Les comptes ouverts dans le registre mentionné à l'article L. 229-16 du code de l'environnement font l'objet de frais de tenue de compte, tels que prévus par l'article R. 229-36 de ce même code, qui se décomposent comme suit :
 a) Pour les frais d'ouverture de compte :
 ― des frais d'ouverture de compte d'un montant de 600 euros par compte de dépôt d'exploitant ;
 ― des frais d'ouverture de compte d'un montant de 600 euros par compte de dépôt d'exploitant d'aéronefs ;
 ― des frais d'ouverture de compte d'un montant de 1 800 euros par compte de dépôt de personne ;
 ― des frais d'ouverture de compte d'un montant de 1 800 euros par compte de négociation ;
 ― des frais d'ouverture de compte d'un montant de 1 800 euros par compte de dépôt de personne dans la partie française du système consolidé des registres européens ;
 b) Pour les frais fixes de gestion annuels :
 ― des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 360 euros par compte de dépôt d'exploitant ;
 ― des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 360 euros par compte de dépôt d'exploitant d'aéronefs ;
 ― des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 3 000 euros par compte de personne ;
 ― des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 3 000 euros par compte de négociation ;
 ― des frais de gestion annuels de compte d'un montant de 3 000 euros par compte de dépôt ouvert dans la partie française du système consolidé des registres européens (1) ;
 c) Pour les autres frais de gestion annuels :
 ― des frais de gestion annuels de 0,01 euro par quota délivré au cours de l'année 2012 aux exploitants qui relevaient du système communautaire d'échange de quotas pendant la période 2008-2012 ;
 ― des frais de gestion annuels d'un montant de 1 250 euros par compte de dépôt d'exploitant pour les exploitants qui ne relevaient pas du système communautaire d'échange de quotas pendant la période 2008-2012 ;
 ― des frais de gestion annuels par tonne d'émission de dioxyde de carbone estimée au titre de l'année 2013 pour les exploitants d'aéronefs, dont le montant est de 0,054 5 euro. Le montant des frais de gestion annuels est fonction du nombre de tonnes de dioxyde de carbone émises dans le champ d'application de la directive 2003/87/CE modifiée retenu au titre de 2013. La facturation sera établie sur la base des émissions estimées. Une régularisation de la facturation 2013 interviendra, le cas échéant, en 2015 sur la base des émissions 2013 vérifiées, dans le cas où un écart de plus ou moins 100 tonnes serait constaté entre les émissions estimées et les émissions vérifiées ;
 d) Pour les frais de revue dans le cadre des contrôles d'honorabilité prévus par la réglementation :
 ― des frais de revue de 1 250 euros par titulaire de compte de dépôt d'exploitant, de compte de personne, de compte de négociation, ou de compte de personne dans la partie française du système consolidé des registres européens, ayant fait l'objet d'une telle revue ;
 ― des frais de revue de 2 500 euros par compte de dépôt d'exploitant d'aéronefs ayant fait l'objet d'une telle revue ;
 ― des frais de revue d'un montant de 300 euros par représentants autorisés ou représentants autorisés supplémentaires de compte de dépôt d'exploitant, de compte de personne, de compte de négociation, ou de compte de personne dans la partie française du système consolidé des registres européens ayant fait l'objet d'une telle revue.
 A titre indicatif, le tableau synoptique ci-dessous fait état des frais de tenue de compte pour l'année 2013 :