Outre le collège, la Haute Autorité comprend les commissions mentionnées aux articles L. 5123-3 du code de la santé publique (Commission de la transparence) et L. 165-1 du code de la sécurité sociale (Commission d'évaluation des produits et prestations) ainsi que toute commission dont le collège décide la création (art.R. 161-77 du CSS). 
Le collège nomme le président, les vice-présidents et les membres dela Commission de la transparence (CT) et de la Commission d'évaluation des produits et prestations (CEPP) dans le respect des textes réglementaires les régissant. 
Il fixe la liste, arrête la composition, nomme le président, et, le cas échéant, le ou les vice-présidents, et détermine les règles générales de fonctionnement des autres commissions spécialisées qu'il crée. 
Article II-1 
Liste et missions des commissions spécialisées 
II-1. 1. Outre les deux commissions mentionnées aux articles L. 5123-3 du code de la santé publique et L. 165-1 du code de la sécurité sociale (CT et CEPP), sont créées les commissions suivantes : 
Commission Evaluation des actes professionnels ; 
Commission Affections de longue durée et qualité du parcours de soins ; 
Commission Evaluation économique et santé publique ; 
Commission Qualité et diffusion de l'information médicale ; 
Commission Certification des établissements de santé. 
II-1. 2. Missions des commissions spécialisées. 
1. La Commission de la transparence (CT) est une commission d'évaluation du médicament qui a pour mission : 
― de donner un avis sur les demandes d'inscription et de renouvellement de l'inscription des médicaments ainsi que sur la modification des conditions d'inscription (art.R. 161-71 [1°, c] du CSS) ; 
― de proposer l'inscription des médicaments sur la liste mentionnée à l'article L. 5123-2 du code de la santé publique (art.R. 161-71 [2°] du CSS). 
2. La Commission d'évaluation des produits et prestations (CEPP) a pour mission : 
― de donner un avis sur les demandes d'inscription des dispositifs médicaux à usage individuel, des tissus et cellules issus du corps humain, quel qu'en soit le degré de transformation et de leurs dérivés, des produits de santé autres que les médicaments et des prestations associées (art.R. 161-71 [1°, b] du CSS), ainsi que sur la modification des conditions d'inscription sur la liste des produits et prestations remboursables ; 
― de préparer les délibérations du collège en donnant, à la demande de celui-ci, tout avis sur toute question touchant la prise en charge, les conditions de prescription et d'utilisation et les spécifications techniques relatives aux produits ou prestations prévus à l'articles L. 165-1 du CSS (art.R. 165-21 du CSS). 
3. La commission Evaluation des actes professionnels a pour mission de préparer les délibérations du collège sur : 
― les conditions d'inscription d'un acte ou d'une prestation et leur inscription sur la liste mentionnée à l'article L. 162-1-7 du CSS ainsi que sur leur radiation de cette liste (art.R. 161-71 [1°, a] du CSS) ; 
― la liste des actes, procédés, techniques et méthodes à visée diagnostique ou thérapeutique et sur la prescription d'actes médicaux pouvant présenter un risque sérieux (art.R. 161-71 [1°, d] du CSS). 
4. La commission Affections de longue durée et qualité du parcours de soins a pour mission de : 
― préparer les délibérations du collège : 
― sur les projets de décret fixant la liste des ALD (art.R. 161-71 [1°, e] du code de la sécurité sociale), ainsi que sur ceux réservant la limitation ou la suppression de la participation aux prestations exécutées dans le cadre d'un réseau de santé ou d'un dispositif coordonné de soins (art.R. 161-71 [1°, f] du code de la sécurité sociale) ; 
― sur les projets de recommandations : 
― relatives aux actes et prestations nécessités par le traitement des ALD pour lesquels la participation de l'assuré peut être limitée ou supprimée (art.R. 161-71 [3°, b] du code de la sécurité sociale) ; 
― relatives aux critères médicaux utilisés pour la définition des ALD (art.R. 161-71 [3°, c] du code de la sécurité sociale) ; 
― émettre un avis sur : 
― les outils d'information destinés aux médecins et aux patients ; 
― les recommandations traitant de l'éducation thérapeutique du patient ; 
― l'observation, l'évaluation et la mesure d'impact des méthodes, outils et procédures engagés pour améliorer la qualité et la sécurité du parcours de soins des patients atteints de maladies chroniques. 
La commission veille en particulier à l'adaptation des listes d'actes et prestations et des outils destinés à l'information des médecins et des patients, de manière à contribuer, en lien avec les initiatives d'autres partenaires, à la mise en place effective d'un « parcours de soins de qualité » ; 
― contribuer à la mise en œuvre de l'article L. 162-17-2-1 du code de la sécurité sociale, lequel introduit la possibilité d'une prise en charge ou d'un remboursement de toute prestation prescrite en dehors du périmètre des biens et services remboursables pour le traitement d'une affection de longue durée ou d'une maladie rare. Elle formule un avis sur les produits et prestations non listés et est tenue informée des avis émis par la Commission de transparence (CT) quand il s'agit d'un médicament et la Commission de l'évaluation des produits et prestations (CEPP) quand il s'agit d'un produit de santé. 
5. La commission Evaluation économique et santé publique a pour mission de préparer les délibérations du collège relatives à la validation et à la diffusion : 
― des recommandations et avis médico-économiques sur les stratégies de soins, de prescription ou de prise en charge les plus efficientes mentionnés à l'article L. 161-37 du CSS ; 
― des avis mentionnés à l'article L. 161-40 du CSS sur la liste des consultations médicales périodiques de prévention et des examens de dépistage mis en œuvre dans le cadre des programmes de santé visés à l'article L. 1411-6 du CSP ; 
― des travaux d'évaluation de la qualité de la prise en charge sanitaire de la population, mentionnés à l'article L. 161-40 du CSS, concernant la qualité et l'efficacité des actions ou programmes de prévention, notamment d'éducation pour la santé, de diagnostic ou de soins ; 
― de travaux méthodologiques utiles à la réalisation des missions de la HAS dans son domaine de compétence. 
6. La commission Qualité et diffusion de l'information médicale a pour mission : 
― de formuler des propositions en matière de qualité de l'information des professionnels de santé et du public dans les domaines du bon usage des soins et des recommandations de bonne pratique (art.L. 161-37-2 du code de la sécurité sociale), notamment concernant le médicament, à la suite de demandes du collège. 
― de préparer les délibérations du collège relatives : 
― à une procédure visant au respect de la charte de la visite médicale (art.R. 161-73 [1°, b] du code de la sécurité sociale), et à son évolution ; 
― aux règles de bonne pratique devant être respectées par les sites informatiques dédiés à la santé (art.R. 161-75 du code de la sécurité sociale), et à leur évolution ; 
― aux règles de bonne pratique devant être respectées par les logiciels d'aide à la prescription médicale (art.R. 161-75 du code de la sécurité sociale), et à leur évolution. Sur ce sujet, la préparation des délibérations est notamment issue d'une veille sur les outils informatisés destinés à améliorer la pratique des professionnels (comme ceux subventionnés par la HAS au titre de l'ex-Fonds de promotion de l'information médicale), et d'une réflexion sur les modes d'intervention publique possibles. 
7. La commission Certification des établissements de santé a pour mission de préparer les délibérations du collège concernant : 
― la procédure de certification des établissements de santé ; 
― les orientations, les outils, les modalités et le suivi de la procédure de certification des établissements de santé, publics et privés (art.R. 161-74 du CSS) ; 
― les décisions relatives au niveau de certification des établissements de santé ; 
― une définition des indicateurs hospitaliers de qualité et de sécurité des soins. 
Outre les missions définies ci-dessus, chacune des commissions spécialisées peut se voir confier par le collège des travaux, études ou consultations que celui-ci juge utile à la préparation de ses délibérations. 
Article II-2 
Rôle du collège et des commissions 
Lorsque la Haute Autorité est saisie d'une demande d'avis relevant de la CT ou de la CEPP, le président du collège peut décider, dans le mois suivant la réception de la demande, de confier au collège l'examen de cette demande.L'auteur de la demande est informé sans délai de cette décision. 
Il est rendu compte, au moins une fois par trimestre, de l'activité de la CT et de la CEPP. 
Les autres commissions spécialisées soumettent leurs propositions au collège, lequel prend la décision, avis ou recommandation au nom de la Haute Autorité de santé. 
Article II-3 
Composition des commissions 
Chaque commission comprend, outre son président, au moins cinq membres permanents et, le cas échéant, des suppléants, désignés par le collège. 
Les membres sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable une fois. 
En cas de vacance du siège d'un membre d'une commission, pour quelque cause que ce soit, ou pour une absence répétée, il est procédé à une nouvelle nomination, selon les mêmes modalités, pour la durée du mandat restant à courir. 
Le président peut faire appel à toute personne compétente dont la contribution est jugée utile, et notamment à des collaborateurs externes à la HAS, pour des missions ponctuelles. 
Des représentants des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale peuvent assister aux séances des commissions spécialisées (art.R. 161-77 [2°] du CSS). 
Tout membre du collège peut assister aux réunions des différentes commissions. 
Article II-4 
Fonctionnement des commissions 
En cas d'absence ou d'empêchement du président de la commission, celui-ci confie le soin de présider la séance à un vice-président, s'il y en a un de nommé, ou à un autre membre de la commission. 
Le collège définit le règlement intérieur de chacune des commissions spécialisées qui fait l'objet d'une publication au Bulletin officiel du ministère de la santé. 
Le règlement intérieur doit notamment préciser : 
― les règles relatives à l'ordre du jour et à la convocation de la commission ; 
― les règles relatives à l'organisation des séances ; 
― les conditions de quorum et de majorité pour l'adoption des avis, propositions ou recommandations ; 
― les modalités de compte rendu des travaux. 
La charte de déontologie de la Haute Autorité de santé est annexée au règlement intérieur des commissions spécialisées. 
Chaque président détermine l'ordre des travaux de sa commission et établit le calendrier des réunions.