Việc lập dự toán ngân sách nhà nước, chấp hành ngân sách nhà nước và quyết toán ngân sách nhà nước thực hiện theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và các quy định hiện hành. Thông tư này quy định một số nội dung cụ thể như sau:
1. Lập dự toán:
a) Hàng năm, vào thời điểm lập dự toán thu, chi ngân sách nhà nước, các tổ chức, đơn vị được giao thực hiện nhiệm vụ của Chương trình, căn cứ vào các nhiệm vụ được phê duyệt và nội dung hướng dẫn tại Thông tư này để lập dự toán kinh phí bảo đảm cho việc thực hiện nhiệm vụ của Chương trình, gửi cơ quan chủ quản để tổng hợp chung vào dự toán của các Bộ, ngành, địa phương (theo phân cấp quản lý ngân sách) gửi cơ quan tài chính để trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; đồng thời gửi Bộ Khoa học và Công nghệ để tổng hợp và phối hợp thực hiện.
b) Đối với kinh phí ngân sách trung ương ủy quyền cho ngân sách địa phương quản lý để thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia của Chương trình: Căn cứ các nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia ủy quyền cho các địa phương quản lý, thực hiện được cấp có thẩm quyền phê duyệt, Bộ Khoa học và Công nghệ lập dự toán ngân sách hỗ trợ cho từng địa phương và tổng hợp gửi Bộ Tài chính cùng thời điểm lập dự toán chi ngân sách trung ương hàng năm theo quy định của Luật ngân sách nhà nước.
2. Việc phân bổ và giao dự toán thực hiện theo quy định quản lý tài chính và phân cấp ngân sách nhà nước hiện hành.
Đối với kinh phí ngân sách trung ương ủy quyền cho ngân sách địa phương quản lý để thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình, việc phân bổ và giao dự toán kinh phí thực hiện theo quy định tại Khoản 5 Điều 9 Luật ngân sách nhà nước và Khoản 3 Điều 31 Nghị định số 163/2016/NĐ-CP ngày 21 tháng 12 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật ngân sách nhà nước.
3. Tạm ứng, thanh toán và kiểm soát kinh phí
a) Việc tạm ứng, thanh toán, kiểm soát chi kinh phí thực hiện các nhiệm vụ thuộc Chương trình: Thực hiện theo quy định tại Thông tư liên tịch số 27/2015/TTLT-BKHCN-BTC ngày 30 tháng 12 năm 2015 của Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Tài chính quy định khoán chi thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước (sau đây gọi là Thông tư số 27/2015/TTLT-BKHCN-BTC)
b) Việc tạm ứng, thanh toán, kiểm soát chi hoạt động chung quản lý Chương trình: Thực hiện theo quy định hiện hành đối với đơn vị dự toán cấp 3 sử dụng ngân sách nhà nước. Kho bạc Nhà nước thực hiện kiểm soát chi theo quy định tại Thông tư số 161/2012/TT-BTC ngày 02 tháng 10 năm 2012 của Bộ Tài chính về chế độ kiểm soát, thanh toán các khoản chi ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước và Thông tư số 39/2016/TT-BTC ngày 01 tháng 3 năm 2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 161/2012/TT-BTC ngày 02 tháng 10 năm 2012 của Bộ Tài chính về chế độ kiểm soát, thanh toán các khoản chi ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước.
4. Quyết toán kinh phí:
Việc quyết toán kinh phí của Chương trình được thực hiện theo quy định của Luật ngân sách nhà nước, Thông tư số 27/2015/TTLT-BKHCN-BTC và các quy định hiện hành. Đối với kinh phí ngân sách trung ương ủy quyền cho ngân sách địa phương quản lý để thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình, hạch toán vào chương của đơn vị chủ trì nhiệm vụ và loại khoản tương ứng.
5. Kinh phí thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình đang trong thời gian thực hiện theo quyết định của cấp có thẩm quyền được chuyển nguồn sang năm sau tiếp tục thực hiện theo quy định tại Điều 43 Nghị định số 163/2016/NĐ-CP ngày 21 tháng 12 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật ngân sách nhà nước.