Vu, enregistrée le 14 avril 2011, la requête présentée pour la communauté urbaine de Bordeaux, ayant son siège Esplanade Charles de Gaulle à Bordeaux (33076), par Me Seban ;

         La communauté urbaine de Bordeaux demande à la cour :

        1°) d'annuler le jugement n° 0702319 du 15 février 2011 par lequel le tribunal administratif de Bordeaux a rejeté sa demande tendant à la restitution de la taxe sur la valeur ajoutée indûment acquittée au cours de la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2003 sur le versement transport, les virements internes de son budget principal au budget annexe " transport collectif de voyageurs " et la dotation générale de décentralisation versée par l'Etat pour les transports scolaires, ainsi qu'à la condamnation de l'Etat au paiement des intérêts moratoires sur ces sommes et sur les montants ayant fait l'objet d'un dégrèvement, subsidiairement à la condamnation de l'Etat à lui verser une indemnité portant intérêts au taux légal capitalisés, correspondant à la taxe indûment acquittée ;

        2°) de lui accorder la restitution de ces taxes et de lui allouer les intérêts moratoires demandés, subsidiairement de condamner l'Etat à lui verser l'indemnité sollicitée avec intérêts capitalisés ; 

        3°) de condamner 1'Etat à lui verser une somme de 4 000 euros au titre de l'article L.761-1 du code de la justice administrative ;

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        Vu les autres pièces du dossier ;

        Vu la sixième directive CEE n° 77/388 du Conseil du 17 mai 1977 en matière d'harmonisation des législations des Etats membres relatives aux taxes sur la valeur ajoutée ; 

        Vu le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;

        Vu les arrêts de la Cour de justice des Communautés européennes du 6 octobre 2005 Commission c/ République française (C- 243/03) et Commission c/ Royaume d'Espagne (C- 204/03) ; 

        Vu le code de justice administrative ;

        Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l'audience ;

        Après avoir entendu au cours de l'audience publique du 2 octobre 2012 :

        - le rapport de Mme Marie-Thérèse Lacau, premier conseiller ;

        - les conclusions de M. Guillaume de La Taille Lolainville, rapporteur public ;

        1. Considérant que, pour conserver l'intégralité de ses droits à déduction de taxe sur la valeur ajoutée, la communauté urbaine de Bordeaux a, en application de la doctrine administrative, soumis à la taxe sur la valeur ajoutée, au titre de la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2005, les virements internes de son budget principal au budget annexe " transport collectif de voyageurs ", le versement de transport perçu par elle et la dotation générale de décentralisation versée par l'Etat pour les transports scolaires ; que, par une réclamation du 27 octobre 2006, se fondant sur l'illégalité de ladite doctrine, elle a sollicité la restitution de montants de taxe indûment collectée s'élevant à 5 217 296, 15 euros pour l'année 2001, 5 640 825, 60 euros pour l'année 2002, 6 294 360, 90 euros pour l'année 2003, 7 423 017, 66 euros pour l'année 2004 et 7 399 171, 25 euros pour l'année 2005 ; que le directeur des services fiscaux a rejeté les conclusions relatives aux années 2001 à 2003 pour cause de forclusion ; que, s'agissant des années 2004 et 2005, il a accordé une restitution limitée à 2 567 164 euros correspondant aux seules déclarations de la période présentant une situation débitrice, c'est-à-dire les déclarations des mois de novembre et décembre 2004, et a reconnu l'existence d'un complément de taxe à déduire de 4 855 854 euros pour 2004 et de 7 399 171 euros pour 2005, imputable sur la prochaine déclaration à souscrire par la communauté urbaine ; que la communauté urbaine fait appel du jugement du 15 février 2011 par lequel le tribunal administratif de Bordeaux a rejeté sa demande tendant, à titre principal, à la restitution de 5 217 296, 15 euros pour l'année 2001, 5 640 825, 60 euros pour l'année 2002, 6 294 360, 90 euros pour l'année 2003 et à l'allocation des intérêts moratoires prévus à l'article L. 208 du livre des procédures fiscales sur l'ensemble des sommes ayant fait l'objet de la réclamation du 27 octobre 2006, et, à titre subsidiaire, à la condamnation de l'Etat, sur le terrain de la faute, à lui verser les sommes susmentionnées avec intérêts au taux légal capitalisés ; 

        Sur les conclusions tendant à la restitution de la taxe sur la valeur ajoutée :

        2. Considérant qu'aux termes des troisième et quatrième alinéas de l'article L. 190 du livre des procédures fiscales, dans sa rédaction applicable en l'espèce, issue de l'article 28 de l'ordonnance n° 2004-281 du 25 mars 2004 : " Sont instruites et jugées selon les règles du présent chapitre toutes actions tendant à la décharge ou à la réduction d'une imposition ou à l'exercice de droits à déduction, fondées sur la non-conformité de la règle de droit dont il a été fait application à une règle de droit supérieure. Lorsque cette non-conformité a été révélée par une décision juridictionnelle, l'action en restitution des sommes versées (...) ne peut porter que sur la période postérieure au 1er janvier de la quatrième année précédant celle où la décision révélant la non-conformité est intervenue " ; qu'en vertu du c) de l'article R. 196-1 du même livre, pour être recevables, les réclamations relatives aux impôts autres que les impôts directs locaux et les taxes annexes à ces impôts doivent être présentées à l'administration au plus tard le 31 décembre de la deuxième année suivant la réalisation de l'événement qui motive la réclamation ;

        3. Considérant que seules les décisions de la Cour de justice de l'Union européenne retenant une interprétation du droit de l'Union qui révèle directement une incompatibilité avec ce droit d'une règle applicable en France sont de nature à constituer le point de départ du délai dans lequel sont recevables les réclamations motivées par la réalisation d'un événement, au sens et pour l'application de l'article R. 196-1 du livre des procédures fiscales, et de la période sur laquelle l'action en restitution peut s'exercer en application de l'article L. 190 du même livre ; qu'en principe, tel n'est pas le cas d'arrêts de la Cour de justice concernant la législation d'un autre Etat membre, sous réserve, notamment, de l'hypothèse dans laquelle une telle décision révélerait, par l'interprétation qu'elle donne d'une directive, la transposition incorrecte de cette dernière en droit français ; 

        4. Considérant que, par deux arrêts du 6 octobre 2005 Commission c/ République française et Commission c/ Royaume d'Espagne, la Cour de justice des Communautés européennes a dit pour droit que des dérogations au droit à déduction de la taxe sur la valeur ajoutée n'étaient permises que dans les cas expressément prévus par la sixième directive 77/388/CEE du Conseil du 17 mai 1977 ;

        5. Considérant que l'instruction 3 CA-94 du 8 septembre 1994 (§152 et 153) prévoyait l'application de la règle du prorata de déduction prévue à l'article 212, alors en vigueur, de l'annexe II au même code en vigueur jusqu'au 1er janvier 2008, non seulement aux entreprises qui ne réalisaient pas exclusivement des opérations ouvrant droit à déduction mais également aux entreprises dont la totalité du chiffre d'affaires était soumise à la taxe sur la valeur ajoutée et qui, par ailleurs, percevaient des subventions placées hors du champ d'application de cette taxe ; que, selon cette doctrine, ces subventions devaient être incluses au dénominateur du prorata, ce qui limitait le droit de déduction de ces entreprises ; que toutefois, il était admis que, s'agissant des virements financiers internes, il était possible, aux fins d'éviter la limitation des droits de déduction, d'opter pour l'assujettissement de ces virements à la taxe ; qu'en outre, la documentation administrative 3 D 1723 du 2 novembre 1996 (§ 25), qui a repris les énonciations de l'instruction 3 D 1-85 du 21 janvier 1985 transposant une décision interministérielle du 6 décembre 1983 prévoyait que les autorités organisatrices de transports exploitant en régie directe leurs réseaux pouvaient bénéficier d'un pourcentage de déduction égal à 100 si elles soumettent à la taxe sur la valeur ajoutée au taux réduit l'ensemble des sommes qui concourent à l'équilibre global du compte transport, c'est-à-dire non seulement les recettes tarifaires et les subventions mais également le versement de transport perçu directement et les virements financiers provenant du budget général de la collectivité exploitante ; 

        6. Considérant qu'afin de conserver l'intégralité de ses droits à déduction, la communauté urbaine de Bordeaux a, en vertu de la doctrine rappelée ci-dessus,  soumis à la taxe les virements financiers internes de son budget général au budget annexe afférent au service de transports de voyageurs, le versement de transport et la dotation générale de décentralisation versée par l'Etat pour les transports scolaires ; que cette doctrine constitue, au sens de l'article L. 190 du Livre des procédures fiscales, une règle de droit dont il a été fait application pour fonder l'imposition ; que les arrêts de la Cour de justice des Communautés européennes du 6 octobre 2005, condamnant, à titre général, tout mécanisme, direct ou indirect, de limitation des droits à déduction non prévus par la sixième directive, révèlent la non-conformité des dispositifs français litigieux de taxation volontaire appliqués par la collectivité aux fins de préserver l'intégralité de ses droits à déduction, à une règle de droit supérieure au sens de l'article L. 190 du livre des procédures fiscales ; qu'ils constituent donc un événement au sens du c de l'article R. 196-1 du même livre des procédures fiscales, qui autorisait la communauté urbaine de Bordeaux, en application des dispositions du troisième alinéa de l'article L. 190, à demander, comme elle l'a fait par sa réclamation du 27 octobre 2006, la restitution des sommes en cause ; que le ministre, qui ne saurait se prévaloir de sa propre doctrine, ne peut, en tout état de cause, utilement invoquer le paragraphe 15 de l'instruction 3 A-7-06 du 16 juin 2006 prévoyant l'application des seules dispositions du b de l'article R. 196-1 du livre des procédures fiscales ; qu'ainsi, c'est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif a rejeté comme irrecevables, pour tardiveté, l'ensemble des conclusions à fin de restitution présentées par la communauté urbaine au titre de la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2003 ; que ce jugement doit, dans cette mesure, être annulé ;

        7. Considérant qu'il y a lieu d'évoquer et de statuer immédiatement sur les conclusions à fin de restitution relatives à la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2003 présentées par la communauté urbaine de Bordeaux devant le tribunal administratif ; 

        8. Considérant qu'il résulte de ce qui a été dit ci-dessus que les virements opérés par la communauté urbaine de son budget principal au budget annexe des transports au cours de la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2003, le versement de transport et la dotation générale de décentralisation au titre des transports scolaires perçus par elle au cours de la même période n'avaient pas à être soumis à la taxe sur la valeur ajoutée ; que, toutefois, la communauté urbaine n'à droit qu'à la restitution des soldes nets de taxe sur la valeur ajoutée qu'elle a effectivement versés au Trésor public au cours de ladite période, qui s'élèvent, selon les montants indiqués par l'administration et repris à son compte par la requérante,  à 857 782 euros au titre de l'année 2001, 291 838 euros au titre de l'année 2002 et 1 281 827 euros au titre de l'année 2003  ; qu'en ce qui concerne le surplus de la taxe ayant grevé les virements internes, le versement de transport et la dotation générale de décentralisation pour les transports scolaires, il appartient à la communauté urbaine d'exercer ses droits à déduction, et, éventuellement, dans les conditions fixées par les articles 242-0 A et suivants de l'annexe II au code général des impôts, de formuler une demande de remboursement de l'excédent de taxe déductible ; 

        Sur les conclusions tendant à l'allocation des intérêts moratoires :

        9. Considérant qu'aux termes de l'article L. 208 du livre des procédures fiscales : "(...) quand un dégrèvement est prononcé par l'administration à la suite d'une réclamation tendant à la réparation d'une erreur commise dans l'assiette ou le calcul des impositions, les sommes déjà perçues sont remboursées au contribuable et donnent lieu au paiement d'intérêts moratoires (...) " ; 

        10. Considérant que la communauté urbaine de Bordeaux ne conteste pas avoir perçu les intérêts moratoires dont était assortie la restitution de taxe d'un montant de 2 567 164 euros qui lui a été accordée par la décision du directeur des services fiscaux du 19 mars 2007 ;  

        11. Considérant qu'en application des articles L. 208 et R. 208-1 du livre des procédures fiscales, les intérêts moratoires prévus à l'article L. 208 du même livre sont payés d'office en même temps que les sommes remboursées par le comptable ; qu'en l'absence de litige né et actuel avec le comptable chargé de la restitution des sommes dues en exécution du présent arrêt, les conclusions de la communauté urbaine de Bordeaux tendant à l'allocation des intérêts moratoires sur ces sommes ne peuvent être accueillies ;

        12.  Considérant que le surplus des sommes ayant fait l'objet de la réclamation du 27 octobre 2006 ne peut correspondre qu'à des compléments de taxe déductible ne pouvant, par eux-mêmes, donner lieu au paiement des intérêts moratoires ; que seul l'éventuel remboursement de crédit de taxe auquel aurait droit la communauté urbaine après avoir formulé une réclamation dans les formes prévues aux articles 242-0 A et suivants de l'annexe II au code général des impôts serait susceptible de donner lieu au versement de tels intérêts ;   

        Sur les conclusions subsidiaires tendant à la condamnation de l'Etat pour faute :

        13. Considérant que les conclusions tendant à l'obtention d'une indemnité d'un montant égal à la taxe sur la valeur ajoutée dont la communauté urbaine demandait la restitution, qui ont en réalité le même objet qu'une demande à fin de restitution de la taxe sur la valeur ajoutée payée, ne peuvent être présentées que dans les formes et les délais prévus par la loi fiscale ; qu'elles ne sont, par suite, pas recevables ;

        Sur les conclusions présentées au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative : 

        14. Considérant qu'il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de condamner l'Etat à verser la somme de 1 500 euros à la communauté urbaine de Bordeaux au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ;

DECIDE 

Article 1er : Le jugement du tribunal administratif de Bordeaux du 15 février 2011 est annulé.

Article 2 : L'Etat restituera à la communauté urbaine de Bordeaux les sommes de 857 782 euros, 291 838 euros et 1 281 827 euros au titre des années 2001, 2002 et 2003.

Article 3 : L'Etat versera à la communauté urbaine de Bordeaux la somme de 1 500 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 4 : Le surplus des conclusions présentées par la communauté urbaine de Bordeaux est rejeté.

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N°11BX00929