Điều 2. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá ra vào Khu phi thuế quan:
2.1. Đối với hàng hoá từ nước ngoài nhập khẩu vào Khu phi thuế quan: a. Nhập khẩu vào Khu phi thuế quan qua cổng A: - Tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh nhập khẩu có trách nhiệm khai báo hải quan, nộp hồ sơ hải quan theo đúng quy định hiện hành đối với từng loại hình nhập khẩu hàng hoá theo quy định tại khoản 5, Mục I của Thông tư này. - Cơ quan hải quan cổng A thực hiện giải quyết các thủ tục cần thiết theo quy định hiện hành đối với từng loại hàng hoá. b. Nhập khẩu vào Khu phi thuế quan qua cổng B: Thực hiện theo quy định hiện hành về hàng nhập khẩu chuyển khẩu
2.2. Đối với hàng hoá từ nước ngoài nhập khẩu vào nội địa Việt Nam qua cổng A và hàng hoá từ nội địa xuất khẩu ra nước ngoài qua cổng A: Thực hiện theo quy định hiện hành.
2.3. Đối với hàng hoá từ nội địa xuất vào khu phi thuế quan: a. Trường hợp tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh trong nội địa đăng ký làm thủ tục hải quan tại cơ quan hải quan Cổng B thì phải có trách nhiệm khai báo hải quan, nộp hồ sơ hải quan theo quy định đối với từng loại hình xuất khẩu. Trường hợp vận chuyển hàng hoá nội bộ giữa doanh nghiệp với chi nhánh trong và ngoài khu phi thuế quan thì được thay thế hợp đồng mua bán bằng chứng từ xuất kho. Cơ quan hải quan cổng B có trách nhiệm thực hiện đầy đủ thủ tục xuất khẩu cho tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh trong nội địa theo đúng quy định đối với từng loại hình xuất khẩu. b. Trường hợp tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh trong nội địa đăng ký tờ khai xuất khẩu tại cửa khẩu Chi cục Hải quan nội địa: Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định hiện hành đối với hàng xuất khẩu chuyển cửa khẩu. Cơ quan hải quan Cổng B thực hiện nhiệm vụ của hải quan cửa khẩu xuất đối với hàng xuất khẩu chuyển cửa khẩu (trừ việc xác nhận thực xuất).
2.4. Đối với hàng hoá từ Khu phi thuế quan xuất khẩu ra nước ngoài: a. Qua cổng B: Thực hiện theo quy định hiện hành đối với hàng xuất khẩu chuyển cửa khẩu. b. Qua cổng A: Thực hiện đăng ký làm thủ tục tại cơ quan hải quan cổng A. Cơ quan hải quan cổng A thực hiện thủ tục hải quan theo quy định hiện hành đối với hàng xuất khẩu.
2.5. Đối với hàng hoá từ khu phi thuế quan đưa vào nội địa: a. Đối với hàng hoá thuộc Danh mục hàng hoá xuất xứ Khu phi thuế quan được miễn làm thủ tục hải quan nhưng phải kê khai về số lượng hàng hoá với cơ quan hải quan và chịu sự giám sát của cơ quan hải quan. b. Đối với các hàng hoá khác phải thực hiện thủ tục hải quan đầy đủ, cụ thể như sau: - Tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh tại khu phi thuế quan (bên bán) có trách nhiệm cung cấp cho tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh trong nội địa (bên mua) đầy đủ chứng từ, hoá đơn và các giấy tờ theo quy định của cơ quan hải quan để doanh nghiệp nội địa khai báo hải quan, nộp hồ sơ hải quan theo đúng quy định đối với từng loại hình nhập khẩu tại cơ quan hải quan cổng B. - Hải quan cổng B có trách nhiệm làm thủ tục hải quan cho hàng hoá nhập khẩu của doanh nghiệp nội địa theo đúng quy định. Trường hợp phát hiện có hàng nước ngoài được đưa vào khu phi thuế quan để tiếp tục nhập khẩu vào nội địa có cùng chủng loại với hàng hoá nằm trong Danh mục hàng hoá xuất xứ khu phi thuế quan do Ban quản lý thông báo, nhưng doanh nghiệp không khai báo hải quan, thì cơ quan hải quan cổng B yêu cầu xuất trình chứng từ chứng minh về nguồn gốc xuất xứ của lô hàng; tiến hành xử lý vi phạm và làm thủ tục nhập khẩu cho lô hàng theo quy định của pháp luật; đồng thời, thông báo cho Ban quản lý biết để có biện pháp quản lý hoặc loại trừ khỏi Danh mục hàng hoá xuất xứ khu phi thuế quan.
2.6. Đối với hàng hoá gia công: Thủ tục hải quan đối với hàng hoá mà tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh trong khu phi thuế quan gia công cho thương nhân nước ngoài hoặc thuê tổ chức, cá nhân sản xuất kinh doanh trong nội địa gia công và ngược lại được thực hiện theo quy định hiện hành.
2.7. Hàng hoá tạm xuất - tái nhập; tạm nhập - tái xuất; chuyển khẩu; quá cảnh và vận chuyển: Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh và vận chuyển qua Khu phi thuế quan chỉ được đi qua các cổng có trạm kiểm soát hải quan. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá tạm xuất- tái nhập; tạm nhập- tái xuất; chuyển khẩu; quá cảnh và vận chuyển tại khu phi thuế quan thực hiện theo quy định hiện hành.
2.8. Ngoài các hướng dẫn tại Thông tư này, doanh nghiệp phải thực hiện các nghĩa vụ khác quy định tại Luật Hải quan, Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các văn bản hướng dẫn khác về hải quan.