1. Nội dung và mẫu chứng từ kế toán
Chứng từ kế toán áp dụng cho các đơn vị chủ đầu tư phải thực hiện theo đúng nội dung, phương pháp lập, ký chứng từ theo quy định của Luật Kế toán và Nghị định số 128/2004/NĐ-CP  ngày 31/5/2004 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Kế toán áp dụng trong lĩnh vực kế toán nhà nước, các văn bản pháp luật khác có liên quan đến chứng từ kế toán và các quy định trong chế độ này.
Đơn vị chủ đầu tư có các nghiệp vụ kinh tế, tài chính đặc thù chưa có mẫu chứng từ  quy định tại danh mục mẫu chứng từ trong chế độ kế toán này thì áp dụng mẫu chứng từ quy định tại chế độ kế toán riêng trong các văn bản pháp luật khác hoặc phải được Bộ Tài chính chấp thuận.
2. Hệ thống biểu mẫu chứng từ kế toán
Hệ thống biểu mẫu chứng từ kế toán áp dụng cho các đơn vị chủ đầu tư, gồm:
-  Chứng từ kế toán chung cho các đơn vị chủ đầu tư, gồm 4 chỉ tiêu:
+ Chỉ tiêu lao động tiền lương;
+ Chỉ tiêu vật tư;
+ Chỉ tiêu tiền tệ;
+ Chỉ tiêu TSCĐ.
-  Chứng từ kế toán ban hành theo các văn bản pháp luật khác (Các mẫu và hướng dẫn phương pháp lập từng chứng từ được áp dụng theo quy định các văn bản pháp luật khác).
3. Lập chứng từ kế toán
- Mọi nghiệp vụ kinh tế, tài chính liên quan đến hoạt động của đơn vị chủ đầu tư đều phải lập chứng từ kế toán. Chứng từ kế toán chỉ lập 1 lần cho một nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh;
- Nội dung chứng từ phải rõ ràng, trung thực với nội dung nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh;
- Chữ viết trên chứng từ phải rõ ràng, không tẩy xoá, không viết tắt;
- Số tiền viết bằng chữ phải khớp, đúng với số tiền viết bằng số;
- Chứng từ kế toán phải được lập đủ số liên theo quy định cho mỗi chứng từ. Đối với chứng từ lập nhiều liên phải được lập một lần cho tất cả các liên theo cùng một nội dung bằng máy tính, máy chữ hoặc viết lồng bằng giấy than. Trường hợp đặc biệt phải lập nhiều liên nhưng không thể viết một lần tất cả các liên chứng từ thì có thể viết hai lần nhưng nội dung tất cả các liên chứng từ phải giống nhau.
Các chứng từ kế toán được lập bằng máy vi tính phải đảm bảo nội dung quy định và tính pháp lý cho chứng từ kế toán. Các chứng từ kế toán dùng làm căn cứ trực tiếp để ghi sổ kế toán phải có định khoản kế toán.
4. Ký chứng từ kế toán
Mọi chứng từ kế toán phải có đủ chữ ký theo chức danh quy định trên chứng từ mới có giá trị thực hiện. Riêng chứng từ điện tử phải có chữ ký điện tử theo quy định của pháp luật. Tất cả các chữ ký trên chứng từ kế toán đều phải ký bằng bút bi hoặc bút mực, không được ký bằng mực đỏ, bằng bút chì, hoặc dấu khắc sẵn chữ ký, chữ ký trên chứng từ kế toán dùng để chi tiền phải ký theo từng liên. Chữ ký trên chứng từ kế toán của một người phải thống nhất và phải giống với chữ ký đã đăng ký theo quy định, trường hợp không đăng ký chữ ký thì chữ ký lần sau phải thống nhất với chữ ký các lần trước đó.
Các đơn vị chủ đầu tư chưa có chức danh kế toán trưởng thì phải cử người phụ trách kế toán để giao dịch với KBNN, Ngân hàng, chữ ký kế toán trưởng được thay bằng chữ ký của người phụ trách kế toán của đơn vị đó. Người phụ trách kế toán phải thực hiện đúng nhiệm vụ, trách nhiệm và quyền quy định cho kế toán trưởng.
Chữ ký của Thủ trưởng đơn vị (hoặc người được uỷ quyền), của kế toán trưởng (hoặc người được uỷ quyền) và dấu đóng trên chứng từ phải phù hợp với mẫu dấu và chữ ký còn giá trị đã đăng ký tại KBNN hoặc Ngân hàng. Chữ ký của kế toán viên trên chứng từ phải giống chữ ký trong sổ đăng ký mẫu chữ ký. Kế toán trưởng (hoặc người được uỷ quyền) không được ký “thừa uỷ quyền” của Thủ trưởng đơn vị. Người được uỷ quyền không được uỷ quyền lại cho người khác.
Các đơn vị chủ đầu tư phải mở sổ đăng ký mẫu chữ ký của thủ quỹ, thủ kho, các nhân viên kế toán, kế toán trưởng (và người được uỷ quyền), Thủ trưởng đơn vị (và người được uỷ quyền). Sổ đăng ký mẫu chữ ký phải đánh số trang, đóng dấu giáp lai do Thủ trưởng đơn vị (hoặc người được uỷ quyền) quản lý để tiện kiểm tra khi cần. Mỗi người phải ký ba chữ ký mẫu trong sổ đăng ký.
Không được ký chứng từ kế toán khi chưa ghi hoặc chưa ghi đủ nội dung chứng từ theo trách nhiệm của người ký. Việc phân cấp ký trên chứng từ kế toán do Thủ trưởng đơn vị quy định phù hợp với luật pháp, yêu cầu quản lý, đảm bảo kiểm soát chặt chẽ, an toàn tài sản.
5. Trình tự luân chuyển và kiểm tra chứng từ kế toán
Tất cả các chứng từ kế toán do đơn vị lập hoặc từ bên ngoài chuyển đến đều phải tập trung vào bộ phận kế toán đơn vị. Bộ phận kế toán phải kiểm tra toàn bộ chứng từ kế toán đó và chỉ sau khi kiểm tra, xác minh tính pháp lý của chứng từ thì mới dùng những chứng từ đó để ghi sổ kế toán. Trình tự luân chuyển chứng từ kế toán bao gồm các bước sau:
- Lập, tiếp nhận, xử lý chứng từ kế toán;
- Kế toán viên, kế toán trưởng kiểm tra và ký chứng từ kế toán hoặc trình Thủ trưởng đơn vị ký duyệt theo quy định trong từng mẫu chứng từ (nếu có);
- Phân loại, sắp xếp chứng từ kế toán, định khoản và ghi sổ kế toán;
- Lưu trữ, bảo quản chứng từ kế toán.
Trình tự kiểm tra chứng từ kế toán:
- Kiểm tra tính rõ ràng, trung thực, đầy đủ của các chỉ tiêu, các yếu tố ghi chép trên chứng từ kế toán;
- Kiểm tra tính hợp pháp của nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh đã ghi trên chứng từ kế toán; Đối chiếu chứng từ kế toán với các tài liệu khác có liên quan;
- Kiểm tra tính chính xác của số liệu, thông tin trên chứng từ kế toán.
Khi kiểm tra chứng từ kế toán nếu phát hiện có hành vi vi phạm chính sách, chế độ, các quy định về quản lý kinh tế, tài chính của Nhà nước, phải từ chối thực hiện (xuất quỹ, thanh toán, xuất kho,…) đồng thời báo cáo ngay bằng văn bản cho Thủ trưởng đơn vị biết để xử lý kịp thời theo đúng pháp luật hiện hành.
Đối với những chứng từ kế toán lập không đúng thủ tục, nội dung và chữ số không rõ ràng thì người chịu trách nhiệm kiểm tra hoặc ghi sổ phải trả lại, yêu cầu làm thêm thủ tục và điều chỉnh sau đó mới làm căn cứ ghi sổ.
6. Dịch chứng từ kế toán ra tiếng Việt
Các chứng từ kế toán ghi bằng tiếng nước ngoài, khi sử dụng để ghi sổ kế toán ở Việt Nam phải được dịch ra tiếng Việt. Những chứng từ ít phát sinh hoặc nhiều lần phát sinh nhưng có nội dung không giống nhau thì phải dịch toàn bộ nội dung chứng từ kế toán. Những chứng từ phát sinh nhiều lần, có nội dung giống nhau thì bản đầu tiên phải dịch toàn bộ nội dung, từ bản thứ hai trở đi chỉ dịch những nội dung chủ yếu như: Tên chứng từ, tên đơn vị và cá nhân lập, tên đơn vị và cá nhân nhận, nội dung kinh tế của chứng từ, chức danh của người ký trên chứng từ. Người dịch phải ký, ghi rõ họ tên và chịu trách nhiệm về nội dung dịch ra tiếng Việt. Bản chứng từ dịch ra tiếng Việt phải đính kèm với bản chính bằng tiếng nước ngoài.
7. Sử dụng, quản lý và in biểu mẫu chứng từ kế toán
Tất cả các đơn vị chù đầu tư đều phải sử dụng thống nhất mẫu chứng từ kế toán thuộc loại bắt buộc quy định trong chế độ kế toán này. Trong quá trình thực hiện, các đơn vị không được sửa đổi biểu mẫu chứng từ thuộc loại bắt buộc. Đối với mẫu chứng từ kế toán thuộc loại hướng dẫn thì ngoài các nội dung quy định trên mẫu, đơn vị kế toán có thể bổ sung thêm chỉ tiêu hoặc thay đổi hình thức mẫu biểu cho phù hợp với việc ghi chép và yêu cầu quản lý của đơn vị.
Mẫu chứng từ in sẵn phải được bảo quản cẩn thận, không được để hư hỏng, mục nát. Séc và giấy tờ có giá phải được quản lý như tiền.
Đối với các biểu mẫu chứng từ kế toán, các đơn vị có thể mua hoặc tự thiết kế mẫu (Đối với những chứng từ kế toán hướng dẫn), tự in, nhưng phải đảm bảo các nội dung chủ yếu của chứng từ quy định tại Điều 17 Luật Kế toán và quy định về chứng từ trong chế độ kế toán này.
8. Các đơn vị chủ đầu tư có sử dụng chứng từ điện tử cho hoạt động tài chính và ghi sổ kế toán thì phải tuân thủ theo quy định của các văn bản pháp luật về chứng từ điện tử.
9. Danh mục, mẫu chứng từ kế toán: xem phụ lục số 03b.