Điều 129. Thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ xét hoàn thuế, không thu thuế
1. Việc nộp, tiếp nhận hồ sơ xét hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế.
2. Thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế (áp dụng đối với cả các trường hợp có mức thuế suất thuế nhập khẩu, xuất khẩu là 0%):
a) Người nộp thuế tự quyết định thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp đã nộp đủ các loại thuế theo quy định;
b) Thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế: b.1) Đối với hồ sơ không thu thuế nhập khẩu: b.1.1) Đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu: chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm tài chính, người nộp thuế nộp hồ sơ không thu thuế nhập khẩu tương ứng với các tờ khai hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong năm tài chính cho cơ quan hải quan. Người nộp thuế tự quyết định việc nộp hồ sơ không thu thuế nhập khẩu một lần cùng với báo cáo quyết toán theo quy định tại Điều 60 Thông tư này hoặc nhiều lần trong thời hạn quy định trên; b.1.2) Đối với các trường hợp khác: Thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế nhập khẩu chậm nhất sau 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hoá xuất khẩu cuối cùng. b.2) Đối với hồ sơ không thu thuế xuất khẩu: Thời hạn nộp hồ sơ không thu thuế xuất khẩu chậm nhất sau 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hàng hoá nhập khẩu cuối cùng.
c) Trường hợp tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ không thu thuế quá thời hạn nêu trên thì bị xử lý vi phạm hành chính theo quy định hiện hành. Việc thu nộp thuế, tiền chậm nộp và cưỡng chế thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế;
d) Xử lý thuế trong trường hợp không xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế: d.1) Người nộp thuế chưa phải kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng của số lượng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu còn tồn kho, chưa đưa vào sản xuất hoặc đã sản xuất sản phẩm nhưng chưa xuất khẩu sản phẩm trên cơ sở kết quả kiểm tra theo quy định tại Điều 59 Thông tư này. Trường hợp đã nộp thuế giá trị gia tăng trước ngày Thông tư này có hiệu lực thì khi thực tế xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, người nộp thuế được hoàn lại tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng (nếu có) theo hướng dẫn tại Điều 49 Thông tư này; d.2) Đối với hàng hóa tạm nhập tái xuất: Người nộp thuế phải kê khai nộp đủ các loại thuế theo quy định và tiền chậm nộp (nếu có) kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế. Trường hợp hàng hóa thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa thì thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định tại Điều 21 Thông tư này.
đ) Hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất hàng hóa xuất khẩu; hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất, đã nộp hồ sơ không thu thuế được áp dụng thời hạn nộp thuế và chưa bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế quy định tại pháp luật về quản lý thuế nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau: đ.1) Đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất xuất khẩu: đ.1.1) Toàn bộ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đã được đưa vào sản xuất hàng xuất khẩu, sản phẩm đã thực xuất khẩu trong thời hạn 275 ngày hoặc dài hơn 275 ngày (đối với trường hợp được gia hạn thời hạn nộp thuế) và đã nộp đủ thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư dôi dư (nếu có) trong thời hạn 275 ngày hoặc dài hơn 275 ngày (đối với trường hợp được gia hạn thời hạn nộp thuế); đ.1.2) Người nộp thuế chỉ còn nợ tiền thuế của số nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất hàng xuất khẩu chờ Quyết định không thu thuế của cơ quan hải quan. đ.2) Đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập - tái xuất: đ.2.1) Đã tái xuất hết hoặc đã tái xuất một phần và đã nộp đủ thuế đối với lượng hàng hóa chưa tái xuất trong thời hạn nộp thuế theo quy định; đ.2.2) Người nộp thuế chỉ còn nợ tiền thuế của hàng hóa đã tái xuất chờ Quyết định không thu thuế của cơ quan hải quan. đ.3) Người nộp thuế đã nộp đủ hồ sơ chờ Quyết định không thu thuế của cơ quan hải quan đúng thời hạn qui định tại điểm b khoản 2 Điều này cho cơ quan hải quan.
3. Chi cục Hải quan làm thủ tục không thu thuế thực hiện việc tiếp nhận hồ sơ không thu thuế, xử lý hồ sơ không thu thuế và xử phạt vi phạm theo quy định của pháp luật (nếu có).
4. Hồ sơ xét hoàn thuế, không thu thuế được phân loại thành hai loại: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau.
5. Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế, không thu thuế trước kiểm tra sau là hồ sơ của người nộp thuế đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:
a) Người nộp thuế có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu tối thiểu 365 ngày tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu. Trong thời gian 365 ngày trở về trước, kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu được cơ quan hải quan xác định là: a.1) Không có trong danh sách đã bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới của cơ quan hải quan; a.2) Không có trong danh sách đã bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của cơ quan hải quan; a.3) Không quá hai lần bị xử lý về các hành vi vi phạm khác về hải quan (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu) với mức phạt tiền vượt thẩm quyền của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan theo quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính;
b) Không có trong danh sách còn nợ tiền thuế quá hạn, tiền chậm nộp, tiền phạt tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan;
c) Thực hiện thanh toán qua ngân hàng (nêu rõ tên ngân hàng, số tài khoản giao dịch trong công văn đề nghị hoàn thuế).
d) Không thuộc các trường hợp sau: d.1) Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định của pháp luật về quản lý thuế; d.2) Hàng hóa nhập khẩu là hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt; d.3) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc các trường hợp hoàn thuế quy định tại khoản 4, 5, 6, 7, 8, 9 Điều 114 Thông tư này; d.4) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu trong trường hợp người nhập khẩu không phải là người xuất khẩu; d.5) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp mới được thành lập trong vòng 24 tháng tính từ ngày nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế trở về trước; d.6) Trường hợp có hồ sơ đề nghị hoàn tiền chậm nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định tại điểm d.1 khoản 2 Điều này.
6. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc các trường hợp hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau quy định tại khoản 5 Điều này. Việc kiểm tra thực hiện tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại Điều 130 Thông tư này. Trường hợp qua kiểm tra xác định thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế chậm nhất trong thời hạn 40 ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.
7. Khi giải quyết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế thuộc diện hoàn thuế, không thu thuế trước kiểm tra sau, cơ quan hải quan:
a) Chưa kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế;
b) Thực hiện kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp pháp của hồ sơ, số tiền thuế đề nghị hoàn và số thuế của tờ khai tương ứng trên hệ thống kế toán thuế của cơ quan hải quan, kiểm tra hồ sơ hải quan, thông tin về hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Thông tư này và xử lý như sau: b.1) Trường hợp thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì ban hành quyết định hoàn thuế theo kê khai của người nộp thuế (theo mẫu số 11/QĐHT/TXNK phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này) hoặc quyết định không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế (theo mẫu số 12/QĐKTT/TXNK phụ lục VI ban hành kèm theo Thông tư này) trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế; b.2) Trường hợp xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế; căn cứ văn bản pháp luật quy định, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không hoàn thuế, không thu thuế trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế; b.3) Trường hợp có cơ sở xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác hoặc chưa đủ căn cứ để hoàn thuế thì thông báo cho người nộp thuế biết về việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước; hoàn thuế, không thu thuế sau trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế; b.4) Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế, cơ quan hải quan thực hiện xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo Điều 132 Thông tư này. Khi kiểm tra sau hoàn thuế, không thu thuế, nếu xác định không đủ điều kiện hoàn thuế hoặc không thu thuế thì cơ quan hải quan thu hồi lại quyết định hoàn thuế, không thu thuế và thực hiện ấn định thuế, xử lý theo quy định. Trường hợp qua kiểm tra hồ sơ xác định hàng hóa tạm nhập nhưng không tái xuất hoặc nguyên liệu, vật tư nhập khẩu không đưa vào sản xuất thì thực hiện theo quy định tại Điều 21 Thông tư này.
8. Thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế, không thu thuế đối với hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro theo quy định tại mục 1 Chương II Thông tư này trong thời hạn 10 năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế, không thu thuế. Việc kiểm tra sau hoàn thuế thực hiện tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại Điều 130 Thông tư này.
9. Khi xử lý hoàn thuế, ngoài quy định tại khoản 4, 5, 6, 7, 8 Điều này, cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, đối chiếu với thông tin trên Hệ thống của cơ quan hải quan về thuế và hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Thông tư này.
10. Quá thời hạn nêu trên, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế, không thu thuế do lỗi của cơ quan hải quan thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan hải quan còn phải trả tiền lãi tính từ ngày cơ quan hải quan phải ra quyết định hoàn thuế đến ngày cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế.
11. Hàng hoá thuộc đối tượng hoàn thuế theo hướng dẫn tại Điều 114 Thông tư này hoặc thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu hàng hóa phục vụ hợp đồng gia công, nếu khi làm thủ tục hoàn thuế (không thu thuế) không nộp được bản chính tờ khai hải quan tổ chức, cá nhân lưu (trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy) và có văn bản đề nghị với cơ quan nơi làm thủ tục hải quan được sao và được sử dụng tờ khai sao y bản chính từ bản chính tờ khai cơ quan hải quan lưu để làm cơ sở hoàn thuế, không thu thuế. Thủ tục sao tờ khai thực hiện như sau:
a) Đối với trường hợp hàng nhập khẩu, xuất khẩu tại cùng một Chi cục Hải quan (trừ trường hợp thuộc đối tượng được hoàn thuế tại khoản 5, khoản 7, khoản 8 Điều 114 Thông tư này thực hiện theo hướng dẫn tại điểm b khoản này): a.1) Tổ chức, cá nhân có văn bản khai báo bị mất tờ khai, đề nghị được sao y và được sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai bản lưu của cơ quan hải quan kèm chứng từ chứng minh việc mất tờ khai để hoàn thuế; a.2) Căn cứ văn bản đề nghị của tổ chức, cá nhân, Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục hải quan thực hiện như sau: a.2.1) Trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của tổ chức, cá nhân, cơ quan hải quan: a.2.1.1) Kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai; a.2.1.2) Trường hợp có đủ cơ sở xác định việc khai báo là phù hợp thì sao y bản chính 01 bản từ bản chính tờ khai cơ quan hải quan lưu. Mỗi tờ khai chỉ được sao y bản chính 01 lần và 01 bản, đồng thời phải ghi chú lên tờ khai bản lưu tại cơ quan hải quan (bản chính) để tránh sao y bản chính nhiều lần. Nội dung ghi trên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày…tháng…năm”; a.2.1.3) Có văn bản thông báo gửi Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trên toàn quốc về việc tổ chức, cá nhân khai báo mất tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và xin sao tờ khai hải quan để làm cơ sở hoàn thuế, không thu thuế; tờ khai gốc bản lưu tổ chức, cá nhân không còn giá trị sử dụng để hoàn thuế không thu thuế) nhập khẩu, xuất khẩu trên toàn quốc và dừng ngay việc thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai gốc (bản lưu người khai hải quan) tổ chức, cá nhân khai báo bị mất; a.2.2) Căn cứ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế; tờ khai hải quan sao y từ bản chính của tờ khai hải quan do cơ quan hải quan lưu, cơ quan hải quan nơi hoàn thuế thực hiện đối chiếu dữ liệu trên hệ thống kế toán của cơ quan hải quan, các nguồn thông tin khác (nếu có), kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo hướng dẫn tại Điều này và thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho tổ chức, cá nhân nếu qua kết quả kiểm tra có cơ sở xác định hàng hóa đã thực xuất khẩu và hàng hóa thuộc tờ khai tổ chức, cá nhân đề nghị sao y bản chính chưa được giải quyết hoàn thuế, không thu thuế; a.2.3) Xử lý vi phạm đối với trường hợp tổ chức, cá nhân có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.
b) Đối với trường hợp khác: b.1) Tổ chức, cá nhân có văn bản khai báo bị mất tờ khai, đề nghị được sao y và được sử dụng tờ khai sao y bản chính tờ khai bản lưu của cơ quan hải quan kèm chứng từ chứng minh việc mất tờ khai để hoàn thuế; b.2) Căn cứ văn bản đề nghị của tổ chức, cá nhân, cơ quan hải quan thực hiện: b.2.1) Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai tổ chức, cá nhân khai báo bị mất có văn bản đề nghị các Cục Hải quan có văn bản xác nhận chưa giải quyết hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai tổ chức, cá nhân khai báo bị mất và đề nghị không thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai bản gốc tổ chức, cá nhân khai báo bị mất. Các Cục Hải quan, trong thời gian 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản của tổ chức, cá nhân có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu hệ thống kế toán thuế của cơ quan hải quan và các nguồn thông tin khác (nếu có), nếu kết quả kiểm tra xác định người nộp thuế chưa hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai người nộp thuế khai báo bị mất thì có văn bản xác nhận/trả lời cơ quan hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai tổ chức, cá nhân khai báo bị mất về việc tờ khai đó chưa hoàn thuế, không thu thuế và chịu trách nhiệm về nội dung xác nhận của mình, đồng thời không xử lý hoàn thuế, không thu thuế cho các tờ khai người nộp thuế khai báo bị mất; b.2.2) Sau khi nhận được đầy đủ các văn bản xác nhận của các Cục Hải quan nêu rõ chưa hoàn thuế, không thu thuế cho tờ khai bị mất, cơ quan hải quan thực hiện : b.2.2.1) Kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai; b.2.2.2) Trường hợp có đủ cơ sở xác định việc khai báo là phù hợp thì sao y bản chính 01 bản từ bản chính tờ khai cơ quan hải quan lưu. Mỗi tờ khai chỉ được sao y bản chính 01 lần và 01 bản, đồng thời phải ghi chú lên tờ khai bản lưu tại cơ quan hải quan (bản chính) để tránh sao y bản chính nhiều lần. Nội dung ghi trên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày…tháng…năm”; b.2.2.3) Có văn bản thông báo gửi Cục hải quan các tỉnh, thành phố trên toàn quốc về việc tổ chức, cá nhân khai báo mất tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và xin sao tờ khai hải quan để làm cơ sở hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu, xuất khẩu trên toàn quốc. b.2.3) Căn cứ văn bản đề nghị được sử dụng tờ khai sao y trong hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của tổ chức, cá nhân, cơ quan hải quan nơi hoàn thuế, không thu thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, tờ khai sao y bản chính cơ quan hải quan lưu, thực hiện đối chiếu dữ liệu trên hệ thống kế toán thuế và các nguồn thông tin khác (nếu có); kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo hướng dẫn Điều này và thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho tổ chức, cá nhân nếu qua kết quả kiểm tra có cơ sở xác định hàng hóa đã thực xuất khẩu và hàng hoá thuộc tờ khai tổ chức, cá nhân đề nghị sao y bản chính chưa được giải quyết hoàn thuế, không thu thuế; b.2.4) Xử lý vi phạm đối với trường hợp tổ chức, cá nhân có hành vi gian lận hoặc có vi phạm.
12. Cơ quan hải quan ra quyết định không thu thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tái nhập là hàng đã xuất khẩu trước đây, không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất khẩu sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan là hàng đã nhập khẩu trước đây, nếu tại thời điểm làm thủ tục tái nhập, tái xuất người khai hải quan nộp đủ hồ sơ không thu thuế theo hướng dẫn tại Điều 121 hoặc Điều 122 Thông tư này (trường hợp không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất khẩu sang nước thứ ba hoặc xuất khẩu vào khu phi thuế quan, cơ quan hải quan không yêu cầu người nộp thuế phải có chứng từ, thông tin về hàng hóa đã xuất khẩu theo quy định tại Điều 53 Thông tư này) và cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định hàng hóa nhập khẩu là hàng đã xuất khẩu trước đây, hàng hóa xuất khẩu là hàng đã nhập khẩu trước đây. Cơ quan hải quan có trách nhiệm giải quyết không thu thuế trong thời hạn làm thủ tục hải quan theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan.
13. Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan quyết định việc hoàn thuế, không thu thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Thông tư này.