NCube/papyrus huggingface dataset:
The association between childhood attention-deficit/hyperactivity disorder medication use and symptoms of mental health problems in adolescence : A 15-year longitudinal population-based study

Au cours des 30 dernières années, l’utilisation de médicaments pour le traitement du trouble de déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité (TDAH) a considérablement augmenté dans les pays occidentaux. Cependant, on en sait peu sur les trajectoires de traitement du TDAH et sur l’association entre l’utilisation de médicaments TDAH durant l’enfance et les problèmes de santé mentale à l’adolescence. Les objectifs de ce mémoire sont d’identifier les trajectoires d’utilisation de médicaments TDAH dans des groupes distincts d’enfants âgés entre 3.5 et15 ans et de tester si l’utilisation de médicaments TDAH est associée à des symptômes d'hyperactivité, d'impulsivité, d'inattention, de dépression et d’anxiété à l'adolescence.  Les trajectoires d'utilisation de médicaments TDAH ont été estimées à partir d’un échantillon populationnel (n = 1443) au Québec. L'information sur l'utilisation de médicaments TDAH a été fournie par les parents (3.5 à 15 ans). Les symptômes d’hyperactivité, d’impulsivité, d’inattention, de dépression et d’anxiété ont été auto-déclarés par les participants à 15 ans. Des analyses de régression multiple ont été utilisées pour examiner l'association entre l'utilisation de médicaments TDAH pendant l’enfance et les symptômes de santé mentale à l'adolescence.  Trois trajectoires d'utilisation de médicaments TDAH ont été identifiées: « non-utilisation de médicaments TDAH », « utilisation tôt » et « utilisation tard » pendant l’enfance. La médication a généralement été initiée au cours de la moyenne enfance pour les enfants dans le groupe « utilisation tôt » et pendant l’adolescence pour ceux dans la trajectoire « utilisation tard ». Les enfants dans les trajectoires « utilisation tôt » et « utilisation tard » (ensemble) n’avaient pas des scores d'hyperactivité et d'impulsivité significativement plus élevés comparé à ceux dans le groupe « non-utilisation de médicaments TDAH » à 15 ans. Cependant, les garçons avaient des niveaux d’inattention et de dépression plus élevés.   L'utilisation de médicaments TDAH pendant l’enfance, était associée à une persistance de certains types de symptômes du TDAH à l’adolescence. De plus, c’était associé à des niveaux de dépression plus élevés chez les adolescents. Les étudies futures devraient examiner de plus près l’efficacité à long terme des médicaments TDAH et leurs effets sur le développement de troubles affectifs chez les enfants atteint du TDAH, en incluant de plus grands échantillons de filles médicamentées pour des comparaisons de sexe significatives.

Keyphrases: Trouble de déficit de l’attention avec ou sans hyperactivité, Étude longitudinale, Enfance, Adolescence, Efficacité à long terme, Effets à long terme, Dépression, Anxiété
Travail du sexe chez les personnes qui s’injectent des drogues : impact sur les comportements à risque et associations avec l’infection par le VIH

Le présent mémoire de maîtrise fait suite à l’émergence récente d’une association significative entre le travail du sexe et l’incidence de l’infection par le VIH chez les personnes qui s’injectent des drogues au sein de SurvUDI, un réseau de surveillance épidémiologique implanté dans la province de Québec et à Ottawa depuis 1995. Notre objectif principal était d’identifier les corrélats du VIH chez les personnes qui s’injectent des drogues et rapportent le travail du sexe au sein de ce réseau entre 2004 et 2016 de façon stratifiée par le sexe, ainsi que de comparer ceux-ci avec ceux des participants sexuellement actifs qui ne rapportent pas le travail du sexe. Les participants impliqués dans le commerce du sexe présentaient une prévalence du VIH plus élevée ainsi qu’une plus grande vulnérabilité à l’infection que ceux ne rapportant pas ce comportement. Les facteurs associés avec le VIH différaient également selon le sexe, avec une importante proportion de comportements d’injection à risque associé au VIH chez les femmes et, à l’opposé, une association plus marquée avec les comportements sexuels chez les hommes. Ces données révèlent le besoin d’adapter les interventions adressées envers les personnes qui s’injectent des drogues selon le sexe ainsi qu’en prenant en considération l’implication dans le travail du sexe.

Keyphrases: Personnes qui s'injectent des drogues, VIH, Travail du sexe, Surveillance, Facteurs de risque
Exploration de l’effet de la salubrité du logement et de l’environnement bâti sur la santé mentale et le bien-être

Objectif : Certaines problématiques d’insalubrité du logement comme la présence d’humidité excessive, de moisissure et d’animaux nuisibles ainsi que l’environnement bâti à proximité du logement semblent liés à la santé mentale et au bien-être des occupants. Peu d’études se penchent sur ce volet de la santé environnementale et celles recensées dans la littérature n’abordent pas de manière simultanée la problématique de la salubrité du logement et celle des caractéristiques de l’environnement bâti en lien avec la santé mentale des occupants. L’objectif de cette recherche est d’explorer l’association entre les problématiques d’insalubrité et d’aménagement dans un complexe d’habitation à loyer modique et la santé mentale et le bien-être des résidents de ce milieu de vie. Méthodologie : Des entrevues dirigées par questionnaire ont été faites auprès des résidents d’un complexe d’habitation à loyers modiques. Les variables indépendantes sont les problématiques d’insalubrité autorapportées comme la présence de moisissures, d’humidité excessive ou d’animaux nuisibles de même que la perception de sécurité, d’accès aux infrastructures, de bruits dérangeants et de contrôle sur le logement. Les variables dépendantes sont les troubles dépressifs, les troubles anxieux et le niveau de bien-être mesurés par des questionnaires validés (PHQ-9, GAD-7, SWLS). Des modèles de régression logistique ont été réalisés pour analyser les associations entre ces variables. Résultats : Un total de 65 personnes a participé à l’étude entre août et novembre 2016. Près de 80 % des gens rapportent la présence de blattes dans leur logement. Plus de la moitié des participants perçoivent des bruits dérangeants dans leur logement provenant principalement des voisins. Les problématiques d’accès aux infrastructures (espaces verts, services, commerces et transport en commun) sont relevées par environ 10 % des résidents. Environ 20 % des résidents ont rapporté une perception d’un manque de sécurité dans le complexe ou le quartier. Les troubles anxieux et dépressifs sont dépistés chez respectivement 31 % et 28 % des répondants. On retrouve un score de bien-être inférieur chez 25 % des gens. Des associations ont été trouvées entre un score de bien-être inférieur et les perceptions de bruits dérangeants, de manque de contrôle sur le logement, de manque de sécurité dans le quartier et de manque d’accès au transport en commun. Conclusion : Certains éléments se rapportant à l’aspect social et psychologique du logement ainsi qu’à la configuration et à la localisation du bâtiment sont associés au bien-être des résidents d’un complexe d’habitation à loyer modique.

Keyphrases: Insalubrité, Environnement bâti, Aménagement, Santé mentale, Bien-être
Infant cognitive, motor and language development at 2 years of age following conception through assisted reproductive technologies (ART) relative to natural conception : findings from the prospective, longitudinal, cohort “3D-Study”

Objectifs : L’impact a long terme des techniques de procréation médicalement assistée (PMA) en ce qui concerne le développement neurologique des enfants demeure source de controverse. Cette étude vise à évaluer et comparer le développement cognitif, moteur, et verbal des enfants âgés de 2 ans issus des techniques de PMA par rapport à ceux issus par une conception naturelle.  Méthodes: L’étude de cohorte prospective « 3D » a été menée entre 2010-2012. 2,366 femmes enceinte on été recrutées, dont 278 ont utilisé la PMA: stimulation ovarienne (OS), insémination intra-utérine (IUI), fertilisation in-vitro (IVF), injection intra-cytoplasmique du sperme (ICSI) ou maturation in-vitro (IVM). La conception naturelle a été définie comme une grossesse spontanée. Le développement cognitif, moteur et verbal a été comparé entre les groupes de PMA vs. conception naturelle a l’aide des outils standardisés et validés suivants : “The Bayley Scales of Infant and Toddler Development, 3rd ed. (BSID-III)” ainsi que des “MacArthur-Bates Communicative Development Inventories”. Des modèles de régression linéaire ajustés évaluant l’impact des techniques de PMA sur les issus du neurodéveloppement ont été utilisés, tenant compte de la conception naturelle comme groupe de référence.  Résultats: Un total de 175 enfants dans le groupe PMA (62,9%) et 1.345 enfants dans le groupe de conception naturelle (64,4%) ont subi une évaluation neurodéveloppementale à 24 mois de vie. En ajustant pour les variables potentiellement confondantes, la PMA n’a eu aucun effet statistiquement significatif sur les scores de l’échelle cognitive BSID-III [B1 (SE) = -1,60 (0,9), p = 0,08], de l’échelle motrice [B1 (SE) = -1,33 (1,0), p = 0,18] ou dans les scores linguistiques du MacArthur-Bates [B1 (SE) = - 0,28 (2.1), p = 0,89]. Aucune différence significative n'a été observée en comparant les techniques de PMA individuelles ou la conception sous-fertile, ni lorsqu’on compare les techniques in-vivo ou in-vitro (p> 0,05).  Conclusion : Dans cette étude de cohorte prospective, les enfants nés suite a la PMA semblent avoir un développement cognitif, moteur et verbal similaire aux enfants nés après la conception naturelle à l’âge de 2 ans. Ces résultats pourraient être utiles dans le counseling clinique des patients utilisant des techniques de PMA.

Keyphrases: Neurodéveloppement, Procréation assistée, Développement cognitif, Développement moteur, Développement verbal
Les anticholinergiques à longue action chez les patients atteints de maladie pulmonaire obstructive chronique

Les anticholinergiques à longue action (ACLA) sont prescrits pour la maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC). Chez les patients MPOC débutant un ACLA, peu d’études ont rapporté la prévalence de la polypharmacie, l’insuffisance rénale chronique (IRC) et l’hyperplasie bénigne de la prostate (HBP), l’incidence de la rétention urinaire aiguë (RUA) et l’adhésion et la persistance aux ACLA durant les épisodes de traitement, et aucune étude n’a examiné la probabilité d’initier un deuxième épisode de traitement suite à l’arrêt du premier. Avec deux banques de données administratives, une cohorte de Québécois MPOC a été reconstruite. L’entrée dans la cohorte a été définie comme la date de la première prescription d’ACLA suite au premier diagnostic de MPOC enregistré entre 1er octobre 2003 et 31 mars 2014 et représente le début du premier épisode de traitement. Le cas échéant, un second épisode a été identifié dans les cinq années suivant l’arrêt du premier. La cohorte incluait 113435 patients ; 81,4% avec polypharmacie, 12,4% avec IRC et 15,0% avec HBP. L’incidence de la RUA était de 1 par 100 personnes-années et augmentait significativement avec la polypharmacie, l’IRC et l’HBP. La probabilité d’initier un deuxième épisode était de 59% dans l’année suivant l’arrêt du premier épisode et diminuait avec le temps. L’adhésion et la persistance aux ACLA étaient plus faibles durant le deuxième épisode (P<0,0001). L’incidence de la RUA augmente significativement avec la polypharmacie, l’IRC et l’HBP. Lors de la prescription d’un ACLA, la RUA doit être surveillée, tout comme l’adhésion et la persistance au médicament.

Keyphrases: maladie pulmonaire obstructive chronique, anticholinergiques à longue action, polypharmacie, insuffisance rénale chronique, hyperplasie bénigne de la prostate, rétention urinaire aigue, adhésion, persistance, épisode de traitement, banques de données administratives
TRK-Fused Gene (TFG), une protéine impliquée dans le système de sécrétion de protéines, est une composante essentielle de la réponse antivirale innée

La production d’interférons de type I (IFN) représente un événement signalétique nécessaire à la formation d’une réponse antivirale. La détermination du rôle de nouveaux régulateurs de l’immunité innée pourrait permettre le développement d’un arsenal thérapeutique conçu de manière à renforcer les réponses antivirales de l’hôte. La production des IFNs et des IFN-stimulated genes (ISG) est soutenue par la reconnaissance de composantes virale par les retinoic acid-inducible gene-I (RIG-I)-like receptors (RLR). Suivant leur activation, tumor necrosis factor receptor associated factor 3 (TRAF3) est recruté auprès de son substrat, TRAF family member-associated nuclear factor (NF)-kappa-B activator (TANK)-binding kinase 1 (TBK1), au niveau des compartiments cellulaires contenant la mitochondrial antiviral signaling adaptor (MAVS). Toutefois, la régulation de tels événements demeure largement indéterminée. Ici, nous identifions tropomyosin-receptor kinase (TRK)-fused gene (TFG), une protéine impliquée dans la biogenèse des vésicules coat protein complex II (COPII), en tant que nouveau partenaire de TRAF3 facilitant son recrutement à MAVS et à TBK1. La diminution de l’expression de TFG compromet en fait la formation d’un état antiviral en affectant la phosphorylation de TBK1, l’activation d’IFN regulatory factor 3 (IRF3) et la production d’ISGs et d’IFN-bêta. Certains résultats préliminaires révèlent aussi un nouveau lien entre les voies de signalisation des RLR et de la mammalian target of Rapamycin (mTOR) jusqu’alors présumées indépendantes. En effet, suivant une infection virale, la phosphorylation de mTOR sur sa Ser2159 par TBK1, un événement nécessitant l’expression de TFG, permet l’activation de mTOR et la traduction subséquente d’ISGs. Notre étude identifie ainsi TFG en tant que composante essentielle de la réponse antivirale aux IFNs de type I.

Keyphrases: Immunité innée, Réponse antivirale, Interféron, RIG-I, MAVS, TRAF3, TBK1, mTOR
Une procédure de sélection automatique de la discrétisation optimale de la ligne du temps pour des méthodes longitudinales d’inférence causale

Lors d’études observationnelles longitudinales, les caractéristiques des sujets sont mesurées et suivies dans le temps. Bien que la distribution sous-jacente de ces variables puisse être continue dans le temps, en pratique, les mesures sont observées à des temps discrets. De fait, dans les bases de données réelles, telles les bases de données administratives, il est raisonnable de supposer que les processus d’exposition sous-jacents se produisent en temps réel continu. Cependant, les méthodes d’inférence causale standard pour les données longitudinales supposent généralement que les expositions sous-jacentes sont des processus discrets et que les temps où les expositions sont observées en pratique sont les seuls moments où celles-ci peuvent changer de valeur. Une problématique de cette approche traditionnelle réside dans la manière de discrétiser cette ligne du temps continue sous-jacente.   L’approche traditionnelle consiste à discrétiser arbitrairement la ligne du temps en plusieurs points temporels qui séparent les données en intervalles. Ainsi, d’une part, la difficulté réside dans la sélection d’une discrétisation appropriée qui permet de suffisamment saisir toutes les relations entre les variables dans l’optique de contrôler de manière appropriée pour le biais de confusion dépendant du temps. D’autre part, une autre difficulté intrinsèque à ce problème est que, à mesure que le nombre de points temporels augmente, la dimensionnalité augmente et le volume de l’espace longitudinal augmente si rapidement que les données peuvent devenir rares. En particulier, les méthodes d’inférence causale standard nécessitent un support raisonnable pour l’exposition d’intérêt. Sans un tel support, les estimateurs seront mal définis ou extrêmement variables. Bien que l’on puisse répondre à ce défi en créant une discrétisation plus grossière, une telle approche introduit un biais en ne contrôlant pas pour tous les facteurs de confusion variant dans le temps. Ceci ouvre le débat du choix d’un degré optimal de discrétisation. Par conséquent, un nombre arbitraire de points temporels peut entraîner un biais non catégorisable ou augmenter la variance.   Nous proposons une méthode novatrice qui sélectionne de manière adaptative une discrétisation optimale. Cela se fera par la validation croisée d’une fonction de perte basée sur l’estimation par maximum vraisemblance ciblée longitudinale groupée. Nous effectuons une étude de simulation dans laquelle nous générons des données avec confusion dépendant du temps afin d’évaluer le compromis biais-variance et la performance de la procédure de sélection. Nous appliquons également notre procédure de sélection à une application de données réelles portant sur l’effet de médicaments antiasthmatiques pendant la grossesse sur la durée de gestation.

Keyphrases: Bases de données administratives, TMLE, Estimation semi-paramétrique, Apprentissage machine
Évaluation et caractérisation des enzymes de métabolisme de la superfamille des CYP450 dans l’intestin grêle humain

L’administration orale des médicaments est la voie la plus simple et sécuritaire pour le traitement des patients. Cependant, celle-ci est associée avec une importante variabilité interindividuelle pouvant être attribuée à la génétique, l’environnement, les pathologies, etc. L’effet de premier passage hépatique a longtemps été considéré en tant que la cause majeure de variabilité des concentrations plasmatiques des médicaments administrés oralement. Il est maintenant reconnu que les organes extra-hépatiques, en particulier l’intestin, peuvent avoir un effet significatif au niveau du métabolisme pré-systémique des médicaments. En effet, ces composés doivent passer dans les entérocytes avant d’accéder à la circulation sanguine, les exposant à des enzymes de métabolisme telles que les Cytochromes P450 (CYP450). Les CYP450 catalysent le métabolisme de phase 1 et sont impliqués dans le métabolisme de 75% des médicaments utilisés en clinique. Notre hypothèse est que la distribution régionale des CYP450 dans l’intestin grêle peut partiellement expliquer la variabilité interindividuelle dans les concentrations plasmatiques et la réponse aux médicaments. Nos objectifs sont d’y caractériser l’expression relative d’ARN messager et l’activité in vitro des CYP450 majeurs. Puisque le transport des médicaments peut affecter l’absorption des xénobiotiques dans l’intestin, notre objectif secondaire est d’évaluer l’expression d’ARNm des transporteurs de médicaments. Nous avons observé une grande variabilité interindividuelle dans l’expression d’ARNm et l’activité des CYP450 dans l’intestin grêle, ainsi qu’une activité catalytique significative pour les CYP3A4, CYP2J2 et CYP2C9.  Nos résultats permettront l’élaboration de meilleurs modèles pharmacocinétiques et amélioreront la prédiction de la variabilité des concentrations plasmatiques pour les médicaments administrés oralement.

Keyphrases: Cytochromes P450, Intestin grêle humain, Variabilité interindividuelle, Métabolisme, Pharmacocinétique, Transporteurs membranaires de médicaments
Programme d’amélioration de la qualité de la surveillance de la thérapie anticoagulante orale en fibrillation auriculaire en pharmacie : une étude pilote intégrée au Réseau STAT

La fibrillation auriculaire (FA) affecte 1 à 2 % de la population générale et la prévalence augmente avec le vieillissement de la population. Le risque d’accident vasculaire cérébral est augmenté d’environ cinq fois pour ces patients. Les lignes directrices recommandent des anticoagulants oraux pour la majorité d’entre eux afin de prévenir les évènements thromboemboliques. Ces médicaments nécessitent un suivi particulier afin d’avoir une anticoagulation adéquate tout en évitant les saignements. Cependant, un écart thérapeutique documenté existe entre les recommandations des lignes directrices concernant l’anticoagulation des patients atteints de FA et la pratique clinique. De plus, peu d’études ont évalué la qualité de la surveillance de la thérapie anticoagulante par les pharmaciens communautaires.  Une première étude, réalisée à l’aide d’un groupe d’experts, a permis d’élaborer une liste d’indicateurs de qualité (IQ) afin d’évaluer la surveillance de la thérapie anticoagulante orale (antagoniste de la vitamine K (AVK) et anticoagulant oral direct (ACOD)) des patients atteints de FA par les pharmaciens communautaires. Une deuxième étude a permis d’évaluer la faisabilité d’implanter, via un réseau de recherche basée sur la pratique (le Réseau STAT), un programme d’amélioration de la qualité dans ce domaine et d’explorer l’impact du programme sur la qualité de la surveillance de la thérapie et sur les connaissances des pharmaciens. Le programme incluait un audit avec retour d’information basé sur les IQ préalablement développés et des activités de formations spécifiques. Les résultats suggèrent qu’il est pertinent d’implanter un programme d’amélioration de la qualité en anticoagulothérapie en pharmacie communautaire. En effet, bien que le temps dans l’intervalle thérapeutique des rapports internationaux normalisés (RIN) des patients prenant un AVK et l’adhésion aux ACOD étaient élevés, la qualité générale de la surveillance de la thérapie anticoagulante orale et les connaissances des pharmaciens étaient faibles initialement. Il a été faisable d’effectuer un tel programme via le Réseau STAT. La participation et la satisfaction envers le programme des pharmaciens participants étaient relativement élevées. Le manque de temps a été la principale barrière relevée. Finalement, une amélioration de la qualité des pratiques cliniques et des connaissances des pharmaciens a globalement été observée sur une période de 6 mois.

Keyphrases: Anticoagulation, Fibrillation auriculaire, Pharmacie communautaire, Surveillance de la thérapie, Indicateurs de qualité, Amélioration de la qualité, Réseau de recherche basée sur la pratique