Le service des affaires juridiques comprend :
 1. La sous-direction du droit des personnels, des établissements sous tutelle et des marchés.
 2. La sous-direction du droit des produits, des politiques sectorielles et des exploitations.
 3. La mission des procédures et de la diffusion de l'information juridique.
 4. La mission du droit des usagers et de la coordination des procédures juridiques communautaires.
 5. Le délégué aux affaires pénales.
 I. - La sous-direction du droit des personnels, des établissements sous tutelle et des marchés exerce les attributions définies au II de l'article 2 du décret du 30 juin 2008 susvisé pour les questions juridiques concernant :
 1° Les personnels, l'organisation des services et établissements publics relevant du ministère, la formation et la recherche ;
 2° Les contrats publics et délégations de services publics relevant de la compétence du ministère, la concurrence, les finances publiques, la fiscalité et les biens des personnes publiques ;
 Elle comprend :
 ― le bureau du droit de l'administration ;
 ― le bureau du droit financier, des contrats publics et de la concurrence.
 II. ― La sous-direction du droit des produits, des politiques sectorielles et des exploitations exerce les attributions définies au II de l'article 2 du décret du 30 juin 2008 susvisé pour les questions juridiques concernant :
 1° La qualité et la sécurité des produits agricoles et des aliments ;
 2° Les politiques sectorielles dans les domaines de l'agriculture, de la sylviculture, des produits de la mer et de l'aquaculture ;
 3° Les exploitations, y compris le statut des exploitants et salariés, la forêt, l'aménagement rural et le développement du territoire.
 Elle comprend :
 ― le bureau du droit de la sécurité et de la qualité des produits ;
 ― le bureau du droit des politiques sectorielles ;
 ― le bureau du droit des exploitations et de l'aménagement rural.
 III. ― La mission des procédures et de la diffusion de l'information juridique assure l'enregistrement et le suivi administratif des projets de textes et demandes d'avis transmis au service, ainsi que de l'ensemble des dossiers contentieux de niveau central du ministère.
 Elle est chargée de la documentation juridique, de la diffusion des informations juridiques et de l'animation du réseau juridique des services déconcentrés.
 Elle assure le traitement des contestations liées à l'utilisation des véhicules de service.
 Elle est chargée de l'exécution financière des décisions juridictionnelles.
 IV. ― La mission du droit des usagers et de la coordination des procédures juridiques communautaires veille au respect de la législation sur la communication des documents administratifs et les traitements de données.
 Elle anime les travaux d'amélioration de l'accès au droit, notamment les travaux de codification, et assure le suivi de l'application des lois.
 Elle assure la préparation et le suivi du traitement des précontentieux communautaires, en collaboration avec les autres services du ministère et les sous-directions du service des affaires juridiques. Le cas échéant, elle apporte à celles-ci un appui pour le traitement du contentieux communautaire et international. Avec le soutien de la mission des procédures et de la diffusion de l'information juridique, elle assure, pour l'ensemble du ministère, la veille juridique dans le domaine communautaire. Elle coordonne les interventions des services du ministère en matière de transposition des directives et veille à l'établissement de fiches d'impact des textes en cours de négociation, ainsi qu'au respect des délais.
 Dans ses domaines de compétence, elle assure le traitement des dossiers transversaux qui lui sont confiés.
 V. ― Le délégué aux affaires pénales est chargé de la protection des agents publics dans le cadre de l'article 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983. Il exerce les attributions définies au II de l'article 2 du décret du 30 juin 2008 susvisé pour les questions touchant au droit pénal et au déroulement des contrôles de police administrative et judiciaire. Il contribue à la formation des agents qui exercent des fonctions de police judiciaire. Il assure le traitement de toute autre question juridique qui lui est confiée.