Vu la procédure suivante :

       Procédure contentieuse antérieure :

       Par deux demandes distinctes, la société d'Exercice Libéral à Responsabilité Limitée (SELARL) Pharmacie F... Vimy a demandé au tribunal administratif de Lille de prononcer la décharge, d'une part, des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés, assorties de pénalités, auxquelles elle a été assujettie au titre des années 2009, 2010 et 2011 et, d'autre part, des rappels de taxe sur la valeur ajoutée, assortis de pénalités, qui lui ont été réclamés au titre de la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2011. 

       Par un jugement n° 1400714, 1400718 du 20 juin 2017, le tribunal administratif de Lille, après les avoir jointes, a rejeté ses demandes.

       Procédure devant la cour :

       Par une requête et un mémoire, enregistrés le 4 août 2017 et le 18 octobre 2019, la SELARL Pharmacie F... Vimy, représentée par Me A..., demande à la cour :

       1°) d'annuler ce jugement ;

       2°) de prononcer la décharge des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés, assorties de pénalités, auxquelles elle a été assujettie au titre des années 2009, 2010 et 2011 ainsi que des rappels de taxe sur la valeur ajoutée, assortis de pénalités, qui lui ont été réclamés au titre de la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2011 ;

       3°) de mettre à la charge de l'Etat une somme de 5 000 euros au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

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       Vu les autres pièces du dossier.

       Vu :

       - le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;

       - l'ordonnance n°2020-305 du 25 mars 2020 ;

       - le code de justice administrative.

       Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience.

       Ont été entendus au cours de l'audience publique :

       - le rapport de Mme E... B..., première conseillère,

       - les conclusions de M. Jean-Philippe Arruebo-Mannier, rapporteur public,

       - et les observations de Me A..., représentant la SELARL Pharmacie F... Vimy.

       Considérant ce qui suit :

       1. Dans le cadre de son droit de communication, l'administration fiscale a été informée par l'autorité judiciaire, au cours des années 2009 et 2010, de ce que le logiciel de gestion Alliance +, commercialisé par la société Alliadis auprès des officines pharmaceutiques, comportait une fonctionnalité permettant d'effacer certaines opérations de recettes de l'historique de caisse, ainsi que d'un fichier " a_futil.d " retraçant ces manipulations et susceptible de suppression au moyen d'une commande du système d'exploitation.  Le 7 novembre 2011, l'administration a procédé à un contrôle inopiné dans les locaux de la pharmacie alors exploitée par la SELARL Pharmacie F... Vimy, qui utilisait ce logiciel. A l'issue de la vérification de la comptabilité de cette société, portant sur la période du 1er juillet 2007 au 30 juin 2011, au cours de laquelle le vérificateur a rejeté cette comptabilité comme non probante et a procédé à la reconstitution du chiffre d'affaires de la SELARL Pharmacie F... Vimy, des rehaussements en matière de taxe sur la valeur ajoutée, au titre de la période du 1er juillet 2008 au 31 juin 2011, et en matière d'impôt sur les sociétés, au titre des années 2009 à 2011, ont été portés à la connaissance de cette dernière par une proposition de rectification du 17 juillet 2012. Après le rejet de ses observations, le 16 novembre 2012, ces rectifications ont été maintenues malgré un avis défavorable émis le 10 avril 2013 par la commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d'affaires. La SELARL Pharmacie F... Vimy fait appel du jugement du 20 juin 2017 par lequel le tribunal administratif de Lille a rejeté ses demandes tendant à la décharge des impositions supplémentaires qui lui ont ainsi été assignées, ainsi que de la pénalité de 80 % pour manoeuvres frauduleuses, prévue par les dispositions de l'article 1729 du code général des impôts, dont ont été assorties ces impositions.

       Sur la régularité de la procédure d'imposition :

       En ce qui concerne la régularité des opérations de contrôle :

       2. En premier lieu, qu'aux termes de l'article L. 47 du livre des procédures fiscales, dans sa rédaction applicable au litige : " (...) En cas de contrôle inopiné tendant à la constatation matérielle des éléments physiques de l'exploitation ou de l'existence et de l'état des documents comptables, l'avis de vérification de comptabilité est remis au début des opérations de constatations matérielles. L'examen au fond des documents comptables ne peut commencer qu'à l'issue d'un délai raisonnable permettant au contribuable de se faire assister par un conseil ".

       3. Il n'est pas contesté qu'au début du contrôle inopiné qui s'est déroulé le 7 novembre 2011, la vérificatrice a remis à Mme C... F..., gérante de l'officine exploitée par la SELARL Pharmacie F... Vimy, un avis de vérification l'informant de la vérification de la comptabilité de cette pharmacie, dont les opérations débuteraient le 24 novembre suivant. Il résulte, par ailleurs, de l'instruction, notamment de l'état des constatations matérielles contresigné par M. D... F..., associé de la SELARL Pharmacie F... Vimy, qu'au cours de ce contrôle inopiné, la vérificatrice a demandé à celui-ci d'imprimer l'historique d'utilisation des dernières commandes du système d'exploitation ainsi que la liste des fichiers portant l'extension " .d " et celle des fichiers portant l'extension " .u " présents sur le serveur de la pharmacie. Constatant la présence sur ces listes de fichiers dénommés " a_fbl.d " et " a_futil.u ", elle a demandé à M. F... de les enregistrer dans un répertoire créé à cet effet sur le même serveur. La vérificatrice a également demandé à M. F... de procéder à l'édition de la liste des fichiers portant l'extension " .d " présents sur les deux cassettes utilisées pour les sauvegardes quotidiennes conservées dans l'officine et a constaté la présence sur chacune d'elle d'un fichier dénommé " a _futil.d ". Elle a, enfin, demandé à Mme F... de veiller à la conservation des fichiers enregistrés dans le répertoire créé sur le serveur, ainsi qu'à celle des cassettes de sauvegarde et, en particulier, des fichiers " a _futil.d " figurant sur chacune d'elle.

       4. Ainsi, la vérificatrice, qui n'a procédé à aucun emport hors de l'officine, sur quelque support que ce soit, des fichiers dont elle a constaté la présence, ni à aucune consultation de leur contenu, n'a pas procédé à un traitement des données comptables de la SELARL Pharmacie F... Vimy et n'a effectué sur place aucun examen critique des déclarations de cette société au regard de ses documents comptables mais s'est bornée à un simple constat matériel de l'état de sa comptabilité, au sens des dispositions de l'article L. 47 du livre des procédures fiscales. Elle n'a, par suite, contrairement à ce que soutient la société requérante, pas procédé dès ce contrôle inopiné à l'examen de la comptabilité de cette dernière, alors même que les constatations auxquelles elle a procédé avaient pour but la conservation, à la diligence de la gérante de la SELARL Pharmacie F... Vimy, d'éléments générés par le logiciel comptable et susceptibles, selon les informations détenues par l'administration, de confirmer l'existence et l'utilisation d'une fonctionnalité permettant la suppression de recettes en espèces. Le moyen tiré par la société requérante de ce que la vérification de sa comptabilité aurait commencé dès la visite opinée de la vérificatrice, au cours de laquelle l'avis de vérification a été remis à Mme F... conformément aux dispositions de l'article L. 47 du livre des procédures fiscales, sans lui laisser un délai raisonnable lui permettant de se faire assister par un conseil avant le début des opérations de contrôle qui a eu lieu le 24 novembre 2011, doit, dès lors, être écarté.

       S'agissant de l'obligation d'informer le contribuable préalablement à tout traitement informatique :

       5. Les dispositions du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales, applicables lorsque la comptabilité d'un contribuable est tenue au moyen de systèmes informatisés, prévoient que lorsqu'ils envisagent des traitements informatiques, les agents de l'administration fiscale indiquent par écrit au contribuable la nature des investigations souhaitées. Ces dispositions prévoient, en outre, en ce qui concerne les modalités de traitements, que les agents de l'administration peuvent effectuer la vérification sur le matériel utilisé par le contribuable ou que le contribuable lui-même peut effectuer tout ou partie des traitements nécessaires à la vérification et que, si le contribuable en fait la demande, les agents de l'administration effectuent le contrôle sur du matériel n'appartenant pas à l'entreprise. Les mêmes dispositions précisent que le contribuable formalise par écrit son choix entre l'une de ces trois options et que, dans le cas où le contribuable choisit de réaliser lui-même tout ou partie des traitements, l'administration précise par écrit à celui-ci, ou à un mandataire désigné à cet effet, les travaux à réaliser ainsi que le délai accordé pour les effectuer, les résultats des traitements étant alors remis au service sous forme dématérialisée répondant à des normes fixées par arrêté du ministre chargé du budget. Enfin, le dernier alinéa du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales dispose que le contribuable est informé des noms et adresses administratives des agents par qui ou sous le contrôle desquels les opérations sont réalisées.

       6. Il résulte de l'instruction que le 24 novembre 2011, premier jour des opérations de vérification sur place de la comptabilité de l'entreprise, la vérificatrice a remis à Mme F... un document écrit, produit par l'administration en appel, l'informant de ce que les traitements informatiques envisagés visaient à contrôler, sur la période vérifiée, les recettes réalisées en caisse ainsi que la taxe sur la valeur ajoutée collectée s'y rapportant et qu'ils porteraient sur un contrôle des montants des ventes et des règlements, des taux de taxe sur la valeur ajoutée appliqués aux articles vendus, des flux matières par rapprochement entre les stocks, les entrées et les sorties de produits et des opérations réalisées en caisse, en précisant que pour réaliser ces traitements, il serait " nécessaire d'utiliser les données fournies par le logiciel Alliance Premium afin de pouvoir exploiter les informations relatives à la gestion de [l'] officine ". Le même document mentionnait les trois modalités de traitement possibles prévues par les dispositions du II de l'article L. 47 A du livre des procédures fiscales et invitait la gérante de la société requérante à faire connaître au service l'option retenue, par écrit et au plus tard le 1er décembre 2012. Ce faisant, le vérificateur, qui a suffisamment identifié les données sur lesquelles il envisageait de conduire des investigations ainsi que l'objet de celles-ci, a indiqué de manière suffisamment précise, la nature des investigations qu'il souhaitait effectuer.

       En ce qui concerne l'exercice par l'administration du droit de communication :

       7. L'article L. 76 B du livre des procédures fiscales fait obligation à l'administration fiscale d'informer le contribuable de la teneur et de l'origine des renseignements et documents obtenus de tiers sur lesquels elle s'est fondée pour établir l'imposition faisant l'objet de la proposition de rectification prévue au premier alinéa de l'article L. 57 du même livre et de communiquer, avant la mise en recouvrement, une copie des documents susmentionnés au contribuable qui en fait la demande.

       8. La SELARL Pharmacie F... Vimy soutient qu'en dépit de sa demande, la vérificatrice lui a communiqué, non la copie de la liste des pharmacies ayant demandé le mot de passe, obtenue par l'administration auprès de l'autorité judiciaire en application des dispositions de l'article L. 101 du livre des procédures fiscales, mais seulement une ligne d'un document établi au moyen d'un tableur. Toutefois, l'administration fiscale était, à l'égard des tiers que constituaient les autres pharmacies, tenue par l'obligation de respecter le secret professionnel rappelé par les dispositions de l'article L. 103 du livre des procédures fiscales et, par suite, fondée à occulter les informations concernant ces autres pharmacies en ne communiquant à la SELARL Pharmacie F... Vimy que l'extrait de ce document la concernant, lui permettant de la sorte d'en contester tant sa teneur que sa valeur probante. Dès lors, le moyen tiré de la méconnaissance de l'article L. 76 B du livre des procédures fiscales doit être écarté.

       Sur le bien-fondé des impositions litigieuses :

       En ce qui concerne le rejet par l'administration de la comptabilité présentée par la SELARL Pharmacie F... Vimy au titre des exercices rectifiés :

       S'agissant de l'utilisation par la SELARL Pharmacie F... Vimy de la fonctionnalité permissive du logiciel Alliance + durant la période rectifiée :

       9. Pour estimer que la SELARL Pharmacie F... Vimy avait fait usage de la fonctionnalité du logiciel Alliance + permettant de supprimer de la comptabilité tenue au moyen de ce logiciel certaines opérations de recettes en espèces, décrite dans le rapport déposé le 24 février 2009 par l'expert missionné par le tribunal de grande instance de Nîmes, la vérificatrice a, d'abord, relevé que Mme C... F..., alors salariée de la société requérante et dont il n'est pas contesté qu'elle en était également l'associée, avait obtenu en septembre 2004 un mot de passe d'accès à cette fonctionnalité permissive. La SELARL Pharmacie F... Vimy fait cependant valoir que le document obtenu dans le cadre du droit de communication de l'administration et sur lequel elle s'est, pour ce faire, fondée consiste dans une simple ligne de tableur dépourvue de mentions permettant de l'authentifier et, par suite, de valeur probante. 

       10. Toutefois, l'administration a également relevé la présence sur le serveur de la société requérante d'un fichier dénommé a_futil.u, consistant dans la reprise de l'ancien fichier a_futil.d et généré le 28 mai 2007, lors de l'installation du logiciel Alliance + sur un nouveau matériel informatique de l'officine, ainsi que la présence sur chaque cassette de sauvegarde d'un fichier a_futil.d, généré le 10 octobre 2011, pour l'un, et le 4 novembre 2011, pour l'autre. Il résulte de l'instruction, en particulier du rapport d'expertise, que ces fichiers, générés et augmentés par le logiciel Alliance + lors de la mise en oeuvre de la fonctionnalité de suppression d'opérations de recettes, permettent de conserver la trace de chaque opération de recette supprimée. Les éléments ainsi relevés par l'administration révèlent, par suite, l'utilisation de la fonctionnalité permissive au sein de l'officine, d'une part, pour la période antérieure au 28 mai 2007 et, d'autre part, au cours des mois d'octobre et de décembre 2011. En outre, contrairement à ce que fait valoir la SELARL Pharmacie F... Vimy, la présence de ces fichiers ne pouvait, compte tenu de leur taille, résulter du simple accès à l'écran de saisie du mot de passe, alors, d'ailleurs, qu'il résulte du rapport d'expertise que cet écran n'était accessible qu'à l'issue d'un long cheminement dans les menus du logiciel, restreignant les possibilités d'accès accidentels. Enfin, l'absence, dans la sauvegarde du fichier a_futil.d du 4 novembre 2011, des opérations présentes dans la sauvegarde du fichier a_futil.d du 10 octobre 2010, s'explique par la mise en oeuvre entre ces deux dates de la commande du système d'exploitation permettant la suppression de ces fichiers " trace ", également décrite dans le rapport. Il ne résulte d'ailleurs pas de ce rapport, contrairement à ce que soutient la SELARL Pharmacie F... Vimy en s'appuyant sur de simples considérations d'ordre général, que cette commande n'était utilisable qu'à la condition d'être doté de solides compétences en informatique. 

       11. Par ailleurs, il résulte du même rapport d'expertise que la suppression de la comptabilité, au moyen de la fonctionnalité permissive, de données de factures et de ventes entraîne des ruptures de séquentialité dans la numérotation chronologique des opérations non effacées, dès lors que le rétablissement par le logiciel d'une numérotation continue, bien que techniquement possible, aurait rendu impossible tout rapprochement entre les enregistrements internes et les numéros de facture émis. La vérification de la comptabilité informatisée de la SELARL Pharmacie F... Vimy au titre de la période vérifiée a permis de constater de telles ruptures de séquence. La société requérante ne peut sérieusement soutenir que ces anomalies affectant les données de factures et de ventes, dont le nombre s'élevait, respectivement, à 5 999 et 3 874 pour l'exercice clos en 2009, à 6 009 et 4 866 pour l'exercice clos en 2010, et à 5 130 et 4 537 pour l'exercice clos en 2011, représentant pour ces exercices plus de 10 % du nombre total des factures et de plus d'un quart à plus d'un tiers du nombre total des règlements en espèces, seraient dans leur intégralité liées soit au traitement des factures mises en attente, à des " rendus vignettes " ou à des " purges clients et factures ", dont elle n'explique pas, au demeurant, pour quelles raisons de telles purges seraient utilisées, soit à des dysfonctionnements du logiciel ou à des incidents majeurs affectant le contenu des bases de données. 

       12. Il résulte de ce qui a été dit aux deux points précédents que, si la présence des fichiers trace n'a pu être constatée qu'en amont et en aval de la période redressée et que l'utilisation de la commande de suppression de ces fichiers décelée lors du contrôle n'a eu lieu qu'après celle-ci, au cours des exercices qu'elle a clos en 2009, 2010 et 2011, la SELARL Pharmacie F... Vimy utilisait un logiciel comportant la fonctionnalité permissive décrite dans le rapport du 24 février 2009, qu'elle disposait des informations nécessaires pour la mettre en oeuvre, et qu'elle l'a effectivement utilisée pour supprimer certaines opérations de ventes réglées en espèces, ce que confirment les ruptures de séquentialité nombreuses et répétées des données de vente et de règlement constatées au cours de cette période. En outre, la présence des fichiers " a_futil.d " générés en octobre et en septembre 2011 ainsi que le constat de telles ruptures de séquentialité, caractéristiques de l'utilisation de cette fonctionnalité, démontrent, en l'absence d'éléments contraires apportés par la société au soutien de ses allégations, que les constats figurant dans ce rapport d'expertise demeuraient pertinents pour la nouvelle version du logiciel éditée en juillet 2010 et dont elle avait fait l'acquisition. Enfin, aucune disposition ni aucun principe ne faisait obstacle à ce que l'administration fiscale prenne en compte des données factuelles qui, si elles étaient antérieures ou postérieures à la période redressée, concouraient à la mise en évidence de l'utilisation de cette fonctionnalité durant cette période. 

       13. La SELARL Pharmacie F... Vimy ne peut davantage utilement faire valoir, pour contester le rejet de sa comptabilité comme irrégulière et non probante, que certaines des opérations de suppression des factures ont pu être effectuées par l'un des salariés de l'officine faisant usage du code d'accès au logiciel Alliance + de Mme F... ou de M. F....

       S'agissant des anomalies affectant la comptabilité présentée par la SELARL Pharmacie F... Vimy au titre de la période rectifiée :

       14. Outre les ruptures de la séquentialité des opérations de facturation et de vente dont le nombre s'élevait, respectivement, comme il a été dit au point 11, à 5 999 et 3 874 pour l'exercice clos en 2009, à 6 009 et 4 866 pour l'exercice clos en 2010 et à 5 130 et 4 537 pour l'exercice clos en 2011, l'administration, d'une part, a constaté que la SELARL Pharmacie F... Vimy ne procédait à aucun inventaire physique de ses stocks et, d'autre part, a relevé entre les données de vente et les données statistiques de l'historique des produits vendus, conservées dans le fichier " a_fbl.d ", des écarts importants concernant respectivement 3 718, 8 009 et 7 790 produits au cours des exercices clôturés en 2009, 2010 et 2011. 

       15. La société requérante ne peut utilement soutenir que le fichier " a_fbl.d " retraçant l'historique des ventes, revêtant le caractère d'un simple outil de gestion et non d'un document comptable, ne pouvait être examiné par la vérificatrice dans le cadre des opérations de contrôle, dès lors que, comportant des données relatives aux ventes réalisées par l'officine, il pouvait être confronté à sa comptabilité afin de déterminer la sincérité de cette dernière et alors, au demeurant, que la SELARL Pharmacie F... Vimy ne procédait à aucun inventaire physique de ses stocks.

       16. La SELARL Pharmacie F... Vimy soutient, en outre, que dans le cas des factures en attente, l'enregistrement des données de l'historique des produits et celles des ventes présente nécessairement un décalage, qu'en cas de promotions de produits par lots, les sorties de produits enregistrée dans l'historique portent tant sur le lot lui-même que sur chacun des produits composant ce lot, alors qu'une seule vente est enregistrée, que les sorties de produits ne résultent pas seulement des ventes, mais aussi des rétrocessions de produits substitués ou remplacés et, enfin, que le contenu du fichier de l'historique des produits dépend du choix opéré par l'utilisateur du logiciel entre les diverses options offertes pour la gestion des stocks, modifiable à tout moment et qu'il peut être affecté, en cas de remplacement d'un produit par un produit similaire, par la duplication de l'historique du premier produit pour la gestion des approvisionnements du second, ou par des erreurs portant sur la date de démarrage du logiciel. Toutefois, la SELARL Pharmacie F... Vimy n'apporte aucun élément permettant d'évaluer l'impact de ces événements sur l'historique des produits, alors que le nombre des décalages relevés par l'administration est particulièrement significatif.

       S'agissant des conséquences sur la valeur probante de la comptabilité de la SELARL Pharmacie F... Vimy :

       17. Il résulte de ce qui a été dit aux points 9 à 16 précédents que l'administration établit tant l'utilisation par la SELARL Pharmacie F... Vimy de la fonctionnalité permissive contenue dans le logiciel Alliance + au cours de la période rectifiée, que des anomalies, nombreuses et répétées, mentionnées au point 14 affectant la comptabilité de la société au titre des exercices qu'elle a clos durant cette période. Par suite, c'est à bon droit que l'administration a écarté cette comptabilité comme non probante et a procédé à la reconstitution du chiffre d'affaires de la SELARL Pharmacie F... Vimy.

       En ce qui concerne la charge de la preuve :

       18. Aux termes de l'article L. 192 du livre des procédures fiscales, dans sa rédaction applicable au litige : " Lorsque l'une des commissions visées à l'article L. 59 est saisie d'un litige ou d'une rectification, l'administration supporte la charge de la preuve en cas de réclamation, quel que soit l'avis rendu par la commission. / Toutefois, la charge de la preuve incombe au contribuable lorsque la comptabilité comporte de graves irrégularités et que l'imposition a été établie conformément à l'avis de la commission. La charge de la preuve des graves irrégularités invoquées par l'administration incombe, en tout état de cause, à cette dernière lorsque le litige ou la rectification est soumis au juge ".

       19. Après avoir contesté les redressements envisagés par l'administration, la SELARL Pharmacie F... Vimy a demandé la saisine de la commission des impôts qui a émis un avis défavorable à ces redressements. Ainsi, en dépit des graves irrégularités affectant la comptabilité de la société requérante, les dispositions de l'article L. 192 du livre des procédures fiscales n'ont pas eu pour effet de transférer à la société requérante la charge d'établir le caractère exagéré des bases d'imposition qui lui ont été assignées contrairement à l'avis de la commission. 

       En ce qui concerne la méthode de reconstitution du chiffre d'affaires de la SELARL Pharmacie F... Vimy mise en oeuvre par l'administration :

       20. Pour procéder à la reconstitution du chiffre d'affaires réalisé par la SELARL Pharmacie F... Vimy au titre des trois exercices redressés, la vérificatrice a multiplié le nombre de règlements manquants, d'une part, par le montant moyen des tickets réglés en espèces hors tiers payants et, d'autre part, par le montant moyen des règlements en espèces, puis a déterminé la moyenne du chiffre d'affaires obtenu selon chacune de ces deux méthodes. Constatant un écart important entre ce premier résultat et celui obtenu, à titre indicatif, en multipliant le nombre de règlements manquants par le montant du ticket moyen tous modes de règlement confondus, hors tiers payant et rétrocession, la vérificatrice a mis en oeuvre une troisième méthode consistant à valoriser les discordances entre les données de l'historique des produits vendus et celle des données de ventes. Le montant du chiffre d'affaires éludé retenu par l'administration est la moyenne du résultat moyen obtenu selon les deux premières méthodes et de celui obtenu selon la dernière méthode.

       S'agissant des moyens tirés du caractère radicalement vicié dans son principe ou excessivement sommaire de la méthode de reconstitution :

       21.  En premier lieu, la SELARL Pharmacie F... Vimy soutient que le nombre de règlements manquants pris en compte dans le cadre des deux premières méthodes devait être diminué pour tenir compte du traitement des factures mises en attente, des " rendus vignettes " ainsi que des " purges clients et factures ". Toutefois, elle ne fournit aucune indication dont il résulterait que ces événements auraient un impact effectif sur le montant du chiffre d'affaires de chaque exercice. Il en va de même des dysfonctionnements du logiciel ou des incidents majeurs susceptibles d'affecter le contenu des bases de données et dont elle ne fait état que de manière purement théorique. 

       22. En deuxième lieu, la SELARL Pharmacie F... Vimy conteste l'application par l'administration de la troisième méthode, fondée sur la valorisation des distorsions constatées entre les données de ventes et celles de l'historique des produits vendus. 

       23. Cependant, d'une part, il résulte de l'instruction, notamment des indications figurant dans la proposition de rectification, que cette troisième méthode a été mise en oeuvre dans le but de corriger la faiblesse de la valeur du ticket moyen réglé en espèces hors tiers payant, résultant de la suppression des opérations dont le montant était le plus important, alors que l'application au nombre de tickets manquants de la valeur moyenne du ticket tous paiements confondus, à laquelle l'administration a procédé à titre indicatif, aboutissait à un chiffre d'affaires manquant théorique de 68 686 euros au lieu de 36 338 euros pour l'exercice clos en 2009, de 90 946 euros au lieu de 43 940 euros pour l'exercice clos en 2010 et de 87 156 euros au lieu de 40 289 euros pour l'exercice clos en 2011. Il ne résulte pas des données chiffrées fournies par la société appelante que l'écart ainsi constaté perdrait son caractère significatif du fait de la non prise en compte par l'administration des tickets d'un montant inférieur ou égal à 5 centimes d'euro. Cette société ne fournit, par ailleurs, aucun élément précis dont il résulterait que traitement des factures mises en attente, des " rendus vignettes " et des " purges clients et factures " auraient une incidence à cet égard.

       24. D'autre part, la SELARL Pharmacie F... Vimy soutient que les distorsions entre les données de vente et l'historique des ventes de produits peuvent résulter de la mise en attente de factures, du mode de comptabilisation des produits vendus par lots, de la prise en compte dans des rétrocessions de produits substitués ou remplacés, ainsi que de la mise en oeuvre des diverses options ou possibilité d'opérations offertes à l'utilisateur pour la gestion de l'historique de produits ou de la conséquence d'erreurs affectant la date de démarrage du logiciel. Toutefois, elle ne fournit aucune indication permettant de considérer que l'impact de ces événements, invoqués de manière purement théorique, sur le nombre de ces distorsions serait tel qu'il ferait par principe obstacle à la prise en compte de leur valorisation pour corriger, selon la pondération de 50 % appliquée par l'administration, la valeur du chiffre d'affaires déterminé selon les deux premières méthodes.

       25. Enfin, la SELARL Pharmacie F... Vimy ne saurait utilement faire valoir que les achats de produits, les ventes et les stocks figurant dans sa comptabilité sont cohérents entre eux, dès lors que celle-ci a été à bon droit écartée par l'administration comme irrégulière et non probante. 

       26. Il résulte de ce qui a été dit aux cinq points précédents que la SELARL Pharmacie F... Vimy n'est pas fondée à soutenir que la méthode de reconstitution mise en oeuvre par l'administration fiscale serait radicalement viciée dans son principe ou excessivement sommaire.

       S'agissant des moyens tirés du caractère erroné des données prises en compte par l'administration pour la mise en oeuvre de reconstitution mise en oeuvre :

       27. En premier lieu, la SELARL Pharmacie F... Vimy ne fournit aucune précision permettant d'apprécier l'impact de la prise en compte des factures en attente et des " rendus-vignette " sur la détermination de son chiffre d'affaires éludé. Il ne résulte pas davantage des données chiffrées qu'elle produit que le choix par la vérificatrice d'écarter les factures d'une valeur inférieure à 5 centimes d'euros, qui demeure sans incidence sur le montant du chiffre d'affaire reconstitué dans la mesure où il a été pris en compte pour déterminer à titre seulement indicatif un chiffre d'affaires manquant théorique, entraînerait, dans la mesure où il est intervenu pour déterminer la valeur du ticket moyen dans le cadre de la première méthode, une inexactitude dans la reconstitution de son chiffre d'affaires, excédant l'approximation inhérente à toute méthode de reconstitution. Par ailleurs, il ne résulte d'aucune donnée propre à l'entreprise que c'est à tort que, pour évaluer les discordances entre les données de vente et les données de l'historique des produits vendus de l'exercice clos en 2009, l'administration a procédé à une extrapolation des discordances constatées durant la période du 1er décembre 2008 au 30 juin 2009 sur la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2009, au prorata de sa durée, dès lors que le fichier de l'historique des données de vente extrait le 2 novembre 2011 ne couvrait que les trente-six derniers mois et ne permettait pas de disposer des données de l'ensemble de cet exercice. La SELARL Pharmacie F... Vimy n'est, par suite, pas fondée à soutenir que la méthode de reconstitution mise en oeuvre par l'administration serait insuffisamment précise sur ces points et ces montants.

       28. En second lieu, cependant, il résulte des caractéristiques de la fonctionnalité permissive, telle que les a décrites l'expert désigné par le tribunal de grande instance de Nîmes, que son utilisation n'autorisait la suppression d'aucune opération de vente faisant intervenir des tiers, y compris les ventes de produits sur ordonnance hors tiers payant. La SELARL Pharmacie F... Vimy soutient que la première méthode repose sur une surévaluation de la valeur du ticket moyen hors tiers payant payé en espèces, dès lors que l'administration aurait également dû exclure ces ventes pour déterminer cette valeur. Elle propose, en conséquence, de retenir les valeurs moyennes de 9,22 euros au lieu de 9,38 euros pour l'exercice clos en 2009, de 8,78 euros au lieu de 9,03 euros pour l'exercice clos en 2010 et de 8,65 euros au lieu de 8,88 euros, pour l'exercice clos en 2011. L'administration, qui supporte la charge de la preuve, ne conteste pas que les valeurs ainsi proposées par l'appelante ont été déterminées d'après les données propres à l'entreprise. Dans ces conditions, la SELARL Pharmacie F... Vimy doit être regardée comme proposant à titre subsidiaire pour chacun de ces trois exercices une méthode plus précise que celle retenue par l'administration. Il y a lieu, par suite, pour déterminer son chiffre d'affaires, de substituer aux montants du ticket moyen retenu par l'administration pour l'application de la première méthode ceux avancée au titre de chaque exercice par la SELARL Pharmacie F... Vimy, en laissant inchangés le chiffre d'affaire déterminé selon les deux autres méthodes ainsi que les modalités, rappelées au point 20, selon lesquelles l'administration a combiné les trois méthodes mises en oeuvre.

       Sur les pénalités :

       29. Les dispositions de l'article 1729 du code général des impôts prévoient que les insuffisances, omissions ou inexactitudes relevées dans les déclarations souscrites ou dans les actes présentés entraînent l'application d'une majoration de 80 % en cas de manoeuvres frauduleuses.

       30. Pour justifier l'application de la majoration de 80 % pour manoeuvres frauduleuses prévue par ces dispositions, l'administration a relevé l'utilisation effective par la SELARL Pharmacie F... Vimy de la fonctionnalité permissive, ainsi que le caractère récurrent des suppressions, opérées au cours de 252 journées, 258 journées et 236 journées durant les exercices clos, respectivement, en 2009, 2010 et 2011, ainsi que l'importance du nombre de tickets concernés, qui s'élevait à 3 874 pour le premier exercice, à 4 866 au cours du deuxième et à 4 537 au cours du troisième. L'administration a déduit le caractère intentionnel de l'usage de ce procédé de sa fréquence et de ce qu'il imposait la saisie d'un mot de passe communiqué par la société Alliadis à l'issue d'une navigation complexe au sein des menus du logiciel et a, ainsi, a mis en évidence que l'objet de ce procédé était de permettre l'occultation d'opérations imposables préservant l'apparente sincérité de la comptabilité et assortie de précautions réduisant les risques de révélations des irrégularités. L'ensemble de ces éléments, étayés par les mentions figurant dans le rapport de l'expert judiciaire et l'analyse par la vérificatrice de la comptabilité de la SELARL Pharmacie F... Vimy, suffit à démontrer que celle-ci s'est livrée à des manoeuvres destinées à égarer l'administration dans ses contrôles. L'application de la majoration de 80 % pour manoeuvres frauduleuses était, dès lors, fondée. 

       31. Il résulte de tout ce qui précède que la SELARL Pharmacie F... Vimy, qui ne saurait utilement se prévaloir de ce que le taux de marge de 34 % résultant de la reconstitution de son chiffre d'affaires excède largement celui habituellement constaté dans la profession, est seulement fondée à soutenir que c'est à tort que le tribunal a refusé de lui accorder, à due concurrence de la substitution des montants mentionnés au point 28, la réduction de la base imposable qui lui assignée au titre des exercices qu'elle a clos au cours des années 2009, 2010 et 2011 et de la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2011 correspondant ces exercices et la réduction, à due concurrence, des impositions contestées ainsi que des pénalités correspondantes.

       Sur les frais liés au litige:

       32. Il n'y a pas, lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat, sur le fondement des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative, les frais non compris dans les dépens exposés par la SELARL Pharmacie F... Vimy dans le cadre du présent litige. 

DÉCIDE :

       Article 1er : La base d'imposition à la taxe sur la valeur ajoutée assignée à la SELARL Pharmacie F... Vimy au titre de la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2011 est réduite à concurrence de la différence entre le chiffre d'affaires reconstitué par l'administration fiscale pour les exercices clos en 2009, 2010 et 2011 et ces mêmes recettes reconstituées selon la méthode décrite au point 28.

       Article 2 : La SELARL Pharmacie F... Vimy est déchargée du rappel de taxe sur la valeur ajoutée qui lui a été réclamé au titre de la période du 1er juillet 2008 au 30 juin 2011, ainsi que des pénalités afférentes, dans la mesure correspondant à la réduction des bases d'imposition définie à l'article 1er.

       Article 3 : Les bases d'imposition à l'impôt sur les sociétés assignées à la SELARL Pharmacie F... Vimy au titre des exercices qu'elle a clos en 2009, 2010 et 2011 sont réduites à concurrence de la différence entre le chiffre d'affaires reconstitué par l'administration fiscale pour chacun de ces trois exercices et ces mêmes recettes reconstituées selon la méthode décrite au point 28.

       Article 4 : La SELARL Pharmacie F... Vimy est déchargée des cotisations supplémentaires d'impôt sur les sociétés qui lui ont été réclamées au titre des exercices 2009, 2010 et 2011, ainsi que des pénalités afférentes, dans la mesure correspondant à la réduction des bases d'imposition définie à l'article 3.

       Article 5 : Le jugement n° 1400714, 1400718 du 20 juin 2017 du tribunal administratif de Lille est réformé en ce qu'il a de contraire au présent arrêt.

       Article 6 : Le surplus des conclusions de la SELARL Pharmacie F... Vimy est rejeté.

       Article 7 : Le présent arrêt sera notifié à la SELARL Pharmacie F... Vimy et au ministre de l'action et des comptes publics.

       Copie en sera adressée à l'administrateur général des finances publiques chargé de la direction spécialisée de contrôle fiscal Nord.

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N°17DA01587