1. Cấp mã số ĐVQHNS cho đơn vị là đơn vị dự toán đồng thời là đơn vị sử dụng ngân sách (đơn vị chỉ tiêu ngân sách trực tiếp) và không có đơn vị sử dụng ngân sách trực thuộc (cấp dưới)
a) Trường hợp đơn vị là đơn vị dự toán đồng thời là đơn vị sử dụng ngân sách và không có đơn vị cấp dưới trực thuộc thì Cơ quan Tài chính chỉ cấp 01 mã số ĐVQHNS cho đơn vị vừa là đơn vị dự toán vừa là đơn vị sử dụng ngân sách để sử dụng chung cho 02 mục đích: (i) mã số ĐVQHNS dùng để nhận phân bổ dự toán từ cấp trên; (ii) mã số ĐVQHNS dùng để giao dịch rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước;
b) Khi có phát sinh đơn vị sử dụng ngân sách trực thuộc, đơn vị thực hiện đăng ký với Cơ quan Tài chính để được cấp thêm mã số ĐVQHNS mới. Mã số mới được sử dụng làm mã đơn vị dự toán (dùng để nhận và phân bổ dự toán) và mã số ĐVQHNS đã cấp được sử dụng làm mã số đơn vị sử dụng ngân sách (mã dùng để giao dịch rút dự toán ngân sách tại Kho bạc Nhà nước) theo quy định tại khoản 2 Điều này.
2. Cấp mã số ĐVQHNS cho đơn vị vừa là đơn vị dự toán đồng thời là đơn vị sử dụng ngân sách (đơn vị chi tiêu ngân sách trực tiếp) và có đơn vị sử dụng ngân sách trực thuộc (cấp dưới)
Trường hợp một đơn vị là đơn vị dự toán đồng thời là đơn vị sử dụng ngân sách và có đơn vị sử dụng ngân sách trực thuộc thì Cơ quan Tài chính cấp 01 mã số ĐVQHNS làm mã đơn vị dự toán để nhận và phân bổ dự toán có tên là tên của đơn vị; đồng thời cấp thêm 01 mã số ĐVQHNS là mã đơn vị sử dụng ngân sách (mã dùng để giao dịch rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước) có tên của mã số được bổ sung cụm từ “Văn phòng” hoặc “Cơ quan” trước tên đơn vị.
3. Cấp mã số ĐVQHNS cho trường hợp cấp phát ngân sách bằng lệnh chi tiền
a) Trường hợp cấp phát ngân sách bằng lệnh chi tiền, Cơ quan Tài chính cấp phát ngân sách ghi chung, không có tên đích danh đơn vị
- Đối với cấp ngân sách Trung ương, Bộ Tài chính (Cục Tin học và Thống kê tài chính) đã cấp 01 mã số ĐVQHNS là 1079715 làm mã dùng chung khi hạch toán giao dịch bằng lệnh chi tiền mà không cần theo dõi thường xuyên (thực hiện theo dõi cụ thể qua chứng từ tại Cơ quan Kho bạc);
- Đối với cấp ngân sách địa phương, Sở Tài chính các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, tùy theo yêu cầu của công tác quản lý ngân sách có thể cấp 01 mã số ĐVQHNS để theo dõi chung trên địa bàn cho các đơn vị không có quan hệ thường xuyên với ngân sách được hưởng ngân sách cấp bằng lệnh chi tiền, sau đó thông báo mã số bằng văn bản cho Cơ quan Kho bạc Nhà nước cùng cấp để thực hiện việc thanh toán bằng lệnh chi cho đơn vị. Cách đặt tên cho đơn vị thống nhất như sau: “Các đơn vị khác quận, huyện..., tỉnh, thành phố...”;
b) Trường hợp giao cấp phát ngân sách bằng lệnh chi tiền mà Cơ quan Tài chính ghi tên đích danh đơn vị
- Đối với cấp ngân sách Trung ương, căn cứ vào văn bản đề nghị của Cơ quan Tài chính cấp phát ngân sách bằng lệnh chi, Bộ Tài chính (Cục Tin học và Thống kê tài chính) thực hiện cấp mã số ĐVQHNS với đầu N=3 cho các đơn vị thụ hưởng để sử dụng trong việc nhập chứng từ bằng lệnh chi tiền. Trường hợp này đơn vị thụ hưởng sẽ không được cấp Giấy chứng nhận mã số ĐVQHNS điện tử;
- Đối với ngân sách địa phương (ngân sách cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã), căn cứ vào văn bản đề nghị của Cơ quan Tài chính cấp phát ngân sách bằng lệnh chi tiền, Sở Tài chính tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện cấp mã số ĐVQHNS đầu N=3 cho các đơn vị thụ hưởng ngân sách để sử dụng trong việc nhập chứng từ bằng lệnh chi tiền và thông báo mã số bằng văn bản cho đơn vị thụ hưởng ngân sách, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch để thực hiện việc thanh toán bằng lệnh chi cho đơn vị thụ hưởng. Đối với các đơn vị thuộc cấp ngân sách Trung ương đóng trên địa bàn được ngân sách địa phương hỗ trợ kinh phí bằng lệnh chi tiền, nếu đơn vị đã có mã số ĐVQHNS thì sử dụng mã hiện có, nếu đơn vị chưa có mã số ĐVQHNS thì Sở Tài chính cấp mã số ĐVQHNS với đầu N=3 và thông báo mã số bằng văn bản cho đơn vị thụ hưởng ngân sách, Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch. Trường hợp này đơn vị thụ hưởng ngân sách sẽ không được cấp Giấy chứng nhận mã số ĐVQHNS điện tử.
4. Cấp mã số ĐVQHNS cho các dự án đầu tư có nguồn vốn thuộc nhiều cấp ngân sách
Đối với dự án đầu tư được bố trí nguồn vốn thuộc nhiều cấp ngân sách, thì căn cứ vào quyết định đầu tư dự án do cơ quan phê duyệt thuộc cấp ngân sách nào thì chủ đầu tư dự án đó tiến hành đăng ký mã số tại Cơ quan Tài chính tương ứng. Dự án do cơ quan phê duyệt quyết định đầu tư thuộc cấp ngân sách Trung ương thực hiện đăng ký mã số ĐVQHNS tại Bộ Tài chính (Cục Tin học và Thống kê tài chính), dự án do cơ quan phê duyệt quyết định đầu tư thuộc cấp ngân sách địa phương (ngân sách cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã) thực hiện đăng ký mã số tại Sở Tài chính.
5. Đối với dự án đầu tư gồm nhiều các dự án thành phần (tiểu dự án), dự án do đồng thời nhiều chủ đầu tư thực hiện
Căn cứ vào quyết định đầu tư dự án được phê duyệt, Cơ quan Tài chính sẽ cấp 01 mã số ĐVQHNS làm mã số chung cho dự án đầu tư (mã số chung). Trường hợp mỗi dự án thành phần (tiểu dự án) nếu có quyết định đầu tư riêng và được giao dự toán riêng cho dự án thành phần thì chủ đầu tư của dự án thành phần thực hiện đăng ký mã số ĐVQHNS cho dự án thành phần và được Cơ quan Tài chính cấp 01 mã số ĐVQHNS làm mã số cho dự án thành phần.
6. Đối với các dự án đầu tư thuộc cấp ngân sách xã, để tạo điều kiện thuận lợi cho việc đăng ký cấp mã số các dự án đầu tư thuộc cấp ngân sách xã, căn cứ vào nhu cầu quản lý ngân sách của địa phương, Sở Tài chính tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định việc cấp mã số ĐVQHNS riêng cho từng dự án đầu tư hoặc cấp một mã số ĐVQHNS sử dụng chung cho các dự án đầu tư.
7. Đối với các địa phương có nhiều dự án đầu tư, để không ảnh hưởng tới tiến độ đăng ký mã số ĐVQHNS, Sở Tài chính các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có thể giao cho các Phòng Tài chính - Kế hoạch sử dụng đường truyền kết nối giữa Sở Tài chính và Phòng Tài chính - Kế hoạch trên địa bàn tỉnh để các Phòng Tài chính - Kế hoạch thực hiện tiếp nhận và nhập hồ sơ đăng ký mã số ĐVQHNS cho dự án đầu tư thuộc ngân sách cấp huyện, cấp xã do Phòng Tài chính - Kế hoạch theo dõi, quản lý; Sở Tài chính thực hiện kiểm tra đối chiếu với hồ sơ đăng ký mã số ĐVQHNS có đủ điều kiện thì duyệt và cấp Giấy chứng nhận mã số ĐVQHNS điện tử theo quy định.
8. Cấp mã số ĐVQHNS làm Mã tổ chức ngân sách, Mã ngân sách toàn địa bàn
Mã tổ chức ngân sách, Mã ngân sách toàn địa bàn được thiết lập theo nguyên tắc quy định tại khoản 2 Điều 33 của Thông tư số 08/2013/TT-BTC  ngày 10 tháng 01 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện kế toán Nhà nước áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý Ngân sách và Kho bạc (TABMIS) và các văn bản sửa đổi bổ sung nếu có.
Khi có phát sinh Mã tổ chức ngân sách, Mã ngân sách toàn địa bàn Cục Tin học và Thống kê tài chính có trách nhiệm cấp mã số và tạo lập danh mục Mã tổ chức ngân sách, Mã ngân sách toàn địa bàn lưu trữ tại Hệ thống danh mục điện tử dùng chung của ngành Tài chính để sử dụng trong các hệ thống thông tin quản lý của ngành Tài chính.
9. Cấp mã số ĐVQHNS làm mã cơ quan thu
a) Trên cơ sở thống kê danh mục các cơ quan thu ngân sách, Bộ Tài chính (Cục Tin học và Thống kê tài chính) thực hiện cấp mã số ĐVQHNS hoặc nhận diện mã số ĐVQHNS là mã đơn vị sử dụng ngân sách làm mã cơ quan thu (Cơ quan Tài chính, Thuế, Kho bạc, Hải quan các cấp và các đơn vị, tổ chức được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho phép thu các khoản thu ngân sách theo quy định) và tạo lập danh mục mã cơ quan thu lưu trữ tại Hệ thống danh mục điện tử dùng chung của ngành Tài chính để sử dụng trong các hệ thống thông tin quản lý của ngành Tài chính;
b) Trường hợp có phát sinh các cơ quan thu mới chưa được cấp mã số ĐVQHNS làm mã cơ quan thu, cơ quan thu gửi văn bản đề nghị cấp mã cơ quan thu về Bộ Tài chính (Cục Tin học và Thống kê tài chính) để thực hiện cấp mã cơ quan thu;
c) Đối với Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn trên thực tế có phát sinh các hoạt động thu nhưng thực chất hoạt động thu này là ủy nhiệm thu (trên các chứng từ thu đã thể hiện các thông tin này), do vậy không được coi là cơ quan thu, nên không cần cấp mã số ĐVQHNS hoặc nhận diện mã số ĐVQHNS làm mã cơ quan thu;
d) Trong quá trình vận hành các hệ thống thông tin quản lý của ngành Tài chính, Cục trưởng Cục Tin học và Thống kê tài chính quy định về các nội dung bổ sung, sửa đổi danh mục mã cơ quan thu phù hợp với yêu cầu quản lý và quy trình nghiệp vụ của ngành Tài chính.