L'arrêté préfectoral d'autorisation fixe les valeurs limites d'émission en concentration pour les polluants susceptibles d'être rejetés par l'installation. Elles sont applicables en sortie de station de traitement des effluents de l'installation de traitement de surfaces.
 Elles doivent être conformes aux objectifs de qualité du milieu et notamment les normes de qualité définies par l'arrêté du 20 avril 2005 pris en application du décret n° 2005-378 du 20 avril 2005 relatif au programme national d'action contre la pollution des milieux aquatiques par certaines substances dangereuses susvisé, et sont en particulier compatibles avec les dispositions du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux.
 I. - Les valeurs limites d'émission en concentration pour les métaux sont définies comme suit en mg/l (milligramme par litre d'effluents rejetés), contrôlées sur l'effluent brut non décanté.
 Le rejet est dit direct lorsqu'il s'effectue dans le milieu naturel après la station de traitement de l'installation.
 Le rejet est dit raccordé lorsqu'il s'effectue dans le réseau de collecte d'une station d'épuration extérieure.
 Les valeurs limites d'émission ci-dessus sont des valeurs moyennes journalières.
 Dans le cas de prélèvements instantanés, aucun résultat de mesures en concentration ne peut excéder le double de la valeur limite.
 Les résultats de prélèvements instantanés évoqués à l'article 33 qui peuvent être réalisés en dehors de campagnes de prélèvements inopinés ne peuvent excéder le double de la valeur limite.
 D'autres métaux et métalloïdes sont susceptibles d'être mis en oeuvre dans l'installation (zirconium, vanadium, molybdène, cobalt, manganèse, titane, béryllium, silicium...). Dans ce cas, l'arrêté préfectoral d'autorisation définit une valeur limite d'émission en terme de concentration pour chacun d'entre eux.
 II. - Les valeurs limites en terme de concentration pour les autres polluants sont définies comme suit en mg/l (milligramme par litre d'effluents rejetés), contrôlées sur l'effluent brut non décanté :
 En rejet direct, lorsque le respect des valeurs limites d'émission relatives aux fluorures (F) et aux composés organiques halogénés (AOX) n'est pas possible dans les conditions économiquement acceptables, l'arrêté préfectoral d'autorisation fixe une valeur limite qui peut excéder la valeur applicable ci-dessus, à condition que l'étude d'impact ait démontré l'acceptabilité par le milieu et sous réserve de l'avis du conseil départemental d'hygiène.
 En rejet raccordé, lorsque le respect des valeurs limites d'émission relatives aux phosphates (P), à l'azote global, aux matières en suspension (MES) ou à la demande chimique en oxygène (DCO) n'est pas possible dans des conditions économiquement acceptables, l'arrêté préfectoral d'autorisation fixe une valeur limite qui peut excéder la valeur applicable définie ci-dessus, à condition que l'étude d'impact ait démontré qu'une telle disposition ne peut nuire au bon fonctionnement de la station d'épuration urbaine et sous réserve de l'accord de l'exploitant de la station d'épuration et de l'avis du conseil départemental d'hygiène.
 Si la valeur limite d'émission en DCO n'est pas pertinente compte tenu de la nature des effluents rejetés, elle peut être remplacée par une valeur limite d'émission en carbone organique total (COT = DCO/3).
 III. - Les rejets doivent respecter les caractéristiques suivantes :
 - le pH doit être compris entre 6,5 et 9 ;
 - la température doit être inférieure à 30 °C.
 Pour les eaux réceptrices auxquelles s'appliquent les dispositions du décret n° 91-1283 du 19 décembre 1991 susvisé, les effets du rejet, mesurés dans les mêmes conditions que précédemment, doivent également respecter les dispositions suivantes :
 - ne pas entraîner une élévation maximale de température de 1,5 °C pour les eaux salmonicoles, de 3 °C pour les eaux cyprinicotes et de 2 °C pour les eaux conchylicoles ;
 - ne pas induire une température supérieure à 21,5 °C pour les eaux salmonicoles, à 28 °C pour les eaux cyprinicoles et à 25 °C pour les eaux destinées à la production d'eau alimentaire ;
 - maintenir un pH compris entre 6 et 9 pour les eaux salmonicoles et cyprinicoles et pour les eaux de baignade, compris entre 6,5 et 8,5 pour les eaux destinées à la production d'eau alimentaire, et compris entre 7 et 9 pour les eaux conchylicoles ;
 - ne pas entraîner un accroissement supérieur à 30 % des matières en suspension et une variation supérieure à 10 % de la salinité pour les eaux conchylicoles.
 Les dispositions de l'alinéa précédent ne s'appliquent pas aux eaux marines des départements d'outre-mer.