NCube/papyrus huggingface dataset:
Amino acids substitutions in σ1 and μ1 outer capsid proteins of a Vero cell-adapted
mammalian orthoreovirus are required for optimal virus binding and disassembly

In a recent study, the serotype 3 Dearing strain of mammalian orthoreovirus was adapted to Vero cells; cells that exhibit a limited ability to support the early steps of reovirus uncoating and are unable to produce interferon as an antiviral response upon infection. The Vero cell-adapted virus (VeroAV) exhibits amino acids substitutions in both the σ1 and μ1 outer capsid proteins but no changes in the σ3 protein. Accordingly, the virus was shown not to behave as a classical uncoating mutant. In the present study, an increased ability of the virus to bind at the Vero cell surface was observed and is likely associated with an increased ability to bind onto cell-surface sialic acid residues. In addition, the kinetics of μ1 disassembly from the virions appears to be altered. The plasmid-based reverse genetics approach confirmed the importance of σ1 amino acids substitutions in VeroAV's ability to efficiently infect Vero cells, although μ1 co-adaptation appears necessary to optimize viral infection. This approach of combining in vitro selection of reoviruses with reverse genetics to identify pertinent amino acids substitutions appears promising in the context of eventual reovirus modification to increase its potential as an oncolytic virus. Dans une étude récente, le réovirus de sérotype 3 (souche Dearing) a été adapté aux cellules Vero, cellules qui possèdent une capacité limitée à supporter les étapes précoces de décapsidation de réovirus et qui sont incapables de produire de l'interféron comme réponse antivirale lorsqu'elles sont infectées. Le virus adapté (VeroAV) possède des substitutions d'acides aminés au niveau des protéines de capside externe σ1 et μ1, mais ne présente pas de changement au niveau de la protéine σ3. Comme attendu, le virus ne se comporte donc pas comme un mutant de décapsidation classique. Dans la présente étude, une augmentation de la capacité du virus à se fixer à la surface des cellules Vero a été observée et est probablement associée à une augmentation de la fixation aux acides sialiques de la surface cellulaire. De plus, la cinétique de relâche de μ1 à partir des virions semble altérée. L'approche de génétique inverse a permis de confirmer l'importance des substitutions d'acides aminés de la protéine σ1 dans la capacité de VeroAV à infecter les cellules Vero de manière efficace, bien que la coadaptation de μ1 apparaisse nécessaire pour optimiser l'infection virale. Cette approche combinant la sélection in vitro de réovirus à la génétique inverse pour découvrir des substitutions importantes d'acides aminés apparaît prometteuse dans le contexte de la modification de réovirus afin d'accroître son potentiel en tant que virus oncolytique.

Keyphrases: Virus, Reovirus, Reverse genetics, Oncolytic viruses, Virus, Réovirus, Génétique inverse, Virus oncolytiques
Addition of exogenous polypeptides on the mammalian reovirus outer capsid using reverse genetics

Addition of exogenous peptide sequences on viral capsids is a powerful approach to study the process of viral infection or to retarget viruses toward defined cell types. Until recently, it was not possible to manipulate the genome of mammalian reovirus and this was an obstacle to the addition of exogenous sequence tags onto the capsid of a replicating virus. This obstacle has now been overcome by the advent of the plasmid-based reverse genetics system. In the present study, reverse genetics was used to introduce different exogenous peptides, up to 40 amino acids long, at the carboxyl-terminal end of the σ1 outer capsid protein. The tagged viruses obtained were infectious, produce plaques of similar size, and could be easily propagated at hight titers. However, attempts to introduce a 750 nucleotides-long sequence failed, even when it was added after the stop codon, suggesting a possible size limitation at the nucleic acid level. L'addition aux capsides virales de séquences peptidiques exogènes est une approche puissante pour l'étude des processus d'infection virale ou pour cibler des virus vers des types cellulaires bien définis. Jusqu'à récemment, il n'était pas possible de manipuler le génome du réovirus de mammifères et ceci était un obstacle à l'addition de telles étiquettes exogènes sur la capside d'un virus pouvant se répliquer. Cet obstacle a maintenant été surmonté par la mise au point d'un système de génétique inverse à base de plasmides. Dans la présente étude, la génétique inverse a été utilisée pour introduire différents peptides exogènes, jusqu'à 40 acides aminés de longueur, à l'extrémité carboxyle de la protéine de capside externe σ1. Les virus obtenus étaient infectieux, produisent des plages de taille similaire, et peuvent être propagés facilement. Cependant, les efforts pour introduire une séquence de 750 nucléotides de longueur ont été infructueux, même lorsqu'un codon de terminaison était introduit avant celle-ci, suggérant une limite de taille au niveau des acides nucléiques.

Keyphrases: Virus, Oncolytic viruses, Reverse genetics, Tag, Virus, Virus oncolytiques, Génétique inverse, Epitope, Épitope
Comorbid Depression Among Untreated Illicit Opiate Users : Results From a Multisite Canadian Study

This study aimed to describe patterns of major depression (MDD) in a cohort of untreated illicit opiate users recruited from 5 Canadian urban centres, identify sociodemographic characteristics of opiate users that predict MDD, and determine whether opiate users suffering from depression exhibit different drug use patterns than do participants without depression. Baseline data were collected from 679 untreated opiate users in Vancouver, Edmonton, Toronto, Montreal, and Quebec City. Using the Composite International Diagnostic Interview Short Form for Major Depression, we assessed sociodemographics, drug use, health status, health service use, and depression. We examined depression rates across study sites; logistic regression analyses predicted MDD from demographic information and city. Chi-square analyses were used to compare injection drug use and cocaine or crack use among participants with and without depression. Almost one-half (49.3%) of the sample met the cut-off score for MDD. Being female, white, and living outside Vancouver independently predicted MDD. Opiate users suffering from depression were more likely than users without depression to share injection equipment and paraphernalia and were also more likely to use cocaine (Ps < 0.05). Comorbid depression is common among untreated opiate users across Canada; targeted interventions are needed for this population.

Keyphrases: Depression, Opiate use, Risk behaviour, Injection drug use
Population Ethics, Social Choice Theory, and Two problems in the Measurement of Economic Poverty

The headcount ratio and the aggregate headcount are alternative headcount measures of money-metric poverty, of which the first is by far and away the more widely employed index in the poverty measurement literature. The two indices can present conflicting judgements on poverty in both cross-section and time-series comparisons involving variable populations. The headcount ratio, it turns out, can also violate an intuitively appealing ‘vector dominance’ requirement in poverty comparisons. The present essay traces some of these difficulties to issues in population ethics and principles of social choice. The simple point of the essay is that apparently innocuous and widely observed conventions in the measurement of poverty are actually compatible with problems of both logical coherence and normative appeal. Les ratios par tête et total sont des mesures monétaires alternatives de la pauvreté, dont le premier est de loin l'indice le plus largement utilisé dans la littérature sur la mesure de la pauvreté. Les deux indices, impliquant des variables de populations, peuvent présenter des jugements contradictoires sur la pauvreté à la fois en coupe transversale et en comparaisons chronologiques. Le taux de pauvreté peut également constituer une violation d'une exigence intuitivement attrayante de « vecteur dominance » dans les comparaisons de la pauvreté. Le présent essai retrace certaines de ces difficultés relatives aux questions d'éthique liées à la population et aux principes de choix social. Le point essentiel de l'essai est que les conventions apparemment inoffensives et largement observées dans la mesure de la pauvreté sont en fait compatibles avec des problèmes de cohérence à la fois logique et normative.

Keyphrases: philosophy, ethics, economics, population ethics, Constituency Principle, Focus Axiom, social choice theory, Pareto Principle, Axioms of Subgroup Unanimity, aggregate headcount, headcount ratio, philosophy, ethics, economics, Axiome de concentration, philosophie, éthique, économie, philosophie, éthique, économie, Éthique des populations, Principe de circonscription, Théorie du choix social, principe de Pareto, axiome d’unanimité de sous-groupe
Return and Volatility performance comparison of Ethical and Non-ethical publicly-listed financial services companies

This study compares return and volatility performance of ethical and non-ethical publicly- listed financial companies through their long-memory and volatility asymmetry properties. The paper finds that the volatility of the daily stock price returns for both groups of financial companies can be used to predict their future values. Both also follow market fundamentals by exhibiting asymmetric volatility response properties, are not immune to negative shocks and experience losses in economic downturns. However, an interesting finding shows that ethical financial companies generally have higher returns and lower volatility than their non- ethical counterparts. This can be attributed to the positive perception of the investing public on ethical companies, which invites more potential investors providing them with steady investment flows. This study encourages fund managers and investors in continuously adding ethical investment instruments and creating portfolio related to corporate social responsibility initiatives. Findings can also offer more understanding in the properties of ethical financial companies, and open future channels of research to academicians and researchers. Cette étude compare le rendement et la volatilité des performances des sociétés financières éthiques et non-éthiques cotées, par leur mémoire longue et la volatilité des propriétés d'asymétrie. Ce papier constate que la volatilité des rendements quotidiens du cours des actions des deux groupes de sociétés financières peut être utilisée pour prédire les valeurs futures. Elles suivent également les fondamentaux du marché en présentant des propriétés de réponse à la volatilité asymétriques, ne sont pas à l'abri des chocs négatifs et des pertes d’expérience dans les ralentissements économiques. Toutefois, une constatation montre que les entreprises financières éthiques ont généralement des rendements plus élevés et une volatilité plus faible que leurs homologues non-éthiques. Cela peut être attribué à la perception positive du public investisseur sur les entreprises éthiques, qui invite plus d'investisseurs potentiels en leur fournissant les flux d'investissement stables. Cette étude encourage les gestionnaires de fonds et des investisseurs dans l'addition en continu des instruments de placement éthiques et à créer des portefeuilles liés aux initiatives de responsabilité sociale des entreprises. Les résultats peuvent également offrir plus de compréhension des caractéristiques des sociétés financières éthiques, et ouvrir des voies futures de recherche pour les universitaires et les chercheurs.

Keyphrases: philosophy, ethics, economics, ethical and non-ethical financial companies, returns and volatility, long-memory models, volatility asymmetry property, philosophy, ethics, economics, philosophie, éthique, économie, philosophie, éthique, économie, entreprises éthiques et non-éthiques, rendements financiers, volatilité, modèles à mémoire longue, asymétrie de la volatilité
L’agriculture biologique contribue-t-elle au bien-être ?

Through a case study of a producer association of organic fruit and vegetables in the Loire Valley Region of France (Loire Ocean Bio), this article proposes several approaches for understanding the potential links between organic farming and health and well-being. In the cases encountered by the authors, the classic utilitarian approach used by economists regarding health and well-being does not prove very useful in analyzing these links. Multidimensional measurements of the determinants of health and well-being, such as those proposed by Stiglitz report (Stiglitz, Sen and Fitoussi, 2009), prove to be better suited in this matter. Using their framework, this article highlights the finding that there appears to be a mutually reinforcing relationship between organic agriculture and health and well-being. That is to say, on certain points, organic agriculture helps to improve the quality of life in the region concerned, while at the same time the interests of health and well-being are of a central concern to organic producers. A travers l’étude de cas d’une association de producteurs de fruits et légumes biologiques en Pays de la Loire (Bio Loire Océan), cet article propose quelques pistes pour appréhender les liens potentiels entre agriculture biologique et bien-être. Dans les cas rencontrés par les auteurs, l’approche utilitariste des économistes du bien-être se révèle peu utile pour analyser ces liens. Les mesures multidimensionnelles des déterminants du bien-être, telles que celle proposée par le rapport Stiglitz (Stiglitz, Sen et Fitoussi, 2009), s’ avèrent plus opérationnelles en la matière. S’appuyant sur cette grille de lecture, l’article met en évidence le fait que ce lien est dual. S’il est possible de dire que, sur certains points, l’agriculture bio favorise la production de capabilités et la qualité de vie sur le territoire considéré, il apparaît également que la recherche de bien-être est au cœur du projet politique des producteurs rencontrés.

Keyphrases: philosophy, ethics, economics, measurements of health and well-being, organic farming, fair trade, case study, philosophy, ethics, economics, commerce équitable, philosophie, éthique, économie, philosophie, éthique, économie, bien-être, cahier des charges, agriculture biologique
Nonparametric estimation of the leverage effect: a trade-off between robustness and efficiency

We consider two new approaches to nonparametric estimation of the leverage effect. The first approach uses stock prices alone. The second approach uses the data on stock prices as well as a certain volatility instrument, such as the CBOE volatility index (VIX) or the Black-Scholes implied volatility. The theoretical justification for the instrument-based estimator relies on a certain invariance property, which can be exploited when high frequency data is available. The price-only estimator is more robust since it is valid under weaker assumptions. However, in the presence of a valid volatility instrument, the price-only estimator is inefficient as the instrument-based estimator has a faster rate of convergence. We consider two empirical applications, in which we study the relationship between the leverage effect and the debt-to-equity ratio, credit risk, and illiquidity.

Keyphrases: Derivatives, VIX, Implied volatility, High frequency data, Spot correlation
Should a non-rival public good always be provided centrally?

This paper discusses the problem of optimal design of a jurisdiction structure from the view point of a utilitarian social planner when individuals with identical utility functions for a non-rival public good and private consumption have private information about their contributive capacities. It shows that the superiority of a centralized provision of a non-rival public good over a federal one does not always hold. Specifically, when differences in individuals’ contributive capacities are large, it is better to provide the public good in several distinct jurisdictions rather than to pool these jurisdictions into a single one. In the specific situation where individuals have logarithmic utilities, the paper provides a complete characterization of the optimal jurisdiction structure in the two-type case.

Keyphrases: Federalism, Jurisdictions, Asymmetric information, Equalization, Second best, Public goods, City mergers
Individual and Collective Responsiveness to Climate Change: A Response to Dwyer

L’histoire de James Dwyer au sujet d’une Commission GAIA fictive met en évidence les préoccupations concernant la portée de la bioéthique, en particulier en ce qui concerne la répartition de la responsabilité au niveau international face aux impacts des changements climatiques sur la santé. Ce commentaire traite de l’impact potentiel d’un individu sur les émissions de gaz à effet de serre et l’importance des réponses institutionnelles afin d’avoir un impact significatif. James Dwyer’s story about a fictional GAIA Commission highlighted unresolved concerns about the scope of bioethics, specifically regarding the global distribution of, and responsibility for, the health impacts of climate change. This commentary discusses the potential impact of an individual on greenhouse gas emissions and the importance of engaging institutional responses in order to have meaningful impacts.

Keyphrases: changement climatique, responsabilité individuelle, responsabilité collective, climate change, individual responsibility, collective responsiveness
Engaging Ethical Issues Associated with Research and Public Health Interventions During Humanitarian Crises: Review of a Dialogic Workshop

Le 7 novembre 2014, l’atelier intitulé Humanitarian Health Ethics Workshop a été tenu à l’Université McGill, à Montréal. Hébergé conjointement par le Consortium de recherche sur l’équité en santé de Montréal et le Humanitarian Health Ethics Network, l’événement comprenait six présentations et une discussion extensive entre les participants, incluant des chercheurs du Canada, de Haïti, de l’Inde, de la Suisse et des États-Unis. Les participants étaient de diverses disciplines, soit l’anthropologie, la bioéthique, la médecine, l’ergothérapie, la philosophie, la physiothérapie, les sciences politiques, l’administration et la santé publique. L’objectif de l’atelier était de créer un forum de discussion entre experts et praticiens qui s’intéressent à l’éthique dans la prestation de soins de santé, en recherche et dans les interventions de santé publique en cours de crise humanitaire. Ce compte rendu résume les présentations, les thèmes clés qui ont émergé des discussions de la journée et identifie des pistes de recherches futures. On November 7th, 2014 the Humanitarian Health Ethics Workshop was held at McGill University, in Montreal. Co-hosted by the Montreal Health Equity Research Consortium and the Humanitarian Health Ethics Network, the event included six presentations and extensive discussion amongst participants, including researchers from Canada, Haiti, India, Switzerland and the US. Participants had training in disciplines including anthropology, bioethics, medicine, occupational therapy, philosophy, physical therapy, political science, public administration and public health. The objective of the workshop was to create a forum for discussion amongst scholars and practitioners interested in the ethics of healthcare delivery, research and public health interventions during humanitarian crises. This review is a summary of the presentations given, key themes that emerged during the day’s discussions, and avenues for future research that were identified.

Keyphrases: éthique, dialogue interdisciplinaire, aide humanitaire, santé, atelier, ethics, health, workshop, ethics, interdisciplinary dialog, humanitarian aid, health, workshop
Aimer hors chant : réinvention de l’amour et invention du “roman”

Cet article s’intéresse à la rupture du lien entre l’amour et le chant qui informait la poésie lyrique, en soulignant comment cette disjonction contribue simultanément à la reconfiguration de l’érotique des romanciers et à l’invention de la forme romanesque. Dès lors que la voix de l’amant-poète le cède à la voix narrative, la nouvelle forme « en roman » engage avec la musique un autre dialogue où l’amour change de forme et de sens. Les plus anciens textes traduits « en roman » ne sont pas seulement des témoins de ces transformations; ils expriment la tension qui existe entre les deux modes d’expression de l’amour qui se partagent alors la littérature vernaculaire : le chant et le récit. En devenant la voix désincarnée du conteur, voire du conte lui-même, le romancier prend le risque de la mimesis : c’est-à-dire celui de donner un corps aux voix du désir, de les soumettre aux rythmes du temps, et donc à la mort.

Keyphrases: Amour, Poésie, Moyen Âge, Langues vernaculaires, Troubadours, Littérature médiévale, Roman, Poésie lyrique, Chant
Arcanes de Montréal : la métropole dans les romans de Nelly Arcan

Montréal est au coeur de l’oeuvre romanesque de l’écrivaine québécoise Nelly Arcan. Non seulement la métropole fournit-elle le décor à l’intrigue des quatre romans de l’auteure, mais aussi elle s’émancipe progressivement de sa seule fonction de cadre pour constituer, d’un opus à l’autre, un topos à part entière du récit, inséparable du sort des personnages qui y jouent leur destin. Tour à tour sordide et branchée à travers les quartiers de prédilection fréquentés par la romancière, virtuelle et fantastique dans le passage remarqué de l’autofiction à la science-fiction, la ville désirante mise en scène par Nelly Arcan ne livre pas d’emblée tous ses secrets. C’est en interrogeant les arcanes de l’oeuvre, à la lumière de « Montréal interdite » d’Alain Médam et de « Paris insolite » de Jean-Paul Cléber, que la cybermétropole arcanienne révèle sa part insoupçonnée de mystère.

Keyphrases: Montréal, Ville, Poétique du lieu, Littérature québécoise, Arcan, Nelly, Québec
Pour une herméneutique du style

Au commencement était le style, et le style était monolithique, et le monolithe était style. Mais au commencement de quels commencements? L’Odyssée immémoriale d’Homère ou celle, postmémorielle, de Stanley Kubrick? L’odyssée qui nous fait traverser les eaux troubles du Léthé ou celle qui nous plonge dans la source solennelle du Styx? Le style descendant sur terre sous la forme d’un monolithe pour accélérer le développement de la parole chez les hommes singes ou celui, létal, remontant le fleuve héraclitéen afin de la ravir, tel le feu prométhéen, aux sages femmes? Premier postulat axiologique : la question du style est elle-même une question de style. Impossible de la soulever sans d’abord reconnaître qu’elle dépend de sa formulation dans l’avancement hasardeux d’une réponse. C’est pourtant ce à quoi je vais m’employer, avec ou sans style, dans les pages qui suivent. À défaut de répondre à la question « qu’est-ce que le style? » ou « qu’en est-il du style aujourd’hui? », je veux interroger le style comme opération herméneutique manœuvrant entre forme et sens. La question ainsi reformulée devient : que peut faire le style? [Introduction]

Keyphrases: Herméneutique, Style, Barthes, Roland, Littérature, Art