NCube/papyrus huggingface dataset:
Timing verification in transaction modeling

Les systèmes Matériels/Logiciels deviennent indispensables dans tous les aspects de la vie quotidienne. La présence croissante de ces systèmes dans les différents produits et services incite à trouver des méthodes pour les développer efficacement. Mais une conception efficace de ces systèmes est limitée par plusieurs facteurs, certains d'entre eux sont: la complexité croissante des applications, une augmentation de la densité d'intégration, la nature hétérogène des produits et services, la diminution de temps d’accès au marché. Une modélisation transactionnelle (TLM) est considérée comme un paradigme prometteur permettant de gérer la complexité de conception et fournissant des moyens d’exploration et de validation d'alternatives de conception à des niveaux d’abstraction élevés. Cette recherche propose une méthodologie d’expression de temps dans TLM basée sur une analyse de contraintes temporelles. Nous proposons d'utiliser une combinaison de deux paradigmes de développement pour accélérer la conception: le TLM d'une part et une méthodologie d’expression de temps entre différentes transactions d’autre part. Cette synergie nous permet de combiner dans un seul environnement des méthodes de simulation performantes et des méthodes analytiques formelles. Nous avons proposé un nouvel algorithme de vérification temporelle basé sur la procédure de linéarisation des contraintes de type min/max et une technique d'optimisation afin d'améliorer l'efficacité de l'algorithme. Nous avons complété la description mathématique de tous les types de contraintes présentées dans la littérature. Nous avons développé des méthodes d'exploration et raffinement de système de communication qui nous a permis d'utiliser les algorithmes de vérification temporelle à différents niveaux TLM.  Comme il existe plusieurs définitions du TLM, dans le cadre de notre recherche, nous avons défini une méthodologie de spécification et simulation pour des systèmes Matériel/Logiciel basée sur le paradigme de TLM. Dans cette méthodologie plusieurs concepts de modélisation peuvent être considérés séparément. Basée sur l'utilisation des technologies modernes de génie logiciel telles que XML, XSLT, XSD, la programmation orientée objet et plusieurs autres fournies par l’environnement .Net,  la méthodologie proposée présente une approche qui rend possible une réutilisation des modèles intermédiaires afin de faire face à la contrainte de temps d’accès au marché.  Elle fournit une approche générale dans la modélisation du système qui sépare les différents aspects de conception tels que des modèles de calculs utilisés pour décrire le système à des niveaux d’abstraction multiples. En conséquence, dans le modèle du système nous pouvons clairement identifier la fonctionnalité du système sans les détails reliés aux plateformes de développement et ceci mènera à améliorer la "portabilité" du modèle d'application.

Keyphrases: Systèmes Matériels/Logiciels, Vérification temporelle, Analyse temporelle, Modélisation transactionnelle, Modélisation des systèmes à différents niveaux d'abstraction
Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.

Keyphrases: Famille de gènes, Duplication de gène, Perte de gène, Homologie, Génomique comparative, Arbre d’espèces, Arbre de gènes, Gene tree, Coévolution, Probabilité, Réconciliation, Parcimonie, Parsimony, Évolution, Phylogénétique
Les conditions liées à l’intégration de l’approche écologique dans la programmation de prévention-promotion offerte à la clientèle aînée par des CSSS du Québec : une étude de cas

L’objectif de cette étude de cas multiples est d’identifier les facteurs associés à l’intégration de l’approche écologique dans la programmation de prévention-promotion (PP) offerte aux aînés par des organisations locales de santé du Québec. Le modèle de Scheirer a guidé l’étude réalisée dans cinq CSSS choisis en fonction de la dimension écologique de leur programmation PP.  Une analyse documentaire et des entretiens semi-dirigés auprès de 38 professionnels et gestionnaires ont constitué la stratégie de collecte de données. Trois catégories de facteurs ont été examinées : les facteurs professionnels, organisationnels et environnementaux. Les résultats suggèrent que les normes organisationnelles, les priorités concurrentes, la structure des équipes, les partenariats avec l’environnement externe, les préjugés, de même que la formation et l’intérêt du personnel influencent le degré d’intégration de l’approche écologique au sein des programmations. Ces résultats permettront de dégager des leviers d'action en vue d’optimiser l’offre de services en prévention-promotion destinée aux aînés.

Keyphrases: Promotion de la santé, Prévention, Approche écologique, Personnes agées, Organisations de santé publique
Calibration de systèmes de caméras et projecteurs dans des applications de création multimédia

Ce mémoire s'intéresse à la vision par ordinateur appliquée à des projets d'art technologique. Le sujet traité est la calibration de systèmes de caméras et de projecteurs dans des applications de suivi et de reconstruction 3D en arts visuels et en art performatif.  Le mémoire s'articule autour de deux collaborations avec les artistes québécois Daniel Danis et Nicolas Reeves. La géométrie projective et les méthodes de calibration classiques telles que la calibration planaire et la calibration par géométrie épipolaire sont présentées pour introduire les techniques utilisées dans ces deux projets. La collaboration avec Nicolas Reeves consiste à calibrer un système caméra-projecteur sur tête robotisée pour projeter des vidéos en temps réel sur des écrans cubiques mobiles. En plus d'appliquer des méthodes de calibration classiques, nous proposons une nouvelle technique de calibration de la pose d'une caméra sur tête robotisée. Cette technique utilise des plans elliptiques générés par l'observation d'un seul point dans le monde pour déterminer la pose de la caméra par rapport au centre de rotation de la tête robotisée. Le projet avec le metteur en scène Daniel Danis aborde les techniques de calibration de systèmes multi-caméras. Pour son projet de théâtre, nous avons développé un algorithme de calibration d'un réseau de caméras wiimotes. Cette technique basée sur la géométrie épipolaire permet de faire de la reconstruction 3D d'une trajectoire dans un grand volume à un coût minime.   Les résultats des techniques de calibration développées sont présentés, de même que leur utilisation dans des contextes réels de performance devant public.

Keyphrases: Calibration de caméra sur tête robotisée, Système multi-caméras, Système caméra-projecteur, Wiimotes, Écrans mobiles, Reconstruction 3D, Art technologique, Wiimotes
Impacts des emprises de lignes électriques sur la végétation des tourbières

Les infrastructures linéaires sont reconnues pour faciliter la dispersion de plantes indésirables dans leur emprise et les habitats adjacents. Toutefois, les impacts des emprises de lignes électriques ont été peu étudiés, particulièrement en milieux humides. Cette étude a examiné la végétation des emprises de lignes électriques et de leurs habitats adjacents dans 23 tourbières ombrotrophes (bogs) et 11 minérotrophes (fens). Dans les fens, la dispersion des espèces indésirables est facilitée le long des emprises et certaines espèces peuvent se propager à plus de 43 m dans les habitats adjacents. Au contraire, ces infrastructures ne semblent pas favoriser la dispersion des espèces indésirables dans les bogs puisque leur présence était limitée à la marge des sites et était négligeable dans les habitats tourbeux adjacents. Finalement, les caractéristiques intrinsèques des tourbières, telles leur degré de minérotrophie (bog ou fen) et leur structure végétale (tourbière ouverte, semi-forestière ou forestière) semblent grandement influencer l’envahissement.

Keyphrases: Bogs, Effet de bordure, Espèces exotiques, Espèces envahissantes, Fens, Infrastructures linéaires, Perturbations humaines, Edge effect
Impact des polluants agricoles sur la génétique des populations d’une espèce sentinelle : le ouaouaron (Rana catesbeiana)

L’expansion agricole ne cesse d’agir sur la perte d’habitats essentiels et nécessaires au développement des espèces. Bien que plusieurs espèces réussissent à survivre dans ces habitats peu adéquats, la persistance et la santé de plusieurs populations semblent compromises par l’utilisation souvent intensive de polluants chimiques agricoles et de fertilisants. Cette étude a pour but de déterminer l’impact des contaminants et de l’écologie du paysage sur la diversité génétique des populations de ouaouarons retrouvées en milieu agricole. Notre hypothèse de départ stipule qu’une exposition chronique aux polluants agricoles induira des différences génétiques au niveau des populations exposées. Le bassin versant de la rivière Yamaska a été désigné comme site d’étude puisqu’il fait partie de la région agricole la plus importante du Québec et parce qu’on y retrouve un gradient d’utilisation des terres pour l’agriculture (faible, moyen, élevé). Le ouaouaron a été choisi à titre de modèle biologique puisque ses caractéristiques physiologiques et écologiques en font une espèce sentinelle capable de rendre compte de l’état de santé global des écosystèmes. La caractérisation génétique des populations a été effectuée à partir de marqueurs d’AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism). Les résultats montrent que la diversité génétique est liée à la colonisation à partir de l’embouchure de la rivière Yamaska et que quelques populations sont génétiquement différenciées. De plus, nous avons démontré une relation positive entre le nombre de locus polymorphes et l’atrazine, l’indice de contamination et le métolachlore et la concentration en azote ainsi qu’entre l’hétérozygotie attendue et la concentration en phosphate.

Keyphrases: ouaouarons, espèce sentinelle, diversité génétique, aflp, écologie du paysage, fertilisants, agriculture, agriculture
Reconnaissance mnésique dans le vieillissement normal, le trouble cognitif léger et la
maladie d’Alzheimer : impact du matériel et caractérisation des processus impliqués

Résumé: L’objectif général de la thèse était de caractériser les déficits de reconnaissance mnésique dans la maladie d’Alzheimer et le trouble cognitif léger. La thèse comprend trois articles. Le premier article propose une recension des écrits portant sur les déficits cognitifs dans le trouble cognitif léger, alors que les deux articles suivants rapportent les résultats d’études expérimentales portant sur la reconnaissance. Le but de la première étude empirique était d’évaluer l’impact du type de matériel sur la reconnaissance à long terme et la reconnaissance à court terme dans la maladie d’Alzheimer en comparant l’atteinte pour des stimuli verbaux et musicaux. Nos analyses de groupe ont révélé que les atteintes des personnes avec maladie d’Alzheimer s’étendaient à toutes les épreuves et que les déficits étaient d’une ampleur comparable en reconnaissance musicale et verbale. Les analyses corrélationnelles appuient, bien que partiellement, une certaine spécificité d’atteintes par domaine, particulièrement en reconnaissance à long terme, mais suggèrent également que les deux domaines puissent partager certains mécanismes. L’objectif de la seconde étude était de caractériser les processus utilisés en reconnaissance dans le vieillissement normal et le trouble cognitif léger en fonction de la nouveauté et du type de matériel. L’étude évaluait la recollection et la familiarité à l’aide de la méthode remember/know. Les tâches étaient composées d’items connus et d’items nouveaux faisant partie du domaine verbal ou du domaine musical. Les résultats ont révélé que la recollection était atteinte dans le vieillissement normal et le trouble cognitif léger, mais uniquement pour la reconnaissance de stimuli connus, ce qui est compatible avec le fait que les deux groupes ont de la difficulté à encoder l’information de façon élaborée. D’autre part, la familiarité était compromise dans le vieillissement normal, sans impact additionnel du trouble cognitif léger, et seulement pour la reconnaissance de stimuli inconnus. Cette atteinte peut être associée aux difficultés des aînés dans les tâches d’amorçage perceptif impliquant des items inconnus. Les résultats découlant de ces études s’avèrent pertinents dans une perspective clinique, en plus de pouvoir contribuer à certaines questions d’ordre théorique.

Keyphrases: Maladie d’Alzheimer, Trouble cognitif léger, Vieillissement normal, Reconnaissance, Musique, Recollection, Familiarité, Remember/know, Music, Recollection, Remember/know
Développement d'une méthode de marquage protéique par fluorescence

Le marquage protéique par fluorescence est une méthode de choix permettant d’étudier l’évolution des protéines depuis leur synthèse cellulaire jusqu’à leur dégradation, en plus de rendre possible leur localisation ainsi que la visualisation des interactions entre protéines. De cet intérêt certain ont découlé différentes techniques de marquage, dont celle présentement développée dans le groupe Keillor. Le principe de celle-ci repose sur la réaction entre deux maléimides portés par un fluorogène et une séquence peptidique cible, laquelle contient deux résidus cystéines séparés par une distance appropriée. Suite à cette double addition de thiols du peptide sur les maléimides du fluorogène, la fluorescence latente de ce dernier est régénérée, menant au marquage covalent de la protéine d’intérêt. Afin d’optimiser la spécificité et la sensibilité de cette méthode de marquage, la synthèse de nouveaux fluorogènes et l’étude de l’efficacité de quench de la fluorescence par les maléimides est présentement en cours dans les laboratoires du groupe Keillor.

Keyphrases: Marquage, Protéine, Fluorescence, Fluorogène, Maléimide, Thiol, Cystéine, Hélice
L'éthique en psychothérapie dans le cadre des processus de transfert et de contre-transfert: l'apport de la médecine narrative et du concept de représentation

Les discussions sur l’éthique de la santé mentale se concentrent généralement sur des sujets comme la confidentialité ou les conflits d’intérêt. Certaines formes de thérapie donnent cependant lieu à des situations plus particulières. C’est le cas de la thérapie psychodynamique et des considérations éthiques soulevées par les processus de transfert et de contre-transfert. En raison du peu de recherche sur ce sujet, l’approche de l’analyse documentaire critique, une méthode qualitative, fut sélectionnée. Ce projet vise à établir l’apport de la médecine narrative et plus spécifiquement du concept de représentation pour analyser les aspects éthiques du transfert et du contre-transfert. À cette fin, ces processus sont étudiés en détail et les diverses stratégies proposées aux thérapeutes pour maintenir une relation éthique avec leurs patients sont recensées. Popularisés principalement par Rita Charon, la médecine narrative et ses principaux composants, dont la représentation, sont ensuite présentés. De plus, la mimèsis étant à la base de la représentation, les travaux de Paul Ricœur sur le sujet sont discutés. Le dernier chapitre de ce mémoire, qui constitue la partie analytique du projet, prend la forme d’un exercice inductif évaluant l’apport de la médecine narrative pour analyser les aspects éthiques du transfert et du contre-transfert.

Keyphrases: Éthique, Psychothérapie, Transfert, Contre-transfert, Médecine narrative, Représentation, Mimèsis
Analysis of the Ethical, Social and Legal Issues Related to the Delivery of the Prenatal Genetic Testing in Argentina

L'introduction de nouvelles biotechnologies dans tout système de soins de santé est un processus complexe qui est étroitement lié aux facteurs économiques, politiques et culturels, et, par conséquent, demande de remettre en cause plusieurs questions sociales et éthiques. Dans la situation particulière de l’Argentine - c’est-à-dire: de grandes inégalités sociales entre les citoyens, la rareté des ressources sanitaires, l’accès limité aux services de base, l’absence de politiques spécifiques - l'introduction de technologies génétiques pose de sérieux défis qui doivent impérativement être abordés par les décideurs politiques. Ce projet examine le cas des tests génétiques prénataux dans le contexte du système de santé argentin pour illustrer comment leur introduction peut être complexe dans une nation où l’accès égale aux services de santé doit encore être amélioré. Il faut également examiner les restrictions légales et les préceptes religieux qui influencent l'utilisation des technologies génétiques, ce qui souligne la nécessite de développer un cadre de référence intégral pour le processus d'évaluation des technologies afin d’appuyer l’élaboration de recommandations pour des politiques cohérentes et novatrices applicables au contexte particulier de l’Argentine.

Keyphrases: Génétique, tests prénataux, évaluation des technologies de la santé, bioéthique, politiques, Argentine
Étude de l’impact d’un programme d’activité physique (Amazone) auprès de femmes en traitement pour un cancer du sein

Le cancer du sein est la forme de cancer la plus souvent diagnostiquée chez les femmes. Elles doivent vivre avec des séquelles qui nuisent à leur qualité de vie. Plusieurs études ont montré les bienfaits de l’activité physique (AP) sur les composantes physiques et psychologiques des patientes. Toutefois, elles réduisent souvent leur pratique d'AP suite aux traitements en raison de la détérioration de leur condition physique. Or, le maintien à long terme de la pratique d’AP est essentiel pour en conserver les bénéfices. La première section du mémoire présente une recension des écrits sur les bienfaits de l’AP auprès des femmes atteintes d'un cancer du sein et la seconde rend compte d'une étude expérimentale ayant pour objectif d'évaluer l’impact d’un programme d’AP sur le sentiment d’efficacité personnel et sur le plaisir associé à la pratique d'AP. Une enquête de suivi a été menée trois mois après la fin du programme afin d’évaluer le maintien à long terme de la pratique d'AP.  L'étude a été réalisée auprès de 18 patientes en cours de traitement. Le groupe expérimental a suivi un programme supervisé d’AP combiné à des séances de counseling sur une période de 16 semaines. Le groupe témoin avait la possibilité de suivre un programme de yoga. Nos résultats indiquent une amélioration statistiquement significative des trois composantes mesurées, soit le sentiment d'efficacité personnelle, le plaisir à faire de l'AP et le maintien de la pratique après la participation au programme.

Keyphrases: cancer du sein, activité physique, sentiment d'efficacité personnelle, plaisir à faire de l'activité physique, programme d'entraînement physique, counseling, counseling
La primauté d'honneur du patriarcat de Constantinople au Ve siècle : l'apport de Jean Chrysostome tel que présenté par ses contemporains

S’il est généralement reconnu que le processus d’institutionnalisation de l’Église s’est accéléré au IVe siècle, certaines de ses étapes nous sont moins connues. Ce mémoire cherche à évaluer l’importance de Jean Chrysostome dans l’émergence de la primauté d’honneur de Constantinople. Après une étude attentive du troisième canon du concile de Constantinople I mise en relation avec l’opinion de trois auteurs contemporains, c’est-à-dire Palladius d’Hélénopolis, Socrate de Constantinople et Sozomène, il ressort de ce travail que l’épiscopat de Jean Chrysostome a favorisé l’implantation de cette prééminence dans l’Église. L’analyse des modalités de la primauté d’honneur de Constantinople montre bien qu’historiquement, les évêques de l’ancienne et de la nouvelle Rome n’ont pas construit leur primat à l’aide des mêmes arguments. L’explicitation de ces éléments ne se veut pas une prise de position dans les débats oecuméniques actuels, mais plutôt un préliminaire permettant une meilleure compréhension des données du problème.

Keyphrases: Accomodement politique, Apostolicité, Concile de Constantinople I, Ecclésiologie, Palladius d'Hélénopolis, Socrate de Constantinople, Sozomène