I farmaci antiparassitari sono impiegati nel trattamento delle malattie parassitarie, dovute a infestazioni da Protozoi (rizopodi, flagellati, sporozoi), da Eumetazoi (elminti) e da Artropodi (aracnidi, insetti, ecc). Vengono utilizzati per il trattamento di infezioni protozoarie come l'amebiasi, la giardiasi, la leishmaniosi, la tricomoniasi, la tripanosomiasi e la malaria; per il trattamento delle infezioni da elminti (responsabili dei cosiddetti 'vermi' nell'intestino) e per il trattamento delle infezioni veicolate da morsi e punture degli Artropodi. Possono avere azione sia terapeutica che preventiva (come accade ad esempio nel caso della malaria).
I farmaci antiprotozoari agiscono selettivamente sul parassita secondo diversi meccanismi:
chinina, clorochina, meflochina, metronidazolo, pentamidina (e altri) inibiscono la sintesi degli acidi nucleici;
trimethoprim, sulfadossina, dapsone (e altri) inibiscono la sintesi dei cofattori;
la tetraciclina inibisce la sintesi delle proteine;
l'amfotericina B destabilizza la membrana cellulare;
la primachina interferisce con il metabolismo energetico cellulare.
I farmaci antiprotozoari risultano relativamente tossici per l'organismo ospite perché alcuni (come chinina, clorochina, meflochina, pentamidina, tetraciclina) sono in grado di concentrarsi nel parassita; altri (metronidazolo) vengono attivati dal parassita stesso; altri ancora (sulfadossina, dapsone) hanno il bersaglio d'azione presente esclusivamente nel parassita.
I farmaci antielmintici agiscono selettivamente sul parassita secondo diversi meccanismi:
i benzimidazoli interferiscono con la funzione dei microtubuli;
l'ivermectina inibisce le funzioni neuromuscolari;
il diclorofene interferisce con il metabolismo energetico.
I farmaci antielmintici risultano relativamente tossici per l'ospite poiché, come capita ad esempio nel caso dei benzimidazoli, sono in grado di discriminare tra bersaglio nell'ospite e bersaglio nel parassita.

Come si assumono gli antiparassitari?
Gli antiparassitari vengono commercializzati sotto forma di compresse, di polvere per sospensione orale oppure di soluzioni per iniezioni. Esistono inoltre creme che permettono l'uso topico di questi medicinali in grado di garantire una remissione delle eventuali manifestazioni cutanee di alcune patologie parassitarie.
Gli antiparassitari devono sempre essere utilizzati dietro prescrizione medica e dietro attento monitoraggio medico seguendo strettamente le indicazioni riguardo alla posologia e alle modalità di assunzione. Non farlo potrebbe ridurre l'assorbimento del farmaco o rendere inutile il trattamento, oltre a stimolare lo sviluppo del fenomeno della farmaco-resistenza.
La durata dei trattamenti varia da caso a caso: alcune infezioni (come la Giardiasi e Tricomoniasi, ad esempio, dovute a protozoi flagellati), possono richiedere 5-7 giorni di terapia, mentre altri tipi di trattamento – come quello per la profilassi della malaria, infezione protozoaria da sporozoi – prevedono una modalità di assunzione dei farmaci da 24-48 ore prima dell'arrivo nella zona a rischio fino a 7 giorni dopo averla lasciata.
Va ricordato che l'uso poco accorto o addirittura indiscriminato di alcuni farmaci ha selezionato, nel tempo, ceppi di parassiti poli-resistenti (vedi l'esempio di Plasmodium falciparum, protozoo responsabile della forma più letale di malaria verso la clorochina, farmaco efficace sia in terapia che nella profilassi della malaria, ben tollerato ed economico, e verso altri farmaci oggi praticamente inefficaci).

Controindicazioni
I farmaci antiparassitari curano patologie molto differenti tra loro in quanto a gravità, e la loro assunzione può dar vita effetti collaterali molto variegati, da una "semplice" cefalea con vomito a ripercussioni sul sistema nervoso centrale e cardiovascolare. In generale, comunque, a causa dell'utilizzo di questi farmaci si può incorrere in:
disordini metabolici: disfunzioni epatiche e renali.
disturbi centrali: febbre, emicrania, tremori, convulsioni, coma, sopore, parestesie, reazioni tossiche riguardanti sistema cardiovascolare, sistema neuromuscolare e sistema nervoso centrale;
disturbidermatologici: prurito, orticaria;
disturbigastrointestinali: nausea, vomito, diarrea, dolori addominali;
disturbi muscolo-scheletrici: dolori muscolari e articolari, debolezza muscolare, rigidità articolare;
In gravidanza e allattamento la somministrazione di antiparassitari richiede un'attenta valutazione dei benefici clinici e dei rischi potenziali per mamma e nascituro. Controindicazioni sussistono anche in caso di pazienti con cardiopatie, nefropatie ed epatopatie.

I principali antiparassitari sono:
Albendazolo
Alofantrina
Antimoniato di meglumina
Artemisinina
Atovaquone
Clorochina
Dietilcarbamazina
Iodochinolo
Meflochina
Pentamidina
Praziquantel 
Primachina
Proguanil