NCube/papyrus huggingface dataset:
Transcription par les récepteurs des estrogènes : identification d’un gène cible et d’un nouveau corépresseur

Malgré de nombreux progrès réalisés dans les traitements des cancers gynécologiques, ceux-ci demeurent la principale cause de mortalité due au cancer chez la femme. Les instabilités chromosomiques et génomiques au niveau du locus 3p21.3 sont des événements fréquents liés à des cancers épithéliaux, notamment les cancers du sein et de l'ovaire. C’est dans cette région que se trouvent les gènes hyaluronidases HYAL-1, HYAL-2 et HYAL-3. HYAL-1 est particulièrement surexprimé dans plusieurs cancers, notamment, le cancer de la prostate, la vessie, le cou, la tête et le sein où il est impliqué dans la progression tumorale et les métastases. Nous avons démontré que dans le locus 3p21.3, HYAL-1 est un gène cible sélectivement réprimé par ERα et l’estrogène. L’analyse de la cohorte METABRIC a révélé une corrélation inverse significative entre l’expression du gène HYAL-1 et ERα. Nous avons identifié des sites de liaison pour ERα au niveau du locus 3p21.3, parmi eux, un ERE proximal était responsable de la répression de HYAL-1 par ERα en plus d’un site Sp-1 requis pour atteindre une répression optimale. Cette répression de HYAL-1 est accompagnée par un enrichissement de la marque répressive H3K27me3 au niveau des deux sites ERE et Sp-1.  En plus de réguler l’expression de nombreux gènes, l’activité transcriptionnelle des ERs est aussi régulée par les corégulateurs qui sont recrutés sur les ERs. Nous avons identifié un nouveau partenaire d’interaction inattendu pour les ERs, soit le facteur de transcription hématopoïétique TAL1. Malgré sa réputation d’oncogène dans les leucémies lymphoblastiques aiguës des cellules T, ce facteur de transcription est un corépresseur d’ERα, dû à son effet répresseur direct sur l’activité transcriptionnelle du récepteur en réponse à l’estrogène et donc sur l’expression de ces gènes cible dans le cancer du sein. De plus, TAL1 réprime aussi l’activation d’ERα en réponse à la phosphorylation induite par la voie des MAPK/Erk. Cette répression d’ERα par TAL1 résulte en une diminution de la prolifération et la migration des cellules cancéreuses mammaires.

Keyphrases: Récepteurs des estrogènes, ER, Estrogène, HYAL-1, Gène cible, Répression, Locus 3p21.3, TAL1, Corépresseur, HYAL-1
Identification des composantes du système ubiquitine-protéasome régulant la stabilité de la MAPK atypique ERK3

La kinase ERK3 est un membre atypique de la famille des MAP Kinases. Contrairement aux MAP Kinases conventionnelles qui peuvent phosphoryler une grande variété de substrats, et dont les fonctions sont bien définies, les déterminants moléculaires des fonctions de ERK3 restent peu caractérisés. Les études de la régulation de ERK3 font ressortir plusieurs particularités qui sont uniques au sein de la famille des MAP Kinases. ERK3 semblent être phosphorylée de manière constitutive sur sa boucle d’activation. De plus, ERK3 est une protéine hautement instable, qui est dégradée constitutivement par le système ubiquitine-protéasome. Cette régulation de la stabilité de ERK3 est un processus dynamique, car il peut être modulé par certains stimuli physiologiques. Il semble donc que la stabilité de la protéine ERK3 est un des régulateurs majeurs de son activité biologique. Toutefois, les composantes du système ubiquitine-protéasome qui contrôlent la stabilité de ERK3 restent à identifier.  La première étude présentée décrit l’identification de la déubiquitinase USP20 comme un régulateur positif de la stabilité et de l’expression protéique de ERK3. Nos résultats indiquent que USP20 est une déubiquitinase de ERK3, en démontrant la relation enzymatique directe entre les deux protéines. Finalement, nous avons identifié une nouvelle fonction pour ERK3 dans le contrôle de la migration cellulaire et déterminé que USP20 est un régulateur positif de cette fonction cellulaire.  Dans la deuxième étude nous décrivons la réalisation d’un crible fonctionnel pour identifier les ubiquitines ligases et conjugases qui régulent la dégradation de ERK3. Nos résultats décrivent la mise au point d’un système rapporteur de la stabilité protéique, utilisable dans les études automatisées à haut débit. Parmi les régulateurs identifiés, nos efforts se sont concentré sur l’ubiquitine ligase E6AP, dont nous avons démontré la fonction régulatrice de la stabilité et de l’expression protéique de ERK3. Finalement nous avons démontré que E6AP contrôle l’ubiquitination de ERK3. En conclusion, nos travaux ont permis d’identifier certains régulateurs de la stabilité de ERK3 et d’en caractériser des nouvelles fonctions. De plus, nos études fournissent des pistes d’études pour mieux comprendre les fonctions biologiques de ERK3, qui restent à l’heure actuelle encore peu définies.

Keyphrases: MAP Kinase, ERK3, ubiquitination, stabilité, migration cellulaire, ubiquitine ligase, déubiquitinase, signalisation cellulaire
Le rôle du discours dans la construction de l'ASEAN comme communauté de sécurité

L’établissement formel d’une communauté ASEAN le 31 décembre 2015 marque une étape charnière pour une organisation dont la résilience dans le temps demeure à bien des égards une énigme pour la théorie des Relations internationales. Les approches dominantes peinent à expliquer la position malaisée dans laquelle l’Association des Nations d’Asie du Sud-Est se trouve depuis le tournant du 21e siècle, quelque part entre inertie et changement. Si le débat de longue date sur le statut de l’ASEAN comme « communauté de sécurité » reste pleinement d’actualité, cela n’a pas empêché l’organisation de se saisir de cet objectif tout en adaptant son sens en pratique. L’approche de l’ASEAN combine aujourd’hui trois objectifs : fournir les conditions de la paix entre les États de la région; répondre aux menaces transnationales et non militaires à la sécurité; et contribuer à l’accroissement de la sécurité, du bien-être et de la dignité des populations d’Asie du Sud-Est par le biais d’une communauté « axée sur le peuple » (people-oriented, people-centered). Ainsi, la façon dont l’ASEAN définit son rôle et, a fortiori, son identité comme organisation de sécurité régionale se distingue significativement de la définition conventionnelle d’une communauté de sécurité. La thèse propose d’envisager l’ASEAN comme une « communauté de discours », afin de fournir une explication novatrice à sa résilience au 21e siècle. Elle met en lumière la coexistence d’interprétations divergentes de la sécurité régionale dans le contexte de l’ASEAN, et s’intéresse aux effets de cette polysémie sur l’articulation de l’identité de l’organisation et sa performance comme communauté de sécurité en devenir.

Keyphrases: ASEAN, discours, sécurité, communauté de sécurité, régionalisme, Asie Pacifique
Comment favoriser l’adaptation des rapatriés? Une exploration du rôle des attentes, de la perception du soutien organisationnel et de la proactivité

L’internationalisation des marchés fait désormais partie intégrante de la réalité du monde des affaires, et de plus en plus d’organisations se retrouvent à étendre leurs activités à travers plusieurs pays. Cela est toujours d’actualité aujourd’hui, alors qu’une très grande proportion d’organisations s’attend à voir leurs mandats à l’international augmenter ou à tout le moins demeurer stable (Brookfield, 2015). Alors que nombreuses études se sont penchées sur l’adaptation des expatriés en terre étrangère (Bhaskar-Shrinivas, Harrison, Shaffer, & Luk, 2004), un nombre nettement moins élevé de chercheurs s’est attardé à l’adaptation de ces individus une fois de retour à la maison. Or, il est de plus en plus admis que plusieurs difficultés peuvent être associées à un retour d’un mandat à l’international. Celles-ci sont d’ailleurs parfois plus élevées que les difficultés vécues à l’international (Forster, 2000). Cette thèse tente donc de pallier cette lacune en examinant, tout d’abord, le rôle de deux antécédents de l'adaptation: la perception du soutien organisationnel (PSO) et la proactivité du rapatrié. Le rôle médiateur de la satisfaction des attentes sera également exploré.  Pour ce faire, un total de 125 policiers revenant d’une mission à l’international ont participé à cette étude. En raison d’un nombre considérable de données manquantes pour certaines variables, la méthode d’imputation multiple a été utilisée (m = 5). Deux médiations ont été effectuées afin de tester les hypothèses, et ce, en contrôlant pour le temps écoulé depuis le retour de l’individu.  Premièrement, il y a un lien indirect significatif de la PSO sur l’adaptation qui passe par la satisfaction des attentes (b = 0,25, BCa IC [0,11 – 0,40]). Deuxièmement, il y a également un lien indirect significatif de la proactivité sur l’adaptation qui passe par la satisfaction des attentes (b = 0,16, BCa IC [0,01 – 0,32]). Les résultats semblent donc soutenir les deux hypothèses. En d’autres mots, la PSO et la proactivité amèneraient une augmentation de l’adaptation, et ce, en permettant aux rapatriés de se former des attentes plus réalistes face au rapatriement. Nos résultats suggèrent donc qu’autant l’organisation que l’individu auraient un rôle à jouer dans l’adaptation des rapatriés, quoique l’impact de la proactivité de ces derniers paraisse moindre que celui de la PSO. À la lumière de ces résultats, le dernier chapitre abordera quelques pistes d’explications visant à comprendre l’effet plus petit de la proactivité, en plus de discuter plus en profondeur de l’implication théorique et pratique des résultats. Enfin, les limites et pistes de recherches futures de la thèse seront présentées.

Keyphrases: Mobilité internationale, Rapatriés, Adaptation, Perception de soutien organisationnel, Proactivité, Attentes, Analyses de médiation
Search for heavy gluons from composite Higgs model through vector-like top quark decay topologies with the atlas experiment

La recherche de la production de gluons lourds gKK, de type Kaluza-Klein dans la théorie avec dimensions supplémentaires, qui se désintègre en une paire de SM quark top (t¯t), ou en un VLQ top et un SM quark top (tT ), est présentée dans cette thèse. Cette recherche est basée sur les collisions de proton proton à 8 TeV, enregistrées durant l’année 2012 par le détecteur ATLAS au LHC, au CERN. La luminosité, correspondante à ces énergies de collisions, a été de 20.3 fb^−1. Dans le cas de gKK -> tT , trois types d’analyses ont été effectuées de façon indépendante: VLQ top (T) se désintégrant en un boson W et un quark b (T -> W b), avec un large rapport de branchement, VLQ top se désintégrant en un boson de Higgs composite et un SM quark top (T -> H t), avec un large rapport de branchement, et VLQ top se désintégrant en un boson Z et un SM quark top (T -> Z t). Dans chaque cas, les données, issues des collisions, sont étudiées dans des états finaux avec un lepton et des jets. Ces états sont caractérisés par un electron ou un muon isolé ayant une impulsion transverse large, une énergie transverse manquante et jets. Les spectres de la masse invariante de t¯t et de t¯t+jets, sont ensuite examinés, afin de vérifier un éventuel excès (ou un déficit) inconsistant avec les prédictions du Modèle Standard. Aucune évidence de résonance de paire de quarks top a été observée, et une limite d’échelle de confiance de 95% a été déterminée pour des résonances lourdes prévues par les modèles benchmark. D’une part, une résonance correspondant à un gluon de type Kaluza–Klein (de largeur de 15.3%) prévu par le modèle Randall–Sundrum, qui se désintègre avec un taux d’embranchement de 100% en une paire de SM quarks top a été exclue avec 95% de degré de confiance, jusque pour les masses inférieures à 2.0 TeV. D’autre part, les excitations de gluon de type Kaluza–Klein, dans le modèle composite avec des paramètres de benchmark pour des angles de mélange et une largeur de 10%, de masse 1.0 TeV, qui se désintègrent en un SM quark top, et, un VLQ top de masse 0.6 TeV pour tous les embranchements propres à VLQ top, ont été exclues avec 95% de degré de confiance. Finalement, les excitations de gluon de type Kaluza–Klein, de largeur de 10%, ayant une masse de 2.0 TeV, qui se désintègrent en un SM quark top et un VLQ top de masse 1.4 TeV, avec des scenarios qui respectent BR (T -> Wb) < 0.80, ont été exclues avec 95% de degré de confiance. Les échantillons utilisés lors de cette analyse ont été validés par la collaboration ATLAS, cependant les résultats montrés dans cette thèse n’ont pas été vérifiés par la collaboration ATLAS en vue d’une publication.

Keyphrases: Atlas, LHC, Collisionneur, Résonance, Analyse, Gluon de type Kaluza-Klein, Higgs composite
Automates cellulaires quantiques et relativité déformée

Nous montrons qu’un modèle pour une théorie des champs à base d’automate cellulaire quantique est compatible avec une relativité restreinte déformée. En asso- ciant les lois de la physique à la règle d’évolution de l’automate, nous obtenons une version du principe de relativité où les états évoluant sur la grille de l’automate sont sujets à des transformations de Lorentz modifiées. Nous montrons ensuite que les déformations non-linéaires à l’espace des impulsions et des énergies mèneraient à une relativité de la localité et, dans des condition appropriées, produiraient un renversement de l’effet relativiste de contraction des longueurs. Nous considérons également les simulations de la physique sur calcul quantique d’un point de vue philosophique, demandant si notre monde pourrait faire partie d’une telle simulation et voyant comment des observations provenant de l’extérieur pourraient agir sur la simulation.

Keyphrases: informatique quantique, automate cellulaire, relativité restreinte déformée, univers simulé
Reliable Message Dissemination in Mobile Vehicular Networks

Les réseaux véhiculaires accueillent une multitude d’applications d’info-divertissement et de sécurité. Les applications de sécurité visent à améliorer la sécurité sur les routes (éviter les accidents), tandis que les applications d’info-divertissement visent à améliorer l'expérience des passagers. Les applications de sécurité ont des exigences rigides en termes de délais et de fiabilité ; en effet, la diffusion des messages d’urgence (envoyés par un véhicule/émetteur) devrait être fiable et rapide. Notons que, pour diffuser des informations sur une zone de taille plus grande que celle couverte par la portée de transmission d’un émetteur, il est nécessaire d’utiliser un mécanisme de transmission multi-sauts. De nombreuses approches ont été proposées pour assurer la fiabilité et le délai des dites applications. Toutefois, ces méthodes présentent plusieurs lacunes.  Cette thèse, nous proposons trois contributions. La première contribution aborde la question de la diffusion fiable des messages d’urgence. A cet égard, un nouveau schéma, appelé REMD, a été proposé. Ce schéma utilise la répétition de message pour offrir une fiabilité garantie, à chaque saut, tout en assurant un court délai. REMD calcule un nombre optimal de répétitions en se basant sur l’estimation de la qualité de réception de lien dans plusieurs locations (appelées cellules) à l’intérieur de la zone couverte par la portée de transmission de l’émetteur. REMD suppose que les qualités de réception de lien des cellules adjacentes sont indépendantes. Il sélectionne, également, un nombre de véhicules, appelés relais, qui coopèrent dans le contexte de la répétition du message d’urgence pour assurer la fiabilité en multi-sauts. La deuxième contribution, appelée BCRB, vise à améliorer REMD ; elle suppose que les qualités de réception de lien des cellules adjacentes sont dépendantes ce qui est, généralement, plus réaliste. BCRB utilise les réseaux Bayésiens pour modéliser les dépendances en vue d’estimer la qualité du lien de réception avec une meilleure précision. La troisième contribution, appelée RICS, offre un accès fiable à Internet. RICS propose un modèle d’optimisation, avec une résolution exacte optimale à l'aide d’une technique de réduction de la dimension spatiale, pour le déploiement des passerelles. Chaque passerelle utilise BCRB pour établir une communication fiable avec les véhicules.

Keyphrases: messages d’urgence, Internet des véhicules, fiabilité, diffusion, multi-sauts
L’edizione dell’Abecedario Pittorico di Pellegrino Antonio Orlandi, aggiornata da Pietro Maria Guarienti (1753), una fonte per la storia dell’arte portoghese

Le présent travail se consacre à l’étude et à l’édition annotée des informations historico-artistiques sur le Portugal exposées dans l’Abecedario Pittorico de Pellegrino Antonio Orlandi, réédité par Pietro Guarienti à Venise en 1753. Guarienti réside à Lisbonne entre 1733 et 1741 où il exerce une activité d'expert, de marchand et de restaurateur d’œuvres d’art. Son succès en tant que connaisseur l’amène à entrer en contact avec un vaste public de collectionneurs lui permettant de connaître de nombreuses collections et de se familiariser avec l'art portugais. Quand Guarienti, à la fin de sa carrière, prépare la nouvelle édition élargie de l'Abecedario, un universel dictionnaire encyclopédique d’artistes, il y introduit toutes les informations sur l'art et sur les collections portugaises recueillies durant son séjour. Au Portugal de la première moitié du XVIIIe siècle la littérature spécialisée est pratiquement inexistante et l'Abecedario représente la première publication sur la vie des artistes de ce pays.  Cet ouvrage contient vingt-cinq biographies de maîtres, principalement des peintres exerçant au Portugal à partir du XVe siècle jusqu'aux années trente - quarante du dix-huitième siècle. Guarienti recueille des documents manuscrits ainsi que des informations orales auprès des peintres, des collectionneurs et des érudits en y ajoutant ses notes personnelles issues de l'observation directe des œuvres d'art. Par conséquent, les entrées sur les artistes contiennent non seulement les données biographiques mais également des informations sur les œuvres présentes à Lisbonne à cette période, ainsi que d’intéressantes remarques sur la fortune des maîtres en question. En plus des biographies, l'Abecedario contient également de nombreuses indications sur les collectionneurs. L'auteur, en effet, cite ponctuellement les peintures de toutes les écoles qu’il a pu voir dans les endroits qu’il a visités : le palais royal, les églises et les monastères situés entre Lisbonne, Mafra et Evora ainsi que dans les demeures d’une trentaine de collectionneurs privés. Il s’agit d’un corpus qui n’a pas son égal dans la littérature spécialisé portugaise étant donné que les sources publiées offrant quelques informations sur le collectionnisme d’art au XVIIIe siècle dans le pays sont rares et fragmentaires. Parmi les amateurs d'art mentionnés par l'auteur peu ont été étudiées, d’autres restaient complètement inconnus. Il est à noter de surcroit qu’outre les personnalités appartenant traditionnellement à l’aristocratie, émerge désormais un public plus large de hauts fonctionnaires, commerçants et artistes. Mais surtout, il est apparu un patrimoine extraordinaire formé de peintures de meilleurs maîtres italiens, flamands, néerlandais et ibériques qui jusqu'à présent n'a jamais été étudié.

Keyphrases: littérature artistique, dictionnaire, peinture, collectionnisme, Lisbonne, XVIIIe siècle, Italie, Lisbon, Portugal, Portugal
La poïétique de l'ivresse : discours et pratiques modernes interpellés par l'intoxication créatrice

Cette thèse s’intéresse à la présence opérante, dans plusieurs discours fondateurs du modernisme et dans certaines de ses pratiques, de l’ivresse comme concept, c’est-à-dire comme façon de penser la création artistique, ou comme méthode concrète d’intoxication permettant d’y accéder.  Dans la première partie de la thèse, nous observons comment, au 19e siècle, les spéculations sur les états de conscience modifiés (alcool, opium, haschich, etc.) ont croisé les considérations poïétiques et esthétiques. Pour ce faire, nous mettons en rapport le développement d’un imaginaire de l’ivresse nourri de références à la peinture et des écrits sur la création artistique faisant bon accueil aux dérèglements psychophysiologiques. Afin de problématiser ce rapport de l’art et de l’ivresse qui est pour nous constitutif de l’esprit du modernisme, nous sollicitons les points de vue de quatre auteurs qui ont adopté une perspective physiologique sur l’art : Stendhal, Balzac, Baudelaire et Nietzsche. Notre traitement vise à préciser le développement d’une pensée de l’ivresse spécifique à chacun sans perdre de vue le contexte sociohistorique élargi dans lequel ils ont respectivement évolué. Il nous est ainsi possible de retracer l’émergence de la figure de l’artiste intoxiqué et d’en déterminer les résonances idéologiques.  Dans la seconde partie de la thèse, nous observons les incidences de cette construction sur les pratiques artistiques elles-mêmes au cours du 20e siècle. En premier lieu, nous constatons les défis et les problèmes concrets qu’ont pu poser les états d’intoxication dans l’exercice du métier de peintre. Nous mettons ainsi à jour les raisons qui ont conduit les artistes des premières avant-gardes à tenir l’ivresse à distance. Nous nous intéressons ensuite à des peintres qui, à partir de l’entre-deux-guerres, ont plutôt recherché les états d’ivresse et développé des stratégies pour les exploiter à des fins créatrices : S.I. Witkiewicz, Josef Sima, André Masson, Jackson Pollock et Kazuo Shiraga. Nous remarquons d’abord que ces démarches tendent à se détacher d’un formalisme pictural rigoriste en accordant plutôt une fonction déterminante à l’empathie dans la création et dans la réception de l’œuvre d’art. Nous proposons ensuite de distinguer deux types d’expressions picturales de l’ivresse : l’une qui nécessite encore l’expédient de la figuration, l’autre qui s’appuie sur une mise en mouvement spontanée du corps de l’artiste. Les notions de trace et d’aura théorisées par Walter Benjamin nous permettent de rattacher ces deux façons de pratiquer l’ivresse à des manières d’envisager la création artistique à une époque marquée par le taylorisme ainsi que par les technologies de reproduction de l’image.

Keyphrases: Ivresse, Intoxication, Drogue, Peinture, Poïétique, Esthétique, Empathie, Modernisme, Automatisme, Aura, Modernism