I. ― En application des dispositions de l'article 3 du présent arrêté, une indemnisation est attribuée par l'Etat : 
― pour l'élimination de volailles reproductrices infectées par Salmonella Enteritidis, Salmonella Hadar, Salmonella Infantis, Salmonella Typhimurium ou Salmonella Virchow, et la destruction ou le traitement thermique des œufs à couver produits par ces volailles, conformément aux conditions définies par instructions ministérielles ; 
― pour l'élimination de volailles de rente infectées par Salmonella Enteritidis ou Salmonella Typhimurium. 
Cette indemnisation est octroyée sous réserve que la date de la signature par le préfet de la convention d'adhésion du troupeau à la charte sanitaire soit antérieure à la date du prélèvement qui a révélé la suspicion du troupeau, et que les animaux aient été abattus dans un délai d'un mois suivant la date de l'arrêté préfectoral portant déclaration d'infection du troupeau. 
II. ― Le montant de l'indemnisation attribuée au propriétaire contractant pour l'élimination de volailles infectées, conformément aux dispositions des chapitres III et IV de l'arrêté du 26 février 2008 susvisé, est fixé au maximum comme suit : 
― par animal reproducteur de l'étage sélection : annexe B, tableau I ; 
― par animal futur reproducteur de l'étage multiplication : annexe B, tableau II ; 
― par femelle reproductrice de l'étage multiplication : annexe B, tableau III ; 
― par poulette future pondeuse : annexe B, tableau IV ; 
― par poule pondeuse : annexe B, tableaux V, VI, VII, VIII. 
Le montant de l'indemnité est déterminé en fonction de l'âge et du nombre des animaux vivants à la date de l'élimination. Les barèmes d'indemnisation sont révisés tous les deux ans, ou plus rapidement si l'indice mensuel coût matière première de l'aliment pondeuse varie de plus de 20 % en plus ou en moins par rapport à l'indice utilisé lors de l'élaboration des barèmes en cours.
L'indemnité d'élimination est versée en deux tranches, la première de 40 % après l'élimination du troupeau, la seconde de 60 % après le résultat satisfaisant de nettoyage désinfection réalisé avant la mise en place d'un nouveau troupeau. 
Le montant de l'indemnité forfaitaire allouée au contractant pour la destruction ou le traitement thermique des œufs à couver produits par des volailles de reproduction infectées par Salmonella Enteritidis, Salmonella Hadar, Salmonella Infantis, Salmonella Typhimurium ou Salmonella Virchow, conformément aux dispositions du chapitre III de l'arrêté du 26 février 2008 susvisé, et sous réserve que les animaux aient été abattus dans un délai d'un mois suivant la date de l'arrêté préfectoral portant déclaration d'infection du troupeau, est fixé à 1, 52 EUR par poule reproductrice en ponte. 
Par dérogation, le directeur départemental des services vétérinaires peut accorder expressément un délai supplémentaire pour l'abattage hygiénique des troupeaux de pondeuses d'œufs de consommation sans préjudice de l'attribution des indemnités prévues, après réception d'une demande écrite visée par le vétérinaire sanitaire, le détenteur des volailles et le propriétaire du troupeau, enregistrée au plus tard vingt et un jours après l'arrêté préfectoral portant déclaration d'infection. 
La demande doit être motivée par des circonstances exceptionnelles : 
― absence de disponibilité des abattoirs, les éléments justificatifs des difficultés rencontrées devant être joints à la demande ; 
― ou, sur les sites en âges multiples, la demande est argumentée par un programme d'assainissement rationnel sur la totalité du site nécessitant d'attendre la réforme de l'ensemble des troupeaux pour sa mise en œuvre. 
La dérogation est accordée sous réserve du respect des conditions suivantes : 
― l'exploitation ne doit ni être située dans une zone à forte densité avicole, ni héberger un troupeau de poulettes, ni un troupeau de reproducteurs de volailles ; 
― il est possible de gérer sur le site les œufs des troupeaux sains sans risque de contaminer leurs coquilles ; ou, si ce n'est pas le cas, tous les œufs du site de production sont dirigés sous laissez-passer délivré par le directeur départemental des services vétérinaires vers une unité de traitement thermique ; 
― les troupeaux non contaminés du site font l'objet d'un suivi bactériologique mensuel sur les prélèvements identiques à ceux prévus par le programme de lutte jusqu'à leur élimination ; 
― les opérations de dépeuplement et de préparation du chantier de nettoyage doivent être conduites de manière à ne pas contaminer les troupeaux voisins éventuellement encore en production ; 
― les opérations de nettoyage et désinfection doivent être conduites sur site totalement dépeuplé ; 
― la mise en place d'un nouveau troupeau sur le site, avant l'élimination du ou des troupeaux contaminés et les résultats favorables des opérations de nettoyage et désinfection, est interdite. Le non-respect de cette disposition entraîne la suppression de la charte sanitaire pour le nouveau troupeau.
L'absence d'accord écrit vaut refus implicite de dérogation. 
Si la dérogation est accordée : 
― l'indemnité de nettoyage et désinfection est accordée pour la totalité des oiseaux du site éliminés, même si la contamination n'a pas été détectée dans tous les bâtiments d'élevage ; 
― un abattement de 20 % du montant de l'indemnité forfaitaire est appliqué pour l'élimination des autres troupeaux de l'exploitation si ceux-ci sont détectés contaminés après le délai d'un mois suivant la date de l'arrêté préfectoral portant déclaration d'infection initial. 
Si l'élimination n'est pas réalisée dans le délai de trente jours, malgré le refus de dérogation de la part du directeur départemental des services vétérinaires, ou si les conditions de la dérogation ne sont pas respectées, la convention est résiliée pour l'ensemble des troupeaux du site et les indemnités d'élimination ne sont pas versées.