1. Chậm nhất 02 giờ, trước khi phương tiện dự kiến đến cửa khẩu, người làm thủ tục phải khai báo giấy tờ theo phương thức điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia, gồm:
a) Thông báo phương tiện đến cảng thủy nội địa theo Mẫu số 48 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
b) Giấy phép rời cảng thủy nội địa theo Mẫu số 39 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
c) Bản khai chung theo Mẫu số 40 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
d) Danh sách thuyền viên theo Mẫu số 41 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
đ) Danh sách hành khách theo Mẫu số 42 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
e) Bản khai hàng hóa theo Mẫu số 43 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này hoặc hợp đồng vận chuyển hoặc hóa đơn xuất kho hoặc giấy vận chuyển hàng hóa;
g) Bản khai kiểm dịch thực vật đối với hàng hóa thuộc diện kiểm dịch thực vật theo Mẫu số 44 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
h) Bản khai kiểm dịch động vật đối với hàng hóa thuộc diện kiểm dịch động vật theo Mẫu số 45 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
i) Bản khai vũ khí và vật liệu nổ (nếu có) theo Mẫu số 46 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;
k) Bản khai người trốn trên tàu (nếu có) theo Mẫu số 47 tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này.
2. Các giấy tờ phải xuất trình
a) Giấy tờ xuất trình cho Cảng vụ gồm: Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường của phương tiện, giấy tờ liên quan đến hàng hóa vận tải trên phương tiện, giấy chứng nhận đăng ký phương tiện (hoặc bản sao có xác nhận của tổ chức tín dụng trong trường hợp phương tiện đang cầm cố, thế chấp), giấy chứng nhận khả năng chuyên môn, chứng chỉ chuyên môn của thuyền viên, người lái phương tiện, bản sao giấy chứng nhận bảo hiểm trách nhiệm dân sự (đối với phương tiện thuộc diện bắt buộc phải có bảo hiểm trách nhiệm dân sự), giấy phép vận tải thủy qua biên giới Việt Nam - Campuchia;
b) Giấy tờ xuất trình cho Cơ quan Hải quan: Giấy tờ liên quan đến hàng hóa vận tải trên phương tiện;
c) Giấy tờ xuất trình cho Bộ đội Biên phòng cửa khẩu: Hộ chiếu và giấy tờ có giá trị đi lại quốc tế của thuyền viên, hành khách (nếu có);
d) Giấy tờ xuất trình cho cơ quan kiểm dịch thực vật: Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật (đối với hàng hóa thuộc diện kiểm dịch thực vật);
đ) Giấy tờ xuất trình cho cơ quan kiểm dịch động vật: Giấy chứng nhận kiểm dịch động vật của nước xuất hàng (đối với hàng hóa thuộc diện kiểm dịch động vật);
e) Giấy tờ xuất trình cho cơ quan kiểm dịch y tế: Giấy chứng nhận tiêm chủng quốc tế của thuyền viên, người lái phương tiện, hành khách (trong trường hợp xuất phát hoặc đi qua vùng có dịch hoặc bị nghi ngờ mắc bệnh hoặc tác nhân gây bệnh truyền nhiễm).
3. Kiểm tra các loại giấy tờ liên quan đến phương tiện và thuyền viên
a) Cảng vụ kiểm tra các thông tin khai báo, tra cứu dữ liệu phương tiện, thuyền viên Việt Nam trên cơ sở dữ liệu điện tử của các cơ quan có thẩm quyền để giải quyết thủ tục cấp giấy phép cho phương tiện vào cảng thủy nội địa;
b) Cảng vụ chỉ yêu cầu người làm thủ tục nộp, xuất trình các giấy tờ trong trường hợp cơ sở dữ liệu không có thông tin của phương tiện, thuyền viên, người lái phương tiện hoặc không đủ dữ liệu điện tử để kiểm tra, đối chiếu hoặc không bảo đảm điều kiện của chứng từ điện tử và người làm thủ tục chỉ khai báo dữ liệu lần đầu về phương tiện, thuyền viên trên phần mềm điện đử (do người làm thủ tục lựa chọn). Cảng vụ làm thủ tục đầu tiên kiểm tra, đối chiếu dữ liệu khai báo với bản chính xuất trình để giải quyết thủ tục cho phương tiện vào cảng thủy nội địa hoặc khi có sự thay đổi. Cơ sở dữ liệu về thuyền viên, người lái phương tiện, phương tiện, cảng thủy nội địa được lưu giữ trên Cổng thông tin một cửa quốc gia để làm cơ sở dữ liệu cho những lần làm thủ tục tiếp theo;
c) Thời hạn xuất trình các giấy tờ không có trong cơ sở dữ liệu: Chậm nhất 02 giờ, kể từ khi phương tiện đã neo đậu tại cầu cảng hoặc 04 giờ phương tiện đã neo đậu tại vị trí khác trong vùng nước cảng thủy nội địa.
4. Trách nhiệm làm thủ tục của cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng thủy nội địa
a) Cảng vụ có trách nhiệm kiểm tra các giấy tờ quy định tại các điểm a, b, c, d, đ, e khoản 1, điểm a khoản 2 Điều này; chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với giấy tờ quy định tại các điểm a, b, c khoản 1 Điều này, trong trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước cùng tham gia xử lý và có ý kiến khác nhau;
b) Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm kiểm tra các giấy tờ quy định tại các điểm a, c, d, đ, e khoản 1 Điều này; chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với giấy tờ quy định tại điểm b khoản 2 Điều này trong trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước cùng tham gia xử lý và có ý kiến khác nhau;
c) Bộ đội Biên phòng cửa khẩu chịu trách nhiệm chính kiểm tra các giấy tờ quy định tại các điểm a, b, c, d, đ, i, k khoản 1, điểm c khoản 2 của Điều này và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với các giấy tờ quy định tại các điểm i, k khoản 1, điểm c khoản 2 Điều này, trong trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước cùng tham gia xử lý và có ý kiến khác nhau;
d) Cơ quan kiểm dịch thực vật có trách nhiệm kiểm tra các giấy tờ quy định tại các điểm c, g khoản 1, điểm d khoản 2 Điều này; chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với giấy tờ quy định tại điểm g khoản 1 Điều này, trong trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước cùng tham gia xử lý và có ý kiến khác nhau;
đ) Cơ quan kiểm dịch động vật có trách nhiệm kiểm tra các giấy tờ quy định tại các điểm c, h khoản 1, điểm đ khoản 2 Điều này; chịu trách nhiệm chính và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với giấy tờ tại điểm h khoản 1 Điều này, trong trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước cùng tham gia xử lý và có ý kiến khác nhau;
e) Cơ quan kiểm dịch y tế có trách nhiệm kiểm tra giấy tờ quy định tại điểm e khoản 2 Điều này và có thẩm quyền quyết định cuối cùng đối với giấy tờ đã kiểm tra trong trường hợp các cơ quan quản lý nhà nước cùng tham gia xử lý và có ý kiến khác nhau.
5. Cấp phép điện tử
Chậm nhất 30 phút, kể từ khi người làm thủ tục hoàn thành các thủ tục khai báo điện tử và xuất trình đầy đủ các giấy tờ theo quy định, trên cơ sở ý kiến phản hồi của các cơ quan liên quan, Cảng vụ cấp giấy phép điện tử cho phương tiện vào cảng thủy nội địa thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.