NCube/papyrus huggingface dataset:
Cartographie du réseau d'interactions protéiques de la machinerie de transcription dans les cellules humaines

Les protéines sont les macromolécules les plus polyvalentes de la cellule. Elles jouent un rôle fondamental dans la majorité des processus biologiques à travers la formation de complexes multi-protéiques. Durant la transcription, une multitude de facteurs sont impliquées dans le contrôle de l’activité des complexes ARN polymérases. Notre laboratoire s’est intéressé au réseau d’interaction de la machinerie de transcription des ARN polymérases nucléaires, dans le but de mieux comprendre leurs mécanismes de régulation. Pour ce faire, une procédure protéomique comprenant la purification de complexes protéiques par affinité couplée à la spectrométrie de masse et à l’analyse bioinformatique a été développée. La méthode de purification TAP (Tandem Affinity Purification) a été adaptée pour permettre la purification de complexes protéiques solubles assemblés in vivo à partir de cellules humaines. L’objectif de mon projet de maîtrise était de purifier le complexe de l’ARN Pol I ainsi que de poursuivre l’expansion du réseau d’interactions protéine-protéine de la machinerie de transcription de l’ARN Pol II humaine. À l’aide des protéines POLR1E, TWISTNB, POLR2E, PFDN4, MBD2, XPA, CAND1 et PDCD5 étiquetées (TAP-tag) exprimées dans des lignées cellulaires ECR-293, plusieurs complexes protéiques solubles ont été purifiés et analysés par spectrométrie de masse. Les interactions protéiques ont été triées et validées bioinformatiquement pour donner en final une liste d’interactions ayant un haut degré de confiance à partir de laquelle des réseaux d’interactions protéine-protéine ont été créés. Le réseau créé au cours de ce projet connecte plusieurs composantes de la machinerie transcriptionnelle tels que les ARN Pol I, II et III, les complexes RPAP3/R2TP/prefoldin-like, TRiC/CCT, Mi-2/NuRD et des facteurs de transcription et de réparation de l’ADN. Ce type d’analyse nous a permis d’identifier et de caractériser de nouveaux régulateurs de la machinerie de transcription de l’ARN Pol I et II et de mieux comprendre son fonctionnement.

Keyphrases: Machinerie de transcription, ARN polymérase, Purification TAP, Partenaires d'interactions, Réseau d’interactions
Mesure du rapport d'embranchement des désintégrations B^0--> pi^- l^+v et B^+--> êta^(') l^+v, du spectre des facteurs de forme des désintégrations B^0--> pi^- l^+v et B^+--> êta l^+v, et extraction de |V_ub| dans l'expérience BABAR

Nous rapportons les résultats d'une étude des désintégrations semileptoniques non-charmées B^+--> êta^(') l^+v et B^0--> pi^- l^+v, mesurés par le détecteur BABAR avec une production d'environ 464 millions de paires de mésons BBbar issues des collisions e^+e^- à la résonance Upsilon(4S). L'analyse reconstruit les événements avec une technique relâchée des neutrinos. Nous obtenons les rapports d'embranchement partiels pour les désintégrations B^+--> êta l^+v et B^0--> pi^- l^+v en trois et douze intervalles de q^2, respectivement, à partir desquels nous extrayons les facteurs de forme f_+(q^2) et les rapports d'embranchement totaux B(B^+--> êta l^+v) = (3.39 +/- 0.46_stat +/- 0.47_syst) x 10^-5 et B(B^0--> pi^- l^+v) = (1.42 +/- 0.05_stat +/- 0.08_syst) x 10^-4. Nous mesurons aussi B(B^+--> êta' l^+v) = (2.43 +/- 0.80_stat +/- 0.34_syst) x 10^-5. Nous obtenons les valeurs de la norme de l'élément |V_ub| de la matrice CKM en utilisant trois calculs différents de la CDQ.

Keyphrases: semileptonique, exclusif, exclusif, CKM, CKM, |V_ub|, |V_ub|, chromodynamique, méson
Marqueurs précoces des problèmes sensoriels chez le jeune enfant présentant des problèmes d'alimentation

Description. Les troubles d’alimentation touchent de 33 à 80 % des enfants ayant un trouble du développement. L’évaluation clinique constitue une étape essentielle dans l’identification de la problématique. Alors qu’il existe des outils valides permettant d’évaluer la sphère oro-motrice, l’évaluation des problèmes d’origine sensorielle reste très limitée entraînant une négligence importante de cette dimension dans la prise en charge des problèmes d’alimentation. But. La présente étude avait pour but de développer une version préliminaire d’un instrument de mesure permettant l’identification précoce des problèmes d’alimentation d’ordre sensoriel chez la population pédiatrique. Méthodologie. Les premières étapes énoncées par Kielhofner et collègues permettant l’élaboration d’un nouvel outil d’évaluation ont été suivies. Résultats. Une version préliminaire de cet outil est proposée comprenant un questionnaire et un test. Le Questionnaire de la sphère sensorielle de l’alimentation (QSSA), constitué de 58 items, permet de documenter les capacités de l’enfant à traiter l’information sensorielle en lien avec l’alimentation et le Test de la sphère sensorielle de l’alimentation (TSSA) permet d’évaluer directement la tolérance de l’enfant à l’exploration buccale de matériel non comestible et comestible. Conséquences. La conception du questionnaire et du test de la sphère sensorielle de l’alimentation constituent les premières étapes du développement  d’un outil d’évaluation visant spécifiquement la sphère sensorielle et les habitudes alimentaires chez le jeune enfant (6-36 mois).

Keyphrases: Enfant, Trouble d'alimentation, Évaluation clinique, Questionnaire
L’effet de la perte au suivi sur l’efficacité des traitements de prévention de la transmission mère-enfant du VIH en Afrique subsaharienne : revue systématique

La perte au suivi diminue grandement l’efficacité des interventions de prévention de la transmission mère-enfant du VIH en Afrique subsaharienne. Devrait-on donc choisir des traitements courts ou longs de pTME? Nous avons mené une revue systématique des études sur l’efficacité de traitements avec et sans composante anténatale et évalué l’impact de la perte au suivi sur leur efficacité. Nous avons trouvé qu’après ajustement pour la perte au suivi, les traitements avec composante anténatale ont encore une efficacité plus élevée à prévenir la TME. Les intervenants ne devraient pas craindre l’utilisation de traitements plus longs auprès de populations à risque de perte au suivi. Plus d’études sont nécessaires pour déterminer comment les interventions peuvent être adaptées au virage dans la pTME.

Keyphrases: Afrique subsaharienne, Efficacité populationnelle, Perte au Suivi, pTME, TME, VIH
Étude de l’interaction entre le champignon mycorhizien Glomus irregulare et les bactéries du sol

Dans cette étude, nous avons isolé et cultivé des bactéries intimement liées aux spores du champignon mycorhizien Glomus irregulare prélevées dans la rhizosphère de plants d’Agrostis stolonifera L. récoltés dans un sol naturel. Le séquençage des 29 morphotypes isolés a révélé la présence de seulement sept taxons bactériens (Variovorax paradoxus, Microbacterium ginsengiosoli, Sphingomonas sp., Bacillus megaterium, B. simplex, B. cereus et Kocuria rhizophila). Des isolats de chacun de ces sept taxons ont ensuite été cultivés in vitro sur le mycélium de G. irregulare afin d’observer par microscopie leur capacité à croitre et à s’attacher au mycélium en absence d’éléments nutritifs autres que ceux fournis par le champignon. Tous les isolats, sauf B. cereus, ont été capables de bien croitre dans le système expérimental et de s’attacher au mycélium en formant des structures ressemblant à des biofilms sur la surface du champignon. Toutefois, B. simplex formait ces structures plus rapidement, soit en 15 jours, alors que les autres isolats les ont formés après 30 jours (K. rhizophila et B. megaterium) ou 45 jours (V. paradoxus, M. ginsengiosoli et Sphingomonas sp.). D’autre part, la technique PCR-DGGE a permis d’analyser la diversité bactérienne associée aux spores. La diversité des taxons associés aux spores de G. irregulare qu’il a été possible d’isoler et de cultiver in vitro a été nettement moindre que celle qui était présente sur la surface des spores, alors que la biodiversité bactérienne totale du sol a été encore beaucoup plus élevée. Les bactéries associées aux champignons mycorhiziens jouent probablement un rôle important dans la capacité des plantes à résister aux stress biotiques et abiotiques auxquels elles sont soumises.

Keyphrases: Champignons mycorhiziens à arbuscule (AMF), bactéries, biofilm, biodiversité, microscopie
L’incidence des buts d’accomplissement induits par les enseignants d’éducation physique sur la motivation de leurs élèves

Selon la théorie des buts d’accomplissement, il est possible que les attitudes et les pratiques pédagogiques des enseignants d’éducation physique influencent la motivation de leurs élèves. Dans cette étude, les objectifs étaient d’abord de documenter l’évolution annuelle de la motivation pour l’éducation physique au début du secondaire en considérant le sexe et le niveau scolaire et de vérifier ensuite la valeur prédictive des buts d’accomplissement induits par les enseignants d’éducation physique et de la perception de ces buts par les élèves sur la motivation de ces derniers, puis d’évaluer l’effet modérateur du sentiment de compétence et du sexe des élèves sur la valeur prédictive des buts d’accomplissement. Les résultats montrent qu’en général les filles sont moins motivées que les garçons dans leurs cours d’éducation physique et que cette motivation diminue avec l’âge, et ce, peu importe le sexe des élèves. Ensuite, nos résultats montrent que les attitudes et les pratiques pédagogiques des enseignants ainsi que la perception des élèves du climat induit par l’enseignant sont en mesure d’influencer certaines caractéristiques motivationnelles des élèves telles que l’adoption de buts de maîtrise et de performance-approche, la motivation intrinsèque, la motivation extrinsèque (par introjection et par régulation externe), l’amotivation et la valeur utilitaire que les élèves accordent à leurs cours d’éducation physique.  Puis, il a été montré que la valeur prédictive des buts d’accomplissement et de la perception de ces buts par les élèves était modérée par le sentiment de compétence des élèves pour les variables motivationnelles suivantes : buts de maîtrise, motivation intrinsèque, amotivation et valeur utilitaire. Ainsi, les attitudes des enseignants, leurs pratiques pédagogiques et la perception du climat de classe n’ont une incidence significative que lorsque le sentiment de compétence des élèves est faible. La valeur prédictive des buts d’accomplissement et de la perception de ces buts par les élèves était aussi modérée par le sexe des élèves pour les variables motivationnelles suivantes : buts de performance-approche, buts de performance-évitement et amotivation. Quand le sexe des élèves modifie la relation, celle-ci est généralement inversée selon le sexe des élèves : elle est positive pour les garçons et négative pour les filles. Suite à cette étude, nous constatons que les enseignants d’éducation physique gagneraient à instaurer un climat de maîtrise tout en laissant place aux défis personnels des élèves et en insistant sur l’utilité de la tâche. Afin de répondre aux besoins particuliers de chacun des élèves, il serait intéressant de mettre en place des regroupements selon la compétence sportive des élèves. Ainsi, l’enseignant serait en mesure d’instaurer un climat motivationnel adapté.

Keyphrases: Sentiment de compétence, Motivation, Autodétermination, Valeur utilitaire, Climat motivationnel, Buts d'accomplissement, Motivation
L’exemption de paiement des soins associée à la supervision et à la formation au Burkina Faso : les effets sur la prescription de médicaments

L’accès financier limité aux soins de santé a suscité l’instauration de politiques sanitaires de subvention des soins en Afrique. Au Burkina Faso, une ONG, en complémentarité avec la politique sanitaire nationale subventionne à 100% depuis septembre 2008 les soins et les médicaments pour les enfants de moins de cinq ans dans le district sanitaire de Dori. L’intervention regroupe formation du personnel soignant, supervisions et suppression de paiement des soins et des médicaments. L’objectif de l’étude est d’analyser l’effet de cette intervention sur l’adéquation des prescriptions médicales. Neuf centres de santé ont été pris en compte. Au total 14956 ordonnances d’enfants de moins de cinq ans ciblés par l’intervention ont été sélectionnées par échantillonnage systématique à partir des registres de consultation un an avant et un an après l’instauration de l’intervention. Quatorze prescripteurs ont été interviewés. Les prescriptions ont été analysées par comparaison au référentiel de l’OMS ainsi qu’au référentiel national. Le discours des prescripteurs a été analysé en vue de comprendre leur perception de leur changement de pratiques depuis de début de la subvention. L’intervention a eu pour effet de diminuer l’utilisation des injections (Rapport de cote (RC) =0,28; p<0,005) dans le cas des infections respiratoires aiguës (IRA). Elle a entraîné une diminution de l’utilisation inappropriée des antibiotiques dans les cas de paludisme seul (RC=0,48; p<0,0005). Le nombre moyen de médicaments par ordonnance a également diminué de 14% dans les cas d’IRA (p<0,0005). Les prescripteurs ont affirmé pour la plupart que leurs pratiques se sont soit maintenues soit améliorées.  L’intervention a entrainé une amélioration de l’adéquation des prescriptions médicales dans certains cas.

Keyphrases: exemption de paiement, utilisation rationnelle des médicaments, médicaments essentiels, enfants de moins de cinq ans
Variation des biomarqueurs dans le spectre visible non résolu de la Terre

L’évolution rapide des technologies de détection et de caractérisation des exoplanètes depuis le début des années 1990 permet de croire que de nouveaux instruments du type Terrestrial Planet Finder (TPF) pourront prendre les premiers spectres d’exoplanètes semblables à la Terre d’ici une ou deux décennies. Dans ce contexte, l’étude du spectre de la seule planète habitée connue, la Terre, est essentielle pour concevoir ces instruments et analyser leurs résultats. Cette recherche présente les spectres de la Terre dans le visible (390-900 nm), acquis lors de 8 nuits d’observation étalées sur plus d’un an. Ces spectres ont été obtenus en observant la lumière cendrée de la Lune avec le télescope de 1.6 m de l’Observatoire du Mont-Mégantic (OMM). La surface de la Lune réfléchissant de manière diffuse la lumière provenant d’une portion de la Terre, ces spectres sont non résolus spatialement. L’évolution de ces spectres en fonction de la lumière réfléchie à différentes phases de Terre est analogue à celle du spectre d’une exoplanète, dont la phase change selon sa position autour de l’étoile.  L'eau, l'oxygène et l'ozone de l’atmosphère, détectés dans tous nos spectres, sont des biomarqueurs dont la présence suggère l’habitabilité de la planète et/ou la présence d’une activité biologique. Le Vegetation Red Edge (VRE), une autre biosignature spectrale, dû aux organismes photosynthétiques à la surface, est caractérisé par l’augmentation de la réflectivité autour de 700 nm. Pour les spectres de 5 nuits, cette augmentation a été évaluée entre -5 et 15% ±~5%, après que les contributions de la diffusion de Rayleigh, des aérosols et d’une large bande moléculaire de l’ozone aient été enlevées. Les valeurs mesurées sont cohérentes avec la présence de végétation dans la phase de la Terre contribuant au spectre, mais s’étendent sur une plage de variations plus large que celles trouvées dans la littérature (0-10%). Cela pourrait s’expliquer par des choix faits lors de la réduction des données et du calcul du VRE, ou encore par la présence d’autres éléments de surface ou de l’atmosphère dont la contribution spectrale autour de 700 nm serait variable.

Keyphrases: Spectre de la Terre, Lumière cendrée, Biomarqueurs, Vegetation Red Edge, Exoplanètes terrestres, Vegetation Red Edge
Influence de la morphologie sacro-pelvienne dans l'évolution du spondylolisthesis L5-S1 développemental

La spondylolyse et le spondylolisthésis sont une déformité bien connue dans le domaine de l’orthopédie.  Par contre, il persiste des confusions et des débats sur différents aspects de cette pathologie incluant l’étiologie, l’histoire naturelle et le traitement.  Récemment, deux études ont démontré l’influence significative de la morphologie du sacrum dans le  spondylolisthésis par Inoue et al. et Whitesides et al.4,5 Ces trouvailles ont renouvelé l’intérêt dans l’évaluation radiologique de la balance sagittale de cette condition.    L’objectif principal de ce travail est d’évaluer l’influence de la forme et l’orientation du  sacrum chez les patients atteints de spondylolisthésis.  Pour ce faire, nous avons construit une base de données de patients présentant un spondylolisthésis et d’un groupe contrôle.  Par la suite les radiographies de ces sujets ont été analysées par un programme d’ordinateur afin de calculer tous les paramètres pertinents.    Ce travail nous a tout d’abord permis de déterminer à partir des radiographies de 120 volontaires pédiatriques et plus de 130 patients pédiatriques atteints de la spondylolisthésis, les valeurs moyennes et la variation des paramètres angulaires qui influencent l’équilibre sagittal du rachis.  Cette base de données est la première existante dans la population pédiatrique.  Ces données seront d’une grande utilité pour le futur lors d’études concernant diverses conditions spinales.  Nous avons remarqué une différence significative de la morphologie sacrée chez les sujets présentant le  spondylolisthésis.  Par ailleurs, l’étude de corrélation nous a également permis d’établir une forte relation entre le sacrum, le bassin et la colonne dans le profil sagittal.  Finalement, ce travail a permis une meilleure compréhension globale de la posture sagittale chez les sujets normaux et chez les sujets atteints du spondylolisthésis qui pourra servir pour mieux analyser cette condition et pour ajuster les traitements selon l’analyse.

Keyphrases: Spondylolyse, Spondylolisthésis, Sacrum, Bassin, Morphologie, Incidence pelvienne
Rôle de la synthèse de l'acide rétinoïque dans le contrôle de la prolifération et de la différenciation des cellules épithéliales mammaires

L’acide rétinoïque (AR) est le ligand des récepteurs nucléaires RAR et RXR qui agissent comme facteurs de transcription ligand-inductibles et médient ses effets biologiques. Il est connu que l’AR a des propriétés prodifférenciatrices et antiprolifératives, notamment sur les cellules de l’épithélium mammaire. Une perte de sensibilité de l’AR a toutefois été mise en évidence dans plusieurs lignées cellulaires mammaires cancéreuses, ce qui pourrait faciliter la croissance des tumeurs. Or jusqu’ici cette perte de sensibilité avait été attribuée à des défauts de la voie de signalisation de l’AR, causée par la perte de l’expression des récepteurs à l’AR dans la tumeur, bien que plusieurs lignées de cellules cancéreuses y soient tout de même très sensibles.   Peu d’études se sont intéressées au rôle de la voie de synthèse de l’AR dans la transformation des cellules mammaires. En effet, l’AR est synthétisé à partir de la vitamine A, ou rétinol, son précurseur sanguin provenant de la diète. Les cellules de l’épithélium mammaire normales ont la capacité de synthétiser l’AR à partir du rétinol. Nos rapportons pour la première fois que l’épithélium mammaire est probablement le siège de la synthèse et de la signalisation de l’AR. Cela est dû, au moins en partie, à l’expression d’une enzyme de synthèse de l’AR, RALDH3, dans l’épithélium mammaire normal. Dans cette étude, nous démontrons que les cellules cancéreuses de type luminal, qui ont sensibles à l’AR (et qui expriment le récepteur des estrogènes ER, catégorie qui regroupe 75 % des tumeurs diagnostiquées) n’ont au contraire pas la capacité de sythétiser l’AR, probablement en raison d’une faible expression de RALDH3 dans les tumeurs, sous l’effet des estrogènes. Cela pourrait représenter un nouveau mécanisme favorisant la croissance des tumeurs luminales dont les cellules proliférent en présence du rétinol sanguin. RALDH1, une autre enzyme de la voie de synthèse de l’AR, et qui partage 70 % d’identité de séquence avec RALDH3, est un marqueur de tumeurs plus agressives et de la formation de métastase. Nous montrons au contraire, que RALDH3 est un marqueur d’une moindre probabilité de développer des métastases chez les patientes atteintes d’une tumeur luminale. Cela suggère des rôles different pour ces deux enzymes dans la glande mammaire. Nos résultats indiquent que RALDH1 et 3 ont des propriétés enzymatiques très différentes, ce qui est en accord avec cette dernière hypothèse. Nos données suggèrent aussi que RALDH1 et 3 pourraient être des marqueurs de populations distinctes de cellules dans la glande mammaire normale. Nous proposons d’exploiter les diffèrences entre RALDH1 et 3 afin de mettre au point des méthodes de séparation des différentes population de cellules de l’épithélium mammaire ce qui pourrait aider à comprendre le rôle de la synthèse d’AR dans ce tissu.

Keyphrases: Acide rétinoïque, RALDH, Cancer du sein, Cellule souche
Forme et dynamique sociale de l'entreprise réseau : monographie d'un atelier de dessin technique

Le recours à la stratégie du recentrage sur le cœur de métier (core business) par les entreprises fait apparaître, en discours comme en pratique, trois mouvements qui déstabilisent les ensembles bureaucratiques: la réorganisation de la grande firme en « centres de profits », la multiplication des relations inter-firmes et un changement d’ordre qualitatif dans les termes de l’échange. L’avènement et le maintien de ce que nous convenons d’appeler l’« entreprise réseau » demeurent à ce jour problématique : soit cette forme organisationnelle serait le résultat d’une adaptation unilatérale à son environnement; soit la dynamique sociale serait réglée par la confiance entre les acteurs. Notre démarche inductive et exploratoire d’un cas d’entreprise réseau québécoise veut contribuer au démontage de la notion, puis à la compréhension sociologique du phénomène. Nous constatons que cette forme d’entreprise ne peut être comprise que lorsque nous la mettons en perspective avec l’entreprise bureaucratique.

Keyphrases: Entreprise réseau, Sociologie des organisations, Nouvelle forme organisationnelle, Analyse stratégique, Confiance, Pouvoir, Industrie de la construction, Québec