NCube/papyrus huggingface dataset:
Quantitative ultrasound imaging during shear wave propagation for application
related to breast cancer diagnosis

Dans le contexte de la caractérisation des tissus mammaires, on peut se demander ce que l’examen d’un attribut en échographie quantitative (« quantitative ultrasound » - QUS) d’un milieu diffusant (tel un tissu biologique mou) pendant la propagation d’une onde de cisaillement ajoute à son pouvoir discriminant. Ce travail présente une étude du comportement variable temporel de trois paramètres statistiques (l’intensité moyenne, le paramètre de structure et le paramètre de regroupement des diffuseurs) d’un modèle général pour l’enveloppe écho de l’onde ultrasonore rétrodiffusée (c.-à-d., la K-distribution homodyne) sous la propagation des ondes de cisaillement. Des ondes de cisaillement transitoires ont été générés en utilisant la mèthode d’ imagerie de cisaillement supersonique ( «supersonic shear imaging » - SSI) dans trois fantômes in-vitro macroscopiquement homogènes imitant le sein avec des propriétés mécaniques différentes, et deux fantômes ex-vivo hétérogénes avec tumeurs de souris incluses dans un milieu environnant d’agargélatine. Une comparaison de l’étendue des trois paramètres de la K-distribution homodyne avec et sans propagation d’ondes de cisaillement a montré que les paramètres étaient significativement (p < 0,001) affectès par la propagation d’ondes de cisaillement dans les expériences in-vitro et ex-vivo. Les résultats ont également démontré que la plage dynamique des paramétres statistiques au cours de la propagation des ondes de cisaillement peut aider à discriminer (avec p < 0,001) les trois fantômes homogènes in-vitro les uns des autres, ainsi que les tumeurs de souris de leur milieu environnant dans les fantômes hétérogénes ex-vivo. De plus, un modéle de régression linéaire a été appliqué pour corréler la plage de l’intensité moyenne sous la propagation des ondes de cisaillement avec l’amplitude maximale de déplacement du « speckle » ultrasonore. La régression linéaire obtenue a été significative : fantômes in vitro : R2 = 0.98, p < 0,001 ; tumeurs ex-vivo : R2 = 0,56, p = 0,013 ; milieu environnant ex-vivo : R2 = 0,59, p = 0,009. En revanche, la régression linéaire n’a pas été aussi significative entre l’intensité moyenne sans propagation d’ondes de cisaillement et les propriétés mécaniques du milieu : fantômes in vitro : R2 = 0,07, p = 0,328, tumeurs ex-vivo : R2 = 0,55, p = 0,022 ; milieu environnant ex-vivo : R2 = 0,45, p = 0,047. Cette nouvelle approche peut fournir des informations supplémentaires à l’échographie quantitative statistique traditionnellement réalisée dans un cadre statique (c.-à-d., sans propagation d’ondes de cisaillement), par exemple, dans le contexte de l’imagerie ultrasonore en vue de la classification du cancer du sein.

Keyphrases: échographie quantitative, K-distribution homodyne, propagation d’ondes de cisaillement, Quantitative ultrasound
La gestion du cadre bâti dans l'Arrondissement historique et naturel du Mont-Royal

Lorsqu’un site ou un bien est protégé par un statut patrimonial, tant national que local, les règlements d’urbanisme sont un des principaux outils d’encadrement des modifications de l’environnement bâti. Comment ces règlements participent-ils à la conservation des valeurs patrimoniales ? Pour explorer cette question, nous avons choisi le cas de l’arrondissement historique et naturel du Mont-Royal (AHNMR, renommé en 2012 site patrimonial du Mont-Royal), un site majeur pour l’identité de Montréal. Nous avons recensé les valeurs patrimoniales attribuées au site et analysé le processus de gestion des projets dans les quatre arrondissements qui se répartissent la partie montréalaise du territoire de l’AHNMR; nous avons également analysé quelques demandes de permis. Le processus est complexe, d’autant plus que l’évaluation est en bonne partie discrétionnaire, incluant des analyses de fonctionnaires et de comités consultatifs de même que des exercices de consultation publique. La recherche a permis de mettre en lumière que les règlements d’urbanisme ont tendance à se concentrer sur les valeurs dont la matérialité est connue (valeurs architecturales et paysagères notamment) et à délaisser les valeurs immatérielles (valeurs d’usage, valeurs identitaires et emblématiques). La juxtaposition des valeurs peut atténuer ce déséquilibre en protégeant une valeur immatérielle par l’entremise d’une valeur matérielle. La documentation des valeurs patrimoniales et de leur incarnation dans l’aménagement d’un site revêt une importance majeure pour l’application des critères d’évaluation. De plus, l’évaluation discrétionnaire apporte de multiple points de vue sur un projet, des opinions d’acteurs, experts en patrimoine ou non, généralement absents de l’évaluation des projets, ce qui contribue à l’évolution de ces derniers. Les consultations publiques donnent lieu à la réévaluation des valeurs patrimoniales ainsi qu’à l’approfondissement des connaissances.

Keyphrases: patrimoine urbain, conservation, valeurs patrimoniales, site patrimonial du Mont-Royal, réglementation urbanistique
La diffamation sur Internet : actualiser la responsabilité en droit civil et en common law au Canada

En cette ère que plusieurs surnomment le « Web 2.0 », les usagers se sont emparés avec enthousiasme des fonctions liées aux communications et au partage sur Internet, ce médium devenant ainsi une nouvelle plate-forme pour les enjeux liés à la vie privée et à la réputation. La diffamation constitue justement un des problèmes prédominants constatés en lien avec ce contenu électronique, plus particulièrement lorsqu’il est question de contenu généré par les utilisateurs. Face à cet outil permettant une diffusion et une intéractivité sans précédent, comment devons-nous aborder Internet au regard des règles de droit applicables au Canada en matière de diffamation? L’analyse juridique traditionnelle sied-elle aux nouvelles réalités introduites par ce médium?   Le bijuridisme canadien nous impose d’étudier parallèlement les régimes de droit civil et de common law et ce, dans une optique comparative afin de comprendre les concepts et le fonctionnement propres à chacune des approches juridiques cohabitant au pays. Cette analyse nous permettra de mettre en lumière les particularités du médium électronique qui se révèlent pertinentes lorsqu’il est question de diffamation et qui font la spécificité des situations et des acteurs en ligne, distinguant ainsi Internet des modes de communications traditionnels que le droit connaît.   Cette approche comparative permet de poser un regard critique sur chacun des régimes de droit en vigueur au Canada, considérant la réalité propre à Internet et au contenu généré par les utilisateurs, mais surtout, vise à promouvoir le développement de méthodes d’analyse véritablement ancrées dans le fonctionnement du médium en cause et susceptibles d’évoluer avec celui-ci.

Keyphrases: Diffamation, Diffamation en ligne, Libelle, Atteinte à la réputation, Responsabilité civile, Internet, Droit civil, Common law, Liberté d'expression, Internet, Common law
A Pain in my Neck

Je suis atteint de nanisme et je blogue principalement sur les questions liées au handicap. Cette oeuvre illustre une souffrance physique bien réelle, mais souvent invisible pour les autres.

Keyphrases: nanisme, douleur, aquarelle
Moral Responsibility in the Context of Prenatal Testing: What can be Expected?

Des auteurs ont suggérés que l’examen des aspects éthiques et sociaux du test prénatal pouvait être vu comme une responsabilité individuelle des patients, cependant aucun fondement conceptuel n’a été proposé pour appuyer cette thèse. J’avance que la vision de “responsabilité morale comme une vertu” de Candace Cummins Gauthier, développée comme une volonté de concilier les notions d’autonomie et de communauté, fournit ce cadre conceptuel.

Keyphrases: test prénatal, responsabilité morale, société, autonomie, prise de décision
Histone H2B-R95A mutant identifies the pheromone pathway that signals cell cycle arrest during rapamycin response

La rapamycine est un immunosuppresseur utilisé pour traiter plusieurs types de maladies dont le cancer du rein. Son fonctionnement par l’inhibition de la voie de Tor mène à des changements dans des processus physiologiques, incluant le cycle cellulaire. Chez Saccharomyces cerevisiae, la rapamycine conduit à une altération rapide et globale de l’expression génique, déclenchant un remodelage de la chromatine. Nous proposons que les modifications des histones peuvent jouer un rôle crucial dans le remodelage de la chromatine en réponse à la rapamycine. Notre objectif principal est d’identifier d’une banque de mutants d’histone les variantes qui vont échouer à répondre à la rapamycine dans une tentative de réaliser une caractérisation des modifications d’histone critiques pour la réponse à cette drogue.  Ainsi, nous avons réalisé un criblage d’une banque de mutants d’histone et identifié plusieurs mutants d‘histone dont la résistance à la rapamycine a été altérée. Nous avons caractérisé une de ces variantes d’histone, à savoir H2B, qui porte une substitution de l’alanine en arginine en position 95 (H2B-R95A) et démontré que ce mutant est extrêmement résistant à la rapamycine, et non à d’autres drogues. Des immunoprécipitations ont démontré que H2B-R95A est défectueux pour former un complexe avec Spt16, un facteur essentiel pour la dissociation de H2A et H2B de la chromatine, permetant la réplication et la transcription par les ADN et ARN polymérases, respectivement. Des expériences de ChIP-Chip et de micropuce ont démontré que l’arginine 95 de H2B est requise pour recruter Spt16 afin de permettre l’expression d’une multitude de gènes, dont certains font partie de la voie des phéromones. Des évidences seront présentées pour la première fois démontrant que la rapamycine peut activer la voie des phéromones et qu’une défectuosité dans cette voie cause la résistante à cette drogue.

Keyphrases: Rapamycin, Spt16, Rapamycine, Modifications d’histone, Remodelage de la chromatine, Voie de phéromones
Dissection du processus d’export des ARNm nucléaires par des approches de molécules uniques chez Saccharomyces cerevisae

Enfermer le porteur de l’information génétique dans le noyau a obligée la cellule a créé un système de transport complexe, qui permet l’export d’un ARNm du noyau au cytoplasme. Le mécanisme général de l’export des ARNm est encore mal connu, même si les facteurs principaux ont été découverts il y a longtemps. De récents progrès en microscopie nous ont permis d’étudier directement le comportement des ARNm durant le processus d’export. Durant ma maitrise, nous avons été capables de localiser et suivre des ARNm en temps réel pour la première fois chez Saccharomyces cerevisiae. Nous avons créé un gène rapporteur en mettant le gène GLT1 sous le contrôle du promoteur GAL1. Nous avons aussi marqué l’ARNm de GLT1 avec plusieurs boucles PP7. L’ARNm sera visible après l’attachement de plusieurs protéines PP7-GFP aux boucles. En utilisant la technique d’imagerie en cellules vivantes, nous sommes capable de visualiser et suivre chaque ARNm, depuis son relâchement du site de transcription jusqu’à l’export. Une fois relâché du site de transcription, l’ARNm diffuse librement dans le nucléoplasme, mais une fois à la périphérie nucléaire, il commence à « scanner » l’enveloppe nucléaire avant d’être exporté. Nous avons trouvé que le « scanning » dépend de la présence des Myosin Like Proteins (Mlp1p et Mlp2p), protéines qui forment le panier nucléaire, car suite à la délétion de MLP1 et MLP2,  les ARNm n’étaient plus capable de « scanner ». Nous avons également trouvé que la partie C-terminale de Mlp1p était nécessaire au « scanning ». De plus, suite à la délétion du gène TOM1, gène codant pour une ubiquitine ligase, les ARNm ont un comportement similaire aux ARNm d’une souche ∆mlp1/mlp2, suggérant que  le « scanning » permet à Tom1p d’ubiquitiner Yra1p, ce qui causera son relâchement de l’ARNm. Également, nous avons montré que les ARNm endogènes MDN1 et CBL2 scannent aussi la périphérie nucléaire. Ensemble, nos résultats suggèrent que le scanning est un processus par lequel passent tout les ARNm nucléaire lorsqu’ils se retrouvent à la périphérie du noyau, pour initier plusieurs étapes de réarrangements nécessaires à leurs export.  De plus, nous avons examiné le rôle de Yhr127p, une protéine nouvellement identifiée qui se lie à l’ARN. Après avoir marqué cette protéine avec la GFP, nous avons montré qu’elle forme des foci dans le noyau et que ces derniers vont disparaitre suite à l’arrêt de la transcription. La délétion de YHR127 à conduit à une augmentation de la transcription de quelques gènes spécifiques, mais n’affecte pas la capacité de la cellule à exporter les ARNm. Nos résultats suggèrent que cette protéine joue un rôle dans la régulation de la transcription et/ou dans la stabilité de l’ARNm.

Keyphrases: Export des ARNm, Régulation de l’expression des gènes, Organisation nucléaire, Mlp1p et Mlp2p, YHR127
A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to
single-molecule counting

La microscopie par fluorescence de cellules vivantes produit de grandes quantités de données. Ces données sont composées d’une grande diversité au niveau de la forme des objets d’intérêts et possèdent un ratio signaux/bruit très bas. Pour concevoir un pipeline d’algorithmes efficaces en traitement d’image de microscopie par fluorescence, il est important d’avoir une segmentation robuste et fiable étant donné que celle-ci constitue l’étape initiale du traitement d’image. Dans ce mémoire, je présente MinSeg, un algorithme de segmentation d’image de microscopie par fluorescence qui fait peu d’assomptions sur l’image et utilise des propriétés statistiques pour distinguer le signal par rapport au bruit. MinSeg ne fait pas d’assomption sur la taille ou la forme des objets contenus dans l’image. Par ce fait, il est donc applicable sur une grande variété d’images. Je présente aussi une suite d’algorithmes pour la quantification de petits complexes dans des expériences de microscopie par fluorescence de molécules simples utilisant l’algorithme de segmentation MinSeg. Cette suite d’algorithmes a été utilisée pour la quantification d’une protéine nommée CENP-A qui est une variante de l’histone H3. Par cette technique, nous avons trouvé que CENP-A est principalement présente sous forme de dimère.

Keyphrases: Segmentation, Traitement d’image, Microscopie par fluorescence, Centromère
Dynamic epigenetic changes in immune responses to infection in human dendritic cells

La méthylation de l'ADN est une marque épigénétique importante chez les mammifères. Malgré le fait que la méthylation de la cytosine en 5' (5mC) soit reconnue comme une modification épigénétique stable, il devient de plus en plus reconnu qu'elle soit un processus plus dynamique impliquant des voies de méthylation et de déméthylation actives. La dynamique de la méthylation de l'ADN est désormais bien caractérisée dans le développement et dans le fonctionnement cellulaire des mammifères. Très peu est cependant connu concernant les implications régulatrices dans les réponses immunitaires. Pour se faire, nous avons effectué des analyses du niveau de transcription des gènes ainsi que du profilage épigénétique de cellules dendritiques (DCs) humaines. Ceux-ci ont été faits avant et après infection par le pathogène Mycobacterium tuberculosis (MTB). Nos résultats fournissent le premier portrait génomique du remodelage épigénétique survenant dans les DCs en réponse à une infection bactérienne. Nous avons constaté que les changements dans la méthylation de l'ADN sont omniprésents, identifiant 3,926 régions différentiellement méthylées lors des infections par MTB (MTB-RDMs). Les MTB-RDMs montrent un chevauchement frappant avec les régions génomiques marquées par les histones associées avec des régions amplificatrices. De plus, nos analyses ont révélées que les MTB-RDMs sont activement liées par des facteurs de transcription associés à l'immunité avant même d'être infecté par MTB, suggérant ces domaines comme étant des éléments d'activation dans un état de dormance. Nos données suggèrent que les changements actifs dans la méthylation jouent un rôle essentiel pour contrôler la réponse cellulaire des DCs à l'infection bactérienne.

Keyphrases: Mycobacterium tuberculosis, Epigénétique, Méthylation de l'ADN, Modifications des histones, Dynamique de la chromatine, Régions amplificatrices, Infection bactérienne, Bacille de Koch
La réforme du Conseil de sécurité des Nations Unies

L’adoption de la Charte des Nations unies à San Francisco le 26 juin 1945 et son entrée en vigueur le 24 octobre de la même année a matérialisé la volonté des Vainqueurs d'éviter une troisième catastrophe à l'humanité. Cet accord a eu la bénédiction des super puissances et scellé la naissance d'une Organisation à vocation universelle qu'est l'ONU, susceptible de faire asseoir des instruments nécessaires pour pallier aux manquements de la défunte SDN. Aussi, cette naissance est perçue comme le parachèvement de l'évolution du droit international, ayant édifié, non seulement une structure plus solide, mais aussi capable d'encadrer l'usage de la force par les États. Par ailleurs, cet encadrement est confié au Conseil de sécurité, son organe le plus puissant dans la mesure où il est le seul compétent pour constater la violation par un État de ses obligations en matière de respect de la paix et de la sécurité internationales. Cependant,  les critiques sont de plus en plus nombreuses à son égard. En effet, dans son ossature actuelle, il paraît obsolète, car n'est pas en phase avec les réalités géopolitiques et économiques du moment. Depuis plusieurs décennies, des propositions de réforme ont été suggérées sans pourtant parvenir à un consensus au niveau des États membres, plus spécifiquement des membres permanents du Conseil.  Ce mémoire vise premièrement à effectuer une analyse des différentes propositions puis deuxièmement à présenter une formule de « sortie de crise ». Des deux types de propositions que nous avons identifiés (Groupes de travail vs Groupes d'États), à l'exception de l'équipe « Unis pour le consensus », préconisent à l'unanimité la modification de la catégorie des membres permanents. Notre analyse révèle que les principaux privilèges, à savoir le droit de véto et la permanence au Conseil de sécurité constituent les points d'achoppement de la réforme dans la mesure où leur modification reviendrait à amoindrir les prérogatives du club des cinq. À cet effet, nous courons le risque de nous engager dans une solution utopique. Pour notre part, nous avons souhaité la solution de la « régionalisation de la sécurité », c'est-à-dire, confier les opérations de maintien de la paix et de la sécurité de chacune des régions du monde à son organisation correspondante. Pour y parvenir, il est primordial de renforcer les pouvoirs desdites organisations, afin d'avoir toute l'autonomie nécessaire dans les prises de décisions dans la prévention et la gestion de ces différents conflits régionaux.

Keyphrases: Organisation des Nations Unies, Conseil de sécurité, Réforme
L’impact de l’unité centrale sur les propriétés optoélectroniques d’imino-thiophènes électrochromes : s
ynthèse et caractérisation

De nouvelles molécules électrochromes à base de thiophène et comportant des liaisons azométhine ont été synthétisées et caractérisées afin d’étudier les relations entre leur structure et leurs propriétés. Le but premier de cette étude a été d’obtenir plus d’information pouvant guider le développement de nouvelles molécules électrochromes performantes à l’aide d’une meilleure compréhension de ce qui influence leurs caractéristiques. La synthèse a été réalisée en évitant l’emploi de conditions réactionnelles difficiles et les quantités d’éléments de transition ont été minimisées. Les nouvelles structures ont permis de vérifier l’effet de la variation de l’unité centrale sur les propriétés finales. Les modifications ont principalement porté sur la longueur effective de conjugaison par l’ajout d’unités de thiophène, ainsi que l’incorporation d’une liaison vinylique. L’effet de la présence de chaînes alkyles sur les positions C3 et C4 des thiophènes du coeur de chaque molécule a également été étudié. Les propriétés telles le potentiel d’oxydation, le nombre d’électrons échangés, la réversibilité des phénomènes d’oxydoréduction, l’absorbance, ainsi que l’électrochromisme chimique et électrochimique ont été étudiées, principalement par voltampérométrie cyclique et spectrométrie UV-visible en solution. De plus, des calculs théoriques ont été effectués afin d’appuyer les résultats obtenus expérimentalement. La modification du coeur de la molécule par ajout de thiophènes voisins n’a pas entraîné de grand déplacement bathochrome du λAbs, et dans le cas des thiophènes dialkylés, un déplacement hypsochrome d’au moins 66 nm a eu lieu causé par la torsion du squelette. L’étude des structures à l’état solide a même révélé l’obtention d’un nouveau composé possédant des propriétés vapochromiques prononcées. Les nouveaux composés électrochromes possèdent des valeurs de λAbs allant de 431 à 513 nm, et des potentiels d’oxydation de 0,8 à 1,2 V.

Keyphrases: Spectroélectrochimie, Électrochromisme, Thiophène, Azométhine, Électrochimie, Spectrométrie UV-visible, Calculs DFT, Vapochromisme
Effect of osteogenesis imperfecta on orthodontic tooth movement in a mouse model

Introduction - L'ostéogenèse imparfaite (OI) est une maladie osseuse héréditaire qui affecte la production du collagène de type I et le remodelage osseux. Les biphosphonates sont administrés aux enfants atteints d'OI dans le but d’augmenter la masse osseuse et de réduire les fractures osseuses. Les patients atteints d’OI ont des malocclusions sévères qui affectent leur qualité de vie. Plusieurs processus biologiques de remodelage osseux qui sont nécessaires pour un mouvement dentaire orthodontique sont affectés chez les gens atteints d’OI. L'objectif de cette étude est d'évaluer le mouvement dentaire orthodontique dans un modèle de souris avec OI et traitées aux biphosphonates. Matériels et méthodes - Vingt-quatre souris femelles âgées de 10 semaines ont été divisés en 4 groupes :  1 - OI traitées par zolédronate (n=6); 2 - OI non traitées (n=6); 3 - Type sauvage traitées par zolédronate (n=6); 4 – Type sauvage non traitées (n=6) Un ressort de nickel-titane activé à 10 g de force a été cimenté entre les incisives et la 1ère molaire maxillaire droite. Le côté contralatéral a été utilisé comme témoin. Une dose de 0,05 mg de zolédronate a été administrée par voie sous-cutanée un jour avant la chirurgie. Sept jours après l'intervention, les souris ont été euthanasiées et la distance entre la 1ère et la 2e molaire a été mesurée par analyse microtomographique. Résultats - Le mouvement dentaire orthodontique était significativement plus important chez les souris OI que celles de types sauvages dans les groupes non traités (p < 0,05). Le traitement par zolédronate n'a eu aucun effet significatif sur le mouvement dentaire orthodontique au sein des groupes OI et type sauvages. Conclusions - Ces résultats suggèrent une augmentation du mouvement dentaire orthodontique chez les souris avec l’ostéogenèse imparfaite.

Keyphrases: Ostéogenèse imparfaite, Mouvement dentaire orthodontique, Souris, Biphosphonates