Điều 21. Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2014, thay thế Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính.
2. Đối với trường hợp từ ngày 1/7/2013, cơ sở kinh doanh thực hiện khai thuế GTGT theo quý thì đến trước kỳ tính thuế tháng 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT nếu trong 3 kỳ tính thuế liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết. Ví dụ 85: Doanh nghiệp A tháng 5/2013, tháng 6/2013 thực hiện khai thuế theo tháng, đến quý 3/2013 thực hiện khai thuế theo quý thì nếu tháng 5/2013, tháng 6/2013 và quý 3/2013 đều phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì hết quý 3/2013 doanh nghiệp A được hoàn thuế GTGT. Ví dụ 86: Doanh nghiệp B tháng 6/2013 thực hiện khai thuế theo tháng, đến quý 3/2013 thực hiện khai thuế theo quý thì nếu tháng 6/2013, quý 3/2013 và quý 4/2013 đều phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì hết quý 4/2013 doanh nghiệp B được hoàn thuế GTGT.
3. Trường hợp trước kỳ tính thuế tháng 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 1/2014 (đối với trường hợp kê khai theo quý), các cơ sở kinh doanh đủ điều kiện được hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012, Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính thì được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn của Thông tư số 06/2012/TT-BTC và Thông tư số 65/2013/TT-BTC nêu trên. Trường hợp đến hết kỳ tính thuế tháng 12/2013 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc đến hết kỳ tính thuế quý 4/2013 (đối với trường hợp kê khai theo quý), cơ sở kinh doanh chưa đủ 3 kỳ tính thuế liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết không được hoàn của năm 2013 được chuyển tiếp sang năm 2014 để kê khai khấu trừ và áp dụng hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư này. Ví dụ 87: Doanh nghiệp A có 3 tháng (10/2013, 11/2013, 12/2013) đều phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì doanh nghiệp A được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính. Ví dụ 88: Doanh nghiệp B trong tháng 10/2013 phát sinh số thuế GTGT phải nộp, tháng 11/2013 và tháng 12/2013 mới có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết, đến hết kỳ tính thuế tháng 12/2013, doanh nghiệp B không đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC thì số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng 11, 12/2013 được chuyển tiếp sang năm 2014 để xét hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư này. Ví dụ 89: Doanh nghiệp C quý 3/2013 phát sinh số thuế phải nộp, quý 4/2013 có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của quý 4/2013 được chuyển tiếp sang năm 2014 để xét hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư này.
4. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là tài sản cố định phát sinh trước ngày 01/01/2014 thì cơ sở kinh doanh thực hiện khấu trừ theo hướng dẫn tại Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính; đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là tài sản cố định phát sinh kể từ ngày 01/01/2014 thì cơ sở kinh doanh thực hiện khấu trừ theo hướng dẫn tại Thông tư này.
5. Đối với hóa đơn GTGT mua hàng hóa là sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường phát sinh trước ngày 01/01/2014 thì đề nghị Cục thuế yêu cầu các cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai tại Bảng kê hàng hóa dịch vụ mua vào theo Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tháng 12 năm 2013 hoặc quý 4 năm 2013 để nộp cho cơ quan thuế theo thời hạn quy định.