NCube/papyrus huggingface dataset:
An integrated 3D approach for effective mine risk education in post war-zone areas

Les normes internationales d'action contre les mines définissent l'éducation au risque des mines (MRE) comme une activité visant à réduire les risques de mort et de blessures dues aux mines et aux restes explosifs de guerre, en sensibilisant l'opinion publique et en encourageant les comportements sans danger. Les systèmes et les pratiques d’EDM dans les zones de dépollution dans les régions touchées par les conflits dans le monde encouragent deux types d’activités: l’identification des restes explosifs de guerre et la réaction appropriée assurant la sécurité individuelle ainsi que la sécurité de la communauté. Cela peut être considéré comme une approche bidimensionnelle englobée par les dimensions Identification et Réponse. Ce document s'appuie sur les conclusions d'une étude empirique récente menée spécifiquement dans le nord de Sri Lanka, introduisant la réconciliation en tant que troisième dimension pour améliorer encore l'approche en deux dimensions actuelle de l'éducation au risque des mines. Les auteurs reconnaissent que l'ERM a eu un impact positif sur les communautés touchées par la guerre dans le contexte mondial. Cependant, il faut intégrer un module d’apprentissage qui devrait refléter les différentes causes des risques de catastrophe dans la vie. Ces derniers sont similaires aux risques des mines dans les scénarios extrêmes. Ils constituent des risques non diversifiables, de sorte que les MRE aident à maintenir un effet significatif et durable sur les projets.

Keyphrases: Philosophie, Éthique, Économie, Restes d'explosifs de guerre, Éducation au danger des mines, Réconciliation, Risque
Archives orales de la Convention du patrimoine mondial : entrevue menée avec Krzysztof Pawlowski par Christina Cameron

Krzysztof Pawlowski est un architecte et urbaniste spécialisé dans les questions liées à l’histoire de l’urbanisme et à la revitalisation des complexes historiques urbains. Diplômé de la Faculté d’architecture de l’École polytechnique de Varsovie, il a obtenu son doctorat en 1965. De 1974 à 1982, il a été conservateur général-adjoint des Monuments historiques en Pologne. Il s’est ensuite établi en France pour enseigner. Il a d’ailleurs publié plusieurs ouvrages sur l’urbanisme en France, tels que Circulades languedociennes de l'an mille: naissance de l'urbanisme européen (Montpellier : Presses du Languedoc, 1992) et Tony Garnier. Les débuts de l'urbanisme fonctionnel en France (Paris : Centre de recherche d’urbanisme, 1967). En 2000, il est devenu directeur de l’Institut d’architecture et d’urbanisme de l’Université technique de Łódź. Par ailleurs, il siège depuis 2001 sur le Comité d’architecture et d’urbanisme de l’Académie polonaise des sciences. Il continue également d’enseigner à l’Université de technologie de Lublin. Maintes fois décoré, Pawlowski a notamment reçu un doctorat honorifique de l’Université polytechnique de Lviv (2009), a été nommé Chevalier et officier de l’ordre français des Arts et des Lettres (2011) et s’est vu remettre la médaille du Mérite culturel polonais, Gloria Artis (2015) et le prix Vitruvius du l’Académie polonaise des sciences (2018).  Outre ses nombreuses réalisations académiques, Krzysztof Pawlowski a grandement contribué à la conservation du patrimoine culturel en Pologne et à l’international. À cet égard, il a réalisé plusieurs missions pour l’UNESCO en Europe, en Afrique et en Asie. Deux fois président d’ICOMOS Pologne (1981-1984 et 1993-2002), il a également été vice-président d’ICOMOS International. Il a connu les toutes premières sessions du Comité du patrimoine mondial, d’abord en tant que vice-président du Comité (1977) puis comme rapporteur (1978).    Les extraits audio suivants sont issus d’une entrevue menée avec Krzysztof Pawlowski par Christina Cameron en mai 2018 à Varsovie. L’interviewé y raconte son implication dans les débuts de la Convention du patrimoine mondial, notamment les efforts déployés pour inscrire les premiers sites polonais sur la Liste du patrimoine mondial, y compris la nomination difficile d’Auschwitz-Birkenau. Il insiste aussi sur l’importance de mettre davantage d’efforts dans la conservation et la gestion adéquate des biens : pour lui, inscrire un site au patrimoine mondial implique autant de responsabilités que d’honneur.

Keyphrases: Patrimoine mondial
Archives orales de la Convention du patrimoine mondial : entrevue menée avec Françoise Bercé par Christina Cameron

Françoise Bercé est conservateur général honoraire du patrimoine en France. Elle a étudié à l’École nationale des chartes avant de devenir responsable des archives et des collections de la Direction de l’Architecture et du Patrimoine (aujourd’hui intégrée à la Direction générale des Patrimoines), puis inspecteur général du Patrimoine. Cofondatrice de la revue Monumental, elle a publié de nombreux ouvrages sur la doctrine de la conservation et de la restauration des monuments historiques, ainsi que sur l’architecture du XVIIIe siècle à nos jours. Elle est notamment l’auteure d’un recueil des procès-verbaux de la Commission des monuments historiques entre 1837 et 1848 (A. et J. Picard, 1979) et d’une monographie sur Viollet-le-Duc (Édition du patrimoine, Centre des monuments nationaux, 2013).   Françoise Bercé a fait partie de la délégation de la France au Comité du patrimoine mondial de 1990 à 1996. Elle a également participé à la réunion d'experts sur la Stratégie globale pour les biens naturels et culturels du patrimoine mondial à Amsterdam en 1998.   Les extraits audio suivants sont issus d’une entrevue menée avec Françoise Bercé par Christina Cameron en mars 2019 à Paris. Elle nous partage ses réminiscences des enjeux qui animaient la mise en œuvre de la Convention dans les années 90, tels que la reconnaissance des paysages culturels et des liens entre culture et nature, l’authenticité et la représentativité de la Liste du patrimoine mondial. Elle évoque également ses souvenirs de Michel Parent et de Léon Pressouyre, deux pionniers du patrimoine mondial qu’elle connaissait bien.

Keyphrases: Patrimoine mondial
Étude des déterminants de l’induction et de la sensibilité à l’interféron chez le réovirus de mammifères

Le réovirus de mammifères est à l’étude comme virus oncolytique pouvant détruire de manière préférentielle les cellules cancéreuses. Bien que les déterminants viraux et cellulaires responsables soient mal connus, les voies de signalisation reliées à l’interféron sont probablement impliquées. Deux isolats viraux différant dans leur sensibilité à l’interféron ont précédemment été obtenus et leur séquence nucléotidique a été déterminée. Afin d’établir l’importance des différences entre ces deux virus (T3DK  et VeroAV) et le virus sauvage (T3DS), les plasmides portant chacun des gènes viraux correspondants ont été mutés. Les virus portant différentes combinaisons de gènes de T3DK ou VeroAV dans un fond génétique T3DS ont ensuite été récupérés par transfection de cellules par la technique de « génétique inverse ». Le virus T3DK est non seulement plus sensible à l’interféron que le T3DS, mais il est aussi en mesure d’induire beaucoup plus fortement la production d’interféron. Nous avons été en mesure de montrer que le phénotype de sensibilité est dû à la présence suffisante des protéines µ2 et λ2 du T3DK alors que sa capacité à induire les voies reliées à l’interféron serait plutôt associée à la combinaison de ses protéines µ2 et λ1. D’autre part, le virus VeroAV est également plus sensible à l’interféron que le virus T3DS, sans toutefois induire davantage d’interféron. Le phénotype de sensibilité est, dans ce cas-ci, dû à une unique mutation ponctuelle dans le gène S1 du virus. Cette mutation modifie à la fois la protéine σ1 et σ1s de VeroAV, mais il semble que ce soit son impact sur la protéine non-structurale σ1s qui soit responsable du phénotype de sensibilité observé. Les résultats ont donc démontré que les phénotypes d’induction et de sensibilité à l’interféron peuvent dépendre de multiples déterminants viraux et que ce sont des propriétés partiellement dissociables génétiquement.  La sélection de mutants sensibles à l’interféron suivi de leur caractérisation par l’approche de génétique inverse pourra certainement contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans l’oncotropisme du réovirus de mammifères.

Keyphrases: Réovirus, Interféron, Génétique inverse
Le carcinome intracanalaire de la prostate : indication potentielle pour la radiothérapie adjuvante

Contexte : Le carcinome intracanalaire de la prostate (IDC-P) est une variante de cancer de la prostate (CaP) qui est retrouvée au sein des formes usuelles. Plusieurs études observent que l’IDC-P possède une biologie qui lui est unique et qui répond différemment aux traitements normalement offerts aux patients atteints d’une maladie avancée. La réponse au traitement chez les hommes atteints d’un CaP localisé avec IDC-P n’a pas encore été étudiée. Objectif : Vérifier l’impact de la radiothérapie adjuvante (RTAJD) chez les patients avec un CaP localisé et du IDC-P. Méthodes : Nous avons effectué une étude rétrospective d’hommes avec un CaP localisé traité par prostatectomie radicale (PR) avec ou sans RTAJD, de deux centres (1993-2015). Les critères d’exclusion étaient l’utilisation d’un autre type de traitement avant la récidive biochimique (BCR), et un APS détectable à la suite du dernier traitement. L’issue primaire était la BCR. Les patients étaient réunis selon le traitement (PRseule/PR+RTAJD), le statut d’IDC-P et la présence de facteurs de haut-risque (FHR) : Groupes de grade 4 et 5, marges positives, stade pT3. Résultats : Nous avons révisé 293 PR (suivi médian de 99 mois, avec 63 BCR). Quarante-huit patients (16,4%) étaient traités par PR+RTAJD. Une régression de Cox multivariée pour la BCR indique que l’IDC-P avait l’impact le plus important comparativement aux autres FHR (HR=2,39, 95%CI : 1,44-3,97), tandis que la RTAJD montre un effet protecteur (HR=0,38, 95%CI : 0,17-0,85). Chez les patients IDC-P[+], l’impact de la RTAJD sur le risque de BCR était supérieur comparativement à l’impact chez les patients IDC-P[–]. Les patients IDC-P[+] qui n’ont pas reçu de RTAJD avaient la pire courbe de survie sans BCR (log-rank P=0,023). ii De plus, l’impact de l’IDC-P sur la survie sans BCR était équivalent à l’impact de ≥1 FHR (log-rank P=0,995). Conclusion : Les hommes avec de l’IDC-P n'ayant pas reçu de RTAJD avaient les pires taux de BCR, et l’IDC-P démontre le même impact sur le risque de BCR que les FHR actuellement utilisés comme indications pour la RTAJD. Si validés, nos résultats suggèrent que la RTAJD devrait être considérée chez les hommes avec de l’IDC-P.

Keyphrases: Radiothérapie adjuvante, Récurrence biochimique, Carcinome intracanalaire de la prostate, Prostatectomie radicale
Genetic risk factors of chronic insomnia disorder

Problématique: Le trouble d'insomnie chronique (TIC) affecte 3,5 millions de Canadiens. Malgré sa prévalence élevée, les mécanismes sous-jacents du TIC demeurent méconnus. Une meilleure compréhension de sa base biologique est possible grâce aux études génétiques. Deux études d'associations pangénomiques (GWAS) ont suggéré que le gène MEIS1, antérieurement associé au syndrome des jambes sans repos (SJSR), est indépendamment associé à l'insomnie. Cependant, la méthode de phénotypage des GWAS s'avère limitée et les résultats n'ont pas été répliqué.  Objectif: Évaluer l'association entre MEIS1 et le TIC. Si le gène MEIS1 est pléiotrope au TIC et au SJSR, la fréquence des variantes génétiques du gène sera équivalente chez les groupes TIC et TIC+SJSR. Méthodologie: Au total, 646 patients insomniaques ont participé à l'étude. Trois variantes du gène MEIS1 ont été génotypé. Nous avons comparé les distributions d'allèles et des génotypes de la cohorte TIC aux groupes contrôle et SJSR de la cohorte canadienne française. Résultats: Des spécialistes en sommeil ont émis les diagnostics TIC+SJSR à 26% de la cohorte. Nos résultats suggèrent des différences significatives dans les distributions alléliques et génotypiques entre les groupes TIC et TIC+SJSR. De plus, les distributions d'allèles et de génotypes des trois variantes génétiques étaient similaires entre les groupes TIC et contrôle, et les groupes TIC+SJSR et SJSR (p > 0.05).  Conclusion: Nos données confirment l'association entre MEIS1 et le SJSR  mais elles ne sont pas en faveur de l'effet pléiotropique avec le TIC. Nous soulignons l’importance du phénotypage et le fait de distinguer le TIC du SJSR.

Keyphrases: Troubles du sommeil, génétique de l'insomnie, insomnie chronique, SJSR, GWAS, phénotypage, MEIS1
Évolution à long terme de 142 patients atteints d'un premier épisode de schizophrénie

La schizophrénie est un trouble mental grave. Le pronostic est difficile à prédire, car il existe peu d’études sur l’évolution à long terme. Ce projet de maitrise a deux objectifs principaux :  (i) D’une part, décrire l’évolution des patients avec un premier épisode de schizophrénie, grâce à des études de suivi longitudinal de ≥ 10 ans.  (ii) D’autre part, présenter les principales issues cliniques et fonctionnelles de 142 patients avec premier épisode de schizophrénie, et ce pendant une période de 27 à 31 ans.  Méthodologie : (i) L’auteure effectue une revue systématique de la littérature, présentant les articles avec un échantillon comprenant uniquement des patients avec schizophrénie et un suivi longitudinal de 10 ans et plus.  (ii) L’auteure évalue les variables cliniques et fonctionnelles de 142 patients de façon rétrospective, par le biais des dossiers médicaux, ainsi que par les bases de données administratives.  Résultats :  (i) Selon la littérature, après un suivi de 10 ans et plus, 39,5 à 51,0% des patients sont célibataires et 25,6 à 54,0% occupent un emploi. Le taux de suicide varie de 1,7 à 10,0%.  (ii) Le nombre d’hospitalisations en psychiatrie diminue après les premiers 10 ans, avec plus 1/5 des patients ne nécessitant pas de réhospitalisation. Plus de la moitié des patients bénéficient de l’aide sociale à la fin de l’étude.  14 patients sont décédés par suicide, dont la moitié durant les premiers 10 ans de suivi.  Conclusion : La schizophrénie demeure un trouble mental aux conséquences graves, mais dont l’évolution est hétérogène.

Keyphrases: premier épisode schizophrénie, évolution long terme, pronostic, évolution fonctionnelle
Principes de l’évolution du réseau de l’homéostasie des protéines

L’homéostasie cellulaire est la capacité d’une cellule à maintenir son équilibre et sa fonctionnalité. Une des causes de l’instabilité de cet équilibre est le stress. En effet, le stress provoque une accumulation des protéines mal repliées, qui peuvent former des agrégats provoquant des maladies neurodégénératives. Les protéines « chaperons » sont le principal mécanisme du repliement des protéines et du contrôle de leur qualité. Celles-ci forment le cœur d’un réseau qu’on appelle le réseau d’homéostasie des protéines. Celui-ci a pour but de contrôler, d’assurer et de protéger le protéome , par le biais de la réparation du repliement et l’élimination des agrégats. Le réseau joue un rôle essentiel pour garder l’homéostasie protéique cellulaire dite protéostasie. Actuellement, nous manquons de connaissances fondamentales sur la façon dont ce réseau fonctionne en équilibre, mais aussi comment il échoue lors d’un déséquilibre. Par exemple, le rat-taupe nu, Heterocephalus glaber, a un cycle de vie lent qui peut dépasser 30 ans. Il a un mécanisme résistant au stress et un bon système du réseau, ce qui lui permet d’atteindre facilement un équilibre au niveau de son fonctionnement cellulaire. À l’inverse, le poisson, Nothobranchius furzeri, dont l’espérance de vie est très courte présente un processus de vieillissement accéléré et une perturbation de l’homéostasie. Il est à propos de se demander, comment cet équilibre fonctionne-t-il chez ces organismes et chez d’autres ? Ce projet de recherche utilise des approches bio-informatiques et de génomique comparative, afin de mettre en évidence les principes fondamentaux de la protéostasie. L’évolution du réseau des chaperons sera analysé dans le contexte de l’adaptation du protéome. En reliant à l’échelle évolutive, nous analyserons la diversification du réseau des chaperons à travers la phylogénie et l’unirons à l'évolution du protéome. Ce projet de maîtrise apporte des notions fondamentales sur l'évolution du réseau de l'homéostasie des protéines. Précisément, nous présentons une analyse comparative des chaperons de 216 espèces eucaryotiques qui indiquent que l’équilibre de la protéostasie peut être une élément clé pour expliquer la robustesse  de l’organisme.

Keyphrases: bio-informatique, chaperons, phylogénétique, homéostasie, Évolution
Investigation du système ubiquitine protéasome et découverte de nouvelles cibles thérapeutiques anti-cancer surpassant la résistance acquise au bortézomib

Le myélome multiple (MM) est le deuxième cancer humain du sang le plus courant. Le protéasome, un complexe multi-protéique responsable de la dégradation des protéines ubiquitinées, a été établi comme une cible majeure pour le traitement des patients atteints de MM. Bien que les taux de survie des patients se sont significativement améliorés depuis l'introduction des inhibiteurs du protéasome (bortézomib), les patients développent une résistance et ultimement rechutent. Par conséquent, cette maladie demeure un problème de santé publique majeur et elle oblige un besoin absolu de développer de nouvelles thérapies. Dans notre étude, nous avons généré des lignées de cellules cancéreuses résistantes au bortézomib et réalisé des criblages ARNi de déubiquitinases (DUB: 100 gènes) et d'enzyme de conjugaison de l’ubiquitine (E2: 40 gènes). Cela dans le but d’identifier les gènes de ces familles qui affectent la prolifération des cellules cancéreuses sensibles et/ou résistantes suite à l'abrogation de leur fonction. Nous avons identifié plusieurs cibles dont la déubiquitinase associée au protéasome PSMD14, qui est nécessaire pour la déubiquitination des protéines antérieures à leur entrée et dégradation par le protéasome. Par la suite, PSMD14 a été soumise à une analyse plus détaillée en utilisant des approches ARNi, CRISPR/Cas9 et de mutagenèse sur des cellules cancéreuses sensibles ou résistantes. Nous avons trouvé que la déplétion de PSMD14 entraîne une diminution dramatique de la prolifération cellulaire et de la mort cellulaire comparé à la cible du bortézomib PSMB5. D'autre part, nous avons observé que l'étendue de l'ubiquitination de l'histone H2A et les niveaux d'expression de HSP70 sont corrélés avec la sensibilité cellulaire à l'inhibition du protéasome. Ainsi, ces facteurs pourraient être des biomarqueurs potentiels pour le pronostic de survie chez les patients atteints de MM.  PMSD14 ainsi que d'autres cibles révélées par nos criblages représentent des cibles thérapeutiques potentielles dont l'inhibition pourrait surmonter la résistance acquise aux inhibiteurs de protéasome actuellement utilisés pour le traitement des patients atteints de cancer.

Keyphrases: Cancer, Protéasome, Inhibiteur du protéasome, Résistance acquise, Nouvelle thérapie, Criblage, Déubiquitinase, Enzyme de conjugaison de l’ubiquitine, PSMD14
Une minorité sans histoire : le cas des Roms en Roumanie

La révolution de 1989 en Roumanie a entamé le processus de démocratisation après plus de quatre décennies de communisme. De nombreux changements économiques, politiques et sociaux ont suivi la chute du régime totalitaire, surtout à la suite de l’adhésion du pays à l’Union européenne. L’un des enjeux qui démontrent les progrès et les limites de la transition démocratique sont les conflits mémoriels réveillés par la révision historiographique. Les pressions des institutions européennes et internationales ont créé des opportunités politiques pour les minorités, dont les Hongrois, les Juifs et les Roms, afin qu’elles puissent mettre de l’avant leurs mémoires collectives, jusqu’à lors ignorées. En dépit de cette occasion et des avancés des communautés juives et hongroises, les Roms demeurent largement absents de l’histoire nationale. Cette analyse examine les facteurs qui expliquent l’écart entre la représentation des Roms face à celle des Juifs et des Hongrois, grâce au modèle du processus politique, qui englobe trois facteurs bien établis de la théorie sur le mouvement social : les opportunités politiques, la mobilisation des ressources et le cadrage.

Keyphrases: Historiographie, Histoire, Conflit mémoriel, Nationalisme, Manuel scolaire, Minorité, Roms, Roumanie, Mouvement social, Opportunité politique, Mobilisation des ressources, Cadrage, Mobilisation
Retracer le changement de la répartition géographique d’une espèce grâce aux événements d’hybridation in situ

La modification de la répartition géographique des espèces est fortement influencée par les changements climatiques. Dans les régions où les conditions deviennent défavorables, un déclin démographique conduisant souvent à l’extinction des espèces est observé. Au cours de ce déclin, des événements d’hybridation peuvent survenir lorsque les individus d’une espèce rare se reproduisent avec ceux d’une autre espèce plus abondante (principe de Hubbs). Une étude précédente a détecté, dans le sud du Québec (Canada), plusieurs événements d’hybridation in situ impliquant les femelles Chrosomus neogaeus et les mâles Chrosomus eos bien que C. neogaeus soit quasi absent de la région. Ceci a pu être réalisé grâce au mode de reproduction asexuée des hybrides qui conservent alors de façon intacte la diversité génétique des espèces parentales. L’objectif de l’étude est donc d’inférer les changements démographiques de C. neogaeus en fonction de la structure géographique d’événements d’hybridation. Un large échantillonnage latitudinal a été réalisé afin de déterminer la répartition géographique des membres du complexe C. eos-neogaeus et de tester différents scénarios biogéographiques. Alors que C. neogaeus était présent dans tous les bassins versants échantillonnés, une corrélation entre les bassins versants et l’origine glaciaire des individus les ayant colonisés a révélé différents historiques de colonisation postglaciaire. Cependant, un gradient latitudinal a été observé en ce qui concerne la diversité des hybrides. Au sud, les résultats ont révélé une importante quantité d’événements d’hybridation in situ, mais ceux-ci deviennent moins fréquents au nord. Ce gradient latitudinal pourrait être interprété comme étant la conséquence d’un déplacement vers le nord de la répartition géographique de C. neogaeus et constitue une preuve supplémentaire d’un changement environnemental à grande échelle dans les écosystèmes aquatiques d’eau douce depuis la fin de la glaciation.

Keyphrases: Changements démographiques, Événements d’hybridation, Répartition géographique, Changements climatiques, Chrosomus neogaeus, Chrosomus neogaeus