1. Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, căn cứ phân luồng của hệ thống cơ sở dữ liệu thông tin nghiệp vụ về phân loại người nộp thuế trong giải quyết hồ sơ hoàn thuế và lựa chọn kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế tại Điều 19 Thông tư này để áp dụng biện pháp phù hợp trong giải quyết, xử lý hồ sơ hoàn thuế:
a) Phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế:
- Tổng cục Thuế căn cứ phân luồng của hệ thống cơ sở dữ liệu thông tin nghiệp vụ để xác định hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau.
- Trường hợp, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, pháp luật hải quan hoặc trường hợp nếu người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, cơ quan thuế thay đổi việc áp dụng hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đang thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang thuộc diện hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế sau; việc phê duyệt thay đổi áp dụng hình thức phân loại phải được cập nhật vào hệ thống thông tin nghiệp vụ.
b) Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế (theo yêu cầu của cơ quan cấp trên) đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau:
Cơ quan thuế lựa chọn người nộp thuế kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau căn cứ theo xếp hạng mức độ rủi ro của người nộp thuế tại Điều 19 Thông tư này, đồng thời phải đảm bảo quy định pháp luật hiện hành, cụ thể:
b.1) Đối với người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a khoản 4 Điều 41 Nghị định 83/2013/NĐ-CP: Kiểm tra, thanh tra sau hoàn trong thời hạn 01 (một) năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế theo sắp xếp thứ tự thực hiện theo xếp hạng mức độ rủi ro từ cao xuống thấp.
b.2) Đối với người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm b khoản 4 Điều 41 Nghị định 83/2013/NĐ-CP: Kiểm tra, thanh tra sau hoàn trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày có quyết định hoàn thuế đối với 100% doanh nghiệp có mức độ rủi ro cao; kiểm tra, thanh tra 50% đối với doanh nghiệp rủi ro trong thời hạn 90 ngày; kiểm tra, thanh tra 50% rủi ro còn lại trong phạm vi 180 ngày.
2. Cơ quan thuế các cấp căn cứ kết quả phân loại hồ sơ hoàn thuế và lựa chọn người nộp thuế kiểm tra, thanh tra sau hoàn nêu tại khoản 1 Điều 23 Thông tư này để thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế và kiểm tra, thanh tra hoàn thuế theo quy định pháp luật.
3. Cập nhật, phản hồi kết quả:
- Cơ quan thuế tiếp nhận giải quyết hồ sơ hoàn thuế nêu tại điểm a khoản 1 Điều 23 Thông tư này, thực hiện cập nhật vào hệ thống hồ sơ hoàn thuế, cập nhật dự thảo quyết định hoàn thuế; Tổng cục Thuế trong thời gian không quá 6 giờ làm việc có trách nhiệm phản hồi kết quả. Căn cứ kết quả phản hồi của Tổng cục Thuế, Cục Thuế ban hành quyết định hoàn thuế và tự động cập nhật hệ thống cơ sở dữ liệu về người nộp thuế quyết định này.
- Cơ quan thuế khi thực hiện kiểm tra, thanh tra đối với người nộp thuế nêu tại điểm b khoản 1 Điều 23 Thông tư này, ngay sau khi kết thúc việc kiểm tra, thanh tra phải thực hiện cập nhật đầy đủ, chính xác kết quả kiểm tra, thanh tra vào hệ thống thông tin nghiệp vụ đối với từng trường hợp cụ thể và phản hồi kết quả kiểm tra, thanh tra về đơn vị liên quan cấp trên để tổng hợp, điều chỉnh, bổ sung kịp thời tiêu chí quản lý rủi ro, phục vụ việc đánh giá rủi ro, đánh giá tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế.