In Italia, per legge (Decreto Ministeriale del Ministero della Salute 30 marzo 2010 che regola la balneazione) è obbligatorio effettuare controlli nelle aree a rischio di cianobatteri tossici. L’Istituto Superiore di Sanità ha redatto delle linee guida su come le autorità sanitarie devono effettuare i controlli, che sono state integrate nella normativa sulla balneazione nel 2018.
Come per le linee guida sull’Ostreopsis ovata, una delle alghe tossiche marine presenti nelle acque costiere italiane, il principale obiettivo è di prevenire e/o ridurre possibili effetti dannosi sulla salute legati al contatto con i cianobatteri tossici e, allo stesso tempo, evitare chiusure ingiustificate delle aree di balneazione. A tale scopo, è necessario controllare la densità dei cianobatteri e intraprendere diverse azioni a seconda della densità della fioritura.
Il controllo della fioritura viene effettuato con l’ispezione visiva dei luoghi in cui queste potrebbero verificarsi (ad esempio, acque ferme e ad alta concentrazione di fosforo) o in cui si sono già verificate ed effettuando prelievi e analisi periodiche di campioni di acqua.
Sono state individuate tre fasi in base alle quali stabilire la frequenza del monitoraggio e le azioni da intraprendere da parte delle autorità preposte: routine, allerta ed emergenza.
La definizione delle fasi si basa su una combinazione di densità delle cellule cianobatteriche, concentrazione di fosforo, concentrazione di cianotossine e numero di specie tossiche presenti contemporaneamente.
Nella fase di routine, il monitoraggio si esegue da giugno a settembre al massimo ogni 15 giorni. Se la densità delle cellule è inferiore a 20.000 cellule per millilitro di acqua (con specifiche condizioni descritte in dettaglio nelle Linee guida), i rischi sanitari sono trascurabili e non ci sono azioni da intraprendere. Nel caso di fioriture o di segnalazioni da parte di bagnanti di fenomeni di irritazione della pelle e degli occhi, si dovrà intensificare il monitoraggio e le autorità dovranno avviare le necessarie misure di prevenzione sanitaria e le attività previste nella fase di allerta.
Durante la fase di allerta, la popolazione deve essere informata sui possibili rischi per la propria salute ma anche sui rischi che corrono gli animali domestici che possono bere grandi quantità di acqua contaminata o, facendo il bagno, essere esposti indirettamente attraverso l’abitudine di leccarsi il pelo (ad esempio per i cani). I controlli devono valutare l’estensione della fioritura, verificare la presenza di più cianotossine, oltre alle microcistine. Potrebbero essere sconsigliate, nelle aree delimitate, attività ricreative che danno luogo a formazione di aerosol come, ad esempio, moto d’acqua, sci nautico, windsurf, canottaggio, ecc...
Il sindaco delle aree allertate deve comunicare al Ministero della Salute le misure di gestione messe in atto per informare il cittadino e prevenire esposizioni pericolose.
Se la densità dei cianobatteri continua ad aumentare, sono presenti schiume galleggianti in superficie, la concentrazione di microcistine è maggiore di una certa quantità e sono presenti più specie che producono tossine diverse, scatta la fase di emergenza.
Durante la fase di emergenza esiste il rischio di effetti più gravi derivanti da ingestione involontaria o accidentale di acqua, pertanto si deve procedere a:

attivare il piano di sorveglianza sanitaria 
analizzare qualitativamente e quantitativamente le altre tossine, oltre alle microcistine
determinare le tossine nei prodotti ittici
rimuovere le schiume tossiche, se possibile
pulire la spiaggia , in caso di spiaggiamento delle schiume
informare le autorità sanitarie, per le opportune misure di gestione
informare i cittadini
prevenire le esposizioni pericolose, con segnaletica sulla spiaggia, bollettini, sistemi informativi locali, opuscoli, ordinanze.

Queste attività devono essere comunicate al Ministero della Salute e al Ministero dell’Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare.
Cosa fare in caso di fioritura non segnalata
Nel caso l’acqua abbia colorazioni anomale ma non vi siano segnali di avviso sulla spiaggia, potrebbe essere una fioritura non segnalata.
In questo caso bisogna:

evitare di fare il bagno o altre attività ricreative in quell'area
allontanarsi dall'acqua e dall'area in cui vi è la fioritura. In caso di irritazione degli occhi o della pelle, si consiglia di recarsi presso il pronto soccorso più vicino, soprattutto se i sintomi non regrediscono spontaneamente dopo 1-2 ore
non mangiare pesci pescati nella zona della fioritura
segnalare l’evento ai gestori della spiaggia (se privata) o all'Agenzia Regionale per la Protezione Ambientale (ARPA) o all'autorità sanitaria locale, perché vengano messe in atto tutte le misure precauzionali descritte
 allontanarsi dall'acqua e dall'area esposta, in caso di irritazione degli occhi o della pelle. I sintomi dovrebbero regredire spontaneamente dopo qualche ora. In caso di persistenza, si consiglia di recarsi presso il pronto soccorso più vicino o dal proprio medico curante