1. Cơ quan thuế thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Khoản 1, Khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13, cụ thể như sau:
a) Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp sau đây:
- Hoàn thuế theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên, trừ trường hợp hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần của các hãng vận tải nước ngoài.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu.
Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế gửi cơ quan quản lý thuế lần đầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghị hoàn thuế lần đầu.
- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời Điểm bị cơ quan quản lý thuế xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.
Trường hợp người nộp thuế có nhiều lần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, nếu trong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời Điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn quy định tại Khoản 33 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tại Điều 108 Luật quản lý thuế và Khoản 34 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trường hợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế có hành vi khai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gian lận về thuế quy định tại Khoản 33, Khoản 34 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, Điều 108 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11 thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo đúng thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời Điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.
- Người nộp thuế sản xuất, kinh doanh hàng hóa xuất khẩu đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thời Điểm bị cơ quan quản lý nhà nước xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, gian lận thương mại.
Cơ quan thuế căn cứ thông tin về Quyết định xử phạt của cơ quan quản lý nhà nước có liên quan về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới, gian lận thương mại trên cơ sở dữ liệu quản lý hoàn thuế tại thời Điểm đánh giá để căn cứ phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Thời Điểm 02 (hai) năm được tính kể từ ngày cơ quan quản lý nhà nước có Quyết định xử phạt về một trong các hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới, gian lận thương mại tại thời Điểm đánh giá.
- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;
- Người nộp thuế thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế là các trường hợp người nộp thuế được đánh giá xếp hạng rủi ro cao, rủi ro rất cao, người nộp thuế có thời gian hoạt động dưới 12 tháng hướng dẫn tại Thông tư số 204/2015/TT-BTC.
- Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng.
b) Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau là các hồ sơ không thuộc Điểm a Khoản này.
2. Trường hợp kết quả phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế trong thời hạn 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy định tại Điểm a Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, thông báo được gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.