NCube/papyrus huggingface dataset:
Identification de régulateurs de la voie de signalisation du suppresseur tumoral PAR-4/LKB1 chez C. elegans

Le gène par-4 code pour une kinase à sérine/thréonine très conservée qui régule la polarisation précoce et la division cellulaire asymétrique de l’embryon de C. elegans. Une mutation de par-4 entraîne la létalité embryonnaire en perturbant trois processus: la ségrégation asymétrique des déterminants cellulaires, la régulation asynchrone de la progression du cycle cellulaire et la contractilité du réseau d’actomyosine. Pour identifier des régulateurs des voies de signalisation de PAR-4, nous avons procédé à un criblage pour des suppresseurs de la létalité embryonnaire associée à une mutation de par-4. Nous avons identifié 6 gènes qui codent pour des homologues conservés avec des activités définies telles que la phosphorylation, l’ubiquitination, la protéolyse et l’échafaudage. En employant l’imagerie quantitative pour suivre des événements cellulaires dépendants de PAR-4, nous avons déterminé quels processus sont contrôlés par chaque suppresseur durant le développement embryonnaire de C. elegans. Des analyses moléculaires de ces suppresseurs ont révélé des détails sur le mécanisme par lequel PAR-4 régule la polarisation cellulaire et promeut la division cellulaire asymétrique. The gene lkb1 codes for a highly conserved serine/threonine kinase. The orthologue of lkb1 in the nematode Caeonorhabditis elegans, termed par-4, regulates early polarization and asymmetric cell division in the embryo. A mutation in par-4 causes embryonic lethality by perturbing three main cellular processes: asymmetric segregation of cell fate determinants, asynchronic regulation of cell cycle progression and contractility of the actomyosin network. To identify regulators of the PAR-4/LKB1-dependent pathways, we performed a screen for suppressors of the embryonic lethality associated with a mutation in par-4. We identified 6 genes that have conserved homologs with defined activities including protein phosphorylation, ubiquitination, proteolysis and scaffolding. We used quantitative imaging of specific PAR-4-dependent cellular events to determine which of these are controlled by each suppressor during early C. elegans embryonic development. Molecular analysis of these suppressors revealed details on the mechanism through which PAR-4 regulates cell polarization and promotes asymmetric cell division.

Keyphrases: Division cellulaire asymétrique, Syndrome de Peutz-Jeghers, Régulation du cycle cellulaire, Embryogénèse, Signalisation cellulaire, Microscopie, Analyse quantitative d’images, Polarisation cellulaire, PAR-4/LKB1, Caenorhabditis elegans, Asymmetric cell division, Peutz-Jeghers Syndrome, Cell cycle regulation, Embryogenesis, Cell signalling, Microscopy, Quantitative imaging, Cell polarization, PAR-4/LKB1, Caeonorhabditis elegans
Dérivation de diagrammes de séquence UML compactes à partir de traces d’exécution en se basant des heuristiques

Nous proposons une approche d’extraction des diagrammes de séquence à partir de programmes orientés objets en combinant l’analyse statique et dynamique. Notre objectif est d’extraire des diagrammes compacts mais contenant le plus d’informations possible pour faciliter la compréhension du comportement d’un programme. Pour cette finalité, nous avons défini un ensemble d’heuristiques pour filtrer les événements d’exécution les moins importants et extraire les structures de contrôles comme les boucles et la récursivité. Nous groupons aussi les objets en nous basant sur leurs types respectifs. Pour tenir compte des variations d’un même scénario, notre approche utilise plusieurs traces d’exécution et les aligne pour couvrir le plus possible le comportement du programme. Notre approche a été évaluée sur un système de simulation d’ATM. L’étude de cas montre que notre approche produit des diagrammes de séquence concis et informatifs. We propose an approach for extracting sequence diagrams from object-oriented programs by combining static and dynamic analysis. Our objective is to derive compact yet informative diagrams to ease the understanding of a program’s behavior. To this end, we define a set of heuristics to filter unimportant execution events and abstract control structures such as loops and recursions. We also group objects based on their respective types. To cover variations of the same behavior, our approach considers and aligns multiple execution traces. Our approach was evaluated on an ATM Banking simulation system. The case study shows that our approach produces concise, yet informative sequence diagrams.

Keyphrases: Compréhension de programme, Retro-ingénierie, Diagrammes de séquences UML, Traces d'exécutions, Réduction de traces, Alignement de traces, Program comprehension, Reverse engineering, UML sequence diagram, Execution traces, Traces reducing, Traces alignment
Coefficients de Clebsch-Gordan de la super-algèbre osp(1|2)

Les fonctions génératrices des coefficients de Clebsch Gordan pour la superalgèbre de Lie osp(1|2) sont dérivées en utilisant deux approches. Une première approche généralise une méthode proposée par Granovskii et Zhedanov pour l'appliquer dans le cas de osp(1|2), une algèbre dont le coproduit est torsadé. Une seconde approche repose sur la réalisation de osp(1|2) en tant qu'algèbre dynamique d'un oscillateur parabosonique et utilise une équivalence dans cette réalisation entre le changements de coordonnées polaires à cartésiennes et le problème de Clebsch-Gordan. Un chapitre moins formel précède ces dérivations et présente comment le problème de Clebsch-Gordan s'interprète en tant que réalisation d'une algèbre de fusion. La notion abstraite de fusion est introduite, soulignant son importance en physique, pour en venir au cas particulier du problème de Clebsch-Gordan. Un survol du cas de l'algèbre osp(1|2) et de ses utilisations en physique mathématique conclut ce chapitre. The generating functions for the osp(1|2) Lie superalgebra Clebsch-Gordan coefficients are derived using two approaches. The first one consists of generalizing a method first proposed by Granovskii and Zhedanov to apply it to the case of osp(1|2), an algebra with a twisted coproduct. The second one is based on the realization of the osp(1|2) as the dynamical algebra for a parabosonic oscillator and used an equivalence in this realization between a change of basis from polar to cartesian coordinates and the Clebsch-Gordan problem. A less formal chapter precedes those derivations and present how the Clebsch-Gordan problem can be interpreted as a realization of a fusion algebra. The abstract notion of fusion is introduced, mentionning its importance in physics, and leads to the particular case of the Clebsch-Gordan problem. A brief review of the problem for the osp(1|2) algebra and its uses in mathematical physics concludes this chapter.

Keyphrases: Superalgèbre de Lie, Coefficients de Clebsch-Gordan, Algèbre de Hopf, Oscillateur parabosonique, Oscillateur de Dunkl, Fonctions génératrices, États cohérents, Coproduit torsadé, Lie superalgebra, Clebsch-Gordan coefficients, Hopf algebra, Parabosonic oscillator, Generating functions, Coherent states, Twisted coproduct
Linguistic imperialism : a study of language and yoruba rituals
in Wole Soyinka’s Death and the king’s horseman

L’objectif de ce mémoire est de démontrer le rôle important de la langue dans la pièce de théâtre Death and the King’s Horseman par l’auteur nigérian Wole Soyinka. Le premier chapitre traite les implications de l'écriture d'un texte postcolonial dans la langue anglaise et revisite les débats linguistiques des années 1950 et 1960. En plus de l'anglais, ce mémoire observe l'utilisation d'autres formes de communication telles que l'anglais, le pidgin nigérian, les dialectes locaux et les métaphores Yoruba. Par conséquent, l'intersection entre la langue et la culture devient évidente à travers la description des rituels. La dernière partie de ce mémoire explore l'objectif principal de Soyinka de créer une «essence thrénodique». Avec l'utilisation de masques rituels, de la danse et de la musique, il développe un type de dialogue qui dépasse les limites de la forme écrite et est accessible seulement à ceux qui sont équipés de sensibilités culturelles Yoruba. The aim of this thesis is to demonstrate the significant role of language in the development of the play Death and King’s Horseman by Nigerian author Wole Soyinka. The first chapter discusses the implications of writing a postcolonial text in the English language and revisits the language debates of the 1950s and 1960s. In addition to English, the thesis observes the use of other forms of communication such as Nigerian Pidgin English, local dialects, and Yoruba metaphors. Consequently, the intersection between language and culture becomes apparent through the description of the rituals. The final section of the thesis explores Soyinka’s primary focus of creating a “threnodic essence.” With the use of ritual masks, dance and music, he develops a type of dialogue that transcends the written form and is accessible only to those who are equipped with Yoruba cultural sensibilities.

Keyphrases: Soyinka, langue, rituel, chant funèbre, l'anglais, Soyinka, language, English, song, dance, threnody
Érotisme pudique et dissolution des limites dans Hamaguri d’Aki Shimazaki ;
suivi de Probablement personne

Recourant volontiers au voilement ou à un jeu de paravents, l’écriture pudique est marquée par la précaution – souvent troublante en soi – d’éviter de provoquer le trouble chez son lecteur. Hamaguri d’Aki Shimazaki se construit autour d’un noyau apparemment contradictoire qui transcende le tabou de l’inceste. L’étude de ce roman, mis en parallèle avec L’amant de Duras et Les belles endormies de Kawabata, permet de mettre en relief un érotisme pudique dont la principale caractéristique consiste en une remise en cause de son principe transgressif, découlant de la dissolution de la limite tracée par l’interdit. Dans un phénomène de coïncidence des opposés, l’érotisme pudique aplanit le rapport dualiste entre des éléments donnés comme inconciliables : chair et esprit, Éros et Thanatos, licite et illicite. Empreint de ce type d’érotisme, Probablement personne met en scène une jeune femme et son professeur de peinture sumi-e, de quarante ans son aîné. Une passion indéfinissable, à la lisière de la hantise, les lie de plus en plus étroitement l’un à l’autre. Leur relation se joue dans le non-dit, les regards, la gestuelle; elle se révèle graduellement à travers des traits d’encre sur le papier et la symbolique de la fleur : fascinante, cueillie, flétrie… Leur drame se joue dans la zone grise entre ce qui a eu lieu et n’a jamais eu lieu. With its active usage of veils and folding screens, modesty writing is characterized by a certain precaution – often unsettling in and of itself – that is intended to avoid exciting readers. Aki Shimazaki’s Hamaguri is constructed on such a seemingly contradictory core that transcends the taboo of incest. A comparative analysis of this novel using Duras’ The Lover and Kawabata’s The House of the Sleeping Beauties allows one to uncover a certain erotic modesty, whose defining characteristic is that it undermines transgression when the boundaries of the forbidden are broken down. In a phenomenon where opposites collide, erotic modesty bridges the dualistic gap that exists between elements once considered incompatible: body and soul, Eros and Thanatos, that which is permitted and the forbidden. Infused with this particular form of eroticism, Probablement personne acquaints readers with a young woman and her sumi-e painting professor, who is forty years her senior. An incommunicable bond develops, bordering on haunting, and ties the two closer together. Their relationship transpires in the unspoken, looks as well as gestures, gradually unveiling itself through strokes of ink on paper and floral symbolism: captivating, picked, wilted. Their drama unfolds in the grey area between what really happens, and what does not.

Keyphrases: Pudeur, Érotisme, Hamaguri, Aki Shimazaki, L'amant, Les belles endormies, Transgression, Réticence, Hamaguri, Aki Shimazaki, Marguerite Duras, Yasunari Kawabata, Modesty, Erotism, Transgression, Reticence, The house of the sleeping beauties, The lover
Glycosidation avec protection minimale en solution et sur support solide

Les glycosides sont reconnus pour leur potentiel pharmaceutique tels que les antibiotiques, les agents anticancéreux et antiviraux. Ils sont impliqués dans plusieurs processus biologiques entre autres la reconnaissance cellulaire, l’inflammation, la réponse immunitaire, la croissance, le transport cellulaire, l’adhésion cellulaire et les groupes sanguin. Notre groupe excelle dans la glycosidation stéréocontrôlée avec un minimum de protection suivant le concept d’activation à distance d’aglycones hétérocycliques anomériques. La présence d’une quantité sous stoechiométrique d’acide de Lewis, les (2-pyridyl)-β-D-glycosides déprotégés sont d’excellents donneurs permettant de haute sélectivité pour l’anomère- α-D de glycosides simples et complexes. Inversement, (2-pyridyl)-α-D-glycosides donnent les β-D-glycosides avec de bonne sélectivité. Des exemples de formation stéréocontrôlée de glycosides sont présentés dans cette thèse avec des accepteurs tels que les phénols, les stéroïdes, les terpènes et les acides hydroxyaminés. Cette méthodologie de glycosidation a été appliquée sur support solide. Glycosides are well-known to be components of important antibiotics, anticancer agents and antiviral drugs. They are also involved in many biologically relevant processes such as cell-cell recognition, inflammation, immunity, cell transport, cell adhesion, and as determinants of blood group types. Our group has championed stereocontolled methods of glycoside synthesis with minimal donor protection using the concept of remote activation of anomeric heterocyclic aglycones. In the presence of sub-stoichiometric amounts of Lewis acids, unsubstituted beta-D-pyridyl glycosides are excellent donors affording simple and complex glycosides usually with high alpha-anomeric selectivity. Conversely, alpha-D-pyridyl glycosides give the inverted beta-glycosides with equally good selectivity. Examples of stereocontrolled glycoside synthesis with acceptor molecules include among others, phenols, steroids, terpenes, and hydroxyamino acids. Applications to glycoside synthesis on solid support have been pursued with promising results.

Keyphrases: Glycoside, glycosidation avec un minimum de protection, glycosidation sur support solide, Glycoside, minimal protection glycosidation, solid-supported glycosidation
Deoxynivalenol (DON) naturally contaminated feed impairs the immune response induced by porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) live attenuated vaccine

Cereal commodities are frequently contaminated with mycotoxins produced by the secondary metabolism of fungal infection. Among these contaminants, deoxynivalenol (DON), also known as vomitoxin, is the most prevalent type B trichothecene mycotoxin worldwide. Pigs are very sensitive to the toxic effects of DON and are frequently exposed to naturally contaminated feed. Recently, DON naturally contaminated feed has been shown to decrease porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) specific antibody responses following experimental infection. The objective of this study was to determine the impact of DON naturally contaminated feed on the immune response generated following vaccination with PRRSV live attenuated vaccine. Eighteen pigs were randomly divided into three experimental groups of 6 animals based on DON content of the diets (0, 2.5 and 3.5 mg DON/kg). They were fed these rations one week prior to the vaccination and for all the duration of the immune response evaluation. All pigs were vaccinated intra-muscularly with one dose of Ingelvac® PRRSV modified live vaccine (MLV). Blood samples were collected at day −1, 6, 13, 20, 27 and 35 post vaccination (pv) and tested for PRRSV RNA by RT-qPCR and for virus specific antibodies by ELISA. Results showed that ingestion of DON-contaminated diets significantly decreased PRRSV viremia. All pigs fed control diet were viremic while only 1 (17%) and 3 (50%) out of 6 pigs were viremic in the groups receiving 3.5 and 2.5 mg of DON/kg, respectively. Subsequently, all pigs fed control diet developed PRRSV specific antibodies while only viremic pigs that were fed contaminated diets have developed PRRSV specific antibodies. These results suggest that feeding pigs with DON-contaminated diet could inhibit vaccination efficiency of PRRSV MLV by severely impairing viral replication.

Keyphrases: Pig, DON mycotoxin, PRRSV, Vaccination
Les paradoxes de la lutte contre la corruption en Afrique : cas du Bénin et du Rwanda

Le régime politique démocratique est souvent plébiscité dans le discours général reproduit par les institutions internationales et assumé par les principaux acteurs politiques dans le monde,  comme étant l’arme par excellence pour l’éradication de la corruption et une bonne gouvernance. L’analyse de deux pays africains le Bénin et le Rwanda, semble toutefois indiquer que c’est le pays avec le système le moins démocratique, à savoir le Rwanda qui réussit le mieux le pari de la lutte contre la corruption. Contre toute attente en effet, le Rwanda malgré l’autoritarisme souvent décrié de son gouvernement surclasse le Bénin, souvent applaudi pour la réussite de sa transition démocratique, en matière de lutte contre la corruption. Cette tendance est confirmée par la plupart des indicateurs de la corruption. Ce constat vient remettre en question les postulats de départ, et nous oblige alors à nous interroger sur les sources de la performance du Rwanda. Le présent mémoire vient justement démontrer que la relation entre la nature du régime politique et l’efficacité de la lutte contre la corruption est loin d’être automatique. Les règles du jeu politique à l’intérieur du régime ainsi que la qualité des institutions de lutte contre la corruption mises en place peuvent avoir une influence majeure sur le succès ou l’échec des mesures de lutte contre la corruption. Democratic regimes are often praised in the general discourse reproduced by international institutions and assumed by the main political actors in the world as a great weapon for the fight against corruption and good governance. However, the analysis of two african countries, Benin and Rwanda, seems to indicate that it is the country with the least democratic system that succeed the best in the fight against corruption. Against all expectations, in fact, Rwanda despite the often decried authoritarianism of his government, outperforms Benin, often applauded for its successful democratic transition. This trend is confirmed by most indicators of corruption. This finding, challenges the starting assumptions, and then forces us to wonder about the source of the performance of Rwanda. This memory precisely demonstrates that the relationship between the nature of the political regime and the effectiveness of the fight against corruption is far from automatic. The rules of the political game within the regime and the quality of anti-corruption institutions implemented can have a major influence on the success or failure of measures against corruption.

Keyphrases: Bénin, Rwanda, lutte contre la corruption, institutions, régime politique, Rwanda, institutions, Rwanda, institutions, Benin, Rwanda, fight against corruption, institutions, political regimes
Le sang du ciel, un témoignage-fiction pour interroger la vérité

L'objectif de cette recherche est de réfléchir à la notion de vrai dans l'économie discursive du témoignage. C'est-à-dire que ce mémoire se concentre sur le rapport entre le discours critique et académique d'une part, et le discours littéraire de l'autre. Une première partie s'attache à délimiter les contours de du problème, à partir notamment des notions de de vrai et de vraisemblable. Une étude comparative permet d'introduire trois auteurs qui serviront d'exemple tout au long de la recherche: Primo Levi, Jorge Semprun, et Charlotte Delbo. On fait un bref survol de l'évolution des deux économies discursives depuis les tout premiers témoignages (années 40-50) jusqu'au tournant narratif symbolisé par le procès Eichmann. Cela correspond aussi à la parution d'un témoignage à part: Le sang du ciel, de Piotr Rawicz. La seconde partie est un état de la question sur le roman de Rawicz. Comment le fait qu'il s'agisse d'une fiction, notamment, a été discuté par la critique et dans les contributions universitaires qui lui sont consacrées. Cette incursion dans l'herméneutique nous permet d'identifier trois vagues critiques distinctes, selon les époques et les pays. Enfin, la dernière partie s'attache à montrer que Le sang du ciel est un témoignage pensé comme un projet esthétique, dont la modernité ne cède pas à la facilité du refus de dire de quoi on parle, mais qui au contraire pose des questions de son temps et ose aborder les sujets que l'on doit taire selon la doxa. The purpose of this research is to reflect the notion of truth in the discursive economy of testimony. This study examines, on the one hand, the critical or academic discourses and, on the other, the literary discourse itself. The first part defines the nature of the problem, particularly with references to notion of truth and verisimilitude. As the basis of comparison, the analysis introduces three authors who will be points of refernence throughout the research: Primo Levi, Jorge Semprun, and Charlotte Delbo. At the outset, this study presents the general lines of the two discursive economies' evolution, from the very first survivor accounts (the 40's and the 50's) to the narrative turning point symbolized by Eichmann's trial. This latter coincides with the publication of a unique literary account: Blood from the Sky, of Piotr Rawicz. The second part examines the critical and academic reception of Rawicz's novel, which revolved around the work's fictionality. This foray into hermeneutics allows for indentfying free stages of criticism, varying according to time periods and countries. Finally, the last part aims to show that Blood from the Sky is a witness account conceived as an aesthetic project whose modernity does not stop at refusing to say what is at issue. On the contrary, the novel asks questions of its own time and dares to broach topics that the general consensus we should avoid.

Keyphrases: témoignage, Rawicz, modernité littéraire, fiction, Shoah, Rawicz, fiction, testimony, literature modernity