1. Tổ chức đã và đang hoạt động theo phương thức đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành phải thực hiện rà soát và hoàn thiện hồ sơ đề nghị công nhận và giao quyền quản lý theo quy định tại Nghị định này trước ngày 01 tháng 01 năm 2021.
2. Khu bảo tồn biển được thành lập trước ngày Nghị định này có hiệu lực phải tiến hành rà soát, bổ sung, hoàn thiện Quy chế quản lý khu bảo tồn biển theo quy định tại Nghị định này trước ngày 01 tháng 01 năm 2020.
3. Tổ chức, cá nhân nuôi trồng thủy sản bằng lồng bè hoặc nuôi đối tượng thủy sản chủ lực trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành phải thực hiện đăng ký theo quy định tại Nghị định này trong thời hạn 12 tháng kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.
4. Các loại giấy chứng nhận, giấy phép, chứng chỉ, văn bản chấp thuận được cấp trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được tiếp tục sử dụng đến khi được cấp mới, cấp lại theo quy định tại Nghị định này.
5. Cơ sở sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản các đối tượng chủ lực, cơ sở sản xuất thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường trong nuôi trồng thủy sản đã hoạt động trước ngày Nghị định này có hiệu lực tiếp tục được hoạt động và phải làm thủ tục đề nghị cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện trước ngày 01 tháng 01 năm 2020.
6. Cơ sở sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản không thuộc đối tượng quy định tại khoản 5 Điều này đã hoạt động trước ngày Nghị định này có hiệu lực tiếp tục được hoạt động và phải làm thủ tục đề nghị cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện trước ngày 01 tháng 01 năm 2021.
7. Cơ sở đóng mới, cải hoán tàu cá đang hoạt động trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hoạt động và phải làm thủ tục đề nghị cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện trước ngày 01 tháng 10 năm 2019.
8. Tổ chức đăng kiểm tàu cá đang hoạt động trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, tiếp tục được hoạt động theo chức năng, nhiệm vụ được giao và phải làm thủ tục đề nghị cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện trước ngày 01 tháng 01 năm 2020.
9. Cảng cá đang hoạt động trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành tiếp tục được hoạt động và phải làm thủ tục đề nghị công bố mở cảng theo quy định trước ngày 01 tháng 10 năm 2020.
10. Hồ sơ đăng ký cấp giấy phép, giấy chứng nhận, văn bản chấp thuận nộp trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành nhưng chưa được cấp thì giải quyết theo quy định của pháp luật tại thời điểm nộp hồ sơ.
11. Các chính sách hỗ trợ phát triển thủy sản đã được ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được tiếp tục áp dụng đến khi hết thời gian áp dụng chính sách hoặc có văn bản thay thế, hủy bỏ.
12. Việc kiểm tra chất lượng giống thủy sản, thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thủy sản nhập khẩu căn cứ tiêu chuẩn quốc gia, tiêu chuẩn cơ sở do tổ chức, cá nhân công bố đến trước ngày 01 tháng 01 năm 2020.
13. Việc kiểm tra chất lượng thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thủy sản nhập khẩu tiếp tục được áp dụng quy định về trình tự, thủ tục kiểm tra chất lượng theo Nghị định số 39/2017/NĐ-CP  ngày 04 tháng 4 năm 2017 của Chính phủ về quản lý thức ăn chăn nuôi, thủy sản và văn bản hướng dẫn đến trước ngày 01 tháng 01 năm 2020.