NCube/papyrus huggingface dataset:
Impacts fonctionnels des polymorphismes dans les promoteurs 
des gènes de l’apoptose

La susceptibilité ou la résistance aux cancers peuvent impliquer plusieurs mécanismes, incluant l’apoptose, la croissance cellulaire et la différenciation, la réplication et la réparation de l’ADN. Mon projet porte plus particulièrement sur l’apoptose. Une dérégulation dans les voies d’activation de l’apoptose entraîne une accumulation de cellules déréglées, créant ainsi un environnement propice à l’instabilité génétique et au développement du cancer. Comme l’apoptose est une voie biologique hautement régulée, nous proposons l’hypothèse que des polymorphismes « fonctionnels » dans les régions de régulations des gènes (rSNPs) perturberaient cette voie à cause de taux variables de transcrits et des protéines correspondantes dû à la modification des sites de reconnaissances des facteurs de transcription. Les principaux objectifs de mon projet sont : (i) identifier les SNPs présents dans la région promotrice des gènes d’apoptose; (ii) déterminer les haplotypes de promoteurs les plus fréquents présents dans la population générale; (rHaps) (iii) vérifier leurs impacts fonctionnels sur l’expression génique par des essais in vitro (gène rapporteur et retard sur gel). Cette étude permettra d’identifier des rSNPs et rHaps ayant un impact sur le niveau d’expression des gènes d’apoptose, au moins dans un contexte in vitro.  Ces différences alléliques au niveau de l’expression de ces gènes d’apoptose pourraient contribuer à la susceptibilité interindividuelle de développer un cancer. Cancer susceptibility can involve many different mechanisms, including apoptosis, cell growth, cell differentiation, DNA replication and DNA repair. My project focuses on the apoptosis pathway. Decreased apoptosis level can lead to the accumulation of dysregulated cells, creating a favourable environment for genetic instability and tumorigenesis. Since apoptosis is a highly regulated pathway, the hypothesis of this project is that functional polymorphisms (rSNPs) in the regulatory regions of apoptosis genes such as promoters could create or disrupt transcription factor binding sites and modify their transcription levels. The main objectives of my project are: (i) Identify rSNPs in promoter regions of apoptosis genes; (ii) Calculate the frequent promoter haplotypes (rHaps) in general population; (iii) Validate their functional impact on gene expression with in vitro assays (gene reporter and gel shift). This study will allow identification of rSNPs and rHaps that could influence apoptosis gene expression levels, at least in the in vitro context. These allelic differences of expression in apoptosis genes could contribute to interindividual cancer susceptibility.

Keyphrases: Polymorphismes, Promoteurs, Impacts fonctionnels, Apoptose, Cancer, Cancer, Polymorphisms, Promoters, Functional impact, Apoptosis, Cancer, Cancer
Le rapport des archives littéraires au numérique : état des lieux

Dans ce travail, il sera question du rapport qu’entretiennent les archives littéraires au numérique principalement au Québec et en France. Nous tenterons de cerner les plus importants débats et réalisations abordés dans les écrits publiés de 1998 à 2008.

Keyphrases: archives littéraires, numérique, literary archives, digital technology
Introduction de la vidéosurveillance intelligente à domicile:Perception des acteurs du système de santé à l’égard de leur pratique, de l’accessibilité et de l’image transmise

Introduction : Les personnes âgées vivant à domicile font des chutes qui peuvent entraîner des conséquences graves. La possibilité de les détecter et d’intervenir rapidement grâce à la vidéosurveillance intelligente constitue une avenue prometteuse. Objectif : L’étude vise à explorer la perception et la récep-tivité des acteurs du système de santé face à l’utilisation de cette technologie sous trois aspects : la transmission des images, l’accessibilité de leur clientèle à cette technologie et son introduction dans leur pratique. Méthodologie : Sept groupes de discussion focalisée ont permis de recueillir le point de vue de 31 participants. Une analyse de contenu avec le logiciel N’Vivo a été réalisée. Résultats : Les participants estiment que les images de chute pourraient parve-nir au CLSC, au proche aidant, au 911 ou à une centrale de surveillance. Ils considèrent que des critères d’admissibilité seraient nécessaires pour favoriser l’accessibilité à la vidéosurveillance intelligente qui, croient-ils, pourrait améliorer les interventions en termes de gestion des urgences lors de chutes et de déter-mination de leurs causes. Conclusion : Les participants sont favorables à la technologie proposée, mais ils requerraient une période d’adaptation afin d’ajuster leur pratique. Ils suggèrent la réalisation d’un projet pilote qui validerait cette technologie. Introduction: Elderly living at home fall and this may result in severe consequences. However, rapid detection and effective intervention using an intel-ligent videomonitoring system is very promising. Objective: The study aims at exploring the perception and receptiveness of healthcare providers regarding this technology from three angles: image transmission, the accessibility of their cli-ents to such a system, and its introduction in their practice. Methodology: Seven focus groups allowed 31 healthcare providers to express their points of view. A content analysis was performed with N’Vivo software. Findings: Participants reckon that CLSC, caregivers, the 911 or a central call center might receive im-ages of falls. They believe that admission criteria might have to be developed in order to ensure accessibility to the videomonitoring system which, they think, could improve their interventions in terms of emergency management when falls occur as well as of cause seeking. Conclusion: The participants are in favour of using the intelligent videomonitoring system, but they might require an adaptation period in order to adjust their practices. They have recommended that a pilot study be carried out to confirm its feasibility in a real-life setting.

Keyphrases: Technologie, Vidéosurveillance, Chute, Acteurs du système de santé, Soutien à domicile, Perception, Perception, Perception, Technology, Videomonitoring, Fall, Healthcare providers, Homecare, Perception
La notion de genre(s) : un outil transférable pour l'évaluation des documents numériques

Dans le contexte du numérique, un document ne se trouve plus être un objet fixe et stable. Les informations échangées via les technologies de l’information, avec l’usage de plus en plus répandu des outils collaboratifs et des réseaux sociaux, tendent à rapprocher les ressources produites, bien qu’inscrites sur un support, davantage de la tradition orale (non fixité apparente de la forme et du contenu), que de l’imprimé, qui a historiquement fixé les formes et le contenu en raison de l’héritage technique de la procédure d’impression. Après avoir rapidement parlé du concept de document, nous avons rapidement passé en revue quelques lectures sur le concept de genre. Nous avons ainsi constaté que les genres prenaient en compte le contenu mais aussi la structure rhétorique alliant forme et contenu selon une approche rappelant les bases de la diplomatique.

Keyphrases: théorie du genre, évaluation archivistique, document numérique, sciences de l'information, diplomatique
La mise en scène des archives par les artistes contemporains

Ce mémoire présente divers projets artistiques incorporant des documents d'archives. Les projets étudiés ont été réalisés dans le cadre de résidences d'artistes en milieux documentaires ou en réponse à des invitations lancées par des musées, des galeries ou d'autres institutions. De plus, quelques projets initiés par les artistes eux-mêmes et des projets d'artiste-commissaire sont étudiés. Les résultats de recherche ont permis de montrer que les artistes peuvent apporter une contribution essentielle en collaborant à la mise en valeur du patrimoine culturel avec les archivistes.

Keyphrases: Archives, Diffusion des archives, Art, Art contemporain, Photographie, Exposition, Musée, Patrimoine
Adhesion and transcellular migration of neutrophils and B lymphocytes on fibroblasts

During tissue inflammation, infiltrated leukocytes may have physical contacts with fibroblasts. We observed that neutrophils and B lymphocytes adhered in a larger proportion than T cells on cultured fibroblasts. Microscopy showed that adhesion was also characterized by leukocyte engulfment by the fibroblasts. In migration assays, only neutrophils and B lymphocytes were selectively able to migrate through a fibroblast barrier. Adhesion and migration were increased by stimulation with tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) and phorbol-12-myristate-13-acetate (PMA). Antibodies against ICAM-1/beta2 integrin blocked the interaction of neutrophils to fibroblasts. For B lymphocytes the couple VCAM-1/alpha4 integrin was also involved in this interaction. Human skin fibroblasts presented similar adhesion characteristics as rat cardiac fibroblasts. By measuring the distance between the border of migration holes and cadherin-positive adherens junctions, more than 65% of the holes correspond to the transcellular route over the paracellular route. Furthermore, vimentin staining revealed that the migration holes were highly nested by intermediate filaments in accordance with the transcellular route. Our results demonstrated that engulfment of neutrophils and B lymphocytes by fibroblasts resulted in selective passage by a transcellular route.

Keyphrases: Cell trafficking, Emperipolesis, B cells, Neutrophils, Adhesion molecules, Fibroblasts
Annotation des ARN non codants du génome de Candida albicans par méthode bioinformatique

La bio-informatique est un champ pluridisciplinaire qui utilise la biologie, l’informatique, la physique et les mathématiques pour résoudre des problèmes posés par la biologie. L’une des thématiques de la bio-informatique est l’analyse des séquences génomiques et la prédiction de gènes d’ARN non codants. Les ARN non codants sont des molécules d’ARN qui sont transcrites mais pas traduites en protéine et qui ont une fonction dans la cellule. Trouver des gènes d’ARN non codants par des techniques de biochimie et de biologie moléculaire est assez difficile et relativement coûteux. Ainsi, la prédiction des gènes d’ARNnc par des méthodes bio-informatiques est un enjeu important. Cette recherche décrit un travail d’analyse informatique pour chercher des nouveaux ARNnc chez le pathogène Candida albicans et d’une validation expérimentale. Nous avons utilisé comme stratégie une analyse informatique combinant plusieurs logiciels d’identification d’ARNnc. Nous avons validé un sous-ensemble des prédictions informatiques avec une expérience de puces à ADN couvrant 1979 régions du génome. Grace à cette expérience nous avons identifié 62 nouveaux transcrits chez Candida albicans. Ce travail aussi permit le développement d’une méthode d’analyse pour des puces à ADN de type tiling array. Ce travail présente également une tentation d’améliorer de la prédiction d’ARNnc avec une méthode se basant sur la recherche de motifs d’ARN dans les séquences. Bioinformatics is a multidisciplinary field that uses biology, computer science, physics and mathematics to solve problems in biology. One of the topics of bioinformatics is the analysis of genomic sequences and prediction of genes from non-coding RNA (ncRNA). The non-coding RNAs are RNA molecules that are transcribed but not translated into protein and have a function in the cell. The use of biochemistry and molecular biology techniques in order to find non-coding RNA genes is rather difficult and relatively expensive. Thus, the prediction of genes by bioinformatics methods is an important issue. This research describes a computer analysis to search for new ncRNA in the pathogen Candida albicans and an experimental validation. The strategy used was to combine several algorithms and to validate a subset of computer predictions with a microarray experience covering 1979 regions of the genome. We have identified 62 new transcripts in Candida albicans. We have also developed an analytical method for tiling array and attempted to improve the prediction of ncRNAs this with a method based on the search of RNA motifs in the sequences.

Keyphrases: ARNnc, Candida albicans, puce à ADN, analyse de tiling array, Candida albicans, Candida albicans, ncRNA, Candida albicans, microarray, tilling array analysis
Web 2.0, organisations et archivistique

Le Web se caractérise de bien des façons, un de ses traits dominants étant son caractère hautement évolutif. Bien que relativement jeune, il en est déjà à sa deuxième génération – on parle du Web 2.0 – et certains entrevoient déjà le Web 3.0. Cette évolution n’est pas uniquement technologique mais aussi culturelle, modifiant le rapport des internautes à cet univers numérique et à l’information qui s’y trouve. Les technologies phares du Web 2.0 – blogues, fils RSS, sites Wikis, etc. – offrent aux utilisateurs du Web la possibilité de passer d’un rôle passif d’observateurs à un rôle actif de créateurs. Le Web que l’on côtoie actuellement en est ainsi un plus participatif, dynamique et collaboratif. Les organisations doivent ainsi sérieusement considérer non seulement le potentiel de ces nouveaux environnements pour les aider dans le cadre de leurs activités, mais aussi la nouvelle cyberculture qu’ils engendrent chez leurs employés, clients et partenaires. Les plateformes du Web 2.0 viennent renforcer le potentiel déjà perçu par les organisations des systèmes d’information Web (SIW) à plusieurs niveaux : comme le partage d’information, l’augmentation de la compétitivité ou l’amélioration des relations avec leurs clients. Les milieux documentaires peuvent, au même titre que d’autres types d’organisations, tirer profit des outils de ce Web participatif et de la nouvelle culture collaborative qui en découle. Depuis quelque temps déjà, les bibliothèques se penchent activement sur ces questions et la communauté archivistique emboîte le pas… « vers une Archivistique 2.0 ? » se demanderont certains.  Cet article se propose d’examiner le potentiel du Web 2.0 pour les organisations en général ainsi que plus particulièrement pour la communauté archivistique. Nous nous attarderons dans un premier temps à définir ce qu’est le Web 2.0 et à détailler ses technologies et concepts clés. Ces précisions aideront à mieux comprendre par la suite l’apport possible du Web 2.0 en contexte organisationnel. Finalement, des exemples d’utilisation du Web 2.0 par la communauté archivistique viendront conclure cette réflexion sur le Web 2.0, les organisations et l’archivistique.

Keyphrases: Web 2.0, Archivistique
Rapport annuel 2006-2007

Rapport annuel des activités de la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal en 2006-2007.

Keyphrases: Bibliothèques, Rapport annuel
La réponse de la Securities and Exchange Commission au risque de marché : l’encadrement de la notation

Les agences de notation de crédit ont permis la banalisation des véhicules de titrisation. Elles ont sous-estimé la probabilité que les émetteurs de certains instruments financiers complexes ne puissent pas honorer leurs dettes. Elles ont tardé à refléter la détérioration du marché de leurs notes. Les agences de notation ont donc été en partie responsables de la tempête que traversent les places financières mondiales et ont exposé les entreprises à un risque sérieux de défiance. Alors que les entreprises doivent à l’heure actuelle maîtriser de multiples risques, celles-ci ont été les premières victimes des professionnels de la notation. Pour apporter une réponse au risque de la notation, les régulateurs tentent de réagir. Par l’intermédiaire de leur autorité boursière, les Etats-Unis ont été les premiers à modifier le cadre règlementaire de l’activité de la notation. C’est ce cadre règlementaire, adopté au premier trimestre 2009, qui fait l’objet du présent papier.

Keyphrases: Marché financier, Risque, Agences de notation, Securities and Exchange Commission, Réformes de la règlementation
Le relativisme moral et le projet de coopération épistémique

Cet article examine de façon critique certaines des récentes tentatives de défendre une position  relativiste en métaéthique. Les adeptes du relativisme ont tenté avec beaucoup d’ingéniosité de  montrer comment leur position peut soit accepter soit invalider l’intuition selon laquelle nous  parlons tous de la même chose quand nous utilisons le vocabulaire moral. Mon argument cherche  à établir qu’ils ont ce faisant négligé l’une des fonctions centrales de notre discours moral : créer  un forum favorisant la coopération épistémique dans le but de résoudre nos questions morales. This paper critically examines some of the most important recent attempts to defend a relativist  position in metaethics. Proponents of moral relativism have made sophisticated attempts to show  that their position can either accommodate or invalidate our commonsense intuition that we are  all talking about the same thing when we use moral language. I argue that they have thereby neglected one of the most central functions of our moral discourse : creating a forum for epistemic cooperation in resolving moral questions.

Keyphrases: Éthique, métaéthique, coopération épistémique, relativisme moral
L'habiter, ou le bien de l'architecture

Le bâtir est un trait fondamental de la condition humaine. À notre époque, les réflexions en vue  de mieux comprendre le sens phénoménologique et anthropologique de l’acte de bâtir se multiplient. La constante qui semble rallier ces réflexions consiste à reconnaître l’enracinement du  sens de l’acte de bâtir dans l’habiter : le bâtir puiserait ainsi sa signification première dans l’ha-  biter. Ce ralliement et ce consensus semblent marquer ainsi ce que l’histoire pourrait un jour  désigner comme le « tournant » de l’habiter en architecture. Il est maintenant permis d’envisager et de construire le portrait global de cette activité en usant de toutes les palettes de couleurs que comprend le spectre des facultés de l’esprit humain : la poétique (l’esthétique et la  technique), la logique, la phénoménologie, l’herméneutique, la rhétorique, la mystique et, bien sûr, l’éthique. The act of building is a fundamental human condition. In our time, there is a growing body of  reflections that aim to better understand the phenomenological and anthropological sense of  the act of building. All these reflections recognize the meaning of the act of building in that of  inhabiting: building would thus draw its fundamental meaning in the act of inhabiting. This  consensus seems to mark what history may one day designate as the “turning point” of inhabiting in architecture. It is now possible to consider and build the overall picture of this activity  using all the faculties of the human mind: poetics (aesthetics and technology), logic, phenomenology, hermeneutics, rhetoric, mystique and, of course, ethics.

Keyphrases: éthique appliquée, architecture, architecture
Développement durable: quelques points litigieux

Ouvrant la réflexion sur les enjeux de la perte massive de la biodiversité, l'article s'appuie sur la  question élémentaire de l'importance de la diversité biologique pour l'homme, à la fois sur le  plan économique, biologique et éthique. La maîtrise de la nature par l'homme se révèle être une  illusion. La réalité étant celle de l'interaction, il est permis de dire que les sociétés humaines agissent sur leurs propres conditions en modifiant les équilibres biologiques pour satisfaire leurs  besoins, sans pour autant intégrer cette interaction fondamentale dans l'équation d'un rapport  viable entre l'homme et la nature. L'approche récente par le biais des analyses des services écologiques constitue à cet égard un progrès sensible. Il aboutit néanmoins au constat de l'impossibilité pour l'humanité de se substituer aux mécanismes naturels permettant de tirer les services de la nature nécessaires à sa survie. Plutôt que de prétendre contrôler et maîtriser la nature  à tout prix, l’homme devrait apprendre à se reconnaître comme une partie consciente de la nature  et à vivre avec la vie qui l’entoure. Cet apprentissage soulève des défis scientifiques, humains et  de gouvernance. L'article prône la nécessité d'une science de la biodiversité intégrée et non plus  éclatée, condition essentielle pour l'élaboration de politiques économiques et sociales qui intègrent la viabilité de l'utilisation des ressources naturelles et des services qu'elles procurent. This article reflects on the issues of massive loss of biodiversity by asking the fundamental question: what is the importance of biological diversity for humans, economically, biologically and  ethically speaking? The mastery of nature by man reveals itself to be an illusion. The reality is  one of interaction, where human societies act on their own conditions by modifying the biological balances to satisfy their needs, and yet without registering this aspect into the equation  of a viable relationship between the man and the nature. What this amounts to is the impossibility of man to substitute himself for the natural mechanisms that allow him to extract the services of nature necessary to his survival. Rather than pretending to control and master nature at  all cost, man should learn to recognize himself as a conscious part of nature and to live with the  life that surrounds him. This learning process raises three major types of challenges: scientific,  human and governmental. This article advocates the necessity of a science of an integrated rather  than fragmented biodiversity, which is essential for the elaboration of economic and social policies that integrate the viability of the use of natural resources and the services they provide.

Keyphrases: éthique appliquée, développement durable
Évaluation des écosystèmes en début de millénaire: conclusions et retombées

L'évaluation des écosystèmes est l'un des pivots essentiels pour l'élaboration de moyens adaptés permettant de lutter contre la diminution massive de la biodiversité. Pour la première fois,  elle a fait l'objet d'une analyse à l'échelle mondiale dans le cadre de l'Evaluation des écosystèmes en début de millénaire (EM). Le rassemblement de plus d’un millier de chercheurs et de  plusieurs organismes internationaux durant quatre années ont permis de dessiner la carte  nécessaire à toute action efficace. L'article expose les éléments principaux de l'EM : l'évaluation  des écosystèmes en tant que tels, mais surtout des services écosystémiques, dans toutes leurs  dimensions, en ce que leur évolution affecte le bien-être humain. Il analyse ensuite les quatre  points principaux de l'apport de l'EM, des avantages de l'utilisation croissante des services écologiques à sa non viabilité. Des scénarios, modèles et outils sont proposés pour inverser la  courbe négative d'appauvrissement de la biodiversité et des services écosystémiques dans un  premier bilan des retombées de l'EM. The evaluation of the ecosystems is one of the essential ingredients for the elaboration of  adapted means to fight against the massive decrease of biodiversity. For the first time, this  was the object of an analysis at the global level within the framework of the Evaluation of  the ecosystems at the beginning of millennium (EM). The gathering of more than a thousand  researchers and several international organizations for four years allowed drawing the necessary map for any effective action. This article explains the main elements of the EM: the evaluation of the ecosystems as such, but especially ecosystematic services, in all their dimensions, in how their evolution affects the human well-being. It then analyzes the four principal  points of the contribution of the EM, from the advantages of the increasing use of the ecological services to its non-viability. Scenarios, models and tools are proposed to invert the negative curve of impoverishment of biodiversity and the ecosystematic services in a first assessment of the fallout from the EM.

Keyphrases: éthique appliquée, environnement