La présente directive entre en vigueur le 15 mars 2001. Elle doit être transposée au plus tard le 15 mars 2003, et le 15 mars 2008 pour l'Angleterre, l'Irlande et la Grèce. 
Dix ans après la directive qui avait organisé la séparation des activités de transport de celles d'entretien et d'exploitation du réseau ferré, et qui avait exigé l'autonomie de gestion des compagnies de transport ferroviaire, le présent texte engage une nouvelle étape dans la constitution d'un réseau de transport européen. Il remanie donc en profondeur la directive n°91/440/CEE du Conseil du 29 juillet 1991. Ces remaniements sont faits en cohérence avec la directive n°2001/14/CE publiée le même jour, relative à l'infrastructure ferroviaire. 
Les paragraphes 1) à 11) de l'article premier organisent la liberté d'accès des entreprises ferroviaires aux réseaux nationaux. L'article 3 modifié de la directive n°91/440 prévoit que les entreprises ferroviaires reçoivent désormais une licence d'utilisation d'un réseau ferré. En-dehors de l'Angleterre, de l'Irlande et de la Grèce, dont l'absence de frontières avec les autres pays de la Communauté justifie un traitement particulier, les Etats membres s'engagent à assurer une attribution des licences, une attribution des sillons, une tarification et des contributions de service public qui soient équitables pour toutes les entreprises ferroviaires de la zone (nouvel article 6). Les règles de sécurité doivent être adaptées pour ne pas créer de discrimination (nouvel article 7). En vertu du nouvel article 10, le droit d'accès aux réseaux nationaux est ouvert aux entreprises de la Communauté, pour ce qui concerne le transport de marchandises; sur certaines lignes, qui constituent le réseau transeuropéen défini au paragraphe 12) (voir plus bas), l'accès est ouvert pour tout le fret; c'est la Commission qui est chargée d'examiner les recours contre toute décision individuelle considérée comme ne respectant pas les règlements établis, tandis que chaque Etat membre désigne un organisme compétent pour les recours contre les règles d'organisation de son réseau (cet organisme peut également se saisir d'office; en vertu de l'article 30 de la directive n°2001/14/CE, cet organisme peut être le ministère chargé des transports). 
Le paragraphe 12) crée le réseau transeuropéen de fret ferroviaire (RTFF), constitué des lignes qui traversent une frontière interne à la Communauté, et de celles qui arrivent à un port. 
Les paragraphes 13) à 16) prévoient le dispositif d'encadrement de la mise en uvre et de l'application de la présente directive, qui demande aux Etats-membres des réformes profondes. La Commission est chargée de la surveillance de la liberté du secteur ferroviaire, et de la qualité du service. Les modifications aux cartes du réseau transeuropéen seront apportées sur consultation ou sur avis d'un comité, conformément aux prescriptions de la décision du Conseil n°1999/468/CE. Le Parlement, le Comité économique et social, et le Comité des régions, en plus du Conseil, seront destinataires du rapport sur la mise en uvre de la directive, transmis au plus tard deux ans après la date limite de la transposition par les Etats-membres. 
Enfin, le paragraphe 17) prévoit les dispositions particulières pour les Etats-membres dont le territoire n'est pas continu avec celui des autres Etats-membres.