Storicamente la medicina ha sempre messo l'uomo al centro degli studi, limitando la salute femminile ai soli aspetti relativi alla riproduzione. Solo recentemente è diventato chiaro come lo sviluppo della medicina, avvenuto attraverso studi condotti quasi solo su uomini, si fosse basato sull'idea di proteggere la donna e sull'errato pregiudizio scientifico che fosse diversa dall'uomo solo per le dimensioni.
L'applicazione della medicina di genere è recentissima: nel 1991, per prima, la cardiologa americana Bernardine Healy, direttore del National Institute of Health (NIH), pubblicò un articolo sull'importante rivista scientifica New England Journal of Medicine, intitolato “The Yentl syndrome”. L'articolo metteva in evidenza le differenze nella cura di uomini e donne con la stessa malattia cardiaca. Infatti, l'errata convinzione che fosse una malattia tipicamente maschile portava a ritardi negli accertamenti (diagnosi) e nella cura nelle donne e, quindi, a terapie inappropriate e discriminatorie.
Da quel momento a livello mondiale è cominciata una graduale, seppure lenta, crescita di questo nuovo approccio alla medicina. L'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS), insieme ad altri organismi internazionali, ha riconosciuto il genere come uno dei fattori fondamentali nel determinare la salute o la malattia.
Nel 2009 l'OMS ha istituito un Dipartimento attento alle disparità di genere e, successivamente, ha stabilito il genere come tema imprescindibile della programmazione sanitaria 2014-2019. Contemporaneamente anche in Europa diversi organismi hanno contribuito ad affermare come il genere sia una fondamentale variabile di salute e malattia, in particolare attraverso il programma Europa 2020 volto al raggiungimento di un'uguaglianza di genere.
Nel 2014 la Legge americana ha stabilito l'importanza di garantire una rappresentanza bilanciata tra uomini e donne nelle sperimentazioni cliniche di farmaci e prodotti medicali.
Negli stessi anni in Italia si è cominciato a porre l'attenzione sulla medicina di genere per l'interessamento dei Ministeri delle Pari opportunità e della Salute con il contributo dell'AIFA, dell'AGENAS e dell'Istituto Superiore di Sanità (ISS). Nel 2011 l'Istituto Superiore di Sanità ha costituito un gruppo di lavoro all'interno del Dipartimento del Farmaco e successivamente, nel 2017, ha istituito il “Centro nazionale di riferimento per la medicina di genere”, primo in Europa in questo ambito. In Italia è stata inoltre costituita una rete di attiva collaborazione per il sostegno della Medicina di Genere che comprende, oltre all'ISS, il Centro Studi Nazionale su Salute e Medicina di Genere e il Gruppo Italiano su Salute e Genere (GISeG), alcune Università, numerose Federazioni mediche, Società e Associazioni scientifiche, nonché alcune Regioni che hanno inserito il concetto di genere nei Piani Socio Sanitari Regionali.
All'inizio del 2018 l'approvazione della Legge n. 3, pubblicata sulla Gazzetta Ufficiale il 15 febbraio 2018, ha inserito definitivamente il concetto di genere nel Servizio Sanitario Nazionale, con l'articolo 1 “Normativa in materia di sperimentazione clinica” e l'articolo 3 “Applicazione e diffusione della medicina di genere”.