1. Về chiến lược, chương trình, quy hoạch, kế hoạch:
a) Trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chiến lược, quy hoạch phát triển, các chương trình, kế hoạch dài hạn, năm năm và hàng năm, các dự án, đề án quan trọng của Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt;
b) Tham gia thẩm định trình độ công nghệ, xét duyệt luận chứng kinh tế - kỹ thuật các công trình trọng điểm, quan trọng của Nhà nước và của các địa phương theo sự phân công của cơ quan nhà nước có thẩm quyền;
c) Quyết định các dự án đầu tư thuộc thẩm quyền của Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam theo quy định của pháp luật.
2. Về nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ:
a) Nghiên cứu cơ bản về khoa học tự nhiên và phát triển công nghệ trong các lĩnh vực: Toán học; vật lý; hóa học; sinh học; công nghệ sinh học; công nghệ thông tin; điện tử, tự động hóa; công nghệ vũ trụ; khoa học vật liệu; đa dạng sinh học và các chất có hoạt tính sinh học; khoa học trái đất; khoa học và công nghệ biển; môi trường và năng lượng; dự báo, phòng, chống và giảm nhẹ thiên tai;
b) Nghiên cứu tổng hợp các nguồn tài nguyên thiên nhiên, điều kiện tự nhiên và môi trường;
c) Triển khai, ứng dụng và chuyển giao các kết quả nghiên cứu khoa học, công nghệ;
d) Đề xuất và chủ trì thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ trọng điểm cấp quốc gia theo phân công của cơ quan nhà nước có thẩm quyền;
đ) Tuyên truyền, phổ biến kiến thức, kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ đáp ứng yêu cầu phát triển thị trường khoa học và công nghệ.
3. Về thực hiện dịch vụ công:
a) Tổ chức triển khai thực hiện các dịch vụ công được Chính phủ giao theo quy định của pháp luật;
b) Kiểm tra việc tổ chức thực hiện dịch vụ công đối với các đơn vị trực thuộc theo quy định của pháp luật.
4. Quyết định và chỉ đạo việc thực hiện chương trình cải cách hành chính theo mục tiêu và nội dung chương trình cải cách hành chính nhà nước đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
5. Đào tạo nhân lực khoa học và công nghệ trình độ cao; tổ chức đào tạo đại học và sau đại học về khoa học tự nhiên và công nghệ trong phạm vi chức năng, nhiệm vụ được giao theo quy định của pháp luật.
6. Tư vấn các chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chính sách, chương trình và dự án phát triển khoa học và công nghệ quan trọng trong phạm vi chức năng được giao theo yêu cầu của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.
7. Về hợp tác quốc tế:
a) Thực hiện hợp tác quốc tế về khoa học và công nghệ theo quy định của pháp luật;
b) Đề xuất việc ký, sửa đổi, bổ sung, gia hạn, chấm dứt hiệu lực điều ước quốc tế, tạm đình chỉ việc thực hiện điều ước quốc tế theo quy định của pháp luật;
c) Tổ chức thực hiện các điều ước quốc tế theo sự phân công của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ;
d) Ký kết, sửa đổi, bổ sung, gia hạn thỏa thuận quốc tế, chấm dứt hiệu lực, tạm đình chỉ thực hiện thỏa thuận quốc tế nhân danh Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam theo quy định của pháp luật;
đ) Tổ chức thực hiện và kiểm tra việc thực hiện các chương trình, dự án quốc tế tài trợ theo quy định của pháp luật;
e) Tổ chức, tham gia các hội nghị, hội thảo, chương trình, kế hoạch hợp tác quốc tế theo quy định của pháp luật;
g) Tổ chức hợp tác nghiên cứu và liên kết đào tạo về khoa học và công nghệ với các tổ chức quốc tế, các viện nghiên cứu và trường đại học nước ngoài theo quy định của pháp luật.
8. Về chế độ thông tin, báo cáo:
a) Tổ chức công tác thông tin, tuyên truyền, phổ biến các nhiệm vụ chính trị, chính sách, chế độ và pháp luật của Nhà nước thuộc ngành, lĩnh vực được giao;
b) Thực hiện chế độ thông tin, báo cáo với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về kết quả hoạt động của cơ quan theo quy định của pháp luật;
c) Báo cáo và cung cấp thông tin động đất, cảnh báo sóng thần với cơ quan có thẩm quyền theo quy định.
9. Về tổ chức bộ máy:
a) Phối hợp với Bộ Khoa học và Công nghệ trình Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập mới, tổ chức lại, giải thể, đổi tên các tổ chức, đơn vị trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam theo quy định của pháp luật;
b) Quản lý về tổ chức, bộ máy, biên chế công chức, số lượng người làm việc, vị trí việc làm, cơ cấu công chức, viên chức theo ngạch, chức danh nghề nghiệp; quyết định luân chuyển, điều động, bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật; chế độ, chính sách, đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức và người lao động thuộc thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
10. Về quản lý tài chính, tài sản:
a) Xây dựng dự toán ngân sách hàng năm, kế hoạch tài chính - ngân sách 03 năm trình cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước;
b) Quản lý tài chính, tài sản được giao của Viện theo quy định của pháp luật.
11. Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác do Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao.