1. Về tổ chức bộ máy
a) Đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị thuộc và trực thuộc theo Đề án tự chủ được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, bảo đảm phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và đáp ứng các tiêu chí, điều kiện, tiêu chuẩn theo quy định của pháp luật;
b) Đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị không thuộc cơ cấu tổ chức các đơn vị cấu thành theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, khi đáp ứng các tiêu chí, điều kiện, tiêu chuẩn theo quy định của pháp luật; xây dựng phương án sắp xếp lại các đơn vị cấu thành trình cơ quan có thẩm quyền quyết định;
c) Đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, đơn vị sự nghiệp công lập do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên xây dựng phương án sắp xếp, kiện toàn cơ cấu tổ chức của đơn vị trình cơ quan có thẩm quyền quyết định theo quy định của pháp luật;
d) Việc thành lập các phòng, ban và các tổ chức cấu thành khác không phải là các đơn vị sự nghiệp công lập (sau đây gọi chung là phòng) thuộc đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên, đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và đơn vị sự nghiệp công lập do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên phải đáp ứng các tiêu chí sau: Công việc hoặc lĩnh vực do phòng thực hiện phải có từ 02 mảng công tác trở lên và có quy trình quản lý riêng theo yêu cầu của đối tượng quản lý; khối lượng công việc của phòng yêu cầu phải bố trí từ 07 người làm việc là viên chức trở lên.
2. Về khung số lượng cấp phó của người đứng đầu đơn vị sự nghiệp công lập
a) Đối với đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư: Số lượng cấp phó của các đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ được bố trí bình quân không quá 03 người trên một đơn vị; các đơn vị khác được thực hiện theo Đề án thành lập (trong trường hợp thành lập mới) hoặc Đề án tự chủ của đơn vị đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt;
b) Đối với đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên: số lượng cấp phó của các đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ được bố trí bình quân không quá 03 người trên một đơn vị; các đơn vị khác được bố trí không quá 03 người;
c) Đối với đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, đơn vị sự nghiệp công lập do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên:
Số lượng cấp phó của các đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ được bố trí bình quân không quá 03 người trên một đơn vị.
Đơn vị quy định tại điểm a khoản 1 (trừ các đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ), khoản 2 và điểm a khoản 4 Điều 2 Nghị định này có từ 20 người làm việc là viên chức trở xuống được bố trí không quá 02 cấp phó; có trên 20 người làm việc là viên chức được bố trí không quá 03 cấp phó.
Đơn vị quy định tại điểm b, c, d, đ khoản 1, khoản 3, điểm b, c, d khoản 4 và khoản 5 Điều 2 Nghị định này được bố trí không quá 02 cấp phó.
3. Về khung số lượng cấp phó của người đứng đầu phòng thuộc đơn vị sự nghiệp công lập
a) Đối với phòng thuộc đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư: số lượng cấp phó thực hiện theo Đề án thành lập (trong trường hợp thành lập mới) hoặc Đề án tự chủ của đơn vị đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt;
b) Đối với phòng thuộc đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm chi thường xuyên được bố trí không quá 02 Phó Trưởng phòng;
c) Đối với phòng thuộc đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, đơn vị sự nghiệp công lập do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên: Có từ 07 đến 09 người làm việc là viên chức được bố trí 01 Phó Trưởng phòng; có từ 10 người làm việc là viên chức trở lên được bố trí không quá 02 Phó Trưởng phòng.
4. Căn cứ khung số lượng cấp phó quy định tại khoản 2 và khoản 3 Điều này (trừ các đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ), Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, người đứng đầu tổ chức do Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ thành lập mà không phải đơn vị sự nghiệp công lập, Ủy ban nhân dân và Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Ủy ban nhân dân cấp huyện quyết định cụ thể số lượng cấp phó của đơn vị sự nghiệp công lập thuộc phạm vi quản lý theo các tiêu chí sau:
a) Vị trí pháp lý, chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của đơn vị sự nghiệp công lập;
b) Quy mô về số lượng người làm việc và số đầu mối tổ chức trực thuộc của đơn sự nghiệp công lập;
c) Phạm vi hoạt động, tính chất và đặc điểm về chuyên môn, nghiệp vụ của đơn vị sự nghiệp công lập.