Le cause della carenza di ferro nell'organismo possono essere di natura patologica (determinate da malattie) o fisiologica, vale a dire dipendenti da una serie di condizioni normali che possono determinare un maggior “consumo” di ferro da parte dell'organismo come, ad esempio, il ciclo mestruale, la gravidanza, l'allattamento o il periodo dell'infanzia.
In questa fase, infatti, la crescita dell'organismo determina un rapido impoverimento delle riserve di ferro presenti alla nascita e, in assenza di un'alimentazione adeguata a ristabilirle, potrebbe causare l'anemia.
Nelle donne in età fertile, la più comune causa di anemia da carenza di ferro è la mestruazione abbondante (menorragia), che provoca significative perdite di sangue.
Durante la gravidanza le richieste di ferro dell'organismo triplicano, sia per la naturale espansione del numero di globuli rossi, sia per lo sviluppo del feto e della placenta.
Le cause più frequenti di anemia da carenza di ferro sono di natura patologica e possono essere distinte in due diversi tipi:

ridotta disponibilità di ferro, per mancanza di sostanze nutritive o per malattie da malassorbimento. Nei paesi occidentali, ad eccezione delle persone malate di anoressia o di bulimia, la mancanza di sostanze nutritive è rara.I casi più comuni di mancanza di ferro derivano da situazioni di malassorbimento conseguenti a diversi fattori:


malattie dell’apparatogastro-intestinale come la celiachia, la gastrite, la presenza di helicobacter pylori, la picofagia (desiderio di ingerire sostanze non nutritive: terra, sabbia, carta, gesso, legno, tessuti, ecc.), la pagofagia (desiderio di ingerire grandi quantità di ghiaccio)
cure a base di farmaci anti-acidi (indicati perla gastrite, l'ulcera peptica, la malattia da reflusso gastro-esofageo) come gli inibitori della pompa protonica (omeprazolo, lanzoprazolo, esomeprazolo, pantoprazolo) e gli H2-antagonisti (ranitidina, cimetidina, famotidina, nizatidina, roxatidina)
interventi chirurgici quali lagastrectomia, il bypass gastrico, la resezione intestinale


fattori esterni costituiti da perdite di sangue evidenti (emorragie da trauma o da fragilità vascolare) o occulte (emorragie interne), da altre malattie e/o terapie, da difetti genetici.Tra questi fattori, i più comuni sono i sanguinamenti interni del tratto gastrointestinale, presenti con maggiore frequenza nelle donne in post-menopausa e negli uomini sopra i 50 anni, che possono essere causati sia da malattie croniche (ulcera gastrica, angiodisplasia, malattie parassitarie, carcinoma gastrico e del colon-retto), sia dall'uso di farmaci anti-infiammatori non steroidei (FANS), in particolare, aspirina, indometacina, diclofenac, ibuprofene, naprossene, nimesulide

Altre malattie che possono causare la comparsa di un'anemia sideropenica sono: il morbo di Crohn, la colite ulcerosa, l'insufficienza cardiaca, l'insufficienza renale, l'artrite reumatoide, l'obesità, diverse forme tumorali e le relative chemioterapie.
Infine, vi sono le cause genetiche come quelle osservate nell'anemia sideropenica refrattaria al ferro (IRIDA, Iron Refractory Iron Deficiency Anemia) e altre malattie ereditarie molto più rare (anemia di Fanconi, deficit di Piruvato-Kinasi).