1. Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ven biển thực hiện quản lý nhà nước về biên giới quốc gia; tổ chức thực hiện chính sách, quy hoạch, kế hoạch, dự án đầu tư về quản lý, bảo vệ khu vực biên giới biển theo quy định của pháp luật.
2. Chủ trì, phối hợp với Bộ Công an, Bộ Ngoại giao, Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường và các Bộ, ngành liên quan xây dựng quy chế phối hợp giữa các lực lượng thực hiện nhiệm vụ xây dựng, quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia, bảo vệ an ninh chính trị, giữ gìn trật tự, an toàn xã hội trong khu vực biên giới biển theo quy định của pháp luật; tìm kiếm, cứu nạn trong khu vực biên giới biển.
3. Chủ trì quản lý, giám sát các hoạt động kinh tế, quốc phòng trong khu vực biên giới biển.
4. Chủ trì huy động và chỉ huy nhân lực, phương tiện của các Bộ, ngành, doanh nghiệp, địa phương tham gia bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền trên vùng biển Việt Nam theo quyết định của cấp có thẩm quyền.
5. Thường xuyên trao đổi, phối hợp với Bộ Công an, Bộ Ngoại giao giải quyết những vấn đề phức tạp, nảy sinh để bảo đảm an ninh, trật tự, an toàn xã hội trong khu vực biên giới biển, trên biển, bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền quốc gia trên biển; phối hợp với các Bộ, ngành rà soát, kiểm tra các loại giấy phép hoạt động của các phương tiện hoạt động trong khu vực biên giới biển liên quan đến lĩnh vực quản lý nhà nước của các Bộ, ngành.
6. Chỉ đạo lực lượng Bộ đội Biên phòng, Hải quân, Cảnh sát biển phối hợp với lực lượng Hải quan, Cảnh sát giao thông đường thủy, Kiểm ngư và các lực lượng khác hoạt động trong khu vực biên giới biển trong tuần tra, kiểm soát, phát hiện, ngăn chặn, xử lý các hành vi vi phạm pháp luật trong khu vực biên giới biển; bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền, an ninh, trật tự trên vùng biển Việt Nam; bảo vệ ngư dân trong hoạt động khai thác thủy sản và các hoạt động hợp pháp của người, phương tiện trong khu vực biên giới biển và trên các vùng biển, đảo Việt Nam.
7. Chỉ đạo Bộ đội Biên phòng:
a) Chủ trì, phối hợp với các đơn vị quân đội đóng quân trong khu vực biên giới biển, Công an nhân dân, chính quyền địa phương và các cơ quan liên quan trong quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia trên biển; bảo vệ an ninh chính trị, giữ gìn trật tự, an toàn xã hội trong khu vực biên giới biển theo quy định của pháp luật;
b) Phối hợp với lực lượng Công an nhân dân, chính quyền địa phương và các cơ quan có liên quan trong quản lý người nước ngoài học tập, làm việc, hoạt động sản xuất, kinh doanh tại khu kinh tế trong khu vực biên giới biển hoặc có một phần địa giới hành chính nằm trong khu vực biên giới biển; thực hiện kiểm tra, kiểm soát xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh, cư trú đối với người nước ngoài trong khu kinh tế, khu vực cửa khẩu cảng biển theo quy định pháp luật;
c) Tham mưu cho Ủy ban nhân dân các cấp ven biển về xây dựng kế hoạch, chương trình, nội dung, biện pháp tổ chức phong trào toàn dân tham gia bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền; củng cố cơ sở chính trị, xây dựng khu vực biên giới biển vững mạnh về kinh tế, chính trị, văn hóa - xã hội và quốc phòng, an ninh, đối ngoại;
d) Tiến hành các biện pháp quản lý, bảo vệ; bố trí, sử dụng lực lượng, phương tiện, vũ khí, công cụ hỗ trợ để thực hiện chức năng, nhiệm vụ quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia trên biển; bảo vệ an ninh chính trị, giữ gìn trật tự, an toàn xã hội trong khu vực biên giới biển; thực hiện công tác đối ngoại quân sự, đối ngoại biên phòng theo quy định của pháp luật;
đ) Tổ chức các trạm kiểm soát cố định, lưu động để kiểm tra, kiểm soát người, phương tiện ra, vào, hoạt động trong khu vực biên giới biển; tiến hành giám sát biên phòng đối với tàu thuyền trong khu vực biên giới biển theo quy định pháp luật;
e) Chủ trì, phối hợp với các cơ quan, đơn vị liên quan thống nhất về thông tin hoạt động của tàu thuyền trong khu vực biên giới biển; hàng năm, chủ trì, phối hợp với lực lượng Công an quản lý, thống kê số lượng người nước ngoài vào khu vực biên giới biển, vùng cấm, khu vực hạn chế hoạt động trong khu vực biên giới biển, vùng cấm tạm thời, vùng hạn chế hoạt động trong lãnh hải;
g) Phối hợp với lực lượng Công an thực hiện hoạt động quản lý nhà nước về nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, cư trú của người nước ngoài trong khu vực biên giới biển, khu kinh tế; xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh, cư trú trong khu vực biên giới biển và cửa khẩu cảng biển;
h) Chủ trì, phối hợp với các lực lượng chức năng hoạt động trong khu vực biên giới biển, trên các vùng biển Việt Nam trong bảo vệ, giám sát, duy trì và xử lý các hành vi vi phạm các quy định khu vực hạn chế hoạt động, khu vực cấm trong khu vực biên giới biển, vùng cấm tạm thời, vùng hạn chế hoạt động trong nội thủy, lãnh hải.