Vu la procédure suivante :

       Procédure contentieuse antérieure : 

       L'association commission de protection des eaux, du patrimoine, de l'environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté (CPEPESC FC) a demandé au tribunal administratif de Besançon d'annuler la décision implicite par laquelle le préfet de la Haute-Saône a refusé de mettre en demeure le groupement agricole d'exploitation en commun (GAEC) Viveroche de régulariser sa situation en déposant un dossier de demande au titre de la loi sur l'eau. 

       Par un jugement n° 1802087 du 19 mars 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé cette décision implicite du préfet de la Haute-Saône et lui a enjoint, d'une part, de procéder au réexamen de la situation du GAEC Viveroche en mettant en œuvre la rubrique 2.1.5.0 de la nomenclature figurant au tableau annexé à l'article R. 214-1 du code de l'environnement et, d'autre part, de mettre en demeure le GAEC Viveroche de régulariser sa situation en déposant, en fonction de la surface totale du projet après prise en compte de la surface correspondant à la partie du bassin naturel dont les écoulements ont été interceptés, soit un dossier de déclaration soit un dossier de demande d'autorisation environnementale.  

       Procédure devant la cour : 

       Par une requête, enregistrée le 19 mars 2021, la ministre de la transition écologique demande à la cour : 

       1°) d'annuler ce jugement du tribunal administratif de Besançon ;

       2°) de rejeter les demandes de la commission de protection des eaux, du patrimoine, de l'environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté. 

       Elle soutient que 

       - sa requête est recevable et n'est notamment pas tardive ; 

       - contrairement à ce qu'a retenu le tribunal, la rubrique 2.1.5.0 de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement ne saurait s'appliquer à la réalisation de réseaux de drainage. 

       Par un mémoire en défense, enregistré le 2 juin 2021, la commission de protection des eaux, du patrimoine, de l'environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté, représentée par Me Dufour, demande à la cour : 

       1°) de rejeter la requête de la ministre de la transition écologique ; 

       2°) d'annuler l'article 3 du jugement du tribunal administratif de Besançon, qui a rejeté le surplus de ses conclusions ; 

       3°) d'enjoindre au préfet de la Haute-Saône de mettre en demeure le GAEC Viveroche de régulariser sa situation en déposant un dossier de demande d'autorisation environnementale au titre des rubriques 2.1.2.0, 2.1.5.0, 3.1.2.0 et 3.1.3.0 de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement, dans un délai d'un mois à compter de la notification du présent arrêt et sous astreinte de 150 euros par jour de retard ; 

       4°) de mettre à la charge de l'Etat la somme de 2 500 euros sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 

       Elle soutient que : 

       - la rubrique 2.1.5.0 de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement est applicable au projet en litige ; 

       - ainsi qu'elle l'avait fait valoir à juste titre en première instance, la décision est également illégale car l'ouvrage en litige relevait également des rubriques 3.1.2.0. et 3.1.3.0. de la nomenclature précitée ;

       - la décision est illégale, car le projet relève également de la rubrique 2.2.1.0. de la nomenclature précitée ;

       - elle méconnaît également les dispositions du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) Rhône-Méditerranée. 

       Par une ordonnance du 29 juin 2022, la clôture d'instruction a été fixée au 30 août 2022. 

       Par un courrier du 9 mai 2023, les parties ont été informées, en application de l'article R. 611-7 du code de justice administrative, que la décision de la cour était susceptible de se fonder sur l'inopérance du moyen retenu par le tribunal administratif de Besançon pour annuler la décision par laquelle le préfet de la Haute-Saône a implicitement refusé de mettre en demeure le GAEC Viveroche de régulariser sa situation. 

       Un mémoire, présenté pour la commission de protection des eaux, du patrimoine, de l'environnement, du sous-sol et des chiroptères  de Franche-Comté, a été enregistré le 12 mai 2023, postérieurement à la clôture d'instruction, et n'a pas été communiqué. 

       Vu les autres pièces du dossier. 

       Vu : 

       - le code de l'environnement ; 

       - le code de justice administrative. 

       Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience.

       Ont été entendus au cours de l'audience publique :

       - le rapport de M. Marchal, 

       - et les conclusions de M. Barteaux, rapporteur public.

       Considérant ce qui suit :

       1. En 2015, la société civile d'exploitation agricole Graka, qui a été ultérieurement absorbée par le GAEC Viveroche, a réalisé un réseau de drainage sur une parcelle cadastrée ZE 15 située sur le territoire de la commune de Roche-Morey et d'une superficie de 11,70 ha. Par un courrier du 25 juillet 2018, la commission de protection des eaux, du patrimoine, de l'environnement, du sous-sol et des chiroptères de 

Franche-Comté (CPEPESC FC) a demandé au préfet de la Haute-Saône de mettre en demeure le GAEC Viveroche de régulariser sa situation en déposant un dossier de demande au titre de la loi sur l'eau. Par un jugement du 19 mars 2020, dont la ministre de la transition écologie fait appel, le tribunal administratif de Besançon a annulé la décision du préfet de la Haute-Saône rejetant implicitement cette demande et lui a enjoint, d'une part, de procéder au réexamen de la situation du GAEC Viveroche en mettant en œuvre la rubrique 2.1.5.0 de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement et, d'autre part, de mettre en demeure le GAEC Viveroche de régulariser sa situation en déposant, en fonction de la surface totale du projet après prise en compte de la surface correspondant à la partie du bassin naturel dont les écoulements ont été interceptés, soit un dossier de déclaration soit un dossier de demande d'autorisation environnementale. La CPEPESC sollicite, par la voie de l'appel incident, l'annulation du jugement en tant qu'il a rejeté le surplus de ses conclusions à fin d'injonction. 

       Sur le moyen retenu par le tribunal administratif de Besançon : 

       2. Aux termes du premier alinéa du I de l'article L. 171-7 du code de l'environnement : " Indépendamment des poursuites pénales qui peuvent être exercées, lorsque des installations ou ouvrages sont exploités, des objets et dispositifs sont utilisés ou des travaux, opérations, activités ou aménagements sont réalisés sans avoir fait l'objet de l'autorisation, de l'enregistrement, de l'agrément, de l'homologation, de la certification ou de la déclaration requis en application du présent code, ou sans avoir tenu compte d'une opposition à déclaration, l'autorité administrative compétente met l'intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu'elle détermine, et qui ne peut excéder une durée d'un an ". 

       3. Aux termes de l'article L. 214-3 du code de l'environnement : " I. - Sont soumis à autorisation de l'autorité administrative les installations, ouvrages, travaux et activités susceptibles de présenter des dangers pour la santé et la sécurité publique, de nuire au libre écoulement des eaux, de réduire la ressource en eau, d'accroître notablement le risque d'inondation, de porter gravement atteinte à la qualité ou à la diversité du milieu aquatique, notamment aux peuplements piscicoles. (...) / II.- Sont soumis à déclaration les installations, ouvrages, travaux et activités qui, n'étant pas susceptibles de présenter de tels dangers, doivent néanmoins respecter les prescriptions édictées en application des articles L. 211-2 et L. 211-3. (...) ". Aux termes de l'article R. 214-1 du même code : " La nomenclature des installations, ouvrages, travaux et activités soumis à autorisation ou à déclaration en application des articles L. 214-1 à L. 214-6 figure au tableau annexé au présent article ". Le tableau annexé à cet article R. 214-1 présente notamment les rubriques : " 2.1.5.0. Rejet d'eaux pluviales dans les eaux douces superficielles ou sur le sol ou dans le sous-sol, la surface totale du projet, augmentée de la surface correspondant à la partie du bassin naturel dont les écoulements sont interceptés par le projet, étant : / 1° Supérieure ou égale à 20 ha (A) ; / 2° Supérieure à 1 ha mais inférieure à 20 ha (D). (...) /3.1.2.0. Installations, ouvrages, travaux ou activités conduisant à modifier le profil en long ou le profil en travers du lit mineur d'un cours d'eau, à l'exclusion de ceux visés à la rubrique 3.1.4.0, ou conduisant à la dérivation d'un cours d'eau : 1° Sur une longueur de cours d'eau supérieure ou égale à 100 m (A...). (...) / 3.1.3.0. Installations ou ouvrages ayant un impact sensible sur la luminosité nécessaire au maintien de la vie et de la circulation aquatique dans un cours d'eau sur une longueur : / 1° Supérieure ou égale à 100 m (A...). (...) / 3.1.5.0. Installations, ouvrages, travaux ou activités, dans le lit mineur d'un cours d'eau, étant de nature à détruire les frayères, les zones de croissance ou les zones d'alimentation de la faune piscicole, des crustacés et des batraciens, ou dans le lit majeur d'un cours d'eau, étant de nature à détruire les frayères de brochet : / 1° Destruction de plus de 200 m2 de frayères (A) ".

       4. Ainsi qu'il a été dit au point 1, la CPEPESC a, par un courrier du 25 juillet 2018, demandé au préfet de la Haute-Saône de faire usage des pouvoirs dont il dispose au titre de l'article L. 171-1 du code de l'environnement et de mettre en demeure le GAEC Graka de régulariser sa situation au regard du réseau de drainage qu'il a réalisé. Il résulte toutefois de l'instruction que, dans sa demande, l'association s'est exclusivement prévalue de ce que les travaux avaient fait disparaître le cours d'eau, qui traversait la parcelle ZE 15 et a uniquement sollicité la mise en demeure de l'exploitant de présenter un dossier de demande d'autorisation au titre des rubriques 3.1.2.0, 3.1.3.0 et 3.1.5.0 de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement, en raison de la disparition dudit cours d'eau. Elle n'a, en revanche, nullement sollicité du préfet qu'il mette en demeure cet exploitant de présenter un dossier de demande au titre de la rubrique 2.1.5.0 de cette nomenclature. Il s'en suit que par la décision litigieuse le préfet ne peut être regardé comme ayant rejeté une demande relative à cette dernière rubrique. Par suite, l'association ne pouvait utilement faire valoir que la décision implicite du préfet était illégale au motif que les travaux réalisés imposaient de déposer un dossier de demande au titre de la rubrique 2.1.5.0 de la nomenclature. Au demeurant et en tout état de cause, des travaux de mise en place d'un drainage souterrain ne peuvent être appréciés comme imposant le dépôt d'un dossier au titre de la rubrique 2.1.5.0, dès lors qu'ils ne conduisent pas au rejet d'eaux pluviales. 

       5. La ministre de la transition écologique est ainsi fondée à soutenir que c'est à tort que, pour annuler la décision implicite du préfet de la Haute-Saône, le tribunal administratif de Besançon a retenu ce moyen qui était inopérant. 

       6. Il appartient toutefois à la cour, saisie de l'ensemble du litige par l'effet dévolutif de l'appel, d'examiner les autres moyens soulevés par la CPEPESC.

       Sur les autres moyens présentés par la CPEPESC : 

       7. En premier lieu, constitue un cours d'eau un écoulement d'eaux courantes dans un lit naturel à l'origine, alimenté par une source et présentant un débit suffisant la majeure partie de l'année. Si la richesse biologique du milieu peut constituer un indice à l'appui de la qualification de cours d'eau, l'absence d'une vie piscicole ne fait pas, par elle-même, obstacle à cette qualification. 

       8. Il est constant qu'un écoulement d'eau ponctuel issu d'une source située sur la parcelle ZE 6, traversait, au bénéficie d'un lit naturel, la parcelle ZE 15 de nord-est en sud-ouest et que les travaux de drainage menés en 2015 ont abouti à la disparition de cet écoulement sur la parcelle en litige. Pour autant, la seule circonstance que la cartographie de l'Institut de l'information géographie et forestière (IGN) mentionne l'existence d'un écoulement d'eau ponctuel sur la parcelle ZE 15 ne permet pas d'établir que cet écoulement présentait, avant les travaux, un débit suffisant la majeure partie de l'année, alors que plusieurs photographies jointes au dossier témoignent, au contraire, de l'absence de tout débit sur le tracé du ruissèlement en amont du projet. De plus, si l'association verse plusieurs photographies témoignant de l'existence, malgré les travaux, d'un écoulement en aval de la parcelle, qui est par ailleurs désormais identifié comme un cours d'eau par le recensement réalisé par la préfecture de la Haute-Saône, cet écoulement débute au droit de la buse expulsant les eaux de drainage et bénéficie ainsi non seulement des eaux issues de la source située sur la parcelle ZE 6, mais également du rejet de l'ensemble des eaux souterraines drainées sur la parcelle, dont il est constant qu'elle était particulièrement humide avant les travaux. L'éventuel débit suffisant existant désormais au droit de la buse et dans son prolongement ne peuvent suffire à justifier de l'existence d'un débit suffisant de l'écoulement traversant la parcelle ZE15 avant les travaux. Enfin, la présence en aval de la parcelle de plantes de la famille des joncacées, à la considérer même établie par l'unique photographie versée, ne permet pas davantage de justifier du débit suffisant de l'écoulement sur la parcelle avant les travaux, dès lors que ces plantes bénéficient des eaux de drainage rejetées par la buse, qui ne sont pas exclusivement celle du ruissèlement débutant à la source située en parcelle ZE 6. Compte tenu de l'ensemble de ces éléments et alors notamment que l'existence d'un débit suffisant du ruissèlement en amont de la parcelle ZE15 n'est pas établi, il ne résulte pas de l'instruction que l'écoulement temporaire ayant existé sur la parcelle litigieuse avant les travaux constituait un cours d'eau. L'association n'est, par suite, pas fondée à soutenir que le GAEC Viveroche aurait dû présenter un dossier de demande d'autorisation au titre des rubriques 3.1.2.0, 3.1.3.0 et 3.1.5.0 de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement. 

       9. En deuxième lieu, ainsi qu'il a été précisé au point 4 du présent arrêt, dans sa demande du 25 juillet 2018, la CPEPESC s'est exclusivement prévalue de ce que les travaux en cause avaient fait disparaître le cours d'eau qui traversait la parcelle ZE 15 et a uniquement sollicité la mise en demeure de l'exploitant de présenter un dossier de demande d'autorisation au titre des rubriques 3.1.2.0, 3.1.3.0 et 3.1.5.0 de la nomenclature annexée à l'article R. 214-1 du code de l'environnement. Elle n'a, en revanche, nullement sollicité du préfet qu'il mette en demeure cet exploitant de présenter un dossier de demande au titre de la rubrique 2.2.1.0 de cette nomenclature en raison de l'importance des rejets générés par les drains mis en place. Il s'en suit que par la décision litigieuse le préfet ne peut être regardé comme ayant rejeté une demande relative à la rubrique 2.2.1.0 de la nomenclature précitée. Par suite, l'association ne peut utilement faire valoir en appel que la décision implicite du préfet était illégale au motif que les travaux réalisés imposaient de déposer un dossier de demande au titre de la rubrique 2.2.1.0 de la nomenclature. Le moyen doit être écarté. 

       10. En troisième et dernier lieu, aux termes de l'article L. 212-1 du code de l'environnement, relatif aux schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) : " (...) III. - Chaque bassin ou groupement de bassins hydrographiques est doté d'un ou de plusieurs schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux fixant les objectifs visés au IV du présent article et les orientations permettant de satisfaire aux principes prévus aux articles L. 211-1 et L. 430-1 (...) / XI. - Les programmes et les décisions administratives dans le domaine de l'eau doivent être compatibles ou rendus compatibles avec les dispositions des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux. (...) ". Aux termes de l'article L. 212-5-2 du même code : " Lorsque le schéma a été approuvé et publié, le règlement et ses documents cartographiques sont opposables à toute personne publique ou privée pour l'exécution de toute installation, ouvrage, travaux ou activité mentionnés à l'article L. 214-2. / Les décisions applicables dans le périmètre défini par le schéma prises dans le domaine de l'eau par les autorités administratives doivent être compatibles ou rendues compatibles avec le plan d'aménagement et de gestion durable de la ressource en eau dans les conditions et les délais qu'il précise ". 

       11. Il résulte des dispositions précitées que les décisions administratives prises dans le domaine de l'eau, dont celles prises au titre de la police de l'eau en application des articles L. 214-1 et suivants du code de l'environnement, sont soumises à une simple obligation de compatibilité avec le SDAGE. Pour apprécier cette compatibilité, il appartient au juge administratif de rechercher, dans le cadre d'une analyse globale le conduisant à se placer à l'échelle du territoire pertinent pour apprécier les effets du projet sur la gestion des eaux, si l'autorisation ne contrarie pas les objectifs et les orientations fixés par le schéma, en tenant compte de leur degré de précision, sans rechercher l'adéquation de l'autorisation au regard chaque orientation ou objectif particulier.

       12.  Ainsi qu'il a été dit au point 8, la présence d'un cours d'eau sur la parcelle ZE 15 avant les travaux n'est pas établie. Ainsi, si les travaux réalisés ont effectivement abouti à un drainage de cette parcelle, il n'est pas démontré que ces travaux ont conduit à la suppression d'un cours d'eau traversant ce terrain. Dans ces conditions et eu égard à l'importance limitée des travaux et de leurs conséquences, il ne résulte, en tout état de cause, pas de l'instruction que la décision litigieuse serait incompatible avec le SDAGE Rhône-Méditerranée et les objectifs liés à la non-dégradation des milieux aquatiques, à la lutte contre l'eutrophisation de ces milieux et contre la pollution par les pesticides et enfin à la préservation et la restauration des milieux aquatiques.

       13. Il résulte de tout ce qui précède que le ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires est fondé à soutenir que c'est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Besançon a annulé la décision implicite du préfet de la Haute-Saône rejetant la demande de mise en demeure présentées par la CPEPESC. Les conclusions présentées par l'association tant en première instance qu'en appel à titre incident, ses conclusions à fin d'injonction, ainsi que celles présentées sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative doivent également être rejetées. 

D E C I D E :

       Article 1er : Le jugement du tribunal administratif de Besançon du 19 mars 2020 est annulé. 

       Article 2 : Les conclusions présentées par la Commission de protection des eaux, du patrimoine, de l'environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté devant le tribunal administratif de Besançon et la cour sont rejetées. 

       Article 3 : Le présent arrêt sera notifié à l'association commission de protection des eaux, du patrimoine, de l'environnement, du sous-sol et des chiroptères de Franche-Comté, au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires et au GAEC Viveroche. 

       Copie en sera adressée au préfet de la Haute-Saône. 

       Délibéré après l'audience du 16 mai 2023, à laquelle siégeaient :

       - Mme Haudier, présidente, 

       - M. Meisse, premier conseiller,

       - M. Marchal, conseiller.

       Rendu public par mise à disposition au greffe le 6 juin 2023.

Le rapporteur,

Signé : S. MARCHAL

La présidente,

Signé : G. HAUDIERLe greffier,

Signé : F. LORRAIN       La République mande et ordonne au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires, en ce qui le concerne, ou à tous commissaires de justice à ce requis, en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision.

       Pour expédition conforme,

       Le greffier :

       F. LORRAIN

N° 21NC00844	2