NCube/papyrus huggingface dataset:
Étude structuro-fonctionnelle de SecP43 et caractérisation de ses interactions avec SepSecS et l’ARNtSec in vitro

Les sélénoprotéines sont des protéines contenant du sélénium sous la forme du 21ème acide aminé, la sélénocystéine. Sélénocystéine (Sec) est synthétisé sur son ARNt (ARNt[Ser]Sec ou ARNtSec) et inséré dans les sélénoprotéines de manière co-traductionnelle, avec l'aide de divers facteurs agissant en cis et en trans. Parmi ces facteurs, SecP43 joue possiblement un rôle dans la méthylation du groupement 2'- hydroxylribosyl dans la position d'oscillation (Um34) du Sec-ARNt[Ser]Sec et par conséquent, l’inhibition de SecP43 réduit l'expression de la glutathion peroxydase 1. L’interaction SecP43/ARNtSec/SepSecS a été démontrée in vivo et le retrait ciblé d’une de ces protéines affecte la liaison de l’autre à Sec-ARNtSec. L'objectif initial du projet était de résoudre la structure de SecP43 par cristallographie. En second lieu, nous avons voulu caractériser l’interaction de ce dernier avec certaines composantes de la machinerie d'insertion de la sélénocystéine. Ces facteurs sont notamment SepSecS et ARNtSec. Nous avons optimisé la surexpression et la purification  des homologues humains de SecP43 et SepSecS en utilisant un protocole d'auto-induction. Ce fut un défi majeur étant donné que SecP43 n'avait pas encore été surexprimée et purifiée à ce jour. Nous n'avons pas réussi à cristalliser SecP43. Cet échec s’explique probablement par le fait que SecP43 est une protéine dynamique et partiellement replié comme nous avons pu le démontrer par SAXS (Small Angle X-ray Scattering). L'enveloppe de SecP43 calculée par SAXS présente une structure filiforme et non globulaire. Afin d'améliorer la stabilité de SecP43 requise pour la cristallisation, des études d'affinité de liaison ont été conduites pour caractériser les interactions entre SecP43, ARNtSec et SepSecS. Aucune interaction substantielle n’a pu être démontrée entre SecP43 et ARNtSec par retard sur gel ou par chromatographie d’exclusion stérique. Le même constat fut fait pour l’interaction SecP43/SepSecS. En revanche, l’interaction ARNtSec/SepSecS a été démontrée par EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assay) et l'addition de SecP43 semble réduire l'affinité de liaison de ladite interaction. Par conséquent, SecP43 induirait un changement conformationel de SepSecS en présence du ARNtSec.

Keyphrases: Sélénocystéine, SecP43, SepSecS, ARNtSec
Influence de l'iconographie duchampienne dans Les Célibataires, vingt ans plus tard, de Roberto Matta

L’alchimie, science de la manipulation des influences spirituelles par une métallurgie sacrée, et la pataphysique, esthétique pseudo-scientifique associant l'ésotérisme à l'humour, sont les deux principaux fondements idéologiques qui unissent Marcel Duchamp et Roberto Matta. Tandis que Duchamp s'intéresse déjà à l'ésotérisme dès 1910, soit près d'une vingtaine d'années avant sa rencontre avec Matta. Ce dernier aborde, dans sa production, des thèmes propres à la littérature alchimique, soit les opérations occultes, les états merveilleux de la matière et les appareils de laboratoire. De plus, les écrivains symbolistes et pseudo-scientifiques, lus par Duchamp, puis par Matta, influencent l'humour pataphysique, teinté d'ésotérisme, qui s'exprime dans la production de ces deux artistes. Ainsi, Les Célibataires, vingt ans plus tard, est une huile sur toile, réalisée en 1943, par Roberto Matta, qui représente un paysage cosmique, composé d'astres et de trous noirs, de trois alambics et d'une grande machine noire. Dans cette œuvre, Matta réinterprète très librement certains éléments du Grand verre, une peinture sur verre de Marcel Duchamp, laissée inachevée en 1923. Le présent mémoire de maîtrise étudie l'influence de l'alchimie et de l'iconographie duchampienne sur Les Célibataires, vingt ans plus tard. Dans un premier temps, cette étude vise à mettre en exergue et à examiner les influences alchimiques et pataphysiques dans l'œuvre de Matta. Dans un deuxième temps, notre mémoire vise à démontrer comment l'œuvre de Matta s'intègre dans le projet surréaliste de création d'un mythe nouveau, dans la continuité du projet duchampien.

Keyphrases: Roberto Matta, Marcel Duchamp, surréalisme, alchimie, pataphysique
Apprentissage dans une communauté de pratique : fansubbing et compétence linguistique

Fansub consiste à traduire et à sous-titrer les produits médiatiques étrangers tels que des films, des feuilletons ou des animes par des internautes bénévoles. Ce phénomène est aujourd’hui très répandu en Chine. Les amateurs s’organisent en groupes de fansub pour accomplir ce travail en collaboration. Les groupes de fansub se caractérisent par la virtualisation du lieu de travail, l’hétérogénéité des membres, la liberté de participation, la collaboration et la non-commercialité. Leur processus de travail et organisation est aussi particulier. Dans ce mémoire, je me suis intéressée à l’apprentissage des fansubbers, un aspect peu étudié dans la littérature sur le fansub. Le fansub a été abordé sous l’angle d’une communauté de pratiques pour comprendre comment les fansubbers acquièrent de nouvelles connaissances et améliorent leur compétence linguistique en sous-titrant les films de langue étrangère.  L’étude est basée sur l’observation participative dans un groupe de fansub chinois-français, Fansub Yueyue. J’ai fait de l’observation participante auprès de ce groupe de fansub pour recueillir des traces du travail et des interactions entre les membres. Dix fansubbers du groupe ont aussi été interrogés. Les analyses ont indiqué que le groupe de fansub démontre les trois caractéristiques essentielles d’une communauté de pratique : l’entreprise commune, l’engagement mutuel et un répertoire partagé. Cet ensemble favorise l’existence du groupe ainsi que l’apprentissage des membres. Aussi, par l’analyse des erreurs fréquentes des fansubbers et leur autoévaluation, nous concluons que les pratiques de fansub aident les membres à améliorer leur compétence linguistique. L’apprentissage a lieu pendant le processus de travail de sous-titrage ainsi qu’à travers les interactions entre les membres ou avec des personnes hors de ce groupe.

Keyphrases: fansub, communauté de pratique, apprentissage par la pratique, sous-titrage, travail collaboratif, participation périphérique
Caractérisation génétique d’une forme d’ataxie tardive

Les ataxies forment  un groupe de maladies neurodégénératives qui sont caractérisées par un manque de coordination des mouvements volontaires. Mes travaux ont porté sur une forme d'ataxie à début tardif (LOCA), après l’âge de 50 ans. Les principales caractéristiques cliniques sont: atrophie cérébelleuse à l’IRM (88%), dysarthrie (81%), atrophie du lobe frontal (50%) et nystagmus (52%). La ségrégation dans les familles de cette ataxie est en faveur d’une transmission récessive. Afin d'identifier le gène responsable de LOCA, nous avons recruté 38 patients affectés d'une forme tardive d'ataxie, issus du SLSJ, des Cantons de l’Est ou d’autres régions du Québec. Un premier criblage du génome a été effectué avec des marqueurs microsatellites sur une famille clé. Une analyse de liaison paramétrique nous a suggéré une liaison au chromosome 13 (4.4Mb). Une recherche d’un haplotype partagé entre 17 familles LOCA a diminué la taille de l'intervalle candidat à 1.6Mb, mais l’haplotype s’est avéré fréquent dans la population canadienne-française. Un second criblage du génome avec des marqueurs SNP nous a permis d’évaluer par cartographie d’homozygotie la possibilité qu’une mutation fondatrice partagée dans des sous-groupes de malades. Plusieurs stratégies d'analyse ont été effectuées, entre autre par regroupement régional. Aucun loci candidats ne fut identifié avec confiance. Nous avons donc combiné les données de génotypage avec le séquençage exomique afin d'identifier le gène responsable. L'analyse de six individus atteints nous a permis d'obtenir une liste de variants rare contenant quatre gènes potentiels. Cette analyse  doit se poursuivre pour identifier le gène responsable de LOCA.

Keyphrases: Ataxie, neurodégénérative, séquençage exomique, cartographie par homozygotie
Les patrons d’expression de gènes : ont-ils évolué avec la complexité des organismes?

La régulation de la transcription est l‟un des processus cellulaires des plus fondamentaux et constitue la première étape menant à l‟expression protéique. Son altération a des effets sur l‟homéostasie cellulaire et est associée au développement de maladies telles que le cancer. Il est donc crucial de comprendre les règles fondamentales de la fonction cellulaire afin de mieux cibler les traitements pour les maladies. La transcription d‟un gène peut se produire selon l‟un des deux modes fondamentaux de transcription : en continu ou en burst. Le premier est décrit comme un processus aléatoire et stochastique qui suit une distribution de Poisson. À chaque initiation de la transcription, indépendante de la précédente, un seul transcrit est produit. L‟expression en burst se produit lorsque le promoteur est activé pour une courte période de temps pendant laquelle plusieurs transcrits naissants sont produits. Apportant la plus grande variabilité au sein d‟une population isogénique, il est représenté par une distribution bimodale, où une sous-population n‟exprime pas le gène en question, alors que le reste de la population l‟exprime fortement. Les gènes des eucaryotes inférieurs sont pour la plupart exprimés de manière continuelle, alors que les gènes des eucaryotes supérieurs le sont plutôt en burst. Le but de ce projet est d‟étudier comment l‟expression des gènes a évolué et si la transcription aléatoire, ou de Poisson, est une propriété des eucaryotes inférieurs et si ces patrons ont changé avec la complexité des organismes et des génomes. Par la technique de smFISH, nous avons étudié de manière systématique quatre gènes évolutivement conservés (mdn1+, PRP8/spp42+, pol1+ et cdc13+) qui sont continuellement transcrits dans la levure S. cerevisiae. Nous avons observé que le mode d‟expression est gène-et-organisme spécifique puisque prp8 est exprimé de manière continuelle dans la levure S. pombe, alors que les autres gènes seraient plutôt exprimés en légers burst.

Keyphrases: transcription, expression génique, patron d'expression, continuel, burst
Étude de l’effet d'agents potentiellement perturbateurs de la structure des biofilms sur la diffusion des macromolécules dans les biofilms de Streptococcus mutans :
cas de l’EDTA et de l’aspirine

Le but de ce travail de mémoire était d'explorer des moyens pour augmenter la perméabilité des biofilms de Streptococcus mutans aux macromolécules en utilisant des agents potentiellement perturbateurs de la structure des biofilms. L’acide éthylènediamine tétraacétique (EDTA) ainsi que l’acide acétylsalicylique (aspirine) sont les agents perturbateurs choisis. Le changement de perméabilité des biofilms de S. mutans a été déterminé en mesurant les coefficients de diffusion globale du polyéthylène glycol (PEG) et de diffusion locale de dextrans. Les coefficients de diffusion globale ont été mesurés par spectroscopie infrarouge avec un échantillonnage par réflexion totale atténuée (ATR) alors que la spectroscopie par corrélation de fluorescence (SCF) a été utilisée pour la mesure des coefficients de diffusion locale.  Les résultats ont démontré que l’incorporation de l’EDTA à une concentration de 7.5 (m/v) % dans la solution de diffusion permet d’améliorer les propriétés de transport du PEG dans les biofilms en augmentant sa pénétrabilité et son coefficient de diffusion globale. Par contre, aucune variation n’a été constatée dans la valeur du coefficient de diffusion locale de dextran fluorescent.  Cette différence peut être expliquée, entre autres, par l'échelle des mesures et la nature différente des molécules diffusantes. L’aspirine n’a démontré aucun effet sur le transport du PEG à travers les biofilms de S. mutans. La pénétration accrue du PEG en présence de l’EDTA a été corrélée aux tests de viabilité des cellules bactériennes. En effet, la combinaison de la pénicilline G (PenG) avec l’EDTA 2 (m/v) % a eu comme effet l’augmentation du pouvoir biocide d’un facteur 3. De plus, les images de microscopie à épifluorescence et de microscopie confocale à balayage de laser ont démontré que les bactéries dans le cœur des microcolonies sont plus affectées par la PenG lorsque le milieu contient de l'EDTA.  A la lumière des résultats obtenus, il s’avère que l’incorporation d'agents perturbateurs de la structure des biofilms est une option sérieuse à considérer dans l’éradication des biofilms microbiens. Plus d’études devront être effectuées afin d’investiguer l’effet d’autres molécules possédant les propriétés perturbatrices de la structure des biofilms sur la résistance de ces derniers aux agents antimicrobiens.

Keyphrases: Biofilms de Streptococcus mutans, EDTA, Diffusion dans les biofilms, Aspirine, Biofilm diffusion, Aspirin
Utilisation de représentations de mots pour l’étiquetage de rôles sémantiques suivant FrameNet

Dans la sémantique des cadres de Fillmore, les mots prennent leur sens par rapport au contexte événementiel ou situationnel dans lequel ils s’inscrivent. FrameNet, une ressource lexicale pour l’anglais, définit environ 1000 cadres conceptuels, couvrant l’essentiel des contextes possibles. Dans un cadre conceptuel, un prédicat appelle des arguments pour remplir les différents rôles sémantiques associés au cadre (par exemple : Victime, Manière, Receveur, Locuteur). Nous cherchons à annoter automatiquement ces rôles sémantiques, étant donné le cadre sémantique et le prédicat. Pour cela, nous entrainons un algorithme d’apprentissage machine sur des arguments dont le rôle est connu, pour généraliser aux arguments dont le rôle est inconnu. On utilisera notamment des propriétés lexicales de proximité sémantique des mots les plus représentatifs des arguments, en particulier en utilisant des représentations vectorielles des mots du lexique.

Keyphrases: traitement des langues, apprentissage supervisé, rôles sémantiques, FrameNet, représentations de mots, représentations distribuées
Expérience subjective et différences individuelles dans l'intégration d'informations visuelle et kinesthésique

L’expérience  subjective  accompagnant  un  mouvement  se  construit  a  posteriori  en intégrant   différentes   sources   d’informations   qui   s’inter-influencent   à   différents moments  tant  avant  qu’après  le  mouvement.  Cette  expérience  subjective  est interprétée  par  un  modèle  d’attribution  bayésien  afin  de  créer  une  expérience d’agentivité  et  de  contrôle  sur  les  mouvements  de  son  propre  corps.  Afin  de déterminer  l’apport  de  l’interaction  entre  les  paramètres  considérés  par  le  modèle d’attribution  et  d’investiguer  la  présence  de  disparités  inter-individuelles  dans  la formation  de  l’expérience  subjective  du  mouvement,  une  série  de  90  pulsations simples  de  stimulation  magnétique  transcrânienne  (SMT)  sur  le  cortex  moteur primaire  (M1)  suivi  de  multiples  questions  sur  l’expérience  subjective  reliée  au mouvement  provoqué  a  été  effectuée  chez  20  participants  normaux.  Les  données objectives du mouvement ont été recueillies par électromyographie (EMG) et capture du  mouvement.  Un  modèle  de  régression  a  entre  autres  été  effectué  pour  chaque participant afin de voir quelle proportion du jugement subjectif pouvait être expliqué par des indices objectifs et cette proportion variait grandement entre les participants. Les résultats de la présente étude indiquent la présence d’une capacité individuelle à se  former  des  jugements  subjectifs  reflétant  adéquatement  la  réalité  comme  en témoigne  la  cohérence  entre  les  différentes  mesures  d’acuité  et plusieurs  variables mesurant l’expérience subjective.

Keyphrases: Stimulation  magnétique  transcrânienne, Expérience  subjective, Agentivité, Contrôle, Modèle d'attribution, Mouvement
La mise en scène du savoir-faire musical au cinéma

Ce mémoire de recherche-création vise d’abord à inventorier et à analyser les processus et procédés narratifs, rhétoriques et formels grâce auxquels trois films mettent en scène le savoir-faire musical, et particulièrement la situation d’apprentissage de la musique et la relation maître-élève. Ces trois films sont : All That Jazz, de Bob Fosse (1979), Bird, de Clint Eastwood (1988) et Tous les matins du monde, d’Alain Corneau (1991). Au terme de cet inventaire et de cette analyse, nous aurons repéré une dominante thématique : dans ces films, et peut-être au cinéma en général, la musique et l’enseignement de la musique sont représentés sous des traits socio-psychologiques particuliers : d’une part, la possession de l’autre, la soumission, le sacrifice et la perpétuelle insatisfaction. Mais aussi les multiples gratifications dont l’éducation et la formation du corps et de l’esprit sont gages. Il conviendra alors de vérifier une hypothèse : Est-ce que certains modes d’expression cinématographiques — ayant à voir avec certaines pratiques de cadrage, certaines figures du champ- contrechamp, etc. —, et certains modes de narration filmiques n’expliqueraient pas cette capacité du cinéma à mettre en scène les menaces affectives et sociales qui pèsent sur le maître de musique et l’apprenti musicien ? Ce sont ces mêmes processus et procédés, ce même thème et cette même hypothèse, qui seront explorés dans un scénario de long métrage, en faisant cette fois-ci confiance à la capacité de problématisation de l’écriture poétique.

Keyphrases: Cinéma, Musique, Apprentissage, Maître-élève, Narration, Éthique, Music, Narration
Caractérisation structurale et fonctionnelle des interactions impliquant TFIIH et les domaines de transactivation viraux

Le facteur de transcription IIH (TFIIH) joue un rôle crucial dans la transcription et dans la réparation de l’ADN. La sous-unité Tfb1/p62 (levure et humain) de TFIIH interagit avec de nombreux facteurs de transcription (p53, NFκB, TFIIEα) et de réparation (Rad2/XPG and Rad4/XPC) (1). La majorité des interactions avec Tfb1/p62 requiert le domaine d’homologie à la Pleckstrin (PH) localisé dans la région N-terminal de la protéine (2, 3). Ce domaine PH forme des complexes avec des domaines de transactivation acide provenant de protéines cibles impliquées dans la transcription et la réparation de l’ADN. De récentes études ont montré que Tfb1/p62 est une cible pour les protéines virales telles que la protéine VP16 du virus de l’herpès simplex (HSV) de type 1, la protéine E1 du virus du papillome humain (VPH) et la protéine EBNA-2 du virus Epstein-Barr (EBV) (4, 5). Ces protéines virales interagissent avec la sous-unité Tfb1/p62 par un domaine de transactivation acide suggérant une interaction similaire à ce qui est observé chez les facteurs de transcription humains comme p53. Ce mémoire présente une caractérisation structurelle et fonctionnelle du complexe formé par la protéine virale EBNA2 et la protéine humaine Tfb1/p62. L’analyse est faite en utilisant le titrage calorimétrique isotherme (ITC), la résonance magnétique nucléaire (RMN) et une expérience de transactivation chez la levure. Cette étude amène une plus grande compréhension des protéines impliquées dans les maladies comme le lymphome de Burkitt et le lymphome de Hodgkin qui sont souvent associées à l’infection à l’EBV (revue dans (6)) et caractérise une cible potentielle pour un antiviral.

Keyphrases: antigène nucléaire d’Epstein-Barr 2 (EBNA2), facteur général de transcription IIH (TFIIH), interaction protéine-protéine, titrage calorimétrique isotherme (ITC), résonance magnétique nucléaire (RMN)
La gouvernance autochtone en milieu urbain: le cas de Montréal

Au fil des années, les Autochtones ont obtenu la reconnaissance par l’État canadien de certains droits inhérents, soit le droit à l’autodétermination et le droit à l’autonomie gouvernementale. Cependant, lors de la mise en places d’initiatives de gouvernance autochtone, les différents niveaux de gouvernement ont présumé que les groupes revendicateurs disposaient d’une assise territoriale pour réaliser ces objectifs, telles les communautés d’origine des Premières nations, Inuites ou métisses. Or, ces modèles sont inadéquats pour la majorité des Autochtones au pays qui vivent en milieu urbain, une population hétérogène, disparate, très mobile et surtout sans assise territoriale. Pour tenter de concilier l’exercice de l’autonomie gouvernementale avec l’urbanité, certains modèles théoriques de gouvernance ont été élaborés afin de permettre une meilleure représentation politique aux Autochtones en milieu urbain. En gardant à l’esprit la situation de Montréal, c’est-à-dire le problème de l’identité du titulaire du droit à l’autodétermination, le territoire et la nature des pouvoirs à exercer, nous tenterons au cours de ce mémoire de déterminer quel modèle de gouvernance autochtone serait le plus approprié pour les Autochtones de Montréal.

Keyphrases: Peuples autochtones, Autochtones en milieu urbain, Droit à l’autodétermination, Autonomie gouvernementale, Gouvernance autochtone, Montréal, Personnalité des lois, Nation avec assise territoriale, Réserve urbaine, Communauté d’intérêts
L'évolution de la conception personnelle de la discipline infirmière d'étudiants en soins infirmiers

Peu d’écrits décrivent la conception personnelle de la discipline infirmière des étudiants ou son évolution. Pourtant, celle-ci guide la pratique des étudiants (Fawcett, 2002; Pepin, Kérouac, & Ducharme, 2010) et a des impacts sur leur persévérance dans leur formation (Spouse, 2000). Le but de cette recherche était d’explorer l’évolution de la conception personnelle de la discipline infirmière d’étudiants pendant leur formation collégiale. Ce mémoire présente une étude qualitative exploratoire fondée sur un cadre de référence liant le constructivisme radical (Glasersfeld, 1994) et le centre d’intérêt de la discipline (Pepin et al., 2010). Des entrevues individuelles ont été menées auprès de onze étudiants de première, troisième et cinquième sessions (n=11). Les données ont été analysées par questionnement analytique (Paillé & Mucchielli, 2010). Selon les participants, un soin « humain » est préalable aux « soins » de l’infirmier. Ils décrivent que l’infirmier guide une personne unique, détenant des capacités afin qu’elle accomplisse ses activités et prenne soin d’elle-même pour maintenir sa santé mentale et physique ; l’environnement hospitalier ne rejoint pas les conditions idéales identifiées par les participants. La compréhension des concepts centraux devient plus complexe durant leur formation. Les participants attribuent surtout ces changements à leurs expériences de stages. Finalement, la présente étude fournit des pistes aux enseignants afin qu’ils puissent soutenir l’apprentissage des conceptions de la discipline et orienter la construction d’une conception personnelle de la discipline infirmière utile à la pratique des étudiants.

Keyphrases: Étudiants infirmiers, Conception personnelle, Évolution, Formation infirmière, centre d'intérêt de la discipline, constructivisme, constructivism