NCube/papyrus huggingface dataset:
Le rôle du gène de la polarité apico-basale SCRIBBLE1 dans les anomalies de tube neural

Scribble (Scrib) est un régulateur clé de la polarité apicobasale (A-B) des cellules épithéliales dans la Drosophile. Chez les mammifères, son homologue Scrib1 a été aussi impliqué dans la polarité A-B et a été étudié dans le cancer comme un suppresseur de tumeurs. Cependant, Scrib1 a été également impliqué dans une autre forme de polarité appelée la polarité planaire cellulaire (PCP) où les cellules épithéliales sont polarisées sur le plan de l’épithélium. Ce processus implique une voie de signalisation appelée la voie non canonique Wnt / Frizzled (Wnt / Fz) ou la voie de la polarité cellulaire planaire (PCP) qui est responsable de la polarité des tissus et qui active le processus d'extension convergente (EC) pendant la gastrulation et la formation du tube neural chez les vertébrés. Dans les souris modèles, les mutations dans Scrib1 provoquent une forme sévère des anomalies du tube neural (ATN) suite à un défaut dans la signalisation de la voie PCP. Dans cette étude, nous avons analysé le rôle de Scrib1 dans la pathogenèse des ATN dans les souris mutantes Circletail (Crc), dans les lignées cellulaires et dans une cohorte des ATN humaines. Bien qu'il n'y ait pas de défauts évidents dans la polarité A-B dans les cellules neuroépithéliales Scrib1Crc/Crc, nous avons identifié une localisation anormale de la protéine apicale Par-3 et de la protéine Vangl2 de la voie PCP. Ces résultats étaient concordants avec ceux obtenus suite à une suppression partielle de Scrib1 dans les cellules MDCK II. Par-3 a été en mesure de sauver le défaut de localisation de Vangl1 (paralogue de Vangl2) causé par la suppression partielle de Scrib1 suggérant que Scrib1 exerce son effet sur la localisation Vangl1 indirectement via Par-3. Cette conclusion est soutenue par nos résultats d'un enrichissement apical de Vangl1 suite à une suppression partielle de Par-3. L’analyse de re-séquençage de SCRIB1 chez 473 patients atteints d’ATN a mené à l'identification de 5 mutations hétérozygotes faux sens et rares et qui sont prédites pathogéniques. Deux de ces mutations, p.Gly263Ser et p.Gln808His, et 2 mutations qui causent les ATN chez les souris, p.Ile285Lys et p.Glu814Gly, ont affecté la localisation de Scrib1 sur la membrane et son rôle comme un modulateur de la localisation de Par-3 et Vangl1. Notre étude démontre un rôle important de Scrib1 dans la pathogenèse des ATN à travers son effet comme un médiateur de la localisation de Par-3 et Vangl 1/2 et qui est probablement indépendante de la polarité A-B.

Keyphrases: Anomalie du tube neural, polarité cellulaire planaire, polarité apicobasale.
L'indifférence à l'avenir : réification et aliénation

La philosophie, selon Theodor Adorno, devrait être la prise de conscience par laquelle on en vient à savoir « pourquoi le monde qui pourrait être le paradis hic et nunc peut demain devenir l’enfer » (« À quoi sert encore la philosophie »). C’est dans cette optique que le présent mémoire explore en quoi le phénomène de l’indifférence, entendu comme une posture découlant d’un détachement médiatisé du monde et qui se manifeste notamment par l’apathie, l’impuissance et la froideur des individus envers les autres et envers l’ordre social, peut contribuer à expliquer pourquoi les possibilités d’un avenir meilleur semblent bloquées. Pour ce faire, nous limitons notre analyse à deux concepts qui ont fortement influencé Adorno et qui fournissent de précieuses indications quant aux causes de ce détachement indifférent : la réification (Verdinglichung) et l’aliénation (Entfremdung). Nous partons de l’hypothèse que l’indifférence est essentielle à la reproduction de la logique du capitalisme. Dans le premier chapitre, nous nous penchons d’abord sur l’essai de Georg Lukács « Réification et conscience de classe » de 1923 afin d’étudier notamment ce que ses idées d’attitude « contemplative » et d’« indifférence de la forme à l’égard du contenu » sont à même de nous enseigner sur ce détachement indifférent. Nous complétons ce premier chapitre en examinant ce que la figure d’Ulysse, dans La dialectique de la Raison (1947) de Theodor Adorno et de Max Horkheimer, peut nous apprendre sur l’ambiguïté fondamentale du détachement indifférent qui, en tant que constitutif de la pensée, peut engendrer le pire tout en étant porteur d’une promesse de justice. Le second chapitre est consacrée aux Manuscrits économico-philosophiques de 1844 de Karl Marx et à sa notion de travail aliéné. Nous exposons en quoi cette aliénation du travail contribue à la reproduction de ce détachement du monde qui enraye la possibilité d’une réelle action collective. Cette analyse du travail esquisse néanmoins certaines pistes de réflexion quant à la possibilité de lutter contre cette indifférence à l’avenir.

Keyphrases: Philosophie, Indifférence, Détachement, Réification, Aliénation, Lukács, Adorno, Marx
Le stress protéotoxique : le prix à payer pour la tolérance au soi immunitaire

Chez les vertébrés, le thymus représente l’unique site de développement de cellules T compétentes. Cependant, le thymus vieillit plus rapidement que la plupart des organes en raison d’une perte progressive des cellules épithéliales thymiques médullaires (mTECs). Cette dégénérescence prématurée du thymus, aussi appelée involution thymique, augmente la susceptibilité aux infections et aux maladies auto-immunes, mais altère également les réponses aux vaccins et la surveillance immunitaire des cellules cancéreuses. L’objectif de cette thèse était donc d’élucider les mécanismes contrôlant la maintenance à long terme des mTECs, ce qui permettrait de faciliter la conception de nouvelles stratégies pour renverser l’involution thymique et ultimement, rajeunir le système immunitaire. Les mTECs sont indispensables à l’établissement de la tolérance au soi immunitaire, un processus vital qui repose sur une propriété distinctive de ces cellules, soit l’expression génique promiscuitaire (EGP). Nous avons montré qu’en raison de l’EGP, les mTEC matures peuvent exprimer la quasi-totalité des gènes codant pour des protéines et ainsi induire une tolérance pour la plupart des antigènes présents dans l’organisme. Bien que l’EGP permette aux mTECs d’établir la tolérance au soi, nos résultats supportent un nouveau paradigme selon lequel le prix à payer pour l’EGP est une augmentation des taux de synthèse protéique et de la susceptibilité au stress protéotoxique dans les mTEC matures, qui ont besoin de l’immunoprotéasome (IP) pour atténuer ce stress. Notamment, nous avons démontré que la perte de l’IP cause un épuisement rapide des cellules souches de mTECs et que les souris dépourvues d’IP présentent une involution thymique accélérée et un syndrome auto-immun affectant plusieurs organes. Collectivement, nos travaux identifient l’IP comme un régulateur majeur de l’homéostasie des mTECs et proposent une cible biologique potentielle pour renverser l’atrophie thymique associée à l’âge.

Keyphrases: Thymus, Cellules épithéliales thymiques, Involution thymique, Tolérance au soi immunitaire, Expression génique promiscuitaire, Immunoprotéasome, Stress protéotoxique, Auto-immunité
La subjectivation en contexte de mobilisation sociale : l’individu engagé au sein des organisations politiques chez T.W Adorno et Alain Touraine

L'objectif de ce mémoire sera de cerner ce qui rend possible le changement de la perception de soi ainsi que l’acquisition de capacités transformatrices (nommément la subjectivation émancipatrice) au sein d'une organisation, lors d’un mouvement social. Les formes contemporaines des organisations semblant donner une signification nouvelle à l’action collective, l’individu se perçoit-il comme un «militant-objet» de transformation de l’Histoire ou se voit-il plutôt comme un sujet singulier dont l’action particulière et la transformation interne font partie intégrante d’un projet d’émancipation sociale? Dans quelle mesure les structures organisationnelles dans lesquelles l’individu évolue influencent la nature du rôle vécu de l’individu? Notre démarche sera basée sur une mise en dialogue des travaux du sociologue français Alain Touraine, qui tente de ré-enchanter la figure du Sujet moderne, avec ceux de T.W. Adorno, pour qui les possibilités d'autonomisation semblent plutôt closes, dans l’objectif d’appréhender la tension au cœur du processus de subjectivation individuelle.

Keyphrases: Épistémologie sociale, Théorie critique, Subjectivité, Sociologie des mouvements sociaux, Adorno, Touraine
Les fondements des droits humains : la délibération au-delà des approches naturalistes et politiques

Il existe deux familles théoriques principales qui abordent la question des fondements des droits de l’homme : les approches naturalistes et les approches politiques. L’objectif de ce mémoire est d’analyser les limites de ces deux types d’approches et de proposer une manière de les dépasser tout en conciliant leurs avantages respectifs, ce qui sera fait au sein d’une conception délibérative de ces droits. Les approches naturalistes montrent qu’il est important de dégager un fondement indépendant pour garantir le potentiel critique des droits de l’homme. Cependant, elles peinent à développer une réflexion satisfaisante par rapport à leur réalisation institutionnelle; une réflexion politique complémentaire est nécessaire pour identifier les devoirs et les responsabilités associées au régime des droits de l’homme. Or, bien que les approches politiques considèrent directement ces questions institutionnelles, elles font ressortir une difficulté particulière quant au fondement normatif des droits humains. Il est nécessaire de concilier l’affirmation d’un fondement indépendant pour garantir leur dimension critique avec la mise en place d’une discussion politique réelle concernant leur contenu.  Cette conciliation est possible au travers d’une conception délibérative si on considère la délibération comme une théorie de second ordre à l’instar d’Amy Gutmann et de Dennis Thompson. Cela implique que les droits humains reposent sur une reconnaissance réciproque de l’égalité morale de chaque personne. Cette reconnaissance réciproque a des implications institutionnelles autant au niveau national qu’au niveau transnational. Bref, il s’agit ici de voir comment l’identification de normes morales indépendantes et des conditions institutionnelles d’inclusion délibératives peuvent interagir au sein d’un régime des droits de l’homme pour protéger la dignité égale de chaque être humain.

Keyphrases: Philosophie politique, droits de l'homme, délibération, démocratie, cosmopolitisme, réciprocité, dignité, inclusion, société civile, organisation non gouvernementale, inclusion
L'optimisme de Kant : les décennies 1750-1760

Ce mémoire a pour objectif de présenter l’optimisme de Kant durant les décennies 1750 et 1760. Le premier chapitre introduit tout d’abord Malebranche et Leibniz. Considérés comme les premiers optimistes, l’exposé de leurs doctrines offre le cadre de référence qui nous permettra d’illustrer l’originalité de Kant. Ce premier chapitre présente ensuite une interprétation philosophique de l’Essay on Man, un poème d’Alexander Pope qui retient l’attention de Kant, mais également celle de l’Académie des sciences de Berlin. En ce qui nous concerne, cette œuvre oriente en grande partie la trajectoire de l’optimisme kantien des années 1750, une trajectoire que nous traitons dans le second chapitre. Trois textes y sont analysés : les Réflexions 3703-3705, l’Histoire générale de la nature et théorie du ciel et la Nova diludicatio. Durant la décennie 1750, l’optimisme de Kant est essentiellement une doctrine a posteriori largement fondée sur la physico-théologie. Le dernier chapitre analyse la seconde trajectoire de l’optimisme kantien durant la décennie 1760 à l’aide des trois textes suivants : Essai de quelques considérations sur l’optimisme , Essai pour introduire en philosophie le concept de grandeurs négatives et L’unique fondement possible d’une démonstration de l’existence de Dieu. Kant retourne alors à une démarche a priori et désavoue le potentiel théorique qu’il prêtait, dans les années 1750, à la physico-théologie.

Keyphrases: Philosophie, Optimisme, Leibniz, Alexander Pope, Malebranche, Théologie, Précritique, Optimism, Kant
Nouvelles fonctions du co-activateur transcriptionnel PGC1A dans le foie

L’incapacité du foie à répondre aux stress métaboliques comme la suralimentation en gras provoque le développement de la stéatose hépatique non alcoolique (SHNA). C ‘est une maladie du foie qui touche 25% de la population des pays industrialisés. Cette maladie peut progresser à un stade plus sévère : la stéatohépatite, caractérisée par de l’inflammation, du stress oxydatif et de la fibrose. La stéatose hépatique non alcoolique est fortement associée avec le développement de l’insulino-résistance, c’est-à-dire, l’incapacité du corps de répondre à l’insuline, et avec le diabète de type 2. La SHNA est difficile à diagnostiquer de manière précoce et nous manquons d’outils pour élucider les mécanismes moléculaires sous-jacents au développement de la maladie. Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha (PGC1A) est un co-activateur transcriptionnel, capable de se lier à des facteurs de transcriptions pour réguler leur fonction en réponse à des stress métaboliques. La perte d’expression de PGC1A dans le foie a été associée avec le développement d’insulino-résistance et de SHNA. De plus, un variant génétique de PGC1A est aussi associé avec le développement du diabète de type et de la SHNA. Cependant, le rôle causal de PGC1A dans le développement de ces maladies, et son rôle dans les mécanismes moléculaires hépatiques de réponse à l’insuline n’est pas clair.  Nous avons fait l’hypothèse que le manque d’expression de PGC1A dans le foie aggrave la progression de la SHNA vers la stéatohépatite et affecte la réponse du foie à l’insuline. Dans cette thèse, nous montrons que PGC1A est nécessaire pour la réponse hépatique au stress oxydatif- notamment chez les souris femelles. En effet, PGC1A est capable de se lier au récepteur à l’œstrogène pour induire la réponse antioxydante de la cellule. L’absence de PGC1A provoque d’importantes lésions hépatiques l’apparition de stéatohépatite sévère. Nous montrons également que PGC1A contrôle la réponse hépatique à l’insuline lors du jeûne, en modifiant les protéines adaptatrices Insulin Receptor Substrate 1 et Insulin Receptor Substrate 2.  Enfin, par des méthodes de protéomique, nous avons découvert des biomarqueurs potentiels de la SHNA. Cela permettrait le développement d’un diagnostic précoce de la maladie dans une population à risque. En conclusion, cette thèse apporte une nouvelle lumière sur l’activité de PGC1A dans le foie en réponse au stress métabolique et sur son importance pour la santé du foie.

Keyphrases: Pgc1a, Biomarqueur, Stéatohépatite, Foie, Stéatose, Diabète, Insuline, Insulin
La lutte et la vérité : la philosophie, entre histoire des sciences et intervention politique chez Michel Foucault et Louis Althusser

Ce mémoire a pour objet d’étudier la rencontre qui s’opère, dans le contexte des années 1960 en France, entre une certaine tradition d’histoire épistémologique des sciences, incarnée notamment par les figures de Gaston Bachelard et Georges Canguilhem, et une période d’intenses revendications politiques, qui culmine sans s’y réduire dans les évènements de mai 68. De cette rencontre témoignent les œuvres de Louis Althusser et de Michel Foucault. Si le premier en vient, par une théorie de son histoire, à concevoir la philosophie comme un champ de bataille ou une « lutte de classes dans la théorie », le second s’engage dans une généalogie des formes de vérité, attentive aux matrices de relations de pouvoir où elles se forment et continuent de s’exercer, et indissociable d’une action politique visant à les subvertir et à les reconfigurer. En dépit des différences qui s’accusent entre les deux pensées, il en va d’un commun espace de déploiement pour la philosophie, à la croisée de l’histoire, des sciences et de la politique, à l’heure où s’évanouissent ses ambitions métaphysiques et législatives traditionnelles.

Keyphrases: Philosophie, Politique, Épistémologie, Histoire des sciences, Philosophie française, Louis Althusser, Michel Foucault
Financial time series analysis with competitive neural networks

L’objectif principal de mémoire est la modélisation des données temporelles non stationnaires. Bien que les modèles statistiques classiques tentent de corriger les données non stationnaires en différenciant et en ajustant pour la tendance, je tente de créer des grappes localisées de données de séries temporelles stationnaires grâce à l’algorithme du « self-organizing map ». Bien que de nombreuses techniques aient été développées pour les séries chronologiques à l’aide du « self- organizing map », je tente de construire un cadre mathématique qui justifie son utilisation dans la prévision des séries chronologiques financières. De plus, je compare les méthodes de prévision existantes à l’aide du SOM avec celles pour lesquelles un cadre mathématique a été développé et qui n’ont pas été appliquées dans un contexte de prévision. Je compare ces méthodes avec la méthode ARIMA bien connue pour la prévision des séries chronologiques. Le deuxième objectif de mémoire est de démontrer la capacité du « self-organizing map » à regrouper des données vectorielles, puisqu’elle a été développée à l’origine comme un réseau neuronal avec l’objectif de regroupement. Plus précisément, je démontrerai ses capacités de regroupement sur les données du « limit order book » et présenterai diverses méthodes de visualisation de ses sorties.

Keyphrases: Self-organizing map, Limit order book, Réseau neuronal, Analyse en composantes principales, Stationnarité
Étude de la marche aléatoire biaisée en milieu aléatoire

L'objectif de ce mémoire est de donner une introduction aux marches aléatoires en milieux aléatoires (MAMA). Le domaine des MAMA est vaste; nous nous intéressons particulièrement aux modèles où la marche est transiente dans une direction afin d'y étudier les comportements asymptotiques.   Nous présenterons plusieurs modèles et les résultats principaux associés. Nous verrons également quelques techniques de base utilisées dans ce domaine. L'un des outils qui aura permis le plus de progrès dans l'étude des MAMA est la structure de renouvellement. Elle permet entre autres de répondre à des questions concernant la vitesse d'une marche aléatoire biaisée. Cette dernière constitue l'objet de ce mémoire. Nous traitons la question suivante: est-ce que la vitesse d'une marche aléatoire biaisée sur un arbre de Galton-Watson est monotone par rapport à son environnement? Nous répondons par l'affirmative pour un biais assez élevé.

Keyphrases: Marche aléatoire en milieu aléatoire (MAMA), Arbre de Galton-Watson, Vitesse de la marche aléatoire biaisée, Structure de renouvellement
Vieillissement pour la marche aléatoire biaisée sur des conductances aléatoires dans l'hyper-grille à d dimensions

Nous nous penchons sur la propriété de vieillissement exhibée par plusieurs modèles de marches aléatoires en milieux aléatoires qui présentent une dynamique de pièges. Nous faisons en particulier la preuve de telles propriétés pour le modèle de la marche aléatoire biaisée sur des conductances aléatoires dans la grille hyper-cubique à d dimensions, dans le cas où les conductances sont indépendantes et ont une queue lourde (c’est à dire qu’elles n’ont pas de premier moment).

Keyphrases: Marche aléatoire, Milieu aléatoire, processus de Lévy, Vieillissement, Pièges
Violette Leduc in translation : between censure, recognition and emancipation

Les livres de l’écrivaine française Violette Leduc, publiés entre 1946 et 1973, sont de premiers exemples d’écriture féministe autobiographique abordant des questions telles que la santé mentale, la maternité imparfaite et la sexualité d’un point de vue féminin. En raison de la nature controversée de son travail, elle a été censurée à plusieurs reprises tout au long du processus de publication en France — pendant la production initiale du manuscrit sous la forme d’autocensure, par le mentorat de Simone de Beauvoir, par les éditeurs de Gallimard et par la presse. Après avoir remporté un succès critique malgré la résistance à son travail, ses livres ont été traduits dans de nombreuses langues, y compris l’anglais. Bien que la censure de Leduc ait été documentée et explorée depuis diverses perspectives, la traduction de son écriture et de sa diffusion hors de la France est à peine mentionnée. Cette étude aborde donc la question de comment la traduction, en particulier la traduction anglaise, comme agent de publication des écrits de Leduc, répond à la censure précédente de son écriture — amplifie-t-elle ou atténue-t-elle la répression, aide-t-elle à réprimer ou à émanciper les représentations minoritaires? Pour explorer ces questions, nous présentons le cas des 200 pages d’écriture les plus controversées de Leduc — un passage retiré de sa place d’origine au début d’un autre livre pour devenir le texte autonome de Thérèse et Isabelle. Ce livre, qui retrace la brève relation amoureuse entre deux étudiantes pensionnaires, a été ouvertement censuré en français. Il fut traduit en anglais en 1967 et, contrairement aux autres livres de Leduc, fut réédité sous sa forme non expurgée en 2000 et fut retraduit en 2012. Ces deux traductions sont ici considérées comme continuation du plus large processus de production réception, de l’écriture initiale à la réception critique continue. Ce faisant, les théories traductionnelles de la censure et des études queer et féministes fournissent une perspective critique permettant de comprendre la signification contextuelle et historique du texte, tandis que la théorie traduction-spécifique de la complexité sert de cadre analytique pour une compréhension nuancée des sources d’influence et d’émergence interdépendantes. De cette perspective complexe, sont identifiés des modèles qui mettent en évidence le rôle de la traduction en tant qu’agent de censure et/ou d’émancipation, et leurs effets sur la compréhension contemporaine de l’héritage de Leduc.

Keyphrases: Violette Leduc, Traduction, Censure, Études queer, Féminisme, Traduction littéraire, Théorie de la complexité
WikiGames : une plateforme de jeux dédiée à la validation d’une base de connaissances produite à partir de techniques d’extraction d’information ouverte

L’extraction d’information ouverte permet la création de larges collections de triplets relationnels à partir de corpus de textes non structurés. Ces larges collections de triplets extraits contiennent souvent une grande quantité de triplets bruités n’apportant aucune information utile. Ces collections peuvent atteindre des tailles rendant la validation manuelle trop longue pour être réalisées par un petit groupe de personnes en un temps convenable et il serait dans bien des cas trop dispendieux pour ces équipes d’engager le personnel nécessaire pour cette tâche. L’utilisation de jeux à des fins de production participative a permis, lors de tâches similaires, de recueillir un grand ensemble de bénévoles. Nous nous sommes donc intéressés à inférer, à partir d’une de ces collections de triplets bruités qui fut précédemment générée à partir de techniques d’extraction d’information ouverte, un ensemble de connaissances potentiellement utiles et pertinentes et avons ensuite amorcé la validation de cette base de connaissances par l’intermédiaire d’une plateforme de jeux.

Keyphrases: Base de connaissances, Traitement automatique des langues naturelles, Apprentissage automatique, Jeux