Điều 3. Thuế giá trị gia tăng:
1. Đối tượng chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT:
1.1. Đối tượng chịu thuế GTGT là hàng hóa, dịch vụ được quy định tại điểm 1, Mục I, Phần A, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.
1.2. Đối tượng không chịu thuế GTGT là dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh và các hàng hóa, dịch vụ khác quy định tại Mục II, Phần A, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính. Thuốc chữa bệnh quy định tại điểm 2.11 Mục II Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC thuộc diện áp dụng thuế suất thuế GTGT là 5%. Trường hợp, thuốc chữa bệnh là một phần thuộc gói dịch vụ chữa bệnh (theo quy định của Bộ Y tế) thì toàn bộ khoản thu từ hoạt động chữa bệnh bao gồm cả sử dụng thuốc thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Các dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
2. Căn cứ và phương pháp tính thuế:
2.1. Căn cứ tính thuế: Căn cứ tính thuế GTGT là giá tính thuế và thuế suất thuế GTGT. Giá tính thuế và thuế suất thuế GTGT thực hiện theo quy định tại Mục I, Mục II Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.
2.2. Phương pháp tính thuế: 2.2.1. Trường hợp cơ sở y tế công lập thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định và đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế thì thuế GTGT phải nộp được xác định như sau: Thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra - Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ Trong đó: Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng. Thuế GTGT đầu vào bằng (=) tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ được xác định theo quy định chi tiết 1.2c điểm 1 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính. 2.2.2. Trường hợp cơ sở y tế công lập có hoạt động kinh doanh, dịch vụ có đầy đủ hóa đơn của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo chế độ quy định hoặc có đủ điều kiện xác định được đúng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như hợp đồng và chứng từ thanh toán nhưng không có đủ hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ đầu vào thì đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên GTGT, thuế GTGT được xác định bằng doanh thu nhân (x) với tỷ lệ (%) GTGT tính trên doanh thu nhân (x) Thuế suất thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Cơ sở y tế công lập được áp dụng một phương pháp tính thuế: phương pháp khấu trừ thuế hoặc phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng. Để chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT từ phương pháp khấu trừ thuế sang phương pháp tính trực tiếp trên GTGT và ngược lại, cơ sở y tế công lập gửi văn bản đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp chấp thuận chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT. Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở y tế công lập, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra và trả lời văn bản về việc đồng ý hay không đồng ý đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở y tế công lập. Thời gian tối thiểu đối với phương pháp tính thuế GTGT mà cơ sở y tế lựa chọn là 01 năm.
3. Kê khai thuế giá trị gia tăng:
3.1. Hồ sơ khai thuế: Hồ sơ khai thuế tháng bao gồm các mẫu biểu ban hành kèm theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính: 3.1.1. Cơ sở y tế công lập đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, hồ sơ khai thuế gồm: 3.1.2. Cơ sở y tế công lập đăng ký nộp thuế theo phương pháp trực tiếp hồ sơ khai thuế gồm:
a) Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT. a) Đối với phương pháp trực tiếp trên GTGT là tờ khai thuế GTGT mẫu số 03/GTGT.
b) Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT. b) Đối với phương pháp trực tiếp trên doanh thu là tờ khai thuế giá trị gia tăng mẫu số 04/GTGT.
c) Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT.
3.2. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế: Hàng tháng, cơ sở y tế công lập phải kê khai thuế GTGT, thời hạn chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.