NCube/papyrus huggingface dataset:
Impact des antibiotiques céfprozil et céfoxitine sur le microbiote Eggerthella lenta, lié au métabolisme du cardiotonique digoxine

La digoxine est un cardiotonique largement employé pour contrôler les symptômes de l'insuffisance cardiaque et de la fibrillation auriculaire. Il est connu depuis les années 1980 que le métabolite principal de la digoxine, la dihydrodigoxine, est produit exclusivement par le microbiome intestinal (métabolisme de premier passage) et plus précisément la bactérie Eggerthella lenta. Aux États-Unis, c'est 14% des participants à une étude qui excrétaient 40% et plus de la dose sous la forme de ce métabolite rapidement éliminable et ayant perdu son affinité pour sa cible. De plus, chaque année, la digoxine est le médicament qui engendre le plus d'hospitalisations pour effets secondaires toxiques. Les effets secondaires très problématiques de la digoxine sont souvent déclenchés par l'ajout d'antibiotiques (surtout les macrolides) à la prescription de digoxine. La théorie explorée ici explique les évènements de toxicité chez les patients métabolisateurs. Ces derniers ont une dose quotidienne de maintien de digoxine plus élevée pour compenser l'action de la bactérie et, lorsque ces patients reçoivent un antibiotique pour une infection non reliée à leur condition cardiaque, l'arrêt du métabolisme par le microbiome engendre une augmentation de la biodisponibilité de la digoxine. Si la concentration plasmatique du médicament augmente trop, les effets secondaires peuvent aller jusqu'à causer la mort. Dans le présent projet, nous avons vérifié la sensibilité de E. lenta à deux antibiotiques de la famille des céphalosporines de seconde génération, in vivo et in vitro. Pour les 18 volontaires qui ont été exposés à 2x500mg de céfprozil durant une semaine, il y a une tendance à la baisse de l'abondance de la bactérie d'intérêt (par 58,3% par rapport au niveau initial), mais pas de significativité au niveau des tests statistiques. Pour les échantillons complets de microbiome fécal, mis en culture avec et sans antibiotiques, il y a une différence statistiquement significative avec une valeur-p de 0,0457, alors que la croissance de E. lenta a été impactée négativement par l'ajout de céfprozil au milieu de culture. Les résultats valident une prémisse importante pour la démonstration du rôle du microbiome dans la pharmacocinétique de la digoxine et la gestion clinique du médicament cardiotonique.

Keyphrases: Microbiome, Eggerthella lenta, Bioinformatique, Pharmacologie, Pharmacocinétique, Médecine personnalisée, Cardiologie, Insuffisance Cardiaque, Personnalised Medecine
Optimisation d’un système microfluidique pour le test d’agents thérapeutiques avec la radiothérapie

Au moins 60% des patients atteints de cancer vont recevoir de la radiothérapie (RT). L’efficacité de la radiothérapie dans le traitement du cancer est limitée par le phénomène de radiorésistance des cellules cancéreuses et par la toxicité des radiations sur les tissus sains. La découverte de nouveaux agents radiosensibilisants et radioprotecteurs permettrait de surmonter ces difficultés. Les modèles cellulaires 3D tels que les sphéroïdes, émergent motivés par le besoin de modèles précliniques plus proches des tumeurs in vivo. L’objectif du projet est d’optimiser un système microfluidique pour tester facilement et à faible coût des agents thérapeutiques avec la RT sur des sphéroïdes dans un contexte de repositionnement. Le système microfluidique développé permet la formation de 336 sphéroïdes homogènes en deux jours avec intervention minimale de l’utilisateur. Les sphéroïdes sont répartis dans 16 chambres de culture séparées par un système de valve magnétique pour éviter des effets bystander entre sphéroïdes irradiés et non-irradiés. Une nouvelle technique d’irradiation a été développée permettant d’exposer un système à 4 doses de radiation différentes. En tout, 4 doses de radiation et 4 concentrations d’agents thérapeutiques peuvent être testées par système. En utilisant cette approche, l’efficacité de trois agents avec la RT a été évaluée avec des tests de survie clonogénique. Nous avons démontré que le Talazoparib, un inhibiteur de PARP, radiosensibilise les cellules de sarcome de tissus mous (STS) cultivés en sphéroïdes à 2 Gy. Le système développé permet d’évaluer le potentiel d’agents thérapeutiques avec la RT et contribue à l’adoption des sphéroïdes comme modèle préclinique.

Keyphrases: Radiothérapie, Radiosensibilisant, Radioprotecteur, Sphéroïde, Microfluidique, Repositionnement, Sarcome
Understanding the role of the matricellular protein SMOC-2 in renal cell carcinoma

Les proteins matricellulaires (MPs) sont des macromolécules non structurales de la matrice extracellulaire (ECM) qui sont induites de façon transitoire lors du développement, de la réparation et du remodelage tissulaire et lors de l’inflammation. L’expression des MPs peut être déclenchée par des dommages tissulaires aigus, et leur expression à long terme peut contribuer à certaines maladies chroniques. Les MPs agissent principalement pour médier les événements du remodelage tissulaire en facilitant les interactions et les signaux à partir de l’ECM vers l’environnement cellulaire avoisinant. En utilisant des données de RNA-seq provenant de deux modèles distincts de dommages rénaux, soit l’Acide Folique (FA) ou l’Obstruction Urétérale Unilatérale (UUO), nous avons analysé les profils d’expressions de plusieurs familles bien connues de MPs lors des blessures aigues et chroniques. Nous révélons de nouvelles MPs impliquées dans les dommages rénaux et présentons de nouveaux réseaux entre les membres de chaque famille de MPs, en utilisant des outils bioinformatiques. L’expression de l’ARNm de certaines MPs a été confirmée par immuno-buvardage de type Western (WB).  Afin d’approfondir notre connaissance des mécanismes de réparation tissulaire et de remodelage de la matrice, nous avons choisi SMOC-2 comme MP modèle dans l’étude des carcinomes cellulaires rénaux (RCC), cancers qui présentent de fortes tendances métastatiques. Nous avons démontré que la surexpression de SMOC-2 ainsi que le traitement avec la protéine recombinante de lignées cellulaires RCC (786-O, et ACHN) induisent un profil métastatique de transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) par WB et des tests fonctionnels. Nous avons également démontré que l’inhibition de SMOC-2 par siRNA donne les résultats opposés. L’ensemble de nos travaux utilise la compréhension des patrons d’expressions temporels des MPs pour améliorer notre compréhension des mécanismes et conditions qui supportent une activation persistante dans des états pathologiques chroniques. Globalement, notre étude sur SMOC-2 offre une perspective ainsi qu’un modèle intéressant pour l’étude et la caractérisation de nouvelles MPs dans des maladies impliquant le remodelage et la réparation de la matrice.

Keyphrases: protéine matricellulaire, transition épithéliale-mésenchymateuse, acide folique, obstruction unilatérale de l'uretère, matrice extracellulaire, carcinome à cellules rénales, métastase du cancer
Détection et suivi des singularités de phase par le suivi des fronts de dépolarisation dans un modèle informatique de ﬁbrillation auriculaire

La ﬁbrillation auriculaire aﬀecte un nombre grandissant d’individus chaque année et peut mener à de graves complications telles qu’un accident vasculaire cérébral. Une approche thérapeutique est la thermo- ou cryoablation par cathéter de zones tissulaires essentielles au maintien des épisodes de ﬁbrillation. Une des cibles proposées pour l’ablation est le centre des rotors qui maintiennent l’arythmie en créant des réentrées stables. Ces rotors sont détectés à partir de signaux de cartographie électrique ou optique ou dans des simulations à l’aide du concept de singularité de phase (SP). L’analyse de ces SP donne une description de la dynamique de la ﬁbrillation. Le suivi dans le temps (tracking) des SP a une importance critique pour calculer la durée de vie des rotors et leur stabilité. L’objectif du projet est donc d’améliorer les algorithmes de détection et de suivi des SP. Nous avons développé des modèles de tissus cardiaques 2D avec des hétérogénéités dynamiques (variations battement à battement), ionique (conductance des canaux potassiques), et structurelles (ﬁbrose). Des épisodes de ﬁbrillation ont été simulés dans ces modèles. Le script développé permet de suivre avec précision les SP de l’ensemble de simulations. La performance de cet algorithme varie en fonction de la complexité de la dynamique étudiée et du pas de temps utilisé pour faire le suivi. Une correction a posteriori et une simpliﬁcation à partir d’un facteur de seuillage (τps = 15ms) permettent de mettre en évidence les rotors permanents avec une longue durée de vie. Cet algorithme permettra donc de faciliter les analyses de dynamique de ﬁbrillation auriculaire en contexte de simulation sous la forme de feuillet tissulaire 2D. La méthode utilisée est aussi généralisable aux modèles 3-dimensionnels.

Keyphrases: Fibrillation auriculaire, Singularité de phase, Phase, Détection, Suivi, Tracking, Rotors
Essai clinique randomisé comparant la méthadone et la morphine pour la prévention du syndrome de sevrage aux opiacés en pédiatrie

Introduction : La tolérance induite par l’utilisation prolongée des opiacés peut se traduire par un syndrome de sevrage aux opiacés (SDSO). Il n’existe aucun consensus sur la méthode idéale de sevrage des opiacés pour prévenir le SDSO chez la clientèle des soins intensifs pédiatriques (SIP). L’objectif de cette étude était de comparer l’efficacité de deux stratégies de sevrage des opiacés, à savoir la méthadone et la morphine administrées par voie entérale, à prévenir le SDSO. Devis : Essai clinique randomisé à double aveugle chez les enfants sous ventilation mécanique hospitalisés aux SIP. Méthode : Nous avons comparé la durée totale de sevrage, l’incidence et la sévérité du SDSO chez les enfants à risque au moins modéré de SDSO sevrés avec la méthadone et la morphine entérales. Les enfants inclus étaient ceux hospitalisés au Centre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine ou au Centre Mère-Enfant Soleil de Québec entre le 1er novembre 2003 et le 31 mai 2009. Résultats : Quarante-huit patients (22 groupe méthadone et 26 groupe morphine) ont été inclus et 30 patients ont complété le protocole de sevrage (16 groupe méthadone et 14 groupe morphine). La durée médiane de sevrage était de 5.4 jours dans le groupe méthadone comparativement à 5.8 jours pour le groupe morphine (p=0.49). Il n’y avait pas de différence dans l’incidence du SDSO (62.5% versus 42.9%; p=0.46), et dans sa sévérité (12.5% versus 14.3% de SDSO sévère; p=0.62). Conclusion : L’efficacité d’un sevrage standardisé des opiacés par la méthadone était comparable à celle de la morphine.

Keyphrases: Opiacés, Tolérance, Dépendance physique, Syndrome de sevrage, Méthadone, Morphine, Soins intensifs pédiatriques, Protocole, Morphine, Protocol
L’implication des répresseurs traductionnels 4E-BP1 et 4E-BP2 dans la régulation du sommeil

À la fois le sommeil et la privation de sommeil ont un impact sur la synthèse protéique au niveau du cerveau, mais la contribution des mécanismes traductionnels à la régulation de l’éveil et du sommeil n’a été que peu étudiée. Dans ce mémoire de maitrise, nous étudions le rôle de deux répresseurs de la traduction protéique, les protéines de liaison du facteur 4E d’initiation eucaryote 1 et 2, 4E-BP1 et 4E-BP2 dans l’architecture du sommeil et l’activité électroencéphalographique (EEG), ainsi que dans la réponse EEG et moléculaire à la privation de sommeil. Ces deux protéines inhibent la synthèse protéique en séquestrant une protéine nécessaire à l’initiation de la traduction, eIF4E. Activé par différentes voies de signalisation intra- et extracellulaires, mTORC1 phosphoryle les 4E-BP, ce qui relâche l’inhibition et permet l’initiation de la synthèse protéique. 4E-BP1 est très exprimé au niveau des noyaux suprachiasmatiques et est impliqué dans les rythmes circadiens. 4E-BP2, très exprimé au niveau du cerveau, est nécessaire pour la mémoire et la plasticité synaptique. Des électrodes EEG et électromyographiques (EMG) ont été implantées chez des souris mutantes pour les gènes encodant 4E-BP1 ou 4E-BP2 (Eif4ebp1-/- et Eif4ebp2-/-). Les souris ont été enregistrées pendant 48h et soumises à une privation de sommeil de 6h au début de la seconde journée d’enregistrement. L’effet de la privation sur l’expression de certains gènes a également été mesuré dans le cortex préfrontal des souris. Les souris Eif4ebp1-/- diffèrent des souris sauvages dans la quantité et la qualité du sommeil et de l’éveil. De légères différences au niveau de l’expression génique après privation ont également été trouvées. Les souris Eif4ebp2-/- présentaient, quant à elles, seulement des changements dans la qualité de l’activité EEG en éveil, révélé suite à la privation de sommeil. Les résultats de mon projet de maitrise suggèrent une implication de la machinerie de traduction protéique dans la régulation du sommeil et de l’éveil, et pointent vers des rôles différents des deux répresseurs de la traduction.

Keyphrases: Électroencéphalographie, Analyse spectrale, Synthèse protéique, Privation de sommeil, Expression génique
Effets de la thérapie cognitivo-comportementale pour l’insomnie sur le sommeil au cours d’un sevrage de benzodiazépines chez la personne âgée

Contexte : L’insomnie chronique affecte un nombre important de personnes âgées; environ 34 % de ces derniers se plaignent d’une difficulté persistante à s’endormir. Beaucoup d’aînés se tournent vers la prise d’hypnotiques pour traiter leur insomnie. Plus précisément, vers une certaine classe d’hypnotiques qu’on nomme les benzodiazépines (BZD). Or, la prise de benzodiazépines est associée à plusieurs impacts négatifs sur la santé chez les personnes âgées (fracture de la hanche, mortalité, cancers et déclin cognitif). Par ailleurs, la thérapie cognitivo-comportementale pour insomnie (TCCI) est considérée comme un traitement de première ligne pour le trouble d’insomnie. De plus, elle améliore plusieurs variables de sommeil (latence d’endormissement, durée totale de sommeil, durée d’éveil et efficacité de sommeil). Objectif : L’objectif de cette étude pilote a pour but d’évaluer l’effet de la TCCI sur le sommeil au cours d’un sevrage structuré de benzodiazépines chez des participants âgés de 60 ans et plus. Méthodes : Trente-six (36) participants dont vingt-quatre (24) femmes et douze (12) hommes d’une moyenne d’âge de 69,5 ans (60-90 ans) souffrant d’insomnie chronique et prenant des BZD sur une durée moyenne de 15 ans (1-44 ans) ont effectué une évaluation de leur sommeil approfondie à travers des agendas de sommeil, des actigraphies et des enregistrements polysomnographiques, avant d’être répartis aléatoirement en deux groupes : le groupe thérapie (n = 19) avec un programme de sevrage sur seize semaines associé à huit sessions de TCCI, et un groupe témoin (n = 17) avec un programme de sevrage associé à la remise d’une brochure explicative des étapes d’un sevrage structuré. Les mêmes évaluations de sommeil ont été répétées à l’issue du sevrage des deux groupes. Des ANCOVAs à mesures répétées et des tests de χ2 de Pearson ont évalué l’effet de l’intervention thérapeutique sur les variables de sommeil et le succès de sevrage. 4 Résultats et conclusion : 65 % de la totalité des participants sont arrivés à une cessation complète de leurs BZD (73,68 % des participants du groupe thérapie et 56,25 % du groupe témoin). Selon les valeurs obtenues sur les agendas de sommeil, le groupe thérapie s’est amélioré davantage que le groupe témoin par la réduction de la latence d’endormissement (F = 6,15, ddl = 1, p = 0,02), de la durée d’éveil (F = 10,96, ddl = 1, p < 0,001) et l’augmentation de l’efficacité de sommeil (F = 4,84, ddl = 1, p = 0,03). De surcroît, le groupe thérapie montre une tendance vers une amélioration au niveau de la qualité de sommeil, tel que défini par le questionnaire d’IQSP1 (F = 3,46, ddl = 1, p = 0,06). Ces résultats préliminaires suggèrent un effet bénéfique de la TCCI sur le sommeil, dans le cadre d’un sevrage de benzodiazépines.

Keyphrases: aînés, personnes âgées, benzodiazépines, insomnie, TCCI
Le rôle de l’expression de nétrine-1 par les cellules présentatrices d’antigènes dans la régulation immunitaire et la sclérose en plaques

La sclérose en plaques (SEP) est une maladie auto-immune du système nerveux central (SNC) caractérisée par de l’infiltration leucocytaire et de la démyélinisation axonale. Les cellules présentatrices d’antigènes (APC) jouent un rôle primordial dans ce processus en activant dans la périphérie les lymphocytes T réactifs contre la myéline. Les lymphocytes activés peuvent traverser la barrière hémo-encéphalique (BHE) et infiltrer le SNC. Les lymphocytes sont ensuite réactivés dans l’espace périvasculaire par les APC, suite à quoi ils contribuent à la démyélinisation et aux dommages axonaux. Nétrine-1 (N1) est une protéine de guidance axonale possédant d’importantes propriétés anti-inflammatoires. L’importance de N1 dans le maintien de la BHE et l’inhibition de l’infiltration leucocytaire dans le SNC a été bien démontrée, mais son implication dans la présentation antigénique et la régulation de l’activation lymphocytaire n’a jamais été étudiée. Le présent ouvrage propose l’hypothèse que N1 est produite par les APC afin de réguler la neuro-inflammation. Il cherche à caractériser l’expression de N1 par les APC, déterminer l’influence de N1 sur l’activation lymphocytaire et explorer le rôle de la production de N1 par les APC dans la neuro-inflammation. Les expériences menées à terme dans le cadre de ce projet démontrent que N1 est exprimée par les cellules dendritiques matures et les macrophages de type M1. De plus, N1 a pour effet de stimuler la prolifération des lymphocytes TH1, TH17 et CD8+. N1 inhibe également la production de cytokines par les lymphocytes TH17 et diminue l’expression de perforine par les lymphocytes T CD8+. N1 n’a toutefois pas d’influence sur l’expression des molécules d’adhérence par les lymphocytes T. Enfin, les cellules dendritiques, macrophages et cellules microgliales n’expriment pas N1 dans le SNC des souris dans le cadre de l’encéphalomyélite auto-immune expérimentale, un modèle animal de SEP. En somme, les résultats ici présentés suggèrent que N1 est produite par les APC afin d’influencer le fonctionnement des lymphocytes T.

Keyphrases: Nétrine-1, Cellules présentatrices d'antigènes, Cellules dendritiques, Macrophages, Lymphocytes T CD8+, Sclérose en plaques, Encéphalomyélite auto-immune expérimentale
L’interdisciplinarité au pays des protocoles : ethnographie du travail d’équipe dans une unité d’hémato-oncologie pédiatrique

Ce mémoire de maîtrise se penche sur la façon dont l’interdisciplinarité peut s’exprimer dans le quotidien d’une équipe de soin, en l’occurrence l’unité d’hémato-oncologie du Centre hospitalier universitaire Ste-Justine. Par une approche ethnographique soutenue par des observations au sein de l’unité et dans des réunions, par du shadowing auprès de divers professionnels et par des entrevues avec les professionnelles, j’ai tenté de sortir du champ gravitationnel de la dyade médecin-infirmière pour m’intéresser aux professions les plus en « marge » : les intervenantes psychosociales et les préposés aux bénéficiaires. J’ai cherché à mieux comprendre la façon dont l’unité se positionne dans la multiplicité de définitions de l’interdisciplinarité, puis cela a mis en lumière l’importance du quotidien et d’une approche de care. C’est quand les soignants tâtonnent, quand ils cherchent des solutions dans la perspective de la vie qui continue, plutôt que le « protocole », qu’ils semblent avoir le plus de facilité à travailler en équipe. Dans ce contexte, les infirmières se retrouvent à jouer un rôle clé, étant les principales interlocutrices à la fois des mondes médicaux et psychosociaux. Parallèlement, le contexte de travail des préposés montre la persistance d’une hiérarchie dans l’unité, malgré un discours faisant la promotion d’une collaboration plus égalitaire.

Keyphrases: anthropologie de la santé, ethnographie hospitalière, interdisciplinarité, relations interprofessionnelles, travail d'équipe, care
Les Matsuri : l’identité japonaise en festival

Le shinto connait des changements depuis les trente dernières années au Japon. Depuis la fin de la Seconde Guerre mondiale et l’application de la nouvelle Constitution, le shinto est limité à l’espace privé et religieux. L’attentat d’Aum Shinrikyō changera la perception que la société japonaise a de la religion, ce qui forcera la prêtrise shinto à s’adapter. Plus présents dans l’espace public, les dirigeants shinto veulent présenter leurs croyances en tant qu’éléments traditionnels et culturels japonais. La conception de la religion au Japon est différente de celle de l’Occident. Le mot religion, shūkyō (宗教), a une histoire qui affecte la façon dont les Japonais conçoivent les religions ainsi que le shinto. Dans ce contexte, il est important d’observer la connexion entre le shinto et l’identité. L’objectif principale de cette recherche est d’analyser les liens entre le shinto et l’identité à deux niveaux, local et national, et ce, spécialement chez les jeunes. Cet essai mettra l’accent sur un type d’activité shinto : les matsuri. D’un point de vue anthropologique, l’intérêt de ces événements est dans leur popularité, leur dynamique intergénérationnelle et leur place qu’ils peuvent avoir dans l’espace public.  La collecte de données s’est déroulée dans le cadre d’une ethnographie de trois mois dans la région de Sapporo et plusieurs festivals ont été observés durant cette période. Les observations portaient sur l’espace social, les comportements, les relations de genre et intergénérationnelles, les vêtements, les activités et les rituels. Ces éléments nous aident à comprendre la place des matsuri dans la culture japonaise contemporaine, et ultimement, nous informent sur la conception du shinto. Ces festivals traditionnels nous donnent aussi de l’information à propos de l’identité japonaise. Autant des éléments de l’identité locale que nationale peuvent être observés et analysés à travers ces événements. Ce mémoire fait ressortir les éléments pertinents et les met en relation avec le contexte religieux contemporain.

Keyphrases: Religion, Sécularisme, Shinto, Matsuri, Identité, Nationalisme