NCube/papyrus huggingface dataset:
L’impact des technologies d’anonymat sur les conflits impliquant des vendeurs dans les marchés de drogues

L’objectif de cette recherche est de déterminer quel est l’impact des technologies d’anonymat sur les conflits impliquant des vendeurs dans les marchés de drogues. Les données proviennent d’un sondage hébergé sur Tor s’adressant directement aux vendeurs de drogues âgés de 18 ans et plus ayant réalisé des ventes sur les cryptomarchés dans les douze derniers mois. Les résultats du sondage sont mitigés. Il semblerait que les conflits les plus sérieux, comme les menaces avec une arme et les attaques physiques, sont plus fréquents dans la vente hors ligne que dans la vente en ligne. Les ventes frauduleuses, c’est-à-dire celle où la qualité ou la quantité de drogue est mensongère, sont aussi moins nombreuses lorsque les technologies d’anonymat sont utilisées. Or, les vols et les tentatives de vols de plus de 500 $ et menace sans arme sont plus fréquents lorsque les transactions se déroulent en ligne que hors ligne. De plus, les vendeurs de drogues sur les cryptomarchés qui vendent de l’amphétamine subissent significativement plus d’épisodes conflictuels que les autres.

Keyphrases: Cryptomarché, Conflit, Trafic de drogues, Conflict
Analyses intracellulaires des interactions et de la signalisation de la polycystine-1

La polykystose rénale autosomique dominante (PKD) affecte 1/500 personne, cause des kystes rénaux et mène à l’insuffisance rénale. Elle dépend d’un mécanisme de dosage d’un des gènes PKD1 ou PKD2 encodant respectivement la polycystine-1 et la polycystine-2 (Pc1, Pc2). Les polycystines forment un complexe via leurs motifs coiled-coil. Un BAC-Pkd1 murin a été modifié par recombinaison homologue pour produire un transcrit pleine longueur (BAC-Pkd1TAG). La surexpression de Pkd1 chez les souris Pkd1TAG induit la PKD. Pour définir le rôle intracellulaire du domaine coiled-coil de Pc1, le domaine a été supprimé de Pkd1 par recombinaison et a servi à générer quatre lignées de souris Pkd1Δcoiled-coil (1-10 copies). Ces souris ne développent pas de PKD. Le motif coiled-coil est donc requis pour induire la maladie. Chez la souris, l’inactivation de Pkd1 (Pkd1-/-) cause une PKD et une mortalité périnatale. Nous avons donc produit des souris Pkd1-/-; Pkd1TAG et Pkd1-/-; Pkd1Δcoiled-coil. Celles-ci sont protégées d’une mortalité périnatale et de PKD, mais les lignées à 1-3 copies agissent comme des hypomorphes fonctionnels. Les cellules rénales Pkd1Δcoiled-coil montrent que Pc1 suit une maturation et un transport intracellulaire suffisamment efficace, que l’interaction est conservée entre Pc1-Pc2 et que l’expression de Pc2 est inchangée sauf chez les hypomorphes où Pc2 est surexprimé. Le motif coiled-coil de Pc1 et ses interactions semblent induire une polykystose rénale et jouer un rôle dans l’homéostasie rénale.

Keyphrases: PKD, coiled-coil, polycystines, souris, transport, interactions, maturation
Étude des conséquences fonctionnelles de la mutation SGO1 K23E sur la voie de signalisation TGF-β

Nous avons identifié un nouveau syndrome d’arythmie généralisée rare dans la population franco-canadienne, CAID syndrome (Chronic Atrial and Intestinal Dysrhythmia) causé par une mutation fondatrice récessive dans le gène Shugoshin-like 1 (SGO1). La mutation change une lysine par un acide glutamique à la position 23. Les patients affectés souffrent d'une maladie du nœud sinusal et d'une pseudo-obstruction intestinale chronique. À ce jour, c’est la seule pathologie affectant à la fois le pacemaker cardiaque et le pacemaker intestinal.  Nous avons montré que la mutation SGO1 K23E stimule la voie de signalisation TGF-β, qui est impliquée dans de très nombreux processus biologiques, et dont le rôle de SGO1 dans celle-ci reste inconnu. Une étude a identifié la protéine BUB1, impliquée dans la localisation centromérique de SGO1, comme régulatrice de la voie TGF-β (2015). Ce qui suggère une implication possible de SGO1 dans ce processus.  L’objectif de ce projet de Maîtrise est de caractériser ce nouveau rôle de SGO1 lors du développement du nœud sinusal, ainsi que l’impact de la mutation K23E. L’état de phosphorylation de protéines impliquées dans cette voie TGF-β a été quantifié dans des fibroblastes de peau de patients et de sujets témoins, par la technologie ALPHA (Amplified Luminescence Proximity Homogenous Assay), et les résultats révèlent que la mutation K23E engendre une augmentation de la voie canonique et une inhibition de la voie non-canonique de TGF-β.

Keyphrases: CAID syndrome, Maladie du Noeud Sinusal, Pseudo-Obstruction Intestinale Chronique, Protéine SGO1, Cohésinopathie, Signalisation TGF-β, Différenciation cardiaque, Quantification protéique
Impact de différentes modalités de recrutement de la β-arrestine au récepteur de chimiokine CXCR4

Les chimiokines sont de petites protéines impliquées dans la migration cellulaire.  La chimiokine CXCL12 (aussi appelée SDF-1) signalise via le récepteur CXCR4. CXCR4  est surexprimé dans plus de 20 types de cancer et est associé à une augmentation du taux  de métastases, de la croissance de cellules cancéreuses ainsi qu’à leur survie. La diversité  et la complexité de la signalisation de CXCR4 font l'objet de nombreuses recherches, mais  CXCR4 signalise par deux voies principales: Gαi et β-arrestine. Les mécanismes de  régulation du recrutement de la β-arrestine demeurent à préciser, mais le récent cadre  d’interprétation décrit un mécanisme de recrutement en deux étapes permettant deux  niveaux d’interaction. La première étape permettrait la liaison de l’extrémité C-terminale  du récepteur à la β-arrestine, formant une interaction partielle, tandis que la seconde  permettrait une liaison subséquente de la β-arrestine au coeur du récepteur, formant une  interaction complète.  Ce projet étudie ces différentes modalités de recrutement à l’aide des mutants  constitutivement actifs de CXCR4 ; N119S et R134A, et ce en utilisant des systèmes de  transfert d'énergie de résonance de bioluminescence (BRET). Nous avons confirmé que  CXCR4 N119S est un mutant constitutivement actif (CAM) à la fois sur le Gαi et la voie  arrestine. En revanche, R134A est un mutant constitutivement inactif (CIM), soit dépourvu  de signalisation par la protéine G, mais recrute cependant spontanément la β-arrestine 2.  Nous suggérons que les différences de recrutement de la β-arrestine observés en  BRET entre ces deux mutants représentent des modalités de recrutement différentes. Ainsi,  le mutant N119S représentait l’interaction complète tandis que le mutant R134A  représentait l’interaction partielle. De façon similaire, nous observons des différences  d’activation de ERK par immunoblot entre ces mutants. Finalement, l’utilisation de la PTX,  inhibant l’activation de la Gαi, démontre que le mutant R134A recrute la β-arrestine à  travers une modalité différente. Nous suggérons que ce mutant permet la formation d’un  megaplex entre la protéine G hétérotrimérique et la β-arrestine.

Keyphrases: CXCR4, β-arrestin, BRET
Auto-renouvellement et reprogrammation oncogénique dans les leucémies aiguës

Malgré que le processus de leucémogénèse diffère parmi les différents sous-types de leucémies aiguës, l’étape de reprogrammation oncogénique y est toujours essentielle. En effet, plusieurs oncogènes confèrent des capacités d’auto-renouvellement aberrantes aux progéniteurs hématopoïétiques. Ainsi, ces cellules reprogrammées persistent davantage in vivo et acquièrent des mutations secondaires menant au développement de la leucémie ou à la rechute après traitement. Nous avons identifié deux nouveaux mécanismes contribuant à l'auto-renouvellement et à la reprogrammation oncogénique. Dans le modèle de leucémie aiguë lymphoblastique de type T (LAL-T), les oncogènes SCL et LMO1 diminuent l'expression des protéines ribosomales dans les thymocytes pré-leucémiques, ce qui provoque une diminution de la taille cellulaire et de la synthèse protéique. Cet état est associé à une faible prolifération et une capacité d'auto-renouvellement favorisant ainsi la reprogrammation oncogénique par SCL et LMO1 et l'émergence des cellules souches pré-leucémiques (pré-LSC). De plus, la LAL-T, qui se manifeste suite à des mutations activatrices de NOTCH1, est caractérisée par une augmentation de la taille cellulaire, de la synthèse protéique et de l’expression des protéines ribosomales. Ceci suggère qu'une transition de faible à haut taux de synthèse protéique pourrait être importante pour la progression des pré-LSCs en cellules propagatrices de leucémie (LPC). Dans le modèle de la leucémie aiguë myéloïde (LAM), nous avons trouvé que le réarrangement chromosomique de MLL-AF6 provoque la perte d'une hélice alpha normalement conservée en amont du premier domaine d'association à RAS de la protéine AF6. Ceci induit la dimérisation de MLL-AF6 et confère une capacité d'auto-renouvellement aberrante aux progéniteurs myéloïdes. Remarquablement, la réinsertion de l’hélice alpha empêche la dimérisation et abroge complètement l'auto-renouvellement et la leucémogénèse. Globalement, nos travaux démontrent l'importance de l'auto-renouvellement dans la reprogrammation oncogénique et offrent de nouvelles stratégies thérapeutiques pour le traitement des leucémies aiguës.

Keyphrases: Auto-renouvellement, Reprogrammation oncogénique, Leucémies aiguës, SCL et LMO1, Cellules souches pré-leucémiques, Cellules propagatrices de leucémie, Synthèse protéique, Biogénèse des ribosomes, MLL-AF6, Dimérisation
Aiming to identify protein co-factors contributing to eIF4E’s oncogenic potential

Le facteur eucaryotique d’initiation de la traduction 4E (eIF4E), impliqué dans ~30% des cancers, régule la croissance et la prolifération cellulaire, dans le cytoplasme : eIF4E promeut la traduction d’ARNm ayant des régions 5’UTR structurées ; dans le noyau : eIF4E promeut spécifiquement l’export d’ARNm via une voie d’export médiée par CRM-1, dépendante d’eIF4E, distincte de la voie d’export utilisée par la majorité des ARNm. Dans cette voie, eIF4E interagit avec la coiffe et une région structurellement conservée en 3’UTR, l’élément sensible à 4E (4ESE). De manière intéressante, le mutant d’eIF4E S53A, qui n’agit pas sur la traduction dépendante d’eIF4E mais inhibe l’export dépendant de celui-ci, empêche la transformation oncogénique des cellules, suggérant que le rôle d’eIF4E dans l’export d’ARNm est important pour sa capacité de transformation cellulaire. Hypothèse : Les protéines cofacteurs se liant au site Ser-53 seraient cruciales pour le rôle d’eIF4E dans l’export, lui conférant son potentiel de transformation oncogénique. L’objectif du projet était de mieux comprendre l’assemblage et l’export des eIF4E-mRNPs, en étudiant leur composition, et en utilisant le mutant S53A d’eIF4E afin d’identifier de potentiels candidats nécessitant cette sérine pour l’établissement du potentiel oncogénique d’eIF4E. Pour cette étude, des lignées stables de cellules U2OS exprimant soit 2FLAG-eIF4E, 2FLAG-S53A ou le vecteur contrôle ont été générées. Des immunoprécipitations avec des anticorps anti-FLAG sur les lysats cellulaires totaux ou nucléaires ont été menées. Ce projet a permis d’établir une première voie de compréhension quant à la nature de l’implication des motifs 4ESE sur l’export des ARNm qui les contiennent.

Keyphrases: eIF4E, eIF4E-mRNP, Export nucléaire, Potentiel oncogénique, S53Amutant, eIF4E-mRNPs
Studying cross-talk between different transcriptional pathways controlling azole resistance in Candida albicans

Tac1p et Mrr1p sont des régulateurs transcriptionnels importants impliqués dans la résistance aux azoles chez la levure Candida albicans. Des mutations gain de fonction dans ces régulateurs sont responsables de la surexpression constitutive des gènes impliqués dans la résistance aux azoles chez plusieurs isolats cliniques de C. albicans. Ces deux régulateurs peuvent également être activés de façon transitoire par certains composés chimiques. En se basant sur des résultats qui suggèrent que ces deux voies pourraient interagir, nous avons étudié si Mrr1p est impliqué dans la voie transcriptionnelle médiée par Tac1p. Tout d'abord, nous avons étudié si Mrr1p fonctionne dans la régulation positive transitoire de CDR1 et TAC1 induite par la fluphénazine, ces deux gènes étant des cibles de Tac1p et codant pour des effecteurs importants dans la résistance aux azoles. Les résultats suggèrent que Mrr1p joue un rôle complexe dans ce processus et pourrait supprimer l'induction transitoire de TAC1. Deuxièmement, nous avons étudié le rôle de Mrr1p dans la régulation positive constitutive de CDR1 et TAC1 médiée par une forme hyper-active de Tac1p dans un isolat clinique résistant aux azoles bien caractérisé, appelé 5674. Nous avons constaté que Mrr1p contribue à la résistance de 5674 au fluconazole, mais la délétion de MRR1 dans cette souche n'a aucun impact sur les niveaux d'ARNm de CDR1 et TAC1. De plus, nous avons également montré que les transcrits de TAC1 dans la souche 5674 ont une longue région 5' non-traduite, mais que Mrr1p n'est pas impliquée dans la production de l'ARNm TAC1 longue. Étant donné que certains de ces résultats sont préliminaires, d'autres expériences seront nécessaires pour confirmer ces résultats et pour aborder les questions restantes.

Keyphrases: Candida albicans, Résistance aux azoles, Recombinaison homologue, TAC1, MRR1, Fluphénazine, Régulation positive, Facteur de transcription
Le rôle de Ral dans la migration collective des cellules de bordures

La formation de métastases est la principale cause de mortalité chez les patients cancéreux. Ral est une petite GTPase impliquée dans la migration métastatique. Un modèle puissant pour étudier la migration collective est la migration des cellules de bordures retrouvées chez la Drosophile. Les cellules de bordures migrent à travers les cellules nourricières de la chambre d’œuf jusqu’à atteindre l’ovocyte.  Le but de ma maîtrise est de caractériser le rôle de Ral dans la migration des cellules de bordures. Mon hypothèse est que Ral régule l’exocyste qui permet la polarisation des déterminants de la migration.  En utilisant le système Gal4-UAS, les ARNi de Ral, Ral GEFs et Ral GAP ont été exprimés dans les cellules de bordures. La déplétion de Ral induit un défaut de migration. Par contre, la déplétion de Ral GEFs et Ral GAP n’induit pas de défaut de migration. De plus, lorsque les Ral GEF et Ral GAP sont co-déplétés avec Ral, le défaut de migration observé n’est pas plus important que la déplétion de Ral.  Par la suite, les effecteurs de Ral ont été déplétés dans les cellules de bordures. Rlip n’induit pas de défaut de migration, mais la majorité des sous-unités de l’exocyste induit un défaut de migration. Afin de vérifier si ce défaut de migration est régulé par Ral, un mutant ne pouvant lier l’exocyste a été exprimé. Ce mutant corrige le défaut de migration suggérant que Ral ne régule pas l’exocyste.  Parmi les déterminants de la migration testés, uniquement la polarisation des récepteurs tyrosine kinase (RTKs) change lorsque Ral est déplété.  Pour conclure, j’ai démontré que Ral est impliqué dans la migration des cellules de bordures. L’action de Ral durant ce processus semble indépendante de son activité GTPase. De plus, j’ai démontré que Ral est impliqué dans la polarisation des RTKs à l’avant du groupe de cellules migratoires.

Keyphrases: Métastases, Drosophile, Ral, Exocyste, RTKs, Exocyst
Rôle de la méthylation de l’ADN dans la régulation de l’expression des gènes 15-LOX-1 et 15-LOX-2 dans le cartilage

L’arthrose se caractérise, entre autres, par la dégradation du cartilage articulaire et l’inflammation de la synoviale. Ces caractéristiques sont dues à l’augmentation de la synthèse des médiateurs pro-inflammatoires et cataboliques. Les mécanismes moléculaires, qui en sont à l’origine, ne sont pas bien connus.   Des études préliminaires ont montré que l’expression des gènes 15-LOXs, ayant un rôle anti-catabolique et anti-inflammatoire, est diminuée dans le cartilage arthrosique. Notre hypothèse est que la méthylation d’ADN des promoteurs proximaux des gènes 15-LOX-1 et 15-LOX-2 inhibe leurs expressions dans le cartilage arthrosique. Notre objectif est de déterminer s’il y a une corrélation entre leur expression et la méthylation de leurs promoteurs.              L’expression de ces gènes, dans les cartilages arthrosiques et non arthrosiques, a été évaluée par immunohistochimie et RT-PCR en temps réel. L’effet de la déméthylation par l’AZA-DC, agent déméthylant, sur leur expression a été évalué par RT-PCR. Les taux de méthylation des sites CpG au niveau des promoteurs de la 15-LOX-1(29 sites) et 15-LOX-2 (12 sites), dans les cartilages arthrosiques dégradés ou intacts, ont été évalués par pyroséquençage.             Nos résultats confirment une diminution de l’expression des gènes 15-LOXs dans le cartilage arthrosique et une augmentation significative de l’expression des gènes 15-LOXs sous l’effet de l’AZA-DC. Nous avons également montré l’absence des différences de méthylation des sites CpG des promoteurs des gènes 15-LOXs entre les cartilages arthrosiques dégradés et intacts. Les taux de méthylation des sites CpG sont globalement faibles.            Ces résultats suggèrent que la répression de l’expression de gènes 15-LOXs, dans le cartilage arthrosique n’est pas due à la méthylation d’ADN

Keyphrases: Arthrose, Méthylation de l’ADN, Régulation de l’expression des gènes 15-LOXs
Reassembly and biochemical characterization of the human Smc5/6 complex

Les membres de la famille de protéines de maintenance structurelle des chromosomes (SMC) sont des régulateurs essentiels de la stabilité génomique. Le complexe Smc5-6 est indispensable pour la réparation de l'ADN, la maintenance des télomères et le redémarrage des fourches de réplication bloquées. La façon dont le complexe Smc5-6 remplit ses fonctions pour favoriser la stabilité du génome est encore incertaine. Ici, nous avons développé une nouvelle stratégie de purification pour isoler un complexe réassemblé fonctionnel. Cette approche nous a permis d'effectuer d'importantes analyses biochimiques et structurelles du complexe humain Smc5-6. Nous montrons que le complexe humain se lie avec une affinité plus faible aux substrats ADNdb par rapport à ADNsb. Ce complexe a également été caractérisé par une séparation zonale en gradient continu pour déterminer la masse moléculaire du complexe heteropentamerique après filtration sur gel. Nous avons utilisé la méthode "Gradient Fixation" (GraFix) pour stabiliser le complexe Smc5/6 afin de visualiser celui-ci par microscopie électronique (EM). En conclusion, nous avons identifié avec succès les conditions natives pour la purification d'un complexe Smc5-6 humain entièrement assemblé et fonctionnel. En outre, nous avons montré que ce complexe est biochimiquement actif et lie le ADNsb et le ADNdb avec différentes affinités. L'achèvement de notre analyse structurale éclairera le mécanisme d'action du complexe Smc5-6 lors de la réparation de l'ADN.

Keyphrases: Complexe Smc5-6 humain, Liaison ADN, Entretien structurel du chromosome
Étude des voies de signalisation qui régulent l’homéostasie du PI(4,5)P2

Diverses mutations de l’inositol 5-phosphatase OCRL (OcculoCerebroRenal Lowe), empêchant la catalyse de la conversion du phosphatidylinositol 4,5-biphosphate [PI(4,5)P2] en phosphatidylinositol 4 phosphate [PI(4)P], sont la cause du syndrome de Lowe. Cette maladie, à transmission récessive liée au chromosome X, affecte près de 1 garçon sur 500 000 et est caractérisée par des défauts oculaires, un retard mental et des problèmes rénaux. Notre laboratoire a démontré que OCRL était importante pour la division cellulaire et que sa déplétion induisait une perte de l’homéostasie du PI(4,5)P2 (1,2). Le but de mes recherches est d’identifier des protéines interagissant fonctionnellement avec OCRL pour réguler l’homéostasie du PI(4,5)P2. Un criblage à haut débit par dsRNA, dans des cellules S2 de Drosophile, a été mis au point sur le plan expérimental ainsi qu’au niveau de l’analyse automatique des images obtenues par microscopie. La réalisation future de ce criblage permettra d’élucider les voies de signalisation impliquées dans le rétablissement de l’homéostasie du PI(4,5)P2 et représente un premier pas vers une meilleure compréhension du syndrome de Lowe.

Keyphrases: PI(4,5)P2, OCRL, Syndrome de Lowe, Multinucléation, dsRNA, Criblage, Cellules S2, Cytocinèse, Homéostasie, Drosophile
Examining how PSMB11 orchestrates T cell development

Les lymphocytes T CD8 jouent un rôle majeur dans l’immunosurveillance de l’organisme contre les pathogènes de même que les cellules pré-cancéreuses. Afin d’induire une réponse cytotoxique efficace contre ces événements anormaux, les lymphocytes T CD8 doivent exprimer à leur surface un récepteur des cellules T (TCR) qualifié et capable de reconnaître les molécules étrangères. Cette qualification s’effectue au sein du thymus, qui représente l’unique organe se spécialisant dans l’éducation des lymphocytes T CD4 et CD8. Dans le cortex thymique, les thymocytes exprimant un TCR fonctionnel sont sélectionnés positivement par les cellules épithéliales corticales thymiques (cTECs). Ceux-ci transitent ensuite vers la médulla thymique où les thymocytes autoréactifs sont éliminés afin de prévenir l’autoimmunité. PSMB11 est une sous-unité catalytique du thymoprotéasome, qui est exprimé de façon exclusive par les cTECs, des cellules spécialisées dans la production et la présentation des peptides associés au CMH de classe I (MIPs). Ainsi, une déficience en PSMB11 altère sévèrement le développement des thymocytes CD8. Étant donné que les thymoprotéasomes présentent une faible activité chymotrypsique, leur rôle présumé est de produire des peptides ayant une faible affinité pour le CMH de classe I pour ainsi assurer la sélection positive des thymocytes CD8 exprimant un TCR de faible affinité. À ce jour, aucune étude n’a toutefois réussi à élucider le rôle fondamental de PSMB11 dans la sélection positive. Puisque les protéasomes peuvent être impliqués dans plusieurs processus cellulaires, nous avons vérifié si PSMB11 1) orchestre des activités peptide-indépendantes dans les cTECs, et 2) son impact sur le développement des thymocytes. Nous avons montré que les cTECs de souris Psmb11-/- présentent une expression différentielle de gènes impliqués dans l’adhésion cellule-cellule ainsi que dans la signalisation des cytokines, deux processus étroitement liés à la sélection positive. Nous avons également observé des niveaux élevés de CXCR4 à la surface des thymocytes 8SM des souris Psmb11–/–, suggérant que les thymocytes CD8 sont retenus plus longtemps dans le cortex comparativement aux souris WT. Des gènes pro-inflammatoires sont aussi surexprimés dans les cTECs déficientes en PSMB11, menant à la détection d’une augmentation du stress dans les thymocytes. Enfin, nous avons montré que PSMB11 altère l’expression de Cd83 et Prss16, deux gènes ayant un rôle essentiel dans le développement des lymphocytes T CD4. En conclusion, notre étude dévoile un tout nouveau rôle de PSMB11 dans le développement des lymphocytes CD4 et CD8, soit l’orchestration de la transcription des gènes au sein des cTECs.

Keyphrases: PSMB11, Thymocytes, Thymoprotéasome, Cellules épithéliales thymiques, Sélection positive