Mục II. - KÊ KHAI VÀ XÁC ĐỊNH THUẾ TÀI NGUYÊN ĐƯỢC MIỄN. Đối tượng được miễn thuế tài nguyên theo hướng dẫn tại Thông tư này phải thực hiện: 1- Đăng ký, kê khai nộp thuế tài nguyên với cơ quan thuế quản lý thu thuế tài nguyên theo quy định tại Thông tư số 153/1998/TT-BTC ngày 26/11/1998 của Bộ Tài chính; 2- Hạch toán riêng số lượng và giá trị tài nguyên thuộc diện chịu thuế tài nguyên sử dụng xây dựng đường Hồ Chí Minh được miễn theo Quyết định số 18/2000/QĐ-TTg ngày 03 tháng 02 năm 2000 của Thủ tướng Chính phủ. 3- Giá bán tài nguyên và kê khai thuế tài nguyên được miễn xác định như sau:
a) Đối với loại tài nguyên do tổ chức, cá nhân trực tiếp khai thác và sử dụng vào xây dựng công trình: Để có cơ sở xác định tài nguyên khai thác sử dụng xây dựng công trình được miễn thuế tài nguyên, đối tượng khai thác tài nguyên phải gửi tới cơ quan thuế địa phương trực tiếp quản lý thu thuế tài nguyên hợp đồng giao nhận thầu, bản dự toán, thiết kế xây dựng công trình, hạng mục công trình đường Hồ Chí Minh mà đơn vị đảm nhận thi công đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Trường hợp đối tượng khai thác sử dụng tài nguyên không hạch toán giá bán tài nguyên sử dụng vào xây dựng công trình thì không phải kê khai nộp thuế tài nguyên đối với số lượng tài nguyên đã khai thác để sử dụng. Trường hợp đơn vị có hạch toán nội bộ riêng đơn vị khai thác tài nguyên và đơn vị sử dụng tài nguyên thì đơn vị khai thác phải kê khai số lượng và giá trị tài nguyên đã bán được miễn thuế tài nguyên, lập bảng kê khai thuế tài nguyên của tháng trước gửi cho cơ quan thuế đối với số lượng tài nguyên được miễn thuế tài nguyên trong 10 ngày đầu của tháng sau. Khi quyết toán năm phải kê khai quyết toán toàn bộ số thuế tài nguyên được miễn, số thuế tài nguyên phải nộp (nếu có). Cơ quan thuế căn cứ tờ khai thuế tài nguyên khai thác của đơn vị xác định số thuế tài nguyên được miễn hàng tháng, số phải nộp nếu có, thông báo cho đơn vị nộp số phải nộp. Khi hết năm hoặc kết thúc hợp đồng khai thác tài nguyên, đơn vị phải quyết toán thuế với cơ quan quản lý thu thuế trong thời hạn 30 ngày, phải nộp đủ số thuế còn thiếu, được hoàn trả số thuế tài nguyên đã nộp thừa hoặc trừ vào số thuế tài nguyên phải nộp của kỳ tiếp sau theo quy định.
b) Đối với loại tài nguyên đơn vị khai thác để cung cấp trực tiếp cho các đơn vị xây dựng đường Hồ Chí Minh, để được miễn thuế tài nguyên, đơn vị khai thác tài nguyên phải: - Gửi cho cơ quan thuế nơi đăng ký kê khai nộp thuế tài nguyên hợp đồng mua bán tài nguyên ký kết với đơn vị xây dựng đường Hồ Chí Minh (bản sao đóng dấu của đơn vị). - Hàng tháng, đơn vị khai thác tài nguyên phải kê khai thuế tài nguyên gửi cơ quan thuế, trong 10 ngày đầu của tháng sau về số lượng và doanh số tài nguyên đã bán, trong đó chi tiết số tài nguyên đã bán cho các đơn vị xây dựng đường Hồ Chí Minh được miễn thuế tài nguyên (kèm theo bản kê hoá đơn bán hàng cho các đối tượng này). Khi kết thúc năm hoặc kết thúc hợp đồng cung cấp tài nguyên, đơn vị khai thác tài nguyên phải quyết toán thuế với cơ quan quản lý thu thuế trong thời hạn 30 ngày, phải nộp đủ số thuế còn thiếu, được hoàn trả số thuế tài nguyên đã nộp thừa hoặc trừ vào số thuế tài nguyên phải nộp của kỳ tiếp sau theo quy định. Cơ quan thuế quản lý thu thuế tài nguyên căn cứ vào tờ khai thuế tài nguyên hàng tháng của đơn vị xác định số thuế tài nguyên đơn vị được miễn, số thuế tài nguyên phải nộp, thông báo cho đơn vị nộp thuế theo quy định.
c) Giá bán tài nguyên được miễn thuế tài nguyên trong các trường hợp nêu trên đây là giá bán không có thuế tài nguyên. Giá bán không có thuế tài nguyên được xác định tương ứng với giá bán có thuế tài nguyên trừ thuế tài nguyên. Trường hợp đơn vị bán tài nguyên thuộc đối tượng được miễn thuế tài nguyên nhưng đã bán theo giá bán có thuế tài nguyên thì không được miễn thuế tài nguyên đối với số tài nguyên này. Các đối tượng có hành vi gian dối để hưởng miễn thuế tài nguyên sẽ bị xử lý theo quy định của pháp luật.