Vu la procédure suivante :

              Par une requête et deux mémoires en réplique, enregistrés les 10 juin 2016, 30 mars et 3 août 2017 au secrétariat du contentieux du Conseil d'Etat, l'Association France Nature Environnement demande au Conseil d'Etat :

              1°) d'annuler pour excès de pouvoir le décret n° 2016-519 du 28 avril 2016 portant réforme de l'autorité environnementale ; 

              2°) subsidiairement, de surseoir à statuer et de renvoyer à la Cour de justice de l'Union européenne une question préjudicielle portant sur l'interprétation de l'article 3 de la directive 2001/42/CE du 27 juin 2001 ainsi que des articles 4 et 6 de la directive 2011/92/UE du 13 décembre 2011 ;

              3°) de mettre à la charge de l'Etat la somme de 3 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

              Vu les autres pièces du dossier ;

              Vu : 

              - la directive 2001/42/CE du Parlement européen et du Conseil du 27 juin 2001 ;

              - la directive 2011/92/UE du Parlement européen et du Conseil du 13 décembre 2011 ;

              - la directive 2014/52/UE du Parlement européen et du Conseil du 16 avril 2014 ;

              - le code de l'environnement ;

              - le code de l'urbanisme ;

              - le décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 ; 

              - le décret n° 2009-235 du 27 février 2009 ;

              - le décret n° 2015-1229 du 2 octobre 2015 ; 

              - les arrêts C-409/06 du 8 septembre 2010 et C-474-10 du 20 octobre 2011 de la Cour de justice de l'Union européenne ;

              - les décisions n° 360212 des 26 juin 2015 et 3 novembre 2016, n° 365876 du 26 juin 2015 et n° 400420 du 19 juillet 2007 du Conseil d'Etat statuant au contentieux;

              - le code de justice administrative ;

              Après avoir entendu en séance publique :

              - le rapport de Mme Airelle Niepce, maître des requêtes,

              - les conclusions de M. Louis Dutheillet de Lamothe, rapporteur public.

              Vu la note en délibéré, enregistrée le 15 novembre 2017, présentée par le ministre d'Etat, ministre de la transition écologique et solidaire ; 

              Vu la note en délibéré, enregistrée le 15 novembre 2017, présentée par l'association France Nature Environnement ;
1. Considérant que l'article 3 de la directive du Parlement européen et du Conseil du 27 juin 2001 relative à l'évaluation des incidences de certains plans et programmes sur l'environnement et l'article 2 de la directive du Parlement européen et du Conseil du 13 décembre 2011 concernant l'évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur l'environnement prévoient respectivement que certains plans et programmes et certains projets publics et privés, susceptibles d'avoirs des incidences notables sur l'environnement, doivent faire l'objet d'une évaluation environnementale avant leur mise en oeuvre ; 

              2. Considérant que les conclusions de l'association France Nature Environnement doivent être interprétées comme tendant à l'annulation pour excès de pouvoir du décret du 28 avril 2016 portant réforme de l'autorité environnementale, pris notamment pour l'application des articles L. 122-1 et L. 122-4 du code de l'environnement ainsi que L. 104-1 et L. 104-2 du code de l'urbanisme, en tant, d'une part, que l'article R. 122-6 du code de l'environnement, qu'il modifie, conserve au préfet de région la compétence pour procéder à l'évaluation environnementale de certains projets, d'autre part, que les articles R. 122-21 et R. 122-25 du code de l'environnement, ainsi que les articles R. 104-19, R. 104-23, R. 104-24, R. 104-28 à R. 104-31 et R. 104-33 du code de l'urbanisme, qu'il crée ou modifie, confient aux missions régionales d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable la compétence pour procéder à l'évaluation environnementale de certains projets, plans ou programmes sans assurer sa séparation fonctionnelle avec le préfet de région et les services régionaux chargés de l'environnement et, enfin, en tant qu'il prévoit, à son article 5, des dispositions transitoires maintenant temporairement les procédures d'évaluation environnementale antérieurement applicables ;

              Sur le cadre juridique applicable :

              3. Considérant, s'agissant des plans et programmes, qu'aux termes du paragraphe 3 de l'article 6 de la directive du 27 juin 2001 : " Les Etats membres désignent les autorités qu'il faut consulter et qui, étant donné leur responsabilité spécifique en matière d'environnement, sont susceptibles d'être concernées par les incidences environnementales de la mise en oeuvre de plans et programmes " ; que l'article L. 122-4 du code l'environnement, pris pour la transposition des articles 3 et 6 de cette directive, dispose, dans sa rédaction applicable en l'espèce, que : " I.- Font l'objet d'une évaluation environnementale au regard des critères mentionnés à l'annexe II à la directive 2001/42/CE du Parlement européen et du Conseil du 27 juin 2001, relative à l'évaluation des incidences de certains plans et programmes sur l'environnement, les plans, schémas, programmes et autres documents de planification susceptibles d'avoir des incidences sur l'environnement qui, sans autoriser par eux-mêmes la réalisation de travaux ou prescrire des projets d'aménagement, sont applicables à la réalisation de tels travaux ou projets : (....) / II. - L'évaluation environnementale des plans, schémas, programmes et autres documents de planification mentionnés aux articles L. 104-1 et L. 104-2 du code de l'urbanisme (...) est régie par les dispositions du chapitre IV du titre préliminaire du livre Ier du code de l'urbanisme. / (...) " ;  qu'en vertu de l'article L. 122-7 du même code, alors en vigueur : " La personne publique responsable de l'élaboration d'un plan ou d'un document transmet pour avis à une autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement le projet de plan ou de document élaboré en application de l'article L. 122-4, accompagné d'un rapport environnemental. / (...) " ; 

              4. Considérant, s'agissant des projets publics et privés, qu'aux termes du paragraphe 1 de l'article 6 de la directive du 13 décembre 2011 : " Les États membres prennent les mesures nécessaires pour que les autorités susceptibles d'être concernées par le projet, en raison de leurs responsabilités spécifiques en matière d'environnement, aient la possibilité de donner leur avis sur les informations fournies par le maître d'ouvrage et sur la demande d'autorisation. À cet effet, les États membres désignent les autorités à consulter, d'une manière générale ou cas par cas. (...) " ; que l'article  L. 122-1 du code de l'environnement, pris pour la transposition des article 2 et 6 de cette directive, dispose, dans sa rédaction applicable en l'espèce, que : " I. - Les projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements publics et privés qui, par leur nature, leurs dimensions ou leur localisation sont susceptibles d'avoir des incidences notables sur l'environnement ou la santé humaine sont précédés d'une étude d'impact.(...) / III. - Dans le cas d'un projet relevant des catégories d'opérations soumises à étude d'impact, le dossier présentant le projet, comprenant l'étude d'impact et la demande d'autorisation, est transmis pour avis à l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement. (...). / IV.- La décision de l'autorité compétente qui autorise le pétitionnaire ou le maître d'ouvrage à réaliser le projet prend en considération l'étude d'impact, l'avis de l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement et le résultat de la consultation du public (...) " ; 

              5. Considérant que la directive du 27 juin 2001 comme celle du 13 décembre 2011 ont pour finalité commune de garantir qu'une autorité compétente et objective en matière d'environnement soit en mesure de rendre un avis sur l'évaluation environnementale des plans et programmes ou sur l'étude d'impact des projets, publics ou privés, susceptibles d'avoir des incidences notables sur l'environnement, avant leur approbation ou leur autorisation, afin de permettre la prise en compte de ces incidences ; qu'eu égard à l'interprétation des dispositions de l'article 6 de la directive du 27 juin 2001 donnée par la Cour de justice de l'Union européenne dans son arrêt rendu le 20 octobre 2011 dans l'affaire C-474/10, et à la finalité identique des dispositions des deux directives relatives au rôle " des autorités susceptibles d'être concernées par le projet, en raison de leurs responsabilités spécifiques en matière d'environnement ", il résulte clairement des dispositions de l'article 6 de la directive du 13 décembre 2011 que, si elles ne font pas obstacle à ce que l'autorité publique compétente pour autoriser un projet ou en assurer la maîtrise d'ouvrage soit en même temps chargée de la consultation en matière environnementale, elles imposent cependant que, dans une telle situation, une séparation fonctionnelle soit organisée au sein de cette autorité, de manière à ce qu'une entité administrative, interne à celle-ci, dispose d'une autonomie réelle, impliquant notamment qu'elle soit pourvue de moyens administratifs et humains qui lui sont propres, et soit ainsi en mesure de remplir la mission de consultation qui lui est confiée et de donner un avis objectif sur le projet concerné ; 

              Sur les conclusions dirigées contre l'article R. 122-6 du code de l'environnement issu du décret attaqué :

              6. Considérant qu'avant l'intervention du décret attaqué, l'article R. 122-6 du code de l'environnement, pris pour l'application de l'article L. 122-1 du même code précité, désignait comme autorité compétente de l'Etat en matière d'environnement soit le ministre chargé de l'environnement, soit la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD), soit le préfet de région, selon le type de projet concerné ; que le 1° de l'article 1er du décret attaqué a modifié les dispositions de l'article R. 122-6 du code de l'environnement afin de désigner en cette même qualité, désormais dénommée " autorité environnementale ", à son III, " la mission régionale d'autorité environnementale du CGEDD de la région sur le territoire de laquelle le projet de travaux, d'ouvrages ou d'aménagement doit être réalisé " pour les projets énumérés qui ne relèvent ni de la désignation du ministre chargé de l'environnement en cette même qualité en vertu de son I, ni de celle de la formation d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable en vertu de son II ;  

              7. Considérant, que ce même 1° de l'article 1er du décret attaqué a cependant maintenu, au nouveau IV du même article R. 122-6 du code de l'environnement, la désignation du préfet de région sur le territoire de laquelle le projet de travaux, d'ouvrage ou d'aménagement doit être réalisé, en qualité d'autorité compétente de l'Etat en matière d'environnement, pour tous les projets autres que ceux pour lesquels une autre autorité est désignée par les I, II et III du même article ; que pour autant, ni le décret attaqué, ni aucune autre disposition législative ou réglementaire n'a prévu de dispositif propre à garantir que, dans les cas où le préfet de région est compétent pour autoriser le projet, en particulier lorsqu'il agit en sa qualité de préfet du département où se trouve le chef-lieu de la région en vertu de l'article 7 du décret précité du 29 avril 2004, ou dans les cas où il est en charge de l'élaboration ou de la conduite du projet au niveau local, la compétence consultative en matière environnementale soit exercée par une entité interne disposant d'une autonomie réelle à son égard, conformément aux exigences rappelées au point 5 ; que, ce faisant, les dispositions du 1° de l'article 1er du décret attaqué ont méconnu les exigences découlant du paragraphe 1 de l'article 6 de la directive du 13 décembre 2011 ; qu'elles doivent donc être annulées en tant que l'article R. 122-6 du code de l'environnement qu'elles modifient conserve au préfet de région la compétence pour procéder à l'évaluation environnementale de certains projets ; 

              Sur les conclusions dirigées contre les articles R. 122-21 et R. 122-25 du code de l'environnement et les articles R. 104-19, R. 104-23, R. 104-24, R. 104-28 à R. 104-31 et R. 104-33 du code de l'urbanisme issus du décret attaqué :

              8. Considérant que le III de l'article R. 122-6 et le III de l'article R. 122-17 du code de l'environnement, dans leur rédaction issue de l'article 1er du décret attaqué, ainsi que l'article R. 104-21 du code de l'urbanisme, dans sa rédaction issue de l'article 2 du même décret, désignent la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable comme autorité environnementale pour l'évaluation de certains projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements, de certains plans, schémas, programmes et autres documents de planification, et de certains documents d'urbanisme ; 

              9. Considérant que l'article 3 du décret du 2 octobre 2015 relatif au Conseil général de l'environnement et du développement durable, tel que modifié par le 1° de l'article 3 du décret attaqué, dispose notamment que : " Les missions régionales d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable exercent les attributions de l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement fixées au III de l'article R. 122-6 et au III de l'article R. 122-17 du code de l'environnement et à l'article R. 104-21 du code de l'urbanisme. / Dans chaque région, la mission régionale bénéficie de l'appui technique d'agents du service régional chargé de l'environnement dans les conditions fixées à l'article R. 122-25 du code de l'environnement " ; que l'article 11 du même décret, dans sa rédaction issue du 2° de l'article 3 du décret attaqué, prévoit pour sa part que : " La formation d'autorité environnementale est composée de membres du conseil, permanents ou associés, désignés par le ministre chargé de l'environnement en raison de leurs compétences en matière d'environnement, sur proposition du vice-président formulée après concertation avec le commissaire général au développement durable et avis du bureau. (...) / Les missions régionales d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable sont composées, chacune, de membres permanents du conseil et de membres associés, désignés dans les conditions fixées au premier alinéa. Les membres associés, au nombre de deux dans les régions métropolitaines à l'exception de la Corse, et au nombre de un en Corse et dans les régions d'outre-mer, sont choisis en raison de leurs compétences en matière d'environnement et de leur connaissance des enjeux environnementaux de la région concernée. Dans chaque mission régionale, les membres permanents sont en nombre au moins égal à celui des membres associés. Des membres suppléants peuvent être désignés dans les mêmes conditions. / Au sein de chaque mission régionale, un président, choisi parmi ses membres permanents, est désigné dans les mêmes conditions qu'au premier alinéa. En cas de partage des voix, sa voix est prépondérante. / Les autres règles relatives aux délibérations des missions régionales, notamment de quorum, sont fixées par le règlement intérieur mentionné à l'article 16. / Le président de la formation d'autorité environnementale s'assure du bon exercice de la fonction d'autorité environnementale mentionnée à l'article 3 " ; 

              10. Considérant, par ailleurs, que l'article R. 122-25 du code de l'environnement, tel que créé par le 6° de l'article 1er du décret attaqué, dispose que : " Dans chaque région, la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable bénéficie de l'appui technique d'agents du service régional chargé de l'environnement selon les modalités prévues aux articles R. 122-17 et suivants du présent code et R. 104-19 et suivants du code de l'urbanisme. Pour l'exercice de cet appui, par dérogation à l'article 2 du décret n° 2009-235 du 27 février 2009 relatif à l'organisation et aux missions des directions régionales de l'environnement, de l'aménagement et du logement, à l'article 14 du décret n° 2010-687 du 24 juin 2010 relatif à l'organisation et aux missions des services de l'Etat dans la région et les départements d'Ile-de-France et à l'article 5 du décret n° 2010-1582 du 17 décembre 2010 relatif à l'organisation et aux missions des services de l'Etat dans les départements et les régions d'outre-mer, à Mayotte et à Saint-Pierre-et-Miquelon, les agents de ce service sont placés sous l'autorité fonctionnelle du président de la mission régionale d'autorité environnementale " ;

              11. Considérant, enfin, que l'article R. 122-21 du code de l'environnement dans sa rédaction issue du 5° de l'article 1er du décret attaqué, prévoit que : " I. - La personne publique responsable de l'élaboration ou de l'adoption du plan, schéma, programme ou document de planification transmet pour avis à l'autorité définie au III de l'article R. 122-17 le dossier comprenant le projet de plan, schéma, programme ou document de planification, le rapport environnemental ainsi que les pièces et avis exigés par les législations et réglementations applicables et qui ont été rendus à la date de la saisine. Lorsque l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement est la mission régionale d'autorité environnementale, ces éléments sont transmis au service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) qui prépare et met en forme toutes les informations nécessaires pour que la mission régionale puisse rendre son avis. / II.  (...) Lorsque la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente, le service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) consulte le directeur général de l'agence régionale de santé. / (...) " ; que les articles R. 104-23 et R. 104-24, R. 104-28 à R. 104-31 et R. 104-33 du code de l'urbanisme, dans leur rédaction issue de l'article 2 du même décret, prévoient de manière similaire que lorsque la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable est compétente, le service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) instruit le dossier, prépare et met en forme toutes les informations nécessaires pour que la mission régionale d'autorité environnementale puisse rendre son avis ;

              12. Considérant qu'il résulte de ces dispositions que, d'une part, la mission régionale d'autorité environnementale est une entité administrative de l'Etat, dont les membres sont nommés à raison de leurs compétence en matière d'environnement et de leur connaissance spécifique des enjeux environnementaux de la région concernée, séparée de l'autorité compétente pour autoriser un projet ou en assurer la maîtrise d'ouvrage ou de l'autorité en charge de l'élaboration d'un plan ou programme ou d'un document d'urbanisme et qui dispose d'une liberté de décision pour exercer sa mission consultative d'autorité environnementale ; que, d'autre part, si elle s'appuie à cette fin sur le " service régional chargé de l'environnement (appui à la mission régionale d'autorité environnementale) " pour l'instruction des demandes d'avis, constitué, en vertu des articles 1er et 2 du décret du 27 février 2009 précité, au sein de la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement, qui exerce ses missions sous l'autorité du préfet de région, il résulte des dispositions précitées que le service ainsi spécialement désigné pour l'appui à la mission régionale d'autorité environnementale doit disposer de moyens humains et administratifs dédiés à cette mission ; qu'enfin, il résulte également des dispositions précitées que ce service est placé sous l'autorité fonctionnelle du président de la mission régionale d'autorité environnementale pour l'exercice de cette mission ; que la mission régionale d'autorité environnementale doit être regardée, dans ces conditions, comme disposant d'une autonomie réelle, la mettant en mesure de remplir la mission de consultation qui lui est confiée et de donner un avis objectif sur les projets, plans et programmes qui lui sont soumis ; que, par suite, le moyen tiré de ce que les dispositions des articles R. 122-21 et R. 122-25 du code de l'environnement et les articles R. 104-19, R. 104-23, R. 104-24, R. 104-28 à R. 104-31 et R. 104-33 du code de l'urbanisme, dans leur rédaction issue du décret attaqué, méconnaitraient la directive du 27 juin 2001 ou la directive du 13 décembre 2011 doit être écarté ;

              Sur les conclusions dirigées contre l'article 5 du décret attaqué :

              13. Considérant que l'article 5 du décret attaqué dispose que : " Le présent décret s'applique aux demandes d'avis et d'examen au cas par cas présentées à l'autorité de l'Etat compétente en matière d'environnement au titre du III de l'article L. 122-1, des articles L. 122-7 et R. 122-18 du code de l'environnement et L. 104-6 et R. 104-30 du code de l'urbanisme à compter de l'entrée en vigueur du présent décret. Toutefois, les demandes qui, en vertu du présent décret, relèvent de la compétence de la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable demeurent régies par les dispositions en vigueur antérieurement à l'intervention du présent décret, lorsqu'elles ont été déposées avant qu'aient été nommés au sein de la formation régionale compétente au moins quatre membres en métropole et deux dans les départements et régions d'outre-mer et en Corse" ; que l'association requérante demande l'annulation de cet article en tant qu'il diffère à une date non déterminée l'entrée en vigueur des dispositions désignant la mission régionale d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable comme autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement ;

              14. Considérant que, par sa décision n° 365876 du 26 juin 2015, le Conseil d'Etat statuant au contentieux a annulé les dispositions des alinéas 1 à 7 de l'article R. 121-15 du code de l'urbanisme issues de l'article 3 du décret du 23 août 2012 relatif à l'évaluation environnementale des documents d'urbanisme, en tant qu'elles désignent l'autorité administrative de l'État compétente en matière d'environnement pour l'élaboration du chapitre individualisé du schéma de cohérence territoriale valant schéma de mise en valeur de la mer et la mise en compatibilité d'office par le préfet du plan local d'urbanisme ou du schéma de cohérence territoriale avec des documents supérieurs ; que, par ailleurs, postérieurement à l'intervention du décret attaqué, il a, par sa décision n° 400420 du 19 juillet 2017, annulé les dispositions des articles R. 104-21 et R. 104-22 issus du décret du 28 décembre 2015 réitérant les dispositions annulées par la décision du 26 juin 2015 ; 

              15. Considérant que si les dispositions transitoires citées au point 13 ont pour objet de maintenir le régime de consultation en vigueur antérieurement à l'intervention du décret attaqué tant que les missions régionales d'autorité environnementale du Conseil général de l'environnement et du développement durable ne sont pas constituées, elles ne peuvent avoir pour effet de remettre en vigueur les dispositions qui étaient annulées, à la date à laquelle le décret a été pris, par l'effet des décisions du 26 juin 2015 et du 19 juillet 2017 précitées ; qu'il s'en déduit que ces dispositions transitoires ne s'appliquent pas aux demandes d'avis relatives aux plans et programmes relevant du champ des annulations mentionnées au point précédent ; que le moyen tiré de ce que le décret prévoirait une période transitoire ayant pour effet de repousser la transposition de la directive du 27 juin 2001 au-delà du délai de transposition qu'elle prévoit doit, par suite être écarté ; 

              Sur les conclusions présentées au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative : 

              16. Considérant qu'il n'y a pas lieu, dans les circonstances de l'espèce, de faire droit aux conclusions de l'association France Nature Environnement au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ; 
D E C I D E :

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Article 1er : Le 1° de l'article 1er du décret 28 avril 2016 est annulé en tant qu'il maintient, au IV de l'article R. 122-6 du code de l'environnement, la désignation du préfet de région en qualité d'autorité compétente de l'Etat en matière d'environnement.

Article 2 : Le surplus des conclusions de la requête de l'association France Nature Environnement est rejeté.

Article 3 : La présente décision sera notifiée à l'association France Nature Environnement, au Premier ministre et au ministre d'Etat, ministre de la transition écologique et solidaire.
[RJ1] Rappr., s'agissant de l'évaluation environnementale des plans et programmes visés par la directive 2001/42/CE du 27 juin 2001, CJUE, 20 octobre 2011, Seaport, C-474-10, Rec. 2011 I -10227.