Sur la recevabilité du pourvoi contestée par la défense :
Attendu que la société FM Logistic invoque l'irrecevabilité du pourvoi au motif que l'URSSAF ne justifie pas avoir été autorisée par l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale (l'ACOSS) à porter le litige devant la Cour de cassation ;
Mais attendu que l'union de recouvrement qui était partie à l'instance et dont l'intérêt à agir n'est pas contesté, est, par application de l'article 609 du nouveau code de procédure civile, recevable à se pourvoir dès lors que l'article L. 225-1-1 3° ter du code de la sécurité sociale n'assortit pas de la sanction de l'irrecevabilité l'absence d'autorisation de l'ACOSS qu'il édicte ;
D'où il suit que le pourvoi est recevable ;
Sur le moyen unique, pris en sa première branche :
Vu l'article L. 243-6 du code de la sécurité sociale dans sa rédaction alors applicable (issue de la loi du 5 janvier 1998) ;
Attendu, selon ce texte, que la demande de remboursement des cotisations de sécurité sociale indûment versées se prescrit par deux ans à compter de la date à laquelle lesdites cotisations ont été acquittées ;
Attendu, selon l'arrêt attaqué, que la caisse primaire d'assurance maladie  ayant pris en charge au titre de la législation sur les accidents du travail le décès de Marcel X..., survenu le 4 mars 1992, la caisse régionale d'assurance maladie (la CRAM) a, le 9 février 1994, notifié à la société FM Logistic, employeur de la victime, un taux de cotisation d'accident du travail majoré à compter du 1er janvier 1994 ; que la société a acquitté les cotisations ainsi fixées jusqu'au 27 janvier 1997 puis a, le 20 mai 1997, contesté la prise en charge susvisée ; qu'un jugement du 20 octobre 1998 ayant déclaré celle-ci inopposable à l'employeur, l'URSSAF, (saisie d'une demande de remboursement des cotisations indûment versées), a restitué à la société le montant des cotisations versées du 26 mai 1995 au 27 janvier 1997 mais a opposé la prescription biennale à la demande afférente à la période de janvier 1994 à avril 1995 ;
Attendu que, pour accueillir le recours de la société, l'arrêt énonce que  le caractère indu des cotisations résultant du jugement du 20 octobre 1998, la société FM Logistic ne pouvait solliciter le remboursement des cotisations versées par elle avant la naissance de l'obligation née de cette décision ;
Qu'en statuant ainsi, alors que la prescription court à compter du jour où celui contre lequel on l'invoque a pu valablement agir, et  que la société FM Logistic qui, le 9 février 1994, avait reçu notification du taux annuel de cotisations fixé par la CRAM à la suite de l'accident litigieux ainsi que des modalités de recours contre cette décision prévues par les articles L. 242-5 et R. 143-21 du code de la sécurité sociale, était en mesure de poursuivre à compter de leurs versements et dans la limite du délai de prescription de l'action en répétition, le remboursement des cotisations qu'elle estimait avoir indûment payées, la cour d'appel a violé le texte susvisé ;
PAR CES MOTIFS, et sans qu'il y ait lieu de statuer sur les autres griefs du pourvoi :
CASSE ET ANNULE, dans toutes ses dispositions, l'arrêt rendu le 11 janvier 2006, entre les parties, par la cour d'appel de Paris ; remet, en conséquence, la cause et les parties dans l'état où elles se trouvaient avant ledit arrêt et, pour être fait droit, les renvoie devant la cour d'appel de Versailles  ;
Condamne la société FM Logistic aux dépens ;
Vu l'article 700 du nouveau code de procédure civile, rejette la demande de la société FM Logistic ; la condamne à payer à la CPAM de Seine Saint-Denis la somme de 1 700 euros ;
Dit que sur les diligences du procureur général près la Cour de cassation, le présent arrêt sera transmis pour être transcrit en marge ou à la suite de l'arrêt cassé ;
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, deuxième chambre civile, et prononcé par le président en son audience publique du vingt juin deux mille sept.