1. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn:
a) Chỉ đạo thống nhất về chuyên môn, nghiệp vụ về bảo vệ nguồn lợi thủy sản, nuôi trồng thủy sản, khai thác thủy sản, quản lý tàu cá, tàu công vụ thủy sản, cảng cá, chế biến, xuất khẩu, nhập khẩu thủy sản, sản phẩm thủy sản và hoạt động Kiểm ngư;
b) Xây dựng kế hoạch, tổ chức quản lý, kiểm tra, thanh tra, tuyên truyền, tập huấn, phổ biến pháp luật về đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản, bảo tồn biển và trực tiếp tổ chức quản lý các khu bảo tồn biển cấp quốc gia nằm trên địa bàn từ hai tỉnh trở lên; nuôi trồng thủy sản; khai thác thủy sản; bảo đảm an toàn cho người và tàu cá; quản lý tàu cá, tàu công vụ thủy sản, cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá; chế biến, xuất khẩu, nhập khẩu, mua bán thủy sản, sản phẩm thủy sản; truy xuất nguồn gốc thủy sản và Kiểm ngư trên phạm vi cả nước;
c) Xây dựng tài liệu hướng dẫn kỹ thuật về nuôi trồng thủy sản, khai thác thủy sản, đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản, ngư cụ, phương pháp khai thác, công tác đảm bảo an toàn cho người và tàu cá hoạt động trên biển; bộ chỉ số giám sát, đánh giá thực hiện đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản;
d) Kiểm tra, giám sát thực hiện quy định về chế độ quản lý các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm; xác nhận nguồn gốc loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm từ nuôi trồng thủy sản, khai thác từ tự nhiên; cơ sở nuôi sinh trưởng, sinh sản và trồng cấy nhân tạo loài thủy sản nguy cấp quý, hiếm, bao gồm cả các loài thuộc Phụ lục Công ước về buôn bán quốc tế các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp theo quy định; thực thi quy định của Công ước quốc tế về buôn bán các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp;
đ) Đề xuất chính sách trong hoạt động thủy sản;
e) Tổ chức xây dựng hệ thống cơ sở dữ liệu quốc gia về thủy sản; thống nhất quản lý hệ thống giám sát tàu cá trên toàn quốc; quy định quản lý kỹ thuật về hệ thống giám sát tàu cá;
g) Phân cấp, ủy quyền quản lý hoạt động thủy sản cho đơn vị trực thuộc và địa phương; kiểm tra trách nhiệm của địa phương trong công tác quản lý hoạt động thủy sản; giao Tổng cục Thủy sản tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính và tổ chức, triển khai thực hiện Nghị định này theo thẩm quyền;
h) Tổ chức, triển khai thực hiện quy định tại khoản 2 Điều 101 Luật Thủy sản năm 2017.
2. Bộ Giao thông vận tải:
a) Chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bảo đảm an toàn hàng hải, an ninh hàng hải, bảo vệ môi trường biển đối với các hoạt động của tàu cá, cảng cá;
b) Phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong quản lý hoạt động vận chuyển thủy sản, sản phẩm thủy sản qua cảng biển, dịch vụ hậu cần, tàu cá tại các cảng biển, cảng thủy nội địa thuộc quyền quản lý theo quy định của Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng.
3. Bô Tài chính:
a) Quy định về phí, lệ phí theo quy định tại Nghị định này và pháp luật về phí, lệ phí trong lĩnh vực thủy sản;
b) Chỉ đạo Tổng cục Hải quan không thông quan đối với lô hàng thủy sản, sản phẩm thủy sản khai thác bất hợp pháp;
c) Phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong quản lý hoạt động vận chuyển thủy sản qua cảng biển, dịch vụ hậu cần, tàu cá tại các cảng biển theo quy định của Hiệp định về Biện pháp quốc gia có cảng.
4. Bộ Quốc phòng:
a) Chỉ đạo lực lượng thực thi pháp luật trên biển kiểm tra, kiểm soát tàu cá Việt Nam, tàu cá nước ngoài rời cảng, cập cảng và hoạt động trên biển theo quy định của pháp luật;
b) Chỉ đạo lực lượng Bộ đội Biên phòng phối hợp với các cơ quan chuyên ngành tại cảng cá kiểm tra tàu cá, thuyền viên ra vào cảng cá theo quy định của pháp luật;
c) Chỉ đạo lực lượng Hải quân, Biên phòng, Cảnh sát biển phối hợp, hỗ trợ Kiểm ngư thực thi pháp luật trên biển theo quy định của pháp luật;
d) Phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý tàu cá, thuyền viên, người làm việc trên tàu cá nước ngoài hoạt động trong vùng biển Việt Nam và tàu cá Việt Nam hoạt động trên các vùng biển.
5. Bộ Công an:
a) Phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý tàu cá, thuyền viên, người làm việc trên tàu cá nước ngoài hoạt động trong vùng biển Việt Nam và tàu cá Việt Nam hoạt động trên các vùng biển;
b) Phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý trong hoạt động thủy sản.
6. Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn, kiểm tra Ủy ban nhân dân cấp tỉnh trong bảo vệ môi trường, quản lý đất, khu vực biển để nuôi trồng thủy sản.