Chi phí của Quỹ bảo lãnh tín dụng là các khoản chi phí phải chi phát sinh trong kỳ cần thiết cho hoạt động của Quỹ bảo lãnh tín dụng, tuân thủ nguyên tắc phù hợp giữa thu nhập và chi phí, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp lệ theo quy định của pháp luật, bao gồm:
1. Chi phí hoạt động nghiệp vụ bảo lãnh tín dụng:
a) Chi trả lãi tiền vay và chi phí huy động vốn khác theo quy định của pháp luật;
b) Chi trích lập quỹ dự phòng rủi ro bảo lãnh theo quy định Điều 6 Thông tư này;
c) Chi bảo hiểm rủi ro nghiệp vụ hoạt động bảo lãnh và các loại bảo hiểm khác theo quy định tại Nghị định số 34/2018/NĐ-CP  của Chính phủ và quy định của pháp luật liên quan;
d) Chi chênh lệch tỷ giá (nếu có);
đ) Chi nộp thuế và các khoản phí, lệ phí đối với các hoạt động phải nộp theo quy định pháp luật hiện hành;
e) Chi khác cho hoạt động nghiệp vụ: Chi để thu hồi các khoản nợ đã xóa, thu hồi nợ xấu, chi trả phí dịch vụ thu hồi nợ cho các tổ chức được phép thực hiện dịch vụ thu hồi nợ theo quy định của pháp luật; chi cho hoạt động mua bán nợ; chi thu giữ, bảo quản, khai thác các tài sản bảo đảm trong quá trình xử lý nợ xấu theo thực tế phát sinh; chi xử lý khoản tổn thất về vốn, tài sản và các khoản trả nợ thay sau khi đã bù đắp bằng các nguồn theo quy định; chi thuê luật sư, tư vấn pháp lý, án phí, lệ phí thi hành án; chi trả các khoản nợ đã xác định không còn đối tượng trả và hạch toán vào thu nhập nhưng sau đó lại xác định được chủ nợ; chi các khoản đã hạch toán vào thu nhập nhưng thực tế không thu được và không hạch toán giảm thu nhập; chi phí ủy thác, các chi phí dịch vụ thuê ngoài phục vụ các hoạt động nghiệp vụ, chi khác theo quy định của pháp luật.
2. Chi cho hoạt động tài chính: Các khoản chi liên quan đến hoạt động gửi tiền tại các ngân hàng thương mại và các chi phí hoạt động tài chính khác theo quy định tại Thông tư này.
3. Chi hoạt động bộ máy:
Chi cho người lao động và quản lý của Quỹ bảo lãnh tín dụng theo chế độ của Nhà nước quy định đối với công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ:
a) Chi cho người lao động: Chi tiền lương, phụ cấp lương, tiền công, các khoản đóng góp theo lương: Chi bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp, bảo hiểm tai nạn lao động - bệnh nghề nghiệp, kinh phí công đoàn theo quy định; chi các khoản chi ăn ca, chi lao động nữ, chi bảo hộ lao động, chi trang phục giao dịch theo quy định của pháp luật; chi y tế, nghỉ phép theo chế độ hàng năm; chi trợ cấp thôi việc, chi hỗ trợ mất việc làm cho người lao động và các khoản chi liên quan đến việc thực hiện tinh giản biên chế khi Quỹ bảo lãnh tín dụng thực hiện tái cơ cấu theo đề án được duyệt; các khoản chi khác cho nhân viên theo quy định của pháp luật;
b) Chi hoạt động quản lý và công vụ: Chi công tác phí cho người lao động và người quản lý của Quỹ đi công tác trong nước và nước ngoài; chi mua sắm vật tư, thiết bị văn phòng, văn phòng phẩm, giấy, mực in chi tài liệu, sách báo và các vật liệu khác; chi cước phí bưu điện, điện thoại và truyền tin; chi phí thuê tài sản, thiết bị phục vụ hoạt động của Quỹ; chi hội nghị, hội thảo, tập huấn, đào tạo cán bộ Quỹ; chi phí tuyên truyền, in ấn tài liệu, lễ tân, khánh tiết, giao dịch, đối ngoại, chi đoàn ra, đoàn vào; chi tiếp khách, tuyên truyền, quảng cáo theo quy định của pháp luật; chi cho công tác kiểm tra, kiểm soát, kiểm toán đối với hoạt động Quỹ; chi hỗ trợ cho các hoạt động của tổ chức Đảng, đoàn thể của Quỹ; chi về điện nước, vệ sinh cơ quan, bảo vệ môi trường, y tế cơ quan; các khoản chi phí khác phù hợp với quy định của pháp luật;
c) Chi về tài sản: Chi khấu hao tài sản cố định theo quy định chung đối với các doanh nghiệp; chi mua sắm công cụ, dụng cụ; chi thuê tài sản; chi bảo trì, bảo dưỡng, sửa chữa và vận hành tài sản; chi bảo hiểm tài sản, chi nhượng bán, thanh lý tài sản không bao gồm giá trị còn lại của tài sản cố định thanh lý, nhượng bán (nếu có).
4. Định mức chi phí quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều này được thực hiện theo quy định của pháp luật đối với Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ. Trường hợp pháp luật chưa có quy định hoặc không khống chế định mức chi, Quỹ bảo lãnh tín dụng căn cứ vào khả năng tài chính, xây dựng định mức, quyết định việc chi tiêu đảm bảo phù hợp, hiệu quả và chịu trách nhiệm trước pháp luật.
5. Việc xác định doanh thu, chi phí khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp của Quỹ bảo lãnh tín dụng thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế.