NCube/papyrus huggingface dataset:
Le mouvement pour les droits civiques afro-américains au cours de la seconde guerre mondiale : stratégies électorales, politiques et économiques

La Seconde Guerre mondiale était riche en possibilités d’avancement pour la population noire. Les leaders afro-américains, conscients du caractère favorable du contexte, mirent sur pied de nouvelles stratégies afin d’optimiser les gains afro-américains. L’économie de guerre favorisa les migrations internes vers les centres industriels du Nord et de l’Ouest. Les migrants noirs s’extirpaient donc du carcan contraignant du Sud où ils étaient régulièrement privés de leur droit de vote. Les leaders noirs brandirent alors un nouvel outil pour faire pression sur les deux principaux partis politiques fédéraux : le nouveau poids électoral afro-américain. La période fut aussi marquée par une hausse de l’activisme noir. Celui-ci se voyait légitimé par les idéaux de liberté et de démocratie prétendument défendus par les États-Unis. Finalement, le plein-emploi permit l’essor du statut économique noir et les leaders afro-américains tentèrent d’exploiter cette conjoncture particulière afin d’en faire bénéficier leur communauté à long terme. The Second World War was a period of opportunities for African-Americans. The Black leadership, aware of the favorable context, tried to exploit it to the fullest. Internal migrations from the South to the industrial centers of the North and West were facilitated by the war economy. Participating in this exodus, Blacks extirpated themselves from the politically constrictive region that often deprived them of their voting rights. By the end of the war, African-American leaders were able to wield a new weapon to pressure political parties and the government: the electoral weight of Blacks in northern States. The war was also characterized by heightened black activism. The ideals of democracy and liberty defended by the U.S. provided a new legitimacy to African-American yearnings. Ultimately, the full-employment that resulted from the war allowed Blacks to improve their economic status while their leaders were actively working to secure these gains in the long term.

Keyphrases: Afro-Américains, Deuxième Guerre mondiale, 1939-1945, Droits civiques, 1939-1945, African-Americans, World War II, Civil rights movement
fNIRS-EEG study of focal interictal epileptiform discharges

Functional near-infrared spectroscopy (fNIRS) acquired with electroencephalography (EEG) is a relatively new non-invasive neuroimaging technique with potential for long term monitoring of the epileptic brain. Simultaneous EEG-fNIRS recording allows the spatio-temporal reconstruction of the hemodynamic response in terms of the concentration changes in oxy-hemoglobin (HbO) and deoxy-hemoglobin (HbR) associated with recorded epileptic events such as interictal epileptic discharges (IEDs) or seizures. While most previous studies investigating fNIRS in epilepsy had limitations due to restricted spatial coverage and small sample sizes, this work includes a sufficiently large number of channels to provide an extensive bilateral coverage of the surface of the brain for a sample size of 40 patients with focal epilepsies. Topographic maps of significant activations due to each IED type were generated in four different views (dorsal, frontal, left and right) and were compared with the epileptic focus previously identified by an epileptologist.  After excluding 5 patients due to the absence of IEDs and 6 more with mesial temporal foci too deep for fNIRS, we report that significant HbR (respectively HbO) concentration changes corresponding to IEDs were observed in 62% (resp. 38%) of patients with neocortical epilepsies. This HbR/HbO response was most significant in the epileptic focus region among all the activations in 28%/21% of patients.

Keyphrases: Focal epilepsy, fNIRS, NIRS-SPM, EEG, Interictal epileptic discharges, Épilepsies partielles, Électroencéphalographie
A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to
single-molecule counting

La microscopie par fluorescence de cellules vivantes produit de grandes quantités de données. Ces données sont composées d’une grande diversité au niveau de la forme des objets d’intérêts et possèdent un ratio signaux/bruit très bas. Pour concevoir un pipeline d’algorithmes efficaces en traitement d’image de microscopie par fluorescence, il est important d’avoir une segmentation robuste et fiable étant donné que celle-ci constitue l’étape initiale du traitement d’image. Dans ce mémoire, je présente MinSeg, un algorithme de segmentation d’image de microscopie par fluorescence qui fait peu d’assomptions sur l’image et utilise des propriétés statistiques pour distinguer le signal par rapport au bruit. MinSeg ne fait pas d’assomption sur la taille ou la forme des objets contenus dans l’image. Par ce fait, il est donc applicable sur une grande variété d’images. Je présente aussi une suite d’algorithmes pour la quantification de petits complexes dans des expériences de microscopie par fluorescence de molécules simples utilisant l’algorithme de segmentation MinSeg. Cette suite d’algorithmes a été utilisée pour la quantification d’une protéine nommée CENP-A qui est une variante de l’histone H3. Par cette technique, nous avons trouvé que CENP-A est principalement présente sous forme de dimère. Live-cell fluorescence microscopy produces high amounts of data with a high variability in shapes at low signal-to-noise ratio. An efficient design of image analysis pipelines requires a reliable and robust initial segmentation step that needs little parameter fine-tuning. Here, I present a segmentation algorithm called MinSeg for fluorescence image data that relies on minimal assumptions about the image, and uses statistical considerations to distinguish signal from background. More importantly, the algorithm does not make assumptions about feature size or shape, and is thus universally applicable. I also present a pipeline for the quantification of small complexes with single-molecule fluorescence microscopy using this segmentation algorithm as the first step of the workflow. This pipeline was used for the quantification of a small histone H3 variant protein called CENP-A. We found that the CENP-A nucleosomes are dimers.

Keyphrases: Segmentation, Traitement d’image, Microscopie par fluorescence, Centromère, Segmentation, Image processing, Fluorescence microscopy, Centromere
Guide pédagogique du Portfolio D.E.S.S. en administration de l'éducation

Dans le contexte du DESS en administration de l’éducation, le portfolio est un outil d’apprentissage qui amène l’étudiant à vivre un processus réflexif supervisé et à organiser une collection de productions significatives s’accumulant progressivement à l’intérieur du déroulement des cours. Le guide pédagogique explique les choix qui ont donné lieu au Portfolio pour les étudiants. Le portfolio suppose une réflexion en deux temps, le premier en a priori et portant sur le profil de sortie, le glossaire, le guide de choix de cours et le choix des compétences à développer par l’étudiant selon les cours et le second, a posteriori, et portant essentiellement sur l’écart existant entre les intentions d’apprentissage exprimées au départ et le niveau atteint à la fin du programme.

Keyphrases: Administration de l'éducation, Formation de 2e cycle, Outil d'apprentissage, Portfolio
Moral Responsibility in the Context of Prenatal Testing: What can be Expected?

Des auteurs ont suggérés que l’examen des aspects éthiques et sociaux du test prénatal pouvait être vu comme une responsabilité individuelle des patients, cependant aucun fondement conceptuel n’a été proposé pour appuyer cette thèse. J’avance que la vision de “responsabilité morale comme une vertu” de Candace Cummins Gauthier, développée comme une volonté de concilier les notions d’autonomie et de communauté, fournit ce cadre conceptuel. Authors have suggested that considering the ethical and social aspects of prenatal testing could be seen as an individual responsibility for patients, but no conceptual grounds have been provided for this thesis. I argue that Candace Cummins Gauthier’s account of “moral responsibility as a virtue”, developed as an attempt to reconcile notions of autonomy and community, provides such basis.

Keyphrases: test prénatal, responsabilité morale, société, autonomie, prise de décision, prenatal testing, moral responsibility, society, autonomy, decision-making
A Pain in my Neck

Je suis atteint de nanisme et je blogue principalement sur les questions liées au handicap. Cette oeuvre illustre une souffrance physique bien réelle, mais souvent invisible pour les autres. I have dwarfism and blog mainly about disability related issues. This work illustrates a real physical pain, often invisible to others.

Keyphrases: nanisme, douleur, aquarelle, dwarfism, pain, watercolour
Parle-t-on de territoire en aménagement du territoire? : la construction des enjeux en contexte de planification collaborative

Le débat public en aménagement du territoire constitue un exercice paradoxal. Bien qu’il fasse nominalement référence au territoire, ce débat public aborde cet objet de façon superficielle. Ce mémoire aborde cette problématique en explorant les utilisations de la notion de territoire formulées dans le cadre d’un exercice de consultation publique sur un projet de revitalisation à Montréal, soit le Programme particulier d’urbanisme du Quartier des spectacles – Pôle du Quartier latin, est étudié. L’analyse se décline en deux étapes. Le sens accordé à la position géographique du Quartier latin et ses répercussions sur les dynamiques d’aménagement à long terme (structurales) sont s’abord explorées. Ensuite, les discours des intervenants au débat public sont analysés à l’aide d’une loupe poststructuraliste. Nos résultats démontrent qu’une majorité de participants ne considèrent pas le territoire comme construction sociale. Toutefois, les intervenants qui adoptent le point de vue contraire ont tendance à adopter une position plus critique face au projet. Ce constat remet en question les fondements de l’intervention proposée par les autorités municipales et, plus largement, interroge la prise en compte du concept de territoire en contexte de planification collaborative et post-collaborative. A paradox lies at the heart of public debate in territorial planning. Despite a nominal reference, the territory is only broached superficially. This Masters thesis approaches this problem by exploring a public consultation process on an urban revitalization project in Montreal, the Quartier des spectacles – Pôle du Quartier latin special planning program. The analysis is developed in two steps. First, the meaning of the Latin Quarter’s geographical position and its consequences on long term (structural) development patterns are examined. Second, the participants’ discourses in the public debate are studied through a poststructuralist lens. The results show that most participants do not consider the territory as a social construct. On the other hand, those who view the territory as such tend to have a more critical opinion of the project. Those findings question the basis of the intervention as proposed by municipal authorities and, in a larger sense, calls for a reconsideration of the concept of territory in collaborative and post-collaborative contexts.

Keyphrases: Montréal, Quartier latin, Aménagement du territoire, Urbanisme, Territoire, Structure urbaine, Participation publique, Quartier latin, Planification post-collaborative, Montreal, Latin Quarter, Regional planning, Urban planning, Territory, Urban structure, Public participation, Post-collaborative planning
Structure de fonctionnement des charrettes en design urbain

Ce document s’inscrit dans la foulée des préoccupations mondiales sur le devenir des villes au XXIe siècle. Il questionne les façons de faire qui contribuent à un développement de qualité des cadres de vie des citoyens. Les processus d’idéation de type atelier et charrette sont retenus en regard de leurs valeurs mobilisatrices et consensuelles qui répondent aux principes du développement durable. La problématique posée concerne l’adaptation de leur structure de fonctionnement au contexte local dans lequel il s’applique et de leur performance à induire les résultats escomptés. Une analyse comparative de trois études de cas révèle que le processus d’idéation se singularise en fonction des modalités de communication nécessaires pour progresser dans la démarche de planification des projets et conjointement à ceci, confirme que leur performance réside en leur capacité de rassembler l’ensemble des acteurs du projet en un même lieu. À l’issue de notre étude, nous fournissons un procédurier préliminaire pour diriger la mise en œuvre de processus d’idéation localement. This paper rejoins worldwide concerns for the future of cities in the XXlth century. It questions the practices, which contribute to the development of environmental qualities in the living environment. The collective creative efforts deployed in charrettes and workshops are considered to be relevant to the mobilization and reconciliation of values; principles necessary for sustainable development. The specific problematic concerns the adaptation of different operating structures of charrettes from one local context to another in order to insure desired outcomes. A comparative analysis of three case studies reveals that the creative processes of charrettes are adapted to the modes of communication required to advance the project planning process and confirms that their performance relies on their capacity to gather consensus in the actors concerned. Finally we supply a preliminary toolkit to help the future implementation of the charrette’s creative processes locally.

Keyphrases: projet local, processus d'idéation, communication, études de cas, design urbain, collaboration, concertation, dialogue, communication, analyse structurale, urban design, local project, design process, collaboration, conciliation, structural analysis, case study
Processus d'acquisition de nouvelles connaissances en urbanisme : le cas de l'îlot de chaleur urbain

Dans le contexte du changement climatique, la chaleur est, depuis le début des années 2000, une préoccupation grandissante, d’abord en tant qu’enjeu sanitaire puis comme problématique affectant la qualité de vie des citoyens. Au Québec, le concept d’îlot de chaleur urbain, issu de la climatologie urbaine, a graduellement émergé dans le discours des autorités et de certains acteurs de l’aménagement. Or, on constate l’existence d’un certain décalage entre les connaissances scientifiques et l’interprétation qu’en font les urbanistes. Dans le cadre de ce mémoire, on a tenté d’identifier les facteurs explicatifs de ce décalage en s’intéressant au processus d’acquisition des connaissances des urbanistes québécois. Par le biais d’entretiens réalisés auprès des principaux acteurs ayant contribué à l’émergence de l’ICU au Québec, on a été en mesure d’identifier les éléments ayant entraîné certaines distorsions des connaissances. L’absence d’interdisciplinarité entre la climatologie urbaine et l’urbanisme tout au long du processus d’acquisition des connaissances ainsi qu’une interprétation tronquée de la carte des températures de surface expliquent principalement la nature du décalage observé. In the context of current debates on climate change, heat has become a growing concern since the early 2000s, as it impacts people’s health and quality of life. As an element of urban climatology, the concept of urban heat islands emerged as a standard reference used by a number of Quebec scholars and practitioners in environmental management. However, there appears to be certain discrepancies between our current scientific knowledge and its interpretation by urban planners. The objective of this thesis is to better understand the factors that explain this discrepancy, through a study of knowledge acquisition among Quebec urban planners. Using a series of interviews with key actors in the emerging field of UHI’s in Quebec, it has been possible to identify the elements that caused distortions in knowledge transfer. Generally, the lack of interdisciplinarity in the areas of urban climatology and planning throughout the knowledge acquisition process, as well as a partial understanding of the surface temperature maps, help explain the nature of these discrepancies.

Keyphrases: Îlot de chaleur urbain, Urbanisme, Climatologie urbaine, Microclimat urbain, Transfert de connaissances, Urban heat island, Urban planning, Urban climatology, Urban microclimate, Knowledge transfer
Comparative costs and outcomes of traumatic brain injury from biking accidents with or without helmet use

Contexte: Évaluer les déterminants de maladies évitables et leurs coûts est nécessaire dans le contexte d’assurance maladie universelle. Le moment d’évaluer les impacts des traumatismes crâniocérébraux (TCC) survenus lors d’accidents de vélo est idéal vu la popularité récente du cyclisme au Québec. Objectifs: Comparer les caractéristiques démographiques et médicales, ainsi que les coûts sociétaux qu’engendrent les TCC de cyclistes portant ou non un casque.  Méthodologie: Étude rétrospective de 128 cyclistes avec TCC admis à l’Hôpital Général de Montréal entre 2007 et 2011. Les variables indépendantes sont  sociodémographiques, cliniques et le port du casque. Les variables dépendantes sont la durée de séjour, l’échelle GOS-E, l’échelle ISS, l’orientation au congé, les décès et les coûts à la société. Résultats: Le groupe portant un casque était plus vieux, plus éduqué, retraité et marié; au niveau médical, ils avaient des TCCs moins sévères à l’imagerie, des hospitalisations aux soins intensifs plus courtes et moins de neurochirurgies. Les coûts médians à la société pour les TCC isolés de cyclistes avec casque étaient significativement moindres. Conclusion: Dans cette étude, le port du casque semblait prévenir certaines complications des TCC et permettait de faire économiser de l’argent à l’état. Le port de casque est recommandé. Rationale: Establishing determinants of preventable disease and their societal costs are necessary in the context of publicly funded healthcare. With recent increases in Québec bicyclists, it is an opportune time to evaluate the impact of cycling traumatic brain injuries (TBI).  Objective: Compare demographic and medical characteristics and social costs of cycling TBIs according to helmet status. Methods: Retrospective study of 128 cyclists with TBI, from a trauma database, admitted to the Montreal University Health Center - Montreal General Hospital (MUHC-MGH) between 2007 and 2011. The independent variables were sociodemographic and clinical characteristics, as well as helmet status. The dependant variables were LOS, GOS-E, ISS, discharge destination, deaths and societal costs, using a bottom up costing approach. Results: The helmet group tended to be older, more educated, retired and married; from a medical perspective, they had reduced probabilities of severe TBIs on imaging, had shorter intensive care hospitalizations and less neurosurgeries. Median societal costs of TBI were significantly lower when a helmet was used. Conclusion: In this study, helmets seemed to confer protective effects against certain TBI complications and decreased median overall costs to society. Helmet promotion is recommended.

Keyphrases: Trauma craniocérébral, Coûts, Casque, Vélo, Prognostic, Bicyclette, Traumatic brain injury, Costs, Outcome, Helmet, Bicycle, Cycling
Rôle du TLR2 dans l’hépatite fulminante induite par le virus de l’hépatite murine

Ce travail examine les mécanismes de l’immunité innée impliqués dans l’hépatite aiguë virale du modèle murin d’infection par le virus de l’hépatite virale murine de type 3 (MHV-3). Afin de déterminer le rôle du TLR2 dans l’aggravation de l’hépatite, des infections avec le virus MHV-3 ont été réalisées in vivo chez des souris C57BL/6 et des souris déficientes pour le gène tlr2  et in vitro dans des macrophages et des hépatocytes infectés avec le virus MHV-3 et le virus moins virulent MHV-A59. Les niveaux de transcription et de traduction  des senseurs microbiens, des interférons (IFN) de type I, des cytokines et/ou des chimiokines ont été évalués par qRT-PCR et ELISA. Les cellules ont été traitées avec des petits ARNs interférants (siRNAs) pour le TLR2 et le CEACAM1a ou mises en présence d’inhibiteurs des voies d’endocytose. Les résultats révèlent le rôle stimulateur du TLR2 pour la réplication virale, la production de cytokines pro-inflammatoires IL-6 et TNF-α et des chimiokines CXCL1, CXCL10 et CCL2. Un nouveau mécanisme d’échappement aux senseurs viraux dépendant du TLR2 a également été mis en évidence dans les macrophages et les hépatocytes lors de l’infection de ces cellules avec le virus MHV-3, et non pas avec le virus moins virulent MHV-A59. Ces différents travaux révèlent un nouveau rôle du TLR2 lors d’infections virales dans l'aggravation de la réponse inflammatoire tout en protégeant le virus des autres senseurs de la réponse immune innée. This work investigates the innate immunity mechanisms involved in the Murine Hepatitis Virus type 3 (MHV-3) acute hepatitis disease model. In the goal of determining the role of the TLR2 receptor in aggravating the hepatitis disease, in vivo infections with the MHV-3 virus were performed on C57BL/6 mice or tlr2-/- gene knockout mice as well as in vitro infections of murine macrophages and hepatocytes with the MHV-3 and less virulent MHV-A59 serotypes. The levels of transcription and translation of different microbial sensors, type I interferons (IFN), cytokines and/or chemokines were measured by qRT-PCR and ELISA tests. Cells were treated with small interfering ARN (siRNA) for the TLR2 and/or CEACAM1a genes or treated with the different endocytosis inhibitors before infection. Our results reveal the stimulatory role of the TLR2 receptor on viral replication, production levels of the IL-6 and TNF-α cytokines and chemokines CXCL1, CXCL10 and CCL2. This study also reveals a new immune evasion mechanism via TLR2 in macrophages infected with MHV-3, but not with the lesser virulent MHV-A59 serotype. These different experiments have revealed a new role for the TLR2 receptor in viral infections wherein inflammatory responses are aggravated whilst shielding viral detection by other pathogens sensors of the innate immunity.

Keyphrases: MHV-3, TLR2, hépatite aiguë, IL-6, TNF-α, chimiokines, macrophages, hépatocytes, endocytose, échappement, MHV-3, TLR2, IL-6, TNF-α, macrophages, acute hepatitis, chemokines, hepatocytes, endocytosis, immune escape