1. Trường hợp được Nhà nước cho thuê đất trả tiền hàng năm trong Khu kinh tế, Khu công nghệ cao trước ngày Nghị định số 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành và đang trong thời gian ổn định đơn giá thuê đất mà đơn giá cao hơn đơn giá quy định tại Điều 4, Điều 12 Nghị định số 35/2017/NĐ-CP thì được điều chỉnh lại theo Nghị định này cho thời gian còn lại của chu kỳ tính từ ngày 01 tháng 01 năm 2017.
2. Đối với các trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm trong Khu kinh tế, Khu công nghệ cao trước ngày 01 tháng 01 năm 2006 đang sử dụng đất theo đúng mục đích sử dụng đã ghi tại quyết định cho thuê đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì việc điều chỉnh đơn giá thuê đất cho thời gian thuê đất còn lại tính từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 được thực hiện theo quy định tại khoản 8 Điều 15 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP (được bổ sung tại khoản 4 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP) và Điều 4 Thông tư số 333/2016/TT-BTC ngày 26 tháng 12 năm 2016 của Bộ Tài chính.
3. Trường hợp người sử dụng đất đã sử dụng đất trong Khu kinh tế, Khu công nghệ cao trước ngày Nghị định 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành nhưng chưa có quyết định cho thuê đất va chưa nộp tiền thuê đất do chưa có quy định về chính sách và giá đất tính thu tiền thuê đất trong Khu kinh tế Khu công nghệ cao mà thuộc đối tượng được miễn tiền thuê đất theo quy định tại khoản 6 Điều 8 và khoản 2, khoản 3 Điều 13 Nghị định số 35/2017/NĐ-CP thì thời gian miễn tiền thuê đất tính từ thời điểm nhận bàn giao đất trên thực địa và không phải hoàn trả số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định tại khoản 1 Điều 6, khoản 1 Điều 13 Nghị định số 35/2017/NĐ-CP phân bổ cho thời gian tính từ thời điểm bàn giao đất trên thực địa đến thời điểm có quyết định cho thuê đất; số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng phải hoàn trả còn lại người thuê đất phải nộp ngân sách nhà nước theo quy định.
Số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng phải hoàn trả phân bổ cho thời gian tính từ thời điểm bàn giao đất trên thực địa đến thời điểm có quyết định cho thuê đất bằng (=) Số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng phải hoàn trả theo quy định tại khoản 1 Điều 6, khoản 1 Điều 13 Nghị định số 35/2017/NĐ-CP chia. (:) Thời hạn thuê đất nhân (x) Thời gian tính từ thời điểm bàn giao đất trên thực địa đến thời điểm có quyết định cho thuê đất.
4. Đối với các hồ sơ đề nghị xác định nghĩa vụ tài chính về tiền sử dụng đất tiền thuê đất, thuê mặt nước; đề nghị được miễn, giảm tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuê mặt nước do cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày Nghị định số 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì cơ quan thuế tiếp tục chủ trì thực hiện theo quy định. Đối với các hồ sơ nộp từ ngày Nghị định số 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì Ban quản lý Khu kinh tế, Ban quản lý Khu công nghệ cao chủ trì thực hiện theo quy định tại Nghị định số 35/2017/NĐ-CP.
5. Đối với các trường hợp đang thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm mà thời điểm điều chỉnh đơn giá thuê đất trước ngày Nghị định số 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành vẫn chưa thực hiện điều chỉnh thì cơ quan thuê tiếp tục chủ trì thực hiện theo quy định và chuyển hồ sơ cho Ban quản lý Khu kinh tế Ban quản lý Khu công nghệ cao theo dõi để điều chỉnh đơn giá chu kỳ tiếp theo.
6. Đối với các trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm trong Khu kinh tế trước ngày 01 tháng 01 năm 2006 nhưng đến thời điểm Nghị định số 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành cơ quan thuế chưa thực hiện xử lý theo quy định tại Nghị định số 135/2016/NĐ-CP thì cơ quan thuế tiếp tục chủ trì thực hiện theo quy định tại Nghị định số 135/2016/NĐ-CP.
7. Đối với các hồ sơ xử lý tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng; hồ sơ xác định giá khởi điểm đấu giá quyền sử dụng đất do cơ quan tài chính tiếp nhận trước ngày Nghị định số 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì cơ quan tài chính tiếp tục xử lý theo quy định. Đối với các hồ sơ nộp từ ngày Nghị định số 35/2017/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì Ban quản lý Khu kinh tế Ban quản lý Khu công nghệ cao thực hiện theo quy định tại Nghị định số 35/2017/NĐ-CP.