Việc lập dự toán, chấp hành và quyết toán kinh phí bảo đảm hoạt động của Quỹ thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước và văn bản hướng dẫn thi hành. Thông tư này hướng dẫn thêm một số điểm đặc thù cho phù hợp với hoạt động của Quỹ, cụ thể như sau:
1. Lập dự toán: Hàng năm, căn cứ vào nhiệm vụ và mục tiêu hoạt động trợ giúp pháp lý, căn cứ vào hướng dẫn lập dự toán ngân sách hàng năm của Bộ Tài chính; Quỹ lập dự toán thu chi gửi Cục Trợ giúp pháp lý để tổng hợp chung vào dự toán ngân sách hàng năm của Bộ Tư pháp gửi Bộ Tài chính để tổng hợp trình Thủ tướng Chính phủ, trình Quốc hội phê duyệt thảo quy định hiện hành, trong đó chi tiết kinh phí để thực hiện các hoạt động như sau:
a) Dự toán kinh phí thực hiện hoạt động hỗ trợ của Quỹ cho công tác trợ giúp pháp lý theo quy định tại Quyết định số 84/2008/QĐ-TTg  ngày 30/6/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
b) Dự toán kinh phí thực hiện hoạt động thực hiện chương trình, dự án của Nhà nước ủy thác qua Quỹ, gồm:
- Hoạt động hỗ trợ pháp lý nhằm nâng cao nhận thức, hiểu biết pháp luật cho người nghèo theo quy định tại Quyết định số 52/2010/QĐ-TTg  ngày 18/8/2010 của Thủ tướng Chính phủ.
- Các hoạt động thực hiện các chương trình, dự án khác.
c) Dự toán kinh phí thực hiện hoạt động quản lý Quỹ.
2. Phân bổ dự toán:
a) Trên cơ sở dự toán được giao, Bộ Tư pháp dự kiến phân bổ kinh phí bảo đảm hoạt động của Quỹ gửi Bộ Tài chính để thẩm tra theo quy định. Phân bổ dự toán chi tiết theo các nội dung sau:
- Kinh phí thực hiện hoạt động hỗ trợ theo quy định tại Quyết định số 84/2008/QĐ-TTg  ngày 30/6/2008 của Thủ tướng Chính phủ.
- Kinh phí thực hiện hoạt động thực hiện chương trình, dự án của Nhà nước ủy thác qua Quỹ.
- Kinh phí hoạt động quản lý Quỹ.
b) Sau khi có ý kiến thẩm tra của Bộ Tài chính, Bộ Tư pháp giao dự toán thu, chi cho Quỹ làm căn cứ thực hiện. Trên cơ sở dự toán được cấp có thẩm quyền giao, Quỹ phân bổ kinh phí thực hiện các hoạt động theo từng hoạt động hỗ trợ, các địa phương nhận hỗ trợ (chi tiết theo từng đơn vị nhận hỗ trợ).
Đối với kinh phí thực hiện nhiệm vụ của các đơn vị thuộc Bộ Tư pháp (không phải là đơn vị dự toán): Kinh phí thực hiện nhiệm vụ bố trí trong dự toán của Quỹ, Quỹ thông báo số kinh phí cho các đơn vị biết để phối hợp thực hiện nhiệm vụ.
3. Cấp phát kinh phí:
a) Trường hợp đơn vị tiếp nhận kinh phí là các đơn vị dự toán độc lập: Căn cứ Hợp đồng giữa Quỹ và đơn vị tiếp nhận kinh phí, Quỹ cấp tạm ứng kinh phí theo Hợp đồng đã ký kết (bằng hình thức chuyển khoản) cho đơn vị. Khi thực hiện xong Hợp đồng, đơn vị tiếp nhận kinh phí lập Bảng quyết toán khối lượng công việc đã thực hiện có xác nhận của đơn vị chủ quản gửi Quỹ trước ngày 15/12 hàng năm để nghiệm thu và thanh lý Hợp đồng. Biên bản nghiệm thu, thanh lý Hợp đồng là cơ sở để thực hiện thanh, quyết toán số tiền đã tạm ứng và Quỹ thanh toán tiếp số còn lại cho các đơn vị nhận hỗ trợ.
Trong trường hợp đơn vị tiếp nhận kinh phí chưa hoàn thành khối lượng công việc trong Hợp đồng phải có văn bản giải thích rõ lý do, để Quỹ tổng hợp báo cáo cơ quan có thẩm quyền quyết định thu hồi hoặc chuyển kinh phí sang năm sau thực hiện.
b) Đối với hoạt động hỗ trợ cho các đơn vị không phải là đơn vị dự toán (các đơn vị thuộc Bộ Tư pháp) thực hiện: trên cơ sở dự toán triển khai hoạt động của các đơn vị, Quỹ tạm ứng cho các đơn vị các nội dung được chi bằng tiền mặt, khi thực hiện xong công việc, các đơn vị hoàn tất chứng từ gửi cho Quỹ để thanh toán tạm ứng. Đối với các nội dung chi theo thanh toán chuyển khoản cho nhà cung cấp dịch vụ (như chi phí in ấn tài liệu, thuê hội trường, chi phí đào tạo ...) Quỹ sẽ trực tiếp thanh toán trên cơ sở Hợp đồng, được ký giữa Quỹ và nhà cung cấp dịch vụ.
4. Sử dụng và quyết toán kinh phí:
a) Việc sử dụng và quyết toán kinh phí hỗ trợ từ nguồn Quỹ phải có đầy đủ chứng từ hợp pháp, hợp lệ theo đúng quy định của pháp luật. Chứng từ lưu giữ tại Quỹ làm căn cứ quyết toán kinh phí với ngân sách nhà nước là: hợp đồng, thanh lý hợp đồng, xác nhận của Quỹ về việc hoàn thành các nhiệm vụ; các chứng từ chi cụ thể sẽ lưu giữ tại đơn vị kế toán trực tiếp chi tiêu (các đơn vị nhận kinh phí hỗ trợ). Các đơn vị được cấp kinh phí chịu trách nhiệm về tính chính xác, hợp pháp, hợp lệ về các khoản chi đã thanh, quyết toán với Quỹ.
Đối với các hoạt động do Quỹ và các đơn vị trong Bộ Tư pháp thực hiện: Quỹ có trách nhiệm lưu giữ toàn bộ hồ sơ, chứng từ chi tiêu làm căn cứ quyết toán chi ngân sách nhà nước.
b) Căn cứ dự toán hàng năm được phê duyệt, Giám đốc Quỹ có trách nhiệm hướng dẫn các đơn vị tiếp nhận hỗ trợ thực hiện việc quản lý và sử dụng kinh phí phù hợp với quy định của pháp luật ngân sách nhà nước; tuân thủ các quy định về quản lý tài chính hiện hành; quy định về quản lý tài chính Quỹ cũng như Quy chế về tổ chức và hoạt động của Quỹ;
c) Trường hợp khoản tài trợ là tài sản không phù hợp với điều kiện sử dụng của Quỹ thì Quỹ trình cấp có thẩm quyền cho phép bán theo hình thức đấu giá và thực hiện theo đúng quy chế đấu giá do Nhà nước quy định; số tiền thu được qua đấu giá sau khi trừ chi phí hợp lý phải sử dụng đúng mục đích, tôn chỉ hoạt động của Quỹ.
d) Công tác kế toán, quyết toán:
Quỹ phải tổ chức bộ máy kế toán, bố trí người làm kế toán, người làm kế toán trưởng (phụ trách kế toán) theo quy định hiện hành.
Quỹ phải tổ chức công tác kế toán - thống kê, mở sổ sách theo dõi hoạt động thu, chi của Quỹ và phải bảo đảm đầy đủ chứng từ hóa đơn; hàng năm phải báo cáo quyết toán thu, chi Quỹ theo quy định tại Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC  ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành chế độ kế toán hành chính sự nghiệp.
Quỹ phải lập báo cáo tài chính đối với các khoản tài trợ nước ngoài theo quy định của nhà tài trợ (nếu có).
Quỹ phải xây dựng Quy chế chi tiêu nội bộ theo quy định hiện hành.
Kinh phí của Quỹ cuối năm không sử dụng hết được chuyển năm sau để sử dụng theo đúng mục đích, nội dung sử dụng Quỹ đã quy định. Căn cứ kết quả đối chiếu số dư, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch có trách nhiệm thực hiện chuyển số dư ngân sách năm trước sang năm sau theo quy định hiện hành.
Cục Trợ giúp pháp lý có trách nhiệm phê duyệt quyết toán của Quỹ để gửi Bộ Tư pháp tổng hợp vào quyết toán của Bộ Tư pháp gửi Bộ Tài chính để thẩm định theo quy định hiện hành.
Quỹ chịu sự kiểm tra về các hoạt động tài chính Quỹ của Cục Trợ giúp pháp lý; chịu sự thanh tra, kiểm tra của Bộ Tư pháp, cơ quan tài chính và cơ quan chức năng theo quy định của pháp luật.
5. Đối với những hỗ trợ tài chính từ nguồn tài trợ đã được thỏa thuận, Quỹ có trách nhiệm thực hiện đúng sự ủy quyền hoặc mục tiêu, nội dung, địa chỉ tài trợ đã được thỏa thuận giữa Quỹ với các cơ quan, doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân tài trợ trong nước và nước ngoài phù hợp với mục đích hoạt động của Quỹ và pháp luật Việt Nam. Đối với nguồn kinh phí tài trợ không có thỏa thuận, thực hiện theo Kế hoạch do Giám đốc Quỹ phê duyệt.