NCube/papyrus huggingface dataset:
Synthesis of ring A of (+)-Ambruticin S and bicyclic nucleosides for antisense drug technology

La synthèse énantiosélective de la (+)-ambruticine S, un produit naturel antifongique a été effectuée au sein de notre groupe. Trois approches ont été développées pour la synthèse du fragment lactone (cycle A). Ces trois voies d’accès au cycle A ont pour intermédiaire commun le methyl α-D-glycopyranoside déjà porteur du diol requis et disponible commercialement à bon prix. Une désoxygénation de l’hydroxyle en C-4 et l’homologation d’un carbone de la chaine latérale en C-6 ont permis l’obtention du cycle lactonique A.  Le deuxième projet est une collaboration entre le groupe Hanessian et ISIS Pharmaceuticals afin de développer de nouveaux oligonucléosides antisens. Les nucléosides antisens [4.3.0]-bicycliques cis et trans ont été synthétisés avec succès  à partir d’un monosaccharide naturel commun, L-arabinose, porteur des stéréocentres requis. Un réaction clé d’allylation de Sakurai a permis d’obtenir les diastéréoisomères cis et trans  dans des conditions de contrôle de type Felkin-Ahn et de contrôle par chélation respectivement. Les composés bicycliques finaux cibles ont été obtenus par une réaction d’aldol intramoléculaire catalyzéé par la proline, par métathèse de fermeture de cycle et par l’application de la méthode de Vorbrüggen pour la synthèse de nucléosides. An enantioselective synthesis of the antifungal natural product (+)-ambruticin S has been accomplished in our group. For the synthesis of a ring A lactone fragment, three approaches were developed. They all started from commercially available and inexpensive methyl α-D-glycopyranoside, which already possesses the required diol unit. A deletion of the hydroxyl group at C-4 and a one-carbon homologation of the C-6 side chain furnished the ring A lactone.   The second project is an ongoing collaboration between the Hanessian group and ISIS pharmaceuticals to develop new antisense oligonucleosides.  The cis- and trans-[4.3.0]bicyclic antisense nucleosides were successfully synthesized from a common natural monosaccharide, L-arabinose, which bears the required stereocenters. A key Sakurai allylation led to the cis- and trans diastereomers under Felkin-Ahn and chelation-controlled conditions respectively. The final bicyclic targets were achieved by a practical proline-catalyzed intramolecular aldol reaction and ring-closing metathesis (RCM) strategy, and application of the Vorbrüggen method for nucleoside synthesis.

Keyphrases: (+)-Ambruticine S, methyl α-D-glycopyranoside, nucléosides antisens [4.3.0]-bicycliques, L-arabinose, allylation de Sakurai, réaction d’aldol intramoléculaire, métathèse de fermeture de cycle, glycosylation de Vorbrüggen, methyl α-D-glycopyranoside, L-arabinose, methyl α-D-glycopyranoside, L-arabinose, (+)-Ambruticin S, methyl α-D-glycopyranoside, [4.3.0]bicyclic antisense nucleoside, L-arabinose, Sakurai allylation, intramolecular aldol reaction, Ring-Closing Metathesis (RCM), Vorbrüggen glycosylation
Variations interindividuelles dans l’utilisation d’information publique et le niveau d’impulsivité : expériences chez le diamant mandarin (Taeniopygia guttata)

Il y a de plus en plus de preuves que les animaux diffèrent de façon constante dans leur tendance à se servir de l’information sociale et de l’information personnelle, et ces différences interindividuelles sont corrélées avec des traits de personnalité tels que l’hardiesse et l’exploration. Le lien entre la personnalité et l’utilisation d’information sociale serait attribué au fait que les performances cognitives des individus affectent non seulement leur personnalité, mais aussi leur habileté à acquérir de l’information personnelle fiable.   La présente étude cherchait à déterminer si les femelles diamant mandarin qui ont tendance à se fier à l’information sociale dans des contextes de choix de partenaire et d’alimentation démontrent également un  niveau de contrôle de soi plus faible, une mesure que nous avons utilisée pour évaluer leur capacité à discriminer entre deux alternatives.   Nous avons observé que les femelles plus impulsives ont une plus grande tendance à se servir de l’information sociale que celles qui démontrent un degré de contrôle de soi plus élevé. Ainsi, nos résultats suggèrent fortement que les différences individuelles dans les capacités cognitives auraient contribué à l'émergence et au maintien des personnalités animales. There is increasing evidence that animals differ consistently in their tendency to weight social and personal information and these inter-individual differences have been found to correlate with personality traits, such as boldness or exploratory tendency. One reason that could explain the relationship between personality and social information use is that cognitive capacities of individuals affect both their personality and their ability to acquire reliable personal information.   Our study aimed to determine if female zebra finches that relied on social information in a mating and a foraging context also demonstrated a low level of self-control, used as a measure of their ability to discriminate accurately among alternatives.   Supporting our expectations, we found that the most impulsive females consistently relied on social information to a greater extent than those that demonstrated higher levels of self control. Thus, our findings strongly suggest that individual differences in cognitive abilities have contributed to the emergence and maintenance of animal personalities.

Keyphrases: Utilisation d’information sociale, Contrôle de soi, Différences interindividuelles, Performances cognitives, Personnalité animale, Social information use, Self-control, Inter-individual differences, Cognitive performances, Animal personality
Societal cleavages and institutional change in Canada : retention, reform and removal of nominee councils

En concevant que toute société a deux clivages dominants, l’un social et l’autre partisan, cette thèse développe une théorie sur le changement institutionnel. L’hypothèse initiale, selon laquelle les groupes sociaux créés par le premier clivage agiront pour restreindre le changement institutionnel et que le changement aura lieu lors de l’émergence d’un groupe partisan capable de croiser le clivage social, fut testée par les processus traçant les changements qui furent proposés et qui ont eu lieu au sein des conseils nominés en Amérique du Nord britannique. Ces conseils furent modifiés un bon nombre de fois, devenant les chambres secondaires de législatures provinciales avant d’être éventuellement abolies. La preuve supporte l’hypothèse, bien qu’il ne soit pas suffisant d’avoir un groupe partisan qui puisse croiser le clivage qui mène le changement : un débat partisan sur le changement est nécessaire. Ceci remet aussi en cause la théorie prédominante selon laquelle les clivages sociaux mènent à la formation de partis politiques, suggérant qu’il est plus bénéfique d’utiliser ces deux clivages pour l’étude des institutions. By conceiving of any society as having two dominant cleavages, one ‘social’ and one ‘partisan’, this dissertation develops a theory on institutional change.  The initial hypothesis that social groups created by the former will act to restrain institutional change and that change will occur when a partisan group emerges that can cross the social cleavage was tested by processes tracing the changes which were proposed and which occurred to the appointed councils established in British North America.  These councils were modified a number of times, becoming second chambers in the provincial legislatures, and were eventually each abolished.  The evidence found supports the hypothesis, though it is not sufficient to have a partisan group that can cross the cleavage drive change, a partisan debate over the change was necessary.  This also challenges the prevailing theory that social cleavages lead to political party formation, suggesting the benefit of using these two cleavages for the study of institutions.

Keyphrases: clivage sociétal, clivage social, clivage partisan, gouvernement responsable, gouvernement représentatif, gouvernement responsable de parti, conseil du roi, conseil souverain, conseil du gouverneur, conseil des nominés, conseil législatif, chambre haute, deuxième chambre, conseil exécutif, assemblée, législature, parlement, groupe social, parti politique, mouvement politique, constitution, societal cleavage, social cleavage, partisan cleavage, responsible government, representative government, responsible party government, king’s council, sovereign council, governor’s council, nominee council, legislative council, upper chamber, senate, upper house, second chamber, executive council, assembly, legislature, parliament, social group, political party, political movement, constitution
L'épigénétique, moteur de l'évolution d'un vertébré asexué

L’objectif de cette thèse est de déterminer l’étendue de la variabilité épigénétique, plus particulièrement du polymorphisme de méthylation de l’ADN, non liée à la variabilité génétique dans les populations asexuées en milieu naturel. Cette évaluation nous a permis de mieux cerner l’importance que peuvent avoir les processus épigénétiques en écologie et en évolution. Le modèle biologique utilisé est l’hybride clonal du complexe gynogénétique Chrosomus eos-neogaeus. Malgré une homogénéité génétique, une importante variabilité phénotypique est observée entre les hybrides d’une même lignée clonale mais retrouvés dans des environnements différents. L’influence des processus épigénétiques apporte une explication sur ce paradoxe. L’épigénétique se définit comme une modification de l’expression des gènes sans changement de la séquence d’ADN. La diversité des phénotypes peut entre autre s’expliquer par des patrons de méthylation différentiels des gènes et/ou des allèles des gènes entre les hybrides génétiquement identiques. La diversité des lignées épiclonales peut quant à elle s’expliquer par la colonisation de plusieurs lignées épiclonales, s’établir en réponse à l’environnement ou de façon aléatoire. Plusieurs méthodes seront utilisées afin de survoler le génome des hybrides clonaux pour mettre en évidence le polymorphisme de méthylation de l’ADN à l’échelle de l’individu et entre les individus de différentes populations. The aim of the thesis is to determine the extent of epigenetic variation, more specifically DNA methylation polymorphism, not linked to genetic variation in natural populations of an asexual vertebrate. This evaluation enables to better understand the importance that plays epigenetics processes in ecology and evolution. The biological model used is the clonal hybrid of the gynogenetic Chrosomus eos-neogaeus complex. Even in absence of genetic difference, an important phenotypic variability is observed among hybrids of the same clonal lineage living in different environments. Epigenetics, a modification of genes expression without a change at the DNA sequence, provides an explanation to this paradox. The diversity of phenotypes may be explained by differential methylation patterns of genes and/or alleles among genetically identical hybrids. The diversity of epiclonal lineages may be explained by the colonisation of many epiclonal lineages, established in response to the environment or stochastically. Many methods were used for screening the genome of clonal hybrids in order to highlight DNA methylation polymophism at the scale of an individual and among individuals of different populations.

Keyphrases: Épigénétique des populations, Méthylation de l'ADN, Héritabilité, Sélection, Flexibilité génomique, Éléments transposables, Séquençage au bisulfite, Hybridation, Hybride clonal Chrosomus eos-neogaeus, MSAP, Population epigenetics, DNA methylation, Heritability, Selection, Genomic flexibility, Hybridization, Chrosomus eos-neogaeus clonal hybrid, Transposable elements, Bisulfite sequencing
La géographie du dollar et la Chine : analyse géoéconomique d'une sédition monétaire

L’équilibre économique mondial repose sur une asymétrie structurelle dont les pôles antagonistes principaux sont les États-Unis et l’Asie orientale. À la base de cet axe de tension géographique se trouve la question de la représentation mondiale de la richesse. La domination du dollar permet aux États-Unis un accès disproportionné aux ressources planétaires. Les pays créanciers, dont fait partie la Chine, hésitent à laisser flotter leur monnaie et attaquer l’hégémonie du dollar. Entre temps, les déséquilibres s’intensifient, tout comme les tensions politiques, par l’effet de ce système monétaire qui participe au maintien d’un monde unipolaire. Le système monétaire actuel n’offre aucune perspective endogène quant à la résolution des déséquilibres que son équilibre requiert. Ce mémoire cherche à identifier les stratégies géoéconomiques de la Chine pour se soustraire de l’emprise du dollar. Present world economic stability rests on a structural asymmetry whose main antagonists are the United States and East Asia. Inducing the very existence of this axis is the question of the worldwide representation of value. The dollar’s domination in this matter allows the United States a disproportionate access to planetary resources. The creditor countries, among which China, hesitate to adopt a floating exchange rate and challenge this peculiar dimension of hegemony directly through the foreign exchange market. As time goes by the global imbalances intensify along with the corresponding political tensions. In effect, the dollarized global monetary system acts as a pillar of a unipolar world. The present international monetary system does not offer, by itself, a resolution to this polarisation process its existence generates. This mémoire offers a perspective on China’s geoeconomic strategies destined to extract itself from the dollar system. This is done through the observation of three sets of indicators : Forex reserves, commercial relations and domestic demand.

Keyphrases: dollar, monnaie, système monétaire international, États-Unis, Chine, déséquilibres globaux, géoéconomie, géographie, géopolitique, développement, dollar, yuan, dollar system, money, international monetary system, United States, China, yuan, global imbalances, geoeconomy, geography, geopolitics, development
Etude ab initio du pnicture de fer supraconducteur LaOFeAs

Le présent mémoire traite de la description du LaOFeAs, le premier matériau découvert de la famille des pnictures de fer, par la théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT). Plus particulièrement, nous allons exposer l’état actuel de la recherche concernant ce matériau avant d’introduire rapidement la DFT. Ensuite, nous allons regarder comment se comparent les paramètres structuraux que nous allons calculer sous différentes phases par rapport aux résultats expérimentaux et avec les autres calculs DFT dans la littérature. Nous allons aussi étudier en détails la structure électronique du matériau sous ses différentes phases magnétiques et structurales. Nous emploierons donc les outils normalement utilisés pour mieux comprendre la structure électronique : structures de bandes, densités d’états, surfaces de Fermi, nesting au niveau de Fermi. Nous tirerons profit de la théorie des groupes afin de trouver les modes phononiques permis par la symétrie de notre cristal. De plus, nous étudierons le couplage électrons-phonons pour quelques modes. Enfin, nous regarderons l’effet de différentes fonctionnelles sur nos résultats pour voir à quel point ceux-ci sont sensibles à ce choix. Ainsi, nous utiliserons la LDA et la PBE, mais aussi la LDA+U et la PBE+U. We present DFT calculations of the electronic structure of LaOFeAs, the parent compound of the new family of superconductors, the iron pnictides, in this master thesis. Specifically, we are going to take a look at the present state of the research done on this material before giving a quick introduction to DFT. Then, we will compare the optimized structural parameters as calculated by our DFT code with the experimental data as well as results obtained by other groups. We studied the electronic structure of LaOFeAs using the standard set of tools : band structure, density of state (DOS), fermi surface and fermi surface nesting. We used theoretical methods to determine the allowed phonon modes in this crystal structure. This, in turn, enabled us to explore the electron-phonon coupling in our material for the most important modes. We’ll also discuss the influence different functionals may have for calculating the electronic structure. This will allow us to validate our results. In detail, we will compare results obtained with the following functionals: LDA and PBE, as well as LDA+U and PBE+U.

Keyphrases: LaOFeAs, Supraconductivité, Structure électronique, Phonons, Couplage électrons-phonons, DFT, Surface de Fermi, DFT+U, Structure de bandes, Matériaux fortement corrélés, LaOFeAs, DFT, Superconductivity, Electronic structure, Electron-phonon coupling, Fermi surface nesting, Band Structure, Antiferromagnetism, Strongly correlated materials, Fermi surface, Functionals
Estimation simplifiée de la variance dans le cas de l’échantillonnage à deux phases

Dans ce mémoire, nous étudions le problème de l'estimation de la variance pour les estimateurs par double dilatation et de calage pour l'échantillonnage à deux phases. Nous proposons d'utiliser une décomposition de la variance différente de celle habituellement utilisée dans l'échantillonnage à deux phases, ce qui mène à un estimateur de la variance simplifié. Nous étudions les conditions sous lesquelles les estimateurs simplifiés de la variance sont valides. Pour ce faire, nous considérons les cas particuliers suivants : (1) plan de Poisson à la deuxième phase, (2) plan à deux degrés, (3) plan aléatoire simple sans remise aux deux phases, (4) plan aléatoire simple sans remise à la deuxième phase. Nous montrons qu'une condition cruciale pour la validité des estimateurs simplifiés sous les plans (1) et (2) consiste à ce que la fraction de sondage utilisée pour la première phase soit négligeable (ou petite). Nous montrons sous les plans (3) et (4) que, pour certains estimateurs de calage, l'estimateur simplifié de la variance est valide lorsque la fraction de sondage à la première phase est petite en autant que la taille échantillonnale soit suffisamment grande. De plus, nous montrons que les estimateurs simplifiés de la variance peuvent être obtenus de manière alternative en utilisant l'approche renversée (Fay, 1991 et Shao et Steel, 1999). Finalement, nous effectuons des études par simulation dans le but d'appuyer les résultats théoriques. In this thesis we study the problem of variance estimation for the double expansion estimator and the calibration estimators in the case of two-phase designs. We suggest to use a variance decomposition different from the one usually used in two-phase sampling, which leads to a simplified variance estimator. We look for the necessary conditions for the simplified variance estimators to be appropriate. In order to do so, we consider the following particular cases : (1) Poisson design at the second phase, (2) two-stage design, (3) simple random sampling at each phase, (4) simple random sampling at the second phase. We show that a crucial condition for the simplified variance estimator to be valid in cases (1) and (2) is that the first phase sampling fraction must be negligible (or small). We also show in cases (3) and (4) that the simplified variance estimator can be used with some calibration estimators when the first phase sampling fraction is negligible and the population size is large enough. Furthermore, we show that the simplified estimators can be obtained in an alternative way using the reversed approach (Fay, 1991 and Shao and Steel, 1999). Finally, we conduct some simulation studies in order to validate the theoretical results.

Keyphrases: Échantillonnage à deux phases, Estimateur par double dilatation, Estimateurs de calage, Estimation de la variance, Approche renversée, Étude par simulation, Two-phase sampling, Double expansion estimator, Calibration estimators, Variance estimation, Reversed approach, Simulation study
Un cinéma de l’entre-deux : identité, altérité et construction de la nation indienne dans Lagaan d’Ashutosh Gowariker

Ce mémoire est composé de deux parties : une recherche sur le film Lagaan (2001) du réalisateur indien Ashutosh Gowariker, et un scénario de moyen métrage de fiction.   La partie théorique analyse un courant émergeant du cinéma indien que Gowariker a initié avec Lagaan. Ce courant véhicule une vision progressiste de l’identité nationale et semble donc s’opposer au mouvement nationaliste hindutva par ses préoccupations gandhiennes proches de la Nouvelle vague indienne. Pourtant, du point de vue dramatique et esthétique, il adopte une facture commerciale qui correspond bien plus aux attentes du public du Bollywood post-1990. Conjuguant dimension intellectuelle militante et divertissement populaire, il cherche ainsi à réorienter sa vision de la société indienne. Mon analyse, à la fois formelle et sociologique, permettra de comprendre cette tendance dans son contexte sociopolitique.  Le scénario raconte l’histoire d’Aastha, une jeune Indienne de caste inférieure luttant pour exister entre tradition et modernité dans l'Inde rurale contemporaine. Il montre la relation ambiguë qu’elle entretient avec une culture qu'elle aime profondément, mais qui est paradoxalement trop oppressante pour lui permettre de s'affirmer. This thesis consists of two parts: a research on the film Lagaan (2001) by Indian director Ashutosh Gowariker, and a medium-length fiction film screenplay.   The research focuses on an emerging trend from the Indian cinema that Gowariker initiated with Lagaan. This trend conveys a progressive vision of national identity and, thus, seems to take the opposite side of the hindutva nationalist movement by reviving the unifying Gandhian ideology of the Indian New Wave. However, from a dramatic and aesthetic point of view, it adopts a much more commercial format than the New Wave, meeting the public's expectations of Bollywood productions post-1990. Purposefully combining an intellectual activist dimension with popular entertainment, it seeks to reorient the audience’s vision of Indian society. My analysis, both formal and sociological, allows a better understanding of this trend within its sociopolitical context.   The screenplay tells the story of Aastha, a low-caste young woman struggling to exist between tradition and modernity in contemporary rural India. It shows her ambiguous relationship with a culture that she deeply likes, but that is paradoxically too oppressive to let her assert herself.

Keyphrases: Nationalisme, Inde, Cinéma, Hindutva, Bollywood, Gowariker, Nationalism, India, Cinema, Hindutva, Bollywood, Gowariker