Thuyền trưởng là người chỉ huy cao nhất trên phương tiện hoặc đoàn phương tiện, có trách nhiệm và quyền hạn sau đây:
1. Quản lý, bảo đảm an toàn về người, phương tiện và tài sản trên phương tiện; nắm vững tình trạng kỹ thuật, thời hạn hoạt động và chu kỳ sửa chữa của phương tiện.
2. Quản lý sổ nhật ký hành trình, danh bạ thuyền viên, danh sách hành khách (nếu có) và sổ sách, giấy tờ cần thiết khác của phương tiện, tổ chức việc ghi chép và thường xuyên kiểm tra việc ghi chép sổ sách.
3. Tổ chức giao nhận hàng hóa, phục vụ hành khách theo lệnh điều động hoặc hợp đồng vận chuyển và các quy định hiện hành.
4. Tổ chức phân công, giám sát, đôn đốc thuyền viên hoàn thành nhiệm vụ.
5. Chỉ được đón, trả khách, xếp dỡ hàng hóa ở những nơi đã quy định, trừ trường hợp gặp nạn hoặc bất khả kháng.
6. Khi phương tiện bị tai nạn, phải thực hiện mọi biện pháp cấp cứu có hiệu quả nhất; nếu phương tiện bị chìm đắm, thuyền trưởng phải là người cuối cùng rời phương tiện sau khi đã thi hành mọi biện pháp cứu người, tài sản, hàng hóa và các giấy tờ cần thiết của phương tiện, trừ trường hợp phương tiện chìm hẳn.
7. Khi nhận được tín hiệu cấp cứu hoặc khi được cơ quan có thẩm quyền huy động tham gia tìm kiếm, cứu nạn, phải chấp hành lệnh điều động, tổ chức tham gia cứu nạn nếu việc làm này không gây nguy hiểm đối với thuyền viên, hành khách và phương tiện do mình chỉ huy.
8. Phương tiện đang hoạt động nếu có trường hợp sinh đẻ, tử vong hoặc ốm đau, tai nạn, thuyền trưởng phải có trách nhiệm giải quyết theo quy định như sau:
a) Khi có người ốm đau, tai nạn, phải tổ chức sơ cứu cho nạn nhân, nếu nghiêm trọng phải kịp thời đưa đi cấp cứu tại cơ sở y tế gần nhất;
b) Khi có người sinh đẻ hoặc tử vong, phải lập biên bản với sự tham gia của 02 (hai) nhân chứng. Biên bản sinh con phải thể hiện rõ nội dung thời gian sinh, giới tính và tình trạng sức khỏe của bà mẹ và trẻ em. Biên bản tử vong phải ghi rõ những tài sản, giấy tờ kèm theo của người chết; phải quản lý biên bản và tài sản đó để giao lại cho chính quyền địa phương và thân nhân người chết.
9. Khi rời phương tiện, phải trực tiếp bàn giao nhiệm vụ cho thuyền phó hoặc người được ủy quyền; trường hợp vắng mặt từ một ca làm việc trở lên, phải bàn giao bằng văn bản; nếu không thể tiếp tục đảm nhận nhiệm vụ, phải giao quyền chỉ huy cho thuyền phó đồng thời phải báo cáo ngay cho chủ phương tiện.
10. Trường hợp chuyển giao nhiệm vụ cho người khác theo yêu cầu của chủ phương tiện, phải lập biên bản nêu rõ hiện trạng thuyền viên, trạng thái kỹ thuật phương tiện, trang thiết bị, tài sản, số hành khách, sổ sách, giấy tờ, tài liệu có liên quan của phương tiện. Biên bản bàn giao mỗi bên giữ một bản, gửi chủ phương tiện một bản.
11. Tổ chức phân công, thực hiện kê khai các nội dung theo yêu cầu và thông báo cho cơ quan có thẩm quyền khi phương tiện chuẩn bị cập, rời cảng, bến. Trước khi khởi hành, phải có bảng phân công nhiệm vụ cụ thể cho từng chức danh trên phương tiện; trước giờ rời cảng, bến phải kiểm tra, đôn đốc các bộ phận thuyền viên có liên quan chuẩn bị đầy đủ nguyên, nhiên, vật liệu, lương thực, thực phẩm, thuốc men phục vụ chuyến đi; chỉ rời cảng, bến khi phương tiện bảo đảm an toàn, chuẩn bị đầy đủ cho chuyến đi và được phép của cơ quan có thẩm quyền.
12. Trực tiếp phụ trách một ca làm việc, trực tiếp điều khiển phương tiện qua những khu vực nguy hiểm; ngoài giờ đi ca, nếu thuyền phó hoặc máy trưởng đề nghị, thuyền trưởng phải có mặt ở vị trí chỉ huy để kịp thời giải quyết công việc.
13. Thực hiện nhiệm vụ của thuyền phó nếu không có cơ cấu chức danh thuyền phó trên phương tiện.
14. Trong phạm vi trách nhiệm của mình, thuyền trưởng có quyền:
a) Đề nghị thay đổi hoặc không tiếp nhận thuyền viên làm việc trên phương tiện nếu xét thấy không đủ tiêu chuẩn quy định;
b) Buộc thuyền viên rời khỏi phương tiện nếu có những hành vi không chấp hành mệnh lệnh của thuyền trưởng hoặc vi phạm nội quy, quy định khi làm việc;
c) Từ chối cho phương tiện thực hiện chuyển đi nếu xét thấy phương tiện, điều kiện khí hậu, thủy văn, môi trường không đủ điều kiện hoạt động hoặc không đảm bảo an toàn.