Thủ tục giải quyết khiếu nại theo Hiệp định được nêu tại Điều khoản Thủ tục thỏa thuận song phương (thường là Điều 25) của Hiệp định.
1. Đối với các đối tượng cư trú của Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam
1.1. Trường hợp một đối tượng cư trú của Nước ký kết (sau đây tại Điều này gọi là người khiếu nại) cho rằng Cơ quan thuế Việt Nam xác định nghĩa vụ thuế của mình không phù hợp với quy định của Hiệp định, đối tượng đó có thể khiếu nại theo trình tự quy định của luật thuế hoặc các văn bản về giải quyết khiếu nại của Việt Nam.
1.2. Người khiếu nại có thể không tiến hành khiếu nại theo trình tự nêu tại Điểm 1.1 trên đây mà trực tiếp khiếu nại lên Nhà chức trách có thẩm quyền của Việt Nam quy định tại Điều 51 Thông tư này hoặc Nhà chức trách có thẩm quyền của Nước ký kết nơi người khiếu nại là đối tượng cư trú thuế để xúc tiến quá trình thủ tục thỏa thuận song phương theo quy định tại Hiệp định. Trong trường hợp này, việc khiếu nại phải được tiến hành trong vòng ba năm kể từ ngày có thông báo đầu tiên của Cơ quan thuế dẫn đến việc xử lý thuế mà người khiếu nại cho là không đúng với Hiệp định.
Ví dụ 5: Ngày 01/6/2012, ông A, một đối tượng cư trú của Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam nhận được quyết định xử lý về thuế thu nhập cá nhân của Cục Thuế tỉnh H và ông cho rằng nghĩa vụ thuế ghi tại quyết định xử lý về thuế không đúng với quy định của Hiệp định. Sau khi thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ nêu tại quyết định xử lý về thuế, ông A có quyền khiếu nại trực tiếp lên Tổng cục Thuế - với tư cách Nhà chức trách có thẩm quyền của Việt Nam - để giải quyết trường hợp của ông. Thời hạn để ông A có thể tiến hành đệ đơn khiếu nại là 3 năm kể từ ngày 01/6/2012.
1.3. Để tiến hành khiếu nại theo các quy định tại các Điểm 1.1 và 1.2 Khoản này, người khiếu nại phải thực hiện đúng các quy định dưới đây:
a) Thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ đã được thông báo tại các quyết định xử lý về thuế (là các quyết định hành chính thuế, thông báo thuế, ...) của Cơ quan thuế trước và trong quá trình khiếu nại. Trường hợp khiếu nại về số tiền thuế do cơ quan quản lý thuế tính hoặc ấn định, người khiếu nại vẫn phải nộp đủ số tiền thuế đó, trừ trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định tạm đình chỉ thực hiện quyết định tính thuế, quyết định ấn định thuế của cơ quan quản lý thuế.
b) Nhà chức trách có thẩm quyền của Việt Nam không giải quyết khiếu nại đối với trường hợp: khiếu nại đang hoặc đã được tòa án giải quyết; hoặc đang hoặc đã được xử lý theo trình tự giải quyết khiếu nại của Việt Nam; hoặc việc khiếu nại đã quá thời hạn quy định tại Điểm 1.2.
2. Đối với các đối tượng cư trú của Việt Nam
Trường hợp một đối tượng cư trú của Việt Nam cho rằng một Nước ký kết xác định nghĩa vụ thuế của mình không phù hợp với quy định của Hiệp định đối tượng đó có thể đề nghị Nhà chức trách có thẩm quyền của Việt Nam xúc tiến quá trình thủ tục thỏa thuận song phương theo quy định tại Hiệp định. Trước khi đề nghị Nhà chức trách có thẩm quyền của Việt Nam xúc tiến quá trình thủ tục thỏa thuận song phương, người khiếu nại phải thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ đã được thông báo tại các quyết định xử lý về thuế của Cơ quan thuế Việt Nam và Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam nếu pháp luật của nước đó yêu cầu. Việc đề nghị Nhà chức trách có thẩm quyền của Việt Nam thực hiện thủ tục thỏa thuận song phương phải được tiến hành trong phạm vi ba năm kể từ ngày Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam ban hành các quyết định xử lý về thuế mà đối tượng cư trú của Việt Nam cho rằng không phù hợp với quy định của Hiệp định.