maison d'arrêt de Nanterre, maison d'arrêt de Villepinte, centre pénitentiaire Meaux-Chauconin, centre de semi-liberté Gagny, EPSNF, établissement pour mineurs Meaux-Chauconin, établissement pour mineurs Porcheville
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Paris, Hauts-de-Seine, Seine-Saint-Denis, Val-de-Marne, Val-d'Oise, Seine-et-Marne, Essonne, Yvelines
Unités opérationnelles Bois-d'Arcy 
Maison d'arrêt de Bois-d'Arcy, maison centrale Poissy, maison d'arrêt de Versailles
Unités opérationnelles Sud francilien 
Maison d'arrêt de Fleury-Mérogis, centre de semi-liberté Corbeil, centre de détention Melun, centre de semi-liberté Melun, maison d'arrêt de Fresnes, centre pour peines aménagées de Villejuif, maison d'arrêt de Paris-La Santé
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE RENNES
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Calvados, Côtes-d'Armor, Finistère, Ille-et-Vilaine, Loire-Atlantique, Maine-et-Loire, Manche, Mayenne, Morbihan, Orne, Sarthe, Vendée
Centre pénitentiaire Caen, maison d'arrêt de Caen, maison d'arrêt de Cherbourg, maison d'arrêt de Coutances, maison d'arrêt d'Alençon, centre de détention Argentan, centre pénitentiaire Nantes, maison d'arrêt d'Angers, maison d'arrêt de Laval, maison d'arrêt du Mans, maison d'arrêt du Fontenay, maison d'arrêt de La Roche-sur-Yon, centre pénitentiaire de Rennes (hommes), centre pénitentiaire de Rennes (femmes), maison d'arrêt de Rennes, maison d'arrêt de Brest, maison d'arrêt de Vannes, centre pénitentiaire Lorient, maison d'arrêt de Saint-Brieuc, maison d'arrêt de Saint-Malo, établissement pour mineurs Orvault, maison d'arrêt Le Mans-Les Croisettes
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE STRASBOURG
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Maison d'arrêt de Strasbourg, centre de détention Œrmingen, centre de semi-liberté Souffelweyersheim, maison centrale Ensisheim, maison d'arrêt de Colmar, maison d'arrêt de Mulhouse, centre de détention Toul, centre de détention Ecrouves, maison d'arrêt de Nancy, centre de semi-liberté Maxeville, centre de semi-liberté Briey, maison d'arrêt d'Epinal, centre de détention Saint-Mihiel, centre de détention Montmédy, maison d'arrêt de Bar-le-Duc, centre pénitentiaire de Metz, maison d'arrêt de Sarreguemines, maison d'arrêt de Besançon, centre de semi-liberté Besançon, maison d'arrêt de Montbéliard, maison d'arrêt de Belfort, maison d'arrêt de Lure, maison d'arrêt de Vesoul, maison d'arrêt de Lons-le-Saunier, centre pénitentiaire de Nancy-Maxeville
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Meurthe-et-Moselle, Meuse, Moselle, Bas-Rhin, Haut-Rhin, Vosges, Doubs et Jura, Territoire de Belfort et  Haute-Saône
DIRECTION INTERRÉGIONALE DES SERVICES PÉNITENTIAIRES DE TOULOUSE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Paies
Unités opérationnelles gestion du siège et  service pénitentiaire d'insertion et de probation
Gestion du siège
Maison d'arrêt de Villeneuve-lès-Maguelone, maison d'arrêt de Béziers, centre de semi-liberté Montpellier, maison d'arrêt de Nîmes, maison d'arrêt de Mende, centre de détention Muret, maison d'arrêt d'Albi, centre de détention Saint-Sulpice, centre pénitentiaire Lannemezan, maison d'arrêt de Foix, maison d'arrêt de Tarbes, centre pénitentiaire Perpignan, maison d'arrêt de Carcassonne, maison d'arrêt de Toulouse-Seysses, centre de semi-liberté Toulouse, maison d'arrêt de Cahors, maison d'arrêt de Montauban, maison d'arrêt de Rodez, établissement pour mineurs Lavaur, centre pénitentiaire Béziers
Service pénitentiaire d'insertion et de probation : Aveyron/Lot, Gard/Lozère, Hérault, Haute-Garonne/Ariège, Hautes-Pyrénées, Pyrénées-Orientales, Tarn-et-Garonne/Gers, Aude, Tarn
MISSION OUTRE-MER
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles gestion du siège
GUADELOUPE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles Baie-Mahaut 
Centre pénitentiaire Baie-Mahaut, maison d'arrêt de Basse-Terre, service pénitentiaire d'insertion et de probation Guadeloupe
MARTINIQUE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles Ducos 
Centre pénitentiaire Ducos, service pénitentiaire d'insertion et de probation Martinique
LA RÉUNION
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles Le Port 
Centre pénitentiaire du Port, maison d'arrêt de Saint-Pierre, centre pénitentiaire de Saint-Denis, service pénitentiaire d'insertion et de probation La Réunion
GUYANE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles Rémire-Montjoly 
Centre pénitentiaire Rémire-Montjoly, service pénitentiaire d'insertion et de probation Guyane
MAYOTTE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles Majicavo 
Maison d'arrêt de Majicavo, service pénitentiaire d'insertion et de probation Mayotte
POLYNÉSIE FRANÇAISE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles Faa-Nuutania 
Etablissements de la Polynésie : centre pénitentiaire Faa-Nuutania, centre de détention Taiohae (Marquises), centre de détention Uturoa-Raiatea (îles-Sous-le-Vent) 
Service pénitentiaire d'insertion et de probation Polynésie française
NOUVELLE-CALÉDONIE
STRUCTURES
ÉTABLISSEMENTS OU SERVICES RATTACHÉS
Unités opérationnelles paies
Unités opérationnelles Nouméa 
Centre pénitentiaire Nouméa, service pénitentiaire d'insertion et de probation Nouvelle-Calédonie