I disturbi (sintomi) causati dalla malattia di Kawasaki si sviluppano in tre fasi comprese in un periodo di sei settimane.
Fase 1. Acuta (1-2 settimane). I disturbi (sintomi) compaiono improvvisamente e possono essere gravi. Comprendono:

 temperatura alta (38°C o superiore), che rappresenta il primo e più comune sintomo della malattia di Kawasaki e, a volte, può manifestarsi con alcune caratteristiche:


non rispondere agli antibiotici o ai farmaci come l'ibuprofene o il paracetamolo, generalmente utilizzati per ridurre la febbre
essere presente per almeno cinque giorni e, senza cure adeguate, durare sino a 11 giorni. In alcuni rari casi, può permanere fino a tre o quattro settimane
avere un andamento altalenante, con momenti in cui è presente e altri in cui è assente. Può raggiungere un massimo di 40°C


eruzione cutanea (macchie rosse sulla pelle), solitamente inizia nella zona genitale per poi diffondersi al torace, alle braccia, alle gambe e al viso. Le macchie rosse si presentano sporgenti e dure (in assenza di vesciche).La pelle sulle dita delle mani o dei piedi può diventare rossa e dura, e le mani e i piedi possono gonfiarsi (edema). La persistenza dell’arrossamento alle estremità e, soprattutto, l’edema può provocare un dolore al tatto che rende i bambini riluttanti a camminare o a gattonare
congiuntivite bilaterale senza secrezione purulenta, entrambi gli occhi diventano rossi e si gonfiano in assenza di dolore. A differenza della normale congiuntivite che causa infiammazione del sottile strato di cellule che ricopre la parte bianca dell'occhio (congiuntiva), non compare la fuoriuscita di liquido (secrezione purulenta)
dislipidemia serica, dovuta ad un aumento dei livelli di colesterolo buono (HDL). Essa agisce come un fattore di rischio cardiovascolare e sembra correlare positivamente con la presenza di aneurisma dell'arteria coronarica
altri sintomi, le labbra possono diventare rosse, secche o screpolate, gonfie e sanguinanti. L'interno della bocca e la gola possono essere infiammati. La lingua può apparire rossa, gonfia e coperta di piccoli grumi, aspetto noto anche come lingua a fragola. Le ghiandole linfatiche (linfonodi) presenti su entrambi i lati del collo possono gonfiarsi. I linfonodi sono parte del sistema di difesa del corpo contro le infezioni (sistema immunitario) e, nella malattia di Kawasaki, possono raggiungere più di 1,5 centimetri di larghezza provocando dolore

Fase 2. Sub-acuta (2-4 settimane). La febbre diminuisce, ma il bambino è irritabile e sente dolore. I disturbi (sintomi) diventano meno gravi, ma più duraturi e includono:

desquamazione della pelle delle dita delle mani e dei piedi che, a volte, può manifestarsi anche sul palmo delle mani o sulla pianta dei piedi
dolore addominale 
vomito
diarrea
urina contenente pus (un materiale più o meno denso caratterizzato dalla presenza di numerosissime cellule, i leucociti, di frammenti di tessuti morti e di batteri)
sensazione di sonnolenza e mancanza di energia (stato letargico)
mal di testa
dolori e gonfiori articolari 
ingiallimento della pelle e della parte bianca degli occhi (ittero)
trombocitosi (aumento del numero di piastrine dovuto ad un difetto di morte di queste cellule)

Alcune complicazioni hanno più probabilità di verificarsi durante la seconda fase della malattia di Kawasaki.
Fase 3. Convalescenza (settimane 4-6). I disturbi (sintomi) cominciano a migliorare e tutti i segni della malattia tendono a scomparire. Tuttavia, il bambino può ancora manifestare una mancanza di energia e stanchezza (astenia).
Raramente in questa fase si manifestano le complicazioni cardiache.