Mục VI. Về thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện Điều 8 Nghị định số 69/2008/NĐ-CP, được hướng dẫn như sau:
1. Cơ sở thực hiện xã hội hóa có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong suốt thời gian hoạt động.
2. Đối với cơ sở thực hiện xã hội hóa có nhiều loại hình kinh doanh khác nhau phải tổ chức hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động xã hội hóa để được áp dụng mức thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại Điểm 1 Mục VI này. Cơ sở thực hiện xã hội hóa có thu nhập từ các hoạt động khác ngoài các hoạt động trong lĩnh vực xã hội hóa quy định tại Điểm 1 Mục I của Thông tư này thì phải thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định của pháp luật. Phương pháp tính thuế Thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thực hiện Luật thuế Thu nhập doanh nghiệp.
3. Cơ sở thực hiện xã hội hoá phải thực hiện kê khai nộp thuế theo đúng quy định của pháp luật về thuế, và thực hiện xuất hoá đơn đối với các khoản thu từ hoạt động xã hội hoá theo đúng quy định của pháp luật về quản lý và sử dụng hoá đơn. Trường hợp vi phạm sẽ bị xử lý theo các chế tài của pháp luật về thuế hiện hành.
4. Cơ sở thực hiện xã hội hóa thành lập mới kể từ ngày Nghị định số 69/2008/NĐ-CP có hiệu lực thi hành được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 04 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp trong 05 năm tiếp theo. Cơ sở thực hiện xã hội hoá thành lập mới từ ngày Nghị định số 69/2008/NĐ-CP có hiệu lực thi hành tại các địa bàn ưu đãi đầu tư quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22 tháng 9 năm 2006 của Chính phủ và cơ sở thực hiện xã hội hoá thành lập mới từ ngày 01 tháng 01 năm 2009 tại địa bàn thuộc danh mục địa bàn ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp thì được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động, được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 04 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế, giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.
5. Cơ sở thực hiện xã hội hóa thành lập trước ngày Nghị định số 69/2008/NĐ-CP có hiệu lực thi hành được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại kể từ năm tính thuế 2008 như sau: + Nếu thời gian hưởng ưu đãi theo quy định trước đây vẫn còn thì tiếp tục được hưởng ưu đãi theo nguyên tắc khoảng thời gian ưu đãi còn lại bằng số năm doanh nghiệp được hưởng miễn thuế, giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này trừ (-) đi số năm cơ sở đã hưởng miễn thuế, giảm thuế theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây như sau: - Đến hết kỳ tính thuế năm 2007, cơ sở đang trong thời gian được miễn thuế thì số năm miễn thuế còn lại bằng số năm miễn thuế theo quy định của Thông tư này trừ (-) số năm cơ sở đã được miễn thuế đến hết kỳ tính thuế năm 2007, đồng thời được hưởng toàn bộ thời gian giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này. - Đến hết kỳ tính thuế năm 2007, cơ sở vừa hết thời gian được miễn thuế thì được hưởng toàn bộ số năm giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này. - Đến hết kỳ tính thuế năm 2007, cơ sở đang trong thời gian giảm thuế thì số năm giảm thuế còn lại bằng số năm giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này trừ (-) số năm cơ sở đã được giảm thuế đến hết kỳ tính thuế năm 2007. + Đến hết kỳ tính thuế năm 2007, cơ sở đã hết thời gian miễn thuế, giảm thuế thì không thuộc diện hưởng miễn thuế, giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này.
6. Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại khoản 4 Mục này được tính liên tục từ năm đầu tiên cơ sở có thu nhập chịu thuế từ hoạt động xã hội hoá được hưởng ưu đãi thuế; Trường hợp cơ sở không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư. Thời gian bắt đầu được miễn thuế, giảm thuế đối với cơ sở thực hiện xã hội hoá thành lập mới trước ngày 01 tháng 01 năm 2009 xác định như sau: - Đến hết kỳ tính thuế 2008 chưa có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế đuợc tính từ năm thứ tư; - Đến hết kỳ tính thuế 2008 đã có doanh thu nhưng chưa đủ 3 năm, kể từ khi có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư. - Đến hết kỳ tính thuế 2008 đã có doanh thu từ 3 năm trở lên thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm tính thuế 2009.