Vu la procédure suivante :

              La SAS Maillard a demandé au juge des référés du tribunal administratif de Besançon d'ordonner, sur le fondement de l'article L. 521-1 du code de justice administrative, la suspension de l'exécution de l'arrêté du 4 octobre 2019 par lequel le préfet du Doubs a prononcé à son encontre, d'une part, une mise en demeure de régulariser sa situation administrative et, d'autre part, la suspension immédiate du fonctionnement de la carrière qu'elle exploite. Par une ordonnance n° 1901737 du 31 octobre 2019, le juge des référés du tribunal administratif de Besançon a suspendu l'exécution de cet arrêté en tant qu'il porte sur la partie sud du site de la Craie correspondant à la " phase 1 " du projet d'exploitation de la carrière.

              Par un pourvoi, enregistré le 20 mai 2020 au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat, la ministre de la transition écologique et solidaire demande au Conseil d'Etat :

              1°) d'annuler cette ordonnance ;

              2°) réglant l'affaire en référé, de rejeter la demande présentée par la société Maillard devant le juge des référés du tribunal administratif de Besançon.

              Vu les autres pièces du dossier ;

              Vu : 

              - le code de l'environnement ;

              - l'ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 ;

              - le code de justice administrative et le décret n° 2020-1406 du 18 novembre 2020 ;

              Après avoir entendu en séance publique :

              - le rapport de Mme Coralie Albumazard, maître des requêtes en service extraordinaire,  

              - les conclusions de M. Olivier Fuchs, rapporteur public ;

              La parole ayant été donnée, après les conclusions, à la SCP Nicolaÿ, de Lanouvelle, Hannotin, avocat de la société Maillard ;

              Vu la note en délibéré, enregistrée le 21 avril 2021, présentée par la société Maillard ;

              Considérant ce qui suit :

              1. Aux termes du premier alinéa de l'article L. 521-1 du code de justice administrative : " Quand une décision administrative, même de rejet, fait l'objet d'une requête en annulation ou en réformation, le juge des référés, saisi d'une demande en ce sens, peut ordonner la suspension de l'exécution de cette décision, ou de certains de ses effets, lorsque l'urgence le justifie et qu'il est fait état d'un moyen propre à créer, en l'état de l'instruction, un doute sérieux quant à la légalité de la décision ".

              2. Il ressort des pièces du dossier soumis au juge des référés que, par un arrêté du 29 octobre 2015, complété par un arrêté du 9 mars 2018, le préfet du Doubs a autorisé la société Maillard à exploiter une carrière de roches massives calcaires au lieu-dit " La Craie ", sur le territoire de la commune de Semondans (Doubs), après lui avoir délivré, pour ce même projet, une autorisation de dérogation au régime de protection des espèces en application de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, par un arrêté du 14 novembre 2014. Le tribunal administratif de Besançon ayant annulé ce dernier arrêté par un jugement du 21 septembre 2017 au motif qu'il était insuffisamment motivé, le préfet a délivré à la société Maillard, le 26 décembre 2017, une nouvelle autorisation de dérogation au régime de protection des espèces, laquelle a, à son tour, été annulée par un jugement, devenu définitif, du même tribunal administratif en date du 4 juillet 2019, au motif que la dérogation accordée n'était pas justifiée par une raison impérative d'intérêt public majeur au sens de l'article L. 411-2 du code de l'environnement. Par un arrêté du 4 octobre 2019, le préfet du Doubs a, en application de l'article L. 171-7 du code de l'environnement, d'une part, mis la société Maillard en demeure de régulariser sa situation administrative, soit en cessant son activité, soit en déposant une nouvelle demande d'autorisation environnementale pour tenir compte de l'annulation de la dérogation au régime de protection des espèces et, d'autre part, suspendu le fonctionnement de la carrière exploitée par cette société jusqu'à ce qu'il ait été statué sur la régularisation demandée. La ministre de la transition écologique et solidaire se pourvoit en cassation contre l'ordonnance du 31 octobre 2019 par laquelle le juge des référés du tribunal administratif de Besançon a, à la demande de la société Maillard, suspendu l'exécution de cet arrêté en tant qu'il porte sur la partie sud du site de la Craie correspondant à la " phase 1 " du projet d'exploitation de la carrière.

              Sur le pourvoi :

              En ce qui concerne le non-lieu à statuer et la fin de non-recevoir :

              3. En premier lieu, il ne ressort pas des pièces de la procédure qu'à la date de la présente décision, le tribunal administratif de Besançon se soit prononcé sur les conclusions de la société Maillard tendant à l'annulation de l'arrêté litigieux. Par suite, les conclusions du pourvoi en cassation introduit par la ministre de la transition écologique et solidaire contre l'ordonnance par laquelle le juge des référés du même tribunal a ordonné, sur le fondement des dispositions de l'article L. 521-1 du code de justice administrative précitées, la suspension de l'exécution de cet arrêté, conservent leur objet.

              4. En second lieu, aux termes du premier alinéa de l'article R. 751-8 du code de justice administrative : " Lorsque la notification d'une décision du tribunal administratif ou de la cour administrative d'appel doit être faite à l'Etat, l'expédition est adressée au ministre dont relève l'administration intéressée au litige. Copie de la décision est adressée au préfet ainsi que, s'il y a lieu, à l'autorité qui assure la défense de l'Etat devant la juridiction ". Si le deuxième alinéa de cet article prévoit que, lorsque la décision est rendue sur une demande présentée, en application du code général des collectivités territoriales, par le préfet ou lorsqu'elle émane d'un tribunal administratif statuant dans l'une des matières mentionnées à l'article R. 811-10-1, la notification est adressée au préfet, cette dérogation n'est susceptible de s'appliquer, conformément à l'objet de l'article R. 811-10-1, que lorsque la décision du tribunal administratif est susceptible de faire l'objet d'un appel. En application de l'article L. 523-1 du même code, les décisions rendues sur le fondement de l'article L. 521-1 du même code sont rendues en dernier ressort et ne sont donc susceptibles que d'un pourvoi en cassation devant le Conseil d'Etat, où seul le ministre et non le préfet peut représenter l'Etat. Par suite, la notification des décisions rendues par le tribunal administratif en application de l'article L. 521-1 doit être adressée au ministre dont relève l'administration intéressée au litige.

              5. Il ressort des pièces du dossier de la procédure que l'ordonnance du juge des référés du tribunal administratif de Besançon du 31 octobre 2019, si elle a été notifiée au préfet du Doubs, n'a pas été notifiée à la ministre de la transition écologique et solidaire. En outre, ces mêmes pièces ne permettent pas d'établir la date à laquelle la ministre en aurait eu connaissance. Par suite, le délai de recours n'a pas couru et le pourvoi de la ministre, enregistré au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat le 20 mai 2020, n'est pas tardif.

              En ce qui concerne les moyens dirigés contre l'ordonnance attaquée :

              6. Aux termes de l'article R. 742-2 du code de justice administrative : " Les ordonnances mentionnent le nom des parties, l'analyse des conclusions ainsi que les visas des dispositions législatives ou réglementaires dont elles font application. (...) ".

              7. Il ressort des pièces du dossier soumis au juge des référés que le préfet du Doubs a produit un mémoire en défense le 24 octobre 2019 concluant au rejet de la requête de la société Maillard et de ses conclusions présentées au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Faute de faire état de ces conclusions dans ses visas ou dans sa motivation, l'ordonnance attaquée méconnaît les exigences de l'article R. 742-2 du code de justice administrative précité et est, pour ce motif, entachée d'irrégularité. Par suite, et sans qu'il soit besoin d'examiner les autres moyens du pourvoi, la ministre de la transition écologique et solidaire est fondée à demander l'annulation de l'ordonnance qu'elle attaque.

              8. Il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de statuer sur la demande de suspension en application des dispositions de l'article L. 821-2 du code de justice administrative.

              Sur la demande en référé formée contre l'arrêté préfectoral du 4 octobre 2019 :

              En ce qui concerne l'intervention de l'association des opposants à la carrière de Semondans :

              9. L'association des opposants à la carrière de Semondans justifie d'un intérêt suffisant au maintien de l'arrêté litigieux. Ainsi, son intervention est recevable.

              En ce qui concerne l'existence d'un moyen propre à créer un doute sérieux sur la légalité de l'arrêté attaqué :

              10. Par l'arrêté en litige, le préfet du Doubs, après avoir considéré que l'annulation de la dérogation au régime de protection des espèces dont la société Maillard était titulaire faisait obstacle à la poursuite de l'exploitation de la carrière litigieuse et rendait nécessaire, a minima, une modification de l'autorisation d'exploitation, a mis en demeure la société Maillard de régulariser sa situation administrative, soit en cessant son activité, soit en déposant une nouvelle demande d'autorisation environnementale pour tenir compte de l'annulation de la dérogation au régime des espèces protégées, et, dans l'attente, a suspendu l'exploitation de la carrière. . 

              11. D'une part, aux termes de l'article L. 511-1 du code de l'environnement relatif aux installations classées pour la protection de l'environnement : " Sont soumis aux dispositions du présent titre les usines, ateliers, dépôts, chantiers et, d'une manière générale, les installations exploitées ou détenues par toute personne physique ou morale, publique ou privée, qui peuvent présenter des dangers ou des inconvénients soit pour la commodité du voisinage, soit pour la santé, la sécurité, la salubrité publiques, soit pour l'agriculture, soit pour la protection de la nature, de l'environnement et des paysages, soit pour l'utilisation rationnelle de l'énergie, soit pour la conservation des sites et des monuments ainsi que des éléments du patrimoine archéologique. / Les dispositions du présent titre sont également applicables aux exploitations de carrières au sens des articles L. 100-2 et L. 311-1 du code minier ". Aux termes de l'article L. 512-1 du même code : " Sont soumises à autorisation les installations qui présentent de graves dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés à l'article L. 511-1. / L'autorisation, dénommée autorisation environnementale, est délivrée dans les conditions prévues au chapitre unique du titre VIII du livre Ier ".

              12. Par ailleurs, aux termes de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, relatif à la protection des espèces naturelles : " I. - Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : / (...) 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : (...) / c) Dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d'autres raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement (...) ".

              13. D'autre part, aux termes de l'article L. 181-1 du code de l'environnement : " L'autorisation environnementale, dont le régime est organisé par les dispositions du présent livre ainsi que par les autres dispositions législatives dans les conditions fixées par le présent titre, est applicable aux activités, installations, ouvrages et travaux suivants, lorsqu'ils ne présentent pas un caractère temporaire / : (...) 2° Installations classées pour la protection de l'environnement mentionnées à l'article L. 512-1. (...) ". Aux termes de l'article L. 181-2 du même code : " I. - L'autorisation environnementale tient lieu, y compris pour l'application des autres législations, des autorisations, enregistrements, déclarations, absences d'opposition, approbations et agréments suivants, lorsque le projet d'activités, installations, ouvrages et travaux relevant de l'article L. 181-1 y est soumis ou les nécessite : / (...) 5° Dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats en application du 4° de l'article L. 411-2 ; (...) ". L'article L. 181-3 de ce code prévoit notamment que " l'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent également : / (...) 4° Le respect des conditions, fixées au 4° de l'article L. 411-2, de délivrance de la dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, des espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, lorsque l'autorisation environnementale tient lieu de cette dérogation ; (...) ". Aux termes de l'article L. 181-12 du même code : " L'autorisation environnementale fixe les prescriptions nécessaires au respect des dispositions des articles L. 181-3 et L. 181-4. (...) ". Enfin, aux termes de l'article L. 181-14 de ce code : " Toute modification substantielle des activités, installations, ouvrages ou travaux qui relèvent de l'autorisation environnementale est soumise à la délivrance d'une nouvelle autorisation, qu'elle intervienne avant la réalisation du projet ou lors de sa mise en oeuvre ou de son exploitation. (...) L'autorité administrative compétente peut imposer toute prescription complémentaire nécessaire au respect des dispositions des articles L. 181-3 et L. 181-4 à l'occasion de ces modifications, mais aussi à tout moment s'il apparaît que le respect de ces dispositions n'est pas assuré par l'exécution des prescriptions préalablement édictées ". Ces dispositions, applicables depuis le 1er mars 2017, résultent de l'ordonnance du 26 janvier 2017 relative à l'autorisation environnementale, dont l'article 15 prévoit notamment que : " 1° Les autorisations délivrées au titre (...) du chapitre II du titre Ier du livre V du code de l'environnement dans leur rédaction antérieure à la présente ordonnance (...) sont considérées comme des autorisations environnementales relevant du chapitre unique du titre VIII du livre Ier de ce code, avec les autorisations, enregistrements, déclarations, absences d'opposition, approbations et agréments énumérés par le I de l'article L. 181-2 du même code que les projets ainsi autorisés ont le cas échéant nécessités ; les dispositions de ce chapitre leur sont dès lors applicables, notamment lorsque ces autorisations sont contrôlées, modifiées, abrogées, retirées, renouvelées, transférées, contestées ou lorsque le projet autorisé est définitivement arrêté et nécessite une remise en état ".

              14. Enfin, aux termes de l'article L. 171-7 du code de l'environnement : " Indépendamment des poursuites pénales qui peuvent être exercées, lorsque des installations ou ouvrages sont exploités, des objets et dispositifs sont utilisés ou des travaux, opérations, activités ou aménagements sont réalisés sans avoir fait l'objet de l'autorisation, de l'enregistrement, de l'agrément, de l'homologation, de la certification ou de la déclaration requis en application des dispositions du présent code, ou sans avoir tenu compte d'une opposition à déclaration, l'autorité administrative compétente met l'intéressé en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu'elle détermine. / Elle peut édicter des mesures conservatoires et suspendre le fonctionnement des installations et ouvrages ou la poursuite des travaux, opérations ou activités jusqu'à ce qu'il ait été statué sur la déclaration ou sur la demande d'autorisation, d'enregistrement, d'agrément, d'homologation ou de certification. (...) ".

              15. Il résulte de l'ensemble de ces dispositions que, lorsque la dérogation au régime de protection des espèces protégées prévue à l'article L. 411-2 du code de l'environnement et délivrée en vue de permettre l'exploitation d'une installation classée pour la protection de l'environnement, ou la partie de l'autorisation environnementale en tenant lieu, a fait l'objet d'une annulation contentieuse, il appartient au préfet de mettre en oeuvre les pouvoirs qu'il tient de l'article L. 171-7 du code de l'environnement précité en mettant l'exploitant en demeure de régulariser sa situation dans un délai qu'il détermine et, le cas échéant, en édictant des mesures conservatoires pouvant aller jusqu'à la suspension de l'exploitation de l'installation en cause jusqu'à ce qu'il ait statué sur une demande de régularisation. Saisi d'une telle demande, il lui appartient d'y statuer en tenant compte de la situation de droit et de fait applicable à la date à laquelle il se prononce, notamment en tirant les conséquences de la décision juridictionnelle d'annulation et de l'autorité de chose jugée qui s'y attache, le cas échéant en abrogeant l'autorisation d'exploiter ou l'autorisation environnementale en tenant lieu. 

              16. Dans l'hypothèse où, en raison des travaux réalisés notamment sur le fondement de la dérogation au régime de protection des espèces protégées prévue à l'article L. 411-2 du code de l'environnement avant qu'elle ne soit annulée pour un motif de fond, la situation de fait, telle qu'elle existe au moment où l'autorité administrative statue à nouveau, ne justifie plus la délivrance d'une telle dérogation, il incombe cependant au préfet de rechercher si l'exploitation peut légalement être poursuivie en imposant à l'exploitant, par la voie d'une décision modificative de l'autorisation environnementale si elle existe ou par une nouvelle autorisation environnementale, des prescriptions complémentaires. Ces prescriptions complémentaires comportent nécessairement les mesures de compensation qui étaient prévues par la dérogation annulée, ou des mesures équivalentes, mais également, le cas échéant, des conditions de remise en état supplémentaires tenant compte du caractère illégal des atteintes portées aux espèces protégées, voire l'adaptation des conditions de l'exploitation et notamment sa durée.

              17. Il résulte de l'instruction qu'à la suite de l'annulation, par le jugement du tribunal administratif du 4 juillet 2019, de la dérogation au régime de protection des espèces dont elle bénéficiait pour l'exploitation de la carrière en litige, la société Maillard a fait valoir que l'exploitation de la partie sud du site, sur 4,5 hectares, destinée à la première phase d'exploitation, ne nécessitait pas une nouvelle dérogation dès lors que cette zone ne comportait plus d'espèces protégées puisqu'elle avait été défrichée et décapée jusqu'au toit du gisement sur le fondement d'une autorisation de défrichement devenue définitive et de la dérogation alors en vigueur. Il se déduit cependant de ce qui a été dit au point précédent que cette circonstance, à la supposer établie, ne fait pas obstacle à ce que le préfet, dans l'attente que l'autorisation environnementale soit, le cas échéant, complétée, mette en oeuvre les pouvoirs qu'il tient de l'article L. 171-7 du code de l'environnement en édictant des mesures conservatoires, afin de tenir compte notamment des atteintes portées aux espèces protégées sur le fondement de la dérogation illégale, et en suspendant le fonctionnement de l'installation en cause. Par suite, les moyens tirés de ce que le préfet du Doubs aurait entaché l'arrêté litigieux, par lequel, ainsi qu'il a été dit, il s'est borné à mettre en demeure la société Maillard de régulariser la situation de l'exploitation compte tenu de l'intervention de la décision juridictionnelle annulant la dérogation au régime des espèces protégées et à suspendre, dans l'attente du dépôt d'une demande de régularisation, l'exploitation de la carrière, d'erreur de droit et d'erreur d'appréciation ne paraissent pas, en l'état de l'instruction, de nature à créer un doute sérieux sur sa légalité.

              18. Il résulte de tout ce qui précède que la société Maillard ne fait état d'aucun moyen propre à créer, en l'état de l'instruction, un doute sérieux quant à la légalité de l'arrêté qu'elle attaque. Par suite, et sans qu'il soit besoin de se prononcer sur la condition d'urgence, sa demande de suspension doit être rejetée.

              19. Les dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce qu'une somme soit mise à ce titre à la charge de l'Etat, qui n'est pas, dans la présente instance, la partie perdante. 
D E C I D E :

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Article 1er : L'ordonnance n° 1901737 du juge des référés du tribunal administratif de Besançon du 31 octobre 2019 est annulée.

Article 2 : L'intervention de l'association des opposants à la carrière de Semondans est admise.

Article 3 : La demande présentée par la société Maillard devant le juge des référés du tribunal administratif de Besançon est rejetée.

Article 4 : Les conclusions présentées par la société Maillard sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.

Article 5 : La présente décision sera notifiée à la ministre de la transition écologique, à la SAS Maillard et à l'association des opposants à la carrière de Semondans.
[RJ1] Cf., sur l'objet et les modalités d'une telle annulation ainsi que les modalités de régularisation par l'administration, CE, avis, 22 mars 2018, Association Novissen et autres, n° 415852, p. 71.,,[RJ2] Cf., sur le fait que l'annulation d'une autorisation place l'exploitant dans une situation d'exploitation sans autorisation, CE, 15 octobre 1990, Province de la Hollande septentrionale et autres, n° 80523, p. 277 ; sur les pouvoirs du préfet dans un tel cas, CE, 13 février 2012, Société Terreaux Service Varonne, n° 324829, p. 39.