Mục II. CÁC QUI ĐỊNH CỤ THỂ
1. Để có căn cứ làm thủ tục hoàn thuế GTGT, các đơn vị được hoàn thuế phải cung cấp đầy đủ các chứng từ được quy định tại Thông tư số 122/2000/TT-BTC ngày 29 tháng 12 năm 2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định 79/2000/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng Cơ quan thuế không được hoàn thuế khi đơn vị được hoàn thuế chưa cung cấp đầy đủ các chứng từ theo chế độ quy định.
2. Sau khi hoàn thuế GTGT cho các đơn vị được hoàn thuế, cơ quan thuế có trách nhiệm gửi quyết định hoàn thuế (bản chính) cho chủ dự án và Bộ Tài chính ( Vụ Đầu tư ) để có căn cứ ghi tăng vốn đầu tư.
2.1. Hàng quí Bộ Tài chính (Vụ Đầu tư) tổng hợp vốn hoàn thuế của các dự án ODA do các Bộ, ngành, địa phương quản lý (theo mẫu biểu đính kèm) đồng thời : - Lập thông tri duyệt y dự toán ghi rõ nội dung: ghi chi cấp phát vốn XDCB đối với các dự án do trung ương quản lý mục 902 (chi ngoài ngân sách); Đồng thời ghi thu thuế GTGT của các dự án ODA theo chương 160 loại 10 khoản 10 mục 014 tiểu mục 99, gửi Vụ Ngân sách nhà nước để làm thủ tục ghi thu, ghi chi chuyển vốn XDCB cho Kho bạc nhà nước . - Gửi bảng kê chi tiết số vốn hoàn thuế GTGT của các dự án ODA do địa phương quản lý (theo mẫu đính kèm) cho Vụ Ngân sách nhà nước để làm thủ tục ghi chi bổ sung có mục tiêu vốn XDCB cho các địa phương theo chương 160 loại 10 khoản 06 mục 125 tiểu mục 02; Đồng thời ghi thu thuế GTGT của các dự án ODA theo chương 160 loại 10 khoản 10 mục 014 tiểu mục 99.
2.2. Cơ quan Kho bạc nhà nước Trung ương căn cứ vào chứng từ ghi thu, ghi chi của Vụ Ngân sách nhà nước hạch toán chi ngân sách trung ương về đầu tư XDCB đối với các dự án, đồng thời ghi thu ngân sách trung ương về thuế GTGT của các dự án ODA. Cơ quan Kho bạc nhà nước thông báo cho chủ dự án biết để đối chiếu và ghi tăng vốn ngân sách cấp phát. Kết thúc năm thực hiện quyết toán vốn XDCB từ Quĩ hoàn thuế GTGT của các dự án ODA như vốn ngân sách nhà nước cấp phát.
2.3. Sở Tài chính căn cứ vào chứng từ ghi thu ghi chi của cơ quan Kho Bạc nhà nước Trung uơng chuyển về hạch toán ghi thu ngân sách địa phương từ ngân sách cấp trên bổ sung. Đồng thời ghi chi ngân sách địa phương về đầu tư XDCB đối với các dự án theo qui định hiện hành. Kết thúc năm thực hiện quyết toán vốn XDCB theo qui định hiện hành (trong đó ghi rõ vốn XDCB từ Quĩ hoàn thuế GTGT của các dự án ODA).
2.4. Căn cứ vào chứng từ cơ quan Kho bạc nhà nước đã thông báo, chủ dự án sử dụng vốn ODA mở sổ sách, theo dõi hạch toán ghi tăng vốn đầu tư XDCB từ Quỹ hoàn thuế GTGT, phản ảnh đầy đủ vào giá trị công trình hàng năm và quyết toán công trình hoàn thành.
3. Các dự án sử dụng vốn ODA viện trợ là đối tượng không phải chịu thuế GTGT. Trường hợp chủ dự án hoặc nhà thầu chính đã nộp ngân sách thuế GTGT trong giá mua hàng hoá, dịch vụ được Nhà nước hoàn lại số thuế đã nộp thì khi được hoàn thuế chủ dự án hạch toán như sau: - Nếu chủ dự án hoặc nhà thầu chính đã được ngân sách cấp phát từ nguồn vốn đối ứng trong nước để nộp thuế GTGT thì khi được hoàn thuế chủ dự án hoặc nhà thầu chính phải nộp trả ngân sách nhà nước, đồng thời cơ quan Kho bạc nhà nước và chủ dự án hạch toán giảm cấp phát vốn đầu tư. - Nếu chủ dự án hoặc nhà thầu chính không được bố trí vốn đối ứng mà phải tạm ứng từ nguồn vốn tự có (hoặc nguồn vốn khác) để trả thuế GTGT trong giá mua hàng hoá, dịch vụ thì cũng được Nhà nước hoàn lại thuế, chủ dự án hoặc nhà thầu chính sử dụng hoàn trả các nguồn vốn đã tạm ứng.
4. Đối với đơn vị được hoàn thuế đã trả thuế GTGT trong giá mua hàng hoá và dịch vụ để thực hiện dự án, trước ngày 7/12/1999, ngày Quyết định 223/1999/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ có hiệu lực thì sau khi được hoàn thuế, chủ dự án được hạch toán như quy định tại Điểm 3, Mục II của Thông tư này.
5. Trường hợp được cấp có thẩm quyền cho phép ghi thu ghi chi tiền thuế GTGT hàng nhập khẩu thì không được hoàn thuế. Chủ đầu tư hạch toán cấp phát vốn đầu tư và tính trong kế hoạch vốn đối ứng của chủ dự án.
6. Các chủ dự án và cơ quan Kho bạc Nhà nước có trách nhiệm hạch toán đầy đủ số vốn hoàn thuế GTGT từ Quĩ hoàn thuế vào quyết toán vốn đầu tư XDCB với cơ quan tài chính theo chế độ qui định.
7. Đối với các dự án sử dụng vốn ODA theo cơ chế vay lại từ ngân sách (kể cả dự án sử dụng vốn ODA hỗn hợp - ODA không hoàn lại và ODA vay - mà phần vốn ODA không hoàn lại được tài trợ bằng một hiệp định riêng), chủ dự án không sử dụng vốn ODA để nộp thuế mà phải chủ động tự bố trí sử dụng nguồn vốn trong nước để nộp thuế GTGT theo qui định của pháp luật .