1. Bộ Giao thông vận tải
a) Chủ trì đánh giá việc thực hiện Quyết định này và hàng năm tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả thực hiện;
b) Chủ trì triển khai thực hiện việc thí điểm quản lý, bảo trì đường thủy nội địa quy định tại Khoản 4 Điều 4 Quyết định này đảm bảo thủ tục đơn giản, phù hợp với yêu cầu của thực tiễn và tăng cường vai trò, trách nhiệm và hiệu quả quản lý nhà nước; tổ chức sơ kết đánh giá và báo cáo Thủ tướng Chính phủ về kết quả thực hiện;
c) Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành và cơ quan liên quan hướng dẫn trình tự, thủ tục khuyến khích thực hiện xã hội hóa nạo vét luồng đường thủy nội địa kết hợp tận thu sản phẩm, không sử dụng ngân sách nhà nước;
d) Phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư để bố trí ngân sách hàng năm thực hiện chính sách phát triển giao thông vận tải đường thủy nội địa;
đ) Phối hợp với Bộ Tài chính hướng dẫn việc thực hiện chính sách phát triển giao thông vận tải đường thủy nội địa quy định tại Quyết định này.
2. Bộ Tài chính
a) Chủ trì, phối hợp với các Bộ có liên quan hướng dẫn việc miễn lệ phí trước bạ đối với phương tiện thủy nội địa chở khách tốc độ cao và phương tiện thủy nội địa vận tải công-ten-nơ;
b) Chủ trì, phối hợp với Ngân hàng Nhà nước Việt Nam hướng dẫn thực hiện hỗ trợ lãi suất vay vốn tại tổ chức tín dụng đối với các dự án đầu tư phương tiện, đầu tư kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa;
c) Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hướng dẫn việc thực hiện chính sách miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước đối với lĩnh vực đầu tư xây dựng mới cảng thủy nội địa, cải tạo hệ thống kho, bãi, cầu tàu, hệ thống thoát nước và đường nội bộ của cảng thủy nội địa;
d) Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan hướng dẫn thu nhập của doanh nghiệp phát sinh từ thực hiện các dự án đầu tư mới kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa được áp dụng theo quy định tại Điểm b Khoản 1 Điều 15 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp;
đ) Chủ trì, phối hợp với Bộ Giao thông vận tải thực hiện bố trí vốn sự nghiệp kinh tế cho công tác bảo trì đường thủy nội địa giai đoạn từ năm 2016 đến năm 2020 theo quy định tại Quyết định này.
3. Bộ Kế hoạch và Đầu tư
Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải cân đối ngân sách nhà nước ưu tiên bố trí vốn đầu tư cho phát triển kết cấu hạ tầng giao thông vận tải đường thủy nội địa cho đến năm 2020.
4. Bộ Tài nguyên và Môi trường
a) Hướng dẫn việc bố trí quỹ đất cho các dự án đầu tư xây dựng cảng thủy nội địa trong quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất; hướng dẫn hồ sơ đăng ký khối lượng cát thu hồi trong quá trình thực hiện dự án nạo vét theo hình thức tận thu sản phẩm;
b) Chủ trì, hướng dẫn các cơ quan, đơn vị liên quan tổ chức thực hiện các quy định về bảo vệ môi trường đối với hoạt động nạo vét luồng đường thủy nội địa.
5. Ngân hàng Nhà nước Việt Nam
Phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải hướng dẫn thực hiện hỗ trợ lãi suất vay vốn tại tổ chức tín dụng đối với các dự án đầu tư phương tiện, đầu tư kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa.
6. Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương
a) Tổ chức thực hiện đúng quy hoạch phát triển giao thông vận tải đường thủy nội địa đã được duyệt;
b) Ban hành cụ thể mức hỗ trợ lãi suất vay vốn tại tổ chức tín dụng để đầu tư phương tiện, kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa và mức hỗ trợ giá vé cho người sử dụng trên địa bàn;
c) Phối hợp với Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài nguyên và Môi trường bố trí quỹ đất cho các dự án đầu tư xây dựng cảng thủy nội địa trong quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất của địa phương;
d) Phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Giao thông vận tải cân đối ngân sách hàng năm để phát triển giao thông vận tải đường thủy nội địa.