Khoản 3. Thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm trồng trọt (các sản phẩm cây trồng, sản phẩm từ cây trồng); sản phẩm chăn nuôi (sản phẩm vật nuôi, sản phẩm từ vật nuôi, bao gồm cả nội tạng và phụ phẩm thu được sau giết mổ khác của động vật); lâm sản, thủy sản, hải sản (có nguồn gốc tự nhiên và nuôi trồng) tại các chương 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 18 của Biểu thuế giá trị gia tăng ban hành kèm theo Thông tư này thực hiện như sau:
a) Trường hợp là các sản phẩm qua chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, bao gồm các sản phẩm: mới được làm sạch, phơi, sấy khô, tách hạt, tách cọng, cắt, xay (trừ sản phẩm đã xay thuộc Chương 9, 10, 11, 12 của danh mục Biểu thuế giá trị gia tăng ban hành kèm theo Thông tư này), băm, bóc vỏ, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, vỡ mảnh, đánh bóng hạt, hồ hạt, đóng hộp kín khí hoặc được bảo quản thông thường như bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfurơ, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, bảo quản bằng muối (ướp muối, ngâm nước muối), bảo quản ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác hoặc hình thức bảo quản thông thường khác, thực hiện theo mức thuế suất (*, 5) ghi cụ thể tại Biểu thuế giá trị gia tăng ban hành kèm theo Thông tư này, trừ các trường hợp được nêu tại điểm b khoản này.
b) Thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, thực phẩm tươi sống, ở khâu kinh doanh thương mại áp dụng như sau: b.1) Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, thực phẩm tươi sống cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng. Trên hoá đơn giá trị gia tăng, ghi dòng giá bán là giá không có thuế giá trị gia tăng, dòng thuế suất và thuế giá trị gia tăng không ghi, gạch bỏ. Ví dụ: Tôm nguyên liệu (được làm sạch, để nguyên con hoặc lặt đầu, bóc vỏ, xẻ lưng, rút tim, cắt bụng, ép duỗi thẳng, xếp vào vỉ, hút chân không, đông lạnh); mực tươi (làm sạch, phân loại, cắt khúc, xếp khuôn, cấp đông); cá file; tôm, cá cấp đông; hạt điều (được phơi khô, sàng, hấp, cắt tách, sấy khô, bóc vỏ lụa, hun trùng); lúa (thóc) xay xát ra gạo, gạo đã qua công đoạn đánh bóng; phế phẩm, phụ phẩm của sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản như tấm, trấu, cám, đầu tôm vỏ tôm, đầu cá, xương cá, nội tạng và phế phẩm thu được sau giết mổ khác của động vật, mỡ tươi đều là sản phẩm chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu kinh doanh thương mại. b.2) Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, thực phẩm tươi sống ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ 1% trên doanh thu. Ví dụ: Công ty lương thực B là cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ nhập khẩu hoặc thu mua gạo của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thì mặt hàng gạo ở khâu nhập khẩu hoặc thu mua của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. Trường hợp Công ty lương thực B bán gạo cho Công ty XNK C thì Công ty lương thực B không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng đối với số gạo bán cho Công ty XNK C. Công ty lương thực B bán gạo cho Công ty TNHH D (là doanh nghiệp sản xuất bún, bánh phở) thì Công ty lương thực B không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng đối với số gạo bán cho Công ty TNHH D. Trên hoá đơn giá trị gia tăng lập, giao cho Công ty XNK C, Công ty TNHH D, Công ty lương thực B ghi rõ giá bán là giá không có thuế giá trị gia tăng, dòng thuế suất và thuế giá trị gia tăng không ghi, gạch bỏ. Công ty lương thực B bán trực tiếp gạo cho người tiêu dùng thì kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất thuế giá trị gia tăng là 5%.
c) Trường hợp không là sản phẩm qua sơ chế thông thường nêu tại điểm a khoản này thì xác định là loại đã qua chế biến và thuộc đối tượng áp dụng mức thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% thống nhất ở khâu nhập khẩu, sản xuất, gia công hay kinh doanh thương mại.