Non c'è alcun esame specifico per accertare (diagnosticare) la malattia di Kawasaki. Il medico curante conferma la presenza della malattia in base ai disturbi che osserva e ad una accurata visita medica.
Si può affermare che un bambino sia colpito dalla malattia di Kawasaki se la sua temperatura corporea, per più di cinque giorni, è pari a 38°C o superiore (febbre) e se sono presenti almeno quattro disturbi (sintomi) “chiave”:

congiuntivite ad entrambi gli occhi (bilaterale) senza secrezione purulenta: occhi rossi e gonfi
alterazioni a carico della bocca o della gola: labbra secche e screpolate o lingua rossa e gonfia
alterazioni in corrispondenza di mani/piedi (estremità): mani/piedi gonfi e dolenti o pelle arrossata o desquamazione del palmo delle mani o della pianta dei piedi
macchie e rilievi sulla pelle (eruzione cutanea)
gonfiore dei linfonodi del collo

Il medico curante, per confermare che i disturbi osservati siano causati dalla malattia di Kawasaki, dovrà eseguire alcuni esami per escludere la presenza di altre malattie caratterizzate da disturbi simili come, ad esempio:

scarlattina: un'infezione batterica che causa la comparsa di tipiche macchie rosa o rosse sulla pelle (rash cutaneo)
sindrome da shock tossico: una rara infezione batterica pericolosa per la vita
morbillo: una malattia virale altamente contagiosa che provoca febbre e macchie rosso-marrone sulla pelle
mononucleosi: un’infezione virale che può causare febbre e gonfiore dei linfonodi
sindrome di Stevens-Johnson: una reazione allergica ai farmaci molto grave
meningite virale: un'infezione delle membrane protettive che avvolgono il cervello (le meningi) e del midollo spinale
lupus eritematoso: una malattia autoimmune che può causare una serie di disturbi (sintomi) tra cui stanchezza, dolori articolari e eruzione cutanea

Diversi esami, effettuati durante i primi 7-10 giorni dalla comparsa dei disturbi, contribuiscono all'accertamento (diagnosi) della malattia di Kawasaki:

analisi delle urine (per valutare la presenza di globuli bianchi)
analisi del sangue (per verificare il numero dei globuli bianchi o piastrine)
puntura lombare (prelievo di un campione di liquido cerebrospinale attraverso un ago inserito tra le vertebre della colonna vertebrale inferiore)

Seppur non determinanti se valutati individualmente, combinati con alcuni dei disturbi principali causati dalla malattia tali esami possono aiutare a confermare la diagnosi.
Poiché la malattia di Kawasaki può causare complicazioni al cuore, il bambino che ne è colpito dovrà sottoporsi ad alcune indagini:

elettrocardiogramma (ECG), esame che misura l'attività elettrica del cuore utilizzando degli elettrodi applicati sulle braccia, sulle gambe e sul torace
ecocardiogramma, analisi che utilizza delle onde sonore ad alta frequenza per produrre delle immagini del cuore visibili dal medico su uno schermo
tomografia computerizzata o angiografia cardiovascolare a risonanza magnetica, tecniche avanzate di "imaging cardiovascolare" che consentono d'identificare dilatazioni aneurismatiche, centrali o periferiche, nel sistema vascolare

Durante la fase acuta della malattia di Kawasaki (settimane 1-2), possono essere identificate diverse anomalie cardiache quali:

rapida frequenza del ritmo cardiaco (tachicardia)
versamento di liquido nella membrana che riveste il cuore (versamento pericardico)
infiammazione del muscolo cardiaco (miocardite)

La maggior parte dei casi si risolvono da sei a otto settimane dopo la manifestazione iniziale anche se, in alcuni bambini, possono insorgere ulteriori complicazioni.