NCube/papyrus huggingface dataset:
Sélection et étude de peptides inhibiteurs multi-cibles visant les Mur ligases chez Pseudomonas aeruginosa

Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste responsable de nombreuses infections nosocomiales dans le monde. Chez les personnes atteintes de fibrose kystique les infections pulmonaires causées par cette bactérie sont la principale cause de morbidité et de mortalité, et développer de nouveaux agents anti-pyocyaniques, capables de combattre efficacement et durablement ce pathogène, est aujourd’hui une nécessité si l’on veut améliorer la qualité et l’espérance de vie de ces personnes. Pour cela, le peptidoglycane fait partie des cibles privilégiées dans le développement d’agents antibactériens, étant donné le rôle essentiel de ce polymère dans la survie bactérienne. Les Mur ligases (MurC, MurD, MurE et MurF), une famille d’enzymes très similaires ayant un rôle essentiel dans la voie de biosynthèse du peptidoglycane, ne sont aujourd’hui ciblées par aucun antibiotique et constituent des cibles prometteuses pour le développement d’agents antibactériens performants et durables qui cibleraient plusieurs d’entre elles. Dans cette étude, les Mur ligases de Pseudomonas aeruginosa ont été purifiées et utilisées comme cibles dans une stratégie innovante permettant de sélectionner des peptides ayant une affinité pour les 4 Mur ligases. Pour cela, deux banques peptidiques ont été criblées à l’aide d’une version optimisée de la technique de présentation phagique et 6 peptides sélectionnés ont été évalués pour leur affinité spécifique aux Mur ligases. Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen responsible of many nosocomial infections around the world.  Among cystic fibrosis patients, lung infections caused by this bacterium are the major cause of morbidity and mortality and thus developing new antipyocyanic agents, capable to fight this pathogen in an efficient and sustainable manner, is now a necessity to improve the quality and the life expectancy of these patients. To realize this, the peptidoglycan is one of the best targets for the development of antibacterial agents given the essential role of this polymer in bacterial survival. The Mur ligases (MurC, MurD, MurE and MurF), a family of very similar enzymes that have an essential role in the peptidoglycan biosynthesis pathway, are today not targeted by any antibiotic and are promising targets for the development of effective and sustainable antibacterial agents that target several of them. In this study, the Mur ligases of Pseudomonas aeruginosa were purified and used as targets in an innovative strategy to select peptides with affinity for the four Mur ligases. For this purpose, two peptide libraries were screened using an optimized version of the phage display technique and six selected peptides were evaluated for their specific affinity for the Mur ligases.

Keyphrases: Pseudomonas aeruginosa, Fibrose kystique, Peptidoglycane, Mur ligase, Présentation phagique, Peptides inhibiteurs, Multi-cibles, Peptidoglycan, Pseudomonas aeruginosa, Mur ligase, Cystic fibrosis, Peptidoglycan, Phage display, Antibacterial peptide, Multi-target
Fabrication de microstructures pour le recrutement de protéines synaptiques par polymérisation à deux photons

Ce mémoire présente une technique permettant d’implémenter les surfaces des électrodes pour optimiser les connexions des neurones. Il a été précédemment démontré que des billes micrométriques chargées positivement stimulent la formation de jonctions synaptiques sur leur surface. Il a été suggéré par le Dr Santiago Costantino qu’il était possible de lier ces billes sur les surfaces des électrodes en utilisant la liaison entre la biotine et la streptavidine. Mais, ces liaisons étant trop faibles pour lier les billes efficacement, il a été ensuite suggéré par le Dr Costantino de recréer des jonctions synaptiques en utilisant d’autres structures conductrices similaires aux billes. Ces structures sont réalisées en utilisant un laser Ti:Sa à 800nm qui permet la photo-réduction à deux photons de structures micrométriques d’argent dans un polymère de polyvinylpyrrolidone (PVP). Ces structures ont une hauteur moyenne de 4.5±0.6µm et un diamètre moyen à mi-hauteur de 8.8±1.6µm. Leur résistivité est de 4x10-3 Ω·m. L’analyse de la synaptophysine et de la PSD95, deux protéines largement retrouvées dans les régions pré et post-synaptiques, montre une accumulation significative autour des structures. Ce qui confirme que les structures de PVP et d’argent stimulent la formation de jonctions synaptiques et permettent l’optimisation des connexions neuronales sur des électrodes. This thesis presents a technique allowing the implementation of electrodes’ surfaces for the optimisation of neuronal connexions. It was established that micrometric beads with a positive charge stimulate the formation of synaptic junctions on their surfaces. It was suggested by Dr. Santiago Costantino that it was possible to link those beads on the electrodes’ surface using the connection between biotin and streptavidin-coated beads. But, those connections demonstrated to be too weak to link the beads efficiently. Alternatively, we recreated those synaptic junctions using others conductive structures comparable to beads. Those structures were fabricated using a Ti:Sa laser at 800nm that allows the two-photon reduction of micro structures made of silver nitrate integrated in a polymer of polyvinylpyrrolidone (PVP). Those structures have an average height of 4.5±0.6µm and a diameter a mid-height of 8.8±1.6µm. Their resistivity is 4x10-3 Ω·m. The analysis of the synaptophysin and the PS95, two proteins widely found in the pre-synaptic and post-synaptic regions, demonstrates a significant accumulation around the structures. This confirms that microfabrication of structures of PVP and silver stimulates the formations of synaptic junction and allows the optimisation of neuronal connections on electrodes.

Keyphrases: Électrode, neurone, polymère, photo-réduction, polymérisation à deux photons, neuron, synapse, Electrode, neuron, synapse, polymer, photo reduction, two-photon polymerisation
Impact de l’IL-15 dans un modèle murin de la sclérose en plaques

La sclérose en plaques (SEP) est une maladie chronique inflammatoire du système nerveux central (SNC). Elle est caractérisée par des lésions de démyélinisation et des infiltrations de cellules immunitaires dans le SNC. Notre laboratoire a identifié l’interleukine 15 (IL-15), une cytokine pro-inflammatoire, comme un effecteur potentiel de la SEP. Nous avons montré que cette cytokine est exprimée à des niveaux plus élevés dans le sang et dans les lésions de patients atteints de la SEP. Les mécanismes par lesquels l’IL-15 participe à la pathogenèse de la SEP sont encore mal connus. Le but de ce projet, était de déterminer l’effet d’une élévation périphérique d’IL-15 sur le développement d’un modèle animal de la SEP, l’encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE). Nous avons aussi déterminé le phénotype des cellules immunes qui peuvent répondent à l’IL-15. Nous avons injecté l’IL-15 pendant 8 jours à des souris EAE et avons suivi leur score clinique. Le SNC et la rate ont été récupérés pour les analyses de cytométrie. Nos résultats montrent que les injections d’IL-15 en périphérie augmentaient la sévérité de l’EAE et la fréquence des lymphocytes T CD8 et des cellules NK en périphérie. Les injections d’IL-15 ont eu tendance à augmenter la fréquence des cellules NK ayant infiltré le SNC. Ces cellules ont aussi démontré une tendance à exprimer une chaine clé du récepteur à l’IL-15 en plus grande quantité. Nos travaux ont démontré qu’une élévation de la concentrations d’IL-15 en périphérie augmentent la sévérité de l’EAE et altèrent les propriétés des cellules immunitaires en périphérie et dans le SNC. Multiple sclerosis (MS) is a chronic, inflammatory disease of the central nervous system (CNS). This disease is characterized by demyelination and immune cell infiltration in the CNS. Studies have shown that the immune system plays a key role in MS pathogenesis. Our laboratory identified the cytokine, interleukin 15 (IL-15), as a potential effector in MS development. IL-15 has been shown to be elevated in the blood and lesions of MS patients; however, its implications or its mechanisms of action in MS are not well defined. The goal of this project was to assess the role of IL-15 in the experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) animal model of MS. In this project, we injected peripheral IL-15 for 8 days to EAE mice and followed their clinical score. We also harvested the CNS and the spleen for cytometry analysis. Our results showed that peripheral injection of IL-15 caused a more severe EAE, and changed the frequency of CD8 T lymphocytes and NK cells in the periphery and CNS. We also showed that CD8 T cells in the periphery and CNS have increased IL-15 receptor expression after the IL-15 injection. Overall, our data show that peripheral IL-15 plays a role in the progression of EAE and affects the phenotype and number of immune cells.

Keyphrases: Sclérose en plaques, EAE, Interleukine 15, Infiltrations cellulaires, Système nerveux central, Cellule NK, EAE, Neuroinflammation, Lymphocyte T CD8, Multiple sclerosis, CD8 T cells, NK cells, Immune cell infiltration
Arcade Fire et le paradoxe de l’indie : de la scène montréalaise à la reconnaissance internationale

Près de quinze ans après la percée du grunge de Nirvana dans le circuit mainstream, le groupe Arcade Fire, issu de la scène indie montréalaise des années 2000, a connu une reconnaissance internationale importante. En effet, malgré un début de carrière et un premier disque, Funeral, davantage associés à la musique indépendante, Arcade Fire a rencontré un grand succès commercial, public et critique, et sa musique est aujourd’hui distribuée et diffusée dans les circuits globaux de la pop. Dès lors, comment un groupe ayant changé de scène et d’échelle de production, de diffusion et de distribution est-il pourtant toujours associé au terme indie ? Appuyée par une bibliographie en études des musiques populaires et en sociomusicologie, cette étude explore cette question d’abord par une recherche historique sur le terme indie et sur la scène du même nom à Montréal, puis par une analyse historique de la carrière d’Arcade Fire, et ce, afin de comprendre comment ce terme a continué à être opérationnel pour parler du groupe. Ce travail démontre que si la carrière d’Arcade Fire est devenue moins indie dans la manière de produire, de distribuer et de diffuser la musique, l’étiquette indie fonctionne néanmoins toujours pour parler du groupe, car elle est liée à des valeurs de l’être humain que sont l’identité et l’authenticité. En ce sens, la construction d’une identité indie et d’une aura d’authenticité autour du groupe a fonctionné comme une stratégie pour donner de la valeur et légitimer sa carrière jusqu’à ce jour. Almost fifteen years after the mainstream breakthrough of Nirvana’s grunge, the group Arcade Fire, originating from the early 2000s indie scene in Montreal, has earned important international recognition. In fact, despite the close association of their early career and their first album, Funeral, with the independent music scene, Arcade Fire has gone on to meet with great commercial, public and critical success. Why, therefore, is this group, who has changed their scene and their scale of production, diffusion and distribution, still linked with the term “indie”? Supported by a bibliography in popular music studies and sociomusicology, this master’s thesis explores this question firstly through a historical study of the term indie and of Montreal’s indie scene, followed by an analysis of Arcade Fire’s career, in order to understand this term’s continued relevance in writing about the group. This work shows that while the Arcade Fire’s career is now less indie in their manner of producing, distributing and diffusing their music, the label still serves as a way of referring to the group, since it is linked to the human values of identity and authenticity. In fact, the construction of an indie identity and an aura of authenticity around the group functions as a strategy to add value and legitimate its career to date.

Keyphrases: Arcade Fire, Scène indie, Succès commercial, public et critique, Indie, Identité, Authenticité, Arcade Fire, Indie, Indie scene, Commercial, public and critical success, Identity, Authenticity
Discovering and analyzing my compositional language : developing a personal style without severing ties to classical music

Ce mémoire de maîtrise présente une analyse et une discussion de cinq compositions réalisées pendant mes études. Les œuvres sont pour piano solo, soprano et piano, trombone et piano, quatuor à cordes et quintette à vent.  L'objectif de ce projet était de développer mon langage musical et d'observer les différentes influences qui le caractérisent. Pour ce faire, certaines des pièces ont été composées avec des contraintes de modes ou de techniques spécifiques, tandis que d'autres ont été composées librement. J'observe beaucoup d'influences de ma formation en tant que pianiste, en particulier celles de Scriabine, de Chostakovitch et de Prokofiev. De plus, je discute de l'influence que la musique juive a eue sur moi et comme je l’utilise dans ma musique. This paper presents an analysis and discussion of five compositions I wrote during my master’s studies. The works are for solo piano, voice and piano, trombone and piano, string quartet, and wind quintet.  The objective of this project was to develop my musical language and to observe the different influences that characterize it. To achieve this, some of the pieces were restricted using specific modes or techniques, while others remained freely composed. I observe many influences from my formation as a pianist, particularly those of Scriabin, Shostakovich, and Prokofiev. Additionally, I discuss the influence that Jewish music has had on me and how I use elements of it in my music.

Keyphrases: Composition, Analyse, Musique juive, Modes de transposition limitée, Composition, Klezmer, Analysis, Jewish music, Modes of limited transposition
Impact de l’âge et de l’effet stéréoscopique sur une tâche de poursuite d’objets multiples

La vision 3D se développe durant l’enfance et tend à se dégrader après 65 ans. La façon dont cette stéréoscopie peut être utilisée dans un environnement plus complexe, par exemple lors d’un déplacement dans une foule où des objets en mouvement peuvent s’occlure, reste incertaine. Une tâche reflétant cet environnement dynamique est la poursuite d’objets multiples (Multiple Object Tracking ou MOT). Pour cette étude, le NeuroTrackerTM sur tablette présentant une tâche de MOT a été utilisée en format 2D et 3D, dans le but d’évaluer l’impact de l’effet stéréoscopique sur les performances en fonction de l’âge. Trois groupes de 20 sujets (7-12 ans, 18-40 ans et 65 ans et plus) ont exécuté la tâche au MOT dans les deux conditions. Les adultes ont obtenu les scores moyens les plus élevés, suivis des enfants puis des ainés. Également, la différence entre les scores avec et sans effet stéréoscopique était similaire pour les enfants et les adultes, alors qu’elle était négligeable pour les adultes âgés. Ainsi, la stéréoscopie faciliterait l’exécution de cette tâche complexe pour les adultes et les enfants dès 7-12 ans. Le NeuroTrackerTM, en permettant une évaluation de l’utilisation de la stéréoscopie dans une scène complexe, pourrait devenir un outil intéressant dans différents domaines. La portabilité de la version sur tablette faciliterait l’utilisation clinique avec des populations variées. 3D vision develops during childhood and tends to diminish after 65 years old. It is relatively unknown how stereopsis helps in a more complex environment, such as walking in a crowd where objects in movement can occlude each other. One task that reflects this dynamic environment is a multiple object tracking task (MOT). For this research, the portable version of NeuroTrackerTM showing a MOT task with and without stereoscopic effect has been used, to evaluate the impact of stereopsis on performances depending on the age. Three groups of 20 subjects (7-12 years old, 18-40 years old and 65 years and older) completed the task in both conditions. The adult group obtained the higher scores (mean of both conditions), followed by the children and the older adult group. Also, the score difference between both conditions was similar for the adults and the children, and was non significant for the elderlies. It demonstrates that stereopsis helps adults and children 7-12 years old to accomplish this kind of task. The NeuroTrackerTM, by evaluating how stereopsis is used in a complex scene, could be useful in various domains. The portability of the NeuroTrackerTM could also facilitate its clinical application with different populations.

Keyphrases: Sciences de la vision, Vision stéréoscopique, Vieillissement, Enfant, MOT, MOT, Vision sciences, Stereoscopic vision, Aging, Children
Travail du sexe chez les personnes qui s’injectent des drogues : impact sur les comportements à risque et associations avec l’infection par le VIH

Le présent mémoire de maîtrise fait suite à l’émergence récente d’une association significative entre le travail du sexe et l’incidence de l’infection par le VIH chez les personnes qui s’injectent des drogues au sein de SurvUDI, un réseau de surveillance épidémiologique implanté dans la province de Québec et à Ottawa depuis 1995. Notre objectif principal était d’identifier les corrélats du VIH chez les personnes qui s’injectent des drogues et rapportent le travail du sexe au sein de ce réseau entre 2004 et 2016 de façon stratifiée par le sexe, ainsi que de comparer ceux-ci avec ceux des participants sexuellement actifs qui ne rapportent pas le travail du sexe. Les participants impliqués dans le commerce du sexe présentaient une prévalence du VIH plus élevée ainsi qu’une plus grande vulnérabilité à l’infection que ceux ne rapportant pas ce comportement. Les facteurs associés avec le VIH différaient également selon le sexe, avec une importante proportion de comportements d’injection à risque associé au VIH chez les femmes et, à l’opposé, une association plus marquée avec les comportements sexuels chez les hommes. Ces données révèlent le besoin d’adapter les interventions adressées envers les personnes qui s’injectent des drogues selon le sexe ainsi qu’en prenant en considération l’implication dans le travail du sexe. Recent analyses have shown an emerging association between sex work and human immunodeficiency virus (HIV) incidence among people who inject drugs (PWIDs) in the SurvUDI network, a biobehavioral survey conducted in Central Eastern Canada since 1995. The main objective of this study was to identify correlates of HIV infection among people who inject drugs and report sex work (PWID-SWs) in this network, after stratification by sex, and to compare these correlates to those of sexually active participants who did not report sex work. HIV prevalence was higher among PWID-SWs than among their non-SWs counterparts, and PWID-SWs were particularly vulnerable to HIV infection as a result of higher levels of vulnerability factors and injection risk behaviours. Risk taking patterns also varied according to gender, with a large proportion of injection risk behaviours being associated with HIV among women and, conversely, a stronger association between sexual behaviors and HIV prevalence being observed among men. These results emphasize the need for specific interventions taking gender and sex work into account.

Keyphrases: Personnes qui s'injectent des drogues, VIH, Travail du sexe, Surveillance, Facteurs de risque, Canada, People who inject drugs, Sex work, Risk-taking behaviours, HIV
La motivation des étudiants haïtiens aux études supérieures en Haïti

La motivation des adultes à s’engager en formation est devenue un enjeu crucial du processus d’apprentissage depuis que l’enseignement supérieur s’est attribué la mission de préparer des personnes qualifiées et éduquées capables de répondre aux besoins des sociétés de savoir. La motivation étant un processus complexe, tributaire des différences culturelles, nous avons choisi de l’aborder spécifiquement sous l’angle de la motivation à l’engagement des étudiants haïtiens aux études supérieures en Haïti. Notre étude vise donc à décrire les motifs d’engagement des étudiants haïtiens et à identifier les obstacles auxquels ils font face. En nous basant sur le modèle de Carré (2001), nous avons fait une recherche descriptive de type mixte. Les résultats montrent que les étudiants haïtiens sont très motivés par un projet d’avenir donc par la réalisation d’un but et qu’ils font face particulièrement au manque de temps et aux problèmes financiers. Cependant, les résultats ouvrent également le champ à une réflexion sur la question des buts identitaires dans la motivation aux études supérieures en Haïti et sur la proportion d’étudiants qui sont des adultes en reprises d’études (ARE). Adults’ motivation to engage in training has become a crucial issue in the learning process since higher education took charge of preparing qualified and educated people who should be able to meet the needs of knowledge societies.  As motivation is a complex process that depends on cultural differences, we chose to approach it specifically in terms of motivation of the Haitian graduate students in Haiti to engage in higher education.  Our study aims to describe the motives of engagement of Haitian students and to identify the obstacles they are facing.  Based on Carré model (2001), we made a mixed type descriptive research.  The results show that Haitian students are highly motivated by an objective, a project for the future and that they are facing particularly lack of time and financial problems.  However, those results have also led us to question the identity goals in the Haitian students motivation and the percentage of students who are adults returning to education (ARE).

Keyphrases: Motivation, Engagement, Formation des adultes, Universités, Études supérieures, Société de savoirs, Haïti, Motivation, Engagement, adult learning, Universities, Higher education, Knowledge societies