Le conseil d'administration de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger délibère sur les matières suivantes :
 1° La politique générale de l'établissement ;
 2° Les orientations en matière de gestion des personnels ;
 3° Les principes de répartition des emplois dont les titulaires sont rémunérés dans les conditions définies par le décret n° 2002-22 du 4 janvier 2002 relatif à la situation administrative et financière des personnels des établissements d'enseignement français à l'étranger ;
 4° Les conventions types proposées aux établissements visés à l'article L. 452-4, et notamment destinées à déterminer les modalités dans lesquelles l'agence met ses concours en personnels et en financements à la disposition de ces établissements ; ces conventions types précisent notamment les responsabilités respectives de l'agence et des établissements quant aux modalités de financement des rémunérations des personnels tels que définis à l'article 2 du décret du 4 janvier 2002 précité ;
 5° Le rapport annuel d'activité ;
 6° Le budget et les décisions modificatives de celui-ci. Sont soumises au conseil d'administration les décisions modificatives du budget de l'agence qui comportent soit une modification de l'équilibre global, soit une augmentation du montant global des dépenses, soit une diminution des recettes entraînant une perte ou une variation négative du fonds de roulement, soit des virements de crédits entre chapitres. Les autres décisions modificatives du budget de l'agence sont prises par le directeur de l'agence, après visa du membre du corps du contrôle général économique et financier et sont présentées pour information au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance. En cas d'urgence avérée et si le conseil d'administration ne peut se réunir à une date suffisamment proche, une décision modificative d'urgence peut être prise par le directeur de l'agence, après l'autorisation du membre du corps du contrôle général économique et financier, en accord avec le ministre des affaires étrangères et le président du conseil d'administration. Elle doit faire l'objet d'une approbation au cours du plus prochain conseil d'administration ;
 7° Le compte financier et l'affectation des résultats ;
 8° Les placements et les emprunts ;
 9° Les acquisitions, aliénations, échanges, locations, baux, constructions et grosses réparations d'immeubles relevant de son domaine propre ;
 10° Le programme annuel des travaux d'aménagement, d'entretien et de grosses réparations des immeubles remis en dotation ainsi que la délivrance des autorisations d'occupation temporaire de ces immeubles. Les modifications apportées au programme des travaux en cours d'année font l'objet d'une régularisation par le conseil d'administration ;
 11° Les principes selon lesquels sont déterminées les redevances et rémunérations de toute nature perçues par l'agence ;
 12° Les dons et legs ;
 13° Les transactions ;
 14° L'habilitation du directeur de l'agence à introduire les actions en justice.
 Le conseil d'administration détermine les catégories de conventions qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, lui sont soumises pour approbation.
 Il fixe les redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des immeubles remis en dotation.