1. Các trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, sử dụng hóa đơn không có mã của cơ quan thuế thực hiện theo quy định tại các khoản 1, 2, 3, 4 và khoản 6 Điều 12 của Nghị định số 119/2018/NĐ-CP.
Đối với trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế theo khoản 2 Điều 12 của Nghị định số 119/2018/NĐ-CP thì các lĩnh vực điện lực; xăng dầu; bưu chính viễn thông; vận tải hàng không, đường bộ, đường sắt, đường biển, đường thủy; nước sạch; tài chính tín dụng; bảo hiểm; y tế; kinh doanh thương mại điện tử; kinh doanh siêu thị; thương mại được xác định theo ngành kinh tế cấp 4 theo Danh mục hệ thống ngành kinh tế quốc dân ban hành kèm theo Quyết định số 27/2018/QĐ-TTg ngày 7/6/2018 của Thủ tướng Chính phủ, trong đó đối với hoạt động kinh doanh thương mại điện tử được xác định theo mã ngành bán lẻ theo yêu cầu đặt hàng qua internet; kinh doanh siêu thị được xác định theo mã ngành bán lẻ trong siêu thị, trong cửa hàng tiện lợi; kinh doanh thương mại được xác định theo các mã ngành bán buôn, bán lẻ các mặt hàng.
2. Các trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế được khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế gồm:
a) Doanh nghiệp, tổ chức nêu tại khoản 1 Điều này đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử kết nối từ máy tính tiền.
b) Hộ, cá nhân kinh doanh quy định tại khoản 5 Điều 12 của Nghị định số 119/2018/NĐ-CP.
3. Việc áp dụng hóa đơn điện tử đối với các trường hợp rủi ro cao về thuế được thực hiện như sau:
a) Người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế quy định tại điểm b khoản này thì sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ.
b) Doanh nghiệp thuộc loại rủi ro cao về thuế là doanh nghiệp có vốn chủ sở hữu dưới 15 tỷ đồng và có một trong các dấu hiệu sau:
b.1) Không có quyền sở hữu, quyền sử dụng hợp pháp các cơ sở vật chất sau: nhà máy; xưởng sản xuất; kho hàng; phương tiện vận tải; cửa hàng và các cơ sở vật chất khác.
b.2) Doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực khai thác đất, đá, cát, sỏi.
b.3) Doanh nghiệp có giao dịch qua ngân hàng đáng ngờ theo quy định của pháp luật về phòng, chống rửa tiền.
b.4) Doanh nghiệp có doanh thu từ việc bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho các doanh nghiệp khác mà chủ các doanh nghiệp này có mối quan hệ cha mẹ, vợ chồng, anh chị em ruột hoặc quan hệ liên kết sở hữu chéo chiếm tỷ trọng trên 50% trên tổng doanh thu kinh doanh trên Tờ khai quyết toán thuế TNDN của năm quyết toán.
b.5) Doanh nghiệp không thực hiện kê khai thuế theo quy định: Không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế hoặc kể từ ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh theo giấy phép đăng ký kinh doanh; nghỉ kinh doanh quá thời hạn đã thông báo tạm nghỉ kinh doanh với cơ quan thuế và cơ quan thuế kiểm tra xác nhận doanh nghiệp có sản xuất kinh doanh nhưng không kê khai thuế; không còn hoạt động kinh doanh tại địa chỉ đã đăng ký kinh doanh và không khai báo với cơ quan thuế hoặc cơ quan thuế kiểm tra không xác định được nơi đăng ký thường trú, tạm trú của người đại diện theo pháp luật, chủ doanh nghiệp.
b.6) Doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử có sự thay đổi địa chỉ kinh doanh từ 2 lần trở lên trong vòng 12 tháng mà không khai báo theo quy định hoặc không kê khai, nộp thuế ở nơi đăng ký mới theo quy định.
b.7) Doanh nghiệp đang mua hóa đơn của cơ quan thuế (thực hiện Quyết định “về việc doanh nghiệp có rủi ro cao chuyển sang sử dụng hóa đơn của cơ quan thuế”) được cơ quan thuế Thông báo chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.
b.8) Trong thời gian 01 năm tính đến thời điểm đánh giá:
- Doanh nghiệp bị cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn liên quan đến hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, sử dụng bất hợp pháp hóa đơn dẫn đến trốn thuế, gian lận thuế, nộp chậm tiền thuế, khai thiếu nghĩa vụ thuế và bị xử phạt từ 20 triệu đồng trở lên;
- Doanh nghiệp bị cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn 02 lần/năm với tổng số tiền phạt 8 triệu đồng trở lên;
- Doanh nghiệp bị cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn từ 03 lần/năm.
c) Tổng cục Thuế có trách nhiệm xây dựng tiêu chí rủi ro trình cấp có thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền; xây dựng quy trình nghiệp vụ và hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin áp dụng thống nhất trong toàn quốc nhằm đánh giá xác định các trường hợp có dấu hiệu rủi ro trong việc phát hành và sử dụng hóa đơn.
d) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Cục thuế, Chi cục thuế) có trách nhiệm thông báo cho doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuộc loại rủi ro cao về thuế (thông báo theo Mẫu số 07 Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 119/2018/NĐ-CP) chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.
đ) Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế có sử dụng hóa đơn điện tử thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế thực hiện áp dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế trong 12 tháng hoạt động liên tục. Sau thời gian 12 tháng, doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuộc trường hợp rủi ro nếu được cơ quan thuế qua rà soát xác định không rủi ro, đáp ứng được điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử không mã, và có đề nghị sử dụng hóa đơn điện tử không có mã thì thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế theo quy định tại Điều 20 Nghị định số 119/2018/NĐ-CP.
4. Hướng dẫn việc cấp và khai xác định nghĩa vụ thuế khi cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh.
a) Loại hóa đơn cấp theo từng lần phát sinh
a.1) Cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh là hóa đơn bán hàng trong các trường hợp:
- Hộ, cá nhân kinh doanh theo quy định tại Khoản 6 Điều 12 Nghị định số 119/2018/NĐ-CP;
- Tổ chức không kinh doanh nhưng có phát sinh giao dịch bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ;
- Doanh nghiệp sau khi đã giải thể, phá sản, đã chấm dứt hiệu lực mã số thuế có phát sinh thanh lý tài sản cần có hóa đơn để giao cho người mua;
- Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, hộ, cá nhân kinh doanh thuộc diện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp thuộc các trường hợp sau:
+ Ngừng hoạt động kinh doanh nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế có phát sinh thanh lý tài sản cần có hóa đơn để giao cho người mua;
+ Tạm ngừng hoạt động kinh doanh cần có hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày cơ quan thuế thông báo tạm ngừng kinh doanh;
+ Bị cơ quan thuế cưỡng chế bằng biện pháp thông báo không được sử dụng hóa đơn điện tử.
a.2) Cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh là hóa đơn giá trị gia tăng trong các trường hợp:
- Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác thuộc diện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuộc các trường hợp sau:
+ Ngừng hoạt động kinh doanh nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế có phát sinh thanh lý tài sản cần có hóa đơn để giao cho người mua;
+ Tạm ngừng hoạt động kinh doanh cần có hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày cơ quan thuế thông báo tạm ngừng kinh doanh;
+ Bị cơ quan thuế cưỡng chế bằng biện pháp thông báo không được sử dụng hóa đơn hóa đơn điện tử;
- Tổ chức, cơ quan nhà nước không thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có bán đấu giá tài sản, trường hợp giá trúng đấu giá là giá bán đã có thuế giá trị gia tăng được công bố rõ trong hồ sơ bán đấu giá do cơ quan có thẩm quyền phê duyệt thì được cấp hóa đơn giá trị gia tăng để giao cho người mua.
b) Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh thuộc trường hợp được cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh gửi đơn đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo Mẫu số 06 Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 119/2018/NĐ-CP  đến cơ quan thuế và truy cập vào hệ thống lập hóa đơn điện tử của cơ quan thuế để lập hóa đơn điện tử.
Sau khi doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân đã khai, nộp thuế đầy đủ theo quy định của pháp luật thuế giá trị gia tăng, thu nhập cá nhân, thu nhập doanh nghiệp và các loại thuế, phí khác (nếu có), cơ quan thuế cấp mã của cơ quan thuế trên hóa đơn điện tử do doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân lập.
Doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của các thông tin trên hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh được cơ quan thuế cấp mã.
c) Xác định cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh.
c.1) Đối với tổ chức, doanh nghiệp: Cơ quan thuế quản lý địa bàn nơi tổ chức, doanh nghiệp đăng ký mã số thuế hoặc nơi tổ chức đóng trụ sở hoặc nơi được ghi trong quyết định thành lập hoặc nơi phát sinh việc bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.
c.2) Đối với hộ, cá nhân kinh doanh:
- Đối với hộ, cá nhân kinh doanh có địa điểm kinh doanh cố định: Hộ, cá nhân kinh doanh nộp hồ sơ đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh tại Chi cục Thuế quản lý nơi hộ, cá nhân kinh doanh tiến hành hoạt động kinh doanh.
- Đối với hộ, cá nhân kinh doanh không có địa điểm kinh doanh cố định: Hộ, cá nhân kinh doanh nộp hồ sơ đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh tại Chi cục Thuế nơi cá nhân cư trú hoặc nơi hộ, cá nhân đăng ký kinh doanh.
5. Việc áp dụng hóa đơn điện tử, phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử đối với một số trường hợp cụ thể theo yêu cầu quản lý được hướng dẫn như sau:
a) Trường hợp nhận nhập khẩu hàng hóa ủy thác, nếu cơ sở kinh doanh nhận nhập khẩu ủy thác đã nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu thì sử dụng hóa đơn điện tử khi trả hàng cho cơ sở kinh doanh ủy thác nhập khẩu. Nếu chưa nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu, khi xuất trả hàng nhập khẩu ủy thác, cơ sở nhận ủy thác lập phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử theo quy định làm chứng từ lưu thông hàng hóa trên thị trường.
b) Trường hợp ủy thác xuất khẩu hàng hóa:
- Khi xuất hàng giao cho cơ sở nhận ủy thác, cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử.
- Khi hàng hóa đã thực xuất khẩu có xác nhận của cơ quan hải quan, căn cứ vào các chứng từ đối chiếu, xác nhận về số lượng, giá trị hàng hóa thực tế xuất khẩu của cơ sở nhận ủy thác xuất khẩu, cơ sở có hàng hóa ủy thác xuất khẩu lập hóa đơn điện tử giá trị gia tăng để kê khai nộp thuế, hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc hóa đơn điện tử bán hàng. Cơ sở nhận ủy thác xuất khẩu sử dụng hóa đơn điện tử giá trị gia tăng hoặc hóa đơn điện tử bán hàng để xuất cho khách hàng nước ngoài.
c) Cơ sở kinh có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu (kể cả cơ sở gia công hàng hóa xuất khẩu) khi xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng điện tử hoặc hóa đơn bán hàng điện tử.
Khi xuất hàng hóa để vận chuyển đến cửa khẩu hay đến nơi làm thủ tục xuất khẩu, cơ sở sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử theo quy định làm chứng từ lưu thông hàng hóa trên thị trường. Sau khi làm xong thủ tục cho hàng hóa xuất khẩu, cơ sở lập hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng cho hàng hóa xuất khẩu.
d) Tổ chức kinh doanh kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ xuất điều chuyển hàng hóa cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) để bán hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất hàng hóa cho cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng, căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn, chứng từ như sau:
- Sử dụng hóa đơn điện tử giá trị gia tăng để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế giá trị gia tăng ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau;
- Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử đối với hàng hóa xuất cho cơ sở làm đại lý.
Trường hợp các đơn vị phụ thuộc của cơ sở kinh doanh nông, lâm, thủy sản đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, có thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản để điều chuyển, xuất bán về trụ sở chính của cơ sở kinh doanh thì khi điều chuyển, xuất bán, đơn vị phụ thuộc sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử, không sử dụng hóa đơn điện tử giá trị gia tăng.
đ) Tổ chức, cá nhân xuất hàng hóa bán lưu động sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử theo quy định, khi bán hàng lập hóa đơn điện tử theo quy định.
e) Trường hợp góp vốn bằng tài sản của tổ chức, cá nhân kinh doanh tại Việt Nam để thành lập doanh nghiệp thì không phải lập hóa đơn mà sử dụng các chứng từ biên bản chứng nhận góp vốn, biên bản giao nhận tài sản, biên bản định giá tài sản kèm theo bộ hồ sơ về nguồn gốc tài sản.
g) Trường hợp điều chuyển tài sản giữa các đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc trong tổ chức; tài sản điều chuyển khi chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp thì tổ chức có tài sản điều chuyển phải có lệnh điều chuyển tài sản, kèm theo bộ hồ sơ nguồn gốc tài sản và không phải lập hóa đơn.
h) Trường hợp tài sản điều chuyển giữa các đơn vị hạch toán độc lập hoặc giữa các đơn vị thành viên có tư cách pháp nhân đầy đủ trong cùng một tổ chức, thì tổ chức có tài sản điều chuyển phải lập hóa đơn điện tử như bán hàng hóa.