NCube/papyrus huggingface dataset:
Comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle basée sur la dépendance des niveaux d'expression

La technologie des microarrays demeure à ce jour un outil important pour la mesure de l'expression génique. Au-delà de la technologie elle-même, l'analyse des données provenant des microarrays constitue un problème statistique complexe, ce qui explique la myriade de méthodes proposées pour le pré-traitement et en particulier, l'analyse de l'expression différentielle. Toutefois, l'absence de données de calibration ou de méthodologie de comparaison appropriée a empêché l'émergence d'un consensus quant aux méthodes d'analyse optimales. En conséquence, la décision de l'analyste de choisir telle méthode plutôt qu'une autre se fera la plupart du temps de façon subjective, en se basant par exemple sur la facilité d'utilisation, l'accès au logiciel ou la popularité. Ce mémoire présente une approche nouvelle au problème de la comparaison des méthodes d'analyse de l'expression différentielle. Plus de 800 pipelines d'analyse sont appliqués à plus d'une centaine d'expériences sur deux plateformes Affymetrix différentes. La performance de chacun des pipelines est évaluée en calculant le niveau moyen de co-régulation par l'entremise de scores d'enrichissements pour différentes collections de signatures moléculaires. L'approche comparative proposée repose donc sur un ensemble varié de données biologiques pertinentes, ne confond pas la reproductibilité avec l'exactitude et peut facilement être appliquée à de nouvelles méthodes. Parmi les méthodes testées, la supériorité de la sommarisation FARMS et de la statistique de l'expression différentielle TREAT est sans équivoque. De plus, les résultats obtenus quant à la statistique d'expression différentielle corroborent les conclusions d'autres études récentes à propos de l'importance de prendre en compte la grandeur du changement en plus de sa significativité statistique.

Keyphrases: microarrays, puces à ADN, expression différentielle, Affymetrix
L'autre Basque

Le nationalisme basque est apparu voilà maintenant deux siècles, cependant, il ne connait un retentissement mondial que depuis environ cinquante ans avec la création de l’ETA (Euskadi Ta Askatasuna, Pays basque Et Liberté). Fondée pour combattre le régime franquiste, cette organisation est aujourd’hui considérée comme un groupe terroriste par l’ensemble de la communauté  internationale. L’organisation va être, toutefois, à la base d’une prise de conscience nationale basque sur la question de l’appartenance à un même peuple et, aujourd’hui, la lutte pour l’autodétermination du Pays basque fait écho tant sur le territoire espagnol que français. Ce mouvement nationaliste, bien qu’indissociable entre le sud et le nord, prendra tout de même des modes d’expression différents même si le nationalisme basque restera toujours rattachée à une violence politique. Le présent terrain de recherche a alors permis de récolter les « perceptions subjectives » de la population basque sur cette violence politique et ainsi, de dégager une violence de la part des Etats espagnol et français. Cette violence d’Etat est principalement caractérisée par une violence symbolique mais elle ira parfois jusqu’à une violence physique. Ainsi, bien plus que les contextes historiques et institutionnels distincts des Etats espagnol et français, c’est la violence disparate des ces deux Etats qui est le facteur de distinction de la violence nationaliste constatée sur le territoire français et espagnol.

Keyphrases: nationalisme basque, terrorisme, violence politique, violence d'Etat, violence symbolique, mouvements sociaux
Analyse du lien séquentiel entre les comportements d'anxiété et d'évitement lors d'interactions parent-enfant

Les troubles anxieux figurent parmi les psychopathologies les plus fréquentes chez les enfants. Ils peuvent avoir de graves répercussions sur leur développement et, à long terme, ils tendent à persister ainsi qu’à s’aggraver. L’évitement est un moyen souvent utilisé par les personnes anxieuses, adultes ou enfants, afin de tenter d’échapper à l'objet de leur peur et ainsi faire diminuer leur niveau d’anxiété. Les schémas cognitifs dysfonctionnels reliés à l’anxiété, et à l’origine de l’évitement, se développent tôt chez l’enfant et sont en partie reliés aux interactions parent-enfant. La présente recherche vise à examiner, à l’aide d’une analyse séquentielle des interactions, la dépendance entre les comportements d’anxiété et d’évitement chez les membres de 20 dyades parent-enfant, dont les enfants sont âgés entre 4 et 7 ans. La tâche d’interaction, une histoire à compléter par les membres de la dyade, a la capacité de susciter des émotions anxieuses chez les participants.  Les résultats de cette étude ne permettent pas de démontrer une dépendance entre les comportements d’anxiété et d’évitement des parents et ceux des enfants. La discussion présente des éléments de réflexion sur des pistes de recherche à explorer.

Keyphrases: Troubles anxieux, interactions parent-enfant, évitement, analyse séquentielle
Caractérisation de l’ubiquitin-fold modifier (UFM1) dans un modèle C. elegans

L’ubiquitin-fold modifier (UFM1) fait partie de la classe 1 de la famille de protéine ubiquitin-like (Ubl). UFM1 et Ub ont très peu d’homologie de séquence, mais partagent des similarités remarquables au niveau de leur structure tertiaire. Tout comme l’Ub et la majorité des autres Ubls, UFM1 se lie de façon covalente à ses substrats par l’intermédiaire d’une cascade enzymatique. Il est de plus en plus fréquemment rapporté que les protéines Ubls sont impliquées dans des maladies humaines. Le gène Ufm1 est surexprimé chez des souris de type MCP développant une ischémie myocardique et dans les îlots de Langerhans de patients atteints du diabète de type 2. UFM1 et ses enzymes spécifiques, UBA5, UFL1 et UFC1, sont conservés chez les métazoaires et les plantes suggérant un rôle important pour les organismes multicellulaires. Le Caenorhabditis elegans est le modèle animal le plus simple utilisé en biologie. Sa morphologie, ses phénotypes visibles et ses lignées cellulaires ont été décrits de façon détaillée. De plus, son cycle de vie court permet de rapidement observer les effets de certains gènes sur la longévité. Ce modèle nous permet de facilement manipuler l’expression du gène Ufm1 et de mieux connaître ses fonctions.  En diminuant l’expression du gène ufm-1 chez le C.elegans, par la technique de l’ARN interférence par alimentation, nous n’avons observé aucun problème morphologique grave. Les vers ressemblaient aux vers sauvages et possédaient un nombre de progéniture normal. Cependant, les vers sauvage exposés à l’ARNi d’ufm-1 vivent significativement moins longtemps que les contrôles et ce, de façon indépendante de la voie de signalisation de l’insuline/IGF. Chez le C. elegans la longévité et la résistance au stress cellulaire sont intimement liées. Nous n’avons remarqué aucun effet d’ufm-1 sur le stress thermal, osmotique ou oxydatif, mais il est requis pour la protection contre le stress protéotoxique. Il est également nécessaire au maintien de l’intégrité neuronale au cours du vieillissement des animaux. L’ensemble de nos données nous renseigne sur les fonctions putatives du gène Ufm1.

Keyphrases: Caenorhabditis elegans, Ufm1, Longévité, Vieillissement, ARN interférence, Intégrité neuronale, Caenorhabditis elegans, Ufm1
Stomatite prothétique, candidose orale et leur évolution dans le temps

Objectifs: Observer l’évolution de la stomatite prothétique dans le temps quant à la fréquence et la sévérité ainsi que son association avec de potentiels facteurs de risque au cours d’un suivi longitudinal de 2 ans.  Matériels et méthodes : Cent trente-cinq patients âgés complètement édentés et en bonne santé ont été sélectionnés pour participer à cette étude et ont été divisés de façon randomisée en deux groupes.  Ils ont tous reçu une prothèse dentaire amovible totale conventionnelle au maxillaire supérieur. La moitié d’entre eux a reçu une prothèse totale mandibulaire implanto-portée retenue par deux attachements boule et l’autre moitié une prothèse conventionnelle.  Ils ont été suivis sur une période de deux ans. Les données sociodémographiques, d’habitudes de vie, d’hygiène et de satisfaction des prothèses ont été amassées à l’aide de questionnaires.  Les patients ont aussi subi un examen oral complet lors duquel une évaluation de la stomatite prothétique, basée sur la classification de Newton, a été effectuée ainsi qu’un prélèvement de la plaque prothétique.  Les analyses microbiologiques pertinentes afin de détecter la présence de Candida ont ensuite été effectuées.  Des tests Chi-carré de Pearson et McNemar ont été utilisés pour analyser la fréquence de la stomatite, son association avec de possibles facteurs de risque ainsi que son évolution dans le temps.  Des rapports de cotes (odds ratio) et leurs intervalles de confiance (95%) ont été effectués afin de déterminer la force d’association entre les facteurs de risque et la stomatite prothétique.  Résultats : La prévalence de la stomatite a augmenté entre la première (63,6%) et la deuxième année de suivi (88,7%) avec une incidence de 78,8%.  Les patients souffrant d’une stomatite de type 2 ou 3 et qui brossent leur palais ont environ 6 fois plus de chance de voir la sévérité de leur stomatite diminuer [p = 0,04 OR 5,88 CI (1,1-32,2)].  Il n’y a pas d’association statistiquement significative entre la fréquence de la stomatite et les facteurs de risque investigués.  La prévalence de la candidose est demeurée stable dans le temps (45,8% et 49,2% à la première et deuxième année de suivi respectivement, p > 0,05).  Il n’y a pas d’association entre la présence d’une candidose orale, la stomatite prothétique et les facteurs de risque étudiés.  Conclusion : Les résultats de cette étude suggèrent que la stomatite prothétique progresse dans le temps indépendamment de la présence d’une candidose.  Le brossage du palais pourrait être une approche simple à conseiller aux patients souffrant d’une stomatite prothétique de type 2 ou 3.

Keyphrases: Prothèse implanto-portée, Prothèses dentaires, Stomatite prothétique, Étude prospective randomisée, Santé buccale
Exploration des conceptions de la performance privilégiées par des infirmières et des membres de l’équipe d’encadrement impliqués dans l’offre de services infirmiers : une étude qualitative exploratoire

Problématique : Les organisations de santé font face à des pressions diverses pour offrir des soins et des services qui répondent aux plus hauts critères de performance et rendre compte de cette performance. Ces pressions proviennent de différents acteurs tels que les usagers du système de santé et les décideurs politiques. En raison de la place importante que prennent les infirmières dans l’offre de services de santé, il existe un intérêt croissant pour la mise en place d’interventions visant à mesurer et à améliorer la performance des services infirmiers. Cependant, dans le cadre de ces processus, les organisations sont souvent confrontées à des visions différentes et conflictuelles de la performance et à diverses approches pour la mesurer. Objectifs : Cette étude qualitative exploratoire a pour but d’explorer les conceptions de la performance des membres de l’équipe d’encadrement impliqués dans la prestation des services infirmiers et des infirmières soignantes et d’examiner dans quelle mesure les conceptions de la performance des deux groupes d’acteurs correspondent ou entrent en conflit. Méthodologie : Des entrevues semi-dirigées ont été conduites auprès de cinq membres de l’équipe d’encadrement et de trois infirmières. Une analyse de contenu a été effectuée à la fois pour faire ressortir l’éventail des conceptions et celles qui sont les plus prépondérantes dans les discours. Le cadre de référence ayant guidé cette analyse est une adaptation du modèle conceptuel de Donabedian comprenant trois dimensions soit la structure, le processus et les résultats (Unruh & Wan, 2004). Résultats : L’analyse des données recueillies auprès des membres de l’équipe d’encadrement fait ressortir dix conceptions distinctes, mais interreliées de la performance qui mettent l’accent sur les éléments de processus de soins infirmiers et de résultats chez la clientèle. Concernant les infirmières, neuf conceptions ont été répertoriées et l’accent a été porté surtout sur les éléments concernant l’adéquation des ressources humaines infirmières et de processus de soins infirmiers. Certaines similitudes et différences ont été repérées entre les conceptions de ces deux groupes d’acteurs. Conclusion : Cette étude permet de mieux comprendre les conceptions de la performance des acteurs impliqués dans l’offre de services infirmiers. Le modèle intégrateur qui résulte de la combinaison de ces différentes conceptions offre un cadre utile pour guider la construction d’outils de mesure de performance directement en lien avec les soins infirmiers et répondre à la demande d’imputabilité par rapport à ces services.

Keyphrases: Performance des soins et des services infirmiers, Indicateurs de soins infirmiers, Indicateurs sensibles aux soins infirmiers, Qualité des soins, Infirmière gestionnaire, Administrateur de soins infirmiers, Mesure de performance en soins infirmiers
Facteurs influençant la réponse immunitaire humorale suite à la vaccination avec un vaccin vivant contre la maladie de Gumboro chez le poulet de chair

Au Québec, l’abattage des poulets se fait entre 33 et 40 jours. Pour permettre cet abattage, les poulets devront être vaccinés en présence d’anticorps maternels puisque la période d’attente après la vaccination est de 21 jours. L’objectif de cette étude a été de déterminer l’efficacité d’une forte dose de vaccin et de vitamine E à contourner les anticorps maternels et à vacciner par contact les poulets non vaccinés. Des vaccins à dose normale de 104,35 TCID50/ml/oiseau et à forte dose de 105,35 TCID50/ml/oiseau ont été utilisées sur 1200 poulets repartis en 4 groupes; (1) FD100%, groupe dans lequel tous les oiseaux ont été vaccinés, (2) FD10%, groupe dans lequel 10% des oiseaux ont été vacciné à forte dose, (3) DN100%, groupe dans lequel tous les oiseaux ont été vacciné à dose normale et (4) Contrôle, groupe dans lequel aucun oiseau n’a été vacciné. Chaque groupe a été divisé en 2 sous-groupes ; un a été supplémenté en vitamine E de 50 à 100UI/kg d’aliment et l’autre de 20 à 27 UI/kg. Les résultats de la présente étude ont montré que le virus vaccinal est capable de surmonter les anticorps maternels, qui ont persisté jusqu’à 20 jours d’âge, et à provoquer une réponse immunitaire humorale. Cette étude a aussi montré que le virus est capable de se transmettre par contact direct dans un même parquet et par contact indirect d’un parquet à l’autre. Aucun retour à la virulence ni une mutation du nucléotide VP2 n’a été observé au niveau des oiseaux vaccinés par contact. Cette étude a aussi montré qu’une amélioration de l’apport de vitamine E augmente la réponse humorale après vaccination avec un vaccin vivant contre la maladie de Gumboro.

Keyphrases: maladie de Gumboro, dose, vaccin, vitamine E, anticorps maternels
Évaluation de stratégies pour améliorer l'observance de la biosécurité sur les fermes avicoles au Québec

La problématique de l’observance de la biosécurité est présente dans tous les types de production. Il est essentiel de définir des stratégies pour améliorer l’application des mesures de biosécurité. Cette étude décrit l’application des mesures de biosécurité à l’entrée et à la sortie de 24 bâtiments d’élevages avicoles au Québec, Canada. L’effet des audits et de caméras visibles sur l’observance a été étudié, de même que les déterminants de l’observance. De plus, la relation entre l’observance et les profils de personnalité, l’expérience et l’éducation a été décrite. L’application des mesures de biosécurité a été évaluée à l’aide de caméras cachées. L’observance à court terme (deux premières semaines) et à moyen terme (six mois plus tard) a été déterminée.   Basés sur les résultats du groupe contrôle, 44 différentes erreurs lors de l’application des mesures de biosécurité ont été observées à l’entrée et la sortie des bâtiments. La plupart étaient reliées à la délimitation des zones (propre versus contaminée). La nature et la fréquence des erreurs suggèrent un manque de compréhension des principes associés aux mesures de biosécurité. Le visionnement des vidéos a révélé 3055 visites par 277 individus différents (136 employés, 123 visiteurs, 3 superviseurs et 15 éleveurs). Les résultats ont démontré que les audits n’avaient pas d’impact sur l’observance des employés. Les caméras visibles ont eu un impact, à court terme, sur le port de bottes et le respect des zones durant la visite. Par contre, six mois plus tard, l’observance avait significativement diminué, au point de ne plus être statistiquement plus élevée que le groupe contrôle. La durée et le moment de la visite, la présence de l’éleveur ou d’un observateur, la conception de l’entrée, le nombre de bâtiments, le nombre de mesures de biosécurité exigé, le type de bottes, le genre et être membre de la famille de l’éleveur étaient significativement associés à l’observance de certaines mesures. Finalement, trois traits de la personnalité étaient associés à l’observance: responsabilité, orienté vers l’action et complexité, de même que le nombre d’années d’expérience et le niveau d’éducation.   Il est nécessaire d’améliorer la formation en matière de biosécurité en fournissant du matériel de formation à tous les intervenants qui démontrent pourquoi et comment appliquer les mesures de biosécurité. La formation continue devrait également aborder les problématiques reliées aux caractéristiques de visites et de fermes. Améliorer la conception des entrées de bâtiments devrait contribuer à augmenter et à maintenir l’observance. L’identification de traits de personnalité associés à l’observance peut avoir des implications sur la sélection des candidats à l’embauche ou sur l’attribution de tâches et sur la planification des programmes de formation.

Keyphrases: Biosécurité, Observance, Vidéosurveillance, Audits, Volaille, Personnalité
Relation entre la satisfaction et la qualité de vie reliée à la santé bucco-dentaire chez les patients totalement édentés

Problématique : La satisfaction des patients et la qualité de vie reliée à la santé bucco-dentaire (OHRQoL) sont deux mesures de résultats fréquemment utilisées durant les études cliniques. Néanmoins, chez les patients totalement édentés, les évidences scientifiques relatives au niveau de relation entre ces deux mesures sont faibles. De plus, on ignore toujours quels éléments de la satisfaction des patients relativement à leurs prothèses partagent la meilleure relation avec la OHRQoL. Objectifs : Déterminer, chez les patients totalement édentés, s’il existe un lien entre leur satisfaction de leurs prothèses et leur OHRQoL et identifier les déterminants de satisfaction qui démontrent le meilleur niveau de relation avec la OHRQoL. Méthodologie : Les données provenant de 255 patients totalement édentés qui ont participé à une étude randomisée et contrôlée ont été utilisées. La OHRQoL a été évaluée à l’aide du questionnaire Oral Health Impact Profile (OHIP-20). Le McGill Denture Satisfaction Instrument a été utilisé pour estimer la satisfaction des patients. Ces mesures ont été prises au temps initial, à 6 mois et à 12 mois suivants la mise en bouche des prothèses. Des analyses statistiques de régression linéaire simples et multiples ont été utilisées afin d’évaluer la relation entre les deux mesures. Résultats : Une relation positive et considérable existe entre la satisfaction des patients totalement édentés et leur OHRQoL. La difficulté masticatoire (P = .005) et la condition buccale (P = .002) sont les éléments de la satisfaction qui possèdent le meilleur lien avec la OHRQoL. Ces deux facteurs expliquent 46.4% (P = .0001) de la variance dans l’amélioration d’OHIP suivant un traitement prosthodontique. La relation décrite est dépendante du temps, mais pas du type de traitement ni des variables sociodémographiques. Conclusions : Dans les limites de l’étude, il est conclu qu’une relation positive existe entre la satisfaction des patients et leur OHRQoL. La difficulté masticatoire et la condition buccale sont les deux éléments de la satisfaction les plus importants.

Keyphrases: qualité de vie reliée à la santé bucco-dentaire, satisfaction, prothèse totale conventionnelle, prothèse de recouvrement implanto-portée, étude clinique randomisée, satisfaction
Analyse de l'influence des paramètres esthétiques sur l’attrait du sourire tel que perçu par des non-experts : étude transversale exploratoire

Malgré l’abondance d’information concernant la dentisterie esthétique, les évidences scientifiques à son sujet sont rarissimes. Ainsi, cette recherche a pour premier but d’accroître ces évidences en faisant la lumière sur les paramètres esthétiques et leur influence auprès de l’appréciation générale du sourire, tel que perçu par des sujets non-experts.  Une invitation à répondre à un questionnaire autoadministré anonyme a été envoyée à la communauté de l’Université de Montréal par courrier électronique. 467 personnes ont accepté de répondre au questionnaire, toutefois seulement 263 ont terminé l'opération. L’analyse des données démontre que le seul critère esthétique objectif ayant une influence statistiquement significative sur l’appréciation générale est « l’arrangement des dents » (p = .028). Les dents versées diminuent significativement l’attrait général par rapport à des dents droites (p = .012) ou chevauchées (p = .009). Par contre, en corrélant ces données avec les convictions des sujets, « l’angulation de la médiane dentaire supérieure » ainsi que « l’inclinaison du plan incisif » présentent aussi des différences statistiquement significatives. « L’état d’usure des dents » et leur « position » sont les éléments, parmi le vocabulaire suggéré, les plus importants pour l’attrait du sourire aux yeux des patients.  Avec les limitations de cette étude, on peut conclure que (1) « l’arrangement des dents », « l’angulation de la médiane dentaire supérieure » et « l’inclinaison du plan incisif » influencent de manière statistiquement significative l’appréciation générale du sourire. (2) Parmi les critères objectifs étudiés, « l'arrangement des dents » a la plus forte influence sur l’appréciation générale d’un sourire. (3) Une corrélation statistiquement significative entre les deux séquences d’évaluation et la faible variance intrasujet indiquent que l’appréciation générale d’un sourire est une action réflexe basée, entre autres, sur des paramètres morphologiques. Application pratique : Les résultats de cette étude insinuent que les traitements visant à corriger l’alignement, l’usure des dents et ceux visant à blanchir les dents d’un individu sont susceptibles d’augmenter l’attrait de son sourire tel que perçu par des sujets non-experts.

Keyphrases: Sourire, Esthétique, Attrait, Critère, Paramètre