L'esecuzione della gastroscopia, di solito, si conclude in meno di 15 minuti. Può richiedere più tempo qualora siano necessari interventi per fermare sanguinamenti, risolvere restringimenti del tratto gastrointestinale superiore oppure  rimuovere piccoli tumori o oggetti.
Di solito, è eseguita in regime ambulatoriale, non è necessario trascorrere la notte in ospedale e si può tornare a casa dopo due ore circa dalla fine dell'esame.
Preparazione all'esameIl medico che esegue la gastroscopia, in genere, informa la persona che dovrà sottoporsi all'esame della necessità di interrompere, qualche giorno prima, l'assunzione di eventuali farmaci.
In particolare, è necessario avvertire il medico se si è in cura con:

farmaci per il diabete quali, ad esempio, l'insulina o la metformina
medicinali antiaggreganti o anticoagulanti quali, ad esempio, aspirina, warfarin o clopidogrel

Poiché per visualizzare bene l'esofago, lo stomaco o il duodeno è importante che siano vuoti, è necessario non mangiare nulla nelle sei o otto ore precedenti l'esame e smettere di bere due o tre ore prima.
Esecuzione della gastroscopiaSubito prima di iniziare l'esame, alla persona che deve sottoporvisi è spruzzato in bocca un anestetico locale  per ridurre la sensibilità della gola e rendere meno fastidiosa la procedura. Se la persona è troppo ansiosa, può essere necessaria una sedazione che, pur mantenendola sveglia, ridurrà la consapevolezza di ciò che sta accadendo. Nei bambini, di solito, l'esofago-gastro-duodenoscopia è eseguita in anestesia generale.
L'esame inizia con l’inserimento dell'endoscopio nella bocca. Poi il medico chiederà di ingoiare la prima parte del tubo e guiderà l’endoscopio verso il basso, nell'esofago, nello stomaco e nel duodeno. La gastroscopia non è dolorosa, ma può essere sgradevole o fastidiosa.
Dopo la gastroscopiaAl termine dell'indagine, se non sono stati somministrati sedativi, di solito è possibile tornare subito a casa. Se, invece, sono stati utilizzati è necessario rimanere nell'area detta di “risveglio” e riposare per circa due ore, fino a quando l'effetto dei farmaci non sarà terminato. In questo caso, è importante essere accompagnati a casa da un familiare o da un amico. Inoltre, poiché si potrebbero verificare episodi di sonnolenza nelle 24 ore successive all'esame, è sconsigliabile guidare, lavorare o bere alcol durante tale periodo.
RischiLa gastroscopia è un'indagine abbastanza sicura ma, come tutte le procedure mediche, seppur raramente può causare alcune complicazioni:

reazioni indesiderate (avverse) al sedativo consistenti in lievi problemi respiratori
disturbi della frequenza cardiaca e della pressione sanguigna
sanguinamento di esofago, stomaco o duodeno
infezioni del tratto gastrointestinale
perforazioni di esofago, stomaco o duodeno

Alcuni disturbi (sintomi) possono indicare l'insorgenza di una complicazione:

febbre
dolore al petto
fiato corto
feci di colore rossastro, nero o molto scuro
difficoltà a deglutire
dolore addominale continuo
vomito con presenza di  sangue

Se questi disturbi compaiono subito, o poco dopo, aver effettuato una gastroscopia è necessario contattare subito il medico o, qualora non fosse possibile, recarsi al pronto soccorso.