Le préfet de la région Ile-de-France, préfet de Paris, est le commissaire du Gouvernement auprès de l'établissement public Société du Grand Paris. En cas d'absence ou d'empêchement, le préfet de région est suppléé par le secrétaire général pour les affaires régionales.
 Le commissaire du Gouvernement représente l'Etat. Il exerce une surveillance sur l'orientation générale de l'activité de l'établissement et de celles des sociétés dont il détient directement ou indirectement plus de la moitié du capital social ou des droits de vote à l'assemblée générale des actionnaires.
 Pour l'exécution de sa mission, le commissaire du Gouvernement a tous les pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place.
 Le commissaire du Gouvernement peut assister avec voix consultative aux réunions du conseil de surveillance, du comité stratégique et de tous comités créés en leur sein. A cet effet, les convocations, accompagnées des ordres du jour, les procès-verbaux et tous autres documents lui sont adressés en même temps qu'aux autres membres de ces instances.
 Le commissaire du Gouvernement dispose du droit de demander à tout instant à son président la réunion du conseil de surveillance et l'inscription d'un point à l'ordre du jour du conseil.
 Le commissaire du Gouvernement fait connaître au conseil de surveillance l'avis du Gouvernement sur la gestion de l'établissement. Il présente toute observation ou recommandation qu'il juge conforme à l'intérêt général.
 Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à toute décision du conseil de surveillance, à l'exception des délibérations soumises à l'approbation des ministres de tutelle et du budget en application de l'article 24. Il dispose pour cela d'un délai de quinze jours suivant la réunion de l'organe délibérant si lui-même ou le commissaire du Gouvernement adjoint y a assisté ou, à défaut, suivant la réception des délibérations. Son opposition doit être motivée. Il en rend compte immédiatement aux ministres de tutelle et au ministre du budget. A défaut de confirmation expresse, par l'un de ces ministres, dans un délai d'un mois à compter de la notification de l'opposition aux ministres, celle-ci est réputée levée.
 Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer dans les mêmes conditions à toute décision de l'organe délibérant des sociétés dont l'établissement public détient directement ou indirectement plus de la moitié du capital social ou des droits de vote à l'assemblée générale des actionnaires.
 Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à toute décision du directoire ayant pour effet de créer une dépense nouvelle ou de diminuer une recette dont les montants sont supérieurs à un seuil fixé par arrêté du ministre chargé du budget, dès lors que ces décisions ne sont pas l'application d'une délibération antérieure du conseil de surveillance ou du directoire. Il dispose pour cela d'un délai de huit jours suivant la réception de la délibération. Son opposition doit être motivée. Il en rend compte immédiatement aux ministres de tutelle et au ministre du budget. A défaut de confirmation expresse, par l'un de ces ministres, dans un délai de quinze jours à compter de la notification de l'opposition aux ministres, celle-ci est réputée levée.