Khoản 2. Trách nhiệm của cơ quan hải quan
a) Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị không thu thuế thực hiện tiếp nhận và xử lý hồ sơ thông qua Hệ thống. Trường hợp tiếp nhận hồ sơ bản giấy, cơ quan hải quan đóng dấu tiếp nhận, vào sổ theo dõi.
b) Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ đề nghị không thu thuế, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ đề nghị không thu thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 3 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp bản giấy thì thông báo theo Mẫu số 04/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp cần giải trình, bổ sung, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp bản giấy thì thông báo theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.
c) Trình tự, thủ tục không thu thuế: c.1) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng tái nhập, tái xuất không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn và người nộp thuế nộp hồ sơ không thu thuế tại thời điểm làm thủ tục hải quan: Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế người nộp thuế đề nghị không thu thuế thực hiện kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa (trừ doanh nghiệp ưu tiên) nếu có đủ cơ sở xác định hàng hóa tái nhập là hàng hóa đã xuất khẩu trước đây, hàng hóa tái xuất là hàng hóa đã nhập khẩu trước đây thì ban hành Quyết định không thu thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tái nhập, không thu thuế xuất khẩu đối với hàng hóa tái xuất trong thời hạn làm thủ tục hải quan. Thời hạn làm thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan. c.2) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu của lô hàng tái nhập, tái xuất có phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn: c.2.1) Trường hợp hàng hóa tái nhập, tái xuất không cùng cửa khẩu với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu: Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa tái nhập, tái xuất ban hành Quyết định không thu thuế lô hàng tái nhập hoặc tái xuất sau khi cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế xuất khẩu, nhập khẩu người nộp thuế đề nghị hoàn đã xác định đủ điều kiện hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu hoặc nhập khẩu lần đầu. Số tiền thuế đã nộp của hàng hóa tái nhập hoặc tái xuất được xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 10 Thông tư này. c.2.2) Trường hợp hàng hóa tái nhập, tái xuất cùng cửa khẩu với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu: Cơ quan hải quan nơi hàng hóa tái nhập, tái xuất tiếp nhận, làm thủ tục không thu thuế hàng hóa tái nhập, tái xuất sau khi hoàn thành thủ tục hoàn thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu. c.3) Trường hợp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu không phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn nhưng người nộp thuế đã nộp thuế đối với tờ khai tái nhập, tái xuất và nộp hồ sơ đề nghị không thu thuế sau khi hàng hóa tái nhập, tái xuất đã được thông quan: c.3.1) Người nộp thuế nộp hồ sơ đề nghị không thu thuế theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều này. c.3.2) Cơ quan hải quan tiếp nhận, xử lý hồ sơ không thu thuế hàng hóa tái nhập, tái xuất theo quy định tại điểm a, điểm b khoản 2 Điều này. c.3.3) Số tiền thuế đã nộp của hàng hóa tái nhập hoặc tái xuất được xử lý tiền thuế nộp thừa theo quy định tại Điều 10 Thông tư này.
d) Thẩm quyền ban hành Quyết định không thu thuế Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phát sinh số tiền thuế người nộp thuế đề nghị không thu thuế, có thẩm quyền ban hành quyết định không thu thuế.