Việc lập, phân bổ, chấp hành và quyết toán kinh phí cho công tác phòng, chống thiên tai thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước năm 2015, Nghị định số 163/2016/NĐ-CP  ngày 21 tháng 12 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính. Ngoài ra, Thông tư này hướng dẫn một số nội dung như sau:
1. Lập dự toán:
Hàng năm, cùng với thời gian lập dự toán ngân sách nhà nước, các cơ quan, đơn vị được giao nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai, Văn phòng thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai, Ban Chỉ huy các cấp có trách nhiệm lập dự toán theo nội dung chi và mức chi quy định tại Điều 3, Điều 4 của Thông tư này và tổng hợp chung vào dự toán chi thường xuyên của Bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và Ủy ban nhân dân các cấp, gửi cơ quan tài chính cùng cấp để trình cấp có thẩm quyền xem xét, phê duyệt theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn.
a) Đối với Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm tổng hợp kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai và Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai trong dự toán ngân sách nhà nước của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; gửi Bộ Tài chính tổng hợp, báo cáo cấp có thẩm quyền theo quy định.
b) Đối với Ban Chỉ huy cấp Bộ
Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ chịu trách nhiệm tổng hợp kinh phí hoạt động của Ban Chỉ huy cấp Bộ, Văn phòng thường trực hoặc cơ quan chuyên môn làm nhiệm vụ của Văn phòng thường trực Ban Chỉ huy cấp Bộ trong dự toán ngân sách nhà nước của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ gửi Bộ Tài chính tổng hợp, báo cáo cấp có thẩm quyền theo quy định.
c) Đối với Ban Chỉ huy cấp tỉnh, huyện, xã
Đối với kinh phí của Ban Chỉ huy cấp tỉnh: Cơ quan, đơn vị được giao thực hiện nhiệm vụ Ban Chỉ huy cấp tỉnh lập dự toán kinh phí cho hoạt động phòng, chống thiên tai theo nhiệm vụ được giao và gửi Sở Tài chính để tổng hợp trình cấp có thẩm quyền quyết định.
Đối với kinh phí của Ban Chỉ huy cấp huyện, xã: Cơ quan, đơn vị được giao thực hiện nhiệm vụ thường trực Ban Chỉ huy cấp huyện hoặc bộ phận thường trực Ban Chỉ huy cấp xã lập dự toán kinh phí cho hoạt động phòng, chống thiên tai và tìm kiếm cứu nạn theo nhiệm vụ được giao, tổng hợp chung trong dự toán của cơ quan, đơn vị để gửi cơ quan tài chính cùng cấp xem xét, trình cấp có thẩm quyền quyết định.
2. Phân bổ, chấp hành dự toán
a) Việc phân bổ, chấp hành dự toán được thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn, Nghị định số 30/2017/NĐ-CP  ngày 21 tháng 3 năm 2017 của Chính phủ quy định tổ chức, hoạt động ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn, quy định tại Thông tư này; trong đó, phân bổ cụ thể kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai, Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống thiên tai; Ban Chỉ huy cấp Bộ; Văn phòng thường trực hoặc cơ quan chuyên môn làm nhiệm vụ của Văn phòng thường trực Ban Chỉ huy cấp Bộ; Ban Chỉ huy cấp tỉnh, huyện, xã; bộ phận làm nhiệm vụ của Văn phòng thường trực Ban Chỉ huy cấp tỉnh, huyện; bộ phận thường trực của Ban Chỉ huy cấp xã. Kinh phí phân bổ cho các nội dung chi quy định tại Điều 3 Thông tư này không trùng với kinh phí phân bổ cho các nội dung quy định tại Chương VI Nghị định số 30/2017/NĐ-CP  quy định về nguồn ngân sách, phân cấp nhiệm vụ chi ngân sách cho hoạt động ứng phó sự cố, thiên tai và tìm kiếm cứu nạn.
b) Việc rút dự toán, thanh toán thực hiện theo quy định tại Nghị định số 11/2020/NĐ-CP  ngày 20 tháng 01 năm 2020 của Chính phủ quy định về thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực Kho bạc Nhà nước và Thông tư số 62/2020/TT-BTC  ngày 22 tháng 6 năm 2020 của Bộ Tài chính hướng dẫn kiểm soát, thanh toán các khoản chi thường xuyên từ Ngân sách Nhà nước qua Kho bạc Nhà nước.
3. Quyết toán
a) Kinh phí hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương, Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương, Ban Chỉ huy cấp Bộ, Ban Chỉ huy cấp tỉnh, huyện, xã được tổng hợp chung vào quyết toán ngân sách nhà nước hàng năm của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (đối với Ban Chỉ đạo Trung ương, Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương), các Bộ, cơ quan trung ương (đối với Ban Chỉ huy cấp Bộ) và địa phương theo phân cấp ngân sách nhà nước (đối với Ban Chỉ huy cấp tỉnh, huyện, xã).
b) Trình tự lập, mẫu biểu báo cáo, thời gian nộp và xét duyệt báo cáo quyết toán thực hiện theo quy định tại Thông tư số 137/2017/TT-BTC  ngày 25 tháng 12 năm 2017 của Bộ Tài chính quy định xét duyệt, thẩm định, thông báo và tổng hợp quyết toán năm.