Bảo quản và vận chuyển 
Theo 5.6 của TCVN 11041-1:2017 và các quy định cụ thể sau đây:
5.6.1 Bảo quản
5.6.1.1 Yêu cầu chung
Thóc, gạo hữu cơ phải được bảo quản riêng rẽ, sạch và hợp vệ sinh. Thóc, gạo hữu cơ phải bảo quản tách biệt với thóc, gạo thông thường.
Tham khảo thực hành bảo quản thóc, gạo nêu trong TCVN 7857-1 (ISO 6322-1), TCVN 7857-2 (ISO 6322-2) và TCVN 7857-3 (ISO 6322-3).
5.6.1.2 Kho bảo quản
Kho bảo quản phải đáp ứng các quy định hiện hành.[7]
Sản phẩm phải được bảo quản trong điều kiện thông gió tốt và quản lý sinh vật gây hại bằng biện pháp cơ học. Kiểm tra kho bảo quản và lưu hồ sơ về lượng và chủng loại sản phẩm được bảo quản.
Phải tuân thủ quy định về bao gói/xếp dỡ, ghi nhãn và nhận biết (giống lúa, ngày thu hoạch, ngày xay xát và tình trạng hữu cơ).
5.6.1.3 Kiểm soát sinh vật gây hại trong quá trình bảo quản
a) Không được khử trùng kho và các phương tiện bảo quản bằng thuốc bảo vệ thực vật và các biện pháp xử lý hóa học khác.
b) Không để các sản phẩm hữu cơ tiếp xúc trực tiếp hoặc gián tiếp với các chất nằm ngoài danh mục các chất được phép sử dụng.
c) Không được chiếu xạ sản phẩm hữu cơ để kiểm soát sinh vật gây hại.
d) Các biện pháp kiểm soát côn trùng gây hại trong quá trình bảo quản:
- Làm sạch kho trước khi bảo quản và định kì trong quá trình bảo quản;
- Phun dịch chiết thực vật để diệt côn trùng trên sàn, tường và không gian trống trong kho;
- Trộn hạt thóc, gạo với dịch chiết thực vật;
- Xông kho bảo quản bằng khí cacbon dioxit.
e) Các biện pháp kiểm soát chuột trong kho:
- Giữ kho sạch sẽ, loại bỏ cây cối hoặc cành cây dựa vào kho;
- Sử dụng các loại bẫy chuột;
- Trong trường hợp sử dụng bả diệt chuột, chỉ sử dụng các chất cho phép nêu trong Bảng A.2 của TCVN 11041-2. Các chất độc đối với chuột phải được đặt trong lồng gỗ, thùng carton hoặc hộp nhựa có 2 lỗ. Kích thước của các lỗ này phải đủ lớn để chuột có thể ra vào. Kiểm tra bẫy chuột mỗi ngày.
Các chất độc đối với chuột và xác chuột chết phải được loại bỏ cẩn thận ra khỏi kho để ngăn ngừa ô nhiễm đối với thóc, gạo. Việc quản lý và kiểm soát chuột chỉ được áp dụng đối với kho trống; nếu bắt buộc áp dụng đối với kho đang bảo quản thóc, gạo hữu cơ thì thời gian thải hồi phải gấp đôi thời gian ghi trên nhãn.
CHÚ THÍCH: Các loài chuột thường gây hại trong kho gồm chuột nâu (Rattus norvegicus), chuột đen (Rattus rattus) và chuột nhắt (Rattus exulans). Chuột không chỉ gây ra thiệt hại trực tiếp cho sản phẩm, mà còn làm cho sản phẩm bị ô nhiễm bởi phân, nước tiểu, nước bọt và lông của chúng, làm giảm chất lượng thóc, gạo hữu cơ và gây nhiễm vi sinh vật gây bệnh cho người tiêu dùng.
f) Các biện pháp kiểm soát hạt bị nhiễm nấm:
- Luôn duy trì độ ẩm quy định của thóc, gạo trước khi đưa vào bảo quản và trong quá trình bảo quản;
- Kho bảo quản phải sạch sẽ và thông gió tốt.
5.6.2 Vận chuyển
a) Vật chứa và phương tiện vận chuyển, che phủ thóc, gạo hữu cơ phải sạch, hợp vệ sinh. Không được sử dụng phương tiện đã chở đất, động vật, phân bón hoặc hóa chất có thể gây nhiễm các vi sinh vật gây bệnh và các chất độc hại, trừ khi xe đã được làm sạch đúng cách trước khi sử dụng;
b) Thóc, gạo hữu cơ phải vận chuyển tách biệt với thóc, gạo thông thường;
c) Thóc, gạo hữu cơ không được vận chuyển chung với các vật liệu hoặc các chất bị cấm dùng cho nông nghiệp hữu cơ.