La section 4 du chapitre Ier du titre IV du livre III du code rural (partie réglementaire) est ainsi modifiée : 
1° L'article D. 341-14-1 est ainsi modifié : 
a) Le II est remplacé par les dispositions suivantes : 
« II. ― Les cas de non-conformité aux obligations définies au 3° de l'article D. 341-10 sont classés, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, en deux sous-ensembles relatifs aux pratiques de fertilisation et d'utilisation des produits phytopharmaceutiques qui sont respectivement rattachés au domaine " environnement ” et au domaine de contrôle " santé-productions végétales ” définis au II de l'article D. 615-57.
L'arrêté mentionné au premier alinéa affecte aux cas de non-conformité une valeur en pourcentage qui prend en compte leur gravité, leur étendue et leur persistance. 
Les cas de non-conformité mineurs, tels que définis au deuxième alinéa du V de l'article D. 615-57, sont déterminés dans ce même arrêté et leur délai de remise en conformité précisé. » 
b) Après le II, il est inséré un III ainsi rédigé : 
« III. ― Lorsque, dans le cadre du contrôle du respect des obligations mentionnées aux I et II, des cas de non-conformité sont constatés, le taux de réduction applicable est déterminé selon les modalités suivantes : 
1° Si, pour un sous-ensemble donné, plusieurs cas de non-conformité sont constatés, le pourcentage de réduction applicable correspond à celui des pourcentages affectés à ces cas dont la valeur est la plus élevée. 
Toutefois pour un même sous-ensemble, lorsque tous les cas de non-conformité affectés du pourcentage le plus élevé et pertinents pour l'exploitation sont constatés, le pourcentage de réduction applicable à ce sous-ensemble est fixé à 5 % ; 
2° En cas de contrôle d'un seul sous-ensemble, le taux de réduction applicable correspond au pourcentage de réduction déterminé dans les conditions définies au 1° ; 
3° En cas de contrôle des deux sous-ensembles, le taux de réduction applicable correspond au plus élevé des pourcentages de réduction déterminé pour chacun d'eux, dans les conditions définies au 1°. 
Le préfet applique le taux de réduction au montant des paiements annuels mentionnés à l'article D. 341-21, selon les modalités définies au deuxième et au troisième alinéa de l'article D. 615-59 et à l'article D. 615-61. » 
2° L'article D. 341-21 est ainsi modifié : 
a) Au premier alinéa, après les mots : « à l'article D. 615-45 » sont insérés les mots : « ainsi qu'au respect des exigences complémentaires relatives aux pratiques de fertilisation et d'utilisation des produits phytopharmaceutiques fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, sur l'ensemble de son exploitation » ; 
b) Le second alinéa est remplacé par les dispositions suivantes : 
« Le respect des exigences en matière de gestion ainsi que des bonnes conditions agricoles et environnementales est contrôlé dans les conditions prévues aux articles D. 615-52 à D. 615-56 et les paiements peuvent être réduits dans les conditions prévues aux articles D. 615-57 à D. 615-61. 
Ces dispositions sont également applicables, sous réserve des adaptations nécessaires, au contrôle du respect des exigences complémentaires relatives aux pratiques de fertilisation et d'utilisation des produits phytopharmaceutiques. Les autorités mentionnées au I de l'article D. 615-52 sont désignées comme organismes spécialisés en matière de contrôle pour la vérification du respect des exigences complémentaires relatives aux pratiques de fertilisation. Les autorités mentionnées au III de l'article D. 615-52 sont désignées comme organismes spécialisés en matière de contrôle pour la vérification du respect des exigences complémentaires relatives aux pratiques d'utilisation des produits phytopharmaceutiques. »