1. Đối với đối tượng quy định tại Khoản 1 Điều 1 Thông tư này:
a) Hằng tháng, đơn vị đóng BHYT cho người lao động và trích tiền đóng BHYT từ tiền lương của người lao động theo mức đóng quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 3 Thông tư này để nộp cùng một lúc, chậm nhất vào ngày cuối cùng của tháng về BHXH Bộ Quốc phòng đối với nhóm đối tượng thuộc Bộ Quốc phòng, về BHXH tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (sau đây gọi chung là BHXH tỉnh) đối với nhóm đối tượng thuộc tổ chức cơ yếu các Bộ khác, ngành, địa phương;
b) Đối với trường hợp quy định tại Điểm b Khoản 1 Điều 3 Thông tư này, khi cơ quan có thẩm quyền kết luận không vi phạm pháp luật, đơn vị sử dụng lao động trích tiền truy đóng BHYT của người lao động bằng 4,5% của 50% tổng số tiền lương người lao động được truy lĩnh trong thời gian bị tạm giam, tạm giữ hoặc tạm đình chỉ công tác để Điều tra, nộp một lần về cơ quan BHXH nơi cấp thẻ BHYT.
2. Đối với đối tượng quy định tại Khoản 2 Điều 1 Thông tư này: Hằng năm, BHXH Bộ Quốc phòng hoặc BHXH tỉnh tổng hợp số thẻ BHYT đã cấp và số tiền phải đóng BHYT, chủ động trích chuyển phần đóng BHYT từ phần thu BHXH của quĩ ốm đau thai sản sang; báo cáo quyết toán với BHXH Việt Nam.
3. Đối với đối tượng quy định tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư này:
a) Đối tượng quy định tại các Điểm a và b:
Hằng năm, BHXH Bộ Quốc phòng thực hiện ký hợp đồng cấp thẻ BHYT đối với các đơn vị quản lý trực tiếp đối tượng này.
Đơn vị quản lý trực tiếp đối tượng trích tiền đóng BHYT từ ngân sách nhà nước theo mức đóng quy định tại Khoản 3 Điều 3 Thông tư này để nộp vào tài Khoản thu BHYT của BHXH Bộ Quốc phòng thành 2 đợt: đợt 1, được thực hiện ngay sau khi hợp đồng có hiệu lực, với số tiền đóng BHYT tính từ ngày hiệu lực hợp đồng đến hết ngày 31 tháng 12 của năm tài chính; đợt 2, hoàn thành việc nộp BHYT trước ngày 31 tháng 3 của năm sau kế tiếp, số tiền phải đóng được tính từ ngày 01 tháng 01 đến ngày hợp đồng hết hiệu lực và thực hiện thanh lý hợp đồng theo quy định;
b) Đối tượng quy định tại Điểm c:
Hằng năm, trước ngày 31 tháng 10, đơn vị trực thuộc Bộ Quốc phòng ký hợp đồng với BHXH Bộ Quốc phòng để thực hiện việc đóng BHYT và cấp thẻ BHYT cho thân nhân quân nhân, thân nhân cơ yếu; tổ chức sử dụng cơ yếu của Bộ khác, ngành, địa phương ký hợp đồng với BHXH tỉnh để thực hiện đóng BHYT và cấp thẻ BHYT đối với thân nhân người làm công tác cơ yếu bao gồm cả thân nhân cùng địa bàn và thân nhân không cùng địa bàn.
Căn cứ hợp đồng đã ký và ngân sách nhà nước được phân cấp, đơn vị nộp tiền, đóng BHYT vào tài Khoản thu BHYT của BHXH Bộ Quốc phòng hoặc BHXH tỉnh theo mức đóng quy định tại Khoản 3 Điều 3 Thông tư này thành 2 đợt: đợt 1, trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hợp đồng có hiệu lực và ít nhất bằng 85% tổng giá trị của hợp đồng; đợt 2, trước ngày 31 tháng 10 hằng năm, hai bên đối chiếu số thẻ đã cấp, số tiền phải đóng BHYT (kể cả tăng, giảm số người tham gia BHYT hoặc do Điều chỉnh mức lương cơ sở, hoặc mức đóng BHYT) để chuyển nốt số tiền phải đóng và thực hiện thanh lý hợp đồng theo quy định.
Kinh phí đóng BHYT của thân nhân người làm công tác cơ yếu không cùng địa bàn với người làm công tác cơ yếu sẽ được chuyển về BHXH Việt Nam để đảm bảo kinh phí khám bệnh, chữa bệnh BHYT cho BHXH tỉnh nơi đối tượng đăng ký khám bệnh, chữa bệnh BHYT ban đầu.
4. Đối với đối tượng quy định tại Khoản 4 Điều 1 Thông tư này:
a) Hằng năm, BHXH Bộ Quốc phòng thực hiện ký hợp đồng đóng BHYT và cấp thẻ BHYT với các đơn vị quản lý trực tiếp đối tượng này;
b) Ngay sau khi hợp đồng có hiệu lực, đơn vị thu tiền đóng BHYT, phần trách nhiệm đóng của học sinh, sinh viên theo mức đóng quy định tại Khoản 4 Điều 3 Thông tư này theo thời hạn năm học nếu học dài hạn trên 1 năm hoặc theo khóa học nếu học từ đủ 12 tháng trở xuống, nộp vào tài Khoản thu BHYT của BHXH Bộ Quốc phòng;
c) Sau quyết toán hằng năm, BHXH Bộ Quốc phòng tổng hợp số thẻ BHYT đã cấp, số tiền thực thu của học sinh, sinh viên và số tiền được ngân sách nhà nước hỗ trợ mức đóng theo quy định tại Khoản 3 Điều 3 Thông tư này, báo cáo BHXH Việt Nam tổng hợp, gửi Bộ Tài chính để chuyển kinh phí đóng BHYT phần ngân sách hỗ trợ mức đóng cho BHXH Bộ Quốc phòng;
d) Khi Nhà nước Điều chỉnh mức đóng BHYT, Điều chỉnh mức lương cơ sở thì học sinh, sinh viên và ngân sách nhà nước không phải đóng bổ sung phần chênh lệch do Điều chỉnh mức đóng BHYT, mức lương cơ sở đối với thời gian còn lại mà học sinh, sinh viên đã đóng BHYT.
5. Phương thức đóng BHYT đối với người làm công tác khác trong tổ chức cơ yếu và thân nhân người làm công tác cơ yếu hưởng lương như đối với quân nhân của tổ chức cơ yếu các bộ khác, ngành, địa phương được thực hiện theo quy định tại Thông tư liên tịch số 41/2014/TTLT-BYT-BTC  ngày 24 tháng 11 năm 2014 của liên Bộ Y tế, Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện BHYT (sau đây viết tắt là Thông tư liên tịch số 41/2014/TTLT-BYT-BTC).