1. Phương pháp đánh giá được thực hiện theo hình thức hợp tác xã tự chấm điểm các tiêu chí (theo Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư này).
2. Trình tự đánh giá xếp loại hợp tác xã nông nghiệp được thực hiện hàng năm theo 05 bước sau:
a) Bước 1:  Lấy ý kiến thành viên về mức độ hài lòng đối với hợp tác xã
Đối tượng thực hiện: Hội đồng quản trị hợp tác xã nông nghiệp.
Đối tượng lấy ý kiến: Các thành viên dự đại hội (hoặc đại hội đại biểu) thành viên hàng năm hoặc nhiệm kỳ tổ chức trong quý I của năm.
Cách tiến hành: Hội đồng quản trị hợp tác xã nông nghiệp phát phiếu đánh giá mức độ hài lòng của thành viên hợp tác xã (theo Phụ lục 2 ban hành kèm theo Thông tư này) cho thành viên dự đại hội, thu thập phiếu đánh giá, rà soát phiếu đánh giá, chuyển phiếu đánh giá chưa đúng hoặc chưa đầy đủ để hướng dẫn thành viên đánh giá lại, thu thập phiếu đánh giá hợp lệ, tổng hợp, tính điểm đánh giá bình quân của thành viên (bằng tổng điểm đánh giá của các phiếu hợp lệ chia cho số thành viên có phiếu đánh giá hợp lệ).
b) Bước 2:  Hợp tác xã nông nghiệp tổ chức tự chấm điểm
Đối tượng thực hiện: Hội đồng quản trị hợp tác xã nông nghiệp.
Đối tượng kiểm tra: Ban Kiểm soát (hoặc kiểm soát viên).
Cách tiến hành: Hội đồng quản trị hợp tác xã nông nghiệp tổ chức tự chấm điểm và tổng hợp kết quả vào bảng tự chấm điểm của hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp (theo Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư này), gửi Ban Kiểm soát (hoặc kiểm soát viên) để kiểm tra.
c) Bước 3: Hợp tác xã nông nghiệp gửi bảng tự chấm điểm
Đối tượng thực hiện: Hội đồng quản trị hợp tác xã nông nghiệp.
Đối tượng nhận: Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hoặc Phòng Kinh tế (sau đây gọi chung là Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) cấp huyện.
Thời gian thực hiện: Trước ngày 01 tháng 4 hàng năm.
d) Bước 4: Báo cáo kết quả cho cơ quan quản lý nhà nước cấp huyện, tỉnh và thông báo công khai kết quả tự chấm điểm và xếp loại hợp tác xã cho thành viên
Đối với việc Báo cáo kết quả cho cơ quan quản lý nhà nước cấp huyện, tỉnh:
Đối tượng thực hiện báo cáo: Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Đối tượng nhận báo cáo: Ủy ban nhân dân cấp huyện và Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Chi cục Phát triển nông thôn). Nội dung báo cáo: Danh sách xếp loại các hợp tác xã nông nghiệp trên địa bàn (về số lượng từng loại hợp tác xã nông nghiệp đạt loại tốt, khá, trung bình, yếu và số lượng hợp tác xã không xếp loại). Cách tiến hành: Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đôn đốc, hướng dẫn các hợp tác xã nông nghiệp tự chấm điểm (trường hợp cần thiết phải xem xét, kiểm tra lại mức độ phù hợp của bảng tự chấm điểm của hợp tác xã, Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm việc với hợp tác xã để hướng dẫn hợp tác xã rà soát chấm điểm lại cho đúng với nội dung của Thông tư này); tổng hợp để báo cáo. Thời gian báo cáo: Trước ngày 10 tháng 4 hàng năm.
Đối với việc thông báo công khai kết quả tự chấm điểm và xếp loại hợp tác xã cho thành viên:
Đối tượng thông báo: Hội đồng quản trị hợp tác xã nông nghiệp. Đối tượng nhận thông báo: Thành viên hợp tác xã nông nghiệp. Thời gian và cách tiến hành: Đến hết 15 tháng 4 hàng năm, nếu không có ý kiến của Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, hội đồng quản trị hợp tác xã nông nghiệp thông báo công khai kết quả tự chấm điểm và xếp loại hợp tác xã cho các thành viên.
đ) Bước 5: Báo cáo kết quả cho Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
Đối tượng thực hiện báo cáo: Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Chi cục Phát triển nông thôn).
Đối tượng nhận báo cáo: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn).
Nội dung báo cáo: Danh sách các hợp tác xã nông nghiệp trên địa bàn cấp tỉnh đã xếp loại (tốt, khá, trung bình, yếu) và hợp tác xã không xếp loại.
Thời gian báo cáo: Trước ngày 15 tháng 4 hàng năm.