I-Nonobstant les dispositions de l'article 1er, un arrêté des ministres chargés de la fonction publique et du ministre concerné énumère les corps et emplois qui, par exception, ne bénéficient pas des dispositions du présent décret. Toutefois, la situation de ces corps et emplois devra faire l'objet d'un réexamen avant le 31 décembre 2024, au plus tard. 
II-Lors de la première application des dispositions du présent décret, les attributaires de la prime instituée par le décret du 8 juillet 2009 susvisé en restent bénéficiaires jusqu'à leur terme. Ils ne peuvent présenter une nouvelle demande au titre de la part indemnitaire individuelle définie à l'article 4 avant un délai d'un an après ce terme. 
De même, les décisions individuelles d'attribution de prime de charges administratives instituée par le décret du 12 janvier 1990 susvisé et de prime de responsabilités pédagogiques instituée par le décret du 4 octobre 1999 susvisé au titre de l'année universitaire 2021-2022 et les décisions d'attribution de l'indemnité spécifique pour fonctions d'intérêt collectif dans les établissements publics à caractère scientifique et technologique instituée par le décret du 26 avril 2006 susvisé continuent de produire leurs effets au 31 août 2022. Les bénéficiaires de ces décisions doivent continuer pendant cette période à assumer les charges et responsabilités au titre desquelles ils perçoivent ces primes et ne peuvent sur cette période et pour le même motif bénéficier de l'indemnité liée à l'exercice de certaines fonctions ou responsabilités particulières prévue au 2° de l'article 2. 
De façon transitoire, et sous réserve d'une correction des codes dans les six mois, l'indemnité mentionnée au 1° de l'article 2 peut être versée aux personnels concernés en s'imputant sur les codes indemnitaires existants de la prime de recherche et d'enseignement supérieur instituée par le décret du 23 octobre 1989 susvisé et de la prime de recherche prévue par le décret du 6 juillet 1957 susvisé. 
III-Ne sont plus applicables aux bénéficiaires du présent régime indemnitaire les dispositions suivantes :
-le décret du 23 octobre 1989 susvisé ;
-le décret du 4 octobre 1999 susvisé ;
-le décret du 8 juillet 2009 susvisé ;
-le titre II du décret du 12 janvier 1990 susvisé ;
-le décret du 6 juillet 1957 susvisé ;
-le décret du 26 avril 2006 susvisé ;
-le décret du 10 novembre 2003 susvisé ;
-le décret du 15 décembre 2009 susvisé ; 
IV-Le régime indemnitaire créé par le présent décret est cumulable avec les dispositions suivantes :
-la rémunération des personnels qui participent, au-delà de leurs obligations statutaires de service, à la conclusion et à la réalisation des contrats de formation professionnelle avec d'autres personnes morales prévue par l'article D. 714-60 du code de l'éducation ;
-l'indemnité pour service à la mer régie par le décret du 30 mars 1979 susvisé ;
-le titre 1er du décret du 12 janvier 1990 susvisé ;
-l'indemnité prévue par le décret du 25 octobre 1990 susvisé ;
-l'indemnité pour sujétions particulières des personnels des cabinets ministériels régie par le décret du 5 décembre 2001 susvisé ;
-l'indemnité pour travaux supplémentaires régie par le décret du 14 janvier 2002 susvisé ;
-la prime spécifique de fonctions attribuée aux agents exerçant les fonctions de délégué du préfet, de délégué du gouvernement et de coordinateur national, dans les quartiers prioritaires de la politique de la ville instituée par le décret du 11 décembre 2008 susvisé ;
-les dispositions des troisième et quatrième alinéas de l'article 1er et le dernier alinéa de l'article 2 du décret du 8 juillet 2009 susvisé ;
-la prime spécifique de fonctions des chargés de mission auprès des secrétaires généraux pour les affaires régionales régie par le décret du 4 mai 2010 susvisé ;
-la prime d'intéressement du décret du 7 juin 2010 susvisé ;
-les indemnités compensant le travail de nuit, le dimanche ou les jours fériés ainsi que les astreintes et le dépassement régulier du cycle de travail tel que défini par le décret du 25 août 2000 susvisé. 
V-Sont abrogées les dispositions suivantes :
-le décret n° 2001-935 du 11 octobre 2001 instituant une prime de mobilité pédagogique vers l'enseignement supérieur en faveur des chercheurs ;
-le décret n° 54-543 du 26 mai 1954 instituant une indemnité forfaitaire spéciale en faveur des personnels enseignants.