Việc phân bổ, quản lý, sử dụng và quyết toán kinh phí khuyến nông thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước năm 2015, Nghị định số 163/2016/NĐ-CP ngày 21 tháng 12 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính. Ngoài ra, Thông tư này hướng dẫn thêm một số nội dung như sau:
1. Đối với kinh phí khuyến nông trung ương
Căn cứ dự toán được giao, Quy chế quản lý chương trình, dự án khuyến nông Trung ương và nhiệm vụ khuyến nông thường xuyên, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện phân bổ, giao dự toán kinh phí khuyến nông trung ương cho các đơn vị trực thuộc, gửi Bộ Tài chính kiểm tra theo quy định hiện hành, đồng thời gửi Kho bạc nhà nước nơi giao dịch để thực hiện. Các đơn vị dự toán trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trực tiếp thực hiện hoặc giao nhiệm vụ, đặt hàng theo quy định tại Nghị định số 32/2019/NĐ-CP  ngày 10 tháng 4 năm 2019 của Chính phủ quy định giao nhiệm vụ, đặt hàng hoặc đấu thầu cung cấp sản phẩm, dịch vụ công sử dụng ngân sách nhà nước từ nguồn kinh phí chi thường xuyên (Nghị định số 32/2019/NĐ-CP  của Chính phủ).
2. Đối với kinh phí khuyến nông địa phương
Căn cứ dự toán được giao, Ủy ban nhân dân các cấp hoặc cơ quan quản lý nhà nước về khuyến nông ở địa phương được ủy quyền (Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn, cơ quan khác) thực hiện phân bổ, giao dự toán kinh phí khuyến nông địa phương chi tiết theo đơn vị và nội dung, gửi cơ quan tài chính cùng cấp để kiểm tra theo quy định hiện hành, đồng thời gửi Kho bạc nhà nước nơi giao dịch để thực hiện. Các đơn vị dự toán trực tiếp thực hiện nhiệm vụ hoặc đặt hàng theo quy định tại Nghị định số 32/2019/NĐ-CP  của Chính phủ.
3. Căn cứ vào dự toán chi ngân sách nhà nước của đơn vị được cấp có thẩm quyền giao, các đơn vị gửi hồ sơ, chứng từ đến Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch để thực hiện kiểm soát chi.
Kho bạc Nhà nước thực hiện kiểm soát, thanh toán các khoản chi cho dự án, nhiệm vụ khuyến nông theo quy định tại Thông tư số 161/2012/TT-BTC  ngày 02 tháng 10 năm 2012 của Bộ Tài chính về chế độ kiểm soát, thanh toán các khoản chi ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước và Thông tư số 39/2016/TT-BTC  ngày 01 tháng 3 năm 2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 161/2012/TT-BTC  và các văn bản sửa đổi, bổ sung, thay thế (nếu có).
4. Các đơn vị trực tiếp sử dụng kinh phí khuyến nông, có trách nhiệm hạch toán, quản lý, sử dụng và quyết toán kinh phí thực hiện các dự án, nhiệm vụ khuyến nông theo quy định tại Nghị định số 32/2019/NĐ-CP , Thông tư này và các văn bản có liên quan.
Đối với các dự án, nhiệm vụ khuyến nông do đơn vị thực hiện thông qua hình thức ký hợp đồng với cơ quan chủ trì, chứng từ làm căn cứ thanh, quyết toán được lưu tại cơ quan chủ trì, gồm: Hợp đồng thực hiện nhiệm vụ kèm theo dự toán chi tiết kinh phí được cấp có thẩm quyền phê duyệt; biên bản nghiệm thu; thanh lý hợp đồng; ủy nhiệm chi hoặc phiếu chi và các tài liệu có liên quan khác theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Các đơn vị trực tiếp thực hiện có trách nhiệm lưu giữ chứng từ, hợp đồng thực hiện, biên bản nghiệm thu, thanh lý hợp đồng.
5. Các đơn vị trực tiếp sử dụng kinh phí khuyến nông phải quyết toán với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hoặc cơ quan được ủy quyền (đối với kinh phí khuyến nông trung ương); quyết toán với cơ quan quản lý nhà nước về khuyến nông tại địa phương (đối với kinh phí khuyến nông địa phương).
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, cơ quan quản lý nhà nước về khuyến nông tại địa phương (Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn, cơ quan khác) gửi quyết toán năm cho cơ quan tài chính cùng cấp thẩm định. Trình tự lập, mẫu biểu báo cáo, thời gian nộp và xét duyệt báo cáo quyết toán thực hiện theo quy định tại Thông tư số 137/2017/TT-BTC  ngày 25 tháng 12 năm 2017 của Bộ Tài chính quy định xét duyệt, thẩm định, thông báo và tổng hợp quyết toán năm.