NCube/papyrus huggingface dataset:
Inhibition du pathogène des salmonidés Saprolegnia parasitica par des bactéries aquatiques

Les maladies constituent présentement la cause la plus importante de perte économique en aquaculture moderne. Chez certaines espèces, notamment les salmonidés (Oncorhynchus sp. et Salmo sp.), on rapporte des pertes annuelles atteignant cinquante pour cent de la production. À l’heure actuelle, les infections fongiques occupent le second rang derrière les maladies bactériennes en fonction de leur importance économique. Ces poissons sont particulièrement vulnérables à une infection fongique causée par Saprolegnia sp. qui infecte habituellement les oeufs morts. Le saprophyte ubiquitaire se propage ensuite aux oeufs sains et aux individus matures. Malheureusement, le traitement efficace de cette infection, souvent primaire et parfois secondaire, est de plus en plus difficile en raison de nouvelles réglementations restrictives entourant le vert de malachite. Jadis, ce colorant constituait le fongicide le plus efficace dans la lutte contre la saprolégniose, mais son potentiel cancérigène en limite maintenant l’utilisation. Jusqu'à présent, aucun traitement disponible n’est aussi efficace que le vert de malachite pour le contrôle de la saprolégniose. Récemment, nous sommes parvenus à isoler trois bactéries capables d’inhiber la croissance de Saprolegnia sp. in vitro. Ces trois Pseudomonas fluorescens proviennent d’une pisciculture dans laquelle survenaient des cas d’infections à Saprolegnia parasitica. En poussant la caractérisation de l’activité grâce à des analyses de chromatographie liquide haute performance et de spectrométrie de masse, nous avons réussi à isoler et à identifier la molécule responsable. L’acide phénazine-1-carboxylique (PCA), sécrété par deux de nos trois souches, cause l’inhibition de la croissance de Saprolegnia.

Keyphrases: Saprolegnia, Saprolégniose, Pseudomonas fluorescens, Phénazine, Acide phénazine-1-carboxylique (PCA), Aquaculture
L’environnement de naissance : saisir l’expérience d’accouchement en maison de naissance

L’aménagement des maisons de naissance est actuellement en hausse sur le territoire québécois, pour répondre à la forte demande des femmes pour un service sage‐femme et également pour répondre au désir des femmes de donner naissance dans un milieu alternatif à l’hôpital ou à la maison. La problématique consiste à s’interroger sur la pertinence de l’environnement actuel des maisons de naissance, à savoir s’il soutient les besoins des femmes qui y donnent naissance, mais également si cet environnement affecte l’expérience d’accouchement des femmes, dans le but futur que les maisons de naissance soient parfaitement adaptées aux nécessités des femmes qui y accouchent. Cette problématique, axée sur la relation personne‐environnement avec point d’ancrage l’expérience sensible de l’usagère, est adressée en premier lieu par une analyse critique des maisons de naissance de Montréal, puis en analysant le discours des femmes, recueillis sous forme d’entretiens semi‐dirigés, pour en exprimer l’expérience d’accouchement en ces lieux. Se basant sur les principes d’études en relations personnes‐environnement, cette recherche vise ainsi à saisir les besoins relatifs au lieu de naissance à travers l’expérience sensible de la femme et des liens affectifs que tisse celle‐ci avec l’environnement lors de son accouchement, plus particulièrement au sein des maisons de naissance. Cette recherche vise également à saisir comment, à l’inverse, l’environnement de naissance affecte l’expérience de la femme lorsqu’elle donne naissance. Parmi les constats de cette recherche, nous réalisons que l’environnement affecte l’expérience d’accouchement dans une certaine mesure et qu’il aurait avantage à se faire des plus discret, afin de ne pas affecter la concentration des femmes durant leur travail. Cette « bulle » que les femmes se forment durant l’accouchement s’avère très importante dans le bon déroulement de la naissance; l’environnement devrait permettre et la mise en place de cette « bulle » et sa continuité jusqu’à la naissance de l’enfant. La poursuite des recherches sur le sujet pourrait entre autres mener à un modèle d’aménagement non rigide pour les maisons de naissance et pourrait également contribuer à l’amélioration des maisons de naissance existantes ainsi que celles à venir.

Keyphrases: Naissance, Relations personnes-environnement, Maison de naissance, Expérience
Le théâtre de la mémoire olfactive : le pouvoir des odeurs à modeler notre perception spatiotemporelle de l'environnement

L'environnement n'est pas un espace physique précis et stable. Sa géométrie est statique mais il est sans cesse inondé par différentes ambiances qui elles sont dynamiques. De plus sa réalité est modelée par le terrain mouvant de notre mémoire qui encode nos expériences, nos rencontres et autres complexes associations vécues à différents moments. Les ambiances olfactives plus particulièrement participent à la définition d'un espace urbain de plusieurs façons. Produites et modelées par l'environnement géographique, les conditions climatiques, les activités économiques et l'activité humaine, les odeurs appellent des repères spatio-temporels précis car se référant à des événements que l'on a personnellement vécus. Bref, les multiples flux odorants qui façonnent dans la ville un paysage olfactif mouvant sont autant de possibilités de restructurer le réel du citadin. Aussi pour permettre d'élaborer des moyens mettant en oeuvre les odeurs dans l'espace public, nous avons examiné dans quelle mesure les signaux olfactifs influencent notre perception de l'environnement en provoquant l'apparition de paysages temporels.

Keyphrases: odeurs, environnement, mémoire, chronesthésie, espace-temps, spatio-temporalité, paysage temporel, paysage olfactif, ambiances, ville, spatio-temporality, perception
Aménagement intérieur des milieux de santé : exploration de trois approches théoriques

La présente étude concerne le rôle de l’aménagement intérieur dans les centres de santé, dans une perspective thérapeutique. Il s’agit d’une recherche théorique exploratoire. Le cadre théorique à l’intérieur duquel elle s’effectue comprend la Biopolitique de Michel Foucault, du Sens de cohérence d’Aaron Antonovsky, ainsi que de La théorie des environnements reconstituants de Kaplan & Kaplan. Chacune de ces approches vise à mieux saisir le problème de la thérapeutique dans son rapport avec la santé, ainsi qu’à dégager des éléments permettant d’enrichir et d’apporter un regard autre sur le thème à l’étude, à savoir, celui des environnements thérapeutiques. C’est ainsi que nous proposons six concepts que sont l’exclusion/l’isolement, le pouvoir, les interactions sociales, le soutien social, le plaisir et la réflexion. Une étude de cas effectuée au Centre de réadaptation Estrie vise à vérifier leur validité. Cet établissement, qui fait partie du Réseau de la santé et des services sociaux du Québec, est également un membre désigné du Réseau Planetree, dont la mission est vouée au développement de pratiques gestionnaires respectueuses de la dimension humaine dans les centres de santé. La qualité de l’environnement physique étant l’une des dix composantes du modèle promu par cette organisation, l’analyse, en vue de la validation ou du rejet des concepts issus du cadre théorique, concerne leur articulation dans le concret. Nous retenons des quatre concepts que sont les interactions sociales, le soutien social, le plaisir et la réflexion, qu’ils sont valides, et rejetons l’exclusion/isolement et le pouvoir. Des propositions de remplacement pour ces deux derniers sont soumises, soit, les limites/l’’intimité et l’emprise. La principale piste de sujet de recherches futures est le développement de la notion « d’accueil », où l’aménagement intérieur joue, à ce titre, un rôle dans les milieux de santé.

Keyphrases: Aménagement intérieur, Environnements thérapeutiques, Interactions sociales, Soutien social, Plaisir, Réflexion
Étude taphonomique des assemblages fauniques de la formation géologique Mursi et du membre A de la Formation Shungura, Éthiopie

La formation géologique Mursi est datée à plus de 4 millions d’années, ce qui correspond à la période de l’émergence présumée des australopithèques, premiers hominines présentant une bipédie incontestable. La collection faunique Mursi (N=201) est comparée à celle du membre A de la Formation Shungura (N=300) sur une base taphonomique. La taphonomie est la science dédiée aux modes de formation des fossiles ainsi qu’aux traces laissées par ceux-ci. L’objectif principal de ce mémoire est de vérifier quelles sont les différences et ressemblances entre ces deux assemblages fossiles et d’en tirer des interprétations paléoenvironnementales. Pour chacun des agents taphonomiques (météorisation, piétinement, etc.), les fossiles sont gradés en fonction de stades prédéfinis tirés des écrits scientifiques. Finalement, malgré quelques différences (action des carnivores, intempérisation) on constate que les assemblages sont assez semblables et que, comme prédit par les reconstructions paléoenvironnementales préexistantes, leur lien à l’eau est assez bien démontré (groupes de Voorhies, abrasion).

Keyphrases: Taphonomie, Pliocène, Formation Shungura, Vallée de l'Omo, Paléoécologie
La collaboration chez Pierre Perrault : étude comparative de Pour la suite du monde et La bête lumineuse

Ce mémoire propose une analyse de la collaboration à l’intérieur de projets cinématographiques dans l’œuvre de Pierre Perrault. Comme la collaboration entre cinéaste et participants soulève des questions éthiques, cette recherche étudie deux films pivots dans la carrière de ce cinéaste soit Pour la suite du monde et La bête lumineuse. Tout en contrastant le discours du cinéaste avec celui d’un protagoniste nommé Stéphane-Albert Boulais, cette étude détaille les dynamiques de pouvoir liées à la représentation et analyse l’éthique du créateur.   Ce mémoire présente une description complète de la pensée de Pierre Perrault, ainsi que sa pratique tant au niveau du tournage que du montage. Cette étude se consacre à deux terrains cinématographiques pour soulever les pratiques tant au niveau de l’avant, pendant, et après tournage. Ce mémoire se penche ensuite sur Stéphane-Albert Boulais, qui grâce à ses nombreux écrits sur ses expériences cinématographiques, permet de multiplier les regards sur la collaboration. Après une analyse comparative entre les deux terrains cinématographiques, ce mémoire conclut sur une analyse détaillée de l’éthique du créateur à l’intérieur de projets collaboratifs.

Keyphrases: Pierre Perrault, Stéphane-Albert Boulais, Pour la suite du monde, La bête lumineuse, Cinéma direct, Collaboration, Relation cinématographique, Éthique
Mourir en paix : ethnographie d'une maison de soins palliatifs québécoise

Ce mémoire vise à s’inscrire dans le débat sur l’euthanasie et sur la fin de vie qui secoue présentement le Québec et de nombreuses sociétés contemporaines, en cherchant à fournir des données anthropologiques sur le domaine des soins palliatifs, un champ de la santé apparemment méconnu d’une grande partie de la population selon certains commentateurs. Cette recherche a donc d’abord voulu documenter, par l’entremise d’un terrain ethnographique, les normes, valeurs et pratiques d’une équipe soignante en soins palliatif, dans le quotidien d’une institution québécoise. Les rapports empiriques des représentations d’une mort paisible, douce, réalisée dans le confort et l’harmonie furent également investigués. En trame de fond, ce mémoire adresse une question centrale de l’anthropologie, soit le domaine des transitions entre la vie et la mort : ainsi, l’accompagnement palliatif est-il un rite de passage en bonne et due forme ? Cette recherche indique que la mort paisible est une trajectoire du mourir normative, institutionnelle, davantage imbriquée dans un passage de statuts que dans un contexte rituel per se. La mort paisible est un cheminement qui invite la personne mourante à dévoiler, par le partage d’une parole narrative, l’essence d’elle- même. En ce sens, les institutions de soins palliatifs se retrouvent au front de changements majeurs dans la façon de concevoir la spiritualité en Occident, en opérant notamment un passage majeur de la transcendance à l’immanence.

Keyphrases: soins palliatifs, rites de passage, spiritualité, bonne mort, trajectoires du mourir
L’éthos reconstructionniste ou comment donner du sens à l’expérience rituelle contemporaine de Juifs Montréalais

Mon mémoire propose un portrait ethnographique de la congrégation juive reconstructionniste Dorshei Emet à travers l’analyse combinée des rituels et des discours des membres. Les rituels proposés à la congrégation transmettent la philosophie reconstructionniste et un éthos que les membres s’approprient de différentes façons. Pour plusieurs membres qui ne croient pas en Dieu ou qui sont agnostiques, le rituel devient l’expression d’un lien à la tradition juive à travers la vie communautaire. De fait, le rôle de la communauté religieuse dans la vie quotidienne de ses membres ainsi que leur rôle en son sein seront analysés. L’intérêt est avant tout de saisir la valeur que les membres attribuent à leur participation aux rituels. Une attention particulière sera également portée au sens que le religieux a eu dans leurs trajectoires personnelles jusqu’à aujourd’hui. Ce mémoire participe au tableau de la diversité au sein du judaïsme québécois, mais aussi plus largement au portrait global de la diversité religieuse au Québec.

Keyphrases: Reconstructionnisme, rituel, tradition, identité juive, communauté religieuse, tradition
Le kawaii : répercussion d’un idéal culturel et médiatique sur l’identité féminine japonaise

Ce mémoire propose de mettre à jour l’impact d’une culture visuelle donnée dans la formation et la construction d’une identité féminine japonaise. L’idéal en question, connu sous le nom de kawaii, prône le caractère mignon, adorable et enfantin de la gent japonaise. Les représentations féminines y étant rattachées diffèrent en fonction des lieux et des clientèles visées. Ces différents façonnements ont par la suite une influence prépondérante sur la vision, la perception et l’acceptation sociale des Japonaises, notamment face à leur identité, mais aussi face aux rôles qu’elles entretiennent dans la société moderne. L’esthétisme du kawaii a vivement été critiqué dans les milieux anthropologiques. Nombreux sont ceux qui perçoivent cette image enfantine de manière négative, lui attribuant une influence particulièrement néfaste. Cependant, ces jugements découlent d’une incompréhension liée à des connotations spécifiques, ainsi qu’à des erreurs épistémologiques. L’hégémonie médiatique rattachée à l’idéal du kawaii provient surtout d’une politique économique favorisée par le gouvernement, répondant au nom de Cool Japan. Les représentations féminines y étant associées prônent le caractère docile, innocent et inférieur de la femme. Ces images ne sont pourtant pas représentatives des identités et des rôles véhiculés par la femme japonaise. Elles ne servent qu’à renforcer des présuposés culturels. De par le kawaii, les intellectuels, qu’ils soient Japonais ou non, ont bien souvent fait endosser aux Japonaises des identités et des rôles stéréotypés, qui sont pourtant loin d’être le lot de la jeune génération.

Keyphrases: Kawaii, Mignon, Japon, Japan, Femmes japonaises, Identité, Média
Les grelots mésoaméricains : sons et couleurs du pouvoir?

Ce mémoire prend la forme d’une réflexion critique sur le modèle proposé par Hosler afin d’expliquer les taux quantifiés d’étain et d’arsénique dans des objets de statut métalliques Mésoaméricains provenant principalement de l’Occident mésoaméricain et couvrant les deux phases de développement de la métallurgie mésoaméricaine. Ces objets font partie de la collection du Museo Regional de Guadalajara. Plus particulièrement, ce mémoire s’intéresse aux grelots mésoaméricains puisqu’ils représentent un élément important de la métallurgie préhispanique en Mésoamérique. Cette réflexion critique soulève plusieurs considérations techniques, méthodologiques, étymologiques, iconographiques, ethnohistoriques et logiques du modèle de Hosler relativement à la couleur des alliages constituant les grelots mésoaméricains.  Les paramètres sur lesquels Hosler base son modèle sont questionnables à plusieurs niveaux. Ainsi, le fait que les niveaux d’arsenic ou d’étain observés dans les alliages cupriques de biens utilitaires sont généralement inférieurs à ceux quantifiés dans les alliages cupriques usités pour la fabrication de biens de statut de la Période 2 pourrait s’expliquer par le fait qu’il s’agit de deux méthodes de fabrication distinctes ayant des contraintes techniques différentes ou que ces artéfacts ont des paramètres et des fonctions distinctes. Les limites de l’association soleil-or, lune-argent y sont également exposées et un chapitre est consacré à la sonorité.

Keyphrases: Mésoamérique, métallurgie, grelot, Hosler, couleur, son, alliages
New insights into the substrate specificities of microbial transglutaminase: a biocatalytic perspective

La transglutaminase microbienne (Microbial transglutaminase : MTG) est fortement exploitée dans l’industrie textile et alimentaire afin de modifier l’apparence et la texture de divers produits. Elle catalyse la formation de liaisons iso-peptidiques entre des protéines par l’entremise d’une réaction de transfert d’acyle entre le groupement γ-carboxamide d’une glutamine provenant d’un substrat donneur d’acyle, et le groupement ε-amino d’une lysine provenant d’un substrat accepteur d’acyle. La MTG est tolérante à un large éventail de conditions réactionnelles, ce qui rend propice le développement de cette enzyme en tant que biocatalyseur. Ayant pour but le développement de la MTG en tant qu’alternative plus soutenable à la synthèse d’amides, nous avons étudié la réactivité d’une gamme de substrats donneurs et accepteurs non-naturels. Des composés chimiquement diversifiés, de faible masse moléculaire, ont été testés en tant que substrats accepteurs alternatifs. Il fut démontré que la MTG accepte une large gamme de composés à cet effet. Nous avons démontré, pour la première fois, que des acides aminés non-ramifiés et courts, tels la glycine, peuvent servir de substrat accepteur. Les α-acides aminés estérifiés Thr, Ser, Cys et Trp, mais pas Ile, sont également réactifs. En étendant la recherche à des composés non-naturels, il fut observé qu’un cycle aromatique est bénéfique pour la réactivité, bien que les substituants réduisent l’activité. Fait notable, des amines de faible masse moléculaire, portant les groupements de forte densité électronique azidure ou alcyne, sont très réactives. La MTG catalyse donc efficacement la modification de peptides qui pourront ensuite être modifiés ou marqués par la chimie ‘click’. Ainsi, la MTG accepte une variété de substrats accepteurs naturels et non-naturels, élargissant la portée de modification des peptides contenant la glutamine.  Afin de sonder le potentiel biocatalytique de la MTG par rapport aux substrats donneurs, des analogues plus petits du peptide modèle Z-Gln-Gly furent testés; aucun n’a réagi. Nous avons toutefois démontré, pour la première fois, la faible réactivité d’esters en tant que substrats donneurs de la MTG. L’éventuelle amélioration de cette réactivité permettrait de faire de la MTG un biocatalyseur plus général pour la synthèse d’amides. Mots clés: Lien amide, biocatalyse, biotransformation, transglutaminase, arrimage moléculaire, criblage de substrats, ingénierie de substrats.

Keyphrases: microbial transglutaminase, Lien amide, biocatalyse, biotransformation, transglutaminase, arrimage moléculaire, criblage de substrats, ingénierie de substrats
Découverte de nouvelles interactions entre le virus de l'Hépatite C et l'hôte par une approche combinée de Spectrométrie de Masse et de Génomique Fonctionnelle

La réplication et l’assemblage du virus de l’hépatite C (VHC) sont régulés finement dans le temps et l’espace par les interactions protéiques entre le virus avec l’hôte. La compréhension de la biologie du virus ainsi que sa pathogénicité passe par les connaissances relatives aux interactions virus/hôte. Afin d’identifier ces interactions, nous avons exploité une approche d’immunoprécipitation (IP) couplée à une détection par spectrométrie de masse (MS), pour ensuite évaluer le rôle des protéines identifiées dans le cycle viral par une technique de silençage génique. Les protéines virales Core, NS2, NS3/4A, NS4B, NS5A et NS5B ont été exprimées individuellement dans les cellules humaines 293T et immunoprécipitées afin d’isoler des complexes protéiques qui ont été soumis à l’analyse MS. Ainsi, 98 protéines de l’hôte ont été identifiées avec un enrichissement significatif et illustrant une spécificité d’interaction. L’enrichissement de protéines connues dans la littérature a démontré la force de l’approche, ainsi que la validation de 6 nouvelles interactions virus/hôte. Enfin, le rôle de ces interactants sur la réplication virale a été évalué dans un criblage génomique par ARN interférant (ARNi). Deux systèmes rapporteurs de la réplication virale ont été utilisés : le système de réplicon sous-génomique (Huh7-Con1-Fluc) et le système infectieux (J6/JFH-1/p7Rluc2a), ainsi qu’un essai de toxicité cellulaire (Alamar Blue). Parmi les protéines de l’hôte interagissant avec le VHC, 28 protéines ont démontré un effet significatif sans effet de toxicité cellulaire, suggérant fortement un rôle dans la réplication du VHC. Globalement, l’étude a mené à l’identification de nouvelles interactions virus/hôte et l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles.

Keyphrases: Virus de l’hépatite C, Virologie, Interactions virus/hôte, Biologie moléculaire, Spectrométrie de masse, Immunoprécipitation, Criblage génomique, ARNi
Étude de la localisation génomique du complexe HDAC Set3

La chromatine est un système de compaction de l’ADN jouant un rôle important dans la régulation de l’expression génique. L’acétylation de la chromatine provoque un relâchement de sa structure, facilitant le recrutement de facteurs de transcription. Inversement, des complexes histones déacétylases favorisent une structure compacte, réprimant l’expression de gènes.  Un complexe HDAC, Rpd3S, est recruté par l’ARN polymérase II phosphorylée sur les régions codantes transcrites. Cette activité HDAC est stimulée par la déposition de la marque H3K36me générée par l’histone méthyltransférase Set2. Par approche génomique, en utilisant comme organisme modèle Saccharomyces cerevisiae, j’ai optimisé la méthode de ChIP-chip puis démontré que les sous unités Hos2 et Set3 d’un autre complexe HDAC, Set3C, étaient recrutées sur des régions codantes de gènes transcrits. De plus, Set3C est connu pour être recruté soit par H3K4me ou par la Pol II. La suite du projet portera sur le recrutement de Set3C qui semble similaire à Rpd3S.

Keyphrases: Génome, Transcription, HDAC, SET3, Chromatine, Chromatin, puce à ADN, ChIp-chip