Le code de l'environnement est ainsi modifié :
1° Au dix-septième alinéa du 1° de l'article D. 133-39, les mots : « le directeur de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques » sont remplacés par les mots : « le directeur général de l'Agence française pour la biodiversité » ; 
2° L'article D. 213-2 est ainsi modifié : 
a) Au b du 2°, les mots : « Un représentant de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques » sont remplacés par les mots : « Deux représentants de l'Agence française pour la biodiversité » ; 
b) Au d du 2°, les mots : « Un représentant de Parcs nationaux de France » sont supprimés ; 
c) L'alinéa e devient l'alinéa d ; 
3° Le dernier alinéa du I de l'article D. 213-6 est supprimé ; 
4° Au d du 3° de l'article D. 213-8, au d du 2° de l'article D. 213-9 et au d du 2° de l'article D. 213-10, les mots : « l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques » sont remplacés par les mots : « l'Agence française pour la biodiversité » ; 
5° La section 2 du chapitre III du titre Ier du livre II est abrogée ; 
6° Au V de l'article R. 213-48-13, au quatrième alinéa de l'article R. 213-48-49, au dix-septième alinéa du 1° de l'article R. 213-49-9, à l'article R. 431-6, au II et au second alinéa du III de l'article R. 432-6, à l'article R. 432-9, à l'article R. 436-38, au premier alinéa de l'article R. 436-43, au IV de l'article R. 436-49, à l'article R. 436-73, au premier alinéa de l'article R. 437-11, au 1° du II de l'article R. 651-6, les mots : « l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques » sont remplacés par les mots : « l'Agence française pour la biodiversité » ; 
7° Au 14° de l'article R. 322-17 et au 1° de l'article R. 331-47, les mots : « l'Agence des aires marines protégées » sont remplacés par les mots : « l'Agence française pour la biodiversité » ; 
8° A l'article R. 331-1, les mots : « l'établissement public Parcs nationaux de France » sont remplacés par les mots : « l'Agence française pour la biodiversité » ; 
9° Après l'article R*. 331-42, il est inséré un article R. 331-42-1 ainsi rédigé : 
« Art. R. 331-42-1.-Il est constitué un groupement comptable qui assure la gestion comptable des parcs nationaux. Un arrêté des ministres chargés de l'environnement et du budget fixe la liste les parcs nationaux rattachés à ce groupement et précise les modalités de fonctionnement et le siège de ce groupement. L'agent comptable du groupement tient la comptabilité de chacun des parcs du groupement et est personnellement et pécuniairement responsable des opérations comptables effectuées par le personnel placé sous son autorité » ; 
10° A l'article R. 431-6, les mots : « délégué régional » sont remplacés par les mots : « représentant de l'Agence française pour la biodiversité dans la région » ; 
11° La section 8 du chapitre Ier du titre III du livre III est abrogée ; 
12° Le chapitre IV du titre III du livre III est ainsi modifié : 
a) L'intitulé est remplacé par l'intitulé suivant : « Aires marines protégées » ; 
b) La section 1 est remplacée par les dispositions suivantes : 
« Section première 
« Dispositions générales 
« Art. R. 334-1.-L'Agence française pour la biodiversité anime le réseau des aires marines protégées françaises et contribue à la participation de la France à la constitution et à la gestion des aires marines protégées décidées au niveau international. 
« A cette fin, elle peut se voir confier la gestion directe d'aires marines protégées. Elle apporte son appui technique, administratif et scientifique aux autres gestionnaires d'aires marines protégées et suscite des projets d'aires marines protégées afin de constituer un réseau cohérent. 
« Art. R. 334-2.-Entrent dans le champ de compétence de l'agence, outre les catégories d'aires marines protégées énumérées à l'article L. 334-1, les catégories d'espaces marins dont la protection, la restauration et la gestion durable requièrent des mesures réglementaires ou contractuelles ou un programme d'actions, lorsqu'elles ont fait l'objet d'une décision du ministre chargé de l'environnement, prise après avis du conseil d'administration de l'agence et du conseil national de la protection de la nature. » ; 
13° A l'article R. 334-33 et au premier alinéa de l'article R. 334-36, les mots : « l'Agence des aires marines protégées » sont remplacés par les mots : « l'Agence française pour la biodiversité » ; 
14° L'article R. 334-35 est remplacé par les dispositions suivantes : 
« Art. R. 334-35.-Le représentant de l'Etat en mer et le préfet du département principalement intéressés à la gestion du parc naturel marin exercent auprès du conseil de gestion les fonctions de commissaire du Gouvernement. Ils peuvent se faire représenter. 
« Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations adressées aux membres du conseil et du bureau et siège avec voix consultative à toutes les réunions de ces instances ainsi qu'à celles des commissions qu'ils ont constituées. 
« Il peut demander l'inscription de questions à l'ordre du jour du conseil. 
« Il reçoit copie des délibérations du conseil et, s'il le demande, des décisions prises sur délégation de ce conseil. 
« Les délibérations du conseil sont exécutoires de plein droit si le commissaire du Gouvernement n'y fait pas opposition dans le délai de quinze jours qui suit soit la date de réunion du conseil lorsqu'il y a assisté ou y était représenté, soit la date de réception du procès-verbal de la séance. 
« Lorsque le commissaire du Gouvernement demande par écrit des informations ou documents complémentaires, le délai est suspendu jusqu'à la production de ces informations ou documents. 
« Le commissaire du Gouvernement peut demander une seconde délibération dans les délais mentionnés au cinquième alinéa. Si après une seconde délibération le désaccord persiste, le commissaire du Gouvernement transmet le dossier dans les quarante-huit heures au ministre chargé de l'environnement. 
« Le ministre statue après avoir recueilli, s'il y a lieu, l'avis du ministre chargé de la mer, du ministre chargé des pêches maritimes et des cultures marines, du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget. Si le ou les ministres consultés ne se sont pas prononcés dans les quinze jours suivant la date à laquelle leur avis a été sollicité, ils sont réputés être favorables à la levée de l'opposition. 
« L'opposition du commissaire du Gouvernement est levée de plein droit si le ministre chargé de l'environnement n'a pas statué dans le délai d'un mois. » ; 
15° Au dernier alinéa de l'article D. 416-6, les mots : « la Fédération des conservatoires botaniques nationaux » sont remplacés par les mots : « l'Agence française pour la biodiversité » ; 
16° Le I de l'article D. 416-8 est complété par un alinéa ainsi rédigé : 
« 6° Le directeur général de l'Agence française pour la biodiversité » ; 
17° Le II de l'article D. 416-8 est abrogé ; 
18° Le troisième alinéa de l'article R. 436-65 est remplacé par les dispositions suivantes : 
« Les pêcheurs amateurs doivent, pour chaque capture, adresser une déclaration de capture à l'Agence française pour la biodiversité. Les pêcheurs professionnels en eau douce doivent adresser chaque mois le relevé des captures qu'ils ont réalisées à la même agence. »