1. Thanh toán kinh phí giao nhiệm vụ
Căn cứ dự toán được cấp có thẩm quyền giao, chế độ chi tiêu tài chính hiện hành, nghiệm thu nhiệm vụ được giao, tài liệu khác có liên quan (nếu có), các đơn vị sự nghiệp công lập tạm ứng, thanh toán theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và các quy định hiện hành.
Trường hợp pháp luật chuyên ngành đã có quy định giao nhiệm vụ sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích, việc thanh toán kinh phí giao nhiệm vụ theo quy định của Luật ngân sách nhà nước, pháp luật chuyên ngành, pháp luật khác có liên quan và theo các quy định hiện hành.
2. Thanh toán kinh phí đặt hàng, đấu thầu
a) Đối với kinh phí đặt hàng cho đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện: Căn cứ dự toán được cấp có thẩm quyền giao; quyết định đặt hàng của cơ quan cấp trên cho đơn vị sự nghiệp công lập; đơn giá, giá đặt hàng; biên bản nghiệm thu sản phẩm theo quy định của cấp có thẩm quyền; biên bản nghiệm thu đặt hàng theo từng năm (theo Mẫu số 02 kèm theo Nghị định này); tài liệu khác có liên quan (nếu có); đơn vị sự nghiệp công lập tạm ứng, thanh toán theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và các quy định hiện hành.
b) Đối với kinh phí hợp đồng đặt hàng, đấu thầu cho nhà cung cấp dịch vụ sự nghiệp công khác; nhà sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích thực hiện: Căn cứ dự toán được cấp có thẩm quyền giao; hợp đồng đã được ký kết giữa cơ quan đặt hàng với nhà cung cấp dịch vụ sự nghiệp công khác; nhà sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích; đơn giá, giá đặt hàng, mức trợ giá, giá tiêu thụ; biên bản nghiệm thu sản phẩm theo quy định của cấp có thẩm quyền; biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng theo từng năm (theo Mẫu số 04 kèm theo Nghị định này); tài liệu khác có liên quan (nếu có); cơ quan ký hợp đồng tạm ứng, thanh toán kinh phí cho nhà cung cấp nhận đặt hàng theo quy định của Luật ngân sách nhà nước, pháp luật chuyên ngành, pháp luật khác có liên quan và theo các quy định hiện hành.
3. Kinh phí đặt hàng, hợp đồng cung cấp sản phẩm, dịch vụ công; chênh lệch thu lớn hơn chi từ đặt hàng, hợp đồng (nếu có) được thực hiện như sau:
a) Đối với nhà cung cấp là đơn vị sự nghiệp công lập được quyền tự chủ tài chính theo quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP  ngày 14 tháng 02 năm 2015 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập, Nghị định số 141/2016/NĐ-CP  ngày 10 tháng 10 năm 2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác, Nghị định số 54/2016/NĐ-CP  ngày 14 tháng 6 năm 2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của tổ chức khoa học và công nghệ công lập, các Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong các lĩnh vực y tế, giáo dục đào tạo, giáo dục nghề nghiệp, văn hóa thể thao và du lịch, thông tin và truyền thông và các văn bản sửa đổi, bổ sung (nếu có).
b) Đối với nhà cung cấp dịch vụ sự nghiệp công khác; nhà sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích tự quyết định theo quy định của pháp luật hiện hành, quy định của pháp luật chuyên ngành (nếu có); thực hiện các nghĩa vụ về tài chính đối với Nhà nước.
4. Khi kết thúc giao nhiệm vụ, đặt hàng, đấu thầu, cơ quan quản lý cấp trên nghiệm thu sản phẩm không đạt yêu cầu hoặc không thực hiện đủ theo số lượng, khối lượng sản phẩm, dịch vụ công được giao nhiệm vụ, đặt hàng, đấu thầu hoặc có lý do phải dừng thực hiện, kinh phí còn dư thực hiện điều chỉnh hoặc hủy dự toán theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn.