Le service de la prévention des risques sanitaires de la production primaire élabore, veille à la mise en œuvre et évalue les politiques de défense sanitaire, de santé et de protection animales et de protection et de santé des végétaux.
 Le service de la prévention des risques sanitaires de la production primaire comprend :
 ― la sous-direction de la santé et de la protection animales ;
 ― la sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux.
 I. - La sous-direction de la santé et de la protection animales est chargée de la préparation, du suivi, du contrôle et de l'évaluation de la législation et de la réglementation relatives à la santé animale et à la qualification sanitaire des élevages, à l'identification et aux conditions de mouvement des animaux, à la protection animale, à l'amélioration génétique des carnivores domestiques, aux aliments pour animaux, aux sous-produits animaux, à la pharmacie vétérinaire, à la prévention des risques pour la santé publique en production primaire animale et à l'exercice de la profession vétérinaire. Elle élabore les référentiels d'inspection et de contrôle relevant de son domaine de compétence. Elle assure le secrétariat du comité consultatif de la santé et de la protection animales et de la Commission nationale d'identification.
 La sous-direction de la santé et de la protection animales comprend :
 ― le bureau de la santé animale ;
 ― le bureau des intrants et de la santé publique en élevage ;
 ― le bureau de la protection animale ;
 ― le bureau de l'identification et du contrôle du mouvement des animaux.
 II. - La sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux est l'échelon national de l'Organisation française de la protection des végétaux visée dans la Convention internationale pour la protection des végétaux.
 Elle élabore les politiques de défense sanitaire, de protection des végétaux et de mise sur le marché des semences et plants et veille à leur mise en œuvre. Elle est chargée de la réglementation de la mise sur le marché et du contrôle des produits phytopharmaceutiques, des matières fertilisantes et des supports de culture et de leurs expérimentations. Elle organise la surveillance biologique du territoire et, à ce titre, suit l'impact des changements climatiques en matière sanitaire, notamment sur les cultures et les peuplements forestiers. Elle assure la surveillance phytosanitaire des forêts et l'évaluation des risques, l'assistance aux gestionnaires forestiers publics et privés, et l'élaboration de l'information dans le domaine de la santé des forêts. Dans le cadre d'analyses de risque phytosanitaire, elle réglemente les organismes nuisibles aux végétaux et la lutte contre ces organismes nuisibles. Elle organise cette lutte. Elle assure la tutelle des organismes chargés de la mise en œuvre de la réglementation sur la commercialisation et la certification des semences végétales. Elle élabore la politique d'orientation de la sélection végétale et veille à sa mise en œuvre. Elle coordonne le soutien et la promotion de l'utilisation durable des produits phytopharmaceutiques. Elle assure la préparation et le suivi de la réglementation relative à la dissémination des organismes génétiquement modifiés, ainsi que son contrôle.
 Elle anime les comités mis en place à cette fin, notamment les commissions chargées de la biovigilance, des produits phytopharmaceutiques, des matières fertilisantes et des supports de culture. Elle participe aux travaux menés aux plans communautaire et international dans son domaine de compétence. A ce titre, elle assure les relations avec l'Organisation européenne et méditerranéenne pour la protection des plantes (OEPP) et la commission des mesures phytosanitaires de la convention internationale pour la protection des végétaux. Elle élabore les référentiels d'inspection et de contrôle relevant de son domaine de compétence.
 Elle participe également aux travaux menés au plan communautaire et international dans le domaine de l'obtention végétale.
 Le Laboratoire national de la protection des végétaux (LNPV), placé auprès du sous-directeur de la qualité et de la protection des végétaux, apporte son appui à la sous-direction pour l'évaluation indépendante des risques phytosanitaires. La sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux coordonne les demandes d'avis et de travaux confiées au LNPV et leur affecte une priorité.
 La sous-direction de la qualité et de la protection des végétaux comprend :
 ― le département de la santé des forêts ;
 ― le bureau des semences et de la santé des végétaux ;
 ― le bureau de la réglementation et de la mise sur le marché des intrants ;
 ― le bureau de la biovigilance, des biotechnologies et de la qualité des végétaux.