1. Các khoản thu hồi nợ từ các khoản vay về cho vay lại, thu phí quản lý cho vay lại, dự phòng rủi ro cho vay lại của Chính phủ thực hiện như sau:
a) Đối với các khoản cho vay lại thông qua các cơ quan được ủy quyền cho vay lại: Căn cứ quy định trong các hợp đồng ủy quyền cho vay lại, cơ quan cho vay lại thực hiện việc thu hồi nợ gốc, lãi, lãi phạt và các khoản phí (nếu có), dự phòng rủi ro cho vay lại từ người vay lại, sau khi đã trừ đi phần phí quản lý cho vay lại và dự phòng rủi ro cho vay lại mà cơ quan cho vay lại được hưởng và hoàn trả vào Quỹ theo quy định tại Nghị định của Chính phủ về cho vay lại vốn ODA, vốn vay ưu đãi nước ngoài của Chính phủ.
b) Đối với các khoản cho vay lại được ủy quyền cho ngân hàng chính sách của Nhà nước thực hiện theo dõi thu hồi nợ: Ngân hàng chính sách của Nhà nước thu hồi nợ gốc, lãi, các khoản phí (nếu có), dự phòng rủi ro cho vay lại từ dự án vào ngày đến hạn trả nợ theo quy định và tổng hợp các khoản thu hồi nợ và chuyển về cho Quỹ định kỳ hàng tháng sau khi đã trừ đi phần phí cho vay lại và dự phòng rủi ro cho vay lại mà ngân hàng chính sách của Nhà nước được hưởng. Thời điểm nộp về Quỹ chậm nhất là ngày 5 hàng tháng đối với các khoản thu hồi của tháng trước. Đồng thời gửi báo cáo số thu hồi nợ gốc, lãi, các khoản phí, lãi phạt chậm trả chi tiết từng dự án. Riêng các khoản thu hồi nợ của tháng 12 được nộp về Quỹ trước ngày 25 tháng 12, số trả chính thức của tháng 12 sẽ được đối chiếu và chuyển trả phần còn thiếu (nếu có) trong tháng 01 của năm tiếp theo.
c) Đối với các khoản cho vay lại trực tiếp ký giữa Bộ Tài chính và bên vay lại: Căn cứ vào các quy định tại Hợp đồng cho vay lại, người vay lại hoàn trả trực tiếp các khoản phải trả (gốc, lãi, phí, phí quản lý cho vay lại, dự phòng rủi ro cho vay lại) vào Quỹ đầy đủ, đúng hạn.
d) Trường hợp, người nhận vay lại chỉ hoàn trả được một phần nghĩa vụ nợ đến hạn, thứ tự ưu tiên trừ nợ như sau: lãi phạt chậm trả, lãi quá hạn, lãi đến hạn, gốc quá hạn, gốc đến hạn.
2. Thu phí bảo lãnh Chính phủ: Căn cứ vào Văn bản cam kết của đối tượng được bảo lãnh với cơ quan cấp bảo lãnh, đối tượng được bảo lãnh trực tiếp nộp phí bảo lãnh vào Quỹ. Việc nộp phí bảo lãnh vào Quỹ được thực hiện theo quy định tại Nghị định của Chính phủ về cấp và quản lý bảo lãnh chính phủ.
3. Thu hồi các khoản ứng vốn từ Quỹ:
a) Bên nhận ứng vốn hoàn trả lại Quỹ số tiền đã ứng bao gồm gốc, lãi, lãi phạt chậm trả và phí (nếu có) theo đúng Hợp đồng ứng vốn ký giữa Bộ Tài chính và bên nhận ứng vốn.
b) Trong vòng 10 ngày kể từ ngày đến hạn thanh toán theo Hợp đồng ứng vốn hoặc thỏa thuận đã ký, Quỹ không nhận được số tiền người nhận ứng vốn hoàn trả thì người nhận ứng vốn phải chịu lãi phạt chậm trả trên số tiền chậm nộp. Mức lãi phạt chậm trả bằng 150% lãi suất quy định tại Hợp đồng ứng vốn.
c) Trường hợp, Bên nhận ứng vốn chỉ hoàn trả được một phần nghĩa vụ nợ đến hạn, thứ tự ưu tiên trừ nợ theo quy định tại điểm d khoản 1 Điều này.
4. Các khoản lãi tiền gửi hoặc lãi từ ủy thác quản lý vốn tạm thời nhàn rỗi của Quỹ được thu theo các quy định cụ thể trong các hợp đồng tiền gửi hoặc hợp đồng ủy thác.
5. Các khoản thu hợp pháp khác: Thực hiện theo quy định của pháp luật và phê duyệt của cấp có thẩm quyền.
6. Quỹ thực hiện hạch toán riêng các khoản thu, chi của Quỹ, đồng thời hạch toán riêng đối với khoản thu, chi từ dự phòng rủi ro cho vay lại.