NCube/papyrus huggingface dataset:
Role of histone methylation in the regulation of COX-2, iNOS, and mPGES-1 gene expression in human chondrocytes: Implication for Osteoarthritis

L'arthrose (OA) est une maladie articulaire dégénérative, classée comme la forme la plus fréquente au monde. Elle est caractérisée par la dégénérescence du cartilage articulaire, l’inflammation de la membrane synoviale, et le remodelage de l’os sous-chondral. Ces changements structurels et fonctionnels sont dues à de nombreux facteurs. Les cytokines, les prostaglandines (PG), et les espèces réactives de l'oxygène sont les principaux médiateurs impliqués dans la pathophysiologie de l'OA. L'interleukine-1β (IL-1β) est une cytokine pro-inflammatoire majeure qui joue un rôle crucial dans l'OA. L'IL-1β induit l'expression de la cyclooxygénase-2 (COX-2), la microsomale prostaglandine E synthase-1 (mPGES-1), la synthase inductible de l'oxyde nitrique (iNOS), ainsi que leurs produits la prostaglandine E2 (PGE2) et l'oxyde nitrique (NO). Ce sont des médiateurs essentiels de la réponse inflammatoire au cours de l'OA qui contribuent aux mécanismes des douleurs, de gonflement, et de destruction des tissus articulaires. Les modifications épigénétiques jouent un rôle très important dans la régulation de l’expression de ces gènes pro-inflammatoires. Parmi ces modifications, la méthylation/ déméthylation des histones joue un rôle critique dans la régulation des gènes. La méthylation/ déméthylation des histones est médiée par deux types d'enzymes: les histones méthyltransférases (HMT) et les histones déméthylases (HDM) qui favorisent l’activation et/ou la répression de la transcription. Il est donc nécessaire de comprendre les mécanismes moléculaires qui contrôlent l’expression des gènes de la COX-2, la mPGES-1, et l’iNOS. L'objectif de cette étude est de déterminer si la méthylation/déméthylation des histones contribute à la régulation de l’expression des gènes COX-2, mPGES-1, et iNOS dans des chondrocytes OA humains induits par l'IL-1β. Nous avons montré que la méthylation de la lysine K4 de l'histone H3 (H3K4) par SET-1A contribue à l’activation des gènes COX-2 et iNOS dans les chondrocytes humains OA induite par l'IL-1β. Nous avons également montré que la lysine K9 de l’histone H3 (H3K9) est déméthylée par LSD1, et que cette déméthylation contribue à l’expression de la mPGES-1 induite par IL-1β dans les chondrocytes humains OA. Nous avons aussi trouvé que les niveaux d'expression des enzymes SET-1A et LSD1 sont élevés au niveau du cartilage OA. Nos résultats montrent, pour la première fois, l'implication de la méthylation/ déméthylation des histones dans la régulation de l’expression des gènes COX-2, mPGES-1, et iNOS. Ces données suggèrent que ces mécanismes pourraient être une cible potentielle pour une intervention pharmacologique dans le traitement de la physiopathologie de l'OA.

Keyphrases: Arthrose, Chondrocyte, COX-2, mPGES-1, PGE2, iNOS, NO, Méthylation/déméthylation, Histone, Inflammation
Jürgen Habermas et la théorie de l'agir communicationnel : la question de l'éducation

La Théorie de l’agir communicationnel (1981), du théoricien allemand Jürgen  Habermas, figure parmi les plus importants ouvrages de sociologie et de philosophie  sociale du XXe siècle : son caractère universaliste, visant l’élaboration d’une théorie  globale de la société occidentale moderne, en fait un écrit dont la réputation n’est plus à  faire dans une diversité de champs académiques issus des sciences sociales. Toutefois, la théorie habermassienne n’a inspiré à ce jour qu’un nombre restreint d’études portant  spécifiquement sur son articulation à l’éducation, que ce soit sur le plan de la nature de  l’activité éducative ou encore d’une caractérisation théorique de l’éducation moderne  institutionnalisée : ainsi, comment la théorie de l’agir communicationnel nous permet-elle de mieux comprendre les rouages de l’acte éducatif moderne et contemporain ainsi que l’évolution historique, politique et sociale des institutions scolaires européennes et nord-américaines? En tant que théorie de la société basée sur un renouvellement  communicationnel du concept de rationalité, de quelle façon s’inscrit-elle dans une  tradition philosophique éducative aux sources de l’école occidentale, et nous renseigne-t-elle sur les fondements de la relation pédagogique entre maîtres et élèves? En proposant une série de considérations à ce propos, cette thèse représente à la fois une étude des rapports entre la pensée philosophique et sociologique d’Habermas et l’éducation ainsi qu’une forte critique de celle-ci : en effet, la problématique centrale qui se dresse et subsiste à une articulation de la théorie habermassienne à différentes sphères éducatives demeure celle du statut de l’enfant dans un tel système rationaliste qui, malgré ses visées émancipatoires et libératrices pour l’acteur social, perpétue une négation de l’enfance propre au rationalisme de Platon à Kant. Dès lors, comment réfléchir l’éducation contemporaine à l’aune de la pensée habermassienne? Comment, finalement, penser l’éducation pour et contre Habermas?

Keyphrases: théorie de l'agir communicationnel, Habermas, éducation, philosophie de l'éducation, sociologie de l'éducation, rationalité, Habermas
L’usage par les travailleurs étrangers temporaires des ressources proposées par le droit du travail : une contribution aux études portant sur l’effectivité du droit

Au Canada, le nombre de travailleurs étrangers temporaires est en forte hausse et ce, depuis 2003. Les travailleurs étrangers temporaires ne disposent ni de la citoyenneté politique, ni de la résidence permanente; leur mobilité professionnelle est restreinte et leur durée de séjour est limitée et prédéterminée.   Sur le plan formel, ces travailleurs bénéficient des protections prévues par le droit du travail nonobstant leur statut migratoire. Toutefois, plusieurs travaux ont démontré que les travailleurs étrangers temporaires occupant des emplois qui requièrent un niveau réduit de formation sont généralement moins enclins à dénoncer la violation de leurs droits au travail. Le droit du travail constitue-t-il un rempart utile pour ces travailleurs?  À l’aide d’une méthodologie mixte impliquant notamment une enquête de terrain auprès des acteurs-clé, la présente thèse poursuit deux objectifs distincts. Sur le plan empirique, elle permet de mettre en lumière l’incidence du système d’emploi singulier dans lequel s’insèrent les travailleurs étrangers temporaires sur leur usage des ressources proposées par le droit du travail. Le recours à ces ressources n’est pas contingent et prédéterminé; il est inextricablement lié aux opportunités et aux contraintes avec lesquelles ces travailleurs composent. Cette recherche révèle également que les stratégies échafaudées par différents acteurs qui ne sont pas, sur le plan juridique, des parties au rapport salarial, ont une incidence significative sur l’usage du droit par ses destinataires ; leur impact dépend largement du pouvoir dont ces acteurs disposent dans le système d’emploi.  Sur le plan théorique, cette thèse s’inscrit dans le champ plus large des études portant sur l’effectivité du droit; elle propose de distinguer entre l’étude des effets du droit et l’analyse de son usage. Elle présente, à cette fin, un cadre analytique permettant de saisir le rapport qu’entretiennent les destinataires avec le droit.

Keyphrases: Droit du travail, Normes minimales d’emploi, Travailleurs étrangers temporaires, Programmes de migration temporaire, Système d'emploi, Système d'acteurs, Effectivité du droit, Usage du droit, Sociologie du droit
Ablation laser femtoseconde de verres métalliques de Cu_x Zr_(1−x) : une étude par
dynamique moléculaire

L’ablation laser de verres métalliques de CuxZr1−x (x = 0.33, 0.50 et 0.67) et d’un alliage métallique cristallin de CuZr2 dans la structure C11b a été étudiée par dynamique moléculaire (DM) combinée à un modèle à deux températures (TTM). Le seuil d’ablation (Fth) a été déterminé pour chacun des 4 échantillons et s'est avéré plus bas pour les échantillons plus riches en Cu étant donné que la cohésion du Cu est plus faible que celle du Zr dans tous les échantillons. Pour x=0.33, Fth est plus bas pour le cristal que pour l’amorphe car le couplage électron-phonon est plus faible dans ce dernier, ce qui implique que l’énergie est transférée plus lentement du système électronique vers le système ionique pour le a-CuZr2 que le c-CuZr2. La vitesse de l’onde de pression créée par l’impact du laser croît avec la fluence dans l’échantillon cristallin, contrairement aux échantillons amorphes dans lesquels sa vitesse moyenne est relativement constante avec la fluence. Ceci est expliqué par le fait que le module de cisaillement croît avec la pression pour le cristal, ce qui n’est pas le cas pour les verres métalliques étudiés. Finalement, la zone affectée par la chaleur (HAZ) a été étudiée via la profondeur de fusion et les déformations plastiques. La plus faible température de fusion des échantillons amorphes implique que la profondeur de fusion est plus importante dans ceux-ci que dans l’échantillon cristallin. Dans les verres métalliques, les déformations plastiques ont été identifiées sous forme de zones de transformation par cisaillement (STZ) qui diffusent et fusionnent à plus haute fluence. Aucune déformation plastique importante n’a été identifiée dans le c-CuZr2 mis à part de légères déformations près du front de fusion causées par les contraintes résiduelles. Ce travail a ainsi permis d’améliorer notre compréhension de l’ablation laser sur les verres métalliques et de l’étendue des dommages qu’elle peut entraîner.

Keyphrases: Ablation laser, Impulsions ultrabrèves, Verres métalliques, Dynamique moléculaire, Cuivre-zirconium
La réclamation en dommages punitifs et son effet sur l’assurance responsabilité : analyse de la faute intentionnelle et de l’atteinte illicite et intentionnelle

Les réclamations pour dommages punitifs en vertu de la Charte des droits et libertés de la personne se multiplient depuis plusieurs années devant les tribunaux. Pour être accueillie, cette réclamation implique la démonstration d’une atteinte illicite et intentionnelle à un droit ou une liberté protégé par cette charte. Les recours en responsabilité peuvent faire l’objet d’une couverture d’assurance. Or, le Code civil du Québec prévoit spécifiquement que l’assureur n’est pas tenu de couvrir la faute intentionnelle de l’assuré. Est-ce à dire que l’assureur n’a pas d’obligation envers son assuré lorsque des dommages punitifs sont réclamés? Il s’agit donc de déterminer si le concept de faute intentionnelle et celui d’atteinte illicite et intentionnelle sont des concepts qui s’équivalent ou qu’il est nécessaire de distinguer. Pour cette analyse, ces deux concepts seront abordés en profondeur. Il sera question de l’origine de ces deux notions, de leurs fondements et de leur interprétation pour finalement définir ces termes le plus précisément possible. Ces définitions permettront d’opposer ces deux notions et de déterminer au final qu’il existe plusieurs éléments qui différencient ces concepts, notamment à l’égard de l’intention requise, faisant en sorte qu’ils ne peuvent être assimilés. Cette conclusion aura un impact certain sur les obligations de l’assureur de défendre l’assuré et d’indemniser la victime pour ses dommages compensatoires lorsqu’il existe une réclamation en dommages punitifs et, par conséquent, l’assureur ne pourra faire reposer son refus de défendre ou d’indemniser sur la seule base de la preuve d’une atteinte illicite et intentionnelle.

Keyphrases: Faute intentionnelle, Atteinte illicite et intentionnelle, Intention, Fonction préventive, Dommages punitifs, Droit des assurances, Charte des droits et libertés de la personne, Intention
Du Linéaire au Stellaire, du film au webdocumentaire : un dispositif de réflexion et de communication sur le réel

Ce mémoire de recherche et création étudie le rôle du cinéaste dans la mise en forme de documentaires interactifs diffusés sur le Web. L’auteur se réfère d’abord à ses propres documentaires conventionnels afin d’en définir le principal objectif énonciateur. Puis, il observe les nouvelles positions de spectature favorisées par les dispositifs actuels de distribution médiatique pour comprendre la forme à donner à l’œuvre interactive qu’il est à produire et juger de la possibilité d’y inscrire ses intentions de communication habituelles. L'auteur se réfère par la suite aux documentaires interactifs auxquels il a participé dans les années 1990 et détermine les dispositifs d’interaction permettant une présence active du spectateur. Finalement, l’auteur explique les étapes de production de son webdocumentaire et souligne les éléments de recherche qui ont guidé sa création. L’auteur conclut avec quelques réflexions concernant le rapport existant entre le créateur d’une œuvre documentaire interactive et le spect-acteur multitâche actuel.

Keyphrases: documentaire, interactivité, webdocumentaire, spectature, non linéaire, auteur, spect-acteur, montage, réflexion
Résilience des populations rurales javanaises face à la transition agraire : désagrarianisation, migrations et entrepreneuriat

L’île de Java fait partie des régions les plus densément peuplées du monde. Lors de la seconde moitié du vingtième siècle, le gouvernement indonésien a instauré des politiques de transmigrations visant à décongestionner démographiquement l’île-maîtresse. Mais les objectifs de ce programme étaient multiples, visant notamment à fournir la main d’œuvre agricole, à bas prix, aux agro-industries afin de les inciter à s’installer dans les îles de la périphérie javanaise. La transition agraire a valorisé l’implantation de l’agriculture intensive à grande échelle. Ceci a contribué à l’exclusion progressive des paysans Javanais au sein des systèmes de production agricole, engendrant un changement de valeurs et d'aspirations au sein des communautés rurales. La transition agraire a ainsi contribué à accentuer la désagrarianisation des communautés rurales javanaises, se traduisant en un immense surplus de main-d’œuvre dans les campagnes suite à la révolution verte qui a été entamée au cours de la décennie 1970. L’émergence d’un noyau d’entrepreneurs et les migrations de travailleurs sont au cœur des stratégies de résilience économique développées par les paysans javanais pour faire face aux impacts de la transition agraire. Les rapatriements de fonds qui découlent des migrations contribuent à la survie de certaines communautés rurales, dans lesquelles de nombreux membres passent le plus clair de leur temps à l’extérieur du village.

Keyphrases: transition agraire, révolution verte, indonésie, java, résilience, transmigration, désagrarianisation, migration, rapatriement de fonds, urbanisation
Étude d'un nouveau facteur impliqué dans la biosynthèse de la paroi bactérienne : le facteur  ElyC

La résistance bactérienne aux antibiotiques est de nos jours une préoccupation majeure aux acteurs du monde de la santé publique. L’identification de nouvelles cibles bactériennes en vue de développer de nouveaux antibiotiques est donc nécessaire. La paroi bactérienne est une bonne cible car l’inhibition de sa biosynthèse cause la mort des bactéries. De récents travaux de notre laboratoire ont identifié de nombreux nouveaux facteurs importants pour la biosynthèse de la paroi chez Escherichia coli. L’un de ces facteurs renommé ElyC a un domaine DUF218 extrêmement conservé à travers les espèces bactériennes. L’absence du gène elyC entraîne la lyse bactérienne à température pièce. Des études bioinformatiques indiquent qu’ElyC est une protéine membranaire avec deux domaines transmembranaires et un domaine conservé DUF218 de fonction inconnue. Étant donné que les protéines agissent souvent en complexes, nous avons émis l’hypothèse qu’ElyC interagit avec d’autres protéines afin d'exécuter sa fonction biologique. Le but de  mon projet est de déterminer la topologie d’ElyC et d’identifier ses partenaires protéiques. L’étude de la topologie a été faite par l’essai de modification de cystéine sur des souches exprimant individuellement le facteur ElyC avec un résidu cystéine en position N-terminale, dans la boucle ou en position C-terminale. Les partenaires protéiques d’ElyC ont été isolés par immuno-précipitation et identifiés par spectrométrie de masse. Les résultats obtenus ont révélé qu’ElyC est une protéine membranaire chez E. coli et est impliquée dans l'assemblage de l'enveloppe bactérienne, dans la chaîne de transport d'électrons et la phosphorylation oxydative. Ils ont permis aussi de confirmer l’existence d’un lien entre ElyC et le stress oxydatif. Cependant les résultats pour la détermination de la topologie restent à être clarifiés.

Keyphrases: Biosynthèse, Facteur, ElyC, Génétique, Bactérienne, Topologie, Partenaires, Protéiques
Theory and numerical integration of subsurface light transport

En synthèse d’images, reproduire les effets complexes de la lumière sur des matériaux transluminescents, tels que la cire, le marbre ou la peau, contribue grandement au réalisme d’une image. Malheureusement, ce réalisme supplémentaire est couteux en temps de calcul. Les modèles basés sur la théorie de la diffusion visent à réduire ce coût en simulant le comportement physique du transport de la lumière sous surfacique tout en imposant des contraintes de variation sur la lumière incidente et sortante. Une composante importante de ces modèles est leur application à évaluer hiérarchiquement l’intégrale numérique de l’illumination sur la surface d’un objet. Cette thèse révise en premier lieu la littérature actuelle sur la simulation réaliste de la transluminescence, avant d’investiguer plus en profondeur leur application et les extensions des modèles de diffusion en synthèse d’images. Ainsi, nous proposons et évaluons une nouvelle technique d’intégration numérique hiérarchique utilisant une nouvelle analyse fréquentielle de la lumière sortante et incidente pour adapter efficacement le taux d’échantillonnage pendant l’intégration. Nous appliquons cette théorie à plusieurs modèles qui correspondent à l’état de l’art en diffusion, octroyant une amélioration possible à leur efficacité et précision.

Keyphrases: Traitement du signal, Transluminescence, Structure d’accélération, Illumination globale, Synthèse d’images
L’expérience du torse ; suivi de L’expérience du texte

Dans ce mémoire de recherche-création, j’aborde la question du stéréotype en insistant sur le potentiel créatif des figures doxiques et en démontrant leur rapport avec la littérarité et le pouvoir (en terme foucaldien) au moyen d’une création et d’un essai : L’expérience du torse est un court roman (dont la fin est ici absente) qui relate les premiers jours liés à l’affaire Magnotta en jouant avec les conventions du romanesque traditionnel ; l’essai L’expérience du texte démontre pour sa part comment la reprise du stéréotype rassure et crée un univers stable dans le roman Je m’en vais de Jean Échenoz, alors que sa déformation déjoue les attentes du lecteur en dénonçant le préfabriqué et en proposant un dépassement poétique. Autant ma création que mon essai s’appliquent à démontrer que le langage est pouvoir et qu’il agit sur le pouvoir.

Keyphrases: Littérature, Stéréotype, Renouvellement, Déstabilisation, Pouvoir, Jean Échenoz, Je m'en vais
Peter Pan contre le héros victorien : la poétique du recyclage dans le Cycle de Kraven de Xavier Mauméjean

Le Cycle de Kraven de Xavier Mauméjean met en place un réseau référentiel qui repose sur le recyclage systématique d’éléments historiques et littéraires. Afin de bien saisir le fonctionnement de ce cycle narratif, il importe de se pencher sur cette dynamique référentielle exacerbée relevant d’une poétique du recyclage (au sens de réutilisation) qui se manifeste par l’emprunt de nombreux référents historiques et littéraires, que le récit modifie à divers degrés. Au moyen de la notion de recyclage, des travaux sur la récupération de l’Histoire par l’uchronie et d’études sur le steampunk, esthétique dont relève le Cycle de Kraven, ce mémoire examine les effets de ce recyclage sur le fonctionnement du récit, mais aussi sur le lecteur. En effet, par un imposant mélange de références authentiques et fictives, le Cycle de Kraven cherche à mystifier le lecteur qui se trouve au centre d’un fourmillement intertextuel brouillant les frontières entre Histoire et fiction. Une réflexion sur le paratexte vient compléter l’analyse du Cycle de Kraven, puisque préface, notes en bas de page, liste de livres et bon de commande contribuent grandement à la création d’un effet de mystification.

Keyphrases: Uchronie, Steampunk, Science-fiction, Recyclage, Xavier Mauméjean, Paratexte, Paratext
La texture et la granulométrie de la moulée influencent les concentrations d’acide propionique et butyrique de même que la prévalence d’Escherichia coli dans le tractus gastro-intestinal du porc d’engraissement

Certaines stratégies alimentaires sont actuellement considérées pour remplacer l’usage des antimicrobiens dans les fermes porcines. Les objectifs de cette étude étaient d'évaluer l'effet de la granulométrie et de la texture des aliments sur les concentrations d'acides gras volatils intestinaux, la composition des populations pathogènes et commensales d’E. coli et sur les performances de croissance des porcs. Des porcs d'engraissement (n= 840) ont reçu l'une des six diètes suivantes: moulée texturée 500, 750 et 1250 µm et moulée cubée 500, 750 et 1250 µm. Le gain de poids a été mesuré à chaque changement de formulation de moulée. À l'abattoir, les contenus du caecum et du côlon de 165 porcs ont été échantillonnés pour le dénombrement des E. coli par PCR quantitatif (qPCR) et pour la quantification des AGV. Le gène yccT a été utilisé pour dénombrer les E. coli totaux. Une diminution du taux de conversion alimentaire a été associée avec la moulée cubée et/ou la moulée de 500 µm. Les concentrations d’acide propionique et butyrique, et ce tant au niveau du caecum que du côlon, étaient plus élevées chez les porcs recevant de la moulée texturée que chez ceux recevant de la moulée cubée. Du point de vue de la granulométrie, les concentrations caecales et du côlon d’acide butyrique étaient plus élevées chez les porcs alimentés avec de la moulée de 1250 µm que chez ceux recevant de la moulée de 500 µm. D'autre part, les niveaux intestinaux d’E. coli totaux étaient plus élevés pour les porcs nourris avec de la moulée cubée que pour ceux ayant reçu de la moulée texturée. Les résultats ont montré que la moulée texturée est associée à des performances de croissance plus faibles mais à des changements intestinaux favorables.

Keyphrases: Moulée, Texture, Granulométrie, Acides gras volatils, Porcs