NCube/papyrus huggingface dataset:
Framework for Real-time collaboration on extensive Data Types using Strong Eventual Consistency

La collaboration en temps réel est un cas spécial de collaboration où les utilisateurs travaillent sur le même élément simultanément et sont au courant des modifications des autres utilisateurs en temps réel. Les données distribuées doivent rester disponibles et consistant tout en étant répartis sur plusieurs systèmes physiques. "Strong Consistency" est une approche qui crée un ordre total des opérations en utilisant des mécanismes tel que le "locking". Cependant, cela introduit un "bottleneck". Ces dix dernières années, les algorithmes de concurrence ont été étudiés dans le but de garder la convergence de tous les replicas sans utiliser de "locking" ni de synchronisation. "Operational Trans- formation" et "Conflict-free Replicated Data Types (CRDT)" sont utilisés dans ce but. Cependant, la complexité de ces stratégies les rend compliquées à intégrer dans des logicielles conséquents, comme les éditeurs de modèles, spécialement pour des data structures complexes comme les graphes. Les implémentations actuelles intègrent seulement des data linéaires tel que le texte. Dans ce mémoire, nous présentons CollabServer, un framework pour construire des environnements de collaboration. Il a une implémentation de CRDTs pour des data structures complexes tel que les graphes et donne la possibilité de construire ses propres data structures.

Keyphrases: Algorithme de concurrence, Data distribuée, Génie logiciel, Système distribués
Improved training of energy-based models

L'estimation du maximum de vraisemblance des modèles basés sur l'énergie est un problème difficile à résoudre en raison de l'insolubilité du gradient du logarithmique de la vraisemblance. Dans ce travail, nous proposons d'apprendre à la fois la fonction d'énergie et un mécanisme d'échantillonnage approximatif amorti à l'aide d'un réseau de générateurs neuronaux, qui fournit une approximation efficace du gradient de la log-vraisemblance. L'objectif qui en résulte exige la maximisation de l'entropie des échantillons générés, que nous réalisons en utilisant des estimateurs d'information mutuelle non paramétriques récemment proposés. Enfin, pour stabiliser le jeu antagoniste qui en résulte, nous utilisons une pénalité du gradient, centrée en zéro, dérivée comme condition nécessaire issue de la littérature sur l'alignement des scores. La technique proposée peut générer des images nettes avec des scores d'Inception et de FID compétitifs par rapport aux techniques récentes de GAN, ne souffrant pas d'effondrement de mode, et compétitive par rapport aux techniques de détection d'anomalies les plus récentes.   Le chapitre 1 introduit les concepts essentiels à la compréhension des travaux présentés dans cette thèse, tels que les modèles graphiques fondés sur l'énergie, les méthodes de Monte-Carlo par chaînes de Markov, les réseaux antagonistes génératifs et l'estimation de l'information mutuelle. Le chapitre 2 contient un article détaillant notre travail sur l'amélioration de l'entraînement des fonctions d'énergie. Enfin, le chapitre 3 présente quelques conclusions tirées de ce travail de thèse, la portée des travaux futurs, ainsi que des questions ouvertes qui restent sans réponse.

Keyphrases: apprentissage profond, apprentissage non supervisé, modèles génératifs, modèles basés sur l'énergie
Étude de l’implication des voies non-canoniques de TGF-beta durant la régénération de la patte chez l’axolotl

La force de la recherche fondamentale réside dans le transfert des découvertes à de réels problèmes humains, qu’ils soient médicaux, sociaux ou pratiques. Généralement, cette recherche débute par la compréhension de ce problème. L’humain a une capacité de guérison qu’on peut définir comme rapide, mais qui réside plus dans le rafistolage que dans la qualité de la guérison. Si la blessure en question est le moindrement grave, généralement, le corps humain est capable de guérir afin de maintenir l’organisme en vie, toutefois la fonction n’est pas toujours rétablie. Par exemple, dans le cas d’une amputation à un membre, la guérison va se faire par une cicatrice et former un moignon, rendant la partie amputée non fonctionnelle. Le laboratoire du Dr Roy étudie la régénération et la guérison sans cicatrice chez un modèle qui le fait de manière phénoménale, l’axolotl (Ambystoma mexicanum). Comprendre la signalisation qui permet à cet animal de régénérer parfaitement est une étape importante pour nous permettre de transférer ces découvertes à des traitements chez l’humain. Notre modèle de régulation des voies de signalisation dans le processus de régénération met la cytokine TGF-beta au cœur de notre recherche. Cette protéine est responsable de la formation du blastème, en permettant la migration et la prolifération suite à une amputation. Notre recherche a permis de montrer que lors de la première phase de la régénération, TGF-beta active SMAD2 et SMAD3, mais que le processus de guérison passe par SMAD2 puisque le niveau de SMAD3 est très faible. De plus, en bloquant uniquement SMAD3, la régénération s’opère normalement. L’importance de TGF-beta pour la formation du blastème est solidement démontrée. Par contre, son rôle pour la fermeture de plaie n’a pas encore été déterminé. La fonction de TGF-beta est associée à une multitude de processus dont celui des transitions épithéliales mésenchymateuses (EMT). Ce processus est caractérisé par des changements phénotypiques de cellules épithéliales leur permettant de migrer. Les EMTs s’opèrent lors du développement, de la progression du cancer et durant la guérison. Nous avons donc tenté de comprendre comment les EMTs pouvaient jouer un rôle dans la régénération de la patte et comment TGF-beta pouvait influencer la chose. Durant mon doctorat, nous avons déterminé que les EMTs étaient associées à la fermeture de la plaie, une étape indispensable à la régénération. De plus, leur régulation serait dépendante en partie de TGF-beta. La fermeture de la plaie serait dépendante de la voie TGF-beta/SMAD (connue comme la voie canonique) et de la voie TGF-beta/p38/JNK (une des voies non-canonique). Nous avons aussi montré que les voies p38 et JNK sont importantes pour la progression du blastème, et ce de manière indépendante de TGF-beta. Les résultats obtenus durant cette thèse nous permettent de mieux comprendre le processus de régénération parfaite.

Keyphrases: Axolotl, Régénération, Signalisation, TGF-beta
Sensibilisation à la protection de la vie privée dans un contexte d’utilisation de dispositifs portables intelligents

Les DPI (Dispositifs Portables Intelligents) sont de plus en plus populaires dans les activités de sport, de loisirs, ainsi que pour la gestion du temps et du calendrier. Leur potentiel est reconnu dans plusieurs scénarios. Plus précisément, leur capacité à collecter une grande quantité de données au sujet de leur propriétaire et de son entourage par le biais des divers senseurs, peut éventuellement porter atteinte à sa vie privée.   Avec l’arrivée des montres intelligentes (smartwatches) ou de bracelets électroniques (fitness trackers) sur le marché, nous nous retrouvons face à de véritables petits ordinateurs. Lorsque combinés à l’utilisation d’une application propriétaire résidant sur un téléphone intelligent ou un ordinateur et à l’utilisation d’une connexion directe (ou indirecte) à l’Internet, celles-ci ouvrent la porte à une agrégation importante de données.   Le but de cette recherche est donc dans un premier temps d’explorer les risques de sécurité relatifs aux dispositifs portables, dans le but d’en inférer les impacts sur la vie privée.     Nous présentons ensuite une approche de formation adaptée (CLEOPATRA), fondée sur un STI (Système de Tutorat Intelligent) tenant compte du style d’apprentissage des individus selon leur cohorte générationnelle. Cette approche utilise une application web avec un modèle de recouvrement des connaissances obtenu à la suite d’un test d’évaluation ainsi qu’un modèle expert, sous-ensemble d’un curriculum de formation élaboré par notre groupe de recherche. Les modules de formation sont extraits de documents disponibles librement sur l’Internet, et d’un genre approprié pour la génération à laquelle ils s’appliquent. La formation utilise le PLE (Personal Learning Environment) ainsi que l’approche du microlearning. A la fin de la formation, les participants sont appelés à repasser le test d’évaluation afin de valider leur rétention des connaissances acquises.

Keyphrases: Dispositif portable intelligent, Sécurité, Vie privée, Système de tutorat intelligent, Curriculum, Environnement d’apprentissage personnel, Microlearning, Générations, Personal learning environment, Microlearning
Coordination entre les microtubules et le complexe Smc5-Smc6 dans le maintien de l'intégrité génomique

Il existe une coordination précise entre les mécanismes de réparation de l’ADN et de ségrégation des chromosomes pour maintenir l’intégrité génomique. D’un côté, les membres de la famille SMC (Structural Maintenance of Chromosome) sont impliqués dans la réparation et la réorganisation de l’ADN. De l’autre côté, les microtubules font partis d’une machine moléculaire complexe, appelée le fuseau mitotique, et sont responsables de la séparation des chromosomes en mitose. Précédemment, une étude effectuée dans notre laboratoire a montré un lien fonctionnel étroit entre le complexe Smc5-Smc6, la réponse aux dommages à l’ADN et les microtubules. Le but de cette thèse est d’approfondir les connaissances sur ce lien fonctionnel. La première étude présentée vise à identifier de nouvelles fonctions du complexe Smc5-Smc6 en lien avec son association aux microtubules. Nous avons performé un crible génétique chez la levure Saccharomyces cerevisiae avec un mutant unique de SMC5. Les résultats de ce crible suggèrent que le complexe Smc5-Smc6 performe un large éventail de fonctions, notamment en lien avec la réparation et la réplication de l’ADN. De plus, nous avons identifié un rôle pour le complexe Smc5-Smc6 dans la promotion des fonctions du kinétochore et de l’intégrité de l’ADN centromérique.  La deuxième étude de cette thèse s’intéresse principalement au rôle des microtubules dans la réponse aux dommages à l’ADN. Pour ce faire, nous avons identifié des mutants des microtubules montrant une forte sensibilité à différents stress génotoxiques, notamment au stress réplicatif. Cette sensibilité est causée par un défaut de progression du cycle cellulaire en mitose chez les mutants des microtubules ayant subi un stress réplicatif. Ces résultats suggèrent donc que les microtubules participent activement à la réponse cellulaire au stress réplicatif.  Dans l’ensemble, ces résultats mettent en évidence une connexion complexe entre les microtubules et les effecteurs de la réponse aux dommages à l’ADN. Cette thèse permet une meilleure compréhension des fonctions du complexe Smc5-Smc6 et des microtubules.

Keyphrases: intégrité génomique, Complexe Smc5-Smc6, Microtubules, Fuseau mitotique, mitose, Stress réplicatif, Microtubules
Étude combinatoire et algorithmique de la médiane de permutations sous la distance de Kendall-Tau

Une permutation peut être vue comme un classement qui ordonne des éléments ou des candidats en fonction d’une préférence ou d’un critère. Ce classement peut être le vote d’un électeur qui doit classer tous les candidats en ordre de préférence, le résultat d’une compétition sportive avec plusieurs athlètes ou encore une liste des meilleurs films de 2018. Cependant, il se peut, dans les exemples ci-dessus, que les électeurs n’aient pas les mêmes préférences ou encore qu’une compétition sportive soit divisée en plusieurs épreuves dont les classements diffèrent les uns des autres. C’est pourquoi il existe des règles pour générer une permutation "consensus", c’est-à-dire qui est le meilleur compromis entre les différents classements. L’un de ces consensus est la médiane de permutation, appelée aussi consensus de Kemeny. Cette dernière méthode respecte un ensemble de propriétés qui justifient son utilisation. Le calcul du consensus de Kemeny est toutefois un problème NP-difficile. Conséquemment, de nombreux travaux de recherche ont été effectués sur le sujet. Ce mémoire étudie principalement des classes spéciales du problème, c’est-à-dire le calcul du consensus de Kemeny d’un ensemble de permutations présentant des caractéristiques spécifiques.

Keyphrases: Méthode de Kemeny, Médiane de permutations, Règle de Kemeny, Consensus de Kemeny, Permutations, Kemeny Rule
Applications of complex numbers to deep neural networks

Dans la dernière décennie, une heureuse confluence de matériel, de logiciels et de théorie ont permis à l'intelligence artificielle de connaître un renouveau: un "printemps" et qui, contrairement au passé, semblent avoir mené non pas à la déception d'un autre "hiver", mais à un "été" durable, rempli de réelles avances.  Une de ces récentes avances est l'entrée en scène de l'apprentissage véritablement ``profond''. Dans maintes applications les architectes de réseaux de neurones ont connu du succès en les approfondissant, et plus personne ne doute de l'utilité de représentations profondes, composées, hiérarchiques, apprises automatiquement à base d'exemples.  Mais il existe d'autres avenues, moins explorées, qui pourraient être utiles, comme l'emploi d'alternatives au système numérique le plus commun, les nombres réels: nombres à basse précision, nombres complexe, quaternions. En 2017, moi-même et l'un de mes principaux collaborateurs discutâmes du manque d'intérêt accordé au traitement en nombres complexes et à l'analyse de signaux complexes ou aisément convertis en une série de nombres complexes grâce à la transformée de Fourier (1D, 2D, à court terme ou non). Puisque ce secteur semblait peu exploré, nous nous y sommes lancés et, au terme d'une année passée à relever des défis propres à l'architecture et l'initialisation d'un réseau de neurones n'employant que des nombres complexes, nous avons débouché sur des résultats prometteurs en vision informatique et en traitement de musique. Nous déjouons aussi les pièges d'une initialisation et d'une normalisation naïve de ce type de réseau de neurones avec des procédures adaptées.

Keyphrases: Intelligence artificielle, Apprentissage profond, Apprentissage automatique, Réseaux de neurones, Nombres complexes
Peter Krausz : Et in Arcadia ego

Peter Krausz est connu pour être un artiste engagé abordant essentiellement le rapport entre l’être humain et la nature. Depuis les années 1970, le discours de sa production artistique repose sur la critique des enjeux politiques frontaliers et territoriaux. Constituée de 28 œuvres, sa plus récente série Et in Arcadia ego (2014-2017) est représentée selon un langage formel similaire au corpus antérieur de l’artiste s’inscrivant cependant dans une approche différente du paysage. Dans le cas d’étude, comment l’absence de figures humaines et de repères spatiaux temporels suscite une réflexion sur la relation avec le paysage chez le spectateur ?   Les tableaux de peintures et les pastels sur papier sont composés de manière à valoriser le paysage méditerranéen sous ses aspects pastoraux les plus idylliques. L’idéalisation se manifeste également dans le titre de la série, alors que celui-ci renvoie explicitement au mythe de l’Arcadie. Pendant l’Antiquité, les poètes nourrissent les légendes de cette région grecque où la nature est abondante et le printemps est éternel. Peter Krausz réactualise ce mythe en empruntant un titre au tableau Et in Arcadia ego (1638) de Nicolas Poussin. La présente recherche s’interroge ainsi sur le sens de la locution communément traduite par « En Arcadie, Moi, la Mort, j’existe » dans la mesure où la série de Peter Krausz appartient à un tout autre contexte de production et historique.   Les recherches de ce mémoire sont véhiculées par la conception du paysage en tant que construction culturelle, développée par la philosophe Anne Cauquelin. Le concept nous permet d’établir le lien historiographique entre les recueils de poèmes antiques, les peintures classiques du 17e siècle et l’œuvre de Krausz. La vision de la nature de l’artiste sera présentée sous les angles d’une mémoire collective façonnée, puis d’un regard singulier sur le paysage actuel. Nous entendons ainsi démontrer comment la série Et in Arcadia ego est efficace pour réfléchir sur le contexte de dégradation environnemental propre au 21e siècle.

Keyphrases: Peter Krausz, Et in Arcadia ego, Paysage, Construction culturelle
« Êtes-vous Monsieur Makhmalbaf? »: présence et réalisme du réalisateur-acteur Mohsen Makhmalbaf

La question « Êtes-vous Monsieur Makhmalbaf » est le lien entre deux films mettant en scène le réalisateur iranien Mohsen Makhmalbaf. Ces deux cas développent de manière tout à fait originale la présence de cet homme. La valeur accordée à cette présence peut être problématisée par l’évaluation de sa fabrication et reliée à la démonstration de la réalité du processus qui l’engendre. Au cours de l’analyse de ces deux films, nous voyons que l’un – Close-up (Kiarostami 1991) – développe sa présence de manière progressive, alors que l’autre présente Makhmalbaf de manière régressive – Salaam Cinéma (Makhmalbaf 1995). Dans le premier cas, Makhmalbaf est donc présenté par trois modes différents : le nom, le corps et le film; dans le second, il est représenté par trois autres modes : l’acteur, le filmeur et le réalisateur. C’est par la production de sens à travers la présentation et la représentation que ces films définissent notre connexion avec cet homme. La figure qui se présente et le type qui se représente montrent alors que le cinéma peut être un médium réaliste. En effet, si la réalité est ce vers quoi le cinéma est projeté, c’est aussi ce qui nous engage à vouloir savoir si cet homme présent est bel et bien Monsieur Makhmalbaf.

Keyphrases: Présence, Réalisme, Esthétique, Sens, Figure, Type
Les femmes et les menstrues : quand le cinéma, les séries télévisées et les publicités dictent les règles

Les tabous demeurent autour de la question des menstruations féminines. Dans les films et les séries télévisées mettant en scène des femmes à divers âges de la vie, les sentiments divergent à propos des règles quand celles-ci sont abordées ; honte et dégoût provoqués par la substance corporelle, gêne ou mesquineries générées par l'expérience menstruelle, inégalités et restrictions entre les genres, sont les manières les plus courantes d'aborder cette expérience féminine naturelle. Comment le traitement de ce sujet dans les films de fiction serait une influence bénéfique ou au contraire défavorable pour les spectatrices ? En quoi l'usage d'une telle thématique dans les récits filmiques répond-il à son époque et met-il en forme les discours sociaux et les problématiques sexuelles qui lui sont propres ? Quelles stratégies - en matière d'évocation des menstrues - les films utilisent-ils afin d'attirer un public cible et essentiellement féminin ?  Ce mémoire de maîtrise en recherche-création vise à contribuer à l'avancement de la condition féminine en se penchant sur les menstrues, thème peu - et le plus souvent mal- abordé au cinéma et dans les séries télévisées. L’hypothèse de départ rejoint l'idée selon laquelle le cinéma et les séries ont su exploiter des codes physiques pour représenter les femmes à divers âges de la vie, et a repris des codes sociaux en matière de goût ou de dégoût liés au corps. Pour accompagner et nourrir mes recherches, j'intègrerai un projet de création qui consistera à l'écriture d'une websérie, ayant pour titre « Ces Nobles Règles », organisée sous forme de six épisodes par saison, dont la durée variera entre 2min et 4min. Le récit fictionnel retracera le quotidien de femmes de toutes générations pendant leur période menstruelle.

Keyphrases: Cinéma, Femme, Représentation, Série, Menstruation
«La bonne cuisine» : discours alimentaires et goûts populaires au Québec des années 1920 à 1949

Partant du constat qu’il existe parfois une dichotomie entre les prescriptions alimentaires et les pratiques, ce mémoire tente d’illustrer le rôle que jouent les goûts populaires dans les choix alimentaires. L’étude s’inscrit dans le cadre spatiotemporel du Québec des années 1920 à 1949. Cette période, forte en changement découlant de l’industrialisation et de l’urbanisation de la société québécoise, est susceptible de produire plusieurs nouvelles habitudes alimentaires chez la population. L’objectif de ce mémoire est donc de cerner la façon dont les goûts populaires se construisent alors, au croisement entre différents facteurs gustatifs, économiques, diététiques ou matériels. Pour ce faire, nous avons dépouillé la littérature culinaire produite dans quatre magazines à grand tirage de l’époque : La Revue moderne, La Revue populaire, La Terre de chez nous et la revue des Cercles de Fermières. Dans un premier temps, nous procédons à une décomposition du contenu des recettes culinaires pour faire émerger certaines préférences alimentaires, mais aussi pour dégager les multiples composantes sensorielles liées à la perception gustative. Par la suite, nous effectuons un examen des discours retrouvés dans les chroniques culinaires pour mieux situer les préférences et les goûts dans le contexte culturel qui les génère. Ultimement, nous souhaitons mettre au jour un aspect primordial de l’acte alimentaire, mais souvent écarté de l’étude historique, à savoir le goût

Keyphrases: Québec, Culture culinaire, Littérature culinaire, Cuisine, Pratiques alimentaires, Goûts populaires, Perception gustative, Représentation culturelle