Épistémologie de la biologie synthétique et pluralisme du concept de « vivant »

Selon la théorie cellulaire, issue des travaux de M. J. Schleiden, T. Schwann et R. Virchow au 19e siècle, le plus petit niveau d’organisation comprenant toutes les caractéristiques nécessaires et essentielles au vivant serait la cellule. Cette affirmation est aujourd’hui remise en question par les scientifiques et philosophes, d’une part à la suite de l’analyse d’entités biologiques ambiguës aux frontières (inférieures et supérieures) de la « cellule vivante », et d’autre part de l’avènement des récents enjeux en lien avec la création et la recherche de nouvelles entités vivantes. Un pluralisme épistémologique du concept de « vivant » a ainsi émergé, duquel aucune définition claire et unanime n’est encore acceptée. L’objectif général de cette thèse est de trouver des pistes de solution au problème du pluralisme épistémologique du concept de « vivant » ainsi qu’aux enjeux pratiques reliés à ce concept en biologie. Pour ce faire, je propose l’idée que les enjeux pratiques peuvent contribuer à résoudre le pluralisme conceptuel du « vivant », en particulier que la biologie synthétique est à même de nous offrir une définition du vivant permettant de dépasser l’actuel pluralisme de ce concept. Plus spécifiquement, en ce qui a trait à la question du pluralisme, j’expose dans cette thèse un pluralisme « biologique » et « philosophique ». Du côté « biologique », je démontre la flexibilité d’application ainsi que le pluralisme du concept de « vivant » grâce à l’exposition de cas ambigus d’entités biologiques issues de divers niveaux hiérarchiques de complexité du vivant. Ce faisant, je défends une position symbiotique et holistique d’organisation du vivant (permettant d’inclure et d’articuler ces divers niveaux hiérarchiques). Du côté « philosophique », je démontre le pluralisme du concept de « vivant » à la suite d’une analyse que je qualifierai de disciplinaire, ontologique, linguistique et épistémologique. Ce faisant, je défends une position gradualiste et opérationnelle du concept de « vivant ». En ce qui concerne les enjeux pratiques, j’explore principalement la discipline de la biologie synthétique, qui s’est donné l’objectif de construire de nouvelles entités biologiques vivantes et ainsi le fort potentiel de contribuer au développement de nouvelles connaissances sur le vivant. Ce faisant, je prends ainsi la position que la biologie synthétique peut apporter des pistes de solution pragmatiques (par la construction d’entités vivantes fonctionnelles) au pluralisme épistémologique du concept de « vivant ». Finalement, après une analyse de théories de la connaissance associées à ces enjeux, de définitions stipulatives, ainsi que de concepts du vivant issus de la biologie synthétique, je développe mon propre modèle du « vivant» (que je qualifie de biosynthétique), qui se veut « pragmatique » (en accord avec la pratique des biologistes synthétiques), « progressiste » (s’adaptant à de futures découvertes dans le domaine), « holistique » (s’appliquant à l’ensemble des niveaux d’organisation du vivant) ainsi que « minimaliste et universelle» (correspondant aux caractéristiques essentielles de base retrouvées au sein de toutes les entités vivantes).  Cette thèse présentera ainsi « pourquoi » et « comment » la biologie synthétique peut répondre à la question de la définition du vivant. According to the cell theory, resulting from the works of M. J. Schleiden, T. Schwann and R. Virchow in the 19th century, the smallest level of organization including all the necessary and essential characteristics to the living would be the cell. This assertion is now challenged by scientists and philosophers, on the one hand following the analysis of ambiguous biological entities at the boundaries (lower and upper) of the "living cell", and on the other hand the advent of recent issues related to the creation and search for new living entities. An epistemological pluralism of the "living" concept has thus emerged, from which no clear and unanimous definition is yet accepted.  The general objective of this thesis is to find possible solutions to the problem of epistemological pluralism of the "living" concept and to the practical issues related to this concept in biology. To do this, I propose the idea that practical issues can contribute to solving the conceptual pluralism of the concept "living", in particular that synthetic biology is able to offer us a definition of the living allowing to overcome the current pluralism of this concept.  More specifically, regarding the question of pluralism, I expose in this thesis a "biological" and "philosophical" pluralism. On the "biological" side, I demonstrate the flexibility of application as well as the pluralism of the concept "living" following the description of ambiguous cases of biological entities coming from various hierarchical levels of complexity of life. In doing so, I defend a symbiotic and holistic view of organization of the living (allowing to include and articulate these various hierarchical levels). On the "philosophical" side, I demonstrate the pluralism of the "living" concept following an analysis that I will describe as disciplinary, ontological, linguistic and epistemological. In doing so, I defend a gradualist and operational position of the concept "living". Regarding practical issues, I am mainly exploring the discipline of synthetic biology, which has set itself the goal of building new living biological entities and thus the potential to contribute to the development of new knowledge about life. In doing so, I take the position that synthetic biology can provide pragmatic solutions (through the construction of functional living entities) to the pluralism of the concept "living".  Finally, after an analysis of the relevant theories of knowledge associated with these issues, of stipulative definitions, as well as of living concepts stemming from synthetic biology, I develop my own model of the "living" (that I call biosynthetic), which is "pragmatic" (in agreement with the practice of synthetic biologists), "progressive" (adapting to future discoveries in the field), "holistic" (applying to all levels of organization of the living) as well as "minimalist and universal" (corresponding essential characteristics found within all living entities).   This thesis will present “why” and “how” synthetic biology can provide an answer to the question “what is life ?”.

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