La sous-direction du système d'information comprend sept bureaux et une mission de sécurité informatique.
 Bureau du pilotage, de la qualité et de la normalisation du système d'information :
 - pilotage des départements informatiques des services déconcentrés du Trésor public fonctionnellement rattachés à la sous-direction, définition et mise en oeuvre de la déconcentration du développement et de l'entretien des applications opérationnelles ;
 - mise en oeuvre des orientations du schéma directeur informatique, coordination de la spécialisation des départements informatiques, expérimentation de l'assistance téléphonique des utilisateurs ;
 - urbanisation du système d'information et exploitation des bases d'informations pour confection de tableaux de bord de la direction générale. Définition des architectures fonctionnelle et technique de développement ;
 - gestion du système d'information, planification, coordination des actions conduites au titre des missions exercées par le bureau et communication ;
 - mise en oeuvre du plan qualité avec la normalisation de l'exploitation des départements informatiques et la répartition des rôles et responsabilités entre les départements informatiques ;
 - pilotage du dispositif d'assistance des utilisateurs (gestion de parc, gestion des appels) ;
 - dématérialisation des pièces et des échanges.
 Bureau des moyens informatiques :
 - préparation et suivi de l'exécution du budget informatique et de télécommunications des services déconcentrés du Trésor public, aide à la définition des besoins, préparation et suivi des marchés correspondants, définition des nouvelles orientations en matière d'équipement informatique, relations avec la délégation aux systèmes d'informations et la Commission nationale de l'informatique et des libertés ;
 - aide à la définition des besoins en personnels informaticiens, animation de la formation en matière informatique, en liaison avec l'institut de la gestion publique et du développement économique de la direction du personnel, de la modernisation et de l'administration.
 Bureau des réseaux et des infrastructures :
 - conception et mise en oeuvre du réseau de télécommunications (données, voix, images) du Trésor (CANOPEE) ;
 - architecture et administration des systèmes d'exploitation « mainframe » et micro-informatiques, validation des logiciels d'exploitation et produits associés implantés dans les centres, support et assistance technique des centres ;
 - mise en oeuvre de la politique de sécurité et des procédures de secours ;
 - architecture et administration des réseaux locaux de télécommunications avec l'administration des serveurs et l'interconnexion des réseaux locaux au sein de l'administration centrale et des services déconcentrés, mise en oeuvre et déploiement des outils bureautiques ;
 - support et assistance des utilisateurs de la direction générale ;
 - éditique ;
 - veille technologique.
 Bureau des projets de développements :
 - assistance des maîtres d'ouvrage pour l'élaboration des cahiers des charges, la recette et la certification des développements ;
 - définition des méthodes et outils de développement, support et assistance des équipes de développement ;
 - définition du référentiel des développements, mise en oeuvre des normes définies ;
 - équipes projets des principaux nouveaux projets du Trésor, intranet et messagerie, infocentre de la DGCP destiné à permettre l'exploitation des données comptables recensées, secteur public local, télépaiement des impôts.
 Bureau des comptabilités et des dépenses de l'Etat :
 - assistance aux maîtres d'ouvrage pour la détermination des plans d'évolution des fonctionnalités de l'ensemble des applications de tenue de la comptabilité générale, de contrôle et d'exécution des dépenses, de suivi des comptabilités auxiliaires associées. Etude d'impact des réformes organisationnelles et juridiques ;
 - supervision de l'enrichissement des restitutions des informations budgétaires et comptables au profit des ordonnateurs et comptables de l'Etat au moyen de l'infocentre INDIA ;
 - pilotage opérationnel des applications opérationnelles susvisées dont la maintenance est déconcentrée dans les départements informatiques ;
 - liquidation et règlement des traitements des agents de l'Etat, nomenclature des emplois de la fonction publique, règlement de la paie des agents de collectivités territoriales ou d'établissements publics ;
 - gestion et paiement des pensions de retraite de la fonction publique d'Etat, des pensions de guerre et d'invalidité, règlement de divers émoluments (retraite du combattant, Légion d'honneur, médaille militaire) ;
 - définition et mise en oeuvre de l'utilisation des techniques d'échanges de données informatisées à la norme EDIFACT ;
 - supervision du système d'information comptable de l'Etat avec rattachement fonctionnel de la délégation informatique des comptabilités de l'Etat implantée à l'ACCT.
 Bureau du secteur public local et des applications transversales :
 - définition de l'architecture fonctionnelle et technique et réalisation d'études et de développements des applications des services déconcentrés du Trésor public dans le domaine des amendes et des condamnations pécuniaires ;
 - définition de l'architecture fonctionnelle et technique et réalisation d'études et de développements des applications des services déconcentrés du Trésor public dans le domaine de la gestion du secteur public local (tenue de la comptabilité des collectivités et établissements publics locaux et conseil financier auprès des élus locaux) et dans celui des dépôts de fonds ;
 - mise en oeuvre de toute application de gestion et de pilotage destinée à couvrir les besoins propres à l'administration centrale de la direction générale, applications transversales avec la Banque de France et La Poste notamment ;
 - pilotage stratégique des applications opérationnelles susvisées dont la maintenance est déconcentrée dans les départements informatiques du Trésor ;
 - supervision du système de gestion des personnels du Trésor public avec rattachement fonctionnel de la délégation informatique de gestion des ressources humaines implantée à l'ACCT ;
 - supervision des applications déconcentrées du service de la redevance de l'audiovisuel.
 Bureau du recouvrement de l'impôt : réalisation d'études et de développements concernant les applications des services déconcentrés du Trésor public, dans les domaines du recouvrement des impôts (recouvrement amiable, précontentieux et contentieux des impôts directs pris en charge par les comptables du Trésor).
 Mission de sécurité informatique : définition de la politique en matière de sécurité du système d'information.