Lĩnh vực: Thẩm định dự án đầu tư, Dự án đầu tư xây dựng
Câu hỏi: Sử dụng phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng thế nào? Hay phải nộp toàn bộ vào ngân sách nhà nước?
Trả lời: Căn cứ theo quy định tại Điều 6 Thông tư 209/2016/TT-BTC có hướng dẫn quản lý và sử dụng số phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng được thu như sau:
Quản lý và sử dụng phí
 1. Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thẩm định và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
 2. Trường hợp tổ chức thu phí được khoán chi phí hoạt động theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước:
 a) Đối với dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước: Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định dự án đầu tư xây dựng thu phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng được để lại 90% trên số tiền phí thẩm định thu được và 10% nộp vào ngân sách nhà nước.
 b) Đối với các dự án đầu tư xây dựng sử dụng vốn nhà nước ngoài ngân sách, dự án PPP và dự án đầu tư xây dựng sử dụng vốn khác (không sử dụng vốn ngân sách nhà nước): Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định thiết kế cơ sở thu phí thẩm định thiết kế cơ sở được để lại 50% trên số tiền phí thẩm định thu được và 50% nộp vào ngân sách nhà nước.
 3. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định dự án đầu tư xây dựng, thẩm định thiết kế cơ sở được để lại theo quy định tại điểm a, b khoản 2 Điều này để chi phí cho công việc thẩm định và thu phí theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí.
Như vậy có hai trường hợp sử dụng phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng như sau:
Trường hợp 1: Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thẩm định và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
=> Trường hợp này, tổ chức thu phí sẽ phải nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.
Trường hợp 2: Trường hợp tổ chức thu phí được khoán chi phí hoạt động theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước:
- Đối với dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước: Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định dự án đầu tư xây dựng thu phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng được để lại 90% trên số tiền phí thẩm định thu được và 10% nộp vào ngân sách nhà nước.
- Đối với các dự án đầu tư xây dựng sử dụng vốn nhà nước ngoài ngân sách, dự án PPP và dự án đầu tư xây dựng sử dụng vốn khác (không sử dụng vốn ngân sách nhà nước): Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định thiết kế cơ sở thu phí thẩm định thiết kế cơ sở được để lại 50% trên số tiền phí thẩm định thu được và 50% nộp vào ngân sách nhà nước.
=> Trường hợp này tổ chức thu phí được giữ lại từ 50% đến 90% trên số tiền phí thẩm định thu được.
Theo đó anh đối chiếu với trường hợp của tổ chức mình theo quy định nêu trên để áp dụng.