L'accertamento (diagnosi) dell'epatite si basa sulle caratteristiche cliniche, sui disturbi (sintomi) e sui risultati delle analisi strumentali e di laboratorio. Le forme acute di epatite causano generalmente disturbi caratteristici (ittero, dolore addominale, nausea, vomito e mancanza di appetito) che possono indirizzare il medico sulle analisi di laboratorio da prescrivere per scoprire la causa della malattia. Le forme croniche, invece, causano sintomi meno evidenti, possono essere scoperte casualmente o accertate mediante indagini strumentali e di laboratorio.
Un ingrossamento o l'alterata consistenza del fegato, accompagnati o meno da dolore, possono essere evidenziati nel corso della visita medica o mediante un esame ecografico addominale.
Nei risultati delle analisi di laboratorio, la presenza di elevati livelli nel sangue di alcune specifiche proteine enzimatiche (transaminasi GOT/AST e GPT/ALT, gamma-GT) suggerisce uno stato di infiammazione del fegato. Un aumento della bilirubina si riscontra, inoltre, nel sangue e nelle urine che appaiono scure.L'accertamento di epatite infettiva richiede di verificare la presenza del germe responsabile della malattia o degli anticorpi specifici nel sangue.
In particolare le epatiti virali (A, B, C, D, E) possono essere evidenziate rilevando nel sangue:

gli anticorpi specifici IgM o IgG
l'antigene virale
il DNA o RNA virale

L'epatite A e l'epatite E, entrambe quasi di origine alimentare, sono caratterizzate dalla presenza degli anticorpi IgM anti-HAV e anti-HEV, mentre gli anticorpi IgG suggeriscono la presenza di una infezione contratta in passato o di una risposta immunitaria conseguente ad una vaccinazione specifica.
L'epatite B si contraddistingue per la presenza di anticorpi contro gli antigeni HBs, HBc e HBe, della proteina HBsAg e del DNA specifico. È importante sapere che tutte le persone vaccinate hanno solo gli anticorpi contro l'antigene S (anti-HBs). La presenza di anticorpi contro gli antigeni C ed E indicano un'infezione in corso o contratta in passato. La presenza dell'antigene HBsAg e del DNA virale indica che, anche in assenza di disturbi (sintomi), il virus si sta attivamente riproducendo con il rischio di cronicizzazione, per cui questi due parametri sono utilizzati per seguire nel tempo (monitorare) l'andamento dell'infezione e la risposta alla terapia.
L'epatite C, che spesso non causa disturbi (asintomatica), può essere scoperta per la presenza degli anticorpi anti-HCV, mentre il riscontro dell’RNA virale indica la riproduzione del virus in corso.
Nelle epatiti che si verificano in malati di tubercolosi o di mononucleosi infettiva, risultano positivi i test specifici quali il Quantiferon e Mantoux (tubercolosi) o la presenza di anticorpi contro gli antigeni VCA, EA ed EBNA (mononucleosi).
Nell'epatite autoimmune gli anticorpi ricercati sono gli ANA (anticorpi antinucleo), gli SMA (anticorpi anticellule lisce) e gli LKM1 (anticorpi microsomiali fegato-rene).
Nel corso dell'epatite cronica, in particolar modo nella sua evoluzione verso la cirrosi, è possibile scoprire alterazioni nella forma e nella struttura (morfologico-strutturali) del fegato mediante un esame ecografico e l'elastografia epatica (FibroScan), indagine di recente introduzione. Il prelievo di una piccola quantità di tessuto del fegato (biopsia), con analisi al microscopio, consente di vedere alterazioni a carico delle componenti cellulari e connettivali del fegato. Un aumento di volume della milza e la presenza di varici nell'esofago e nell'intestino possono indicare uno stato di grave danno epatico.