Vu I°), sous le n° 10BX02988 la requête, enregistrée le 9 décembre 2010 par télécopie, régularisée le 15 décembre 2010, présentée pour la société Ferso Bio devenue Atemax Sud Ouest SAS, dont le siège est Monbusq à Le Passage (47520), par Me de Gerando ; 

        La société Ferso Bio devenue Atemax Sud Ouest demande à la cour :

        1°) d'annuler le jugement n° 0901116 du 14 octobre 2010 par lequel le tribunal administratif de Bordeaux a rejeté sa demande tendant à l'annulation de la décision en date du 6 septembre 2005 par laquelle le ministre de l'écologie et du développement durable a rejeté le recours qu'elle avait formé le 25 avril 2005 contre l'arrêté ministériel du 25 février 2005 fixant la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre pour la période 2005/2007 et le montant des quotas qui leur sont affectés, en ce qu'il ne lui alloue aucun quota d'émission de gaz à effet de serre durant cette période ; 

        2°) d'enjoindre au ministre de l'écologie, du développement et de l'aménagement durable de lui affecter un quota d'émission de gaz à effet de serre pour la période 2005/2007 en relation avec sa capacité d'exploitation ;

        3°) de mettre à la charge de l'Etat une somme de 5 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ;

        ..........................................................................................................

        Vu II°), sous le n°12BX01272, la décision en date du 24 avril 2012, par laquelle le Conseil d'Etat, statuant au contentieux a, d'une part, annulé l'arrêt n° 09BX00689 par lequel la cour administrative d'appel de Bordeaux a annulé le jugement du tribunal administratif de Bordeaux en date du 12 février 2009 en tant qu'il a statué sur les conclusions de la société Ferso Bio à fin d'annulation de la décision du ministre de l'écologie et du développement durable du 28 juin 2005 rejetant implicitement le recours gracieux de cette société et a considéré qu'il n'y avait pas lieu de statuer sur ces conclusions, et d'autre part, renvoyé cette affaire à la cour ; 

        Vu la requête, enregistrée le 16 mars 2009, présentée pour la Société Ferso Bio, dont le siège est  Monbusq BP 36 à Le Passage (47520), par le cabinet Camille et associés, société d'avocats ;

        La société Ferso Bio demande à la cour :

        1°) d'annuler le jugement n° 0504678 en date du 12 février 2009 du tribunal administratif de Bordeaux qui a rejeté sa demande tendant à l'annulation de la décision par laquelle le ministre de l'écologie et du développement durable a implicitement rejeté le recours qu'elle a introduit le 25 avril 2005 contre l'arrêté ministériel du 25 février 2005 fixant la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre pour la période 2005/2007 et le montant des quotas qui leur sont affectés, ensemble l'arrêté ministériel du 25 février 2005 en ce qu'il ne lui alloue aucun quota d'émission de gaz à effet de serre ;

        2°) d'annuler cette décision implicite, ainsi que cet arrêté ministériel en ce qu'il ne lui alloue aucun quota d'émission de gaz à effet de serre ;

        3°) de mettre à la charge de l'Etat une somme de 3 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ;

        ..........................................................................................................

        Vu les autres pièces du dossier ;

        Vu la directive 2003/87/CE du Parlement européen et du Conseil du 13 octobre 2003 ; 

        Vu le code de l'environnement ; 

        Vu le décret n° 2004-832 du 19 août 2004 pris pour l'application des articles L. 229-5 à L. 229-19 du code de l'environnement et relatif au système d'échange de quotas d'émission de gaz à effet de serre, modifié par le décret n° 2005-189 du 25 février 2005 ;

        Vu le décret n° 2005-190 du 25 février 2005 approuvant le plan national d'affectation des quotas d'émission de gaz à effet de serre établi pour la période 2005-2007 ;

        Vu le code de justice administrative ;

        Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l'audience ; 

        Après avoir entendu au cours de l'audience publique du 7 mars 2013 : 

- le rapport de Mme Sabrina Ladoire, conseiller ;

- les conclusions de Mme Christine Mège, rapporteur public ;

- et les observations de Me de Gerando, avocat de la société Ferso Bio devenue Atemax Sud Ouest ;

        1. Considérant que par un arrêté du 25 février 2005, pris au titre des articles L. 229-5 à L. 229-19 du code de l'environnement, le ministre de l'écologie, du développement et de l'aménagement durables a fixé la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre pour la période 2005/2007 et le montant des quotas qui leur sont attribués ; que la société Ferso Bio, devenue Atemax Sud Ouest, qui est une entreprise d'équarrissage en charge de la collecte, du traitement et de l'élimination des déchets d'animaux, figure, à ce titre, dans la liste des exploitants intervenant dans le secteur de la combustion agro-alimentaire auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre ; que pour la période considérée, comprise entre 2005 et 2007, cette entreprise n'a obtenu aucun quota d'émission de gaz à effet de serre ; que par un courrier daté du 25 avril 2005, elle a présenté un recours tendant à l'annulation de l'arrêté du 25 février 2005 en tant qu'il lui a alloué un quota nul d'émission de gaz ; que ce recours a été rejeté implicitement le 28 juin 2005 ; que le ministre de l'écologie et du développement durable l'a ensuite rejeté par une décision expresse le 6 septembre suivant ; que par une première requête enregistrée au tribunal administratif de Bordeaux sous le n° 0504678, la société Ferso Bio demandait l'annulation de la décision par laquelle le ministre de l'écologie avait implicitement rejeté le recours qu'elle avait introduit le 25 avril 2005, ensemble l'arrêté ministériel du 25 février 2005 fixant la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre pour la période 2005/2007 et le montant des quotas qui leur sont affectés, en ce qu'il ne lui alloue aucun quota d'émission de gaz à effet de serre ; que par un jugement du 12 février 2009, le tribunal administratif a rejeté ce recours pour irrecevabilité ; que par un arrêt n° 09BX00689, la cour administrative d'appel de Bordeaux a confirmé l'irrecevabilité des conclusions de cette société tendant à l'annulation partielle de l'arrêté du 25 février 2005 et a prononcé un non-lieu à statuer sur les conclusions tendant à l'annulation de la décision implicite du 28 juin 2005 rejetant son recours au motif que cette dernière décision aurait été rapportée par la décision expresse du 6 septembre 2005 ; que le Conseil d'Etat a, par une décision n° 342528 du 24 avril 2012, d'une part, annulé cet arrêt en estimant que la cour aurait dû regarder les conclusions de la société Ferso Bio comme étant dirigées à la fois contre la décision du 28 juin et celle du 6 septembre 2005 et d'autre part, renvoyé cette affaire à la cour où elle a été enregistrée sous le n° 12BX01272 ; qu'en outre, la société Ferso Bio, par une requête enregistrée par le greffe du tribunal administratif de Bordeaux sous le n° 0901116, a également demandé l'annulation de la décision expresse du 6 septembre 2005 par laquelle le ministre de l'écologie et du développement durable a rejeté le recours qu'elle avait présenté le 25 avril 2005 contre l'arrêté ministériel du 25 février 2005 ; que par un jugement du 14 octobre 2010, le tribunal administratif de Bordeaux a rejeté sa demande ; que par la requête enregistrée sous le n° 10BX02988, la société Ferso Bio relève appel de ce jugement ;

        2. Considérant que ces requêtes présentent à juger des questions semblables ; qu'il y a lieu de les joindre pour statuer par un seul arrêt ;

        Sur la recevabilité :

        3. Considérant en premier lieu, qu'aux termes du I de l'article 11 du décret du 19 août 2004 relatif au système d'échange de quotas d'émission de gaz à effet de serre : " Préalablement à tout recours contentieux à l'encontre d'une décision d'affectation ou de délivrance de quotas d'émission de gaz à effet de serre prise au bénéfice d'un exploitant (...), l'exploitant saisit le ministre chargé de l'environnement qui statue après avis d'une commission constituée ainsi qu'il est dit au II du présent article./ La commission instruit les réclamations portées devant le ministre. Elle rend un avis motivé au plus tard dans un délai de six semaines à compter de sa saisine./ Le ministre notifie sa décision à l'exploitant, assortie de l'avis de la commission " ; 

        4. Considérant que l'institution par ces dispositions d'un recours administratif préalable obligatoire à la saisine du juge a pour effet de laisser à l'autorité compétente pour en connaître le soin d'arrêter définitivement la position de l'administration ; qu'il s'ensuit que la décision prise à la suite du recours se substitue nécessairement à la décision initiale ; qu'en conséquence, elle est seule susceptible d'être déférée au juge de la légalité ;

        5. Considérant que la société Ferso Bio a, en application de l'article 11 du décret du 19 août 2004, formé un recours administratif contre l'arrêté du 25 février 2005 du ministre de l'écologie et du développement durable fixant la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre et le montant des quotas affectés, en tant qu'il lui a alloué un quota nul pour la période 2005/2007 ; que du silence gardé par le ministre pendant plus de deux mois est née, le 28 juin 2005, une décision implicite de rejet, confirmée par une décision expresse prise le 6 septembre 2005 à la suite de l'avis de la commission en date du 22 juin 2005 ; qu'il en résulte que, comme l'a relevé à juste titre le tribunal administratif dans les jugements n° 0504678 et 0901116, la société Ferso Bio est irrecevable à demander l'annulation de l'arrêté du 25 février 2005 en tant qu'il lui a attribué un quota égal à zéro d'émission de gaz à effet de serre ;

        6. Considérant en deuxième lieu, que la décision expresse en date du 6 septembre 2005, rejetant la demande de la société, a été portée à sa connaissance postérieurement à l'introduction de sa demande devant le tribunal administratif dirigée contre la décision du 28 juin 2005 ; que dans ces conditions, le tribunal administratif de Bordeaux devait regarder les conclusions à fin d'annulation présentées par la société requérante comme étant dirigées contre les deux décisions du 28 juin et du 6 septembre 2005 ; que par suite, la société Ferso Bio est fondée à demander l'annulation du jugement n° 0504678 du 12 février 2009 en tant qu'il ne s'est pas prononcé sur la seconde décision expresse et a rejeté à tort comme irrecevables ses conclusions contre la première décision implicite ;

        7. Considérant qu'il y a lieu d'évoquer dans cette mesure et de statuer immédiatement sur les demandes présentées par la société Ferso Bio devant le tribunal administratif de Bordeaux, et de statuer par l'effet dévolutif de l'appel sur le jugement n° 0901116 ;

        Sur la légalité des décisions du 28 juin et du 6 septembre 2005 :

        En ce qui concerne les textes applicables et le cadre juridique du litige :

        8. Considérant qu'afin de favoriser la réduction des émissions de gaz à effet de serre, la directive 2003/87/CE du Parlement européen et du Conseil du 13 octobre 2003 a établi un système d'échange de quotas d'émission dans l'Union européenne ; que cette directive a été transposée par l'ordonnance n° 2004-330 du 15 avril 2004, qui a ajouté au chapitre IX du titre II du livre II du code de l'environnement une section 2 intitulée " Quotas d'émission de gaz à effet de serre " et composée des articles L. 229-5 à L. 229-19 ; 

        9. Considérant qu'en vertu de ces dispositions, depuis le 1er janvier 2005, toute installation réalisant l'une des activités mentionnées à l'annexe I de la directive 2003/87/CE et rejetant dans l'atmosphère certains gaz à effet de serre lorsqu'elle exerce cette activité doit posséder une autorisation délivrée à cet effet par les autorités compétentes ; que les autorités accordent l'autorisation si elles considèrent que l'exploitant de l'installation est en mesure de surveiller et de déclarer les émissions ; que l'autorisation contient notamment l'obligation de restituer, au cours des quatre premiers mois de chaque année, les quotas correspondant aux émissions totales de l'année précédente ; qu'au début de chaque période, les Etats affectent un volume donné de quotas aux exploitants des installations ; qu'à la fin de chaque période, les exploitants doivent restituer le nombre de quotas correspondant à leurs émissions de dioxyde de carbone ; que les quotas sont transférables et négociables ;

        10. Considérant qu'aux termes de l'article L. 229-8 du code de l'environnement : " I. - Les quotas d'émission de gaz à effet de serre sont affectés par l'Etat pour une durée de trois ans à compter du 1er janvier 2005, puis par périodes de cinq ans, dans le cadre d'un plan national établi pour chaque période. / II. - Ce plan fixe la quantité maximale de quotas d'émission affectés par l'Etat au cours d'une période hors ceux qu'il acquiert en application du II de l'article L. 229-15, les critères de répartition de ces quotas et la liste des installations bénéficiaires. (...). IV. Le plan répartit les quotas d'émission entre les différentes installations mentionnées à l'article L. 229-5. Cette répartition tient compte des possibilités techniques et économiques de réduction des émissions des activités bénéficiaires, des prévisions d'évolution de la production de ces activités, des mesures prises en vue de réduire les émissions de gaz à effet de serre avant l'établissement du système d'échange de quotas ainsi, le cas échéant, que de la concurrence d'activités situées dans des pays extérieurs à la Communauté européenne. " ; 

        11. Considérant que pour l'application des articles L. 229-5 à L. 229-19 du code de l'environnement a été pris le décret n° 2004-832 du 19 août 2004 relatif au système d'échange de quotas d'émission de gaz à effet de serre, modifié par le décret n° 2005-189 du 25 février 2005 ; que le plan national d'affectation des quotas d'émission de gaz à effet de serre pour la période 2005-2007 a été approuvé par le décret n° 2005-190 du 25 février 2005 ; qu'enfin, par un arrêté du 25 février 2005, le ministre de l'écologie a fixé la liste des exploitants auxquels sont affectés des quotas d'émission de gaz à effet de serre et le montant des quotas affectés, attribuant à la société Ferso Bio un quota de zéro tonne de CO2 ;

        12. Considérant qu'en vertu de l'article 11 de la directive 2003/87/CE, les décisions d'allocation de quotas sont conformes aux exigences du traité, et notamment à celles de ses articles 87 et 88 ; que dans la mise en oeuvre des pouvoirs que le ministre de l'écologie et du développement durable tient des dispositions des articles L. 229-5 et suivants du code de l'environnement, il lui appartient de veiller à ce que l'attribution de quotas d'émission de gaz à effet de serre n'ait pas pour effet de conduire à empêcher, restreindre ou fausser le jeu de la concurrence sur un marché, notamment en ne permettant pas à certaines entreprises de céder, conformément aux dispositions de l'article L. 229-15 du code de l'environnement, des quotas d'émissions de gaz à effet de serre et en les privant ainsi des revenus issus de la vente de ces quotas ; qu'à ce titre, il incombe au ministre d'opérer, sous le contrôle du juge de l'excès de pouvoir, une conciliation entre d'une part, les objectifs d'ordre environnemental de nature à justifier que soit appliqué un traitement différent aux entreprises utilisant les biocombustibles et à celles recourant à des procédés énergétiques émettant des gaz à effet de serre et, d'autre part, les impératifs tenant à la préservation de la libre concurrence dans le secteur en cause ; 

        En ce qui concerne le bien-fondé des décisions du ministre de l'écologie et du développement durable :

        13. Considérant que pour justifier sa décision d'allouer un quota nul d'émission de CO2 à la société Ferso Bio, le ministre de l'écologie et du développement durable a invoqué le fait que cette entreprise d'équarrissage utilisait exclusivement la biomasse (graisse animale) comme combustible, laquelle est réputée ne produire aucune émission de gaz à effet de serre, et qu'en application du plan national d'affectation des quotas approuvé par décret du 25 février 2005, les allocations de quotas sont calculées, pour les secteurs tels que l'agroalimentaire, non pas en fonction de la capacité d'exploitation, mais sur la base des émissions des trois années de plus fort rejet de CO2 entre 1996 et 2002 ; que toutefois, l'annexe IV de la directive de 2003 sur laquelle s'appuie l'administration pour affirmer que " le facteur d'émission pour la biomasse est égal à 0 " est relatif aux " principes en matière de surveillance et de déclaration des émissions visées à l'article 14§1 " ; qu'en revanche, les critères applicables aux plans nationaux d'allocation de quotas sont définis par l'annexe III de cette directive qui précise, en son point 5, que le plan de répartition des quotas ne doit pas opérer de discrimination entre entreprises ou secteurs qui soit susceptible d'avantager indûment certaines entreprises ou activités et, en son point 7, que le plan peut tenir compte des mesures prises à un stade précoce ; 

        14. Considérant que les dispositions précitées du IV de l'article L. 229-8 du code de l'environnement imposaient, en application de ces orientations, au ministre de l'écologie et du développement durable de prendre en considération, pour déterminer les quotas à allouer aux entreprises du secteur, la situation particulière des entreprises ayant précocement engagé, comme la société Ferso Bio, une réduction de leurs émissions de gaz à effet de serre, notamment en investissant financièrement dans des procédés utilisant la biomasse comme combustible ; que le plan national d'affectation des quotas d'émission de gaz à effet de serre pour la période 2005/2007 précise d'ailleurs, en son point 4.3 relatif aux actions précoces, que doivent être avantagées, dans la répartition des quotas, les entreprises ayant réalisé précocement des efforts en vue de réduire leurs émissions de dioxyde de carbone ; que pour ce faire, le décret n° 2005-190 du 25 février 2005 prévoit une méthode d'affectation des quotas par secteur, en prenant en considération les émissions émises entre 1998 et 2001, et par installation, en remontant jusqu'en 1996 ; que dans sa décision du 6 septembre 2005, le ministre de l'écologie a au demeurant  reconnu la situation particulière dans laquelle se trouvait l'entreprise requérante en précisant que si sa demande ne pouvait être satisfaite dans le cadre des méthodes du plan national d'affectation des quotas qui a servi de base à l'arrêté du 25 février 2005, une solution devrait être trouvée dans le second plan et si nécessaire, dans une adaptation de la règlementation ; qu'il résulte de l'instruction que cette société a été effectivement bénéficiaire de quotas pour la période suivante correspondant aux années 2008 à 2012, calculés en tenant compte de la consommation de gaz naturel qu'elle avait déclarée pour la période antérieure à 2002 ; qu'ainsi, alors même que la société était regardée comme ne produisant plus depuis 2004 aucune émission de gaz à effet de serre du fait de l'utilisation de 100% de biomasse, en lui allouant un quota nul au titre de la période comprise entre 2005 et 2007, le ministre a méconnu l'obligation de prendre en compte les mesures prises par cette entreprise en vue de réduire ses émissions de gaz à effet de serre avant l'établissement du système d'échange de quotas ; 

        15. Considérant qu'il résulte de tout ce qui précède que, sans qu'il soit besoin de statuer sur les autres moyens de ses requêtes, la société Atemax Sud Ouest est fondée à soutenir que les décisions du 28 juin et du 6 septembre 2005 sont entachées d'illégalité et que c'est à tort que, par les jugements attaqués, le tribunal administratif de Bordeaux a refusé de les annuler ;

        Sur les conclusions aux fins d'injonction et d'astreinte :

        16. Considérant que les quotas étant restituables et négociables dans l'année qui suit leur attribution, la demande de la société Atemax Sud Ouest tendant à ce qu'il soit enjoint au ministre de lui attribuer des quotas d'émission de gaz à effet de serre au titre de la période comprise entre 2005 et 2007 est devenue sans objet à la date du présent arrêt ; qu'elle ne peut donc être accueillie ; 

        Sur les conclusions tendant à l'application de l'article L.761-1 du code de justice administrative :

        17. Considérant qu'en vertu de ces dispositions, il y a lieu de mettre à la charge de l'Etat une somme de 1 500 euros au titre des frais exposés par la société Atemax Sud Ouest et non compris dans les dépens ; 

DECIDE :

Article 1er : Les décisions ministérielles des 28 juin et 6 septembre 2005 sont annulées. 

Article 2 : Le jugement n° 0504678 du 12 février 2009 est annulé en tant qu'il ne s'est pas prononcé sur la décision du 6 septembre 2005 et a rejeté comme irrecevables les conclusions de la société Ferso Bio dirigées contre la décision implicite du 28 juin 2005.

Article 3 : Le jugement n° 0901116 du 14 octobre 2010 du tribunal administratif de Bordeaux est annulé en ce qu'il a de contraire au présent arrêt.

Article 4 : L'Etat versera une somme de 1 500 euros à la société Atemax Sud Ouest au titre de l'article L.761-1 du code de justice administrative.

Article 5 : Le surplus des conclusions des requêtes est rejeté.

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