NCube/papyrus huggingface dataset:
Fonction de CFTR dans les processus de réparation de l’épithélium des voies aériennes et développement de nouvelles stratégies thérapeutiques en fibrose kystique

La pathologie de la fibrose kystique (FK) est causée par des mutations dans le gène codant pour le canal CFTR. La mutation la plus commune est la délétion du résidu Phe508 (∆F508), qui entraîne un mauvais repliement et la dégradation de la protéine mutée. Ainsi, l’absence du CFTR cause un dysfonctionnement du transport ionique et liquidien qui altère le phénomène de clairance mucociliaire. Il en résulte une accumulation de mucus visqueux obstruant les voies aériennes favorisant une colonisation bactérienne, spécialement par P. aeruginosa, et une inflammation chronique. Ces phénomènes entraînent des lésions épithéliales et un remodelage des voies aériennes. Selon nos analyses ultrastructurales de poumons issus de patients FK au moment de la transplantation, certaines zones de l’épithélium FK montrait des signes de d’initiation des processus de réparation. Malgré cela, un dommage épithélial progressif est observé chez les patients FK et il apparaît évident que les processus de réparation sont insuffisants pour permettre le rétablissement de l’intégrité épithéliale. Le principal objectif de mon étude était d’étudier le rôle du CFTR dans les mécanismes de réparation de l’épithélium FK et de déterminer l’impact de la correction du CFTR sur la réparation épithéliale et ce, en condition aseptique et en présence d’infection. Mes travaux montrent que l’épithélium des voies aériennes FK présente un défaut de réparation, associé, du moins en partie, à l’absence d’un CFTR fonctionnel. De plus, nous avons démontré pour la première fois que l’application du correcteur du CFTR VRT-325 permettait, non seulement, la maturation du CFTR, mais également une amélioration de la capacité des monocouches de cellules des voies aériennes FK à se réparer. D’autre part, nous avons montré que la présence du filtrat bactérien de P. aeruginosa (PsaDM) altérait non seulement l’expression et la fonction du CFTR, mais également les processus de réparation épithéliale. Enfin, nos résultats montrent que l’infection affecte la maturation du CFTR induite par le VRT-325 et diminue les effets bénéfiques du VRT-325 sur la réparation épithéliale.  Mes travaux permettent de mieux comprendre le rôle du CFTR dans les processus de réparation de l’épithélium FK et de proposer une nouvelle approche thérapeutique visant à promouvoir la régénération épithéliale chez les patients FK afin de tenter de stabiliser leur état, malgré l’effet délétère de la composante infectieuse.

Keyphrases: Correcteur de CFTR, Infection, Lésions épithéliales, Processus de réparation
Étude des cellules dendritiques chez les patients qui ont subi une greffe de cellules souches allogéniques

La vigueur de la réponse immunitaire générée par les cellules dendritiques (DC) a positionné ces cellules comme médiatrices centrales dans l’activation des lymphocytes T. La vulnérabilité des cellules cancéreuses de leucémie myéloïde chronique (LMC) à l’intervention immunitaire résulte apparemment de la capacité des cellules leucémiques de se différencier en DC. Ces DC ont alors la capacité de présenter des peptides provenant des cellules souches leucémiques aux lymphocytes T. Dans ce travail, nous démontrons que la plupart des patients atteints d’une LMC présentent un déficit important en DC au niveau du sang et de la moelle osseuse avant la greffe de cellules souches allogéniques. Les faibles niveaux de DC circulantes résultent en grande partie d’une perte de la diversité au niveau des cellules progénitrices CD34+ leucémiques au niveau de la moelle osseuse. Ces cellules progénitrices CD34+ présentent d’ailleurs une capacité réduite à se différencier en DC in vitro. Nous avons trouvé qu’un décompte faible de DC avant une greffe allogénique était associé à une diminution significative de la survie et une augmentation considérable du risque de développer une des complications mortelles. Puisque la reconstitution des DC suite à la greffe est absente, notre étude appuie aussi la thèse que ce sont les cellules DC pré greffe qui sont primordiales dans l'effet du greffon contre leucémie (GVL). Dans ce contexte, notre étude suggère que le compte des DC avant la greffe allogénique pourrait servir de marqueur pronostique pour identifier les patients LMC à risque de développer certaines complications suite à une greffe allogénique.

Keyphrases: Leucémie myéloïde chronique, cellules dendritiques, homéostasie, immunothérapie
La collaboration entre l'oncogène E2A-PBX1 et Hoxa9 lors de l'induction de B-ALL implique l'activation de Flt3

La protéine de fusion E2A-PBX1 induit une leucémie lymphoblastique aigüe des cellules B pédiatrique chez l’humain. E2A-PBX1 possède de puissantes propriétés de trans-activation et peut se lier à l’ADN ainsi qu’aux protéines homéotiques (HOX) via des domaines conservés dans sa portion PBX1, ce qui suggère qu’une dérégulation des gènes cibles de HOX/PBX1 contribue à la leucémogénèse. Précédemment, Bijl et al. (2008) ont démontré que certains gènes Hox collaborent de manière oncogénique avec E2A-PBX1, et que ces interactions sont cellules-spécifiques et varient en fonction du gène Hox impliqué. Une mutagénèse d’insertion provirale suggère et supporte la collaboration des gènes Hoxa et E2A-PBX1 lors de la leucémogénèse des cellules B. La présence de ces interactions dans les cellules B et leur implication dans l’induction des B-ALL est pertinente pour la compréhension de la maladie humaine, et reste encore mal comprise. Notre étude démontre qu’Hoxa9 confère un avantage prolifératif aux cellules B E2A-PBX1. Des expériences de transplantation à l’aide de cellules B E2A-PBX1/Hoxa9 positives isolées de chimères de moelle osseuse démontrent qu’Hoxa9 collabore avec E2A-PBX1 en contribuant à la transformation oncogénique des cellules, et qu’Hoxa9 seul n’induit aucune transformation. Une analyse par Q-RT-PCR nous a permis de démontrer une forte inhibition de gènes spécifiques aux cellules B dans les leucémies co-exprimant Hoxa9 et E2A-PBX1, en plus d’une activation de Flt3, suggérant une inhibition de la différenciation des cellules B accompagnée d’une augmentation de la prolifération. De plus, la surexpression de Hoxa9 dans des cellules leucémiques de souris transgéniques E2A-PBX1, confère aussi un avantage prolifératif aux cellules in vitro, qui semblent être influencé par une augmentation de l’expression de Flt3 et Pdgfδ. En conclusion, nous démontrons pour la première fois à l’aide d’un modèle murin qu’Hoxa9 collabore avec E2A-PBX1 lors de la transformation oncogénique des cellules B et que la signalisation via Flt3 est impliquée, ce qui est potentiellement pertinent pour la maladie humaine.

Keyphrases: E2A-PBX1, Hoxa9, Leucémie, Cellules B, Modèle murin, B-ALL, Flt3
Exploration of implicit theories in the formation of expert opinion in portuguese criminal law

Cette thèse présente trois études qualitatives qui concernent différents aspects de la formulation de l’opinion experte chez des psychologues forensiques, tel que cette opinion se révèle dans leurs rapports d’expertise psycho-légale. La première étude porte sur la qualité d’un vaste échantillon de rapports d’expertise en se concentrant sur des critères de pertinence et de cohérence comme mesures de leur qualité générale. Cette étape a permis de dresser le portrait de 106 rapports forensiques produits au Portugal et d’établir qu’ils rencontrent les critères de qualité formelle établis tout en présentant certaines faiblesses en ce qui concerne la pertinence des informations utilisées et la cohérence interne du rapport La deuxième étude explore les opinions de dix-sept juges et procureurs de la République portugaise et s’interroge plus particulièrement sur leurs perspectives concernant l’utilité ce type de rapports d’experts dans leur travail en cour criminelle. Il appert que ces derniers leur accordent une grande crédibilité en particulier lorsqu’ils ont été produits par les experts de l’Institut portugais de médicine légale et sciences forensiques, l’institution forensique nationale affiliée au Ministère de la Justice. De plus, il se dégage des entretiens que les juges et les procureurs sont particulièrement intéressés par les données qui permettent de dresser un portrait individualisé de la personne évaluée. La troisième étude vise à mieux saisir les bases conceptuelles sur lesquelles les psychologues experts construisent leurs rapports. Pour ce faire, une étude exploratoire auprès d’un échantillon d’acteurs-clés a été menée qui a permis de dégager un certain nombre de constats, notamment que ceux-ci définissent leurs mandats judiciaires ainsi que les concepts fondamentaux qui y sont associés de manière différente. Un cadre théorique basé sur le modèle des théories implicites a été utilisé pour mieux comprendre ces résultats.

Keyphrases: Portugal, Opinion d’expert, Rapport forensique, Psychologie légale, Portugal, Cour criminelle, Prise de décision, Théories implicites, Institution forensique
Du tracé manuel à la ligne en mouvement : mutations esthétiques et sémiotiques dans la calligraphie latine contemporaine

La discipline que l’on nomme calligraphie latine contemporaine, qui existe sous cette forme depuis à peine plus d’un siècle, apparaît comme un déplacement radical à la fois par rapport à ce que l’Occident a connu en termes d’histoire des formes alphabétiques manuscrites et par rapport aux usages et aux fonctions que cette discipline elle-même a commencé par occuper à la fin du xixe siècle, au moment de son apparition. L’enjeu de cette thèse est de comprendre ce qui rend possibles de tels changements, c’est-à-dire ce qui conditionne la série de mutations traversées par la calligraphie latine contemporaine, qui s’affirme aujourd’hui comme une nouvelle proposition parmi les réinventions du visible de l’alphabet latin. En travaillant toujours à partir des œuvres, plus précisément des symptômes singuliers qui s’en dégagent, cette étude archéologique déplace l’analyse de la calligraphie latine vers un double plan sémiotique et esthétique.

Keyphrases: Alphabet, Cinéma, Tracé, Ligne, Mouvement, Écriture, Calligraphie, Alphabet, Line
Modification des propriétés optiques de nanofils à base de GaN par plasma N2/O2

Une sonde électrostatique de Langmuir cylindrique a été utilisée pour caractériser une post-décharge d’un plasma d’ondes de surface de N2-O2 par la mesure de la densité des ions et électrons ainsi que la température des électrons dérivée de la fonction de distribution en énergie des électrons (EEDF). Une densité maximale des électrons au centre de la early afterglow de l’ordre de 1013 m-3 a été déterminée, alors que celle-ci a chuté à 1011 m-3 au début de la late afterglow. Tout au long du profil de la post-décharge, une densité des ions supérieure à celle des électrons indique la présence d’un milieu non macroscopiquement neutre. La post-décharge est caractérisée par une EEDF quasi maxwellienne avec une température des électrons de 0.5±0.1 eV, alors qu’elle grimpe à 1.1 ±0.2 eV dans la early afterglow due à la contribution des collisions vibrationnelles-électroniques (V-E) particulièrement importantes. L’ajout d’O2 dans la décharge principale entraîne un rehaussement des espèces chargées et de la température des électrons suivi d’une chute avec l’augmentation de la concentration d’O2. Le changement de la composition électrique de la post-décharge par la création de NO+ au détriment des ions N2+ est à l’origine du phénomène. Le recours à cette post-décharge de N2 pour la modification des propriétés d’émission optique de nanofils purs de GaN et avec des inclusions d’InGaN a été étudié par photoluminescence (PL). Bien que l’émission provenant des nanofils de GaN et de la matrice de GaN recouvrant les inclusions diminue suite à la création de sites de recombinaison non radiatifs, celle provenant des inclusions d’InGaN augmente fortement. Des mesures de PL par excitation indiquent que cet effet n’est pas attribuable à un changement de l’absorption de la surface de GaN. Ceci suggère un recuit dynamique induit par la désexcitation des métastables de N2 suite à leur collision à la surface des nanofils et la possibilité de passiver les défauts de surface tels que des lacunes d’azote par l’action d’atomes de N2 réactifs provenant de la post-décharge. L’incorporation d’O2 induit les mêmes effets en plus d’un décalage vers le rouge de la bande d’émission des inclusions, suggérant l’action des espèces d’O2 au sein même des nanostructures.

Keyphrases: post-décharge, sonde de Langmuir, spectroscopie d’émission optique, semi-conducteurs III-V-N, nanofils
Le problème de Coulomb-Dunkl dans le plan

Ce mémoire, composé d'un article en collaboration avec Monsieur Luc Vinet et Vincent X. Genest, est la suite du travail effectué sur les systèmes quantiques super-intégrables définis par des Hamiltoniens de type Dunkl. Plus particulièrement, ce mémoire vise l'analyse du problème de Coulomb-Dunkl dans le plan qui est une généralisation du système quantique de l'atome d'hydrogène impliquant des opérateurs de réflexion sur les variables x et y. Le modèle est défini par un potentiel en 1/r. Nous avons tout d'abord remarqué que l'Hamiltonien est séparable en coordonnées polaires et que les fonctions d'onde s'écrivent en termes de produits de polynômes de Laguerre généralisés et des harmoniques de Dunkl sur le cercle. L'algèbre générée par les opérateurs de symétrie nous a également permis de confirmer le caractère maximalement super-intégrable du problème de Coulomb-Dunkl. Nous avons aussi pu écrire explicitement les représentations de cette même algèbre. Nous avons finalement trouvé le spectre de l'énergie de manière algébrique.

Keyphrases: Super-intégrabilité, Problème de Coulomb, Opérateur de Dunkl, Algèbre de symétrie, Représentation
Classification et relations entre les traits fonctionnels des crustacés zooplanctoniques : de l’organisme à l’écosystème

Les écologistes reconnaissent depuis longtemps que les organismes sont soutenus par le flux, l’emmagasinage et le renouvellement d’énergie et de matériel de l’écosystème, puisqu’ils sont nécessaires au métabolisme biologique et à la construction de biomasse. L’importance des organismes dans la régularisation des processus écosystémiques est maintenant de plus en plus considérée. Situé au centre des chaînes trophiques aquatiques, le zooplancton influence les flux d’énergie et de matériel dans les écosystèmes. Plusieurs de leurs caractéristiques sont connues comme étant de bons indicateurs de leur effet sur l’environnement, notamment leur taille, contenu corporel et taux métabolique. La plupart de ces caractéristiques peuvent être appelées « traits fonctionnels ». Alors que l’emploi des traits devient de plus en plus populaire en écologie des communautés aquatiques, peu ont su utiliser cette approche afin de concrètement lier la structure des communautés zooplanctoniques aux processus écosystémiques. Dans cette étude, nous avons colligé les données provenant d’une grande variété de littérature afin de construire une base de données sur les traits du zooplancton crustacé contribuant directement ou indirectement aux flux de C, N et P dans les écosystèmes. Notre méta-analyse a permis d’assembler plus de 9000 observations sur 287 espèces et d’identifier par le fait même ce qu’il manque à nos connaissances. Nous avons examiné une série de corrélations croisées entre 16 traits, dont 35 étaient significatives, et avons exploré les relations entre les unités taxonomiques de même qu’entre les espèces marines et d’eaux douces. Notre synthèse a entre autres révélé des patrons significativement différents entre le zooplancton marin et dulcicole quant à leur taux de respiration et leur allométrie (masse vs. longueur corporelle). Nous proposons de plus une nouvelle classification de traits liant les fonctions des organismes à celles de l’écosystème. Notre but est d’offrir une base de données sur les traits du zooplancton, des outils afin de mieux lier les organismes aux processus écosystémiques et de stimuler la recherche de patrons généraux et de compromis entre les traits.

Keyphrases: Allométrie, Métabolisme, Cycles biogéochimiques, Fonctionnement de l’écosystème, Recyclage des nutriments, Taille corporelle, Traits fonctionnels, Zooplancton
Is social phobia characterized by a distinct interpersonal pattern?

Traditionnellement, le construit de la phobie sociale a été défini selon une vision intrapersonnelle, en tant que trouble de l’anxiété. Une autre conception se propose de la définir d’un point de vue interpersonnel, comme un pattern global d’autoprotection. L’objectif principal de cette thèse est de tester des hypothèses tirées du modèle interpersonnel de la phobie sociale. Deux études, présentées sous forme d’articles, ont permis d’examiner si des patterns spécifiques d’autoprotection, tels que l’impuissance et la soumission, caractérisent le mode de fonctionnement des phobiques sociaux. Les études ont également évalué si l’autoprotection et l’anxiété sont interreliées. Pour la première étude, les patterns interpersonnels de 132 phobiques sociaux, évalués à l’aide d’une mesure dérivée du Circumplex interpersonnel, ont été comparés à ceux de 85 individus célibataires ayant une dysfonction sexuelle et 105 sujets normaux. La relation entre les patterns d’autoprotection, l’anxiété sociale, la détresse générale et le fonctionnement social a également été examinée chez les phobiques sociaux. La seconde étude a permis d’examiner l’évolution des patterns d’autoprotection ainsi que de l’anxiété sociale, de la détresse générale et du fonctionnement social, chez 85 phobiques sociaux à quatre moments : avant et après un traitement d’approche interpersonnelle, ainsi qu’aux relances de six mois et d’un an. L’étude a également comparé les participants en rémission et ceux satisfaisant les critères de la phobie sociale un an suivant la fin du traitement. Les résultats suggèrent que les patterns d’impuissance et de soumission sont caractéristiques de la phobie sociale. Plus précisément, ces patterns décrivent davantage les comportements des phobiques sociaux plutôt que ceux des groupes de comparaison. De plus, une réduction significative de l’autoprotection a été notée au post-traitement et maintenue jusqu’au suivi d’un an, surtout chez les participants en rémission.En outre, une relation entre l’autoprotection, l’anxiété sociale et la détresse générale a été mise en évidence chez les phobiques sociaux. Une amélioration de l’anxiété, de la détresse subjective et du fonctionnement social cohérente avec la dissolution des patterns d’autoprotection a également été obtenue au post-traitement. En conclusion, les résultats des deux études appuient une conception interpersonnelle de la phobie sociale.

Keyphrases: Phobie sociale, Approche interpersonnelle, Pattern d’autoprotection, Impuissance, Soumission, Circumplex interpersonnel
Réorganisation neurofonctionnelle permettant le maintien des habiletés d’évocation lexicale lors du vieillissement

Le maintien de performances cognitives optimales au cours du vieillissement a été associé à des changements adaptatifs au niveau de l’activité cérébrale relative à diverses habiletés qui tendent à décliner avec l’âge. Peu d’études ont toutefois évalué cette réorganisation neurofonctionnelle dans le cadre des habiletés de communication, notamment en ce qui concerne le langage expressif. Or, considérant que plusieurs composantes langagières demeurent généralement intègres chez les aînés, il s’avère nécessaire d’explorer davantage les mécanismes cérébraux sous-jacents afin de mieux cerner les déterminants du vieillissement cognitif réussi.  L’objectif de la présente thèse est d’examiner en détail les effets de l’âge sur les patrons d’activations et les interactions fonctionnelles entre les substrats neuraux contribuant aux habiletés de communication expressive. Deux études en neuroimagerie fonctionnelle, ayant recours à des approches méthodologiques distinctes, ont ainsi été menées à l’aide d’un paradigme mixte novateur et d’une tâche auto-rythmée d’évocation lexicale sémantique et orthographique, effectuée par des participants jeunes et âgés présentant plusieurs années de scolarisation.  S’intéressant spécifiquement aux patrons d’activations associés à un rendement élevé à cette tâche, la première étude révèle que le maintien des habiletés d’évocation lexicale lors du vieillissement s’accompagne de changements neurofonctionnels superficiels chez les adultes âgés performants. Par contre, la seconde étude indique que les interactions fonctionnelles entre les régions corticales contribuant aux productions lexicales déclinent considérablement avec l’âge, sans qu’il y ait toutefois d’impact au plan comportemental. Cet effet du vieillissement sur l’intégration fonctionnelle du réseau de l’évocation sémantique et orthographique est aussi exacerbé par la difficulté de la tâche, ce qui s’exprime par des perturbations locales de la connectivité fonctionnelle.  Somme toute, cette thèse démontre qu’une réorganisation neurofonctionnelle afin de maintenir les habiletés d’évocation lexicale au cours du vieillissement s’avère superflue chez les adultes âgés instruits et performants, et ce, malgré une diminution des interactions fonctionnelles au sein des réseaux corticaux sous-jacents. Ces résultats reflètent possiblement une perte d’efficience neurale avec l’âge, toutefois insuffisante pour avoir un impact comportemental chez des individus bénéficiant de facteurs de protection susceptibles de favoriser le vieillissement réussi, ce qui est discuté à la lumière du concept de réserve cognitive.

Keyphrases: imagerie par résonance magnétique fonctionnelle, réorganisation neurofonctionnelle, vieillissement normal, langage expressif, habiletés de communication, évocation lexicale, fluence verbale, connectivité fonctionnelle, réseaux langagiers