1. Thư ký hành chính đọc quyết định thành lập Hội đồng, giới thiệu thành phần Hội đồng và các đại biểu tham dự, biên bản mở hồ sơ.
2. Đại diện bộ, ngành, địa phương nêu những yêu cầu và nội dung chủ yếu về việc tuyển chọn, giao trực tiếp nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia.
3. Hội đồng trao đổi thống nhất nguyên tắc làm việc và bầu thư ký khoa học của Hội đồng.
4. Cá nhân được tổ chức đăng ký tham gia tuyển chọn hoặc giao trực tiếp cử làm chủ nhiệm nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia trình bày tóm tắt trước Hội đồng về đề cương nghiên cứu, đề xuất phương thức khoán chi đến sản phẩm cuối cùng hoặc khoán chi từng phần, trả lời các câu hỏi của thành viên Hội đồng (nếu có) và không tiếp tục tham dự phiên họp của Hội đồng.
5. Hội đồng tiến hành đánh giá các hồ sơ tham gia tuyển chọn hoặc giao trực tiếp:
a) Các ủy viên phản biện trình bày nhận xét đánh giá từng hồ sơ, đánh giá sự phù hợp giữa các nội dung thực hiện và số nhân lực theo các chức danh, số ngày công lao động; đánh giá sự phù hợp giữa tổng mức kinh phí và các sản phẩm của nhiệm vụ cấp quốc gia; đề xuất những nội dung trong thuyết minh cần loại bỏ, sửa đổi hoặc bổ sung; so sánh giữa các hồ sơ đăng ký cùng 01 nhiệm vụ cấp quốc gia.
b) Thư ký khoa học đọc ý kiến nhận xét bằng văn bản của thành viên vắng mặt (nếu có) để Hội đồng tham khảo.
c) Hội đồng thảo luận, đánh giá từng hồ sơ theo các nhóm tiêu chí và thang điểm đánh giá quy định tại Điều 12 Thông tư này, sự phù hợp giữa nội dung thực hiện, thời gian và số nhân lực theo các chức danh, sự phù hợp giữa tổng mức kinh phí và các sản phẩm của nhiệm vụ cấp quốc gia; Hồ sơ thuyết minh là khả thi hoặc không khả thi để đạt được các sản phẩm theo đặt hàng; những nội dung trong thuyết minh cần loại bỏ, sửa đổi hoặc bổ sung.
c) Các thành viên hội đồng bỏ phiếu đánh giá chấm điểm cho từng hồ sơ theo phương thức bỏ phiếu kín. Phiếu đánh giá chấm điểm tại Phụ lục II ban kèm theo Thông tư này (đề tài: Biểu B2-3a-ĐGĐTCN hoặc Biểu B2-3b- ĐGĐTXH/ĐGĐA; dự án SXTN: Biểu B2-3c-ĐGDA; đề án: Biểu B2-3b- ĐGĐTXH/ĐGĐA). Phiếu đánh giá chấm điểm dự án KHCN được chuẩn bị theo biểu mẫu của từng chương trình khoa học và công nghệ cấp quốc gia tương ứng.
đ) Hội đồng bầu ban kiểm phiếu gồm 03 thành viên của Hội đồng, trong đó có Trưởng ban kiểm phiếu và 02 ủy viên.
6. Thư ký hành chính của Hội đồng giúp ban kiểm phiếu tổng hợp kết quả bỏ phiếu đánh giá của các thành viên Hội đồng theo Biểu B2-4-KPĐG và xếp hạng các hồ sơ được đánh giá có tổng số điểm trung bình từ cao xuống thấp theo Biểu 2-5-THKP của Phụ lục II kèm theo Thông tư này.
7. Ban kiểm phiếu công bố công khai kết quả chấm điểm đánh giá.
8. Hội đồng kiến nghị tổ chức và cá nhân trúng tuyển hoặc được giao trực tiếp thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia khi đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:
a) Có hồ sơ được xếp hạng với tổng số điểm trung bình của các tiêu chí cao nhất và phải đạt từ 70/100 điểm trở lên, trong đó không có tiêu chí nào có quá 1/3 số thành viên Hội đồng có mặt cho điểm không (0 điểm).
Đối với các hồ sơ có tổng số điểm trung bình bằng nhau thì ưu tiên hồ sơ có cam kết và đối ứng vốn ngoài ngân sách nhà nước nhiều hơn. Đối với các hồ sơ có vốn đối ứng ngoài ngân sách nhà nước bằng nhau hoặc không có vốn đối ứng ngoài ngân sách nhà nước thì ưu tiên hồ sơ có điểm trung bình về năng lực của tổ chức chủ trì và cá nhân chủ nhiệm cao hơn.
b) Được ít nhất 2/3 thành viên Hội đồng có mặt (trong đó có ít nhất 01 ủy viên phản biện) đánh giá tổng mức kinh phí phù hợp với các sản phẩm của nhiệm vụ cấp quốc gia.
9. Hội đồng kết luận chung về hồ sơ của tổ chức được kiến nghị trúng tuyển hoặc giao trực tiếp:
a) Những điểm cần loại bỏ, sửa đổi, bổ sung trong thuyết minh nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia, các sản phẩm khoa học và công nghệ chính với những chỉ tiêu kinh tế - kỹ thuật tương ứng phải đạt; sự phù hợp giữa tổng mức kinh phí và các sản phẩm của nhiệm vụ cấp quốc gia;
b) Số lượng chuyên gia trong và ngoài nước cần thiết để tham gia thực hiện;
c) Phương thức khoán chi đến sản phẩm cuối cùng hoặc khoán chi từng phần.
10. Thư ký khoa học ghi và hoàn thiện Biên bản họp Hội đồng theo Biểu B2-6-BBHĐ của Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này.
11. Hội đồng thông qua Biên bản họp Hội đồng.