NCube/papyrus huggingface dataset:
Phénotypage de l’interaction sociale au cours du développement, en lien avec les symptômes autistiques, anxieux et TDAH

Le trouble du spectre de l’autisme (TSA) est défini par l’atteinte de deux domaines: une diminution de la réciprocité sociale et une inflexibilité comportementale. Il n'existe pas de test diagnostique ni de mesure des mécanismes impliqués. En population adulte TSA, l’utilisation d’un jeu d’interaction dynamique, dyadique et intégratif présentant alternativement un contexte social ou non social, a permis d’obtenir un phénotype computationnel de la réciprocité sociale révélant une insensibilité au type de contexte, une utilisation de stratégie spécifique à ce groupe et une variation de performance dépendante de la sophistication de l’adversaire. Cette étude vise à étendre cette compréhension de la réciprocité sociale en population TSA pédiatrique et de la distinguer d'éléments psychopathologiques comme l'anxiété ou les symptômes de TDAH, parfois associés ou confondus avec des symptômes autistiques. L’analyse des données de performance des participants au jeu a permis de valider son utilisation en population pédiatrique, en répliquant l’impact du type d’algorithme sur la performance des participants. Une approche dimensionnelle utilisant des outils standardisés et permettant la quantification de la sévérité des symptômes autistiques, TDAH et troubles anxieux, a permis de spécifier l’impact des symptômes autistiques et anxieux sur la performance des participants contre un algorithme de type ToM d’ordre 0. Cette étude est une étape dans la compréhension des mécanismes impliqués dans l'interaction sociale au cours du développement, et dans la capacité à les mesurer. Des analyses computationnelles complémentaires permettront d’affiner ce phénotype computationnel en apportant des précisions quant aux stratégies utilisées pendant le jeu et à la flexibilité des participants à varier dans leur utilisation.

Keyphrases: TSA, neurodéveloppement, interaction sociale, pédopsychiatrie, psychiatrie computationnelle, TDAH, Troubles anxieux
Évaluation tridimensionnelle de la reconstruction du ligament croisé antérieur

Le ligament croisé antérieur (LCA) demeure un des ligaments du genou le plus souvent blessé. Un mauvais positionnement des tunnels osseux est souvent mis en cause dans les échecs de reconstructions du LCA. Une meilleure compréhension biomécanique du phénomène devient essentielle. Par l’utilisation de l’imagerie biplanaire stéréoradiographique à faible irradiation EOS , notre groupe a développé une méthode de reconstruction 3D permettant une description morphologique osseuse remarquable. Par l’entremise de ce système, un référentiel permet d’évaluer, de manière automatisée, précise et reproductible, le positionnement tridimensionnel des tunnels osseux. Notre groupe souhaite partager ce référentiel afin d’assister les chirurgiens orthopédistes à restaurer une biomécanique optimale dans les reconstructions du LCA.

Keyphrases: Genou, Ligament croisé antérieur, Imagerie tridimensionnelle, Imagerie biplanaire stéréoradiographique
Étude du microbiote intratumoral et son effet sur la survie à long terme des individus atteints du cancer du sein

Le microbiote humain est défini par l’ensemble des microbes habitant un site corporel en particulier. Les différents microbiotes de l’Homme, notamment le microbiote intestinal qui est le plus étudié, peuvent moduler de nombreux mécanismes biologiques dont le métabolisme et la réponse immunitaire. Un débalancement du microbiote au niveau des espèces qui le composent, ou dysbiose, a été associé à plusieurs maladies inflammatoires comme le diabète, l’obésité, mais aussi divers types de cancer. De plus, il a été démontré que les bactéries pouvaient avoir un impact sur la réponse des patients aux thérapies contre le cancer. Le cancer du sein est le cancer le plus mortel chez la femme. Or, l’étiologie de la maladie reste incertaine. Récemment, il a été montré que des bactéries pouvaient infiltrer les tissus plus profonds comme le tissu mammaire, formant un microbiote local.   Considérant l’impact que la dysbiose peut avoir sur la réponse immunitaire antitumorale et la réponse aux traitements, nous avons émis comme hypothèse qu’une présence bactérienne intratumorale similaire, en composition et en quantité, à celle du tissu normal non-cancéreux affecte la progression du cancer du sein ainsi que le devenir clinique des patientes. La présence du microbiote intratumoral du sein a donc été validée par la détection de plusieurs composants bactériens sur des coupes tumorales à l’aide de marquages moléculaires. Puis, nous avons évalué le rôle potentiel de ce microbiote en quantifiant et identifiant les espèces bactériennes présentes dans les tumeurs et les tissus normaux adjacents des patientes de notre cohorte du cancer du sein.    Nos résultats montrent une abondance moins élevée de l’ADN bactérien dans les tumeurs du sein comparativement aux tissus normaux adjacents appariés, suggérant qu’une altération du microbiote mammaire est associée au cancer. De plus, les patientes ayant un signal bactérien très faible dans leur tumeur avaient un nombre de récidives plus élevé. Cette influence de la quantité apparente de bactéries sur le devenir clinique a été observée principalement chez les patientes ayant une tumeur avancée, soit un grade ou un stade élevé, et de sous-types moléculaires Luminal HER2+, HER2+ (non-luminal) et Luminal B. Aucune relation n’a été observée entre la composition bactérienne du microbiote intratumoral mammaire et la récidive. Nos travaux suggèrent une implication pronostique et thérapeutique de la charge bactérienne du microbiote associé aux tumeurs mammaires.

Keyphrases: Cancer du sein, Microbiote intratumoral, Infiltration bactérienne, Quantification bactérienne, Gène de l’arnr 16s, Infiltration immunitaire, Activation immunitaire
Une nouvelle génération de substituts cornéens biosynthétiques : modèle d’évaluation de la fonctionnalité ex vivo humaine et in vivo animale

Introduction : La cécité cornéenne est la 4e cause de cécité dans le monde et la greffe de cornée demeure le seul traitement accepté. Toutefois, dans bien des pays, les banques d'yeux n'arrivent pas à répondre à la demande et il existe un besoin croissant pour des alternatives aux cornées humaines. De plus, chez les patients souffrant de pathologies cornéennes avec inflammation sévère, le pronostic d’une greffe est à haut risque de complications, d’échec et de perte de vision complète. Il est donc nécessaire de développer des implants capables de dépasser les importantes limites des greffons natifs humains pour ces patients à haut risque. Objectif : Développer et évaluer diverses techniques d’examens cliniques permettant de mesurer la biocompatibilité et la performance de substituts cornéens biosynthétiques implantées dans des cornées humaines ex vivo et in vivo, en vue de leur implantation ultérieure chez l’humain. Méthodes : Des protocoles chirurgicaux ont été développés et testés avec des substituts cornéens solides et liquides. La lampe à fente, la tomographie par cohérence optique, la tonométrie, l’esthésiométrie, la pachymétrie par ultrasons, la microscopie spéculaire et confocale, la topographie de la surface cornéenne, ainsi que l’angiographie ont été optimisées pour les modèles ex vivo humain et in vivo animal. Enfin, le prélèvement, l’entretien et la préparation des tissus cornéens frais ont été adaptés pour des études futures de l’histopathologie, de la microscopie électronique par transmission et de l’immunohistopathologie. Résultats et analyses : Les procédures développées ont généré des données permettant de comprendre l’impact des implants dans le tissu cornéen dans le but de perfectionner les implants injectables et de mettre en évidence la régénération cornéenne des implants in vivo. Les défis rencontrés lors du développement des techniques d’examen et leur solution ont également été recueillis. Conclusion : Ces techniques utilisées à travers les deux modèles étudiés ont permis de recueillir des données préliminaires qui serviront à l’élaboration et l’optimisation d’un implant injectable qui sera testé chez les patients à haut risque de rejet dans le cadre d’un essai clinique.

Keyphrases: cécité cornéenne, substitut cornéen biosynthétique, Kératoplastie intrastromale
Spatially guided angiogenesis by laser-bioprinting

L'ingénierie tissulaire est reconnue comme une méthode potentielle pour réparer ou régénérer les tissus endommagés. Malgré de grandes avancées dans l'ingénierie tissulaire, la réussite de la construction de tissus complexes avec des réseaux vascularisés reste un défi. Dans les modèles d'angiogenèse actuels, les cellules endothéliales sont ensemencées au hasard, n'offrant pas de structure organisée. La technologie de bioimpression par laser offre une résolution d'impression précise. Par cette technique, les structures microvasculaires peuvent être construites pour la fabrication d'organes complexes, ou pour modéliser la progression de la maladie ou les modèles de réponse aux médicaments. Dans cette étude, des techniques de bio-impression au laser ont été utilisées pour étudier le guidage de l'angiogenèse in vitro. Deux techniques basées sur le laser, le transfert direct induit par laser (LIFT) et le transfert latéral induit par laser (LIST) sont utilisées. Comparée à LIFT, la technologie LIST offrait des conditions idéales pour l'impression cellulaire telles que la concentration cellulaire requise pour la formation du tubes endothéliaux et l'uniformité du motif désiré. Nous avons réalisé le modelage de la formation de structures de type capillaire dans des motifs organisés via l'impression LIST. Les constructions de type capillaire formées présentent des motifs uniformes. Les structures formées ont été analysées par microscopie confocale et reconstruction d'images 3D. Bien que le développement de la lumière endothéliale soit incomplet, la technique développée possède le potentiel d'atteindre une stabilisation et un développement de la lumière si l'on recrute un deuxième type de cellule tel que les fibroblastes ou les péricytes.

Keyphrases: Bio-impression au laser, Transfert direct induit par laser (LIFT), Transfert latéral induit par laser (LIST), Impression cellulaire, Cellule endothéliale (EC), Cellule endothéliale veine ombilicale humaine (HUVEC), Microvaisseaux, Structures capillaires
Impacts de divers régimes d’élevage sur l’abondance des gènes de résistance et sur le microbiote cæcal de poulets de chair au Québec

Le problème croissant de l’antibiorésistance fait en sorte que l'utilisation systématique des antibiotiques en production animale n'est plus considérée comme une pratique raisonnable et viable. De plus, la préservation de l'efficacité des antibiotiques représente un enjeu majeur pour la santé publique et la santé animale. Les Producteurs de poulet du Canada ont élaboré et mis en place une stratégie de réduction de l'utilisation des antibiotiques ayant comme objectif ultime d'éliminer l'utilisation préventive des antibiotiques d’importance en médecine humaine dans les productions de poulets à griller et de dindons. Alors que l’on sait que la réduction des antibiotiques en élevage de poulets de chair est associée à une augmentation de l’incidence d’entérite nécrotique causée par Clostridium perfringens, dont une proportion de cette population bactérienne produit l’entérotoxine qui peut engendrer des conséquences sur la santé humaine, il est difficile de prédire les impacts réels d’une telle stratégie sur les écosystèmes complexes que sont l’intestin des oiseaux et les élevages commerciaux de poulets de chair. Les principaux objectifs de la présente étude étaient donc de quantifier l'abondance des gènes de résistance aux antibiotiques, d'évaluer la présence de C. perfringens et de son entérotoxine et de caractériser la composition du microbiote cæcal dans les bâtiments de six fermes commerciales de poulets de chair, au Québec. À court terme (15 mois), les bâtiments de ces fermes ont été soumis à un régime conventionnel ou à un régime sans antibiotiques. Puis, à long terme (6 ans), les bâtiments ont utilisé un régime promouvant une utilisation judicieuse des antibiotiques ou un régime conventionnel. La mise en place d'un régime sans antibiotiques pendant une période de 15 mois n'a pas permis d’observer une réduction de l'abondance de plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques, contrairement à l'utilisation judicieuse des antibiotiques pendant 6 ans. Le retrait des antibiotiques à court terme et l’utilisation judicieuse à long terme ont modifié la composition du microbiote cæcal, les familles de Ruminococcaceae et de Lachnospiraceae étant influencées négativement, en plus de diminuer les performances zootechniques et d’augmenter les populations de C. perfringens à court terme. Le régime conventionnel à long terme dans les élevages commerciaux de poulets de chair a été associé à une augmentation de plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques dans de nombreuses fermes. Cette étude met en évidence les impacts potentiels des différents régimes d'élevage en production avicole et aidera à orienter les futures politiques afin de réduire l'utilisation des antibiotiques et ultimement contrer le phénomène de la résistance aux antibiotiques.

Keyphrases: Poulets de chair, Retrait des antibiotiques, Gène de résistance, Résistance aux antibiotiques, Microbiote, Régime conventionnel, Régime sans antibiotiques, Utilisation judicieuse des antibiotiques, Santé, Clostridium perfringens, Clostridium perfringens
Symphonie no 3 en mi bémol majeur, op. 55, dite « Eroica », de Ludwig van Beethoven : a
nalyse musicale de l’Allegro con brio et exégèse maçonnique

Au début du XIXe siècle, le paysage socio-politique européen est dominé par les bouleversements en provenance de France. Réagissant à ceux-ci, l’empereur Franz I restreint les libertés individuelles des sujets du Saint Empire Romain, tandis qu’au sein de l’aristocratie se trouvent au contraire des adeptes de l’Aufklärung, défenseurs de liberté et de tolérance.  C’est dans ce contexte que Beethoven compose sa troisième symphonie en 1803-1804. Solomon (2004) a démontré que le compositeur a fréquenté sa vie durant des adhérents aux principes de l’Aufklärung, dont plusieurs francs-maçons. Des symboles maçonniques de sa main ornent d’ailleurs une page d’esquisses pour l’Eroica (Lockwood, 2013). Il semble donc naturel d’explorer cette œuvre sous cet angle. Une analyse formelle de l’Allegro con brio, la première selon la méthode de Caplin (1998), permet de faire ressortir une récurrence marquée du chiffre 3 à travers plusieurs paramètres (tonalité, métrique, rythme, forme, instrumentation). De plus, les trois étapes du rite initiatique (mort, enterrement et résurrection) sont représentées dans les trois premiers mouvements, tandis qu’on retrouve dans les trois derniers mouvements des évocations de la devise française Liberté, Égalité, Fraternité Cette relecture sous l’angle d’une interprétation maçonnique d’une œuvre fondamentale du canon symphonique apporte une contribution inédite à l’historiographie sur Beethoven ainsi qu’à l’histoire de la pensée et des sociétés.

Keyphrases: Beethoven, Eroica, franc-maçonnerie, Aufklärung, Lumières, Liberté, Égalité, Fraternité, rite initiatique
La glycoprotéine GLG1 régule le métabolisme des lipides et le développement de l’athérosclérose chez les souris déficientes en apolipoprotéine E

Les maladies cardiovasculaires (MCV) constituent la première cause de mortalité dans le monde. Des efforts significatifs ont été menés pour améliorer la prévention des MCV et ont abouti à une réduction du taux de mortalité. Cependant, un ralentissement considérable du taux de réduction des MCV a été observé à partir de 2011 malgré les nouvelles avancées thérapeutiques. Ces taux alarmants justifient le besoin de découvrir de nouvelles thérapies afin d’améliorer la prévention des MCV dans la population générale. Des taux élevés de cholestérol total et transporté par les lipoprotéines de basse densité (LDL) sont fortement liés aux MCV athérosclérotiques. Ainsi, les thérapies hypolipémiantes sont les thérapies les plus utilisées pour prévenir les MCV. Nos résultats antérieurs ont identifié Golgi glycoprotein 1 (GLG1) comme étant une nouvelle protéine impliquée dans le métabolisme lipidique. Par conséquent, notre étude actuelle vise à démontrer l'effet de GLG1 sur le développement de l'athérosclérose. Pour étudier cet effet, nous avons réduit l'expression de GLG1 (silençage génique ou knockdown) dans le foie de souris hypercholestérolémiques Apoe-/- en utilisant un virus adéno-associé de type 8 (AAV8) véhiculant un petit ARN en épingle à cheveux (shRNA) ciblant GLG1. Deux semaines post-injection, les souris ont été nourries par un régime occidental pendant 12 semaines. L'étude a révélé que le knockdown de GLG1 réduit significativement les taux plasmatiques de cholestérol total, de lipoprotéines de très basse densité (VLDL), de LDL et diminue les lésions athérosclérotiques au niveau du sinus aortique. Cependant, nos résultats ont démontré que le knockdown de GLG1 à l’aide du système AAV8 n'était pas stable pendant toute l'étude, le rendant inefficace au-delà de 2 mois. En résumé, nos résultats montrent que le knockdown de GLG1 réduit les taux de cholestérol plasmatique ainsi que la progression de l'athérosclérose chez les souris Apoe-/-. Cette réduction s'est produite en dépit de la perte progressive du knockdown de GLG1 et est probablement liée à la réduction de la sécrétion d'apolipoprotéines B100. Ces résultats montrent que GLG1 est une cible thérapeutique prometteuse pour abaisser les taux de cholestérol plasmatique, en particulier les VLDL et LDL, et prévenir le développement de l'athérosclérose.

Keyphrases: Virus adéno-associé, Apolipoprotéine B100, Souris Apoe déficientes, Athérosclérose, Cholestérol, GLG1, LDL, AAV, Apoe-deficient mice
Caractérisation des isoformes du brain-derived neurotrophic factor et de ses récepteurs dans les plaquettes humaines

Le brain-derived neurotrophic factor (BDNF) est une protéine de la famille des neurotrophines ayant été initialement découverte au système nerveux central, où elle est impliquée dans la mémoire et l‘apprentissage par la régulation de la croissance et de la survie neuronale. Les effets du BDNF sont médiés par le tropomyosin receptor kinase B (TrkB) et le récepteur pan-neurotrophique de 75 kDa (p75NTR). Le BDNF est le résultat du clivage d’une protéine précurseur, le proBDNF, laquelle a plutôt des effets pro-apoptotiques sur les neurones. Malgré sa découverte au cerveau, le BDNF est retrouvé en concentrations beaucoup plus importantes dans la circulation sanguine, où il est majoritairement contenu dans les plaquettes. Il est rapporté que ces cellules peuvent contenir des concentrations de BDNF allant de 100 à 1000 fois celles retrouvées au cerveau et que celles-ci peuvent être altérées par certaines maladies neurologiques. Malgré les importantes concentrations de BDNF qu’elles contiennent, très peu d’études ont investigué la présence du proBDNF ainsi que des récepteurs TrkB et p75NTR dans les plaquettes. Dans ces études, l’identification de ces protéines au niveau plaquettaire ne représentait pas un objectif primaire et les résultats obtenus ne sont souvent pas présentés. Jusqu’à présent, le proBDNF et les récepteurs TrkB et p75NTR n’ont pas été répertoriés dans les plaquettes. L’objectif principal de ce mémoire était d’investiguer la présence du proBDNF ainsi que des récepteurs TrkB et p75NTR dans les plaquettes de volontaires sains humains et de caractériser ces protéines dans le cas où elles seraient présentes. Les résultats obtenus suggèrent que les plaquettes expriment chacune de ces trois protéines, mais que les isoformes retrouvées au niveau plaquettaire diffèrent de celles retrouvées au cerveau. Les résultats proposent également que ces différences ne résident pas dans le profil de N-glycosylation des protéines. L’identité exacte des protéines étudiées n’a pas pu être confirmée par séquençage et leur nature demeure donc à confirmer. La présence plaquettaire du proBDNF et des récepteurs TrkB et p75NTR pourrait s’avérer intéressante au niveau des biomarqueurs périphériques de certaines maladies neuronales et psychiatriques. Leur présence pourrait aussi permettre la progression des connaissances dans le domaine de la biologie plaquettaire.

Keyphrases: Plaquettes, TrkB, p75NTR, BDNF, Neurotrophines
Trajectoires de soins chez les patients souffrants d’une maladie pulmonaire obstructive chronique

Pour les patients souffrants d’une maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), il existe de nombreuses façons de cheminer dans le système de santé québécois. Toutefois, ces trajectoires de soins (TS) ne sont pas bien décrites dans la littérature et leur impact sur la mortalité demeure inconnu. Les objectifs du projet sont d’identifier et de caractériser les TS des patients MPOC, puis d’en évaluer l’association avec la mortalité. Pour ce faire, nous avons créé une cohorte rétrospective de 3352 Québécois, atteints d’une MPOC, ayant répondu à l’Enquête sur la santé des collectivités canadiennes (ESCC) entre 2007 et 2013. Trois banques de données administratives du Québec (RAMQ, MED-ÉCHO et RED/D) ont été jumelées aux données de l’ESCC pour mesurer les TS sur 2 ans, et ce, à l’aide de l’analyse de séquences. Les caractéristiques des patients ont été comparées entre les TS grâce au test du khi-2 et au V-test. Nous avons réalisé des modèles de Cox, bruts et ajustés pour les facteurs confondants, dans le but d’évaluer l’association entre les TS et la mortalité sur un maximum de 5 ans. Suite à l’analyse de séquences, 6 TS ont été identifiées : 1) faible utilisation des services de santé: toutes causes (44,7%); 2) utilisation moyenne des services de santé: toutes causes (27,7%); 3) grande utilisation des services de santé surtout chez l’omnipraticien: causes respiratoires (4,4%); 4) grande utilisation des services de santé surtout chez l’omnipraticien: autres causes que respiratoires (6,5%); 5) grande utilisation des services de santé surtout chez le spécialiste: autres causes que respiratoires (6,3%); 6) grande utilisation des services de santé surtout en soins aigus: toutes causes (10,4%). Les caractéristiques qui ont permis de distinguer l’appartenance des patients à une TS sont l’âge, le statut tabagique et matrimonial, le niveau d’éducation, l’indice de comorbidité et la santé perçue. Les patients des TS 2, 4 et 6 étaient significativement plus à risque de décès que les patients de la TS 1. Ainsi, une meilleure compréhension des TS et de leur association avec la mortalité pourrait aider les décideurs et les cliniciens à mieux identifier les patients à risque et allouer judicieusement les services et les ressources afin d’optimiser la gestion de la MPOC.

Keyphrases: MPOC, trajectoires de soins, analyse de séquences, banques de données administratives, Enquête sur la santé des collectivités canadiennes, services de santé, mortalité