1. Người nộp thuế xác định số tiền thuế phải nộp cho từng loại thuế, kê khai đầy đủ nhu cầu các thông tin về thu ngân sách trên bảng kê nộp thuế (theo mẫu số 01/BKNT ban hành kèm theo Thông tư này, hoặc lập tại chương trình trên Cổng thông tin điện tử hải quan, gửi Kho bạc Nhà nước để nộp tiền hoặc trích chuyển tiền nộp thuế.
2. Kho bạc Nhà nước kiểm tra thông tin người nộp thuế kê khai, đối chiếu với thông tin truy vấn trên Cổng thanh toán điện tử hải quan và xử lý như sau:
a) Trường hợp thông tin phù hợp với thông tin truy vấn trên Cổng thanh toán điện tử hải quan, Kho bạc Nhà nước thực hiện:
a1) Trích tiền hoặc thu tiền của người nộp thuế để chuyển vào tài khoản thu nộp tiền thuế tại Kho bạc Nhà nước;
a2) Hạch toán kế toán số tiền phát sinh vào tài khoản thu ngân sách hoặc vào tài khoản tiền gửi tương ứng của cơ quan hải quan quy định tại Điều 3 thông tư này;
a3) Trong vòng 15 phút/01 lần truyền thông tin thu đến Cổng thanh toán điện tử hải quan.
Cuối ngày hoặc chậm nhất vào đầu ngày làm việc tiếp theo, Kho bạc Nhà nước truyền bảng kê chứng từ nộp ngân sách qua trung tâm dữ liệu của Bộ Tài chính để cơ quan hải quan đối chiếu với chứng từ đã truyền trong ngày.
b) Trường hợp thông tin chưa phù hợp với thông tin trên Cổng thông tin điện tử hải quan, thực hiện:
b1) Trường hợp chưa phù hợp về mã số thuế, tên người nộp thuế, số tiền thuế, số tờ khai, mã nội dung kinh tế (mã chương, mã tiểu mục), Kho bạc Nhà nước yêu cầu người nộp thuế sửa đổi, bổ sung thông tin bảng kê nộp thuế phù hợp với thông tin từ Cổng thông tin điện tử hải quan trước khi chuyển tiền;
b2) Trường hợp chưa phù hợp về thông tin mục lục ngân sách (mã nội dung kinh tế) nhưng người nộp thuế không thực hiện sửa đổi, bổ sung thông tin, Kho bạc Nhà nước hạch toán vào tài khoản chờ xử lý của cơ quan hải quan. Sau đó phối hợp với cơ quan hải quan kiểm tra và bổ sung thông tin theo quy định.
c) Trường hợp kiểm tra thông tin người nộp thuế kê khai nhưng không có thông tin trên Cổng thanh toán điện tử hải quan, Kho bạc Nhà nước phản hồi lại bộ phận hỗ trợ của Tổng cục Hải quan để được xử lý, nếu cơ quan hải quan chưa xử lý, Kho bạc Nhà nước căn cứ thông tin người nộp thuế kê khai trên bảng kê nộp thuế và truy vấn các thông tin còn lại khác (trừ nội dung kinh tế) trong cơ sở dữ liệu trên Cổng thanh toán điện tử hải quan để thực hiện:
c1) Trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế hoặc thu tiền của người nộp thuế và hạch toán vào tài khoản chờ xử lý các khoản thu của cơ quan hải quan gửi cơ quan hải quan để bổ sung thông tin liên quan;
c2) Sau khi bổ sung thông tin phù hợp thì Kho bạc Nhà nước tiếp tục thực hiện các bước theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều này.
d) Trường hợp người nộp thuế cung cấp bảng kê nộp thuế được lập trên Cổng thông tin điện tử hải quan, Kho bạc Nhà nước nhập vào chương trình thu nộp thuế mã số định danh hồ sơ hoặc sử dụng máy quét thông tin mã vạch để lấy toàn bộ thông tin giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước và thực hiện các bước tiếp theo điểm a khoản này.
3. Sau khi nhận được thông tin hạch toán thu nộp tiền thuế do Kho bạc Nhà nước chuyển đến, Hệ thống điện tử tự động của cơ quan hải quan cập nhật, hạch toán kế toán thanh khoản nợ và số thu thuế, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ về thuế và thông quan hàng hóa, tính tiền chậm nộp (nếu có) cho người nộp thuế theo quy định.
Trường hợp hệ thống không tự động thông quan do thông tin nộp tiền không phù hợp với thông tin phải nộp trong hệ thống kế toán tập trung, cơ quan hải quan xử lý theo khoản 3 Điều 24 thông tư này.
4. Trường hợp hệ thống đường truyền dữ liệu giữa Kho bạc Nhà nước và Cổng thanh toán điện tử hải quan có sự cố, các đơn vị thực hiện theo quy định tại Điều 24 Thông tư này.