Le dossier de demande de subvention et les pièces constitutives sont adressés au préfet du département (DDAF ou DDEA) dans lequel est situé le siège de l'exploitation avant le commencement d'exécution des investissements. Ne sont pas exigibles les pièces déposées antérieurement au guichet unique placé auprès de la DDAF ou de la DDEA, sous réserve de leur validité.
 La demande de subvention au titre du plan de modernisation des bâtiments d'élevage, en application des articles 1er et 2 de cet arrêté, est présentée dans le cadre d'un appel à candidatures organisé au niveau régional. Les demandeurs sont informés de la (ou des) décisions relatives à leur demande dans un délai compatible avec celui fixé par le décret du 16 décembre 1999 susvisé.
 Le demandeur dispose d'un délai d'un an à compter de la date d'attribution de la subvention pour commencer l'exécution des investissements. Passé ce délai, la décision d'octroi de l'aide devient caduque.
 Le demandeur dispose d'un délai de deux ans à compter de la date de déclaration de début de travaux pour réaliser les investissements. A titre exceptionnel, le préfet du département (DDAF ou DDEA), par décision motivée, peut accorder une prorogation d'une durée maximale d'un an. Cette décision se fonde sur des circonstances particulières non imputables au bénéficiaire ou justifiées par la situation économique, sociale ou personnelle de celui-ci. Passé ces délais, la décision peut être déclarée caduque et les sommes éventuellement versées font l'objet d'un recouvrement.
 En ce qui concerne le commencement d'exécution du projet, il ne peut intervenir avant la date de la décision d'attribution de la subvention.
 Le commencement d'exécution se détermine dans les conditions prévues par le décret précité à compter de la date d'émission de la première facture correspondant à l'investissement sous réserve de l'application de la clause de réserve de propriété. Lorsque le projet nécessite des études préalables, ces études ne constituent pas un commencement d'exécution.
 Au titre de la modernisation des bâtiments d'élevage, un seul dossier peut être déposé pour une même exploitation par période de cinq ans. Les exploitations bénéficiaires d'une subvention engagée au cours des années 2005 et 2006 peuvent respectivement présenter une nouvelle demande à partir de 2010 et 2011.
 Toutefois, si l'installation d'un jeune agriculteur au sein d'une société déjà bénéficiaire d'une subvention nécessite de nouveaux investissements inscrits dans le plan de développement de ce jeune exploitant, une nouvelle aide pourra être accordée à la société. Un seul plafond d'aide sera attribué en cas d'installation d'un jeune agriculteur dans le cadre d'un groupement agricole d'exploitation en commun (GAEC).
 Par dérogation à la règle de périodicité prévue par l'antépénultième alinéa, une aide au titre du volet mécanisation en zone de montagne n'exclut pas du bénéfice d'un soutien au titre de la modernisation des bâtiments d'élevage. Les exploitations bénéficiaires d'une subvention du ministère chargé de l'agriculture au titre de la modernisation des bâtiments d'élevage peuvent solliciter les aides des autres financeurs pour les filières autres que bovine, ovine et caprine ou pour les investissements d'élevage dont le montant hors taxes est compris entre 4 000 euros et 15 000 euros.