NCube/papyrus huggingface dataset:
Caractérisation du microDNome et sa modulation par le traitement anti-cancer

Récemment, une nouvelle classe d'ADN circulaire extrachromosomique (eccDNA) appelée microADN a été identifiée dans des tissus humains et murins. Ces microADNs ont une longueur de 100 à 400 pb, sont dérivés de régions génomiques non répétitives uniques et présentent un enrichissement au niveau des régions géniques et riches en GC. Bien qu'il ait été proposé qu'ils puissent provenir du métabolisme de l'ARN ou des défauts de réplication, leurs mécanismes de production et leur éventuelle fonctionnalité restent à déterminer. Grâce à l'analyse des microADNs extraits d'une série de 10 lignées cellulaires lymphoblastoïdes humaines (LCL), nous avons confirmé la distribution nonaléatoire des microADNs vers les régions actives du génome. Les microADNs identifiés présentaient des loci d'origine redondants et une périodicité de taille de 190 pb pouvant correspondre à la fragmentation de l'ADN lors de l'apoptose caspase-dépendante. L'apoptose induite de ces LCLs par des drogues chimiothérapeutiques (méthotrexate ou L-asparaginase) a entrainé la modulation de la diversité et de la taille des microADNs, suggérant qu'une partie de ces entités pourrait être des produits résiduels de la mort cellulaire apoptotique. Ainsi, bien que compatible avec l'observation initiale suggérant que les microADNs proviennent d'un processus physiologique normal, ces résultats impliquent une source de production alternative ou complémentaire. Recently, a new class of extrachromosomal circular DNA (eccDNA) called microDNA was identified in mouse and human tissues. These microDNAs are 100 to 400 bp long, derive from unique nonrepetitive genomic regions and show an enrichment in GC rich and genic sequences. While it has been proposed that they could arise from RNA metabolism or replication defects, their production mechanisms and eventual functionality remain unclear. Through the analysis of microDNAs extracted from a series of 10 human lymphoblastoid cell lines (LCLs), we confirmed the non-random distribution of microDNA towards active regions of the genome. Identified microDNAs showed redundant loci of origin and a size periodicity of 190 bp that matched caspase-dependant DNA fragmentation of apoptotic cells. Strikingly, the chemotherapeutic drug-induced apoptosis (using methotrexate or Lasparaginase) of these LCLs modulated both diversity and size of microDNAs further suggesting that a part of microDNAs could represent circularized by-products of the programmed cell death. Thus, while compatible with the original observation that microDNAs originated from a normal physiological process, these results imply an alternative or complementary source of production.

Keyphrases: MicroADN, Méthotrexate, L-Asparaginase, Apoptose, Génomique, Pharmacogénomique, MicroDNA, Extra-chromosomal circular DNA, Next-Generation Sequencing, Apoptosis
L’accomplissement de l’autorité d’un leader du développement personnel dans une perspective communicationnelle

Dans l’Antiquité occidentale et orientale, des noms d’hommes célèbres ont été associés à des méthodes et des outils de transformation de la vision du monde et métamorphose de la personnalité. Depuis les années 1920, on assiste au même phénomène avec l’émergence de célébrités du développement personnel. Devenue une industrie florissante, la popularité, l’attractivité et l’influence que ces leaders ont sur les autres est une question d’actualité, au moins autant que les critiques et les débats véhéments qu’ils soulèvent. Intriguée par ce phénomène, et interrogeant sa propre pratique de coach professionnel, cette étude adopte une approche constitutive de la communication organisationnelle pour mieux comprendre les pratiques communicationnelles par lesquelles l’autorité d’un tel leader s’accomplit dans et par les interactions. Les résultats de recherche montrent à la fois la présence de processus déjà identifiés dans la littérature pour leur rôle dans la production et la reproduction de l’autorité dans les interactions, tels que la présentification, l’invocation et l’auteurisation ; mais aussi l’identification de nouvelles pratiques d’auto-distinction et de gestion des distances. L’accès à une organisation dirigée par un leader du développement personnel est rare et représente un contexte organisationnel unique, riche et ouvrant le champ à nombreuses pistes de recherche. In Western and Eastern Antiquity, names of well-know people were associated with methods and tools for worldview transformation and personality metamorphosis. Since the 1920s, we are witnessing the same phenomenon through the emergence of personal development celebrities. Today the personal development field is a thriving industry. The popularity, attractiveness and influence these leaders can have over others is an important question, at least as much as the criticism and heated debates they raise. Intrigued by this phenomenon, and questioning her own practice as a professional coach, this study adopts a constitutive approach to organizational communication to better understand the communication practices by which the authority of such leaders is accomplished in and through interactions. This research shows the presence of processes already identified in the literature for their role in the production and reproduction of authority in interactions such as presentification, invocation and authoring. Two new communication practices also emerged from the data and have been identified as self-distinction and distance management. Access to an organization led by a personal development leader is rare, it represents a unique and rich organizational context and opens up many avenues for future research.

Keyphrases: Communication organisationnelle, Autorité, Interaction, Présentification, Invocation, Leader, Développement personnel, Interaction, Invocation, Leader, Coaching, Orgnizational communication, Authority, Presentification, Personal development
Un voyage ethnographique au cœur du phénomène du biohacking : pour une redéfinition médiatique du vivant

Ce mémoire de maîtrise est une étude d’un phénomène émergent, le biohacking. Depuis 2008 et la création du groupe Boslab à Boston, le biohacking se pratique dans différents groupes autour du monde. Les biohackers se réunissent autour d’un vivant que l’on ne découvre plus mais que l’on fabrique. Ils hackent, bricolent le vivant et son code génétique, comme l’on hackerait un programme informatique. À travers une ethnographie qui suit la création du groupe de biohacking de Montréal, mais aussi à travers une ethnographie en passant dans différents groupes d’Europe et d’Amérique du Nord, je propose de comprendre le phénomène du biohacking à travers une étude médiatique du vivant. Ainsi, je propose de penser le vivant comme un medium, entendu comme un intermédiaire, un moyen, mais surtout un milieu. Un milieu qui permet de placer la notion de relation au centre de la réflexion, plutôt que sur l’objet en lui même. Un milieu dans lequel des groupes se développent, vivent et cohabitent à l’intérieur d’une communauté plus grande. Des groupes qui échangent des matériaux, des connaissances et des pratiques, entres eux, mais aussi avec les grandes institutions. Cette recherche propose de repenser notre rapport au vivant pour comprendre un phénomène à la base d’une révolution scientifique et sociale. This thesis is a study of an emerging phenomenon, biohacking. Since 2008, and the creation of the Boslab in Boston, biohacking is practiced in different groups around the world. Biohackers meet around the idea that the living is no longer discovered but made. They hack, tinker the living and its genetic code, like one would hack a computer program. Through an ethnography that follows the creation of the biohacking group of Montreal, but also through an ethnography in different groups in Europe and North America, I propose to understand the phenomenon of biohacking through a media study of the living. I propose to think of the living as a medium, understood as an intermediary, a support, but above all an environment. A medium which places the notion of relation at the center of the reflection. An environment in which groups develop, live and cohabit in a larger community. These groups exchange materials, knowledge and practices, among themselves, but also with major institutions. This research proposes to rethink our relationship with the living to understand a phenomenon which could very well be the basis of a scientific and social revolution, biohacking.

Keyphrases: ethnographie, réalité, biohacking, biologie de synthèse, vivant, écologie médiatique, medium, perruque, hack, Objet frontière, reality, biohacking, boundary-object, ethnography, medium, media ecology, infrastructure, hack, living, synthetic biology
Fugue en sol numérique : le téléphone intelligent au quotidien

En cette ère de la 4g et des microprocesseurs, la téléphonie sans-fil offre un accès constant au net en plus de permettre moult échanges via appels/textos ou autres applications. En réalité, le téléphone intelligent, à l’heure d’aujourd’hui, est bien plus qu’un outil communicationnel. Véritable couteau suisse des temps modernes, il permet de payer ses comptes, de retrouver son chemin, de vérifier l’heure et même de reconnaître la chanson audible dans un café. Sa prépondérance dans notre paysage quotidien en est telle qu’un peu plus d’une personne sur deux avoue qu’il ou elle ne saurait vivre sans son appareil (Smith, 2015).  Ainsi, la présente recherche tente d’explorer les questions suivantes à l’aide d’une expérience de déstabilisation. Premièrement, est-il possible de toujours vivre 'normalement' tout en restant déconnecté? Plus précisément, qu'arriverait- il sur le plan de la représentation de soi alors que les attentes quotidiennes fondées sur l'instantanéité, l’accessibilité et l'hyper-efficacité ne pourraient pas être respectées? En ce sens, peut-on encore agir, interagir et fonctionner dans un monde hyperconnecté, ou une déconnexion prolongée altèrerait-elle aussi la façon dont nous percevons et donnons un sens à notre environnement? In a world of 4g and microprocessors, wireless telephony offers constant web access in addition to allowing a plethora of interactive means via calls / text messages or other applications. In fact, today's smartphone seems to be much more than a communicational tool. A true modern day Swiss army knife, we can use it to pay our bills, find our way in the city, or check the time and even recognize the song currently audible in a coffee shop. In fact, its preponderance in our daily lives is such that a little more than a person out of two admits that he or she cannot live without his or her device for more than a day (Smith, 2015). Thus, this research attempts to explore the following questions through a breaching experiment. First, is it possible to always live 'normally' while remaining disconnected? Moreover, what would happen to the presentation of self in the everyday life when expectations based on immediacy, accessibility, and hyper efficiency could not possibly be met? Once disconnected, can we still properly act, interact, and function in a hyperconnected world or does a prolonged disconnection also alter what the way we may perceive and make sense of our surroundings?

Keyphrases: Expérience de déstabilisation, Intelligibilité, Téléphone intelligent, Réseaux sociaux, Mise en scène, Self, Breaching Experiment, Self, Intelligibility, Smartphone, Social Networks
Vivre en libération conditionnelle au Québec : une expérience entre contrôle et accomplissement personnel

Chaque année au Québec environ 1000 détenus sont libérés en libération conditionnelle et quittent la prison avant la fin de leur sentence tout en étant soumis à de strictes conditions. Si un idéal de réhabilitation souhaitant voir le délinquant réformé et réintégré à la société a longtemps prévalu, il tend de nos jours à être remplacé par un idéal de protection de la société par l’intermédiaire de la gestion des risques que représente un individu. De plus, vivre en libération conditionnelle comporte un certain nombre de défis. Comme toute personne sortant de détention, les libérés font face à de nombreuses difficultés, notamment en matière d’emploi, de logement ou de relations familiales. La réussite de la mesure est elle aussi un enjeu auquel les libérés sont confrontés. Grâce à des entrevues semi-dirigées réalisées auprès de 14 hommes et femmes, ce projet a donc pour objectif de comprendre l’expérience des personnes en libération conditionnelle au Québec. L’analyse a fait ressortir que malgré des aspects pesants et stressants, les anciens détenus indiquent que « ça va bien », principalement car ils ne sont plus en détention, et qu’ils se sentent aidés. De plus, ils indiquent s’adapter et s’intégrer à leur nouvel environnement. Grâce à leur volonté et leur motivation, ils expliquent apprendre, travailler sur eux et s’impliquer dans leur réinsertion. En effet, les libérés conditionnels font de leur libération une expérience bénéfique pour eux et préparent leur avenir. Every year in Québec, about 1 000 detainees are released from prison on parole and go back into society whilst still being compelled to conform to some conditions. For many years, the penal philosophy underlying parole was one of reform and reintegration of the offender. Nowadays, a trend towards more control over the delinquent and risk management as guarantees of public safety seems to be replacing the former rehabilitation ideal. Living on parole bears some challenges. As for every person released from prison, parolees face difficulties regarding, amongst others, employment, housing and personal relationships. The success of their release is also an issue they have to address. This project aims to understand the experience people released on parole in Québec. In order to do so we conducted 14 semi-structured interviews with parolees. We found that despite some stressful and burdensome aspects, parolees indicate they are doing well on parole, mainly because they are not incarcerated anymore and because they feel assisted. They also indicate that they have to adjust and adapt to their new environment. Being highly motivated and willing to grow, they explain learning a lot and being involved in their reintegration into society. Parolees see parole as a beneficial opportunity for them to prepare their future.

Keyphrases: libération conditionnelle, libérés conditionnels, réinsertion sociale, gestion des risques, sociologie de l’expérience, Québec, Québec, Parole, parolees, rehabilitation, risk management, sociology of experience
Les besoins des proches de personnes assassinées ou disparues : une évaluation des services d’un organisme communautaire œuvrant auprès de ces clientèles

Le but de la recherche est d’identifier les besoins des proches de personnes assassinées et disparues afin de comparer les similitudes et les différences entre les deux groupes de proches de personnes victimes. À l’aide d’un questionnaire construit conjointement avec un organisme d’aide aux familles des victimes, deux conclusions peuvent être tirées. Les proches de personnes assassinées seraient plutôt à la recherche de services axés sur le soutien psychologique et émotionnel, alors que les proches de personnes disparues prioriseraient les services visant à combler des besoins plus pratiques, pour gérer la crise engendrée par la disparition d’un proche. Ces résultats sont cohérents avec la recherche sur les proches de personnes assassinées et disparues. Toutefois, les résultats sont influencés par des limites importantes, dont la petite taille de l’échantillon. The objective of the research is to identify the needs of families of murdered and missing people. This would allow to compare similarities and differences between the needs of these groups of victims. A questionnaire was buit in cooperation with an organization helping families of missing or murdered victims. Two conclusions were drawn from the results. Families and friends of murdered people were looking for psychological and emotional support services. In comparison, families and friends of missing people were looking to fill more practical needs, such as managing the crisis following the disappearance of a member of their family. These results are consistent with research on family and friends of murdered and missing people. However, these conclusions are limited by important gaps in the research, such as a small sample.

Keyphrases: Covictimes, Proches de personnes assassinées, Proches de personnes disparues, Besoins, Covictims, Relatives of murdered people, Relatives of disappeared people, Needs
La psychosphère dans True Detective

S'inspirant de l'inconscient collectif jungien, « détaché des sphères personnelles, exist[e] en marge de celles-ci, [...] possède un caractère tout à fait général et [...] ses contenus peuvent se rencontrer chez tous les êtres1 », le concept de la psychosphère, tel que présenté dans la télésérie américaine True Detective (HBO, 2014), en est la trame de fond narrative. Décrire l'invisible et l'intangible n'est possible que par l'étude de ses manifestations. Ce mémoire s'intéresse donc aux phénomènes et aux concepts qui rendent possible la représentation de ce que Ralph Noyes décrit comme un « vast and complex cauldron of ideas, memories, volitions, desires and all the other furniture of conscious experience and unconscious mental functioning2 ». Outre les questions plus larges de la généalogie du récit, la poétique narrative de la psychosphère relève essentiellement de l'archive: True Detective fait maintes allusions à la fiction gothique américaine. Celles-ci désignent à leur tour une explication transhistorique d'un retour à la violence ritualisée. Toutefois, cette explication, s'il en est une, demeure fragmentée, incohérente et ultimement différée. Inspired by Jung's collective unconscious, the concept of a psychosphere, as seen in HBO's hit series True Detective (2014), underlines the narrative structure of the show. Describing the invisible and the intangible is only made possible by the study of its manifestations. This thesis analyses the phenomena and concept which enable the representation of what Ralph Noyes describes as a « vast and complex cauldron of ideas, memories, volitions, desires and all the other furniture of conscious experience and unconscious mental functioning3 ». Apart from broader questions of genealogy, the narrative poetics of the psychosphere are essentially archival: True Detective contains many allusions to previous Gothic fictions, which point toward an trans-historical explanation for the return of ritualized violence. However, any such explanation is fragmented, incoherent, and ultimately deferred.

Keyphrases: Psychosphère, True Detective, Littérature américaine, Inconscient collectif, Télévision américaine, True Detective, Southern Gothic, Weird Fiction, American television, American literature, Collective unconscious, Parapsychology, Parapsychologie, Hantise, Nic Pizzolatto, Haunting
Espaces d'énonciation et prises de parole en contexte numérique

Le sujet de ce mémoire traite des questions qui touchent la prise de parole sous forme écrite dans le contexte technico-médiatique du numérique. Le numérique inaugure une série de pratiques culturelles, de pratiques d’écritures et de pratiques de lectures qui redéfinissent les différents rôles médiatiques qu’ont instaurés l’imprimé et ses cinq siècles de règne. Ce mémoire propose d’observer la nature de ces pratiques et de voir de quelles façons elles se trouvent en rupture ou en continuation avec celles qui ont cours dans la culture de l’imprimé. On verra aussi comment ces pratiques et la technologie qui les permet reconfigurent les espaces de parole qui prolifèrent à l’ère numérique et comment ils se distinguent de ceux qui prévalaient sous l’imprimé. Il s’agira entre autre d’identifier quels types d’écrivants émergent dans ces espaces, de voir sous quelles modalités ceux-ci prennent parole et aussi, quels sont les effets que produisent sur la parole elle-même les modes de circulations admis par le numérique. The subject of this memoir addresses the questions of the written word in a digital context. The digital allows a series of cultural, writing and reading practices that redefines a number of roles that the printed media had assigned during its five hundred years reign. This memoir proposes to define these practices and explores where they find themselves in rupture or in continuation with those that prevailed with the printed media. It will be discussed how these practices and the technology that permits them opens new spaces for writing and how these spaces differs from those that existed in printed culture. This memoir also tries to identify the new types of writers that emerge in these particular spaces. It shows under which conditions they write and how the digital media affects the word itself.

Keyphrases: prise de parole, numérique, blogue, littérature, pratiques de lecture, médias sociaux, réseaux, mort de l'auteur, [RVMFAST] Communication écrite, [RVMFAST] Communication et technologie, [RVMFAST] Médias sociaux, flux, usager, digital media, written word, blog, literature, reading practices, social media, networks, user, death of the author
Le défaut de l'âme : performance et ironie du genre dans L'Ève future d'Auguste de Villiers de l'Isle-Adam et Les chiennes savantes de Virginie Despentes

Ce mémoire s’attache à la question de la matérialité et de la théâtralité du corps genré, telle que posée par une lecture croisée entre un roman du XIXᵉ siècle et un autre de l’époque contemporaine. En effet, L’Ève future, d’Auguste de Villiers de l’Isle-Adam et Les Chiennes savantes de Virginie Despentes portent chacun une attention soutenue à la performance du genre féminin. En mettant en scène des personnages de séductrices qui conjuguent la performance de leur sexe à des métiers d’actrice ou de danseuse, les deux récits suggèrent un rapprochement entre la distance qu’implique la scène, le pouvoir de séduction, et la « réalité » du genre. Si le féminin est un théâtre, ainsi que l’arguent les personnages d’Edison et de Louise dans leur histoire respective; une mascarade selon la théorie Riviere; une catégorie politique selon Wittig; une performance dans l’analyse de Butler; ou une technologie chez Preciado; le genre existe-t-il encore à ce point? Peut-on dire que l’ironie, présente à la fois dans L’Ève future et dans Les Chiennes savantes, en jouant sur la tension entre un discours réel et un discours simulé, reconduit cette indécidabilité de la « réalité » du genre? This thesis takes its roots in the question of the materiality and theatricality of the gendered body, as it can be understood by a cross-reading of a nineteenth century and a contemporary novel. L’Ève future, by Auguste de Villiers de l’Isle-Adam, and Les Chiennes savantes, by Virginie Despentes, are both putting an emphasis on the performance of the feminine gender. By staging characters of seductive women who combine their gendered performance with their work as actress and dancer, Les Chiennes savantes and L’Ève future are suggesting a link between the representation, the seductive power and the ‘reality’ of gender. If womanliness is a play, as Edison and Louise are alluding to in their respective stories; a masquerade according to Riviere; a political category as argued by Wittig; a performance for Butler; a technology for Preciado; does gender still exist that much? Can it be said that irony, which is found as a literary and philosophic device in both novels, by playing with the tension between the true and the fake in a discourse, is renewing the undecidability of the ‘reality’ of gender?

Keyphrases: littérature française, Virginie Despentes, Auguste de Villiers de l'Isle-Adam, féminisme, Virginie Despentes, gender studies, queer studies, feminism