1. Nội dung đối chiếu:
a) Đối chiếu chi tiết thông tin giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, giấy nộp tiền vào tài khoản thu phí với đầy đủ các chỉ tiêu thông tin trên thông điệp nộp tiền;
b) Đối chiếu tổng số giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, giấy nộp tiền thu phí, tổng số tiền theo mục lục ngân sách hoặc loại phí: chi tiết theo cơ quan hải quan, Kho bạc Nhà nước địa phương, hoặc chi tiết theo cơ quan quản lý; bảng kê đối chiếu;
c) Đối chiếu chi tiết thông tin bảo lãnh thuế (bao gồm các thông tin của thông điệp bảo lãnh riêng và bảo lãnh chung) với đầy đủ các chỉ tiêu ghi trên thư bảo lãnh thuế được quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC  ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính;
d) Đối chiếu tổng số các loại bảo lãnh thuế, tổng số tiền, chi tiết theo cơ quan hải quan;
đ) Bảng kê thông tin đối chiếu thực hiện theo mẫu số 02/BKĐCNS-NH (đối với tiền thuế) hoặc mẫu số 03/BKĐCPHI (đối với tiền phí) ban hành kèm theo Thông tư này.
2. Phạm vi đối chiếu: Tổng cục Hải quan và Hội sở ngân hàng phối hợp thu thực hiện đối chiếu toàn bộ thông tin, trao đổi thông tin qua Cổng thanh toán điện tử hải quan với hệ thống của ngân hàng.
Toàn bộ thông tin giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, giấy nộp tiền vào tài khoản tiền gửi chuyên dùng thu phí, lệ phí và các khoản thu khác, thông tin bảo lãnh thuế phát sinh từ 16 giờ 00 phút ngày làm việc liền trước đến 16 giờ 00 phút của ngày làm việc tính theo giờ của Cổng thanh toán điện tử hải quan.
3. Phương thức đối chiếu: cơ quan hải quan và ngân hàng phối hợp thu thực hiện đối chiếu, trao đổi thông tin bằng phương thức điện tử qua Cổng thanh toán điện tử hải quan. Trường hợp có phát sinh chênh lệch, hai bên phối hợp để xử lý.
4. Thời điểm thực hiện đối chiếu:
Đối chiếu hàng ngày: được thực hiện sau 16 giờ 00 của ngày đối chiếu. Nội dung đối chiếu theo quy định tại khoản 1 Điều này.
Trường hợp ngày đối chiếu vào ngày nghỉ, ngày lễ, hệ thống các bên tự động xử lý, nếu có chênh lệch thì phải xử lý vào ngày làm việc tiếp theo.
Riêng ngày cuối năm phải đối chiếu toàn bộ thông tin giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước phát sinh đến 24 giờ 00 phút của ngày làm việc tính theo giờ của Cổng thanh toán điện tử hải quan.
5. Xử lý kết quả thông tin đối chiếu:
a) Trường hợp thông tin đối chiếu khớp đúng: cơ quan hải quan xác nhận với ngân hàng phối hợp thu qua Cổng thanh toán điện tử hải quan;
b) Trường hợp thông tin đối chiếu chưa khớp đúng: hai bên phải rà soát, phối hợp xác định nguyên nhân và xử lý đến khi khớp đúng;
c) Trường hợp không nhận được thông tin giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước do Kho bạc Nhà nước chuyển đến, trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc, cơ quan hải quan:
c1) Thông báo cho ngân hàng phối hợp thu về việc không nhận được thông tin giấy nộp tiền từ Kho bạc Nhà nước;
c2) Ngân hàng phối hợp thu có trách nhiệm làm rõ nguyên nhân chưa chuyển thông tin thu sang Kho bạc Nhà nước, giải trình với cơ quan hải quan về việc chưa chuyển thông tin thu sang Kho bạc Nhà nước, thực hiện nộp tiền thuế và tiền chậm nộp (nếu phát sinh lỗi do nguyên nhân chủ quan của ngân hàng) trên số tiền chậm chuyển theo đúng quy định của pháp luật, khắc phục hậu quả vi phạm do mình gây ra.
6. Xử lý đối chiếu thông tin nộp tiền giữa số tiền ngân hàng đã chuyển qua Cổng thanh toán hải quan với bảng kê chứng từ nộp ngân sách của Kho bạc Nhà nước:
a) Hàng ngày Cục Hải quan, Chi cục Hải quan phân công công chức phòng Nghiệp vụ, đội tổng hợp kiểm tra các chức năng tra cứu của cổng thanh toán trên hệ thống KTTT, rà soát các khoản thu của ngân hàng phối hợp thu đã truyền qua Cổng thanh toán điện tử hải quan, được hạch toán thanh khoản nợ đối chiếu với bảng kê thông tin giấy nộp tiền do Kho bạc Nhà nước chuyển để xác định các khoản tiền do ngân hàng phối hợp thu chậm chuyển; thông báo cho ngân hàng về những chứng từ không nhận được thông tin giấy nộp tiền từ Kho bạc Nhà nước.
Phối hợp với các đầu mối của ngân hàng phối hợp thu kiểm tra giấy nộp tiền do doanh nghiệp xuất trình khi hệ thống các bên gặp sự cố;
b) Các Chi nhánh của ngân hàng phối hợp thu nơi chuyển tiền có trách nhiệm phối hợp với các Cục, Chi cục Hải quan liên quan xử lý chuyển chậm tiền vào ngân sách nhà nước;
c) Các ngân hàng vi phạm thời gian chuyển tiền theo quy định, cơ quan hải quan đã có văn bản nhắc nhở nhưng không khắc phục thì Tổng cục Hải quan chính thức thông báo dừng việc phối hợp thu và xử lý theo quy định của pháp luật.