1. Người nộp thuế kê khai các thông tin liên quan đến số tiền phải nộp cho từng loại tiền ghi trên bảng kê nộp thuế (mẫu số 01/BKNT) hoặc lập tại chương trình kê khai nộp tiền trên Cổng thông tin điện tử hải quan gửi chi nhánh, điểm giao dịch của ngân hàng phối hợp thu để thực hiện nộp tiền thuế hoặc yêu cầu trích chuyển tiền nộp thuế.
Trường hợp người nộp thuế sử dụng kênh giao dịch điện tử của ngân hàng thì đăng nhập vào chương trình thu nộp tiền thuế của ngân hàng để kê khai thông tin liên quan số tiền phải nộp cho từng loại thuế và gửi ngân hàng phối hợp thu yêu cầu trích chuyển tiền nộp thuế.
Trường hợp tiền thuế phải nộp vào tài khoản thu khác nhau, thì lập riêng bảng kê nộp thuế tương ứng với từng tài khoản thu.
2. Hệ thống của ngân hàng kiểm tra thông tin người nộp thuế kê khai, đối chiếu với thông tin truy vấn trên Cổng thanh toán điện tử hải quan và thực hiện xử lý như sau:
a) Trường hợp thông tin phù hợp với thông tin truy vấn trên Cổng thanh toán điện tử hải quan: trích tiền hoặc thu tiền của người nộp thuế để chuyển ngay vào tài khoản thu của Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng ủy nhiệm thu; đồng thời truyền ngay dữ liệu thông tin thu đến Cổng thanh toán điện tử hải quan, và lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp thu tiền và hạch toán sau thời điểm cut offtime: chậm nhất vào đầu giờ của ngày làm việc tiếp theo (trừ ngày làm việc cuối cùng của năm), phải chuyển ngay vào tài khoản thu của Kho bạc Nhà nước. Đối với ngày làm việc cuối cùng của năm phải phối hợp ngân hàng ủy nhiệm thu để hạch toán và truyền chứng từ ngay trong ngày làm việc cuối cùng của năm.
Trường hợp, người nộp thuế nộp tiền lệ phí hải quan cho nhiều tờ khai, ngân hàng cập nhật các thông tin liên quan phù hợp thông điệp thanh toán lệ phí hải quan, số tờ khai đại diện, tổng số tiền lệ phí phải nộp;
b) Trường hợp thông tin chưa phù hợp với thông tin truy vấn trên Cổng thanh toán điện tử hải quan: chưa phù hợp các thông tin liên quan (trừ thông tin về số tiền), ngân hàng yêu cầu người nộp thuế làm rõ, sửa đổi, bổ sung thông tin phù hợp trước khi chuyển tiền;
b) Trường hợp thông tin người nộp thuế kê khai nhưng không có trên Cổng thanh toán điện tử hải quan, ngân hàng thông báo cho người nộp thuế để kiểm tra lại thông tin trên tờ khai nộp thuế và phản hồi lại bộ phận hỗ trợ (điện thoại và địa chỉ trên Cổng thông tin điện tử hải quan) để được xử lý, trường hợp cơ quan hải quan chưa xử lý, ngân hàng căn cứ thông tin kê khai của người nộp thuế để thực hiện: trích tiền hoặc thu tiền của người nộp thuế chuyển ngay vào tài khoản thu của Kho bạc Nhà nước mở tại ngân hàng ủy nhiệm thu hoặc Kho bạc Nhà nước; đồng thời truyền ngay dữ liệu thông tin thu đến Cổng thanh toán điện tử hải quan và lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước;
d) Trường hợp người nộp thuế cung cấp bảng kê nộp thuế được lập trên Cổng thông tin điện tử hải quan, ngân hàng nhập vào chương trình thu nộp thuế mã số định danh hồ sơ hoặc sử dụng máy quét thông tin mã vạch để lấy toàn bộ thông tin giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước và thực hiện các bước tiếp theo như quy định tại điểm a khoản 2 Điều này.
3. Cơ quan hải quan sử dụng hệ thống điện tử tự động để kiểm tra thông tin do ngân hàng gửi qua Cổng thanh toán điện tử hải quan, thực hiện:
a) Trường hợp phù hợp với thông tin Cổng thanh toán điện tử hải quan, tự động cập nhật thông tin thu, hạch toán thanh khoản nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ thuế, thông quan hàng hóa, tính tiền chậm nộp (nếu có) theo quy định.
Trường hợp, người nộp thuế nộp tiền lệ phí hải quan cho nhiều tờ khai, hệ thống điện tử của cơ quan hải quan sẽ tự động trừ lùi số tiền lệ phí phải thu theo nguyên tắc thời gian nợ lệ phí xa nhất;
b) Trường hợp không phù hợp với thông tin trên Cổng thanh toán điện tử hải quan (sai các thông tin liên quan trên thông điệp chuyển tiền), thông báo mã lỗi cho ngân hàng và từ chối cập nhật thông tin nộp tiền vào hệ thống tác nghiệp của hải quan, sau khi ngân hàng đã chỉnh sửa phù hợp tiếp tục thực hiện các bước tiếp theo quy định tại điểm a khoản 3 Điều này;
c) Trường hợp hệ thống không tự động thông quan do thông tin không phù hợp với thông tin phải nộp trên hệ thống KTTT, cơ quan hải quan kiểm tra thông tin trên hệ thống với thông tin do người nộp thuế xuất trình để xử lý theo quy định, đồng thời thông báo lại những thông tin chưa phù hợp cho người nộp thuế để điều chỉnh chứng từ nộp tiền.
4. Sau khi nhận được thông tin chuyển tiền do ngân hàng ủy nhiệm thu chuyển đến, Kho bạc Nhà nước thực hiện hạch toán kế toán số tiền phát sinh vào tài khoản thu nộp tiền thuế hoặc vào tài khoản tương ứng của cơ quan hải quan quy định tại Điều 3 Thông tư này.
Cuối ngày hoặc chậm nhất vào đầu ngày làm việc tiếp theo, Kho bạc Nhà nước truyền bảng kê chứng từ nộp ngân sách qua trung tâm dữ liệu của Bộ Tài chính.
5. Sau khi nhận được thông tin hạch toán thu nộp tiền thuế do Kho bạc Nhà nước gửi đến, Hệ thống điện tử tự động của cơ quan hải quan cập nhật thông tin và hạch toán kế toán thanh toán với ngân sách nhà nước theo quy định.
6. Trường hợp hệ thống đường truyền có sự cố, các đơn vị xử lý theo quy định tại Điều 24 Thông tư này.