Ban Tôn giáo Chính phủ thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo và các nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể sau đây:
1. Tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Nội vụ để trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ:
a) Dự án luật, dự thảo nghị quyết của Quốc hội; dự án pháp lệnh và dự thảo nghị quyết của Ủy ban thường vụ Quốc hội; dự thảo nghị định, nghị quyết của Chính phủ; dự thảo quyết định, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ về tín ngưỡng, tôn giáo;
b) Chiến lược, kế hoạch dài hạn, chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình hành động, đề án, dự án quan trọng về tín ngưỡng, tôn giáo hoặc có liên quan đến tín ngưỡng, tôn giáo.
2. Trình Bộ trưởng Bộ Nội vụ xem xét, quyết định:
a) Dự thảo thông tư và các văn bản khác về công tác tín ngưỡng, tôn giáo;
b) Kế hoạch dài hạn, trung hạn, hàng năm về công tác quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo.
3. Tổ chức thực hiện chính sách, pháp luật, chiến lược, kế hoạch, chương trình, đề án, dự án về tín ngưỡng, tôn giáo hoặc có liên quan đến tín ngưỡng, tôn giáo sau khi được cấp có thẩm quyền ban hành hoặc phê duyệt.
4. Hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ công tác quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo.
5. Tổ chức thực hiện công tác thông tin tuyên truyền, phổ biến chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo; bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của cá nhân, sự bình đẳng giữa các tôn giáo trước pháp luật; đấu tranh, ngăn chặn, xử lý vi phạm hành chính các hành vi xâm phạm quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo hoặc lợi dụng tín ngưỡng, tôn giáo để hoạt động trái pháp luật.
6. Tiếp nhận hồ sơ, chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, địa phương liên quan tham mưu trình Bộ trưởng Bộ Nội vụ quyết định công nhận tổ chức tôn giáo có địa bàn hoạt động ở nhiều tỉnh. Trình Bộ trưởng Bộ Nội vụ chấp thuận: thành lập, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất tổ chức tôn giáo trực thuộc có địa bàn hoạt động ở nhiều tỉnh và việc thành lập cơ sở đào tạo tôn giáo; cấp đăng ký pháp nhân phi thương mại cho tổ chức tôn giáo trực thuộc có địa bàn hoạt động ở nhiều tỉnh; tổ chức tôn giáo ở Việt Nam gia nhập tổ chức tôn giáo ở nước ngoài; cho giải thể hoặc giải thể tổ chức tôn giáo, tổ chức tôn giáo trực thuộc có địa bàn hoạt động ở nhiều tỉnh; cho giải thể hoặc giải thể cơ sở đào tạo tôn giáo và thực hiện các nhiệm vụ khác khi được Bộ trưởng Bộ Nội vụ phân cấp, ủy quyền.
7. Tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Nội vụ trong việc quản lý nhà nước về các hoạt động tín ngưỡng và các cơ sở tín ngưỡng, trừ các lễ hội tín ngưỡng và các cơ sở tín ngưỡng là di tích lịch sử - văn hóa, danh lam thắng cảnh đã được xếp hạng hoặc đã được Ủy ban nhân dân cấp tỉnh đưa vào danh mục kiểm kê di tích lịch sử của địa phương.
8. Phối hợp với các bộ, ngành, địa phương, cơ quan Trung ương của các tổ chức chính trị - xã hội và tổ chức có liên quan khác thông tin, tuyên truyền, vận động quần chúng nhân dân thực hiện các chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo.
9. Làm việc trực tiếp với các bộ, ngành, địa phương và báo cáo trực tiếp với Thủ tướng Chính phủ những vấn đề liên quan đến quản lý nhà nước về tôn giáo.
10. Thống nhất quản lý về xuất bản các loại sách kinh; các xuất bản phẩm, giáo trình giảng dạy, văn hóa phẩm thuần túy tín ngưỡng, tôn giáo của các cơ sở tín ngưỡng và các tổ chức tôn giáo được Nhà nước cho phép hoạt động theo phân cấp của Bộ trưởng Bộ Nội vụ.
11. Khen thưởng theo thẩm quyền và đề xuất với cấp có thẩm quyền khen thưởng đối với người đại diện hoặc ban quản lý các cơ sở tín ngưỡng; cá nhân, tổ chức tôn giáo có thành tích trong công cuộc xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.
12. Thực hiện hợp tác quốc tế trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo; hướng dẫn, giúp đỡ các cơ sở tín ngưỡng, các tổ chức tôn giáo, các cá nhân hoạt động tín ngưỡng và chức sắc, chức việc, nhà tu hành, tín đồ về hợp tác quốc tế trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo theo quy định của pháp luật; làm đầu mối liên hệ với các cơ sở tín ngưỡng, các tổ chức tôn giáo trong các hoạt động hợp tác quốc tế.
13. Tổ chức nghiên cứu, ứng dụng khoa học và công nghệ trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo; tổng kết thực tiễn, cung cấp luận cứ khoa học cho việc xây dựng và thực hiện chủ trương của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo.
14. Hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện cơ chế hoạt động của các tổ chức dịch vụ công trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo theo quy định của pháp luật.
15. Tập huấn về chuyên môn, kỹ năng, nghiệp vụ công tác tín ngưỡng, tôn giáo đối với đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức làm công tác tín ngưỡng, tôn giáo thuộc bộ, ngành, địa phương. Phổ biến cho các chức sắc, tín đồ các tôn giáo về đường lối, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước và các quy định trên lĩnh vực quản lý nhà nước về tôn giáo.
16. Thực hiện công tác cải cách hành chính theo mục tiêu và nội dung chương trình cải cách hành chính nhà nước đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
17. Thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo; xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cấp có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật đối với hành vi vi phạm pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo; phòng, chống tham nhũng, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, tiêu cực trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo theo quy định của pháp luật.
18. Quản lý về tổ chức bộ máy, biên chế; thực hiện chế độ tiền lương và các chế độ, chính sách đãi ngộ, đào tạo, bồi dưỡng, khen thưởng, kỷ luật đối với công chức, viên chức thuộc phạm vi quản lý của Ban theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Nội vụ.
19. Quản lý tài chính, tài sản được giao và tổ chức thực hiện ngân sách nhà nước được phân bổ theo quy định của pháp luật.
20. Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác do Bộ trưởng Bộ Nội vụ giao và theo quy định của pháp luật.
Trong trường hợp cần thiết, đặc biệt khẩn cấp, Trưởng ban Ban Tôn giáo Chính phủ báo cáo và xin ý kiến chỉ đạo trực tiếp của Thủ tướng Chính phủ, đồng thời báo cáo Bộ trưởng Bộ Nội vụ.