Điều 6. Tổ chức thực hiện
1. Lập sổ thuế hàng năm: Căn cứ sổ thuế Sử dụng đất nông nghiệp năm 2010 và tình tình thực tế tại địa phương, Chi cục thuế phối hợp với Uỷ ban nhân dân cấp xã xác định đối tượng được miễn thuế, đối tượng được giảm thuế, đối tượng phải nộp 100% thuế sử dụng đất nông nghiệp từ năm 2011 trở đi để lập sổ thuế như sau:
1.1. Lập sổ thuế gốc để theo dõi đối tượng Sử dụng đất nông nghiệp: Sổ thuế gốc được lập phải thể hiện toàn bộ diện tích đất sản xuất nông nghiệp của tổ chức, hộ gia đình, cá nhân gồm: Tổng diện tích đất sản xuất nông nghiệp của tổ chức, hộ gia đình, cá nhân; diện tích đất nông nghiệp thuộc diện miễn thuế quy định tại Điều 1 Nghị định số 20/2011/NĐ-CP; diện tích đất nông nghiệp thuộc diện được giảm thuế Sử dụng đất nông nghiệp quy định tại Điều 2 Nghị định số 20/2011/NĐ-CP; diện tích đất vượt hạn mức nhận chuyển quyền Sử dụng đất nông nghiệp phải nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp 100% và các trường hợp phải nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp 100% khác. Sau khi Sổ thuế gốc được lập xong, trích chuyển phần diện tích được giảm thuế 50% (phải nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp 50% số thuế ghi thu) và phần diện tích phải nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp 100% sang sổ thuế theo dõi thu quy định tại điểm 1.2 dưới đây để quản lý thu thuế. Đối tượng được miễn thuế chỉ phải lập hồ sơ thủ tục xét miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp một lần cho nhiều năm. Người nộp thuế đã lập hồ sơ thủ tục xét miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp và đã có tên trong sổ thuế gốc miễn thuế từ năm 2010, nay thuộc đối tượng được miễn thuế theo Nghị định số 20/2011/NĐ-CP thì không phải kê khai lại và làm lại hồ sơ xét miễn thuế, cơ quan thuế thực hiện chuyển sổ theo dõi từ sổ thuế năm 2010 sang sổ thuế năm 2011. Trường hợp trong năm nếu có sự thay đổi về căn cứ tính thuế thì người nộp thuế phải thực hiện kê khai lại và nộp cho Uỷ ban nhân dân cấp xã để điều chỉnh sổ thuế. Đối tượng thuộc diện được miễn thuế theo sổ thuế gốc là căn cứ để theo dõi đối tượng được miễn thuế từ năm thuế 2011 đến năm thuế 2020.
1.2. Lập sổ thuế để theo dõi đối tượng phải nộp 50% và đối tượng phải nộp 100% thuế sử dụng đất nông nghiệp hàng năm (gọi là Sổ theo dõi thu thuế). Căn cứ sổ theo dõi thu thuế, cơ quan thuế thực hiện theo dõi thu nộp và xét giảm thuế hàng năm theo quy định hiện hành. Sổ theo dõi thu thuế được lập một lần (trích chuyển ra từ Sổ thuế gốc). Trường hợp trong năm nếu có sự thay đổi về căn cứ thuế thì người nộp thuế phải thực hiện kê khai lại và nộp hồ sơ kê khai cho Uỷ ban nhân dân cấp xã để điều chỉnh sổ thuế. Việc quyết toán thuế sử dụng đất nông nghiệp và quy trình lập sổ thuế đối với đối tượng phải nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 89-TC/TCT ngày 9/11/1993 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 74/CP ngày 25/10/1993 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp.
2. Đối với các hộ gia đình, cá nhân là nông, lâm trường viên, xã viên HTX nhận đất khoán ổn định của nông trường, lâm trường: Trường hợp đang được miễn, giảm thuế theo Nghị quyết 15/2003/QH11 ngày 17/6/2003 của Quốc hội thì thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 6 Thông tư này. Trường hợp chưa được miễn, giảm thuế theo Nghị quyết 15/2003/QH11, nay thuộc đối tượng miễn, giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp theo Nghị quyết 55/2010/QH12 và Nghị định 20/2011/NĐ-CP thì thực hiện như sau: Chi cục thuế phối hợp với các nông, lâm trường phát tờ khai tính thuế sử dụng đất nông nghiệp cho hộ nhận khoán; kiểm tra đối chiếu tờ khai tính thuế với hợp đồng giao khoán về diện tích đất, hạng đất và số thuế sử dụng đất nông nghiệp ghi thu hàng năm của từng hộ và đưa vào sổ thuế gốc làm căn cứ xét duyệt miễn, giảm thuế trực tiếp đến từng hộ nộp thuế.
3. Đối với các hộ gia đình, cá nhân góp ruộng đất vào thành lập Hợp tác xã sản xuất nông nghiệp, cơ quan Thuế căn cứ vào giấy chứng nhận quyền sử dụng đất sản xuất nông nghiệp của từng hộ, trường hợp chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất thì căn cứ vào kê khai của từng hộ khi gia nhập Hợp tác xã có xác nhận của Uỷ ban nhân dân cấp xã để lập sổ thuế gốc theo quy định tại khoản 1 Điều này.
4. Đối với các hộ gia đình, cá nhân có diện tích đất sản xuất nông nghiệp ở các xã khác nhau thì thực hiện như sau: Trình tự xét miễn thuế Sử dụng đất nông nghiệp ở các xã nơi hộ sản xuất nông nghiệp không có hộ khẩu thường trú trước; Sau đó mới xét miễn thuế cho phần diện tích đất sản xuất nông nghiệp ở xã nơi hộ nộp thuế có hộ khẩu thường trú, cụ thể là: Hộ có diện tích đất sản xuất nông nghiệp ở các xã khác nhau có trách nhiệm kê khai vào tờ khai ban hành kèm theo Thông tư này có xác nhận của Uỷ ban nhân dân cấp xã nơi có đất sản xuất nông nghiệp về diện tích đất, hạng đất tính thuế, số thuế đã được miễn, giảm. Căn cứ vào xác nhận này, Uỷ ban nhân dân cấp xã nơi hộ có hộ khẩu thường trú cộng toàn bộ diện tích để xác định diện tích đất sản xuất nông nghiệp trong hạn mức được miễn thuế và diện tích đất vượt hạn mức giao đất nông nghiệp nhưng không quá hạn mức nhận chuyển quyền sử dụng đất nông nghiệp được giảm thuế Sử dụng đất nông nghiệp, diện tích đất vượt hạn mức nhận chuyển quyền sử dụng đất nông nghiệp phải nộp 100% thuế nông nghiệp, xác nhận đối tượng và diện tích được miễn, giảm cụ thể của từng hộ sau đó thông báo bằng văn bản cho Chi cục Thuế huyện để thực hiện việc miễn, giảm thuế Sử dụng đất nông nghiệp và thông báo cho Uỷ ban nhân dân cấp xã nơi hộ có đất sản xuất nông nghiệp biết để theo dõi quản lý. Trường hợp hộ có đất sản xuất nông nghiệp ở địa phương khác nơi đăng ký hộ khẩu thường trú, nhưng hộ không kê khai và không có xác nhận của Uỷ ban nhân dân cấp xã nơi hộ có đất sản xuất nông nghiệp và gửi cho Uỷ ban nhân dân cấp xã nơi có hộ khẩu thường trú thì không được xét miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp, mà chỉ được xét giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp đối với diện tích không vượt quá hạn mức nhận chuyển quyền sử dụng đất nông nghiệp, diện tích đất vượt hạn mức nhận chuyển quyền sử dụng đất nông nghiệp phải nộp 100% thuế nông nghiệp. Ví dụ 3: Hộ Ông A là nông dân có 2 ha đất trồng cây hàng năm ở xã H, tỉnh B nơi Ông có hộ khẩu thường trú thuộc Đông Nam bộ (hạn mức đất sản xuất nông nghiệp cây hàng năm được quy định là 3 ha, hạn mức nhận chuyển quyền sử dụng đất nông nghiệp là 20 ha). Ở xã K nơi ông A không có hộ khẩu thường trú có diện tích đất trồng cây hàng năm là 4 ha và đã được Uỷ ban nhân dânxã K xác nhận; thuế ghi thu bình quân trên toàn bộ diện tích là 500 kg/ha. Căn cứ vào xác nhận của Uỷ ban nhân dân xã K về đất sản xuất nông nghiệp của Ông A là 4 ha. Uỷ ban nhân dân xã H xác định tổng diện tích đất sản xuất nông nghiệp trồng cây hàng năm của Ông A là 6 ha. Theo quy định Ông A được miễn, giảm thuế như sau: Ông A được miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp cho 3 ha đất trong hạn mức ở xã K, còn 3 ha đất vượt hạn mức (1 ha ở xã K và 2 ha ở xã H) được giảm 50% số thuế ghi thu. Uỷ ban nhân dân xã H nơi ông A có hộ khẩu thường trú thông báo bằng văn bản cho Uỷ ban nhân dân xã K biết để thực hiện việc miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp của Ông A ở xã K là 3 ha, còn 1 ha được giảm 50% thuế sử dụng đất nông nghiệp ghi thu hàng năm, đồng thời thông báo cho Chi cục thuế ở huyện có xã K biết để theo dõi, quản lý. Trường hợp Ông A không kê khai và không có xác nhận của Uỷ ban nhân dân xã K thì Ông A chỉ được miễn thuế Sử dụng đất nông nghiệp 2 ha ở xã H, còn lại 4 ha ở xã K chỉ được giảm 50% số thuế ghi thu.
5. Đối với số thuế sử dụng đất nông nghiệp đã tạm thu năm 2011, cuối năm phải thực hiện thanh quyết toán theo sổ thuế được lập theo quy định.
6. Việc kê khai, thời hạn thông báo thuế và nộp thuế, bù trừ tiền thuế, hoàn thuế, xử phạt vi phạm về thuế thực hiện theo quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế.
7. Đối tượng được miễn, giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp không quy định tại Nghị quyết số 55/2010/QH12 và Nghị định số 20/2011/NĐ-CP , nhưng được quy định tại Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp năm 1993 và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp 1993 thì thực hiện miễn, giảm theo quy định tại các văn bản đó.
8. Quỹ đất nông nghiệp sử dụng vào mục đích công ích của xã, phường, thị trấn để cho hộ gia đình, cá nhân thuê thuộc đối tượng không chịu thuế sử dụng đất nông nghiệp theo quy định của Luật Thuế sử dụng đất nông nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành, không thuộc đối tượng được miễn, giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp theo quy định tại Nghị định số 20/2011/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư này.
9. Người nộp thuế thuộc trường hợp được hưởng cả miễn, giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp theo quy định tại Nghị quyết số 55/2010/QH12, Nghị định số 20/2011/NĐ-CP và quy định của Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp thì được hưởng mức miễn, giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp cao nhất.