NCube/papyrus huggingface dataset:
Apport du gène Transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) au diabète induit par les statines

L’usage de statines augmente le risque de développer le diabète de 11% comparativement à un placébo[1]. Dans la présente étude, nous avons utilisé une approche génomique visant l’étude du gène TCF7L2, fortement lié au diabète, afin de caractériser son apport au risque de diabète induit par les statines. Nous avons utilisé des données issues de deux études cliniques de Phase 4 avec statines : TNT (Treating to New Targets) et IDEAL (Incremental Decrease in End Points Through Aggressive Lipid Lowering). Ces études font la comparaison entre une haute dose d’atorvastatine et une dose modérée d’atorvastatine ou de simvastatine. L’étude génomique a été effectuée à l’aide de la puce MEGA (Illumina). Les résultats statistiques des deux études ont été combinés par méta-analyse. Nos résultats supportent l’observation d’une augmentation du risque de nouvelle apparition de diabète, à hauteur de 16% (p=0.022) chez les utilisateurs de forte dose de statine comparé à une dose modérée. Nous démontrons que, bien que l’allèle T du variant rs7903146 au gène TCF7L2 soit associé à une augmentation du risque d’apparition de diabète de 29% (p=1.98E-13) comparativement à l’allèle C toutes doses confondues, aucun variant du gène TCF7L2 n’était associé à l’apparition du diabète induit par une forte dose de statines comparativement à une faible dose. De plus, le variant rs7903146 n’est pas significativement associé à l’aggravation du diabète chez les personnes étant déjà diabétiques avant l’étude (p=0.266). Ces résultats contribuent à l’avancement des connaissances sur le rôle du gène TCF7L2 et le risque de diabète de type 2 chez les utilisateurs de statines.

Keyphrases: diabète de type 2, statine, TCF7L2, TNT, Incremental Decrease in End Points Through Aggressive Lipid Lowering, IDEAL, épidémiologie génétique, pharmecogénomique, méta-analyse, atorvastatine, simvastatine, statin, atorvastatin, simvastatin
Marco Micone, écrivain-traducteur québécois? : une étude sociographique de ses transitions littéraires

La présente thèse porte sur Marco Micone, écrivain-traducteur d’origine italienne immigré à Montréal en 1958. Son œuvre a fait l’objet de nombreuses études, la vaste majorité concernant ses écrits originaux et, dans une moindre mesure, ses autotraductions. Ses traductions-adaptations pour le théâtre, en revanche, ont été largement négligées. Notre recherche vise à combler cette lacune. Elle propose une exploration selon une approche sociographique (Bourdieu, 1993) de la trajectoire littéraire et professionnelle de Micone par laquelle sont mis en relief 1) l’interdépendance entre les textes de Micone (originaux et traductions) et les contextes dans lesquels ils ont vu le jour ; 2) l’articulation entre les contributions originales de Micone, ses traductions ainsi que ses autotraductions. Dans la mesure où ces différentes pratiques d’écriture se sont succédé dans le temps, se chevauchant à peine, nous accordons une importance particulière aux transitions, marquant le passage d’un type d’écriture à l’autre. Pour ce faire, nous proposons donc une relecture diachronique de son œuvre, de 1982 à 2008, en la resituant en regard des champs littéraires et sociaux dans lesquels elle s’inscrit. Outre les deux objectifs mentionnés plus haut, cette démarche vise à mieux comprendre l’habitus de cet écrivain-traducteur plurilingue, son positionnement dans les champs social et littéraire ainsi que son rapport complexe aux élites littéraires. Finalement, deux constats originaux ressortent de cette analyse : une apparente insécurité linguistique et littéraire - insécurité témoignant d’une position possiblement mal assurée dans le champ littéraire - ainsi que son goût marqué pour les expérimentations et l’hybridité linguistique. Ces deux aspects, qui traversent l’ensemble de sa trajectoire et lui donnent sens, découlent tant des affinités sociale, politique et esthétique de Micone que du statut « d’écrivain migrant » qu’il s’est vu accoler très tôt dans sa carrière. En intégrant une dimension sociale à la littérature de migration, notre étude de cas libère celle-ci de son interprétation romantique et met en lumière les critères d’admissibilité très serrés qui la distinguent et influencent la production des écrivains. Du point de vue traductologique, la contribution de notre thèse est double. Premièrement, celle-ci nous apprend que, tout comme la traduction, l’autotraduction peut être une façon d’intégrer un nouveau champ littéraire national. Deuxièmement, cette étude nous montre que l’habitus d’un écrivain-traducteur issu de la migration, enclin à divers ajustements, peut être hybride et plus malléable, car il résulte de la cohabitation de plusieurs professions, langues et cultures. Mots clés : Marco Micone, sociologie de la traduction, approche sociographique, hybridité linguistique, littérature de migration, traduction-adaptation, autotraduction, théâtre québécois.

Keyphrases: Marco Micone, Sociologie de la traduction, Approche sociographique, Hybridité linguistique, Littérature de migration, Traduction-adaptation, Autotraduction, Théâtre québécois
Étude de l’association entre la consommation de cocaïne par épisode de binge et les troubles de santé mentale

Objectifs : Alors que le binge de cocaïne et les troubles de santé mentale ont été tous deux identifiés comme facteurs de risque significatifs d’acquisition d’infections transmises sexuellement et par le sang et de plusieurs autres problèmes de santé, très peu est connu sur la relation potentielle entre ces facteurs. Ainsi, le but de cette recherche est d’examiner l’association entre des troubles psychiatriques et le binge de cocaïne. Méthodes : Les participants sélectionnés faisaient partie d’une cohorte prospective d’individus fumant ou s’injectant de la cocaïne. La problématique principale, un binge de cocaïne dans le mois avant le recrutement, a été définie comme l’usage répété d’importantes quantités de cocaïne jusqu’à ce que le participant ne soit plus en mesure de s’en procurer ou ne soit plus physiquement capable de continuer à en prendre. Les troubles psychiatriques ont été évalués à partir des questionnaires CIDI et DIS. Des modèles de régression logistique ont été utilisés afin d’examiner l’association entre le binge de cocaïne et les troubles psychiatriques, ajustant pour les facteurs confondants potentiels. Résultats : Parmi les 492 participants, 24,4 % rapportaient au moins un épisode de binge de cocaïne dans le mois précédent le recrutement. Alors que 48,0 % de la population à l’étude correspondaient aux critères de trouble de la personnalité antisociale, 45,5 % présentaient un trouble anxieux et 28,2 % un trouble de l’humeur. Ceux présentant un trouble de la personnalité antisociale étaient plus susceptibles d’avoir consommé de la cocaïne par binge (Rapport de cote ajusté : 1.73, IC95% : 1.10-2.73), alors qu’aucune association n’était retrouvée entre les troubles de l’humeur et le binge de cocaïne. L’association entre les troubles anxieux et le binge de cocaïne n’était significative qu’en analyse univariée.  Conclusion : Parmi d’autres facteurs, la présence d’un trouble de la personnalité antisociale augmente les chances de retrouver un binge de cocaïne dans la population faisant l’objet de cette étude. Ces résultats mettent en relief le besoin d’améliorer notre compréhension des dimensions spécifiques du trouble de la personnalité antisociale contribuant à l’augmentation du risque de comportement de consommation de cocaïne non sécuritaire.

Keyphrases: Cocaïne, Binge, Troubles psychiatriques, Trouble de la personnalité antisociale, Anxiété
L'adénylate cyclase de type 9 favorise le développement de l'athérosclérose chez la souris

Une étude pharmacogénomique a récemment démontré que des variants pour le gène ADCY9 étaient déterminants de la réponse clinique d’un inhibiteur de la protéine de transfert des esters de cholestérol (CETP) chez des patients souffrant d’athérosclérose. Ces variants contrôlant la réponse au dalcetrapib ne démontraient aucune différence avec un traitement placebo, suggérant une interaction pharmacogénomique entre le gène ADCY9 et l’activité CETP. L’étude a révélé que le dalcetrapib était également associé avec des modifications de la masse corporelle. Nous avons alors recherché le rôle d’Adcy9 dans le développement de l’athérosclérose et le métabolisme lipidique, en interaction avec la CETP, chez la souris. Les souris inactivées pour Adcy9 présentaient une diminution de 65% des lésions athérosclérotiques en comparaison des WT. L’athéroprotection en réponse à l’inactivation d’Adcy9 était associée à une protection de la fonction endothéliale et une réduction de l’accumulation de cellules spumeuses au sein de la plaque. Au cours de la diète athérogène, les souris inactivées pour Adcy9 présentaient une augmentation de leur poids et du volume de tissu adipeux corporel. Ces résultats étaient également associés à une modification du système nerveux autonome et une augmentation de l’indice de consommation chez les animaux Adcy9Gt/Gt. Lorsqu’étudiée chez des souris transgéniques pour CETP, l’inactivation d’Adcy9 n’avait pas d’effet significatif sur le développement de l’athérosclérose. Nous avons ainsi conclu que le développement de l’athérosclérose et le contrôle du métabolisme lipidique étaient sous le contrôle de l’expression d’Adcy9, mais seulement en absence de la CETP. Ces résultats confirment l’interaction entre le gène ADCY9 et la CETP et l’importance de la relation entre activité CETP et la fonction d’ADCY9 dans le traitement contre l’athérosclérose.

Keyphrases: Athérosclérose, Adcy9, AC9, CETP, souris
Thérapie avec hormone de croissance en fécondation in vitro : une étude randomisée contrôlée

Les protocoles de FIV sont constamment révisés pour augmenter les chances de grossesse. Des recherches effectuées chez les mammifères ont montré que l’hormone de croissance (GH) était importante pour le développement folliculaire. L’ajout de GH pourrait donc augmenter les taux de grossesse en FIV. L’étude clinique présentée dans ce mémoire est un essai randomisé contrôlé, incluant n= 528 participantes supposées normo-répondeuses recevant un protocole antagoniste de stimulation ovarienne à la clinique ovo de Montréal. Les patientes du groupe étude reçoivent 2.5mg/j de Saizen® dès le début de la stimulation et jusqu’au jour de la ponction ovarienne. L’objectif primaire est de déterminer si le taux de grossesses cliniques évolutives après transfert frais est plus élevé chez les femmes recevant la GH. Les objectifs secondaires sont les issues du cycle de stimulation et les issues de grossesse pour les transferts frais et congelés. Une analyse a été réalisée pour déterminer l’intérêt de la poursuite de l’étude dans le contexte actuel de la loi 20 qui implique une chute du recrutement. De juin 2014 à septembre 2016, sur les 212 patientes recrutées (105 groupe étude et 107 groupe contrôle), 96 patientes ont eu une ponction dans le groupe étude et 98 dans le groupe contrôle. Aucune différence significative entre les deux groupes n’a été retrouvée pour les taux de grossesses cliniques évolutives (33.33% groupe étude VS 40.28% groupe contrôle p=0.405). Le nombre moyen d’ovocytes ponctionnés était supérieur dans le groupe étude (11.57 VS 9.65 p=0.064) mais non significatif. On observe un nombre supérieur et statistiquement significatif de freeze all dans le groupe étude (15.63% VS 5.10% p =0.016). Tous types de transferts confondus, 101 transferts ont eu lieu dans chaque groupe et 21 naissances vivantes ont été observées dans le groupe contrôle pour 17 dans le groupe étude (p=0.471). En conclusion, l’analyse réalisée ne peut nous permettre de préconiser de prescrire de la GH en supplément d’un protocole antagoniste aux femmes normo-répondeuses. La poursuite du recrutement est nécessaire pour augmenter la puissance des résultats avant de pouvoir conclure sur l’utilisation de la GH en routine clinique.

Keyphrases: Hormone de croissance (GH), Stimulation ovarienne, Protocole antagoniste, Taux de grossesse
Médicaliser au féminin : quand la médecine occidentale rencontre la maternité en Chine du Sud, 1879-1938

Cette thèse examine le processus de la médicalisation de la maternité dans la province méridionale chinoise du Guangdong entre 1879 et 1938. En explorant ce phénomène à travers l’œuvre médicale missionnaire menée dans la région, cette analyse tente de voir comment la prise en charge médicale des parturientes, puis des futures et nouvelles mères chinoises a pu se traduire sur le terrain, en parallèle ou en dehors des politiques gouvernementales pour le moins limitées. Elle met particulièrement en lumière les manifestations locales de ce processus et l’appréhende selon la perspective des principales concernées : les femmes. Espérant convertir les populations féminines, les missionnaires chrétiens présents dans le Guangdong, particulièrement ceux appartenant à la mission presbytérienne américaine, ont développé une offre de soins qui répondait à la norme sociale chinoise de la ségrégation sexuelle. Au sein des établissements de santé spécialisés ou adaptés à l’accueil des femmes, ils ont également organisé des maternités, ainsi que des services de santé maternelle et infantile, chargés d’étendre la prise en charge des parturientes en amont et en aval de l’accouchement. Si leurs efforts ont pu être en partie freinés par la double position de subordination qu’occupaient les femmes dans l’organisation sociale confucéenne, il n’en reste pas moins que les missionnaires ont rencontré plus d’une sociétés chinoises dans le sud de la Chine et que certaines de ces particularités locales ont facilité, dans une certaine mesure, leurs efforts de médicalisation.  Étant moins soumises à la ségrégation des sexes et plus impliquées dans l’économie familiale, y compris en dehors du foyer, qu’ailleurs en Chine, les femmes du Guangdong ont été relativement nombreuses à compléter des formations médicales et infirmières dans les programmes missionnaires. Par conséquent, la profession médicale a connu une véritable féminisation/sinisation, et cette région du monde s’est révélée être un terrain beaucoup plus propice à l’innovation sociale et à l’émancipation des femmes que bien des pays occidentaux. Principales forces motrices de la médicalisation de la maternité, les femmes, professionnelles comme profanes, soignantes comme patientes, n’ont pas que reçu passivement les normes, les savoirs et les pratiques de la médecine occidentale. Elles ont négocié ce modèle sur la base de leurs repères socioculturels et ont contribué à en redessiner les contours, faisant passer la médicalisation par un réel processus de naturalisation.

Keyphrases: médicalisation, maternité, femmes, genre, Guangdong, Chine, médecine occidentale, médecine missionnaire, Guangdong
Éléments pour une esthétique de la chair : l'art tel un boucher au temps de la viande libre

À l’extérieur des villes, les abattoirs sont des lieux où la cruauté qui est aux fondements de nos sociétés reste cachée. Là, la chair de l’animal, mené avec le troupeau pour être égorgé, par sa transformation en viande est réifiée et oubliée, perd son caractère particulier et individuel, devient propre à une consommation sans remords. La même réification atteint aujourd’hui l’homme. Dans sa dépendance à la technique, dans sa volonté de ne pas voir et de dissimuler à son propre regard les cruautés qui inévitablement heurtent sa chair, de neutraliser tout affect, l’homme est devenu « chose », « viande à abattre », individu perdu, inconscient, au sein du troupeau. Un nouvel idéalisme l’éloigne toujours plus de la réalité matérielle pour le conduire vers une abstraction rassurante où la violence et la mort lui sont épargnées. Face à cet engourdissement et à cet aveuglement de la conscience, seul l’art est à même de réveiller la chair en son ambiguïté, en sa vie, et de donner à voir du réel la cruauté refoulée: non pas la science ou la philosophie, qui dans l’élaboration de leurs concepts nient la réalité concrète du particulier (soit la possibilité de sa douleur), mais un art qui s’attache à représenter de façon sans cesse nouvelle ce réel changeant et multiple. Cette thèse veut par conséquent penser et théoriser une esthétique de la chair comme potentiel de résurrection de la chair réifiée (savoir : la viande) par l’art ayant su rendre concrète la vérité. L’esthétique de la chair (des œuvres d’art représentant une certaine cruauté) s’oppose donc à une esthétique de la viande (l’art dissimulant cette cruauté, n’arrachant pas le corps à son abstraction, à sa viande). Ce sont les figures, récurrentes, et toujours davantage à    ii mesure qu’on avance dans le XXe siècle, de l’abattoir, de la viande, de la chair techno-réifiée, dans la littérature et la philosophie modernes et dans l’art visuel (dans les œuvres de Kafka, de Döblin, de Bacon, de Franju et de Pynchon, etc.), qui m’ont permis d’élaborer cette esthétique de la chair. L’horreur produite par les œuvres de mon corpus n’est pas vaine provocation. Mais prise de conscience, savoir, contact avec une cruauté que l’on peut chercher à oublier, ce qui est bien naturel, mais qu’il faut pourtant reconnaître si l’on ne veut s’y livrer malgré soi. Il y a dans l’horreur mise en scène par ces œuvres quelque chose de l’ordre d’une vérité, qu’il faut reconnaître pour pouvoir la dépasser. L’esthétique de la chair se met au service d’une telle vérité et de son possible, de son impossible dépassement.

Keyphrases: Esthétique de la chair, Esthétique de la viande, Abattoir, Cruauté, Abstraction, Abstraction
The Association Between Food Security and Diet Quality Among First Nations Living On-Reserve in Canada

Problématique: La prévalence de l’insécurité alimentaire chez les Premières Nations est plus élevée que chez les Canadiens en général, un fardeau qui s’ajoute aux prévalences inquiétantes de maladies chroniques liées à l’alimentation. Cependant, peu d’information existe sur la relation entre l’IA et la qualité de la diète pour les PN vivant sur réserve. Objectif: Étudier la corrélation entre l’insécurité alimentaire et la qualité de l’alimentation chez les PN adultes vivant sur-réserve dans 5 régions au Canada (sud du 60ème parallèle). Méthodes: Des données de rappels alimentaires de 24 heures, issues d’une étude transversale intitulée  « Étude sur l’alimentation, la nutrition et l’environnement des Premières Nations », ont été analysées à l’aide de 2 indices de qualité de la diète : une adaptation canadienne du « Healthy Eating Index » (HEI) et NOVA, une classification qui se base sur la nature et le degré de la transformation alimentaire. Des analyses de régression ont exploré les facteurs sociodémographiques reliés à l’IA et à la qualité de la diète. Les scores du HEI, ainsi que la contribution énergétique des groupes NOVA ont été comparés par niveau d’IA. Résultats: La prévalence d’IA était élevée (35,7%), surtout chez les ménages avec des enfants (40,4%), les ménages sans emploi (45,4%), et ceux qui reçoivent l’assistance sociale (55,5%). Le sexe, le groupe d’âge et l’éducation étaient aussi corrélés à l’IA. Le score moyen du HEI était faible (49,0 ± 12,65) et était associé avec le sexe, l’âge, la région, le recours à l’assistance sociale, la consommation d’aliments traditionnels (AT), la participation aux activités d’AT, l’éducation, et l’IA. Les scores totaux du HEI étaient significativement plus élevés pour ceux en sécurité alimentaire (49,7) que ceux en IA (48,1), mais ils ne l’étaient plus après ajustement pour des facteurs sociodémographiques. Cependant, l’IA est demeurée significativement associée à des apports plus élevés en ingrédients culinaires transformés (sucres, huiles végétales), à des apports plus faibles en fruits et légumes et en plats cuisinés à la maison. Conclusion: Une relation significative, quoique faible, entre l’IA et la qualité de la diète a été observée. Les résultats ont révélé un besoin d’explorer les questions de revenu, d’assistance sociale et d’accès aux AT pour améliorer l’environnement alimentaire des PN.  

Keyphrases: HEI, Sécurité alimentaire, Insécurité alimentaire, Qualité de l'alimentation, NOVA, Transformation alimentaire, Premières Nations, Canada
An approach to improved microbial eukaryotic genome annotation

Les nouvelles technologies de séquençage d’ADN ont accélérées la vitesse à laquelle les données génomiques sont générées. Par contre, une fois séquencées et assemblées, un défi continu est l'annotation structurelle précise de ces nouvelles séquences génomiques. Par le séquençage et l'assemblage du transcriptome (RNA-Seq) du même organisme, la précision de l'annotation génomique peut être améliorée, car les lectures de RNA-Seq et les transcrits assemblés fournissent des informations précises sur la structure des gènes. Plusieurs pipelines bio-informatiques actuelles incorporent des informations provenant du RNA-Seq ainsi que des données de similarité des séquences protéiques, pour automatiser l'annotation structurelle d’un génome de manière que la qualité se rapproche à celle de l'annotation par des experts. Les pipelines suivent généralement un flux de travail similaire. D'abord, les régions répétitives sont identifiées afin d'éviter de fausser les alignements de séquences et les prédictions de gènes. Deuxièmement, une base de données est construite contenant les données expérimentales telles que l’alignement des lectures de séquences, des transcrits et des protéines, ce qui informe les prédictions de gènes basées sur les Modèles de Markov Cachés généralisés. La dernière étape est de consolider les alignements de séquences et les prédictions de gènes dans un consensus de haute qualité. Or, les pipelines existants sont complexes et donc susceptibles aux biais et aux erreurs, ce qui peut empoisonner les prédictions de gènes et la construction de modèles consensus. Nous avons développé une approche améliorée pour l'annotation des génomes eucaryotes microbiens. Notre approche comprend deux aspects principaux. Le premier est axé sur la création d'un ensemble d'évidences extrinsèques le plus complet et diversifié afin de mieux informer les prédictions de gènes. Le deuxième porte sur la construction du consensus du modèle de gènes en utilisant les évidences extrinsèques et les prédictions par MMC, tel que l'influence de leurs biais potentiel soit réduite. La comparaison de notre nouvel outil avec trois pipelines populaires démontre des gains significatifs de sensibilité et de spécificité des modèles de gènes, de transcrits, d'exons et d'introns dans l’annotation structural de génomes d’eucaryotes microbiens.

Keyphrases: Génome Nucléaire, Eucaryote Microbien, Protistes, Champignons