Par respect pour les usages locaux, loyaux et constants, le Comté ne peut être fabriqué qu'à partir d'un mélange des laits de plusieurs exploitations et de plusieurs troupeaux nourris, gérés et traits de manière indépendante, de fait la fabrication de Comté fermier n'est pas possible.
 Seuls des laits conformes aux articles 1er, 3 et 4 du présent décret peuvent être introduits dans les ateliers de fabrication de Comté. Ces laits doivent être collectés séparément, selon les modalités prévues dans le règlement technique d'application, de tout autre lait ne respectant pas les conditions du présent décret.
 Le litrage traité annuellement dans un atelier de transformation de fromage à AOC « Comté » ne peut excéder le volume le plus élevé transformé dans cet atelier au cours de la meilleure année de 2000 à 2004 augmenté chaque année de 30 fois la progression du litrage moyen des exploitations laitières de la zone d'appellation. Cette limitation ne concerne pas les ateliers de transformation qui traitent moins de 30 fois le litrage moyen produit par les exploitations agricoles en lait à Comté au cours de la dernière période annuelle connue. Des aménagements limités à cette clause afin de tenir compte de conditions particulières peuvent être autorisés par l'INAO dans des conditions prévues dans le règlement technique d'application.
 Avant emprésurage, le lait ne peut être chauffé qu'à une température au plus égale à 40 °C. L'atelier de fabrication et ses dépendances doivent disposer d'un équipement conforme au règlement technique d'application et ne doivent détenir aucun système ou installation susceptible de chauffer, en continu à une température supérieure à 40 °C ni de refroidir immédiatement le lait avant sa mise en oeuvre. L'appareil de chauffage ne doit pas disposer d'une section de chambrage.
 L'emprésurage a lieu au plus tard :
 - avant midi, lorsque la traite la plus ancienne est celle du matin du jour précédent ;
 - avant minuit, lorsque la traite la plus ancienne est celle du soir du jour précédent.
 Les seuls ajouts autorisés sont :
 - les cultures sélectionnées de ferments selon les modalités définies par le règlement technique d'application ;
 - la présure fabriquée à partir de caillette de veau.
 Le chauffage du caillé doit être réalisé en cuve, en cuivre obligatoirement, et le caillé est maintenu à une température minimum de 53 °C pendant au moins trente minutes.
 Les seules phases de la fabrication autorisées à une programmation préalable sont le chauffage et le pressage.
 La fabrication en cuves fermées est interdite.
 Pour un atelier, le nombre minimum de cuves est de deux et le nombre maximum de cuves est de cinq par fromager. Leur capacité maximum est de 5 000 litres chacune. Les ateliers qui au 1er décembre 2006 disposaient d'un nombre de cuves se situant hors de cette fourchette ou de cuves d'une capacité unitaire supérieure à 5 000 litres pourront conserver le même nombre de cuves ou les mêmes cuves au-delà de la date de parution du présent décret et jusqu'au renouvellement des cuves. Sur une période de vingt-quatre heures, il ne peut être mis en oeuvre plus de trois tours de fabrication dans une même cuve. Entre chaque tour de fabrication, un brossage, un lavage et un rinçage de la cuve sont obligatoires.
 Le pressage doit être maintenu à une pression minimum de 100 grammes par centimètre carré pendant au moins six heures. La température du local de pressage ne doit pas être inférieure à 12 °C.
 La plaque de caséine teintée en vert, qui assure l'identification du fromage, doit être apposée sur le talon de chaque meule au moment de la fabrication et ne doit subir aucune altération ; le jour et le mois de fabrication sont indiqués selon les modalités définies dans le règlement technique d'application.