NCube/papyrus huggingface dataset:
Caractérisation d’un nouveau récepteur à octopamine exprimé chez la palourde 
Spisula solidissima

À partir des ovocytes de la palourde Spisula solidissima, un ADNc codant un récepteur nommé Spi-OAR a été cloné et séquencé. Une analyse de la séquence en acides aminés a indiqué que ce nouveau récepteur possède une forte similarité avec les récepteurs β-adrénergiques et les récepteurs à octopamine. En effet, il est étroitement lié à la classe des récepteurs à octopamine « β-adrénergique-like » couplés à une protéine Gs. L’ADNc de Spi-OAR a été introduit dans un vecteur d'expression (pCEP4) et un épitope reconnaissable par un anticorps commercial a été ajouté au segment N-terminal. Cette construction a été transfectée dans des cellules hôtes (HEK 293) et des études d’immunofluorescence ont montré une expression efficace du récepteur au niveau membranaire. Également, des mesures d'AMPc pour les cellules exprimant Spi-OAR ont révélé une augmentation de ce messager secondaire lors de l'ajout de l'octopamine, et dans une moindre mesure, la tyramine, tandis que la dopamine, la sérotonine et l'histamine n’ont engendré aucun effet. Une légère activité constitutive de ce récepteur dans les cellules hôtes a été observée. De plus, une analyse RT-PCR avec des oligonucléotides spécifiques a révélé l'ARNm de Spi-OAR non seulement dans les ovocytes, mais aussi dans les gonades, le cœur, les muscles adducteurs, les branchies et les ganglions suggérant que ce récepteur soit exprimé de façon ubiquitaire dans divers tissus et dans différents stades embryonnaires chez la palourde. En outre, des études avec des ovocytes isolés n'ont montré aucun effet de l’octopamine sur la réactivation méiotique. Des études éventuelles pourront finalement confirmer le rôle fonctionnel de Spi-OAR.

Keyphrases: Octopamine, Palourde Spisula solidissima, Ovocyte, AMPc
L’épistémologie de Marcel Proust dans
À la recherche du temps perdu : littérature et savoirs en 1900 : une pensée de l’imprévisible

La somme romanesque que représente À la recherche du temps perdu se constitue au prix d’une « recherche » qui est à prendre au pied de la lettre, et qui instaure le sujet connaissant en savant-chercheur face à son objet de savoir. Proust fait en effet du « savoir » la condition même du talent, et fait entreprendre à son héros une exploration qui se présente en priorité comme étant une quête de savoirs.   Ce travail se situe dans le sillage de l’épistémocritique qui étudie l’inscription dans le texte littéraire des savoirs en général, tout en insistant sur les savoirs qui relèvent de la science. Notre but est de dégager la posture épistémique qui caractérise le narrateur de la Recherche face aux divers savoirs qu’il récolte au cours de ses observations.   Le parcours cognitif du narrateur est examiné suivant les quatre grandes étapes de sa recherche, que nous redéfinissons en termes de paradigmes : le paradigme de l’Exploration, qui définit une « épistémologie de l’observateur » ; le paradigme de la Communication, qui définit une « épistémologie de l’homme social » et une « épistémologie de l’homme moderne » ; le paradigme de l’Introspection, qui prépare à l’élaboration d’une « épistémologie du personnage intérieur » ; et enfin, le paradigme de la Vocation, qui rassemble les réponses trouvées par le narrateur à la plupart des questionnements qui auront jalonné son parcours cognitif. Ce dernier paradigme se présente sous la forme d’une « épistémologie de la création », d’une « épistémologie du réel » et d’une « épistémologie du hasard ». Car en dépit d’une démarche qui apparaît soumise aux médiations culturelles, la recherche du héros proustien se présente comme une « pensée de l’imprévisible » : fortement déterminée par la recherche cognitive du protagoniste, elle demeure pourtant irréductible à cette seule recherche.   Nous dégageons, pour terminer, le statut réservé à la science et aux savoirs positifs en regard de la découverte de la vocation, mais aussi par rapport à l’élaboration d’une théorie de la création littéraire : ces deux grands domaines du savoir sont-ils considérés par Proust comme inconciliables avec une priorité évidente de l’un sur l’autre ou, au contraire, participent-ils tous deux d’une manière égale à la connaissance et à la création artistique ?

Keyphrases: Épistémocritique, Littérature et science, Psychologie expérimentale, Inconscient, Conventionnalisme, Crise de la physique, Théodule Ribot, Théodule Ribot, Henri Poincaré, Henri Poincaré
AURA : a hybrid approach to identify framework evolution

Les cadriciels et les bibliothèques sont indispensables aux systèmes logiciels d'aujourd'hui. Quand ils évoluent, il est souvent fastidieux et coûteux pour les développeurs de faire la mise à jour de leur code.  Par conséquent, des approches ont été proposées pour aider les développeurs à migrer leur code. Généralement, ces approches ne peuvent identifier automatiquement les règles de modification une-remplacée-par-plusieurs méthodes et plusieurs-remplacées-par-une méthode. De plus, elles font souvent un compromis entre rappel et précision dans leur résultats en utilisant un ou plusieurs seuils expérimentaux.  Nous présentons AURA (AUtomatic change Rule Assistant), une nouvelle approche hybride qui combine call dependency analysis et text similarity analysis pour surmonter ces limitations. Nous avons implanté AURA en Java et comparé ses résultats sur cinq cadriciels avec trois approches précédentes par Dagenais et Robillard, M. Kim et al., et Schäfer et al. Les résultats de cette comparaison montrent que, en moyenne, le rappel de AURA est 53,07% plus que celui des autre approches avec une précision similaire (0,10% en moins).

Keyphrases: Évolution de logiciel, Call dependency analysis, Text similarity analysis, Étude empirique
Caractérisation d'une famille de récepteurs kinases impliqués dans le développement gamétophytique chez Arabidopsis thaliana

Au cours du développement des végétaux, de l’établissement de l’identité cellulaire des premiers organes au guidage du tube pollinique, la communication cellule à cellule est d’une importance capitale. En réponse, les voies de signalisation moléculaires sont élaborées pour la perception d’un signal extérieur et la transduction en une réponse génique via une cascade intracellulaire. Les récepteurs kinases font partie des protéines perceptrices des stimuli et constituent chez les plantes une catégorie de protéines avec une occurrence considérable, mais dont très peu d’informations détaillées sont disponibles à ce jour. Une famille de récepteurs kinases chez Arabidopsis thaliana, AtORK11 (Arabidopsis thaliana Ovule Receptor Kinase 11), a été identifiée par orthologie à un récepteur spécifique aux ovaires chez une solanacéee sauvage, Solanum chacoense. La fonction présumée de cette famille de récepteurs kinases de type leucine-rich repeat, suggérée par son patron d’expression, implique les événements relatifs au développement des gamétophytes et à la reproduction. Afin de caractériser la fonction des quatre gènes de la famille (AtORK11a, AtORK11b, AtORK11c et AtORK11d) une stratégie d’analyse de mutants d’insertion de l’ADN-T et d’évaluation du mode d’action par complémentation bimoléculaire par fluorescence (BiFC) a été entreprise. Aucune fonction précise n’a pu être attribuée aux doubles mutants d’insertion, par contre la surexpression d’une construction dominante négative indique un rôle dans le développement gamétophytique. Il a aussi été démontré que les quatre récepteurs peuvent interagir par homodimérisation aussi bien que par hétérodimérisation. Une hypothèse de redondance fonctionnelle est ainsi mise à jour parmi la famille des gènes AtORK11.

Keyphrases: récepteur kinase "leucine-rich repeat", mutant d'insertion ADN-T, complémentation bimoléculaire par fluorescence, transformation par biolistique (bombardement de microparticules)
Analyse de la constitution et de l'effectivité de deux personnalités publiques au Québec : éléments d'une problématique du mémoriel

Cette thèse propose une approche du mémoriel qui interroge la production de la mémoire dans son caractère processuel. Elle comporte trois caractéristiques principales. D’abord, elle met l’accent sur une pluralité des temps qui participe de la production de la mémoire (mais aussi de l’instauration de collectivités et de la production de leurs continuités). Elle place aussi les processus de représentation au cœur de ses questionnements – notamment, elle met l’accent sur les manières par lesquelles la mémoire est constituée par la représentation (au lieu d’examiner les manières par lesquelles la mémoire est représentée). Enfin, elle interroge les manières par lesquelles la production de la mémoire concourt à délimiter, entretenir et faire être des collectivités, et quelles formes de collectivisation sont à cet égard réalisées.  Le premier chapitre expose cette approche de la mémoire en constraste avec une présentation de trois grandes familles d’approches – les approches de la mémoire collective, celles de la mémoire culturelle et les approches présentistes – qui appréhendent la mémoire comme un construit. Il explique aussi comment je mets le mémoriel à profit dans une analyse de surface qui appréhende la constitution des représentations par lesquelles l’ex-hockeyeur Maurice Richard et l’ex-animatrice et auteure Janette Bertrand sont établis comme personnalités publiques, par le biais de technologies et de figures d’individualité publique qui les font être de manières singulières. Dans cette optique, je réalise, dans le deuxième chapitre, une analyse de la constitution de Maurice Richard comme héros, et dans le troisième, un examen de la constitution de Janette Bertrand comme pionnière. Dans le quatrième et dernier chapitre, je constate notamment les effectivités respectives des technologies et des procédés de représentation par lesquels des personnalités publiques sont instaurées. Je mets aussi en lumière que ces technologies et les éléments qu’elles produisent, traversent et mettent en relation, s’appréhendent à chaque fois dans la singularité de leurs rencontres. Je conclus ensuite en mettant en lumière les manières par lesquelles mon approche du mémoriel contribue aux études de la mémoire, lesquelles sont l’objet d’une disciplinarisation croissante.

Keyphrases: Mémoire, Mémoriel, Personnalités publiques, Maurice Richard, Janette Bertrand, Analyse de surface, Technologies, Figures d'individualité publique, Héros, Pionnière, Mémoriel, Maurice Richard, Janette Bertrand, Technologies
Du blogue au livre : réflexions sur la nature générique du blogue

Internet change notre manière de traiter l’information. Il change aussi les discours de tous les jours. De plus, des gens ont commencé à écrire, sur le web, des textes qui se sont imposés par la suite au milieu éditorial.  Quel impact Internet a-t-il sur la littérature ? Je me sers de mon corpus (Les chroniques d’une mère indigne de Caroline Allard, Un taxi la nuit de Pierre-Léon Lalonde et Lucie le chien de Sophie Bienvenu) pour répondre à cette question : je cherche à démontrer que le blogue constitue un nouveau genre littéraire.  Internet, d’abord, marque matériellement ce nouveau genre. Ensuite, que le blogue soit présenté sur le web ou dans un livre, il fonctionne essentiellement à partir d’anecdotes qui tournent autour d’un thème central, défini par un blogueur qui se met en scène en tant que personnage.  Ces caractéristiques du blogue permettent de le comparer à deux genres qui lui ressemblent : le journal intime et l’essai.  Le blogue est différent du journal intime à plusieurs points de vue, les plus importants étant le thème développé dans le blogue et le personnage que le blogueur construit. Par ailleurs, il ne peut être considéré comme un type d’essai : son caractère fortement anecdotique lui confère une visée plus narrative et un blogueur ne réfléchit pas sur le monde de la même manière qu’un essayiste.  Bref, le blogue est un genre à part entière, tout jeune, qui se distingue suffisamment du journal intime et de l’essai pour être étudié avec des outils spécifiques.

Keyphrases: blogue, Internet, essai, journal intime, hypertexte, anecdote, études génériques, blog, essay, genre studies
Analyse processuelle de Genèse 2:4b-25 : incidences herméneutiques et théologiques

Dans un monde devenu séculier et où la tradition chrétienne est en recul, on est en droit de se poser la question de la pertinence des textes bibliques. En lien avec cette situation, on peut aussi se demander quelle représentation de Dieu émerge de la façon dont on accueille ces textes. Ce type de questionnement sous-tend l’intérêt que peut représenter une approche processuelle des textes bibliques, approche encore peu connue dans le monde francophone. Celle-ci est-elle en mesure d’apporter une certaine nouveauté dans la vision de Dieu généralement proposée en milieu chrétien ? Pour répondre à cela, il a semblé pertinent de tenter l’exercice à partir d’un texte englobant et fondateur. Genèse 2, connu pour raconter la création d’Adam et Ève, est porteur d’images presque stéréotypées à force d’avoir été lu et remâché. À ce titre, il a paru particulièrement approprié. Mais, avant même d’explorer le texte sous un angle processuel, il s’est avéré indispensable de commencer cette démarche par une traduction personnelle du texte hébreu, à partir et avec l’aide d’une analyse syntaxique et textuelle, dont on verra qu’elles ont ouvert le texte à de nouvelles hypothèses de traduction, de nouvelles nuances, comme autant de pistes à confronter à une théologie processuelle. Enfin, cette analyse ne peut se faire sans être en dialogue avec différents commentaires, exégétiques ou non, afin de souligner les convergences comme les divergences rencontrées au fil de la recherche et de la réflexion.

Keyphrases: Genèse 2, Exégèse, Herméneutique, Interprétation, Théologie processuelle, Procès, Analyse syntaxique, Process
The Broken "I" : fragmentation of self and otherness in modern urban narratives

Ce mémoire mélange théorie et fiction pour explorer la technique narrative du “nous” performatif. Le premier chapitre démontre le role du discours dans le processus de formation d’identité, pour éventuellement démontrer que la nature performative du langage est responsable de la creation des constructions sociales du soi et de l’autre. En étudiant les failles de ce système, cet essai tentera de créer une entité narrative libre de ces contraintes. Un second chapitre théorique, après des exemples de fiction, se penchera sur l’entité narrative du flâneur, qui à travers sa relation intime avec la cité, souligne une dichotomie présente dans la relation entre le soi et l’autre. Le flâneur emergera comme un site de traduction dans lequel le “nous” performatif peut prendre action. Toutefois, les limites du flâneur en tant qu’outil narratif l’empêchera d’être la representation ultime de cette dichotomie. Après d’autres exemples de fiction, un troisième chapitre combinera ce qui aura été apprit dans les chapitres précédents pour démontrer que le “nous” performatif et sa dissolution du “je” et du “tu” mène à une narration qui est responsable, consciente d’elle-même et représentative de la réalité urbaine moderne et ses effets sur la création de l’identité.

Keyphrases: performatif, performative, identité, discours, soi, autre, narration, narration, cité, flâneur, flâneur
La sanction préventive en droit de la responsabilité civile : contribution à la théorie de l'interprétation et de la mise en effet des normes

Menée pour la première fois, l’étude des différentes dimensions de la prévention (la précaution, la cessation et la dissuasion) est rendue possible par la découverte des sanctions préventives en droit de la responsabilité civile.  Les sanctions préventives sont nombreuses en jurisprudence en vue de prévenir le dommage à différents stades : avant la réalisation du fait dommageable (mesure de prévention et de précaution), au cours de sa réalisation (mesure de cessation), après sa réalisation (dommages et intérêts provisionnels) et après sa reconnaissance juridique (dommages et intérêts punitifs). Concevoir une notion de sanction préventive devient alors essentiel pour comprendre les évolutions contemporaines du droit. Définie comme l’effet de droit résultant d’une interprétation de la norme susceptible d’être violée, la sanction préventive démontre que l’action introduite précocement par le justiciable peut aboutir. Si ces évolutions bouleversent les conditions classiques de la responsabilité, elles s’expliquent en revanche par une représentation de la responsabilité civile à partir de ses effets.   Sous l’angle des effets, l’existence des sanctions préventives met en lumière une mise en effet judiciaire des normes dans une finalité préventive. La mise en effet est une opération effectuée en pratique par le juge entre l’interprétation et l’exécution de la norme. Ce temps de la mise en effet est celui durant lequel le juge choisit l’effet de droit apte à résoudre le litige. Or, le choix de la sanction par le juge n’est pas entièrement libre. En effet, les sanctions préventives naissent d’un besoin sécuritaire. Cette effectivité désirée par les justiciables exerce une influence sur la mise en effet de la norme par le juge par l’introduction précoce de l’action en justice.   Qualifier les manifestations préventives de la responsabilité civile de sanctions juridiques naissant d’une opération judiciaire de mise en effet des normes permet ainsi de mieux rendre compte de la pratique du droit au sein d’une théorie renouvelée du procès.

Keyphrases: Action préventive, Dommages et intérêts punitifs, Effet de droit, Théorie de la mise en effet des normes, Mesures de cessation, Méthode généalogique, Précaution, Prévention, Sanction juridique, Théorie de l'interprétation
Perceptions de personnes vivant avec une MPOC sévère au regard de leur fin de vie

Vivre avec une maladie pulmonaire obstructive chronique (MPOC), c’est vivre avec une maladie chronique, dégénérative et irréversible. La dyspnée qui l’accompagne demande une adaptation continuelle à de multiples incapacités. La qualité de vie des personnes vivant avec la MPOC s’en trouve compromise.  Au Québec, le taux de mortalité de la MPOC a doublé depuis 20 ans. Si plusieurs études se sont intéressées à la symptomatologie vécue dans la dernière année de vie, aucune n’a abordé spécifiquement les perceptions de personnes vivant avec une MPOC sévère au regard de leur fin de vie. La présente étude avait justement pour but de décrire ces perceptions dans la perspective de la théorie de l’humain en devenir.  Cette étude qualitative descriptive fut réalisée auprès de six personnes dans un centre hospitalier universitaire de la région de Montréal. L’analyse des entrevues a été réalisée selon la méthode de Miles et Huberman (2003) à partir de la transcription intégrale des entrevues. Cette analyse a permis de dégager quatre thèmes qui reflètent les perceptions des participants au regard de leur fin de vie, soit: 1) vivre et se voir décliner, 2) vivre et se préparer à mourir, 3) mourir d’une MPOC c’est étouffer et 4) mourir entouré à l’hôpital. Cette étude a mis en évidence que les personnes vivant avec une MPOC sévère souhaitent mourir à l’hôpital entouré de leurs proches. Cette étude contribue à une connaissance plus globale de l’expérience de fin de vie. De plus, elle propose des recommandations pour la recherche, la pratique, la formation et la gestion infirmière.

Keyphrases: Personnes vivant avec une MPOC, Perceptions, Fin de vie, Perceptions
Validité de construit d’un test d’évaluation de la stabilité lombo-pelvienne, le soulèvement actif de la jambe tendue (SAJT) version objective

Introduction : L’évaluation clinique du contrôle neuromusculaire des muscles du tronc est criante en réhabilitation et en entraînement. L’objectif principal de cette étude a été d’évaluer la reproductibilité intra et inter-évaluateur d’un test clinique le soulèvement actif de la jambe tendue (SAJT) chez une population active et saine. Méthode : Chaque sujet (18 joueurs de tennis) a été testé à deux reprises par 2 physiothérapeutes avec le SAJT. Résultats : La reproductibilité intra-évaluateur s’est avérée élevée à très élevée (ICC =  0.81 à 0.93) tandis la reproductibilité inter-évaluateur s’est avérée cliniquement non viable. Conclusion : À notre connaissance, le SAJT est le premier test clinique reproductible évaluant le contrôle neuromusculaire du tronc avec des compensations musculaires et cinétiques chez des sujets actifs et sains. Une formation plus importante des évaluateurs aurait certainement amélioré la reproductibilité inter-évaluateur.

Keyphrases: Stabilité lombo-pelvienne, Colonne vertébrale, Douleur au dos, Contrôle neuromusculaire, Soulèvement actif de la jambe tendue, Reproductibilité, Athlète, Prévention de blessure
Le travail d'enseignant en milieu carcéral

Jusqu’à maintenant, la prison a surtout été analysée à partir du point de vue des détenus et celui des surveillants comme si le vécu de l’enfermement et la relation détenus-surveillants étaient les seuls points de vue permettant d’en apprendre sur ce qu’elle est et d’en saisir le fonctionnement. Nous pensons, pour notre part, que d’autres points de vue sont possibles, voire même souhaitables. C’est le cas, notamment, de celui des enseignants qui exercent leur métier en prison. Bien que théoriquement en mesure d’offrir un complément intéressant aux fonctions de dissuasion et de réinsertion sociale que la prison remplit difficilement à elle seule, le projet éducatif carcéral constitue une activité plus ou moins marginalisée qui est ramenée au niveau des autres activités pénitentiaires. Au premier chef, c’est à la prison que nous sommes tentés d’en imputer la responsabilité et, de fait, elle y est pour quelque chose. D’abord conçue pour neutraliser des criminels, il lui est difficile de les éduquer en même temps. Mais cette marginalisation, nous le verrons, n’est pas le seul fait de la prison. Elle tient aussi beaucoup au mandat qu’ils se donnent et à la façon dont les enseignants se représentent leur travail. S’étant eux-mêmes défini un mandat ambitieux de modelage et de remodelage de la personnalité de leurs élèves délinquants détenus, prérequis, selon eux, à un retour harmonieux dans la collectivité, les enseignants déplorent qu’on ne leur accorde pas toute la crédibilité qui devrait leur revenir. Cette situation est d’autant plus difficile à vivre, qu’à titre de travailleurs contractuels pour la plupart, ils sont déjà, aux yeux du personnel correctionnel, objets d’une méfiance qui sera d’autant plus grande que, pour effectuer leur travail, ils doivent se faire une représentation du délinquant et du délit peu compatibles avec celles qui prévalent dans le milieu. C’est ainsi qu’à la marginalisation comme fait organisationnel se superpose une auto-marginalisation, incontournable, qui est le fait des enseignants eux-mêmes et qui se traduit par leur attitude de réserve à l’égard de la prison. La chose est d’autant plus paradoxale que le mandat que se donnent les enseignants, bien qu’ils s’en gardent de le dire, correspond tout à fait au projet correctionnel. Mais la prison, davantage préoccupée par la gestion du risque que par la réinsertion sociale des détenus, n’a d’intérêt pour l’éducation en milieu carcéral que dans la mesure où elle permet une socialisation à l’idéologie pénitentiaire et contribue à consolider la paix à l’intérieur des murs avec la complicité des enseignants eux-mêmes. Du reste, ces derniers ne sont pas dupes et lui en font grief, encore qu’il soit permis de nous demander si on ne lui reproche pas, plus simplement, de ne pas leur donner toute la place qu’ils croient leur revenir et de les laisser suspendus dans le vide carcéral.

Keyphrases: Enseignement, Prison, Délinquance, Criminalité, Enseignement en milieu carcéral, Prison