NCube/papyrus huggingface dataset:
Développement de méthodes d'assemblage de génomes de novo adaptées aux bactéries endosymbiotes

Le but de ce projet était de développer des méthodes d'assemblage de novo dans le but d'assembler de petits génomes, principalement bactériens, à partir de données de séquençage de nouvelle-génération. Éventuellement, ces méthodes pourraient être appliquées à l'assemblage du génome de StachEndo, une Alpha-Protéobactérie inconnue endosymbiote de l'amibe Stachyamoeba lipophora. Suite à plusieurs analyses préliminaires, il fut observé que l’utilisation de lectures Illumina avec des assembleurs par graphe DeBruijn produisait les meilleurs résultats. Ces expériences ont également montré que les contigs produits à partir de différentes tailles de k-mères étaient complémentaires pour la finition des génomes. L’ajout de longues paires de lectures chevauchantes se montra essentiel pour la finition complète des grandes répétitions génomiques. Ces méthodes permirent d'assembler le génome de StachEndo (1,7 Mb). L'annotation de ce génome permis de montrer que StachEndo possède plusieurs caractéristiques inhabituelles chez les endosymbiotes. StachEndo constitue une espèce d'intérêt pour l'étude du développement endosymbiotique.

Keyphrases: assemblage de génome de novo, séquençage nouvelle-génération, qualité d'assemblage, graphe DeBruijn, k-mère, endosymbiote, Rickettsiales, Rickettsiales
La croissance maxillaire et mandibulaire et l’apnée du sommeil chez les enfants présentant une séquence de Pierre Robin

Introduction : La croissance maxillo-mandibulaire des enfants avec une séquence de Pierre Robin (SPR) est controversée dans la littérature. Certains auteurs croient que la croissance mandibulaire est accélérée après la naissance, mais peu se sont penchés sur la croissance du maxillaire supérieur. Cette étude rétrospective sur dossier vise à analyser la croissance maxillo-mandibulaire des enfants atteints de la SPR. Dans un deuxième temps, nous aurions aimé évaluer la sévérité et l’évolution de l’apnée du sommeil en lien avec la croissance des maxillaires, mais un manque de données a empêché l’atteinte de cet objectif.   Matériel et méthode : Les dossiers médicaux et orthodontiques de 93 patients (82 volet apnée et 40 volet croissance) du CHU Ste-Justine avec une SPR isolée ont été révisés puis comparés au groupe contrôle composé d’enfants normaux de l’Université du Michigan. L’analyse statistique de modèle mixte pour mesures répétées de même que celle de Brunner-Langer furent effectuées.  Résultats : L’évaluation orthodontique a montré un changement statistiquement significatif pour la relation molaire droite, la présence de chevauchement et de diastème au maxillaire et le surplomb vertical. L’analyse des données céphalométriques nous montre que le maxillaire supérieur, la branche montante et le corps de la mandibule sont tous réduits par rapport à la normale. Ce dernier montre une diminution significative avec l’âge (p = 0,03). L’angle gonial, le SNA, SNB, ANB, l’angle de convexité faciale et l’inclinaison de l’incisive supérieure par rapport à FH sont tous normaux. Par contre, on remarque une augmentation statistiquement significative de cette dernière avec l’âge (p = 0,04). L’angle Y est augmenté tandis que les hauteurs faciales supérieure (HFS) et inférieure (HFI) sont diminuées bien que cette dernière montre une tendance à s’approcher de la normale avec l’âge (p ≤ 0,001).   Discussion : Les dimensions des maxillaires sont similaires à plusieurs études. En ce qui concerne la mandibule, la croissance est soit plus lente, soit diminuée. Cette observation est plus marquée lorsque l’on s’approche du pic de croissance puisque l’écart par rapport à la normale s’agrandit. On voit une tendance à la croissance hyperdivergente qui pourrait expliquer l’augmentation de la HFI avec l’âge. Le fait que SNA et SNB soient dans la normale pourrait s’expliquer par une diminution de la longueur de la base crânienne.   Conclusion : Il n’y a pas de rattrapage de croissance maxillaire et mandibulaire. Les maxillaires restent micrognathes quoique proportionnels l’un envers l’autre et le profil est convexe tout au long de la croissance. La comparaison des données céphalométriques et des traitements orthodontiques avec ceux des patients présentant une fente palatine isolée devrait se faire sous peu. Nous n’avons pas été en mesure d’atteindre nos objectifs concernant l’apnée du sommeil. Une étude prospective serait à prévoir pour y arriver.

Keyphrases: Séquence de Pierre Robin, croissance cranio-faciale, apnée du sommeil
La «koinônia» des Actes des apôtres : analyse structurelle du verset 2,42 et de son contexte d’insertion

Jésus de Nazareth accordait beaucoup d’importance à la commensalité, au point de faire du repas en commun le contexte particulier du double geste sur le pain et le vin accompli à la dernière Cène. Après avoir été réitéré dans son contexte d’origine par plusieurs générations de chrétiens, le rappel de la Cène s’est ensuite complètement dissocié du contexte d’un repas.  Le terme koinwnia utilisé au verset 2,42 du livre des Actes des apôtres désigne-t-il ce repas communautaire autour duquel se déroulaient les rassemblements chrétiens?  Grâce à une analyse structurelle réalisée en entonnoir sur les chapitres 2 à 5 du livre des Actes, le présent mémoire met en relief l’importance des repas communautaires dans la vie de la communauté primitive, tout en montrant que le terme koinwnia a un sens plus étendu  que le seul repas en commun, mais tout aussi concret et actif que les trois autres éléments énumérés au verset 2,42.

Keyphrases: Actes 2,42, Actes des apôtres 2,42, Actes des apôtres 2-5, Analyse structurelle, Christianisme primitif, Commensalité, Mise en commun, Repas communautaire
Pratique dentaire en milieu rural : perspectives des étudiants en médecine dentaire du Québec

Introduction: La répartition de la main-d'oeuvre dentaire à travers le Canada est fortement balancée en faveur des zones urbaines, une situation qui favorise les disparités dans l'accès aux soins de santé buccodentaire. En engageant des professionnels de la santé buccodentaire dans la pratique dentaire en milieu rural, il faut d’abord comprendre leurs opinions personnelles et professionnelles, ainsi que les obstacles et les facteurs motivant leur choix de pratique. Cependant, il existe un manque des connaissances sur la perception des étudiants de soins de santé buccodentaire à l'égard de la pratique rurale. Par conséquent, nous avons voulu vérifier comment les étudiantes en médecine dentaire perçoivent la pratique dentaire en milieu rural. Méthodes: Nous avons effectué une recherche qualitative dans deux grandes facultés de médecine dentaire au Québec. Un échantillonnage intentionnel et la technique boule de neige ont été utilisé pour recruter des étudiants finissants et des résidents en médecine dentaire en tant que participants à l'étude. Des enregistrements sonores des entrevues, d’une durée de 60 à 90 minutes, semi-structurées et face à face ont été colligés jusqu’à atteinte de la saturation. Nous avons procédé à une analyse thématique pour dégager les enjeux. Cela a inclus un compte-rendu des entrevues, l’encodage des transcriptions, la présentation des données et leur interprétation. Résultats: Dix-sept entretiens (10 F et 7 M, âge: 22 à 39) ont été réalisées. Cinq grands thèmes ont émergé des entrevues: niveau des connaissances sur les inégalités de la santé buccodentaire en milieu rural, image de la ruralité, image de la pratique dentaire en milieu rural, obstacles perçus et facteurs mobilisateurs. Les étudiants ont exprimé que l'éducation dentaire, les avantages financiers, le professionnalisme, le soutien professionnel, et les médias sociaux peuvent influencer positivement leur intérêt à l’égard de la pratique dentaire en milieu rural. Conclusion : Les résultats de cette étude soutiennent la mise en place de stratégies connues pour augmenter la connaissance et la motivation des étudiants en médecine dentaire pour choisir leur profession dans une région rurale. Les acteurs des politiques éducatives ont un rôle essentiel dans la promotion de ces politiques et stratégies facilitantes.

Keyphrases: Rural, Rural, Pratique dentaire, Étudiant en médecine dentaire, Recherche qualitative
Étude des interactions interhémisphériques entre les représentations des muscles de l'épaule et du tronc dans le cortex moteur primaire

Après un accident vasculaire cérébral (AVC), 30% des personnes ont une atteinte de la fonction motrice du membre supérieur. Un des mécanismes pouvant intervenir dans la récupération motrice après un AVC est la réorganisation des interactions interhémisphériques. À ce jour, la plupart des études se sont intéressées aux interactions entre les représentations des muscles de la main. Or la réalisation de mouvements de la main nécessite une coordination précise des muscles proximaux de l’épaule et le maintien d’une stabilité assurée par les muscles du tronc. Cependant, il existe peu d’informations sur le contrôle interhémisphérique de ces muscles. Ainsi, l’objectif de cette étude était de caractériser les interactions entre les représentations corticales des muscles proximaux (Deltoïde antérieur (DA)), et axiaux (Erecteur spinal (ES L1)) chez le sujet sain et de les comparer avec les interactions interhémisphériques entre les représentations des muscles distaux (1er interosseux dorsal (FDI)). Deux techniques de stimulation magnétique transcrânienne ont été utilisées pour évaluer ces interactions. La stimulation du cortex moteur ipsilatéral évoque une période de silence ipsilatérale (iSP)-reflétant l’inhibition interhémiphérique-dans le FDI et le DA. Dans ES L1, l’iSP est précédée d’une facilitation. Le paradigme de l’impulsion pairée démontre aussi la présence d’inhibition interhémisphérique dans les trois muscles. Ces résultats suggèrent un patron distinct d’interactions réciproques entre les représentations des muscles distaux, proximaux et axiaux qui peut être expliqué à la fois par des changements d’excitabilité au niveau cortical et sous-cortical. Ces résultats pourraient servir de bases normatives afin d’évaluer les changements survenant suite à un AVC.

Keyphrases: Interactions interhémisphériques, Tronc, Accident vasculaire cérébral, Stimulation magnétique transcrânienne
Les effets de la stimulation électrique transcrânienne à courant direct appliquée au cortex somatosensoriel primaire sur la perception vibrotactile

La stimulation électrique transcrânienne à courant direct (tDCS) est une technique non invasive de neuromodulation qui modifie l’excitabilité corticale via deux grosses électrodes de surface. Les effets dépendent de la polarité du courant, anodique = augmentation de l’excitabilité corticale et cathodique = diminution. Chez l’humain, il n’existe pas de consensus sur des effets de la tDCS appliquée au cortex somatosensoriel primaire (S1) sur la perception somesthésique. Nous avons étudié la perception vibrotactile (20 Hz, amplitudes variées) sur le majeur avant, pendant et après la tDCS appliquée au S1 controlatéral (anodale, a; cathodale, c; sham, s). Notre hypothèse « shift-gain » a prédit une diminution des seuils de détection et de discrimination pour la tDCS-a (déplacement vers la gauche de la courbe stimulus-réponse et une augmentation de sa pente). On attendait les effets opposés avec  la tDCS-c, soit une augmentation des seuils (déplacement à droite et diminution de la pente).  Chez la majorité des participants, des diminutions des seuils ont été observées pendant et immédiatement suivant la tDCS-a (1 mA, 20 min) en comparaison à la stimulation sham. Les effets n’étaient plus présents 30 min plus tard.  Une diminution du seuil de discrimination a également été observée pendant, mais non après la tDCS-c (aucun effet  pour détection). Nos résultats supportent notre hypothèse, uniquement pour la tDCS-a.  Une suite logique serait d’étudier si des séances répétées de tDCS-a mènent à des améliorations durables sur la perception tactile. Ceci serait bénéfique pour la réadaptation sensorielle (ex. suite à un accident vasculaire cérébral).

Keyphrases: stimulation électrique transcrânienne à courant direct (tDCS), Psychophysique, Cortex somatosensoriel primaire, Plasticité corticale, Vibrotactile, Tactile
What is reflection? A conceptual analysis of major definitions and a proposal of a five-component definition and model

La réflexion est considérée comme un élément significatif de la pédagogie et de la pratique médicales sans qu’il n’existe de consensus sur sa définition ou sur sa modélisation. Comme la réflexion prend concurremment plusieurs sens, elle est difficile à opérationnaliser. Une définition et un modèle standard sont requis afin d’améliorer le développement d’applications pratiques de la réflexion. Dans ce mémoire, nous identifions, explorons et analysons thématiquement les conceptualisations les plus influentes de la réflexion, et développons de nouveaux modèle et définition. La réflexion est définie comme le processus de s’engager (le « soi » (S)) dans des interactions attentives, critiques, exploratoires et itératives (ACEI) avec ses pensées et ses actions (PA), leurs cadres conceptuels sous-jacents (CC), en visant à les changer et en examinant le changement lui-même (VC). Notre modèle conceptuel comprend les cinq composantes internes de la réflexion et les éléments extrinsèques qui l’influencent.

Keyphrases: Réflexion, Pratique réflexive, Dewey, Pratique professionnelle, Revue systématique, Pédagogie médicale
Cyberjustice in Brazil : the use of technology to enhance access to justice and procedural celerity

Dans une société mondialisée, où les relations sont intégrées à une vitesse différente avec l'utilisation des technologies de l'information et des communications, l'accès à la justice gagne de nouveaux concepts, mais elle est encore confrontée à de vieux obstacles. La crise mondiale de l'accès à la justice dans le système judiciaire provoque des débats concernant l'égalité en vertu de la loi, la capacité des individus, la connaissance des droits, l'aide juridique, les coûts et les délais. Les deux derniers ont été les facteurs les plus importants du mécontentement des individus avec le système judiciaire. La présente étude a pour objet d'analyser l'incidence de l'utilisation de la technologie dans l’appareil judiciaire, avec l'accent sur la réalité brésilienne,  la voie législative et des expériences antérieures dans le développement de logiciels de cyberjustice. La mise en œuvre de ces instruments innovants exige des investissements et de la planification, avec une attention particulière sur l'incidence qu'ils peuvent avoir sur les routines traditionnelles des tribunaux. De nouveaux défis sont sur la voie de ce processus de transformation et doivent être traités avec professionnalisme afin d'éviter l'échec de projets de qualité. En outre, si la technologie peut faire partie des différents aspects de notre quotidien et l'utilisation de modes alternatifs de résolution des conflits en ligne sont considérés comme un succès, pourquoi serait-il difficile de faire ce changement dans la prestation de la justice par le système judiciaire? Des solutions technologiques adoptées dans d'autres pays ne sont pas facilement transférables à un environnement culturel différent, mais il y a toujours la possibilité d'apprendre des expériences des autres et d’éviter de mauvaises voies qui pourraient compromettre la définition globale de l'accès à la justice.

Keyphrases: Cyberjustice, Accès à la justice, Tribunaux, Mondialisation, Coûts, Délai, Technologies de l'information, Brésil, Interopérabilité
La densité et la marche : perceptions et pratiques de parents de jeunes enfants dans deux quartiers montréalais

La densification de la ville est l’un des principaux objectifs de l’action publique pour bâtir des milieux de vie de qualité. Mais la densité est un concept polysémique et relatif : on constate un écart entre la densité telle qu’elle est préconisée en aménagement et celle vécue par les populations. Parallèlement, on observe l’exode des jeunes familles montréalaises vers les territoires périurbains de faible densité. Enfin, la littérature souligne une relation positive entre densité, mixité et pratique de la marche. Cette recherche explore les perceptions des parents de jeunes enfants à l’égard de leur environnement bâti, en particulier de sa densité, et en identifie les facteurs qui influencent positivement leur pratique de la marche. Après avoir caractérisé les formes urbaines de deux quartiers montréalais aux densités différentes, nous avons interrogé des parents de jeunes enfants sur leur expérience lors de 16 entrevues semi-dirigées et d’un groupe de discussion. Puis nous avons étudié la relation entre les variables personnelles des participants, leurs perceptions de la densité et leurs pratiques de la marche.  Nos résultats mettent en évidence la quête d’un équilibre entre les avantages et inconvénients de la densité, dont les principales variables sont les formes urbaines, les services de proximité et la présence d’animation, la végétation étant un paramètre incontournable pour tous les parents. Caractéristiques clés d’une ville intense, ces paramètres corroborent la littérature existante à ce sujet, en mettant en évidence leur importance dans la création de milieux de vie plus denses pour les jeunes familles et leur influence positive sur la marche.

Keyphrases: Densité, Perception, Marche, Formes urbaines, Familles, Perception
Les caractéristiques, le contexte et les processus d’implantation et de pérennisation d’une activité de développement professionnel par une équipe d’infirmières

La mise à jour des connaissances par les infirmières et leur engagement dans un processus continu d’apprentissage est garant de soins de qualité à la population (Nesbitt, 2013; OIIQ, 2011b; Raelin, 2008; Wilson et al., 2015). Au Québec depuis 2012, les infirmières doivent être inscrites à un minimum de 20 heures de formation annuellement (OIIQ, 2011a). Les milieux de soins offrent de la formation souvent ponctuelle. Garcia, Meek, et Wilson (2011) soulignent que l’implantation d’activités pérennes de développement professionnel en milieu de travail demeure un défi. La présente étude avait pour but de documenter les caractéristiques, le contexte et les processus d’implantation et de pérennisation d’une activité de développement professionnel par une équipe d’infirmières. Il s’agissait d’un club de lecture dans un centre hospitalier universitaire (CHU) d’une grande métropole québécoise. Fondée sur le modèle de Pettigrew et Whipp (1991) Content, Context, and Process model of strategic change adapté par Stetler, Ritchie, Rycroft-Malone, Schultz, et Charns (2007), la méthode d’étude de cas a été choisie. Des entrevues individuelles (n=7), des focus groups (n=2) et des périodes d’observation (n=2) ont été réalisés afin de décrire les éléments de succès de l’implantation et de la pérennisation de cette activité. Il résulte comme caractéristique qu’une activité où les infirmières sont engagées et actives est une stratégie gagnante. Le contexte, une équipe de gestionnaires qui valorise la pratique clinique et la pratique fondée sur les résultats probants, soutient la pérennité. Une trajectoire avec des retombées concrètes pour la pratique, les soins aux patients et l’identité professionnelle des participantes est l’élément principal du processus qui contribue à ce que l’activité soit pérenne.

Keyphrases: Développement professionnel, Pérennité, Implantation, Équipe d'infirmières, Club de lecture, Professionnal development
CXCR3 biased signaling, heteromerization and decoy properties

Le récepteur de chimiokine CXCR3 est un récepteur couplé à la protéine G (RCPG) exprimé, entre autre, sur les cellules T activées lors d’une réponse immune. CXCR3 est activé par trois ligands inductibles par l’interféron-γ (CXCL9, 10, 11) et, plus récemment, il a été découvert que CXCL4 liait CXCR3. Nous savons que CXCR3 joue un rôle dans la chimiotaxie des leucocytes, mais peu d’attention a été portée sur la signalisation biaisée induite par ces quatre ligands. Alors que l’homodimérisation entre récepteurs de chimiokine est un concept grandement observé, l’hétéromérisation entre deux récepteurs reste un domaine de recherche active. La signalisation biaisée et l’hétéromérisation ont été testées grâce à la technique de bioluminescene resonance energy transfer (BRET) dans des cellules HEK293E. Nous présentons une caractérisation pharmacologique des quatre ligands de CXCR3 et démontrons l’hétéromérisation de CXCR3 avec CXCR4 et avec CXCR7. Nos résultats suggèrent que les ligands de CXCR3 n’agissent pas de manière redondante.

Keyphrases: RCPG, Signalisation biaisée, Hétéromérisation, BRET, CXCR3, CXCR4, CXCR7, CXCL4
La rétroaction corrective écrite en francisation au Québec : les techniques, les types d’erreurs et la compétence des apprenants à l’écrit

La rétroaction corrective (RC) se définit comme étant un indice permettant à l’apprenant de savoir que son utilisation de la L2 est incorrecte (Lightbown et Spada, 2006). Les chercheurs reconnaissent de plus en plus l’importance de la RC à l’écrit (Ferris, 2010). La recherche sur la RC écrite s’est grandement concentrée sur l’évaluation des différentes techniques de RC sans pour autant commencer par comprendre comment les enseignants corrigent les textes écrits de leurs élèves et à quel point ces derniers sont en mesure d’utiliser cette RC pour réviser leurs productions écrites. Cette étude vise à décrire quelles techniques de RC sont utilisées par les enseignants de francisation ainsi que comment les étudiants incorporent cette RC dans leur révision. De plus, elle veut aussi vérifier si les pratiques des enseignants et des étudiants varient selon le type d’erreur corrigée (lexicale, syntaxique et morphologique), la technique utilisée (RC directe, indirecte, combinée) et la compétence des étudiants à l’écrit (faible ou fort). Trois classes de francisation ont participé à cette étude : 3 enseignants et 24 étudiants (12 jugés forts et 12 faibles). Les étudiants ont rédigé un texte qui a été corrigé par les enseignants selon leur méthode habituelle. Puis les étudiants ont réécrit leur texte en incorporant la RC de leur enseignant. Des entrevues ont aussi été réalisées auprès des 3 enseignants et des 24 étudiants. Les résultats indiquent  l’efficacité générale de la RC à l’écrit en langue seconde. En outre, cette efficacité varie en fonction de la technique utilisée, des types d’erreurs ainsi que du niveau de l’apprenant. Cette étude démontre que ces trois variables ont un rôle à jouer et que les enseignants devraient varier leur RC lorsqu’ils corrigent.

Keyphrases: erreur, grammaire, langue seconde, niveau de compétence, rétroaction corrective, révision, production écrite
La victoire du lobby gallinacé, ou les enjeux de la révolution numérique dans l'oeuvre photofictionnelle de Joan Fontcuberta

Face à l’émergence de la culture numérique, le marché de l’image subit depuis plusieurs années une série de mutations : obsolescence de l’argentique, difficultés des services photos de la presse écrite. Quel écho donnent les artistes, photographes ou écrivains, à cet état de crise avant tout économique du fait photographique? Assisterait-on vraiment à la mort du photographique? Cet article propose de mesurer l’impact de la révolution numérique à travers le prisme des photofictions de Joan Fontcuberta. Rejetant aussi bien les interprétations téléologiques qu’apocalyptiques de cette transition technologique, Joan Fontcuberta prend acte d’une désindexation du fait photographique, et signe une oeuvre résolument photolittéraire.

Keyphrases: Culture numérique, Photographie, Photolittérature, Pratiques intermédiales, Révolution numérique, Théorie des médias, Photofiction, Photographie numérique, Pastiche, 11 septembre 2001