Vu, I, sous le n° 08LY01711, la requête enregistrée le 24 juillet 2008 au greffe de la Cour, présentée pour M. et Mme Emile A, demeurant ... ; 

       M. et Mme A demandent à la Cour ;

       1°) de réformer le jugement n° 0600599, en date du 20 mai 2008, par lequel le Tribunal administratif de Lyon n'a fait droit que partiellement à leur demande tendant à la décharge des cotisations supplémentaires d'impôt sur le revenu, ainsi que des pénalités y afférentes, auxquelles ils ont été assujettis au titre des années 1999, 2000 et 2001 ; 

       2°) de prononcer la décharge des cotisations et pénalités restant à leur charge ;

       3°) de mettre à la charge de l'Etat une somme de 5 000 euros, à leur verser au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ;

       Ils soutiennent que les frais professionnels déduits par Mme A dans la catégorie des traitements et salaires sont justifiés dans leur principe et dans leur montant ; que le second aller-retour quotidien entre son domicile et son lieu de travail doit être admis en déduction puisqu'elle justifie de circonstances particulières liées à son activité professionnelle ; que les frais de déplacement dans Lyon et hors de Lyon, des frais de congrès et réunions scientifiques et divers frais professionnels ne devaient pas non plus être remis en cause par l'administration puisqu'ils sont justifiés dans leur principe et dans leur montant ; que la procédure de taxation de la plus-value réalisée en 2001 lors de la cession des titres que M. A détenait dans la Clinique Montplaisir est irrégulière, car les calculs arrêtés par l'administration divergent sur les différentes pièces de procédure, de sorte qu'il est impossible d'en apprécier le bien-fondé ; que cette plus-value ne peut donner lieu à taxation dès lors qu'ils doivent bénéficier du régime du sursis d'imposition s'appliquant aux plus-values résultant d'opérations d'échange de titres ; qu'à supposer même que les titres soient regardés comme ayant été transférés dans le patrimoine privé de M. A en 1998, année au cours de laquelle il a cessé son activité dans cette clinique, c'est la valeur de sa participation à cette date qui aurait dû être retenue pour effectuer le calcul de la plus-value, et non sa valeur à la date d'achat des titres en 1994 et 1995 ; qu'il n'est pas établi que la valeur des titres a changé entre 1998 et 2001 ; que les majorations pour manquements délibérés sont injustifiées puisqu'elles sont fondées, d'une part, sur une erreur sur le quotient familial applicable, imputable à l'administration fiscale et, d'autre part, sur des redressements injustifiés ;

       Vu le jugement attaqué ;

       Vu le mémoire en défense, enregistré le 24 avril 2009, présenté par le ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique, tendant au rejet de la requête de M. et Mme A ;

       Le ministre oppose une fin de non-recevoir aux conclusions relatives aux frais de congrès et de réunion, contestés pour la première fois en appel, et au rôle supplémentaire des contributions sociales émis le 30 avril 2004, la réclamation correspondante ayant été déposée hors délai ; il soutient par ailleurs que Mme A ne justifie pas de circonstances particulières lui permettant de déduire un second aller-retour domicile-travail en tant que frais professionnels, dans la catégorie des traitements et salaires, en application des dispositions du 3° de l'article 83 du code général des impôts ; que les frais de déplacement dans Lyon ne sont plus en litige, ayant été admis par le service ; que les déplacements hors de Lyon ne sont pas établis ; que la plus-value imposable a été à bon droit rectifiée à la baisse, de la somme de 225 868 euros à celle de 202 896 euros, sans qu'il ait été besoin de procéder à une nouvelle notification de redressement ; qu'elle a été correctement calculée ; que les titres concernés ont été transférés dans le patrimoine privé de M. A le 1er juin 1998 ; que, par des courriers des 16 janvier 2003 et 25 août 2003, le requérant a lui-même indiqué que sa participation avait enregistré une moins-value à cette date ; qu'au besoin, cette plus-value devra être taxée en tant que plus-value à long terme au taux de 16 %, en application de l'article 93 - 1 et de l'article 93 quater I du code général des impôts, ainsi que des articles 39 duodecies à 39 quindecies de ce code ; que cette substitution de base légale est possible dans la mesure où les contribuables n'ont été privés d'aucune garantie ; que la convention de croupier conclue par M. A le 7 février 2001 ne constitue pas un échange de titres de nature à lui ouvrir droit au sursis à l'imposition de la plus-value prévue par les articles 150-0 B et 150-0 D 9 et 10 du code général des impôts ; qu'il ressort des montants des redressements et de l'état de récidive des époux A qu'ils ont délibérément cherché à éluder l'impôt et que l'application des dispositions prévues à l'article 1729 du code général des impôts est pleinement justifiée ; 

       Vu le mémoire complémentaire, enregistré le 8 octobre 2009, présenté pour M. et Mme A, tendant aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens ;

       Vu le mémoire en défense complémentaire, enregistré le 3 décembre 2010, présenté par le ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat, tendant aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens et par le moyen supplémentaire que le montant des seuls frais professionnels exposés par Mme A pour lesquels des justificatifs sont apportés reste inférieur à la déduction forfaitaire appliquée sur les traitements et salaires déclarés ;

       Vu le mémoire complémentaire, enregistré le 23 décembre 2010, présenté pour M. et Mme A, tendant aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens ;

       Vu le mémoire en défense complémentaire, enregistré le 13 janvier 2011, présenté par le ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat, tendant aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens et par le moyen supplémentaire que la demande des contribuables visant à obtenir l'imputation sur la plus-value litigieuse des honoraires facturés par la société Amyot Exco, pour un montant de 9 696 francs ne peut qu'être écartée, à défaut pour les requérants de justifier du règlement de cette somme ;

       Vu le mémoire complémentaire, enregistré le 14 janvier 2011, présenté pour M. et Mme A, tendant aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens et par le moyen supplémentaire que, tant dans leur réclamation préalable que devant le Tribunal administratif, ils ont contesté l'ensemble des rappels d'impôt sur le revenu et de contributions sociales qui leur ont été réclamés, y compris s'agissant du rôle supplémentaire de contributions sociales émis le 30 avril 2004 pour l'année 2001 ; qu'aucun délai de prescription ne leur est opposable en raison de l'absence de mention, dans l'avis d'imposition qui leur a été adressé, du caractère obligatoire de la réclamation ainsi que des délais dans lesquels cette réclamation devait être faite ; que la fin de non-recevoir partielle opposée par le ministre doit donc être écartée ;

       Vu, II, sous le n° 08LY02118, le recours enregistré le 10 septembre 2008 au greffe de la Cour, présenté par le MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS ET DE LA FONCTION PUBLIQUE ;

       Le ministre demande à la Cour :

       1°) d'annuler le jugement n° 0600599 du 20 mai 2008 du Tribunal administratif de Lyon en tant qu'il a, en son article 1er, réduit les bases de l'impôt sur le revenu assignées à M. et Mme A au titre des années 1999 à 2001, du montant des redressements effectués au titre de chacune de ces années dans la catégorie des bénéfices non commerciaux et, en son article 2, déchargé M. et Mme A de la différence entre les droits et pénalités d'impôt sur le revenu auxquels ils ont été assujettis au titre des années 1999 à 2001 et ceux résultant de la réduction des bases d'imposition prononcée à l'article 1er ;

       2°) de rétablir les impositions ayant ainsi fait l'objet d'une décharge en première instance ;

       Il fait valoir que le jugement est fondé sur des bases légales erronées, l'article 378 du code pénal ayant été abrogé et remplacé par l'article 223-13 du nouveau code pénal et l'article 1649 G du code général des impôts n'étant pas applicable à défaut pour M. A d'être membre d'une association agréée ; que M. A n'a pas satisfait aux obligations de l'article 99 du code général des impôts et a fait l'objet d'un procès-verbal de défaut de présentation de documents comptables ; que c'est à tort que les premiers juges ont considéré que la procédure d'imposition était viciée pour violation du secret médical par le vérificateur ; que la procédure d'imposition est régulière puisque le vérificateur a procédé à la reconstitution des recettes de M. A en se basant sur les relevés du système national inter-régimes (SNIR) et non sur des documents couverts par le secret médical ; que la production de tels documents n'a pas été demandée au contribuable ; que l'administration n'avait pas l'obligation de prendre position par écrit suite à l'entrevue du contribuable avec le supérieur hiérarchique ; que la reconstitution des recettes de M. A n'est entachée d'aucune anomalie ; que la réintégration des frais déduits par M. A dans son résultat imposable est justifiée dans la mesure où ils ne sont assortis d'aucun justificatif pour certains et, pour d'autres, n'ont pas le caractère de frais professionnels ; que l'application des pénalités pour mauvaise foi était justifiée ;

        Vu le mémoire en défense, enregistré le 8 octobre 2009, présenté pour M. et Mme A, tendant au rejet du recours du ministre et à ce qu'une somme de 5 000 euros soit mise à la charge de l'Etat, à leur verser sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ; ils soutiennent que la procédure était irrégulière du fait de la consultation par le vérificateur de documents couverts par le secret médical ; qu'à titre subsidiaire, une partie des recettes reconstituées est injustifiée, correspondant à des décalages dans les versements d'honoraires, à des virements de compte à compte et à des prêts familiaux ; que des charges ont été à tort remises en question par l'administration, s'agissant de frais de personnel, de loyers et charges locatives, de travaux et fournitures, de frais d'assurance, de frais de déplacement avec le véhicule de M. A, de charges sociales personnelles, de fournitures de bureau et, enfin, de frais financiers ;

       Vu le mémoire complémentaire, enregistré le 3 décembre 2010, présenté par le MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS, DE LA FONCTION PUBLIQUE ET DE LA REFORME DE L'ETAT, annonçant un abandon des redressements à hauteur de 110 207 francs (16 801 euros) pour 1999, de 85 464 francs (13 029 euros) pour 2000 et de 44 024 euros pour 2001, les bénéfices non commerciaux étant dès lors ramenés à 2 205 022 francs (336 153 euros) pour 1999 et à 1 068 936 francs (162 958 euros) pour 2000, le bénéfice de 44 274 euros imposé au titre de 2001 étant ramené à un déficit de 250 euros ; le ministre conclut pour le surplus aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens et par les moyens supplémentaires que la comptabilité de M. A a été écartée à bon droit au motif qu'elle ne revêtait pas un caractère sincère et probant, l'intéressé n'ayant pas produit l'ensemble des documents comptables exigés ; que l'imposition ayant par ailleurs été établie conformément à l'avis rendu par la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires, la charge de la preuve de l'exagération des redressements incombe au contribuable ; que la preuve du remboursement d'une partie des honoraires pris en compte, provenant des cliniques Montplaisir et Pasteur, n'est pas apportée ; que, s'agissant des recettes portées au crédit du compte professionnel de M. A, les recettes retenues au final font abstraction des versements en espèces justifiés par des débits de même montant provenant du compte personnel de M. A ou de celui de son fils, M. Jonathan A ; que les attestations produites ne suffisent pas à justifier la réalité des prêts familiaux invoqués, dont les modalités de remboursement ne sont pas précisées ; que M. A a lui-même indiqué au vérificateur qu'une partie de ses recettes professionnelles était portée sur le compte de son fils, M. Jonathan A ; que les justificatifs produits ne permettent de ramener les recettes ainsi comptabilisées sur le compte du fils de M. A que de 307 506 francs à 299 106 francs ; que les charges alléguées, constituées par des frais de personnel, des loyers et charges locatives, des frais de travaux, fournitures et services extérieurs, des cotisations d'assurances, des frais de véhicules, des charges sociales patronales, des fournitures de bureau et des frais financiers, ne sont pas justifiées au-delà des sommes déjà admises par l'administration ; 

       Vu le mémoire en défense complémentaire, enregistré le 23 décembre 2010, présenté pour M. et Mme A, tendant aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens ;

       Vu le mémoire complémentaire, enregistré le 13 janvier 2011, présenté par le MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS, DE LA FONCTION PUBLIQUE ET DE LA REFORME DE L'ETAT, annonçant un nouvel abandon des redressements à hauteur de 11 903 francs (1 814,64 euros) pour l'année 1999, de 30 000 francs (4 573,47 euros) pour l'année 2000 et de 37 960 francs (5 786,96 euros) pour l'année 2001, les bénéfices non commerciaux étant dès lors ramenés à 2 193 119 francs (334 339 euros) pour l'année 1999 et 1 038 936 francs (158 385 euros) pour l'année 2000 et le déficit de 250 euros constaté pour 2001 étant porté à 6 036 euros ; le ministre conclut pour le surplus aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens et par les moyens supplémentaires qu'hormis les sommes susmentionnées à hauteur desquelles l'administration indique abandonner les redressements en base, relatifs à une somme de 11 903 francs versée en 1999 à la caisse autonome de retraite des médecins de France, à un crédit de 500 francs constaté à la date du 1er juin 2001 sur le compte CCP de M. Jonathan A, correspondant à un retrait de même montant effectué sur le compte de Mme A, et à des sommes de 30 000 francs et 37 460 francs versées en 2000 et 2001 au titre de la responsabilité professionnelle, M. A ne justifie pas des sommes dont il demande la déduction de son bénéfice imposable au titre des trois années 1999, 2000 et 2001 ; 

       Vu le mémoire en défense complémentaire, enregistré le 14 janvier 2011, présenté pour M. et Mme A, tendant aux mêmes fins que précédemment, par les mêmes moyens et par les moyens supplémentaires qu'il est justifié de ce qu'une somme de 6 031 francs correspond à des honoraires impayés ; qu'un crédit de 50 000 francs constaté sur le compte professionnel de M. A correspond à un chèque établi par sa soeur ;

       Vu le mémoire, enregistré le 18 janvier 2011, présenté pour M. et Mme A ;

       Vu les autres pièces des dossiers ;

       Vu le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;

       Vu le code de justice administrative ;

       Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l'audience ;

       Après avoir entendu au cours de l'audience publique du 20 janvier 2011 :

       - le rapport de M. Montsec, président-assesseur ; 

       - les observations de Me Martin, avocat de M. et Mme A ;

       - et les conclusions de M. Monnier, rapporteur public ;

       - la parole ayant été donnée à nouveau à Me Martin, avocat de M. et Mme A ;

       Considérant que M. Emile A, médecin gynécologue obstétricien, a fait l'objet d'une vérification de comptabilité au titre de ses bénéfices non commerciaux pour les années 1999, 2000 et 2001 ; que M et Mme A ont parallèlement fait l'objet d'un examen contradictoire de leur situation fiscale personnelle ; qu'à l'issue de ces procédures, l'administration fiscale a réévalué les recettes déclarées au titre des bénéfices non commerciaux de M. A et remis en cause des charges déduites par celui-ci en tant que frais professionnels ; qu'au titre de la déclaration des revenus d'ensemble du foyer fiscal, l'administration a en outre réintégré des charges professionnelles déduites dans la catégorie des traitements et salaires par Mme A et a imposé la plus-value que les époux A avaient omis de déclarer, réalisée à l'occasion de la cession des titres qu'ils détenaient dans la Clinique Montplaisir ; que, par un jugement en date du 20 mai 2008, le Tribunal administratif de Lyon a, en son article 1er, réduit les bases de l'impôt sur le revenu assignées à M. et Mme A au titre des années 1999 à 2001 du montant des redressements effectués au titre de chacune de ces années dans la catégorie des bénéfices non commerciaux, en son article 2, déchargé M. et Mme A de la différence entre les droits et pénalités d'impôt sur le revenu auxquels ils ont été assujettis au titre des années 1999 à 2001 et ceux résultant de la réduction des bases d'imposition prononcée à l'article 1er et, en son article 3, rejeté le surplus de la demande de M. et Mme A tendant à la décharge des cotisations supplémentaires à l'impôt sur le revenu et pénalités y afférentes auxquelles ils ont été ainsi assujettis au titre des trois années 1999 à 2001 ; que le MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS ET DE LA FONCTION PUBLIQUE fait appel de ce jugement dont il demande l'annulation en tant qu'il a, en ses articles 1er et 2, donné partiellement satisfaction à la demande de M. et Mme A ; que M. et Mme A font de leur côté appel de ce même jugement en tant qu'il a rejeté le surplus de leur demande ;

       Sur la jonction :

       Considérant que le recours du MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS ET DE LA REFORME DE L'ETAT et la requête de M. et Mme A sont dirigés contre le même jugement et présentent à juger des questions connexes ; qu'il y a lieu de les joindre pour statuer par un même arrêt ;

       Sur le recours du MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS ET DE LA REFORME DE L'ETAT :

       En ce qui concerne l'étendue du litige :

       Considérant que, par un mémoire enregistré à la Cour le 3 décembre 2010, le ministre déclare renoncer aux redressements en litige à hauteur de 110 207 francs (16 801 euros) pour 1999, de 85 464 francs (13 029 euros) pour 2000 et de 44 024 euros pour 2001, les bénéfices non commerciaux étant dès lors ramenés à 2 205 022 francs (336 153 euros) pour 1999 et à 1 068 936 francs (162 958 euros) pour 2000, le bénéfice de 44 274 euros imposé au titre de 2001 étant ramené à un déficit de 250 euros ; que par un autre mémoire, enregistré à la Cour le 13 janvier 2011, le ministre déclare encore renoncer aux redressements en litige à hauteur de 11 903 francs (1 814,64 euros) pour l'année 1999, de 30 000 francs (4 573,47 euros) pour l'année 2000 et de 37 960 francs (5 786,96 euros) pour l'année 2001, les bénéfices non commerciaux étant dès lors ramenés à 2 193 119 francs (334 339 euros) pour l'année 1999 et 1 038 936 francs (158 385 euros) pour l'année 2000 et le déficit de 250 euros constaté pour 2001 étant porté à 6 036 euros ; que le ministre doit ainsi être regardé comme s'étant désisté de ses conclusions tendant à ce que les impositions dont le Tribunal administratif de Lyon a prononcé la décharge soient, à hauteur des montants susmentionnés des redressements auxquels l'administration a renoncé, remises à la charge de M. et Mme A ; que ce désistement partiel est pur et simple ; que rien ne s'oppose à ce qu'il en soit donné acte ;

       En ce qui concerne la régularité de la procédure d'imposition :

       Considérant qu'aux termes de l'article L. 86 A du livre des procédures fiscales : " La nature des prestations fournies ne peut faire l'objet de demande de renseignements de la part de l'administration des impôts lorsque le contribuable est membre d'une profession non commerciale soumis au secret professionnel en application des articles 226-13 et 226-14 du code pénal " ;

       Considérant que le Tribunal a considéré que la procédure d'imposition était irrégulière en ce que le vérificateur aurait pris connaissance de documents couverts par le secret professionnel ; que, toutefois, il ressort des pièces du dossier que le vérificateur a seulement interrogé le contribuable sur la méthode qu'il aurait utilisée pour déterminer le montant des recettes qu'il a déclaré ; que la notification de redressement, qui reprend les explications du contribuable, mentionne : " Selon vous, les feuilles des consultantes (...) qui mentionnent, jour après jour, vos rendez-vous avec la seule cotation, le tarif perçu et le mode de règlement, non totalisées, sont ensuite reportées sur un agenda journalier (...) puis saisies sur informatique (...) " ; que, contrairement à ce qu'a considéré le Tribunal administratif de Lyon, il ne ressort pas de ce document, ni d'ailleurs d'aucune autre pièce du dossier, que le vérificateur aurait pris connaissance de documents couverts par le secret médical ; qu'ainsi, le vérificateur n'a pas méconnu les dispositions de l'article L. 86 A du livre des procédures fiscales ; que, par suite, le MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS ET DE LA REFORME DE L'ETAT est fondé à soutenir que c'est à tort que, pour décharger M. et Mme A de l'intégralité des redressements relatifs aux bénéfices non commerciaux de M. A, le Tribunal administratif de Lyon s'est fondé sur le motif que la procédure était irrégulière en raison de ce que le vérificateur avait pris connaissance de documents couverts par le secret médical ;

       Considérant, toutefois, qu'il appartient à la Cour, saisie de l'ensemble du litige par l'effet dévolutif de l'appel, d'examiner les autres moyens soulevés devant le Tribunal administratif de Lyon ; 

       En ce qui concerne l'autre moyen de procédure invoqué :

       Considérant qu'aux termes du dernier alinéa de l'article L. 10 du livre des procédures fiscales : " Avant l'engagement d'une des vérifications prévues aux articles L. 12 et L. 13, l'administration des impôts remet au contribuable la charte des droits et obligations du contribuable vérifié ; les dispositions contenues dans la charte sont opposables à l'administration " ; qu'en vertu du paragraphe 5 du chapitre III de la charte, dans la version remise à M. A avant l'engagement de la vérification de sa comptabilité, le contribuable peut saisir l'inspecteur principal ou divisionnaire pour obtenir des éclaircissements supplémentaires sur les redressements notifiés au terme de la vérification ; que si des divergences importantes subsistent, il peut faire appel à l'interlocuteur départemental ou régional qui est un fonctionnaire de rang élevé spécialement désigné par le directeur dont dépend le vérificateur ;

       Considérant que la seule circonstance que les divergences qui subsistent à l'issue de l'entretien tenu avec le supérieur hiérarchique du vérificateur n'aient pas été portées par écrit à la connaissance du contribuable ne constitue pas une violation des dispositions précitées ; qu'ainsi, M. et Mme A ne sont pas fondés à soutenir qu'à défaut d'un tel compte-rendu ils auraient été privés de la possibilité de saisir l'interlocuteur départemental ; 

       En ce qui concerne le bien-fondé des impositions :

       S'agissant de la charge de la preuve :

       Considérant qu'aux termes de l'article L. 192 du livre des procédures fiscales : " Lorsque l'une des commissions visées à l'article L. 59 est saisie d'un litige (...), l'administration supporte la charge de la preuve en cas de réclamation, quel que soit l'avis rendu par la commission. / Toutefois, la charge de la preuve incombe au contribuable lorsque la comptabilité comporte de graves irrégularités et que l'imposition a été établie conformément à l'avis de la commission. La charge de la preuve des graves irrégularités invoquées par l'administration incombe, en tout état de cause, à cette dernière lorsque le litige (...) est soumis au juge (...) " ; 

       Considérant que la comptabilité de M. A comportant de graves irrégularités, dont la réalité n'est pas en elle-même contestée, et les impositions ayant été établies conformément à l'avis de la commission départementale des impôts et des taxes sur le chiffre d'affaires, la charge de la preuve incombe aux requérants en application des dispositions susrappelées de l'article L. 192 du livre des procédures fiscales ; 

       S'agissant de la reconstitution des recettes au titre des années 1999 et 2000, restant seules en litige :

       Pour l'année 1999 :

       Considérant que M.A, qui pratique des dépassements d'honoraires et est soumis à ce titre à une obligation de tenir et présenter à la demande un livre-journal présentant le détail de ses prestations, n'a pas produit un tel document lors de la procédure de vérification de comptabilité, mais seulement des pièces éparses sans valeur probante ; qu'un procès-verbal de défaut de présentation de la comptabilité a été établi par le vérificateur ; que, pour l'année 1999, le montant des recettes retenu par l'administration résulte du relevé SNIR qui fait état d'un montant de recettes de 3 076 798 francs, auquel a été ajoutée la somme de 1 520 francs correspondant à des recettes inscrites sur le relevé de la caisse militaire, soit un total de 3 078 318 francs ; que ce montant des recettes reconstituées a été corrigé en y ajoutant des honoraires de 1998 provenant des cliniques Pasteur et Montplaisir, perçus en 1999 pour un montant de 161 530 francs, et en déduisant les honoraires de 1999 perçus en 2000, pour un montant de 163 482 francs ; que les recettes reconstituées se montent ainsi à 3 076 366 francs, alors que le montant total des honoraires déclarés par le contribuable s'élevait à 2 862 740 francs ; qu'il s'en est suivi une réintégration de 213 626 francs ; que M. A soutient que doivent être encore déduites les sommes de 79 904 francs et de 113 979 francs, correspondant à des sommes que la clinique Pasteur lui aurait demandées de lui restituer (à hauteur de 79 904 francs) ou ne lui aurait pas payées (à hauteur de 113 979 francs), après avoir été déboutée par le Tribunal de sécurité sociale de l'action qu'elle avait engagée en justice contre la caisse primaire d'assurance maladie ; qu'il produit à l'appui de ses allégations une lettre de la clinique datée du 18 juillet 2000 qui ne saurait justifier l'existence et la nature d'un litige ayant trait à la somme de 113 979 francs ; que M. A se contredit d'ailleurs puisque, dans un précédent contrôle de ses bénéfices non commerciaux, au titre des années 1997 et 1998, il avait seulement invoqué le décalage d'encaissement des sommes litigieuses sur l'année 1999 ; que le courrier dans lequel la clinique demande le remboursement établit la réalité de la dette et M. A ne conteste pas avoir perçu ces sommes ; qu'il n'établit pas, en tout état de cause, que celles-ci ont fait ultérieurement l'objet d'un remboursement ; que, par suite, M. A n'est pas fondé à soutenir que c'est à tort que l'administration a retenu ces montants dans la base des redressements notifiés ; 

       Pour l'année 2000 :

       Considérant que, pour l'année 2000, M. A n'ayant pas davantage produit de comptabilité, l'administration a retenu un montant global de recettes de 2 092 356 francs, dont 1 928 874 francs figurant sur le relevé SNIR et 163 482 francs correspondant à des honoraires de la clinique Pasteur relatifs aux mois d'octobre, novembre et décembre de l'année 1999 et qui ont été perçus en 2000 ; qu'il s'en est suivi une réintégration d'un montant de 452 647 francs, dès lors que M. A n'avait déclaré que 1 639 709 francs ; que ce dernier soutient que le relevé SNIR aurait pris en compte des actes facturés par la Clinique Pasteur mais qui ne lui auraient pas été réglés ; que cette allégation n'est cependant pas assortie de pièces justificatives probantes ; que, dès lors, M. A n'est pas fondé à soutenir que c'est à tort que l'administration fiscale a réintégré la somme litigieuse dans la base des redressements ;

       S'agissant de la réintégration de frais professionnels au titre des deux années 1999 et 2000, restant seules en litige :

       Considérant, en premier lieu, que l'administration fiscale a remis en cause la déduction de dépenses professionnelles qu'elle a considérées comme non justifiées, en se fondant sur les dispositions de l'article 93 du code général des impôts ; que, pour tout justificatif de ces dépenses, M. A a produit des tableaux récapitulatifs de frais incomplets et présentant des erreurs, estimant que le vérificateur pouvait lui-même opérer les recoupements nécessaires avec ses comptes bancaires ; qu'il n'apporte pas ainsi la preuve, qui lui incombe, et n'est donc pas fondé à soutenir que c'est à tort que l'administration fiscale a réintégré les sommes litigieuses ; 

       Considérant, en deuxième lieu, que l'administration fiscale a remis en cause la déduction de frais de déplacement que M. A avait évalués aux sommes de 168 848 francs pour l'année 1999 et 114 600 francs pour l'année 2000 ; que M. A, qui ne justifie pas de l'utilisation de son véhicule et du nombre de kilomètres parcourus, ne peut pas se plaindre de la méthode d'évaluation des frais que l'administration a finalement admis en déduction à ce titre, à hauteur de 33 942 francs au titre de l'année 2000, sur une base forfaitaire de 10 000 kilomètres ;

       Considérant, en troisième lieu, que l'administration fiscale a encore procédé à la réintégration d'une somme de 12 634 francs correspondant à l'achat d'un plancher en chêne pour la rénovation de son cabinet médical, inscrite au poste " travaux et fournitures ", au motif que les travaux réalisés auraient dû faire l'objet d'un amortissement, s'agissant d'une immobilisation au titre des agencements ; que M. A ne peut utilement invoquer en l'espèce la tolérance existante pour des dépenses ne dépassant pas 2 500 francs, qui ne concerne que les dépenses d'acquisition de meubles meublants, de bureaux ou de mobilier de magasins commerciaux ; qu'en outre et en tout état de cause, la dépense globale, même si elle est fragmentée en plusieurs factures de moins de 2 500 francs chacune, dépasse ce seuil de 2 500 francs ; que c'est donc à bon droit que l'administration a réintégré cette somme dans son résultat imposable ; qu'il en est de même s'agissant de diverses autres dépenses d'aménagement alléguées, relatives notamment à l'achat d'un " plan de travail ", pour 6 311,50 francs, ou d'un " lot cuisine ", pour la somme de 2 580 francs ;

       Considérant, en quatrième lieu, que, s'agissant des frais d'assurances allégués, M. A n'établit pas, au-delà des sommes correspondant aux redressements abandonnés en cours d'instance par l'administration fiscale, du versement des cotisations correspondantes ou du caractère obligatoire et professionnel de ces assurances, notamment en ce qui concerne les sommes versées au titre de la protection juridique ; 

       Considérant, en cinquième lieu, que M. A reproche encore à l'administration d'avoir réintégré les sommes correspondant à des frais de personnel de 16 764.80 francs TTC qu'il aurait versées au titre de l'emploi d'une assistante médicale en 1999 et de 11 020 francs au titre de l'emploi d'une secrétaire standardiste en 2000 ; que, pour étayer ses allégations, il ne produit qu'un bulletin de paie au nom de Mlle Guenaelle Blanc, pour un montant global de 14 110,98 euros ; qu'il n'apporte pas ainsi la preuve, dont la charge lui incombe, de la réalité et du montant de telles dépenses, dont l'administration n'aurait pas déjà tenu compte ; qu'à défaut, il n'est pas fondé à soutenir que c'est à tort que l'administration a réintégré ces charges ;

       Considérant, en sixième lieu, que M. A reproche à l'administration de n'avoir pas accepté la déduction de sommes correspondant à des avances pour loyer et à des charges locatives ; que, s'il produit une attestation relative aux loyers et charges locatives qu'il aurait payés à la SCI La Chamade, dont il est lui-même associé à hauteur de 40 %, il ne justifie d'aucun contrat de location avec cette société ; qu'au surplus, alors qu'il indique lui-même qu'il partageait les locaux avec son frère, il ne justifie pas des conditions réelles de répartition des charges locatives correspondantes ; que dans ces conditions, c'est à bon droit que l'administration fiscale a refusé la déduction de ces sommes ; 

       Considérant, en septième lieu, que M. A avait déduit des intérêts financiers d'un montant de 203 624 francs en 1999 et de 163 541 francs en 2000 ; que ces intérêts concernent deux prêts souscrits en vue d'acquérir en 1994 et 1995 des parts de la Clinique Montplaisir et une partie de la clientèle du docteur Cohen ; que, toutefois, ces intérêts ne seraient déductibles que si la détention des parts était une condition nécessaire à l'exercice de la profession de l'intéressé ; que M. A ayant cessé son activité au sein de la clinique le 1er juin 1998, la détention de ces parts n'était plus nécessaire à l'exercice de sa profession et celles-ci relevaient désormais de son patrimoine privé ; que les circonstances selon lesquelles il n'aurait pas cessé volontairement son activité et que cette cessation d'activité pouvait n'être que provisoire n'ont pas d'incidence sur la déductibilité des intérêts en cause ; que, par suite, M. A n'est pas fondé à soutenir que c'est à tort que l'administration a considéré que les intérêts en litige ne constituaient pas des charges professionnelles déductibles ; 

       Considérant qu'il résulte de ce qui précède que le MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS ET DE LA FONCTION PUBLIQUE est fondé à soutenir que, sous réserve des redressements auxquels il a renoncé en cours d'instance, c'est à tort que, par l'article 1er du jugement attaqué, en date du 20 mai 2008, le Tribunal administratif de Lyon a réduit les bases de l'impôt sur le revenu assignées à M. et Mme A au titre des années 1999 et 2000 du montant des redressements effectués au titre de chacune de ces années dans la catégorie des bénéfices non commerciaux et a, par l'article 2 dudit jugement, déchargé M. et Mme A de la différence entre les droits et pénalités d'impôt sur le revenu auxquels ils ont été assujettis au titre de ces années 1999 et 2000 et ceux résultant de la réduction des bases d'imposition prononcée à l'article 1er ; que ces impositions seront remises à la charge de M. et Mme A, dans la limite des sommes en base de 2 193 119 francs (334 339 euros) pour l'année 1999 et 1 038 936 francs (158 385 euros) pour l'année 2000 ;

       Sur la requête de M. et Mme A :

       S'agissant des frais réels déduits des salaires imposables de Mme A :

       Considérant qu'il y a lieu, par adoption des motifs retenus par les premiers juges, d'écarter le moyen déjà invoqué en première instance et repris en appel, tiré de ce que c'est à tort que l'administration fiscale a réintégré des frais relatifs au second aller et retour quotidien de son domicile à son lieu de travail ; 

       Considérant que Mme A reproche à l'administration d'avoir réintégré des frais relatifs à sa participation à des activités scientifiques (colloques, séminaires, congrès...) hors de Lyon ; que Mme A soutient avoir utilisé son véhicule personnel pour se rendre à ces différentes réunions de scientifiques ; qu'elle ne justifie pas cependant de l'utilisation de son véhicule personnel, ni des frais liés à l'utilisation de celui-ci et notamment des frais de carburant ; qu'elle ne présente pas non plus des billets de train ou des justificatifs de titres de transport aériens ; que, dans ces conditions, elle n'est pas fondée à soutenir que c'est à tort que l'administration a considéré que les frais en cause n'étaient pas déductibles ;

       Considérant que, si Mme A reproche à l'administration d'avoir réintégré des frais relatifs à sa participation à des congrès et réunions scientifiques et des frais professionnels divers, elle n'établit pas avoir elle-même supporté ces frais, au-delà des sommes admises en déduction par l'administration ; 

       S'agissant de la taxation de la plus-value sur la cession des titres réalisée en 2001 :

       Considérant qu'il résulte de l'instruction que M. A a acquis 4 426 actions de la société d'exploitation de la Clinique Montplaisir en 1994, pour le prix de 1 418 400 francs, et 370 actions de cette même société en 1995, pour le prix de 500 000 francs ; qu'il a cédé la totalité de ces actions le 27 février 2001, pour le prix de 3 247 308 francs ; que l'administration fiscale, constatant qu'il n'avait déclaré à cette occasion aucune plus-value, a taxé la plus-value ainsi réalisée ;

       En ce qui concerne le principe de la taxation de cette plus-value :

       Considérant qu'aux termes de l'article 150-0 A du code général des impôts, dans sa rédaction alors applicable : " I. 1. Sous réserve des dispositions propres aux bénéfices industriels et commerciaux, aux bénéfices non commerciaux et aux bénéfices agricoles ainsi que de l'article 150 A bis, les gains nets retirés des cessions à titre onéreux, effectuées directement ou par personne interposée, de valeurs mobilières, de droits sociaux, de titres mentionnés au 1° de l'article 118 et aux 6° et 7° de l'article 120, de droits portant sur ces valeurs, droits ou titres, ou de titres représentatifs des mêmes valeurs, droits ou titres, sont soumis à l'impôt sur le revenu lorsque le montant de ces cessions excède, par foyer fiscal, 50 000 F par an (...) " ; qu'aux termes de l'article 150-0 B du même code : " Les dispositions de l'article 150-0 A ne sont pas applicables, au titre de l'année de l'échange des titres, aux plus-values réalisées dans le cadre d'une opération d'offre publique, de fusion, de scission, d'absorption d'un fonds commun de placement par une société d'investissement à capital variable, de conversion, de division, ou de regroupement, réalisée conformément à la réglementation en vigueur ou d'un apport de titres à une société soumise à l'impôt sur les sociétés (...) " ; 

       Considérant que les requérants soutiennent que la plus-value ainsi réalisée devait bénéficier du régime du sursis d'imposition s'appliquant aux plus-values d'échange de titres ; que les requérants invoquent à cet égard la " convention de croupier " passée le 7 février 2001 entre M. A et M. Jean-Michel Paret, ayant pour objet la propriété, d'une part, de " 8 000 actions souscrites par M. Paret dans la société Durousset Holding ", d'autre part, " du compte courant de 6 000 000 francs devant être constitué entre M. Paret et la société Durousset Holding " ; que cette convention indique que l'apport de M. A a consisté dans la mise à disposition d'une somme de 3 980 euros, correspondant à la libération de la moitié de la valeur nominale des 8 000 actions et d'une somme de 5 970 000 francs relative à la constitution du compte courant bloqué ; que, toutefois, une telle convention de croupier, en raison de son caractère occulte, ne saurait être opposée à l'administration ; qu'en tout état de cause, l'opération ainsi décrite, réalisée dans le cadre de cette " convention de croupier ", ne saurait être regardée comme une opération d'échange de titres au sens des dispositions susmentionnées de l'article 150-0 B du code général des impôts ; 

       En ce qui concerne le calcul de cette plus-value :

       Considérant que, dans le cas où des titres ont été comme en l'espèce transférés du patrimoine professionnel au patrimoine privé de leur détenteur, la plus-value réalisée ultérieurement à l'occasion de la cession de ces titres doit être calculée selon les règles applicables à une plus-value à caractère privé ; que, dans une telle hypothèse, le calcul de cette plus-value doit être effectué en tenant compte de la différence entre le prix de cession des actions et leur valeur à la date à laquelle elles sont entrées dans le patrimoine privé du contribuable ;

       Considérant, en premier lieu, qu'ainsi qu'il est dit ci-dessus M. A a cessé toute activité professionnelle au sein de la Clinique Montplaisir à compter du 1er juin 1998 ; que, s'il a néanmoins conservé les titres de la société d'exploitation de la clinique jusqu'au 27 février 2001, leur possession n'était plus utile à l'exercice de sa profession ; que, dès lors et sans que les requérants puissent utilement faire valoir que la cessation d'activité de M. A au sein de la Clinique Montplaisir pouvait n'être que provisoire, ces titres doivent être regardés comme ayant été transférés, dès le 1er juin 1998, de son patrimoine professionnel à son patrimoine privé ; qu'ainsi, c'est à bon droit que la plus-value réalisée en 2001 a été imposée non pas en tant que plus-value professionnelle, mais en tant que plus-value à caractère privé, en application des dispositions précitées de l'article 150-0 A du code général des impôts ; 

       Considérant, en second lieu, que, si M. et Mme A font valoir à juste titre que la valeur d'origine des titres devant être prise en considération pour le calcul de la plus-value était celle existante au 1er juin 1998 et non celle appliquée lors de leur acquisition en 1994 et 1995, ils n'établissent pas que la valeur d'origine de ces titres aurait été effectivement sous-évaluée, alors d'ailleurs que dans deux courriers que M. A a adressés à l'administration, en date du 16 janvier et du 25 août 2003, produits à l'instance, il déclarait avoir enregistré une moins-value au moment de la sortie des titres de son patrimoine professionnel ; 

       Sur les pénalités :

       Considérant qu'aux termes de l'article 1729 du code général des impôts, dans sa rédaction alors applicable : " 1. Lorsque la déclaration ou l'acte mentionnés à l'article 1728 font apparaître une base d'imposition ou des éléments servant à la liquidation de l'impôt insuffisants, inexacts ou incomplets, le montant des droits mis à la charge du contribuable est assorti de l'intérêt de retard visé à l'article 1727 et d'une majoration de 40 p. 100 si la mauvaise foi de l'intéressé est établie ou de 80 p. 100 s'il s'est rendu coupable de manoeuvres frauduleuses ou d'abus de droits au sens de l'article L. 64 du livre des procédures fiscales (...) " ; 

       Considérant que, pour contester les pénalités pour mauvaise foi qui leur ont été appliquées, M. et Mme A se bornent à faire valoir que les redressements sont eux-mêmes infondés et qu'une erreur relative au quotient familial appliqué était imputable à l'administration fiscale ; qu'il résulte de l'instruction que l'erreur dont s'agit a donné lieu à une restitution d'impôt d'un montant de 24 787 francs et qu'aucune pénalité pour mauvaise foi n'a été appliquée à ce titre ; que les conclusions de M. et Mme A tendant à la décharge des pénalités appliquées par l'administration ne peuvent dès lors qu'être rejetées ;

       Considérant qu'il résulte de ce qui précède que M. et Mme A ne sont pas fondés à soutenir que c'est à tort qu'à l'article 3 du jugement attaqué, en date du 20 mai 2008, le Tribunal administratif de Lyon a rejeté le surplus de leur demande ;

       Sur les conclusions tendant à l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative :

       Considérant qu'il n'y a pas lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat les sommes demandées par M. et Mme A, dans les deux affaires, sur le fondement des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ; 

DECIDE : 

Article 1er : Il est donné acte du désistement partiel des conclusions du recours n° 08LY02118 du MINISTRE DU BUDGET, DES COMPTES PUBLICS ET DE LA FONCTION PUBLIQUE, en tant qu'elles portaient sur les redressements susmentionnés auxquels l'administration a renoncé en cours d'instance.

Article 2 : La requête n° 08LY01711 de M. et Mme A est rejetée.

Article 3 : Les cotisations supplémentaires d'impôts sur le revenu auxquelles M. et Mme A avaient été assujettis au titre des années 1999 et 2000, dans la catégorie des bénéfices non commerciaux, sont remis à leur charge, dans la limite des droits et pénalités correspondant aux sommes en base de 2 193 119 francs (334 339 euros) pour l'année 1999 et 1 038 936 francs (158 385 euros) pour l'année 2000. 

Article 4 : Le jugement n° 0600599 du Tribunal administratif de Lyon, en date du 20 mai 2008, est réformé en ce qu'il a de contraire au présent arrêt.

Article 5 : Les conclusions de M. et Mme A tendant à l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées. 

Article 6 : Le présent arrêt sera notifié à M. et Mme A et au ministre du budget, des comptes publics, de la fonction publique et de la réforme de l'Etat.

 Délibéré après l'audience du 20 janvier 2011 à laquelle siégeaient :

M. Duchon-Doris, président de chambre,

M. Montsec, président-assesseur,

M. Raisson, premier conseiller.

Lu en audience publique, le 17 février 2011.

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N° 08LY01711...