Al momento non esistono cure (terapie) risolutive per la colite ulcerosa. La cura serve a ridurre l'infiammazione, ad alleviare i disturbi (sintomi), alla prevenzione della riacutizzazione della malattia ed a evitare lo sviluppo di complicazioni. La terapia chirurgica con la rimozione dell’intero colon è, in genere, conseguente alla comparsa di complicazioni o utilizzata in caso di inefficacia delle cure. 
La terapia medica prevede l'uso di farmaci e sussidi nutrizionali quali la somministrazione di integratori vitaminici e ferro qualora si realizzino condizioni di carenza dovute alla perdita di sangue nelle feci o ridotto apporto con gli alimenti. I farmaci più utilizzati per trattare la colite ulcerosa sono:
Farmaci antinfiammatori 

aminosalicilati (farmaci derivanti dall'acido acetilsalicilico) da somministrare da soli o insieme a corticosteroidi (cortisone) per ridurre l’infiammazione
corticosteroidi

Possono essere impiegati per via locale (clisteri) e per bocca (via orale). Molto spesso sono utilizzate entrambe le forme di somministrazione.
Farmaci immunosoppressori, per ridurre l'attività del sistema di difesa dell’organismo (sistema immunitario)

azatioprina e mercaptopurina, da prendere sotto stretto controllo medico e sottoponendosi a regolari analisi del sangue per cercare eventuali effetti indesiderati (effetti collaterali), tra cui  alterazioni a livello del fegato e del pancreas
ciclosporina, riservata alle persone che non hanno risposto bene ad altri farmaci

Farmaci “biologici"
Sono rappresentati da anticorpi di sintesi che bloccano le molecole pro-infiammatorie prodotte dall'organismo (ps TNF-alfa) o che bloccano il passaggio delle cellule infiammatorie (linfociti) nella mucosa intestinale. Al momento questi farmaci sono impiegati solo in ospedale laddove la somministrazione degli altri medicinali risulti inefficace. La loro somministrazione è effettuata dopo aver escluso la presenza di alcune malattie concomitanti in cui sono controindicati. Di recente, è stato approvato un nuovo farmaco, chiamato Vedolizumab, utilizzato per via endovenosa. Il farmaco blocca il passaggio delle cellule infiammatorie nella mucosa intestinale in maniera selettiva agendo sul sistema immunitario solo a livello intestinale e non a livello generale (sistemico) e riducendo, così, il rischio che possano verificarsi degli effetti collaterali.
Possono anche essere impiegati, sotto stretto controllo medico, farmaci per ridurre i disturbi (sintomi) come, ad esempio, antibiotici, farmaci anti-diarrea o antidolorifici. Per reintegrare sostanze nutritive e vitamine mancanti in seguito a perdita e/o a riduzione dell'alimentazione si possono assumere degli integratori.
Terapia chirurgica
Nei casi in cui la cura farmacologica non sia sufficiente per il controllo dei disturbi (sintomi) e/o siano presenti delle complicazioni, può essere necessario l'impiego della chirurgia per rimuovere l’intestino irreparabilmente danneggiato dal processo infiammatorio. Nella colite ulcerosa la rimozione dell’intero colon mette al riparo da una successiva ricomparsa (recidiva) della malattia. Alla rimozione dell’intero colon e del retto segue il ripristino della continuità intestinale mediante la creazione, utilizzando la parte terminale dell'intestino tenue, di una piccola sacca “pouch” con funzione di trattenimento delle feci che viene suturata all'ano (giunzione ileo-anale). Questo intervento è considerato l'intervento chirurgico di scelta nella colite ulcerosa.