Việc đánh giá hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp căn cứ vào các tiêu chí quy định tại khoản 1 Điều 28 Nghị định số 87/2015/NĐ-CP, trong đó:
1. Tổng doanh thu: chỉ tiêu tổng doanh thu được xác định tại Báo cáo Kết quả hoạt động kinh doanh (Mẫu số B02 - DN ban hành theo Thông tư số 200/2014/TT-BTC  ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp) bao gồm Doanh thu thuần về bán hàng và cung cấp dịch vụ (Mã số 10) + Doanh thu hoạt động tài chính (Mã số 21) + Thu nhập khác (Mã số 31).
Đối với những doanh nghiệp sản xuất sản phẩm chủ yếu của nền kinh tế gồm: điện, than, dầu khí, xi măng thì tính theo sản lượng sản phẩm tiêu thụ trong kỳ; Đơn vị để tính sản lượng của sản phẩm dầu thô là tấn, khí là m3, than, xi măng là tấn, điện là kwh.
2. Lợi nhuận sau thuế và tỷ suất lợi nhuận sau thuế trên vốn chủ sở hữu:
a) Lợi nhuận sau thuế: bao gồm lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh và lợi nhuận khác sau khi trừ đi chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành và chi phí thuế thu nhập doanh nghiệp hoàn lại. Chỉ tiêu này được xác định tại Báo cáo Kết quả hoạt động kinh doanh - Mã số 60 (Mẫu số B02 - DN ban hành theo Thông tư số 200/2014/TT-BTC  ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp).
b) Tỷ suất lợi nhuận sau thuế trên vốn chủ sở hữu được tính bằng tỷ lệ giữa lợi nhuận sau thuế so với vốn chủ sở hữu bình quân trong năm của doanh nghiệp.
Cách xác định lợi nhuận sau thuế như quy định tại điểm a khoản 2 Điều này.
Vốn đầu tư của chủ sở hữu tại doanh nghiệp được xác định tại Bảng cân đối kế toán (Mẫu số B01-DN ban hành theo Thông tư số 200/2014/TT-BTC  ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp bao gồm: Vốn góp của chủ sở hữu (Mã số 411), Quỹ đầu tư phát triển (Mã số 418), Nguồn vốn đầu tư xây dựng cơ bản (Mã số 422). Vốn chủ sở hữu bình quân năm được xác định bằng tổng số dư vốn chủ sở hữu cuối mỗi quý chia cho 4 quý.
Trường hợp tại thời điểm lập Báo cáo tài chính năm, doanh nghiệp chưa thực hiện phân phối trích lập các quỹ thì khi thực hiện đánh giá hiệu quả hoạt động doanh nghiệp phải cộng thêm số trích lập của Quỹ đầu tư phát triển theo quy định tại tiết b khoản 3 Điều 31 Nghị định số 91/2015/NĐ-CP vào chỉ tiêu vốn chủ sở hữu để làm căn cứ xác định tỷ suất lợi nhuận trên vốn chủ sở hữu.
3. Nợ phải trả quá hạn và khả năng thanh toán nợ đến hạn:
a) Nợ phải trả quá hạn: Là các khoản nợ đã quá thời hạn cam kết thanh toán cho các chủ nợ. Việc xác định nợ phải trả quá hạn căn cứ vào thời hạn thanh toán ghi trên khế ước vay nợ, hợp đồng kinh tế hoặc các chứng từ cam kết khác.
b) Khả năng thanh toán nợ đến hạn: Khả năng thanh toán nợ đến hạn của doanh nghiệp là khả năng thanh toán hiện thời được xác định bằng tỷ lệ giữa tài sản ngắn hạn hiện có so với nợ ngắn hạn và được tính toán theo công thức sau:
Trong đó:
- Tài sản ngắn hạn được xác định theo số dư cuối kỳ (Mã số 100 Bảng cân đối kế toán - Mẫu số B01 - DN ban hành theo Thông tư số 200/2014/TT-BTC  ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp).
- Nợ ngắn hạn được xác định theo số dư cuối kỳ (Mã số 310 Bảng cân đối kế toán - Mẫu số B01 - DN ban hành theo Thông tư số 200/2014/TT-BTC  ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn Chế độ kế toán doanh nghiệp).
4. Tình hình chấp hành chế độ, chính sách pháp luật:
a) Chế độ, chính sách pháp luật theo quy định tại khoản 1 Điều 28 Nghị định số 87/2015/NĐ-CP bao gồm các lĩnh vực về đầu tư, quản lý và sử dụng vốn nhà nước tại doanh nghiệp, thuế, thu nộp ngân sách, chế độ báo cáo tài chính, báo cáo giám sát tài chính và báo cáo khác, việc thực hiện kết quả thanh tra, kiểm tra.
b) Việc chấp hành chế độ, chính sách, pháp luật là chấp hành đúng quy định, không có những hành vi thực hiện sai, bỏ sót, thực hiện không đầy đủ, không kịp thời hoặc không thực hiện.
c) Những hành vi vi phạm bao gồm hành vi của tổ chức, cá nhân dưới danh nghĩa tổ chức hoặc của viên chức quản lý doanh nghiệp gây ra.
5. Tình hình thực hiện sản phẩm, dịch vụ công ích:
Thực hiện sản phẩm, dịch vụ công ích là việc trực tiếp thực hiện nhiệm vụ quốc phòng, an ninh hoặc sản xuất sản phẩm, cung ứng dịch vụ công theo chính sách của Nhà nước thông qua hình thức đấu thầu hoặc nhận đặt hàng hoặc nhận nhiệm vụ Nhà nước giao. Việc đánh giá chỉ tiêu này căn cứ vào mức độ hoàn thành về sản lượng và chất lượng sản phẩm, dịch vụ.
Căn cứ vào lĩnh vực hoạt động, chuyên ngành, tính đặc thù, cơ quan đại diện chủ sở hữu đưa ra các tiêu chí đánh giá cho phù hợp.
6. Khi tính các chỉ tiêu quy định tại khoản 1, 2, 4, 5 Điều 12 Thông tư này được loại trừ những ảnh hưởng của các yếu tố theo quy định tại khoản 2 Điều 28 Nghị định số 87/2015/NĐ-CP.