LA COUR DE CASSATION, CHAMBRE COMMERCIALE, a rendu l'arrêt suivant : 
Sur le premier moyen :
Attendu, selon l'arrêt attaqué (Paris, 30 janvier 2009, n° 07/15217) que la société FC Transactions a acquis le 6 janvier 1999 un immeuble à Paris, en qualité de marchand de biens, sous le bénéfice du régime prévu par l'article 1115 du code général des impôts, s'engageant à revendre le bien dans un délai de 4 ans ; que l'administration fiscale a notifié le 5 mai 2004 une proposition de redressement à la société Gecina, venant aux droits et obligations de la société FC Transactions, à la suite d'une fusion par voie d'absorption du 24 avril 2001, au motif que l'engagement pris par l'acquéreur n'avait pas été respecté ; qu'après mise en recouvrement des impositions, et rejet de sa réclamation, la société Gecina a saisi le tribunal de grande instance d'une demande de dégrèvement des droits mis à sa charge ;
Attendu que la société Gecina fait grief à l'arrêt d'avoir rejeté sa demande, alors, selon le moyen : 
1°/ que si en principe l'opération de fusion-absorption entraîne la transmission universelle du patrimoine, les parties peuvent prévoir contractuellement dans le traité de fusion l'imputation, au plan des droits d'enregistrements, du passif de l'absorbée par priorité sur les stocks, réalisant ainsi un apport à titre onéreux constitutif d'une revente rendant exigible le droit de mutation à titre onéreux applicable aux ventes d'immeubles sauf exonération prévue par la loi ; que pour refuser l'assimilation à une opération de revente, la cour d'appel a retenu que la société Gecina, étant devenue propriétaire de l'immeuble acquis par la société FC Transaction sous le régime de l'article 1115 et s'étant substituée à cette entreprise dans toutes les obligations qu'elle avait souscrites, devait respecter l'engagement de revente dont le délai expirait le 6 janvier 2003, nonobstant les clauses du traité de fusion passé par les deux sociétés, inopposables à l'administration fiscale ; qu'en statuant comme elle l'a fait, la cour d'appel a refusé d'appliquer les dispositions du traité de fusion et a violé l'article 1134 du code civil ;
2°/ que les apports effectués à titre onéreux sont assimilés à des ventes au sens de l'article 1115 du code général des impôts ; qu'au regard des droits d'enregistrement, à due concurrence du passif de la société absorbée imputé par la volonté des parties sur les immeubles composant les stocks, il a été réalisé par la société absorbée un apport à titre onéreux constitutif d'une revente rendant exigible le droit de mutation à titre onéreux applicable aux ventes d'immeubles, sauf disposition textuelle contraire ; que pour refuser l'assimilation à une opération de revente, la cour d'appel a retenu que par fusion par voie d'absorption la société appelante a recueilli l'intégralité du patrimoine social de la société absorbée et s'est substituée à celle-ci, contrairement à ce qu'elle soutient, dans tous ses droits et obligations, en sorte qu'il ne peut dans ces conditions y avoir de vente au sens de cet article ; qu'en statuant ainsi la cour d'appel a violé l'article 1115 du code général des impôts ;
Mais attendu qu'ayant exactement retenu que par l'opération de fusion-absorption, la société Gecina avait recueilli l'intégralité du patrimoine de la société FC Transaction et s'était substituée à celle-ci dans tous ses droits et obligations, la cour d'appel a décidé à bon droit que la transmission ainsi opérée ne pouvait être assimilée à une revente au sens de l'article 1115 du code général des impôts, et que la société Gecina était tenue de respecter l'engagement de revente pris par la société FC Transactions, peu important à cet égard les stipulations du traité de fusion ; que le moyen n'est pas fondé ;
Et attendu que le second moyen ne serait pas de nature à permettre l'admission du pourvoi ;
PAR CES MOTIFS :
REJETTE le pourvoi ;
Condamne la société Gecina aux dépens ;
Vu l'article 700 du code de procédure civile, la condamne à payer au directeur général des finances publiques la somme de 1 000 euros et rejette sa demande ;
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, chambre commerciale, financière et économique, et prononcé par le président en son audience publique du sept avril deux mille dix.
MOYENS ANNEXES au présent arrêt
Moyens produits par Me Ricard, avocat aux Conseils pour la société Gecina.
PREMIER MOYEN DE CASSATION 
Il est fait grief à l'arrêt confirmatif attaqué d'avoir débouté la requérante de toutes ses demandes en décharge et restitution 
AUX MOTIFS QUE :
En application de l'article 1115 du code général des impôts, les achats effectués en qualité de marchands de biens sont exonérés des droits et taxes, à l'exception des immeubles qui supportent le droit d'enregistrement ou la taxe de publicité foncière au taux réduit de 0,6%, sous la condition que soit pris et respecté l'engagement de revendre le bien considéré dans le délai de quatre ans.
Aux termes de l'article 1840 quinquies du même code, en cas de non respect de cette dernière condition, l'acquéreur doit acquitter le montant des impositions dont la perception a été différée, augmentée du droit supplémentaire de 1 % et de l'intérêt de retard de 0, 75% par mois.
En ce qu'il institue un régime de faveur au profit du contribuable qui en revendique le bénéfice, l'article 1115 du code général des impôts doit s'interpréter strictement au regard de ses conditions de mise en oeuvre.
Et dès lors l'analyse présentée par la société GECINA qui estime que la fusion par voie d'absorption de la société FC TRANSACTION a constitué une opération au sens de cet article ne peut être entérinée.
En effet par cette opération la société appelante a recueilli l'intégralité du patrimoine social de la société absorbée et s'est substituée à celle-ci, contrairement à ce qu'elle soutient, dans tous ses droits et obligations et il ne peut dans ces conditions y avoir de vente au sens de cet article.
En ce sens comme l'a justement relevé le tribunal, la fusion-absorption se différencie ainsi de l'apport à titre onéreux dans la mesure où la transmission du patrimoine de la société absorbée à la société absorbante ne donne lieu au profit de celle-là, qui au contraire disparaît, à aucune rémunération, alors même que dans le cadre d'un apport, la société qui apporte et qui continue de vivre reçoit une rémunération de celle qui a bénéficié de l'opération.
Dès lors la société GECINA qui est devenue propriétaire de l'immeuble acquis par la société FC TRANSACTION sous le régime de l'article 1115 et qui s'est substituée à cette entreprise dans toutes les obligations qu'elle a souscrites, devait -elle respecter l'engagement de revente dont le délai expirait le 6 janvier 2003, nonobstant les clauses du traité de fusion passé par les deux sociétés, inopposables à l'administration fiscale qui, pas davantage ne peut se voir opposer au sens des articles L 80 A et B, la prise de position qui a été la sienne en 1995 concernant une autre société.
ALORS QUE si en principe l'opération de fusion-absorption entraîne la transmission universelle du patrimoine, les parties peuvent prévoir contractuellement dans le traité de fusion l'imputation, au plan des droits d'enregistrements, du passif de l'absorbée par priorité sur les stocks, réalisant ainsi un apport à titre onéreux constitutif d'une revente rendant exigible le droit de mutation à titre onéreux applicable aux ventes d'immeubles sauf exonération prévue par la loi ; que pour refuser l'assimilation à une opération de revente, la Cour d'appel a retenu que la société GECINA, étant devenue propriétaire de l'immeuble acquis par la société FC TRANSACTION sous le régime de l'article 1115 et s'étant substituée à cette entreprise dans toutes les obligations qu'elle avait souscrites, devait respecter l'engagement de revente dont le délai expirait le 6 janvier 2003, nonobstant les clauses du traité de fusion passé par les deux sociétés, inopposables à l'administration fiscale ; qu'en statuant comme elle l'a fait, la Cour d'appel a refusé d'appliquer les dispositions du traité de fusion et a violé l'article 1134 du Code civil ALORS QUE les apports effectués à titre onéreux sont assimilés à des ventes au sens de l'article 1115 du Code général des impôts ; qu'au regard des droits d'enregistrement, à due concurrence du passif de la société absorbée imputé par la volonté des parties sur les immeubles composant les stocks, il a été réalisé par la société absorbée un apport à titre onéreux constitutif d'une revente rendant exigible le droit de mutation à titre onéreux applicable aux ventes d'immeubles, sauf disposition textuelle contraire ; que pour refuser l'assimilation à une opération de revente, la Cour d'appel a retenu que par fusion par voie d'absorption la société appelante a recueilli l'intégralité du patrimoine social de la société absorbée et s'est substituée à celle-ci, contrairement à ce qu'elle soutient, dans tous ses droits et obligations, en sorte qu'il ne peut dans ces conditions y avoir de vente au sens de cet article ; qu'en statuant ainsi la cour d'appel a violé l'article 1115 du Code général des impôts.
SECOND MOYEN DE CASSATION 
Il est fait grief à l'arrêt confirmatif attaqué d'avoir débouté la requérante de toutes ses demandes relatives aux pénalités 
AUX MOTIFS QUE A titre subsidiaire la société GECINA demande que le taux de l'intérêt de retard prévu par l'article 1727 du code général des impôts soit ramené au taux légal.
Elle estime en effet qu'il est exorbitant et constitue une véritable pénalité en ce qu'il ne reflète pas la réalité économique.
Mais c'est à juste titre que l'administration fiscale observe que l'intérêt de retard a pour objet de compenser le préjudice financier subi par l'Etat en raison de l'encaissement tardif de sa créance et qu'il ne présente donc pas le caractère d'une sanction sous forme d'une pénalité relevant à ce titre de l'article 6 de la convention européenne des droits de l'Homme, 
L'article 35 de la loi de finances pour 2004 qui a permis à l'administration de procéder à la remise de l'intérêt de retard est également sans incidence dans la mesure où il ne prévoit aucune obligation à la charge de celle-ci.
Enfin l'article 29 de la loi de finances pour 2006 dont se prévaut la société appelante, qui procède à l'alignement du taux d'intérêt de retard et des taux des intérêts moratoires, prévoit expressément que le nouveau taux de 0,40 % s'applique dans les deux cas aux intérêts courant à compter du 1er janvier 2006.
ALORS QUE l'Administration a appliqué aux redressements un intérêt de retard au taux de 0,75 % par mois de retard, soit un taux annuel de 9 % ; que cette pénalité fixée par l'article 1727 du Code général des impôts revêt un caractère discriminatoire, puisque son taux est très supérieur à celui de l'intérêt légal prévu aux articles 1153 du Code civil, L208 et L209 du Livre des procédures fiscales, de sorte qu'elle aboutit à évaluer et à réparer différemment un préjudice qui devrait en principe être identique, résultant du retard de paiement et constitutif du « prix du temps », en considération de la qualité du créancier puisque l'intérêt de retard appliqué est différent, d'une part, selon qu'il s'agit d'indemniser le contribuable ou l'Etat, et, d'autre part, pour ce dernier, selon que l'impôt tardivement acquitté est recouvré par la Direction générale des impôts, en application de l'article 1727 susmentionné, ou par les comptables du Trésor sur le fondement de l'article L 209 du Livre des procédures fiscales ; Que la Cour d'appel qui, en présence d'une telle discrimination injustifiée, refuse de ramener le taux d'intérêt de retard (9%) au taux de l'intérêt légal de chacune des années considérées, et à tout le moins à un taux de 4,80 % par an, viole ensemble les articles 14 de la CEDH et 1er du premier Protocole additionnel à ladite convention.
ALORS QUE l'intérêt de retard n'ayant pas le caractère d'une pénalité et étant uniquement destiné à indemniser l'Administration de son préjudice, son montant doit être limité au taux de l'intérêt légal fixé par le pouvoir réglementaire ; que la requérante a soutenu qu'il appartenait au juge de ramener le taux de l'intérêt de retard (9%) au taux de l'intérêt de chacune des années considérées, et à tout le moins à un taux de 4,80 % par an ; qu'en se bornant à affirmer que c'est à bon droit que les premiers juges ont estimé qu'ils ne pouvaient moduler le taux de l'intérêt de retard en cause, la Cour d'appel a violé l'article 6§1 de la Convention européenne des droits de l'homme.