Khoản 5. Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng của các nhà thầu khi thực hiện thủ tục thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản của ngân sách nhà nước cho chủ đầu tư như sau:
a) Kho bạc Nhà nước nơi chủ đầu tư mở tài khoản giao dịch thực hiện khấu trừ tiền thuế giá trị gia tăng để nộp vào ngân sách nhà nước theo tỷ lệ 1% doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng đối với khối lượng hoàn thành của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản, trừ các trường hợp quy định tại điểm b khoản này.
b) Kho bạc Nhà nước không thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đối với các trường hợp sau: b.1) Chủ đầu tư làm thủ tục tạm ứng vốn đầu tư xây dựng cơ bản theo quy định. b.2) Các khoản thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản cho các hoạt động quản lý dự án: thanh toán cho các công việc quản lý dự án cho chủ đầu tư trực tiếp thực hiện; các khoản chi của ban quản lý dự án, chi giải phóng mặt bằng, chi đối với các dự án do dân tự làm. b.3) Các khoản chi phí đầu tư xây dựng của các dự án, công trình thuộc ngân sách xã có tổng mức đầu tư dưới 01 tỷ đồng. b.4) Các trường hợp người nộp thuế chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước.
c) Chủ đầu tư khi thực hiện thanh toán tại Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán theo mẫu quy định tại Nghị định số 11/2020/NĐ-CP ngày 20/01/2020 của Chính phủ gửi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng. Số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ trên chứng từ thanh toán được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp của nhà thầu. Chủ đầu tư có trách nhiệm cung cấp chứng từ thanh toán cho các nhà thầu đã được Kho bạc Nhà nước khấu trừ thuế.
d) Việc hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với số thuế giá trị gia tăng đã được Kho bạc Nhà nước khấu trừ theo nguyên tắc công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại tỉnh nào thì số thuế giá trị gia tăng do Kho bạc Nhà nước khấu trừ sẽ được hạch toán vào thu ngân sách của tỉnh đó. Trường hợp công trình nằm trên nhiều tỉnh thì chủ đầu tư có trách nhiệm xác định doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng công trình theo từng tỉnh và có trách nhiệm lập chứng từ thanh toán theo mẫu quy định tại Nghị định số 11/2020/NĐ-CP ngày 20/01/2020 của Chính phủ gửi Kho bạc Nhà nước để khấu trừ thuế giá trị gia tăng và hạch toán thu ngân sách cho từng tỉnh. Trường hợp công trình, hạng mục công trình xây dựng nằm trên nhiều tỉnh mà không xác định được doanh thu của công trình ở từng tỉnh thì sau khi xác định tỷ lệ 1% trên doanh thu chưa có thuế giá trị gia tăng của công trình, hạng mục công trình xây dựng, căn cứ vào tỷ lệ (%) giá trị đầu tư của công trình tại từng tỉnh trên tổng giá trị đầu tư để xác định số thuế giá trị gia tăng phải nộp cho từng tỉnh. Trường hợp công trình trong cùng tỉnh (gồm: công trình liên huyện, công trình ở huyện khác với nơi nhà thầu đóng trụ sở), Cục Thuế địa phương phối hợp với Sở Tài chính tham mưu cho Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định phân bổ hạch toán thu ngân sách nhà nước theo địa bàn huyện.
đ) Kho bạc Nhà nước hạch toán thu ngân sách nhà nước đối với khoản thuế giá trị gia tăng đã khấu trừ, tổng hợp đầy đủ thông tin trên chứng từ thu vào Bảng kê chứng từ nộp ngân sách và chuyển cho cơ quan thuế theo quy định.