Vu la procédure suivante :

Procédure contentieuse antérieure 

       La SELAS Pharmacie des Allagniers a demandé au tribunal administratif de Lyon :

       1°) de prononcer la décharge des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés auxquelles elle a été assujettie au titre des exercices clos les 30 juin 2009, 2010 et 2011, ainsi que des pénalités correspondantes ;

       2°) de prononcer la décharge des rappels de taxe sur la valeur ajoutée auxquels elle a été assujettie au titre de la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2011, ainsi que des pénalités correspondantes ;

       3°) de prononcer la décharge de l'amende qui lui a été infligée sur le fondement de l'article 1759 du code général des impôts. 

       Par un jugement n°1502890 du 28 novembre 2017, le tribunal administratif de Lyon a rejeté sa demande.

Procédure devant la cour 

       Par une requête et des mémoire enregistrés les 19 janvier 2018, 11 mars 2019 et 25 février 2020 dont le dernier n'a pas été communiqué, la SELAS Pharmacie des Allagniers, représentée par Me B..., avocat, demande à la cour :

       1°) d'annuler ce jugement du tribunal administratif de Lyon du 28 novembre 2017 ;

       2°) à titre principal, de prononcer la décharge des impositions et pénalités correspondantes en litige ;

       3°) à titre subsidiaire, de prononcer la décharge de l'amende infligée sur le fondement de l'article 1759 du code général des impôts ;

       4°) de mettre à la charge de l'Etat une somme de 6 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative et de le condamner au paiement des entiers dépens. 

       Elle soutient que : 

       - l'administration ne lui a pas donné une information précise et éclairée sur la nature même des investigations et sur la période concernée en méconnaissance du II de l'article 47 A du livre des procédures fiscales ; cette irrégularité doit entraîner la décharge de l'ensemble des impositions ;

       - en s'abstenant de lui communiquer les nouveaux calculs effectués à la suite de l'interlocution intervenue le 24 mars 2014, l'administration a méconnu les droits de la défense ; 

       - les méthodes de reconstitution utilisées par l'administration sont radicalement viciées ;

       - le courrier de l'administration concernant la motivation de l'amende infligée sur le fondement de l'article 1759 du code général des impôts ne mentionne pas la possibilité de présenter des observations dans un délai de trente jours en méconnaissance de l'article L. 80 D du livre des procédures fiscales ;

       - l'avis de mise en recouvrement du 7 juillet 2014 concernant cette amende ne comporte ni la date de son fait générateur, ni la nature de la pénalité. 

       Par des mémoires enregistrés les 25 mai 2018 et 8 juillet 2019, le ministre de l'action et des comptes publics conclut au non-lieu à statuer à concurrence du dégrèvement prononcé et au rejet du surplus des conclusions de la requête.

       Il soutient que :

       - les conclusions aux fins de décharge de l'amende fiscale prévue par l'article 1759 du code général des impôts sont devenues sans objet compte tenu du dégrèvement intégral accordé, sur ce point, à la SELAS Pharmacie des Allagniers en cours d'instance ;

       - les dispositions du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales n'ont pas été méconnues ;

       - la requérante n'a pas été gênée dans l'exercice de ses droits à la défense ;

       - en appel, la requérante ne conteste plus le rejet de sa comptabilité ; 

       - les méthodes de reconstitution utilisées ne sont pas viciées.

       Vu les autres pièces du dossier ;

       Vu :

       - le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;

       - le code de justice administrative ;

       Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l'audience ;

       Après avoir entendu au cours de l'audience publique :

       - le rapport de Mme A..., présidente assesseure ; 

       - les conclusions de M. Vallecchia, rapporteur public ;

       - les observations de Me B..., représentant la SELAS Pharmacie des Allagniers ;

       Considérant ce qui suit :

       1. La société d'exercice libéral par actions simplifiées (SELAS) Pharmacie des Allagniers, qui exploite une officine de pharmacie, a fait l'objet d'une vérification de comptabilité à l'issue de laquelle l'administration l'a assujettie à des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés au titre des exercices clos en 2009, 2010 et 2011 et à des rappels de taxe sur la valeur ajoutée au titre de la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2011, ces impositions étant assorties des intérêts de retard, de la majoration de 80 % prévue à l'article 1729 du code général des impôts pour l'ensemble des exercices en litige, et de l'amende prévue à l'article 1759 du code général des impôts, en ce qui concerne les exercices clos en 2010 et 2011. La SELAS Pharmacie de Allagniers relève appel du jugement du 28 novembre 2017 par lequel le tribunal administratif de Lyon a rejeté sa demande tendant à la décharge des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés auxquelles elle a été assujettie au titre des exercices clos les 30 juin 2009, 2010 et 2011, ainsi que des pénalités correspondantes. 

Sur l'étendue du litige :

       2. Par décision du 23 mai 2018, postérieure à l'introduction de la requête, l'administration a prononcé le dégrèvement, à hauteur de la somme de 127 435 euros, de l'amende fiscale mise à la charge de la SELAS Pharmacie des Allagniers en vertu des dispositions de l'article 1759 du code général des impôts. Les conclusions de la requête sont, dans cette mesure, devenues sans objet. Dès lors, il n'y a pas lieu, pour la cour, d'y statuer. 

Sur la régularité de la procédure d'imposition :

       3. En premier lieu, aux termes du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales, dans sa rédaction applicable au litige : " En présence d'une comptabilité tenue au moyen de systèmes informatisés et lorsqu'ils envisagent des traitements informatiques, les agents de l'administration fiscale indiquent par écrit au contribuable la nature des investigations souhaitées. Le contribuable formalise par écrit son choix parmi l'une des options suivantes : a) Les agents de l'administration peuvent effectuer la vérification sur le matériel utilisé par le contribuable ; b) Celui-ci peut effectuer lui-même tout ou partie des traitements informatiques nécessaires à la vérification. Dans ce cas, l'administration précise par écrit au contribuable, ou à un mandataire désigné à cet effet, les travaux à réaliser ainsi que le délai accordé pour les effectuer (...) ; c) Le contribuable peut également demander que le contrôle ne soit pas effectué sur le matériel de l'entreprise. (...) ".

       4. Il résulte des dispositions précitées du II de l'article L. 47 A que le vérificateur qui envisage un traitement informatique sur une comptabilité tenue au moyen de systèmes informatisés est tenu d'indiquer au contribuable, au plus tard au moment où il décide de procéder au traitement, par écrit et de manière suffisamment précise, la nature des investigations qu'il souhaite effectuer, c'est-à-dire les données sur lesquelles il entend faire porter ses recherches ainsi que l'objet de ces investigations, afin de permettre au contribuable de choisir en toute connaissance de cause entre les trois options offertes par ces dispositions. Le vérificateur n'est, à cet égard et conformément aux dispositions du b du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales, tenu de préciser au contribuable la description technique des travaux informatiques à réaliser en vue de la mise en oeuvre de ces investigations que si celui-ci a fait ensuite le choix d'effectuer lui-même tout ou partie des traitements informatiques nécessaires à la vérification. 

       5. Par un courrier du 22 mars 2012, l'administration a informé la société, qui tenait sa comptabilité au moyen de systèmes informatisés, de son souhait de réaliser des traitements informatiques sur ces systèmes. Ce courrier précisait que l'administration entendait, pour l'ensemble de la période vérifiée, contrôler les recettes réalisées en caisse et la taxe sur la valeur ajoutée collectée s'y rapportant. Il précisait que ces traitements porteraient sur un contrôle : " - des montants des ventes et des règlements / - des taux de TVA appliqués aux articles vendus / - des flux matières par rapprochement entre les stocks, les entrées et les sorties de produits / - des opérations réalisées en caisses comprenant en particulier les procédures de correction et d'annulation utilisées notamment à partir des éléments de traçabilité intégrés. ". Le courrier présentait ensuite les trois possibilités prévues au II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales. Ce faisant, l'administration a suffisamment précisé la nature des investigations qu'elle souhaitait effectuer afin de permettre au contribuable de choisir en toute connaissance de cause entre les trois options offertes par ces dispositions. Par suite, le moyen tiré de ce que l'administration aurait méconnu les dispositions précitées du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales doit être écarté.

       6. En second lieu, il résulte de l'instruction que le montant des rectifications litigieuses a été modifié après l'intervention de l'interlocuteur interrégional rencontré le 24 mars 2014. D'une part, ces modifications ont consisté à la simple correction d'erreurs matérielles concernant le report de chiffres issus de l'application de la méthode de reconstitution à partir des règlements manquants et n'ont concerné que des écarts de 22 euros pour l'exercice clos en 2009 et de 36 euros pour l'exercice clos en 2010. D'autre part, ces modifications ont concerné la méthode de reconstitution à partir des discordances entre les ventes et l'historique des ventes, les écarts initialement valorisés à partir du prix public TTC apparaissant dans le fichier historique, ayant finalement été valorisés à partir du prix de vente moyen constaté sur la période vérifiée. Si ces dernières modifications ont abouti à des différences de résultats de 6 130 euros pour l'exercice clos en 2010 et de 6 358 euros pour l'exercice clos en 2011, il résulte de l'instruction que les calculs concernés ont été communiqués à l'intéressée lors de l'entretien qui lui a été accordé le 4 octobre 2013 par le supérieur hiérarchique du vérificateur et que les fichiers informatiques correspondants lui ont été communiqués le 12 décembre 2013 sur la plateforme sécurisée " Escale " permettant l'échange de documents dématérialisés. Ainsi, contrairement à ce qu'elle soutient, la requérante a été mise à même de discuter des nouveaux calculs effectués par l'administration. Par suite, le moyen tiré de la méconnaissance des droits de la défense de l'intéressée doit être écarté. 

Sur le bien-fondé des impositions : 

       7. Aux termes de l'article L. 192 du livre des procédures fiscales, dans sa rédaction applicable à la procédure d'imposition en litige : " Lorsque l'une des commissions visées à l'article L. 59 est saisie d'un litige ou d'une rectification, l'administration supporte la charge de la preuve en cas de réclamation, quel que soit l'avis rendu par la commission. Toutefois, la charge de la preuve incombe au contribuable lorsque la comptabilité comporte de graves irrégularités et que l'imposition a été établie conformément à l'avis de la commission. La charge de la preuve des graves irrégularités invoquées par l'administration incombe, en tout état de cause, à cette dernière lorsque le litige ou la rectification est soumis au juge. (...) ". 

       8. A la suite de la vérification de comptabilité de la SELAS Pharmacie des Allagniers, le vérificateur en a reconstitué le chiffre d'affaires après avoir estimé que les irrégularités de la comptabilité la privaient de toute valeur probante. Le 27 novembre 2013, la commission départementale des impôts directs et taxes sur le chiffre d'affaires a émis un avis favorable aux redressements. En appel, la société requérante ne conteste plus le caractère irrégulier et non probant de sa comptabilité. Dès lors, il lui appartient de prouver l'exagération des bases d'imposition retenues par l'administration. 

       9. Pour procéder à la reconstitution du chiffre d'affaires dissimulé de la SELAS Pharmacie des Allagniers, pour l'exercice clos en 2009, l'administration a utilisé deux méthodes, dont elle a fait la moyenne. La première méthode de reconstitution par les règlements manquants consiste à valoriser, à partir du prix moyen d'un panier réglé en espèces hors rétrocessions et tiers-payant, calculé sur la base de jours sans rupture de règlements, les règlements manquants constatés sur la période litigieuse, ces règlements manquants ne pouvant être constitués, eu égard aux fonctionnalités du logiciel Alliance + utilisé par la pharmacie, que par des règlements en espèces. La seconde méthode de reconstitution en fonction des taux espèces consiste à appliquer aux recettes en espèces des journées comprenant des ruptures de règlement, le pourcentage des recettes en espèces calculé pour les jours sans rupture. Pour les exercices clos en 2010 et 2011, l'administration a appliqué une troisième méthode dont elle a également fait la moyenne avec les deux autres qui consiste à valoriser, à partir du prix public TTC affiché des produits, les écarts constatés tant positifs que négatifs sur chaque produit entre le fichier des factures de ventes, faisant apparaître les produits vendus et comptabilisés comme tels par la société, ce fichier étant affecté par les suppressions de règlements, et le fichier de l'historique des ventes " a_fb1 ", lié à la gestion du stock, non affecté par des suppressions de règlements. 

       10. S'agissant de la troisième méthode de reconstitution, qu'alors que la proposition de rectification mentionnait que cette méthode avait consisté à comparer, en fonction de leur code d'identification, les produits vendus apparaissant dans les fichiers " ventes " avec les quantités présentes dans le fichier " a_fb1 ", non impacté par les suppressions de factures, il résulte de l'instruction que l'écart a été calculé par le vérificateur entre les quantités présentes dans le fichier " a_fb1 " et les quantités vendues hors rétrocessions. Aucune pièce du dossier ne permet d'établir que les produits rétrocédés auraient également été retirés du fichier " a_fb1 ". L'administration ne le soutient d'ailleurs pas. Dans ces conditions, la requérante apporte la preuve qui lui incombe que la façon dont le vérificateur a appliqué cette troisième méthode était radicalement viciée. 

       11. S'agissant des deux premières méthodes, la requérante fait valoir que le rapport d'expertise sur lequel l'administration s'est appuyée pour fonder les rectifications litigieuses indique que les opérations liées à une prescription médicale ou au paiement d'un tiers ne peuvent être supprimées et qu'ainsi, les opérations de ventes enregistrées sous les rubriques " ordonnances " et " commerciale ", qui ne font pas intervenir de tiers payant auraient dû être exclues des calculs. Toutefois, elle ne propose aucune évaluation de l'incidence de l'exclusion de ces opérations sur le montant des recettes omises en espèces. Ainsi, elle ne rapporte pas la preuve qui lui incombe du caractère sommaire ou radicalement vicié des deux premières méthodes de reconstitution. 

       12. La requérante ne proposant pas d'autres méthodes de reconstitution du chiffre d'affaires de la société, alors que la minoration du chiffre d'affaires est avérée par l'usage du logiciel Alliance + et de ses fonctions correctives, et que l'administration apporte la preuve d'une minoration de recettes au moins égale à celle résultant des deux premières méthodes, qui étaient les méthodes donnant les minorations de recettes les plus faibles en ce qui concerne les exercices clos en 2010 et 2011 pour lesquels les trois méthodes ont été appliqués, il y a lieu pour la cour de fixer les nouvelles bases d'imposition en ce qui concerne ces deux derniers exercices en retenant les données calculées par l'administration à partir de la moyenne des deux premières méthodes. Il en résulte une insuffisance de bénéfices et de déclaration du chiffre d'affaires HT de la SELAS Pharmacie des Allagniers de 55 328 euros au lieu de 58 180 euros, soit un écart de 2 852 euros au titre de l'exercice clos en 2010, et de 59 913 euros au lieu de 63 042 euros, soit un écart de 3 129 euros au titre de l'exercice clos en 2011. Il en résulte une insuffisance de taxe sur la valeur ajoutée collectée de 4 590 euros pour la période correspondant à l'exercice clos en 2010 au lieu de 4 825 euros, soit un écart de 235 euros, et de 5 098 euros pour la période correspondant à l'exercice clos en 2011, au lieu de 5 364 euros, soit un écart de 266 euros. 

       13. Il résulte de tout ce qui précède que la SELAS Pharmacie des Allagniers est seulement fondée à soutenir que c'est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Lyon ne lui a pas accordé, d'une part, une réduction des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés, auxquelles elle a été assujettie au titre des exercices clos en 2010 et 2011, en droits et pénalités, à raison d'une diminution de sa base d'imposition de 2 852 euros en 2010 et de 3 129 euros en 2011 et d'autre part, une réduction en droits des rappels de taxe sur la valeur ajoutée de 501 euros pour la période allant du 1er juillet 2009 au 30 juin 2011, ainsi que des pénalités correspondantes. 

Sur les frais liés à l'instance : 

       14. Il n'y a pas lieu, dans les circonstances de l'espèce, en application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative, de mettre à la charge de l'Etat les frais exposés par la SELAS Pharmacie des Allagniers et non compris dans les dépens.

 DECIDE :

Article 1er : Il n'y a plus lieu de statuer, à hauteur de la somme de 127 435 euros sur les conclusions de la requête de la SELAS Pharmacie des Allagniers aux fins de décharge de l'amende fiscale mise à sa charge en application de l'article 1759 du code général des impôts.

Article 2 : Il est accordé à la SELAS Pharmacie des Allagniers la réduction des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés auxquelles elle a été assujettie au titre des exercices clos en 2010 et 2011, à raison d'une diminution de sa base d'imposition de 2 852 euros en 2010 et de 3 129 euros en 2011, ainsi que des pénalités correspondantes.

Article 3 : Il est accordé à la SELAS Pharmacie des Allagniers la réduction des rappels de taxe sur la valeur ajoutée mis à sa charge de 501 euros pour la période allant du 1er juillet 2009 au 30 juin 2011, ainsi que des pénalités correspondantes. 

Article 4 : Le jugement du tribunal administratif de Lyon en date du 28 novembre 2017 est réformé en ce qu'il a de contraire au présent arrêt.

Article 5 : Le surplus des conclusions de la SELAS Pharmacie des Allagniers est rejeté.

Article 6 : Le présent arrêt sera notifié à la SELAS Pharmacie des Allagniers et au ministre de l'action et des comptes publics.

Délibéré après l'audience du 12 mars 2020 à laquelle siégeaient :

M. Bourrachot, président de chambre,

Mme A..., présidente assesseure,

Mme C..., première conseillère.

Lu en audience publique, le 2 avril 2020.

N° 18LY00205		2