Hợp đồng dự án xã hội hóa nạo vét vùng nước cảng biển được thực hiện theo quy định tại Điều 35 của Nghị định số 159/2018/NĐ-CP và hướng dẫn của Bộ Xây dựng về hợp đồng thi công xây dựng, ngoài ra bao gồm một số nội dung cụ thể sau đây:
1. Thông tin về các bên trong hợp đồng
Bên A: Cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo Điều 24 của Nghị định số 159/2018/NĐ-CP.
Bên B: Nhà đầu tư
Các thông tin về các bên bao gồm: thông tin về người đại diện theo pháp luật, chức vụ, địa chỉ, điện thoại, số tài khoản, số fax, mã số thuế của từng bên tham gia hợp đồng.
2. Mục tiêu, địa điểm thực hiện dự án
a) Mô tả mục tiêu dự án;
b) Mô tả địa điểm thực hiện dự án.
3. Thời gian và tiến độ thực hiện hợp đồng
a) Thời gian thực hiện hợp đồng bao gồm thời gian giải phóng mặt bằng, thời điểm khởi công xây dựng và tiến độ thực hiện từng hạng mục, từng khu vực thuộc dự án, thời điểm hoàn thành công trình được lập thành phụ lục chi tiết, quy định cụ thể tiến độ và thời gian thực hiện từng hạng mục, từng khu vực;
b) Quy định các trường hợp và điều kiện được gia hạn hoặc rút ngắn thời hạn.
4. Quy mô, giải pháp thi công
a) Mô tả quy mô dự án (hạng mục, chuẩn tắc, khối lượng, phạm vi, trang thiết bị phục vụ thi công, tính năng phương tiện thi công, thiết bị giám sát phương tiện thi công…);
b) Biện pháp thi công, trình tự thi công, kế hoạch thi công.
5. Giá hợp đồng bao gồm các nội dung:
a) Kinh phí thực hiện nạo vét (bao gồm cả kinh phí hoàn trả cho nhà nước đã thực hiện các công việc quy định tại các điểm a, b, c khoản 1 Điều 25 của Nghị định số 159/2018/NĐ-CP; kinh phí bồi thường, giải phóng mặt bằng);
b) Giá trị sản phẩm thu hồi;
c) Giá trị thanh toán phần chênh lệch giữa kinh phí thực hiện nạo vét và giá trị sản phẩm thu hồi;
d) Điều chỉnh kinh phí nạo vét, giá trị sản phẩm thu hồi và giá trị thanh toán phần chênh lệch.
6. Bàn giao mặt bằng xây dựng
Cục Hàng hải Việt Nam chủ trì tổ chức thực hiện bàn giao mặt bằng hiện trường thi công cho nhà đầu tư trước thời điểm thực hiện thi công nạo vét.
7. Yêu cầu về kỹ thuật, chất lượng thi công dự án và nghiệm thu, bàn giao dự án
a) Các yêu cầu về kỹ thuật, chất lượng thi công dự án;
b) Điều kiện nghiệm thu, căn cứ nghiệm thu, thành phần nghiệm thu;
c) Hồ sơ nghiệm thu, bàn giao.
8. Chuyển nhượng và chuyển giao dự án
Nhà đầu tư không được phép chuyển nhượng và chuyển giao dự án.
9. Trước khi ký hợp đồng thầu thi công, Bên B phải thực hiện theo các quy định sau:
a) Ban hành quy chế lựa chọn nhà thầu tư vấn, cung cấp hàng hóa, thi công và nhà thầu khác để áp dụng thống nhất trong quá trình thực hiện dự án trên cơ sở đảm bảo công bằng, minh bạch, hiệu quả kinh tế;
b) Gửi danh sách nhà thầu thi công kèm theo hồ sơ năng lực của nhà thầu thi công tới Bên A để được chấp thuận;
c) Bên B phải chịu trách nhiệm trước Bên A về tiến độ, chất lượng, an toàn lao động, bảo vệ môi trường và sai sót của mình và các công việc do các nhà thầu thi công thực hiện;
d) Bên B không được giao khối lượng công việc theo hợp đồng cho nhà thầu thi công thực hiện quá tỷ lệ quy định trong hồ sơ mời thầu lựa chọn nhà đầu tư và quy định của pháp luật liên quan.
10. Bảo đảm thực hiện hợp đồng
a) Trước thời điểm hợp đồng có hiệu lực, Bên B phải nộp bảo đảm thực hiện hợp đồng cho Bên A, mức bảo đảm hợp đồng trong khoảng từ 01% đến 03% tổng mức đầu tư của dự án, hình thức bảo đảm hợp đồng có thể lựa chọn một trong các hình thức đặt cọc hoặc ký quỹ hoặc thư bảo lãnh của ngân hàng hoặc tổ chức tài chính tại Việt Nam.
Trường hợp Bên B là nhà thầu liên danh thì từng thành viên phải nộp bảo đảm thực hiện hợp đồng cho Bên A, mức bảo đảm tương ứng với phần giá trị hợp đồng mà mỗi thành viên thực hiện. Nếu liên danh có thỏa thuận nhà đầu tư đứng đầu liên danh nộp bảo đảm thực hiện hợp đồng thì nhà đầu tư đứng đầu liên danh nộp bảo đảm cho Bên A, từng thành viên nộp bảo đảm thực hiện hợp đồng cho nhà đầu tư đứng đầu liên danh tương ứng với giá trị hợp đồng do mình thực hiện.
Bảo đảm thực hiện hợp đồng phải có giá trị và có hiệu lực tới khi Bên B đã thi công, hoàn thành dự án tương ứng với hợp đồng đã ký kết được Bên A nghiệm thu. Nếu các điều khoản của bảo đảm thực hiện hợp đồng nêu rõ ngày hết hạn và Bên B chưa hoàn thành các nghĩa vụ của hợp đồng vào thời điểm 10 ngày trước ngày hết hạn, Bên B sẽ phải gia hạn giá trị của bảo đảm thực hiện hợp đồng cho tới khi công việc đã được hoàn thành và mọi sai sót đã được sửa chữa xong;
b) Bên B sẽ không được nhận lại bảo đảm thực hiện hợp đồng trong trường hợp từ chối thực hiện hợp đồng đã có hiệu lực và các trường hợp khác (do các bên thỏa thuận). Bên A phải hoàn trả cho Bên B bảo đảm thực hiện hợp đồng khi Bên B đã hoàn thành các công việc theo hợp đồng.
11. Quyền và nghĩa vụ của Bên A:
a) Tổ chức bàn giao mốc giới, mặt bằng thi công công trình phục vụ thi công theo hợp đồng cho Bên B.
b) Tổ chức kiểm tra, giám sát quá trình thực hiện dự án theo quy định của pháp luật hiện hành.
c) Hướng dẫn nhà đầu tư tiến hành lựa chọn đơn vị tư vấn giám sát độc lập đủ điều kiện để giám sát quá trình thực hiện dự án theo quy định về quản lý đầu tư xây dựng công trình và quy định pháp luật hiện hành
d) Tổ chức kiểm tra, giám sát, đánh giá việc tuân thủ các nghĩa vụ của nhà đầu tư trong việc thực hiện các yêu cầu về quy mô, tiêu chuẩn kỹ thuật, chất lượng công trình, tiến độ thực hiện dự án, bảo vệ môi trường, phòng cháy, chữa cháy.
đ) Nghiệm thu hoàn thành đưa công trình vào sử dụng và tiếp nhận công trình do Bên B bàn giao
e) Hỗ trợ Bên B liên hệ với các cơ quan địa phương để giải quyết những vấn đề phát sinh (nếu có).
g) Xem xét các đề xuất thay đổi hợp lý của Bên B về tổng vốn đầu tư, thiết kế kỹ thuật và các điều kiện khác để đảm bảo hiệu quả Dự án và trình cấp thẩm quyền quyết định.
h) Các quyền, nghĩa vụ khác theo quy định của pháp luật.
12. Quyền và nghĩa vụ của Bên B:
a) Hoàn thành đầy đủ các thủ tục về tài nguyên, môi trường, phòng cháy, chữa cháy và các thủ tục liên quan theo quy định của pháp luật.
b) Lập, trình duyệt Phương án bảo đảm an toàn giao thông theo quy định tại Điều 6 Nghị định số 159/2018/NĐ-CP.
c) Lựa chọn, ký hợp đồng với đơn vị tư vấn giám sát độc lập có năng lực (bằng kinh phí của Bên B) sau khi có ý kiến của Bên A để giám sát quá trình thực hiện dự án, đồng thời tiến hành nghiệm thu, thanh quyết toán hợp đồng, theo quy định về quản lý đầu tư xây dựng công trình và quy định pháp luật hiện hành.
d) Tổ chức tiếp nhận, bàn giao mốc giới, mặt bằng thi công nạo vét.
đ) Tổ chức quản lý hoặc lựa chọn, ký kết hợp đồng với đơn vị tư vấn độc lập có năng lực (bằng kinh phí của Bên B) để quản lý thi công xây dựng, thực hiện công tác khảo sát đo đạc định kỳ, đồng thời tiến hành nghiệm thu đưa công trình vào sử dụng, thanh quyết toán hợp đồng, theo quy định về quản lý đầu tư xây dựng công trình và quy định của pháp luật.
e) Thực hiện dự án theo đúng các nội dung của Báo cáo nghiên cứu khả thi, Hồ sơ thiết kế bản vẽ thi công được duyệt và hợp đồng này.
g) Thực hiện đầy đủ các quy định về bảo vệ môi trường, phòng cháy, chữa cháy, phương án bảo đảm an toàn hàng hải trong quá trình thi công. Tự chịu trách nhiệm về an toàn thiết bị và nhân công lao động trong quá trình thực hiện dự án.
h) Thực hiện đầy đủ chế độ thuế, phí, lệ phí và các nghĩa vụ tài chính khác theo quy định.
i) Thực hiện Bảo đảm thực hiện hợp đồng theo quy định tại khoản 10 Điều này.
k) Thực hiện khảo sát đo đạc định kỳ kết quả thực hiện dự án (căn cứ thời gian và tiến độ thi công chi tiết của dự án để quy định cụ thể thời gian khảo sát đo đạc định kỳ) với sự tham gia giám sát của đại diện Bộ Giao thông vận tải, Cục Hàng hải Việt Nam, Cảng vụ Hàng hải khu vực và cơ quan, đơn vị liên quan khác do Cục Hàng hải Việt Nam lựa chọn. Số liệu khảo sát đo đạc định kỳ sau khi hoàn thành, Bên B phải gửi ngay đến cơ quan, tổ chức có thẩm quyền cống bố thông báo hàng hải để thực hiện công bố thông báo hàng hải theo quy định tại Nghị định số 58/2017/NĐ-CP  ngày 10 tháng 5 năm 2017 của Chính phủ.
l) Báo cáo định kỳ hàng tuần với Cảng vụ Hàng hải khu vực và hàng tháng với Cục Hàng hải Việt Nam về tình hình, kết quả thực hiện Dự án, kèm theo bản chụp nhật ký thi công (các tuần báo cáo). Nhật ký thi công phải được ghi theo mẫu được quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này. Tư vấn giám sát có trách nhiệm kiểm tra, đôn đốc nhà thầu thi công ghi chép nhật ký thi công nạo vét theo mẫu quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.
m) Yêu cầu tổ chức tư vấn giám sát Báo cáo định kỳ hàng tháng kết quả thực hiện Dự án của nhà đầu tư, tư vấn giám sát theo mẫu quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, kèm theo bản chụp nhật ký thi công (trong tuần báo cáo) về Cảng vụ Hàng hải khu vực, Cục Hàng hải Việt Nam.
n) Các quyền, nghĩa vụ khác theo quy định của pháp luật.
13. Phạt vi phạm hợp đồng
a) Bên A vi phạm bất cứ điều khoản nào của hợp đồng dẫn đến hợp đồng phải chấm dứt trước thời hạn thì Bên A chịu trách nhiệm bồi thường cho Bên B các chi phí hợp lý mà Bên B đã thực hiện tính đến thời điểm dừng hợp đồng nhưng không quá 3% (ba phần trăm) kinh phí nạo vét. Khoản tiền bồi thường sẽ được Bên A báo cáo cấp thẩm quyền xem xét phê duyệt nguồn chi trả cho Bên B;
b) Bên B thi công chậm tiến độ (căn cứ từng dự án để quy định cụ thể về thời gian và mức phạt), khoản tiền này sẽ được lấy từ Bảo đảm thực hiện Hợp đồng, nếu không đủ nhà đầu tư phải nộp bổ sung;
c) Bên B vi phạm bất cứ điều khoản nào của hợp đồng gây hậu quả trực tiếp tới tiến độ, chất lượng của dự án hoặc do lỗi của Bên B dẫn đến hợp đồng phải chấm dứt trước thời hạn (trừ trường hợp bất khả kháng được quy định tại Hợp đồng này) thì Bên B chịu phạt hợp đồng (căn cứ từng dự án để quy định cụ thể mức phạt), khoản tiền này sẽ được lấy từ Bảo đảm thực hiện hợp đồng, nếu không đủ nhà đầu tư phải nộp bổ sung.
14. Chấm dứt hợp đồng
a) Chấm dứt vào ngày hết hạn của hợp đồng nếu không có yêu cầu gia hạn được hai bên thống nhất và được cấp có thẩm quyền chấp thuận hoặc khi Bên B hoàn thành dự án và bàn giao công trình cho Bên A (tùy theo trường hợp nào đến trước);
b) Bên A được quyền chấm dứt hợp đồng trước thời hạn nếu: Bên B không thực hiện bảo đảm thực hiện hợp đồng; Bên B bỏ dở công trình hoặc không tiếp tục thực hiện nghĩa vụ theo hợp đồng; Bên B không có lý do chính đáng mà 15 ngày liên tục không thực hiện công việc theo hợp đồng; Bên B giao thầu phụ toàn bộ công trình, hoặc chuyển nhượng hợp đồng mà không có sự thỏa thuận của Bên A; Bên B bị phá sản hoặc vỡ nợ, bị thu hồi đăng ký kinh doanh, bị quản lý tài sản.
c) Bên B được quyền chấm dứt hợp đồng trước thời hạn nếu: Bên A không thực hiện nghĩa vụ theo hợp đồng; Việc tạm ngừng dự án do lỗi của Bên A hoặc do quy định của Chính phủ bị kéo dài quá 45 ngày;
d) Trong trường hợp chấm dứt hợp đồng trước thời hạn, bên yêu cầu chấm dứt phải gửi cho bên kia thông báo về việc chấm dứt trước 10 ngày và tiến hành thủ tục chấm dứt hợp đồng, ngoại trừ trường hợp một bên bị phá sản hoặc vỡ nợ, bị thu hồi đăng ký kinh doanh, bị quản lý tài sản thì có thể thực hiện chấm dứt hợp đồng ngay lập tức.
đ) Việc chấm dứt hợp đồng sẽ không ảnh hưởng hoặc giải phóng bên nào khỏi bất cứ khoản nợ, nghĩa vụ hay trách nhiệm nào xảy ra hay phát sinh trước ngày chấm dứt hợp đồng.
15. Quyết toán hợp đồng
a) Sau khi Biên bản nghiệm thu hoàn thành toàn bộ nội dung công việc theo quy định của hợp đồng được các bên ký kết, Bên B sẽ trình cho Bên A hồ sơ quyết toán hợp đồng với các tài liệu bao gồm: Biên bản nghiệm thu hoàn thành toàn bộ công việc thuộc phạm vi hợp đồng; Bảng tính giá trị quyết toán hợp đồng (gọi là quyết toán A-B), trong đó nêu rõ chi phí thực hiện nạo vét, giá trị sản phẩm thu hồi, giá trị thanh toán hợp đồng; hồ sơ hoàn công, nhật ký thi công xây dựng công trình; các tài liệu khác theo thỏa thuận trong hợp đồng (nếu có).
b) Trường hợp có thay đổi khối lượng nạo vét giữa biên bản nghiệm thu hoàn thành và khối lượng trong hợp đồng, thực hiện tính toán bù, trừ giá trị thanh toán hợp đồng theo Phương án tài chính trong Báo cáo nghiên cứu khả thi, trình Bộ Giao thông vận tải phê duyệt trước khi thanh toán.
16. Thanh lý hợp đồng
a) Hợp đồng được thanh lý trong trường hợp: các bên hoàn thành các nghĩa vụ theo hợp đồng đã ký; hợp đồng bị chấm dứt (hủy bỏ) theo quy định của khoản 14 Điều này.
b) Việc thanh lý hợp đồng phải được hoàn tất trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày các bên tham gia hợp đồng hoàn thành các nghĩa vụ theo hợp đồng hoặc hợp đồng bị chấm dứt theo quy định tại khoản 13 Điều này. Trừ trường hợp Bên A hoặc Bên B bị phá sản, vỡ nợ, bị thu hồi đăng ký kinh doanh thì hợp đồng tự động hết hiệu lực mà không cần tiến hành thanh lý.
17. Khi một bên bị rơi vào tình trạng bất khả kháng, thì phải thông báo bằng văn bản cho bên kia trong thời gian sớm nhất có thể và được miễn trừ trách nhiệm do bất khả kháng gây ra.
18. Các tài liệu kèm theo hợp đồng
a) Các tài liệu kèm theo của hợp đồng là một bộ phận không tách rời của hợp đồng, bao gồm: văn bản thông báo trúng thầu hoặc chỉ định thầu; điều kiện cụ thể của hợp đồng; điều kiện chung của hợp đồng; Hồ sơ mời thầu hoặc hồ sơ yêu cầu của Bên A; các bản vẽ thiết kế và các chỉ dẫn kỹ thuật; Hồ sơ dự thầu hoặc hồ sơ đề xuất của Bên B; Biên bản đàm phán hợp đồng, các văn bản sửa đổi, bổ sung hợp đồng; các phụ lục của hợp đồng; các tài liệu khác có liên quan.
b) Thứ tự ưu tiên áp dụng các tài liệu kèm theo hợp đồng
Thứ tự ưu tiên áp dụng các tài liệu kèm theo hợp đồng do các bên thỏa thuận. Trong trường hợp các bên không thỏa thuận thì áp dụng theo thứ tự quy định tại điểm a khoản này.
19. Giải quyết tranh chấp
a) Hợp đồng được điều chỉnh và giải thích theo pháp luật Việt Nam;
b) Trong quá trình thực hiện hợp đồng, nếu có vấn đề vướng mắc phát sinh, hai bên phải tích cực phối hợp và ưu tiên giải quyết bằng thương lượng trong vòng 30 ngày từ ngày phát sinh tranh chấp;
c) Trong trường hợp hai bên không thương lượng được thì báo cáo cơ quan phê duyệt thực hiện dự án xem xét. Trường hợp vẫn chưa thống nhất thì tranh chấp sẽ được giải quyết bằng trọng tài tại Trung tâm Trọng tài quốc tế Việt Nam.