1. Trách nhiệm của cơ quan thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm:
a) Thủ trưởng cơ quan thực hiện chế độ tự chủ chịu trách nhiệm trước pháp luật về các quyết định của mình trong việc quản lý, sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính được giao.
b) Thực hiện các biện pháp tiết kiệm trong việc sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính; ban hành Quy chế chi tiêu nội bộ, Quy chế quản lý, sử dụng tài sản công, tổ chức thảo luận dân chủ, thống nhất trong cơ quan nhằm thực hiện tốt các mục tiêu và nhiệm vụ được giao.
c) Tổ chức thực hiện Quy chế dân chủ, Quy chế chi tiêu nội bộ, Quy chế quản lý, sử dụng tài sản công, công khai tài chính trong việc quản lý và sử dụng biên chế, kinh phí quản lý hành chính trong cơ quan, trong đó phải công khai tại hội nghị cán bộ công nhân viên chức một số nội dung: nhu cầu biên chế tăng thêm, các khoản chi đoàn đi công tác nước ngoài, mua sắm xe ô tô, mua sắm, sửa chữa tài sản và chi tiêu tiếp khách, hội nghị... theo đối tượng sử dụng, tiêu chuẩn định mức để tạo điều kiện cho tổ chức công đoàn và cán bộ, công chức và người lao động trong cơ quan được tham gia thực hiện và giám sát thực hiện phương án sử dụng biên chế, kinh phí theo quy định của nhà nước.
d) Hàng năm báo cáo kết quả việc thực hiện chế độ tự chủ với cơ quan chủ quản cấp trên hoặc cơ quan tài chính, nội vụ cùng cấp (trường hợp cơ quan không có đơn vị cấp dưới trực thuộc) theo Mẫu số 06 kèm theo Thông tư này.
2. Trách nhiệm của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương:
a) Căn cứ vào kinh phí quản lý hành chính được cơ quan có thẩm quyền giao, Thủ trưởng cơ quan chủ quản thực hiện giao kinh phí quản lý hành chính cho các đơn vị dự toán trực thuộc, trong đó chi tiết dự toán kinh phí quản lý hành chính giao để thực hiện chế độ tự chủ theo các nhiệm vụ và dự toán kinh phí giao nhưng không thực hiện chế độ tự chủ theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP  và Nghị định số 117/2013/NĐ-CP  của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 130/2005/NĐ-CP  và hướng dẫn tại Thông tư này.
b) Chỉ đạo, hướng dẫn các cơ quan trực thuộc tổ chức thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính theo quy định của Nghị định số 130/2005/NĐ-CP  và Nghị định số 117/2013/NĐ-CP  của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 130/2005/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư này.
c) Tổ chức kiểm tra, giám sát việc thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính của các cơ quan trực thuộc. Có biện pháp giải quyết, tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện hoặc xử lý kỷ luật đối với các tổ chức, cá nhân có vi phạm theo quy định của pháp luật.
d) Tổ chức xét duyệt quyết toán của các cơ quan trực thuộc, trong đó phải xác định rõ mức độ thực hiện đối với các nhiệm vụ đặc thù, kinh phí mua sắm, sửa chữa thường xuyên đã giao kinh phí thực hiện chế độ tự chủ của cơ quan trực thuộc làm căn cứ xác định số kinh phí tiết kiệm.
đ) Hàng năm, tổ chức đánh giá, báo cáo kết quả thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính của Bộ, ngành, địa phương gửi Bộ Tài chính, Bộ Nội vụ để tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ theo Mẫu số 07 kèm theo Thông tư này.
3. Trách nhiệm của Bộ Tài chính
a) Chỉ đạo, kiểm tra tình hình, tiến độ thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương để báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả thực hiện.
b) Chủ trì, phối hợp với Bộ Nội vụ tổng kết, đánh giá thực hiện Nghị định 130/2005/NĐ-CP  và Nghị định số 117/2013/NĐ-CP  của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 130/2005/NĐ-CP  và Thông tư này vào quý IV năm 2017.
4. Trách nhiệm của Kho bạc Nhà nước các cấp:
a) Tạo điều kiện cho các đơn vị thực hiện chế độ tự chủ rút dự toán kinh phí được nhanh chóng và thuận tiện.
b) Thực hiện việc kiểm soát chi theo quy định hiện hành và hướng dẫn tại Thông tư này. Được quyền từ chối chấp nhận thanh toán các khoản chi vượt định mức do cơ quan có thẩm quyền ban hành. Trường hợp cơ quan có số chi vượt quá mức quy định tại Quy chế chi tiêu nội bộ nhưng không vượt quá mức chi do cơ quan có thẩm quyền ban hành thì Kho bạc Nhà nước chỉ chấp nhận cho thanh toán khi có văn bản đề nghị của Thủ trưởng cơ quan thực hiện chế độ tự chủ.
c) Trường hợp cơ quan thực hiện chế độ tự chủ chưa gửi Quy chế chi tiêu nội bộ đến Kho bạc Nhà nước nơi cơ quan mở tài khoản giao dịch, Kho bạc Nhà nước thực hiện việc kiểm soát chi theo các chế độ chi tiêu hiện hành do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành.
d) Cuối năm, thực hiện chuyển số kinh phí thực hiện chế độ tự chủ (trừ các khoản không được phép chuyển sang năm sau), kinh phí tiết kiệm chưa sử dụng hết chuyển vào quỹ dự phòng ổn định thu nhập sang năm sau tiếp tục sử dụng.