Quy trình, thủ tục thu, nộp tiền phạt vi phạm hành chính được thực hiện theo quy trình thu ngân sách nhà nước quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC , Thông tư số 85/2011/TT-BTC  ngày 17/6/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn quy trình tổ chức phối hợp thu ngân sách nhà nước giữa Kho bạc Nhà nước-Tổng cục Thuế-Tổng cục Hải quan và các ngân hàng thương mại. Thông tư này hướng dẫn thêm các nội dung sau:
1. Việc thu tiền phạt vi phạm hành chính phải căn cứ vào quyết định xử phạt vi phạm hành chính của người có thẩm quyền xử phạt theo quy định tại Luật xử lý vi phạm hành chính và các Nghị định của Chính phủ quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong từng lĩnh vực.
2. Khi nộp tiền phạt trực tiếp tại Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng thương mại nơi Kho bạc Nhà nước ủy nhiệm thu tiền phạt, cá nhân, tổ chức bị xử phạt phải xuất trình quyết định xử phạt của người có thẩm quyền xử phạt với Kho bạc Nhà nước nơi đến nộp phạt hoặc ngân hàng thương mại nơi Kho bạc Nhà nước ủy nhiệm thu tiền phạt và phải nộp tiền phạt theo đúng số tiền, thời hạn ghi trong quyết định xử phạt.
3. Người có thẩm quyền thu tiền phạt trực tiếp quy định tại điểm c khoản 1 Điều 10 Nghị định 81/2013/NĐ-CP phải lập bảng kê biên lai thu tiền phạt và nộp toàn bộ số tiền đã thu vào Kho bạc Nhà nước theo thời gian quy định tại khoản 2 Điều 69, khoản 2 Điều 78 Luật Xử lý vi phạm hành chính. Cảng vụ hoặc đại diện cảng vụ hàng không khi thực hiện thu phạt theo điểm c khoản 1 Điều 10 Nghị định 81/2013/NĐ-CP phải nộp toàn bộ số tiền đã thu vào Kho bạc Nhà nước trong thời hạn 2 ngày làm việc, kể từ ngày thu tiền phạt.
Kho bạc Nhà nước tổ chức rà soát, đối chiếu để bảo đảm khớp đúng giữa tổng số tiền thực nộp của người có thẩm quyền thu tiền phạt trực tiếp với tổng số tiền tính theo số biên lai thu tiền phạt in sẵn mệnh giá đã sử dụng hoặc tổng số tiền tính theo các liên biên lai lưu tại cuống biên lai đối với loại không in sẵn mệnh giá nộp cùng với bảng kê.
4. Khi nộp tiền phạt theo quy định tại khoản 2 Điều 10 Nghị định 81/2013/NĐ-CP, cá nhân, tổ chức nộp phạt phải ghi rõ trên chứng từ nộp phạt nội dung nộp phạt, số quyết định xử phạt và tên cơ quan ra quyết định xử phạt. Sau khi nộp phạt, cá nhân hoặc tổ chức bị xử phạt có trách nhiệm gửi chứng từ nộp phạt có xác nhận của Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng cho người có thẩm quyền xử phạt để nhận lại các giấy tờ tạm giữ theo quy định tại khoản 2 Điều 10 Nghị định 81/2013/NĐ-CP .
5. Tiền thu phạt vi phạm hành chính được nộp đầy đủ, kịp thời vào ngân sách nhà nước. Tiền thu phạt vi phạm hành chính điều tiết 100% cho ngân sách địa phương; Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định việc điều tiết khoản thu phạt vi phạm hành chính giữa các cấp ngân sách địa phương. Riêng lĩnh vực giao thông đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, việc điều tiết tiền thu phạt thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
Đối với tiền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, hải quan, thủ tục nộp tiền vào ngân sách nhà nước thực hiện theo quy định của pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, hải quan.
6. Tiền thu phạt vi phạm hành chính được hạch toán vào Chương của cơ quan của người ra quyết định xử phạt, Mục và Tiểu mục tương ứng theo quy định của Mục lục ngân sách nhà nước.