Khoản 2. Đối với hàng hóa nhập khẩu
a) Người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu cho cơ quan hải quan theo quy định tại điểm g khoản 2 Điều 16 Thông tư này tại thời điểm nộp bộ hồ sơ hải quan hoặc trong thời hạn theo quy định tại các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên. Trường hợp chưa nộp được chứng từ chứng nhận xuất xứ tại thời điểm khai hải quan, người khai hải quan khai theo mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi tối huệ quốc (sau đây gọi tắt là thuế suất MFN) hoặc thông thường. Khi nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ trong thời hạn theo quy định, người khai hải quan khai bổ sung theo mức thuế suất ưu đãi đặc biệt tương ứng, được hoàn trả số tiền thuế chênh lệch đã nộp; trường hợp lô hàng thuộc diện miễn kiểm tra hồ sơ khi khai hải quan, người khai hải quan phải nộp bổ sung bộ hồ sơ hải quan theo quy định tại khoản 2 Điều 16 Thông tư này khi nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ;
b) Khi kiểm tra xuất xứ hàng hoá, cơ quan hải quan căn cứ vào chứng từ chứng nhận xuất xứ, hồ sơ hải quan, thực tế hàng hoá, những thông tin có liên quan đến hàng hoá và quy định tại Điều 15 Nghị định số 19/2006/NĐ-CP ngày 20/02/2006 của Chính phủ, Thông tư hướng dẫn thực hiện quy tắc xuất xứ ưu đãi và không ưu đãi của Bộ Công Thương và các văn bản hướng dẫn có liên quan;
c) Cơ quan hải quan chấp nhận chứng từ chứng nhận xuất xứ trong trường hợp có khác biệt nhỏ, không ảnh hưởng đến tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ và bản chất xuất xứ của hàng hóa nhập khẩu, bao gồm: c.1) Lỗi chính tả hoặc đánh máy; c.2) Khác biệt trong cách đánh dấu tại các ô trên C/O: đánh dấu bằng máy hoặc bằng tay, đánh dấu bằng “x” hay “√”, nhầm lẫn trong việc đánh dấu; c.3) Khác biệt nhỏ giữa chữ ký trên C/O và chữ ký mẫu; c.4) Khác biệt về đơn vị đo lường trên C/O và các chứng từ khác (hóa đơn, vận tải đơn,…); c.5) Sự khác biệt giữa khổ giấy của C/O nộp cho cơ quan hải quan với mẫu C/O theo quy định; c.6) Sự khác biệt về màu mực (đen hoặc xanh) của các nội dung khai báo trên C/O; c.7) Sự khác biệt nhỏ trong mô tả hàng hóa trên chứng từ chứng nhận xuất xứ và chứng từ khác; c.8) Sự khác biệt mã số trên C/O với mã số trên tờ khai hàng hóa nhập khẩu nhưng không làm thay đổi bản chất xuất xứ hàng hóa.
d) Trường hợp người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ cấp cho cả lô hàng nhưng chỉ nhập khẩu một phần của lô hàng thì cơ quan hải quan chấp nhận chứng từ chứng nhận xuất xứ đó đối với phần hàng hoá thực nhập;
đ) Trường hợp số lượng hoặc trọng lượng thực tế hàng nhập khẩu vượt quá số lượng hoặc trọng lượng hàng ghi trên chứng từ chứng nhận xuất xứ thì lượng hàng hóa vượt quá không được hưởng ưu đãi theo các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên;
e) Người khai hải quan không được tự ý sửa chữa các nội dung trên C/O, trừ trường hợp việc sửa chữa do chính cơ quan, tổ chức có thẩm quyền cấp thực hiện theo quy định của pháp luật;
g) Trường hợp nội dung thông tin trên chứng từ chứng nhận xuất xứ không phù hợp với bộ hồ sơ hải quan và các quy định về kiểm tra xuất xứ hàng nhập khẩu hoặc chữ ký, dấu trên chứng từ chứng nhận xuất xứ không phù hợp với mẫu chữ ký, mẫu dấu lưu tại cơ quan hải quan, trừ các trường hợp quy định tại điểm c khoản này, cơ quan hải quan yêu cầu người khai hải quan giải trình, cung cấp thêm tài liệu để chứng minh xuất xứ hàng hoá. Nếu nội dung giải trình và tài liệu cung cấp phù hợp thì chấp nhận chứng từ chứng nhận xuất xứ. Trường hợp cơ quan hải quan đủ cơ sở để xác định chứng từ chứng nhận xuất xứ không phù hợp thì đình chỉ việc áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt và tính thuế theo mức thuế suất MFN hoặc thuế suất thông thường. Khi làm thủ tục hải quan, nếu có nghi vấn về tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ nhưng chưa đủ cơ sở để từ chối thì cơ quan hải quan tạm tính thuế theo mức thuế suất MFN hoặc thuế suất thông thường và tiến hành xác minh theo quy định tại khoản 3 Điều này. Trong quá trình kiểm tra sau thông quan, thanh tra, nếu có nghi vấn về tính hợp lệ của chứng từ chứng nhận xuất xứ nhưng chưa đủ cơ sở để từ chối thì cơ quan hải quan tiến hành xác minh và căn cứ vào kết quả xác minh để quyết định việc áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt.