Les directives 76/895/CEE, 86/362/CEE, 86/363/CEE et 90/642/CEE fixent un certain nombre de limites maximales de résidus de pesticides harmonisées dans les denrées alimentaires d'origine végétale et animale. Ces directives communautaires sont transposées en trois arrêtés nationaux : l'arrêté du 5 août 1992 (LMR dans les fruits et légumes), l'arrêté du 10 février 1989 (LMR dans les céréales) et l'arrêté du 5 décembre 1994 (LMR dans les denrées alimentaires d'origine animale). Ces arrêtés fixent parallèlement un certain nombre de LMR nationales de pesticides non encore harmonisées au niveau communautaire.
 Ce règlement sera directement applicable dans tous les Etats membres et la date du 1er septembre 2008 marquera l'abrogation des directives 76/895/CEE, 86/362/CEE, 86/363/CEE et 90/642/CEE et de toutes les LMR nationales relevant du champ d'application du règlement (CE) n° 396/2005. Cette entrée en application entraînera de fait la suppression des barrières commerciales au sein de l'Union européenne liées à la non-harmonisation de certaines limites maximales de résidus (LMR) de pesticides entre les différents Etats membres.
Une poursuite du travail d'harmonisation globale
des LMR au niveau communautaire
 Le règlement n° 396/2005/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 février 2005 concernant les limites maximales applicables aux résidus de pesticides présents dans ou sur les denrées alimentaires et les aliments pour animaux d'origine végétale et animale qui entrera en application le 1er septembre 2008 poursuit cette démarche d'harmonisation globale des LMR au niveau communautaire.
 Le règlement n° 396/2005/CE reprend non seulement dans son annexe II la liste des LMR déjà harmonisées au niveau communautaire figurant dans les directives communautaires 86/362/CEE, 86/363/CEE et 90/642/CEE mais fixe aussi dans son annexe III une liste de LMR provisoires applicables aux substances actives dont l'inscription ou la non-inscription sur la liste positive des substances actives autorisées au niveau communautaire n'a pas encore été décidée et pour lesquelles des LMR nationales sont actuellement en vigueur.
 Un nombre accru de denrées alimentaires est désormais concerné par la fixation de LMR communautaires : 380 denrées sont ainsi prises en compte dans l'annexe I du règlement n° 396/2005/CE (publiée dans le règlement n° 178/2006/CE du 1er février 2006) dont 230 proviennent des actuelles directives communautaires.
 Les 150 nouvelles entrées concernent pour l'essentiel les denrées alimentaires occupant une place importante dans les régimes de consommation alimentaire tels les poissons et crustacés mais également un certain nombre de cultures plus mineures comme le cacao, le café et un certain nombre de plantes sucrières et plantes aromatiques... Il est également prévu que des LMR soient très prochainement fixées dans les produits de la mer et d'eau douce ainsi que dans le miel. Des LMR seront également prochainement fixées pour les aliments destinés exclusivement à l'alimentation des animaux dans un souci d'une approche globale de la gestion du risque tout le long de la chaîne alimentaire.
 L'évaluation des LMR communautaires se fera selon une procédure commune dans l'ensemble des Etats membres et impliquant l'Autorité européenne de sécurité alimentaire. Les demandes de tolérance à l'importation et les demandes de LMR au niveau communautaire seront évaluées selon les mêmes critères.
Schéma général des LMR de pesticides
applicables aux denrées alimentaires et aliments pour animaux
Champ d'application
 Le règlement (CE) s'applique aux produits d'origine végétale ou animale ou aux parties de ceux-ci couverts par l'annexe I et destinés à être utilisés comme denrées alimentaires ou aliments pour animaux frais, transformés et/ou composites, et dans ou sur lesquels peuvent se trouver des résidus de pesticides.
 Le présent règlement ne s'applique pas aux produits couverts par l'annexe I lorsqu'il est dûment prouvé qu'ils sont destinés à la fabrication de produits autres que les denrées alimentaires et les aliments pour animaux, au semis ou à la plantation, ou à des activités autorisées par la législation nationale pour des essais concernant les substances actives.
 Les limites maximales applicables aux résidus de pesticides établies conformément au présent règlement ne s'appliquent pas aux produits couverts par l'annexe I destinés à l'exportation vers des pays tiers et traités avant l'exportation lorsqu'il a été prouvé d'une manière satisfaisante que le pays tiers de destination exige ou accepte ce traitement particulier afin de prévenir l'introduction d'organismes nuisibles sur son territoire.
 Le règlement fixe donc des valeurs de LMR pour un certain nombre de couples « résidu de pesticide/produit listé en annexe I » :
 ― l'annexe I est publiée dans le règlement (CE) n° 178/2006 de la Commission du 1er février 2006 ;
 ― les résidus de pesticide sont définis comme étant les reliquats, y compris les substances actives, les métabolites et/ou produits de dégradation ou de la réaction des substances actives utilisées actuellement ou par le passé dans les produits phytopharmaceutiques tels que définis dans la directive n° 91/414/CEE, qui sont présents dans ou sur les produits visés en annexe I, y compris notamment les résidus de pesticides dont la présence est due à une utilisation des substances actives à des fins phytosanitaires vétérinaires ou en tant que biocide.
Sont hors champ du règlement (CE) n° 396/2005 :
― tout résidu de substance active qui n'est pas un produit phytopharmaceutique au sens de la directive 91/414/CEE (par exemple les synergistes) ;
― tout résidu de substance active qui est un produit phytopharmaceutique au sens de la directive 91/414/CEE mais qui est présent dans un produit non listé en annexe I ou bien dans un produit qui n'est pas un produit transformé et/ou composite d'un produit listé en annexe I.
LMR applicables aux produits mis sur le marché en tant que denrée alimentaire
ou aliment pour animaux listés à l'annexe I
 Afin de pouvoir déterminer la valeur de la LMR applicable à un couple substance active/produit listé en annexe I et mis sur le marché, il convient avant toute chose de pouvoir déterminer si ce couple entre le champ ou non du règlement (CE) n° 396/2005.
 Si ce n'est pas le cas, il conviendra de prendre en considération une éventuelle LMR nationale ou une LMR établie par le Codex alimentarius.
 Si c'est le cas, il convient de vérifier si la valeur de la LMR est définie dans les annexes II ou III du règlement (CE) n° 396/2005. Si ce n'est pas le cas, une valeur de 0,01 mg/kg s'applique à moins que :
 ― cette substance soit listée à l'annexe IV (liste des substances actives ne nécessitant pas la fixation de LMR) ; 
 ― une valeur par défaut différente de 0,01 mg/kg soit fixée en annexe V (annexe non publiée).
 L'annexe VII fixe également la liste d'un certain nombre de combinaisons substance active/produit pour lesquelles un dépassement des LMR figurant dans les annexes II et III peut être autorisé suite à un traitement par fumigation postérieur à la récolte. Les produits ne pourront toutefois pas être mis à la disposition de l'utilisateur final ou du consommateur tant que les niveaux de résidus seront supérieurs aux valeurs de LMR figurant aux annexes II ou III.
LMR applicables aux produits transformés
et/ou composites de produits listés en annexe I
 Quand aucune LMR spécifique n'est fixée en annexes II ou III, la LMR applicable est celle fixée pour le produit brut correspondant listé en annexe I, selon le schéma décrit précédemment, compte tenu des variations du niveau des résidus de pesticides imputables au processus de transformation et/ou de mélange.
 Des facteurs de concentration ou de dilution spécifiques applicables à certaines opérations de transformation et/ou de mélange ou à certains produits transformés et/ou composites pourront être fixés en annexe VI (annexe non publiée).
Valeurs de LMR de pesticides applicables
aux denrées alimentaires et aliments pour animaux
Annexes II, III et IV
 En raison de la période de transition entre l'ancienne et la nouvelle législation relative à la fixation de LMR de pesticides, un certain nombre de dispositions réglementaires visant à établir les annexes II, III et IV ont été adoptées successivement :
 ― règlement (CE) n° 149/2008 de la Commission du 29 janvier 2008 : publication du premier établissement des annexes II, III et IV ;
 ― ces annexes sont déjà amendées par un règlement qui sera publié le 30 août 2008 et qui entrera en vigueur le 1er septembre 2008.
 Un projet de règlement amendant le règlement (CE) n° 396/2005 sera publié vers janvier 2009 (date prévue par la Commission) établissant de nouvelles valeurs de LMR dans les annexes II et III.
 La nouvelle procédure de fixation de LMR entrera en vigueur le 1er septembre 2008. Toute demande d'AMM nécessitant la fixation d'une nouvelle LMR communautaire, la révision d'une LMR communautaire ou bien l'inscription de la substance active à l'annexe IV devra faire parallèlement l'objet à partir de cette date d'une demande de LMR par le demandeur d'AMM.
 Si la LMR est au final évaluée comme étant sûre pour le consommateur, 49 semaines au minimum seront nécessaires entre la date de dépôt de la demande de LMR et la publication d'un règlement communautaire établissant cette LMR.
 Dans un souci de transparence et de communication auprès du grand public, la Commission a développé une base de données sur les valeurs de LMR applicables aux résidus de pesticides et qui sera régulièrement mise à jour. Cette base sera accessible sur le site internet grand public de la DGSANCO ; l'adresse sera communiquée aux Etats membres le 1er septembre et fera l'objet d'un message réglementaire.
Annexes VII Règlement (CE) n° 260/2008 de la Commission du 18 mars 2008 : publication du premier établissement de l'annexe VII.
Consultation des valeurs de LMR de pesticides
applicables au 1er septembre 2008
 A compter du 1er septembre 2008, les LMR figurant dans la base de données E6Phy ne seront plus applicables, à l'exception de celles ne relevant pas du champ d'application du règlement (CE) n° 396/2005. Il conviendra dès lors de se rapporter à la base de données LMR mise en place par la Commission européenne et consultable sur son site internet pour connaître les valeurs de LMR applicables. L'adresse internet de cette base de données sera communiquée ultérieurement.