La présente directive entre en vigueur le 27 novembre 2001. Elle est transposée dans leur droit interne par les Etats membres avant le 27 novembre 2002. La présente directive refond la directive 88/609/CEE du Conseil du 24 novembre 1988 relative à la limitation des émissions de certains polluants dans l'atmosphère en provenance des grandes installations de combustion, notamment en tenant compte de l'article 18 de la directive 96/61/CE du Conseil du 24 septembre 1996 relative à la prévention et à la réduction intégrées de la pollution, et de la directive 96/92/CE du Parlement européen et du Conseil du 19 décembre 1996 concernant des règles communes pour le marché intérieur de l'électricité. Les installations autorisées en vertu de cette directive 88/609/CEE, et donc soumises à des plafonds d'émission moins faibles, n'ont pas à diminuer leurs émissions avant le 1er janvier 2008 (article 4, paragraphes 3 et 4, article 17), sauf si les Etats membres souhaitent les intégrer au schéma national de réduction des émissions. L'article 15 prévoit un rapport des Etats membres chaque fois que de nouveaux plafonds sont fixés pour les installations existantes. 
La présente directive s'applique sans délai à toute nouvelle autorisation d'installation de combustion dont la puissance thermique nominale est égale ou supérieure à 50 mégawatts, mais ne vise que les installations destinées à la production d'énergie et pas celles qui utilisent de façon directe le produit de combustion pour la fabrication de produits autres que de l'énergie (articles 1 et 2). Les installations entraînées par des moteurs diesel, à essence ou au gaz ne sont pas non plus visées (articles 1 et 2, paragraphe 7). Les installations mises en service au plus tard le 27 novembre 2003, et ayant déposé leur demande d'autorisation avant le 27 novembre 2002, respectent les plafonds d'émission fixés dans la partie A des annexes III à VII (article 4, paragraphe 1). Les installations postérieures respectent les plafonds de la partie B de ces mêmes annexes (article 4, paragraphe 2). 
L'abaissement des plafonds d'émissions polluantes se fait dans le cadre d'un schéma national de réduction des émissions, transmis à la commission au plus tard le 27 novembre 2003 par les Etats membres. Ce schéma touche l'ensemble des émissions polluantes par les grosses unités de production d'un pays (article 4, paragraphe 6). L'article 5 prévoit des dérogations pour les usines ne tournant pas à pleine capacité, ainsi que pour l'Espagne. L'article 6 prévoit l'encouragement à la production combinée de chaleur et d'électricité. L'article 7 prévoit un système d'avertissement en cas de panne, et des dérogations aux plafonds d'émission en cas de difficulté d'approvisionnement dans les meilleurs produits. Des sanctions seront créées pour les usines ne respectant pas les prescriptions nationales en matières d'émissions polluantes. L'article 9 prévoit que le rejet de gaz polluants se fait par une cheminée et qu'il est mesuré. L'article 12 prévoit que des mesures continues et discontinues sont réalisées, et l'article 14 définit les règles de calcul des moyennes et les autorisations de dépassement de ces moyennes (moyennes quotidiennes pour les mesures continues, moyennes mensuelles pour les mesures discontinues, et règles de dépassement différentes selon que l'usine a déposé sa demande d'autorisation avant ou après le 27 novembre 2002). L'article 8 prévoit les méthodes de calcul des plafonds pour les usines équipées d'un foyer mixte, et l'article 10 pour les usines augmentant leurs capacités. L'article 11 prévoit une information des Etats limitrophes qui pourraient être touchés par l'émission de gaz polluants d'une usine. Rectificatif : JOUE n°91 du 9 avril 2005 p.20