La comptabilité matières des exploitants de moulins est tenue mensuellement et par établissement. Les exploitants doivent être en mesure de justifier, à la première demande des agents des douanes et droits indirects ou de toute autre autorité administrative habilitée, de la matérialité des mouvements et mises en œuvre des produits durant la période mensuelle écoulée. 
Les exploitants de moulins doivent être en mesure de produire, à toute demande des agents des douanes et droits indirects, les justificatifs d'entrée et de sortie relatifs aux blés tendres et aux farines. 
La comptabilité matières doit comporter les rubriques suivantes : 
― pour la partie « Entrées » : 
― date d'entrée : date de réception effective des blés tendres et des farines de blé tendre dans l'établissement ; 
― identifiant produit : il concerne les réceptions de blés tendres et de farines de blé tendre (avec indication du type ou du taux de cendres) ; 
― quantités réceptionnées : exprimées en tonnes (avec trois décimales) ; 
― document commercial : référence à la facture ou au bon de livraison ; 
― identité des fournisseurs : désignation précise (nom ou raison sociale) ; 
― pour la partie « Sorties » : 
― date de sortie effective des blés tendres et des farines de blé tendre de l'établissement ; 
― identifiant produit : il concerne les sorties de blés tendres et farines de blé tendre (avec indication du type ou du taux de cendres) ; 
― quantités sorties : exprimées en tonnes (avec trois décimales) ; 
― document commercial : référence à la facture ou au bon de livraison ; 
― identité du destinataire : désignation précise (nom ou raison sociale) ; 
― pour la partie « Stock mensuel » : 
La comptabilité matières mensuelle des stocks s'appuie sur des quantités exprimées en tonnes (avec trois décimales) et concerne : 
― le stock final de blés tendres constitué par le stock de blés au dernier jour du mois précédent, majoré des entrées de blés du mois en cours et diminué des blés mis en œuvre durant ce même mois ainsi que des sorties accidentelles, des pertes et de la freinte pour déchets ; 
― le stock final de farines de blé tendre, par type, constitué par le stock de farines au dernier jour du mois précédent, majoré des farines produites nettes d'étuvage durant le mois en cours, ainsi que des achats de farines, des incorporations et des ingrédients de ce même mois, déduction faite des farines sorties au cours de ce même mois, y compris les farines s'avérant impropres à la consommation humaine ou animale, et des sorties accidentelles.
L'exploitant devra signaler dans la comptabilité matières les farines sorties de l'établissement qui : 
― sont soit expédiées vers un autre Etat membre ou hors métropole, soit exportées vers un pays tiers, directement par lui ou indirectement par un intermédiaire (négociant notamment) ; 
― sont transformées en métropole en un produit qui est ensuite soit expédié vers un autre Etat membre ou hors métropole, soit exporté vers un pays tiers ; 
― ne sont pas destinées à la consommation humaine ou qui s'avèrent impropres à la consommation humaine ou animale. 
Conformément à l'article D. 666-21 du code rural, lors des contrôles, l'exploitant devra apporter la preuve de la destination des farines ne rentrant pas dans le cadre du contingent, faute de quoi ces farines seront imputées sur le contingent de l'exploitant. 
La comptabilité matières mensuelle peut être tenue sur support papier ou sur support informatique. Elle doit également permettre de vérifier les données économiques demandées par les services de FranceAgriMer, ainsi que les éléments d'assiette de la taxe sur les farines, acquittée mensuellement par les assujettis auprès de la direction générale des douanes et droits indirects dans les conditions prévues par les articles 1618 septies du code général des impôts et 333 H bis et suivants de l'annexe 3 du même code.