LA COUR DE CASSATION, CHAMBRE SOCIALE, a rendu l'arrêt suivant : 
Attendu, selon l'arrêt attaqué, que M. X... a été recruté par l'association ajaccienne d'aide aux handicapés en qualité de directeur du foyer d'hébergement et du foyer d'accueil A Funtanella et a exercé cette fonction pendant vingt trois ans ; qu'à la suite d'un audit interne il a été convoqué pour un entretien préalable au licenciement; qu'eu égard à son mandat de conseiller prud'homal, l'inspection du travail, après avoir refusé l'autorisation de licenciement par une première décision du 23 août 2004, a autorisé le licenciement par décision du 22 novembre 2004 ; que, par lettre du 3 décembre 2004, M. X... a été licencié ; qu'il a formé un recours hiérarchique à l'encontre de la décision de l'inspecteur du travail qui a été rejeté le 18 mai 2005 par le ministre chargé du travail ; que cette décision a été annulée par le tribunal administratif de Bastia, selon jugement du 24 mai 2006 ; que, par arrêt du 7 mai 2008, la cour administrative d'appel de Marseille, saisie du recours formé par l'association à l'encontre du jugement, a rejeté la requête ; que M. X... a saisi le conseil de prud'hommes de Bastia le 11 septembre 2008 ;
Sur le premier moyen du pourvoi principal :
Attendu que l'association fait grief à l'arrêt de dire le licenciement nul du fait de l'annulation par la juridiction administrative de l'autorisation de licenciement alors, selon le moyen :
1°/ que l'autorisation de licencier un salarié donnée à l'employeur par l'inspecteur du travail subsiste en dépit de l'annulation par le tribunal administratif de la décision du ministre ayant confirmé cette autorisation et il n'en va autrement que si l'annulation de la décision de l'inspecteur du travail a, également, été prononcée ; que l'inspectrice du travail a autorisé le licenciement de M. X... le 22 novembre 2004 et qu'une décision ministérielle du 18 mai 2005 a rejeté le recours hiérarchique du salarié ; qu'un jugement du 24 mai 2006 du tribunal administratif de Bastia a annulé "la décision du 18 mai 2005, qui s'est substituée à celle de l'inspecteur du travail de la Corse du Sud du 22 novembre 2004" et que l'arrêt de la cour administrative d'appel de Marseille du 7 mai 2008 ayant rejeté la requête formée par l'AAAH avait énoncé que " la décision prise sur recours hiérarchique non obligatoire par le ministre du travail ne se substitue pas à la décision de l'inspecteur du travail lorsqu'elle confirmait cette dernière, que par suite, la société est fondée à soutenir que les premiers juges en estimant que la décision du ministre s'était substituée à celle de l'inspecteur du travail, ont commis une erreur de droit" ; qu'en cet état l'autorisation de licencier accordée par l'inspectrice du travail le 22 novembre 2004 subsiste ; qu'en ayant jugé le licenciement nul du fait de l'annulation de l'autorisation du 22 novembre 2004, la cour d'appel a violé ensemble l'article L. 2422-1 du code du travail, le principe de la séparation des pouvoirs, la loi des 16-24 août 1790 et le décret du 16 fructidor An III ;
2°/ que le juge judiciaire ne peut apprécier la légalité de la décision de l'inspecteur du travail ; qu'en ayant décidé que le licenciement avait été prononcé en l'absence d'autorisation "valable" de l'inspection du travail, le juge judiciaire a violé le principe de la séparation des pouvoirs, la loi des 16-24 août 1790 et le décret du 16 fructidor An III ;
Mais attendu que si la décision du ministre qui rejette un recours hiérarchique formé contre une décision d'autorisation de licenciement donnée par l' inspecteur du travail ne se substitue pas à cette dernière, l'annulation par la juridiction administrative d'une décision du ministre qui confirme celle de l'inspecteur du travail et autorise le licenciement produit les effets prévus par l'article L. 2422-4 du code du travail ; 
Et attendu que la cour d'appel a exactement décidé que l'annulation de la décision du ministre du travail emportait le droit à l'indemnité prévue par l'article L. 2422-4 du code du travail ; 
Que le moyen n'est fondé en aucune de ses branches ;
Sur le premier moyen du pourvoi incident :
Attendu que M. X... fait grief à l'arrêt de rejeter sa demande de paiement de ses congés payés pour la période postérieure au 1er juin 2004 alors, selon le moyen, que la prescription quinquennale avait été interrompue par la saisine du conseil de prud'hommes, peu important que certaines demandes n'aient été formulées pour la première fois qu'en cause d'appel ; qu'en décidant l'inverse, la cour d'appel a violé les articles L. 3245-1 du code du travail et 2277 du code civil ;
Mais attendu qu'il ne résulte ni des conclusions du salarié devant la cour d'appel ni de l'arrêt que le moyen tiré de l'interruption de la prescription par la saisine du conseil de prud'hommes a été soutenu ; que, nouveau et mélangé de fait et de droit, le moyen est irrecevable ;
Mais sur le second moyen du pourvoi principal, qui est recevable comme étant de pur droit :
Vu l'article L. 2422-4 du code du travail ;
Attendu que pour condamner l'association au paiement de l'indemnité prévue par l'article L. 2422-4 du code du travail, l'arrêt retient, au visa de ce texte, que le fait que la décision d'autorisation de licenciement de l'inspecteur du travail ait été annulée de manière définitive par la juridiction administrative d'appel selon arrêt du 7 mai 2008, soit au cours de l'exercice du mandat de conseiller prud'homme, conduit à considérer que M. X..., qui n'a pas demandé sa réintégration, est en droit de bénéficier d'une indemnité correspondant à la totalité du préjudice subi au cours de la période écoulée entre son licenciement et l'expiration du délai de deux mois suivant cette décision ;
Attendu, cependant, que, sauf sursis à exécution ordonné par la juridiction administrative, le salarié doit demander sa réintégration dans le délai de deux mois à compter de la notification du jugement annulant l'autorisation administrative de licenciement ; que, s'il ne fait pas cette demande, l'indemnité à laquelle il peut prétendre correspond à la totalité du préjudice pour la période qui s'est écoulée entre son licenciement et l'expiration du délai de deux mois susvisé, une fois l'annulation de la décision d'autorisation devenue définitive ; qu'il en résulte que la période d'indemnisation, pour M. X..., s'achevait à l'expiration du délai de deux mois à compter de la notification du jugement du tribunal administratif de Bastia ;
Qu'en statuant comme elle l'a fait, la cour d'appel a violé le texte susvisé ;
Sur le troisième moyen, pris en sa première branche, et le quatrième moyen du pourvoi incident, réunis :
Vu les articles L. 1232-1 et L. 1234-1 du code du travail ;
Attendu que, pour rejeter la demande du salarié en dommages-intérêts pour licenciement sans cause réelle et sérieuse et pour licenciement vexatoire, la cour d'appel retient que si la première décision de refus de licenciement du 23 août 2004 a considéré que le rapport d'audit était insuffisant pour établir la réalité des faits reprochés à M. X..., elle relevait toutefois un certain nombre de faits susceptibles d'être imputés à ce dernier que celui-ci a reconnus et qui pourraient constituer des fautes et que, indépendamment du conflit social qui existait, selon l'association, dans la structure associative depuis la mise en oeuvre de la réforme des 35 heures en 2002, M. X... ne démontre pas la réalité du caractère vexatoire et injurieux du licenciement prononcé à son encontre, alors qu'il ressort de la première décision de l'inspecteur du travail ayant refusé le licenciement l'existence de faits pouvant être qualifiés comme fautifs à son encontre dans le cadre de la direction de l'établissement ;
Qu'en statuant ainsi, en se fondant sur une décision de l'inspecteur du travail ayant refusé d'autoriser le licenciement du salarié et qui était étrangère à la procédure de licenciement contestée devant elle, la cour d'appel a violé les textes susvisés ;
Et sur le deuxième moyen du pourvoi incident, pris en sa première branche :
Vu l'article L. 3141-22 du code du travail ;
Attendu que, pour rejeter la demande du salarié au titre de l'indemnité compensatrice de congés payés pour la période antérieure au 1er juin 2004, l'arrêt retient que M. X... ne produit aucun élément de nature à établir qu'il n'a pas été en mesure de pouvoir exercer ses droits à congés ;
Qu'en se déterminant ainsi, sans rechercher si le salarié n'avait pas été empêché de prendre les congés payés pour la période antérieure au 1er juin 2004 par le seul effet des mises à pied conservatoires prononcées par l'employeur à partir du 18 juin 2004, la cour d'appel a privé sa décision de base légale au regard du texte susvisé ;
PAR CES MOTIFS et sans qu'il y ait lieu de statuer sur les autres griefs :
CASSE ET ANNULE, mais seulement en ce qu'il a condamné l'Association ajaccienne d'aide aux handicapés à payer à M. Daniel X... la somme de 160 000 euros au titre de l'indemnité relative au statut protecteur, en ce qu'il a rejeté les demandes de M. X... de dommages-intérêts pour licenciement sans cause réelle et sérieuse, de dommages-intérêts pour licenciement vexatoire et d'indemnité compensatrice de congés payés pour la période antérieure au 1er juin 2004, l'arrêt rendu le 31 mars 2010, entre les parties, par la cour d'appel de Bastia ; remet, en conséquence, sur ces points, la cause et les parties dans l'état où elles se trouvaient avant ledit arrêt et, pour être fait droit, les renvoie devant la cour d'appel d'Aix-en-Provence ;
Laisse à chaque partie la charge de ses propres dépens ;
Vu l'article 700 du code de procédure civile, rejette les demandes ;
Dit que sur les diligences du procureur général près la Cour de cassation, le présent arrêt sera transmis pour être transcrit en marge ou à la suite de l'arrêt partiellement cassé ;
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, chambre sociale, et signé par Mme Mazars, conseiller doyen en ayant délibéré, conformément aux dispositions de l'article 456 du code de procédure civile, en son audience publique du vingt et un septembre deux mille onze.
MOYENS ANNEXES au présent arrêt
Moyens produits au pourvoi principal la SCP Blanc et Rousseau, avocat aux Conseils, pour l'Association ajaccienne d'aide aux handicapés
PREMIER MOYEN DE CASSATION
Il est reproché à l'arrêt infirmatif attaqué d'avoir dit que le licenciement de Monsieur X... était nul du fait de l'annulation de l'autorisation du 22 novembre 2004 de l'inspection du travail, et d'avoir, par voie de conséquence, condamné l'Association Ajaccienne d'aide aux handicapés (AAAH) à payer à Monsieur X... les sommes de 16.952,15  à titre de rappel de salaires à la suite de la mise à pied à titre conservatoire, 1.289,11  à titre de rappel de salaires relatif aux jours de RTT, 160.000  à titre d'indemnité relative au statut protecteur, 55.000  à titre d'indemnité de licenciement, 31.710  à titre d'indemnité de préavis, les congés payés y afférents, 6.586,27 au titre de la liquidation du compte épargne temps, 5.854,47  au titre de la liquidation du compte congés et primes ;
Aux motifs que l'autorisation de licencier Monsieur X... avait été donnée par l'inspecteur du travail le 22 novembre 2004 ; que toutefois, si par décision du 18 mai 2005, le ministre du travail avait confirmé celle donnée par l'inspecteur du travail en accordant l'autorisation de licencier Monsieur X..., la cour administrative d'appel de Marseille, en considérant que la décision ministérielle ne se substituait pas à celle de l'inspecteur du travail, contrairement à ce qui avait été retenu par le tribunal administratif de Bastia le 24 mai 2006, avait estimé que cette procédure préalable au licenciement était entachée d'illégalité, que l'inspecteur du travail était tenu de refuser l'autorisation de licenciement de Monsieur X..., et que par conséquent, le ministre du travail ne pouvait pas confirmer une telle décision ; que sur le recours formé par l'AAAH, tant en ce qui concernait l'annulation du jugement du tribunal administratif, que la demande de Monsieur X... formée devant cette juridiction afférente à la décision de l'inspecteur du travail, la juridiction administrative d'appel avait rejeté la requête de l'intimée, de sorte qu'il devait en être déduit que le licenciement avait été prononcé en l'absence d'autorisation valable de l'inspecteur du travail ; que le jugement devait être infirmé en ce qu'il avait jugé que la procédure préalable de licenciement de l'inspecteur du travail avait été validée ;
Alors 1°) que l'autorisation de licencier un salarié donnée à l'employeur par l'inspecteur du travail subsiste en dépit de l'annulation par le tribunal administratif de la décision du ministre ayant confirmé cette autorisation et il n'en va autrement que si l'annulation de l'inspecteur du travail a, également, été prononcée ; que l'inspectrice du travail a autorisé le licenciement de Monsieur X... le 22 novembre 2004 et qu'une décision ministérielle du 18 mai 2005 a rejeté le recours hiérarchique du salarié ; qu'un jugement du 24 mai 2006 du tribunal administratif de Bastia a annulé « la décisiondu 18 mai 2005, qui s'est substituée à celle de l'inspecteur du travail de la Corse du Sud du 22 novembre 2004 » et que l'arrêt de la cour administrative d'appel de Marseille du 7 mai 2008 ayant rejeté la requête formée par l'AAAH avait avoir énoncé que « la décision prise sur recours hiérarchique non obligatoire par le ministre du travail ne se substitue pas à la décision de l'inspecteur du travail lorsqu'elle confirmait cette dernière, que par suite, la société est fondée à soutenir que les premiers juges en estimant que la décision du ministre s'était substituée à celle de l'inspecteur du travail, ont commis une erreur de droit » ; qu'en cet état l'autorisation de licencier accordée par l'inspectrice du travail le 22 novembre 2004 subsiste ; qu'en ayant jugé le licenciement nul du fait de l'annulation de l'autorisation du 22 novembre 2004, la cour d'appel a violé ensemble l'article L. 2422-1 du code du travail, le principe de la séparation des pouvoirs, la loi des 16-24 août 1790 et le décret du 16 fructidor An III ;
Alors 2°) que le juge judiciaire ne peut apprécier la légalité de la décision de l'inspecteur du travail ; qu'en ayant décidé que le licenciement avait été prononcé en l'absence d'autorisation « valable » de l'inspection du travail, le juge judiciaire a violé le principe de la séparation des pouvoirs, la loi des 16-24 août 1790 et le décret du 16 fructidor An III.
SECOND MOYEN DE CASSATION (subsidiaire)
Il est reproché à l'arrêt infirmatif attaqué d'avoir condamné l'Association ajaccienne d'aide aux handicapés à payer à Monsieur X... la somme de 160.000  à titre d'indemnité relative au statut protecteur ;
Aux motifs que Monsieur X... exerçait un mandat de conseiller prud'homal expirant le 31 décembre 2008 ; qu'au visa de l'article L. 2422-4 du code du travail, le fait que la décision d'autorisation de licenciement de l'inspecteur du travail avait été annulée définitivement par la juridiction administrative d'appel par arrêt du 7 mai 2008 conduisait à considérer que Monsieur X... qui n'avait pas demandé sa réintégration était en droit de bénéficier d'une indemnité correspondant à la totalité du préjudice subi au cours de la période écoulée entre son licenciement et l'expiration du délai de deux mois suivant cette décision ; que Monsieur X... soutenait être en droit de bénéficier sur le fondement de l'article L. 514-2 du code du travail dans sa rédaction ancienne d'une indemnité de 160.363,50  correspondant au cumul de sa rémunération mensuelle sur 30 mois, sans justifier du préjudice subi du seul fait de l'autorisation de licenciement annulée, autre que la perte de ses salaires ; que tenant au montant de la demande, au circonstances de la cause, au fait qu'il percevait un salaire mensuel brut de 5.285,05  selon le bulletin de paie de septembre 2004, au fait qu'il avait perçu depuis son licenciement des allocations journalières correspondant à la somme mensuelle de 1.500 , la cour estimait être en mesure de fixer l'indemnité réparatrice due à ce dernier à la somme de 160.000  ;
Alors que le salarié protégé dont l'annulation de la décision d'autorisation de licenciement est devenue définitive, a droit, s'il ne demande pas sa réintégration, à une indemnité correspondant au préjudice subi au cours de la période écoulée entre son licenciement et l'expiration du délai de deux mois à compter de la notification de la décision qui emporte le droit à réintégration, c'est-à-dire du jugement rendu par le tribunal administratif et non de l'arrêt confirmatif rendu par la cour administrative d'appel ; que pour condamner l'AAAH à payer à Monsieur X... 160.000  à titre du préjudice résultant de la violation de son statut protecteur, l'arrêt retient qu'il est en droit d'être indemnisé du préjudice subi entre son licenciement, et la date d'expiration du délai de deux mois courant à compter de la décision de la cour administrative d'appel du 7 mai 2008 ; qu'en statuant ainsi, alors qu'à défaut de sursis à exécution, le jugement du tribunal administratif du 24 mai 2006 annulant l'autorisation de licenciement ouvrait droit, au profit du salarié, à réintégration, la cour d'appel, qui a étendu la période d'indemnisation au-delà de la date d'expiration du délai de deux mois à compter de la notification de ce jugement, a violé l'article L. 2442-4 du code du travail.
MOYENS ANNEXES au présent arrêt
Moyens produits au pourvoi incident par la SCP Lyon-Caen, Fabiani et Thiriez, avocat aux Conseils, pour M. X...

PREMIER MOYEN DE CASSATION
Il est fait grief à l'arrêt attaqué d'AVOIR déclaré irrecevable la demande de M. X... tendant à obtenir le paiement de ses congés payés pour la période postérieure au 1er juin 2004 ;
AUX MOTIFS QUE M. X... était en droit de prétendre au titre de la période comprise entre le 1er juin 2004 et le 1er décembre 2004 à 15 jours de congés, et non 18 comme il le soutient ; qu'il résulte du bulletin de salaire de décembre 2004 qu'il a été rémunéré à titre d'indemnité compensatrice à hauteur de la somme de 2.102,20 euros correspondant à 9 jours de congés. Il est donc créditeur d'une indemnité correspondant à 6 jours de congés, soit pour la somme de 1.401,46 euros ; que toutefois, aucune demande à cette fin n'ayant été formulée par M. X... antérieurement à l'instance d'appel, c'est à dire lors des explications orales présentées devant la Cour lors de l'audience du 9 février 2010, c'est à bon droit que l'intimée fait valoir sur le fondement des dispositions de l'article 2277 du code civil dans sa rédaction antérieure à la loi du 17 juin 2008 que cette demande est couverte par la prescription quinquennale prévue par ce texte en matières de salaires et de sommes qui s'y rattachent ;
ALORS QUE la prescription quinquennale avait été interrompue par la saisine du Conseil de prud'hommes, peu important que certaines demandes n'aient été formulées pour la première fois qu'en cause d'appel ; qu'en décidant l'inverse, la Cour d'appel a violé les articles L. 3245-1 du Code du travail et 2277 du Code civil.
DEUXIEME MOYEN DE CASSATION
Il est fait grief à l'arrêt attaqué d'AVOIR débouté M. X... de sa demandes d'indemnité de congés payés pour la période antérieure au 1er juin 2004 ;
AUX MOTIFS QUE l'article L 3141-3 du Code du travail dans sa rédaction applicable antérieurement à la loi du 20 août 2008 dispose que le salarié, qui, au cours de la période de référence, justifie avoir travaillé pendant un temps équivalent à un minimum d'un mois de travail effectif a droit à un congé de deux jours et demi ouvrables par mois de travail ; qu'en l'espèce, en ce qui concerne la période de référence antérieure au 1er juin 2004, laquelle n'est pas concernée par celle au cours de laquelle la rupture du contrat de travail est intervenue, M. X... ne produit aucun élément de nature à établir qu'il n'a pas été en mesure de pouvoir exercer ses droits à congés, de telle sorte qu'il doit être débouté de sa demande d'indemnité compensatrice ;
ALORS QUE le salarié a droit à une indemnité compensatrice de congés payés non pris dès lors qu'il établit avoir été mis, par l'employeur, dans l'impossibilité de prendre ses congés ; qu'en l'espèce, il était constant et non contesté que M. X... avait été mis à pied par l'association AAAH dès le 18 juin 2004 et ce, jusqu'au 23 août 2004, date à laquelle l'inspecteur du travail avait refusé la première demande d'autorisation de licenciement formulée par l'employeur avant de faire à nouveau l'objet d'une seconde mise à pied à compter du 2 septembre 2004 et ce, jusqu'au prononcé du licenciement ; qu'en affirmant que M. X... ne démontrait pas avoir été empêché par l'employeur de prendre les congés qu'il avait acquis avant le 1er juin 2004 quand les deux mises à pied ainsi prononcées suffisaient à caractériser l'impossibilité dans laquelle il s'était trouvé de prendre ses congés du fait de son employeur, la Cour d'appel a violé l'article L. 3141-22 du Code du travail ;
ALORS, A TOUT LE MOINS, QU'en ne recherchant pas si les deux mises à pied successivement prononcées à l'encontre de M. X... ne l'avaient pas empêché de prendre ses congés, de sorte qu'il était en droit de solliciter une indemnité compensatrice de congés payés non pris, la Cour d'appel a privé sa décision de base légale au regard de l'article L. 3141-22 du Code du travail.
TROISIEME MOYEN DE CASSATION Il est fait grief à l'arrêt attaqué d'AVOIR débouté le salarié de sa demande d'indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse ;
AUX MOTIFS QUE le statut protecteur du salarié ne saurait le priver des indemnités de rupture illicite s'il est établi que le licenciement était dépourvu de cause réelle et sérieuse ; qu'il s'ensuit que la demande d'indemnisation pour rupture abusive doit être analysée au regard des faits initialement invoqués à l'encontre du salarié ; qu'il est rappelé qu'aux termes des dispositions prévues par l'article L 1332-4 du code du travail (article L 122-44 ancien), aucun fait fautif ne peut donner lieu à lui seul à l'engagement de poursuites disciplinaires au delà d'un délai de deux mois à compter du jour où l'employeur en a eu connaissance, à moins que ce fait ait donné lieu dans le même délai à l'exercice de poursuites pénales ; qu'en l'espèce, il ressort des explications et pièces produites que l'AAAH a eu connaissance du rapport d'audit au mois de mai 2004 dans lequel il était fait état de dysfonctionnements dans la direction de l'établissement et qu'une procédure préalable avec convocation pour un entretien préalable a été mise en oeuvre te 18 juin 2004 ; qu'il résulte de la lettre de convocation du 18 juin 2004 que l'entretien préalable de M. X... s'est déroulé le 28 juin 2004 de telle sorte que le délai de deux mois a couru jusqu'au 28 août 2004, mais que par décision du 23 août 2004, l'inspecteur du travail a refusé d'autoriser le licenciement de M. X..., décision qui a interrompu le délai, sans que par ailleurs, il soit établi que les faits reprochés au salarié dans sa fonction de directeur selon le rapport d'audit aient cessé alors qu'une nouvelle procédure préalable de licenciement a été mise en oeuvre le 2 septembre 2004 pour un nouvel entretien préalable qui est intervenu le 14 septembre 2004, suivi d'une lettre en date du 3 décembre 2004 par laquelle l'AAAH a finalement notifié à M. X... le licenciement autorisé par l'inspecteur du travail le 22 novembre 2004 ; qu'il résulte de ce qui précède que c'est donc à tort que l'appelant soutient que la poursuite disciplinaire qui a conduit au licenciement était couverte par la prescription de deux mois ; que la lettre du 3 décembre 2004 par laquelle l'AAAH a notifié à M. X... son licenciement à la suite de l'autorisation donnée par l'inspection du travail, reproche à l'appelant des manquements importants ayant abouti à une désorganisation totale du foyer d'hébergement ainsi qu'à une atteinte grave à la dignité des résidents à partir des faits suivants : désorganisation de l'équipe médico-soignante, désorganisation du secteur éducatif, désorganisation administrative, absence totale de management, inorganisation de la prise en charge des résidents, absence totale d'organisation du système d'information ; que ces faits font suite à la mission d'audit effectuée à la demande de l'AAAH, laquelle a effectivement fait état de diverses carences imputables à la direction de l'établissement ; qu'en outre, si la première décision de refus de licenciement du 23 août 2004 a considéré que le rapport d'audit était insuffisant pour établir la réalité des faits reprochés à M. X..., elle relevait toutefois un certain nombre de faits susceptibles d'être imputés à ce dernier que celui-ci a reconnus et qui pourraient constituer des fautes à savoir : absence de responsable spécifique attaché à l'équipe soignante, absence de point rencontre régulier et planifié entre les trois médecins de l'établissement, le secteur médico-soignant et les secteurs éducatifs, absence de formalisation des relations entre les partenaires institutionnels, absence de définition du rôle des professionnels de santé, absence de bip disponible pour les personnels du secteur médico-soignant, absentéisme important de trois infirmières insuffisamment géré, absence de protocole pour les situations d'urgence médicale, mauvaise organisation des horaires des kinésithérapeutes par rapport à la période de repas des résidents, défaut d'organisation du planning des activités des résidents le lundi matin pour la semaine, défaut de gestion du suivi du temps de présence et des absences des équipes éducatives, absence d'organisation du travail du CAT, défaut d'encadrement et de management du secteur éducatif, insuffisance de délégation du directeur pour superviser 18 personnes, au sein de l'équipe administrative, absence de procédure de gestion des dossiers résidents, absence de coordination des équipes administratives, absence de tableaux de bord de gestion de l'organisation administrative, ni de projet de gestion, absence de logistique du planning pour la cuisine, absence de réunion de direction, et des cadres, présence de conflits sérieux au sein de la direction, carences de la pré-admission et des admissions des résidents, dysfonctionnement du système d'information, prise en charge insuffisante des résidents les plus dépendants pendant le déjeuner des membres de l'équipe éducative ; que les explications produites par M. X... ne permettent pas de remettre en cause l'ensemble de ces faits ; que l'argument tendant à considérer que le temps écoulé entre le dépôt du rapport du cabinet d'audit et la mise à pied conservatoire au mois de septembre 2004 démontrerait que cette mesure n'était pas justifiée est inopérant dans la mesure où il ressort des faits que dès le mois de mars 2004, M. X... a fait l'objet d'un avertissement, puis d'une première saisine de l'inspecteur du travail en vue de son licenciement ; que de même, le fait qu'il ait sensibilisé le conseil d'administration de l'AAAH des difficultés rencontrées pour obtenir des moyens supplémentaires n'est pas suffisant pour remettre en cause un certain nombre défaits susvisés eu égard à l'activité de l'établissement, dans la mesure où l'insuffisance de moyens ne le privait pas de mettre en place des modes de gestion plus pertinents à moyens constants ; que de même, M. X... ne saurait se réfugier sur une dilution de sa responsabilité à travers les autres cadres de l'établissement compte tenu de sa qualité de directeur en principe chargé de coordonner lui-même le fonctionnement de la structure, d'autant qu'il lui est précisément reproché de ne pas avoir suffisamment déléguer ; qu'en outre, sans en minimiser l'impact sur la gestion de l'établissement et sur les difficultés rencontrées par le directeur, l'évocation par l'appelant des problèmes de management constatés dans sa fonction, tant à travers les commentaires du cabinet conseil FRED qui est intervenu dans le cadre d'une aide technique pour élaborer un projet d'établissement, qu'à partir des échanges de courriers concernant divers faits relatifs au fonctionnement de la structure (entre 1998 et 2002) démontre que cette argumentation ne porte pas sur la période des faits reprochés à M. X... en 2004 .et ne permet donc pas de remettre en cause ce qui précède ; qu'enfin, les explications de ce dernier sur le fait qu'il lui aurait été reproché d'avoir évoqué le caractère illégal des indemnités perçues par des salariés sont insuffisantes pour remettre en cause les faits qui lui sont reprochés, dont un certain nombre, selon la première décision de l'inspecteur du travail, n'ont pas été contestés, la seule lettre de salariés présentés comme non grévistes n'ayant aucun caractère probatoire ; que de telles carences constatées dans la direction d'un établissement dont l'activité consiste à prendre en charge des personnes en difficulté ne permettent pas de considérer le licenciement comme étant dépourvu de cause réelle et sérieuse ; que de plus, au regard de ce qui précède, sans méconnaître l'ancienneté de M. X... au sein de l'AAAH, et eu égard au fait qu'il est âgé de 56 ans au moment de son licenciement, la recherche d'un nouvel emploi à travers seulement trois lettres de candidature adressées au cabinet CONCILIS, à ESM CONSEIL, et à l'APF pour des postes de directeurs d'établissement n'est pas de nature à établir le préjudice spécifique résultant de sa perte d'emploi ; que de même, le fait qu'en raison de cette privation, il n'ait pas été en mesure de compléter les trimestrialités susceptibles de lui permettre de bénéficier d'une pension de retraite à taux plein ne saurait dans ces circonstances justifier une indemnité, comme le fait que le versement des allocations ASSEDIC ait pris fin en février 2008, ou encore le fait qu'il ait du souscrire a une nouvelle retraite complémentaire pour continuer à bénéficier d'une pension de retraite supérieure à celle prévue par le droit commun ;
ALORS, D'UNE PART, QUE lorsque l'autorisation de licenciement a été annulée par le juge administratif, il revient au juge prud'homal d'apprécier le caractère réel et sérieux du licenciement, lequel ne résulte pas de la seule annulation de l'autorisation donnée par l'inspecteur du travail ; que si, dans le cadre de cette appréciation, le juge prud'homal est tenu par la décision du juge administratif se prononçant sur les faits qui étaient reprochés au salarié, il ne l'est en revanche pas par l'appréciation qu'aurait pu avoir l'administration du travail de ces mêmes faits dans une décision distincte de celle ayant fait l'objet de l'annulation ; que la Cour d'appel, qui s'est bornée à statuer par référence à la première décision rendue par l'inspecteur du travail, laquelle, quoique ayant refusé le licenciement, avait retenu la matérialité d'un certain nombre de faits invoqués à l'encontre de M. X..., a violé les articles L.1234-1, L. 1234-5, L. 1234-9 et L. 1232-1 du code du travail ;
ALORS, D'AUTRE PART, QUE le salarié qui a plus de deux ans d'ancienneté et travaille pour un employeur qui occupe plus de onze salariés, a nécessairement droit, dès lors que le licenciement est sans cause réelle et sérieuse, à une indemnité dont le montant ne peut être inférieur à six mois de salaire ; qu'en affirmant que M. X... ne pouvait en tout état de cause pas prétendre à une indemnité pour licenciement sans cause réelle et sérieuse dès lors qu'il n'établissait pas le préjudice spécifique résultant de la perte de son emploi, la Cour d'appel a violé l'article L. 1235-3 du Code du travail.
QUATRIEME MOYEN DE CASSATION 
Il est fait grief à l'arrêt attaqué d'AVOIR débouté M. X... de sa demande de dommages-intérêts pour licenciement injurieux et vexatoire ;
AUX MOTIFS QU'indépendamment du conflit social qui existait, selon l'intimée, dans la structure associative depuis la mise en oeuvre de la réforme des 35 heures en 2002, M. X... ne démontre pas la réalité du caractère vexatoire et injurieux du licenciement prononcé à son encontre, alors qu'il ressort de la première décision de l'inspecteur du travail ayant refusé le licenciement l'existence de faits pouvant être qualifiés comme fautifs à son encontre dans le cadre de la direction de l'établissement ;
ALORS QUE le salarié, dont le licenciement est intervenu dans des conditions injurieuses ou vexatoires, est en droit de solliciter des dommages-intérêts même lorsque le licenciement procède d'une cause réelle et sérieuse ; qu'en déboutant le salarié de sa demande de dommages-intérêts pour licenciement injurieux et vexatoire au seul motif que des fautes auraient été commises par celui-ci, la Cour d'appel a violé l'article 1147 du Code civil.