Thủ tục xin giấy phép quá cảnh hàng hóa được thực hiện như sau:
1. Đối với hàng hóa là vũ khí, đạn dược, vật liệu nổ và trang thiết bị quân sự phục vụ vào mục đích an ninh, quốc phòng quy định tại Khoản 3 Điều 4 Hiệp định, chủ hàng gửi Đơn đề nghị cho phép quá cảnh hàng hóa (theo mẫu quy định tại Phụ lục 1A ban hành kèm theo Thông tư này) đến Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương). Địa chỉ: 54 Hai Bà Trưng, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội, Việt Nam.
a) Trong thời hạn 07 (bảy) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đơn đề nghị hợp lệ của chủ hàng, Bộ Công Thương trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
b) Trong thời hạn 07 (bảy) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được ý kiến của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Công Thương trả lời chủ hàng bằng văn bản.
2. Đối với hàng hóa thuộc danh mục cấm của Việt Nam nhưng không thuộc danh mục cấm của Campuchia quy định tại Khoản 4 Điều 4 Hiệp định, chủ hàng gửi Đơn đề nghị cho phép quá cảnh hàng hóa (theo mẫu quy định tại Phụ lục IIA ban hành kèm theo Thông tư này) đến Phòng Quản lý Xuất nhập khẩu khu vực thành phố Hồ Chí Minh (Cục Xuất nhập khẩu - Bộ Công Thương). Địa chỉ: 12 Võ Văn Kiệt, quận 1, thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam.
3. Đối với hàng hóa thuộc danh mục hàng cấm của Campuchia quy định tại Khoản 5 Điều 4 Hiệp định, chủ hàng gửi hồ sơ đề nghị cấp phép quá cảnh hàng hóa đến Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương). Địa chỉ: 54 Hai Bà Trưng, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội, Việt Nam. Hồ sơ bao gồm:
a) Đơn đề nghị cho phép quá cảnh: 01 bản chính (theo mẫu quy định tại Phụ lục IA ban hành kèm theo Thông tư này).
b) Văn bản của Bộ Thương mại Vương quốc Campuchia đề nghị cho phép quá cảnh hàng hóa: 01 bản chính.
4. Đối với mặt hàng gỗ các loại đã qua xử lý quy định tại Khoản 2 Điều 5 Hiệp định, chủ hàng gửi hồ sơ đề nghị cấp phép quá cảnh hàng hóa đến Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương). Địa chỉ: 54 Hai Bà Trưng, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội, Việt Nam. Hồ sơ bao gồm:
a) Đơn đề nghị cho phép quá cảnh hàng hóa: 01 bản chính (theo mẫu quy định tại Phụ lục 1A ban hành kèm theo Thông tư này).
b) Văn bản của Bộ Thương mại Vương quốc Campuchia đề nghị cho phép quá cảnh hàng hóa: 01 bản chính.
5. Văn bản của Bộ Thương mại Vương quốc Campuchia đề nghị cho phép quá cảnh hàng hóa quy định tại Điểm b Khoản 3, Điểm b Khoản 4 Điều này được làm bằng tiếng Anh hoặc tiếng Việt. Trường hợp bằng tiếng Khmer thì chủ hàng phải gửi kèm theo bản dịch ra tiếng Việt đã được cơ quan đại diện ngoại giao Việt Nam tại Vương quốc Campuchia hoặc cơ quan đại diện ngoại giao Vương quốc Campuchia tại Việt Nam chứng thực và hợp pháp hóa lãnh sự theo quy định.
6. Đối với hàng hóa quy định tại Khoản 5 Điều 4 Hiệp định và mặt hàng gỗ các loại đã qua xử lý quy định tại Khoản 2 Điều 5 Hiệp định, Bộ Công Thương cấp giấy phép quá cảnh sau khi nhận được đủ hồ sơ hợp lệ của chủ hàng và văn bản của Bộ Thương mại Vương quốc Campuchia đề nghị cho phép quá cảnh hàng hóa gửi đến Bộ Công Thương Việt Nam qua Đại sứ quán hoặc cơ quan Thương vụ của Việt Nam tại Campuchia hoặc Đại sứ quán hoặc cơ quan Thương vụ của Campuchia tại Việt Nam.
7. Thời hạn giải quyết hồ sơ quy định tại Khoản 2, Khoản 3, Khoản 4 Điều này là 07 (bảy) ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.
8. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, chưa hợp lệ, trong vòng 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan tiếp nhận hồ sơ có văn bản gửi chủ hàng yêu cầu bổ sung, chỉnh sửa.
9. Mẫu giấy phép quá cảnh của cơ quan có thẩm quyền quy định tại Phụ lục IB, Phụ lục IIB ban hành kèm theo Thông tư này. Trường hợp không cấp giấy phép quá cảnh, cơ quan cấp phép có văn bản trả lời chủ hàng và nêu rõ lý do.