Le conseil général comprend huit sections ayant les compétences générales suivantes dans les domaines de l'agriculture, de la forêt et de la pêche, de l'aménagement du territoire et de l'environnement sur lesquelles elles sont appelées à délibérer :
Première section
Administration générale et ressources humaines
 Législation et réglementation générale.
 Réforme et modernisation de l'Etat.
 Missions, fonctionnement et moyens des services.
 Questions d'ordre statutaire concernant les corps des ingénieurs du génie rural, des eaux et des forêts (GREF) et des ingénieurs des travaux du ministère de l'agriculture.
 Réflexions stratégiques sur les missions, les métiers et l'emploi des ingénieurs de ces corps.
 Orientation et suivi des ingénieurs du GREF et des ingénieurs des travaux mis en oeuvre par la délégation à l'orientation et au suivi de ces ingénieurs.
 Recrutement, affectation en sortie d'école, parcours professionnels qualifiants, tableaux d'avancement, détachement, rémunérations.
 Répartition des effectifs, essaimage, notamment à l'international.
 Expertise au profit de la direction générale de l'administration en matière de gestion de personnel, notamment pour les commissions administratives paritaires des ingénieurs.
 Formation du personnel.
 Coordination des inspections et des évaluations des politiques publiques.
Deuxième section
Agricultures, pêches et entreprises 
 Politiques agricoles : productions, facteurs de production, structures d'exploitations, filières, marchés, échanges, statistiques, organisations européennes et mondiales, aides aux revenus des agriculteurs.
 Exploitations agricoles : aspects économiques, financiers, sociaux et fiscaux, participation à l'animation et à la gestion des espaces ruraux (programmes agri-environnementaux, activités tertiaires, multifonctionnalité).
 Politiques agro-industrielles : stockage, transformations (y compris les utilisations non alimentaires), distribution, consommation.
 Pêche et aquaculture : production, transformation, distribution, consommation.
 Impacts des agricultures et des agro-industries sur l'environnement : agriculture raisonnée, bien-être des animaux.
Troisième section
Formation, emploi, recherche et développement
 Formation initiale technique et supérieure, formation continue et apprentissage, pour les secteurs des productions, de l'agroalimentaire, de la commercialisation et des services, de l'environnement et de l'aménagement.
 Recrutement et formation des personnels de l'enseignement agricole.
 Evaluation des systèmes de formation.
 Adéquation quantitative et qualitative entre la formation et l'emploi.
 Recherche et ses liaisons permanentes avec l'économie et la politique du développement.
 Développement : orientations, organisation, suivi et évaluation des programmes.
Quatrième section
Nature, forêt et bois
 Protection et gestion des espaces naturels : inventaires, sites, réserves et parcs, protection par maîtrise foncière et contractuelle, conservation, valorisation et gestion des paysages.
 Faune et flore sauvages : connaissance, préservation, valorisation et gestion des espèces et populations, politique, législation et exercice de la chasse, équilibre faune-flore.
 Politique et institutions forestières : législation et réglementation, aides aux investissements, formation et recherche, coopération européenne et internationale.
 Gestion et protection des forêts : inventaire et indicateurs de gestion durable, aménagement, sylviculture, boisement et reboisement, exploitation forestière, protection des forêts, biodiversité forestière, aménités, accueil du public et tourisme.
 Conservation des sols : restauration des terrains en montagne, lutte contre l'érosion, fixation des dunes.
 Risques naturels liés à la forêt et à la montagne, prévention et lutte contre les incendies de forêts, prévention des risques en montagne.
 Bois et autres produits forestiers : économie forestière, filière bois, transformation, valorisation et diversification des usages, commercialisation et promotion du bois, produits connexes et sous-produits, bois-énergie, autres productions forestières.
Cinquième section
Eau et milieux aquatiques
 Eaux superficielles et souterraines, intérieures et côtières.
 Gestion, mise en valeur et protection des eaux et des bassins versants : aménagement et gestion intégrée des eaux, lutte contre les pollutions et nuisances, risques associés à l'eau (inondations, sécheresses, etc.).
 Relations eau-agriculture : qualité, quantité, irrigation, drainage, incidences des politiques et des pratiques agricoles sur la gestion de l'eau, lutte contre la pollution des sols et l'érosion des sols cultivés.
 Milieux aquatiques et littoraux : flore, faune, biodiversité, gestion des populations halieutiques, zones humides, eau, paysages et loisirs.
 Pêches maritimes, continentales et aquaculture : milieu, ressources, production, loisirs, ports de pêche.
 Ouvrages et aménagements hydrauliques, énergie.
 Eau et santé : lutte contre les rejets et émissions de substances nuisibles ou dangereuses pour la santé, protection des ressources en eau pour l'alimentation humaine.
 Ressources et usages : évaluation et gestion des ressources en eau, adéquation ressources-usages, changement climatique global.
Sixième section
Equipements et ingénierie
 Equipements publics : alimentation en eau potable, collecte et traitement des eaux usées et des eaux pluviales, collecte et élimination des déchets, production et distribution d'énergie, voirie et bâtiments publics.
 Gestion des services publics de l'eau potable, de l'assainissement, des déchets et de l'énergie.
 Equipements des entreprises agroalimentaires : stockage, transformation et commercialisation des produits agricoles et alimentaires, transports et logistique.
 Equipements des exploitations agricoles : bâtiments et ouvrages annexes, énergie, machinisme agricole, travaux liés aux aménagements fonciers.
Septième section
Aménagement et développement durable des territoires
 Orientation et réglementation en matière d'aménagement et de développement du territoire, politiques spécifiques, politique de pays, liaison avec les milieux urbains.
 Organisation de la vie et de l'activité des territoires, lutte contre la déprise.
 Démographie, services et emploi dans les zones rurales.
 Questions foncières et amélioration des structures d'exploitation, occupation des sols, structuration des espaces.
 Mesures agri-environnementales.
 Systèmes d'information géographique.
Huitième section
Qualité et sécurité des produits agricoles et alimentaires
 Qualité des productions agricoles, des produits de la mer et de leurs produits transformés : réglementation, normes de production, signes collectifs de qualité, produits fermiers et/ou de terroir, agriculture biologique, démarches qualité dans les entreprises de production et de transformation.
 Sécurité des produits et aliments : protection des cultures et des plantes, aliments de santé, impacts des procédés technologiques, sécurité des approvisionnements.
 Demande de l'ensemble des partenaires des filières en matière de qualité et de sécurité : producteurs, collecteurs, transformateurs, distributeurs, consommateurs.