1. Bộ Ngoại giao:
a) Chủ trì, phối hợp với các Bộ: Quốc phòng, Kế hoạch và Đầu tư và Ủy ban nhân dân các tỉnh biên giới xây dựng quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cửa khẩu biên giới đất liền trên toàn quốc, trình Chính phủ phê duyệt;
b) Thực hiện trách nhiệm liên quan đến việc mở, nâng cấp cửa khẩu biên giới theo quy định tại Điều 20 của Nghị định này; hướng dẫn quy trình, thủ tục mở, nâng cấp cửa khẩu, lối mở biên giới; trường hợp điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên có quy định khác thì thực hiện theo điều ước quốc tế đó.
2. Bộ Công an:
a) Phối hợp với Bộ Quốc phòng hướng dẫn hoạt động kiểm soát xuất cảnh, nhập cảnh qua cửa khẩu biên giới;
b) Chỉ đạo Công an các đơn vị, địa phương phối hợp với Bộ đội Biên phòng và các cơ quan liên quan thực hiện nhiệm vụ bảo vệ an ninh quốc gia, giữ gìn trật tự an toàn xã hội, đấu tranh phòng chống tội phạm trong khu vực cửa khẩu biên giới.
3. Bộ Công Thương:
a) Thực hiện quản lý nhà nước về xuất khẩu, nhập khẩu và hoạt động thương mại biên giới qua cửa khẩu biên giới;
b) Xây dựng chính sách thương mại biên giới hàng năm và từng thời kỳ trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt;
c) Phối hợp với các Bộ, ngành liên quan, Ủy ban nhân dân các tỉnh biên giới chống buôn lậu, gian lận thương mại qua cửa khẩu biên giới.
4. Bộ Xây dựng:
a) Chủ trì, phối hợp với các Bộ: Quốc phòng, Tài chính, Ngoại giao, Kế hoạch và Đầu tư, Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Ủy ban nhân dân các tỉnh biên giới lập quy hoạch xây dựng khu vực cửa khẩu quốc tế, cửa khẩu chính;
b) Nghiên cứu, xây dựng tiêu chuẩn thiết kế, xin ý kiến các Bộ: Quốc phòng, Tài chính, Y tế, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Kế hoạch và Đầu tư, Văn hóa, Thể thao và Du lịch đối với công trình Quốc môn và Nhà kiểm soát liên hợp, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt để thực hiện thống nhất trên toàn quốc;
c) Thực hiện quản lý nhà nước về xây dựng đối với công trình hạ tầng kỹ thuật, công trình xây dựng trong khu vực cửa khẩu biên giới đất liền theo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn quy định.
5. Bộ Kế hoạch và Đầu tư:
a) Chủ trì, phối hợp với các Bộ: Quốc phòng, Công an, Ngoại giao và Bộ, ngành liên quan, Ủy ban nhân dân các tỉnh biên giới tham mưu cho Chính phủ xây dựng chiến lược phát triển kinh tế - xã hội khu vực cửa khẩu biên giới đất liền trên toàn quốc;
b) Hàng năm, chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính cân đối ngân sách đầu tư phát triển và huy động các nguồn lực khác để đầu tư xây dựng các công trình trong khu vực cửa khẩu biên giới đất liền.
6. Bộ Giao thông vận tải:
a) Xây dựng quy hoạch phát triển kết cấu hạ tầng giao thông hệ thống cửa khẩu biên giới đất liền trên toàn quốc trình Chính phủ phê duyệt; chủ trì, phối hợp với các Bộ liên quan, Ủy ban nhân dân tỉnh biên giới thực hiện đấu nối đường giao thông cửa khẩu Việt Nam với cửa khẩu nước láng giềng;
b) Triển khai thực hiện các quy định về hoạt động xuất, nhập qua cửa khẩu của phương tiện vận tải theo quy định của điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
7. Ủy ban hợp tác Quản lý cửa khẩu phía Việt Nam:
Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành và địa phương triển khai thực hiện Hiệp định về cửa khẩu và Quy chế quản lý cửa khẩu, biên giới trên đất liền Việt Nam - Trung Quốc theo chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Điều lệ của Ủy ban hợp tác Quản lý cửa khẩu biên giới trên đất liền Việt Nam-Trung Quốc và văn bản pháp luật liên quan.