Les missions dévolues aux sous-directions et mission citées à l'article 17 sont les suivantes :
 La sous-direction du pilotage de l'informatique coordonne la mise en oeuvre du schéma stratégique des systèmes d'information et des télécommunications. Elle est chargée de la conduite des projets de l'informatique de gestion du ministère, de la conception et de l'élaboration des produits correspondants. Elle veille à la cohérence des choix techniques et met en oeuvre le schéma directeur des infrastructures. Elle prépare le budget informatique du ministère et assure un appui à l'élaboration des marchés informatiques. Elle anime et coordonne l'action des services déconcentrés dans les domaines de sa compétence.
 La sous-direction des moyens des services et du patrimoine est chargée de la gestion des emplois ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé des services déconcentrés et des établissements scolaires ainsi que de la gestion des crédits de fonctionnement et d'équipement des services académiques, des délégations de crédits des congés bonifiés et des frais de changement de résidence. Elle est responsable des opérations immobilières des services déconcentrés et des établissements scolaires restant à la charge de l'Etat. Elle assure une fonction de conseil en matière de constructions scolaires. Elle assure la coordination des demandes budgétaires de la direction.
 La sous-direction de la décentralisation et de la modernisation est chargée de l'animation et du suivi de la modernisation de l'action administrative et de la préparation des mesures de décentralisation. Elle anime les relations avec les collectivités territoriales et la délégation à l'aménagement du territoire et à l'action régionale. Elle assure l'animation et le suivi des démarches et projets d'amélioration des relations entre les services et les usagers. Elle étudie et propose les mesures de simplification administrative. Elle réalise des études d'organisation pour les services centraux et déconcentrés et suit l'impact des mesures de déconcentration sur l'organisation des services. Elle met en place, en liaison avec la direction des affaires financières, les démarches, méthodes et outils de contrôle de gestion dans les services centraux et déconcentrés. Elle coordonne et suit la politique de contractualisation avec les académies. Elle assure le secrétariat du comité de pilotage des consultants internes.
 La mission de la formation est chargée de définir la politique de formation des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé des services déconcentrés et des établissements scolaires et supérieurs et de veiller à sa mise en oeuvre par les services académiques.
 La sous-direction de la gestion prévisionnelle des emplois et des compétences et de l'action sanitaire et sociale est chargée de l'élaboration des textes à caractère statutaire et indemnitaire concernant les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé et les personnels des bibliothèques et des musées, des services déconcentrés et des établissements scolaires et supérieurs. Elle réalise des études de gestion prévisionnelle concernant le recrutement et la carrière des personnels appartenant à ces corps. Elle coordonne l'action sanitaire et sociale pour les personnels des ministères chargés de la jeunesse, de l'éducation nationale, de la recherche et des sports, en liaison avec la direction des personnels enseignants et la direction de l'encadrement.
 La sous-direction des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux, de santé, des bibliothèques et des musées assure le pilotage de la gestion déconcentrée des personnels des services déconcentrés et des établissements scolaires et supérieurs ainsi que la gestion nationale des actes non déconcentrés. Elle assure le recrutement des personnels appartenant à des corps à gestion nationale ainsi que la gestion des actes non déconcentrés.
 La sous-direction de la gestion des ressources humaines pour l'administration centrale assure la gestion des emplois et des carrières des personnels de l'administration centrale ainsi que leur formation continue, à l'exception des personnels d'administration centrale gérés par la direction de l'encadrement. Elle élabore les textes à caractère statutaire et indemnitaire, traite des questions d'hygiène et de sécurité ainsi que des relations avec les associations de personnels. Elle réalise des études de gestion prévisionnelle relatives au recrutement et à la carrière de ces personnels. Elle gère également les traitements et indemnités des personnels d'encadrement de l'administration centrale relevant de la direction de l'encadrement. Elle procède, en liaison avec la sous-direction de la décentralisation et de la modernisation, aux études d'organisation relatives à l'administration centrale.
 La sous-direction de la logistique de l'administration centrale est chargée du fonctionnement de l'administration centrale, à l'exception de celui des cabinets. A ce titre, elle assure la gestion des moyens de fonctionnement, d'équipement et des frais de déplacements des personnels. Elle gère le patrimoine immobilier de l'administration centrale.
 La sous-direction de l'informatique de l'administration centrale est responsable des systèmes d'information et de télécommunications dédiés à l'administration centrale, en cohérence avec le schéma directeur national. Elle assure l'équipement matériel et logiciel et l'assistance aux utilisateurs. Elle conduit les études et développements des applications de gestion et de communication propres aux services de l'administration centrale.