Le secrétariat général conduit les réflexions et oriente les évaluations relatives aux politiques publiques et aux choix stratégiques du ministère.
 En liaison avec les autres directions d'administration centrale intéressées, il est chargé de la prospective, de la prévision, des analyses et des études notamment à caractère économique, dans les domaines des transports, de l'aménagement, de l'habitat et de la construction. Dans ce cadre, il organise le système d'observation économique et statistique.
 Il contribue à l'élaboration de la position de la France dans les choix européens et internationaux et assure la coordination générale des affaires européennes et internationales.
 Il anime la politique économique des secteurs de l'équipement, du bâtiment, des travaux publics et de l'ingénierie, suit les questions sociales et met en oeuvre les politiques industrielles de ces secteurs. Il contribue à la connaissance et à la prise en compte des autres secteurs professionnels concernés par les politiques du ministère.
 Il prépare la réglementation technique relative aux marchés et concourt à l'évolution de la réglementation administrative correspondante. Il suit les questions de normalisation.
 Il définit et anime la politique de recherche du ministère et veille à son évaluation. Il mène la prospective technologique. Il assiste le ministre dans l'exercice de la tutelle de l'Institut géographique national, de Météo-France, du laboratoire central des ponts et chaussées, de l'Institut national de recherche sur les transports et leur sécurité, et de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer. En liaison avec les directions et les organismes de recherche intéressés, il définit les orientations du réseau des organismes scientifiques et techniques du ministère et veille à leur mise en oeuvre ainsi qu'à la diffusion des produits de la recherche et de l'innovation technique. Il contribue à l'élaboration de la politique des infrastructures satellitaires et de leurs applications.
 Il élabore et coordonne la politique d'information et de communication du ministère, et s'assure de sa mise en oeuvre. Il veille à la qualité et à la cohérence de la communication des services. A cette fin, il leur apporte son concours.
 Il coordonne la préparation annuelle du budget. Il coordonne la mise en place du contrôle de performance dans les services et veille à sa mise en oeuvre.
 En liaison avec la direction générale du personnel et de l'administration, il assure la gestion personnalisée des cadres dirigeants et des experts de haut niveau. Il fixe les orientations de l'activité de l'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat et de l'Ecole nationale des techniciens de l'équipement.
 Il assiste le ministre dans l'exercice de la tutelle de l'Ecole nationale des ponts et chaussées.
 Il élabore la stratégie ministérielle de réforme et pilote sa réalisation. Il propose et met en oeuvre la stratégie d'évolution et d'organisation des services.
 Le secrétariat général comprend :
 - la direction des affaires économiques et internationales ;
 - la direction de la recherche et de l'animation scientifique et technique ;
 - le service de l'information et de la communication.