1. Đối với các dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A có nhiều dự án thành phần, tiểu dự án độc lập (có thể vận hành độc lập, khai thác sử dụng hoặc được phân kỳ đầu tư) có quyết định phê duyệt dự án đầu tư riêng biệt: Mỗi dự án thành phần hoặc tiểu dự án độc lập thực hiện lập báo cáo quyết toán, thẩm tra và phê duyệt quyết toán như một dự án đầu tư độc lập.
Dự án thành phần hoặc tiểu dự án đã được thẩm tra và phê duyệt theo quy định không phải kiểm toán quyết toán, thẩm tra và phê duyệt quyết toán lại. Các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, cơ quan khác ở Trung ương (sau đây gọi chung là bộ, cơ quan trung ương), tập đoàn, tổng công ty nhà nước, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi chung là Ủy ban nhân dân cấp tỉnh) được giao quản lý dự án thành phần chính hoặc được giao làm đầu mối tổng hợp dự án chịu trách nhiệm báo cáo kết quả tổng quyết toán toàn bộ dự án (theo Mẫu số 10/QTDA kèm theo Thông tư này) gửi Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư khi dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A hoàn thành toàn bộ.
2. Đối với dự án chuẩn bị đầu tư:
a) Trường hợp dự án chuẩn bị đầu tư được bố trí kế hoạch vốn chuẩn bị đầu tư trong chi phí của dự án đầu tư được duyệt để triển khai thực hiện dự án, việc quyết toán riêng dự án chuẩn bị đầu tư hoặc quyết toán chung với dự án đầu tư do người có thẩm quyền phê duyệt dự án đầu tư quyết định.
b) Trường hợp dự án chuẩn bị đầu tư được bố trí kế hoạch vốn riêng, khi hoàn thành phải quyết toán như tiểu dự án độc lập và tổng hợp quyết toán dự án theo quy định tại Khoản 1 Điều này.
c) Trường hợp dự án chuẩn bị đầu tư dừng thực hiện vĩnh viễn hoặc thay đổi dẫn đến nội dung chuẩn bị đầu tư không được sử dụng thì chi phí chuẩn bị đầu tư đã thực hiện được quyết toán như dự án dừng thực hiện vĩnh viễn.
3. Đối với bồi thường, hỗ trợ, tái định cư:
a) Trường hợp trong phê duyệt chủ trương đầu tư dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A, nội dung bồi thường, hỗ trợ, tái định cư được tách thành dự án độc lập: Việc lập báo cáo quyết toán và thẩm tra quyết toán thực hiện như một dự án đầu tư độc lập.
b) Trường hợp tại quyết định phê duyệt dự án đầu tư, tách riêng nội dung chi phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư thành một hạng mục (hợp phần) riêng: Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, hỗ trợ và tái định cư chịu trách nhiệm lập báo cáo quyết toán chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân cùng cấp với cấp có thẩm quyền phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư để phê duyệt quyết toán và gửi báo cáo quyết toán đã được phê duyệt tới chủ đầu tư dự án đầu tư xây dựng công trình để tổng hợp vào báo cáo quyết toán chung toàn bộ dự án. Cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán toàn bộ dự án, không phải thẩm tra lại phần chi phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đã được phê duyệt quyết toán.
4. Đối với công trình, hạng mục công trình độc lập hoàn thành đưa vào sử dụng của dự án đầu tư: Trường hợp cần thiết phải thẩm tra, phê duyệt quyết toán thì chủ đầu tư báo cáo người có thẩm quyền quyết định phê duyệt dự án đầu tư xem xét, quyết định. Giá trị quyết toán của công trình, hạng mục công trình bao gồm: Chi phí xây dựng, chi phí thiết bị, các khoản chi phí tư vấn và chi khác có liên quan trực tiếp đến công trình, hạng mục công trình đó. Chủ đầu tư tổng hợp giá trị quyết toán được duyệt của công trình, hạng mục công trình vào báo cáo quyết toán dự án hoàn thành toàn bộ và xác định mức phân bổ chi phí chung cho từng công trình, hạng mục công trình thuộc dự án, trình người có thẩm quyền phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành.
5. Đối với dự án có toàn bộ dự án thành phần, tiểu dự án, công trình hoặc hạng mục xây dựng và thiết bị đã hoàn thành bàn giao đưa vào khai thác sử dụng nhưng dự án thành phần hoặc tiểu dự án hoặc hạng mục bồi thường, hỗ trợ, tái định cư chưa hoàn thành: Chủ đầu tư báo cáo người có thẩm quyền quyết định phê duyệt dự án đầu tư cho phép thực hiện lập báo cáo quyết toán chi phí đã thực hiện của dự án để gửi cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán thẩm tra; trong đó, dự án thành phần hoặc tiểu dự án hoặc hạng mục bồi thường, hỗ trợ, tái định cư được quyết toán là giá trị hợp pháp đã thực hiện. Trường hợp dự án thành phần hoặc tiểu dự án hoặc hạng mục bồi thường, giải phóng mặt bằng tiếp tục thực hiện bổ sung, chủ đầu tư lập hồ sơ quyết toán bổ sung và gửi cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán để thẩm tra trình phê duyệt quyết toán bổ sung.