La terapia per la fibrillazione atriale include l'assunzione di farmaci per ridurre e/o normalizzare la frequenza del cuore e ridurre il rischio di ictus; le procedure per ripristinare il normale ritmo cardiaco sono, oltre agli antiaritmici, la cardioversione, l'ablazione transcatetere, l'impianto di un pacemaker.
È possibile essere seguiti dal proprio medico curante o da uno specialista (cardiologo). Il piano di cura è stilato assieme al malato che deve cooperare con i medici per trovare il trattamento più appropriato alle sue esigenze.

I fattori da prendere in considerazione sono:

età
condizioni generali di salute
tipo di fibrillazione atriale
sintomi
presenza di una causa scatenante che necessita di trattamento
comorbidità (presenza di più patologie)

Il primo passo consiste nel trovare la causa della fibrillazione atriale. Se è individuata può essere sufficiente intervenire solo su di essa. Ad esempio, in caso di ipertiroidismo i farmaci impiegati per la cura di questo disturbo dovrebbero essere in grado di risolvere anche la fibrillazione atriale.
Se invece non si riesce ad identificare la causa di fondo, le opzioni di cura sono:

farmaci anticoagulanti che riducano il rischio di ictus
farmaci antiaritmici che tengano sotto controllo la fibrillazione atriale e potenzialmente possano ripristinare e mantenere il ritmo sinusale
cardioversione elettrica (trattamento che preveda l'uso di impulsi elettrici)
ablazione transcatetere

Farmaci
Esistono diversi farmaci antiaritmici che possono controllare la fibrillazione atriale:

ripristinando il normale battito cardiaco
controllando la frequenza del battito

La scelta del farmaco antiaritmico dipende dal tipo di fibrillazione atriale, dalle altre malattie preesistenti, dagli effetti collaterali del farmaco prescelto e da quanto la fibrillazione migliori dopo la somministrazione.
Gli antiaritmici, che tendono a normalizzare il battito cardiaco, appartengono a varie classi ed esplicano la loro azione attraverso meccanismi differenti.Gli antiaritmici di classe I agiscono sui canali del sodio (cioè i canali che regolano l’entrata e l’uscita degli ioni sodio). Appartengono a questa classe la chinidina e la procainamide (classe IA) la lidocaina (IB) e la flecainide e il propafenone (IC).
Gli antiaritmici di classe II sono principi attivi ad azione β-bloccante, cioè capaci di bloccare dei recettori, i recettori β-adrenergici (ad esempio il propanololo).
Gli antiaritmici di classe III agiscono attraverso il blocco dei canali del potassio, cioè i canali che regolano l'entrata e l'uscita del potassio dalle cellule cardiache (ad esempio il l'amiodarone) mentre quelli di classe IV esercitano la loro attività attraverso il blocco dei canali del calcio (ad esempio il verapamil).
Importanti sono anche altri farmaci come l'adenosina che agisce direttamente sul nodo atrioventricolare che crea e conduce un impulso elettrico dagli atri ai ventricoli determinando la contrazione adatta ad inviare sangue tutto l'organismo e i glicosidi digitalici (che agiscono aumentando il livelli di sodio nelle cellule cardiache e sono utilizzati nella fibrillazione e nel flutter atriale per ridurre la frequenza cardiaca).
Il rischio di ictus
Il modo in cui il cuore batte in caso di fibrillazione atriale implica il rischio di formazione di coaguli di sangue nelle camere cardiache. Se questi entrano nel flusso sanguigno, possono essere causa di ictus.
Il medico valuta il rischio e cerca di ridurre al minimo la probabilità che ciò possa verificarsi. In particolare, prende in considerazione l'età e la precedente comparsa (pregressi) di:

ictus o tendenza alla formazione di coaguli di sangue
problemi alle valvole cardiache
scompenso cardiaco
ipertensione arteriosa
diabete
malattie cardiache (cardiopatia ischemica)

A seconda dell'entità del rischio di ictus, possono essere prescritti dei farmaci anticoagulanti: i TAO, Terapia Anticoagulante Orale, (warfarin e altri anti-vitamina K), che inibiscono la sintesi epatica dei fattori di coagulazione mediante l'inibizione dell'assorbimento della vitamina K; questi farmaci sono molto efficaci, ma il profilo di efficacia può essere influenzato dall'interazione con altri farmaci o con alimenti ricchi di vitamina K); richiedono monitoraggio frequente dell'anticoagulazione; i NAO, nuovi anticoagulanti orali (rivaroxaban, apixaban, dabigatran), inibitori diretti della trombina, che consentono di mantenere il sangue scoagulato senza la necessità di controlli frequenti sull'anticoagulazione, ma presentano controindicazioni importanti, come l’età anziana, l'insufficienza renale, le patologie valvolari di grado severo.In questi casi è necessario valutare il pericolo che possano verificarsi emorragie sia prima di prendere il medicinale, sia durante la sua assunzione.
L'aspirina non è raccomandata nella prevenzione di ictus causati da fibrillazione atriale.
La cardioversione elettrica, in genere praticata nelle strutture ospedaliere, può essere raccomandata in alcuni casi di fibrillazione atriale. Essa comporta l'applicazione di stimoli elettrici controllati, nel tentativo di ripristinare il normale ritmo cardiaco.
Se la fibrillazione atriale si protrae da più di due giorni, la cardioversione può aumentare il rischio di formazione di coaguli. In questo caso, sono somministrati anticoagulanti per tre o quattro settimane prima di effettuarla e, in seguito, per almeno altre quattro settimane per ridurre al minimo il rischio di ictus.
Oppure, senza aspettare le tre-quattro settimane di anticoagulazione si esegue un esame ecocardiografico transesofageo che escluda la presenza di trombosi atriali o intra-auricolare (appendice che rappresenta un prolungamento dell'atrio) e se l’esame è negativo si può procedere rapidamente alla cardioversione elettrica.
L’assunzione di anticoagulanti può essere sospesa dopo un mese da una cardioversione eseguita con successo. In alcuni casi, però, può essere necessario continuare a prenderli se il rischio di una nuova fibrillazione atriale è alto, in presenza di alto rischio di ictus e in caso di un'anamnesi positiva per episodi ricorrenti di fibrillazione.
Ablazione transcatetere
L'ablazione transcatetere è una procedura mirata a distruggere selettivamente la parte di cuore malata e a interrompere i circuiti elettrici anomali. È presa in considerazione nei casi in cui i farmaci non siano efficaci o non vengano tollerati.
Il catetere (sonda sottile e morbida) è guidato attraverso una vena fino al cuore, dove viene registrata l’attività elettrica. Una volta rintracciata la fonte dell’anomalia, una fonte di energia, ad esempio onde radio ad alta frequenza che generano calore, è utilizzata tramite il catetere ablatore per distruggere il tessuto.
Questa procedura può durare circa due, tre ore e, di solito, è praticata in anestesia generale.
La ripresa dopo l'ablazione transcatetere di norma è rapida e, in genere, si può tornare a svolgere le normali attività quotidiane sin dal giorno dopo. Per le due settimane successive, però, è sconsigliato sollevare pesi e mettersi alla guida di veicoli.