NCube/papyrus huggingface dataset:
Asthme infantile et polluants du trafic routier

La pollution de l’air extérieur est reconnue comme étant une source importante du fardeau économique, environnemental et sanitaire. Bien que les polluants retrouvés dans l’air ambiant soient émis par de nombreuses sources, le transport routier reste une source majeure de pollution particulièrement, les oxydes d’azote. Les polluants issus du trafic routier comme le dioxyde d’azote (NO2) ont été reliés à des problèmes de santé, notamment respiratoires. Cette thèse vise à quantifier l’impact de l’exposition prolongée à la pollution atmosphérique issue du transport routier, dans un contexte québécois, sur la santé respiratoire des enfants âgés de 0 à 12 ans.  Afin d’y parvenir, nous avons développé une cohorte de naissances avec des données médicoadministratives et des modèles statistiques pour estimer les associations entre l’exposition prolongée au NO2 et le développement ainsi que l’exacerbation de l’asthme infantile. Nous avons également utilisé des données issues de modèles de transport, d’émissions et de dispersions afin de quantifier les cas d’asthmes incidents attribuables au NO2 issus du transport en 2008 et 2031.   L’exposition annuelle ainsi que de l’exposition à la naissance au NO2 a été associée de façon positive au développement de l’asthme. L’exposition annuelle au NO2 a aussi été reliée à l’exacerbation de l’asthme infantile. En plus d’être important, le fardeau de l’asthme infantile attribuable au NO2 issu du transport routier présente une importante variation spatiale dans la région de Montréal. En 2031, on estime que le fardeau absolu ainsi que le fardeau par personne de la pollution issue du trafic routier seront réduits pour l’ensemble de la région.   Dans l’ensemble, cette thèse a permis de quantifier l’impact du fardeau du NO2 issu du trafic routier sur la santé respiratoire des enfants. Les résultats de cette recherche suggèrent que des mesures devraient être encouragées pour réduire le fardeau attribuable au transport routier.

Keyphrases: Trafic routier, Pollution de l’air, Asthme, Montréal, Santé Publique, Fardeau de la Maladie
Effet de l’entraînement des fonctions exécutives sur l’utilisation appropriée de stratégies de mémoire au cours du vieillissement : étude comportementale et électrophysiologique

L’objectif général de cette thèse était de tester l’efficacité d’un entraînement exécutif ainsi que de tester les transferts des bénéfices de cet entraînement sur d’autres fonctions cognitives notamment la mémoire épisodique au niveau comportemental et électrophysiologique chez des adultes âgés. Pour cela, des effets test-retest ont été observés lors de la passation d’un même test de façon consécutive. Ainsi, la création de nouveaux tests pour confectionner le programme d’entraînement a été nécessaire pour ne pas avoir ces effets tests re-tests lors de la passation des pré-tests et des post-tests. Les entraînements exécutifs ont permis l’amélioration du fonctionnement exécutif mais aussi l’amélioration de la vitesse de traitement, et ces bénéfices ont permis l’annulation des effets d’âge dans le groupe entraîné sur une fonction exécutive : la mise à jour de la mémoire de travail. De plus, des effets de transfert ont été obtenus sur l’utilisation stratégique lors de l’encodage d’information en mémoire épisodique. Plus précisément, les adultes âgés entraînés utilisaient plus de stratégies d’encodages efficaces (encodage profond de type imagerie mentale ou phrase) après l’entraînement exécutif et l’utilisation de ces stratégies était plus efficace. Au niveau cérébral, l’entraînement exécutif semble engendrer des processus de spécialisation cérébrale se traduisant par une diminution de l’activité cérébrale de certaines zones cérébrales. Ce travail de thèse incite le développement de programmes d’entraînement des fonctions exécutives qui semblent permettre des effets de transfert à des tâches non entraînées et ces bénéfices semblent aussi modifier le fonctionnement cérébral, ce qui suppose un effet plus durable. Ceci confirme l’idée qu’un environnement stimulant cognitivement est en lien avec de bonnes capacités cognitives et contribue à un vieillissement réussi.

Keyphrases: mémoire épisodique, entraînement exécutif, vieillissement normal, transfert, stratégies, potentiels évoqués, transfer
Étude de nouveaux complexes impliquant l'IL-6 et CLCF1

Plusieurs recherches s’adressent à étudier les nouvelles interactions qui peuvent avoir lieu entre les différentes sous-unités des cytokines ainsi que les récepteurs associés. L’objectif général de la thèse est d’étudier la formation de nouveaux complexes impliquant le récepteur soluble EBI3 et la cytokine CLCF1, déterminer leurs voies de signalisation et examiner l’impact de ces interactions sur l’induction de nouvelles fonctions biologiques.  EBI3 est un récepteur soluble qui participe à la formation de trois cytokines composites: IL-27 (EBI3/p28), IL-35 (EBI3/p35) et IL-39 (EBI3/p19). Celles-ci appartiennent à la famille IL-12 des cytokines. L’IL-27 est une cytokine pléiotropique qui exerce à la fois des fonctions pro-inflammatoires qui se caractérisent principalement par la différenciation des cellules Th1 et des fonctions anti-inflammatoires associées à l’inhibition de la différenciation des cellules Th17 et à la production du GM-CSF. L’IL-35 est une cytokine connue pour induire des effets immunosuppresseurs tandis que l’IL-39 a été récemment identifiée pour induire l’inflammation chez les souris atteintes du lupus. Étant donné que l’EBI3 ne forme pas des complexes covalents avec les sous-unités p28, p35 et p19, nous avons voulu savoir si les effets d’EBI3 pourraient passer par la formation d’un composé différent des cytokines IL-27, IL-35 et IL-39. Nous avons démontré que l’EBI3 induit une trans-signalisation en formant un complexe alternatif avec l’IL-6. Des effets similaires de type pro-inflammatoire ont été observés avec les complexes IL-6/sIL-6Rα et EBI3/IL-6. En effet, les deux cytokines activent la chaîne gp130, induisent la phosphorylation de STAT3 et augmentent l’expression des chemiokines par les cellules endothéliales humaines. CLCF1 appartient à la famille IL-6 des cytokines monomériques. L’efficacité de la sécrétion du CLCF1 augmente en présence du CLF, un récepteur soluble aux cytokines. Des mutations dans les gènes codant pour CLCF1 ou CLF induisent le syndrome de la transpiration induite par le froid appelé "Crisponi" ou "CISS". La liaison entre le CNTF, une cytokine qui peut avoir des effets protecteurs semblables au CLCF1 au niveau du système nerveux central,  et l’apolipoprotéine E a été observée in vitro (1). Nous avons émis l’hypothèse que CLCF1 pourrait également former un complexe avec l’apoE. Nous avons démontré que CLCF1 se lie avec les différentes isoformes d’apoE, à savoir, apoE2, apoE3 et apoE4. L’apoE est une protéine impliquée dans le transport des lipides et qui se trouve principalement à la surface des chylomicrons, VLDL et une fraction des HDL. Nous avons observé que CLCF1 interagit avec les lipoprotéines en présence et absence d’apoE. L’impact de la liaison du CLCF1 avec l’apoE ou avec les lipoprotéines a été examiné sur les cellules qui expriment la chaîne CNTFRα.

Keyphrases: EBI3, IL-6, Trans-signalisation, Inflammation, Cellules endothéliales, ApoE, CLCF1, Lipoprotéines, EBI3, IL-6, Inflammation, ApoE, CLCF1
Rôles combinés des cytokines IL-2, IL-15 et IL-21 dans le développement et le maintien des lymphocytes T CD8+ mémoires

Suite à une infection, des lymphocytes T CD8+ naïfs (LTn CD8+) spécifiques d’un antigène du pathogène sont activés. Après, cette activation, ces lymphocytes se différencient en lymphocytes T effecteurs CD8+ (LTe CD8+) chargés d’éliminer le pathogène. Une fois que l’infection est résolue, la grande majorité des effecteurs meurent par apoptose et les survivants  se différencient en lymphocytes T mémoires CD8+ (LTm CD8+). Ces derniers protègeront l’organisme à long terme contre une réinfection par le même pathogène. Il est ainsi primordial d’avoir une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans le développement et la maintenance des LTm CD8+.   Plusieurs études ont déjà montré que certaines cytokines de la famille γC  (IL-2, IL-7, IL-15 et IL-21) influençaient individuellement le développement des LTe et LTm CD8+. Cependant, nous pensons que ces cytokines ont un impact bien plus grand sur l’homéostasie des LTe et LTm CD8+ que la littérature actuelle le laisse entendre. En effet, nous émettons l’hypothèse que ces cytokines de la famille γC agissent en synergie entre elles afin de promouvoir le développement des LTe et LTm CD8+. Pour tester notre hypothèse, nous avons dans un premier temps étudié l’impact combiné des signaux IL-2 et IL-15 sur la génération des LTe et LTm CD8+ dans un modèle d’infection LCMV Armstrong. Ensuite, dans le même modèle expérimental, nous avons étudié l’effet d’une déficience en signaux IL-2, IL-15 et IL-21 sur le développement des LTe et LTm CD8+. Nos résultats montrent que ces trois cytokines collaborent afin de soutenir l’expansion et la différenciation des LTe CD8+. Plus précisément, l’IL-2, l’IL-15 et l’IL-21 sont essentielles pour l’homéostasie d’une population particulière de LTe CD8+ : les Short-Lived Effector Cells (SLECs). Nous avons également mis en évidence que ces trois cytokines sont toutes les trois requises afin de générer un nombre maximum de LTm CD8+. De plus, la différenciation et le maintien de la population effecteur mémoire (TEM) sont particulièrement réduites en l’absence des signaux combinés de l’IL-2, l’IL-15 et l’IL-21.      Nos résultats mettent pour la première fois en lumière les rôles redondants et synergiques de trois cytokines dépendantes de la chaine γc dans le développement et la maintenance des LTe et LTm CD8+.

Keyphrases: Lymphocytes T CD8, c-dépendent cytokines, maintenance
Le traitement non chirurgical du cancer du rein localisé : analyses populationnelles

La présente thèse porte sur l’étude du traitement non chirurgical du cancer du rein localisé. Spécifiquement, l’ablation de tumeur et l’observation sont étudiées sous quatre chapitres et six articles. Le premier chapitre porte sur la sécurité de l’ablation de tumeur et se décompose en deux études. La première étude évalue les complications intra- hospitalières de l’ablation de tumeur à l’aide d’une base de données américaine. Un patient sur six a subi une complication et l’âge, les comorbidités ainsi qu’un petit volume hospitalier étaient des prédicteurs indépendants de complications. Dans la deuxième étude, nous avons comparé les complications à 30 jours (intra- et extra- hospitalières) entre l’ablation de tumeur percutanée et laparoscopique. Le taux de complications était de 21 et de 25% après l’ablation de tumeur percutanée et laparoscopique, respectivement (pas de différence significative pour les complications dans l’analyse multivariée). Le deuxième chapitre porte sur les profils de pratique de l’ablation de tumeur en Amérique du Nord et se décline aussi en deux études. Dans la première étude, un sondage a été envoyé aux urologues canadiens afin de décrire les types d’ablation de tumeur qui sont les plus souvent utilisés et dans quels contextes. Une proportion importante des urologues n’avaient pas accès à l’ablation de tumeur et n’étaient pas très impliqués dans l’utilisation de cette technique. Dans la deuxième étude, une analyse les facteurs sociodémographiques qui peuvent être associés au traitement par l’ablation de tumeur au lieu de l’observation a été faite. De façon intéressante, plusieurs caractéristiques suggestives (être afro-américain, de sexe masculin, avoir un statut socio-économique bas et ne pas être marié) étaient associées à un moins grand accès à l’ablation de tumeur. Le troisième chapitre (une étude) porte sur l’efficacité oncologique de l’ablation de tumeur. Dans un registre de cancer américain, la mortalité spécifique au cancer après l’ablation de tumeur ou après l’observation a été étudiée. En analyse multivariée de type «competing-risks», l’ablation de tumeur était associée à une diminution de 53% de la mortalité spécifique au cancer comparée à l’observation. Le quatrième chapitre (une étude) porte sur la décision pré-opératoire entre la chirurgie ou l’observation pour le traitement du cancer du rein localisé. Un outil se basant sur des caractéristiques pré-opératoires a été développé afin de prédire la mortalité spécifique au cancer ou à d’autres causes selon le traitement choisi. Ces informations sont utiles lors de la prise de décision avec le patient.

Keyphrases: Ablation de tumeur, Observation, Prise en charge non chirurgicale, Issues oncologiques, Cancer du rein, Profils de pratique, Complications, Risques concurrents de mortalité
Décodage de l'expression de gènes cryptiques

Pour certaines espèces, les nouvelles technologies de séquençage à haut débit et les pipelines automatiques d'annotation permettent actuellement de passer du tube Eppendorf au fichier genbank en un clic de souris, ou presque. D'autres organismes, en revanche, résistent farouchement au bio-informaticien le plus acharné en leur opposant une complexité génomique confondante. Les diplonémides en font partie. Ma thèse est centrée sur la découverte de nouvelles stratégies d'encryptage de l'information génétique chez ces eucaryotes, et l'identification des processus moléculaires de décodage.  Les diplonémides sont des protistes marins qui prospèrent à travers tous les océans de la planète. Ils se distinguent par une diversité d'espèces riche et inattendue. Mais la caractéristique la plus fascinante de ce groupe est leur génome mitochondrial en morceaux dont les gènes sont encryptés. Ils sont décodés au niveau ARN par trois processus: (i) l'épissage en trans, (ii) l'édition par polyuridylation à la jonction des fragments de gènes, et (iii) l'édition par substitution de A-vers-I et C-vers-T; une diversité de processus posttranscriptionnels exceptionnelle dans les mitochondries.  Par des méthodes bio-informatiques, j'ai reconstitué complètement le transcriptome mitochondrial à partir de données de séquences ARN à haut débit. Nous avons ainsi découvert six nouveaux gènes dont l'un présente des isoformes par épissage alternatif en trans, 216 positions éditées par polyuridylation sur 14 gènes (jusqu'à 29 uridines par position) et 114 positions éditées par déamination de A-vers-I et C-vers-T sur sept gènes (nad4, nad7, rns, y1, y2, y3, y5).  Afin d'identifier les composants de la machinerie réalisant la maturation des ARNs mitochondriaux, le génome nucléaire a été séquencé, puis je l'ai assemblé et annoté. Cette machinerie est probablement singulière et complexe car aucun signal en cis ni acteur en trans caractéristiques des machineries d'épissage connues n'a été trouvé. J'ai identifié plusieurs candidats prometteurs qui devront être validés expérimentalement: des ARN ligases, un nombre important de protéines de la famille des PPR impliquées dans l'édition des ARNs dans les organites de plantes, ainsi que plusieurs déaminases.  Durant ma thèse, nous avons mis en évidence de nouveaux types de maturation posttranscriptionnelle des ARNs dans la mitochondrie des diplonémides et identifié des candidats prometteurs de la machinerie. Ces composants, capables de lier précisément des fragments d'ARN et de les éditer pourraient trouver des applications biotechnologique. Au niveau évolutif, la caractérisation de nouvelles excentricités moléculaires de ce type nous donne une idée des processus de recrutement de gènes, de leur adaptation à de nouvelles fonctions, et de la mise en place de machineries moléculaires complexes.

Keyphrases: Bio-informatique, Génomique, Édition d'ARN, Épissage en trans, Assemblage de génome, Annotation
L’immunoprotéasome : régulateur de transcription et promoteur de survie cellulaire

Le protéasome (CP) contrôle la majorité des fonctions cellulaires par la dégradation des protéines intracellulaires. En plus d’exprimer le CP, les vertébrés expriment également l’immunoprotéasome (IP), caractérisé par des préférences de dégradation distinctes. Le rôle le mieux caractérisé pour l’IP est la génération d’antigènes adaptés pour la liaison au complexe majeur d’histocomptabilité de classe I (CMH-I). Cependant, les nombreux phénotypes observés au niveau de cellules déficientes en IP ou avec une mutation révèlent que l’IP influence des fonctions immunitaires indépendamment de la génération d’antigènes et peut atténuer le stress présent au niveau de cellules non-immunitaires. L’objectif de cette thèse était de caractériser les rôles de l’IP qui ne sont pas reliés à la génération d’antigènes associés au CMH-I. L’analyse du transcriptome de cellules dendritiques IP-déficientes en cours de maturation révèle que l’IP affecte l’expression de plus de 8 000 transcrits. L’IP affecte l’expression génique principalement au niveau transcriptionnel en contrôlant l’abondance de régulateurs de transcriptions tels que NF-κB et les membres des familles IRF et STAT. Les cellules dendritiques IP-déficientes sont également moins efficaces pour activer des lymphocytes T CD8+, même chargées artificiellement avec des quantités optimales d’antigènes associés au CMH-I. En outre, nos études montrent que l’IP est fortement exprimé au niveau de cellules de patients atteints de leucémie myéloïde aigue. L’expression de l’IP est intrinsèque aux leucémies, puisque qu’elle n’est pas corrélée à la présence de lymphocytes sécréteurs d’IFN-γ. De plus, l’expression d’IP est particulièrement élevée au niveau de leucémies monocytaires et/ou possédant un réarrangement MLL. Notamment, des analyses de corrélation montrent que l’IP est connecté à des gènes impliqués dans le métabolisme, l’activité mitochondriale et la réponse au stress. En effet l’inhibition de la sous-unité PSMB8 de l’IP mène à l’accumulation de protéines ubiquitinées et la mort de cellules leucémiques monocytaires. Globalement, nos travaux montrent que le rôle de l’IP n’est pas limité à la génération d’antigènes, mais qu’il peut contrôler l’expression génique et la survie des leucémies.

Keyphrases: Système ubiquitine-protéasome, Immunoprotéasome, Séquençage d’ARNm, Régulation de l’expression génique, Stress protéotoxique, Leucémie, Inhibiteurs de protéasome
Contribution de l’activité des domaines polo-box et kinase de la Polo-like kinase Cdc5 dans ses fonctions de régulation mitotique et dans le maintien de la stabilité du génome

Cdc5 est une protéine clé pour la régulation du cycle cellulaire et le maintien de la stabilité du génome chez Saccharomyces cerevisiae. La perte de régulation des fonctions de son homologue mammifère Plk1 est associée au développement de cellules tumorales chez l’humain. Plk1 et Cdc5 font partie d’une famille de protéines kinases appelée Polo-like kinase (PLK) présentant une architecture générale conservée. Elles arborent un domaine kinase N- terminal suivi en C-terminus par un ou deux motifs polo-box qui forment un domaine polo- box (PBD). La manière dont le PBD et le domaine kinase des PLK agissent de concert pour promouvoir leurs fonctions critiques reste une question sans réponse. Cette étude vise à déterminer la contribution relative du PBD et du domaine kinase de la PLK Cdc5 dans ses fonctions mitotiques et durant la réponse au dommage à l’ADN. Afin de répondre à cet objectif, nous avons effectué un criblage génétique chez la levure dans le but d’identifier des mutations qui moduleraient de manière indépendante l’activité kinase et celle du PBD de la PLK de S. cerevisiae. En utilisant cette approche, nous avons montré que l’activité catalytique de Cdc5 promeut l’accomplissement de plusieurs étapes de la mitose indépendamment de l’activité du PBD. En revanche, les mutants spécifiques du PBD ayant perdu leur capacité à se lier à des phospho-peptides sont capables de finir la mitose mais sont incapables de maintenir l’intégrité de leurs pôles du fuseau mitotique. Ainsi, les cellules avec ce défaut du PBD doublent progressivement la taille de leur génome et perdent ultimement l’intégrité de leur génome. De plus, l’activité propre au PBD est essentielle pour que Cdc5 garde ses fonctions lors de dommages persistants à l’ADN. Une inactivation du PBD de Cdc5 mène à une réduction significative de la survie quand les cellules font face à un stress génotoxique. L’ensemble des résultats présentés mettent l’emphase sur la contribution spécifique des domaines fonctionnels de Cdc5 dans la division cellulaire et révèle comment cette protéine contribue au maintien de la stabilité du génome via sa régulation des pôles de fuseau mitotique.

Keyphrases: Cdc5, Plk1, domaine kinase, cycle cellulaire, PBD, intégrité du génome
Culture, religion and childrearing practice : a case study of practicing Muslim-Moroccan immigrants in Québec

Cette recherche, de type qualitative, a examiné comment des parents Marocains qui s’identifient majoritairement comme musulmans pratiquants et résidant dans deux régions du Québec, préservent et transmettent leurs valeurs culturelles à leurs enfants. En particulier, cette étude a mis en évidence leurs choix de stratégies d'éducation dans un contexte de conflit culturel. Les perceptions des participants ont été explorées par le biais de deux méthodes de collectes de données : des groupes de discussion ainsi que des entrevues semi-structurées. Les données de cette recherche ont identifiés trois aspects : 1) l'identité et les valeurs culturelles qu’ils souhaitent transmettent ; 2) Les stratégies de transmission culturelle, et 3) les stratégies d'intégration culturelle de ce groupe de parents Marocains. D’abord ces parents se donnent comme objectif prioritaire d’assurer la transmission de l'identité religieuse comme processus de base de la transmission culturelle. Le renforcement de l’identité religieuse auprès des enfants passe par la connexion et l'association des parents avec la communauté marocaine. Ainsi l’identité musulmane est perçue plus importante que l’appartenance ethnique. En second lieu, cette étude a mis en évidence cinq stratégies de transmission culturelle afin de relever les défis de conflits avec la culture d'accueil. Ces stratégies comprenaient des modes de transmission au sein même de la famille ; la transmission des valeurs en tant que partie intégrante de la transmission culturelle ; la fréquentation d’écoles musulmanes ; le maintien de liens étroits avec le pays d'origine ; et enfin,des méthodes qui contrôlent la socialisation de leurs enfants avec l’environnement externe, étant donné que ces parents perçoivent certaines valeurs et pratiques de la société d'accueil comme potentiellement menaçante. La troisième constatation de cette étude porte sur le biculturalisme et la sécularisation comme stratégies d’adaptation culturelle. En effet, les parents participants ont tenté de faire face aux défis d’adaptation à la société d'accueil par le biais de certaines stratégies d'ouverture et d'intégration, quoique relativement limitées. Enfin en guise de conclusion, des implications pour les recherches futures, les stratégies d'intervention ainsi que pour la formation ou l'éducation des travailleurs sociaux ont été identifiées

Keyphrases: Éducation des enfants, Culture d'accueil, Intégration, Transmission culturelle, Identité, Culture d'origine, Parentalité des immigrants, Biculturalism