1. Trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ đề nghị cấp phép theo quy định, Bộ Tài nguyên và Môi trường gửi văn bản kèm theo hồ sơ đề nghị cấp phép đến Bộ Quốc phòng, Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Khoa học và Công nghệ và các bộ quản lý ngành, lĩnh vực, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các cơ quan có liên quan để lấy ý kiến về việc cấp phép nghiên cứu khoa học.
2. Nội dung văn bản lấy ý kiến gồm những nội dung sau:
a) Đề nghị cho ý kiến về việc đồng ý hay không đồng ý cấp phép nghiên cứu khoa học;
b) Trường hợp hồ sơ đề nghị cấp phép nghiên cứu khoa học trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam, văn bản lấy ý kiến phải có nội dung đề nghị các cơ quan có liên quan cho ý kiến đề xuất về yêu cầu hợp tác nghiên cứu khoa học của phía Việt Nam;
c) Trường hợp hồ sơ đề nghị cấp phép nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển, văn bản lấy ý kiến các cơ quan có liên quan phải có nội dung đề nghị cho ý kiến về việc cho phép hoặc không cho phép tổ chức, cá nhân nước ngoài thực hiện nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển; cho ý kiến đề xuất về yêu cầu hợp tác nghiên cứu khoa học của phía Việt Nam trong trường hợp đồng ý cho phép nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển;
d) Đề nghị cơ quan có chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước có liên quan đến mục tiêu, nội dung nghiên cứu khoa học cử nhà khoa học tham gia hoạt động nghiên cứu.
3. Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được văn bản của Bộ Tài nguyên và Môi trường, các cơ quan được lấy ý kiến phải có văn bản trả lời gửi Bộ Tài nguyên và Môi trường; quá thời hạn 30 ngày mà không có văn bản trả lời thì coi như cơ quan được lấy ý kiến đồng ý với các nội dung được lấy ý kiến và phải chịu trách nhiệm đầy đủ về những vấn đề thuộc phạm vi trách nhiệm và thẩm quyền của ngành, lĩnh vực mình quản lý. Nội dung của văn bản trả lời phải bao gồm các nội dung sau:
a) Nêu rõ đồng ý hoặc không đồng ý cấp phép, lý do nếu không đồng ý cấp phép;
b) Có ý kiến đồng ý hoặc không đồng ý cho tổ chức, cá nhân nước ngoài nghiên cứu khoa học độc lập trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam.
Trong trường hợp có yêu cầu tổ chức, cá nhân nước ngoài phải hợp tác với phía Việt Nam nghiên cứu khoa học trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam, văn bản trả lời phải nêu cụ thể về nội dung, yêu cầu hợp tác nghiên cứu khoa học của phía Việt Nam;
c) Có ý kiến đồng ý hoặc không đồng ý cho tổ chức, cá nhân nước ngoài nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển.
Có ý kiến đồng ý hoặc không đồng ý cho tổ chức, cá nhân nước ngoài nghiên cứu khoa học độc lập có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển. Trong trường hợp có yêu cầu tổ chức, cá nhân nước ngoài nghiên cứu khoa học có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển phải hợp tác với phía Việt Nam, văn bản trả lời phải nêu cụ thể về nội dung, yêu cầu hợp tác nghiên cứu khoa học của phía Việt Nam;
d) Cử nhà khoa học tham gia hoạt động nghiên cứu khoa học của tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành trong vùng biển Việt Nam kèm theo lý lịch khoa học của người được cử.
4. Sau khi nhận được văn bản trả lời, trường hợp có ý kiến không thống nhất của một trong các bộ là Bộ Quốc phòng, Bộ Ngoại giao, Bộ Công an, Bộ Khoa học và Công nghệ về việc cấp phép, Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định từ chối cấp phép, ban hành văn bản thông báo đến tổ chức, cá nhân nước ngoài về việc từ chối cấp phép.