1. Quỹ BVMTVN phê duyệt mức lãi suất hỗ trợ lãi suất sau đầu tư hàng năm và tối đa không quá mức chênh lệch lãi suất dương giữa lãi suất tín dụng đầu tư của Nhà nước và lãi suất cho vay với lãi suất ưu đãi của Quỹ BVMTVN áp dụng trong năm đó.
2. Nguyên tắc xác định hỗ trợ lãi suất sau đầu tư cho một dự án
a) Mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư được tính cho từng dự án và cấp cho chủ đầu tư;
b) Mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư được tính trên tổng số nợ gốc thực trả theo hợp đồng tín dụng đã ký với tổ chức tín dụng nhưng tối đa không vượt quá 70% tổng số vốn đầu tư tài sản cố định theo quyết toán vốn đầu tư được duyệt của dự án;
c) Chỉ hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với số vốn vay chủ đầu tư trả nợ tổ chức tín dụng kể từ ngày có văn bản phê duyệt quyết toán vốn đầu tư dự án của cấp có thẩm quyền;
d) Chỉ hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với dự án đã hoàn thành, đưa vào sử dụng, hoàn trả được một phần hoặc toàn bộ vốn vay cho các tổ chức tín dụng hoạt động hợp pháp trên lãnh thổ Việt Nam;
đ) Chỉ hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với dự án chưa được vay vốn lãi suất ưu đãi hoặc tài trợ và đồng tài trợ bằng nguồn vốn hoạt động của Quỹ BVMTVN;
e) Chỉ hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với dự án chưa được hưởng chính sách ưu đãi tín dụng của Nhà nước.
g) Đối với các khoản vay chủ đầu tư trả nợ trước hạn, mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư được tính theo thời hạn thực vay của khoản vay đó theo hợp đồng tín dụng đã ký;
h) Đối với các dự án được khoanh nợ thì thời gian khoanh nợ không được tính vào thời hạn thực vay để tính hỗ trợ lãi suất vay;
i) Thời hạn tính hỗ trợ lãi suất sau đầu tư tối đa bằng thời hạn vay ghi trong hợp đồng tín dụng đã ký lần đầu;
k) Không hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với các khoản trả nợ quá hạn, nợ trả trong thời gian gia hạn nợ;
l) Không hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với các khoản vốn vay để: trả lãi vay tổ chức tín dụng, trả nợ khoản vay vốn lưu động, nộp thuế VAT, đầu tư các hạng mục hoặc khối lượng công việc không có trong dự án đầu tư được duyệt;
m) Không hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với dự án thay đổi Chủ đầu tư.
3. Cách xác định mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với một dự án như sau:
a) Mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư cho cả dự án
Tổng mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư cho cả dự án bằng tổng mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư hàng năm cho dự án; mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư hàng năm bằng tổng mức hỗ trợ hỗ trợ lãi suất sau đầu tư cho từng lần trả nợ trong năm của dự án;
b) Mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư cho từng lần trả nợ trong năm được tính như sau:
Số nợ gốc thực trả từng lần trả nợ được tính hỗ trợ lãi suất sau đầu tư: xác định theo số nợ gốc thực trả theo hợp đồng tín dụng đủ điều kiện hỗ trợ lãi suất sau đầu tư.
Thời hạn thực vay để tính hỗ trợ lãi suất sau đầu tư là khoảng thời gian (được quy đổi theo năm) từ ngày, tháng, năm nhận vốn vay đến ngày, tháng, năm nợ gốc trong hạn được trả cho tổ chức tín dụng theo hợp đồng tín dụng đã ký lần đầu. Thời hạn thực vay quy ước: 1 tháng  =  30 ngày; 1 năm  =  360 ngày.
Mức lãi suất được tính hỗ trợ lãi suất sau đầu tư được xác định theo mức lãi suất hỗ trợ vay vốn hàng năm do Quỹ BVMTVN phê duyệt;
c) Việc xác định thời hạn thực vay căn cứ vào thời điểm nhận nợ ghi trên Bảng kê số vốn giải ngân của tổ chức tín dụng và thời điểm trả nợ gốc ghi trên Bảng kê số vốn trả nợ cho tổ chức tín dụng (quy đổi theo năm) đã ký giữa chủ đầu tư và tổ chức tín dụng cho vay vốn. Lấy thời điểm giải ngân số vốn vay lần đầu so với thời điểm trả nợ kỳ đầu tiên của khoản nợ gốc trong hạn để tính số ngày thực vay của số nợ gốc thực trả lần đầu và trên cơ sở đó tính lùi để xác định số ngày thực vay của số nợ gốc trả các lần tiếp theo.
Việc xác định mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư đối với các dự án vay vốn bằng ngoại tệ được thực hiện theo nguyên tệ. Tại thời điểm cấp tiền hỗ trợ lãi suất sau đầu tư, căn cứ vào tỷ giá giao dịch bình quân USD/VND trên thị trường ngoại tệ liên ngân hàng hoặc tỷ giá tính chéo cho các loại ngoại tệ/VND do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố, để xác định mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư bằng đồng Việt Nam cho dự án.