LA COUR DE CASSATION, CHAMBRE SOCIALE, a rendu l'arrêt suivant :
Attendu, selon l'arrêt attaqué, que M. X..., directeur de magasin de la société Altis, a été désigné délégué syndical le 14 septembre 2000 par le syndicat CFE CGC ; que le salarié ayant refusé une mutation dans autre magasin, l'employeur a demandé à l'inspecteur du travail l'autorisation de le licencier ; que l'inspecteur du travail ayant autorisé le licenciement par décision du 2 juin 2003, le salarié a été licencié pour faute par lettre du 5 juin 2003 ; que  le ministre du travail saisi sur recours hiérarchique a d'une part confirmé la décision de l'inspecteur, d'autre part autorisé le licenciement de l'intéressé par décision du 1er décembre 2003 ; que sur recours contre cette dernière décision, le tribunal administratif l'a annulée par jugement du 23 juin 2005, au motif que le salarié n'avait pas commis de faute ; que le salarié ayant sollicité sa réintégration par lettre du 18 juillet 2005 qui lui a été refusée, il a saisi la juridiction prud'homale d'une demande de réintégration et d'indemnisation du préjudice subi depuis le jour de son licenciement jusqu'à sa réintégration ;
Sur le premier moyen :
Attendu que la société Altis fait grief à l'arrêt d'avoir ordonné la réintégration de M. X... dans un emploi équivalent dans un de ses établissements et de l'avoir condamnée à payer une somme à titre d'indemnité pour le préjudice subi, alors, selon le moyen :
1°/ que les décisions prises sur recours hiérarchique par le ministre du travail ne se substituent pas aux décisions de l'inspecteur du travail qu'elles confirment ; qu'en estimant que la décision du ministre en date du 1er décembre 2003 confirmant l'autorisation de licencier donnée par l'inspecteur du travail s'était substituée à celle-ci, en se fondant sur la circonstance inopérante que la décision ministérielle ait prononcé, outre une confirmation, une nouvelle autorisation de licencier, et alors au surplus que M. X... avait dirigé son recours devant le tribunal administratif à l'encontre de la seule décision du ministre, la cour d'appel a violé l'article L. 412-1 du code du travail, le principe de séparation des pouvoirs et la loi des 16-24 août 1790 ;
2°/ en tout etat de cause,  qu'en s'abstenant de s'expliquer sur le fait que le recours formé par M. X... devant le tribunal administratif de Pau ait été exclusivement dirigé contre la décision ministérielle d'autorisation de licenciement du 1er décembre 2003 à l'exclusion de l'autorisation administrative donnée par les services de l'inspection du travail de Pau le 2 juin 2003, ce dont il se déduisait que cette dernière avait subsisté nonobstant le jugement d'annulation prononcé par le tribunal administratif, la cour d'appel n'a pas donné de base légale à sa décision au regard de l'article L. 412-19 du code du travail, du principe de séparation des pouvoirs et de la loi des 16-24 août 1790 ;
Mais attendu que si la décision du ministre qui rejette un recours hiérarchique formé contre une décision d'autorisation de licenciement donnée par l'inspecteur du travail ne se substitue pas à cette dernière, l'annulation par la juridiction administrative d'une décision du ministre qui confirme celle de l'inspecteur du travail et autorise le licenciement produit les effets prévus par l'article L. 412-19 devenu l'article L. 2422-1 du code du travail ;
D'où il suit que la cour d'appel a exactement décidé que l'annulation de la décision d'autorisation de licenciement donnée par le ministre du travail emportait le droit à réintégration de M. X... ; que le moyen n'est pas fondé ;
Mais sur le deuxième moyen :
Vu l'article L. 412-19, alinéa 3, devenu l'article L. 2422-1 du code du travail ;
Attendu que pour fixer, comme elle a fait, le montant de l'indemnité due à M. X...  pour le préjudice subi, la cour d'appel retient qu'il n'y a pas lieu de tenir compte des sommes qu'il a pu percevoir pendant la période écoulée depuis son licenciement au titre d'une activité professionnelle ou des allocations chômage, et qu'il convient de l'évaluer à partir de son salaire mensuel ;
Qu'en statuant ainsi, alors que le salarié protégé qui, lorsque l'annulation de l'autorisation de licenciement est devenue définitive, a droit au paiement d'une indemnité correspondant à la totalité du préjudice subi au cours de la période qui s'est écoulée entre son licenciement et sa réintégration, s'il la demande, ou à l'expiration du délai de deux mois à compter de la notification de la décision qui emporte réintégration, n'est pas fondé à cumuler cette somme avec les allocations chômage et les revenus d'activités professionnelles qu'il a perçus pendant cette période, la cour d'appel a violé le texte susvisé ;
PAR CES MOTIFS :
CASSE ET ANNULE, mais seulement en ce qu'il a fixé à la somme de 138 069,86 euros le montant de l'indemnité allouée à M. X... à titre d'indemnité en réparation du préjudice résultant de l'annulation de son licenciement, l'arrêt rendu le 24 janvier 2007, entre les parties, par la cour d'appel de Montpellier ; remet, en conséquence, sur ce point, la cause et les parties dans l'état où elles se trouvaient avant ledit arrêt et, pour être fait droit, les renvoie devant la cour d'appel de Montpellier, autrement composée ;
Laisse à chaque partie la charge de ses dépens respectifs ;
Vu l'article 700 du code de procédure civile, rejette les demandes ;
Dit que sur les diligences du procureur général près la Cour de cassation, le présent arrêt sera transmis pour être transcrit en marge ou à la suite de l'arrêt partiellement cassé ;
Ainsi fait et jugé par la Cour de cassation, chambre sociale, et prononcé par le président en son audience publique du treize novembre deux mille huit.
Sur la portée de l'annulation par la juridiction administrative d'une décision ministérielle confirmant le licenciement d'un salarié protégé, évolution par rapport à :Crim., 17 février 2004, pourvoi n° 03-80.136, Bull. crim. 2004, n° 34 (rejet)