1. Đối với tài khoản dự toán
a) Các đơn vị dự toán, các chủ đầu tư, Ban quản lý dự án được cấp kinh phí theo hình thức dự toán kinh phí (thường xuyên, đầu tư XDCB, ủy quyền, viện trợ) sử dụng tài khoản này theo đúng chế độ kiểm soát chi và chế độ thanh toán ngân sách nhà nước qua KBNN hiện hành.
b) Căn cứ tài khoản dự toán đã mở tại KBNN và kinh phí được NSNN cấp bằng dự toán, các đơn vị sử dụng ngân sách, chủ đầu tư lập chứng từ (Giấy rút dự toán NSNN, Giấy rút vốn đầu tư) để thực hiện các giao dịch thanh toán.
c) Các Bộ, ngành hưởng kinh phí từ Ngân sách trung ương được giao dự toán có các khoản chi đoàn ra, chi mua tin, đóng niên liễm, ... nếu có nhu cầu chi bằng ngoại tệ từ quỹ ngoại tệ tập trung của Nhà nước thì đăng ký và sử dụng tài khoản dự toán tại Sở Giao dịch - KBNN.
d) Chi NSNN thực hiện theo nguyên tắc thanh toán trực tiếp từ KBNN cho người hưởng lương, phụ cấp, trợ cấp và người cung cấp hàng hóa, dịch vụ. Trường hợp một số khoản chi chưa có đủ điều kiện thực hiện việc thanh toán trực tiếp từ KBNN, đơn vị sử dụng ngân sách được tạm ứng kinh phí để chủ động chi theo dự toán được giao, sau đó đơn vị thanh toán với KBNN theo đúng quy định của Bộ Tài chính.
đ) Không sử dụng tài khoản dự toán để tiếp nhận các khoản thanh toán do các đơn vị khác chi trả, trừ các khoản thanh toán từ tài khoản dự toán bị ngân hàng hoặc KBNN khác trả lại, các khoản nộp khôi phục dự toán và khoản thu hồi các khoản chi ngân sách, thu hồi vốn đầu tư XDCB do đơn vị sử dụng ngân sách, chủ đầu tư nộp trả NSNN khi chưa quyết toán ngân sách.
2. Đối với tài khoản tiền gửi
a) Các đơn vị, tổ chức chỉ được sử dụng tài khoản của mình để giao dịch trong phạm vi hoạt động của đơn vị và phù hợp với nội dung tài khoản đã đăng ký với KBNN; chỉ được sử dụng trong phạm vi số dư Có của tài khoản và phải theo các quy định của chế độ thanh toán không dùng tiền mặt, chế độ quản lý tiền mặt, chế độ tài chính của Nhà nước.
b) Căn cứ tài khoản tiền gửi đã mở tại KBNN và số dư Có của tài khoản, các đơn vị, tổ chức lập chứng từ (Ủy nhiệm chi, Giấy nộp tiền vào NSNN, ...) để thực hiện các giao dịch thanh toán.
c) Căn cứ yêu cầu của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền:
- KBNN được quyền tự động trích tài khoản tiền gửi của đơn vị, tổ chức đó để nộp NSNN.
- Trường hợp tài khoản của đơn vị, tổ chức không đủ số dư hoặc hết số dư để trích, KBNN ghi vào sổ theo dõi riêng khoản tiền còn thiếu. Khi tài khoản tiền gửi của đơn vị, tổ chức có đủ số dư, KBNN tiếp tục trích nộp NSNN theo chế độ quy định.
d) Các đơn vị, tổ chức không được cho thuê, cho mượn tài khoản tiền gửi tại KBNN.
đ) Trường hợp đơn vị, tổ chức sử dụng tài khoản tiền gửi không phù hợp với nội dung của tài khoản đã đăng ký hoặc vi phạm thủ tục thanh toán: KBNN có quyền từ chối chi trả và trả lại chứng từ thanh toán để đơn vị, tổ chức lập lại.
e) Trường hợp đơn vị, tổ chức vi phạm chế độ tài chính, KBNN sẽ giữ lại các chứng từ thanh toán để thông báo cho cơ quan Nhà nước có thẩm quyền xem xét, xử lý.
3. Đối với tài khoản có tính chất tiền gửi
a) Thực hiện như quy định tại Khoản 2 Điều này.
b) Riêng việc chuyển tiền từ tài khoản Phải trả về tiền, tài sản tạm giữ chờ xử lý (TK 3940) của các đơn vị liên quan phải kèm theo văn bản xử lý của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền. Căn cứ văn bản xử lý và ủy nhiệm chi của đơn vị, KBNN thực hiện chi trả theo quy định.
4. Đối với tài khoản thu, chi của cơ quan thu
Để hoàn thuế cho người nộp thuế, cơ quan thuế gửi KBNN đồng cấp Quyết định hoàn thuế kèm Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước (NSNN) kèm Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu NSNN. Để thực hiện điều chỉnh các khoản thu, chi NSNN, cơ quan tài chính, cơ quan thuế, hải quan gửi KBNN giấy đề nghị điều chỉnh.