Trừ khi được quy định khác tại Hiệp định về giới hạn hưởng lợi Hiệp định, Cơ quan thuế Việt Nam sẽ từ chối đề nghị áp dụng Hiệp định trong các trường hợp sau:
1. Người đề nghị đề nghị áp dụng Hiệp định đối với số thuế đã phát sinh quá ba năm trước thời điểm đề nghị áp dụng Hiệp định.
Ví dụ 3: Trong giai đoạn từ 2006 đến 2012, doanh nghiệp V của Việt Nam hàng năm có thu nhập từ tiền bản quyền tại Ma-lai-xi-a và hàng năm đều đã nộp thuế tại Ma-lai-xi-a theo quy định tại Hiệp định giữa Việt Nam và Ma-lai-xi-a. Vào ngày 01/10/2012, doanh nghiệp V nộp hồ sơ đề nghị khấu trừ thuế theo Hiệp định giữa Việt Nam và Ma-lai-xi-a đối với toàn bộ số thuế đã nộp tại Ma-lai-xi-a trong giai đoạn từ 2006 đến 2012. Trong trường hợp này, Cơ quan thuế Việt Nam chỉ xem xét khấu trừ thuế tại Việt Nam đối với số tiền đã nộp cho số thuế phát sinh tại Ma-lai-xi-a trong giai đoạn 3 năm từ ngày 01/10/2009 đến ngày 01/10/2012.
2. Khi mục đích chính của các hợp đồng hoặc các thỏa thuận là để được hưởng miễn hoặc giảm thuế theo Hiệp định.
3. Người đề nghị áp dụng Hiệp định không phải là người chủ sở hữu thực hưởng của khoản thu nhập mà số thuế liên quan đến khoản thu nhập đó được đề nghị miễn, giảm theo Hiệp định. Người chủ sở hữu thực hưởng có thể là một cá nhân, một công ty hoặc một tổ chức nhưng phải là đối tượng có quyền sở hữu và kiểm soát đối với thu nhập, tài sản, hoặc các quyền tạo ra thu nhập. Khi xem xét để xác định một đối tượng là một người chủ sở hữu thực hưởng, Cơ quan thuế sẽ xem xét toàn bộ các yếu tố và hoàn cảnh liên quan đến đối tượng đó trên cơ sở nguyên tắc “bản chất quyết định hình thức” vì mục tiêu của Hiệp định là tránh đánh thuế hai lần và ngăn ngừa việc trốn lậu thuế. Trong các trường hợp sau đây, một đối tượng sẽ không được coi là một người chủ sở hữu thực hưởng:
a) Khi người đề nghị là một đối tượng không cư trú có nghĩa vụ phân phối hơn 50% thu nhập của mình cho một đối tượng cư trú của nước thứ ba trong phạm vi 12 tháng kể từ khi nhận được thu nhập;
b) Khi người đề nghị là một đối tượng không cư trú không có (hoặc hầu như không có) bất kỳ hoạt động kinh doanh nào trừ quyền sở hữu đối với tài sản hoặc các quyền tạo ra thu nhập;
c) Khi người đề nghị là một đối tượng không cư trú có hoạt động kinh doanh, nhưng số lượng tài sản, qui mô kinh doanh hoặc số lượng nhân viên không tương xứng với thu nhập nhận được;
Ví dụ 4: Một ngân hàng của một nước không có Hiệp định với Việt Nam thành lập một pháp nhân tại Pháp để tiến hành cho vay tại Việt Nam và đề nghị miễn thuế đối với lãi tiền vay phát sinh tại Việt Nam theo Hiệp định thuế giữa Việt Nam và Pháp. Trong trường hợp này, để xác định pháp nhân tại Pháp có đủ điều kiện được áp dụng Hiệp định hay không, Cơ quan thuế Việt Nam sẽ căn cứ vào số lượng tiền cho vay, năng lực của pháp nhân tại Pháp (số lượng và trình độ chuyên môn của nhân viên, tài sản và cơ sở vật chất khác) để xác định tính tương xứng giữa thu nhập và qui mô kinh doanh của pháp nhân đó. Nếu thu nhập pháp nhân này thu được là rất lớn trong khi pháp nhân chỉ có một văn phòng tại Pháp với một vài nhân viên thì đề nghị áp dụng Hiệp định sẽ bị từ chối.
d) Khi người đề nghị là một đối tượng không cư trú không có (hoặc hầu như không có) quyền kiểm soát hoặc định đoạt và không phải gánh chịu hoặc gánh chịu rất ít rủi ro đối với thu nhập, hoặc tài sản hoặc các quyền tạo ra thu nhập;
đ) Khi các thỏa thuận cho vay hoặc cung cấp bản quyền hoặc cung cấp dịch vụ kỹ thuật giữa người đề nghị là một đối tượng không cư trú và các đối tượng tại Việt Nam bao gồm các điều kiện và điều khoản trong một thỏa thuận khác mà người đề nghị đang có với một bên thứ ba nhưng trong thỏa thuận khác đó người đề nghị là người nhận khoản vay, bản quyền hoặc dịch vụ kỹ thuật;
e) Khi người đề nghị là một đối tượng cư trú của một nước hoặc vùng lãnh thổ không thu thuế thu nhập hoặc thu thuế thu nhập với mức thuế suất thấp (dưới 10%) không phải với các lý do khuyến khích đầu tư được quy định tại Hiệp định;
g) Khi người đề nghị là một đại lý, một công ty trung gian (trừ trường hợp một đại lý, một công ty trung gian đề nghị áp dụng Hiệp định theo ủy quyền của một chủ sở hữu thực hưởng).
Một đại lý trung gian hoặc một công ty trung gian là một công ty được thành lập tại một Nước ký kết chỉ để có một hình thức pháp lý cần thiết tồn tại chỉ cho mục đích tránh hoặc giảm thuế hoặc chuyển lợi nhuận mà không tham gia vào các hoạt động kinh doanh thiết yếu như sản xuất, thương mại hoặc cung cấp dịch vụ.