1. Hồ sơ khai thuế là tờ khai thuế và các chứng từ, tài liệu liên quan làm căn cứ để xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế với ngân sách nhà nước do người nộp thuế lập và gửi đến cơ quan quản lý thuế bằng phương thức điện tử hoặc giấy. Người nộp thuế phải khai tờ khai thuế, bảng kê, phụ lục (nếu có) theo đúng mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong tờ khai thuế, bảng kê, phụ lục; nộp đầy đủ các chứng từ, tài liệu quy định trong hồ sơ khai thuế với cơ quan quản lý thuế. Đối với một số loại giấy tờ trong hồ sơ khai thuế mà Bộ Tài chính không ban hành mẫu nhưng pháp luật có liên quan có quy định mẫu thì thực hiện theo quy định của pháp luật có liên quan.
a) Người nộp thuế căn cứ hồ sơ khai thuế và hồ sơ khai bổ sung để tự tính số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế phải nộp bổ sung, tiền chậm nộp (nếu có) và nộp tiền vào ngân sách nhà nước theo quy định (trừ trường hợp quy định tại Điều 13 của Nghị định này). Cơ quan quản lý thuế thực hiện ấn định thuế theo quy định tại Điều 50, Điều 52 của Luật Quản lý thuế trong trường hợp phát hiện người nộp thuế khai không đầy đủ, không chính xác về căn cứ tính thuế, số tiền thuế phải nộp trong hồ sơ khai thuế.
b) Cơ quan quản lý thuế căn cứ hồ sơ khai thuế của người nộp thuế, thông tin của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và các thông tin quản lý thuế để tính số tiền thuế phải nộp và thông báo số tiền thuế phải nộp cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 13 của Nghị định này.
c) Cơ quan thuế căn cứ hồ sơ khai thuế của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán và các thông tin quản lý thuế để xác định mức thuế khoán theo quy định tại Điều 51 Luật Quản lý thuế và theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
2. Hồ sơ khai thuế tương ứng với từng loại thuế, người nộp thuế, phù hợp vơi phương pháp tính thuế, kỳ tính thuế (tháng, quý, năm, từng lần phát sinh hoặc quyết toán). Trường hợp cùng một loại thuế mà người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh thì thực hiện khai chung trên một hồ sơ khai thuế, trừ các trường hợp sau:
a) Người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh trong đó có hoạt động xổ số kiến thiết, xổ số điện toán thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, lợi nhuận sau thuế riêng cho hoạt động xổ số kiến thiết, xổ số điện toán.
b) Người nộp thuế có nhiều hoạt động kinh doanh trong đó có hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý.
c) Người nộp thuế có khoản thu hộ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền giao thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho hoạt động thu hộ.
d) Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế giá trị gia tăng thì phải lập hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng riêng cho từng dự án đầu tư; đồng thời phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho từng dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp (nếu có) của hoạt động, kinh doanh đang thực hiện cùng kỳ tính thuế.
đ) Người nộp thuế được giao quản lý hợp đồng hợp tác kinh doanh với tổ chức nhưng không thành lập pháp nhân riêng thì thực hiện khai thuế riêng đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh theo thỏa thuận tại hợp đồng hợp tác kinh doanh.
3. Người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế trong các trường hợp sau đây:
a) Người nộp thuế chỉ có hoạt động, kinh doanh thuộc đối tượng không chịu thuế theo quy định của pháp luật về thuế đối với từng loại thuế.
b) Cá nhân có thu nhập được miễn thuế theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập cá nhân và quy định tại điểm b khoản 2 Điều 79 Luật Quản lý thuế trừ cá nhân nhận thừa kế, quà tặng là bất động sản; chuyển nhượng bất động sản.
c) Doanh nghiệp chế xuất chỉ có hoạt động xuất khẩu thì không phải nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng.
d) Người nộp thuế tạm ngừng hoạt động, kinh doanh theo quy định tại Điều 4 Nghị định này.
đ) Người nộp thuế nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế, trừ trường hợp chấm dứt hoạt động, chấm dứt hợp đồng, tổ chức lại doanh nghiệp theo quy định của khoản 4 Điều 44 Luật Quản lý thuế.
4. Người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai, sót theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế và theo mẫu quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Người nộp thuế khai bổ sung như sau:
a) Trường hợp khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế thì chỉ phải nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan, không phải nộp Tờ khai bổ sung.
Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai, sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm.
Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm; riêng trường hợp khai bổ sung tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung tờ khai tháng, quý có sai, sót tương ứng.
b) Người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Người nộp thuế chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.
5. Tổ chức, cá nhân thực hiện khai thuế thay, nộp thuế thay cho người nộp thuế phải có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các quy định về khai thuế, nộp thuế như quy định đối với người nộp thuế tại Nghị định này, bao gồm:
a) Tổ chức, cá nhân thực hiện khai thuế thay, nộp thuế thay cho người nộp thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
b) Tổ chức tín dụng hoặc bên thứ ba được tổ chức tín dụng ủy quyền khai thác tài sản bảo đảm thực hiện khai thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân đối với hoạt động khai thác tải sản bảo đảm trong thời gian chờ xử lý thay cho người nộp thuế có tài sản đảm bảo.
c) Tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân thì cá nhân không trực tiếp khai thuế. Tổ chức có trách nhiệm khai thuế giá trị gia tăng đối với toàn bộ doanh thu của hoạt động hợp tác kinh doanh theo quy định của pháp luật về thuế và quản lý thuế của tổ chức mà không phân biệt hình thức phân chia kết quả hợp tác kinh doanh, đồng thời khai thay và nộp thay thuế thu nhập cá nhân cho cá nhân hợp tác kinh doanh. Trường hợp tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân là hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh theo quy định tại khoản 5 Điều 51 Luật Quản lý thuế, mà cá nhân có ngành nghề đang hoạt động cùng với ngành nghề hợp tác kinh doanh với tổ chức thì tổ chức và cá nhân tự thực hiện khai thuế tương ứng với kết quả thực tế hợp tác kinh doanh theo quy định.
d) Tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay cho cá nhân nhận cổ tức bằng chứng khoán; cá nhân là cổ đông hiện hữu nhận thưởng bằng chứng khoán; cá nhân được ghi nhận phần vốn tăng thêm do lợi tức ghi tăng vốn; cá nhân góp vốn bằng bất động sản, phần vốn góp, chứng khoán. Thời điểm khai thuế thay và nộp thuế thay được thực hiện khi cá nhân phát sinh chuyển nhượng chứng khoán cùng loại, chuyển nhượng vốn, rút vốn. Cụ thể như sau:
d.1) Đối với cá nhân nhận cổ tức bằng chứng khoán; cá nhân là cổ đông hiện hữu nhận thưởng bằng chứng khoán thì tổ chức có trách nhiệm khai thuế thay và nộp thuế thay cho cá nhân đối với thu nhập từ đầu tư vốn khi cá nhân chuyển nhượng chứng khoán cùng loại như sau:
Đối với chứng khoán thông qua hệ thống giao dịch trên Sở giao dịch chứng khoán thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký, công ty quản lý quỹ nơi cá nhân ủy thác danh mục đầu tư.
Đối với chứng khoán không thông qua hệ thống giao dịch trên Sở giao dịch chứng khoán thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay như sau: chứng khoán của công ty đại chúng đã đăng ký chứng khoán tập trung tại Trung tâm lưu ký chứng khoán thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký chứng khoán; chứng khoán của công ty cổ phần chưa là công ty đại chúng nhưng tổ chức phát hành chứng khoán ủy quyền cho công ty chứng khoán quản lý danh sách cổ đông thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là công ty chứng khoán được ủy quyền quản lý danh sách cổ đông; chứng khoán không thuộc trường hợp quy định nêu tại đoạn này thì tổ chức khai thuế thay và nộp thuế thay là tổ chức phát hành chứng khoán.
d.2) Đối với cá nhân được ghi nhận phần vốn tăng thêm do lợi tức ghi tăng vốn thì tổ chức nơi cá nhân có vốn góp có trách nhiệm khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân đối với thu nhập từ đầu tư vốn khi cá nhân chuyển nhượng vốn, rút vốn.
d.3) Đối với cá nhân góp vốn bằng bất động sản, phần vốn góp, chứng khoán thì tổ chức nơi cá nhân góp vốn có trách nhiệm khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, thu nhập từ chuyển nhượng vốn, thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán.
d.4) Trường hợp tổ chức khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm d.1, d.2, d.3 khoản này đã giải thể, phá sản mà chưa thực hiện khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân thì cá nhân có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế theo quy định.
đ) Tổ chức chi trả các khoản thưởng, hỗ trợ đạt doanh số, khuyến mại, chiết khấu thương mại, chiết khấu thanh toán, chi hỗ trợ bằng tiền hoặc không bằng tiền cho cá nhân là các hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khoán thì tổ chức có trách nhiệm khai thuế thay và nộp thuế thay cho cá nhân theo quy định.
e) Tổ chức thuê tài sản của cá nhân mà trong hợp đồng cho thuê quy định tổ chức là người nộp thuế thay cho cá nhân thì tổ chức có trách nhiệm khai thuế thay và nộp thuế thay cho cá nhân theo quy định.
g) Bên mua bất động sản mà trong hợp đồng chuyển nhượng bất động sản có thoả thuận bên mua là người nộp thuế thay cho bên bán (trừ trường hợp được miễn thuế, không phải nộp thuế hoặc tạm thời chưa phải nộp thuế); bên thứ ba có liên quan được phép bán tài sản của cá nhân theo quy định của pháp luật thì bên mua, bên thứ ba có trách nhiệm khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân theo quy định.
h) Tổ chức phát hành thực hiện thủ tục thay đổi danh sách thành viên góp vốn hoặc danh sách cổ đông trong trường hợp chuyển nhượng vốn mà không có chứng từ chứng minh cá nhân chuyển nhượng vốn đã hoàn thành nghĩa vụ thuế thì tổ chức phát hành khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân chuyển nhượng vốn theo quy định.
i) Tổ chức được giao nhiệm vụ tổ chức thu phí, lệ phí theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí thực hiện khai số tiền phí, lệ phí đã thu được với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (trừ phí hải quan; lệ phí hàng hoá, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh).
6. Người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế nơi chuyển đi trong trường hợp đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế nhưng người nộp thuế chưa hoàn thành thủ tục thay đổi địa chỉ trụ sở với cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan đăng ký hợp tác xã hoặc cơ quan thuế nơi chuyển đến.
7. Danh mục hồ sơ khai thuế áp dụng đối với từng loại thuế, từng hoạt động kinh doanh tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định này.