1. Về kiểm tra, kiểm soát:
a) Cơ quan hải quan, cơ quan công an quản lý trên cùng địa bàn căn cứ tình hình thực tế, yêu cầu nhiệm vụ để xây dựng kế hoạch và tổ chức phối hợp kiểm tra, kiểm soát ở trên địa bàn nhằm phát hiện, đấu tranh, ngăn chặn và điều tra, xử lý đối với các hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới; gian lận thương mại, trốn thuế; buôn bán, vận chuyển trái phép vũ khí, chất nổ, chất cháy, chất độc; nhập khẩu công nghệ, máy móc, thiết bị phế thải hoặc không đảm bảo tiêu chuẩn bảo vệ môi trường, hàng giả và các hành vi vi phạm khác có liên quan đến công tác hải quan.
b) Quá trình kiểm tra, kiểm soát phát hiện hành vi vi phạm pháp luật về Hải quan thuộc thẩm quyền của bên nào thì bên đó chủ trì xử lý. Trong phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, cơ quan hải quan chịu trách nhiệm kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan đối với hàng hóa, phương tiện vận tải để chủ động phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và xử lý các vi phạm pháp luật về hải quan. Nếu vụ việc, hành vi vi phạm mà hai bên cùng có thẩm quyền xử lý thì bên nào phát hiện hành vi vi phạm trước, bên đó chủ trì xử lý, giải quyết.
Trong trường hợp cần sự hỗ trợ, tăng cường về lực lượng, phương tiện và các biện pháp chuyên môn, nghiệp vụ của một bên thì bên kia có trách nhiệm phối hợp thực hiện nhằm đảm bảo việc xử lý các vi phạm được nhanh chóng, đúng pháp luật. Kết quả kiểm tra, kiểm soát phải được thống nhất xử lý, đồng thời báo cáo lãnh đạo cấp trên của hai bên.
c) Thời gian, tổ chức lực lượng, trang thiết bị phương tiện kiểm tra, kiểm soát do hai bên cùng cấp thống nhất, quyết định.
2. Về phát hiện, ngăn chặn, điều tra xử lý, bàn giao vụ việc vi phạm
a) Cơ quan hải quan, cơ quan công an có trách nhiệm phối hợp trong việc phát hiện, ngăn chặn, điều tra, xử lý vụ việc, hành vi vi phạm liên quan đến lĩnh vực Hải quan, nhất là những vụ việc phức tạp, liên tỉnh, liên vùng, có yếu tố nước ngoài và các chuyên án, chuyên đề lớn. Khi yêu cầu phối hợp, bên chủ trì vụ việc có trách nhiệm cung cấp thông tin, hồ sơ, tài liệu, thu thập mẫu vật cho bên được yêu cầu phối hợp. Bên tiếp nhận thông tin, hồ sơ, tài liệu, vật chứng có trách nhiệm giữ bí mật, quản lý, sử dụng đúng mục đích, theo đúng quy định của pháp luật.
Hình thức yêu cầu phối hợp, thời gian, phương thức cung cấp thông tin, hồ sơ, tài liệu, thu thập mẫu vật và cách thức phối hợp do hai bên thống nhất.
b) Trong trường hợp một bên phát hiện vi phạm nhưng không thuộc thẩm quyền xử lý của mình thì thực hiện các biện pháp ngăn chặn hành vi vi phạm theo quy định của pháp luật và bàn giao cho bên có thẩm quyền để điều tra, xử lý. Việc bàn giao phải thực hiện đúng trình tự, thủ tục pháp luật quy định.
Đối với các vụ việc đã được bàn giao, bên tiếp nhận vụ việc phải thông báo bằng văn bản cho bên bàn giao biết kết quả điều tra, xử lý trong thời hạn theo quy định pháp luật.
c) Trong quá trình phát hiện, ngăn chặn, điều tra, xử lý vi phạm, nếu có nghi vấn móc nối nội bộ, hay gây cản trở thì lãnh đạo đơn vị hai bên trao đổi trực tiếp hoặc báo cáo lãnh đạo cấp trên của mỗi bên để chỉ đạo.
d) Khi tiếp nhận hồ sơ, vụ án hình sự do cơ quan hải quan bàn giao hoặc thông tin, vụ việc do cơ quan hải quan chuyển giao để khởi tố vụ án, cơ quan công an có trách nhiệm tiếp nhận, điều tra, xử lý theo thẩm quyền và theo quy định của pháp luật đồng thời có trách nhiệm thông báo kết quả xử lý kịp thời cho cơ quan hải quan.
3. Cơ quan hải quan, cơ quan công an có trách nhiệm phối hợp trong công tác đào tạo, huấn luyện, bồi dưỡng nâng cao năng lực nghiệp vụ, chuyên môn cho cán bộ, công chức mỗi bên thông qua việc cử cán bộ tham gia các lớp tập huấn, bồi dưỡng nghiệp vụ; hỗ trợ đào tạo nghiệp vụ điều tra tội phạm, phòng chống ma tuý, khủng bố, huấn luyện, sử dụng chó nghiệp vụ tại các Trường, Học viện của Bộ Công an; cung cấp tài liệu, giáo trình giảng dạy, hỗ trợ trang thiết bị, phương tiện, địa điểm giảng dạy, đào tạo, nghiên cứu.