Việc quản lý, sử dụng số thu phí được để lại thực hiện theo quy định tại Điều 14 Nghị định số 117/2017/NĐ-CP ngày 19 tháng 10 năm 2017 của Chính phủ quy định về quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước đối với một số hoạt động đối ngoại, thời gian áp dụng theo quy định của Nghị định số 117/2017/NĐ-CP  ngày 19 tháng 10 năm 2017 của Chính phủ quy định về quản lý, sử dụng ngân sách nhà nước đối với một số hoạt động đối ngoại. Thông tư này hướng dẫn cụ thể như sau:
1. Bộ Ngoại giao được sử dụng số thu phí được để lại chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí, Thông tư số 264/2016/TT-BTC  ngày 14 tháng 11 năm 2016 của Bộ Tài chính và các quy định của pháp luật, số thu phí được để lại không phản ánh vào ngân sách nhà nước.
2. Số tiền thu phí được để lại sau khi trừ đi số đã chi theo quy định tại khoản 1 Điều này, số còn lại được phân phối sử dụng như sau:
a) Trích tối thiểu 1/3 (một phần ba) để chi sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn tài sản; đổi mới thiết bị; hiện đại hóa công nghệ thông tin; đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn, ngoại ngữ và các khoản chi phục vụ hoạt động của ngành ngoại giao.
b) Trích tối đa 2/3 (hai phần ba) để chi bổ sung tăng thu nhập cho cán bộ, công chức, viên chức, người lao động theo quy định tại khoản 3 Điều này.
3. Mức hỗ trợ:
Căn cứ số thu được để lại và tình hình thực tế tại từng địa bàn, Bộ trưởng Bộ Ngoại giao quyết định mức hỗ trợ cụ thể đối với thành viên Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài theo quy định tại Khoản 5 Điều 4 Luật Cơ quan đại diện; cán bộ, công chức, viên chức và người lao động trong nước thuộc Bộ Ngoại giao và cán bộ, nhân viên của các Cơ quan Việt Nam khác ở nước ngoài, đảm bảo tổng mức hỗ trợ theo nguyên tắc sau:
a) Đối với thành viên Cơ quan Việt Nam ở nước ngoài, tổng mức hỗ trợ không vượt quá 0,8 (không phẩy tám) lần tổng mức sinh hoạt phí được hưởng theo quy định của các Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài.
b) Đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động trong nước thuộc Bộ Ngoại giao: Mức hỗ trợ tối đa không vượt quá 0,8 (không phẩy tám) lần tổng mức lương theo ngạch, bậc, chức vụ theo quy định.
4. Trường hợp sau khi đã giải quyết hỗ trợ cho các đối tượng theo quy định tại Khoản 3 Điều này mà vẫn còn đủ nguồn để hỗ trợ thêm cho đời sống của cán bộ, công chức, viên chức và người lao động của Bộ Ngoại giao, Bộ trưởng Bộ Ngoại giao xem xét quyết định hỗ trợ thêm tối đa 0,2 (không phẩy hai) lần tổng mức lương theo ngạch, bậc, chức vụ hoặc sinh hoạt phí thực hiện.
5. Mức chi hỗ trợ cho các đối tượng theo quy định tại Khoản 3 và khoản 4 Điều này và khoản chi bổ sung thu nhập của từ nguồn kinh phí tiết kiệm của cơ quan thực hiện chế độ tự chủ của các cơ quan trong nước thuộc Bộ Ngoại giao, tổng hợp lại tối đa không quá 01 (một) lần sinh hoạt phí thực hiện trong năm đối với thành viên Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài và tổng mức lương theo ngạch, bậc, chức vụ đối với cán bộ, công chức, viên chức và người lao động thuộc Bộ Ngoại giao làm việc trong nước.
6. Trường hợp số tiền thu phí trong lĩnh vực ngoại giao giảm thì mức hỗ trợ cho thành viên Cơ quan Việt Nam ở nước ngoài và cán bộ, công chức, viên chức, người lao động trong nước thuộc Bộ Ngoại giao cũng giảm tương ứng, ngân sách nhà nước không cấp bù.
7. Bộ Ngoại giao ban hành Quy chế quản lý và sử dụng số tiền thu phí trong lĩnh vực ngoại giao được để lại cho Bộ Ngoại giao phù hợp với quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về quản lý, sử dụng phí được để lại trong lĩnh vực ngoại giao và quy định tại Thông tư này.
8. Sau khi quyết toán thu, chi đúng chế độ, số tiền phí trong lĩnh vực ngoại giao được để lại chưa chi trong năm được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo quy định tại Thông tư này.
9. Đối với việc quản lý và sử dụng số thu phí được để lại quy định tại Điều này từ năm 2021 thực hiện theo quy định về quản lý và sử dụng phí, lệ phí đối với cơ quan hành chính nhà nước phù hợp với Nghị quyết số 27-NQ/TW ngày 21 tháng 5 năm 2018 của Hội nghị lần thứ bảy Ban Chấp hành Trung ương khóa XII về cải cách chính sách tiền lương đối với cán bộ, công chức, viên chức, lực lượng vũ trang và người lao động trong doanh nghiệp.