Khoản 1. Đối với nhà thầu nước ngoài: Ngoài hồ sơ khai thuế, nhà thầu nước ngoài thực hiện thêm hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế.
a) Đối với phương pháp khấu trừ, kê khai: a.1) Khi tạm tính thuế thu nhập doanh nghiệp, người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế cho cơ quan thuế cùng thời điểm tạm nộp thuế thu nhập doanh nghiệp quý. Hồ sơ gồm: a.1.1) Văn bản đề nghị theo mẫu số 01/HTQT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; a.1.2) Bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp ngay trước năm thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế đã được hợp pháp hoá lãnh sự; a.1.3) Bản sao hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam và nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế; a.1.4) Giấy uỷ quyền trong trường hợp người nộp thuế uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế. a.2) Trường hợp năm trước đó người nộp thuế đã có hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế thì các năm tiếp theo chỉ cần gửi các bản sao hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam và nước ngoài mới (nếu có) có xác nhận của người nộp thuế. a.3) Khi khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, người nộp thuế gửi Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự của năm tính thuế đó và xác nhận về việc thực hiện hợp đồng của các bên ký kết hợp đồng cùng Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
b) Đối với phương pháp trực tiếp: b.1) Đối với hoạt động kinh doanh và các loại thu nhập khác: b.1.1) Trong thời hạn 15 ngày trước thời hạn khai thuế, nhà thầu nước ngoài hoặc bên Việt Nam ký kết hợp đồng hoặc chi trả thu nhập cho nhà thầu nước ngoài gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp của bên Việt Nam hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế, hồ sơ gồm: b.1.1.1) Văn bản đề nghị theo mẫu số 01/HTQT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; b.1.1.2) Bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp ngay trước năm thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế đã được hợp pháp hoá lãnh sự; b.1.1.3) Bản sao hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam có xác nhận của người nộp thuế; b.1.1.4) Giấy uỷ quyền trong trường hợp người nộp thuế uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế. b.1.2) Trường hợp hoạt động mua bán chứng khoán không có hợp đồng mua bán chứng khoán thì người nộp thuế nộp Giấy chứng nhận tài khoản lưu ký cổ phiếu, trái phiếu do Ngân hàng lưu ký hoặc công ty chứng khoán xác nhận theo mẫu số 01/TNKDCK ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này. b.1.3) Đối với thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng vốn: người nộp thuế nộp thêm bản sao có xác nhận của người nộp thuế hợp đồng chuyển nhượng vốn, bản sao Giấy chứng nhận đầu tư của công ty Việt Nam mà nhà đầu tư nước ngoài góp vốn có xác nhận của người nộp thuế. b.1.4) Đối với trường hợp các cơ quan Chính phủ nước ngoài có thu nhập thuộc diện được miễn thuế theo quy định của điều khoản về lãi từ tiền cho vay của Hiệp định thuế: Người nộp thuế nộp bản sao hợp đồng vay vốn được ký kết giữa cơ quan Chính phủ nước ngoài với tổ chức, cá nhân tại Việt Nam có xác nhận của người nộp thuế. b.1.5) Trường hợp năm trước đó đã có hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế thì các năm tiếp theo chỉ cần gửi các bản sao hợp đồng kinh tế mới ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam và nước ngoài (nếu có) có xác nhận của người nộp thuế. b.1.6) Trong thời hạn 15 ngày trước khi kết thúc hợp đồng làm việc tại Việt Nam hoặc trước khi kết thúc năm tính thuế (tuỳ theo thời điểm nào diễn ra trước) nhà thầu nước ngoài gửi bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự của năm tính thuế đó cho bên Việt Nam ký kết hợp đồng hoặc chi trả thu nhập. Trong phạm vi 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được Giấy chứng nhận cư trú, bên Việt Nam ký kết hợp đồng hoặc chi trả thu nhập có trách nhiệm nộp cho cơ quan thuế bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú này. b.1.7) Trường hợp vào thời điểm trên vẫn chưa có được Giấy chứng nhận cư trú thì nhà thầu nước ngoài có nghĩa vụ cam kết gửi bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự trong quý ngay sau ngày kết thúc năm tính thuế. b.2) Đối với hãng hàng không nước ngoài: b.2.1) Trong thời hạn 15 ngày trước khi khai thác thị trường bay hoặc trước kỳ tính thuế đầu tiên của năm (tuỳ theo thời điểm nào diễn ra trước), văn phòng tại Việt Nam của hãng Hàng không nước ngoài gửi cho cơ quan thuế hồ sơ thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế. Hồ sơ gồm: b.2.1.1) Văn bản đề nghị theo mẫu số 01/HTQT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; b.2.1.2) Bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp ngay trước năm thông báo thuộc diện miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế đã được hợp pháp hoá lãnh sự; b.2.1.3) Bản sao giấy phép khai thác thị trường Việt Nam (phép bay) của Cục hàng không dân dụng cấp theo quy định của Luật Hàng không dân dụng có xác nhận của người nộp thuế; b.2.1.4) Giấy uỷ quyền trong trường hợp người nộp thuế uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế. b.2.2) Trường hợp năm trước đó đã có hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế thì các năm tiếp theo chỉ cần gửi các bản sao giấy phép khai thác thị trường Việt Nam (phép bay) của Cục hàng không dân dụng mới có xác nhận của người nộp thuế (nếu có). b.2.3) Trong thời hạn 15 ngày trước khi kết thúc hợp đồng làm việc tại Việt Nam hoặc trước khi kết thúc năm tính thuế (tuỳ theo thời điểm nào diễn ra trước) văn phòng tại Việt Nam của hãng Hàng không nước ngoài gửi Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự của năm tính thuế đó và Bảng kê thu nhập vận tải quốc tế dành cho trường hợp bán vé tại thị trường Việt Nam theo mẫu số 01-1/HKNN, Bảng kê thu nhập vận tải quốc tế dành cho trường hợp hoán đổi, chia chỗ trong vận tải hàng không quốc tế theo mẫu số 01-2/HKNN của năm tính thuế liên quan cho cơ quan thuế làm căn cứ áp dụng miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động vận tải quốc tế của hãng Hàng không nước ngoài. b.3) Đối với hãng vận tải nước ngoài: b.3.1) Khi quyết toán thuế, hãng vận tải nước ngoài hoặc đại lý của hãng vận tải nước ngoài phải gửi cho cơ quan thuế hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế. Hồ sơ gồm: b.3.1.1) Văn bản đề nghị theo mẫu số 01/HTQT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; b.3.1.2) Bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước, vùng lãnh thổ nơi hãng tàu nước ngoài cư trú cấp cho năm tính thuế ngay trước năm đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế đã được hợp pháp hóa lãnh sự. b.3.2) Đại lý của hãng vận tải nước ngoài tại Việt Nam hoặc văn phòng đại diện của hãng vận tải nước ngoài có trách nhiệm lưu trữ các hồ sơ, tài liệu, chứng từ theo quy định của Luật kế toán, Nghị định hướng dẫn Luật kế toán và Bộ Luật Hàng hải và xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu. b.3.3) Trường hợp hãng vận tải nước ngoài hoặc đại lý của hãng vận tải nước ngoài ủy quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế phải nộp thêm bản gốc giấy ủy quyền. b.3.4) Kết thúc năm, hãng vận tải nước ngoài hoặc đại lý của hãng vận tải nước ngoài gửi cơ quan thuế Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hóa lãnh sự của hãng tàu cho năm đó. b.3.5) Trường hợp năm trước đó đã có hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế thì các năm tiếp theo hãng vận tải nước ngoài hoặc đại lý của hãng vận tải nước ngoài chỉ cần thông báo bất kỳ sự thay đổi nào về các thông tin đã đề nghị tại mẫu số 01/HTQT của năm trước đó và cung cấp các tài liệu tương ứng với việc thay đổi. b.3.6) Trường hợp các hãng vận tải nước ngoài có các đại lý tại nhiều địa phương ở Việt Nam hoặc các đại lý của hãng vận tải nước ngoài có các chi nhánh hoặc văn phòng đại diện (sau đây gọi chung là chi nhánh) tại nhiều địa phương ở Việt Nam thì các hãng vận tải nước ngoài hoặc đại lý của hãng vận tải nước ngoài nộp bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú đã hợp pháp hóa lãnh sự cho Cục Thuế địa phương nơi đại lý của hãng vận tải nước ngoài có trụ sở chính; gửi bản sao Giấy chứng nhận cư trú đã hợp pháp hóa lãnh sự tại các Cục Thuế địa phương nơi hãng vận tải nước ngoài có chi nhánh và ghi rõ nơi đã nộp bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) trong Văn bản đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế. b.4) Đối với tái bảo hiểm nước ngoài: Các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài trực tiếp nộp hồ sơ đề nghị áp dụng Hiệp định thuế cho từng năm cho tất cả các hợp đồng tái bảo hiểm mà các tổ chức đã ký kết hoặc dự kiến ký kết trong năm đó. Các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài có thể uỷ quyền cho các đại lý thuế, văn phòng đại diện của công ty tại Việt Nam hoặc công ty tái bảo hiểm Việt Nam nộp hồ sơ. Khi đó, các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài nộp cho cơ quan thuế 02 hồ sơ đề nghị gồm: hồ sơ đề nghị dự kiến và hồ sơ đề nghị chính thức. Cụ thể như sau: b.4.1) Đối với hồ sơ đề nghị dự kiến: 05 ngày trước khi ký kết hợp đồng; hoặc 05 ngày sau khi thực hiện hợp đồng; hoặc 05 ngày trước khi thanh toán, tùy theo thời điểm nào diễn ra trước, các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài có trách nhiệm nộp cho cơ quan thuế hồ sơ đề nghị dự kiến cùng với tài liệu liên quan. Các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài có văn phòng đại diện tại Việt Nam nộp hồ sơ tại Cục Thuế tỉnh, thành phố nơi đóng văn phòng đại diện. Đối với các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài không có văn phòng đại diện tại Việt Nam: b.4.1.1) Trường hợp các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài trực tiếp nộp hồ sơ thì nộp tại Cục Thuế tỉnh, thành phố nơi Công ty tái bảo hiểm Việt Nam đầu tiên dự kiến ký kết hợp đồng; b.4.1.2) Trường hợp các tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài uỷ quyền cho đại diện hợp pháp tại Việt Nam (Đại lý thuế, Công ty kiểm toán hoặc Công ty tái bảo hiểm Việt Nam đầu tiên dự kiến ký kết hợp đồng...) nộp hồ sơ: Nộp tại Cục Thuế tỉnh, thành phố nơi đại điện hợp pháp đăng ký nộp thuế. b.4.1.3) Hồ sơ đề nghị dự kiến bao gồm: Văn bản đề nghị dự kiến theo mẫu số 01/TBH-TB ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; Bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp đã được hợp pháp hoá lãnh sự (cho năm ngay trước năm nộp hồ sơ đề nghị dự kiến; Bảng kê các Hợp đồng tái bảo hiểm đã hoặc dự kiến ký kết theo mẫu số 01-1/TBH-TB ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; Giấy uỷ quyền trong trường hợp người nộp thuế uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế. b.4.2) Đối với hồ sơ đề nghị chính thức: Trong vòng quý I của năm sau, tổ chức nhận tái bảo hiểm nước ngoài có trách nhiệm nộp cho cơ quan thuế hồ sơ đề nghị chính thức cùng với tài liệu liên quan tương tự như đối với việc nộp hồ sơ đề nghị dự kiến. Hồ sơ đề nghị chính thức bao gồm: Văn bản đề nghị chính thức theo mẫu số 02/TBH-TB ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; Bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp đã được hợp pháp hoá lãnh sự trong năm tính thuế đó; Bản sao các hợp đồng tái bảo hiểm đã thực hiện trong năm có xác nhận của người nộp thuế (bao gồm cả những hợp đồng đã có trong kế hoạch và những hợp đồng ngoài kế hoạch đã gửi cơ quan thuế) nhưng chưa nộp cho cơ quan thuế; Danh mục hợp đồng theo từng loại theo mẫu số 02-1/TBH-TB ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này. Tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị chính thức, người nộp thuế sẽ phân loại hợp đồng và gửi danh mục hợp đồng theo từng loại (với các chỉ tiêu nhất định); mỗi loại hợp đồng chỉ gửi một bản sao có xác nhận của người nộp thuế để làm mẫu. Người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về việc thống kê này; Giấy uỷ quyền trong trường hợp người nộp thuế uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế.
c) Đối với phương pháp hỗn hợp: c.1) Trong thời hạn 15 ngày trước thời hạn khai thuế, nhà thầu nước ngoài gửi cho cơ quan thuế nơi đăng ký thuế hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế. Hồ sơ gồm: c.1.1) Văn bản đề nghị theo mẫu số 01/HTQT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này; c.1.2) Bản gốc (hoặc bản sao đã được chứng thực) Giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế của nước cư trú cấp ngay trước năm đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế đã được hợp pháp hoá lãnh sự; c.1.3) Bản sao hợp đồng ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam có xác nhận của người nộp thuế; c.1.4) Giấy uỷ quyền trong trường hợp người nộp thuế uỷ quyền cho đại diện hợp pháp thực hiện thủ tục áp dụng Hiệp định thuế. c.2) Trường hợp năm trước đó đã có hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế theo Hiệp định thuế thì các năm tiếp theo chỉ cần gửi các bản sao hợp đồng kinh tế mới ký kết với các tổ chức, cá nhân tại Việt Nam và nước ngoài có xác nhận của người nộp thuế (nếu có). c.3) Trong thời hạn 15 ngày trước khi kết thúc hợp đồng làm việc tại Việt Nam hoặc trước khi kết thúc năm tính thuế (tuỳ theo thời điểm nào diễn ra trước) nhà thầu nước ngoài gửi Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự của năm tính thuế đó cho cơ quan thuế nơi đăng ký thuế. c.4) Trường hợp vào thời điểm trên vẫn chưa có được Giấy chứng nhận cư trú thì nhà thầu nước ngoài có nghĩa vụ cam kết gửi Giấy chứng nhận cư trú đã được hợp pháp hoá lãnh sự trong quý ngay sau ngày kết thúc năm tính thuế.