1. Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam có trách nhiệm:
a) Chủ trì xác định địa điểm, tọa độ, ranh giới, diện tích khu vực biển, phân nhóm hoạt động sử dụng khu vực biển để tính tiền sử dụng khu vực biển phải nộp đối với trường hợp thuộc thẩm quyền giao khu vực biển của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài nguyên và Môi trường; trình cơ quan quản lý nhà nước hoặc cấp có thẩm quyền xem xét, ban hành quyết định giao khu vực biển;
b) Chủ trì xây dựng và thể hiện trên nền hải đồ đường mép nước biển thấp nhất trung bình trong nhiều năm và đường ranh giới phía ngoài cách đường mép nước biển thấp nhất trung bình trong nhiều năm theo phương vĩ tuyến một khoảng cách 03 hải lý để trình Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường ban hành Quyết định công bố;
c) Sử dụng kinh phí chi cho nhiệm vụ giao khu vực biển đúng quy định của pháp luật;
d) Thanh tra, kiểm tra về công tác xác định tọa độ, ranh giới, diện tích khu vực biển; phân nhóm hoạt động sử dụng khu vực biển; xác định mức thu tiền sử dụng khu vực biển đối với dự án thuộc thẩm quyền giao khu vực biển của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài nguyên và Môi trường theo quy định tại Thông tư này;
đ) Hàng năm tổng hợp, báo cáo Bộ Tài nguyên và Môi trường (đồng gửi  Bộ Tài chính) về công tác thu tiền sử dụng khu vực biển trên phạm vi toàn quốc để Bộ Tài nguyên và Môi trường báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
2. Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm:
a) Chủ trì xác định địa điểm, tọa độ, ranh giới, diện tích khu vực biển; phân nhóm hoạt động sử dụng khu vực biển để tính tiền sử dụng khu vực biển phải nộp đối với trường hợp thuộc thẩm quyền giao khu vực biển của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét, ban hành quyết định giao khu vực biển;
b) Sử dụng kinh phí chi cho nhiệm vụ giao khu vực biển đúng quy định của pháp luật.
3. Sở Tài chính có trách nhiệm:
a) Chủ trì, phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường và các cơ quan có liên quan xây dựng và trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành hàng năm mức thu tiền sử dụng khu vực biển đối với từng hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên biển cụ thể trên địa bàn thuộc thẩm quyền giao của địa phương.
b) Chủ trì, phối hợp với các cơ quan có liên quan báo cáo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có ý kiến về mức thu tiền sử dụng khu vực biển theo đề nghị của Bộ Tài nguyên và Môi trường đối với dự án thuộc thẩm quyền giao khu vực biển của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài nguyên và Môi trường nằm trên địa bàn địa giới hành chính của địa phương.
4. Cục Thuế địa phương nơi có khu vực biển được giao có trách nhiệm
a) Xác định và thông báo số tiền sử dụng khu vực biển đối với từng dự án cụ thể mà tổ chức, cá nhân được giao khu vực biển phải nộp theo quy định tại Thông tư này;
b) Đôn đốc, hướng dẫn, kiểm tra các tổ chức, cá nhân nộp tiền sử dụng khu vực biển vào ngân sách nhà nước theo đúng thời gian quy định tại Thông tư này;
c) Giải quyết vướng mắc liên quan đến thủ tục thu nộp và hoàn trả tiền sử dụng khu vực biển;
d) Cung cấp thông tin về tình hình thu nộp tiền sử dụng khu vực biển cho Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam, Sở Tài nguyên và Môi trường biết, theo dõi;
đ) Hàng năm tổng hợp số liệu về thu tiền sử dụng khu vực biển tại địa phương để báo cáo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Tổng cục Thuế và Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.
5. Cơ quan kho bạc nhà nước
a) Thu đủ số tiền sử dụng khu vực biển vào Kho bạc Nhà nước theo thông báo nộp tiền sử dụng khu vực biển của cơ quan thuế;
b) Không được chuyển việc thu tiền sang ngày hôm sau khi đã nhận đủ thủ tục nộp tiền của người có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ tài chính;
c) Không được từ chối thu khi tổ chức, cá nhân nộp tiền sử dụng khu vực biển trong giờ làm việc và đầy đủ hồ sơ, thủ tục theo quy định.
6. Trách nhiệm của tổ chức, cá nhân nộp tiền sử dụng khu vực biển
a) Nộp tiền sử dụng khu vực biển theo đúng phương thức và thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế;
b) Quá thời hạn nộp tiền sử dụng khu vực biển theo Thông báo của cơ quan thuế mà không nộp đủ tiền sử dụng khu vực biển thì phải nộp tiền chậm nộp theo quy định tại Khoản 2 Điều 7 Thông tư này.