L'accertamento (diagnosi) della malattia di Creutzfeldt-Jakob (MCJ) si basa sulla storia medica, sui disturbi (sintomi) e su una serie di esami indicati dal neurologo (medico specializzato nelle malattie del sistema nervoso) per escludere altre malattie che possono avere sintomi simili come l'Alzheimer o un tumore cerebrale.
Il solo modo per confermare la presenza di MCJ è esaminare il tessuto cerebrale eseguendo una biopsia (solitamente evitata) o, più comunemente, l'esame del cervello dopo la morte.
Esami per accertare la malattia di Creutzfeldt-Jakob (MCJ)
Il neurologo per escludere altre malattie con disturbi (sintomi) simili e verificare la presenza dei segni comuni della MCJ prescrive alcuni esami che includono:

risonanza magnetica nucleare (RMN), esame che usa forti campi magnetici e onde radio per produrre un'immagine dettagliata del cervello. Può mostrare anomalie che sono particolari della malattia di Creutzfeldt-Jakob
elettroencefalogramma (EEG), registra l'attività elettrica cerebrale e può rilevare dei quadri elettrici anomali che compaiono nel cervello colpito da malattia di Creutzfeldt-Jakob
puntura lombare, procedura che prevede l'inserimento di un ago nella parte più bassa della colonna vertebrale per prelevare un campione di fluido cerebrospinale (liquido che circonda il cervello e il midollo spinale) e verificare se siano presenti alcune proteine, compresa la proteina prionica patologica, che indicano la presenza della malattia di Creutzfeldt-Jakob. Tutto ciò è possibile grazie a nuove tecniche che amplificano l'attività di conversione della proteina normale in quella mal ripiegata in presenza del prione
biopsia tonsillare, prelievo di un piccolo pezzo di tessuto dalle tonsille per cercare la proteina prionica patologica della malattia di Creutzfeldt-Jakob variante (i prioni non sono presenti nelle altre forme di MCJ)
test genetico, esame del sangue che serve a verificare una mutazione (un difetto) nel gene che produce la proteina prionica normale. Un risultato positivo può indicare una forma genetica di malattia da prione
biopsia cerebrale, durante una biopsia cerebrale il chirurgo produce un piccolo foro nel cranio e rimuove un piccolo pezzo di tessuto del cervello usando un ago molto sottile. La procedura è eseguita in anestesia generale. Poiché la biopsia cerebrale comporta il rischio di causare un danno al cervello o attacchi epilettici, è effettuata solo in pochi casi, quando c’è il sospetto che la persona non abbia la malattia di Creutzfeldt-Jakob ma qualche altra malattia curabile
brushing della mucosa nasale, l'otorino esegue una breve vasocostrizione all'interno delle cavità nasali, visualizza il cosiddetto turbinato medio e inserisce il tampone per prelevare delle cellule dalla mucosa olfattoria e verificare se al loro interno sia presente la proteina prionica patologica. La ricerca è effettuata grazie alle tecniche che amplificano l'attività di conversione della proteina normale in quella mal ripiegata in presenza del prione

La certezza che si tratti di malattia di Creutzfeldt-Jakob si basa sull'esame del tessuto del cervello dopo la morte.
Nelle persone con la malattia di Creutzfeldt-Jakob all'esame istologico si osservano:

presenza di piccoli fori nel cervello, il tessuto cerebrale al microscopio appare simile ad una spugna
perdita dei neuroni 
aumento del numero degli astrociti (cellule che forniscono nutrienti ai neuroni)
depositi di proteine prioniche, chiamati placche (nel 10% dei casi sporadici, in alcune forme ereditarie, alcuni casi di forme iatrogene e sempre nella MCJv)

L'esame biochimico prevede la purificazione della PrPp dal cervello e l'esame elettroforetico della proteina e ne evidenzia due diverse conformazioni: tipo 1 e tipo 2.