LA COUR DE CASSATION, CHAMBRE SOCIALE, a rendu l'arrêt suivant : 
Sur le premier moyen :
Vu les articles 2048 et 2049 du code civil, R. 1452-6 du code du travail ;
Attendu selon l'arrêt attaqué, que M. X..., engagé le 1er avril 1994 en qualité d'aide soignant au sein de l'association Villars accueil (l'association) et délégué syndical du syndicat CFDT de l'Allier depuis le 11 juin 1996, a été victime d'un accident du travail le 20 juin 1996 et déclaré inapte à son poste le 16 novembre 1998 ; qu'il a été licencié par lettre du 21 mai 2001 ; que le tribunal administratif de Clermont-Ferrand ayant, par jugement du 15 décembre 2004, annulé la décision du ministre de l'emploi et de la solidarité autorisant son licenciement, il a sollicité sa réintégration ; que M. X... ayant refusé de déférer à la mise en demeure de son employeur de se présenter à la visite de la médecine du travail, l'association a saisi le conseil de prud'hommes de Moulins pour qu'il soit ordonné au salarié de se soumettre à la visite médicale de reprise ; que celui-ci a soulevé l'incompétence de ce conseil de prud'hommes ; que lors de l'audience du 14 novembre 2005 devant le bureau de conciliation M. 
X...
 et l'association ont signé un procès-verbal de conciliation ; que par arrêt du 10 juillet 2007, la cour administrative d'appel de Lyon a rejeté le recours de l'association contre le jugement annulant l'autorisation de licenciement ; que par requête du 23 janvier 2008, M. X... et le syndicat CFDT des services santé et sociaux de l'Allier ont saisi la juridiction prud'homale pour obtenir la condamnation de l'association à leur payer diverses sommes ;
Attendu que pour dire irrecevables les demandes du salarié tendant au paiement d'une indemnité correspondant aux salaires qu'il aurait dû percevoir et aux frais directement liés au licenciement, outre un complément au titre de l'indemnité conventionnelle de licenciement et des dommages-intérêts en réparation du préjudice subi du fait du caractère abusif du licenciement, l'arrêt retient, par motifs propres et adoptés, qu'à la date de la signature du procès-verbal de conciliation aux termes duquel le salarié a expressément renoncé à son droit à réintégration, la rupture du contrat de travail, intervenue dans le cadre d'un licenciement pour cause d'inaptitude était définitive, que si, du fait du recours contre la décision d'annulation prononcée par le tribunal administratif, le salarié ne pouvait obtenir la condamnation, même à titre provisionnel de l'employeur à l'indemnisation susvisée, il était tout à fait en mesure de formuler une demande d'indemnisation, demande dérivant du même contrat et ayant un fondement révélé antérieurement, même si le conseil de prud'hommes aurait été amené à surseoir à statuer sur cette prétention, que le salarié détenait à cette date tous les éléments d'information nécessaires pour transiger, donc pour renoncer en pleine connaissance de cause à toute action à venir contre son employeur que ce soit sur l'indemnisation du licenciement ou sur le refus de réintégration, la cause des prétentions actuelles de l'appelant étant née ou révélée au moment de la transaction, et connue de l'intéressé, qui a sans équivoque renoncé à ses droits ;
Attendu cependant d'abord qu'il résulte de l'article 2048 du code civil que les transactions se renferment dans leur objet et que la renonciation qui y est faite à tous droits, actions et prétentions, s'entend de ce qui est relatif au différend qui y a donné lieu ;
Attendu ensuite que la règle de l'unicité de l'instance ne s'applique pas lorsque le fondement des prétentions nouvelles n'est né ou ne s'est révélé que postérieurement à la clôture des débats relatifs à la première procédure ;
Qu'en statuant comme elle a fait, sans avoir constaté que la transaction, qui était destinée à mettre fin à un différend opposant les parties quant à la réintégration du salarié, comportait des dispositions concernant les droits de celui-ci relatifs aux conséquences du licenciement pour cause d'inaptitude, et alors que, lors de la première instance, le salarié ne disposait pas encore d'une créance indemnitaire, certaine, liquide et exigible, et qu'il ne pouvait agir que pour mémoire, la cour d'appel a violé les textes susvisés ;
Et attendu que la cassation sur le premier moyen entraîne par voie de conséquence la cassation sur le second ; 
PAR CES MOTIFS :
CASSE ET ANNULE, dans toutes ses dispositions, l'arrêt rendu le 12 janvier 2010, entre les parties, par la cour d'appel de Riom ; remet, en conséquence, la cause et les parties dans l'état où elles se trouvaient avant ledit arrêt et, pour être fait droit, les renvoie devant la cour d'appel de Bourges ;
Condamne l'association Villars accueil aux dépens ;
Vu l'article 700 du code de procédure civile, condamne l'association Villars accueil à payer à M. X... la somme de 2 500 euros ;
Dit que sur les diligences du procureur général près la Cour de cassation, le présent arrêt sera transmis pour être transcrit en marge ou à la suite de l'arrêt cassé ;
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, chambre sociale, et prononcé par le président en son audience publique du six décembre deux mille onze.
MOYENS ANNEXES au présent arrêt.
Moyens produits par la SCP Masse-Dessen et Thouvenin, avocat aux Conseils, pour M. X... et le syndicat départemental du service de santé services sociaux de l'Allier.
PREMIER MOYEN DE CASSATION
Le moyen reproche à l'arrêt confirmatif attaqué d'AVOIR rejeté comme irrecevables les demandes de Monsieur Didier X... tendant à obtenir la condamnation de l'Association VILLARS ACCUEIL au paiement d'une indemnité correspondant aux salaires qu'il aurait du percevoir et aux frais directement liés au licenciement, outre un complément au titre de l'indemnité conventionnelle de licenciement et des dommages et intérêts en réparation du préjudice subi du fait du caractère abusif du licenciement, et de l'avoir condamné aux dépens ;
AUX MOTIFS QU'aux termes de l'article R. 1452-6 du code du travail : "Toutes les demandes liées au contrat de travail entre les mêmes parties font, qu'elles émanent du demandeur ou du défendeur, l'objet d'une seule instance. Cette règle n'est pas applicable lorsque le fondement des prétentions est né ou révélé postérieurement à la saisine du conseil de prud'hommes" ; le licenciement d'un salarié protégé, prononcé sans autorisation administrative ou malgré un refus d'autorisation administrative, est nul ; mais l'annulation, intervenue postérieurement à la notification du licenciement, sur recours hiérarchique ou par le juge administratif, d'une autorisation administrative de licenciement emporte pour le salarié un droit à réintégration et un droit à indemnisation ; aux termes de l'article L 2422-1 du code du travail (anciens L. 412-19, L. 425-3 et L. 436-3) : "Lorsque le ministre compétent annule, sur recours hiérarchique, la décision de l'inspecteur du travail autorisant le licenciement d'un salarié investi de l'un des mandats énumérés ci-après, ou lorsque le juge administratif annule la décision d'autorisation de l'inspecteur du travail ou du ministre compétent, le salarié concerné a le droit, s'il le demande dans un délai de deux mois à compter de la notification de la décision, d'être réintégré dans son emploi ou dans un emploi équivalent" ; aux termes de l'article L. 2422-4 du code du travail : "Lorsque l'annulation d'une décision d'autorisation est devenue définitive, le salarié investi d'un des mandats mentionnés à l'article L. 2422-1 a droit au paiement d'une indemnité correspondant à la totalité du préjudice subi au cours de la période écoulée entre son licenciement et sa réintégration, s'il en a formulé la demande dans le délai de deux mois à compter de la notification de la décision. L'indemnité correspond à la totalité du préjudice subi au cours de la période écoulée entre son licenciement et l'expiration du délai de deux mois s'il n'a pas demandé sa réintégration. Ce paiement s'accompagne du versement des cotisations afférentes à cette indemnité qui constitue un complément de salaire " ; cette réintégration est de droit, même si la décision d'annulation fait l'objet d'un appel (sauf sursis à exécution), mais elle n'est pas automatique dans la mesure où le salarié doit en faire expressément la demande dans le délai de deux mois ; l'indemnisation est due lorsque l'annulation de l'autorisation administrative de licenciement est devenue définitive ; la transaction ayant pour objet de mettre fin au litige résultant d'un licenciement ne peut être valablement conclue qu'une fois la rupture intervenue et définitive ; en l'espèce, lors d'une audience devant le bureau de conciliation du Conseil de Prud'hommes de Moulins, un procès-verbal de conciliation a été établi et signé en date du 14 novembre 2005 par Monsieur Didier X..., l'ASSOCIATION VILLARS ACCUEIL, le Président et le Greffier ; ce procès-verbal de "conciliation totale" énonce ainsi l'accord intervenu : " Monsieur X... indique qu'il est maintenant fonctionnaire, il ne souhaite plus aujourd'hui sa réintégration au sein de l'ASSOCIATION VILLARS ACCUEIL. Il renonce à soulever l'incompétence du Conseil de Prud'Hommes de Moulins. L'ASSOCIATION VILLARS ACCUEIL renonce à sa demande de soumettre Monsieur X... à la visite médicale de reprise prévue par la loi" ; ce procès-verbal de conciliation comporte la formule suivante : " La partie demanderesse renonce à toutes réclamations de quelque nature qu'elles soient à l'encontre de la partie défenderesse relatives tant à l'exécution qu'à la rupture du contrat de travail. L'accord intervenu vaut compte arrêté, conformément aux articles 2044 et suivants du code civil. Les parties se désistent de toutes instances et actions réciproques " ; à la date du 14 novembre 2005, Monsieur X... a expressément renoncé à son droit à réintégration, la rupture du contrat de travail intervenue dans le cadre d'un licenciement pour cause d'inaptitude notifié le 22 Mai 2001 était donc définitive ; Monsieur X... ne prétend pas à la nullité de ce procès-verbal qu'il a signé en date du 14 novembre 2005 ; le droit à indemnisation se distingue du droit à réintégration qui n'est pas subordonné au caractère définitif de l'annulation de l'autorisation administrative de licenciement ; en l'espèce, du fait d'un recours contre la décision d'annulation prononcée par le Tribunal Administratif, Monsieur X... ne pouvait obtenir la condamnation effective de l'employeur à l'indemnisation susvisée avant le 10 Juillet 2007, voire même une provision sur ce fondement ; toutefois, à la date du 14 novembre 2005, Monsieur X..., qui avait reçu préalablement notification de la décision exécutoire du Tribunal Administratif de CLERMONT-FERRAND annulant la décision autorisant son licenciement, était tout à fait en mesure de formuler une demande d'indemnisation, demande dérivant du même contrat et ayant un fondement révélé antérieurement, même si le Conseil de Prud'hommes aurait été amené à surseoir à statuer sur cette prétention jusqu'à la décision de la Cour Administrative d'Appel de LYON ; comme l'a relevé le premier juge. Monsieur X... détenait à la date du 14 novembre 2005 tous les éléments d'information nécessaire pour transiger, donc pour renoncer en pleine connaissance de cause à toute action à venir contre son employeur, que ce soit sur l'indemnisation du licenciement ou sur le refus de réintégration, la cause des prétentions actuelles de l'appelant étant née ou révélée au moment de la transaction, et connue de l'intéressé, qui a sans équivoque renoncé à ses droits ; Monsieur X... ne peut se prévaloir de la jurisprudence selon laquelle, lorsque l'employeur a licencié un salarié puis a saisi la juridiction prud'homale, puis s'est désisté avant toute demande du salarié, ni son désistement ni la règle d'unicité de l'instance ne peuvent faire obstacle au droit du salarié de contester en justice son licenciement ; tel n'est pas le cas en l'espèce ; sur ce point, les parties ne font que reprendre devant la Cour leurs prétentions et leurs moyens de première instance, sans élément nouveau ; la Cour estime que le premier juge, par des motifs pertinents qu'elle approuve, a fait une exacte appréciation des faits de la cause et du droit des parties ; le jugement sera confirmé, Monsieur X... et le syndicat départemental du service de santé et services sociaux de l'Allier seront déboutés de toutes leurs demandes ; en équité, il n'y a pas lieu à condamnation sur le fondement de l'article 700 du Code de Procédure Civile ; Monsieur X..., qui succombe au principal, sera tenue aux dépens de première instance et d'appel ;
ET AUX MOTIFS éventuellement ADOPTES QU'il apparaît que l'Association Villars Accueil et M. X..., lors d'une précédente instance qui les avait opposés devant la présente juridiction, ont signé, lors d'une séance de conciliation le 14 novembre 2005, un procès-verbal de "conciliation totale", aux termes duquel "M. X... indiquait qu'il était maintenant fonctionnaire, qu' il ne souhaitait plus aujourd'hui sa réintégration au sein de l'Association Villars Accueil, et qu'il renonçait à soulever l'incompétence du conseil de prud'hommes de Moulins" ; l'Association Villars Accueil renonçait quant à elle à sa demande tendant à ce que M. X... passât la visite médicale de reprise prévue par la loi ; et selon les mentions pré-imprimées de ce procès-verbal de transaction, les parties "se désistaient de toutes instance et actions réciproques" ; M. X... fait valoir que ce procès-verbal de transaction est intervenu au cours d'une instance engagée non par lui mais par l'Association adverse, pour obtenir qu'il se soumette à une visite médicale de reprise, après qu'il ait présenté une demande de réintégration ; qu'à la date de cette transaction, les termes de celle-ci se limitaient nécessairement aux termes de cette demande de visite médicale, dans l'attente de la décision de la cour administrative d'appel de Lyon, saisie par l'Association Villars Accueil contre le jugement du tribunal administratif de Clermont-Ferrand, ayant le 15 décembre 2004 annulé l'autorisation de le licencier ; il est rappelé que selon l'article R. 516-1 du code du travail (désormais numéroté R. 1452-6), toutes les demandes dérivant du contrat de travail entre les mêmes parties doivent, qu'elles émanent du demandeur ou du défendeur, faire l'objet d'une seule instance, à moins que le fondement des prétentions ne soit né ou ne se soit révélé que postérieurement à la saisine du conseil de prud'hommes ; M. X..., lorsqu'il a signé avec l'Association adverse le procès-verbal de transaction du 14 novembre 2005, était licencié depuis plusieurs années, puisque ce licenciement lui avait été notifié au cours de l'année 2001 ainsi qu'il l'explique ; il avait aussi déjà formulé une demande de réintégration, qu'il dit avoir présentée le 26 février 2005 ; à la date de la transaction du novembre 2005, la situation juridique des parties était fixée par le jugement du tribunal administratif du 15 décembre 2004, favorable au salarié puisqu'il annulait l'autorisation de le licencier, antérieurement accordée par le ministre ; M. X... détenait donc tous les éléments d'information nécessaire pour transiger, donc pour renoncer en pleine connaissance de cause à toute action à venir contre son employeur que ce soit sur le licenciement ou sur le refus de réintégration ; s'il est vrai que le jugement du 15 décembre 2004 n'était pas définitif, puisque frappé d'appel, il était néanmoins exécutoire, et la situation juridique des parties ne s'est pas modifiée par la suite, puisque la juridiction d'appel a en définitive rejeté le recours formé contre ce jugement ; la cause des prétentions actuelles de M. X... était donc née au moment de la transaction, et connue de l'intéressé, qui a sans équivoque renoncé à ses droits résultant d'un éventuel refus irrégulier de la réintégrer, en déclarant, selon les termes mêmes du procès-verbal du 14 novembre 2005, qu'il "ne souhaitait plus sa réintégration", et qu'il entendait mettre fin à toutes ses prétentions contre l'Association adverse fondées sur le contrat de travail ou sur les circonstances de sa rupture (les parties ayant déclaré se désister de "toutes instances et actions réciproques") ; les demandes actuelles de M. X... apparaissent donc irrecevables au vu de la transaction, qui a mis un terme définitif à toutes leurs prétentions réciproques, comme le soutient à juste raison l'Association employeuse ; ces demandes seront rejetées pour ce motif ;
ALORS QUE conformément aux dispositions des articles 2048 et 2049 du Code Civil, d'une part, les transactions se renferment dans leur objet ; que la renonciation qui y est faite à tous droits, actions et prétentions, ne s'entend que de ce qui est relatif au différend qui y a donné lieu ; que d'autre part, les transactions ne règlent que les différends qui s'y trouvent compris ; qu'il résulte du procès-verbal de conciliation du 14 novembre 2005 que Monsieur X..., ne souhaitant plus sa réintégration au sein de l'ASSOCIATION VILLARS ACCUEIL, a renoncé à cette seule demande cependant que l'Association a renoncé à soulever l'incompétence du Conseil de Prud'hommes de Moulins ; qu'en considérant que cette transaction faisait obstacle à l'action de Monsieur X... tendant à l'indemnisation du préjudice subi du fait de son licenciement, la Cour d'appel a violé les articles 2048 et 2049 du Code Civil ;
Et ALORS QUE la renonciation à un droit ne se présume pas et ne peut résulter que d'actes manifestant sans équivoque la volonté d'y renoncer ; qu'il résulte du procès-verbal de conciliation du 14 novembre 2005 que Monsieur X..., ne souhaitant plus sa réintégration au sein de l'ASSOCIATION VILLARS ACCUEIL, a uniquement renoncé à soulever l'incompétence du Conseil de Prud'hommes de Moulins ; qu'en considérant que Monsieur X... avait renoncé à ses droits tendant à l'indemnisation du préjudice subi du fait de son licenciement, la Cour d'appel a violé les articles 1134, 2048 et 2049 du Code Civil ;
ALORS QUE le procès-verbal de conciliation du 14 novembre 2005, établi dans le cadre de l'instance engagée par l'Association VILLARD ACCUEIL qui avait seule la qualité de demanderesse, mentionne que « la partie demanderesse renonce à toutes réclamations de quelque nature qu'elles soient à l'encontre de la partie défenderesse relative tant à l'exécution qu'à la rupture de son contrat de travail » ; que le Conseil de Prud'hommes a relevé que Monsieur X... avait renoncé sans équivoque à ses droits en déclarant, « selon les termes mêmes du procès-verbal du 14 novembre 2005, qu'il "ne souhaitait plus sa réintégration", et qu'il entendait mettre fin à toutes ses prétentions contre l'Association adverse fondées sur le contrat de travail ou sur les circonstances de sa rupture » ; que la Cour d'appel, adoptant les motifs des premiers juges, a dénaturé le procès-verbal de conciliation du 14 novembre 2005 en violation de l'article 1134 du Code Civil ;
ALORS en outre QUE le salarié protégé qui a été licencié en exécution d'une autorisation ultérieurement annulée ne peut solliciter l'indemnisation du préjudice subi du fait du licenciement que lorsque la décision d'annulation est devenue définitive ; que tant qu'un recours reste possible, l'existence même d'une décision définitive portant sur l'annulation de l'autorisation est incertaine et le droit du salarié de solliciter une indemnisation est éventuel ; que la Cour d'appel, qui a constaté que la décision portant sur l'annulation de l'autorisation de licenciement n'était devenu définitive qu'après l'arrêt rendu le 10 juillet 2007 par la Cour administrative d'appel tandis que le procès-verbal de conciliation avait été signé le 14 novembre 2005, à une date où le droit à indemnisation du salarié n'était éventuel a violé les articles 2048 et 2049 du Code Civil ;
ALORS enfin QUE la règle de l'unicité de l'instance ne s'applique pas lorsque le fondement des prétentions nouvelles n'est né ou ne s'est révélé que postérieurement à la clôture des débats relatifs à la première procédure ; que le salarié ne pouvait demander l'indemnisation du préjudice subi du fait de son licenciement avant qu'une décision définitive ait été rendue sur l'annulation de l'autorisation de licenciement ; que la Cour d'appel, qui a constaté que la décision n'était devenu définitive qu'après l'arrêt rendu le 10 juillet 2007 par la Cour administrative d'appel tandis que le procès-verbal de conciliation signé le 14 novembre 2005 mettait fin à l'instance engagée par l'employeur le 27 octobre 2005, mais qui a néanmoins déclaré irrecevables les demandes du salarié, a violé l'article R 1452-6 du Code du Travail (anciennement R 516-1).
SECOND MOYEN DE CASSATION
Le moyen reproche à l'arrêt attaqué d'AVOIR rejeté les demandes formées par le Syndicat Départemental du Service de Santé et Services sociaux de l'Allier ;
AUX MOTIFS QUE le syndicat départemental du service de santé et services sociaux de l'Allier sera débouté de sa demande de dommages-intérêts alors qu'il ne justifie pas de faits portant un préjudice, direct ou indirect, à l'intérêt collectif de la profession qu'il représente, et alors que toutes les demandes de Monsieur X... ont été déclarées irrecevables ;
ALORS QUE la cassation à intervenir sur le premier moyen emportera cassation par voie de conséquence de l'arrêt en ce qu'il a rejeté les demandes du syndicat départemental du service de santé et services sociaux de l'Allier et ce, en application de l'article 624 du Code de Procédure Civile.