NCube/papyrus huggingface dataset:
Exploration de l’impact d’un programme de danse-thérapie sur la mobilité de personnes atteintes de condition neurologique : un devis expérimental à cas unique

Contexte : Plusieurs approches thérapeutiques sont utilisées afin d’améliorer la mobilité en contexte de réadaptation. La danse-thérapie fait partie des approches innovantes auprès de populations ayant des troubles neurologiques. Une étude quasi expérimentale avec un groupe témoin n'a pas apporté d’évidence de l'efficacité d'un programme de danse-thérapie de 12 semaines, dispensé une fois par semaine à des personnes souffrant d'un handicap physique (DTDP) et visant à améliorer leur mobilité. Étant donné les avantages perçus de l'intervention, il était important de poursuivre les recherches. Méthode : Nous avons mené une étude expérimentale à cas unique avec la statistique Tau-U sur 28 semaines avec des mesures répétées (quatre outils pour évaluer la mobilité) dans la phase pré-danse (A1), la phase du programme de danse (B) et la phase post-danse (A2). L'échelle de l’état de flow (Flow State Scale, FSS) et l'échelle de confiance de l’équilibre spécifique à l'activité (ABC Scale) ont fourni des scores avant et après l'intervention. Résultats : Cinq participants ont amélioré de manière significative (p <0,05) leurs scores pour le Mini BESTest (MBT), 2/5 pour le 4 Square Step Test (4Sq) et 4/5 pour le Multi Directional Reach Test - Behind (MDRT-behind) avec de très grandes tailles d'effet (TE). Les TE agrégés pour A1 et A2 sont passés de modérés à très grandes. Les changements sur les échelles FSS et ABC n'étaient pas significatifs. Les objectifs personnels ont été perçus et mesurés comme atteints. Conclusions : Ces résultats suggèrent l'efficacité du programme DTDP pour les adultes souffrant de troubles neurologiques et l'utilisation du devis expérimental à cas unique avec la statistique Tau- U pour explorer l'efficacité des interventions en danse pour des cohortes hétérogènes. Les outils utilisés pour mesurer la mobilité semblent prometteurs pour détecter les changements dus à la danse.

Keyphrases: Réadaptation, danse-thérapie en déficience physique, thérapie par la danse, devis expérimental à cas unique, mobilité, statistique Tau-U
Caractérisation des réponses contre des antigènes spécifiques aux tumeurs cryptiques pour le développement de thérapies contre les leucémies aiguës

Le traitement des leucémies myéloïdes et lymphoblastiques aiguës a connu des avancées importantes dans la dernière décennie. Malgré ces progrès, le taux de rechutes reste élevé et le besoin médical est réel. Ces leucémies sont caractérisées par une expression aberrante d’antigènes qui peuvent provenir de protéines mutées, mais aussi de séquences rapportées comme non codantes. Les réponses contre ces néoantigènes tumoraux « cryptiques » demeurent non caractérisées. Afin de définir l’existence d’un répertoire varié de récepteurs des lymphocytes T (TCR) qui reconnaitraient ces néoantigènes, des cellules mononuclées du sang périphérique de patients sains sont isolées puis enrichies en cellules T CD8+ naïves. L’expansion et l’activation de ces cellules sont ensuite réalisées avec des cellules dendritiques autologues chargées avec l’antigène d’intérêt puis triées à l’aide de multimères HLA-peptides spécifiques. L’ARN des cellules avec TCR spécifiques aux antigènes spécifiques des tumeurs (TSA) leucémiques est isolé afin de réaliser un séquençage du TCR-bêta. L’expansion cellulaire a été réalisée de façon suffisante pour effectuer le séquençage des cellules identifiées comme positives par le marquage avec dextramères. Une réponse T est obtenue pour 50% des néoantigènes testés avec une réactivité montrée par ELISpot et se traduisant par une sécrétion de cytokines inflammatoires. Des lymphocytes T spécifiques aux TSA d’intérêt sont donc présents dans le sang périphérique de donneurs sains. Le séquençage de ces cellules a permis d’identifier les clonotypes pour lesquels une réponse anti-leucémique forte est possible. Il serait intéressant d’utiliser ces clonotypes spécifiques aux tumeurs cryptiques dans le développement de nouveaux traitements d’immunothérapie adoptive.

Keyphrases: Tumeurs cryptiques, Leucémies, Néoantigènes, Antigènes tumoraux spécifiques (TSA), Immunothérapie cellulaire, Complexe majeur d'histocompatibilité
Étude de la longueur des télomères cardiovasculaires et de leur modulation pharmacologique chez le rat hypertendu

Objectif : L'hypertension est associée à une hyperplasie cardiovasculaire, un taux de renouvellement cellulaire accéléré et une diminution de la longueur des télomères. Nous avons postulé que le renversement de l’hyperplasie par apoptose sélective observé avec les inhibiteurs du système rénine-angiotensine (iSRA) chez le rat spontanément hypertendu (SHR) est associé à une modulation de la longueur des télomères cardiovasculaires. Méthodes : La mesure relative du poids du ventricule gauche (VG) et son contenu en ADN ont été mesurés. Dans l’aorte, l’hypertrophie a été mesurée histologiquement et l’hyperplasie par décompte des cellules de muscle lisse (CML). La longueur des télomères (TRF) a été mesurée par immunobuvardage de type Southern. Ces mesures ont été effectuées chez des rats SHR traités avec un placebo, un iSRA (énalapril ou losartan) ou l'hydralazine pendant 21 jours, ainsi que chez les rats normotendus Wistar-Kyoto (WKY). Résultats : Les iSRA ont partiellement normalisé le contenu en ADN dans le VG et complètement normalisé le décompte cellulaire des CML dans l’aorte. Comparativement aux rats WKY, les SHR placebo ont montré un plus haut pourcentage de TRF courts dans le ventricule gauche (50,2% vs 64,6%; p<0,05) ainsi qu’une longueur moyenne des TRF plus courte (62,6 Kb vs 57,1Kb; p<0,05). Ces différences ont été abolies par l'énalapril et le losartan mais pas par l'hydralazine. Dans l’aorte, les résultats préliminaires n’ont pas révélé de différence significative. Ils suggèrent que les rats SHR-placebo ont des télomères plus longs que les rats WKY et que les inhibiteurs du SRA tendent à normaliser cette différence. Conclusion : Les iSRA ont normalisé la longueur des télomères dans le VG. Nous spéculons que les iSRA agissent comme agents sénolytiques et éliminent préférentiellement les fibroblastes cardiaques avec télomères courts. Dans l’aorte, d’autres études sont requises afin de confirmer une possible régulation différentielle spécifique à ce tissu.

Keyphrases: Hypertension, Télomères, Inhibiteurs du SRA, Sénolyse, Hyperplasie, Ventricule gauche, Remodelage cardiovasculaire
Effets d’une dysbiose sur la perméabilité intestinale et sur la taille de l’infarctus du myocarde reperfusé chez le rat

De plus en plus d’évidences suggèrent que la composition du microbiote intestinal pourrait jouer un rôle dans certaines pathologies comme l’hypertension, l’obésité, le diabète et plusieurs autres. Le but de cette étude est de démontrer que le microbiote intestinal modulé par des diètes enrichies en acide gras oméga-3 (w-3) ou en acide gras oméga-6 (w-6) avec un supplément ou non en probiotiques, pourrait influencer différemment la taille de l’infarctus du myocarde. Pour ce faire, des transplantations de microbiote provenant de rats nourris avec une diète w-3 ou w-6 combiné avec la prise ou non probiotiques ont été effectuées pendant 10 jours sur des rats dont le microbiote a été supprimé antérieurement par antibiothérapie. Ensuite, l’artère coronaire antérieure a été occluse pendant 30 minutes sur les rats transplantés et la taille de leur infarctus a été mesurée après 24 heures de reperfusion. La résistance intestinale, la concentration plasmatique de LPS (lipopolysaccharides), l’accumulation myocardique des neutrophiles, l’activation de la voie NF-kB (nuclear factor-kappa B), l’activation de la voie de cardioprotection RISK (Reperfusion Injury Salvage Kinase) et la composition du microbiote sont les autres paramètres qui ont été mesurés. Nos résultats démontrent une taille d’infarctus plus importante chez les animaux transplantés avec le microbiote w-6 sans probiotiques comparativement aux autres groupes incluant le groupe ayant reçu le microbiote w-6 avec probiotiques. Ces résultats indiquent qu’un microbiote provenant d’une diète enrichie en w-6 produit des effets délétères qui augmentent la taille de l’infarctus du myocarde comparativement à un microbiote provenant d’une diète enrichie en w-3 et que la prise de probiotiques permet de diminuer la taille de l’infarctus.

Keyphrases: Microbiote, Infacrtus du myocarde, Perméabilité intestinale
Sélection visuelle basée sur un phénotype migratoire, isolation et caractérisation de cellules uniques métastatiques

La caractérisation d’échantillons biologiques s’effectue très souvent au microscope optique. Or, il est techniquement difficile d’isoler quelques cellules rares parmi une culture hétérogène en se basant strictement sur des caractéristiques observables au microscope, comme la localisation, la morphologie ou le déplacement, car il n’existe pas nécessairement de marqueur moléculaire unique qui leur sont associés. Afin de répondre à cet enjeux, le laboratoire dans lequel j’ai effectué mon stage de maîtrise a récemment développé la Single Cell Magneto Optical Capture (scMOCa), qui utilise des réactifs communs et un laser de faible puissance pour attacher des billes ferromagnétiques à la membrane plasmique cellulaire et permet d’isoler magnétiquement les cellules d’intérêt. Le présent ouvrage rapporte l’application de la scMOCa à la migration de cellules métastatiques ainsi que les adaptations apportées à la technique nécessaires à la réalisation du projet. Notamment, le volume de cellules uniques capturé a été augmenté d’un facteur d’environ 250 grâce à l’automatisation de la technique et à l’étude du photoblanchiement de la fluorescéine, phénomène à la base de la scMOCa. Brièvement, l’expérience consiste à capturer les cellules uniques présentant les phénotypes migratoires les plus importants, définis par l’analyse de leur trajectoire, parmi une culture hétérogène de cellules métastatique. Les résultats de l’expérience démontrent une conservation des phénotypes migratoires après plusieurs mitoses. Aussi, l’expression génétique relative fait ressortir des gènes et groupes de gènes propres à la migration cellulaire.

Keyphrases: Cellule unique, isolation cellulaire, métastase, migration cellulaire, séquençage
Le rôle des importines dans le ciblage à la membrane nucléaire interne de la glycoprotéine M de l'herpès simplex de type 1

La glycoprotéine M (gM) est une protéine virale transmembranaire qui est conservée dans la famille des Herpesviridae. Malgré son rôle non essentiel in vitro chez la plupart des virus de la sous-famille des Alphaherpesvirinae, dont l’herpès simplex de type 1 (VHS-1), gM est impliquée à plusieurs étapes de leur cycle viral et sa déplétion entraine une diminution de la production virale. Pour effectuer ses diverses fonctions, gM est ciblée dynamiquement à plusieurs compartiments cellulaires au cours de l’infection, dont le noyau, le réseau trans-Golgi et la membrane plasmique. Chez le VHS-1, gM est la première glycoprotéine détectée aux membranes nucléaires, et ce, dès 4 heures après le début de l’infection. Des expériences effectuées précédemment dans notre laboratoire ont démontré que la localisation de gM au noyau à 4hpi est un processus actif, viral-dépendant et spécifique qui succède sa traduction au réticulum endoplasmique. Or, sa fonction au noyau n’est toujours pas élucidée, ni le mécanisme lui permettant d’atteindre ce compartiment tôt durant l’infection. D’ailleurs, aucun des partenaires d’interaction connus de gM n’a été identifié comme participant à ce ciblage, soulevant des questions quant au mécanisme utilisé par la glycoprotéine virale pour atteindre le noyau. Notre hypothèse est que gM emprunte le transport nucléocytoplasmique de la cellule pour être activement ciblée à la membrane nucléaire interne par l’intermédiaire des importines.  Afin d’étudier le rôle des importines dans la localisation de gM tôt dans l’infection, chaque importine a été déplétée par ARN interférent dans des cellules 143B. À la suite d’une infection de 4h, la localisation de gM a été déterminée par microscopie confocale suivie d’analyses qualitatives en 2D et en 3D. Les résultats obtenus suggèrent que les importines ne participent pas significativement au ciblage de gM aux membranes nucléaires à cette étape de l’infection. Ces observations ouvrent la porte à d’autres mécanismes de transport qui devront être étudiés afin de mieux comprendre le ciblage de gM à ce compartiment et, éventuellement, y déterminer son ou ses rôles dans le cycle viral de l’herpès.

Keyphrases: VHS-1, Glycoprotéine M, Transport nucléocytoplasmique, Importines, Membranes nucléaires, Protéines transmembranaires, Microscopie confocale, ARN interférents
The role of poly(C)-binding protein 1 in HSV-1 Infection

Lors de l'infection par le virus herpès simplex de type 1 (VHS-1), quatre types de capsides nucléaires sont créés : les procapsides et les capsides A, B, et C. Sur les quatre capsides, seules les capsides C contiennent de l'ADN viral et deviendront des particules infectieuses. Un niveau de régulation se produit lors de la sortie du noyau qui favorise la sortie d’es capsides C du noyau. Le mécanisme qui sous-tend ce phénomène est actuellement inconnu. Les recherches actuelles suggèrent que l'interaction entre la protéine virale pUL25 modifie la conformation de la couche hexamérique plane du complexe de sortie nucléaire (NEC) pour y introduire des pentamères et donc causer un arrondissement de la membrane et le bourgeonnement des capsides. Cependant, des questions subsistent quant à la manière dont les capsides A, B et C sont différenciées au sein du noyau pour assurer une sortie spécifique de la capside C puisque pUL25 se retrouve dans tous les types de capsides. Nous étudions ici comment les protéines de l'hôte peuvent agir dans la sortie nucléaire des capsides C. En se basant sur une étude précédente du laboratoire où la protéine hôte poly(C)-binding protein 1 (PCBP1) a été trouvée spécifiquement sur les capsides C par spectrométrie de masse, nous explorons le rôle de la PCBP1 dans l'infection par le VHS-1. À l'aide d’essaies de plaques, nous montrons que la PCBP1 est importante pour l'infection virale, car en son absence, les titres diminuent et lorsque la PCBP1 est sur-exprimée, les titres augmentent. Ce résultat ne semble pas être dû au fait que les PCBP1 affectent l'expression génique de sous-ensembles de gènes viraux immédiats précoces, précoces ou tardifs, ni qu'ils affectent la réplication du génome ou son encapsidation. La réduction des PCBP1 ne provoque pas d'accumulation de capsides ou de particules matures tel qu’évalué par la microscopie électronique, mais elle augmente le nombre de capsides B enveloppées dans l'espace périnucléaire (PNS). L'inhibition de PCBP1 diminue également le niveau de protéine pUL24, une protéine virale importante pour la sortie du virus du noyau. Nos résultats démontrent que la PCBP1 pourrait réguler l’activité de pUL24, de sorte que lorsque la PCBP1 est épuisée, pUL24 permet à plus de capsides B de se rendre dans l'espace périnucléaire. Cette recherche constitue un point de départ pour une analyse plus approfondie du mécanisme exact des PCBP1 dans les infections à HSV-1. En outre, elle pourrait fournir des indices importants pour élucider comment le pUL24 favorise la sortie du nucléaire.

Keyphrases: PCBP1, Sortie nucléaire, Virus de l'herpès simplex de type 1
Rôle du complexe LINC dans la propagation du virus de l’herpès simplex de type 1

Le VHS-1 est un modèle très utilisé pour l’étude du cycle viral et des interactions hôte-pathogène des Herpesvirdidae, en partie dû à sa capacité de se répliquer de façon rapide dans plusieurs types cellulaires. La transcription, réplication de l’ADN et la formation des capsides de ce virus se produisent dans le noyau cellulaire. Une fois les capsides formées, elles doivent sortir du noyau pour continuer le cycle. Cependant, les capsides sont trop grandes (125 nm) pour passer à travers les pores nucléaires, dont la taille d’exclusion est de 40 nm, et elles entament alors un processus d’enveloppement dé-enveloppement à travers les deux membranes nucléaires. Le complexe LINC (de l’anglais Linker of the Nucleoskeleton and Cytoskeleton) est un complexe qui se retrouve dans les membranes nucléaires et l’espace périnucléaire. Il sert de liaison entre le noyau et le cytoplasme et, parmi ses fonctions on retrouve le maintien d’un espace périnucléaire constant, le positionnement du noyau et la transmission de forces entre le noyau et le cytoplasme. Le complexe LINC est composé par les protéines de la famille SUN et par les protéines de la famille KASH, qui interagissent physiquement l'une avec l'autre. L'implication du complexe LINC dans la propagation du virus de la pseudo-rage (PrV) a déjà été démontrée. Étant donné que le PrV fait partie de la même famille de virus que le VHS-1, notre hypothèse est que le complexe LINC joue aussi un rôle dans la propagation du VHS-1. Mes travaux démontrent que la surexpression d'une forme négative dominante de SUN2 ou sa déplétion montre un effet proviral sur la propagation du VHS-1. Ce résultat diffère de ce qui a été précédemment constaté pour le PrV en ce sens que SUN2 est antiviral pour le PrV. Ceci confirme notre hypothèse, mais démontre un scénario plus complexe qu'anticipé.

Keyphrases: VHS-1, Enveloppe nucléaire, SUN, KASH, Surexpression et déplétion des protéines
Association entre la stéatose hépatique non alcoolique et les hyperchylomicronémies familiale et multifactorielle

La stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) est une affection du foie qui est causée par l’accumulation hépatique de triglycérides. Elle présente plusieurs degrés qui vont de la stéatose hépatique seule à la stéatohépatite avec fibrose. L’obésité et les autres éléments du syndrome métabolique, dont le diabète et l’hypertriglycéridémie, sont des facteurs de risque importants de la NAFLD, laquelle touche entre 20% et 29% des Canadiens. Ces statistiques sont alarmantes, surtout en sachant qu’aucun traitement n’est actuellement disponible pour cette condition et prenant compte de l’augmentation de la prévalence de l’obésité. La lipoprotéine lipase (LPL) hydrolyse les triglycérides contenus dans les lipoprotéines de très basse densité (VLDL) et dans les chylomicrons. La LPL est très souvent régulée à la baisse dans le syndrome métabolique de sorte que certains patients présentent des taux de triglycérides sanguins de plus de 10 mmol/L, comme les patients avec hyperchylomicronémie multifactorielle (MCS pour multifactorial chylomicronemia syndrome). Les chylomicronémies comprennent également celle causée par une déficience totale en LPL, appelée l’hyperchylomicronémie familiale (FCS pour familial chylomicronemia syndrome). La FCS et la MCS sont ainsi deux dyslipidémies caractérisées par une hypertriglycéridémie sévère, laquelle est associée à un risque augmenté de pancréatites. Toutefois, alors que la FCS est monogénique, la MCS est multifactiorielle et liée directement à l’expression du syndrome métabolique avec une influence importante de l’environnement. Les résultats de ce mémoire comparent l’expression de la NAFLD chez les patients atteints de FCS et MCS. L’évaluation par élastographie impulsionnelle de l’expression de la NAFLD a été effectuée chez 18 patients FCS et 18 patients MCS, appariés pour l’âge et le sexe. Des résultats du paramètre d’atténuation contrôlé (CAP) ≥ 280 dB/m, suggérant une NAFLD, ont été rencontrés chez 50% des FCS et 83,3% des MCS. La différence entre les degrés de stéatose hépatique chez les deux groupes est significative avec une valeur de p de 0,03. De plus, seulement 22,2% des patients FCS avec NAFLD sont obèses comparativement à 71,4% chez les patients MCS (p=0,001). Il est aussi intéressant de relever que les patients FCS présentent une NAFLD même en présence d’un indice de masse corporelle très faible (IMC < 18 kg/m2). Par ailleurs, le score de CAP chez les FCS serait négativement corrélé avec le nombre de 2 pancréatites aigues (p=0,004). Notre étude démontre que la NAFLD est fréquemment observée chez les patients FCS et chez les patients MCS. De plus, la NAFLD s’exprimerait indépendamment de l’IMC chez les patients FCS, contrairement à ce que l’on observe chez les patients MCS. Finalement, la NAFLD chez les patients FCS pourrait être associée à une fréquence plus faible de pancréatites aigues.

Keyphrases: Hyperchylomicronémie, dyslipidémie, triglycérides, syndrome de chylomicronémie familiale, stéatose hépatique, fibrose hépatique, élastographie impulsionnelle, Familial chylomicronemia syndrome
Les corrélats du sexe et du genre dans les différences sexuelles du fonctionnement cognitif : une étude exploratoire

Les corrélats de la cognition sexuellement dimorphique demeurent partiellement compris puisque plusieurs variables de nature psychosociale et biologique modulent de façon synergique ces habiletés cognitives. Les corrélats du sexe et du genre dans le fonctionnement cognitif sexuellement dimorphique ont été évalués dans un échantillon d’individus âgés de 18 à 45 ans (N=87) et d’orientations sexuelles diverses. Les hormones sexuelles (estradiol, testostérone et progestérone) ont été mesurées par le biais d’échantillons de salive à quatre temps de mesure différents lors du paradigme expérimental. Les rôles de genre, l’orientation sexuelle et les variables sociodémographiques ont été évalués par l’entremise de questionnaires auto-rapportés. La contraception étant source importante de variation, a été prise en compte via des questionnaires auto-rapportés. Les participants ont complété une tâche de rotation mentale, de fluidité verbale ainsi que le Trier Social Stress Test par la suite. Le volet de réactivité au stress était un volet des de ce paradigme de recherche, mais pas un objectif de la présente étude puisque cette question a été investiguée dans des études précédentes. Les hommes ont mieux performé à la tâche de rotation mentale que les femmes alors qu’aucune différence significative n’a été démontrée pour la tâche de fluidité verbale. Des associations significatives et positives ont été observées entre l’estradiol et la performance de fluidité verbale pour les femmes naturellement cyclées comparativement à celle utilisant des contraceptifs oraux, mais pas pour la progestérone et la testostérone. En contrôlant pour les hormones sexuelles, un effet d’interaction significatif entre le sexe et les rôles de genre a été identifié démontrant que les femmes s’identifiant comme masculines performaient mieux à la tâche de rotation mentale que les autres groupes de femmes. Ces résultats exploratoires suggèrent un effet principalement conduit par le sexe et les hormones sexuelles sur la performance cognitive qui pourrait également être influencé par des facteurs psychosociaux.

Keyphrases: cognition sexuellement dimorphique, différences sexuelles, hormones sexuelles, orientation sexuelle, rôles de genre