Việc áp dụng các trường hợp không xử phạt vi phạm hành chính về hải quan theo Điều 5 Nghị định được thực hiện như sau:
1. Hàng hóa, phương tiện vận tải được đưa vào lãnh thổ Việt Nam do sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng thì phải thực hiện việc thông báo với Chi cục Hải quan hoặc Đội Kiểm soát hoặc Hải đội kiểm soát trên biển hoặc Cục Hải quan tỉnh, thành phố, chính quyền địa phương nơi gần nhất hoặc cơ quan có thẩm quyền khác theo quy định của pháp luật chậm nhất không quá 03 ngày, kể từ ngày đưa hàng hóa, phương tiện vận tải vào lãnh thổ Việt Nam.
Trường hợp không thông báo thì tùy theo từng hồ sơ vụ việc cụ thể để xem xét xử phạt theo quy định tại Nghị định số 127/2013/NĐ-CP  ngày 15 tháng 10 năm 2013 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 45/2016/NĐ-CP  ngày 26 tháng 5 năm 2016) hoặc xử lý theo các quy định khác của pháp luật có liên quan.
Việc xác định sự kiện bất ngờ, sự kiện bất khả kháng thực hiện theo quy định tại khoản 13, khoản 14 Điều 2 Luật Xử lý vi phạm hành chính.
2. Việc thông báo nhầm lẫn quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định phải được người gửi hàng, người nhận hàng hoặc người đại diện hợp pháp của người gửi hàng, người nhận hàng thực hiện bằng văn bản, nêu rõ lý do gửi Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa kèm theo các chứng từ liên quan đến việc nhầm lẫn khi chưa đăng ký tờ khai hải quan.
Trường hợp có căn cứ xác định có sự thông đồng giữa người gửi hàng, người nhận hàng và/hoặc người vận chuyển để trốn thuế, vận chuyển hàng hóa trái phép qua biên giới hoặc buôn lậu thì cơ quan hải quan có quyền từ chối chấp nhận nhầm lẫn và xử lý theo quy định của pháp luật. Việc từ chối chấp nhận nhầm lẫn của cơ quan hải quan phải được thực hiện bằng văn bản trong đó nêu rõ lý do.
3. Quy định tại khoản 3 Điều 5 Nghị định được áp dụng đối với các trường hợp sửa chữa tờ khai, khai bổ sung hồ sơ hải quan được quy định tại điểm a, điểm b khoản 1 Điều 20 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
4. Đối với các trường hợp quy định tại khoản 4, 5 và 7 Điều 5 Nghị định:
a) Tại thời điểm phát hiện hành vi vi phạm đã đủ cơ sở xác định thuộc trường hợp không xử phạt thì người có thẩm quyền xử phạt chỉ lập biên bản chứng nhận lưu hồ sơ;
b) Nếu chưa đủ cơ sở xác định hành vi vi phạm có thuộc trường hợp xử phạt hay không xử phạt thì công chức hải quan đang thi hành công vụ lập biên bản vi phạm hành chính về hải quan; trên cơ sở hồ sơ hải quan, tài liệu có liên quan, biên bản vi phạm hành chính về hải quan, người có thẩm quyền xử phạt quy định tại khoản 2, 3, 4, 5 Điều 19 Nghị định căn cứ theo quy định hiện hành quyết định về việc xử phạt hoặc không xử phạt.
c) Hành vi vi phạm pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu quy định tại khoản 4 Điều 5 Nghị định bao gồm các hành vi vi phạm quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 8; khoản 1, khoản 2 Điều 13 Nghị định.
5. Quy định tại khoản 6 Điều 5 Nghị định được áp dụng đối với trường hợp người khai hải quan lần đầu làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa đó đã khai đúng tên hàng hóa thực xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định về khai hải quan nhưng khai sai mã số hàng hóa theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam; khai sai thuế suất, mức thuế đối với hàng hóa đó theo Biểu thuế xuất khẩu, Biểu thuế nhập khẩu có hiệu lực tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan.
6. Trường hợp nhập khẩu hàng hóa, vật phẩm vi phạm quy định về khai hải quan, vi phạm quy định tại Điều 14 Nghị định nhưng do doanh nghiệp bưu chính, chuyển phát nhanh thay mặt chủ hàng làm thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật, nếu không có căn cứ xác định có sự thông đồng giữa người gửi hàng, người nhận hàng, người làm thủ tục hải quan nhằm mục đích gian lận thì không xử phạt.