Consanguinity, epidemics and early life survival in colonial Quebec, 1720-1830

La consanguinité, soit l'union productive de conjoints partageant des allèles identiques provenant d'un ancêtre commun, s'est accumulée au fil du temps au Québec ancien. Parallèlement, le Québec a été victime de plusieurs épidémies. Le but de cette étude est d'évaluer la relation entre la mortalité des enfants et la consanguinité dans les périodes épidémiques du Québec ancien entre 1720 et 1830. D'une part, l'hypothèse émise est que les enfants ayant des gènes homologues sur plusieurs loci auraient un taux de mortalité significativement plus élevé comparativement aux enfants non consanguins, en raison du désavantage des homozygotes. D'autre part, les individus consanguins peuvent avoir une survie plus favorable en raison de l'effet d’enracinement, combien de générations une famille est établie dans la colonie, présent dans la mesure de la consanguinité. De plus, l'avantage social d'une famille étroitement liée peut favoriser la survie de l'enfant en accordant plus de soutien social aux parents et de surveillance de l'enfant. Les courbes de survie de Kaplan-Meier sont représentées graphiquement et des modèles de régression de Cox sont exécutés pour explorer et démêler partiellement les rôles des facteurs génétiques et environnementaux. Les immigrants, les naissances multiples et les individus sans généalogie du Registre de la population du Québec ancien (RPQA) et de l'Infrastructure intégrée des microdonnées historiques de la Population du Québec (IMPQ) sont exclus. Au total, 610 412 individus sont analysés dans les modèles de Cox. Les rapports de risque pour les épidémies augmentent avec l'âge et les rapports de risque pour la consanguinité éloignée ressemblent souvent au groupe référence, les non consanguins. De plus, les effets diffèrent selon le sexe et le groupe d'âge. Généralement, si les enfants avec une consanguinité proche, ceux identifiés comme consanguins avec seulement trois générations ascendantes, ne subissent pas de surmortalité dans un groupe d'âge précédent, les modèles de Cox signalent une survie défavorable de ces individus lors des épidémies. Des effets sous-jacents tels que des processus de sélection et des variables de contrôle relatives à l’enracinement peu robustes guident les résultats de l'interaction entre les épidémies et la consanguinité, de sorte que la prémisse reste à valider. Consanguinity, the productive union of spouses sharing identical alleles from a common ancestor, accumulated over time in Colonial Quebec. Concurrently, Quebec was the victim of several epidemics. The aim of this study is to evaluate the relationship between child mortality and consanguinity in epidemic periods of Colonial Quebec between 1720 and 1830. On the one hand, it is hypothesized that children with homologous genes on many loci would have a significantly higher mortality rate compared to non consanguineous children, due to homozygote disadvantage. On the other hand, consanguineous individuals may have a more favourable survival because of the effect of settlement, how many generations a family has been in the colony, present in the measure of consanguinity. Further, the social benefit of a closely bound family may favour child survival by providing more social support to the parents and child supervision. Kaplan-Meier survival curves are graphed, and Cox regression models are run to explore and partially disentangle the roles of genetic and environmental factors. Immigrants, multiple births and individuals lacking a genealogy from the Registre de population du Québec ancien (RPQA) and Infrastructure intégrée des microdonnées historiques de la Population du Québec (IMPQ) are excluded. Altogether, 610,412 individuals are analysed in the Cox models. Hazard ratios for epidemics increase with age and distant consanguinity hazard ratios often resemble the no consanguinity reference group. Further, the effects differ by sex and age group. Generally, if closely consanguineous children, those identified as consanguineous with only three ascending generations, do not undergo excess mortality in a previous age group, the Cox models signal an unfavourable survival of these individuals during epidemics. Underlying effects such as selection processes and unrobust control variables for settlement guide the results of the interaction between epidemics and consanguinity, so the premise, though convincing, remains to be validated.

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