1. Đối với trường hợp Nhà nước thu hồi đất và kinh phí bồi thường, giải phóng mặt bằng bố trí từ ngân sách nhà nước:
a) Trường hợp không thuộc đối tượng được miễn, giảm tiền sử dụng đất, tiền thuê đất theo pháp luật đầu tư thì không phải hoàn trả ngân sách nhà nước chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng.
b) Trường hợp được miễn tiền sử dụng đất, tiền thuê đất cho cả thời hạn thuê đất theo pháp luật đầu tư hoặc được giao đất không thu tiền sử dụng đất thì phải hoàn trả ngân sách nhà nước chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng được xác định theo quy định tại điểm d khoản này và được tính vào vốn đầu tư của dự án.
c) Trường hợp được giảm tiền sử dụng đất hoặc được miễn tiền thuê đất trong một số năm hoặc được giảm tiền thuê đất theo pháp luật đầu tư thì phải hoàn trả ngân sách nhà nước chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng được xác định theo quy định tại điểm d khoản này và được trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp.
Số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng hoàn trả đối với trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì được quy đổi ra thời gian hoàn thành nghĩa vụ tài chính về tiền thuê đất theo chính sách và giá đất tại thời điểm được Nhà nước quyết định cho thuê đất.
d) Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng mà tổ chức, cá nhân phải hoàn trả được xác định như sau:
- Trường hợp phương án bồi thường, giải phóng mặt bằng được lập, phê duyệt tương ứng với từng thửa đất, khu đất hoặc hạng mục công trình trong Khu kinh tế thì người được Nhà nước giao đất, cho thuê đất phải hoàn trả chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt.
- Trường hợp phương án bồi thường, giải phóng mặt bằng được lập, phê duyệt theo phân khu chức năng hoặc toàn bộ Khu kinh tế mà không thể tách riêng được chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng tương ứng với từng diện tích đất mà tổ chức, cá nhân được giao đất, cho thuê đất thì chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng mà tổ chức, cá nhân phải hoàn trả được xác định như sau:
đ) Chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng mà tổ chức, cá nhân được Nhà nước cho thuê đất phải hoàn trả theo quy định tại điểm b, điểm c khoản này tương ứng với thời hạn thuê đất là 50 năm. Trường hợp thời hạn thuê đất nhỏ hơn 50 năm thì số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng phải hoàn trả tương ứng với thời gian được Nhà nước cho thuê đất và được xác định như sau:
Số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng còn lại được tiếp tục phân bổ cho tổ chức, cá nhân được Nhà nước cho thuê đất tiếp theo hoặc thời gian thuê đất tiếp theo nếu được Nhà nước gia hạn sử dụng đất theo quy định của pháp luật về đất đai.
e) Ban quản lý Khu kinh tế xác định, thông báo số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng mà tổ chức, cá nhân được Nhà nước cho thuê đất phải hoàn trả theo quy định tại khoản này và thực hiện thu nộp như sau:
- Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày ký Thông báo của Ban quản lý Khu kinh tế, người sử dụng đất phải nộp tối thiểu 50% số tiền theo Thông báo.
- Trong thời hạn 60 ngày tiếp theo, người sử dụng đất phải nộp toàn bộ số tiền còn lại theo Thông báo.
- Quá thời hạn quy định nêu trên, người sử dụng đất chưa nộp đủ số tiền theo Thông báo của Ban quản lý Khu kinh tế thì phải nộp thêm một khoản tương đương với mức thu tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
2. Đối với trường hợp giao đất, cho thuê đất không thông qua hình thức đấu giá và tổ chức, cá nhân tự nguyện ứng trước tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì số tiền đã ứng trước được xử lý như sau:
a) Được khấu trừ số tiền đã ứng trước vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; mức trừ không vượt quá số tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp. Đối với số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng còn lại chưa được trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp (nếu có) thì được tính vào vốn đầu tư của dự án.
b) Trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng đã ứng trước theo phương án được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt được trừ vào tiền thuê đất phải nộp, được quy đổi theo chính sách và giá đất tại thời điểm được Nhà nước quyết định cho thuê đất và được xác định là thời gian đã hoàn thành việc nộp tiền thuê đất hàng năm.
c) Ban quản lý Khu kinh tế xác định số tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng được khấu trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất theo quy định tại khoản này cùng với việc xác định và thông báo số tiền sử dụng đất, tiền thuê đất mà người sử dụng đất phải nộp.
d) Hồ sơ đề nghị khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất được nộp tại Ban quản lý Khu kinh tế, bao gồm các giấy tờ sau:
- Văn bản của người sử dụng đất đề nghị được trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp (bản chính).
- Phương án bồi thường, giải phóng mặt bằng được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt (bản sao).
- Quyết định phê duyệt quyết toán chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng của cơ quan nhà nước có thẩm quyền (bản sao).