Hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế được xử lý theo quy định tại Điều 41 Luật Quản lý thuế và các quy định sau:
1. Người nộp thuế thay đổi các thông tin đăng ký thuế theo quy định tại Khoản 1, Khoản 3 Điều 10 Thông tư này
a) Trường hợp thay đổi thông tin không có trên Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế:
Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm cập nhật các thông tin thay đổi vào Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.
b) Trường hợp thay đổi thông tin trên Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế:
Trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm cập nhật các thông tin thay đổi vào Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế; đồng thời, ban hành Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế đã cập nhật thông tin thay đổi.
2. Người nộp thuế thay đổi thông tin đăng ký thuế theo quy định tại Khoản 2 Điều 10 Thông tư này
a) Tại cơ quan thuế nơi chuyển đi:
Người nộp thuế nộp hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Trong thời hạn chậm nhất không quá 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế công bố biên bản, kết luận kiểm tra (đối với hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế), 07 (bảy) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ của người nộp thuế (đối với hồ sơ thuộc diện không phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế), cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyên địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư này theo quy định tại Khoản 3 Điều 6 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế gửi cho người nộp thuế.
Người nộp thuế chuyển địa điểm hoạt động kinh doanh tại trụ sở chính, nếu tiếp tục có hoạt động kinh doanh khác địa bàn cấp tỉnh với địa bản nơi đóng trụ sở chính và có nghĩa vụ khai thuế, nộp thuế với cơ quan thuế quản lý trên địa bàn cấp tỉnh đó theo quy định của pháp luật quản lý thuế (cơ quan thuế quản lý khoản thu) thì không phải thực hiện chuyển nghĩa vụ thuế theo quy định tại điểm a.1 Khoản này.
b) Tại cơ quan thuế nơi chuyển đến:
Trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm cập nhật các thông tin thay đổi vào Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế. Đồng thời, ban hành Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế đã cập nhật thông tin thay đổi gửi cho người nộp thuế.
3. Xử lý đối với người nộp thuế đã hoàn thành chuyển địa điểm tại cơ quan thuế nơi chuyển đi nhưng không nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở tại cơ quan đăng ký kinh doanh, đăng ký hợp tác xã (đối với người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký kinh doanh) hoặc tại cơ quan thuế nơi chuyển đến (đối với người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế)
a) Trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư này, nếu người nộp thuế không thực hiện chuyên địa điểm thì phải có Văn bản đăng ký hủy chuyển địa điểm mẫu số 31/ĐK-TCT ban hành kèm theo Thông tư này gửi cơ quan thuế nơi chuyển đi. Cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc xác nhận người nộp thuế hủy chuyển địa điểm mẫu số 36/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư này, gửi người nộp thuế trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của người nộp thuế.
b) Sau 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đi ban hành Thông báo về việc người nộp thuế chuyển địa điểm mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư này, nếu người nộp thuế không nộp hồ sơ cho cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan đăng ký hợp tác xã hoặc cơ quan thuế nơi chuyển đến và người nộp thuế không có văn bản đề nghị hủy chuyển địa điểm theo quy định tại điểm a Khoản này gửi cơ quan thuế nơi chuyển đi thì cơ quan thuế nơi chuyển đến ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin tài liệu mẫu số 01/TB-B STT-NNT tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP  ngày 19/10/2020 của Chính phủ gửi người nộp thuế.
c) Sau 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nơi chuyển đến ban hành Thông báo theo quy định tại điểm b Khoản này gửi người nộp thuế nhưng người nộp thuế không nộp Văn bản đăng ký hủy chuyển địa điểm mẫu số 31/ĐK-TCT ban hành kèm theo Thông tư này hoặc không nộp hồ sơ thay đổi địa chỉ trụ sở, cơ quan thuế nơi chuyển đến ban hành Thông báo về việc người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký mẫu số 16/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư này, chuyển trạng thái “Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký” và công khai thông tin trên cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế theo quy định tại Điều 17 Thông tư này.