Le persone colpite da malattia di Crohn possono andare incontro a diverse complicazioni intestinali ed extra intestinali. Le più comuni sono:
Restringimenti intestinali (stenosi)
L'infiammazione cronica e di lunga durata può causare la formazione di tessuto cicatriziale all'interno dell'intestino e il suo restringimento in alcuni tratti. Quando l'intestino diventa troppo stretto per permettere il passaggio del suo contenuto, si verifica l'ostruzione o blocco intestinale. I segnali sono costituiti dall'assenza di evacuazione delle feci associata o meno alla mancata emissione di gas intestinale, da dolori, crampi e dolore addominale, da vomito ripetuto. Se questi disturbi (sintomi) sono trascurati esiste il rischio di perforazione dell'intestino. Se si sospetta una ostruzione intestinale, è necessario chiamare il 118 o recarsi immediatamente al pronto soccorso.
Le stenosi intestinali sono curate attraverso una procedura chirurgica, chiamata stricturoplastica, che consiste nell'esecuzione di una plastica finalizzata ad allargare la parete intestinale, o mediante la rimozione chirurgica del tratto ristretto. In alcuni casi si procede alla dilatazione della stenosi tramite un palloncino inserito durante la colonscopia.
Fistole
Nel tratto infiammato dell'intestino si possono sviluppare delle comunicazioni anomale, denominate fistole, dovute all'approfondimento di ferite (ulcere) che perforano la parete intestinale creando una comunicazione con le anse intestinali adiacenti, con la parete addominale o con la parete di organi vicini (fistole enteroenteriche, enterocutanee, enterovescicali, enterovaginali). Le ulcere possono anche determinare la comparsa di ascessi all'interno dell'addome (intraddominali).
La presenza di fistole enterocutanee, enterovaginali ed enterovescicali e di ascessi intraddominali rappresentano una indicazione all'intervento chirurgico.
Nel caso di malattia perianale è spesso necessaria la combinazione di cure mediche e chirurgiche.
Complicazioni extra-intestinali
Possono essere rappresentate da:

osteoporosi, indebolimento delle ossa causato dal malassorbimento intestinale o dalle cure con corticosteroidi
anemia sideropenica (da carenza di ferro), causata dal malassorbimento o dal sanguinamento del tratto digerente. Può manifestarsi con disturbi (sintomi) come stanchezza, mancanza di fiato, colorito pallido
anemia da carenza di vitamina B12 o di folati, determinata dal malassorbimento di queste sostanze nell'apparato digerente
uveite (infiammazione degli occhi)
gonfiori e dolori delle articolazioni (artrite)
calcoli renali, come conseguenza del malassorbimento intestinale
calcoli della cistifellea, legati ad un difetto di assorbimento degli acidi biliari
eritema nodoso, comparsa di noduli cutanei con arrossamento e gonfiore sulla parte inferiore delle gambe
pioderma gangrenoso, rara complicazione che provoca la comparsa di ulcere cutanee ricoperte di materiale emorragico e muco purulento. Si verifica più frequentemente a carico della cute degli arti inferiori
ritardo della crescita, può verificarsi nei bambini come conseguenza del malassorbimento delle sostanze nutritive presenti negli alimenti causato dall'infiammazione dell'intestino

Tumori del colon e del retto
Se l’infiammazione è localizzata nel colon-retto, si può avere un rischio leggermente superiore di sviluppare un tumore del colon e del retto rispetto alla popolazione generale. Se il medico ritiene che si rientri nelle categorie a rischio, è necessario sottoporsi con cadenze regolari a colonscopia e biopsia intestinale.