Algorithmes de construction et correction d'arbres de gènes par la réconciliation

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants,  forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité.   Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui,  il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie,  c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants.   Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître  des méthodes de reconstruction qui   utilisent leurs propriétés spécifiques.  Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer.  Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée  à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents:  1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie   en se basant sur la réconciliation.  2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie.  3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes  selon son coût de réconciliation. Genes encode the biological functions of all living organisms and are the basic molecular units of heredity. In order to explain the diversity of species that can be observed today,  it is essential to understand how genes evolve. To do this, the past has to be recreated by inferring their phylogeny, i.e. a gene tree depicting the parental relationships between  the coding regions of living beings. Traditional phylogenetic inference methods have been developed primarily to construct species trees  and are solely based on DNA sequences. Genes, however, are rich in information and only a few known   reconstruction methods make usage of their specific properties. In particular, the history of a gene family in terms of duplications and losses,  obtained by the reconciliation of a gene tree with a tree species, may allow us to detect weaknesses in a tree and improve it. In this thesis, reconciliation is applied to the construction and correction of gene trees from three different angles:  1) We address the problem of resolving a non-binary gene tree. In particular, we present a linear time algorithm that solves a polytomy based on reconciliation.  2) We propose a new gene tree correction approach based on orthology and paralogy relations. Polynomial-time algorithms are presented for the following problems: modify a gene tree so that it contains a given set of orthologous genes,  and validate a set of partial orthology and paralogy relations.  3) We show how reconciliation can be used to "combine'' multiple gene trees. Specifically, we study the problem of choosing a gene supertree based on its reconciliation cost.

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