Điều 2. Phối hợp trong hoạt động điều tra
a) Khi điều tra vụ án, Cơ quan điều tra hoặc cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra nếu phát hiện thấy vụ án có liên quan đến thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra khác thì phải trao đổi thông tin cho Cơ quan điều tra có liên quan biết để tránh tình trạng nhiều Cơ quan điều tra cùng khởi tố điều tra về một hành vi phạm tội hoặc một người có hành vi phạm tội;
b) Nếu Cơ quan điều tra ngoài Quân đội phát hiện vụ án đang điều tra còn có hành vi phạm tội của người khác mà nghi vấn họ là người do Quân đội quản lý, thì phải nhanh chóng tổ chức xác minh hoặc ủy thác cho Cơ quan điều tra trong Quân đội có thẩm quyền xác minh, kết luận để quyết định việc khởi tố bị can hoặc tách, chuyển vụ án cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền;
c) Ngay sau khi nhận được quyết định ủy thác điều tra, Cơ quan điều tra được ủy thác gửi bản sao quyết định này hoặc thông báo cho Viện kiểm sát có thẩm quyền cùng cấp để thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra theo quy định của pháp luật. Cơ quan điều tra được ủy thác phải thực hiện đầy đủ nội dung, kết luận rõ các yêu cầu và chuyển hồ sơ điều tra ủy thác cho Cơ quan điều tra đã ủy thác trong thời hạn ghi trong quyết định ủy thác điều tra;
d) Khi Cơ quan điều tra có căn cứ xác định vụ án đang tiến hành điều tra không thuộc thẩm quyền điều tra của mình, thì trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ khi phát hiện, phải đề nghị Viện kiểm sát có thẩm quyền ra quyết định chuyển vụ án và trực tiếp bàn giao vụ án cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền tiếp tục điều tra. Thủ tục đề nghị, thẩm quyền quyết định chuyển vụ án thực hiện theo Mục 10, Thông tư liên tịch số 05/2005/TTLT-VKSNDTC-BCA-BQP ngày 07/9/2005 của Viện kiểm sát nhân dân tối cao – Bộ Công an – Bộ Quốc phòng “Về quan hệ phối hợp giữa Cơ quan điều tra và Viện kiểm sát trong việc thực hiện một số quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2003”.
đ) Đối với vụ án vừa có bị can hoặc tội phạm thuộc thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra trong Quân đội, vừa có bị can hoặc tội phạm thuộc thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra ngoài Quân đội thì Cơ quan điều tra đang điều tra vụ án chủ trì họp với Viện kiểm sát cùng cấp và Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát có liên quan để thống nhất về việc Cơ quan điều tra trong Quân đội điều tra toàn bộ vụ án hay tách vụ án để điều tra riêng. Việc chuyển toàn bộ hay tách, chuyển vụ án hình sự để giải quyết theo thẩm quyền được thực hiện theo quy định tại Điều 117 Bộ luật Tố tụng hình sự và điểm 4, Mục I, Thông tư liên tịch số 01/2005/TTLT-TANDTC-VKSNDTC-BQP-BCA ngày 18/4/2005 của Tòa án nhân dân tối cao – Viện kiểm sát nhân dân tối cao – Bộ Quốc phòng – Bộ Công an “Hướng dẫn về thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự”. Thời hạn điều tra trong trường hợp tách, chuyển vụ án được tính từ khi nhận được quyết định tách, chuyển và hồ sơ vụ án. Sau khi kết thúc điều tra, trong thời hạn 5 ngày làm việc, Cơ quan điều tra thông báo cho Cơ quan điều tra đã chuyển vụ án biết kết quả;
e) Đối với những vụ án mà người thực hiện hành vi phạm tội trước khi họ vào công tác trong Quân đội, nếu không liên quan đến bí mật quân sự hoặc không gây thiệt hại cho Quân đội thì Cơ quan điều tra ngoài Quân đội có thẩm quyền điều tra. Để giải quyết trường hợp này, Cơ quan điều tra trong Quân đội trao đổi thống nhất với Cơ quan điều tra ngoài Quân đội và làm văn bản đề nghị Thủ trưởng đơn vị Quân đội có thẩm quyền ra quyết định cho người có hành vi phạm tội ra quân hoặc thôi việc;
g) Cơ quan điều tra khi điều tra vụ án mà phát hiện thấy có hành vi phạm tội xâm phạm hoạt động tư pháp thuộc thẩm quyền giải quyết của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao hoặc Cơ quan điều tra Viện kiểm sát quân sự trung ương thì phải thông báo, sau đó làm thủ tục chuyển hồ sơ, tài liệu liên quan đến hành vi này cho Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao hoặc Cơ quan điều tra Viện kiểm sát quân sự trung ương để giải quyết tiếp;
h) Đối với vụ án xâm phạm hoạt động tư pháp trong đó có những người phạm tội là cán bộ thuộc cơ quan tư pháp trong Quân đội và ngoài Quân đội cùng thực hiện thì Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao thống nhất với Cơ quan điều tra Viện kiểm sát quân sự trung ương, báo cáo Viện trưởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao quyết định việc Cơ quan điều tra Viện kiểm sát quân sự trung ương điều tra một phần hay toàn bộ vụ án;
i) Trong quá trình điều tra, nếu có vướng mắc hoặc tranh chấp về thẩm quyền giữa Cơ quan điều tra trong Quân đội và ngoài Quân đội, thì Cơ quan điều tra đang điều tra vụ án phải chủ động trao đổi với Viện kiểm sát cùng cấp và Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát có liên quan, để thống nhất biện pháp giải quyết. Trường hợp không thống nhất được, thì Viện kiểm sát đang thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra vụ án làm báo cáo, đề nghị Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp của mình để có hướng giải quyết;
k) Cơ quan điều tra trong Quân đội hoặc ngoài Quân đội khi thực hiện lệnh bắt, khám xét, áp giải, nếu cần sự trợ giúp của Cơ quan điều tra, của các đơn vị Quân đội, Công an có liên quan thì trực tiếp làm việc trước để thống nhất biện pháp phối hợp. Khi nhận được đề nghị, Cơ quan điều tra và các đơn vị Quân đội, Công an có trách nhiệm nhanh chóng phối hợp, hỗ trợ kịp thời;
l) Cơ quan điều tra và các cơ quan, đơn vị liên quan của Quân đội và Công an phải phối hợp chặt chẽ trong thực hiện việc bắt bị can, bị cáo theo quyết định truy nã. Trường hợp Cơ quan điều tra trong Quân đội ra quyết định truy nã bị can, bị cáo, thì Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Quốc phòng hoặc Cơ quan điều tra Viện kiểm sát quân sự trung ương phải trực tiếp làm việc với các cơ quan chức năng của Bộ Công an và Viện kiểm sát nhân dân tối cao theo quy định để có biện pháp truy nã, bắt giữ đối tượng. Khi đối tượng truy nã được bắt giữ, cơ quan Công an thông báo, làm thủ tục bàn giao người bị bắt để Cơ quan điều tra đã quyết định truy nã ra quyết định đình nã và tiếp tục giải quyết vụ án. Định kỳ hàng tháng, 6 tháng, 1 năm, các Cơ quan điều tra trong Quân đội thông báo số lượng đối tượng có quyết định truy nã chưa bắt được và đã đình nã cho Cơ quan Cảnh sát điều tra trong Công an nhân dân để cơ quan chuyên trách về truy bắt đối tượng truy nã của Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an biết và thực hiện thống kê hình sự.