NCube/papyrus huggingface dataset:
Étude d’inspiration néo-riemannienne des structures harmoniques et scalaires d’extraits musicaux du film The Empire Strikes Back

Ce mémoire porte sur la musique composée par John Towner Williams (1932- ) pour le film The Empire Strikes Back (1980). Il se limite à la musique extradiégétique, c’est-à-dire celle dont l’origine se situe à l’extérieur du monde fictionnel dans lequel prend place le récit du film. Ce répertoire présente l’intérêt de suivre le modèle classique hollywoodien, où la trame musicale est étroitement associée au déroulement narratif. L’étude propose une analyse de l’organisation des hauteurs musicales (accords, couches à l’intérieur d’une texture stratifiée) et cherche à élucider son impact narratif au sein d’une sélection de scènes. Plutôt que de s’appuyer sur des outils traditionnels propres aux approches tonale fonctionnelle ou schenkérienne, l’analyse s’inspire des théories néo-riemanniennes se traduisant par l’usage des transformations ainsi que des Tonnetz. Ceux-ci sont employés dans leur rôle usuel, mais également comme représentations d’espaces harmoniques pouvant englober des ensembles plus vastes que de simples enchainements d’accords. Ils peuvent par exemple illustrer des motifs ou encore le rapport entre les différentes couches qui composent une texture stratifiée. Cela permet d’aborder le déploiement d’un matériau musical selon l’axe diatonique, hexatonique ou octatonique d’un Tonnetz. De plus, la récurrence de certaines transformations suggère des espaces harmoniques qui contribuent à l’identité des matériaux thématiques au même titre que l’orchestration ou l’usage d’échelles données. Finalement, ce type de trame musicale étant ponctué de fréquentes ruptures et changements, sa construction est considérée à travers de multiples déplacements entre des espaces harmoniques.

Keyphrases: Film, Transformations, néo-riemannien, hexatonique, octatonique, diatonique, Tonnetz
Structure fonctionnelle du plasmidome rhizosphérique dans un contexte de contamination aux hydrocarbures

La phytoremédiation, la technique de bioremédiation qui utilise les plantes, est considérée comme une technologie « verte » et efficace pour décontaminer des sols pollués aux hydrocarbures. Les plantes agissent essentiellement à travers la stimulation des microorganismes de la rhizosphère, où l’exsudation racinaire semble être le moteur majeur de l’activité microbienne qui s’y déroule. Beaucoup de gènes responsables de l’adaptation bactérienne, dans le sol contaminé ou dans la rhizosphère, semblent être portés par les plasmides conjugatifs et transférés entre les bactéries. Une meilleure compréhension de ce phénomène pourrait améliorer le développement de techniques de manipulation du microbiome rhizosphérique afin d’accélérer la bioremédiation. Le but de cette recherche est d’étudier le plasmidome, soit le contenu total en plasmides, de la rhizosphère de saules provenant d’un sol contaminé aux hydrocarbures. Des analyses métagénomiques, de données obtenues à partir d’un séquençage Illumina, ont été utilisées pour étudier les fonctions portées par les plasmides. Nos résultats ont indiqué un fort effet de la contamination aux hydrocarbures sur la composition des plasmides. De plus, les plasmides contenaient des gènes impliqués dans de nombreuses voies métaboliques, telles que la biodégradation d’hydrocarbures, la production d’énergie, la transduction du signal, le chimiotactisme, et les métabolismes des sucres, acides aminés et métabolites secondaires. À ce jour, c’est la première étude de métagénomique comparative documentant la diversité des plasmides dans un contexte de phytoremédiation. Ces résultats fournissent de nouvelles connaissances sur le rôle du transfert latéral de gènes dans l’adaptation bactérienne dans la rhizosphère et dans le sol contaminé aux hydrocarbures.

Keyphrases: Métagénomique, Rhizosphère, Phytoremédiation, Plasmide, Plasmid, Transfert latéral de gènes, Hydrocarbures, Exsudats racinaires, Root exudates
Phytoremediation of soil contaminated with petroleum hydrocarbons and trace elements

L'urbanisation rapide et les activités industrielles ont abouti à la contamination de l’environnement par les hydrocarbures pétroliers (HP) et les éléments traces (ET). Ces composés sont particulièrement toxiques en raison de leur persistance dans l'environnement, et de leurs effets toxicologiques sur les êtres vivants quand les concentrations de ceux-ci dépassent des seuils critiques. Les préoccupations de plus en plus croissantes sur la contamination de l'environnement ont favorisé le développement de plusieurs technologies de remédiation des sites contaminés par les approches biologiques, physico-chimiques et par l’excavation et l’entreposage. Dans cette thèse, des options douces d'assainissement des sols (ODA) ont été utilisées à différentes échelles pour la remédiation des sols contaminés par des mélanges des HP et des ET.  Dans la première partie de ma thèse, des expériences en laboratoire ont été effectuées dans le but de caractériser les sols contaminés et les micro-organismes autochtones (bactéries et champignons) qu’ils contiennent. Malgré la contamination ancienne du sol, les résultats obtenus montrent des effets négatifs des contaminants sur le développement des lombrics et la biomasse de Lepidium sativum. En outre, une respiration élevée de microorganismes, attribuée à la transformation / minéralisation de la matière organique et / ou des polluants organiques a été observée. Cette présence de micro-organismes viables dans les sols contaminés suggère leur adaptation aux contaminants. Toutefois, d'autres résultats ont montré que l'exposition à long terme des microorganismes du sol à de fortes concentrations en HP et le type de milieu de culture utilisé pour l'isolation n'influencent pas la capacité des isolats microbiens à dégrader efficacement les HP. Cette capacité de biodégradation des HP est liée à la phylogénie des microorganismes.  Dans la deuxième partie de cette thèse, les études préliminaires en serre ont été réalisées dans le but d’évaluer l’efficacité de phytoremédiation en utilisant Medicago sativa assistée par l’ajout du compost. Les résultats ont montré dans cette expérience que l’ajout du compost dans le sol favorise la dégradation des HP, la croissance et la survie de M. sativa, ainsi que la phytoextraction des ET. L’évaluation des risques résiduels après la phytoremédiation a également montré un effet positif de l'amendement du sol en compost sur la croissance des plantes et le développement des lombrics.  L’expérience pilote réalisée sur le terrain dans la troisième partie de ma thèse a permis une réduction de 80% des HP et de 20% des ET après 17 mois.  Ma thèse a démontré que la luzerne (M. sativa) et le tournesol (Helianthus annus) sont des choix judicieux de plantes pour la phytodégradation des HP et pour la phytoextraction des ET. Les résultats qui en résultent sont utiles pour d’autres études de phytoremédiation à grande échelle.

Keyphrases: Hydrocarbures Pétroliers, Options d'Assainissement Douces, Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques, Respirométrie, Bactéries, Champignons
Étude anatomique de la relation entre les neurones exprimant l’hormone de relâche des gonadotrophines et le nerf terminal lors du développement postnatal de l’opossum (Monodelphis domestica)

Quoique très immature à la naissance, l’opossum grimpe de l’orifice urogénital de la mère jusqu’à une tétine à laquelle il s’accroche pour poursuivre sa maturation. Des informations sensorielles sont nécessaires pour que l’animal atteigne la tétine et que le réflexe d’attachement soit déclenché. Une modalité sensorielle envisagée est l’olfaction. Or, des expériences physiologiques effectuées au laboratoire sur des préparations in vitro suggèrent que le système olfactif central est trop immature pour influencer les comportements moteurs. Une étude immunohistochimique employant un marqueur de maturité axonique (NF200) a montré une absence de marquage dans le cerveau antérieur, à l’exception d’un mince faisceau reliant les bulbes olfactifs aux régions caudales du cerveau. L’implication de l’olfaction dans les comportements du nouveau-né est donc peu probable, mais la présence de ce faisceau est intrigante et l’étude de son développement est approfondie dans le présent travail. Le développement du faisceau exprimant NF200 est décrit de la naissance jusqu’à la fin de la 2e semaine postnatale, âge auquel le marquage NF200 n’est plus observé à ce niveau. Il est aussi montré que le trajet de ce faisceau se superpose à celui de fibres nerveuses exprimant GnRH1, une neurohormone exprimée par des neurones hypothalamiques chez l’adulte. Les résultats indiquent que ce faisceau est le nerf terminal et pourrait servir de voie pionnière pour la croissance des fibres GnRH1. Aucun marquage NF200 dans le cortex olfactif n’est observé avant P15, supportant l’idée que le système olfactif n’influence pas les comportements de l’opossum nouveau-né.

Keyphrases: GnRH1, NF200, Nerf terminal, Système olfactif, Opossum
Au-delà de l'appât du gain et des pommes pourries : corruption organisationnelle et conflits d'intérêts à la FTQ

Les individus pris à participer à des instances de corruption organisationnelle sont souvent désignés comme des pommes pourries qui cèdent à l’appât du gain aux dépens de l’éthique. Or, la recherche sur le sujet de la corruption organisationnelle souligne que les acteurs corrompus ne se définissent généralement pas comme tels. De plus, l’initiation à la corruption passe par la socialisation dans les organisations aux prises avec ces problématiques. Ainsi, la corruption organisationnelle ne s’explique pas par le comportement d’un seul individu. Ce mémoire est une interprétation des instances de corruption et de conflits d’intérêts identifiés à la Fédération des travailleurs et travailleuses du Québec (FTQ) durant les travaux de la Commission d’enquête sur l’octroi et la gestion des contrats publics dans l’industrie de la construction (CEIC). Selon un modèle élaboré par Anand, Ashforth et Joshi (2004), la corruption s’enracine dans les organisations à cause de deux processus qui se renforcent mutuellement. Premièrement, des stratégies de rationalisation de la corruption sont employées par les membres et les dirigeants de l’organisation pour justifier un comportement déviant et s’en déculpabiliser à la fois. Deuxièmement, des stratégies de socialisation sont utilisées par les membres de l’organisation pour accueillir les nouveaux venus et les initier aux stratégies de rationalisation. S’ils acceptent, le système se renouvèle et la corruption organisationnelle se perpétue. Le but de ce mémoire est de démontrer qu’une analyse des instances de corruption organisationnelle et de conflits d’intérêts qui va au-delà de l’appât du gain et de la théorie de la pomme pourrie pour focaliser sur le contexte social des comportements corrompus peut offrir une compréhension plus riche et approfondie d’un système corrompu.

Keyphrases: Corruption organisationnelle, Conflits d'intérêts, Syndicat, Construction, Québec, Commission d'enquête sur l'octroi et la gestion des contrats publics dans l'industrie de la construction (CEIC), Fédération des travailleurs et travailleuses du Québec (FTQ), Construction
Optimisation du traitement numérique de signaux générés dans un cristal de ICs

Ce travail a pour but l'optimisation du traitement numérique de signaux générés dans le cristal de ICs d'un calorimètre électromagnétique, dans le cadre d'expériences à haut taux de comptage telle que Belle II. La scintillation du cristal est convertie en signal électronique par une photopentode de Hamamatsu avec un gain de 150±2 électrons par photoélectron, pour être amplifiée par un préamplificateur. Le shaper, un filtre actif de type CR-(RC)^4, effectue ensuite une mise en forme du signal, qu'un ADC numérise alors pour qu'il soit traité numériquement par le DSP. À partir de formes de référence, le DSP peut extraire l'énergie déposée par une particule incidente et le temps d'occurence de son passage.   Pour définir les formes de référence, on a déterminé que sur les trois approches étudiées, soit des formes moyennes expérimentales, soit à partir de la fonction analytique pour un filtre actif ou soit une somme de 3 gaussiennes, la plus optimale est l'ajustement de cette dernière fonction, que ce soit avec un générateur d'impulsions ou un cristal de ICs. De plus, la règle pour convertir l'amplitude des signaux mesurés en énergie déposée dans le cristal a été établie, malgré une gamme dynamique étroite.  On a aussi observé des temps moyens de propagation de la scintillation dans le cristal de 47±4 ns et 3,4±0,5 $\mu$s, liés aux deux états d'excitation accessibles aux atomes du ICs, mais aussi à la géométrie du cristal, aux réflexions de photons sur les parois et au temps de réaction des circuits électroniques, qui allongent ces temps de scintillation mesurés.

Keyphrases: Calorimètre électromagnétique, ICs, Shaper, DSP, Traitement numérique, Belle II
Évaluation des justifications normatives menant à une condamnation morale de la pornographie selon une éthique minimaliste

La pornographie est souvent désapprouvée moralement, que ce soit aux niveaux éthique, sociétal, politique et juridique. Dans ce mémoire, nous allons nous questionner à savoir si les justifications normatives menant à une condamnation morale de la pornographie sont valides selon une éthique minimaliste. Dans un premier temps, nous tenterons de définir et de délimiter ce concept. Ce faisant, nous verrons qu’il est difficile d’établir une définition claire et objective, car la pornographie s’accompagne souvent de jugements moraux. Ce problème moral des appréciations subjectives conduira à nous questionner sur la dimension morale de la pornographie en lien avec ses jugements de valeurs. Pour ce faire, nous prendrons l’éthique minimaliste de Ruwen Ogien comme base réflexive. Selon cet angle éthique, nous verrons que la condamnation morale selon des critères extrinsèques tels que le consentement et la censure ne sont pas valables. Le critère de consentement est essentiel au niveau éthique et il ne peut pas être contourné. Toujours selon une éthique minimaliste, nous verrons que la censure doit être appliquée de manière minimale en se restreignant au principe de non nuisance. Dernièrement, nous verrons que l’objectivation sexuelle présentant les femmes comme des instruments ne doit pas être jugée moralement. Toutes les justifications conduisant à une condamnation morale de la pornographie ne sont pas valide si nous nous basons sur la conception substantielle du bien sexuel, sur la liberté d’offenser et sur le principe de non nuisance.

Keyphrases: Pornographie, Post-pornographie, Éthique minimaliste, Consentement, Censure, Objectivation sexuelle, Consent
La webométrie en sciences sociales et humaines : analyse des données d’usage de la plateforme Érudit

Cette étude exploratoire s’intéresse à l’usage des revues en sciences sociales et humaines diffusées en libre accès complet et en libre accès différé par la plateforme Érudit. Basée sur les données de téléchargements d’Érudit, elle vise à 1) fournir un portrait détaillé de l’usage des articles, 2) décrire les habitudes de téléchargement des usagers au Canada et à l’international, et 3) analyser l’effet des politiques de libre accès des revues sur les téléchargements qu’elles reçoivent. Pour ce faire, 39 437 659 téléchargements, extraits de 999 367 190 requêtes HTTP enregistrées dans les logs du serveur d’Érudit de 2010 à 2015, ont été analysés. Les résultats montrent que la majorité des usagers provient du Québec, de la France et d’autres pays francophones, et que, la plupart du temps, ceux-ci accèdent aux articles par l’intermédiaire de Google. Les habitudes de téléchargement varient d’un pays à l’autre : alors que les usagers canadiens et français utilisent Érudit principalement en journée et en semaine, leurs homologues américains sont davantage actifs en soirée, la nuit, ainsi que les week-ends. Enfin, un avantage important lié au libre accès a été observé : les articles des revues en libre accès sont davantage téléchargés que ceux des revues en libre accès différé et, pour ces dernières, la fin de l’embargo est associée à une croissance importante des téléchargements – croissance moins marquée au Canada où bon nombre d’institutions sont abonnées aux revues de la plateforme. Ces résultats démontrent l’importance des revues nationales pour les sciences sociales et humaines, ainsi que l’effet positif du libre accès sur la diffusion des connaissances, tant au Canada qu’à l’étranger.

Keyphrases: bibliométrie, webométrie, données d’usage, téléchargements, sciences sociales et humaines, Québec, Érudit
HERG-BRET / Évaluation par la technologie BRET de l'interaction moléculaire avec le canal potassique Kv11.1 responsable d'arythmies ventriculaires médicamenteuses

Le canal Kv11.1, dont l’inhibition occasionne une prolongation de l’intervalle QT, est directement impliqué dans des cas d’effets secondaires cardiotoxiques. Depuis 2006, Santé Canada exige que les nouvelles molécules et leurs métabolites soient évalués en phase préclinique pour le risque d’allongement de l’intervalle QT. La méthode de référence évalue l’électrophysiologie des cardiomyocytes en culture lors d’une courte exposition au médicament (<30min). Bien que cette méthode soit la plus fiable actuellement, elle permet seulement d’identifier les molécules qui bloquent directement le passage des ions dans le pore du canal (effet aigu).   La méthode HERG-BRET vise à identifier les molécules susceptibles d’interagir avec le canal Kv11.1 par le moyen d’une altération du trafic vésiculaire (effet chronique). Ce type d’interaction est considéré comme un biomarqueur de la capacité à bloquer l’activité de ce canal. L’étude présentée tente de déterminer si un test de localisation cellulaire de hERG basé sur le BRET permettra un criblage à haut débit et une meilleure évaluation de l’affinité d’interaction avec hERG, comparativement aux méthodes alternatives actuelles. Dans le modèle HERG-BRET, la protéine hERG fusionnée à la luciférase de renilla (donneur d’énergie) est exprimée dans une lignée cellulaire HEK293. Cette même lignée exprime également une protéine verte fluorescente modifiée (accepteur d’énergie) qui est ancrée à la membrane plasmique. L’échange d’énergie entre le donneur et l’accepteur est un indice de la localisation de hERG à la membrane plasmique. Les fluctuations de ratio BRET suite à une exposition de 16h à un composé pharmaceutique reflètent donc l’effet du composé sur la translocation de Kv11.1. Vingt-cinq composés pharmaceutiques déjà caractérisés dans la littérature scientifique ont été testés : 12 ont été classés comme chaperons pharmacologiques, 4 comme inhibiteurs du trafic, 1 comme inhibiteur ayant les deux effets mentionnés et 8 n’ont pas pu être classés. Le comportement du biosenseur à l’égard des composés testés suggère que la méthode HERG-BRET ne peut pas être utilisée seule pour évaluer le risque cardiotoxique des médicaments. Toutefois, elle peut fournir des informations complémentaires pertinentes quand à la nature de l’interaction entre un composé pharmaceutique et la sous unité hERG du canal Kv11.1.

Keyphrases: Kv11.1, hERG, BRET, Prolongation de l'intervalle QT, Mécanismes d'inhibition, Évaluation préclinique in vitro
La prise de médicaments antiasthmatiques pendant la grossesse et le risque de diabète gestationnel

L’asthme est une maladie respiratoire chronique fréquente pendant la grossesse avec une prévalence de 8 %. Il a été démontré que l’asthme maternel augmente le risque de diabète gestationnel (DG), mais il y a peu d’évidences sur l’impact des médicaments antiasthmatiques d’entretien sur le risque de cette complication de grossesse. Un projet de recherche a été développé afin d’évaluer si le risque de DG est associé à la dose de corticostéroïdes inhalés (CSI) ou l’utilisation de β2-agonistes à longue durée d’action (BALA) chez les femmes enceintes asthmatiques. Pour ce faire, nous avons utilisé un devis cas-témoins niché dans une cohorte de grossesses de femmes asthmatiques qui ont accouché entre 1998 et 2010 reconstruite à partir de deux banques de données administratives de la province de Québec (Canada) : Maintenance et exploitation des données pour l’étude de la clientèle hospitalière (MED-ECHO) et Régie de l’assurance maladie du Québec (RAMQ). Le DG était défini par au moins un diagnostic de diabète gestationnel ou mellitus ou une ordonnance remplie d’un médicament antidiabétique après la 20e semaine de grossesse. Chaque cas était apparié à 30 témoins selon l’année calendrier et l’âge gestationnel. Des modèles d’équations d’estimation généralisées ont été utilisés pour estimer les rapports de cotes (aOR) et les intervalles de confiance à 95 % (IC 95 %) de DG ajustés pour la sévérité et la maîtrise de l’asthme et d’autres facteurs de risque de DG. L’association entre le DG et la dose de CSI a été estimé parmi les femmes non exposées aux BALA tandis que l’association avec les BALA a été estimée parmi les femmes exposées aux CSI à la date de survenue de l’issue pour les cas et à la date de sélection pour les témoins. Dans la cohorte de 12 587 grossesses de femmes asthmatiques, 1001 cas de DG (8 %) ont été identifiés. Nous n’avons observé aucun risque accru de DG avec une augmentation des doses de CSI parmi les non-utilisatrices de BALA avec des aOR (IC 95 %) de 0,95 (0,74-1,23) pour les faibles doses (<251 μg en équivalence de fluticasone), 1,14 (0,80-1,64) pour les moyennes doses (251 à 500 μg) et 1,13 (0,71-1,81 pour les hautes doses (>500 μg) de CSI. De plus, le risque de DG n’était pas plus élevé quand un BALA était ajouté à un CSI (aOR=0,99; IC 95 % : 0,69-1,44). Nos résultats ajoutent de l’évidence concernant l’innocuité des BALA et des doses de CSI pendant la grossesse, mais de plus amples études sont nécessaires pour examiner les associations potentielles entre les plus hautes doses de CSI et le risque de DG.

Keyphrases: Asthme, Diabète gestationnel, Grossesse, Médicaments antiasthmatiques, Asthma
Unfolding RNA 3D structures for secondary structure prediction benchmarking

Les acides ribonucléiques (ARN) forment des structures tri-dimensionnelles complexes stabilisées par la formation de la structure secondaire (2D), elle-même formée de paires de bases. Plusieurs méthodes computationnelles ont été créées dans les dernières années afin de prédire la structure 2D d’ARNs, en partant de la séquence. Afin de simplifier le calcul, ces méthodes appliquent généralement des restrictions sur le type de paire de bases et la topologie des structures 2D prédites. Ces restrictions font en sorte qu’il est parfois difficile de savoir à quel point la totalité des paires de bases peut être représentée par ces structures 2D restreintes. MC-Unfold fut créé afin de trouver les structures 2D restreintes qui pourraient être associées à une structure secondaire complète, en fonction des restrictions communément utilisées par les méthodes de prédiction de structure secondaire. Un ensemble de 321 monomères d’ARN totalisant plus de 4223 structures fut assemblé afin d’évaluer les méthodes de prédiction de structure 2D. La majorité de ces structures ont été déterminées par résonance magnétique nucléaire et crystallographie aux rayons X. Ces structures ont été dépliés par MC-Unfold et les structures résultantes ont été comparées à celles prédites par les méthodes de prédiction. La performance de MC-Unfold sur un ensemble de structures expérimentales est encourageante. En moins de 5 minutes, 96% des 227 structures ont été complètement dépliées, le reste des structures étant trop complexes pour être déplié rapidement. Pour ce qui est des méthodes de prédiction de structure 2D, les résultats indiquent qu’elles sont capable de prédire avec un certain succès les structures expérimentales, particulièrement les petites molécules. Toutefois, si on considère les structures larges ou contenant des pseudo-noeuds, les résultats sont généralement défavorables. Les résultats obtenus indiquent que les méthodes de prédiction de structure 2D devraient être utilisées avec prudence, particulièrement pour de larges molécules.

Keyphrases: Structure tertiaire, Problème de satisfaction de contraintes