1. Trường hợp người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế vào nội trú trước ngày 01 tháng 01 năm 2019 nhưng còn đang điều trị tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thì thực hiện theo quy định tại Thông tư số 40/2014/TT-BYT , Thông tư số 36/2015/TT-BYT , Thông tư số 50/2017/TT-BYT  cho đến khi người bệnh ra viện; bao gồm cả việc kê đơn thuốc cho người bệnh ngay sau khi kết thúc việc điều trị nội trú.
2. Đối với thuốc hoặc đường dùng, dạng dùng của thuốc thuộc phạm vi được hưởng của người tham gia bảo hiểm y tế theo quy định của Thông tư số 40/2014/TT-BYT , Thông tư số 36/2015/TT-BYT , Thông tư số 50/2017/T7-BYT mà không thuộc phạm vi được hưởng của người tham gia bảo hiểm y tế theo quy định của Thông tư này, hoặc thuốc bị thu hẹp hạng bệnh viện được sử dụng theo quy định tại Thông tư này, Quỹ bảo hiểm y tế tiếp tục thanh toán cho cơ sở khám bệnh, chữa bệnh đến khi sử dụng hết số thuốc đã trúng thầu theo kết quả lựa chọn nhà thầu cung ứng thuốc và đã được cơ sở khám bệnh, chữa bệnh ký hợp đồng cung ứng với nhà thầu trước ngày 01 tháng 01 năm 2019.
Đối với cơ sở khám bệnh, chữa bệnh tư nhân áp dụng mua thuốc theo quy định của Điều 52 Luật Đấu thầu: Quỹ bảo hiểm y tế thanh toán theo số lượng thuốc đã mua trước ngày 01 tháng 01 năm 2019 và được sử dụng đến hết ngày 31 tháng 3 năm 2019.
3. Đối với các thuốc thuộc phạm vi được hưởng của người tham gia bảo hiểm y tế theo quy định của Thông tư số 40/2014/TT-BYT , Thông tư số 36/2015/TT-BYT , Thông tư số 50/2017/TT-BYT  nhưng có thay đổi quy định về tỷ lệ, điều kiện thanh toán hoặc mở rộng hạng bệnh viện được sử dụng tại Thông tư này, Quỹ bảo hiểm y tế thanh toán theo tỷ lệ, điều kiện thanh toán, hạng bệnh viện được sử dụng quy định tại Thông tư này kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2019, trừ trường hợp quy định tại Khoản 1 và Khoản 4 Điều này.
4. Đối với người bệnh bị ung thư có sử dụng thuốc Doxorubicin, đường tiêm, dạng liposome; thuốc Erlotinib, đường uống; thuốc Gefitinib, đường uống; thuốc Sorafenib, đường uống (điều trị ung thư tế bào biểu mô gan, thận tiến triển) trước ngày 01 tháng 01 năm 2015 và còn sử dụng sau ngày 01 tháng 01 năm 2019 thì tiếp tục được thanh toán với tỷ lệ 100%. Đối với người bệnh bị ung thư có sử dụng thuốc Everolimus, đường tiêm, uống; thuốc L-asparaginase erwinia, đường tiêm; thuốc Paclitaxel, đường tiêm, dạng liposome và dạng polymeric micelle trước ngày 01 tháng 01 năm 2019 và còn sử dụng sau ngày 01 tháng 01 năm 2019; hoặc thuốc Sorafenib, đường uống (điều trị ung thư tế bào biểu mô thận tiến triển) sau ngày 01 tháng 01 năm 2015 và còn sử dụng sau ngày 01 tháng 01 năm 2019 thì tiếp tục được Quỹ bảo hiểm y tế thanh toán theo tỷ lệ quy định tại Thông tư số 40/2014/TT-BYT. Quy định này áp dụng trong các trường hợp sau đây:
a) Sử dụng cho đến hết liệu trình điều trị (từ thời điểm khi người bệnh được chẩn đoán xác định, bắt đầu điều trị đến kết thúc điều trị);
b) Trường hợp sau khi điều trị tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, người bệnh chuyển sang cơ sở khám bệnh, chữa bệnh khác, được bác sĩ chỉ định sử dụng thuốc này nhưng vẫn trong liệu trình điều trị (trừ trường hợp điều trị ngoại trú trái tuyến);
c) Người bệnh điều trị bệnh tạm ổn và dừng điều trị, khi tái phát, bác sĩ chỉ định sử dụng thuốc đã điều trị;
d) Trong quá trình điều trị, người bệnh không đến khám lại đúng hẹn, điều trị thuốc không liên tục;
đ) Trường hợp người bệnh sử dụng thuốc Erlotinib, đường uống có tác dụng phụ hoặc do cơ sở khám bệnh, chữa bệnh hết thuốc, bác sĩ chỉ định chuyển sang thuốc Gefitinib, đường uống và ngược lại (chuyển đổi từ thuốc Gefitinib, đường uống sang thuốc Erlotinib, đường uống).