L'Etablissement français des greffes est administré par un conseil d'administration qui comprend, outre son président, vingt-sept membres nommés pour une durée de trois ans, à savoir :
 1° Le directeur général de la santé ou son représentant ;
 2° Le directeur de l'hospitalisation et de l'organisation des soins ou son représentant ;
 3° Le directeur de l'administration générale, du personnel et du budget au ministère de la santé ou son représentant ;
 4° Le directeur de la sécurité sociale au ministère de la sécurité sociale ou son représentant ;
 5° Le directeur des Français à l'étranger et des étrangers en France au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
 6° Le directeur du budget au ministère du budget ou son représentant ;
 7° Le directeur des affaires civiles et du sceau au ministère de la justice ou son représentant ;
 8° Le directeur de la recherche au ministère de l'éducation nationale ou son représentant ;
 9° Le directeur de l'enseignement supérieur au ministère de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
 10° Le président de l'Etablissement français du sang ou son représentant ;
 11° Le directeur général de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ou son représentant ;
 12° Un directeur régional ou départemental des affaires sanitaires et sociales ;
 13° Un médecin inspecteur régional ou départemental de la santé ;
 14° Un représentant de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés, désigné par le conseil d'administration de la caisse ;
 15° Un représentant des associations pour la promotion du don en vue des greffes ;
 16° Cinq praticiens qualifiés dans le domaine des greffes, de l'immunologie, de l'anesthésie-réanimation et de la conservation des greffons ;
 17° Un représentant du personnel de l'Etablissement français des greffes, élu selon des modalités définies par le règlement intérieur de l'établissement ;
 18° Un infirmier ou une infirmière relevant de la fonction publique hospitalière et exerçant une activité de coordination locale dans le domaine des prélèvements et greffes ;
 19° Une personnalité désignée par le Comité consultatif national d'éthique pour les sciences de la vie et de la santé ;
 20° Un représentant de la Fédération hospitalière de France ;
 21° Un représentant des organisations d'hospitalisation privée ;
 22° Un représentant désigné par la conférence des présidents de commission médicale d'établissement de centre hospitalier et universitaire n'exerçant pas d'activité dans le domaine des greffes ;
 23° Un représentant des associations de malades greffés ou en attente de greffe.
 Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 15°, 21° et 23° sont proposés conjointement par les organisations concernées. En cas de désaccord, chacune de ces organisations propose un nom au ministre chargé de la santé ; le ministre procède alors à la désignation des membres parmi les personnes ainsi proposées.
 Les membres mentionnés aux 12°, 13°, 16° et 18° sont désignés par le ministre chargé de la santé.
 Pour les membres mentionnés du 12° au 23°, il est procédé dans les mêmes conditions que pour les titulaires à la nomination d'autant de membres suppléants. Ces derniers ne siègent au conseil d'administration qu'en cas d'absence du titulaire.
 Un arrêté du ministre chargé de la santé fixe la composition nominative du conseil d'administration.
 Les membres décédés, démissionnaires ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.
 Le directeur général de l'Etablissement français des greffes, le contrôleur financier, l'agent comptable et le président du comité médical et scientifique assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.