Attualmente non esistono cure in grado di guarire definitivamente la malattia di Crohn; la cura (terapia) ha lo scopo di mantenere il più a lungo possibile i periodi senza disturbi (remissione) e alleviarli quando sono presenti, migliorare la qualità della vita ed evitare (prevenire) che si verifichino complicazioni.
Nei bambini ha anche l'obiettivo di favorire la crescita e lo sviluppo normale dell'organismo.
La cura deve essere adattata ad ogni individuo poiché la malattia si manifesta in modo variabile da persona a persona e cambia nel corso del tempo, in base all’estensione, alla localizzazione e al tipo di lesioni, da un lato, e all'attività e alla gravità della malattia, dall'altro.
La persona malata, di solito, è seguita da una squadra (équipe) di specialisti in più discipline (gastroenterologi, internisti, nutrizionisti, oculisti, reumatologi, dermatologi, chirurghi ed infermieri specializzati) per gestire tutti gli aspetti della malattia e le sue eventuali complicazioni.
Controllo dei disturbi (sintomi)
Quando la malattia è in fase attiva può provocare disturbi (sintomi) da moderati a gravi. In assenza di complicazioni locali può essere prescritta una terapia farmacologica. La chirurgia, in genere, non è la cura di prima scelta.
Cura iniziale
Lo scopo della cura è quello di ridurre l’infiammazione e favorire la comparsa di lunghi periodi senza disturbi. Prima di qualsiasi prescrizione di farmaci è sempre raccomandata la sospensione del fumo. Tra i medicinali che il medico potrebbe prescrivere:

farmaci anti-infiammatori, come la mesalazina (5-ASA) o la sulfosalazopirina che agiscono direttamente sulla mucosa intestinale durante il passaggio nell'intestino. Per la mesalazina non esistono prove convincenti sulla sua efficacia nella malattia di Crohn, tuttavia alcuni medici la prescrivono come terapia di mantenimento nelle fasi di remissione della malattia. La sulfosalazina è utilizzata in presenza di manifestazioni articolari lievi
corticosteroidi, (come il prednisone o il prednisolone) da prendere per bocca (via orale) o da somministrare per via endovenosa. I corticosteroidi hanno una potente azione anti-infiammatoria a livello di tutto l'organismo, sopprimendo e modulando la risposta immunitaria, ma hanno numerosi effetti collaterali quali l'aumento di peso, il gonfiore del viso, l'aumento della vulnerabilità alle infezioni, l’indebolimento delle ossa (osteopenia e osteoporosi). Per tale motivo il dosaggio del farmaco è progressivamente ridotto quando i disturbi cominciano a migliorare
dieta liquida, nei bambini in alcuni casi la cura iniziale consiste una dieta liquida, conosciuta come dieta elementare, per ridurre l'infiammazione mettendo a riposo l'intestino

Farmaci immunosoppressori e biologici
Sono disponibili altri tipi di farmaci, chiamati immunosoppressori, utilizzabili quando la malattia, dopo un periodo di benessere, si ripresenta (riacutizzazione) o quando i disturbi (sintomi) ricompaiono dopo la diminuzione delle dosi dei farmaci corticosteroidi.
I medicinali immunosoppressori (azatioprina o mercaptopurina) riducono la reazione del sistema di difesa dell’organismo (risposta immunitaria) inducendo la morte di gran parte dei globuli bianchi responsabili dell'infiammazione. Possono essere combinati con la terapia farmacologica iniziale. La cura con immunosoppressori, però, ha dei limiti che consistono nel lungo tempo richiesto (alcuni mesi) prima che siano efficaci e nella necessità di proseguire la cura per lunghi periodi. Gli effetti collaterali più comuni sono nausea e vomito, malessere, pancreatite e problemi epatici. Non sono adatti a tutti e richiedono controlli frequenti tramite analisi di laboratorio. Un altro medicinale immunosoppressore disponibile è il metotressato che causa la morte dei globuli bianchi tramite un meccanismo diverso.
A differenza dell'azatioprina e della mercaptopurina, il metotressato non deve essere preso nei sei mesi prima del concepimento (sia nell'uomo che nella donna) perché può causare malformazioni nel feto e deve essere evitato durante la gravidanza e l'allattamento.
Se si ha intenzione di avere dei figli, in gravidanza e, poi, in allattamento è importante consultare il medico curante per concordare la cura più adatta. Non esistono controindicazioni alla gravidanza nelle donne con la malattia di Crohn, ma è preferibile che abbia luogo in un periodo in cui la malattia non causa disturbi (fase di remissione).
Per i malati che non hanno avuto benefici dalla cura con cortisonici e/o immunosoppressori sono disponibili nuovi farmaci anti-infiammatori detti biologici, come l'infliximab (attualmente in "fascia H", quindi disponibile solo a livello ospedaliero) o l'adalimumab. Si tratta di anticorpi monoclonali che agiscono bloccando il cosiddetto fattore di necrosi tumorale-alfa (TNF-α), una molecola coinvolta nei meccanismi che scatenano il processo infiammatorio della malattia di Crohn. Recentemente, sono stati introdotti in terapia nuovi anticorpi monoclonali diretti verso altre molecole che contribuiscono al processo infiammatorio (attualmente in "fascia H", quindi disponibili solo a livello ospedaliero), quali ustekinumab (contro l’interleukina 12/23), vedolizumab (diretto contro alcune molecole che fanno migrare le cellule infiammatorie dal sangue alla zona infiammata). Il medico specialista nella cura delle malattie infiammatorie croniche intestinali sceglierà il tipo di biologico da somministrare in base alle caratteristiche del paziente. I farmaci biologici hanno dimostrato una grande efficacia aiutando molti malati ad avere periodi in cui la malattia non si manifesta (remissione). Non in tutte le persone, però, la cura è efficace e in alcune tende a perdere efficacia nel tempo. Gli effetti indesiderati includono:

reazioni allergiche, quali prurito, gonfiore delle labbra e delle mani, problemi nella deglutizione, febbre alta e dolori articolari. Le reazioni allergiche possono manifestarsi al momento della somministrazione del farmaco o anche dopo 10-12 giorni (febbre e dolori articolari). Sono più frequenti quando si riprende la cura dopo una lunga sospensione. In caso di reazione allergica è necessario consultare immediatamente un medico
infezioni virali e/o batteriche delle vie aeree e dell’apparato urinario
manifestazioni cutanee come psoriasi ed eczema (per anticorpi monoclonali che agiscono bloccando il fattore di necrosi tumorale-alfa - TNF-α)

Durante il trattamento farmacologico della malattia possono anche essere utilizzati, sotto controllo medico, farmaci per ridurre i disturbi (ad esempio, farmaci anti-diarrea o antidolorifici) o integratori per ripristinare i giusti livelli di sostanze nutrienti e vitamine diminuiti in seguito a malassorbimento e/o a riduzione dell’alimentazione.
Chirurgia
La terapia chirurgica è indicata qualora la cura farmacologica si dimostri inefficace e in caso si verifichino complicazioni locali. Non cura la malattia di Crohn che, quindi, può ripresentarsi. Quando ciò avviene, in genere, ad essere coinvolti sono i tessuti circostanti l'area eliminata chirurgicamente. Per questo motivo la chirurgia non rappresenta, di solito, la prima cura ad essere effettuata. Tuttavia, la rimozione chirurgica del tratto intestinale infiammato è suggerita come prima scelta nei giovani se la malattia è poco estesa e non è presente una infiammazione attiva.
L'intervento chirurgico consiste nel rimuovere il tratto di intestino infiammato e ristabilire la continuità intestinale unendo le parti sane (anastomosi) che si trovano sopra e sotto quella eliminata. In relazione al tratto interessato dall'infiammazione (intestino tenue o colon) e all'estensione della malattia, il chirurgo individua ed illustra al malato il tipo di intervento chirurgico più adatto al suo caso.
Mantenimento del periodo privo di disturbi (remissione)
La remissione è una fase della malattia in cui non sono presenti disturbi (sintomi) o sono molto leggeri. Durante i periodi di remissione il medico valuta se continuare a prescrivere, o meno, una cura di mantenimento. È importante eseguire regolari controlli e consultare il medico se i disturbi (sintomi), come la diarrea, si ripresentano.
Cambiamenti negli stili di vita (dieta e fumo)
Non esiste una dieta consigliata alle persone colpite da malattia di Crohn. Molti individui, però, notano un aggravamento dei disturbi (sintomi) quando mangiano determinati alimenti. Può essere utile scrivere un diario annotando i cibi consumati e gli eventuali disturbi comparsi. Molti malati trovano benefici nel limitare il consumo di latte e latticini, di cibi ad alto contenuto di grassi e di fibra, di cibi piccanti, di alcol e caffeina.
Il fumo è un fattore di rischio accertato per la comparsa della malattia di Crohn. Inoltre, influenza negativamente l'evoluzione della malattia. Smettere di fumare costituisce, quindi, la prima cura da seguire.