Sur les deux moyens réunis, pris en leur première branche :
Vu les articles L. 711-1, R. 711-1 8° du code de la sécurité sociale, ensemble l'article 16-I de la loi n° 2004-803 du 9 août 2004 et l'article 1-I-1° et 3° du décret n° 2004-1354 du 10 décembre 2004 ;
Attendu qu'il résulte de la combinaison de ces textes que la charge des prestations en espèces consécutives à la reconnaissance du caractère professionnel d'une maladie contractée par un salarié de la société EDF incombe à l'organisation spéciale de sécurité sociale de cette société, gérée par la Caisse nationale des industries électriques et gazières (CNIEG) ;
Attendu, selon l'arrêt attaqué, que Jacques X..., agent statutaire EDF, est décédé, le 9 mai 1992, des suites d'une maladie dont le caractère professionnel n'a pas été contesté ; que, par décisions du 2 août  1994, le régime spécial de sécurité sociale des industries électriques et gazières a fixé le taux d'incapacité de la victime à 100 %, a attribué à celle-ci rétroactivement une rente à compter du 16 décembre 1989 et a alloué à sa veuve une rente d'ayant droit à dater du 1er juillet 1992 ;  que la cour d'appel a retenu la faute inexcusable de l'employeur ;
Attendu que, pour mettre à la charge de la branche accidents du travail et maladies professionnelles du régime général de la sécurité sociale de la caisse primaire d'assurance maladie, les indemnités allouées aux consorts X...  l'arrêt énonce que si l'article 40-IV de la loi n° 98-1194 du 23 décembre 1998 dispose que la branche accidents du travail et maladies professionnelles du régime général de sécurité sociale et celle du régime des salariés agricoles supportent définitivement, chacune pour ce qui la concerne, la charge imputable aux II et III de cet article, l'expression "chacune pour ce qui la concerne" ne s'applique qu'à la répartition entre la branche du régime général et la branche du régime des salariés agricoles, de sorte que la charge imputable aux paragraphes II et III dudit article doit être supportée soit par la branche accidents du travail et maladies professionnelles du régime des salariés agricoles pour les salariés relevant dudit régime, soit, pour les autres salariés, par la branche du régime général ;
Qu'en statuant ainsi, alors que les dispositions précitées de l'article 40 de la loi n° 98-1194 du 23 décembre 1998 n'étaient pas applicables en l'espèce, la cour d'appel a violé les textes susvisés ;
PAR CES MOTIFS, et sans qu'il y ait lieu de statuer sur les secondes branches des premier et second moyens :
CASSE ET ANNULE, mais seulement en ce qu'il a mis à la charge de la caisse primaire d'assurance maladie les indemnités allouées et mis hors de cause la CNIEG, l'arrêt rendu le 2 octobre 2006, entre les parties, par la cour d'appel de Pau ; remet, en conséquence, sur ces points, la cause et les parties dans l'état où elles se trouvaient avant ledit arrêt et, pour être fait droit, les renvoie devant la cour d'appel de Toulouse  ;
Condamne la société EDF et la Caisse nationale des industries électriques et gazières aux dépens ;
Vu l'article 700 du nouveau code de procédure civile, rejette les demandes de la CPAM de Pau, de la société EDF et de la CNIEG ;
Dit que sur les diligences du procureur général près la Cour de cassation, le présent arrêt sera transmis pour être transcrit en marge ou à la suite de l'arrêt partiellement cassé ;
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, deuxième chambre civile, et prononcé par le président en son audience publique du onze octobre deux mille sept.