Lorsque les boues sont récupérées à partir des bassins et du système épuratoire, celles-ci peuvent être soumises à une épuration naturelle par le sol et son couvert végétal et épandues sur des terres agricoles, éventuellement après compostage ou toute autre méthode autorisée.
 Tout épandage est subordonné à la production d'un plan d'épandage. Ce plan définit, en fonction de leur aptitude à l'épandage, les parcelles cadastrales qui pourront faire l'objet d'épandage d'effluents organiques. Il démontre que chacune des parcelles réceptrices, y compris celles mises à disposition par des tiers, est apte à permettre la valorisation agronomique des effluents.
 Le plan d'épandage comporte au minimum les éléments suivants :
 ― identification des parcelles (références cadastrales et surface totale et épandable) regroupées par exploitant ;
 ― identité et adresse de l'exploitant et des prêteurs de terres qui ont souscrit un contrat écrit avec l'exploitant ;
 ― localisation sur une représentation cartographique à une échelle comprise entre 1/12 500 et 1/5 000 des parcelles concernées et des surfaces exclues de l'épandage en les différenciant et en indiquant les motifs d'exclusion ;
 ― systèmes de culture envisagés (culture en place et principales successions) ;
 ― caractérisation des effluents à épandre (nature, quantités prévisionnelles, rythme de production, valeur agronomique) dont leur teneur en azote et en phosphore avec indication du mode d'évaluation de cette teneur (analyses ou références) ;
 ― doses maximales admissibles par type d'effluent, de sol et de cultures en utilisant des références locales ;
 ― calendrier prévisionnel d'épandage rappelant les périodes durant lesquelles l'épandage est interdit ou inapproprié.
 Les boues doivent être épandues sur le même bassin versant ou un autre bassin versant sous réserve de l'accord des services compétents.
 L'ensemble de ces éléments est présenté dans un document de synthèse tenu à disposition des services chargés de la police de l'eau.
 Une solution alternative d'élimination ou de valorisation des boues est prévue en cas d'impossibilité temporaire ou définitive d'épandage.
 Toute modification notable du plan d'épandage doit être portée avant sa réalisation à la connaissance du préfet.
 S'il apparaît nécessaire de renforcer la protection des eaux, le préfet fixe les quantités d'azote et de phosphore en fonction de l'état initial du site, du bilan global de fertilisation figurant dans l'étude d'incidence et des risques d'érosion des terrains, de ruissellement vers les eaux superficielles ou de lessivage.
 L'épandage des boues est interdit :
 ― à moins de 50 mètres des points de prélèvement d'eau destinée à l'alimentation des collectivités humaines ou des particuliers ;
 ― à moins de 100 mètres de tout local habité ou occupé par des tiers, des zones de loisirs, des établissements recevant du public ;
 ― à moins de 200 mètres des lieux de baignade (à l'exception des piscines privées) et des plages ;
 ― à moins de 500 mètres des piscicultures et des zones conchylicoles, sauf dérogation liée à la topographie ou à la circulation des eaux accordée par le préfet ;
 ― à moins de 35 mètres des berges des cours d'eau ;
 ― sur les sols pris en masse par le gel ou abondamment enneigés ;
 ― sur les sols inondés ou détrempés ;
 ― pendant les périodes de forte pluviosité ;
 ― sur les sols non utilisés en vue d'une production agricole ;
 ― sur les terrains de forte pente sauf s'il est mis en place des dispositifs prévenant tout risque de ruissellement ;
 ― par aéro-aspersion sauf pour les effluents ayant subi un traitement épuratoire ; l'épandage par aéro-aspersion doit être pratiqué au moyen de dispositifs qui ne produisent pas d'aérosols.
 Ces dispositions sont sans préjudice des dispositions édictées par les autres règles applicables et définies dans le cadre des programmes d'action en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole.