1. Ngân sách trung ương đảm bảo nguồn để thanh toán phí tổ chức phát hành, phí thanh toán lãi, gốc trái phiếu và phí in chứng chỉ trái phiếu (nếu có).
2. Phí tổ chức phát hành, thanh toán lãi, gốc trái phiếu phát hành theo phương thức bảo lãnh phát hành, đấu thầu được thanh toán cho các tổ chức sau:
a) 0,025% giá trị danh nghĩa trái phiếu phát hành theo phương thức đấu thầu được chi trả cho Sở Giao dịch chứng khoán;
b) Tối đa 0,1% giá trị danh nghĩa trái phiếu phát hành theo phương thức bảo lãnh được thanh toán cho tổ chức bảo lãnh chính. Căn cứ vào mức phí tối đa này, tình hình thị trường, mức độ phức tạp của đợt bảo lãnh phát hành (khối lượng, kỳ hạn trái phiếu phát hành), Kho bạc Nhà nước thỏa thuận và thống nhất với tổ chức bảo lãnh chính mức phí bảo  lãnh phát hành thanh toán cho tổ chức bảo lãnh chính;
c) 0,02% giá trị lãi, gốc trái phiếu thực hiện thanh toán qua Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam được chi trả cho Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam;
d) 0,004% giá trị danh nghĩa trái phiếu phát hành được chi trả cho Kho bạc Nhà nước.
3. Phí tổ chức phát hành, thanh toán lãi, gốc trái phiếu đối với trái phiếu phát hành theo phương thức bán lẻ được thanh toán cho các tổ chức sau:
a) 0,1% trên tổng giá trị danh nghĩa trái phiếu phát hành, không bao gồm chi phí in chứng chỉ (nếu có) được chi trả cho Kho bạc Nhà nước đối với trường hợp trái phiếu phát hành qua hệ thống Kho bạc Nhà nước tại các địa phương; 0% trên tổng giá trị danh nghĩa trái phiếu phát hành đối với trường hợp Kho bạc Nhà nước ở trung ương phát hành trực tiếp cho các tổ chức, cá nhân theo các quyết định của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
b) 0,02% giá trị lãi, gốc trái phiếu được chi trả cho Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam đối với trường hợp trái phiếu được thanh toán qua Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam.
4. Phí tổ chức phát hành, thanh toán lãi, gốc trái phiếu đối với trái phiếu phát hành theo phương thức đại lý được thanh toán cho các tổ chức sau:
a) Tối đa 0,1% giá trị danh nghĩa trái phiếu phát hành theo phương thức đại lý được chi trả cho đại lý phát hành. Căn cứ vào mức phí tối đa này, tình hình thị trường, mức độ phức tạp của đợt phát hành (khối lượng, kỳ hạn trái phiếu phát hành), nội dung công việc (tổ chức phát hành, thanh toán lãi, gốc trái phiếu), Kho bạc Nhà nước thỏa thuận và thống nhất với đại lý phát hành mức phí tổ chức phát hành, thanh toán lãi, gốc trái phiếu. Mức phí này không bao gồm chi phí in chứng chỉ (nếu có).
b) 0,02% giá trị lãi, gốc trái phiếu được chi trả cho Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam đối với trường hợp trái phiếu được thanh toán qua Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam.
5. Sử dụng nguồn phí phát hành, thanh toán gốc lãi trái phiếu
a) Kho bạc Nhà nước được sử dụng phí phát hành trái phiếu vào các mục đích sau:
- Chi phí phục vụ cho công tác phát hành, thanh toán trái phiếu qua hệ thống Kho bạc Nhà nước (đối với trường hợp phát hành theo phương thức bán lẻ);
- Chi mua sắm, xây dựng công nghệ phần mềm, thiết bị phục vụ cho công tác phát hành, thanh toán trái phiếu;
- Chi bảo dưỡng nâng cấp định kỳ, sửa chữa đột xuất máy móc, thiết bị và phần mềm;
- Chi thông tin quảng cáo, tuyên truyền về công tác phát hành, thanh toán trái phiếu;
- Chi phí trực tiếp cho từng phiên đấu thầu, bảo lãnh phát hành trái phiếu;
- Chi nghiên cứu phát triển thị trường trái phiếu;
- Chi phí tổ chức các lớp đào tạo, hội nghị, hội thảo, khảo sát, học tập kinh nghiệm phát triển thị trường trái phiếu Chính phủ;
- Chi hội nghị hàng năm tổng kết công tác phát hành trái phiếu;
- Chi khen thưởng đột xuất và định kỳ cho các tổ chức, cá nhân liên quan đến công tác phát hành trái phiếu theo quy chế do Kho bạc Nhà nước ban hành;
- Chi văn phòng phẩm;
- Các khoản chi khác phục vụ cho công tác phát hành, thanh toán trái phiếu.
b) Phí đấu thầu trái phiếu là doanh thu của Sở Giao dịch chứng khoán và phí thanh toán lãi gốc trái phiếu là doanh thu của Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam. Sở Giao dịch chứng khoán và Trung tâm Lưu ký chứng khoán Việt Nam có trách nhiệm quản lý, sử dụng các khoản phí này theo đúng cơ chế tài chính của doanh nghiệp theo quy định của pháp luật có liên quan.