La prevenzione delle IST è necessaria per evitare di infettarsi (prevenzione primaria) e per limitare le conseguenze patologiche e la possibile trasmissione ad altre persone nel caso in cui l'infezione sia già stata accertata (prevenzione secondaria).
Le IST possono infatti determinare, anche in assenza di sintomi o lesioni evidenti, gravi conseguenze per la salute propria e dei partner sessuali, oltre che per l’intera comunità.
In particolare, la comparsa dell'HIV/AIDS, a partire dal 1983, ha rappresentato un momento importante per le strategie di prevenzione delle IST, fino a quel momento abbastanza marginali nell'ambito degli interventi di sanità pubblica (Video).
Il rischio di diffusione di una malattia ad elevata mortalità, trasmessa principalmente per via sessuale, ha favorito infatti il potenziamento e l'ampia diffusione di messaggi mirati alla prevenzione delle infezioni trasmissibili per via sessuale.
A tale scopo la prevenzione delle IST si avvale generalmente di strumenti in grado di agire a livello della popolazione generale e a livello dei comportamenti individuali, mirati a sensibilizzare specificamente sui rischi infettivi potenzialmente associati all'attività sessuale.
Generalmente, adeguate campagne di informazione/sensibilizzazione vengono effettuate dalle istituzioni sanitarie (Ministero della Salute, Istituto Superiore di Sanità, Regioni, ASL) con l’impiego di strumenti di comunicazione in grado di raggiungere un’ampia fascia di popolazione (spot televisivi, locandine, giornali, linee telefoniche dedicate).
Interventi maggiormente mirati a determinate fasce di popolazione (giovani, donne, migranti) sono prevalentemente effettuati dalle scuole, dai consultori, da associazioni di volontariato e impiegano spesso strumenti, quali internet e i social network, che consentono una più immediata accessibilità a questi gruppi. Se si ricorre a incontri di persona, faccia a faccia, o a colloqui telefonici, è essenziale utilizzare adeguati metodi comunicativo-relazionali, volti a potenziare le risorse individuali in relazione a comportamenti o processi decisionali individuali (interventi di counselling faccia a faccia e telefonico).
A qualsiasi livello, le strategie di prevenzione dovrebbero essere incentrate sulla informazione/comunicazione riguardo:

sessualità consapevole. Chiunque si approcci alla sessualità o la pratichi abitualmente deve conoscere i potenziali rischi infettivi associati all’attività sessuale, in relazione alla tipologia dei rapporti ed alle caratteristiche dei comportamenti sessuali
prevenzione delle IST mediante la protezione dei rapporti sessuali (leggi la Bufala). L’utilizzo del profilattico maschile e femminile o del dental dam impedisce in maniera efficace la trasmissione di virus, batteri, funghi e parassiti nell'ambito dei rapporti vaginali, anali, oro-genitali ed oro-anali
prevenzione di alcune IST mediante la vaccinazione specifica. Per l’epatite B (HBV) e per alcuni ceppi patogeni di papillomavirus (HPV) sono disponibili vaccini ad elevata efficacia preventiva. In Italia, il vaccino contro l’HBV è raccomandato dal 1991 per tutti i neonati e ragazzi di 12 anni, mentre il vaccino per l’HPV viene fortemente indicato alle ragazze ed i ragazzi prima di intraprendere l’attività sessuale
profilassi post-espositiva o pre-espositiva per mezzo della terapia farmacologica. Tale strumento è disponibile per l’HIV e per alcune infezioni batteriche (sifilide, gonorrea, clamidia) e si avvale di farmaci o combinazioni di medicinali prescritti dal medico infettivologo nel caso di rischio “certo” o “concreto” di contagio dell’infezione in seguito a rapporti sessuali non protetti o, nel caso di HIV, a punture accidentali con siringhe contenenti sangue fresco di persone di cui non si conosce lo stato sierologico

Inoltre, tutte le donne oltre i 25 anni dovrebbero eseguire regolarmente il test HPV e il pap test per escludere la presenza del virus e l'insorgenza di lesioni cellulari del collo dell'utero associate a tipologie oncogene di HPV