1. Chi cho hoạt động bộ máy Kiểm ngư thực hiện theo quy định của Chính phủ về chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước.
2. Nội dung chi cho hoạt động Kiểm ngư từ nguồn ngân sách nhà nước cấp duy trì hằng năm:
a) Chi trực đường dây nóng đảm bảo xử lý các vụ việc phát sinh đột xuất của hoạt động nghề cá trên biển giữa Việt Nam với các nước láng giềng và các nhiệm vụ trực khác được cấp có thẩm quyền giao;
b) Chi các chế độ phụ cấp, bồi dưỡng đi biển cho công chức, Kiểm ngư viên, Thuyền viên, người làm việc trên tàu Kiểm ngư trong thời gian đi biển theo quy định;
c) Chi hội nghị, hội thảo, sơ kết, tổng kết, huấn luyện, bồi dưỡng, tập huấn về nghiệp vụ chuyên ngành Kiểm ngư;
d) Chi nguyên, nhiên vật liệu cho tàu Kiểm ngư thực hiện nhiệm vụ tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, thanh tra chuyên ngành; thực hiện công tác phòng chống thiên tai, cứu hộ, cứu nạn và khắc phục các sự cố trên biển; phối hợp cùng lực lượng liên quan tuần tra, kiểm tra, xử lý tàu cá nước ngoài vi phạm vùng biển Việt Nam, ngăn chặn tàu cá Việt Nam vi phạm vùng biển nước ngoài; tham gia bảo vệ chủ quyền trên vùng biển, đảo Việt Nam theo quy định;
đ) Chi mua bảo hiểm cho đội tàu Kiểm ngư bao gồm (bảo hiểm con người làm việc trên tàu Kiểm ngư, bảo hiểm tàu, xuồng kiểm ngư); và các loại thuế, phí khác theo quy định;
e) Chi thu thập, mua tin từ cộng tác viên, xử lý thông tin, tài liệu, vật chứng liên quan đến nghiệp vụ Kiểm ngư và thanh tra chuyên ngành; chi hoạt động điều tra, trưng cầu giám định về các nội dung liên quan đến nghiệp vụ Kiểm ngư và thanh tra chuyên ngành;
g) Chi thuê vị trí cập tàu và khu vực neo đậu cho đội tàu kiểm ngư và tàu thuyền vi phạm bị lực lượng Kiểm ngư tạm giữ để xử lý;
h) Chi phí sửa chữa định kỳ, đột xuất tàu, xuồng Kiểm ngư;
i) Chi mua sắm phương tiện, tàu, xuồng kiểm ngư, vũ khí quân dụng, công cụ hỗ trợ, các trang thiết bị chuyên dùng, trang phục cho lực lượng Kiểm ngư; mua sắm vật tư, thiết bị tiêu hao, thuốc, thiết bị y tế phục vụ sơ cứu trên các tàu, xuồng kiểm ngư;
k) Chi xây dựng quản lý cơ sở dữ liệu và duy trì vận hành hệ thống thông tin về Kiểm ngư;
l) Chi tuyên truyền, đưa tin nóng trên truyền hình, phổ biến, giáo dục pháp luật về Kiểm ngư; thiết kế, in ấn biểu mẫu chuyên ngành Kiểm ngư;
m) Chi tiền công, tiền lương và các khoản theo lương cho cán bộ hợp đồng không hưởng lương từ ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật hiện hành về chế độ hợp đồng lao động;
n) Chi thưởng đột xuất cho tập thể, cá nhân có thành tích xuất sắc khi tham gia tuần tra, kiểm tra, kiểm soát đảm bảo thực thi pháp luật về thủy sản và tham gia đấu tranh bảo vệ chủ quyền trên biển;
o) Chi công tác học hỏi kinh nghiệm, phối hợp tuần tra, kiểm tra trên biển với lực lượng Kiểm ngư các quốc gia khác;
p) Chi thăm hỏi, động viên hỗ trợ cán bộ và ngư dân khi tham gia trên biển bị tai nạn hoặc tử vong; không quá 5 triệu đồng/người bị tử vong, 2 triệu đồng/người bị thương;
q) Các khoản chi khác có liên quan đến hoạt động Kiểm ngư.
3. Các khoản chi từ nguồn thu xử phạt vi phạm hành chính do lực lượng Kiểm ngư thực hiện được cấp lại để phục vụ cho hoạt động Kiểm ngư:
a) Chi tiền công, tiền lương và các khoản theo lương cho cán bộ hợp đồng không hưởng lương từ ngân sách nhà nước; chi thưởng đột xuất cho tập thể, cá nhân có thành tích xuất sắc khi tham gia tuần tra, kiểm tra, kiểm soát đảm bảo thực thi pháp luật về thủy sản và tham gia đấu tranh bảo vệ chủ quyền trên biển;
b) Chi công tác học hỏi kinh nghiệm, phối hợp tuần tra, kiểm tra trên biển với lực lượng Kiểm ngư các quốc gia khác;
c) Chi thăm hỏi, động viên hỗ trợ cán bộ và ngư dân khi tham gia trên biển bị tai nạn hoặc tử vong; không quá 5 triệu/người bị tử vong, 2 triệu đối với người bị thương.