NCube/papyrus huggingface dataset:
Influence des expansions de territoire sur la capacité des approches en génomique du paysage d’identifier les gènes adaptatifs

Avec les changements climatiques et les perturbations humaines, de nombreuses espèces changent leurs aires de répartition. Dans ce contexte, l’identification de loci potentiellement adaptatifs chez ces populations en expansion est importante pour mieux comprendre le potentiel évolutif et la capacité d’envahissement de ces espèces. Toutefois, chez les espèces en expansion de territoire, tel le dendroctone du pin, les processus démographiques comme le surf d’allèles peuvent résulter en des patrons spatiaux de variation génétique neutre qui imitent ceux issus des processus adaptatifs. Ce phénomène gonfle le taux de faux-positif d’identification des loci adaptatifs et confond ainsi les méthodes de génomique du paysage. Dans le cadre de ce projet de maîtrise, j’ai étudié le développement des structures génétiques neutres et adaptatives lors d’une expansion de territoire. Je me suis attardé particulièrement sur l’influence de différentes conditions démographiques sur le taux de loci neutres qui imitent les patrons spatiaux de ceux adaptatifs, en menant une revue de littérature et en utilisant le système épidémique du dendroctone du pin pour paramétrer un modèle de simulations. J’ai simulé les dynamiques démographiques et génétiques des populations de dendroctones à l’aide du modèle de simulation génétique explicitement spatial CDmetaPOP. J’ai analysé les conséquences de trois facteurs sur le taux de faux-positif : 1) la capacité de dispersion; 2) le moment d’échantillonnage durant l’expansion de territoire; et 3) la force de sélection agissant sur le locus adaptatif de référence. J’ai démontré qu’une combinaison de faible capacité de dispersion, faible sélection et un échantillonnage tôt au début de l’expansion contribuent à un plus grand taux de faux-positif, alors qu’une forte capacité de dispersion conduit à de plus faibles taux de faux-positif. Lorsque les méthodes de génomique du paysage sont utilisées dans ces conditions, elles risquent d’avoir un haut taux de loci neutres identifiés comme adaptatifs et doivent donc être interprétées avec prudence. La situation démographique complexe que présente le système actuel du dendroctone (et d’autres espèces irruptives et envahissantes) rend l’identification d’allèles adaptatifs plus difficile. Les résultats de ce projet encouragent l’incorporation de ces processus démographiques dans les méthodes de génomique du paysage.

Keyphrases: Dendroctone du pin, Expansion de territoire, Génomique du paysage, CDmetaPOP, Variation génétique adaptative, Variation génétique neutre, Dispersion, Sélection
Le zooplancton comme bioindicateur de l’état trophique et de l’intégrité écologique des lacs du Parc du Mont-Tremblant

La gestion et le suivi des écosystèmes dans les parcs nationaux et provinciaux visent essentiellement la préservation de leur intégrité écologique et de leur biodiversité. Toutefois, le portrait de la biodiversité aquatique dans les lacs des parcs nationaux du Québec est encore incomplet, en particulier pour les microorganismes qui forment la base des réseaux trophiques. Ce mémoire présente les résultats de la première étude d’envergure sur le zooplancton de 14 lacs du parc national du Mont-Tremblant (PNMT, Québec), intégrant des connaissances nouvelles sur la biodiversité et la structure taxonomique et fonctionnelle du zooplancton et l’application d’indices biotiques. Le but final est d’établir les relations entre la structure du zooplancton et l’état trophique des lacs afin de mieux évaluer leur niveau d’intégrité biologique. La diversité et la structure du zooplancton et les patrons de dominance des espèces dans les lacs du PNMT sont similaires à ceux observés dans les lacs du Bouclier Canadien en Ontario et au Québec. On distingue plusieurs groupes de lacs sur la base des espèces de rotifères (Kellicottia longispina et Conochilus unicornis) et de cladocères de petite (Bosmina, Diaphanosoma birgei) ou grande (Daphnia catawba, Holopedium gibberum) taille.  Les lacs se répartissent le long d’un gradient inverse dans l’abondance des rotifères et des copépodes calanoïdes. Ces taxons présentent le meilleur potentiel de bioindicateurs de l’état trophique des lacs du PNMT. L’altitude, la taille et la profondeur des lacs et la présence de l’Omble de fontaine ou du Grand brochet ont un effet structurant sur le zooplancton. Ils permettent de classer les lacs du PNMT en deux groupes bien distincts : i) les lacs oligotrophes à Omble de fontaine riches en copépodes calanoïdes (Allen, Herman, du Brochet, Obéron et Trap), ii) les lacs oligo-mésotrophes à Grand brochet (avec des cyprins planctivores) plus riches en rotifères (surtout Desjardins, Savane, Houdet, Monroe et Rossi).

Keyphrases: Parc du Mont-Tremblant, Lacs, Zooplancton, Biodiversité, Structure, État trophique, Structure de la communauté, Intégrité écologique
L'identité professionnelle des infirmières comme source d'un travail gratuit et d'une obligation de disponibilité implicite

Les nouvelles normes d'organisation du travail fondées sur un modèle de la flexibilisation du temps de travail ont eu des effets considérables sur les travailleurs-euses. La recherche toujours plus grande de productivité et de rentabilité a imposé de fortes pressions sur les individus qui ont adapté progressivement leurs comportements au travail. À cet effet, l'augmentation de la disponibilité temporelle imposée aux salariés-es ne serait pas toujours reconnue par les organisations. La distinction entre le temps du travail et le temps du repos est devenue plus floue, moins nette que par le passé. Par ailleurs, la disponibilité temporelle jouerait le rôle de compétence non-reconnue par laquelle l'on n'hésite pas à mesurer la motivation et l'implication des salariés-es, mais sans pour autant que cela ne transparaisse dans les classifications d'emplois ou les salaires. Le travail du care y serait d'autant plus sensible alors que ses compétences ont été historiquement invisibles.   Dans un premier temps, cette recherche souhaite mettre en lumière certaines manifestations de l'invisibilité du travail des infirmières dans le secteur de la santé et des services sociaux. Pour ce faire, elle s'intéresse à la présence d'un travail effectué gratuitement par les professionnelles des soins. Elle s'intéresse également à la présence d'une obligation de disponibilité implicite engageant les infirmières à dépasser leur temps de travail formel. Dans un deuxième temps, cette recherche cherche à élucider le rôle de l'identité professionnelle des infirmières sur l'accomplissement d'un travail invisible. Les données empiriques obtenues à la suite de dix entrevues semi-dirigées effectuées auprès d'infirmières (détentrices d’un diplôme d’études collégiales en soins infirmiers) et d'infirmières cliniciennes (détentrices d’un baccalauréat universitaire en sciences infirmières) travaillant dans le réseau public québécois ont permis d'illustrer plusieurs manifestations d'un travail gratuit et d'une obligation de disponibilité implicite. De plus, les données montrent que d'une manière générale l'identité professionnelle est effectivement liée aux débordements de travail des infirmières. Toutefois, son influence est encouragée par les défaillances organisationnelles affectant la qualité des soins de santé.

Keyphrases: Identité professionnelle, Infirmières, Travail gratuit, Disponibilité implicite, Travail invisible
Les coalitions hétérogènes comme stratégie de renouveau syndical : une étude de cas en contexte québécois

Cette recherche fait état de la crise de légitimité que traversent les organisations syndicales au Québec et qui menace leur pérennité. Cette recherche propose une réflexion sur les raisons de cette crise et sur ses conséquences pour le mouvement syndical. Elle associe la crise à l’effritement de la légitimité sociologique des organisations syndicales, car ces dernières ne seraient plus aussi intégrées au sein des différentes communautés. Cette recherche constate que la littérature propose la coalition hétérogène comme une stratégie prometteuse de renouveau syndical. Cette recherche émet l’hypothèse selon laquelle la manière dont les organisations syndicales s’impliquent dans une coalition influence le potentiel de renouveau de cette stratégie. Au plan analytique, elle évalue l’influence de l’identité et des modes de validation démocratique d’une organisation syndicale québécoise sur son mode d’implication. Les données empiriques de cette étude proviennent de recherches archivistiques, d’observations non participantes et de neuf entrevues semi-dirigées, tenues auprès de représentants d’organisations syndicales et de représentants de groupes communautaires siégeant tous à la même coalition. Premièrement, nos résultats montrent qu’une identité de contestation favorise le développement de relations fortes et authentiques auprès des partenaires issus des groupes communautaires et qu’une identité de régulation crée des relations transactionnelles. Deuxièmement, nos résultats montrent que les différents modes de validation démocratique interne d’une organisation syndicale favorisent ou non la présence de ses membres dans les différents niveaux d’action de la coalition. Cette présence est pourtant nécessaire à la formation de nouveaux militants politiques au sein des organisations syndicales. Troisièmement, nos résultats nous permettent de constater que les structures identitaires et démocratiques des organisations syndicales modèrent le potentiel transformateur de la stratégie de coalitions hétérogènes.

Keyphrases: renouveau syndical, coalition, organisation syndicale, identité, validation démocratique, structure organisationnelle
Le lien entre la compétition intrasexuelle et la recherche de minceur chez les jeunes femmes : le cas de l’anorexie mentale selon une perspective évolutionniste

Diverses disciplines se sont intéressées à l’anorexie mentale au cours des dernières décennies et ont proposé différents modèles pour l’expliquer. Celui qui domine actuellement, le modèle biopsychosocial, permet de comprendre comment cette problématique se met en place au niveau proximal. Toutefois, une question perdure : existe-t-il une fonction biologique à ce trouble? Il s‘agit de l’énigme que les chercheurs adoptant une perspective évolutionniste ont tenté de résoudre. Plusieurs hypothèses ont été proposées et celles-ci seront revues et critiquées dans le cadre de ce mémoire. Ensuite, une hypothèse alternative, l’hypothèse de la compétition intrasexuelle pour le rang, sera présentée et visera à accroître la valeur explicative des modèles proposés. Il sera argumenté que la restriction alimentaire et les troubles qui en découlent sont des sous-produits de l’intensification de la compétition qui existe entre les femmes dans la culture occidentale moderne. Un projet de recherche mené auprès d’étudiantes universitaires a permis de tester certaines des prédictions faites par le modèle évolutionniste par des analyses corrélationnelles et de régression, en plus de tester l’intégration de la variable compétition au modèle de l’influence tripartite grâce à une analyse des pistes causales (Path analysis). Il a été découvert que la comparaison, la compétition et le rang subjectif en lien avec l’apparence physique sont toutes des variables liées à la recherche de minceur. Étant donné la portée limitée de cette étude, davantage de recherches seront nécessaires afin de bien démontrer la pertinence du modèle.

Keyphrases: Anorexie mentale, Troubles alimentaires, Évolution, Compétition, Rang, Prestige, Minceur, Perspective évolutionniste, Modèle de l’influence tripartite, Prestige
Évolution de l’auto-efficacité, des émotions et du concept de soi chez des adolescents hospitalisés en Hémato-oncologie pendant une intervention de musicothérapie interactive : une étude pilote

Objectifs : Cette recherche a pour objectifs : (1) Évaluer dans quelle mesure quatre séances individuelles de musicothérapie interactive sont associées à des changements dans les domaines de l’auto-efficacité, des émotions et du concept de soi chez des adolescents hospitalisés en Hématologie-oncologie ; (2) Documenter l’expérience des adolescents sur les séances de musicothérapie. Méthode : Sept adolescents âgés entre 12 et 18 ans ont participé à des séances de musicothérapie interactive impliquant l’apprentissage d’une chanson à la guitare classique. Le plan de recherche a compris sept temps de mesure. Suite à la dernière séance d’intervention, chaque adolescent a répondu à trois questions ouvertes portant sur son expérience globale en musicothérapie. Des analyses statistiques non-paramétriques et une analyse thématique ont été réalisées sur les résultats obtenus afin d’identifier les évolutions concomitantes à l’intervention. Résultats : Les résultats obtenus au niveau du groupe n’ont pas mis en évidence d’évolutions significatives mais cela cache des différences individuelles importantes. En effet, les analyses centrées sur les profils individuels ont montré des évolutions positives significatives chez deux participants sur sept dans le domaine de l’auto-efficacité, trois participants sur sept sur les émotions positives, deux participants sur sept sur les émotions négatives et trois participants sur sept sur le concept de soi. De plus, les commentaires des adolescents ont mis en évidence une expérience globalement positive marquée par un mieux-être physique et/ou psychologique. Conclusion : Ces résultats plaident pour la réalisation de nouvelles recherches sur les évolutions associées à des séances de musicothérapie interactive réalisées auprès d’adolescents hospitalisés en Hémato-oncologie, en prenant en compte les trajectoires individuelles dans les groupes considérés. Mots-clés: Adolescents, Cancer pédiatrique, Musicothérapie, Hospitalisation, Oncologie psychosociale

Keyphrases: Adolescents, Cancer pédiatrique, Musicothérapie, Hospitalisation
Attitudes de la mère en situation de lecture partagée au préscolaire et engagement scolaire comportemental au début du primaire : comparaison de deux modèles

Contexte. La réussite scolaire est grandement déterminée par les premiers apprentissages et les difficultés qui y sont rattachées prennent souvent racine dans les premières années de la vie. Considérant la prévalence élevée d’absence de diplomation d’étude secondaire au Québec (16%) et des nombreuses conséquences qui y sont rattachées, il importe de s’attarder aux mécanismes qui soutiennent l’engagement scolaire dès le début de la scolarisation puisqu’il s’agit de l’un des meilleurs prédicteurs du décrochage. Objectif. La présente étude a d’abord exploré la contribution unique des compétences émergentes en littératie et des attitudes maternelles en situation de lecture partagée à la prédiction du niveau initial d’engagement comportemental en maternelle et de son évolution jusqu’en 3e année, puis elle a examiné le rôle de ces compétences en littératie comme médiateur du lien entre les attitudes maternelles et l’engagement comportemental. Méthode. Afin d’évaluer la qualité des attitudes de la mère, 196 dyades mère-enfant ont été observées en laboratoire pendant la résolution de deux activités de littératie. Un an plus tard, la connaissance des lettres et de l’écrit des enfants a été mesurée à l’aide du Lollipop. Les mesures d’engagement comportemental ont quant à elles été évaluées par les enseignants de maternelle, de 1ère, 2e et 3e année. Des analyses de régression multiple sur courbes de croissance ont été effectuées. Résultats. Les résultats indiquent que les compétences émergentes en littératie sont associées directement au niveau initial de l’engagement comportemental de l’enfant (iEC : b=0,24, p < 0,01). Bien que les attitudes de la mère ne contribuent pas significativement à l’explication de l’engagement comportemental (iEC : b=0,11, p=0,16; sEC : b=-0,04, p=0,87), les analyses indiquent un effet indirect significatif sur le niveau initial d’engagement comportemental, médiatisé par les compétences émergentes en littératie (iEC : b=0,16, p < 0,05). Conclusion. Les résultats permettent de mieux comprendre les mécanismes menant à un faible engagement scolaire. Conséquemment, ils permettront aux intervenants de la petite enfance d’agir à titre préventif, en identifiant dès leur plus bas âge les enfants les plus à risque d’être peu engagé à l’école au début de leur parcours scolaire.

Keyphrases: Attitudes maternelles, littératie familiale, compétences émergentes en littératie, engagement scolaire, étude longitudinale
Associations entre la dépression et le décrochage scolaire en fonction du sexe : une étude longitudinale

Les résultats des quelques études examinant le lien entre la présence de symptômes dépressifs et le décrochage divergent. De telles divergences pourraient s’expliquer par certaines caractéristiques individuelles clés comme le sexe ou l’âge, qui pourraient modérer le lien entre les symptômes dépressifs et le décrochage. Cette étude a pour double objectif 1) d’évaluer le lien entre la présence de symptômes dépressifs mesurés à différents moments au secondaire et le décrochage scolaire, et 2) d’examiner les variations possibles en fonction du sexe. Des données auto-rapportées (sur la présence de symptômes dépressifs en secondaire 1, 2 et 3) et administratives (sur le décrochage scolaire) obtenues auprès d’une cohorte composée de 6272 jeunes du secondaire ont été utilisées. Les résultats révèlent qu’après l’inclusion de variables de contrôles importantes, il n’y a pas d’association entre la dépression et le décrochage scolaire. De plus, ils indiquent que le sexe ne joue pas de rôle modérateur, c’est-à-dire qu’il n’y a pas de lien entre la dépression et le décrochage ni chez les filles, ni chez les garçons. Ces résultats suggèrent que les conclusions divergentes des études précédentes sur le sujet pourraient refléter le manque de considération d’une variété, mais surtout d’un nombre suffisants de facteurs confondants. Ils réitèrent aussi l’importance des facteurs de risque déjà connus du décrochage et suggèrent que les interventions se centrant l’humeur dépressive doivent faire partie de programmes visant en parallèle d’autres problématiques plus étroitement associées au décrochage.

Keyphrases: Décrochage scolaire, Symptômes dépressifs, Dépression, Différence de genre, Facteurs de risque, Capacité prédictive, Éducation, Persévérance scolaire, Adaptation scolaire, Prédiction
Hostility, Social Support and Nighttime Blood Pressure Dipping

Contexte: Les personnes dont la tension artérielle (TA) ne diminue pas de 10 à 20% en période de sommeil présentent un risque accru d'événements cardiovasculaires et de mortalité à venir. Les variables psychosociales peuvent contribuer à un non-diminution de la TA.  Objectif: Étudier les associations simultanées et prospectives triennales d'hostilité et de soutien social avec le statut de TA non-diminuée chez les hommes et les femmes en santé et actifs. Les relations modérées par le sexe ou l'âge ont également été examinée.  Méthodes: 191 participants au temps 1 et 128 au temps 2 ont subi une surveillance ambulatoire de la TA pendant 24 heures après avoir rempli des questionnaires psychosociaux et des évaluations momentanées écologiques (EMA) lors d’une période de 3 semaines.  Résultats: L'hostilité était négativement corrélée avec une baisse de la TA systolique aux temps 1 et 2 dans les associations univariées seulement. Une interaction du Sexe par le Soutien Social a émergé (β = -.152, p = .037) dans les analyses simultanées au temps 1, alors qu'une interaction de l’Âge par le Soutien Social a émergé dans les analyses prospectives au temps 2 (β = .181, p =. 047).  Conclusion: Les résultats suggèrent que l'hostilité et le soutien social peuvent influencer la diminution de la TA, bien que les effets semblent modestes. L'impact du soutien social sur l'abaissement de la TA était particulièrement dépendant du sexe et de l'âge, de telle sorte qu'au temps 1, les hommes semblaient bénéficier davantage du soutien social, tandis qu'au temps 2, c’était les personnes plus âgées. Les implications de ces résultats ne sont pas claires à ce stade et nécessitent d’être reproduits.

Keyphrases: Hostilité, Soutien social, Colère, Comportement querelleur, Évaluations Écologiques Momentanées, Moniteurs / Poignets de tension artérielle, Différences sexuelles, Prospective
Développement d’une méthode de production de vésicules membranaires permettant l’étude du mode d’action des toxines insecticides de Bacillus thuringiensis

La plupart des toxines de Bacillus thuringiensis perméabilisent la membrane intestinale des insectes sensibles en formant des pores qui abolissent le potentiel électrique et les gradients ioniques. Plusieurs toxines ont été étudiées avec des vésicules purifiées de la bordure en brosse intestinale des insectes. Malheureusement, la membrane intestinale de beaucoup d’insectes ne forme pas des vésicules suffisamment étanches pour les expériences de perméabilisation. Une nouvelle technique utilisant des liposomes géants et une sonde de perméabilité membranaire a été développée pour caractériser deux nouvelles toxines particulièrement prometteuses pour le biocontrôle d’un des principaux ravageurs du maïs, la chrysomèle des racines du maïs (Diabrotica virgifera virgifera LeConte), Cry6Aa1 et la toxine binaire DS10/DS11. Les deux toxines perméabilisent efficacement les liposomes. La toxine binaire forme des pores qui sont légèrement sélectifs pour les cations, comme la plupart des toxines de B. thuringiensis. Bien que la Cry6Aa1 puisse former des pores sélectifs pour les anions, les résultats suggèrent aussi qu’elle pourrait, contrairement aux autres toxines de cette bactérie, ne former des pores qu’en présence d’une force ionique élevée. La formation des pores par ces deux toxines semble être sensible à la courbure de la membrane cible étant donné qu’elle est beaucoup plus efficace dans des liposomes géants que dans des liposomes de même composition, mais plus petits. Ce travail jette les bases de la mise au point d’une technique qui permettrait l’étude des toxines dans des liposomes géants enrichis avec des protéines et des lipides provenant de la membrane intestinale des insectes cibles.

Keyphrases: Cry6Aa1, toxine binaire DS10/DS11, formation de pores, liposomes géants, carboxyfluorescéine, Bacillus thuringiensis, chrysomèle des racines du maïs, Diabrotica virgifera virgifera leConte, DS10/DS11 binary toxin