Lĩnh vực: Thuế thu nhập doanh nghiệp
Câu hỏi: Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp khoa học công nghệ?
Trả lời: Căn cứ quy định tại Điều 12 Nghị định 13/2019/NĐ-CP, miễn giảm thuế TNDN như sau:
Miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp 
1. Thu nhập của doanh nghiệp khoa học và công nghệ từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo. 
2. Doanh thu, thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ theo quy định tại khoản 1 Điều 2 Nghị định này. Doanh thu, thu nhập được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin phải là doanh thu, thu nhập từ dịch vụ mới. 
3. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ không được ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với năm tài chính không đáp ứng được điều kiện về doanh thu của sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu của doanh nghiệp. 
4. Điều kiện, thủ tục thực hiện thu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và quản lý thuế.
Để doanh nghiệp khoa học công nghệ được áp dụng miễn giảm thuế TNDN, căn cứ theo quy định tại Điều 2 Thông tư 03/2021/TT-BTC như sau:
Điều kiện áp dụng 
Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ phải đáp ứng các điều kiện sau: 
1. Được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. 
2. Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp. 
a) Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ là doanh thu của toàn bộ các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học công nghệ theo quy định tại Khoản 1 Điều 2 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ. 
b) Tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp là toàn bộ doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, doanh thu từ hoạt động tài chính và thu nhập khác của doanh nghiệp (tổng doanh thu bao gồm cả doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong năm đó). 
3. Doanh thu được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là doanh thu từ dịch vụ mới, không bao gồm các dịch vụ đã có trên thị trường. 
Tiêu chí, cơ sở xác định dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là dịch vụ mới thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ. 
4. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong kỳ để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện phân bổ theo quy định tại Khoản 2 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12. 
Để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.
Theo hướng dẫn tại Công văn 42225/CTHN-TTHT Hà Nội 2022, kết luận như sau về ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp khoa học công nghệ:
Trường hợp Công ty được Sở Khoa học và công nghệ TP Hà Nội cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ ngày 11/11/2021 và đáp ứng các điều kiện quy định tại Điều 2 Thông tư 03/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính thì được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ.