LA COUR DE CASSATION, CHAMBRE SOCIALE, a rendu l'arrêt suivant : 
Attendu, selon l'arrêt attaqué (Versailles, 8 novembre 2011), que Mme X... a été engagée le 1er juillet 1982 par l'Association interprofessionnelle d'Eure-et-Loir pour la médecine du travail (AIDEL) en qualité de médecin du travail avec un horaire de 169 heures mensuelles ; que, le 3 octobre 2002, le Service interprofessionnel de santé au travail en Eure-et-Loir (SISTEL) venant aux droits de l'AIDEL a décidé de mettre fin à partir du 31 décembre 2002 aux vacations supplémentaires effectuées par Mme X..., représentant 10 % d'activité au-delà de l'horaire mensuel de 169 heures et 10 % de rémunération subséquente ; que la salariée a répondu à l'employeur qu'elle s'opposait à ce qu'elle considérait être une modification unilatérale du contrat de travail et de sa rémunération et a pris acte de la rupture de son contrat de travail, le 17 décembre 2002 ; qu'elle a été convoquée à un entretien préalable à un éventuel licenciement le 17 janvier 2003, l'employeur mettant en oeuvre cette procédure en consultant l'inspecteur du travail qui a refusé de l'autoriser le 30 avril 2003 ; que Mme X... a saisi la juridiction prud'homale le 27 janvier 2003 ; que le 7 décembre 2005, le conseil de prud'hommes a radié l'affaire du rôle et dit qu'elle serait rétablie sur justification de diverses diligences à la charge notamment de la salariée ; que le 13 avril 2006, le tribunal administratif a annulé la décision de refus d'autorisation du licenciement de Mme X... ; que par lettre du 29 août 2006, le SISTEL a licencié celle-ci pour faute grave ;
Sur le premier moyen :
Attendu que l'employeur fait grief à l'arrêt de dire n'y avoir lieu à péremption de l'instance, alors, selon le moyen, que la décision de radiation qui prescrit des diligences à la charge des parties est une mesure d'administration judiciaire qui, pour faire courir le délai de péremption de l'instance, doit être notifiée par lettre simple ; qu'en énonçant, pour dire que la décision de radiation du 7 décembre 2005 n'était pas une mesure d'administration judiciaire et juger, en conséquence, que la notification de cette décision par lettre simple n'avait pas fait courir le délai de péremption de l'instance, que cette décision avait ordonné aux parties d'accomplir des diligences procédurales, la cour d'appel a violé les articles 381 et 383 du code de procédure civile, ensemble l'article R. 1454-26 du code du travail ;
Mais attendu que la cour d'appel, ayant constaté l'absence de preuve de notification de la décision de radiation rendue le 7 décembre 2005, en a exactement déduit que le délai de péremption n'avait pu commencer à courir ; que le moyen n'est pas fondé ;
Sur le second moyen :
Attendu que l'employeur fait grief à l'arrêt de dire que la prise d'acte de la rupture du contrat de travail par la salariée avait produit les effets d'un licenciement nul et de le condamner au versement de diverses sommes à ce titre, alors, selon le moyen :
1°/ que l'autorité de la chose jugée par le juge de l'excès de pouvoir qui annule une décision administrative s'attache, non seulement au dispositif du jugement, mais aussi à ses motifs qui en constituent le support nécessaire ; que la cour d'appel en se fondant, pour juger que la prise d'acte de la rupture du contrat de travail produisait les effets d'un licenciement nul, sur la circonstance que le SISTEL avait mis fin de manière unilatérale aux vacations complémentaires de madame Y..., a ainsi méconnu la chose jugée du jugement du tribunal administratif d'Orléans du 13 avril 2006 annulant les refus d'autorisation de l'inspection et du ministère du travail qui avait énoncé, dans ses motifs (p. 2), que cette dernière « n'avait aucun droit au maintien de ses vacations complémentaires » et a ainsi violé l'article 1351 du code civil ;
2°/ que dans son courrier du 23 décembre 2002, le SISTEL rappelait à la salariée qu'il lui avait préalablement expliqué que le remboursement de ses frais divers était désormais sans objet du fait de son déménagement à Anet et de ce qu'elle était indemnisée de tous ses déplacements professionnels et qu'il avait simplement évoqué calmement avec cette dernière les différentes possibilités qui s'offraient à elle ; que la cour d'appel qui, pour juger que la prise d'acte de la rupture du contrat de travail produisait les effets d'un licenciement nul, a néanmoins déduit des termes de ce courrier la preuve d'une menace adressée par l'employeur de cesser de rembourser les frais de déplacement de la salariée, a ainsi dénaturé les termes clairs et précis du courrier du SISTEL du 23 décembre 2002 et, partant, a violé l'article 1134 du code civil ;
Mais attendu qu'appréciant souverainement les éléments de fait et de preuve qui lui étaient soumis et ayant constaté que la prise d'acte de la rupture du contrat de travail était antérieure à la procédure de licenciement, la cour d'appel, qui a estimé que les manquements reprochés à l'employeur étaient établis et d'une gravité suffisante, en a justement déduit que la prise d'acte de la rupture par la salariée produisait les effets d'un licenciement nul ; que le moyen n'est pas fondé ;
PAR CES MOTIFS :
REJETTE le pourvoi ;
Condamne la société Service interprofessionnel de santé au travail en Eure-et-Loir aux dépens ;
Vu l'article 700 du code de procédure civile, rejette la demande de la société Service interprofessionnel de santé au travail en Eure-et-Loir et la condamne à payer à Mme X... la somme de 2 500 euros ;
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, chambre sociale, et prononcé par le président en son audience publique du seize mai deux mille treize.
MOYENS ANNEXES au présent arrêt
Moyens produits par la SCP Potier de La Varde et Buk-Lament, avocat aux Conseils, pour la société Service interprofessionnel de santé au travail en Eure-et-Loir (SISTEL).
PREMIER MOYEN DE CASSATION 
Le SISTEL fait grief à l'arrêt attaqué d'avoir dit n'y avoir lieu à péremption de l'instance ;
AUX MOTIFS QU'aux termes de l'article R. 1452-8 du code du travail, en matière prud'homale, l'instance n'est périmée que lorsque les parties s'abstiennent d'accomplir, pendant le délai de deux ans mentionné à l'article 386 du code de procédure civile, les diligences qui ont été expressément mises à leur charge par la juridiction ; que le point de départ de ce délai commence à courir à compter de la notification de la décision du juge ; que la notification des actes en la forme ordinaire est prévue aux articles 665 à 670-3 du code de procédure civile ; que l'article 667 précise le mode de notification qui est faite sous enveloppe ou pli fermé, soit par voie postale, soit par la remise de l'acte au destinataire contre émargement ou récépissé ; que l'article 668 mentionne que la date de notification par voie postale est à l'égard de celui qui procède celle de l'expédition et à l'égard de celui à qui elle est faite, la date de la réception de la lettre ; que l'article 669 précise que la date d'expédition d'une notification faite par voie postale est celle qui figure sur le cachet du bureau d'émission ; que quant à la date de la remise, il s'agit de celle du récépissé ou de l'émargement ; que la date de réception d'une notification faite par lettre recommandée avec demande d'avis de réception est celle qui est apposée par l'administration des postes lors de la remise de la lettre à son destinataire ; qu'il ressort de ces dispositions que les seules modalités légalement prévues de notification par voie postale et de détermination de la date de réception d'une notification par cette voie, impliquent nécessairement le recours à une lettre recommandée avec accusé de réception ; que si la décision de radiation est une mesure d'administration judiciaire et qu'il est prévu à l'article R 1454-26 du code du travail que les parties sont verbalement informées des mesures d'administration judiciaire avec émargement au dossier ou par lettre simple, ces dispositions ne concernent que la seule et unique mesure de radiation ; qu'ainsi, une décision de radiation qui ne s'accompagne pas de diligences prescrites aux parties ne peut-elle faire courir le délai de péremption ; qu'en l'espèce, le conseil de prud'hommes de Versailles a décidé de radier l'affaire à l'audience du 7/12/2005 en conditionnant le rétablissement au rôle à la justification de plusieurs diligences à la charge des parties notamment de la demanderesse ; qu'or il ressort de cette décision que le jour de son prononcé Madame Y... n'était pas présente ni son conseil pour la représenter et il constant que sur cette décision figure la mention « L simple aux parties 9 12 2005 » ; que cette décision n'est donc pas une simple mesure d'administration judiciaire puisqu'elle a ordonné aux parties d'accomplir des diligences procédurales sans fixer de date pour leur réalisation ; que dès lors qu'une juridiction met à la charge d'une partie une diligence particulière en matière prud'homale, sans impartir de délai pour l'accomplir, le délai de péremption court à compter de la notification de sa décision ce qui signifie, pour que le délai de péremption commence à courir, que cette décision soit notifiée dans les formes prévues aux articles 667 à 669 précités ; que la connaissance de cette décision par Madame Y... au travers des termes de la lettre qu'elle a adressée à son avocat le 18 février 2008 ne peut pas suppléer l'absence de notification régulière par voie postale ; qu'en l'absence de preuve de notification valable de la décision rendue le 9/12/2005, le délai de péremption de l'instance n'a donc pas commencé à courir ; que c'est pourquoi la péremption d'instance soulevée par le SISTEL n'est pas acquise ; que l'exception doit être rejetée et le jugement sera donc infirmé ;
ALORS QUE la décision de radiation qui prescrit des diligences à la charge des parties est une mesure d'administration judiciaire qui, pour faire courir le délai de péremption de l'instance, doit être notifiée par lettre simple ; qu'en énonçant, pour dire que la décision de radiation du 7 décembre 2005 n'était pas une mesure d'administration judiciaire et juger, en conséquence, que la notification de cette décision par lettre simple n'avait pas fait courir le délai de péremption de l'instance, que cette décision avait ordonné aux parties d'accomplir des diligences procédurales, la cour d'appel a violé les articles 381 et 383 du code de procédure civile, ensemble l'article R. 1454-26 du code du travail.
SECOND MOYEN DE CASSATION 
Le SISTEL fait grief à l'arrêt attaqué d'avoir jugé que la prise d'acte de la rupture du contrat de travail par madame Y... avait produit les effets d'un licenciement nul et de l'avoir condamné, en conséquence, à payer à cette dernière la somme de 3.095,11 euros à titre de rappel de majoration sur les heures supplémentaires, outre les congés payés afférents, celle de 36.480,72 euros à titre d'indemnité compensatrice de préavis, outre les congés payés afférents, celle de 61.713,21 euros à titre d'indemnité conventionnelle de licenciement, et celle de 70.000 euros à titre d'indemnité sur le fondement de l'article L. 1235-3 du code du travail ;
AUX MOTIFS QUE le licenciement d'un médecin du travail est soumis au régime légal de protection prévu aux articles L. 4623-4 à L. 4623-7 du code du travail ; qu'il est admis qu'un salarié protégé y compris un médecin du travail peut prendre acte de la rupture de son contrat de travail ; que cette prise d'acte de rupture a pour effet de rompre immédiatement et irrémédiablement le contrat de travail ; que le juge judiciaire ne méconnaît pas le principe de la séparation des pouvoirs en statuant sur les effets de cette rupture, antérieure au licenciement prononcé par l'employeur sur le fondement d'une autorisation administrative, ce qui rend sans objet cette demande d'autorisation ; qu'en effet si les griefs invoqués par le salarié protégé à l'appui de sa prise d'acte ne sont pas justifiés la rupture intervenue produit les effets d'une démission, dans le cas contraire s'ils sont justifiés elle produit les effets d'un licenciement nul pour violation du statut protecteur qui est d'ordre public ; qu'en l'espèce, il est constant que madame Sylvie X... épouse Y... a pris acte de la rupture du contrat de travail par lettre du 17/12/2002, avant l'introduction de la procédure aux fins d'autorisation de licenciement et le licenciement lui-même par le SISTEL ; qu'il y a donc lieu de statuer exclusivement sur les effets de cette prise d'acte de rupture ; qu'il convient d'examiner les griefs invoqués par la salariée, étant précisé qu'elle est fondée à faire état de ceux figurant dans sa lettre de rupture et de ceux invoqués dans les conclusions soutenues à l'audience ; que pour produire les effets d'un licenciement injustifié les manquements reprochés doivent être d'une gravité suffisante pour caractériser une rupture imputable à l'employeur ; que madame Sylvie X... épouse Y... fait état tout d'abord du non paiement des heures supplémentaires et sollicite à ce titre la somme de 34.046,93 euros outre les congés payés afférents pour la période 1998 à 2002 ; qu'elle soutient que durant plusieurs années l'employeur n'a pas payé les majorations dues au titre des heures supplémentaires ; que le contrat de travail prévoyait un horaire mensuel pour un emploi à temps plein de 169 heures ; que les parties s'accordent pour reconnaître que Madame Sylvie X... épouse Y... effectuait depuis 1991 une charge de travail supplémentaire de 10 % par rapport à un médecin du travail à temps plein en contrepartie d'une rémunération de 10 % supérieure, conformément à l'accord qui avait été conclu par elles et dont le SISTEL a d'ailleurs rappelé l'existence dans sa lettre du 3/10/2002 (« nous sommes amenés à arrêter l'accord que nous avions vous permettant d'avoir un effectif supplémentaire en charge de 10 % correspondant à une rémunération complémentaire de 10 % ») ; que les bulletins de paie versés aux débats pour la période allant de janvier 1998 à novembre 2002, font apparaître d'une part une rémunération intitulée « appointements » correspondant à un horaire hebdomadaire de travail de 39 heures, puis à partir du 1/1/2002 de 35 heures et d'autre part des vacations complémentaires égales à 10 % de la rémunération de base ou « appointements » ; que ces vacations complémentaires ont nécessairement excédé la durée légale et contractuelle du travail et doivent être qualifiées d'heures supplémentaires de travail ; que conformément aux dispositions légales et conventionnelles applicables y compris l'accord cadre sur l'organisation et la durée du travail effectif intervenu dans le cadre de la convention collective du personnel des services interentreprises de médecine du travail du 20/7/1976, Madame Sylvie X... épouse Y... est fondée à demander le paiement de ces heures supplémentaires au taux majoré de salaire puisqu'elle justifie par la production des bulletins de salaires que les heures ainsi effectuées au-delà de la durée de travail ont été rémunérées sans aucune majoration ; qu'il y a lieu de faire droit à la demande de rappel de rémunération sollicitée sur la période demandée dans la limite de la majoration réclamée de 10 % et d'allouer à Madame Sylvie X... épouse Y... la somme justifiée de 3.095,11 euros outre les congés payés afférents de 309,51 euros ; que madame Sylvie X... épouse Y... fait état de la menace adressée par l'employeur de cesser de lui rembourser les frais de déplacement ; qu'elle a écrit dans la lettre de prise d'acte de rupture : « vous m'avez indiqué que dans cette éventualité (de persister à réclamer le rappel de majorations des heures supplémentaires ce qui conduirait aux prud'hommes) vous me supprimeriez l'attribution des ²frais divers d'un montant mensuel de 75 euros qui me sont versés depuis avril 1999 et cela avec effet rétroactif, soit renoncer à toute réclamation, dans ce cas, le montant de mes frais divers serait maintenu et une prime brute annuelle de 2.250 euros me serait allouée² » ; que le SISTEL a répondu par lettre du 23/12/2002 : « nous avons évoqué (avec la salariée au cours d'un entretien) ²le remboursement de frais divers dont vous bénéficiez toujours alors qu'ils n'ont plus d'objet du fait de votre déménagement à Anet et que nous vous indemnisons tous vos déplacements professionnels. Nous avons évoqué calmement avec vous les différentes options qui vous étaient offertes et la conduite que le SISTEL aurait à adopter en fonction de votre attitude sans que cela constitue le moindre chantage » ; qu'il est constant que l'article 7 du contrat de travail prévoit les conditions de remboursement des frais de déplacements professionnels ; que le SISTEL n'a pas contesté l'existence d'un accord sur l'attribution à titre de « frais divers » de la somme mensuelle de 75 euros, étant précisé que les bulletins de salaire font apparaître cette somme à partir d'avril 1999, en plus le cas échéant des indemnités kilométriques et de repas ; que les termes de la lettre du SISTEL en date du 23/12/2002, qui admet avoir évoqué les différentes options avec la salariée, ne remettent pas en cause de façon expresse l'éventualité de la suppression rétroactive sur trois années de cette indemnité comme le soutient Madame Sylvie X... épouse Y... ; que de plus l'employeur écrit qu'il adaptera sa conduite en fonction de l'attitude de la salariée, ce qui confirme qu'il envisageait cette suppression rétroactive, non pas en raison d'un changement objectif de situation de la salariée mais en réponse à la demande légitime de rappel de rémunération faite par cette dernière ; qu'au vu des ces éléments la preuve d'une menace adressée par l'employeur est caractérisée ; que l'appelante principale fait également état de la modification unilatérale du contrat de travail ; que le 3 octobre 2002, le SISTEL lui a écrit qu'il décidait de mettre fin après le 31/12/2002 à l'accord sur des vacations supplémentaires, emportant suppression de la rémunération correspondante ; que toute modification de la relation de travail quelque soit sa nature doit faire l'objet d'un accord exprès du salarié protégé préalablement à sa mise en oeuvre ; qu'en l'espèce l'employeur averti par madame Sylvie X... épouse Y..., dans sa lettre du 25/11/2002 de ce qu'elle refusait cette modification a néanmoins passé outre ce refus ; que dans la mesure, au surplus, où la réduction du temps de travail auquel le SISTEL entendait procéder induisait une diminution de la rémunération, il s'agissait effectivement d'une modification du contrat de travail à laquelle il ne pouvait procéder de façon unilatérale, à l'égard d'un salarié protégé ; que c'est pourquoi, Madame Sylvie X... épouse Y... rapporte la preuve des manquements invoqués à l'encontre du SISTEL, manquements qui sont d'une gravité suffisante pour juger que la prise d'acte de rupture du contrat de travail a produit les effets d'un licenciement nul pour violation du statut protecteur qui est d'ordre public ;
1°) ALORS QUE l'autorité de la chose jugée par le juge de l'excès de pouvoir qui annule une décision administrative s'attache, non seulement au dispositif du jugement, mais aussi à ses motifs qui en constituent le support nécessaire ; que la cour d'appel en se fondant, pour juger que la prise d'acte de la rupture du contrat de travail produisait les effets d'un licenciement nul, sur la circonstance que le SISTEL avait mis fin de manière unilatérale aux vacations complémentaires de madame Y..., a ainsi méconnu la chose jugée du jugement du tribunal administratif d'Orléans du 13 avril 2006 annulant les refus d'autorisation de l'inspection et du ministère du travail qui avait énoncé, dans ses motifs (p. 2), que cette dernière « n'avait aucun droit au maintien de ses vacations complémentaires » et a ainsi violé l'article 1351 du code civil ;
2°) ALORS QUE dans son courrier du 23 décembre 2002, le SISTEL rappelait à la salariée qu'il lui avait préalablement expliqué que le remboursement de ses frais divers était désormais sans objet du fait de son déménagement à Anet et de ce qu'elle était indemnisée de tous ses déplacements professionnels et qu'il avait simplement évoqué calmement avec cette dernière les différentes possibilités qui s'offraient à elle ; que la cour d'appel qui, pour juger que la prise d'acte de la rupture du contrat de travail produisait les effets d'un licenciement nul, a néanmoins déduit des termes de ce courrier la preuve d'une menace adressée par l'employeur de cesser de rembourser les frais de déplacement de la salariée, a ainsi dénaturé les termes clairs et précis du courrier du SISTEL du 23 décembre 2002 et, partant, a violé l'article 1134 du code civil.