Các ngạch công chức chuyên ngành kế toán, thuế, hải quan, dự trữ quy định tại Thông tư này được áp dụng Bảng lương chuyên môn nghiệp vụ đối với cán bộ, công chức trong các cơ quan Nhà nước (Bảng 2) ban hành kèm theo Nghị định số 204/2004/NĐ-CP ngày 14 tháng 12 năm 2004 của Chính phủ về chế độ tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức và lực lượng vũ trang và được sửa đổi tại Nghị định số 17/2013/NĐ-CP ngày 19 tháng 02 năm 2013 của Chính phủ như sau:
1. Ngạch kiểm tra viên cao cấp thuế, kiểm tra viên cao cấp hải quan được áp dụng hệ số lương công chức loại A3, nhóm A3.1. Ngạch kế toán viên cao cấp được áp dụng hệ số lương công chức loại A3, nhóm A3.2.
2. Ngạch kiểm tra viên chính thuế, kiểm tra viên chính hải quan, kỹ thuật viên bảo quản chính được áp dụng hệ số lương công chức loại A2, nhóm A2.1; Ngạch kế toán viên chính được áp dụng hệ số lương công chức loại A2, nhóm A2.2.
3. Ngạch kế toán viên, kiểm tra viên thuế, kiểm tra viên hải quan, kỹ thuật viên bảo quản được áp dụng hệ số lương công chức loại A1.
4. Ngạch kế toán viên trung cấp, kiểm tra viên trung cấp thuế, kiểm tra viên trung cấp hải quan, kỹ thuật viên bảo quản trung cấp, thủ kho bảo quản (mới) được áp dụng hệ số lương công chức loại A0. Công chức hiện đang xếp ngạch kế toán viên trung cấp, kiểm tra viên trung cấp thuế, kiểm tra viên trung cấp hải quan, kỹ thuật viên bảo quản trung cấp, thủ kho bảo quản nếu tốt nghiệp trình độ cao đẳng phù hợp với vị trí công việc đang làm, hiện đang xếp lương theo công chức loại B ban hành kèm theo Nghị định số 204/2004/NĐ-CP thì được xếp lại lương sang công chức loại A0 theo hướng dẫn tại khoản 1 Mục II Thông tư số 02/2007/TT-BNV ngày 25 tháng 5 năm 2007 của Bộ trưởng Bộ Nội vụ hướng dẫn xếp lương khi nâng ngạch, chuyển loại công chức, viên chức.
Trường hợp chưa có bằng tốt nghiệp cao đẳng phù hợp với vị trí công việc đang làm và đang xếp lương theo công chức loại B thì tiếp tục xếp lương theo công chức loại B đó trong thời hạn 6 năm kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực. Trong thời hạn 06 năm này, cơ quan sử dụng công chức phải bố trí cho công chức học tập nâng cao trình độ để đủ tiêu chuẩn của ngạch kế toán viên trung cấp, kiểm tra viên trung cấp thuế, kiểm tra viên trung cấp hải quan, kỹ thuật viên bảo quản trung cấp, thủ kho bảo quản (mới); khi công chức đáp ứng đủ tiêu chuẩn, điều kiện ở ngạch kế toán viên trung cấp, kiểm tra viên trung cấp thuế, kiểm tra viên trung cấp hải quan, kỹ thuật viên bảo quản trung cấp, thủ kho bảo quản (mới) thì được xếp lương theo công chức loại A0.
Trường hợp công chức được cử đi học tập nâng cao trình độ mà không tham gia học tập hoặc kết quả học tập không đạt yêu cầu thì cơ quan sử dụng công chức báo cáo cơ quan quản lý công chức xem xét bố trí lại công việc cho phù hợp với trình độ đào tạo hoặc thực hiện tinh giản biên chế.
5. Ngạch nhân viên hải quan, nhân viên thuế (mới) được áp dụng hệ số lương công chức loại B. Công chức hiện đang xếp ngạch nhân viên hải quan, nhân viên thuế nếu tốt nghiệp trình độ trung cấp trở lên phù hợp với vị trí công việc đang làm, hiện đang xếp lương theo công chức loại C (nhóm C1, C2) ban hành kèm theo Nghị định số 204/2004/NĐ-CP thì được xếp lại lương sang công chức loại B theo hướng dẫn tại khoản 1 Mục II Thông tư số 02/2007/TT-BNV ngày 25 tháng 5 năm 2007 của Bộ trưởng Bộ Nội vụ hướng dẫn xếp lương khi nâng ngạch, chuyển loại công chức, viên chức.
Trường hợp chưa có bằng tốt nghiệp trung cấp phù hợp với vị trí công việc đang làm và đang xếp lương theo công chức loại C (nhóm C1, C2) thì tiếp tục xếp lương theo công chức loại C đó trong thời hạn 6 năm kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực. Trong thời hạn 06 năm này, cơ quan sử dụng công chức phải bố trí cho công chức học tập nâng cao trình độ để đủ tiêu chuẩn của ngạch nhân viên thuế, nhân viên hải quan (mới); khi công chức đáp ứng đủ tiêu chuẩn, điều kiện ở ngạch nhân viên thuế, nhân viên hải quan thì được xếp lương theo công chức loại B.
Trường hợp công chức được cử đi học tập nâng cao trình độ mà không tham gia học tập hoặc kết quả học tập không đạt yêu cầu thì cơ quan sử dụng công chức báo cáo cơ quan quản lý công chức xem xét bố trí lại công việc cho phù hợp với trình độ đào tạo hoặc thực hiện tinh giản biên chế.
6. Ngạch Nhân viên bảo vệ kho dự trữ được áp dụng hệ số lương công chức loại C, nhóm C1.