Les missions dévolues aux sous-directions citées à l'article 3 sont les suivantes :
 La sous-direction de la politique contractuelle est organisée par zones géographiques. Elle coordonne le suivi régulier des relations avec l'ensemble des établissements. A partir des projets stratégiques élaborés par les établissements, elle négocie les contrats uniques d'établissement et s'assure de leur mise en oeuvre.
 La sous-direction de la vie étudiante et des formations post-baccalauréat définit les actions propres à améliorer l'accueil et les conditions de vie des étudiants. Elle assure la tutelle du Centre national et des centres régionaux des oeuvres universitaires et scolaires. Elle est chargée de la politique d'orientation et coordonne l'élaboration du schéma des formations post-baccalauréat. Elle définit les objectifs pédagogiques de l'ensemble des enseignements et des diplômes post-baccalauréat jusqu'au grade de la licence, en liaison avec la direction de l'enseignement scolaire pour les formations en lycées.
 La sous-direction des certifications supérieures et doctorales définit les objectifs des formations et des diplômes post-licence. Elle est responsable de la politique des masters et de l'organisation des formations doctorales. Elle est chargée de la politique des formations de santé. Elle assure la coordination pédagogique des formations dispensées par les grandes écoles et le suivi de l'enseignement supérieur privé. Elle est chargée de la formation initiale des enseignants du premier et du second degré au sein des instituts universitaires de formation des maîtres, en liaison avec la direction de l'enseignement scolaire et la direction des personnels enseignants.
 La sous-direction des bibliothèques et de la documentation coordonne la politique documentaire de l'enseignement supérieur et contribue à la mise en oeuvre de la politique de développement des bibliothèques et de l'information scientifique et technique. Elle répartit les moyens et instruit les volets documentaires des contrats passés avec les établissements. Elle anime le réseau des bibliothèques universitaires et promeut le développement d'outils collectifs. Elle favorise le développement des ressources électroniques, et notamment l'édition de documents pédagogiques et scientifiques. Elle conduit la politique de formation professionnelle, initiale et continue, et coordonne les actions de formation des usagers à l'information scientifique et technique.
 La sous-direction de l'organisation et des moyens de l'enseignement supérieur définit le cadre juridique du fonctionnement des établissements d'enseignement supérieur relevant du ministère de la jeunesse, de l'éducation nationale et de la recherche. Elle procède à l'analyse des besoins des établissements, répartit les moyens et assure la gestion des emplois et des monitorats d'initiation à l'enseignement supérieur. Dans le cadre de la loi organique relative aux lois de finances, elle est en charge de l'analyse et de la modernisation de la gestion des établissements. Elle prépare le budget coordonné de l'enseignement supérieur.
 La sous-direction de l'aménagement et de la carte universitaires garantit la cohérence de l'organisation sur le territoire national de l'offre d'enseignement supérieur et des activités de recherche universitaire. Elle assure la préparation, le financement, le suivi et l'évaluation des contrats de plan Etat-région pour l'enseignement supérieur. Elle est responsable des politiques immobilières et d'aménagement des sites universitaires, notamment dans le cadre de la politique contractuelle.