I. ― Présentation du contexte
 Par une demande enregistrée le 24 juillet 2013, la société Euro Cargo Rail (ci-après dénommée « ECR ») a saisi l'ARAF d'une demande de règlement de différend relative aux conditions d'allocation des voies de service et à la tarification de leur usage.
 Postérieurement à la saisine, ECR a transmis le 9 octobre 2013 une fiche d'expression des besoins (pièce ECR n° 79) relative à l'attribution, à des fins de stationnement de wagons en provenance de Gevrey [...] (1), de trois voies de service à Is-sur-Tille.
 Le 30 octobre 2013, RFF a transmis à ECR un projet de convention d'utilisation temporaire pour l'utilisation de ces voies. RFF considère que le stationnement de wagons envisagé par ECR sur les voies en cause relève de la notion « d'usage spécifique » au sens du point 5.6.2 du DRR 2013 modifié (pièce ECR n° 79) et propose l'application d'un tarif journalier de [...] (2).
  Dans son mémoire en duplique enregistré le 15 novembre 2013, ECR a donc introduit une demande supplémentaire relative à ce différend.
 Il est demandé à l'Autorité d'enjoindre à RFF, dans un délai de dix jours à compter de la notification à RFF de la décision à venir, d'appliquer aux voies de service allouées à ECR à Is-sur-Tille la redevance liée à l'usage des voies de service « simples » de 8,38 €/km voies/jour maximum (réévaluée, le cas échéant, en fonction de l'inflation ferroviaire), et, le cas échéant, de procéder aux régulations qui s'imposent.
 Lors de l'audience du 26 novembre 2013, l'Autorité a jugé nécessaire de disposer d'informations complémentaires pour rendre sa décision. A cet effet, et en application de l'article 18-1 du règlement intérieur, les parties ont été invitées à présenter des notes en délibéré, lesquelles ont ensuite fait l'objet d'un débat contradictoire.
II. ― Analyse de la demande
Sur la recevabilité de la demande
 La demande d'ECR ayant été introduite dans le cadre du règlement de différend relatif aux conditions d'allocation des voies de service et à la tarification de leur usage, l'Autorité renvoie, sur ce point, aux développements de sa décision n° 2013-028 du 3 décembre 2013.
 L'Autorité est compétente pour connaître de la demande d'ECR.
Sur le fond
   1. Le débat :
 La demande initiale :
 Au soutien de sa demande, ECR indique que :
 ― la proposition tarifaire faite par RFF s'agissant de l'allocation de trois voies de service à des fins de stationnement sur le site d'Is-sur-Tille s'appuie sur un tarif journalier de [...] (3), contre 17,03 €/km voie/jour selon le DRR 2014 modifié ;
 ― ce tarif est fondé sur l'application de l'article 5.6.2 du DRR qui permet à RFF d'établir au cas par cas le prix de la mise à disposition de voies de service pour un usage spécifique ;
 ― la notion « d'usage spécifique » n'est pas définie dans le DRR et RFF n'a fourni aucune justification du niveau tarifaire ainsi retenu.
 En défense, RFF indique que :
 ― la mise à disposition de voies demandée par ECR s'inscrit non pas dans le cadre de l'utilisation normale du réseau ferré national, mais relève d'une utilisation privative du domaine public, échappant totalement aux règles de tarification applicables en matière d'allocation de capacités d'infrastructure ;
 ― en effet, l'article L. 2121-1 du code général de la propriété des personnes publiques distingue entre l'utilisation « conforme » du domaine public (l'utilisation des biens conformément à leur affectation) et l'utilisation privative, qui doit être compatible avec l'affectation du domaine public ;
 ― or, si les voies de service peuvent évidemment être utilisées pour du stationnement de courte durée nécessité par l'activité des entreprises ferroviaires (par exemple lors des opérations de triage), il n'en reste pas moins que ces infrastructures n'ont pas pour vocation à être privatisées en vue du stationnement de longue durée de wagons ;
 ― dès lors, rien n'interdit à RFF de soumettre une EF à un régime d'occupation de droit commun dès lors que cette entreprise ferroviaire souhaite utiliser le domaine public ferroviaire à d'autres fins que ce à quoi il est affecté. Dans cette hypothèse, les règles relatives à l'utilisation du réseau ferré national n'ont pas vocation à s'appliquer, notamment dans leurs aspects tarifaires.
 Les notes en délibéré :
 Dans sa première note en délibéré en date du 29 novembre 2013, RFF indique que le client d'ECR [...] (4) a décidé de se substituer à cette entreprise ferroviaire pour obtenir l'autorisation d'utiliser, de manière privative, les voies de service sur le site d'Is-sur-Tille. Les négociations de la convention étant effectuées par [...] (5), la demande formulée par ECR devant l'ARAF serait devenue sans objet, aucun différend n'existant entre ECR et RFF.
 Dans sa note en délibéré en date du 9 décembre 2013, ECR a demandé à l'Autorité de prendre acte que sa demande est devenue sans objet. L'entreprise ferroviaire a toutefois fait valoir que l'analyse de RFF relative à l'usage spécifique des voies de service :
 ― est tout d'abord contestable sur le fond, car le stationnement de wagons sur une voie de service, quelle qu'en soit la durée, correspond bien à l'affectation du domaine public ferroviaire dans le cadre d'une utilisation normale de celui-ci. En effet, l'utilisation des voies fait partie du service de base dans les gares de triage et les voies de remisage conformément à l'article 6 du décret n° 2012-70 relatif au service de base dans les gares de triage et les voies de remisage, lequel ne distingue pas entre l'utilisation de courte et de longue durée. De plus, le DRR 2014 distingue trois catégories de voies de service relevant de l'infrastructure du RFN, dont les voies de stationnement, sans distinguer entre le stationnement de courte et de longue durée ;
 ― conduirait ensuite à faire échapper les conditions d'allocation de ces voies pour « ces usages spécifiques » à de nombreuses obligations sectorielles indispensables à l'atteinte des objectifs de libéralisation poursuivis par les législateurs européens et nationaux ;
 ― n'est enfin pas cohérente au regard de l'activité même de fret ferroviaire, qui implique parfois de stationner des wagons pour une longue durée sur des voies du RFN aptes à cet usage, compte tenu des variations d'activité ou du contexte économique.
 Au regard de ces éléments, ECR suggère à l'Autorité de recommander, dans sa décision que le DRR précise (i) ce que recouvrent ces « usages spécifiques » conformément à l'obligation de transparence à laquelle RFF est tenu et (ii) que les utilisations des voies de service pour des opérations de stationnement de rames, quelle qu'en soit la durée, relèvent d'une utilisation ferroviaire soumise, à ce titre, à la réglementation ferroviaire.
 Dans sa seconde note en délibéré en date du 9 décembre 2013, RFF indique que l'Autorité ne saurait faire droit à la demande d'ECR en l'absence de différend noué au sens de sa pratique décisionnelle. Il rappelle que le gestionnaire d'infrastructure a pour objectif de permettre le stationnement de longue durée de matériels roulants appartenant à des entreprises (ferroviaires ou industrielles) à des conditions qui leur sont économiquement favorables et, en tout état de cause, à des coûts bien inférieurs à ceux qu'elles supporteraient si elles devaient elles-mêmes pourvoir à leurs besoins en matière de stationnement.
    2. La position de l'Autorité :
 Compte tenu des éléments communiqués par les parties dans les notes en délibéré, l'Autorité prend acte que la demande d'ECR est sans objet.
 L'Autorité rappelle toutefois qu'outre le règlement du différend qui lui est soumis, elle peut, dans le cas où les circonstances de l'affaire conduiraient à identifier des modifications souhaitables de la réglementation ou du DRR, suggérer ces modifications dans sa décision (6).
  A cet égard, l'Autorité observe que le point 5.6.2 du DRR. 2013 modifié précise que : « Toute personne titulaire d'un droit d'accès au Réseau ferré national (entreprise ferroviaire ou candidat autorisé) ou toute autre partie (embranches, détenteurs ou propriétaires de matériels roulants,...) peut demander, auprès du guichet unique de Réseau ferré de France, la mise à disposition de voies de service pour un usage spécifique.
 RFF accédera à cette demande sous réserve de la disponibilité des capacités et du respect du droit d'accès au Réseau ferré national garanti aux utilisateurs de ce dernier et donnera lieu à la conclusion avec le bénéficiaire d'une convention ad hoc.
 Le prix de cette prestation spécifique sera établi au cas par cas et défini dans ladite convention. »
 Le point 6.2.5 du DRR 2013 modifié précise également que « pour l'utilisation des voies de service pour usage spécifique, il convient de prendre contact avec le guichet unique (point 1.8.1) pour connaître les modalités de tarification et de facturation. »
 Le DRR ne définit pas la notion « d'usage spécifique » pouvant justifier l'application d'une tarification différente. Il en résulte que les entreprises ferroviaires ne peuvent, en l'état, prévoir avec certitude le montant appliqué à l'usage des voies de service en cause, ce qui constitue une violation du principe de transparence dans la tarification de l'accès aux infrastructures de services, consacré par les directives communautaires, et dont l'Autorité est tenue de garantir le respect.
 En conséquence, il apparaît opportun que RFF précise, dans le DRR, la notion « d'usage spécifique » et fixe les critères permettant d'évaluer le caractère spécifique ou non de l'usage d'une voie de service,
 Décide :