Căn cứ tổng mức đầu tư được duyệt và báo cáo theo Mẫu số 04/QTDA, cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán thực hiện thẩm tra theo cơ cấu chi phí ghi trong tổng mức đầu tư: Chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư, chi phí xây dựng, chi phí thiết bị, chi phí quản lý dự án, chi phí tư vấn đầu tư xây dựng, chi phí khác.
1. Nguyên tắc thẩm tra:
a) Thẩm tra tính tuân thủ các quy định về hợp đồng xây dựng và quyết định phê duyệt kết quả lựa chọn nhà thầu của cấp có thẩm quyền; hình thức giá hợp đồng ghi trong từng hợp đồng xây dựng (không phân biệt hình thức lựa chọn nhà thầu) là căn cứ để thẩm tra. Kiểm tra việc tổng hợp số liệu các thành phần chi phí và các khoản mục do chủ đầu tư lập trong báo cáo quyết toán. Trường hợp cần thiết, cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán kiểm tra hồ sơ hoàn công để xác định khối lượng công việc hoàn thành được nghiệm thu theo quy định.
b) Trường hợp chi phí xây dựng công trình tạm, công trình phụ trợ phục vụ thi công, chi phí xây dựng nhà tạm để ở và điều hành thi công tại hiện trường được lập thiết kế, dự toán riêng cho hạng mục: Thẩm tra như thẩm tra gói thầu xây dựng độc lập.
c) Trường hợp chi phí xây dựng công trình tạm, công trình phụ trợ phục vụ thi công, chi phí xây dựng nhà tạm để ở và điều hành thi công tại hiện trường được tính theo tỷ lệ (%) trong gói thầu xây dựng chính (không lập thiết kế, dự toán riêng): Thẩm tra việc áp dụng tỷ lệ (%) trên cơ sở kết quả thẩm tra gói thầu xây dựng chính.
d) Trường hợp chi phí xây dựng công trình tạm, công trình phụ trợ phục vụ thi công, chi phí xây dựng nhà tạm để ở và điều hành thi công tại hiện trường được tính trọn gói: Thẩm tra như thẩm tra gói thầu xây dựng theo hình thức hợp đồng trọn gói.
2. Thẩm tra chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư:
a) Thẩm tra chi phí bồi thường, hỗ trợ và tái định cư do chủ đầu tư hoặc Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, giải phóng mặt bằng thực hiện: Đối chiếu giá trị đề nghị quyết toán của chủ đầu tư với dự toán kinh phí trong phương án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, dự toán chi phí tổ chức bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, danh sách chi trả cho các tổ chức, cá nhân nhận tiền bồi thường đã có chữ ký xác nhận theo quy định để xác định giá trị quyết toán.
b) Thẩm tra chi phí tổ chức thực hiện bồi thường, hỗ trợ, tái định cư do Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường thực hiện: Thực hiện theo quy định tại Thông tư số 74/2015/TT-BTC  ngày 15/5/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc lập dự toán, sử dụng và thanh quyết toán kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất.
c) Trường hợp các công trình hạ tầng kỹ thuật đã có quyết định phê duyệt quyết toán của người có thẩm quyền: Căn cứ quyết định phê duyệt quyết toán của người có thẩm quyền, văn bản yêu cầu thanh toán của chủ đầu tư các công trình hạ tầng kỹ thuật và chứng từ thanh toán để xác định giá trị chi phí cho phần hạ tầng kỹ thuật đã đầu tư.
3. Thẩm tra chi phí xây dựng:
a) Đối với gói thầu do chủ đầu tư tự thực hiện theo quy định của pháp luật về đấu thầu:
Trường hợp chủ đầu tư ký kết hợp đồng với đơn vị hạch toán phụ thuộc để thực hiện gói thầu, việc thẩm tra gói thầu căn cứ vào hình thức giá hợp đồng và thực hiện theo quy định tại các điểm b, c, d, đ, e Khoản này.
Trường hợp chủ đầu tư ký thỏa thuận giao việc cho một đơn vị thuộc chủ đầu tư để thực hiện gói thầu, việc thẩm tra thực hiện như sau:
- Đối chiếu các nội dung, khối lượng trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán của chủ đầu tư với biên bản nghiệm thu khối lượng để xác định khối lượng thực hiện đã được nghiệm thu đúng quy định.
- Đối chiếu sự phù hợp giữa đơn giá trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán của chủ đầu tư với đơn giá trong dự toán được duyệt.
- Giá trị quyết toán bằng khối lượng thực hiện đã được nghiệm thu đúng quy định nhân (x) với đơn giá đã thẩm tra.
b) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "hợp đồng trọn gói":
- Đối chiếu nội dung công việc, khối lượng thực hiện trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán A-B với biên bản nghiệm thu khối lượng công việc hoàn thành và các yêu cầu của hợp đồng để xác định khối lượng công việc hoàn thành đã được nghiệm thu đúng quy định.
- Đối chiếu đơn giá trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán A-B với đơn giá ghi trong bảng tính giá trị hợp đồng. Trường hợp nhà thầu thực hiện đầy đủ các yêu cầu, nội dung công việc, đúng khối lượng công việc hoàn thành và đơn giá ghi trong hợp đồng, bảng tính giá hợp đồng, thì giá trị quyết toán đúng bằng giá trọn gói của hợp đồng đã ký; không tính lại khối lượng cũng như đơn giá chi tiết đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quyết định trúng thầu.
c) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "giá hợp đồng theo đơn giá cố định":
- Đối chiếu nội dung công việc, khối lượng thực hiện trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán A-B với biên bản nghiệm thu khối lượng công việc hoàn thành và các yêu cầu của hợp đồng để xác định khối lượng công việc hoàn thành đã được nghiệm thu đúng quy định.
- Đối chiếu đơn giá trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán A-B với đơn giá cố định ghi trong bảng tính giá hợp đồng và các tài liệu kèm theo hợp đồng.
- Giá trị quyết toán bằng khối lượng công việc hoàn thành đã được nghiệm thu đúng quy định nhân (x) với đơn giá cố định ghi trong hợp đồng.
d) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "Giá hợp đồng theo đơn giá điều chỉnh" (hoặc "Giá hợp đồng theo giá điều chỉnh"):
- Căn cứ điều kiện cụ thể của hợp đồng, xác định rõ phạm vi và phương thức điều chỉnh của hợp đồng.
- Trường hợp điều chỉnh về khối lượng phải căn cứ biên bản nghiệm thu khối lượng công việc hoàn thành để xác định khối lượng công việc hoàn thành đã được nghiệm thu đúng quy định.
- Trường hợp điều chỉnh về đơn giá phải căn cứ nguyên tắc điều chỉnh đơn giá ghi trong hợp đồng để xác định đơn giá quyết toán.
- Trường hợp điều chỉnh theo chính sách của Nhà nước phải căn cứ nguyên tắc ghi trong hợp đồng, các chính sách được áp dụng phù hợp với thời gian thực hiện hợp đồng (đã ghi trong hợp đồng) để xác định giá trị được điều chỉnh. Không điều chỉnh cho trường hợp kéo dài thời gian thực hiện so với thời gian trong hợp đồng đã ký do lỗi của nhà thầu gây ra.
- Giá trị quyết toán bằng khối lượng công việc hoàn thành đã được nghiệm thu đúng quy định nhân (x) với đơn giá quyết toán.
đ) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "giá hợp đồng kết hợp":
Hợp đồng theo hình thức "Giá hợp đồng kết hợp" phải xác định rõ phạm vi theo công trình, hạng mục công trình hoặc nội dung công việc cụ thể được áp dụng hình thức hợp đồng cụ thể: Trọn gói, đơn giá cố định hoặc đơn giá điều chỉnh. Việc thẩm tra từng phần của hợp đồng, theo từng hình thức hợp đồng, tương ứng với quy định tại các điểm b, c, d Khoản này.
e) Các trường hợp phát sinh: Thẩm tra các trường hợp phát sinh phải căn cứ các quy định về điều chỉnh hợp đồng xây dựng tương ứng với từng loại hợp đồng và quy định của pháp luật có liên quan.
4. Thẩm tra chi phí thiết bị:
a) Đối với gói thầu do chủ đầu tư tự thực hiện theo quy định của pháp luật về đấu thầu:
Trường hợp chủ đầu tư ký kết hợp đồng với đơn vị hạch toán phụ thuộc để thực hiện gói thầu: Việc thẩm tra gói thầu căn cứ vào hình thức giá hợp đồng và thực hiện theo quy định tại các điểm b, c, d, đ, e Khoản này.
Trường hợp chủ đầu tư ký thỏa thuận giao việc cho một đơn vị thuộc chủ đầu tư để thực hiện gói thầu, việc thẩm tra thực hiện như sau:
- Đối chiếu danh mục, chủng loại, nguồn gốc xuất xứ, chất lượng, cấu hình, giá của thiết bị đề nghị quyết toán với biên bản nghiệm thu, dự toán chi phí thiết bị được phê duyệt để xác định giá trị quyết toán phần mua sắm thiết bị.
- Thẩm tra chi phí gia công, lắp đặt thiết bị đối với thiết bị cần gia công, cần lắp đặt theo dự toán được duyệt và được nghiệm thu đúng quy định. Giá trị quyết toán bằng khối lượng thực hiện đã được nghiệm thu đúng quy định nhân (x) với đơn giá đã thẩm tra.
- Thẩm tra các khoản chi phí liên quan: Chi phí vận chuyển thiết bị từ nơi mua về đến chân công trình, chi phí lưu kho bãi, bảo quản, bảo dưỡng thiết bị, chi phí khác.
b) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "hợp đồng trọn gói": Đối chiếu danh mục, chủng loại, nguồn gốc xuất xứ, chất lượng, cấu hình, giá của thiết bị trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán A-B với danh mục, chủng loại, cấu hình, nguồn gốc xuất xứ, chất lượng, giá của thiết bị ghi trong hợp đồng, bảng tính giá hợp đồng và các biên bản nghiệm thu khối lượng hoàn thành của hợp đồng. Khi nhà thầu thực hiện đầy đủ các yêu cầu, nội dung công việc, đúng khối lượng thực hiện và quy định của hợp đồng thì giá trị quyết toán đúng bằng giá trọn gói của hợp đồng đã ký. Không tính lại đơn giá chi tiết đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quyết định trúng thầu.
c) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "giá hợp đồng theo đơn giá cố định":
- Đối chiếu danh mục, chủng loại, nguồn gốc xuất xứ, chất lượng, cấu hình của thiết bị trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán A-B với danh mục, chủng loại, nguồn gốc xuất xứ, chất lượng, cấu hình của thiết bị ghi trong hợp đồng, bảng tính giá hợp đồng và các tài liệu kèm theo hợp đồng với biên bản nghiệm thu khối lượng thực hiện và các yêu cầu của hợp đồng để xác định khối lượng thực hiện đã được nghiệm thu đúng quy định.
- Đối chiếu đơn giá trong bảng tính giá trị đề nghị quyết toán A-B với đơn giá cố định ghi trong bảng tính giá hợp đồng.
- Giá trị quyết toán bằng khối lượng thực hiện đã được nghiệm thu đúng quy định nhân (x) với đơn giá cố định ghi trong hợp đồng.
d) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "Giá hợp đồng theo đơn giá điều chỉnh" (hoặc "Giá hợp đồng theo giá điều chỉnh"):
- Căn cứ điều kiện cụ thể của hợp đồng, xác định rõ phạm vi và phương thức điều chỉnh của hợp đồng.
- Trường hợp điều chỉnh về khối lượng phải căn cứ biên bản nghiệm thu khối lượng để xác định khối lượng thực hiện đã được nghiệm thu đúng quy định.
- Trường hợp điều chỉnh về đơn giá phải căn cứ nguyên tắc điều chỉnh đơn giá ghi trong hợp đồng để xác định đơn giá quyết toán.
- Trường hợp điều chỉnh theo chính sách của Nhà nước phải căn cứ nguyên tắc ghi trong hợp đồng và các chính sách được áp dụng trong thời gian thực hiện hợp đồng để xác định giá trị được điều chỉnh.
đ) Đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức "giá hợp đồng kết hợp" cần xác định rõ phạm vi hoặc nội dung công việc cụ thể được áp dụng hình thức hợp đồng cụ thể: Trọn gói, đơn giá cố định hoặc giá điều chỉnh. Việc thẩm tra từng phần của hợp đồng, theo từng hình thức hợp đồng, tương ứng với quy định tại các điểm b, c, d Khoản 4 Điều này.
e) Các trường hợp phát sinh:
Thẩm tra các trường hợp phát sinh phải căn cứ các quy định về điều chỉnh hợp đồng xây dựng tương ứng với từng loại hợp đồng.
5. Thẩm tra chi phí quản lý dự án:
a) Đối với các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước: Thực hiện theo quy định tại Thông tư của Bộ Tài chính quy định về quản lý, sử dụng các khoản thu từ hoạt động quản lý dự án của các chủ đầu tư, ban quản lý dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước.
b) Đối với các dự án sử dụng vốn nhà nước khác: Chi phí quản lý dự án và những khoản chi phí tư vấn đầu tư xây dựng do chủ đầu tư, ban quản lý tự thực hiện được quyết toán là số chi thực tế đúng quy định và tối đa không vượt chi phí trong dự án hoặc dự toán được phê duyệt.
c) Đối với dự án do chủ đầu tư, ban quản lý dự án quản lý 01 dự án thực hiện quản lý: Xem xét các chứng từ chi tiêu đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ theo quy định đối với cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập. Việc quản lý tài sản của ban quản lý dự án khi dự án kết thúc thực hiện theo quy định của Luật quản lý, sử dụng tài sản công và các văn bản hướng dẫn.
6. Thẩm tra chi phí tư vấn đầu tư xây dựng công trình và các chi phí khác:
a) Đối với các khoản chi phí tư vấn và chi phí khác tính theo định mức tỷ lệ phần trăm: Kiểm tra các điều kiện quy định trong việc áp dụng định mức tỷ lệ để xác định giá trị chi phí của từng loại công việc.
b) Đối với các khoản chi phí tư vấn và chi phí khác tính theo dự toán chi tiết được duyệt: Đối chiếu giá trị đề nghị quyết toán với dự toán được duyệt để đánh giá mức độ hợp lý, hợp lệ của các khoản chi phí.
c) Đối với các khoản chi phí tư vấn, chi phí phi tư vấn áp dụng hình thức hợp đồng theo thời gian: Đối chiếu đơn giá thù lao theo thời gian do chủ đầu tư và nhà thầu thoả thuận trong hợp đồng với thời gian làm việc thực tế (theo tháng, tuần, ngày, giờ) để xác định mức thù lao phải trả cho nhà thầu. Các khoản chi phí đi lại, khảo sát, thuê văn phòng làm việc, chi khác căn cứ quy định về phương thức thanh toán ghi trong hợp đồng để thẩm tra (theo chứng từ hoá đơn hợp lệ hoặc theo đơn giá khoản đã thoả thuận trong hợp đồng).
d) Đối với các khoản chi phí tư vấn, chi phí phi tư vấn áp dụng hình thức hợp đồng trọn gói, giá hợp đồng theo đơn giá cố định, giá hợp đồng theo đơn giá điều chỉnh, giá hợp đồng kết hợp: Thẩm tra áp dụng theo quy định thẩm tra chi phí xây dựng đối với gói thầu hợp đồng theo hình thức hợp đồng trọn gói, giá hợp đồng theo đơn giá cố định, giá hợp đồng theo đơn giá điều chỉnh, giá hợp đồng kết hợp tại Khoản 3 Điều 14 Thông tư này.