Il trattamento della spina bifida si diversifica in relazione al tipo e alla gravità del difetto e mira a contenere la malattia e ridurre le complicazioni.
In genere, i bambini con la forma più lieve non hanno bisogno di cure, anche se alcuni possono avere necessità di un intervento chirurgico in fasi successive. I trattamenti per le forme più gravi includono:

intervento chirurgico e trattamento dell’idrocefalo 
fisioterapia e terapia occupazionale, per facilitare la vita quotidiana e aumentare l'indipendenza degli individui colpiti
dispositivi di assistenza e attrezzature per la mobilità 
trattamenti per i problemi intestinali e urinari

Chirurgia dopo la nascita
L'intervento chirurgico alla nascita (entro le 48 ore) è necessario per chiudere l'apertura della colonna spinale evitando, quindi, infezioni e ulteriori traumi. In presenza di idrocefalo, il neurochirurgo impianterà nella cavità ventricolare un tubicino sottile chiamato shunt per drenare il liquido in eccesso nella cavità addominale. Lo shunt rimane impiantato per il resto della vita del bambino, ma potrebbero essere necessari ulteriori interventi chirurgici qualora si intasi o si infetti o ne occorra uno più grande. Alcuni bambini potrebbero avere bisogno di interventi chirurgici successivi per correggere le eventuali deformità ai piedi, alle anche o alla colonna vertebrale.
Chirurgia “in utero” o fetale
Il futuro per la cura delle forme particolarmente gravi di spina bifida è rappresentato dalla chirurgia prenatale (o fetale) che prevede la correzione all'interno dell'utero del meningocele entro la ventiseiesima settimana di gestazione.
L'intervento chirurgico in epoca prenatale sembra prevenire l'idrocefalo e ridurre le disabilità successive. Tuttavia, potrebbe presentare dei rischi, sia per il nascituro sia per la madre, quali, ad esempio, il parto prematuro. Per questo motivo va eseguito in ambiente adeguato e in presenza di una equipe multidisciplinare specializzata.
Nel 2018, in Italia, è stato eseguito con successo il primo intervento europeo di laparochirurgia in utero per il trattamento del mielomeningocele. Fino ad oggi, infatti, questo tipo di intervento è stato eseguito in maniera tradizionale con incisioni più grandi della parete addominale legate a maggiori rischi per il nascituro e per la mamma.
Nei bambini affetti da mielomeningocele, poiché il quadro clinico è più complesso, dopo l'intervento chirurgico è necessaria una loro presa in carico da parte di più specialisti (equipe multispecialistica). La famiglia e gli altri operatori sanitari rappresentano una parte fondamentale dell'equipe, imparando come aiutare a gestire le condizioni del bambino e come incoraggiarlo e sostenerlo emotivamente e socialmente.
Fisioterapia e terapia occupazionale
La fisioterapia è fondamentale per rendere le persone con spina bifida il più indipendenti possibile. L'obiettivo principale è quello di aiutare la capacità di movimento, prevenire la deformità e fermare l'ulteriore indebolimento dei muscoli delle gambe.
La terapia occupazionale, invece, può aiutare a trovare soluzioni pratiche per le attività quotidiane quali, ad esempio, camminare o vestirsi.
Dispositivi di assistenza
Alcuni individui con spina bifida richiedono dispositivi di assistenza come stampelle, tutori per le gambe o camminatori, sedie a rotelle. Iniziare gli esercizi speciali per le gambe e i piedi in tenera età può preparare il bambino a camminare con le stampelle quando sarà più grande. Gambali, stecche e altri ausili per camminare possono essere utilizzati da persone che hanno una riduzione della forza muscolare agli arti inferiori.
Trattamento dei problemi urinari e intestinali
Molte persone con spina bifida hanno problemi a controllare il funzionamento della vescica.
Per prevenire le infezioni dei reni e delle vie urinarie potrebbero essere utili:

antibiotici
farmaci che rilassano la vescica 
cateterismo urinario 
intervento chirurgico di correzione delle dimensioni della vescica 

Se necessario, i disturbi intestinali possono essere trattati con:

lassativi
irrigazione anale
clistere di continenza anterograda (ACE)
colostomia 

Inoltre, sono necessari esami di routine e valutazioni funzionali dell'intestino e della vescica soprattutto nei primi anni di vita.