Điều 3. Kiểm tra, thanh toán và quyết toán thuế:
a) Kiểm tra thuế: Công tác kiểm tra thuế chiếm phần quan trọng trong nội dung chế độ công tác quản lý ở cơ sở, quán xuyến ở tất cả các khâu nghiệp vụ thuế một cách thường xuyên. - Kiểm tra đăng ký về thuế thúc đẩy các cơ sở chấp hành việc đăng ký đúng nội dung và thời gian quy định bổ sung đăng ký kịp thời các chỉ tiêu đã đăng ký khi có sự thay đổi, đặc biệt là sự thay đổi về nghề đánh bắt thuỷ sản, mã lực tàu thuyền, lao động v.v... để có cơ sở xác định doanh thu sát đúng, chống thất thu về hộ. - Kiểm tra việc thực hiện chế độ độ sổ sách chứng từ kế toán phù hợp với chế độ quy định của Nhà nước đối với từng thành phần kinh tế, phù hợp với quy mô kinh doanh của các hộ ngoài quốc doanh đã được cơ quan thuế hướng dẫn, đặc biệt chú trọng kiểm tra việc hạch toán trên chứng từ sổ sách với thực tế hoạt động. - Kiểm tra việc thực hiện chế độ kê khai nộp thuế (đối với xí nghiệp quốc doanh thực hiện chế độ tự nộp, việc kê khai hàng tháng và nộp thuế theo thông báo của cơ quan thuế; đối với hộ ngoài quốc doanh thực hiện nộp thuế khoán theo thông báo của cơ quan thuế), kiểm tra việc nộp phạt chậm nộp thuế. - Phối hợp với các cơ quan thuỷ sản, công an biên phòng tại các trạm kiểm soát để kiểm tra việc thực hiện các thủ tục cần thiết khi hành nghề, việc làm nghĩa vụ nộp thuế thông qua các sổ đăng kiểm, sổ khai thác thuỷ sản, các chứng từ biên lai nộp thuế. Kết quả các cuộc kiểm tra phát hiện các vi phạm luật tới mức cần phải xử lý đều phải lập biên bản và quyết định xử lý theo luật định, phù hợp với quyền hạn của từng loại cán bộ thuế đã quy định.
b) Thanh toán và quyết toán thu nộp thuế: Các cơ sở khai thác thuỷ sản phải thanh toán và quyết toán thu nộp thuế trong các trường hợp sau đây: - Các cơ sở nộp thuế theo phương pháp kê khai, tạm nộp các loại thuế hàng tháng, hết một năm khi quyết toán kinh doanh, hoặc khi có thay đổi tổ chức như: sáp nhập, phân chia, giải thể... thì phải thanh quyết toán thuế theo đúng thời hạn quy định của cơ quan thuế, chậm nhất là sau 45 ngày kể từ ngày kết thúc năm hoặc mùa vụ khai thác theo đúng mẫu của cơ quan thuế, và chậm nhất không được quá 15 ngày sau khi có quyết toán phải nộp đủ số thuế còn thiếu. Nếu đã nộp thừa thì được chuyển trừ vào số thuế phải nộp của các tháng sau, hoặc được thoái trả. - Các cơ sở nộp thuế theo phương pháp khoán, theo nguyên tắc thì thuế nộp dứt điểm từng kỳ theo quy định của cơ quan thuế và không phải thanh quyết toán. Do đặc thù của ngành khai thác thuỷ sản, mặc dù được khoán và nộp thuế tại nơi cư trú đăng ký hộ khẩu, đăng ký kinh doanh nhưng khi ngành nghề theo mùa vụ đến ngư trường thuộc các địa phương khai thác có trường hợp phải nộp thuế tài nguyên tại chỗ, do vậy khi trở về địa phương cư trú sẽ được cơ quan thuế thanh toán lại số thuế tài nguyên bằng số thuế tài nguyên đã nộp ở địa phương khác. Để được thoái trả tiền thuế tài nguyên đã nộp ở địa phương khác, thủ tục thực hiện như sau: - Cơ sở làm tờ khai số thuế tài nguyên đã nộp ở địa phương khác theo mẫu của cơ quan thuế ghi rõ: Thời gian, địa điểm khai thác, số thuế tài nguyên đã nộp, kèm theo biên lai nộp thuế do cơ quan thuế cấp gửi đến cơ quan thuế cấp gửi đến cơ quan thuế nơi đăng ký về thuế. - Cơ quan thuế sau khi kiểm tra tờ khai và biên lai thu thuế, xác nhận vào tờ khai đã nộp thuế của cơ sở, ghi rõ họ tên thủ trưởng của cơ quan thuế xét duyệt và đóng dấu. - Lưu giữ tờ khai như một chứng từ thu thuế, trả lại cho cơ sở biên lai thu thuế do địa phương nơi có ngư trường cấp. - Giảm trừ số thuế tài nguyên đã thu trùng vào số thuế phải nộp của cơ sở trong kỳ tới, hoặc làm thủ tục thoái trả cho cơ sở. Trường hợp số thuế tài nguyên đã thu tại nơi đăng ký nộp thuế nhỏ hơn số thuế đã nộp ở nơi có ngư trường khai thác thì chỉ được giảm trừ số thuế đã thu tại nơi đăng ký, đồng thời xem xét lại mức thuế khoán đối với cơ sở, cần thiết phải điều chỉnh lại mức khoán cho sát thực tế hơn.