1. Các trường hợp áp dụng phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận của người nộp thuế với tỷ suất lợi nhuận của các đối tượng so sánh độc lập theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 7 Nghị định số 20/2017/NĐ-CP áp dụng như sau:
a) Phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận gộp trên doanh thu (phương pháp giá bán lại) áp dụng trong trường hợp người nộp thuế thực hiện bán hàng, phân phối lại các sản phẩm mua từ bên liên kết cho các khách hàng độc lập và không tạo ra tài sản vô hình gắn liền với sản phẩm bán ra; không tham gia vào quá trình phát triển, gia tăng, duy trì, bảo vệ tài sản vô hình do bên liên kết sở hữu gắn với sản phẩm bán ra hoặc không thực hiện gia công, chế biến, lắp ráp thay đổi tính chất, đặc điểm sản phẩm, gắn nhãn hiệu thương mại để làm gia tăng giá trị sản phẩm. Phương pháp giá bán lại không áp dụng cho người nộp thuế là nhà phân phối sở hữu các tài sản vô hình có giá trị của tập đoàn đối với thương hiệu, nhãn hiệu hàng hóa và các tài sản vô hình liên quan đến marketing khác như danh sách khách hàng, kênh phân phối, biểu tượng, hình ảnh và các yếu tố nhận diện thương hiệu trong hoạt động nghiên cứu thị trường, tiếp thị, xúc tiến thương mại hoặc phát sinh chi phí tạo lập, thiết kế các kênh phân phối, nhận diện thương hiệu hoặc các chi phí sau bán hàng.
b) Phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận gộp trên giá vốn (phương pháp giá vốn cộng lãi) áp dụng trong trường hợp người nộp thuế không sở hữu tài sản vô hình và gánh chịu ít rủi ro kinh doanh thực hiện chức năng sản xuất theo hợp đồng, đơn đặt hàng hoặc gia công, lắp ráp, chế tạo, chế biến sản phẩm, cài đặt thiết bị; thu mua, cung ứng sản phẩm; cung cấp dịch vụ hoặc thực hiện nghiên cứu phát triển theo hợp đồng cho bên liên kết. Phương pháp giá vốn cộng lãi không áp dụng cho người nộp thuế là doanh nghiệp sản xuất tự chủ, thực hiện các chức năng nghiên cứu phát triển sản phẩm đến xây dựng thương hiệu, nhãn hiệu hàng hóa, chiến lược thị trường và bảo hành sản phẩm, chăm sóc khách hàng.
c) Phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận thuần áp dụng trong trường hợp người nộp thuế không có thông tin để áp dụng phương pháp so sánh giá giao dịch độc lập; không có dữ liệu và thông tin về phương pháp hạch toán kế toán của các đối tượng so sánh độc lập hoặc không tìm được các đối tượng so sánh có chức năng và sản phẩm tương đồng nên không đủ cơ sở áp dụng các phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận gộp hướng dẫn tại điểm a và b khoản này; người nộp thuế thực hiện các chức năng phân phối hoặc sản xuất không sở hữu tài sản vô hình hoặc không tham gia phát triển, gia tăng, duy trì, bảo vệ và khai thác tài sản vô hình hoặc không thuộc trường hợp áp dụng phương pháp phân bổ lợi nhuận giữa các bên liên kết theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều 7 Nghị định số 20/2017/NĐ-CP.
2. Một số khác biệt trọng yếu khi lựa chọn phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 7 Nghị định số 20/2017/NĐ-CP áp dụng như sau:
a) Trường hợp áp dụng phương pháp giá bán lại: Một số khác biệt có thể gây ảnh hưởng trọng yếu đến tỷ suất lợi nhuận gộp trên giá bán ra (doanh thu thuần) như các chi phí phản ánh chức năng của doanh nghiệp là đại lý bán hàng, nhà phân phối độc quyền hoặc nhà phân phối thực hiện marketing; mức độ tăng trưởng phát triển của thị trường tiêu thụ sản phẩm; chức năng của người nộp thuế trong chuỗi cung ứng như bán lẻ, bán buôn và phương pháp hạch toán kế toán của các bên.
b) Trường hợp áp dụng phương pháp giá vốn cộng lãi: Một số khác biệt có thể gây ảnh hưởng trọng yếu đến tỷ suất lợi nhuận gộp trên giá vốn gồm các chi phí phản ánh chức năng hoạt động của doanh nghiệp như sản xuất theo hợp đồng chỉ định từ công ty mẹ hoặc cung cấp dịch vụ nội bộ tập đoàn; các nghĩa vụ thực hiện hợp đồng như thời hạn chuyển giao sản phẩm, chi phí giám sát chất lượng, lưu kho, điều kiện thanh toán và phương pháp hạch toán kế toán đối với các yếu tố cấu thành trong giá vốn của người nộp thuế và các đối tượng so sánh độc lập.
c) Trường hợp áp dụng phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận thuần: Một số khác biệt có thể gây ảnh hưởng trọng yếu đến tỷ suất lợi nhuận thuần như khác biệt về chức năng, tài sản, rủi ro; điều kiện kinh tế; điều kiện hợp đồng và đặc tính sản phẩm theo quy định tại khoản 3 Điều 6, khoản 2 Điều 7 Nghị định số 20/2017/NĐ-CP và hướng dẫn tại khoản 3 Điều 2 Thông tư này.
3. Phương pháp xác định theo quy định tại điểm c khoản 1, 2 và 3 Điều 7 Nghị định số 20/2017/NĐ-CP áp dụng như sau:
a) Mức giá, tỷ suất lợi nhuận, tỷ lệ phân bổ lợi nhuận của người nộp thuế phải điều chỉnh theo mức giá, tỷ suất lợi nhuận, tỷ lệ phân bổ lợi nhuận tương ứng của các đối tượng so sánh độc lập được lựa chọn từ kết quả phân tích so sánh theo hướng dẫn tại điểm b khoản 2 Điều 2 Thông tư này.
b) Trường hợp áp dụng phương pháp so sánh tỷ suất lợi nhuận thuần:
b1) Đối với người nộp thuế thuộc các ngành sản xuất, thương mại, dịch vụ: Các chỉ tiêu tỷ suất lợi nhuận thuần được xác định theo quy định của pháp luật về kế toán, quản lý thuế và thuế thu nhập doanh nghiệp là tỷ suất lợi nhuận thuần chưa trừ chi phí lãi vay và thuế thu nhập doanh nghiệp trên doanh thu (hoặc doanh thu thuần); trên chi phí (hoặc tổng chi phí); trên tài sản (hoặc tổng tài sản cố định) phù hợp bản chất hoạt động kinh doanh của người nộp thuế.
Lợi nhuận thuần không bao gồm chênh lệch doanh thu và chi phí của hoạt động tài chính được sử dụng để xác định tỷ suất lợi nhuận thuần trên cơ sở số liệu về doanh thu, chi phí, tài sản không do các bên liên kết kiểm soát hoặc các giao dịch với bên liên kết cấu thành doanh thu, chi phí của người nộp thuế đã được hạch toán theo nguyên tắc giao dịch độc lập.
Trường hợp sử dụng các chỉ tiêu tài chính tại bảng cân đối kế toán để phân tích so sánh, sàng lọc định lượng và xác định tỷ suất lợi nhuận thuần, giá trị sử dụng là giá trị trung bình cộng của số cuối năm và số đầu năm trên bảng cân đối kế toán của các chỉ tiêu sử dụng.
b2) Đối với người nộp thuế thuộc các ngành ngân hàng, tín dụng: Các chỉ tiêu tỷ suất lợi nhuận thuần được xác định theo quy định của pháp luật về kế toán, quản lý thuế, thuế thu nhập doanh nghiệp và quản lý hoạt động của tổ chức tín dụng phù hợp với loại hình kinh doanh của người nộp thuế.
b3) Đối với người nộp thuế là các công ty chứng khoán, công ty quản lý quỹ đầu tư chứng khoán: Các chỉ tiêu tỷ suất lợi nhuận thuần được xác định theo quy định của pháp luật về kế toán, quản lý thuế, thuế thu nhập doanh nghiệp và quản lý hoạt động chứng khoán phù hợp loại hình kinh doanh của người nộp thuế.
c) Kết quả điều chỉnh mức giá, tỷ suất lợi nhuận, tỷ lệ phân bổ lợi nhuận của người nộp thuế là giá tính thuế, kê khai chi phí, doanh thu xác định thu nhập chịu thuế, không làm giảm nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp nộp ngân sách nhà nước của người nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế không điều chỉnh giá giao dịch liên kết theo quy định tại Nghị định số 20/2017/NĐ-CP  và Thông tư này dẫn đến thiếu số thuế phải nộp thì bị xử lý theo quy định của pháp luật về thuế.