1. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
a) Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài nguyên và Môi trường và các Bộ, ngành liên quan thường trực giúp Chính phủ kiểm tra, đôn đốc, giám sát việc tổ chức thực hiện Nghị định này; tổng hợp báo cáo kết quả thực hiện với Chính phủ hàng năm.
b) Hướng dẫn các công ty nông, lâm nghiệp xây dựng đề án sắp xếp, đổi mới; các địa phương, Bộ, ngành xây dựng phương án tổng thể về sắp xếp, đổi mới công ty nông, lâm nghiệp. Chủ trì việc thẩm định các phương án tổng thể của Bộ, ngành và địa phương.
c) Xây dựng và trình cấp có thẩm quyền ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các quy định, hướng dẫn thực hiện tiêu chuẩn quản lý rừng bền vững và chứng chỉ rừng; tiêu chí cải tạo rừng nghèo kiệt; sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện chính sách giao khoán rừng và đất lâm nghiệp, chính sách hưởng lợi từ rừng.
d) Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính hướng dẫn phương pháp xác định giá trị vườn cây, rừng trồng, đàn gia súc của công ty nông, lâm nghiệp; đơn giá sản xuất và cung ứng các sản phẩm, dịch vụ công ích làm căn cứ đặt hàng, giao kế hoạch.
đ) Tổ chức các lớp bồi dưỡng nâng cao trình độ tổ chức sản xuất, kiến thức khoa học kỹ thuật, quản trị kinh doanh, tiếp cận thị trường cho cán bộ, công nhân viên công ty nông, lâm nghiệp.
2. Bộ Tài nguyên và Môi trường
Chủ trì hướng dẫn việc quản lý, sử dụng đất đai khi sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của công ty nông lâm nghiệp:
a) Hướng dẫn việc đo đạc, lập bản đồ địa chính, giao, cho thuê và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với các công ty nông, lâm nghiệp theo quy định của pháp luật về đất đai.
b) Hướng dẫn xử lý các trường hợp vi phạm pháp luật về quản lý sử dụng đất.
c) Điều chỉnh, bổ sung phương pháp xác định giá thuê đất đối với đất sản xuất nông, lâm nghiệp.
3. Bộ Tài chính
Xây dựng, ban hành hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành:
a) Cơ chế, chính sách tài chính đặc thù về sắp xếp, đổi mới và phát triển, nâng cao hiệu quả hoạt động của các công ty nông, lâm nghiệp quy định tại Điều 19 Nghị định này.
b) Bố trí từ ngân sách trung ương kinh phí để thực hiện bảo vệ và phát triển rừng phòng hộ, đặc dụng được Nhà nước giao cho các công ty quản lý, rừng tự nhiên chưa có phương án quản lý rừng bền vững và chưa được cấp chứng chỉ rừng quốc tế về quản lý rừng bền vững; kinh phí hỗ trợ cho việc rà soát, đo đạc, lập bản đồ địa chính, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các công ty nông, lâm nghiệp.
c) Phối hợp với Ngân hàng Nhà nước Việt Nam xử lý về các khoản vay nợ cũ của các công ty nông, lâm nghiệp; đề xuất bổ sung, sửa đổi cơ chế xử lý các khoản nợ cũ kể cả nợ gốc, nợ lãi đối với các công ty nông, lâm nghiệp khi thực hiện sắp xếp.
4. Bộ Kế hoạch và Đầu tư
a) Hướng dẫn chính sách về đầu tư, hỗ trợ đầu tư kết cấu hạ tầng; thu hút và khuyến khích đầu tư; đặt hàng, giao kế hoạch nhiệm vụ công ích đối với các công ty nông, lâm nghiệp.
b) Phối hợp với Bộ Tài chính bố trí ngân sách để thực hiện bảo vệ và phát triển rừng phòng hộ, đặc dụng được Nhà nước giao cho công ty quản lý, rừng sản xuất là rừng tự nhiên chưa có phương án quản lý rừng bền vững và chưa được cấp chứng chỉ rừng quốc tế về quản lý rừng bền vững; ngân sách hỗ trợ cho việc rà soát, đo đạc, cắm mốc, lập bản đồ địa chính, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các công ty nông, lâm nghiệp.
5. Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội
Hướng dẫn thực hiện chế độ lao động dôi dư khi sắp xếp, chuyển đổi công ty nông, lâm nghiệp; chính sách, chế độ lao động, bảo hiểm xã hội, bảo hiểm thất nghiệp đối với người lao động không hưởng lương từ công ty do hợp đồng nhận khoán.
6. Ngân hàng Nhà nước Việt Nam: Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý về các khoản vay nợ cũ của các công ty nông, lâm nghiệp; đề xuất bổ sung, sửa đổi cơ chế xử lý các khoản nợ cũ kể cả nợ gốc, nợ lãi đối với các công ty nông, lâm nghiệp khi thực hiện sắp xếp.