Una malattia si definisce rara quando non colpisce più di 5 individui ogni 10.000.
La Commissione Europea stima che nel territorio comunitario siano presenti da 27 a 36 milioni di persone con malattie rare.
Ad oggi, si conoscono fra le 6000 e le 8000 malattie rare accomunate dalla complessità delle manifestazioni cliniche ma molto diverse fra loro per quanto riguarda la causa e l'evoluzione della malattia (eziopatogenesi), i disturbi presenti (sintomatologia) e gli organi coinvolti.
Circa l'80% di esse ha origini genetiche (ovvero coinvolge uno o più geni o cromosomi) e può essere ereditario (la malattia è trasmessa dai genitori) o derivare da una mutazione cosiddetta de novo, in altre parole non ereditata dai genitori ma frutto di un evento “nuovo” verificatosi per la prima volta in quello specifico individuo. Del restante 20%, una parte è determinata da infezioni (batteriche o virali) e da autoimmunità o è dovuta a fattori cosiddetti teratogeni (sostanze chimiche, radiazioni, ecc. che potrebbero causare danni al feto); l'altra, deriva dall'interazione fra cause genetiche e ambientali.
L'età di comparsa dei disturbi (sintomi) può variare notevolmente. Alcune malattie possono manifestarsi alla nascita o durante l'infanzia, ad esempio molte patologie metaboliche; altre, come la sclerosi laterale amiotrofica, si manifestano solo in età adulta.
Le persone che ne soffrono, nonostante si tratti di malattie molto diverse fra loro, condividono le stesse difficoltà legate, proprio, alla rarità. Esse includono:

difficoltà nell'ottenere la diagnosi (ritardo diagnostico), tra la comparsa dei primi disturbi (sintomi) e l'accertamento della malattia (diagnosi) a volte possono passare lunghi intervalli di tempo, durante i quali la malattia non è riconosciuta o viene effettuata una diagnosi sbagliata. Queste eventualità creano considerevoli disagi per il malato e la sua famiglia e spesso determinano la somministrazione di terapie inadeguate
alti costi delle cure (terapie) e degli esami diagnostici, l'elevata spesa economica necessaria per affrontare la malattia rara, dall'accertamento (diagnosi) alle terapie, unita alla mancanza di benefici sociali e della possibilità di rimborso di tutte le spese sanitarie sostenute, causa un generale impoverimento della famiglia e aumenta drammaticamente le differenze di accessibilità alle terapie per i pazienti affetti da malattie rare
carenza o assenza di cure (terapie) appropriate, le malattie rare sono spesso croniche e invalidanti, possono coinvolgere più organi o apparati (multisistemiche) e a volte causano una mortalità precoce. Per questi motivi, esse richiedono l'interessamento di più specialisti insieme, in ambito sanitario e non. Tuttavia, solo una piccola percentuale di esse può contare su terapie risolutive e su attenzioni mediche adeguate
differenze nella disponibilità di cure (terapie) e assistenza, le terapie innovative (che propongono nuovi approcci terapeutici) non sempre sono disponibili in tutti i Paesi dell'Unione Europea con le stesse modalità. Ciò dipende da ritardi nella determinazione del prezzo dei farmaci e/o nelle decisioni relative alla loro offerta gratuita (rimborsabilità) da parte del servizio sanitario nazionale; dall'assenza di linee guida o raccomandazioni relative ai trattamenti e alle terapie
conoscenze scientifiche spesso insufficienti, la scarsità di conoscenze scientifiche approfondite determina spesso grandi difficoltà a sviluppare adeguate strategie terapeutiche
poche informazioni disponibili, le informazioni a disposizione del cittadino, spesso poco complete e provenienti da fonti non attendibili e non istituzionali, rendono difficile orientarsi in maniera precisa fra medici, centri clinici di riferimento e servizi di supporto
disagi sociali, vivere con una malattia rara determina conseguenze in ogni campo della vita, nella scuola, nel lavoro, nel tempo libero, nelle relazioni con gli amici o nella vita affettiva. Può condurre all'isolamento sociale fino all'esclusione vera e propria della persona malata dalla comunità in cui vive
difficoltà nel passaggio dall'età pediatrica all'età adulta, i passi avanti fatti dalla scienza (nelle tecniche diagnostiche o relative a nuovi trattamenti/farmaci) ha determinato un miglioramento dell’evoluzione nel tempo di molte malattie rare e, di conseguenza, un numero sempre maggiore di malati che raggiungono l'età adulta. Questa nuova, positiva, situazione richiede necessariamente la disponibilità di professionisti preparati che possano garantire anche agli adulti un'assistenza sanitaria e sociale altrettanto specializzata di quella sinora offerta ai bambini

Le malattie rare rappresentano, dunque, una questione complicata in materia di sanità pubblica, per il legislatore, per il cittadino, per i malati e per le loro famiglie, per i professionisti coinvolti nell'indirizzare gli interventi sanitari alle reali esigenze dei malati.
La prevenzione della disabilità e della mortalità prematura, l'accertamento della malattia nella fase iniziale (diagnosi precoce), la disponibilità di terapie, il miglioramento della qualità della vita e della realizzazione sociale e lavorativa dei cittadini con malattia rara e delle loro famiglie rappresentano, a tutt'oggi, le sfide più importanti da affrontare.
Le dimensioni del problema e le possibilità di successo degli interventi efficaci richiedono un approccio globale con azioni integrate lungo tre direttrici: la collaborazione internazionale, la collaborazione tra istituzioni e associazioni dei pazienti ed il trasferimento efficiente delle conoscenze dalla ricerca scientifica alla pratica clinica e alle azioni di salute pubblica.