Impact de la litière à base de fumier recyclé sur la propagation des parasites gastro-intestinaux, dans l'environnement des bovins laitiers ainsi que dans le lait

L’objectif de ce travail était d'étudier la présence des parasites les plus courants associés au tube digestif des bovins dans la litière de fumier recyclé (LFR), ainsi que la capacité des procédures de préparation actuelles de la LFR à éliminer ces agents pathogènes. Nous avons également évalué si ces parasites pouvaient être récupérés dans le lait provenant du réservoir de lait des fermes utilisant ce système de litière. Enfin, nous avons étudié si la distribution de ces parasites diffèrerait dans le fumier de vaches logées sur une LFR par rapport à celle des vaches logées sur un système de litière plus conventionnel, c’est-à-dire la litière à base de paille.    Vingt-sept fermes LFR et 61 fermes témoins ont été recrutées pour l'étude. Des échantillons de fumier de la fosse de fumier et du lait de la citerne ont été récupérés dans des fermes qui utilisaient la litière à base de paille et dans des fermes qui utilisaient la litière LFR. De plus, dans les troupeaux LFR, nous avons récupéré des échantillons de la fraction solide du fumier après extraction du liquide, de la litière LFR avant utilisation, ainsi que de la LFR utilisée. Les parasites ont d'abord été détectés par flottation en double centrifugation en présence de sulfate de zinc afin de mettre en évidence la présence de protozoaires, puis par flottation en présence de sucre, selon la technique de Wisconsin modifiée, pour l'évaluation des nématodes. Les parasites du genre Cryptosporidium ont été identifiés, d’une part par détection et séquençage de leur ADN, et d’autre part par PCR nichée et séquençage d'une partie du gène codant pour la petite sous-unité de leur ARNr.    Nos résultats ont révélé une présence élevée de parasites des genres Cryptosporidium spp. (C. parvum, C. andersoni et C. meleagridis, identifiés par PCR) et Eimeria spp. (principalement E. bovis et E. zuernii) dans les deux types d’exploitations. Une proportion significativement plus grande d'échantillons de fumier provenant d'exploitations à base de litière LFR était positive à Cryptosporidium spp. par rapport au fumier de fermes utilisant la litière de paille.    Les oocystes des deux genres de protozoaires (Cryptosporidium spp. et Eimeria spp.) ont été trouvés à chaque étape de la préparation / transformation de la LFR, ce qui montre que les stratégies « non standardisées » actuelles de préparation de la LFR ne garantissent pas la destruction des parasites protozoaires.    En termes de risque zoonotique, nous avons décrit une présence importante de Cryptosporidium parvum dans des exploitations traditionnelles (32/61) et dans des explorations de LFR (24/27). De façon positive, aucun parasite n'a été détecté dans les échantillons de lait du réservoir, ni par analyse microscopique ni par méthode moléculaire, ce qui garantit la sécurité des consommateurs. The aim of this work was to investigate the presence of most common bovine digestive tract-associated parasites in recycled manure bedding (RMS), and the ability of current RMS preparation procedures to eliminate these pathogens. We also assessed if any of these parasites could be retrieved in bulk milk from dairies using this bedding system. Finally, we studied if the distribution of these parasites would differ in manure of cows housed on RMS bedding compared to that of cows housed on a more conventional bedding system, straw-bedding. Twenty-seven RMS farms and 61 control farms were recruited for the study. Samples of manure from the manure pre-pit and milk from the bulk tank were recovered from straw-based bedding farms and RMS-based ones. In addition, in RMS herds we recovered samples from the manure’s solid fraction after liquid extraction, RMS bedding before use, and RMS bedding in use. Parasites were firstly detected by doublecentrifugation zinc-sulfate flotation to highlight the presence of protozoa, and modified Wisconsin sugar flotation for the appraisal of nematodes. Cryptosporidium parasites were determined by nested-PCR amplification and sequencing of a portion of the gene encoding the small subunit rRNA. Our results revealed, a high presence of Cryptosporidium spp. (C. parvum, C. andersoni and C. meleagridis, identified by PCR) and Eimeria spp. (mainly E. bovis and E. zuernii) parasites in both types of farms. A significantly larger proportion of manure samples from RMS-bedded farms were positive for Cryptosporidium spp. parasites compared to manure of straw-bedded farms. Both Cryptosporidium spp. and Eimeria spp. oocysts were found at every step of RMS preparation/transformation, showing that current ‘non-standardized’ strategies for preparing RMS do not guarantee the destruction of protozoan parasites. In terms of zoonotic risk, we depicted an important presence of Cryptosporidium parvum in 32/61 traditional and 24/27 RMS farms. No protozoan parasites were found in any sample derived from bulk milk, neither by microscopic analyses or molecular methods, which represent a guarantee for consumers: safety.

Keyphrases: bovins laitiers, litière de fumier recyclé, parasites protozoaires, Cryptosporidium spp., Eimeria spp., Cryptosporidium spp., Eimeria spp., Dairy cattle, recycled manure solids bedding, protozoan parasites