Giải quyết hồ sơ hoàn thuế
1. Xác định số thuế được hoàn
a) Nguyên tắc xử lý khi cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn:
a.1) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn.
a.2) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.
b) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước.
Cơ quan thuế căn cứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu để thực hiện kiểm tra hồ sơ của người nộp thuế tại trụ sở cơ quan thuế để xác định đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cụ thể:
b.1) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn tại hồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế của người nộp thuế. Số tiền thuế được hoàn phải được khai thuế theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
 b.2) Trường hợp chưa đủ thông tin để xác định hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế lập Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP gửi người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi văn bản giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo Thông báo của cơ quan thuế.
Hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có văn bản giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểm tra trước hoàn thuế và gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số 05/TB-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này cho người nộp thuế trong thời hạn 06 ngày làm việc kể từ ngày chấp nhận hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 32 Thông tư này.
Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế.
c) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế:
Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn trả số thuế đã đủ điều kiện hoàn cho người nộp thuế, không chờ kết quả kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh hoặc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.
Trường hợp tại Biên bản kiểm tra trước hoàn thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế đủ điều kiện hoàn, vừa có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt bị truy thu thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế và bù trừ số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế tại Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐ-HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.
d) Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.
đ) Quá thời hạn kiểm tra, thanh tra thuế nhưng cơ quan thuế chưa nhận được kết quả hoặc ý kiến, xác minh của cơ quan công an hoặc cơ quan có thẩm quyền thì xử lý như sau:
đ.1) Trường hợp cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn cho người nộp thuế, không chờ kết quả kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh hoặc yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.
đ.2) Trường hợp kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế, cơ quan thuế phải kết thúc kiểm tra, thanh tra đúng thời hạn quy định. Đối với số tiền thuế đã hoàn đang chờ kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luận thanh tra về việc chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế. Khi có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế xác định số tiền thuế đã hoàn không đủ điều kiện được hoàn thuế thì ban hành Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế theo mẫu số 03/QĐ-THH ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này và xử phạt, tính tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định.
2. Xác định số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước được bù trừ với số thuế được hoàn.
Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện hoàn kiêm bù trừ với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sau đây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế theo quy định.
Tiền thuế nợ của người nộp thuế được bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xoá nợ, tiền thuế nợ được nộp dần theo quy định tại Điều 83, Điều 124 Luật Quản lý thuế), bao gồm:
a) Tiền thuế nợ do cơ quan thuế quản lý trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế;
b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế;
c) Tiền thuế nợ theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức được giao quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước không do cơ quan thuế quản lý thu theo quy định tại khoản 3 Điều 3 Luật Quản lý thuế (cơ quan khác).
d) Trường hợp người nộp thuế có số thuế còn được hoàn tại trụ sở chính nhưng đơn vị phụ thuộc có số tiền thuế nợ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều đơn vị phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho khoản nợ có hạn nộp xa nhất của đơn vị phụ thuộc.
Trường hợp đơn vị phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế tại trụ sở chính.
đ) Trường hợp người nộp thuế có số thuế còn được hoàn đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn để nộp thay tiền thuế nợ cho người nộp thuế khác thì cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn và bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác sau khi đã bù trừ số tiền thuế nợ của người nộp thuế theo trình tự quy định tại điểm a, b, c, d khoản này.
e) Cơ quan thuế phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế; cơ quan hải quan chịu trách nhiệm về số tiền nợ trên hệ thống của cơ quan hải quan đã cung cấp cho cơ quan thuế và cơ quan khác (cơ quan, tổ chức được giao quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước không do cơ quan thuế quản lý thu theo quy định tại khoản 3 Điều 3 Luật Quản lý thuế) chịu trách nhiệm về số tiền nợ ngân sách nhà nước đề nghị cơ quan thuế bù trừ. Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 36 Thông tư này, người nộp thuế có vướng mắc về số tiền thuế nợ đã bù trừ với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế, cơ quan hải quan, cơ quan khác đề nghị bù trừ nợ có trách nhiệm giải quyết vướng mắc cho người nộp thuế theo quy định tại điểm này.
Trường hợp số tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn số tiền thuế nợ thực tế thì được xác định là khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quan hải quan và cơ quan khác đề nghị số tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định tại Điều 25 Thông tư này và pháp luật có liên quan.