1. Cơ quan xử lý chịu trách nhiệm kiểm tra chứng từ nộp theo phương thức điện tử hoặc chứng từ xuất trình (bản giấy) và làm thủ tục cho tàu thuyền theo chức năng nhiệm vụ và quy định tại Nghị định số 58/2017/NĐ-CP , Nghị định số 59/2018/NĐ-CP  và Nghị định số 77/2017/NĐ-CP .
2. Trong trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước cùng tham gia xử lý và có ý kiến khác nhau đối với cùng một chứng từ do người khai khai báo, cơ quan xử lý đảm nhiệm vai trò đầu mối và có thẩm quyền quyết định cuối cùng được xác định như sau:
a) Cảng vụ hàng hải hoặc Cảng vụ đường thủy nội địa chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với Bản khai chung;
b) Cơ quan hải quan chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với các chứng từ: Bản khai hàng hóa, Bản khai hàng hóa nguy hiểm, Bản khai hành lý, Bản khai dự trữ tàu;
c) Biên phòng cửa khẩu chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với các chứng từ: Danh sách hành khách, Danh sách thuyền viên, Bản khai người trốn trên tàu, Bản khai vũ khí vật liệu nổ;
d) Cơ quan kiểm dịch động vật chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với chứng từ: Bản khai kiểm dịch động vật;
đ) Cơ quan kiểm dịch thực vật chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với chứng từ: Bản khai kiểm dịch thực vật;
e) Cơ quan kiểm dịch y tế chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với các chứng từ: Bản khai y tế hàng hải, Giấy chứng nhận miễn xử lý vệ sinh tàu thuyền/chứng nhận xử lý vệ sinh tàu thuyền, Giấy chứng nhận kiểm tra/xử lý y tế hàng hóa (trên tàu thuyền), tàu thuyền, Giấy khai báo y tế thi thể, hài cốt, tro cốt (nếu có), Giấy khai báo y tế đối với mẫu vi sinh y học, sản phẩm sinh học, mô, bộ phận cơ thể người (nếu có).
3. Cấp phép điện tử
Chậm nhất 01 giờ kể từ khi người làm thủ tục đã khai, xuất trình đủ các giấy tờ theo quy định, các cơ quan quản lý nhà nước xử lý, giải quyết thủ tục theo quy định của pháp luật chuyên ngành và thông báo kết quả xử lý cho Cảng vụ hàng hải hoặc Cảng vụ đường thủy nội địa để hoàn thành thủ tục đối với tàu thuyền nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh. Việc xử lý được thực hiện như sau:
a) Cơ quan hải quan xác nhận hoàn thành thủ tục hải quan đối với tàu thuyền nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia. Đối với tàu thuyền nhập cảnh có vận chuyển hàng hóa cấm nhập khẩu, tạm ngừng nhập khẩu, hàng hóa không đáp ứng quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, cơ quan hải quan thông báo cho thuyền trưởng, doanh nghiệp kinh doanh cảng, cảng vụ biết để không dỡ hàng hóa xuống cảng, trừ trường hợp có giấy phép của cơ quan có thẩm quyền;
b) Biên phòng cửa khẩu xác nhận hoàn thành thủ tục đối với hành khách, thuyền viên, xác nhận hoàn thành thủ tục an ninh đối với tàu thuyền nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, qua Cổng thông tin một cửa quốc gia;
c) Cơ quan kiểm dịch động vật xác nhận thời gian hoàn thành thủ tục đăng ký kiểm dịch động vật đối với hàng hóa thuộc thuộc diện kiểm dịch động vật thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia theo quy định của Luật thú y và các quy định khác của pháp luật có liên quan;
d) Cơ quan kiểm dịch thực vật xác nhận thời gian hoàn thành thủ tục đăng ký kiểm dịch thực vật đối với hàng hóa thuộc danh mục vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia. Cơ quan kiểm dịch thực vật thông báo cho người khai về thời gian kiểm tra thực tế chuyến hàng theo quy định tại Luật bảo vệ và kiểm dịch thực vật;
đ) Cơ quan kiểm dịch y tế xác nhận thời gian hoàn thành thủ tục đăng ký kiểm dịch y tế đối với các tàu thuyền xuất phát hoặc đi qua vùng dịch hoặc trên tàu thuyền có người xuất phát hoặc đi qua vùng dịch hoặc đang có người chết trên tàu thuyền, tàu thuyền có mang tro cốt, thi hài, mô hoặc bộ phận cơ thể người;
e) Cảng vụ hàng hải hoặc Cảng vụ đường thủy nội địa xác nhận hoàn thành thủ tục tàu thuyền nhập cảnh hoặc cấp giấy phép rời cảng hoặc giấy phép quá cảnh thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.
4. Phối hợp trong tiếp nhận, trao đổi thông tin
a) Trường hợp không cho phép tàu thuyền nhập cảnh hoặc quá cảnh theo quy định tại điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên hoặc theo quy định của pháp luật Việt Nam, cơ quan xử lý phải thông báo lý do thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia cho các bên liên quan để phối hợp xử lý.
b) Quá thời hạn quy định tại khoản 3 Điều này, cơ quan xử lý liên quan không phản hồi kết quả xử lý, cơ quan cảng vụ quyết định các nội dung quy định tại điểm e khoản 3 Điều này.
c) Trường hợp phát hiện thông tin khai báo không chính xác hoặc không đầy đủ, hợp lệ, cơ quan xử lý hướng dẫn người khai khai sửa đổi, bổ sung và thông báo cho các cơ quan liên quan thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.
d) Trường hợp một cơ quan từ chối hồ sơ điện tử nhưng vẫn tiếp tục xử lý bên ngoài hệ thống dựa trên hồ sơ giấy, cơ quan từ chối hồ sơ phải ghi rõ lý do từ chối trên hệ thống và phản hồi kết quả cho các bên liên quan thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia. Các cơ quan xử lý còn lại có thể quyết định tiếp tục xử lý hồ sơ trên hệ thống hoặc chuyển sang xử lý hồ sơ giấy.