1. Ban Tôn giáo Chính phủ
a) Xây dựng kế hoạch thanh tra chuyên ngành tôn giáo gửi Thanh tra Bộ Nội vụ trình Bộ trưởng Bộ Nội vụ phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra khi được phê duyệt;
b) Thanh tra việc chấp hành pháp luật chuyên ngành về tín ngưỡng, tôn giáo;
c) Thanh tra những vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật khi được Bộ trưởng Bộ Nội vụ, Chánh Thanh tra Bộ Nội vụ giao;
d) Theo dõi đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra của mình;
đ) Tổng hợp, báo cáo Thanh tra Bộ Nội vụ về kết quả thanh tra chuyên ngành;
e) Thanh tra những vụ việc khác do Bộ trưởng giao theo quy định của pháp luật;
2. Trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ
a) Lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra công tác thanh tra chuyên ngành tôn giáo;
b) Quyết định thanh tra theo kế hoạch thanh tra đã được Bộ trưởng Bộ Nội vụ phê duyệt;
c) Quyết định thanh tra đột xuất khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo hoặc theo yêu cầu của Bộ trưởng Bộ Nội vụ, Chánh Thanh tra Bộ Nội vụ; phân công công chức thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành tôn giáo;
d) Kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung, ban hành quy định cho phù hợp với yêu cầu quản lý; kiến nghị đình chỉ hoặc hủy bỏ quy định trái pháp luật phát hiện qua công tác thanh tra;
đ) Đề nghị Chánh Thanh tra Bộ Nội vụ xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Ban Tôn giáo Chính phủ và trưng tập công chức, viên chức tham gia Đoàn thanh tra chuyên ngành tôn giáo;
3. Vụ Pháp chế - Thanh tra, Ban Tôn giáo Chính phủ
Vụ Pháp chế - Thanh tra, Ban Tôn giáo Chính phủ là bộ phận tham mưu công tác thanh tra chuyên ngành tôn giáo có nhiệm vụ, quyền hạn:
a) Chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan thuộc Ban Tôn giáo Chính phủ xây dựng chương trình, kế hoạch thanh tra báo cáo Trưởng ban gửi Thanh tra Bộ Nội vụ trình Bộ trưởng Bộ Nội vụ phê duyệt;
b) Thực hiện thanh tra theo kế hoạch, thanh tra thường xuyên, thanh tra đột xuất khi được Trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ giao;
c) Tiếp công dân; tiếp nhận, xử lý đơn thư khiếu nại,
tố cáo, kiến nghị, phản ánh của công dân trong lĩnh vực tôn giáo;
d) Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra trong lĩnh vực tôn giáo;
đ) Xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý các vi phạm pháp luật về tôn giáo phát hiện qua công tác thanh tra;
e) Chủ trì hoặc tham gia nghiên cứu khoa học, tổ chức các hội nghị, hội thảo thanh tra chuyên ngành tôn giáo;
g) Tổng hợp, xây dựng báo cáo kết quả thanh tra và giải quyết khiếu nại tố cáo; tổ chức sơ kết, tổng kết việc thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành tôn giáo;
h) Kiểm tra, xác minh, kết luận và kiến nghị Trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến tôn giáo theo quy định của pháp luật;
i) Tham mưu cho Trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ trình cơ quan có thẩm quyền ban hành, sửa đổi, bổ sung văn bản quy định về giải quyết khiếu nại, tố cáo trong lĩnh vực tôn giáo;
k) Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Nội vụ, Trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ giao hoặc theo quy định của pháp luật.
4. Sở Nội vụ
a) Thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra; giải quyết khiếu nại, tố cáo trong lĩnh vực tôn giáo theo quy định của pháp luật;
b) Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.
5. Giám đốc Sở Nội vụ
a) Thực hiện chức trách, nhiệm vụ của Giám đốc Sở quy định tại Điều 7 Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 04 tháng 4 năm 2014 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương;
b) Xem xét, phê duyệt kế hoạch thanh tra chuyên ngành tôn giáo hàng năm;
c) Quyết định thanh tra chuyên ngành tôn giáo theo kế hoạch đã được phê duyệt và lập Đoàn thanh tra;
d) Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.
6. Thanh tra Sở Nội vụ
Thanh tra Sở Nội vụ là tổ chức thuộc Sở Nội vụ có nhiệm vụ, quyền hạn:
a) Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo Điều 24 của Luật thanh tra và Điều 6 Nghị định 90/2012/NĐ-CP ngày 05 tháng 11 năm 2012 về tổ chức và hoạt động thanh tra ngành Nội vụ;
b) Tham mưu giúp Giám đốc Sở Nội vụ tiến hành thanh tra chuyên ngành, giải quyết khiếu nại, tố cáo liên quan đến tôn giáo theo quy định của pháp luật;
c) Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn khác theo quy định của pháp luật.