1. Trong công tác lập kế hoạch thanh tra:
a) Thanh tra Bộ phối hợp với Thanh tra các Bộ, ngành liên quan lập kế hoạch thanh tra; lập kế hoạch thanh tra liên ngành theo quy định của pháp luật;
b) Cục Hàng hải Việt Nam phối hợp với Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cảng vụ Hàng hải phối hợp với Cảng vụ Đường thủy nội địa lập kế hoạch thanh tra về các nội dung liên quan đến hoạt động của tàu, thuyền, luồng hàng hải, tuyến đường thủy nội địa và công tác bảo đảm trật tự an toàn giao thông trên các tuyến, luồng trong phạm vi quản lý;
c) Tổng cục Đường bộ Việt Nam phối hợp với Cục Đường sắt Việt Nam lập kế hoạch thanh tra về các nội dung liên quan đến đường bộ giao cắt với đường sắt, cầu đường bộ và đường sắt dùng chung;
d) Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Tổng cục Cảnh sát Quản lý hành chính về trật tự an toàn xã hội phối hợp lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra liên ngành về các nội dung liên quan đến công tác bảo đảm trật tự an toàn giao thông đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa khi có yêu cầu;
đ) Sở Giao thông vận tải và Công an cấp tỉnh phối hợp, chỉ đạo lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra liên ngành liên quan đến công tác bảo đảm trật tự an toàn giao thông vận tải tại địa phương.
2. Trong hoạt động thanh tra:
a) Các cơ quan thanh tra ngành Giao thông vận tải có trách nhiệm phối hợp với nhau để tiến hành thanh tra theo kế hoạch hoặc đột xuất khi có nội dung liên quan; phối hợp với các cơ quan, đơn vị khác trên địa bàn giải quyết các vấn đề có liên quan đến nội dung thanh tra;
b) Thanh tra Sở có trách nhiệm phối hợp, cử người tham gia các Đoàn thanh tra do Chánh Thanh tra Bộ hoặc Bộ trưởng quyết định thành lập khi có yêu cầu;
c) Các cơ quan trong ngành Giao thông vận tải có trách nhiệm cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu theo đề nghị của cơ quan thanh tra ngành Giao thông vận tải để phục vụ cho hoạt động thanh tra; giúp Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải xem xét, xử lý kịp thời vi phạm của các cá nhân, cơ quan, đơn vị được phát hiện qua công tác thanh tra;
d) Khi cơ quan thực hiện chức năng thanh tra ngành Giao thông vận tải tiến hành thanh tra tại cảng hàng không, sân bay, cảng biển, cảng thủy nội địa và các cửa khẩu quốc tế, lực lượng an ninh hàng không, hải quan, biên phòng, xuất nhập cảnh và các lực lượng liên quan khác có trách nhiệm phối hợp với Đoàn thanh tra hoặc thanh tra viên, công chức thanh tra chuyên ngành, cộng tác viên thanh tra khi có yêu cầu để phục vụ việc xác minh, thu thập chứng cứ, ngăn chặn kịp thời hành vi vi phạm pháp luật; xử lý tại chỗ các hành vi vi phạm pháp luật theo quy định của pháp luật;
đ) Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ vi phạm hành chính trên địa bàn do cơ quan thực hiện chức năng thanh tra ngành Giao thông vận tải lập, chuyển đến; tiến hành xử lý theo thẩm quyền và trả lời bằng văn bản về kết quả xử lý;
e) Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành đường bộ, đường sắt và Thanh tra Sở có trách nhiệm phối hợp với Ủy ban nhân dân các cấp trong việc chống lấn chiếm, giải tỏa vi phạm hành lang an toàn giao thông đường bộ, đường sắt;
g) Công an và Ủy ban nhân dân các cấp có trách nhiệm phối hợp thực hiện quyết định cưỡng chế của cơ quan thực hiện chức năng thanh tra ngành Giao thông vận tải khi có yêu cầu theo quy định của pháp luật.
3. Trong công tác tổ chức, xây dựng lực lượng:
a) Sở Nội vụ có trách nhiệm phối hợp với Sở Giao thông vận tải xây dựng đề án kiện toàn tổ chức, biên chế của Thanh tra Sở Giao thông vận tải;
b) Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư có trách nhiệm phối hợp với Sở Giao thông vận tải trình cấp có thẩm quyền đầu tư cơ sở vật chất, kỹ thuật để phục vụ công tác thanh tra ngành Giao thông vận tải.
4. Trách nhiệm, quyền của cơ quan, tổ chức, cá nhân là đối tượng thanh tra và cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan thực hiện theo quy định tại Điều 10 Luật thanh tra.