1. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh thuộc đối tượng phải kiểm dịch thì phải thực hiện việc kiểm dịch tại cửa khẩu trước khi hoàn thành thủ tục hải quan trừ trường hợp pháp luật về kiểm dịch cho phép đưa hàng hóa đưa về các địa điểm để kiểm dịch trong nội địa. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh thuộc đối tượng kiểm tra chất lượng, kiểm tra an toàn thực phẩm thì cơ quan hải quan căn cứ vào điều kiện, tiêu chuẩn do các cơ quan quản lý nhà nước ban hành để thực hiện việc kiểm tra theo chỉ định của các Bộ, cơ quan ngang Bộ quản lý chuyên ngành hoặc cơ quan hải quan căn cứ vào kết luận của cơ quan quản lý chuyên ngành để quyết định việc thông quan.
Các cơ quan quản lý nhà nước có trách nhiệm phối hợp thực hiện kiểm tra đồng thời đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh tại cửa khẩu hoặc các địa điểm kiểm tra hàng hóa, trừ trường hợp vì yêu cầu kỹ thuật, chuyên môn phải đưa về các địa điểm kiểm tra chuyên ngành.
Cơ quan hải quan chủ trì, điều phối hoạt động kiểm tra đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh của các cơ quan quản lý nhà nước tại cửa khẩu. Hoạt động phối hợp giữa các cơ quan quản lý nhà nước tại cửa khẩu thực hiện theo Quy chế hoạt động kiểm tra chuyên ngành tại cửa khẩu do Thủ tướng Chính phủ ban hành.
2. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng kiểm tra chuyên ngành trước khi thông quan, trong thời hạn tối đa 10 ngày kể từ ngày cấp giấy đăng ký kiểm tra hoặc ngày lấy mẫu kiểm tra chuyên ngành trừ trường hợp pháp luật về kiểm tra chuyên ngành có quy định khác, cơ quan kiểm tra chuyên ngành có thẩm quyền phải có kết luận kiểm tra và gửi cơ quan hải quan theo quy định tại Điều 35 Luật Hải quan hoặc gửi tới Cổng thông tin một cửa quốc gia trong trường hợp cơ quan kiểm tra có hệ thống công nghệ thông tin kết nối với Cổng thông tin một cửa quốc gia để cơ quan hải quan quyết định việc thông quan hàng hóa. Trường hợp quá thời hạn quy định mà cơ quan kiểm tra chuyên ngành chưa có kết luận kiểm tra chuyên ngành thì phải có văn bản nêu rõ lý do và ngày ra kết luận kiểm tra gửi cơ quan hải quan.
3. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng kiểm tra chuyên ngành phải được lưu giữ tại cửa khẩu, cảng xuất khẩu, nhập khẩu được thành lập trong nội địa, kho ngoại quan hoặc địa điểm kiểm tra tập trung hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và chịu sự giám sát của cơ quan hải quan cho đến khi thông quan. Ngoài các địa điểm trên, hàng hóa được đưa về các địa điểm sau:
a) Hàng hóa phải đưa về các địa điểm để kiểm dịch trong nội địa theo quy định của pháp luật về kiểm dịch;
b) Trường hợp theo quy định của pháp luật cho phép đưa hàng về địa điểm khác để kiểm tra chuyên ngành hoặc người khai hải quan có văn bản đề nghị được đưa hàng về bảo quản, cơ quan hải quan cho phép đưa hàng về bảo quản nếu địa điểm lưu giữ hàng hóa là kho, bãi có địa chỉ rõ ràng, được ngăn cách với khu vực xung quanh đảm bảo việc bảo quản nguyên trạng hàng hóa.
Đối với một số hàng hóa nhập khẩu không thể lấy mẫu để kiểm tra chuyên ngành và chỉ có thể thực hiện việc kiểm tra chuyên ngành trong nội địa, tại chân công trình theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành, cơ quan hải quan cho phép người khai hải quan được đưa hàng về bảo quản; người khai hải quan chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc bảo quản hàng hóa cho đến khi thông quan.
4. Bộ Tài chính có trách nhiệm phối hợp các Bộ, cơ quan ngang Bộ và các cơ quan, tổ chức có liên quan xây dựng cơ sở hạ tầng, bố trí máy móc, thiết bị phục vụ việc kiểm tra hàng hóa tại cửa khẩu, bao gồm cả việc kiểm tra thực tế hàng hóa của cơ quan hải quan và kiểm tra chuyên ngành của các cơ quan quản lý chuyên ngành tại các cửa khẩu quốc tế có lưu lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lớn. Các cơ quan quản lý nhà nước, các tổ chức có liên quan tại cửa khẩu có trách nhiệm bố trí lực lượng để phối hợp kiểm tra theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều này.