NCube/papyrus huggingface dataset:
Étude des voies de signalisation qui régulent l’homéostasie du PI(4,5)P2

Diverses mutations de l’inositol 5-phosphatase OCRL (OcculoCerebroRenal Lowe), empêchant la catalyse de la conversion du phosphatidylinositol 4,5-biphosphate [PI(4,5)P2] en phosphatidylinositol 4 phosphate [PI(4)P], sont la cause du syndrome de Lowe. Cette maladie, à transmission récessive liée au chromosome X, affecte près de 1 garçon sur 500 000 et est caractérisée par des défauts oculaires, un retard mental et des problèmes rénaux. Notre laboratoire a démontré que OCRL était importante pour la division cellulaire et que sa déplétion induisait une perte de l’homéostasie du PI(4,5)P2 (1,2). Le but de mes recherches est d’identifier des protéines interagissant fonctionnellement avec OCRL pour réguler l’homéostasie du PI(4,5)P2. Un criblage à haut débit par dsRNA, dans des cellules S2 de Drosophile, a été mis au point sur le plan expérimental ainsi qu’au niveau de l’analyse automatique des images obtenues par microscopie. La réalisation future de ce criblage permettra d’élucider les voies de signalisation impliquées dans le rétablissement de l’homéostasie du PI(4,5)P2 et représente un premier pas vers une meilleure compréhension du syndrome de Lowe. Mutations in the inositol 5-phosphatase OCRL (OcculoCerebroRenal Lowe), that prevent phosphatidylinositol 4,5-biphosphate [PI(4,5)P2] dephosphorylation cause a genetic disease named Lowe syndrome. This rare X-linked genetic disease has an estimated prevalence of 1 in 500 000 people and is characterized by congenital eye defects, mental retardation and renal disorders. Our laboratory has shown that OCRL is important in cell division and that its depletion leads to loss in PI(4,5)P2 homeostasis2,3. The goal of my studies is to identify proteins that regulate PI(4,5)P2 homeostasis by functionally interacting with OCRL. A high-throughput screen using dsRNA in Drosophila S2 cells is currently experimentally and analytically optimized. This screen would give us a better understanding on signalling pathways regulating PI(4,5)P2 homeostasis and would be a giant step towards elucidating the cellular mechanisms underlying  Lowe syndrome.

Keyphrases: PI(4,5)P2, OCRL, Syndrome de Lowe, Multinucléation, dsRNA, Criblage, Cellules S2, Cytocinèse, Homéostasie, Drosophile, PI(4,5)P2, OCRL, dsRNA, Lowe Syndrome, Multinucleation, Screen, S2 Cells, Cytokinesis, Homeostasis, Drosophila
Reassembly and biochemical characterization of the human Smc5/6 complex

Les membres de la famille de protéines de maintenance structurelle des chromosomes (SMC) sont des régulateurs essentiels de la stabilité génomique. Le complexe Smc5-6 est indispensable pour la réparation de l'ADN, la maintenance des télomères et le redémarrage des fourches de réplication bloquées. La façon dont le complexe Smc5-6 remplit ses fonctions pour favoriser la stabilité du génome est encore incertaine. Ici, nous avons développé une nouvelle stratégie de purification pour isoler un complexe réassemblé fonctionnel. Cette approche nous a permis d'effectuer d'importantes analyses biochimiques et structurelles du complexe humain Smc5-6. Nous montrons que le complexe humain se lie avec une affinité plus faible aux substrats ADNdb par rapport à ADNsb. Ce complexe a également été caractérisé par une séparation zonale en gradient continu pour déterminer la masse moléculaire du complexe heteropentamerique après filtration sur gel. Nous avons utilisé la méthode "Gradient Fixation" (GraFix) pour stabiliser le complexe Smc5/6 afin de visualiser celui-ci par microscopie électronique (EM). En conclusion, nous avons identifié avec succès les conditions natives pour la purification d'un complexe Smc5-6 humain entièrement assemblé et fonctionnel. En outre, nous avons montré que ce complexe est biochimiquement actif et lie le ADNsb et le ADNdb avec différentes affinités. L'achèvement de notre analyse structurale éclairera le mécanisme d'action du complexe Smc5-6 lors de la réparation de l'ADN. Members of the structural maintenance of chromosomes (SMC) family of proteins are essential regulators of genomic stability. The Smc5-6 complex is indispensable for DNA repair, telomere maintenance and restart of stalled replication forks. How the Smc5-6 complex performs its functions to promote genome stability is still unclear. Here, we developed a novel purification strategy to isolate a reassembled complex. This approach allowed us to perform extensive biochemical and structural analyses of the human Smc5-6 complex. We show that the human complex binds with lower affinity to dsDNA substrates relative to ssDNA. This complex was also characterized by rate-zonal centrifugation to determine the molecular mass of the heteropentameric complex after gel filtration. We took advantage of the “Gradient Fixation” (GraFix) method to stabilize macromolecular complexes for single particle electron microscopy (EM). In conclusion, we have successfully identified native conditions for the purification of a fully assembled and functional human Smc5-6 complex. In addition, we showed that this complex is biochemically active and binds ssDNA and dsDNA with different affinities. Completion of our structural analysis will shed light on the mechanism of action of the Smc5-6 complex during DNA repair.

Keyphrases: Complexe Smc5-6 humain, Liaison ADN, Entretien structurel du chromosome, Human Smc5-6 complex, DNA-binding, Structural maintenance of chromosome
L’impact des technologies d’anonymat sur les conflits impliquant des vendeurs dans les marchés de drogues

L’objectif de cette recherche est de déterminer quel est l’impact des technologies d’anonymat sur les conflits impliquant des vendeurs dans les marchés de drogues. Les données proviennent d’un sondage hébergé sur Tor s’adressant directement aux vendeurs de drogues âgés de 18 ans et plus ayant réalisé des ventes sur les cryptomarchés dans les douze derniers mois. Les résultats du sondage sont mitigés. Il semblerait que les conflits les plus sérieux, comme les menaces avec une arme et les attaques physiques, sont plus fréquents dans la vente hors ligne que dans la vente en ligne. Les ventes frauduleuses, c’est-à-dire celle où la qualité ou la quantité de drogue est mensongère, sont aussi moins nombreuses lorsque les technologies d’anonymat sont utilisées. Or, les vols et les tentatives de vols de plus de 500 $ et menace sans arme sont plus fréquents lorsque les transactions se déroulent en ligne que hors ligne. De plus, les vendeurs de drogues sur les cryptomarchés qui vendent de l’amphétamine subissent significativement plus d’épisodes conflictuels que les autres. This research aims at understanding the impact of anonymity technologies on conflicts regarding drug vendors. Data comes from an online survey hosted on Tor answered by dealers, ages 18 and older, that sold drugs on cryptomarkets in the past twelve months. Results are mixed. It seems like more serious victimisations, like armed threats and physical attacks, happen more frequently in traditional offline drug dealing. The same can be said about deceptive transactions, where the quality or the quantity of the drug is less than advertised. Yet, thefts and theft attempts of over 500 $ and unarmed threats are more frequent when the transactions happen online. Additionally, drug vendors who sell amphetamine suffer significantly more conflicts than those who do not.

Keyphrases: Cryptomarché, Conflit, Trafic de drogues, Conflict, Violence, Dark Net, Cryptomarkets, Drug trafficking, Conflict
Communal Conflict and the Geopolitics of Land Tenure, Social Identity and Statehood in North Kivu (Democratic Republic of the Congo)

Cette thèse propose une analyse géopolitique des conflits fonciers au Nord-Kivu (RDC). D’un point de vue rapproché basé sur des entrevues et des enquêtes par questionnaire sur les conflits fonciers dans les régions rurales, la thèse procède à une analyse des liens entre la propriété foncière, les systèmes fonciers en place et les conflits fonciers qui les entourent, d’un côté, et les conflits intercommunautaires, civils et interétatiques, plus visibles et plus étudiés, de l’autre. L’analyse démontre que la propriété foncière et les droits de propriété sont au coeur des conflits du Nord-Kivu. La thèse démontre également que la conception et l’application des systèmes de propriété foncière successifs du Congo ont engendré et aggravé des tensions quasi permanentes ainsi que des conflits récurrents autour de la possession des terres et autour des identités sociales. En particulier, elle établit que cela a nourri des tensions géopolitiques de longue date dans les quatre territoires du sud du Nord-Kivu qui, dans l’histoire récente, ont éclaté à plusieurs reprises en guerres civiles et interétatiques. This thesis offers a geopolitical analysis of land tenure and land tenure conflict in North Kivu (DRC). From a close-up perspective based on interviews and survey questionnaires concerning land tenure conflicts in the rural areas of the province, the thesis proceeds to analyse links between land tenure, the existing land tenure systems and conflicts over land tenure, on one side, and the region’s more visible, and thus also more studied, communal, civil and interstate conflicts, on the other. On a first level of analysis, the thesis shows how the design and application of the Congo’s successive land tenure systems have affected longstanding inter-communal tensions and recurring conflicts over land tenure and social identities. On a second level, the thesis also shows how this has nurtured intense geopolitical tensions in the four southern territories of North Kivu that have erupted on several occasions in recent history into communal, civil and interstate wars.

Keyphrases: Congo, Régime foncier, Conflit foncier, Identité sociale, Relation inter-communautaire, Conflit inter-communautaire, Nord Kivu, Rôle de l’État, Land tenure regime, Land tenure conflict, Social identity, Inter-communal relations, Communal conflict, Statehood, North Kivu, Congo
Entre Rome et Alexandrie : le monnayage d'Antonin le Pieux (138-161), idéologie du règne et adaptations locales

Cette thèse a pour but de traiter l’idéologie du règne d’Antonin le Pieux et sa transmission dans la province d’Égypte grâce aux monnaies frappées à Rome et à Alexandrie. À cette fin, deux volumes sont proposés. Le premier est un commentaire historique, s’appuyant sur les monnaies frappées dans les deux cités, afin de dégager les principaux thèmes représentés. Le deuxième volume se consacre à la numismatique, avec un catalogue des monnaies frappées à Rome issues de la Collection du Cabinet des Médailles de Paris, et d’une introduction proposant des datations des émissions et des explications pour plusieurs types représentés. La comparaison entre les monnaies émises dans les différents ateliers a permis de constater que les principaux thèmes diffusent les idées de paix, de prospérité, d’abondance, de l’éternité de Rome et du système impérial, grâce à la famille de l’empereur, qui permet d’assurer la succession. Ces thèmes sont présents, tout au long du règne, à Rome, et adaptés à Alexandrie grâce à un répertoire iconographique local. Bien qu’utilisant les cultes locaux pour diffuser des messages, l’atelier provincial est donc soumis au contrôle du pouvoir central, qui diffuse l’idéologie du règne d’Antonin. This thesis aims to treat the ideology of the reign of Antoninus Pius and its transmission in the province of Egypt thanks to the coins minted in Rome and Alexandria. To this end, two volumes are proposed. The first is a historical commentary based on the coins struck in the two cities in order to identify the main themes that are represented. The second volume focuses more on numismatics with a catalog of coins minted in Rome from the Collection of the Cabinet des Médailles in Paris, and an introduction proposing datings of the issues and explanations for several types represented. The comparison of the currencies issued from the various workshops revealed that the main themes spread the ideas of peace, prosperity, abundance, the eternity of Rome and the imperial system, thanks to the Emperor's family, which ensures the succession. The themes are present, throughout the reign, in Rome, and adapted to Alexandria thanks to a local iconographic repertoire. Although using local cults to spread messages, the provincial workshop is therefore subject to the control of the central power, which diffuses the ideology of the reign of Antoninus.

Keyphrases: Antonin le Pieux, Faustine l'Aînée, Faustine la Jeune, Marc-Aurèle, Rome, Égypte, Numismatique, Idéologie, Rome, Antoninus Pius, Faustina Maior, Faustina Minor, Marcus Aurelius, Roma, Egypt, Numismatic, Ideology
Analyse de la conduction acoustique transcrânienne par voie osseuse

Objectifs:  1) Étudier la propagation des ondes sonores dans la boîte crânienne pour analyser les trajets préférentiels de transmission du son et leurs propriétés de propagation ; et 2) Identifier les endroits sur le crâne où la conduction osseuse à la cochlée est optimale. Méthode: Neuf têtes cadavériques ont été placées dans une chambre anéchoïque et équipées avec six implants de type Bone Anchored Hearing Aids (BAHA™) et quinze accéléromètres. Un vélocimètre laser a été utilisé pour mesurer la réponse cochléaire en plaçant un réflecteur sur la fenêtre ronde. Différents balayages fréquentiels ont été appliqués à chaque implant et des mesures ont été enregistrées simultanément par le vélocimètre laser et les accéléromètres.  Résultats: Les ondes de basses fréquences voyagent principalement par la voie de transmission frontale et il n’existe pas de trajet prédominant clair pour les hautes fréquences. La moyenne du délai inter-aural est de 0,1 ms. La transmission sonore optimale à la cochlée se situe entre 1000 et 2500 Hz avec une atténuation contra-latérale de 5 à 10 dB. La localisation de l’implant n’affecte pas la moyenne de la transmission du son à la cochlée.  Conclusion: Il existe un trajet préférentiel de transmission pour les basses fréquences par une voie frontale mais non pour les hautes fréquences. Nous avons aussi pu démontrer que la localisation de l’implant BAHA™ sur la boîte crânienne n’avait pas d’impact significatif sur la transmission du son que ce soit ipsi ou contralatéralement. Objectives:  1) To study the propagation of sound waves in the skull to analyze the preferential pathways of sound transmission and their propagation properties; and  2) To identify the location(s) on the skull where bone conduction to the cochlea is optimal. Methods: Nine cadaveric heads were placed in an anechoic chamber and equipped with six Bone Anchored Hearing Aids (BAHA™) implants and fifteen accelerometers. A laser velocimeter was used to measure cochlear response by placing a reflector on the round window. Different frequency sweeps were applied to each implant and measurements were recorded simultaneously by the laser velocimeter and accelerometers. Results: Low frequency sound waves mostly travel the frontal transmission pathways and there is no clear predominant pattern for the high frequencies. The mean inter-aural time lag is 0.1 ms. Optimal sound transmission to the cochlea occurs between 1000 and 2500Hz with a contralateral 5 to 10 dB attenuation. The implant location does not influence mean transmission to the cochlea.  Conclusion: There is a pattern of transmission for low frequencies through a frontal pathway but none for high frequencies. We were also able to demonstrate that the localization of the BAHA™ implant on the skull had no significant impact on the sound transmission, either ipsi or contralaterally.

Keyphrases: Otologie, Transmission sonore, Acoustique, Conduction osseuse, Otology, Sound Transmission, Acoustic, Bone conduction
L'impact d'un stress hyperoxique néonatal sur la néphrogenèse chez le rat

À travers le monde, un enfant sur dix naît prématurément. Les enfants prématurés représentent les plus fragiles des nouveaux-nés, leur organisme n’étant pas complètement préparé pour la vie extra-utérine. Plusieurs organes et systèmes sont encore immatures et toujours en développement actif lorsque la naissance arrive avant le terme. En conséquence, ces enfants sont exposés aux conditions extra-utérines bien avant qu’ils ne devraient l’être physiologiquement. Parmi les transformations du milieu de vie qui interviennent après la naissance, le contact avec de l’oxygène en plus forte concentration est l’une des plus importantes et influence grandement l’homéostasie du nouveau-né. L’oxygène est impliqué dans certaines complications de la prématurité, notamment la rétinopathie du prématuré et la dysplasie bronchopulmonaire. Cependant, son influence sur d’autres organes en croissance est moins connue. Mes travaux de maîtrise ciblent l’effet de l’oxygène sur le développement rénal. Ainsi, nous nous intéressons aux mécanismes responsables de ces conséquences et plus précisément au rôle du HIF-1alpha. Dans ce projet, nous avons démontré que l’exposition à une concentration élevée d’oxygène mène, chez des ratons nouveau-nés, à un développement rénal sous optimal. Ceci est médié par une diminution de l’expression du HIF-1alpha et rétabli par la stabilisation du celui-ci au niveau rénal. Throughout the world, one in ten infants is born prematurely. Not having a fully prepared organism for the extrauterine life makes them the most fragile of newborns. Premature birth occurs at a time when organ systems are still actively developing and causes them to be exposed to the extrauterine conditions long before they were physiologically supposed to be. One of the major changes in the infant’s environment is the high oxygen content, which greatly influences the newborn’s homeostasis. Oxygen has already been recognized to be involved in several adverse outcomes of prematurity, such as retinopathy of prematurity and bronchopulmonary dysplasia. Yet less is known about its influence on other developing systems. My master’s thesis focuses on the effects of high oxygen exposure on renal development and the mechanisms involved. Within this scope, we are particularly exploring the role of HIF-1alpha. In this project, we have shown that exposure of newborn rat pups to high oxygen levels leads to impaired nephrogenesis, mediated by decreased HIF-1alpha levels. Renal development was restored by stabilizing its expression in the developing kidney.

Keyphrases: Développement rénal, Prématurité, Néphrogenèse, HIF-1alpha, HIF-1alpha, Hyperoxie, HIF-1alpha, Renal development, Prematurity, Nephrogenesis, Hyperoxia, HIF-1alpha
La fragilité comme prédicteur de la durée du séjour hospitalier après les chirurgies orthopédiques majeures électives chez les patients âgés

Avec le vieillissement de la population et le développement des maladies ostéoarticulaires chroniques, le nombre de chirurgies de remplacement de genou et de hanche est en augmentation au Canada. La fragilité, définie comme un état de perte de réserve physiologique et une incapacité à répondre adéquatement à un stresseur externe est aussi en hausse. Nous avons donc réalisé une étude prospective servant à déterminer la prévalence de la fragilité dans une population âgée en attente de chirurgie orthopédique élective et avons évalué si la fragilité est associée avec des pronostics postopératoires cliniques (transfert en centre de réhabilitation et séjour hospitalier prolongé). Quatre-vingt-sept patients de 65 ans et plus ont été recrutés à la clinique préopératoire de l’Hôpital Maisonneuve-Rosemont. La prévalence de la fragilité était de 4,5 % avec l’échelle de fragilité clinique et de 22,9 % avec l’échelle FRAIL. La moyenne d’âge de notre cohorte était de 73 ans et 65.5% des patients étaient des femmes. Les patients non robustes sur l’échelle de fragilité clinique étaient statistiquement associés avec un plus grand taux de congé à un centre de réadaptation (p=0.038) et un séjour prolongé (p=0.005), alors qu’il n’y avait pas cette association avec l’échelle FRAIL. Par contre, plus d’études doivent être réalisées pour confirmer nos données avant des études de type interventionnelles. With the ageing population and the development of osteoarthritis, total joint replacement procedures are increasing in numbers. Frailty, defined as a lack of physiological reserves and the inability to adequately respond to external stressors is also rising. Therefore, we conducted a prospective study to assess the prevalence of undetected frailty among elderly patients awaiting elective orthopedic surgery and to assess whether it is associated with adverse outcomes (transfer to rehabilitation center and prolonged hospital length of stay). A total of 87 patients 65 years and older were recruited at the preoperative evaluation clinic at Maisonneuve-Rosemont hospital. The Clinical Frailty Scale classified 4.5% of all patients are frail while the FRAIL scale classified 22.9% as frail. The mean age of our cohort was 73 years old and 65.5% were female patients. Patient classified as not robust on the Clinical Frailty Scale was significantly associated with discharge to rehabilitation center (p=0.038) and longer hospital length of stay (p=0.005) while not for those classified on the FRAIL scale. More studies are needed to confirm our findings before future interventional trials.

Keyphrases: Fragilité, personne âgée, chirurgie orthopédique, pronostique, échelle de fragilité clinique, échelle FRAIL, Frailty, Elderly, Orthopedic surgery, Outcome, Clinical Frailty Scale, FRAIL scale