1. Tổ chức, quản lý, điều hành hoạt động của Thanh tra Cục Hàng không Việt Nam, Thanh tra Cục Hàng hải Việt Nam (sau đây gọi chung là Thanh tra Cục).
a) Chỉ đạo xây dựng kế hoạch thanh tra hàng năm của Cục Hàng không Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam trình Cục trưởng Cục Hàng không Việt Nam, Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam (sau đây gọi chung là Cục trưởng);
b) Phân công rõ nhiệm vụ cho Phó Chánh Thanh tra, công chức để theo dõi, thực hiện nhiệm vụ của Thanh tra Cục;
c) Chỉ đạo, phân công nhiệm vụ để triển khai thực hiện nhiệm vụ theo kế hoạch thanh tra, chỉ đạo về công tác thanh tra chuyên ngành của cấp trên và các nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành khác;
d) Tổ chức họp để thảo luận về những nội dung trong công tác thanh tra trước khi quyết định theo quy định của pháp luật;
đ) Báo cáo về công tác thanh tra cho Cục trưởng, Chánh Thanh tra Bộ Giao thông vận tải (sau đây gọi là Chánh Thanh tra Bộ) theo quy định về báo cáo;
e) Tổ chức kiểm tra định kỳ việc thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành theo quy định.
2. Lãnh đạo về công tác thanh tra chuyên ngành
a) Hướng dẫn và tổng hợp kế hoạch thanh tra của các Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải;
b) Chỉ đạo triển khai thực hiện kế hoạch thanh tra;
c) Có ý kiến chỉ đạo kịp thời đối với các báo cáo, kiến nghị, đề xuất của cấp dưới;
d) Không can thiệp trái pháp luật vào hoạt động thanh tra của cấp dưới;
đ) Quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hàng không dân dụng, hàng hải hoặc chuyển cho cơ quan có thẩm quyền xử lý nếu vụ vi phạm vượt quá thẩm quyền hoặc không thuộc thẩm quyền giải quyết của mình.
3. Giúp Cục trưởng xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra của các cơ quan, đơn vị thuộc Cục Hàng không Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam.
4. Quyết định thành lập đoàn thanh tra theo chương trình, kế hoạch thanh tra đã được phê duyệt hoặc phân công thanh tra viên, công chức thuộc Thanh tra Cục thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành hàng không dân dụng, thanh tra hàng hải theo thẩm quyền.
5. Trình Cục trưởng thanh tra lại đối với vụ việc đã được Giám đốc Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải kết luận nhưng phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật; thanh tra đột xuất khi phát hiện cơ quan, tổ chức, cá nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hàng không dân dụng, hàng hải hoặc theo yêu cầu của Chánh Thanh tra Bộ.
6. Chỉ đạo các đoàn thanh tra thực hiện đúng kế hoạch, nội dung thanh tra.
7. Giám sát việc thực hiện nhiệm vụ thanh tra của đoàn thanh tra hoặc thanh tra viên, công chức được giao nhiệm vụ thanh tra.
8. Kiến nghị Cục trưởng tạm đình chỉ việc thi hành quyết định sai trái về thanh tra của Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải kịp thời, đúng pháp luật.
9. Quyết định đình chỉ (bao gồm buộc chấm dứt hành vi vi phạm) hoặc kiến nghị người có thẩm quyền đình chỉ hành vi trái pháp luật chuyên ngành đối với cơ quan, tổ chức, cá nhân khi có đủ căn cứ xác định hành vi đó gây thiệt hại đến lợi ích nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của công dân hoặc gây trở ngại cho quá trình thanh tra.
10. Kiến nghị với Cục trưởng hoặc yêu cầu tổ chức, cá nhân liên quan đưa ra các biện pháp cần thiết nhằm bảo đảm các điều kiện an toàn, an ninh và phòng ngừa, bảo vệ môi trường theo quy định.
11. Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn khác do Cục trưởng hoặc Chánh Thanh tra Bộ giao theo quy định của pháp luật.