NCube/papyrus huggingface dataset:
Le profil de virulence d' Escherichia coli  intra-utérin permettrait de prédire la métrite postpartum chez la vache laitière

Les objectifs de cette étude ont été de : (1) déterminer s’il existe une association entre la  présence intra-utérine d'Escherichia coli dans la 1 ère  semaine postpartum et le développement  de la métrite postpartum, (2) déterminer s’il y a une association entre les gènes de virulence  d'E. coli et la métrite postpartum, et (3) d'évaluer si les analyses bactériologiques (bactéries et  gènes  de  virulence  d'E.  coli)  pourraient  prédire  la  métrite  postpartum  chez  la  vache  laitière.  Des écouvillons utérins ont été prélevés dans la première semaine postpartum sur 486 vaches  de race Holstein et soumis au laboratoire pour détection de E. coli. Les gènes de virulence d'E.  coli ont été identifiés par la technique d'hybridation des sondes radioactives. Un total de 252  vaches (52%) ont été positives à E. coli et 67 vaches positives à la métrite postpartum (13,7%).  Les vaches positives à E. coli intra-utérin dès la première semaine postpartum avaient un risque  2,6 fois plus élevé de développer la métrite postpartum que les vaches sans E. coli. La plupart  des E. coli possédaient un ou plusieurs gènes des E. coli d'origine extra-intestinale (ExPEC)  dont fimH (89%), HlyE (87%) et iss (70%). Parmi les autres gènes ExPEC, on a retrouvé sitA  (23%), fepC (20%) hra1 (20%) malX (14%) tsh (11%) et bien d'autres. Les gènes de virulence  kpsMTII et hra1 ont été associés à la métrite postpartum avec un rapport de cote de 4,3 chacun.  La présence d'E. coli dans l'utérus avait une valeur prédictive positive de 18% tandis que la  présence  des  gènes  kpsMTII  et  hra1  avait  une  valeur  prédictive  positive  de  36%  et  31%  respectivement.  La  détection  de  certains  gènes  de  virulence  d'E.  coli  dans  les  prélèvements  utérins  pourrait  renseigner  sur  le  risque  de  développement  de  la  métrite  postpartum  chez  la  vache  laitière.  Les  études  ultérieures  pourraient  tester  encore  plus  de  gènes  et  viser  à  développer des tests de dépistage simple, facilement et rapidement applicable à la ferme.

Keyphrases: E. coli, Gène de virulence, Métrite postpartum, Vache laitière
L’entérotoxine STb d’Escherichia coli déloge la claudine-1 des jonctions serrées

Escherichia coli produit diverses entérotoxines thermolabiles et thermostables. STb est une toxine de faible poids moléculaire résistant à la chaleur chargée de la diarrhée chez les animaux de la ferme. Une étude antérieure a montré que les cellules ayant internalisé la toxine STb provoquent un dysfonctionnement de la barrière épithéliale par des changements dans les protéines des jonctions serrées (TJ). Ces modifications contribuent probablement à la diarrhée observée. Pour mieux comprendre le mécanisme de l'augmentation de la perméabilité intestinale, nous avons traité les cellules du côlon humain (T84) avec la toxine purifiée STb une fois que les cellules ont été récoltées et les protéines extraites. Après l'utilisation d'une solution contenant 1% de Nonidet P-40 (un détergent non dénaturant, non ionique), nous avons étudié la distribution de la claudine -1, une protéine majeure des TJs, responsable de l'imperméabilité de l'épithélium, entre la membrane (NP40-insoluble) et le cytoplasme (NP40-soluble). En utilisant l’immunoblot et la microscopie confocale, nous avons observé que le traitement des monocouches de cellules T84 avec STb induit la redistribution de la claudine-1. Après 24h, les cellules cultivées en milieu faible en Ca+ (5 uM) et traitées par STb, ont montré qu’environ 40 % de plus de la claudine-1 se sont délogées dans le cytoplasme par comparaison au contrôle. En passant d’un milieu faible à un milieu contenant des quantités physiologiques de Ca++ (1,8 mM) nous avons observé une augmentation du taux de claudine- 1 délogé, comme la délocalisation comparable et ce, après 6h. Un milieu supplémenté avec la même concentration de Mg++ ou Zn++ n'a pas affecté le taux de délogement comparé au milieu contenant une faible teneur en Ca++. En utilisant des anticorps anti-phosphosérine et anti-phosphothréonine, nous avons observé que la perte des claudines-1 de la membrane a été accompagnée par une déphosphorylation de cette protéine des TJs. Dans l'ensemble, nos résultats ont montré une importante redistribution de la claudine-1 dans les cellules traitées par la toxine STb. La perte de la claudine-1 phosphorylée de la membrane est susceptible d'être impliquée dans la perméabilité accrue observée. Les mécanismes par lesquels ces changements sont provoqués restent à élucider.

Keyphrases: Jonctions serrées, claudine-1, soluble, insoluble, diarrhée, Escherichia coli, sécrétion, toxine STb, claudine-1, soluble, insoluble, Escherichia coli
Métrologie de la douleur animale : validation de méthodes sur un modèle arthrosique chez le rat

Les modèles animaux d’arthrose sont utilisés sur le rat depuis des décennies pour évaluer l’efficacité analgésique de nombreux composés. Cependant, la méthodologie utilisée, en particulier les protocoles d’évaluation de la douleur, est très différente d’une étude à une autre, rendant difficile la comparaison entre chaque projet. Afin d'améliorer le transfert des résultats précliniques vers la recherche clinique, ce projet propose d'établir un protocole d'évaluation de la douleur fiable et pertinent, et de le valider à l’aide du modèle d’arthrose expérimental le plus populaire, soit l’injection intra-articulaire de mono-iodoacétate de sodium (MIA). La répétabilité et la fiabilité inter-évaluateur de diverses méthodes d’évaluation de la douleur ont été évaluées, et le protocole d'acclimatation le plus fiable a été déterminé. Ensuite, les méthodes les plus intéressantes ont été testées pour leur sensibilité à détecter les altérations douloureuses induites par l’injection de MIA, ainsi que leur réponse au traitement analgésique, soit une injection intra-articulaire de lidocaïne. Une période d'acclimatation adéquate associée à un protocole d'évaluation combinant des mesures réflexes, des comportements spontanés ainsi que des tests opérants ont témoigné avec succès des changements douloureux liés à l'injection de MIA. Le test opérant fut la méthode la plus sensible pour détecter l'effet analgésique de la lidocaïne. Cette étude a permis d’établir le protocole d’acclimatation et les méthodes de l’évaluation de la douleur les plus fiables et sensibles. Aussi, il a démontré la pertinence du test opérant pour détecter la composante affective de la douleur chez les rongeurs.

Keyphrases: Modèle animal, Arthrose, Test opérant, Mono-iodoacétate de sodium, Acclimatation, Métrologie de la douleur
Experiences of participants in the field of food insecurity through the lens of Bourdieu's cultural capital : practical and theoretical explorations

Ce mémoire utilise des données qualitatives provenant d’entretiens semi-structurés pour examiner les ressources qu’utilisent les individus qui font face à l’insécurité alimentaire sous l’angle du capital culturel de Pierre Bourdieu. Les participants étaient choisis parmi les usagers des organismes alternatifs qui œuvrent en sécurité alimentaire à Montréal. Tous étaient en situation d’insécurité alimentaire. Des analyses inductives et déductives étaient exécutées. Seize indicateurs de la forme du capital culturel incorporée, et trois indicateurs de chacune des formes institutionnalisées et objectivées ont été trouvés à être reliés aux stratégies qu’utilisaient les répondants pour améliorer leur situation alimentaire. Cette recherche nous indique que le capital culturel individuel joue un rôle dans les stratégies utilisées, incluant la participation dans les organismes communautaires. De plus, un manque de capital approprié peut servir comme barrière à la participation dans certaines stratégies ce qui pourra avancer des réflexions sur la justesse et l’efficacité des stratégies actuelles.

Keyphrases: Pierre Bourdieu, Sécurité alimentaire, Insécurité alimentaire, Capital culturel, Théorie sociale, Inégalités de santé, Déterminants de santé
Genetic association study of plasma creatine kinase levels in the Montreal Heart Institute Hospital Cohort

Il a déjà été démontré que les statines (ou inhibiteurs de la HMG-CoA réductase) sont efficaces pour réduire le LDL-cholestérol et elles se sont depuis établies comme étant le pilier dans le traitement de la dyslipidémie. Toutefois,  environ 10 pourcent des utilisateurs de statines souffrent d'effets indésirables, généralement sous forme de myopathie qui est souvent accompagnée d’un taux élevé de la créatine kinase (CK) plasmatique. Il est fréquent que les patients doivent arrêter les statines à cause d’un taux de CK dépassant un seuil de référence. Nous avons examiné le taux de CK de près de  6000 participants de la biobanque de l’ICM, qui ont récemment été génotypés à l'aide de la micropuce d'ADN ExomChip d'Illumina. Des études antérieures ont démontré une association significative entre le taux de CK plasmatique et des polymorphismes génétiques et nous avons cherché à répliquer ces résultats par association génétique et à l'aide du test SKAT pour les polymorphismes rares. Nous avons répliqué les résultats dans le gène CKM (rs11559024, p=1.59x10-23) et le gène LILRB5 (rs12975366, p=1.44x10-26) dans le chromosome 19. Nous espérons que ces résultats seront éventuellement utilisés en clinique pour la prédiction des taux de référence de CK personnalisés selon le profil génétique des patients utilisateurs de statines.

Keyphrases: statin, statine, créatine kinase, myopathie
Trajectoires développementales des dimensions du profil de dysrégulation (CBCL-DE) – agressivité, anxiété et inattention : éléments prédicteurs de diplomation au secondaire chez les garçons

L’objectif de cette étude était d’étudier le lien entre l’appartenance à la trajectoire longitudinale de chacune des trois dimensions du profil de dysrégulation émotionnelle  d’Achenbach (CBCL-DE) – agressivité, inattention, anxiété, et les chances de posséder un diplôme d’études secondaire (DES) à l’âge de 24 ans. Deux phases d’analyses ont été réalisées à partir d’un échantillon de 1037 garçons évalués à 7 répétitions entre l’âge de 6 et 15 ans. Dans un premier temps, des analyses semi-paramétriques ont permis d’identifier quatre trajectoires développementales pour chaque dimension. En seconde phase, des régressions logistiques ont permis d’établir un lien entre l’appartenance à chacune des trajectoires et l’obtention d’un DES. Les trajectoires obtenues pour la variable agressivité physique sont les suivantes: basse, basse-décroissante, haute-décroissante et chronique. Pour la variable anxiété : basse, modérée, élevée et haute-décroissante. Pour la variable inattention : basse, basse-croissante, haute-décroissante & haute-croissante. L’appartenance aux trajectoires développementales des trois dimensions du profil de dysrégulation est associée avec une diminution des chances d’obtenir un DES, et ce, au-delà du fait d’appartenir à la trajectoire d’une autre dimension. Des travaux futurs devraient examiner si un travail précoce sur les habiletés d’autorégulation peut engendrer un impact sur le développement de ces trois dimensions, par exemple en diminuant la sévérité des symptômes observés en bas âge. Cette approche pourrait en outre constituer un levier d’intervention chez les enfants qui, sur les dimensions étudiées, présentent des traits liés au développement d’un parcours associé avec une diminution  des chances de diplômer.

Keyphrases: Dysrégulation émotionnelle, CBCL, Devis longitudinal, Diplôme d’études secondaires
Etude des facteurs associés à la détresse psychologique lors de la transition des ainés vers la retraite

Problématique : La transition à la retraite est une étape importante dans la vie des aînés. C’est une période de la vie caractérisée par plusieurs bouleversements tels que la fin du rôle de travailleur, une diminution considérable du revenu et un changement du mode de vie qui peuvent affecter le bien-être psychologique des retraités. Selon Atchley, le risque de détresse psychologique augmente lorsque la transition vers la retraite entraine une discontinuité dans les ressources internes et les ressources externes dont disposent les individus avant et après la retraite. Objectifs : L’objectif de ce mémoire était d’examiner l’évolution des ressources internes et externes des individus avant et après leur retraite et d’estimer l’influence de l’évolution de ces facteurs sur la détresse psychologique des retraités. Méthode : Les données proviennent de l’Enquête nationale sur la santé de la population (ENSP), une enquête populationnelle longitudinale conduite par Statistique Canada. L’échantillon était composé de 426 individus âgés de 55 ans et plus au moment de la retraite. La détresse psychologique était mesurée par le K6 de Kessler. Les variables indépendantes incluaient le sentiment de contrôle (facteur interne), le stress, le réseau social et le soutien social (facteurs externes). Les données ont été analysées par des analyses de régression linéaire. Résultats : La détresse psychologique des retraités augmente en fonction de leur niveau de détresse avant la retraite et du stress financier et général vécu après la retraite. Elle diminue en fonction du sentiment de contrôle ressenti après la retraite et du changement dans le réseau social et le sentiment de contrôle avant et après la retraite. Conclusion : Contrairement à ce qui était prédit par le modèle d’Atchley, la discontinuité des ressources internes et externes n’est pas nécessairement un facteur de risque de la détresse des retraités car la situation des individus après leur retraite peut aussi affecter leur santé mentale

Keyphrases: détresse psychologique, Facteurs internes, Facteurs externes, Ainés, Transition, Retraite, Transition
La régénération axonale suivant l'axotomie du nerf sciatique et stimulation électrique directe et transcutanée chez la souris

La stimulation électrique directe (SED), pour une heure, améliore la régénération de nerfs périphériques chez le rat après la réparation. Cliniquement, ceci augmenterait le temps opératoire, rehaussant les risques de complications périopératoires. Objectif: Cette étude examine si la stimulation électrique transcutanée (SETC) est aussi efficace à améliorer la régénération de nerfs périphériques que la stimulation électrique directe. Méthode: Le nerf sciatique droit de 28 souris a été axotomisé. Une réparation par microsuture est effectuée. Quatre groupes sont étudiés : (1) sham; (2) suture seulement; (3) suture et SED; (4) suture et SETC. La stimulation est appliquée pour 1 heure à 20 Hz. Les souris sont étudiées pour un total de 12 semaines. La récupération sciatique est évaluée aux semaines 0, 1, 2 et aux 2 semaines par la suite par analyse de démarche sur la poutre. Résultats: La cinématique post-récupération démontre un index fonctionnel sciatique et angle de décollement significativement améliorés pour les groupes SED et SETC aux semaines 8, 10 et 12. Conclusions: 12 semaines après l’axotomie du nerf sciatique, la récupération fonctionnelle est significativement améliorée avec la SED et la SETC. Donc, la SETC est aussi bénéfique pour la promotion de la régénération nerveuse et réinnervation musculaire fonctionnelle que la SED.

Keyphrases: axotomie, blessure nerveuse, stimulation électrique, réparation nerveuse, régénération axonale, récupération fonctionnelle, cinématique
Expression des histones déméthylases dans les cellules hématopoïétiques humaines et les leucémies aiguës

L’importance des modificateurs de la chromatine dans la régulation de l’hématopoïèse et des hémopathies malignes est illustrée par l’histone méthyltransférase Mixed-Lineage Leukemia (MLL) qui est essentielle au maintien des cellules souches hématopoïétiques (CSH) et dont le gène correspondant, MLL, est réarrangé dans plus de 70% des leucémies du nourrisson. Les histones déméthylases (HDM), récemment découvertes, sont aussi impliquées dans le destin des CSH et des hémopathies malignes. Le but de ce projet est d’étudier l’expression des HDM dans les cellules hématopoïétiques normales et leucémiques afin d’identifier de potentiels régulateurs de leur destin. Nous avons réalisé un profil d'expression génique des HDM par qRT-PCR et par séquençage du transcriptome (RNA-seq) dans des cellules de sang de cordon (cellules CD34+ enrichies en CSH et cellules différenciées) et des cellules de leucémie aiguë myéloïde (LAM) avec réarrangement MLL. Les deux techniques montrent une expression différentielle des HDM entre les populations cellulaires. KDM5B et KDM1A sont surexprimés dans les cellules CD34+ par rapport aux cellules différenciées. De plus, KDM4A et PADI2 sont surexprimés dans les cellules leucémiques par rapport aux cellules normales. Des études fonctionnelles permettront de déterminer si la modulation de ces candidats peut être utilisée dans des stratégies d’expansion des CSH, ou comme cible thérapeutique anti-leucémique. Nous avons aussi développé et validé un nouveau test diagnostique pour détecter les mutations de GATA2 qui code pour un facteur de transcription clé de l’hématopoïèse impliqué dans les LAM. Ces travaux soulignent l’importance des facteurs nucléaires dans la régulation de l’hématopoïèse normale et leucémique.

Keyphrases: Épigénétique, Histones déméthylases, Cellules souches hématopoïétiques, Autorenouvellement, Sang de cordon, Leucémie myéloïde, GATA2, Syndrome de MonoMAC
Modulation de l'expression de Sirt-1 induite par l'endothéline-1 dans les cellules musculaires lisses vasculaires

Au cours des maladies cardiovasculaires (MCV), il peut se produire divers problèmes de santé, telle que l’insuffisance cardiaque ou encore l’HTA. Ces phénomènes se caractérisent, entre autres, par une augmentation de synthèse d’endotheline-1 (ET-1), un neuropeptide synthétisé par les cellules endothéliales ayant un effet vasoconstricteur sur les cellules musculaires lisses vasculaires (CMLV). Ainsi, la surexpression de ce vasopeptide, mène à terme, au maintien de l’HTA aggravée des sujets, précédée ou concomitante à l’athérosclérose ou à la resténose, cliniquement illustrées par une prolifération et une migration anormale des CMLV de la media vers l’intima des vaisseaux sanguins. Parallèlement, il a été observé que la protéine sirtuine-1 (Sirt-1), membre de la famille des protéines histones déacétylases (HDAC), présente des propriétés anti-athérosclérotiques par sa capacité d’atténuer la prolifération et la migration des CMLV. Des travaux récents ont aussi montré qu’au cours de l’HTA la protéine Sirt-1 est faiblement exprimée dans les CMLV. Son implication dans le développement des pathologies vasculaires semble apparente, mais des études demeurent nécessaires pour décrire son rôle exact dans la pathogenèse des MCV. Dans cette optique, l’objectif de cette étude a été d’observer la variation d’expression de Sirt-1 dans les CMLV, isolées de l’aorte ascendante de rat, en réponse à l’ET-1. On a remarqué qu’une heure de stimulation des CMLV avec l’ET-1 induit une diminution de l’expression de Sirt-1 via l’activation des récepteurs ETA. Ces résultats suggèrent que la capacité d’ET-1 à atténuer l’expression de Sirt-1 serait un éventuel mécanisme d’action avec des effets favorisant les MCV.

Keyphrases: Maladies cardiovasculaires, Endothéline-1, Cellules vasculaires des muscles lisses, Histone déacétylase, Sirtuine-1
L'impact de l'infiltration lymphocytaire sur le pronostic de l'adénocarcinome du pancréas

L’objectif principal de cette étude est de déterminer la valeur pronostique de l’infiltrat lymphocytaire dans l’adénocarcinome du pancréas.  Les densités des lymphocytes T CD3+, CD4+, CD8+, FOXP3+ et CD45RO+ intratumoraux (T) et péritumoraux (PT) de 111 spécimens ont été mesurées avec des micromatrices tissulaires. Un Index Lymphocytaire (IL) a été créé  basé sur les valeurs des CD4+ T, CD8+ PT et le ratio CD3+  T/PT regroupant les patients selon que les tumeurs présentaient aucune (IL---), 1 à 2 (IL+/-) ou les 3 caractéristiques immunitaires favorables (IL+++). La survie médiane des patients atteints d’un cancer du pancréas est significativement différente selon la catégorie d’index lymphocytaire; elle était de 14 mois pour IL---, de 19 mois pour IL +/- et de 29 mois pour IL+++ (p=0,01).   L’IL est un facteur indépendant de survie en analyse multivariée ainsi que la différenciation tumorale et l’utilisation d’un traitement adjuvant.   L’IL est un facteur pronostique de survie des adénocarcinomes du pancréas réséqués et devrait pouvoir permettre une meilleure classification des patients.

Keyphrases: lymphocytes T, cancer du pancréas, marqueur moléculaire, biomarqueur, immunothérapie, facteur pronostique, antigènes tumoraux
Approches thérapeutiques de la carcinose péritonéale d’origine appendiculaire récidivante

Objectif: Le traitement de la carcinose péritonéale (CP) d’origine appendiculaire récidivante demeure sous-étudié. L’objectif est d’évaluer le traitement à offrir aux patients présentant une récidive de la maladie. Méthodologie: Depuis 2003, les données de tous les patients avec CP d’origine appendiculaire traités dans notre centre ont été recueillies. Le traitement de la maladie primaire consistait en une cytoréduction chirurgicale complète de la CP suivie d’une chimiothérapie hyperthermique intra-péritoneale (CHIP) à l’oxaliplatine. Lors d’une récidive, une deuxième cytoréduction avec une CHIP à la mitomycine C était offerte aux patients rencontrant certains critères de sélection. Résultats: Un total de 58 patients ont subi une cytoréduction complète suivie d’une CHIP avec l’oxaliplatine. Durant la période de suivi, 22 patients démontrèrent une maladie récidivante (39%). Le péritoine était le site de récidive le plus fréquent. Les survies sans maladie étaient statistiquement différentes selon le grade histopathologique et le degré de complétude de la cytoréduction. Parmi ces 22 patients, huit patients ont reçu une deuxième cytoréduction suivie d’une CHIP à la mitomycine C, un patient a subi une cytoréduction complète seule et 13 patients avaient une maladie non résécable. La survie globale moyenne des patients ayant reçu un deuxième traitement fut de 28 mois. Les taux de morbidité et de mortalité suite à une deuxième cytoréduction suivie d’une CHIP furent de 25% et 0%, respectivement. Conclusion: Une cytoréduction suivie d’une CHIP demeure une intervention possible chez les patients qui présentent une maladie récidivante, mais certains critères doivent être appliqués afin de maximiser la survie et minimiser la morbidité et la mortalité de cette approche.

Keyphrases: Carcinose péritonéale, Néoplasie mucineuse de l’appendice, Chimiothérapie intra-péritonéale hyperthermique, Oxaliplatine, Récidive, Oxaliplatin
Syndrome du QT long: étude clinique à l’Institut Cardiologique de Montréal et recherche de nouvelles variantes causales par séquençage à haut débit

Le syndrome du QT long congénital (LQTS) est une canalopathie génétique, à l’origine de syncopes et mort subite. Le dépistage génétique identifie des variantes génétiques dans 50-70% des cas, suggérant l’implication d’autres gènes. Nous avons recueilli les caractéristiques des patients avec un LQTS à l’ICM, et recruté 12 patients avec un génotype négatif pour le LQTS pour un séquençage à haut débit des exons afin d’identifier de nouvelles variantes causales. Nous avons développé une approche analytique par étapes : (1) les gènes connus du, (2) les gènes dans des loci identifiés par des études d’association sur le QT, et (3) les gènes montrant la même variante chez plusieurs patients. L’analyse génétique a identifié de nouvelles variantes dans: (1) KCNJ2, ANK2 et AKAP9, et (2) dans NOS1AP. (3) Deux patientes avec des phénotypes semblables présentent la même variante homozygote dans TECRL, un nouveau gène candidat dont le rôle est inconnu.

Keyphrases: QT long, Séquençage, Génotype, Phénotype, Variantes