NCube/papyrus huggingface dataset:
Caractérisation biochimique et fonctionnelle du mutant T179N de l’aquaporine-2 humaine

L’aquaporine-2 (AQP2) est le canal responsable de la réabsorption finale d’eau au niveau du tubule collecteur du rein. À la base, contenue dans des vésicules internes, l’AQP2 est acheminée à la membrane apicale des cellules principales du tubule collecteur suite à une stimulation par l’hormone antidiurétique (ADH). L’incapacité à accomplir cette fonction entraîne le diabète insipide néphrogénique (DIN), une maladie caractérisée par l’inhabileté du rein à concentrer l’urine, entraînant une production de volumes urinaires élevés. Alors que les mutations récessives génèrent des protéines mal structurées et incapables de former des tétramères, les mutations dominantes sont capables de s’associer à leurs homologues sauvages, engendrant ainsi un DIN même chez les patients hétérozygotes. Ce mémoire présente l’analyse biochimique et fonctionnelle d’une nouvelle mutation naturelle de l’AQP2, la mutation T179N, aussi responsable du DIN. Cette dernière est particulièrement intéressante de par son génotype qui implique un caractère dominant, et sa position extracellulaire habituellement réservée aux mutations récessives. Les études comparatives de T179N à deux modèles de mutation récessive et dominante démontrent, tant en ovocytes de Xenopus laevis qu’en lignée cellulaire mpkCCDc14, le caractère récessif de cette nouvelle mutation. Les tests d’immunobuvardage de lysats d’ovocytes en membranes totales et membranes plasmiques purifiées ont révélé que seule la forme sauvage atteint la membrane plasmique alors que le mutant T179N est séquestré dans la cellule. En accord avec ce résultat, les analyses de perméabilité fonctionnelle démontrent aussi une absence d’activité pour T179N. En cellule mpkCCDc14,  le mutant T179N exprimé seul n’atteint pas la membrane plasmique suite à l’action de la forskoline, contrairement à la forme sauvage. Cependant, ce mutant peut s’associer à son homologue sauvage en coexpression tant dans les ovocytes qu’en lignée mpkCCDc14 sans toutefois engendrer l’effet typique de dominance négative. En fait, dans ce contexte de coexpression, on remarque une augmentation de la Pf de 83±7 % et une récupération d’adressage à la membrane plasmique en cellule (immunofluorescence). En conclusion, T179N serait un mutant récessif fonctionnellement récupérable lorsqu’en présence de l’AQP2 sauvage.

Keyphrases: Mutation, Diabète insipide néphrogénique, Expression hétérologue
Adaptations de la méthode de purification d’ARN par affinité avec l’étiquette ARiBo

Dans les dernières années, une explosion de la recherche sur les ARN a eu lieue à cause de nombreuses découvertes démontrant l’importance de l’ARN dans plusieurs processus biologiques. Ainsi, de grandes quantités d’ARN sont devenues indispensables au bon déroulement de plusieurs études, notamment pour la biologie structurale et la caractérisation fonctionnelle. Cependant, il existe encore peu de méthodes de purification simples, efficaces, fiables et produisant un ARN sous forme native. Dans les dernières années, le laboratoire Legault a mis au point une méthode de purification par affinité utilisant une étiquette ARiBo pour la purification d’ARN transcrits in vitro par la polymérase à ARN du phage T7. Cette méthode de purification d’ARN a été spécifiquement développée pour maximiser la pureté et le rendement. De plus, elle est très rapide et fonctionne avec plusieurs types d’ARN. Cependant, comme plusieurs autres méthodes de purification, cette méthode produit des ARN avec des extrémités 5′ hétérogènes. Dans ce mémoire, des solutions sont proposées pour remédier au problème d’hétérogénéité en 5ʹ′ des ARN transcrits avec la polymérase à ARN du phage T7 et purifiés par la méthode ARiBo. La première solution consiste à choisir la séquence en 5′ parmi celles des 32 séquences testées qui ne présentent pas d’hétérogénéité en 5ʹ′. La seconde solution est d’utiliser une étiquette clivable en 5ʹ′ de l’ARN d’intérêt, tel que le ribozyme hammerhead, déjà utilisée pour ce genre d’application, ou le système CRISPR/Cse3 que nous proposons dans l’article présenté dans ce mémoire. De plus, nous avons adapté la méthode ARiBo pour rendre possible la purification d’un long ARN de 614 nt, le polycistron miR-106b-25. Nous avons également démontré la possibilité d’utiliser la méthode ARiBo pour l’isolation de protéines qui se lient à un ARN donné, le précurseur de miRNA pre-miR-153-2. En conclusion, ce mémoire démontre la possibilité d’adapter la méthode ARiBo à plusieurs applications.

Keyphrases: Purification d'ARN par affinité, Polymérase à ARN du phage T7, Hétérogénéité en 5', CRISPR/Cse3, Ribozyme Hammerhead, Complexe ribonucléoprotéique, CRISPR/Cse3
Caractérisation des réponses du PMLS au mouvement de deuxième ordre (modulé par le contraste)

La perception visuelle ne se résume pas à la simple perception des variations de la quantité de lumière qui atteint la rétine. L’image naturelle est en effet composée de variation de contraste et de texture que l’on qualifie d’information de deuxième ordre (en opposition à l’information de premier ordre : luminance). Il a été démontré chez plusieurs espèces qu’un mouvement de deuxième ordre (variation spatiotemporelle du contraste ou de la texture) est aisément détecté. Les modèles de détection du mouvement tel le modèle d’énergie d’Adelson et Bergen ne permettent pas d’expliquer ces résultats, car le mouvement de deuxième ordre n’implique aucune variation de la luminance. Il existe trois modèles expliquant la détection du mouvement de deuxième ordre : la présence d’une circuiterie de type filter-rectify-filter, un mécanisme de feature-tracking ou simplement l’existence de non-linéarités précoces dans le traitement visuel. Par ailleurs, il a été proposé que l’information visuelle de deuxième ordre soit traitée par une circuiterie neuronale distincte de celle qui traite du premier ordre. Bon nombre d’études réfutent cependant cette théorie et s’entendent sur le fait qu’il n’y aurait qu’une séparation partielle à bas niveau. Les études électrophysiologiques sur la perception du mouvement de deuxième ordre ont principalement été effectuées chez le singe et le chat. Chez le chat, toutefois, seules les aires visuelles primaires (17 et 18) ont été extensivement étudiées. L’implication dans le traitement du deuxième ordre de l’aire dédiée à la perception du mouvement, le Sulcus syprasylvien postéro-médian latéral (PMLS), n’est pas encore connue. Pour ce faire, nous avons étudié les profils de réponse des neurones du PMLS évoqués par des stimuli dont la composante dynamique était de deuxième ordre. Les profils de réponses au mouvement de deuxième ordre sont très similaires au premier ordre, bien que moins sensibles. Nos données suggèrent que la perception du mouvement par le PMLS serait de type form-cue invariant. En somme, les résultats démontrent que le PMLS permet un traitement plus complexe du mouvement du deuxième ordre et sont en accord avec son rôle privilégié dans la perception du mouvement.

Keyphrases: électrophysiologie, deuxième ordre, mouvement, PMLS, form-cue invariant
Projet de dépistage du VIH au sein des communautés caribéennes et africaines de Montréal : leçons apprises d’un exercice d’évaluation mettant en exergue des visions contrastées

Malgré une baisse importante de nouvelles infections, l’Afrique subsaharienne et la région des Caraïbes demeurent fortement touchées par l’épidémie du VIH/sida.  La diaspora vivant ailleurs en Occident n’est pas épargnée : les communautés originaires de ces pays étant surreprésentées dans la cohorte des personnes vivant avec le VIH. De plus, ces individus rencontrent des difficultés spécifiques en matière d’accès au conseil et dépistage du VIH. Compte tenu l’importance de l’accessibilité à ce service dans la lutte contre le VIH, il devient crucial de mieux en  cerner les enjeux.  Fort de ces différents constats,  le projet « Moi je fais le test » dont l’objectif était d’augmenter l’accès au conseil et dépistage du VIH a été déployé à Montréal en 2010.  Notant le peu d’interventions recensées faisant la promotion du dépistage du VIH dans les communautés originaires de pays à forte prévalence pour le VIH, l’objectif de la présente évaluation est double : documenter le projet et évaluer l’implantation de ce dernier. L’évaluation réalisée sous la forme d’une étude de cas sera articulée autour de deux pôles : la théorie de changement sous-tendant le projet ainsi que le processus d’implantation.  Les perspectives rapportées par les partenaires du projet de même que les éléments liés à l’implantation démontrent la complexité de mener des actions conjointes, même  de tailles modestes. Dans la mesure où les approches combinées de prévention du VIH sont encouragées, l’évaluation du présent projet illustre de façon éloquente les défis du déploiement de projet similaires à l’échelle nationale et internationale.

Keyphrases: VIH, conseil et dépistage, évaluation
Spatiotemporal regulation of the Greatwall : PP2A axis is required for mitotic progression

Le cycle cellulaire est hautement régulé par la phosphorylation réversible de plusieurs effecteurs. La kinase dépendante des cyclines Cdk1 déclenche la mitose en induisant le bris de l’enveloppe nucléaire, la condensation des chromosomes et la formation du fuseau mitotique. Chez les animaux métazoaires, ces évènements sont contrés par la protéine phosphatase PP2A-B55, qui déphosphoryle plusieurs substrats de Cdk1. La kinase Greatwall (Gwl) est activée par le complexe cycline B-Cdk1 en début de mitose et induit ensuite l’inhibition de PP2A-B55 via Endos/Arpp19. Toutefois, les mécanismes moléculaires qui régulent Gwl sont encore peu connus.  Nous avons montré que Gwl a une activité s’opposant à PP2A-B55, qui collabore avec la kinase Polo pour assurer l’attachement du centrosome au noyau et la progression du cycle cellulaire dans le syncytium de l’embryon de la drosophile. Ensuite, nous avons trouvé dans des cellules de drosophile que Gwl est localisée au noyau pendant l’interphase, mais qu’elle se relocalise au cytoplasme dès la prophase, avant le bris de l’enveloppe nucléaire. Nous avons montré que cette translocation de Gwl est cruciale pour sa fonction et qu’elle dépend de la phosphorylation de plusieurs résidus de la région centrale de Gwl par les kinases Polo et Cdk1. Cette région centrale contient également deux séquences de localisation nucléaire (respectivement NLS1 et NLS2). De plus, nos résultats suggèrent que la phosphorylation de Gwl par la kinase Polo promeut sa liaison avec la protéine 14-3-3ε, ce qui favorise la rétention cytoplasmique de Gwl. Le rôle de Cdk1 dans cette translocation reste quant à lui inconnu. De plus, nous avons montré que le complexe cycline B-Cdk1 entre dans le noyau avant que Gwl ne soit transportée dans le cytoplasme. Cdk1 pourrait donc activer Gwl et phosphoryler ses substrats nucléaires, à l’abri de PP2A-B55 qui est largement cytoplasmique. Gwl est ensuite exclue du noyau et relocalisée dans le cytoplasme afin d’induire l’inhibition de PP2A-B55. Cela permet de synchroniser les événements de phosphorylation se produisant dans le noyau et dans le cytoplasme. Fait intéressant, un mécanisme de régulation de la localisation de Gwl similaire à cela a été découvert chez l’humain et chez la levure, suggérant que ce mécanisme est conservé entre différentes espèces.

Keyphrases: Greatwall, Cycline B-Cdk1, PP2A-B55, Cycle cellulaire, Mitose, Greatwall, PP2A-B55
The exploration of mixed-use principle as an ingredient to improve the viability and vitality of town centres in Mauritius

La mixité d’usage est de plus en plus considérée comme un facteur essentiel au développement durable et à la prospérité des villes, tant par les professionnels en urbanisme, les décideurs politiques et les chercheurs que par tous ceux concernés par la qualité de vie de nos concitoyens. Présentement, on assiste au développement de stratégies et mécanismes en vue de faire cohabiter les diverses fonctions urbaines. Ainsi, cette recherche exploratoire porte sur la mixité d’usage et la possibilité de transférer cette approche, plus particulièrement, dans celui des villes de l’Île Maurice, petit état insulaire en développement. Le principal facteur à l’origine de ce choix est la volonté du gouvernement de mettre en place un métro léger reliant les centres des villes de la conurbation urbaine de l’Île, d’où l’opportunité de réhabiliter ces centres en déclin à travers une plus grande mixité d’usage.  Ainsi, deux cas, Quatre Bornes et Rose-Hill sont analysés. La cueillette des données inclut des entrevues avec onze urbanistes locaux, lesquelles permettent de développer le volet public de la problématique et de bien contextualiser les avenues possibles de solution. Nous constatons qu’un laisser-faire, des politiques inappropriés et diverses interventions publiques ont favorisé la congestion routière et l’étalement urbain et entrainé une perte de diversité des usages dans le centre-ville. Nous identifions ainsi les défis et les opportunités relatifs à la mixité d’usage et proposons des stratégies, dans l’optique d’améliorer la viabilité et la vitalité des centres-villes.

Keyphrases: urbanisme, mixité d’usage, centre-ville, planification urbaine, étalement urbain, conurbation, Île Maurice, conurbation
Quelles personnes sont susceptibles de développer une invalidité en raison de la douleur
et comment intervenir en phase initiale? Les principes extraits des résultats de la
recherche sur les facteurs prédisposants à l’invalidité

L’invalidité attribuable à la douleur représente un problème important en raison de ses coûts personnels, financiers et sociétaux. L’effort scientifique mène à l’identification des facteurs de risque pour l’évolution de la douleur vers un état qui mine la capacité de la personne affligée à vaquer à ses occupations fondamentales. Cet effort met en relief le rôle déterminant que jouent les facteurs psychosociaux à chaque stade de l’évolution vers l’invalidité en raison de la douleur. Parmi les facteurs mis en cause, se trouvent les difficultés psychologiques (dépression, anxiété, somatisation, trouble de la personnalité, catastrophisme et évitement de l’activité), l’insatisfaction au travail et le contexte de réclamation. Forts de cette connaissance, les pays industrialisés se dotent de lignes directrices pour la prise en charge de la douleur aiguë dans le but de réduire les coûts, tant pour la personne que pour la société. Vingt ans après la parution des premiers guides de pratique, et la publication subséquente de dizaines d’autres guides véhiculant essentiellement les mêmes informations, les médecins peinent toujours à appliquer les recommandations. À partir des données probantes issues de la littérature scientifique, le présent ouvrage propose une synthèse critique des résultats pour pousser la réflexion et faire avancer la démarche dans le sens d’une réduction des coûts personnels, financiers et sociétaux.

Keyphrases: douleur, somatisation, catastrophisme, traitement de la douleur, facteurs de risque, invalidité, opioïdes, lignes directrices
Inflammation intestinale associée à la fibrose kystique :
rôle du CFTR et propriétés anti-inflammatoires de la vitamine D

Les patients fibrose kystique (FK) souffrent de complications digestives qui incluent une inflammation intestinale modérée dont l’étiologie est méconnue. Les personnes atteintes de FK présentent également une malabsorption des vitamines liposolubles, telles la vitamine D. Or, la vitamine D possède des propriétés immunomodulatrices et anti-inflammatoires. Le présent projet vise à investiguer le rôle du CFTR, dont le gène est muté dans la FK, dans l’étiologie de cette inflammation intestinale et à étudier le potentiel  anti-inflammatoire de la vitamine D sur celle-ci. Le CFTR a été invalidé génétiquement par la méthode des ARN interférents (shRNAi) et/ou inhibé pharmacologiquement par l’utilisation d’un antagoniste inhibiteur spécifique (CFTRinh-172).  Un état inflammatoire a été induit par les cytokines pro-inflammatoires TNF-α et IL-1β. Afin d’évaluer le rôle anti-inflammatoire de la vitamine D, les cellules ont été pré-traitées avec la forme bioactive de la vitamine D, la 1,25(OH)2D3. La sécrétion et l’expression génique d’interleukine-8, ainsi que l’activation de la voie de signalisation p38MAPK et du facteur de transcription NFκB ont été évaluées. Pour explorer la voie par laquelle la vitamine D exerce ses actions anti-inflammatoires, les cellules ont été pré-incubées avec le BIRB796 pour inhiber la voie p38MAPK. Finalement l’expression génique du récepteur nucléaire de la vitamine D et des hydroxylases intestinales impliquées dans son métabolisme a été déterminée. Nos résultats suggèrent que le CFTR a un rôle dans l’étiologie de l’inflammation intestinale associée à la FK. De plus, la vitamine D semble moduler à la baisse la réponse inflammatoire de la cellule intestinale dont le CFTR a été génétiquement invalidé.

Keyphrases: Fibrose kystique, inflammation intestinale, CFTR, Interleukine-8, vitamine D, CFTR
Processus d'acquisition de nouvelles connaissances en urbanisme : le cas de l'îlot de chaleur urbain

Dans le contexte du changement climatique, la chaleur est, depuis le début des années 2000, une préoccupation grandissante, d’abord en tant qu’enjeu sanitaire puis comme problématique affectant la qualité de vie des citoyens. Au Québec, le concept d’îlot de chaleur urbain, issu de la climatologie urbaine, a graduellement émergé dans le discours des autorités et de certains acteurs de l’aménagement. Or, on constate l’existence d’un certain décalage entre les connaissances scientifiques et l’interprétation qu’en font les urbanistes. Dans le cadre de ce mémoire, on a tenté d’identifier les facteurs explicatifs de ce décalage en s’intéressant au processus d’acquisition des connaissances des urbanistes québécois. Par le biais d’entretiens réalisés auprès des principaux acteurs ayant contribué à l’émergence de l’ICU au Québec, on a été en mesure d’identifier les éléments ayant entraîné certaines distorsions des connaissances. L’absence d’interdisciplinarité entre la climatologie urbaine et l’urbanisme tout au long du processus d’acquisition des connaissances ainsi qu’une interprétation tronquée de la carte des températures de surface expliquent principalement la nature du décalage observé.

Keyphrases: Îlot de chaleur urbain, Urbanisme, Climatologie urbaine, Microclimat urbain, Transfert de connaissances
Structure de fonctionnement des charrettes en design urbain

Ce document s’inscrit dans la foulée des préoccupations mondiales sur le devenir des villes au XXIe siècle. Il questionne les façons de faire qui contribuent à un développement de qualité des cadres de vie des citoyens. Les processus d’idéation de type atelier et charrette sont retenus en regard de leurs valeurs mobilisatrices et consensuelles qui répondent aux principes du développement durable. La problématique posée concerne l’adaptation de leur structure de fonctionnement au contexte local dans lequel il s’applique et de leur performance à induire les résultats escomptés. Une analyse comparative de trois études de cas révèle que le processus d’idéation se singularise en fonction des modalités de communication nécessaires pour progresser dans la démarche de planification des projets et conjointement à ceci, confirme que leur performance réside en leur capacité de rassembler l’ensemble des acteurs du projet en un même lieu. À l’issue de notre étude, nous fournissons un procédurier préliminaire pour diriger la mise en œuvre de processus d’idéation localement.

Keyphrases: projet local, processus d'idéation, communication, études de cas
Parle-t-on de territoire en aménagement du territoire? : la construction des enjeux en contexte de planification collaborative

Le débat public en aménagement du territoire constitue un exercice paradoxal. Bien qu’il fasse nominalement référence au territoire, ce débat public aborde cet objet de façon superficielle. Ce mémoire aborde cette problématique en explorant les utilisations de la notion de territoire formulées dans le cadre d’un exercice de consultation publique sur un projet de revitalisation à Montréal, soit le Programme particulier d’urbanisme du Quartier des spectacles – Pôle du Quartier latin, est étudié. L’analyse se décline en deux étapes. Le sens accordé à la position géographique du Quartier latin et ses répercussions sur les dynamiques d’aménagement à long terme (structurales) sont s’abord explorées. Ensuite, les discours des intervenants au débat public sont analysés à l’aide d’une loupe poststructuraliste. Nos résultats démontrent qu’une majorité de participants ne considèrent pas le territoire comme construction sociale. Toutefois, les intervenants qui adoptent le point de vue contraire ont tendance à adopter une position plus critique face au projet. Ce constat remet en question les fondements de l’intervention proposée par les autorités municipales et, plus largement, interroge la prise en compte du concept de territoire en contexte de planification collaborative et post-collaborative.

Keyphrases: Montréal, Quartier latin, Aménagement du territoire, Urbanisme, Territoire, Structure urbaine, Participation publique
Les pratiques des usagers dans les friches urbaines végétalisées et leurs facteurs d’influence : analyse de deux cas montréalais

Dans l’ère post-industrielle, où la densification apparaît comme une solution afin de freiner l’étalement urbain, la question de l’avenir des terrains en friche devient incontournable. En effet, ceux-ci deviennent hautement convoités par les acteurs du redéveloppement urbain puisqu’ils détiennent un potentiel foncier important. Face à ces pressions, cette recherche s’intéresse à la complexité des terrains en friche, puisqu’il existe une diversité de potentiels, outre le foncier.    Parmi ces potentiels, les friches peuvent être utilisées comme des espaces verts urbains. Effectivement, il arrive qu’on retrouve sur ces sites des usagers qui les fréquentent, à différents desseins. L’étude tente ainsi de répertorier et de comprendre les pratiques faites par les usagers, pour deux cas étudiés à Montréal : le Boisé Jean-Milot et le Champ des possibles. L’objectif est non seulement de qualifier ces pratiques, mais également de mettre en évidence les facteurs d’influence qui les sous-tendent.   La recherche s’inscrit dans les approches personnes-environnement. D’un point de vue méthodologique, des entretiens in situ ont été menés avec les usagers afin qu’ils puissent expliquer leur expérience vécue de la friche. Les facteurs d’influence ont émergé des discours tenus en entrevue.    Les cas étudiés montrent que la friche est un espace d’exception en ville : les friches urbaines végétalisées sont le cadre de pratiques exclusives, en plus de faire vivre une variété d’ambiances à l’usager. Les résultats permettent ainsi de placer la friche comme un espace vert complémentaire au parc urbain.  La friche fait partie d’un portfolio d’espaces disponibles, utilisés au moment présent.   En relevant les facteurs qui influencent les usagers à fréquenter les friches, on met en lumière des qualités qui pourraient être utiles dans la planification des espaces verts urbains et dans le développement d’une vision innovante pour l’avenir des friches.

Keyphrases: friches urbaines, pratiques, usagers, espaces verts urbains, nature sauvage urbaine