Lorsque les rejets à l'atmosphère de polluants autorisés dépassent les seuils ci-dessous, l'exploitant doit réaliser dans les conditions prévues à l'article 45 une mesure en permanence du débit du rejet correspondant ainsi que les mesures ci-après. Dans le cas où les émissions diffuses représentent une part notable des flux autorisés, ces émissions sont évaluées périodiquement.
 1° Poussières totales :
 Si le flux horaire dépasse 50 kg/h, la mesure en permanence des émissions de poussières par une méthode gravimétrique est réalisée.
 Lorsque les poussières contiennent au moins un des métaux ou composés de métaux énumérés à l'article 27 de l'arrêté du 2 février 1998, et si le flux horaire des émissions canalisées de poussières dépasse 50 g/h, la mesure en permanence des émissions de poussières est réalisée.
 Si le flux horaire dépasse 5 kg/h, mais est inférieur ou égal à 50 kg/h, une évaluation en permanence de la teneur en poussières des rejets à l'aide, par exemple, d'un opacimètre est réalisée.
 2° Monoxyde de carbone :
 Si le flux horaire dépasse 50 kg/h, la mesure en permanence des émissions de monoxyde de carbone est réalisée.
 3° Oxydes de soufre :
 Si le flux horaire dépasse 150 kg/h, la mesure en permanence des émissions d'oxydes de soufre est réalisée.
 4° Oxydes d'azote :
 Si le flux horaire dépasse 150 kg/h, la mesure en permanence des émissions d'oxydes d'azote est réalisée.
 5° Chlorure d'hydrogène et autres composés inorganiques gazeux du chlore :
 Si le flux horaire dépasse 20 kg/h, la mesure en permanence des émissions de chlorure d'hydrogène est réalisée.
 6° Fluor et composés du fluor :
 Si le flux horaire dépasse 5 kg/h, la mesure en permanence des émissions gazeuses de fluor et composés du fluor est réalisée, ainsi que la mesure en permanence des poussières totales. Une mesure journalière du fluor contenu dans les poussières est faite sur un prélèvement représentatif effectué en continu.
 7° Composés organiques volatils : on entend par « composé organique volatil » (COV), tout composé organique, à l'exclusion du méthane, ayant une pression de vapeur de 0,01 kPa ou plus à une température de 293,15 °K ou ayant une volatilité correspondante dans des conditions d'utilisation particulières.
 La surveillance en permanence des émissions de l'ensemble des COV à l'exclusion du méthane est réalisée si, sur l'ensemble de l'installation, l'une des conditions suivantes est remplie :
 - le flux horaire maximal de COV à l'exclusion du méthane exprimé en carbone total dépasse :
 - 15 kg/h dans le cas général ;
 - 10 kg/h si un équipement d'épuration des gaz chargés en COV est nécessaire pour respecter les valeurs limites d'émission canalisées.
 Cette surveillance en permanence peut être remplacée par le suivi d'un paramètre représentatif, corrélé aux émissions. Cette corrélation devra être confirmée périodiquement par une mesure des émissions.
 Dans les autres cas, des prélèvements instantanés sont réalisés.
 Lorsque l'installation est équipée d'un oxydeur, la conformité aux valeurs limites d'émissions en NOx, méthane et CO prévues à l'article 34 de l'arrêté du 2 février 1998 doit être vérifiée une fois par an, en marche continue et stable.
 8° Ammoniac, chlore, hydrogène sulfuré :
 Si le flux horaire de chlore ou d'hydrogène sulfuré dépasse 1 kg/h, la mesure en permanence des émissions est réalisée.
 Le flux horaire est porté à 10 kg/h pour l'ammoniac.
 9° Composés soufrés réduits :
 Si le flux horaire de la somme des composés soufrés réduits est supérieur à 5 g/h d'une part et si la concentration d'odeur mesurée à l'émission est supérieure à 100 000 UO/m³ d'autre part, la mesure permanente des émissions est réalisée, sauf si les émissions de SO2 sont supérieures à 50 mg/Nm³.
 10° Débit d'odeurs :
 Si la concentration d'odeurs est supérieure à 100 000 UO/m³, une mesure trimestrielle est réalisée avant et après le dispositif de traitement des odeurs. La périodicité est annuelle si une mesure représentative et permanente du débit d'odeurs est réalisée par exemple à l'aide de nez électroniques. Si la concentration d'odeurs est strictement inférieure à 100 000 UO/m³ et supérieure à 5 000 UO/m³, une mesure semestrielle est réalisée. La périodicité est de une fois tous les deux ans si une mesure représentative et permanente du débit d'odeurs est réalisée notamment à l'aide de nez électroniques.