NCube/papyrus huggingface dataset:
Association entre le mode d’accouchement et la transmission verticale du virus du papillome humain

Contexte : La littérature suggère que le virus du papillome humain (VPH) puisse être transmis verticalement. Or, le mécanisme exact de transmission verticale demeure inconnu et les données ne permettent pas de savoir dans quelle mesure la transmission verticale est affectée par le mode d’accouchement. L’objectif de l’étude était de mesurer l’association entre le mode d’accouchement et la détection d’ADN du VPH chez les bébés.  Méthode : Nous avons utilisé les données de 1052 femmes enceintes de la cohorte HERITAGE. Des échantillons vaginaux auto-collectés ont été obtenus chez les mères durant la grossesse, et des échantillons des muqueuses de la bouche, la gorge, les yeux et de la région anogénitale ont été collectés chez les bébés à la naissance et à 3 mois. Nous avons inclus les 282 femmes ayant eu un test VPH positif au premier et troisième trimestre de grossesse. Tous les échantillons ont été analysés pour la détection d’ADN du VPH par la méthode de réaction de polymérase en chaîne (PCR) avec le test Linear ArrayMC. Les informations sur l’accouchement ont été collectées dans les dossiers médicaux. L’association entre le mode d’accouchement et la transmission verticale du VPH a été mesurée par régressions logistiques.  Résultats : La probabilité de transmission verticale du VPH a été de 8,9% (25/282), soit 3,7% (3/81) pour les césariennes et 10,9% (22/201) pour les accouchements vaginaux. Chez 21 des 25 enfants positifs au VPH (84%), il y avait au moins un génotype concordant avec leur mère, et tous sont nés par accouchement vaginal. Une augmentation significative du risque de transmission verticale du VPH a été observée pour l’accouchement vaginal, en comparaison avec la césarienne (OR ajusté: 3,63, intervalles de confiance à 95% (IC 95%): 1,03-12,82). Nous n’avons pas observé d’association significative entre la césarienne suivant la rupture des membranes et le risque de transmission, lorsque comparé avec la césarienne avec membranes intactes (OR ajusté : 1,31, IC 95% : 0,10-17,76). Il n’y a pas eu d’association entre la durée écoulée entre la rupture des membranes et la naissance (en heures continues) et le risque de transmission verticale (OR : 1,00, IC 95% : 0,97-1,02).  Conclusion : L’accouchement par césarienne a été associé à un risque significativement plus faible de transmission du VPH chez les bébés. La transmission verticale du VPH surviendrait principalement lors du passage dans le canal vaginal car très peu d’enfants nés par césarienne ont été infectés au VPH. Puisque la rupture des membranes avant la césarienne et la durée entre la rupture des membranes et la naissance n’ont pas été associées à un risque de transmission du VPH plus élevé, nos résultats suggèrent que la transmission par infection ascendante après rupture des membranes est probablement rare.

Keyphrases: Virus du papillome humain (VPH), Transmission verticale, Grossesse, Mode d'accouchement, Accouchement vaginal, Césarienne
L'utilisation des soins prénataux chez les migrants sans assurance maladie à Montréal

Objectif : Des recherches antérieures ont identifié une mauvaise utilisation des soins prénataux chez les migrants sans assurance maladie au Canada. Cependant, les facteurs qui influencent cette utilisation restent largement inexplorés. L'objectif de cette étude était de quantifier l'utilisation des soins prénataux dans ce groupe et d'identifier les barrières et les facteurs facilitant l'utilisation des soins prénataux.  Méthodes : Une étude transversale sur les migrants sans assurance maladie à Montréal, Canada, a été menée entre janvier 2016 et août 2017. Les participants ont été recrutés dans une clinique bénévole locale et dans la communauté en utilisant un échantillonnage à partir de lieux et en boule de neige. Les mesures des résultats comprenaient l'utilisation des soins prénataux, l'initiation des soins prénataux et l'adéquation des soins prénataux. L'analyse de régression a identifié les barrières et les facteurs facilitant l'utilisation des soins prénataux.  Résultats : 125 grossesses antérieures au Canada ont été recensées parmi 101 femmes. 65.0% des grossesses impliquaient une utilisation des soins prénataux et 44.6% impliquaient un début tôt des soins. Parmi les 62 grossesses menées à terme, 29.5% ont reçu des soins prénataux adéquats. Les femmes ≥35 ans (OR 0.13, IC à 95%: 0.03-0.54, p = 0.01), entre 18 et 24 ans (OR 0.30, IC à 95%: 0.09-0.99, p=0.049), et celles qui ne savaient pas où consulter (OR 0.25, IC à 95%: 0.06-0.99, p=0.049) avaient significativement moins de chances (p <0.05) d’utiliser les soins prénataux. Les femmes âgées de 30 à 34 ans (OR 0.27, IC à 95%: 0.10-0.72, p=0.01) avaient significativement moins de chances (p <0.05) de commencer tôt les soins prénataux. En revanche, les femmes mariées ou en union de fait (OR 3.16, IC à 95%: 1.04-9.62, p=0.04) avaient significativement plus de chances (p <0.05) de commencer tôt les soins prénataux.  Conclusion : Notre étude a révélé que l'utilisation des soins prénataux chez les migrants sans assurance était très faible. Les facteurs influençant l'utilisation des soins prénatals étaient variés et liés à la démographie, au réseau social et à la migration. Les politiques futures devraient viser à améliorer l'accès aux soins prénatals au sein de cette population vulnérable.

Keyphrases: migrants sans assurance maladie, soins prénataux, santé des migrants, grossesse, statut précaire, utilisation des soins de santé
Les prédicteurs de saignements majeurs parmi des utilisateurs d'anticoagulants oraux ayant une fibrillation auriculaire

Introduction: Il y a peu de données publiées sur les prédicteurs de saignement majeur (MB) dans une population d’utilisateurs d’anticoagulants oraux (OAC) qui inclue les OACs à action directe chez des patients ayant un diagnostic de fibrillation auriculaire (AF) en situation réelle.  Objectif: Développer un modèle de prédiction de MB et de ses sous-types pour une population de nouveaux utilisateurs de OAC ayant un diagnostic de AF en situation réelle.  Méthode : À l’aide de la base de données d’hospitalisation Med-Écho et des bases de données administratives de la RAMQ, nous avons identifié des patients ayant un diagnostic primaire ou secondaire de AF suite à une hospitalisation qui ont eu leur congé hospitalier de janvier 2011 à décembre 2017. Nous avons ensuite identifié ceux qui étaient des nouveaux utilisateurs de OAC et catégorisé ceux-ci selon le OAC utilisé ainsi que sa dose. L’entrée dans la cohorte était la première dispensation de OAC durant la période d’étude alors qu’un nouvel utilisateur a été défini par l’absence de dispensation de OAC un an avant cette date. Nous avons évalué l’incidence de MB, des saignements gastrointestinaux (GIB), extracrânien non-gastrointestinaux (NGIB) et intracrâniens (ICH) dans l’année de suivi.  Nous avons utilisé la régression logistique-LASSO et logistique-LASSO adaptative pour la sélection des prédicteurs potentiels de MB dont l’âge, le sexe, les comorbidités (jusqu’à 3 ans avant l’entrée dans la cohorte) et l’utilisation concomitante de médicaments (jusqu’à 2 semaines avant l’entrée dans la cohorte). La discrimination et la calibration ont été évaluées afin de sélectionner le meilleur modèle. Des analyses de sous-groupe ont été effectuées pour le GIB et NGIB ainsi que les sous-catégories de OAC.  Résultats. Notre cohorte comprenait 36,381 nouveaux utilisateurs de OAC entre 70 et 86 ans. Les prédicteurs importants, dont l’âge, l’historique de MB et l’insuffisance hépatique, avaient des rapports de cotes de 1.37 à 1.64 pour le modèle global. Celui-ci avait une statistique c de 0.63 (95% CI 0.60-0.65), était calibré et performaient similairement pour le GIB et le NGIB. À l’exception de quelques prédicteurs importants, dont l’âge et l’historique de MB, la plupart des prédicteurs sélectionnées du GIB étaient distincts de ceux du NGIB dans la cohorte totale. Les prédicteurs de MB avaient des tendances similaires pour les DOACs et la warfarine.  Conclusion. Les prédicteurs de MB et de leurs sous-types étaient similaires parmi les utilisateurs de DOAC et de warfarine. Les prédicteurs sélectionnées par nos modèles et leur potentiel discriminatif concordaient avec la littérature publiée.

Keyphrases: Fibrillation auriculaire, Prédiction, Saignement, Pharmacoépidémiologie
Optimizing doxorubicin-G-CSF chemotherapy regimens for the treatment of triple-negative breast cancer

La chimiothérapie cytotoxique reste une option de traitement de première intention pour la majorité des cancers. Un effet secondaire majeur dans les schémas chimio-thérapeutiques est la neutropénie. La thérapie prophylactique avec le facteur de stimulation des colonies de granulocytes (G-CSF), une cytokine endogène responsable de la régulation de la production de neutrophiles, est administrée en concomitance. Le moment et la dose exacts pour administrer la chimiothérapie et le G-CSF représentent des éléments cruciaux pour obtenir les résultats souhaités du traitement. En nous appuyant sur des travaux antérieurs qui optimisaient les schémas thérapeutiques du G-CSF, nous sommes basés sur une approche de pharmacologie quantitative des systèmes (QSP) pour étudier la fréquence et l’intensité de la dose dans le but  de maximiser les effets anti-tumoraux de la chimiothérapie tout en minimisant la neutropénie. Dans ce travail, nous avons effectué une optimisation sur une large gamme de longueurs de cycle et de valeurs des doses de chimiothérapie afin d’identifier les meilleurs schémas en combinaison avec le G-CSF. Nos résultats suggèrent que la doxorubicine 45mg/BSA tous les 14 jours a un impact positif sur le contrôle de la croissance tumorale, et qu’il est préfèrable de retarder l’administration du G-CSF au septième jour après la chimiothérapie et de donner moins de doses pour minimiser le risque de neutropénie et le fardeau de ce médicament. Cette étude suggère des pistes possibles pour des schémas optimaux de chimiothérapie, avec le soutien prophylactique du G-CSF spécifiquement dans le contexte du cancer du sein triple négatif.

Keyphrases: Chimiothérapie cytotoxique, Cancer du sein triple négatif, Modélisation mathématique, G-CSF, Neutropénie, Croissance tumorale
Développement de timbres de microaiguilles polymériques superabsorbantes pour le prélèvement indolore de liquide interstitiel dermique

Le liquide interstitiel est aujourd’hui considéré comme un candidat prometteur comme alternative, ou complément, à l’analyse sanguine pour la quantification de biomarqueurs. Localisé notamment dans la peau, sa composition demeure peu décrite dans la littérature. Cela peut s’expliquer par le fait que le prélèvement de liquide interstitiel reste problématique. En effet, les méthodes d’extraction actuelles sont chronophages, douloureuses et conduisent au prélèvement de volumes très faibles ne permettant pas toujours une analyse subséquente. L’utilisation de timbres de microaiguilles conçus en hydrogel superabsorbant représente une solution indolore, rapide et efficace pour le prélèvement du liquide interstitiel.   Un premier type de timbre a été conçu par photopolymérisation, un processus de fabrication caractérisé par sa rapidité. Ce type de timbre de microaiguilles présente une capacité d’absorption très élevée et peut trouver une application dans l’élaboration des profils protéomique, métabolomique et lipidomique du liquide interstitiel dermique.   Le second type de timbres de microaiguilles est obtenu par chauffage d’une formulation contenant des polymères superabsorbants. Ce procédé s’avère plus long mais conduit à un hydrogel superabsorbant riche en groupements chimiques permettant d’envisager une fonctionnalisation pour la capture et la détection in situ de biomarqueurs spécifiques du liquide interstitiel dermique.   In fine, les timbres de microaiguilles développés pourraient donc permettre d’approfondir notre connaissance de la composition du liquide interstitiel; mais laissent également entrevoir la possibilité de développer des dispositifs médicaux portables permettant le diagnostic, ou la surveillance, rapide et indolore de certaines pathologies. Ces dispositifs pourraient diminuer les coûts normalement associés à ces pratiques et améliorer la prise en charge des patients. C’est le cas notamment de l’insuffisance cardiaque, dont la gestion pourrait être considérablement facilitée par le suivi à domicile du biomarqueur NT-proBNP.

Keyphrases: timbre de microaiguilles, hydrogel superabsorbant, liquide interstitiel, protéomique, biomarqueur, insuffisance cardiaque, NT-proBNP, NT-proBNP
Étude des effets anti-athérosclérotiques d’analogues aza-GHRP-6 en tant que ligands du récepteur CD36 chez un modèle murin déficient en apolipoprotéine E

L’athérosclérose est un important facteur de risque des maladies cardiovasculaires ischémiques. Cette pathologie est caractérisée par la formation de plaques lipidiques dans l’intima des vaisseaux sanguins. Le récepteur éboueur cluster de differentiation-36 (CD36) est impliqué dans l’internalisation et l’accumulation de lipoprotéines au sein des macrophages qui vont devenir des cellules spumeuses, ce qui est à l’origine de la formation de lésions athérosclérotiques. Notre hypothèse est que les azapeptides, dérivés du peptide de relâche de l’hormone de croissance 6 (GHRP-6), vont interférer avec l’internalisation des lipoprotéines par les macrophages et ainsi réduire la progression des lésions. Nous avons utilisé des souris déficientes en apolipoprotéine E (apoe-/-) qui ont été traitées quotidiennement par une injection sous-cutanée de 300 nmol/kg de MPE-001 ou de MPE-003. Les effets des azapeptides ont été étudiés sous deux régimes alimentaires, soit le maintien d’une diète enrichie en lipides et en cholestérol (HFHC) pendant la durée de l’étude, ou par une diète HFHC suivie d’une diète normale pendant la période de  traitement. Nos résultats montrent que les azapeptides ont réduit la progression des lésions à différents sites aortiques et artériels et induit leur régression  au niveau des sinus aortiques du coeur. Ces effets ont été associés à une diminution de médiateurs pro-inflammatoires au niveau plasmatique et à une augmentation des marqueurs caractéristiques des macrophages anti-inflammatoires (M2). Nos travaux ont montré que l’effet athéroprotecteur des azapeptides dépend de la présence du récepteur CD36. Ces résultats appuient le développement de ligands sélectifs du récepteur CD36 dans le traitement de l’athérosclérose.

Keyphrases: CD36, azapeptides, athérosclérose, macrophage, régression
La décroissance appliquée à la musique des jeux vidéo

Mon mémoire portera sur la musique des jeux vidéo dans le cadre d’un effondrement systémique ou d’une autre forme de décroissance de l’économie. C’est dans ce cadre que j’exposerai mes idées quant aux différentes formes que pourraient prendre l’industrie vidéo-ludique et sa musique dans un contexte qui semble difficile à envisager. Quelles sont les sources de créativité dans un monde où les indicateurs liés aux sociétés modernes auront vraisemblablement changé du tout au tout ? Comment envisager que le jeu vidéo puisse rester attrayant, intéressant et passionnant dans un modèle économique décroissant ? Ce sont les problématiques auxquelles je vais tenter d’apporter des réponses ici.

Keyphrases: écologie, émissions de CO2, technologie, jeux video et climat, effondrement de civilisation, enjeux écologiques, croissance économique, décroissance, industrie vidéo-ludique, musique de jeux, sobriété numérique
L’influence des éléments de la musique populaire brésilienne dans mon esthétique musicale

Ce mémoire aborde l’importance et la problématique de l’intégration d’éléments de la musique populaire brésilienne dans la composition de musique contemporaine de concert. Comme l’histoire de la musique peut le confirmer à travers ses grandes icônes, l’identification d’un peuple à sa propre culture sous la forme musicale est très importante, surtout dans le domaine de la composition. La présente recherche s’efforce de révéler les éléments qui incarnent l’essence du langage de la musique brésilienne dans ses différents styles, et de déterminer une manière de les intégrer dans un nouveau contexte esthétique, à savoir la composition contemporaine, sans qu’ils perdent leur lien avec la tradition et de façon qu’ils restent reconnaissables pour l’auditeur.

Keyphrases: Composition, Brésil, Musique populaire, Musique Contemporaine, Essence musicale, Composition
Vers une typologie du premier mouvement de sonate chez Joseph Haydn (1732-1809) : une analyse des 52 premiers mouvements Hob. XVI

Bien qu’une vaste littérature musicologique porte sur Joseph Haydn (1732-1809), aucune ne comprend une étude exhaustive de l’ensemble de ses sonates pour clavier, incluant les premières oeuvres composées dans la décennie 1750. La présente recherche se propose de combler en partie cette lacune par le biais d’une analyse des 52 premiers mouvements Hoboken (Hob.) XVI. Basée sur des outils empruntés principalement à William E. Caplin, Brian Alegant et Don McLean, cette étude constitue un premier pas vers une typologie du premier mouvement de sonate chez Haydn, permettant par le fait même de refléter l’évolution de la forme sonate, en mutation tout au long de la vie créative du compositeur. Dans un premier temps, une série d’analyse capliniennes permet d’effectuer un survol des différentes formes qui composent le corpus à l’étude afin d’en dégager certains procédés spécifiques, nommément l’exploitation de techniques formelles à des fins de développement thématique, ainsi que l’emploi marqué d’ambiguïtés formelles et fonctionnelles. Dans un second temps, une analyse de la disposition du matériau suggère une conception du premier mouvement en forme sonate basée sur le développement thématique d’un nombre réduit d’idées musicales, dont la répétition est compensée par plusieurs procédés dont les principaux sont la variation structurelle dans la section de réexposition et l’emploi de différentes fonctions formelles à chaque itération. Prises dans leur ensemble, ces analyses démontrent que l’ensemble des premiers mouvements de sonate pour clavier Hob. XVI sont liées par une certaine imprévisibilité créée spécifiquement au moyen de la réutilisation thématique et des fonctions formelles.

Keyphrases: Joseph Haydn, Hob. XVI, fonctions formelles, marqueurs structuraux, forme sonate
Decoding protein networks during porcine reproductive and respiratory syndrome virus infection through proteomics

Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP) est un pathogène de grande importance dans l'industrie porcine car il peut entraîner des pertes économiques. L'une des lignées cellulaires couramment utilisée pour la recherche et la production de vaccins est MARC-145 (cellules rénales de singe vert africain). Les interactions moléculaires entre les cellules hôtes et le virus sont essentielles pour comprendre le mécanisme par lequel le virus utilise la machinerie cellulaire pour se répliquer et infecter les cellules voisines. Notre objectif était d'analyser les changements protéomiques produits lors de l'infection par le VSRRP chez les cellules MARC-145, y compris la composition des virions et des exosomes produits par les cellules infectées. Les surnageants des cellules infectées et non infectées ont été purifiés pour obtenir les virions et exosomes des cellules hôtes. Par la suite, les protéines extraites ont été analysées par spectrométrie de masse à haute résolution quadripolaire-hybride-Orbitrap, et classées selon la fonction moléculaire et la localisation subcellulaire. Le besoin d'obtenir des données protéomiques fiables a conduit au prochain objectif : optimiser l'infection des cellules MARC-145 par le VSRRP. Pour évaluer l'efficacité de l'infection, nous avons synchronisé l'infection en utilisant un virus marqué avec une protéine fluorescente verte améliorée (eGFP) et en ajoutant des polycations à différentes concentrations pour stimuler la liaison des particules virales à la cellule. Pour vérifier le pourcentage de cellules infectées, nous avons utilisé la microscopie à fluorescence et la cytométrie en flux. Nos résultats suggèrent que les protéines cellulaires affectées au cours de l'infection par le VSRRP pourraient jouer un rôle important dans la réponse immunitaire de l'hôte et / ou le cycle de vie viral. L’efficacité de l'utilisation de polycations pour augmenter l'infection par le VSRRP a été démontrée.

Keyphrases: Exosomes, Polycations, Virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP), Interactions hôte-virus, Exosomes, Protéines, Spectrométrie de masse
Regulation of granulosa cells during follicular development and ovulation

L'efficacité de la reproduction bovine a considérablement diminué dans les dernières décennies et cette diminution constitue un problème économique majeur. Pour mieux contrer ce problème, la physiologie des cellules stéroïdogéniques ovariennes dont les cellules de granulosa (CG) doit être mieux comprise au cours des dernières étapes de la croissance folliculaire, de l'ovulation et de la lutéinisation. En ce sens, nous avons précédemment identifié divers gènes induits dans les CG des follicules ovulatoires bovins par la LH/hCG incluant Ankyrin-repeat and SOCS-box protein 9 (ASB9). Cependant, les mécanismes d’action d’ASB9 dans les CG étaient encore indéfinis. Les objectifs de cette étude étaient d'élucider le rôle d'ASB9 dans les CG ainsi que ses effets sur ses partenaires spécifiques PAR1, TSG6 et TAOK1. Un modèle in vivo de CG provenant de follicules à différentes phases de développement: petits follicules (SF), follicules dominants (DF) et follicules ovulatoires (OF), et un modèle in vitro de CG en culture ont été utilisées. L'inhibition d’ASB9 dans les CG via CRISPR/Cas9 a montré une augmentation significative de PAR1, PCNA, CCND2 et CCNE2 et une diminution significative de TAOK1, TSG6 et CASP3. Dans le modèle in vivo, PAR1 a été différentiellement exprimé dans DF et TSG6 et TAOK1 ont été induits dans OF. L'inhibition de l'ASB9 a aussi entraîné une diminution de l'apoptose des CG et de l'activité caspase3/7. Des analyses Western blot ont démontré que l'induction d'ASB9 dans OF, après l'injection d'hCG, était concomitante avec une diminution significative des niveaux de phosphorylation de MAPK3/1 tandis que pMAPK3/1 augmentait après l'inhibition d'ASB9. Ces résultats supportent qu'ASB9 pourrait être un régulateur de l'activité et de la fonction des CG en ciblant des protéines spécifiques qui affectent la signalisation MAPK, limitant la prolifération des CG. Ces résultats contribuent à une meilleure compréhension de l’activité ovarienne et de la reproduction bovine.

Keyphrases: ASB9, Cellules de granulosa, Prolifération, MAPK, Ovaire, Ovulation, Bovin, Reproduction, Fertilité, Bovine