L'objectif est de pouvoir comparer les flux de trésorerie générés pendant toute la durée d'exécution du contrat. Il faut donc avoir estimé chacun des éléments du coût du projet, et consolidé ces éléments dans une estimation globale.
A2.1. Les éléments du coût global
Les coûts classiques
 Coûts directs (pouvant être affectés directement à l'objet du contrat), indirects (affectés au projet sur la base de ratios, comme coûts de négociation ou de contrôle) et coûts cachés (notamment en termes d'assurance implicite du secteur public ou de dépassement des délais dans le cadre d'une maîtrise d'ouvrage publique). Les coûts s'appuieront sur les éléments de comparaison disponibles pour des projets similaires ou sur des hypothèses réalistes et justifiées. Les coûts de fonctionnement de la maîtrise d'ouvrage supportés par d'autres services ne seront pas omis.
Les revenus annexes
 Ne doivent être prises en compte que les recettes bénéficiant à la collectivité publique en charge de l'opération.
Les coûts liés au financement
 Le financement bancaire du partenaire privé et la rémunération de sa part de fonds propres représenteront un surcoût par rapport au financement du projet que pourrait obtenir la collectivité publique.
Les gains liés à une réalisation privée
 Ces gains comporteront en général les gains sur la maîtrise d'ouvrage, sur le dispositif conception/construction, sur l'exploitation, sur le maintien de la valeur patrimoniale, ainsi que les gains et revenus complémentaires tirés de l'exploitation de l'ouvrage.
Aspects fiscaux du contrat de partenariat
a) Taxe foncière sur les propriétés bâties (TFPB)
 Il y a exonération de TFPB pendant toute la durée du contrat si les immeubles construits dans le cadre des CP et incorporés au domaine de la personne publique à l'expiration du contrat répondent aux conditions du 1° de l'article 1382 du code général des impôts.
b) Eligibilité au fonds de compensation de la TVA (FCTVA)
 Le principe est l'égalité de traitement avec les opérations d'investissement public. Il y a éligibilité au FCTVA des contrats de partenariat sous certaines conditions (notamment que le bien revienne au patrimoine de la personne publique au terme du contrat de partenariat), l'assiette prise en compte chaque année pour l'attribution du FCTVA étant la rémunération annuelle correspondant à l'investissement réalisé par le co-contractant (hors coût financier).
 L'attribution de FCTVA reçue par le co-contractant est minorée du montant des subventions TTC versées éventuellement par l'Etat à la personne publique pour la réalisation de l'équipement.
 Le calcul de l'attribution et le versement des attributions de FCTVA sont effectués dans les conditions de droit commun définies par les articles L. 1615-12 et 1615-6 du code général des collectivités territoriales.
 S'il y a des difficultés à identifier les coûts, l'analyse comparative n'en doit pas moins être sincère et la plus objective possible, étayée sur la base de données ou d'hypothèses vérifiables.
A2.2. Estimations et comparaisons des coûts globaux
 L'évaluation financière est menée selon la méthode de la VAN (valeur actuelle nette) présentée dans le guide : pour les scénarios de réalisation publique directe comme pour celui de la réalisation en contrat de partenariat, on calcule la valeur actuelle nette de l'ensemble des flux pour la collectivité publique liés au projet, et on en compare les résultats. Ces flux comportent :
 - pour les marchés classiques, les coûts directs, indirects, cachés ou aléatoires ;
 - pour le contrat de partenariat, la rémunération du contrat, incluant les surcoûts et marges, diminués des gains et recettes complémentaires.
 La comparaison des VAN permet d'apprécier l'opportunité financière de recourir à l'un ou à l'autre des modes de réalisation.
 L'actualisation des flux de fonds est opérée pour chaque mode de réalisation avec un taux de référence unique : le coût du financement pour la personne publique sur la période considérée. Le taux de référence est le taux (OAT + x points de base) auquel la collectivité pourrait lever un emprunt sur le marché financier. Ce taux dépend de sa notation financière.
A2.3. Cas d'une différence dans le calendrier de réalisation
 Dans le cas où les différentes procédures aboutiraient à des délais de livraison différents, le calcul de la VAN est biaisé, en ce sens qu'il fait baisser le coût global du projet qui se met en place le plus tardivement. Il convient donc de pallier cet inconvénient, surtout s'il y a des décalages importants de calendrier prévisibles entre une réalisation en contrat de partenariat et une réalisation en MOP.
 Lorsque l'utilité socio-économique aura pu être déterminée avec assez de précision en amont, en application de la méthodologie proposée par le Commissariat général du Plan pour le choix des projets d'investissement, elle pourra être intégrée au bilan financier en VAN pour compenser cet effet pénalisant pour la procédure la plus rapide. A défaut, il est conseillé pour supprimer la distorsion dans la comparaison financière :
 - de rétablir pour tous les scénarios la même date de mise en service (la plus éloignée) ;
 - d'aligner les durées de fourniture du service sur une même valeur, celle du contrat de partenariat (égale à la durée du contrat à laquelle on soustrait la durée de la réalisation des équipements).
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