1. Quy định nơi neo đậu cho phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển trong vùng nước cảng, bến thủy nội địa.
2. Thanh tra, kiểm tra việc thực hiện quy định của pháp luật về an toàn, an ninh và bảo vệ môi trường của phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển; kiểm tra giấy chứng nhận khả năng chuyên môn, bằng, chứng chỉ chuyên môn của thuyền viên và người lái phương tiện; cấp phép cho phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển ra, vào cảng, bến thủy nội địa.
3. Không cho phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển ra, vào cảng, bến thủy nội địa khi cảng, bến hoặc phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển không bảo đảm điều kiện an toàn, an ninh và bảo vệ môi trường hoặc cảng, bến thủy nội địa không đủ điều kiện hoạt động theo quy định của pháp luật.
4. Tiếp nhận và thông báo tình hình luồng, tuyến cho phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển tại cảng, bến thủy nội địa.
5. Tuyên truyền, phổ biến, hướng dẫn thực hiện những quy định của pháp luật về giao thông vận tải đường thủy nội địa.
6. Kiểm tra điều kiện an toàn đối với cảng, bến, luồng, báo hiệu và các công trình khác có liên quan trong phạm vi cảng, bến thủy nội địa; khi phát hiện có dấu hiệu mất an toàn phải thông báo cho tổ chức, cá nhân có trách nhiệm xử lý kịp thời.
7. Giám sát việc khai thác, sử dụng cảng, bến bảo đảm an toàn; yêu cầu tổ chức cá nhân khai thác cảng, bến thủy nội địa tạm ngừng khai thác cảng hoặc kiến nghị đình chỉ hoạt động bến khi xét thấy có ảnh hưởng đến an toàn cho người, phương tiện hoặc công trình.
8. Tổ chức tìm kiếm, cứu người, hàng hóa, phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển bị nạn trong vùng nước cảng, bến thủy nội địa.
9. Huy động phương tiện, thiết bị, nhân lực trong khu vực cảng, bến thủy nội địa để tham gia cứu người, hàng hóa, phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển trong trường hợp khẩn cấp và xử lý ô nhiễm môi trường trong phạm vi cảng, bến thủy nội địa.
10. Chủ trì kiểm tra, giám sát thực hiện kế hoạch ứng phó sự cố tràn dầu tại cảng, bến và các phương tiện thủy nội địa, phương tiện thủy nước ngoài, tàu biển hoạt động trong vùng nước Cảng vụ đường thủy nội địa quản lý; tham gia lập biên bản, kết luận nguyên nhân tai nạn, sự cố xảy ra trong vùng nước cảng, bến thủy nội địa; yêu cầu các bên liên quan khắc phục hậu quả tai nạn.
11. Xử phạt vi phạm hành chính; thu phí, lệ phí theo quy định của pháp luật.
12. Thẩm định hồ sơ đánh giá an ninh cảng thủy nội địa, thẩm định kế hoạch an ninh cảng thủy nội địa; thực hiện xác nhận trình báo đường thủy nội địa.
13. Theo dõi, giám sát việc xếp hàng hóa lên phương tiện trong vùng đất, vùng nước cảng, bến thủy nội địa.
14. Chủ trì, phối hợp hoạt động với các cơ quan quản lý nhà nước khác thực hiện công tác bảo đảm bảo trật tự an toàn giao thông trong khu vực cảng, bến thủy nội địa.
15. Xây dựng kế hoạch hoạt động hàng năm trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức thực hiện; tham gia xây dựng quy hoạch phát triển đường thủy nội địa, cảng, bến thủy nội địa trong phạm vi quản lý khi có yêu cầu.
16. Quản lý, sử dụng tài sản, kinh phí, định biên được giao và thực hiện chế độ thống kê, báo cáo theo quy định.
17. Thực hiện những nhiệm vụ khác do Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Giám đốc Sở Giao thông vận tải giao.