In base alla gravità della malattia, le terapie per la cura dell'aplasia midollare possono comprendere:

semplice osservazione e controllo periodico, per i casi non gravi
trasfusioni di sangue e terapie farmacologiche, per i casi più seri
trapianto di midollo osseo, nei casi più gravi

L'aplasia midollare grave, che si verifica quando il numero di cellule del sangue è estremamente basso, può mettere a rischio la vita e richiede un immediato ricovero in ospedale per ricevere le opportune terapie. Inoltre l'anemia plastica severa può evolvere in sindromi mielodisplasiche e forme leucemiche.
Trasfusioni di sangue
Il trattamento dell'aplasia midollare di una certa gravità prevede, di solito, l'effettuazione di trasfusioni di sangue per tenere sotto controllo le emorragie e alleviare i disturbi (sintomi) provocati dall'anemia. Le trasfusioni di sangue non rappresentano, tuttavia, una cura della malattia, ma riducono i disturbi fornendo le cellule che il midollo osseo non produce più in quantità sufficienti.
La trasfusione può riguardare:

globuli rossi, per aumentarne il numero e ridurre così lo stato anemico e la stanchezza
piastrine, per prevenire emorragie importanti

Sebbene non ci sia generalmente alcun limite al numero di trasfusioni praticabili, in caso di trasfusioni multiple possono presentarsi complicazioni. I globuli rossi ricevuti attraverso una trasfusione contengono ferro che può accumularsi nell'organismo e danneggiare alcuni organi vitali. Il sovraccarico di ferro può essere curato attraverso l’impiego di farmaci che aiutano l’organismo a liberarsi del ferro in eccesso (i cosiddetti ferrochelanti). Con il tempo, tuttavia, si potrebbero sviluppare anticorpi per le cellule del sangue ricevute con la trasfusione, rendendola inefficace e creando ulteriori complicazioni. L'uso di farmaci immunosoppressori può ridurre tale rischio.
Trapianto di midollo osseo
Il trapianto di midollo osseo, detto anche trapianto di cellule staminali, è il trattamento che consente di sostituire un midollo osseo malato con un altro sano, allo scopo di ristabilire la normale produzione di cellule del sangue. Questo tipo di trattamento è particolarmente indicato nei casi di grave aplasia midollare ed è quello scelto, di solito, per bambini e giovani adulti che hanno un donatore compatibile (molto spesso un fratello).
Trovato il donatore, le cellule staminali presenti nel midollo osseo della persona malata vengono distrutte con agenti radioattivi o chemioterapici e poi sostituite con le cellule staminali sane del donatore. Una volta inoculate nel flusso sanguigno le cellule sane arrivano nelle nicchie presenti all'interno del midollo osseo e iniziano a generare nuove cellule del sangue. Il trapianto prevede un lungo periodo di ricovero in ospedale ed è necessario, subito dopo, prendere farmaci per prevenire il rigetto delle cellule staminali donate. Purtroppo, infatti, il trapianto di midollo osseo può causare rischi gravi con complicazioni che potrebbero mettere in pericolo la stessa vita.
Farmaci immunosoppressori
Per le persone che non possono sottoporsi a un trapianto di midollo osseo e per coloro che hanno un'aplasia midollare causata da una malattia autoimmune, la terapia prevede l'impiego di farmaci in grado di sopprimere il sistema immunitario, i cosiddetti farmaci immunosoppressori, come ad esempio la ciclosporina e le globuline antilinfocitarie (ALG) O anti-timociti (ATG). Questi medicinali bloccano l'attività delle cellule immunitarie che stanno distruggendo il midollo osseo e fanno sì che riprenda a generare nuove cellule del sangue. La ciclosporina e le globuline ALG e ATG vengono spesso usate in combinazione; in associazione a tali farmaci sono solitamente prescritti alcuni corticosteroidi, come il metilprednisolone. Sebbene gli agenti immunosoppressori possano essere molto efficaci per curare l'aplasia midollare, essi indeboliscono il sistema immunitario e, inoltre, quando vengono sospesi è possibile che la malattia si ripresenti nuovamente.
Antibiotici e antivirali
L'aplasia midollare indebolisce il sistema immunitario e avere un numero molto basso di globuli bianchi in circolazione espone l'intero organismo alle infezioni. Al primo segnale di infezione come, ad esempio, la comparsa di febbre, è bene contattare il medico per contrastare immediatamente l'infezione ed evitare che peggiori, mettendo a rischio la vita. Nel caso di una forma grave di aplasia midollare, il medico potrebbe prescrivere antibiotici o farmaci antivirali per prevenire le infezioni.
Altri trattamenti
L'aplasia midollare che si sviluppa in conseguenza di cure radio o chemioterapiche per la cura di tumori, di solito migliora con la sospensione delle terapie. La stessa cosa succede per la maggior parte dei farmaci che possono indurre l'aplasia midollare.
Le donne in gravidanza che soffrono di aplasia midollare sono curate con le trasfusioni di sangue. Per molte di loro, l'aplasia midollare legata alla gravidanza migliora al termine della stessa. Se ciò non accade, si rende necessario continuare la terapia.