Việc quản lý, cấp phát, thanh toán ngân sách thực hiện các chính sách quy định tại Quyết định số 2085/QĐ-TTg  được thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Đầu tư công, các văn bản hướng dẫn thực hiện và các văn bản khác có liên quan; đảm bảo chặt chẽ, đúng mục tiêu, đúng đối tượng, nhất là những khoản thanh toán trực tiếp bằng tiền mặt (hoặc hiện vật) cho các đối tượng, Ủy ban nhân dân cấp xã có trách nhiệm lập danh sách cho từng hộ ký nhận và thực hiện đầy đủ thủ tục, chứng từ theo quy định:
1. Đối với hỗ trợ đất ở, đất sản xuất, nước sinh hoạt phân tán
a) Về hỗ trợ đất ở
Căn cứ phương án giải quyết về đất ở cho các hộ chưa có đất ở hoặc chưa đủ đất ở và tùy theo phương thức thực hiện, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định cơ chế cấp phát thanh toán cho phù hợp.
b) Về hỗ trợ đất sản xuất
- Trên cơ sở phương án giải quyết về đất sản xuất cho các hộ chưa có hoặc chưa đủ đất sản xuất, mức thanh toán tương ứng với số diện tích thực tế đã khai hoang hoặc chuyển nhượng và tối đa không vượt quá mức quy định hỗ trợ của nhà nước cho từng hộ dân được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Tùy theo phương thức thực hiện để có cơ chế cấp phát thanh toán cho phù hợp và đảm bảo các nguyên tắc sau đây:
+ Đối với đất dân tự khai hoang: Ủy ban nhân dân cấp huyện chỉ đạo Ủy ban nhân dân cấp xã phối hợp với cơ quan chuyên môn của cấp huyện được giao nhiệm vụ hướng dẫn các hộ tổ chức khai hoang theo đúng quy hoạch sử dụng đất của từng xã và phù hợp tập quán canh tác của đồng bào. Căn cứ kết quả khai hoang của các hộ dân, Ủy ban nhân dân cấp xã và cơ quan chuyên môn được Ủy ban nhân dân cấp huyện giao nhiệm vụ thực hiện nghiệm thu khối lượng, lập biên bản nghiệm thu. Căn cứ danh sách các hộ dân tự tổ chức khai hoang, biên bản nghiệm thu diện tích khai hoang, giấy đề nghị của Ủy ban nhân dân cấp xã; cơ quan chuyên môn của cấp huyện được giao nhiệm vụ hướng dẫn các hộ tổ chức khai hoang, phối hợp với Phòng Tài chính - Kế hoạch cấp huyện kiểm tra, báo cáo Ủy ban nhân dân cấp huyện quyết định mức hỗ trợ, Ủy ban nhân dân cấp xã thực hiện rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước để thanh toán cho hộ dân;
+ Đối với đất nhận chuyển nhượng: Ủy ban nhân dân cấp huyện giao một đơn vị chuyên môn phối hợp với Ủy ban nhân dân cấp xã, cùng với các hộ dân xác định diện tích đất chuyển nhượng của các hộ, lập biên bản bàn giao (có xác nhận của các bên liên quan). Căn cứ định mức chi, danh sách và diện tích đất chuyển nhượng của các hộ dân, biên bản bàn giao; Phòng Tài chính - Kế hoạch cấp huyện kiểm tra, báo cáo Ủy ban nhân dân cấp huyện quyết định mức hỗ trợ cho từng hộ dân làm cơ sở để Ủy ban nhân dân cấp xã thực hiện rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước, thanh toán cho các hộ dân có đất chuyển nhượng.
- Đối với các công trình khai hoang tập trung: Việc tạm ứng, thanh toán vốn cho các công trình khai hoang tập trung được thực hiện theo quy định đối với các công trình đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng các xã thuộc Chương trình 135 (dự án 2) theo Quyết định số 1722/QĐ-TTg  ngày 02 tháng 9 năm 2016 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững giai đoạn 2016 - 2020.
c) Về thực hiện chính sách hỗ trợ nước sinh hoạt phân tán
Căn cứ danh sách các hộ dân được hỗ trợ nước sinh hoạt phân tán đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, đăng ký của các hộ dân về phương thức thực hiện; Ủy ban nhân dân cấp xã tổng hợp nhu cầu và phân loại theo từng phương thức thực hiện (các hộ dân nhận lu, stéc, vật dụng chứa nước; tự làm bể chứa nước; tự đào giếng hoặc tự tạo nguồn nước khác) gửi Phòng Tài chính - Kế hoạch huyện và cơ quan làm công tác dân tộc cấp huyện, cơ quan làm công tác dân tộc cấp huyện kiểm tra, báo cáo Ủy ban nhân dân cấp huyện quyết định mức hỗ trợ cho từng hộ dân. Mức hỗ trợ không vượt quá mức quy định hỗ trợ của Nhà nước cho từng hộ dân được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Việc cấp phát, thanh toán cho các đối tượng được hưởng chính sách theo các phương thức thực hiện như sau:
- Đối với các hộ dân được cấp lu, stéc, vật dụng chứa nước: Căn cứ danh sách đăng ký của các hộ dân, hợp đồng cung ứng giữa đơn vị được cấp có thẩm quyền giao nhiệm vụ với đơn vị cung ứng lu, stéc, vật dụng chứa nước; khối lượng lu, stéc, vật dụng chứa nước thực tế cấp cho các hộ dân theo biên bản bàn giao giữa đơn vị cung ứng và từng hộ dân (có ký nhận của chủ hộ), Ủy ban nhân dân cấp xã kiểm tra, thực hiện rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước thanh toán cho các đơn vị cung cấp lu, stéc, vật dụng chứa nước theo quy định sau khi thống nhất với đơn vị được cấp có thẩm quyền giao nhiệm vụ ký hợp đồng với đơn vị cung ứng;
- Đối với các hộ dân tự làm bể chứa nước, tự đào giếng hoặc tự tạo nguồn nước khác: Căn cứ định mức hỗ trợ theo quy định và danh sách đăng ký của các hộ dân, Ủy ban nhân dân cấp xã vận động các tổ chức chính trị - xã hội tại địa phương phối hợp với cộng đồng dân cư hướng dẫn, giúp đỡ các hộ thực hiện. Sau khi có biên bản nghiệm thu khối lượng hoàn thành (có chữ ký xác nhận của hộ gia đình và ít nhất một tổ chức chính trị - xã hội tại địa phương), Ủy ban nhân dân cấp xã kiểm tra, thực hiện rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước để thanh toán cho các hộ.
d) Hỗ trợ hộ có lao động, có nhu cầu vốn để mua sắm nông cụ, máy móc làm dịch vụ sản xuất nông nghiệp hoặc cần vốn để làm ngành nghề khác, tăng thu nhập
Căn cứ danh sách các hộ được duyệt, Ủy ban nhân dân cấp xã tổng hợp gửi cơ quan làm công tác dân tộc và Phòng Tài chính - Kế hoạch cấp huyện, kiểm tra báo cáo Ủy ban nhân dân cấp huyện quyết định hỗ trợ, làm cơ sở để Ủy ban nhân dân cấp xã thực hiện rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước, thanh toán cho các đối tượng thụ hưởng.
đ) Về hồ sơ chứng từ gửi Kho bạc Nhà nước khi thực hiện rút dự toán
Dự toán năm được cấp có thẩm quyền giao; giấy rút dự toán theo quy định; Quyết định của Ủy ban nhân dân cấp huyện về mức hỗ trợ cho từng hộ dân theo từng chính sách.
e) Về trách nhiệm kiểm soát chi
Kho bạc Nhà nước kiểm soát thanh toán đảm bảo số tiền hỗ trợ theo đúng chính sách và danh sách phê duyệt theo Quyết định của Ủy ban nhân dân cấp huyện, Ủy ban nhân dân cấp xã chịu trách nhiệm về tính chính xác của biên bản nghiệm thu và việc sử dụng số tiền hỗ trợ đúng mục đích, đúng đối tượng.
2. Về hỗ trợ sắp xếp ổn định dân cư cho hộ dân tộc thiểu số còn du canh du cư
a) Đối với hỗ trợ đầu tư cho cộng đồng
- Hỗ trợ vốn đầu tư: Tạm ứng, thanh toán vốn cho các dự án, công trình (bồi thường, giải phóng mặt bằng, san gạt đất ở, khai hoang đất sản xuất; xây dựng đường giao thông, điện, thủy lợi nhỏ, hệ thống nước sinh hoạt, lớp học, nhà mẫu giáo và nhà sinh hoạt cộng đồng thôn, bản và một số công trình thiết yếu khác theo nhu cầu thực tế) được thực hiện theo Luật Xây dựng, Luật Đấu thầu, Luật Đất đai và các văn bản hướng dẫn thực hiện.
- Quản lý, cấp phát, thanh toán kinh phí hỗ trợ cho cán bộ phát triển cộng đồng và áp dụng khoa học kỹ thuật, giống mới thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước và các văn bản hướng dẫn thực hiện.
b) Về hỗ trợ trực tiếp hộ du canh, du cư thực hiện định canh, định cư
- Về hỗ trợ làm nhà ở, công trình nước sinh hoạt, phát triển sản xuất và mua lương thực:
+ Đối với làm nhà ở và công trình nước sinh hoạt: Trường hợp các hộ tự làm nhưng có nhu cầu tạm ứng kinh phí để mua vật liệu, Ủy ban nhân dân cấp xã tổng hợp danh sách các hộ đề nghị tạm ứng và làm thủ tục tạm ứng cho các hộ để thực hiện chính sách đó. Mức tạm ứng tối đa 60% mức ngân sách Nhà nước hỗ trợ cho từng hộ. Khi công trình hoàn thành, căn cứ kết quả nghiệm thu đối với từng hộ, Ủy ban nhân dân cấp xã thanh toán cho các hộ; đồng thời làm thủ tục thu hồi số đã tạm ứng.
Trường hợp các hộ có nhu cầu cung ứng vật liệu, Ủy ban nhân dân cấp xã tổng hợp nhu cầu vật liệu của các hộ. Căn cứ số lượng vật liệu các hộ đã đăng ký, điều kiện cụ thể của từng thôn, bản trên địa bàn, Ủy ban nhân dân cấp xã sau khi có ý kiến thống nhất của các hộ dân ký hợp đồng với các đơn vị cung ứng vật liệu, đơn vị này thực hiện việc cung ứng cho các hộ tại thôn, bản. Căn cứ biên bản bàn giao giữa nhà thầu và từng hộ (có ký nhận của chủ hộ, xác nhận của đại diện thôn, bản), Ủy ban nhân dân cấp xã thanh toán cho nhà thầu theo chế độ quy định hiện hành.
Trường hợp các hộ không có khả năng tự làm nhà ở, công trình nước sinh hoạt. Trên cơ sở số hộ đăng ký, điều kiện cụ thể của từng thôn, bản, Ủy ban nhân dân cấp xã (hoặc đơn vị được Ủy ban nhân dân cấp xã giao nhiệm vụ) ký hợp đồng với nhà thầu (hoặc giới thiệu, hướng dẫn các hộ dân ký hợp đồng với nhà thầu) để làm nhà, công trình nước sinh hoạt cho các hộ. Căn cứ biên bản bàn giao giữa nhà thầu và từng hộ (có ký nhận của chủ hộ, xác nhận của đại diện thôn, bản), Ủy ban nhân dân cấp xã thanh toán cho nhà thầu theo chế độ quy định hiện hành.
+ Về hỗ trợ phát triển sản xuất, mua lương thực
Căn cứ danh sách hỗ trợ các hộ dân được cấp có thẩm quyền phê duyệt, đăng ký của các hộ dân về phương thức thực hiện, Ủy ban nhân dân cấp xã tổng hợp nhu cầu và phân loại theo từng phương thức thực hiện (nhận bằng hiện vật hoặc nhận bằng tiền) làm căn cứ kiểm tra, kiểm soát, cấp phát kinh phí để thực hiện. Việc cấp phát, thanh toán theo các phương thức sau:
Đối với các hộ nhận bằng hiện vật: Trên cơ sở danh sách đăng ký của các hộ, hợp đồng cung ứng giữa đơn vị được cấp có thẩm quyền giao nhiệm vụ với đơn vị cung ứng; biên bản bàn giao khối lượng thực tế cấp cho các hộ giữa đơn vị cung ứng và từng hộ (có ký nhận của chủ hộ, xác nhận của đại diện thôn, bản), Ủy ban nhân dân cấp xã kiểm tra, thanh toán cho các đơn vị cung cấp theo chế độ quy định hiện hành.
Đối với các hộ nhận bằng tiền: Căn cứ danh sách các hộ đăng ký có xác nhận của đại diện thôn, bản, Ủy ban nhân dân cấp xã thanh toán tiền cho các hộ dân theo chế độ quy định hiện hành.
- Về hỗ trợ tạo nền nhà (ở những điểm định canh, định cư xen ghép) và hỗ trợ kinh phí di chuyển: Căn cứ danh sách các hộ đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, Ủy ban nhân dân cấp xã chỉ đạo các tổ chức chính trị - xã hội tại địa phương phối hợp với cộng đồng dân cư hướng dẫn giúp đỡ các hộ dân thực hiện. Ủy ban nhân dân cấp xã căn cứ kết quả kiểm tra, nghiệm thu khối lượng, dự án, thẩm định và thực hiện thanh toán cho các hộ dân theo quy định.
3. Đối với các nội dung, chính sách của Quyết định số 2085/QĐ-TTg  nằm trong các nội dung, dự án, hoạt động của chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình mục tiêu thì lồng ghép nguồn vốn của chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình mục tiêu để thực hiện. Việc lập dự toán, quản lý, cấp phát, thanh toán, tổ chức thực hiện phải phù hợp với các quy định hiện hành liên quan áp dụng đối với các chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình mục tiêu.