NCube/papyrus huggingface dataset:
Performances de la puce exon et son application dans l’analyse de l’épissage alternatif associé à la métastase du cancer de sein

Nous montrons l’utilisation de la puce exon d’Affymetrix pour l’analyse simultanée de l’expression des gènes et de la variation d’isoformes. Nous avons utilisé les échantillons d’ARN du cerveau et des tissus de référence qui ont été antérieurement utilisés dans l’étude du consortium MicroArray Quality Control (MAQC). Nous démontrons une forte concordance de la quantification de l’expression des gènes entre trois plateformes d’expression populaires à savoir la puce exon d’Affymetrix, la puce Illumina et la puce U133A d’Affymetrix. Plus intéressant nous montrons que la majorité des discordances entre les trois plateformes résulterait des positions différentes des sondes à travers les plateformes et que les variations d’isoforme exactes ne peuvent être identifiées que par la puce exon. Nous avons détecté avec succès, entre les tissus de référence et ceux du cerveau, une centaine de cas d’évènements d’épissage alternatif. La puce exon est requise dans l’analyse de l’épissage alternatif associé aux pathologies telles que les cancers et les troubles neurologiques. Comme application de cette technologie, nous avons analysé les variations d’épissage dans la métastase du cancer de sein développé dans le model de la souris. Nous avons utilisé une gamme bien définie de trois lignées de tumeur mammaire ayant différents potentiels métastatiques. Par des analyses statistiques, nous avons répertorié 2623 transcripts présentant des variations d’expression et d’isoformes entre les types de tumeur. Une analyse du réseau de gènes montre qu’environ la moitié d’entre eux est impliquée dans plusieurs activités cellulaires, ainsi que dans nombreux cancers et désordres génétiques.

Keyphrases: Puce exon, Épissage alternatif, Cancer de sein, Réseau de gènes
Une heuristique à grand voisinage pour un problème de confection de tournée pour un seul véhicule avec cueillettes et livraisons et contrainte de chargement

Dans ce mémoire, nous présentons un nouveau type de problème de confection de tour- née pour un seul véhicule avec cueillettes et livraisons et contrainte de chargement. Cette variante est motivée par des problèmes similaires rapportés dans la littérature. Le véhi- cule en question contient plusieurs piles où des colis de hauteurs différentes sont empilés durant leur transport. La hauteur totale des items contenus dans chacune des piles ne peut dépasser une certaine hauteur maximale. Aucun déplacement n’est permis lors de la li- vraison d’un colis, ce qui signifie que le colis doit être sur le dessus d’une pile au moment d’être livré. De plus, tout colis i ramassé avant un colis j et contenu dans la même pile doit être livré après j. Une heuristique à grand voisinage, basé sur des travaux récents dans le domaine, est proposée comme méthode de résolution. Des résultats numériques sont rapportés pour plusieurs instances classiques ainsi que pour de nouvelles instances.

Keyphrases: Tournée de véhicules, Cueillettes et livraisons, Contrainte de chargement, Voyageur de commerce
Rôle de la protéine ScFRK1 dans le développement du sac embryonnaire et son impact sur le guidage des tubes polliniques

Le gène Solanum chacoense Fertilization-Related Kinase 1 (ScFRK1) code pour une protéine de la famille des MAPKK kinases exprimée spécifiquement dans les ovules. Son transcrit s’accumule principalement dans la zone micropylaire du sac embryonnaire à l’anthèse et diminue rapidement après pollinisation. Ces résultats suggèrent un rôle possible avant ou pendant la fécondation. Bien qu'aucune expression ne soit détectée dans le pollen à maturité, la protéine est cependant présente dans les cellules mères de microspores. Des plantes transgéniques sous-exprimant ScFRK1 ne montrent aucun phénotype au niveau des tissus végétatifs, mais présentent de petits fruits dépourvus de graines. L’étude microscopique du gamétophyte femelle révèle que son développement ne progresse pas au-delà du stade de la mégaspore fonctionnelle et une grande proportion de sacs embryonnaires anormaux est corrélée avec une faible expression de ScFRK1. De plus, la production de pollen viable diminue en fonction de la baisse des niveaux d’expression du gène, ce qui pourrait s’expliquer par un problème au cours de la mitose I. Puisque l’intégrité du sac embryonnaire est essentielle au guidage des tubes polliniques, nous avons conçu un système de guidage semi-in vivo permettant d’évaluer la capacité des ovules du mutant ScFRK1 à les attirer. L’attraction est sévèrement affectée dans de telles conditions, ce qui confirme l'implication des cellules de la zone micropylaire comme source attractive. Notre système nous a également permis de démontrer que le guidage est très spécifique à l’espèce et que cette attraction constitue un mécanisme important favorisant la spéciation et la maintenance des barrières interspécifiques dans la reproduction sexuée des végétaux.

Keyphrases: Sac embryonnaire, Cellules micropylaires, Mégagamétogenèse, Guidage des tubes polliniques, Solanum chacoense, Solanum chacoense, Solanacées
Luther on love and law : a historical investigation of Martin Luther's application of scriptural authority to Church and State

Cette thèse s’ouvre avec des commentaires du siècle dernier sur les opinions de Luther à propos de l’autorité du gouvernement et de l’Église, ainsi que sur la nature humaine et la fonction de la loi. Je présente ensuite où ces critiques situent Luther par rapport à la tradition scholastique et par rapport à la tradition romaine au sein de l’Église. Puis, j’explore les œuvres de Luther pour mettre en lumière ses arguments concernant l’Église, la source de son autorité, ainsi que la relation de celle-ci avec les gouvernements, autrement dit les autorités temporelles. De là, je m’intéresse à la comparaison que le réformateur fait entre la place de l’Église dans la société et celle de l’autorité temporelle. Enfin, j’analyse les écrits de Luther à propos de deux évènements concernant la construction du Royaume de Dieu et plus précisément, dans quelle mesure l’Église dépend, ou non, des autorités temporelles pour construire ce Royaume. Nous allons trouver une réponse surprenante à la question de comment l’église est indépendante de l’autorité temporelle dans l’ouvrage spécifique au royaume de Dieu. Le but de ma thèse est de répondre à certains critiques qui reprochent à Luther de s’appuyer sur l’autorité temporelle pour établir l’Église, et par conséquent de donner au temporel le contrôle sur le spirituel. Nous découvrirons que Luther tire son autorité des Écritures. Nous découvrirons aussi les conséquences que cette autorité a sur sa philosophie politique, c'est-à-dire l’importance de la soumission aux autorités gouvernantes en même temps que la libération des individus de la tyrannie d’une fausse doctrine.

Keyphrases: Liberté, Église, État, Écritures, la Réforme, Loi, Évangile, Royaume de Dieu, Autorité
Lumbar-sacral pedicle screw insertion with preoperative CT-based navigation

Objectif: Nous avons effectué une étude chez 135 patients ayant subis une chirurgie lombo-sacrée avec vissage pédiculaire sous navigation par tomographie axiale. Nous avons évalué la précision des vis pédiculaires et les résultats cliniques.  Méthodes: Cette étude comporte 44 hommes et 91 femmes (âge moyen=61, intervalle 24-90 ans).  Les diamètres, longueurs et trajectoires des 836 vis ont été planifiés en préopératoire avec un système de navigation (SNN, Surgical Navigation Network, Mississauga).  Les patients ont subi une fusion lombaire (55), lombo-sacrée (73) et thoraco-lombo-sacrée (7).  La perforation pédiculaire, la longueur des vis et les spondylolisthesis sont évalués  par tomographies axiales postopératoires.  Le niveau de douleur est mesuré par autoévaluations, échelles visuelles analogues et questionnaires (Oswestry et SF-36). La fusion osseuse a été évaluée par l’examen des radiographies postopératoires.   Résultats: Une perforation des pédicules est présente pour 49/836 (5.9%) des vis (2.4% latéral, 1.7% inférieur, 1.1% supérieur, 0.7% médial).  Les erreurs ont été mineures (0.1-2mm, 46/49)  ou intermédiaires (2.1 - 4mm, 3/49 en latéral).  Il y a aucune erreur majeure (≥ 4.1mm).  Certaines vis ont été jugées trop longues (66/836, 8%).  Le temps moyen pour insérer une vis en navigation a été de 19.1 minutes de l΄application au retrait du cadre de référence.  Un an postopératoire on note une amélioration de la douleur des jambes et lombaire de 72% et 48% en moyenne respectivement. L’amélioration reste stable après 2 ans.  La dégénérescence radiologique au dessus et sous la fusion a été retrouvée chez 44 patients (33%) and 3 patients respectivement (2%).  Elle est survenue en moyenne 22.2 ± 2.6 mois après la chirurgie.  Les fusions se terminant à L2 ont été associées à plus de dégénération (14/25, 56%).  Conclusion: La navigation spinale basée sur des images tomographiques préopératoires est une technique sécuritaire et précise.  Elle donne de bons résultats à court terme justifiant l’investissement de temps chirurgical.  La dégénérescence segmentaire peut avoir un impact négatif sur les résultats radiologique et cliniques.

Keyphrases: Navigation par tomographie axiale, Spondylolisthésis, Vis transpédiculaires, Fusion lombaire, Dégénérescence segmentaire, Spondylolisthesis
Vers une meilleure caractérisation des sujets atteints d’asthme exacerbé au travail

Introduction: L’asthme relié au travail (ART) est induit ou aggravé par le milieu du travail. L’asthme professionnel (AP) et l’asthme exacerbé au travail (AET) sont difficiles à distinguer en pratique clinique puisque dans les deux conditions les travailleurs se plaignent d’une détérioration de leur asthme au travail. De plus, les médecins sont souvent confrontés à des patients ayant des symptômes respiratoires reliés au travail (SRT) sans être asthmatiques. Ces patients sont souvent exclus des études qui visent à mieux caractériser l’ART.  Objectifs : 1. Comparer la variabilité quotidienne des débits expiratoires de pointe (DEP) durant les périodes au et hors travail chez des sujets atteints d’AP et d’AET. 2. Évaluer la prévalence des patients ayant des SRT parmi les sujets référés pour possibilité d’ART, et comparer leurs caractéristiques et leur environnement professionnel avec ceux ayant l’ART. Résultats : L’exposition professionnelle induit une variabilité accrue des DEP chez les sujets avec AP et AET mais celle-ci est plus prononcée dans l’AP. Les sujets ayant des SRT sans être asthmatiques représentent une grande proportion des sujets référés pour possibilité  d’ART. Conclusions : L’ART devrait être considéré chez tous les individus qui présentent un asthme de novo, ou une aggravation de leur asthme. La similitude des symptômes entre les sujets ayant des SRT et l’ART rend nécessaire d’effectuer une évaluation extensive. Cette évaluation devrait se faire selon une approche par étapes dans laquelle des tests objectifs améliorent la certitude du diagnostic et aident à différencier entre l’AP et l’AET.

Keyphrases: Asthme relié au travail, Asthme professionnel, Asthme exacerbé au travail, Débit expiratoire de pointe, symptômes respiratoires reliés au travail
Évaluation de la durée des effets aigus de l'exercice sur la cognition

Objectif: Cette étude visait à évaluer les effets aigus d’une session d’exercice aérobie sur la performance à une tâche sollicitant les fonctions cognitives exécutives et à déterminer la durée de ces effets. Méthode: Quarante-huit participants universitaires ont été divisés en deux groupes expérimentaux et un groupe contrôle. L'intervention expérimentale consistait à 30 minutes d'exercice à une intensité sous-maximale sur tapis roulant. Les deux groupes expérimentaux ont complété la tâche de Stroop soit immédiatement (groupe 1) ou 10 minutes (groupe 2) après la session d’exercice. Le groupe contrôle a complété la même tâche cognitive mais sans pratique d'exercice.  Résultats: Les analyses statistiques indiquent qu’il n’y a pas d’effet d’amélioration de la performance cognitive et ce, peu importe le délai d’exécution de la tâche de Stroop suite à l’exercice.  Conclusion : Une seule session d’exercice n’a aucun effet sur les fonctions exécutives. Les limites de l’étude sont présentées en relation avec les résultats obtenus. Les implications des résultats sont discutées en terme de retombées pour les recherches futures.

Keyphrases: Exercice, Stroop, Fonction exécutive, Stroop
Between the spheres : male characters and the performance of femininity in four victorian novels, 1849-1886

“Between the Spheres: Male Characters and the Performance of Femininity in Four Victorian Novels, 1849-1886” définit le célibataire domestique, analyse les effets de l’érosion des frontières entre les domaines public et privé et retrace l’évolution du discours public au sujet de la masculinité dans quatre œuvres: Shirley écrit par Charlotte Brontë, Lady Audley’s Secret de Mary Elizabeth Braddon, Daniel Deronda par George Eliot, et The Strange Case of Dr. Jekyll and Mr. Hyde de Robert Louis Stevenson.  En identifiant le célibataire domestique comme personnage récurrent à la dernière moitié du dixneuvième siècle, cette dissertation démontre comment ce personnage arrive à représenter l’incertitude face aux questions de sexualité, non seulement dans des rôles féminins mais aussi dans les positions de l’homme dans la société et la remise en question du concept de la masculinité.  Tout comme il y eu de femmes à l’affût de la liberté au-delà du domaine privé, des hommes aussi cherchèrent leur liberté au sein du domaine domestique par des performances féminines.  Le célibataire domestique rapporte sur le concept New Woman de cette période par sa tendance de promouvoir de nouvelles définitions de la masculinité victorienne et les limites entre sexes.  Le célibataire domestique passe du domaine public, plutôt masculin, vers le domaine privé, plutôt féminin en participitant dans le discours féminin, tel que les sujets de le domesticité, la chastité, la moralité, le mariage, et l’amour.  En s’inspirant de l’analyse des domaines public et privé par Jürgen Habermas, cette dissertation revoit les rôles de ces domaines et leur élasticité dans les quatre œuvres en question ainsi que le sort des célibataires domestiques.  L’assignation de sexe à ces domaines mena à la recherche de nouveaux formes de masculinité, produisant une définition de mâle liée au statut de la femme dans le domaine privé.  Le célibataire domestique se déplace facilement entre ces domaines sans souffrir d’accusations de tendances effeminées ou d’aliénation sociale, à l’encontre des conséquences qu’ont souffert les personnages femelles pour leur comportement inhabituel.  Chaque chapitre de cette dissertation considère les changements dans le discours de la sexualité afin de suivre la migration du célibataire domestique du domaine féminin au milieu du dixneuvième siècle jusqu’un nouveau domaine à la fin de siècle qui estompe la distinction rigide crue être en place tout au long de la période victorienne.

Keyphrases: Domaine public, domaine privé, sexualité, performance, célibataire, domesticité, masculinité, New Woman, dixneuvième siècle, romans, performance, New Woman, novels
Électrofilage de fibres à partir de mélanges polystyrène/poly(vinyl méthyl éther)

L’électrofilage est un procédé permettant de préparer des fibres possédant un diamètre de l’ordre du micromètre ou de quelques centaines de nanomètres. Son utilisation est toutefois limitée par le manque de contrôle sur la structure et les propriétés des fibres ainsi produites. Dans ce travail, des fibres électrofilées à partir de mélanges de polystyrène (PS) et de poly(vinyl méthyl éther) (PVME) ont été caractérisées. La calorimétrie différentielle à balayage (DSC) a montré que les fibres du mélange PS/PVME sont miscibles (une seule transition vitreuse) lorsque préparées dans le benzène, alors qu'une séparation de phases a lieu lorsque le chloroforme est utilisé. Les fibres immiscibles sont néanmoins malléables, contrairement à un film préparé par évaporation du chloroforme qui a des propriétés mécaniques médiocres. Des clichés en microscopies optique et électronique à balayage (MEB) ont permis d’étudier l'effet de la composition et du solvant sur le diamètre et la morphologie des fibres. Des mesures d’angles de contact ont permis d’évaluer l’hydrophobicité des fibres, qui diminue avec l’ajout de PVME (hydrophile); les valeurs sont de 60° supérieures à celles des films de composition équivalente. Un retrait sélectif du PVME a été réalisé par l’immersion des fibres dans l’eau. La spectroscopie infrarouge a montré que la composition passe de 70 à 95% de PS pour une fibre immiscible mais seulement à 75% pour une fibre miscible. Ces résultats indiquent que la phase riche en PVME se situe presque uniquement à la surface des fibres immiscibles, ce qui a été confirmé par microscopie à force atomique (AFM) et MEB. Finalement, l’effet du mélange des deux solvants, lors de l’électrofilage du mélange PS/PVME, a été étudié. La présence du chloroforme, même en quantité réduite, provoque une séparation de phases similaire à celle observée avec ce solvant pur.

Keyphrases: Électrofilage, Fibres polymères, Mélanges polystyrène/poly(vinyl méthyl éther), Miscibilité, Séparation de phase
Pédérastie, pédophilie : filiation, rupture, déviance

Cette recherche propose une réflexion sur les enjeux que recouvre la pédophilie dans la société occidentale contemporaine. Dans le premier chapitre, il sera d’abord question d’autorité : afin de bien comprendre le rapport entretenu avec l’autorité et l’importance accordée au système hiérarchique dans la société occidentale contemporaine, nous établirons une comparaison avec les sociétés grecques puisque celles-ci ont accepté et valorisé les relations intergénérationnelles. C’est à travers une lecture de différents textes de Michel Foucault et de Kenneth James Dover que nous approfondirons ces rapports. Cette première partie sera essentielle en ce qu’elle nous aidera à comprendre la façon dont les bases de la société occidentale contemporaine ont été édifiées, l’importance de la catégorisation des genres et les raisons du rejet des relations pédophiliques aujourd’hui.   Dans le second chapitre, nous analyserons plus spécifiquement deux œuvres littéraires, La Mort à Venise de Thomas Mann et Quand mourut Jonathan de Tony Duvert, afin de percevoir le malaise que provoque la pédophilie. C’est notamment à travers une étude des figures sociales et de l’éducation que nous tenterons de saisir la place attribuée à la pédophilie.   Cette étude se terminera par une réflexion autour de la photographie et du cinéma, afin de souligner l’impact apporté par le réalisme de ces arts. Nous aborderons ici des œuvres non pornographiques qui exposent des sexualités existantes mais non reconnues. Les différents aspects abordés nous permettront non seulement de saisir l’embarras que suscite la pédophilie, mais également de capter la place qu’on y accorde, ou non, au sein de la société contemporaine.

Keyphrases: pédophilie, société, sexualité, désir, interdit
Perceptions d’élèves québécois présentant une déficience auditive de l’utilisation du langage parlé complété en contexte d’intégration scolaire

Depuis l’adoption de la politique de l’adaptation scolaire en 1999, le ministère de l’Éducation, du Loisir et du Sport a mis en place un plan d’action pour permettre l’intégration des élèves handicapés ou en difficulté d’adaptation ou d’apprentissage. L’intégration des élèves handicapés a fait l’objet de plusieurs études ; toutefois, peu d’entre elles se sont intéressées à l’intégration d’élèves présentant une déficience auditive et utilisant le langage parlé complété. Le but de cette étude est de mettre en lumière les perceptions d’élèves présentant une déficience auditive quant à l’utilisation du langage parlé complété en contexte d’intégration scolaire.   Les concepts exploités dans ce mémoire sont relatifs à la surdité, aux élèves présentant une déficience auditive, aux modes de communication utilisés auprès de ces élèves, et plus particulièrement le langage parlé complété, de même qu’au contexte d’intégration scolaire québécois.  Cette recherche est de type exploratoire et la méthode utilisée est qualitative. Cinq étudiants présentant une déficience auditive et âgés entre 12 et 17 ans ont participé à une entrevue semi-dirigée. Les résultats de ces entretiens montrent que ces élèves ont des perceptions positives et négatives face à l’utilisation du langage parlé complété en contexte d’intégration. Quoique de façon générale cela n’entrave pas leur intégration scolaire, les perceptions négatives se rapportent davantage à l’intégration sociale qu’à l’intégration scolaire.

Keyphrases: élèves présentant une déficience auditive, surdité, intégration scolaire, langage parlé complété, perceptions, perceptions
Étude de l’efficacité des classes de langage dans la région de Montréal sur la réussite éducative des élèves dysphasiques sévères

Cette recherche porte sur la situation des élèves dysphasiques au Québec. En effet, l’identification de leur trouble, l’accessibilité à des services adaptés et la scolarisation de ces élèves a connu, à travers les années, quelques problèmes. Actuellement, 66,40% des élèves dysphasiques sévères au Québec ne sont pas scolarisés en classe ordinaire (MELS, 2008b). Une partie d’entre eux se retrouve dans des classes de langage aussi appelées classes de communication. Ce milieu de scolarisation fait partie du niveau 5 du système en cascade proposé dans le rapport COPEX (MEQ, 1976). Ce type de service a été mis en place afin de répondre, entre autres, aux besoins particuliers de la population d’élèves dysphasiques sévères. Par contre, leur efficacité par rapport à la réussite éducative de ces élèves n’est toujours pas évaluée.  La recension des écrits a permis l’approfondissement des éléments-clés de la recherche, soit la dysphasie, la classe de langage et l’efficacité. Cette même recension a permis à la chercheuse de se positionner par rapport au cadre méthodologique utilisé.  Ainsi, cette étude qualitative de type exploratoire vise à aller chercher sur le terrain des informations concernant l’efficacité des classes de langage. Celles-ci ont été collectées en utilisant principalement l’entretien individuel, le questionnaire ayant plutôt servi à collecter des informations factuelles sur les participants. Les personnes questionnées, qui sont au nombre de neuf, sont les principaux agents qui gravitent autour de l’élève dysphasique sévère fréquentant une classe de langage : les parents, les enseignants et les orthophonistes.  Les résultats permettent une avancée dans la recherche pour ce qui est des effets de la classe de langage sur la réussite éducative des élèves dysphasiques sévères.

Keyphrases: élève dysphasique, classe de langage, efficacité, réussite éducative