NCube/papyrus huggingface dataset:
Identification of Genomic Variants Associated with Adolescent Idiopathic Scoliosis (AIS) in French-Canadian Population

La scoliose idiopathique est une déformation tridimensionnelle de la colonne vertébrale dont la pathogenèse reste obscure. Cette maladie affecte 2-4% des adolescents de 10-18 ans parmi les garçons et les filles. Il est à noter que les filles sont plus sévèrement affectées et ce en plus grand nombre que les garçons. Les études de jumeaux ont montré que les facteurs génétiques jouent un rôle important dans la scoliose idiopathique de l'adolescent (SIA). Depuis 2010, les études d'association pan génomiques ont été multipliées dans les recherches, visant à trouver des gènes candidats impliqués dans la SIA à travers des examens des polymorphismes nucléotidiques (SNPs). Un test génétique nommé "ScoliScore" a été publié pour essayer de prédire la progression de courbure dans la population caucasienne. Cependant, l'association n'a pas été reproduite dans une grande étude japonaise, soulignant l'importance d'une étude de réplication dans une population caucasienne indépendante. Dans ce contexte, mon projet de maîtrise a permis de génotyper plus de 1,4 millions de SNPs dans une cohorte canadienne-française dans le but: 1) de valider l'association de ScoliScoreTM; et 2) d’identifier les variants génomiques associées à la SIA dans la population québécoise. Notre étude a montré qu’aucun des variants constituant le test ScoliScoreTM n’était associé à la SIA. Ceci suggère que l'absence d'association dans une cohorte japonaise n'est pas due à l'appartenance ethnique. Aussi, nous avons identifié des variants génomiques associés significativement à l’initiation et/ou la progression de SIA dans la population québécoise, suggérant des gènes candidats impliqués dans la pathogenèse de SIA.

Keyphrases: Scoliose idiopathique de l'adolescent, Polymorphisme d'un seul nucléotide, Variant génomique, Étude d'association pan génomique, ScoliScoreTM, Progression de la courbe de colonne vertébrale, Population caucasienne canadienne-française, Analyse de l'association
Interactions entre les professionnels d'une équipe de 
soins intensifs : les déterminants influençant la collaboration

Le travail d’équipe et la collaboration interprofessionnelle aux soins intensifs sont essentiels pour prodiguer des soins de qualité aux patients et pour leur sécurité. Cependant, les multiples interactions que nécessite une collaboration dans un contexte de soins aigus sont susceptibles de causer des tensions, des conflits et un travail inefficace dans l’équipe. Les déterminants de cette collaboration en soins intensifs ne sont pas encore bien identifiés. L'objectif de cette recherche est d'identifier et d'évaluer l’importance relative des déterminants susceptibles d’influencer la collaboration interprofessionnelle dans une équipe de soins intensifs. Un questionnaire évaluant ces déterminants a été élaboré et rempli par des professionnels de la santé travaillant dans quatre unités de soins intensifs d’un hôpital universitaire de Montréal. Un total de 312 professionnels, dont 46 médecins, 187 infirmières et 62 inhalothérapeutes, ont rempli le questionnaire. Des modèles d'analyses de régression multiple par hiérarchisation ont permis de déterminer que la  « clarté du travail et des processus » , la « confiance et le    respect » , mais tout particulièrement la « participation aux décisions » sont des déterminants statistiquement significatifs pour prédire la collaboration dans une équipe de soins intensifs. Une analyse de sous-groupe suggère des différences entre les médecins et les infirmières sur la perception de ces déterminants. Ces résultats apportent de nouveaux éléments dans la compréhension de la pratique de la collaboration et du travail d’équipe dans une équipe de soins intensifs, en précisant mieux ses déterminants. Sur le plan pratique, cela implique qu'il faille : i) favoriser un développement de la compétence de « collaboration » des professionnels travaillant dans le milieu des soins intensifs ; ii) cibler l’apprentissage auprès de ces professionnels en tenant compte des déterminants de la collaboration identifiés dans la présente étude.

Keyphrases: Collaboration, Collaboration interprofessionnelle, Soins intensifs, Travail d'équipe, Déterminants, Professionnels de la santé, Médecin, Infirmière, Collaboration
Identification et caractérisation génétique et phénotypique de deux espèces de Cryptosporidium après divers passages chez le veau

L’étude de la variation du génotype et du phénotype fut réalisée sur deux espèces de parasites intestinaux (Cryptosporidium parvum et C. muris) via une infection expérimentale de 10 passages successifs chez le veau (Bos taurus). L’infection avec C. parvum a bien fonctionné alors qu’aucun signe clinique n’a été observé dans le cadre de cette étude avec C. muris. Pour le génotype, deux gènes (HSP70 et GP60) ont été amplifiés par double PCR puis séquencés. Les résultats ont indiqué que ces gènes n’étaient pas modifiés après 10 passages chez des veaux. Cela montre une faible évolution génétique du parasite lorsqu’il passe dans un animal hôte, facilitant ainsi les études épidémiologiques lors d’épisode de cryptosporidiose. Il faut cependant noter que les parasites utilisés ne provenaient pas de l’environnement mais d’une compagnie spécialisée en parasitologie (WaterBorne®). L’étude de la variation du phénotype a été tentée, sans succès, à l’aide d’un immuno-buvardage en point utilisant le sérum des veaux infectés. Des problèmes liés à la concentration des ookystes de C. parvum placés sur la membrane de l’immuno-buvardage en point furent suspectés.

Keyphrases: Cryptosporidium, Veau, Passage, PCR, Génotype, Immuno-buvardage, Phénotype, Cryptosporidium, Passage, PCR
Transmission de Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis dans les troupeaux de bovins laitiers et dépistage de l’infection par la culture de l’environnement au Québec

Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) cause la maladie de Johne, une maladie chronique et incurable affectant les ruminants partout dans le monde. Plusieurs pays ont mis en place des programmes de contrôle afin de prévenir la transmission entre et au sein des troupeaux. Afin d’arriver à prévenir et contrôler cette maladie, une bonne compréhension des facteurs de risque impliqués dans la transmission est essentielle. Des tests diagnostiques performants et à coût abordable sont aussi nécessaires afin de détecter la présence du MAP et/ou les animaux infectés. L’objectif de la première étude était de réviser systématiquement la littérature scientifique concernant les facteurs de risque associés à la transmission du MAP aux génisses laitières. La présence d’une association significative entre les facteurs de risque concernant l’environnement néonatal, le colostrum, le lait, le logement des veaux et le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes et la transmission du MAP a été compilée de 23 articles. Le contact des veaux avec le fumier de vaches adultes est le facteur de risque le plus important dans la transmission du MAP. L’objectif de la seconde étude était d’évaluer la relation entre le nombre d’échantillons de l’environnement positifs pour le MAP et la prévalence individuelle d’excrétion fécale dans les troupeaux laitiers entravés du Québec. Le nombre de cultures positives d’échantillons de l’environnement s’est avéré associé à la prévalence individuelle d’excrétion fécale du MAP. Une association significative a été trouvée entre la présence d’une forte charge bactérienne dans un échantillon de fumier individuel et la détection du MAP dans l’environnement.

Keyphrases: Maladie de Johne, Vache laitière, Facteurs de risque, Transmission, Culture bactériologique, Environnement, Paratuberculosis
Prevalence of Salmonella in retail whole chicken carcasses in Hanoi, Vietnam

Au Vietnam, les informations sur la contamination de la viande de volaille par les salmonelles sont presque limitées. L’étude cherche à comparer la prévalence des salmonelles entre les marchés traditionnels et les supermarchés ainsi qu’entre les carcasses fraîches et congelées en plus de mesurer la température interne au moment de l’achat. Deux cent quarante-cinq carcasses de poulets entiers ont été achetées des marchés et des supermarchés dans sept arrondissements de la ville de Hanoi au Vietnam de juin à juillet 2011. L’échantillonnage a inclu 110 carcasses fraîches de marchés traditionnels (F/M), 109 carcasses fraîches des supermarchés (F/SM) et 26 carcasses congelées des supermarchés (FZ/SM). La température intérieure des carcasses a été évalué au moment de l’achat des carcasses. Salmonella a été isolé à partir de rinçage de carcasses et les isolats ont été sérotypés. La prévalence de carcasses positives pour Salmonella était de 66,5% (163/245) et variait entre les trois catégories : 84,55% (93/110) de F/M, 59,63% (65/109) de F/SM et 19,23% (5/26) de FZ/SM (P<0.05). Pour un total de 25 sérovars détectés, le sérovar principal fut Agona (24,78%) suivi de Albany (20,43%) et enfin Corvallis (10%). Deux des sérovars repérés se retrouvaient sur les mêmes carcasses pour 66 échantillons (26,9%). La température interne des carcasses des marchés traditionnels et des supermarchés était associé une différence significative (P < 0.05) avec une température moyenne de 27,3°C et 15,8°C respectivement. Cette étude dévoile une prévalence élevée de Salmonellaspp.des carcasses de poulets à Hanoi et démontre une difficulté partagée par tous les types de marchés à maintenir une température adéquate des carcasses.

Keyphrases: Salmonella, carcasses de poulet, prévalence, sérovar, température interne des carcasses, Vietnam
Etude d'un anticoagulant oral (le rivaroxaban) sur les paramètres hémostatiques de chiens en santé

Chez le chien, les thromboses représentent une complication majeure de nombreuses conditions qui sont revues dans ce manuscrit. L’arsenal thérapeutique actuel présente certaines limites: des effets anticoagulants variables d’un patient à l’autre, des hémorragies et une administration par voie sous-cutanée pour l’héparine. Le rivaroxaban est un nouvel anticoagulant oral approuvé pour la prévention et le traitement des thromboses chez l’humain. C’est un inhibiteur direct du facteur Xa.   La présente étude a pour objectif d’évaluer les effets hémostatiques du rivaroxaban chez des chiens en santé, en utilisant les tests de coagulation suivants: temps de prothrombine (PT), temps partiel de thromboplastine (aPTT), activité anti-facteur X, génération de thrombine (GT) et thromboélastographie (TEG®).  Tout d’abord, l’effet anticoagulant du rivaroxaban a été évalué in vitro : le plasma citraté pauvre en plaquettes provenant de 20 Beagle en santé a été aliquoté et enrichi avec des solutions de rivaroxaban à des concentrations de 0 à 1000 mg/L d’anticoagulant. Une prolongation concentration-dépendante de tous les tests de coagulation a été notée. Les concentrations de 0.024 et 0.053 mg/L diminuent respectivement de 50% la vitesse de propagation de la GT et la densité optique de l’activité anti-facteur X. Ces derniers tests sont les plus sensibles et précis pour détecter l’effet anticoagulant du rivaroxaban.   Ensuite, 24 Beagle en santé ont été répartis aléatoirement en 3 groupes (n=8). Chaque groupe a reçu par voie orale un placebo, ou 20 mg de rivaroxaban une ou deux fois à 8h d’intervalle. Quinze échantillons sanguins ont été prélevés pour chaque chien sur 30 heures. Pour tous les tests de coagulation excepté la TEG®, une différence significative a été notée dans les résultats entre les groupes traités et le groupe placebo (p<0.0001). La durée de l’effet anticoagulant du rivaroxaban était de 7.9-18.7h dans le groupe traité une fois; et de 17.5-26.8h dans le groupe traité deux fois. Le pic d’action de l’effet anticoagulant était d’environ 2h. Seul le paramètre R de la TEG® était significativement affecté dans les groupes traités.   En conclusion, le rivaroxaban exerce un effet anticoagulant chez le chien à la dose de 2 mg/kg. Une administration biquotidienne semble appropriée pour un effet de 24h.

Keyphrases: Coagulation, Rivaroxaban, Chien, Thrombose
Étude comparative de l'imagerie dans l'évaluation de l'ostéoarthrose du grasset chez le cheval

Les objectifs de cette étude étaient (1) de décrire la localisation et la sévérité des lésions d’ostéoarthrose (OA) chroniques acquises naturellement au niveau du grasset équin grâce à l’échographie (US), la radiographie (XR), la tomodensitométrie (CT) et l’évaluation macroscopique (ME), (2) de comparer la performance diagnostique de chacune des modalities d’imagerie avec ME et (3) d’évaluer quantitativement la densité osseuse sous-chondrale lors d’OA du grasset chez le cheval à la tomodensitométrie.  Des évaluations post mortem radiographique, tomodensitométrique et échographique ont été réalisées sur 23 grassets cadavériques et comparées à l’évaluation macroscopique.  Des associations significatives ont été notées entre le «osteophytes global score» de toutes les modalités (US, p=0.04; XR, p=0.005; CT, p˂0.0001) et ME.  De plus, la tomodensitométrie a démontré la plus forte association.  Les ostéophytes étaient principalement localisés au niveau de l’articulation fémorotibiale médiale et cette articulation présentait également les scores d’ostéophytes les plus sévères.  Un patron spécifique d’ostéophytes associé à l’insertion de la capsule articulaire sur le condyle fémoral médial a été mis en évidence.  La nouvelle projection radiographique (Ca10Pr5L-CrDiMO) a été utile dans la détection des ostéophytes de la région intercondylaire.  Les grades d’ostéophytes (0-3) ne différaient pas significativement selon la modalité dans la majorité des sites. La faible sensibilité/spécificité a indiqué que la sclérose de l’os sous-chondral et l’applatissement des condyles fémoraux ne semblent pas être des indicateurs fiables d’OA du grasset équin.  L’OA du grasset équin est associée à une réduction de la densité osseuse sous-chondrale et des sites spécifiques de résorption/kystes sous-chondraux ont été notés chez certains spécimens.

Keyphrases: Cartilage, Cheval, Échographie, Fémorotibiale, Grasset, Macroscopie, Ostéoarthrose, Ostéophyte, Radiographie, Tomodensitométrie
Évaluation de l’endométrite clinique chez la vache laitière et efficacité d’un traitement de céfapirine sous forme d’une infusion intra-utérine

Cette étude valide l’efficacité du traitement de céfapirine intra-utérin sur les vaches diagnostiquées comme positives à l’endométrite clinique (PVD+) par vaginoscopie.  Un seuil diagnostic des PVD+ a, d’abord, été déterminé selon les effets néfastes significatifs des écoulements vaginaux sur le statut de gestation à 120 jours post-partum. Les observations de 1247 vaches de 18 troupeaux, faites  à 34 ± 7  jours post-partum, ont mené à considérer la présence de mucus vaginal trouble avec ou sans flocons de pus comme seuil pour les PVD+. La prévalence de PVD+ était de 21.6%. La chance d’être gestante à la première insémination effectuée à temps fixe sur un protocole de synchronisation était 1.89 fois moindre chez les vaches PVD+.  Le traitement de céfapirine a été administré aléatoirement  lors de la première visite. Même en absence d’effets significatifs sur la guérison clinique évaluée après 2 semaines, le traitement  améliore significativement les performances en reproduction des PDV+.  Les PVD+ ayant reçu le traitement avaient 1.85 fois plus de chance d’être gestantes à la première insémination que les PVD+ du groupe contrôle. Elles présentaient aussi une amélioration du jour ouvert médian de 38 jours.

Keyphrases: Céfapirine, Endométrite, Écoulements vaginaux, Vache laitière, Vaginoscopie
La bilittératie chez les jeunes élèves allophones à Montréal : une réflexion en vue d’améliorer l’enseignement-apprentissage du français

Le présent article poursuit un double objectif. Le premier est de rendre compte de l’importance du concept de bilittératie pour la recherche et la pratique en éducation. Le second est de susciter la réflexion sur les différents enjeux didactiques et pédagogiques liés à la bilittératie chez les jeunes élèves allophones à Montréal. À cet effet, deux modèles complémentaires qui font partie de la matrice théorique de notre projet de recherche seront abordés. Il s’agit du modèle de la compétence sous-jacente commune de Cummins (2008, 1991, 1981, 1979), ainsi que du modèle des continuums de Hornberger (2004, 2003). Le texte illustre la nécessité de reconsidérer la pratique d’enseignement du français – langue de scolarisation au Québec – vu la réalité sociolinguistique dans laquelle évoluent les élèves allophones.

Keyphrases: Bilittératie, Élève allophone, Langue première, Langue seconde, Enseignement-apprentissage, Bilinguisme, Plurilinguisme, Ile de Montréal
Étude de la cinétique de biomarqueurs d’exposition à la perméthrine dans des conditions d’exposition réelles chez les travailleurs agricoles au Québec

La perméthrine fait partie de la famille des pyréthrinoïdes qui sont abondamment utilisés en agriculture. Le but de cette étude était d'obtenir des données sur la cinétique des biomarqueurs d'exposition à la perméthrine en condition réelle d'exposition chez les travailleurs agricoles. Douze travailleurs (un applicateur, un superviseur et dix cueilleurs) exposés à la perméthrine dans le cadre de leur emploi ont été recrutés dans une ferme maraichère de la Montérégie (Québec). Ils ont fourni toutes leurs urines sur une période de trois jours suivant le début des travaux dans un champ traité. Les trois principaux métabolites de la perméthrine, l'acide cis-/trans-3-(2,2-dichlorovinyle)-2,2-diméthylecyclopropane carboxylique (cis-/trans-DCCA) et l'acide 3-phénoxybenzoïque (3-PBA) ont été analysés par chromatographie liquide à ultra-haute performance couplée à la spectrométrie de masse à temps de vol. Pour l'applicateur, une augmentation progressive des valeurs d'excrétion a été observée avec un pic unique atteint environ 30 h après le début de l'exposition d'une durée de 3,5 h suivi d'une élimination avec une demi-vie de 8 h. Pour le superviseur et l'un des cueilleurs, les profils d'excrétion de trans-DCCA et de 3-PBA étaient compatibles avec de multiples entrées dans la zone traitée pendant la période d'échantillonnage accompagné d'une élimination rapide entre les épisodes d'exposition.L'applicateur aurait été exposé indirectement par contact main-bouche, alors que les autres travailleurs auraient été exposés par la voie cutanée. Pour une surveillance biologique adéquate, nous recommandons de mesurer deux biomarqueurs de la perméthrine, soit le trans-DCCA et le 3-PBA et de prendre un minimum de trois échantillons urinaires, un avant et deux pendant ou suivant la période d'exposition.

Keyphrases: Perméthrine, Pyréthrinoïdes, Travailleurs agricoles, Toxicocinétique, DCCA, 3-PBA
Trajectoires socioprofessionnelles des immigrants africains subsahariens de Montréal accédant à des fonctions socioéconomiques valorisées

Les immigrants  à Montréal (Québec, Canada) connaissent des difficultés d’insertion en emploi. Parmi eux, ceux originaires de l’Afrique subsaharienne constituent des «groupes racisés» et, à ce titre, sont susceptibles d’éprouver davantage de discriminations et de difficultés que les autres (Hadiri, 2008; Nikuze, 2011). Grâce à une sociologie des "trajectoires de réussites" et grâce à des questions mobilisant l'apport de plusieurs disciplines dans une perspective de résolution de problèmes pratiques, cette thèse a pour but de proposer de possibles solutions aux différents problèmes de ces immigrants montréalais.     La recherche de terrain, basée sur des entretiens compréhensifs au sens où l’entend Kaufmann (1996, 2008), propose une sociologie qualitative des "trajectoires de réussites", soit des expériences socioprofessionnelles vécues comme « valorisantes » ou « valorisées. » L’échantillon a été formé d’immigrants africains vivant de telles expériences. À travers leurs différentes trajectoires, la recherche a reposé sur cet objectif appliqué premier : partir du questionnement central sur les facteurs de réussite,  rechercher des solutions et des instruments d'intervention destinés à une meilleure intégration socioéconomique des nouveaux immigrants, ou même des anciens immigrants qui connaissent encore des difficultés d’insertion en emploi.   Les résultats laissent entrevoir trois catégories de facteurs contributifs à la base de la «réussite socioprofessionnelle», tous rangés au titre de « valeurs », ou façons de voir le monde capables de contribuer à cette « réussite » en s’harmonisant mieux au contexte québécois : il s’agit de valeurs personnelles, d’apports socioculturels africains ou encore de ressources socioculturelles de type québécois. Si les valeurs personnelles relèvent des caractéristiques propres à chacun, les ressources socioculturelles africaines et québécoises résulteraient plutôt de traditions ou de mœurs inhérentes aux cultures des pays concernés. L’analyse et l’interprétation de ces facteurs propices à l’intégration socioprofessionnelle des immigrants ont révélé plusieurs pistes capables de faciliter l’insertion en emploi des immigrants et cette thèse en fait état.  Il demeure certain, face à des résultats qui mettent en évidence surtout le facteur individuel, que la « réussite » et l’insertion « réussie » ou vécue comme telle demeurent aussi fonction des actes des autorités publiques : quelles que soient les valeurs et les dispositions individuelles des immigrants, ces facteurs positifs demeurent sans effets si lois et politiques du domaine de l’immigration font obstacle de quelque façon.

Keyphrases: Immigrants à Montréal, difficultés d’insertion en emploi, groupes racisés, trajectoires de réussites, expériences socioprofessionnelles « valorisantes » ou « valorisées », facteurs de « réussite », intégration socioprofessionnelle, actes des autorités publiques, valeurs et dispositions individuelles des immigrants
Régionalisation et renouvellement des politiques territoriales dans un contexte de mondialisation : le cas de la coopération décentralisée et transfrontalière en Méditerranée entre 2000 et 2011

Notre thèse a pour objectif de déterminer la nature des liens entre la multiplication des processus de macro-régionalisation, dans un contexte de mondialisation, et le renouvellement des politiques d’aménagement du territoire à travers la mise en place de nouvelles formes de coopération décentralisée entre villes et territoires. Notre projet de recherche cherche ainsi à établir comment la régionalisation permet la mise en place d’une gouvernance à niveaux multiples mettant en relation des acteurs territoriaux, à différents échelons de décision (supranational, national et infranational) dans le but de faire face à la complexité grandissante des problèmes actuels à l’échelle mondiale. Parmi ces projets régionaux qui émergent dans plusieurs parties du monde, nous avons choisi le Partenariat euro-méditerranéen comme cas d'étude en s'intéressant de manière particulière aux projets et programmes de coopération décentralisée et transfrontalière qui se mettent en place autour de la Méditerranée et qui mettent en relation plusieurs villes et régions riveraines. Afin de répondre à ces questions, nous avons décliné  notre argumentation en plusieurs axes de réflexion. Un premier axe de réflexion tourne autour de la nature du projet régional euro-méditerranéen et de son implication au niveau des stratégies territoriales principales. Un deuxième axe concerne le contenu et les processus de mise en œuvre des programmes et projets de coopération décentralisée et transfrontalière et leur pertinence au niveau du développement local des territoires du Sud. Un troisième axe s’intéresse au rôle de l’État central en face du développement de ces initiatives qui le contourne. Enfin, un quatrième axe de réflexion concerne l’attitude de l’échelon local par rapport à ces initiatives qui l’interpellent et le sollicitent en tous sens.

Keyphrases: Régionalisation, Mondialisation, Coopération décentralisée, Coopération transfrontalière, Aménagement du territoire, Partenariat euro-méditerranéen