NCube/papyrus huggingface dataset:
Impact des changements climatiques et de la variabilité génétique sur le développement et la virulence du nématode à kyste du soya (Heterodera glycines)

Les invasions biologiques dans les agroécosystèmes engendrent de lourdes pertes économiques. Parmi les nombreuses espèces en cause, on retrouve les nématodes phytoparasites, vers microscopiques s’attaquant principalement aux racines. Présent dans tous les principaux pays producteurs de soya, le nématode à kyste du soya (NKS), Heterodera glycines, serait à lui seul responsable annuellement de plusieurs milliards de dollars de pertes. La rotation avec des cultivars résistants est le moyen le plus efficace de contrôler les populations de NKS, mais la surutilisation des mêmes lignées a conduit à la sélection d’individus virulents et mené à leur inefficacité. À ce jour, les mécanismes ainsi que les gènes de virulence associés au contournement de la résistance continuent de mystifier les scientifiques. Dans cette thèse, les effets des changements climatiques sur la reproduction et l’établissement du NKS ainsi que sur la phénologie de son hôte, le soya, ont été étudiés. Le premier modèle bioclimatique simulant le cycle de vie du NKS et du soya a été développé. Il a démontré que le nématode peut déjà se reproduire dans toutes les régions du Québec et que la hausse attendue des températures dans le futur proche (2041-2070) permettrait au NKS de pratiquement doubler le nombre de générations produites par saison de croissance dans toutes les régions. De plus, la production de soya issu du groupe de maturité I pourrait s’étendre à toutes les régions du Québec d’ici 2070. Une étude sur la distribution de la variabilité génétique entre 64 populations américaines et ontariennes et les gènes associés à diverses composantes bioclimatiques et leur rôle dans l’adaptation a également été réalisée. Celle-ci a révélé que la diversité génétique était très élevée entre les populations et qu’un flux de gène continu aurait facilité l’adaptation du NKS à diverses conditions bioclimatiques et son établissement dans toutes les régions nord-américaines où l’on produit du soya. Finalement, cette thèse présente l’analyse des génotypes du NKS et des gènes différentiellement exprimés sur des plants de soya résistant (Peking et PI88788) et sensible (Essex). En plus d’identifier plusieurs protéines liées à la virulence, cette étude a permis de mettre en évidence une région génomique sous forte pression évolutive. Cet îlot génique contient plusieurs répétitions en tandem qui ont divergé et dont certaines sont maintenant utilisées de façon sélective pour le contournement de différents types de résistance.

Keyphrases: Nématode à kyste du soya, Soya, Modélisation bioclimatique, Variabilité génétique, Isolation par la distance, Adaptation, Sélection, Séquençage de génome complet, Gènes différentiellement exprimés
Étude de cas de substitution de solvant pour le nettoyage de disjoncteurs haute tension

Cet article présente une étude de substitution d’un solvant utilisé pour le nettoyage de graisse de silicone lors de la maintenance de disjoncteurs haute tension. Une méthodologie systématique de substitution en neuf étapes a été appliquée. Un comité de substitution a été mis en place. Le solvant Securo (mélange de trichloroéthylène, perchloroéthylène et hydrocarbures saturés) a été identifié comme la source de problèmes d’irritation des muqueuses relevés chez plusieurs travailleurs. Des mesurages ont mis en évidence un potentiel de surexposition. Par ailleurs, le trichloroéthylène et le perchloroéthylène sont classés comme cancérogènes. Des recherches documentaires et auprès de fournisseurs ont permis d’identifier sept substituts potentiels : OS-20 (octaméthyltrisiloxane), lactate d’éthyle, Varsol® 3139, Skysol (mélange d’hydrocarbures saturés et de MMB (3-méthoxy-3-méthyl-1-butanol)), Voltz Red (mélange d’hydrocarbures saturés et de d-limonène), Ultrasolv 221 (hydrocarbures saturés) et Teksol (mélange d’hydrocarbures saturés et de lactate de n-butyle). Des tests à petite échelle ont permis d’écarter quatre solvants sur la base d’évaporation trop lente ou de leur odeur. Les trois solvants Varsol® 3139, Skysol et OS-20 ont été sélectionnés pour une évaluation plus approfondie des aspects santé, sécurité et environnement. La recommandation finale a porté sur l’OS-20. Cette option n’a pas été retenue par l’entreprise pour des raisons économiques. Le solvant Skysol a été préféré. L’utilisation du rapport de danger de vapeur (« Vapour Hazard Ratio » (VHR)) a facilité la comparaison des options de substitution, bien qu’elle se heurte à l’absence de valeur limite d’exposition pour certaines substances comme le MMB.

Keyphrases: Substitution, Solvant, Disjoncteurs, Dégraissage, Rapport de danger de vapeur, Vapour hazard ratio
La trame sonore du film Baby Driver : une esthétique de musicalisation intensifiée

L’emploi de morceaux musicaux préexistants est une pratique cinématographique courante. Eu égard à l’évolution des modes de diffusion et de consommation de la musique en régime numérique, il semble intéressant d’étudier l’usage des musiques populaires dans le cinéma contemporain. Pour cela, cet article prend appui sur l’analyse du film Baby Driver (Edgar Wright, 2017). J’explore d’abord plusieurs propositions théoriques qui cherchent à penser le cinéma contemporain par le prisme de la musique. Grâce aux outils développés par les études cinématographiques, et en particulier à certains concepts forgés par Michel Chion pour étudier les sons, j’analyse ensuite la configuration audiovisuelle spécifique du film. Je termine en évoquant l’intérêt du film à documenter des usages et des pratiques médiatiques musicales contemporaines.

Keyphrases: Cinéma, Clips vidéo, Musicalisation, Umérique, Supports d’écoute, Diffusion / circulation / transferts, Mobilité
Gadamer, aesthetics and modernity

J’aborde ici la dimension exemplaire que revêt l’art pour l’herméneutique philosophique de Gadamer. Ce dernier souscrit sans doute à la thèse classiciste de Hegel selon laquelle l’art élève une prétention à la vérité qui a connu sa plus haute expression dans l’antiquité grecque, mais il refuse de concéder à Hegel qu’à l’époque moderne c’est désormais la philosophie qui assume cette prétention de manière privilégiée. Gadamer entend ainsi surmonter la perte de sens que connaît l’art à l’époque moderne, et il s’oppose à l’herméneutique romantique de Schleiermacher précisément pour cette raison. À l’encontre du diagnostic de Gadamer portant sur la subjectivisation de l’expérience artistique aux Temps Modernes, je fais intervenir W. Benjamin et sa compréhension du rôle constitutif de la « critique » dans l’art romantique pour faire contraste avec le modèle gadamérien d’accès à l’œuvre comme participation à un avènement de sens.

Keyphrases: Gadamer, Hegel, Benjamin, Walter, Classicisme, Romantisme, Critique
Évaluation objective structurée de l’animation du débriefing
(ÉOSAD) : traduction, adaptation et validation d’une rubrique

Contexte : Le débriefing en simulation clinique requiert des habiletés d’animation de la part des formateurs. Bien que des outils d’évaluation validés existent et pourraient servir à leur formation, ils sont uniquement disponibles en anglais et ne sont pas adaptés à la réalité québécoise. But : (1) Traduire une rubrique d’évaluation de la qualité de l’animation du débriefing (Objective Structured Assessment of Debriefing) en français et l’adapter au contexte québécois ; et (2) en tester la validité et la fidélité dans un contexte de formation en sciences infirmières. Méthodes : La rubrique a été traduite et adaptée par trois traducteurs indépendants. Des experts en simulation (n = 11) en ont validé le contenu selon une méthode Delphi modifiée. La rubrique traduite a été mise à l’essai auprès d’animateurs en simulation (n = 10) qui ont évalué la qualité de débriefings filmés (n = 16). Résultats : La rubrique présente une forte validité de contenu selon les experts et une forte validité concomitante en comparaison avec un score d’évaluation générale du débriefing. Les résultats pour les fidélités interjuges et test-retest montrent une variabilité dans l’attribution des scores par les animateurs de débriefing. Conclusion : La rubrique fournit un langage et des critères communs pour évaluer la qualité d’animation des débriefings. Elle pourrait servir de base à la formation des formateurs en précisant des critères de performance et des descripteurs reflétant différents niveaux de performance. Les qualités psychométriques observées suggèrent toutefois qu’une formation plus exhaustive et des modifications dans les descripteurs seraient nécessaires avant que la rubrique ne soit utilisée en contexte de recherche.

Keyphrases: Débriefing, Simulation, Outil d’évaluation, Formation des formateurs
La nucléation à partir de cristaux mixtes : une nouvelle approche pour augmenter la diversité polymorphique

Les composés qui existent sous de multiples formes cristallines sont qualifiés de polymorphiques. Les polymorphes ont la même composition, mais leurs structures et leurs propriétés peuvent varier significativement. Dans de nombreux domaines, les conditions de cristallisation des composés d’intérêt sont étudiées de façon exhaustive afin de générer autant de polymorphes que possible, à partir desquels le polymorphe le plus avantageux pour l’application souhaitée peut être sélectionné. Nous rapportons une nouvelle façon d’augmenter la diversité polymorphique basée sur la cristallisation induite par l’ensemencement à l’aide de cristaux mixtes. Nous rapportons également une nouvelle stratégie de cristallisation de composés fondus suspendus qui permet d’induire la formation de cristaux uniques qui sont trop instables pour être produits par des méthodes traditionnelles. Cette stratégie permet la résolution par diffraction des rayons X d’une plus large variété de structures cristallines. L’efficacité des méthodes présentées ci-dessus a été démontrée en les utilisant pour produire des cristaux uniques caractérisés par diffraction des rayons X de nouveaux polymorphes du composé ROY, une référence en matière de polymorphisme. Cela permet à ROY de regagner sa part de la position de composé le plus polymorphique dans la Cambridge Structural Database (CSD).

Keyphrases: ROY, Polymorphisme, Polymorphe, Ensemencement, Cristaux, Nucléation, Cristallisation, Polymorphism, Polymorph
Entre la philosophie et la science : le reconstructionnisme hermeneutique de J. Habermas

Cet article traite du déplacement théorique opéré par Habermas entre Connaissance et intérêt (1968) et la Théorie de l’agir communicationnel (1981). Connaissance et intérêt présentait un double volet théorique correspondant au couple « théorie traditionnelle et théorie critique » : 1- une description des intérêts de connaissance conçus comme invariants anthropologiques (les intérêts technique et pratique), et 2- une reprise du concept de « critique » propre à l’École de Francfort selon lequel la théorie est autoréférentielle au sens où elle doit être strictement contextualisée et viser la mise au jour de déterminations inaperçues. Ici, l’intérêt est émancipatoire et la psychanalyse en est une illustration. Connaissance et intérêt procédait donc à une répartition asymétrique des intérêts de connaissance en vertu de ces deux approches théoriques distinctes. Or, le passage à la théorie de l’agir communicationnel maintiendra ces deux approches, de façon renouvelée toutefois, conformément aux deux fonctions contenues dans la nouvelle définition du rôle de la philosophie : 1- « Platzhalter » et 2- « Interpret ».

Keyphrases: Habermas, Philosophie, Théorie traditionnelle, Théorie critique, Intérêts de connaissance, Agir communicationnel
Effet de la musique sur le stress chez des athlètes avec et sans commotions cérébrales

Les commotions cérébrales d’origine sportive préoccupent de plus en plus les experts; entre 20 à 40 % des athlètes subissent une commotion cérébrale chaque année au Québec. Parmi les nombreux impacts néfastes, les symptômes affectifs (p. ex., le stress et l’anxiété) font partie des complications les plus fréquentes. Ainsi, il est important de développer des techniques de gestion du stress adaptées au mode de vie des athlètes. En ce sens, la musique a été démontrée efficace pour réduire le stress, dû à ses propriétés relaxante et agréable. L’objectif de cette étude est d’explorer les effets de l’écoute musicale sur le stress induit expérimentalement chez les athlètes commotionnés et non commotionnés. Pour ce faire, quatre groupes d’athlètes (non commotionné musique, non commotionné silence, commotionné musique, commotionné silence) ont effectué le Test de stress social de Trier alors que des mesures autorapportées de stress ont été prises. Les résultats ne montrent pas de différence significative dans le patron de récupération du stress entre les groupes ayant écouté ou non de la musique. Cependant, il est intéressant de constater que les groupes d’athlètes ayant écouté de la musique durant la phase de récupération montrent un niveau de stress final inférieur à leur niveau de base. Par ailleurs, aucune différence n’a été observée entre les groupes d’athlètes avec et sans commotion cérébrale lors de l’induction et de la récupération du stress. Des recherches futures sont nécessaires afin d’approfondir ces résultats et de mieux comprendre comment la musique peut être utilisée comme outils aidant à réduire le stress dans le domaine sportif.

Keyphrases: Commotion cérébrale d'origine sportive, Stress, Musique, Neuropsychologie clinique, Athlètes, Music
De Max Weber à Heidegger : l'historiographie comme liquidation méthodique de l'histoire

Il peut paraître audacieux d’effectuer un rapprochement entre deux intellectuels aussi différents que Max Weber et Martin Heidegger, et ce même à propos de cette préoccupation commune qu’ils ont pour l’histoire. Weber aborde en vérité la question du point de vue de la méthodologie des sciences humaines, refusant de s’aventurer sur le terrain de la philosophie, alors que Heidegger traite de l’historialité dans le cadre d’une ontologie phénoménologique gravitant autour de la question de l’être. Mais c’est l’accent qu’ils mettent tous deux sur le concept de « possibilité » en histoire qui autorise le rapprochement, comme nous allons le voir.

Keyphrases: Histoire, Possibilité, Avenir, Futur passé
The philosopher-artist : a note on Lyotard's reading of Kant

Prenant appui sur Le Différend et sur d’autres textes de Lyotard, j’entends faire voir ce que ce dernier doit à Kant pour sa propre conception de la philosophie comme « critique ». Si Kant considère la critique et la doctrine comme étant deux étapes successives dans le discours philosophique, la philosophie de Lyotard ne vise pas, quant à elle, à établir une doctrine. C’est dire que Lyotard trouve son modèle de philosophie dans la Critique de la faculté de juger qui, contrairement aux deux autres Critiques, ne débouche pas sur une doctrine. En d’autres mots, Lyotard retient du kantisme le paradigme esthétique. Dans sa philosophie, aucune règle ni concept ne sont donnés à l’avance. Le philosophe se doit d’« inventer » la règle et en ceci il procède comme l’artiste. On se souvient de la définition kantienne du génie : ce talent (don naturel) qui donne sa règle à l’art.

Keyphrases: Lyotard, Kant, Philosophie, Différend, Critique, Esthétique, Art
Entre nature et liberté : le rôle des Lumières kantiennes

Le passage du §83 au §84 dans la Critique de la faculté de juger constitue à n’en pas douter un moment charnière dans l’architectonique de cette œuvre, dont l’une des motivations principales consiste à combler l’abîme qui sépare nature et liberté. Si la fin dernière (letzter Zweck) qu’assigne la nature à l’humanité comme espèce empirique réside dans le développement de la culture (§83), celle-ci rend sans doute apte à réaliser toutes sortes de fins, mais sans égard à la fin morale ultime (Endzweck) que doit atteindre l’humanité considérée du point de vue nouménal : la moralité (§84). Dans ce texte, je propose d’interpréter les Lumières kantiennes comme une instance médiatrice entre la nature et la liberté, entre la culture et la moralité. L’Aufklärung doit alors être comprise comme une critique de la culture qui se fonde sur une autonomie théorique pleinement assumée par l’individu, autonomie qu’il convient néanmoins de distinguer de l’autonomie de la volonté.

Keyphrases: Kant, Culture, Civilisation, Lumières, Aufklärung, Moralité
Corporalité en performance électroacoustique : une approche

Ce mémoire de maîtrise synthétise la démarche de recherche qui a mené à la création des œuvres audiovisuelles Interférences (String Network), DATANOISE et Pharmacologie, ainsi qu’à deux études de musique fixée. Ce texte propose une réflexion sur les possibilités d’utilisation des technologies numériques en temps réel, dans un contexte de performance électroacoustique. Il vise à développer des stratégies afin de pouvoir interpréter et incarner physiquement les musiques numériques. Les notions de risque, de collaboration et de symbolique en musique sont abordées. Ce mémoire défend la création de dispositifs audiovisuels spécifiques comme élément constituant de l’œuvre artistique. Il tend vers une corporalité de l’œuvre électroacoustique, par la recherche d’adéquation entre la nature des outils utilisés, l’attitude corporelle de l’interprète, la symbolique des éléments visibles, et le contenu de la composition musicale.

Keyphrases: performance, électroacoustique, dispositif audiovisuel, corporalité, interprétation, risque, collaboration, performance
Étude de la voie de signalisation du facteur de croissance épidermique HB-EGF et de son récepteur dans la cellule β-pancréatique

Le diabète de type 2 (DT2) est caractérisé par une résistance à l’action de l’insuline et une dysfonction des cellules β pancréatiques. Il apparait lorsque la cellule β devient incapable d’augmenter sa masse fonctionnelle afin de compenser la résistance périphérique à l’action de l’insuline. L’identification de molécules capables de stimuler la réplication des cellules β et ainsi de préserver leur masse fonctionnelle aurait donc un intérêt thérapeutique majeur. Nous avons établi un modèle d’excès de nutriments in vivo chez le rat, dans lequel nous avons observé qu’une augmentation de la prolifération des cellules β associée à une augmentation de l’expression du facteur de croissance « heparin-binding EGF-like growth factor » (HB-EGF). L’objectif de cette thèse était de valider l’effet mitogène du HB-EGF sur les cellules β de rats et humaines, puis d’identifier le mécanisme d’activation de la voie HB-EGF-EGFR.  Dans une première étude, nous avons démontré ex vivo que le facteur croissance HB-EGF stimule la prolifération des cellules β pancréatiques d’îlots isolés de rats et humains via l’activation de son récepteur EGFR. Nous avons également observé que la stimulation de la prolifération des cellules β de rats par le glucose nécessite l’activation de la voie de signalisation HB-EGF-EGFR par un mécanisme qui implique à la fois une augmentation de l’expression du gène codant pour HB-EGF via le facteur de transcription ChREBP, et l’activation du récepteur EGFR via une protéine de la famille des protéines Src tyrosine kinase.   Les cellules β des îlots humains étant réfractaires à la prolifération, il est essentiel de confirmer les résultats obtenus chez les rongeurs dans des tissus humains. Nous avons observé un effet mitogène d’HB-EGF sur les cellules β humaines. En revanche, nous n’avons pas pu détecter de manière reproductible un effet stimulant du glucose sur la prolifération des cellules β humaines. Notre deuxième étude a donc consisté à identifier la technique la plus appropriée pour mesurer la prolifération des cellules β humaines. Nous avons comparé systématiquement la mesure de la prolifération en réponse à divers stimuli par cytométrie en flux ou par immunohistochimie sur des îlots intacts ou dispersés. Nous avons testé trois facteurs mitogènes soit le glucose, l’HB-EGF et l’harmine.  Nous avons observé que l’HB-EGF et l’harmine stimulent la prolifération des cellules β et non β indépendamment de la méthode utilisée. En revanche, l’action mitogène du glucose semble être dépendante de la méthode.  En conclusion, nous avons d’abord démontré que l’effet mitogène du glucose nécessite l’activation de la voie de signalisation HB-EGF-EGFR. Ensuite, nous avons observé que la mesure de la prolifération des cellules β humaines par cytométrie en flux offre plusieurs avantages par rapport à l’immunohistochimie.

Keyphrases: Cellules β, Prolifération, Signalisation, Rat, Humain, HB-EGF, EGFR, Glucose, Harmine
Le rôle du gène suppresseur de tumeur Il17rd dans la carcinogénèse et la réponse immunitaire innée

Le récepteur D de l'interleukine-17 (IL-17RD), également connu sous le nom d'expression similaire aux gènes FGF (SEF), est un membre de la famille des récepteurs de l'IL-17 et une protéine carrefour qui régule principalement négativement les voies de signalisation mitogènes, comme la voie des MAP kinases ERK1/2 et la signalisation immunitaire innée. Au vu du nombre grandissant d’évidences montrant que l'expression d’IL-17RD est régulée à la baisse dans une variété de tumeurs solides, nous et d'autres équipes avons émis l'hypothèse qu'elle pourrait exercer des fonctions de suppression de tumeur. Cependant, le rôle d’IL-17RD dans la biologie tumorale reste à étudier in vivo. Dans une première étude, en combinant l’analyse d’une cohorte longitudinale de vieillissement et d’un modèle de cancer colorectal associé à la colite, nous avons découvert qu’IL-17RD est un véritable gène suppresseur de tumeur in vivo. Nous avons constaté que la perturbation génétique d’Il17rd entraîne une augmentation de la formation de tumeurs dans les deux modèles. De manière intéressante, le développement d'une tumeur dans le modèle de cancer colorectal associé à la colite a été associé à une réponse inflammatoire exacerbée. Parce qu'il est désormais généralement admis que l'inflammation et le cancer sont liés et que nous n’avons observé aucun changement dans la prolifération et l'activation de la voie des MAP kinases ERK1/2 dans les cellules épithéliales intestinales normales ou tumorales lors de l'inactivation génétique de l'IL-17RD, nos résultats établissent l'IL-17RD comme suppresseur de tumeur qui exerce sa fonction en limitant l'étendue et la durée de l'inflammation. Nous avons en outre montré que la perte d’IL-17RD accroît les signalisations du récepteur de type Toll et de l'IL-17A dans les cellules d'adénocarcinome du côlon. Dans une deuxième étude, nous avons évalué l'étendue du potentiel régulateur d'IL-17RD dans l'inflammation. Notre étude révèle qu'IL-17RD régule non seulement l'immunité innée médiée par le TLR et l'IL-17, mais inhibe également l'immunité innée antivirale médiée par les capteurs d'acide nucléique, à savoir la signalisation induite par RIG-I. Ces résultats établissent IL-17RD comme un nouveau régulateur de la réponse immunitaire innée antivirale. En conclusion, nos études sur le rôle d'IL-17RD dans la cancérogenèse et la signalisation immunitaire innée ont établi une fonction suppresseur de tumeur liée à une inflammation accrue in vivo et ont étendu sa fonction inhibitrice à la réponse cytoplasmique antivirale.

Keyphrases: IL-17RD, cancer colorectal, inflammation, inflammation et développement tumoral, immunité innée, signalisation des récepteurs cytoplasmiques aux acides nucléiques