La liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles est fixée ainsi qu'il suit pour la période du 1er janvier 2002 jusqu'au 31 décembre 2004 :
 Centre national de référence des arbovirus :
 Unité de biologie des infections virales émergentes (centre de recherche Mérieux Pasteur), Institut Pasteur de Paris ;
 Laboratoire associé : Institut de médecine tropicale, Le Pharo-Marseille Armées, service de santé des armées.
 Centre national de référence des arbovirus et virus influenzae dans la région Antilles-Guyane :
 Laboratoire de virologie, Institut Pasteur de la Guyane.
 Centre national de référence des bactéries anaérobies et du botulisme :
 Unité des toxines et pathogénie bactérienne, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des Bordetella :
 Unité des Bordetella, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des Borrelia :
 Unité de bactériologie moléculaire et médicale, Institut Pasteur de Paris ;
 Laboratoires associés :
 - unité d'écologie des systèmes vectoriels, Institut Pasteur de Paris ;
 - institut de bactériologie, université Louis-Pasteur de Strasbourg ;
 - service de bactériologie, hôpital Cochin - Saint-Vincent-de-Paul, Assistance publique-hôpitaux de Paris.
 Centre national de référence du charbon :
 Unité des toxines et pathogénie bactérienne, Institut Pasteur de Paris ;
 Laboratoire associé : laboratoire des aliments, Agence française de sécurité sanitaire des aliments.
 Centre national de référence des Campylobacter et Helicobacter :
 Unité EA 516  - Bactériologie et épidémiologie des infections digestives ;
 Université Victor-Segalen de Bordeaux-II.
 Centre national de référence des Chlamydiae :
 Unité EA 516 - Bactériologie ;
 Université Victor-Segalen de Bordeaux-II.
 Centre national de référence des Corynebacterium diphteriae :
 Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des entérovirus :
 Laboratoire de virologie, hospices civils de Lyon, domaine Rockefeller.
 Centre national de référence des Escherichia coli et Shigella :
 Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur de Paris ;
 Laboratoire associé : service de microbiologie, hôpital Robert-Debré, Assistance publique-hôpitaux de Paris.
 Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales :
 Unité de biologie des infections virales émergentes (centre de recherche Mérieux-Pasteur à Lyon), Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des Haemophilus influenzae :
 Laboratoire central de microbiologie, centre hospitalier universitaire de Purpan, Toulouse.
 Centre national de référence des légionelles :
 Laboratoire de microbiologie, faculté RTH Laennec, université Claude-Bernard, Lyon-I.
 Centre national de référence des Leishmania :
 Laboratoire de parasitologie, centre hospitalier universitaire de Montpellier.
 Centre national de référence de la leptospirose :
 Unité de bactériologie moléculaire et médicale, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des Listeria :
 Laboratoire des Listeria, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence de la maladie de Creutzfeldt-Jakob iatrogène :
 Fédération de neurologie, hôpital de La Salpêtrière, INSERM U 289, Assistance publique-hôpitaux de Paris.
 Centre national de référence de la résistance aux antibiotiques :
 Unité des agents antibactériens, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des méningocoques :
 Unité des Neisseria, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des mycobactéries :
 Laboratoire des mycobactéries, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence de la résistance des mycobactéries aux antituberculeux :
 Service de bactériologie-hygiène, groupe hospitalier La Pitié-La Salpêtrière, Assistance publique-hôpitaux de Paris.
 Cente national de référence de la mycologie et des antifongiques :
 Unité de mycologie moléculaire, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence de la chimiosensibilité du paludisme :
 Laboratoire de parasitologie-mycologie, hôpital Bichat - Claude-Bernard, Assistance publique-hôpitaux de Paris ;
 Laboratoire associé : Institut de médecine tropicale, Le Pharo, Marseille Armées, service de santé des armées.
 Centre national de référence de l'épidémiologie du paludisme d'importation et autochtone :
 Université Pierre-et-Marie-Curie, Paris-VI .
 Centre national de référence de la chimiorésistance du paludisme dans la région Antilles-Gyane :
 Laboratoire de virologie, Institut Pasteur de la Guyane.
 Centre national de référence de la peste et autres yersinioses :
 Unité de bactériologie moléculaire et médicale, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des pneumocoques :
 Laboratoire de microbiologie, hôpital européen Georges-Pompidou, Assistance publique-hôpitaux de Paris.
 Centre national de référence de la rage :
 Unité de la rage, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des Rickettsia, Coxellia et Bartonella :
 Unité des rickettsie, faculté de médecine, université de la Méditerranée Aix - Marseille-II.
 Centre national de référence des Salmonella :
 Unité biodiversité des bactéries pathogènes émergentes, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence des streptocoques :
 Service de microbiologie, hôpital de l'Hôtel-Dieu, université de Paris-VI, Assistance publique-hôpitaux de Paris ;
 Laboratoire associé : département de microbiologie et d'hygiène, centre hospitalier universitaire Trousseau, faculté de médecine de Tours.
 Centre national de référence des toxémies staphylococciques :
 Département de microbiologie, faculté RTH Laennec, université Claude-Bernard, Lyon-I.
 Centre national de référence des Trichinella :
 Service de parasitologie-mycologie, centre hospitalier universitaire Cochin - Port-Royal, Paris, Assistance publique-hôpitaux de Paris.
 Centre national de référence des vibrions :
 Unité du choléra et des vibrions, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence du VIH :
 Département de microbiologie et virologie, centre hospitalier universitaire Bretonneau, faculté de médecine de Tours ;
 Laboratoires associés :
 Laboratoire de virologie, hôpital Bichat, Assistance publique-hôpitaux de Paris ;
 Institut national de la transfusion sanguine, Paris ;
 Laboratoire de virologie, hôpital Charles-Nicolle, Rouen.
 Centre national de référence du virus influenzae, région Nord :
 Unité de génétique moléculaire des virus respiratoires, Institut Pasteur de Paris.
 Centre national de référence du virus influenzae, région Sud :
 Laboratoire de virologie, hospices civils de Lyon, domaine Rockefeller.
 Centre national de référence des virus des hépatites à transmission entérique (hépatites A et E) :
 Laboratoire de virologie, hôpital Paul-Brousse, Assistance publique-hôpitaux de Paris ;
 Laboratoire associé : laboratoire de biologie clinique, hôpital d'instruction des armées du Val-de-Grâce.
 Centre national de référence des virus des hépatites B et C :
 Laboratoire de carcinogenèse hépatique, faculté de médecine de Necker - Enfants malades.
 Centre national de référence associé : Centre national de référence des virus des hépatites B et C pour la surveillance en transfusion sanguine :
 Institut national de la transfusion sanguine ;
 Laboratoire associé : laboratoire de bactériologie virologie hygiène, hôpital Avicenne, Assistance publique-hôpitaux de Paris.
 Centre national de référence des virus entériques :
 Laboratoire de virologie, centre hospitalier universitaire de Dijon.