1. Khi kết thúc niên độ ngân sách hằng năm, chủ đầu tư, Ban quản lý dự án lấy ý kiến xác nhận của cơ quan thanh toán để chậm nhất là ngày 28 tháng 02 năm sau lập báo cáo quyết toán thu, chi quản lý dự án theo Mẫu số 01/QT-QLDA. Chủ đầu tư tổ chức thẩm tra, phê duyệt quyết toán thu, chi quản lý dự án.
Chủ đầu tư, BQLDA quản lý một dự án có tổng mức đầu tư nhỏ hơn 15 tỷ đồng không phải lập và duyệt quyết toán thu, chi quản lý dự án hàng năm. Khi dự án được giao quản lý hoàn thành, chủ đầu tư, BQLDA lập báo cáo quyết toán chi phí quản lý dự án kèm theo chứng từ chi tiêu cùng hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành gửi cơ quan thẩm tra quyết toán phê duyệt theo quy định về quyết toán dự án hoàn thành thuộc nguồn vốn nhà nước.
2. Thời hạn thẩm tra và phê duyệt báo cáo quyết toán thu, chi quản lý dự án trong vòng 14 ngày làm việc kể từ khi chủ đầu tư nhận đủ hồ sơ thẩm tra báo cáo quyết toán thu, chi quản lý dự án theo quy định và hồ sơ đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ.
3. Hồ sơ báo cáo quyết toán:
a) Tờ trình xin phê duyệt quyết toán chi phí quản lý dự án đầu tư;
b) Mẫu số 01/QT-QLDA: Bảng tổng hợp quyết toán chi phí quản lý dự án đầu tư năm, có đối chiếu xác nhận số vốn đã thanh toán của cơ quan thanh toán;
c) Các chứng từ chi tiêu có liên quan phát sinh trong năm;
d) Bản sao các tài liệu như: quyết định giao dự toán năm, quyết định điều chỉnh dự toán trong năm (nếu có), thông báo duyệt quyết toán của năm trước.
4. Nội dung thẩm tra:
a) Thẩm tra việc sử dụng các khoản thu từ hoạt động quản lý dự án trong năm kế hoạch.
b) Thẩm tra, đối chiếu sự phù hợp giữa số liệu đề nghị quyết toán trong Báo cáo quyết toán thu, chi quản lý dự án năm kế hoạch theo Mẫu số 01/QT-QLDA với định mức được trích, chế độ chi tiêu do Nhà nước ban hành và dự toán chi phí quản lý dự án được duyệt hoặc được điều chỉnh (nếu có);
c) Thẩm tra về tính hợp pháp, hợp lệ của các chứng từ chi tiêu theo quy định hiện hành của Nhà nước.
d) Thẩm tra sự phù hợp của phân bổ giá trị quyết toán cho các dự án cụ thể thực hiện trong năm kế hoạch.
5. Quyết định phê duyệt quyết toán chi phí quản lý dự án:
a) Quyết định phê duyệt quyết toán chi phí quản lý dự án trong năm kế hoạch theo Mẫu số 01.QĐ/QT-QLDA.
b) Quyết toán chi phí quản lý toàn dự án khi dự án hoàn thành được phê duyệt chung trong Quyết định phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành.
6. Xử lý số dư kinh phí hàng năm: Đối với khoản chênh lệch nguồn thu lớn hơn chi, hoặc các khoản chi trong dự toán được duyệt nhưng chưa chi hết (khoản tiết kiệm chưa chi hết) được chuyển sang thực hiện chi ở các năm sau; đồng thời tổng hợp vào Mẫu số 02/DT-QLDA (Mục I-Nguồn kinh phí năm trước chuyển sang).
7. Phân bổ chi phí quản lý dự án hằng năm: Trường hợp Chủ đầu tư trực tiếp quản lý nhiều dự án thì chủ đầu tư thực hiện việc phân bổ chi phí quản lý của các dự án được giao quản lý theo nguyên tắc:
a) Đối với các chi phí cho công tác tư vấn; tiếp nhận, bảo quản vật tư thiết bị,... và các chi phí trực tiếp khác của dự án nào thì phân bổ trực tiếp cho dự án đó;
b) Phần chi phí quản lý chung sẽ phân bổ theo tỷ lệ tương ứng giữa tổng mức đầu tư của các dự án.
8. Khi từng dự án được giao quản lý hoàn thành, chi phí quản lý dự án được quyết toán là tổng hợp các giá trị quyết toán chi quản lý dự án đã phê duyệt hằng năm của từng dự án tương ứng.
9. Riêng đối với BQLDA đầu tư xây dựng 1 dự án: Sau khi dự án được giao quản lý hoàn thành, trường hợp số kinh phí quản lý dự án đã tạm ứng, thanh toán các năm cao hơn giá trị quyết toán chi phí quản lý dự án trong quyết toán dự án hoàn thành được cấp thẩm quyền phê duyệt thì BQLDA phải nộp ngân sách nhà nước khoản chênh lệch. Trường hợp số kinh phí quản lý dự án đã tạm ứng, thanh toán nhỏ hơn giá trị quyết toán chi phí quản lý dự án trong quyết toán dự án hoàn thành được cấp thẩm quyền phê duyệt thì Kho bạc nhà nước thanh toán cho BQLDA phần chênh lệch này theo đề nghị của BQLDA và phù hợp với quy định hiện hành. Sau khi BQLDA hoàn thành nhiệm vụ và giải thể, việc xử lý tài sản thực hiện theo quy định của pháp luật.