La direction générale des politiques agricole, agro-alimentaire et des territoires exerce les compétences du ministère relatives aux exploitations agricoles, à l'orientation des productions et à la gestion des marchés agricoles, aux industries agroalimentaires, à l'aménagement et au développement des territoires ruraux, au cheval et à la forêt. Elle coordonne l'action des directions et services du ministère en matière de relations communautaires et internationales, ainsi qu'en matière de relations avec les collectivités mentionnées à l'article 72-3 de la Constitution.
A ce titre, et en conformité avec les principes et les règles des politiques communes de l'Union européenne : 
I. ― Elle élabore les politiques visant au développement économique dans les secteurs des produits végétaux et animaux, appliquées tant à la production qu'à la transformation et à la commercialisation de ceux-ci. Elle veille à la mise en œuvre de ces politiques et à leur évaluation. 
Elle définit les moyens visant à améliorer la compétitivité économique des exploitations agricoles et leur insertion environnementale et territoriale, à développer les pratiques agricoles préservant l'environnement et à promouvoir des systèmes de protection des exploitations contre les risques climatiques, économiques et sanitaires. Elle prépare et met en œuvre la politique du ministère en faveur du financement bancaire de l'agriculture. Elle élabore les mesures de développement rural en faveur des exploitations agricoles et définit les règles applicables aux aides directes financées par l'Union européenne. 
II. ― Elle élabore la politique de gestion durable de la forêt et de ses produits, veille à sa mise en œuvre dans ses différents aspects économiques, écologiques et sociaux ainsi qu'à son évaluation. Elle contribue à l'évolution de la sylviculture par la diversification, l'innovation et la promotion de bonnes pratiques sylvicoles. Elle définit le cadre des actions de prévention contre l'incendie, de lutte contre l'érosion, de restauration des terrains en montagne, de fixation des dunes. Elle concourt à l'élaboration et à la mise en œuvre de la politique de renforcement de la compétitivité de la filière de production forestière, de récolte et de valorisation du bois et des autres produits forestiers. 
Elle participe à l'élaboration de la politique du cheval, des activités équestres et des courses. Elle veille à sa mise en œuvre et à son évaluation. Elle élabore les textes réglementaires relatifs à l'élevage des équidés. Elle contribue à l'essor des activités liées au cheval afin de soutenir le développement économique de la filière et son insertion dans les territoires. Elle assure le contrôle des courses et contribue au contrôle des paris. 
Elle participe aux politiques de développement, d'animation et d'aménagement des territoires ruraux et veille à leur évaluation. Elle assure les relations avec les associations d'animation et de développement des territoires ruraux. Elle contribue à l'orientation du développement agricole et assure notamment à ce titre la mise en œuvre des programmes pluriannuels des chambres d'agriculture. 
En tant qu'autorité de gestion au titre du règlement communautaire concernant le soutien au développement rural, elle définit le programme de développement rural pour la métropole, à l'exception de la Corse, et coordonne les autres programmes communautaires cofinancés au titre du règlement européen concernant le soutien au développement rural et participe à leur mise en œuvre. Elle contribue à l'évaluation de ces politiques, à leur suivi et à leur contrôle. Elle concourt à la définition et à la mise en œuvre d'actions financées par les fonds structurels. Elle coordonne la politique du ministère en matière de relations contractuelles avec les collectivités territoriales. 
III. ― Elle définit les politiques d'organisation économique des productions et des filières agricoles et alimentaires. Elle définit les modalités de gestion des signes officiels de l'origine et de la qualité, veille à la promotion de ces signes. Elle élabore et met en œuvre les politiques propres à assurer le développement des industries agroalimentaires et à valoriser leurs productions. Elle met en œuvre les actions de soutien et de financement des entreprises agricoles et alimentaires. Elle anime et soutient le développement technologique et l'innovation des entreprises dans les secteurs agricole et agroalimentaire. 
Elle participe à la définition de la politique de l'emploi dans les secteurs agricole, agroalimentaire et forestier et veille à son application ; elle contribue au développement et au maintien de l'emploi dans ces secteurs. 
Dans le cadre des compétences du ministère, elle concourt à l'élaboration et à la mise en œuvre des politiques de protection de l'environnement et de préservation des ressources naturelles (eau, biodiversité, sols, air), ainsi qu'à la gestion durable des espaces naturels, agricoles, forestiers, ruraux et périurbains. Elle peut apporter son appui à la réalisation d'équipements hydrauliques, élabore le cadre juridique de l'aménagement foncier rural et participe à la gestion du fonds d'amortissement des charges d'électrification. Elle définit la politique de développement des usages non alimentaires de la biomasse agricole et forestière. 
Elle veille à l'évaluation de ces politiques. 
IV. ― Elle coordonne l'activité du ministère en matière de relations internationales.A ce titre, elle prépare et conduit la négociation au sein des instances de l'Union européenne, des organisations internationales ou dans les échanges bilatéraux, pour les domaines de sa compétence. Dans les autres domaines, elle coordonne la négociation et organise la représentation du ministère. 
Elle conduit la politique du ministère dans le domaine international en matière d'échanges commerciaux, de coopération et d'assistance technique, aux plans bilatéral et multilatéral. Elle met en œuvre des actions de soutien au développement international des filières agricoles et agroalimentaires et à la promotion de leurs produits.
V. ― Elle exerce pour le compte du ministre la tutelle sur les établissements mentionnés aux articles L. 313-3, L. 510-1, L. 621-1, L. 622-1, L. 642-5 et R. 653-13 du code rural, aux articles L. 122-1, L. 221-8, L. 221-1 et R. 521-1 du code forestier et à l'article L. 421-1 du code de l'environnement, ainsi que les pouvoirs de contrôle dont il dispose sur les organisations professionnelles et interprofessionnelles agricoles.