Khoản 3. Trình tự, thủ tục hoàn thuế
a) Trường hợp hoàn thuế trước: Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền hoàn thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan theo quy định tại khoản 1 Điều 74 Luật Quản lý thuế, kiểm tra các thông tin trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế với thông tin trên Hệ thống để xác định điều kiện hoàn thuế, số tiền thuế phải hoàn. a.1) Trường hợp đủ điều kiện hoàn thuế thì ban hành Quyết định hoàn thuế theo quy định tại điểm c khoản này. a.2) Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ các thông tin để ban hành Quyết định hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc bổ sung các thông tin cần thiết thông qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp hồ sơ giấy thì thông báo theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này; a.3) Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo lý do không hoàn thuế cho người nộp thuế thông qua Hệ thống theo Mẫu số 5 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này, trường hợp hồ sơ giấy thì thông báo theo Mẫu số 06/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này; a.4) Chuyển hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước sang hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước nhưng hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan hải quan mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế nhưng không chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng, cơ quan hải quan thông báo qua Hệ thống theo Mẫu số 4 Phụ lục II hoặc bản giấy theo Mẫu số 05/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này cho người nộp thuế về việc chuyển hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước sang diện kiểm tra trước tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 73 Luật Quản lý thuế. Trình tự thực hiện kiểm tra thực hiện theo quy định tại điểm b khoản này.
b) Trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế: b.1) Trình tự kiểm tra Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế phải ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo Mẫu số 07/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này và gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày ký Quyết định kiểm tra, cơ quan hải quan phải tiến hành kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế. Thời gian kiểm tra không quá 05 ngày làm việc. Trước khi tiến hành kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra phải công bố Quyết định kiểm tra, lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra theo Mẫu số 08/TXNK Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này với đại diện có thẩm quyền của người nộp thuế. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế phức tạp không thể kết thúc kiểm tra trong thời hạn 05 ngày làm việc, đoàn kiểm tra cần gia hạn thời gian để xác minh, thu thập tài liệu, chậm nhất là trước 01 ngày làm việc trước khi kết thúc thời hạn kiểm tra, trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo bằng văn bản với người đã ký Quyết định kiểm tra để ban hành Quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra theo Mẫu số 09/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này, thời hạn gia hạn kiểm tra không quá 05 ngày làm việc. Trưởng đoàn kiểm tra thực hiện công bố Quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra, lập Biên bản công bố Quyết định gia hạn thời hạn kiểm tra. b.2) Nội dung kiểm tra b.2.1) Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, chứng từ, sổ sách kế toán, chứng từ thanh toán, phiếu xuất kho, nhập kho; đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn với số tiền thuế đã thu trên Hệ thống kế toán tập trung của cơ quan hải quan, thông tin trong hồ sơ hoàn thuế với các thông tin trên Hệ thống liên quan đến tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu có số tiền thuế người nộp thuế đề nghị hoàn. b.2.2) Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP thì cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra nội dung kê khai của người nộp thuế về tỷ lệ khấu hao, cách tính tỷ lệ khấu hao. b.2.3) Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sự phù hợp giữa định mức người nộp thuế phản ánh trong báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư đề nghị hoàn thuế nhập khẩu Mẫu số 10 Phụ lục VII ban hành kèm theo Nghị định số 134/2016/NĐ-CP với định mức thực tế sản xuất, sổ sách, chứng từ kế toán, tài liệu kỹ thuật trong quá trình sản xuất có liên quan đến nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đề nghị hoàn thuế. Trường hợp kiểm tra lần đầu hoặc chưa có kết luận kiểm tra cơ sở sản xuất, cơ quan hải quan phải kiểm tra cơ sở sản xuất, quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất. b.2.4) Kiểm tra các chứng từ, tài liệu, dữ liệu khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại khoản 6 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC. b.2.5) Kết thúc việc kiểm tra, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế được hoàn theo từng loại thuế, số tiền thuế không đủ điều kiện hoàn, lý do không đủ điều kiện hoàn. Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế nhập khẩu được hoàn theo tờ khai hải quan và số tiền thuế nhập khẩu được hoàn theo Quyết định ấn định thuế. b.2.6) Lập biên bản kiểm tra theo Mẫu số 10/TXNK Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. b.2.7) Lập dự thảo kết luận kiểm tra và gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày lập biên bản kiểm tra theo Mẫu số 11/TXNK Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này hoặc gửi bằng fax hoặc thư bảo đảm hoặc giao trực tiếp cho người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế không thống nhất với dự thảo kết luận kiểm tra của cơ quan hải quan, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được dự thảo kết luận kiểm tra, người nộp thuế phải giải trình với cơ quan hải quan thông qua Hệ thống hoặc giải trình bằng văn bản hoặc giải trình trực tiếp với cơ quan hải quan. Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp, cơ quan hải quan lập biên bản làm việc theo Mẫu số 12/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này. b.2.8) Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế hết thời hạn giải trình, thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành Quyết định kiểm tra thực hiện ban hành kết luận kiểm tra. Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo qua Hệ thống theo Mẫu số 5 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này hoặc thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế về việc không đủ điều kiện hoàn thuế theo Mẫu số 06/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.
c) Ban hành Quyết định hoàn thuế c.1) Chi cục trưởng Chi cục Hải quan ban hành Quyết định hoàn thuế theo Mẫu số 13/TXNK Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này, gửi bản scan Quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có) thông qua Hệ thống, gửi bản chính Quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có). Thời hạn ban hành Quyết định hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế. c.2) Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, số tiền thuế được hoàn của một tờ khai hải quan bao gồm số tiền thuế đã nộp theo tờ khai hải quan và số tiền thuế đã nộp theo Quyết định ấn định thuế, việc ban hành Quyết định hoàn thuế được thực hiện như sau: c.2.1) Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan ban hành Quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo tờ khai hải quan. c.2.2) Thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành Quyết định ấn định thuế theo quy định tại khoản 7 Điều 17 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP thực hiện ban hành Quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo Quyết định ấn định thuế.