Vu le pourvoi sommaire, le mémoire complémentaire et le nouveau mémoire, enregistrés les 3 septembre et 30 novembre 2010 et le 9 février 2012 au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat, présentés pour la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE, dont le siège est 2, cours du Champ de Mars à Nantes (44200), représentée par son président ; la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE demande au Conseil d'Etat :

              1°) d'annuler l'arrêt n° 09NT02202 du 28 juin 2010 par lequel la cour administrative d'appel de Nantes a rejeté sa requête tendant, d'une part, à l'annulation du jugement n° 064179 du 9 juillet 2009 par lequel le tribunal administratif de Nantes a rejeté sa demande tendant à la restitution de la taxe sur la valeur ajoutée ayant grevé les contributions en provenance de son budget général destinées à compenser l'insuffisance des tarifs du service des transports en commun de voyageurs pour couvrir l'amortissement des équipements au cours de la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2002 et, d'autre part, à ce que lui soit accordée la restitution demandée à hauteur de 2 420 473 euros ;

              2°) réglant l'affaire au fond, de faire droit à son appel ;

              3°) de mettre à la charge de l'Etat la somme de 5 000 euros en application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ;

              Vu les autres pièces du dossier ;

              Vu la sixième directive 77/388/CEE du Conseil du 17 mai 1977 ;

              Vu le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;

              Vu le code de justice administrative ;

              Après avoir entendu en séance publique :

              - le rapport de M. Christophe Pourreau, Maître des Requêtes,  

              - les observations de Me Ricard, avocat de la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE, 

              - les conclusions de M. Vincent Daumas, rapporteur public ;

              La parole ayant été à nouveau donnée de Me Ricard, avocat de la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE ; 
Considérant qu'il ressort des pièces du dossier soumis aux juges du fond que, jusqu'au 31 décembre 2002, la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE a assuré l'exploitation pour son compte du réseau de transport en commun de l'agglomération nantaise et avait, à ce titre, la qualité de redevable de la taxe sur la valeur ajoutée ; qu'afin de pouvoir déduire l'intégralité de la taxe sur la valeur ajoutée ayant grevé le prix des dépenses réalisées dans le cadre de cette activité, elle a fait usage de la faculté prévue aux paragraphes 25 et suivants de la documentation administrative 3 D-1723 du 2 novembre 1996, dans sa version applicable aux périodes litigieuses, consistant à soumettre spontanément à la taxe sur la valeur ajoutée les virements internes du budget général vers le compte transport destinés à couvrir les amortissements des biens utilisés pour l'exploitation du service ; que, par une réclamation du 27 décembre 2005, elle a sollicité la restitution de la taxe ainsi collectée à compter du 1er janvier 2001 ; que, par une décision du 4 juillet 2006, le directeur des services fiscaux de la Loire-Atlantique, qui a fait droit à cette demande au titre de la déclaration rectificative déposée en avril 2003 pour un montant de 4 147 euros, a rejeté le surplus de sa demande au titre de la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2002, pour un montant total de 2 420 473 euros, au motif qu'elle était tardive ; que la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE se pourvoit en cassation contre l'arrêt du 28 juin 2010 par lequel la cour administrative d'appel de Nantes a rejeté sa requête tendant à l'annulation du jugement du 9 juillet 2009 par lequel le tribunal administratif de Nantes a rejeté sa demande de restitution de la taxe sur la valeur ajoutée ayant grevé les virements internes effectués en provenance du budget général au cours de la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2002 et à ce que lui soit accordée la restitution demandée à hauteur de 2 420 473 euros ;

              Sans qu'il soit besoin d'examiner les autres moyens du pourvoi ;

              Considérant, d'une part, qu'aux termes des troisième et quatrième alinéas de l'article L. 190 du livre des procédures fiscales, dans sa rédaction applicable au litige : " Sont instruites et jugées selon les règles du présent chapitre toutes actions tendant à la décharge ou à la réduction d'une imposition ou à l'exercice de droits à déduction, fondées sur la non-conformité de la règle de droit dont il a été fait application à une règle de droit supérieure. / Lorsque cette non-conformité a été révélée par une décision juridictionnelle, l'action en restitution des sommes versées ou en paiement des droits à déduction non exercés ou l'action en réparation du préjudice subi ne peut porter que sur la période postérieure au 1er janvier de la quatrième année précédant celle où la décision révélant la non-conformité est intervenue " ; qu'aux termes de l'article R. 196-1 du même livre : " Pour être recevables, les réclamations relatives aux impôts autres que les impôts directs locaux et les taxes annexes à ces impôts doivent être présentées à l'administration au plus tard le 31 décembre de la deuxième année suivant celle, selon le cas : [...] / c) De la réalisation de l'événement qui motive la réclamation " ;

              Considérant que seules les décisions de la Cour de justice de l'Union européenne retenant une interprétation du droit de l'Union qui révèle directement une incompatibilité avec ce droit d'une règle applicable en France sont de nature à constituer le point de départ du délai dans lequel sont recevables les réclamations motivées par la réalisation d'un événement, au sens et pour l'application de l'article R. 196-1 du livre des procédures fiscales, et de la période sur laquelle l'action en restitution peut s'exercer en application de l'article L. 190 du même livre ; qu'en principe, tel n'est pas le cas d'arrêts de la Cour de justice concernant la législation d'un autre Etat membre, sous réserve, notamment, de l'hypothèse dans laquelle une telle décision révélerait, par l'interprétation qu'elle donne d'une directive, la transposition incorrecte de cette dernière en droit français ;

              Considérant que, par l'arrêt du 6 octobre 2005, Commission c/ République française, la Cour de justice des Communautés européennes a dit pour droit que des dérogations au droit à déduction de la taxe sur la valeur ajoutée n'étaient permises que dans les cas expressément prévus par la sixième directive 77/388/CEE du Conseil du 17 mai 1977 en matière d'harmonisation des législations des États membres relatives aux taxes sur le chiffre d'affaires ;

              Considérant, d'autre part, qu'en vertu de l'article 212 de l'annexe II au code général des impôts applicable au cours des périodes d'imposition en litige, les collectivités locales ayant la qualité d'autorité organisatrice de transport n'inscrivaient les virements internes du budget général vers le compte transport en vue de couvrir les amortissements des biens utilisés pour l'exploitation du service public des transports urbains qu'au dénominateur du rapport servant à déterminer le pourcentage de déduction du service de transport, ce qui limitait leur droit à déduction, alors même que la totalité de leur chiffre d'affaires était soumise à la taxe ; que les paragraphes 25 à 47 de la documentation administrative 3 D-1723 du 2 novembre 1996, dans sa version applicable aux périodes d'imposition en litige, autorisaient ces collectivités, afin de préserver l'intégralité de leur droit à déduction, à soumettre spontanément ces virements internes à la taxe sur la valeur ajoutée ;

              Considérant qu'il ressort des pièces du dossier soumis aux juges du fond qu'afin de préserver l'intégralité de son droit à déduction, la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE a soumis à la taxe sur la valeur ajoutée les virements internes de son budget général vers le compte transport destinés à couvrir les amortissements des biens utilisés pour l'exploitation du service public de transport en commun de l'agglomération nantaise ;

              Considérant qu'en jugeant que l'arrêt de la Cour de justice des Communautés européennes du 6 octobre 2005 ci-dessus mentionné, qui condamne, à titre général, tout mécanisme, direct ou indirect, de limitation des droits à déduction non prévus par la sixième directive 77/388/CEE du Conseil du 17 mai 1977, ne pouvait être regardé comme une décision juridictionnelle de nature à révéler la non-conformité du dispositif français litigieux de taxation des virements internes, appliqué par la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE aux fins de préserver l'intégralité de ses droits à déduction, à une règle de droit supérieure au sens de l'article L. 190 du livre des procédures fiscales et comme constituant un événement nouveau au sens du c de l'article R. 196-1 du même livre, alors que de telles dérogations au droit à déduction n'étaient pas permises par la directive, la cour administrative d'appel de Nantes a commis une erreur de droit ; que, par suite, la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE est fondée à demander l'annulation de l'arrêt qu'elle attaque ;

              Considérant qu'il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat la somme de 3 000 euros à verser à la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE, au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ;
D E C I D E :

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Article 1er : L'arrêt de la cour administrative d'appel de Nantes du 28 juin 2010 est annulé.

Article 2 : L'affaire est renvoyée à la cour administrative d'appel de Nantes.

Article 3 : L'Etat versera à la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE la somme de 3 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : La présente décision sera notifiée à la COMMUNAUTE URBAINE DE NANTES METROPOLE et au ministre de l'économie et des finances.