NCube/papyrus huggingface dataset:
A la racine du jihad : une analyse linguistique

Le présent travail se veut être une tentative pour dé-couvrir un canal de dialogue interculturel et interreligieux, en prenant comme plate-forme et terrain de discussion le jihad et une perspective inspirée de la psychanalyse freudienne et lacanienne qui discute du rapport entre le sujet-chercheur et l’objet de recherche. Pour cela, la présente recherche tente de désengager une compréhension du jihad qui serait subvertie par un héritage colonial dénoncé par Edward Said sous l’appellation d’ « orientalisme », et dont l’empreinte académique circonscrirait le jihad à « ce qu’on lui permet d’être ». Ceci amène donc la recherche à questionner le statut ontologique de l’objet jihad, statut que l’articulation linguistique du présent travail fait glisser de celui de concept vers celui de signifiant. Ce signifiant est alors conceptualisé par une opération de « retour à la lettre », qui fait réapparaitre « un signifiant arabe » longuement oublié se structurant à partir de la racine trilitère JHD ainsi que l’élaboration d’un nouvel outil conceptuel dit de « nuage sémantique ». Ce signifiant est ainsi réinséré dans son environnement naturel qu’est le Qur’ān en langue arabe et dont l’analyse est utilisée pour tester l’hypothèse : Il existe dans le Qur’ān un signifiant arabe se structurant à partir de la racine JHD, déterminé par l’article al- et qui prend la forme/structuration « al-jihād ».

Keyphrases: Jihad, Orientalisme, Orientalism, Linguistique, Psychanalyse, Nuage sémantique, Arabe, Grammaire
Les croyances paranormales au Québec : des bricolages religieux dans un contexte de tradition catholique

Cette étude traite des phénomènes paranormaux au Québec. À partir d’un terrain mené de 2014 à 2015 dans la région des Laurentides, cette recherche propose un portrait de la croyance paranormale, du spiritisme et des croyants dans la province. En contextualisant les démarches de nos répondants dans l’héritage catholique local et en les interprétant à l’aide des notions de bricolage religieux, de phénoménologie et de croyances, il a été possible d’établir un profil type du croyant au surnaturel et du contexte dans lequel peut apparaître et évoluer cette croyance. Les répondants de cette recherche ont généralement vécu une expérience paranormale qu’ils ont interprétée à la lumière du décès d’une personne, analyse validée par l’intermédiaire d’un médium possédant, selon eux, un Don, celui de la communication avec l’au-delà. La croyance de la continuité de l’âme humaine après la mort du corps semble donc constituer un pilier de la croyance au paranormal. Les répondants, qui ont tous vécu des phénomènes inexplicables, ont en outre généralement peur du jugement des autres et évitent de parler de leurs croyances. Ce fait contribue à la mécompréhension des croyances paranormales et c’est à ce stade que le médium va jouer le rôle d’intermédiaire entre le répondant et le phénomène, en authentifiant l’évènement comme réel. Ce mémoire analyse donc enfin le processus de légitimation de la croyance au paranormal et de l’existence de la médiumnité, dans un contexte post-Révolution tranquille où la raison et la science ne suffisent pas à fournir toutes les réponses.

Keyphrases: Bricolage religieux, Paranormal, Surnaturel, Fantastique, Médiumnité, Croyance, Spiritisme, Don, Catholicisme
Une correction à l’échelle et progressive des données Hi-C révèlent des principes fondamentaux de l’organisation tridimensionnelle et fonctionnelle du génome

Au cours des dernières années, de nouvelles évidences semblent indiquer que, tout autant que sa séquence, l’organisation d’un génome dans l’espace et le temps est importante pour comprendre la fonction de celui-ci. Une des avancées fonda- mentales sur le sujet a été de présenter à l’échelle du génome la carte des inter- actions ADN-ADN. Ces interactions sont essentiellement de 2 types, soit entre chromosomes ou entre régions du même chromosome. Par la suite, la modélisa- tion a permis de visualiser et appréhender la structure tridimensionnelle (3D) du génome à partir des données 3C, ou d’une modélisation purement théorique. Une question importante et centrale demeure, soit de résoudre les mécanismes res- ponsables de l’organisation spatiale et fonctionnelle du génome. Notamment, une question est de savoir comment des processus nucléaires tels que la transcription affectent la structure du génome. Cependant, l’idée selon laquelle les données de types 3C capturent cette information dans la levure est remise en question par le fait que les modèles théoriques du génome récapitulent les caractéristiques mar- quantes soulignées par 3C. Pour répondre à cette question, nous avons conçu une approche qui, pour évaluer l’importance d’une interaction, se base sur la distri- bution d’interactions entre les 2 régions d’ADN mises en contacts. Nos résultats supportent l’hypothèse selon laquelle les éléments fonctionnels et propres aux données expérimentales de la structure 3D du génome se forment d’une manière spécifique à l’échelle de l’interaction et au type d’interactions. Par ailleurs, nos résultats indiquent qu’un grand nombre de facteurs de transcription induisent la proximité spatiale des gènes dont ils régulent l’expression.

Keyphrases: Structure spatiale (3D) du génome, Organisation fonctionnelle du génome, Régulation de la transcription, Correction de données 3C, Capture de la conformation des chromosomes
Synthèse efficace d'hétérocycles azotés par activation d'amides engendrée par l'anhydride trifluorométhanesulfonique

Les hétérocycles azotés sont d’une importance considérable dans le domaine pharmaceutique. En effet, ces composés se retrouvent dans de nombreuses structures bioactives brevetées dans les dernières années. Malgré l’utilité de ces motifs, leur synthèse nécessite souvent plusieurs étapes ou encore l’utilisation de matériaux de départ fonctionnalisés. Le présent mémoire décrit de nouvelles méthodologies pour accéder à ces structures de façon douce, chimiosélective et efficace par l’activation d’amides avec l’anhydride trifluorométhanesulfonique. Dans un premier temps, une méthode en deux étapes pour accéder aux 3-aminoindazoles à partir des amides aromatiques correspondants a été développée. La séquence comprend l’activation de l’amide, suivie de l’addition d’une hydrazine protégée pour former un intermédiaire de type amino hydrazone. Cet intermédiaire peut ensuite être cyclisé dans une réaction de type amination de liens C-H en présence d’un catalyseur de palladium pour former le 3-aminoindazole désiré. Plusieurs 3-aminoindazoles ont été ainsi obtenus dans des rendements modérés à bons. Ensuite, une nouvelle méthodologie pour la synthèse des 3-amino imidazo[1,2-a]pyridines a été étudiée. Des amides contenant un motif 2-aminopyridine ont été traités avec l’anhydride trifluorométhanesulfonique afin d’obtenir l’hétérocycle désiré dans d’excellents rendements. Les produits ainsi obtenus ont pu être davantage fonctionnalisés en utilisant des réactions d’arylation de liens C-H catalysées par des composés de ruthénium et de palladium.

Keyphrases: amides, hétérocycles, anhydride trifluorométhanesulfonique, 3-aminoindazoles, 3-aminoimidazo[1,2-a]pyridines, Anhydride
Modélisation de la formation des aérosols organiques secondaires dans les régions polluées

Les aérosols atmosphériques (par exemple les matières particulaires ou PM) sont une source majeure d’incertitude dans les modèles climatiques. Plusieurs études ont démontré que des concentrations élevées de PM réduisent l’espérance de vie. Les aérosols organiques secondaires (Secondary Organic Aerosols en anglais, SOA) sont formés dans l’atmosphère à partir des précurseurs gazeux à travers les réactions chimiques et les SOA représentent des composants majeurs de la masse des PM à l’échelle mondiale. Afin de mieux comprendre les processus chimiques responsables de la formation des SOA, un modèle en 0-D est élaboré pour simuler dynamiquement l’évolution des espèces organiques dans une parcelle d’air qui subit une oxydation photochimique produisant des SOA. Le modèle incorpore des paramètres récemment publiés pour la formation des SOA à partir des composés organiques volatiles (VOCs), ainsi que des composés organiques semi-volatiles et des composés organiques à volatilité intermédiaire (SVOCs et IVOCs). Le modèle est restreint par plusieurs mesures de précurseurs, incluant des mesures récemment développées qui fournissent des contraintes grandement améliorées sur les concentrations des précurseurs, et les prédictions sont comparées par rapport aux mesures des SOA prises au cours de la campagne CalNex. Lorsque les effets des pertes sur les parois des chambres à smog sont considérés pour les rendements des VOCs, la quantité et la vitesse de la formation des SOA dans le modèle sont plus en accord avec les observations. Les résultats de cette étude indiquent que les SVOCs et les IVOCs primaires sont responsables de la majorité (70 à 86 %) de la masse de SOA modélisée, accentuant leur grande contribution en tant que précurseurs des SOA. Cependant, la masse de SOA simulée est sous-estimée à des temps courts d’oxydation lorsque comparée aux données sur le terrain, mais à des temps plus longs, un accord modèle/mesures est observé. Cet écart peut être dû à un ΔIVOC/ΔCO ratio d’émission bas ou une sous-estimation basse des constantes d’oxydations des IVOCs, ce qui met en évidence la nécessité de poursuivre les études sur le terrain et dans les laboratoires de ces composés.

Keyphrases: Modèle, Qualité de l’air, Rendements des SOA, Volatilité, Oxydation Photochimique, VOCs, IVOCs, SVOCs, SOA
A systematic in vitro metabolism study of opioids using rat liver S9 fractions and mass spectrometry revealed CYP2D metabolism is impaired with age

La codéine et l'oxycodone sont des opioïdes utilisés pour soulager la douleur. Le succès du traitement dépend du métabolisme par les enzymes CYP450. Selon les médicaments utilisés, l’altération de métabolisme peut entraîner de graves conséquences, y compris des modifications dans leurs profils d'efficacité, de sécurité et de toxicité. L'objectif de cette étude consistait à évaluer par HPLC-MS / MS (trappe ionique linéaire) l'effet de l'âge sur le métabolisme de l'enzyme CYP2D chez les rats. La codéine et l'oxycodone ainsi que leurs métabolites spécifiques, morphine (CYP2D), norcodeine (CYP3A), oxymorphone (CYP2D) et noroxycodone (CYP3A), ont été quantifiés en utilisant la méthode de dilution isotopique. Les fractions S9 de foie de rats (Sprague-Dawley) de sexe masculin âgés de 3, 6, 12 et 18 mois ont été préparées et les paramètres de Michaelis-Menten ont été déterminés pour les principales voies métaboliques. La vitesse maximale de la réaction enzymatique (Vmax) a montré une saturation rapide des sites actifs de CYP2D dans la fraction s9 de foie chez les rats âgés de 18 mois. Les valeurs de Vmax observées pour la codéine chez les rats âgés de 3, 6 et 12 mois étaient respectivement de 0,327 ± 0,027, 0,355 ± 0,021 et 0,273 ± 0,028. Concernant l'oxycodone, les valeurs étaient de 0,690 ± 0,096, 0,499 ± 0,087, 0,153 ± 0,01 respectivement. Cependant, la valeur de Vmax chez les rats âgés de 18 mois était de 0,092 ± 0,003 pour la codéine et de 0,153 ± 0,01 pour l’oxycodone. Vraisemblablement, la valeur de Vmax affecte de manière significative (P ≤ 0,05) la clairance enzymatique de ces médicaments (CLuint = Vmax / Km). Les résultats de cette étude suggèrent que l’enzyme CYP2D subit un changement conformationnel avec l'âge, particulièrement chez les rats âgés de 18 mois. Ce changement conformationnel conduit à une diminution significative du taux de formation des métabolites opioïdes actifs, ce qui entraine une diminution de la clairance enzymatique de ces médicaments. En conclusion, cette étude suggère une détérioration des CYP2D et CYP3A chez les rats vieillissants, ce qui affecte le métabolisme des médicaments.

Keyphrases: Opioïdes, Vieillissement, Métabolisme des médicaments, CYP450, CYP2D, CYP3A, Spectrométrie de masse
Dégradation du collagène dans le cartilage équin par la cathepsine K

Le collagène de type II, qui confère au cartilage articulaire sa résistance à la tension, est détruit dans l’arthrose. La cathepsine K est reconnue comme pouvant cliver le collagène de type II. Cependant, la régulation de son activité dans le cartilage est peu connue. Notre hypothèse est que l’activité de la cathepsine K dans le cartilage est mesurable par une ELISA spécifique au site de clivage de la cathepsine K. Une nouvelle ELISA spécifique (C2K77) a été développée et testée en mesurant l’activité de la cathepsine K exogène. L’ELISA C2K77 a ensuite été utilisée pour mesurer l’activité de la cathepsine K endogène dans des explants de cartilage articulaire équin mis en culture avec ou sans stimulations (IL-1β, TNF-α, oncostatine M (OSM) et le LPS). Puis l’activité de la cathepsine K a été comparée à celle des MMPs (avec l’ELISA C1,2C) dans les explants de cartilage et dans le cartilage fraichement récolté. Une différence significative a été observée entre le cartilage normal et le cartilage digéré avec la cathepsine K exogène (p˂0.01). Il n’y avait aucune différence significative dans la quantité de C2K77 entre le groupe control et les groupes stimulés tandis que la quantité de C1,2C a été augmenté par la combinaison de l’IL-1β et de l’OSM (p=0.002) et du TNF-α et de l’OSM (p˂0.0001). La nouvelle ELISA C2K77 démontre la capacité de mesurer l’activité de la cathepsine K et a permis de voir qu’il y a une différence entre la régulation de la cathepsine K et des MMPs.

Keyphrases: cathepsine K, collagène de type II, MMPs, ELISA, cartilage, équin
Évaluation de la valeur pronostique de la lactatémie et de la troponinémie lors de syndrome vache à terre

Le syndrome vache à terre (SVT) est rencontré chez la vache laitière et est une condition d’urgence à évolution rapide où le pronostic est réservé à sombre. Les seuls tests complémentaires disponibles actuellement nécessitent l’utilisation des services d’un laboratoire commercial. La présence d’hypoperfusion locale et systémique ainsi que de lésions cardiaques à la nécropsie rend potentiellement intéressant le dosage de la lactatémie (LAC) et de la troponinémie (cTnI) sanguine. Ces deux biomarqueurs pouvant être analysés à l’aide d’appareils portatifs. L’objectif de la présente étude était d’évaluer la valeur pronostique de la LAC et de la cTnI dosées à la ferme, directement au chevet de la vache laitière atteinte de SVT. Le pourcentage d’issue négative (mort ou euthanasie) à sept jours suivant l’inclusion (d7) était de 63.1 %. La lactatémie n’était pas associée au pronostic vital de l’animal lors de SVT. Par contre, une valeur sanguine de cTnI >0.7 ng/mL était associée à une issue négative à d7 (sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positive et négative respectivement de 54.1 %, 78.4 %, 82.0 % et 48.3 %). L’utilisation d’un modèle de régression logistique multivariable a montré que cette hypertroponinémie était associée à un risque d’issue négative à d7 5.5 fois (IC95%: 2.1-14.6) plus grand que le groupe présentant une cTnI ≤ 0.07 ng/mL. De plus, les animaux ayant une FC >100 BPM étaient 3.7 fois plus à risque (IC95%: 1.5-10.2) de subir une issue négative à d7 que ceux présentant une FC≤100 BPM.

Keyphrases: syndrome vache à terre, vache laitière, lactatémie, troponinémie, pronostic, première ligne, bien-être animal
Un nouveau clone et une nouvelle méthode pour la production et la purification de l’entérotoxine STb d’Escherichia coli

Le gène de l’entérotoxine thermostable b (estB) d’Escherichia coli a été fusionné au gène de la protéine liant le maltose (malE) dans le vecteur pMAL-p via PCR. Par la suite, deux constructions plasmidiques ont été realisées à partir de ce nouveau vecteur, nommé pMAL-STb. Dans un premier temps, un marqueur hexahistidine (His6) a été ajouté entre malE et estB, et dans un deuxième temps, un marqueur décahistidine (His10) a été placé en amont de malE. La séquence signal de la protéine liant le maltose (MBP) dirige l’exportation de la protéine de fusion du cytoplasme vers le périplasme, où l’entérotoxine STb acquière sa conformation active. MBP est également reconnue pour améliorer le rendement et la solubilité de la protéine passagère tandis que le marqueur histidine, connu comme étant le meilleur marqueur d’affinité pour la purification protéique, facilite sa purification jusqu’à homogénéité. De plus, les gènes fusionnés sont sous le contrôle du promoteur tac (Ptac), un promoteur fort et inductible. Suite à l’induction par l’IPTG, la souche recombinante exprime une protéine d’environ 48 kDa, qui est facilement identifiable par électrophorèse à partir du surnageant obtenu via choc osmotique. Une séquence encodant un site de clivage spécifique au facteur Xa est présente dans le plasmide afin de séparer les marqueurs MBP et histidine de STb. Le clivage de la protéine de fusion avec le facteur Xa libère MBP (42 kDa) attachée au marqueur histidine et un polypeptide de 5.2 kDa, correspondant au poids moléculaire de STb mature. Avec cette méthode, nous visons à obtenir une méthode plus efficace pour la production et la purification de STb.

Keyphrases: Protéine liant le maltose (MBP), Hexahistidine (His6), Escherichia coli, entérotoxine STb, Production, purification
Le groupe sanguin canin Dal : prévalence et immunogénicité

L’objectif de cette étude est de déterminer l’importance clinique de l’antigène érythrocytaire canin Dal, en investiguant sa prévalence, son mode d’héritabilité et son immunogénicité. Un total de 1230 chiens a été recruté à travers l’Amérique du Nord et typés pour le Dal en utilisant des allo-anticorps polyclonaux et une technique sur colonne de gel. Des individus Dal-négatifs ont été identifiés chez les Dalmatiens (n=15/128), Doberman Pinschers (n=183/432), Shih Tzus (n=12/21), chiens de races croisées (3/122), Beagles (2/100), Lhasa Apso (1/3) et Bichon Frisé (1/6). Six donneurs de sang Dal-négatifs ont été identifiés, dont 5 Doberman Pinschers (1/228 donneurs d’une autre race). Tous les autres chiens testés étaient Dal-positifs (n=418). La rareté du sang Dal-négatif place les chiens Dal-négatifs à risque d’incompatibilité transfusionnelle lors de transfusions multiples. Cette étude est la première à identifier des individus Dal-négatifs chez des chiens de race autre que Dalmatien et à établir le mode d’héritabilité du Dal, soit autosomal dominant. Par la suite, 2 Beagles Dal-négatifs ont été sensibilisés spécifiquement pour le Dal en recevant une transfusion Dal-positif. Suivant la sensibilisation, des allo-anticorps anti-Dal ont été détectés à partir du 4ième jour post-transfusion et sont demeurés détectables jusqu’à 2 ans post-transfusion. Les titres d’agglutination maximaux (1:64 et 1:1024) ont été atteints 2 et 1 mois post-transfusion chez le chien #1 et le chien #2, respectivement. Cette étude a confirmé l’immunogénicité du Dal tout en ayant généré une quantité considérable d’allo-anticorps anti-Dal permettant de futurs typages sanguins Dal.

Keyphrases: Dal, Antigène érythrocytaire canin, Transfusion, Colonne de gel
Développement et caractérisation de modèles C. elegans pour la maladie de Machado-Joseph

Les maladies à expansion de polyglutamine sont un ensemble de troubles neurodégénératives héréditaires se développant lorsqu’il y a répétitions de trinucléotides CAG dans les gènes causatifs au-delà d’un certain seuil. L’expansion des répétitions de trinucléotides CAG entraîne des désordres neurologiques héréditaires précoces, dont de multiples formes d’ataxie spinocérébelleuse (SCA). Parmi celles-ci, le type le plus commun et dominant est l’ataxie spinocérébelleuse de type 3 (SCA3), aussi connue sous le nom de la maladie de Machado-Joseph (MMJ). Ce dernier est un désordre neurologique progressif autosomique dominant. Le gène causatif de MMJ est ATXN3 (ATAXINE-3). Plusieurs études récentes suggèrent une association entre ce gène et la modulation du stress du réticulum endoplasmique (RE). Lors de ce travail de maîtrise, des souches transgéniques de C. elegans exprimant les formes sauvage et mutante du gène ATXN3 humain ont été générées.  Les résultats suggèrent des phénotypes importants chez la souche transgénique mutante associés à la pathologie humaine: défaut de motilité, longévité réduite et profil neurodégénératif considérable. Ceci dit, ces résultats nous ont poussé à vouloir déterminer si l’utilisation des composés chimiques, connus en tant que modulateurs du stress du RE et possédant des rôles neuroprotecteurs, sont capables de restaurer les phénotypes notés. Les composés utilisés, c’est-à-dire le Bleu de Méthylène, le Salubrinal et le Guanabenz, ont démontré une capacité de corriger les phénotypes rapportés dans la souche transgénique mutante. De plus, ces composés ont aussi été en mesure de prévenir une augmentation du niveau du stress oxydatif et de la réponse au stress du RE exhibé chez les vers mutants. Par le développement de nouveaux modèles C. elegans pour la MMJ, où il  y a expression du gène ATXN3 complet dans les motoneurones, il a été possible de trouver qu’une modulation chimique du stress du RE peut réduire considérablement la neurodégénérescence et par conséquent, être une possible nouvelle approche thérapeutique pour traiter cette pathologie.

Keyphrases: Maladie à expansion de polyglutamine, Répétitions de trinucléotides, MMJ, Désordre neurologique, ATXN3, C. elegans, Défaut de motilité, Longévité, Motoneurones, Neurodégénérescence, Stress oxydatif, Stress du RE, Composés neuroprotecteurs, Modulateurs du stress du RE, ATXN3, C. elegans
La biosynthèse et la localisation subcellulaire de l'endothéline 1 dans les myocytes et les fibroblasts ventriculaires cardiaques adultes

Les récepteurs de type B de l'endothéline (ETB) sont présents sur l'enveloppe nucléaire des cardiomyocytes ventriculaires adultes (MVCAs). Il a été démontré que dans les MVCAs et les cellules endothéliales de rat, l’endocytose de l’endothéline marqué à la rhodamine colocalise avec le Lysotracker, un marqueur des lysosomes, mais n'est pas observée sur l’enveloppe nucléaire. Dans cette étude, nous avons caractérisé la localisation subcellulaire et la régulation de la biosynthèse de l’endothéline 1 dans les MVCAs et les fibroblastes cardiaques adultes de rat. Dans les deux types cellulaires les expériences d’immunocytofluorescence ont révélé une immunoréactivité de l’endothéline 1 correspondant à tous les stades de maturation du peptide, et détectable sur ou à proximité de la membrane nucléaire. L'enzyme de conversion d'endothéline 1(ECE1) est une métalloprotéase qui convertit la ̏ big˝ endothéline 1 en un peptide de 21 acides aminés biologiquement actif. L’immunoréactivité de l’ECE1 a été associée avec les tubules-T et les membranes nucléaires ou périnucléaires dans les MVCAs. Par contre, nous avons observé une immunoréactivité de l’ECE1 à la fois dans le noyau et le cytoplasme, mais pas sur la membrane plasmatique, dans les fibroblastes cardiaques à passage 3. L'ARNm de l’ET-1 a été détecté dans les deux types cellulaires. La régulation de la production de l'endothéline est principalement transcriptionnelle. L’application du facteur de croissance transformant ß1 (TGFß1) a augmenté l’ARNm de l’ET-1 dans les MVCAs et l'angiotensine II a stimulé l'augmentation de l’ARNm de l'ET-1 dans les fibroblastes. Dans les MVCAs, l'augmentation de l'ARNm ET-1 a été associée à une élévation du peptide intracellulaire ET-1 et du calcium nucléaire. Ces données suggèrent que l'endothéline endogène est disponible et serait capable d’activer le récepteur ETB nucléaire dans les MVCAs en réponse à des stimuli extracellulaires.

Keyphrases: Endothéline 1, Récepteur de l'endothéline B, Enzyme de conversion de l'endothéline 1, Enveolppe nucléaire, Cœur