Le code de l'environnement est ainsi modifié : 
1° L'article R. 122-6est ainsi modifié : 
a) Le III devient un IV, le début de l'alinéa est ainsi rédigé : 
« IV.-Dans les cas ne relevant pas du I, du II ou du III, (le reste inchangé) et la référence au : “ I ou au II ” est remplacée par la référence au : “ I, au II ou au III ” » ; 
b) Après le II, il est inséré un III (nouveau) ainsi rédigé : 
« III.-L'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement mentionnée à l'article L. 122-1 est la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable de la région sur le territoire de laquelle le projet de travaux, d'ouvrages ou d'aménagement doit être réalisé : 
« 1° Pour les autres projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements que ceux mentionnés au I et au II du présent article qui relèvent du I de l'article L. 121-8 ; 
« 2° Pour les projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements appartenant à un programme de travaux au sens du II de l'article L. 122-1 lorsque l'un au moins des projets du programme relève de sa compétence en application du 1° ci-dessus. 
« Toutefois lorsque le projet est situé sur plusieurs régions ou lorsqu'il appartient à un programme de travaux au sens du I de l'article L. 122-1 situé sur plusieurs régions et ne relevant pas du I ou du II ci-dessus, l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement mentionnée à l'article L. 122-1 est la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable. » ; 
2° L'article R. 122-17 est ainsi modifié : 
a) Le premier alinéa du I est remplacé par les dispositions suivantes : 
« Les plans, schémas, programmes et autres documents de planification devant faire l'objet d'une évaluation environnementale sont énumérés ci-dessous : » ; 
b) Le premier alinéa du II est remplacé par les dispositions suivantes : 
« Les plans, schémas, programmes et autres documents de planification susceptibles de faire l'objet d'une évaluation environnementale après un examen au cas par cas sont énumérés ci-dessous : » ; 
c) Le titre et la colonne de droite des tableaux du I et du II sont supprimés et leur colonne de gauche est transformée en énumération ; 
d) Le III est remplacé par les dispositions suivantes : 
« III.-Pour les plans, schémas, programmes et autres documents de planification soumis à évaluation environnementale en application du I ou du II, l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement est : 
« 1° La formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable pour les plans, schémas, programmes et autres documents de planification dont le périmètre excède les limites territoriales d'une région ou qui donnent lieu à une approbation par décret ou à une décision ministérielle, ainsi que pour les plans, schémas, programmes et autres documents de planification mentionnés aux 4°, 8°, 10°, 14°, 16°, 25°, 27°, 32°, 39° et 40° du I et aux 2° et 5° du II ; 
« 2° La mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable pour les autres plans, schémas, programmes et autres documents de planification mentionnés au I et au II. 
« La formation d'autorité environnementale peut, de sa propre initiative et par décision motivée au regard de la complexité et des enjeux environnementaux du dossier, exercer les compétences dévolues à la mission régionale d'autorité environnementale. Dans ce cas, la mission régionale d'autorité environnementale transmet sans délai le dossier à la formation d'autorité environnementale. Les délais prévus aux articles R. 122-18 et R. 122-21 courent à compter de la date de saisine de la mission régionale d'autorité environnementale. » ; 
3° L'article R. 122-18 est ainsi modifié : 
a) Le premier alinéa du I est complété par la phrase suivante : « Lorsque l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement au sens du III de l'article R. 122-17 est la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable, le service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) instruit la demande et transmet son avis à la mission régionale qui prend alors sa décision. » ; 
b) Le deuxième alinéa du I est remplacé par les dispositions suivantes : 
« Dès qu'elles sont disponibles et, en tout état de cause, à un stade précoce dans l'élaboration du plan, schéma, programme ou document de planification, la personne publique responsable transmet à la formation d'autorité environnementale ou, lorsque la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente, au service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) les informations suivantes : » ; 
c) Au premier alinéa du II, les mots : « l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement » sont remplacés par les mots : « la formation d'autorité environnementale ou le service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) » ; 
d) Au b du II, les mots : « sur son site internet » sont supprimés ; 
e) Le c du II est remplacé par les dispositions suivantes : 
« c) Les transmet pour avis soit au ministre chargé de la santé lorsqu'il s'agit d'un plan, schéma, programme ou document de planification pour lequel la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente, soit au directeur général de l'agence régionale de santé lorsque la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente. » ; 
f) Au deuxième alinéa du III, les mots : « publiée sur son site internet » sont remplacés par les mots : « mise en ligne » ; 
g) Le III est complété par un alinéa ainsi rédigé : 
« Lorsque la décision est rendue par la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable, elle est transmise pour information au préfet de région lorsque le périmètre du plan, schéma, programme ou autre document de planification est régional ou aux préfets des départements concernés dans les autres cas. » ; 
4° L'article R. 122-19 est ainsi modifié : 
a) Au premier alinéa, les mots : « désignée aux I à III de l'article R. 122-17 » sont supprimés ; 
b) Après le deuxième alinéa, sont ajoutées les dispositions suivantes : 
« La demande est adressée à la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable ou, lorsque la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente, au service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) qui lui propose un projet de réponse. 
« Lorsque l'avis est donné par la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable, il est transmis pour information au préfet de région lorsque le périmètre du plan, schéma, programme ou autre document de planification est régional ou aux préfets des départements concernés dans les autres cas. » ; 
5° L'article R. 122-21 est ainsi modifié : 
a) Au I, les mots : « aux I à III » sont remplacés par les mots : « au III » ; 
b) Le I est complété par la phrase suivante : « Lorsque l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement est la mission régionale d'autorité environnementale, ces éléments sont transmis au service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) qui prépare et met en forme toutes les informations nécessaires pour que la mission régionale puisse rendre son avis. » ; 
c) Le premier alinéa du II est remplacé par les dispositions suivantes : 
« II.-Lorsque la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente, elle consulte le ministre chargé de la santé. Lorsque la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente, le service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) consulte le directeur général de l'agence régionale de santé. » ; 
d) Au deuxième alinéa du II, les mots : « L'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement consulte » sont remplacés par les mots : « Sont également consultés » ; 
e) Au premier alinéa du IV, les mots : « dès sa signature, mis en ligne sur son site internet » sont remplacés par les mots : « dès son adoption, mis en ligne » ; 
f) Après le premier alinéa du IV, il est inséré un alinéa ainsi rédigé : 
« Lorsque l'avis est rendu par la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable, il est transmis pour information au préfet de région lorsque le périmètre du plan, schéma, programme ou autre document de planification est régional ou aux préfets de départements concernés dans les autres cas. » ; 
g) Au troisième alinéa du IV, les mots : « à l'alinéa précédent » sont remplacés par les mots : « au premier alinéa » ; 
6° Après l'article R. 122-24, il est inséré une nouvelle section ainsi rédigée : 
« Section 3 
« Dispositions communes 
« Art. R. 122-25.-Dans chaque région, la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable bénéficie de l'appui technique d'agents du service régional chargé de l'environnement selon les modalités prévues aux articles R. 122-17 et suivants du présent code et R. 104-19 et suivants du code de l'urbanisme. Pour l'exercice de cet appui, par dérogation à l'article 2 du décret n° 2009-235 du 27 février 2009 relatif à l'organisation et aux missions des directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement, à l'article 14 du décret n° 2010-687 du 24 juin 2010 relatif à l'organisation et aux missions des services de l'Etat dans la région et les départements d'Ile-de-France et à l'article 5 du décret n° 2010-1582 du 17 décembre 2010 relatif à l'organisation et aux missions des services de l'Etat dans les départements et les régions d'outre-mer, à Mayotte et à Saint-Pierre-et-Miquelon, les agents de ce service sont placés sous l'autorité fonctionnelle du président de la mission régionale d'autorité environnementale. »