1. Hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo quy định tại Luật hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành.
2. Ngoài hồ sơ quy định tại khoản 1 Điều này, tùy từng trường hợp, người nộp thuế nộp thêm một trong các chứng từ sau:
a) Hợp đồng ủy thác trong trường hợp ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa: 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan;
b) Hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu hoặc văn bản chỉ định thầu trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu trong trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu nhập khẩu hàng hóa: 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan;
c) Hợp đồng cung cấp hàng hóa cho tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động dầu khí trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu trong trường hợp tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa cho hoạt động dầu khí: 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan;
d) Hợp đồng cho thuê tài chính trong trường hợp cho thuê tài chính nhập khẩu hàng hóa cung cấp cho đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế, trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu: 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan;
đ) Chứng từ chuyển nhượng hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế đối với trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác, trong đó ghi rõ giá chuyển nhượng hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu: 01 bản chụp có đóng dấu sao y bản chính của cơ quan;
e) Văn bản xác nhận của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với phương tiện vận tải quy định tại Điều 14 Nghị định này: 01 bản chính.
g) Danh mục miễn thuế đã được cơ quan hải quan tiếp nhận đối với trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế dự kiến nhập khẩu bằng giấy kèm Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cơ quan hải quan tiếp nhận: 01 bản chụp, xuất trình bản chính để đối chiếu.
Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, người nộp thuế không phải nộp Danh mục miễn thuế, cơ quan hải quan sử dụng Danh mục miễn thuế trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử để thực hiện miễn thuế theo quy định.
3. Thủ tục miễn thuế:
a) Người nộp thuế tự xác định, khai hàng hóa và số tiền thuế được miễn thuế (trừ việc kê khai số tiền thuế phải nộp đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để gia công do bên thuế gia công cung cấp) trên tờ khai hải quan khi làm thủ tục hải quan, chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung khai báo.
b) Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục hải quan căn cứ hồ sơ miễn thuế, đối chiếu với các quy định hiện hành để thực hiện miễn thuế theo quy định.
Trường hợp xác định hàng hóa nhập khẩu không thuộc đối tượng miễn thuế như khai báo thì thu thuế và xử phạt vi phạm (nếu có) theo quy định.
c) Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử tự động trừ lùi số lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế.
Trường hợp thông báo Danh mục bằng giấy, cơ quan hải quan thực hiện cập nhật và trừ lùi số lượng hàng hóa đã xuất khẩu, nhập khẩu tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế.
Trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền, phải nhập khẩu làm nhiều chuyến để lắp ráp thành tổ hợp, thành dây chuyền hoàn chỉnh, không thể thực hiện trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu thì trong thời hạn 15 ngày kể từ khi kết thúc việc nhập khẩu lô hàng cuối cùng của mỗi tổ hợp, dây chuyền, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm tổng hợp các tờ khai đã nhập khẩu và quyết toán với cơ quan hải quan theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
4. Thủ tục miễn thuế đối với hàng hóa vượt định mức miễn thuế của tổ chức theo quy định tại khoản 2 Điều 7, khoản 2 Điều 8 Nghị định này:
a) Hồ sơ đề nghị miễn thuế được gửi đến Tổng cục Hải quan chậm nhất 15 ngày làm việc trước khi làm thủ tục hải quan;
b) Trường hợp hồ sơ đề nghị miễn thuế chưa đầy đủ, trong thời hạn tối đa 05 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, Tổng cục Hải quan phải thông báo cho tổ chức, cá nhân để hoàn chỉnh hồ sơ;
c) Trong thời hạn chậm nhất 15 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ, Bộ Tài chính ban hành quyết định miễn thuế hoặc thông báo không miễn thuế trên cơ sở đề xuất của Tổng cục Hải quan;
d) Căn cứ hồ sơ hải quan và quyết định miễn thuế của Bộ Tài chính, người nộp thuế và cơ quan hải quan nơi làm thủ tục hải quan thực hiện thủ tục miễn thuế khi làm thủ tục hải quan theo quy định tại khoản 3 Điều này.