Vu la requête, enregistrée le 11 février 2013, présentée pour la communauté de communes du Pays de Lure, dont le siège est ZAC de la Saline, rue des Berniers BP 50 à Lure Cedex (70204), par la Selarl D4 avocats associés ; 

       La communauté de communes du Pays de Lure demande à la cour :

       1°) d'annuler le jugement n° 1101307-1101308 du 12 décembre 2012 par lequel le tribunal administratif de Besançon a annulé, à la demande de la Commission de protection des eaux de Franche-Comté et de la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté, la délibération du conseil communautaire de la communauté de communes du Pays de Lure en date du 15 mars 2011 approuvant la création de la zone d'aménagement concerté " Arémis-Lure " et la décision du 8 juillet 2011 du président de la communauté de communes du Pays de Lure refusant de retirer cette délibération ; 

       2°) de rejeter les demandes de première instance présentées par ces deux associations ; 

       3°) de mettre à la charge de la Commission de protection des eaux de Franche-Comté et de la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté le versement de la somme de 2 000 euros chacune au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ; 

       Elle soutient que :

       - le tribunal administratif ne pouvait retenir le moyen tiré de l'erreur manifeste d'appréciation sans se prononcer sur le caractère suffisant des nombreuses mesures compensatoires projetées ; il a donc entaché son jugement d'une insuffisance de motivation ; 

       - le tribunal administratif a exercé sur l'acte attaqué un contrôle d'opportunité et a excédé les limites du contrôle restreint auquel il était tenu en cette matière ; 

       - le tribunal administratif a donné à la ZNIEFF, outil d'inventaire environnemental, une portée juridique qu'elle n'a pas ; 

       - le périmètre et la superficie de la ZNIEFF retenus par le tribunal administratif sont erronés car ses limites sont encore mouvantes faute d'avoir été validées par l'inventaire national du patrimoine naturel ; 

       - le tribunal administratif a commis des erreurs de fait notamment dans le chiffrage des surfaces bâties ; 

       - l'étude d'impact est très complète et a été réalisée conformément aux dispositions de l'article R. 122-3 du code de l'environnement ;

       - les 31 ha de panneaux photovoltaïques seront implantés sur les surfaces où les enjeux environnementaux sont les plus faibles et seront surélevés de 80 cm ; 

       - c'est à tort que le tribunal administratif a omis de prendre en considération la préservation de plus de 100 ha en zone naturelle, le maintien des continuités écologiques par la mise en place de corridors transversaux de 150 à 300 m de large, le phasage du projet, étalé sur trente ans, ce qui doit permettre un déplacement des populations d'espèces remarquables à la périphérie du site, l'augmentation importante de la surface d'habitats d'intérêt communautaire sains et la réutilisation des pistes existantes sur le site ; 

       Vu le mémoire en défense, enregistré le 3 juin 2013, présenté pour l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté, par MeB..., qui conclut au rejet de la requête et à ce qu'il soit mis à la charge de l'Etat la somme de 2 500 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ; 

       Elle soutient que la communauté de communes du Pays de Lure doit justifier de sa qualité à agir en produisant ses statuts et l'habilitation de son président à interjeter appel du jugement attaqué ; que le tribunal administratif n'a pas excédé les limites de son contrôle ; que le tribunal administratif n'a pas commis d'erreur dans le chiffrage de l'étendue de la ZNIEFF ; que le tribunal s'est fondé sur les chiffres contenus dans l'étude d'impact et n'en a pas fait une interprétation erronée ; que deux habitats d'intérêt communautaire - dont un prioritaire -, la prairie maigre de fauche de l'Arrhenatherion et les pelouses siliceuses du Violon caninae, seront sensiblement affectés par l'aménagement de la ZAC ; que la réalisation de la ZAC affectera également les populations d'insectes et notamment les 4 espèces de papillons protégés (Cuivré des marais, Azuré du serpolet, Damier de la succise et Laineuse du prunellier) ; que la conservation de la population de l'un des principaux enjeux de l'avifaune, le Tarier des prés, sera directement menacée ; que les espaces verts prévus sur le site sont considérés par l'étude d'impact comme totalement dégradés ; que le morcellement des milieux naturels va conduire à un appauvrissement irrémédiable de la diversité biologique ; que le positionnement, la dispersion et le morcellement des hectares de zones naturelles préservées sur le site ne présentent pas les garanties nécessaires à la préservation des habitats naturels, de la flore et de la faune ; qu'il ne suffit pas que les populations animales puissent pendant le phasage de l'opération prévue sur une trentaine d'années se déplacer, mais que les milieux d'adoption soient favorables ; qu'en l'espèce, les espaces périphériques de l'aérodrome sont tournés vers une agriculture le plus souvent intensive ; 

       Vu le mémoire, enregistré le 7 juin 2013, présenté pour la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté, par Me Posak, qui conclut au rejet de la requête et à ce qu'il soit mis à la charge de la communauté de communes du Pays de Lure le versement de la somme de 2 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ; 

       Elle soutient que la délimitation du projet " Arémis-Lure " recouvre bien la ZNIEFF de type I dénommée " ancien aérodrome de Lure-Malbouhans " ; que même si elle est dépourvue de caractère réglementaire, la légalité du projet devait être examinée au regard des espèces et milieux inventoriés par cette ZNIEFF et qui sont d'une richesse exceptionnelle ; qu'en particulier les pelouses acidiclines du Violon caninae, qui occupent près de 26 ha sur le site, ne sont représentées nulle part ailleurs en Franche-Comté en surface équivalente ; que plusieurs espèces animales remarquables d'intérêt européen fréquentent le site ; qu'une population nicheuse d'une dizaine de couples de Tarier des prés, espèce protégée ayant besoin pour sa nidification de vastes étendues prairiales à hautes herbes, a été observée sur le site ; que ce site doit être replacé dans le contexte de la stratégie nationale de préservation de la biodiversité ; qu'en effet, l'artificialisation et la fragmentation des habitats entraînent la perte de la diversité écologique ; que le tribunal administratif a exposé de manière précise et explicite les motifs de sa décision ; que la communauté de communes du Pays de Lure n'a pas mis en oeuvre les mesures d'évitement du site de Malbouhans ; 

       Vu le mémoire en réplique, enregistré le 9 août 2013, présenté pour la communauté de communes du Pays de Lure, qui conclut aux mêmes fins que la requête ;

       Elle soutient, en outre, que sa requête est recevable ; que la sensibilité et l'intérêt écologique du site sont préservés ; que 105 ha de zones naturelles sont maintenus ; que les espèces protégées ont bien été prises en compte ; que sur les 930 ha de surfaces agricoles à la périphérie du site, près de 70% sont constitués de prairies dont la majorité est de type " prairie naturelle " ; que l'amélioration des territoires environnants est prévue pour compenser les destructions et perturbations au sein du périmètre de la ZAC ; que les impacts par fragmentation ou cloisonnement n'ont pas été minorés ; que ce site, par la présence d'infrastructures de pistes, est le seul permettant l'implantation d'entreprises dans le cadre du projet " véhicules du futur " ; que l'aménagement est prévu de manière concertée et progressive sur une trentaine d'années dans le but de maintenir les grands équilibres écologiques du site ; que si le tribunal administratif avait fait application, comme il le devait, de la théorie du bilan, il aurait été conduit à admettre la balance positive du projet ; que la délibération attaquée n'a ni pour objet ni pour effet d'autoriser une dérogation au titre des espèces protégées ; 

       Vu le mémoire, enregistré le 24 avril 2014, présenté pour la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté, qui conclut aux mêmes fins que précédemment ; 

       Elle soutient, en outre, que la démarche préconisée par les pouvoirs publics au sujet de l'évitement des impacts et qui a donné lieu à la publication d'un document méthodologique n'a pas été respectée ; que l'évitement lors du choix d'opportunité et l'évitement géographique n'ont été que partiellement justifiés par la communauté de communes du pays de Lure ; qu'en effet, les activités connexes ne sont pas directement liées au développement du projet de véhicule du futur ; que le projet ne prend pas suffisamment en compte les mesures d'évitement au stade préalable, ce qui conduit à la définition de mesures compensatoires hypothétiques ;

       Vu le mémoire, enregistré le 24 avril 2014, présenté pour la Commission de protection des eaux de Franche-Comté, qui conclut aux mêmes fins que précédemment ; 

       Elle soutient, en outre, qu'il ne peut être garanti que les 10 à 20 couples de Tarier des prés qui fréquentent le site se reporteront sur des espaces limitrophes ; que la flore du violon caninae est menacée et que la destruction de près de 10 ha de cet habitat sur le site de Malbouhans représenterait une perte majeure qui ne pourrait être compensée ; que la population de l'azuré du serpolet sur le site de Malbouhans est la plus importante de celles relevées en Franche-Comté ; que l'intégralité des habitats d'intérêt communautaire devrait être préservée et non pas une partie seulement ; que les mesures compensatoires envisagées sont imprécises et insuffisantes ; que l'absence d'engagement de la collectivité sur la pérennité des mesures compensatoires et sur le budget correspondant méconnaît les dispositions du décret n° 2011-2019 ; que l'acquisition du camp du Val de Bithaine ne constitue pas une mesure compensatoire appropriée car ses caractéristiques écologiques sont différentes et ce site est éloigné de plus de 10 km de Malbouhans, en violation de l'article R. 122-14 du code de l'environnement ; que la recherche de surfaces alternatives extérieures au site n'a pas été engagée ; que la ZNIEFF d'une surface de 237 ha a été inscrite à l'inventaire national le 9 avril 2013 ; 

       Vu le mémoire, enregistré le 15 mai 2014, présenté pour la communauté de communes du pays de Lure, qui conclut aux mêmes fins que la requête ; 

       Elle soutient en outre que l'aménagement de la ZAC se fera par phases successives - chaque nouvelle étape étant conditionnée par la validation de la précédente -, ce qui limitera au maximum l'impact du projet sur les espèces présentes sur le site ; qu'un état des lieux est prévu en 2020 en ce qui concerne le report des espèces protégées sur des parcelles sises dans un rayon de dix kilomètres autour du site ; qu'un dossier de demande de dérogation visant les espèces protégées sera soumis au Conseil national de la protection de la nature, qui se prononcera sur le caractère suffisant ou non des mesures proposées ; 

       Vu le mémoire, enregistré le 19 mai 2014 après clôture de l'instruction, présenté pour la Ligue de protection des eaux de Franche-Comté ; 

       Vu le jugement et les décisions attaqués ;

       Vu les autres pièces du  dossier ;

       Vu le code de l'environnement ; 

       Vu le code de l'urbanisme ;

       Vu le code rural et de la pêche maritime ; 

       Vu le code général des collectivités territoriales ; 

       Vu la loi n° 2009-967 du 3 août 2009 de programmation relative à la mise en oeuvre du Grenelle de l'environnement ; 

       Vu la loi n° 2010-788 du 12 juillet 2010 portant engagement national pour l'environnement ; 

       Vu le décret n° 2011-2019 du 29 décembre 2011 portant réforme des études d'impact des projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements ; 

       Vu l'arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; 

       Vu le code de justice administrative ; 

       Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l'audience ;

       Après avoir entendu au cours de l'audience publique du 22 mai 2014 :

       - le rapport de M. Pommier, président, 

       - les conclusions de M. Favret, rapporteur public,

       - et les observations de Me Rouquet, avocat de la communauté de communes du Pays de Lure, celles de Me Posak, avocat de la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté, ainsi que celles de M.A..., mandaté par le président de la Commission de protection des eaux de Franche-Comté ;

       Vu la note en délibéré, enregistrée le 27 mai 2014, présentée pour la communauté de communes du pays de Lure et celle, enregistrée le 2 juin 2014, présentée par la Commission de protection des eaux de Franche-Comté ; 

       1. Considérant que le département de la Haute-Saône a acquis en 2005 l'ancien aérodrome militaire de Lure-Malbouhans, d'une superficie de 242 hectares, situé sur le territoire des communes de Froideterre, La Neuvelle-lès-Lure, Malbouhans, Roye et Saint-Germain ; que, par un arrêté préfectoral du 15 février 2008, le syndicat mixte pour l'aménagement d'" Arémis Lure " (SYMA " Arémis-Lure "), regroupant le département de la Haute-Saône, la communauté de communes du pays de Lure et la chambre de commerce et d'industrie de la Haute-Saône, a été constitué afin d'aménager une zone d'activités sur ce site ; qu'à l'automne 2008, la procédure de création d'une zone d'aménagement concerté a été lancée ; que, par un jugement du 12 décembre 2012, le tribunal administratif de Besançon a annulé, à la demande de la Commission de protection des eaux de Franche-Comté et de la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté, la délibération du conseil communautaire de la communauté de communes du pays de Lure en date du 15 mars 2011 approuvant la création de la zone d'aménagement concerté " Arémis-Lure ", destinée à accueillir des activités innovantes en lien avec le secteur automobile, et la décision du 8 juillet 2011 par laquelle le président de la communauté de communes a refusé de retirer cette délibération ; que la communauté de communes du pays de Lure relève appel de ce jugement ; 

       Sur la recevabilité de la requête d'appel :

       2. Considérant qu'il ressort des pièces du dossier que, par une délibération du 24 mars 2009, le conseil communautaire de la communauté de communes du pays de Lure a donné délégation à son président à l'effet " d'intenter au nom de la communauté de communes les actions en justice ou de défendre la communauté de communes dans les actions intentées contre elle, quel que soit le domaine du contentieux " ; qu'ainsi la requête a été régulièrement introduite par le président de la communauté de communes ; 

       3. Considérant que la communauté de communes du pays de Lure, dont les statuts ont été au demeurant produits dans le cadre de la procédure de première instance, a nécessairement qualité pour faire appel du jugement, en vertu de l'article R. 811-1 du code de justice administrative ; 

       4. Considérant qu'il résulte de ce qui précède que les fins de non recevoir opposées par la Commission de protection des eaux de Franche-Comté doivent être écartées ;

       Sur la régularité du jugement :

       5. Considérant que pour retenir que la délibération attaquée était entachée d'une erreur manifeste d'appréciation, le tribunal administratif a estimé qu'eu égard à la richesse faunistique et floristique du site couvert par une zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) de type 1, les réductions de surface affectant les espaces naturels et les habitats des espèces protégées présentes sur le site étaient telles qu'en dépit des corridors écologiques créés et du plan d'actions environnementales prévu, l'impact sur ces milieux et ces espèces demeurait excessif au regard de l'intérêt de leur préservation ; qu'ainsi, il n'a pas omis de prendre en compte les mesures compensatoires envisagées ; que, par suite, et même s'il ne les a évoquées que succinctement, il n'a pas entaché son jugement d'une insuffisance de motivation ; 

       Sur la légalité de la délibération litigieuse :

       6. Considérant qu'il résulte des dispositions de l'article L. 411-5 du code de l'environnement que les zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) constituent un outil d'inventaire scientifique du patrimoine naturel ; qu'un tel inventaire est dépourvu par lui-même de portée juridique ;  

       7. Considérant que, contrairement à ce que soutient la communauté de communes du pays de Lure, le tribunal administratif n'a pas donné une portée normative à la ZNIEFF de type 1 de l'ancien aérodrome de Lure-Malbouhans mais s'est borné à prendre en compte les caractéristiques de cette zone et notamment les principales espèces et les habitats naturels bénéficiant d'un statut de protection afin d'apprécier les effets de l'implantation de l'aménagement projeté sur les milieux naturels, les espèces animales et végétales et la biodiversité ; qu'il n'a pas non plus commis d'erreur de fait en estimant que la ZNIEFF couvrait l'intégralité de l'emprise de l'ancien aérodrome, ainsi d'ailleurs que l'indiquait à juste titre l'étude d'impact (p. 24) en se référant à la carte de l'année 2009 qui indique une superficie de 237 ha ; que telle est d'ailleurs bien sa superficie définitive, validée par le Muséum national d'histoire naturelle le 9 avril 2013 ; 

       8. Considérant qu'il résulte tant de la fiche descriptive de la ZNIEFF que de l'étude d'impact que le site de l'ancien aérodrome, désaffecté depuis 1997 et soustrait à une agriculture intensive, abrite une faune et une flore d'une très grande richesse ; qu'il abrite en particulier deux habitats naturels d'intérêt communautaire : la prairie maigre de fauche de l'arrhenatherion qui couvre une surface d'environ 74 ha et la pelouse siliceuse du Violon caninae (environ 39 ha), classé habitat prioritaire ; qu'y sont présents deux espèces d'oiseaux à valeur patrimoniale élevée : le tarier des près et la pie-grièche écorcheur ainsi que 4 espèces protégées de papillons de jour : le damier de la succise, le cuivré des marais, l'azuré du serpolet et la laineuse du prunellier ; 

       9. Considérant qu'il ressort de l'étude d'impact et notamment de ses pages 96 à 98 que la superficie du site affectée par le projet de ZAC est non pas de 200 ha, comme l'a retenu par erreur le tribunal administratif, mais de 130,71 ha soit 23,89 ha d'espaces verts, 54,09 ha de routes, pistes et parkings, 21,51 ha de bâti et 31,22 ha de panneaux pholtovoltaïques ; que les zones naturelles préservées sont de 105,3 ha ; 

       10. Considérant qu'il ressort de l'étude d'impact que les 31 hectares de panneaux photovoltaïques sont implantés en dehors des deux habitats protégés au niveau communautaire et, pour l'essentiel, sur des terrains en friche ou recouverts de broussaille et n'affectent pas le territoire du tarier des prés ; que le projet prévoit 3 corridors écologiques transversaux de 150 à 350 m de large sur une longueur de 800 m à 1 km ainsi qu'un corridor de 100 m de large sur toute la longueur de la ZAC, soit 3,5 km ; que l'aménagement total de l'emprise de la ZAC s'effectuera en trois phases s'échelonnant sur une trentaine d'années, ce qui est de nature à atténuer " l'effet de choc " pour les espèces animales présentes sur le site, la première phase laissant subsister en partie nord du site un vaste espace naturel continu et le lancement des deux autres phases devant être précédé d'un suivi environnemental qui permettra d'évaluer le maintien des populations des diverses espèces et de vérifier si les habitats des espèces protégées ont bien été au préalable rétablis dans un périmètre proche ; qu'au nombre des mesures compensatoires figurent notamment l'acquisition du site de Val de Bithaine (220 ha) ainsi que des actions tendant à la création ou à la renaturation de la prairie du Violon caninae à proximité du site ; 

       11. Considérant qu'il ressort de l'étude d'impact que le projet réduira respectivement de 38,3% et 21,9% les surfaces de prairie de l'arrhenatherion et du Violon caninae ; que 20 ha sur les 80 que compte le territoire du tarier des prés seront supprimés et 11,7 ha seront modifiés ; que, s'agissant de la pie-grièche écorcheur, les surfaces conservées en zone naturelle correspondent à 66% des espaces où sa présence a été constatée sur le site ; que 27,5% des habitats du damier de la succise et 22 % des habitats de l'azuré du serpollet seront détruits ; que l'impact est estimé faible ou nul pour la laineuse du prunellier et le cuivré des marais et négligeable pour les autres espèces de papillon ;

       12. Considérant que si la réalisation de cet aménagement réduira sensiblement les habitats naturels et les habitats des espèces protégées, ce qui sera préjudiciable au maintien de la biodiversité, ces atteintes ne sont toutefois pas telles, eu égard notamment à la part significative d'espaces naturels préservés sur le site et aux corridors écologiques permettant de les relier, à la réalisation sur une longue période des aménagements, et aux diverses mesures compensatoires prévues tant à l'intérieur qu'à l'extérieur du site, qu'elles puissent être regardées comme entachant d'erreur manifeste d'appréciation la décision de créer une zone d'activité principalement tournée vers " l'automobile du futur " sur l'emprise de cet ancien aérodrome, lequel comportait 40 ha de pistes et de voies pouvant être réutilisées et était donc déjà en partie artificialisé ; que, par suite, la communauté de communes du pays de Lure est fondée à soutenir que c'est à tort que le tribunal administratif a annulé, pour ce motif, la délibération contestée ainsi que, par voie de conséquence, la décision refusant de la retirer ; 

       13. Considérant, toutefois, qu'il appartient à la cour administrative d'appel, saisie de l'ensemble du litige par l'effet dévolutif de l'appel, d'examiner les autres moyens soulevés par la Commission de protection des eaux de Franche-Comté et de la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté, devant le tribunal administratif de Besançon et devant la cour  ; 

       Sur le moyen tiré du vice d'incompétence :

       14. Considérant qu'aux termes de l'article L. 311-1 du code de l'urbanisme : " Les zones d'aménagement concerté sont les zones à l'intérieur desquelles une collectivité publique ou un établissement public y ayant vocation décide d'intervenir pour réaliser ou faire réaliser l'aménagement et l'équipement des terrains, notamment de ceux que cette collectivité ou cet établissement a acquis ou acquerra en vue de les céder ou de les concéder ultérieurement à des utilisateurs publics ou privés. Le périmètre et le programme de la zone d'aménagement concerté sont approuvés par délibération du conseil municipal ou de l'organe délibérant de l'établissement public de coopération intercommunale. Sont toutefois créées par le préfet, après avis du conseil municipal de la ou des communes concernées ou de l'établissement public de coopération intercommunale compétent, les zones d'aménagement concerté réalisées à l'initiative de l'Etat, des régions, des départements ou de leurs établissements publics et concessionnaires et les zones d'aménagement concerté situées, en tout ou partie, à l'intérieur d'un périmètre d'opération d'intérêt national " ;

       15. Considérant, d'une part, que si le site de l'ancien aérodrome de Lure-Malbouhans est devenu propriété du département de la Haute-Saône en 2005, cette circonstance n'est pas de nature à donner compétence au préfet pour créer la ZAC, dés lors que cette création est intervenue à l'initiative non du département mais du SYMA " Arémis-Lure " ; 

       16. Considérant, d'autre part, que si un syndicat mixte est un établissement public en vertu des dispositions de l'article L. 5721-1 du code général des collectivités territoriales, il n'en résulte pas pour autant que le SYMA constitue un établissement public départemental ; que, dés lors, la création de la ZAC " Arémis-Lure ", qui est intervenue à l'initiative d'un établissement public de coopération intercommunale et non pas d'un établissement public départemental, ne relevait pas davantage de la compétence du préfet ; 

       Sur le moyen tiré de la violation de l'article L. 112-3 du code rural et de la pêche maritime : 

       17. Considérant qu'aux termes de l'article L. 112-3 du code rural et de la pêche maritime : " Les schémas directeurs, les plans d'occupation des sols ou les documents d'urbanisme en tenant lieu et les documents relatifs au schéma départemental des carrières prévoyant une réduction des espaces agricoles ou forestiers ne peuvent être rendus publics ou approuvés qu'après avis de la chambre d'agriculture, de l'Institut national de l'origine et de la qualité dans les zones d'appellation d'origine contrôlée et, le cas échéant, du Centre national de la propriété forestière. Il en va de même en cas de révision ou de modification de ces documents. Ces avis sont rendus dans un délai de deux mois à compter de la saisine. En l'absence de réponse à l'issue de ce délai, l'avis est réputé favorable. Ces dispositions s'appliquent aux opérations d'aménagement dont l'enquête publique n'a pas encore été prescrite à la date de publication de la loi n° 99-574 du 9 juillet 1999 d'orientation agricole. " ; 

       18. Considérant, d'une part, qu'il ressort de l'étude d'impact (p. 54) que " sur l'emprise du projet, seule une parcelle représentant environ 10 ha sur la commune de Malbouhans est jusqu'à maintenant traitée comme espace agricole " ; que si la communauté de communes du pays de Lure admet qu'elle n'a pas consulté la chambre d'agriculture de la Haute-Saône avant la délibération contestée, elle fait valoir que son avis a bien été sollicité dans le cadre de la procédure d'élaboration de la partie du plan local d'urbanisme de la commune de Malbouhans couvrant l'ancien aérodrome et prenant en compte le projet de ZAC ; qu'il ressort des pièces du dossier que la chambre d'agriculture a émis un avis favorable le 25 janvier 2011 ; que, dans ces conditions, dès lors que cet avis est intervenu avant la délibération attaquée et porte bien sur l'affectation des sols de l'ancien aérodrome, la procédure suivie n'est entachée d'aucune irrégularité substantielle ; qu'il ne ressort pas des pièces du dossier que l'aménagement prévu entraînerait la réduction d'espaces agricoles situés sur le territoire d'autres communes ; 

       19. Considérant, d'autre part, que l'étude d'impact indique que le site ne comporte aucun boisement important ; que la communauté de communes du pays de Lure fait valoir sans être sérieusement contredite qu'il s'agit en réalité de taillis et de friches ; que, dès lors, elle a pu estimer à bon droit qu'ils ne constituaient pas des espaces forestiers au sens de l'article L. 112-3 du code rural et de la pêche marine et elle n'a donc pas méconnu cet article en ne sollicitant pas l'avis du Centre national de la propriété forestière ; 

       Sur le moyen tiré de l'insuffisance du rapport de présentation : 

       20. Considérant qu'aux termes de l'article R. 311-2 du code de l'urbanisme, dans sa rédaction alors en vigueur : " La personne publique qui a pris l'initiative de la création de la zone constitue un dossier de création, approuvé, sauf lorsqu'il s'agit de l'Etat, par son organe délibérant. Cette délibération peut tirer simultanément le bilan de la concertation, en application du sixième alinéa de l'article L. 300-2. Le dossier de création comprend : a) Un rapport de présentation, qui expose notamment l'objet et la justification de l'opération, comporte une description de l'état du site et de son environnement, indique le programme global prévisionnel des constructions à édifier dans la zone, énonce les raisons pour lesquelles, au regard des dispositions d'urbanisme en vigueur sur le territoire de la commune et de l'insertion dans l'environnement naturel ou urbain, le projet faisant l'objet du dossier de création a été retenu ; b) Un plan de situation ; c) Un plan de délimitation du ou des périmètres composant la zone ; d) L'étude d'impact définie à l'article R. 122-3 du code de l'environnement (...) " ;

       21. Considérant que la Commission de protection des eaux de Franche-Comté soutient que le rapport de présentation ne comporte qu'une analyse globale et insuffisamment précise des zones d'aménagement concerté situées dans la " zone d'influence " du projet ; 

       22. Considérant qu'il résulte des termes mêmes des dispositions précitées que le dossier de création d'une zone d'aménagement concerté doit comporter, soit dans le rapport de présentation, soit dans l'une de ses autres pièces, une description de l'état du site et de son environnement ; que cet environnement peut comprendre, notamment, les autres opérations d'urbanisme ou d'aménagement en cours ou en projet dans l'environnement du site ;

       23. Considérant qu'il ne ressort pas des pièces du dossier qu'une zone d'activités existante ou en projet à proximité du site aurait dû être mentionnée dans le rapport de présentation ; que les dispositions précitées ne font pas obligation aux auteurs du rapport de présentation d'analyser les zones d'activités situées à plusieurs kilomètres du projet ; qu'au surplus, l'étude d'impact comporte aux pages 64 à 66 une présentation des zones d'activités existantes dans le pays des Vosges saônoises ; 

       Sur le moyen tiré de l'insuffisance de la concertation : 

       24. Considérant qu'aux termes de l'article L. 300-2 du code de l'urbanisme : "  I - Le conseil municipal ou l'organe délibérant de l'établissement public de coopération intercommunale délibère sur les objectifs poursuivis et sur les modalités d'une concertation associant, pendant toute la durée de l'élaboration du projet, les habitants, les associations locales et les autres personnes concernées dont les représentants de la profession agricole, avant : (...) b) Toute création, à son initiative, d'une zone d'aménagement concerté (...) Les documents d'urbanisme et les opérations mentionnées aux a, b et c ne sont pas illégaux du seul fait des vices susceptibles d'entacher la concertation, dès lors que les modalités définies par la délibération prévue au premier alinéa ont été respectées. Les autorisations d'occuper ou d'utiliser le sol ne sont pas illégales du seul fait des vices susceptibles d'entacher cette délibération ou les modalités de son exécution (...) " ; 

       25. Considérant que la Commission de protection des eaux de Franche-Comté soutient que l'information du public a été insuffisante dès lors que l'étude d'impact n'a été jointe au dossier soumis à concertation que le 11 janvier 2011 alors que la phase de concertation s'est déroulée du 1er mars 2010 au 4 mars 2011 ; 

       26. Considérant toutefois que l'association requérante ne soutient ni même n'allègue que les modalités de la concertation définies par la délibération prescrivant cette opération d'aménagement n'ont pas été respectées ; que, par suite et selon les termes mêmes de l'article L. 300-2 du code de l'urbanisme, elle ne peut utilement contester la légalité de la délibération approuvant la création de la ZAC en invoquant un vice affectant la procédure de concertation qui l'a précédée ;

       Sur le moyen tiré de l'insuffisance de l'étude d'impact : 

       27. Considérant qu'aux termes de l'article R. 122-3 du code de l'environnement, dans sa rédaction alors applicable : " I. - Le contenu de l'étude d'impact doit être en relation avec l'importance des travaux et aménagements projetés et avec leurs incidences prévisibles sur l'environnement. II. - L'étude d'impact présente successivement : 1° Une analyse de l'état initial du site et de son environnement, portant notamment sur les richesses naturelles et les espaces naturels agricoles, forestiers, maritimes ou de loisirs, affectés par les aménagements ou ouvrages ; 2° Une analyse des effets directs et indirects, temporaires et permanents du projet sur l'environnement, et en particulier sur la faune et la flore, les sites et paysages, le sol, l'eau, l'air, le climat, les milieux naturels et les équilibres biologiques, sur la protection des biens et du patrimoine culturel et, le cas échéant, sur la commodité du voisinage (bruits, vibrations, odeurs, émissions lumineuses) ou sur l'hygiène, la santé, la sécurité et la salubrité publique ; 3° Les raisons pour lesquelles, notamment du point de vue des préoccupations d'environnement, parmi les partis envisagés qui font l'objet d'une description, le projet présenté a été retenu ; 4° Les mesures envisagées par le maître de l'ouvrage ou le pétitionnaire pour supprimer, réduire et, si possible, compenser les conséquences dommageables du projet sur l'environnement et la santé, ainsi que l'estimation des dépenses correspondantes ; 5° Une analyse des méthodes utilisées pour évaluer les effets du projet sur l'environnement mentionnant les difficultés éventuelles de nature technique ou scientifique rencontrées pour établir cette évaluation ; 6° Pour les infrastructures de transport, l'étude d'impact comprend en outre une analyse des coûts collectifs des pollutions et nuisances et des avantages induits pour la collectivité ainsi qu'une évaluation des consommations énergétiques résultant de l'exploitation du projet, notamment du fait des déplacements qu'elle entraîne ou permet d'éviter. III. - Afin de faciliter la prise de connaissance par le public des informations contenues dans l'étude, celle-ci fait l'objet d'un résumé non technique. IV. - Lorsque la totalité des travaux prévus au programme est réalisée de manière simultanée, l'étude d'impact doit porter sur l'ensemble du programme. Lorsque la réalisation est échelonnée dans le temps, l'étude d'impact de chacune des phases de l'opération doit comporter une appréciation des impacts de l'ensemble du programme. (...) " ; 

       28. Considérant que les inexactitudes, omissions ou insuffisances d'une étude d'impact ne sont susceptibles de vicier la procédure et donc d'entraîner l'illégalité de la décision prise au vu de cette étude que si elles ont pu avoir pour effet de nuire à l'information complète de la population ou si elles ont été de nature à exercer une influence sur la décision de l'autorité administrative ;

       29. Considérant que l'étude d'impact analyse précisément l'état initial du site et de l'environnement ; qu'elle analyse les impacts du projet notamment sur le milieu naturel et plus particulièrement sur les habitats naturels et les espèces protégées ; qu'elle détaille les mesures envisagées pour réduire ou compenser les atteintes à l'environnement ; qu'elle a bien pris en compte les mesure d'évitement des impacts du projet ; qu'à cet égard, la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté ne saurait utilement se prévaloir d'un document intitulé " les lignes directrices nationales sur la séquence éviter, réduire et compenser les impacts sur les milieux naturels " qui est postérieur à la délibération attaquée et est dépourvu de valeur normative ; 

       30. Considérant que l'étude d'impact justifie les raisons du choix du site de l'ancien aérodrome de Lure-Malbouhans ; qu'elle indique également en page 84 que plusieurs sites potentiels d'accueil du projet ont été recherchés et précise les raisons pour lesquelles aucun de ces sites n'était adapté ; qu'elle n'avait pas à justifier l'absence de recherche d'autres sites d'implantation ; 

       31. Considérant que si la Commission de protection des eaux de Franche-Comté soutient que l'étude d'impact sous-estime les incidences de la fragmentation et du cloisonnement du site du fait de son artificialisation, qui pourraient selon elle entraîner une disparition rapide des effectifs nicheurs, elle n'apporte pas d'élément suffisant de nature à établir que la partie de l'étude d'impact consacrée aux fonctionnalités écologiques et qui a pris en compte en pages 121 et 122 la fragmentation des milieux et a estimé d'importance moyenne cet impact du projet serait erronée ; 

       32. Considérant que si la Ligue de protection des oiseaux de Franche-Comté soutient que l'étude d'impact minimise les incidences du projet sur le réseau Natura 2000 et notamment sur les sites " plateau des mille étangs " et " vallée de la lanterne ", éloignés respectivement d'un à cinq kilomètres et de cinq à dix kilomètres du projet, elle n'établit pas que l'analyse des incidences figurant en pages 115 et 116 de l'étude d'impact serait insuffisante et que la conclusion selon laquelle " aucune incidence notable du projet de la ZAC Arémis-Lure n'a été identifiée sur les objectifs de conservation des sites Natura 2000 présents à ses environs " serait erronée ; 

       Sur le moyen tiré de la méconnaissance du décret n° 2011-2019 et de l'article R. 122-14 du code de l'environnement :

       33. Considérant que la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté ne peut utilement soutenir que l'absence d'engagement de la collectivité sur la pérennité des mesures compensatoires et l'absence de budget correspondant méconnaissent les dispositions du décret n° 2011-2019 du 29 décembre 2011 portant réforme des études d'impact des projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements et que l'acquisition du camp du Val de Bithaine ne constitue pas une mesure compensatoire appropriée car ce site est éloigné de plus de dix kilomètres de Malbouhans, en violation de l'article R. 122-14 du code de l'environnement, dans sa rédaction issue du décret n° 2011-2019 prescrivant la mise en oeuvre des mesures compensatoires en priorité sur le site endommagé, dès lors que les dispositions dont elle entend se prévaloir n'étaient pas en vigueur à la date de la délibération contestée ; 

       Sur le moyen tiré de la violation de l'article L. 146-6 du code de l'urbanisme : 

       34. Considérant que le moyen tiré de la violation de l'article L. 146-6 du code de l'urbanisme ne peut être utilement invoqué, dès lors que cet article, inclus dans le chapitre VI portant dispositions particulières au littoral du titre IV : " dispositions relatives à certaines parties du territoire ", ne saurait recevoir application en l'espèce ;  

       Sur les moyens tirés de la violation de l'article L. 110 du code de l'urbanisme et de l'article L. 110-1 du code de l'environnement :

       35. Considérant que les associations requérantes se bornent à soutenir que le projet de ZAC n'est pas compatible avec les objectifs de préservation et de protection préconisés par l'article L. 110 du code de l'urbanisme ; qu'elles ne mettent pas le juge à même d'examiner le bien-fondé de ce moyen ; qu'il en va de même du moyen invoqué par la Ligue de protection des oiseaux de Franche-Comté et tiré de ce que le projet ne serait pas compatible avec le préservation des enjeux patrimoniaux préconisée par l'article L. 110-1 du code de l'environnement ; 

       Sur la violation des articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l'environnement : 

       36. Considérant qu'aux termes de l'article L. 411-1 du code de l'environnement : " I. Lorsqu'un intérêt scientifique particulier ou que les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits : 1° La destruction ou l'enlèvement des oeufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d'animaux de ces espèces (...) ; 2° La destruction, la coupe, la mutilation, l'arrachage, la cueillette ou l'enlèvement de végétaux de ces espèces, de leurs fructifications ou de toute autre forme prise par ces espèces au cours de leur cycle biologique (...) ; 3° La destruction, l'altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d'espèces (...) " ; qu'aux termes de l'article L. 411-2 de ce code : " Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : 1° La liste limitative des habitats naturels, des espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées ainsi que des sites d'intérêt géologique, y compris des types de cavités souterraines, ainsi protégés (...) 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle (...) " ; 

       37. Considérant que si la Commission de protection des eaux de Franche-Comté soutient que l'arrêté ministériel du 29 octobre 2009 pris pour l'application de l'article L. 411-1 du code de l'environnement fixe la liste des oiseaux protégés dont la destruction des nids, des individus ou des habitats de reproduction et de repos est interdite et que le projet ne satisfait pas aux critères permettant l'instruction d'une dérogation au titre de l'article L. 411-2 du même code, ce moyen est sans influence sur la légalité de la décision attaquée, dont l'édiction n'est pas subordonnée à l'obtention préalable de ladite dérogation ;  

       Sur le moyen tiré de l'atteinte aux "  trames vertes et bleues " :

       38. Considérant que la Ligue pour la protection des oiseaux de Franche-Comté soutient que " l'aménagement du site est incohérent avec les trames vertes et bleues issues du Grenelle de l'environnement " ; qu'en admettant qu'elle ait entendu ainsi se prévaloir de la méconnaissance des dispositions des articles L. 371-1 et suivants du code de l'environnement composant le titre VII : " trame verte et trame bleue ", inséré dans ce code par l'article 121 de la loi du 12 juillet 2010, elle ne soutient ni même n'allègue que le schéma régional de cohérence écologique, élaboré pour la mise en oeuvre de ces dispositions, aurait déjà été adopté ni non plus que le site serait au nombre des espaces naturels ou corridors écologiques identifiés par ce document-cadre ;   

       39. Considérant qu'il résulte de ce qui précède que la communauté de communes du pays de Lure est fondée à soutenir que c'est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Besançon a annulé les décisions attaquées ; 

       Sur les conclusions tendant à l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative : 

       40. Considérant qu'il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de la Commission de protection des eaux de Franche-Comté et de la Ligue de protection des oiseaux de Franche-Comté la somme de 750 euros chacune au titre des frais exposés par la communauté de communes du pays de Lure et non compris dans les dépens ; que ces dispositions font obstacle à ce qu'il soit mis à la charge de la communauté de communes du pays de Lure, qui n'est pas la partie perdante dans la présente instance, les sommes que demandent au même titre la Commission de protection des eaux de Franche-Comté et la Ligue de protection des oiseaux de Franche-Comté ; 

D É C I D E :

       Article 1er : Le jugement n° 1101307-1101308 du tribunal administratif de Besançon en date du 12 décembre 2012 est annulé.

       Article 2 : Les demandes présentées devant le tribunal administratif de Besançon par la Commission de protection des eaux de Franche-Comté et par la Ligue de protection des oiseaux de Franche-Comté sont rejetées.

       Article 3 : La Commission de protection des eaux de Franche-Comté et la Ligue de protection des oiseaux de Franche-Comté verseront chacune la somme de 750 euros à la communauté de communes du pays de Lure au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

       Article 4 : Le présent arrêt sera notifié à la communaute de communes du Pays de Lure, à la Commission de protection des eaux de Franche-Comte et à la Ligue pour la protection des oiseaux (LPO) de Franche-Comte.

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