NCube/papyrus huggingface dataset:
Développement et optimisation des potentiels OPEP et simulations numériques de la protéine Huntingtine

Aux fondements de la vie, on retrouve les protéines qui agissent telles des nanomachines à l’échelle de la cellule. En effet, elles effectuent une immense diversité de tâches vitales à tout organisme vivant, allant de la transcription/traduction de l’ADN, au transport membranaire en passant par le métabolisme énergétique, etc. Les protéines sont des macromolécules composées de combinaisons des 20 acides aminés classiques. Sous l’effet des lois fondamentales de la physique, cette chaîne va se replier localement (structure secondaire) puis globalement (structure tertiaire). C’est cette dernière qui donne la fonction aux protéines et son étude se révèle donc primordiale. Les méthodes numériques offrent un complément indispensable à l’expérience pour la réalisation de cet immense défi. Ce mémoire s’articule autour de deux axes principaux. Le premier est l’étude du N-terminal de la protéine Huntingtine à l’aide de simulations numériques. Le second est l’optimisation et le développement de la famille de potentiel gros-grain OPEP.  La protéine Huntingtine est à l’origine du développement de la maladie d’Huntington et son N-terminal est crucial pour son agrégation et son interaction avec la membrane. Suite à la proposition d’un premier modèle expérimental du N-terminal de Huntingtine, nous avons déterminé son ensemble structurel, en solution et en membrane, à l’aide de simulations tout-atome et de techniques d’échantillonnage avancées. Les motifs structurels et interactions dominantes observés sont mis en relation avec les modèles détaillés de son agrégation et de son ancrage dans la membrane.  Finalement, les potentiels OPEP sont des potentiels gros-grain dont l’application s’est révélée un succès pour l’étude des protéines amyloïdes et pour la prédiction de structure tertiaire avec PEPFOLD. Le potentiel sOPEP fut optimisé sur de vastes ensembles de protéines avec comme résultat une amélioration de 25% au niveau des inégalités. La paramétrisation de sOPEP fut aussi testée à l’aide de simulation sur neuf protéines. En parallèle, nous développons le potentiel aaOPEP, qui portera la philosophie des potentiels OPEP en régime tout-atome. Ces potentiels sont intégrés à un code de dynamique moléculaire flexible qui permettra leur distribution.

Keyphrases: Potentiel gros-grain, OPEP, Protéine Amyloïde, Huntingtine, OPEP
Le problème du thumos et de l’engagement politique dans la République de Platon

L’engagement politique constitue pour Platon un problème dans sa tentative de déterminer les caractéristiques du dirigeant idéal dans la République. Conceptualiser les motivations qui sous-tendent l’attachement au bien commun des auxiliaires et des gardiens dans la cité idéale sera l’objet de cette recherche. Pour ce faire, nous concentrerons notre analyse sur le thumoeides, partie intermédiaire de l’âme dans la théorie psychologique de la tripartition.  Le thumoeides sous-tend des émotions morales, comme la réserve (aidos) et la colère, qui impliquent un rapport affectif de l’individu avec ses propres appétits et la sphère sociale qui l’entoure. Ce mémoire abordera l’un à la suite de l’autre les thèmes suivants : la définition du thumoeides comme motivation de l’âme tournée vers l’honneur, le rôle régulateur de la colère et de l’aidos vis-à-vis des appétits et de la sphère sociale, ainsi que l’influence de la musique et de l’éducation sur le thumoeides. Par cette démonstration, nous souhaitons mettre en lumière l’étroit lien qui existe pour Platon entre le thumoeides, la répression des appétits et l’attachement à la cité. C’est leur dynamique qui fonde psychologiquement la tâche politique de l’auxiliaire.

Keyphrases: Platon, thumoeides, aidos, colère, appétit, émotion, République (la), philosophie politique
Une exigence de réalité en perception

Pour Edmund Husserl et Maurice Merleau-Ponty, la perception est une voie d’accès fiable à la réalité. Confrontés à certains problèmes qui pourraient remettre en doute la fiabilité de la perception, ils argumentent en faveur de solutions en apparence analogues. En retraçant le détail de leurs solutions à deux de ces problèmes – la transcendance de l’objet et la possibilité de l’illusion –, l’objectif de ce mémoire sera de démontrer qu’il existe, en dépit de leur accord apparent, une opposition fondamentale dans leur manière d’envisager la perception. En effet, pour Husserl, la perception d’un objet réel et la perception d’un objet illusoire sont intrinsèquement indiscernables, et seule une différence contextuelle permet donc de les départager. Nous argumenterons qu’en adoptant cette position, c’est-à-dire en réduisant la différence entre l’illusion et la perception véridique à une simple différence contextuelle, Husserl révoque le privilège ontologique de l’acte perceptif : la perception n’est pas une voie d’accès fiable à la réalité, parce qu’elle est toujours, au final, potentiellement illusoire. Nous verrons cependant que Merleau-Ponty permet de sortir de cette impasse en expliquant qu’il y a une bel et bien une différence intrinsèque entre l’illusion et la perception véridique. Ce faisant, Merleau-Ponty parvient à démontrer la primauté ontologique de l’acte perceptif. Mieux que Husserl, Merleau-Ponty est dès lors à même de montrer en quoi et comment la perception est une voie d’accès fiable à la réalité.

Keyphrases: Husserl, Merleau-Ponty, Phénoménologie, Perception, Illusion, Transcendance, Philosophie
Modélisation pharmacocinétique du rythme circadien

L’être humain est organisé selon une horloge interne d’une période d’environ 24 heures. La pharmacocinétique de certaines classes de médicaments est donc influencée par le rythme circadien. En effet, l’aire sous la courbe de la concentration en médicament en fonction du temps, la concentration maximale en médicament et le temps auquel on obtient la concentration maximale peuvent varier en fonction de l’heure à laquelle a été consommé le médicament. Le but de ce travail est de modéliser la variation de la concentration maximale de ces médicaments selon le moment de la journée auquel ils sont pris. On étudie d’abord un modèle présenté par Godfrey permettant de trouver la concen- tration en médicament en fonction du temps et tenant compte des variations circadiennes. Ce modèle ne permet pas d’illustrer les variations dans la concentration maximale selon le moment de la journée auquel le médicament est pris. Un nouveau modèle à deux com- partiments sera donc développé pour les trois modes d’absorption (orale, intraveineuse, intraveineuse bolus). Les systèmes d’équations différentielles résultants seront étudiés. L’effet de la variation des paramètres de phase sur la concentration maximale sera aussi étudié. La preuve de l’existence des solutions, de leur unicité et de leur positivité sera faite en annexe.

Keyphrases: Modélisation mathématique, Équations différentielles, Pharmacocinétique, Rythme circadien, Modèles compartimentaux
Speech synthesis using recurrent neural networks

Les réseaux neuronaux récurrents sont des outils efficaces pour modeler les données à structure séquentielle. Dans ce mémoire, nous décrivons comment les utiliser pour la synthèse vocale. Nous commençons avec une introduction à l’apprentissage automatique et aux réseaux neuronaux dans le chapitre 1. Dans le chapitre 2, nous développons un gradient algorithmique stochastique automatique ayant pour effet de réduire le poids des recherches extensives hyper- paramétrées pour l’optimisateur. L’algorithme proposé exploite un estimateur de courbure du coût de la fonction de moindre variance, et utilise celui-ci pour obtenir un taux d’apprentissage adaptatif qui soit automatiquement calibré pour chaque paramètre. Dans le chapitre 3, nous proposons un modèle innovateur pour la génération audio inconditionnelle, basée sur la génération d’un seul  échantillon audio à la fois. Nous montrons que notre modèle, qui prend avantage de la combination de modules sans mémoire (notamment les perceptrons autorégressifs à plusieurs couches et les réseaux de neurones récurrents dans une structure hiérarchique), est capable de capturer les sources de variation sous-jacentes dans les séquences temporelles, et ce, sur de très longs laps de temps, sur trois ensembles de données de nature différente. Les résultats de l’évaluation humaine à l’écoute des  échantillons générés semblent indiquer que notre modèle est préféré à d’autres modèles de compétiteurs. Nous montrons aussi comment chaque composante du modèle contribue à ces performances. Dans le chapitre 4, nous présentons un modèle d’encodeur-décodeur focalisé sur la synthèse vocale. Notre modèle apprend à produire les caractéristiques acoustiques à partir d’une séquence de phonèmes ou de lettres. L’encodeur se constitue d’un réseau neuronal récurrent bidirectionnel acceptant des entrées sous forme de texte ou de phonèmes. Le décodeur se constitue, pour sa part, d’un réseau neuronal récurrent avec attention produisant les caractéristiques acoustiques. Par ailleurs, nous adaptons ce modèle, afin qu’il puisse réaliser la synthèse vocale de plusieurs individus, et nous la testons en anglais et en espagnol. Finalement, nous effectuons une réflection sur les résultats obtenus dans ce mémoire, afin de proposer de nouvelles pistes de recherche.

Keyphrases: Réseaux de neurones, Apprentissage automatique, Apprentissage de représentations profondes, Apprentissage de représentations, Synthèse vocale, Traitement du signal, Optimisation
Survey of Template-Based Code Generation

L'automatisation de la génération des artefacts textuels à partir des modèles est une étape critique dans l'Ingénierie Dirigée par les Modèles (IDM). C'est une transformation de modèles utile pour générer le code source, sérialiser les modèles dans de stockages persistents, générer les rapports ou encore la documentation. Parmi les différents paradigmes de transformation de modèle-au-texte, la génération de code basée sur les templates (TBCG) est la plus utilisée en IDM. La TBCG est une technique de génération qui produit du code à partir des spécifications de haut niveau appelées templates. Compte tenu de la diversité des outils et des approches, il est nécessaire de classifier et de comparer les techniques de TBCG existantes afin d'apporter un soutien approprié aux développeurs. L'objectif de ce mémoire est de mieux comprendre les caractéristiques des techniques de TBCG, identifier les tendances dans la recherche, et éxaminer l'importance du rôle de l'IDM par rapport à cette approche.  J'évalue également l'expressivité, la performance et la mise à  l'échelle des outils associés selon une série de modèles. Je propose une étude systématique de cartographie  de la littérature qui décrit une intéressante vue d'ensemble de la TBCG et une étude comparitive des outils de la TBCG pour mieux guider les dévloppeurs dans leur choix.   Cette étude montre que les outils basés sur les modèles offrent plus d'expressivité tandis que les outils basés sur le code sont les plus performants. Enfin, Xtend2 offre le meilleur compromis entre l'expressivité et la performance.

Keyphrases: Ingénierie dirigée par les modèles, Génération de code, Étude systématique de cartographie
Implémentation d'un langage fonctionnel orienté vers la méta programmation

Ce mémoire présente l'implémentation d'un nouveau langage de programmation nommé Typer. Typer est un langage fonctionnel orienté vers la méta programmation. Il a été conçu pour augmenter la productivité du programmeur et lui permettre d'écrire des applications plus fiables grâce à son système de types.  Pour arriver à ses fins, Typer utilise l'inférence de types et implémente un puissant système de macros.  L'inférence de types permet à l'utilisateur d'omettre certains éléments, le système de macros, quant à lui, permet de compléter le programme pendant la compilation  lorsque l'inférence n'est pas suffisante ou pour générer du code.  Typer utilise les types dépendants pour permettre à l'utilisateur  de créer des types très expressifs pouvant même être utilisés pour représenter des preuves formelles. De plus, l'expressivité des types dépendants permet au compilateur d'effectuer des vérifications plus approfondies pendant la compilation même.  Ces mécaniques permettent au code source d'être moins verbeux, plus concis et plus simple à comprendre, rendant, ainsi l'écriture de programmes  ou/et de preuves plus plaisante. Ces fonctionnalités sont implémentées dans l'étape que nous appelons l'élaboration, à l'intérieur de laquelle de nombreuses transformations du code source ont lieu. Ces transformations incluent l'élimination des aides syntaxiques, la résolution des identificateurs, l'expansion des macros, la propagation et l'inférence des types.

Keyphrases: Assistant à la preuve, Type dépendant, dependant type
Modélisation et maintien de l’engagement dans un environnement du jeu vidéo émotionnel

Les études récentes sur les Interactions Homme-Machine ont intégré la dimension émotionnelle dans l'évaluation de l'expérience de l'utilisateur. En effet, un nouveau courant de recherche est apparu à savoir l'informatique affective, qui a donné lieu à une nouvelle génération de jeux vidéo capables d'interagir avec l'utilisateur en prenant en considération ses émotions, appelée jeux vidéo affectifs. L’objectif principal de ces jeux est de garder le joueur engagé durant la session du jeu. Pour y arriver, le jeu vidéo doit mesurer et réguler l‘état émotionnel du joueur en ajustant ses différents composants. Malgré le nombre important des recherches qui visent à améliorer le processus de détection émotionnelle, toutes les mesures utilisées jusqu'à présent ont montré certaines limites à cause de la complexité d'interprétation du concept émotionnel. Dans le présent travail, nous proposons de mesurer et soutenir l'engagement mental du joueur dans un environnent de jeu vidéo. Nous avons d’abord développé une première version de jeu vidéo et nous avons conduit une première étude expérimentale pour mesurer l'engagement mental du joueur à partir d'un index d’engagement mental extrait des données de l’activité cérébrale du joueur et plus précisément l’électroencéphalographie (EEG). Nous avons ensuite développé une deuxième version de jeu vidéo capable de capter l'état d'engagement mental (engagé, désengagé) du joueur et de déclencher un ensemble de stratégies d'engagement. Finalement, nous avons réalisé une deuxième étude expérimentale pour vérifier la capacité de ces stratégies à corriger l'état de manque d'engagement (désengagement) à augmenter et à maintenir le niveau d'engagement du joueur durant le jeu.    Mots-clés : jeux vidéo, engagement mental, émotions, électroencéphalographie, stratégies d’engagement.

Keyphrases: Jeux vidéo, Engagement mental, Émotions, Électroencéphalographie, Stratégies d’engagement
Affects, médias, terrorisme

Dans ce mémoire, il sera question d’analyser l’affect du spectateur qui assiste, de plus en plus aujourd’hui, à un spectacle de la terreur et du terrorisme sans cesse mis en scène sur internet avant d’être relayé par les autres médiums (journaux, chaîne  infos, internet, réseaux sociaux). Pour mener à bien cette réflexion, il sera pertinent d’analyser les méthodes de diffusion des vidéos terroristes de n’importe quelle forme au sein de ces collectifs (propagande internet, amateur, télévisuelle) et d’expliquer comment elles s’imprègnent dans l’univers privatif et influent sur l’affect du spectateur qui réceptionne ces images. A partir de cette analyse, la discussion se resserrera sur le produit vidéo en lui-même, comment il faut le percevoir. Nous décortiquerons image, son et langage. La création, une mini-série télévisée dont nous écrirons seulement le pilote, aura un regard plus engagé et prendra position sur la société face aux extrémismes et au terrorisme, son implication et les conséquences de ses actes en se basant sur l’affect de plusieurs réseaux de personnages qui interviendront autour de la même intrigue. Voici son court résumé : « Alors qu'un pays européen voit son gouvernement passer à l'extrême droite, un collectif d'artistes, journalistes, politiques et citoyens se réunissent pour organiser une résistance souterraine dans le but de démasquer les véritables actions des nouveaux dirigeants. »

Keyphrases: Terreur, Terrorisme, Médias, Émotion, Algorithme, Propagande, Terror, Terrorism
La terreur de Fatal Frame : entre sacrifice et mort

Ce mémoire propose une analyse de l'expérience de la terreur au sein de la franchise Fatal Frame, et plus particulièrement dans Fatal Frame III : The Tormented (TECMO, 2005). Dans un premier temps, nous resituons ce jeu vidéo dans le genre du survival terror en nous penchant essentiellement sur les émotions qu'il engendre, soit la peur et la terreur. Nous employons une approche qui s'intéresse aux émotions du joueur dans son rapport avec l'image, le son, et la jouabilité. C'est en abordant les tactiques de l'épouvante relevées par le groupe de recherche du LUDOV que nous dressons un portrait de l'expérience et analysons les éléments constitutifs instiguant les émotions recherchées. Puis, il est question du rapport entre le joueur et les ressources offensives disponibles. Dans un second temps, nous examinons l'environnement du jeu tant dans sa construction que dans sa présentation. Afin de mieux comprendre ses influences sur les émotions du joueur, nous décomposons le récit tout en nous référant aux légendes urbaines et à la religion shintoïste. Finalement, nous développons au sujet de la figure du fantôme avec sa représentation horrifique et surtout, de la façon dont le joueur peut agir face à cette menace. La thématique de la hantise est examinée de plus près. Il est d'abord question de la hantise transmédiatique. Puis, la hantise transvidéoludique est abordée en tenant compte des liens entre les jeux de la franchise.

Keyphrases: Jeu vidéo, Fatal Frame, Peur, Terreur, Hantise, Rituel, Terror
Le triptyque oublié de Jan de Beer au Musée des beaux-arts de Montréal

Ce mémoire porte sur le triptyque de l’Adoration des Bergers (1510-1530) de Jan de Beer (1475-1538) présent dans les collections du Musée des beaux-arts de Montréal (MBAM) depuis 1975. Cet ouvrage se divise principalement en deux sphères primordiales de la discipline de l’histoire de l’art. Dans un premier temps, une recherche sur l’historique de l’œuvre a été réalisée et a permis de lever le voile sur des archives majeures qui renseignent sur le parcours de l’œuvre. Nos recherches permettent maintenant d’affirmer avec certitude le passage de l’œuvre en 1934 au château Galgoz des Erdődy, une famille aristocratique influente en Hongrie, en Slovaquie et en Croatie. De plus, l’inestimable contribution d’outremer d’Orsolya Bubryák a permis de découvrir le contrat de vente signé entre Vilmos Erdődy (1887-1959) et Theodor Fischer le 5 décembre 1934 à Vienne. À ceci s’ajoute la récupération du catalogue de vente de la « Grosse Auktion in Zürich » qui s’est déroulée du 2 au 5 juin 1937. Un intérêt est de ce fait porté au contexte historique, politique et économique dans lequel évolue la famille Erdődy avant la date charnière de 1934. Une lecture approfondie des lois et des recommandations du groupe spécial SAP (SAP Panel) nous éclaire sur les conditions et les possibilités d’une vente forcée. Dans un second temps, nous nous intéressons à l’iconographie et à l’iconologie du triptyque, un cadre théorique développé par Erwin Panofsky que nous utilisons tout au long de notre analyse. Nous avons pu constater comment les Révélations de Sainte Brigitte de Suède ont foncièrement influencé l’imagerie de l’Adoration des Bergers. Toutefois, Jan de Beer imprègne son retable d’un second discours, celui de l’aveuglement de l’humanité face à la lumière divine. Le déploiement d’un discours autre que celui relatif à l’Adoration des Bergers s’est glissé dans le symbolisme caché, et en s’introduisant, il témoigne d’une part du désir intime d’une relation directe avec Dieu, telle que prônée par les protestants quelques années avant le Concile de Trente, mais aussi, d’autre part, des idées de la culture humaniste, qui est une réflexion spirituelle sur le salut des âmes.

Keyphrases: Jan de Beer, Famille Erdődy, Château Galgoz, Iconographie, Symbolisme déguisé, Brigitte de Suède, Annonciation, Adoration des Bergers, Fuite en Égypte
«Prendre en considération l’état du Pays» : 1834, la mobilisation patriote dans le district de Montréal

Au Canada, la première forme de système politique comportant une assemblée de représentants élus a vu le jour à la fin du XVIIIe siècle. Dans l’ancienne colonie de la Nouvelle-France, une population qui n’avait jamais connu de démocratie auparavant s’est familiarisée avec la vie civique en moins de 50 ans. Ce mémoire porte sur une expérience de mobilisation populaire à la veille des Rébellions de 1837-1838. Il cherche plus précisément à comprendre les modalités mises en place dans le monde rural afin de canaliser l’appui populaire envers le Parti patriote dans le district de Montréal. Cet angle permet de faire ressortir la participation accrue des Canadiens lors de la période tendue qui suivit le dépôt des Quatre-Vingt-Douze Résolutions en 1834. Cette thèse se propose donc de montrer le lien entre la mobilisation politique et les pratiques émanant de la masse populaire. Ce mémoire démontre donc l’influence de la population paysanne du Bas-Canada dans la culture politique des patriotes et de ce fait, souligne les procédés que les individus ont mis en place au cours de leur apprentissage démocratique.

Keyphrases: mobilisation politique, Parti patriote, Bas-Canada, 92 résolutions, comité, pétitions
L'application du traité de Troyes, 21 mai 1420 : au-delà de l'échec, dix années de tentatives et d'efforts au royaume de France

Les termes du traité de paix entre Charles VI et Henri V qui est ratifié par les deux souverains à Troyes en mai 1420 sont plutôt clairs et paraissent aisément applicables : l’unique héritier de Charles VI, le dauphin Charles, est déshérité; Henri V, par le mariage qui l’unit à la fille du roi de France, Catherine, devient le nouveau successeur légitime de Charles VI et, lorsque celui-ci mourra, règnera sur le France et l’Angleterre sans toutefois unir les deux royaumes; le traité scelle aussi l’alliance entre la Bourgogne, l’Angleterre et la moitié nord de la France dans la guerre contre le parti armagnac que dirigie le dauphin Charles et qui contrôle la moitie sud, le royaume de Bourges.    Toutefois, lorsque la cérémonie de la cathédrale Saint-Pierre-et-Saint-Paul de Troyes se termine, la théorie du document se heurte à une réalité bien différente.  Alors que le traité prévoit une adhésion totale de la moitié nord de la France à la paix et la disparition politique du parti armagnac du dauphin Charles, c’est tout le contraire qui se produit : des mouvements d’opposition ou de résistance au traité et à l’autorité qu’il confère à Henri V comme héritier et régent de France surgissent de toute part et le parti du dauphin, bien loin de disparaître, tient tête à la « coalition » anglo-franco-bourguignonne.  À tout cela vient s’ajouter le décès prématuré, en août 1422, d’Henri V qui, lorsque Charles VI le suit dans la tombe en octobre de la même année, laisse les royaumes de France et d’Angleterre entre les mains d’un roi qui n’a pas encore un an.    Tous ces faits semblent bien signifier l’échec de la paix et les responsables chargés de l’appliquer en sont tout à fait conscients.  Il n’en demeure pas moins que la décennie qui suit la ratification du traité, malgré tout ce qui s’y oppose, est le théâtre d’une véritable tentative d’application de la paix de Troyes ou, du moins, des articles et des éléments de celui-ci que l’ont peut réellement mettre en pratique.

Keyphrases: Moyen Âge, Paix, Guerre de Cent Ans, Traité de Troyes, Application, Double monarchie, Royaume de Bourges, France anglaise, France française, France, Charles VI, Henri V, Henri VI, Jean de Bedford, Angleterre, Bourgogne, Philippe le Bon, Application, France, Charles VI