Tuỳ theo quy định tại từng Hiệp định, thu nhập từ hoạt động vận tải quốc tế của các đối tượng nêu tại Điều 13 sẽ được miễn hoặc giảm thuế tại Việt Nam hoặc tại Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam.
Phạm vi áp dụng miễn, giảm thuế tại Việt Nam đối với doanh nghiệp của Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam bao gồm:
1. Thu nhập từ hoạt động vận tải quốc tế bằng phương tiện vận tải do doanh nghiệp điều hành trực tiếp và từ các hoạt động phụ trợ đi liền với hoạt động vận tải quốc tế này, cụ thể:
1.1. Doanh thu từ hoạt động vận tải quốc tế bằng phương tiện vận tải do chính doanh nghiệp điều hành trực tiếp và xuất chứng từ vận tải (xuất vé, vận đơn hoặc bản lược khai (manifest) vận chuyển hành khách và hàng hoá).
1.2. Doanh thu từ việc cho thuê một phần phương tiện vận tải (còn gọi là cho thuê chỗ) hoặc cho thuê toàn bộ phương tiện vận tải theo từng chuyến do chính doanh nghiệp điều hành trực tiếp.
Ví dụ 19: Hãng tàu A của Nhật Bản nhận chở hàng hóa của công ty C từ Việt Nam đi Hà Lan với mức cước phí là 300 đô la Mỹ. Hãng tàu A không có tàu điều hành trực tiếp mà thuê chỗ trên tàu của hãng tàu B của Thái Lan với mức phí là 250 đô la Mỹ. Ngoài việc chở hàng cho hãng tàu A như trên, hãng tàu B còn trực tiếp chở hàng cho các khách hàng khác trên cùng tuyến với số cước thu được là 200 đô la Mỹ. Trong trường hợp này:
- Đối với hãng tàu A: số tiền 300 đô la Mỹ thu được từ việc nhận chở hàng cho Công ty C hoặc số tiền 50 đô la Mỹ thu được do chênh lệch từ việc nhận chở hàng cho Công ty C và thuê chỗ trên tàu của hãng B đều không được coi là thu nhập từ vận tải quốc tế bằng tàu biển để được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp theo Hiệp định giữa Việt Nam và Nhật Bản do hãng A không trực tiếp điều hành tàu (mà chỉ mua chỗ toàn chặng trên tàu của hãng tàu B) nên vẫn phải nộp đủ thuế thu nhập doanh nghiệp.
- Đối với hãng tàu B: số tiền cước 450 đô la Mỹ được coi là thu nhập từ hoạt động vận tải quốc tế thuộc diện được giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo Hiệp định giữa Việt Nam và Thái Lan (giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp).
1.3. Doanh thu từ hoạt động vận chuyển hàng hóa hoặc hành khách khi tham gia liên danh khai thác tuyến vận tải quốc tế với điều kiện doanh nghiệp tham gia liên danh trên cơ sở đóng góp phương tiện vận tải do chính doanh nghiệp điều hành trực tiếp hoặc đóng góp chi phí cho hoạt động của phương tiện vận tải do liên danh điều hành trực tiếp và các bên sử dụng chứng từ vận tải riêng biệt. Trong trường hợp này, doanh thu được xác định trên cơ sở chứng từ vận tải do doanh nghiệp là bên liên danh phát hành nhưng không vượt quá hạn mức chỗ trống của phương tiện vận tải mà doanh nghiệp được phép khai thác theo thỏa thuận liên danh.
1.4. Doanh thu từ hoạt động vận chuyển hành khách hoặc hàng hóa do doanh nghiệp xuất chứng từ vận tải quốc tế được chuyên chở trên phương tiện vận tải do doanh nghiệp khác điều hành với một trong hai điều kiện sau đây:
a) Chặng vận chuyển đó là một phần trong hành trình vận chuyển quốc tế bằng tàu thủy hoặc máy bay do chính doanh nghiệp điều hành trực tiếp và được ghi trong chứng từ vận tải do chính doanh nghiệp phát hành;
Ví dụ 20: Cũng với Ví dụ 19 nêu trên, Hãng tàu A của Nhật Bản nhận chở hàng hóa của công ty C từ Việt Nam đi Hà Lan với mức cước phí là 300 đô la Mỹ. Tuy nhiên, hãng tàu A có tàu A1 do hãng trực tiếp điều hành vận chuyển hàng hóa chặng hai từ Xinh-ga-po đến Hà Lan. Chặng một từ Việt Nam đi Xinh-ga-po, hãng A phải thuê hãng tàu B của Thái Lan vận chuyển hàng với chi phí là 50 đô la Mỹ.
- Đối với hãng tàu A: số tiền 250 đô la Mỹ (300 – 50) thu được từ việc trực tiếp vận chuyển hàng hóa trong vận tải quốc tế thuộc diện được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp theo Hiệp định giữa Việt Nam và Nhật Bản.
- Đối với hãng tàu B: số tiền cước 50 đô la Mỹ được coi là thu nhập từ hoạt động vận tải quốc tế thuộc diện được giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo Hiệp định giữa Việt Nam và Thái Lan (giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp).
b) Việc chuyên chở đó được thực hiện trên cơ sở thỏa thuận hoán đổi một phần phương tiện vận tải (được gọi là hoán đổi chỗ) do chính doanh nghiệp điều hành trực tiếp để đổi lại doanh nghiệp được sử dụng một phần tương ứng phương tiện vận tải do doanh nghiệp khác điều hành. Trong trường hợp này, doanh thu được xác định trên cơ sở các chứng từ vận tải do chính doanh nghiệp phát hành nhưng không vượt quá hạn mức chỗ trống mà doanh nghiệp được khai thác miễn phí trên phương tiện của hãng đối tác theo thỏa thuận hoán đổi chỗ.
1.5. Thu nhập từ việc cho thuê ngắn hạn (lưu) công-ten-nơ với tính chất là hoạt động phụ kèm theo hoạt động của phương tiện vận tải do doanh nghiệp điều hành trực tiếp nếu tại Hiệp định có quy định.
Tính chất hoạt động phụ kèm theo hoạt động của phương tiện vận tải của việc cho thuê ngắn hạn (lưu) công-ten-nơ được xác định là công-ten-nơ đi liền với phương tiện vận tải có vào cảng Việt Nam, công-ten-nơ đang chứa hàng vận chuyển nhập khẩu và phí sử dụng công-ten-nơ đã được bao gồm trong giá cước vận chuyển; thu nhập cho thuê ngắn hạn công-ten-nơ phát sinh do bên nhận hàng lưu giữ công-ten-nơ quá thời hạn sử dụng miễn phí.
1.6. Doanh thu từ việc cho thuê tàu thủy hoặc máy bay trống (được gọi chung là thuê tàu trần) có tính chất phụ trợ cho hoạt động vận tải quốc tế của phương tiện vận tải do doanh nghiệp điều hành trực tiếp nếu được quy định cụ thể tại Hiệp định và thỏa mãn cả ba điều kiện sau đây:
a) Phương tiện vận tải đang được doanh nghiệp sử dụng trong vận tải quốc tế; và
b) Tổng thời gian cho thuê ngắn hơn thời gian phương tiện được sử dụng cho hoạt động vận tải quốc tế của chính doanh nghiệp trong thời gian 12 tháng bắt đầu hoặc kết thúc năm dương lịch; và
c) Bên đi thuê không được thay đổi tên và hô hiệu của phương tiện vận tải.
Thuê tàu trần là hình thức thuê tàu theo đó chủ tàu cung cấp cho người thuê tàu một tàu cụ thể không bao gồm thuyền bộ hoặc phi hành đoàn.
Doanh thu được nêu tại các Điểm 1.5 và 1.6 trên đây sẽ không được coi là doanh thu từ các hoạt động phụ trợ đi liền với hoạt động vận tải quốc tế để áp dụng Hiệp định nếu doanh nghiệp không phát sinh các khoản doanh thu được nêu tại các Điểm 1.1, 1.2, 1.3 hoặc 1.4.
2. Trường hợp hai hoặc nhiều doanh nghiệp có hoạt động liên danh để tạo thành một tổ chức liên danh hoặc hợp danh không có tư cách pháp nhân thực hiện hoạt động vận tải quốc tế bằng phương tiện vận tải do tổ chức liên danh hoặc hợp danh điều hành trực tiếp và chứng từ vận tải được xuất dưới tên của tổ chức liên danh hoặc hợp danh thì việc xác định phạm vi áp dụng miễn, giảm thuế theo Hiệp định được thực hiện riêng biệt cho từng bên liên danh hoặc hợp danh theo Hiệp định ký kết giữa Việt Nam và nước nơi bên liên danh hoặc hợp danh là đối tượng cư trú hoặc có trụ sở điều hành thực tế. Căn cứ xác định doanh thu miễn, giảm thuế được áp dụng tương tự như quy định tại Khoản 1 và được phân bổ theo tỷ lệ doanh thu chia cho bên liên danh hoặc hợp danh theo hợp đồng hoặc thỏa thuận liên danh hoặc hợp danh.
Ví dụ 21: Liên danh hàng không Scăng-đi-na-via (SAS) có hoạt động vận chuyển hành khách quốc tế tại Việt Nam đi các nước Bắc Âu. Như vậy, doanh thu của hãng phát sinh tại Việt Nam sẽ được phân bổ cho các bên tham gia góp vốn điều hành liên danh hàng không SAS là các đối tượng cư trú tại Na Uy, Đan Mạch hoặc Thụy Điển để áp dụng theo từng Hiệp định có liên quan.
Khi kê khai nghĩa vụ thuế, các doanh nghiệp trên phải hạch toán riêng các khoản thu nhập được nêu trên để được xét miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp phù hợp với quy định về thu nhập từ hoạt động vận tải quốc tế. Trong mọi trường hợp doanh thu xét miễn, giảm thuế không vượt quá doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp của hoạt động vận tải quốc tế theo các văn bản quy định có liên quan.
Trường hợp Hiệp định (như Hiệp định với Băng-la-đét, Phi-líp-pin và Thái Lan) quy định chỉ giảm thuế thu nhập theo một tỷ lệ nhất định thì doanh nghiệp phải nộp thuế thu nhập đối với thu nhập từ vận tải quốc tế theo phần tỷ lệ không được giảm.
Các quy định về thuế đối với thu nhập từ vận tải quốc tế như trên được nêu tại Điều khoản Vận tải quốc tế (thường là Điều 8) của Hiệp định.