NCube/papyrus huggingface dataset:
Polymorphisme de la capside des papillomavirus appartenant à l’espèce
9 des alphapapillomavirus

Le gène L1 encode pour la protéine majeure de la capside des papillomavirus humains (VPH). L’information relative au polymorphisme de L1 pour les types autres que VPH- 16 est jusqu’ici limitée. Cet ouvrage explore le polymorphisme de L1 en comparant les séquences des types phylogénétiquement apparentés VPH-31, -33, -35 à VPH-16. Des spécimens génitaux recueillis de 732 femmes VIH-séropositives et 323 VIHséronégatives ont été criblés à le recherche d’ADN de VPH par PCR consensus au niveau du gène L1. Les échantillons positifs pour VPH-16 (n=74), -31 (n=74), -33 (n=37) et -35 (n=58) étaient analysés par PCR-séquençage pour la totalité du gène L1. Le nombre de nucléotides substitués pour L1 variait de 19 pour VPH-33 à 52 pour VPH-31. Le rapport du nombre de variantes sur le nombre d’isolats testés était plus élevé pour VPH-31 (56.4%, p=0.05) et VPH-35 (60.3%, p=0.04) comparativement à VPH-16 (40.5%), alors que ce ratio était inférieur pour VPH-33 mais sans différence statistiquement significative (24.3%, p=0.14). La distance entre les variantes était plus grande à l’intérieur des cinq boucles présumément exposées à la surface de la protéine L1 que dans la séquence à l’extérieur (p<0.01) Des variations synonymes étaient observées chez 1.7% (95% CI 1.1- 2.3) des nucléotides intra-boucles et 2.4% (95% CI 1.2-3.7) de ceux extra-boucles. Les variations non-synonymes étaient rencontrées pour 1.8% (95% CI 1.1-2.5) des nucléotides intra-boucles et 0.2% (95% CI 0-0.4) pour les nucléotides extra-boucles. Les ratios dN/dS étaient inférieurs à 1.0 pour les régions extra-boucles et encore davantage pour les régions intra-boucles. Ces résultats suggèrent que les séquences des régions hypervariables de L1 ont été sélectionnées positivement.

Keyphrases: Polymorphisme, VPH-16, VPH, Capside, Polymorphism, Capsid, Polymorphism
Physiological and behavioural effects of dextroamphetamine on Beagle dogs : a placebo controlled study

Plusieurs articles scientifiques et manuels de référence en médecine comportementale distinguent l'hyperactivité ou hyperkinésie de l’activité excessive en évaluant la réponse physiologique et comportementale des chiens suite à l’administration per os de 0.2 à 1.0 mg/kg de dextroamphétamine.  Selon ces références, le chien atteint d’un syndrome hyperactif ou hyperkinésie, répondra de façon paradoxale à cette médication par une diminution de l’activité motrice accompagnée d’une réduction minimale de 15% de la fréquence respiratoire et de la fréquence cardiaque. L’objectif de la présente étude était de mesurer la variation de la température corporelle, de la fréquence cardiaque, de l’activité motrice et de différents comportements spécifiques chez un groupe de Beagles ayant reçu de la dextroamphétamine. La fiabilité d'un accéléromètre comme mesure objective d’activité motrice a aussi été évaluée.  Dans le cadre de cette étude croisée contrôlée par placebo, douze Beagles de la colonie de recherche âgés entre 13 et 20 mois ont reçu une dose orale de 0.2 mg/kg de dextroamphétamine.  Le moniteur cardiaque Polar® et un accéléromètre Actical® ont été utilisés pour enregistrer la fréquence cardiaque et l’activité motrice avant et après l’administration de la médication. La durée de chacun des comportements spécifiques a été compilée à l’aide du logiciel Noldus® et la température corporelle a été prise par thermomètre rectal.  Le modèle équilibré de mesures répétées indique que les sujets ayant reçu la dextroamphétamine montrent une réduction significative (p = 0.044) de leur fréquence cardiaque comparativement aux chiens ayant reçu le placebo.  Aucune variation significative n'a été observée concernant la température corporelle, l'activité motrice, et les autres comportements (léchage des babines, halètements, et bâillements) suite à l’administration de la dextroamphétamine.  Une corrélation significative, linéaire et positive (p < 0,0001) entre les périodes de mouvements observées (vidéo) et les mesures d’activité enregistrées par l’accéléromètre a été observée.  Les résultats de cette étude indiquent que les Beagles peuvent afficher des effets paradoxaux dans les 90 minutes suivant l’administration per os de dextroamphétamine à raison de 0.2 mg/kg.

Keyphrases: Hyperkinésie, Dextroamphétamine, Hyperactivité, Accéléromètre, Activité, Beagle, Comportement, Beagle
Évaluation du lactate sanguin chez les chiens atteints de cancer

Malgré le manque d’études sur ce sujet, le cancer est considéré comme une des principales causes d’hyperlactatémie de type B chez le chien. Les cellules malignes ont une production accrue de lactates secondaire à une glycolyse aérobie accrue, via l’effet Warburg. Les mécanismes ne sont pas encore clairement établis mais certains auteurs suggèrent que le cancer pourrait causer une hyperlactatémie via l’effet Warburg. Cette étude a pour objectif de déterminer si les tumeurs malignes peuvent être associées à une hyperlactatémie cliniquement significative (≥2,5 mmol/L) chez le chien.  Trente-sept chiens atteints de tumeurs malignes ont été recrutés (22 atteints de tumeurs hématopoïétiques et 15 de tumeurs non hématopoïétiques). Le diagnostic était confirmé par analyse histologique, ou cytologique en cas de lymphome. Les autres causes possibles d’hyperlactatémie étaient écartées puis la mesure des lactates sanguins était réalisée sur sang veineux jugulaire immédiatement analysé avec le LactatePro®. Aucun chien n’était hyperlactatémique. La concentration moyenne en lactates sanguins était de 1,09 mmol/L. La concentration moyenne en lactates sanguins pour les chiens atteints de tumeurs non hématopoïétiques et hématopoïétiques était respectivement de 0,95 mmol/L et de 1,19 mmol/L. Les chiens atteints de lymphome (n=18) avaient une concentration moyenne en lactates sanguins de 1,15 mmol/L.  Les tumeurs malignes ne sont pas associées à une hyperlactatémie de type B cliniquement significative chez le chien. L’hyperlactatémie tumorale est donc une complication rare chez le chien. Son diagnostic devrait conduire à une investigation minutieuse des autres causes d’hyperlactatémie.

Keyphrases: Lactate, Cancer, Warburg, Hyperlactatémie, Chien, Lactate, Cancer, Warburg
L'ALÉNA et la marchandisation de l'eau douce

Depuis son entrée en vigueur en 1994, l’ALÉNA continue de soulever des questions quant à son applicabilité aux ressources en eau douce de ses parties, le Canada, les États-Unis et le Mexique. La principale critique veut que l’ALÉNA soit susceptible d’attribuer le statut de produit à l’eau douce. Le texte de l’ALÉNA ne semble pas interdire la marchandisation de l’eau douce, et la Déclaration conjointe de 1993 sur la non-applicabilité de l’ALÉNA à l’eau, formulée par les gouvernements du Canada, des États-Unis et du Mexique, ne permet pas non plus d’empêcher une telle éventualité, que ce soit en raison de sa formulation, de son contenu ou de son statut juridique. Les pressions visant à permettre une marchandisation de l’eau sont puissantes. Or, la marchandisation de l’eau douce comporte des conséquences négatives qu’il importe de prendre en considération et de présenter dans le cadre de ce mémoire de maîtrise.

Keyphrases: Canada, États-Unis, Mexique, libre-échange
Étude des transitions de phases dans le modèle de Higgs abélien en (2+1) dimensions et l'effet du terme de Chern-Simons

Nous avons investigué, via les simulations de Monte Carlo, les propriétés non-perturbatives du modèle de Higgs abélien en 2+1 dimensions sans et avec le terme de Chern-Simons dans la phase de symétrie brisée, en termes de ses excitations topologiques: vortex et anti-vortex. Le but du présent travail est de rechercher les phases possibles du système dans ce secteur et d'étudier l'effet du terme de Chern-Simons sur le potentiel de confinement induit par les charges externes trouvé par Samuel. Nous avons formulé une description sur réseau du modèle effectif en utilisant une tesselation tétraédrique de l'espace tridimensionnel Euclidien pour générer des boucles de vortex fermées. En présence du terme de Chern-Simons, dans une configuration donnée, nous avons formulé et calculé le nombre d'enlacement entre les différentes boucles de vortex fermées. Nous avons analysé les propriétés du vide et calculé les valeurs moyennes de la boucle de Wilson, de la boucle de Polyakov à différentes températures et de la boucle de 't Hooft en présence du terme de Chern-Simons.  En absence du terme de Chern-Simons, en variant la masse des boucles de vortex, nous avons trouvé deux phases distinctes dans le secteur de la symétrie brisée, la phase de Higgs habituelle et une autre phase caractérisée par l'apparition de boucles infinies. D'autre part, nous avons trouvé que la force entre les charges externes est écrantée correpondant à la loi périmètre pour la boucle de Wilson impliquant qu'il n'y a pas de confinement. Cependant, après la transition, nous avons trouvé qu'il existe toujours une portion de charges externes écrantée, mais qu'après une charge critique, l'énergie libre diverge. En présence du terme de Chern-Simons, et dans la limite de constante de couplage faible de Chern-Simons nous avons trouvé que les comportements de la boucle de Wilson et de la boucle de 't Hooft ne changent pas correspondants à une loi périmètre, impliquant qu'il n'y a pas de confinement. De plus, le terme de Chern-Simons ne contribue pas à la boucle de Wilson.

Keyphrases: Higgs abélien, Confinement, Chern-Simons, Paire de vortex-antivortex, Boucle de vortex, Nombre d'enlacement, Transition de phase
Le totalitarisme en mouvement :
propagande, politique eugénique et la création d’un « homme nouveau » dans le Troisième Reich

Le but de ce mémoire est de poser un regard comparatiste sur les conséquences éventuelles de la politique eugénique totalitaire du Troisième Reich, et ce, dans l’optique où ce régime aurait eu la chance de poursuivre ses ambitions à ce niveau. En portant respectivement notre attention sur la structure organisationnelle du NSDAP, de l’État et de l’autorité, sur les étapes spécifiques de l’établissement du totalitarisme hitlérien, sur les diverses techniques de propagande et d’endoctrinement utilisées par les nazis pour accomplir l’unification du peuple allemand, ainsi que sur l’application pratique et le discours relatif à la politique eugénique dans le Reich et sur les territoires occupés, nous comprendrons que le mouvement propre au totalitarisme hitlérien, en changeant constamment sa définition respective de l’« élite » et de l’être « dépravé », n’aurait jamais mis fin à la purge raciale de la population sous son joug. Par conséquent, la place de l’« allemand moyen » aurait été quasi inexistante. Le Troisième Reich, par élimination et élevage social constant, aurait donc créé un « homme nouveau », basé sur l’idéologie arbitraire et instable du régime et pigé dans les peuples occupés à divers degré. Au bout de plusieurs générations, cet être nouveau aurait constitué le « noyau racial » de la population d’une nouvelle Europe aryanisée, construite sur le cadavre de la plus grande partie des anciens peuples du continent, incluant le peuple allemand.

Keyphrases: Troisième Reich, Totalitarisme, Propagande, Nazisme, Allemagne, Endoctrinement, Eugénisme, Totalitarism
Extension of Wu-Peters bounds to Catmull-Clark and 4-8 subdivision

La méthode de subdivision Catmull-Clark ainsi que la méthode de subdivision Loop sont des normes industrielle de facto. D'autre part, la méthode de subdivision 4-8 est bien adaptée à la subdivision adaptative, parce que cette méthode augmente le nombre de faces ou de sommets par seulement un facteur de 2 à chaque raffinement. Cela promet d'être plus pratique pour atteindre un niveau donné de précision. Dans ce mémoire, nous présenterons une méthode permettant de paramétrer des surfaces de subdivision de la méthode Catmull-Clark et de la méthode 4-8. Par conséquent, de nombreux algorithmes mis au point pour des surfaces paramétriques pourrant être appliqués aux surfaces de subdivision Catmull-Clark et aux surfaces de subdivision 4-8. En particulier, nous pouvons calculer des bornes garanties et réalistes sur les patches, un peu comme les bornes correspondantes données par Wu-Peters pour la méthode de subdivision Loop.

Keyphrases: Surface de subdivision, Matrice de subdivision locale, Paramétrisation
Engagement affectif, comportemental et cognitif des élèves du primaire dans un contexte pédagogique d’intégration des TIC : une étude multicas en milieux défavorisés

Réalisée en milieux défavorisés, cette étude porte sur l’engagement scolaire des élèves de troisième cycle du primaire (5e et 6e années au Québec) dans un contexte d’utilisation pédagogique des technologies de l’information et de la communication (TIC). L’objectif de cette recherche est d’analyser l’engagement d’élèves utilisant les TIC. Elle vise à décrire les pratiques pédagogiques d’intégration des TIC de dix enseignants, de relater la qualité de l’engagement de leurs 230 élèves lors de tâches TIC et de mesurer l’évolution et la qualité de leur engagement scolaire selon le degré de défavorisation de leur école. Pour ce faire, cette recherche s’est inspirée d’un cadre de référence traitant l’engagement scolaire selon les dimensions affective, comportementale et cognitive. De plus, cette étude multicas essentiellement de nature interprétative et descriptive a utilisé une méthodologie mixte de collecte et d’analyse des données.   Les résultats montrent notamment que les enseignants accordent une valeur pédagogique importante aux TIC tant dans la fréquence de leur utilisation, dans les usages valorisés que dans la façon de les intégrer en classe.  Les enseignants privilégient largement le traitement de texte et la recherche sur Internet, mais très peu d’autres usages pertinents sont mis de l’avant de manière soutenue. La majorité des enseignants interrogés préférerait se servir de quatre ordinateurs en classe pour utiliser les TIC plus facilement que d’avoir uniquement accès au laboratoire de leur école. De plus, ils perçoivent de manière unanime que l’utilisation des TIC exerce une influence importante sur la dimension affective de leurs élèves lors d’activités préparées, assez bonne sur la dimension comportementale et plus discutable sur la dimension cognitive.   Plus globalement, les élèves eux-mêmes affichent en général un engagement scolaire relativement élevé. En six mois, la qualité de l’engagement affectif des élèves est restée stable, leur engagement comportemental a progressé, mais leur engagement cognitif a baissé légèrement. Les résultats montrent aussi que la qualité de l’engagement des élèves de milieux défavorisés évolue différemment selon le degré de défavorisation de leur école.  Dans cette recherche, l’importance de l’utilisation des TIC sur la qualité de l’engagement est marquante et s’avère parfois meilleure que dans d’autres types de tâches. Sans pouvoir généraliser, cette étude permet aussi de saisir davantage la qualité et l’évolution de l’engagement scolaire des élèves de la fin du primaire en milieux défavorisés. Des recommandations pour le milieu et des pistes de recherches futures sont présentées en tenant compte des limites et des forces de cette thèse inédite réalisée par articles.

Keyphrases: Engagement scolaire, TIC, Milieux défavorisés, Pratiques pédagogiques, Ordinateurs, Primaire
La racialisation comme constitution de la différence : une ethnographie documentaire de la santé publique aux États-Unis

On note de nos jours une intensification, aux États-Unis, de l’usage de la race en santé publique, une idée qui est parfois rejetée dans la mesure où elle est associée à des pratiques controversées. Les races sont vues, dans ce contexte, comme le produit du racisme, une technologie du pouvoir de l’État moderne qui a consisté à fragmenter l’humanité pour permettre les colonisations. C'est ainsi que la race a été prise en charge par le discours pour marquer la différence, discours qui est constitué d'un ensemble hétérogène de dispositifs, des institutions, des énoncés scientifiques, des normes et des règles. Le racisme s’est développé en parallèle avec l'affirmation d'un pouvoir sur la vie visant à assurer la gestion des corps et des populations, notamment par le biais des pratiques de santé publique. Cette thèse s'appuie sur une étude ethnographique réalisée sur un corpus de documents de la santé publique parus aux États-Unis et issus de bureaux fédéraux et d’une importante revue spécialisée dans le domaine sanitaire, et qui ont été publiés entre 2001 et 2009. Cette étude a analysé la manière dont la race est représentée, produite comme objet de connaissance, et régulée par les pratiques discursives dans ces documents.  Les résultats confirment que le discours sur la race varie au cours du temps. Toutefois, les résultats indiquent la relative permanence en santé publique d'un régime racialisé de représentation qui consiste à identifier, à situer et à opposer les sujets et les groupes à partir de labels standardisés. Ce régime est composé d'un ensemble de pratiques représentationnelles qui, couplées aux techniques disciplinaires et à l’idée de culture, aboutissent à la caractérisation et à la formation d’objets racialisés et à des stéréotypes. De plus, cet ensemble d’opérations qui fabrique la racialisation, a tendance, avec la sanitarisation et la culturalisation, à naturaliser la différence, à reproduire l’ordre symbolique et à constituer les identités raciales. Par ailleurs, la racialisation apparaît tiraillée entre un pouvoir sur la vie et un pouvoir sur la mort. Enfin, cette étude propose une alternative postraciale qui envisage la constitution des groupes humains de manière fluide et déterritorialisée.

Keyphrases: Racialisation, Race, Sanitarisation, Ethnographie, Santé publique, Discours, Pouvoir, Représentation, Etats-Unis, Race
Caractérisation fonctionnelle de la GTPase Ran dans le cancer épithélial de l'ovaire

Le cancer épithélial de l’ovaire est le plus létal des cancers gynécologiques. Les tumeurs de l’ovaire se divisent en différentes classes reflétant l’étendue de la maladie. Les tumeurs à faible potentiel de malignité présentent une survie relative à 5 ans de 90%, alors que pour les tumeurs invasives, la survie à 5 ans chute drastiquement à 35-40%. Au laboratoire, nous  avons précédemment identifié la protéine Ran, un membre de la superfamille des GTPases Ras, comme marqueur fortement exprimé dans les cancers épithéliaux de l’ovaire de haut grade et de haut stade dont la surexpression est associée à un mauvais pronostic. Ran est déjà connue pour contribuer au transport nucléocytoplasmique et à la progression du cycle cellulaire, mais son rôle dans le cancer ovarien n’est pas bien défini. En utilisant une approche de shRNA inductibles à la tétracycline basée sur les lentivirus, nous avons montré que la diminution de l’expression de Ran dans des lignées cellulaires agressives du cancer  de l’ovaire affecte drastiquement la prolifération cellulaire par l’induction d’une apoptose caspase-3 dépendante. Par un essai de tumeurs en xénogreffes, nous avons démontré que la déplétion de Ran résulte en une diminution de la tumorigenèse et que la formation éventuelle de tumeurs est associée à une sélection des cellules tumorales ayant la capacité de ré-exprimer la protéine Ran. Ces résultats suggèrent un rôle critique pour Ran dans la survie et la tumorigénicité des cellules du cancer ovarien, indiquant que Ran pourrait être une cible thérapeutique intéressante.

Keyphrases: Cancer épithélial de l’ovaire, Tumeurs à faible potentiel de malignité et invasives, Apoptose
Déficit familial de la LCAT au Québec : description d’une première mutation et contribution du génotype de l’APO E sur le phénotype lipoprotéique

Le déficit familial de LCAT (FLD) est une maladie caractérisée par un défaut de l’activité de l’enzyme lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT). Ce défaut résulte en une concentration plasmatique de C-HDL extrêmement basse, des opacités cornéennes prématurées, la présence d’anémie, de protéinurie et d’insuffisance rénale. Nous avons identifié les premiers patients canadiens-français atteints de déficit familial de LCAT. Deux frères, présentant les signes classiques de FLD étaient homozygotes pour une nouvelle mutation du gène de la LCAT: la mutation c.102delG. Cette mutation se traduit au niveau protéique par un changement du cadre de lecture au niveau du codon His35 et l’insertion d’un codon stop en position 61 entraînant une abolition de l’activité LCAT in vitro et in vivo. La présence de cette mutation cause une réduction importante du C-HDL chez les hétérozygotes (22%) et les homozygotes (88%) ainsi qu’une baisse du C-LDL chez les hétérozygotes (35%) et les homozygotes (58%). De plus, le profil lipidique différait de manière importante entre les deux frères atteints de FLD qui présentaient des génotypes APOE différents. Nous suggérons que APOE est un gène qui modifie le phénotype du FLD et pourrait expliquer l’hétérogénéité des profils lipidiques chez les patients atteints de FLD. Nos résultats suggèrent également que l’association du génotype LCAT-/- a un allèle APOE  ε2 est un nouveau mécanisme conduisant à la dysbétalipoproteinemie. Finalement nous avons montré des différences importantes dans les sous-populations des HDL chez les deux sujets atteints de FLD. Le porteur de l’allèle APOE ε2 présentait une proportion beaucoup plus importante de HDL immatures (preβ discoïdaux) par rapport a son frère (77.9% vs. 31.0%).

Keyphrases: Mutation, 102delG, LCAT, FLD, HDL, dysbêtalipoprotéinémie, APOE, Mutation, 102delG, LCAT, FLD, HDL, APOE
Dynamique de recombinaison dans les puits quantiques InGaN/GaN

Nous étudions la recombinaison radiative des porteurs de charges photogénérés dans les puits quantiques InGaN/GaN étroits (2 nm). Nous caractérisons le comportement de la photoluminescence face aux différentes conditions expérimentales telles la température, l'énergie et la puissance de l'excitation et la tension électrique appliquée. Ces mesures montrent que l'émission provient d'états localisés. De plus, les champs électriques, présents nativement dans ces matériaux, n'ont pas une influence dominante sur la recombinaison des porteurs.  Nous avons montré que le spectre d'émission se modifie significativement et subitement lorsque la puissance de l'excitation passe sous un certain seuil. L'émission possède donc deux ``phases'' dont nous avons déterminé le diagramme. La phase adoptée dépend à la fois de la puissance, de la température et de la tension électrique appliquée.  Nous proposons que la phase à basse puissance soit associée à un état électriquement chargé dans le matériau.  Ensuite, nous avons caractérisé la dynamique temporelle de notre échantillon. Le taux de répétition de l'excitation a une influence importante sur la dynamique mesurée.  Nous concluons qu'elle ne suit pas une exponentielle étirée comme on le pensait précédemment. Elle est exponentielle à court temps et suit une loi de puissance à grand temps. Ces deux régimes sont lié à un seul et même mécanisme de recombinaison.  Nous avons développé un modèle de recombinaison à trois niveaux afin d'expliquer le comportement temporel de la luminescence. Ce modèle suppose l'existence de centres de localisation où les porteurs peuvent se piéger, indépendamment ou non. L'électron peut donc se trouver sur un même centre que le trou ou sur n'importe quel autre centre. En supposant le transfert des porteurs entre centres par saut tunnel on détermine, en fonction de la distribution spatiale des centres, la dynamique de recombinaison. Ce modèle indique que la recombinaison dans les puits InGaN/GaN minces est liée à des agglomérats de centre de localisation.

Keyphrases: InGaN, Photoluminescence, Puits quantique, Nitrures, Semiconducteur, Dynamique temporelle, InGaN, Photoluminescence