NCube/papyrus huggingface dataset:
Directed evolution of human dihydrofolate reductase: towards a better understanding of binding at the active site

La dihydrofolate réductase humaine (DHFRh) est une enzyme essentielle à la prolifération cellulaire, ce qui en fait une cible de choix pour le traitement de différents cancers. À cet effet, plusieurs inhibiteurs spécifiques de la DHFRh, les antifolates, ont été mis au point : le méthotrexate (MTX) et le pemetrexed (PMTX) en sont de bons exemples. Malgré l’efficacité clinique certaine de ces antifolates, le développement de nouveaux traitements s’avère nécessaire afin de réduire les effets secondaires liés à leur utilisation. Enfin, dans l’optique d’orienter la synthèse de nouveaux composés inhibiteurs des DHFRh, une meilleure connaissance des interactions entre les antifolates et leur enzyme cible est primordiale. À l’aide de l’évolution dirigée, il a été possible d’identifier des mutants de la DHFRh pour lesquels l’affinité envers des antifolates cliniquement actifs se voyait modifiée. La mutagenèse dite ¬¬de saturation a été utilisée afin de générer des banques de mutants présentant une diversité génétique au niveau des résidus du site actif de l’enzyme d’intérêt. De plus, une nouvelle méthode de criblage a été mise au point, laquelle s’est avérée efficace pour départager les mutations ayant entrainé une résistance aux antifolates et/ou un maintient de l’activité enzymatique envers son substrat natif, soient les phénotypes d’activité. La méthode de criblage consiste dans un premier temps en une sélection bactérienne à haut débit, puis dans un second temps en un criblage sur plaques permettant d’identifier les meilleurs candidats. Plusieurs mutants actifs de la DHFRh, résistants aux antifolates, ont ainsi pu être identifiés et caractérisés lors d’études de cinétique enzymatique (kcat et IC50). Sur la base de ces résultats cinétiques, de la modélisation moléculaire et des données structurales de la littérature, une étude structure-activité a été effectuée. En regardant quelles mutations ont les effets les plus significatif sur la liaison, nous avons commencé à construire un carte moléculaire des contacts impliqués dans la liaison des ligands. Enfin, des connaissances supplémentaires sur les propriétés spécifiques de liaison ont put être acquises en variant l’inhibiteur testé, permettant ainsi une meilleure compréhension du phénomène de discrimination du ligand.

Keyphrases: dihydrofolate réductases humaine, méthotrexate, pemetrexed, résistance aux médicaments, mutagenèse, évolution dirigée, criblage à haut débit, relation structure-fonction, cinétique enzymatique, modélisation moléculaire, pemetrexed
Environnement bâti et transport actif scolaire : le cas des écoles de proximité de la région de Montréal

But La diminution du transport actif scolaire est une problématique préoccupante dont les déterminants sont encore mal connus. Nous nous sommes donc penchée sur la question suivante : Quelle est la contribution de l’environnement bâti pour le choix d’un mode de transport actif pour les déplacements scolaires des enfants demeurant à proximité de leur école ?  Méthodologie Pour répondre à cette question, nous nous sommes basée sur le cadre conceptuel de Tracy McMillan. Nous avons caractérisé le voisinage de trois écoles en milieu urbain et de trois écoles en milieu suburbain de la région de Montréal. Également, nous avons analysé les données du Groupe de recherche Ville et mobilité concernant les comportements des enfants ainsi que les comportements et perceptions des parents.  Résultats Quatre des cas à l’étude se démarquent en raison de leur forte proportion de transport actif scolaire, soit les trois milieux urbains et un milieu suburbain. Les points communs de ces quatre cas sont la perméabilité du réseau viaire pour les piétons et les cyclistes et la perception favorable des parents vis-à-vis le transport actif scolaire.  Conclusion Les environnements suburbains génèrent des comportements de transport actif uniquement chez les enfants alors que les environnements urbains génèrent systématiquement des comportements de transport actif chez les adultes et les enfants. Ce faisant, nous pouvons penser que les caractéristiques de l’environnement bâti des milieux urbains influencent les perceptions et les comportements des parents en faveur du transport actif scolaire.

Keyphrases: Forme urbaine, Enfants, Mobilité, Marche, Vélo, Parents, Déplacements scolaires, Quartier, Caractérisation, Comportement de transport
Impact d’une mutation ponctuelle stratégique de la protéine HOXB4 sur son pouvoir de régulation, de prolifération et de différenciation des CSH et des progéniteurs murins

L’expansion des cellules souches hématopoïétiques ex vivo représente une option des plus intéressante afin d’améliorer les greffes de moelle osseuse. Le facteur de transcription HOXB4 semble être le candidat ayant le plus de potentiel jusqu’à présent. Cependant, la très courte demi-vie de la protéine représente un obstacle majeur dans l’élaboration de protocoles cliniques.  Par contre, la substitution d’un acide aminé (3 mutations individuelles) dans la partie N-terminale de la protéine augmente de près de 3 fois la stabilité intracellulaire de HOXB4. Nous avons comparé l’activité biologique de ces mutants à celle de HOXB4 natif (« wt ») dans des essais in vitro et in vivo.  Nous avons démontré que la surexpression de HOXB4 muté par infection des cellules souches hématopoïétiques n’affectait pas leur pouvoir de reconstitution hématopoïétique à long terme dans des souris transplantées.  Par ailleurs, nous avons noté que dans les essais de reconstitution hématopoïétique en compétition et en non compétition, les cellules surexprimant les protéines mutées ont une expansion supérieure in vitro et reconstituent le sang et la rate avec une répartition de cellules lymphoïdes et myéloïdes plus près de souris non-transplantées comparativement aux cellules exprimant HOXB4 « wt ».  De plus, les cellules surexprimant la protéine HOXB4 mutée apparaissent beaucoup plus rapidement et en plus grande proportion dans le sang comparativement aux cellules surexprimant la forme native.  Une des protéines HOXB4 mutées (1426) ne permet pas l’expansion des progéniteurs myéloïdes immatures (CMP) contrairement à la protéine « wt ».  Et finalement, par les études de modulation intracellulaire protéique, nous avons démontré que les comportements des protéines HOXB4 « wt » et mutées envers les cellules souches hématopoïétiques et progéniteurs n’étaient pas complètement dus à un effet de concentration protéique.

Keyphrases: cellules souches hématopoïétiques, HOXB4, HOXB4, Différenciation, Expansion, Expansion, Progéniteurs myéloïdes, Mutations, Mutation
Effet de l'atorvastatine et de l'amlodipine sur le remodelage vasculaire dans l'hypertension

Résumé Introduction L’amlodipine et l’atorvastatine offrent des avantages thérapeutiques au-delà de leur indication primaire, soit la réduction de la pression artérielle et des lipides sanguins, respectivement. L’amlodipine induit l’apoptose des cellules de muscle lisse vasculaire (CMLV) in vivo, contribuant à la régression de l'hypertrophie aortique chez le rat spontanément hypertendu (SHR). L'atorvastatine induit l’apoptose des CMLV in vitro, un effet proportionnel à la dose. Toutefois, cet effet reste à être démontré in vivo. Nous postulons que l’atorvastatine induira la régression de l’hypertrophie aortique via l’apoptose des CMLV chez le SHR, et que la combinaison de l’amlodipine et de l’atorvastatine aura un effet synergique sur la régression de l’hypertrophie aortique via l’apoptose des CMLV chez le SHR.  Méthodologie L’amlodipine et l’atorvastatine ont été administrées à des SHR âgés de 11 semaines durant trois ou six semaines, individuellement ou en combinaison. Les points principaux à l'étude étaient le remodelage vasculaire et la pression artérielle. La fragmentation et le contenu en ADN, le stress oxydant, le taux de cholestérol et les niveaux de nitrates ont aussi été mesurés.  Résultats Lorsque l’atorvastatine a été administrée seule, une diminution significative du stress oxydant et de la pression artérielle a été observée après trois et six semaines de traitement, respectivement. Par contre, aucune différence n’a pu être décelée quant au remodelage vasculaire. L'amlodipine a réduit la pression artérielle et l'hypertrophie aortique de façon dépendante de la dose. Une diminution significative de l'hyperplasie a été détectée après trois semaines de traitement avec la combinaison, et après six semaines avec une faible dose d'amlodipine.  Conclusion Nos résultats ne supportent pas l'hypothèse que l'atorvastatine induit l'apoptose des CMLV in vivo. Par contre, lorsque combinée à l'amlodipine, elle pourrait ajouter un bénéfice supplémentaire au niveau de la réduction de l'hyperplasie aortique.

Keyphrases: Remodelage vasculaire, Rat spontanément hypertendu, Atorvastatine, Amlodipine, Combinaison thérapeutique, Apoptose, Atorvastatin, Amlodipine
Classes Alléliques d’Haplotypes et Sélection Positive dans le Génome Humain

L'identification de régions génomiques cibles de la sélection naturelle positive permet de mieux comprendre notre passé évolutif et de trouver des variants génétiques fonctionnels importants. Puisque la fréquence des allèles sélectionnés augmente dans la population, la sélection laisse des traces sur les séquences d'ADN et ces empreintes sont détectées lorsque la variabilité génétique d'une région est différente de celle attendue sous neutralité sélective. On propose une nouvelle approche pour analyser les données de polymorphismes : le calcul des classes alléliques d’haplotypes (HAC), permettant d'évaluer la diversité globale des haplotypes en étudiant leur composition allélique. L'idée de l'approche est de déterminer si un site est sous sélection positive récente en comparant les distributions des HAC obtenues pour les deux allèles de ce site. Grâce à l'utilisation de données simulées, nous avons étudié ces distributions sous neutralité et sous sélection en testant l'effet de différents paramètres populationnels. Pour tester notre approche empiriquement, nous avons analysé la variation génétique au niveau du gène de lactase dans les trois populations inclues dans le projet HapMap.

Keyphrases: Sélection positive, Test statistique, Variabilité génétique, Génétique des populations, Lactase, Lactase
Reactive Hyperemia as endothelial function determinant using plethysmography methods

L’atteinte de la fonction endothéliale représente une phase précoce de l’athérosclérose, un stade où les patients sont généralement asymptomatiques. Il existe donc un intérêt certain à détecter la dysfonction endothéliale. Nous avons développé une technique de mesure des variations de flot artériel au niveau des membres supérieurs, basée sur la spectroscopie proche infrarouge (NIRS). Cette approche permettrait d’étudier le niveau d’atteinte vasculaire et probablement de quantifier le degré de dysfonction endothéliale périphérique lors d’une hyperémie réactive.  L'expérience a été exécutée sur deux cohortes de 13 et de 15 patients et a été comparée à la pléthysmographie par jauge de contrainte (SGP) qui est considérée comme une méthode de référence. Par la suite, nous avons caractérisé la réponse endothéliale par modélisation de la courbe hyperémique du flot artériel. Des études préliminaires avaient démontré que la réponse hyperémique adoptait majoritairement une forme bi-modale. Nous avons tenté de séparer  les composantes endothéliales-dépendantes et endothéliales-indépendantes de l’hyperémie. La quantification des deux composantes de la réaction hyperémique permet de calculer un indice de la ‘santé’ du système endothélial local. Cet indice est nommé le ηfactor. Les résultats montrent une forte corrélation des mesures de flots entre la technique développée et la méthode de référence (r=0.91).  Nous avons conclu que NIRS est une approche précise pour la mesure non-invasive du flot artériel. Nous avons obtenu une bonne répétabilité (ICC = 0.9313) pour le ηfactor indiquant sa robustesse. Cependant des études supplémentaires sont nécessaires pour valider la valeur de diagnostic du facteur défini.  Mots clés: hyperémie réactive, réponse myogénique, oxyde nitrique, athérosclérose, spectroscopie proche infrarouge

Keyphrases: Hyperémie réactive, Réponse myogénique, Athérosclérose, Oxyde nitrique, Spectroscopie proche infrarouge
Caractérisation structurale de la molécule HLA-DO

Les molécules classiques du CMH de classe II présentent des peptides antigéniques aux lymphocytes T CD4+.  Cette présentation est régulée par deux molécules non classiques : HLA-DM catalyse la relâche de CLIP et le chargement de peptides et HLA-DO module l’activité de DM.  Une expression insuffisante en cellules d’insectes empêche les expériences de cristallisation de DO, probablement en raison de sa conformation, rendant DO instable et inapte à sortir du réticulum endoplasmique (RE). DM corrige la conformation de DO et permet sa sortie du RE.  Aussi, par ses ponts disulfures uniques, DM adopte une conformation stable et peut sortir du RE sans lier d’autre molécule. Nous avons tenté de corriger la conformation de DO en introduisant des cystéines pour établir des ponts homologues à ceux de DM.  La conformation de DO ne fut pas corrigée.  Par ailleurs, nous avons augmenté l’expression de DO en introduisant une séquence partielle de Kozak.  Nous avons aussi étudié l’effet de DM sur l’expression de DO.  DM a favorisé l’expression de DO, probablement en diminuant sa dégradation.     Chaque chaîne du dimère DMαβ est impliquée dans l’oxydation de sa chaîne partenaire.  La conformation non-optimale de DO pourrait traduire une incapacité des chaînes α ou β à favoriser l’oxydation de sa partenaire; DM corrigerait ce problème.  Notre analyse d’immunobuvardage de type Western a toutefois démontré que DM ne modifie pas l’état d’oxydation de DOα et DOβ.   Finalement, nous avons étudié l’interaction DO-DM.  L’acide aminé DOαE41 est impliqué dans cette liaison.  Certains des acides aminés entre α80 et α84 pourraient être impliqués.  Nous avons muté des acides aminés de cette région de DOα.  Les résidus testés ne semblent pas impliqués dans la liaison DO-DM.    L’obtention de la structure tridimensionnelle de DO et la caractérisation de son état oxydatif et de sa liaison à DM permettront de mieux comprendre son rôle.

Keyphrases: Conformation, HLA-DM, HLA-DO, Oxydation, Présentation antigénique, Structure
Étude de l’activité de Staufen1 dans la régulation traductionnelle de certains ARNm

Le transport et la traduction localisée des ARN messagers sont observés chez plusieurs organismes et sont requis pour de multiples phénomènes tels la mémoire, la division cellulaire asymétrique et l’établissement des axes durant le développement. Staufen, une protéine liant l’ARN double-brin, a été identifié dans un premier temps chez la mouche à fruits Drosophila melanogaster. Il a été montré, chez cet organisme, que Staufen est requis pour la localisation des messagers bicoid et oskar aux pôles antérieur et postérieur de l’ovocyte, respectivement. Également, Staufen est requis afin que la répression traductionnelle du messager oskar soit levée une fois qu’il est bien localisé. Chez les mammifères, Stau1 est une protéine ubiquiste qui est présente dans des complexes prenant la forme de granules dans les dendrites des neurones. Également, Stau1 peut interagir de façon indépendante de l’ARN avec le ribosome et cofractionner tant avec la sous-unité 40S qu’avec la sous-unité 60S du ribosome dans un gradient de saccharose. L’implication de Stau1 dans un mécanisme permettant la dérépression traductionnelle de certains ARNm chez les mammifères était donc une voie d’investigation intéressante. Nous avons donc décidé de vérifier si Stau1 mammifère avait la capacité de stimuler la traduction d’un ARNm cellulaire via un mécanisme régulé. Au moment où cette thèse a été entreprise, aucun ARNm cellulaire lié par Stau1 n’avait été identifié chez les mammifères. Des structures d’ARN double-brin ont donc été employées afin de réprimer la traduction d’un ARNm rapporteur. C’est ainsi que nous avons montré que Stau1 peut stimuler la traduction d’un ARNm lorsqu’il lie celui-ci dans sa région 5’ non-traduite. Par la suite, en employant des micropuces d’ADN, nous avons identifié des messagers cellulaires dont la distribution dans les polysomes lourds est modifiée par Stau1. En effet, un groupe de messagers est enrichi dans les polysomes lourds suite à une surexpression de Stau1, ce qui suggère que Stau1 stimule la traduction de cette population d’ARNm. Afin d’identifier un mécanisme potentiel de régulation de l’activité traductionnelle de Stau1, nous nous sommes intéressés à la capacité d’auto-association de cette protéine. Nous avons montré que Stau1, tout comme plusieurs protéines liant l’ARN double-brin, est en mesure de s’associer à lui-même, et ce, d’une façon indépendante de l’ARN. Nous avons identifié les déterminants impliqués mettant ainsi au jour un nouveau mécanisme pouvant influencer les activités cellulaires de Stau1. Les résultats présentés dans cette thèse suggèrent donc que Stau1 est en mesure de stimuler la traduction d’une sous-population précise d’ARN messagers au sein de la cellule permettant ainsi de jeter un regard nouveau sur l’implication de cette protéine dans divers phénomènes au sein de l’organisme.

Keyphrases: Stau1, ARN messager, Traduction, ARN double-brin, Auto-association, Domaine de  liaison à l'ARN double-brin
Associations between Exposure to Socio-Cultural Influences in Proximal Environments and Weight Concerns among Urban-Dwelling Women

Résumé Les préoccupations et comportements alimentaires entourant le poids sont omniprésentes chez les jeunes adolescentes et femmes qui habitent dans les cultures occidentales où les formes corporelles sont orientées vers un idéal ultra-mince. L’objectif de cette étude est d’examiner si une plus grande exposition aux endroits faisant la promotion de la minceur est associée à des préoccupations pour le poids plus élevées chez les femmes.   Cette étude fait partie d’un projet intitulé ¨Social, cultural, and economic disparities and disordered eating: Understanding the contribution of neighbourhood and individual level factors¨ (Gauvin, Steiger, & Brodeur, 2009). Un échantillon de 1288 femmes âgées entre 20 et 40 ans et résidant à Montréal depuis au moins 12 mois ont répondu à un sondage téléphonique. Des régressions logistiques ont comparé les femmes se situant dans le quintile le plus élevé des préoccupations de poids avec les femmes dans les autres quintiles en fonction de leur exposition 15 jours ou plus dans des endroits faisant la promotion de la minceur. De plus, une analyse de sensibilité a vérifié si l’association demeurait significative à d’autres niveaux d’exposition. Les facteurs confondants ont été contrôlés statistiquement.     Les résultats démontrent qu’une fréquentation d’au moins 15 jours par mois d’endroits faisant la promotion de la minceur est associée à des préoccupations plus élevées pour le poids. Aussi, fréquenter ces lieux entre 15 et 20 jours/mois est aussi associé à des préoccupations de poids élevées. Des interventions de santé publique pourraient viser la diminution des pressions socioculturelles vers la minceur.

Keyphrases: Perceptions de poids, Obésité, Comportements alimentaires, Minceur, Média, Environnement sociale, Enquête populationnelle, Femmes
Modulation différentielle par la privation de sommeil des processus attentionnels frontaux et pariétaux: une étude de potentiels évoqués cognitifs

L’objectif de la présente étude visait à évaluer les effets différentiels de la privation de sommeil (PS) sur le fonctionnement cognitif sous-tendu par les substrats cérébraux distincts, impliqués dans le réseau fronto-pariétal attentionnel, lors de l’administration d’une tâche simple et de courte durée. Les potentiels évoqués cognitifs, avec sites d’enregistrement multiples, ont été prévilégiés afin d’apprécier les effets de la PS sur l’activité cognitive rapide et ses corrélats topographiques. Le matin suivant une PS totale d’une durée de 24 heures et suivant une nuit de sommeil normale, vingt participants ont exécuté une tâche oddball visuelle à 3 stimuli. L’amplitude et la latence ont été analysées pour la P200 et la N200 à titre d’indices frontaux, tandis que la P300 a été analysée, à titre de composante à contribution à la fois frontale et pariétale. Suite à la PS, une augmentation non spécifique de l’amplitude de la P200 frontale à l’hémisphère gauche, ainsi qu’une perte de latéralisation spécifique à la présentation des stimuli cibles, ont été observées. À l’opposé, l’amplitude de la P300 était réduite de façon prédominante dans la région pariétale pour les stimuli cibles. Enfin, un délai de latence non spécifique pour la N200 et la P300, ainsi qu’une atteinte de la performance (temps de réaction ralentis et nombre d’erreurs plus élevé) ont également été objectivées. Les résultats confirment qu’une PS de durée modérée entraîne une altération des processus attentionnels pouvant être objectivée à la fois par les mesures comportementales et électrophysiologiques. Ces modifications sont présentes à toutes les étapes de traitement, tel que démontré par les effets touchant la P200, la N200 et la P300. Qui plus est, la PS affecte différemment les composantes à prédominance frontale et pariétale.

Keyphrases: Privation de sommeil, Fonctions cognitives, Attention, Traitement de l'information, Lobes frontaux, Lobes pariétaux, P200, N200, P300
Rapport à la nature et stratégies intégrées de conservation et développement : le cas de São Tomé et Principe

Depuis les années 90, les Projets Intégrés de Conservation et Développement ont été présentés comme des modèles fonctionnels de développement durable pour un site spécifique dans une perspective de réalisation. Le but est d’intégrer les objectifs biologiques de la conservation aux objectifs sociaux et économiques du développement. Ces projets, qui répondent à de multiples dénominations et stratégies, sont implantés dans des contextes naturellement hétérogènes et dynamiques, où l’aménagement du territoire ne doit pas être un outil de planification étatique, désigné et imposé dans une logique conservationniste. Les aires protégées représentent une certaine vision du rapport entre l’être humain et la nature, apparue dans le contexte nord-américain avec la création des premiers grands parcs nationaux en 1870. Aujourd'hui, la forte volonté d'impliquer la population se heurte avec la difficulté de concilier la gestion de ces espaces avec les pratiques, les nécessités et les intérêts locaux. Le parc naturel Obô, qui occupe 30% du territoire de São Tomé et Principe, doit affronter la difficile intégration entre les représentations de la nature et les usages locaux avec les objectifs globaux des politiques conservationnistes, ainsi qu’avec les intérêts touristiques et économiques des investisseurs locaux et étrangers. Les représentations sociales de la nature, établissant une forme de connaissance pratique, déterminent la vision du monde et la relation qu'un certain groupe social peut avoir avec le territoire. Ainsi, chaque communauté possède ses propres mécanismes d'adaptation au milieu basés sur ce système représentationnel. Dans le cas des communautés sãotoméennes, la nature présente un caractère spirituel  (associé à des croyances, des rites et des pratiques médicales traditionnelles) et utilitaire (la nature, à travers l'agriculture, la récolte ou la chasse, répond au besoin de subsistance). L’objectif de ce projet de thèse est donc de mieux comprendre la synergie existante entre savoir endogène et gestion de la biodiversité pour adapter l’aménagement du territoire à la réalité des populations qui y vivent.

Keyphrases: Conservation intégrée au développement, Savoir écologique traditionnel, Représentations sociales, Diversité biologique, São Tomé et Principe