NCube/papyrus huggingface dataset:
Modeling High-Dimensional Audio Sequences with Recurrent Neural Networks

Cette thèse étudie des modèles de séquences de haute dimension basés sur des réseaux de neurones récurrents (RNN) et leur application à la musique et à la parole. Bien qu'en principe les RNN puissent représenter les dépendances à long terme et la dynamique temporelle complexe propres aux séquences d'intérêt comme la vidéo, l'audio et la langue naturelle, ceux-ci n'ont pas été utilisés à leur plein potentiel depuis leur introduction par Rumelhart et al. (1986a) en raison de la difficulté de les entraîner efficacement par descente de gradient. Récemment, l'application fructueuse de l'optimisation Hessian-free et d'autres techniques d'entraînement avancées ont entraîné la recrudescence de leur utilisation dans plusieurs systèmes de l'état de l'art. Le travail de cette thèse prend part à ce développement.  L'idée centrale consiste à exploiter la flexibilité des RNN pour apprendre une description probabiliste de séquences de symboles, c'est-à-dire une information de haut niveau associée aux signaux observés, qui en retour pourra servir d'à priori pour améliorer la précision de la recherche d'information. Par exemple, en modélisant l'évolution de groupes de notes dans la musique polyphonique, d'accords dans une progression harmonique, de phonèmes dans un énoncé oral ou encore de sources individuelles dans un mélange audio, nous pouvons améliorer significativement les méthodes de transcription polyphonique, de reconnaissance d'accords, de reconnaissance de la parole et de séparation de sources audio respectivement. L'application pratique de nos modèles à ces tâches est détaillée dans les quatre derniers articles présentés dans cette thèse.  Dans le premier article, nous remplaçons la couche de sortie d'un RNN par des machines de Boltzmann restreintes conditionnelles pour décrire des distributions de sortie multimodales beaucoup plus riches. Dans le deuxième article, nous évaluons et proposons des méthodes avancées pour entraîner les RNN. Dans les quatre derniers articles, nous examinons différentes façons de combiner nos modèles symboliques à des réseaux profonds et à la factorisation matricielle non-négative, notamment par des produits d'experts, des architectures entrée/sortie et des cadres génératifs généralisant les modèles de Markov cachés. Nous proposons et analysons également des méthodes d'inférence efficaces pour ces modèles, telles la recherche vorace chronologique, la recherche en faisceau à haute dimension, la recherche en faisceau élagué et la descente de gradient. Finalement, nous abordons les questions de l'étiquette biaisée, du maître imposant, du lissage temporel, de la régularisation et du pré-entraînement.

Keyphrases: Apprentissage automatique, Réseaux de neurones récurrents, Recherche d'information musicale, Modèles séquentiels, Transcription polyphonique, Reconnaissance de la parole, Factorisation matricielle non-négative
Caractérisation de la voie de signalisation du récepteur des minéralocorticoïdes dans le rein foetal suite à une restriction de croissance intrautérine

La restriction de croissance intrautérine (RCIU) est associée à l’apparition de maladies à l’âge adulte et le phénotype de la condition pathologique peut être différent selon le sexe. Notre laboratoire a développé un modèle de RCIU chez le rat en administrant une diète faible en sodium lors du dernier tiers de la gestation entraînant une réduction de l’expansion volémique maternelle et de la perfusion utéroplacentaire. L'activité rénine et la concentration d'aldostérone plasmatique sont augmentées chez la mère et les foetus RCIU. Antérieurement, notre laboratoire a démontré une augmentation de l’expression génique et protéique rénale de la Na+-K+-ATPase-α1 uniquement chez les foetus femelles RCIU. Ainsi, nous émettons l’hypothèse que la diminution du volume circulant chez la rate gestante entraîne une augmentation et une expression différentielle, selon le sexe, des éléments de la cascade de signalisation du récepteur des minéralocorticoïdes (MR) dans les reins de foetus RCIU. L’expression des gènes est réalisée par qRT-PCR et celle des protéines par immunobuvardage de type Western. Bien que les résultats démontrent que la transcription génique de SGK1, α-ENaC et GILZ soit augmentée dans les reins de foetus RCIU, l’expression protéique de SGK1, pSGK1(Thr 256) et α-ENaC est similaire à celle des témoins. La protéine GILZ est indétectable. Pour CNKSR3, aucune différence de l’ARNm ou de la protéine n’a été observée entre les deux groupes. Par contre, même si l’expression génique du MR n’est pas différente, l’expression protéique est diminuée chez les RCIU. Aucun effet du sexe n’a été observé. En conclusion, l’augmentation d'aldostérone plasmatique chez les foetus ayant subi une RCIU stimule la transcription des gènes associés à la voie de réabsorption sodique, mais la quantité protéique demeure inchangée. Ceci suggère qu’il peut avoir des mécanismes de régulation post-transcriptionnelle ou une dégradation accélérée des protéines. Malgré la pertinence du sexe dans le développement de maladies, le sexe n’influence pas l’expression des composantes de la voie de rétention sodique chez le foetus. Il serait important de suivre cette voie en fonction de l’âge et de corréler les expressions génique et protéique avec l’apparition de maladies.

Keyphrases: Plasticité développementale, Aldostérone, Diète pauvre en sodium, Canal sodique
A study of the polycomb group complexes in the maintenance of heterochromatic genome stability and Alzheimer's disease

La démence d'Alzheimer est une maladie neurodégénérative caractérisée par une perte progressive et irreversible des fonctions cognitives et des compétences intellectuelles. La maladie d’Alzheimer se présente sous deux formes: la forme familiale ou précoce (EOAD) qui représente 5% des cas et elle est liée à des mutations génétiques affectant le métabolisme des peptides amyloïde; et la forme tardive ou sporadique (LOAD) qui représente 95% des cas mais son étiologie est encore mal définie. Cependant, le vieillissement reste le principal facteur de risque pour développer LOAD. Les changements épigénétiques impliquant des modifications des histones jouent un rôle crucial dans les maladies neurodégénératives et le vieillissement lié à l'âge. Des données récentes ont décrit LOAD comme un désordre de l'épigénome et ont associé ce trouble à l'instabilité génomique. Les protéines Polycomb sont des modificateurs épigénétiques qui induisent le remodelage de la chromatine et la répression des gènes à l'hétérochromatine facultative. Nous rapportons que les souris hétérozygotes pour une protéine Polycomb développent avec l'âge un trouble neurologique ressemblant à LOAD caractérisé par l’altération des fonctions cognitives, la phosphorylation de la protéine tau, l'accumulation des peptides amyloïde, et le dysfonctionnement synaptique. Ce phénotype pathologique est précédé par la décondensation de l’hétérochromatine neuronale et l'activation de la réponse aux dommages à l'ADN. Parallèlement, une réduction d’expression de polycomb, malformations de l'hétérochromatine neuronale, et l'accumulation de dommages à l'ADN étaient également présents dans les cerveaux de patients LOAD. Remarquablement, les dommages de l'ADN ne sont pas distribués de façon aléatoire sur le génome mais sont enrichis au niveau des séquences répétitives. Les conclusions présentées dans cette thèse ont identifié des modifications épigénétiques spécifiques qui conduisent à une instabilité génomique aberrante menant à la formation de LOAD. Ces résultats vont aider au développement de nouveaux traitements qui peuvent potentiellement ralentir la neurodégénérescence.

Keyphrases: Polycomb, Maladie d'Alzheimer tardive, instabilité génomique, hétérochromatine
Analyse de la structure logique des inférences légales et modélisation du discours juridique

La présente thèse fait état des avancées en logique déontique et propose des outils formels pertinents à l'analyse de la validité des inférences légales. D'emblée, la logique vise l'abstraction de différentes structures. Lorsqu'appliquée en argumentation, la logique permet de déterminer les conditions de validité des inférences, fournissant ainsi un critère afin de distinguer entre les bons et les mauvais raisonnements. Comme le montre la multitude de paradoxes en logique déontique, la modélisation des inférences normatives fait cependant face à divers problèmes. D'un point de vue historique, ces difficultés ont donné lieu à différents courants au sein de la littérature, dont les plus importants à ce jour sont ceux qui traitent de l'action et ceux qui visent la modélisation des obligations conditionnelles. La présente thèse de doctorat, qui a été rédigée par articles, vise le développement d'outils formels pertinents à l'analyse du discours juridique. En première partie, nous proposons une revue de la littérature complémentaire à ce qui a été entamé dans Peterson (2011). La seconde partie comprend la contribution théorique proposée. Dans un premier temps, il s'agit d'introduire une logique déontique alternative au système standard. Sans prétendre aller au-delà de ses limites, le système standard de logique déontique possède plusieurs lacunes. La première contribution de cette thèse est d'offrir un système comparable répondant au différentes objections pouvant être formulées contre ce dernier. Cela fait l'objet de deux articles, dont le premier introduit le formalisme nécessaire et le second vulgarise les résultats et les adapte aux fins de l'étude des raisonnements normatifs. En second lieu, les différents problèmes auxquels la logique déontique fait face sont abordés selon la perspective de la théorie des catégories. En analysant la syntaxe des différents systèmes à l'aide des catégories monoïdales, il est possible de lier certains de ces problèmes avec des propriétés structurelles spécifiques des logiques utilisées. Ainsi, une lecture catégorique de la logique déontique permet de motiver l'introduction d'une nouvelle approche syntaxique, définie dans le cadre des catégories monoïdales, de façon à pallier les problèmes relatifs à la modélisation des inférences normatives. En plus de proposer une analyse des différentes logiques de l'action selon la théorie des catégories, la présente thèse étudie les problèmes relatifs aux inférences normatives conditionnelles et propose un système déductif typé.

Keyphrases: Logique déontique, Logique catégorique, Système déductif, Logique modale, Logique linéaire, Logique non-monotone, Action, Algèbre, Théorie des catégories, Catégorie monoïdale
Traitement des mélanges par le système trigéminal

Le système trigéminal –tout comme l’olfaction et la gustation– est un sens chimique qui permet la perception des informations chimiosensorielles de notre environnement. Contrairement à l’olfaction et à la gustation, notre connaissance du traitement des mélanges par le système trigéminal est limitée. Nous avons donc utilisé des mélanges de trois agonistes relativement spécifiques à des récepteurs (eucalyptol, agoniste TRPM8; aldéhyde cinnamique, agoniste TRPA1 ; camphre, agoniste TRPV1) et d’une odeur pure (alcool phényléthylique) dans différentes proportions afin de déterminer les dimensions de base de la perception trigéminale. Quatre dimensions principales se sont avérées pertinentes: l’intensité, la sensation de chaleur, la sensation de froid et la douleur. Nous avons utilisé ces dimensions pour étudier la perception de mélanges et de combinaisons dans différentes proportions d’un stimulus qui procure une sensation de froid (eucalyptol) et d’un stimulus qui procure une sensation de chaleur (aldéhyde cinnamique). Les résultats indiquent que les mélanges obtiennent généralement des scores plus élevés que les combinaisons sur les dimensions « intensité », « sensation de chaleur » et « douleur » alors que les combinaisons obtiennent des scores plus élevés sur la dimension « sensation de froid ». Ces résultats suggèrent des interactions spécifiques pour les différentes dimensions de la perception trigéminale. Nous en venons à la conclusion d’un effet d’additivité pour les mélanges sur les dimensions « intensité », « sensation de chaleur » et « douleur » alors que nous observons plutôt un effet de suppression de la perception de froid pour les deux stimuli dans les mélanges, ce qui semble indiquer des interactions particulières pouvant prendre place aux niveaux périphérique ou central.

Keyphrases: Système trigéminal, Mélanges binaires, Olfaction, Perception chimisensorielle
Le leadership authentique : validation d’une mesure et étude de ses effets sur le climat de travail et le bien-être des personnes

La santé au travail a été reconnue comme un élément important du développement économique mondial à long terme. Cependant, les projections statistiques laissent poindre des préoccupations sur deux plans : la main d’œuvre vieillit et leur bien-être psychologique se détériore. Pour pallier ses problématiques, des leaders forts sont recherchés pour cultiver des climats de confiance de même que veiller au bien-être de leurs collaborateurs. Cette thèse a pour objet d’étudier les liens entre le leadership authentique (LA), le climat de travail et le bien-être des personnes. Pour y parvenir, deux recherches ont été réalisées. La première étude visait à se doter d’un instrument de mesure de LA en français. Le « Authentic Leadership Questionnaire » a été traduit et validé. Les résultats des analyses factorielles confirmatoires effectuées sur deux échantillons de travailleurs québécois (N = 365, N = 859) ont montré que c’est une structure de deuxième ordre avec les quatre facteurs associés au LA qui offre le meilleur ajustement aux données. Le LA a ensuite été mis en lien avec des corrélats (authenticité du leader, bien-être psychologique du leader, bien-être psychologique des subordonnés, confiance et justice interpersonnelle). Toutes les hypothèses ont été soutenues à l’exception d’une, soit celle liant le LA autorapporté par le leader et son bien-être psychologique. La deuxième étude a testé un modèle de médiation où le climat de travail a été postulé comme médiateur de la relation entre le LA et le bien-être des travailleurs. Un devis non expérimental avec six mois entre les passations a été utilisé. Quatre cent six (406) infirmières et infirmiers ont rempli des questionnaires mesurant le LA et le climat perçus au travail, et six mois plus tard, une mesure de bien-être psychologique au travail. Les résultats découlant d’une analyse de médiation par la technique de « boostrapping » ont révélé que le LA est associé au bien-être des subordonnés par l’entremise d’un climat de travail positif qu’il contribue à favoriser. Au terme de cette recherche doctorale, on commente les résultats, expose les principaux apports, présente des retombées pratiques, discute des limites et propose des pistes de recherche future.

Keyphrases: Leadership authentique, Climat, Bien-être, Médiation, Authentic leadership, Mesure
Les limites du langage ou la critique du langage comme thérapie dans la philosophie de Ludwig Wittgenstein

Dans ce mémoire, je me propose d’analyser la question des limites du langage; d’examiner la place et le rôle de l’indicible dans la philosophie de Wittgenstein. La notion d’indicible suppose un critère pour saisir les limites du langage. Dans le Tractatus, le critère nous est donné par la structure logique de l’image. Or, en laissant tomber cet accord de forme entre le langage et le monde, suggéré par la théorie picturale, l’indicible ne semble plus se montrer dans les écrits postérieurs au Tractatus. Du moins, avec la notion de « jeux de langage », le critère pour saisir les limites du langage n’est plus aussi clairement défini et les règles qui déterminent les usages légitimes du langage ne sont plus aussi strictes. Enfin, en concevant la signification comme « usage », la nature du langage est appréhendée comme le fait d’une forme de vie, et dans une perspective pragmatique, arrimée à une position minimaliste, une conception déflationniste de la vérité peut se développer, évitant ainsi la réification de faits superlatifs associés à l’indicible et à l’ineffabilité des critères sémantiques. Par conséquent, l’indicible et l’ineffable ne seraient plus associés avec une posture mystique à l’égard du réel, et le quiétisme philosophique de Wittgenstein, toujours inspiré par le nihilisme thérapeutique, demeure l’avenue privilégiée pour neutraliser le discours métaphysique et le contraindre définitivement au silence.

Keyphrases: philosophie, Wittgenstein, langage, grammaire, signification, usage, limites du langage, indicible, sens, éthique, Wittgenstein, usage, indescribable
Affectation de composantes basée sur des contraintes énergétiques dans une
architecture multiprocesseurs en trois dimensions

La lithographie et la loi de Moore ont permis des avancées extraordinaires dans la fabrication des circuits intégrés. De nos jours, plusieurs systèmes très complexes peuvent être embarqués sur la même puce électronique. Les contraintes de développement de ces systèmes sont tellement grandes qu’une bonne planification dès le début de leur cycle de développement est incontournable. Ainsi, la planification de la gestion énergétique au début du cycle de développement est devenue une phase importante dans la conception de ces systèmes. Pendant plusieurs années, l’idée était de réduire la consommation énergétique en ajoutant un mécanisme physique une fois le circuit créé, comme par exemple un dissipateur de chaleur. La stratégie actuelle est d’intégrer les contraintes énergétiques dès les premières phases de la conception des circuits. Il est donc essentiel de bien connaître la dissipation d’énergie avant l’intégration des composantes dans une architecture d’un système multiprocesseurs de façon à ce que chaque composante puisse fonctionner efficacement dans les limites de ses contraintes thermiques. Lorsqu’une composante fonctionne, elle consomme de l’énergie électrique qui est transformée en dégagement de chaleur. Le but de ce mémoire est de trouver une affectation efficace des composantes dans une architecture de multiprocesseurs en trois dimensions en tenant compte des limites des facteurs thermiques de ce système.

Keyphrases: Recherche opérationnelle, Affectation quadratique, Recherche avec tabous, Architecture de multiprocesseurs, Dégagement de chaleur, Positionnement d’éléments, Choix des bus
Fin de vie active des travailleurs canadiens : une analyse des départs d’emploi de carrière et des emplois de transition selon l’industrie, 1993-2010

Avec la vague des départs à la retraite amorcée par la génération des baby-boomers, le marché du travail canadien traversera inéluctablement une période de transition. Le vide laissé par ces départs obligera de nombreuses industries à réajuster leur tir afin de ne pas être secouées par de trop fortes turbulences. À cet effet, l’impact des retraites n’aura pas la même ampleur pour chacune des branches d’activité. S’appuyant sur les données longitudinales de l’Enquête sur la dynamique du travail et du revenu de 1993 à 2010, cette recherche analyse les tendances au fil du temps et entre les industries en regard des départs d’emploi de carrière. Une attention particulière est aussi portée aux emplois de transition selon le secteur d’activité, afin de déterminer si cette pratique peut amoindrir les répercussions des départs d’emploi de carrière. Les résultats montrent que l’intensité des départs d’emploi de carrière s’accroit au cours de la période considérée et que d’importantes variations existent entre les travailleurs des diverses catégories d’industries examinées. L’industrie des services professionnels, scientifiques et techniques affiche la plus faible proportion de travailleurs ayant quitté un emploi de carrière (26 %). À l’autre extrémité du spectre, les travailleurs du secteur de l’hébergement et des services de restauration présentent la plus forte probabilité d’effectuer un départ d’emploi de carrière (47 %). Au chapitre des emplois de transition, les travailleurs en provenance l’industrie de la construction montrent la plus forte propension à oeuvrer au sein d’un tel type d’emploi. Si certaines industries se démarquent des autres, cela s’explique surtout en raison du comportement différentiel des travailleurs les plus âgés (55 à 64 ans).

Keyphrases: Retraite, Industrie, Emplois de carrière, Emplois de transition, Travailleurs âgés, Enquête sur la dynamique du travail et du revenu (EDTR)
La représentation romancée de la classe ouvrière à l'époque mi-victorienne en Grande-Bretagne

Ce mémoire a pour objet le socioréalisme victorien, un moment de l’art anglais pendant lequel s’est développée une déclinaison originale de la tendance réaliste qui a laissé sa marque un peu partout en Europe dans le courant du 19e siècle. À une époque où l’Angleterre s’affirme comme le haut lieu de la modernité industrielle, les dures conditions de vie imposées par les transformations socio-économiques en train de s’accomplir trouvent peu à peu à s’exprimer dans les arts, où leur représentation met à mal les canons esthétiques établis et l’idéologie qui les sous-tend. Alors qu’en France la figure du paysan est le plus souvent associée à la vision et au programme des réalistes, c’est vers le prolétaire urbain que vont se tourner des artistes anglais interpellés, à l’instar de certains écrivains, intellectuels, législateurs et spécialistes divers, par les ravages humains que cause la course aveugle vers le progrès et vers le profit. Si le roman « industriel » à la Dickens donne le ton en nous offrant quelques victimes types des bas-fonds de Londres, des illustrateurs emboîtent le pas, notamment grâce à la presse illustrée. Une iconographie du pauvre, où l’enfant et la femme occupent l’avant-scène, se met en place et se diffuse largement grâce à la capacité d’invention que permettent les nouveaux médiums de reproduction mécanique. Le journal The Graphic retient notre attention parce que certains de ses imagiers –Francis Montague Holl (1845-1888), Samuel Luke Fildes (1843-1927) et Hubert von Herkomer (1849-1914) - ont aussi pratiqué la peinture et transposé, dans des tableaux aux dimensions imposantes, des sujets qu’ils avaient déjà exploités dans la gravure. Prenant pour corpus une production visuelle qui semble avoir pour projet de rendre le réel en direct, dans toute sa dureté, notre mémoire explore cependant les aspects fictionnels et les manipulations rhétoriques auxquelles les imagiers doivent se prêter pour faire passer leur message. Certaines de ces manipulations sont imposées de l’extérieur, par la nécessité de ne pas confronter les bien nantis à une situation de révolte potentielle, mais de les inciter à la charité en les apitoyant sur le sort des plus démunis. D’autres dérivent des médiums eux-mêmes, le passage de la gravure à la peinture et du petit au grand format, de la consommation privée à l’exposition publique, imposant des stratégies compositionnelles et des factures différentes.

Keyphrases: Grande-Bretagne, 19e siècle, Socioréalisme, Journaux illustrés, Peinture