LA COUR DE CASSATION, CHAMBRE SOCIALE, a rendu l'arrêt suivant : 
Sur le moyen unique : 
Attendu, selon l'arrêt attaqué (Pau,15 mai 2006), que Mme X... a été engagée par la société CDA du Sud Ouest, en septembre 1971, en qualité d'agent administratif puis élue au comité d'entreprise, en 1975, où elle occupait les fonctions de secrétaire ; que convoquée le 14 janvier 2000 à un entretien préalable, qui s'est déroulé le 19 janvier 2000, elle a été licenciée pour faute grave, le 7 juin 2000, après autorisation de l'inspecteur du travail du 7 février 2000, confirmée par le ministre, le 17 octobre 2000, puis par le tribunal administratif, par jugement du 2 décembre 2000 ; que contestant le bien-fondé de son licenciement, elle a saisi la juridiction prud'homale ; 
Attendu que la société CDA du Sud Ouest fait grief à l'arrêt d'avoir écarté l'existence d'une faute grave et de l'avoir condamnée à payer diverses indemnités à la salariée alors, selon le moyen : 
1° / que tout jugement doit être motivé à peine de nullité et le juge doit préciser la nature et l'identité des éléments de preuve sur lesquels il se fonde ; qu'en l'espèce, en se contentant, pour écarter la faute grave de Mme X..., d'affirmer qu'il ressortait " des éléments du dossier " que le système de prêts accordés par celle-ci était connu et accepté de tous, que les faits reprochés à cette salariée protégée dataient de plusieurs années et que la réalité du trouble au sein de l'entreprise n'était pas démontrée, sans indiquer la nature, ni l'identité de ces éléments de preuve sur lesquels elle prétend pourtant s'être fondée, la cour d'appel a violé les articles 455 et 458 du code de procédure civile ; 
2° / que les juges ne peuvent dénaturer les conclusions des parties ; qu'en l'espèce, dans ses écritures d'appel, la société CDA du Sud Ouest avait fait valoir, rappelant les considérants de la décision de l'inspecteur du travail du 5 juin 2000 ayant accordé l'autorisation de licenciement, que le dispositif de prêts accordés par le comité d'entreprise à des membres du personnel selon des modalités discutables et géré par Mme X..., n'était connu que de quelques personnes ; que dès lors en retenant, pour écarter la faute grave de Mme X..., invoquée comme cause de licenciement par la société CDA du Sud Ouest, que les faits qui étaient reprochés à celle-ci " étaient connus et acceptés de tous y compris de la direction ", qu'ils dataient de plusieurs années et qu'il n'était pas démontré par l'entreprise la réalité du trouble qu'ils auraient causé au sein de celle-ci, la cour d'appel, qui a dénaturé les conclusions d'appel de la société CDA du Sud Ouest, a violé l'article 4 du code de procédure civile ; 
3° / que la faute grave est celle qui rend impossible la continuation des relations de travail même pendant la durée limitée du préavis ; qu'en l'espèce, pour écarter la faute grave de Mme X..., la cour d'appel a considéré que les faits qui étaient reprochés à celle-ci, c'est-à-dire la gestion du dispositif de prêts accordés par le comité d'entreprise à des membres du personnel selon des modalités discutables, dataient de plusieurs années et ainsi retenu implicitement, mais nécessairement, que la société CDA du Sud Ouest ayant toléré les agissements de Mme X... pendant plusieurs années, elle ne pouvait pas les invoquer au soutien d'un licenciement tardif pour faute grave ; qu'en statuant ainsi, sans rechercher si, loin d'avoir toléré les faits de Mme X..., la société CDA du Sud Ouest n'avait pas souhaité licencier cette salariée pour faute grave dès avoir pris connaissance de ceux-ci, considérant, en effet, ces faits de nature à rendre impossible la continuation des relations de travail même pendant la durée du préavis et si la prétendue tolérance de la société CDA du Sud Ouest ne résultait pas de l'incontournable mise en oeuvre de la procédure spécifique de licenciement de cette salariée protégée, la société CDA du Sud Ouest ayant, en effet, dû attendre d'avoir reçu l'autorisation de licenciement de l'inspection du travail, avant de pouvoir notifier son licenciement à la salariée, ce qu'elle a d'ailleurs fait dès le 7 juin 2000, soit 2 mois à peine après avoir obtenu cette autorisation, la cour d'appel a privé sa décision de base légale au regard de l'article L. 122-6 du code du travail ; 
4° / que seuls le ou les motifs retenus par l'autorité administrative pour autoriser le licenciement disciplinaire d'un représentant du personnel peuvent justifier ce licenciement et le juge judiciaire, compétent pour apprécier si le salarié protégé a commis une faute grave ou une faute lourde ne peut examiner que les fautes retenues par l'autorité administrative ; qu'en l'espèce, et ainsi que l'avait souligné la société CDA du Sud Ouest dans ses écritures d'appel, dans son autorisation de licenciement de Mme X... en date du 5 juin 2000, l'inspecteur du travail avait conclu que cette salariée protégée s'était accordée un pouvoir de décision exorbitant et avait commis des négligences échappant au contrôle du comité d'entreprise devant lequel elle avait à rendre des comptes, qu'elle avait tiré un profit personnel de ces agissements et porté préjudice aux biens du comité d'entreprise et au fonctionnement de l'entreprise dans son ensemble ; que dès lors, ces motifs de l'autorité administrative étant ceux qui seuls pouvaient justifier le licenciement de Mme X... et que le juge judiciaire devait examiner, la cour d'appel ne pouvait écarter la faute grave de Mme X..., motif pris que la réalité du trouble au sein de l'entreprise soulevée par la société CDA du Sud Ouest n'était pas rapportée, sans violer l'article L. 425-1 du code du travail ; 
5° / que le défaut de réponse à conclusions constitue un défaut de motifs ; qu'en l'espèce, dans ses écritures d'appel, la société CDA du Sud Ouest avait minutieusement démontré le trouble objectif créé par Mme X... au sein de l'entreprise du fait de ses agissements ; que dès lors en se contentant, pour écarter la faute grave de cette salariée protégée, d'affirmer de manière péremptoire que le trouble au sein de l'entreprise n'était pas rapporté, sans répondre aux moyens déterminants de la société CDA du Sud Ouest sur ce point, la cour d'appel a privé sa décision de motifs et ainsi violé l'article 455 du code de procédure civile ; 
Mais attendu que la cour d'appel a pu retenir que les faits commis par la salariée à l'occasion de l'exercice de ses fonctions de secrétaire du comité d'entreprise n'avaient pas rendu impossible son maintien dans l'entreprise ; que le moyen n'est pas fondé ; 
PAR CES MOTIFS : 
REJETTE le pourvoi ; 
Condamne la société CDA du Sud Ouest aux dépens ; 
Vu les articles 700 du code de procédure civile et 37 de la loi du 10 juillet 1991, la condamne à payer la SCP Masse-Dessen et Thouvenin la somme de 2 500 euros à charge pour elle de renoncer à la part contributive de l'Etat ; 
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, chambre sociale, et prononcé par le président en son audience publique du dix avril deux mille huit.