Attualmente, non esiste una cura risolutiva per la malattia di Behçet ma una serie di terapie possono aiutare ad alleviare i disturbi (sintomi) e a ridurre il rischio di gravi complicazioni.
Una volta confermata la presenza della malattia di Behçet, bisognerà rivolgersi a diversi specialisti, con esperienza nella cura della malattia, per la preparazione di un piano di trattamento individuale. Gli specialisti coinvolti includono:

dermatologo 
specialista di medicina orale 
reumatologo 
oculista 
neurologo 

Il piano di trattamento prevede l'uso di una combinazione di diversi farmaci. A seconda del tipo e della gravità dei disturbi (sintomi) potrebbe essere necessario prendere farmaci a lungo termine per evitare lo sviluppo di gravi complicazioni come, ad esempio, la perdita della vista.
Farmaci
È possibile utilizzare diverse categorie di farmaci per trattare i vari disturbi (sintomi) della malattia di Behçet:

corticosteroidi
immunosoppressori
terapie biologiche

Corticosteroidi
I corticosteroidi sono potenti farmaci antinfiammatori. A seconda dei disturbi da trattare, possono essere impiegati:

corticosteroidi topici, colliri, creme o gel da applicare direttamente sull'area interessata
corticosteroidi orali, compresse o capsule che riducono l'infiammazione per via generale
corticosteroidi per iniezione, usati occasionalmente

L'uso a lungo termine di corticosteroidi orali è associato ad alcuni effetti indesiderati (effetti collaterali) che includono:

aumento dell'appetito, che porta ad aumento di peso
sbalzi d'umore
aumento della pressione dell'occhio (glaucoma)
pressione arteriosa alta (ipertensione)
fragilità ossea (osteoporosi)
cataratta
diabete

Immunosoppressori
Gli immunosoppressori sono farmaci che riducono l'attività del sistema di difesa dell'organismo (sistema immunitario) interrompendo così il processo infiammatorio che causa la maggior parte dei disturbi (sintomi) della malattia di Behçet.
Esempi di farmaci immunosoppressori usati nella sindrome di Behçet comprendono: azatioprina, ciclosporina, metotrexato, micofenolato mofetile e talidomide. Questi farmaci sono solitamente disponibili in compresse, capsule e iniezioni. Anche la colchicina, un medicinale antinfiammatorio spesso usato per la gotta, può essere utile.
Sebbene gli immunosoppressori possano essere utilizzati nel trattamento di una vasta gamma di disturbi della malattia di Behçet, possono causare effetti indesiderati (effetti collaterali) che includono:

effetti sulle cellule del sangue e sul fegato, possono essere richiesti controlli regolari del loro funzionamento attraverso esami del sangue
aumento del rischio di infezioni, qualsiasi segnale di una possibile infezione deve essere segnalato al più presto al proprio medico
malessere e vomito
dolore addominale 
diarrea
perdita temporanea dei capelli
formicolio
crampi muscolari e debolezza

Poiché alcuni immunosoppressori possono anche causare difetti nel nascituro, non devono essere presi in caso di gravidanza o di pianificazione di una gravidanza.
Terapie biologiche
Le terapie biologiche sono costituite da nuovi farmaci che agiscono in modo mirato sui processi biologici coinvolti nell'infiammazione. Ad esempio, un gruppo di farmaci chiamati inibitori del fattore di necrosi tumorale alfa (inibitori del TNFalfa) agisce bloccando la molecola TNFalfa che causa gran parte dell'infiammazione associata alla malattia di Behçet.
Le terapie biologiche possono causare una serie di effetti indesiderati (effetti collaterali) che comprendono:

aumento del rischio di infezioni
mal di testa
vertigini
nausea
dolore muscolare e articolare
battiti cardiaci improvvisi (palpitazioni)
aumento della frequenza cardiaca (tachicardia)

I segnali di una possibile infezione vanno segnalati al più presto al proprio medico.
Trattamento di disturbi (sintomi) specifici
I farmaci specifici usati per la sindrome di Behçet variano a seconda del disturbo da curare:

ulcere e lesioni cutanee, i corticosteroidi per uso locale, come creme, collutori e spray, sono di solito il primo trattamento raccomandato per le ulcere della bocca e dei genitali. Per ulcere e lesioni gravi, che non rispondono ad altre cure, si raccomandano terapie a base di immunosoppressori o terapie biologiche
uveiti, a causa del potenziale rischio di perdita della vista, qualsiasi infiammazione oculare causata dalla malattia di Behçet deve essere attentamente valutata da un oculista. La cura per l’infiammazione agli occhi comporta spesso l'impiego di azatioprina e compresse o colliri a base di corticosteroidi. Nei casi più gravi, se i corticosteroidi non hanno avuto effetto, possono anche essere raccomandati trattamenti a base di mofetile micofenolato, ciclosporina o terapie biologiche
dolori articolari, antidolorifici convenzionali, come il paracetamolo, e farmaci antinfiammatori non steroidei (FANS) possono talvolta aiutare ad alleviare il dolore. La colchicina somministrata in compresse può essere utile per ridurre l'infiammazione alle articolazioni. Nei casi più gravi, se i trattamenti non hanno avuto effetti, possono essere raccomandati azatioprina o terapie biologiche
disturbi gastrointestinali, per ridurre l'infiammazione dello stomaco e dell'intestino causata dalla malattia di Behçet, è possibile ricorrere a diversi farmaci inclusi i corticosteroidi, gli immunosoppressori e le terapie biologiche. A volte, l'infiammazione dell'intestino provoca danni e sanguinamento e, anche se raramente, può essere necessario un intervento chirurgico d'urgenza per fermare l'emorragia
mal di testa, nei casi di sindrome di Behçet, i mal di testa sono trattati allo stesso modo delle emicranie: farmaci per prevenire il mal di testa come i beta-bloccanti o farmaci per alleviare il mal di testa, come i FANS
trombosi, normalmente le trombosi sono curate con anticoagulanti, farmaci che aiutano a fluidificare il sangue e riducono il rischio di formazione di coaguli che possono bloccarne il flusso. Nel caso della sindrome di Behçet l'uso degli anticoagulanti è controverso perché i coaguli tendono a rimanere attaccati alle pareti dei vasi sanguigni, piuttosto che staccarsi e viaggiare attraverso il sangue. Inoltre, l'uso di anticoagulanti potrebbe aumentare il rischio di rotture di aneurismi provocando gravi emorragie interne. I coaguli di sangue, quindi, sono curati con una combinazione di corticosteroidi e immunosoppressori per ridurre l'infiammazione dei vasi sanguigni. Gli anticoagulanti sono utilizzati solo nel caso in cui si abbia la sicurezza che non vi siano aneurismi
aneurismi, gli aneurismi sono trattati con una combinazione di corticosteroidi e immunosoppressori o con infusioni di ciclofosfamide per ridurre l'infiammazione nel vaso sanguigno interessato e evitare il peggioramento dell'aneurisma. Possono anche essere presi in considerazione interventi o procedure chirurgiche (stent)
infiammazione del sistema nervoso centrale, i disturbi meno gravi causati dall'infiammazione del sistema nervoso centrale, come la visione sdoppiata, possono migliorare da soli senza bisogno di cure. Quelli più gravi, come la paralisi e i cambiamenti comportamentali, richiedono un trattamento con corticosteroidi o iniezioni di immunosoppressori o terapie biologiche
gravidanza e fertilità, la sindrome di Behçet non influenza la fertilità femminile ma è importante che ogni gravidanza sia pianificata, laddove possibile. Molti farmaci usati per la cura della malattia, infatti, come ad esempio la talidomide, possono causare difetti nel nascituro. Si consiglia di parlare con i medici, prima di intraprendere una gravidanza, per adattare il piano terapeutico ed evitare rischi. La malattia di Behçet potrebbe compromettere la fertilità maschile. Ciò può verificarsi come risultato della malattia stessa o per effetti collaterali di alcuni farmaci immunosoppressori. La colchicina, ad esempio, può temporaneamente ridurre il numero di spermatozoi
malattia neonatale di Behçet, presente alla nascita, può causare ulcere ai genitali e alla bocca del bambino. È estremamente rara e può essere curata con farmaci corticosteroidi per alleviarne i disturbi (sintomi). La malattia, di solito, si risolve entro sei-otto settimane dalla nascita