Phòng Đầu tư - Dự án có các nhiệm vụ sau:
1. Tham mưu giúp Vụ trưởng việc xác định mục tiêu, nội dung kiểm toán chủ yếu hàng năm đối với lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia; thẩm định, theo dõi, quản lý việc thực hiện kế hoạch kiểm toán hàng năm của các đơn vị thực hiện nhiệm vụ kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia; căn cứ tiến độ thực hiện kế hoạch kiểm toán, tham mưu giúp Vụ trưởng đề xuất phương án điều chỉnh việc thực hiện kế hoạch kiểm toán đối với lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia.
2. Tham mưu giúp Vụ trưởng thẩm định kế hoạch kiểm toán của từng cuộc kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia trước khi Vụ trưởng trình Tổng Kiểm toán Nhà nước ban hành quyết định kiểm toán.
3. Tham mưu giúp Vụ trưởng thẩm định báo cáo kiểm toán của các cuộc kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia trước khi trình Tổng Kiểm toán Nhà nước xét duyệt và ký công bố; đề nghị Vụ trưởng xem xét, đề nghị các đơn vị, cá nhân trong ngành cung cấp tài liệu cần thiết phục vụ cho công tác thẩm định báo cáo kiểm toán của các cuộc kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia; trường hợp cần thiết, đề xuất Vụ trưởng đề nghị Tổng Kiểm toán Nhà nước xem xét, quyết định trưng cầu giám định chuyên môn đối với các báo cáo kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia; thẩm định hồ sơ đính chính báo cáo kiểm toán của đoàn kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia do các đơn vị gửi đến, trình Tổng Kiểm toán Nhà nước quyết định.
4. Tham mưu giúp Vụ trưởng trình Tổng KTNN việc thành lập Hội đồng kiểm toán để thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Luật Kiểm toán nhà nước đối với lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia.
5. Tham mưu giúp Vụ trưởng tổng hợp kết quả kiểm toán, lập báo cáo kiểm toán năm đối với lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia và chi đầu tư xây dựng của bộ, cơ quan trung ương và địa phương.
6. Phối hợp với Phòng Phòng, chống tham nhũng tham mưu cho Vụ trưởng trình Tổng Kiểm toán Nhà nước xem xét, quyết định việc chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra và các cơ quan khác của Nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, xử lý những vụ việc, hành vi có dấu hiệu vi phạm pháp luật được phát hiện thông qua hoạt động kiểm toán trong lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia.
7. Tham mưu giúp Vụ trưởng tham gia xây dựng và đề xuất ý kiến sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện quy trình, chuẩn mực và phương pháp chuyên môn, nghiệp vụ kiểm toán đối với lĩnh vực kiểm toán đầu tư dự án và chương trình mục tiêu quốc gia.
8. Phối hợp với Phòng Ngân sách trung ương thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước; chuẩn bị ý kiến của Kiểm toán Nhà nước về dự toán ngân sách nhà nước, phương án phân bổ ngân sách trung ương và báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước; tham gia với các cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban Tài chính - Ngân sách và các cơ quan khác của Quốc hội, Bộ Tài chính trong việc xem xét, thẩm tra, giám sát báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước.
9. Tham mưu giúp Vụ trưởng chuẩn bị ý kiến của Kiểm toán Nhà nước theo chuyên đề, nội dung yêu cầu của Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội, các cơ quan của Quốc hội thuộc lĩnh vực kiểm toán kiểm toán đầu tư dự án và chương trình mục tiêu quốc gia.
10. Tham mưu giúp Vụ trưởng Quản lý việc phát hành báo cáo kiểm toán và việc tổ chức công bố công khai báo cáo kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia theo quy định tại Luật Kiểm toán nhà nước.
11. Tham mưu giúp Vụ trưởng việc gửi báo cáo kiểm toán và cung cấp kết quả kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia cho các cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định tại Luật Kiểm toán nhà nước.
12. Tham mưu giúp Vụ trưởng việc trả lời khiếu nại của đơn vị được kiểm toán về những nội dung kết luận, kiến nghị trong các báo cáo kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia.
13. Tham mưu giúp Vụ trưởng nhận xét, đánh giá kết quả hoạt động kiểm toán của các đơn vị trong ngành thuộc lĩnh vực kiểm toán đầu tư - dự án và chương trình mục tiêu quốc gia theo chức năng, nhiệm vụ của Vụ.
14. Phối hợp với các phòng khác thuộc Vụ khi thực hiện nhiệm vụ chung của Vụ và các nhiệm vụ khác có liên quan đến chức năng của Phòng.
15. Thực hiện các nhiệm vụ khác khi được Vụ trưởng giao hoặc ủy quyền.