Nel corso della malattia possono alternarsi periodi in cui i disturbi non sono presenti (remissione) ad altri in cui compaiono con diversi livelli di gravità (ricadute e riacutizzazioni).
I disturbi (sintomi) principali causati dalla malattia di Behçet includono:

ulcere orali, il 97-99% delle persone sviluppa ulcere (ferite) nella bocca che hanno lo stesso aspetto delle normali afte, ma possono essere più numerose e dolorose. Compaiono più spesso sulla lingua, sulle labbra, sulle gengive e all'interno delle guance. Di solito, guariscono entro un paio di settimane senza lasciare cicatrici, anche se spesso ritornano
ulcere genitali, costituiscono un disturbo comune della sindrome di Behçet. Negli uomini, di solito, compaiono sullo scroto. Nelle donne, si presentano sul collo dell'utero, sulla vulva o sulla vagina. Le ulcere genitali sono solitamente dolorose e lasciano cicatrici in circa la metà dei casi. Negli uomini può anche verificarsi l’infiammazione (gonfiore) dei testicoli e le donne possono provare dolore nei rapporti sessuali. Le ulcere genitali causate dalla malattia di Behçet non sono contagiose e non possono essere trasmesse attraverso i rapporti sessuali
lesioni cutanee, molto frequenti, comprendono soprattutto papule e pustole, ossia macchie simili a quelle dell'acne, ma anche pseudofollicolite e eritema nodoso (caratterizzato da noduli dolenti sulla pelle). In genere, guariscono entro 14 giorni anche se, frequentemente, ritornano. Le lesioni da eritema nodoso possono lasciare aree di pelle prive di colore
uveiti, l'infiammazione dello strato vascolare dell’occhio (uvea) è un altro disturbo (sintomo) comune della sindrome di Behçet. Si verifica in circa la metà dei casi e si sviluppa spesso all'improvviso. L'uveite più frequente è quella posteriore, la forma più grave. A volte, entrambi gli occhi possono esserne colpiti allo stesso tempo. Se dovessero comparire disturbi come:


dolore e arrossamento degli occhi
punti che si muovono nel campo visivo
visione offuscata


è necessario rivolgersi immediatamente allo specialista dell’occhio, l'oculista.Nei casi più gravi, l'infiammazione degli occhi può portare a una perdita permanente della vista. Tuttavia, ciò accade raramente con una cura rapida e adeguata
infiammazione delle articolazioni, la malattia di Behçet colpisce le articolazioni in due persone su tre, causando disturbi simili a quelli provocati dall'artrite come dolore, rigidità, gonfiore, calore e mollezza. Le articolazioni più spesso interessate includono le ginocchia, le caviglie, i polsi e le mani. Il danno articolare permanente, però, è raro e i disturbi possono essere generalmente controllati con successo
patergia e patergy-test, in alcune persone con la sindrome di Behçet la pelle è particolarmente sensibile a lesioni o irritazioni. Questo fenomeno è noto come patergia, ovvero una iper-reattività aspecifica che si verifica sulla pelle dopo una puntura con un ago e che regredisce spontaneamente. Se la persona è positiva al test di patergia, dopo 48 ore si svilupperà una papula più grande di 2 millimetri
disturbi gastrointestinali, come infiammazione dello stomaco e dell'intestino, che possono provocare:


malessere e vomito
dolore addominale 
indigestione
perdita di appetito
diarrea con sanguinamento


trombosi, l'infiammazione del rivestimento dei vasi sanguigni associati alla sindrome di Behçet può talvolta causare una trombosi venosa profonda (TVP), vale a dire la formazione di un coagulo di sangue in una vena profonda, di solito delle gambe. I sintomi di TVP includono un forte dolore nell'area colpita, gonfiore, calore e arrossamento della pelle nella zona in cui si è formato il coagulo. La TVP richiede cure mediche immediate. Se si sospetta di avere una TVP bisogna recarsi immediatamente al pronto soccorso più vicino
trombosi venosa cerebrale (TVC), meno comune, si verifica quando un coagulo di sangue si sviluppa all'interno dei vasi sanguigni presenti tra lo strato esterno e quello interno del cervello. Il coagulo può portare a un'interruzione del flusso di sangue al cervello (ictus). I disturbi conseguenti a una trombosi venosa cerebrale includono:


forte mal di testa, descritto come palpitante, penetrante o come un dolore molto forte e improvviso
biascicamento (parlare stentato)
convulsioni
perdita dell'udito
visione doppia
sintomi di ictus, come debolezza muscolare o paralisi di entrambi i lati del corpo


la TVC dovrebbe essere considerata un'emergenza medica. Se si sospetta un ictus, bisogna telefonare immediatamente al 112 o al 118 per richiedere un'ambulanza
aneurismi, l'infiammazione può indebolire le pareti dei vasi sanguigni e causare la loro dilatazione verso l’esterno a causa della pressione al loro interno. Tale rigonfiamento è noto come aneurisma. Di solito, non causano alcun disturbo evidente a meno che la parete del vaso sanguigno non diventi così debole da rompersi. La rottura di un aneurisma può causare disturbi diversi a seconda del luogo in cui si è formato:


dolore a un arto o improvviso mal di testa
vertigini
affanno
tosse con sangue
confusione
perdita di conoscenza


infiammazione del sistema nervoso, quando si verifica causa i disturbi più gravi associati alla sindrome di Behçet. Essi si sviluppano rapidamente, nell'arco di pochi giorni e possono includere:


mal di testa
visione doppia
perdita di equilibrio
convulsioni
paralisi parziale (su un lato del corpo)
cambiamenti comportamentali o di personalità


disturbi generali, a causa dell’estrema stanchezza fisica o mentale (affaticamento) le persone con la malattia di Behçet possono avere problemi a eseguire qualsiasi tipo di attività