NCube/papyrus huggingface dataset:
The effect of Nystatin on the inner ear : an experimental guinea pig study

Objectifs: Le Nystatin est un antibiotique efficace pour le traitement d’otomycose. Bien que sa sécurité au niveau de l’oreille externe soit bien établie, son utilisation n’est pas recommandée lorsqu’il y a une perforation tympanique. L’objectif de cette étude est d’évaluer le potentiel ototoxique du Nystatin lorsque celui-ci est appliqué directement au niveau de l’oreille moyenne. Méthodes: Nous avons fait une étude expérimentale avec 18 cochons d’Indes de souche Hartley que nous avons divisés en deux groupes. En exposant l’oreille moyenne de chaque animal au Nystatin (groupe I) ou à la néomycine (groupe II) et chaque oreille controlatérale à une solution physiologique (NaCl), la fonction auditive a été évaluée avec un test de potentiels évoqués auditif du tronc cérébral avant et après les injections. Une étude par microscopie électronique a permis une comparaison histologique de l’état des cellules ciliées cochléaires entre les 2 groupes. Résultats: Les pertes auditives moyennes du groupe « Nystatin » étaient de 13.0 dB et comparables aux pertes moyennes observées dans les oreilles ayant été injectées avec du NaCl (4.0 dB dans le groupe I et 15.1 dB dans le groupe II). Le groupe de contrôle « néomycine » a subi une perte auditive moyenne de 39.3 dB, ce qui représente une différence cliniquement et statistiquement significative (p<0.001). L’étude histologique avec une microscopie à balayage électronique a démontré une conservation de l’architecture des cellules ciliées cochléaires dans les groupe Nystatin et NaCl. La néomycine a causé une destruction marquée de ces structures. Conclusions: Le Nystatin ne provoque pas d’atteinte auditive ni de destruction des cellules ciliées externes après injection directe dans l’oreille moyenne chez le cochon d’Inde.

Keyphrases: otomycose, Nystatin, ototoxicité, cellules ciliées, oreille moyenne, Nystatin
Tarification logit dans un réseau

Le problème de tarification qui nous intéresse ici consiste à maximiser le revenu généré par les usagers  d'un  réseau de transport. Pour se rendre à leurs destinations,  les usagers font un choix de route et utilisent  des arcs sur lesquels nous imposons des tarifs. Chaque route est caractérisée (aux yeux de l'usager) par sa "désutilité", une mesure de longueur généralisée tenant compte à la fois des tarifs et des autres coûts associés à son utilisation. Ce problème   a surtout été abordé  sous une modélisation déterministe de la demande selon laquelle seules des routes de désutilité minimale  se voient attribuer une mesure positive de flot. Le modèle déterministe  se prête bien à une résolution globale, mais pèche par manque de réalisme. Nous considérons ici une extension probabiliste de ce modèle, selon laquelle  les usagers d'un réseau sont alloués aux routes d'après un modèle de choix discret logit. Bien que le problème de tarification qui en résulte  est non linéaire et non convexe, il conserve néanmoins une forte composante combinatoire que nous exploitons à des fins algorithmiques.  Notre contribution se répartit en trois articles. Dans le premier, nous abordons le problème d'un point de vue  théorique pour le cas avec une paire origine-destination. Nous développons une analyse de premier ordre qui exploite les propriétés analytiques  de l'affectation logit et   démontrons la validité de règles de simplification de la topologie du réseau qui permettent de  réduire  la dimension du problème sans en modifier la solution. Nous   établissons ensuite l'unimodalité du problème  pour une vaste gamme de topologies et nous généralisons  certains de nos résultats au problème de la  tarification d'une ligne de produits.   Dans le deuxième article,  nous abordons le problème d'un point de vue  numérique pour le cas avec plusieurs paires origine-destination. Nous  développons des algorithmes qui exploitent  l'information locale et la parenté des formulations probabilistes et déterministes. Un des résultats de notre analyse est l'obtention de bornes  sur  l'erreur  commise par les modèles  combinatoires dans l'approximation du revenu logit. Nos essais numériques montrent qu'une approximation combinatoire rudimentaire permet  souvent d'identifier des solutions quasi-optimales.  Dans le troisième article, nous considérons l'extension du problème à une demande hétérogène. L'affectation de la demande y est donnée par un modèle de choix discret logit mixte  où la sensibilité au prix d'un usager est  aléatoire. Sous cette modélisation, l'expression du revenu n'est pas analytique et ne peut être évaluée de façon exacte. Cependant, nous démontrons  que l'utilisation  d'approximations non linéaires et combinatoires permet d'identifier des solutions quasi-optimales. Finalement, nous en profitons  pour illustrer la richesse du modèle, par le biais d'une interprétation économique, et examinons  plus particulièrement la contribution au revenu des différents groupes d'usagers.

Keyphrases: conception de réseau, modèles de choix discrets, programmation bi-niveau, optimisation combinatoire, optimisation non linéaire, logit
Développement de nouveaux outils de contrôle conformationnel utilisant des interactions  non-covalentes pour effectuer des macrocyclisations

Les macrocycles ont longtemps attiré l'attention des chimistes. Malgré cet intérêt, peu de méthodes générales et efficaces pour la construction de macrocycles ont été développés. Récemment, notre groupe a développé un programme de recherche visant à développer de nouvelles voies vers la synthèse de paracyclophanes et ce mémoire présente l pluspart des efforts les plus récents dans ce domaine. Traditionnellement, la synthèse de paracyclophanes rigides est facilitée par l'installation d'un groupe fonctionnel capable de contrôler la structure de la molécule en solution (ex un élément de contrôle de conformation (ECC)). Cependant, cette approche utilisant des auxiliaires exige que le ECC soit facilement installé avant macrocyclisation et facilement enlevé après la cyclisation. Le présent mémoire décrit une méthode alternative pour guider la macrocyclisations difficile à travers l'utilisation d'additifs comme ECC. Les additifs sont des hétérocycles aromatiques N-alkylé qui sont bon marché, faciles à préparer et peuvent être facilement ajoutés à un mélange de réaction et enlevés suite à la macrocyclisation par simple précipitation et de filtration. En outre, les ECCs sont recyclables. L'utilisation du nouveau ECC est démontré dans la synthèse des para-et métacyclophanes en utilisant soit la métathèse de fermeture de cycle (RCM) ou couplage de Glaser-Hay.

Keyphrases: Paracyclophanes, Glaser-Hay, Métathèse d’oléfine par fermeture de cycle, Éléments directeurs chiraux, Macrocycles
La chasse aux trésors subaquatiques : portrait d'une industrie marginale à l'ère de l'internet

En marge des recherches archéologiques traditionnelles, nous retrouvons aujourd’hui des compagnies privées qui contractent des accords et obtiennent des permis leur donnant le droit de prélever des objets à des fins lucratives sur les vestiges archéologiques submergés. Ces pratiques commerciales causent une controverse vive et enflammée au sein du monde archéologique. Le principal point de litiges concerne la mise en vente des objets extraits lors de fouille. La mise en marché du patrimoine archéologique éveille les fibres protectionnistes. Cela incite certains organismes à poser des gestes pour la protection du patrimoine. C’est le cas pour l’UNESCO qui fait la promotion depuis 2001 d’une Convention pour la protection du patrimoine submergé. Malgré tous les arguments à l’encontre des compagnies de « chasse aux trésors », cette Convention est loin de faire l’unanimité des gouvernements à travers le monde, qui ne semblent pas prêts à rendre ces pratiques illégales.  Les méthodes utilisées par ces compagnies semblent aussi représenter un point de friction avec les archéologues. Toutefois, la connaissance de leurs pratiques sur le terrain semble très incomplète. De plus, contrairement à une certaine idée préconçue, ces compagnies ne sont pas des « pilleurs de tombes » œuvrant sous le couvert de l’anonymat, mais bien des compagnies dûment enregistrées, œuvrant en toute légalité et passant même des contrats avec les gouvernements.   Ce mémoire a donc pour objectif de mettre en lumière les actions réelles des compagnies de chasse aux trésors subaquatiques en regardant leurs méthodes et leur fonctionnement, tels qu’on les voit dans les 10 dernières années. Pour mieux conceptualiser les pratiques de ces compagnies, nous nous interrogerons sur le rapport entre légalité et éthique et, plus précisément, sur l’éthique commerciale et archéologique.

Keyphrases: Archeologie subaquatique, Ethique, Patrimoine, Sauvetage maritime
Génération de lignées de poissons zébrés exprimant le gène muté TARDBP

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative due à une dégénérescence des motoneurones. Plus de 40 mutations du gène TARDBP ont été identifiées chez des patients SLA. Les défauts biochimiques de ces mutations étant encore inconnus, les modèles animaux sont présentement la seule mesure possible d’un phénotype. Pour étudier les conséquences physiopathologiques d’une de ces mutations, nous avons développé deux lignées transgéniques de poisson zébré, exprimant le gène humain TARDBP soit de type sauvage, soit avec la mutation G348C liée à la SLA, sous le contrôle d’un promoteur de choc thermique. Ces lignées ont été étudiées sur trois générations, après avoir établi un protocole de choc thermique induisant une expression ubiquitaire du transgène. Les embryons transgéniques de la génération F2 de la lignée exprimant la mutation développent un phénotype moteur suite à un choc thermique de 38.5°C pendant 30 minutes lorsque les embryons sont à 18 heures post-fertilisation. 60% des embryons ont une réponse anormale au toucher. De plus, une réduction de 28% de la longueur de pré-branchement des axones des motoneurones est observée. Ces résultats indiquent que notre lignée exprimant la protéine mutante TDP-43 est un modèle génétique de la SLA prometteur, qui ouvre des perspectives pour la compréhension de la physiopathologie de la maladie et la découverte de molécules thérapeutiques.

Keyphrases: Sclérose latérale amyotrophique, SLA, TARDBP, TDP-43, Poisson zébré, Motoneurone, Motoneuron
Simulations numériques de la dynamique des protéines : translation de ligands, flexibilité et dynamique des boucles

La flexibilité est une caractéristique intrinsèque des protéines qui doivent, dès le mo- ment de leur synthèse, passer d’un état de chaîne linéaire à un état de structure tridimen- sionnelle repliée et enzymatiquement active. Certaines protéines restent flexibles une fois repliées et subissent des changements de conformation de grande amplitude lors de leur cycle enzymatique. D’autres contiennent des segments si flexibles que leur structure ne peut être résolue par des méthodes expérimentales. Dans cette thèse, nous présentons notre application de méthodes in silico d’analyse de la flexibilité des protéines : • À l’aide des méthodes de dynamique moléculaire dirigée et d’échantillonnage pa- rapluie, nous avons caractérisé les trajectoires de liaison de l’inhibiteur Z-pro- prolinal à la protéine Prolyl oligopeptidase et identifié la trajectoire la plus pro- bable. Nos simulations ont aussi identifié un mode probable de recrutement des ligands utilisant une boucle flexible de 19 acides aminés à l’interface des deux domaines de la protéine. • En utilisant les méthodes de dynamique moléculaire traditionnelle et dirigée, nous avons examiné la stabilité de la protéine SAV1866 dans sa forme fermée insérée dans une membrane lipidique et étudié un des modes d’ouverture possibles par la séparation de ses domaines liant le nucléotide. • Nous avons adapté auproblème de la prédiction de la structure des longues boucles flexibles la méthode d’activation et de relaxation ART-nouveau précédemment uti- lisée dans l’étude du repliement et de l’agrégation de protéines. Appliqué au replie- ment de boucles de 8 à 20 acides aminés, la méthode démontre une dépendance quadratique du temps d’exécution sur la longueur des boucles, rendant possible l’étude de boucles encore plus longues.

Keyphrases: Dynamique moléculaire, Échantillonnage parapluie, SAV1866, SAV186, Prolyl oligopeptidase, Prédiction de structure de boucle
L’intégration de modalités sensorielles : l’influence de l’olfaction sur la vision

La plupart des études sur la perception isolent une modalité sensorielle pour mieux l’étudier et la comprendre. Malheureusement, aucun de nos sens ne représente la seule source d’information, car une intégration sensorielle se fait en tout moment lors de la perception de l’environnement. L’information d’un sens est donc plutôt en accord ou en conflit avec l’apport d’information des autres sens. Le but de la présente étude était d’investiguer, par IRMf, les activations cérébrales d’une intégration visuelle et olfactive lorsque ces deux perceptions sont congruentes. Pour ce faire, une image et/ou une odeur étaient présentées au sujet et ce dernier devait identifier si le stimulus perçu était congruent. Ce protocole permettait d’observer les activations cérébrales lors de l’analyse d’un stimulus et la prise de décision selon la congruité du stimulus présenté. La condition de congruence vision-odeur activa les zones visuelles et olfactives plus fortement que lors des conditions contrôle (image seule, odeur seule). Ces résultats illustrent une potentialisation des aires visuelles et olfactives par une intégration d’information congruente venant de ces deux modalités. Par conséquent, l’intégration d’un stimulus visuel et odorant congruent semble rehausser la perception du stimulus.

Keyphrases: Vision, Intégration sensorielle, IRMf, Congruence
Of tradition and conversion : a comparative study of two Phuo griottes

Cette recherche apporte deux contributions importantes à l’étude ethnomusicologique: l’étude de portrait ainsi que l’analyse comparative de la vie et de la musique d’une griotte traditionnelle et d’une griotte convertie au Christianisme au sein de la société Phuo au Burkina Faso.  Cette étude comparative fait l’illustration de l’adaptation d’un répertoire rencontrée dans d’autres contextes musico-culturels.  Cela comprend non seulement une exploration de la vie et de la musique de la tradition féminine phuo, mais aussi la compréhension du phénomène d’adaptation de la fonction de griotte, ou le rôle de Phuo ‘ƴuo,’ au milieu de l’église Chrétienne évangélique.  Nous présentons aussi une brève analyse des deux répertoires ainsi qu’un regard sur les éléments esthétiques et symboliques au cœur des pratiques vocales individuelles.

Keyphrases: Griotte, Burkina Faso, Tradition, Fonction, Répertoire, Esthétique, Symbolique
Les oscillations torsionnelles dans la zone de convection solaire

Nous analysons les oscillations torsionnelles se développant dans une simulation magnétohydrodynamique de la zone de convection solaire produisant des champs magnétiques de type solaire (champs axisymétriques subissant des inversions de polarités régulières sur des échelles temporelles décadaires). Puisque ces oscillations sont également similaires à celles observées dans le Soleil, nous analysons les dynamiques zonales aux grandes échelles. Nous séparons donc les termes aux grandes échelles (force de Coriolis exercée sur la circulation méridienne et les champs magnétiques aux grandes échelles) de ceux aux petites échelles (les stress de Reynolds et de Maxwell). En comparant les flux de moments cinétiques entre chacune des composantes, nous nous apercevons que les oscillations torsionnelles sont maintenues par l’écoulement méridien aux grandes échelles, lui même modulé par les champs magnétiques. Une analyse d’échange d’énergie confirme ce résultat, puisqu’elle montre que seul le terme comprenant la force de Coriolis injecte de l’énergie dans l’écoulement. Une analyse de la dynamique rotationnelle ayant lieu à la limite de la zone stable et de la zone de convection démontre que celle-ci est fortement modifiée lors du passage de la base des couches convectives à la base de la fine tachocline s’y formant juste en-dessous. Nous concluons par une discussion au niveau du mécanisme de saturation en amplitude dans la dynamo s’opérant dans la simulation ainsi que de la possibilité d’utiliser les oscillations torsionnelles comme précurseurs aux cycles solaires à venir.

Keyphrases: Zone de convection, Magnétohydrodynamique, Oscillations : solaires, Oscillations : solar
Hospitalisation pour problèmes respiratoires et exposition aux émissions d’une aluminerie chez l’enfant

L’exposition quotidienne aux polluants atmosphériques tels que le dioxyde de soufre, les particules fines (PM2.5) et l’ozone en milieu urbain sont associés à des effets néfastes sur la santé respiratoire des enfants.   Des études épidémiologiques transversales rapportent des associations entre la pollution atmosphérique et des problèmes de santé respiratoires chez les enfants en milieu industriel telles que la prévalence de l’asthme et de l'hyperréactivité bronchique. Ces études épidémiologiques transversales ne permettent pas d’évaluer les effets sur la santé d’une exposition de courte durée. Peu d’études ont évalué les effets respiratoires des expositions aiguës chez les enfants à la pollution atmosphérique d’émissions industrielles. Dans ce mémoire, nous avons analysé l’association entre l’exposition journalière aux émissions d’une aluminerie et l’hospitalisation pour problèmes respiratoires (asthme, bronchiolite) chez les enfants de Shawinigan. Pour étudier ces effets des expositions aiguës, nous avons utilisé le devis épidémiologique de type « case-crossover » qui compare l’exposition lors des jours  « cas » (jour d’hospitalisation) avec l’exposition lors des jours «  contrôle » (exposition du même individu, les mêmes jours de la semaine, durant le même mois).  Les variables d’exposition suivantes ont été calculées pour les enfants vivants dans un rayon de 7.5 km de l’industrie et pour ceux habitant à moins de 2.5 km de la station de mesure de polluants près de l’industrie : i) le nombre d’heures par jour durant lesquelles la résidence de chaque enfant recevait le panache de fumée de l’industrie. ii) les concentrations journalières de PM2.5 et de SO2 (moyenne et maximales) de la station de mesure des polluants localisée près de l’industrie. Des régressions logistiques conditionnelles ont été utilisées pour estimer les rapports de cotes (OR) et leurs intervalles de confiance à 95% (IC95%).  Au total, 429 hospitalisations d’enfants pour asthme et bronchiolite ont été recensées pendant la période d’étude allant de 1999 à 2008. Le risque d’hospitalisations pour asthme et bronchiolite a augmenté avec l’augmentation du nombre d’heures d’exposition aux fumées de l’industrie, chez les enfants de moins de 5 ans. Pour les enfants de 2-4 ans, cette association était : OR : 1.27, pour un interquartile de 4.8 heures/jour; intervalle de confiance à 95%: 1.03-1.56. Des tendances moins prononcées sont notées avec les niveaux de SO2 et de PM2.5.  Cette étude suggère que l’exposition journalière aux émissions industrielles identifiées par l’exposition horaire des vents venant de l’usine pourrait être associée à une exacerbation des problèmes respiratoires chez les jeunes enfants. De plus, l’effet plus prononcé avec la variable d’exposition basée sur les vents suggère un effet découlant des polluants autres que ceux mesurés (SO2 et PM2.5), possiblement comme les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP).

Keyphrases: épidémiologie, exposition court terme, environnement industriel, enfants, problème respiratoire, asthme
La programmation télévisée au Québec et l’auditoire des 12-17 ans : analyse comparative de l’offre et de la consommation

Ce mémoire consiste en une analyse des stratégies de l’offre et de la demande de l’industrie québécoise de la production télévisuelle francophone pour la jeunesse et plus précisément, pour l’auditoire des 12-17 ans. Cette industrie tendrait à investir davantage dans l’importation que dans la production d’émissions pour cet auditoire, dû à la faible écoute de ses productions par leur auditoire cible. Afin de mieux saisir les enjeux politiques, économiques et sociaux qui entourent l’industrie de la production télévisuelle pour la jeunesse, nous proposons d’explorer et de comparer l’offre télévisuelle destinée aux 12-17 ans et leur consommation télévisuelle. Cette analyse quantitative et statistique de l’offre et de la consommation se fait en trois étapes : (i) l’analyse de la structure de réception (émissions à succès, écoute des filles et des garçons, temps passé à l’écoute), (ii) l’analyse de la structure de programmation (mode de diffusion, genres télévisuels, origine des émissions, thématiques des émissions), et (iii) l’analyse de la structure thématique (thématiques associées aux épisodes et des personnages). De ces analyses, divers constats apparaissent. Tout d’abord, les jeunes consomment ce que les télédiffuseurs diffusent à leur intention, malgré l’accès limité à cette offre. De plus, plusieurs tactiques semblent être mises en œuvre afin de rentabiliser la diffusion de ces émissions, principalement la rediffusion. Finalement, ces émissions destinées aux adolescents se distinguent de celles offertes au grand public, non seulement par le public qu’elles tentent de rejoindre, mais aussi par les thématiques qu’elles abordent et la manière dont elles les abordent.

Keyphrases: Adolescent, Télévision, Offre et demande, Consommation jeunesse, Programmation jeunesse, Économie de la culture, Études culturelles, Analyse quantitative du contenu
Application du concept des transactions pour la modélisation et la simulation multicoeur des systèmes sur puce

Avec la complexité croissante des systèmes sur puce, de nouveaux défis ne cessent d’émerger dans la conception de ces systèmes en matière de vérification formelle et de synthèse de haut niveau. Plusieurs travaux autour de SystemC, considéré comme la norme pour la conception au niveau système, sont en cours afin de relever ces nouveaux défis. Cependant, à cause du modèle de concurrence complexe de SystemC, relever ces défis reste toujours une tâche difficile. Ainsi, nous pensons qu’il est primordial de partir sur de meilleures bases en utilisant un modèle de concurrence plus efficace. Par conséquent, dans cette thèse, nous étudions une méthodologie de conception qui offre une meilleure abstraction pour modéliser des composants parallèles en se basant sur le concept de transaction. Nous montrons comment, grâce au raisonnement simple que procure le concept de transaction, il devient plus facile d’appliquer la vérification formelle, le raffinement incrémental et la synthèse de haut niveau. Dans le but d’évaluer l’efficacité de cette méthodologie, nous avons fixé l’objectif d’optimiser la vitesse de simulation d’un modèle transactionnel en profitant d’une machine multicoeur. Nous présentons ainsi l’environnement de modélisation et de simulation parallèle que nous avons développé. Nous étudions différentes stratégies d’ordonnancement en matière de parallélisme et de surcoût de synchronisation. Une expérimentation faite sur un modèle du transmetteur Wi-Fi 802.11a a permis d’atteindre une accélération d’environ 1.8 en utilisant deux threads. Avec 8 threads, bien que la charge de travail des différentes transactions n’était pas importante, nous avons pu atteindre une accélération d’environ 4.6, ce qui est un résultat très prometteur.

Keyphrases: Modélisation, Simulation parallèle, Transactions