NCube/papyrus huggingface dataset:
L'évaluation des tests génétiques : considérations normatives et contextuelles

L’objectif de ce mémoire vise à exposer les méthodes d’évaluation propres aux tests génétiques. Le mémoire se penche également sur le recours grandissant, par des instances locales, aux services de génétique dispensés par des laboratoires internationaux.  Le premier article propose une recension des modèles d'évaluation propres aux tests génétiques et une analyse de leur situation sur le parcours translationnel. L'article expose les origines de ces modèles, leurs attributs et particularités distinctives et spécifie le public cible auquel ils sont destinés. L'analyse comparative des modèles d'évaluation permet de mettre en relief leurs apports et limites respectives. Les critères évaluatifs de chaque modèles sont situés le long du parcours translationnel permettant de mettre en évidence les types d'évaluations nécessaires à chacune des phases de progression des tests génétiques le long du continuum menant à leur utilisation.  Le second article adopte une tangente pragmatique et se penche sur l'utilisation effective des tests génétiques dans un centre hospitalier universitaire pédiatrique. Plus spécifiquement, l'article dresse un portrait exhaustif de l'ensemble des tests génétiques moléculaires réalisés à l’extérieur du Québec par le CHU Sainte-Justine en 2009 étant donné l’augmentation des tests disponibles internationalement comparativement à ceux offerts à l’interne. Vu la globalisation des envois d'échantillons vers des laboratoires localisés à l'étranger, l'objectif est de décrire l’état de la situation actuelle et d’identifier des cibles potentielles pour l’amélioration des processus et le développement de tests localement.  L'évaluation des tests génétiques est abordée sous une double perspective: les considérations normatives liées à l'évaluation des tests génétiques tel que préconisé par les différents modèles d'évaluation ainsi que d'un point de vue pratique dans le contexte particulier d'un centre hospitalier universitaire.

Keyphrases: tests génétiques, évaluation des technologies de la santé, services internationaux de génétique moléculaire
Facteurs influençant l'implantation des adjoints au médecin au Québec

Cette étude exploratoire a pour but d’identifier les facteurs pouvant influencer l’implantation des adjoints au médecin dans le système de santé québécois, selon les perceptions de médecins omnipraticiens et de médecins spécialistes. La collecte de données pour cette étude qualitative s’est effectuée à l’aide d’entrevues semi-structurées effectuées auprès de 13 omnipraticiens et spécialistes provenant d’hôpitaux de Montréal et de la clinique médicale des Forces canadiennes de St-Jean (Québec). L’étude a démontré que des obstacles perçus, tels que le corporatisme et le manque d’information sur la profession, pourraient interférer avec l’intégration des adjoints au médecin au Québec.  Cependant, les participants s’entendent pour dire que ces obstacles ne seraient pas insurmontables et ont, par la même occasion, identifié de nombreux éléments pouvant faciliter cette intégration.  Les adjoints au médecin ont des compétences uniques et travaillent déjà dans d’autres provinces canadiennes qui ont un réseau de santé similaire au nôtre. Cette étude permet donc d’approfondir les connaissances à l’égard de cette profession, en plein essor au pays, dans l’éventualité d’une intégration de ce groupe professionnel au Québec.

Keyphrases: Adjoint au médecin, Réseau de la santé québécois, Médecins, Intégration, Infirmières praticiennes
Le rôle de la MAPK non-conventionnelle ERK3 dans le développement thymique

Les premières cellules progénitrices lympho-myéloïdes (LMPP) entrent dans le thymus et commencent leur processus de différenciation au stade double négatif (DN, CD4-CD8-). Après un réarrangement fonctionnel de la chaine bêta de leur récepteur des cellules T (RCT), les cellules reçoivent des signaux de différenciation, de prolifération, de survie et de sélection et passent au stade double positif (DP, CD4+CD8+). Ensuite, la chaine alpha du RCT est réarrangée et testée via les sélections positive et négative. Si le RCT reçoit un signal ni trop fort, ni trop faible, les cellules passent au stade simple positif où elles exprimeront soit la molécule CD4 ou CD8. ERK3, une MAPK non-conventionnelle, joue un rôle important dans le développement thymique. Des études précédentes ont démontré qu’une déficience en ERK3 diminue de 50 % la cellularité thymique et de 75% le nombre de cellules simples positives CD4 (CD4SP). Nous avons posé comme hypothèses qu’il y a une augmentation de l’apoptose chez les thymocytes DP de souris Erk3-/- et que cette déficience chez les thymocytes DP affecterait la sélection positive des cellules DP, réduisant ainsi le nombre de thymocytes CD4SP. Afin de vérifier la première hypothèse, nous avons regardé les niveaux d’apoptose grâce à la cytométrie en flux et par immunohistochimie. Dans les deux cas, nous étions incapables de détecter une différence du niveau d’apoptose chez les thymocytes DP entre les souris Erk3+/+ et Erk3-/-. Ensuite, nous nous sommes posés la question suivante : La demi-vie des thymocytes DP Erk3-/- était-elle plus courte que le type sauvage? La demi-vie des thymocytes DP a été mesurée à l’aide de l’étude des réarrangements secondaires de la chaine alpha du RCT par PCR semi-quantitatif et à l’aide de cultures de thymus fœtaux. En effet, ERK3 semble important pour prolonger la demi-vie des thymocytes DP. Ensuite, nous avons utilisé des marqueurs cellulaires différentiels (CD69, CD5 et RCT) pour regarder si les thymocytes DP sont capables de passer la sélection positive. En effet, il y a moins de thymocytes DP Erk3-/- qui sont CD69fort, CD5fort et RCTfort. Finalement, nous voulons savoir si les fonctions de ERK3 passent par MK5, son seul partenaire d’interaction connu à ce jour. Après la caractérisation du thymus de la souris Mk5-/-, nous observons que seulement la réduction du nombre de thymocytes CD4SP est identique à celle des thymocytes CD4SP de la souris Erk3-/-. En conclusion, ces résultats révèlent des fonctions importantes pour la molécule ERK3 lors du processus de sélection positive, le maintient de la demi-vie des thymocytes DP et lors de la régulation de développement thymique de manière MK5-dépendante et -indépendante.

Keyphrases: Thymopoïèse, Thymus, Thymus, ERK3, ERK3, MAPK non-conventionnelle, Unconventionnal MAPK, Demi-vie DP, Sélection Positive, Apoptose, MK5, MK5, CD4SP, CD4SP
Étude in vitro de l’implication des cytokines de type Th17 dans la fibrose hépatique

Introduction: L’activation des cellules stellaires hépatiques (CSHs) est un point clé du processus de fibrose hépatique. Les lymphocytes T CD4+ intra-hépatiques sont une source majeure de cytokines anti-inflammatoires comme l’IL-10 et pro-inflammatoire (IL-17A), hépatoprotectrice  (IL-22) produites par les Th17. Les Th17 sont impliqués dans de nombreuses pathologies inflammatoires mais l’effet de ces cellules sur les CSHs n’est pas encore élucidé. Objectif: Comprendre le rôle des cytokines de type Th17 dans le processus d’activation des CSHs. Méthodes: La lignée de CSHs humaine LX2 a été stimulée par  l’IL-17A ou l’IL-22 puis comparée à des cellules traitées par le TGF-b et le tampon phosphate salin (PBS). L’activation des CSHs a été évaluée en examinant les molécules profibrotique alpha-smooth muscle actin (a-SMA), collagène de type I (COL1A1) et inhibiteur produits par les tissus des métalloprotéases matricielles I (TIMP-I) par q-PCR. L’expression protéique a été validée par immunobuvardage ou coloration au rouge de picro Sirius. L’expression membranaire de l’IL-10Rb, du TGF-b-RII et de l’IL-17RA a été mesurée par cytométrie en flux. Résultats: L’IL-17A et l’IL-22 n’activent pas les cellules LX2, car aucune induction d’a-SMA, de COL1A1 et de TIMP-I n’a été observée. Cependant, l’IL-17A et l’IL-22 sensibilisent les CSHs à l’action du TGF-b, tel que démontré par une forte expression et production d’a-SMA, collagène type I et TIMP-I. L’IL-17A, mais pas l’IL-22, induit la surexpression à la surface cellulaire du TGF-b-RII et inhibe partiellement la baisse d’expression du TGF--RII après stimulation au TGF-b. Conclusion: Nos résultats démontrent une fonction pro-fibrotique de l’IL-17A et de l’IL-22, car les deux cytokines sensibilisent les CSHs à l’action du TGF-b. L’IL-17A agit via la surexpression et la stabilisation du TGF-b-RII tandis que l’IL-22 agit probablement par des mécanismes intracellulaires.

Keyphrases: Hépatite, virus de l'hépatite C, Lymphocytes T régulateurs, cellules stellaires hépatique, IL-17A, IL-22, Fibrose hépatique, IL-17A, IL-22
Étude fonctionnelle du couplage chimiokine-estrogène dans les tissus reproducteurs

Les estrogènes sont impliqués dans plusieurs aspects de la physiologie humaine en particulier, le développement, la croissance, la différenciation des tissus reproducteurs, la reproduction, et la grossesse. Les effets cellulaires des estrogènes sont transmis via l'interaction avec les récepteurs des estrogènes ERα et ERβ. L’activation de ERα et ERβ contrôle directement la transcription des gènes cibles nécessaires pour médier les effets physiologiques des estrogènes. L’effet des estrogènes peut aussi être mitogénique et devient la cause de plusieurs pathologies surtout dans les tissus qui présentent une sensibilité accrue à l’hormone tel que les tissus mammaires, les ovaires et l’utérus. De ce fait, une surexposition de ces tissus à l’estrogène augmente le risque de développer le cancer. Dans une lignée cellulaire qui coexprime les deux récepteurs, nous avons identifié la chimiokine SDF-1 qui interagit avec le récepteur CXCR4 et qui décrit une boucle de régulation autocrine/paracrine entre la voie des chimiokines et celle des estrogènes. Cette régulation induit une augmentation de l’expression des gènes cibles prolifératifs du cancer du sein. Cependant, les mécanismes exacts de cette régulation restent inconnus. Afin d'identifier les cibles exactes de cette régulation au niveau génomique, nous avons développé un modèle cellulaire pour discriminer le rôle respectif de ERα et ERβ au niveau du contrôle transcriptionnel de cette boucle de régulation des chimiokines.  En partant d’une lignée cellulaire ER-, nous avons généré un système cellulaire qui exprime l’un ou l’autre des isoformes en plus du mutant ERβ-S87A. Nous avons construit le promoteur CXCR4bLuc qu’on a testé dans les lignées cellulaires générées. En utilisant la construction du promoteur CXCR4bLuc, nous avons démontré une voie de régulation des récepteurs des chimiokines par les récepteurs des estrogènes. L’activation membranaire de CXCR4 par SDF-1 implique l’activation directe du récepteur de l’estrogène ERβ par phosphorylation de la sérine 87. Cette phosphorylation active ERβ et favorise l’expression du gène de CXCR4. La transcription de CXCR4 passe par la liaison de ERβ au niveau d’un élément de liaison ERE que nous avons identifié dans ce travail par la technique de ChIP. Ainsi, nous avons identifié une cible exacte de la régulation des récepteurs des chimiokines CXCR4 par le récepteur des estrogènes ERβ qui peut constituer une approche prometteuse pour contrer les pathologies associées au cancer du sein et ses métastases.

Keyphrases: Estrogène, Récepteur de l'estrogène, Cancer du sein, Chimiokine, SDF-1, CXCR4
Rôle du facteur de transcription BP1 dans la régulation des gènes du locus humain de beta-globine

Le facteur de transcription BP1 humain est exprimé dans les cellules érythroïdes pendant le développement fœtal mais son niveau d’expression est réduit au stade adulte. Les études antérieures in vitro ont montré que BP1 est un répresseur du gène adulte de β-globine mais sa fonction dans la régulation des gènes ε et γ n’a pas été abordée à ce jour. Dans notre étude, nos analyses de BP1 humain ont été menées in vivo au stade embryonnaire en utilisant une lignée de souris transgénique surexprimant BP1 dans les cellules érythroïdes définitives murines. Au niveau protéique, BP1 humain est exprimé aux âges E12.5 et E13.5 dans les cellules érythroïdes fœtales des embryons transgéniques. Toutefois, les niveaux de BP1 humain ne perturbent pas l’érythropoïèse définitive fœtale: les embryons transgéniques ne sont pas anémiques et ne meurent pas in utero. La surexpression de BP1 humain altère tout de même le niveau endogène des facteurs de transcription Ikaros et SOX6 impliqués dans la régulation des gènes de β-globine durant l’érythropoïèse définitive fœtale murine. Chez les embryons doubles transgéniques exprimant BP1 et les gènes humains de β-globine à E12.5, l’expression du gène adulte β est réduite alors que celle des gènes ε et γ est non réprimée. Les mesures d’expression des gènes humains de β-globine effectuées en absence d’Ikaros à E12.5 précisent le rôle de BP1 humain dans l’activation du gène embryonnaire ε. Dans les cellules érythroïdes fœtales murines dépourvues d’Ikaros à E12.5, BP1 humain augmente grandement l’expression des facteurs de transcription EKLF et BCL11A et semble déréprimer l’expression de SOX6, ce qui conduit à une répression des gènes fœtaux et une activation du gène adulte β au jour embryonnaire murin suivant. Puisque BP1 atténue l’altération de l’expression des gènes fœtaux et adultes causée par l’absence d’Ikaros, nous proposons que BP1 et Ikaros soient liés dans les mécanismes de transcription des gènes humains de β-globine.

Keyphrases: BP1, Facteur de transcription, Érythropoïèse, Ikaros
Promotion de l'activité physique des médecins omnipraticiens auprès de leurs patients

Les maladies non transmissibles sont en forte hausse au Québec. La pratique régulière d’activités physiques (AP) permet d’agir en amont et de contribuer à la prévention de plusieurs de ces maladies. Cependant, une grande proportion de la population québécoise n’est pas suffisamment active pour en retirer des bienfaits pour sa santé. Plusieurs études portant sur l’efficacité des interventions de sensibilisation et de promotion de l’AP(SPAP) ont montré que les médecins omnipraticiens peuvent avoir une influence non négligeable sur le niveau de pratique d’AP de la population. Peu d’études à ce jour ont examiné la pratique de SPAP des médecins omnipraticiens du Québec auprès de leurs patients et quels sont les freins et facteurs facilitants. La présente étude vise à combler en partie cette lacune en documentant leur pratique de SPAP et en examinant dans quelle mesure les attitudes,perceptions, barrières, besoins et caractéristiques sociodémographiques influencent leur pratique. Une enquête anonyme a été retenue comme méthode pour dresser un portrait de la situation. L’échantillon de convenance est composé de 701 questionnaires recueillis lors de formations continues de la Fédération des médecins omnipraticiens du Québec. Les résultats montrent que deux répondants sur cinq (40 %) font de la SPAP auprès de la majorité de leurs patients en contexte de prévention primaire, et ce, bien que la presque totalité d’entre eux (98 %) croit que la SPAP fait partie de leur rôle fondamental. L’analyse de régression multiple a permis d’identifier les facteurs les plus souvent associés à la pratique de la SPAP chez les répondants : les médecins qui pratiquent eux-mêmes de l’AP de façon régulière, ceux qui ont plus de neuf ans d’expérience médicale, ceux qui sont moins affectés par la surcharge de travail et ceux qui ont l’impression d’être relativement efficaces dans leurs interventions de SPAP sont les plus susceptibles d’en faire auprès de leurs patients en contexte de prévention primaire.

Keyphrases: Médecin omnipraticien, Promotion de l'activité physique, Prévention primaire, Attitude
Vivre ou non dans les communautés des Premières Nations québécoises? Évaluation de l’impact des inégalités socioéconomiques sur le phénomène de migration des Indiens

Ce mémoire porte sur la relation entre les inégalités socioéconomiques et la migration des Indiens inscrits du Québec en 2006. Nous évaluons la contribution des inégalités sociales et scolaires, des inégalités économiques, des inégalités régionales et des inégalités juridiques et politiques à la migration des Indiens inscrits et la contribution de la migration à l’atteinte d’un revenu supérieur. Les résultats obtenus auprès des Autochtones sont comparés à ceux des non-Autochtones de façon à pouvoir distinguer ce qui et spécifique aux Autochtones. Des régressions logistiques ont été effectuées afin d’observer la contribution des caractéristiques individuelles et collectives sur la migration non-récente - entre 2001 et 2005, sur l’atteinte d’un revenu supérieur au 75e centile en 2005 et sur la migration récente - entre 2005 et 2006. Les résultats de la présente recherche montrent que le sexe, l’âge et les variables de migration expliquent très peu le fait de bénéficier d’un revenu supérieur. Obtenir minimalement un diplôme d’études secondaire et d’avoir un travail à temps plein augmente considérablement les chances. Chez les Indiens inscrits, la nation d’appartenance et la zone de résidence expliquent beaucoup plus la variance expliquée. Qui plus est, la contribution de l’âge et du sexe explique très peu le fait d’avoir migré - récemment ou non récemment. Par conséquent, la scolarité, l’occupation expliquent beaucoup le fait que les Indiens inscrits et que les non-Autochtones migrent. Les nations d’appartenance ainsi que les zones de résidence expliquent beaucoup le fait que les Indiens inscrits migrent.

Keyphrases: Migration, Inégalités socioéconomiques, Québec, Comparaisons entre Indiens inscrits et non-Autochtones, Recensement canadien de 2006, Régression logistique
Le développement durable et l’Amazonie brésilienne : la régulation publique est-elle suffisante?

Combiner le respect du milieu et le bien-être des personnes qui vivent de l’exploitation des ressources naturelles en Amazonie est une préoccupation qui est appelée à transformer  les politiques d’exploitation du territoire. Je montre dans cette étude que les gains du développement économique, la protection de l’environnement et l’amélioration du niveau de vie des populations locales sont des objectifs compatibles. Toutefois, des tensions entre les trois piliers du développement durable subsistent et nécessitent une forme de négociation pour arriver à un équilibre des coûts et bénéfices du développement. En Amazonie, cette négociation prend la forme d’un encadrement du développement par les législations gouvernementales. Ces lois clarifient les droits de propriété et établissent un système de gestion de l’exploitation des ressources forestières tant sur les terres publiques que sur les terres privées. En analysant deux cas d’exploitation de ressources issues de la forêt, soit le bois d’œuvre et la baie d’açaí, j’explique les raisons pour lesquelles les populations locales vivant de l’exploitation des diverses ressources forestières sont peu intégrées dans le processus de développement. La régulation publique s’appliquant à l’exploitation du bois tend à criminaliser les activités pratiquées par les populations locales sans apporter d’alternative autre que les plans de gestion forestière. Dans le cas de la baie d’açaí, la coexistence de la culture et de la cueillette comme systèmes de production permet aux populations locales de continuer leurs activités traditionnelles et une répartition des coûts et bénéfices du développement plus équitable entre les acteurs.

Keyphrases: Amazonie, Brésil, Développement durable, Droits de propriété, Açaí, Économie forestière, Amazon, Culture
From Reasonable Accommodation to Understanding: Reconsidering Diversity Management Practices in Quebec

En 2007, le Premier ministre du Québec, monsieur Jean Charest, a établi la Commission de consultation sur les pratiques d’accommodement reliées aux différences culturelles afin de donner suite aux conflits émanant des différences ethniques et culturelles. La commission a pour mandat de dresser le bilan des pratiques d’accommodement au Québec, d’analyser la problématique, de consulter la population et de formuler des recommandations au gouvernement afin d’assurer la conformité des pratiques d’accommodement avec les valeurs de la société québécoise.  En premier lieu, ce mémoire démontrera que deux facteurs, dont l’évolution de l’identité de la majorité francophone et l’évolution des pays d’origine des immigrants, ont contribué à un malaise de gestion de la diversité et, par conséquent, ont rendu l’établissement de la commission pertinent. En deuxième lieu, m’appuyant sur une revue de la méthodologie, des conclusions et des recommandations de la commission, ainsi que la réplique du Ministère de l’Immigration et des Communautés culturelles, je vais illustrer que, malgré un mandat pertinent et achevé, la réponse gouvernementale fut inadéquate. Finalement, je démontrerai que les modèles de gestion de diversité soutenus par le rapport de la Commission, la laïcité inclusive et l’interculturalisme, sont des aspects nécessaires de la gestion de la diversité. Cependant, ils en découlent des philosophies politiques de neutralisme et pluralisme dont la force et le compromis en sont les buts. Je crois que le Québec peut être meilleur gestionnaire de sa diversité et peut obtenir de vraies réconciliations en prônant la conversation; une approche patriotique de la gestion de diversité.

Keyphrases: Accommodement raisonnable, Commission de consultation sur les pratiques d’accommodement reliées aux différences culturelles, Conversation, Gestion de diversité, Interculturalisme, Laïcité, Patriotisme, Conversation, Interculturalism
Inuit ethnobotany and ethnoecology in Nunavik and Nunatsiavut, northeastern Canada

Les habitats uniques de l'écotone forêt boréale-subarctique dans le nord du Canada subissent les contrecoups du changement climatique. Combinés aux effets de la mondialisation, les changements environnementaux touchent les Inuits de cette région et imposent des contraintes importantes sur leur mode de vie traditionnel, ce qui a des répercussions sur leur langue et les savoirs qui l'accompagnent. Cette étude compare deux aspects de l’ethnobiologie inuite : a) les noms et les utilisations des plantes par les Inuits de Nain, Nunatsiavut, suivis par une comparaison des utilisations avec la communauté inuite de Kangiqsualujjuaq, Nunavik, et b) une analyse des types de lieux ou d’habitats que les Inuits reconnaissent et nomment. Des interviews semi-dirigés ont été menés à Nain, Nunatsiavut et à Kangiqsualujjuaq, au Nunavik. Les plantes mentionnées sont utilisées comme aliment, thé, médecine, combustible, construction, nettoyage, et autres utilisations. Les deux communautés ont utilisé un nombre égal de plantes, avec des proportions équivalentes de taxons vasculaires/invasculaires, de formes de croissance (habitus), et d’espèces par catégorie d'utilisation. Les éléments du paysage les plus fréquemment rapportés sont d’ordre topographique, hydrologique ou écologique. L’intégration des concepts inuits, quant aux plantes et au paysage, à ceux de la science occidentale peut améliorer notre compréhension de l'écologie subarctique, aider à impliquer les acteurs locaux dans les décisions sur le développement de leur territoire et, conséquemment, modifier l'aménagement du territoire ainsi que les initiatives de conservation de la biodiversité. Ces concepts ont également des répercussions sur les stratégies d'adaptation face aux changements climatiques.

Keyphrases: ethnobotanique, ethnoécologie du paysage, Inuit, Nunatsiavut, Nunavik, région subarctique, boréale, les plantes médicinales, la classification écologique, les connaissances traditionnelles