NCube/papyrus huggingface dataset:
Thérapie prolongée au mesylate d'imatinib avant la chirurgie pour les tumeurs stromales gastrointestinales avancées : résultats d'une étude prospective de phase II

Les tumeurs stromales gastrointestinales (GIST) sont les néoplasies mésenchymateuses les plus complexes du système gastrointestinal. Le traitement curatif standard de cette pathologie est la chirurgie avec l'obtention de marges microscopiques négatives. Les résultats impressionnants obtenus sur la prolongation de la survie avec l'administration d'imatinib (IM) chez les patients atteints de maladie métastatique et non-réséquable ont suggéré aux cliniciens que ce même médicament pourrait aussi collaborer à l'obtention de marges négatives plus aisément lors de cancer avancé. Jusqu'à présent, aucune étude prospective n'a caractérisée l'effet d'une thérapie néoadjuvante prolongée à l'IM sur la qualité de la résection chirurgicale subséquente. L'objectif de ce projet de maîtrise était d'évaluer l'efficacité de l'imatinib utilisé avant la chirurgie (néoadjuvant) jusqu'à l'obtention d'une réponse maximale, en vue d'augmenter le taux de résection microscopique complète (R0) dans le traitement chirurgical des GIST à haut risque de résection microscopique incomplète (R1) ou impossible (R2). Pour ce faire, une étude prospective multicentrique de phase II a été réalisée. Le traitement néoadjuvant à l'IM a été instauré chez des patients porteurs d'une GIST localement avancée ou métastatique. Au total, quatorze patients ont reçu une dose de 400-600 mg/d d'IM pour une durée de 6-12 mois avant la chirurgie. Quatorze patients ont été inclus dans l'étude. Onze ont eu une chirurgie à visée curative, un patient a démontré une maladie non-réséquable suite à une laparotomie exploratrice et deux patients ont refusé la chirurgie. Après un suivi moyen de 48 mois, tous les patients opérés étaient vivants et sept sans évidence de récidive. L'utilisation prolongée (12 mois) d'IM dans un contexte néoadjuvant est faisable, sécuritaire, efficace et comporte peu de toxicité. De plus, cette approche est associée à des hauts taux de résection complète (R0), tout en permettant une chirurgie moins extensive. Des études de phase III actuellement en cours sont nécessaires afin de confirmer nos résultats.

Keyphrases: GIST, Tumeur stromale gastrointestinale, Mesylate d'imatinib, Gleevec, Néoadjuvant, Pré-opératoire, Chirurgie, Chimiothérapie, Cancer
L’idée d’un «premier niveau de réflexion» chez Karl Rahner : concept-clé d’une proposition de réforme des études théologiques à l’école de Saint Ignace

Au début de son Traité fondamental de la foi, Karl Rahner avise le lecteur que l’introduction au concept de christianisme qu’il propose se déploie à ce qu’il nomme un « premier niveau de réflexion » (erste Reflexionsstufe). S’il le distingue explicitement du niveau de réflexion des sciences entendues au sens usuel, il n’en donne pas de définition formelle, s’employant plutôt à le mettre en œuvre. Curieusement, eu égard à l’importance que lui accorde Rahner, la question de ce « plan » alternatif de compréhension et de justification de la foi chrétienne est demeurée pratiquement sans écho (un constat formulé par Max Seckler en 1984 et renouvelé par Karl H. Neufeld en 2006). C'est à cette question du « premier niveau de réflexion » chez Rahner que s'attache la présente étude. Après avoir dressé un état de la question, nous y présentons les jalons du déve-loppement du concept chez Rahner, depuis ses articles sur la formation des prêtres en contexte de pluralisme jusqu’au Traité fondamental de la foi. Nous y montrons ensuite en quoi la référence de Rahner à l'illative sense newmanien, contestée lorsqu’elle n’est pas négligée par les commentateurs, peut être une clé d’interprétation de la notion qui nous occupe, le « sens illatif » (et la Grammar of Assent) éclairant le « premier niveau de réflexion » (et le Traité fondamental), et vice versa. Nous y voyons enfin comment cette référence à Newman met sur la voie des Exercices spirituels d’Ignace de Loyola, lequel aura été pour Rahner non seulement un maître spirituel, mais également un maître de théologie. Ce qui paraissait n’être au début qu’une indication d’ordre didactique se révèle dès lors comme une caractérisation fondamentale de la théologie telle que la com-prend Rahner.

Keyphrases: Karl Rahner, premier niveau de réflexion, christianisme, compréhension de la foi, justification de la foi, théologie fondamentale, épistémologie, Ignace de Loyola, connaissance existentielle, Karl Rahner
Développement et caractérisation de sources de neutres réactifs pour l’étude des interactions plasmas-surfaces

L’objectif de ce mémoire de maîtrise est de développer et de caractériser diverses sources de neutres réactifs destinées à des études fondamentales des interactions plasmas-surfaces. Ce projet s’inscrit dans le cadre d’une vaste étude de la physique des interactions plasmas-parois mises en jeu dans les procédés de gravure par plasma des matériaux de pointe. Une revue de la littérature scientifique sur les diverses méthodes permettant de générer des faisceaux de neutres réactifs nous a permis de sélectionner deux types de sources. La première, une source pyrolitique, a été caractérisée par spectrométrie de masse en utilisant le C2F6 comme molécule mère. Nous avons montré que le C2F6 était dissocié à plus de 90% à 1000ºC et qu’il formait du CF4, lui-même dissocié en CF2 vers 900ºC. Ces résultats ont été validés à l’aide d’un modèle basé sur des calculs d’équilibres chimiques, qui a aussi prédit la formation de F à 1500ºC. La seconde source, un plasma entretenu par une onde électromagnétique de surfaces, a été caractérisée par spectroscopie optique d’émission et par interférométrie haute fréquence. Dans le cas du plasma d’argon créé par un champ électromagnétique (>GHz), nos travaux ont révélé une distribution en énergie des électrons à trois températures avec Te-low>Te-high<Te-tail. Nous avons conclu que la formation d’électrons suprathermiques était liée à la génération d’instabilités de plasma au point de résonance au voisinage des parois du réacteur et à des mécanismes d’amortissement de ces instabilités de type Landau. Le même phénomène a été observé dans le plasma de Cl2, mais cet effet disparaissait pour des pressions élevées du au fait de l’amortissement collisionnel. Nous avons aussi montré que ces sources pouvaient conduire à des degrés de dissociation du Cl2 près de 100%.

Keyphrases: Interactions plasmas-parois, sources de neutres réactifs, diagnostics des plasmas, ondes de surface, source pyrolitique
Inventing interventions : strategies of reappropriation in Native American and First Nations literatures

Ma thèse de doctorat, intitulée Inventing Interventions: Strategies of Reappropriation in Native and First Nations Literatures traite du sujet de la réappropriation de la langue anglaise et de la langue française dans les littératures autochtones du Canada et des États-Unis, en tant que stratégie d’intervention de re-narration et de récupération. De fait, mon projet fait abstraction, autant que possible, des frontières nationales et linguistiques, vu que celles-ci sont essentiellement des constructions culturelles et coloniales. Ainsi, l’acte de réappropriation de la langue coloniale implique non seulement la maîtrise de base de cette dernière à des fins de communication, cela devient un moyen envers une fin : au lieu d’être possédés par la langue, les auteurs sur lesquels je me penche ici possèdent à présent cette dernière, et n’y sont plus soumis. Les tensions qui résultent d’un tel processus sont le produit d’une transition violente imposée et expérimentale d’une réalité culturelle à une autre, qui, pour plusieurs, n’a pas réussie et s’est, au contraire, effritée sur elle-même. Je soutiens donc que les auteurs autochtones ont créé un moyen à travers l’expression artistique et politique de répondre (dans le sens de « write back ») à l’oppression et l’injustice. À travers l’analyse d’oeuvres contemporaines écrites en anglais ou en français, que ce soit de la fiction, de l’autobiographie, de la poésie, du théâtre, de l’histoire ou du politique, ma recherche se structure autour de quatre concepts spécifiques : la langue, la résistance, la mémoire, et le lieu. J’examine comment ces concepts sont mis en voix, et comment ils sont interdépendants et s’affectent à l’intérieur du discours particulier issu des littératures autochtones et des différentes stratégies d’intervention (telles la redéfinition ou l’invention) et du mélange de différentes formules littéraires.

Keyphrases: Peuples autochtones de l’Amérique du Nord, Études littéraires, Critique littéraire, Colonisation, Résistance, Réappropriation, Politiques gouvernementales, Souveraineté, Reappropriation
Étude de la signalisation Sonic Hedgehog dans le guidage des axones de la rétine lors de l’établissement de la vision binoculaire

Chez les animaux à vision binoculaire, la vision tridimensionnelle permet la perception de la profondeur grâce à l'intégration de l'information visuelle en provenance des deux yeux. La première étape de cette intégration est rendue possible anatomiquement par la ségrégation des axones controlatéraux et ipsilatéraux des cellules ganglionnaires de la rétine (CGR) au niveau du chiasma optique. Les axones controlatéraux croisent la ligne médiane au chiasma en route du nerf optique vers le cerveau. À l’inverse, les axones ipsilatéraux s'écartent du chiasma et continuent dans le tractus optique ipsilatéral, en évitant la ligne médiane vers leurs cibles cérébrales. Les mécanismes moléculaires à la base de ce phénomène ne sont pas complètement compris. Les études présentées dans cette thèse montrent que Boc, le récepteur de Sonic Hedgehog (Shh) dans le guidage axonal, est enrichi dans les CGRs ipsilatérales de la rétine en développement. La présence de Shh sur la ligne médiane, et le mode d'expression complémentaire du récepteur nous ont conduit à émettre l'hypothèse que Shh pourrait repousser les axones ipsilatéraux au niveau du chiasma en activant le récepteur Boc. Conformément à cette hypothèse, nous avons constaté que seulement les CGR exprimant Boc se rétractent in vitro en réponse à Shh et que cette réponse est perdue dans les CGR mutantes pour Boc. In vivo, nous démontrons que Boc est requis pour la ségrégation normale des axones ipsilatéraux au niveau du chiasma optique et, inversement, que l'expression ectopique de Boc dans les CGR contralatérales empêche leurs axones de traverser le chiasma optique. Dans l’ensemble, ces résultats suggèrent que Shh repousse les axones ipsilatéraux au niveau du chiasma optique par son récepteur Boc. Cette première partie de notre travail identifie un nouveau couple ligand-récepteur requis pour la ségrégation des axones au niveau du chiasma optique. Une interaction moléculaire impliquée dans cette ségrégation implique l’éphrine-B2 et ses récepteurs EphB (EphB1). Dans la deuxième partie de notre travail, nous montrons, in vivo, en utilisant des souris doubles et quadruples mutantes pour les récepteurs Boc, EphB1 ou les trois récepteurs EphB, que l’abrogation des deux voies de signalisation Shh et éphrine-B2 conduit à l'absence de projections ipsilatérales. Ceci indique que les deux signalisations agissent de façon indépendante dans des voies parallèles. De manière intéressante, ces souris mutantes ont été utilisées comme modèle génétique pour démontrer des défauts dans la perception de la profondeur de champs chez des animaux dépourvus de projections visuelles ipsilatérales. Ainsi, les travaux présentés dans cette thèse démontrent pour la première fois que la formation des projections rétiniennes ipsilatérales est essentielle à l’établissement de la vision binoculaire et dépend des voies induites par les récepteurs d’éphrine-B2 et Shh.

Keyphrases: Guidage axonal, Chiasma optique, Shh, Boc, Vision binoculaire, Sonic hedgehog
Étude des anomalies du développement humain# un modèle d’analyse phénotypique

Depuis le début des années 90, le projet génome humain a permis l’émergence de nombreuses techniques globalisantes porteuses du suffixe –omique : génomique, transcriptomique, protéomique, épigénomique, etc.… L’étude globale de l’ensemble des phénotypes humains (« phénome ») est à l’origine de nouvelles technologies constituant la « phénomique ». L’approche phénomique permet de déterminer des liens entre des combinaisons de traits phénomiques. Nous voulons appliquer cette approche à l’étude des malformations humaines en particulier leurs combinaisons, ne formant des syndromes, des associations ou des séquences bien caractérisés que dans un petit nombre de cas. Afin d’évaluer la faisabilité de cette approche, pour une étude pilote nous avons décidé d’établir une base de données pour la description phénotypique des anomalies foetales. Nous avons effectué ces étapes : o Réalisation d’une étude rétrospective d’une série d’autopsies de foetus au CHU Sainte- Justine (Montréal, QC, Canada) entre 2001-2006 o Élaboration de trois thésaurus et d’une ontologie des anomalies développementales humaines o Construction une base de données en langage MySQL Cette base de données multicentrique accessible sur (http://www.malformations.org), nous permet de rechercher très facilement les données phénotypiques des 543 cas observés porteurs d’une anomalie donnée, de leur donner une description statistique et de générer les différents types d’hypothèses. Elle nous a également permis de sélectionner 153 cas de foetus malformés qui font l’objet d’une étude de micropuce d’hybridation génomique comparative (aCGH) à la recherche d’une anomalie génomique.

Keyphrases: base de données MDB, anomalies développementales humaines, combinaisons malformatives, l’approche phénomique, ontologie phénotypique, anomalie génomique
La perception du risque sous terre : l'exemple des mineurs de fond de l'Abitibi-Témiscamingue

Cette thèse porte sur la perception du risque sous terre. Nous voulons comprendre comment les mineurs de fond de la région de l’Abitibi-Témiscamingue au Québec perçoivent les risques inhérents à leur métier et comment ils y réagissent.   L’organisation du travail, le fonctionnement d’une mine souterraine et les rapports de production sous terre retiennent d’abord notre attention. Le concept de risque représente un concept relativement jeune qui a intéressé de nombreux auteurs. Un tour d’horizon des diverses approches nous permettra de définir ce concept en nous appuyant plus spécialement sur les travaux de Mary Douglas. Cependant, nous avons conduit notre enquête à partir d’un cadre théorique se fondant principalement sur la sociologie de Pierre Bourdieu.   Notre hypothèse défend l’idée que dans leur perception du risque, les mineurs de fond de l’Abitibi-Témiscamingue font montre d’un sens pratique qui repose surtout sur la prise en charge individuelle de la sécurité, le rapport à la prime de rendement et un certain sentiment de l’inéluctabilité du danger. Vingt entrevues semi-dirigées et la technique classique de l’observation participante ont servi à la collecte de données.   L’analyse des récits de travail a donné lieu à une typologie distinguant trois groupes de mineurs. Nous avons préalablement décortiqué chacun des récits afin de dégager un modèle de base. Les résultats de l’analyse nous obligent à réviser notre hypothèse initiale et à ne pas conclure trop rapidement au fatalisme des mineurs de fond témiscabitibiens.

Keyphrases: Risque, Mines, Perception, Travail, Abitibi-Témiscamingue, Anthropologie, Sociologie, Histoire, Abitibi-Témiscamingue
Elf ERAP en Irak, de 1968 à 1977

Dès sa création en 1966, l’ERAP s’est fixé pour but d’accroître la production du pétrole « franc », en diversifiant ses sources d’approvisionnement. Un tel objectif prend une tournure cruciale dès lors que les rapports tendus entre le groupe français et les autorités algériennes semblent menacer ses acquis dans le Sahara. Toutefois, se tailler une place sur le marché mondial semble à cette époque une tâche ardue, voire improbable, puisque les espaces les plus pétrolifères sont déjà occupés par les grandes sociétés, dites Majors. Néanmoins, la société d’État française réussit à s’implanter dans plusieurs pays producteurs, dont l’Irak en 1968, jusqu’alors considéré comme la chasse gardée de la Compagnie française des pétroles (CFP). Aussi, l’expérience irakienne, suite à l’insuccès en Algérie, incite Elf ERAP à se concentrer dans les pays pétroliers de l’Afrique  subsaharienne et en Mer du Nord.  Le 3 février 1968, Elf ERAP signe un accord avec la compagnie d’État pétrolière, INOC, pour se charger de la prospection et de l’exploitation d’une partie du territoire confisqué par l’État irakien à la puissante Iraq Petroleum Company (IPC). En contrepartie de ses apports financiers et techniques, Elf ERAP sera rémunérée par un approvisionnement garanti en pétrole irakien : il s’agit d’un nouveau genre de partenariat, dit « contrat d’agence ». Ce dernier succède au système classique des concessions et vaut à la société d’État un franc succès dans son projet de pénétration au Moyen Orient. Très vite, les prospections donnent lieu à la découverte de gisements. La production démarre en 1976 et s’élève à 5 millions de tonnes en 1977. Dès lors, Elf ERAP, devenue la SNEA, peut envisager avec optimisme son avenir énergétique, puisque sa sécurité d’approvisionnement est, en partie, assurée par le marché irakien. Mais, contre toute attente, le groupe d’État français se retire de l’affaire en mai 1977, laissant place à l’INOC, qui prend en charge le projet deux ans avant la date prévue par le contrat initial de 1968. Ce sujet de recherche consiste à éclaircir le rôle d’opérateur joué par l’ERAP en Irak, entre 1968 et 1977. Pour tenter d’expliquer le départ prématuré d’Elf Irak, il nous faut identifier les facteurs endogènes et exogènes qui ont pu motiver une telle décision. Autrement dit, la société d’État aurait-elle subi les revers de ses propres choix énergétiques ou un tel dénouement serait-il imputable à la politique pétrolière irakienne? Quelles sont les implications de la conjoncture pétrolière internationale dans le cas d’un tel retrait? Aidée des archives historiques d’Elf et de TOTAL, nous sommes arrivée à la conclusion que la compression du marché pétrolier, entre distributeurs et producteurs, au cours des années 1970, a considérablement nui à la rentabilité des contrats intermédiaires du type agence.

Keyphrases: Histoire pétrolière
Signalisation par les récepteurs des œstrogènes : mécanismes de reconnaissance de l’ADN et nouvelles approches pharmacologiques d’inhibition

Malgré les progrès des traitements des cancers du sein, ceux-ci demeurent la seconde cause de mortalité par cancer au Canada. Parmi les gènes associés aux cancers du sein, le récepteur des œstrogènes ERα est exprimé dans plus de 70% des tumeurs mammaires, qui prolifèrent en réponse aux œstrogènes, faisant de lui une cible de choix.  ERα est un facteur de transcription ligand-dépendant, liant des éléments de réponse PuGGTCAnnnTGACCPy. Afin d’examiner la capacité des récepteurs nucléaires à reconnaitre de nouveaux motifs ADN, des mutants aux capacités de liaison modifiées ont été générés. Parmi les quatre résidus interagissant avec l’ADN, R211 ne peut pas être modifiée sans perdre complètement la liaison du récepteur à l’ADN. Néanmoins, les mutations combinées de plusieurs acides aminés contactant les bases de l’ERE ont généré des récepteurs capables de reconnaitre de nouveaux motifs, tout en conservant des niveaux de transactivation efficaces. L’utilisation potentielle des récepteurs nucléaires comme outils de thérapie génique hormono-dépendant, repose sur la prédiction des motifs de liaison efficaces. Étant donné son importance dans la carcinogenèse mammaire, ERα est une cible cruciale des thérapies anti-néoplastiques. L’anti-œstrogène total, ICI, induit la dégradation de ERα et l’arrêt de la croissance des cellules tumorales mammaires ERα-positives. De plus, la nouvelle drogue anti-tumorale HDACi, SAHA, module la voie de signalisation des œstrogènes et possède des propriétés prometteuses en association avec d’autres traitements anti-tumoraux. En effet, le co-traitement ICI et SAHA a un impact synergique sur l’inhibition de la prolifération des cellules mammaires tumorales ERα-positives. Cette synergie repose sur la coopération des effets de ICI et SAHA pour réduire les niveaux protéiques de ERα et bloquer la progression du cycle cellulaire via la modulation de la transcription des gènes cibles des œstrogènes. En fait, les fortes doses de HDACis masquent rapidement et complètement la signalisation transcriptionnelle des œstrogènes. De plus, les gènes cibles primaires des œstrogènes, contenant des EREs, présentent la même régulation transcriptionnelle en réponse aux fortes doses de SAHA ou du co-traitement, avec des doses utilisables en clinique de ICI et SAHA. En fait, ICI mime l’impact des fortes doses de SAHA, en dégradant ERα, potentialisant ainsi la répression de la transcription ERE-dépendante par SAHA. Finalement, la synergie des effets de ICI et SAHA pourrait augmenter l’efficacité des traitements des tumeurs mammaires.

Keyphrases: récepteurs des œstrogènes, liaison à l’ADN, anti-œstrogènes totaux, inhibiteurs des HDACs, cancer du sein
Pour une approche urbanistique de la conservation et de
la mise en valeur du patrimoine bâti :
l’expérience du canal de Lachine à Montréal

Depuis quelques décennies, nous assistons au Québec à la multiplication des friches industrielles. Ces lieux constituent des espaces de prédilection au redéveloppement urbain. Leur positionnement au sein d’ensembles urbains consolidés motive leur réoccupation et leur reconversion. Cependant, ces processus n’apparaissent pas uniquement motivés par leur emplacement, mais également par l’intérêt patrimonial qu’ils suscitent. C’est à partir d’un intérêt pour les anciens bâtiments industriels et les lieux de production que s’intensifie alors la transformation de ces espaces. Dans notre thèse, nous cherchons à identifier les moyens et les modalités qui permettent d’intégrer des dimensions urbanistiques dans l’élaboration d’un projet visant à mettre en valeur un ensemble urbain patrimonial. Celle-ci a pour but d’éclairer les composantes d’une approche urbanistique de la conservation du patrimoine bâti. À partir de l’étude de neuf projets de valorisation patrimoniale situés le long du canal de Lachine, à Montréal, nous questionnons l’apport du discours actuel de la conservation à la revitalisation des milieux urbains anciens. Notre regard porte plus spécifiquement sur les dimensions morphologiques et sur les différentes vocations des espaces abordés par ces projets. Notre recherche repose sur l’hypothèse suivante : que l’arrimage entre le maintien de l’identité des lieux et la transformation de la ville passe avant tout par la diversité et la complémentarité des différentes vocations et usages des espaces de la ville.  Le regard que nous posons sur les projets retenus a pour principal objectif d'identifier les éléments par lesquels ces derniers se situent dans une perspective de projet urbain. Constituée en réaction à une pratique urbanistique décontextualisée, cette notion s’appuie sur les travaux reliés à la question du patrimoine urbain, notamment ceux de Gustavo Giovannoni et de l’école italienne de typomorphologie. Puisque les projets étudiés misent sur une approche sectorielle de la transformation de l’ancien corridor industriel, ainsi que sur son unique arrimage à une échelle régionale de l’organisation du territoire, ceux-ci se différencient d’une perspective de projet urbain. Nous identifions en quoi ces projets s’éloignent d’une telle approche et comment le discours patrimonial ici développé empêche l’intégration du corridor du canal de Lachine aux dynamiques urbaines locales.

Keyphrases: Urbanisme, Patrimoine urbain, Projet urbain, Montréal, Canal de Lachine, Conservation