Méthodes et algorithmes pour l’amélioration de l’inférence de l’histoire évolutive des génomes

Les phylogénies de gènes offrent un cadre idéal pour l’étude comparative des génomes.  Non seulement elles incorporent l’évolution des espèces par spéciation, mais permettent aussi  de capturer l’expansion et la contraction des familles de gènes par gains et pertes de gènes.  La détermination de l’ordre et de la nature de ces événements équivaut à inférer l’histoire  évolutive des familles de gènes, et constitue un prérequis à plusieurs analyses en génomique  comparative. En effet, elle est requise pour déterminer efficacement les relations d’orthologies  entre gènes, importantes pour la prédiction des structures et fonctions de protéines et les  analyses phylogénétiques, pour ne citer que ces applications.    Les méthodes d’inférence d’histoires évolutives de familles de gènes supposent que les  phylogénies considérées sont dénuées d’erreurs. Ces phylogénies de gènes, souvent recons-  truites à partir des séquences d’acides aminés ou de nucléotides, ne représentent cependant  qu’une estimation du vrai arbre de gènes et sont sujettes à des erreurs provenant de sources  variées, mais bien documentées. Pour garantir l’exactitude des histoires inférées, il faut donc  s’assurer de l’absence d’erreurs au sein des arbres de gènes. Dans cette thèse, nous étudions  cette problématique sous deux aspects.   Le premier volet de cette thèse concerne l’identification des déviations du code génétique,  l’une des causes d’erreurs d’annotations se propageant ensuite dans les phylogénies. Nous  développons à cet effet, une méthodologie pour l’inférence de déviations du code génétique  standard par l’analyse des séquences codantes et des ARNt. Cette méthodologie est cen-  trée autour d’un algorithme de prédiction de réaffectations de codons, appelé CoreTracker.  Nous montrons tout d’abord l’efficacité de notre méthode, puis l’utilisons pour démontrer  l’évolution du code génétique dans les génomes mitochondriaux des algues vertes.  Le second volet de la thèse concerne le développement de méthodes efficaces pour la  correction et la construction d’arbres phylogénétiques de gènes. Nous présentons deux  méthodes exploitant l’information sur l’évolution des espèces. La première, ProfileNJ ,  est déterministe et très rapide. Elle corrige les arbres de gènes en ciblant exclusivement  les sous-arbres présentant un support statistique faible. Son application sur les familles de gènes d’Ensembl Compara montre une amélioration nette de la qualité des arbres,  par comparaison à ceux proposés par la base de données. La seconde, GATC, utilise un  algorithme génétique et traite le problème comme celui de l’optimisation multi-objectif de  la topologie des arbres de gènes, étant données des contraintes relatives à l’évolution des  familles de gènes par mutation de séquences et par gain/perte de gènes. Nous montrons  qu’une telle approche est non seulement efficace, mais appropriée pour la construction  d’ensemble d’arbres de référence. Gene trees offer a proper framework for comparative genomics. Not only do they provide information about species evolution through speciation events, but they also capture gene family expansion and contraction by gene gains and losses. They are thus used to infer the evolutionary history of gene families and accurately predict the orthologous relationship between genes, on which several biological analyses rely. Methods for inferring gene family evolution explicitly assume that gene trees are known without errors. However, standard phylogenetic methods for tree construction based on se- quence data are well documented as error-prone. Gene trees constructed using these methods will usually introduce biases during the inference of gene family histories. In this thesis, we present new methods aiming to improve the quality of phylogenetic gene trees and thereby the accuracy of underlying evolutionary histories of their corresponding gene families. We start by providing a framework to study genetic code deviations, one possible reason of annotation errors that could then spread to the phylogeny reconstruction. Our framework is based on analysing coding sequences and tRNAs to predict codon reassignments. We first show its efficiency, then apply it to green plant mitochondrial genomes. The second part of this thesis focuses on the development of efficient species tree aware methods for gene tree construction. We present ProfileNJ , a fast and deterministic correction method that targets weakly supported branches of a gene tree. When applied to the gene families of the Ensembl Compara database, ProfileNJ produces an arguably better set of gene trees compared to the ones available in Ensembl Compara. We later use a different strategy, based on a genetic algorithm, allowing both construction and correction of gene trees. This second method called GATC, treats the problem as a multi-objective optimisation problem in which we are looking for the set of gene trees optimal for both sequence data and information of gene family evolution through gene gain and loss. We show that this approach yields accurate trees and is suitable for the construction of reference datasets to benchmark other methods.

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