1. Sử dụng nguồn tài chính:
Tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự bảo đảm chi thường xuyên được chủ động sử dụng các nguồn tài chính để chi các nhiệm vụ thường xuyên theo quy định tại Khoản 2 Điều 8 Nghị định số 54/2016/NĐ-CP. Trong đó:
a) Về chi tiền lương:
Tổ chức khoa học và công nghệ công lập chi trả tiền lương theo lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với tổ chức khoa học và công nghệ công lập.
Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương, tổ chức khoa học và công nghệ công lập được chủ động quyết định tỷ lệ nguồn thu phải trích lập để tạo nguồn thực hiện cải cách tiền lương và tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ nguồn thu của đơn vị, ngân sách nhà nước không cấp bổ sung.
b) Về trích khấu hao tài sản cố định:
Số tiền trích khấu hao tài sản cố định được đầu tư, mua sắm từ nguồn ngân sách nhà nước hoặc có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước được bổ sung quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp của đơn vị.
Số tiền trích khấu hao tài sản cố định được đầu tư, mua sắm từ nguồn vốn vay dùng để trả nợ; trường hợp đã trả đủ tiền vay, số còn lại bổ sung quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp của đơn vị.
2. Phân phối kết quả tài chính trong năm:
a) Trích lập các Quỹ:
Hàng năm, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách nhà nước khác, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên (nếu có), tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự bảo đảm chi thường xuyên được trích lập và sử dụng các Quỹ theo quy định tại Khoản 3 Điều 8 Nghị định số 54/2016/NĐ-CP và theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị.
Trong đó, đối với Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi, mức trích tối đa không quá 03 tháng tiền lương, tiền công thực hiện trong năm (Tiền lương, tiền công thực hiện trong năm được xác định gồm tiền lương theo ngạch bậc, hạng chức danh nghề nghiệp, chức vụ và các khoản phụ cấp lương do Nhà nước quy định; tiền lương tăng thêm của người lao động do nâng bậc theo niên hạn hoặc nâng bậc trước thời hạn (nếu có); tiền công trả theo hợp đồng vụ việc).
b) Về thực hiện chi thu nhập tăng thêm:
Căn cứ kế hoạch thu, chi cả năm và kết quả hoạt động tài chính của quý trước (trong trường hợp vào quý đầu tiên của năm kế hoạch, đơn vị căn cứ vào kết quả hoạt động tài chính của quý IV năm trước liền kề), nhằm động viên kịp thời người lao động phấn đấu hoàn thành nhiệm vụ được giao, tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự xác định chênh lệch thu chi (thặng dư, thâm hụt) của các hoạt động trong đơn vị, thực hiện tạm trích Quỹ bổ sung thu nhập (tối đa không vượt quá 70% số chênh lệch thu lớn hơn chi đơn vị xác định theo quý) để chi thu nhập tăng thêm hàng tháng.
Kết thúc năm, trước ngày 31/01 năm sau, tổ chức khoa học và công nghệ công lập tự xác định số chênh lệch thu lớn hơn chi của năm trước, tiếp tục thực hiện trích lập các Quỹ theo quy định và xác định số kinh phí chi trả thu nhập tăng thêm của năm trước từ Quỹ bổ sung thu nhập theo quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị để thanh toán thu nhập tăng thêm cho người lao động đảm bảo không vượt quá mức theo chế độ quy định.
Căn cứ quyết toán của tổ chức khoa học và công nghệ công lập được cấp có thẩm quyền phê duyệt, trường hợp số chênh lệch thu lớn hơn chi thực tế cao hơn số đơn vị tự xác định, tổ chức khoa học và công nghệ công lập được tiếp tục trích lập các Quỹ và chi trả thu nhập tăng thêm theo chế độ quy định và quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị. Trường hợp số chênh lệch thu lớn hơn chi thực tế thấp hơn số đơn vị tự xác định, số kinh phí đơn vị đã tạm trích lập Quỹ bổ sung thu nhập và thanh toán thu nhập tăng thêm lớn hơn số kinh phí được trích lập và sử dụng (theo chế độ quy định), thì số kinh phí đã chi vượt được trừ vào số dư của Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi của đơn vị; nếu vẫn còn thiếu thì trừ vào số chênh lệch thu chi dành để trích lập Quỹ bổ sung thu nhập, Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi của năm sau; trường hợp năm sau không có chênh lệch thu lớn hơn chi thì trừ vào Quỹ tiền lương của đơn vị.