Sont rendues obligatoires, pour tous les employeurs et tous les salariés compris dans le champ d'application de la convention collective nationale de la coopération maritime du 7 décembre 2004, les dispositions de ladite convention collective (deux annexes), à l'exclusion :
 ― des termes : « , sauf accord exprès de l'intéressé ou circonstances exceptionnelles », figurant au quatrième alinéa de l'article 17 (Personnel à temps partiel), comme étant contraires aux dispositions des articles L. 212-4-4 et L. 212-4-5 du code du travail ; 
 ― du paragraphe intitulé « Modalité 4 : organisation du temps de travail avec attributions de journées de RTT » de l'article 19 (Horaire de travail), comme ne comportant pas les clauses obligatoires exigées par l'article L. 212-9 II du code du travail ; 
 ― des termes : « ou contractuel », figurant au premier alinéa de l'article 21 (Heures supplémentaires), comme étant contraires aux dispositions du premier alinéa de l'article L. 212-5 du code du travail ; 
 ― des termes : « 35 heures en moyenne par semaine, soit », figurant au second alinéa de l'article 23 (Modulation du temps de travail), comme étant contraires aux dispositions de l'article L. 212-8 du code du travail ; 
 ― des termes : « Sauf accord des intéressés ou contraintes particulières affectant de manière non prévisible le fonctionnement du service, », figurant au huitième alinéa de l'article 23 susmentionné, comme étant contraires aux dispositions des articles L. 212-4-4 et L. 212-4-5 du code du travail ; 
 ― des termes : « soit d'un horaire annuel », figurant au troisième alinéa du paragraphe a (Personnel d'encadrement soumis à l'horaire de l'entreprise) de l'article 24-6 (Le personnel d'encadrement), comme étant contraires aux dispositions de l'article L. 212-15-3-II du code du travail. En effet, la présente convention ne comporte pas les clauses obligatoires requises par l'article L. 212-15-3-II pour la mise en place d'un régime de forfait heures sur l'année ; 
 ― de la partie du paragraphe a (Mise à la retraite à l'initiative de l'employeur) de l'article 49 (Mise et départ à la retraite) allant de « Toutefois, l'employeur aura la possibilité de mettre à la retraite dès l'âge de 60 ans... » jusqu'à « ...0,10 % supplémentaire de la masse salariale au titre de la participation au financement de la formation continue due pour l'année de départ du salarié. », comme étant contraire à l'article L. 122-14-13 du code du travail ; 
 ― du paragraphe b (Départ à la retraite à l'initiative du salarié) de l'article 49 susmentionné, comme étant contraire aux dispositions du dernier alinéa de l'article L. 122-14-13 du code du travail.
 Le cinquième alinéa de l'article 17 susmentionné est étendu sous réserve de l'application des dispositions du sixième alinéa de l'article L. 212-4-3 du code du travail.
 Le premier alinéa de l'article 25-4 (Alimentation du compte) est étendu sous réserve de l'application des dispositions de l'article L. 227-1 du code du travail, aux termes desquelles l'alimentation d'un compte épargne-temps par un report des congés annuels ne peut porter que sur la cinquième semaine de congés payés (tout ou partie du congé excédant la durée de vingt-quatre jours ouvrables).
 Le dernier alinéa de l'article 26-3 (Indemnité de congés payés) est étendu sous réserve de l'application des dispositions du troisième alinéa de l'article L. 223-11 du code du travail.
 L'article 39 (Egalité de traitement) est étendu sous réserve de l'application des dispositions de l'article L. 132-12-3 du code du travail.
 L'article 41 (Travail de nuit) est étendu sous réserve de l'application des dispositions des articles L. 213-1 et L. 213-4 du code du travail selon lesquelles la mise en place dans une entreprise ou un établissement du travail de nuit au sens de l'article L. 213-2 ou son extension à de nouvelles catégories de salariés est subordonnée à la conclusion d'un accord de branche étendu ou d'un accord d'entreprise ou d'établissement qui doit contenir l'ensemble des clauses définies aux articles L. 213-1 et L. 213-4 du code du travail. La présente convention ne contenant pas l'ensemble de ces clauses, l'article 41 n'est d'application directe que dans les entreprises ayant déjà recours au travail de nuit.
 Le paragraphe b, relatif au préavis de rupture à l'initiative du salarié, de l'article 44 (Préavis de résiliation du contrat de travail) est étendu sous réserve de l'application des dispositions de l'article L. 122-4 du code du travail, aux termes desquelles les durées stipulées ne sont pas applicables pendant la période d'essai.
 Le dernier alinéa de l'article 48 (Indemnités de licenciement) ainsi que l'avant-dernier alinéa du paragraphe c (Gratification de mise ou de départ à la retraite) de l'article 49 susmentionné sont étendus sous réserve de l'application des dispositions de l'article 5 de l'accord national interprofessionnel du 10 décembre 1977, annexé à la loi n° 78-49 du 19 janvier 1978 relative à la mensualisation et à la procédure conventionnelle, qui prévoient que la moyenne du salaire brut mensuel est calculée sur la base des douze ou des trois derniers mois de rémunération, selon la formule la plus avantageuse pour le salarié.
 Le paragraphe c de l'article 49 susmentionné est étendu sous réserve de l'application des dispositions du second alinéa de l'article L. 122-14-13 du code du travail. En effet, les indemnités prévues conventionnellement peuvent s'avérer moins favorables que les indemnités légales (mise à la retraite des salariés ayant une ancienneté de deux ans à moins de dix ans et de plus de dix ans à moins de quinze ans).