NCube/papyrus huggingface dataset:
Effets d'un programme d'exercices aérobie et en résistance, combinés, chez les patients atteints de fibrose kystique, intolérants au glucose ou diabétiques

La fibrose kystique (FK) est une des maladies rares la plus fréquente au Canada avec un âge médian de survie de 50.9 ans. Toutefois, l'amélioration de l’espérance de vie est associée à l'émergence de complications secondaires telles que le diabète associé à la FK (DAFK). Présent chez 25 à 40% des adultes, il augmente de 6 fois le risque de morbidité et de mortalité. Plusieurs études sur des populations atteintes de diabète de type 2 ont démontrés les bienfaits de programmes d’exercices combinés (aérobie et résistance) sur l’amélioration du contrôle glycémique. L’objectif de l’étude visait à déterminer si un programme d’exercices combinés permettait d’améliorer les anomalies de la tolérance au glucose et le contrôle glycémique chez les patients atteints de FK. Méthodologie: 18 adultes atteints de FK, sédentaires avec une intolérance au glucose ont été recrutés pour cette étude (8 hommes, 10 femmes, âge: 33 ± 9.4 ans, FEV1 71.5% pred ± 12.5, IMC 23.57 kg/m2 ± 3,4). Les participants ont été assignés au hasard à un groupe contrôle ou exercice. Les tests suivants ont été réalisés avant et après l’intervention : VO2max, HGPO, mesure de l'endurance et de la force musculaire, ainsi qu’un questionnaire sur la qualité de vie. Résultats: 14 participants ont complété le protocole. Les participants du groupe exercice ont amélioré leur valeur de glycémie plasmatique à la 2e heure de l’HGPO (-2.34 +/- 0.87 mmol/L; p <0.01; CI 99.22%), à la 1re heure de l’HGPO (-2.0 mmol/L; p<0.05) et ont présenté une réduction de 17.2% (p<0.05) de l’aire sous la courbe de glucose. Conclusion: Un programme d'exercices combinés améliore le contrôle glycémique chez les patients atteints de FK. Cette approche thérapeutique non-pharmacologique pourrait offrir une intervention ayant le potentiel de retarder l'apparition de DAFK.

Keyphrases: Diabète associé à la fibrose kystique, exercices combinés, tolérance au glucose
Validation d’une échelle d’observation comportementale du confort d’enfants brûlés lors de procédures douloureuses

L’équipe  interdisciplinaire d’un centre hospitalier pédiatrique de la région de Montréal,  a  développé un instrument d’observation comportementale sur le confort d’enfants de moins de 7 ans, lors de procédures douloureuses, soit l’échelle d’observation comportementale du confort d’enfants brûlés (OCCEB- BECCO). Le but de la présente étude était de débuter la validation de l’OCCEB-BECCO, un nouvel outil d’évaluation du confort pour les enfants brûlés. Avec un échantillon de 16 patients et de 5 experts, nous avons débuté l’évaluation de la cohérence interne de l’outil,  sa validité de contenu et sa validité de critère. Les analyses ont montré une validité de contenu qui s’est avéré très satisfaisante. La validité de critère selon les temps de mesure est à : (T1) r = 0,96 p < 0,0001, (T2) r = 0,95 p < 0,0001, (T3) r = 0,95 p < 0,0001. Ainsi qu’une cohérence interne avec un alpha de Cronbach à 0,82. Une étude ultérieure avec un plus grand échantillon et sur une plus longue  période permettrait de compléter les données psychométriques de cette échelle.

Keyphrases: Douleur procédurale, Confort, Brûlés, Échelle de mesure, Enfants, validation de contenu, Validation de critère
Identification de caractéristiques communes et rares dans les ARN structurés dans la base de données Rfam

Les ARN non codants (ARNnc) sont des transcrits d'ARN qui ne sont pas traduits en protéines et qui pourtant ont des fonctions clés et variées dans la cellule telles que la régulation des gènes, la transcription et la traduction. Parmi les nombreuses catégories d'ARNnc qui ont été découvertes, on trouve des ARN bien connus tels que les ARN ribosomiques (ARNr), les ARN de transfert (ARNt), les snoARN et les microARN (miARN). Les fonctions des ARNnc sont étroitement liées à leurs structures d’où l’importance de développer des outils de prédiction de structure et des méthodes de recherche de nouveaux ARNnc. Les progrès technologiques ont mis à la disposition des chercheurs des informations abondantes sur les séquences d'ARN. Ces informations sont accessibles dans des bases de données telles que Rfam, qui fournit des alignements et des informations structurelles sur de nombreuses familles d'ARNnc. Dans ce travail, nous avons récupéré toutes les séquences des structures secondaires annotées dans Rfam, telles que les boucles en épingle à cheveux, les boucles internes, les renflements « bulge », etc. dans toutes les familles d'ARNnc. Une base de données locale, RNAstem, a été créée pour faciliter la manipulation et la compilation des données sur les motifs de structure secondaire. Nous avons analysé toutes les boucles terminales et internes ainsi que les « bulges » et nous avons calculé un score d’abondance qui nous a permis d’étudier la fréquence de ces motifs. Tout en minimisant le biais de la surreprésentation de certaines classes d’ARN telles que l’ARN ribosomal, l’analyse des scores a permis de caractériser les motifs rares pour chacune des catégories d’ARN en plus de confirmer des motifs communs comme les boucles de type GNRA ou UNCG. Nous avons identifié des motifs abondants qui n’ont pas été étudiés auparavant tels que la « tetraloop » UUUU. En analysant le contenu de ces motifs en nucléotides, nous avons remarqué que ces régions simples brins contiennent beaucoup plus de nucléotides A et U. Enfin, nous avons exploré la possibilité d’utiliser ces scores pour la conception d’un filtre qui permettrait d’accélérer la recherche de nouveaux ARN non-codants. Nous avons développé un système de scores, RNAscore, qui permet d’évaluer un ARN en se basant sur son contenu en motifs et nous avons testé son applicabilité avec différents types de contrôles.

Keyphrases: ARNnc, Structure d’ARN, structure secondaire, Rfam, motifs
Semiautomated 3D liver segmentation using computed tomography and magnetic resonance imaging

Le foie est un organe vital ayant une capacité de régénération exceptionnelle et un rôle crucial dans le fonctionnement de l’organisme. L’évaluation du volume du foie est un outil important pouvant être utilisé comme marqueur biologique de sévérité de maladies hépatiques. La volumétrie du foie est indiquée avant les hépatectomies majeures, l’embolisation de la veine porte et la transplantation. La méthode la plus répandue sur la base d'examens de tomodensitométrie (TDM) et d'imagerie par résonance magnétique (IRM) consiste à délimiter le contour du foie sur plusieurs coupes consécutives, un processus appelé la «segmentation».  Nous présentons la conception et la stratégie de validation pour une méthode de segmentation semi-automatisée développée à notre institution. Notre méthode représente une approche basée sur un modèle utilisant l’interpolation variationnelle de forme ainsi que l’optimisation de maillages de Laplace. La méthode a été conçue afin d’être compatible avec la TDM ainsi que l' IRM. Nous avons évalué la répétabilité, la fiabilité ainsi que l’efficacité de notre méthode semi-automatisée de segmentation avec deux études transversales conçues rétrospectivement. Les résultats de nos études de validation suggèrent que la méthode de segmentation confère une fiabilité et répétabilité comparables à la segmentation manuelle. De plus, cette méthode diminue de façon significative le temps d’interaction, la rendant ainsi adaptée à la pratique clinique courante. D’autres études pourraient incorporer la volumétrie afin de déterminer des marqueurs biologiques de maladie hépatique basés sur le volume tels que la présence de stéatose, de fer, ou encore la mesure de fibrose par unité de volume.

Keyphrases: Foie, Segmentation hépatique, Volumétrie, Imagerie 3D, Validation, Planification préopératoire, Tomodensitométrie, Imagerie par résonance magnétique, Humains, Segmentation
Oxygenation-sensitive cardiovascular magnetic resonance imaging (OS-CMR) : potential confounding factors in use of OS-CMR

La résonance magnétique cardiovasculaire sensible à l'oxygénation (OS-CMR) est devenue une modalité d'imagerie diagnostique pour la surveillance de changements dans l'oxygénation du myocarde. Cette technique offre un grand potentiel en tant qu'outil diagnostic primaire pour les maladies cardiovasculaires, en particulier la détection non-invasive d'ischémie. Par contre, il existe plusieurs facteurs potentiellement confondants de cette technique, quelques-uns d'ordre méthodologique comme les paramètres de séquençage et d'autres de nature physiologiques qui sont peut compris. En raison des effets causés par le contenu tissulaire d'eau, l'état d'hydratation peut avoir un impact sur l'intensité du signal. Ceci est un des aspects physiologiques en particulier dont nous voulions quantifier l'effet confondant par la manipulation de l'état d'hydratation chez des humains et l'observation des changements de l'intensité du signal dans des images OS-CMR.  Méthodes:  In vitro: Du sang artériel et veineux de huit porcs a été utilisé pour évaluer la dilution en série du sang et son effet correspondant sur l'intensité du signal de la séquence OS. In vivo: Vingt-deux volontaires en santé ont subi OS-CMR. Les concentrations d'hémoglobine (Hb) ont été mesurées au niveau de base et immédiatement après une l'infusion cristalloïde rapide de 1000 mL de solution Lactate Ringer's (LRS). Les images OS-CMR ont été prises dans une vue mid-ventriculaire court axe. L'intensité du signal myocardique a été mesurée durant une rétention respiratoire volontaire maximale, suite à une période d'hyperventilation de 60 secondes. Les changements dans l'intensité du signal entre le début et la fin de la rétention de la respiration ont été exprimés relativement au niveau de base (% de changement).   Résultats:  L'infusion a résulté en une diminution significative de l'Hb mesurée (142.5±3.3 vs. 128.8±3.3 g/L; p<0.001), alors que l'IS a augmenté de 3.2±1.2%  entre les images du niveau de base en normo- et hypervolémie (p<0.05). L'IS d'hyperventilation ainsi que les changements d'IS induits par l'apnée ont été attenués après hémodilution (p<0.05). L'évaluation quantitative T2* a démontré une corrélation négative entre le temps de T2* et la concentration d'hémoglobine (r=-0.46, p<0.005).   Conclusions:  Il existe plusieurs éléments confondants de la technique OS-CMR qui requièrent de l'attention et de l'optimisation pour une future implémentation clinique à grande échelle. Le statut d'hydratation en particulier pourrait être un élément confondant dans l'imagerie OS-CMR. L'hypervolémie mène à une augmentation en IS au niveau de base et atténue la réponse IS durant des manoeuvres de respiration vasoactives. Cette atténuation de l'intensité du signal devrait être tenue en compte et corrigée dans l'évaluation clinique d'images OS-CMR.

Keyphrases: La résonance magnétique cardiovasculaire sensible à l'oxygénation, éléments confondants, L’hémoglobine, Hémodilution
La violence et les traumatismes associés à la délinquance tels que vécus par les jeunes contrevenants

Parmi les jeunes contrevenants, ce sont ceux qui ont été exposés à un degré plus élevé de violence, que  ce soit en gravité ou en fréquence, qui rapportent de plus hauts niveaux de comportements délinquants,  mais qui, par ailleurs, rapportent significativement plus de détresse que ceux ayant vécu moins de  violence. Les expériences de victimisation par la violence, ou les stresseurs traumatiques vécus par les  adolescents peuvent représenter des circonstances de vie susceptibles d’influencer leur parcours  délinquant, agissant comme des événements marquants ou des points tournants dans leur vie. Il y a près  de 30 ans, on suggérait déjà que la victimisation par la violence devrait être un facteur à considérer dans  la compréhension de l’émergence et du maintien d’actes criminels violents, d’autant plus que les jeunes  contrevenants ayant vécu des traumatismes sont également plus susceptibles de récidiver. Le faible  nombre d’études qualitatives sur les expériences violentes ou traumatiques que vivent les jeunes au  travers d’un mode de vie criminel et violent soulève la nécessité de les entendre sur ces expériences et  leurs impacts, notamment sur leur trajectoire délictueuse.

Keyphrases: Violence, Traumatisme, Délinquance juvénile, Trajectoire criminelle, Trauma
Développement d’une méthode bio-informatique permettant de relier les gènes aux métabolites

L’objectif de ce projet était de faire le lien entre gènes et métabolites afin d’éventuellement proposer des métabolites à mesurer en lien avec la fonction de gènes. Plus particulièrement, nous nous sommes intéressés aux gènes codant pour des protéines ayant un impact sur le métabolisme, soit les enzymes qui catalysent les réactions faisant partie intégrante des voies métaboliques. Afin de quantifier ce lien, nous avons développé une méthode bio-informatique permettant de calculer la distance qui est définie comme le nombre de réactions entre l’enzyme encodée par le gène et le métabolite dans la carte globale du métabolisme de la base de données Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Notre hypothèse était que les métabolites d’intérêt sont des substrats/produits se trouvant à proximité des réactions catalysées par l’enzyme encodée par le gène. Afin de tester cette hypothèse et de valider la méthode, nous avons utilisé les études d’association pangénomique combinées à la métabolomique (mGWAS) car elles rapportent des associations entre variants génétiques, annotés en gènes, et métabolites mesurés. Plus précisément, la méthode a été appliquée à l’étude mGWAS par Shin et al. Bien que la couverture des associations de Shin et al. était limitée (24/299), nous avons pu valider de façon significative la proximité entre gènes et métabolites associés (P<0,01). En somme, cette méthode et ses développements futurs permettront d’interpréter de façon quantitative les associations mGWAS, de prédire quels métabolites mesurer en lien avec la fonction d’un gène et, plus généralement, de permettre une meilleure compréhension du contrôle génétique sur le métabolisme.

Keyphrases: Métabolomique, Génomique, Voies métaboliques, mGWAS, KEGG
La fragmentation juridique de la terre en droit privé : étude des représentations sociales et historiques de la terre dans la tradition romaniste

Jusqu’à une époque récente, un juriste étudiait un modèle juridique donné car il le considérait comme le meilleur. Telle est la constatation formulée par les comparatistes Antonio Gambaro, Rodolfo Sacco et Louis Vogel dans les premières lignes de leur Droit de l’Occident et d’ailleurs. Cette attitude cadre difficilement avec le contexte globalisant actuel. En revanche, un nombre croissant de juristes manifestent un intérêt renouvelé à l’égard du génie propre aux différentes traditions juridiques.    À l’intérieur même d’une tradition juridique, un recul théorique est parfois nécessaire afin de mieux en apprécier la sagesse. Pour H. Patrick Glenn, la tradition juridique est vivante et évolutive. Le droit civil privé du Québec, branche de la tradition romaniste, constitue la résultante d’un processus de transmission de connaissances juridiques dont la pertinence est constamment mise à l’épreuve du temps et du contexte social. Très tôt, les dépositaires du savoir issu de la tradition romaniste ont cherché à définir la place de l’être humain dans la nature et cela, à toute époque confondue. La relation humaine avec la terre a fait l’objet de réflexions juridiques poussées dans le droit classique comme dans le droit moderne. Le droit des biens privé du Québec, branche fondamentale du droit civil, a intériorisé et adapté la somme de ce savoir à son propre contexte social et historique. La conception juridique de la terre a varié considérablement à l’intérieur même de la tradition romaniste.   Ce mémoire propose une étude des représentations sociales et historiques de la terre dans la tradition romaniste. Cette étude a été menée en recourant à une approche interdisciplinaire du droit qui puise dans le savoir des disciplines philosophiques et historiques. Au terme de cette analyse, il sera établi que la structure de la propriété civiliste a conduit à une fragmentation juridique de la terre en autant d’utilités qu’il est techniquement possible pour l’être humain d’en tirer.

Keyphrases: Droit civil, Droit des biens privé, Droit de propriété, Éléments naturels, Histoire du droit, Interdisciplinarité, Nature, Philosophie du droit, Propriété privée, Terre
Immigration et insertion professionnelle : le cas des Haïtiens arrivés au Québec après le tremblement de terre de 2010

Ce mémoire porte sur la question de l’insertion sur le marché du travail, des Haïtiens arrivés au Québec après le tremblement de terre désastreux qui frappa Haïti le 12 janvier 2010. Notre objectif est d'analyser la trajectoire professionnelle de ce groupe et de déterminer les difficultés rencontrées au cours de leur projet d'insertion en emploi. Notre projet s’inscrit dans le cadre de l'approche plurielle développée par Victor Piché qui propose de porter attention à la fois aux facteurs macro-structurels, micro-individuels et à la force du réseau, dans l'étude du phénomène migratoire et du processus d'intégration de la personne immigrante au sein du pays d'accueil. Dans le cadre de ce mémoire, nous avons choisi de réaliser des entretiens avec douze immigrants haïtiens. Cela nous a permis de recueillir des informations de première main sur les différents éléments qui les ont amenés à la décision d'immigrer au Québec et sur leurs parcours sur le marché du travail dans le pays d’accueil.  Il ressort des entretiens que l'évaluation que font les répondants du bon déroulement de leur intégration socio-professionnelle dépend particulièrement de facteurs micro-individuels tels que : la maitrise des langues officielles, la connaissance des stratégies favorisant l'insertion en emploi, la connaissance des pratiques locales et du fonctionnement du marché du travail et le statut d'immigration. Très peu des immigrants haïtiens que nous avons rencontrés ont abordé la question de la discrimination, notamment parce qu’ils semblent avoir intégré le discours sur la compétition et l'individualisation et ramènent à des facteurs individuels les succès et les échecs qu'ils ont connus lors de la recherche d'emploi. En d’autres mots, les personnes interrogées semblent avoir intériorisé le discours sur « la lutte des places » les enjoignant à ne pas se contenter « d'être bon », mais d’être « le/la meilleur(e) » pour pouvoir concurrencer les "Québécois de souche" sur le marché de l'emploi.

Keyphrases: Immigration, Insertion professionnelle, Vague d'immigration, Québec, Haïtien
Tombés entre les mailles du filet : expériences de vulnérabilisation chez les jeunes en situation de rue avec antécédents de placement

Les jeunes avec antécédents de placement sont surreprésentés parmi les jeunes adultes qui ont vécu un passage à la rue. Ce qui pourrait être interprété par certains comme un naufrage est vécu par d’autres comme une opportunité : l’expérience de la rue que font les jeunes est façonnée par leurs expériences antérieures. L’objectif de cette recherche était de combler un trou dans les connaissances concernant l’articulation entre l’expérience de placement et l’expérience de rue chez les jeunes. À partir de la méthodologie des récits de vie, j’ai rencontré six jeunes adultes en situation de rue qui, durant l’enfance ou l’adolescence, avaient fait l’objet d’un retrait du milieu familial en vertu de la Loi sur la protection de la jeunesse au Québec. Leur trajectoire a été étudiée sous l’angle de la « vulnérabilisation », un processus double d’appauvrissement matériel et de refoulement vers une position sociale dévalorisée. Les jeunes de mon étude ont vécu trois formes de vulnérabilisation dans le contexte du placement : la déliaison familiale, la disqualification professionnelle et sociale, et la stigmatisation. Les jeunes ont répondu à ces dynamiques en acceptant et en intériorisant la vulnérabilité, en la niant ou en la refusant, ou encore en la rationalisant et en la négociant. Cette étude permet de mieux comprendre l’articulation entre l’expérience du placement et celle de la rue chez les jeunes. Les résultats sont utiles pour informer d’autres études, ainsi que pour éclairer les pratiques auprès de cette population spécifique.

Keyphrases: Jeunes, Rue, Placement, Protection, Récits de vie, Expérience, Vulnérabilité, Travail social, Protection
Les macroinvertébrés benthiques littoraux : bioindicateurs de la qualité écologique des milieux humides en zone urbaine

Les milieux aquatiques en zone urbaine sont reconnus comme des îlots de biodiversité qui offrent de nombreux services écologiques. Dans cette étude, nous avons utilisé les macroinvertébrés comme bioindicateurs de la qualité écologique des étangs, petits lacs et marais de l’Île de Montréal. Les macroinvertébrés ont été récoltés durant l’été 2011 dans la zone littorale de 20 sites variant par leur urbanisation et leurs caractéristiques limnologiques. Nous avons évalué la variation dans la richesse en taxa, les indices de diversité et plusieurs métriques basées sur la composition taxonomique ou les traits fonctionnels. Nous avons déterminé la réponse des métriques aux changements dans l’urbanisation, l’aménagement et les conditions des plans d’eau. Notre étude montre que les étangs, marécages et petits lacs constituent des réserves importantes de biodiversité en zone urbaine. Les marécages naturels et les étangs et lacs permaments avaient une meilleure qualité écologique et supportaient des communautés de macroinvertébrés plus diverses et abondantes que les petits étangs temporaires aménagés. Le couvert de végétation aquatique, l’enrichissement en nutriments et en matière organique ainsi que la biomasse des algues expliquaient le plus de variation dans les macroinvertébrés. Les aménagements, la densité urbaine et la permanence de l’eau avaient aussi une bonne influence. Les métriques univariées avaient moins de potentiel que les métriques multivariées. Nous avons discuté les implications de notre étude pour le suivi environnemental de la biodiversité et la qualité écologique des milieux aquatiques en zone urbaine.

Keyphrases: Écologie urbaine, Macroinvertébrés littoraux, Composition taxonomique, Traits fonctionnels, Bioindicateurs, Étangs, Biodiversité