Việc xác định khoản tiền thu từ cổ phần hóa quy định tại khoản 1 Điều 3 Quy chế quản lý Quỹ và các quy định của pháp luật về chuyển doanh nghiệp 100% vốn sở hữu nhà nước thành công ty cổ phần, cụ thể như sau:
1. Xác định số tiền thu từ bán cổ phần lần đầu nộp về Quỹ
a) Kết thúc quá trình bán cổ phần lần đầu theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt, căn cứ kết quả xác định số tiền thực thu từ bán cổ phần lần đầu và số tiền được để lại doanh nghiệp theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt do Ban chỉ đạo cổ phần hóa doanh nghiệp xác định, doanh nghiệp thực hiện chuyển tiền thu từ bán cổ phần từ tài khoản phong tỏa về Quỹ theo đúng thời gian quy định.
b) Trường hợp chậm nộp số tiền thu từ bán cổ phần lần đầu, doanh nghiệp sẽ phải nộp lãi chậm nộp theo quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 Quy chế quản lý Quỹ.
2. Xác định số tiền thu từ cổ phần hóa tại thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển thành công ty cổ phần nộp về Quỹ
a) Căn cứ báo cáo tài chính tại thời điểm doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu hoạt động dưới hình thức công ty cổ phần và hướng dẫn xử lý tài chính tại thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển thành công ty cổ phần, doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định khoản chênh lệch tăng giữa giá trị thực tế phần vốn nhà nước tại thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển sang công ty cổ phần với giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp. Trong thời hạn 45 ngày làm việc kể từ thời điểm được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, doanh nghiệp phải thực hiện tạm nộp khoản chênh lệch tăng đã tự xác định về Quỹ.
b) Căn cứ kết quả xác định lại giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm đăng ký doanh nghiệp của cơ quan có thẩm quyền, trong phạm vi 05 ngày làm việc kể từ ngày có quyết định của cấp có thẩm quyền, doanh nghiệp có trách nhiệm nộp tiếp khoản chênh lệch tăng thêm so với số đã nộp xác định tại điểm a khoản 2 Điều 5 Thông tư này (nếu có) về Quỹ.
c) Trường hợp số tiền phải nộp về Quỹ xác định theo kết quả xác định lại giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm đăng ký doanh nghiệp của cơ quan có thẩm quyền thấp hơn số doanh nghiệp tự xác định và đã nộp theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 5 Thông tư này thì doanh nghiệp có công văn gửi Bộ Tài chính yêu cầu hoàn trả số tiền nộp thừa về Quỹ.
Căn cứ văn bản đề nghị của doanh nghiệp và các tài liệu liên quan (Chứng từ chứng minh số tiền doanh nghiệp đã nộp tiền về Quỹ; Quyết định phê duyệt quyết toán xác định lại giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm đăng ký doanh nghiệp của cơ quan có thẩm quyền), Bộ Tài chính ra quyết định xuất Quỹ hỗ trợ sắp xếp và phát triển doanh nghiệp hoàn trả số tiền doanh nghiệp đã nộp thừa về Quỹ trong thời hạn 05 ngày làm việc. Trong thời hạn 05 ngày làm việc, sau khi nhận được quyết định xuất Quỹ của Bộ Tài chính, SCIC có trách nhiệm chuyển tiền hoàn trả cho doanh nghiệp.
d) Trường hợp chậm nộp số tiền thu từ cổ phần hóa tại thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển thành công ty cổ phần về Quỹ theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Thông tư này, doanh nghiệp sẽ phải nộp lãi chậm nộp theo quy định tại khoản 3 và khoản 4 Điều 4 Quy chế quản lý Quỹ và Điều 6 Thông tư này.
3. Trường hợp căn cứ báo cáo tài chính tại thời điểm doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu hoạt động dưới hình thức công ty cổ phần, doanh nghiệp xác định có phát sinh chênh lệch giảm giữa giá trị thực tế phần vốn nhà nước tại thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển sang công ty cổ phần với giá trị phần vốn nhà nước tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp thì doanh nghiệp chủ động báo cáo cơ quan có thẩm quyền xem xét, xử lý chênh lệch giảm giá trị vốn nhà nước tại thời điểm doanh nghiệp chính thức chuyển thành công ty cổ phần theo quy định.