NCube/papyrus huggingface dataset:
Étude de la perméabilité intestinale des médicaments par la reconstitution du transporteur BCRP/ABCG2 dans des protéoliposomes

La perméabilité membranaire des cellules régule l’absorption et la distribution des médicaments dans le corps. Des modèles in vitro comme le test cellulaire Caco-2 et le test non cellulaire PAMPA sont utilisés pour prédire la biodisponibilité des médicaments. Cependant, le premier est limité par sa reproductibilité et l’hétérogénéité des conditions de culture et le second ne permet que d’étudier le transport passif. Par ailleurs, aucun modèle ne permet l’analyse d’un transporteur membranaire spécifique de façon isolée. Il est proposé d’étudier la perméabilité membranaire en utilisant une nouvelle approche basée sur l’incorporation de transporteurs recombinants dans des liposomes. Le transporteur choisi pour ce projet est la protéine humaine ABCG2/BCRP qui a le potentiel de limiter la biodisponibilité orale des médicaments. BCRP a été exprimé dans la levure Pichia pastoris et a été purifié par chromatographie d’affinité. L’isoforme 1 de BCRP a été modifié par PCR et cloné dans le vecteur d’expression pJ902-15. Le plasmide résultant contient la région codante pour BCRP avec une étiquette de 10 histidines sous le contrôle du promoteur AOX1. La transformation dans P. pastoris est effectuée par électroporation avec le vecteur pJ902-ABCG2i-His10 linéarisé. Le clone possédant le plus haut niveau d’expression de BCRP a été déterminé par immunobuvardage à l’aide de l’anticorps monoclonal BXP-21. Ce clone a été inoculé dans 1 L de milieu MGY puis les cellules ont été induites dans le milieu MM contenant du méthanol. Les cellules ont été lysées à l’aide du Freezer/Mill et les microsomes ont été solubilisés et purifiés sur une colonne HisTrap HP par le système ÄKTA-FPLC.  Un système d’expression a été établi pour la production de l’isoforme 1 de BCRP recombinant chez P. pastoris. L’immunobuvardage montre que BCRP-His10 a un poids apparent de 65 kDa. À partir d’une culture de levures de 1 L, environ 125 mg de BCRP a pu être partiellement purifié. La prochaine étape pour cette partie du projet est de confirmer que BCRP-His10 est fonctionnel en mesurant son activité ATPase en présence de la prasozine. Les protéoliposomes de BCRP recombinant serviront de preuve-de-concept pour la génération d’une librairie de transporteurs recombinants incorporé dans des liposomes. Ce modèle facilitera la compréhension des mécanismes structuraux et fonctionnels du transport des médicaments dans les cellules.

Keyphrases: BCRP, ABCG2, Biodisponibilité des médicaments, Perméabilité intestinale, Pichia pastoris, Protéoliposomes
Impact de l’âge et de l’effet stéréoscopique sur une tâche de poursuite d’objets multiples

La vision 3D se développe durant l’enfance et tend à se dégrader après 65 ans. La façon dont cette stéréoscopie peut être utilisée dans un environnement plus complexe, par exemple lors d’un déplacement dans une foule où des objets en mouvement peuvent s’occlure, reste incertaine. Une tâche reflétant cet environnement dynamique est la poursuite d’objets multiples (Multiple Object Tracking ou MOT). Pour cette étude, le NeuroTrackerTM sur tablette présentant une tâche de MOT a été utilisée en format 2D et 3D, dans le but d’évaluer l’impact de l’effet stéréoscopique sur les performances en fonction de l’âge. Trois groupes de 20 sujets (7-12 ans, 18-40 ans et 65 ans et plus) ont exécuté la tâche au MOT dans les deux conditions. Les adultes ont obtenu les scores moyens les plus élevés, suivis des enfants puis des ainés. Également, la différence entre les scores avec et sans effet stéréoscopique était similaire pour les enfants et les adultes, alors qu’elle était négligeable pour les adultes âgés. Ainsi, la stéréoscopie faciliterait l’exécution de cette tâche complexe pour les adultes et les enfants dès 7-12 ans. Le NeuroTrackerTM, en permettant une évaluation de l’utilisation de la stéréoscopie dans une scène complexe, pourrait devenir un outil intéressant dans différents domaines. La portabilité de la version sur tablette faciliterait l’utilisation clinique avec des populations variées.

Keyphrases: Sciences de la vision, Vision stéréoscopique, Vieillissement, Enfant, MOT
Brasília – Sinfonia da Alvorada d’Antonio Carlos Jobim : enjeux esthétique et idéologique d’une commande de l’état brésilien

Antonio Carlos Jobim (1927-1994), musicien surtout connu pour ses bossas novas (comme les grands succès Garota de Ipanema et Desafinado) et son Orfeu da Conceição (1956), est également l’auteur d’œuvres musicales écrites dans la tradition d’avant-garde d’art occidental. Son unique symphonie, Brasília – Sinfonia da Alvorada (1958-1961), touche à de riches enjeux musicaux et idéologiques. En effet, cette œuvre est le résultat d’une commande du président brésilien Juscelino Kubitschek (1902-1976) et a été écrite pour intégrer la cérémonie d’inauguration de la nouvelle capitale fédérale du pays, Brasilia, en remplacement de Rio de Janeiro. Le gouvernement démocratique de Juscelino Kubitschek, caractérisé par une vague de prospérité et de rapide modernisation du pays, se trouve entre deux dictatures qui ont marqué l’histoire du Brésil, celle de Getúlio Vargas (1930-1945) et le coup d’état mené par les militaires (1964-1985). Dans ce mémoire, je retrace les circonstances qui ont conduit à la commande de l’œuvre, j’expose les attentes gouvernementales par rapport à celle-ci, je spécule sur les raisons qui ont porté le choix vers Jobim plutôt qu’un autre compositeur brésilien (en particulier Heitor Villa-Lobos), et je décris la genèse de l’œuvre de Jobim et de son librettiste Vinicius de Moraes, leurs efforts pour y transposer l’esprit de modernisation du Brésil des années 1950 et 1960. L’œuvre ne devait finalement pas être été jouée lors de l’inauguration de la capitale en 1961, et sa création a été retardée jusqu’en 1986, juste après le retour au régime démocratique sous le gouvernement de José Sarney.  Cette étude s’appuie sur une documentation variée, qui comprend, outre la littérature secondaire, la partition d’orchestre de l’œuvre, sa réduction pour piano, les articles de journaux qui accompagnent sa genèse et sa réception, et trois enregistrements (dont les deux premiers sont des longs jeux réalisés du vivant de Jobim, dirigés respectivement par Jobim lui-même et Klaus Ogermann, et produit dans le second cas par le compositeur). Une analyse musicale de la partition met en valeur des emprunts au répertoire folklorique brésilien, l’imitation de chants d’oiseaux et la paraphrase d’œuvres modernistes du répertoire occidental telles que le Sacre du printemps d’Igor Stravinski ou le Choro n° 10 et la Bachianas Brasileiras n° 5 de Heitor Villa-Lobos.

Keyphrases: Antonio Carlos Jobim, Sinfonia da Alvorada, Vinicius de Moraes, Brésil, Modernisme, Brasília
Discovering and analyzing my compositional language : developing a personal style without severing ties to classical music

Ce mémoire de maîtrise présente une analyse et une discussion de cinq compositions réalisées pendant mes études. Les œuvres sont pour piano solo, soprano et piano, trombone et piano, quatuor à cordes et quintette à vent.  L'objectif de ce projet était de développer mon langage musical et d'observer les différentes influences qui le caractérisent. Pour ce faire, certaines des pièces ont été composées avec des contraintes de modes ou de techniques spécifiques, tandis que d'autres ont été composées librement. J'observe beaucoup d'influences de ma formation en tant que pianiste, en particulier celles de Scriabine, de Chostakovitch et de Prokofiev. De plus, je discute de l'influence que la musique juive a eue sur moi et comme je l’utilise dans ma musique.

Keyphrases: Composition, Analyse, Musique juive, Modes de transposition limitée
Innovations médiatiques et avant-garde musicale : une sociomusicologie des «musiques émergentes» à l’ère du web 2.0

Par l’étude de la scène « post-rap » qui s’est développée à Montréal au début de la décennie 2010, nous observons comment les artistes de ce milieu ont construit un genre musical qui se distingue, auprès de son public, de la production hip-hop au Québec. Nous procédons à cet exercice à l’aide des modèles de la hiérarchisation du goût et des pratiques culturelles développés par la sociologie française et américaine. Nous avons interrogé plusieurs intervenants du monde médiatique alternatif québécois ainsi qu’un groupe associé à l’étiquette post-rap afin de comprendre comment la médiation de ces musiques a créé une distinction sociale entre leur écoute et celle du reste de la production rap à Montréal et au Québec. Les médiations utilisées dans cette scène, impliquant une forme de marketing numérique, l’associent plutôt au monde des « musiques émergentes », dont la consommation est liée à l’habitus d’une population étudiante ou éduquée, de classes sociales moyennes ou élevées. Nous observons que ces musiques de genres variés sont regroupées sous une étiquette définie par leur existence au sein d’un réseau professionnel autonome en marge de l’industrie musicale québécoise. Le post-rap, comme scène, est partie prenante de ce réseau, mais propose, musicalement, des traits et des codes stylistiques spécifiques à la culture hip-hop. La manifestation du post-rap en tant que phénomène musical similaire, mais socialement distinct des musiques hip-hop québécoises, nous mène ainsi à nous interroger face aux modes de classification des genres musicaux dans le cadre des études sociologiques du goût.

Keyphrases: Sociomusicologie, Musiques populaires, Rap, Musiques émergentes, Montréal, Capital culturel
Arcade Fire et le paradoxe de l’indie : de la scène montréalaise à la reconnaissance internationale

Près de quinze ans après la percée du grunge de Nirvana dans le circuit mainstream, le groupe Arcade Fire, issu de la scène indie montréalaise des années 2000, a connu une reconnaissance internationale importante. En effet, malgré un début de carrière et un premier disque, Funeral, davantage associés à la musique indépendante, Arcade Fire a rencontré un grand succès commercial, public et critique, et sa musique est aujourd’hui distribuée et diffusée dans les circuits globaux de la pop. Dès lors, comment un groupe ayant changé de scène et d’échelle de production, de diffusion et de distribution est-il pourtant toujours associé au terme indie ? Appuyée par une bibliographie en études des musiques populaires et en sociomusicologie, cette étude explore cette question d’abord par une recherche historique sur le terme indie et sur la scène du même nom à Montréal, puis par une analyse historique de la carrière d’Arcade Fire, et ce, afin de comprendre comment ce terme a continué à être opérationnel pour parler du groupe. Ce travail démontre que si la carrière d’Arcade Fire est devenue moins indie dans la manière de produire, de distribuer et de diffuser la musique, l’étiquette indie fonctionne néanmoins toujours pour parler du groupe, car elle est liée à des valeurs de l’être humain que sont l’identité et l’authenticité. En ce sens, la construction d’une identité indie et d’une aura d’authenticité autour du groupe a fonctionné comme une stratégie pour donner de la valeur et légitimer sa carrière jusqu’à ce jour.

Keyphrases: Arcade Fire, Scène indie, Succès commercial, public et critique, Indie, Identité, Authenticité
Anatomical Correlates of Working Memory Deficits in Schizophrenia

La mémoire de travail — c’est-à-dire la capacité limitée de retenir et de manipuler temporairement l’information — est un déficit cognitif central en schizophrénie. La perturbation de cette fonction possède un fort impact dans la vie quotidienne des patients. Des travaux récents de notre laboratoire ont pu mettre en évidence que ces troubles de mémoire de travail ne sont pas homogènes et que certains processus sont plus perturbés que d’autres. Par exemple, une méta-analyse du laboratoire a démontré que l’encodage volontaire d’information est une des fonctions spécifiquement affectée en schizophrénie (Grot, Potvin et al. 2014). Plus spécifiquement, l’association volontaire d’informations distinctes en un ensemble cohérent (par exemple, un objet et sa position spatiale) est déficitaire chez les patients. Ce déficit spécifique est notamment sous-tendu par une hypoactivation du cortex préfrontal et pariétal chez les patients (Grot, Légaré et al. 2017). Ces deux régions sont liées à l’attention, à la manipulation d’information, et aux stratégies d’encodage, ce qui confère l’habilité et la flexibilité nécessaire à la mémoire de travail (Kane and Engle2002, Baddeley2003). Il est intéressant de noter que de nombreuses études rapportent aussi une réduction de l’épaisseur corticale de ces régions chez les patients, ainsi qu’une altération des fibres blanches les interconnectant (Goldman, Pezawas et al. 2009). En ce sens, notre étude a montré qu’une modification anatomique du réseau préfrontal-pariétal pourrait expliquer le déficit spécifique de mémoire de travail en schizophrénie. Plus spécifiquement, la latéralisation gauche de ce réseau serait atténuée en schizophrénie, et engendrerait le déficit observé en mémoire de travail.

Keyphrases: Schizophrénie, Mémoire de Travail, Imagerie de Diffusion, Épaisseur Corticale
Rôle de la Galectin-3 extra cellulaire dans la migration des cellules B à travers les barrières du système nerveux central dans le contexte de la sclérose en plaques

La sclérose en plaques (SEP) est une maladie inflammatoire chronique du système nerveux central caractérisée par l’infiltration de cellules immunitaires et par la présence de lésions démyélinisantes dans le système nerveux central (SNC) des patients. Un événement clef dans la maladie est la perte d’intégrité des barrières protégeant le système nerveux central (SNC) qui permet la migration des cellules immunitaires, dont les cellules B, vers celui-ci depuis le sang. La migration est contrôlée par différents paramètres dont l’expression de molécules favorisant l’adhésion aux cellules endothéliales constituant les barrières du SNC. Des données protéomiques générées par notre laboratoire nous ont permis d’identifier la galectin-3, une protéine pro-inflammatoire, comme étant potentiellement impliquée dans la migration des cellules B vers le SNC et pouvant influer leur pathogénicité. Les résultats de ce mémoire montrent que chez les donneurs sains la galectin-3 est exprimée à la surface par les cellules B du sang total ainsi que par les cellules B effectrices in vitro. Elle est également présente dans le surnageant de ces dernières. De plus, les cellules galectin-3+ expriment davantage de cytokines pro-inflammatoires que les cellules galectin-3- in vitro. Cependant, la stimulation des cellules B effectrices en présence de galectin-3 exogène induit une diminution temporaire de l’expression de l’IL-6 et de l’IFN-γ. D’autre part, nous avons démontré que la galectin-3 exogène peut se lier à la surface des cellules B toutefois elle n’influence pas leur migration à travers les modèles in vitro des barrières du SNC. Nous avons par la suite mis en évidence que la galectin-3 était présente dans le liquide céphalo-rachidien des patients SEP. De plus la concentration en galectin-3 dans le sérum de ces derniers est plus élevée que celle des donneurs sains. Enfin nous avons démontré que les cellules B des patients SEP exprimaient davantage de galectin-3 à la surface que celles des donneurs sains. Pour conclure, les données ne permettent pas de supporter l’hypothèse selon laquelle la galectin-3 favorise la migration à travers les barrières du SNC. De plus, l’influence de la galectin-3 sur la pathogénicité des cellules B in vitro semble dépendre de sa concentration dans le milieu. Mais l’augmentation de son expression chez les patients suggère une implication dans la SEP.

Keyphrases: sclérose en plaques, système nerveux central, barrières du système nerveux central, migration, cellules B, galectin-3
Caractérisation moléculaire et fonctionnelle d'un nouvel allèle du gène de la polarité cellulaire planaire (PCP) Vangl2

Les anomalies du tube neural (ATN) comme spina bifida, craniorachischisis et anencéphalie, constituent les malformations congénitales les plus communes qui touchent le système nerveux central. Malgré l’effet protecteur de l’acide folique dans 50-70% des cas, ces anomalies font toujours leur apparition dans 1 à 2 nouveau-nés par 1000 naissances. Plusieurs études montrent que les gènes de la voie de polarité cellulaire planaire (PCP) sont impliqués dans le développement embryonnaire comme la migration cellulaire et la convergence et extension. La souris Looptail (Lp) était la première mutante à impliquer un gène de la voie PCP, appelé Vangl2, dans la pathogenèse des ATN chez les mammifères. Dans la présente étude, nous avons investigué une souris mutante de Vangl2 appelée Curly Bob induite par mutagénèse chimique à l’Ethyl-Nitroso-Urée (ENU). La mutation faux-sens induit un changement de l’acide aminé à la position I268 de la protéine Vangl2. Cette mutation est de nature héréditaire semi dominante chez les souris hétérozygotes ayant comme caractéristiques phénotypiques, une queue bouclée, un secouement de tête et un ‘comportement de tours en ronds’. Nous avons aussi remarqué qu’un faible pourcentage de femelles hétérozygotes ne développe pas d’ouverture vaginale. Les embryons homozygotes développent une forme sévère d’ATN et des défauts de PCP sévères dans les cellules ciliées de la cochlée et du système vestibulaire. Cette mutation interagit génétiquement avec l’allèle Lp (Vangl2S464N) dans le développement du tube neural et la polarité des cellules ciliées de l’oreille interne. Le niveau d’expression de la variante de Vangl2I268N mutée chez les homozygotes est bas dans les tissus du système nerveux analysés. Cette mutation affecte aussi l’interaction de Vangl2 avec Dishevelled3.  La nouvelle mutante décrite dans cette étude, constitue un modèle important afin de disséquer plus précisément le rapport structure-fonction de Vangl2 dans le développement du tube neural et l’établissement de la polarité dans les cellules sensorielles de l’oreille interne.

Keyphrases: Anomalies du tube neural, Vangl2, Polarité cellulaire planaire, Cellules sensorielles de l’oreille interne
Impact de l’IL-15 dans un modèle murin de la sclérose en plaques

La sclérose en plaques (SEP) est une maladie chronique inflammatoire du système nerveux central (SNC). Elle est caractérisée par des lésions de démyélinisation et des infiltrations de cellules immunitaires dans le SNC. Notre laboratoire a identifié l’interleukine 15 (IL-15), une cytokine pro-inflammatoire, comme un effecteur potentiel de la SEP. Nous avons montré que cette cytokine est exprimée à des niveaux plus élevés dans le sang et dans les lésions de patients atteints de la SEP. Les mécanismes par lesquels l’IL-15 participe à la pathogenèse de la SEP sont encore mal connus. Le but de ce projet, était de déterminer l’effet d’une élévation périphérique d’IL-15 sur le développement d’un modèle animal de la SEP, l’encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE). Nous avons aussi déterminé le phénotype des cellules immunes qui peuvent répondent à l’IL-15. Nous avons injecté l’IL-15 pendant 8 jours à des souris EAE et avons suivi leur score clinique. Le SNC et la rate ont été récupérés pour les analyses de cytométrie. Nos résultats montrent que les injections d’IL-15 en périphérie augmentaient la sévérité de l’EAE et la fréquence des lymphocytes T CD8 et des cellules NK en périphérie. Les injections d’IL-15 ont eu tendance à augmenter la fréquence des cellules NK ayant infiltré le SNC. Ces cellules ont aussi démontré une tendance à exprimer une chaine clé du récepteur à l’IL-15 en plus grande quantité. Nos travaux ont démontré qu’une élévation de la concentrations d’IL-15 en périphérie augmentent la sévérité de l’EAE et altèrent les propriétés des cellules immunitaires en périphérie et dans le SNC.

Keyphrases: Sclérose en plaques, EAE, Interleukine 15, Infiltrations cellulaires, Système nerveux central, Cellule NK
La synthèse de NETs par les angiopoïétines -1 et -2 contribue à des activités pro-inflammatoires et pro-angiogéniques

Les angiopoïétines (Ang1 et Ang2) sont des protéines reconnues pour leur implication dans le processus angiogénique. La découverte de leur récepteur (Tie2) à la surface des neutrophiles a permis d’étudier leur rôle dans certaines activités pro-inflammatoires des neutrophiles comme leur adhésion aux cellules endothéliales (CE), l’augmentation de leur viabilité et la synthèse et relâche de diverses cytokines. Récemment, il a été démontré que les neutrophiles peuvent relâcher des Neutrophil Extracellular Traps (NETs), des filaments d’ADN sous forme de toile en réponse à une infection ou à l’inflammation. Puisque les angiopoïétines ont la capacité d’activer les neutrophiles, nous avons voulu déterminer leur effet sur la relâche de NETs, et le rôle de ceux-ci dans des situations pro-inflammatoires et pro-angiogéniques in vitro. Des neutrophiles humains ont été isolés à partir de sang de donneurs sains en accord avec le comité d’éthique de l’Institut de cardiologie de Montréal. Nous avons observé que l’Ang1 et l’Ang2, seules ou combinées (10 nM; 3 heures) augmentent la relâche de NETs (≈2,5 fois) comparativement aux neutrophiles stimulés au PBS. Cette NETose est dépendante du récepteur Tie2, et requiert la participation des voies de signalisation PI3K, p38 et p42/44 MAPK, de la production de dérivés réactifs de l’oxygène (ROS), de la relâche du calcium intracellulaire, et de l’activation de la protéine arginine déiminase 4 (PAD4). Ces NETs isolés induisent l’activation des neutrophiles et des CE, menant à l’adhésion des neutrophiles à la matrice extracellulaire humaine (hECM) et à des CE provenant des veines de cordons ombilicaux humains (HUVEC). Ces NETs induisent aussi la formation in vitro de tubules de type capillaire chez les HUVEC. Cette étude est la première à rapporter la capacité des deux angiopoïétines à induire la production de NETs et leur contribution dans les activités pro-inflammatoires et pro-angiogéniques des angiopoïétines.

Keyphrases: Neutrophiles, Neutrophil Extracellular Traps (NETs), Angiopoïétines, Cellules endothéliales, Cytokines, Molécules d'adhésion, Activation cellulaire, Chimiotaxie, Inflammation, Angiogenèse, Humain
Fabrication de microstructures pour le recrutement de protéines synaptiques par polymérisation à deux photons

Ce mémoire présente une technique permettant d’implémenter les surfaces des électrodes pour optimiser les connexions des neurones. Il a été précédemment démontré que des billes micrométriques chargées positivement stimulent la formation de jonctions synaptiques sur leur surface. Il a été suggéré par le Dr Santiago Costantino qu’il était possible de lier ces billes sur les surfaces des électrodes en utilisant la liaison entre la biotine et la streptavidine. Mais, ces liaisons étant trop faibles pour lier les billes efficacement, il a été ensuite suggéré par le Dr Costantino de recréer des jonctions synaptiques en utilisant d’autres structures conductrices similaires aux billes. Ces structures sont réalisées en utilisant un laser Ti:Sa à 800nm qui permet la photo-réduction à deux photons de structures micrométriques d’argent dans un polymère de polyvinylpyrrolidone (PVP). Ces structures ont une hauteur moyenne de 4.5±0.6µm et un diamètre moyen à mi-hauteur de 8.8±1.6µm. Leur résistivité est de 4x10-3 Ω·m. L’analyse de la synaptophysine et de la PSD95, deux protéines largement retrouvées dans les régions pré et post-synaptiques, montre une accumulation significative autour des structures. Ce qui confirme que les structures de PVP et d’argent stimulent la formation de jonctions synaptiques et permettent l’optimisation des connexions neuronales sur des électrodes.

Keyphrases: Électrode, neurone, polymère, photo-réduction, polymérisation à deux photons, neuron