La direction générale de la mer et des transports élabore et met en oeuvre les orientations d'une politique intermodale des transports terrestres et maritimes et les orientations de l'Etat en matière de transports terrestres et maritimes de voyageurs et de marchandises. Elle définit les orientations en matière de politique des déplacements. Elle contribue, en liaison avec le secrétariat général, aux analyses et études économiques dans le domaine des transports.
 Elle élabore les orientations de la politique relative aux ports, à la sécurité maritime et à la navigation maritime. Elle définit les orientations de la formation et de l'enseignement maritimes et conduit la politique économique et sociale des gens de mer. Elle définit et anime la politique relative à la réglementation du travail, aux conditions de travail et à la protection sociale dans les transports terrestres et maritimes. Elle anime l'activité de l'inspection du travail maritime.
 Elle anime la politique de la plaisance et des activités nautiques. Elle coordonne les actions relatives à la mise en valeur du domaine public maritime. Elle contribue à la définition et à la mise en oeuvre de la politique d'aménagement, de protection et de mise en valeur du littoral.
 Elle planifie les grands projets de développement des infrastructures de transport ferroviaire, de navigation intérieure et des ports fluviaux et maritimes ; elle définit les modalités de financement de ces projets et précise la répartition des risques financiers entre les intervenants. Elle oriente et contrôle la modernisation des réseaux ferroviaires et de navigation intérieure. Elle traite des questions intéressant l'équipement, l'entretien et le développement des ports fluviaux et maritimes relevant de l'Etat.
 Elle définit les orientations relatives à la sécurité et à la sûreté des transports terrestres et maritimes, des ports et des navires. Elle définit les orientations relatives à la sécurité de la navigation fluviale et maritime. Elle définit les orientations relatives au contrôle, à la surveillance et à la signalisation de la navigation fluviale et maritime. Elle propose à cet effet les dispositions législatives, élabore et met en oeuvre les réglementations, et veille à leur respect, en organisant la surveillance des opérateurs, la délivrance des agréments, certificats et autres autorisations administratives et le contrôle des compétences techniques des personnels.
 Elle élabore la réglementation des transports terrestres et maritimes, des infrastructures de transport ferroviaire et collectif, de la navigation intérieure et des ports fluviaux et maritimes. En liaison avec la direction générale des routes, elle assiste le ministre dans l'exercice de la tutelle de l'Agence de financement des infrastructures de transport de France. Elle élabore la réglementation relative à l'usage des infrastructures et des services de transports terrestres et maritimes.
 Elle assiste le ministre dans l'exercice de la tutelle des établissements publics nationaux intervenant dans le champ de ses attributions, pour les relations de l'Etat avec les collectivités territoriales et les établissements publics organisateurs de transport, et pour les relations de l'Etat avec les entreprises publiques de transports.
 Dans ses domaines de compétences, elle anime et coordonne l'action des services, notamment dans le domaine des affaires maritimes et de la navigation intérieure. Elle anime la mise en oeuvre des systèmes d'information nécessaires aux activités portuaires et maritimes, notamment en termes de sécurité et de contrôle.
 Elle anime les activités d'ingénierie publique menées pour compte propre qui sont confiées aux services dans ses domaines de compétences.
 Dans ses domaines de compétences, elle contribue, en liaison avec le secrétariat général, à la définition des orientations du réseau des organismes scientifiques et techniques du ministère ainsi qu'à la mise en oeuvre et à la diffusion des produits de la recherche et de l'innovation technique.
 Elle prépare et conduit les actions européennes et internationales dans les mêmes domaines.
 La direction générale de la mer et des transports comprend :
 - la direction des transports ferroviaires et collectifs ;
 - la direction des transports maritimes, routiers et fluviaux ;
 - la direction des affaires maritimes.