1. Chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phối hợp với Cơ quan Thường trực Ủy ban chỉ đạo quốc gia về Cơ chế một cửa quốc gia, Cơ chế một cửa Asean và tạo thuận lợi thương mại trong triển khai thực hiện thủ tục biên phòng điện tử và tích hợp, kết nối thông suốt với Cổng thông tin một cửa quốc gia theo quy định.
2. Phối hợp với Văn phòng Chính phủ tổ chức kết nối Cổng thông tin thủ tục biên phòng điện tử với Cổng Dịch vụ công quốc gia theo quy định tại Nghị định số 61/2018/NĐ-CP  ngày 23 tháng 4 năm 2018 của Chính phủ về thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông trong giải quyết thủ tục hành chính.
3. Chủ trì xây dựng phương án và tổ chức đảm bảo an toàn thông tin cho Cổng thông tin thủ tục biên phòng điện tử; tổ chức tuyên truyền, hỗ trợ các tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân liên quan tham gia thực hiện thủ tục biên phòng điện tử; phối hợp với các bộ, ngành liên quan kiểm tra, xử lý các vướng mắc phát sinh.
4. Đảm bảo kinh phí và các điều kiện cần thiết về cơ sở vật chất, trang thiết bị cho việc triển khai thực hiện thủ tục biên phòng điện tử.
5. Chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổ chức thực hiện Quyết định này.
6. Sơ kết, tổng kết, đánh giá, báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả thực hiện thủ tục biên phòng điện tử tại các cửa khẩu do Bộ Quốc phòng quản lý.
7. Chỉ đạo Ban Cơ yếu Chính phủ cung cấp đầy đủ chữ ký số chuyên dùng cho Bộ đội Biên phòng để giải quyết thủ tục hành chính; xây dựng giải pháp xác thực chữ ký số của cá nhân, tổ chức đăng ký thực hiện thủ tục biên phòng điện tử.
8. Chỉ đạo Bộ đội Biên phòng
a) Xây dựng, triển khai dự án thực hiện thủ tục biên phòng điện tử đối với hệ thống cửa khẩu do Bộ Quốc phòng quản lý; xây dựng lộ trình nâng cấp, hoàn thiện hệ thống xử lý dữ liệu điện tử biên phòng, áp dụng chữ ký số, loại bỏ các loại giấy tờ phải nộp trong thực hiện thủ tục biên phòng điện tử; tổ chức đào tạo, tập huấn, bố trí cán bộ có đủ trình độ, năng lực, kinh nghiệm đáp ứng yêu cầu thực hiện thủ tục biên phòng điện tử;
Trong thời gian xây dựng, triển khai dự án thực hiện thủ tục biên phòng điện tử đối với hệ thống cửa khẩu do Bộ Quốc phòng quản lý chưa được lắp đặt trang thiết bị, đường truyền để triển khai thủ tục biên phòng điện tử, người làm thủ tục và Biên phòng cửa khẩu thực hiện thủ tục biên phòng theo cách thức thủ công;
b) Thẩm định, kiểm tra cho phép tổ chức, cá nhân tham gia thực hiện thủ tục biên phòng điện tử; cung cấp tài khoản truy cập Cổng thông tin thủ tục biên phòng điện tử; hướng dẫn cài đặt, khai báo thông tin cho người làm thủ tục tham gia thực hiện thủ tục biên phòng điện tử;
c) Cung cấp, chia sẻ thông tin liên quan đến người, phương tiện nhập cảnh, xuất cảnh tại các cửa khẩu do Bộ Quốc phòng quản lý đến các cơ quan chức năng có liên quan; đồng thời tiếp nhận những thông tin chia sẻ của các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cửa khẩu về người, phương tiện xuất cảnh, nhập cảnh, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;
d) Bảo mật thông tin; xử lý vi phạm và giải quyết khiếu nại, tố cáo; hướng dẫn thực hiện các vấn đề phát sinh trong quá trình hoàn thiện kết nối Cổng thông tin thủ tục biên phòng điện tử với Cổng thông tin một cửa quốc gia;
đ) Chủ trì, phối hợp với các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cửa khẩu, chính quyền địa phương trong công tác tuyên truyền, thực hiện thủ tục biên phòng điện tử;
e) Xử lý theo quy định của pháp luật các hành vi vi phạm pháp luật của các tổ chức, cá nhân trong thực hiện thủ tục biên phòng điện tử.