1. Xác định chi phí xây lắp:
a) Chi phí vật liệu, nhân công, máy thi công trong chi phí trực tiếp xác định theo khối lượng hao phí vật liệu, nhân công, máy thi công và bảng giá tương ứng. Tổng khối lượng hao phí các loại vật liệu, nhân công, máy thi công được xác định trên cơ sở hao phí vật liệu, nhân công, máy thi công cho từng khối lượng công tác xây lắp của dự án;
b) Chi phí chung được tính bằng tỷ lệ phần trăm (%) trên chi phí trực tiếp như hướng dẫn tại Bảng 3.2 Phụ lục số 3 của Thông tư này;
c) Thu nhập chịu thuế tính trước được tính bằng tỷ lệ phần trăm (%) trên chi phí trực tiếp và chi phí chung như hướng dẫn tại Bảng 3.2 Phụ lục số 3 của Thông tư này;
d) Thuế giá trị gia tăng cho công tác xây lắp áp dụng theo quy định hiện hành.
2. Xác định chi phí thiết bị:
a) Chi phí mua sắm thiết bị được xác định theo một trong các cách dưới đây:
- Đối với những thiết bị đã xác định được giá có thể tính theo số lượng, chủng loại từng loại thiết bị;
- Đối với những thiết bị chưa xác định được giá (bao gồm cả phần mềm thương mại) có thể dự tính theo báo giá của nhà cung cấp, nhà sản xuất hoặc giá những thiết bị tương tự trên thị trường tại thời điểm tính toán hoặc giá thiết bị tương tự đã và đang thực hiện;
- Đối với các phần mềm nội bộ, việc xác định giá trị được thực hiện theo quy định tại Điều 23 Nghị định số 102/2009/NĐ-CP.
b) Chi phí đào tạo và chuyển giao công nghệ được xác định bằng cách lập dự toán;
c) Chi phí lắp đặt thiết bị và cài đặt phần mềm, kiểm tra, hiệu chỉnh được xác định bằng cách lập dự toán.
Trường hợp thiết bị đã được lựa chọn thông qua đấu thầu thì chi phí thiết bị bao gồm giá trúng thầu và các khoản chi phí theo các nội dung nêu trên được ghi trong hợp đồng.
3. Xác định chi phí quản lý dự án
Chi phí quản lý dự án được xác định trên cơ sở tham khảo định mức chi phí tỷ lệ do Bộ Thông tin và Truyền thông công bố hoặc bằng cách lập dự toán.
4. Xác định chi phí tư vấn đầu tư
Chi phí tư vấn được xác định trên cơ sở tham khảo định mức chi phí tỷ lệ do Bộ Thông tin và Truyền thông công bố hoặc bằng cách lập dự toán.
Trường hợp dự án phải thuê tư vấn nước ngoài thực hiện một số công việc thì chi phí tư vấn được lập dự toán theo quy định hiện hành phù hợp với yêu cầu sử dụng tư vấn cho dự án.
5. Xác định chi phí khác:
a) Chi phí khác được xác định bằng cách lập dự toán hoặc bằng định mức chi phí tỷ lệ theo hướng dẫn của cơ quan quản lý chuyên ngành.
b) Đối với một số dự án có các yếu tố chi phí đặc thù, sử dụng vốn ODA, nếu còn các chi phí khác có liên quan thì được bổ sung các chi phí này. Chủ đầu tư quyết định và chịu trách nhiệm về quyết định của mình.
c) Một số lệ phí thẩm định như: thẩm định dự án, thẩm định thiết kế cơ sở, thiết kế sơ bộ, thẩm định thiết kế thi công, dự toán và các lệ phí khác có liên quan tính bằng tỷ lệ theo quy định của Bộ Tài chính.
d) Một số chi phí khác nếu chưa tính được ngay thì được dự tính đưa vào tổng dự toán.
6. Xác định chi phí dự phòng
a) Chi phí dự phòng cho yếu tố khối lượng công việc phát sinh được tính bằng tỷ lệ phần trăm (%) trên tổng chi phí xây lắp, chi phí thiết bị, chi phí quản lý dự án, chi phí tư vấn đầu tư và chi phí khác;
b) Chi phí dự phòng cho yếu tố trượt giá được tính theo thời gian triển khai dự án (tính bằng tháng, quý, năm).
Phương pháp lập dự toán ứng dụng công nghệ thông tin được hướng dẫn chi tiết tại Phụ lục số 2 của Thông tư này.