NCube/papyrus huggingface dataset:
Utilisation de la vaccinologie réverse pour l’identification de protéines candidates vaccinales chez Clostridium perfringens causant l’entérite nécrotique aviaire

L’entérite nécrotique aviaire causée par Clostridium perfringens est une maladie économiquement dévastatrice et celle-ci est en émergence dans les troupeaux de poulets de chair éliminant l’usage des antibiotiques. À ce jour, aucune alternative en élevage ne permet de prévenir efficacement la maladie et un contrôle par une stratégie vaccinale serait des plus prisé. Une approche par génomique comparative jumelée à la vaccinologie réverse soustractive et comparative identifiant des protéines bactériennes de surface immunogènes figure parmi les approches méthodologiques des plus prometteuses pour le développement rapide d’un vaccin efficace.  Une étude génomique comparative réalisée sur 48 souches de C. perfringens provenant de poulets de chair en santé ou affectés par l’entérite nécrotique a permis d’établir que les génomes analysés étaient composés de 155 700 protéines distinctes, où 13% étaient extracellulaires, 65% cytoplasmiques et 22% membranaires. L’évaluation du pouvoir immunogène de ces protéines à l’aide de l’outil de prédiction VaxiJen v.2.0 a permis d’identifier 4 catégories de scores pour les protéines identifiées, allant de 0,5 (seuil minimal recommandé) à 1,5.  Les protéines présentant les scores les plus élevés ont été majoritairement associées à des localisations extracellulaires. La combinaison du score d’immunogénicité et de la localisation cellulaire des protéines analysées a mené à la sélection de 12 protéines candidates vaccinales, la plupart d’entre elles étant de fonction hypothétique. Une description plus approfondie de ces protéines permettra de mieux définir leur fonction, d’évaluer leur potentiel antigénique réel en caractérisant leur interaction avec le système immunitaire de la volaille et ultimement, d’évaluer leur rôle probable dans la pathogénie de l’entérite nécrotique.

Keyphrases: Poulets de chair, Entérite nécrotique, Clostridium perfringens, protéines candidates, vaccin
Amélioration des services de génomiques et de surveillance du virus du syndrome 
reproducteur et respiratoire porcin

Le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP) est un pathogène important, entrainant des pertes économiques de 130 millions de dollars annuellement au Canada. La surveillance est effectuée par séquençage Sanger du gène ORF5 mais nous croyons que le séquençage du génome entier (SGE) du VSRRP permettrait une meilleure surveillance épidémiologique comparé au séquençage du gène ORF5. Pour développer une méthode efficace de SGE du VSRRP, 149 échantillons (sérums, poumons, tissus, autres) d’animaux malades ou récoltés pour fin de surveillance ont été analysés. L'ARN viral a été concentré par enrichissement d'ARN à queue poly (A) et le séquençage effectué sur une plateforme Illumina. Le SGE a été efficace dans 67,11% des échantillons, réussissant dans certains échantillons de poumons et de sérums possédant une valeur de quantification (Cq) du virus par RTqPCR jusqu’à 26,50 et 34.13, respectivement. La méthodologie développée de SGE du VSRRP a été 4650 fois plus sensible que les méthodes décrites précédemment. Pour quantifier l’impact du SGE, 88 échantillons (dont le SGE a réussi) ont été utilisés pour comparer le SGE au séquençageORF5. Deux génomes de VSRRP différents ont été trouvés dans quatre échantillons différents (taux de coinfection de 4,55%). Six génomes de VSRRP (6,52% des souches) ont été classés différemment par rapport à la classification ORF5. Ainsi, le SGE du VSRRP a permis une meilleure caractérisation de 9,10% des échantillons VSRRP positifs comparé au séquençage ORF5. Donc, le SGE du VSRRP est à la fois sensible et plus précis que la classification par l’ORF5.

Keyphrases: virus, coinfection, MiSeq, Séquençage de génome entier, porc, séquençage à haut débit, Syndrome reproducteur et respiratoire porcin, classification
Bronchial angiogenesis in asthmatic horses

L'asthme équin est une maladie inflammatoire chronique des voies respiratoires inférieures caractérisée principalement par des changements structuraux menant à un épaississement de la paroi des bronches et à l’obstruction du débit d'air. Le traitement de l'asthme équin inverse partiellement ce remodelage. Dans l’asthme, chez l’humain, la démonstration que l'angiogenèse contribue à l'épaississement de la paroi bronchique en augmentant la vascularisation de la muqueuse respiratoire ouvre une nouvelle fenêtre pour un traitement plus ciblé. Cependant, peu d'information est disponible sur le rôle potentiel exercé par l'angiogenèse dans l'asthme équin. L'objectif de cette étude est de documenter la présence d'angiogenèse dans les voies respiratoires inférieures des chevaux asthmatiques. Des échantillons bronchiques récoltés chez sept chevaux asthmatiques éprouvant une exacerbation de la maladie, sept chevaux asthmatiques en rémission clinique et chez sept chevaux sains du même âge ont été étudiés. L'analyse immunohistochimique a été réalisée en utilisant le collagène de type IV comme biomarqueur pour les membranes basales des vaisseaux sanguins. Le nombre de vaisseaux, la densité vasculaire, l'aire vasculaire et les valeurs moyennes de taille des vaisseaux ont été mesurés par histomorphométrie à l'aide d'un logiciel d'analyse d’images (Image J) et les valeurs provenant des trois groupes comparés à l'aide d'une ANOVA à une voie (p <0,05). Un test post hoc Benjamini-Hochberg par paire a été effectué pour corriger le niveau alpha pour les mesures répétées. Une augmentation significative du nombre de vaisseaux chez les chevaux asthmatiques en exacerbation (p = 0,007) et chez les chevaux en rémission (p = 0,02) a été observée par comparaison aux chevaux sains. De plus, l'aire vasculaire était augmentée chez les chevaux souffrant d'asthme en exacerbation comparativement aux chevaux sains (p = 0,02) et ceux en rémission (p = 0,04). Aucune autre différence significative n'a été observée. En conclusion, les voies respiratoires centrales des chevaux asthmatiques présentent des indices d'angiogenèse, ce qui suggère qu'elle puisse contribuer à l'épaississement de la paroi des bronches. D'autres études sont justifiées afin d'évaluer la réponse à un traitement ciblé.

Keyphrases: Asthma, Asthme, Angiogenèse, Chevaux, Collagène IV
Implication des gènes curli dans un phénotype distinct d'autoagrégation et de formation de biofilm chez certaines souches Escherichia coli O157: H7

Les bactéries pathogènes Escherichia coli entérohémorrhagiques (EHEC) O157:H7 causent des toxi-infections sévères chez l’humain. Les biofilms des EHEC rendent difficile leur contrôle dans les environnements favorisant leur persistance. Certaines souches O157:H7 dont celle de référence Sakai, possèdent une capacité accrue à s'autoagréger et former des biofilms. L’étude a visé à identifier les gènes impliqués dans l’autoagrégation et la formation de biofilm chez la souche Sakai, et vérifier l’association des facteurs identifiés avec d’autres EHEC O157:H7 du même phénotype. Avec une banque de mutants Tn10 de la souche Sakai, des mutants non-autoagglutinants et non-formateurs de biofilms des gènes csgB et csgG furent sélectionnés et caractérisés. Ces mutants formaient significativement moins de biofilms et d´autoagrégats que Sakai, et ne produisaient plus curli. La complémentation des mutants restaurait le phénotype sauvage. De plus, des gènes responsables de la biogenèse de curli csgA, csgB et csgG étaient significativement surexprimés chez Sakai, comparativement avec la souche EDL933 non-autoagglutinant, qui forme moins de biofilm. Parmi les souches d’E. coli 0157:H7 on distingue deux groupes d’isolats: Sakai-like et EDL933-like selon leur production de curli, et leur capacité à former des autoagrégats et biofilms. Nos résultats suggèrent qu’une surproduction de fibres de curli dans un sous-ensemble de souches O157:H7 pourrait être responsable de leur phénotype particulier d'autoagrégation et de formation de biofilms forts. Le projet permet de mieux cerner le mécanisme de formation de biofilm dans EHEC et renforce l’hypothèse que le curli est une cible intéressante pour contrer la persistance des EHEC en environnements naturels et industriels.

Keyphrases: EHEC, autoagrégation, biofilms, curli
Le développement des conduites agressives chez les élèves populaires au secondaire : l'affiliation à des amis populaires et agressifs comme facteur médiateur

La popularité des jeunes à l’adolescence est reconnue comme étant associée à l’augmentation des conduites agressives à travers le temps. Par contre, peu d’études s’intéressent aux mécanismes permettant d’expliquer ce lien. La présente étude vise à évaluer dans quelle mesure les caractéristiques des amis (i.e., niveaux moyens de popularité et d’agressivité) peuvent jouer un rôle médiateur et permettent d’expliquer la relation entre la popularité et le développement de l’agressivité au début du secondaire. Cette étude longitudinale a été menée auprès de 621 élèves de première et deuxième secondaires provenant de trois écoles secondaires publiques situées dans des milieux socio-économiques défavorisés de la région de Montréal. À trois reprises sur une période d’un an, la popularité perçue et l’agressivité des participants ont été évaluées à partir d’une procédure de nominations par les pairs. De la même façon, l’identité et les caractéristiques des amis ont été évaluées de manière répétée. Les résultats montrent que la popularité perçue en secondaire 1 favorise l’affiliation avec des amis qui sont de plus en plus populaires et agressifs au début du secondaire 2. En retour, l’établissement de relation d’amitié avec des amis agressifs permet d’expliquer l’augmentation des conduites agressives à travers le temps. Aussi bien chez les filles que chez les garçons, l’association entre la popularité perçue et la manifestation ultérieure de comportements agressifs s’explique ainsi par les caractéristiques des amis. La discussion porte sur l’importance du contexte relationnel lorsqu’il s’agit de rendre compte des conséquences développementales associées au fait d’être perçu comme étant populaire au début de l’adolescence.

Keyphrases: Popularité perçue, Agressivité, Caractéristiques des amis, Adolescence
Bayesian modeling of biological motion perception in sport

La perception d’un mouvement biologique correspond à l’aptitude à recueillir des informations (comme par exemple, le type d’activité) issues d’un objet animé en mouvement à partir d’indices visuels restreints. Cette méthode a été élaborée et instaurée par Johansson en 1973, à l’aide de simples points lumineux placés sur des individus, à des endroits stratégiques de leurs articulations. Il a été démontré que la perception, ou reconnaissance, du mouvement biologique joue un rôle déterminant dans des activités cruciales pour la survie et la vie sociale des humains et des primates. Par conséquent, l’étude de l’analyse visuelle de l’action chez l’Homme a retenu l’attention des scientifiques pendant plusieurs décennies. Ces études sont essentiellement axées sur informations cinématiques en provenance de différents mouvements (comme le type d’activité ou les états émotionnels), le rôle moteur dans la perception des actions ainsi que les mécanismes sous-jacents et les substrats neurobiologiques associés. Ces derniers constituent le principal centre d’intérêt de la présente étude, dans laquelle nous proposons un nouveau modèle descriptif de simulation bayésienne avec minimisation du risque. Ce modèle est capable de distinguer la direction d’un ballon à partir d’un mouvement biologique complexe correspondant à un tir de soccer. Ce modèle de simulation est inspiré de précédents modèles, neurophysiologiquement possibles, de la perception du mouvement biologique ainsi que de récentes études. De ce fait, le modèle présenté ici ne s’intéresse qu’à la voie dorsale qui traite les informations visuelles relatives au mouvement, conformément à la théorie des deux voies visuelles. Les stimuli visuels utilisés, quant à eux, proviennent d’une précédente étude psychophysique menée dans notre laboratoire chez des athlètes. En utilisant les données psychophysiques de cette étude antérieure 3 et en ajustant une série de paramètres, le modèle proposé a été capable de simuler la fonction psychométrique ainsi que le temps de réaction moyen mesurés expérimentalement chez les athlètes. Bien qu’il ait été établi que le système visuel intègre de manière optimale l’ensemble des indices visuels pendant le processus de prise de décision, les résultats obtenus sont en lien avec l’hypothèse selon laquelle les indices de mouvement sont plus importants que la forme dynamique dans le traitement des informations relatives au mouvement. Les simulations étant concluantes, le présent modèle permet non seulement de mieux comprendre le sujet en question, mais s’avère également prometteur pour le secteur de l’industrie. Il permettrait, par exemple, de prédire l’impact des distorsions optiques, induites par la conception de verres progressifs, sur la prise de décision chez l’Homme. Mots-clés : Mouvement biologique, Bayésien, Voie dorsale, Modèle de simulation hiérarchique, Fonction psychométrique, Temps de réaction

Keyphrases: Mouvement biologique, Voie dorsale, Modèle de simulation hiérarchique, Fonction psychométrique, Temps de réaction
Élucidation des rôles des voies Wnt et Hippo dans le développement et la fonction du tractus reproducteur femelle chez la souris

Le développement du tractus reproducteur femelle est issu de la coordination minutieuse de nombreuses voies de signalisation régulant les processus de prolifération, différenciation et d’apoptose cellulaire durant l’embryogenèse. Les voies Wnt et Hippo se démarquent à cet égard. L’activation de la voie Wnt, via des ligands spécifiques, participe à la stabilisation et l’augmentation de l’activité transcriptionnelle du coactivateur de transcription β-catenin. La voie Hippo, pour sa part, ne possède aucun de ligand spécifique. L’inactivation de la voie Hippo (via les kinases Lats1 et Lats2) entraine la stabilisation des coactivateurs de la transcription YAP/TAZ et l’augmentation de leur activité transcriptionnelle. Plusieurs évidences suggèrent notamment la possibilité de redondance fonctionnelle entre certains ligands de la voie Wnt, dont Wnt4 et Wnt5a, dans le développement du tractus reproducteur femelle. Cette avenue demeure toutefois peu étudiée. L’implication de la voie Hippo n’a pas été rapportée dans le développement du tractus reproducteur femelle. Toutefois, les nombreuses interactions rapportées dans la littérature entre les deux voies suggèrent un rôle méconnu de la voie Hippo. L’objectif de ce projet était donc d’élucider les rôles de Wnt4, Wnt5a, Lats1 et Lats2 dans le mésenchyme de Müller et le développement de l’utérus. Les résultats de notre première étude ont confirmé la fonction partiellement redondante de Wnt4 et Wnt5a dans le développement de l’utérus. Notre modèle est notamment caractérisé par des anomalies développementales ainsi qu’une perte de fonction utérine associée à des anomalies de décidualisation in vivo et une diminution de la viabilité des concepti. Les résultats de notre seconde étude ont confirmé les rôles redondants de Lats1 et Lats2 dans le maintien de la multipotentialité des cellules mésenchymateuses müllériennes. Une différenciation hâtive des cellules mésenchymateuses müllériennes en myofibroblastes via, entre autres, l’expression du gène cible Ctgf, a été observée. Nos résultats additionnels n’ont pu mettre en évidence une interaction potentielle entre les voies Wnt et Hippo pouvant expliquer l’apparition des phénotypes. Ces deux études permettent de confirmer certains rôles connus et d’établir de nouveaux rôles de ces voies dans le développement des canaux de Müller. Ils pourront aussi établir les fondements de modèles permettant l’étude de différentes pathologies utérines et l’identification de cibles thérapeutiques.

Keyphrases: Canaux de Müller, Utérus, Voie Wnt, Voie Hippo, Wnt4, Wnt5a, Lats1, Lats2, YAP, TAZ, Myofibroblastes
L'approche codesign comme une stratégie d'apprentissage de la conception dans l'atelier de projet

L’atelier est au centre de l’éducation en design et se présente comme une simulation de la pratique professionnelle. Il est fondé sur un apprentissage par-le-faire, dans une approche basée sur le projet. Par ailleurs, les critiques de projet sont la pratique pédagogique commune en atelier. Elles sont basées sur les échanges enseignant / étudiants, dont l’objectif est d’apprendre le processus de conception et une pensée de design. Or, ces critiques sont confrontées à un clivage entre la nature de l’apprentissage qu’elles portent (par-le-faire) et les difficultés à l’expliciter. En effet, étant un expert du processus de conception, l’enseignant est supposé transmettre son expérience et son savoir-faire dans l’échange avec les étudiants. Or, il est face aux défis d’extérioriser sa pensée de design et ses connaissances, qui sont souvent tacites, à des étudiants qui sont supposés commencer par faire le design sans savoir comment le faire. De plus, de nos jours, et avec l’usage des outils de CAO, les critiques sont souvent réduites à un échange verbal rapide et individuel à la table de l’enseignant, accentuant la hiérarchie, en plus d’être axées sur le résultat plus que le processus. Il est nécessaire d’apporter des transformations de la façon avec laquelle les critiques sont menées et mieux expliciter les situations d’apprentissages. Cette thèse explore une stratégie d’apprentissage de la conception en atelier par l’approche codesign. À travers des observations d’un atelier en codesign, dans un contexte naturel, cette recherche vise à comprendre le déroulement des critiques par cette approche, ses caractéristiques et son apport à l’apprentissage de la conception. La nature du codesign, étant une activité sociale, et où la réflexion se fait à haute voix naturellement, a permis d’étudier des processus de conception dans un contexte d’apprentissage, sans intrusion. La méthodologie utilisée est innovante, utilisant les entrevues rétrospectives immersives, qui sont évocatrices de la mémoire, pour la première fois dans l’étude de la pédagogie de l’atelier, pour croiser les données collectées dans les observations directes. Nous avons contribué au développement de la connaissance quant à la compréhension des situations d’apprentissages de la conception, en donnant quelques éléments de réponses sur le déroulement des critiques par l’approche codesign. Nous avons développé des connaissances sur les stratégies (knowing-in-action en contexte pédagogique) utilisées par l’enseignant, sur les contributions des participants, sur les modalités d’engagement des étudiants, ainsi que les avantages et les apprentissages perçus par ces derniers eux-mêmes en comparaison avec les critiques traditionnelles. Enfin, nous avons développé des recommandations pédagogiques s’adressant aux enseignants d’ateliers.

Keyphrases: Codesign, Atelier de projet, Critiques de projet, Apprentissage, Processus de conception, Co-idéation
La criminalité soldatesque au Canada sous le Régime français

L’histoire militaire du Canada sous le Régime français s’est enrichie de plusieurs travaux sur les soldats depuis l’avènement de l’histoire sociale dans les années 60. Les historiens de la justice ont aussi étudié les soldats comme groupe social. Ces études – qui ne portent pas exclusivement sur les gens de guerre – ont été faites dans une perspective quantitative. Si les historiens ont étudié la vie des soldats sous divers facettes, aucun n’a ciblé la criminalité. C’est précisément ce que ce mémoire cherche à faire, en exploitant principalement les archives judiciaires. Et plus précisément, en analysant les procès criminels intentés contre des soldats. En outre, la jurisprudence d’Ancien Régime s’est avérée fort pertinente pour comprendre le contexte de la criminalité chez les gens de guerre. Les procès ont, quant à eux, permis de découvrir les formes diverses de cette criminalité et certains facteurs qui y contribuaient. Enfin, plusieurs procès, mais aussi la correspondance des autorités coloniales ont permis de découvrir que l’armée, plus qu’un appareil de guerre, jouait un rôle dans la réhabilitation de soldats aux mœurs délictueuses.

Keyphrases: soldat, Nouvelle-France, criminalité, précarité
Le modèle de la vierge consacrée au VIe siècle : l’exemple du De consolatoria castitatis laude d’Avit de Vienne

Au VIe siècle, dans le royaume des Burgondes, Avit de Vienne compose une lettre pour sa sœur, la moniale Fuscine. Cette œuvre consolatoire et élogieuse se nomme De consolatoria castitatis laude. Ce texte permet de comprendre la situation particulière dont bénéficie la virgo dans la société chrétienne tardo-antique.   Au niveau de son contenu, l’objectif de ce livre sert à montrer à la monacha que le choix virginal représente une forme d’échappatoire et de liberté. Il s’agit d’une réalité que ne connaît pas l’épouse. Les devoirs du mariage, les dangers de la maternité, les tracas du siècle, le veuvage, le deuil, tout cela est inconnu à la vierge parce qu’elle s’écarte des obligations terrestres. L’utilisation de la Bible et de plusieurs références patristiques constituent l’héritage des mentalités religieuses dont s’inspire Avit dans la construction d’un discours orienté sur la distinction socioreligieuse de la virgo.

Keyphrases: Histoire des mentalités religieuses, Histoire des femmes, Virginité, Chasteté, Ascétisme, Monachisme féminin, Bible, Hagiographie, Idéologies patristiques, Tertullien, Ambroise de Milan, Jérôme, Avit de Vienne
Enjeux, symboliques et pratiques du don animalier au XIIIe siècle : perspectives conceptuelle, zoologique et historique
Faucons, fauves, ours blancs et éléphants

Le présent mémoire vise à étudier les pratiques, les enjeux et les modalités du don diplomatique animalier au XIIIe siècle, notamment sous le règne de Frédéric II, Henri III et Louis IX. Pour cela, on présente les concepts et les théories, sociologiques et anthropologiques, du don, particulièrement celles de Marcel Mauss. Ainsi outillé, on appréhende les particularités des cadeaux animaliers diplomatiques au XIIIe siècle. Ensuite, à l’aide d’une recherche sur les descriptions animalières des bestiaires et des encyclopédies médiévales, on montre la puissance symbolique et les particularités physiques et comportementales de la faune offerte. Enfin, à partir de la combinaison des deux premières parties, plusieurs modalités du don sont développées, parmi lesquelles les critères de choix et les préférences fauniques des rois, le contexte et les règles de la réalisation d’un présent et la circulation des animaux offerts. En outre, on souligne combien les bêtes et les oiseaux offerts ont eu une utilité. En effet, on voit que les rois ont mis en scène leurs animaux afin de s’approprier leur symbolique et d’exacerber leur prestige et leur grandeur, lors d’évènements spécifiques ou dans leurs ménageries.

Keyphrases: Dons, Diplomatie, Animaux, Ménagerie, Bestiaire, Encyclopédie, Marcel Mauss, Rois, Exotisme, Symbolisme, Prestige