1. Trình tự thẩm định dự án
a) Đối với dự án đầu tư (phải lập thiết kế sơ bộ - tổng mức đầu tư; thiết kế thi công - tổng dự toán)
-    Giai đoạn chuẩn bị đầu tư:
+ Thẩm định thiết kế sơ bộ;
+ Thẩm định tổng mức đầu tư;
+ Thẩm định chung dự án phục vụ phê duyệt dự án.
-    Giai đoạn thực hiện đầu tư:
+ Thẩm định thiết kế thi công;
+ Thẩm định dự toán, tổng dự toán.
b) Đối với dự án sự nghiệp (chỉ phải lập đề cương và dự toán chi tiết)
-    Thẩm định đề cương;
-    Thẩm định dự toán và thẩm định chung phục vụ phê duyệt dự án.
2. Nội dung thẩm định dự án đầu tư
a) Thẩm định thiết kế sơ bộ
Là nội dung chuyên sâu về ứng dụng công nghệ thông tin bao gồm:
- Sự phù hợp của thiết kế sơ bộ với các tiêu chuẩn kỹ thuật công nghệ thông tin tại Thông tư số 22/2013/TT-BTTTT  ngày 23 tháng 12 năm 2013 của Bộ Thông tin và Truyền thông ban hành Danh mục tiêu chuẩn kỹ thuật về ứng dụng công nghệ thông tin trong cơ quan nhà nước; các yêu cầu cơ bản về chức năng, tính năng kỹ thuật, việc kết nối, chia sẻ dữ liệu với các hệ thống hạ tầng kỹ thuật của đơn vị, của Bộ và tỉnh;
- Đối với các hệ thống thông tin có quy mô và phạm vi từ Trung ương đến địa phương bảo đảm việc kết nối, liên thông, chia sẻ dữ liệu với các hệ thống hạ tầng kỹ thuật, phần mềm và cơ sở dữ liệu liên quan đối với các dự án có quy mô và phạm vi từ Trung ương đến địa phương theo quy định tại Thông tư số 25/2014/TT-BTTTT  ngày 30 tháng 12 năm 2014 của Bộ Thông tin và Truyền thông quy định về triển khai các hệ thống thông tin có quy mô và phạm vi từ Trung ương đến địa phương;
- Bảo đảm các yêu cầu của ngành tài nguyên và môi trường được quy định tại các văn bản về tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật liên quan;
- Áp dụng các quy chuẩn, tiêu chuẩn kỹ thuật - công nghệ, bảo đảm phòng chống cháy nổ, an toàn vận hành, bảo mật;
- Điều kiện năng lực của tổ chức tư vấn, năng lực nghiệp vụ của cá nhân chủ trì thiết kế sơ bộ.
b) Thẩm định tổng mức đầu tư
- Sự phù hợp của phương pháp xác định tổng mức đầu tư với đặc điểm, tính chất kỹ thuật, công nghệ và yêu cầu của dự án;
- Tính đầy đủ, hợp lý và phù hợp với yêu cầu thực tế của các khoản mục chi phí trong tổng mức đầu tư;
- Các tính toán về hiệu quả ứng dụng công nghệ thông tin, các yếu tố rủi ro, phương án tài chính, khả năng hoàn trả vốn đầu tư (nếu có yêu cầu thu hồi vốn đầu tư);
- Xác định giá trị tổng mức đầu tư bảo đảm hiệu quả đầu tư của dự án.
c) Thẩm định chung dự án
- Xem xét các yếu tố đảm bảo tính hiệu quả của dự án, bao gồm: Sự cần thiết đầu tư; các yếu tố đầu vào của dự án; quy mô, công nghệ, tổng mức đầu tư, thời gian, tiến độ thực hiện dự án; phân tích tài chính, hiệu quả kinh tế - xã hội của dự án;
- Xem xét các yếu tố đảm bảo tính khả thi của dự án, bao gồm: Kinh nghiệm quản lý của đơn vị được giao quản lý và sử dụng kinh phí thực hiện dự án (sau đây gọi là Chủ đầu tư); kết quả thẩm định thiết kế sơ bộ; khả năng hoàn trả vốn đầu tư (nếu có yêu cầu thu hồi vốn đầu tư); các yếu tố ảnh hưởng đến dự án như quốc phòng, an ninh; ý kiến bằng văn bản của các cơ quan liên quan.
3. Nội dung thẩm định dự án sự nghiệp
Nội dung thẩm định thực hiện theo quy định tại Điều 8 Thông tư số 21/2010/TT-BTTTT ngày 08 tháng 9 năm 2010 của Bộ Thông tin và Truyền thông quy định về lập đề cương và dự toán chi tiết đối với hoạt động ứng dụng công nghệ thông tin sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước nhưng không yêu cầu phải lập dự án (sau đây viết tắt là Thông tư số 21/2010/TT-BTTTT), gồm:
a) Thẩm định đề cương:
- Sự phù hợp của các chỉ tiêu kinh tế kỹ thuật, quy chuẩn và tiêu chuẩn kỹ thuật được áp dụng;
- Sự hợp lý của nội dung chi ứng dụng công nghệ thông tin đề xuất với hệ thống hạ tầng kỹ thuật công nghệ thông tin hiện có và hiệu quả dự kiến đạt được.
b) Thẩm định dự toán và thẩm định chung dự án:
Trên cơ sở bước thẩm định ở trên, nội dung thẩm định (phục vụ quyết định thực hiện dự án) bao gồm:
- Tính đúng đắn của các định mức - đơn giá và việc vận dụng định mức - đơn giá, các chế độ, chính sách có liên quan và các khoản mục chi phí theo quy định của Nhà nước có liên quan đến các chi phí nêu tại dự toán chi tiết;
- Sự phù hợp giữa khối lượng thuyết minh nêu trong đề cương với dự toán chi tiết đã lập.