NCube/papyrus huggingface dataset:
Investigation des variants génétiques dans la dysfonction endothéliale et le risque de maladies cardiovasculaires

Les maladies cardiovasculaires (MCV) représentent un fléau mondial pour l’économie et la santé dont la prévalence ne cesse de croître. Au cours des dernières années, il y a eu un effort considérable de compréhension de l’aspect génétique de ces maladies avec les GWAS, associant ainsi près de 500 SNPs. Un de ceux-ci, rs9349379, dans l’intron de PHACTR1 brise le motif de liaison du facteur MEF2 et représente un eQTL de sorte à ce qu’il soit considéré comme un variant possiblement causal. Alors que les pistes potentielles se multiplient, il demeure impossible d’inférer une causalité par le manque d’informations biologiques. Vis-à-vis cette problématique, il est possible de combiner des expériences de transcriptomique et conformation chromosomique pour avoir une concordance d’informations permettant de relever l’importance d’un locus dans son implication dans le risque des MCV. Des expériences de RACE et PacBio ont permis de valider 6 transcrits différents issus du gène PHACTR1 : un long, quatre intermédiaires avec deux codons d’initiation différents et avec l’épissage alternatifs de l’exon interne 10.11 et un court. Par qPCR, il a été montré que rs9349379 présente un eQTL spécifique aux transcrits intermédiaires avec l’exon supplémentaire 10.11. Une priorisation des variants est également réalisée par la cumulation de données d’ATACseq, de RNAseq et de Hi-C dans un contexte de dysfonction endothéliale, soit un phénotype à la base de l’athérosclérose et caractérisant les MCV. Ainsi, quatre loci d’intérêt dans les MCV sont sélectionnés puis délétés par le système CRISPR-Cas9 et sont présentement en cours de caractérisation dans le laboratoire. Ces expériences ont permis de construire une cartographie exhaustive à l’échelle du génome sous un phénotype pathogénique et s’avère une mine d’informations pour la compréhension des mécanismes reliant les SNPs au risque des MCV.

Keyphrases: Dysfonctions endothéliales, Études d’association pangénomique (GWAS), Polymorphismes nucléotidiques (SNPs), Épissage, Conformation de la chromatine, Molécules d’adhésion, Maladies cardiovasculaires (MCV), Loci d'expression quantitatifs (eQTLs)
Perturbation des profils épigénétiques suite à une perte temporaire du maintien de la méthylation de l’ADN dans les cellules embryonnaires

Chez l’embryon précoce, une vague de reprogrammation majeure survient et permet de réinitialiser les profils de méthylation d’ADN de l’ensemble du génome. Lors de cette reprogrammation, les régions différentiellement méthylées (DMRs) (i.e., gènes empreintes) doivent toutefois être protégées de la déméthylation par une action continue de DNMT1 (Méthyltransférase d’ADN 1) pour assurer le développement adéquat de l’épigénome du fœtus. Sachant que l’induction d’une perte temporaire d’expression de Dnmt1 dans un modèle de cellules souches embryonnaires de souris entraîne la perte permanente des patrons de méthylation d’ADN aux régions DMRs et DMR-like, mon projet de recherche vise à comprendre pourquoi ces régions sont incapables de retrouver leurs patrons de méthylation d’ADN initiaux. Notre hypothèse est qu’une adaptation épigénétique (i.e. réarrangement erroné de certaines modifications d’histones) survient aux régions régulatrices de l’expression des gènes (promoteurs et enhancers) et empêche directement ou indirectement le retour au paysage épigénétique initial aux régions affectées. L’objectif du projet est donc de précisément définir comment la perte temporaire de Dnmt1 remodèle le paysage épigénétique aux régions promotrices (H3K4me3, H3K27me3, H3K27ac, H3K4me1, H3K9me3, méthylation d’ADN) et comment les adaptations épigénétiques sont associées avec des changements de l’expression des gènes (ex : gènes des régions DMRs et DMRs-like).

Keyphrases: Épigénétique, Préimplantation, Embryon, Modifications d’histones, Méthylation d'ADN, DNMT1, Expression génique, Promoteurs, Enhancers, Embryo
Exploring the role of fibronectin in spondylometaphyseal dysplasia

La fibronectine (FN), une glycoprotéine largement exprimée, a été associée à de nombreux processus biologiques fondamentaux, mais n’a jamais été impliquée dans des maladies osseuses. L’identification de mutations dans le gène qui code pour cette protéine chez des patients présentant un sous-type rare de dysplasie spondylométaphysaire (SMD) a révèlé un aspect inexploré de cette protéine. Des études récentes ont montré que ces mutations empêchent la sécrétion de la FN dans les cellules HEK293, mais comment ce défaut contribue mécanistiquement à la pathogenèse de la SMD est encore inconnu. Pour étudier les effets des mutations in vitro, un protocole de différenciation des chondrocytes a été optimisé et testé sur des cellules ATDC5. En outre, pour déterminer si les phénotypes des patients étaient dus à une réduction globale de la FN, des souris simples knock-out (KO) et double KO dépourvues de FN dans le foie et/ou le cartilage ont été générées. Les résultats révèlent que la suppression de la FN dans ces tissus ne nuit ni à la croissance ni à la viabilité. Aucune modification n'a été détectée dans le poids ni dans la longueur du corps des KO par rapport aux souris témoins, et aucune anomalie du squelette n'a été observée sur les radiographies. Ces résultats montrent que la suppression de FN dans ces deux tissus ne conduit pas aux phénotypes observés dans les SMD. De plus, le séquençage du gène FN1 chez des individus soupçonnés d’être atteints de SMD a permis l’identification d’une mutation de novo chez un patient. Cette découverte élargit les caractéristiques cliniques de cette maladie induit par FN1.

Keyphrases: FN1, Fibronectine, Dysplasie osseuse, SMD, Fractures en coin, Chondrocyte, Matrice extracellulaire, Cartilage, Knock-out, Fibronectin
The risk of telling : a dyadic perspective on romantic partners' responses to child sexual abuse disclosure and their associations with sexual and relationship satisfaction

Les survivants d’agression sexuelle à l’enfance (ASE) doivent souvent composer avec les conséquences à long terme de ce trauma. Toutefois, il existe une grande variabilité quant aux impacts individuels de l’ASE. Certains auteurs croient que la réponse obtenue lors du dévoilement de l’ASE aux proches du survivant, pourrait être l’un des déterminants de cette variabilité. Cependant, le dévoilement à l’âge adulte, notamment au partenaire amoureux, a été peu étudié. La présente étude examine les associations entre les réponses des partenaires amoureux au dévoilement, tels que perçues par les survivants, ainsi que la satisfaction sexuelle et conjugale des deux membres du couple, auprès d’un échantillon de 70 couples de la communauté ayant rapporté une ASE et l’ayant dévoilée à leur partenaire. Les participants ont complété des questionnaires auto-rapportés en ligne. Les résultats d’analyses de trajectoire au sein d’un modèle « Actor-Partner Interdependence Model » (APIM) indiquent que les réponses de « soutien émotionnel » de la part des partenaires durant le dévoilement, telles que perçues par les survivants, étaient positivement associées à leur propre satisfaction sexuelle ainsi qu’à celle de leur partenaire. Les réponses de « stigmatisation/se sentir traité différemment » de la part des partenaires, telles que perçues par les survivants, étaient associées à une moins bonne satisfaction conjugale, à la fois pour les survivants et leurs partenaires. Les résultats suggèrent que les réponses des partenaires au dévoilement d’une ASE, tels que perçues par les survivants, peuvent avoir un impact positif autant que négatif sur la satisfaction conjugale et sexuelle des deux partenaires.

Keyphrases: Abus sexuels à l'enfance, Dévoilement, Réponses au dévoilement, Satisfaction sexuelle, Satisfaction conjugale, Survivants adultes, Psychologie clinique
Approche génomique pour l’étude de la polydactylie dépendante de Hoxa11

Le développement du membre nécessite les fonctions des complexes HoxA et HoxD. Les domaines d’expression des gènes Hoxa11 et Hoxa13 sont mutuellement exclusifs, avec l’expression de Hoxa11 restreinte à la partie proximale et de Hoxa13 restreinte à la partie distale. Il a été préalablement démontré que l’expression ectopique de Hoxa11 au niveau de l’autopode induit le développement d’un membre polydactyle, tandis que nous avons démontré que la combinaison de la mutation perte-de-fonction Gli3 (lignée Xt/Xt) avec cette mutation gain-de-fonction Hoxa11 (lignée Prx1Cre; Rosa26Hoxa11/Hoxa11) induit le développement d’un membre oligodactyle, avec la formation de moins de 5 doigts. L’objectif de ce projet était de caractériser l’effet de l’expression ectopique du facteur de transcription HOXA11 dans la modulation du nombre de doigts. Nous avons ainsi démontré par hybridation in situ que les mutants homozygotes Xt/Xt; Prx1Cre; Rosa26Hoxa11/Hoxa11 présente une diminution, voir une perte de l’expression du gène Grem1 dans ces bourgeons de membre, ce qui conduirait à une altération de la boucle de rétrocontrôle SHH – GREM1 – FGFs. De plus, nous avons utilisé des approches génomiques d’immunoprécipitation de la chromatine suivi d’un séquençage à haut débit (ChIP-Seq) pour le facteur HOXA11 et la marque de modification épigénétique des histones, H3K27Ac, afin de caractériser l’effet de HOXA11 distal dans ces bourgeons de membre. L’ensemble des données nous a permis de mettre en évidence que HOXA11 participe à la régulation de l’expression de Grem1, mais aussi de certains gènes propres à la partie antérieure de l’autopode tel que Alx4, Irx3/5 et Hand1.

Keyphrases: Développement du membre, Gènes Hox, Régions cis-régulatrices, Oligodactylie, Polydactylie, Régulation transcriptionnelle, Grem1, Hox genes
Le processus de création de liens sociaux entre les joueurs de jeux vidéo multijoueurs en ligne

Ce mémoire à pour but d’engager une réflexion sociologique sur les relations sociales qui émergent des jeux vidéo multijoueurs en ligne et de mieux comprendre les dimensions qui gravitent autour de la création de lien social et du monde numérique. Les jeux vidéo multijoueurs sont-ils des espaces sociaux ? Existe-t-il des normes de communication dans les jeux ? Quelles types de relations est-il possible de créer dans les jeux ? Toutes ces questions sont à l’origine des réflexions présentes dans ce mémoire.  La recherche effectuée se base sur la mise en relations de différentes expériences de jeux chez des joueurs aux habitudes diverses. Il est ici question de croiser les habitudes de jeux, l’insertion ou les tentatives d’intégration de communautés et l’utilisation des espaces de communication afin de comprendre en profondeur les différentes interactions qui existent entre les joueurs.  Grâce à une méthode de recherche basée sur une série de 12 entrevues de joueurs et de professionnels ainsi qu’un travail d’observation dans les jeux, l’analyse met en lumière un processus de création de lien social constitué trois phases : l’approche, l’intégration et le détachement. Sans prétendre pouvoir généraliser ces résultats à plus grande échelle, le processus reste utile pour mieux comprendre les expériences de contacts sociaux vécus par les joueurs de jeux multijoueurs en ligne.

Keyphrases: Jeux vidéo, multijoueur, lien social, socialisation, Normes sociales, Outils de communication, Communauté virtuelle
La reconnaissance et la visibilité de l’homoparentalité féminine en milieu rural

Ce mémoire examine la reconnaissance sociale reçue par des mères homoparentales vivant en milieu rural en se penchant notamment sur leurs sentiments de visibilité ou d’invisibilité et sur le rapport qu’elles entretiennent avec l’hétéronormativité. De plus, cette recherche s’interroge sur l’existence d’une spécificité rurale dans l’expérience homoparentale vécue par ces mères, en écho aux représentations communes de la ruralité comme un milieu homogène où règne une intolérance à la diversité. La méthodologie utilisée est de type qualitatif, basée sur des entretiens semi-directifs auprès d’un échantillon de sept mères de famille homoparentale résidant dans une région qualifiée de rurale. Au terme de l’analyse, il apparaît que les participantes reçoivent présentement une reconnaissance sociale qui, sans nécessairement être complète, les satisfait. En effet, bien que leur statut de famille homoparentale ait parfois été l’objet de regards ou de commentaires désapprobateurs, ces expériences négatives ne sont pas celles que les mères retiennent. En rétrospective, les participantes constatent la prépondérance, dans leur milieu social et familial, d’un soutien et de gestes bienveillants à l’égard de leur modèle familial. Il n’est pas rare que cette reconnaissance soit attribuée à la « normalité » de leur vie familiale, et donc à leur habilité à rendre visible l’image d’une vie familiale « comme les autres ». Ainsi, le sentiment de reconnaissance est ancré dans une tension entre, d’une part, le désir d’affirmer la spécificité du modèle familial qu’elles incarnent et, d’autre part, une rationalisation des regards normatifs de certains membres de l’entourage.

Keyphrases: Homoparentalité, Familles homoparentales, Reconnaissance sociale, Visibilité, Hétéronormativité, Ruralité, Québec
L'usage des produits de santé naturels par les individus de 18 à 34 ans au Québec : pratiques, motivations et représentations

De plus en plus de Canadiens consomment des produits santé naturels (PSN) au Canada. Au Québec, les médecins et les pharmaciens s’inquiètent de cette consommation, qui ne cesse de grimper, à cause entre autres des risques d’interactions avec les médicaments et mettent régulièrement en garde les Québécois contre les PSN. Malgré ces avertissements, la consommation des PSN ne baisse pas, et elle s’étend dans la population, surtout chez les jeunes personnes de 18 à 34 ans, qui sont pourtant généralement en santé. Ce mémoire de maîtrise cherche ainsi à connaître et à comprendre les raisons pour lesquelles les Québécois de 18 à 34 ans consomment des PSN, leurs pratiques, leurs motivations et leurs représentations des PSN. Afin de comprendre cet engouement des PSN chez les 18-34 ans, une enquête sociologique a été menée auprès de 14 individus (8 femmes et 6 hommes) consommateurs de PSN au Québec. L’enquête s’est faite sous la forme d’entretiens semi-directifs, où les participants expliquent le contexte de leurs usages des PSN, les raisons qui les ont amenés à recourir à ces formes de thérapies ainsi que ce que les PSN représentent pour eux. Les résultats ont ensuite été codifiés et analysés dans le logiciel  Dedoose. L’analyse révèle que si les limites du système de santé constituent les premières raisons incitant vers l’usage des PSN, ce sont les impacts des relations sociales avec l’entourage et le milieu de l’usager qui déterminent si celui-ci continue ou non de consommer les PSN. Ces impacts sont fortement influencés par les différentes représentations de la santé, de la maladie et de la thérapie que les usagers adoptent au cours de leur expérimentation des PSN, et où les preuves scientifiques pèsent peu devant l’impact du poids des relations sociales et des représentations symboliques des PSN.

Keyphrases: médecine alternative et complémentaire (MAC), produits de santé naturels (PSN), automédication, représentations du médicament, croyance de la santé, médecine de la compassion, représentation symbolique de la santé, représentation symbolique de la maladie, représentation symbolique de la thérapie
L’homoparentalité au masculin : entre différence et distinction

Sous la rationalisation du plaisir et l’impulsion d’une forme renouvelée de nationalisme sexuel (Béjin et Pollack, 1977 ; Jaunait, Le Renard et Marteu, 2013), une nouvelle catégorie a fait son apparition sur la scène publique depuis une quinzaine d’années, celle de l’homoparentalité. Animés par un désir de reconnaissance sociale qui oscille entre être comme tout le monde tout en étant reconnu dans leur(s) identité(s), les pères mettent en place des stratégies discursives qui allient différenciation et indifférenciation afin de se distinguer dans l’institution familiale.  Retracer l’histoire de leur processus de parentalisation qui croise, sans jamais s’y confondre, celle des parents, permet de mettre en évidence ce qu’il y a de commun à la parentalité et aux personnes, étant toutes reliées par un système de représentations symboliques, de normes, mais aussi par le principe de la distinction des sexes.  Dans les discours, c’est bien au nom d’être un homme que les pères s’ingénient à montrer au quotidien qu’ils ne sont pas des mères, tout en (re)donnant chacun à leur manière, et selon leur position, un sens distinct à cette identité relationnelle. Ainsi donnent-ils à voir, semblablement à tous les parents, des places éducatives spécialisées selon des pôles relationnels qui se distinguent, tout en puisant leurs références à partir des figures symboliques Père-Mère héritées de la psychanalyse. Par leurs pratiques éducatives, entre intégration sociale et valeur d’autodétermination, ils font un travail de transmission des normes et stéréotypes de genre et participent ainsi à édifier la différence des sexes. Ce mémoire, sur fond socio-anthropologique et qui s’inspire des travaux d’Irène Théry, permet de réhabiliter le concept de personne et met en évidence ce qui relie les identités distinctes entre elles, et ce au-delà de la tentation à l’essentialisation et à la substantialisation. Ultimement, il invite à revisiter l’évidence selon laquelle l’identique n’est que réplique.

Keyphrases: homoparentalité, homosexualité, diversité sexuelle, rôles parentaux, socialisation genre, homosexualité
Sociologie de la bohème contemporaine : coqueter avec un style de vie à Leipzig et à Montréal

L’étude présente prend pour objet la bohème contemporaine à travers une enquête empirique explorant, à Leipzig et à Montréal, la vie sociale de jeunes adultes associés à des milieux artistiques émergents. La relecture d’auteurs classiques allemands m’amène à concevoir la forme de la bohème au prisme des tensions entre le centre de la société et ses marges. Le cas fictif de Tonio Kröger (1903), du roman de Thomas Mann (1875-1955), constitue mon point de départ : il présente des tensions qui sont près, à la même époque, de considérations centrales à la sociologie allemande. À la fois Georg Simmel (1858-1918) et Siegfried Kracauer (1889-1966) ont porté attention à des problèmes qui se rapportent au style de vie bohème ; tous les deux ont développé des outils conceptuels et une forme d’écriture pour traiter des tensions autour desquelles s’articule ce phénomène. Ces outils peuvent – c’est le pari que je fais – être mis à profit pour saisir ces tensions à l’époque qui est la nôtre. En cherchant à m’immerger à Leipzig et à Montréal dans ces mondes d’art, d’aventures et de sociabilité, ces tensions se concrétisent au fur et à mesure des observations ethnographiques portant sur le quotidien des enquêtés. Je présente ces observations à travers une collection de courts textes inspirés de l’écriture feuilletonesque : ce sont des miniatures, des fragments de réalité qui, pris ensemble, constituent une « mosaïque » sur le thème de la bohème. Cette mosaïque fera apparaitre, en dernière analyse, le problème des enquêtés, lié à la forme de la bohème contemporaine. Plutôt que de choisir entre un camp ou l’autre – le milieu de la société ou ses marges – ils coquettent avec un ensemble d’idées ; une attitude qui se rapporte au style de vie bohème.

Keyphrases: milieux artistiques, Montréal, Leipzig, bohème, style de vie, feuilleton, Siegfried Kracauer, Georg Simmel, coquetterie, sociabilité
À la croisée des genres : trajectoires et identités "trans" au Québec

Ce mémoire porte sur les trajectoires et les identités trans au Québec. Il s’appuie sur les récits de vie de 11 personnes s’identifiant trans au Québec, afin de mieux comprendre l’influence des normes sociales de genre sur leur parcours de vie et la façon dont elles se manifestent dans le cadre des interactions sociales quotidiennes. Fondée à la fois sur des récits de vie d’hommes et de femmes trans, cette recherche a ainsi pour but de mesurer l’impact d’un système de normes basé sur la binarité des genres. Cette lecture croisée des genres permet de mettre en lumière les principales convergences et divergences entre les expériences des hommes trans et celles des femmes trans. Dans un premier temps, la recherche montre que la trajectoire identitaire de genre prend place, pour tous et toutes, dès l’enfance, période où cette question du genre serait présente, mais en « sommeil ». La période de l’adolescence équivaut ensuite à une période d’éveil aux stigmates qui les aurait mené-es à intérioriser leur différence. L’âge adulte -le présent- est le moment d’extériorisation identitaire qui s’inscrit dans une série d’expériences de transition. Dans un deuxième temps, cette étude fera état des inégalités sociales de genre et des inégalités transidentitaires, et de la façon dont ces deux formes d’inégalités s’articulent, notamment dans le cadre des espaces publics et des interactions sociales. Les principaux résultats montrent que les femmes trans à l’étude vivent en majorité plus d’inégalités sociales liées à leur genre et à sa non-conformité. Inversement, les hommes trans à l’étude vivent aussi ces inégalités, mais acquièrent parallèlement certains privilèges sociaux.

Keyphrases: Trans, Identité, Trajectoire, Parcours de vie, Enfance, Adolescence, Âge adulte, Interactionnisme, Normes, Quotidien, Inégalités sociales, Espaces publics
Représentations du suicide chez des intervenants œuvrant dans des centres de crise communautaires

À travers les époques et selon les sociétés, la conception du suicide et les manières d’y répondre ont évolué entre autres en lien avec les changements dans les normes, les valeurs, les idéologies et les attitudes collectives. De nos jours, bien qu’il semble exister un consensus dans le champ de la prévention du suicide, les conceptions de ce phénomène demeurent variables selon les acteurs et les contextes. Des chercheurs suggèrent même que les conceptions des intervenants au sujet du suicide peuvent aller jusqu’à influencer leurs pratiques d’intervention avec les personnes suicidaires.  La présente étude qualitative porte sur les représentations du suicide qui ressortent de dix entretiens menés auprès d’intervenants œuvrant dans des centres de crise communautaires, tous situés dans la région du Grand Montréal. Ce mémoire vise, d’une part, à faire ressortir les principales dimensions des représentations du suicide et des pratiques auprès de personnes suicidaires chez des intervenants œuvrant dans des centres de crise communautaires et, d’autre part, à proposer des pistes de réflexion exploratoires autant sur ces représentations que sur leurs effets sur les pratiques des intervenants. Les résultats obtenus révèlent que les représentations du suicide véhiculées par les intervenants et qui influencent leurs pratiques correspondent pour la plupart à la représentation sociale actuellement la plus répandue dans le champ de la prévention du suicide. Malgré cela, des intervenants entretiennent, quoique dans une moindre mesure, des représentations du suicide plutôt alternatives. Ces différences s’expliquent entre autres par la diversité dans les expériences subjectives des intervenants et dans les cadres organisationnels dans lesquels ils évoluent. En plus, elles révèlent chez les intervenants une volonté d’exprimer leur autonomie et de faire preuve de réflexion.

Keyphrases: représentation sociale, intervenant, suicide, crise, organisme communautaire