1. Hình thức thu nộp tiền thuế, lệ phí hải quan thực hiện theo quy định tại Thông tư 126/2014/TT-BTC  ngày 28 tháng 8 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định một số thủ tục về kê khai, thu nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
2. Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh thực hiện nộp thuế thay cho chủ hàng thì số tiền thuế, lệ phí hải quan dự kiến phát sinh phải nộp được nộp vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc Nhà nước.
3. Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh, đại lý hải quan sử dụng bảo lãnh chung của người nộp thuế: thư bảo lãnh chung phải được tổ chức tín dụng cho phép doanh nghiệp chuyển phát nhanh, đại lý hải quan được sử dụng.
4. Trách nhiệm của người khai hải quan:
a) Doanh nghiệp chuyển phát nhanh:
a.1) Tự khai, tự tính thuế, tự nộp thuế, lệ phí hải quan và tự chịu trách nhiệm đối với các tờ khai hải quan có thuế, lệ phí đã được làm thủ tục hải quan; tự xác định số tiền thuế, lệ phí hải quan phải được nộp trước vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc Nhà nước;
a.2) Thực hiện thu, nộp lệ phí hải quan theo quy định tại Điều 45 Thông tư số 38/2015/TT-BTC;
a.3) Trường hợp nộp tiền vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan quy định tại khoản 2 Điều này: khi khai báo tờ khai hải quan phải kê khai chỉ tiêu “người nộp thuế” là mã 2; kê khai chỉ tiêu “mã xác định thời hạn nộp thuế” là mã D. Số tiền thuế phải nộp của từng tờ khai hải quan phát sinh trong ngày được trừ vào số tiền nộp trước tại tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai để được thông quan hàng hóa.
a.4) Trường hợp sử dụng bảo lãnh chung quy định tại khoản 3 Điều này, việc xử lý thanh toán trừ lùi, cập nhật số dư và quản lý bảo lãnh thực hiện theo khoản 4, khoản 5 Điều 43 Thông tư 38/2015/TT-BTC;
a.5) Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh sử dụng biên lai đặc thù:
a.5.1) Được phát hành Biên lai thu thuế và Biên lai thu lệ phí hải quan để trả cho chủ hàng;
a.5.2) Việc in, phát hành, quản lý, sử dụng Biên lai thu thuế và Biên lai thu lệ phí thực hiện theo quy định hiện hành của Bộ Tài chính về việc ban hành chế độ in, phát hành, quản lý, sử dụng ấn chỉ thuế;
a.5.3) Doanh nghiệp chuyển phát nhanh có trách nhiệm phối hợp với Chi cục Hải quan thực hiện việc đối chiếu các chứng từ thu nộp ngân sách đảm bảo việc nộp thuế, lệ phí hải quan chính xác và đúng quy định hiện hành.
b) Trách nhiệm của người khai hải quan khác (không phải là doanh nghiệp chuyển phát nhanh): thực hiện nộp thuế, lệ phí theo quy định tại Mục 5 Chương II Thông tư số 38/2015/TT-BTC
c) Trường hợp khai trên tờ khai hải quan giấy, người khai hải quan thực hiện nộp thuế, lệ phí hải quan theo quy định tại Mục 5 Chương II Thông tư số 38/2015/TT-BTC.
5. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan:
a) Đối với trường hợp nộp thuế, lệ phí hải quan bằng tiền mặt:
a.1) Phát hành Biên lai thu thuế và Biên lai thu lệ phí hải quan cho từng tờ khai hải quan có số tiền thuế, lệ phí hải quan đã nộp và thực hiện các quy định tại Mục 5 Chương II Thông tư số 38/2015/TT-BTC.
a.2) Đối với tổng số tiền thuế, lệ phí thu được trong ngày làm việc, Chi cục quan hải quan phải lập hồ sơ nộp tiền vào ngân sách nhà nước chuyển nộp Kho bạc Nhà nước theo quy định gom: Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước chuyển nộp Kho bạc Nhà nước theo quy định (01 bản chính) và Bản kê tờ khai - tiền thuế phát sinh chuyển nộp Ngân sách Nhà nước thu được của từng lô hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu trong ngày theo Mẫu HQ 03-BKTK-TT tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này (01 bản chính).
b) Đối với trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh nộp tiền trước vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc Nhà nước:
b.1) Công chức hải quan căn cứ nội dung tính thuế trên tờ khai hải quan, để xác định số tiền thuế phải nộp của từng tờ khai hải quan phát sinh thuế trong ngày trừ vào số tiền nộp trước;
b.2) Định kỳ hàng ngày hoặc một tuần/01 (một) lần, Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước theo quy định, kèm theo Bản tổng hợp tiền thuế trích từ tài khoản tiền gửi chuyển nộp Ngân sách Nhà nước (tổng hợp chi tiết số tờ khai hải quan, sắc thuế, số tiền doanh nghiệp chuyển phát nhanh kê khai đã trừ lùi để trích tiền từ tài khoản tiền gửi chuyển nộp Ngân sách Nhà nước) theo Mẫu HQ 04-BTH-TT tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này và gửi 01 bản cho doanh nghiệp chuyển phát nhanh khi có yêu cầu để đối chiếu số tiền đã nộp;
c) Đối với trường hợp sử dụng bảo lãnh chung:
Thực hiện theo quy định tại khoản 1, khoản 2, khoản 4, khoản 5 Điều 43 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.