1. Số tiền đã sử dụng của Quỹ được xác định bằng tổng số tiền đã được quyết toán, số tiền đã tạm ứng và có đầy đủ chứng từ nhưng chưa đủ Điều kiện quyết toán để thực hiện các hoạt động của Quỹ theo các nội dung quy định tại Điều 7, Điều 8, Điều 9, Điều 10, Điều 11 của Thông tư này và số tiền đã được Điều chuyển khỏi nguồn vốn của Quỹ quy định tại Khoản 2 Điều 4 của Thông tư này.
2. Mức trích lập và sử dụng Quỹ được tính theo nguyên tắc số tiền trích quỹ trước thì sử dụng trước.
3. Trong thời hạn 05 năm, kể từ khi trích lập, tổng số tiền đã sử dụng và số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế không hết 70% số quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có) thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên số tiền Quỹ còn lại và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ.
Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần quỹ không sử dụng hết là lãi suất trái phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm (hoặc lãi suất tín phiếu kho bạc loại kỳ hạn một năm) áp dụng tại thời Điểm thu hồi và thời gian tính lãi là hai năm.
4. Trong thời gian trích lập, doanh nghiệp sử dụng Quỹ không đúng Mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên Khoản thu nhập đã trích lập Quỹ mà sử dụng không đúng Mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
Thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ.
Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần Quỹ sử dụng không đúng Mục đích là mức tính tiền chậm nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành. Thời gian tính lãi là Khoảng thời gian kể từ ngày xảy ra hành vi vi phạm đến ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước.
5. Doanh nghiệp không được tính trừ vào thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp.
6. Trong thời gian trích lập, doanh nghiệp đang thuộc diện được ưu đãi thuế (được áp dụng thuế suất ưu đãi, được miễn thuế, giảm thuế) thì số tiền thuế thu hồi do Quỹ không được sử dụng, sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng Mục đích được xác định trên số thu nhập đã được áp dụng ưu đãi thuế tại thời Điểm trích lập Quỹ và tính lãi theo quy định.
7. Tùy theo loại hình doanh nghiệp, số tiền trích lập Quỹ khi doanh nghiệp không sử dụng, sử dụng không hết 70% trong thời hạn 05 năm kể từ năm trích lập hoặc sử dụng không đúng Mục đích sẽ được xử lý như sau:
a) Đối với doanh nghiệp nhà nước
- Doanh nghiệp nhà nước trích Quỹ theo quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 4 Thông tư này, nếu Quỹ không được sử dụng, sử dụng không hết 70% số Quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có) thì phải nộp một phần Quỹ chưa sử dụng hoặc sử dụng không hết về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế.
Số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố được xác định tối thiểu bằng 20% số Quỹ đã trích lập không được sử dụng, sử dụng không hết 70% số Quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có).
- Tổng số tiền đã sử dụng và số tiền nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế không hết 70% số Quỹ đã trích lập kể cả nhận Điều chuyển (nếu có) thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên số tiền Quỹ còn lại và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
- Sau khi nộp các Khoản tiền theo quy định nêu trên, số tiền trích lập Quỹ còn lại doanh nghiệp được thực hiện theo quy định.
* Ví dụ 1:
Tổng công ty X (doanh nghiệp Nhà nước), trong báo cáo trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ năm 2021 có số liệu sau:
Năm 2016, Tổng công ty X trích lập quỹ khoa học công nghệ của doanh nghiệp 10% là 20 tỷ đồng. Đến năm 2021, Tổng công ty X mới sử dụng Quỹ cho hoạt động khoa học công nghệ là 10 tỷ đồng (chiếm 50% số Quỹ đã trích lập). Số Quỹ doanh nghiệp sử dụng không hết 70% Quỹ là 10 tỷ đồng (20 tỷ - 10 tỷ) và phải nộp một phần về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoặc Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của các bộ chủ quản, tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế.
+ Giả sử Tổng công ty X nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia 40% số Quỹ chưa sử dụng hết là 4 tỷ đồng (40% x 10 tỷ). Như vậy, tổng số tiền Tổng công ty X đã sử dụng và nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia là: 14 tỷ đồng (10 tỷ + 4 tỷ) chiếm 70% số Quỹ đã trích lập nên số tiền trích lập Quỹ còn lại 6 tỷ đồng (20 tỷ - 14 tỷ) doanh nghiệp không phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp và được sử dụng theo quy định.
+ Giả sử Tổng công ty X nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia 20% số Quỹ chưa sử dụng hết là 2 tỷ đồng (20% x 10 tỷ đồng). Như vậy, tổng số tiền Tổng công ty X đã sử dụng và nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia là: 12 tỷ đồng (10 tỷ + 2 tỷ) chiếm 60% số Quỹ đã trích lập (<70% số Quỹ đã trích lập) nên Tổng công ty X phải nộp phần thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số tiền Quỹ còn lại 8 tỷ đồng (20 tỷ - 12 tỷ) và số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó như sau:
Số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp do sử dụng và nộp về Quỹ khoa học và công nghệ quốc gia không hết 70% Quỹ (thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ năm 2016 là 20%) là:
8 tỷ đồng x 20% = 1,6 tỷ đồng.
Số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp nêu trên là (giả sử lãi suất trái phiếu kho bạc kỳ hạn 1 năm là 12%) là:
1,6 tỷ đồng x 12% x 2 năm = 384 triệu đồng.
- Trường hợp doanh nghiệp Nhà nước sử dụng Quỹ không đúng Mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên Khoản thu nhập đã trích lập quỹ mà sử dụng không đúng Mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
b) Đối với các doanh nghiệp khác
- Các doanh nghiệp khác (không phải là doanh nghiệp nhà nước) được quyền đóng góp vào các quỹ phát triển khoa học và công nghệ của tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký nộp thuế.
- Trường hợp doanh nghiệp không đóng góp vào quỹ phát triển khoa học và công nghệ của tỉnh, thành phố hoặc có đóng góp vào quỹ phát triển khoa học và công nghệ của tỉnh, thành phố nhưng Quỹ không được sử dụng, sử dụng không hết 70% số quỹ (bao gồm cả phần có đóng góp vào quỹ phát triển khoa học và công nghệ của tỉnh, thành phố nếu có) hoặc sử dụng Quỹ không đúng Mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên Khoản thu nhập đã trích lập Quỹ mà không sử dụng, sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng Mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó.
* Ví dụ 2 (đối với trường hợp doanh nghiệp không sử dụng hết Quỹ):
Công ty A, trong báo cáo trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ năm 2021 có số liệu sau:
Năm 2016, Công ty A trích lập Quỹ khoa học công nghệ của doanh nghiệp 10% là 2 tỷ đồng. Đến năm 2021, Công ty A mới sử dụng Quỹ cho hoạt động khoa học công nghệ là 1,2 tỷ đồng (chiếm 60% số Quỹ đã trích lập). Số Quỹ doanh nghiệp sử dụng không hết 70% Quỹ là 0,8 tỷ đồng (2 tỷ đồng - 1,2 tỷ đồng).
+ Giả sử Công ty A nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ tỉnh là 200 triệu đồng (0,2 tỷ). Như vậy, tổng số tiền Công ty A đã sử dụng và nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ tỉnh là: 1,4 tỷ đồng (1,2 tỷ + 0,2 tỷ) chiếm 70% số Quỹ đã trích lập nên số tiền trích lập Quỹ còn lại 0,6 tỷ đồng (2 tỷ - 1,4 tỷ) Công ty không phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.
+ Giả sử Công ty A không nộp về Quỹ phát triển khoa học và công nghệ tỉnh thì Công ty phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với 0,8 tỷ đồng và số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó như sau:
Số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp do sử dụng không hết 70% Quỹ (thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ năm 2016 là 20%) là:
0,8 tỷ đồng x 20% = 160 triệu đồng.
Số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp trên là (giả sử lãi suất trái phiếu kho bạc kỳ hạn 1 năm là 12%):
160 triệu đồng x 12% x 2 năm = 38,4 triệu đồng.
* Ví dụ 3 (đối với trường hợp doanh nghiệp sử dụng Quỹ không đúng Mục đích):
Năm 2016, Công ty B trích lập Quỹ phát triển khoa học công nghệ là 800 triệu đồng. Đến hết năm 2016, Công ty đã sử dụng 300 triệu đồng từ Quỹ. Hàng năm, Công ty đều đã lập Báo cáo trích lập, sử dụng Quỹ. Giả sử, đến ngày 05/5/2017, qua kiểm tra, cơ quan thuế phát hiện ngày 31/12/2016 Công ty sử dụng 50 triệu đồng từ Quỹ không đúng Mục đích và lập biên bản. Đến ngày 10/5/2017, Công ty nộp phạt vào ngân sách nhà nước. Tỷ lệ tính tiền chậm nộp thuế theo quy định hiện hành của Luật quản lý thuế là 0,03%/ngày.
Trường hợp này, xác định số tiền thuế và số tiền lãi bị truy thu như sau:
Số thuế thu nhập doanh nghiệp bị truy thu do sử dụng không đúng Mục đích (thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ năm 2016 là 20%):
50 triệu đồng x 20% = 10 triệu đồng.
Số ngày tính tiền chậm nộp: từ ngày 31/12/2016 đến hết ngày 09/5/2017 là: 131 ngày.
Số tiền lãi phải nộp (theo mức tiền chậm nộp):
10 triệu đồng x 0,03%/ngày x 131 ngày = 393.000 đồng.
* Ví dụ 4 (đối với trường hợp doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian trích lập Quỹ):
Công ty C, trong báo cáo trích lập và sử dụng Quỹ phát triển khoa học và công nghệ năm 2021 có số liệu sau:
Năm 2016, Công ty C trích lập Quỹ khoa học công nghệ của doanh nghiệp 10% là 2 tỷ đồng. Đến năm 2021, Công ty mới sử dụng Quỹ cho hoạt động khoa học công nghệ là 1,2 tỷ đồng (chiếm 60% số Quỹ đã trích lập). Số tiền Quỹ Công ty sử dụng không hết 70% Quỹ là 0,8 tỷ đồng (2 tỷ đồng - 1,2 tỷ đồng).
Giả sử tại thời Điểm trích lập Quỹ năm 2016, mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi áp dụng tại Công ty là 10% và Công ty đang thuộc diện được ưu đãi giảm 50% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp. Do Công ty sử dụng Quỹ không hết 70% và không nộp về Quỹ phát triển khoa học công nghệ tỉnh nên Công ty phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số tiền quỹ đã trích nhưng không sử dụng hết và số lãi phát sinh trên số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đó như sau:
Số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp do sử dụng không hết 70% Quỹ là:
0,8 tỷ đồng x 10% x 50% = 40 triệu đồng.
Số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp trên là (giả sử lãi suất trái phiếu kho bạc kỳ hạn 1 năm là 12%):
40 triệu đồng x 12% x 2 năm = 9,6 triệu đồng.
* Ví dụ 5:
Năm 2016, Công ty D trích lập quỹ khoa học và công nghệ là 2 tỷ đồng và năm 2017 Công ty trích lập tiếp 2,5 tỷ đồng. Trường hợp đến năm 2021 Công ty D đã sử dụng cho nghiên cứu khoa học là 1,8 tỷ đồng bằng 90% số tiền quỹ đã trích Quỹ của năm 2016. Khi đó số dư Quỹ còn lại của năm 2016 là 0,2 tỷ đồng (sau khi đã sử dụng hết 90% số trích lập cho hoạt động khoa học và công nghệ của công ty theo quy định), Công ty được tiếp tục sử dụng cho hoạt động khoa học và công nghệ tại doanh nghiệp trong các năm tiếp và không bị truy thu, không bị tính lãi nhưng vẫn phải theo nguyên tắc trích trước sử dụng trước.
Giả sử trong năm 2022, Công ty không sử dụng quỹ cho nghiên cứu khoa học thì số trích lập không sử dụng bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp và lãi chậm nộp là 2,5 tỷ đồng đã trích trong năm 2017, số trích lập quỹ còn lại chưa chi của năm 2016 là 0,2 tỷ đồng không phải tính truy thu thuế và tiền chậm nộp.
8. Đối với các Tổng công ty, công ty mẹ - công ty con có thực hiện Điều chuyển Quỹ trong hệ thống thì số Quỹ còn lại sau khi Điều chuyển (của doanh nghiệp Điều chuyển) và số Quỹ nhận Điều chuyển (của doanh nghiệp nhận Điều chuyển) có trách nhiệm quản lý và sử dụng Quỹ theo quy định tại Thông tư này.
Trường hợp doanh nghiệp nhận Điều chuyển Quỹ mà không sử dụng, sử dụng không hết 70% số Quỹ (bao gồm cả số tiền nhận Điều chuyển) hoặc sử dụng không đúng Mục đích thì doanh nghiệp nhận Điều chuyển Quỹ phải nộp vào Ngân sách nhà nước thuế thu nhập doanh nghiệp và tiền lãi theo quy định. Trường hợp doanh nghiệp nhận Điều chuyển đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời Điểm trích lập thì số thuế thu nhập doanh nghiệp truy thu được thực hiện như sau:
- Đối với số tiền trích lập quỹ tại doanh nghiệp nhận Điều chuyển thì xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức ưu đãi thuế tại thời Điểm trích lập của doanh nghiệp nhận Điều chuyển.
- Đối với số tiền nhận Điều chuyển từ doanh nghiệp khác về thì xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp phổ thông tại thời Điểm nhận Điều chuyển.
Việc xác định số tiền nhận Điều chuyển chưa sử dụng hoặc sử dụng không đúng Mục đích được phân bổ theo tỷ lệ giữa số tiền nhận Điều chuyển và số Quỹ (bao gồm cả số tiền nhận Điều chuyển).
* Ví dụ 6:
Năm 2016, Tổng công ty E trích Quỹ khoa học công nghệ của doanh nghiệp tổng số là 4 tỷ đồng và nhận Điều chuyển quỹ từ công ty con 1 tỷ đồng. Tổng số quỹ được trích năm 2016 là 5 tỷ đồng. Đến năm 2021, Tổng công ty mới sử dụng Quỹ cho hoạt động khoa học công nghệ là 3 tỷ đồng (chiếm 60% số Quỹ đã trích lập). Số tiền Quỹ Tổng công ty sử dụng không hết 70% Quỹ là 2 tỷ đồng (5 tỷ đồng - 3 tỷ đồng).
Giả sử Tổng công ty E tại thời Điểm năm 2016 đang được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi áp dụng là 10%.
Việc xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số tiền không sử dụng hết 70% được xác định như sau:
+ Số thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần quỹ trích lập tại doanh nghiệp nhận Điều chuyển chưa sử dụng là:
2 tỷ x 4/5 x 10% = 160 triệu đồng
+ Số thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần quỹ doanh nghiệp nhận Điều chuyển chưa sử dụng là:
2 tỷ x 1/5 x 20% = 80 triệu đồng
Tổng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp do sử dụng không hết 70% Quỹ là:
160 triệu đồng + 80 triệu đồng = 240 triệu đồng
Số tiền lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp trên là (giả sử lãi suất trái phiếu kho bạc kỳ hạn 1 năm là 12%):
240 triệu đồng x 12% x 2 năm = 57,6 triệu đồng.