NCube/papyrus huggingface dataset:
Tendances environnementales en Afrique de l’Est au Plio-Pléistocène : étude des isotopes stables de carbone et d’oxygène de l’émail des herbivores

La vallée de l’Awash, le bassin Turkana et la basse vallée de l’Omo sont trois régions de l’Afrique de l’Est étant importantes en paléoanthropologie, car elles sont riches en hominines et documentent notre histoire évolutive. Cette étude a pour but de mieux comprendre le contexte environnemental dans lequel les hominines ont vécu en comparant ces trois régions de 7.4 Ma à 10 Ka à l’aide d’isotopes stables de carbone et d’oxygène provenant de l’émail dentaire des herbivores. Cette méthode permet de comparer les tendances en termes d’aridité aux changements de proportions de plantes ligneuses (C3) et d’herbes tropicales (C4). Vers 4.4 Ma, les données signalent un environnement ouvert à Aramis, avec de la végétation C3 dans des conditions mésiques. Il est donc possible qu’Ardipithecus ramidus ait préféré occuper un biome boisé dans un environnement généralement plus ouvert comme le signalent les valeurs de carbone de l’écosystème présenté dans ce travail. Vers 4 Ma, les résultats signalent un pic d’alimentation de plantes C3 dans la vallée de l’Awash et le bassin Turkana qui coïncide avec une aridité accrue vers 4 Ma, suggérant l’augmentation de plantes C3 adaptées aux conditions xériques. Ce signal coïncide avec l’apparition des premiers australopithèques et concilie les interprétations précédentes d’une alimentation C3 mais abrasive pour Australopithecus anamensis. Les résultats démontrent également que la basse vallée de l’Omo se distingue des deux autres bassins en étant particulièrement humide et évoquent la présence d’herbes tropicales dans des conditions environnementales mésiques après 3 Ma. Ainsi, les données suggèrent que les précipitations n’ont pas nécessairement les effets attendus en termes de proportions de plantes C3/C4.

Keyphrases: Vallée de l’Awash, Environnement, Isotopes, Herbivores, Hominines, Alimentation, Aridité
L’adaptation religieuse au contexte socioculturel : une église évangélique montréalaise

Le christianisme évangélique en contexte québécois est façonné par différents facteurs, dont les mouvements migratoires et la transnationalisation, l’intervention prosélyte, l’évolution de la société et l’individualisation croissante du religieux à l’ère moderne. L’étude de cas que nous avons réalisée au sein d’une église évangélique montréalaise permet de constater un effort d’adaptation socioculturelle à son contexte local, particulièrement au niveau de ses pratiques et de sa vie de communauté. Or, nous démontrons que ces adaptations ne sont pas isolées et s’insèrent plutôt dans un mouvement plus large. Elles sont influencées par l’évolution de cette religion au Québec et visent à favoriser la croissance du christianisme évangélique dans son contexte local.

Keyphrases: anthropologie, ethnologie, religion, christianisme évangélique, glocalisation, Québec, mouvement de revitalisation, syncrétisme
Vulnérabilité aux inondations et adaptation villageoise à Hanoi, Vietnam : opportunités et contraintes dans un contexte de périurbanisation rapide

Au Vietnam, l’adaptation aux inondations en milieu rural est indissociable des gestes informels posés par les ménages à l’échelle micro. Dans le contexte de transition urbaine rapide qui caractérise actuellement le pays, ces ménages et les communautés auxquelles ils appartiennent subissent des pressions socio-économiques et environnementales majeures en lien avec l’urbanisation de leur milieu de vie. À travers l’étude de cas d’une communauté villageoise périurbaine de Hanoi, ce mémoire cherche à comprendre comment ces perturbations affectent la vulnérabilité aux inondations des populations préexistantes ainsi que leurs capacités à s’y adapter. L’analyse est centrée sur la micro-échelle, une approche jusqu’ici principalement utilisée dans les études en milieu rural au Vietnam. Appliquée au contexte périurbain de Hanoi, à l’aide d’enquêtes par questionnaire et d’entretiens semi-dirigés, cette approche précise et nuance les conséquences que peut avoir l’urbanisation sur la vulnérabilité et l’adaptation aux inondations. Elle révèle les façons dont les ménages perçoivent leur vulnérabilité et leur capacité à la réduire dans le contexte transitoire actuel. L’analyse démontre que la périurbanisation de Hanoi affecte les moyens de subsistance de manière contrastée au sein des communautés villageoises en cours d’urbanisation. Ces impacts différenciés d’un ménage à l’autre influencent leur capacité d’adaptation et la trajectoire d’adaptation qu’ils empruntent face aux inondations. Certains profitent des nouvelles opportunités économiques liées à l’urbanisation de leur milieu de vie pour réduire leur vulnérabilité et ainsi contrebalancer les effets pervers qu’entraîne ce même processus sur la gravité des inondations. D’autres sont plutôt contraints de vivre dans un état de vulnérabilité exacerbé par leur manque de moyens et la précarité de leurs moyens de subsistance. Finalement, les résultats suggèrent que les opportunités d’adaptation observées dans le présent n’assurent pas automatiquement une préparation adéquate dans un avenir où tant les changements climatiques que l’urbanisation risquent d’être plus soutenus.

Keyphrases: inondations, changements climatiques, vulnérabilité, adaptation, Hanoi, Vietnam, périurbanisation, urbanisation
Musique et intégration à Montréal : le cas de l’Orchestra Rapsodia Româna

Ce mémoire traite des productions musicales de musiciens roumains et moldaves à Montréal. Il s’intéresse particulièrement à la réaffirmation de l’identité ethnique des musiciens par leur production symbolique de que nous appelons la « roumanité musicale ». À cet effet, il y est question de cerner la manière dont des musiciens migrants font usage de la musique et de leur patrimoine musical pour vivre leur intégration à un nouvel environnement culturel. En ce sens, le présent mémoire se veut une contribution ethnomusicologique au champ multidisciplinaire des études interethniques. Notre enquête de nature qualitative nous a amenés à rencontrer et interroger les musiciens d’un orchestre roumano-moldave de Montréal : l’Orchestra Rapsodia Română. Leurs propos ainsi que leurs productions musicales constituent le corpus sur lequel se base l’ensemble de notre analyse.     Notre projet de recherche nous a permis de dégager certains éléments constitutifs du phénomène observé. Il apparaît que les productions musicales de musiciens migrants en contexte d’intégration puissent être classées en trois catégories distinctes que nous avons appelées les faces internes, externes et à mi-parcours. Nous avons établi que les productions musicales de l’Orchestra Rapsodia Română se rattachent à la face interne du processus d’intégration. Nous avons observé que, dans ce contexte particulier, des musiciens provenant de divers horizons font le choix de surmonter leurs divergences afin de reproduire musicalement une roumanité qu’ils jugent « authentique ». En procédant ainsi, ils consolident les liens unissant leur communauté d’ascendance (Shelemay, 2011), communauté qui leur apporte la « reconnaissance » (Taylor, 2010). Selon notre analyse, cette situation implique que les critères d’appréciation des musiciens évoluent d’une forme d’appréciation que Molino (2009) qualifierait d’objective et technique vers une appréciation d’ordre cognitive et fonctionnelle.

Keyphrases: évolution culturelle, musique, roumanité, Montréal, music
Évaluation de la variabilité du transfert d’immunité passive dans les troupeaux laitiers du Québec

Les veaux naissent quasi agammaglobulinémiques, ils doivent donc ingérer les immunoglobulines provenant du colostrum de leur mère; c’est le transfert de l’immunité passive (TIP). Un TIP adéquat réduit le risque de mortalité et de morbidité pendant les premières semaines de vie. Un pourcentage élevé de TIP réussi dans un troupeau maximise les chances d’avoir un troupeau avec des veaux en bonne santé. Les objectifs de cette étude étaient de déterminer la prévalence de TIP adéquat et d’étudier son lien avec la gestion du colostrum. Au total, 59 troupeaux laitiers commerciaux du Québec ont été choisis par convenance pour participer à cette étude observationnelle. Dans chacun des troupeaux participants, un minimum de 14 échantillons sanguins de veaux holstein a été prélevé pour estimer la prévalence du TIP adéquat en utilisant un réfractomètre Brix numérique. Des échantillons de colostrum servis à chacun de ces veaux ont été prélevés pour évaluer la qualité immunologique en utilisant un réfractomètre de Brix numérique et évaluer la qualité bactériologique en utilisant des systèmes de Pétrifilm. Un questionnaire sur les pratiques de gestion du colostrum a été rempli par les producteurs laitiers participants pour évaluer les pratiques à la ferme. La prévalence intra-troupeau du TIP adéquat (qui est définis comme le pourcentage de veau avec un degré Brix sérique ≥ 8,4 %) variait de 24 % à 100 % et la médiane était de 67 %. Dans le modèle de régression linéaire multiple, la prévalence intra-troupeau de TIP adéquat était associée à la prévalence du volume adéquat (défini comme le pourcentage de veaux recevant ≥ 2 litres de colostrum au premier repas), à la prévalence de qualité adéquate du colostrum (défini comme ≥ 20,9 % de degrés Brix) et à la prévalence de délai adéquat du premier repas (défini comme le pourcentage de veaux recevant du colostrum ≤3 heures après la naissance), mais n’était pas associée à la prévalence de contamination bactérienne ou au sexe. En résumé, la prévalence de TIP adéquat dans les troupeaux variait considérablement et était influencée par les pratiques de gestion des producteurs laitiers.

Keyphrases: Colostrum, Qualité bactériologique, Qualité immunologique, Transfert d'immunité passive, Troupeau laitier, Réfractomètre Brix
Développement d’une méthode informatique appliquée à la quantification immunohistochimique du mastocyte et du macrophage M1 et M2 lors de la guérison cutanée chez le cheval

Le but de cette étude randomisée et contrôlée était de développer une méthode quantitative fiable et accessible en immunohistochimie, puis de quantifier le patron temporel et anatomique des mastocytes et des macrophages M1 et M2 au cours de la guérison cutanée équine. Deux plaies de pleine épaisseur ont été créées sur le métacarpe et l’hémithorax chez quatre juments (n = 4). Des prélèvements ont été réalisés aux jours 2, 7, 14 et 21 et ces spécimens ont été archivés (n = 28). Une immunohistochimie a été effectuée pour étudier les mastocytes (CD117), puis les macrophages (pan : CD14, M1 : CD86 et M2 :CD204). Une méthode de quantification ImageJ a été développée et comparée à un comptage manuel sur 6 spécimens. Les 22 autres ont ensuite été quantifiés avec la méthode informatique. Pour la validation de la méthode (CD117), un coefficient de corrélation intraclasse intra-,interopérateur et comparé avec le comptage manuel de 0,90 (p < 0,01), 0,69 (p < 0,01) et 0,67 (p < 0,05) ont été trouvés. Aucune différence significative du nombre de mastocytes en relation avec la localisation anatomique (thorax vs membre) et le temps de guérison n’a été trouvée. La morphologie des macrophages M2 était fusiforme ou ronde et celle des macrophages généraux était ronde, « fried egg » ou dendritique. La méthode quantitative développée est fiable, reproductible, accessible et gratuite. De futures études devraient, à l’aide d’anticorps spécifiques, caractériser davantage l’implication du mastocyte et du macrophage dans la guérison cutanée et l’inflammation chronique chez le cheval.

Keyphrases: Cheval, Immunohistochimie, Quantification, Macrophages M1 et M2, Mastocytes, Peau
Identification des récepteurs cholinergiques impliqués dans le fonctionnement du cortex visuel du rongeur

Le système cholinergique est impliqué dans les phénomènes d’attention, de mémoire et d’apprentissage et les récepteurs cholinergiques régulent de multiples fonctions du système nerveux central. Néanmoins, leur rôle au niveau de la modulation des propriétés du cortex visuel reste à être établi. L’un des objectifs de cette thèse était d’étudier le rôle des récepteurs muscariniques impliqués dans le fonctionnement normal du cortex visuel. Nous avons pu déterminer que les récepteurs muscariniques sont impliqués dans l’établissement de nombreuses propriétés visuelles telles la taille des champs récepteurs, la sensibilité au contraste, la sélectivité à la fréquence spatiale et la finesse de la connectivité corticale. L’autre objectif était d’identifier les récepteurs cholinergiques impliqués dans la potentiation des capacités visuelles. Nous avons amélioré le traitement cognitif de l’information visuelle par stimulation électrique du télencéphale basal (noyau où sont localisés les corps cellulaires cholinergiques) et par la stimulation cholinergique par le donépézil, un inhibiteur de l’acétylcholinestérase. La combinaison répétée d’une stimulation visuelle et cholinergique (qu’elle soit électrique ou pharmacologique) améliore similairement l’activité corticale visuelle. Toutefois, les récepteurs impliqués ne sont pas les mêmes. Suite à la stimulation pharmacologique, ce sont principalement les récepteurs muscariniques qui influencent l’acuité visuelle de manière tardive et cette modulation est plus précoce lors de la stimulation électrique. Ces résultats démontrent que le couplage répétitif d’une stimulation cholinergique et d’une stimulation visuelle est en mesure d’améliorer l’activité corticale visuelle. Le fait de connaître les récepteurs cholinergiques impliqués permettra dans un futur proche de les cibler directement pour améliorer la fonction corticale.

Keyphrases: Récepteurs muscariniques, Récepteurs nicotiniques, Stimulation cholinergique, Activité corticale, Inhibiteurs de l’acétylcholinestérase, Télencéphale basal
Nucleotide Complementarity Features in the Design of Effective Artificial miRNAs

L'importance du miARN dans la régulation des gènes a bien été établie. Cependant, le mécanisme précis du processus de reconnaissance des cibles n'est toujours pas complètement compris. Parmi les facteurs connus, la complémentarité en nucléotides, l'accessibilité des sites cibles, la concentration en espèces d'ARN et la coopérativité des sites ont été jugées importantes. En utilisant ces règles connues, nous avons précédemment conçu des miARN artificiels qui inhibent la croissance des cellules cancéreuses en réprimant l'expression de plusieurs gènes. De telles séquences guides ont été délivrées dans les cellules sous forme de shARN.  Le VIH étant un virus à ARN, nous avons conçu et testé des ARN guides qui inhibent sa réplication en ciblant directement le génome viral et les facteurs cellulaires nécessaires au virus dans le cadre de mon premier projet. En utilisant une version mise à jour du programme de conception, mirBooking, nous devenons capables de prédire l'effet de concentration des espèces à ARN avec plus de précision. Les séquences guides conçues fournissaient aux cellules une résistance efficace à l'infection virale, égale ou meilleure que celles ciblant directement le génome viral par une complémentarité quasi-parfaite. Cependant, les niveaux de répression des facteurs viraux et cellulaires ne pouvaient pas être prédits avec précision. Afin de mieux comprendre les règles de reconnaissance des cibles miARN, les règles de couplage des bases au-delà du « seed » ont été approfondies dans mon deuxième projet. En concevant des séquences guides correspondant partiellement à la cible et en analysant le schéma de répression, nous avons établi un modèle unificateur de reconnaissance de cible par miARN via la protéine Ago2. Il montre qu'une fois que le « seed » est appariée avec l'ARN cible, la formation d'un duplex d'ARN est interrompue au niveau de la partie centrale du brin guide mais reprend plus loin en aval de la partie centrale en suivant un ordre distinct. L'implémentation des règles découvertes dans un programme informatique, MicroAlign, a permis d'améliorer la conception de miARN artificiels efficaces.  Dans cette étude, nous avons non seulement confirmé la contribution des nucléotides non-germes à l'efficacité des miARN, mais également défini de manière quantitative la manière dont ils fonctionnent. Le point de vue actuellement répandu selon lequel les miARN peuvent cibler efficacement tous les gènes de manière égale, avec uniquement des correspondances de semences, peut nécessiter un réexamen

Keyphrases: miARN, Ago2, VIH, Répression, miARN artificiel, Multi-ciblage, Reconnaissance des cibles, Complémentarité des nucléotides, Seed
Modélisations de maladies des motoneurones en utilisant le poisson zébré

Les paraplégies spastiques familiales (PSF) sont un groupe de maladie neurodégénératives hétérogènes affectant les neurones moteurs supérieurs et causant une faiblesse musculaire progressive des membres inférieurs entrainant des problèmes de marche. Plus de 60 gènes ont été lies à cette maladie, leur nombre augmentant régulièrement. La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est une maladie neurodégénérative à déclenchement tardif qui affecte les neurones moteurs supérieurs et inférieurs, entrainant une atrophie musculaire accompagnée de spasticité. La mort, causée par une insuffisance respiratoire survient dans les 2 à 5 ans après le début de la maladie. Ces deux maladies de neurones moteurs, bien que différentes, ont des gènes et des mécanismes pathologiques en commun. Ainsi, accroitre notre connaissance de leurs similarités et de leurs différences pourra nous aider à mieux comprendre chacune individuellement. Pour étudier ces deux maladies, nous avons utilisé des modèles de poisson zébré précédemment caractérisés et en avons développé de nouveaux pour approfondir nos connaissances sur les mécanismes physiopathologiques. Dans la première partie de cette thèse, nous avons identifié le stress du réticulum endoplasmique (RE) comme un nouveau mécanisme pathologique induit par la perte de fonction de spastin, un gène impliqué dans la PSF, et avons montré que des modulateurs du stress du RE sont capables de renverser le phénotype locomoteur. Nous avons aussi identifié un nouveau gène causatif de la PSF, CAPN1 (SPG76), et avons validé in vivo la pathogénicité de sa perte de fonction en identifiant une désorganisation des réseaux de microtubules comme phénotype principal. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous avons généré plusieurs nouveaux modèles de poisson zébré de la SLA. Deux lignées transgéniques exprimant la protéine humaine de type sauvage ou mutante sous le contrôle d’un promoteur inductible nous ont permis de reproduire des résultats obtenus précédemment par l’injection d’ARNm et d’identifier des changements transcriptomiques similaires à ceux obtenus récemment avec des modèles de souris. Nous ii avons aussi généré deux nouvelles lignées en introduisant des mutations ponctuelles liées à la SLA dans les gènes tardbp et fus du poisson zébré en utilisant la technologie CRISPR/Cas9. Ces résultats soulignent la valeur du poisson zébré comme modèle pour étudier les maladies des neurones moteurs et leurs mécanismes physiopathologiques, et suggèrent de nouvelles approches thérapeutiques.

Keyphrases: Sclérose latérale amyotrophique, paraplégie spastique familiale, poisson zébré, FUS, spastin, CRISPR/Cas9
Étude des kinases RSK : de l’interactome aux fonctions biologiques

La voie de signalisation Ras/MAPK régule de nombreuses fonctions biologiques et occupe un rôle central dans la transmission de signaux extracellulaires à des protéines cibles intracellulaires. Les dysfonctionnements de cette voie sont responsables de plusieurs maladies et syndromes génétiques, tels que le cancer ou le diabète. Cette voie de signalisation, qui régule l’activité des protéines kinases ERK1/2 comptant un grand nombre de substrats cellulaires, occupe une place primordiale dans de nombreux processus biologiques. Parmi ces substrats, on retrouve les protéines kinases de la famille RSK qui comptent quatre isoformes (RSK1-4). Bien que plusieurs substrats cellulaires aient été identifiés pour les isoformes RSK1 et RSK2, les fonctions biologiques des kinases RSK ainsi que les mécanismes moléculaires les régulant sont encore aujourd’hui peu décrits. Ainsi, afin d’améliorer nos connaissances sur la famille des RSK, nous avons utilisé plusieurs approches. Tout d’abord, nous avons déterminé les partenaires cellulaires à proximité des kinases RSK avec la mise en place d’une méthode protéomique spécifique. Cette première étape nous a permis d’identifier la protéine p120ctn comme un nouveau substrat des kinases RSK, mais aussi de démontrer le rôle de ces dernières dans la régulation des jonctions intercellulaires. D’autre part, en se focalisant sur un domaine particulier des kinases RSK encore non étudié, notre deuxième étude apporte elle aussi de nouvelles connaissances sur les différentes interactions des protéines RSK. Ces travaux ont entre autres permis de montrer que la liaison de l’isoforme RSK2 avec la protéine Scribble inhibe son activation par la voie de signalisation Ras/MAPK. En établissant donc des études à grande échelle pour déterminer les interactions propres à chaque isoforme des kinases RSK, nous avons identifié plusieurs nouveaux partenaires cellulaires de ces protéines ainsi que leurs fonctions associées. Cette étape est cruciale à la compréhension et la caractérisation du rôle des protéines RSK, notamment dans le développement des cellules cancéreuses.

Keyphrases: signalisation cellulaire, jonctions intercellulaires, cancer, RSK, MAPK, p120ctn, Scribble