1. Chủ trì hướng dẫn, triển khai, quản lý tổ chức thực hiện chế độ chính sách bảo hiểm y tế trong Bộ Quốc phòng; tổng kết, đánh giá việc quản lý, thực hiện công tác bảo hiểm y tế trong Bộ Quốc phòng.
2. Chủ trì, quản lý, quyết toán việc thu quỹ bảo hiểm y tế đối với đối tượng quy định tại các Khoản 1, 2 và Khoản 4 Điều 2 Thông tư này với các đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng.
3. Chủ trì quản lý, sử dụng kinh phí bảo hiểm y tế dành cho khám bệnh, chữa bệnh quy định tại Điều 21 Nghị định số 70/2015/NĐ-CP; xây dựng kế hoạch sử dụng phần kinh phí quy định tại Khoản 2 Điều 21 Nghị định số 70/2015/NĐ-CP; phân bổ và hướng dẫn sử dụng kinh phí quản lý bảo hiểm y tế quy định tại Điều 22 Nghị định số 70/2015/NĐ-CP; thanh toán trực tiếp chi phí khám bệnh, chữa bệnh đối với đối tượng quy định tại các Khoản 1, 2 và Khoản 4 Điều 2 Thông tư này theo quy định tại Điều 19 Nghị định số 70/2015/NĐ-CP.
4. Phối hợp với Cục Quân y Bộ Quốc phòng, Cục Tài chính Bộ Quốc phòng nghiên cứu, tham mưu, đề xuất chế độ, chính sách, chương trình, kế hoạch và phương thức tổ chức thực hiện bảo hiểm y tế đối với các đối tượng quy định tại các Khoản 1, 2 và 4 Điều 2 Thông tư này.
5. Ký hợp đồng khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế với cơ sở quân y để tổ chức khám bệnh, chữa bệnh cho các đối tượng quy định tại các Khoản 1, 2 và 4 Điều 2 Thông tư này và các đối tượng tham gia bảo hiểm y tế khác do Bảo hiểm xã hội Bộ Quốc phòng phát hành thẻ; tạm ứng kinh phí, giám định, thanh toán, quyết toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế đối với các cơ sở quân y khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế theo Điểm a Khoản 3 Điều 18 Nghị định số 70/2015/NĐ-CP; tạm ứng kinh phí khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế với Bảo hiểm xã hội Việt Nam theo qui định tại Điểm c Khoản 3 Điều 18 Nghị định số 70/2015/NĐ-CP. Thanh toán, quyết toán chi phí khám bệnh,, chữa bệnh của các đối tượng quy định tại các Khoản 1, 2 và Khoản 4 Điều 2 Thông tư này đi khám bệnh, chữa bệnh tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh với Bảo hiểm xã hội Việt Nam.
6. Chủ trì, phối hợp với Cục Quân y Bộ Quốc phòng hướng dẫn Điều Tiết các đối tượng quy định tại các Khoản 1, 2 và Khoản 4 Điều 2 Thông tư này đăng ký khám bệnh, chữa bệnh ban đầu tại các cơ sở quân y, cơ sở y tế ngoài Bộ Quốc phòng có khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế phù hợp với đặc thù của Quân đội, Điều kiện của đơn vị và năng lực của các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh.
7. Định kỳ hoặc đột xuất thực hiện kiểm tra việc sử dụng quỹ khám bệnh, chữa bệnh tại các cơ sở quân y đơn vị và y tế cơ quan.
8. Chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan thanh tra thu bảo hiểm y tế đối với các đối tượng quy định tại các Khoản 1, 2 và Khoản 4 Điều 2 Thông tư này theo quy định của pháp luật.
9. Cung cấp thông tin về các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế và hướng dẫn người tham gia bảo hiểm y tế lựa chọn cơ sở đăng kí khám bệnh, chữa bệnh ban đầu phù hợp.
10. Phối hợp thanh tra, kiểm tra thực hiện bảo hiểm y tế của các cơ quan, đơn vị, cơ sở khám bệnh, chữa bệnh; giải quyết vướng mắc trong tổ chức thực hiện.
11. Chủ trì, phối hợp tuyên truyền phổ biến, hướng dẫn tổ chức thực hiện chính sách, pháp luật về bảo hiểm y tế trong Bộ Quốc phòng.
12. Hằng năm, chủ trì, phối hợp tổ chức bồi dưỡng nghiệp vụ bảo hiểm y tế đối với người làm công tác bảo hiểm y tế trong các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng.