1. Kiểm toán nhà nước và các Đoàn Kiểm toán nhà nước:
a) Khi tổng hợp kết quả kiểm toán, các Đoàn Kiểm toán nhà nước lập bảng tổng hợp các kiến nghị, chi tiết theo mã số thuế (nếu có), tên, địa chỉ đơn vị và các nội dung tương ứng quy định tại khoản 1 Phụ lục 6 Nghị quyết số 325/2016/UBTVQH14 ngày 29 tháng 12 năm 2016 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và được quy định cụ thể tại Điều 2 Thông tư này, gửi Kho bạc nhà nước, đồng gửi cơ quan quản lý thuế (đối với kiến nghị tăng thu thuế và các khoản thu khác do cơ quan thuế quản lý);
b) Trong kết luận kiểm toán, các Đoàn Kiểm toán nhà nước cần yêu cầu hướng dẫn, yêu cầu các đơn vị ghi rõ nội dung, số tiền trên chứng từ thực hiện kiến nghị kiểm toán. Nội dung ghi chép thực hiện theo hướng dẫn tại Phụ lục số 03 kèm theo Thông tư này;
c) Hàng năm, trên cơ sở báo cáo của các đơn vị được kiểm toán, đối chiếu (kèm theo chứng từ hoặc văn bản xác nhận của các cơ quan có liên quan) và báo cáo kết quả kiểm tra tình hình thực hiện kiến nghị kiểm toán của Kiểm toán nhà nước, Kiểm toán nhà nước lập Bảng tổng hợp kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toán năm (phụ lục 01 ban hành kèm theo Thông tư này) trên phạm vi toàn quốc gửi Kho bạc nhà nước (cả văn bản và tệp file dữ liệu) để đối chiếu và xác nhận;
d) Đối với các khoản thu hồi nộp ngân sách nhà nước quy định tại khoản 1, 2 Điều 2 Thông tư này thì kiến nghị của Kiểm toán nhà nước đối với khoản kinh phí thuộc ngân sách cấp nào Kiểm toán nhà nước kiến nghị nộp trả ngân sách cấp đó.
2. Đối với đơn vị được kiểm toán, đối chiếu và các đơn vị có liên quan đến việc xác nhận kiến nghị kiểm toán:
a) Khi thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước, thực hiện đúng theo yêu cầu của Kiểm toán nhà nước trong kết luận kiểm toán được quy định tại điểm b, khoản 1 Điều này. Đối với trường hợp đơn vị nộp tiền vào ngân sách nhà nước trước khi có công văn của Kiểm toán nhà nước gửi đơn vị thì trên chứng từ ghi cụ thể:“nộp ngân sách nhà nước theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước tại báo cáo quyết toán niên độ...”. Chứng từ thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước theo hướng dẫn tại phụ lục 03 đính kèm Thông tư này;
b) Ngoài trách nhiệm báo cáo tình hình thực hiện kiến nghị kiểm toán theo yêu cầu của Kiểm toán nhà nước, hàng năm khi lập báo cáo quyết toán năm, các đơn vị được kiểm toán căn cứ chứng từ thực hiện kiến nghị kiểm toán hoặc xác nhận của các cơ quan liên quan lập báo cáo về số tiền đã thực hiện kiến nghị kiểm toán trong năm gửi về đơn vị quản lý cấp trên, đơn vị quản lý cấp trên tổng hợp báo cáo tình hình thực hiện kiến nghị kiểm toán (chi tiết đến từng chứng từ, nội dung thực hiện) gửi Kiểm toán nhà nước và Bộ Tài chính.
3. Cơ quan tài chính, thuế, hải quan ở địa phương: Xác nhận chứng từ thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước đối với các kiến nghị đã được thực hiện theo đề nghị của đơn vị kiểm toán; Cụ thể:
a) Cơ quan thuế, hải quan thực hiện xác nhận (phụ lục 02b ban hành kèm theo Thông tư này):
- Các khoản đơn vị đã nộp ngân sách nhà nước nhưng chưa ghi đầy đủ thông tin “nộp ngân sách nhà nước theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước”.
- Cơ quan thuế xác nhận đơn vị điều chỉnh các khoản giảm lỗ do kiểm tra, đối chiếu thuế phát hiện.
- Các khoản tăng thu do cơ quan Thuế, Hải quan thực hiện theo phương thức bù trừ thuế đối với các nội dung tại điểm d, khoản 1, Điều 2 Thông tư này (giữa số đã nộp với số thuế đơn vị phải nộp theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước).
b) Cơ quan Tài chính thực hiện xác nhận (phụ lục 02c ban hành kèm theo Thông tư này): Các khoản tăng thu, giảm trừ thanh toán, giảm trừ quyết toán, giảm trừ dự toán, xác nhận các khoản thu hồi nộp ngân sách nhà nước.
4. Đối với cơ quan có thẩm quyền giao dự toán, bố trí nguồn, phê duyệt quyết toán (quyết toán ngân sách theo niên độ, quyết toán dự án hoàn thành…):
a) Khi giao dự toán hoặc giao kế hoạch vốn đầu tư có giảm trừ dự toán, bố trí hoàn trả nguồn theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước thì ghi cụ thể nội dung, số kinh phí giảm trừ, hoàn trả nguồn theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước như nội dung ghi trên chứng từ thực hiện kiến nghị (Phụ lục 03 ban hành kèm theo Thông tư này);
b) Khi phê duyệt quyết toán ngân sách theo niên độ hoặc phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành có giảm trừ quyết toán theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước phải ghi cụ thể nội dung, số kinh phí giảm trừ trên văn bản phê duyệt quyết toán;
c) Khi xử lý bố trí nguồn để hoàn trả các nguồn kinh phí đã sử dụng sai đối tượng, mục đích, sai nhiệm vụ chi theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước thì cơ quan có thẩm quyền giao dự toán, xử lý nguồn ghi rõ trên văn bản giao dự toán, bổ sung (bố trí) nguồn để hoàn trả;
d) Xác nhận chứng từ thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước theo đề nghị của đơn vị được kiểm toán đối với các khoản tăng thu, giảm trừ thanh toán, giảm trừ quyết toán, giảm trừ dự toán, xác nhận các khoản thu hồi nộp ngân sách nhà nước đã được thực hiện nhưng trên chứng từ không ghi rõ nội dung“thực hiện theo kiến nghị của Kiểm toán nhà nước”(Phụ lục 02c ban hành kèm theo Thông tư này).
5. Đối với Kho bạc nhà nước các cấp:
a) Kho bạc nhà nước địa phương (nơi đơn vị được kiểm toán thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước):
- Căn cứ vào nội dung ghi trên chứng từ của đơn vị được kiểm toán để ghi chép phục vụ công tác đối chiếu, xác nhận kết quả thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước;
- Xác nhận chứng từ thực hiện kiến nghị của Kiểm toán nhà nước đối với các kiến nghị được thực hiện qua Kho bạc nhà nước (nộp ngân sách nhà nước, giảm thanh toán …) (Phụ lục 02a ban hành kèm theo Thông tư này).
b) Kho bạc nhà nước: Hàng năm, căn cứ vào Bảng tổng hợp kết quả thực hiện kiến nghị kiểm toán năm, trên cơ sở chứng từ thực hiện của đơn vị được kiểm toán, đối chiếu và xác nhận của các cơ quan, đơn vị có liên quan do Kiểm toán nhà nước cung cấp (phụ lục 01 ban hành kèm theo Thông tư này), Kho bạc nhà nước đối chiếu, xác nhận, gửi Kiểm toán nhà nước.