Phí bảo vệ môi trường đối với nước thải là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước, được quản lý, sử dụng như sau:
1. Đối với nước thải sinh hoạt
a) Để lại tối đa không quá 10% (mười phần trăm) trên tổng số tiền phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt thu được cho đơn vị cung cấp nước sạch;
tối đa không quá 15% (mười lăm phần trăm) trên tổng số phí thu được cho Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn để trang trải chi phí cho việc thu phí. Mức cụ thể do Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định.
Toàn bộ số phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt được trích theo quy định trên đây, đơn vị cung cấp nước sạch, Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn phải sử dụng đúng mục đích, có chứng từ hợp pháp theo chế độ quy định, cuối năm nếu chưa chi hết thì được chuyển sang năm sau để chi theo chế độ.
b) Phần còn lại (sau khi trừ đi số phí trích để lại cho đơn vị cung cấp nước sạch, Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn) được nộp vào ngân sách địa phương và sử dụng theo hướng dẫn tại Khoản 3 Điều này.
2. Đối với nước thải công nghiệp
a) Để lại 20% (hai mươi phần trăm) trên tổng số tiền phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp thu được cho Sở Tài nguyên và Môi trường và Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện (khi được phân cấp) để trang trải chi phí cho việc thu phí (điều tra, thống kê, rà soát, phân loại, cập nhật, quản lý đối tượng chịu phí), trang trải chi phí đo đạc, đánh giá, lấy mẫu, phân tích mẫu nước thải phục vụ cho việc thẩm định tờ khai phí, quản lý phí, kiểm tra định kỳ hoặc đột xuất đối với nước thải công nghiệp.
Toàn bộ số phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp được trích theo quy định trên đây, Sở Tài nguyên và Môi trường và Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện (khi được phân cấp) phải sử dụng đúng mục đích, có chứng từ hợp pháp theo chế độ quy định, cuối năm nếu chưa chi hết thì được chuyển sang năm sau để chi theo chế độ.
b) Phần phí còn lại (80% trên tổng số tiền phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp thu được) được nộp vào ngân sách địa phương và được sử dụng theo hướng dẫn tại Khoản 3 Điều này.
3. Quản lý, sử dụng phần phí bảo vệ môi trường nộp vào ngân sách nhà nước
Phần phí thu được còn lại sau khi trừ đi phần để lại quy định tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều này, đơn vị thu phí có trách nhiệm nộp toàn bộ vào ngân sách địa phương để sử dụng cho công tác bảo vệ môi trường; bổ sung vốn hoạt động cho Quỹ Bảo vệ môi trường của địa phương để sử dụng cho việc phòng ngừa, hạn chế, kiểm soát ô nhiễm môi trường do nước thải; tổ chức thực hiện các giải pháp, phương án công nghệ, kỹ thuật xử lý nước thải.
4. Việc thu, nộp, quản lý, sử dụng, chứng từ thu, công khai chế độ thu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải không đề cập tại Thông tư này được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC  ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí, lệ phí, Thông tư số 45/2006/TT-BTC  ngày 25/5/2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC  ngày 24/7/2002, Thông tư số 28/2011/TT-BTC  ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 18/10/2010 của Chính phủ, Thông tư số 153/2010/TT-BTC  ngày 28/9/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn về việc in, phát hành và sử dụng hoá đơn bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).