Kiểm toán nhà nước được trích 5% trên số tiền do Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị đã được thực hiện theo Điều 3 Nghị định số 66/2018/NĐ-CP ngày 12 tháng 5 năm 2018 của Chính phủ quy định về chế độ ưu tiên đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động của Kiểm toán nhà nước, bao gồm:
1. Các khoản tăng thu ngân sách nhà nước về thuế, phí, lệ phí và các khoản thu khác đã thực nộp vào ngân sách nhà nước hoặc thực hiện qua phương thức bù trừ, gồm:
a) Các khoản đơn vị có nghĩa vụ kê khai, nộp ngân sách nhà nước nhưng không kê khai, kê khai sai, trốn thuế, gian lận thuế, hoặc do vi phạm các quy định khác về thu nộp ngân sách nhà nước dẫn đến xác định thiếu số thuế, phí, lệ phí, tiền sử dụng đất; tiền cho thuê đất, thuê mặt nước, tiền bán nhà thuộc sở hữu nhà nước, lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ theo quy định của doanh nghiệp 100% vốn nhà nước, cổ tức được chia cho phần vốn nhà nước tại các công ty cổ phần có vốn nhà nước hoặc giảm số thuế được hoàn; các khoản theo quy định phải nộp trả ngân sách nhà nước nhưng quá thời hạn nộp trả ngân sách nhà nước mà đơn vị giữ lại không nộp trả ngân sách nhà nước, Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị đã được cơ quan có thẩm quyền xử lý thu hồi nộp ngân sách nhà nước, đơn vị đã thực nộp vào ngân sách nhà nước.
b) Các khoản truy thu thuế, các khoản xử phạt vi phạm hành chính về thuế, tiền chậm nộp cơ quan chức năng tính thiếu hoặc chưa tính theo quy định của pháp luật về thuế; Kiểm toán Nhà nước phát hiện và kiến nghị cơ quan quản lý thuế truy thu; đơn vị được kiểm toán, đối chiếu đã thực nộp vào ngân sách nhà nước;
c) Các khoản mà cơ quan chức năng phải ra thông báo cho người nộp thuế nộp ngân sách nhà nước theo quy định nhưng chưa ra thông báo và người nộp thuế chưa nộp ngân sách nhà nước được Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị, người nộp thuế đã thực nộp vào ngân sách nhà nước;
d) Các khoản phát hiện và kiến nghị tăng thu ngân sách nhà nước được người nộp thuế thực hiện như: Điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ thông qua việc điều chỉnh tờ khai thuế giá trị gia tăng; điều chỉnh giảm lỗ thông qua việc điều chỉnh tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp khi có phát sinh nghĩa vụ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp; thực hiện kiến nghị tăng thu thông qua việc bù trừ với số thuế nộp thừa của sắc thuế tương ứng và các khoản bù trừ khác theo quy định của pháp luật;
đ) Các khoản nộp trả ngân sách nhà nước do các cơ quan, đơn vị đã thu của các đối tượng liên quan nhưng thu vượt mức hoặc không được phép thu theo quy định của pháp luật. Lãi phát sinh từ các khoản có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước phải nộp ngân sách nhà nước được Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị; đơn vị đã thực nộp vào ngân sách nhà nước.
e) Tiền cấp quyền khai thác khoáng sản cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định thiếu số phải nộp ngân sách nhà nước được Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị, các đơn vị đã thực nộp vào ngân sách nhà nước.
2. Các khoản đã thực chi ngân sách sai chế độ đã nộp lại ngân sách nhà nước (đối với các khoản chi đã quyết toán), bao gồm:
a) Sai đơn giá, khối lượng, định mức và sai khác đối với các công trình, dự án đầu tư xây dựng;
b) Sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước để chi cho những nội dung không thuộc nhiệm vụ chi của ngân sách nhà nước, không đúng nhiệm vụ được giao hoặc chi sai chế độ, tiêu chuẩn, định mức;
c) Sử dụng các quỹ ngoài ngân sách chi cho những nội dung không đúng đối tượng của các quỹ hoặc chi sai thẩm quyền, chế độ, tiêu chuẩn, định mức.
3. Các khoản đã chi ngân sách sai chế độ tại điểm a, điểm b, khoản 2 Điều này được Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị giảm thanh toán (đối với các khoản quy định tại điểm a, khoản 2, Điều này); giảm thanh toán, giảm trừ dự toán ngân sách kỳ sau, năm sau (đối với các khoản quy định tại điểm b, khoản 2 Điều này) và đã được cơ quan có thẩm quyền xử lý giảm chi ngân sách nhà nước theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước.
4. Các khoản kinh phí bố trí dự toán vượt định mức phân bổ, sai nguồn do Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị đã được cơ quan có thẩm quyền xử lý thu hồi nộp ngân sách nhà nước, giảm thanh toán, hủy dự toán (giảm chi ngân sách nhà nước) gồm:
a) Các khoản kinh phí bố trí dự toán vượt quy định; các khoản kinh phí ngân sách cấp trên bố trí dự toán cao hơn hoặc cấp thừa so với số địa phương, Bộ, ngành, đơn vị cấp dưới được hưởng do nguyên nhân địa phương, bộ, ngành, đơn vị cấp dưới báo cáo sai số liệu (sai nguồn, sai nhu cầu, sai khác); nguồn cải cách tiền lương đơn vị hoặc cấp có thẩm quyền xác định chưa đầy đủ hoặc xác định sai nhu cầu (đối với các địa phương, đơn vị được ngân sách cấp bù nguồn cải cách tiền lương), Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị đã được cơ quan có thẩm quyền xử lý thu hồi nộp ngân sách nhà nước, giảm thanh toán, hủy dự toán (giảm chi ngân sách nhà nước);
b) Các khoản kinh phí bố trí dự toán, cấp phát sai nguồn, không thuộc nhiệm vụ chi của ngân sách nhà nước, không đúng nhiệm vụ được giao (đã quyết toán hoặc chưa quyết toán), Kiểm toán nhà nước phát hiện và kiến nghị, đơn vị đã thực nộp vào ngân sách nhà nước hoặc đã được cơ quan có thẩm quyền xử lý giảm trừ dự toán, bố trí hoàn trả nguồn; các khoản kiến nghị giảm giá trị hợp đồng còn lại đối với các dự án trong kiểm toán đầu tư xây dựng cơ bản.
5. Số kinh phí được trích không bao gồm số thoái trả theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền đối với kiến nghị của Kiểm toán nhà nước.