1. Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau
Cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng để kiểm tra đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cụ thể:
a) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc đối tượng và trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế, trong thời hạn chậm nhất không quá 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc không được hoàn thuế (mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) gửi cho người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện đối chiếu số tiền thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn tại hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế của người nộp thuế. Số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn phải đảm bảo đã được khai thuế theo đúng quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; đảm bảo Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế quy định tại Khoản 6, Khoản 7 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013 (sau đây gọi là Luật thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.
c) Trường hợp chưa đủ thông tin để xác định hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế lập và gửi Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC) theo quy định tại Khoản 2 Điều 60 Thông tư 156/2013/TT-BTC gửi người nộp thuế trong thời hạn chậm nhất không quá 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế có Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi các giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế. Quá thời hạn nêu trên, cơ quan thuế chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
- Trường hợp thông tin liên quan đến xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn thuộc trách nhiệm quản lý của cơ quan nhà nước đã có quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác với cơ quan thuế thì cơ quan thuế không được yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.
- Trường hợp người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng hoặc quá thời hạn yêu cầu của cơ quan thuế nhưng không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Khoản 2 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC: Thủ trưởng cơ quan thuế chịu trách nhiệm phê duyệt thay đổi phân loại hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau; đồng thời gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế biết trong thời hạn 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ theo quy định tại Điểm a Khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.
d) Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế phát hành thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế.
2. Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau
a) Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định tại các Điều 78, Điều 79, Điều 80 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11 và các văn bản hướng dẫn thi hành, theo quy trình kiểm tra thuế, quy trình thanh tra của ngành thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế xác định số thuế được hoàn của người nộp thuế. Số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn phải đảm bảo đã được khai thuế theo đúng quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; đảm bảo Điều kiện khấu trừ, hoàn thuế quy định tại Khoản 6, Khoản 7 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
b) Trong quá trình thực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp theo quy định tại Điều 7, Điều 8 Thông tư này để có căn cứ xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ Điều kiện hoàn của người nộp thuế.
3. Trong quá trình giải quyết hoàn thuế mà cơ quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an Điều tra hoặc người nộp thuế bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từ liên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ chưa đủ Điều kiện hoàn thuế. Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hoàn thuế khi có kết quả hoặc ý kiến của cơ quan công an hoặc của cơ quan có thẩm quyền hoặc khi có đủ hồ sơ theo quy định.