1. Sửa đổi khoản 3 và bổ sung khoản 5 Điều 2 như sau:
“3. Doanh nghiệp kinh doanh địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh.
5. Đại lý hải quan.”
2. Điều 3 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 3. Địa điểm làm thủ tục hải quan
Thực hiện theo quy định tại khoản 2 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP ngày 20/4/2018 của Chính phủ.”
3. Sửa đổi khoản 2 Điều 4 như sau:
“2. Người khai hải quan thực hiện khai hải quan theo phương thức điện tử. Trường hợp quy định tại khoản 12 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP, người khai hải quan được lựa chọn khai theo phương thức điện tử hoặc khai trên tờ khai hải quan giấy.”
4. Sửa đổi khoản 3, khoản 7, khoản 8, khoản 10 và bổ sung khoản 11 Điều 5 như sau:
“3. Chia nhóm hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo đúng quy định tại Điều 6 Thông tư này.
7. Căn cứ vào thông tin người gửi cung cấp, doanh nghiệp thực hiện khai các chỉ tiêu thông tin về vận đơn thứ cấp quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 3 Thông tư 50/2018/TT-BTC ngày 23/5/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành các chỉ tiêu thông tin, mẫu chứng từ khai báo khi làm thủ tục xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh đối với phương tiện qua cửa khẩu đường không, đường biên, đường sắt, đường bộ và cửa khẩu đường sông theo quy định tại Nghị định số 59/2018/NĐ-CP  ngày 20/4/2018 của Chính phủ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan trước khi dỡ hàng từ phương tiện nhập cảnh vào kho.
8. Cung cấp Bản lược khai hàng hóa (bản giấy) đối với hàng hóa nhập khẩu theo Mẫu số HQ05-BLKHH Phụ lục I Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này cho cơ quan hải quan trước khi xếp dỡ hàng hóa vào kho trong trường hợp không có dữ liệu thông tin trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
10. Gửi thông báo về thời gian thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa vào ngày lễ, ngày nghỉ và ngoài giờ làm việc thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc bằng văn bản đến cơ quan hải quan. Ngay sau khi nhận được thông báo, cơ quan hải quan có trách nhiệm phản hồi cho doanh nghiệp qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc bằng văn bản về việc bố trí làm thủ tục hải quan vào ngày nghỉ, ngày lễ và ngoài giờ làm việc. Thời gian gửi thông báo và phản hồi của cơ quan hải quan thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.
Trường hợp cần làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa của doanh nghiệp chuyển phát nhanh trong một khoảng thời gian cố định, không trùng với 08 giờ làm việc theo quy định, doanh nghiệp chuyển phát nhanh thông báo bằng văn bản tới cơ quan hải quan về khung giờ làm việc và khoảng thời gian áp dụng khung giờ làm việc để cơ quan hải quan bố trí làm thủ tục hải quan.
11. Cung cấp chứng từ thuộc hồ sơ hải quan cho chủ hàng để lưu giữ theo quy định trong Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh là người khai hải quan.”
5. Điều 6 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 6. Quy định về chia nhóm hàng hóa
1. Doanh nghiệp chuyển phát nhanh căn cứ vào hồ sơ, tài liệu của hàng hóa, thông tin do chủ hàng cung cấp và thông tin cảnh báo nội bộ về sự sai khác giữa thông tin khai báo của người gửi về hàng hóa, trị giá hàng hóa với thực tế hàng hóa và các chứng từ liên quan (nếu có) để thực hiện chia nhóm hàng hóa như sau:
a) Hàng hóa xuất khẩu được chia nhóm như sau:
a.1) Nhóm 1: Hàng hóa xuất khẩu là tài liệu, chứng từ không có giá trị thương mại;
a.2) Nhóm 2: Hàng hóa xuất khẩu thỏa mãn các điều kiện sau:
a.2.1) Có trị giá hải quan dưới năm triệu đồng Việt Nam (5.000.000 đồng);
a.2.2) Được miễn thuế xuất khẩu hoặc chịu thuế xuất khẩu với thuế suất là 0%;
a.2.3) Không thuộc mặt hàng phải có giấy phép xuất khẩu, kiểm tra chuyên ngành.
a.3) Nhóm 3: Hàng hóa xuất khẩu không thuộc nhóm 1, nhóm 2; hàng hóa thuộc nhóm 1, nhóm 2 nhưng chủ hàng hoặc người được chủ hàng ủy quyền yêu cầu tự làm thủ tục hải quan; hàng hóa có thông tin cảnh báo nội bộ của doanh nghiệp; hàng hóa có nghi ngờ về trị giá hải quan.
b) Hàng hóa nhập khẩu được chia nhóm như sau:
b.1) Nhóm 1: Hàng hóa nhập khẩu là tài liệu, chứng từ không có giá trị thương mại;
b.2) Nhóm 2: Hàng hóa nhập khẩu có trị giá hải quan trong định mức miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại khoản 2 Điều 29 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP và không thuộc mặt hàng phải có giấy phép nhập khẩu, kiểm tra chuyên ngành;
b.3) Nhóm 3: Hàng hóa nhập khẩu không thuộc nhóm 1, nhóm 2; hàng hóa thuộc nhóm 1, nhóm 2 nhưng chủ hàng hoặc người được chủ hàng ủy quyền yêu cầu tự làm thủ tục hải quan; hàng hóa có thông tin cảnh báo nội bộ của doanh nghiệp; hàng hóa có nghi ngờ về trị giá hải quan.
2. Trường hợp các thông tin trên hồ sơ, tài liệu của hàng hóa, thông tin do chủ hàng cung cấp không đủ căn cứ để chia nhóm hàng hóa, khai báo hải quan, doanh nghiệp chuyển phát nhanh thực hiện xem trước hàng hóa tại khu vực có camera giám sát, dưới sự giám sát của công chức hải quan:
a) Khi thông tin trên hồ sơ, tài liệu của hàng hóa có sự sai khác với hàng hóa thực tế, công chức hải quan lập 02 biên bản có xác nhận của doanh nghiệp, mỗi bên giữ 01 bản. Biên bản phải thể hiện được đúng tên hàng hóa và ghi rõ doanh nghiệp chịu trách nhiệm giữ nguyên trạng hàng hóa.
b) Người khai hải quan thực hiện chia nhóm, khai báo hải quan theo đúng thực tế hàng hóa hoặc cơ quan hải quan xử lý vi phạm trong trường hợp hàng hóa không được phép nhập khẩu theo quy định của pháp luật.
c) Người khai hải quan phải khai báo rõ số, ngày, tháng, năm của biên bản quy định tại điểm a khoản này trên tờ khai hải quan giấy tại cột Ghi chú theo Mẫu số HQ 01-TKTLCT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này hoặc tại ô số 32 trên mẫu HQ/2015/NK Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC  đối với tờ khai hải quan giấy hoặc tại chỉ tiêu thông tin phần ghi chú đối với tờ khai hải quan điện tử.
3. Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện tờ khai hải quan được khai báo theo nhóm hàng hóa không đúng theo quy định tại khoản 1 Điều này thì thực hiện xử lý theo quy định của pháp luật. Doanh nghiệp chuyển phát nhanh lưu giữ hàng hóa chia nhóm không đúng quy định tại khu vực riêng và tiếp tục làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa theo nhóm được chia đúng. Cơ quan hải quan kiểm tra thực tế đối với hàng hóa chia nhóm không đúng quy định khi làm thủ tục theo tờ khai hải quan mới.”
6. Điều 8 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 8. Hồ sơ hải quan
1. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa nhóm 1 quy định tại Điều 6 Thông tư này là Tờ khai tài liệu, chứng từ không có giá trị thương mại theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại phần A, mục I Phụ lục II Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp khai tờ khai hải quan giấy, hồ sơ hải quan là tờ khai tài liệu, chứng từ không có giá trị thương mại theo Mẫu số HQ 01-TKTLCT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.
2. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa nhóm 2 quy định tại Điều 6 Thông tư này:
a) Tờ khai hàng hóa nhập khẩu trị giá thấp đối với hàng hóa nhập khẩu hoặc Tờ khai hàng hóa xuất khẩu trị giá thấp đối với hàng hóa xuất khẩu theo chỉ tiêu thông tin tại phần A, mục II Phụ lục II Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp thực hiện trên tờ khai hải quan giấy theo quy định tại khoản 12 Điều 1 Nghị định 59/2018/NĐ-CP, doanh nghiệp nộp 02 bản chính tờ khai hải quan theo Mẫu số HQ/2015/XK hoặc Mẫu số HQ/2015/NK Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC  đã được khai theo hướng dẫn tại phần III Phụ lục II Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này.
b) Vận tải đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương đối với trường hợp hàng hóa vận chuyển bằng đường biển, đường hàng không, đường sắt, vận tải đa phương thức theo quy định của pháp luật (đối với hàng hóa nhập khẩu): 01 bản chụp;
c) Hóa đơn thương mại (nếu có): 01 bản chụp.
3. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa nhóm 3 quy định tại Điều 6 Thông tư này:
Thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.”
7. Điều 9 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 9. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhóm 1 quy định tại Điều 6 Thông tư này
1. Trách nhiệm của doanh nghiệp chuyển phát nhanh
a) Khai và gửi đầy đủ các thông tin trên tờ khai tài liệu, chứng từ không có giá trị thương mại theo quy định tại khoản 1 Điều 8 Thông tư này đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; nhận thông tin phản hồi từ Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, thực hiện khai và nộp cho cơ quan hải quan 02 tờ khai hải quan giấy theo Mẫu số HQ 01-TKTLCT Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.
b) Khai các chỉ tiêu thông tin được khai bổ sung quy định tại phần A, mục I Phụ lục II Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này trước khi tờ khai hải quan được thông quan:
b.1) Trường hợp khai hải quan điện tử: thực hiện khai bổ sung các chỉ tiêu thông tin tờ khai và gửi đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan kèm các chứng từ liên quan đến việc khai bổ sung.
b.2) Trường hợp khai hải quan giấy: thực hiện khai bổ sung, nộp 02 bản chính theo Mẫu số 03/KBS/GSQL Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC  và 01 bản chụp các chứng từ liên quan đến việc khai bổ sung cho cơ quan hải quan.
c) Xuất trình hồ sơ để cơ quan hải quan kiểm tra trong Trường hợp tờ khai hải quan được phân luồng vàng. Xuất trình hồ sơ và hàng hóa để cơ quan hải quan kiểm tra trong trường hợp tờ khai hải quan được phân luồng đỏ.
d) Thực hiện hủy tờ khai hải quan theo quy định tại Điều 13 Thông tư này.
đ) Thực hiện các quyết định của cơ quan hải quan theo quy định.
2. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan
a) Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ khai bổ sung (nếu có) trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc do người khai hải quan xuất trình. Kết quả kiểm tra phù hợp, thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định trong Trường hợp tờ khai hải quan được phân luồng vàng.
Kết quả kiểm tra hồ sơ không phù hợp hoặc tờ khai hải quan được phân luồng đỏ, thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa quy định tại điểm b khoản này.
b) Kiểm tra thực tế hàng hóa: Trường hợp kết quả kiểm tra hàng hóa phù hợp với hồ sơ hải quan, thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định. Trường hợp kết quả kiểm tra hàng hóa không phù hợp với hồ sơ hải quan, xử lý vi phạm theo quy định và thực hiện các thủ tục tiếp theo.
c) Thực hiện hủy tờ khai hải quan theo quy định tại Điều 13 Thông tư này.”
8. Điều 10 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 10. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhóm 2 quy định tại Điều 6 Thông tư này
1. Trường hợp khai hải quan điện tử:
a) Trách nhiệm của doanh nghiệp chuyển phát nhanh
a.1) Khai và gửi đầy đủ các chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu trị giá thấp, tờ khai hàng hóa xuất khẩu trị giá thấp theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 8 Thông tư này đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; nhận thông tin phản hồi từ Hệ thống xử lý dữ liệu điện từ hải quan.
a.2) Xuất trình hồ sơ để cơ quan hải quan kiểm tra đối với tờ khai hải quan được phân luồng vàng. Xuất trình hồ sơ và hàng hóa để cơ quan hải quan kiểm tra trong Trường hợp tờ khai hải quan được phân luồng đỏ.
a.3) Khai bổ sung
a.3.1) Thực hiện khai bổ sung đối với các trường hợp được khai bổ sung theo khoản 9 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC;
a.3.2) Thủ tục khai bổ sung:
Khai các chỉ tiêu thông tin được khai bổ sung theo hướng dẫn tại phần A và phần C, mục II Phụ lục II Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này và thực hiện thủ tục khai bổ sung quy định tại khoản 9 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
a.4) Thực hiện hủy tờ khai hải quan theo quy định tại Điều 13 Thông tư này.
a. 5) Thực hiện các quyết định của cơ quan hải quan.
b) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan:
b.1) Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ khai sửa đổi, bổ sung (nếu có) trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo quy định tại các Điều 23, Điều 24 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 12, khoản 13 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC; Điều 26 Thông tư số 38/2015/TT-BTC và khoản 9, khoản 14, khoản 15, khoản 16 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
b.2) Kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định về kiểm tra thực tế hàng hóa đối với những lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu khi làm thủ tục tại Chi cục Hải quan cửa khẩu theo khoản 18 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC và xử lý kết quả kiểm tra hải quan theo khoản 19 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
b.3) Thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định.
b.4) Thực hiện hủy tờ khai hải quan theo quy định tại Điều 13 Thông tư này.
2. Trường hợp khai tờ khai hải quan giấy theo quy định tại khoản 12 Điều 1 Nghị định số 59/2018/NĐ-CP thực hiện như sau:
a) Trách nhiệm của doanh nghiệp chuyển phát nhanh:
a.1) Thực hiện khai tờ khai hải quan giấy theo quy định tại điểm a khoản 2 Điều 8 Thông tư này;
a.2) Xuất trình hồ sơ hải quan và hàng hóa để kiểm tra theo quyết định của cơ quan hải quan;
a.3) Thực hiện thủ tục hải quan theo quy định tại Điều 11 Thông tư này theo từng số vận đơn không phù hợp với khai báo;
a.4) Đối với các trường hợp được khai bổ sung theo quy định tại khoản 9 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC, gửi 02 bản chính văn bản đề nghị khai bổ sung theo Mẫu số 03/KBS/GSQL Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC  và 01 bản chụp các chứng từ liên quan đến việc khai bổ sung cho Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan;
a.5) Đối với các trường hợp hủy tờ khai theo quy định tại khoản 1 Điều 13 Thông tư này, nộp 02 bản chính văn bản đề nghị hủy tờ khai hải quan theo Mẫu số 04/HTK/GSQL Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC  cho Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan;
a.6) Thực hiện các quyết định của cơ quan hải quan theo quy định;
a.7) Xác nhận hàng hóa đã qua khu vực giám sát hải quan trong trường hợp thực hiện giám sát hải quan đối với hàng hóa đưa vào, lưu giữ, đưa ra kho, địa điểm.
b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
b.1) Tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ hải quan của doanh nghiệp;
b.2) Chi cục trưởng quyết định việc kiểm tra hàng hóa qua máy soi theo nguyên tắc quản lý rủi ro:
b.2.1) Trường hợp kết quả kiểm tra hàng hóa không có dấu hiệu nghi vấn, thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định;
b.2.2) Trường hợp kết quả kiểm tra hàng hóa có dấu hiệu nghi vấn, công chức hải quan thực hiện kiểm tra trực tiếp thực tế hàng hóa theo từng vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương có dấu hiệu nghi vấn:
b.2.2.1) Kết quả kiểm tra hàng hóa phù hợp với khai báo, thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định;
b.2.2.2) Kết quả kiểm tra hàng hóa không phù hợp với khai báo, xử lý vi phạm và yêu cầu doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan theo quy định tại Điều 11 Thông tư này;
b.3) Tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung, ghi rõ ngày, giờ tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung; kiểm tra tính đầy đủ, phù hợp hồ sơ khai bổ sung; kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có); thông báo kết quả kiểm tra trên văn bản đề nghị khai bổ sung; trả cho người khai hải quan 01 bản văn bản đề nghị khai bổ sung có xác nhận của cơ quan hải quan;
b.4) Tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ đề nghị hủy tờ khai của doanh nghiệp; kiểm tra lý do, điều kiện và thông tin tờ khai hải quan đề nghị hủy; thông báo kết quả hủy tờ khai trên văn bản đề nghị hủy; trả cho người khai hải quan 01 bản văn bản đề nghị hủy tờ khai hải quan có xác nhận của cơ quan hải quan. Công chức hải quan gạch chéo bằng bút mực, ký tên, đóng dấu công chức lên tờ khai hải quan được hủy; lưu tờ khai hải quan được hủy theo thứ tự số đăng ký tờ khai hải quan;
b.5) Công chức hải quan cập nhật thông tin tờ khai đã xác nhận thông quan vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo quy định.”
9. Điều 11 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 11. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhóm 3 quy định tại Điều 6 Thông này
1. Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC  và sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC .
2. Về kiểm tra trị giá hải quan, xử lý kết quả kiểm tra trị giá hải quan và xác định xuất xứ hàng hóa thực hiện theo quy định pháp luật về trị giá hải quan, xác định xuất xứ đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
3. Thủ tục hủy tờ khai hải quan thực hiện theo quy định tại Điều 13 Thông tư này.”
10. Bổ sung Điều 12a như sau:
“Điều 12a. Giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh
1. Trách nhiệm của doanh nghiệp chuyển phát nhanh hoặc doanh nghiệp kinh doanh địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh trong việc đưa vào, lưu giữ, đưa ra kho, địa điểm đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu
1.1. Trường hợp có kết nối Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan
a) Quá trình xếp dỡ hàng hóa vào kho, địa điểm
a.1) Cập nhật thông tin thực tế hàng hóa đưa vào kho, địa điểm theo chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 01 Phụ lục III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp có thông tin về vận đơn thứ cấp trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, thời gian cập nhật thông tin chậm nhất 01 giờ sau khi hoàn thành việc xếp dỡ hàng hóa vào kho, địa điểm. Trường hợp không có thông tin về vận đơn thứ cấp trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, thực hiện cập nhật thông tin thực tế hàng hóa trước khi thực hiện chia nhóm hàng hóa.
a.2) Cập nhật thông tin hàng hóa sai khác (nếu có) theo chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 04 Phụ lục III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này và thông tin sửa đổi, bổ sung về vận đơn vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan trong trường hợp hàng hóa vào kho, địa điểm có sai khác về số lượng, trọng lượng hàng hóa so với thông tin khai báo trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b) Quá trình lưu giữ hàng hóa trong kho, địa điểm:
b.1) Trường hợp có sự thay đổi hàng hóa lưu giữ trong kho, địa điểm, cập nhật thông tin sửa đổi, bổ sung theo Mẫu số 02 hoặc thông tin hủy theo Mẫu số 03 Phụ lục III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b.2) Trường hợp hàng hóa không còn nguyên vẹn, bao bì rách, vỡ làm sai lệch số lượng, trọng lượng, phải được lưu giữ tại khu vực có camera giám sát; phối hợp với cơ quan hải quan để lập Biên bản bất thường; cập nhật thông tin theo chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 02 hoặc Mẫu số 03 Phụ lục III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
c) Quá trình đưa hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm
c.1) Tiếp nhận thông tin hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan từ Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
c.2) Chỉ được đưa hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm khi thông tin trên bao bì chứa hàng hóa phù hợp với thông tin hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan;
c.3) Xuất trình hàng hóa để cơ quan hải quan kiểm tra qua máy soi đối với hàng hóa nhóm 1, nhóm 2 trừ trường hợp hàng hóa đã thực hiện kiểm tra thực tế;
c.4) Không được đưa hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm khi nhận được Thông báo từ Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan về tạm dừng đưa hàng qua khu vực giám sát hải quan theo quy định tại khoản 32 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC. Thông báo cho người khai hải quan liên hệ cơ quan hải quan giải quyết theo quy định;
c.5) Ngay sau khi đưa hàng ra khỏi kho, địa điểm, cập nhật thông tin hàng hóa đưa ra khỏi kho, địa điểm theo chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 05 Phụ lục III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
c.6) Gửi thông tin đề nghị hủy xác nhận hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm theo chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 08 Phụ lục III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
1.2. Trường hợp chưa có kết nối Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan
a) Được đưa hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm trong trường hợp sau:
a.1) Đối với hàng hóa nhóm 1, nhóm 2: sau khi có xác nhận hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát của cơ quan hải quan trên Bảng kê tờ khai tài liệu, chứng từ không có giá trị thương mại xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan theo Mẫu số HQ 07-BKTKTL, Bảng kê chi tiết hàng hóa theo Mẫu số HQ06- BKCTHH hoặc Bảng kê tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trị giá thấp đã được thông quan theo Mẫu số HQ02-BKTKTGT Phụ lục I Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này;
a.2) Đối với hàng hóa nhóm 3: sau khi có xác nhận thông quan của cơ quan hải quan trên tờ khai hải quan giấy hoặc có xác nhận của công chức hải quan (ký tên, đóng dấu công chức) trên danh sách hàng hóa theo Mẫu số 30/DSHH/GSQL Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC ;
a.3) Đối với hàng hóa chuyển cửa khẩu: sau khi có xác nhận của công chức hải quan (ký tên, đóng dấu công chức) trên Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển;
b) Xuất trình hàng hóa để cơ quan hải quan kiểm tra qua máy soi đối với hàng hóa nhóm 1, nhóm 2 trừ trường hợp đã thực hiện kiểm tra thực tế;
c) Kiểm tra, đối chiếu sự phù hợp về số niêm phong (nếu có), số lượng và trọng lượng của thực tế hàng hóa với thông tin trên Bảng kê hoặc danh sách hàng hóa hoặc tờ khai hải quan giấy hoặc Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển để cho phép hàng hóa đưa ra khỏi khu vực giám sát hải quan. Trường hợp kết quả kiểm tra, đối chiếu không phù hợp thì thông báo ngay cho cơ quan hải quan để xử lý;
d) Không được đưa hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm khi nhận được Thông báo về tạm dừng đưa hàng qua khu vực giám sát hải quan theo quy định tại khoản 32 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC. Thông báo cho người khai hải quan liên hệ cơ quan hải quan giải quyết theo quy định;
đ) Lưu danh sách hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan theo Mẫu số 30/DSHH/GSQL Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC  đối với hàng hóa nhóm 3 thực hiện khai hải quan điện tử.
2. Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đưa vào, lưu giữ, đưa ra kho, địa điểm
2.1. Trường hợp có kết nối Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan
a) Quá trình xếp dỡ hàng hóa vào kho, địa điểm
Tiếp nhận thông tin hàng hóa đưa vào kho, địa điểm và thông tin hàng hóa sai khác (nếu có) trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b) Quá trình lưu giữ hàng hóa trong kho, địa điểm:
b.1) Tiếp nhận thông tin sửa đổi, bổ sung, thông tin hủy (nếu có); kiểm tra và phê duyệt hủy thông tin (nếu có) trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b.2) Kiểm tra, lập 02 Biên bản bất thường theo Mẫu số HQ 08-BBBT Phụ lục I Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này đồng thời thực hiện theo quy định tại điểm b.1 khoản này đối với hàng hóa không còn nguyên vẹn, bao bì rách, vỡ.
c) Quá trình đưa hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm
c.1) Gửi thông tin hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan và thông tin thay đổi trạng thái tờ khai hải quan (tạm dừng, bỏ tạm dừng; hủy) theo chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 06 hoặc Mẫu số 07 Phụ lục III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này vào Hệ thống của doanh nghiệp chuyển phát nhanh;
c.2) Thực hiện kiểm tra qua máy soi đối với hàng hóa nhóm 1, nhóm 2 trừ trường hợp đã thực hiện kiểm tra thực tế. Kết quả kiểm tra phù hợp với khai báo, xác nhận hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan; kết quả kiểm tra không phù hợp với khai báo, mở hàng hóa để kiểm tra trực tiếp theo quy định. Kết quả kiểm tra trực tiếp phù hợp với khai báo, xác nhận hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan; kết quả kiểm tra trực tiếp không phù hợp với khai báo, xử lý vi phạm theo quy định;
c.3) Hướng dẫn người khai hải quan hoàn thành thủ tục đối với lô hàng có thông báo tạm dừng hoặc chưa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan;
c.4) Tiếp nhận thông tin hàng hóa đưa ra khỏi kho, địa điểm từ Hệ thống của doanh nghiệp;
c.5) Xem xét, quyết định cho phép việc hủy xác nhận hàng hóa ra khỏi kho, địa điểm trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và gửi thông tin đến Hệ thống của doanh nghiệp chuyển phát nhanh.
2.2. Trường hợp chưa có kết nối Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan
a) Kiểm tra thông tin danh sách hàng hóa hoặc Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển do người khai hải quan cung cấp với thông tin trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
b) Đối với trường hợp phải niêm phong hải quan theo quy định tại khoản 28 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC và Điều 17 Thông tư này thực hiện:
b.1) Đối với hàng hóa nhập khẩu đưa ra khỏi kho, địa điểm để vận chuyển đến địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh khác:
b.1.1) Kiểm tra tình trạng bên ngoài của hàng hóa, niêm phong của người vận chuyển (nếu có) với thông tin tờ khai hải quan trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, vận đơn (nếu có);
b.1.2) Lập Biên bản bàn giao gửi cơ quan hải quan nơi hàng hóa được vận chuyển đến để tiếp tục làm thủ tục hải quan theo quy định;
b.1.3) Niêm phong và xác nhận đã niêm phong hải quan (nếu có) trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Trường hợp là hàng rời, hàng cồng kềnh, hàng siêu trường, siêu trọng không thể niêm phong được, công chức hải quan ghi chú tình trạng “hàng không đủ điều kiện niêm phong”, ghi rõ các thông tin khác (nếu có) về hàng hóa như tên hàng, số lượng, chủng loại, ký mã hiệu, xuất xứ trên Biên bản bàn giao hoặc chụp ảnh nguyên trạng hàng hóa gửi kèm Biên bản bàn giao (nếu thấy cần thiết).
b.2) Đối với hàng hóa xuất khẩu đưa vào kho, địa điểm: Kiểm tra, xác nhận tình trạng niêm phong hải quan (nếu có) trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan; xác nhận hàng hóa đến trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
c) Thực hiện kiểm tra qua máy soi đối với hàng hóa nhóm 1, nhóm 2 trừ trường hợp đã thực hiện kiểm tra thực tế. Kết quả kiểm tra phù hợp với khai báo, xác nhận hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan; kết quả kiểm tra không phù hợp với khai báo, mở hàng hóa để kiểm tra trực tiếp theo quy định. Kết quả kiểm tra trực tiếp phù hợp với khai báo, xác nhận hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan; kết quả kiểm tra trực tiếp không phù hợp với khai báo, xử lý vi phạm theo quy định;
d) Hướng dẫn người khai hải quan hoàn thành thủ tục đối với lô hàng có thông báo tạm dừng hoặc chưa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan;
đ) Trường hợp hàng hóa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan, sau khi xác nhận hàng hóa qua khu vực giám sát trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, công chức hải quan xác nhận (ký tên, đóng dấu công chức) trên chứng từ đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan. Trường hợp sử dụng tờ khai vận chuyển độc lập, trên cơ sở thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển do người khai hải quan cung cấp, công chức hải quan xác nhận (ký tên, đóng dấu công chức) trên trang đầu của thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển và giao người khai hải quan;
Trường hợp hàng hóa chưa đủ điều kiện qua khu vực giám sát hải quan thì hướng dẫn người khai hoàn thành thủ tục hải quan theo quy định;
e) Xác nhận hàng qua khu vực giám sát hải quan hoặc cập nhật thông tin hàng vận chuyển đi trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan sau khi hàng hóa đã qua khu vực giám sát hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu. Xác nhận hàng qua khu vực giám sát hải quan trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan sau khi hàng hóa đã xếp lên phương tiện vận tải đối với hàng hóa xuất khẩu.
3. Việc giám sát hàng hóa vận chuyển từ cửa khẩu nhập về địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh và ngược lại thực hiện theo quy định về giám sát đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra kho hàng không kéo dài quy định tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC .”
11. Sửa đổi khoản 2, 3 Điều 12 như sau:
“2. Đối với hàng hóa xuất khẩu nhưng không phát được cho người nhận, phải nhập khẩu trở lại để trả cho người gửi
a) Trách nhiệm của doanh nghiệp chuyển phát nhanh:
a.1) Thực hiện thủ tục hải quan như đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại Điều 11 Thông tư này. Khi khai tờ khai hải quan, ghi rõ số tờ khai xuất khẩu ban đầu tại ô số 32 trên Mẫu số HQ/2015/NK Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC  (đối với tờ khai hải quan giấy), tại chỉ tiêu thông tin Phần ghi chú (đối với tờ khai điện tử).
a.2) Nộp hồ sơ cho cơ quan hải quan:
a.2.1) Hồ sơ hải quan quy định tại khoản 3 Điều 8 Thông tư này, trừ giấy phép nhập khẩu, văn bản thông báo kết quả kiểm tra chuyên ngành;
a.2.2) Văn bản của doanh nghiệp chuyển phát nhanh nước ngoài thông báo hàng hóa bị trả lại do không có người nhận lại: 01 bản chụp;
a.2.3) Tờ khai hải quan xuất khẩu ban đầu: 01 bản chụp đối với trường hợp khai trên tờ khai hải quan giấy.
a.3) Thực hiện thủ tục hoàn thuế, không thu thuế, xử lý thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.
b) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan:
b.1) Tiếp nhận hồ sơ do doanh nghiệp chuyển phát nhanh nộp;
b.2) Kiểm tra, đối chiếu thông tin tờ khai xuất khẩu ban đầu với thông tin khai báo trên tờ khai nhập khẩu. Trường hợp kết quả kiểm tra phù hợp, thực hiện quy định tại điểm b.3 và điểm b.4 khoản này. Trường hợp kết quả kiểm tra không phù hợp, yêu cầu doanh nghiệp bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Doanh nghiệp không bổ sung, hoàn thiện được hồ sơ thì thực hiện thủ tục như đối với hàng hóa nhập khẩu bao gồm các quy định về chính sách thuế, chính sách mặt hàng đối với hàng hóa nhập khẩu;
b.3) Thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại Điều 11 Thông tư này;
b.4) Thực hiện thủ tục hoàn thuế, không thu thuế, xử lý thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.
3. Đối với hàng hóa nhập khẩu phải hoàn nước gốc:
a) Trường hợp chưa đăng ký tờ khai hải quan hoặc Tờ khai hải quan đã được đăng ký nhưng chưa được thông quan:
a.1) Trách nhiệm của doanh nghiệp chuyển phát nhanh
a.1.1) Gửi văn bản cho Chi cục Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa phải gửi hoàn nước gốc trong đó nêu rõ: lý do chuyển hoàn, đề nghị được tái xuất, số vận tải đơn khi đưa hàng vào Việt Nam (nếu có); dự kiến thời gian chuyển hoàn, cửa khẩu tái xuất, phương tiện vận tải vận chuyển hàng tái xuất.
a.1.2) Trường hợp địa điểm lưu giữ hàng hóa phải gửi hoàn nước gốc không thuộc địa bàn quản lý của Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất thì thực hiện khai báo tờ khai vận chuyển độc lập để vận chuyển hàng hóa từ địa điểm lưu giữ hàng hóa đến cửa khẩu xuất.
a.2) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa phải gửi hoàn nước gốc
a.2.1) Tiếp nhận, kiểm tra văn bản của doanh nghiệp;
a.2.2) Địa điểm lưu giữ hàng hóa thuộc địa bàn quản lý của Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất:
a.2.2.1) Trường hợp không có nghi vấn, thực hiện giám sát việc tái xuất hàng hóa;
a.2.2.2) Trường hợp có dấu hiệu nghi vấn, kiểm tra thực tế toàn bộ lô hàng: Kết quả kiểm tra phù hợp, không có thông tin nghi vấn khác thì chấp thuận tái xuất. Nếu hàng hóa không đúng nội dung trên vận tải đơn hoặc có thông tin khẳng định lô hàng có vi phạm thì xử lý theo quy định.
a.2.3) Địa điểm lưu giữ hàng hóa không thuộc địa bàn quản lý của Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất:
a.2.3.1) Trường hợp không có nghi vấn, thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa vận chuyển độc lập để vận chuyển hàng hóa từ địa điểm lưu giữ hàng hóa đến cửa khẩu xuất;
a.2.3.2) Trường hợp có dấu hiệu nghi vấn, kiểm tra thực tế toàn bộ lô hàng: Kết quả kiểm tra phù hợp và không có thông tin nghi vấn khác thì thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa vận chuyển độc lập để vận chuyển hàng hóa đến cửa khẩu xuất. Nếu hàng hóa không đúng nội dung trên vận tải đơn hoặc có thông tin khẳng định lô hàng có vi phạm thì xử lý theo quy định.
a.2.4) Hủy tờ khai hải quan trong trường hợp đã đăng ký tờ khai hải quan nhưng chưa được thông quan theo quy định.
b) Trường hợp tờ khai hải quan đã được thông quan
b.1) Trách nhiệm của doanh nghiệp chuyển phát nhanh
b.1.1) Gửi hồ sơ hải quan cho cơ quan hải quan:
b.1.1.1) Hồ sơ hải quan quy định tại khoản 3 Điều 8 Thông tư này, trừ giấy phép xuất khẩu, văn bản thông báo kết quả kiểm tra chuyên ngành;
b.1.1.2) Tờ khai hải quan nhập khẩu ban đầu: 01 bản chụp đối với trường hợp khai trên tờ khai hải quan giấy.
b.1.2) Thực hiện thủ tục hải quan như đối với hàng hóa xuất khẩu theo quy định tại Điều 11 Thông tư này. Khi khai tờ khai hải quan, ghi rõ số tờ khai nhập khẩu ban đầu tại ô số 26 trên mẫu HQ/2015/XK Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư số 38/2015/TT-BTC  (đối với tờ khai hải quan giấy), tại chỉ tiêu thông tin Phần ghi chú (đối với tờ khai hải quan điện tử).
b.1.3) Thực hiện thủ tục hoàn thuế, không thu thuế, xử lý thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.
b.2) Trách nhiệm của Chi cục Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa phải gửi hoàn nước gốc
b.2.1) Tiếp nhận hồ sơ hải quan do doanh nghiệp chuyển phát nhanh nộp;
b.2.2) Kiểm tra, đối chiếu thông tin tờ khai nhập khẩu ban đầu với thông tin khai báo trên tờ khai xuất khẩu. Trường hợp kết quả kiểm tra, đối chiếu phù hợp, thực hiện quy định tại điểm b.2.3, điểm b.2.4 và điểm b.2.5 khoản này. Trường hợp kết quả kiểm tra, đối chiếu không phù hợp, yêu cầu doanh nghiệp bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Doanh nghiệp không bổ sung, hoàn thiện được hồ sơ thì thực hiện thủ tục như đối với hàng hóa xuất khẩu bao gồm các quy định về chính sách thuế, chính sách mặt hàng đối với hàng xuất khẩu;
b.2.3) Thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu quy định tại Điều 11 Thông tư này;
b.2.4) Kiểm tra thực tế hàng hóa đối với hàng hóa nhập khẩu đã đưa qua khu vực giám sát;
b.2.5) Thực hiện thủ tục hoàn thuế, không thu thuế, xử lý thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.”
12. Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 13. Hủy tờ khai
1. Các trường hợp hủy tờ khai:
a) Các trường hợp theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC
b) Tờ khai hải quan đã đăng ký nhưng chưa thông quan hàng hóa phải hoàn nước gốc.
c) Khai nhiều tờ khai hải quan cho cùng một lô hàng hóa (khai trùng thông tin tờ khai).
d) Hàng hóa nhập khẩu đã khai tờ khai hải quan và hoàn thành thủ tục tiêu hủy tại Việt Nam theo quy định.
đ) Đối với hàng hóa nhóm 1 và nhóm 2, ngoài các trường hợp quy định tại điểm a, điểm b, điểm c và điểm d khoản này, tờ khai hải quan điện tử được hủy trong các trường hợp sau:
đ.1) Tờ khai hải quan được khai báo theo nhóm hàng hóa không đúng quy định tại Điều 6 Thông tư này sau khi xử lý vi phạm theo đúng quy định.
đ.2) Tờ khai hải quan khai sai các chỉ tiêu thông tin không được phép khai sửa đổi, bổ sung quy định tại phần B mục I, phần B mục II Phụ lục II Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này, trừ trường hợp: tờ khai hải quan nhập khẩu đã được thông quan hoặc giải phóng hàng và hàng hóa đã qua khu vực giám sát hải quan; tờ khai hải quan xuất khẩu đã thông quan hoặc giải phóng hàng và hàng hóa thực tế đã xuất khẩu.
2. Thủ tục hủy tờ khai hải quan
a) Đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 1 Điều này, thực hiện hủy tờ khai hải quan theo quy định tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
b) Đối với trường hợp quy định tại điểm b khoản 1 Điều này, thực hiện hủy tờ khai như đối với trường hợp tờ khai hải quan đã được đăng ký nhưng chưa được thông quan do Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố và tờ khai hải quan giấy thay thế đã được thông quan hoặc giải phóng hàng hoặc đưa hàng về bảo quản quy định tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
c) Đối với Trường hợp quy định tại điểm c, điểm đ.2 khoản 1 Điều này, thực hiện hủy tờ khai hải quan như đối với trường hợp hủy tờ khai hải quan theo yêu cầu của người khai hải quan quy định tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
d) Đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 1 Điều này, thực hiện hủy tờ khai hải quan như đối với Trường hợp tờ khai hải quan đã đăng ký nhưng hàng hóa không đáp ứng các quy định về quản lý, kiểm tra chuyên ngành, sau khi xử lý vi phạm với hình thức phạt bổ sung là buộc phải tái xuất hoặc tiêu hủy quy định tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
đ) Đối với Trường hợp quy định tại điểm đ.1 khoản 1 Điều này, doanh nghiệp chuyển phát nhanh phải thực hiện hủy tờ khai hải quan trước khi khai tờ khai hải quan mới. Thủ tục hủy tờ khai hải quan được thực hiện như đối với Trường hợp tờ khai hải quan không có giá trị làm thủ tục hải quan quy định tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.”
13. Sửa đổi khoản 2 Điều 14 như sau:
“2. Doanh nghiệp chuyển phát nhanh được ủy quyền nộp thuế; tiền phạt; tiền chậm nộp; tiền thuế ấn định; phí hải quan; lệ phí hàng hóa quá cảnh thay cho chủ hàng theo quy định pháp luật.
Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh dự kiến phát sinh phải nộp thuế; tiền phạt; tiền chậm nộp; tiền thuế ấn định; phí hải quan; lệ phí hàng hóa quá cảnh thay cho chủ hàng thì nộp vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc Nhà nước.”
14. Điều 15 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 15. Xử lý tiền thuế
1. Cơ quan hải quan thực hiện miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các loại thuế khác (nếu có) đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại các văn bản pháp luật về thuế và quản lý thuế.
2. Cơ quan hải quan xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo quy định tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.”
15. Điều 16 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 16. Ấn định thuế
1. Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh thay mặt chủ hàng nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong thông quan hoặc sau thông quan thì doanh nghiệp chuyển phát nhanh chịu trách nhiệm nộp tiền thuế ấn định theo quy định.
2. Trường hợp chủ hàng nộp thuế hoặc do bên khác được chủ hàng ủy quyền nộp thuế (không phải doanh nghiệp chuyển phát nhanh) đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong thông quan hoặc sau thông quan thì chủ hàng hoặc bên được ủy quyền chịu trách nhiệm nộp tiền thuế ấn định theo quy định.
3. Các trường hợp cơ quan hải quan ấn định thuế, thủ tục, trình tự ấn định thuế thực hiện theo quy định tại Điều 48 Thông tư số 38/2015/TT-BTC và khoản 27 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.”
16. Điều 17 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 17. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh
1. Quy định chung
a) Hàng hóa xuất khẩu chuyển cửa khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh là hàng hóa xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục hải quan được vận chuyển từ địa điểm làm thủ tục xuất khẩu hàng hóa đến địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh hoặc từ địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh này đến địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh khác hoặc từ địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh đến cửa khẩu xuất.
b) Hàng hóa nhập khẩu chuyển cửa khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh là hàng hóa nhập khẩu chưa làm thủ tục hải quan được vận chuyển từ cửa khẩu nhập (nơi hàng hóa đến Việt Nam) đến địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh hoặc từ địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng chuyển phát nhanh này đến địa điểm tập kết, kiểm tra giám sát tập trung đối với hàng chuyển phát nhanh khác.
c) Địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh quy định tại điểm a và điểm b khoản này là địa điểm được được công nhận theo quy định tại Nghị định số 68/2016/NĐ-CP  ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định về điều kiện kinh doanh hàng miễn thuế, kho bãi, địa điểm làm thủ tục hải quan, tập kết, kiểm tra, giám sát hải quan.
d) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu được vận chuyển đúng tuyến đường, đúng thời gian quy định ghi trong hồ sơ hải quan và chịu sự giám sát hải quan theo phương thức niêm phong hải quan. Trong quá trình vận chuyển, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu phải đảm bảo nguyên trạng và niêm phong hải quan.
Trường hợp bất khả kháng mà không bảo đảm được nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan hoặc không vận chuyển hàng hóa theo đúng tuyến đường, lộ trình, thời gian hoặc thay đổi phương tiện vận chuyển hàng hóa do sự cố bất khả kháng thì doanh nghiệp chuyển phát nhanh, doanh nghiệp quản lý hàng hóa ra vào kho, địa điểm áp dụng các biện pháp cần thiết để hạn chế, ngăn ngừa tổn thất xảy ra và thông báo ngay với cơ quan hải quan theo số điện thoại đường dây nóng trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan. Trường hợp không thể thông báo ngay với cơ quan hải quan thì tùy theo địa bàn thích hợp thông báo với cơ quan công an, bộ đội biên phòng, cảnh sát biển để xác nhận, sau đó thông báo với cơ quan hải quan để xử lý theo quy định.
2. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh
a) Hồ sơ hải quan
a.1) Tờ khai vận chuyển độc lập theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 07 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC .
a.2) Vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương theo quy định của pháp luật (trừ hàng hóa xuất khẩu): 01 bản chụp.
Trường hợp toàn bộ hàng hóa đã được khai trên Bản lược khai hàng hóa điện tử trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, nếu người khai hải quan khai mã hồ sơ do cơ quan hải quan thông báo trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tại tiêu chí “Ghi chú 1” thì không phải nộp bản chụp vận đơn trong bộ hồ sơ hải quan.
b) Trách nhiệm của người khai hải quan, Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi, Chi cục Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến: Thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh đi qua lãnh thổ Việt Nam tại khoản 29 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
Đối với trách nhiệm của người khai hải quan: được khai bổ sung chỉ tiêu thông tin “phương tiện vận chuyển” tại mục 6.3 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 39/2018/TT-BTC  về các chỉ tiêu thông tin được phép khai bổ sung sau khi hàng hóa được cơ quan hải quan xác nhận đủ điều kiện vận chuyển đi trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (BOA) và trước thời điểm cơ quan hải quan cập nhật thông tin hàng đến trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (BIA).
c) Việc niêm phong hải quan, khai bổ sung hồ sơ hải quan và hủy tờ khai vận chuyển độc lập: Thực hiện theo quy định tại khoản 28 Điều 1 Thông tư 39/2018/TT-BTC.
3. Doanh nghiệp kinh doanh địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh là đại lý làm thủ tục hải quan được thực hiện thủ tục hải quan theo hình thức vận chuyển độc lập đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế chuyển cửa khẩu theo hợp đồng ký với doanh nghiệp chuyển phát nhanh.”
17. Điều 18 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 18. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu hoặc hàng hóa xuất khẩu đóng ghép hàng hóa quá cảnh gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh
Thực hiện theo quy định về thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh chia tách, đóng chung container, toa xe chở hàng với hàng hóa xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục hải quan, hàng hóa dự kiến nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu gửi qua dịch vụ bưu chính, chuyển phát nhanh tại khoản 29 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.”
18. Sửa đổi, bổ sung điểm b khoản 1 Điều 19 như sau:
“b) Giao hàng cho doanh nghiệp chuyển phát nhanh.”
19. Sửa cụm từ “lệ phí hải quan” tại Chương III Thông tư số 191/2015/TT-BTC thành “phí hải quan, lệ phí hàng hóa quá cảnh”.
20. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại các Phụ lục ban hành kèm theo Thông tư số 191/2015/TT-BTC  như sau:
a) Sửa đổi Mẫu số HQ 02-BKTKGT Phụ lục I thành Mẫu số HQ 02- BKTKTGT Phụ lục 1 Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này;
b) Bổ sung Mẫu số HQ 05-BLKHH, Mẫu số HQ 06-BKCTHH, Mẫu số HQ 07-BKTKTL, Mẫu số HQ 08-BBBT tại Phụ lục I Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này;
c) Sửa đổi Phụ lục II, III thành Phụ lục II, III Danh mục 2 ban hành kèm theo Thông tư này.