NCube/papyrus huggingface dataset:
Méthodes rapides et efficaces pour la résolution numérique d'équations de type Hamilton-Jacobi avec application à la simulation de feux
de forêt

Cette thèse est divisée en trois chapitres.  Le premier explique comment utiliser la méthode «level-set» de manière rigoureuse pour faire la simulation de feux de forêt en utilisant comme modèle physique pour la propagation le modèle de l'ellipse de Richards.  Le second présente un nouveau schéma semi-implicite avec une preuve de convergence pour la solution d'une équation de type Hamilton-Jacobi anisotrope.  L'avantage principal de cette méthode est qu'elle permet de réutiliser des solutions à des problèmes «proches» pour accélérer le calcul.  Une autre application de ce schéma est l'homogénéisation.  Le troisième chapitre montre comment utiliser les méthodes numériques des deux premiers chapitres pour étudier l'influence de variations à petites échelles dans la vitesse du vent sur la propagation d'un feu de forêt à l'aide de la théorie de l'homogénéisation.

Keyphrases: Équations aux dérivées partielles, Hamilton-Jacobi, méthode level-set, homogénéisation, schéma semi-implicite, feux de forêt, modèle de l'ellipse de Richards
Sur une classe de structures kählériennes généralisées toriques

Cette thèse concerne le problème de trouver une notion naturelle de «courbure scalaire» en géométrie kählérienne généralisée. L'approche utilisée consiste à calculer l'application moment pour l'action du groupe des difféomorphismes hamiltoniens sur l'espace des structures kählériennes généralisées de type symplectique. En effet, il est bien connu que l'application moment pour la restriction de cette action aux structures kählériennes s'identifie à la courbure scalaire riemannienne. On se limite à une certaine classe de structure kählériennes généralisées sur les variétés toriques notée $DGK_{\omega}^{\mathbb{T}}(M)$ que l'on reconnaît comme étant classifiées par la donnée d'une matrice antisymétrique $C$ et d'une fonction réelle strictement convexe $\tau$ (ayant un comportement adéquat au voisinage de  la frontière du polytope moment). Ce point de vue rend évident le fait que toute structure kählérienne torique peut être déformée en un élément non kählérien de $DGK_{\omega}^{\mathbb{T}}(M)$, et on note que cette déformation à lieu le long d'une des classes que R. Goto a démontré comme étant libre d'obstruction. On identifie des conditions suffisantes sur une paire $(\tau,C)$ pour qu'elle donne lieu à un élément de $DGK_{\omega}^{\mathbb{T}}(M)$ et on montre qu'en dimension 4, ces conditions sont également nécessaires. Suivant l'adage «l'application moment est la courbure» mentionné ci-haut, des formules pour des notions de «courbure scalaire hermitienne généralisée» et de «courbure scalaire riemannienne généralisée» (en dimension 4) sont obtenues en termes de la fonction $\tau$. Enfin, une expression de la courbure scalaire riemannienne généralisée en termes de la structure bihermitienne sous-jacente est dégagée en dimension 4. Lorsque comparée avec le résultat des physiciens Coimbra et al., notre formule suggère un choix canonique pour le dilaton de leur théorie.

Keyphrases: Géométrie kählérienne généralisée, Géométrie torique, Courbure scalaire
La prévalence de la malnutrition chez les enfants et adolescents hospitalisés

Aujourd'hui, la malnutrition continue de passer inaperçue dans les hôpitaux pédiatriques. Un état nutritionnel inadéquat se répercute sur la santé des enfants hospitalisés et est associé à des coûts annuels supplémentaires pour les centres hospitaliers, affectant donc le patient et le système de santé. Dans la littérature, la prévalence de la malnutrition est très variable, soit de 2,5 à 51 %. Cela est principalement dû à la diversité des méthodes utilisées pour détecter et évaluer l'état nutritionnel ainsi qu'à l'absence de consensus autour d'une définition de la dénutrition chez les enfants. La littérature indique que le statut nutritionnel des enfants malades se détériore au cours de l'hospitalisation et les pratiques non optimales de l'hôpital, telles que l'absence du dépistage nutritionnel, pourraient en fait aggraver la situation. Ce mémoire s'est essentiellement consacré à mettre en évidence la malnutrition pédiatrique dans les hôpitaux, à discuter de manière critique sa prévalence en fonction des différents protocoles d'investigation, des caractéristiques cliniques rapportées et de la méthodologie utilisée. Un second objectif consistait à identifier les pratiques hospitalières pouvant nuire à l'état nutritionnel des enfants hospitalisés. Finalement, compte tenu des informations obtenues et des conclusions retenues, le troisième but visait à monter le protocole d'une étude multicentrique sur la malnutrition pédiatrique au Canada.

Keyphrases: Malnutrition, Enfants hospitalisés, Prévalence, Définition, Anthropométrie, Pratiques hospitalières
Voir la guerre venir : la Première Guerre mondiale vue par The New York Times (1914-1917)

Lorsque la guerre européenne éclate en août 1914, les États-Unis adoptent officiellement une position de stricte neutralité. Le pays n’en est pas moins tiraillé de l’intérieur pour autant. Au cours des quelque deux années et demi de neutralité, plusieurs moments forts et thématiques ont redéfini le rapport des États-Unis à la guerre européenne, jusqu’à justifier l’entrée en guerre en avril 1917, et propulsant par le fait même le pays à l’avant de la scène internationale. Cependant, les analyses relatives à la couverture de la guerre par la presse américaine pendant cette période sont pratiquement inexistantes. En se penchant sur les articles en une et les éditoriaux du quotidien The New York Times, il est possible de suivre l’évolution des thématiques liées au conflit et de comparer certains évènements que l’historiographie a ciblés comme étant à l’origine de l’entrée en guerre. Le but est de voir comment le NYT présente le conflit européen, de quelles façons le journal cherche à influencer son lectorat et, surtout, comment il « voit » peu à peu le conflit s’immiscer dans la vie des Américains. Certains thèmes comme le mouvement du preparedness et le traitement de la communauté germano-américaine nous renseignent sur les changements de perception qui s’opèrent dans la couverture du NYT.    L’historiographie classique présente le torpillage du paquebot Lusitania le 7 mai 1915 comme le point à l’origine de la rupture officieuse de la neutralité américaine, au profit d’un sentiment proallié. Notre analyse tend à nuancer fortement cette affirmation. D’autres moments-clés et thématiques présentées dans le NYT ont eu plus d’impact sur la neutralité américaine. Nos résultats de recherche questionnent en fait la nature  et la temporalité de la « neutralité » américaine. Est-ce réellement, comme le souhaitait au départ le président américain Wilson une « neutralité bienveillante », ou de la poudre aux yeux?

Keyphrases: Première Guerre mondiale, The New York Times, Neutralité américaine, Éditoriaux, Lusitania, Preparedness, Presse
Photorealistic Surface Rendering with Microfacet Theory

La synthèse d'images dites photoréalistes nécessite d'évaluer numériquement la manière dont la lumière et la matière interagissent physiquement, ce qui, malgré la puissance de calcul impressionnante dont nous bénéficions aujourd'hui et qui ne cesse d'augmenter, est encore bien loin de devenir une tâche triviale pour nos ordinateurs. Ceci est dû en majeure partie à la manière dont nous représentons les objets: afin de reproduire les interactions subtiles qui mènent à la perception du détail, il est nécessaire de modéliser des quantités phénoménales de géométries. Au moment du rendu, cette complexité conduit inexorablement à de lourdes requêtes d'entrées-sorties, qui, couplées à des évaluations d'opérateurs de filtrage complexes, rendent les temps de calcul nécessaires à produire des images sans défaut totalement déraisonnables. Afin de pallier ces limitations sous les contraintes actuelles, il est nécessaire de dériver une représentation multiéchelle de la matière.  Dans cette thèse, nous construisons une telle représentation pour la matière dont l'interface correspond à une surface perturbée, une configuration qui se construit généralement via des cartes d'élévations en infographie. Nous dérivons notre représentation dans le contexte de la théorie des microfacettes (conçue à l'origine pour modéliser la réflectance de surfaces rugueuses), que nous présentons d'abord, puis augmentons en deux temps. Dans un premier temps, nous rendons la théorie applicable à travers plusieurs échelles d'observation en la généralisant aux statistiques de microfacettes décentrées. Dans l'autre, nous dérivons une procédure d'inversion capable de reconstruire les statistiques de microfacettes à partir de réponses de réflexion d'un matériau arbitraire dans les configurations de rétroréflexion. Nous montrons comment cette théorie augmentée peut être exploitée afin de dériver un opérateur général et efficace de rééchantillonnage approximatif de cartes d'élévations qui (a) préserve l'anisotropie du transport de la lumière pour n'importe quelle résolution, (b) peut être appliqué en amont du rendu et stocké dans des MIP maps afin de diminuer drastiquement le nombre de requêtes d'entrées-sorties, et (c) simplifie de manière considérable les opérations de filtrage par pixel, le tout conduisant à des temps de rendu plus courts. Afin de valider et démontrer l'efficacité de notre opérateur, nous synthétisons des images photoréalistes anticrenelées et les comparons à des images de référence. De plus, nous fournissons une implantation C++ complète tout au long de la dissertation afin de faciliter la reproduction des résultats obtenus. Nous concluons avec une discussion portant sur les limitations de notre approche, ainsi que sur les verrous restant à lever afin de dériver une représentation multiéchelle de la matière encore plus générale.

Keyphrases: Microfacettes, Rendu, Photoréalisme, Anticrénelage, Filtrage, MIP map, MIP map
Advances in scaling deep learning algorithms

Les algorithmes d'apprentissage profond forment un nouvel ensemble de méthodes puissantes pour l'apprentissage automatique. L'idée est de combiner des couches de facteurs latents en hierarchies. Cela requiert souvent un coût computationel plus elevé et augmente aussi le nombre de paramètres du modèle. Ainsi, l'utilisation de ces méthodes sur des problèmes à plus grande échelle demande de réduire leur coût et aussi d'améliorer leur régularisation et leur optimization. Cette thèse adresse cette question sur ces trois perspectives.  Nous étudions tout d'abord le problème de réduire le coût de certains algorithmes profonds. Nous proposons deux méthodes pour entrainer des machines de Boltzmann restreintes et des auto-encodeurs débruitants sur des distributions sparses à haute dimension. Ceci est important pour l'application de ces algorithmes pour le traitement de langues naturelles. Ces deux méthodes (Dauphin et al., 2011; Dauphin and Bengio, 2013) utilisent l'échantillonage par importance pour échantilloner l'objectif de ces modèles. Nous observons que cela réduit significativement le temps d'entrainement. L'accéleration atteint 2 ordres de magnitude sur plusieurs bancs d'essai.  Deuxièmement, nous introduisont un puissant régularisateur pour les méthodes profondes. Les résultats expérimentaux démontrent qu'un bon régularisateur est crucial pour obtenir de bonnes performances avec des gros réseaux (Hinton et al., 2012). Dans Rifai et al. (2011), nous proposons un nouveau régularisateur qui combine l'apprentissage non-supervisé et la propagation de tangente (Simard et al., 1992). Cette méthode exploite des principes géometriques et permit au moment de la publication d'atteindre des résultats à l'état de l'art.  Finalement, nous considérons le problème d'optimiser des surfaces non-convexes à haute dimensionalité comme celle des réseaux de neurones. Tradionellement, l'abondance de minimum locaux était considéré comme la principale difficulté dans ces problèmes. Dans Dauphin et al. (2014a) nous argumentons à partir de résultats en statistique physique, de la théorie des matrices aléatoires, de la théorie des réseaux de neurones et à partir de résultats expérimentaux qu'une difficulté plus profonde provient de la prolifération de points-selle. Dans ce papier nous proposons aussi une nouvelle méthode pour l'optimisation non-convexe.

Keyphrases: Apprentissage profond, Réseaux de neurones, Optimisation à haute dimensoin, Machine de Boltzmann, Auto-encodeurs
Effets des recuits ultra-rapides (10^5 K/s) sur la formation des siliciures métalliques en phase solide

La synthèse de siliciures métalliques sous la forme de films ultra-minces demeure un enjeu majeur en technologie CMOS. Le contrôle du budget thermique, afin de limiter la diffusion des dopants, est essentiel. Des techniques de recuit ultra-rapide sont alors couramment utilisées. Dans ce contexte, la technique de nanocalorimétrie est employée afin d'étudier, in situ, la formation en phase solide des siliciures de Ni à des taux de chauffage aussi élevés que 10^5 K/s. Des films de Ni, compris entre 9.3 et 0.3 nm sont déposés sur des calorimètres avec un substrat de a-Si ou de Si(100). Des mesures de diffraction de rayons X, balayées en température à 3 K/s, permettent de comparer les séquences de phase obtenues à bas taux de chauffage sur des échantillons de contrôle et à ultra-haut taux de chauffage sur les calorimètres. En premier lieu, il est apparu que l'emploi de calorimètres de type c-NC, munis d'une couche de 340 nm de Si(100), présente un défi majeur : un signal endothermique anormal vient fausser la mesure à haute température. Des micro-défauts au sein de la membrane de SiNx créent des courts-circuits entre la bande chauffante de Pt du calorimètre et l'échantillon métallique. Ce phénomène diminue avec l'épaisseur de l'échantillon et n'a pas d'effet en dessous de 400 °C tant que les porteurs de charge intrinsèques au Si ne sont pas activés. Il est possible de corriger la mesure de taux de chaleur en fonction de la température avec une incertitude de 12 °C. En ce qui a trait à la formation des siliciures de Ni à ultra-haut taux de chauffage, l'étude montre que la séquence de phase est modifiée. Les phases riches en m étal, Ni2Si et théta, ne sont pas détectées sur Si(100) et la cinétique de formation favorise une amorphisation en phase solide en début de réaction. Les enthalpies de formation pour les couches de Ni inférieures à 10 nm sont globalement plus élevées que dans le cas volumique, jusqu' à 66 %. De plus, les mesures calorimétriques montrent clairement un signal endothermique à haute température, témoignant de la compétition que se livrent la réaction de phase et l'agglomération de la couche. Pour les échantillons recuits a 3 K/s sur Si(100), une épaisseur critique telle que décrite par Zhang et Luo, et proche de 4 nm de Ni, est supposée. Un modèle est proposé, basé sur la difficulté de diffusion des composants entre des grains de plus en plus petits, afin d'expliquer la stabilité accrue des couches de plus en plus fines. Cette stabilité est également observée par nanocalorimétrie à travers le signal endothermique. Ce dernier se décale vers les hautes températures quand l'épaisseur du film diminue. En outre, une 2e épaisseur critique, d'environ 1 nm de Ni, est remarquée. En dessous, une seule phase semble se former au-dessus de 400 °C, supposément du NiSi2.

Keyphrases: Siliciures métalliques, Nanocalorimétrie, Recuit ultra-rapide
Association entre les affections buccodentaires et le cancer colorectal : une revue et synthèse de la littérature

Position du problème: La parodontite chronique et l’édentement sont des affections buccodentaires chroniques qui, depuis quelques décennies, sont incriminées dans la survenue de différents types de cancers. Cette revue de littérature avait pour but d’examiner l’association entre le cancer colorectal et ces affections buccodentaires. Résultats: Les études épidémiologiques évaluant une association potentielle entre la parodontite, l’édentement et le cancer colorectal sont peu nombreuses. Cependant, plusieurs mécanismes plaident en faveur de cette association, notamment l’inflammation, la nutrition et possiblement l’infection par certains pathogènes, comme le suggère cette revue de la littérature.

Keyphrases: Parodontite chronique, Maladie parodontale, Édentement, Cancer colorectal, Épidémiologie, Étiologie
Utilisation d’agrafes chirurgicales dans le suivi de tumeurs hépatiques appliquée à des
traitements de radiochirurgie stéréotaxique par CyberKnife

Des avancements récents dans le domaine de la radiothérapie stéréotaxique permettent à un nombre grandissant de patients de recevoir un traitement non-invasif pour le cancer du foie. L’une des méthodes utilisées consiste à suivre le mouvement de la tumeur à l’aide de marqueurs radio-opaques insérés dans le foie grâce au système de suivi de l’appareil de traitement CyberKnife. Or, l’insertion de ces marqueurs est parfois trop invasive pour certains patients souffrant de maladie du foie avancée. Ces patients ont souvent un historique de chirurgie qui permet d’utiliser les agrafes chirurgicales déjà présentes dans leur foie dans le but de suivre leur tumeur. Cette nouvelle approche au traitement des tumeurs du foie est investiguée dans cette étude afin d’en déterminer les paramètres optimaux pour une meilleure pratique thérapeutique. L’expérimentation sur fantôme anthropomorpique a permis de conclure que le contraste des agrafes dans leur milieu augmente lors de l’augmentation des paramètres d’imagerie (kilovoltage et milliampérage de l’appareil de radiographie). D’autre part, l’erreur commise par le système CyberKnife dans l’identification des agrafes pour le suivi a été mesurée comme étant supérieure à celle sur l’emplacement des marqueurs radiologiques de platine (environ 1 mm contre moins de 1 mm). Cette erreur est considérée comme acceptable dans le contexte de ce type de traitement particulier. Enfin, une analyse gamma de l’impact dosimétrique du suivi par agrafes a montré qu’il était approximativement équivalent à celui par marqueurs de platine. De ces observations on conclue que le traitement des tumeurs du foie avec suivi des agrafes chirurgicales est valide et peut être amélioré suivant certaines recommandations cliniques.

Keyphrases: Cancer, foie, CyberKnife, agrafes chirurgicales
Cohabitation entre les activités résidentielles et prostitutionnelles du quartier Hochelaga-Maisonneuve

La présente étude vise à explorer l’univers de la cohabitation entre les activités prostitutionnelles de rue et résidentielles du quartier Hochelaga-Maisonneuve. Précisément, elle s’attarde aux effets d’une telle pratique sur l’environnement du secteur résidentiel.    Ancrée dans une perspective constructiviste, l’étude s’attarde aux discours de 35 acteurs-clés qui relatent leurs expériences de cohabitation. Ces acteurs sont des commerçants, des résidents du secteur, des intervenants de proximité ainsi que des travailleuses du sexe. À travers l’analyse d’entretiens et d’une centaine d’heures d’observations sur le terrain avec des agents du service de police de Montréal, l’étude expose les enjeux en matière de cohabitation, introduit l’idée d’une tolérance négociée et dresse un portrait de la narcoprostitution de rue, spécifique au quartier Hochelaga-Maisonneuve.   À la lumière des résultats, on constate qu’il est difficile de dissocier les activités prostitutionnelles, des habitudes de toxicomanie. Précisément, la prostitution de rue, la présence de cracks house dans le secteur, la consommation et l’intoxication d’individus sur les voies publiques ainsi que l’attroupement de personnes au mode de vie underground  sont tous des éléments, bien souvent inter-reliés, présentés par les acteurs interrogés.  L’étude met en lumière les effets qu’ont ces éléments sur l’environnement résidentiel du quartier.

Keyphrases: prostitution de rue, narcoprostitution, cohabitation, Hochelaga-Maisonneuve, toxicomanie, prostitution, théorisation ancrée, méthodologie qualitative
Lectura feminista de las Comedias bárbaras de Ramón del Valle-Inclán : Lilith y las mujeres en la decadencia del patriarcado

Ce mémoire traite des Comedias bárbaras  (« Águila de blasón », « Romance de lobos » et « Cara de plata », 1907-1908-1922) de Ramón María del Valle-Inclán (Espagne, 1866-1936), et en fait une interprétation novatrice, différente de la réception dominante. Inspiré par les études sur le genre, ce travail revisite la trilogie  en mettant l’emphase sur la perspective des personnages féminins qui contraste avec la figure prépondérante du mythe de Lilith (ou l’idée de la responsabilité légendaire du péché qui repose sur la femme, démoniaque). L’analyse des relations de genre présentes dans l’œuvre apparaît primordiale étant donné que le personnage de Don Juan Manuel Montenegro est aussi une version de la légende de don Juan. De plus, en recensant les différents discours sur celui-ci ainsi que les éléments grotesques des récits, on perçoit dans le traitement du personnage principal une critique qui va au-delà de la société de l’époque, et qui révèle une critique universelle des logiques mêmes qui régissent le système patriarcal, en passant par une réflexion sur la légitimité du pouvoir. Toutes ces considérations permettent d’apprécier l’ensemble de la trilogie dans les aspects qui la rapproche de l’esthétique postérieure de l’esperpento. Cette interprétation contemporaine entre en dialogue avec les aspects centraux des différents débats qu’auront suscités ces œuvres depuis leur parution (représentabilité, genre littéraire, unité ou non de la trilogie, classification) et revitalise sa réception dans le XXIe siècle, révélant la fascinante actualité du théâtre de l’auteur.

Keyphrases: Comedias bárbaras, Lilith, féminisme, esperpento, Don Juan, personnage dramatique
La modulation du métabolisme cellulaire par l'E3 Ubiquitine Ligase MARCH-1

La relocalisation et la dégradation médiée par ubiquitination sont utilisées par la cellule pour contrôler la localisation et l’expression de ses protéines. L’E3 ubiquitine ligase MARCH1 est impliqué dans la régulation post-traductionnelle de CMH-II et de CD86. Dans ce mémoire, on propose un rôle additionnel à MARCH1. Nos résultats expérimentaux nous portent à croire que MARCH1 pourrait moduler le métabolisme cellulaire en favorisant la relocalisation et la dégradation d’enzymes impliquées dans la glycolyse. La grande majorité des cellules utilise la phosphorylation oxydative pour générer de l’ATP en présence d’oxygène. Dans un environnement hypoxique, cette dernière est non fonctionnelle et la cellule doit utiliser la glycolyse anaérobique pour produire son ATP. Une cellule cancéreuse à des besoins énergétiques supérieurs en raison de l’augmentation de sa biomasse et de sa prolifération incontrôlée. Pour subvenir à ces besoins, elle maximise sa production d’énergie en modifiant son métabolisme; c’est l’effet Warburg. On retrouve dans les cellules immunitaires des modifications similaires au métabolisme cellulaire suite à un signal d’activation. Ici, nous montrons que la respiration mitochondriale maximale, la réserve respiratoire et la glycolyse maximale sont diminuées dans les cellules présentatrice d’antigènes qui expriment MARCH1. Nous avons montré que MARCH1 était localisable au niveau de la mitochondrie, ce qui lui permet d’interagir avec les enzymes de la glycolyse. Finalement, nous avons quantifié l’expression de Eno1 et de LDHB par Western Blot, pour montrer une augmentation de l’expression de ces enzymes en absence de MARCH1. À la lumière de ces résultats, nous discutons des avantages que procure la diminution de l’expression de MARCH1 dans un contexte inflammatoire, suite à l’activation des cellules présentatrices d’antigènes. Ce phénomène permettrait une présentation antigénique plus efficace, une augmentation de la production d’énergie et une meilleure résistance aux ROS produits lors de la réponse inflammatoire.

Keyphrases: Métabolisme, MARCH1, Ubiquitine ligase, Présentation antigénique, Glycolyse, Phosphorylation oxydative, Effet Warburg