Điều 109. Thủ tục, trình tự xét miễn thuế
1. Nộp và tiếp nhận hồ sơ xét miễn thuế
a) Người nộp thuế nộp hồ sơ cho cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền xét miễn thuế theo quy định tại Điều 110 Thông tư này. Trường hợp thẩm quyền xét miễn thuế là Bộ Tài chính, người nộp thuế xác định số tiền thuế được xét miễn và nộp hồ sơ đề nghị xét miễn thuế cho Tổng cục Hải quan. Đối với hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng xét miễn thuế, thời hạn nộp hồ sơ xét miễn thuế chậm nhất là 30 ngày làm việc kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng. Đối với nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, thời hạn nộp hồ sơ xét miễn thuế chậm nhất là 30 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan có thẩm quyền xác nhận về mức độ thiệt hại;
b) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan hải quan, công chức hải quan tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận số lượng tài liệu trong hồ sơ;
c) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng đường bưu chính, công chức hải quan đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan hải quan;
d) Trường hợp hồ sơ xét miễn thuế được nộp bằng giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ xét miễn thuế do cơ quan hải quan thực hiện thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
2. Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ xét miễn thuế do người nộp thuế khai và xử lý như sau:
a) Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ thì thông báo cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ để hoàn chỉnh hồ sơ;
b) Cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra sự phù hợp giữa tờ khai hải quan trên Hệ thống với hồ sơ đề nghị xét miễn thuế. Trường hợp hàng hóa nhập khẩu phục vụ mục đích an ninh, quốc phòng, khi kiểm tra hồ sơ xét miễn thuế, cơ quan hải quan đối chiếu với Danh mục hàng hóa chuyên dùng phục vụ an ninh, quốc phòng do Bộ Công an, Bộ Quốc phòng ban hành theo quy định của Chính phủ về hướng dẫn thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu;
c) Ban hành quyết định miễn thuế theo quy định hoặc thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thuộc đối tượng xét miễn thuế, số tiền thuế phải nộp trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày tiếp nhận đầy đủ hồ sơ và xử phạt theo quy định hiện hành (nếu có); trường hợp cần kiểm tra thực tế để có đủ căn cứ giải quyết hồ sơ thì thời hạn này có thể kéo dài tối đa là 40 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ. Trường hợp tại thời điểm làm thủ tục hải quan, người nộp thuế nộp đủ hồ sơ theo quy định, cơ quan hải quan kiểm tra hồ sơ, kiểm tra điều kiện xét miễn thuế và thực hiện miễn thuế trên cơ sở hồ sơ hải quan do người nộp thuế nộp trong thời hạn làm thủ tục hải quan theo quy định tại Điều 23 Luật Hải quan;
d) Đối với trường hợp nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu theo hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu bị thiệt hại, nếu hồ sơ đầy đủ thì kiểm tra sổ sách kế toán, chứng từ nhập kho, xuất kho liên quan đến lô hàng bị thiệt hại; đối chiếu các giao dịch kinh doanh của người nộp thuế để xác định thực tế và mức độ thiệt hại của nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu, nguyên nhân thiệt hại do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ; nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu bị thiệt hại toàn bộ, không còn giá trị sử dụng, không tiêu thụ tại thị trường nội địa và không xuất khẩu. Thời gian hoàn thành việc kiểm tra không quá 40 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế. Kết quả kiểm tra nếu xác định nguyên liệu, máy móc, thiết bị nhập khẩu đủ điều kiện miễn, không thu thuế theo quy định thì Cục Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu ban hành quyết định miễn thuế nhập khẩu, không thu thuế giá trị gia tăng tương ứng với hàng hóa bị thiệt hại để làm cơ sở xử lý hoàn trả tiền thuế nộp thừa (nếu có) theo quy định.
3. Trên cơ sở quyết định miễn thuế, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan thanh khoản số tiền thuế được miễn, ghi chú vào Hệ thống dữ liệu của cơ quan hải quan.