NCube/papyrus huggingface dataset:
The Effects of Neuroligin-2 Absence on Sleep Architecture and EEG Activity in Mice

Les troubles du sommeil sont comorbides avec la plupart des troubles psychiatriques, mais le lien entre ceux-ci n'est pas bien compris. Neuroligin-2 (NLGN2) est une molécule d'adhésion cellulaire qui joue un rôle dans la formation de synapses et la neurotransmission. En outre, NLGN2 a été associé à la schizophrénie, mais son implication dans le sommeil reste inexplorée. Dans le présent mémoire, l'effet de Nlgn2 knockout (KO) sur l'architecture du sommeil et l'activité EEG chez la souris a été étudié. Deux électrodes d'électroencéphalographie (EEG) ont été implantées au-dessus de l'hémisphère droit chez des souris pour enregistrer l’activité EEG pour quatre jours consécutifs. Les états de vigilance (éveil, sommeil paradoxal [REM], sommeil à ondes lentes [NREM]) ont été identifiés sur des époques de 4 s et la durée de l'état de vigilance a été calculée. L'analyse spectrale a été effectuée sur des époques sans artefact en utilisant la transformée rapide de Fourier. Les souris Nlgn2 KO ont montré plus d'éveil et moins de sommeil NREM et REM par rapport aux souris normales (WT). Les changements dans les durées d’éveil et de sommeil proviennent des altérations au le cours de la période de 12h obscurité, car les souris KO ont présenté une durée normale de sommeil/éveil pendant la période de lumière de 12h. L’activité spectrale a montré un effet de génotype significatif pour les fréquences rapides (25 à 50 Hz) pendant tous les états de vigilance, avec les souris KO ayant moins d’activité que les WT. Les souris KO ont aussi montré une activité spectrale accrue à 2-5 Hz pendant le sommeil NREM. Ces données suggèrent que NLGN2 participe à la régulation de la durée du sommeil ainsi qu'à l'activité de l'EEG pendant l'éveil et le sommeil.

Keyphrases: Neuroligin-2, États de Vigilance, Knockout, Architecture de Sommeil-Éveil, Analyse Spectrale
Co-conception d'une intervention de télésanté pour les aînés utilisateurs d'aides techniques et leurs proches aidants : perceptions des détenteurs d’enjeux

Introduction : Apprendre l’utilisation d’aides techniques (ATs) s’ajoute aux défis quotidiens des proches aidants d’aînés présentant des incapacités. MOvIT-PLUS™ est une intervention de télésanté en développement afin d’offrir du suivi, du soutien et de l’entraînement à distance à cette population après l’attribution d'ATs. Objectifs : Afin d’informer son développement, cette étude visait à identifier les besoins des aînés et des proches aidants après l'attribution d’ATs et à explorer les perceptions des détenteurs d’enjeux quant à l’intervention proposée. Méthodologie: Sur la base d'une approche itérative de conception centrée sur l'utilisateur, 30 entrevues semi-structurées ont été menées avec des aînés usagers d’ATs, des proches aidants et d’autres détenteurs d’enjeux. Une analyse de contenu modifiée (concepts émergents et a priori) a été utilisée pour extraire les résultats. Résultats : Les participants considèrent l'obtention d’une AT comme un processus cyclique. Les besoins reliés aux ATs des dyades usager d’ATs/proche aidant portent sur l’information, l'accès, l’adéquation personne-contexte, l’entraînement et le soutien, et ce à différents moments clés avant et après l’obtention d’une AT. Les participants ont identifié divers bénéfices potentiels de l'intervention proposée, intégrant un suivi systématisé et du soutien humain, sur le sentiment d'efficacité personnelle des utilisateurs ainsi que sur l'accessibilité et l'efficience des services de réadaptation. Ils ont également identifié des barrières potentielles à son implantation et à sa pérennité. Conclusion : Ces résultats vont guider la conception du prototype vers une approche de soutien gradué, autonomisant des aînés usagers d’ATs et leurs proches aidants à la résolution des problèmes liés aux ATs.

Keyphrases: Proche aidant, Télésanté, Téléréadaptation, Personne âgée, Vieillissement, Personnes handicapées, Technologies de l’information et des communications
Development of an Awake Behaving model for Laser Doppler Flowmetry in Mice

Bien que le cerveau ne constitue que 2% de la masse du corps chez les humains, il présente l’activité métabolique la plus élevée dans le corps, et en conséquence, constitue un organe hautement vascularisé. En fait, l’approvisionnement en sang dans le cerveau est strictement modulé au niveau régional par un mécanisme fondamental nommé couplage neurovasculaire (CNV), qui associe les besoins métaboliques locaux au flux sanguin cérébral [1, 2]. Notre compréhension du CNV sous des conditions physiologiques et pathologiques a été améliorée par un large éventail d’études menées chez les rongeurs. Néanmoins, ces études ont été réalisées soit sous anesthésie, soit chez la souris éveillée et immobilisée, afin d’éviter le mouvement de la tête pendant l'acquisition de l'image. Les anesthésiques, ainsi que le stress induit par la contention, peuvent altérer l'hémodynamique cérébrale, ce qui pourrait entraver les résultats obtenus. Par conséquent, il est essentiel de contrôler ces facteurs lors de recherches futures menées au sujet de la réponse neurovasculaire. Au cours de l’étude présente, nous avons développé un nouveau dispositif pour l'imagerie optique éveillée, où la tête de la souris est immobilisée, mais son corps est libre de marcher, courir ou se reposer sur une roue inclinée. En outre, nous avons testé plusieurs protocoles d'habituation, selon lesquels la souris a été progressivement entraînée pour tolérer l’immobilisation de tête, afin de minimiser le stress ressenti lors des sessions d'imagerie. Enfin, nous avons, pour la première fois, cherché à valider l'efficacité de ces protocoles d'habituation dans la réduction du stress, en mesurant l'évolution des taux plasmatiques de corticostérone tout au long de notre étude. Nous avons noté que les souris s'étaient rapidement adaptées à la course sur la roue et que les signes visibles de stress (luttes, vocalisations et urination) étaient nettement réduits suite à deux sessions d'habituation. Néanmoins, les taux de corticostérone n'ont pas été significativement réduits chez les souris habituées, par rapport aux souris naïves qui ont été retenues sur la roue sans entraînement préalable (p> 0,05). Ce projet met en évidence la nécessité d'une mesure quantitative du stress, car une réduction des comportements observables tels que l'agitation ou la lutte peut être indicative non pas d'un niveau de stress plus faible, mais plutôt d'un désespoir comportemental. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si la fixation de la tête lors de l'imagerie optique chez la souris peut être obtenue avec des niveaux de stress plus faibles, et si le stress induit par la contrainte effectuée avec notre dispositif est associé à des changements de la réponse hémodynamique.

Keyphrases: Stress, Débit sanguin cérébral, Couplage neurovasculaire, Imagerie optique, Anesthésie, Corticostérone, Souris
Exploration of the Cerebral Dysfunctions Induced by Arterial Rigidity and/or the Overexpression of TGFβ in a Mouse Model

Introduction: Les déficits cérébrovasculaires au cours de la maladie d'Alzheimer (MA) et la démence vasculaire (DV) sont multiples et ne se limitent pas à la pathologie amyloïde-β (Aß). Les modifications comprennent des modifications de structure des vaisseaux sanguins telles que reproduites dans les souris transgéniques qui surexpriment le facteur TGF-β1, une cytokine accrue dans le cerveau avec démence vasculaire et les patients avec la MA. Une circulation cérébrale compromise de façon chronique comme on le voit chez les souris surexprimant la TGF-β1 peut ainsi précipiter les troubles cognitifs lorsqu'elle est combinée avec des facteurs de risque pour les démences, telle que la rigidité artérielle. Objectif: Déterminer si la rigidité artérielle induite par calcification va aggraver les dysfonctions vasculaires cérébrales chez les souris surexprimant la TGF-β1 et déclencher des troubles cognitifs. Méthodologie: Nous avons testé si la rigidité artérielle induite par une chirurgie servant à calcifier des artères carotides pourrait induire les troubles de la mémoire et d’apprentissage chez les souris de type sauvage ou souris surexprimant la TGF-β1. L’apprentissage, la mémoire spatiale et la consolidation de la mémoire ont été étudiées avec la Piscine de Morris et le test de reconnaissance des objets nouveaux (RON) à un, deux et quatre mois après la chirurgie. Résultats: Aucune différence significative n'a été observée entre tous les groupes dans le test de RON spatiales (1, 2 et 4 mois post-chirurgie). Cependant, à 4 mois post-opératoire, les souris de type TGFβ dont la carotide a été calcifiée ont montré une mauvaise consolidation de la mémoire par rapport à des souris de type TGFbeta dont la carotide n’a pas été calcifiée (p <0,05). Conclusion: Ces résultats suggèrent que la calcification artérielle et la surexpression de TGF-β1 peuvent agir en synergie pour aggraver les troubles de la mémoire. Par conséquent, ces deux voies pourraient constituer des cibles thérapeutiques pour prévenir les démences. Mots-clés : TGFβ, rigidité artérielle, démence, Alzheimer, démence vasculaire, piscine de Morris, calcification, dysfunction cérébrale, unité neurovasculaire.

Keyphrases: Calcification, TGFβ, Rigidité artérielle, Démence, Alzheimer, Démence vasculaire, Piscine de Morris, Dysfunction cérébrale, Unité neurovasculaire
The Effect of Resveratrol on the Hyperproliferation of Vascular Smooth Muscle Cells from Spontaneously Hypertensive Rats : Molecular Mechanisms

Le remodelage vasculaire dû à l'hyperprolifération et à l'hypertrophie des cellules musculaires lisses vasculaires (VSMCs, par son abréviation en anglais) est central dans le développement de l'hypertension. Les VSMCs provenant de rats spontanément hypertendus (SHR, par son abréviation en anglais) présentent une hyperprolifération et une surexpression des protéines du cycle cellulaire. Le resvératrol est un composé polyphénolique naturel trouvé dans la peau des raisins et il est impliqué dans plusieurs effets vasoprotecteurs. Le resvératrol a également été signalé pour son effet atténuateur de la prolifération de VSMCs induite par l'angiotensine II. Cependant, il n'a pas été élucidé si le resvératrol pouvait également inhiber l'hyperprolifération des VSMCs chez les SHR. La présente étude a été entreprise pour déterminer si le resvératrol pouvait atténuer l'hyperprolifération des VSMCs et si oui, par quels mécanismes moléculaires. Méthodes: Pour cette étude, nous avons utilisé des VSMCs aortiques de rats SHR âgés de 14 semaines et de rats Wistar-Kyoto (WKY). La prolifération des VSMCs a été déterminée par la mesure de l’incorporation de la thymidine tritiée ([3H] thymidine) et l’expression des protéines a été mesurée par immunobuvardage de type Western. Résultats: Les VSMCs de SHR présentent une hyperprolifération atténuée par le resvératrol. La surexpression de la cycline D1, de la cycline E, de la kinase 4 dépendante de la cycline (CDK4), de la kinase 2 dépendante de la cycline (CDK2), de la protéine de rétinoblastome phosphorylée (pRb), de la Giα-3, de la Giα-2 et de la phosphorylation accrue de ERK1/2 (de l’anglais extracellular regulated kinase1/2) et AKT dans les VSMCs des SHR a été corrigée par le resvératrol. De plus, le resvératrol a également inhibé l'augmentation de l'anion superoxyde, l'activité de la NADPH (de l’anglais nicotinamide adenine dinucleotide phosphate) oxydase, la surexpression des protéines NADPH oxydase 2 (NOX2)/NADPH oxydase 4 (NOX4) et P47 phox, et la phosphorylation accrue de l'EGF-R (de l’anglais epidermal growth factor), IGF-1R (de l’anglais insulin-like growth factor 1) et c-Src aux niveaux témoins. Ces résultats suggèrent que le resvératrol, par l'inhibition des espèces réactives oxygénées (ROS) et des ROS qui induisent la transactivation des récepteurs des facteurs de croissance, c-Src et MAPK (de l’anglais mitogenactivated protein kinases)/PI3K (de l’anglais Phosphoinositide-3 kinase), réduit la surexpression de Giα et des protéines du cycle cellulaire et contribue à l'atténuation de l'hyperprolifération des VSMCs des SHR.

Keyphrases: Hypertension, MAPK, PI3K, SHR, c-Src, Prolifération VSMCs, Protéines du cycle cellulaire, Protéines Giα, Stress oxydatif
Metabolic Engineering to Improve Biohydrogen Production by Rhodobacter capsulatus JP91

La demande pour l'énergie augmente de jour en jour, ce qui se traduit par une attention mondiale à l'égard d'autres carburants respectueux de l'environnement parce que les combustibles fossiles nuisent à l'environnement. La production biologique d'hydrogène est une méthode alternative pour la production d'hydrogène, grâce à laquelle elle est produite dans des conditions douces, respectueux de l'environnement. La production photo-biologique d'hydrogène par les bactéries photosynthétiques pourpres non sulfureuses est un processus prometteur dans lequel les bactéries peuvent capturer de l'énergie lumineuse pour conduire la production d'H2 avec leur système de nitrogénase. Cependant, certaines voies métaboliques, tel que la fixation du CO2 et la biosynthèse du PHB, rivalisent avec la nitrogénase pour les électrons. Récemment, l'génie la métabolique a été appliqué pour améliorer le taux et le rendement de production d'H2. Le but de la présente étude était d'améliorer le rendement de la production d'H2 pendant la Photosynthèse par Rhodobacter capsulatus JP91 en utilisant des approches d'ingénierie métabolique. Notre hypothèse était que l'inactivation de PHB synthase (phbC) arrêterait la biosynthèse de PHB et dirigerait plus de flux des électrons dérivés du substrat vers la nitrogénase pour catalyser la production d’H2. Dans des études antérieures, des mutants dans la PHB synthase ont été développés dans d'autres bactéries photosynthétiques, y compris R. sphearoides et Rhodopseudomonas palustris mais pas Rhodobacter capsulatus. Dans cette étude, nous avons développé une nouvelle souche R. capsulatus RS15 doublement mutée (hupˉ, phbCˉ) qui était dérivée de R. capsulatus JP91 (hupˉ). Nos résultats montrent que la nouvelle souche, R. capsulatus RS15 pourrait croître dans différentes sources de carbone et d'azote. Notre mutant a une longue phase de décalage. Cependant, une foi démarrée, lorsqu'elle atteignait la phase logarithmique, sa croissance était similaire à ce de la souche parentale. À partir des résultats de la production d’hydrogène, la souche RS15 nouvellement développée est capable de convertir l'acétate, le lactate et le glucose en hydrogène l’acétate semble d’être la meilleure source de carbone pour la production de H2 par RS15 mais pas pour sa croissance. Surtout, R. capsulatus RS15 (hup-, phbC-) semble d’être un candidat prometteur pour le système hybride à deux niveaux puisque les principaux effluents de fermentation sombre sont l'acétate et le butyrate. Donc, ce processus peut potentiellement rendre la technologie de production de bio hydrogène possible à l’échelle industrielle.

Keyphrases: Production de bio hydrogène, Génie métabolique, Bactérie violette sans soufre, R. capsulatus JP91, R. capsulatus RS15, PHB synthase
Déterminants virologiques de la discordance entre la biopsie diagnostique du col et l’histologie finale au traitement

Introduction : Une infection persistante aux VPH à haut risque peut causer des lésions précancéreuses de haut grade du col de l’utérus (HSIL). Les femmes diagnostiquées à la colposcopie avec HSIL sont orientées au traitement par conisation (LEEP). L’analyse du spécimen de LEEP peut confirmer le HSIL, ou démontrer une discordance en présence d’une lésion de bas grade (LSIL) ou d’une histologie normale. Ces femmes ont donc été traitées inutilement. La discordance pourrait être due à une régression des HSIL ou à une erreur de lecture.  Objectif : Déterminer les caractéristiques cliniques et virales associées à l’obtention d’un résultat normal ou de bas-grade au traitement (discordance).  Méthodes : CoHIPP est un essai contrôlé randomisé effectué dans 13 centres de colposcopie à travers le Canada, comparant les stratégies de suivi après traitement pour HSIL. Des femmes enrôlées dans CoHIPP, nous avons sélectionné et apparié 355 cas de discordance et 355 témoins concordants. Une régression logistique univariée conditionnelle et des analyses univariées ont permis de déterminer l’association entre la discordance et les caractéristiques cliniques et virales (génotype, charge virale, polymorphisme). Le génotype a été obtenu par le test Hybrid Capture 2 ainsi que le Linear Array, la charge virale par PCR en temps réel et le polymorphisme par séquençage. Résultats : L’âge et le délai entre le diagnostic et le traitement étaient similaires pour les cas et les témoins. L’absence de VPH à haut risque au traitement est associée à une augmentation du risque de discordance (OR : 23,60 95% CI: 9,83-74,03). Les types 16, 31, 33 ou 52 étaient significativement associés à une diminution du risque de discordance. L’association entre le VPH16 (comparé à l’absence de VPH ou la présence de VPH à bas risque) et la discordance était la plus forte. La charge virale ainsi que les analyses de polymorphisme ne sont pas de bons prédicteurs de la discordance.  Discussion/Conclusion : Des recherches futures devraient investiguer l’usage d’un test générique pour VPH à haut risque pour identifier les femmes avec une biopsie diagnostique HSIL qui pourrait être suivies au lieu d’être traitées.

Keyphrases: Conisation cervicale, LEEP, VPH, Lésions intraépithéliale de haut grade, LSIL, HSIL
Knee gait kinematics : describing a normal cohort

Introduction: Le cycle de la marche a été étudié par plusieurs disciplines. Malgré plusieurs études, notre compréhension actuelle du cycle de la marche ne nous permet pas de modeler la cinématique fémoro-tibiale d'une manière qui est utile en clinique. L'objectif primaire de notre étude est de caractériser la cinématique fémoro-tibiale lors de la marche chez des sujets sains en utilisant l'appareil KneeKGMD.  Matériels et méthodes: Quatre-vingt-quinze patients, cinquante-deux femmes et quarante-trois hommes, sans pathologie connue de l'appareil locomoteur ni des membres inférfieurs, ont été recrutés pour participer à cette étude. Chaque patient a eu un examen à la marche de sa cinématique fémoro-tibiale avec l'appareil KneeKGMD. Tous ont complété les questionnaires knee injury and osteoarthritis outcome score (KOOS) et 12-item Short Form Health Survey (SF-12) et ont eu une radiographie des membres inférieurs sur long films. Les résultats du cycle de marche ont été analysés dans le plan sagital, transverse et frontal. Des comparaisons entres les genoux droit et gauches des patients ainsi qu'entre les deux sexes ont été faites. Les résultats obtenus ont été corrélés avec les différentes variations anatomiques estimées par des angles mesurés sur les examens radiologiques.   Résultats: En comparant les hommes et les femmes, des différences significatives ont été trouvées dans les plans sagital, transverse et frontal. Dans le plan sagital, les femmes ont une plus grande amplitude de flexion que les hommes durant l'oscillation intermédiare et finale (0.002 ≤ p ≤ 0.05).  Dans le plan transverse, plus de rotation interne du genou à été observée chez les femmes que chez les hommes durant la totalité de la phase d'oscillation (0.005 ≤ p ≤ 0.05).  Dans le plan frontal, les femmes sont plus en abduction que les hommes durant tout le cycle de la marche (0.001 ≤ p ≤ 0.002). En comparant les genoux droit et gauche, des différences significatives ont été trouvé seulement dans le plan frontal dans lequel les genoux sont plus en adduction que les genoux droits durant toute la phase d'oscillation du cycle de la marche (0.005 ≤ p ≤ 0.04). Aucune corrélation significative n'a pu être établie entre les hip-knee-ankle (HKA) angles et les angles d'abduction et d'adduction durant la marche (-0.40 ≤ r ≤ -0.42, p<0.001).   Discussion-conclusion: Les résultats de notre étude contribuent à avancer notre compréhension du cycle de la marche et introduisent le concept que les hommes et les femmes peuvent présenter des différences dans la cinématique lors du cycle de la marche notamment dans le plan frontal. De plus, l'alignement statique ne semble pas corréler avec l'alignement dynamique.

Keyphrases: knee, KneeKG, genou, mouvement, marche, cinématique
Dealing with heterogeneity in the prediction of clinical diagnosis

Le diagnostic assisté par ordinateur est un domaine de recherche en émergence et se situe à l’intersection de l’imagerie médicale et de l’apprentissage machine. Les données médi- cales sont de nature très hétérogène et nécessitent une attention particulière lorsque l’on veut entraîner des modèles de prédiction. Dans cette thèse, j’ai exploré deux sources d’hétérogénéité, soit l’agrégation multisites et l’hétérogénéité des étiquettes cliniques dans le contexte de l’imagerie par résonance magnétique (IRM) pour le diagnostic de la maladie d’Alzheimer (MA). La première partie de ce travail consiste en une introduction générale sur la MA, l’IRM et les défis de l’apprentissage machine en imagerie médicale. Dans la deuxième partie de ce travail, je présente les trois articles composant la thèse. Enfin, la troisième partie porte sur une discussion des contributions et perspectives fu- tures de ce travail de recherche. Le premier article de cette thèse montre que l’agrégation des données sur plusieurs sites d’acquisition entraîne une certaine perte, comparative- ment à l’analyse sur un seul site, qui tend à diminuer plus la taille de l’échantillon aug- mente. Le deuxième article de cette thèse examine la généralisabilité des modèles de prédiction à l’aide de divers schémas de validation croisée. Les résultats montrent que la formation et les essais sur le même ensemble de sites surestiment la précision du modèle, comparativement aux essais sur des nouveaux sites. J’ai également montré que l’entraînement sur un grand nombre de sites améliore la précision sur des nouveaux sites. Le troisième et dernier article porte sur l’hétérogénéité des étiquettes cliniques et pro- pose un nouveau cadre dans lequel il est possible d’identifier un sous-groupe d’individus qui partagent une signature homogène hautement prédictive de la démence liée à la MA. Cette signature se retrouve également chez les patients présentant des symptômes mod- érés. Les résultats montrent que 90% des sujets portant la signature ont progressé vers la démence en trois ans. Les travaux de cette thèse apportent ainsi de nouvelles con- tributions à la manière dont nous approchons l’hétérogénéité en diagnostic médical et proposent des pistes de solution pour tirer profit de cette hétérogénéité.

Keyphrases: Alzheimer, Hétérogénéité, Maladie d'Alzeimer, Apprentissage machine, Multisite, Biomarqueur