Le département opérations (OP) est chargé de la définition de la politique en matière de formation et des méthodes mises en œuvre, de la définition des méthodes et procédures d'exploitation des avions, de la définition et de la gestion du niveau professionnel des personnels navigants et autres instructeurs, des relations avec les utilisateurs des centres. Il assure le respect de la réglementation, notamment dans ses aspects formation et exploitation. Il assure aussi des missions d'ingénierie pour la DGAC et pour des tiers.
 Il comprend :
 ― la division formation exploitation (OP/FE), composée de deux subdivisions : la subdivision formation initiale et la subdivision formation avancée/activités particulières, elle-même composée de l'entité formation avancée et de l'entité activités particulières ;
 ― la subdivision formation initiale, chargée d'établir la documentation de référence (TRN, RIT, OPS/F) à l'exception de la formation avancée, superviser l'activité pédagogique des instructeurs, organiser leur sélection, leur recrutement et leur évolution professionnelle, organiser le maintien et le contrôle des compétences, standardiser l'instruction en vol et au simulateur, assurer la cohérence et la standardisation de l'ensemble de la formation théorique, mettre en œuvre les méthodes et procédures d'utilisation des avions et s'assurer de la compatibilité des différents types d'exploitation, mener enfin des études opérationnelles et réaliser des activités ponctuelles d'expertise au profit des services régaliens de la DGAC. Elle opère en collaboration avec les divisions instruction des centres ;
 ― l'entité formation avancée est chargée de concevoir et délivrer des formations demandées par les clients (évaluation, sélection de pilotes, remises à niveau IRME,...), concevoir et délivrer des formations avancées (QT, TRI, ELT, MCC, MPL,...) avec la documentation associée, mettre à disposition des pilotes auprès des compagnies aériennes (acquisition d'expérience, formation de stagiaires,...), développer les partenariats avec les constructeurs (expertise, formation,...), et, enfin, apporter un support à l'export (formation, ingénierie, développement,...) ;
 ― l'entité activités particulières est chargée de planifier et réaliser les activités particulières sur les aéronefs suivants : BE90/200 et ATR 42, définir le programme de formation des pilotes en vue de la délivrance de la déclaration de niveau de compétence « calibration » (DNC), d'organiser le maintien et le contrôle des compétences des équipages sur les avions concernés, d'élaborer enfin les documents, programmes et manuels liés aux activités particulières ;
 ― la division gestion de production (OP/GP), chargée de la mise en application de la politique client du SEFA, de l'établissement et du suivi du plan de charge du SEFA, des procédures de mise en stage et de suivi administratif des stagiaires, de la mise en place et de la diffusion de la documentation technique, de l'élaboration et du suivi du budget du département, ainsi que des achats et des relations fournisseurs associés, de la coordination en vue de la rédaction des marchés publics, de l'établissement de tableaux de bord et du bilan annuel d'activité du SEFA et enfin des prévisions d'activité et de l'étude de leurs conséquences sur les ressources humaines et matérielles.