NCube/papyrus huggingface dataset:
La régulation des micro-ARNs dans les cancers de la langue mobile

L’objectif de ce projet vise à déterminer la valeur pronostique et les voies de signalisation oncogéniques associées à l’expression des micro-ARNs dans le carcinome épidermoïde de la langue mobile. De plus, nous évaluerons l’interaction entre les micro-ARNs identifiés et leurs gènes cibles potentiels. Nous avons réalisé un dépistage de micro-ARNs auprès de notre cohorte institutionnelle (n= 58 patients). Nous avons identifié cinq micro-ARNs à valeur pronostique, dont quatre se retrouvent co-exprimés (miR-18a, miR-92a, miR-103, et miR-205). L’analyse multivariée démontre que l’expression du miR-548b (p = 0.007) et du miR-18a (p = 0.004, représentatif des 4 micro-ARNs co-exprimés) sont des marqueurs pronostic indépendants du carcinome épidermoïde de la langue mobile. Ces trouvailles ont également été validées dans la cohorte TCGA (The Cancer Genome Atlas) (n=131) pour les 2 micro-ARNs (miR-548b; p = 0.027, et miR-18a: p = 0.001). L’analyse bio- informatique a permis d’identifier les gènes PTEN et ACTN4 comme cibles régulées directement par les 4 micro-ARNs co-exprimés ainsi que le miR-548b, respectivement. De plus, nous observons des corrélations significatives entre les 5 micro-ARNs identifiés et leur gènes cibles respectifs. Ces dernières ont été validées auprès des deux cohortes à l’étude (miR-18a/PTEN: p < 0.0001; miR-92a/PTEN: p = 0.0008; miR-103/PTEN: p = 0.008; miR-203/PTEN: p = 0.019; miR-548b/ACTN4: p = 0.009).

Keyphrases: Langue, Carcinome épidermoïde, Micro-ARN, PTEN, ACTN4
Impact du statut nutritionnel sur la qualité de vie des patients atteints de carcinomes épidermoïdes de la tête et du cou

Mise en contexte: Les cancers de la tête et du cou, ainsi que les effets secondaires reliés à leurs traitements, prédisposent les patients à la malnutrition. Celle-ci représente une cause importante de morbidité et mortalité. Cependant, des incertitudes persistent quant à son impact sur la qualité de vie. Objectif: L’objectif de cette étude est d’évaluer le statut nutritionnel des patients traités pour un carcinome épidermoïde de la tête et du cou ainsi que leur impact sur la qualité de vie à quatre mois et un an après leur diagnostic. Méthodes: Les données de statut nutritionnel, tel que mesurées par l’IMC, la perte de poids, l’albumine et la pré-albumine, ont été collectées avant le début des traitements. La qualité de vie a été évaluée prospectivement à l’aide du questionnaire University of Washington Quality of Life Questionnaire, à trois occasions : avant le début du traitement, quatre mois plus tard et à un an. Un total de 155 patients traités pour un carcinome épidermoïde de la tête et du cou ont été examinés à partir de cette banque de données prospectives. Une régression linéaire multiple a été utilisée pour l’analyse statistique. Résultats: Avec ajustement pour l’âge, le sexe, le stade de cancer, le type de traitement, les comorbidités et la qualité de vie prétraitement, un plus faible IMC est associé avec une moins bonne qualité de vie globale à un an après le diagnostic (p=0,03). Aucune association n’a été démontrée entre les marqueurs nutritionnels et la qualité de vie à quatre mois après le diagnostic. Conclusion: L’évaluation du statut nutritionnel est une composante essentielle des soins des patients atteints de cancers de la tête et du cou, puisque la malnutrition est corrélée à une moins bonne qualité de vie à long terme.

Keyphrases: statut nutritionnel, qualité de vie, cancer de la tête et du cou, carcinome épidermoïde, quality of life
Impact de l’ajout de glutathion à la nutrition parentérale sur la synthèse protéique chez le cochon d’Inde

La nutrition parentérale (NP) est essentielle pour des enfants ayant des troubles intestinaux sévères. Toutefois, elle est associée à des effets secondaires importants. Les peroxydes contaminants la NP limitent l’utilisation de la méthionine comme précurseur de cystéine. Une déficience en cystéine est suggérée par un niveau de glutathion abaissé, limitant la détoxification des peroxydes, et contribuant davantage au stress oxydant. Hypothèse : La déficience en cystéine induite par la NP conduit à une synthèse protéique sous-optimale, particulièrement chez des enfants en croissance. Objectif : Démontrer chez l’animal qu’une supplémentation de la NP en glutathion (GSSG) en tant que procystéine, facilite la synthèse protéique et réduit le stress oxydant. Méthodologie : Des cochons d’Inde d’un mois de vie étaient nourris exclusivement par NP+/-GSSG via un cathéter jugulaire. Un groupe d’animaux nourris avec de la nourriture régulière servit de témoins. Au troisième jour de NP, de la leucine tritiée fut infusée pour évaluer la synthèse protéique. Au cinquième jour, l’hémoglobine, l’urée, le glutathion dans différents organes et l’incorporation protéique au muscle ont été déterminés. Résultats : L’incorporation protéique de radioactivité était de 57% plus élevée chez les NP+GSSG (p<0,05). La concentration réduite en protéines plasmatiques chez le groupe NP (p<0,01) fut élevée au niveau des témoins par l’ajout de GSSG. La présence de GSSG dans la NP a prévenu l’augmentation des marqueurs de stress oxydant observée chez le groupe NP (p<0,01). Conclusion : Enrichir la NP en glutathion pour prévenir une déficience en cystéine représente une méthode simple pour maintenir la synthèse protéique et réduire le stress oxydant chez les individus en croissance.

Keyphrases: nutrition parentérale, glutathion, stress oxydant, synthèse protéique, peroxyde, pédiatrie
La fonction protectrice des acides gras oméga-3 dans la neuroinflammation et les comportements anxio-dépressifs induits par l’obésité et l’implication du récepteur GPR120

Introduction: L'obésité peut provoquer un statut pro-inflammatoire dans plusieurs régions du cerveau, incluant le noyau accumbens (NAc), impliquées dans le contrôle des comportements anxio-dépressifs. Les acides gras polyinsaturés oméga-3 (n-3) diminuent les symptômes de dépression majeure et peuvent inhiber l’inflammation métabolique.  GPR120 est un récepteur couplé à la protéine G qui est activé par les n-3. En périphérie, GPR120 est impliqué dans la résolution de l'inflammation au sein des macrophages.  Hypothèse: Une supplémentation en n-3 améliore les comportements anxio-dépressifs de même que des paramètres métaboliques et inflammatoires altérés par une obésité induite par la diète, et ce, entre autres, via l’implication de GPR120.  Objectifs principaux: Mesurer les effets d’une supplémentation chronique en n-3 en contexte d’obésité sur des paramètres métaboliques, comportementaux et inflammatoires de même que de décrire les effets anti-inflammatoires de l’activation microgliale de GPR120.   Méthodes: Dans la première étude, des souris C57Bl/6 ont été nourries avec une diète riche en gras saturés ou une diète contrôle pour ensuite être gavées quotidiennement avec des huiles de poisson ou de maïs. Des mesures comportementales, métaboliques et inflammatoires ainsi qu’une quantification des neurolipides ont été effectuées. Dans la deuxième étude, l'expression de GPR120 a été évaluée dans plusieurs types cellulaires cérébraux. Des marqueurs inflammatoires ont été mesurés dans des cultures microgliales primaires de souris exposées à un agent pro-inflammatoire, le lipopolysaccharide (LPS), et à un agoniste spécifique de GPR120 (cpdA). Des traitements semblables ont été administrés in vivo afin d’étudier leurs effets sur les comportements de type anxieux. Résultats: La supplémentation en n-3 a amélioré les comportements de type anxieux, le déficit exploratoire, l’intolérance au glucose et les modulations de la lipidomique cérébrale induits par la diète riche en gras. Nous avons rapporté l’expression de GPR120 principalement dans la microglie et le cpdA a diminué l'expression et la sécrétion de marqueurs pro-inflammatoires induites par le LPS dans la microglie. Le traitement avec le cpdA in vivo a également amélioré les comportements de maladie démontrés par une résolution de la diminution locomotrice engendrée par le LPS. Ces résultats démontrent les effets bénéfiques comportementaux et anti-inflammatoires des n-3 en contexte d’obésité et suggèrent que l’activation microgliale de GPR120 médie ces effets.

Keyphrases: Acides gras oméga-3, Obésité, GPR120, Comportements anxio-dépressifs
Alliance thérapeutique dans un cadre de surveillance communautaire (probation et libération conditionnelle) : implications et enjeux

L’alliance thérapeutique comme vecteur de l’efficacité d’une intervention constitue un sujet fréquemment rencontré dans la littérature. Ce rapport de stage propose une réflexion sur la relation de travail appliquée dans un contexte de contrainte au suivi, à savoir, la surveillance communautaire (probation et libération conditionnelle). Plus précisément, il s’agit d’étudier les possibilités d’instaurer un climat de travail propice et optimal en considérant le cadre de pratique. À ces fins, la nature du lien qui unit l’agent à son client est explorée ainsi que les bénéfices qui découlent d’une alliance thérapeutique. Finalement, il convient d’élucider les liens entre ces différentes composantes (alliance thérapeutique, conditions optimales, aptitudes de l’intervenant, désistement) afin de mieux appréhender le processus du désistement assisté

Keyphrases: Alliance thérapeutique, Libération conditionnelle, Désistement assisté
Comment étudier la complexité des séries télévisées? : vers une approche spatiale

Comment étudier les spécificités des séries télévisées qui forment des récits évolutifs, multiformes, ouverts, articulés en plusieurs fragments ? Retraçant l’emploi de la notion de complexité avec et au-delà de la narratologie et présentant les défis que pose l’analyse de ces objets, la présente contribution propose de lire les séries télévisées à partir d’une approche interdisciplinaire centrée sur la spatialisation des séries. En effet, en complément de l’analyse textuelle et dans l’absence de sources primaires du côté de l’instance de production (lesquelles s’avèrent la plupart du temps inaccessibles), l’analyste des séries télévisées est amené·e à explorer cet espace intermédiaire qui se situe entre la représentation et la réception – un espace complexe et fréquemment investi par les usagers, comme l’a montré le modèle circulaire de la culture participative (Jenkins, 2013).

Keyphrases: Spatialisation, Complexité, Culture participative, Récit
Récits sériels exploratoires

Partant d’une approche pragmatique de la réception qui considère la série télévisée comme processus et expérience exploratoire d’un espace diégétique pluridirectionnel, cet article allie analyse esthétique et narratologique en comparant les séries télévisées à des mondes fictionnels. À travers divers exemples de programmes des années 1990 à aujourd’hui, l’objectif est de penser les séries comme des expériences de construction de mondes et de comprendre les mécanismes de leur pouvoir immersif sur le long terme. L’espace, conçu en tant que monde ou territoire diégétique, permettra de compléter les méthodes d’analyse des séries télévisées présentant le temps comme moteur narratif principal et s’appuiera sur les théories spatiales des études cinématographiques et médiatiques.

Keyphrases: Série télévisée, Espace, Mondes fictionnels, Longévité, Générique, Épisode pilote, Space
Unjustly dismissing an alternative : a case of epistemic injustice among epistemic frameworks

Le concept d'injustice épistémique est devenu un outil utile pour comprendre certains des torts et des inconvénients résultant de l'interaction de l'identité et du savoir. Cependant, cet article défend que l'analyse de l'injustice épistémique doit prendre en compte non seulement le niveau des transactions épistémiques individuelles ou institutionnelles, mais également le niveau des cadres épistémiques. En m'appuyant sur Gaile Pohlhaus Jr. et Rajeev Bhargava, j'examine le système de santé cubain et le cadre épistémique sur lequel il est basé, en tant qu'étude de cas sur la manière dont les préjugés qui entraînent la démission, le discrédit et la marginalisation d'un tel cadre épistémique peuvent être une injustice épistémique.

Keyphrases: Philosophie, Éthique, Économie, Cuba, Soins de santé, Cadres épistémiques
L’apprentissage des tons lexicaux à partir du signal acoustique de la parole chez les nourrissons âgés de 4 mois

Durant la première année de vie, le nourrisson apprend les catégories phonétiques de sa langue maternelle, incluant les tons lexicaux. Cependant, il n’est pas clair comment cette réorganisation perceptive s’effectue à partir d’un signal acoustique si variable. Dans une étude de simulations par réseaux neuronaux artificiels, la dynamique du signal acoustique permettait de traiter cette variabilité et catégoriser les tons lexicaux du chinois mandarin. La présente étude explore l’habileté du nourrisson à apprendre les tons du mandarin à partir des patrons de fréquence fondamentale (F0) du signal acoustique de la parole, mais aussi de leur mouvement, c’est-à-dire des patrons de vitesse de F0 (D1). Trente-deux nourrissons francophones âgés de 4 mois ont été familiarisés aux quatre tons mandarins selon un continuum de stimuli en 10 étapes qui variait à la fois sur F0 et D1. Dans la première condition, le continuum allait du ton montant au ton descendant de sorte que D1 était distribué de façon bimodale et F0, de façon unimodale. Dans la seconde condition, le continuum allait du ton bas au ton haut, avec une distribution bimodale des variations de F0 et unimodale des variations de D1. Les performances durant la phase test suggèrent que le nourrisson peut discriminer les tons dès l’âge de 4 mois, tel qu’observé dans les études antérieures, mais qu’il semble trop jeune pour apprendre la catégorisation des tons à partir des patrons de distribution des indices acoustiques. D’autres études sont nécessaires pour mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à l’acquisition des catégories phonétiques.

Keyphrases: Perception de la parole, Réorganisation perceptive, Apprentissage statistique, Tons lexicaux, Nourrissons
Impact d'une suralimentation prolongée et d'une supplémentation en polyphénols sur le profil d'activité physique et de sédentarité

La surnutrition est une méthode classique pour investiguer les mécanismes de régulation de la masse corporelle chez l’humain. Le concept qu’une surnutrition pourrait produire des changements de la dépense énergétique, de la sédentarité et du profil d’activité physique ayant un rôle important sur la balance énergétique a été le sujet de nombreuses études, mais il demeure incomplet. Par exemple, aucune étude de surnutrition à ce jour n’a mesuré à la fois la sédentarité et le profil d’activité physique. Ce projet comprend donc une approche globale où dix-sept paramètres de sédentarité et d’activité physique ont été mesurés avant et après une suralimentation de 31 jours à 150% de la dépense énergétique journalière. La diète était constituée de collations riches en lipides et en glucides. Les sujets étaient évalués dans un contexte de vie réelle à l’aide d’accéléromètres. Une autre avancée concernant le projet de ce mémoire est l’utilisation d’une supplémentation en polyphénols (procyanidine, anthocyane et resvératrol) de 2g par jour obtenue à partir de raisins rouges pour vérifier si elle peut protéger des effets délétères de la suralimentation en analysant comment elle peut affecter le profil d'activité physique. Alors que le temps passé à courir et la dépense énergétique de repos ont augmenté de 49.0% dans le groupe placébo et 49.1% dans le groupe polyphénols et de 2.3% dans le groupe placébo et 2.2% dans le groupe polyphénols, respectivement, au cours du protocole de suralimentation, il n'y a pas eu d'interaction entre la supplémentation en polyphénols et la suralimentation sur les paramètres de sédentarité et d'activité physique. Il est intéressant de noter que l'indice de mesure de l’activité physique non structurée, associé dans la littérature scientifique au piétinement, à la station debout et à la marche diminue en cours de suralimentation, suggérant des changements adaptatifs plus subtils au niveau de l’activité physique, tels que remuer, la contraction musculaire spontanée et le maintien de la posture. Cette observation doit toutefois être validée par des études futures. Mis-à-part ceci, peu de changements ont été observés suite à une consommation en polyphénols et une surnutrition.

Keyphrases: Suralimentation, Polyphénols, Activité physique, Dépense énergétique, Sédentarité, Accéléromètre, Collations, Environnement obésogène
A multiscale framework for microbial evolution to identify the emergence of antibiotic resistance

La résistance aux antimicrobiens (pharmacorésistance) est une crise sanitaire qui menace nos moyens pour contrôler les infections bactériennes. Nos progrès dans la médecine dépendent de nos habiletés à combattre les infections avec des antibiotiques. Ainsi, il est nécessaire de comprendre le mécanisme entourant l’évolution de la résistance aux antibiotiques. Prédire les trajectoires évolutives de la pharmacorésistance demeure une tâche ardue et urgente. Actuellement, notre capacité à prédire les voies d’évolution bactérienne vers la pharmacorésistance est limitée. Il implique de combler plusieurs contraintes sur différents niveaux d’organisation biologique – des propriétés moléculaires des protéines, l’aptitude des organismes et à la dynamique des populations microbiennes.  Dans ce mémoire, je développe un nouveau modèle multiscalaire pour l’évolution microbienne qui intègre principalement la génétique des populations avec la biophysique. Mon système modèle est la ß-lactamase qui concède une résistance contre une large gamme d’antibiotiques ß-lactamines. Tout d’abord, je détermine le paysage d’aptitude de la ß-lactamase en utilisant le balayage mutationnel profond (DMS), un nouvel outil pour tester expérimentalement l’aptitude d’environ 5000 variantes de la ß-lactamase. Ensuite j’intègre ces données expérimentales dans mon modèle computationnel d’évolution microbienne pour étudier les voies évolutives envers la pharmacorésistance.  Dans le premier chapitre, je développe un modèle évolutionniste déterministe combinant la dynamique des populations et les effets biochimiques des mutations pour capturer les effets de la sélection purificatrice avec l’ampicilline. En raison des informations limitées qu’un modèle déterministe peut fournier, dans le deuxième chapitre, je bâtis sur le modèle initial en développant un modèle stochastique de l’évolution microbienne. Ce modèle mis à jour vise à déterminer les mutations qui pourraient être enrichies lors d’un traitement antibiotique. J’étudie également les régimes pour atténuer l’émergence de la résistance. Dans le troisième chapitre, je construis expérimentalement avec le DMS, le paysage d’aptitude de TEM-1 (Temoneira-1), une enzyme de la ß-lactamase pour déterminer son niveau de résistance et sa dépendance envers céfotaxime.

Keyphrases: Résistance aux antibiotiques, Évolution, Paysage d'aptitude, Modèle évolutif, Balayage mutationnel profond, Coût d’aptitude
Contrôle génétique de l’épissage alternatif dans le contexte de la réponse immunitaire innée

Lorsqu’enclenchée, la réponse immunitaire innée permet l’initiation de changements moléculaires qui permettent une défense appropriée contre la menace détectée. Ces changements affectent la transcription de gènes impliqués dans l’immunité de l’organisme. L’épissage alternatif joue un rôle crucial dans la régulation de la transcription des ARN messagers. De récentes études ont mis en évidence les changements significatifs du traitement des exons dus à l’épissage alternatif lors de l’infection bactérienne de macrophages humains. Ce projet vise à caractériser l’impact de la variabilité génétique sur l’épissage alternatif dans le contexte de la réponse à un agent bactérien. Nous avons tout d’abord identifié un ensemble d’événements distincts de traitement d’exons pour lesquels nous pouvions obtenir le pourcentage d’inclusion (valeur PSI). Ce phénotype fût utilisé pour étudier le traitement de l’ARNm. Contrairement aux études qui traitent chaque isoforme séparément, notre approche isole les différentes catégories d’événements d’épissage. Une approche tirant profit de la régression linéaire a été utilisée pour associer la variation interindividuelle des valeurs PSI à la variabilité génétique de polymorphismes locaux. Nous avons pu identifier 1948 associations significatives impliquant 1 162 gènes uniques et plus d’une centaine associations spécifiques à l’infection. L’analyse des variants montre une indépendance entre l’effet du génotype sur l’expression (eQTL) et sur le traitement des exons lors de l’épissage d’un transcrit (rpQTL). Nos résultats montrent que l’épissage alternatif de gènes impliqués

Keyphrases: Macrophages, QTL, Variation Génétique, Épissage Alternatif, Réponse Immunitaire, Traitement de l’ARN
Prédiction et visualisation de la réactivité chimique des ARN. 
Proposition d’un modèle basé sur la réactivité : 
des cycles minimaux et des sous-structures composées de ces cycles

Mesurer la réactivité chimique d’un nucléotide d’une séquence d’ARN permet d’inférer sa conformation locale. L’interprétation la plus simple de la conformation locale d’un nucléotide est de le qualifier par le terme pairé ou non pairé. Bien qu’ils soient reliés à la réactivité chimique des nucléotides, ces deux états ne l’expliquent pas entièrement. Actuellement, la « RNA mapping database » (RMDB) contient 136 892 séquences sondées dans différentes conditions, ce qui donne un bon jeu de données pour étudier la structure des ARN en utilisant des algorithmes d’apprentissages machines. Dans mon projet de recherche, j’ai tenté de prédire et de comprendre la réactivité ou la non-réactivité des nucléotides à partir de plusieurs ensembles de données obtenues de la RMDB. Pour cela, j’ai utilisé deux algorithmes de repliement des ARN en structures secondaires : MCFlashFold du laboratoire de Dr François Major et RNAsubopt de la collection Vienna package. L’originalité de mon projet de recherche est qu’il se base sur une abstraction des composants de la structure secondaire, les cycles et les sous-structures, pour caractériser les nucléotides.  Dans ce mémoire, je démontre que la majorité des valeurs de réactivités discrètes (hautes/basses) des nucléotides peuvent être prédites, bien que certaines valeurs soient surprenantes. En effet, dans l’ensemble de donnés testé, il y a plus de nucléotides peu réactifs non pairés que de nucléotides réactifs non pairés. Il est donc légitime de se poser la question suivante : peut-on améliorer ces résultats? La réponse est oui et le modèle que j’ai utilisé pour le démontrer utilise des cycles minimaux au lieu des paires de bases. En titre d’illustration suivez : http://majsrv1.iric.ca:3000/RDV .

Keyphrases: ARN, Sous-structure, Structure secondaire, Eterna, RMDB, RNA