Il trattamento della sepsi varia in funzione del sito e della causa dell'infezione iniziale, degli organi interessati e della gravità dei danni provocati. In generale, ai primi segni di sepsi, anche solo sospetta, il medico di famiglia prescrive il ricovero in ospedale per gli accertamenti e le cure necessarie. In alcuni casi è necessario il ricovero immediato in un'unità di terapia intensiva.
La sepsi in ospedale è curata secondo uno schema articolato che comprende, entro un'ora dal suo accertamento (diagnosi), la somministrazione di:

antibiotici (per bocca o per via endovenosa, in base alla gravità delle condizioni)
liquidi per via endovenosa
ossigeno, se i livelli nel sangue risultano bassi

Cure d'emergenza
Il ricovero nel reparto di terapia intensiva di un ospedale è indispensabile nei casi gravi e nei casi di shock settico, in cui la pressione sanguigna precipita verso livelli pericolosamente bassi. Nelle unità di terapia intensiva, mentre si cura l'infezione, è possibile anche sostenere le funzioni vitali dell'organismo compromesse dalla sepsi come, ad esempio, la respirazione o la circolazione del sangue. In base alla gravità dei danni riportati agli organi vitali le persone colpite dalla sepsi possono trovarsi in condizioni molto critiche. Il tasso di mortalità nei casi gravi è di 4 su 10. La situazione è ancora più grave in caso di shock settico. Circa 6 persone su 10 non riescono a sopravvivere. Tuttavia, se riconosciuta e curata rapidamente, dalla sepsi, nella maggior parte dei casi, si può guarire totalmente.
Antibiotici
La principale cura per combattere la sepsi di qualunque grado è la terapia antibiotica. In genere, gli antibiotici sono somministrati direttamente in vena tramite una flebo. Idealmente, la cura antibiotica dovrebbe iniziare entro un'ora dall'accertamento della malattia (diagnosi) per ridurre il rischio di complicazioni o di morte. In genere, nell'attesa dei risultati dell'emocoltura, analisi che identifica il tipo di batteri responsabili dell'infezione, sono somministrati antibiotici ad ampio spettro in grado di combattere molte varietà di batteri e curare le infezioni più comuni. Una volta individuato il batterio responsabile dell'infezione, la cura con gli antibiotici ad ampio spettro viene sostituita da una terapia antibiotica mirata, a spettro limitato.
Infezioni virali
Se la sepsi è causata da virus, non può essere curata con gli antibiotici poiché non sono efficaci contro di essi. Tuttavia, di solito, gli antibiotici sono somministrati comunque perché sarebbe troppo pericoloso ritardare le cure in attesa dei risultati degli esami di laboratorio. In caso di un'infezione virale confermata, non sempre esiste una terapia antivirale adeguata; nella maggior parte dei casi non esistono farmaci efficaci ed è necessario attendere che il sistema immunitario combatta l'infezione.
Liquidi per via endovenosa
Le persone con la sepsi devono assumere grandi quantità di liquidi per combattere la disidratazione e l'insufficienza renale. Per questo motivo, sono somministrati liquidi per via endovenosa per almeno 24-48 ore dall'ingresso in ospedale. In caso di abbassamento della pressione sanguigna (pressione arteriosa) provocato dalla sepsi sono somministrati per via endovenosa appositi farmaci, chiamati vasopressori, e, all'occorrenza, altri liquidi che favoriscono l'aumento della pressione. Per valutare l'eventuale insufficienza renale, inoltre, è inserito un catetere nella vescica allo scopo di misurare la quantità di urina prodotta dai reni.
Ossigeno
In caso di sepsi il fabbisogno di ossigeno dell'organismo aumenta. Se la concentrazione presente nel sangue è bassa, è necessario somministrare l'ossigeno attraverso una maschera facciale o delle cannule inserite nelle narici.
Cura dell'infezione
Una volta identificata l'infezione che ha provocato la sepsi, è necessario procedere ai trattamenti necessari: drenare il pus se la causa è un ascesso, eseguire un intervento chirurgico per asportare i tessuti infetti o danneggiati, se la causa è una ferita infetta.
Altre cure
In alcuni casi possono essere necessarie ulteriori cure che includono:

somministrazione di corticosteroidi o insulina
trasfusioni di sangue
respirazione artificiale (ventilazione meccanica)
dialisi, un metodo di depurazione del sangue attraverso un apparecchio che sostituisce la funzione renale

La maggior parte di questi trattamenti è eseguita nelle unità di terapia intensiva.
Tempi di guarigione
Alcune persone guariscono dalla sepsi abbastanza velocemente. I tempi di recupero dipendono da diversi fattori:

gravità della sepsi
condizioni generali della persona
tempo di permanenza in ospedale
eventuale ricovero in un’unità di terapia intensiva

In alcuni casi si può manifestare la cosiddetta sindrome post sepsi, che comprende diversi disturbi a lungo termine, quali:

grave sonnolenza o eccessiva stanchezza
debolezza muscolare
gonfiore degli arti o dolori articolari
dolore al petto o affanno