NCube/papyrus huggingface dataset:
Marqueurs discursifs de neurodégénérescence liée à la pathologie Alzheimer

La maladie d’Alzheimer (MA) et les aphasies progressives primaires (APP) s’accompagnent de perturbations du langage expressif parfois subtiles, mais précoces dans l’évolution de ces maladies neurodégénératives. Considérés dans une approche automatisée, ces changements pourraient constituer des marqueurs de dégénérescence identifiés de façon non invasive et peu onéreuse. À ce titre, ils font l’objet d’études visant à automatiser leur utilisation clinique. Cependant, l’intégration des marqueurs langagiers à une approche diagnostique centrée sur les biomarqueurs reste à faire. À cette fin, la présente thèse a deux objectifs. D’abord, recenser systématiquement les marqueurs du discours qui distinguent le mieux les personnes avec une MA de témoins en santé. Ensuite, appliquer une approche automatisée et à un large éventail de marqueurs de discours pour identifier, dans un groupe hétérogène de patients avec une APP, lesquels ont une pathologie Alzheimer sous-jacente. Afin de mettre en contexte ces deux objectifs, nous proposons une introduction générale comprenant les éléments suivants : la pathophysiologie de la MA et des APP, le rôle croissant des biomarqueurs dans la prise de décision clinique dans les maladies neurodégénératives, les études pionnières du discours en neurodégénérescence, ainsi que de récentes études computationnelles sur les marqueurs de discours dans la MA et les APP. Nos résultats font émerger un patron multidimensionnel (acoustique, lexical, syntaxique, sémantique et pragmatique) de changements langagiers qui distinguent les personnes avec une MA de témoins en santé, avec une prépondérance des marqueurs lexicosémantiques. Dans le groupe de patients avec une APP avec une imagerie amyloïde positive ou négative, nous mesurons ensuite le pouvoir de classification d’un court échantillon de discours et montrons qu’il peut être avantageusement comparé à d’autres biomarqueurs. Nous discutons du patron spécifique de marqueurs discriminants pour ce sous-groupe de patients, notamment l’importance des marqueurs psycholinguistiques pour prédire le résultat de l’imagerie amyloïde à partir du discours.

Keyphrases: psycholinguistique, apprentissage automatique, traitement automatique du langage naturel, amyloïde, aphasie progressive primaire, discours, maladie d’Alzheimer
Liens longitudinaux entre le tempérament, la qualité de la relation mère-enfant et le fonctionnement socio-émotionnel chez les enfants.

Différents éléments peuvent influencer le fonctionnement socio-émotionnel des enfants et agir comme facteurs de protection ou facteurs de risque. Il est maintenant bien reconnu que ces facteurs proviennent d’éléments propres à l’enfant ainsi que d’aspects provenant de l’environnement dans lequel il grandit. Cette thèse se centre sur les facteurs intrinsèques et environnementaux les plus étudiés concernant le développement socio-émotionnel des enfants durant la petite enfance: le tempérament de l’enfant et la qualité des relations mère-enfant. Peu d’études se sont intéressées à l’interface entre le tempérament et la qualité des relations mère-enfant mesurés dans la petite enfance pour prédire le fonctionnement socio-émotionnel à l’âge scolaire. Pourtant, l’âge scolaire est marqué d’une étape de transition des plus saillantes du développement des enfants, c’est-à-dire l'entrée scolaire. L'ajustement socio-émotionnel des enfants au cours des premières années d’école est l'un des principaux facteurs influençant leur adaptation scolaire (Robson et al., 2020). Il est donc essentiel de comprendre pourquoi certains enfants fonctionnent mieux que d'autres sur ce plan durant l’âge scolaire. Le premier article explorait le rôle modérateur de la qualité des interactions mère-enfant, observée à 2 ans, dans la relation entre la tendance à la colère des enfants et leurs comportements intériorisés, extériorisés et prosociaux à l’entrée scolaire. Les résultats ont montré que la tendance à la colère des tout-petits prédisait des difficultés socio-émotionnelles chez ceux-ci, principalement dans le contexte d’une meilleure qualité d’interactions mère-enfant. Le deuxième article examinait les liens prédictifs entre le soutien maternel à l’autonomie (observé à 15 mois) et les trajectoires des comportements intériorisés et extériorisés des enfants mesurés de 2 à 7 ans, en contrôlant les dimensions négatives du tempérament des enfants.  Les résultats du deuxième article ont montré que plus les mères soutenaient l’autonomie de leur enfant, plus les comportement intériorisés      augmentaient lentement dans les années subséquentes et plus les comportements extériorisés diminuaient rapidement.

Keyphrases: comportements intériorisés, comportements extériorisés, comportements prosociaux, soutien à l’autonomie, interactions mère-enfant, tempérament, modération, trajectoires
Hybridizing 3-dimensional multiple object tracking with neurofeedback to enhance preparation, performance, and learning

Le vaste domaine de l’amélioration cognitive traverse les applications comportementales, biochimiques et physiques. Aussi nombreuses sont les techniques que les limites de ces premières : des études de pauvre méthodologie, des pratiques éthiquement ambiguës, de faibles effets positifs, des effets secondaires significatifs, des couts financiers importants, un investissement de temps significatif, une accessibilité inégale, et encore un manque de transfert. L’objectif de cette thèse est de proposer une méthode novatrice d’intégration de l’une de ces techniques, le neurofeedback, directement dans un paradigme d’apprentissage afin d’améliorer la performance cognitive et l’apprentissage.  Cette thèse propose les modalités, les fondements empiriques et des données à l’appui de ce paradigme efficace d’apprentissage ‘bouclé’. En manipulant la difficulté dans une tâche en fonction de l’activité cérébrale en temps réel, il est démontré que dans un paradigme d’apprentissage traditionnel (3-dimentional multiple object tracking), la vitesse et le degré d’apprentissage peuvent être améliorés de manière significative lorsque comparés au paradigme traditionnel ou encore à un groupe de contrôle actif. La performance améliorée demeure observée même avec un retrait du signal de rétroaction, ce qui suggère que les effets de l’entrainement amélioré sont consolidés et ne dépendent pas d’une rétroaction continue.  Ensuite, cette thèse révèle comment de tels effets se produisent, en examinant les corrélés neuronaux des états de préparation et de performance à travers les conditions d’état de base et pendant la tâche, de plus qu’en fonction du résultat (réussite/échec) et de la difficulté (basse/moyenne/haute vitesse). La préparation, la performance et la charge cognitive sont mesurées via des liens robustement établis dans un contexte d’activité cérébrale fonctionnelle mesurée par l’électroencéphalographie quantitative. Il est démontré que l’ajout d’une assistance- à-la-tâche apportée par la fréquence alpha dominante est non seulement appropriée aux conditions de ce paradigme, mais influence la charge cognitive afin de favoriser un maintien du sujet dans sa zone de développement proximale, ce qui facilite l’apprentissage et améliore la performance.  Ce type de paradigme d’apprentissage peut contribuer à surmonter, au minimum, un des limites fondamentales du neurofeedback et des autres techniques d’amélioration cognitive : le manque de transfert, en utilisant une méthode pouvant être intégrée directement dans le contexte dans lequel l’amélioration de la performance est souhaitée.

Keyphrases: Neurofeedback, Amélioration cognitive, Groupe de contrôle actif, Préparation, Performance, Apprentissage
Generalised ladder operators, degeneracy and coherent states in two-dimensional quantum mechanics

Dans cette thèse, nous discutons de la dégénérescence et de la construction d’états cohérents généralisés dans les systèmes quantiques en deux dimensions d’espace. Nous développons un schéma pour obtenir des spectres non dégénérés et des combinaisons linéaires appropriées des états propres d’énergie correspondants. Lorsque la dégénérescence dans le spectre d’énergie est linéaire dans les nombres quantiques, nous définissons des opérateurs d’échelle général- isés qui conduisent à une chaîne d’états avec un ensemble naturel de coefficients. De plus, nous récupérons des relations de complétude pour les états généralisés. Lorsque le spectre d’énergie est quadratique dans les nombres quantiques, nous utilisons certains résultats de la théorie des nombres pour catégoriser la dégénérescence et, par conséquent, les combinaisons linéaires appropriées des états propres d’énergie associés. En particulier, nous étudions des oscillateurs harmoniques bidimensionnels isotropes et anisotropes ainsi que le potentiel Morse bidimensionnel et son partenaire supersymétrique non séparable. Dans tous les cas, nous construisons des états cohérents et discutons certains aspects de leur caractère non classique. On retrouve une certaine compression dans les quadratures conjuguées, une dépendance non triviale des variances des quadratures vis-à-vis des paramètres introduits lors de la définition des spectres non dégénérés, et un problème de localisation pour les fonctions d’onde. Comme application, nous étudions le problème de la quantification et de l’analyse semi-classique de l’espace des phases en deux dimensions en exploitant la complétude des familles généralisées d’états cohérents comprimés en deux dimensions.

Keyphrases: Mécanique quantique bidimensionnelle, États cohérents, États comprimés, Dégénérescence, Oscillateurs isotropes, Oscillateurs anisotropes, Opérateurs d'échelles, Potentiel de Morse, Quantification
Mythe et philosophie dans les Ennéades, ou, L’élan fébrile de la pensée

La thèse cherche à établir les balises du discours mythique et de la métaphore au sein du langage philosophique de Plotin. Le premier chapitre pose comme éléments essentiels de cette recherche le temps, la discursivité, l'âme et les autres hypostases. Le deuxième chapitre expose différentes théories existantes sur le mythe dans la philosophie ancienne et évalue leur pertinence dans le contexte des Ennéades. Le troisième chapitre porte sur l'exégèse plotinienne du mythe cosmogénétique du Timée, en reprenant un débat inhérent au contexte platonicien au sujet du niveau de littéralité de la création du monde. Le dernier chapitre explore un procédé propre à Plotin, qui sera appelé l'accumulation des images et qui servirait à compenser l'insuffisance du langage littéral à l'égard du discours sur les hypostases, sans toutefois réellement appartenir au discours mythique. La thèse conclut au caractère essentiel et fondamental du discours mythique et des métaphores dans l'expression philosophique de Plotin.

Keyphrases: Philosophie ancienne, Néoplatonisme, Néo-platonisme, Plotin, Mythe, Métaphore, Allégorie, Timée (Platon), Myth, Allegory
Un tonneau sous le Portique : la réception du cynisme chez les stoïciens

Zénon de Kition, le fondateur du stoïcisme, a reçu une partie de sa formation philosophique chez le cynique Cratès de Thèbes. Ce contact a laissé une empreinte durable sur l’école stoïcienne, qui a continué d’entretenir des liens étroits avec le cynisme. Ma thèse propose une contribution à notre connaissance de ce rapport entre les deux courants philosophiques en analysant toutes les références au cynisme dans les écrits stoïciens, de Zénon à Marc Aurèle. La première partie de ma thèse recense tous les textes du corpus, cités en grec ou en latin, avec une traduction française. Chaque texte est accompagné d’un commentaire philologique et philosophique. La complexité du rapport que les stoïciens entretiennent avec le cynisme se manifeste particulièrement chez ceux dont les écrits sont bien conservés. C’est le cas de Sénèque, qui offre dans son œuvre philosophique des portraits élaborés de deux cyniques, Diogène et Démétrius, tout en critiquant certains aspects du cynisme. La contribution d’Épictète est encore plus importante, puisqu’il consacre un entretien complet à la vie et au rôle du cynique, et réserve à Diogène une place de premier choix dans son enseignement. Son admiration pour les véritables cyniques contraste avec le jugement sévère qu’il porte sur les faux cyniques de son temps. La deuxième partie de ma thèse analyse en détail trois textes qui font état d’un débat stoïcien sur la possibilité que le sage « cynicise » (D.L., VII 121 ; Cic., Fin. III 68 ; Arius Didyme apud Stob., II 7, 11s). Certains stoïciens refusent que le sage cynicise, d’autres l’acceptent dans certaines circonstances, et d’autres encore, comme Apollodore de Séleucie, considèrent que le cynisme est une voie d’accès à la vertu rapide mais difficile. En établissant un lien entre les portraits du sage et la doctrine des actions convenables, j’analyse le débat à travers la classification morale des actions dans l’éthique stoïcienne. Pour éclairer davantage la position d’Apollodore, je m’intéresse au lien qui l’unit à la doxographie cynique générale (D.L., VI 103-105) et j’examine la signification de l’image de la voie vers la vertu à travers sa genèse et sa postérité. Il en ressort trois caractéristiques fondamentales du cynisme : le rejet des devoirs sociaux, le choix de la pauvreté et le refus des longues études. Pour approuver ce mode de vie, dont les traits sont contraires aux recommandations stoïciennes habituelles, les stoïciens pro-cyniques adoptent une posture de compromis et fixent des limites étroites à l’intérieur desquelles la pratique du cynisme devient légitime.

Keyphrases: Cynisme, Stoïcisme, Diogène Laërce, Philodème, Diogène, Zénon, Apollodore de Séleucie, Sénèque, Épictète
Hybrid and data-driven methods for efficient and realistic particle-based liquid simulations

L’approximation de phénomènes physiques, tels qu’une simulation de liquides en informatique graphique, requiert l’utilisation de méthodes complexes nécessitant des temps de calcul et une quantité de mémoire importants. Malgré les avancées récentes dans ce domaine, l’écart en réalisme entre un liquide simulé et la réalité demeure encore aujourd’hui considérable. Cet écart nous séparant du réalisme souhaité nécessite des modèles numériques de simulation dont la complexité ne cesse de croître. L’objectif ultime est de permettre à l’utilisateur de manipuler ces modèles de simulation de liquides sans la nécessité d’avoir une connaissance accrue de la physique requise pour atteindre un niveau de réalisme acceptable et ce, en temps réel. Plusieurs approches ont été revisitées dans les dernières années afin de simplifier ces modèles ou dans le but de les rendre plus facilement paramétrables. Cette thèse par articles encadre bien les trois projets constituant nos contributions dans le but d’améliorer et de faciliter la génération de simulations de liquides en informatique graphique.  Tout d’abord, nous introduisons une approche hybride permettant de traiter séparément le volume de liquide non-apparent (i.e., en profondeur) et une couche de particules en surface par la méthode de calcul Smoothed Particle Hydrodynamics (SPH). Nous revisitons l’approche par bandes de particules, mais cette fois nouvellement appliquée à la méthode SPH qui offre un niveau de réalisme supérieur. Comme deuxième projet, nous proposons une approche permettant d’améliorer le niveau de détail des éclaboussures de liquides. En suréchantillonnant une simulation de liquides existante, notre approche est capable de générer des détails réalistes d’éclaboussures grâce à la dynamique de balistique. En complément, nous proposons une méthode de simulation par vagues permettant de reproduire les interactions entre les éclaboussures générées et les portions quasi-statiques de la simulation existante. Finalement, le troisième projet introduit une approche permettant de rehausser la résolution apparente d’un liquide par l’apprentissage automatique. Nous proposons une architecture d’apprentissage inspirée des flux optiques dont l’objectif est de générer une correspondance entre le déplacement des particules de simulations de liquides à différentes résolutions (i.e., basses et hautes résolutions). Notre modèle d’apprentissage permet d’encoder des caractéristiques de hautes résolutions à l’aide de déformations pré-calculées entre deux liquides à différentes résolutions et d’opérations de convolution basées sur le voisinage des particules.

Keyphrases: Liquide par particules, Modèle de simulation hybride, Bande de particules, Éclaboussures de liquide, Suréchantillonnage, Simulation par vagues, Apprentissage automatique, Apprentissage profond, Rehausse de détails, Déformations inter-résolution, Convolution par voisinage
Tailored deep learning techniques for information retrieval

La recherche d'information vise à trouver des documents pertinents par rapport à une requête. Auparavant, de nombreux modèles traditionnels de la Recherche d'Informations ont été proposés. Ils essaient soit d'encoder la requête et les documents en vecteurs dans l'espace des termes et d'estimer la pertinence en calculant la similarité des deux vecteurs, soit d'estimer la pertinence par des modèles probabilistes. Cependant, pour les modèles d'espace vectoriel, l'encodage des requêtes et des documents dans l'espace des termes a ses limites: par exemple, il est difficile d'identifier les termes du document qui ont des sens similaires au termes exactes de la requête. Il est également difficile de représenter le contenu du texte à différents niveaux  d'abstraction pouvant correspondre aux besoins différents d'information exprimés dans des requêtes. Avec le développement rapide des techniques d'apprentissage profond, il est possible d'apprendre des représentations utiles à travers une série de couches neurones, ce qui ouvre la voie à de meilleures représentations dans un espace dense latent plutôt que dans l'espace des termes, ce qui peut aider à identifier les termes non exactes mais qui portent les sens similaires. Il nous permet également de créer de différentes couches de représentation pour la requête et le document, permettant ainsi des correspondances entre la requête et les documents à différents niveaux d'abstractions, ce qui peut mieux répondre aux besoins d'informations pour différents types de requêtes. Enfin, les techniques d'apprentissage profond permettent également d'apprendre une meilleure fonction d'appariement.   Dans cette thèse, nous explorons différentes  techniques d'apprentissage profond pour traiter ces problèmes. Nous étudions d'abord la construction de plusieurs couches de représentation avec différents niveaux d'abstraction entre la requête et le document, pour des modèles basés sur la représentation et l'interaction. Nous proposons ensuite un modèle permettant de faire les matchings croisés des representations entre la requête et le document sur différentes couches pour mieux répondre au besoin de correspondance terme-phrase. Enfin, nous explorons l'apprentissage intégré d'une fonction de rang et les représentations de la requête et du document. Des expériences sur des jeux de données publics ont montré que nos méthods proposées dans cette thèse sont plus performantes que les méthodes existantes.

Keyphrases: Recherche d'Information, Apprentissage Profond, Réseaux Neurones
Jeux édifiants, vertu et émotion : une éthique vidéoludique

Ce que nous éprouvons en jouant à des jeux vidéo indique quelque chose à propos de nous et transforme notre personne. Déterminer la valeur éthique d’un jeu vidéo requiert en conséquence de porter une attention toute spéciale à son expérience émotionnelle. Dans cette thèse de doctorat, nous nous intéressons aux émotions que nous transmettent les jeux vidéo narratifs et aux vertus qu’elles mettent en pratique. Au cours de cet examen, nous offrons une description psychologique de l’activité vidéoludique, réfléchissons à la place du jeu vidéo dans nos vies et nous munissons d’outils conceptuels pour évaluer en détail les exemples suivants : Dishonored (Arkane Studios, 2012), Frostpunk (11 bit studios, 2018), Hellblade: Senua’s Sacrifice (Ninja Theory, 2017), Neo Cab (Chance Agency, 2019), Outlast (Red Barrels, 2013), Spec Ops: The Line (Yager, 2012) et Vampyr (DONTNOD, 2018).  Notre travail est divisé en trois parties. La première présente une théorie de l’expérience émotionnelle du jeu vidéo. Nous défendons qu’une émotion survient à la rencontre d’une perception conceptuelle et d’une préoccupation, et que les jeux vidéo orchestrent leur expérience émotionnelle à l’intérieur d’une structure de progression. La seconde partie revisite les débats autour des jeux vidéo qui « engagent moralement » et de ceux qui incluent un contenu transgressif. Afin de tenir compte du rôle de l’émotion, nous introduisons une éthique de la vertu selon laquelle le jeu vidéo représente un terrain d’entraînement où se constituent nos dispositions émotionnelles. La troisième partie est consacrée à l’analyse de jeux vidéo potentiellement édifiants, qui communiquent des vertus. Nous explorons plus particulièrement la manière dont ces jeux mettent en relation le courage et la peur ainsi que la justice et la colère.

Keyphrases: Jeux vidéo, Émotion, Éthique, Vertu, Psychologie
Les cultes des eaux douces à Rome d’après les sources de la République tardive et du Haut-Empire : une idiosyncrasie culturelle?

Cette thèse de doctorat en histoire étudie les rapports religieux entre les Romains de l’Antiquité et les eaux douces avec lesquelles ils ont vécu en proximité. Cette étude part du constat que les Romains sont connus pour leurs savoirs techniques des eaux et leurs aqueducs. Toutefois, les croyances religieuses associées à l’eau n’ont pas encore été examinées dans leur ensemble et demeurent éparpillées à travers l’historiographie. Dans le but de combler cette lacune, cette étude présente une synthèse des cultes dédiés à l'eau par les Romains à partir des sources littéraires, archéologiques et épigraphiques, datant en majorité de la République tardive et du Haut-Empire (Ier siècle av. n. è au IIIe siècle).

Keyphrases: Eau, Source, Dieux, Mythes, Rites, Rome, Tibre
L’invention de la rencontre : contrat et transaction dans les représentations littéraires de l’échange prostitutionnel

Cette thèse porte sur la représentation littéraire de l’échange prostitutionnel dans son rapport ambigu au contrat, à l’intimité et à la rencontre. Elle est basée sur une analyse de textes de Villiers de L’Isle-Adam, Maupassant, Flaubert, Arcan, Duras, et du tableau Olympia de Manet. Dans un premier temps, je m’intéresse à un motif abordé par certains textes du corpus, et devenu lieu commun, celui qui fait de la prostitution la métaphore et l’extension du capitalisme en tant que ce dernier « réifie le monde », et j’en montre les divers déploiements. Dans un second temps, j’analyse des œuvres qui mettent de l’avant l’échange prostitutionnel en reprenant un autre rapport qu’il entretient avec le marché (intimement lié au premier) : celui de la clôture de la relation induite par le contrat. Les textes à l’étude problématisent cette rencontre « annulée ». En cela, je m’arrête d’une part sur l’invention d’un « dépassement » du contrat vers l’intimité, et de l’autre sur la mise en scène, rejouée dans l’échange prostitutionnel, d’un empêchement de la relation. Comment la prostitution figure-t-elle en tant que métaphore péjorative de la vénalité ? Comment devient-elle par ailleurs le lieu de la répétition d’une impossible rencontre sexuelle « véritable » ? Alimentée par ces questions, cette thèse analyse les représentations de l’échange prostitutionnel dans la littérature comme lieu paradigmatique du contrat, paradoxalement travaillé de l’intérieur par l’invention d’une rencontre toujours occupée à ne pas se faire.

Keyphrases: littérature, rencontre, capitalisme, Villiers de L’Isle-Adam, contrat, Prostitution, Capitalism, Villiers de L’Isle-Adam