NCube/papyrus huggingface dataset:
Connectivité fonctionnelle des générateurs de deux types d'ondes lentes dans une population jeune et âgée

Le cerveau endormi tend à se déconnecter dans sa progression vers le sommeil lent (SL) chez les jeunes adultes et se déconnecte moins chez les plus âgés. Les ondes lentes (OL) sont les caractéristiques principales du sommeil lent sur l’électroencéphalogramme (EEG). Notre groupe a récemment montré que deux types d’OL co-existent, les « slow switcher » (SlowS) et les « fast switcher » (FastS), caractérisées par leur vitesse de transition entre les maximums d’hyperpolarisation et de dépolarisation. Sur l’EEG, la connectivité globale pendant la transition des SlowS et des FastS diffère et diminue avec le vieillissement. Dans cette étude, nous utilisons des enregistrements de magnétoencéphalographie pour évaluer les changements relatifs à l’âge sur les générateurs des OL pendant la transition entre les maximums d’hyperpolarisation et de dépolarisation en termes de 1) topographie et 2) connectivité, avec l’indice de délais de phase pondéré basé sur le délai de phase moyen dans la transition des OL. Nous avons fait l’hypothèse que comparativement aux OL des individus jeunes, les OL des individus plus âgés vont 1) impliquer des régions corticales plus étendues et 2) montrer plus de connectivité, spécialement pour les SlowS. Nos résultats révèlent que comparativement aux jeunes participants, les plus vieux montrent 1) plus d’implication du précuneus droit pendant les SlowS et 2) une connectivité globale supérieure, surtout pour les SlowS. Finalement, les individus plus jeunes montrent plus de connectivité que les individus plus âgés entre des régions spécifiques, plus précisément dans le réseau antéropostérieur pour les SlowS que les FastS. Ensemble, nos résultats suggèrent une perte de flexibilité des réseaux pendant la transition des OL chez les individus plus âgés par rapport aux individus plus jeunes.

Keyphrases: Sommeil, Ondes lentes, Connectivité fonctionnelle, Générateurs corticaux, Localisation de sources, Vieillissement
Association entre le score des apports faibles en glucides, le contrôle glycémique et les facteurs de risque cardiovasculaire chez les adultes atteints de diabète de type 1 : une étude du registre BETTER

Les diètes faibles en glucides (Low-Carbohydrate Diet [LCD]; moins de 30 % de l'énergie provenant des glucides) gagnent en popularité chez les personnes atteintes de diabète de type 1 (DbT1). Cependant, l’impact de ces diètes sur le contrôle glycémique et le risque cardiovasculaire (CV) est controversé.  Objectif : Évaluer les associations entre le score LCD, le contrôle glycémique et des facteurs de risque CV chez les adultes atteints de DbT1 par le biais d’un registre de DbT1 au Québec (Canada). Méthodologie : Il s’agit d’une étude transversale des données du registre BETTER, utilisant les rappels alimentaires de 24 heures afin de calculer les scores LCD et incluant les données suivantes : mesures anthropométriques auto-rapportées ou mesurées (ex. tour de taille), questionnaires sur les antécédents d’épisodes d’hypoglycémies modérées (nombre d’épisodes dans le dernier mois) et sévères (présence d’au moins un épisode dans la dernière année), perception altérée des symptômes de l’hypoglycémie (score Clarke ≥4) et données biochimiques (HbA1c, cholestérol LDL et cholestérol non-HDL). Un score de 0 à 10 points a été attribué pour chaque macronutriment pour un total de 30 points. Pour les glucides, les participants avec l’apport le plus faible ont reçu 10 points, et l’attribution des points a été inversée pour les lipides et protéines, les participants ayant les apports les plus élevés recevant 10 points. Les participants ont été divisés en quartiles (Q) en fonction de leur score LCD.  Résultats : 285 adultes (âgés de 48,2 ± 15,0 ans ; durée du DbT1 de 25,9 ± 16,2 ans) ont été inclus. Dans l’ensemble, les participants ont rapporté des apports faibles en glucides et en fibres et un apport élevé en lipides comparativement aux recommandations. L'apport moyen en glucides contribuait à 31,2 ± 6,9 % (Q1) à 56,5 ± 6,8 % de l'apport énergétique total (Q4). Par rapport au Q4, plus de personnes au Q1 ont signalé une HbA1c ≤ 7 % (Q1 : 53,4 % vs Q4 : 29,4 %; p = 0,011). Les participants au Q3 ont rapporté moins souvent d’avoir un antécédent d’hypoglycémie sévère que le Q1 (Q1 : 60,0 % vs Q3 : 31,0 %; p = 0,004). Il n’y avait aucune différence entre les quartiles pour la fréquence d’évènements d’hypoglycémies modérées, l’altération de la perception des symptômes de l’hypoglycémie et le profil lipidique : cholestérol LDL et cholestérol non-HDL.   Conclusions : Les participants avec un faible apport en glucides sont plus nombreux à atteindre la cible d’HbA1c et moins nombreux à présenter des antécédents d’hypoglycémie sévère comparativement à ceux ayant un apport plus élevé en glucides. Cependant, la LCD n’est pas associée à une fréquence de l’hypoglycémie modérée, à une altération de la perception des symptômes de l’hypoglycémie, ni aux facteurs de risque CV.

Keyphrases: Diabète de type 1, Diète faible en glucides, Hypoglycémie, Gestion du diabète
Développement et validation initiale d’un questionnaire pour mesurer la consommation d’aliments ultra-transformés des adultes canadiens : une étude pilote auprès de la communauté de l’Université de Montréal

Plusieurs études à ce jour démontrent que la consommation d’aliments ultra-transformés (AUT) serait associée à une alimentation de faible qualité et à une augmentation du risque de maladies chroniques non-transmissibles (MCNT) et d’obésité. Actuellement, pour les adultes canadiens, il n’existe encore aucun questionnaire permettant de discriminer rapidement entre différents profils de consommateurs d’AUT. Ce mémoire présente donc un projet pilote de développement et de validation initiale d’un Outil pour mesurer la consommation de Produits Ultra-Transformés (le OUTPUT). Pour ce faire, les catégories d’AUT contribuant à 0,5% et plus de l’apport énergétique total des adultes canadiens ont été identifiées d’après les données de consommation nationale (ESCC) de 2015. Ces catégories ont été représentées par des photos d’AUT vendus en épicerie et en restauration rapide. Celles-ci constituaient les deux questionnaires alimentaires simplifiés développés (rappel de 24 heures et questionnaire de fréquence). La validité apparente et de contenu du OUTPUT a été évaluée par un comité d’experts, avec la méthode Delphi. Deux tours d’enquête ont été nécessaires pour observer un consensus (fixé à 80% et plus) quant aux dimensions évaluées. La validité apparente de l’outil a ensuite été évaluée par 11 membres de la communauté de l’UdeM. Les données recueillies à travers cette étude pilote ont permis d’émettre des recommandations pour l’étude future de développement et de validation de l’outil. Une fois validé, celui-ci permettra aux nutritionnistes, aux chercheurs en épidémiologie et aux décideurs politiques une meilleure identification, gestion et prévention des MCNT et d’obésité, en lien avec la consommation d’AUT.

Keyphrases: aliments ultra-transformés, qualité alimentaire, maladies chroniques non-transmissible, obésité, questionnaire alimentaire
The role of GPR120 in diet induced obesity, mood dysregulation, and microglial function

L'obésité est un facteur de risque majeur pour le développement de maladies psychiatriques, telles que le trouble dépressif majeur et la schizophrénie. Une consommation excessive de graisses saturées est bien connue pour provoquer non seulement des troubles métaboliques, mais également des comportements anormaux chez les modèles animaux et les humains. Les acides gras saturés augmentent l'inflammation dans divers tissus. Plusieurs études ont démontré que l'activation de la microglie en tant qu'acteur central de la neuroinflammation joue un rôle crucial dans l'anxiété liée à l'inflammation et les comportements dépressifs dans les cas d'obésité. En outre, il existe de plus en plus de preuves démontrant l'effet bénéfique de la supplémentation en acides gras polyinsaturés n-3 (AGPI n-3) sur les comportements cognitifs, anxieux et dépressifs. Nous avons précédemment montré que la supplémentation en AGPI n-3 via l'administration d'huile de poisson (FO) a des effets anxiolytiques sur les souris rendues obèses par une diète riche en gras saturés (SHFD). De plus, l'activation du récepteur couplé aux protéines G 120 (GPR120), un récepteur des AGPI n-3, dans le cerveau, attenue l'anxiété et les comportements dépressifs induits par la SHFD. Cependant, les mécanismes par lesquels GPR120 régule les changements induits par la SHFD dans les comportements liés à l'humeur ne sont toujours pas compris. Dans la présente étude, nous avons étudié le rôle du GPR120 dans les troubles anxieux et dépressifs reliés à la neuroinflammation. Parmi plusieurs types de cellules neurales, la microglie exprime fortement GPR120. Un agoniste de GPR120 (Compound A; CpdA) réduit la production et la libération de cytokines inflammatoires (IL-1B, IL-6, MCP1 et TNF-α) induites par les lipopolysaccharides (LPS) dans la microglie en culture. D'autre part, l'administration centrale de CpdA par injection intracérébroventriculaire (ICV) améliore le comportement anxieux et de malaise suite à l’injection de LPS systémique in vivo. De plus, l'acide eicosapentaénoique (EPA) et l'acide docosahexaénoique (DHA) sont des AGPI n-3 et des agonistes naturels du GPR120. L'EPA et le DHA suppriment l'inflammation dans un modèle de culture de microglies primaires, telle qu'évaluée par l'expression et la sécrétion de cytokines. Ces résultats suggèrent que l'activation du GPR120 contribue à l'amélioration de l'anxiété et des comportements de type dépressif liés à l'inflammation grâce à la régulation de la microglie.

Keyphrases: Neuroinflammation, GPR120, Acides gras oméga-3, Obésité, Comportements anxiodépressifs
Exploration des interactions de l’étudiant-athlète commotionné et de son réseau de soutien social pendant sa convalescence et son retour au jeu

Les étudiants-athlètes universitaires ayant subi une commotion cérébrale liée au sport peuvent éprouver de nombreux symptômes, y compris des implications psychosociales telles que la frustration, la colère, l'isolement, l'anxiété et la dépression. Nous savons encore peu de choses sur la façon dont le soutien social est communiqué aux étudiants-athlètes et interprété par eux. Cette étude de cas qualitative a tenté de mieux comprendre ces interactions. Nous avons étudié six cas, chacun composé d'un étudiant-athlète ayant subi une commotion cérébrale (n = 6 ; M = 21,5 ans, durée moyenne de la commotion = 9,8 mois, intervalle de 3 à 18 mois) et de 2 ou 3 membres de son réseau de soutien social (n = 16 ; M = 31 ans, intervalle de 18 à 64 ans). Chaque étudiant-athlète a participé à deux entrevues semi-structurées (M = 65min, intervalle = 34-102min) et chaque membre du réseau de soutien social a participé à un entretien (M = 36min, intervalle = 23-53min). Chaque participant a également rempli une frise chronologique pour détailler l'évolution du soutien social (reçu et fourni) tout au long du rétablissement de l'étudiant-athlète. Les données ont été analysées en utilisant les six phases de l'analyse thématique. Les résultats de cette étude montrent que les interactions des étudiants-athlètes pendant leur convalescence sont motivées par leur peur de l'isolement. De plus, les étudiants-athlètes ayant subi une commotion cérébrale interagissaient principalement avec leur home network et leur treatment network pendant la rehabilitation phase de leur convalescence. Enfin, certaines interactions des étudiants-athlètes avec d’autres individus (ex., professeures, membres de la famille) peuvent avoir un impact négatif sur leur convalescence. Cette étude fournit de nouvelles informations sur l'impact du soutien social chez les étudiants-athlètes pendant leur convalescence après une commotion cérébrale.

Keyphrases: Commotion cérébrale liée au sport, Soutien social, Étudiants-athlètes, Santé mentale
Systematic prediction of feedback regulatory network motifs

Comprendre le câblage complexe de la régulation cellulaire reste un défi des plus redoutables.Les connaissances fondamentales sur le câblage et le fonctionnement du réseau d’homéostasiedes protéines aideront à mieux comprendre comment l’homéostasie des protéines échouedans les maladies et comment les modèles de régulation du réseau d’homéostasie desprotéines peuvent être ciblés pour une intervention thérapeutique. L’étude vise à développeret à appliquer une nouvelle méthodologie de calcul pour l’identification systématique etla caractérisation des systèmes de rétroaction en homéostasie des protéines. La rechercheproposée combine des idées et des approches issues de la science des protéines, de la biologiedes systèmes de levure, de la biologie computationnelle et de la biologie des réseaux.La difficulté dans la tâche d’incorporer des données multi-plateformes multi-omiques estamplifiée par le vaste réseau de gènes, protéines et métabolites interconnectés qui seréunissent pour remplir une fonction spécifique. Pour ma thèse de maîtrise, j’ai développéun algorithme PBPF (Path-Based Pattern Finding), qui recherche et énumère les motifsde réseau de la topologie requise. Il s’agit d’un algorithme basé sur la théorie des graphesqui utilise la combinaison d’une méthode transversale de profondeur et d’une méthodede recherche par largeur ensuite pour identifier les topologies de sous-graphes de réseaurequises.  En outre, le fonctionnement de l’algorithme a été démontré dans les domainesde l’homéostasie des protéines chezSaccharomyces cerevisiae. Une approche systématiqued’intégration des données de la biologie des systèmes a été orchestrée, qui montre l’iden-tification systématique de motifs de rétroaction régulatrice connus dans l’homéostasie desprotéines. Il revendique fortement la capacité d’identifier de nouveaux motifs de rétroactionréglementaire envahissants.  L’application de l’algorithme peut être étendue à d’autressystèmes biologiques, par exemple, pour identifier des motifs de rétroaction spécifiques àl’état cellulaire dans le cas de cellules souches.

Keyphrases: homéostasie, science des réseaux, motif de réseau, motif de rétroaction, biologie des systèmes
Étude de la polycystine-1 délété de son motif coiled-coil sur les mécanismes intracellulaires in vivo

La polykystose rénale autosomique dominante (PKRAD) est une maladie génétique rénale qui se manifeste par le développement de kystes au rein. Elle résulte de mutations dans le gène PKD1/polycystine-1 (PC-1), contenant un motif coiled-coil et dans le gène PKD2/PC-2 dont les fonctions restent à élucider. À partir d’un chromosome artificiel bactérien, le gène Pkd1 murin (BAC-Pkd1) a été modifié afin de générer 4 lignées de souris transgéniques délété du motif coiled-coil Pkd1Δcoiled-coil et 3 lignées contrôles Pkd1TAG possédant 1-35 copies du transgène. Ces 2 transgènes ont un profil d’expression identique à l’endogène et le niveau dépend du nombre de copies. Alors que les souris Pkd1TAG développent la PKRAD de sévérité proportionnelle au niveau d’expression, les lignées Pkd1Δcoiled-coil en sont épargnées. Ces résultats démontrent l’importance du motif coiled-coil dans la maladie. Les souris Pkd1Δcoiled-coil croisées par Pkd1-/- (létale à la naissance), Pkd1-/- ; Pkd1Δcoiled-coil survivent après la naissance et permettent d’analyser in vivo les interactions, la signalisation et le rôle physiologique du motif coiled-coil. Ces souris Pkd1-/- ; Pkd1Δcoiled-coil avec une copie du transgène présentent des kystes rénaux et meurent ~2 semaines alors que celles à hautes copies n’ont aucun phénotype comme les Pkd1TAG. Les résultats génétiques et biochimiques démontrent que Pc-1Δcoiled-coil est hypomorphe. Bien que Pc-1Δcoiled-coil subit son clivage autoprotéolytique, l’analyse du transport intracellulaire de Pc1Δcoiled-coil montre un délai de maturation. Alors qu’in vitro le trafic Pc-1/Pc-2 dépend du motif coiled-coil pour leur interaction, in vivo une interaction Pc-1Δcoiled-coil/Pc-2 est détectée, suggérant un site d’interaction distinct. Nos études in vivo démontrent que le motif coiled-coil de Pc-1 joue un rôle clé dans sa maturation et l’existence d’un nouveau partenaire de Pc-1 pour son transport intracellulaire.

Keyphrases: PKRAD, polycystine-1, coiled-coil, souris transgénique, transport intracellulaire, maturation, interaction
Direct regulation of HCN Ion channels by cannabinoids

Les cannabinoïdes sont une large classe de molécules qui agissent principalement sur les neurones, affectant la sensation de douleur, l'appétit, l'humeur, l'apprentissage et la mémoire. Des récepteurs cannabinoïdes spécifiques (CBR) ont été identifiés dans les neurones et d'autres types de cellules. Cependant, l'activation des CBR ne peut pas modifier directement l'excitabilité électrique des neurones, car les CBR ne génèrent pas de signaux électriques par eux-mêmes. Au lieu de cela, le potentiel membranaire et la signalisation électrique dans toutes les cellules excitables, y compris les neurones, sont générés par des canaux ioniques intégrés dans la membrane cellulaire. Récemment, il a été démontré que le cannabinoïde synthétique WIN55,212-2 affecte la mémoire en activant les récepteurs CB1, entraînant des changements de signalisation qui affectent le courant Ih généré par les canaux cycliques (HCN) activés par l'hyperpolarisation. Cependant, il a également été démontré que les cannabinoïdes régulent directement la fonction de plusieurs canaux ioniques, indépendamment de l'activation du CBR. Nous examinons ici si les cannabinoïdes, le 9-tétrahydrocannabidiol (THC) et le cannabidiol (CBD), que l'on trouve dans le cannabis sativa, peuvent réguler directement les canaux HCN1. En utilisant une pince de tension à deux électrodes (TEVC), sur des ovocytes de Xenopus, qui n'expriment pas de CBR, nous surveillons les changements dans la relation courant-tension, la cinétique de déclenchement et la dépendance à la tension des courants HCN1 dans des concentrations croissantes de cannabinoïdes. Nos données suggèrent que le CBD et le THC modulent directement le courant de HCN1. Étant donné que les cannabinoïdes sont des molécules thérapeutiques prometteuses pour le traitement de plusieurs troubles neurologiques, comprendre quelles cibles ils affectent, le mécanisme de leur régulation et comment ils se lient à des cibles potentielles sont des étapes essentielles de leur utilisation en tant que thérapies efficaces et du développement de cibles plus puissantes et plus efficaces médicaments spécifiques.

Keyphrases: Canaux HCN, Courant d'hyperpolarisation (Ih), Récepteurs CB1, Cannabinoïdes, Relation courant-tension, Cinétique de déclenchement, Signalisation électrique
Protection contre les effets d’une exposition prénatale à l’alcool durant la préimplantation chez l’embryon par une diète maternelle enrichie en donneurs de méthyles

La consommation d’alcool pendant la grossesse peut entraîner des conséquences néfastes sur le développement de l’enfant et mener aux troubles du spectre de l’alcoolisation fœtale (TSAF). Cependant on en connaît peu sur son effet durant la période de préimplantation. Cette période est reconnue comme étant sensible à l’environnement, majoritairement dû au fait qu’elle est caractérisée par la reprogrammation dynamique des profils de méthylation de l’ADN. L’alcool est reconnu pour altérer les mécanismes impliqués dans les processus de méthylation de l’ADN (e.g., cycle du folate, actions des DNMTs). Récemment, nous avons démontré qu’une exposition prénatale à l’alcool éthylique durant la préimplantation altère les futurs profils de méthylation de l’ADN du cerveau et augmente le nombre de défauts morphologiques à la mi-gestation. Il n’y a présentement aucun traitement pour les TSAF, mais certaines études suggèrent qu’une diète enrichie en donneurs de groupement méthyles (e.g., folate, choline), nécessaires aux réactions de méthylation, pourrait atténuer les effets d’une exposition prénatale à l’alcool. C’est pourquoi nous avons voulu déterminer si une diète enrichie en donneurs de groupements méthyles pouvait apporter une protection aux embryons ayant subi une exposition prénatale à l’alcool durant la préimplantation. Pour ce faire, une diète standard ou enrichie a été donné à des souris 4 semaines avant la gestation et pendant celle-ci. Les femelles gestantes ont reçu une dose d’alcool au jour E2.5, puis nous avons récolté les embryons à E10.5 et E18.5 pour évaluer les anomalies physiques et faire l’analyse de la méthylation des cerveaux antérieurs. Nos résultats démontrent que la diète enrichie prévient ou élimine un certain nombre de défauts morphologiques à E10.5 et E18.5. Nous avons aussi observé que la diète enrichie n’affectait pas la mise en place et le maintien de la méthylation et l’expression des gènes à empreintes durant le développement.  La diète enrichie en donneurs de groupements méthyles aide donc à prévenir certains effets nuisibles de l’exposition prénatale à l’alcool survenant durant la préimplantation.

Keyphrases: Épigénétique, Méthylation de l’ADN, Exposition prénatale à l’alcool, Troubles du spectre de l’alcoolisation fœtale, Développement embryonnaire, Environnement maternel, Troubles neurodéveloppementaux, Donneurs de groupements méthyles, Diète enrichie, Folate
Le récepteur au thromboxane A2 régule la motilité des cellules de cancer du sein triple négatif à travers les protéines ezrine, radixine et moésine

La migration cellulaire est un mécanisme important pour divers processus cellulaires tels que l’embryogenèse et la cicatrisation. De même, elle participe à des processus pathologiques notamment l’invasion des cellules malignes et la formation des métastases cancéreux. La dissémination métastatique est un processus très compliqué. L’acquisition du pouvoir migratoire invasif par la cellule maligne ainsi que son potentiel métastatique est gérée par le cytosquelette qui est dynamiquement modifié et contrôlé par des voies de signalisation intracellulaires. Cependant, la physiologie des cellules métastatiques et les cascades de signalisation qui les poussent à métastaser ne sont toujours pas comprises. Les protéines Ezrine, Radixine et Moésine (ERMs) jouent un rôle important dans l’organisation du cytosquelette au cortex cellulaire et elles sont des déterminantes clés de la migration cellulaire. Ainsi, une dérégulation à ce niveau peut conduire à une migration cellulaire aberrante. D’où l’implication des ERMs dans différents cancers agressifs et invasifs. Les ERMs sont régulées en aval de plusieurs acteurs cellulaires notamment les récepteurs membranaires. Plusieurs études ont rapporté que le récepteur au thromboxane A2 (RTXA2), un récepteur couplé à la protéine G (RCPG) favorise les métastases. Il a été décrit surtout dans le cadre de cancer du sein triple négatif (CSTN), l’un des cancers les plus mortels chez la femme. Les RCPG possèdent un rôle central dans presque toutes les fonctions physiologiques et constituent la plus grande famille des cibles médicamenteuses. D’une manière intéressante, les deux laboratoires de Dr Sébastien Carréno et Dr Michel Bouvier, ont découvert que le RTXA2 active les protéines ERMs à travers la GTPase RhoA. Dans ce projet de recherche on a identifié une nouvelle voie de signalisation liant le RTXA2 aux ERMs à travers la GTPase RhoA et la kinase SLK. Cette voie est impliquée dans la migration des cellules de cancer du sein triple négatif. Ainsi, on a pu démontrer que la moésine et la kinase SLK agissaient en aval du récepteur étudié pour favoriser la vitesse et la directionnalité de la migration des cellules de CSTN. 6 On a montré que la migration cellulaire dirigée en aval du RTXA2 est due à une polarité de la moésine au front de la migration. On a constaté aussi que la moésine est responsable d’une polarité des filaments d’actine au front de la migration suite à une activation du récepteur. Ce travail a mis en évidence une nouvelle cascade de signalisation importante pour la migration des cellules cancéreuses agressives triples négatives du sein ce que pourrait être une nouvelle cible des thérapies anti-métastatiques.

Keyphrases: ERM, Moésine, RCPG, Thromboxane A2, Migration, CSTN, Métastases, RhoA, SLK