1. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh phải được thực hiện tại trụ sở hải quan cửa khẩu nhập đầu tiên và cửa khẩu xuất cuối cùng.
2. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa quá cảnh:
a) Tờ khai vận chuyển theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành.
Đối với hàng hóa quá cảnh không qua lãnh thổ đất liền, người khai hải quan không phải khai tờ khai vận chuyển mà thực hiện khai trên bản kê hàng hóa quá cảnh theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành: 01 bản chính.
Đối với trường hợp hàng hóa quá cảnh theo các Hiệp định về quá cảnh hàng hóa giữa Việt Nam và các nước có chung đường biên giới có quy định sử dụng chứng từ quá cảnh thì người khai hải quan không phải khai tờ khai vận chuyển mà thực hiện khai trên chứng từ quá cảnh: 01 bản chính;
b) Chứng từ vận tải: 01 bản chụp;
c) Giấy phép theo quy định của pháp luật: 01 bản chính.
3. Trách nhiệm của người khai hải quan:
a) Vận chuyển hàng hóa theo đúng tuyến đường, cửa khẩu, thời hạn quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 65 Luật Hải quan;
b) Đảm bảo niêm phong hải quan, đảm bảo nguyên trạng hàng hóa đối với trường hợp không thể niêm phong từ cửa khẩu nơi hàng hóa nhập cảnh đến cửa khẩu nơi hàng hóa xuất cảnh.
4. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan cửa khẩu nhập:
a) Tiếp nhận và xử lý hồ sơ hải quan quy định tại Khoản 2 Điều này;
b) Thực hiện niêm phong hải quan đối với phương tiện chứa hàng hóa quá cảnh;
c) Bố trí công chức hải quan giám sát trực tiếp hàng hóa quá cảnh đối với trường hợp quy định tại Điểm c Khoản 6 Điều này.
5. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất:
a) Kiểm tra các thông tin về tờ khai vận chuyển trên hệ thống dữ liệu của cơ quan hải quan;
b) Kiểm tra chứng từ quá cảnh đã có xác nhận của Chi cục Hải quan cửa khẩu nhập đối với trường hợp quá cảnh theo quy định tại các Hiệp định về quá cảnh hàng hóa giữa Việt Nam và các nước có chung đường biên giới;
c) Kiểm tra tình trạng niêm phong hải quan hoặc nguyên trạng hàng hóa để làm thủ tục xuất cảnh.
6. Giám sát hải quan đối với hàng quá cảnh
a) Hàng hóa quá cảnh phải được niêm phong hải quan, trường hợp hàng hóa không thể niêm phong được thì giao người khai hải quan chịu trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hóa;
b) Hàng hóa quá cảnh thuộc Danh mục hàng hóa cấm kinh doanh, cấm xuất khẩu, tạm ngừng - xuất khẩu, hàng hóa cấm nhập khẩu, tạm ngừng nhập khẩu; hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo giấy phép phải được giám sát bằng phương tiện kỹ thuật;
c) Hàng hóa quá cảnh là vũ khí, đạn dược, vật liệu nổ và hàng hóa có độ nguy hiểm cao phải được giám sát bằng phương tiện kỹ thuật hoặc được giám sát trực tiếp bằng công chức hải quan;
d) Trong thời gian quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam, nếu người khai hải quan thực hiện trung chuyển, chuyển tải, lưu kho, chia tách lô hàng, thay đổi phương thức vận tải hoặc các công việc khác thì phải thông báo và được sự đồng ý của cơ quan hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu trước khi thực hiện.
7. Trong trường hợp bất khả kháng mà không bảo đảm được nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan hoặc không vận chuyển hàng hóa theo đúng tuyến đường, thời gian thì người khai hải quan, sau khi áp dụng các biện pháp cần thiết để hạn chế và ngăn ngừa tổn thất xảy ra phải thông báo ngay với cơ quan hải quan để xử lý; trường hợp không thể thông báo ngay với cơ quan hải quan thì tùy theo địa bàn thích hợp thông báo với cơ quan công an, bộ đội biên phòng, cảnh sát biển để xác nhận và xử lý theo quy định của pháp luật.