Dans le domaine de l'eau, le premier objectif est d'atteindre ou de conserver d'ici à 2015 le bon état écologique ou le bon potentiel, au sens de l'article 2 de la directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau, de l'ensemble des masses d'eau, tant continentales que marines. L'Etat se fixe l'objectif de ne pas recourir aux reports de délais, autorisés par cette directive, pour plus d'un tiers des masses d'eau.
 Pour la réalisation de cet objectif, il est prévu d'interdire l'utilisation des phosphates dans tous les produits lessiviels à compter de 2012.
 En outre, d'ici à 2012, des plans d'action seront mis en œuvre en association étroite avec les agences de l'eau pour assurer la protection des cinq cents captages les plus menacés par les pollutions diffuses, notamment les nitrates et produits phytosanitaires. Les agences de l'eau développeront un programme spécifique sur les aires d'alimentation de captage et adapteront leurs ressources ainsi que leurs concours financiers à cet effet. Sur les périmètres de captage d'eau potable, la priorité sera donnée aux surfaces d'agriculture biologique et d'agriculture faiblement utilisatrice d'intrants afin de préserver la ressource en eau et de réduire ses coûts d'épuration.
 Les prélèvements seront adaptés aux ressources, par le biais de la gestion collective des prélèvements et la création de retenues visant au développement et à une meilleure gestion des ressources en eau, tout en respectant l'écologie des hydrosystèmes et les priorités d'usage.
 Les travaux à réaliser dans les stations d'épuration restant à mettre aux normes conformément à la directive 91/271/CEE du Conseil du 21 mai 1991 relative au traitement des eaux urbaines résiduaires seront achevés dans les meilleurs délais techniquement réalisables et, en aucun cas, au-delà de trois ans, afin d'atteindre un taux de conformité de 98 % d'ici à 2010 et de 100 % d'ici à 2011. Le parc de stations d'épuration sera modernisé afin d'assurer la réalisation des objectifs mentionnés à l'article L. 212-1 du code de l'environnement. Une action spécifique sera lancée pour généraliser la détection de fuites dans les réseaux et programmer les travaux nécessaires lorsque les pertes d'eau présentent un caractère excessif par rapport au type de réseau et à la situation de la ressource en eau utilisée à un coût raisonnable, sans aboutir à un prix de l'eau excessif. Dans la mesure où les systèmes de prétraitement et de traitement de la pollution de moins de 50 équivalents habitants entrent dans le cadre de la directive 89/106/CEE du Conseil du 21 décembre 1988 relative au rapprochement des dispositions législatives, réglementaires et administratives des Etats membres concernant les produits de construction, les dispositifs d'assainissement ayant la marque « CE » et respectant les performances épuratoires fixées par la réglementation seront agréés sans protocole complémentaire.
 L'instruction des demandes de permis de construire devra prendre en compte les modalités d'assainissement des eaux usées. A cet effet, le service public d'assainissement non collectif pourra être sollicité.
 La récupération et la réutilisation des eaux pluviales et des eaux usées seront développées dans le respect des contraintes sanitaires en tenant compte de la nécessité de satisfaire les besoins prioritaires de la population en cas de crise.
 Le second objectif dans ce domaine est de garantir l'approvisionnement durable en eau de bonne qualité propre à satisfaire les besoins essentiels des citoyens. A ce titre, l'Etat promeut des actions visant à limiter les prélèvements et les consommations d'eau. Il participe, en s'appuyant sur les acteurs compétents, à la diffusion des connaissances scientifiques et des techniques visant à une meilleure maîtrise des prélèvements et des consommations finales d'eau pour l'ensemble des usages domestiques, agricoles, industriels et de production énergétique.