La sous-direction de l'innovation, de la compétitivité et du développement des PME comprend :
 1° Le bureau des politiques d'innovation et de technologie :
 En coordination avec les administrations et organismes concernés, il propose et met en œuvre toutes mesures visant à favoriser la recherche et l'innovation des entreprises, les transferts et la valorisation de la recherche publique en faveur des entreprises ainsi que des démarches collectives d'innovation.
 Il exerce la tutelle d'OSEO, en liaison avec la direction générale du Trésor et de la politique économique et le ministère chargé de la recherche, et prépare, pour le compte de la direction générale, les conseils d'administration de l'Agence nationale de la recherche. Il propose et met en œuvre des mesures fiscales ou financières d'appui à l'innovation des entreprises et à la diffusion de l'innovation.
 Il coordonne la prospective sur l'évolution des technologies-clés et des formes de management en entreprise et appuie les expérimentations en vue de leur diffusion dans les entreprises. Il veille à la diffusion des technologies dans les entreprises. Il assure le pilotage du réseau des pôles d'innovation pour l'artisanat et les petites entreprises, en liaison avec l'Institut supérieur des métiers.
 Il participe à l'élaboration de la politique nationale de recherche et veille à l'articulation des réseaux de la recherche publique avec les besoins de l'économie et des entreprises.
 2° Le bureau de la politique des pôles de compétitivité :
 Pour le compte du ministère, il propose et met en œuvre les orientations de la politique de soutien au développement des pôles de compétitivité.
 En liaison avec la délégation interministérielle à l'aménagement et à la compétitivité des territoires, il assure le pilotage interministériel de cette politique, qu'il anime et met en œuvre.
 3° Le bureau de la compétitivité et du développement des entreprises :
 Il assure l'animation, la coordination et la synthèse des propositions pour la compétitivité et la croissance des entreprises ainsi que pour la compétitivité et l'attractivité du territoire.
 Il propose et met en œuvre toutes mesures tendant à développer l'esprit d'entreprise et à accompagner la création et la transmission d'entreprise. Il participe à l'élaboration et à la mise en œuvre de la politique de l'Etat en matière de financement et de soutien budgétaire ou fiscal aux petites et moyennes entreprises. Il propose des mesures visant à favoriser leur croissance. Il participe à la conception de dispositifs incitant les petites et moyennes entreprises à entreprendre des démarches de développement durable.
 Il analyse l'impact des politiques d'emploi, d'immigration et d'enseignement supérieur sur la compétitivité des entreprises dans les secteurs relevant de la compétence de la direction générale et participe à l'élaboration de nouvelles mesures.
 4° Le bureau des restructurations d'entreprises :
 Il assure la synthèse de l'action de la direction générale relative aux restructurations d'entreprises et participe à l'analyse et au traitement sectoriel des dossiers, en liaison avec les sous-directions concernées. Il assure la veille sur les évolutions sociales dans l'industrie et les services.
 Il participe à la mise en œuvre des dispositifs de traitement et d'accompagnement des restructurations et propose les mesures nécessaires à leur évolution, en liaison avec les ministères concernés. Il contribue aux analyses transversales sur les problématiques de désindustrialisation et de délocalisation.