1. Đối với các công việc được thực hiện thông qua hợp đồng xây dựng, việc thanh toán hợp đồng phải phù hợp với loại hợp đồng, giá hợp đồng và các điều kiện trong hợp đồng. Số lần thanh toán, giai đoạn thanh toán, thời điểm thanh toán, thời hạn thanh toán, hồ sơ thanh toán và điều kiện thanh toán phải được quy định rõ trong hợp đồng. Chủ đầu tư có trách nhiệm tuân thủ các điều kiện áp dụng các loại giá hợp đồng theo quy định hiện hành của nhà nước.
Đối với các hợp đồng được ký kết tại nước ngoài, trường hợp hợp đồng xây dựng được thực hiện theo quy định của pháp luật nước sở tại và có các quy định khác với quy định của pháp luật Việt Nam thì việc thanh toán được thực hiện theo hợp đồng đã ký.
2. Khi có nhu cầu thanh toán vốn đầu tư, chủ đầu tư gửi Bộ quản lý các tài liệu bao gồm:
a) Đối với dự án xây dựng mới, sửa chữa cải tạo:
- Bảng xác định giá trị khối lượng công việc hoàn thành theo hợp đồng (phụ lục số 02A; 02B kèm theo Thông tư này hoặc theo mẫu xác định khối lượng được thống nhất tại hợp đồng đối với trường hợp hợp đồng tại nước ngoài).
- Giấy đề nghị thanh toán của chủ đầu tư - phụ lục số 04 kèm theo;
- Khi có khối lượng phát sinh ngoài phạm vi hợp đồng ban đầu, chủ đầu tư gửi Bảng xác định giá trị khối lượng phát sinh đề nghị thanh toán có xác nhận của đại diện bên giao thầu và đại diện bên nhận thầu (phụ lục số 03 kèm theo Thông tư này hoặc theo mẫu xác định khối lượng phát sinh được thống nhất tại hợp đồng đối với trường hợp hợp đồng tại nước ngoài).
b) Đối với dự án mua nhà, đất hoặc thuê nhà, đất dài hạn (trên 30 năm): Việc thanh toán (gồm cả thanh toán tiền đặt cọc, nếu có) được thực hiện theo hợp đồng mua bán, thuê nhà, đất. Chủ đầu tư gửi Bộ quản lý Giấy đề nghị thanh toán của chủ đầu tư.
c) Đối với dự án gồm cả mua nhà, đất và xây dựng mới, sửa chữa cải tạo: tài liệu thanh toán bao gồm cả hai loại dự án nói trên.
3. Trên cơ sở các tài liệu được chủ đầu tư cung cấp nêu trên, Bộ quản lý lập hồ sơ đề nghị thanh toán gửi Kho bạc Nhà nước, bao gồm:
a) Giấy đề nghị thanh toán vốn của Bộ quản lý cho từng nội dung công việc (ghi rõ số tiền, tài khoản, đơn vị thụ hưởng);
b) Đối với dự án xây dựng mới, sửa chữa cải tạo, hồ sơ đề nghị thanh toán kèm theo:
- Bảng xác định giá trị khối lượng công việc hoàn thành theo hợp đồng (phụ lục số 02A; 02B kèm theo Thông tư này hoặc theo mẫu xác định khối lượng được thống nhất tại hợp đồng đối với trường hợp hợp đồng tại nước ngoài).
- Bảng xác định giá trị khối lượng phát sinh đề nghị thanh toán có xác nhận của đại diện bên giao thầu và đại diện bên nhận thầu (phụ lục số 03 kèm theo Thông tư này hoặc theo mẫu xác định khối lượng phát sinh được thống nhất tại hợp đồng đối với trường hợp hợp đồng tại nước ngoài) khi có khối lượng phát sinh ngoài phạm vi hợp đồng ban đầu.
c) Khi cần thanh toán bằng nội tệ (VNĐ): Bộ quản lý lập Giấy rút vốn đầu tư (theo mẫu quy định của Kho bạc Nhà nước).
d) Khi cần thanh toán bằng ngoại tệ, Bộ quản lý lập Giấy rút dự toán ngân sách bằng ngoại tệ (theo mẫu quy định của Kho bạc Nhà nước).
đ) Chứng từ chuyển tiền khác (nếu có).
4. Đối với các công việc được thực hiện không thông qua hợp đồng, trên cơ sở Bảng kê giá trị khối lượng công việc hoàn thành do chủ đầu tư lập, Bộ quản lý lập hồ sơ đề nghị thanh toán gửi Kho bạc nhà nước. Hồ sơ thanh toán vốn được thực hiện theo Khoản 2 Điều 9 Thông tư số 08/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016 của Bộ Tài chính.
5. Kiểm tra, thanh toán tại Kho bạc Nhà nước:
Căn cứ hồ sơ đề nghị thanh toán của Bộ quản lý, căn cứ kế hoạch vốn đã được giao hằng năm của dự án; căn cứ các hồ sơ, tài liệu của dự án, trong vòng 4 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ, Kho bạc Nhà nước thực hiện công tác kiểm soát thanh toán vốn cho dự án theo quy định.
Kho bạc Nhà nước thực hiện kiểm soát thanh toán theo nguyên tắc “thanh toán trước, kiểm soát sau” cho từng lần thanh toán và “kiểm soát trước, thanh toán sau” đối với lần thanh toán cuối cùng của hợp đồng. Căn cứ vào nguyên tắc này, Kho bạc Nhà nước hướng dẫn cụ thể phương thức kiểm soát thanh toán trong hệ thống Kho bạc Nhà nước, đảm bảo tạo điều kiện thuận lợi cho chủ đầu tư, nhà thầu và đúng quy định của Nhà nước. Tổng số vốn tạm ứng, thanh toán trong năm không vượt kế hoạch vốn được giao hằng năm của dự án.
Trường hợp phát hiện hồ sơ chưa đảm bảo theo quy định, chậm nhất trong vòng 04 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ đề nghị thanh toán, Kho bạc Nhà nước có văn bản thông báo cho Bộ quản lý để hoàn thiện hồ sơ.
6. Thanh toán bằng ngoại tệ:
Nếu chủ đầu tư cần thanh toán cho nhà thầu hoặc người bán, cho thuê nhà, đất bằng ngoại tệ thì thực hiện như sau:
a) Trường hợp không thanh toán ngoại tệ từ Quỹ ngoại tệ tập trung của Nhà nước, Bộ quản lý hoặc chủ đầu tư chủ động sử dụng số tiền đã được Kho bạc Nhà nước tạm ứng, thanh toán để mua ngoại tệ từ ngân hàng để thanh toán cho đơn vị thụ hưởng. Nếu mua ngoại tệ của ngân hàng thương mại, Kho bạc Nhà nước tạm ứng, thanh toán chuyển tiền vào tài khoản của ngân hàng thương mại mà Bộ quản lý đã ký hợp đồng với ngân hàng thương mại để mua ngoại tệ cho dự án.
b) Trường hợp cần thanh toán ngoại tệ từ Quỹ ngoại tệ tập trung của Nhà nước:
- Trên cơ sở kế hoạch vốn và nhu cầu chi ngoại tệ trong năm của các dự án thuộc phạm vi quản lý, Bộ quản lý lập bảng tổng hợp phân bổ kế hoạch vốn đầu tư công hằng năm bằng đồng Việt Nam có quy ra đôla Mỹ theo tỷ giá do Bộ Tài chính quy định tại thời điểm giao kế hoạch và không được vượt kế hoạch vốn được giao hằng năm, gửi Bộ Tài chính và Kho bạc Nhà nước.
(Mẫu biểu kế hoạch chi ngoại tệ theo phụ lục số 01 ban hành kèm theo Thông tư này).
- Khi cần thanh toán bằng ngoại tệ, Bộ quản lý lập Giấy rút dự toán ngân sách bằng ngoại tệ gửi Kho bạc Nhà nước (mẫu biểu số C2-06/NS kèm theo Thông tư số 77/2017/TT-BTC ngày 28/7/2017 của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán Ngân sách nhà nước và hoạt động nghiệp vụ Kho bạc Nhà nước).
- Riêng đối với Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài được sử dụng Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước tại Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài để thanh toán vốn được cấp có thẩm quyền phê duyệt thông qua thông báo của Bộ Ngoại giao. Khi cần chi ngoại tệ tại quỹ này, lập 02 liên Giấy rút vốn đầu tư kiêm ghi thu ngân sách nhà nước (dùng trong trường hợp chi từ Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước tại Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài) do Bộ Tài chính quy định gửi Kho bạc Nhà nước.
c) Kho bạc Nhà nước cấp ngoại tệ theo đề nghị của Bộ quản lý, cụ thể:
- Trường hợp chi từ Quỹ ngoại tệ tập trung của Nhà nước: Kho bạc Nhà nước căn cứ vào phân bổ kế hoạch vốn đầu tư công hằng năm bằng đồng Việt Nam có quy ra đôla Mỹ do Bộ quản lý gửi từ đầu năm và Giấy rút dự toán ngân sách bằng ngoại tệ của Bộ quản lý theo quy định nói trên, xuất Quỹ ngoại tệ tập trung để thanh toán.
- Trường hợp sử dụng Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước tại Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài: Kho bạc Nhà nước căn cứ vào phân bổ dự toán ngân sách nhà nước hằng năm bằng đồng Việt Nam có quy ra đôla Mỹ do Bộ quản lý gửi từ đầu năm và các liên chứng từ mà Bộ Ngoại giao đã gửi theo quy định trên đây, thực hiện kiểm tra các yếu tố, ký trên các liên chứng từ và xử lý như sau: sử dụng liên số 1 “Giấy rút vốn đầu tư kiêm ghi thu ngân sách nhà nước” để ghi thu ngân sách “Tiền lệ phí lãnh sự hoặc các khoản thu khác ở nước ngoài” và hạch toán ghi chi cho Bộ Ngoại giao (tương ứng chương, khoản, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước). Các liên còn lại trả lại Bộ Ngoại giao để Bộ Ngoại giao hạch toán và thông báo cho Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài trích Quỹ Tạm giữ ngân sách nhà nước tại Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài để sử dụng.