L'epilessia non ha alcuna causa identificabile in circa la metà delle persone che ne soffrono. Nell'altra metà, può essere ricondotta a diversi fattori:

influenza genetica, alcuni tipi di epilessia si ripetono con le medesime caratteristiche in diversi membri della stessa famiglia. In questi casi, è probabile che ci sia un'influenza genetica. Solo alcuni tipi di epilessia sono stati associati a specifici geni, anche se si stima che possano essere circa 500 i geni correlati alla malattia. Nella maggior parte dei casi, però, i geni costituiscono solo una parte delle cause dell'epilessia. Alcuni geni possono rendere una persona più sensibile alle condizioni ambientali che poi scatenano gli attacchi epilettici
traumi alla testa, un trauma può causare l'epilessia anche a distanza di tempo (mesi o anni)
malattie del cervello, diverse condizioni che causano danni al cervello come, ad esempio, tumori, ictus e malformazioni possono causare l'epilessia. L'ictus, in particolar modo di tipo emorragico, è una delle principali cause di epilessia negli adulti di età superiore ai 35 anni
malattie infettive che interessano il cervello come, ad esempio, meningite, AIDS ed encefaliti
danni perinatali, al momento e prima della nascita, i bambini sono sensibili a danni cerebrali che possono essere causati da diversi fattori come, ad esempio, un'infezione, carenze nutrizionali nella madre, scarso apporto di ossigeno. Questi tipi di danno cerebrale possono anche causare paralisi cerebrale
disturbi dello sviluppo come autismo e neurofibromatosi
disturbi metabolici quali diminuita quantità o mancanza di ossigeno nei tessuti (ipossia/anossia) per riduzione del battito cardiaco (bradicardia) o arresto cardio-circolatorio, diminuzione prolungata della quantità di glucosio nel sangue (ipoglicemia), aumento della quantità di ammoniaca nel sangue (iperammoniemia), disturbi elettrolitici
ipertermia, la febbre elevata aumenta l'eccitabilità dei neuroni e può, quindi, scatenare o favorire l'insorgenza delle crisi. Le cosiddette convulsioni febbrili colpiscono sino al 10% dei bambini sotto i 6 anni e, in assenza di anomalie dell'attività elettrica del cervello rilevate con l'esame di elettroencefalografia (EEG), e di alterazioni neurologiche e delle neuro-immagini, scompaiono spontaneamente con la crescita e non hanno necessità di alcuna cura antiepilettica preventiva

Alcuni fattori possono aumentare il rischio di epilessia:

età, la comparsa dell'epilessia è più comune durante la prima infanzia e dopo i 60 anni ma può avvenire a qualsiasi età. Ovviamente, alcune fasce di età sono maggiormente legate a specifici agenti che potrebbero esserne causa: ad esempio, in età neonatale-infantile potrebbero avere un ruolo i disturbi metabolici e la sofferenza da parto; nell'adolescenza-prima giovinezza potrebbero intervenire i traumi dovuti ad incidenti stradali o sostanze di abuso; in età adulta-vecchiaia, fattori favorenti potrebbero essere i tumori del cervello e gli ictus
storia familiare, avere dei familiari già malati di epilessia (storia familiare) comporta un rischio aumentato di esserne colpiti
gravi danni (lesioni) cerebrali post-traumatici, i danni alla testa sono responsabili di alcuni casi di epilessia. È possibile ridurre il rischio che ciò accada indossando la cintura di sicurezza durante la guida e il casco in bicicletta, sugli sci, in moto o se si è impegnati in altre attività con elevato rischio di lesioni alla testa
ictus e altre malattie vascolari, l'ictus determina dei danni al cervello che possono scatenare l'epilessia. Per ridurre il rischio di comparsa di malattie che possano favorirla, si può limitare l'assunzione di alcol, evitare di fumare, seguire una dieta sana
demenza, può aumentare il rischio di epilessia negli anziani
infezioni cerebrali come, ad esempio, meningiti e, soprattutto, encefaliti
effetti neurostimolanti di alcol e di sostanze di abuso (quali cocaina, eroina, amfetamine) sia per eccesso di consumo che per improvvisa cessazione dell'assunzione in persone che hanno sviluppato una dipendenza fisica (alcolisti, tossicodipendenti)
luce intermittente, andando in auto lungo un viale costeggiato da filiere di alberi in una giornata piena di sole; in discoteca a causa di luci stroboscopiche; davanti al televisore o ad un videogioco con immagini molto vivide ed in rapida successione