La colonscopia è un esame invasivo, generalmente non richiede ricovero ospedaliero e viene eseguito dal medico in ambulatorio. Consiste nell'introduzione nell'intestino, attraverso l’ano, di un sottile tubo flessibile (colonscopio) di lunghezza variabile contenente una piccola telecamera ed uno, o più, canali attraverso i quali è possibile introdurre strumenti vari (pinze da biopsie, aghi) per la rimozione di polipi o per aspirare gas o liquidi. 
Preparazione alla colonscopia
Tre giorni prima della data fissata per l’esame si deve effettuare un’adeguata preparazione, molto importante per una corretta esplorazione del colon.Dovranno essere eliminati dalla dieta tutti i cibi contenenti fibre (frutta, verdura, cereali, legumi, frullati, spremute, tisane, carni rosse) e ci si dovrà limitare a mangiare soltanto i seguenti alimenti: carni magre, pesce, brodi di carne, tè, camomilla, acqua.
Inoltre, per evitare che al momento dell'esame nell'intestino possano ancora esserci dei residui di feci sarà necessario prendere anche dei lassativi per bocca (via orale).
In genere, lo schema di preparazione all'esame è fornito dal personale sanitario al momento della prenotazione dell’esame stesso.
Come si esegue la colonscopia
La persona che deve sottoporsi all'indagine è fatta distendere sul fianco sinistro con le ginocchia piegate e, per evitare che possa sentire fastidi o dolore, viene leggermente addormentata (sedata) con farmaci iniettati per via endovenosa. La colonscopia può essere eseguita, oltre che con la sedazione leggera, anche con l’anestesia generale praticata dal medico anestesista che provvederà alla respirazione assistita durante tutta la durata dell’indagine.
Nel corso dell’esame, il medico introduce il colonscopio attraverso l’ano e poi lo fa avanzare attraverso il retto e il colon.Per una migliore visualizzazione della parete mucosa viene introdotta aria, attraverso lo strumento stesso, per distendere le pareti intestinali. All'estremità del colonscopio vi è una minuscola telecamera che trasmette ad un monitor esterno le immagini relative all'interno dell’intestino consentendo al medico di esaminare le eventuali alterazioni della sua superficie.
Qualora, nel corso dell'indagine, il medico notasse la presenza di polipi, piccole escrescenze di natura benigna, sulla mucosa intestinale potrà decidere di eliminarli direttamente poiché, se venissero lasciati in sede, con il passare del tempo potrebbero degenerare in tumori maligni. La rimozione dei polipi in una fase precoce del loro sviluppo può diminuire il rischio di ammalarsi di cancro del colon-retto.
Inoltre, in presenza di formazioni sospette il medico può prelevare piccole porzioni di tessuto da esaminare successivamente al microscopio (biopsia) per individuare eventuali segni di malattia.
La colonscopia è un esame a basso rischio, non è pericoloso e non causa particolari problemi. Però, anche se raramente, durante la sua esecuzione possono verificarsi alcune complicazioni come:

sanguinamento in seguito alla rimozione di polipi
perforazione accidentale dell’intestino
problemi cardiorespiratori dovuti ai farmaci utilizzati per la sedazione

Durata dell’esame
Il tempo necessario ad eseguire la colonscopia dipende dalla situazione specifica di ogni persona che vi si sottopone. Nei casi in cui non si hanno particolari problemi, può essere conclusa in circa 10/15 minuti. Se vi è necessità di togliere dei polipi intestinali, invece, l’esame può durare anche 30/60 minuti.
Se l’indagine è stata eseguita in anestesia generale (sedazione profonda) si dovrà rimanere in osservazione per qualche ora; se è stata effettuata in sedazione leggera, si potrà tornare subito a casa ma si dovrà evitare di guidare l’auto nelle ore immediatamente seguenti. Per questo motivo è bene farsi accompagnare da un familiare o da un amico.