1. Bổ sung Khoản 7 như sau:
“7. Trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền có quyết định cho thuê đất theo hình thức trả tiền thuê đất hàng năm theo quy định của Luật Đất đai năm 2003 nhưng thời điểm bàn giao đất thực tế từ ngày 01 tháng 7 năm 2014 trở về sau thì đơn giá thuê đất được xác định theo chính sách và giá đất tại thời điểm được bàn giao đất thực tế. Trường hợp đã sử dụng đất trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 nhưng cơ quan nhà nước có thẩm quyền có Quyết định cho thuê đất từ ngày 01 tháng 7 năm 2014 trở về sau và chưa nộp tiền thuê đất cho thời gian đã sử dụng đất thì cơ quan thuế thực hiện truy thu tiền thuê đất theo chính sách và giá đất phù hợp với từng thời kỳ tính từ thời điểm bắt đầu sử dụng đất đến thời điểm có Quyết định cho thuê đất. Việc xác định và thu nộp tiền thuê đất kể từ thời điểm có Quyết định cho thuê đất trở về sau được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP, Nghị định số 135/2016/NĐ-CP.”
2. Bổ sung Khoản 8 như sau:
“8. Trường hợp nhà đầu tư thực hiện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt và được Nhà nước cho thuê đất theo quy định của Luật đất đai năm 2003 mà số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định và cho khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp nhưng chưa được trừ theo quy định và chưa tính vào chi phí sản xuất, kinh doanh thì tiếp tục được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (đối với trường hợp thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê) hoặc được quy đổi ra số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất hàng năm theo đơn giá thuê đất được xác định tại thời điểm ngày 01 tháng 01 năm 2015 theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP (đối với trường hợp thuê đất trả tiền hàng năm).”
3. Bổ sung Khoản 9 như sau:
“9. Trường hợp nhà đầu tư thực hiện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của Luật Đất đai năm 2003 nhưng được Nhà nước cho thuê đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2013 mà số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định và cho khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp nhưng chưa được trừ theo quy định và chưa tính vào chi phí sản xuất, kinh doanh thì tiếp tục được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (đối với trường hợp thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê) hoặc được quy đổi ra số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất hàng năm theo đơn giá thuê đất được xác định tại thời điểm có Quyết định cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (đối với trường hợp thuê đất trả tiền hàng năm).”
4. Bổ sung Khoản 10 như sau:
“10. Trường hợp nhà đầu tư tự thỏa thuận bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định của Luật Đất đai năm 2003 và được Nhà nước cho thuê đất theo quy định của Luật Đất đai năm 2013 mà số tiền tự thỏa thuận được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định và cho khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp nhưng chưa được trừ theo quy định và chưa tính vào chi phí sản xuất kinh doanh thì tiếp tục được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (đối với trường hợp thuê đất trả tiền một lần cho cả thời gian thuê) hoặc được quy đổi ra số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất hàng năm theo đơn giá thuê đất được xác định tại thời điểm có Quyết định cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (đối với trường hợp thuê đất trả tiền hàng năm), số tiền tự thỏa thuận bồi thường, giải phóng mặt bằng được trừ không vượt quá số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng được trừ theo quy định vào tiền thuê đất phải nộp khi Nhà nước thu hồi đất.
Cơ quan tài chính chủ trì, phối hợp với cơ quan thuế, cơ quan tài nguyên và môi trường và các cơ quan khác có liên quan (nếu cần) xác định số tiền tự thỏa thuận bồi thường, giải phóng mặt bằng được trừ vào tiền thuê đất phải nộp và số tiền bồi thường, hỗ trợ được trừ khi Nhà nước thu hồi đất tại thời điểm được cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp thuận cho phép tự thỏa thuận bồi thường, giải phóng mặt bằng.”
5. Bổ sung Khoản 11 như sau:
“11. Trường hợp dự án đầu tư (được Nhà nước giao đất, cho thuê đất không thông qua hình thức đấu giá theo quy định của Luật Đất đai năm 2003) có hình thức sử dụng đất hỗn hợp (giao đất có thu tiền sử dụng đất, giao đất không thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất) mà nhà đầu ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt từ ngày 01 tháng 10 năm 2009 đến trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 theo quy định tại Nghị định số 69/2009/NĐ-CP ngày 13 tháng 8 năm 2009 của Chính phủ nhưng chưa được khấu trừ và chưa tính vào chi phí sản xuất kinh doanh thì được khấu trừ theo quy định tại Khoản 4 Điều 13 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP (được bổ sung tại Khoản 3 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP) và Khoản 4a Điều 6 Thông tư này.”
6. Bổ sung Khoản 12 như sau:
“12. Trường hợp được Nhà nước cho thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 và đang trong thời gian được miễn tiền thuê đất, thuê mặt nước theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14 tháng 11 năm 2005, Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30 tháng 12 năm 2010 thì không thực hiện điều chỉnh đơn giá thuê đất khi đến kỳ điều chỉnh cho đến hết thời gian được miễn tiền thuê đất kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành. Chu kỳ ổn định đơn giá thuê đất, thuê mặt nước được tính từ thời điểm phải nộp tiền thuê đất, thuê mặt nước. Thời điểm bắt đầu phải nộp tiền thuê đất, thuê mặt nước là thời điểm sau khi đã hết thời gian được miễn tiền thuê đất (bao gồm cả thời gian xây dựng cơ bản được miễn theo quy định) và thời gian được xác định hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền thuê đất hàng năm do được khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng hoặc tiền nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất theo phương thức quy đổi ra số năm, tháng hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền thuê đất hàng năm vào tiền thuê đất phải nộp theo quy định”.
7. Bổ sung Khoản 13 như sau:
“13. Trường hợp được Nhà nước cho thuê đất trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 thì việc miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản được thực hiện như sau:
a) Trường hợp dự án được Nhà nước cho thuê đất, đã nộp hồ sơ đề nghị miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản theo quy định và cơ quan thuế đã ban hành Thông báo tạm miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản (một lần cho nhiều năm) theo quy định pháp luật trước ngày 01 tháng 7 năm 2014, khi hoạt động xây dựng cơ bản kết thúc thì người thuê đất hoàn tất thủ tục theo quy định tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 05 tháng 11 năm 2013 của Bộ Tài chính để quyết toán số tiền thuê đất được miễn nhưng thời gian miễn tối đa không vượt quá thời gian đã được tạm miễn. Trường hợp Thông báo tạm miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản thực hiện theo từng năm thì cơ quan thuế phối hợp với các cơ quan có liên quan kiểm tra, xác định cụ thể thời gian được miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản nhưng tối đa không quá 03 năm kể từ ngày có Quyết định thuê đất hoặc thời điểm được bàn giao đất thực tế nếu thời điểm bàn giao đất thực tế không đúng với thời điểm có quyết định cho thuê đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
b) Trường hợp dự án được Nhà nước cho thuê đất trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 nhưng nộp hồ sơ đề nghị miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản từ ngày 01 tháng 7 năm 2014 trở về sau thì cơ quan thuế phối hợp với các cơ quan có liên quan kiểm tra, xác định cụ thể thời gian được miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản nhưng tối đa không quá 03 năm kể từ ngày có Quyết định thuê đất hoặc thời điểm được bàn giao đất. Người thuê đất phải nộp hồ sơ trong thời hạn quy định tại Khoản 8 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP (Khoản 16 Điều 31 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP). Trường hợp đã nộp tiền thuê đất trong khoảng thời gian được miễn tiền thuê đất thì được trừ vào số tiền thuê đất phải nộp của những năm tiếp theo theo phương thức bảo toàn thời gian tương ứng hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền thuê đất tính từ thời điểm cơ quan thuế ban hành quyết định về miễn tiền thuê đất.
c) Trường hợp người được Nhà nước cho thuê đất đã nộp hồ sơ đề nghị được miễn tiền thuê đất trong thời gian xây dựng cơ bản theo quy định từ ngày 30 tháng 6 năm 2016 đến trước ngày 15 tháng 11 năm 2016 nhưng chưa được giải quyết thì cơ quan thuế căn cứ vào hồ sơ mà người thuê đất đã nộp để xác định thời gian được miễn tiền thuê đất theo quy định tại Điểm a, Điểm b Khoản này.”
8. Bổ sung Khoản 14 như sau:
“14. Miễn, giảm tiền thuê đất theo pháp luật về đầu tư (không bao gồm hoạt động khai thác khoáng sản) đối với trường hợp được Nhà nước cho thuê đất trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 được thực hiện như sau:
a) Trường hợp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư có ghi cụ thể mức miễn, giảm tiền thuê đất theo đúng quy định của pháp luật tại thời điểm cấp nhưng chưa làm thủ tục để được miễn, giảm tiền thuê đất thì được hưởng ưu đãi về tiền thuê đất theo quy định tại Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, Giấy phép đầu tư đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp sau khi nộp đủ hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê trong thời hạn quy định tại Khoản 8 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP (Khoản 17 Điều 31 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP). Trường hợp đã nộp tiền thuê đất theo Thông báo của cơ quan thuế trong khoảng thời gian được ưu đãi về tiền thuê đất quy định tại Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, Giấy phép đầu tư thì số tiền đã nộp được trừ vào số tiền thuê đất phải nộp của những năm tiếp theo theo phương thức bảo toàn thời gian tương ứng hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền thuê đất tính từ thời điểm cơ quan thuế ban hành quyết định về miễn tiền thuê đất.
b) Trường hợp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư không ghi mức miễn, giảm tiền thuê đất hoặc ghi nguyên tắc là được hưởng ưu đãi tiền thuê đất theo quy định của pháp luật về đất đai hoặc không thuộc trường hợp phải cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư nhưng thuộc đối tượng, đáp ứng đủ các điều kiện để được miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định pháp luật tại thời điểm được Nhà nước cho thuê đất nhưng nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất từ ngày 01 tháng 7 năm 2014 trở về sau thì được hưởng ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định pháp luật tại thời điểm được Nhà nước cho thuê đất. Việc nộp hồ sơ và thời hạn giải quyết việc miễn, giảm tiền thuê đất thực hiện như đối với trường hợp tại Điểm a Khoản này.
c) Trường hợp người được Nhà nước cho thuê đất đã nộp hồ sơ đề nghị được miễn, giảm tiền thuê đất theo pháp luật về đầu tư từ ngày 30 tháng 6 năm 2016 đến trước ngày 15 tháng 11 năm 2016 nhưng chưa được giải quyết thì cơ quan thuế căn cứ vào hồ sơ mà người thuê đất đã nộp để xác định thời gian được miễn tiền thuê đất theo quy định tại Điểm a, Điểm b Khoản này.”
9. Bổ sung Khoản 15 như sau:
“15. Miễn, giảm tiền thuê đất đối với hoạt động khai thác khoáng sản được Nhà nước cho thuê đất trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 thực hiện như sau:
a) Đối với dự án khai thác khoáng sản được Nhà nước cho thuê đất, đã bàn giao đất thực tế và nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 thì được miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định của pháp luật tại thời điểm được Nhà nước cho thuê đất.
b) Đối với dự án khai thác khoáng sản được Nhà nước cho thuê đất, đã bàn giao đất thực tế trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 nhưng nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất từ ngày 01 tháng 7 năm 2014 trở về sau và trong thời hạn quy định tại Khoản 8 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP (Khoản 16, Khoản 17 Điều 31 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP) thì được miễn, giảm tiền thuê đất như đối với trường hợp tại Điểm a Khoản này. Trường hợp quá thời hạn nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định tại Khoản 8 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP người sử dụng đất mới nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất thì chỉ được miễn, giảm cho thời gian miễn, giảm tiền thuê đất còn lại (nếu có).
c) Đối với dự án khai thác khoáng sản được Nhà nước cho thuê đất trước ngày 01 tháng 7 năm 2014 nhưng được bàn giao đất thực tế và nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất từ ngày 01 tháng 7 năm 2014 trở về sau thì không được miễn, giảm tiền thuê đất.
d) Đối với dự án khai thác khoáng sản được Nhà nước cho thuê đất mà có các phần diện tích được bàn giao thực tế trước và từ ngày 01 tháng 7 năm 2014 trở về sau thì việc ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất được thực hiện tương ứng với từng phần diện tích bàn giao đất thực tế theo quy định tại các Điểm a, Điểm b và Điểm c Khoản này.”