NCube/papyrus huggingface dataset:
Étude des facteurs génétiques dans la pathophysiologie du somnambulisme

Le somnambulisme est un trouble du sommeil fréquent qui appartient à la famille des parasomnies NREM. Malgré des décennies de recherche, sa pathophysiologie reste peu comprise. Les études de familles et les études de jumeaux démontrent qu’une forte composante héréditaire est en jeu. Toutefois, très peu d’études moléculaires ont été menées afin d’identifier des gènes impliqués et il n’y a toujours pas de consensus quant au mode de transmission dans les familles. Cet ouvrage contient deux études distinctes qui tenteront de répondre à ces deux problèmes. L’objectif de la première étude était de déterminer si des variants génétiques dans le gène Adénosine désaminase (ADA) étaient enrichis dans la population somnambule en comparaison avec les dormeurs sains. Le gène entier a été séquencé chez 251 patients somnambules provenant de Montréal et de Montpellier ainsi que chez 94 sujets contrôles sans histoire personnelle ni familiale de somnambulisme. Aucun variant génétique n’était enrichi chez les patients somnambules en comparaison avec les dormeurs sains et les bases de données génétiques publiques. Dans la deuxième étude, le premier objectif était de déterminer le mode de transmission du somnambulisme chez 20 familles canadiennes-françaises. Le deuxième objectif était de mesurer le risque récurrent ainsi que le risque relatif pour la fratrie et les enfants des patients index. Dans notre cohorte, le somnambulisme se transmettait principalement selon un mode autosomal dominant à pénétrance réduite. Les risques récurrents pour les apparentés de premier degré étaient : à vie 0,48 à 0,56, durant l’enfance 0,43 à 0,56 et à l’âge adulte 0,14 à 0,35. Les risques relatifs pour les apparentés de premier degré étaient : à vie 6,96 à 8,12, durant l’enfance 1,48 à 4,06 et à l’âge adulte 4,67 à 11,67 supérieurs à la population générale. D’autres études moléculaires comme le séquençage de l’exome et les études de liaison génétique dans les familles seront nécessaires afin d’identifier de nouveaux gènes candidats qui pourront agir à titre de biomarqueurs. Cela permettrait de faciliter le diagnostic et ultimement développer des approches thérapeutiques ciblées.

Keyphrases: Somnambulisme, Parasomnie NREM, Adénosine désaminase, Génétique, Séquençage
Estimation de la mortalité attendue à long terme des maladies chroniques : une comparaison de différentes méthodes d’analyse

Il est rarement possible de connaitre avec précision la mortalité à long terme associée à une condition médicale. Cependant, l’estimation de cette mortalité est primordiale dans certains domaines tels l’assurance-vie et l’expertise médicale. La méthode du Relative Risk (RR) constant, qui est la plus utilisée, comporte plusieurs failles, permettant seulement de faire des estimations grossières et conservatrices de cette mortalité. Nous avons donc comparé deux autres méthodes d’estimation de la mortalité, soit Excess Death Rate (EDR) constant et Proportional Life Expectancy (PLE). Nous avons analysé la mortalité à long terme de plusieurs maladies chroniques, entre autres le cancer et les maladies cardiovasculaires, et avons comparé ces résultats avec ceux que nous donnaient les différentes méthodes d’estimation. Nous avons ainsi pu déterminer la meilleure méthode. Nos résultats indiquent que les méthodes EDR constant et PLE sont supérieures au RR constant dans l’estimation de la mortalité. Aussi, plus l’estimation de la survie se fait à long terme, plus l’EDR constant et la PLE donnent de meilleurs résultats. Finalement, l’âge ou le type de conditions médicales analysées ne semblent pas avoir un impact déterminant lorsque l’on choisit d’utiliser l’une des trois méthodes. Les méthodes de l’EDR constant et la PLE devraient être préconisées dans l’analyse de la mortalité lors de la sélection des risques en médecine d’assurance ou lors d’évaluation de l’espérance de vie pour une expertise médicale.

Keyphrases: Mortalité, Survie, Condition médicale chronique, Long terme, Estimation, Ratio de mortalité, Excès de mortalité, Espérance de vie proportionnelle (PLE), Espérance de vie, Long term, Excess death rate, Proportional Life Expectancy (PLE), Life expectancy
Preuves comportementales de capacités olfactives améliorées chez les personnes sourdes

La privation sensorielle, et tout particulièrement la déficience auditive, s’avère un excellent modèle théorique pour étudier les phénomènes de neuroplasticité dans le cerveau humain ainsi que les comportements adaptatifs qui se manifestent afin de soutenir le quotidien des individus privés d’une modalité sensorielle. Pour s’adapter à leur handicap, les individus sourds se reposent quotidiennement sur leurs autres sens restés intacts. Les éléments de preuves les plus cohérents dans la littérature sont en faveur de performances visuelles et tactiles supérieures chez les individus sourds profonds congénitaux. Dans cette étude, nous souhaitons explorer les habiletés olfactives chez les individus sourds congénitaux. Pour cela, nous avons évalué de façon exhaustive les capacités olfactives de 11 individus sourds congénitaux par le biais de tâches psychophysiques portant sur les processus de détection, d’identification, de discrimination et de localisation d’odorants, en comparaison à 11 individus neurotypiques. Le test du Sniffin’ Sticks et un olfactomètre ont été utilisés afin d’identifier de potentielles différences de performance olfactive entre les deux populations. Les résultats démontrent que la privation auditive entraine des performances supérieures dans la modalité olfactive chez les individus sourds congénitaux en comparaison à des individus neurotypiques.

Keyphrases: Sourds Congénitaux, Neuroplasticité, Privation Sensorielle
Validation externe des critères de gravité du saignement intracrânien chez les patients avec un traumatisme crâniocérébral léger

Introduction : Il existe beaucoup d’hétérogénéité dans la prise en charge des patients se présentant au département d’urgence avec un traumatisme crâniocérébral léger (TCCL) et des lésions à la tomodensitométrie (TDM) cérébrale. L’objectif principal de cette étude est de valider des critères de gravité du saignement intracrânien afin de prédire le besoin d’intervention neurochirurgicale puis, en deuxième lieu, valider si ces mêmes critères peuvent également prédire le besoin d’admission en centre de neurotraumatologie. Méthodes : Cette étude est une analyse rétrospective d’une cohorte de patients adultes avec TCCL se présentant au département d’urgence d’un centre de neurotraumatologie, de 2008 à 2012. Le besoin d’intervention neurochirurgicale et d’admission était laissé à la discrétion du médecin traitant. La sensibilité et la spécificité des critères de gravité ont été calculées avec des intervalles de confiance à 95% (IC95%). Résultats : En tout, 678 patients (homme = 65.9%, âge moyen = 62.5 ans) ont été inclus. Parmi eux, 114 (16.8%) ont subi une intervention neurochirurgicale. Tous les patients ayant nécessité une intervention neurochirurgicale remplissaient des critères de lésions significatives à leur TDM initiale (sensibilité 100% [IC95% 96.8-100]). Par contre, la spécificité était faible, soit 34.8% (IC95% 30.8-38.8) : 196 (28.9%) patients n’ayant pas nécessité d’intervention neurochirurgicale n’avaient pas de critères de lésions significatives. Ces critères ont une sensibilité de 78.3% (IC95% 74.6-81.7) et une spécificité de 55.9% (IC95% 47.4-64.2) afin de prédire l’admission en centre de neurotraumatologie. Conclusion : Les critères de gravité du saignement intracrânien ont identifié tous les patients ayant requis une intervention neurochirurgicale, sans toutefois démontrer une forte spécificité. Ils étaient moins sensibles, mais plus spécifiques, pour prédire l’admission en centre de neurotraumatologie.

Keyphrases: traumatisme crâniocérébral léger, règles de décision clinique, prise en charge, intervention neurochirurgicale
Intervention nutritionnelle visant à stabiliser l’anticoagulothérapie à la warfarine sodique

L’apport en vitamine K a été identifié comme un facteur influençant la stabilité de l’anticoagulothérapie à long terme. Des études cliniques ont montré que les patients recevant un supplément de vitamine K (100 à 150 μg/jour) bénéficiaient d’une amélioration de la stabilité de l’anticoagulothérapie. Dans le but de vérifier si un effet bénéfique similaire peut être obtenu grâce à une augmentation de l’apport de vitamine K à partir de la diète, un essai contrôlé randomisé de 24 semaines a été mené. Les patients randomisés dans le groupe d’intervention ont participé à des ateliers proposant des recommandations nutritionnelles afin d’augmenter leur apport en vitamine K d’au moins 150 μg/jour. Les patients du groupe contrôle ont participé à des ateliers distincts recommandant une alimentation équilibrée. La stabilité de l’anticoagulothérapie a été définie par le pourcentage de temps passé dans la fenêtre thérapeutique (TTR≥70%) entre les semaines 4 et 24. L’analyse basée sur l’intention de traitement a montré que le pourcentage des participants qui répondaient aux critères de stabilité à l’anticoagulation étaient 44,4% et 27,3% pour le groupe d’intervention et le groupe contrôle, respectivement (p=0,22). L’analyse conforme au protocole a accentué la différence entre les groupes intervention et contrôle (52,2% et 27,3%, respectivement (p=0,088)). Les deux analyses ont montré que l’apport moyen de vitamine K calculé entre les semaines 6 et 24 était supérieur dans le groupe d’intervention par rapport au groupe contrôle (p=0,001). Cette étude tend à appuyer l’hypothèse selon laquelle un apport quotidien élevé de vitamine K améliore la stabilité de l’anticoagulothérapie.

Keyphrases: vitamine K, instabilité de l'anticoagulothérapie, anticoagulothérapie
L’évolution des pangénomes de procaryotes sur des échelles de temps humaines

Le pangénome est l’ensemble des gènes uniques retrouvé chez une espèce. Dans le cas des espèces procaryotes, notamment celles qui sont présentes dans le microbiote intestinal humain, la variation du contenu en gène est caractérisée par des événements de gain de gènes principalement par transfert horizontal de gènes (THG) et de perte de gène. Cette variation du contenu en gène peut être plus rapide que le taux de mutation et permettre aux microbes de s’adapter rapidement à des pressions sélectives. Cela justifie donc l’étude de l’évolution pangénomique des procaryotes sur des échelles de temps humaines qui sont considérées comme étant courtes du point de vue évolutif, par exemple de l’ordre de quelques années. La plupart des études sur ce sujet impliquent des espèces relativement distantes qui ont divergé depuis des millions d’années. De plus, l'équilibre des forces évolutives majeures impliquées, telles que le THG, la sélection, la dérive génétique et les mutations, n’est pas clairement défini et est au cœur d’un débat dans la littérature. Ce projet de maîtrise permet donc d’élargir le portrait évolutif des pangénomes de procaryotes en s’intéressant à l’évolution des gènes transférés horizontalement, aussi appelés gènes mobiles, sur de courtes échelles de temps. Pour ce faire, nous allons d’abord passer en revue la littérature pertinente en lien avec ce sujet, notamment les méthodes employées pour détecter les gènes mobiles et les modèles d’évolution pangénomique. Nous allons ensuite analyser l’évolution d’une collection de 37 853 gènes mobiles impliqués dans des THG récents détectés dans le microbiote intestinal d’individus provenant d’Amérique du Nord ou des îles Fidji. Pour détecter des signatures évolutives des forces en action, nous estimerons divers paramètres de génétique des populations à partir de l’alignement entre les lectures de séquençage métagénomique de 176 microbiotes fidjiens et cette collection de gènes mobiles. Nous expliquerons aussi l’outil de simulations évolutives que nous avons développé afin de valider et expliquer certaines de nos observations. Sans exclure la présence de pressions de sélection pour des gènes mobiles ayant des fonctions spécifiques, les données réelles et les simulations nous amènent à conclure que l’évolution des gènes mobiles sur de courtes échelles de temps peut être expliquée par un modèle d’évolution où les gènes mobiles ne sont pas largement adaptifs à leurs hôtes humains ou microbiens, contrairement à ce qui est parfois observé sur de longues échelles de temps évolutif.

Keyphrases: Pangénome, Évolution, Gènes mobiles, Transfert horizontal de gènes, Microbiote intestinal humain, Procaryotes, Simulation évolutive, Simulation
The impact of p53 mutations on the ER status and estrogen dependent growth of breast tumours

TP53 est l'un des gènes les plus fréquemment mutés dans le cancer du sein (~ 30% de tumeurs) et code pour le suppresseur de tumeur p53. La majorité des mutations TP53 observées dans le cancer du sein sont exclusives à chaque sous-type, avec une fréquence de mutation élevée (75-80%) dans les sous-types de récepteurs aux œstrogènes négatifs (statut ER-), qu’ils soient de type HER2 + ou basal, alors que cette fréquence est plus faible (15-30%) dans les tumeurs ER + de sous-types de luminal A ou B. Les tumeurs mammaires ER + dépendent des œstrogènes pour leur croissance et peuvent être traitées avec des anti-œstrogènes, alors que les tumeurs ER- sont résistantes à un tel traitement. Il a été publié que p53 régule positivement l'expression de ER, suggérant que des mutations pourraient contribuer à la perte de ER. Nous avons donc émis l'hypothèse que les mutations TP53 trouvées dans les sous-types ER- pourraient provoquer la perte d'expression de ER, de la dépendance aux œstrogènes pour la prolifération, et de la sensibilité aux anti-œstrogènes. L'expression de TP53, qui n’est pas muté dans la lignée cellulaire de cancer du sein ER + MCF-7, a été supprimée par une approche CRISPR-Cas9. Un panel de mutations de TP53 a été sélectionné en fonction de leur distribution dans les différents sous-type, des niveaux ER associés à la présence de ces mutations et de leur fréquence dans des collections de tumeurs à grande échelle. Ces mutations ont ensuite été introduites dans une lignée cellulaire clonale TP53 KO par rétrovirus. Ni la suppression de TP53 ni l'introduction de mutations en combinaison avec la stimulation Nutlin-3a n'ont affecté l'expression de ER dans les cellules MCF7. En outre, alors que la sensibilité à Nutlin-3a est abolie dans les lignées cellulaires KO ou porteuses de mutations de p53, aucune capacité proliférative supplémentaire n'a été observée en présence d'estradiol. Enfin, l'arrêt du cycle cellulaire par les anti-œstrogènes n'a pas été aboli par le KO de TP53. Cependant, le TP53 KO a démontré, outre une résistance à la doxorubicine et aux rayonnements ionisants, une capacité accrue de croissance clonale en l'absence d'oestrogènes. Cela suggère que la mutation TP53 n'est pas impliquée dans les phénotypes liés à ER+, mais pourrait constituer un médiateur de transition vers une croissance indépendante des œstrogènes.

Keyphrases: p53, cancer du sein, régulation transcriptionnelle, cycle cellulaire, dépendance aux œstrogènes
L’expérience subjective de la psychose : récits et trajectoires de jeunes d’Auberges du coeur

La conceptualisation du phénomène de psychose et les façons de s’en «rétablir» sont fortement  influencées par le modèle biomédical. Or, d’autres perspectives existent et sont pertinentes pour  développer une compréhension plus aiguisée et critique de l’expérience de la psychose. On peut  notamment penser à la phénoménologie, les approches basées sur le savoir expérientiel et les  approches alternatives en santé mentale.   Afin d’explorer un phénomène peu étudié empiriquement et d’offrir un espace de parole à des  personnes marginalisées, ce mémoire illustre qu’une pluralité de discours et d’approches  relativement à la psychose existe, mais que peu d’espace est accordé à la subjectivité et à la  souffrance. La question guidant la démarche est la suivante : Quel sens et quelles significations les  jeunes adultes hébergés en Auberge du coeur et ayant un suivi dans une clinique Premier épisode  psychotique (PEP) donnent-ils à l’expérience de la psychose? À cet égard, quelle est la place de  différents discours sur la psychose dans leurs récits?   Une démarche qualitative a été privilégiée pour mener cette démarche. Six jeunes adultes ayant  vécu une expérience de psychose ainsi qu’une expérience d’itinérance ont été rencontrés. Les  entrevues s’intéressaient au parcours des jeunes, à leurs visions du monde et à leurs perceptions de  différents services reçus durant leur parcours. Adoptant un cadre conceptuel fluide et pluriel,  différentes perspectives ont été utilisées pour analyser les résultats. Entre autres, des écrits  s’intéressant à la subjectivité et aux expériences ont été utilisés, ainsi que ceux s’intéressant à la  conceptualisation de la souffrance.  Les analyses ont mis en lumière que les parcours des jeunes sont caractérisés par de l’adversité et  des traumas, ainsi que de détresse psychologique. Également, leurs récits illustrent que la psychose  est une expérience difficile à saisir et verbaliser. Le réductionnisme de l’approche biomédicale est  fort, et cela se traduit notamment par une difficulté à offrir des espaces pour accueillir la souffrance  des jeunes relativement à leurs expériences de psychose.

Keyphrases: psychose, subjectivité, souffrance, jeunes adultes, itinérance
« De véritables débits de poisons » : analyse des référendums de prohibition dans les provinces canadiennes entre 1898 et 1921

Les résultats historiques des différents référendums et plébiscites tenus au Canada depuis la Confédération ont révélé de très grandes oppositions entre plusieurs provinces. Le Québec s’est particulièrement distingué du reste du pays lors de certains référendums. En effet, cette province francophone est la seule à s’être opposée majoritairement à la circonscription, à la prohibition, et à avoir voté à deux reprises pour se séparer du reste du Canada. Or, notre compréhension de l’origine des distinctions d’opinions entre les provinces canadiennes, et plus particulièrement celle du Québec, demeure encore floue aujourd’hui. Il est donc important de remonter dans le temps pour voir si celles-ci étaient présentes au début du 20e siècle, notamment en étudiant l’enjeu de santé publique lié à la prohibition. Ce mémoire s’intéresse donc à la relation entre plusieurs variables socio-démographiques et les résultats du vote lors de différents référendums. Des mouvements en faveur de la prohibition se sont formés au milieu du 19e siècle au Canada et aux États-Unis avec des succès inégaux. Le mouvement prohibitionniste canadien n’a jamais réussi à étendre son influence contrairement aux États-Unis, mais celui-ci a quand même réussi à s’introduire au niveau des municipalités à l’aide de la loi sur la tempérance (1878). Le référendum national (1898) fut révélateur d’une forte opposition à cette politique publique au Québec. Les origines de ces disparités régionales, entre le Québec et le reste du Canada, mais aussi au niveau des municipalités au Québec, demeurent inexpliquées aujourd’hui. Or, quels sont les facteurs qui expliquent ces différences ? La littérature sur la tempérance indique que la religion est le facteur explicatif principal de l’appui à la prohibition. D’autres facteurs existent comme l’origine ethnique, la proportion urbaine et rurale, la présence des groupes d’intérêt brassicoles ou le vote des femmes. Néanmoins, la littérature au Canada ne semble pas unanime sur le sujet. À partir d’une analyse de régressions linéaires des moindres carrés ordinaires (MCO) et de modèles linéaires généralisés (MLG) sur les données du recensement canadien (1901, 1921), les votes des référendums et du rapport annuel de la Commission des Liqueurs du Québec (1921-1922), il sera possible de déterminer les facteurs explicatifs de l’appui à la prohibition. Les attitudes des francophones et des catholiques en dehors du Québec seront analysées lors des référendums au Nouveau-Brunswick (1920) et en Nouvelle-Écosse (1920). Un lien avec les attitudes politiques sur la légalisation du cannabis nous pousse à croire que la distinction du Québec s’articule toujours dans sa vision de la santé publique.

Keyphrases: Prohibition, Québec, Canada, Référendum, Commission des liqueurs du Québec, Tempérance, Contrôle Social, Attitudes Politiques, Histoire politique, 19e siècle, 20e siècle, Prohibition, Canada
Analyse comparative de modèles de la qualité des habitats basés sur la densité instantanée et cumulative de poissons

Les écosystèmes aquatiques contiennent environ 25% de la biodiversité globale et sont parmi les plus affectés par l’activité humaine. Cela est entre autres causé par la position de « receveur » des rivières, lacs et océans dans leur bassin versant. Les espèces aquatiques, en eau douce particulièrement, sont ainsi hautement à risque d’être affectées par l’activité humaine. La protection de ces espèces peut inclure la protection et la restauration de leurs habitats. Les modèles de qualité d’habitats (MQH) peuvent être utilisés afin de déterminer quels habitats protéger et restaurer. Les MQH définissent la relation entre un indice de qualité d’habitats (IQH, e.g. densité) et des conditions environnementales. Toutefois, la performance des MQH dépend de l’IQH sélectionné. Ici, notre objectif est de comparer des MQH basés sur deux IQH estimés pour des poissons en rivière : 1) la densité instantanée, échantillonnée en transect par plongée en apnée et 2) la densité cumulative, échantillonnée en point fixe par caméra-vidéo en stéréo. Au total, douze modèles ont été construits et nos analyses indiquent que les MQH basés sur la densité instantanée ont des capacités explicatives significativement supérieures. Les variables environnementales retenues pour expliquer la distribution de chaque espèce sont toutefois différentes. Cela semble être causé en partie par des différences inhérentes à l’échantillonnage (e.g. échelle spatiale). Ces résultats démontrent que la densité instantanée en tant qu’IQH produit des MQH aux capacités explicatives supérieures et que les deux IQH semblent donner des informations complémentaires sur les caractéristiques des habitats à protéger et à restaurer.

Keyphrases: caméra-vidéo, plongée, modèle de la qualité des habitats, indice de qualité des habitats, densité instantanée, densité cumulative, poisson, écosystème aquatique