NCube/papyrus huggingface dataset:
Modélisation de réseaux d'interactions des microARN et analyse et validation expérimentale de leurs boucles minimales avec des facteurs de transcription

Les microARN (miARN) sont de petits ARN non-codants qui répriment la traduction de leurs gènes cibles par hybridation à leur ARN messager (ARNm). L'identification de cibles biologiquement actives de miARN est cruciale afin de mieux comprendre leurs rôles. Ce problème est cependant difficile parce que leurs sites ne sont définis que par sept nucléotides. Dans cette thèse je montre qu'il est possible de modéliser certains aspects des miARN afin d'identifier leurs cibles biologiquement actives à travers deux modélisations d'un aspect des miARN. La première modélisation s'intéresse aux aspects de la régulation des miARN par l'identification de boucles de régulation entre des miARN et des facteurs de transcription (FT). Cette modélisation a permis, notamment, d'identifier plus de 700 boucles de régulation miARN/FT, conservées entre l'humain et la souris. Les résultats de cette modélisation ont permis, en particulier, d'identifier deux boucles d'auto-régulation entre LMO2 et les miARN miR-223 et miR-363. Des expériences de transplantation de cellules souches hématopoïétiques et de progéniteurs hématopoïétiques ont ensuite permis d'assigner à ces deux miARN un rôle dans la détermination du destin cellulaire hématopoïétique. La deuxième modélisation s'intéresse directement aux interactions des miARN avec les ARNm afin de déterminer les cibles des miARN. Ces travaux ont permis la mise au point d'une méthode simple de prédiction de cibles de miARN dont les performances sont meilleures que les outils courant. Cette modélisation a aussi permis de mettre en lumière certaines conséquences insoupçonnées de l'effet des miARN, telle que la spécificité des cibles de miARN au contexte cellulaire et l'effet de saturation de certains ARNm par les miARN. Cette méthode peut également être utilisée pour identifier des ARNm dont la surexpression fait augmenter un autre ARNm par l'entremise de miARN partagés et dont les effets sur les ARNm non ciblés seraient minimaux.

Keyphrases: microARN, Facteurs de transcription, Modélisation, Leucémie, miR-223, miR-363, Prédiction de cibles de microARN
Genomic variation in recombination patterns : implications for disease and cancer

Durant la méiose, il se produit des échanges réciproques entre fragments de chromosomes homologues par recombinaison génétique. Les chromosomes parentaux ainsi modifiés donnent naissance à des gamètes uniques. En redistribuant les mutations génétiques pour générer de nouvelles combinaisons, ce processus est à l’origine de la diversité haplotypique dans la population. Dans cette thèse, je présente des résultats décrivant l’implication de la recombinaison méiotique dans les maladies chez l’humain. Premièrement, l'analyse statistique de données de génotypage de familles québécoises démontre une importante hétérogénéité individuelle et sexe-spécifique des taux de recombinaisons. Pour la première fois chez l’humain, nous avons observé que le taux de recombinaison maternel diminue avec l'âge de la mère, un phénomène potentiellement impliqué dans la régulation du taux d’aneuploïdie associé à l’âge maternel. Ensuite, grâce à l’analyse de données de séquençage d’exomes de patients atteints de leucémie et de ceux de leurs parents, nous avons découvert une localisation anormale des évènements de recombinaison chez les enfants leucémiques. Le gène PRDM9, principal déterminant de la localisation des recombinaisons chez l’humain, présente des formes alléliques rares dans ces familles. Finalement, en utilisant un large spectre de variants génétiques identifiés dans les transcriptomes d’individus Canadiens Français, nous avons étudié et comparé le fardeau génétique présent dans les régions génomiques à haut et à faible taux de recombinaison. Le fardeau génétique est substantiellement plus élevé dans les régions à faible taux de recombinaison et nous démontrons qu’au niveau individuel, ce fardeau varie selon la population humaine. Grâce à l’utilisation de données génomiques de pointe pour étudier la recombinaison dans des cohortes populationnelles et médicales, ce travail démontre de quelle façon la recombinaison peut affecter la santé des individus.

Keyphrases: recombinaison génétique, séquençage, PRDM9, génétique des populations, leucémie
Études de réseaux d’expression génique : utilité pour l’élucidation des déterminants génétiques des traits complexes

Les traits quantitatifs complexes sont des caractéristiques mesurables d’organismes vivants qui résultent de l’interaction entre plusieurs gènes et facteurs environnementaux. Les locus génétiques liés à un caractère complexe sont appelés «locus de traits quantitatifs » (QTL). Récemment, en considérant les niveaux d’expression tissulaire de milliers de gènes comme des traits quantitatifs, il est devenu possible de détecter des «QTLs d’expression» (eQTL). Alors que ces derniers ont été considérés comme des phénotypes intermédiaires permettant de mieux comprendre l’architecture biologique des traits complexes, la majorité des études visent encore à identifier une mutation causale dans un seul gène. Cette approche ne peut remporter du succès que dans les situations où le gène incriminé a un effet majeur sur le trait complexe, et ne permet donc pas d’élucider les situations où les traits complexes résultent d’interactions entre divers gènes. Cette thèse propose une approche plus globale pour : 1) tenir compte des multiples interactions possibles entre gènes pour la détection de eQTLs et 2) considérer comment des polymorphismes affectant l’expression de plusieurs gènes au sein de groupes de co-expression pourraient contribuer à des caractères quantitatifs complexes. Nos contributions sont les suivantes :   Nous avons développé un outil informatique utilisant des méthodes d’analyse multivariées pour détecter des eQTLs et avons montré que cet outil augmente la sensibilité de détection d’une classe particulière de eQTLs.   Sur la base d’analyses de données d’expression de gènes dans des tissus de souris recombinantes consanguines, nous avons montré que certains polymorphismes peuvent affecter l’expression de plusieurs gènes au sein de domaines géniques de co-expression.   En combinant des études de détection de eQTLs avec des techniques d’analyse de réseaux de co-expression de gènes dans des souches de souris recombinantes consanguines, nous avons montré qu’un locus génétique pouvait être lié à la fois à l’expression de plusieurs gènes au niveau d’un domaine génique de co-expression et à un trait complexe particulier (c.-à-d. la masse du ventricule cardiaque gauche). Au total, nos études nous ont permis de détecter plusieurs mécanismes par lesquels des polymorphismes génétiques peuvent être liés à l’expression de plusieurs gènes, ces derniers pouvant eux-mêmes être liés à des traits quantitatifs complexes.

Keyphrases: Expression de gènes, Réseau de co-expression, Masse du ventricule gauche, Trait quantitatif complexe, Bio-informatique translationnelle, Génétique quantitative
Développement de tensioactifs à base d’acides biliaires pegylés pour des applications pharmaceutiques

Les acides biliaires sont reconnus comme des tensioactifs d’origine biologique potentiellement applicables dans le domaine pharmaceutique. Leurs structures en font une plateforme idéale pour l’obtention de nouvelles architectures polymères. Des composés synthétisés par polymérisation anionique de dérivés d’oxirane comme l’oxyde d’éthylène, offre des dérivés amphiphiles pegylés démontrant des propriétés d’agrégation intéressantes en vue d’une amélioration de la biocompatibilité et de la capacité d’encapsulation médicamenteuse. Une large gamme d’acides biliaires pegylés (BA(EGn)x) a été préparée avec comme objectif premier leurs applications dans la formulation de principes actifs problématiques. Pour cela, une caractérisation rigoureuse du comportement de ces dérivés (modulation de la longueur (2 < n < 19) et du nombre de bras (2 < x < 4) de PEG) en solution a été réalisée. Dans le but d’améliorer la biodisponibilité de principes actifs lipophiles (cas de l’itraconazole), des nanoémulsions spontanées, composées de BA(EGn)x et d’acide oléique, ont été développées. L’évaluation in vitro, de la toxicité (cellulaire), et de la capacité de solubilisation des systèmes BA(EGn)x, ainsi que les paramètres pharmacocinétiques in vivo (chez le rat), suggèrent une livraison contrôlée par nos systèmes auto-assemblés lors de l’administration orale et intraveineuse. Aussi, la synthèse de copolymères en blocs en étoile à base d’acide cholique pegylés a été effectuée par polymérisation anionique par addition d’un second bloc au caractère hydrophobe de poly(éther d’allyle et de glycidyle) (CA(EGn-b-AGEm)4). Selon le ratio de blocs hydrophiles-hydrophobes CA(EGn-b-AGEm)4, des réponses thermiques en solution (LCST) ont été observées par un point de trouble (Cp) entre 8 oC et 37 oC. Un mécanisme de formation d’agrégats en plusieurs étapes est suggéré. La thiolation des allyles des PAGE permet une fonctionnalisation terminale à haute densité, comparable aux dendrimères. Les caractérisations physico-chimiques des CA(EGn-b-AGEm-NH2)4 et CA(EGn-b-AGEm-COOH)4 indiquent la formation de structures auto-assemblées en solution, sensibles à la température ou au pH. Cette fonctionnalisation élargie le domaine d’application des dérivés d’acides biliaires pegylés en étoile vers la transfection d’ADN, la livraison de siRNA thérapeutiques ou encore à une sélectivité de livraison médicamenteux (ex. sensibilité au pH, greffage ligands).

Keyphrases: Acides biliaires, PEG, Polymère en étoile, Polymérisation anionique, Système de relargage de médicaments, itraconazole
Le Théâtre-forum : pour une délibération sous le signe de la reconnaissance?

Cette recherche explore le Théâtre-forum comme support méthodologie d’un espace délibératif pour discuter des tensions sociales liées à la coprésence au centre-ville de Montréal entre des personnes en situation de rue et leurs voisins domiciliés. L’argument au cœur de la problématique repose sur les taches aveugles de la délibération: dans les forums de quartier, les inégalités sociales se traduisent par des inégalités délibératives au désavantage des personnes sans adresse en défaut d’autorité épistémologique en raison de leur statut; ces inégalités délibératives reproduisent le déni de reconnaissance qui traverse l’expérience relationnelle de ces personnes. Le Théâtre-forum est issu du Théâtre de l’opprimé : une pratique d’intervention théâtrale conçue par Augusto Boal durant la dictature au Brésil comme dispositif émancipateur pour les groupes opprimés. Le Joker incite les membres de l’auditoire à devenir Spect-acteurs par les remplacements du protagoniste, et ce, afin de surmonter son oppression. Ainsi, cette projection dans les chaussures du protagoniste-itinérant facilite-t-elle ce passage de l’indignité à la reconnaissance pour les personnes en situation de rue? L’échange théâtral peut-il ouvrir la voie vers la reconstruction d’un lien intersubjectif entre personnes sans adresse et domiciliés, intersubjectivité qui au cœur-même des vertus délibératives et des principes fondateurs défendus par les théoriciens de la reconnaissance comme Honneth et Renault?

Keyphrases: Théâtre-forum, Délibération, reconnaissance, itinérance
Le cinéma des Premières Nations du Québec et des Inuit du Nunavut : réappropriation culturelle et esthétique du sacré

Résumé Cette thèse de doctorat porte sur le cinéma envisagé comme un agent de réappropriation culturelle pour les Premières Nations du Québec et les Inuit du Nunavut. De manière plus spécifique, nous avons cherché à comprendre comment les peuples autochtones et inuit se servent d’un médium contemporain pour prendre la parole, revendiquer leurs droits politiques et réécrire une histoire ayant été jusqu’à récemment racontée selon le point du vue de médiateurs externes.  À cet effet, l’emprunt d’éléments propres aux méthodologies autochtones, autant dans la forme que dans le contenu, auront permis de faire ressortir un aspect particulier des cultures autochtones, soit la manifestation d’une pensée orale centrée autour de la notion du sacré.  La première partie de cette recherche est ainsi consacrée à la théorisation d’un sacré autochtone omniprésent dans toutes les sphères de leur quotidien, et qui se transpose à l’écran sous la forme d’une esthétique particulière, que nous nommons esthétique du sacré.             En outre, le visionnement et l’analyse de courts et de long-métrages autochtones et inuit ont fait ressortir avec force les principaux éléments d’une esthétique du sacré qui s’exprime entre autres à travers une éthique de travail privilégiant la collaboration communautaire et une écoute attentive de la parole de l’interlocuteur, ainsi qu’à travers la remédiation des récits issus de la tradition orale. Ainsi, l’exploration de l’œuvre documentaire d’Alanis Obomsawin met de l’avant l’importance du rôle joué par les femmes autochtones au sein de leurs communautés, celles-ci se présentant comme les principaux agents de changement et médiatrices de leur culture. Dans la même veine, l’étude du projet Wapikoni Mobile nous a permis d’esquisser un portrait nouveau de la jeunesse autochtone, les œuvres réalisées par ces cinéastes néophytes reflétant l’importance pour eux de réactualiser la tradition tout en nourrissant des liens de confiance avec leurs aînés, ces gardiens de la mémoire. Enfin, le dernier chapitre portant sur l’élaboration d’une nouvelle cinématographie inuit démontre comment le cinéma est un outil apte à  traduire avec justesse les subtilités présentes dans les récits issus de la tradition orale.

Keyphrases: Cinéma autochtone et inuit, Esthétique du sacré, Tradition orale, Langues autochtones, Pratiques orales du cinéma, Méthodologie autochtone, Analyse filmique, Réappropriation culturelle
Emergencies and arbitrary coercion

Cette thèse jette un œil sceptique sur plusieurs théories courantes de l’état d’urgence. La plupart de ces théories de l’état d’urgence présupposent que la notion d'une « urgence » est claire, conceptuellement et pratiquement. J'argue que ceci n'est pas le cas et que cette certitude mal placée produit des problèmes pratiques et conceptuels avec ses théories. De plus, cette thèse démontre que cette certitude mal placée dans la clarté du concept de l'urgence mène les autorités gouvernementales à agir arbitrairement plutôt que selon des principes libéraux et démocratiques pendant des états d’urgence. Contre cette certitude mal placée et contre plusieurs théories contemporaines influentes des états d'urgence, j'offre une théorie rigoureuse et analytique du concept de l’« urgence. » Une fois que le concept de l'urgence est défini, et que cette conception est défendue, la thèse démontre les diverses manières dont les malentendus du concept, mènent aux utilisations arbitraires (de la puissance monopole de l'état) en situation d’urgence. En considérant les états d’urgences, comme événements rares, la thèse évite la tentation de les considérer comme événements  exceptionnels  capable  de fragmenter l'ordre politique établi (comme d’autres théories le font). La thèse argue que les mesures prises par le gouvernent  pendant  l’état  d’urgence  devraient  être  compatibles  plus généralement avec les valeurs démocratiques et libérales. En rejetant l'idée que les états d'urgence sont des événements exceptionnels, la thèse crée un espace conceptuel dans lequel des propositions plus constructives concernant la gestion des états d'urgence peuvent être entendues. De plus, en analysant les diverses manières dont les autorités gouvernementales utilisent leur forces de façon arbitraire pendant les états d’urgence, la thèse argue clairement pour la supervision institutionnelle accrue en ce qui concerne les procédures d’urgence et leur déploiement pendant des états d'urgence. En conclusion, la thèse argue que les démocraties libérales n'ont pas besoin de craindre les états d’urgences tandis que les démocraties libérales ont déjà les ressources requise pour administrer les états d’urgence. Contrairement à ce que d’autres théories l’état d'urgence recommandent, les démocraties libérales  ont  déjà  les ressources institutionnelles et conceptuelles pour administrer les états d’urgences.

Keyphrases: philosophie, état, urgence, démocratie, libéralisme, arbitraire, pouvoir, éthique, politique, concept, concept
Labour, industries and the politics of immigration

Cette thèse par articles examine les causes et conséquences économiques des politiques d'immigration du point de vue des pays receveurs.  Je soutiens que les politiques d'immigration affectent la composition industrielle, et que l'immigration non-qualifiée a ralenti le développement des secteurs haute-technologie dans les pays de l'OCDE au cours des dernières décennies.  Néanmoins, les gouvernements élus ont des incitatifs à accroître les niveaux d'immigration et à admettre des immigrants non-qualifiés, afin de conserver l'appui du secteur privé, et de façon à éviter les réactions négatives qui résulteraient de l'affaiblissement des industries traditionnelles.    Le premier article s'appuie sur un modèle de progrès technologique endogène et soutient que les activités de recherche des entreprises croissent avec l'offre relative en travail qualifié, et se contractent avec l'offre relative en travail non-qualifié.  À l'aide de données panel sur les pays de l'OCDE entre 1971 et 2003, j'estime l'élasticité des dépenses en R&D par rapport à l'offre relative de facteurs au moyen d'un modèle OLS dynamique (DOLS).  Les résultats sont conséquents avec les propositions théoriques, et je démontre que l'immigration non-qualifiée a ralenti l'intensité des investissements privés en R&D.     Le deuxième article examine la réponse des gouvernements fédéraux canadiens au lobbying des entreprises sur l'enjeu de l'immigration, à l'aide de données trimestrielles entre 1996 et 2011.  J'argue que les gouvernements ont des incitatifs électoraux à accroître les niveaux d'immigration malgré les préférences restrictives du public sur cet enjeu, afin de s'assurer de l'appui des groupes d'intérêt corporatifs.  Je teste cet argument à l'aide d'un modèle vectoriel autorégressif.  Un résultat clé est la réponse positive des influx de travailleurs temporaires à l'intensité du lobbying des entreprises.    Le troisième article soutient que les gouvernements ont des incitatifs à gérer la sélection des immigrants de façon à préserver la composition industrielle régionale.  Je teste cet argument avec des données panel sur les provinces canadiennes entre 2001 et 2010, et un devis de recherche basé sur l'approche des doubles moindres carrés (two-stage least squares).  Les résultats tendent à appuyer l'argument principal : les provinces dont l'économie repose davantage sur des industries traditionnelles sont susceptibles de recevoir une plus grande proportion d'immigrants non-qualifiés, ce qui contribue à renforcer cette spécialisation.

Keyphrases: R&D, Lobbying, Politiques d'immigration, R&D, Progrès technologique, Lobbying, Travailleurs temporaires, Composition industrielle, Théorème de Rybczynski, Travailleurs qualifiés
Insertion socioprofessionnelle des sortants de la formation agricole non formelle sur le marché de l’emploi au Burkina Faso et importance accordée à la production céréalière :
cas des sortants du centre de promotion rurale de Goundi

Au Burkina Faso comme ailleurs en Afrique et dans le monde, des enfants, des femmes et des hommes ont faim parce qu’ils n’arrivent pas à se procurer quotidiennement de la nourriture pour satisfaire leurs besoins énergétiques; ceci, en raison de la rareté et de la cherté des produits alimentaires de base dans ces pays.   Et pourtant, face à la prédominance de l’agriculture de subsistance, une bonne politique agricole et éducative avec des conditions de réalisation capables d’attirer les jeunes sortants vers la production principale des céréales, aliment de base de la plupart de ces pays, permettrait d’aboutir à l’autosuffisance et la sécurité alimentaires.   À travers l’analyse de l’efficacité externe du centre de promotion rurale (CPR) de Goundi au Burkina Faso, la présente recherche s’est appuyée sur les dimensions sociologique, sociopsychologique et psychoprofessionnelle pour identifier les déterminants contextuels et individuels dont la prise en compte dans les politiques agricoles et dans les formations professionnelles des jeunes agriculteurs pourrait aider les sortants à s’insérer mieux dans le domaine céréalier en tant qu’emploi principal.   Les principaux résultats indiquent : l’âge de sortie situé entre 21 et 34 ans, la situation matrimoniale, le genre, les rituels d’installation, les céréales en tant qu’aliment de base, l’accès à la terre et à l’équipement à la sortie du centre, le père, le promotionnaire, les épouses et les enfants comme facteurs significativement liés à l’insertion en emploi principal céréalier au plan sociologique et sociopsychologique. Au plan psychoprofessionnel, ce sont : l’autonomie, l’initiative, l’intimité, le courage, la volonté, l’industrie, la passion, la logique non marchande, la vision de continuité et le moi-idéal qui sont les principaux résultats. Le difficile accès à la terre, à l’équipement et aux intrants et les difficultés d’insertion en groupe et en famille constituent les obstacles de cette insertion.

Keyphrases: Insertion socioprofessionnelle, Centre de promotion rurale (CPR), Production principale céréalière, Identité personnelle, Identité professionnelle, Burkina Faso, Burkina Faso
Le diable à Küsnacht : psychanalyse jungienne des possessions

Constatant une lente érosion de la place du religieux dans nos sociétés modernes, ainsi qu'une construction - voire un bricolage - d'une foi et d’une pratique religieuses plus individualistes, cette recherche vise à porter un regard psychanalytique jungien sur les manifestations de possessions diaboliques en tant que miroir, s'il en est un, de ces errances religieuses. Quelle place les possessions ont-elles tenue à travers l’histoire des religions chrétiennes? Comment se manifestent et comment sont reçues aujourd'hui les pérégrinations du diable? Est-il possible qu'une lecture jungienne de ces phénomènes nous amène à réaffirmer l'inévitable dissociabilité de la psyché, et comment cette variable pourrait-elle permettre au clinicien de mieux comprendre et appréhender les phénomènes de possession? Ce travail de recherche se présente tout d’abord par une confrontation d’un clinicien à deux cas de possession diabolique dans son bureau, autour desquels s’articulent ensuite plusieurs volets qui permettent d’appréhender, chacun à leur façon, un des aspects des possessions diaboliques : l’aspect historique, psychiatrique, sociologique et enfin le volet plus spécifiquement jungien. Cette recherche se conclut sur un dernier cas clinique de possession à travers lequel l’ensemble des différents volets abordés permet au clinicien d’élaborer différemment la problématique des possessions, ainsi que leur contenu archétypal.

Keyphrases: Jung, Possession, Exorcisme, Diable, Psychologie jungienne, Trouble dissociatif