Vu la requête, enregistrée le 7 mars 2014, présentée pour la Fédération Nationale des Syndicats d'Exploitants Agricoles, dont le siège est situé 11 rue de la Baume à Paris (75008), la Fédération régionale des syndicats d'exploitants agricoles - Bretagne, dont le siège est situé au Technopôle Atalante Champeaux à Rennes Cedex (35042), la Fédération régionale des syndicats d'exploitants agricoles - Poitou-Charentes, dont le siège est au lieudit " Les Ruralies" à Prahecq (79231), la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Cantal, dont le siège est situé 26 rue du 139ème RI à Aurillac Cedex (15002), la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Deux-Sèvres, dont le siège est situé à la Maison de l'Agriculture B.P. 80004 à Prahecq (79231), la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Finistère, dont le siège est 5 Allée Sully à Quimper Cedex (29322) et la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Maine-et-Loire, dont le siège est situé 14 avenue Joxé à Angers Cedex 01 (49004), par Maître Drai, avocat ; les requérants demandent à la cour :

        1°) d'annuler le jugement n° 1300565 en date du 31 décembre 2013 par lequel le tribunal administratif d'Orléans a rejeté leur demande tendant à l'annulation de l'arrêté en date du 21 décembre 2012 par lequel le préfet de la région Centre, préfet coordonnateur du bassin Loire-Bretagne, a délimité les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d'origine agricole du bassin Loire-Bretagne ;

        2°) d'annuler cet arrêté du préfet de la région Centre du 21 décembre 2012 ; 

        3°) d'enjoindre au ministre chargé de l'écologie d'abroger la circulaire du 22 décembre 2011 dans un délai de quinze jours à compter de la notification du jugement à intervenir sous astreinte de 100 euros par jour de retard ; 

        4°) d'enjoindre au Premier ministre d'abroger l'article R. 211-77 du code de l'environnement dans un délai de quinze jours à compter de la notification de l'arrêt à intervenir sous astreinte de 100 euros par jour de retard ; 

        5°) de mettre à la charge de l'Etat une somme de 15 000 euros sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative et de 35 euros sur le fondement de l'article R. 761-1 du code de justice administrative ; 

        ils soutiennent que :

        - sur la régularité du jugement attaqué : 

        . le déroulement de l'instruction devant le tribunal administratif d'Orléans n'a pas permis de respecter un contradictoire plein et entier ;

        . c'est à tort que le dispositif du jugement a été notifié au ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie plutôt qu'au préfet coordonateur de bassin auteur de l'acte attaqué ; 

        . le jugement est insuffisamment motivé, notamment en ce qui concerne les conditions d'application de l'article R. 211-75 du code de l'environnement ; 

        - sur le bien-fondé du jugement : 

        . le ministre chargé de l'environnement n'était pas compétent pour délimiter les zones vulnérables dès lors que cette compétence ne relevait que du Premier ministre, détenteur du pouvoir réglementaire aux termes de la Constitution, qui n'a pu accorder de délégation implicite au préfet coordonateur de bassin ; 

        . sur la procédure de concertation, les dispositions de l'article R. 211-77 du code de l'environnement ont été méconnues dès lors que les demandes d'avis ont été adressées aux organismes et collectivités prévus par ce texte entre le 16 juillet et le 2 août 2012, ce qui ne permettait pas de tenir compte des délais légaux de convocation de ces collectivités ; 

        . le projet de délimitation des périmètres n'a été mis à la disposition du public que dans une seule préfecture alors que le champ géographique du périmètre arrêté concerne la moitié de la France et plusieurs autres préfectures ; 

        . en ce qui concerne la participation du public les stipulations des articles 6, 7 et 8 de la convention d'Aarhus ont été méconnues ; la participation du public n'a pas été effective dans l'ensemble des territoires concernés ; le site internet sur lequel a été organisée une simple consultation est rédigé de manière opaque ; 

        . l'arrêté a été établi sur le fondement de l'article R. 211-77 du code de l'environnement dont l'illégalité est invoquée par voie d'exception, dès lors que ces dispositions transfèrent irrégulièrement au préfet coordonnateur de bassin le soin de définir les zones vulnérables ; 

        . la circulaire du 21 décembre 2011 relative au réexamen de la liste de zones vulnérables comporte des dispositions impératives, en l'espèce l'obligation d'utiliser le percentile 90 ainsi que certains éléments de méthodologie pour la détermination de la valeur à retenir ; de tels éléments relevant de la voie réglementaire, les requérants sont bien fondés à invoquer par voie d'exception l'illégalité de cette circulaire ; 

        . l'article R. 211-76 a été méconnu dans la mesure où l'administration n'a pas apporté la preuve de l'origine agricole des concentrations en nitrate constatées ; c'est par erreur d'appréciation que n'ont pas été retirées du classement en zone vulnérable des communes situées dans le département des Deux Sèvres pour lesquels avaient été relevées des taux de contamination inférieurs à 40 mg/l de nitrate ; 

        . la convention pour la protection du milieu marin de l'Atlantique Nord-est du 22 septembre 1992, dite convention "OSPAR" a été méconnue dès lors qu'aucun lien de causalité n'est démontré entre l'eutrophisation constatée, qu'elle soit estuarienne, côtière ou maritime et les apports de nitrates par la Loire, de nombreux autres facteurs pouvant intervenir ; 

        Vu, enregistré le 29 janvier 2015, le mémoire en intervention présenté pour l'association générale des Producteurs de Blé par Me Drai, avocat, qui s'associe aux conclusions à fins d'annulation présentées par la FNSEA et les autres requérants, sans soulever de moyens distincts ;

        elle se prévaut d'un intérêt à intervenir à l'instance du fait de l'impact, sur les méthodes d'exploitation agricole, pour les céréaliers qu'elle représente, des mesures imposées dans les territoires classés en zones vulnérables ; 

        Vu le mémoire ampliatif, enregistré le 9 février 2015, présenté pour la FNSEA et les autres requérants, qui persistent dans leurs précédentes conclusions par les mêmes moyens ; 

        Vu le jugement et la décision attaqués ;

        Vu le mémoire en défense, enregistré le 23 mars 2015, présenté pour le ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, qui conclut au rejet de la requête ;

        il soutient :

        - que le jugement attaqué n'est pas entaché des irrégularités alléguées par les requérants ; 

         - qu'aucun des moyens de la requête n'est fondé ;

        Vu le mémoire en réplique, enregistré le 28 avril 2015, présenté pour la FNSEA et les autres requérants, qui persistent dans leurs précédentes conclusions par les mêmes moyens ; 

        ils ajoutent que l'arrêté en litige souffre d'un défaut de motivation, alors que cette obligation est imposée par l'article 41 § 2.3° de la charte des droits fondamentaux de l'Union européenne ;

        Vu l'ordonnance en date du 28 avril 2015 fixant la clôture d'instruction au 18 mai 2015, en application des articles R. 613-1 et R. 613-3 du code de justice administrative ;

        Vu, enregistré le 18 mai 2015, le nouveau mémoire en défense présenté pour le ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, qui persiste dans ses précédentes conclusions par les mêmes moyens ; 

        Vu la lettre du 26 juin 2015 par laquelle le président de la chambre a informé les parties, en application de l'article R. 611-7 du code de justice administrative, de ce que la cour était susceptible de soulever d'office le moyen tiré de ce que les conclusions de la requête tendant à ce que la cour enjoigne, d'une part, au Premier ministre, d'abroger l'article R. 211-77 du code de l'environnement et d'autre part, au ministre chargé de l'environnement, d'abroger la circulaire du 22 décembre 2011 étaient nouvelles en appel et par suite irrecevables ;

        Vu la lettre en date du 26 juin 2015 par laquelle le président de la chambre a invité les parties à faire connaître leurs observations, au cas où la cour annulerait la décision en litige, sur l'éventualité d'une modulation des effets de cette annulation ; 

        Vu, enregistré le 2 juillet 2015, le mémoire présenté pour la FNSEA et les autres requérants, qui tend au maintien de leurs conclusions à fins d'abrogation et au rejet d'une éventuelle modulation dans le temps des effets d'une annulation de l'arrêté en litige ; 

        Vu, enregistré le 2 juillet 2015, le mémoire du ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, qui conclut à ce que la cour module dans le temps, le cas échéant, les effets d'une annulation de l'arrêté attaqué ; 

        Vu les autres pièces du dossier ;

        Vu la Charte de l'environnement ; 

        Vu la convention pour la protection du milieu marin de l'Atlantique du Nord-Est signée à Paris le 22 septembre 1992 ;

        Vu la convention d'Aarhus du 25 juin 1998 sur l'accès à l'information, la participation du public aux processus décisionnels et l'accès à la justice en matière d'environnement, ainsi que le décret n° 2002-1187 du 12 septembre 2002 portant publication de cette convention ;

        Vu la charte des droits fondamentaux de l'Union européenne ; 

        Vu la directive 91/676/CEE du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles ;

        Vu le code de l'environnement ;

        Vu la loi n° 2000-321 du 12 avril 2000 modifiée relative aux droits des citoyens dans leurs relations avec les administrations ;

        Vu la circulaire du ministre de l'écologie, du développement durable, des transports et du logement du 22 décembre 2011 relative au réexamen de la liste de zones vulnérables au titre de la directive n°91/676/CEE du 12 décembre 1991 ;

        Vu le code de justice administrative ;

        Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l'audience ;

        Après avoir entendu au cours de l'audience publique du 3 juillet 2015 :

        - le rapport de M. Francfort, président-assesseur,

        - les conclusions de Mme Grenier, rapporteur public,

        - et les observations de Me Ayache, avocat des syndicats requérants ; 

        Après avoir pris connaissance de la note en délibéré enregistrée le 22 juillet 2015, présentée pour la Fédération Nationale des Syndicats d'Exploitants Agricoles et autres ;

        1. Considérant que par arrêté du 21 décembre 2012, le préfet de la région Centre, préfet coordonnateur du bassin Loire-Bretagne, a délimité les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d'origine agricole du bassin Loire-Bretagne ; que la Fédération Nationale des Syndicats d'Exploitants Agricoles (FNSEA) et les autres requérants relèvent appel du jugement en date du 31 décembre 2013 par lequel le tribunal administratif d'Orléans a rejeté leur demande tendant à l'annulation de cet arrêté ;

        Sur l'intervention de l'Association Générale des Producteurs de Blé :

        2. Considérant que l'Association Générale des Producteurs de Blé a intérêt à l'annulation de l'arrêté attaqué et justifie de la qualité de son président pour agir en justice au nom de l'association ; que son intervention doit être admise ; 

        Sur la légalité de l'arrêté attaqué :

        3. Considérant qu'aux termes de l'article R. 211-75 du code de l'environnement, dans sa rédaction en vigueur à la date de l'arrêté attaqué : " Il est dressé un inventaire des zones dites vulnérables qui contribuent à la pollution des eaux par le rejet direct ou indirect de nitrates et d'autres composés azotés susceptibles de se transformer en nitrates d'origine agricole / Sont désignées comme vulnérables, compte tenu notamment des caractéristiques des terres et des eaux ainsi que de l'ensemble des données disponibles sur la teneur en nitrate des eaux, les zones qui alimentent les eaux définies à l'article R. 211-76 " ; qu'aux termes de l'article R. 211-76 du même code, dans sa rédaction alors en vigueur : " I. - Pour la désignation des zones vulnérables, sont définies comme atteintes par la pollution : / 1° Les eaux souterraines et les eaux douces superficielles, notamment celles servant au captage d'eau destinée à la consommation humaine, dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre ; / 2° Les eaux des estuaires, les eaux côtières et marines et les eaux douces superficielles qui ont subi une eutrophisation susceptible d'être combattue de manière efficace par une réduction des apports en azote. / II. - Pour la désignation des zones vulnérables, sont définies comme menacées par la pollution : / 1° Les eaux souterraines et les eaux douces superficielles, notamment celles servant au captage d'eau destinée à la consommation humaine, dont la teneur en nitrate est comprise entre 40 et 50 milligrammes par litre et montre une tendance à la hausse ; / 2° Les eaux des estuaires, les eaux côtières et marines et les eaux douces superficielles dont les principales caractéristiques montrent une tendance à une eutrophisation susceptible d'être combattue de manière efficace par une réduction des apports en azote (...) " ; qu'enfin selon l'article R. 211-77 dudit code, dans sa rédaction applicable à l'espèce : " Le préfet coordonnateur de bassin élabore, avec le concours des préfets de département, à partir des résultats obtenus par le programme de surveillance de la teneur des eaux en nitrates d'origine agricole et de toute autre donnée disponible, un projet de délimitation des zones vulnérables en concertation avec les organisations professionnelles agricoles, des représentants des usagers de l'eau, des communes et de leurs groupements, des personnes publiques ou privées qui concourent à la distribution de l'eau, des associations agréées de protection de l'environnement intervenant en matière d'eau et des associations de consommateurs / Le préfet coordonnateur de bassin transmet le projet de délimitation des zones vulnérables aux préfets intéressés qui consultent les conseils généraux et les conseils régionaux (...) ainsi que les conseils départementaux de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques et les chambres d'agriculture / Le préfet coordonnateur de bassin arrête la délimitation des zones vulnérables après avis du comité de bassin / Les avis sont réputés favorables s'ils n'interviennent pas dans un délai de deux mois à compter de la transmission de la demande d'avis / L'inventaire des zones vulnérables est rendu public (...) / L'inventaire des zones vulnérables est modifié selon la même procédure que celle prévue pour son adoption. Cet inventaire fait l'objet d'un réexamen au moins tous les quatre ans " ;

        4. Considérant, en premier lieu, que si l'interprétation que, par voie de circulaires ou d'instructions, l'autorité administrative donne des lois et règlements qu'elle a pour mission de mettre en oeuvre n'est pas susceptible d'être déférée au juge de l'excès de pouvoir ou d'être contestée par voie d'exception, il en va autrement lorsqu'une telle instruction contient des dispositions impératives ; que tel est le cas en l'espèce du point 3 de l'annexe technique, portant instructions pour réviser les zones vulnérables, de la circulaire du 22 décembre 2011 du ministre chargé de l'écologie relative au réexamen de la liste de zones vulnérables, qui, pour déterminer la concentration en nitrates des eaux, impose le recours à la seule méthode dite du " percentile 90 " issu de la campagne de surveillance 2010/2011 ou des deux campagnes 2010/2011 et 2009/2010, excluant ainsi le recours à d'autres méthodes, susceptibles d'induire des résultats différents ; que, par ailleurs, l'arrêté attaqué constitue une mesure d'application de cette circulaire, dès lors que la mesure de la concentration en nitrates constitue un critère indispensable pour procéder à la révision des zones vulnérables aux pollutions par les nitrates d'origine agricole ; qu'il en résulte que la FNSEA et les autres requérants peuvent utilement exciper de l'illégalité de cette circulaire ; 

        5. Considérant, en second lieu, que ni la directive du 12 décembre 1991 susvisée ni les articles précités du code de l'environnement ne fixent la méthode à employer pour déterminer le taux de nitrates des eaux aux fins d'identifier si celles-ci sont atteintes ou menacées par la pollution ; que, par suite, en imposant à cette fin de recourir à une méthode en particulier, soit la méthode dite " percentile 90 ", la circulaire litigieuse a ajouté à la réglementation européenne et nationale en fixant une règle nouvelle, de nature à influencer le résultat résultant du réexamen de l'inventaire des zones vulnérables à la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole ; que le ministre chargé de l'écologie, du développement durable, des transports et du logement ne tenait toutefois d'aucun texte le pouvoir de prendre une telle disposition ; que, par suite, la FNSEA et les autres syndicats requérants sont fondés à soutenir que le point 3 de l'annexe de la circulaire du 22 décembre 2011 est entaché d'incompétence et, pour ce motif, à demander l'annulation de l'arrêté attaqué ;

        6. Considérant qu'il résulte de ce qui précède, et sans qu'il soit besoin de statuer sur les autres moyens de la requête ni sur la régularité du jugement attaqué, que les syndicats requérants sont fondés à soutenir que c'est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif d'Orléans a rejeté leur demande ; 

        Sur les conséquences de l'illégalité de l'arrêté en litige :

        7. Considérant que l'annulation d'un acte administratif implique en principe que cet acte est réputé n'être jamais intervenu ; que, toutefois, s'il apparaît que cet effet rétroactif de l'annulation est de nature à emporter des conséquences manifestement excessives en raison tant des effets que cet acte a produits et des situations qui ont pu se constituer lorsqu'il était en vigueur que de l'intérêt général pouvant s'attacher à un maintien temporaire de ses effets, il appartient au juge administratif - après avoir recueilli sur ce point les observations des parties et examiné l'ensemble des moyens, d'ordre public ou invoqués devant lui, pouvant affecter la légalité de l'acte en cause - de prendre en considération, d'une part, les conséquences de la rétroactivité de l'annulation pour les divers intérêts publics ou privés en présence et, d'autre part, les inconvénients que présenterait, au regard du principe de légalité et du droit des justiciables à un recours effectif, une limitation dans le temps des effets de l'annulation ; qu'il lui revient d'apprécier, en rapprochant ces éléments, s'ils peuvent justifier qu'il soit dérogé à titre exceptionnel au principe de l'effet rétroactif des annulations contentieuses et, dans l'affirmative, de prévoir dans sa décision d'annulation que, sous réserve des actions contentieuses engagées à la date de celle-ci contre les actes pris sur le fondement de l'acte en cause, tout ou partie des effets de cet acte antérieurs à son annulation devront être regardés comme définitifs ou même, le cas échéant, que l'annulation ne prendra effet qu'à une date ultérieure qu'il détermine ;

        8. Considérant que la délimitation des zones vulnérables en application des dispositions de l'article R. 211-76 du code de l'environnement vise à permettre l'application des programmes d'action en vue du respect de la directive européenne du 12 décembre 1991, laquelle établit un cadre de mesures visant à réduire et à prévenir la pollution directe et indirecte des eaux par les nitrates d'origine agricole et impose à cet effet aux Etats-membres d'établir dans ces zones vulnérables des programmes d'action portant sur l'utilisation des fertilisants azotés, ainsi que les pratiques agricoles associées, selon une règle reprise en droit interne au V de l'article R. 211-80 du code de l'environnement ; qu'ainsi l'annulation rétroactive de l'arrêté du 21 décembre 2012 par lequel le préfet de la région Centre a délimité de telles zones dans le bassin Loire-Bretagne aurait, sur une large portion du territoire, des conséquences manifestement excessives, tant pour la protection de l'environnement que pour le respect par la France, déjà condamnée à deux reprises en la matière, de ses engagements communautaires ; que dans ces conditions, eu égard à l'intérêt qui s'attache à la continuité de ces programmes d'action, il y a lieu, pour permettre au ministre de l'écologie, du développement, durable et de l'énergie de prendre les dispositions nécessaires à cette continuité, de n'en prononcer l'annulation totale qu'à compter du 15 janvier 2016, sous réserve, d'une part, des droits des personnes qui ont engagé une action contentieuse à la date de la présente décision, et, d'autre part, du classement en zone vulnérable des communes de Saint-Amand Magnazeix, Saint Hilaire la Treille et Folles, lequel a été rétroactivement annulé par l'arrêt n°14NT00560 rendu ce jour par la cour ; 

        Sur les conclusions à fin d'injonction : 

        9. Considérant que le présent arrêt n'implique en tout état de cause ni qu'il soit fait injonction au Premier ministre d'abroger les dispositions de l'article R. 211-77 du code de l'environnement, ni qu'il soit fait injonction au ministre chargé de l'environnement d'abroger la circulaire du 22 décembre 2011 mentionnée ci-dessus ; que les conclusions présentées en ce sens ne peuvent par suite qu'être rejetées ; 

        Sur les conclusions tendant à l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative :

        10. Considérant qu'il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat la somme de 2 000 euros au titre des frais exposés par l'ensemble des requérants et non compris dans les dépens ;

DÉCIDE :

Article 1er : L'intervention de l'association générale des Producteurs de Blé est admise. 

Article 2 :    Le jugement du tribunal administratif d'Orléans du 31 décembre 2013 est annulé. 

Article 3 : L'arrêté du 21 décembre 2012 par lequel le préfet de la région Centre, préfet coordonnateur du bassin Loire-Bretagne, a délimité les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d'origine agricole du bassin Loire-Bretagne est annulé. Sous réserve des actions contentieuses engagées à la date de la présente décision contre les actes pris sur son fondement, cette annulation prendra effet à compter du 15 janvier 2016, à l'exception du territoire des communes de Saint-Amand Magnazeix, Saint Hilaire la Treille et Folles dont l'inscription à l'inventaire des zones vulnérables à fait l'objet d'une annulation rétroactive par arrêt de la cour n° 14NT00560 de ce jour.

Article 4 :  Le surplus des conclusions de la requête est rejeté.

Article 5 : L'Etat versera à l'ensemble des syndicats requérants une somme globale de 

2 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 

Article 6 : Le présent arrêt sera notifié à la Fédération Nationale des Syndicats d'Exploitants Agricoles (FNSEA), à la Fédération régionale des syndicats d'exploitants agricoles - Bretagne, à la Fédération régionale des syndicats d'exploitants agricoles - Poitou-Charentes, à la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Cantal, à la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Deux-Sèvres, à la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Finistère, à la Fédération départementale des syndicats d'exploitants agricoles - Maine-et-Loire, au ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie et à l'association générale des producteurs de blé (AGPB). 

Une copie sera adressée au préfet de la région Centre.

Délibéré après l'audience du 3 juillet 2015, à laquelle siégeaient :

- M. Lenoir, président de chambre,

- M. Francfort, président-assesseur,

- Mme Rimeu, premier conseiller,

Lu en audience publique, le 24 juillet 2015.	

Le rapporteur,

J. FRANCFORTLe président,

H. LENOIR

Le greffier,

F. PERSEHAYE

        La République mande et ordonne au ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie en ce qui le concerne et à tous huissiers de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision.

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N° 14NT00594