1. Trường hợp một đối tượng cư trú của Việt Nam có thu nhập từ Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam mà khoản thu nhập này đã chịu thuế thu nhập doanh nghiệp trước khi được chia cho đối tượng đó và tại Hiệp định, Việt Nam cam kết thực hiện biện pháp khấu trừ thuế gián tiếp thì khi kê khai thuế thu nhập tại Việt Nam, các khoản thu nhập đó sẽ được tính vào thu nhập chịu thuế tại Việt Nam theo quy định của pháp luật hiện hành về thuế ở Việt Nam và số thuế gián tiếp đã nộp ở Nước ký kết sẽ được khấu trừ vào số thuế phải nộp tại Việt Nam. Tuy nhiên, trong mọi trường hợp, số thuế được khấu trừ không vượt quá số thuế phải nộp tại Việt Nam tính trên thu nhập từ nước ngoài theo quy định pháp luật hiện hành về thuế ở Việt Nam.
Số thuế gián tiếp được khấu trừ là số thuế do một công ty cổ phần là đối tượng của Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam đã nộp tại Nước ký kết đó dưới hình thức thuế thu nhập công ty trước khi chia lãi cổ phần cho đối tượng cư trú của Việt Nam với điều kiện đối tượng cư trú của Việt Nam kiểm soát trực tiếp một tỷ lệ tối thiểu quyền bỏ phiếu của công ty cổ phần (thường là 10%).
Ví dụ 72: Công ty V của Việt Nam đầu tư 10.000.000 đô la Mỹ (tương đương 20% vốn cổ phần) tại Công ty N của Liên bang Nga. Trong năm 2010, Công ty N có thu nhập là 100.000 đô la Mỹ và phải nộp thuế theo Luật thuế Liên bang Nga (mức thuế suất 30%). Lợi tức sau thuế của Công ty N được chia cho Công ty V theo tỷ lệ cổ phần và phải nộp thuế tại Liên bang Nga với mức thuế suất 10% (Khoản 2.a Điều 10: Tiền lãi cổ phần, Hiệp định giữa Việt Nam và Liên bang Nga). Công ty V có nghĩa vụ nộp thuế theo quy định pháp luật hiện hành về thuế ở Việt Nam với mức thuế suất hiện hành (25%). Trong trường hợp này, việc kê khai nộp thuế và khấu trừ thuế gián tiếp của Công ty V ở Việt Nam như sau:
- Số lợi nhuận trước thuế của Công ty V của Việt Nam được hưởng trong tổng số lợi nhuận của Công ty N tại Liên bang Nga là:
100.000 đô la Mỹ x 20% = 20.000 đô la Mỹ
- Số thuế thu nhập doanh nghiệp Công ty N đã nộp tại Liên bang Nga đối với phần lợi nhuận nêu trên của Công ty V theo Luật thuế Liên bang Nga là:
20.000 đô la Mỹ x 30% = 6.000 đô la Mỹ
- Lợi tức cổ phần được chia sau thuế của Công ty V là:
20.000 đô la Mỹ - 6.000 đô la Mỹ = 14.000 đô la Mỹ
- Số thuế Công ty V phải nộp tại Liên bang Nga đối với lợi tức cổ phần được chia theo Hiệp định giữa Việt Nam và Liên bang Nga là:
14.000 đô la Mỹ x 10% = 1.400 đô la Mỹ
- Tổng số thuế Công ty V phải nộp tại Liên bang Nga (bao gồm cả thuế trực tiếp do Công ty V nộp trên cổ tức và thuế gián tiếp do Công ty N có vốn đầu tư của Công ty V nộp trên thu nhập công ty) là:
1.400 đô la Mỹ + 6.000 đô la Mỹ = 7.400 đô la Mỹ
- Số thuế Công ty V phải nộp tại Việt Nam theo quy định pháp luật hiện hành về thuế ở Việt Nam là:
20.000 đô la Mỹ x 25% = 5.000 đô la Mỹ
Trong trường hợp này, Công ty V chỉ được khấu trừ tối đa là 5.000 đô la Mỹ trong tổng số 7.400 đô la Mỹ đã nộp tại Liên bang Nga. Phần chênh lệch 2.400 đô la Mỹ (7.400 đô la Mỹ - 5.000 đô la Mỹ) không được phép khấu trừ vào số thuế đối với thu nhập trong nước (nếu có) của Công ty V.
2. Mặc dù theo quy định trên, Việt Nam chỉ thực hiện biện pháp khấu trừ thuế gián tiếp khi có cam kết tại Hiệp định, nhưng nếu theo quy định của luật Việt Nam, các khoản thu nhập từ nước ngoài của một đối tượng cư trú Việt Nam được khấu trừ thuế gián tiếp thì quy định này vẫn được thực hiện.
Ví dụ 73: Cũng với Ví dụ 72 nêu trên, giả sử việc đầu tư vào Công ty N tại Liên bang Nga là một Dự án đầu tư trực tiếp ra nước ngoài của Công ty V theo quy định của pháp luật Việt Nam thì dù tỷ lệ đầu tư của Công ty V chiếm ít hơn 10% vốn cổ phần của Công ty N nhưng các biện pháp khấu trừ thuế gián tiếp vẫn được thực hiện (Điểm 21, Điều 7, Chương II, Thông tư số 123/2012/TT-BTC ngày 27/7/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 và hướng dẫn thi hành Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008, Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp) mặc dù Hiệp định giữa Việt Nam và Liên bang Nga (Khoản 2, Điều 23: Biện pháp tránh đánh thuế hai lần) không quy định.
Mặc dù có các quy định như trên về thực hiện các biện pháp tránh đánh thuế hai lần, nhưng nếu theo quy định tại Hiệp định, các khoản thu nhập từ nước ngoài của đối tượng cư trú Việt Nam được miễn thuế tại Việt Nam thì khoản thu nhập này sẽ được miễn thuế và không được trừ số thuế đã nộp tại nước ngoài (tức là chỉ bị đánh thuế một lần và không phải áp dụng biện pháp tránh đánh thuế hai lần). Ví dụ như tiền học bổng của học sinh và sinh viên nước ngoài trong thời gian học tại Việt Nam (Mục 15. Thu nhập của sinh viên, thực tập sinh và học sinh học nghề, Chương II, Thông tư này).
Các quy định về các biện pháp tránh đánh thuế hai lần như trên được nêu tại Điều khoản Biện pháp tránh đánh thuế hai lần (thường là Điều 23) của Hiệp định.