NCube/papyrus huggingface dataset:
Approximation de la distribution a posteriori d'un modèle Gamma-Poisson hiérarchique à effets mixtes

La méthode que nous présentons pour modéliser des données dites de "comptage" ou données de Poisson est basée sur la  procédure nommée Modélisation multi-niveau et interactive de la régression de Poisson (PRIMM) développée par Christiansen  et Morris (1997). Dans la méthode PRIMM, la régression de Poisson ne comprend que des effets fixes tandis que notre modèle  intègre en plus des effets aléatoires. De même que Christiansen et Morris (1997), le modèle étudié consiste à faire de l'inférence basée sur des approximations analytiques des distributions a posteriori des paramètres, évitant ainsi d'utiliser des méthodes computationnelles comme les méthodes de Monte Carlo par chaînes de Markov (MCMC). Les approximations sont basées sur la méthode de Laplace et la théorie asymptotique liée à l'approximation normale pour les lois a posteriori. L'estimation des paramètres de la régression de Poisson est faite par la maximisation de leur densité a posteriori via l'algorithme de Newton-Raphson. Cette étude détermine également les deux premiers moments a posteriori des paramètres de la loi de Poisson dont la distribution a posteriori de chacun d'eux est approximativement une loi gamma.  Des applications sur deux exemples de données ont permis de vérifier que ce modèle peut être considéré dans une certaine mesure comme une généralisation de la méthode PRIMM. En effet, le modèle s'applique aussi bien aux données de Poisson non stratifiées qu'aux données stratifiées; et dans ce dernier cas, il comporte non seulement des effets fixes mais aussi des effets aléatoires liés aux strates. Enfin, le modèle  est appliqué aux données relatives à plusieurs types d'effets indésirables observés chez les participants d'un essai clinique impliquant un vaccin quadrivalent contre la rougeole, les oreillons, la rub\'eole et la varicelle. La régression de Poisson comprend l'effet fixe correspondant à la variable traitement/contrôle, ainsi que des effets aléatoires liés aux systèmes biologiques du corps humain auxquels sont attribués les effets indésirables considérés.

Keyphrases: Méthodes bayésiennes approximatives, Méthode de Laplace, Modèles à effets mixtes, Modèle hiérarchique, Régression de Poisson
Analyse des paramètres atmosphériques
des étoiles naines blanches dans le voisinage solaire

Ce mémoire présente une analyse homogène et rigoureuse de l’échantillon d’étoiles naines blanches situées à moins de 20 pc du Soleil. L’objectif principal de cette étude est d’obtenir un modèle statistiquement viable de l’échantillon le plus représentatif de la population des naines blanches. À partir de l’échantillon défini par Holberg et al. (2008), il a fallu dans un premier temps réunir le plus d’information possible sur toutes les candidates locales sous la forme de spectres visibles et de données photométriques. En utilisant les modèles d’atmosphère de naines blanches les plus récents de Tremblay & Bergeron (2009), ainsi que différentes techniques d’analyse, il a été permis d’obtenir, de façon homogène, les paramètres atmosphériques (Teff et log g) des naines blanches de cet échantillon. La technique spectroscopique, c.-à-d. la mesure de Teff et log g par l’ajustement des raies spectrales, fut appliquée à toutes les étoiles de notre échantillon pour lesquelles un spectre visible présentant des raies assez fortes était disponible. Pour les étoiles avec des données photométriques, la distribution d’énergie combinée à la parallaxe trigonométrique, lorsque mesurée, permettent de déterminer les paramètres atmosphériques ainsi que la composition chimique de l’étoile. Un catalogue révisé des naines blanches dans le voisinage solaire est présenté qui inclut tous les paramètres atmosphériques nouvellement determinés. L’analyse globale qui en découle est ensuite exposée, incluant une étude de la distribution de la composition chimique des naines blanches locales, de la distribution de masse et de la fonction luminosité.

Keyphrases: Étoiles : paramètres fondamentaux, Naines blanches, Voisinage solaire, Analyse statistique, Distribution de masse, Fonction luminosité, Techniques : photométrique et spectroscopique, Stars : fundamental parameters
Survenue de délirium et/ou coma iatrogénique  aux soins intensifs : évaluation de facteurs pouvant influencer le devenir et la toxicité du fentanyl et/ou du midazolam

Dans le milieu clinique des soins intensifs, l’induction du coma médicamenteux (i.e. iatrogénique) par les sédatifs et les analgésiques est souvent associée à une augmentation significative du délirium. De plus, l’utilisation de sédatifs et d’analgésiques comme le fentanyl et le midazolam sans interruption et sans ajustement aux besoins du patient augmentent la durée de séjour, les coûts et la mortalité. Le but de cette étude était d’explorer les facteurs de variabilité pouvant influencer la survenue du coma iatrogénique  et du délirium tel que : les facteurs génétiques/sociodémographiques et la co-administration de médicaments substrats ou inhibiteurs de CYP3A4/3A5 ou de la glycoproteine P.  L’étude prospective à visée observationnelle a été effectuée à l’unité de soins intensifs de l’hôpital Maisonneuve-Rosemont avec 53 patients perfusés avec fentanyl ou midazolam.  La faisabilité du modèle pharmacocinétique du fentanyl a été mise en évidence à partir des échantillons sanguins des patients et était compatible avec les données cliniques. Cette étude montre donc que contrairement au profil génomique de CYP3A5 (p value = 0,521) et MDR1 (p value = 0,828), les effets des interactions médicamenteuses entre les inhibiteurs CYP3A4/CYP3A5 et fentanyl/midazolam représentent un facteur de risque pour le coma iatrogénique (p value = 0,014). Ces effets peuvent être facilement identifiés et sont prévisibles; résultats qui seront utiles aux praticiens – intensivistes dans le choix d’une thérapie pharmacologique appropriée pour prévenir les complications morbides comme le coma iatrogénique et le délirium.

Keyphrases: Coma, Délirium, Métabolisme, Opiacés, Pharmacocinétique, Sédatifs, Soins intensifs, Génétique, Pharmacocinétique, Coma
Étude de facteurs génétiques prédictifs dans le neuroblastome, en particulier les anomalies du chromosmoe 14q

Le neuroblastome (NB) représente 8% de tous les cancers pédiatriques et est caractérisé par sa grande hétérogénéité clinique. Afin d’évaluer son pronostic, plusieurs facteurs génétiques sont utilisés : amplification de MYCN, délétion 1p, gain 11q et gain 17q. Les buts de notre travail étaient d’abord de vérifier si l’hybridation in situ en fluorescence (FISH) permet une analyse complète de ces anomalies et ensuite, en utilisant une analyse globale du génome telle le polymorphisme nucléotidique simple (SNP), de vérifier la concordance avec les résultats de la FISH et le pronostic potentiel des anomalies du 14q, en particulier du gène AKT. Nous avons donc établi un panel de sondes pour la FISH qui a été appliqué sur 16 tumeurs non-fixées. Après isolation de l’ADN de 36 tumeurs, nous avons effectué une analyse génotypique par SNP utilisant les puces « Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0 » contenant 945,826 sondes non polymorphiques et 906,000 sondes polymorphiques. Nos résultats ont démontré que la FISH permet l’évaluation complète des anomalies génétiques importantes du NB et que les anomalies déséquilibrées sont détectées très précisément par SNP. Les anomalies du 14q tendent à être associées avec des facteurs cliniques comme le grade et l’évolution, contrairement aux anomalies d’AKT. L’analyse du 14q a révélé trois gènes d’intérêt, MAX, BCL11B et GPHN, qui devraient être analysés sur un plus grand échantillon. Ainsi, l’étude par FISH semble adaptée pour détecter les anomalies génétiques classiques du NB, alors que celles retrouvées en 14q représentent de potentielles cibles thérapeutiques pour cette tumeur.

Keyphrases: Neuroblastome, FISH, SNP, 14q, AKT
Faunal exploitation at the middle paleolithic site Kabazi II(Western Crimea)

Kabazi II est un site de plein air, situé sur la deuxième rangée des Monts de Crimée. Après sa découverte en 1986, les investigations archéologiques effectuées entre 1987 et le milieu des années 90 ont établi que Kabazi II avait auparavant servi de lieu de chasse et d’abattage pour les groupes néanderthaliens de la région. Les études archéozoologiques antérieures (Patou-Mathis 2003, 1999, 2005, 2006a, 2006b) ont déterminé que les stratégies de subsistance des Néanderthaliens du Kabazi II étaient très spécialisées et principalement axées sur la chasse des petits groupes de Equus hydruntinus mais aussi, à l’occasion, sur la chasse d’autres espèces. Ces comportements ont persisté malgré les changements climatiques et technologiques à travers l’histoire d’occupation du site. Cette étude présente l’analyse des assemblages fauniques encore inédits des niveaux II/1,II/2-1, II/2, II/3, II/4, II/5, II/7, II/8, II/9, II/13, II/13A de Kabazi II. Nos résultats sont en accord avec ceux obtenus parles d’études antérieures ; cependant, des différences par rapport à la fonction du site ont été constatées et un lien possible avec Kabazi V, un abri sur roche tout près de Kabazi II, a été établi. On croit que la persistance des activités de subsistance des Néanderthaliens de Kabazi II pendant presque 100 000 ans de présence est due à la polyvalence des ânes asiatiques tels que Equus hydruntinus, au contexte géographique et géologique de la région ainsi qu’aux caractéristiques du site elles-mêmes.

Keyphrases: Paléolithique Moyen, Crimée, Néanderthal, Comportements de Subsistance
Entre similitudes et différences : le sexe et le genre en question

Les différences hommes/femmes sont un présupposé que nous considérons souvent comme une évidence.  Les similitudes, en revanche, sont présentées comme des particularités propres à certains individus.  Elles ne sont souvent pas perçues comme une caractéristique humaine intrinsèque.  Il existe cependant un rapport entre similitude et différence.  Ce qui sépare fondamentalement les similitudes des différences c'est le point de vue de l'observateur : celui qui décide ce à quoi il va accorder de l'importance, non pas en fonction de critères scientifiques et objectifs, mais plutôt en fonction de croyances et de présupposés.  Les scientifiques, eux-mêmes, ne sont pas à l'abri de ce biais, et ce, en dépit du fait que les différences sont scientifiquement observables et mesurables. L'importance qu'on leur accorde n'est pas plus réelle que les similitudes auxquelles on accorde, en revanche, beaucoup moins de valeur, d'attention et que l'on étudie beaucoup moins, mais qui seraient néanmoins mesurables.

Keyphrases: Sexe, Différence, Similitude, Stéréotype, Altérité, Habitus, Valence différentielle
Les nouveaux médias, ou, L’ère du labyrinthe intermédial

Avec l’émergence des nouveaux médias, une nouvelle façon de raconter les histoires  s’impose. Les structures connues de l’esthétisme classique semblent désuètes par  rapport aux dispositions des nouvelles plateformes de diffusion. Mieux encore, ces  plateformes propulsent le récit, lui permettent de sortir de la rigidité de la ligne narrative :  elles intègrent la technique au logos. L’intermédialité devient omniprésente; la diversité  des types médiatiques employés dans une œuvre sont rendus visibles et sont articulés  par la mise en récit. Méchoulan dira que dans l’« être-entre », dans l’espace reliant  chacune des unités sémantiques, que l’événement de la pensée advient; pour Rodowick  c’est le « figural ». Une figure particulière s’impose : le labyrinthe. Multipliant les  possibilités narratives spécifiques aux nouveaux médias, le labyrinthe fait converger les  composantes intermédiales.  Bleeding Through : Layers of Los Angeles 1920-1986, une  œuvre dirigée par Norman Klein, pose le labyrinthe comme élément structurel en y  tissant un réseau où s’inscrit une pratique intermédiale. On y adresse le temps comme  une opération fragmentaire, qui se sectionne, se réorganise en rompant avec la linéarité  classique. Il nous faudra alors voir comment le labyrinthe réfléchit dans l’étude du temps  certains éléments de la mythologie grecque. Les réflexions de Gervais sur le labyrinthe  permettront d’étayer pareille hypothèse. Nous analyserons Bleeding Through à la  lumière de ces théories pour ainsi dégager l’essence de cette figure qui a infiltrée la  narration contemporaine. En somme, le labyrinthe se présente dans l’écologie  médiatique actuelle comme une figure inhérente à la mise en récit.

Keyphrases: labyrinthe, intermédialité, figural, oubli, être-entre, récit, nouveau média, labyrinth
Développement physiologique des voies visuelles chez le rat normal et chez celui ayant subi des convulsions hyperthermiques

Les neurones des couches superficielles du collicule supérieur et du cortex visuel primaire du rat adulte sont sensibles à de basses fréquences spatiales de haut contraste défilant à des vitesses élevées. Entre les jours post-nataux 27-30 et l’âge adulte, les fréquences temporelles optimales des neurones du cortex visuel primaire augmentent, tandis que leurs seuils de contraste diminuent. Cependant, les fréquences spatiales optimales, les valeurs de résolution spatiale et les bandes passantes spatiales de ces neurones sont, dès l’ouverture des paupières, similaires à celles observées chez le rat adulte. Ces profils de réponse neuronale suggèrent que les projections rétino-colliculaires et rétino-géniculo-corticales sont essentiellement issues de neurones ganglionnaires rétinofuges magnocellulaires et koniocellulaires. Les neurones du cortex visuel primaire du rat ayant subi des convulsions hyperthermiques présentent, dès l’ouverture des paupières, de basses fréquences spatiales optimales, de larges bandes passantes directionnelles et temporelles ainsi que des seuils de contraste élevés par rapport aux neurones du rat normal. À l’âge adulte, de basses fréquences temporelles optimales et de larges bandes passantes spatiales sont également observées chez le rat ayant subi des convulsions hyperthermiques. L’altération des profils de réponse des neurones du cortex visuel primaire du rat ayant subi de convulsions hyperthermiques suggère un déséquilibre entre les mécanismes neuronaux excitateurs et inhibiteurs de cette aire corticale. Ces résultats suggèrent également qu’un épisode unique de convulsions fébriles infantiles suffit à altérer le développement des propriétés spatio-temporelles des champs récepteurs des neurones du cortex visuel primaire.

Keyphrases: Rat, Collicule supérieur, Cortex visuel primaire, Développement, Convulsions fébriles, Fréquence spatiale, Fréquence temporelle, Direction, Contraste, Contrast
Entre l’art, l’invention et la nourriture : examen de la possibilité de protéger les recettes de cuisine en droit de la propriété intellectuelle canadien

Les recettes de cuisine sont partout de nos jours, dans les livres, à la télévision, sur l’Internet, ainsi que dans les restaurants et les entreprises alimentaires industrielles. Cette grande présence médiatique et économique soulève la question de savoir s’il est possible de les protéger par le droit de la propriété intellectuelle canadien. L’auteure commence par décrire les recettes et les plats, puis examine si ceux de nature traditionnelle et familiale sont des éléments de culture et s’ils peuvent constituer des savoirs traditionnels. Cela amène l’auteure à examiner si les indications géographiques peuvent procurer aux recettes et aux plats une certaine forme de protection contre leur appropriation à l’usage exclusif d’une personne.   L’auteure aborde ensuite les régimes usuels de propriété intellectuelle à l’aune de la recette et du plat de chefs ou de l’industrie. Elle examine en premier ceux de la propriété industrielle. Les recettes et les plats peuvent-ils être des marques de commerce? Peuvent-ils être des secrets de commerce? Peuvent-ils constituer des inventions brevetables? Elle se penche ensuite sur le droit d’auteur et examine si les recettes et les plats peuvent être des œuvres protégeables et s’ils se qualifieraient comme œuvres littéraires ou artistiques. Cet examen l’amène à regarder le développement de la protection des œuvres musicales pour mieux cerner les enjeux pour les recettes. Au terme de son analyse, l’auteure fait ressortir quel régime appert le plus approprié selon la nature des recettes et des pratiques des chefs et des entreprises industrielles.

Keyphrases: Propriété intellectuelle, Recette de cuisine, Plat, Droit d'auteur, Brevet, Secret de commerce, Marque de commerce, Savoir traditionnel, Indication géographique
MicroRNA-34 induces cardiomyocyte apoptosis and accounts for the anti-apoptotic effect of Tanshinone IIA in myocardial infarction

MicroARN (miARN) ont récemment émergé comme un acteur central du gène  réseau de régulation impliqués dans la prise du destin cellulaire. L'apoptose, un actif  processus, par lequel des cellules déclenchent leur auto-destruction en réponse à un signal, peut être contrôlé par les miARN.  Il a également été impliqué dans une variété de maladies humaines, comme les maladies du cœur, et a été pensé comme une cible pour le traitement de la maladie. Tanshinone IIA (TIIA), un monomère de phenanthrenequinones utilisé pour traiter maladies cardiovasculaires, est connu pour exercer des effets cardioprotecteurs de l'infarctus du myocarde en ciblant l'apoptose par le renforcement de Bcl-2 expression. Pour explorer les liens potentiels entre le miARN et l'action anti-apoptotique de TIIA, nous étudié l'implication possible des miARN. Nous avons constaté que l'expression de tous les trois membres de la famille miR-34, miR-34a, miR-34b et miR-34c ont été fortement régulée à la hausse après l'exposition soit à la doxorubicine, un agent endommageant l'ADN ou de pro-oxydant H2O2 pendant 24 heures. Cette régulation à la hausse causé significativement la mort cellulaire par apoptose, comme déterminé par fragmentation de l'ADN, et les effets ont été renversés par les ARNs antisens de ces miARN. Le prétraitement des cellules avec TIIA avant l'incubation avec la doxorubicine ou H2O2 a empêché surexpression de miR-34 et a réduit des apoptose. Nous avons ensuite établi BCL2L2, API5 et TCL1, en plus de BCL2, comme les gènes nouveaux cibles pour miR-34. Nous avons également élucidé que la répression des ces gènes par MiR-34 explique l'effet proapoptotique dans les cardiomyocytes. Ce que la régulation positive de ces gènes par TIIA realisée par la répression de l'expression de miR-34 est probable le mécanisme moléculaire de son effet bénéfique contre ischémique lésions cardiaques.

Keyphrases: Mir-34, Tanshinone iia, Bcl-2, Api, Apoptose, Microarn
L’effectivité des Conventions 29, 138 et 182 de l’Organisation internationale du travail sur l’éradication du travail des enfants en Mauritanie

L’objectif de cette étude consiste à déterminer si les conventions de l’Organisation internationale du travail (OIT) sont effectives en ce qui concerne l’éradication du travail des enfants en Mauritanie.  Cette effectivité est appréciée en mesurant la réception juridique et la réception sociale en Mauritanie de la Convention 29 sur le travail forcé, de la Convention 138 sur l’âge minimum d’admission à l’emploi et de la Convention 182 sur les pires formes de travail des enfants. La réception juridique des conventions est mesurée par un examen de l’intégration de leurs dispositions dans le droit national mauritanien. La réception juridique comprend également l’appréciation du contrôle du respect des conventions en territoire mauritanien. La réception sociale fait référence, quant à elle, aux stratégies de mise en œuvre des conventions de l’OIT par le Gouvernement mauritanien à travers ses programmes et ses politiques. Notre analyse démontre que l’effectivité des Conventions 29, 138 et 182 de l’OIT en ce qui concerne l’éradication du travail des enfants en Mauritanie est, selon nous, partielle. Dans l’ensemble, la situation tend à s’améliorer et le Gouvernement mauritanien tente de respecter l’esprit de ces conventions et de leur faire écho dans le droit national. Toutefois, il n’existe pas beaucoup d’information sur l’impact des programmes mis en place pour éradiquer le travail des enfants.

Keyphrases: Effectivité, Organisation internationale du travail (OIT), Travail des enfants, Mauritanie, Droit international
Approche cartésienne pour le calcul du vent en terrain complexe avec application à la propagation des feux de forêt

La méthode de projection et l'approche variationnelle de Sasaki sont deux techniques permettant d'obtenir un champ vectoriel à divergence nulle à partir d'un champ initial quelconque. Pour une vitesse d'un vent en haute altitude, un champ de vitesse sur une grille décalée est généré au-dessus d'une topographie donnée par une fonction analytique. L'approche cartésienne nommée Embedded Boundary Method est utilisée pour résoudre une équation de Poisson découlant de la projection sur un domaine irrégulier avec des conditions aux limites mixtes. La solution obtenue permet de corriger le champ initial afin d'obtenir un champ respectant la loi de conservation de la masse et prenant également en compte les effets dûs à la géométrie du terrain. Le champ de vitesse ainsi généré permettra de propager un feu de forêt sur la topographie à l'aide de la méthode iso-niveaux. L'algorithme est décrit pour le cas en deux et trois dimensions et des tests de convergence sont effectués.

Keyphrases: Approche cartésienne, Feux de forêt, Méthode de projection, Conservation de la masse, Embedded boundary method
Rawlsian justice and the challenge of diversity

Ce mémoire examine le rôle de la diversité dans une conception de la justice. Je débute en considérant l’abstraction de la différence impliquée dans le raisonnement utilisé pour arriver à une conception de la justice. Par la suite j’évalue le rôle des différences des groupes sociaux dans l’application des principes de justice, en considérant si la justice exige des droits individuels ou si les groupes peuvent revendiquer des droits différenciés. Ce mémoire utilise la position originale de John Rawls pour évaluer la première question, et sa conception de la personne et des groupes sociaux pour examiner la deuxième. Je soutiens que nous pouvons et devrions utiliser l’abstraction de la position originale, tant que nous sommes conscients de ses limites. Bien que sa conception politique de la personne soit également utile pour la défense des droits individuels, sa conception du groupe social n’est pas appropriée pour les groupes culturels ou historiquement opprimés, car il repose trop lourdement sur la notion d’association volontaire. J’analyse l’argument de Will Kymlicka concernant les droits minoritaires et j’enrichis la théorie de Rawls en ajoutant l’inégalité entre groupes. Je termine en examinant les problèmes concernant les minorités à l’intérieur des groupes minoritaires et conclue que les droits minoritaires ne sont justifiées que lorsqu’ils sont compatibles avec les droits individuels, et non pas quand ils renforcent une autre inégalité. Par conséquent, même si l’abstraction au niveau théorique est justifiée, les droits des groupes minoritaires exigeront qu’on porte une attention aux différences entres groupes, ainsi qu’à l’intérieur de ceux-ci.

Keyphrases: Rawls, Diversité, Position originale, Voile d’ignorance, Autonomie, Féminisme, Kymlicka, Culture, Multiculturalisme, Égalité, Rawls, Kymlicka, Culture