NCube/papyrus huggingface dataset:
Rôle du système ubiquitine protéasome dans les séparations de phase nucléaires

Le système ubiquitine-protéasome représente une plateforme de signalisation cellulaire chez les eucaryotes et joue un rôle majeur dans la coordination des processus cellulaires. Des progrès récents suggèrent que l’ubiquitination joue un rôle important dans les phénomènes de séparation de phase liquide-liquide (LLPS), un processus permettant la localisation d’une quantité accrue de protéines dans un compartiment subcellulaire, afin de réaliser une fonction biologique. En effet, il a été démontré que l’ubiquitination joue un rôle central dans les mécanismes qui gouvernent la LLPS durant la formation des granules de stress dans le cytoplasme ou les foci de réparation de l’ADN dans le noyau. D’autre part, chez la levure, des travaux ont montré que le protéasome est capable de s’assembler sous forme de granules dans le cytoplasme suite à un stress métabolique. Toutefois, les mécanismes par lesquels le système ubiquitine-protéasome ainsi que ses régulateurs contrôlent les processus de LLPS restent à déterminer. Dans la première étude de cette thèse, nous avons investigué le mécanisme d’action de la déubiquitinase USP16, qui a été suggérée comme un régulateur négatif de la LLPS, empêchant la formation des foci de réparations de dommages à l’ADN. Cependant, nos résultats démontrent que USP16 est majoritairement cytoplasmique et que seulement une entrée forcée de USP16 dans le noyau empêche la formation des foci de réparation des cassures double brin induites par des radiations ionisagntes et ce en favorisant la déubiquitination de l’histone H2A. De plus, aucune translocation nucléaire de USP16 n’a été observée durant le cycle cellulaire ou suite à des dommages à l’ADN. Nos travaux montrent que USP16 est activement exclue du noyau via son signal d’export nucléaire et régulerait indirectement la LLPS menant à la formation des foci de réparation de l’ADN. Dans la deuxième étude, nous décrivons le comportement dynamique des protéines du protéasome lors d’une LLPS induite par un stress métabolique. Nos résultats indiquent que le protéasome forme des foci distincts dans le noyau des cellules humaines en réponse à une privation de nutriments. Nous avons constaté que ces foci sont enrichis en ubiquitine conjuguée et nous avons démontré que le récepteur d’ubiquitine Rad23B ainsi que l’absence des acides aminés non essentiels sont des éléments clés nécessaires à l’assemblage de ces foci du iv protéasome. De plus, des expériences de survie cellulaire montrent que la présence de ces foci est associée à la mort des cellules par apoptose. En conclusion, nos travaux mettent en lumière l’importance du système ubiquitine-protéasome dans la formation et la régulation des foci cellulaires suite à une LLPS. De même, cette étude aidera également à approfondir notre compréhension sur les mécanismes qui gouvernent l’homéostasie des protéines, la survie cellulaire et le développement du cancer.

Keyphrases: Séparation de phase liquide-liquide, LLPS, USP16, réparation des cassures double brin, export nucléaire, protéasome, Rad23B, acides aminés
Essays in empirical labor, housing and social network economics

Cette thèse explore les deux sujets suivants: (i) les déterminants de la participation à la population active des personnes âgées aux États-Unis; (ii) le rôle du réseau social dans le niveau de revenus de travail des immigrants récents au Canada. Plus précisément, le chapitre 1 utilise les données du Health and Retirement Study (HRS) pour fournir des estimations de l’effet causal du prix des maisons au niveau local sur les décisions d’offre de travail des individus âgés aux États-Unis, au cours de la période du boom immobilier 1994- 2004. Le prix des maisons est instrumentalisé par des variations spatiales et temporelles de chocs plausiblement exogènes de l’offre de crédit. Les estimations suggèrent que le boom immobilier durant la période considérée pourrait expliquer jusqu’à deux tiers des sorties de la population active des hommes âgés aux États-Unis. Le chapitre 2 répond à la question: les personnes en bonne santé sont-elles plus susceptibles de rester sur le marché du travail lorsque le chômage augmente? Ce travail fournit des estimations empiriques de l’impact relatif des chocs de chômage au niveau local sur la participation au marché du travail des américains âgés ayant des états de santé hétérogènes. Cette étude montre que la plupart des départs de travailleurs âgés pendant la Grande récession peuvent être attribués à de mauvaises conditions de santé, telles que mesurées, avant la récession. Enfin, le chapitre 3 analyse l’effet du fait de vivre dans un quartier où la majorité des résidents appartient à des minorités visibles sur les gains des résidents permanents qui sont arrivés à Montréal, Vancouver et Toronto en 2001. Dans l’ensemble, cette recherche documente un effet négatif du regroupement ethnique sur les gains des immigrants récents au Canada et l’explique par "l’effet d’aiguillage".

Keyphrases: Retraite, Offre de travail, prix des logements, sécurité sociale, santé, réseau social, Retirement, Health
Apprentissage statistique avec le processus ponctuel déterminantal

Cette thèse aborde le processus ponctuel déterminantal, un modèle probabiliste qui capture la répulsion entre les points d’un certain espace. Celle-ci est déterminée par une matrice de similarité, la matrice noyau du processus, qui spécifie quels points sont les plus similaires et donc moins susceptibles de figurer dans un même sous-ensemble. Contrairement à la sélection aléatoire uniforme, ce processus ponctuel privilégie les sous-ensembles qui contiennent des points diversifiés et hétérogènes. La notion de diversité acquiert une importante grandissante au sein de sciences comme la médecine, la sociologie, les sciences forensiques et les sciences comportementales. Le processus ponctuel déterminantal offre donc une alternative aux traditionnelles méthodes d’échantillonnage en tenant compte de la diversité des éléments choisis. Actuellement, il est déjà très utilisé en apprentissage automatique comme modèle de sélection de sous-ensembles. Son application en statistique est illustrée par trois articles. Le premier article aborde le partitionnement de données effectué par un algorithme répété un grand nombre de fois sur les mêmes données, le partitionnement par consensus. On montre qu’en utilisant le processus ponctuel déterminantal pour sélectionner les points initiaux de l’algorithme, la partition de données finale a une qualité supérieure à celle que l’on obtient en sélectionnant les points de façon uniforme. Le deuxième article étend la méthodologie du premier article aux données ayant un grand nombre d’observations. Ce cas impose un effort computationnel additionnel, étant donné que la sélection de points par le processus ponctuel déterminantal passe par la décomposition spectrale de la matrice de similarité qui, dans ce cas-ci, est de grande taille. On présente deux approches différentes pour résoudre ce problème. On montre que les résultats obtenus par ces deux approches sont meilleurs que ceux obtenus avec un partitionnement de données basé sur une sélection uniforme de points. Le troisième article présente le problème de sélection de variables en régression linéaire et logistique face à un nombre élevé de covariables par une approche bayésienne. La sélection de variables est faite en recourant aux méthodes de Monte Carlo par chaînes de Markov, en utilisant l’algorithme de Metropolis-Hastings. On montre qu’en choisissant le processus ponctuel déterminantal comme loi a priori de l’espace des modèles, le sous-ensemble final de variables est meilleur que celui que l’on obtient avec une loi a priori uniforme.

Keyphrases: Algorithme de Lanczos, Décomposition en éléments propres, Exclusion mutuelle probabiliste, Méthodes à noyaux, Méthode des k plus proches voisins, Modèle graphique déterminantal, Regroupement de données
La vie économique dans le roman québécois (1956-1983) : représentations, histoire et pratiques

Cette thèse propose une analyse, par le prisme de l’imaginaire social, d’œuvres littéraires québécoises qui mettent en scène la vie économique, depuis la phase d’essor industriel qui marque l’après-guerre jusqu’aux années 1980. Conjuguant l’histoire culturelle et la sociocritique, nous étudions les représentations de la vie économique, leurs conditions de possibilité, de production et de circulation. Notre travail s’intéresse à la dimension idéologique et politique des classes populaires, des ouvriers et des ouvrières fictifs chez des auteurs marginaux (Jean-Jules Richard, Pierre Gélinas, Germain Archambault, Maurice Gagnon et Élisabeth Vonarburg) et d’autres plus connus (Claude Jasmin, Jacques Ferron, Jacques Renaud, Francine Noël). Tout comme la figure de l’écrivain, le personnage du travailleur est un « foyer normatif complexe » (Hamon, 1984). En croisant l’analyse de différentes productions culturelles avec la lecture approfondie de romans choisis, nous interrogeons le présumé désintérêt de la littérature québécoise envers les questions qui concernent la vie économique.  Nous tentons d’abord de repenser les catégories de l’histoire littéraire, soit le réalisme, le régionalisme, le « documentaire » et le roman social. Une analyse du discours des écrivains et des critiques dans les périodiques révèle les différentes définitions du rôle social de la littérature et de l’écrivain qui circulent dans les années 1950. La réception contrastée des romans sociaux signale leur qualité littéraire parfois moyenne, mais un enthousiasme pour les représentations du « milieu ». Articulant histoire, politique et travail industriel, les romans de Pierre Gélinas et de Jean-Jules Richard offrent un point de vue informé par une sensibilité communiste sur les grèves ouvrières de l’époque. Dans leurs œuvres, tout comme dans celles publiées à la revue et aux Éditions Parti pris, les représentations des femmes proposent par leur complexité une perspective éclairante sur la vie économique. La figure du chauffeur de taxi, coureur des bois (et des rues) moderne, témoigne exemplairement de l’exploration de la marginalité et de la mobilité qu’on retrouve dans plusieurs parutions de la maison d’édition. Le dernier chapitre s’attache à la figure de la ménagère et à la question du travail ménager. En étudiant Maryse de Francine Noël et Le Silence de la Cité d’Élisabeth Vonarburg, nous réévaluons les présupposés selon lesquels le réalisme serait la forme privilégiée de la représentation économique.

Keyphrases: Littérature québécoise, Imaginaire social, Vie économique, Histoire culturelle, Représentations du travail, Communisme et idéologies politiques
L'été au Parc Belmont ; suivi de, Cartographies du père

L’été au Parc Belmont est un recueil de fragments qui allie prose narrative, photographies d’archives familiales, écriture manuscrite et dessins. Le récit relate l’enquête d’une narratrice sur l’identité de son père et la difficile mise au tombeau de celui-ci. Dans ce projet d’exhumation du passé paternel, la parole phagocytante de la narratrice rassemble toutes les informations qu’elle peut trouver et demeure l’unique énonciatrice du récit. C’est dans une temporalité ressassante, mélancolique et non linéaire que se déroule l’intrigue; entre l’enfance du père le long de la rivière des Prairies, son adolescence à Cartierville et sa vie adulte dans une ville de banlieue, le présent de l’enquête vient faire irruption. Le recours à des archives familiales sous forme de photographies et de vidéos pour l’élaboration de ce recueil problématise le rapport entre le texte et l’image. Ainsi, les photographies sont utilisées de diverses manières : photos qui apparaissent dans le texte sans qu’on les convoque directement, photos dont est donnée une ekphrasis elliptique ou falsifiée, photos accompagnées de légendes détournées, etc.  Cartographies du père propose une réflexion sur les liens qu’entretiennent le topographique et le biographique dans les textes littéraires contemporains. Dans le cadre de cet essai, je m’intéresse à un corpus doublement mixte : québécois et américain, mais également narratif et graphique. L’étude porte plus exactement sur trois autrices et auteurs, soit Alison Bechdel (Fun Home : A Family Tragicomic, 2006), Hervé Bouchard (Harvey ou Comment je suis devenu invisible, 2009) et Catherine Mavrikakis (La ballade d’Ali Baba, 2014). Au-delà des rapports entre transmission et lieu, les textes de mon corpus sont liés par la mort du père, perte indépassable, événement toujours à investiguer pour les narratrices et narrateurs. Il s’agit non seulement d’analyser la manière dont ces textes thématisent l’absence paternelle ainsi que les difficultés et les apories de la transmission qui en découlent, mais aussi de quelles façons ils représentent le lieu, jouent avec l’espace de la page, mobilisent les outils de la cartographie et décrivent les trajets. Pour ces héritières et héritiers, la reconstruction d’un événement ou d’un passé familial passe nécessairement par une reconstitution du lieu, qu’il soit la campagne de la Pennsylvanie, la maison familiale des Bouillon ou le chemin entre Montréal et Key West. L’analyse de cette reconstitution du lieu informe le lecteur du rapport que l’héritier entretient avec la figure paternelle. Cartographies du père offre également une réflexion sur l’acte de raconter l’autre et sur les recours fictionnels inévitables que cette entreprise oblige.

Keyphrases: Intertextualité, Études sur le lieu, Figure paternelle, Bande dessinée, Photographies, Création littéraire, Littérature américaine, Littérature québécoise
Comparaison sonore de 4 films inspirés du même roman : “l'invasion des profanateurs” (1955)

Ce mémoire est une comparaison sonore de 4 adaptations cinématographiques du même roman: L'Invasion des profanateurs (1955) de Jack Finney. J’y parle de la technologie audio que chacun des films a employé. J’essaye de comprendre et de démontrer comment cette évolution technologique a pu contribuer à faire évoluer différents aspects sonores tels que le style musical, le foley, et le design sonore. J’ai d'abord comparé les 4 films de manière plus général en me concentrant sur les thèmes musicaux, l’utilisation du foley pour faire peur, le Jump Scare et le design sonore. Ensuite, je me suis concentré sur 4 scènes communes que j’ai analysé plus en détail. Ce mémoire donne une vision partielle de l’évolution sonore dans les films de sciencefiction.

Keyphrases: musique de film, Design sonore
Étude du changement de l’architecture du sommeil chez la personne âgée après un sevrage aux benzodiazépines couplé à la thérapie cognitivo-comportementale pour insomnie

Contexte : Les benzodiazépines (BZD) et substances apparentées sont consommées de façon chronique par une large proportion de la population de personnes âgées souffrant d’insomnie chronique. Cet usage dans cette population est cependant critiqué, pour le risque d’effets indésirables associés. La thérapie cognitivo-comportementale pour insomnie (TCC-I) constitue le traitement de première ligne pour lutter contre l’insomnie, en raison de son efficacité et de son innocuité.  Objectif : L’objectif de ce projet de recherche est d’évaluer les changements de la qualité du sommeil, de la macroarchitecture et de la microarchitecture du sommeil après un sevrage de BZD chez la personne âgée souffrant d’insomnie chronique. Nous étudierons par la suite l’effet de la TCC-I couplé au sevrage sur les mêmes variables d’intérêts. Nous faisons l’hypothèse que le sevrage s’accompagnera d’une amélioration de la qualité subjective du sommeil (diminution de l’Index de Sévérité de l’Insomnie (ISI) et augmentation de l’efficacité de sommeil (SE)) et d’une modification de certaines variables distinctes : fuseau de sommeil et stade N3 (augmentation du pourcentage au stade N3 et diminution de la densité des fuseaux de sommeil). De plus, nous faisons l’hypothèse que ces changements seront plus prononcés avec la TCC-I couplée au sevrage.  Méthodes : 41 participants (âge moyen : 69.39±6.88 ans) ont été randomisés en 2 groupes, stratifiés pour l’âge, la durée et la dose de BZD et apparentés consommés : le groupe sevrage+TCC-I (N=23) et le groupe sevrage (N=18). L’ensemble des participants complètent un plan de sevrage avec suivi de 16 semaines, et dans le même temps, uniquement le groupe sevrage+TCC-I reçoit la TCC-I. L’acquisition des données est réalisée avant et après sevrage à partir de questionnaire (ISI), agenda de sommeil (SE) sur une période de 14 jours, et par enregistrements polysomnographiques (stade N3 et densité des fuseaux de sommeil).  Résultats : 60.98% des participants (groupe sevrage+TCC-I: 60.87% ; groupe sevrage: 61.11%) ont réussi une cessation complète de leurs médications après sevrage. Il a été constaté une diminution de l’ISI (F(1,40)=4.36, p=0.01) et de la densité des fuseaux de sommeil (F(1,36)=7.18, p=0.01) après sevrage. Enfin, la TCC-I couplée au sevrage a montré une augmentation plus importante de la SE (F(1,35)=6.75, p=0.01) par rapport au groupe sevrage.  Conclusion : Le plan de sevrage avec suivi permet d’obtenir un sevrage complet chez une majorité de participants, sans qu’il ne soit observé d’aggravations significatives de leur qualité de sommeil. L’ajout d’une TCC-I lors d’un sevrage de BZD et apparentés a permis une amélioration plus importante de la qualité du sommeil auto-rapportée (Agenda de sommeil : SE).

Keyphrases: Benzodiazépines, Sevrage, TCC-I, Architecture du sommeil, Personne âgée
Clarification of the role of the TBC1D24 gene in human genetic conditions

Des variants pathogéniques du gène TBC1D24 sont associés à des maladies génétiques dont la majorité sont transmises d’une façon autosomique récessive. Les phénotypes sont variables en termes de présentation clinique et de sévérité. Les formes les plus sévères causent une encéphalopathie épileptique (EIEE16) ou le syndrome DOORS qui est marqué par une surdité, des anomalies des ongles et des doigts, un déficit intellectuel et des convulsions qui sont souvent difficiles à contrôler. D’autres formes d’épilepsie incluent EPRPDC (Rolandic epilepsy with paroxysmal exercise-induce dystonia and writer's cramp), FIME (familial infantile myoclonic epilepsy), et PME (progressive myoclonus epilepsy). Une variant faux-sens spécifique est associée à une surdité autosomique dominante (DFNA65) qui se développe à l’âge adulte. Nous avons écrit un guide de pratique clinique qui inclut une revue de la littérature sur les phénotypes publiés chez les individus avec des variantes pathogénique du gène TBC1D24 avec de recommandations pour le suivi clinique de ces patients. De plus, une cohorte de huit patients avec déficience intellectuelle et épilepsie qui partagent une microdélétion sur le chromosome 16p13.3 contenant le gène TBC1D24 a été assemblée et caractérisée afin de définir un nouveau syndrome génétique. La région critique contient TBC1D24, ATP6V0C et PDPK1. Le phénotype similaire entre les huit individus suggère que l’haploinsuffisance pour TBC1D24, ATP6V0C et PDPK1 cause un nouveau syndrome génétique. L’etude des gènes essentiels pour le phénotype dans cette cohorte aide dans l’identification des nouveaux gènes candidates pour la déficience intellectuelle et épilepsie.

Keyphrases: DOORS, FIME, PME, EPRPDC, TBC1D24, Epilepsy, Microdélétion, Épilepsie, Surdité, Déficit intellectuel
Développement du langage communicatif chez les autistes qui ont expérimenté une régression langagière en bas âge

Une régression du langage en bas âge (ELR) est observée par 10 à 50% des parents d’enfants autistes, mais l’importance de cet évènement sur le développement des habiletés langagières et sociocommunicatives est incertaine. Ce mémoire de maîtrise vise à établir l’effet de l’ELR sur la progression du développement du langage et les performances sociocommunicatives. Il vise également à mettre en évidence les caractéristiques communicatives atypiques qui accompagnent le développement du langage des enfants autistes avec un ELR. Les données rétrospectives de 2 047 enfants autistes âgés de 4 à 18 ans ont été extraites de la Simons Simplex Collection. La progression du langage après un ELR a été quantifiée et la probabilité d’atteindre un niveau fluide a été modélisée par régression logistique. Les atypies de la communication associées à un antécédent d'ELR ont été identifiées et regroupées. Des modèles linéaires ont été utilisés pour évaluer la relation de l'ELR, le QI non verbal et de la combinaison d’atypies de la communication avec les niveaux d’habiletés langagières et sociocommunicatives. L’ELR est associée à une émergence plus rapide du langage, mais à une maîtrise tardive du langage fluide. La probabilité d’atteindre un langage fluide est principalement influencée par le QI non verbal, dont l’effet n’est pas modulé par ELR. Les enfants autistes avec ELR présentent un développement du langage qui commence tôt, suivi d’un plateau et d’une phase de rattrapage. Cette dernière est associée à un groupe d’atypies de la communication pouvant représenter un profil central du développement du langage en autisme.

Keyphrases: Autisme, Régression, Langage, Communication, Autism
Validation of synthetic lethal hits of microtubule targeting agents

Les microtubules, composants clés du cytosquelette des cellules eucaryotes, sont des polymères de tubuline très dynamiques et impliqués dans une grande variété de processus cellulaires. Leur rôle essentiel dans le cycle cellulaire a fait d’eux une cible validée en thérapie anticancéreuse. Malgré l’efficacité clinique des agents ciblant les microtubules (ACM), les effets secondaires compliquent l’utilisation. Nous avons cherché à identifier des vulnérabilités génétiques qui peuvent être exploitées pour diminuer la dose requise tout en maintenant l'efficacité, et donc réduire les effets secondaires. En collaboration avec le laboratoire Tyers à l’IRIC, nous avons réalisé un criblage génétique basé sur la létalité synthétique avec des agents antiprolifératifs, dont les ACMs. Nous avons sélectionné les gènes dont l’extinction sensibilisait les cellules aux ACMs. J’ai confirmé que l’invalidation de chacun des gènes GNA13, SEPHS1, DLGAP5 et des gènes QRICH1, DLGAP5 sensibilisaient les cellules NALM6 au docétaxel et la vincristine respectivement. En revanche, aucune invalidation de ces gènes n'a augmenté la sensibilité au docétaxel dans les cellules U2OS. En plus de son effet avec le docétaxel, le gène GNA13 s’est distingué être une cible particulièrement intéressante. En effet, la perte complète de GNA13 augmente considérablement la fréquence et la gravité d’erreurs de ségrégation des chromosomes dans les cellules U2OS. Cette augmentation n’a pas été rectifiée à la suite d’un traitement avec la molécule UMK57, connue pour réduire le taux d’erreurs de ségrégation des chromosomes. De manière intéressante, la perte complète de GNA13 augmente également la fréquence des erreurs de ségrégation des chromosomes dans les cellules RPE1, cellules non-cancéreuses et stables au niveau chromosomique. Cela suggère que la perte complète de GNA13 ne nécessite pas de transformation ni d'instabilité chromosomique, comme conditions préalables pour exacerber l'instabilité chromosomique. L’ensemble de ces résultats ouvre une nouvelle voie de stratégies thérapeutiques anticancéreuses, à savoir, le traitement des cancers présentant une mutation des gènes QRICH1, DLGAP5, GNA13, et SEPHS1 avec de faibles doses d’ACMs. En particulier, GNA13 est fréquemment muté dans certains lymphomes. De plus, les résultats obtenus démontrent que la perte complète de GNA13 aggrave l’instabilité chromosomique et par conséquent, pourrait être impliquée dans la cancérogenèse.

Keyphrases: Microtubules, Cancer, Instabilité chromosomique, Létalité synthétique, Docétaxel, Vincristine, GNA13, QRICH1, DLGAP5, SEPHS1