NCube/papyrus huggingface dataset:
Développement d’un algorithme pour la surveillance de l’incidence du cancer colorectal à Montréal avec les banques données médico-administratives de la RAMQ

Contexte : Les méthodes actuelles, d’identification des cas de cancer, utilisées au Québec et ailleurs sont connues pour sous-estimer le fardeau du cancer, en particulier pour certains sous- groupes de population. Les algorithmes utilisant des données de facturation constituent des options peu coûteuses pour améliorer la qualité de la surveillance du cancer, mais n’ont pas été mis en place au niveau populationnel. Objectifs : Nos objectifs étaient de : 1) développer un algorithme permettant l’identification des cas de cancer colorectal (CCR) en utilisant, au niveau populationnel, les données des hospitalisations et de facturation ; 2) valider l’algorithme ; et 3) décrire les caractéristiques des cas nouvellement capturés. Méthodes : Nous avons jumelé les données de facturation des médecins, des hospitalisations et du fichier des tumeurs (FiTQ) pour 2 013 430 résidents montréalais âgés de 20 et plus entre le 1er avril 2000 et le 31 mars 2010. Nous avons comparé les performances de trois algorithmes basés sur des codes de diagnostics et différentes sources de données. Nous avons validé les cas de CCR identifiés en utilisant les codes d’acte de traitement, la répartition par site et les tendances temporelles. Nous avons décrit les cas identifiés selon l’âge, le sexe, le statut socioéconomique et les types de traitement. Résultats : Notre algorithme basé sur les codes de diagnostics et de traitement identifie 11 476 des 12 933 cas incidents de CCR contenus dans le FiTQ ainsi que 2 317 cas nouvellement capturés. Nos cas ont des tendances globales dans le temps et des distributions par site similaires aux données existantes, ce qui augmente notre confiance en l’algorithme. Notre algorithme a capturé, en termes de pourcentage, plus d’individus âgés de 50 ans et moins chez les cas de CCR nouvellement capturés : 8,2 % contre 5,3 %. De plus, les cas nouvellement capturés sont plus susceptibles de vivre dans des zones favorisées socioéconomiquement. Conclusions : Notre algorithme fournit un portrait plus complet de l’incidence du CCR à l’échelle de la population que les méthodes actuelles d’identification. Il pourrait être utilisé pour estimer les tendances de l’incidence à long terme, aider à la surveillance en temps opportun et supporter les interventions, au Québec et dans d’autres provinces ou pays ayant des données similaires.

Keyphrases: Cancer colorectal, Algorithme, Incidence, Registre du cancer, Algorithm
L'application de matériau tiré de la musique populaire à la musique classique contemporaine

Ce mémoire fait état de la manière dont la musique populaire a influencé mon langage musical en tant que compositeur. Les éléments musicaux empruntés à la musique populaire et leur emploi dans ma musique sont détaillés à travers une analyse des pièces composées durant mes études à la maîtrise. Une présentation de ma démarche artistique permet de situer cette dernière parmi les courants esthétiques en musique classique. Finalement, j'explique en quoi l'influence de la musique populaire sur mon langage musical et mes apprentissages à la maîtrise sont utiles à ma carrière de compositeur.

Keyphrases: Analyse, Musique populaire, Musique classique contemporaine, Musique de danse, Musique orchestrale
Effet des épandages de lisier de porc et du travail du sol sur la présence de gènes de résistance aux antimicrobiens dans le sol et l’eau de drainage en grandes cultures

Les pratiques agricoles peuvent participer à la propagation des gènes de résistances aux antimicrobiens (GRAs) dans l’environnement. En effet, les épandages de lisier de porc introduisent des microorganismes résistants aux antimicrobiens dans le sol. Cette étude a permis d’évaluer l'impact d’épandages répétés de lisier de porc et du travail du sol sur la présence de GRAs dans le sol et l'eau de drainage en grandes cultures. Les bactéries Escherichia coli et entérocoques ont été dénombrées. Après l’extraction d'ADN, les gènes de résistance tet(T), sul1 et blaCTX-M-1 ont été quantifiés par qPCR. La détection des gènes mcr-1 et mcr-2 a été réalisée par PCR conventionnelle. D’après les résultats obtenus, l’épandage du lisier de porc à une dose élevée (45m3/ha) a eu un impact à long terme sur l’abondances des gènes tet(T) et sul1 dans le sol. Une dose plus faible (20m3/ha) a eu un impact à court terme. L’abondance des gènes sul1 dans l’eau de drainage a significativement diminué 15 jours après l’épandage comparé à 169 jours pour les gènes tet(T). Le travail du sol n’a pas eu d’impact sur la présence et l’abondance des GRAs dans les échantillons. Les gènes blaCTX-M-1 ont été détectés dans le lisier et dans 7 échantillons d'eau, mais aucun lien n’a été établi avec les traitements. Les gènes mcr-1 et mcr-2 n'ont pas été détectés. Ce projet a permis de démontrer que le réservoir des gènes de résistance à la tétracycline et aux sulfamides dans le sol peut être augmenté après l’épandage répété de lisier à dose élevée.

Keyphrases: Résistance aux antimicrobiens, Gènes de résistance aux antimicrobiens, Lisier de porc, Eau de drainage, Travail du sol, Tétracyclines, Bêta-lactamines, Sulfamides
Impact d’un programme de stérilisation sur la taille des colonies de chats sans propriétaire en milieu rural

Plusieurs méthodes de contrôle de population de chats domestiques sont pratiquées, dont le programme « capture, stérilisation, relâche » (TNR). Celui-ci mobilise beaucoup de ressources alors que peu de données probantes sur son impact réel sont publiées. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’impact d’un évènement TNR sur la taille des colonies de chats en milieu rural québécois. Il s’agit d’une étude randomisée contrôlée impliquant 18 colonies de chats ayant accès soit à une écurie ou à une ferme. Les colonies ont été aléatoirement attribuées au groupe TNR (10 colonies de 7 à 27 chats; 14.3 chats en moyenne) et au groupe Contrôle (8 colonies de 7 à 26 chats; 14.5 chats en moyenne). Le groupe TNR a participé à un programme TNR au début de l’étude (T0). Par capture photographique, le nombre de chats et de chatons a été calculé, à 3 temps : T0, 7.5 mois (T7) et 12 mois (T12). Une différence significative de croissance des colonies du groupe Contrôle par rapport à celle du groupe TNR est notée à T7 lorsque seulement les adultes sont comptés (p=0.03). Aucune différence n’est présente lorsqu’on calcule tous les individus (adultes et chatons), mais une tendance est observée à T7 (p=0.06). Aucune différence n’est notée lors de la comparaison du nombre de chatons (T7 p=0.49 et T12 p=0.36). Une tendance à plus de migration est remarquée dans le groupe Contrôle à T12 (p=0.095). Le TNR tel qu’appliqué ici, a un impact faible et temporaire sur la taille des colonies de chats en milieu rural.

Keyphrases: Capture, stérilisation, relâche et maintien, Contrôle de population, Programme de stérilisation, Chats domestiques, Félins domestiques
Plausibilité de l’effet d’un programme de télé-préréadaptation, supervisée ou en personne, comparés à un groupe témoin chez des participants en attente d’une arthroplastie totale de la hanche ou du genou : essai pilote randomisé en simple aveugle

INTRODUCTION : L’accessibilité aux arthroplasties de la hanche et du genou est réduite par de longues listes d’attente. Cette attente peut avoir des effets délétères importants sur le niveau fonctionnel des patients. La téléréadaptation pourrait permettre d’optimiser les services peropératoires pour de telles chirurgies. OBJECTIFS : Ce mémoire vise à évaluer la faisabilité et la plausibilité de l’effet d’un programme de télé-préréadaptation supervisée, par rapport à un programme en personne ou aux soins habituels, chez des participants en attente d’une arthroplastie totale de la hanche ou du genou. MÉTHODOLOGIE : Trente-quatre patients en attente d’une arthroplastie de la hanche ou du genou ont été recrutés et randomisés en trois groupes : 1— Programme de préréadaptation en personne de 12 semaines ; 2— Télépréréadaptation ou 3— Soins usuels. La faisabilité du programme de télépréréadaptation, l’observance au protocole et la satisfaction ont été évaluées. Les mesures de résultats étaient le LEFS, le WOMAC, le SF-36, le Self-Paced Walk (SPW), le Timed Up-and-Go (TUG), le Timed Stair Tests (ST), une échelle de changement global et un questionnaire de satisfaction portant sur la téléréadaptation. Les mesures ont été prises à l’inclusion et au suivi à 12 semaines. RÉSULTATS : Tous les participants étaient satisfaits des services de téléréadaptation et l’observance au protocole d’exercice était élevée. Aucune différence statistiquement significative pour tous les questionnaires de douleur, de fonction et de qualité de vie n’a été observée. Une amélioration statistiquement significative a été observée pour le SPW et le ST chez les groupes expérimentaux comparativement au groupe recevant les soins usuels pré-chirurgie. CONCLUSION : Les résultats préliminaires de cet essai pilote suggèrent qu’un programme de préréadaptation est réalisable avec des technologies mobiles disponibles sur le marché. Cet essai suggère aussi que la préréadaptation pourrait améliorer les performances physiques comme la vitesse de marche et la montée et la descente des escaliers chez cette clientèle, mais que cette amélioration ne se traduirait pas par une diminution de la douleur ou une augmentation de la fonction perçue chez les patients. Ces observations doivent être confirmées dans un essai clinique jouissant d’une taille d’échantillon adéquate.

Keyphrases: Préréadaptation, Téléréadaptation, Ostéoarthrose, Arthroplastie, Hanche, Genou, Physiothérapie, Visioconférence
Étude pilote de l’effet d’un entraînement utilisant une stimulation sensorielle par vibrations reproduisant la marche chez des personnes hémiparétiques

La plupart des personnes hémiparétiques à la suite d’un accident vasculaire cérébral présentent des atteintes de la marche qui limitent leur participation sociale. Pour optimiser la récupération, l'entraînement prolongé à la marche est aujourd'hui recommandé. Cette approche est fondée sur l'importance des informations sensorielles de mouvement pour récupérer le meilleur contrôle du mouvement possible. Ces informations peuvent aussi être fournies par des vibrations musculaires localisées. L'application séquentielle et structurée de vibrations sur différents muscles des membres inférieurs peut ainsi mimer l'activité sensorielle associée aux mouvements de la marche normale. L’objectif de ce projet était d’évaluer l’effet d’un entraînement utilisant des vibrations reproduisant l’activité sensorielle de la marche sur les paramètres de marche de personnes hémiparétiques en phase de réadaptation fonctionnelle intensive. Pour cela, une étude expérimentale à cas uniques avec des mesures répétées a été menée auprès de trois personnes hémiparétiques. Chaque participant a reçu l’entraînement par vibrations à raison de quatre séances de 30 minutes par semaine pendant trois semaines. La vitesse de marche au sol à vitesse confortable et rapide, mesures principales de résultat, ainsi que les autres paramètres spatio-temporels de la marche et le patron de marche ont été collectés à deux reprises avant l’entraînement, à la fin de chaque semaine d’entraînement puis un mois après la fin de la période d’entraînement. Les vitesses de marche au sol de participants hospitalisés en réadaptation fonctionnelle intensive issues d’une base de données ont été utilisées afin de comparer les résultats obtenus avec les trois participants au projet. Une augmentation de la vitesse de marche au sol a été observée uniquement chez un des trois participants. Ce changement a été observé dès la première semaine d’entraînement et était supérieur à ceux obtenus chez les participants issus de la base de données. L’entraînement par vibrations a cependant permis d'améliorer les autres paramètres spatio-temporels et le patron de marche des trois participants. Au regard de ces résultats, il est nécessaire de poursuivre l’évaluation de l’entraînement par vibrations afin de mieux comprendre ses effets et de développer un nouvel outil de réadaptation.

Keyphrases: Accident vasculaire cérébral, Hémiparésie, Marche, Réadaptation, Entraînement, Vibration
Étude exploratoire des changements psychologiques chez les hommes qui deviennent père sur le plan de leur relation à leurs parents, leur conjointe et leur représentation d'eux-mêmes

Cette thèse en deux articles vise à mieux saisir la nature des changements psychiques et le processus de changement susceptibles de survenir lors de la transition à la paternité. Nous nous intéressons aux modifications qui se produisent sur le plan des représentations mentales de soi, de la conjointe, du père et de la mère de la famille d’origine. Nous cherchons à mieux comprendre comment devenir père et, en quelque sorte, prendre la place de son père dans l’enchaînement des générations peuvent induire un travail psychologique et modifier les représentations mentales des figures nommées. Il est largement reconnu que les pères jouent un rôle important dès la grossesse, qu’ils influencent positivement le développement de l’enfant dès les premiers moments et que leur état d’esprit modifie leur manière d’exercer leur rôle. Pourtant, les connaissances sur les changements intrapsychiques de la paternalisation demeurent limitées. Le premier article constitue un bilan des connaissances sur ce thème. La rareté des études sur notre sujet combinée au nombre relativement important de publications théorico-cliniques et d’études sur des aspects connexes de la paternité publiées depuis les années 1950, nous a conduits à opter pour une recension couvrant la période allant des années 1950 à juin 2012. L’objectif était de faire un bilan exhaustif des connaissances. Puisque la recension couvrait une longue période de temps, il apparaissait nécessaire de mettre en relief l’évolution des connaissances et des manières de réaliser la recherche. Pour ce faire, nous avons procédé de façon historique et retenu les écrits les plus près de notre thème pour chaque décennie.  Le second article expose les résultats de notre étude à laquelle treize hommes ont participé. Les données ont été recueillies par le biais de quatre entretiens entre le sixième mois pré-partum et le cinquième mois post-partum. Les données ont fait l’objet d’une analyse de contenu semi-automatisée. Nous avons obtenu deux séries de résultats évoquant deux types de travail psychologique ; l’un organisé selon une logique générationnelle  et  l’autre, selon la logique des lignées maternelle et paternelle des représentations. Ces résultats suggèrent que le travail psychologique de la paternalisation se décline en différentes strates.

Keyphrases: paternité, périnatalité, représentation mentale, transition
Rôles distinctifs des inflammations de type II et III dans la progression de la fibrose hépatique

Les cellules immunitaires inflammatoires peuvent moduler l’activation des cellules stellaires hépatiques (HSC) et la progression de la fibrose hépatique. Les réponses inflammatoires peuvent être divisées en trois types qui sont caractérisés par des profils de cytokines distincts. L’inflammation de type I (caractérisée par la production d’IFN-γ) possède des propriétés anti-fibrotiques, au contraire l’inflammation de type II (caractérisée par la production d’IL-4 et d’IL-13) contribue à la progression de la fibrose. L’inflammation de type III, caractérisée par la production d’IL-17A et d’IL-22, est impliquée dans de nombreuses maladies inflammatoires chroniques et elle est contrôlée par les cellules T régulatrices. Le rôle de l’inflammation de type III dans la progression de la fibrose est encore peu caractérisé.  Dans ces études, nous avons évalué à l’aide d’échantillons cliniques de biopsies hépatiques, de stimulation in vitro d’HSC et de modèles in vivo de fibrose hépatique la contribution de la réponse de type III. Nous avons aussi étudié le rôle des autres réponses inflammatoires dans les mêmes spécimens cliniques. Nous avons reporté que l’inflammation de type II est associée à la progression de la fibrose lors des stéatoses hépatiques non alcooliques (NASH). In vivo, nous avons démontré que l’inflammation de type II limite le syndrome métabolique associé à NASH mais contribue à la progression de la fibrose hépatique. Nous avons aussi rapporté que l’inflammation de type III est dérégulée lors de la progression de la fibrose hépatique. En effet, nous avons observé une altération du ratio intrahépatique Th17/Treg ainsi qu’une élévation des niveaux d’IL-17A et d’IL-22 dans les biopsies hépatiques. Nous avons ensuite démontré que l’IL-17A sensibilise les HSCs à l’action du TGF-β en stabilisant l’expression du TGF-β-RII à la surface des HSCs par des mécanismes dépendants de la voie JNK. Nous avons aussi rapporté une nouvelle fonction profibrotique pour l’IL-22 qui augmente la réponse au TGF-β par activation de la voie de signalisation p38/MAPK. In vivo, les souris déficientes pour l’IL-22RA1 ont une fibrose réduite par rapport aux souris sauvages après traitement chronique avec du tétrachlorure de carbone ou thioacétamide. De plus, l’inhibition de l’IL-22 par administration d’antagoniste contre « aryl hydrocarbon receptor » (AHR) ou RORγt limite la progression de la fibrose hépatique.

Keyphrases: Fibrose, Inflammation, Immunité, Th17, Hépatite chronique
Spliceosome SNRNP200 promotes viral RNA sensing and IRF3 activation of antiviral response

Le système immunitaire innée est la première ligne de défense de l’organisme contre une multitude d’agents pathogènes tel que les bactéries, les virus, les parasites et les champignons. Afin d’identifier de nouveau régulateur de l’immunité antivirale innée, nous avons complété le premier criblage pangénomique par ARN interférent (RNAi) s’intéressant à la réponse transcriptionnelle de l’interféron-β (IFNB1) suite à une infection par le virus Sendai (SeV). De façon surprenante, une analyse d’enrichissement génomique (GESA) nous a permis d’identifier 114 gènes régulateurs dont plusieurs facteurs du splicéosome. Par eux, nous avons priorisé la caractérisation de SRNNP200, une protéine clé de la machinerie d’épissage des introns et une hélicase de la famille Ski2, sur la base de similitudes entre sa structure et celle d’autres hélicases antivirales tel que RIG-I et MDA5. Dans cette thèse, nous montrons, pour la première fois, un rôle distinct, pour SNRNP200, de sa fonction canonique dans l’épissage des pré-ARNs. En effet, le silençage de l’expression de SNRNP200 dans des lignées de cellules humaines primaires entraîne une réduction de l’immunité antivirale et une augmentation de la susceptibilité à une infection virale. Plus spécifiquement, nous montrons que SNRNP200 est un régulateur positif de l’activation de IRF3 via une interaction protéine-protéine avec la sérine/thréonine-kinase TBK1. Additionnement, nous avons montré que, lors d’une infection, SNRNP200 est capable de lier l’ARN viral cytoplasmique et qu’il relocalise, du noyau au cytoplasme, avec TBK1 dans des structures périnucléaires distinctes et spécifiques. En lien avec la clinique, nous avons observé une réponse antivirale réduite dans les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMC) de patients atteints de rétinite pigmentaire de type 33 (RP33) causée par des mutations dans le gène SNRNP200. De plus, nous avons démontré qu’un mutant de SNRNP200 associé à RP33 n’était plus en mesure de lier l’ARN viral cytoplasmique ou de rétablir l’immunité antivirale de cellules ciblée par un RNAi lors d’une expérience de sauvetage. Ainsi, cette thèse présente les premiers travaux portant sur la fonction immunomodulatrice de SNRNP200 et de son rôle comme senseur d’ARN viral et de protéines adaptatrice de TBK1 et d’IRF3.

Keyphrases: Criblage pangénomique, Immunité innée, Virus de Sendai, Interféron de type I, RIG-I, Voie de signalisation RLR, SNRNP200, IRF3, TBK1, Senseur d’ARN viral, Protéine adaptatrice, Rétinite pigmentaire
Influence of Perceived Stressful Homework on Lifestyle Habits and Subsequently on Adiposity : a QUALITY Study

Contexte : Les devoirs perçus stressants semblent avoir un effet négatif sur l’adiposité des enfants entre 8-10 ans et l’activité physique d’intensité moyenne-élevée (APMV) et le temps-écran sont des médiateurs dans cette relation.   Objectifs : 1) Examiner si un facteur nutritionnel pourrait aussi être un médiateur, 2) Étudier les associations et médiateurs présents à l’âge de 10-12 ans, et 3) Prendre une approche longitudinale sur ces résultats pour étudier ces relations.   Méthodes : Les données suivantes de l’étude de QUALITY ont été extraites : durée des devoirs, niveau de stresse et temps-écran, durée de sommeil et APMV, facteurs nutritionnels, et profil d’adiposité. « Process Macro » a été utilisé pour faire les analyses statistiques.   Résultats principaux : Les devoirs perçus étant stressants étaient positivement associés avec l’adiposité seulement à 8-10 ans chez les enfants, particulièrement les filles. La consommation de breuvage sucré était un médiateur partiel entre les devoirs perçus étant stressants et le pourcentage de gras abdominal des enfants de 8-10 ans. À 10-12 ans, le temps-écran était le seul médiateur entre les devoirs et l’index de masse corporelle. Le changement dans la durée de sommeil était le seul médiateur entre les changements de devoirs perçus étant stressant et pourcentage de gras abdominal qui s’est produit depuis l’âge de 8-10 ans chez les enfants, particulièrement les filles.   Conclusions : Avec l’avancée de l’âge et augmentation des devoirs, les habitudes d’écran changent. Dans l’aspect préventif de l’obésité pédiatrique, le temps-écran et la durée de sommeil pourraient être surveillés de près.

Keyphrases: Devoir, Écran, Sommeil, Activité Physique, Breuvages Sucrés, Enfants, Obésité
Évaluation des facteurs reliés à la violence familiale dans le cadre de la jurisprudence portant sur la garde d'enfants

La violence familiale est fréquente dans les dossiers de garde d’enfants soumis à la Cour supérieure, chambre de la famille. Le juge d’instance doit alors se pencher sur la complexe question du choix de la modalité de garde d’enfants à octroyer à un auteur de violence familiale. L’enfant court-il un risque pour sa sécurité, sa santé ou son bien-être ? La garde partagée doit-elle être systématiquement écartée ? Or, tout n’est pas tout noir ni tout blanc. Certains facteurs reliés à la violence familiale militeront en faveur d’une limitation et/ou une supervision des contacts entre l’enfant et l’auteur de la violence, alors que d’autres facteurs seront sans effet. L’auteure analyse donc les facteurs reliés aux personnes impliquées dans la situation de violence familiale, soit la victime et l’individu ayant posé le geste. Également, elle examine les facteurs reliés à l’acte, soit la nature, la gravité, la récurrence et le contexte temporel, afin de mettre en relief les tendances jurisprudentielles québécoises en la matière.

Keyphrases: Violence familiale, Violence conjugale, Garde, Accès, Enfant