Le cause che provocano problemi alla tiroide variano a seconda del sintomo che si manifesta. Ci sono comunque alcuni fattori comuni che possono aumentare il rischio di sviluppare un mal funzionamento della tiroide, alcuni di questi sono:

genere, le donne hanno una probabilità superiore degli uomini di sviluppare una disfunzione tiroidea
età, dopo i 50 anni aumenta il rischio
precedenti familiari o personali, il rischio aumenta se si sono avuti problemi alla tiroide durante la gravidanza, oppure se alcuni familiari ne hanno sofferto
fumo, i fumatori, o ex fumatori, hanno un rischio maggiore di sviluppare una disfunzione tiroidea autoimmune
assunzione di alcuni farmaci o particolari trattamenti
insufficiente assunzione di iodio con la dieta o, al contrario, uso eccessivo di integratori di iodio o naturali (leggi la Bufala)

Oltre a queste cause generali, ve ne sono altre specifiche per ciascun disturbo.
Ipotiroidismo
Le cause di ipotiroidismo possono essere:

carenza di iodio, nel mondo è la principale causa di ipotiroidismo, soprattutto nei paesi sottosviluppati. La tiroide ha bisogno di iodio per formare gli ormoni tiroidei. In natura la fonte principale di iodio è rappresentata dagli alimenti, tuttavia spesso lo iodio così introdotto è insufficiente a raggiungere il fabbisogno quotidiano. L’Organizzazione Mondiale della Sanità ha, quindi, invitato le popolazioni a consumare sale arricchito con iodio per compensarne la carenza nutrizionale (Osservatorio Nazionale per il Monitoraggio della Iodoprofilassi in Italia, OSNAMI)
malattie autoimmuni (tiroidite cronica autoimmune o di Hashimoto), sono le più frequenti cause di ipotiroidismo, in cui il sistema immunitario attacca per errore le cellule tiroidee causando una riduzione degli ormoni tiroidei 
asportazione della tiroide in seguito a trattamenti per noduli, cancro o ipertiroidismo resistenti alle cure mediche
trattamento radioattivo in seguito a ipertiroidismo, gozzo o cancro
danni all'ipofisi (ghiandola che controlla la tiroide) per tumori o per trattamento chirurgico o con radioterapia. Se l'ipofisi è danneggiata la tiroide non produce ormone tiroideo
tiroidite, infiammazione della tiroide causata da una reazione autoimmune (quando il sistema immunitario attacca per errore cellule, organi o apparati del suo stesso organismo) o da un'infezione virale. La tiroidite virale può essere temporanea
assunzione di farmaci come litio, amiodarone e interferone
ipotiroidismo congenito, 1 neonato su 3000-4000 può nascere senza tiroide, con una tiroide piccola o con una tiroide posta in un sito diverso dal normale (tiroide ectopica). Si parla in questo caso di Ipotiroidismo Congenito (IC). La mancanza prolungata di ormone tiroideo fin dalla nascita può portare gravi danni a tutti gli organi e sistemi del corpo. Un'adeguata e tempestiva diagnosi è oggi possibile attraverso lo screening neonatale (Registro Nazionale Ipotiroidei Congeniti, RNIC)

Ipertiroidismo
Le cause possono essere diverse:

morbo di Basedow-Graves, è la causa più comune di ipertiroidismo. Si tratta di una malattia autoimmune in cui il sistema immunitario attacca per errore la tiroide inducendola a produrre troppi ormoni tiroidei. Il morbo di Basedow-Graves può manifestarsi a qualsiasi età ed è più frequente nei fumatori. Si ritiene che una combinazione di fattori genetici e ambientali sia la causa di questo morbo
tiroiditi (infiammazioni della tiroide), possono causare livelli anormali (alti o bassi) di ormoni tiroidei nel sangue
noduli alla tiroide, in alcuni casi iniziano a produrre ormoni tiroidei causando i sintomi tipici dell'ipertiroidismo
uso di integratori di iodio, lo iodio contenuto nel cibo è utilizzato dalla tiroide per produrre ormoni, quindi l'assunzione non controllata di integratori di iodio può stimolare l'attività della tiroide
assunzione di amiodarone, questo farmaco, impiegato per controllare il battito cardiaco irregolare, contiene una gran quantità di iodio che può indurre alterazioni della funzione tiroidea
cancro follicolare della tiroide, è provocato dalla crescita anomala di un gruppo di cellule della tiroide che iniziano a produrre ormoni tiroidei

Gozzo
Le cause possono essere:

carenza di iodio nella dieta, un consumo adeguato di iodio garantisce la corretta funzione della tiroide.
se non si assumono quantità sufficienti di iodio, la tiroide diventa poco attiva e aumenta di dimensioni per produrre più ormoni tiroidei
ipotiroidismo, in questa condizione in cui non c'è abbastanza produzione di ormoni tiroidei, l'ipofisi stimola la tiroide attraverso l’ormone tireo-stimolante (TSH) inducendo la tiroide ad aumentare di dimensioni
ipertiroidismo, una condizione in cui la ghiandola tiroidea produce troppi ormoni tiroidei alla quale corrisponde un aumento di volume della ghiandola
pubertà, gravidanza e menopausa, i cambiamenti nei livelli ormonali che si verificano durante queste fasi della vita possono modificare la funzione della ghiandola tiroidea
noduli tiroidei, formazioni solide o piene di liquido che si formano all'interno della ghiandola stessa
tiroiditi, nella tiroide si crea un processo di infiammazione che può causare livelli anormali (alti o bassi) di ormoni tiroidei nel sangue
tumori della tiroide, provocato dalla crescita anomala di un gruppo di cellule tiroidee

Il gozzo può colpire chiunque ma è più comune nelle donne e nelle persone sopra i 40 anni. Altri fattori di rischio possono essere:

fumo, il tabacco contiene una sostanza chimica chiamata tiocianato, che può interferire con la capacità del corpo di utilizzare lo iodio, quindi le persone che fumano e seguono una dieta carente di iodio sono particolarmente a rischio
assunzione di farmaci come gli immunosoppressori e il litio
esposizione alle radiazioni

Noduli
Diverse condizioni sono state associate allo sviluppo di noduli tiroidei:

carenza di iodio nell'alimentazione
crescita eccessiva di tessuto tiroideo normale (adenoma tiroideo), non è considerata grave a meno che la sua dimensione non provochi sintomi fastidiosi
tiroiditi, l'infiammazione della tiroide può causare la formazione o l'aumento di noduli, e spesso associarsi ad una ridotta attività della ghiandola tiroidea (ipotiroidismo)
cancro alla tiroide, le probabilità che un nodulo tiroideo sia maligno sono poche, tuttavia il rischio è più elevato in presenza di familiari con patologie tiroidee

Tiroiditi
La causa della tiroidite di Hashimoto non è chiara. Sembra, però, che possa essere di origine genetica, combinata probabilmente con altri fattori come il diabete di tipo 1. È frequente nelle donne in età compresa tra i 30 e i 50 anni.
La tiroidite di De Quervain (chiamata a volte tiroidite subacuta) è probabilmente scatenata da un'infezione virale, ad esempio la parotite o l'influenza. Questo tipo di tiroidite è più frequente nelle donne di età compresa tra i 20 e i 50 anni.
La tiroidite post-partum è una disfunzione della tiroide che insorge entro un anno dal parto e sembra legata al ritorno alla norma del sistema immunitario che è normalmente depresso durante la gravidanza, per cui si rendono evidenti situazioni di autoimmunità verso la tiroide.
Per quanto riguarda la tiroidite di Riedel, si discute ancora se sia una forma avanzata della tiroidite di Hashimoto oppure una malattia diversa.
Alcune tiroiditi sono causate da farmaci, tra cui l'interferone, l'amiodarone, il litio e medicinali che si utilizzano per la cura di alcuni tipi di cancro.
Vi sono, poi, alcune tiroiditi (tiroidite acuta o infettiva), molto rare, scatenate da infezioni batteriche associate ad un sistema immunitario indebolito.
Tumore alla tiroide
I fattori rischio sono:

esposizione ad alti livelli di radiazioni
alcune sindromi genetiche ereditarie, il cancro midollare della tiroide, neoplasia endocrina multipla e poliposi adenomatosa familiare
gozzo, caratterizzato da numerosi noduli benigni della ghiandola che può, in alcuni casi, predisporre alla trasformazione maligna delle cellule
recidiva di tumore alla tiroide 
mancanza di iodio, la frequenza di carcinomi tiroidei sembra essere maggiore nelle aree in cui lo iodio è carente