NCube/papyrus huggingface dataset:
Stratégie de détection des anomalies chromosomiques dans les leucémies aiguës pédiatriques

L’analyse des anomalies génomiques récurrentes est importante pour établir le diagnostic, le pronostic et pour orienter la thérapie des leucémies aiguës pédiatriques.  L’objectif de notre étude est d’élaborer une stratégie optimale pour détecter les anomalies chromosomiques dans les leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) et myéloïdes (LAM) des enfants.  Pour ce faire, nous avons caractérisé au caryotype, avec des panels d’hybridation in situ en fluorescence (FISH), par RT-PCR et par l’index d’ADN 253 leucémies de novo reçues au CHU Sainte-Justine entre 2005 et 2011 (186 LAL-B, 27 LAL-T et 40 LAM).  Nous avons réussi à optimiser la détection des anomalies chromosomiques dans les trois types de leucémies, avec des fréquences de 93,5% dans les LAL-B (174/186), 66,7% dans les LAL-T (18/27) et 90% dans les LAM (36/40).  Nos résultats suggèrent d’utiliser plusieurs tests génétiques concomitants afin d’optimiser la détection des anomalies génomiques dans les LAL et les LAM de novo pédiatriques. Analysis of recurrent genomic abnormalities is important for the diagnosis, prognosis and therapeutic choices in paediatric acute leukemia.  The aim of our study is to establish a strategy optimizing the detection of cytogenetic abnormalities in childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL) and acute myeloid leukemia (AML).  To do so, we have characterized childhood AML and ALL cases received in cytogenetic laboratory of CHU Sainte-Justine (Montreal, Canada) between 2005 and 2011.  Overall, 253 de novo cases have been analyzed (186 B-ALL, 27 T-ALL and 40 AML) by karyotyping, fluorescence in situ hybridization (FISH) panels, RT-PCR and DNA index.  Chromosomal abnormalities detection rates achieved 93,5% in B-ALL (174/186), 66,7% in T-ALL (18/27) and 90% in AML (36/40).  Our results suggest the analysis of both molecular and cytogenetic tests to optimize the detection of genomic abnormalities in new cases of childhood AML and ALL.

Keyphrases: cytogénétique, leucémie aiguë, anomalies chromosomiques, FISH, pédiatrie, anomalies génétiques, micropuces, FISH, panel de FISH, aSNP, protocole, cytogenetic, acute leukemia, chromosomal abnormalities, FISH panel, paediatric, genomic abnormalities, microarrays, SNP arrays, method
La conjuration de la totalité : épistémologie et société dans l’œuvre de Theodor W. Adorno

Theodor W. Adorno (1903-1969) propose une philosophie dont les problèmes centraux concernent la réalité sociale. Depuis cette perspective, nous démontrerons, à travers la présentation de quelques modèles théoriques, comment les problèmes traités sont déterminés historiquement et comment la quête de leur résolution engage la philosophie à entrer dans un rapport critique avec elle-même. Cette critique a pour but de corriger les excès de la théorie de la vérité comme adéquation dont la philosophie s’est montrée responsable, tant vis-à-vis d’elle-même que vis-à-vis de l’histoire. À travers ce parcours, nous défendons la thèse que le modèle adornien effectue une « négation déterminée » du concept de totalité sociale en vue d’orienter le penser vers la conscience et la connaissance des éléments hétérogènes de la réalité. Selon nous, une telle réorientation permettrait de rouvrir la conscience à l’expérience de ce qu’elle a de plus précieux : la possibilité de rendre compte de ses erreurs et de les corriger. Theodor W. Adorno (1903-1969) puts forward a philosophy whose central problems concern social reality. From this same perspective, I aim to demonstrate, through the presentation of few theoretical models, how these problems are historically determined and how the search for their solutions imposes the task of self-criticism upon philosophy. This self-critique aims to correct certain excesses of the identity theory of truth for which philosophy is responsible historically and theoretically. Throughout this development, I argue that the Adornian model carries out a “determinate negation” of the concept of social totality. In this negation, Adorno guides thinking towards an awareness and knowledge of the heterogeneous elements of reality. I argue that this allows conscienceness to open itself to the most important aspect of philosophical experience: the possibility of acknowledging one’s mistakes and of correcting them.

Keyphrases: Philosophie, Théorie critique, Épistémologie, Dialectique, Société, Individu et société, Theodor W. Adorno, Philosophy, Critical theory, Epistemology, Dialectical thinking, Society, Individual and society, Theodor W. Adorno
La musique, en particulier celle de l'aulos, dans le sacrifice en Grèce antique

La musique est étroitement liée à la pratique liturgique des Grecs de l’Antiquité. Un scrupuleux examen des sources confirme l’omniprésence de l’aulos au sein du sacrifice sanglant, un fait qui semble ne pas s’accorder avec certains propos anciens dépréciateurs de l’instrument. Grâce aux sources textuelles et surtout iconographiques, on constate que l’importance attribuée au rôle de la musique, et plus spécialement de l’aulos, dans le sacrifice varie d’une étape rituelle à l’autre. Certaines actions cérémonielles, comme la procession, s’accomplissent au son de la musique, alors que d’autres, comme l’immolation, semblent en être dépourvues. Puis, en observant quelques représentations de sacrifices humains, on remarque que la musique est abordée différemment en fonction du contexte et de la nature du rituel sacrificiel dans lequel elle s’insère. Ainsi, la façon dont on traite la musique dans les sources peut fournir des indices quant aux principes idéologiques relatifs aux différents rituels. In Ancient Greece, music was closely linked to religious practices. In fact, scrupulous examination of sources confirms the use of the aulos in bloody sacrifices, a fact that contradicts some ancient texts which belittle the instrument. Through study of textual and iconographical sources, the importance accorded to music in sacrifices, and more specifically to the aulos, varies from one ritualistic step to another. Some ceremonial actions, like the procession, were performed with music, while others, like the actual sacrifice, were not. Furthermore, observation of some sacrifices showed that music was treated differently, according to the nature of the ritual. Therefore, the way music was dealt with in sources may provide valuable information about the ideological principals linked to various rituals.

Keyphrases: Antiquité, Grèce, Sacrifice, Musique, Aulos, Sacrifice, Aulos, Sacrifice, Aulos, Antiquity, Greece, Music, Sacrifice, Aulos
Doctrines and practices of the Burhaniya Sufi Order in the arab world and in the west between 1938 and 2012 : a decolonial and transdisciplinary analysis from an insider perspective

Ce mémoire présente une exploration décoloniale et transdisciplinaire des doctrines et pratiques de la confrérie soufie transnationale Burhaniya, dans le monde arabe et en Occident. Il traite principalement de la période s’étendant de la fondation de la confrérie en 1938 jusqu’en 2012. Pour bien contextualiser les particularités de l’émergence de cette confrérie moderne, ce mémoire présente tout d’abord son ancrage historique par l’étude de ses racines en lien avec l’histoire du soufisme en Afrique du Nord et en Asie de l’Ouest. Puis, ce mémoire offre une analyse comparative de certains des principaux contextes nationaux où s’est disséminée cette confrérie, à partir du Soudan, vers l’Égypte, la France, l’Allemagne, les États-Unis et le Canada. Suite à ses recherches, l’auteur conclut que les cheikhs de la Burhaniya ont  facilité l’expansion de la confrérie en occident et ont perpétué un héritage soufi plutôt traditionnel au sein du monde moderne. Ils ont su le faire en préservant les doctrines fondamentales de leur tradition tout en adaptant leurs pratiques à divers contextes. This thesis presents a decolonial and transdisciplinary examination of the doctrines and practices of the transnational Burhaniya Sufi order, in the Arab World and in the West. The main time period under consideration is from the foundation of the order in 1938 until 2012. In order to contextualize the particularities of this modern order’s emergence, this thesis begins by presenting its historical roots related to the history of Sufism in North Africa and West Asia. Then, the thesis offers a comparative analysis of certain national contexts in which the order was disseminated, from Sudan to Egypt, France, Germany, the United States, and Canada. The author concludes from his findings that the sheikhs of the Burhaniya have facilitated the expansion of their order in the West, and perpetuated a fairly traditional Sufi heritage in the modern world. They have done so by combining strong commitment to core doctrines and adaptability to contexts of practice.

Keyphrases: mysticisme, soufisme, Soudan, Burhaniya, modernité, mondialisation, post-colonialisme, décolonialisme, transdisciplinarité, Burhaniya, islam, Burhaniya, Islam, mysticism, Sufism, Sudan, Burhaniya, modernity, globalization, post-colonialism, decolonialism, transdisciplinarity
Recherches sur la plasticité du discours oraculaire: l'exemple de l'oracle du "Mur de bois" (Hérodote, 7, 140-146)

Ce mémoire vise à appliquer l’étude des oracles en Grèce au cas longtemps malmené de l’oracle du rempart de bois. Alors que les historiens modernes deviennent de plus en plus critiques face à la littérature oraculaire grâce aux découvertes de l’épigraphie, cet oracle semble résister à cette nouvelle vague : tout et son contraire ont été allégué afin de le préserver de l’étiquette de post eventum. À la lumière du cadre historique dans lequel Hérodote a conçu ses Histoires, nous serons en mesure de décortiquer les éléments constitutifs de cet oracle qui prédit l’issue de la Seconde Guerre médique et selon lequel les Athéniens trouvèrent leur salut derrière le désormais célèbre « rempart de bois ». Nous nous attarderons finalement au dit « Décret de Thémistocle », trouvé à Trézène et commandant l’évacuation d’Athènes. Au terme de ce mémoire, l’épisode du rempart de bois apparaîtra définitivement comme post eventum. The aim of this thesis is to apply the study of oracles in Greece to the long mistreated case of the oracle of the Wooden Wall. While modern historians are becoming increasingly critical of oracular literature since the discoveries of epigraphy, this oracle appears to resist this new wave: anything and everything were alleged to preserve it from the label of post eventum. The components of this oracle, which predicts the outcome of the second Persian War, and according to which the Athenians would find their salvation behind the now famous Wooden Wall, will be dissected in light of the historical context surrounding Herodotus’ work. The “Decree of Themistocles” found in Troezen, which ordered the evacuation of Athens, will also be addressed. In the conclusion of this thesis, the episode of the wooden wall will be seen to be definitely post eventum.

Keyphrases: Histoire, Grèce, Oracles, Hérodote, Thémistocle, Delphes, Athènes, Oracles, Delphi, Salamis, Religion, Oracles, Salamine, History, Greece, Religion, Oracles, Herodotus, Themistocles, Athens
Le Caravage en représentation : continuités et ruptures d'un discours biographique

Les Vies de Caravage publiées par Giovanni Baglione, Gian Pietro Bellori, Guilio Mancini et Francesco Susinno ont une influence considérable dans la réception du corpus de l’artiste. Souvent considérées en tant que sources primaires, ces œuvres littéraires opèrent toutefois une médiation dans le discours de la discipline en émettant des jugements critiques et stylistiques sur les œuvres et par la mise en scène de faits historiques par la fiction. Ce mémoire situe le mythe du Caravage dans le contexte de la production littéraire italienne et de son héritage antique et contemporain. Les illustrations de ces ouvrages sont également étudiées en regard de la tradition de portraiture. Les stéréotypes définissant le peintre sont perçus dans leurs mutations et confrontés à la perception de la violence et de l’érotisme par l’historiographie moderne, de même que leur récupération par la culture populaire notamment dans le film Caravaggio de Derek Jarman (1986). The Lives of Caravaggio, published by Giovanni Baglione, Gian Pietro Bellori, Guilio Mancini and Francesco Suninno, had considerable influence on the reception of the artist’s oeuvre. Often considered to be primary sources, these literary works express stylistic criticism and stage historical facts through fiction. This master’s thesis situates Caravaggio’s myth in the context of Italian literary production and its ancient and contemporary heritage. The stereotypes that define the painter are perceived in their changes and confronted with the perception of their violence and eroticism by modern historiography and popular culture, particularly in Derek Jarman’s movie Caravaggio (1986).

Keyphrases: Caravage, Biographie, Baglione, Bellori, Derek Jarman, Autoreprésentation, Homosexualité, Violence, Mythe, Littérature, Caravaggio, Myth, Baglione, Bellori, Derek Jarman, Violence, Caravaggio, Biography, Self-representation, Homosexuality, Myth, Literature
Le lien entre le stress parental du père et le développement de la relation d’activation chez les enfants âgés entre 12 et 18 mois

De nos jours, le père est de plus en plus présent dans le quotidien de son enfant. Par son implication et son engagement, le père dans le développement de l’enfant a un rôle important et unique. Sa contribution se ferait entre autre par rapport à l’ouverture au monde en encourageant l’enfant à prendre des risques.  Comme être mère, être père c’est de faire face à un ensemble de situations nouvelles quotidiennes, de vivre des déséquilibres et de l’imprévisibilité et de ne pas toujours être en contrôle des évènements qui se produisent. Ainsi, exercer ce rôle peut entraîner un certain niveau de stress qui peut influencer le développement de l’enfant. La présente étude vise à examiner l’existence d’un lien entre le stress parental du père et la relation d’activation chez les enfants âgés entre 12 et 18 mois ainsi que l’attachement père-enfant. Des données ont été recueillies auprès de 58 pères et leur enfant âgé entre 12 et 18 mois. Les résultats montrent que le stress parental n’est pas significativement lié à la relation d’activation ni à l’attachement père-enfant. De plus, le sexe de l’enfant ne modère pas ce lien. On note que le sexe de l’enfant est corrélé à la relation d’activation, c’est-à-dire que les garçons sont plus activés positivement que les filles. Nowadays, the father is increasingly present in everyday life of his child. By his commitment and involvement, the father has an important and unique role in the child’s development. His contribution would be related to the child openness to the outside world and in encouragements to take risks. As with being a mother, being a father involve coping with a lot of new situations every day, living with imbalances and unpredictability and not being always in control of many given situations. So, exercising this role can cause a certain level of stress which can influence the development of the child. The aim of the present study is to examine the existence of a link between fathers’ parental stress and activation relationship of their 12 to 18 months-old children, as well as the father-child attachment relationship. Data were collected among 58 father-child dyads. The results show that parental stress is neither significantly associated to activation relationship nor to attachment relationship. Moreover, the child’s gender does not act as a moderator in this relationship. However, it appears that the child’s gender is correlated with activation relationship. The results show that boys are activated more positively than girls.

Keyphrases: stress parental, attachement père-enfant, développement de l'enfant, 12-18 mois, pères, attachement, situation étrangère, situation risquée, relation d'activation, parental stress, activation relationship, father-child attachment, child development, 12-18 months old, fathers, attachment, strange situation, risky situation
Jean-Paul II et la communication sociale de l'Église catholique

Jean-Paul II a été favorable à une bonne utilisation des moyens de communication sociale pour renforcer les activités missionnaires de l'Église catholique dans un monde davantage sécularisé. Plusieurs autres auteurs qui seront mentionnés dans ce mémoire célèbrent ce rapport positif que le pape entretient avec les médias et les professionnels des médias. Toutefois une relecture des textes de Jean-Paul II permet de conclure que ce rapport aux médias prend en compte les problèmes associés aux effets négatifs des médias. Certes, son usage et sa compréhension des médias se trouvaient motivés largement par les avantages certains qu'ils offrent, dont il se servira avec habileté, mais aussi par les effets débilitants sur l’annonce de l'Évangile dans le monde actuel qu'ils provoquent. Ambivalent, ce pape réussira tout de même à tirer son épingle du jeu et tentera par tous les moyens de convaincre les Catholiques de l'importance des médias, toutes les formes de médias.  Dans le but d'éclaircir ce rapport ambivalent, le mémoire formule deux questions sur lesquelles les analyses sont centrées : 1. Quels sont les enjeux problématiques des médias sous-entendus dans les réflexions de Jean-Paul II en matière de communication sociale ? 2. Quelles approches a-t-il utilisées en réponse à ces enjeux ? En définitive, ces questions permettent, du moins nous semble-t-il, de saisir des aspects fondamentaux concernant les apports de Jean-Paul II en communication sociale. John Paul II promoted the good use of the means of social communication to support the Catholic Church’s missionary activities in a rapidly secularizing world. Several authors that will be mentioned in this essay celebrate the positive relationship the Pope fostered with media and media professionals.  A re-reading of John Paul II’s texts leads us to the conclusion that he was concerned with the problems that the media entails. His use and understanding of the media were motivated largely by the obvious benefits they offered, which he employed to great advantage, but also by their harmful effects on the spread of the Gospel. Ambivalent, the Pope knows how to draw on the best practices and attempts to convince Catholics of the importance of all forms of media.  In the hope of clarifying this ambivalent relationship, this essay presents two questions to guide its analysis: 1. What are the problematic issues associated with the media implied in John Paul II’s reflections on the means of social communication? 2. What approaches did he use in response to these issues? In short, these questions allow us, at the very least, to examine some fundamental aspects of John Paul II’s views on social communications.

Keyphrases: théologie de communication, enjeux des médias, manières de faire des médias, Église catholique, modèles ecclésiologiques, Jean-Paul II, aréopage moderne, communications sociales, Vatican II, social communications, theology of communication, medias problems, medias strategies, Catholic Church, ecclesiological models, modern areopagus
Procrastination et faiblesse de la volonté : Agentivité, temporalité et défaillances de la rationalité pratique

Étant pourtant un phénomène extrêmement répandu, la procrastination a très peu fait l’objet d’études philosophiques.  Inversement, la faiblesse de la volonté et les différents phénomènes qu’on lui rattache sont encore aujourd’hui étudiés en profondeur comme des cas paradigmatiques de défaillance de la rationalité pratique.  Or, la procrastination présente un cas de défaillance de la rationalité pratique particulier dans notre rapport avec le temps, rapport qui est très souvent laissé de côté dans l’étude de la faiblesse de la volonté.  Après avoir présenté dans le premier chapitre les phénomènes majeurs associés à la faiblesse de la volonté et les problématiques qu’ils soulèvent, dans le deuxième chapitre, nous examinerons leurs liens avec la procrastination.  Nous verrons comment la procrastination, avec son emphase sur le caractère temporel de notre agentivité, permet de mieux saisir et d'expliquer les problématiques soulevées par la faiblesse de la volonté en les insérant dans un cadre explicatif plus large. Even if procrastination is extremely widespread, it is still rarely the subject of philosophical study. Conversely, weakness of the will and the various phenomena which are related to it are still extensively studied as paradigmatic cases of failure of our practical rationality.  However, procrastination seems to be a failure of our practical rationality related to our relationship with time, a relationship that is often overlooked in the study of weakness of will. After presenting, in the first chapter, the major phenomena associated with weakness of will and the issues they raise, we will examine their relationship with procrastination in the second chapter. We'll see how procrastination, with its emphasis on the temporal nature of our agency helps us to better understand and explain the issues raised by weakness of will by inserting them in a broader explanatory framework.

Keyphrases: Philosophie, Procrastination, Faiblesse, Volonté, Acrasie, Agentivité, Temporalité, Rationalité pratique, Procrastination, Résolution, Procrastination, Incontinence, Intention, Philosophy, Procrastination, Weakness, Will, Akrasia, Agency, Temporal, Practical rationality
Adaptation aux changements induits aux indices spectraux de l’audition spatiale chez l’humain

Dans le cas de perte auditive, la localisation spatiale est amoindrie et vient entraver la compréhension de la parole et ce, malgré le port de prothèses auditives. La présente étude modifie la forme de l’oreille externe d’individus à l’aide de silicone afin d’induire des changements aux indices spectraux (HRTFs), similaires à ceux causés par des prothèses auditives, et d’explorer les mécanismes perceptifs (visuel, spectral, ou tactile) permettant d’alterner d’un nouvel ensemble à l’ensemble originel de HRTFs une fois les prothèses enlevées. Les résultats démontrent que les participants s’adaptent aux nouveaux HRTFs à l’intérieur de quatre séances d’entraînement. Dès le retrait des prothèses, les participants reviennent à leur performance originale. Il n’est pas possible de conclure avec les données présentes si le changement d’un ensemble de HRTFs à un autre est influencé par un des mécanismes de rétroaction perceptuelle étudié. L’adaptation aux prothèses perdure jusqu’à quatre semaines après leur retrait. Spatial hearing contributes greatly to speech understanding in noisy environments. Hearing aids disturb all of the acoustic cues necessary for accurate sound localization and thus negate some of their benefits. This study addressed behavioral adaptation to changes in auditory spatial cues caused by changes similar to those induced by hearing aids. Spectral cues (HRTFs) were distorted by changing the shape of the outer ear with silicon molds. The present experiment was aimed at determining the perceptual modalities (visual, spectral or tactile) that might enable the switch from the modified to the original HRTFs once the molds were removed. Results indicate that participants were able to adapt within four training sessions. Participants immediately showed accurate sound localization when ear molds were removed. It was not possible to conclude whether the perceptual feedbacks had a major impact on the choice of the correct set of HRTFs to use. Adaptation to the modified HRTFs lasted weeks after their removal.

Keyphrases: Adaptation, Localisation spatiale, Indices spectraux, Plasticité, Adaptation, Adaptation, Perception, Adaptation, Spatial localization, Hearing, Perceptual modalities, Plasticity