Điều 85. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu thực hiện dự án đầu tư miễn thuế
1. Hàng hóa nhập khẩu thực hiện dự án đầu tư miễn thuế bao gồm hàng hoá nhập khẩu tạo tài sản cố định; nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm phục vụ sản xuất của dự án ưu đãi đầu tư.
2. Thủ tục hải quan
a) Địa điểm làm thủ tục hải quan: Thủ tục hải quan nhập khẩu hàng hoá thực hiện tại Chi cục Hải quan thuận tiện thuộc Cục Hải quan nơi đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế hoặc Chi cục Hải quan cửa khẩu nơi quản lý địa điểm lưu giữ hàng hóa, cảng đích ghi trên vận tải đơn, hợp đồng vận chuyển hoặc Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư thuộc Cục Hải quan nơi hàng hóa nhập khẩu. Đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu để phục vụ hoạt động dầu khí thuộc đối tượng miễn thuế theo quy định tại khoản 11 Điều 103 Thông tư này, người khai hải quan lựa chọn Chi cục Hải quan thuận tiện để làm thủ tục hải quan;
b) Thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu thực hiện dự án đầu tư miễn thuế thực hiện như quy định đối với hàng hóa nhập khẩu, ngoài ra, người khai hải quan phải khai các thông tin liên quan của Danh mục hàng hóa được miễn thuế trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu. Hệ thống tự động trừ lùi số lượng hàng hóa nhập khẩu tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục hàng hóa miễn thuế. Trường hợp đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế bằng bản giấy, cơ quan hải quan lập Phiếu theo dõi và thực hiện trừ lùi theo quy định khoản 4 Điều 104 Thông tư này.
3. Thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng hàng hoá nhập khẩu miễn thuế
a) Các hình thức thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng hàng hoá thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý hàng hoá nhập khẩu miễn thuế của dự án có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04 tháng 4 năm 2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương) hướng dẫn hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, gia công, thanh lý hàng nhập khẩu và tiêu thụ sản phẩm của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế để thực hiện dự án có vốn đầu tư trong nước, khi chuyển đổi mục đích sử dụng thì thực hiện việc kê khai, tính thuế trên tờ khai hải quan mới theo hướng dẫn tại Điều 21 Thông tư này;
b) Thủ tục thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng thực hiện tại cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế nhập khẩu hàng hoá miễn thuế hoặc nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu đối với trường hợp không phải đăng ký danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế;
c) Thủ tục thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng: c.1) Doanh nghiệp hoặc Ban thanh lý có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng tên gọi, ký mã hiệu, lượng hàng, số tiền thuế đã được miễn thuế tương ứng với hàng hóa cần thanh lý, thay đổi mục đích sử dụng thuộc tờ khai hàng hóa nhập khẩu số, ngày, tháng, năm gửi cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu hàng hóa miễn thuế; c.2) Trường hợp xuất khẩu thì doanh nghiệp mở tờ khai hàng hóa xuất khẩu theo loại hình tương ứng; c.3) Trường hợp nhượng bán tại thị trường Việt Nam, cho, biếu, tặng, tiêu huỷ thì phải thực hiện việc kê khai, tính thuế trên tờ khai hải quan mới theo hướng dẫn tại Điều 21 Thông tư này. Doanh nghiệp làm thủ tục hải quan theo loại hình nhập khẩu tương ứng; chính sách thuế, chính sách quản lý hàng hóa nhập khẩu áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu, trừ trường hợp tại thời điểm làm thủ tục nhập khẩu miễn thuế doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ chính sách quản lý nhập khẩu. Trường hợp nhượng bán cho doanh nghiệp thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu thì hàng hóa miễn thuế phải được trừ vào Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa miễn thuế đã được cấp của doanh nghiệp được chuyển nhượng; c.4) Khi tiêu huỷ, doanh nghiệp chịu trách nhiệm thực hiện theo quy định của cơ quan quản lý môi trường.