1. Cập nhật, bổ sung đầy đủ, chính xác, kịp thời thông tin chung, mã chương của người nộp thuế từ cơ quan Thuế, thông tin về số tiền thuế phải thu của người nộp thuế vào hệ thống cơ sở dữ liệu, hướng dẫn xử lý kịp thời các mã lỗi do ngân hàng phối hợp thu thông báo theo đúng quy trình nội bộ của ngành.
2. Nhận thông tin số phải thu phí của cơ quan quản lý từ Cổng thông tin một cửa quốc gia chuyển sang Cổng thanh toán điện tử hải quan.
3. Cung cấp, đầy đủ, kịp thời, chính xác thông tin dữ liệu về khoản nộp ngân sách nhà nước trên Cổng thanh toán điện tử hải quan, thông tin mã Chương, mã Tiểu mục, mã và tên cơ quan Kho bạc Nhà nước hạch toán thu nộp tiền thuế để cung cấp cho người nộp thuế, ngân hàng phối hợp thu và Kho bạc Nhà nước truy cập khi thu tiền thuế.
4. Cung cấp, đăng tải và cập nhật kịp thời các thông tin liên quan đến số tiền đã nộp thuế, danh mục mã và tên Kho bạc Nhà nước hạch toán thu nộp tiền thuế, mã và tên ngân hàng ủy nhiệm thu của Kho bạc Nhà nước, danh mục ngân hàng phối hợp thu, chuẩn kết nối, mã định danh và mã tham chiếu trên Cổng thông tin điện tử hải quan.
5. Cung cấp các thông tin liên quan cho Kho bạc Nhà nước, ngân hàng trên Cổng thông tin điện tử hải quan khi có thay đổi về tên, mã cơ quan thu, mã cơ quan hải quan, mã Kho bạc Nhà nước nơi cơ quan hải quan mở tài khoản.
6. Cung cấp hàng ngày bảng kê các thông tin liên quan đến các khoản thu phí cho cơ quan quản lý nhận qua Cổng thanh toán điện tử hải quan.
7. Cung cấp một số thông tin tờ khai hải quan phục vụ thanh toán quốc tế qua Cổng thanh toán điện tử hải quan cho các ngân hàng phối hợp thu.
8. Xây dựng và ban hành các văn bản quy định cụ thể trách nhiệm cho các đơn vị khi cung cấp, khai thác, truy vấn và sử dụng thông tin từ Cổng thanh toán điện tử hải quan.
9. Ban hành các chuẩn thông tin trao đổi, kết nối với Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng thanh toán điện tử hải quan, quy trình và yêu cầu kỹ thuật khi đọc mã vạch hoặc Số định danh hồ sơ trên chứng từ nộp tiền cho các ngân hàng, cơ quan quản lý và các đơn vị liên quan.
10. Hướng dẫn người nộp thuế, ngân hàng phối hợp thu sử dụng chương trình để lập bảng kê, giấy nộp tiền tại Cổng thông tin điện tử hải quan.
11. Hướng dẫn ngân hàng phối hợp thu, ngân hàng phối hợp thu đồng thời là ngân hàng ủy nhiệm thu, xử lý thu nộp tiền thuế trong trường hợp thông tin nộp tiền chưa phù hợp, thông tin sai lệch, không có thông tin nộp tiền hoặc nộp thừa tiền vào tài khoản của Kho bạc Nhà nước tại ngân hàng ủy nhiệm thu.
12. Bổ sung, chuyển lại thông tin kịp thời để cập nhật dữ liệu thu vào Cổng thanh toán điện tử hải quan và hạch toán thu nộp tiền thuế khi nhận được thư tra soát của Kho bạc Nhà nước hoặc ngân hàng ủy nhiệm thu theo đúng quy định.
13. Phối hợp với Kho bạc Nhà nước, ngân hàng, người nộp thuế và cơ quan quản lý xử lý sai sót trong quá trình thực hiện.
14. Hạch toán trừ nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế và tính tiền chậm nộp (nếu phát sinh) ngay sau khi nhận thông tin nộp tiền điện tử do ngân hàng phối hợp thu, Kho bạc Nhà nước truyền qua Cổng thanh toán điện tử hải quan.
15. Tổng cục Hải quan thừa ủy quyền của cơ quan quản lý ký Thỏa thuận hợp tác với các ngân hàng về phối hợp thu phí, lệ phí và các khoản thu khác của cơ quan quản lý hành chính một cửa quốc gia.