Việc sắp xếp, tổ chức lại hoạt động của các Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng do người quyết định đầu tư, chủ đầu tư thành lập trước ngày Luật Xây dựng có hiệu lực thi hành được hướng dẫn cụ thể như sau:
1. Tổ chức lại hoạt động của các Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng một dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, vốn nhà nước ngoài ngân sách:
a) Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng một dự án do chủ đầu tư thành lập trước ngày Luật Xây dựng có hiệu lực thi hành được phép tiếp tục hoạt động cho đến khi hoàn thành dự án, đưa công trình vào khai thác, sử dụng. Trường hợp cần thiết, tùy thuộc vào yêu cầu, Điều kiện cụ thể của từng Bộ ngành, địa phương và doanh nghiệp, người quyết định đầu tư có thể sắp xếp, tổ chức lại hoạt động của các Ban quản lý dự án này để hình thành Ban QLDA chuyên ngành, khu vực theo quy định của Luật Xây dựng;
b) Các Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng một dự án do chủ đầu tư thành lập sau ngày Luật Xây dựng có hiệu lực thi hành (trừ các Ban quản lý dự án được thành lập theo quy định Khoản 2 Điều 62 của Luật Xây dựng) phải được tổ chức lại hoạt động trên cơ sở thực hiện sáp nhập vào Ban QLDA chuyên ngành, khu vực do Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Chủ tịch UBND cấp tỉnh, cấp huyện, Người có thẩm quyền của tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước thành lập;
c) Đối với dự án sử dụng vốn nhà nước do đơn vị thành viên của tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước quyết định đầu tư nhưng không đủ Điều kiện để thành lập Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng một dự án thì người quyết định đầu tư đề xuất với Hội đồng thành viên, Hội đồng quản trị tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước để giao cho Ban QLDA chuyên ngành, khu vực của tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước quản lý dự án hoặc thuê tư vấn quản lý dự án theo quy định tại Khoản 2 Điều 20 của Nghị định số 59/2015/NĐ-CP;
d) Đối với các dự án thuộc các chương trình Mục tiêu khác nhau được đầu tư xây dựng trên cùng địa bàn hành chính của tỉnh, huyện chủ chương trình Mục tiêu cần thống nhất với UBND cấp tỉnh, cấp huyện thực hiện việc lồng ghép các dự án để giao cho Ban QLDA chuyên ngành, khu vực của cấp tỉnh, cấp huyện quản lý;
đ) Đối với dự án sử dụng vốn ODA, vốn vay ưu đãi của nhà tài trợ nước ngoài đã có cam kết, thỏa thuận về hình thức quản lý dự án thì việc quản lý dự án được thực hiện theo cam kết, thỏa thuận với nhà tài trợ;
e) Đối với dự án thực hiện theo hình thức tổng thầu EPC, chủ đầu tư có thể thỏa thuận giao cho tổng thầu EPC quản lý thực hiện dự án theo quy định tại Điều 22 của Nghị định số 59/2015/NĐ-CP. Chủ đầu tư có trách nhiệm tổ chức bộ phận chức năng để theo dõi, kiểm tra công tác quản lý dự án của tổng thầu EPC.
2. Các Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng nhiều dự án do người quyết định đầu tư thành lập đang hoạt động tại một số Bộ ngành, địa phương, tập đoàn kinh tế, tổng công ty nhà nước cần được sắp xếp, tổ chức lại hoạt động để đáp ứng các yêu cầu, Điều kiện đối với Ban QLDA chuyên ngành, khu vực theo quy định của Luật Xây dựng. Việc sắp xếp, tổ chức lại hoạt động của Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng nhiều dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, vốn nhà nước ngoài ngân sách gồm các nội dung sau:
a) Người quyết định đầu tư, chủ đầu tư các dự án thực hiện rà soát về chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của các Ban quản lý dự án hiện có và đề xuất phương án sắp xếp, tổ chức lại hoạt động đối với các Ban quản lý dự án này để báo cáo người có thẩm quyền xem xét, quyết định việc tổ chức lại hoạt động của các Ban quản lý dự án;
b) Bổ sung, kiện toàn về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức hoạt động của Ban quản lý dự án hiện có làm cơ sở để ra quyết định thành lập Ban QLDA chuyên ngành, khu vực sau khi đã được sắp xếp, tổ chức lại hoạt động;
c) Tăng cường cơ sở vật chất, bổ sung năng lực hoạt động để đáp ứng yêu cầu về Điều kiện năng lực của Ban QLDA chuyên ngành, khu vực theo quy định tại Điều 64 của Nghị định số 59/2015/NĐ-CP.
3. Căn cứ vào Điều kiện cụ thể của địa phương, UBND cấp tỉnh xem xét, kiện toàn chức năng, nhiệm vụ và tổ chức hoạt động của Ban Quản lý khu vực phát triển đô thị được thành lập theo quy định của Nghị định số 11/2013/NĐ-CP  ngày 14/01/2013 của Chính phủ về Quản lý đầu tư phát triển đô thị để đảm nhận quản lý các dự án đầu tư xây dựng công trình dân dụng, công trình hạ tầng kỹ thuật tại địa phương.