Facteurs de risque associés au statut de troupeau positif à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis

La paratuberculose (PTB) est une maladie entérique chronique, contagieuse et incurable qui affecte les ruminants et est causée par Mycobacterium avium ssp paratuberculosis (MAP). Les pertes économiques et l’association entre le MAP et la maladie de Crohn maintiennent un intérêt pour la paratuberculose. Les animaux s’infectent à un jeune âge, principalement par la voie féco-orale. Après une longue période d’incubation (jusqu'à plusieurs années), les vaches débutent l’excrétion fécale de MAP en absence de signes cliniques, perpétuant ainsi l’infection dans le troupeau. Les pratiques de gestion qui limitent l’exposition aux matières fécales contenant le MAP des animaux susceptibles sont plus efficaces pour réduire la prévalence que la simple élimination des animaux positifs. Les objectifs de ce mémoire sont : 1) Examiner et résumer de façon critique la littérature scientifique disponible sur les pratiques de gestion (mesurées à l'aide d'un questionnaire d’analyse de risque) associées au statut du troupeau pour MAP, et 2) identifier l'association entre les pratiques de gestion utilisées et le statut du troupeau pour MAP (déterminé à l'aide de culture bactériologique d'échantillons environnementaux) dans les troupeaux laitiers du Québec. Pour le premier objectif, une revue globale de la littérature a été réalisée. Nous avons inclus des études qui ont évalué les facteurs de risque de PTB en utilisant un questionnaire d'analyse de risque (QAR) et mesuré l'association entre les facteurs de risque et le statut du troupeau pour MAP. Pour le deuxième objectif, une étude cas-témoins a été conçue. Un total de 26 troupeaux où MAP a été isolé d'au moins 1 échantillon environnemental et 91 troupeaux témoins (aucun cas clinique de paratuberculose et négatifs lors de 2 prélèvements environnementaux annuels consécutifs) ont été sélectionnés. Une régression logistique multivariée a été utilisée pour évaluer l'association entre les facteurs de risque sélectionnés et le statut du troupeau pour MAP. En tout, 21 études transversales, 5 études cas-témoins et 3 études longitudinales répondaient aux critères d'inclusion. La taille du troupeau était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 12 (dont 4 avec faible risque de biais (RB)) sur 18, l'introduction de nouveaux animaux était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 10 (dont 4 avec faible RB) sur 24 études, l'histoire de PTB était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 6 (dont 4 à faible RB) sur 13, et la gestion du colostrum et du lait était significativement associée à un statut de troupeau positif à MAP dans 5 (aucun à faible RB) sur 18. Dans les troupeaux laitiers du Québec la taille du troupeau (OR = 1,17; IC à 95%: 1,02-1,33) et la proportion de vaches achetées par année au cours des 5 dernières années (OR = 5,44 IC à 95%: 1,23-23,98) étaient significativement associées à un statut de troupeau MAP positif. Les résultats de ce mémoire fournissent une grande compilation des informations disponibles sur les facteurs de risque associés au statut du troupeau pour MAP et évalués à l'aide d'un QAR. Certains facteurs de risque sont apparemment plus consistants d'une étude à l'autre. Cependant, les résultats doivent être interprétés à la lumière de la qualité et du risque de biais de chaque étude. Les pratiques de gestion visant à empêcher l'introduction de nouveaux animaux dans le troupeau et à réduire le contact des veaux nouveau-nés avec les animaux adultes ou leurs excréments sont des éléments clés pour minimiser l'introduction et la transmission du MAP dans un troupeau. Ces éléments devraient être priorisés dans les programmes de contrôle. Paratuberculosis is a chronic and contagious enteric disease of ruminants caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP). Control of paratuberculosis is justified given the associated economic losses and the potential role of MAP in Crohn’s disease in humans. Cattle usually become infected at a young age, primarily by the fecal-oral route. After a long incubation period (up to several years), infected cows may start shedding MAP without showing clinical signs, thus perpetuating MAP infections on the farm. Management procedures that limit exposure of susceptible animals to MAP are more effective at reducing disease prevalence than simply testing and culling MAP infected cows. Any management practices that expose (directly or indirectly) susceptible animals to fecal material from MAP shedders can be considered a risk factor for infection. The objectives of this master’s thesis are: 1) critically review the available scientific literature that evaluates the association between management practices (measured by a risk assessment questionnaire (RAQ)) and MAP herd status, et 2) identify the association between management practices and MAP herd status (determined using bacteriological culture of environmental samples) of dairy herds in Québec, Canada. A systematic review was performed to answer the first objective. We included studies that assessed PTB risk factors using a RAQ and measured the association between risks factors and MAP herd status. For the second objective, a case-control study was designed. A total of 26 case herds in which MAP had been isolated from at least 1 environmental sample in each herd and 91 control herds (no clinical cases of paratuberculosis and negative on 2 consecutive yearly environmental samplings) were selected. Multivariable logistic regression was used to evaluate the association between selected risk factors and MAP herd status. Twenty-one cross-sectional, 5 case control and 3 longitudinal studies met the inclusion criteria. Herd size was significantly associated with MAP herd status in  12 (4 with low RoB) out of 18 studies, introduction of new animals was significantly associated with MAP herd status in 10 (4 with low RoB) out of 24, history of PTB was significantly associated with MAP herd status in 6 (4 with low RoB) out of 13, and management of colostrum and milk were significantly associated with MAP herd status in 5 (none with low RoB) out of 18. For Québec dairy herds, herd size (OR=1.17; 95% CI: 1.02-1.33) and proportion of cows purchased per year in the last 5 years (OR=5.44; 95% CI: 1.23-23.98) were significantly associated with a positive MAP herd status. The results of this master’s thesis provide a large compilation of available information about risk factors associated with MAP herd status evaluated using a RAQ. Some risk factors are apparently more consistent across studies. However, results should be interpreted in the light of the quality and risk of bias of each study. Management practices aiming to prevent the introduction of new animals into the herd and to reduce the contact of newborn calves with adult animals or their feces are key elements to minimize MAP introduction and transmission into a herd. These elements should be prioritized in control programs.

Keyphrases: Troupeaux laitiers, Facteurs de risque, Pratiques de gestion, Culture de prélèvements de l’environnement, Statut des troupeaux, Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis, Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis, Dairy herds, Risk factors, Management practices, Environmental sampling, Herd status