Monsieur le Président, 
Dans les conditions prévues à l'article 38 de la Constitution et conformément aux I et III de l'article 29 de la loi n° 2007-1787 du 20 décembre 2007 de simplification du droit, le Gouvernement est autorisé à procéder par ordonnance à la modification de la partie législative du code de la recherche. 
Après que le principe de l'élaboration du code de la recherche a été arrêté et inscrit au programme général de codification en 1996, la Commission supérieure de codification en a examiné le plan le 6 juillet 1999 et, conformément à la loi n° 2003-591 du 2 juillet 2003 habilitant le Gouvernement à simplifier le droit, la partie législative a été adoptée par l'ordonnance n° 2004-545 du 11 juin 2004 qui a été ratifiée par la loi n° 2004-1343 du 9 décembre 2004 de simplification du droit. 
La partie législative du code de la recherche regroupe en quatre livres les textes généraux relatifs aux missions et aux objectifs de la recherche, aux activités de recherche, à l'organisation et au fonctionnement des organismes et établissements de recherche ainsi qu'aux personnels. Elle a été par la suite sensiblement modifiée par la loi de programme n° 2006-450 du 18 avril 2006 pour la recherche qui a concerné 18 % de ses articles dont, par ailleurs, le nombre s'est accru de plus d'un quart. En outre, quatre chapitres nouveaux ont été créés ainsi que six sections nouvelles. 
Au-delà des modifications directement introduites par la loi de programme de 2006, il est apparu nécessaire de consolider certaines dispositions introduites par d'autres textes législatifs entrés en vigueur depuis la promulgation de la loi du 18 avril 2006 précitée. Le domaine principalement concerné est celui de la santé publique, où plusieurs lois ont modifié les dispositions du code de la santé publique, qui sont  pilotes  pour des articles du titre II du livre II du code de la recherche, consacré à la recherche en médecine et biologie humaine. 
Il convient aussi d'étendre l'application des dispositions législatives de la recherche dans les collectivités d'outre-mer, ce que ni l'ordonnance du 11 juin 2004 précitée, ni la loi de ratification du 9 décembre 2004 précitée n'ont pu faire faute d'habilitation expresse et de délai suffisant, en tenant compte des deux lois statutaires et institutionnelles relatives à l'outre-mer, loi organique n° 2007-223 et loi n° 2007-224, en date du 21 février 2007. Ces deux lois ont notamment institué l'applicabilité de plein droit à Mayotte et dans les Terres australes et antarctiques françaises (TAAF) du droit législatif en matière de recherche, et créé les deux nouvelles collectivités de Saint-Barthélemy et Saint-Martin, qui se substituent, sur le territoire des deux îles concernées, au département et à la région de la Guadeloupe. 
Il s'agit également de réorganiser le plan soit pour tenir compte de l'extinction de certaines instances, soit pour restaurer une cohérence, par exemple en matière de classification des établissements de recherche et d'abroger les dispositions obsolètes ou sans objet. 
Il s'agit enfin d'actualiser et le cas échéant de simplifier la rédaction de certains articles de façon à améliorer la lisibilité du code, en limitant notamment les dispositions suiveuses par un simple renvoi aux textes codifiés dans d'autres codes ou lois. 
Telles sont les modifications proposées par la présente ordonnance, conformément aux quatre objectifs limitativement fixés au Gouvernement par le I de l'article 29 de la loi du 20 décembre 2007 précitée. 
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L'article 1er 
L'insertion d'un chapitre préliminaire et d'un article spécifique (article L. 120-1) par la loi de programme pour la recherche pour inscrire au niveau législatif la création du Haut Conseil de la science et de la technologie ne paraît pas pouvoir être maintenu.D'une part, la Commission supérieure de codification a souligné dans son avis en date du 24 juin 2008 le caractère indubitablement réglementaire de l'article L. 120-1, d'autre part, le décret n° 2006-698 du 15 juin 2006 relatif à cette instance a repris toutes les dispositions de l'article. Il est donc proposé de l'abroger. Ce même décret du 15 juin 2006 abroge le décret n° 98-938 du 20 octobre 1998 portant création du Conseil national de la science dont les missions sont reprises par le haut conseil. 
Il est proposé, en conséquence, de modifier l'intitulé du chapitre Ier pour que les dispositions réglementaires du haut conseil puissent y être codifiées et de supprimer le chapitre II consacré au Conseil national de la science. 
Il convient également de supprimer les chapitres III et VI, le premier, relatif au Conseil national de coordination des sciences de l'homme et de la société, dans la mesure où cette instance, qui avait été créée par le décret n° 2001-227 du 14 mars 2001, ne s'est plus réunie et où aucun des membres nommés pour deux ans par arrêté en date du 22 juin 2001 n'a été renouvelé ou remplacé, le second en raison de l'abrogation des décrets relatifs au Haut Conseil de l'information scientifique et technique et au comité de coordination de l'information scientifique et technique par le décret n° 2004-168 du 16 février 2004. 
Du fait de ces suppressions, les chapitres IV, V et VII deviennent respectivement les chapitres II, III et IV, l'intitulé de ce dernier devenant  Autres instances consultatives  et l'article L. 125-1 devenant l'article L. 123-1. 
Par le 2° de l'article 1er, le chapitre III du titre III est abrogé : en effet, l'article 138 de la loi n° 2005-1719 du 30 décembre 2005 portant loi de finances pour 2006 transfère à l'Agence nationale de la recherche, à compter du 1er janvier 2006 ; les droits et obligations de l'Etat afférents à la gestion des actions incitatives du Fonds national de la science et du Fonds de la recherche technologique qui faisaient l'objet de ce titre. De ce fait, les chapitres IV et V prennent respectivement le rang de chapitre III et chapitre IV. 
Le c du 2° crée, d'autre part, au chapitre III nouveau (L'aide à l'innovation) l'article L. 133-1. Cet article renvoie aux conditions fixées par le code général des impôts pour qu'une entreprise dont l'activité contribue à la valorisation des travaux de recherche universitaire puisse être qualifiée de jeune entreprise innovante et bénéficier à ce titre d'allègements de charges en matière fiscale et sociale. 
Le 3° modifie les dispositions du livre Ier relatives à l'outre-mer.
L'article 2
Aux 2° et 3° de cet article, les articles des chapitre Ier à IV du titre II  suiveurs  soit du code de la santé relatifs au Comité consultatif national d'éthique, à l'utilisation à des fins scientifiques des tissus, cellules, sang et organes du corps humain, aux recherches biomédicales, aux recherches sur l'embryon et les cellules embryonnaires et fœtales, soit du code de l'environnement s'agissant des organismes génétiquement modifiés (OGM), soit de la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés, modifiée par la loi n° 2004-801 du 6 août 2004 (traitement de données à caractère personnel pour des usages scientifiques) sont actualisés. La rédaction adoptée procède par simple renvoi aux textes codifiés dans d'autres codes, exception faite pour l'article concernant les traitements de données à caractère personnel ayant pour fin la recherche (article L. 224-1 devenant L. 225-1), pour lequel il a été jugé nécessaire de reproduire une partie des dispositions relatives au comité consultatif sur le traitement de l'information en matière de recherche dans le domaine de la santé, pour une meilleure information du lecteur chercheur, ou du simple citoyen. 
Sont ainsi prises en compte les modifications législatives suivantes : 
― l'article 5-V de la loi n° 2004-800 du 6 août 2004 relative à la bioéthique, qui modifie l'article L. 226-27 du code pénal en étendant le régime de sanctions prévu en cas de défaut de consentement de la personne identifiée par ses empreintes génétiques lorsque l'identification est faite à des fins de recherche au chapitre Ier  La génétique  ; 
― les articles 8, 9 b III, 9 b IV, 12 a et 27 de la loi n° 2004-800 du 6 août 2004 relative à la bioéthique, les articles 97 I, II, et IV de la loi n° 2004-806 du 9 août 2004 relative à la politique de santé publique et l'article 33 de la loi de programme n° 2006-450 du 18 avril 2006 pour la recherche codifiés au code de la santé publique et qui sont relatives à l'utilisation d'éléments et produits du corps humain à des fins scientifiques et qui sont rassemblés au chapitre II ; 
― l'article 134 de la loi de finances n° 2004-1484 du 30 décembre 2004, les articles 2 VI, 12 b et 13 de la loi n° 2004-800 du 6 août 2006 relative à la bioéthique, les articles 88 I, II, IV, V, VII, IX, X, XI, XII, XIII, XIV, XV, XVI, XVII, 89 I, II, III, IV, 90 I, II, III, IV, V, VI, VII, VIII, IX, X, XI, XII et 92 de la loi n° 2004-806 du 9 août 2004 relative à la politique de santé publique, l'article 4 I, II de l'ordonnance n° 2005-1087 du 1er septembre 2005 relative aux établissements publics nationaux à caractère sanitaire et aux contentieux en matière de transfusion sanguine, les articles 153 I, II, V de la loi de finances n° 2005-1719 du 30 décembre 2005, l'article 31 I, II de la loi de programme n° 2006-450 du 18 avril 2006 pour la recherche. Tous ces articles concernent les recherches biomédicales et forment le chapitre III. 
Un nouveau chapitre IV intitulé  La recherche sur l'embryon et les cellules souches embryonnaires  prend en compte l'évolution du code de la santé publique quant aux dispositions relatives à ce domaine, modifiées par les articles 25 I, 25 II de la loi du 6 août 2004 précitée relative à la bioéthique, en insérant un nouvel article L. 224-1 faisant référence à ces dispositions. 
Par voie de conséquence, le chapitre IV d'origine intitulé  Les traitements de données à caractère personnel  devient le chapitre V. 
Le 3° de l'article 2 insère un article nouveau, L. 241-1, qui codifie l'article 17 de la loi n° 2008-595 du 25 juin 2008 relative aux organismes génétiquement modifiés. Les articles suivants L. 241-1 et L. 241-2 deviennent respectivement L. 241-2 et L. 241-3. Leur rédaction est simplifiée par un renvoi au titre III du code de l'environnement récemment modifié par la loi du 25 juin 2008 précitée et qui crée le Haut Conseil des biotechnologies et modifie les dispositions relatives à l'utilisation confinée ou à la dissémination des OGM. 
Le 4° insère un nouveau chapitre IV intitulé  La recherche en archéologie  et comportant un article de renvoi aux titres II et III du livre V du code du patrimoine, consacrés respectivement à l'archéologie préventive et aux fouilles programmées. 
Le 5° actualise les dispositions relatives à l'outre-mer.
L'article 3
Au 1°, les articles L. 321-5 et L. 321-6 sont déplacés dans le chapitre III du titre Ier (Dispositions communes) consacré à la valorisation de la recherche. En effet, les dispositions relatives à la valorisation de la recherche s'appliquent non seulement aux établissements publics à caractère scientifique et technologique (EPST), mais également, depuis la loi du 18 avril 2006, à d'autres organismes de recherche. 
Au 3°, le chapitre VIII est renommé  Autres établissements à caractère administratif  et une section unique y est créée. 
Le 4° réorganise la codification des établissements ou organismes de recherche en les regroupant par domaine d'activité et en limitant les dispositions suiveuses du code de l'environnement pour l'Agence nationale pour la gestion des déchets radioactifs (ANDRA) et pour l'Agence de l'environnement pour la maîtrise de l'énergie (ADEME). 
Le 5° permet de corriger les effets de la loi n° 2005-32 du 18 janvier 2005 de programmation pour la cohésion sociale, qui avait inséré un deuxième alinéa à l'article L. 341-1 du code de la recherche relatif aux groupements d'intérêt public de réussite éducative au détriment de la cohérence du code. Il est proposé de déplacer cette disposition dans le code de l'éducation en créant un article L. 445-2 par 
l'article 5
Il est procédé également à l'actualisation des dispositions relatives aux centres techniques industriels conformément à l'article 177 de l'ordonnance du 30 décembre 1958 précitée dont le deuxième alinéa est abrogé en conséquence à 
l'article 6
Le 6° crée un titre V intitulé :  Autres établissements publics ayant une activité de recherche  qui permettra de codifier les dispositions réglementaires relatives au Muséum national d'histoire naturelle, à l'Institut national de recherche pédagogique, à l'Institut national de recherches archéologiques préventives, à l'Institut de physique du Globe et à l'Institut national d'histoire de l'art, en y introduisant les chapitres correspondants. 
Le 7° crée un titre VI relatif aux dispositions rendues applicables dans les collectivités d'outre-mer.
L'article 4
Le 2° corrige un mauvais placement de l'article relatif aux personnels contractuels non marins. 
Les 3°, 4° et 5° mettent à jour les références au code du travail, dans les articles L. 411-4, L. 431-1 et L. 433-1. 
Le 6° réorganise les dispositions relatives à l'outre-mer selon les principes mentionnés plus haut.
L'article 5 replace au code de l'éducation l'article relatif aux groupements d'intérêt public de réussite éducative créé par la loi du 18 janvier 2005 précitée.L'article 6 procède aux abrogations de conséquence des textes d'origine désormais codifiés. 
Lors de sa séance du 3 décembre 2008, la section de l'intérieur du Conseil d'Etat a donné un avis favorable à la présente ordonnance. 
Tel est l'objet de la présente ordonnance que nous avons l'honneur de soumettre à votre approbation. 
Veuillez agréer, Monsieur le Président, l'assurance de notre profond respect.