NCube/papyrus huggingface dataset:
Variabilité des souches de Escherichia coli provenant de divers poulaillers au Québec

La technique d’empreinte génétique par rep-PCR, qui utilise des séquences d’ADN répétitives, a été utilisée pour mettre en évidence la présence de groupes d’Escherichia coli signatures pour divers poulaillers et d’évaluer leur évolution suite au détassement. L’amorce (GTG)5 a été utilisée pour générer des empreintes d’ADN de 522 isolats provenant de 7 poulaillers échantillonnés deux fois : juste avant et 5 jours après le détassement. Les empreintes d’ADN ont été analysées selon l’algorithme de correspondance de bandes de Jaccard. Les analyses de Jackknife des coefficients de similitude ont révélé qu’entre 73% et 93% des isolats ont pu être correctement regroupés selon leur poulailler d’origine. Un dendrogramme construit à partir des coefficients de similitude de Jaccard a groupé les isolats dans 42 grappes avec près de la moitié dans une seule grappe. Environ 80% des isolats ont été groupés dans les 6 plus grosses grappes. Quatre de ces grappes été constituées majoritairement d’isolats provenant d’un seul site. Ces grappes pourraient être des grappes signatures qui permettraient d’identifier des poulaillers en particulier. La comparaison des nombres de grappes présentes avant et après le détassement a révélé une variabilité de l’impact du détassement sur les populations fécales d’E. coli. Pour certains sites, il y avait peu d’agrégats présents tant avant qu’après le détassement alors que pour d’autres sites c’était le contraire. Quoique plus de recherches soient nécessaires afin de valider les conclusions, nos résultats suggèrent la présence de sous-populations signatures d’E. coli pour certains poulaillers et une réponse variable à l’effet du détassement.

Keyphrases: Escherichia coli, Dépopulation partielle, Détassement, Rep-pcr, (Gtg)5-pcr
Fragilisation de la santé mentale et suicidalité chez les infirmières novices : mesures de prévention organisationnelles

Les premières années d’emploi des infirmières novices s’avèrent très stressantes et peuvent être vécues difficilement par ces dernières. Suite aux décès de quelques infirmières québécoises, dont une infirmière novice, durant les cinq dernières années, il convient de se demander si le stress lié au travail contribue au risque de suicidalité (pensées suicidaires, idéations suicidaires, tentatives de suicide, suicides accomplis) des novices. Ce travail dirigé a pour but de proposer, sur la base des connaissances établies quant aux facteurs organisationnels pouvant contribuer au suicide d’infirmières novices, des mesures de prévention de la suicidalité à l’attention des gestionnaires. À l’aide de ses concepts centraux : l’organisation du travail, les sources de souffrance et les stratégies défensives, le cadre de référence de la psychodynamique du travail de Dejours (1993) a été retenu pour guider et structurer la revue intégrative des écrits; cette dernière étant composée de 26 études empiriques et de 18 écrits théoriques. De cette recension, il ressort que l’organisation du travail peut être source de souffrance pour les infirmières novices. Ces dernières se heurtent d’ailleurs à plusieurs sources de souffrance organisationnelles (charge de travail élevée, tensions au travail, manque de soutien, etc.) et, bien que les novices puissent déployer certaines stratégies d’adaptation au stress vécu au travail, ces souffrances fragiliseraient leur santé mentale et contribueraient à augmenter leur risque de suicidalité. Dans cet esprit, un programme de prévention organisationnelle de la suicidalité chez les novices est proposé, à l’attention des gestionnaires, pouvant être instauré dans les organisations des soins de santé au Québec.

Keyphrases: suicidalité, infirmière novice, santé mentale, prévention
Les issues périnatales des femmes avec prééclampsie récidivante : une étude rétrospective

OBJECTIF: Évaluer si la prééclampsie (PE) récidivante présente un taux de prématurité (< 37 semaines de gestation) plus élevé qu'une première PE. Les critères de jugement secondaires étaient le retard de croissance intra-utérin (RCIU) et la morbidité maternelle.  MÉTHODES: Il s'agit d'une étude rétrospective de cohorte conduite sur 383 femmes avec un diagnostic de prééclampsie et ayant accouché au CHU Sainte-Justine à Montréal (Canada) entre 2001 et 2011. Parmi elles, 128 ont développé une récidive de PE à la grossesse successive.   RÉSULTATS: Chez les femmes récidivantes (n = 128), les taux de prématurité et de RCIU étaient similaires dans les 2 épisodes de PE, bien que plus atteintes d'hypertension chronique (p = 0.001) et de diabète gestationnel (p = 0.021) dans leur seconde PE. Comparativement aux femmes non récidivantes (n = 255), les récidivantes (n = 128) présentaient, à leur première PE, un profil clinique caractérisé par un taux élevé de PE sévère (p < 0.001), éclampsie et critères adverses (p = 0.007). Le risque relatif de récidive de PE chez une femme avec ce profil clinique à sa première PE a été évalué à 1, 60 (95%IC: 1, 17 – 2, 18).  CONCLUSION: La récidive de PE est associée à des taux similairement élevés de prématurité et de RCIU comparativement à la première PE. Les femmes qui à leur première PE ont un profil clinique défini par prééclampsie sévère, éclampsie ou présence de critères adverses sont plus à risque de récidive de PE à la grossesse subséquente.  Mots clés: prééclampsie, récidive, issues périnatales, prématurité

Keyphrases: Prééclampsie, Issues périnatales, Prématurité, Prééclampsie récidivante
Les sources de plaisir issues d’oeuvres d’art contemporain dans un contexte muséal

La mission éducative des musées auprès de la société en générale aujourd’hui est incontestable et les musées d’art contemporain sont des endroits importants de formation et de délectation. Cette recherche de maîtrise qui s’inscrit dans le cadre de la recherche Le grand public et l’art contemporain : du rejet au plaisir menée par A.M. Émond et C. Dufresne-Tassé de 2009 à 2014 identifie les sources de plaisir qui peuvent émerger chez les visiteurs de type grand public lors d’une visite à un musée d’art contemporain. Pour ce faire, nous avons analysé 30 discours de visiteurs de type grand public qui ont visité le Musée d’art contemporain de Montréal dans le cadre de la recherche d’Émond et de Dufresne-Tassé. La présente recherche de maîtrise privilégie l’approche qualitative, étant à la fois exploratoire, empirique et fondamentale. Nos résultats ont démontré l’existence de plaisirs qui émergent en fonction de trois grandes catégories (objet muséal, visiteur lui-même et impression générale) et qui se subdivisent en dix-huit sous-catégories. Nous avons décrit chacune de ces catégories et sous-catégories de plaisir à l’aide d’exemples extraits des discours des visiteurs. Cette recherche contribue à l’avancement des connaissances en fournissant aux musées d’art contemporain des indications sur la présence de diverses sources de plaisir dans l’appréciation des visiteurs lors de leur traitement de l’art contemporain. Ainsi, les secteurs éducatifs des musées pourront réinvestir ces résultats de recherche dans l’élaboration de stratégies éducatives muséales destinées à ce public non spécialiste.

Keyphrases: Art contemporain, Plaisir, Grand public, Éducation muséale, Didactique muséale
Une éthique appliquée? Considérations pour une éthique du numérique

Lorsque l’on s’interroge sur l’éthique du numérique, deux approches sont possibles. La première consiste à la considérer comme une éthique appliquée, une branche de l’éthique générale. Les principes éthiques généraux nous donneraient la capacité de discerner le bien et le mal; les appliquer au numérique nous permettrait ainsi d’expliciter, à partir de ces principes, des normes de comportements dans ce domaine particulier. Mais cette approche ne prend pas en compte le fait que les principes éthiques puissent découler des conditions concrètes de leurs applications. Nous pouvons donc considérer une seconde approche, qui consisterait à partir de l’analyse du domaine du numérique pour fonder sur ses caractéristiques la réflexion morale. Par conséquent, l’éthique du numérique ne serait pas une éthique appliquée, mais une éthique première. Cet article tente de poser les bases d'une réflexion sur l’éthique du numérique qui prendrait en considération les changements de culture et de valeurs engendrés par les nouvelles technologies.

Keyphrases: Espace numérique, Plans de réflexion, Privé / public, Virtuel
Conception et évaluation d’un nouveau système de transfection ciblée, basé sur l’utilisation du système E/Kcoil

Actuellement le polyéthylènimine (PEI) est l’agent de transfection transitoire le plus utilisé par l’industrie pharmaceutique pour la production de protéines recombinantes à grande échelle par les cellules de mammifères. Il permet la condensation de l’ADN plasmidique (ADNp) en formant spontanément des nanoparticules positives appelées polyplexes, lui procurant la possibilité de s’attacher sur la membrane cellulaire afin d’être internalisé, ainsi qu’une protection face aux nucléases intracellulaires. Cependant, alors que les polyplexes s’attachent sur la quasi-totalité des cellules seulement 5 à 10 % de l’ADNp internalisé atteint leur noyau, ce qui indique que la majorité des polyplexes ne participent pas à l’expression du transgène. Ceci contraste avec l’efficacité des vecteurs viraux où une seule particule virale par cellule peut être suffisante. Les virus ont évolués afin d’exploiter les voies d’internalisation et de routage cellulaire pour exprimer efficacement leur matériel génétique. Nous avons donc supposé que l’exploitation des voies d’internalisation et de routage cellulaire d’un récepteur pourrait, de façon similaire à plusieurs virus, permettre d’optimiser le processus de transfection en réduisant les quantités d’ADNp et d’agent de transfection nécessaires. Une alternative au PEI pour transfecter les cellules de mammifèreest l’utilisation de protéines possédant un domaine de liaison à l’ADNp. Toutefois, leur utilisation reste marginale à cause de la grande quantité requise pour atteindre l’expression du transgène. Dans cette étude, nous avons utilisé le système E/Kcoil afin de cibler un récepteur membranaire dans le but de délivrer l’ADNp dans des cellules de mammifères. Le Ecoil et le Kcoil sont des heptapeptides répétés qui peuvent interagir ensemble avec une grande affinité et spécificité afin de former des structures coiled-coil. Nous avons fusionné le Ecoil avec des protéines capables d’interagir avec l’ADNp et le Kcoil avec un récepteur membranaire que nous avons surexprimé dans les cellules HEK293 de manière stable. Nous avons découvert que la réduction de la sulfatation de la surface cellulaire permettait l’attachement ciblé sur les cellules par l’intermédiaire du système E/Kcoil. Nous démontrons dans cette étude comment utiliser le système E/Kcoil et une protéine interagissant avec l’ADNp pour délivrer un transgène de manière ciblée. Cette nouvelle méthode de transfection permet de réduire les quantités de protéines nécessaires pour l’expression du transgène.

Keyphrases: Transfection  ciblée, Transfection  transitoire, Protéine recombinante, Système E/Kcoil, Vecteur  non  viral, Récepteur Cluster de différenciation 4 (CD4), Sulfatation membranaire
Évaluation de l'acquisition de la résistance à la colistine chez Escherichia coli O149 chez le porc

La diarrhée post-sevrage est une maladie d’importance dans l’industrie porcine et est principalement causée Escherichia coli O149. Le traitement habituellement utilisé est la néomycine. Cependant, en raison de l’antibiorésistance, les vétérinaires se tournent vers la colistine sulfate (CS). La CS lie les lipopolysaccharides (LPS) et provoque un déplacement des cations divalents causant la formation de pores entrainant la mort cellulaire. Le système à deux composantes PmrA/PmrB est le plus incriminé dans la résistance à la colistine en ajoutant un groupement 4-amino-4-déoxy-L-arabinose (L-Ara4N) au lipide A des LPS, augmentant ainsi la charge du LPS et diminuant son affinité pour la CS. L’objectif principal est d’évaluer l’acquisition de la résistance à la CS d’E. coli in vitro et dans un modèle in vivo. Nous avons utilisé des souches associées à des cas cliniques d’E. coli O149 et avons créé 22 mutants résistants à la CS. La concentration minimale inhibitrice (CMI) a été mesurée par une méthode de double dilution et comparée au seuil de résistance. Suite au séquençage des gènes pmrA/pmrB, nous avons identifié sept nouveaux polymorphismes, trois dans PmrA : A80V, N128I, S144G et quatre dans PmrB : V87E, D148Y, D148V et T156M. Pour l’essai in vivo, nous avons suivi une souche expérimentale ETEC:F4 (E. coli O149) et isolé des E. coli de la flore commensale. Le séquençage des gènes  pmrA et pmrB de ces isolats a montré un polymorphisme spécifique, G15R et T156M respectivement. Cependant, plusieurs souches récoltées possédaient une résistance à la CS, mais sans polymorphisme de PmrA/PmrB, suggérant d’autre(s) mécanisme(s) de résistance.

Keyphrases: E. coli, Polymorphisme génétique, Colistine, PmrA/PmrB, Système à deux composantes, Antibiorésistance, Diarrhée post-sevrage, Porc, Colistin
Mesure de la génération de thrombine et son application pour la surveillance pharmacothérapeutique de l'héparine de faible poids moléculaire chez le chien

Chez le chien, la daltéparine est un anticoagulant utilisé pour la prévention et le traitement de la thrombose. La surveillance thérapeutique de la daltéparine par l’activité anti-facteur Xa (FXa) n’est pas un test fonctionnel. Cette étude avait pour but d’étudier l’emploi de la génération de thrombine (GT) pour évaluer les effets in vitro de la daltéparine sur du plasma canin, ainsi que pour détecter les effets pharmacodynamiques de la daltéparine administrée chez des chiens sains. Premièrement, les paramètres normaux de la GT ont été établis à partir du plasma de 25 beagles et 11 chiens sains de clients. Ensuite, des pools de plasma canin fortifié avec de la daltéparine, à dose croissante, ont été analysés selon la GT, l’activité anti-FXa et selon le temps de thromboplastine partielle activée (aPTT). Finalement, 24 beagles sains répartis au hasard dans 4 groupes on reçu soit une dose sous-cutanée (SC) de 50U/kg, 100U/kg ou 150U/kg de daltéparine ou un placebo. Du plasma pauvre en plaquettes (PPP) a été récolté pendant 24 heures et analysé selon la GT, l’anti-FXa et l’aPPT. In vitro, la daltéparine a démontré un effet anticoagulant sur la GT qui était concentration-dépendant. Les tests de GT et anti-FXa étaient plus sensibles aux effets de la daltéparine que l’aPPT. L’étude pharmacodynamique a démontré que le temps, la dose ainsi qu’une interaction temps*dose avaient un effet significatif sur les paramètres de GT et anti-FXa. La GT peut mesurer les effets pharmacodynamiques de la daltéparine à des doses variées chez des chiens sains.

Keyphrases: daltéparine, héparine de faibles poids moléculaire, génération de thrombine, chiens, in vitro, anti-FXa
The relationship between abortion and suicide : a systematic review  = 
La relation entre l’avortement et le suicide : une recension systématique

La relation entre l’avortement et le suicide : une recension systématique Geneviève Bloch-Torrico Depuis 1988, il y a eu un nombre croissant d'avortements et de suicides chez les femmes canadiennes. Compte tenu de la controverse entourant les conséquences possibles sur la santé mentale des femmes qui optent pour une interruption volontaire de leur grossesse, une recension systématique de la recherche disponible a été menée afin de déterminer la relation entre l'avortement et le suicide. Après l'application des critères méthodologiques de sélection et des règles d'extraction pour minimiser les biais, un échantillon de 19 études a été sélectionné pour un examen plus approfondi; il se composait de 2.842.655 participantes féminines, 7 mesures d'effet provenant de 10 pays, toutes des études observationnelles publiées en anglais. Neuf études ont porté spécifiquement sur l'avortement, sept sur le suicide et trois sur d'autres sujets connexes (le viol, la toxicomanie et les risques spécifiques aux jeunes orphelins et maltraités). Les études portaient sur des femmes en âge de procréer qui ont eu recours à un avortement ou s'apprêtaient à le faire. L'avortement était la seule intervention étudiée, les variables de mesure étant : suicide complété, tentative de suicide et pensées suicidaires. Un des contrôles de qualité a porté sur les mesures de tentatives de suicide et idées suicidaires. Les résultats suggèrent que les femmes qui avaient eu recours à un avortement ont connu un risque statistiquement significatif accru de suicide et de tentative. Les résultats concernant les idées suicidaires sont restés provisoires en raison de la variabilité de la mesure. Les probabilités les plus fortes de risque accru sont apparues alors que l'avortement a été comparé avec des grossesses menées à terme, et en lien avec l’utilisation de substance et l’expérience de violence. Cette analyse a donné la seule indication qualitative des risques accrus de suicide liés à l'avortement selon la littérature actuellement disponible. Les résultats ont révélé un risque modéré à très accru de comportements suicidaires en corrélation avec l'avortement. Les services d’assistance à l’interruption de grossesse et les services de prévention du suicide devraient tenir compte de ces conclusions. Mots clés : suicide, tentative de suicide, idées suicidaires, avortement volontaire, interruption de grossesse

Keyphrases: le suicide, tentative de suicide, idées suicidaires, avortement volontaire, interruption de grossesse
L’encadrement parental des devoirs en lecture d’élèves de 1re année du premier cycle du primaire

Les systèmes éducatifs dans le monde et particulièrement au Québec visent à préparer les élèves à relever les défis de l’avenir et à continuer à apprendre tout au long de leur vie. À cet égard, la lecture est un volet important dans le développement d'un enfant et dans sa capacité de faire des liens avec le monde qui l'entoure. La lecture est un outil d’apprentissage, de communication et de création, et elle peut être une source de plaisir. La plupart des activités quotidiennes font appel à la lecture. Ainsi, elle est nécessaire pour effectuer une tâche, se renseigner ou se divertir. L’élève apprend à lire pour mieux s’intégrer dans la vie scolaire et sociale et pour apprendre dans différents contextes disciplinaires.    Dans le but notamment de consolider les apprentissages et d’installer de bonnes habitudes de travail, les enseignants proposent aux élèves des devoirs de lecture à faire à la maison. Les recherches montrent que la participation des parents dans la vie scolaire des enfants, particulièrement lors de l’encadrement des devoirs, peut avoir une influence positive sur la réussite scolaire.   La présente recherche vise à étudier la manière dont les parents d’élèves de première année encadrent leur enfant pendant la période des devoirs, notamment pendant la lecture. Notre échantillon est constitué de dix-sept parents d’élèves de première année. Nous avons privilégié l’entrevue semi-dirigée afin de recueillir les commentaires et les perceptions des parents sur le déroulement de la période des devoirs à la maison.   Les résultats ont montré que tous les parents interrogés encadrent leur enfant pendant ses devoirs, les mères plus souvent que les pères, et qu’ils établissent une routine lors de cette période. L’encadrement des devoirs se fait majoritairement dans un climat agréable. La plupart des parents soutiennent leur enfant en restant à proximité de lui, en lui donnant des conseils, en l’encourageant et en s’assurant qu’il termine ses devoirs. La majorité des parents estiment avoir les ressources nécessaires pour encadrer leur enfant lors des devoirs. Durant la lecture, les parents écoutent généralement leur enfant et l’aident ou le corrigent s’il n’arrive pas à lire ou s’il fait une erreur. Par ailleurs, même si les parents sont convaincus de l’habileté de leur enfant en lecture, la plupart vérifient sa compréhension en posant des questions.  En ce qui a trait aux effets des devoirs, tous les parents pensent que les devoirs favorisent la réussite scolaire de leur enfant et que leur encadrement a un effet positif sur la lecture. Les résultats obtenus ne peuvent être généralisés. Cependant, il serait intéressant de poursuivre ce travail par une recherche complémentaire qui étudierait les perceptions des enseignants et des élèves sur les devoirs de lecture.

Keyphrases: Lecture, Devoirs, Primaire, Parents, Encadrement
L’évaluation du raisonnement clinique des résidents en hématologie par l’approche de concordance de script

La pratique de l’hématologie, comme celle de toute profession, implique l’acquisition d’un raisonnement adéquat. Se basant sur une théorie de psychologie cognitive, le test de concordance de script (TCS) a été développé et validé comme un instrument permettant d’évaluer le raisonnement clinique dans diverses spécialités médicales. Le but de cette étude était d’examiner l’utilité et les paramètres psychométriques d’un TCS en hématologie. Nous avons construit un TCS composé de 60 questions que nous avons administré à 15 résidents juniors (R1 à R3 en médecine interne), 46 résidents séniors (R4, R5 et R6 en hématologie) et 17 hématologues à travers le Canada. Après optimisation, le TCS comptait 51 questions. Sa consistance interne mesurée par le coefficient de Cronbach alpha était 0.83. Le test était en mesure de discriminer entre les résidents selon leur niveau de formation. Les questions contenant des images (n=10) semblaient avoir un potentiel discriminatoire plus élevé. Les scores obtenus par les résidents séniors corrélaient modéremment avec ceux obtenus à un test conventionnel d’hématologie composé de questions à choix multiples et à courte réponse (r de Pearson = 0.42; p=0.02). Le TCS a été complété en 36 minutes en moyenne et a été bien reçu par les participants. Le TCS est un instrument d’évaluation utile et valide en hématologie. Il peut être utilisé à des fins formatives en aidant au suivi de la progression des résidents. Il pourrait aussi être combiné à d’autres instruments d’évaluation à des fins sanctionnelles, ou encore, en éducation médicale continue.

Keyphrases: Raisonnement clinique, Jugement clinique, Résidents, Hématologie, Morphologie, Test de concordance de script