1. Thu NSNN do cơ quan Thuế, Hải quan quản lý
a) Đối với các khoản thu NSNN do cơ quan Hải quan quản lý: Được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 184/2015/TT-BTC  ngày 17 tháng 11 năm 2015 của Bộ Tài chính quy định thủ tục về kê khai, bảo lãnh tiền thuế, thu nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, tiền phí, lệ phí, các khoản thu khác, đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh và phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh (sau đây gọi tắt là Thông tư số 184/2015/TT-BTC) hoặc các văn bản thay thế.
b) Đối với các khoản thu NSNN do cơ quan Thuế quản lý: Được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 84/2016/TT-BTC  hoặc các văn bản thay thế.
2. Thu NSNN do cơ quan tài chính hoặc cơ quan thu khác quản lý: Quy trình thu NSNN bằng Bảng kê nộp thuế (tại NHTM hoặc KBNN) hoặc các chứng từ rút tiền từ tài khoản của đơn vị tại KBNN để nộp NSNN hoặc các chứng từ giao dịch của ngân hàng để nộp tiền vào tài khoản của KBNN hoặc thu qua các dịch vụ thanh toán điện tử của NHTM được thực hiện tương tự quy trình hướng dẫn tại Thông tư số 84/2016/TT-BTC  (NHTM hoặc KBNN khi làm thủ tục thu tiền từ người nộp NSNN không phải đối chiếu dữ liệu người nộp NSNN kê khai trên chứng từ nộp tiền với dữ liệu trên cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế).
3. Thu NSNN bằng biên lai thu tại NHTM nơi KBNN mở tài khoản:
a) KBNN thực hiện ủy nhiệm thu phí, lệ phí, thu phạt vi phạm hành chính bằng biên lai thu cho NHTM nơi KBNN mở tài khoản đảm nhận (NHTM ủy nhiệm thu) theo các phương thức:
- Sử dụng biên lai thu lập thủ công: KBNN ký văn bản thỏa thuận ủy nhiệm thu và giao biên lai thu (loại biên lai thu không in sẵn mệnh giá, khi sử dụng phải viết tay) cho NHTM (nơi nhận ủy nhiệm) để tổ chức thu tiền từ người nộp NSNN. NHTM có trách nhiệm tuân thủ đúng chế độ quản lý, sử dụng, quyết toán biên lai thu của Bộ Tài chính và các điều khoản trong thỏa thuận với KBNN.
- Sử dụng biên lai thu được lập và được in từ chương trình TCS - NHTM: KBNN ký thỏa thuận ủy nhiệm thu và cho phép NHTM (nơi nhận ủy nhiệm) được in biên lai thu từ chương trình TCS - NHTM để tổ chức thu tiền từ người nộp NSNN.
b) Khi người nộp NSNN đến nộp tiền, NHTM lập biên lai thu để thu tiền và xử lý các liên biên lai theo quy định tại Thông tư số 153/2012/TT-BTC  và Thông tư số 153/2013/TT-BTC. Cuối ngày, NHTM tập hợp các biên lai thu trong ngày để lập 01 liên Bảng kê thu tiền phạt (mẫu số 02/BKTP ban hành kèm theo Thông tư này); đồng thời, lập 01 liên Giấy nộp tiền vào NSNN.
Căn cứ Giấy nộp tiền vào NSNN, NHTM hạch toán và lưu cùng Bảng kê thu tiền phạt; sau đó, NHTM thực hiện truyền dữ liệu thu cho KBNN (Giấy nộp tiền vào NSNN, Biên lai thu, Bảng kê thu tiền phạt) theo thỏa thuận phối hợp thu NSNN với KBNN.
c) Căn cứ dữ liệu thu NSNN do NHTM chuyển đến, KBNN in phục hồi 01 liên Bảng kê Giấy nộp tiền vào NSNN (mẫu số C1-06/NS ban hành kèm theo Thông tư này), 01 liên Bảng kê thu tiền phạt để làm căn cứ hạch toán thu NSNN và lưu.
d) KBNN chủ trì phối hợp với NHTM nơi KBNN mở tài khoản hướng dẫn chi tiết quy trình ủy nhiệm thu NSNN bằng biên lai thu.
4. Thu NSNN bằng biên lai thu tại KBNN:
a) KBNN được sử dụng biên lai thu không in sẵn mệnh giá, biên lai thu lập và in từ chương trình máy tính để thu một số khoản phí, lệ phí, tiền phạt vi phạm hành chính. Mẫu biên lai, số liên biên lai và quy trình luân chuyển các liên biên lai thực hiện theo quy định tại Thông tư số 153/2012/TT-BTC , Thông tư số 153/2013/TT-BTC  và hướng dẫn tại Thông tư này.
b) Khi người nộp NSNN đến nộp tiền, KBNN lập biên lai thu để thu tiền và xử lý các liên biên lai theo quy định. Cuối ngày làm việc, KBNN tập hợp các biên lai đã thu trong ngày để lập 01 liên Bảng kê biên lai thu theo mẫu số 02/BK-BLT ban hành kèm theo Thông tư này (đối với trường hợp sử dụng biên lai thu lập thủ công); hoặc lập 01 liên Bảng kê thu tiền phạt (đối với trường hợp sử dụng biên lai thu được lập và được in từ chương trình TCS); đồng thời, lập 01 liên Giấy nộp tiền vào NSNN.
Căn cứ Giấy nộp tiền vào NSNN, KBNN thực hiện hạch toán thu NSNN và lưu cùng với 01 liên Bảng kê biên lai thu (hoặc 01 liên Bảng kê thu tiền phạt) tương ứng và các liên biên lai thu.
5. Thu NSNN qua POS lắp đặt tại KBNN:
a) KBNN phối hợp với NHTM nơi KBNN mở tài khoản thực hiện thu NSNN thông qua điểm POS của NHTM lắp đặt tại KBNN cấp tỉnh, KBNN cấp huyện theo nguyên tắc tự nguyện khi có đề nghị từ người nộp NSNN (người có thẻ thanh toán); KBNN không thu bất kỳ khoản phí nào từ người nộp NSNN qua máy POS.
b) Quy trình thu NSNN: KBNN cấp tỉnh, KBNN cấp huyện làm thủ tục thu NSNN theo quy định tại Khoản 2 hoặc Khoản 4 Điều này; đồng thời, thực hiện quy trình xử lý thẻ thanh toán theo thỏa thuận phối hợp thu NSNN qua POS giữa KBNN và NHTM nơi KBNN mở tài khoản.
6. Thu phạt vi phạm hành chính của người nộp phạt mở tài khoản tại NHTM hoặc KBNN: Căn cứ chứng từ trích tài khoản của người nộp phạt, NHTM hoặc KBNN làm thủ tục trích chuyển tiền vào tài khoản của KBNN tại ngân hàng (trường hợp người nộp phạt mở tài khoản tại NHTM) hoặc trích chuyển vào tài khoản thu NSNN (trường hợp người nộp phạt mở tài khoản tại KBNN); đồng thời, trả lại người nộp phạt 01 liên chứng từ (để xác nhận số tiền phạt đã thu).
7. Thu NSNN qua cơ quan thu
a) Các cơ quan thu, tổ chức được cơ quan thu ủy nhiệm thu (gọi chung là cơ quan thu) khi thu tiền mặt trực tiếp từ người nộp NSNN phải sử dụng biên lai thu theo quy định tại Thông tư số 153/2012/TT-BTC  và Thông tư số 153/2013/TT-BTC .
b) Cuối ngày hoặc định kỳ, cơ quan thu lập Bảng kê biên lai thu (mẫu số 02/BK-BLT hoặc mẫu số 03/BK-BLMG đối với biên lai thu in sẵn mệnh giá ban hành kèm theo Thông tư này) hoặc Bảng kê thu tiền phạt (trong trường hợp thu phạt). Căn cứ Bảng kê biên lai thu hoặc Bảng kê thu tiền phạt, cơ quan thu lập Bảng kê nộp thuế để làm thủ tục nộp toàn bộ số tiền đã thu vào trụ sở KBNN hoặc nộp vào tài khoản của KBNN tại NHTM.
Đối với các tổ chức được cơ quan thu ủy nhiệm thu thì phải lập 02 liên Bảng kê biên lai thu: 01 liên lưu tại tổ chức được cơ quan thu ủy nhiệm thu, 01 liên gửi cơ quan ủy nhiệm thu để theo dõi, kiểm tra, đối chiếu.
c) Cơ quan thu và KBNN đồng cấp thống nhất quy định kỳ hạn nộp tiền vào KBNN hoặc NHTM nơi KBNN mở tài khoản (hàng ngày hoặc chậm nhất sau 07 ngày kể từ ngày thu, tùy theo doanh số thu và điều kiện địa bàn cụ thể).
d) Định kỳ, cơ quan sử dụng biên lai quyết toán biên lai thu với cơ quan cấp biên lai, đảm bảo khớp đúng giữa số biên lai đã sử dụng, số biên lai hủy, số còn lại chưa sử dụng, số tiền đã thu và nộp vào NSNN, đối chiếu giữa Bảng kê biên lai thu (hoặc Bảng kê thu tiền phạt) và các liên Giấy nộp tiền vào NSNN.