1. Nguyên tắc chung: KBNN kiểm tra, kiểm soát, đối chiếu đảm bảo các nội dung sau:
a) Các khoản chi phải có trong dự toán được cấp có thẩm quyền giao theo quy định của Luật NSNN; đã được thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách hoặc người được ủy quyền quyết định chi; số dư tài khoản của đơn vị còn đủ để chi.
b) Tính đầy đủ, hợp pháp, hợp lệ của các hồ sơ, chứng từ đối với từng khoản chi, đảm bảo hồ sơ đầy đủ theo quy định pháp luật hiện hành và phù hợp giữa Chứng từ kế toán và các hồ sơ có liên quan.
c) Dấu và chữ ký trên chứng từ khớp đúng với mẫu dấu và mẫu chữ ký đăng ký giao dịch tại KBNN (mẫu dấu và mẫu chữ ký đăng ký giao dịch tại KBNN đảm bảo còn hiệu lực); Trường hợp thực hiện qua Trang thông tin dịch vụ công của KBNN, việc ký số trên các hồ sơ phải đúng chức danh các thành viên theo quyết định của cấp có thẩm quyền, đã thực hiện đăng ký với KBNN.
d) Nội dung chi phải phù hợp với mã nội dung kinh tế theo quy định của Mục lục ngân sách hiện hành (không bao gồm các khoản chi từ Tài khoản tiền gửi).
đ) Đúng chế độ, tiêu chuẩn, định mức (mức chi) do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định. Trường hợp các cơ quan, đơn vị đã được cấp có thẩm quyền cho phép thực hiện theo cơ chế tự chủ thì kiểm soát đảm bảo theo đúng quy chế chi tiêu nội bộ và phù hợp với Quyết định giao quyền tự chủ của cấp có thẩm quyền, chế độ, tiêu chuẩn, định mức do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định, dự toán được giao tự chủ, và hướng dẫn tại Khoản 5, Khoản 6 Điều này.
e) Mức tạm ứng đảm bảo theo đúng quy định tại Điều 7 Thông tư này. Nội dung đề nghị thanh toán tạm ứng phải phù hợp với nội dung đã đề nghị tạm ứng.
g) Đối với các khoản chi phải gửi Hợp đồng đến KBNN, KBNN căn cứ hồ sơ đề nghị thanh toán của đơn vị sử dụng ngân sách, các điều khoản thanh toán được quy định trong hợp đồng, văn bản giao việc hoặc hợp đồng giao khoán nội bộ (đối với trường hợp tự thực hiện), số lần thanh toán, giai đoạn thanh toán, thời điểm thanh toán, điều kiện thanh toán, tạm ứng, tài khoản thanh toán, và giá trị từng lần thanh toán, để tạm ứng, thanh toán cho đối tượng thụ hưởng.
- Đối với các Hợp đồng có quy định phải bảo lãnh tạm ứng, KBNN kiểm soát đảm bảo thời gian có hiệu lực của bảo lãnh tạm ứng phải được kéo dài cho đến khi đơn vị sử dụng ngân sách đã thu hồi hết số tiền tạm ứng.
- Đối với các Hợp đồng có quy định phải thực hiện cam kết chi, KBNN kiểm soát theo quy định tại Thông tư số 113/2008/TT-BTC  ngày 27 tháng 11 năm 2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý và kiểm soát cam kết chi NSNN qua KBNN và Thông tư số 40/2016/TT-BTC  ngày 01 tháng 3 năm 2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 113/2008/TT-BTC  và một số biểu mẫu kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC  ngày 10 tháng 01 năm 2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện kế toán nhà nước áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý Ngân sách và KBNN (TABMIS).
- Đối với khoản chi mua sắm theo phương thức tập trung:
KBNN kiểm soát đảm bảo: Có trong danh mục mua sắm tập trung cấp quốc gia (do Bộ Tài chính ban hành); danh mục thuốc chữa bệnh tập trung (do Bộ Y tế ban hành); danh mục mua sắm tập trung cấp Bộ, cơ quan trung ương, địa phương (do các Bộ, cơ quan trung ương và Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành), đảm bảo Hợp đồng phù hợp với Thỏa thuận khung (thỏa thuận khung được đơn vị mua sắm tập trung đăng tải trên Trang thông tin điện tử về tài sản công hoặc Hệ thống giao dịch điện tử về tài sản công (đối với tất cả các gói thầu mua sắm tập trung) và Cổng thông tin điện tử của bộ, cơ quan trung ương và tỉnh (đối với các gói thầu mua sắm tập trung của bộ, cơ quan trung ương và tỉnh). Trong đó:
+ Đối với tài sản mua sắm theo phương thức tập trung: KBNN kiểm soát Biên bản nghiệm thu, bàn giao, tiếp nhận tài sản theo mẫu số 06/TSC-MSTT kèm theo Nghị định số 151/2017/NĐ-CP  ngày 26 tháng 12 năm 2017 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý, sử dụng tài sản công đảm bảo: Tên tài sản, đơn vị tính, số lượng, giá mua phù hợp với quy định tại Hợp đồng, Thỏa thuận khung (trường hợp áp dụng mua sắm tập trung theo cách thức ký thỏa thuận khung).
+ Đối với khoản chi mua thuốc, dịch truyền, hóa chất...sử dụng trong quá trình điều trị khám chữa bệnh theo phương thức tập trung, KBNN kiểm soát tổng số tiền của các hóa đơn kê khai trên Bảng xác định giá trị khối lượng hoàn thành theo mẫu số 08a ban hành kèm theo phụ lục II Nghị định số 11/2020/NĐ-CP  đảm bảo không vượt giá trị hợp đồng và Thỏa thuận khung (Đơn vị sử dụng ngân sách căn cứ Biên bản nghiệm thu để lập Bảng xác định giá trị khối lượng hoàn thành, trong đó tại cột nội dung công việc (cột số 2) kê khai số hóa đơn, tại cột thành tiền (cột số 6) kê khai số tiền tương ứng với giá trị của từng hóa đơn. Đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm về số lượng, chất lượng và đơn giá, chủng loại thuốc đề nghị thanh toán, đảm bảo phù hợp với quy định tại Hợp đồng và thỏa thuận khung, biên bản nghiệm thu giữa đơn vị sử dụng ngân sách và nhà cung cấp hàng hóa dịch vụ).
- Đối với các khoản chi không thực hiện mua sắm theo phương thức tập trung:
+ Đối với khoản chi mua sắm hàng hóa, dịch vụ: KBNN kiểm soát Bảng xác định giá trị khối lượng hoàn thành theo mẫu số 08a ban hành kèm theo phụ lục II Nghị định số 11/2020/NĐ-CP  đảm bảo nội dung công việc, đơn vị tính, số lượng, đơn giá phù hợp với quy định tại Hợp đồng; riêng đối với khoản chi mua thuốc, KBNN kiểm soát tổng số tiền của các hóa đơn kê khai trên Bảng xác định giá trị khối lượng hoàn thành đảm bảo không vượt giá trị hợp đồng (Đơn vị sử dụng ngân sách căn cứ Biên bản nghiệm thu để lập Bảng xác định giá trị khối lượng hoàn thành, trong đó tại cột nội dung công việc (cột số 2) kê khai số hóa đơn, tại cột thành tiền (cột số 6) kê khai số tiền tương ứng với giá trị của từng hóa đơn. Đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm về số lượng, chất lượng và đơn giá, chủng loại thuốc đề nghị thanh toán, đảm bảo phù hợp với quy định tại Hợp đồng, biên bản nghiệm thu giữa đơn vị sử dụng ngân sách và nhà cung cấp hàng hóa dịch vụ).
+ Đối với khoản chi còn lại: Đơn vị sử dụng ngân sách căn cứ nội dung Hợp đồng, Biên bản nghiệm thu để lập Bảng xác định giá trị khối lượng hoàn thành theo mẫu số 08a ban hành kèm theo phụ lục II Nghị định số 11/2020/NĐ-CP  gửi KBNN cho phù hợp. KBNN kiểm soát nội dung công việc và giá trị thanh toán đảm bảo theo đúng quy định của hợp đồng, không vượt giá trị hợp đồng.
2. Ngoài các nội dung kiểm soát nêu tại Khoản 1 Điều này, tùy vào nội dung chi, KBNN kiểm soát các nội dung cụ thể như sau:
a) Đối với các khoản chi lương và phụ cấp theo lương; tiền công lao động thường xuyên theo hợp đồng; tiền thu nhập tăng thêm; tiền thưởng; tiền phụ cấp và trợ cấp khác; tiền khoán, tiền học bổng cho công chức, viên chức, lao động hợp đồng thuộc đơn vị sử dụng ngân sách, KBNN căn cứ Giấy rút dự toán/Ủy nhiệm chi, văn bản phê duyệt chỉ tiêu biên chế do cấp có thẩm quyền phê duyệt và Bảng thanh toán cho đối tượng thụ hưởng theo mẫu số 09 ban hành kèm theo phụ lục II Nghị định số 11/2020/NĐ-CP  để kiểm soát, thanh toán cho đơn vị sử dụng ngân sách đảm bảo:
- Không vượt dự toán được cấp có thẩm quyền giao;
- Kiểm tra, đối chiếu về mặt số học tại Bảng thanh toán cho đối tượng thụ hưởng, đảm bảo khớp đúng tổng số tiền với Giấy rút dự toán/Ủy nhiệm chi đã được thủ trưởng đơn vị ký duyệt;
- Ngoài ra, KBNN thực hiện kiểm soát các chỉ tiêu trên Bảng thanh toán cho đối tượng thụ hưởng như sau:
+ Đối với cột Tổng số (cột số 4): KBNN kiểm soát tổng số tiền thực nhận của đối tượng thụ hưởng sau khi đã trích trừ các khoản phải khấu trừ vào lương. Đối với các khoản phải khấu trừ vào lương, đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm trích trừ theo đúng quy định và được thể hiện đầy đủ trên Giấy rút dự toán/Ủy nhiệm chi.
+ Đối với lương và các khoản phụ cấp theo lương (cột số 5): KBNN kiểm soát đảm bảo phù hợp với tổng số biên chế được cấp có thẩm quyền phê duyệt;
+ Đối với khoản chi thu nhập tăng thêm (cột số 7): KBNN kiểm soát đảm bảo phù hợp với Quy chế chi tiêu nội bộ và cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định tại Nghị định 16/2015/NĐ-CP  và các Nghị định trong từng lĩnh vực (trường hợp chưa ban hành hoặc sửa đổi Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công trong từng lĩnh vực cụ thể thì thực hiện kiểm soát theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP  ngày 25 tháng 4 năm 2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập (Nghị định số 43/2006/NĐ-CP), Nghị định số 85/2012/NĐ-CP  ngày 15 tháng 10 năm 2012 của Chính phủ về cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp y tế công lập và giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh của các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh công lập (Nghị định số 85/2012/NĐ-CP)), cơ quan nhà nước thực hiện chế độ tự chủ theo quy định tại Thông tư liên tịch số 71/2014/TTLT-BTC-BNV  ngày 30 tháng 5 năm 2014 của Bộ Tài chính - Bộ Nội vụ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước (Thông tư liên tịch số 71/2014/TTLT-BTC-BNV);
+ Đối với khoản chi phụ cấp và trợ cấp khác (cột số 9): KBNN kiểm soát số tiền phụ cấp và trợ cấp mà đơn vị sử dụng ngân sách đề nghị thanh toán cho đối tượng thụ hưởng theo định mức quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành, quy chế chi tiêu nội bộ, trường hợp có nhiều khoản phụ cấp, trợ cấp thì phải chi tiết từng loại phụ cấp, trợ cấp tại cột số 9.
b) Đối với chi mua sắm tài sản công:
- Đối với chi mua sắm máy móc, thiết bị:
+ Đối với chi mua sắm máy móc, thiết bị văn phòng phổ biến: KBNN kiểm soát đảm bảo không vượt Dự toán chi tiết và đơn giá tối đa quy định tại Quyết định số 50/2017/QĐ-TTg  ngày 31 tháng 12 năm 2017 của Thủ tướng Chính phủ quy định tiêu chuẩn, định mức sử dụng máy móc, thiết bị (Quyết định số 50/2017/QĐ-TTg); đối với trường hợp được điều chỉnh giá phải đảm bảo theo quy định tại Điều 6 Quyết định số 50/2017/QĐ-TTg .
+ Đối với việc mua sắm máy móc, thiết bị phục vụ hoạt động chung của cơ quan, tổ chức, đơn vị: KBNN kiểm soát đảm bảo không vượt Dự toán chi tiết và mức giá được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
+ Đối với máy móc, thiết bị chuyên dùng: KBNN kiểm soát đảm bảo có trong danh mục máy móc, thiết bị chuyên dùng (chủng loại) quy định tại Văn bản ban hành tiêu chuẩn, định mức sử dụng máy móc, thiết bị chuyên dùng của cấp có thẩm quyền ban hành (thẩm quyền ban hành theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 8 Quyết định số 50/2017/QĐ-TTg) và đảm bảo không vượt Dự toán chi tiết và mức giá được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
- Đối với chi mua sắm xe ô tô:
+ Đối với chi mua sắm xe ô tô phục vụ công tác các chức danh và xe ô tô phục vụ công tác chung: KBNN kiểm soát đảm bảo không vượt Dự toán chi tiết và giá mua xe ô tô theo quy định tại Nghị định số 04/2019/NĐ-CP  ngày 11 tháng 01 năm 2019 của Chính phủ quy định tiêu chuẩn, định mức sử dụng xe ô tô (Nghị định số 04/2019/NĐ-CP); Thông tư số 24/2019/TT-BTC  ngày 22 tháng 4 năm 2019 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số nội dung của Nghị định số 04/2019/NĐ-CP ; các văn bản hướng dẫn hiện hành; Nghị định số 85/2018/NĐ-CP  ngày 30 tháng 5 năm 2018 của Chính phủ quy định tiêu chuẩn, định mức sử dụng xe ô tô tại đơn vị lực lượng vũ trang nhân dân (Nghị định số 85/2018/NĐ-CP); đối với trường hợp được điều chỉnh giá phải đảm bảo theo quy định tại Điều 21 Nghị định số 04/2019/NĐ-CP.
+ Đối với chi mua sắm xe ô tô chuyên dùng: KBNN kiểm soát đảm bảo không vượt Dự toán chi tiết và mức giá được cấp có thẩm quyền phê duyệt; kiểm soát đối tượng sử dụng, chủng loại, theo quy định tại Văn bản ban hành tiêu chuẩn, định mức ô tô chuyên dùng của cấp có thẩm quyền ban hành (thẩm quyền ban hành theo quy định tại Điều 18 Nghị định số 04/2019/NĐ-CP; Khoản 3 Điều 5 Nghị định số 85/2018/NĐ-CP);
c) Đối với chi trợ cấp theo quyết định trợ cấp của cấp có thẩm quyền (không bao gồm chi trợ cấp, phụ cấp theo quy định tại Thông tư 101/2018/TT-BTC  và Thông tư liên tịch số 29/2014/TTLT-BLĐTBXH ngày 24 tháng 10 năm 2014 quy định tại Khoản 10 Điều này):
KBNN kiểm soát đảm bảo không vượt Dự toán chi tiết được cấp thẩm quyền giao và quyết định trợ cấp của cấp có thẩm quyền. Kiểm tra, đối chiếu về mặt số học tại Bảng kê nội dung tạm ứng/thanh toán, đảm bảo khớp đúng tổng số tiền với Giấy rút dự toán/Ủy nhiệm chi đã được thủ trưởng đơn vị ký duyệt và theo đúng định mức quy định.
d) Đối với kinh phí giao nhiệm vụ, đặt hàng, đấu thầu cung cấp sản phẩm, dịch vụ công sử dụng NSNN từ nguồn kinh phí chi thường xuyên:
- Kiểm soát thanh toán đối với kinh phí giao nhiệm vụ sản phẩm, dịch vụ công:
+ KBNN kiểm soát căn cứ Dự toán kinh phí giao nhiệm vụ được cấp có thẩm quyền giao; Quyết định của cơ quan quản lý cấp trên giao nhiệm vụ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công sử dụng NSNN cho đơn vị sự nghiệp công lập; Danh mục Dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí NSNN giao nhiệm vụ, đặt hàng hoặc đấu thầu (Biểu số 01, Phụ lục số I ban hành kèm theo Nghị định số 32/2019/NĐ-CP  ngày 10 tháng 04 năm 2019 của Chính phủ quy định giao nhiệm vụ, đặt hàng hoặc đấu thầu cung cấp sản phẩm, dịch vụ công sử dụng ngân sách nhà nước từ nguồn kinh phí chi thường xuyên (Nghị định số 32/2019/NĐ-CP) hoặc Quyết định của cấp có thẩm quyền về danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước thực hiện theo phương thức giao nhiệm vụ);
Khi tạm ứng, thanh toán, KBNN kiểm soát căn cứ Hợp đồng, văn bản giao việc hoặc hợp đồng giao khoán nội bộ (đối với trường hợp tự thực hiện), Biên bản nghiệm thu thanh toán từng lần; Văn bản nghiệm thu nhiệm vụ được giao giữa cơ quan quản lý cấp trên và đơn vị sự nghiệp công lập để thanh toán cho đơn vị.
+ Trường hợp pháp luật chuyên ngành đã có quy định giao nhiệm vụ sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích, việc thanh toán kinh phí giao nhiệm vụ theo quy định của Luật NSNN, pháp luật chuyên ngành, pháp luật khác có liên quan và theo các quy định hiện hành.
- Kiểm soát, thanh toán kinh phí đặt hàng, đấu thầu:
+ Kiểm soát thanh toán đối với kinh phí đặt hàng cho đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc thực hiện:
KBNN kiểm soát căn cứ Dự toán được cấp có thẩm quyền giao; Quyết định của cơ quan quản lý cấp trên đặt hàng đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc cung cấp dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí NSNN; Danh mục Dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí NSNN giao nhiệm vụ, đặt hàng hoặc đấu thầu và danh mục sản phẩm, dịch vụ công ích thực hiện đặt hàng hoặc đấu thầu (Phụ lục số I và Phụ lục số II ban hành kèm theo Nghị định số 32/2019/NĐ-CP) hoặc Quyết định của cấp có thẩm quyền về danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng NSNN thực hiện theo phương thức đặt hàng; đơn giá, giá đặt hàng;
Khi tạm ứng, thanh toán KBNN kiểm soát căn cứ Hợp đồng, văn bản giao việc hoặc hợp đồng giao khoán nội bộ (đối với trường hợp tự thực hiện) và Biên bản nghiệm thu thanh toán từng lần; biên bản nghiệm thu sản phẩm theo quy định của cấp có thẩm quyền và biên bản nghiệm thu đặt hàng theo từng năm giữa cơ quan cấp trên và đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định tại Mẫu số 02 kèm theo Nghị định số 32/2019/NĐ-CP  để thanh toán cho đơn vị.
+ Kiểm soát đối với kinh phí hợp đồng đặt hàng, đấu thầu cho nhà cung cấp dịch vụ sự nghiệp công khác; nhà sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích:
KBNN kiểm soát căn cứ Dự toán được cấp có thẩm quyền giao; Danh mục Dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí NSNN giao nhiệm vụ, đặt hàng hoặc đấu thầu và danh mục sản phẩm, dịch vụ công ích thực hiện đặt hàng hoặc đấu thầu (Phụ lục số I và Phụ lục số II ban hành kèm theo Nghị định số 32/2019/NĐ-CP) hoặc Quyết định của cấp có thẩm quyền ban hành danh mục dịch vụ sự nghiệp công sử dụng NSNN thực hiện theo phương thức đặt hàng; hợp đồng đã được ký kết giữa cơ quan đặt hàng với nhà cung cấp dịch vụ sự nghiệp công khác; nhà sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích (theo Mẫu số 03 ban hành kèm theo Nghị định số 32/2019/NĐ-CP); đơn giá, giá đặt hàng, mức trợ giá, giá tiêu thụ, Biên bản nghiệm thu sản phẩm theo quy định của cấp có thẩm quyền; biên bản nghiệm thu thanh toán từng lần và biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng theo quy định tại Hợp đồng (theo Mẫu số 04 ban hành kèm theo Nghị định số 32/2019/NĐ-CP) để kiểm soát, thanh toán.
Trường hợp nhà cung cấp dịch vụ sự nghiệp công khác; nhà sản xuất, cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích mở tài khoản tiền gửi tại KBNN: Khi thanh toán từ tài khoản tiền gửi, KBNN nơi giao dịch kiểm tra, kiểm soát tính hợp pháp, hợp lệ của Ủy nhiệm chi để thanh toán cho đối tượng thụ hưởng, đảm bảo trong phạm vi số dư tài khoản tiền gửi của đơn vị tại KBNN.
- Kinh phí đặt hàng, hợp đồng cung cấp sản phẩm, dịch vụ công; chênh lệch thu lớn hơn chi từ đặt hàng, hợp đồng (nếu có) được thực hiện theo quy định tại Khoản 3 Điều 24 Nghị định số 32/2019/NĐ-CP.
- Khi kết thúc giao nhiệm vụ, đặt hàng, đấu thầu, cơ quan quản lý cấp trên nghiệm thu sản phẩm không đạt yêu cầu hoặc không thực hiện đủ theo số lượng, khối lượng sản phẩm, dịch vụ công được giao nhiệm vụ, đặt hàng, đấu thầu hoặc có lý do phải dừng thực hiện: KBNN thực hiện theo quy định tại Khoản 4 Điều 24 Nghị định số 32/2019/NĐ-CP.
3. Đối với các khoản chi từ tài khoản tiền gửi tại KBNN:
KBNN căn cứ vào nguồn hình thành và nội dung chi để thực hiện kiểm soát, thanh toán từ Tài khoản tiền gửi (TKTG) của đơn vị sử dụng ngân sách:
a) KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán đối với tiền gửi có nguồn hình thành như sau:
- Tiền gửi có nguồn hình thành từ NSNN cấp kinh phí theo quy định:
KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán theo quy định tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều này. Riêng đối với một số hoạt động thuộc lĩnh vực an ninh, quốc phòng, Đảng, ngoài quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều này, KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán theo quy định tại Thông tư số 55/2017/TT-BTC  ngày 19 tháng 05 năm 2017 của Bộ Tài chính quy định chi tiết về quản lý, sử dụng NSNN đối với một số hoạt động thuộc lĩnh vực an ninh, trật tự, an toàn xã hội; Thông tư số 369/2017/TT-BTC ngày 11 tháng 04 năm 2017 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện cấp kinh phí thường xuyên từ NSNN để thực hiện nhiệm vụ chi quốc phòng của Bộ Quốc phòng; Thông tư số 1539/2017/TT-BTC ngày 29 tháng 12 năm 2017 của Bộ Tài chính quy định chi tiết về quản lý, sử dụng NSNN đối với các cơ quan của Đảng Cộng sản Việt Nam.
- Tiền gửi có nguồn hình thành từ phí, lệ phí được để lại cho đơn vị sử dụng (phí đảm bảo hàng hải, phí cảng vụ hàng không,..). Ngoài quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều này, KBNN kiểm soát nội dung chi đúng theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí (Nghị định số 120/2016/NĐ-CP) và quy định của Bộ Tài chính về hướng dẫn thu, nộp quản lý và sử dụng từng loại phí.
- Tiền gửi có nguồn hình thành từ nguồn thu của đơn vị sự nghiệp công (theo quy định của pháp luật hiện hành bắt buộc mở tài khoản tại KBNN để phản ánh): KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 và Khoản 5 Điều này.
- Tiền gửi có nguồn hình thành từ nguồn kinh phí tiết kiệm được, được trích vào các Quỹ của đơn vị sự nghiệp công lập, cơ quan nhà nước thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm: KBNN kiểm soát việc sử dụng các quỹ theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều này; phù hợp với Quyết định giao quyền tự chủ và nội dung được phép chi từ các Quỹ theo quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ- CP và các Nghị định trong từng lĩnh vực (trường hợp chưa ban hành hoặc sửa đổi Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công trong từng lĩnh vực cụ thể thì thực hiện kiểm soát theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP , Nghị định số 85/2012/NĐ-CP).
b) Đối với tiền gửi không thuộc Điểm a Khoản 3 Điều này, KBNN kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ của Ủy nhiệm chi, trong phạm vi số dư Tài khoản tiền gửi.
4. Đối với các khoản chi theo hình thức lệnh chi tiền:
KBNN thực hiện theo quy định tại Điều 19 Thông tư số 342/2016/TT-BTC ngày 30 tháng 12 năm 2016 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Nghị định số 163/2016/NĐ-CP  ngày 21 tháng 12 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật NSNN (Thông tư số 342/2016/TT-BTC).
5. Đối với đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm:
Việc kiểm soát, thanh toán cho đơn vị sự nghiệp công lập căn cứ: Quyết định giao quyền tự chủ của cấp có thẩm quyền; các quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ; Nghị định số 141/2016/NĐ-CP  ngày 10 tháng 10 năm 2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế và sự nghiệp khác (Nghị định số 141/2016/NĐ-CP); Nghị định 54/2016/NĐ-CP  ngày 14 tháng 06 năm 2016 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ của tổ chức khoa học và công nghệ công lập (Nghị định 54/2016/NĐ-CP) và các Nghị định trong từng lĩnh vực (trường hợp chưa ban hành hoặc sửa đổi Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công trong từng lĩnh vực cụ thể thì thực hiện kiểm soát theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ- CP, Nghị định số 85/2012/NĐ-CP) và quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều này, trong đó lưu ý:
a) Đối với kinh phí chi thường xuyên được để lại cho đơn vị đối với nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí: KBNN kiểm soát đảm bảo theo đúng các nội dung chi quy định tại Nghị định số 120/2016/NĐ-CP  và quy định của Bộ Tài chính về hướng dẫn thu, nộp quản lý và sử dụng từng loại phí.
b) Đối với việc phân phối kết quả tài chính trong năm của đơn vị:
- Về việc trích lập các Quỹ:
Đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm kê khai chi tiết tổng số kinh phí của đơn vị, số kinh phí đã thực hiện, số kinh phí còn lại tiết kiệm được, số kinh phí trích cho từng Quỹ trên Giấy rút dự toán/Ủy nhiệm chi (trường hợp tạm trích đối với các quỹ) và trên văn bản xác định kết quả tiết kiệm chi theo năm (trường hợp kết thúc năm ngân sách).
KBNN căn cứ quy chế chi tiêu nội bộ; quy định tại Nghị định số 16/2015/NĐ-CP ; Nghị định số 141/2016/NĐ-CP ; Nghị định 54/2016/NĐ-CP  và các Nghị định trong từng lĩnh vực (trường hợp chưa ban hành hoặc sửa đổi Nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công trong từng lĩnh vực cụ thể thì thực hiện kiểm soát theo quy định tại Nghị định số 43/2006/NĐ-CP , Nghị định số 85/2012/NĐ-CP) để kiểm soát việc trích lập các quỹ và thực hiện chuyển tiền sang tài khoản tiền gửi các quỹ của đơn vị.
- Về việc sử dụng các quỹ:
KBNN kiểm soát việc sử dụng các quỹ theo quy định tại Tiết a Khoản 3 Điều này.
6. Đối với cơ quan nhà nước thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP  ngày 17 tháng 10 năm 2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước:
a) Đối với kinh phí chi quản lý hành chính theo dự toán NSNN được cấp có thẩm quyền giao: KBNN kiểm soát theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều này, trong đó lưu ý:
- Đối với kinh phí NSNN giao thực hiện chế độ tự chủ:
+ KBNN kiểm soát kinh phí giao thực hiện chế độ tự chủ theo đúng quy định tại Khoản 5, Khoản 6 Điều 3 Thông tư số 71/2014/TTLT-BTC-BNV.
+ Kinh phí chi thường xuyên được để lại cho đơn vị đối với nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí (nếu có):
Căn cứ dự toán chi từ nguồn thu phí do cơ quan có thẩm quyền giao; chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi NSNN do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định, Thông tư số 71/2014/TTLT-BTC-BNV , KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán cho đơn vị theo các nội dung chi quy định tại Nghị định số 120/2016/NĐ-CP .
- Đối với kinh phí NSNN giao nhưng không thực hiện chế độ tự chủ: KBNN kiểm soát nội dung chi theo đúng quy định tại Điều 4 Thông tư số 71/2014/TTLT-BTC-BNV và tiêu chuẩn, định mức quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành.
b) Kiểm soát việc sử dụng kinh phí tiết kiệm được trong năm:
Căn cứ vào kết quả hoạt động thu, chi của cơ quan nhà nước thực hiện chế độ tự chủ, KBNN thực hiện kiểm soát việc sử dụng kinh phí tiết kiệm được của đơn vị như sau:
- KBNN kiểm soát việc sử dụng kinh phí tiết kiệm được theo đúng các nội dung quy định Điểm b Khoản 7 Điều 3 Thông tư số 71/2014/TTLT-BTC-BNV.
- Đối với thu nhập tăng thêm, chi phúc lợi, chi khen thưởng từ nguồn kinh phí tiết kiệm được, KBNN kiểm soát theo quy định tại Khoản 3 Điều 5 Thông tư số 71/2014/TTLT-BTC-BNV.
- Đối với Quỹ dự phòng để ổn định thu nhập: đơn vị sử dụng ngân sách lập Giấy rút dự toán/ Ủy nhiệm chi để đề nghị KBNN trích Quỹ dự phòng để ổn định thu nhập. KBNN căn cứ đề nghị trích lập quỹ của đơn vị thực hiện trích quỹ và chuyển tiền sang tài khoản tiền gửi quỹ của đơn vị. KBNN kiểm soát việc sử dụng quỹ theo quy định tại Tiết a Khoản 3 Điều này.
7. Đối với các công trình sửa chữa, bảo trì, cải tạo, nâng cấp, mở rộng cơ sở vật chất theo quy định tại Thông tư số 92/2017/TT-BTC:
a) Đối với công trình sửa chữa, bảo trì, cải tạo, nâng cấp, mở rộng có chi phí thực hiện từ 500 triệu đồng trở lên: Việc quản lý, kiểm soát tạm ứng, thanh toán vốn thực hiện theo quy định tại Thông tư số 08/2016/TT-BTC  ngày 18 tháng 01 năm 2016 của Bộ Tài chính quy định việc quản lý, thanh toán vốn đầu tư sử dụng nguồn vốn NSNN; Thông tư số 108/2016/TT-BTC  ngày 30 tháng 6 năm 2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều Thông tư số 08/2016/TT-BTC ; Thông tư số 52/2018/TT-BTC  ngày 24 tháng 5 năm 2018 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 08/2016/TT-BTC  và Thông tư số 108/2016/TT-BTC ; Thông tư số 92/2017/TT-BTC  ngày 18 tháng 9 năm 2017 của Bộ Tài chính quy định về lập dự toán, phân bổ và quyết toán kinh phí để thực hiện sửa chữa, bảo trì, cải tạo, nâng cấp, mở rộng cơ sở vật chất (Thông tư số 92/2017/TT-BTC).
b) Đối với công trình sửa chữa, bảo trì, cải tạo, nâng cấp, mở rộng có chi phí thực hiện dưới 500 triệu đồng: KBNN thực hiện kiểm soát theo quy định tại Thông tư số 92/2017/TT-BTC  và Khoản 1 Điều này.
c) Đối với công trình xây dựng, cải tạo, nâng cấp công trình ghi công liệt sĩ: Thực hiện theo quy định tại điểm a và điểm b Khoản này và quy định tại Thông tư số 101/2018/TT-BTC  ngày 14 tháng 11 năm 2018 của Bộ Tài chính quy định quản lý và sử dụng kinh phí thực hiện chính sách ưu đãi người có công với cách mạng và người trực tiếp tham gia kháng chiến do ngành lao động thương binh xã hội quản lý (Thông tư số 101/2018/TT-BTC).
8. Đối với chi chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình mục tiêu sử dụng nguồn kinh phí sự nghiệp:
KBNN căn cứ quyết định phê duyệt dự toán duy tu, bảo dưỡng công trình cơ sở hạ tầng của cấp có thẩm quyền; quyết định giao dự toán kinh phí thực hiện dự án và quyết định phê duyệt dự án của cấp có thẩm quyền (đối với dự án hỗ trợ phát triển sản xuất, đa dạng hóa sinh kế và nhân rộng mô hình giảm nghèo) và các hồ sơ khác có liên quan (theo quy định tại Khoản 5 Điều 7 Nghị định 11/2020/NĐ-CP) để thực hiện kiểm soát, thanh toán theo quy định tại Khoản 1 và Khoản 7 Điều này.
Đối với các nội dung (Hỗ trợ phát triển sản xuất, đa dạng hóa sinh kế và nhân rộng mô hình giảm nghèo trên địa bàn huyện nghèo, xã đặc biệt khó khăn thuộc chương trình 30A, xã đặc biệt khó khăn và thôn đặc biệt khó khăn thuộc chương trình 35, Hỗ trợ phát triển sản xuất, đa dạng hóa sinh kế và nhân rộng mô hình giảm nghèo trên địa bàn các xã ngoài chương trình 30A và chương trình 135, Hỗ trợ người lao động thuộc hộ nghèo, hộ cận nghèo, hộ đồng bào dân tộc thiểu số đi làm việc có thời hạn ở nước ngoài, hỗ trợ truyền thông và giảm nghèo về thông tin, nâng cao năng lực, giám sát, đánh giá thực hiện chương trình): KBNN kiểm soát, thanh toán theo đúng định mức quy định tại Thông tư số 15/2017/TT-BTC  ngày 15 tháng 02 năm 2017 của Bộ Tài chính quy định quản lý và sử dụng kinh phí sự nghiệp thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững giai đoạn 2016-2020.
9. Đối với các khoản chi mà đơn vị sử dụng NSNN ủy quyền cho KBNN thanh toán tự động theo định kỳ cho một số nhà cung cấp hàng hóa, dịch vụ (như điện, nước, viễn thông):
KBNN căn cứ vào văn bản ủy quyền thanh toán của đơn vị sử dụng ngân sách cho KBNN để thanh toán cho nhà cung cấp dịch vụ (điện/nước/viễn thông) theo đúng số tiền đơn vị sử dụng ngân sách phải thanh toán từ các nhà cung cấp dịch vụ gửi KBNN; đồng thời, sau khi thanh toán KBNN gửi đơn vị 01 liên chứng từ giấy (chứng từ báo Nợ) để xác nhận đã thực hiện thanh toán.
10. Đối với chi trợ cấp, phụ cấp theo quy định tại Thông tư 101/2018/TT-BTC  và Thông tư liên tịch số 29/2014/TTLT-BLĐTBXH ngày 24 tháng 10 năm 2014:
a) Trường hợp đơn vị sử dụng ngân sách trực tiếp thanh toán cho đối tượng thụ hưởng:
- Hàng tháng, đơn vị sử dụng ngân sách lập Giấy rút dự toán (tạm ứng) gửi KBNN, KBNN thực hiện tạm ứng trên cơ sở đề nghị của đơn vị.
Sau khi chi trả cho đối tượng thụ hưởng, đơn vị sử dụng ngân sách lập Giấy đề nghị thanh toán tạm ứng, Bảng kê nội dung thanh toán/tạm ứng để đề nghị thanh toán tạm ứng với KBNN. KBNN căn cứ Giấy đề nghị thanh toán tạm ứng và Bảng kê nội dung thanh toán/tạm ứng do đơn vị gửi, thực hiện kiểm soát, thanh toán theo quy định tại Khoản 1 Điều này và theo đúng định mức quy định tại Thông tư 101/2018/TT-BTC  và Thông tư liên tịch số 29/2014/TTLT-BLĐTBXH ngày 24 tháng 10 năm 2014 của Bộ Lao động thương binh và xã hội và Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện một số điều của Nghị định số 136/2013/NĐ-CP  ngày 21 tháng 10 năm 2013 của Chính phủ quy định chính sách trợ giúp xã hội đối với đối tượng bảo trợ xã hội (Thông tư liên tịch số 29/2014/TTLT-BLĐTBXH).
b) Trường hợp thông qua tổ chức dịch vụ thanh toán.
- Hàng tháng, đơn vị sử dụng ngân sách lập Giấy rút dự toán (tạm ứng); Bảng kê chứng từ thanh toán/tạm ứng; Hợp đồng giữa đơn vị sử dụng ngân sách và tổ chức dịch vụ thanh toán gửi KBNN.
- Căn cứ đề nghị của đơn vị, KBNN thực hiện kiểm soát theo quy định tại Khoản 1 Điều này và theo đúng định mức quy định tại Thông tư 101/2018/TT-BTC , Thông tư liên tịch số 29/2014/TTLT-BLĐTBXH; thực hiện tạm ứng từ Tài khoản dự toán của đơn vị sử dụng ngân sách sang tài khoản của tổ chức dịch vụ chỉ trả theo đúng quy định tại hợp đồng dịch vụ giữa hai bên.
- Trường hợp Tổ chức dịch vụ chi trả mở TKTG tại KBNN, khi rút kinh phí từ TKTG mở tại KBNN để thanh toán cho đối tượng thụ hưởng: KBNN kiểm soát tính hợp pháp, hợp lệ của Ủy nhiệm chi, trong phạm vi số dư TKTG.
- Hàng tháng, đơn vị sử dụng ngân sách có trách nhiệm quyết toán với Tổ chức dịch vụ chi trả về số tiền đã tạm ứng tại KBNN, đồng thời gửi KBNN Giấy đề nghị thanh toán tạm ứng và Bảng kê nội dung thanh toán/tạm ứng, Bảng kê kinh phí đã chi trả cho đối tượng theo Mẫu số 10 Phụ lục II kèm theo Nghị định 11/2020/NĐ-CP  để KBNN kiểm soát, thanh toán tạm ứng theo quy định.
c) Đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm quản lý nguồn kinh phí thực hiện và tổ chức thực hiện chỉ trả kịp thời, đúng chế độ, đúng đối tượng theo quy định.
11. Đối với chi đào tạo, bồi dưỡng nhân lực ở nước ngoài bằng ngân sách nhà nước:
Đơn vị sử dụng ngân sách lập Giấy rút dự toán ngân sách bằng ngoại tệ trên cơ sở tổng số tiền tại danh sách chuyển kinh phí đào tạo cho lưu học sinh theo từng nước/trường, từng loại ngoại tệ và gửi đến KBNN kèm theo các hồ sơ quy định tại Điều 7 Nghị định 11/2020/NĐ-BTC; danh sách chuyển kinh phí đào tạo cho lưu học sinh phải đầy đủ các nội dung sau: Họ và tên lưu học sinh; Tên nước lưu học sinh đang theo học; Nội dung chi; Số tiền bằng ngoại tệ cho từng lưu học sinh; Tên tài khoản người hưởng (tên cơ sở đào tạo nước ngoài hoặc đơn vị cá nhân được hưởng); Số tài khoản người hưởng; Mã Swift code của ngân hàng người hưởng hoặc tên và địa chỉ đầy đủ của Ngân hàng người hưởng; Ngân hàng trung gian (nếu có); Phí chuyển tiền; Khác (nếu có).
Đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm về tính hợp pháp, hợp lệ và tính chính xác của các nội dung trong danh sách chuyển kinh phí đào tạo cho lưu học sinh và các hồ sơ gửi đến KBNN theo đúng quy định.
KBNN căn cứ Dự toán được giao, hồ sơ đơn vị gửi đến và các quy định tại Thông tư liên tịch số 144/2007/TTLT-BTC-BGDĐT-BNG ngày 05 tháng 12 năm 2007 của Liên Bộ Tài chính, Bộ Giáo dục đào tạo, Bộ Ngoại giao hướng dẫn chế độ, cấp phát và quản lý kinh phí đào tạo lưu học sinh Việt Nam ở ngoài bằng nguồn vốn NSNN, Thông tư liên tịch số 206/2010/TTLT-BTC-BGDĐT-BNG ngày 15 tháng 12 năm 2010 của Liên Bộ Tài chính, Bộ Giáo dục đào tạo, Bộ Ngoại giao sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 144/2007/TTLT-BTC-BGDĐT-BNG để kiểm soát và làm thủ tục đề nghị Ngân hàng chuyển tiền từ tài khoản thanh toán của KBNN đến từng đối tượng học sinh.
12. Đối với các khoản chi có yêu cầu bảo mật:
Đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm trong việc xác định nội dung chi thuộc yêu cầu bảo mật theo đúng quy định, trên chứng từ nội dung thanh toán ghi rõ "khoản chi có yêu cầu bảo mật" và việc kiểm soát nội dung thanh toán, hồ sơ thanh toán theo đúng quy định.
13. Đối với khoán chi thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước: KBNN thực hiện kiểm soát, thanh toán theo quy định tại Thông tư liên tịch số 27/2015/TTLT-BKHCN-BTC  ngày 30 tháng 12 năm 2015 của Liên Bộ Khoa học công nghệ và Bộ Tài chính quy định khoán chi thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước.
14. Đối với các khoản chi đoàn ra: KBNN căn cứ hồ sơ theo quy định tại Điều 7 Nghị định 11/2020/NĐ-CP  và quy định tại Thông tư số 102/2012/TT-BTC  ngày 21 tháng 06 năm 2012 của Bộ Tài chính quy định chế độ công tác phí cho cán bộ, công chức Nhà nước đi công tác ngắn hạn ở nước ngoài do ngân sách Nhà nước bảo đảm kinh phí để thực hiện kiểm soát, thanh toán cho đơn vị.