1. Lãnh đạo, chỉ đạo, kiểm tra công tác thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, bao gồm:
a) Ban hành quy chế, quy định nội bộ theo thẩm quyền để quản lý, điều hành và triển khai nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành;
b) Phân công nhiệm vụ cho các Phó Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Trưởng bộ phận tham mưu;
c) Tổ chức họp để thảo luận những nội dung về công tác thanh tra mà theo pháp luật, Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành phải thảo luận trước khi quyết định;
d) Chỉ đạo, phân công để triển khai thực hiện chỉ đạo, hướng dẫn về công tác thanh tra của Cơ quan quản lý nhà nước cấp trên hoặc của Chánh Thanh tra Bộ;
đ) Báo cáo Cơ quan quản lý nhà nước cấp trên hoặc Chánh Thanh tra Bộ những nội dung phải báo cáo theo quy định của pháp luật hoặc quy chế của cơ quan;
e) Định kỳ hoặc đột xuất tổ chức kiểm tra công tác thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành; kiểm tra đối với các tổ chức, cá nhân làm công tác thanh tra chuyên ngành khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc chỉ đạo của cấp trên.
2. Lãnh đạo Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn như sau:
a) Chỉ đạo, triển khai việc lập kế hoạch thanh tra hàng năm đối với cấp dưới;
b) Xây dựng kế hoạch thanh tra hàng năm trình cấp có thẩm quyền đúng thời gian quy định;
c) Điều chỉnh hoặc trình cấp trên điều chỉnh kế hoạch thanh tra theo quy định;
d) Chỉ đạo, triển khai thực hiện kế hoạch thanh tra hàng năm, kế hoạch thanh tra quý, tháng theo quy định;
đ) Có ý kiến chỉ đạo kịp thời đối với các báo cáo, kiến nghị, đề xuất của cấp dưới;
e) Không can thiệp trái pháp luật vào công tác thanh tra của cấp dưới;
g) Quyết định hoặc giao quyền ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính đúng thời gian, trình tự, thủ tục quy định;
h) Tổ chức sơ kết, tổng kết công tác thanh tra theo chỉ đạo của cơ quan cấp trên.
3. Xử lý việc chồng chéo về phạm vi, đối tượng, nội dung, thời gian thanh tra trong phạm vi quản lý nhà nước của Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành.
4. Ban hành quyết định thanh tra theo kế hoạch, thanh tra đột xuất, thanh tra lại kịp thời theo chỉ đạo của cấp trên hoặc Chánh Thanh tra Bộ và đúng quy định của pháp luật, tránh gây thiệt hại đến quyền, lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, công dân.
5. Chỉ đạo, giám sát các đoàn thanh tra thực hiện đúng kế hoạch thanh tra được duyệt.
6. Ban hành văn bản yêu cầu đối với Thủ trưởng Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành cấp dưới tiến hành thanh tra kịp thời, khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật để ngăn chặn hành vi vi phạm, tránh gây thiệt hại đến quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, công dân.
7. Kiến nghị Thủ trưởng Cơ quan quản lý nhà nước cấp trên tạm đình chỉ việc thi hành quyết định sai trái về thanh tra của cơ quan, đơn vị; xem xét trách nhiệm, xử lý người thuộc quyền quản lý của cơ quan cấp trên bảo đảm kịp thời, đúng quy định của pháp luật, tránh gây hậu quả.
8. Báo cáo về công tác thanh tra với cấp trên đúng thời hạn; chỉ đạo sử dụng, quản lý ấn chỉ, mẫu biểu đúng hướng dẫn của cấp có thẩm quyền.
9. Lựa chọn công chức để trình cấp có thẩm quyền công nhận là công chức thanh tra đúng tiêu chuẩn theo quy định.
10. Chỉ đạo thực hiện vận hành, khai thác phần mềm tInspect, công tác lưu trữ khoa học, đầy đủ theo quy định của pháp luật, hướng dẫn của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và Chánh Thanh tra Bộ.
11. Thực hiện trách nhiệm khác theo quy định của pháp luật.