NCube/papyrus huggingface dataset:
Caractérisation du rôle et des mécanismes d’action des gènes Hoxa dans l’hématopoïèse adulte

Chez les humains, un large pourcentage de leucémies myéloïdes et lymphoïdes exprime des gènes Homéobox (Hox) de façon aberrante, principalement ceux du groupe des gènes Hoxa. Cette dérégulation de l’expression des gènes Hox peut provenir directement des translocations impliquant des gènes Hox ou indirectement par d’autres protéines ayant un potentiel oncogénique. De plus, plusieurs études indiquent que les gènes Hox jouent un rôle essentiel dans l'initiation de diverses leucémies. Comprendre le fonctionnement des gènes Hox dans l'hématopoïèse normale est donc une condition préalable pour élucider leurs fonctions dans les leucémies, ce qui pourrait éventuellement conduire à l’élaboration de nouveaux traitements contre cette maladie. Plusieurs études ont tenté d’élucider les rôles exacts des gènes Hox dans l'hématopoïèse via l’utilisation de souris mutantes pour un seul gène Hox. Or, en raison du phénomène de redondance fonctionnelle chez cette famille de gènes, ces études ont été peu concluantes. Il a été précédemment démontré que dans une population de cellules enrichies en cellules souches hématopoïétiques (CSH), les gènes du cluster Hoxa sont plus exprimés que les gènes Hox des autres clusters. Aussi, il a été établi que les gènes du cluster Hoxb sont non essentiels à l’hématopoïèse définitive puisque les CSH mutantes pour les gènes Hoxb1-9 conservent leur potentiel de reconstitution à long terme. En nous basant sur ces données, nous avons émis l'hypothèse suivante : les gènes Hoxa sont essentiels pour l'hématopoïèse normale adulte. Pour tester notre hypothèse, nous avons choisi d’utiliser un modèle de souris comportant une délétion pour l’ensemble des gènes Hoxa.  Dans le cadre de cette recherche, nous avons démontré que les CSH, les progéniteurs primitifs et les progéniteurs des cellules B sont particulièrement sensibles au niveau d'expression des gènes Hoxa. Plus particulièrement, une baisse de la survie et une différenciation prématurée semblent être à l’origine de la perte des CSH Hoxa-/- dans la moelle osseuse. L’analyse du profil transcriptionnel des CSH par séquençage de l'ARN a révélé que les gènes Hoxa sont capables de réguler un vaste réseau de gènes impliqués dans divers processus biologiques. En effet, les gènes Hoxa régulent l’expression de plusieurs gènes codant pour des récepteurs de cytokine. De plus, les gènes Hoxa influencent l’expression de gènes jouant une fonction dans l’architecture de la niche hématopoïétique. L’expression de plusieurs molécules d’adhésion est aussi modulée par les gènes Hoxa, ce qui peut affecter la relation des CSH avec la niche hématopoïétique. L’ensemble de ces résultats démontre que les gènes Hoxa sont d'importants régulateurs de l'hématopoïèse adulte puisqu’ils sont nécessaires au maintien des CSH et des progéniteurs grâce à leurs effets sur plusieurs processus biologiques comme l'apoptose, le cycle cellulaire et les interactions avec la niche.

Keyphrases: gènes Hox, hématopoïèse, cellules souches hématopoïétiques, facteurs de transcription
Évaluation clinique et biomécanique de deux différents types d’arthroplastie totale de genou

Différents dessins d’implants de prothèse totale de genou (PTG) sont utilisés en pratique clinique et chacun présente des caractéristiques biomécaniques spécifiques. Aucun implant n’a réussi à ce jour à reproduire parfaitement la biomécanique du genou naturel. Les objectifs de cette étude sont de comparer les résultats cliniques et biomécaniques tridimensionnels (3D) de deux types de PTG chez le même patient, puis de comparer la cinématique des PTG à celle d’un groupe de genoux asymptomatiques. Une cohorte de quinze patients avec un implant traditionnel dans un genou et un implant de nouvelle génération permettant un pivot dans le genou contralatéral a été étudiée. Le groupe contrôle était composé de trente-cinq genoux asymptomatiques. L’analyse de la cinématique 3D a été réalisée avec l’outil KneeKG (Emovi Inc. Canada) lors de la marche sur tapis roulant. L’évaluation clinique comprenait l’amplitude de mouvement ainsi que les questionnaires de perception articulaire, KOOS, Womac et SF-12. La comparaison de la cinématique des deux types de PTG a démontré quelques différences statistiquement significatives dans les plans sagittal et frontal alors que la comparaison des PTG et des genoux asymptomatiques a révélé plusieurs différences significatives dans les trois plans. Les scores cliniques des deux PTG ne comportaient pas de différence significative. Dans notre cohorte de patients, le design de l’implant a eu peu d’influence sur les résultats biomécaniques et cliniques. Les PTG n’ont pas reproduit une cinématique normale de genou. Beaucoup de travail et de recherche dans le développement de nouveaux implants sont encore nécessaires afin d’améliorer les résultats cliniques et de mieux reproduire la cinématique du genou naturel.

Keyphrases: prothèse totale de genou, cinématique, KneeKG, analyse de marche, biomécanique, KneeKG
Élaboration de critères de design pour un outil de communication médecin-patient

Le système de santé d'aujourd'hui fait appel à de nombreuses technologies de l'information nommées TIS (Technologies de l’Information en Santé). Celles-ci ont donné naissance à de nouvelles formes d’interaction médecin-patient et ont complexifié l'approche thérapeutique dite « centrée sur le patient ». Les TIS promettent une plus grande efficacité et l’augmentation de la satisfaction des patients  par le biais d’une meilleure compréhension de la maladie pour le patient. Or, elles peuvent également devenir des sources de conflit pour le professionnel de la santé, étant donné leur utilisation en dehors des rencontres cliniques ainsi que leur tendance à agir comme des barrières communicationnelles lors des consultations. Cette recherche vise a étudier les critères de design nécessaires à la conception d’un TIS pouvant améliorer la relation médecin-patient et donc, faciliter la communication et améliorer l’alliance thérapeutique. L’étude utilise une approche centrée sur l’utilisateur et vise donc à comprendre les besoins et les attentes des médecins et des patients.   En étudiant les nouvelles approches  en santé et les TIS, il a été possible de comprendre le contexte et les besoins des utilisateurs en terme de communication. Ces derniers sont primordiaux au processus dit centré sur l’utilisateur. Le faible taux de rétention du discours du médecin devient une barrière communicationnelle importante, tout comme le temps pressurisé. La recherche nous montre que l’ajout d’un outil virtuel de vulgarisation peut, à l’aide de média visuels (tel que des modélisations, des animations 3D et des dessins), grandement aider la relation médecin-patient.

Keyphrases: TIS, approche centrée sur l’utilisateur, relation médecin-patient, communication médecin-patient
Coordonner les transports et l'urbanisme dans un contexte urbain concret : le TOD comme instrument d'action publique, le cas de Sainte-Therese, QC

Le concept de transit-oriented development (TOD) est habituellement abordé en tant qu'ensemble fixe de caractéristiques physico-spatiales. Cette approche ne s'avere pas suffisante pour comprendre comment le TOD peut être pertinent pour coordonner les transports et l'urbanisme dans un contexte urbain concret. Afin de combler cette lacune, nous proposons d'étudier le TOD en tant qu'instrument d'action publique, adopté, produit et utilisé par les acteurs sur le territoire en fonction des enjeux, des ressources et des contraintes qui y sont présents. Ce travail exploratoire est fondé sur une étude de cas de la mise en place du TOD a Sainte-Thérese. Pour comprendre comment se sont arrimés les intérêts des acteurs impliqués et ce qui en a résulté, la collecte de données se fait a l'aide de sources écrites, mais aussi d’entretiens semi-directifs avec les acteurs clé. Les résultats de l'étude confirment la pertinence de l'approche adoptée pour aborder le TOD. Le TOD comme instrument d'action publique peut être qualifié d'opérateur de congruence, car il permet de faire converger les intérêts différents, et même potentiellement contradictoires, qui sont en jeu sur le territoire. Cependant, il n'y a pas de formule passe-partout: la production du TOD se fait en grande partie de façon incrémentale, en fonction des conditions sur le territoire. La mise en place du TOD n'exige pas nécessairement l'invention d'un nouveau cadre d'action et peut se faire en grande partie a l'aide des outils existants. Toutefois, pour pouvoir se servir pleinement de ces outils, le leadership des acteurs clé s'avere crucial.

Keyphrases: TOD, Transit-oriented development, Instrument d'action publique, Territorialisation, Sainte-Thérèse, Région métropolitaine de Montréal
Fiabilité et changement minimal détectable de mesures obtenues à partir d'images enregistrées par ultrasonographie afin de caractériser l'intégrité du tendon d'Achille

Problématique : La quantification de l’intégrité du tendon d’Achille (TA) représente un défi en réadaptation. L’adoption de mesures quantitatives du TA, extraites à partir d’une image ultrasonographique (QUS), pourrait remédier à cette lacune. Objectifs : 1) Évaluer la fiabilité test-retest et la précision de mesures QUS du TA; 2) Déterminer le meilleur protocole de collecte de mesures QUS à employer en pratique clinique. Méthodologie : Un total de 23 TAs présentant des symptômes d’une tendinopathie achilléenne et 63 TAs asymptomatiques ont été évalués. Pour chaque TA, 8 images ont été enregistrées (2 visites * 2 évaluatrices * 2 images). Différents types de mesures QUS ont été prises : géométriques (épaisseur, largeur, aire), dérivées d’un histogramme des niveaux de gris et dérivées d’une matrice de co-occurrence. Une étude de généralisabilité a quantifié la fiabilité et la précision de chaque mesure QUS et une étude de décision a fait ressortir les meilleurs protocoles de prise de mesures. Résultats : Les mesures géométriques ont démontré une excellente fiabilité et précision. Les mesures dérivées de l’histogramme des niveaux de gris ont démontré une fiabilité et précision médiocres. Les mesures dérivées d’une matrice de co-occurrence ont démontré une fiabilité modérée à excellente et une précision variable. En pratique clinique, il est recommandé de moyenner les résultats de trois images collectées par un évaluateur lors d’une visite. Conclusion : L’utilisation des mesures QUS géométriques permet de quantifier l’intégrité du TA (clinique et recherche). Davantage d’études sur les mesures QUS dérivées d’une matrice de co-occurrence s’avèrent nécessaires.

Keyphrases: Échographie, Fiabilité, Musculo-squelettique, Physiothérapie, Précision, Réadaptation, Tendinopathie, Tendon d'Achille, Ultrasonographie, Quantitative
Age-related eye disease and cognitive function

Objectif: Évaluer la relation entre la fonction cognitive chez les personnes âgées atteintes de dégénérescence maculaire reliée à l’âge (DMLA), de glaucome ou de dystrophie cornéenne de Fuchs et les comparer avec les personnes âgées n’ayant pas de maladie oculaire. Devis: Étude transversale de population hospitalière. Participants: 420 participants (113 avec la DMLA, 66 avec la dystrophie cornéenne de Fuchs, 130 avec le glaucome et 111 témoins). Méthodes: Nous avons recruté les patients à partir de la clinique d’ophtalmologie de l’Hôpital Maisonneuve-Rosemont (Montréal, Canada) de septembre 2009 à septembre 2013. Les patients atteints de la DMLA ou de la maladie de Fuchs ont une acuité visuelle inférieure à 20/40 dans les deux yeux, tandis que les patients avec du glaucome ont un champ visuel dans le pire œil inférieur ou égal à -4dB. Les patients contrôles, qui ont été recrutés à partir des mêmes cliniques, ont une acuité visuelle et un champ visuel normaux. Nous avons colligé des données concernant la fonction cognitive à partir du test Mini-Mental State Exam (MMSE)-version aveugle. Pour mesurer la fonction visuelle, nous avons mesuré l’acuité visuelle, la sensibilité au contraste et le champ visuel. Nous avons également révisé le dossier médical. Pour les analyses statistiques, nous avons utilisé la régression linéaire. Critère de jugement principal: MMSE-version aveugle. Résultats: Les trois maladies oculaires ont été associées à une limitation de la cognition. Le score de MMSE-version aveugle se situe de 0.7 à 0.8 unités plus basses par rapport au groupe contrôle. Comparativement aux contrôles, les patients avec maladies oculaires ont eu un score moyen diminué (P < 0.05). Le niveau d’éducation élevé est associé à une meilleure cognition (P < 0.001). Conclusions: Nos résultats suggèrent que les maladies oculaires sont associées à une diminution de la fonction cognitive chez les personnes âgées. De futures études sont nécessaires pour évaluer l’impact des maladies oculaires sur le déclin cognitif chez cette population pour pouvoir envisager des interventions ciblées qui pourraient les aider à maintenir leur indépendance le plus longtemps possible.

Keyphrases: Maladie oculaire, Cognition, Vieillissement
Effets électrophysiologiques d’une thérapie cognitivo-comportementale pour traiter le syndrome de Gilles de la Tourette et le trouble de tics chroniques

Les troubles des tics, comme le syndrome de Gilles de la Tourette et le trouble de tics chroniques, sont des conditions neuropsychiatriques impliquant des tics moteurs et/ou phoniques. En plus de nombreuses comorbidités, les patients qui en sont atteints ont aussi des difficultés neuropsychologiques, notamment au niveau de l’inhibition et des fonctions motrices. La thérapie cognitivo-comportementale permet d’améliorer les tics et la condition générale de ces patients. Nous avons donc enregistré, durant une tâche de compatibilité stimulus-réponse, les potentiels évoqués cognitifs et les potentiels de latéralisation motrice (lateralized readiness potential; LRP) chez 20 patients atteints de trouble des tic avant et après une thérapie cognitivo-comportementale, et chez 20 participants contrôles. Chez les patients atteints de trouble des tics, nos résultats ont révélé une apparition plus tardive de l’amorce du LRP moyenné par rapport au stimulus, une amplitude plus élevée du LRP moyenné par rapport à la réponse, et une suractivation frontale liée aux processus d’inhibition. Suite à la thérapie, le retard au niveau de la latence de l’amorce du LRP moyenné par rapport à la réponse est comblé et l’amplitude du LRP moyenné par rapport à la réponse est normalisée, mais pas la suractivation frontale liée à l’inhibition. Cela suggère donc que la thérapie induit une modification des processus prémoteurs de sélection et de préparation de la réponse, ainsi que des processus d’exécution motrice, mais n’altère pas la suractivation frontale reliée aux fonctions inhibitrices. Étant donnés ces résultats, nous suggérons que la thérapie cognitivo-comportementale induit une modification du fonctionnement des aires motrices du cerveau.

Keyphrases: Syndrome de Gilles de la Tourette, Tics, Potentiels évoqués cognitifs, Potentiels de latéralisation motrice, Électrophysiologie, Thérapie cognitivo-comportementale, Tics
De l’anthropos : se savoir humain, entre foi et savoir

Le phénomène de laïcisation, qui, dans nos sociétés occidentales, cherche à s’affranchir du sacré, a contribué à l’émergence d’une figuration de l’humain au centre de l’univers. Malgré ce progrès, perdurent aujourd’hui, sur le terrain même de la laïcité, des traces du sacré qui induisent des tensions entre foi et savoir. Deux universaux, qui légitimement s’attirent et se repoussent, interrogent plus fondamentalement l’humain, allant jusqu’à remettre en question l’élaboration ontologique dont il a fait l’objet. Un constat qui pose le diagnostic de sa propre fin. En effet, la question de l’anthropos persiste malgré tout à s’articuler à l’intérieur de la tradition de la religion. Si la modernité, notamment amorcée par l’anthropologie kantienne, pose les premières tentatives d’une émancipation du sacré en prônant l’autonomie de la raison, il reste que l’idéal de cet humain, dit laïc, ne renonce pas vraiment au monde de Dieu. Et, pour cause, il se représente toujours sur le terrain de la laïcité en contraste avec l’humain religieux. Cherchant à dépasser les résistances relatives au monde de Dieu, je propose de faire émerger et de se représenter, au travers d’une expérience de la pensée, l’humain laïc par-delà le geste interprétatif imposé par l’institutionnalisation de la religion. Je remonte donc aux premières traces de l’humain qui persistent dans ses testaments, ses métarécits, avant tout humains. Des testaments qu’on pourrait croire oubliés, mais non perdus. Je remonte comme un archéologue de la langue au moment des premières nominations dans l’écriture qui surgissent de la Genèse. À ces Écritures qui, en définitive, viennent aussi rappeler que le syndrome de Babel plonge toujours l’humain dans sa propre dissémination, celle de son nom propre. Surgit la nécessité de se traduire comme une oeuvre, à nouveau, dans sa propre langue, pour survivre. Se traduire, pour « se savoir » humain, plutôt pour « se savoir anthropos ». Pour en comprendre la tâche, j’ai convoqué trois anciens : Paul de Tarse, Sénèque et Clément d’Alexandrie. J’ai scruté et croisé les mises en scène des nominations de l’humain à partir des occurrences du mot « anthropos » et « homo » dans l’écriture en écartant le plus possible le prisme interprétatif imposé par l’institutionnalisation de la religion. Je me suis inspiré d’un dispositif interprétatif stoïcien à partir d’Épictète pour faire surgir, au travers d’une mise en dialogue de ces trois anciens, la traduction d’un humain laïc. Une traduction qui relève d’une anthropologie du bonheur fondée sur la cohérence des disciplines du jugement, du désir et de l’action. Une traduction, certes, mais aussi une expérience d’écriture qui a amené à penser, en dernière instance, qu’au demeurant, avant la lettre, il y a lieu de penser l’émergence d’un anthropos, ni profane, ni sacré, ni religieux, ni laïque, qu’il y a lieu de « se savoir » anthropos.

Keyphrases: Anthropos, Traduction, Laïcité, Blanchot, Épictète, Saint-Paul (Paul de Tarse), Sénéque, Clément d’Alexandrie, Stoïcisme, Bataille, Humain
L'évaluation systématique de la lombalgie selon les données probantes

Pour arriver à un diagnostic précis, le clinicien doit sélectionner des tests cliniques pertinents et probants. Nous avons effectué une revue des tests utilisés dans l'examen physique du rachis lombaire et vérifié les données probantes à leur sujet. Ces tests servent à confirmer  ou infirmer l'impression diagnostique formulée suite à l'anamnèse.  L'exercice a mis en évidence l'absence d'un test unique pouvant mener à un diagnostic précis ou exact. La littérature scientifique recommande d'ailleurs d'utiliser plusieurs tests pour valider le diagnostic final. Plus les résultats des tests concordent, plus la sensibilité et la spécificité de l'évaluation augmentent et plus le clinicien a confiance de formuler le bon diagnostic.

Keyphrases: Exactitude diagnostique, Tests diagnostiques, Tests cliniques, Évaluation rachis lombaire, Données probantes
Densification & affordability : comparative real estate projects across Montreal

Montréal, Québec se construit vers une forme urbaine compacte, mais il en relève des questionnements quant aux effets sur l’abordabilité et l’accession à la propriété. En tenant compte du processus de la densification urbaine, une enquête sur une série de projets de condominiums immobiliers à travers la ville est menée afin de divulguer les prix des projets nouveaux ou en construction. Au préalable, ceci survole la littérature et les études actuelles portant sur la planification urbaine, notamment celles qui sont reliées au Smart Growth, études dans lesquelles le contexte de densification et de tendances consuméristes à préférer les formes urbaines étalées est mis en évidence. Essentiellement, Moroni (2010) souligne l’approche dichotomique en planification urbaine entre les perspectives «teleocratic» et «nomocratic». La densification montréalaise actuelle contemporaine s’exprime par une multitude de modèles de condos conformes aux nouvelles tendances démographiques et des modes de vie. En s’appuyant sur les critères du programme Accès Condos, sur les critères du SCHL (32% du revenu) et sur le revenu médian des ménages, le niveau d’accessibilité à la propriété d’un condominium peut être mesuré. Les résultats indiquent que selon ces critères, les logements de style condominium, neufs et en construction, sont abordables.   L’analyse contribue empiriquement à la littérature en exposant les liens entre les stratégies actuelles de densification urbaine avec l’abordabilité des logements condos. La recherche porte un regard nouveau sur le phénomène condo à Montréal et ses tendances démographiques. La ville est divisée selon le modèle Burgess et la recherche mène un sondage comparatif des prix pour déterminer l’abordabilité. Les résultats suggèrent que les projets condos actuels sont relativement abordables pour les ménages avec un revenu médian et plus, selon Accès Condos.

Keyphrases: Densification, Smart Growth, Condos, Abordabilité, Tendances démographiques
Régulation du métabolisme des ARNm par les voies de signalisation MAPK et mTOR

Il est à ce jour bien établi que la régulation de l’expression génique dépend en grande partie des évènements post-transcriptionnels et que la traduction des ARNm tient un rôle de premier plan dans ces processus. Elle est particulièrement importante pour définir le protéome, maintenir l’homéostasie et contrôler la croissance et la prolifération cellulaire. De nombreuses pathologies humaines telles que le cancer découlent de dérèglements de la synthèse protéique. Ceci souligne l’importance d’une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires contribuant au contrôle de la traduction des ARNm. Le facteur d’initiation eIF4E est essentiel à la traduction et son activité est régulée par ses partenaires protéiques dont font partie les protéines 4E-BP et 4E-T. Les voies de signalisation PI3K/mTOR et MAPK qui sont fortement impliquées dans l’étiologie du cancer, contrôlent la traduction en modulant l’activité d’eIF4E via l’inhibition des protéines 4E-BP et la localisation de 4E-T.  Afin d’améliorer notre compréhension des mécanismes régulant la traduction des ARNm, nous avons utilisé plusieurs approches. Tout d’abord, nous avons caractérisé les mécanismes par lesquels le complexe mTORC1 est activé en réponse aux facteurs de croissance et avons déterminé que la kinase RSK, en aval de la voie Ras/ERK, contrôle directement l’activité de mTORC1 en phosphorylant Raptor, la sous-unité régulatrice du complexe mTORC1. Par ailleurs, nous nous sommes intéressés au rôle joué par mTORC1 dans l’initiation de la traduction. Pour cela, nous avons réalisé un criblage protéomique dans le but d’identifier de nouveaux facteurs sous le contrôle de mTORC1 qui participent activement à la traduction. Ces travaux ont ainsi permis l’identification de la protéine de liaison à l’ARN LARP1 comme effecteur majeur de la traduction des ARNm et de la croissance cellulaire en aval de mTORC1. Finalement, notre étude de l’effet du stress oxydant dans la répression de la traduction nous a permis de montrer que la kinase JNK contrôle la localisation du répresseur 4E-T au sein des P-bodies, qui sont des granules cytoplasmiques concentrant des ARNm non traduits et des facteurs de la dégradation des ARNm.  Nos travaux ont donc abouti à la découverte de mécanismes moléculaires cruciaux impliqués dans la régulation de la traduction des ARNm et de la synthèse protéique. Ces derniers étant largement impliqués dans la prolifération cellulaire et la croissance tumorale, nos recherches ouvrent sur un champ d’investigation plus large pour le développement de nouvelles molécules anti-cancéreuses.

Keyphrases: MAPK, Signalisation, Traduction des ARNm, eIF4E, P-Bodies, mTOR