La condroitina è un polisaccaride ad alto peso molecolare, vale a dire una lunga catena composta da molecole di zucchero. In particolare, è costituito da sequenze alternate di molecole di D-glucuronato e residui di N-acetil-D-galattosamina-4/6-solfato (due zuccheri diversi).
All'interno dei tessuti del corpo la condroitina solfato è legata al calcio, elemento verso cui ha grande affinità, oppure è combinata con proteine in complessi detti mucoidi.
In base alle caratteristiche chimiche e fisiche, e alla tendenza a formare complessi proteici, si distinguono diversi tipi di condroitina solfato:

condroitin-4-solfato (condroitina solfato A)
dermatan solfato (condroitina solfato B)
condroitin-6-solfato (condroitina solfato C)
condroitin-2,6-solfato (condroitina solfato D)
condroitin-4,6-solfato (condroitina E)

La condroitina solfato A si trova principalmente nella cartilagine, le varietà B e C sono presenti nei tendini, nelle valvole cardiache, nell'aorta e nella pelle, mentre le varietà C, D ed E sono importanti nella formazione del tessuto osseo. Come la glucosamina, la condroitina solfato rientra tra i componenti essenziali che costituiscono la cartilagine delle articolazioni conferendole una elevata resistenza alla compressione.
La sua funzione fisiologica è quella di mantenere l'elasticità della cartilagine stessa, prevenirne la degradazione e attenuare le infiammazioni riducendo la produzione e l'attivazione di mediatori dell'infiammazione nelle cellule che producono i componenti della cartilagine (condrociti). La condroitina solfato contenuta nelle preparazioni commerciali viene estratta dalla cartilagine di mucca (in genere della trachea) o di squalo.
In Italia la condroitina solfato è indicata per la cura dei disturbi (sintomi) causati dall'artrosi (o osteoartrite) del ginocchio e dell'anca ed è disponibile come specialità medicinale ottenibile dietro presentazione di ricetta medica ripetibile (classe C). Viene presa per bocca e la dose giornaliera consigliata è di 800 - 1200 milligrammi (mg), in pratica 2 o 3 compresse da 400 mg da prendere per periodi di 3 mesi intervallati da periodi di interruzione.
Per stabilire il dosaggio e i tempi più adeguati per la specifica malattia va sempre consultato il medico di fiducia o lo specialista.
La condroitina solfato, da sola o in combinazione con glucosamina e/o altri componenti quali il metilsulfonilmetano (MSM), è disponibile anche come integratore alimentare, forma che non necessita di prescrizione medica per essere acquistata e, generalmente, ha dosaggi più bassi di quelli presenti nelle preparazioni che necessitano di ricetta medica.
Sotto forma di integratore è ampiamente usata per attenuare il dolore e la rigidità articolare nell'artrosi. La sua attività è complementare a quella della glucosamina, per questo le due sostanze vengono spesso assunte in combinazione. Va considerato che integratori diversi, di marca diversa, possono contenere quantità differenti di questi composti, anche molto al di sotto della dose farmacologicamente attiva, e ciò può influenzare largamente l'efficacia del trattamento. La condroitina si può trovare anche sotto forma di pomata, sebbene non vi siano prove che possa essere assorbita dalla pelle.
L'Autorità Europea per la Sicurezza Alimentare (EFSA) non fornisce indicazioni specifiche per i prodotti a base di condroitina e condroitina solfato, non essendovi prove scientifiche sufficienti a giustificare una relazione di causa-effetto tra l'assunzione di questo composto e il mantenimento di una normale cartilagine.
È, comunque, riconosciuta la sua capacità di alleviare il dolore e migliorare la funzione articolare. Sebbene i tempi impiegati per avere un effetto siano molto più lunghi di quelli dei comuni farmaci antidolorifici o antiinfiammatori (qualche mese, in base alla risposta individuale), gli effetti collaterali sono molto contenuti.
La condroitina solfato, in combinazione con acido ialuronico e altri composti naturali, quali curcumina e quercetina, viene anche utilizzata per il controllo della cistite interstiziale (infezione delle vie urinarie), poiché contribuisce al ripristino dell'integrità del tessuto che compone l'uretra (urotelio) e esercita un'attività antiinfiammatoria e antidolorifica.