La sous-direction des gens de mer et de l'enseignement maritime comporte :
 Le bureau de la formation et de l'emploi maritimes, qui exerce les missions suivantes :
 - définition de la politique de formation professionnelle maritime, conception des filières et conduite des réformes des formations initiales, continues et en alternance ;
 - orientation des systèmes de formation ;
 - innovation pédagogique et secrétariat des instances consultatives en liaison avec les professionnels ;
 - évaluation et suivi de l'adéquation de la formation à l'emploi des gens de mer ;
 - participation à l'élaboration des normes juridiques relatives à la formation professionnelle, organisation des examens et délivrance des titres, assurance qualité et pilotage de la validation des acquis de l'expérience ;
 - participation à la définition et au suivi de la politique de l'emploi maritime, réglementation, analyse prospective ;
 - élaboration de statistiques et suivi du marché de l'emploi maritime ;
 - promotion des métiers et des formations maritimes, information des professionnels et du public.
 Le bureau des établissements d'enseignement maritime, qui exerce les missions suivantes :
 - participation à l'élaboration et à la mise en oeuvre de la politique de l'enseignement maritime ;
 - organisation du réseau des établissements de formation professionnelle maritime, élaboration du plan de spécialisation des écoles de marine marchande et de la carte scolaire, agrément des établissements de formation ;
 - suivis statistiques, évaluation et prospective, animation du système qualité, relations internationales et coopération avec les établissements d'enseignement maritime étrangers ;
 - définition et gestion des ressources humaines, des moyens financiers et des équipements des établissements de formation professionnelle maritime, gestion des subventions attribuées aux centres de formation de métropole et d'outre-mer ;
 - élaboration des plans de formation des personnels, gestion des compétences et gestion pédagogique des personnels ;
 - organisation de la vie scolaire, définition des règles de vie et de fonctionnement des établissements ;
 - gestion des bourses, du fonds social lycée, des dotations budgétaires octroyées au Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles (CNASEA), prise en charge financière des élèves embarqués.
 Le bureau du travail maritime, qui exerce les missions suivantes :
 - participation à l'élaboration des normes juridiques relatives au droit du travail maritime, à l'exercice de la profession de marin et à l'identité des gens de mer, notamment :
  - engagement des gens de mer et conditions d'exercice de la profession de marin, police du rôle d'équipage ;
  - définition des conditions de travail et prévention des risques professionnels maritimes ;
  - conflits du travail, conventions et accords collectifs de travail, groupements professionnels, représentation du personnel navigant en matière de régime disciplinaire et pénal ;
 - suivi des relations du travail maritime et de la négociation collective, notamment :
  - secrétariat de la commission nationale de la négociation collective de la marine marchande ;
  - secrétariat de la commission nationale de conciliation ;
  - secrétariat de la commission de recours en matière d'effectifs à bord des navires ;
  - suivi des conflits du travail, des plans de sauvegarde de l'emploi, des restructurations des armements et de leurs mesures d'accompagnement ;
 - participation à la mise en oeuvre des normes juridiques du travail maritime :
  - organisation et animation des services d'inspection du travail maritime, définition des missions et des actions d'inspection, formation des agents, élaboration des statistiques d'application de la réglementation du travail et du rapport annuel au Bureau international du travail ;
  - coordination de l'action des services qui concourent à la prévention des risques professionnels et à l'amélioration des conditions de travail ;
  - participation au contrôle de l'Etat du port pour la mise en oeuvre des normes internationales du travail et suivi des situations d'abandon, de rapatriement et de plaintes des gens de mer ;
 - suivi des relations avec l'Organisation internationale du travail.
 Le bureau de la santé et de la sécurité au travail maritimes, qui exerce les missions suivantes :
 - participation à l'élaboration des normes juridiques en matière de santé au travail des gens de mer, d'aptitude physique à la navigation et de médecine de prévention ;
 - mise au point des contenus de la formation aux soins médicaux à bord et des dotations médicales à bord des navires ;
 - recueil des données concernant les accidents du travail maritime et élaboration du rapport annuel sur les accidents du travail maritime et les maladies professionnelles ;
 - relation avec les organismes de prévention, en particulier l'Institut maritime de prévention (IMP) ;
 - animation et secrétariat de la commission d'hygiène et de prévention des accidents du travail des gens de mer ;
 - réalisation des visites médicales d'aptitude des marins en région parisienne ;
 - participation aux comités d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail des compagnies maritimes, dont le siège n'est pas situé sur le littoral, à la commission centrale de sécurité des navires.