Per flora intestinale si intende l'insieme dei batteri presenti nell'intestino dell'uomo. La scelta del termine flora si deve alla classificazione dei batteri nel regno vegetale quando gli esseri viventi erano suddivisi in animali e vegetali. Oggi i regni sono sei e uno di essi è costituito dai batteri.
Il termine scientifico corretto, oggi, per descrivere l'insieme dei microrganismi che popola il tratto digerente, per lo più l'intestino, è microbiota intestinale. Si tratta di oltre mille miliardi di batteri, virus, funghi e protozoi, con il peso totale di circa un chilogrammo e mezzo che, comunicando tra loro, agiscono come se fossero un unico organismo e svolgono funzioni importanti per la salute dell'uomo.
Alcune volte, impropriamente, al posto di microbiota viene utilizzato il termine microbioma. Esso, invece, indica esclusivamente il patrimonio genetico (insieme dei suoi geni) del microbiota. La differenza tra questi due termini è la stessa che c’è tra uomo e genoma umano.
Studiare il microbioma è importante, in primo luogo, perché esso rappresenta il 90% circa del totale dei geni, rappresentati dai geni del microbiota e del genoma umano; in secondo luogo, perché permette di conoscere la struttura del microbiota, ossia i microbi che lo compongono, per poi valutarne le funzioni e studiarne il metabolismo.
La parte costituita da batteri viene indicata con il nome di batteriota, quella costituita dai virus è detta virota, quella rappresentata dai funghi è chiamata micota. Tuttavia, quando si parla di microbiota si intende generalmente la parte batterica di esso, per la maggiore capacità dei batteri di metabolizzare (elaborare e convertire in altre sostanze preziose per la salute) i prodotti della digestione. Sostanzialmente si occupano dell'elaborazione finale (fermentazione) dei carboidrati e delle proteine, da cui vengono prodotti acidi grassi a catena corta (SCFA), H2 e CO2, idrogeno, anidride carbonica, ammoniaca, amine, fenoli ed energia.
La diversità dei microbi, e la prevalenza di alcune specie su altre, dipende da molteplici fattori dell'ospite:

popolazione a cui appartiene
luogo in cui vive
patrimonio genetico
storia personale, inclusa la gravidanza della propria madre
tipo di parto e di allattamento
alimentazione
stile di vita 

Per molto tempo si è pensato che, prima della nascita, il feto non fosse colonizzato da microrganismi. Studi in corso stanno invece valutando la possibilità che i batteri contenuti all'interno della placenta, possano contribuire alla formazione del microbiota e del sistema di difesa dell'organismo (sistema immunitario) del nascituro.
In ogni caso, è ormai sempre più evidente che il periodo neonatale e i primi anni di vita, quando si sviluppa il microbiota, rappresentano un momento critico per le potenziali implicazioni a lungo termine sulla salute e la comparsa di alcuni tipi di malattia.
Il parto vaginale costituisce un'occasione fondamentale per lo scambio di microbi tra mamma e neonato e lo sviluppo di un microbiota ricco di tante specie diverse. È così importante che si sta valutando la possibilità di contaminare il neonato nato da parto cesareo con i microbi della mamma per mezzo di un tampone. Il parto cesareo, di contro, sembrerebbe impoverire tale diversità e favorire la prevalenza di alcuni batteri come l’Escherichia coli ed il Clostridium difficilis (potenzialmente nocivi) e lo sviluppo (insorgenza) di malattie dell'intestino e di altre non strettamente correlate ad esso come, per esempio, le allergie.
Anche l'allattamento naturale, in virtù dello scambio madre-bambino, rappresenta una tappa importante nella formazione del microbiota, per la ricchezza delle specie (diversità) e lo sviluppo di un buon sistema immunitario nel neonato. Una mancata contaminazione del bambino da parte della madre con alcune specie batteriche (per esempio i Bifidobatteri), o la loro riduzione a causa di terapie antibiotiche precoci, può determinare una maturazione non equilibrata del sistema immunitario. L'acquisizione di queste conoscenze ha favorito nei medici l'attenzione a privilegiare, quando possibile, il parto naturale e l'allattamento al seno così come l'utilizzo degli antibiotici nei casi di effettiva necessità.
Il microbiota si modifica con l'età e con il variare degli elementi che lo influenzano come l'ambiente e la dieta che, nell'arco di un solo giorno, è in grado di cambiare transitoriamente circa il 60% della sua composizione. Il restante 40% tende a rimanere stabile, perlomeno nella parte centrale della vita. Tende, invece, a essere instabile nella fase iniziale, quando il processo di maturazione è in corso, e in quella finale, tipica dell'età avanzata. Anche per questa ragione queste fasce di età sono considerate “fragili” e maggiormente esposte a rischi.
L'uomo e i microrganismi che popolano il suo intestino convivono stabilendo una relazione basata sullo scambio di vantaggi reciproci. Il primo fornisce le sostanze nutritive, mentre i secondi svolgono funzioni fisiologiche, metaboliche e immunologiche indispensabili per mantenere uno stato di benessere fisico e mentale.
Tale benessere sembrerebbe dipendere, così come suggeriscono recenti ricerche, dallo stato di salute del microbiota che i ricercatori misurano tenendo conto di tre fattori:

ricchezza della diversità delle specie di microbi presenti
abbondanza numerica relativa di ogni specie
rapporto tra specie benefiche e quelle potenzialmente dannose (se sono più numerose le une rispetto alle altre)

In altri termini viene ritenuto sano un microbiota costituito da diverse specie di microbi, ciascuna costituita da un buon numero di unità, con prevalenza di quelle benefiche per l'uomo e in equilibrio tra loro e con l'intestino che li ospita.
Questo stato di equilibrio viene definito nel linguaggio scientifico “eubiosi”. In particolari condizioni si può rompere causando un processo di alterazione del microbiota che porta a uno stato definito "disbiosi", condizione che i medici hanno riscontrato in molte malattie, compresa l'obesità, le malattie infiammatorie dell'intestino e altre apparentemente non correlate a questo organo come quelle immunologiche e metaboliche.
Attualmente sono in corso numerose ricerche per stabilire il rapporto tra disbiosi e varie malattie e per stabilire se la disbiosi può esserne considerata la causa o la conseguenza.