La scelta della cura (terapia) per l'acne dipende dalla sua gravità. I trattamenti mirano essenzialmente alla guarigione delle lesioni presenti, ad evitare che se ne sviluppino di nuove, alla prevenzione delle cicatrici. Il trattamento farmacologico, ha anche lo scopo di limitare il più possibile quei fattori che contribuiscono alla comparsa dell'acne come l'eccessiva produzione di sebo, l'accumulo anomalo di cellule all'interno del follicolo, la presenza dei batteri e l’infiammazione. In genere, comunque, l'acne tende a scomparire intorno ai 20-30 anni di età.
Il medico può consigliare sia farmaci da banco, sia medicinali che richiedono la ricetta medica. Essi possono utilizzati localmente (via topica) come creme, gel, lozioni da applicare sulla pelle o presi per bocca (via generale, sistemica).
Acne lieve
In genere, in caso di acne lieve, il medico raccomanda l'uso di prodotti per via locale (topici), con o senza obbligo di ricetta. I più comuni sono:

perossido di benzoile 
acido salicilico

I farmaci applicati localmente (topici) possono essere efficaci se usati con costanza; di norma, comunque, per ottenere dei risultati visibili sono necessarie almeno sei settimane. Questi prodotti possono provocare effetti indesiderati (effetti collaterali) come irritazione, bruciore e rossore della pelle che, in genere, tendono ad attenuarsi e scomparire definitivamente in breve tempo.
Acne moderata e grave
Spesso il primo trattamento in caso di acne grave consiste nella combinazione di compresse antibiotiche e trattamenti locali (topici). Se non fossero sufficienti si utilizza la somministrazione di isotretinoina.
I farmaci per via locale (topici) prescritti dal medico sono disponibili sotto forma di creme, lozioni, soluzioni, gel e tamponi; i più comuni sono:

retinoidi, farmaci derivati dalla vitamina A, comprendono tretinoina, isotretinoina e adapalene. Agiscono rimuovendo il “tappo“ cheratinico che ostruisce il follicolo favorendo così l'azione di altri farmaci per via locale (ad esempio gli antibiotici) che possono penetrare più facilmente all'interno del canale pilifero. L'azione dei retinoidi può essere associata a sostanze cosiddette esfolianti che hanno la funzione di rimuovere le cellule morte dalla superficie della pelle. L'uso di questi farmaci può aiutare a prevenire la formazione dei comedoni (punti bianchi e punti neri)
antibiotici, aiutano a eliminare o rallentare la moltiplicazione (proliferazione) dei batteri e a ridurre l’infiammazione. Solitamente, la terapia ha una durata di 6-8 settimane poi va interrotta per evitare il rischio che si selezionino dei batteri resistenti agli antibiotici
acido azelaico, oltre ad avere una funzione antibatterica, agisce sul processo di formazione dei comedoni (comedogenesi) e sulla secrezione di sebo (azione antiseborroica). L'acido azelaico può rappresentare una valida alternativa terapeutica nei soggetti cosiddetti atopici, nei quali i retinoidi per via locale e il perossido di benzoile non sono indicati

Gli effetti indesiderati (effetti collaterali) dei farmaci topici su ricetta sono rari, in alcuni casi possono provocare irritazione, arrossamento, bruciore, desquamazione della pelle, alterazioni del colore.
Tra i farmaci da prendere per bocca (via orale) vi sono gli antibiotici che, di solito, sono prescritti dal medico in combinazione con le cure per via locale. Gli antibiotici maggiormente utilizzati sono:

tetraciclina
minociclina
doxiciclina
eritromicina
clindamicina

Per ridurre il rischio di resistenza batterica diretta o di cross-resistenza (sviluppo di resistenza da parte di un batterio anche nei confronti di un antibiotico diverso da quello somministrato), la terapia antibiotica non deve durare più di 6-8 settimane. Gli antibiotici possono provocare effetti collaterali come vertigini, fastidio alla stomaco, variazioni del colore della pelle, maggiore sensibilità ai raggi ultravioletti. Le tetracicline non sono prescritte in caso di gravidanza e allattamento poiché possono causare danni alle ossa e ai denti del feto e del bambino. Poiché questa classe di antibiotici può diminuire l'effetto della pillola contraccettiva, si consiglia di adottare un metodo anticoncezionale alternativo.
Acne molto grave (nodulare e cistica)
Nei casi di acne molto grave, con formazioni nodulo-cistiche, e in presenza di una grave infiammazione che non migliora dopo l'utilizzo di altri farmaci, il dermatologo può prescrivere un retinoide di sintesi chiamato isotretinoina; si tratta di un farmaco molto efficace, in particolare per:

contribuire a normalizzare la produzione di sebo, da parte delle ghiandole sebacee
aiutare a prevenire l’ostruzione dei follicoli
diminuire la proliferazione batterica
ridurre l’infiammazione

In genere, dopo 15-20 settimane di terapia, l'acne scompare completamente o quasi; in caso di ricomparsa (recidiva) è possibile ripetere un ulteriore ciclo di cura.
L'isotretinoina può avere diversi effetti indesiderati (effetti collaterali); i più frequenti sono:

secchezza cutanea, può provocare sanguinamento del naso (epistassi), dermatite atopica e assottigliamento del capello
infiammazione delle palpebre (blefarite)
congiuntivite
alterazione dei livelli di zucchero nel sangue
sangue nelle urine

Altri effetti indesiderati (effetti collaterali) più rari sono:

infiammazione del fegato (epatite)
infiammazione del pancreas (pancreatite)
malattie renali

A causa del rischio che possano verificarsi tali effetti collaterali è necessario effettuare delle analisi del sangue prima e durante la terapia. L'aspetto più critico legato alla somministrazione dell'isotretinoina è la possibilità che possa causare anomalie e malformazioni nel corso dello sviluppo embrionale (teratogenicità). È necessario, pertanto, ricorrere a valide misure di contraccezione un mese prima dell’inizio del trattamento, durante l'intero ciclo di terapia e per un mese dopo l'interruzione dell’assunzione del farmaco. E comunque, nel caso in cui si voglia pianificare una gravidanza, è bene consultare il medico per esser certi che non vi siano rischi.
L'isotretinoina non deve essere presa durante l'allattamento al seno.
Vi sono state segnalazioni di persone che hanno sviluppato disturbi depressivi, in particolare cambiamenti di umore, durante la terapia. Non esistono prove certe che l'isotretinoina ne sia stata la causa ma, per precauzione, è bene consultare il medico nel caso si manifestino ansia, sentimenti di tristezza, aggressività, difficoltà di concentrazione o assenza di interesse per attività solitamente apprezzate.
Acne femminile e terapia ormonale
Nei casi di acne femminile causata da un eccesso di ormoni androgeni, in particolare se compare una riacutizzazione dell'acne in determinati periodi del ciclo mestruale o se è legata alla sindrome dell’ovaio policistico, una valida terapia è rappresentata dalla cura ormonale a base di antiandrogeni o contraccettivi orali.
La cura farmacologica, che deve essere prescritta dal medico specialista a seguito di una accurata visita, comprende:

contraccettivi orali
corticosteroidi
farmaci antiandrogeni (ad es: ciproterone acetato e spironolattone)

Trattamenti non farmacologici
Esistono anche cure che non prevedono l'uso di farmaci (leggi la Bufala), esse comprendono:

estrattore di comedoni, un piccolo strumento a forma di penna che può essere utilizzato per rimuoverei punti bianchi e i punti neri
peeling chimico, lo strato più superficiale della pelle (strato corneo) viene rimosso attraverso l'applicazione di sostanze ad azione esfoliante
peeling meccanico, consiste nella rimozione dello strato corneo superficiale della pelle attraverso l'uso di presidi o apparecchiature mediche che esercitano un'azione di sfregamento
uso terapeutico della luce, luce pulsata e terapia fotodinamica possono essere utilizzati come supporto nella cura dell'acne in determinati casi

Va comunque sottolineato che tali trattamenti non sono sempre raccomandati poiché potrebbero non determinare risultati positivi. Sono, pertanto, da considerarsi come cure alternative da effettuarsi sotto controllo medico.