1. Trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn:
a) Dự án luật, dự thảo nghị quyết của Quốc hội; dự án pháp lệnh, dự thảo nghị quyết của Ủy ban thường vụ Quốc hội; dự thảo nghị định, nghị quyết của Chính phủ; dự thảo quyết định, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ; cơ chế, chính sách và các văn bản khác thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục;
b) Chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển dài hạn, trung hạn, hàng năm, các chương trình, dự án, đề án và công trình quan trọng quốc gia thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục;
c) Tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, quy phạm kỹ thuật và định mức kinh tế - kỹ thuật chuyên ngành, tiến bộ kỹ thuật thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục.
2. Hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục.
3. Tổ chức tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục.
4. Hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, dự án, đề án thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục.
5. Về bảo tồn và phát triển nguồn lợi thủy sản:
a) Trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn:
Công bố danh mục các loài thủy sản đã được ghi trong sách đỏ Việt Nam và các loài thủy sản cần được bảo vệ, tái tạo, phát triển; các loài thủy sản bị cấm khai thác, cấm khai thác có thời hạn; quy định thời gian và khu vực cấm khai thác, khu vực cấm khai thác có thời hạn, phương pháp khai thác, loại nghề khai thác, ngư cụ bị cấm sử dụng, chủng loại, kích cỡ tối thiểu các loài thủy sản được phép khai thác, mùa vụ khai thác;
Tiêu chí phân loại và công bố các khu bảo tồn vùng nước nội địa, khu bảo tồn biển; quy hoạch và phân cấp quản lý các khu bảo tồn vùng nước nội địa, khu bảo tồn biển; quy chế quản lý khu bảo tồn vùng nước nội địa, khu bảo tồn biển có liên quan tới nguồn lợi thủy sản theo quy định của pháp luật;
b) Chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các quy định về bảo vệ môi trường sống của các loài thủy sản; bảo tồn, tái tạo và phát triển nguồn lợi thủy sản; biện pháp bảo vệ môi trường các hệ sinh thái thủy sản; bảo tồn quỹ gen, đa dạng sinh học thủy sản;
c) Tổ chức điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản ở từng vùng biển, ngư trường, các thủy vực, sông, hồ lớn; dự báo và công bố ngư trường, vùng khai thác thủy sản; xác định trữ lượng, sản lượng khai thác hàng năm ở từng vùng biển, ngư trường;
d) Quản lý các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm; hoạt động xuất, nhập khẩu, tạm nhập tái xuất, nhập nội từ biển, quá cảnh, nuôi sinh sản, sinh trưởng và trong cấy nhân tạo các loài thủy sinh vật nguy cấp, quý, hiếm.
6. Về khai thác thủy sản:
a) Trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về phân vùng khai thác thủy sản; phân công, phân cấp quản lý khai thác thủy sản; quy chế quản lý khai thác thủy sản; trình tự, thủ tục cấp, thu hồi giấy phép khai thác thủy sản; điều kiện hoạt động khai thác thủy sản của tàu cá nước ngoài trong vùng biển Việt Nam và tàu cá Việt Nam hoạt động khai thác thủy sản trong và ngoài vùng biển Việt Nam;
b) Hướng dẫn tổ chức sản xuất, chuyển đổi cơ cấu nghề nghiệp trong hoạt động khai thác thủy sản;
c) Hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các quy định về quy hoạch khai thác thủy sản, cảng cá, bến cá, khu neo đậu tránh trú bão tàu cá.
7. Về đăng ký, đăng kiểm tàu cá:
a) Trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về đăng ký, đăng kiểm tàu cá; cơ sở đủ điều kiện đăng kiểm tàu cá; điều kiện đảm bảo an toàn cho người và tàu cá hoạt động thủy sản;
b) Hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các quy định về đăng ký, đăng kiểm tàu cá; quản lý thuyền viên tàu cá; kiểm tra, đánh giá và công nhận cơ sở đủ điều kiện đăng kiểm tàu cá;
c) Tổ chức thực hiện việc đăng kiểm tàu cá thuộc thẩm quyền quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
8. Về đóng mới, cải hoán tàu cá:
a) Trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về yêu cầu kỹ thuật đối với thiết kế mẫu tàu cá; định mức kinh tế - kỹ thuật duy tu sửa chữa định kỳ đối với tàu cá; cơ sở đủ điều kiện đóng mới, nâng cấp, cải hoán tàu cá;
b) Hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các quy định về đóng mới, cải hoán, duy tu, sửa chữa định kỳ tàu cá.
9. Về nuôi trồng thủy sản:
a) Trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy hoạch vùng nuôi trồng thủy sản tập trung; danh mục giống thủy sản; danh mục hóa chất cấm sử dụng trong nuôi trồng thủy sản, được sử dụng trong nuôi trồng thủy sản; công nhận giống, thức ăn thủy sản theo quy định;
b) Hướng dẫn, kiểm tra chất lượng, cấp phép xuất, nhập khẩu giống thủy sản; thức ăn, nguyên liệu làm thức ăn nuôi trồng thủy sản; chế phẩm sinh học, vi sinh vật, chất xử lý cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy sản;
c) Chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện quy định về quy hoạch, mùa vụ nuôi trồng thủy sản; giống thủy sản; thức ăn, nguyên liệu làm thức ăn nuôi trồng thủy sản; hóa chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật, chất xử lý cải tạo môi trường trong nuôi trồng thủy sản theo quy định pháp luật;
d) Hướng dẫn tổ chức sản xuất trong nuôi trồng thủy sản;
đ) Đánh giá và chỉ định tổ chức chứng nhận về nuôi trồng thủy sản; tổ chức, kiểm tra, đánh giá, chỉ định và thu hồi chỉ định phòng thử nghiệm trong nuôi trồng thủy sản theo quy định;
e) Hướng dẫn, kiểm tra các hoạt động quan trắc, cảnh báo, giám sát, xử lý môi trường trong nuôi trồng thủy sản; hoạt động khảo nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định trong nuôi trồng thủy sản; phòng, tránh thiên tai trong nuôi trồng thủy sản.
10. Về kiểm ngư:
a) Thực hiện quản lý nhà nước về kiểm ngư theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn;
b) Tổ chức thực hiện tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, điều tra, phát hiện và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật về thủy sản;
c) Tổ chức thực hiện công tác phòng, chống thiên tai và phối hợp tìm kiếm, cứu hộ, cứu nạn, trực đường dây nóng những vấn đề đột xuất, phát sinh nghề cá trên biển; ngăn chặn, giảm thiểu tình trạng tàu cá và ngư dân bị nước ngoài bắt giữ, xử lý theo phân công của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn;
d) Tham gia bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền, quyền tài phán của quốc gia trên các vùng biển theo quy định của pháp luật;
đ) Hướng dẫn thông tin liên lạc, phòng, tránh thiên tai, tìm kiếm, cứu hộ, cứu nạn tàu cá trên biển.
11. Thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về chất lượng sản phẩm hàng hóa và chất lượng vật tư đầu vào phục vụ hoạt động nuôi trồng, khai thác thủy sản theo quy định của pháp luật.
12. Thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm trong hoạt động nuôi trồng, khai thác thủy sản theo quy định của pháp luật và phân công của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
13. Thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về chế biến, phát triển thị trường thủy sản theo quy định của pháp luật và phân công của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
14. Quản lý dự án quy hoạch, điều tra cơ bản về thủy sản theo phân công, phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
15. Tổ chức công tác thống kê; xây dựng, quản lý cơ sở dữ liệu và hệ thống thông tin chuyên ngành thủy sản theo quy định của pháp luật.
16. Quản lý hoạt động nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ và khuyến ngư theo phân công, phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
17. Thực hiện hợp tác quốc tế theo phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
18. Thực hiện cải cách hành chính theo chương trình cải cách hành chính của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
19. Quản lý tổ chức bộ máy, biên chế công chức, vị trí việc làm, số lượng viên chức và người lao động; thực hiện chế độ tiền lương và các chính sách, chế độ đãi ngộ, thi đua, khen thưởng, kỷ luật; tham gia đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ đối với công chức, viên chức thuộc quyền quản lý của Tổng cục theo phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
20. Hướng dẫn và kiểm tra đối với hoạt động của các hội và tổ chức phi chính phủ theo phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
21. Thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật; tiếp công dân; giải quyết khiếu nại, tố cáo; phòng, chống tham nhũng và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật; thực hành tiết kiệm, chống lãng phí theo thẩm quyền.
22. Quản lý tài chính, tài sản và các nguồn lực khác được giao theo quy định của pháp luật.
23. Quản lý đầu tư xây dựng theo phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và quy định của pháp luật.
24. Quản lý Quỹ Tái tạo nguồn lợi thủy sản Việt Nam và các nguồn tài chính của quốc tế hỗ trợ cho ngành thủy sản theo quy định.
25. Thực hiện nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn giao.