1. Thực hiện theo quy định tại điểm a, điểm b khoản 4 Điều 91 Thông tư số 38/2015/TT-BTC .
a) Bộ hồ sơ nhập khẩu xăng dầu (thực hiện pha chế hoặc không thực hiện pha chế) từ kho vào nội địa không phải nộp vận đơn hoặc chứng từ vận tải.
a.1) Trường hợp thương nhân làm thủ tục lần đầu tại Chi cục Hải quan thì nộp Giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu do Bộ Thương mại cấp: 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận của doanh nghiệp;
a.2) Bảng hạn mức nhập khẩu xăng dầu tối thiểu hàng năm do Bộ Công Thương cấp (đối với xăng dầu nhập khẩu): Nộp 01 bản chụp có đóng dấu xác nhận của doanh nghiệp vào thời điểm đăng ký tờ khai đầu tiên hàng năm;
a.3) Hóa đơn thương mại: thực hiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 7 Thông tư số 69/2016/TT-BTC .
b) Người khai hải quan thực hiện thủ tục nhập khẩu xăng dầu, nguyên liệu và xăng dầu sau pha chế theo quy định đối với từng loại hình tương ứng, sau đó chủ kho thực hiện thủ tục xuất kho.
2. Xăng dầu pha chế, sau đó chuyển tiêu thụ nội địa phải có chất lượng đáp ứng quy chuẩn kỹ thuật quốc gia và tiêu chuẩn công bố áp dụng.
3. Trường hợp xăng dầu, nguyên liệu và xăng dầu sau pha chế trong kho làm thủ tục nhập khẩu vào nội địa nhiều lần thì hồ sơ hải quan đối với từng lần nhập khẩu được chấp nhận bộ chứng từ bản sao gồm bản kê chi tiết hàng hóa, giấy chứng nhận xuất xứ có đóng dấu xác nhận của Chi cục Hải quan quản lý kho, bản chính của các chứng từ do Chi cục Hải quan quản lý kho lưu.
4. Người khai hải quan nộp đủ thuế theo quy định đối với xăng dầu, nguyên liệu và xăng dầu sau pha chế xuất kho nhập khẩu vào nội địa tại Chi cục Hải quan nơi thương nhân có hệ thống kho chứa xăng dầu trong nội địa.
Trường hợp xăng dầu sau khi pha chế trong kho đã sử dụng toàn bộ nguyên liệu có nguồn gốc trong nước thì khi nhập khẩu sản phẩm sau pha chế vào nội địa Việt Nam không phải nộp thuế nhập khẩu.
Trường hợp xăng, dầu sau khi pha chế trong kho có sử dụng toàn bộ nguyên liệu nhập khẩu từ nước ngoài thì khi nhập khẩu sản phẩm sau pha chế vào thị trường nội địa Việt Nam phải nộp các loại thuế như đối với xăng dầu nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam.
Trường hợp sử dụng một phần nguyên liệu nhập khẩu từ nước ngoài kết hợp với nguyên liệu trong nước để pha chế trong kho, khi nhập khẩu sản phẩm sau pha chế vào thị trường nội địa, số thuế phải nộp căn cứ vào số lượng, mức thuế suất của mặt hàng nhập khẩu vào nội địa Việt Nam; trị giá hải quan tính trên phần nguyên liệu nhập khẩu từ nước ngoài cấu thành trong sản phẩm sau pha chế nhập khẩu vào nội địa Việt Nam.
Trường hợp không xác định được trị giá hải quan đối với phần nguyên liệu có nguồn gốc nhập khẩu thì cơ quan hải quan ấn định thuế đối với phần nguyên liệu có nguồn gốc nhập khẩu cấu thành trong sản phẩm sau pha chế theo quy định pháp luật về quản lý thuế và pháp luật về trị giá hải quan.
Việc xác định thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi hoặc thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành.
5. Thủ tục vận chuyển xăng dầu, nguyên liệu từ kho đến Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập khẩu:
a) Thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 51 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ;
b) Trường hợp Hệ thống chưa hỗ trợ việc khai báo chuyển cửa khẩu: Doanh nghiệp có đơn đề nghị chuyển xăng dầu, nguyên liệu, xăng dầu sau pha chế tại kho nhập khẩu vào nội địa (theo mẫu số 22-CKHH/GSQL Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC);
c) Trường hợp xăng dầu được giám định về khối lượng, chủng loại khi xếp hàng lên phương tiện vận chuyển tại kho và sau đó được chuyển đến Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục hải quan nhập vào nội địa, lại được giám định về chủng loại và khối lượng trước khi được thông quan (Chi cục hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu ghi vào phần thông báo chỉ thị hải quan của tờ khai trên Hệ thống: được giám định về chủng loại và số lượng lại trước khi được thông quan) thì không phải niêm phong. Chi cục Hải quan quản lý kho, Chi cục Hải quan nơi hoàn thành thủ tục hải quan nhập vào nội địa căn cứ vào kết quả giám định để lập biên bản bàn giao và làm thủ tục hải quan, thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định chịu trách nhiệm về kết quả giám định.
đ) Vào ngày làm việc thứ hai của tháng tiếp theo, Chi cục Hải quan quản lý kho báo cáo Cục Hải quan tỉnh/thành phố về xăng dầu, nguyên liệu và xăng dầu sau pha chế từ kho đưa vào nội địa, các khu phi thuế quan (theo Mẫu BC01-XDVRK Phụ lục đính kèm Thông tư này).
e) Trách nhiệm của Cục Hải quan tỉnh/thành phố:
Mỗi quý, vào ngày 05 tháng đầu tiên của quý tiếp theo, Cục Hải quan tỉnh/thành phố căn cứ báo cáo của Chi cục Hải quan quản lý kho tổng hợp, báo cáo Tổng cục Hải quan về xăng dầu, nguyên liệu và xăng dầu sau khi pha chế từ kho đưa vào nội địa, các khu phi thuế quan (theo Mẫu BC01-XDVRK Phụ lục đính kèm Thông tư này).
g) Trách nhiệm của chủ kho, chủ hàng
g.1) Giám định khối lượng lô hàng thông qua thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định. Lô hàng nhập khẩu trước khi thông quan phải có giấy đăng ký kiểm tra nhà nước về chất lượng;
g.2) Chủ hàng kê khai và nộp đầy đủ các loại thuế và lệ phí theo quy định;
g.3) Vào ngày làm việc đầu tiên của tháng tiếp theo, chủ kho tổng hợp báo cáo Chi cục Hải quan quản lý kho về xăng dầu, nguyên liệu và xăng dầu sau pha chế (theo Mẫu BC02-XDVRK Phụ lục đính kèm Thông tư này);
g.4) Cập nhật thông tin xăng dầu xuất kho vào phần mềm quản lý hàng hóa nhập, xuất kho của chủ kho và gửi đến Chi cục Hải quan quản lý kho.
6. Trường hợp hàng hóa trong kho bán cho thương nhân nước ngoài và đã giao hàng qua lan can tàu tại cảng của kho sau đó khách hàng nước ngoài tiếp tục giao ngay cho một doanh nghiệp Việt Nam tại chính con tàu đã xếp hàng tại cảng của kho để nhập vào nội địa thì thực hiện thủ tục nhập khẩu theo quy định tại Mục 1 Chương II Thông tư số 69/2016/TT-BTC .
7. Khai báo trị giá hải quan đối với xăng dầu từ kho đưa vào nội địa.
a) Trường hợp mua bán hàng hóa có điều kiện giao hàng tại kho và doanh nghiệp chứng minh được trị giá khai báo là tương đương thì khai báo như sau:
a1) Khai ô “điều kiện giá hóa đơn” là CFR, đồng thời tại ô “chi tiết khai trị giá” khai điều kiện giao hàng thực tế FOB và giải trình rõ lý do giá FOB= CFR;
a2) Ô “tổng trị giá hóa đơn” nhập tổng giá trị trên hóa đơn.
b) Xác định trị giá hải quan;
b.1) Thực hiện theo quy định tại Thông tư 39/2015/TT-BTC  ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về trị giá hải quan đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu;
b.2) Đối với hàng hóa xăng dầu được vận chuyển từ kho đến nơi làm thủ tục nhập khẩu vào nội địa thì các chi phí phát sinh từ kho đến nơi làm thủ tục nhập khẩu không phải cộng vào trị giá hải quan.
8. Khai báo xuất xứ:
a) Trường hợp có yêu cầu hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo các Hiệp định thương mại tự do (FTAs), doanh nghiệp phải nộp C/O theo quy định; Đối với trường hợp khác, doanh nghiệp tự khai và tự chịu trách nhiệm về xuất xứ hàng hóa (không phải nộp C/O).
b) Đối với sản phẩm xăng dầu nhập khẩu sau khi được pha chế trong kho, doanh nghiệp không yêu cầu hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt theo FTAs:
b.1) Thực hiện quy định tại Nghị định 19/2006/NĐ-CP  ngày 20/02/2006 của Chính phủ quy định chi tiết Luật Thương mại về xuất xứ hàng hóa, Thông tư 08/2006/TT-BTM  ngày 17/04/2006 của Bộ trưởng Bộ Thương mại hướng dẫn cách xác định xuất xứ hàng hóa và tổng số lượng nhập khẩu phù hợp với xuất xứ và số lượng hàng ghi trên tờ khai nhập kho;
b.2) Trường hợp lô hàng nhập khẩu vào nội địa được pha chế từ xăng dầu có nguồn gốc xuất xứ từ nhiều nước khác nhau, doanh nghiệp khai đại diện 01 nước tại ô xuất xứ hàng hóa trên tờ khai và khai báo xuất xứ các nước tại ô mô tả hàng hóa: “xăng dầu được pha chế từ xăng dầu có xuất xứ từ những nước...tương ứng với tờ khai nhập kho hoặc thuộc lô hàng pha chế số...(trong đó ghi đầy đủ tên các nước xuất xứ của lô hàng xăng dầu dùng để pha chế)”. Tại phần ghi chú trên tờ khai hải quan, khai báo “Xăng/dầu được pha chế trong kho ngoại quan xăng dầu…”
c) Trường hợp lô hàng đưa vào kho để nhập khẩu vào nội địa nhiều lần thì xuất xứ hàng hóa mỗi lần nhập khẩu theo xuất xứ lô gốc. Cơ quan hải quan sẽ lập Phiếu trừ lùi để theo dõi lô hàng (theo Mẫu PTDTL Phụ lục đính kèm Thông tư này). Khi doanh nghiệp nhập khẩu hết số lượng hàng hóa trên C/O, Chi cục Hải quan tổng hợp lượng hàng hóa đã nhập khẩu, xác nhận đã nhập khẩu hết lượng hàng trên C/O vào Phiếu trừ lùi.
9. Trường hợp xuất kho nhập nội địa bằng đường bộ, việc giám định về khối lượng, trọng lượng, chủng loại và kiểm tra nhà nước về chất lượng được thực hiện tại bể chứa dùng để chứa hàng nhập vào nội địa bằng đường bộ, sau đó bể chứa này sẽ được công chức hải quan niêm phong. Cơ quan hải quan làm thủ tục và thông quan hàng hóa cho lượng xăng dầu dự định nhập khẩu tại bể chứa này. Xăng dầu sau thông quan sẽ được đưa vào nội địa theo từng chuyến xe ô tô, có phiếu xuất kho theo tương ứng với từng chuyến xe nhận hàng để công chức hải quan giám sát và đối chiếu với tổng lượng hàng đã làm thủ tục thông quan. Sau khi kết thúc xuất hết lượng hàng đã được làm thủ tục thông quan, phải nộp cho cơ quan hải quan chứng thư giám định khối lượng cho tổng lượng hàng đã xuất này theo quy định và danh sách các chuyến xe vận chuyển.
10. Xăng, dầu sau khi pha chế trong kho đưa vào kho ngoại quan khác không phải nộp thuế xuất khẩu. Thời gian lưu giữ tại kho ngoại quan mới được tính kể từ ngày xăng dầu đưa vào kho ngoại quan cũ.