Les rejets d'effluents liquides radioactifs ou non ne sont autorisés que dans les limites et les conditions techniques fixées ci-après. Il s'agit des rejets et transferts d'effluents du LECI internes au centre vers les stations collectives de traitement des effluents sur le site ou vers les installations d'entreposage avant transport vers d'autres stations de traitement ou d'élimination.
 Les rejets d'effluents liquides radioactifs non contrôlés sont interdits.
 Les effluents liquides, radioactifs ou non, contenant des substances chimiques sont collectés et traités de façon à respecter les dispositions de l'article 19 du présent arrêté.
 Les eaux pluviales susceptibles d'être polluées par des hydrocarbures sont traitées par des dispositifs adaptés, avant le point de rejet dans le milieu naturel.
 Le ruissellement des eaux pluviales sur des toitures, aires de stockage, voies de circulation, aires de stationnement et autres surfaces imperméabilisées est dirigé vers le réseau de collecte de la zone nord du site de Saclay qui inclut le LECI. Ce réseau se rejette dans l'aqueduc des Mineurs, qui est muni des dispositifs nécessaires au respect de la réglementation en vigueur sur les rejets d'eaux, notamment en matière de débit de fuite par hectare géographique et de teneurs en hydrocarbures, au point de rejet, ainsi qu'au respect de l'objectif de classe de qualité fixé pour le milieu récepteur, en particulier pour la rivière la Bièvre.
 Les installations à l'origine des effluents liquides doivent être conçues, exploitées et entretenues de façon à maintenir l'activité des substances radioactives et la nocivité des substances chimiques aussi bas qu'il est raisonnablement possible. A cet effet, les systèmes de transport de fluides dangereux et de collecte et d'entreposage d'effluents pollués ou susceptibles de l'être sont étanches ; ils résistent à l'action physique et chimique des produits contenus et dans les cas de fluides actifs, leur sensibilité aux phénomènes d'activation est aussi faible que possible.
 Les différentes catégories d'effluents doivent être collectées séparément le plus en amont possible et faire, en tant que de besoin, l'objet d'un traitement spécifique pour réduire la charge polluante et les dangers durant leur entreposage éventuel ou leur transport et pour satisfaire aux exigences des filières d'élimination internes ou externes dont elles relèvent.
 Le mélange d'effluents de différentes origines n'est autorisé que dans la mesure où cette opération permet d'optimiser les traitements ultérieurs ou de réduire la pollution finale. En particulier, les différentes catégories d'effluents radioactifs, les effluents de type domestique et non radioactifs, les effluents de type industriel et non radioactifs et les eaux pluviales ne sont jamais mélangés.
 Des équipements et des moyens appropriés de prélèvement et de contrôle doivent permettre de réaliser, avant évacuation dans le réseau dit « chimique », des échantillonnages et des analyses des effluents.
 Les effluents non radioactifs de type domestique issus de zones non contrôlées sont rejetés dans un réseau spécifique raccordé à la station de traitement biologique du centre.
 Les effluents non radioactifs de type industriel sont rejetés dans le réseau dit « chimique » raccordé à la station de traitement physico-chimique du centre après contrôle de conformité avec les critères d'acceptation de ladite station.
 Les effluents actifs proviennent des opérations effectuées sur les matériaux et combustibles irradiés, des éviers ou des lavabos actifs, ainsi que des douches actives des vestiaires chauds. Leur rejet dans les réseaux est interdit et ils sont évacués par citernage routier après contrôle.
 Les effluents faiblement radioactifs peuvent être entreposés dans les cuves de 2 et 8 m³ prévues à cet effet dans les bâtiments 625 et 605. Ils sont par la suite évacués par citernage routier.