1. Chủ dự án phải tổ chức bộ máy kế toán, bổ nhiệm kế toán trưởng hoặc bố trí phụ trách kế toán theo quy định của pháp luật hiện hành về kế toán và hạch toán kế toán quá trình tiếp nhận và sử dụng vốn viện trợ theo Chế độ kế toán hiện hành của Việt Nam. Kế toán phải mở sổ theo dõi chi tiết theo từng chương trình, dự án viện trợ và theo từng nguồn vốn (vốn viện trợ, vốn đối ứng) và theo các khoản mục chi trong dự toán được phê duyệt. Không được hạch toán kế toán kinh phí viện trợ chung vào tài khoản kinh phí hành chính sự nghiệp của ngân sách cấp cho cơ quan, đơn vị mình.
2. Trong trường hợp Bên tài trợ có các yêu cầu về sử dụng hệ thống kế toán khác với hệ thống kế toán hiện hành của Việt Nam, hoặc có yêu cầu chuyển đổi từ hệ thống kế toán khác sang hệ thống kế toán hiện hành của Việt Nam, chủ dự án cần báo cáo ngay cho cơ quan chủ quản và Bộ Tài chính biết để hướng dẫn thực hiện phù hợp với quy định hiện hành của Việt Nam.
3. Đối với các dự án có yêu cầu phải lập các báo cáo tài chính theo mẫu của Bên tài trợ, chủ dự án phải mở thêm sổ kế toán hoặc sử dụng phần mềm kế toán thích hợp để vừa có thể báo cáo theo yêu cầu của chế độ kế toán Việt Nam và yêu cầu của Bên tài trợ.
Đối với các dự án do yêu cầu bắt buộc phải nộp chứng từ (bản gốc) cho Bên tài trợ, chủ dự án thực hiện sao chụp lại chứng từ kế toán theo quy định tại Điều 18 Nghị định số 128/2004/NĐ-CP ngày 31/5/2004 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Kế toán áp dụng trong lĩnh vực kế toán nhà nước.
4. Đối với các chương trình, dự án viện trợ chấm dứt hoạt động hoặc có quyết định giải thể, sáp nhập trong năm ngân sách, giám đốc dự án và người phụ trách kế toán phải chịu trách nhiệm giải quyết các khoản thu, chi và hoàn thành việc báo cáo quyết toán chi viện trợ đến thời điểm chấm dứt hoạt động, giải thể, sáp nhập, mới được điều chuyển đi công tác khác và chịu trách nhiệm trước pháp luật về những sai phạm (nếu có) trong thời gian thực hiện nhiệm vụ.
5. Hàng năm, các chủ dự án là các đơn vị dự toán cấp I có trách nhiệm tổng hợp và lập báo cáo quyết toán năm gửi cơ quan Tài chính cùng cấp để xét duyệt, thẩm định và thông báo quyết toán hàng năm.
a) Đối với vốn đầu tư xây dựng cơ bản: thực hiện theo Thông tư số 53/2005/TT-BTC ngày 23/6/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn lập, thẩm định báo cáo quyết toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước theo niên độ ngân sách hàng năm.
b) Đối với vốn sự nghiệp: thực hiện theo Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn xét duyệt, thẩm định và thông báo quyết toán hàng năm đối với các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp và tổ chức được ngân sách nhà nước hỗ trợ.
6. Kết thúc dự án, chủ dự án đều phải lập báo cáo quyết toán dự án hoàn thành (đối với dự án xây dựng cơ bản), báo cáo quyết toán vốn hành chính sự nghiệp (đối với dự án có tính chất chi hành chính sự nghiệp) để trình cơ quan chủ quản thẩm định và phê duyệt theo chế độ kế toán hiện hành.
a) Báo cáo quyết toán quyết toán dự án hoàn thành áp dụng theo các quy định tại Thông tư số 33/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn quyết toán dự án hoàn thành thuộc nguồn vốn Nhà nước và Thông tư số 98/2007/TT-BTC ngày 9/8/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn sửa đổi, bổ sung một số điểm của Thông tư số 33/2007/TT-BTC ngày 9/4/2007.
b) Báo cáo quyết toán vốn hành chính sự nghiệp áp dụng theo các quy định tại Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành chế độ kế toán hành chính sự nghiệp.