Vu les procédures suivantes :

              L'association " Eoliennes s'en naît trop " a demandé au tribunal administratif de Clermont-Ferrand d'annuler pour excès de pouvoir huit arrêtés du 12 janvier 2012 par lesquels le préfet de la région Auvergne a délivré à la SNC MSE La Tombelle des permis de construire pour l'implantation de six éoliennes et de deux postes de livraison sur le territoire des communes de Courçais et Viplaix (Allier), ainsi que la décision du 12 mai 2012 rejetant le recours gracieux formés contre ces arrêtés. Par un jugement n° 1201224 du 28 juin 2013, le tribunal administratif a rejeté cette demande.

              Par un arrêt n° 13LY02395 du 28 octobre 2014, la cour administrative d'appel de Lyon a, sur appel de l'association " Eoliennes s'en naît trop ", annulé ce jugement et les huit arrêtés préfectoraux du 12 janvier 2012. 

              Par une décision n° 386624 du 20 janvier 2016, le Conseil d'Etat statuant au contentieux a annulé cet arrêt et renvoyé l'affaire devant la cour. 

              Par un arrêt n° 16LY00400 du 13 mars 2018, la cour administrative d'appel de Lyon a annulé, sur renvoi du Conseil d'Etat et à la demande de l'association " Eoliennes s'en naît trop " le jugement et les huit arrêtés du préfet de la région Auvergne du 12 janvier 2012. 

              1° Sous le n° 420554, par un pourvoi sommaire et un mémoire complémentaire, enregistrés les 11 mai et 10 août 2018 au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat, le ministre d'Etat, ministre de la cohésion des territoires demande au Conseil d'Etat :

              1°) d'annuler cet arrêt ;

              2°) réglant l'affaire au fond, de rejeter l'appel de l'association " Eoliennes s'en naît trop ".

              2° Sous le n° 420575, par un pourvoi sommaire, un mémoire complémentaire et un nouveau mémoire enregistrés les 14 mai et 30 juillet 2018 et le 26 avril 2019 au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat, la société MSE La Tombelle demande au Conseil d'Etat :

              1°) d'annuler cet arrêt ;

              2°) réglant l'affaire au fond, de rejeter l'appel de l'association " Eoliennes s'en naît trop " ;

              3°) de mettre à la charge de l'association " Eoliennes s'en naît trop " la somme de 4 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 

			....................................................................................

              Vu les autres pièces des dossiers ;

              Vu :

              - la directive 85/337/CEE du Conseil du 27 juin 1985 ;

              - la directive 2011/92/UE du Parlement européen et du Conseil du 13 décembre 2011 ;

              - le code de l'aviation civile ;

              - le code de l'environnement ;

              - le code de l'urbanisme ;

              - le décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 ;

              - le code de justice administrative ;

              Après avoir entendu en séance publique :

              - le rapport de Mme Laurence Franceschini, conseiller d'Etat,  

              - les conclusions de M. Stéphane Hoynck, rapporteur public.

              La parole ayant été donnée, avant et après les conclusions, à la SCP Marlange, de la Burgade, avocat de l'association " Eoliennes s'en naît trop " et à la SCP Nicolaÿ, de Lanouvelle, Hannotin, avocat de la société MSE La Tombelle.

              Vu la note en délibéré, enregistrée le 7 mai 2019, présentée par la MSE La Tombelle.
Considérant ce qui suit :

              1. Les pourvois du ministre chargé de la transition écologique et solidaire et de la société MSE La Tombelle sont dirigés contre le même arrêt de la cour administrative d'appel de Lyon. Il y a lieu de les joindre pour statuer par une seule décision.

              2. Il ressort des pièces du dossier soumis aux juges du fond que le préfet de la région Auvergne a délivré, par huit arrêtés du 12 janvier 2012, des permis de construire à la société MSE La Tombelle pour l'implantation de six éoliennes et deux postes de livraison sur le territoire des communes de Courçais et Viplaix. Par un jugement du 28 juin 2013, le tribunal administratif de Clermont-Ferrand a rejeté la demande de l'association " Eoliennes s'en naît trop " tendant à l'annulation pour excès de pouvoir de ces arrêtés. Par une décision n° 386624 du 20 janvier 2016, le Conseil d'Etat, statuant au contentieux, a annulé l'arrêt du 28 octobre 2014 par lequel la cour administrative d'appel de Lyon avait annulé ce jugement ainsi que les arrêtés attaqués et a renvoyé l'affaire devant la cour. Par un arrêt du 13 mars 2018, contre lequel le ministre de la transition écologique et solidaire et la société MSE La Tombelle se pourvoient en cassation, la cour administrative d'appel de Lyon a de nouveau annulé le jugement du tribunal administratif de Clermont-Ferrand et les arrêtés attaqués.

              Sur la régularité de l'arrêt attaqué :

              3. Devant les juridictions administratives et dans l'intérêt d'une bonne justice, le juge a toujours la faculté de rouvrir l'instruction, qu'il dirige, lorsqu'il est saisi d'une production postérieure à la clôture de celle-ci. Il lui appartient, dans tous les cas, de prendre connaissance de cette production avant de rendre sa décision et de la viser. S'il décide d'en tenir compte, il rouvre l'instruction et soumet au débat contradictoire les éléments contenus dans cette production qu'il doit, en outre, analyser. Dans le cas particulier où cette production contient l'exposé d'une circonstance de fait ou d'un élément de droit dont la partie qui l'invoque n'était pas en mesure de faire état avant la clôture de l'instruction et qui est susceptible d'exercer une influence sur le jugement de l'affaire, le juge doit alors en tenir compte, à peine d'irrégularité de sa décision.

              4. En premier lieu, lorsqu'un permis de construire a été délivré en méconnaissance des dispositions législatives ou réglementaires relatives à l'utilisation du sol ou sans que soient respectées des formes ou formalités préalables à la délivrance des permis de construire, l'illégalité qui en résulte peut être régularisée par la délivrance d'un permis modificatif dès lors que celui-ci assure les respect des règles de fond applicables au projet en cause, répond aux exigences de forme ou a été précédé de l'exécution régulière de la ou des formalités qui avaient été omises. Les irrégularités ainsi régularisées ne peuvent plus être utilement invoquées à l'appui d'un recours pour excès de pouvoir dirigé contre le permis initial.

              5. Si la production après la clôture de l'instruction, notamment par une note en délibéré, d'un tel permis modificatif délivré à une date telle que la partie qui l'invoque n'était pas en mesure d'en faire état avant la clôture de l'instruction et valant mesure de régularisation du permis de construire attaqué, doit être regardée comme une circonstance nouvelle susceptible d'exercer une influence sur le jugement de l'affaire, dont le juge doit tenir compte à peine d'irrégularité de sa décision, il n'en est pas de même de la production d'un mémoire faisant état de ce qu'une demande de permis modificatif, ayant pour objet de régulariser le permis attaqué, a été déposée auprès de l'autorité compétente. Par suite, la cour n'a pas commis d'irrégularité en prenant connaissance de la note en délibéré du ministre de la cohésion des territoires, enregistrée le 7 février 2018, l'informant de demandes de permis de construire modificatifs, sans toutefois décider d'en tenir compte par une réouverture de l'instruction. Elle n'a pas plus commis d'irrégularité en prenant connaissance, sans en tenir compte, du mémoire présenté le 1er février 2018 par la société MSE La Tombelle, postérieurement à la clôture d'instruction, faisant état des mêmes circonstances.

              6. En second lieu, l'intervention de la décision du Conseil d'Etat, statuant au contentieux, n° 400559 du 6 décembre 2017 précisant la portée de la directive du 13 décembre 2011, et que la cour a d'ailleurs adopté pour faire droit à un moyen de la société MSE La Tombelle, ne constitue pas une circonstance nouvelle justifiant la réouverture de l'instruction.

              Sur le bien fondé de l'arrêt attaqué :

              En ce qui concerne la légalité des permis de construire :

              7. Aux termes du 1 de l'article 6 de la directive 85/337/CEE du Conseil du 27 juin 1985 dans sa rédaction issue de la directive 97/11/CE du Conseil du 3 mars 1997 : " Les Etats membres prennent les mesures nécessaires pour que les autorités susceptibles d'être concernées par le projet, en raison de leurs responsabilités spécifiques en matière d'environnement, aient la possibilité de donner leur avis sur les informations fournies par le maître d'ouvrage et sur la demande d'autorisation. A cet effet, les Etats membres désignent les autorités à consulter, d'une manière générale ou cas par cas. Celles-ci reçoivent les informations recueillies en vertu de l'article 5. Les modalités de cette consultation sont fixées par les Etats membres ". Aux termes du deuxième alinéa de l'article L. 122-1 du code de l'environnement, dans sa rédaction alors applicable : " Les études préalables à la réalisation d'aménagements ou d'ouvrages qui, par l'importance de leurs dimensions ou leurs incidences sur le milieu naturel, peuvent porter atteinte à ce dernier, doivent comporter une étude d'impact permettant d'en apprécier les conséquences. Cette étude d'impact est transmise pour avis à l'autorité administrative de l'État compétente en matière d'environnement par l'autorité chargée d'autoriser ou d'approuver ces aménagements ou ces ouvrages ". En vertu du III de l'article R. 122-1-1 du même code, dans sa rédaction alors applicable : " Dans les cas ne relevant pas du I ou du II ci-dessus, l'autorité administrative de l'État compétente en matière d'environnement mentionnée à l'article L. 122-1 est le préfet de la région sur le territoire de laquelle le projet de travaux, d'ouvrage ou d'aménagement doit être réalisé ". 

              8. En premier lieu, si la cour a, à tort fait application au litige du 1 de l'article 6 de la directive 2011/92 du 13 décembre 2011 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement, entré en vigueur postérieurement à la date de délivrance du permis de construire attaqué, le 17 février 2012, ce dernier reprend à l'identique les dispositions du 1 de l'article 6 de la directive 85/337/CEE du Conseil du 27 juin 1985 alors en vigueur. Par ailleurs, la cour a également fait application à tort de l'article R. 122-6 du code de l'environnement dans sa version entrée en vigueur le 1er juin 2012. Cependant, le III de cet article reprend en substance les dispositions du III de l'article R. 121-1-1 cité au point précédent, attribuant au préfet de région la qualité d'autorité administrative de l'État compétente en matière d'environnement pour rendre l'avis prévu à l'article L. 122-1 du même code de l'environnement dans les cas, tel qu'en l'espèce, où cette qualité n'est attribuée ni au ministre chargé de l'environnement, ni à la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable. Par suite, le moyen d'erreur de droit tiré de l'application de dispositions non applicables au litige peut être écarté. 

              9. En deuxième lieu, la directive du 27 juin 1985 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement a pour finalité de garantir qu'une autorité compétente et objective en matière d'environnement soit en mesure de rendre un avis sur l'étude d'impact des projets, publics ou privés, susceptibles d'avoir des incidences notables sur l'environnement, avant de statuer sur une demande d'autorisation, afin de permettre la prise en compte de ces incidences. Eu égard à l'interprétation des dispositions de l'article 6 de la directive 2001/42/CE du 27 juin 2001 relative à l'évaluation des incidences de certains plans et programme sur l'environnement donnée par la Cour de justice de l'Union européenne dans son arrêt rendu le 20 octobre 2011 dans l'affaire C-474/10, et à la finalité identique des dispositions des deux directives relatives au rôle " des autorités susceptibles d'être concernées par le projet, en raison de leurs responsabilités spécifiques en matière d'environnement ", il résulte clairement des dispositions de l'article 7 de la directive du 27 juin 1985 cité au point 6 que si ces dispositions ne font pas obstacle à ce que l'autorité publique compétente pour autoriser un projet ou en assurer la maîtrise d'ouvrage soit en même temps chargée de la consultation en matière environnementale, elles imposent cependant que, dans une telle situation, une séparation fonctionnelle soit organisée au sein de cette autorité, de manière à ce qu'une entité administrative, interne à celle-ci, dispose d'une autonomie réelle, impliquant notamment qu'elle soit pourvue de moyens administratifs et humains qui lui sont propres, et soit ainsi en mesure de remplir la mission de consultation qui lui est confiée et de donner un avis objectif sur le projet concerné. 

              10. Après avoir relevé que le préfet de région était à la fois l'auteur de l'avis rendu le 20 juin 2011 en qualité d'autorité environnementale et l'autorité compétente qui a délivré les permis attaqués, la cour a estimé que la circonstance que l'avis a été préparé et rédigé par les services de la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement au sein de la division " mission évaluation environnementale " alors que les permis de construire avaient été instruits par les services de la direction départementale des territoires de l'Allier ne permettait pas de considérer que l'avis ainsi émis par le préfet de région a été rendu par une autorité disposant d'une autonomie effective dans des conditions garantissant son objectivité. La cour a ensuite jugé, d'une part, que dans les circonstances de l'espèce, l'avis, versé au dossier d'enquête publique, avait été rendu dans des conditions qui méconnaissaient les exigences de la directive et qui n'avaient pas permis une bonne information de l'ensemble des personnes intéressées par l'opération et, d'autre part, que ce vice avait été susceptible d'exercer une influence sur le sens de la décision, entrainant, par suite, l'illégalité des permis de construire attaqués. Ce faisant, la cour, qui a suffisamment motivé son arrêt sur ce point, n'a ni dénaturé les pièces du dossier qui lui était soumis ni commis une erreur de droit.

              En ce qui concerne la régularisation du vice de légalité entachant les permis de construire attaqués :

              11. Aux termes de l'article L. 600-5-1 du code de l'urbanisme, dans sa rédaction applicable à la date de l'arrêt attaqué : " Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre un permis de construire, de démolir ou d'aménager, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés, qu'un vice entraînant l'illégalité de cet acte est susceptible d'être régularisé par un permis modificatif peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu'à l'expiration du délai qu'il fixe pour cette régularisation. Si un tel permis modificatif est notifié dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations ". Ces dispositions permettent au juge, lorsqu'il constate un vice qui entache la légalité du permis de construire attaqué mais qui peut être régularisé par une décision modificative, de rendre un jugement avant dire droit par lequel il fixe un délai pour cette régularisation et sursoit à statuer sur le recours dont il est saisi. Le juge peut préciser, par son jugement avant dire droit, les modalités de cette régularisation. Un vice de procédure, dont l'existence et la consistance sont appréciées au regard des règles applicables à la date de la décision attaquée, doit en principe être réparé selon les modalités prévues à cette même date. Si ces modalités ne sont pas légalement applicables, notamment du fait de l'illégalité des dispositions qui les définissent, il appartient au juge de rechercher si la régularisation peut être effectuée selon d'autres modalités, qu'il lui revient de définir en prenant en compte les finalités poursuivies par les règles qui les ont instituées et en se référant, le cas échéant, aux dispositions en vigueur à la date à laquelle il statue.

              12. Par sa décision n° 400559 du 6 décembre 2017, le Conseil d'Etat, statuant au contentieux a annulé le décret du 28 avril 2016 portant réforme de l'autorité environnementale en tant qu'il maintient, au IV de l'article R. 122-6 du code de l'environnement, la désignation du préfet de région en qualité d'autorité compétente de l'Etat en matière d'environnement, telle que le prévoyait déjà le III de l'article R. 122-1-1 du code de l'urbanisme dans sa rédaction applicable à la date des décisions attaquées, en méconnaissance des objectifs énoncés au paragraphe 1 de l'article 6 de la directive du 13 décembre 2011 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement. Le vice de procédure qui résulte de ce que l'avis prévu par le III de l'article L. 122-1 du code de l'environnement a été rendu par le préfet de région en qualité d'autorité environnementale dans un cas où il était par ailleurs compétent pour autoriser le projet, peut être réparé par la consultation, sur le projet en cause, à titre de régularisation, d'une autorité présentant les garanties d'objectivité requises. A cette fin, si de nouvelles dispositions réglementaires ont remplacé les dispositions annulées de l'article R. 122-6 du code de l'environnement, le juge peut s'y référer. A défaut, pour fixer des modalités de régularisation permettant de garantir que l'avis sera rendu par une autorité objective, le juge peut notamment prévoir que l'avis sera rendu dans les conditions définies aux articles R. 122-6 à R. 122-8 et R. 122-24 du code de l'environnement par la mission régionale de l'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable créée par le décret du 28 avril 2016. Cette mission est, en effet, une entité administrative de l'Etat séparée de l'autorité compétente pour autoriser un projet qui dispose d'une autonomie réelle la mettant en mesure de donner un avis objectif sur les projets qui lui sont soumis dans le cadre de sa mission d'autorité environnementale.

              13. Par ailleurs, aux termes de l'article L. 123-1 du code de l'environnement : " L'enquête publique a pour objet d'assurer l'information et la participation du public ainsi que la prise en compte des intérêts des tiers lors de l'élaboration des décisions susceptibles d'affecter l'environnement mentionnées à l'article L. 123-2. Les observations et propositions parvenues pendant le délai de l'enquête sont prises en considération par le maître d'ouvrage et par l'autorité compétente pour prendre la décision ". Il en résulte que lorsqu'un vice de procédure entache un avis qui a été soumis au public, notamment dans le cadre d'une enquête publique, préalablement à l'adoption de la décision attaquée, la régularisation implique non seulement que la procédure de consultation soit reprise, mais aussi que le nouvel avis soit porté à la connaissance du public. 

              14. Il ressort des énonciations de l'arrêt attaqué qu'après avoir estimé que le vice de légalité entachant les permis de construire attaqués mentionné au point 9 ci-dessus impliquait qu'un nouvel avis soit rendu par l'autorité environnementale, puis qu'une nouvelle enquête publique soit organisée, la cour en a déduit que, eu égard au stade de la procédure auquel il est intervenu, ce vice n'était pas susceptible d'être régularisé par un permis modificatif. Ce faisant, elle a commis une erreur de droit au regard des facultés de régularisation précisées aux deux points précédents.

              15. Il résulte de ce qui précède qu'il n'y a pas lieu d'annuler l'arrêt attaqué en tant qu'il juge que le permis litigieux est entaché des vices rappelés ci-dessus mais qu'il y a en revanche lieu de l'annuler en tant qu'il a rejeté les conclusions tendant à l'application des dispositions de l'article L. 600-5-1 du code de l'urbanisme et a, en conséquence, annulé le jugement du tribunal administratif ainsi que les arrêtés attaqués et statué sur les conclusions présentées au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

              16. Aux termes du second alinéa de l'article L. 821-2 du code de justice administrative : " Lorsque l'affaire fait l'objet d'un second pourvoi en cassation, le Conseil d'Etat statue définitivement sur cette affaire ". Le Conseil d'Etat étant saisi, en l'espèce, d'un second pourvoi en cassation, il lui incombe de régler l'affaire au fond dans la mesure de l'annulation de l'arrêt attaqué.

              Sur l'application de l'article L. 600-5-1 du code de l'urbanisme :

              17. En vertu des dispositions de l'article L. 600-5-1 du code de l'urbanisme, dans leur rédaction désormais applicable : " Sans préjudice de la mise en oeuvre de l'article L. 600-5, le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre un permis de construire, de démolir ou d'aménager ou contre une décision de non-opposition à déclaration préalable estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés, qu'un vice entraînant l'illégalité de cet acte est susceptible d'être régularisé, sursoit à statuer, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, jusqu'à l'expiration du délai qu'il fixe pour cette régularisation, même après l'achèvement des travaux. Si une mesure de régularisation est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations. Le refus par le juge de faire droit à une demande de sursis à statuer est motivé. "

              18. Ainsi qu'il a été dit ci-dessus, la régularisation du vice de procédure mentionné au point 8 ci-dessus implique que la procédure de consultation de l'autorité environnementale soit reprise et que le nouvel avis soit porté à la connaissance du public. Le vice étant régularisable, il y lieu, en application de l'article L. 600-5-1 du code de l'urbanisme, de surseoir à statuer pour permettre cette régularisation, selon les modalités précisées aux points suivants.

              19. L'illégalité des dispositions règlementaires désignant l'autorité environnementale n'ayant pas encore été corrigée, conformément à ce qui a été dit au point 10, l'avis pourra être rendu par la mission régionale de l'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable territorialement compétente, dans les conditions définies aux articles R. 122-6 à R. 122-8 et R. 122-24 du code de l'environnement.

              20. Le nouvel avis sera porté à l'information du public dans les conditions suivantes. Si l'avis de l'autorité environnementale recueilli selon les modalités précisées au point précédent diffère substantiellement de celui qui a été porté à la connaissance du public à l'occasion de l'enquête publique dont les permis de construire ont fait l'objet, une enquête publique complémentaire devra être organisée à titre de régularisation, selon les modalités prévues par les articles L. 123-14 et R. 123-23 du code de l'environnement, dans le cadre de laquelle seront soumis au public, outre l'avis recueilli à titre de régularisation, tout autre élément de nature à régulariser d'éventuels vices révélés par le nouvel avis, notamment une insuffisance de l'étude d'impact. Si aucune modification substantielle n'est apportée à l'avis, l'information du public sur le nouvel avis de l'autorité environnementale ainsi recueilli prendra la forme d'une publication sur internet, dans les conditions prévues à l'article R. 122-7 du code de l'environnement.

              21. Eu égard aux modalités de régularisation ainsi fixées, les mesures de régularisation devront être notifiées au Conseil d'Etat dans un délai de trois mois, ou de six mois en cas d'enquête publique, à compter de la présente décision. 
D E C I D E :

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Article 1er : L'arrêt de la cour administrative d'appel de Lyon du 13 mars 2018 est annulé en tant qu'il rejette les conclusions tendant à l'application des dispositions de l'article L. 600-5-1 du code de l'urbanisme et, en conséquence, en tant qu'il annule le jugement du tribunal administratif de Clermont-Ferrand du 28 juin 2013 ainsi que les arrêtés attaqués et en tant qu'il statue sur les conclusions présentées au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

Article 2 : Il est sursis à statuer sur la requête présentée par l'association " Eoliennes s'en naît trop " devant la cour administrative d'appel de Lyon jusqu'à l'expiration du délai de trois mois ou de six mois en cas d'enquête publique, à compter de la notification du présent arrêt, fixé pour la notification des mesures de régularisation prises selon les modalités mentionnées aux points 18 à 20.

Article 3 : la présente décision sera notifiée à l'association " Eoliennes s'en naît trop ", à la société MSE La Tombelle et à la ministre de la cohésion des territoires et des relations avec les collectivités territoriales.
[RJ1] Rappr., s'agissant de l'évaluation environnementale des projets prévue par la directive 2011/92/UE, CE, 6 décembre 2017, Association France Nature Environnement, n° 400559, T. pp. 499-691 ; s'agissant de l'évaluation des plans et programmes prévue par la directive 2001/42/CE du 27 juin 2001, CJUE, 20 octobre 2011, Seaport (NI) Ltd e.a., aff. C-474-10, Rec. 2011 I-10227.,,,[RJ2] Rappr., s'agissant du sursis à statuer en vue de la régularisation d'une autorisation environnementale sur le fondement de l'article L. 181-18 du code de l'environnement, CE, 27 septembre 2018, Association Danger de tempête sur le patrimoine rural et autres, n° 420119, p. 340.