La Direttiva 2006/7/CE, che integra aspetti ambientali e sanitari, ha introdotto profonde modifiche nella gestione delle acque di balneazione e ha garantito un livello elevato di protezione della salute dei bagnanti. La Direttiva è stata elaborata in modo da tener conto delle altre normative in vigore nel settore delle acque (in particolare, la Direttiva 91/271/CEE, che riguarda il trattamento delle acque reflue urbane; la Direttiva 91/676/CEE, relativa alla protezione delle acque dall'inquinamento provocato dai nitrati provenienti da fonti agricole e la Direttiva 2000/60/CE, che istituisce un quadro generale all'interno della Comunità Europea in materia di acque).
L'Italia ha recepito la Direttiva 2006/7/CE con il decreto legislativo 30 maggio 2008 n. 116 e con il successivo decreto del 30 marzo 2010 (Gazzetta Ufficiale n. 97, 24 maggio 2010).
I contenuti più innovativi e importanti della Direttiva sono:

indicazione specifica delle Autorità competenti per le acque di balneazione a livello nazionale e locale 
definizione dei profili delle acque di balneazione, attraverso cui sono individuate e valutate le possibili fonti di inquinamento che possono influire sulla loro qualità. Ad esempio, la presenza di scarichi fognari e lo sbocco di corsi d'acqua contaminati da attività industriali, agricole o di allevamenti; la presenza di correnti in acqua o di acque ferme in una insenatura. È quindi necessario conoscere e tener conto delle caratteristiche fisiche, geografiche e idrologiche della zona circostante alle acque di balneazione (bacino drenante)
indicazioni sulla gestione degli inquinamenti di breve durata, vale a dire contaminazioni microbiologiche che influiscono sulla qualità delle acque di balneazione per un breve periodo (non oltre 72 ore). Questo tipo di inquinamento può essere dovuto a danni alle infrastrutture dei sistemi di trasporto (tubature) o di trattamento delle acque reflue, ad eventi meteorologici rilevanti come, ad esempio, forti piogge che possono causare fuoriuscite di acque reflue dagli impianti di raccolta e depurazione; allagamenti; erosione di aree zootecniche, urbane e agricole inquinate. Queste circostanze sono le più temibili per la salute dei bagnanti, pertanto è necessario intervenire rapidamente per prevenire esposizioni pericolose, anche con una semplice segnalazione che sconsigli o vieti le attività di balneazione
classificazione della qualità delle acque di balneazione, basata sul loro controllo (monitoraggio) per un periodo di tempo sufficientemente lungo e quindi più affidabile, fissato in 4 anni. Le acque di balneazione vengono classificate in 4 categorie (eccellente, buona, sufficiente, scarsa) applicando una formula specifica ai dati di controllo di due indicatori di qualità microbiologica: presenza di enterococchi intestinali ed escherichia coli. La categoria "sufficiente" è la soglia minima di qualità per la balneazione. Quando l'acqua è classificata di qualità "scarsa" per 5 anni consecutivi, è disposto un divieto permanente di balneazione o un avviso che sconsiglia permanentemente la balneazione

La Direttiva 2006/7/CE richiede alle Autorità competenti di garantire un'adeguata qualità delle acque anche in relazione a fattori di rischio diversi dagli agenti microbiologici. È infatti possibile che si verifichino crescite esagerate (fioriture) di cianobatteri, noti anche come alghe verdazzurre, presenti naturalmente in acque interne, come laghi o fiumi, o di alghe tossiche marine come, ad esempio, l'Ostreopsis ovata, in acque costiere. La presenza di questi organismi può essere associata alla formazione di alcune tossine, che pur essendo naturali, hanno effetti dannosi per la salute. L'Istituto Superiore di Sanità (ISS) ha pubblicato per le autorità competenti le Linee guida per la gestione dei rischi derivanti dalla presenza di cianobatteri e alghe tossiche marine nelle acque di balneazione.
In caso di fonti di contaminazione chimica nella vicinanza di acque in cui vengono svolte attività di balneazione, le Autorità competenti hanno il compito di condurre le necessarie attività di monitoraggio e valutazione dei rischi e di prendere le misure adeguate a salvaguardare la salute dei bagnanti.
Un altro punto su cui insiste la Direttiva è l'informazione al pubblico, vista come un dovere da parte delle Autorità competenti e come un chiaro diritto dei cittadini che devono riceverla in modo adeguato, rapido e trasparente. L'informazione stessa è uno strumento formidabile per il continuo miglioramento della qualità delle acque di balneazione perché i turisti stanno imparando a prediligere località caratterizzate da acque di qualità migliore.