JUDICIAIRE

3ème chambre
2ème section
No RG 20/03907
No Portalis 352J-W-B7E-CSAXY
No MINUTE :
Assignation du :
15 Mai 2020

rendu le 24 Mars 2023
DEMANDERESSE
Société MGI INTERNATIONAL SALES CO., LIMITED
[Adresse 7]
[Adresse 2]
[Adresse 8] (CHINE)
représentée par Maître David POR du LLP ALLEN & OVERY LLP, avocat au barreau de PARIS, vestiaire #J0022
DÉFENDERESSE
Société ILLUMINA CAMBRIDGE LIMITED
[Adresse 1]
[Localité 3] (ROYAUME-UNI)
représentée par Maîtres Sabine AGE et Florence JACQUAND de la SAS HOYNG ROKH MONEGIER, avocats au barreau de PARIS, vestiaire #P0512
Copies exécutoires délivrées le :
- Me POR #J0022
- Me AGE #P0512COMPOSITION DU TRIBUNAL
Madame Irène BENAC, Vice-Présidente
Madame Elodie GUENNEC, Vice-présidente
Monsieur Arthur COURILLON-HAVY, Juge
assisté de Monsieur Quentin CURABET, Greffier

Aux audiences des 18 et 19 Janvier 2023, présidées par Irène BENAC, tenues en audience publique avis a été donné aux parties que le jugement serait rendu par mise à disposition au greffe le 24 Mars 2023.

Prononcé publiquement par mise à disposition au greffe
Contradictoire
en premier ressort
EXPOSÉ DES FAITS ET DE LA PROCÉDURE
1. La société MGI International Sales Co (désignée ci-après par MGI, société chinoise filiale du groupe BGI pour Beijing Genomics Institute) et la société Illumina Cambridge (société britannique filiale du groupe américain du même nom) sont des sociétés spécialisées notamment dans le domaine du séquençage génétique par synthèse et qui commercialisent dans le monde entier des séquenceurs, des réactifs nécessaires aux procédés chimiques de séquençage et des outils d'analyse.
2. Le séquençage consiste à déterminer l'enchaînement des bases nucléiques azotées (Adénine, Thymine, Guanine ou Cytosine) incluses dans des nucléotides dont la structure est la suivante.
3. Le principe du séquençage par synthèse (abrégé en SBS) est d'identifier la succession des bases nucléiques en reproduisant la synthèse naturelle de l'ADN par réplication d'un brin simple et en y ajoutant :
- le blocage du processus après l'incorporation de chaque nouveau nucléotide,
- l'identification de la base de celui-ci et
- l'élimination par clivage des groupes moléculaires permettant le blocage et l'identification,
après quoi un nouveau cycle commence sur la base suivante du brin d'ADN séquencé.
4. Les nucléotides utilisés pour cette synthèse artificielle sont chimiquement modifiés pour pouvoir non seulement être incorporés au brin séquencé mais aussi bloquer le processus, permettre l'identification de la base et éliminer le groupe de blocage pour permettre la reprise de la synthèse et la répétition du cycle, sans dénaturer le brin d'ADN.
Le point de liaison du groupe de blocage est le troisième atome de carbone du sucre du nucléotide (ci-après position 3'), auquel le nucléotide suivant vient se lier.
5. La société Illumina Cambridge est titulaire de plusieurs brevets portant sur des nucléotides modifiés pour permettre la SBS et de procédés d'utilisation de ceux-ci et plus particulièrement
- le brevet EP 1 530 578 - ci-après EP 578 - intitulé "nucléotides modifiés pour le séquençage de polynucléotide" dont la demande a été déposée le 23 août 2003 sous priorités des demandes américaines no 227131 du 23 août 2002 et anglaises no0230037 du 23 décembre 2002 et no0303924 du 20 février 2003, délivré le 13 mars 2013 et
- le brevet EP 3 002 289 (ci-après EP 289) portant le même intitulé car issu d'une demande divisionnaire du précédent, également déposé le 23 août 2003 sous les mêmes priorités.
6. Par acte du 15 mai 2020, la société MGI a assigné la société Illumina Cambridge en nullité de la partie française de ces deux brevets.
7. Ayant appris que la société MGI avait été lauréate d'un appel d'offres du Commissariat à l'énergie atomique (ci-après CEA) pour la fourniture de séquenceurs, par ordonnance du 24 septembre 2020, la société Illumina Cambridge a été autorisée à pratiquer une saisie contrefaçon dans les locaux du CEA et les opérations ont eu lieu le 30 septembre 2020.
8. Par ordonnance du 9 juillet 2021, le juge de la mise en état a débouté la société Illumina Cambridge de ses demandes tendant au prononcé de mesures provisoires d'interdiction et de communication de pièces au titre du droit d'information aux motifs de l'ancienneté et du caractère isolé des faits de contrefaçon réparables par dommages-intérêts, a débouté la société MGI de sa demande d'indemnité provisionnelle fondée sur l'abus de position dominante commis par la société Illumina Cambridge en France et a condamné la société Illumina Cambridge aux dépens de l'incident et à payer à la société MGI la somme de 80.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile.
9. Une seconde saisie contrefaçon a été autorisée par la cour d'appel de Paris le 8 février 2022 et a été effectuée dans les locaux du CEA le 10 mars 2022.
10. Dans ses dernières conclusions signifiées le 25 novembre 2022, la société MGI demande :
à titre principal,
- la nullité des revendications 1 à 30 de la partie française du brevet européen no 1 530 578 et des revendications 1 à 15 de la partie française du brevet européen no 3 002 289 ;
- la nullité des deux procès-verbaux de saisie contrefaçon des 30 septembre 2020 et du 10 mars 2022 et la somme de 1.000.000 euros à titre de dommages et intérêts en réparation du préjudice subi du fait des deux saisies contrefaçon ;
à titre subsidiaire,
- l'octroi d'une licence obligatoire sur ces brevets ainsi que sur tout brevet (ou demande de brevet) futur de la même famille, non-exclusive, couvrant le territoire français, pour tout produit et procédé dont l'utilisation ou l'offre d'utilisation constituerait une contrefaçon, pour toute la durée légale des brevets de nucléotides modifiés de la société Illumina Cambridge, soit jusqu'au 22 août 2023, moyennant une redevance calculée sur l'assiette du prix de vente net de tout produit sous licence et, à titre très subsidiaire, la désignation d'un expert pour déterminer quel taux de redevance constituerait une juste valeur du marché pour la licence ;
en tout état de cause,
- la condamnation de la société Illumina Cambridge à lui payer la somme de 1.000.000 euros à titre de dommages et intérêts provisionnels, à parfaire, en réparation de son préjudice résultant de l'abus de position dominante et la désignation d'un expert pour évaluer le préjudice réel ;
- la condamnation de la société Illumina Cambridge aux dépens et à lui payer la somme de 250.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile.
11. Dans ses dernières conclusions signifiées le 26 octobre 2022, la société Illumina Cambridge demande au tribunal de :
- débouter la société MGI de ses demandes de nullité des revendications no 1 à 30 de la partie française du brevet EP 578 et no 1 à 15 de la partie française du brevet EP 289 ;
- dire que la société MGI a commis des actes de contrefaçon directe ou par fourniture de moyens de ses brevets européens EP 578 et EP 289 en offrant, mettant dans le commerce, important, livrant, utilisant et détenant à ces fins des réactifs de séquençage StandardMPS et CoolMPS et des séquenceurs fonctionnant avec ces réactifs ;
- interdire à la société MGI de poursuivre ces agissements sous astreinte ;
- ordonner à la société MGI d'adresser à chacun des détenteurs de séquenceurs incriminés en France, dans un délai de 15 jours à compter de la signification du jugement à intervenir, et sous astreinte, une lettre recommandée avec accusé de réception pour les avertir de la décision de justice ;
- ordonner que tous les sets et/ou kits de séquençage contenant la chimie StandardMPS ou la chimie CoolMPS soient rappelés pour être confisqués et placés sous séquestre sous astreinte ;
- enjoindre à la société MGI de communiquer, sous astreinte, un état certifié des ventes des produits et machines contrefaisants ;
- condamner la société MGI à lui payer une provision de 800.000 euros, à valoir sur son préjudice du fait de la contrefaçon et une somme de 1.000.000 euros au titre de l'atteinte portée à la valeur de ses brevets ;
- rejeter les demandes de la société MGI au titre d'une licence obligatoire ;
- ordonner la publication du jugement à intervenir ;
- condamner la société MGI aux dépens et à lui payer 400.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile.
12. De nombreuses autres instances opposent les parties sur le respect de ces brevets.
En Allemagne, la validité du brevet EP 578 et sa contrefaçon par la société MGI et une autre filiale du groupe BGI ont été jugées.
En Angleterre, la validité de la partie anglaise des brevets EP 578 (après limitation de la revendication 1 au cas où le groupe de blocage est un groupe azidométhyle) et EP 289 et leur contrefaçon par la société MGI ont été jugées en première instance et en appel.
En Belgique, une décision définitive a conclu à la validité et à la contrefaçon par la société MGI du brevet EP 289 et déclaré irrecevable l'action en nullité contre le brevet EP 578.
En Suède, la validité de la partie suédoise du brevet EP 289 et sa contrefaçon par la société MGI et deux autres filiales du groupe MGI ont été jugées en première instance le 18 mars 2022 et un appel est en cours.
En Suisse, la validité du brevet EP 578 a été admise en première instance et en appel.
Des procédures au fond sont encore pendantes au Danemark, en Finlande, en Grèce, en Italie, en République tchèque et en Turquie.
13. L'ordonnance de clôture a été rendue le 8 décembre 2022 et l'affaire plaidée les 18 et 19 janvier 2023.
14. A l'issue des débats, le tribunal a invité les parties à compléter leurs explications relatives à la nullité des saisies-contrefaçon au regard d'une décision de la Cour de cassation attendue le 1er février 2023.
La société MGI a produit deux notes en délibéré les 8 et 15 février et la société Illumina Cambridge une le 14 février 2023.
MOTIVATION
I . Sur les notes en délibéré
15. Par note du 8 février 2023, la société MGI a non seulement complété ses observations sur la nullité du procès-verbal de saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020 au regard de l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023 mais également transmis, traduit et commenté une opinion préliminaire de la chambre de recours de l'OEB sur une des questions de fond soumises au tribunal.
Par note du 15 février 2023, elle a présenté ses observations sur l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023 et demandé que le moyen nouveau de la société Illumina Cambridge tiré de l'absence d'exception d'incompétence soit écarté ou fasse l'objet d'une réouverture des débats.
16. Par note du 14 février 2023, la société Illumina Cambridge a demandé que les pièces nouvelles produites par la demanderesse soient écartées des débats comme excédant le périmètre de la note autorisée après clôture des débats et a présenté ses explications sur la saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020 au regard de l'arrêt du 1er février 2023.

17. L'article 442 du code de procédure civile dispose que le président et les juges peuvent inviter les parties à fournir les explications de droit et de fait qu'ils estiment nécessaires ou à préciser ce qui paraît obscur et l'article 445 pose le principe selon lequel les parties ne peuvent déposer aucune note à l'appui de leurs observations après la clôture des débats, si ce n'est à la demande du président.
18. Les parties ne sont recevables à déposer de notes en délibéré que dans le cadre strict de la demande du tribunal. Dès lors, le tribunal ne saurait retenir dans les débats les explications objet du point 2 de la note de la société MGI du 8 février 2023 et la pièce nouvelle qui y était jointe et il y a lieu de les écarter.
En revanche, les observations des parties sur les conséquences qu'elles tirent de l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023 seront examinées avec la validité du procès-verbal de saisie- contrefaçon infra sans qu'il y ait lieu de réouvrir les débats.
II . Sur la validité des brevets
19. L'article 52 de la Convention sur le brevet européen de Munich du 5 octobre 1973 (ci-après CBE) dispose que "les brevets européens sont délivrés pour toute invention dans tous les domaines technologiques, à condition qu'elle soit nouvelle, qu'elle implique une activité inventive et qu'elle soit susceptible d'application industrielle".
1 . Présentation des brevets
20. La description des brevets expose que :
- le séquençage par synthèse d'ADN nécessite de contrôler l'incorporation du nucléotide complémentaire en face de l'oligonucléotide séquencé et d'ajouter des nucléotides en plusieurs cycles au fur et à mesure que chaque résidu nucléotidique est séquencé ;
- pour garantir qu'une seule incorporation se produise, une modification structurelle des nucléotides de séquençage dite "groupe de blocage" est nécessaire ;
- ce groupe de blocage doit être retirable dans des conditions de réaction qui n'interfèrent pas avec l'intégrité de l'ADN séquencé, le cycle de séquençage pouvant ensuite se poursuivre avec l'incorporation du prochain nucléotide marqué bloqué ;
- il existe de nombreuses limites à l'adéquation d'une molécule en tant que groupe de blocage en ce que celui-ci doit jouer ce rôle de contrôle des incorporations tout en étant facilement éliminable du groupement sucre sans endommager la chaîne polynucléotidique, être toléré par la polymérase utilisée et avoir la capacité d'être éliminé dans des conditions douces, de préférence aqueuses ;
- des groupes de blocage réversibles à cet effet ont été décrits mais aucun d'entre eux ne remplit de manière générale les critères précités pour la chimie des polynucléotides ;
- il n'existe notamment aucun mode de réalisation du clivage réussi d'un groupe 3'-allyl dans des conditions préservant l'intégrité de l'ADN ;
- l'invention est basée sur le développement surprenant d'un certain nombre de groupes de blocage réversibles et de procédés visant à leur déprotection dans des conditions compatibles avec l'ADN, certains de ces groupes étant nouveaux et d'autres divulgués dans l'art antérieur mais sans preuve de ce qu'ils pouvaient être utilisés dans le séquençage d'ADN.
21. La description décrit encore les procédés associés, notamment le procédé de séquençage d'un polynucléotide simple brin cible, comprenant :
(a) la mise en oeuvre d'une pluralité de nucléotides différents selon l'invention, lesquels sont de préférence liés depuis la base à un marqueur détectable par un lieur clivable et dans lequel le marqueur détectable lié à chaque type de nucléotide peut être distingué lors de la détection du marqueur détectable utilisé pour d'autres types de nucléotides ;
(b) l'incorporation du nucléotide dans le complément du polynucléotide simple brin cible ;
(c) la détection du marqueur du nucléotide de (b), déterminant ainsi le type de nucléotide incorporé ;
(d) le retrait du marqueur du nucléotide de (b) et du groupe de blocage ;
(e) éventuellement répétition des étapes (b) - (d) une ou plusieurs fois ;
ainsi qu'un kit associant les différents nucléotides de l'invention et leur emballage.
22. Il est enfin indiqué que les nucléotides selon l'invention peuvent être utilisés dans les procédés de séquençage Sanger et les protocoles associés, dans lesquels le lieur reliant le marqueur détectable au nucléotide peut ou non être clivable.
23. Le brevet EP 578 a fait l'objet d'une procédure d'opposition devant l'Office européen des brevets (ci-après OEB). Le 9 décembre 2015, la division d'opposition a rejeté l'opposition et maintenu le brevet tel que délivré et cette décision est définitive.
24. Il comporte 30 revendications se rapportant aux nucléotides modifiés et à leur utilisation, dont seules les suivantes sont invoquées au titre de la contrefaçon :
1. Molécule de nucléotide modifiée comprenant une base purine ou pyrimidine et un groupement sucre ribose ou désoxyribose ayant un groupe de blocage de 3'-OH retirable fixé de manière covalente à celle-ci, de sorte que l'atome de carbone 3' a un groupe fixé de structure O-Z où
- Z est l'un quelconque de -C(R')2 -N(R") , -C(R') -N(H)R" et -C(R')2 -N3,
- où chaque R" est ou fait partie d'un groupe protecteur retirable ;
- chaque R' est indépendamment un atome d'hydrogène, un groupe alkyle, alkyle substitué, arylalkyle, alcényle, alcynyle, aryle, hétéro-aryle, hétérocyclique, acyle, cyano, alcoxy, aryloxy, hétéroaryloxy ou amido, ou un marqueur détectable fixé par le biais d'un groupe de liaison ; ou bien (R')2 représente un groupe alkylidène de formule =C(R"')2 où chaque R"' peut être identique ou différent et est choisi dans le groupe comprenant les atomes d'hydrogène et d'halogène et les groupes alkyle ; et où ladite molécule peut être mise à réagir pour produire un intermédiaire dans lequel chaque R" est échangé pour H, lequel intermédiaire se dissocie dans des conditions aqueuses pour donner une molécule avec un 3'OH libre.
4. Molécule selon l'une quelconque des revendications 1 à 3 où Z est un groupe azidométhyle.
6. Molécule selon l'une quelconque des revendications précédentes où ladite base est liée à un marqueur détectable via un lieur clivable ou un lieur non clivable.
7. Molécule selon la revendication 6 où ledit lieur est clivable.
9. Molécule selon l'une quelconque des revendications 6 à 8 où ledit marqueur détectable est un fluorophore.
12. Procédé de régulation de l'incorporation d'un nucléotide selon l'une quelconque des revendications 6 à 10 et complémentaire d'un second nucléotide dans un polynucléotide simple brin cible dans une réaction de synthèse ou de séquençage comprenant l'incorporation dans le polynucléotide complémentaire en croissance dudit nucléotide, l'incorporation dudit nucléotide empêchant ou bloquant l'introduction de molécules de nucléoside ou de nucléotide subséquentes dans ledit polynucléotide complémentaire en croissance.
17. Procédé pour déterminer la séquence d'un polynucléotide simple brin cible, comprenant le suivi de l'incorporation séquentielle de nucléotides complémentaires, où au moins une incorporation est d'un nucléotide selon l'une quelconque des revendications 6 à 10 et où l'identité du nucléotide incorporé est déterminée par détection du marqueur lié à la base, et le groupe de blocage et ledit marqueur sont retirés avant l'introduction du nucléotide complémentaire suivant.
25. Kit, comprenant
(a) une pluralité de nucléotides différents où ladite pluralité de nucléotides différents est telle que définie dans l'une quelconque des revendications 6 à 10 ; et
(b) des matériaux d'empaquetage pour ceux-ci.
29. Oligonucléotide comprenant un nucléotide modifié selon les revendications 1-11.
30. Nucléotide triphosphate comprenant un nucléotide modifié selon les revendications 1-11.
25. Le brevet EP 289 est contesté devant l'OEB ; la division d'opposition l'a maintenu avec des modifications par décision du 22 décembre 2021 et un recours est en cours d'examen.
26. Il contient quinze revendications, les revendications 1, 6, 9 et 10 étant indépendantes.
Les revendications du titre tel que délivré invoquées au titre de la contrefaçon sont les suivantes.
1. Molécule de nucléotide triphosphate modifiée comprenant une base purique ou pyrimidique et un groupe fonctionnel de sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle.
2. Molécule selon la revendication 1, ladite base étant liée à un marqueur détectable par l'intermédiaire d'un lieur clivable ou d'un lieur non clivable.
3. Molécule selon la revendication 2, ledit lieur étant clivable.
4. Molécule selon la revendication 2 ou 3, ledit marqueur détectable étant un fluorophore.
6. Kit comprenant quatre molécules de nucléotides triphosphates modifiées, chacune comprenant une base purine ou pyrimidine et un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle où chaque nucléotide comporte une base qui est liée à un marqueur détectable lié à chaque nucléotide par l'intermédiaire d'un lieur clivable et où le marqueur détectable lié à chaque nucléotide peut être différencié lors de la détection du marqueur détectable utilisé pour les trois autres nucléotides.
9. Molécule polynucléotidique comportant un groupe 3'-azidométhyle.
10. Procédé permettant de déterminer la séquence d'un polynucléotide simple brin cible, comprenant le suivi de l'incorporation séquentielle de nucléotides complémentaires, au moins une incorporation étant celle d'un nucléotide comprenant une base purique ou pyrimidique et un groupe fonctionnel de sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle où le nucléotide comporte une base qui est liée à un marqueur détectable par l'intermédiaire d'un lieur clivable et l'identité du nucléotide étant déterminée en détectant le marqueur lié à la base et le groupe de blocage et le marqueur étant enlevés avant introduction du nucléotide complémentaire suivant.
2 . Sur la nullité des brevets pour insuffisance de description
27. Aux termes de l'article L. 614-12 du code de la propriété intellectuelle, "La nullité du brevet européen est prononcée en ce qui concerne la France par décision de justice pour l'un quelconque des motifs visés à l'article 138, paragraphe 1, de la Convention de Munich
Si les motifs de nullité n'affectent le brevet qu'en partie, la nullité est prononcée sous la forme d'une limitation correspondante des revendications.".
Selon l'article 138 de cette convention, "(1) Sous réserve de l'article 139, le brevet européen ne peut être déclaré nul, avec effet pour un État contractant, que si :
a) l'objet du brevet européen n'est pas brevetable en vertu des articles 52 à 57 ;
b) le brevet européen n'expose pas l'invention de façon suffisamment claire et complète pour qu'un homme du métier puisse l'exécuter".
28. Ces dispositions sont constamment interprétées en ce sens qu'une invention est suffisamment décrite lorsque l'homme du métier est en mesure, à la lecture de la description et grâce à ses connaissances professionnelles normales, théoriques et pratiques, d'exécuter l'invention (Com 23 mars 2005, pourvoi no 03-16.532 ; Com., 20 mars 2007, pourvoi no 05-12.626, Bull. 2007, IV, no 89 ; Com., 13 novembre 2013, pourvoi no 12-14.803, 12-15.449).
Le fait que certains éléments indispensables au fonctionnement de l'invention ne figurent ni explicitement dans le texte des revendications ou de la description, ni dans les dessins représentant l'invention revendiquée, n'implique pas nécessairement que l'invention n'est pas exposée dans la demande de façon suffisamment claire et complète pour qu'un homme du métier puisse l'exécuter, dès lors que ces éléments indispensables appartiennent à ses connaissances générales (Cass. Com., 23 janvier 2019, pourvois no 17-14.673 et 16-28.322).
a) L'homme du métier
29. La société MGI définit l'homme du métier comme une équipe, expérimentée dans l'emploi et le développement de produits commerciaux utilisant des nucléotides ou nucléosides modifiés, y compris des produits de séquençage de l'ADN, comprenant un spécialiste en chimie organique, possédant un diplôme universitaire et plusieurs années d'expérience pratique concernant les nucléotides et nucléosides chimiquement modifiés, avec des connaissances solides concernant les méthodes de synthèse ainsi qu'un ingénieur mécanicien ou un ingénieur ayant une formation appropriée et de l'expérience dans les processus d'imagerie biochimique.
30. Selon la définition proposée par la société Illumina Cambridge, il s'agit d'une équipe comprenant des scientifiques travaillant sur le développement de produits de séquençage par synthèse, cet homme du métier étant titulaire d'un doctorat en chimie, en biologie moléculaire ou dans une discipline voisine et ayant au moins cinq ans d'expérience pratique en laboratoire universitaire ou industriel dans le domaine de la recherche et du développement des technologies de séquençage de l'ADN.

31. L'homme du métier est dans le cas présent une équipe de chimistes spécialisés dans le domaine de la recherche et du développement des technologies de séquençage de l'ADN qui dispose de connaissances étendues en biologie moléculaire, en chimie organique et méthodes de synthèse.
b) L'insuffisance de description
La société MGI soutient que les brevets sont nuls comme insuffisamment décrits en ce que :
a) l'homme du métier ne peut pas mettre en oeuvre l'une des variantes de la revendication 1 du brevet EP 578 (celle dans laquelle Z est -C(R')2-N3 couvrant, entre autres, le groupe azidométhyle) car les caractéristiques 1.4 et 1.5 prescrivent spécifiquement que le nucléotide modifié doit pouvoir être mis à réagir pour produire un intermédiaire dans lequel chaque R" est échangé pour H, lequel intermédiaire se dissocie dans des conditions aqueuses pour donner une molécule avec un 3'-OH libre de sorte que, en l'absence de R", la revendication 1 n'est pas suffisamment décrite et que toutes les revendications qui l'intègrent sont également invalides ;
b) la revendication de procédé 17 du brevet EP 578, qui concerne un procédé de séquençage d'un polynucléotide simple brin et précise que le lieur doit être retiré après l'incorporation du nucléotide modifié dans le brin d'ADN cible, ne peut pas être mise en oeuvre car la revendication 6, dont elle dépend définit le lieur du marqueur comme étant clivable ou non clivable ; or, si un lieur non clivable est utilisé, le marqueur ne peut pas être retiré ; la pertinence de ce grief est confirmé par la modification de la revendication 2 du brevet EP 289 (l'équivalent de la revendication 6 du brevet EP 578) dans le cadre de la procédure d'opposition devant l'OEB qui supprime l'alternative "lieur non clivable" ; le même raisonnement s'applique à la revendication 19, dépendante de la revendication 17 ;
c) la revendication 10 du brevet EP 289 ne précise pas si le lieur clivable est retiré en totalité ou partie et les exemples ne montrent pas comment retirer le marqueur sans qu'au moins une partie du lieur clivable ne soit enlevée, de sorte que l'homme du métier ne peut pas mettre en oeuvre l'invention ;
d) la société Illumina Cambridge définit le problème technique comme consistant à fournir un groupe de blocage aux propriétés améliorées par rapport à l'art antérieur et, dans ce cas, les brevets ne sont pas suffisamment décrits, car ils ne résolvent pas ce problème technique en ce que :
- le groupe de blocage divulgué ne présente pas de propriétés d'incorporation améliorées par rapport aux groupes de l'art antérieur,
- selon l'expérience retracée dans les brevets, l'invention divulguée permet seulement de séquencer au mieux quelques bases d'un ADN cible,
- les conditions de retrait décrites dans les brevets conduisent nécessairement à une dénaturation de l'ADN,
- les conditions divulguées dans les brevets ne permettent pas de débloquer le groupe protecteur avec un rendement suffisamment élevé.
32. La société Illumina Cambridge oppose que :
a) pour obtenir un bloc retirable avec la variante dans laquelle Z est -C(R')2-N3, l'homme du métier comprend qu'il lui suffit de sélectionner R' dans l'un des substituants proposés par la caractéristique 1.3.4 et l'absence de référence à R" ne le fera pas douter de la possibilité d'obtenir un nucléotide modifié dont le groupe de blocage sera retirable ; les paragraphes 57 à 60, 72 et 116 à 118 de la description l'expliquent et cela n'affecte pas le brevet dans son entier d'une insuffisance de description ;
b) dans le cas d'un lieur non clivable, les connaissances générales de l'homme du métier lui enseignent comment opérer le retrait par une autre méthode comme le blanchiment ;
c) les paragraphes 76 à 90 de la description fournissent d'amples explications à l'homme du métier pour lui permettre de choisir des lieurs clivables appropriés et la question de la conservation du lieur après clivage ne se poserait pas à lui ;
d) les arguments sur l'art antérieur sont les mêmes que ceux opposés au titre du défaut d'activité inventive ; or, les groupes de blocages identifiés dans l'art antérieur (par le docteur [R]) n'ont jamais été utilisés efficacement alors que l'efficacité de ses réactifs de séquençage avec un groupe protecteur azidométhyle est largement démontrée ; la société MGI ne démontre aucunement que le retrait du groupe de blocage selon le brevet endommage l'ADN, les expériences du professeur [N] du 11 janvier 2021 n'étant pas crédibles.
Elle rappelle que l'on doit retenir la même définition de l'homme du métier pour l'appréciation de la suffisance de description du brevet examiné qu'à celle de son caractère inventif et non prêter à l'homme du métier des connaissances élargies pour la seconde et étriquées pour la première.

33. La revendication 1 du brevet EP 578 divulgue trois structures moléculaires pour le groupe de blocage et expose le mode de déprotection par production d'un intermédiaire permettant sa dissociation en conditions aqueuses après échange du groupe R" pour H, alors que la troisième structure (-C(R')2 -N3) ne comporte pas de groupe R".
Néanmoins, ainsi que le soutient à juste titre la société Illumina Cambridge, la description décrit le processus de déprotection de ce type de groupe de blocage par production d'un intermédiaire (amino) dissociable en milieu aqueux en présence de phosphines :
[0060] : Lorsque les molécules contiennent des groupes Z de formule C(R') 2 N 3 , le groupe azido peut être converti en amino par contact de telles molécules avec les ligands phosphine ou phosphines azotées décrits en détail dans le présent document ,
[0072] : Le terme amino désigne des groupes de type NR'R", où R' et R" sont choisis indépendamment parmi l'hydrogène, un groupe alkyle en C 1-6 (également appelé alkylamino en C1-6 ou di-alkylamino en C1-6 ,
[0117] et [0118] : 3'-OH protégé par un groupe azidométhyle en tant que forme protégée d'un hémiaminal : Les nucléotides portant ce groupe de blocage en position 3' ont été synthétisés, et il a été démontré qu'ils (...) peuvent ensuite être éliminés dans des conditions aqueuses neutres en utilisant des phosphines ou des thiols hydrosolubles).
Il n'est, de plus, pas discuté que l'homme du métier aurait su déprotéger un tel nucléotide au regard de ses connaissances générales et plus particulièrement la réaction de Staudinger, réaction chimique entre une azoture (-N3) et une phosphine en présence d'eau, au cours de laquelle l'azoture subit une réduction pour générer avec un rendement élevé une amine primaire.
34. Les critiques sous a) ne sont donc pas suffisantes à caractériser une insuffisance de description.
35. La revendication 6 du brevet EP 578 complète les revendications précédentes sur les nucléotides modifiés en ce que "ladite base est liée à un marqueur détectable via un lieur clivable ou un lieur non clivable". Sa revendication 17 divulgue le procédé de séquençage selon les revendications 6 à 10, selon lesquelles l'identité du nucléotide incorporé est déterminée par détection du marqueur lié à la base, puis le groupe de blocage et ledit marqueur sont retirés avant l'introduction du nucléotide suivant, ce qui suppose le retrait du marqueur dans tous les cas, y compris, dans un cas de la revendication 6, lorsque le marqueur est lié par un lien non clivable.
36. La société MGI soutient que l'homme du métier n'était pas en mesure de savoir comment retirer le marqueur si le lien n'est pas clivable, la technique du photo-blanchiment ne permettant pas le retrait du marqueur mais seulement une suppression de sa fluorescence, ce que la société Illumina Cambridge ne discute pas ; or, le terme retrait (removal) ne peut être assimilé à neutralisation de la fluorescence.
Dès lors, quand bien même le séquençage resterait possible avec une simple neutralisation du marqueur sans retrait, l'invention ne peut être réalisée selon la revendication 17 dans tous ses éléments.
37. Cette insuffisance de description est cependant limitée à l'exécution de la revendication 17 dans le seul cas de l'une des branches de l'alternative de la revendication 6 dans laquelle le lieur entre base et marqueur est non clivable et n'empêche pas, même dans ce cas, la réalisation du procédé de séquençage décrit.
La critique sous b) est donc justifiée mais pointe une insuffisance mineure qui ne vicie qu'une branche particulière et divisible de l'invention. Elle ne justifie donc pas l'annulation totale de la revendication 17 pour insuffisance de description mais seulement son annulation partielle dans la limite de sa référence à cette revendication 6 et sa limitation à la référence aux revendications 7 à 10.
38. La société MGI n'explique pas en quoi le retrait total ou partiel du lieur après clivage du marqueur a un effet sur l'exécution de la revendication 10 du brevet EP 289. Dans ces conditions, quand bien même la question du sort du lieur après clivage ne serait ni revendiquée, ni décrite, cela n'est pas susceptible d'empêcher l'homme du métier de réaliser l'invention.
39. La critique sous c) n'est donc pas suffisante à caractériser une insuffisance de description.
40. Quant aux critiques de la société MGI réunies sous le d), elles portent sur les performances de l'invention et non la suffisance de sa description de sorte qu'elles sont inopérantes.
41. Le grief d'insuffisance de description des brevets EP 578 et EP 289 sera donc partiellement retenu s'agissant de la revendication 17 du brevet EP 578 et rejeté pour le surplus.
3 . Sur la nullité du brevet EP 289 pour extension de l'objet au-delà du contenu de la demande et du champ de la demande parente
42. La société MGI soutient que :
- la revendication 1 du brevet EP 289 couvre un nucléotide modifié ayant un "groupe 3'-azidométhyle" c'est-à-dire une molécule dans laquelle le groupe azidométhyle est lié au troisième atome de carbone (3') du groupement sucre directement, sans atome d'oxygène intermédiaire, qui n'est pas divulguée dans la demande parente de sorte que les revendications indépendantes 1, 6, 9 et 10 et les revendications dépendantes sont nulles ;
- le terme désoxyribose désigne un ribose dont l'un des atomes d'oxygène a été retiré, peu importe que le groupe hydroxyle restant soit lié à la position 2' ou 3' ;
- en l'absence de référence à un atome d'oxygène dans le brevet EP 289, la revendication 1 doit être interprétée comme couvrant une molécule dans laquelle le groupe azidométhyle est lié au troisième atome de carbone (3') sans atome d'oxygène intermédiaire ;
- l'interprétation de la société Illumina Cambridge est contraire à la principale source internationale (UICPA) de définitions et de nomenclatures en chimie et biochimie, dont il ressort que les termes "groupe 3'-azidométhyle" désignent un groupe azidométhyle lié directement à l'atome de carbone 3' ;
- si elle a écrit que "les formes 3'-azidométhyle et 3'-O-azidométhyle sont interchangeables" dans sa demande de brevet WO 2018/129214 en 2018, c'est au motif que "sinon les deux termes auraient renvoyé à des structures différentes" ;
- cette revendication étant dépourvue d'ambiguïté, il ne faut pas recourir à la description du brevet pour interpréter le sens des termes "groupe 3'-azidométhyle".
43. La société Illumina Cambridge fait valoir que :
- la caractéristique "structure O-Z" doit être interprétée par l'homme du métier comme un groupe azidométhyle lié au carbone 3' via l'atome d'oxygène du groupe hydroxyle (OH) du sucre désoxyribose, dépourvu de groupe OH en position 2' mais non en position 3' ;
- lorsqu'il n'y a pas de groupe OH en position 3', le sucre est nommé didésoxyribose et non désoxyribose ;
- la nomenclature UICPA (pour Union internationale de chimie pure et appliquée) fait référence en chimie et biochimie mais pas en biologie moléculaire ;
- la société MGI a elle-même écrit dans une demande de brevet en 2018 "les formes 3'-azidométhyle et 3'-O-azidométhyle sont interchangeables" ;
- le doute serait en toute hypothèse levé par la description (paragraphes [0102] et [0103]) ;
- plusieurs juridictions ont déjà tranché ce point dans son sens.

44. L'article 76(1) de la CBE prévoit notamment "Toute demande divisionnaire de brevet européen doit être déposée directement auprès de l'Office européen des brevets conformément au règlement d'exécution. Elle ne peut être déposée que pour des éléments qui ne s'étendent pas au-delà du contenu de la demande antérieure telle qu'elle a été déposée".
et l'article 69 (1) "L'étendue de la protection conférée par le brevet européen ou par la demande de brevet européen est déterminée par les revendications. Toutefois, la description et les dessins servent à interpréter les revendications."
45. La revendication 1 du brevet EP 289 vise une "molécule de nucléotide triphosphate modifiée comprenant [?] un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle" alors que la revendication 1 du brevet EP 578 visait une "molécule de nucléotide modifiée comprenant [?] un groupement sucre désoxyribose ayant un groupe de blocage de 3'-OH retirable fixé de manière covalente à celle-ci, de sorte que l'atome de carbone 3' a un groupe fixé de structure -O-Z".
Le brevet parent fait donc référence à un groupe de structure O-Z lié à l'atome de carbone en position 3', tandis que le brevet EP 289 revendique une molécule incluant un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe 3'-azidométhyle, et non 3'-O-azidométhyle.
46. A l'appui de sa position selon laquelle l'homme du métier comprendra de la revendication du brevet EP 289 qu'elle décrit un groupe 3'-azidométhyle directement fixé sur l'atome de carbone en position 3' du sucre désoxyribose, la société MGI invoque des rapports du professeur [K] du 28 avril 2020 et du professeur [W] du 13 juillet 2020 selon lesquels cette conclusion s'infère clairement des règles de nomenclature de l'UICPA et qu'il s'agit d'une configuration moléculaire différente de 3'-O-azidométhyle.
47. Elle ne conteste cependant pas que le terme désoxyribose peut renvoyer à un sucre sans groupe hydroxyle (OH) en position 2' (comme dans la figure reproduite au point 4 supra) ou sans groupe hydroxyle en position 3' (étant précisé que, lorsque les deux groupes hydroxyles sont absents, on parle de didésoxyribose) et qu'il est couramment utilisé pour désigner un ribose dépourvu d'un atome d'oxygène dans la position 2' (comme dans ADN, par exemple, au lieu de acide 2- désoxyribonucléique).
48. Ce sens courant est confirmé par la société Complete genomics inc. du groupe BGI qui, dans sa demande de brevet WO 2018/129214 du 4 janvier 2018 ayant pour objet des compositions et procédés de SBS, a indiqué parmi les définitions au paragraphe [0051]: "as used herein, in the context of a cleavable blocking group of nucleotide analog, the designation "3'-O-" is sometimes implied rather than explicit. For example, the terms "azidomethyl", "3'-O- azidomethyl" are interchangeable as will be apparent from context" et a donné la légende "3'-azidomethyl" à sa figure 9 ci-dessous reproduite illustrant un sucre dont l'atome de carbone 3' a un groupe fixé de structure -O-N3.
49. Au regard de ce double sens du terme désoxyribose et du fait que l'expression "3'-O-" soit parfois sous-entendue, la société MGI est mal fondée à soutenir que la revendication 1 du brevet EP 289 signifie de façon si claire que le groupe azidométhyle est lié au troisième atome de carbone (3') du groupement sucre directement, sans atome d'oxygène intermédiaire, qu'il serait exclu de recourir à la description du brevet pour interpréter le sens des termes "groupe 3'-azidométhyle".
50. Or, la description évoque, d'emblée, le caractère retirable du groupe de blocage et, dès le paragraphe [0015] le rattachement d'un groupe de structure -O-Z à l'atome de carbone 3' et fournit des exemples de molécules dans lesquelles le groupe de blocage azidométhyle est lié au carbone 3' par l'intermédiaire d'un atome d'oxygène (paragraphes [00102] et [00103]).
51. De plus, la société MGI ne conteste pas la déclaration du 28 juin 2021 du docteur [X] [I] selon laquelle l'homme du métier aurait nécessairement compris que la revendication 1 portait sur des molécules nucléotidiques possédant une base purine ou pyrimidine et un groupement sucre désoxyribose comportant un groupe azidométhyle (soit un groupe -CH2N3) attaché à l'oxygène à la position 3' car, "si cela n'était pas le cas, par exemple si le groupe azidométhyle était attaché directement au carbone 3', il annulerait entièrement l'objectif technique fondamental auquel les nucléotides sont destinés dans le brevet EP 289" car cela reviendrait à éliminer de façon irréversible le groupe 3'-OH, "ce qui exclurait toute croissance future du polynucléotide, empêchant ainsi tout autre séquençage".
52. Dans ces conditions, le tribunal retient que l'homme du métier comprendrait que, lorsque la revendication 1 mentionne un groupe 3'-azidométhyle, il s'agit d'un groupe 3'-O-azidométhyle car les termes sont interchangeables dans ce contexte et parce que c'est ce qui ressort sans ambiguïté de la description.
53. Le grief d'extension de l'objet du brevet n'est donc pas fondé et la nullité demandée de ce chef est rejetée.
4 . Sur la nullité des brevets pour défaut de nouveauté
54. La société MGI soutient que :
- le tableau 1 de l'article de Pentti Oksman et autres (ci-après ea) de 1992, qui concerne la fourniture de nucléosides modifiés pouvant être utiles dans le traitement du VIH, divulgue des nucléosides modifiés par un groupe 3'-O-azidométhyle et l'homme du métier aurait compris que ces nucléosides peuvent agir comme des inhibiteurs potentiels du VIH et que l'utilisation de nucléosides comme antiviraux repose sur leur conversion in vivo en nucléotides correspondants, par l'ajout du groupe triphosphate au carbone 5',
- l'homme du métier aurait nécessairement abouti à des nucléotides modifiés 3'-O-azidométhyle, tels que revendiqués par le brevet EP 578 et le brevet EP 289 ;
- les revendications 1 et 9 du brevet EP 289 sont implicitement divulguées par un article de Lin ea (1993) mentionnant la formule structurelle d'un nucléoside avec une base thymine, un groupe sucre, un groupe hydroxyle et un groupe azidométhyle.
55. La société Illumina Cambridge oppose que :
- pour être destructeur de nouveauté, un document antérieur doit révéler tous les moyens de l'invention et résoudre le même problème technique ;
- l'article d'Oksman ea analyse la structure de 20 nucléosides, il ne mentionne pas de nucléotides et ne concerne en rien le séquençage ou la synthèse de l'ADN (il recherche la potentielle activité antivirale des nucléosides étudiés) ;
- quand bien même l'article d'Oksman ea aurait divulgué qu'un nucléoside identifié comme potentiel inhibiteur du VIH devait être testé in vivo (ce qui n'est pas le cas), il aurait été purement spéculatif de considérer que ce composé serait converti en un nucléotide triphosphate,
- l'article de Lin ea (1993) n'enseigne pas de molécule de nucléotide modifiée par l'adjonction d'un groupe de blocage azidométhyle en position 3' via un atome d'oxygène,
- ce sont les conclusions de la division d'opposition dans ses deux décisions sur les deux brevets ainsi que celles des juges suédois, belge et espagnol.

56. L'article 138, 1, a) de la CBE dispose que le brevet européen est déclaré nul par les tribunaux d'un État contractant si "l'objet du brevet européen n'est pas brevetable en vertu des articles 52 à 57" et l'article 54 définit ainsi la nouveauté : "Une invention est considérée comme nouvelle si elle n'est pas comprise dans l'état de la technique".
L'élément de l'art antérieur n'est destructeur de nouveauté que s'il renferme tous les moyens techniques essentiels de l'invention dans la même forme, le même agencement et le même fonctionnement en vue du même résultat technique : l'antériorité, qui est un fait juridique dont l'existence, la date et le contenu doivent être prouvés par tous moyens par celui qui l'invoque, doit être unique et être révélée dans un document unique dont la portée est appréciée globalement
57. Il est constant qu'un nucléoside est composé d'un sucre à 5 atomes de carbone et d'une base nucléique et qu'il devient un nucléotide lorsqu'un ou plusieurs groupes phosphate sont liés à son carbone 5'.
58. Il n'est pas contestable que les nucléosides sont des molécules différentes des nucléotides, qu'aucun des nucléosides sélectionnés par les articles précités n'est envisagé comme apte à être utilisé dans le séquençage de l'ADN et que la conversion in vivo des nucléosides n'était pas envisagée par ces articles.
De plus, la société MGI ne fournit pas de réponse aux difficultés techniques soulevées par la société Illumina Cambridge à cette conversion in vivo.
59. Enfin, l'article de Pentti Oksman ea a été écrit dans le domaine de la recherche antivirale et décrit des nucléosides inhibiteurs potentiels du VIH, de même que l'article de Lin ea, s'inscrivant dans le cadre de la recherche contre le cancer, c'est-à-dire qu'ils contribuent à la résolution d'un problème technique sans aucun lien avec le séquençage et sans aucune mention d'un effet technique notamment de blocage réversible.
60. Dès lors, la révélation de nucléosides, quand bien même ils comporteraient un groupe COH2N3,comme agents potentiels antiviraux ne saurait constituer la divulgation implicite de nucléotides modifiés pour permettre la SBS de polynucléotides grâce à un groupe de blocage retirable.
61. La demande de nullité des brevets pour défaut de nouveauté est donc rejetée.
5 . Sur la nullité pour défaut d'activité inventive
62. L'article 138, 1, a) de la CBE dispose que le brevet européen est déclaré nul par les tribunaux d'un État contractant si "l'objet du brevet européen n'est pas brevetable en vertu des articles 52 à 57" et l'article l'article 56 que "une invention est considérée comme impliquant une activité inventive si, pour un homme du métier, elle ne découle pas d'une manière évidente de l'état de la technique".
Pour apprécier l'activité inventive d'un brevet, il convient de déterminer d'une part, l'état de la technique le plus proche, d'autre part le problème technique objectif à résoudre et enfin d'examiner si l'invention revendiquée aurait été évidente pour l'homme du métier. Les éléments de l'art antérieur ne sont destructeurs d'activité inventive que si, pris isolément ou associés entre eux selon une combinaison raisonnablement accessible à l'homme du métier, ils permettaient à l'évidence à ce dernier d'apporter au problème résolu par l'invention la même solution que celle-ci.
a) Le problème technique à résoudre
63. Selon la société MGI, le problème technique objectif, à partir de la demande de brevet WO02/29003 ([R], 11 avril 2002), ci-après "la demande de brevet [R]", ou, alternativement, la demande de brevet WO 91/06678, publiée le 16 mais 1991 (ci-après "la demande de brevet Tsien"), doit être limité à la recherche d'un groupe de blocage alternatif à ceux divulgués par l'art antérieur car, si l'on suit la position de la société Illumina Cambridge sur ce point, on constate que :
- les brevets portent aussi sur des applications pour lesquelles la possibilité de supprimer le groupe bloquant n'est pas pertinente (le séquençage de Sanger, les méthodes de synthèse, les agents antiviraux et les outils de recherche),
- l'utilisation du groupe 3'-O-azidométhyle revendiqué n'apporte pas d'amélioration par rapport aux groupes de blocage de l'art antérieur en ce que le breveté n'était pas en mesure de réaliser efficacement une méthode SBS (sans dénaturation de l'ADN) avec un rendement satisfaisant (peu de cycles de déprotection réalisés expérimentalement).
64. La société Illumina Cambridge soutient que cette conception est réductrice et que le problème technique résolu par les brevets est la fourniture d'un groupe de blocage 3'-OH aux propriétés améliorées ou, à tout le moins d'un groupe de blocage 3'-OH alternatif, c'est-à dire un groupe de blocage qui convient à une utilisation dans une réaction de polymérase, et qui peut également être déprotégé avec une excellente efficacité de clivage dans des conditions aqueuses douces et neutres, de sorte qu'aucun dommage n'est causé à la structure polynucléotidique.

65. Comme l'a retenu le juge de la mise en état dans son ordonnance du 9 juillet 2021, la description des deux brevets (paragraphes [0005], [0006]) indique que "pour être utiles dans le séquençage d'ADN, les nucléotides, et plus généralement les nucléotides triphosphates, nécessitent généralement un groupe de blocage 3'OH afin d'empêcher la polymérase utilisée pour l'incorporer dans une chaîne polynucléotidique de continuer à se répliquer une fois que la base sur le nucléotide est ajoutée", qu'"il existe de nombreuses limites à l'adéquation d'une molécule en tant que groupe de blocage" qui "doit être telle qu'elle empêche l'ajout de molécules de nucléotides supplémentaires à la chaîne polynucléotidique tout en étant, simultanément, facilement éliminable du groupement sucre sans endommager la chaîne polynucléotidique" et "des groupes de blocage réversibles à cet effet ont été décrits précédemment, mais aucun d'entre eux ne satisfait de manière générale aux critères ci-dessus pour la chimie des polynucléotides, par exemple, compatible avec l'ADN".
Après avoir cité l'article de Metzker ea (1994), la demande de brevet [R] et la méthodologie de déprotection de [S] ea (1999), la description constate "il n'a pas été possible jusqu'à présent d'effectuer un séquençage d'ADN en utilisant des nucléotides 3'OH bloqués par allyle" [0011].
66. Il apparaît donc, ainsi que l'a retenu la division d'opposition de l'OEB le 9 décembre 2015 saisie d'une opposition au brevet EP 578, que l'objectif de celui-ci était d'identifier des groupes de blocages retirables adaptés au séquençage d'ADN aux propriétés améliorées par rapport à l'art antérieur, et non pas seulement à titre alternatif, et il est indifférent que les revendications et le paragraphe [0080] mentionnent que d'autres applications de l'invention, dans lesquelles le retrait du groupe de blocage n'est pas nécessaire, sont possibles.
b) La contestation des priorités revendiquées
67. La société MGI soutient également que toutes les revendications manquent d'activité inventive parce que les priorités ne sont pas valablement revendiquées, en ce que :
- le brevet américain 227131 du 23 août 2002 ne contient pas d'enseignement direct concernant l'utilisation de l'azidométhyle en tant que groupe de blocage 3' ni l'incorporation de nucléotides modifiés 3'-O-azidométhyle par l'ADN polymérase, et le brevet anglais 0303924 du 20 février 2003 n'a aucun rapport avec les revendications des brevets, comme l'a retenu la division d'opposition de l'OEB le 22 décembre 2021 ;
- le brevet anglais 0230037 du 23 décembre 2002 donne un seul exemple de nucléotides modifiés par un groupe 3'-O-azidométhyle et ne contient aucune donnée montrant l'incorporation de tels nucléotides modifiés par l'ADN polymérase, même si la division d'opposition de l'OEB a jugé les éléments suffisants pour retenir cette priorité,
de sorte que le brevet US 2003/0104437, publié le 5 juin 2003 et qui contient une série de formules décrivant les groupes de blocage, doit être retenu au titre de l'état antérieur de la technique.
68. La société Illumina Cambridge soutient que la priorité du brevet anglais 0230037 est incontestable puisqu'elle a le même objet que le brevet EP 578.

69. L'article 87 (1) CBE prévoit : "Celui qui a régulièrement déposé, dans ou pour
a) un État partie à la Convention de [Localité 6] pour la protection de la propriété industrielle ou
b)un membre de l'Organisation mondiale du commerce,
une demande de brevet d'invention, de modèle d'utilité ou de certificat d'utilité, ou son ayant cause, jouit, pour effectuer le dépôt d'une demande de brevet européen pour la même invention, d'un droit de priorité pendant un délai de douze mois à compter de la date de dépôt de la première demande."
Selon la grande chambre de recours de l'OEB (décision G 2/98 du 31 mai 2001), une revendication figurant dans une demande de brevet européen ne bénéficie de la priorité d'une demande antérieure conformément à l'article 88 CBE que si l'homme du métier peut, en faisant appel à ses connaissances générales, déduire directement et sans ambiguïté l'objet de cette revendication de la demande antérieure considérée dans son ensemble.
70. Le brevet anglais 0230037 "modified nucleotides" concerne des nucléotides modifiés ayant un groupe de blocage retirable et leur utilisation dans des méthodes de séquençage de polynucléotides ainsi qu'il résulte de sa description et ses revendications.
La société MGI ne conteste pas qu'il s'agit de la même invention mais soutient seulement que l'invention est insuffisamment décrite en ce qu'elle affirme sans preuve qu'il est chimiquement possible d'ajouter un groupe 3'-O-azidométhyle retirable, sans identifier de marqueur permettant l'incorporation du nucléotide par polymerase et sans fournir aucune donnée montrant que ces nucléotides pouvaient être utilisés avec succès dans une méthode de SBS.
71. Outre que cette position est radicalement opposée à toute son argumentation sur l'absence d'activité inventive des brevets litigieux au regard de documents provenant de disciplines sans rapport avec le séquençage ADN et ne divulguant même pas de nucléotides modifiés, la société MGI ne saurait être suivie dès lors qu'il n'est aucunement exigé qu'une invention contienne des données expérimentales démontrant son efficacité.
Quant à l'affirmation selon laquelle un marqueur est, de par son volume, susceptible de provoquer des problèmes d'incorporation du nucléotide par les polymérases, il n'est étayé par aucune pièce.
En revanche, la société Illumina Cambridge souligne à juste titre que le propre expert de la société MGI, le professeur [V], à l'appui d'une démonstration de l'absence de caractère inventif des brevets a indiqué "the skilled person would have been familiar with nucleotides labelled via the base group though the use of the labelled dideoxynucleotides in Sanger sequencing" dans son rapport du 18 septembre 2020, de sorte que le marquage des nucléotides faisait partie des connaissances générales de l'homme du métier.
72. Le brevet anglais 0230037 divulguait donc la même invention que les brevets litigieux et sa priorité est pleinement valable.
73. La société MGI ne contestant les priorités revendiquées que pour opposer l'antériorité du brevet US 2003/0104437, publié le 5 juin 2003, la priorité valable du brevet anglais 0230037 "modified nucleotides" du 23 décembre 2002 suffit à écarter le moyen, sans qu'il y ait lieu d'examiner les deux autres priorités, qui ne sont pas défendues par la société Illumina Cambridge.
c) L'état de la technique le plus proche
74. La société MGI soutient que la demande de brevet [R] ou, alternativement, la demande de brevet Tsien peuvent être considérées comme l'état de la technique le plus proche en ce qu'elles divulguent toutes les deux des méthodes de SBS et contiennent des enseignements sur les critères de sélection d'un groupe protecteur permettant de mener à bien une telle méthode.
A titre alternatif, elle soutient que les revendications de produit sont dépourvues d'activité inventive au regard des deux articles de Zavgorodny ea de 1991 et 2000 qui divulguent un nucléoside 3'-O-azidométhyle, éventuellement complétés par l'article de Kovacs (1988) qui enseigne explicitement que, pour que les analogues de nucléosides deviennent utiles dans les processus biologiques, ils doivent être convertis en nucléotides.
75. La société Illumina Cambridge ne conteste pas que la demande [R] constitue l'état de la technique le plus proche mais oppose que la société MGI en dénature la portée.

76. La demande de brevet [R] (2002) décrit "un procédé de séquençage d'un acide nucléique en détectant l'identité d'un analogue nucléotidique après l'incorporation de l'analogue nucléotidique dans un brin d'ADN en croissance dans une réaction de polymérase" en 9 étapes, parmi lesquelles "ajouter une polymérase et un ou plusieurs analogues nucléotidiques différents à l'acide nucléique pour incorporer ainsi un analogue nucléotidique dans le brin d'ADN en croissance, où l'analogue nucléotidique incorporé termine la réaction de polymérase et où chaque analogue nucléotidique différent comprend (a) une base choisie dans le groupe consistant en l'adénine, la guanine, la cytosine, la thymine et l'uracile et leurs analogues ; (b) un marqueur unique attaché par un lieur clivable à la base ou à un analogue de la base ; (c) un désoxyribose ; et (d) un groupe chimique clivable pour coiffer un groupe -OH à une position 3' du désoxyribose".
77. De nombreuses recherches étaient menées dans le domaine précis du séquençage d'ADN, et tout particulièrement la SBS, de sorte que les articles de Zavgorodny de 1991 et 2000, publiés dans le domaine distinct de la chimie organique de synthèse, ne sauraient constituer l'état de la technique le plus proche pour la résolution du problème technique, au contraire de la demande de brevet [R], orientée dans le même but que l'invention contestée.
78. Il y a lieu de retenir la demande de brevet [R], comme l'art antérieur le plus proche.
d) L'activité inventive
79. La société MGI soutient l'absence d'activité inventive des revendications de produit des deux brevets :
en partant de la demande de brevet [R] qui, selon elle, enseigne :
- un groupe de petite dimension afin que le nucléotide soit accepté par les polymérases,
- des conditions douces pendant la déprotection dans un environnement aqueux afin d'éviter la dénaturation,
- des conditions sélectives de clivage du groupe de blocage,
- un groupe de blocage devant être bio-orthogonal sans fonction carbonyle adjacente à l'atome d'oxygène 3',
(la demande Tsien illustrant aussi selon elle les 3 premières recommandations)
complétée par :
? l'article de Serguey Zavgorodny de 1991 qui décrit la synthèse d'une classe de nucléosides modifiés de structure CH2-N3 et divulgue des groupes protecteurs en position 3', parmi lesquels l'azidométhyle est identifié comme "particulièrement avantageux" et pouvant être retiré dans des conditions douces par réaction de Staudinger, sans craindre de dénaturation,
? l'article de Serguey Zavgorodny de 2000 rapportant la synthèse d'un ribonucléoside modifié avec un groupe 3'-OH-azidométhyle (-O-CH2-N3) et indiquant que ce groupe de blocage peut être éliminé "dans des conditions spécifiques et douces",
? le manuel de référence de la chimie organique de synthèse de Greene et Wuts (1999) qui divulgue l'utilisation d'un groupe de blocage azidométhyle,
? la publication de [G] [T] (1991) divulguant l'utilisation de l'azidométhyle en tant que groupe de blocage d'un phénol,
? la connaissance de la réaction de Staudinger entre une azoture (-N3) et une phosphine en présence d'eau,
qui auraient incité l'homme du métier à utiliser le groupe azidométhyle comme groupe de blocage pour des nucléotides modifiés et comme agent bloquant, vu la similarité des nucléosides et des nucléotides et la possibilité de conversion de l'un en l'autre par phosphorylation.
80. S'agissant des revendications portant sur des procédés de séquençage et des kits, elle fait valoir que
- la méthode de séquençage par synthèse était largement connue à la date de priorité des brevets - citant neuf brevets antérieurs entre 1990 (Dower) et juin 2000 (Odedra ea) - et ses étapes, décrites par les revendications 12 à 17 du brevet EP 578 et 10 du brevet EP 289, étaient déjà divulguées,
- les revendications 18 à 24 du brevet EP 578 sont divulguées par la demande de brevet Tsien et les revendications 11 à 15 brevet EP 289 par l'art antérieur,
- l'utilisation de nucléotides modifiés, d'enzymes spécifiques, de marqueurs détectables et la définition des étapes et la formation de kits (revendications 25 à 28 du brevet EP 578) sont évidentes et non inventives.
81. La société Illumina Cambridge oppose à titre liminaire que la division d'opposition de l'OEB a déjà écarté ces arguments.
Sur le fond, elle fait valoir que la demande [R] :
- évoque l'utilisation de "petites entités chimiques clivables"mais ne définit aucunement une structure chimique optimale ou maximale ni ne mentionne que les groupes métoxyméthyle (ci-après MOM) et allyle, qu'elle préconise, auraient quatre atomes et une structure non ramifiée ;
- ne fournit aucune indication à l'homme du métier sur les conditions de déprotection des groupes de blocage qu'elle divulgue (et notamment pas qu'elle se ferait en environnement aqueux) alors même qu'elle qualifie ces conditions de déprotection comme des exigences fondamentales ;
- écarte l'utilisation de groupes électrophiles sans nuance ;
- les demandes de brevets [R] et Tsien listent des critères pour identifier un groupe de blocage approprié pour le séquençage par synthèse mais ne guidaient pas l'homme du métier vers une utilisation du groupe azidométhyle : au contraire, la demande Tsien n'oriente vers aucun groupe tandis que la demande [R] suggère deux autres groupes moléculaires et enseigne que les composés électrophiles ne sont pas indiqués ;
- les deux articles, rédigés à 9 ans d'intervalle par Zavgorodny ea, traitent de la synthèse de nucléosides ou de ribonucléosides et non de nucléotides et relèvent du champ de la chimie organique totalement étranger au séquençage de l'ADN ; un nucléoside ne peut pas être intégré dans une polymérase ; dès lors, même s'ils citent le groupe azidométhyle parmi 21 autres composés étudiés, l'homme du métier n'y aurait vu aucune incitation à tester un tel groupe de blocage pour le séquençage de l'ADN ;
- les enseignements du brevet [R] et des articles Zavgorodny ea sont incompatibles et les autres documents n'auraient pas attiré l'attention de l'homme du métier ;
- si l'azidométhyle s'imposait à l'homme du métier, sans le moindre effort inventif, comment expliquer que plus de 10 ans se soient écoulés avant que l'azidométhyle ne soit enseigné par le brevet EP 578 (priorité d'août 2002) comme un groupe de blocage de 3'-OH pour une utilisation dans une méthode de séquençage par synthèse et que la demande [R], publiée le 11 avril 2002, préférait les groupes allyle et MOM et contenait des enseignements excluant l'azidométhyle en tant que groupe de blocage de 3'-OH ?
- au contraire, il résulte des propres déclarations du docteur [R] que tous les groupes protecteurs qu'il avait identifiés ne marchaient pas ;
- il ne peut être exigé au stade du dépôt du brevet, encore objet d'une recherche fondamentale, une efficacité complète : à cette date, les brevets querellés divulguaient des groupes de blocage très prometteurs et démontraient un effet technique jamais atteint (au moins trois cycles intégration/identification/retrait successifs réalisés pour les quatre bases nucléiques) ;
- le raisonnement de la société MGI est manifestement rétrospectif.
Sur la combinaison des deux articles Zavgorodny de 1991 et 2000 et de l'article Kovacs, elle souligne que ce dernier n'a aucun lien avec le séquençage et n'est aucunement incitatif à utiliser le groupe de blocage azidométhyle comme groupe de protection dans ce contexte.
82. S'agissant des revendications portant sur des procédés de séquençage et des kits, elle fait valoir que :
- les neuf brevets antérieurs relatifs à des méthodes de séquençage énumérés par la société MGI ont été examinés dans le cadre de la procédure de délivrance et/ou d'opposition du brevet EP 578 et n'ont pas été jugés susceptibles de priver son invention d'activité inventive : ils démontrent au contraire que, même si un certain nombre d'équipes travaillaient sur des méthodes de séquençage utilisant des terminateurs de chaîne réversibles, aucun n'a été près de mettre au point l'invention objet des brevets de nucléotides modifiés ;
- les autres revendications qui en découlent sont donc aussi inventives que la revendication no1.

83. A l'analyse de la demande de brevet [R], celle-ci divulgue, s'agissant du groupe chimique clivable, les éléments suivants :
- un "petit groupe chimique clivable", mentionné plusieurs fois et notamment "Les ddNTP, auxquels il manque un groupe 3'-hydroxyle, sont choisis pour coiffer le 3'-OH non réagi du nucléotide en raison de leur petite taille par rapport aux nucléotides marqués"
- "Tout groupe chimique pourrait être utilisé tant que le groupe 1) est stable pendant la réaction de polymérase, 2) n'interfère pas avec la reconnaissance de l'analogue nucléotidique par la polymérase comme substrat et 3) est clivable"
- les groupes protecteurs préférés pour coiffer le groupe 3'-OH sont les groupes "MOM (-CH2 OCH3 ) ou allyle (-CH2 CH=CH2)" , tandis que "Les groupes chimiques avec des électrophiles tels que les groupes cétones ne conviennent pas pour protéger le 3'-OH du nucléotide dans les réactions enzymatiques en raison de l'existence de nucléophiles forts dans la polymérase".
Cette demande de brevet ne fournit aucun détail sur ce qu'elle entend par "petit", notamment pas sur le plan de la structure chimique ou physique.
Si elle mentionne "Le clivage chimique des groupes MOM et allyle est assez doux et spécifique, afin de ne pas dégrader l'entité matrice d'ADN", elle ne donne aucune autre indication sur les modalités de déprotection, notamment pas qu'elle doit être possible dans des conditions douces dans un environnement aqueux.
Elle juge inappropriés non seulement les esters et cétones mais aussi les groupes électrophiles, dont fait partie l'azidométhyle, sans qu'il en résulte que cette réserve soit limitée à leur localisation dans le site actif de la polymérase.
84. Le document Zavgorodny ea de 1991, déjà évoqué, est un article de chimie organique synthétique. Il concerne un domaine voisin de celui de l'invention et serait pris en compte par l'homme du métier à la recherche d'un groupe de blocage retirable adapté au séquençage d'ADN. Il énumère 21 possibilités de groupes protecteurs possibles pour les nucléosides parmi lesquels le groupe azidométhyle -OCH3 mais aussi le groupe MOM, évoqué par la demande [R] et évoque une élimination spécifique et douce "à savoir avec de la triphénylphosphine dans de la pyridine aqueuse à 20o C".
85. Le document Zavgorodny ea de 2000 divulgue des ribonucléosides protégés par l'incorporation d'un groupe 3'-OH-azidométhyle et l'élimination de celui-ci par une phosphine soluble dans la pyridine aqueuse.
86. Le livre de Theodora Greene et Peter Wuts intitué Protective groups in organic synthesis (1999) indique , dans le chapitre 3 relatif à la protection des phénols et catéchols, que, parmi 230 groupes, "L'éther azidométhyle, utilisé pour protéger le phénol et préparer le déplacement de l'azoture sur le groupe chlorométhylène, est clivé par réduction avec LiAH 4 ou par hydrogénolyse (Pd-C, H2). Il est stable aux acides forts, au permanganate et aux bromations radicalaires". Cet ouvrage comporte un chapitre 2 relatif à la protection des alcools qui ne cite pas l'azidométhyle.
87. L'article de [T] ea de 1988 a pour abstract "Le groupement azidomethylene protége les phénols en milieu basique, nucléophile, oxydant, faiblement acide et faiblement réducteur. (...) Son intérêt réside dans les conditions extrêmement douces de retour au phénol qui permettent la préparation de phénols très instables".
88. Il n'est pas contesté que la possibilité de conversion de nucléosides en nucléotides et la réaction de Staudinger déjà évoquée étaient des connaissances générales de l'homme du métier.
89. Il résulte de tous ces éléments que le groupe azidométhyle est un groupe électrophile explicitement déconseillé par la demande de brevet [R], plus volumineux que les allyles et les MOM. Dès lors, l'homme du métier ne saurait avoir été incité par les articles Zavgorodny ea à le sélectionner parmi les 21 groupes protecteurs possibles pour les nucléosides pour envisager sa conversion en nucléotide afin de réaliser le séquençage selon ce brevet.
Il ne s'en évince pas non plus qu'il y aurait été incité par le manuel de Greene et Wuts et les travaux de [T] ea alors que le groupe à protéger n'était pas un phénol et que plusieurs centaines d'autres composés étaient mentionnés.
90. Au surplus, s'agissant de sa capacité à être retiré dans des conditions douces, d'une part il a été vu ci-dessus que la demande [R] n'en fait aucune mention et, d'autre part, qu'il n'est pas établi que le retrait dans le contexte de la chimie organique et de la chimie des phénols soit transposable au retrait dans le contexte du séquençage d'ADN.
Quant aux articles Zavgorodny ea de 1991 et 2000, ils évoquent un retrait en pyridine aqueuse ; or, la société MGI ne discute pas que le document Kit de 1963, versé par la société Illumina Cambridge, indique que la pyridine est un puissant agent dénaturant.
A cet égard, le fait que le professeur [N] aurait démontré par des résultats expérimentaux que les conditions de déprotection selon l'article Zavgorodny ea de 2000 étaient compatibles avec le procédé d'après la demande [R] et ne seraient pas nuisibles à l'ADN immobilisé en épingle, ainsi qu'il l'indique dans son attestation du 11 janvier 2021, n'induit pas que cela était évident pour l'homme du métier avant la date de priorité.
91. Pour conclure à un défaut d'activité inventive des revendications de produit du brevet EP 578, la demanderesse combine donc des connaissances relevant de domaines voisins mais distincts que sont la chimie fondamentale, la recherche antivirale et la recherche contre le cancer.
Or, l'association de ces enseignements ne présentait aucune évidence et ne saurait être assimilée à de simples opérations d'exécution.
92. De plus, une activité inventive était indispensable pour les transposer au séquençage SBS car cette démarche supposait d'aller contre deux préjugés : les préventions de la demande de brevet [R] relatives aux groupes électrophiles, d'une part, et la connaissance de l'effet dénaturant de la pyridine, d'autre part.
93. La revendication 1 du brevet EP 578 et la revendication 1 du brevet EP 289 impliquent donc une activité inventive. Il en va nécessairement de même des autres revendications du brevet EP 578, qui sont toutes dépendantes de la revendication 1 et ne font qu'y ajouter d'autres caractéristiques ; comme pour les revendications 2, 3, et 4 du brevet EP 289.
Quant aux revendications 6, 9 et 10 du brevet EP 289, si elles sont nominalement indépendantes, elles ne le sont qu'en apparence.
94. La revendication 6 porte sur un kit comprenant des nucléotides triphosphates modifiés dont le sucre désoxyribose comporte lui-même un groupe 3'-azidométhyle, ce qui correspond à la totalité des caractéristiques de la revendication 1 ; or si la molécule implique une activité inventive, son emploi dans un kit l'implique tout autant. De même, la revendication 9 porte sur une molécule contenant plusieurs des molécules protégées par la revendication 1, et est donc aussi inventive qu'elle. La revendication 10, enfin, porte sur le procédé de séquençage utilisant cette molécule ; elle implique donc a minima la même activité inventive.
95. La société MGI ne démontre pas que l'une quelconque des revendications des brevets EP 578 et EP 289 découlait de manière évidente de l'état antérieur de la technique pour l'homme du métier. Sa demande de nullité est donc rejetée.
III . Sur la contrefaçon
1 . Sur les preuves
a) Sur la saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020
96. La société MGI soutient que :
- une action en nullité étant déjà pendante, la demande aurait dû être présentée au président de la chambre saisie de cette action et non au président du tribunal,
- le tribunal judiciaire de Paris, confirmé par la cour d'appel de Paris le 25 juin 2021, a jugé dans une espèce similaire que les requêtes présentées aux fins d'établir l'existence de faits argués de contrefaçon d'un brevet, intéressant les mêmes parties et les mêmes produits, sont bien afférentes à la procédure en nullité du brevet ;
- la saisie effectuée sans avoir été dûment autorisée est donc nulle, de même que les procès-verbaux de saisie qui en résultent.
A la suite de l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023, elle indique que sa contestation est un moyen de fond portant sur la validité des preuves qui lui sont opposées et n'est aucunement une exception d'incompétence, ainsi que l'a clairement jugé la Cour de cassation (Com., 14 septembre 2010, pourvoi no09-69.862).
97. La société Illumina Cambridge oppose que :
- la requête en contrefaçon portait aussi sur la contrefaçon de trois autres brevets : EP 433, EP 412 et EP 415 ;
- à la date de présentation de sa requête aux fins de saisie-contrefaçon, la 3ème chambre n'était saisie d'aucune instance en contrefaçon de sorte qu'elle ne pouvait être afférente à l'instance en cours et n'était pas du tout saisie d'instance incluant les brevets EP 433, EP 412 et EP 415;
- pour définir le terme afférent, il est possible de raisonner par analogie avec les conditions d'application des articles 789 et 70 du code de procédure civile et la qualification d'afférente est incertaine lorsqu'il s'agit d'une prétention future non encore présentée ;
- le juge des requêtes ayant autorisé la saisie-contrefaçon était parfaitement informé de l'existence de la procédure en nullité des brevets EP 578 et EP 289.
Elle ajoute que l'arrêt de la Cour de cassation du 1er février 2023 ne définit pas le terme "afférent" utilisé dans l'article 845 du code de procédure civile mais qu'il a posé que l'exception d'incompétence, distincte de la fin de non recevoir tirée du défaut de pouvoir du juge ayant signé la requête, doit être soulevée avant toute défense au fond.

98. L'article L. 716-7 du code de la propriété intellectuelle confère au président du tribunal judiciaire une compétence exclusive pour autoriser toute personne ayant qualité pour agir en contrefaçon à faire procéder à la saisie des produits ou des services dont il prétend qu'ils constituent la contrefaçon de son titre.
L'article 845, alinéa 3, du code de procédure civile prévoit que toute requête afférente à une affaire en cours doit être présentée au président de la chambre saisie ou à laquelle l'affaire a été distribuée ou au juge déjà saisi.
99. Dès lors que la juridiction est saisie au fond, seul l'article 845 du code de procédure civile est applicable à l'exclusion de l'article L. 716-7 du code de la propriété intellectuelle (Com., 14 février 2012, pourvoi no 11-12.619) si la mesure de saisie-contrefaçon sollicitée est afférente à l'instance au fond.
100. La requête aux fins de saisie-contrefaçon dans les locaux du CEA a été présentée par la société Illumina Cambridge au président du tribunal judiciaire de Paris le 23 septembre 2020, soit quatre mois après l'introduction de la présente instance. Les opérations ont été réalisées le 30 septembre 2020.
101. Au cas présent, la procédure dont se trouvait saisie la juridiction avant la présentation de la requête avait pour objet la contestation de la validité des brevets EP 578 et EP 289. L'action en contrefaçon n'avait pas encore été initiée par la société Illumina Cambridge et la requête qu'elle a présentée le 23 septembre 2020 était fondée sur ces mêmes titres, quand bien même elle visait aussi trois autres brevets, aux fins d'établir leur contrefaçon par le demandeur à la nullité.
102. La requête du 23 septembre 2020 était donc bien afférente à la procédure en cours au sens de l'article 845 précité comme portant sur les mêmes titres, intéressant les mêmes parties et les mêmes produits et procédés.
103. La requête afin de saisie-contrefaçon du 23 septembre 2020 ayant été présentée à un juge incompétent pour l'autoriser, la saisie a été conduite sans avoir été régulièrement autorisée et il y a lieu d'annuler le procès-verbal de la saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020 et le procès-verbal d'ouverture des scellés du 6 novembre 2020 en résultant et d'ordonner la restitution au saisi des documents et échantillons saisis, à l'exception du kit neuf de modèle DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit FCL PE100 qui a été analysé par la société Eurofins.
La société MGI est mal venue à soulever le défaut de preuve du paiement de ce kit dès lors qu'elle-même en a été réglée par le CEA.
b) Sur la saisie-contrefaçon du 10 mars 2022
104. La société MGI soutient que :
- si l'huissier était autorisé à saisir des factures indiquant le prix de vente des produits litigieux, il devait les inventorier par une description sommaire et générique dans son procès-verbal pour sauvegarder le secret des affaires or il a fait une description très précise d'un bon de commande divulguant le prix de sorte qu'il a outre passé sa mission et que son procès-verbal est nul ;
- cet excès de pouvoir est à l'origine d'un préjudice qui doit être réparé par l'allocation de dommages et intérêts.
105. La société Illumina Cambridge oppose que :
- l'huissier n'a pas outrepassé les termes de la décision autorisant la saisie-contrefaçon puisqu'il était autorisé à saisir les informations comptables et financières relatives aux produits argués de contrefaçon, même si elles relevaient du secret des affaires ;
- la violation du secret des affaires n'est pas sanctionnée par la nullité du procès-verbal mais engage seulement la responsabilité civile de l'huissier ;
- il n'y aurait aucune raison d'écarter l'intégralité de ses constatations ;
- le prix de vente des marchandises n'est pas un secret des affaires en l'espèce, et la société MGI n'a pas mis en oeuvre les procédures lui permettant de le protéger,
- la société MGI n'a subi aucun préjudice du fait de l'une ou l'autre des saisies-contrefaçon, réalisées pour des raisons clairement énoncées permettant au CEA d'apprécier la portée de la mesure et l'huissier a ensuite conduit ses opérations de façon discrète, avec une équipe réduite au strict minimum (accompagné d'un seul conseil en propriété industrielle).

106. Le dispositif de l'arrêt de la cour d'appel de Paris ayant autorisé la saisie contrefaçon a prévu :
"Dit que les pièces éligibles à la protection au titre du secret des affaires pourront être placées sous séquestre provisoire dans les conditions de l'article R. 615-2 du code de la propriété intellectuelle renvoyant à l'article R. 153-1 du code de commerce, étant précisé que le secret des affaires couvre, conformément à l'article L. 151-1 du même code, une information répondant aux critères cumulatifs suivants :
- elle n'est pas en elle-même ou dans la configuration et l'assemblage exacts de ses éléments, généralement connue ou aisément accessible pour les personnes familières de ce type d'informations en raison de leur secteur d'activité ;
- elle revêt une valeur commerciale, effective ou potentielle, du fait de son caractère secret ;
- elle fait l'objet de la part de son détenteur légitime de mesures de protection raisonnables, compte tenu des circonstances, pour en conserver le caractère secret ;
Autorise néanmoins l'huissier à inventorier ces documents par une description sommaire et générique dans son procès-verbal".
107. Lors des opérations de saisie-contrefaçon, le commissaire de justice a procédé à la saisie de documents entrant incontestablement dans le champ de sa mission et a procédé à leur description précise ainsi qu'il y est tenu.
S'agissant de l'exécution du chef de dispositif reproduit supra, il n'entre pas dans ses compétences de juger quelles pièces ressortissent de la définition de l'article L. 151-1 du code de commerce de sorte que le fait de ne pas s'être borné au cas particulier à une description sommaire et générique de l'une d'elles ne caractérise pas un dépassement de sa mission par rapport à l'autorisation donnée par la cour d'appel.
108. La société MGI ne saurait être suivie lorsqu'elle affirme que le prix de vente mentionné est une information confidentielle au sens du texte précité alors que, au cas présent, elle n'a pas protesté lorsqu'elle a reçu notification du procès-verbal le 11 mars 2022 (ce dont il se déduit que la troisième condition précitée n'est pas remplie), n'a pas mis en oeuvre les procédures ouvertes en cas d'atteinte au secret des affaires et s'est bornée à solliciter pour ce motif la nullité des opérations par ses conclusions au fond du 5 août 2022.
109. Il y a lieu de rejeter la demande de nullité du procès-verbal de la saisie-contrefaçon.
c) Sur les autres modes de preuves
110. La société MGI soutient que :
- les informations disponibles sur son site internet, son webinaire et l'article de la revue Genome Web de mars 2019 ne révèlent pas la chimie de séquençage utilisée, de même que les manuels d'utilisation qui ne sont pas d'ailleurs édités pour un public français ;
- la product and process description du 3 juin 2020 ne concerne que des produits importés au Royaume-Uni et ne pouvait être utilisée que dans la procédure anglaise ;
- aucune des dépositions de 2020 et 2021 des docteurs [Z] et [J] effectuées dans les procédures parallèles ne permet de prouver que les brevets en litige sont contrefaits en France à la période visée car il n'est pas établi qu'ils aient compris les questions posées et qu'ils n'ont rien dit de la chimie utilisée aujourd'hui ;
- le site Internet du CEA indique seulement qu'il possède des séquenceurs DNBSEQ-G400 mais pas que ceux-ci reproduisent toutes les caractéristiques revendiquées du brevet ;
- sur les cinq rapports de la société Eurofins analysant cinq kits de séquençage différents, trois portent sur des échantillons dont l'origine n'est pas démontrée et deux ont été saisis au CEA et ne sont donc pas exploitables ;
- toutes les analyses réalisées par cette société comparent des produits prétendument produits par elle (mais dont la provenance n'est ni documentée ni valide) et un produit de référence pas plus documenté et sont affectées d'un biais méthodologique car elles cherchent à établir que la composition des deux produits est identique.
111. La société Illumina Cambridge oppose que :
- elle fait analyser des kits de réactifs de séquençage
MGISEQ-2000RS High-throughput Sequencing Kit Model PE150 nécessaires à la mise en oeuvre de la SBS sur un séquenceur MGISEQ-2000RS,
BGISEQ-500RS High-throughput Sequencing Kit Model PE100 pour la mise en oeuvre sur un séquenceur BGISEQ-500/BGISEQ-500RS,
DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit Model FCL PE100 à utiliser sur des séquenceurs DNBSEQ-G400RS
deux kits DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit FCL PE200 et un kit de modèle DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit FCS PE150 lors de la saisie-contrefaçon du 10 mars 2022 et a fait analyser les rapports par le docteur [I] ;
- la société MGI se trahit en renvoyant, pour étayer ses dires, aux mêmes sources qu'elle juge insuffisantes quand elles lui sont opposées;
- la méthode employée par la société Eurofins est largement répandue pour identifier précisément la composition d'une molécule ;
- ces analyses ont toutes conduit aux mêmes résultats, à savoir que les nucléotides contenus dans ces kits comprennent tous un groupe de blocage 3'-O-azidométhyle, confirmées par le docteur [I].

112. Aux termes de l'article 9 du code de procédure civile, "il incombe à chaque partie de prouver conformément à la loi les faits nécessaires au succès de sa prétention".
L'article 3 de la directive 2004/48 du Parlement européen et du Conseil relative au respect des droits de propriété intellectuelle préconise que "les mesures, procédures et réparations [prévues par les Etats membres pour assurer le respect des droits de propriété intellectuelle] doivent être loyales et équitables, ne doivent pas être inutilement complexes ou coûteuses" et son considérant 20 expose "Étant donné que la preuve est un élément capital pour l'établissement de l'atteinte aux droits de propriété intellectuelle, il convient de veiller à ce que des moyens de présenter, d'obtenir et de conserver les éléments de preuve existent effectivement".
113. C'est à juste titre que la société MGI soutient qu'il appartient au demandeur de démontrer la contrefaçon alléguée et que la société Illumina Cambridge lui oppose que, si la preuve d'un fait est raisonnablement rapportée, il appartient à celui qui la conteste d'étayer ses allégations, sans inverser pour autant la charge de la preuve.
Le tribunal appliquera ces principes à l'examen des prétentions des parties.
114. La product and process description (PPD) du 3 juin 2020 de la société MGI avait pour objet de décrire, à la demande du juge anglais, les séquenceurs, kits et réactifs fournis au Royaume-Uni.
Ceux-ci portent les mêmes références que les produits fournis en France et la société MGI ne donne aucune explication, ni même d'exemple, permettant de suspecter qu'il s'agirait de produits différents.
Par ailleurs, elle ne conteste pas les termes de la consultation de M. [O] [U], sollicitor, du 21 avril 2021 selon laquelle, conformément à l'annexe 5 de l'ordonnance finale du juge Birss du 18 février 2021, seuls les paragraphes 3.3(a)-(c), 3.10, 3.11, 4.3, 4.9 et la figure 6 de la PPD demeurent confidentiels de sorte que les autres informations qui y sont contenues peuvent être communiquées dans la présente action.
Cette pièce sera donc examinée.
115. Les dépositions sous serment, respectivement du 15 avril 2020 et du 5 février 2021 des docteurs [J] et [Z] devant des juges américains et celle du docteur [P] du 9 novembre 2021 devant un juge suédois sont contemporaines des faits de contrefaçon allégués en France (l'appel d'offres du CEA ayant été lancé en 2019 et exécuté quelques mois plus tard).
L'argument selon lequel ces personnes auraient pu ne pas comprendre les questions qui leur étaient posées en justice, s'agissant de cadres scientifiques de la société MGI et d'experts, spécialistes de la SBS et interrogés dans le cadre de procès en contrefaçon, n'est pas sérieux.
Ces éléments seront donc examinés.
116. S'agissant des analyses de la société Eurofins et de leur analyse par le docteur [I], ces personnes sont indépendantes des parties. Elles ont appliqué des techniques classiques, bien connues des parties et dont le sérieux n'est pas contesté, pour analyser notamment les produits saisis dans les laboratoires du CEA et des produits dont la fabrication par la société MGI n'est pas discutée.
Quant au biais méthodologique allégué, la société MGI ne décrit aucun autre protocole expérimental dont elle aurait admis les conclusions et n'en tire aucune conséquence, notamment pas le risque d'erreur qui affecterait ses résultats qui ne sont aucunement contestés sur le fond.
Ces éléments seront donc examinés.
117. La société MGI laisse entendre à plusieurs reprises dans ses conclusions que ses réactifs et séquenceurs référencés de la même façon seraient susceptibles de contenir des chimies et des procédés différents selon les pays où ils ont été exportés entre 2019 et 2022 de sorte que les éléments prétendument probants n'auraient pas de base factuelle.
Cette audacieuse position n'est corroborée par aucune illustration, ne serait-ce qu'avec un exemple.
Aucune des déclarations en justice et dans la presse de ses représentants, des informations figurant sur ses sites internet, de ses documents publics de marketing ni manuels saisis entre les mains du CEA n'évoque le fait que les références identiques des produits MGI auraient des caractéristiques et performances différentes lorsqu'ils sont vendus dans des pays différents sur ces périodes.
Il y a donc lieu de retenir que les différentes références citées dans les pièces désignent des produits de même composition et appliquant les mêmes technologies quelles que soient leur date de mise en vente et leur pays de destination.
118. Toutes les contestations de principe de la société MGI sur les autres modes de preuves de la contrefaçon sont donc rejetées.
d) sur les demandes reconventionnelles en dommages et intérêts
119. La société MGI soutient que:
- la mise en oeuvre d'une saisie-contrefaçon sans autorisation régulière constitue une faute civile,
- il en est résulté pour elle un dommage considérable sur la relation commerciale entre elle et le CEA chez qui la saisie-contrefaçon a eu lieu.
120. La société Illumina Cambridge oppose que :
- la société MGI a délibérément pris le risque de saisies contrefaçon en commercialisant en France des séquenceurs et réactifs alors même que des actions en contrefaçon existaient dans plusieurs autres pays ;
- les condamnations prononcées dans plusieurs autres pays sont plus de nature à expliquer une dégradation des relations commerciales de la société MGI qu'une saisie-contrefaçon ;
- les conséquences dommageables alléguées ne sont établies ni dans leur principe ni dans leur exorbitant quantum.

121. L'article 1240 du code civil dispose "Tout fait quelconque de l'homme, qui cause à autrui un dommage, oblige celui par la faute duquel il est arrivé à le réparer".
Toute action en justice est susceptible de dégénérer en abus en cas de faute caractérisée dans l'exercice de ces voies de droit tels qu'une intention de nuire ou une erreur grossière d'appréciation.
122. La saisine d'un juge incompétent ne constitue pas en elle-même une faute. Or, la société MGI ne caractérise aucune faute de la société Illumina Cambridge à l'occasion de la saisine du président du tribunal judiciaire de Paris de sa requête en saisie-contrefaçon plutôt que le président de la chambre saisie d'un litige afférent.
En toute hypothèse, à l'appui du montant de 1.000.000 d'euros qu'elle demande, elle ne caractérise aucun dommage, l'altération alléguée de ses relations commerciales avec le CEA n'étant corroborée par aucune pièce.
123. Il y a donc lieu de rejeter la demande.
2 . Sur la contrefaçon
124. La société Illumina Cambridge soutient notamment que :
- l'appel d'offres lancé en décembre 2019 par le CEA concernant la fourniture de deux séquenceurs et les lettres du CEA du 23 avril 2020 l'informant de ce que le marché a été attribué à la société MGI et du 15 février 2021 mentionnant expressément les séquenceurs DNBSEQ-G400RS et réactifs acquis auprès de MGI caractérisent les faits de contrefaçon en France ;
- comme le démontrent de multiples pièces, les nucléotides des kits de réactifs MGI StandardMPS et CoolMPS qui sont utilisés pour mettre en oeuvre la technologie de séquençage dans les différents séquenceurs MGI comprennent tous un groupe de blocage azidométhyle de 3'-OH retirable qui reproduisent toutes les caractéristiques des nucléotides modifiés selon l'une des alternatives objet de la revendication 1 du brevet EP 578 et selon la revendication 1 du brevet EP 289 et les procédés (incorporation, imagerie, élimination) sont les mêmes que ceux décrits dans les brevets ;
- la société MGI n'apporte aucune preuve de ce que les kits et plateformes de séquençage offerts, importés et livrés en France pourraient différer de ceux commercialisés dans les autres pays où ils ont été considérés contrefaisants des parties nationales des mêmes brevets européens comme l'ont relevé les juges suédois et belge ;
- la société MGI se trahit en s'opposant aux mesures réparatrices sollicitées au prétexte qu'elle serait désormais en mesure de mettre sur le marché des produits non contrefaisants ;
- il n'est pas possible de mettre en oeuvre les procédés revendiqués de SBS sans séquenceur et les séquenceurs incriminés sont aptes et destinés à mettre en oeuvre l'invention objet des revendications opposées, qu'il s'agisse des revendications de procédé ou de produit obtenu au cours du processus de séquençage par synthèse (polynucléotide ou nucléotide doté d'un marqueur) ;
- la fourniture de séquenceurs paramétrés pour fonctionner avec les réactifs StandardMPS et CoolMPS porte atteinte à ses brevets car ils constituent un moyen se rapportant à un élément essentiel de l'invention, comme plusieurs juridictions américaine, allemande, espagnole, belge, suisse et suédoise l'ont déjà jugé.
125. La société MGI oppose principalement que :
- aucune preuve de faits de contrefaçon commis en France n'est rapportée ;
- les informations disponibles sur son site internet, son webinaire et l'article de la revue Genome Web de mars 2019 ne révèlent pas la chimie de séquençage utilisée, de même que les manuels d'utilisation, qui ne sont pas d'ailleurs édités pour un public français ;
- aucune des dépositions effectuées dans les procédures parallèles ne permet de prouver que les brevets en litiges sont contrefaits en France à la période visée ;
- le site Internet du CEA indique seulement qu'il possède des séquenceurs DNBSEQ-G400 mais pas que ceux-ci reproduisent toutes les caractéristiques revendiquées du brevet ;
- il n'y a pas de contrefaçon des revendications 1, caractéristique 4, 4 et 30 du brevet EP 578 qui en dépendent et sont limitées aux molécules dans lesquelles Z contient un groupe R" ;
- il n'y a pas de contrefaçon du brevet EP 289 en l'absence de groupe de blocage directement lié à l'atome de carbone en position 3' ;
- il n'y a pas de contrefaçon des revendications 6, 7 et 9 du brevet EP 578 (et 2, 3 et 4 du brevet EP 289) par certains réactifs StandardMPS qui n'ont pas de marqueur détectable lié à la base par un lieur clivable ou non clivable, ni par les réactifs CoolMPS qui ne sont pas marqués, les anticorps utilisés ne pouvant pas constituer des lieurs au sens des brevets en litige, n'étant pas clivables et ne liant pas le nucléotide au marqueur via la base ;
- il n'y a pas de contrefaçon des revendications de procédé ;
- la disposition dérogatoire de contrefaçon par fourniture de moyens est d'interprétation stricte et n'a pas vocation à se cumuler avec la contrefaçon directe ;
- les séquenceurs ne constituent pas un moyen, a fortiori essentiel, des nucléotides modifiés et la société Illumina Cambridge fait une confusion sur cette notion en l'étendant à des machines qui seraient adaptées à la fabrication d'un produit breveté, comme l'ont retenu les tribunaux finlandais et suisse ;
- un séquenceur, quand bien même il implémenterait un logiciel de manière à fonctionner avec des réactifs, a une configuration permettant de la reprogrammer pour fonctionner avec d'autres types de réactifs ;
- les séquenceurs ne constituent pas un moyen, a fortiori essentiel, des revendications de procédé 12 et 17 du brevet EP 578 et 10 du brevet EP 289 faute de preuve d'actes d'offre d'utilisation de la méthode revendiquée que MGI réaliserait sur le territoire français- le caractère contrefaisant des revendications 6, 7 et 9 du brevet EP 578 et 2 à 4 du brevet EP 289 des réactifs CoolMPS n'est pas démontré car les marqueurs ne sont pas liés à la base ;
- la société Illumina Cambridge ne démontre pas plus que les séquenceurs seraient spécifiquement configurés pour fonctionner avec des réactifs brevetés plutôt qu'avec tout autre type de réactif.

126. L'article L. 613-3 du code de la propriété intellectuelle interdit, sans l'autorisation du breveté,
"a) La fabrication, l'offre, la mise dans le commerce, l'utilisation, l'importation, l'exportation, le transbordement, ou la détention aux fins précitées du produit objet du brevet ;
b) L'utilisation d'un procédé objet du brevet ou, lorsque le tiers sait ou lorsque les circonstances rendent évident que l'utilisation du procédé est interdite sans le consentement du propriétaire du brevet, l'offre de son utilisation sur le territoire français ;
c) L'offre, la mise dans le commerce, l'utilisation, l'importation, l'exportation, le transbordement ou la détention aux fins précitées du produit obtenu directement par le procédé objet du brevet" et l'article L. 613-4 "la livraison ou l'offre de livraison, sur le territoire français, à une personne autre que celles habilitées à exploiter l'invention brevetée, des moyens de mise en oeuvre, sur ce territoire, de cette invention se rapportant à un élément essentiel de celle-ci, lorsque le tiers sait ou lorsque les circonstances rendent évident que ces moyens sont aptes et destinés à cette mise en oeuvre".
127. Il est établi par le procès-verbal de saisie-contrefaçon du 10 mars 2022 que, dans les locaux du CEA à [Localité 4], se trouvaient :
- deux séquenceurs de marque MGI modèle DNBSEQG400 et deux manuels d'utilisation,
- un cahier d'utilisation des séquenceurs établissant huit utilisations antérieures de kits pour le premier et des déclarations des présents établissant six utilisations antérieures de kits pour le second,
- trois kits de séquençage (références DNBSEQG400GR High-throughtput sequencing FCS PE150 et PE200),
- différentes pièces contractuelles, mentionnant explicitement la société MGI International Sales Co., relatives aux deux séquenceurs et aux consommables associés du 2 mai 2020 parmi lesquelles un accord-cadre du 29 mai 2020 dont l'annexe 2 comporte les tarifs de 3 références de sets CoolMPS High-throughtput sequencing (FCL SE 50, SE 100 et PE100) et 15 références de sets DNBSEQ-G400RS High-throughtput sequencing, dont il n'est pas discuté qu'ils correspondent au StandardMPS.
128. Ces éléments démontrent l'offre et la mise en vente de réactifs CoolMPS et StandardMPS et de séquenceurs DNBSEQG400 en France par la société MGI dans le cadre d'un marché public.
a) Sur le caractère contrefaisant des kits et des réactifs
129. La société Illumina Cambridge démontre que les deux séries de réactifs mentionnés sur les documents saisis au CEA contiennent tous des nucléotides modifiés comportant un groupe de blocage azidométhyle retirable.
Cette preuve est rapportée par de très nombreux éléments concordants émanant de la société MGI elle-même tels que les extraits de son site internet (contenu éditorial sur la technique de séquençage MGI, les réactifs StandardMPS et webinaire), les déclarations en justice de ses représentants, évoquées supra, décrivant les caractéristiques chimiques et fonctionnelles de ces réactifs, les déclarations à la presse de scientifiques du groupe MGI du 20 février 2020 décrivant la chimie CoolMPS, ainsi que par l'analyse du kit High-throughput PE-200 saisi le 10 mars 2022 par la société Eurofins le 20 mai 2022.
130. Du reste, les seules contestations opposées par la société MGI au grief de contrefaçon des revendications 1, 4 et 30 du brevet EP 578 et de la revendication 1 du brevet EP 289 par les réactifs StandardMPS que CoolMPS sont les mêmes que celles ayant fondé les moyens, écartés supra, d'insuffisance de description des revendications 1, caractéristique 4, 4 et 30 du brevet EP 578 (point 25) et d'extension de l'objet de la revendication 1 du brevet EP 289 (points 35 à 42).
Sur la première, le tribunal constate à nouveau que l'utilisation d'un groupe de blocage azidométhyle correspond à l'une des formulations alternatives de la revendication 1 du brevet EP 578 et sa reproduction suffit à caractériser la contrefaçon de celle-ci quand bien même cette formulation ne comporte pas de groupe R".
Quant à la seconde, il a été jugé que, dans la revendication 1 du brevet EP 289, l'homme du métier aurait compris, à la lumière de la description, que les mots "groupe 3'-azidométhyle" comme désignant un groupe 3'-O-azidométhyle.
Il convient d'écarter ces contestations mal fondées et de constater la contrefaçon par la société MGI de ces revendications.
131. De plus, la description du procédé figurant dans la product and process description précitée indique expressément que les réactifs StandardMPS présentent aussi les caractéristiques des revendications 6 (une base liée à un marqueur détectable), 7 (par un lieur clivable) et 9 (marqueur détectable de type fluorophore) du brevet EP 578 et 2 à 4 du brevet EP 289.
A cet égard, la société MGI soulève dans ses écritures deux contre-exemples pour deux types de réactifs StandardMPS (le variant bicolore et le variant DNBSEQ E) qui ne sont pas des références de l'annexe 2 de l'accord cadre de fournitures de consommables conclu avec le CEA, de sorte que cette objection est sans portée.
La contrefaçon de ces revendications est donc établie.
132. S'agissant des réactifs CoolMPS, il s'évince de l'article Genoweb du 4 mars 2019 précité et des explications des parties que les nucléotides modifiés ne sont pas marqués avec un marqueur fluorescent lié à la base par un lieur clivable mais que l'identification de la base est réalisée par un anticorps monoclonal, lui-même pourvu d'un marqueur lié uniquement au bloc 3', qui vient interagir et est éliminé sans être clivé.
Il n'est pas contesté que le marqueur de l'anticorps est un fluorophore mais, la revendication 9 du brevet EP 578 (2 du brevet EP 289) est dépendante des revendications 6 et 7 du brevet EP 578 (3 et 4 du brevet EP 289).
Dès lors, la contrefaçon de ces revendications par les réactifs CoolMPS n'est pas établie, ni de façon directe, ni par fourniture de moyens.
133. La contrefaçon des revendications 25 du brevet EP 578 et 6 du brevet EP 289 (kit) par les réactifs StandardMPS n'est contestée par la société MGI qu'au bénéfice des contestations rejetées des revendications 1.
Elle est établie par la saisie-contrefaçon qui a permis de constater la présence de trois kits de séquençage et l'offre de vente de plusieurs références de ceux-ci.
134. La contrefaçon par fourniture de moyens des revendications 29 du brevet EP 578 et 9 du brevet EP 289 n'est contestée qu'au bénéfice des contestations rejetées des revendications 1.
Elle est démontrée par le fait que la fourniture de kits de réactifs de SBS, tant StandardMPS que CoolMPS, conduit à l'incorporation de nucléotides modifiés dans un brin en croissance qui constitue un oligonucléotide (ou polynucléotide).
Elle est donc établie.
135. S'agissant des revendications de procédé 12 et 17 (telle que limitée supra) du brevet EP 578 et 10 du brevet EP 289, leur contrefaçon est seulement contestée en ce que la société MGI n'offrirait pas l'utilisation de ces procédés sur le territoire français.
Or, elle a livré, avec les séquenceurs et les réactifs, un manuel d'utilisation et diffuse sur son site internet un webinaire qui décrit les procédés, dans les mêmes termes que ces revendications.
En offrant à la vente la plate-forme de séquençage, les nucléotides modifiés précisément pour permettre le blocage réversible de la synthèse du brin séquencé, nucléotide après nucléotide, selon la méthode décrite aux revendications précitées, elle s'est rendue coupable de contrefaçon de ces revendications par fourniture de moyens.
b) Sur le caractère contrefaisant des séquenceurs
136. Il n'est pas discuté que l'article L. 613-4 précité est un texte dérogatoire, permettant d'étendre la protection du brevet à des actes qui ne résultent pas directement de la reproduction de ses revendications.
S'il a été pensé pour pouvoir reprocher à une personne n'effectuant pas d'actes de contrefaçon directe d'avoir procuré à un tiers, en connaissance de cause, les moyens de le faire, ce texte n'exclut pas qu'il soit opposé aussi à une personne à qui il est également reproché des actes de contrefaçon directe.
La société MGI ne saurait donc être suivie lorsqu'elle conteste le principe du cumul des demandes sur le fondement de la contrefaçon directe et par fourniture de moyens.
137. L'application de ce texte suppose la fourniture d'un moyen spécialement conçu pour fonctionner en association avec l'objet de la revendication, quel qu'il soit, mais pas celle de tous les moyens nécessaires (Com., 8 juin 2017, pourvoi no15-29.378).
Ce moyen doit également se rapporter à un élément essentiel de l'invention, c'est-a-dire nécessaire à sa mise en oeuvre pour atteindre son résultat.
Le texte n'exige pas que le moyen fourni soit exclusivement destiné à la mise en oeuvre de l'invention. Il est donc indifférent à l'analyse de l'espèce que les séquenceurs litigieux puissent aussi fonctionner avec des réactifs non contrefaisants moyennant un nouveau paramétrage du logiciel (à supposer ces circonstances démontrées).
138. Les séquenceurs offerts à la vente en France par la société MGI ne sont pas couverts par les revendications des brevets en litige.
139. Ainsi que rappelé au point 4 supra, l'objet de l'invention est la création de nucléotides chimiquement modifiés pour pouvoir être incorporés dans un brin ADN séquencé mais aussi bloquer le processus, permettre l'identification de la base et éliminer le groupe de blocage pour permettre la reprise de la synthèse et la répétition du cycle, sans dénaturer le brin d'ADN.
Or, la société Illumina Cambridge soutient à juste titre et démontre que les plate-formes de séquençage livrée au CEA permettent à ce dernier de mettre en oeuvre le procédé selon les revendications 12, 17 et 29 du brevet EP 578 et 9 et 10 du brevet EP 289.
140. Les séquenceurs, ayant été vendus au CEA spécialement pour réaliser des SBS en utilisant seulement des réactifs StandardMPS et CoolMPS, objets d'un contrat cadre de fournitures et accompagnés de manuels d'utilisation, constituent bien un moyen apte et destiné à la mise en oeuvre de l'invention brevetée, ce que la société MGI ne prétend pas avoir ignoré.
Dès lors, il y a lieu de constater que les séquenceurs MGI modèle DNBSEQG400 contrefont les revendications 12, 17 et 29 du brevet EP 578 et 9 et 10 du brevet EP 289 par fourniture de moyens.
c) Sur les mesures de réparation
141. La société Illumina Cambridge soutient que :
- à supposer que les nouveaux réactifs HotMPS de la société MGI soient bien une alternative viable disponible en France, seules deux références de séquenceurs DNBSEQ-G400 pourraient fonctionner avec ceux-ci, moyennant un paramétrage logiciel, et seraient encore aptes à mettre en oeuvre sa technologie brevetée ;
- la mesure d'interdiction prononcée par le tribunal devra porter sur les réactifs StandardMPS et CoolMPS et les six gammes de séquenceurs visées susceptibles de fonctionner avec des nucléotides ayant un groupe de blocage 3'O-azidométhyle ;
- les actes de commercialisation des séquenceurs aptes et destinés à utiliser les réactifs de séquençage contrefaisants constituent des actes de contrefaçon à part entière ;
- les mesures demandées dans la présente instance ont été appliquées au Royaume-Uni ;
- les standards de protection posés par la directive 2004/48 du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 relative au respect des droits de propriété intellectuelle prévoient que les sanctions doivent non seulement être proportionnées mais aussi effectives et dissuasives ;
- la considération d'un principe de proportionnalité n'est pas de nature à remettre en cause la durée de protection conférée par un brevet ;
- pour s'insérer sur le marché des NGS, la société MGI a copié sa technologie brevetée plutôt que de poursuivre, comme d'autres concurrents, sa propre solution ce qui tend à démontrer non pas le caractère mineur de l'invention revendiquée, mais bien son caractère déterminant dans les produits incriminés ;
- les mesures qu'elle demande ne portent pas sur les équipements du type de ceux fournis en nombre au gouvernement français permettant de préparer les échantillons utiles à la réalisation de tests PCR ;
- les injonctions demandées ne visant pas l'utilisation des séquenceurs avec des réactifs autres que ceux mettant en oeuvre sa technologie brevetée, la liberté d'entreprendre de la société MGI conformément aux usages loyaux du commerce n'est aucunement bridée ;
- les mesures de publication sur des sites professionnels s'adressent à la communauté scientifique et professionnelle qui suit de près les évolutions du secteur et auprès de laquelle la société MGI a fait la promotion de produits contrefaisants, elles ne font pas double emploi avec l'information des détenteurs de séquenceurs contrefaisants.
142. La société MGI oppose que les mesures doivent être rejetées au regard du principe de proportionnalité car :
- elles sont contraires à l'intérêt général, ses produits jouant un rôle essentiel dans la lutte contre la COVID-19 en France ;
- elles auraient pour effet de l'exclure du marché français du séquençage au-delà de la date d'expiration des brevets litigieux (le 22 août 2023), les séquenceurs ayant une durée de vie d'environ cinq ans ;
- l'interdiction des réactifs suffirait à mettre fin à la contrefaçon alléguée et l'interdiction des séquenceurs limiterait indûment sa liberté d'entreprendre ;
- aucun de ses produits ne se trouve dans les circuits commerciaux français de sorte que les mesures de rappel sont sans objet ;
- l'information à toutes personnes en possession de séquenceurs MGI en France afin de les informer de l'issue de la présente procédure fait double emploi avec d'éventuelles mesures de publication et produirait des conséquences irréparables, extrêmement difficiles à compenser dans le cas où le jugement à intervenir serait par la suite infirmé.

143. Aux termes de l'article L. 615-7-1 du code de la propriété intellectuelle, "en cas de condamnation civile pour contrefaçon, la juridiction peut ordonner, à la demande de la partie lésée, que les produits reconnus comme produits contrefaisants et les matériaux et instruments ayant principalement servi à leur création ou fabrication soient rappelés des circuits commerciaux, écartés définitivement de ces circuits, détruits ou confisqués au profit de la partie lésée.
La juridiction peut aussi ordonner toute mesure appropriée de publicité du jugement, notamment son affichage ou sa publication intégrale ou par extraits dans les journaux ou sur les services de communication au public en ligne qu'elle désigne, selon les modalités qu'elle précise.
Les mesures mentionnées aux deux premiers alinéas sont ordonnées aux frais du contrefacteur".
L'article 3 de la directive 2004/48 précitée dispose :
"1. Les États membres prévoient les mesures, procédures et réparations nécessaires pour assurer le respect des droits de propriété intellectuelle visés par la présente directive. Ces mesures, procédures et réparations doivent être loyales et équitables, ne doivent pas être inutilement complexes ou coûteuses et ne doivent pas comporter de délais déraisonnables ni entraîner de retards injustifiés.
2. Les mesures, procédures et réparations doivent également être effectives, proportionnées et dissuasives et être appliquées de manière à éviter la création d'obstacles au commerce légitime et à offrir des sauvegardes contre leur usage abusif."
144. La contrefaçon étant établie, il y a lieu de la faire cesser durant la période restante de validité des brevets litigieux, soit jusqu'au 22 août 2023 inclus.
145. A cette fin il convient d'interdire à la société MGI de commercialiser et livrer sur le territoire français les réactifs correspondant aux désignations actuelles de StandardMPS et CoolMPS et aux plate-formes de séquençages identifiées à ce jour permettant leur utilisation, à savoir DNBSEQ-G400 (anciennement dénommé MGISEQ-2000, à l'exception des DNBSEQ-G400 no900-000493-00 et no900-000492-00), DNBSEQ-G50 (anciennement dénommé MGISEQ-200), DNBSEQ-T7 (anciennement dénommé MGISEQ-T7), DNBSEQ-G99, BGISEQ-500, BGISEQ-50.
En effet, la société Illumina Cambridge est bien fondée à soutenir que les six gammes de séquenceurs doivent être interdits, la société MGI ne fournissant aucune garantie de ce qu'ils ne seraient pas aptes et destinés à mettre en oeuvre les réactifs StandardMPS et CoolMPS.
En revanche, cette interdiction ne saurait s'étendre à des produits qui ne sont pas identifiés à ce jour comme contrefaisants.
146. Ces mesures viennent sanctionner la violation délibérée par la société MGI du monopole résultant des brevets pour se placer avantageusement sur un marché auquel elle n'aurait pas dû avoir accès dans ces conditions, sans exposer les investissements nécessaires à la mise au point de solutions réellement innovantes comme d'autres intervenants sur le marché des NGS.
Elle est mal fondée à invoquer des conséquences excessives sur sa liberté d'entreprendre dès lors que ce monopole expirera à bref délai et d'autant moins qu'elle affirme à plusieurs reprises dans ses écritures la supériorité de ses produits non contrefaisants.
S'agissant de la santé publique en France, la société MGI ne démontre aucunement son rôle essentiel dans sa protection, puisqu'elle ne conteste pas l'observation de la société Illumina Cambridge selon laquelle les équipements que le gouvernement français lui a achetés pour la réalisation de tests PCR, et dont elle se targue, sont sans aucun rapport avec les technologies en litige.
147. La résistance de la société MGI à respecter les droits tirés des deux brevets litigieux, malgré les procédures antérieures menées dans plusieurs pays et les ayant validés, justifie d'assortir ces mesures d'une astreinte telle que prévue au dispositif.
148. Il est également justifié d'ordonner le rappel des kits de séquençage contenant la chimie StandardMPS ou la chimie CoolMPS en circulation sur le territoire français.
149. Les mesures de publications sont justifiées en l'espèce et sont ordonnées dans les termes du dispositif de la présente décision. En revanche, l'information individuelle à toutes les personnes en possession de séquenceurs MGI en France afin de porter à leur connaissance l'issue de la présente procédure fait effectivement double emploi avec les publications qui visent tant la communauté scientifique que les utilisateurs de séquenceurs et réactif ; elle est rejetée.
d) Sur le droit d'information et les dommages et intérêts
150. La société Illumina Cambridge soutient que :
- compte-tenu du cycle de vie des séquenceurs (environ 5 ans en moyenne, bien qu'ils puissent être utilisés 7à 8 ans), la perte résultant pour elle des actes de contrefaçon sera irréparable si ceux-ci se poursuivent car elle est privée non seulement de la vente d'un séquenceur équivalent mais aussi et surtout de la vente de réactifs et des services associés ;
- le groupe Illumina Cambridge a consacré des efforts et des investissements considérables à la recherche et au développement de ses produits (682 millions de dollars en 2020 et 1,185 milliard en 2021) et les agissements du groupe BGI ont banalisé et dévalorisé ses travaux, lui causant un préjudice moral important, proportionnel à la valeur technologique de l'invention objet des brevets EP 578 et EP 289 ;
- en 2019, les revenus du groupe Illumina Cambridge provenaient à 19 % des instruments de séquençage, 64 % des consommables (dont les réactifs) et 17 % des services et autres revenus associés et chaque vente réalisée par le groupe BGI est une vente manquée par elle car la société MGI ne justifie pas avoir mis sur le marché français des produits permettant de réaliser un séquençage par synthèse autres que ceux reproduisant sa chimie brevetée ;
- ce préjudice ne pourra être déterminé qu'une fois identifiée la totalité de la masse contrefaisante, exprimée en quantité et en chiffre d'affaires, depuis le lancement des activités de la société MGI sur le territoire français, ce qui justifie la demande de production forcée par la société MGI des éléments nécessaires à ce calcul ;
- le principe d'un effet tremplin au bénéfice de la société MGI est indéniable : du fait du placement anticipé de ses produits contrefaisants, et notamment de ses plate-formes de séquençage, elle a pu constituer une clientèle auprès de laquelle elle pourra d'autant plus facilement proposer des produits non contrefaisants jusqu'à l'expiration des brevets.
151. La société MGI oppose que :
- le préjudice au titre de l'atteinte portée à la valeur des brevets n'est pas caractérisée ;
- le préjudice au titre de "l'effet tremplin" n'est fondé sur aucun élément sérieux, ni analyse chiffrée et elle a désormais sur le marché la gamme de réactifs HotMPS, produits non-contrefaisants.

152. L'article L. 615-7 du code de la propriété intellectuelle dispose que :
"Pour fixer les dommages et intérêts, la juridiction prend en considération distinctement :
1o Les conséquences économiques négatives de la contrefaçon, dont le manque à gagner et la perte subie par la partie lésée ;
2o Le préjudice moral causé à cette dernière ;
3o Et les bénéfices réalisés par le contrefacteur, y compris les économies d'investissements intellectuels, matériels et promotionnels que celui-ci a retirées de la contrefaçon.
« Toutefois, la juridiction peut, à titre d'alternative et sur demande de la partie lésée, allouer à titre de dommages et intérêts une somme forfaitaire. Cette somme est supérieure au montant des redevances ou droits qui auraient été dus si le contrefacteur avait demandé l'autorisation d'utiliser le droit auquel il a porté atteinte. Cette somme n'est pas exclusive de l'indemnisation du préjudice moral causé à la partie lésée".
En application de l'article L. 615-5-2 du même code, "si la demande lui en est faite, la juridiction saisie au fond ou en référé d'une procédure civile prévue au présent titre peut ordonner, au besoin sous astreinte, afin de déterminer l'origine et les réseaux de distribution des produits argués de contrefaçon qui portent atteinte aux droits du demandeur, la production de tous documents ou informations détenus par le défendeur ou par toute personne qui a été trouvée en possession de produits argués de contrefaçon ou qui fournit des services utilisés dans de prétendues activités de contrefaçon ou encore qui a été signalée comme intervenant dans la production, la fabrication ou la distribution de ces produits ou la fourniture de ces services .La production de documents ou d'informations peut être ordonnée s'il n'existe pas d'empêchement légitime".
153. En exploitant à son profit l'invention brevetée, la société MGI a porté atteinte à l'image d'entreprise innovante de la société Illumina Cambridge, ce qui constitue un préjudice grave dans le contexte de ce dossier, les pièces fournies par les deux parties démontrant que le marché des technologies de séquençage est très concurrentiel et fondé sur les capacités d'innovation des entreprises du secteur.
Au regard des seuls faits de contrefaçon démontrés en France à ce stade (appel d'offres du CEA), le tribunal fixe les dommages et intérêts dûs au titre du préjudice moral à la somme de 50.000 euros.
154. S'agissant de la demande au titre du droit d'information, le principe de l'existence d'un préjudice économique résultant de la contrefaçon n'est pas sérieusement contestable, de même que l'avantage indu que la société MGI a déjà définitivement tiré de la vente de séquenceurs contrefaisants qui lui permettra de commercialiser sans aucun délai ses produits actuels dès que les brevets en litige seront dans le domaine public.
D'ailleurs, les développements de la société MGI sur le préjudice irréparable et durable qu'elle-même subirait si on l'empêchait pendant quelques mois de commercialiser ses séquenceurs confirme qu'elle a parfaitement conscience de l'existence du préjudice invoqué par la société Illumina Cambridge du fait de la contrefaçon.
Il y a donc lieu de faire droit aux demandes, y compris d'astreinte, selon le dispositif.
155. S'agissant de la provision sur dommages et intérêts en réparation des conséquences économiques négatives de la contrefaçon, la société Illumina Cambridge fournit dans ses conclusions un mode de calcul clair et fondé sur des données confirmées par les pièces de dossier qui justifie de la fixer à la somme demandée de 800.000 euros.
3. Sur l'octroi d'une licence obligatoire
a) sur fondement de l'article L. 613-11 du code de la propriété intellectuelle
156. La société MGI soutient que :
- la société Illumina Cambridge ne commercialise pas ses séquenceurs et réactifs en quantité suffisante pour satisfaire les besoins du marché français, surtout en raison de la crise provoquée par le virus SRAS-CoV-2 et ses variants ;
- la France manque d'équipements de séquençage.
157. La société Illumina Cambridge fait valoir que la licence obligatoire n'a pas vocation à constituer une sanction au rabais de la contrefaçon, qui serait une alternative aux mesures d'interdiction sollicitées par le breveté pour se voir rétabli dans son monopole d'exploitation temporaire pour toute la durée de celui-ci.
Sur le fond, elle oppose que :
- elle est en mesure de satisfaire aux besoins du marché français, notamment pour le SARS-CoV-2 qui est un petit virus assez simple à séquencer,
- le manque d'équipements de séquençage en France ne résulte pas de son incapacité à en fournir mais de la politique de santé publique française,
- les appareils MGI commandés par le gouvernement français en avril 2020 ne sont ni des séquenceurs, ni des réactifs brevetés.

158. L'article L. 613-11 du code de la propriété intellectuelle dispose notamment :
"Toute personne de droit public ou privé peut, à l'expiration d'un délai de trois ans après la délivrance d'un brevet, ou de quatre ans à compter de la date du dépôt de la demande, obtenir une licence obligatoire de ce brevet, dans les conditions prévues aux articles suivants, si au moment de la requête, et sauf excuses légitimes le propriétaire du brevet ou son ayant cause : (..) b) N'a pas commercialisé le produit objet du brevet en quantité suffisante pour satisfaire aux besoins du marché français."
Ce texte sanctionne l'absence d'exploitation du brevet.
159. A l'appui de sa demande, la société MGI ne fournit que des affirmations, cinq articles de presse de janvier et février 2021 faisant état d'une insuffisance d'équipement en séquenceurs des laboratoires d'analyse français et trois articles de mars et avril 2021 faisant état d'équipements achetés au groupe BGI par l'Assistance Publique à [Localité 5] et à [Localité 6].
Ces quelques articles sont en lien avec les besoins exprimés par des personnes interrogées en équipements divers non pourvus lors de la crise sanitaire, ainsi qu'en séquençage des variants du virus SRAS-CoV-2. Ils ne sont corroborés par aucune étude reposant sur des mesures objectives et ils imputent la situation de pénurie à une imprévoyance collective et non à une offre insuffisante.
Ils indiquent au surplus que la société MGI a elle-même pourvu de nombreux établissements en équipements à cette période de crise.
160. Aucun de ces éléments n'établit, ou ne permet de suspecter l'absence de commercialisation par la société Illumina Cambridge, qui avait également répondu à l'appel d'offres du CEA gagné par la société MGI, ni l'insuffisance de l'offre par rapport aux besoins du marché français.
161. Les conditions du texte précité n'étant pas réunies, il y a lieu de rejeter la demande de licence sur ce fondement.
b) Sur le fondement de l'article L. 613-15 du code de la propriété intellectuelle
162. La société MGI soutient que :
- le groupe MGI a développé des solutions de séquençage très innovantes qui lui ont valu d'être récompensée aux Globee Awards 2022 ;
- l'offre faite par la société Illumina Cambridge à l'appel d'offres du CEA a été rejetée parce que sa solution ne répondait pas aux spécifications techniques de l'appel d'offres et la supériorité technique de ses produits sur ceux de la société Illumina Cambridge tant en termes de capacité de séquençage que de fréquence d'erreur a également été reconnue par le Karolinska Institutet de Suède, caractérisant l'intérêt économique ;
- notamment ses demandes de brevet EP 3 877 548 550 et EP 3 565 905 551, publiées en 2018 et 2020, portent sur une méthode SBS qui présente des avantages techniques et économiques évidents par rapport à celle de la société Illumina Cambridge ;
- pour autant, si l'exploitation de ces progrès significatifs n'était pas possible sans contrefaire les brevets litigieux, ce qu'elle conteste, elle aurait droit à une licence dans des termes équitables.
163. La société Illumina Cambridge oppose que :
- la société MGI ne démontre pas que les brevets ou demandes de brevet qu'elle invoque au soutien de sa demande seraient dans la dépendance des brevets en litige et ne pourraient être exploités sans y porter atteinte, ce qui suffit à rejeter cette demande ;
- elle ne démontre pas plus que la technologie objet de l'un quelconque de ses brevets constituerait un progrès technique important et présenterait un intérêt économique considérable.

164. L'article L. 613-15 du code de la propriété intellectuelle dispose notamment :
"Le titulaire d'un brevet portant atteinte à un brevet antérieur ne peut exploiter son brevet sans l'autorisation du titulaire du brevet antérieur ; ledit titulaire ne peut exploiter le brevet postérieur sans l'autorisation du titulaire du brevet postérieur.
Lorsque le titulaire d'un brevet ne peut l'exploiter sans porter atteinte à un brevet antérieur dont un tiers est titulaire, le tribunal de grande instance peut lui accorder une licence d'exploitation du brevet antérieur dans la mesure nécessaire à l'exploitation du brevet dont il est titulaire et pour autant que cette invention constitue à l'égard du brevet antérieur un progrès technique important et présente un intérêt économique considérable."
165. Les performances techniques, succès divers et demandes de brevets de séquençage d'acides nucléiques dont se targue la société MGI ne constituent pas une démonstration de ce que ces performances reposent sur des brevets présentant un progrès technique important par rapport aux brevets en litige, ni qu'ils en constituent un perfectionnement, ni qu'ils ne peuvent être exploités sans y porter atteinte.
Il n'est en effet pas soutenu que les nucléotides utilisés dans ces demandes de brevets utilisent un groupe de blocage azidométhyle.
Au contraire, dans plusieurs documents versés aux débats et dans la présente procédure, la société MGI indique utiliser une chimie propriétaire nouvelle.
Au surplus, les avantages économiques considérables attachés à l'exploitation de ses brevets ne sont étayés par aucune pièce objectivant cette affirmation, malgré l'interpellation sur tous ces points par les écritures adverses.
166. Les conditions du texte précité n'étant pas réunies, il y a lieu de rejeter la demande de licence sur ce fondement.
IV . Sur l'abus de position dominante
167. La société MGI soutient que :
- le marché pertinent est le marché mondial des nouvelles générations de systèmes de séquençage de l'ADN (NGS) ;
- dans son rapport du 24 octobre 2019, l'autorité britannique de concurrence a constaté que la société Illumina Cambridge détenait une part de marché de plus de 80 % sur le marché des NGS, détenant incontestablement une position dominante ;
- elle en a abusé en refusant d'accorder une licence sur ses brevets à des conditions non-discriminatoires et équitables, alors qu'ils constituent une infrastructure essentielle (indispensable, nécessaire pour créer un produit nouveau et de nature à éliminer la concurrence sur le marché sans motivation objective) et en abusant de son droit d'agir en justice pour protéger ses droits de propriété intellectuelle (en se livrant à un harcèlement judiciaire en vue d'éliminer la concurrence) ;
- il en résulte pour elle un préjudice de perte de marge ou de perte de chance de réaliser une marge, de conquérir de nouveaux clients et d'investissements exposés en vain.
168. La société Illumina Cambridge oppose que :
- les pièces communiquées par la société MGI démontrent que d'autres sociétés offrent sur le marché des plateformes de séquençage ADN avec des technologies distinctes, et l'innovation est un aspect-clé de la concurrence sur ce marché ;
- c'est la présence sur le marché d'un acteur dont la politique consiste non pas à innover mais à contrefaire la technologie d'un autre acteur, avant l'expiration des brevets protégeant cette technologie, qui fausse le jeu normal de la concurrence ;
- ses inventions brevetées ne peuvent être considérées comme des infrastructures essentielles dès lors qu'il existe des solutions alternatives économiquement raisonnables ;
- les nombreuses décisions rendues par des juridictions étrangères sur la validité et la contrefaçon des brevets invoqués par elle contre la société MGI, en particulier les brevets EP 578 et EP 289, démontrent que ces actions ne sont pas sans fondement et ne sont pas mises en oeuvre dans la perspective d'éliminer la concurrence mais pour protéger les droits sur ses brevets et ses investissements en recherche et développement.

169. L'article L. 420-2 du code de commerce prévoit qu'est prohibée "l'exploitation abusive par une entreprise ou un groupe d'entreprises d'une position dominante sur le marché intérieur ou une partie substantielle de celui-ci."
Dans sa communication du 24 février 2009 relative aux orientations sur les priorités retenues par la Commission pour l'application de l'article 82 du traité CE aux pratiques d'éviction abusives des entreprises dominantes (2009/C 45/02), la Commission européenne a indiqué : "la position dominante est définie en droit communautaire comme une situation de puissance économique détenue par une entreprise qui lui donne le pouvoir de faire obstacle au maintien d'une concurrence effective sur le marché en cause en lui fournissant la possibilité de comportements indépendants dans une mesure appréciable vis-à-vis de ses concurrents, de ses clients et, finalement, des consommateurs".
170. La Cour de justice des communautés européennes a dit pour droit :
"1. Les droits accordés par un Etat membre au titulaire d'un brevet d'invention ne sont pas affectés dans leur existence par les interdictions des articles 85 , paragraphe 1, et 86 du traité.
2 . L'exercice de ces droits ne saurait lui-même relever ni de l'article 85 , paragraphe 1 , en l'absence de tout accord, décision ou pratique concertée visés par cette disposition, ni de l'article 86, en l'absence de toute exploitation abusive de position dominante .
3 . La supériorité du prix de vente du produit breveté sur celui du produit non breveté provenant d'un autre Etat membre n'est pas nécessairement constitutive d'abus" (CJCE, 29 février 1968, C-24/67).
En réponse à une autre question préjudicielle, la Cour de justice de l'Union européenne a précisé (CJUE, 29 avril 2004, C-418/01) que le refus, opposé par une entreprise qui détient une position dominante et qui est titulaire d'un droit de propriété intellectuelle sur une structure indispensable, d'octroyer une licence pour l'utilisation de cette structure à une autre entreprise constitue un abus de position dominante au sens de l'article 82 CE dès lors que les conditions suivantes sont réunies :
- l'entreprise qui a demandé la licence a l'intention d'offrir des produits ou des services nouveaux que le titulaire du droit de propriété intellectuelle n'offre pas et pour lesquels il existe une demande potentielle de la part des consommateurs,
- le refus n'est pas justifié par des considérations objectives,
- le refus est de nature à réserver à l'entreprise titulaire du droit de propriété intellectuelle le marché dans l'État membre concerné, en excluant toute concurrence sur celui-ci.
171. Il n'est pas discuté que la société Illumina Cambridge occupe une position de leader sur le marché du séquençage de nouvelle génération (NGS), ni qu'elle a refusé le 15 avril 2021 de concéder une licence à la société MGI lorsque celle-ci le lui a demandé.
172. Néanmoins, les arguments de la société MGI sur le fait que les brevets litigieux constitueraient une infrastructure essentielle en ce que les autres technologies de séquençage ne seraient pas économiquement viables ne sont que des affirmations, directement contredites par sa propre production du rapport de l'autorité britannique de la concurrence sur le projet de fusion de la société Illumina Cambridge et la société PacBio qui indique que, outre ces parties, quatre autres entreprises fournissent des produits et services de séquençage d'ADN.
Cette position est aussi en contradiction manifeste avec ses affirmations selon lesquelles l'invention en litige a une portée très restreinte, élevées pour s'opposer aux mesures de réparation de la contrefaçon.
En toute hypothèse, les autres critères nécessaires pour que le refus soit abusif ne sont même pas abordés.
173. Quant à l'exercice abusif de voies de recours destiné à anéantir la concurrence, le tribunal observe que la présente instance a été introduite par la société MGI, qu'elle fait effectivement concurrence à la société Illumina Cambridge et qu'il n'est donné aucun exemple de pratique abusive qui aurait été mise en oeuvre.
174. Les demandes (expertise et provision d'un million d'euros) à ce titre sont donc rejetées.
V . Sur les autres demandes
175. La société MGI soutient qu'il y a lieu d'écarter l'exécution provisoire (au moins en ce qui concerne les mesures d'interdiction), étant donné que celle-ci est profondément incompatible avec la nature de l'affaire et la situation sanitaire actuelle.
176. La société Illumina Cambridge oppose que, loin d'être incompatible avec la nature de l'affaire, l'exécution provisoire de la décision à intervenir est non seulement de droit mais aussi particulièrement nécessaire car, à défaut d'interdiction faite à la société MGI de poursuivre les actes de contrefaçon, elle aura perdu d'ici là une part de marché qu'elle ne pourra retrouver après l'expiration de ses brevets.

177. La société MGI succombant dans la quasi-totalité de ses demandes, elle est condamnée aux dépens de l'instance et l'équité justifie de la condamner à payer à la société Illumina Cambridge la somme de 250.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile.
178. Aucune circonstance ne justifie de déroger à l'exécution provisoire de droit du présent jugement, sauf s'agissant des mesures de publication susceptibles d'effets irréversibles et de la transmission à l'INPI.
PAR CES MOTIFS
Le tribunal,
Ecarte des débats le point 2 de la note de la société MGI du 8 février 2023 et la pièce nouvelle qui y était jointe ;
Annule partiellement la revendication 17 de la partie française du brevet européen no 1 530 578 pour insuffisance de description en ce qu'elle vise la revendication 6 ;
Limite la revendication 17 de la partie française du brevet européen no 1 530 578 comme suit "Procédé pour déterminer la séquence d'un polynucléotide simple brin cible, comprenant le suivi de l'incorporation séquentielle de nucléotides complémentaires, où au moins une incorporation est d'un nucléotide selon l'une quelconque des revendications 7 à 10 et où l'identité du nucléotide incorporé est déterminée par détection du marqueur lié à la base, et le groupe de blocage et ledit marqueur sont retirés avant l'introduction du nucléotide complémentaire suivant" ;
Dit que la décision une fois définitive sera transmise à l'INPI pour être inscrite au registre national des brevets à l'initiative de la partie la plus diligente ;
Déboute la société MGI International Sales Co., Limited de ses demandes de nullité des autres revendications no 1 à 16 et 18 à 30 de la partie française du brevet européen no 1 530 578 et des revendications no 1 à 15 de la partie française du brevet européen no 3 002 289 ;
Annule le procès-verbal de la saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020 et le procès-verbal d'ouverture des scellés du 6 novembre 2020 en résultant et ordonne la restitution des documents et échantillons saisis, à l'exception du kit neuf de modèle DNBSEQ-G400RS High-throughput Sequencing Kit FCL PE100 ;
Rejette la demande à titre de dommages et intérêts de la société MGI International Sales Co., Limited du fait de la saisie-contrefaçon du 30 septembre 2020 ;
Rejette la demande de nullité du procès-verbal de la saisie-contrefaçon du 10 mars 2022 ;
Dit que la société MGI International Sales Co., Limited a commis des actes de contrefaçon directe ou par fourniture de moyen
? des revendications no 1, 4, 6, 7, 9, 12, 17 (telle que limitée ci-dessus), 25, 29 et 30 du brevet européen no 1 530 578 et no 1 à 4, 6, 9 et 10 du brevet européen no 3 002 289 tel que délivré en offrant, mettant dans le commerce, important, livrant, utilisant et détenant ces fins des réactifs de séquençage StandardMPS ;
? des revendications no 1, 4, 12, 17 (telle que limitée ci-dessus), 29 et 30 du brevet européen no 1 530 578 et no 1 et 10 du brevet européen no 3 002 289 tel que délivré en offrant, mettant dans le commerce, important, livrant, utilisant et détenant à ces fins des réactifs de séquençage CoolMPS ;
? des revendications no 12, 17 (telle que limitée ci-dessus) et 29 du brevet européen no 1 530 578 et no 9 et 10 du brevet européen no 3 002 289 tel que délivré en offrant, mettant dans le commerce, important, livrant et en utilisant des séquenceurs fonctionnant avec les réactifs de séquençage précités ;
Fait interdiction à la société MGI International Sales Co., Limited, d'offrir, de mettre dans le commerce, d'importer, de livrer, d'utiliser et de détenir à ces fins sur le territoire français
? des réactifs de séquençage StandardMPS et CoolMPS,
? des sets et/ou kits de séquençage contenant lesdits réactifs et
? des séquenceurs DNBSEQ-G400 (anciennement dénommé MGISEQ-2000, l'exception des DNBSEQ-G400 no900-000493-00 et no900-000492-00), DNBSEQ-G50 (anciennement dénommé MGISEQ-200), DNBSEQ-T7 (anciennement dénommé MGISEQ-T7), DNBSEQ-G99, BGISEQ-500, BGISEQ-50 ;
sous astreinte de 20.000 euros par infraction constatée relative à un séquenceur et 10.000 euros par infraction constatée relative à un set ou kit de réactifs de séquençage jusqu'au 22 août 2023;
Ordonne à la société MGI International Sales Co., Limited de rappeler à ses frais tous les sets et/ou kits de séquençage contenant la chimie StandardMPS ou la chimie CoolMPS se trouvant en circulation sur le territoire français et d'en justifier après de la société Illumina Cambridge Ltd ;
Ordonne à la société MGI International Sales Co., Limited de communiquer un état certifié par un cabinet d'audit internationalement reconnu, des ventes (en quantités et en chiffre d'affaires), marge brute et marge sur coûts directs réalisées par la société MGI International Sales Co., Limited en France au titre des séquenceurs DNBSEQ-G400 (anciennement dénommé MGISEQ-2000), DNBSEQ-G50 (anciennement dénommé MGISEQ-200), DNBSEQ-T7 (anciennement dénommé MGISEQ-T7), DNBSEQ-G99, BGISEQ-500, BGISEQ-50 et leurs déclinaisons, des sets et/ou kits de séquençage contenant la chimie StandardMPS ou la chimie CoolMPS depuis le début de ses activités sur le territoire français et jusqu'à la date de signification du jugement à intervenir, sous astreinte de 5.000 euros par jour de retard passé le délai de 30 jours suivant la signification du jugement à intervenir et pendant 30 jours ;
Se réserve la liquidation des astreintes ;
Condamne la société MGI International Sales Co., Limited à payer à la société Illumina Cambridge Ltd une provision de 800.000 euros à valoir sur la réparation du préjudice économique du fait de la contrefaçon ;
Condamne la société MGI International Sales Co., Limited à payer à la société Illumina Cambridge Ltd une somme de 50.000 euros à titre de dommages et intérêts en réparation de son préjudice moral ;
Renvoie les parties à la détermination amiable du préjudice qui ne serait pas déjà indemnisé par le présent jugement ou, à défaut d'accord, par le tribunal saisi par nouvelle assignation ;
Ordonne la publication dans cinq journaux, revues ou sites Internet professionnels au choix de la société Illumina Cambridge Ltd , dans la limite de 5.000 euros HT par insertion et sur la page d'accueil du site Internet www.en.mgi-tech.com, pendant une dure de trois mois, en caractères Arial de taille 12 du communiqué suivant:
"Par jugement du 24 mars 2023, le tribunal judiciaire de Paris a jugé que des réactifs de séquençage StandardMPS et CoolMPS et les séquenceurs paramétrés pour fonctionner avec ces réactifs incluant les modèles DNBSEQ-G400 (anciennement dénommé MGISEQ-2000), DNBSEQ-G50 (anciennement dénommé MGIS,EQ-200), DNBSEQ-T7 (anciennement dénommé MGISEQ-T7), DNBSEQ-G99, BGISEQ-500, BGISEQ-50 commercialisés par la société MGI International Sales Co., Limited contrefont les brevets européens no 1 530 578 et no 3 002 289 dont la société Illumina Cambridge Ltd est titulaire, et a condamné la société MGI International Sales Co à payer à la société Illumina Cambridge Ltd en réparation du préjudice subi la somme pour partie provisionnelle de 1.100.000 euros."
aux frais de la société MGI International Sales Co., Limited ;
Rejette le surplus des demandes de réparation ;
Rejette les demandes de licences obligatoires et au titre de l'abus de position dominante formées par la société MGI International Sales Co., Limited ;
Condamne la société MGI International Sales Co., Limited aux dépens qui seront recouvrés dans les conditions de l'article 699 du code de procédure civile ;
Condamne la société MGI International Sales Co., Limited à payer à la société Illumina Cambridge Ltd la somme de 250.000 euros au titre de l'article 700 du code de procédure civile ;
Dit n'y avoir lieu à exécution provisoire des mesures de publication et de transmission à l'INPI ;
Dit n'y avoir lieu à déroger à l'exécution provisoire de droit pour le surplus.
Fait et jugé à Paris le 24 Mars 2023
Le Greffier La Présidente
Quentin CURABET Irène BENAC