Analyse de la distribution d'Escherichia coli, utilisée comme un marqueur microbiologique, dans un réseau de production porcin

La présence d’Escherichia coli pathogènes en élevages porcins entraine des retards de croissance et la mortalité. La transmission des E. coli pathogènes entre les élevages et l'abattoir d’un même réseau de production n'est pas bien décrite. La détection des gènes de virulence des E. coli pathogènes pourrait permettre d’identifier un marqueur de contamination dans le réseau. L’objectif de cette étude a été d’identifier un marqueur de contamination  E. coli dans un réseau de production porcine défini afin de décrire certains modes de transmission des E. coli pathogènes. Pour ce faire, une région géographique comprenant 10 fermes d’engraissement, un abattoir et un réseau de transport a été sélectionnée. Trois lots de production consécutifs par ferme ont été suivis pendant 12 mois. Des échantillons environnementaux ont été prélevés à l’intérieur et à l’extérieur des fermes (3 visites d’élevage), dans la cour de l’abattoir (2 visites lors de sorties de lot) et sur le camion de transport. La détection des gènes de virulence (eltB, estA, estB, faeG, stxA, stx2A, eae, cnf, papC, iucD, tsh, fedA) dans les échantillons a été réalisée par PCR multiplexe conventionnelle. La distribution temporelle et spatiale des gènes de virulence a permis d’identifier le marqueur de contamination ETEC/F4 défini par la détection d’au moins un gène d’entérotoxine ETEC (estB, estA et eltB) en combinaison avec le gène de l’adhésine fimbriaire (faeG). La distribution des échantillons positifs ETEC/F4 qualifie la cour de l’abattoir comme un réservoir de contamination fréquenté par les transporteurs, vecteurs de contamination entre les élevages. Ceci suggère le lien microbiologique entre l’élevage, les transporteurs et l’abattoir jouant chacun un rôle dans la dissémination des microorganismes pathogènes et potentiellement zoonotiques en production porcine. Escherichia coli is an important constituent of the pig intestinal microbiota. The transmission of pathogenic E. coli between herds and a slaughterhouse in a production network, in particular to illustrate its dissemination in a zoonotic perspective, is not well characterized. The detection of E. coli virulence genes could be used as an indicator of contamination to describe transmission between herds and the slaughterhouse. The objective was to identify an E. coli contamination marker to describe some transmission modes of pathogenic E. coli in a well-defined swine production network. A defined geographical area containing 10 farms, a slaughterhouse, and a transportation network was selected. Environmental samples were collected at various sites inside and outside the farms (3 visits), at the slaughterhouse yard (2 visits), and on the vehicles of the animal transporter. Three consecutive production batches were followed during 12 months. The presence in the samples of virulence genes (eltB, estA, estB, faeG, stxA, stx2A, eae, cnf, papC, iucD, tsh, fedA) commonly associated with pathogenic E. coli was examined by conventional multiplex PCR. The monitoring of the virulence gene profile distribution both temporally and spatially resulted in the proposing of an ETEC/F4 contamination marker. ETEC\F4 positive samples were defined by the detection of at least one ETEC enterotoxin gene (estB, estA and eltB) in combination with the faeG gene encoding F4 fimbriae in samples by PCR. The distribution of ETEC/F4 positive samples suggests that the slaughterhouse yard may act as a reservoir of contamination frequently visited by transporters, which are mechanical vectors of contamination between herds. These results illustrated the need to improve the biosecurity relationship between herds and the slaughterhouse, both playing a role in dissemination of pathogenic (and potentially zoonotic) microorganisms in swine production.

Keyphrases: Escherichia coli, Marqueur microbiologique, ETEC/F4, Réseau de production, Ferme, Abattoir, Porc, Environnement, Distribution, Escherichia coli, ETEC/F4, Source de contamination, Distribution, Contamination marker, Production network, Farms, Slaughterhouse, Swine, Environment, Contamination sources