NCube/papyrus huggingface dataset:
Étude de l'implication neurologique et immunologique de la voie costimulatrice CD27/CD70 dans la sclérose en plaques

Introduction : La sclérose en plaques (SEP) est une maladie inflammatoire chronique où des lymphocytes autoréactifs peuvent altérer l’intégrité de la barrière hématoencéphalique (BHE) et transmigrer dans le système nerveux central. La voie CD27/CD70 fournit un signal costimulatoire régulant la fonction effectrice des lymphocytes. Notre laboratoire a montré que l’expression de CD70 est plus élevée sur les lymphocytes des patients SEP comparativement aux sujets sains. Notre hypothèse est que la voie CD27/CD70 est centrale au phénotype pathogénique pro-inflammatoire et à la transmigration des lymphocytes T à travers la BHE dans la SEP.  Méthode : L’étude de l’implication de la voie CD27/CD70 dans la transmigration lymphocytaire nécessite des cellules endothéliales de la BHE (CEBHE), un modèle in vitro de la BHE. Un essai de migration a évalué la capacité des cellules T polarisées en TH1/TH17 ou stimulées avec du TGF-β à traverser la BHE. L’expression de CD70 sur les CEBHE a aussi été examinée par cytométrie en flux, immunobuvardage de type Western et qPCR. De l’immunohistofluorescence a été effectuée sur des sections de cerveau de patients SEP afin d’y détecter des cellules CD27+/CD70+.  Résultats : L’expression de CD70 sur les CEBHE est augmentée en condition de culture pro- inflammatoire. Les lymphocytes T CD70+ polarisés en TH1/TH17 maintiennent leur profil pro- inflammatoire après leur transmigration à travers la BHE. Des cellules immunitaires CD70+/CD27+ sont présentes dans les lésions du cerveau des patients SEP.  Conclusion : La voie costimulatrice CD27/CD70 est impliquée dans la réponse inflammatoire dans le contexte de la SEP.

Keyphrases: sclérose en plaques, CD27, CD70, système nerveux central, barrière hématoencéphalique, maladie auto-immune
Profil transcriptionnel de lymphocytes T CD4+ infectés par le VIH-1 de manière latente chez des individus sous trithérapie antirétrovirale

L’infection par le VIH reste un problème de santé publique majeur, non seulement car il n’existe pas de vaccin préventif, mais aussi, car le traitement par les antirétroviraux n’offre pas de solution curative définitive. Malgré les progrès considérables dans l’accessibilité et l’efficacité des traitements l’arrêt du traitement chez les individus possédant une charge virale indétectable conduit presque invariablement à un rebond viral. Le VIH établit une latence dans certains lymphocytes T CD4+, et plus particulièrement dans les sous-populations mémoires « centrales » « transitionnelles » et « effectrices » (TCM, TTM et TEM, respectivement). Lorsque la pression antirétrovirale est interrompue, ces cellules sont capables de produire de nouveaux virions infectieux qui seront la cause du rebond viral. Il est généralement admis que l’un des facteurs importants dans la maintenance de la latence du VIH est une inhibition de l’élongation, de la polyadénylation et de l’épissage des transcrits viraux. Dans ce travail, nous avons développé une technique de RT-PCR sensible et robuste couplée à l’utilisation de standards ARN. Cette technique permet la quantification absolue de différents transcrits du VIH-1 au sein de lymphocytes T CD4+ totaux ainsi que dans les différentes sous-populations mémoires afin d’établir leur profil transcriptionnel à l’état d’infection latente. Nous avons ainsi identifié un blocage potentiel dans la production de transcrits long, polyadénylés et polyépissés à l’état de latence. Dans le contexte curatif du « Shock and Kill », nous avons également évalué l’impact de différents agents pharmacologiques sur la réactivation de la transcription du VIH-1 en analysant le changement du profil transcriptionnel des lymphocytes T CD4+. Nous avons conclu que l’utilisation de différentes familles d’agents anti-latence était plus efficace dans l’induction de transcription en combinaison plutôt qu’utilisés seuls.

Keyphrases: VIH-1, Transcription, Latence, Réactivation, Profil transcriptionnel, Polyadénylation, Poly-épissage
Caractérisation des systèmes à deux composantes chez Salmonella enterica sérovar Typhi

Les bactéries sont équipées d’une variété de mécanismes leur permettant de percevoir et de s’adapter à leur environnement. Parmi ces mécanismes, on retrouve les systèmes à deux composantes (S2C) qui permettent la transduction de signaux. Un S2C classique comprend un senseur, qui est situé dans la membrane interne et un régulateur situé dans le cytoplasme. Lorsqu’il y a perception d’un signal, le senseur subit un évènement d’autophosphorylation et active le régulateur. Une fois activé, celui-ci agit comme facteur de transcription sur les gènes cibles en se liant à l’ADN. Le régulateur peut induire ou réprimer la transcription de plusieurs gènes simultanément en réponse au signal. Salmonella enterica serovar Typhi est un pathogène humain spécifique et l’agent étiologique de la fièvre typhoïde, pour lequel 28 S2C ont été identifiés. Le rôle associé aux S2C permet d’émettre l’hypothèse selon laquelle les S2C sont importants pour l’adaptation de S. Typhi à son environnement et que ceux-ci participent à différentes étapes importantes de l’infection à ce pathogène. Afin d’étudier les S2C de S. Typhi, les objectifs sont 1) de déléter les régulateurs de façon non-polaire du chromosome par une méthode de mutagenèse par échange allélique, 2) de tester les mutants obtenus dans des essais d’infections de cellules humaines et 3) d’évaluer leur phénotype pour la motilité, le morphotype, ainsi que la production de biofilms. Cette étude présente pour la première fois la caractérisation de tous les S2C retrouvés chez S. Typhi et identifie un rôle potentiel pour chacun dans sa pathogenèse.

Keyphrases: S2C, senseur (SK), régulateur (RR), régulation, infection
Contribution différentielle des variations du nombre de copies aux troubles du spectre autistique et aux traits cognitifs

Les variations du nombre de copies (CNVs) représentent des altérations génétiques hautement étudiées dans les troubles du spectre de l’autisme (TSA). Dans notre étude nous utilisons une cohorte de TSA composée de 2591 individus autistes et 7282 apparentés au premier degré (non autistes) et 2 cohortes de population générale (imagen, sagueney) avec un N total = 4072. À l’aide de ces cohortes nous investiguons l’effet différentiel des CNVs rares sur le risque d’autisme et sur l’atteinte du QI non verbal (NVIQ).   Le niveau d’intolérance à la mutation des gènes contenus dans les CNVs nous permet de modéliser l’effet de ces derniers sur le risque d’autisme ainsi que sur l’atteinte du NVIQ. Nous retrouvons grâce à ce modèle, que les CNVs sont associés à une atteinte du NVIQ qui est deux fois plus importante pour les délétions (suppression d’une copie du génome) que pour les duplications (dédoublement d’une copie du génome).  Même si les CNVs larges semblent associés à un plus haut risque de TSA, notre étude montre que les délétions sont associées plus spécifiquement à la déficience intellectuelle qu’à un plus haut risque d’autisme. A l’opposé, les duplications sont plus spécifiques des TSA. Ces dernières augmentent le risque d’autisme indépendamment du NVIQ. Nos observations sont renforcées par le fait qu’on note un excès de duplications et non pas de délétions chez les apparentés au premier degré comparé à la population générale ce qui suggère une agrégation de ces variants dans ces familles.

Keyphrases: Autisme, NVIQ, CNV, Génétique, Autism
Corrélation entre la sévérité de la maladie et le profil granulocytaire en maladie de Crohn

Les neutrophiles infiltrent la muqueuse colique inflammatoire en maladie de Crohn (CD). Cependant, on ignore l’existence d’une corrélation entre la sévérité endoscopique et la fréquence et/ou l’activation des neutrophiles et autres granulocytes. Une cohorte de 73 patients atteints de CD fut recrutée prospectivement. Les participants furent stratifiés selon la Classification de Montréal ou subdivisés selon le phénotype endoscopique (phénotype typique vs apparence endoscopique « UC-Like »). L’index d’Harvey Bradshaw (HBI) et le Simple Endoscopic score (SES-CD) furent calculés au moment de la coloscopie. La fréquence et l’expression de CD66b et de CD64 sur les granulocytes furent évaluées en cytométrie de flux sur des échantillons sanguins et des biopsies coliques. Le SES-CD corrélait avec l’expression du CD66b sur les neutrophiles coliques et du CD64 sur les neutrophiles circulants en présence de maladie active avec comportement inflammatoire (B1). Les fréquences des neutrophiles et des basophiles mais non des eosinophiles étaient augmentées au sein de la muqueuse inflammatoire, mais la fréquence des neutrophiles coliques n’était corrélée avec le SES-CD uniquement en présence d’un phénotype endoscopique « UC-like ». Deux scores d’activation granulocytaire étaient discriminant entre les individus avec maladie légère et sévère dans l’ensemble de la cohorte avec maladie active. L’activation des granulocytes dans le sang et la muqueuse colique corrèle avec le SES-CD dans des sous-groupes de patients avec une maladie B1, alors que les scores d’activation granulocytaire pourraient être pertinent cliniquement pour évaluer la sévérité de la maladie et possiblement avoir une valeur prognostique parmi les individus avec maladie active.

Keyphrases: Maladie de Crohn, neutrophile, granulocyte, SES-CD, CD64, CD66b, neutrophil
Caractérisation des fonctions de transport du cholestérol des sous-types de macrophages M1 et M2 issus de cellules THP-1

L’athérosclérose est maintenant reconnue comme une maladie inflammatoire qui est caractérisée par le recrutement de macrophages dans la paroi vasculaire. La présence de différents stimulus dans la plaque entraîne la polarisation de ces macrophages en sous-types pro- et anti-inflammatoires. Bien qu’il soit établi que les macrophages participent à la formation de la plaque en devenant des cellules spumeuses suite à l'internalisation du cholestérol qui s’y accumule, peu d’informations sont connues sur la capacité de capture et d’efflux de cholestérol des sous-types de macrophages. Notre objectif principal était donc de déterminer si ces mécanismes impliqués dans la fonction de transport de cholestérol des macrophages différaient selon les sous-types pro- et anti-inflammatoires. À cet effet, nous avons polarisé des cellules THP-1, issus d'une lignée monocytaire humaine, en sous-types pro-inflammatoires M1 en les exposant à 20 ng/ml d'interféron gamma (IFNγ), en présence d’une faible dose de lipopolysaccharides (LPS) (10 pg/mL, M1C) ou d’une forte dose de LPS (1 µg/ml, M1A), afin d’obtenir des M1 avec un niveau inflammatoire distinct. Le sous-type anti-inflammatoire M2 a été polarisé avec 20 ng/ml d’interleukine-4 (IL-4). Puis, nous avons mesuré l’expression génique et protéique des transporteurs de cholestérol, la capacité d’efflux de cholestérol, la captation des esters de cholestérol (CE) de différentes lipoprotéines et l'accumulation de cholestérol dans chacun des sous-types de macrophages générés. Les sous-types M1C et M1A présentaient une expression d'ARNm et protéique d’ABCA1 plus élevée, mais exprimaient moins de rLDL, CD36 et SR-BI que les macrophages M2. Les M1C et M1A avaient aussi une capacité d’efflux de cholestérol vers l’apo A-I réduite par rapport au M2. Le sous-type M1C présentait aussi une baisse d’efflux de cholestérol vers les HDL comparativement aux sous-types M1A et M2. Par ailleurs, les macrophages M1C et M1A montraient une capacité de capture des CE des HDL, LDL et AcLDL plus basse que les M2, ce qui concordait avec une expression réduite des récepteurs SR-BI, rLDL et CD36 dans les M1C et M1A. Tous les sous-types présentaient une concentration de cholestérol totale similaire suite à une incubation avec des AcLDL, indiquant que tous les sous-types accumulaient le cholestérol de façon semblable. Ces résultats démontrent donc que les M2 ont une capacité de capture et d’efflux du cholestérol plus grande que les M1, ce qui suggère que le sous-type M2 aurait une meilleure capacité de transport du cholestérol afin de prévenir ou réduire l’accumulation de cholestérol dans la plaque d’athérosclérose.

Keyphrases: Athérosclérose, THP-1, Macrophages, Cellules spumeuses, M1, M2, ABCA1, SR-BI, CD36, rLDL, Efflux, Captation, Lipoprotéines, HDL, Apo A-I
Design d’un système d’une tomographie par cohérence optique sensible à la polarisation

Ce travail de maîtrise s’inscrit dans le cadre du développement d’une technique d’imagerie médicale microscopique basée sur la Tomographie par Cohérence Optique (OCT) plein champ sensible à la polarisation dans le but de répondre à un problème de recherche en neuroanatomie.  En effet, des études récentes suggèrent que la démence cognitive est associée à une perte d’intégrité de la matière blanche. Le problème qui se pose est que l’OCT conventionnelle est insensible à l’orientation des fibres nerveuses de la matière blanche, en particulier, celles qui se sont déplacées dans une direction perpendiculaire à l’axe optique. De plus, la résolution spatiale reste limitée pour visualiser les fibres de très petite taille (~1 μm). Alors, en exploitant d’autres propriétés optiques des fibres telles que la biréfringence, il sera possible de mieux caractériser la structure de la matière blanche. L’OCT développée est un interféromètre de Michelson dans sa configuration Linnik, et avec une source halogène-quartz centré à λ0=750 nm. Le système produit des images tomographiques 2D en face (XY), et ceci sans recourt au balayage transverse du faisceau lumineux. L’image finale en face est obtenue par la combinaison différentielle de quatre images interférométriques acquises par deux caméras CMOS à 120 Hz. Une résolution axiale micrométrique (1.7 μm) a été obtenue à faible coût, grâce à l’utilisation d’une source à faible longueur de cohérence et à l’emploi de deux objectifs identiques dans les deux bras de l’interféromètre. Cette technique a été testée sur des cibles microscopiques biréfringentes telles qu’un cristal et sur un tissu biologique.

Keyphrases: Oct, Polarisation, Biréfringence, Plein champ, Modulation de phase sinusoïdale
La responsabilité civile du psychiatre lors du suicide d’un patient : une perspective canadienne

Le psychiatre, de par son expertise, est fréquemment appelé à évaluer le risque suicidaire présenté par un patient. Il peut, de ce fait, engager sa responsabilité professionnelle et devenir l’objet d’une poursuite civile en cas de décès du patient. Or, bien qu’un nombre important d’outils d’évaluation et de gestion du risque suicidaire aient été développés, la pratique n’est toujours pas standardisée. Cette recherche se veut donc une réflexion sur la prévention du suicide et, plus précisément, sur la responsabilité du psychiatre. Dans un premier temps, nous proposons de présenter le phénomène du suicide, notamment sous l’angle des données épidémiologiques et sous celui de l’étiologie. Ensuite, nous nous penchons plus précisément sur l’évaluation du risque suicidaire et les défis qui y sont associés. Dans une troisième partie, nous exposons les outils pouvant soutenir les praticiens dans ce processus d’évaluation ainsi que leur pertinence. Enfin, en nous basant sur des éléments de jurisprudence, nous étudions la responsabilité civile du psychiatre. Nos recherches montrent que dans la grande majorité des cas, les tribunaux canadiens rendent un verdict en faveur du psychiatre, soulignant que l’absence d’accord scientifique sur une pratique optimale rend difficile la qualification de la conduite du psychiatre comme fautive. Si une « standardisation » de la pratique serait certes souhaitable, cela semble peu réalisable dans un avenir rapproché, le suicide étant un phénomène social particulièrement complexe.

Keyphrases: Suicide, Facteurs de protection, Responsabilité civile, Faute professionnelle, Norme de pratique, Jurisprudence, Facteurs de risque
Acute and long-term healthcare professionals’ perspectives on the role of the emergency department in pediatric palliative care

Le rôle de l’urgence pédiatrique dans les soins palliatifs pédiatriques (SPP) est très peu connu. Cette recherche vise à explorer les perceptions de professionnels d’équipes de soins aigues et de longues durées quant aux soins palliatifs à offrir aux enfants atteints de maladies complexes se présentant en détérioration aigüe.   Des groups de discussions ont eu lieu avec des professionnels de la santé pédiatriques de l’urgence, des soins palliatifs, des soins complexes et des soins intensifs. Le logiciel NVivo© a servi à l’analyse thématique des données.  Au total, 58 professionnels de la santé ont été recrutés. Les soins palliatifs pédiatriques sont bien compris par les participants de différentes spécialités. Chaque groupe a démontré une culture différente, influençant son rôle dans les SPP et sa perception du rôle de chaque autre groupe. Les rôles de l’urgence dans les soins palliatifs pédiatriques proposés incluent évaluer la situation clinique, contacter l’équipe connue, assurer un environnement de bienveillance et soulager les souffrances. Des désaccords ont été soulevés par rapport aux circonstances entourant les discussions sur les objectifs de soins. Offrir des soins personnalisés, communiquer avec la famille et favoriser la continuité de soins sont des éléments clefs identifiés pour améliorer la qualité des soins et la satisfaction des professionnels.   Les perceptions sur les soins à offrir aux patients nécessitant des SPP à l’urgence sont hétérogènes malgré une vision homogène de la notion de SPP. Les solutions pour améliorer la qualité de soins visent à créer une collaboration interprofessionnelle basée sur l’approche mutuel d’apprentissage.

Keyphrases: Soins palliatifs pédiatriques, médecine d’urgence pédiatrique, éthique clinique, continuité de soins, soins critiques, soins complexes
L’association entre la fonction diaphragmatique préopératoire et le développement de complications respiratoires de la chirurgie cardiaque

Les complications respiratoires postopératoires augmentent la mortalité, ainsi que la durée et les coûts de l’hospitalisation. La compliance du système respiratoire diminue après la chirurgie cardiaque. La force du diaphragme est donc primordiale pour faire face à l’augmentation du travail respiratoire. Ainsi, notre objectif était de déterminer si un faible taux d’épaississement du diaphragme (TFdi) préopératoire déterminé à l’échographie était associé à une augmentation du risque de complications respiratoires de la chirurgie cardiaque. Nous avons réalisé une étude de cohorte prospective monocentrique entre novembre 2015 et avril 2016, incluant des adultes devant subir une intervention chirurgicale cardiaque élective. Nous avons mesuré TFdi ainsi que des indicateurs de fragilité, de sarcopénie et de fonction pulmonaire avant l’opération et répété la mesure de TFdi après l’extubation. L’issue clinique principale de l’étude était la survenue de complications respiratoires, définies par la présence de pneumonie, d’atélectasie cliniquement significative ou de ventilation mécanique prolongée (>24 h). Des 115 patients inclus, 34 (29,6 %) ont développé des complications respiratoires, incluant 2 pneumonies, 4 ventilations prolongées et 32 atélectasies cliniquement significatives. En régression logistique multiple, un TFdi < 40 % était associé avec une augmentation significative et indépendante du risque de complications respiratoires (OR 2.84 [1.14-7.07]; p=0.02). Une faiblesse diaphragmatique relative préopératoire semble donc associée à une augmentation de l’incidence de complications respiratoires de la chirurgie cardiaque. TFdi est un marqueur facilement accessible de faiblesse diaphragmatique qui pourrait aider à identifier les patients vulnérables qui bénéficieraient le plus de stratégies préventives telle que l’entraînement préopératoire des muscles inspiratoires.

Keyphrases: Diaphragme, Échographie, Chirurgie cardiaque, Complications respiratoires postopératoires, Diaphragm
La prévention de l'hypoglycémie associée à l’activité physique chez les adultes vivant avec le diabète de type 1

Problématique : La pratique d’activité physique devrait être encouragée chez les individus avec le diabète de type 1 (DbT1), mais est limitée par la crainte de l'hypoglycémie. Les personnes traitées avec la pompe à insuline peuvent réduire temporairement la perfusion d’insuline basale. Pour un exercice à distance du repas, il s’agit de la méthode privilégiée pour prévenir l’hypoglycémie induite par l’exercice, mais aucune étude n’a validé le moment optimal pour le faire. Objectif : Comparer l’efficacité de trois moments de réduction du débit de base d’insuline de 80%, soit au moment de débuter (T0), 20 minutes (T-20) ou 40 minutes (T-40) avant un exercice de 45 minutes sur vélo stationnaire d’intensité moyenne (60%VO2peak) pratiqué 3 heures après un repas standardisé. Résultats : Aucune différence entre les stratégies quant au pourcentage du temps 4,0 mmol/L et au temps passé entre 4,0-10,0 mmol/L n’a été observée. Avec T-40, quoique non significatif, la glycémie de départ était plus élevée, moins de participants ont eu besoin de consommer des glucides avant et pendant l’exercice et le délai avant l’apparition de l’hypoglycémie était plus long en comparaison avec T0 et T-20. Conclusion : Chez les personnes avec le DbT1 et traitées par pompe à insuline, la réduction de 80% du débit basal d’insuline 40 minutes avant un exercice de 45 minutes d’intensité moyenne effectué à distance du repas n’est pas suffisante pour réduire l’hypoglycémie. D’autres études sont requises pour déterminer si cette réduction devrait être plus importante, plus hâtive ou combinée à un apport en glucides.

Keyphrases: Diabète de type 1, exercice, pompe à insuline, hypoglycémie