La malattia di Crohn si manifesta con disturbi (sintomi) comuni ad altre malattie. Il suo accertamento (diagnosi) è complesso e può richiedere oltre a visite mediche anche una serie di esami clinici (Video).
Valutazione iniziale del medico di famiglia
Il primo passo per accertare la presenza, o meno, della malattia consiste nella visita medica e nella valutazione iniziale dei disturbi eseguita dal medico curante. Durante la visita il medico in particolare:

valuta i disturbi (sintomi) e la loro eventuale presenza durante la notte
si informa su eventuali viaggi all'estero  in cui si potrebbe aver contratto la diarrea del viaggiatore e chiede se si stanno utilizzando farmaci che potrebbero provocare diarrea
valuta la presenza di eventuali fattori di rischio, ad esempio, familiari già colpiti da malattie infiammatorie croniche dell'intestino (morbo di Crohn o colite ulcerosa), abitudine al fumo, passata rimozione chirurgica dell’appendice (appendicectomia), recente gastroenterite
valuta lo stato generale di salute, lo stato di nutrizione e, attraverso l’esame dell’addome e l’ispezione della zona perianale con esplorazione rettale, verifica la presenza di segni sospetti di malattia di Crohn.

A completamento della visita, il medico può prescrivere delle analisi di laboratorio.
Analisi del sangue
Il medico prescrive le analisi del sangue necessarie a verificare la presenza di infiammazione, di infezioni in corso, di anemia dovuta a malassorbimento o a perdite di sangue intestinali. Gli esami di sangue comprendono:

VES, emocromo con formula leucocitaria, sideremia, tranferrinemia, ferritinemia, PCR, alfa-1-glicoproteina acida , proteine totali ed elettroforesi, azotemia, creatininemia, ALT, AST, bilirubina totale ed indiretta, fosfatasi alcalina, gammaGT

Esame delle feci
L'esame delle feci è eseguito per:

ricerca di batteri, miceti e virus capaci di determinare una infezione intestinale (esame colturale delle feci)
ricerca di parassiti (esame parassitologico delle feci)
ricerca di sangue non visibile ad occhio nudo (ricerca sangue occulto)
valutazione della presenza e del grado di infiammazione intestinale (test della calprotectina fecale)

In seguito ai risultati delle analisi del sangue e delle feci, il medico curante può indirizzare il malato allo specialista delle malattie dell’apparato digerente (gastroenterologo) per l'ulteriore accertamento della malattia (diagnosi) e/o prescrivere ulteriori indagini di approfondimento come la colonscopia, la gastroduodenoscopia, l’enteroscopia con videocapsula, la risonanza magnetica enterica (entero-RM) e l’entero-tomografia computerizzata (entero-TC), l’ecografia delle anse intestinali, il clisma del tenue o tenue seriato.
Colonscopia
La colonscopia è un'indagine utilizzata per esaminare l'interno del colon e la parte terminale dell'ileo (ileo-colonscopia) attraverso l'introduzione di un tubo lungo e flessibile, chiamato endoscopio, attraverso l'ano e il retto. Si tratta di un esame essenziale per accertare (diagnosticare) la malattia di Crohn poiché permette, attraverso il prelievo di piccoli frammenti di tessuto (biopsie) da analizzare al microscopio, di valutare lo stato della mucosa intestinale.
L'endoscopio è dotato, ad una estremità, di una telecamera, che invia ad uno schermo le immagini che mostrano il livello e l'estensione dell'infiammazione delle pareti del colon e dell'ileo terminale. L'endoscopio è equipaggiato con degli strumenti chirurgici che servono a prelevare frammenti di tessuto da varie parti dell’intestino (biopsia).
L'esame e la biopsia possono essere fastidiosi ma, in generale, non sono dolorosi; spesso si svolgono sotto sedazione. I campioni di tessuto prelevati sono esaminati al microscopio per verificare se siano presenti le alterazioni del tessuto intestinale tipiche della malattia di Crohn: presenza di ulcere ed infiltrazioni di globuli bianchi.
Esofagogastroduodenoscopia
Viene prescritta nel sospetto di lesioni infiammatorie che interessino il tratto più alto dell'apparato digerente. Permette di valutare l'interessamento dell'esofago, stomaco o duodeno.
Enteroscopia con videocapsula
Si tratta di un nuovo tipo di esame che si effettua tramite l’ingestione di una capsula grande come una pasticca di antibiotico. La capsula passa all'interno dell'intestino e consente la visualizzazione dell’intestino tenue mediante la trasmissione di immagini a un dispositivo portatile. La capsula è successivamente eliminata con le feci. L'esame non permette di effettuare prelievi di tessuto dalle pareti intestinali (biopsie) ed è preceduto da un'indagine radiologica per escludere la presenza di restringimenti nell'intestino tenue.
Risonanza magnetica enterica (entero-RM) e entero-tomografia computerizzata (entero-TC)
Permettono di valutare lo stato dell'intestino tenue in persone con sospetto di malattia di Crohn. Sono esami sensibili, utili per determinare lo stadio della malattia e i tratti intestinali coinvolti, nonché eventuali complicazioni come fistole ed ascessi.
Per effettuarli è necessario ingerire un liquido di contrasto (enterografia); in alternativa, il mezzo di contrasto può essere somministrato attraverso un tubo flessibile che dal naso arriva fino all’intestino tenue (enteroclisi). L'agente di contrasto consente di visualizzare più chiaramente l'interno dell'intestino durante la risonanza magnetica o la entero-TC.
Si preferisce, quando possibile, la entero-RM perché rispetto alla TC non espone la persona a radiazioni ionizzanti.
Ecografia delle anse intestinali
L'ecografia delle anse intestinali permette di valutare la parete dell'intestino in maniera non invasiva e priva di radiazioni. È utile per verificare la presenza di lesioni intestinali caratteristiche della malattia di Crohn e di eventuali complicazioni come la presenza di restringimenti, di fistole e/o di ascessi. Questo tipo di ecografia deve essere eseguita in centri specializzati.
Clisma del tenue o tenue seriato
È un esame, oggi quasi in disuso grazie allo sviluppo delle nuove tecniche di diagnostica per immagini, utilizzato per esaminare le anse dell'intestino tenue non visualizzabili con la colonscopia (può raggiungerne solo gli ultimi 20 centimetri).
L'indagine consiste nell'introdurre nell'intestino tenue un liquido contenente un mezzo di contrasto, chiamato bario, attraverso un tubo flessibile che passa per il naso e la gola. Il bario riveste le pareti dell’intestino tenue rendendole chiaramente visibili ai raggi X. Attraverso una serie di radiografie fatte in successione, si evidenziano le aree di restringimento (stenosi) e di infiammazione causate dalla malattia di Crohn.
Dopo l'esame è consigliabile bere molto per eliminare il bario attraverso le feci che, per alcuni giorni, potranno essere di colore bianco.