L'epatite acuta C si sviluppa generalmente da 1 a 3 mesi dopo l'infezione, vale a dire dopo la penetrazione e la diffusione del virus nell'organismo. Può manifestarsi in modo assai vario; molto spesso non provoca disturbi (sintomi) o causa solo sintomi lievi e aspecifici (leggi la Bufala).
Quando sono presenti, i segnali caratteristici della sua presenza possono comprendere:

febbre
stanchezza o debolezza
colorazione giallastra della pelle (ittero), della parte bianca dell'occhio (denominata sclera; se appare di colore giallo si parla di subittero)
emissione di urine scure e di feci chiare
nausea, vomito
inappetenza
dolori addominali
dolori articolari e muscolari

L'epatite acuta ha una durata di 2-12 settimane, potendo a volte essere più o meno grave e prolungata nel tempo, ma quasi mai mortale.
Nell'epatite C acuta, l'eliminazione del virus e la guarigione avviene nel 30-50% dei casi. Le persone che hanno disturbi causati dall'infezione (malattia sintomatica), le donne e coloro che hanno particolari profili genetici per quanto riguarda alcune sostanze prodotte dall'organismo e coinvolte nella risposta immunitaria al virus, sembrano essere avvantaggiati per quanto riguarda la possibilità di eliminare l'HCV e di guarire. Se il virus persiste nell'organismo a distanza di 6 mesi dal contagio, l'infezione diventa cronica e può causare una infiammazione permanente del fegato (epatite cronica) che, col tempo, può portare anche alla cirrosi epatica e al tumore del fegato (epatocarcinoma).
L'epatite C cronica si manifesta generalmente in maniera insidiosa, progredisce lentamente e nella maggior parte delle persone i segnali della sua presenza compaiono solo quando la malattia è in stato avanzato. I disturbi (sintomi) più frequenti, che a volte vanno e vengono nel tempo con pause anche lunghe, possono comprendere:

debolezza/stanchezza
senso di malessere
difficoltà digestive
gonfiore e dolore addominale
dolori muscolari ed articolari
umore altalenante
depressione o ansia

Nella sua evoluzione la malattia, se non scoperta e/o curata entro 20-30 anni dall'infezione, può causare (10-20% dei casi) la comparsa di prurito cutaneo, perdita di peso, gonfiore e accumulo di liquido a livello delle gambe e dell'addome (ascite), facili sanguinamenti e lividi sulla pelle, macchie cutanee rossastre a forma di ragno, vomito, ittero, confusione mentale, sonnolenza, difficoltà della parola. Questi sono segni tipici che indicano lo sviluppo di una cirrosi e di una insufficienza del funzionamento del fegato più o meno grave.
La cirrosi è un'alterazione della struttura del fegato dovuta allo sviluppo di tessuto fibroso che si sostituisce alle parti funzionanti dell'organo a causa della infiammazione cronica determinata dall'epatite C. La cirrosi da HCV oltre a poter provocare complicazioni gravi e anche mortali (ad esempio, emorragie dello stomaco) può favorire lo sviluppo di un tumore del fegato (epatocarcinoma) nell’1-3% dei casi di cirrosi all'anno.
Infine, una parte consistente delle persone con epatite C cronica può sviluppare malattie a carico di altri organi, probabilmente dovute alla reazione del sistema immunitario, dette manifestazioni extraepatiche dell'epatite cronica C. Tra queste: diabete mellito, glomerulonefrite, crioglobulinemia mista (presenza di proteine anomale nel sangue), porfiria cutanea tarda (un malattia che causa fragilità della pelle e comparsa di vesciche) e linfomi.