Mục II. / QUY ĐỊNH CỤ THỂ. 1/ Hồ sơ đề nghị hoàn trả bao gồm:
1.1- Quyết định hoàn trả (bản chính theo mẫu quy định hiện hành) của cơ quan thu quy định tại mục 1.1 điểm 1 phần I Thông tư này.
1.2- Công văn đề nghị hoàn trả (bản chính) của cơ quan thu gửi cơ quan tài chính (theo mẫu số 01 đính kèm Thông tư này).
1.3- Giấy xác nhận của kho bạc nhà nước (bản chính) xác nhận số tiền thuộc diện hoàn trả đã thực nộp vào NSNN (theo mẫu số 02 đính kèm Thông tư này); riêng đơn vị hoạt động xuất nhập khẩu có thể thay thế giấy xác nhận kho bạc nhà nước bằng giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước theo mẫu giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước quy định tại Thông tư số 12/1999/TT-BTC ngày 01/2/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung một số điểm trong Thông tư 41/1998/TT-BTC ngày 31/3/1998 của Bộ Tài chính về việc tập trung quản lý các khoản thu NSNN qua KBNN (bản chính hoặc bản sao có xác nhận của kho bạc nhà nước). Trường hợp cơ quan thu nộp thay cho nhiều đơn vị trong cùng một giấy nộp tiền phải gửi kèm bảng kê tên các đơn vị nộp tiền của giấy nộp tiền đó. Nội dung xác nhận của kho bạc nhà nước trên bản sao giấy nộp tiền cần ghi rõ số tiền được hoàn trả cho đơn vị thuộc giấy nộp tiền này và đã thực nộp vào ngân sách nhà nước (do giám đốc kho bạc nhà nước ký, ghi rõ họ tên và đóng dấu). 2/ Quy trình hoàn trả:
2.1- Cơ quan thu chịu trách nhiệm về việc ra quyết định hoàn trả và lập hồ sơ hoàn trả theo quy định tại điểm 1 phần II Thông tư này gửi cơ quan tài chính thực hiện hoàn trả. Khoản thu nộp ngân sách cấp nào thì hồ sơ gửi về cơ quan tài chính cấp đó; nếu khoản thu được điều tiết cho nhiều cấp ngân sách thì gửi về cơ quan tài chính cấp cao nhất. - Đối với việc hoàn trả thuế thu nhập doanh nghiệp do tái đầu tư theo Luật đầu tư nước ngoài, sau khi Bộ trưởng Bộ Tài chính ra quyết định hoàn thuế, Tổng cục Thuế gửi quyết định hoàn thuế (bản chính) đến Vụ Ngân sách nhà nước để thực hiện hoàn thuế cho đơn vị. - Đối với việc hoàn trả phí xăng dầu, sau khi Cục trưởng Cục Thuế ra quyết định hoàn trả phí xăng dầu, Cục Thuế gửi quyết định (bản chính) kèm toàn bộ hồ sơ theo quy định tại Thông tư số 63/2001/TT-BTC ngày 9/8/2001 của Bộ Tài chính và công văn đề nghị hoàn trả phí xăng dầu (theo mẫu số 04 đính kèm Thông tư này) về Bộ Tài chính để thực hiện hoàn trả cho đơn vị.
2.2- Cơ quan tài chính sau khi nhận được hồ sơ đề nghị hoàn trả của cơ quan thu gửi đến, thực hiện kiểm tra hồ sơ và giải quyết hoàn trả kịp thời cho đơn vị. Cụ thể: - Nếu hồ sơ không đầy đủ theo quy định tại điểm 1 phần II Thông tư này, chậm nhất trong 03 ngày làm việc, phải có công văn gửi cơ quan đề nghị hoàn trả để hoàn chỉnh hồ sơ theo quy định; - Nếu hồ sơ đầy đủ theo quy định tại điểm 1 phần II Thông tư này, chậm nhất trong 7 ngày làm việc, cơ quan tài chính thực hiện hoàn trả cho đơn vị theo quy định tại mục 4.2 điểm 4 phần IV Thông tư số 103/1999/TT-BTC ngày 18/7/1999 của Bộ Tài chính và chuyển Kho bạc Nhà nước đồng cấp để thực hiện hoàn trả cho đơn vị; đồng thời gửi công văn thông báo cơ quan thu biết (theo mẫu số 03 đính kèm Thông tư này). - Đối với các khoản thu được phân chia giữa các cấp ngân sách, cơ quan tài chính cấp cao nhất thực hiện kiểm tra hồ sơ và thực hiện hoàn trả phần thu đã điều tiết cho ngân sách cấp mình, đồng thời có công văn gửi cơ quan tài chính cấp dưới. Cơ quan tài chính cấp dưới nhận được công văn của cơ quan tài chính cấp trên, thực hiện hoàn trả cho đơn vị từ số thu đã điều tiết cho ngân sách cấp mình.
2.3- Kho bạc Nhà nước nhận được chứng từ hoàn trả (lệnh thoái thu hoặc lệnh chi tiền) của cơ quan tài chính đồng cấp, thực hiện kiểm tra, kiểm soát và làm thủ tục thanh toán kịp thời cho đơn vị: - Nếu chứng từ không đầy đủ, không hợp lệ theo chế độ quy định hiện hành, chậm nhất trong 02 ngày làm việc, chuyển trả cơ quan tài chính đồng cấp, kèm theo thông báo lý do từ chối thanh toán. - Nếu chứng từ đầy đủ, đúng chế độ quy định hiện hành, làm thủ tục thanh toán kịp thời cho đơn vị, cụ thể: + Đối với khoản tiền được hoàn trả bằng lệnh chi tiền ngân sách nhà nước, chậm nhất trong 02 ngày làm việc, Kho bạc Nhà nước đồng cấp có trách nhiệm chuyển số tiền được hoàn trực tiếp vào tài khoản của đơn vị được hoàn trả và hạch toán chi ngân sách năm hiện hành theo Chương 160 (A,B,C,D), Loại 10, Khoản 10, Mục 132 và Tiểu mục tương ứng. + Đối với khoản tiền được hoàn trả bằng lệnh thoái thu ngân sách nhà nước, chậm nhất trong 02 ngày làm việc, Kho bạc Nhà nước đồng cấp có trách nhiệm chuyển lệnh thoái thu ngân sách nhà nước đến Kho bạc Nhà nước nơi đơn vị (hoặc cơ quan thu nộp thay đơn vị) nộp tiền vào ngân sách nhà nước. Kho bạc Nhà nước nơi đơn vị (hoặc cơ quan thu nộp thay đơn vị) nộp tiền vào ngân sách nhà nước nhận được lệnh thoái thu của cơ quan tài chính do Kho bạc Nhà nước cấp trên chuyển xuống, chậm nhất trong 02 ngày làm việc, chuyển số tiền được hoàn trả trực tiếp vào tài khoản của đơn vị và hạch toán giảm thu ngân sách năm hiện hành theo Chương, Loại, Khoản, Mục và Tiểu mục thu đã phát sinh. 3/ Việc thực hiện bù trừ giữa các khoản thu được hoàn trả từ ngân sách nhà nước với các khoản thu phải nộp ngân sách nhà nước kỳ sau của đơn vị được quy định như sau: - Cơ quan thu thực hiện bù trừ giữa các khoản thu có cùng tính chất. Riêng cơ quan Hải quan ngoài việc thực hiện bù trừ giữa các khoản thu có cùng tính chất, còn được thực hiện bù trừ giữa 3 khoản thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt hàng nhập khẩu. - Đối với đơn vị hoạt động xuất nhập khẩu, cơ quan Hải quan thực hiện bù trừ theo từng chuyến hàng. - Đối với đơn vị hoạt động sản xuất, kinh doanh và dịch vụ trong nước, cơ quan thu thực hiện bù trừ theo kỳ thuế (tháng, quý, năm...). 4/ Trường hợp đơn vị được hoàn trả còn nợ ngân sách nhà nước (đối với các khoản thu không cùng tính chất), trong công văn đề nghị của cơ quan thu gửi cơ quan tài chính phải ghi rõ và chi tiết nội dung số tiền các khoản còn nợ ngân sách nhà nước và chi tiết nội dung số tiền được ngân sách nhà nước hoàn trả. Cơ quan tài chính xem xét và thực hiện hoàn trả cho đơn vị, đồng thời thay đơn vị nộp ngân sách nhà nước. 5/ Việc hoàn trả đối với các đơn vị giải thể, phá sản, chuyển địa điểm kinh doanh từ địa bàn này sang địa bàn khác không có số phát sinh phải nộp kỳ sau, phải có văn bản đề nghị của cơ quan thu gửi cơ quan tài chính về các khoản thu đã nộp thừa và các khoản thu còn phải nộp ngân sách nhà nước; số tiền sau khi đã được cơ quan thu thực hiện bù trừ còn phải hoàn trả từ ngân sách nhà nước cho đơn vị. 6/ Đối với hàng hoá xuất nhập khẩu phi mậu dịch tại cửa khẩu (như: hành lý, bưu kiện, bưu phẩm...) trong trường hợp phải hoàn trả bằng tiền mặt cho cá nhân không có tài khoản mở tại hệ thống ngân hàng hoặc kho bạc nhà nước, Hải quan cửa khẩu thực hiện hoàn trả trực tiếp cho cá nhân từ nguồn tiền mặt thu được tại hải quan cửa khẩu chưa phải nộp ngân sách nhà nước theo chế độ quy định. Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm trong việc thực hiện hoàn trả này; định kỳ lập báo cáo gửi cấp có thẩm quyền theo quy định. 7/ Trường hợp đối tượng được hoàn trả bằng tiền mặt là cá nhân không có tài khoản mở tại ngân hàng hoặc kho bạc nhà nước (trừ hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch tại cửa khẩu), trong công văn đề nghị hoàn trả của cơ quan thu gửi cơ quan tài chính phải ghi rõ: họ tên, địa chỉ thường trú; số chứng minh thư nhân dân, ngày tháng năm và nơi cấp chứng minh thư nhân dân của người được hoàn trả. Sau khi được cơ quan tài chính đồng ý, Kho bạc Nhà nước thực hiện chi trả trực tiếp cho đối tượng được hoàn theo chế độ quy định về quản lý tiền mặt.