CELEX: 62007TJ0428
Clause compromissoire
Contrats conclus dans le cadre du programme spécifique de recherche, de développement technologique et de démonstration dans le domaine ‘Qualité de la vie et gestion des ressources du vivant (1998-2002)’
Projets Seahealth et Biopal
Notes de débit
Demandes en annulation
Requalification des recours
Recevabilité
Principe du contradictoire et droits de la défense
Récupération de l’intégralité des contributions financières versées par l’Union européenne
Irrégularités financières graves

Cadre contractuel et antécédents du litige
Le 24 décembre 2002, la Commission européenne a conclu, notamment avec la partie requérante, le Centre d’étude et de valorisation
des algues SA (CEVA), une société d’économie mixte locale française, en sa qualité de coordinateur d’un consortium, deux contrats
destinés à permettre le remboursement de coûts pour des projets de recherche et de développement technologique. Ces contrats
ont été conclus dans le cadre de la décision 1999/167/CE du Conseil, du 25 janvier 1999, arrêtant un programme spécifique
de recherche, de développement technologique et de démonstration dans le domaine « Qualité de la vie et gestion des ressources
du vivant (1998-2002) » (JO L 64, p. 1). L’un de ces contrats, dénommé Seahealth (contrat n° GLK1-CT-2002-02433, ci-après
le « contrat Seahealth »), porte sur un projet intitulé « Seaweed antioxydants as novel ingredients for better health and
food quality » (« Les antioxydants extraits d’algues comme nouveaux ingrédients pour une meilleure santé et une meilleure
qualité des aliments »). L’autre, dénommé BIOPAL (contrat n° QLK5-CT-2002-02431, ci-après le « contrat Biopal »), porte sur
un projet intitulé « Algae as raw material for production of bioplastics and biocomposites contributing to sustainable development
of european coastal regions » (« Les algues comme matière première pour la production de bioplastiques et de biocomposites
: une contribution au développement durable des régions côtières d'Europe »).
L’article 5, alinéa 1, de ces contrats prévoit que ces derniers sont régis par la loi belge. Ils renferment, par ailleurs,
une clause compromissoire au sens de l’article 238 CE. Ces contrats sont rédigés en langue anglaise.
Selon les indications fournies par le requérant, et qui ne sont pas contestées par la Commission, ces deux contrats ont été
dûment exécutés de 2003 à 2005.
Les coûts éligibles à un remboursement sont définis aux articles 22 à 24 des conditions générales communes aux deux contrats
figurant à l’annexe II de chacun desdits contrats (ci-après l’« annexe II »).
Pour ce qui est des coûts de personnel, l’article 23, paragraphe 1, sous a), stipule notamment :
« La totalité des heures de travail imputées au contrat doit être enregistrée pendant la durée du projet, voire, dans le cas
du coordonnateur, dans un délai maxim[al] de deux mois à compter de l’expiration de la durée du projet, et être certifiée
au moins une fois par mois par la personne en charge des travaux désignée par le contractant conformément à l’article 2, paragraphe
2, sous a), de la présente annexe ou par le responsable financier dûment habilité du contractant. »
En ce qui concerne la contribution financière de la Communauté, l’article 3, paragraphe 2, de l’annexe II prévoit que « [l]a
Commission peut, en cas de suspicion de fraude ou d’irrégularité financière grave de la part d’un contractant, suspendre les
versements et/ou enjoindre au coordonnateur de s’abstenir de tout versement à l’égard dudit contractant. Ce dernier demeure
lié par ses obligations contractuelles ».
Aux termes de l’article 3, paragraphe 4, de l’annexe II :
« Lorsque la contribution financière totale due par la Communauté, compte tenu des éventuels ajustements, y compris à la suite
d’un audit financier tel que visé à l’article 26 de la présente annexe, est inférieure au montant total des versements visés
au paragraphe 1, premier alinéa, du présent article, les contractants concernés remboursent la différence en euros dans le
délai imparti par la Commission dans sa demande adressée par lettre recommandée avec accusé de réception […] »
Par ailleurs, l’article 3, paragraphe 5, énonce ce qui suit :
« Après la date d’achèvement du contrat, la résiliation du contrat ou la fin de la participation d’un contractant, la Commission
peut réclamer ou réclame, selon le cas, au contractant, à la suite de fraudes ou d’irrégularités financières graves constatées
dans le cadre d’un audit, le remboursement de l’ensemble de la contribution communautaire qui lui a été versée. Des intérêts
à un taux supérieur de 2 % au taux appliqué par la Banque centrale européenne pour ses opérations principales de refinancement
au premier jour du mois durant lequel les fonds ont été reçus par le contractant concerné sont ajoutés au montant à rembourser.
Les intérêts portent sur la période écoulée entre la réception des fonds et leur remboursement. »
L’article 7, paragraphe 4, sous b), de l’annexe II prévoit, notamment, que la Commission met immédiatement fin au contrat
ou à la participation d’un contractant, lorsque ce dernier « a fait des déclarations fausses dont il peut être tenu pour responsable,
ou délibérément commis des omissions pour obtenir la contribution de la Communauté ou tout autre avantage prévu par le contrat ».
En cas de résiliation du contrat en application de cet article 7, paragraphe 4, sous b), l’article 7, paragraphe 6, sous c),
de l’annexe II stipule que « la Commission peut exiger le remboursement de toute ou partie de la contribution financière de
la Communauté. Des intérêts à un taux supérieur de 2 % au taux appliqué par la Banque centrale européenne pour ses opérations
principales de refinancement au premier jour du mois durant lequel les fonds ont été reçus par le contractant concerné sont
ajoutés au montant à rembourser. Les intérêts portent sur la période écoulée entre la réception des fonds et leur remboursement ».
S’agissant de l’audit financier du projet, l’article 26, paragraphe 3, de l’annexe II prévoit la procédure suivante :
« Sur la base des constatations opérées lors de l’audit financier, un rapport provisoire est établi. Il est communiqué par
la Commission au contractant concerné. Celui-ci dispose d’un délai maxim[al] d’un mois à dater de sa réception pour émettre
des observations.
Le rapport final est transmis au contractant concerné. Ce dernier peut communiquer ses observations à la Commission dans le
mois de sa réception. La Commission peut décider de ne pas tenir compte des observations communiquées après l’expiration de
ce délai.
La Commission prend, sur la base des conclusions de l’audit, toute mesure appropriée qu’elle considère comme nécessaire, y
compris l’émission d’un ordre de recouvrement de tout ou partie des versements effectués par elle. »
Au mois de mai 2006, un audit financier a été réalisé par des membres des services de la Commission auprès du CEVA, en application
de l’article 26 de l’annexe II (voir point 11 ci-dessus).
Par lettre du 1
er
août 2006, le CEVA a présenté ses observations sur le projet de rapport d’audit qui lui avait été communiqué en juin 2006
et dont les conclusions faisaient état d’irrégularités concernant les dépenses présentées par le CEVA.
Au mois d’octobre 2006, l’Office européen de lutte antifraude (OLAF) a effectué une enquête auprès du CEVA et saisi les originaux
de l’ensemble des contrats et des justificatifs, notamment les « feuilles de temps » relatives aux contrats en cause, ainsi
que les correspondances et notes échangées à l’occasion des missions. Par ailleurs, sur sollicitation de l’OLAF, une enquête
préliminaire sur « la gestion par le CEVA des financements publics nationaux et européens [...] obtenus ces dernières années »
a été ouverte par le parquet de Guingamp (France), ultérieurement dessaisi de l’affaire au profit de la juridiction interrégionale
spécialisée de Rennes (France).
Dans son rapport d’audit final adressé au CEVA par courrier du 14 décembre 2006, la Commission a maintenu ses constatations
relatives à de nombreuses et graves irrégularités dans les états de frais.
Il ressort de ce rapport que les auditeurs ont examiné, conformément aux dispositions de l’annexe II, les preuves relatives
aux montants des coûts déclarés, sur la base de tests. Ils ont souligné que leur contrôle ne visait pas à identifier des incidents
ou des fraudes.
Dans ce rapport final, les auditeurs ont conclu à l’inéligibilité des frais de personnel à un remboursement par l’Union européenne
au motif que les relevés de temps effectués par le CEVA n’étaient pas fiables et que le nombre des heures de travail déclarées
au titre des projets en cause était inexact.
Par ailleurs, dans la conclusion générale de ce rapport, les auditeurs ont déclaré que, à l’exception des corrections susvisées
relatives essentiellement aux coûts de personnel, les coûts déclarés à la Commission par le requérant correspondaient aux
montants inscrits dans les livres comptables de cette dernière et étaient justifiés par des documents et des paiements correspondants.
Procédant, sur la base de ces constatations, à un ajustement des coûts éligibles, les auditeurs ont indiqué que, sur un montant
total de coûts déclarés au titre des années 2003 et 2004 s’élevant à 465 409 euros en ce qui concerne le contrat Seahealth
et à 351 430 euros en ce qui concerne le contrat Biopal, le montant des coûts éligibles au titre du contrat Seahealth s’élevait,
après ajustement, à 110 971 euros, et celui des coûts éligibles au titre du contrat Biopal à 32 110 euros.
Par lettre du 22 janvier 2007, la Commission a résilié les deux contrats, en application de l’article 7, paragraphe 4, sous
b), de l’annexe II, lequel prévoit, notamment, que la Commission met immédiatement fin à un contrat lorsqu’un contractant
a fait des déclarations fausses dont il peut être tenu pour responsable, ou a délibérément commis des omissions pour obtenir
la contribution financière de la Communauté ou tout autre avantage prévu par le contrat. À l’appui de cette décision, la Commission
a invoqué la prétendue violation, par le requérant, de l’article 22 et de l’article 23, paragraphe 1, de l’annexe II, susmentionnés.
Elle s’est fondée sur les constatations relatives aux frais de personnel effectuées dans son rapport d’audit final et a relevé
que ces constatations avaient été confirmées lors de l’inspection de l’OLAF.
Par une lettre datée du même jour, la Commission, estimant que le requérant avait commis des irrégularités financières graves,
l’a, en se référant à l’article 3, paragraphes 2 et 4, de l’annexe II, informé de son intention d’exiger le remboursement
de toutes les sommes qui lui avaient été versées dans le cadre de l’application des deux contrats en cause. En outre, elle
a indiqué qu’elle n’effectuerait aucun versement supplémentaire au titre de ces contrats.
Par cette même lettre, la Commission a précisé qu’elle entendait récupérer un montant de 208 613 euros au titre du contrat
Biopal et un montant de 140 320 euros au titre du contrat Seahealth. Elle a invité le requérant à présenter ses observations
et à fournir des informations, étayées par des extraits bancaires, sur la part des avances qu’il avait reçues en sa qualité
de coordinateur et qu’il n’avait pas encore transférées aux autres cocontractants.
Par lettre du 1
er
mars 2007, le requérant a présenté ses observations et fourni les informations requises dans la lettre susvisée de la Commission.
Il a notamment fait valoir qu’il ne disposait plus des contrats, des « relevés de temps », de la correspondance et des notes
échangées à l’occasion des missions, saisis par l’OLAF.
À la suite à cette lettre, la Commission a réévalué le montant des sommes à rembourser. Par lettre du 20 mars 2007, elle a
informé le CEVA de son intention de demander le remboursement d’une somme dont le montant était fixé désormais à 205 745 euros
au titre du contrat Biopal et à 189 703 euros au titre du contrat Seahealth, et l’a à nouveau invité à présenter ses observations.
En annexe à cette lettre, elle lui a transmis une copie des contrats et du rapport d’audit.
Par lettre du 3 avril 2007, le requérant a licencié son directeur général, notamment, au motif de « très graves irrégularités de
gestion et de tenue des documents comptables ».
Par lettre du 25 mai 2007, le requérant a présenté ses observations. Il a d’abord fait valoir qu’il se trouvait dans l’impossibilité
d’assurer sa défense. En effet, dans le cadre de l’enquête préliminaire sur la gestion par le CEVA des financements publics
nationaux et communautaires qu’il avait obtenus ces dernières années, ouverte sur sollicitation de l’OLAF, le parquet de Rennes
avait confirmé qu’il entendait que les documents saisis par l’OLAF restent inaccessibles pendant toute la durée de l’enquête
et avait refusé de lui transmettre copie de ces documents. En conséquence, le requérant a demandé à la Commission de lui transmettre
copie « des pièces sur la base desquelles [elle avait] établi [son] diagnostic comme [de celles] du rapport de l’OLAF ». Ensuite,
le requérant a indiqué, dans cette même lettre, que, à la suite de l’audit de la Commission et de l’enquête de l’OLAF, il
avait mis en place un nouveau système de « relevé des temps », appliqué aux différents projets depuis le mois de février 2007,
avec reprise des temps à compter du 1
er
janvier 2007. Il aurait, par ailleurs, institué un nouveau modèle de chiffrage des coûts, lequel permettait de chiffrer à
nouveau les anciens projets. Le requérant proposait, dès lors, sur la base des documents en possession de la Commission, de
faire retraiter à ses frais les états des dépenses afférentes aux contrats en cause, par un prestataire de services indépendant
choisi d’un commun accord.
Par lettre du 21 août 2007, l’OLAF a refusé de communiquer au requérant les documents et conclusions de son enquête, au motif,
notamment, qu’ils concernaient une enquête en cours et qu’ils relevaient dès lors du régime des exceptions au droit d’accès
aux documents, prévu par le règlement (CE) n° 1049/2001 du Parlement européen et du Conseil, du 30 mai 2001, relatif à l’accès
du public aux documents du Parlement européen, du Conseil et de la Commission (JO L 145, p. 43).
Par lettre du 28 août 2007, la Commission a répondu à la lettre du requérant en date du 25 mai 2007, susmentionnée, que les
contrats et le rapport d’audit qui lui avaient été communiqués étaient suffisants pour que le requérant puisse assurer sa
défense. Elle a souligné que les constatations de l’OLAF confirmaient simplement les résultats de l’audit de la Commission.
Elle a relevé que le nouveau système de gestion du temps instauré par le requérant ne permettrait de recalculer le nombre
effectif d’heures consacrées au projet que sur la base de « feuilles de temps » signées par les membres du personnel et leurs
supérieurs hiérarchiques lors de l’exécution du projet. En conséquence, la Commission a fait part au requérant de sa décision
d’exiger, sur la base de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II, le remboursement de la totalité des montants qui lui avaient
été alloués au titre des contrats Seahealth et Biopal.
Par lettre du 9 octobre 2007, la Commission, tout en relevant que le requérant « [cherchait] de bonne foi à trouver une solution
raisonnable et équitable », a confirmé que, à la suite des graves irrégularités financières commises par le requérant dans
la gestion des projets considérés, elle avait l’obligation de recouvrer auprès de lui les sommes versées.
En conséquence, le CEVA a réglé la note de débit n° 3240908670, du 20 septembre 2007, portant sur le montant total de la somme
de 189 703 euros qui lui avait été versée au titre du contrat Seahealth, et la note de débit n° 3240909271, du 4 octobre 2007,
portant sur le montant total de la somme de 205 745 euros qui lui avait été versée au titre du contrat Biopal.

Procédure et conclusions des parties
Par requêtes déposées au greffe du Tribunal respectivement le 22 novembre et le 14 décembre 2007, le requérant a formé les
présents recours.
Le 16 juin 2008, dans le cadre des mesures d’organisation de la procédure prévues à l’article 64 du règlement de procédure
du Tribunal, une réunion s’est tenue devant le juge rapporteur, avec la participation des représentants des parties, en vue
de clarifier certains points entre ces dernières et de faciliter l’ouverture de discussions entre elles aux fins d’un éventuel
règlement à l’amiable des présents litiges. Les parties ont présenté leurs observations et il a été convenu que, dans un délai
d’un mois, la Commission indiquerait au Tribunal si elle était prête à reprendre contact avec le CEVA afin de rechercher un
accord à l’amiable. Par lettre du 10 juillet 2008, la Commission a informé le Tribunal qu’elle se trouvait dans l’impossibilité
d’entamer de telles discussions.
La procédure écrite a été close le 29 octobre 2008.
Par ordonnance du 27 novembre 2009, le président de la sixième chambre a ordonné, après avoir entendu les parties, la jonction
des affaires T-428/07 et T‑455/07, aux fins de la procédure orale et de l’arrêt.
Sur rapport du juge rapporteur, le Tribunal (sixième chambre) a ouvert la procédure orale. Dans le cadre des mesures d’organisation
de la procédure, il a demandé aux parties de répondre à certaines questions écrites. Les parties ont déféré à cette demande
et la Commission a produit certains documents.
Les parties ont été entendues en leurs plaidoiries et en leurs réponses aux questions orales du Tribunal lors de l’audience
qui s’est déroulée le 17 décembre 2009.
Le requérant conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        annuler les notes de débit n
os
3240908670 et 3240909271 ;
–        ordonner à la Commission de rembourser les sommes versées en application de ces notes de débit ;
–        à titre subsidiaire, annuler les notes de débit en ce qu’elles demandent le remboursement intégral des sommes qui lui ont
été versées dans le cadre des contrats Biopal et Seahealth, et ordonner à la Commission de rembourser les sommes versées en
application de ces notes de débit ;
–        à titre encore plus subsidiaire, désigner un expert.
La Commission conclut à ce qu’il plaise au Tribunal :
–        déclarer les recours en annulation irrecevables ;
–        à titre subsidiaire, rejeter les demandes tendant à réduire les montants des notes de débit ou à désigner un expert ;
–        à titre infiniment subsidiaire, surseoir à statuer en attendant que la procédure pénale en cours en France permette au CEVA
de prendre connaissance des documents qu’il estime nécessaires à la défense de ses intérêts ;
–        condamner le requérant aux dépens.

Sur la recevabilité

Arguments des parties
Sans soulever d’exception d’irrecevabilité formelle, la Commission soutient, à titre principal, que les présents recours,
tendant à l’annulation des notes de débit susvisées, sont irrecevables.
La Commission estime que les présents recours ne peuvent pas être requalifiés par le Tribunal.
Elle fait valoir que le Tribunal ne peut que de manière exceptionnelle requalifier un recours présenté comme un recours en
annulation en recours en responsabilité contractuelle lorsque la violation de la loi applicable au contrat est invoquée dans
la requête. La seule invocation de clauses précises du contrat ne permettrait pas une telle requalification.
Elle rappelle, à cet égard, que, dans l’ordonnance du Tribunal du 26 février 2007, Evropaïki Dynamiki/Commission (T‑205/05,
non publiée au Recueil, point 57), le Tribunal a jugé qu’il « ne saurait procéder à une telle requalification, dès lors que,
contrairement à ce que prévoit l’article 44, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure, la requérante n’expose, pas
même de manière sommaire, aucun moyen, argument ou grief tiré de la violation du droit luxembourgeois [applicable en l’espèce]
ou de stipulations précises du contrat ».
À cet égard, la Commission soutient qu’un moyen est nécessairement une prétention fondée sur la violation de la loi. Elle
en déduit que ce n’est qu’à titre surabondant, et au regard des seuls faits de l’espèce, que le Tribunal a relevé, dans l’ordonnance
Evropaïki Dynamiki/Commission, précitée, que la requérante n’avait invoqué aucune violation des stipulations du contrat. Cette
interprétation serait confirmée par l’ordonnance du Tribunal du 2 avril 2008, Maison de l’Europe Avignon Méditerranée/Commission
(T‑100/03, non publiée au Recueil).
Toute autre solution porterait d’ailleurs atteinte aux droits de la défense et au principe du contradictoire. En conséquence,
les présents recours ne pourraient pas être requalifiés en recours en responsabilité contractuelle, dans la mesure où, contrairement
à l’article 44, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure, les requêtes du CEVA n’exposent aucun moyen tiré de la violation
du droit belge, seul applicable au contrat.
Le requérant conteste cette argumentation. Dans son mémoire en réplique, il fait valoir que, lorsque le Tribunal est saisi
d’un recours en annulation ou d’un recours en indemnité, alors que le litige est de nature contractuelle, il requalifie ledit
recours.

Appréciation du Tribunal
À titre liminaire, il y a lieu de rappeler que c’est à la partie requérante qu’il appartient de faire le choix du fondement
juridique de son recours et non au juge de l’Union de choisir lui-même la base légale la plus appropriée (voir, en ce sens,
ordonnances du Tribunal Evropaïki Dynamiki/Commission, précitée, point 38, et du 6 octobre 2008, Austrian Relief Program/Commission,
T‑235/06, Rec. p. II‑207, point 32).
En l’espèce, bien que les requêtes ne se fondent pas expressément sur les dispositions régissant le recours en annulation,
il ressort de leur examen que les recours tendent à l’annulation des notes de débit du 20 septembre et du 4 octobre 2007,
relatives respectivement aux contrats Seahealth et Biopal (ci-après les « notes de débit »), et se fondent ainsi implicitement
sur les dispositions y afférentes.
En outre, dans le cadre de ces recours en annulation, le requérant a également présenté des demandes d’injonction. En effet,
dans ses conclusions, le requérant demande, en premier lieu, l’annulation des notes de débit susmentionnées. En second lieu,
il conclut à ce que le Tribunal ordonne à la Commission de lui rembourser le montant de ces notes de débit, qu’il a entre-temps
réglées.
S’agissant de ces seconds chefs de conclusions, il y a lieu de relever que, en l’occurrence, ils ne peuvent pas être interprétés
indépendamment des demandes en annulation des notes de débit, comme des demandes en paiement autonomes dérivant des contrats
et implicitement fondées sur l’article 238 CE, lesquelles auraient été présentées parallèlement aux demandes en annulation.
En effet, et bien que l’argumentation avancée par le requérant dans les requêtes soit fondée notamment sur les clauses des
contrats en cause, les requêtes sont intitulées « requêtes en annulation ». En outre, le requérant ne fait pas valoir que
ces requêtes contiendraient des demandes de paiement. En particulier, dans les répliques, il ne conteste pas que les recours
sont formulés de manière inadéquate. Il soutient en revanche qu’ils doivent être requalifiés.
Il s’ensuit que le requérant a fondé les présents recours uniquement sur l’article 230 CE.
En vertu de l’article 230 CE, les juridictions communautaires contrôlent la légalité des actes adoptés par les institutions
destinés à produire des effets juridiques obligatoires à l’égard des tiers, en modifiant de façon caractérisée leur situation
juridique (ordonnances du Tribunal du 10 avril 2008, Imelios/Commission, T‑97/07, non publiée au Recueil, point 21, et Austrian
Relief Program/Commission, précitée, point 34).
Selon une jurisprudence constante, les actes adoptés par les institutions qui s’inscrivent dans un cadre purement contractuel,
dont ils sont indissociables, ne figurent pas, en raison de leur nature même, au nombre des actes visés à l’article 249 CE,
dont l’annulation peut être demandée en vertu de l’article 230 CE (ordonnances du Tribunal du 10 mai 2004, Musée Grévin/Commission,
T‑314/03 et T‑378/03, Rec. p. II‑1421, point 64, et Austrian Relief Program/Commission, précitée, point 35).
En l’espèce, il suffit de constater que les notes de débit s’inscrivent dans le cadre des contrats Seahealth et Biopal, dont
elles sont indissociables. En effet, par ces notes de débit, la Commission poursuit le remboursement de la contribution versée
au requérant au titre de ces contrats, en se fondant sur les clauses contractuelles stipulées notamment à l’article 3 de l’annexe
II.
Il en résulte que, par leur nature même, ces notes de débit ne constituent pas des décisions administratives relevant des
actes visés à l’article 249 CE, dont l’annulation peut être demandée à la juridiction communautaire en vertu de l’article
230 CE.
En conséquence, les présents recours ne sauraient être déclarés recevables pour autant qu’ils tendent à l’annulation des notes
de débit en vertu de l’article 230 CE.
Quant aux demandes d’injonction susvisées, elles sont également irrecevables en ce qu’elles ont été introduites sur le fondement
de l’article 230 CE (voir points 49 et 50 ci-dessus), dans la mesure où, conformément à une jurisprudence constante, il n’appartient
pas au juge communautaire d’adresser, dans le cadre du contrôle de la légalité qu’il exerce, des injonctions aux institutions
ou de se substituer à ces dernières, mais il incombe à l’administration concernée de prendre les mesures que comporte l’exécution
d’un arrêt rendu dans le cadre d’un recours en annulation (arrêt du Tribunal du 27 janvier 1998, Ladbroke Racing/Commission,
T‑67/94, Rec. p. II‑1, point 200, et jurisprudence citée).
Toutefois, selon une jurisprudence bien établie, lorsqu’il est saisi d’un recours en annulation ou d’un recours en indemnité,
alors que le litige est, en réalité, de nature contractuelle, le Tribunal requalifie le recours, si les conditions d’une telle
requalification sont réunies (arrêt du Tribunal du 19 septembre 2001, Lecureur/Commission, T‑26/00, Rec. p. II‑2623, point
38 ; ordonnances du Tribunal Musée Grévin/Commission, précitée, point 88, et du 9 juin 2005, Helm Düngemittel/Commission,
T‑265/03, Rec. p. II‑2009, point 54 ).
À cet égard, contrairement aux allégations de la Commission, il ne découle pas de la jurisprudence qu’une telle requalification
soit subordonnée à la condition que la loi applicable au contrat soit invoquée dans la requête. Au contraire, il ressort en
particulier des points 38 à 40 de l’arrêt Lecureur/Commission, précité, que le Tribunal a accepté de requalifier un recours,
fondé sur l’article 230 CE, au soutien duquel le requérant invoquait uniquement la violation par la Commission de ses obligations
contractuelles.
En outre, l’examen de la jurisprudence montre que, en présence d’un litige de nature contractuelle, le Tribunal s’estime dans
l’impossibilité de requalifier un recours en annulation soit lorsque la volonté expresse de la requérante de ne pas fonder
sa demande sur l’article 238 CE s’oppose à une telle requalification (voir, en ce sens, ordonnances Musée Grévin/Commission,
précitée, point 88, et Maison de l’Europe Avignon Méditerranée/Commission, précitée, point 54), soit lorsque le recours ne
s’appuie sur aucun moyen tiré de la violation des règles régissant la relation contractuelle en cause, qu’il s’agisse des
clauses contractuelles ou des dispositions de la loi nationale désignée dans le contrat (voir, en ce sens, ordonnances Evropaïki
Dynamiki/Commission, précitée, point 57, et Imelios/Commission, précitée, point 33).
La lecture restrictive de l’ordonnance Evropaïki Dynamiki/Commission, précitée, effectuée par la Commission s’appuie sur une
conception erronée de la notion de moyen, au sens notamment de l’article 44, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure.
À cet égard, la définition de la Commission, selon laquelle, dans le cadre d’un recours en responsabilité contractuelle, un
moyen ne peut être fondé que sur la violation de la loi nationale régissant les contrats, ne saurait être admise. En effet,
les clauses contractuelles participent, avec la loi nationale applicable et sous son égide, des règles régissant la relation
contractuelle. D’ailleurs, l’interprétation d’un contrat au regard des dispositions du droit national applicable ne se justifie
qu’en cas de doute sur le contenu d’un contrat ou la signification de certaines de ses clauses (arrêt du Tribunal 19 novembre
2008, Commission/Premium, T‑316/06, non publié au Recueil, point 53). En conséquence, la notion de moyen couvrant tout argument
juridique ou factuel susceptible de conduire le juge, s’il l’estime fondé, à faire droit aux conclusions de la partie qui
l’invoque, il est indéniable que, à l’instar de l’invocation de la loi nationale applicable, l’invocation de clauses contractuelles
constitue un moyen caractéristique d’un recours fondé sur l’article 238 CE.
Or, il suffit que l’un des moyens caractéristiques d’un recours fondé sur l’article 238 CE soit invoqué dans la requête conformément
aux dispositions de l’article 44, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure pour que ledit recours puisse être requalifié,
sans qu’il soit porté atteinte aux droits de la défense de l’institution défenderesse. Dans ce contexte, si, comme le reconnaît
la Commission, l’on admet qu’un recours en annulation peut être requalifié en recours fondé sur l’article 238 CE, lorsque
le requérant invoque des moyens tirés de la violation de la loi nationale régissant le contrat, rien n’autorise à ne pas reconnaître
la même portée juridique, aux fins d’une éventuelle requalification, aux moyens tirés de la violation d’obligations contractuelles.
L’ordonnance Maison de l’Europe Avignon Méditerranée/Commission, précitée, invoquée par la Commission, ne permet pas d’infirmer
cette analyse. Il est vrai que, au point 23 de cette ordonnance, le Tribunal a relevé que le requérant n’avait exposé « aucun
moyen, argument ou grief tiré de la violation du droit belge, lequel [était] le seul applicable à la convention en cause en
vertu de la clause compromissoire prévue par ladite convention ». Il a ainsi omis de faire état également de l’absence de
moyens tirés de la violation d’une clause du contrat. Toutefois, il ne ressort pas de cette ordonnance que de tels moyens
avaient été invoqués. De plus, le motif susmentionné ne constitue pas le seul motif ayant justifié le refus de requalifier
le recours. En effet, le Tribunal s’est également fondé, dans cette ordonnance, sur la circonstance essentielle que le requérant
avait indiqué, de manière explicite, que son recours était fondé sur l’article 230 CE.
En l’espèce, force est de constater que, ainsi que le fait valoir le requérant, dans les mémoires en réplique, à l’appui de
la requalification des recours, les requêtes se fondent expressément sur des clauses des contrats en cause, à savoir l’article
26 et l’article 3, paragraphes 4 et 5, de l’annexe II. Le requérant conteste en particulier l’interprétation et l’application
par la Commission de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II, permettant un remboursement intégral des sommes versées, sur
lequel se fondent les notes de débit, alors même que les irrégularités constatées feraient ressortir un écart relativement
faible entre les états des dépenses présentés à la Commission et les dépenses éligibles. Il reproche à la Commission de ne
pas s’être fondée sur l’article 3, paragraphe 4, de l’annexe II, habilitant cette institution à exiger le remboursement de
la différence constatée à la suite d’un audit financier. Conformément aux dispositions de l’article 44, paragraphe 1, sous
c), du règlement de procédure, les requêtes contiennent ainsi un exposé clair et compréhensible du moyen tiré de l’irrégularité,
au regard des clauses contractuelles, de la récupération de l’intégralité de la contribution financière versée au titre des
contrats en cause.
Il s’ensuit que les présents recours peuvent être requalifiés en demandes fondées sur l’article 238 CE, dans la mesure où
ils s’appuient en particulier sur la violation de clauses contractuelles. Ces recours sont dès lors recevables.

Sur le fond
Le requérant invoque, à titre principal, la violation du principe du contradictoire et des droits de la défense et, à titre
subsidiaire, l’irrégularité de la récupération de l’intégralité des sommes allouées.
La Commission, pour sa part, soutient à titre liminaire que, si les présents recours sont requalifiés en demandes en paiement,
ils sont en tout état de cause non fondés, en raison de la nature préparatoire des notes de débit.
La Commission fait valoir que les notes de débit présentent un caractère purement préparatoire et informatif en vue d’une
éventuelle décision de la Commission de poursuivre la procédure de recouvrement sur la base de l’article 256 CE. Quelle que
soit la nature des présents recours, de telles notes de débit ne constitueraient donc pas des actes susceptibles de recours.
La Commission en déduit que, si les présents recours sont requalifiés en recours en responsabilité contractuelle, ils doivent
être rejetés comme non fondés, au motif que l’édiction des notes de débit en cause ne peut pas constituer une faute et être
à l’origine du préjudice prétendument subi par le CEVA du fait du remboursement des sommes réclamées par la Commission.
À cet égard, en premier lieu, il suffit de rappeler que, en matière contractuelle, la Commission est soumise aux principes
régissant les contrats (voir conclusions de l’avocat général M
me
Kokott sous l’arrêt de la Cour du 17 mars 2005, Commission/AMI Semiconductor Belgium e.a., C‑294/02, Rec. p. I‑2175, I‑2178,
point 170). En principe, elle ne dispose pas, dans ce cadre, du droit d’adopter des actes unilatéraux (voir, en ce sens, ordonnance
Musée Grévin/Commission, précitée, point 85). En conséquence, il ne lui appartient pas d’adresser d’acte de nature décisionnelle
au contractant concerné, aux fins de l’exécution par ce dernier de ses obligations contractuelles de nature financière, mais
il lui incombe, le cas échéant, de saisir le juge compétent d’une demande en paiement.
Dans ce contexte juridique, et dans la mesure où les présents recours sont requalifiés comme visant au paiement du montant
des sommes remboursées par le requérant à la suite des notes de débit qui lui ont été adressées, ces actions en paiement doivent
être examinées au regard des clauses contractuelles invoquées par les parties. Dans le cadre de telles actions en responsabilité
contractuelle, l’argument de la Commission fondé sur la nature juridique des notes de débit est, dès lors, dénué de toute
pertinence. En effet, saisi des présentes demandes en paiement au titre de l’article 238 CE, le Tribunal est uniquement appelé
à déterminer si, au regard des clauses des contrats, la Commission est habilitée à récupérer l’intégralité du montant des
contributions financières versées au requérant.
Dans le cadre de cet examen, la circonstance que le requérant a remboursé les montants demandés par la Commission au moyen
des notes de débit, bien que ces dernières ne constituent pas des décisions faisant grief (voir points 52 à 54 ci-dessus),
est sans incidence. En effet, le règlement des notes de débit par le requérant, malgré leur absence de caractère décisionnel,
ne saurait être considéré comme une renonciation à son droit éventuel au paiement des sommes considérées. Or, seule une renonciation
du requérant à ce droit ou la prescription de ce droit, lesquelles n’ont d’ailleurs pas été alléguées par la Commission, pourraient
faire échec à ses demandes en paiement, si celles-ci sont justifiées par les clauses des contrats (voir, par analogie, arrêt
de la Cour du 11 février 1993, Cebag/Commission, C‑142/91, Rec. p. I‑553, point 18).
En second lieu, les présents recours en paiement ne sauraient en aucun cas être interprétés, ainsi que le suggère l’argumentation
liminaire de la Commission, comme des demandes en indemnisation du préjudice qu’aurait subi le requérant du fait de l’envoi
par la Commission des notes de débit, en violation de ses obligations contractuelles. En effet, ces recours tendent uniquement
à ce que le Tribunal condamne la Commission à verser au requérant les sommes mentionnées dans les notes de débit, dont cette
dernière estime qu’elles lui sont dues en exécution des contrats. Dans le cadre de ces recours, le Tribunal n’est dès lors
pas appelé à contrôler la légalité des notes de débit. En conséquence, il y a lieu de constater le caractère inopérant de
l’argument de la Commission fondé sur l’idée que l’édiction des notes de débit ne peut pas constituer une faute dans l’exécution
du contrat.
Il s’ensuit que l’argumentation liminaire de la Commission doit être rejetée.

Sur le moyen tiré de la violation du principe du contradictoire et des droits de la défense
Arguments des parties
Le requérant invoque la violation du principe du contradictoire et des droits de la défense. Il se fonde sur l’article 41
de la charte des droits fondamentaux de l’Union européenne, proclamée le 7 décembre 2000 à Nice (JO C 364, p. 1), relatif
au droit à une bonne administration, lequel comporte notamment le droit de toute personne d’être entendue avant qu’une mesure
individuelle qui l’affecterait défavorablement ne soit prise à son égard ainsi que son droit d’accès au dossier qui la concerne,
sur l’article 42 de cette charte, relatif au droit d’accès aux documents, et sur l’article 48 de ladite charte consacrant
la présomption d’innocence et les droits de la défense.
Le requérant reproche en substance à la Commission de s’être fondée, d’une part, sur les conclusions de l’enquête de l’OLAF
et, d’autre part, sur les « feuilles de temps » afférentes aux deux contrats en cause. Or, il n’aurait jamais eu connaissance
des conclusions de l’OLAF et les « feuilles de temps » auraient été saisies avant l’établissement du rapport d’audit final.
Le requérant n’aurait dès lors pas été valablement entendu avant la décision de la Commission de demander le remboursement
de l’intégralité des contributions financières versées au titre de ces contrats.
La Commission aurait méconnu le principe de bonne administration lors de la réalisation de l’audit financier, dans la mesure
où le rapport d’audit se réfère non seulement aux « feuilles de temps », mais également aux conclusions de l’enquête de l’OLAF.
En outre, elle aurait violé le principe du contradictoire, en s’abstenant de communiquer au CEVA les « feuilles de temps »
ainsi que les conclusions de l’OLAF.
Dans ses mémoires en réplique, le requérant fait état du comportement selon elle partial et inéquitable de la Commission,
dans le cadre d’autres contrats qu’elle a conclus avec cette institution.
La Commission conteste cette argumentation. Elle soutient que le principe du contradictoire a été respecté, dans la mesure
où le requérant connaissait l’ensemble des documents, dont il était l’auteur, sur lesquels la Commission s’est fondée pour
établir les notes de débit, à la lumière du rapport d’audit. De plus, le requérant aurait licencié son directeur général pour
faute grave, en faisant siennes les conclusions de la Commission sur les irrégularités qu’il avait commises dans la gestion
des « feuilles de temps ». Il serait dès lors incohérent de contester ces conclusions.
Par ailleurs, la Commission ne se serait pas fondée sur les conclusions du rapport de l’OLAF pour exiger le remboursement
des sommes versées.
Appréciation du Tribunal
L’article 26, paragraphe 3, de l’annexe II confère au contractant concerné le droit de présenter ses observations sur le rapport
d’audit provisoire et le rapport d’audit final.
En l’espèce, il convient en premier lieu d’examiner le grief selon lequel la Commission aurait méconnu le droit du requérant
d’être entendu lors de la procédure d’audit, dans la mesure où le requérant n’avait pas accès au rapport de l’OLAF.
À cet égard, il suffit de constater que ni le rapport d’audit ni la décision de la Commission de demander le remboursement
des contributions financières versées au titre des contrats en cause ne s’appuient sur les conclusions de l’OLAF.
Il ressort explicitement du rapport d’audit final, sur lequel la Commission s’est fondée, que les auditeurs ont distingué
le contrôle financier qu’ils ont effectué conformément aux dispositions contractuelles, du contrôle effectué par l’OLAF. Il
apparaît ainsi clairement que ce rapport ne prend pas les conclusions de l’OLAF en considération. En effet, il y est expressément
indiqué qu’il a pour objet d’examiner les preuves relatives aux coûts déclarés, qu’il ne vise pas à détecter des « incidences »
ou des fraudes et qu’il est établi sous réserve de toute constatation supplémentaire effectuée par les services de l’OLAF.
En outre, il ressort notamment de la lettre du 28 août 2007 adressée par la Commission au requérant que cette institution
s’est uniquement fondée sur les constatations effectuées dans le rapport d’audit final. S’agissant des conclusions de l’OLAF,
la Commission s’est limitée à indiquer, dans cette correspondance, que les conclusions de l’OLAF confirmaient les déclarations
effectuées par les auditeurs.
Il en résulte que, en l’espèce, l’invocation du rapport de l’OLAF n’est pas pertinente, car la récupération de l’intégralité
de la contribution financière versée, contestée par le requérant, ne se fondait pas sur ce rapport, ni sur l’ouverture consécutive
d’une enquête pénale à l’égard du requérant.
Dans ces conditions, la circonstance que le requérant n’a pas eu accès au rapport de l’OLAF n’est pas susceptible de porter
atteinte au principe du contradictoire et à son droit d’être entendu lors de la procédure d’audit. Quant à l’argument relatif
à la présomption d’innocence, il n’est pas étayé et doit être également rejeté comme non fondé.
En second lieu, s’agissant du grief tiré de ce que le requérant ne disposait plus des « feuilles de temps », lorsqu’il a présenté
ses observations sur le rapport d’audit final, il convient de relever que, contrairement aux allégations de la Commission,
la circonstance que le requérant soit l’auteur des « feuilles de temps » ne permet pas de présumer qu’il a été valablement
entendu, alors même qu’il n’avait plus accès à ces documents à la suite de leur saisie par l’OLAF. Par ailleurs, la circonstance
que le requérant a admis l’existence d’irrégularités, tandis qu’il n’avait plus accès aux « feuilles de temps », ne saurait
en aucun cas impliquer qu’il a été en mesure de défendre sa position et qu’il a reconnu l’ensemble des irrégularités qui lui
étaient reprochées ainsi que leur gravité.
En l’occurrence, bien que la Commission ne le fasse pas valoir, il est à noter que le requérant disposait encore des « feuilles
de temps » lorsqu’il a présenté ses observations sur le rapport d’audit provisoire. En revanche, il ne disposait plus de ces
« feuilles de temps » lorsqu’il a présenté ses observations sur le rapport d’audit final.
Dans ces conditions, même si le requérant ne conteste pas que la Commission a confirmé les conclusions du rapport d’audit
provisoire dans le rapport d’audit final, il n’en demeure pas moins qu’il n’a pas pu exercer valablement son droit d’être
entendu sur le rapport d’audit final, conformément à l’article 26, paragraphe 3, de l’annexe II. Il n’a pas non plus été en
mesure de se prononcer ultérieurement en pleine connaissance de cause sur l’existence et la gravité des irrégularités financières
constatées, à la suite des lettres de la Commission du 22 janvier 2007 et du 20 mars 2007, susmentionnées, l’informant de
l’intention de cette institution de demander le remboursement de l’intégralité des contributions financières qui lui avaient
été versées au titre des deux contrats en cause
.
À cet égard, la circonstance que les pièces justificatives détenues par le contractant concerné, en l’occurrence les « feuilles
de temps », aient été saisies par l’OLAF et qu’elles relèvent, de ce fait, selon la Commission, des exceptions au droit d’accès
aux documents prévues par le règlement n° 1049/2001 ne saurait justifier de vider de sa substance le droit de ce contractant
d’être entendu en vertu de l’article 26, paragraphe 3, de l’annexe II, lors de la procédure d’audit.
Cependant, en ce qui concerne les conséquences juridiques de la méconnaissance, en l’espèce, du droit du requérant d’être
entendu au titre de l’article 26, paragraphe 3, de l’annexe II, il importe de souligner que, dans le cadre des présents recours
en responsabilité contractuelle, une telle irrégularité n’est pas à elle seule de nature à fonder une éventuelle condamnation
de la Commission à verser au requérant les sommes qu’il réclame. En effet, dans le cadre des présents recours fondés sur l’article
238 CE, la responsabilité contractuelle de la Commission doit être appréciée au regard de l’ensemble des clauses pertinentes
des contrats en cause, invoquées par les parties, et sur la base de l’ensemble des éléments disponibles devant le Tribunal,
dans le respect du principe du contradictoire et des droits de la défense.
Par ailleurs, la violation du droit du requérant d’être entendu au titre de l’article 26, paragraphe 3, de l’annexe II, susmentionnée,
pourrait le cas échéant être prise en considération dans le cadre de l’examen d’une demande en indemnisation – sous forme
notamment d’une demande d’intérêts compensatoires – de l’éventuel préjudice occasionné par cette irrégularité, si le droit
national applicable prévoit la possibilité d’une telle indemnisation en cas de violation des obligations contractuelles.
Toutefois, en l’espèce, le requérant ne demande pas à être indemnisé d’un éventuel préjudice qui résulterait de la violation
de son droit d’être entendue au titre de l’article 26, paragraphe 3, de l’annexe II. En effet, les présents recours tendent
uniquement à la condamnation de la Commission à rembourser au requérant les sommes que celui-ci aurait indûment reversées
à cette institution après avoir reçu les notes de débit susmentionnées.
Quant aux arguments du requérant relatifs au comportement allégué de la Commission dans le cadre d’autres contrats, ils doivent
en tout état de cause être rejetés dans la mesure où ils n’ont aucun rapport avec l’objet des présents litiges.
Il s’ensuit que, dans les circonstances du présent litige, le moyen tiré de la violation du principe du contradictoire et
des droits de la défense du requérant est inopérant.
En l’occurrence, c’est au vu de l’ensemble des éléments qui lui ont été soumis et sur lesquels les parties ont été en mesure
de présenter leurs observations soit dans leurs mémoires, soit dans leurs réponses écrites aux questions du Tribunal, soit
lors de l’audience, qu’il appartient au Tribunal d’examiner les demandes en paiement du requérant.
À cet égard, il ressort des réponses écrites des parties aux questions écrites posées par le Tribunal, avant l’audience, que
le requérant, à la suite de sa mise en examen, et la Commission, en tant que partie civile, avaient désormais accès à l’ensemble
des pièces de la procédure pénale en France, lesquelles comprenaient notamment les documents du requérant, dont les « feuilles
de temps » relatives aux projets Seahealth et Biopal, qui avaient été saisis par l’OLAF.
Dans ce contexte, le requérant ayant pu accéder à l’ensemble des documents qu’il estimait nécessaires à sa défense, la demande
infiniment subsidiaire de la Commission tendant à la suspension de la procédure a été privée d’objet. Il n’y a donc pas lieu
de statuer sur cette demande.
Il convient dès lors d’examiner, ci-après, le moyen tiré de l’irrégularité de la récupération de l’intégralité des sommes
litigieuses, au vu de l’ensemble des éléments actuellement disponibles auxquels le requérant a eu accès et sur lesquels il
a été en mesure de faire valoir son point de vue dans ses réponses aux questions écrites du Tribunal et lors de l’audience.

Sur le moyen tiré de l’irrégularité de la récupération de l’intégralité des sommes allouées à le requérant au titre des contrats
Seahealth et Biopal
Arguments des parties
Le requérant rappelle que l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II stipule que ce n’est qu’en cas de fraude ou d’irrégularités
financières graves constatées dans le cadre d’un audit que la Commission peut demander le remboursement intégral de la contribution
communautaire versée à son cocontractant.
En l’espèce, le requérant reconnaît l’existence de « lacunes flagrantes d’enregistrement des heures » durant la période correspondant
à l’exécution des contrats en cause. Il ne conteste pas les incohérences et le manque de transparence du système des « feuilles
de temps », relevés lors de l’audit de la Commission. Toutefois, ces erreurs ou ces fautes ne permettraient pas de remettre
en cause la réalité et la qualité du travail réalisé par le requérant, qui ne seraient pas contestées par la Commission. En
outre, elles ne seraient pas suffisamment graves pour justifier l’application de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II.
Le requérant suggère d’appliquer rétroactivement aux contrats en cause son nouveau système de contrôle de gestion permettant
un suivi rigoureux des heures et des coûts, mis en place en 2007 et fondé, d’une part, sur les coûts et les heures imputables
directement au projet considéré et, d’autre part, sur ceux partagés entre les projets. Selon les nouveaux chiffrages réalisés
suivant cette méthode, l’écart entre le nombre d’heures effectivement imputables à chacun des projets et le nombre d’heures
déclarées dans les états des dépenses relatifs aux deux contrats en cause qui avaient été transmis à la Commission ne dépasserait
pas 1,9 % en ce qui concerne le contrat Seahealth et 5,35 % en ce qui concerne le contrat Biopal. Le requérant explique que,
les contrats ayant été exécutés en 2003, 2004 et 2005, les paramètres de chiffrage de chaque année ont été reconstitués à
partir des comptes de résultats réels en fin d’exercice et des bulletins de salaire durant ces périodes.
Dans ses réponses aux questions écrites du Tribunal, le requérant fait valoir qu’il ressort des « feuilles de temps » récapitulatives
établies, projet par projet, par la brigade financière de la police judiciaire de Rennes que l’écart entre les « feuilles
de temps » et les états des dépenses n’était que de 6 % en ce qui concerne les projets Seahealth et Biopal.
Les écarts réduits ainsi mis en évidence confirmeraient que les erreurs contenues dans les « feuilles de temps » n’étaient
pas suffisamment graves pour justifier l’application de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II. La demande de remboursement
de la totalité des sommes versées serait dès lors disproportionnée.
À titre infiniment subsidiaire, le requérant invite le Tribunal à désigner un expert afin de contrôler le calcul des temps
qu’elle a effectué en appliquant son nouveau système de contrôle de gestion aux contrats en cause (voir point 101 ci-dessus).
Lors de l’audience, le requérant a précisé qu’un expert scientifique serait à même d’effectuer un chiffrage des temps de travail
nécessaires, compte tenu des travaux scientifiques demandés et des moyens à mettre en œuvre au titre des deux contrats en
cause.
La Commission soutient en premier lieu que le requérant n’allègue pas qu’il ait violé, d’une quelconque façon, ses obligations
contractuelles ou une disposition du droit belge. Les demandes tendant à la réduction du montant des sommes à restituer et
à la désignation d’un expert devraient de ce fait être rejetées comme non conformes à l’article 44, paragraphe 1, sous c),
du règlement de procédure.
En second lieu, et en tout état de cause, en raison de la gravité des irrégularités financières commises, la demande de remboursement
intégral des sommes versées, en application de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II, serait justifiée. Lors de l’audience,
la Commission a souligné que l’existence d’un élément intentionnel, caractéristique d’une fraude, n’était pas nécessaire pour
exiger un tel remboursement, en présence d’irrégularités financières graves, telles que celles constatées en l’espèce.
Appréciation du Tribunal
À titre liminaire, s’agissant de la recevabilité du présent moyen, il suffit de rappeler que, contrairement aux allégations
de la Commission, il a été invoqué conformément aux dispositions de l’article 44, paragraphe 1, sous c), du règlement de procédure
(voir point 63 ci-dessus).
Quant aux demandes subsidiaires tendant à la désignation d’un expert, il convient de relever que, conformément au droit selon
lequel toute juridiction fait application de ses propres règles de procédure (conclusions de l’avocat général M
me
Kokott sous l’arrêt Commission/AMI Semiconductor Belgium e.a., précitées, point 56), ces demandes doivent être examinées par
le Tribunal au regard des dispositions des articles 65 à 67 du règlement de procédure, consacrés aux mesures d’instruction.
Il ne saurait dès lors être reproché au requérant de ne pas avoir fondé de telles demandes sur la loi des contrats.
Sur la base des conclusions d’un audit financier, la Commission est habilitée, en vertu de l’article 26, paragraphe 3, dernier
alinéa, de l’annexe II, à prendre toute mesure appropriée qu’elle considère nécessaire, y compris l’émission d’un ordre de
recouvrement de tout ou partie des versements qu’elle a effectués au titre des contrats en cause.
En l’espèce, à la suite de l’audit financier, la Commission a résilié les deux contrats considérés, en application de l’article
7, paragraphe 4, sous b), de l’annexe II, et a décidé, en application de l’article 3, paragraphe 2, de ladite annexe, de ne
plus effectuer aucun versement au titre de ces contrats. Ces décisions ne sont pas contestées par le requérant.
En l’occurrence, le requérant conteste la récupération par la Commission, en vertu de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe
II, de l’intégralité des contributions financières qui lui avaient déjà été versées au titre des contrats en cause. Il reproche
à la Commission de ne pas avoir fait application de l’article 3, paragraphe 4, de l’annexe II, prévoyant que le contractant
concerné rembourse uniquement la différence lorsque, compte tenu des éventuels ajustements, y compris ceux effectués à la
suite d’un audit financier visé à l’article 26 de l’annexe II, les paiements reçus excèdent le montant total de la contribution
communautaire due.
Il convient de relever que, tandis que les contrats Seahealth et Biopal ont été régulièrement exécutés de 2003 à 2005, comme
l’indique le requérant sans être contredit par la Commission, il ressort du rapport d’audit final que l’audit, réalisé au
mois de mai 2006, a uniquement porté sur les années 2003 et 2004.
S’agissant des années 2003 et 2004, il ressort de la lecture de ce rapport d’audit final que les coûts de personnel n’ont
pas été justifiés par le requérant conformément aux stipulations contractuelles et ont dès lors été déclarés inéligibles.
En revanche, les coûts autres que ceux liés au frais de personnel ont été considérés comme éligibles (voir point 19 ci-dessus).
Par ailleurs, il ressort des réponses de la Commission aux questions posées par le Tribunal, au cours de l’audience, que cette
institution ne disposait pas, lors de l’audit financier, des déclarations de coûts au titre de l’année 2005, qui ont été effectuées
hors délai. Ces déclarations de coûts ont été rejetées d’office à la suite du rapport d’audit, la Commission estimant, au
vu des doutes sérieux concernant les années 2003 et 2004, que le requérant ne remplissait plus ses obligations financières,
y compris en 2005.
Il apparaît ainsi que les présents litiges impliquent, d’une part, les coûts déclarés au titre des années 2003 et 2004 contrôlés
dans le cadre de l’audit (voir point 16 ci-dessus) et, d’autre part, les déclarations de coûts relatives à l’année 2005, lesquelles
ont été rejetées d’office.
Il y a dès lors lieu de vérifier si, dans les circonstances de l’espèce, la stipulation énoncée à l’article 3, paragraphe
5, de l’annexe II, en liaison avec l’article 26, paragraphe 3, et l’article 7, paragraphe 6, sous c), de cette annexe, habilitait
la Commission à demander le remboursement de l’intégralité des contributions financières versées au titre des deux contrats
en cause.
L’article 26, paragraphe 3, et l’article 7, paragraphe 6, sous c), de l’annexe II se limitent à prévoir la possibilité pour
la Commission de récupérer l’ensemble desdites contributions financières, à la suite respectivement d’un audit ou de la résiliation
du contrat. Mais ils ne définissent pas les conditions auxquelles est subordonnée une telle récupération intégrale.
Ces conditions sont définies à l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II, qui stipule que la Commission peut réclamer ou réclame,
selon le cas, au contractant, à la suite de fraudes ou d’irrégularités financières graves constatées dans le cadre d’un audit,
le remboursement de l’ensemble de la contribution financière qui lui a été versée.
Il ressort du libellé de cet article 3, paragraphe 5, de l’annexe II que, même en cas de fraudes ou d’irrégularités financières
graves, constatées dans le cadre d’un audit, la Commission n’est pas tenue dans tous les cas de récupérer l’ensemble de la
contribution financière allouée au contractant en cause. Il lui incombe au contraire d’examiner « selon le cas » si, au vu
des circonstances de l’espèce, une telle mesure est obligatoire ou appropriée, au regard des clauses du contrat.
À cet égard, l’interprétation de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II évoquée par la Commission lors de l’audience, selon
laquelle l’obligation d’exiger le remboursement de l’intégralité de la contribution financière en cause se référerait aux
seuls cas dans lesquels le contrat a été résilié pour faute, tandis que la Commission disposerait d’un pouvoir d’appréciation
lui permettant de prendre en considération la bonne foi du contractant si le contrat n’est pas expiré, ne saurait être retenue.
En effet, l’argumentation de la Commission, fondée sur la notion de résiliation pour faute, manque de précision. En admettant
même que la Commission ait visé l’hypothèse selon laquelle un contrat a été résilié, à l’instar des contrats Seahealth et
Biopal, en application de l’article 7, paragraphe 4, sous b), de l’annexe II, lequel se réfère aux fausses déclarations dont
le contractant peut être tenu pour responsable et aux omissions délibérées commises pour obtenir la contribution financière
communautaire, force est de constater que les clauses pertinentes de l’annexe II n’établissent aucun lien automatique entre
une telle résiliation au titre de l’article susmentionné et une éventuelle obligation de récupérer l’intégralité de ladite
contribution financière en application de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II.
En l’espèce, il en résulte que la seule circonstance que les contrats en cause ont été résiliés au titre de l’article 7, paragraphe
4, sous b), de l’annexe II et que cette résiliation n’a pas été contestée par le requérant n’était pas de nature à imposer
à la Commission une obligation de récupérer le montant total des sommes versées au requérant, au titre de l’article 3, paragraphe
5, de l’annexe II. Il convient d’ailleurs de relever que, tandis que la Commission s’est fondée, dans la décision de résiliation,
sur l’article 7, paragraphe 4, sous b), plutôt que sur l’article 7, paragraphe 3, sous e), de l’annexe II, lequel lui confère
la faculté de résilier un contrat en présence d’une irrégularité financière grave, elle invoque uniquement, dans le cadre
des présents litiges, l’existence d’irrégularités financières graves et ne fait en revanche pas état de fraudes, ainsi qu’elle
l’a confirmé lors de l’audience.
Il y a dès lors lieu de déterminer si, eu égard aux lacunes flagrantes d’enregistrement des heures reconnues par le requérant,
la Commission était pour le moins habilitée par l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II à exiger le remboursement de l’intégralité
des sommes qu’elle avait allouées au titre des contrats en cause. Si les conditions d’une telle récupération intégrale n’étaient
pas réunies, la Commission serait uniquement en droit de demander, en vertu de l’article 3, paragraphe 4, de l’annexe II,
sur la base d’une évaluation de l’ensemble des dépenses éligibles, le remboursement de la différence entre les sommes versées
et les sommes dues par l’Union.
Cette appréciation doit être effectuée au regard des obligations contractuelles liant les contractants, en ce qui concerne
la justification de leurs dépenses.
En l’occurrence, il incombait au requérant de justifier ses dépenses de personnel conformément aux clauses de l’article 23,
paragraphe 1, sous c), de l’annexe II, stipulant en substance que la totalité des heures de travail imputées au contrat doit
être enregistrée pendant la durée du projet, voire, dans le cas du coordinateur, dans un délai de deux mois à compter de l’achèvement
du projet, et être certifiée au moins une fois par mois par le chef de projet ou par le responsable financier dûment habilité
du contractant.
À cet égard, il convient de rappeler que l’obligation de la Commission de veiller à la bonne gestion financière des ressources
communautaires, conformément à l’article 274 CE, et la nécessité de lutter contre la fraude aux financements communautaires
confèrent une importance fondamentale aux engagements relatifs aux conditions financières (voir, en ce sens, arrêts du Tribunal
du 22 mai 2007, Commission/IIC, T‑500/04, Rec. p. II‑1443, points 93 à 95, et du 12 septembre 2007, Commission/Trends, T‑448/04,
non publié au Recueil, point 141). En l’occurrence, l’obligation du contractant de présenter des relevés de dépenses conformes
aux exigences spécifiques stipulées à l’article 23, paragraphe 1, de l’annexe II, relatif aux dépenses de personnel, constitue
dès lors l’un de ses engagements essentiels, visant à permettre à la Commission de disposer des données nécessaires pour vérifier
si les contributions en cause ont été employées en conformité avec les stipulations des contrats.
C’est la raison pour laquelle la Commission est habilitée par l’article 3, paragraphe 4, de l’annexe II à exiger, le cas échéant,
le remboursement des sommes versées correspondant à des dépenses qu’elle considère comme inéligibles au motif qu’elles n’ont
pas été justifiées conformément aux stipulations contractuelles.
En revanche, en cas de fraudes ou d’irrégularités financières graves constatées dans le cadre d’un audit, l’article 3, paragraphe
5, de l’annexe II prévoit la possibilité pour la Commission de récupérer l’intégralité de la contribution financière versée
par l’Union et poursuit ainsi une finalité dissuasive (voir, par analogie, arrêt du Tribunal du 26 septembre 2002, Sgaravatti
Mediterranea/Commission, T‑199/99, Rec. p. II‑3731, point 136).
Toutefois, l’objectif poursuivi par l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II, qui tend à dissuader contre la fraude et les
irrégularités financières graves, ne permet pas à la Commission de se soustraire au principe de l’exécution de bonne foi des
contrats et à l’interdiction de l’application abusive des clauses contractuelles, en s’arrogeant un pouvoir discrétionnaire
dans l’interprétation et la mise en œuvre de ces clauses.
En l’espèce, il convient dès lors de vérifier si, eu égard aux constatations effectuées dans le rapport d’audit final ainsi
qu’aux pièces du dossier produites et commentées dans les réponses des parties aux questions écrites du Tribunal et débattues
entre les parties lors de l’audience, les irrégularités financières commises par le requérant étaient d’une gravité suffisante
pour justifier, à la lumière du principe de l’exécution de bonne foi des contrats, la récupération, en vertu de l’article
3, paragraphe 5, de l’annexe II, de l’intégralité de la contribution financière versée.
Certes, le rapport d’audit final constate uniquement le caractère non éligible des coûts de personnel pour 2003 à 2004, dans
la mesure où l’audit a porté sur la période comprise entre le 1
er
janvier 2003 et le 31 décembre 2004, ainsi qu’il a déjà été relevé (voir point 112 ci-dessus). Toutefois, il résulte de ce
rapport que les motifs sur lesquels les auditeurs se sont fondés pour constater l’absence de justification des coûts de personnel
déclarés au titre des années 2003 et 2004 sont transposables en ce qui concerne les coûts de personnel relatifs à l’année
2005.
En effet, il ressort du rapport d’audit final que les « feuilles de temps » relatives non seulement aux années 2003 et 2004,
mais également à l’année 2005, contenues dans une boîte remise aux auditeurs contenaient uniquement un relevé hebdomadaire
et mensuel global de l’ensemble des heures de travail accomplies par chaque membre du personnel, pour l’ensemble des projets
en cours. Les temps de travail imputables aux projets Seahealth et Biopal n’avaient pas été enregistrés. Ces « feuilles de
temps », signées par l’ancien directeur du CEVA, n’étaient ni signées par le personnel travaillant sur les projets ni contresignées
par les chefs de projet. De plus, elles n’étaient ni datées ni numérotées, de sorte qu’il n’était pas possible de déterminer
la date à laquelle elles avaient été établies et signées par l’ancien directeur du requérant. En outre, les auditeurs ont
constaté l’existence de différentes versions de jeux de « feuilles de temps » pour différents projets, faisant apparaître
d’importantes contradictions entre elles.
Enfin, le rapport d’audit final indique que le responsable du projet Biopal a confirmé qu’il ne pouvait pas apprécier exactement
le temps de travail de chaque membre du personnel imputable à chaque projet, car il n’existait selon lui aucun système d’enregistrement.
Dans ces conditions, les auditeurs ont estimé que les « feuilles de temps » n’étaient pas fiables et qu’ils ne disposaient
d’aucune base solide pour déterminer le nombre d’heures imputables aux projets en cause. En conséquence, ils ont considéré
que l’ensemble des coûts de personnel déclarés au titre des années 2003 et 2004, analysés dans le cadre de l’audit, était
inéligible.
Par ailleurs, le Tribunal constate que le requérant n’a invoqué ni dans ses réponses écrites aux questions du Tribunal ni
lors de l’audience d’argument sérieux permettant d’infirmer les constatations factuelles et les conclusions figurant dans
le rapport d’audit. Il n’a notamment avancé aucun élément susceptible de mettre en doute le fait, qui lui est reproché par
la Commission, de n’avoir procédé à aucun enregistrement des temps de travail imputables aux contrats en cause.
En particulier, le requérant ne conteste pas que les « feuilles de temps » ont été reconstituées a posteriori, après l’achèvement
des contrats, par son ancien directeur. Quant aux « feuilles de temps » dites récapitulatives établies par la brigade financière
de la police judiciaire de Rennes, invoquées par le requérant, il est constant qu’elles se limitent à récapituler les fiches
de temps ainsi reconstituées et à les confronter aux coûts déclarés. Elles ne contiennent aucun élément concernant les temps
de travail effectivement imputables aux contrats en cause.
De plus, l’absence de tout caractère fiable de la reconstitution susvisée des « feuilles de temps » est confirmée par des
discordances importantes entre le contenu de ces « feuilles de temps », tel qu’il ressort du tableau de synthèse des fiches
récapitulatives susmentionnées élaboré par le requérant, dans sa réponse aux questions écrites du Tribunal, et les déclarations
de certains témoins actées dans le rapport de la brigade financière en date du 31 mars 2008, produit par la Commission. Ainsi,
tandis que, pour l’un des témoins, un chef de projet, les fiches de temps mentionnaient un total de 685 heures de travail
consacrées au projet Biopal, ce même témoin a déclaré, lors de son audition par la brigade financière, ne jamais avoir travaillé
sur ce projet.
Par ailleurs, s’agissant plus spécialement des avances versées au titre de l’année 2005, il ne ressort ni des pièces du dossier,
ni des réponses écrites des parties aux questions du Tribunal, ni de leurs observations orales lors de l’audience, que le
requérant a communiqué à la Commission des justificatifs en ce qui concerne les dépenses de personnel effectuées au cours
de l’année 2005 au titre des contrats en cause. Le requérant ne soutient d’ailleurs pas avoir produit de tels justificatifs.
Dans ces conditions, la simple absence de relevés d’heures tenus régulièrement, en ce qui concerne les années 2003, 2004 et
2005, constitue une violation de l’article 23, paragraphe 1, de l’annexe II, qui suffit à considérer l’ensemble des dépenses
de personnel concernées comme non éligibles (arrêt Commission/Premium, précité, point 44).
En outre, eu égard à l’ampleur et à la gravité des irrégularités financières manifestes constatées dans le cadre de l’audit
et confirmées par des pièces de l’enquête pénale discutées en l’espèce entre les parties, la récupération par la Commission
de l’intégralité de la contribution financière versée au requérant, au titre des contrats en cause, ne saurait être considérée
comme une application abusive des clauses de l’article 3, paragraphe 5, de l’annexe II. Contrairement aux allégations du requérant,
elle ne présente dès lors pas un caractère disproportionné au regard des objectifs poursuivis par les clauses pertinentes
des contrats en cause (voir points 126 à 128 ci-dessus).
Quant aux demandes subsidiaires du requérant tendant à la désignation d’un expert, elles ne sauraient être accueillies, dans
la mesure où il incombe au requérant, en vertu de ses engagements contractuels, d’apporter la preuve de ses dépenses de personnel
conformément aux exigences de preuve spécifiques requises par l’article 23, paragraphe 1, de l’annexe II (voir, en ce sens,
arrêt Commission/IIC, précité, point 105).
Il s’ensuit que les présents recours doivent être rejetés comme non fondés.

Sur les dépens
Aux termes de l’article 87, paragraphe 2, du règlement de procédure, toute partie qui succombe est condamnée aux dépens, s’il
est conclu en ce sens.
Par ailleurs, l’article 87, paragraphe 3, alinéa 1, du règlement de procédure prévoit que le Tribunal peut répartir les dépens
ou décider que chaque partie supporte ses propres dépens si les parties succombent respectivement sur un ou plusieurs chefs,
ou pour des motifs exceptionnels.
En l’espèce, bien que le requérant ait succombé en l’ensemble de ses moyens, il convient de tenir compte de ce que, à la suite
de la saisie des « feuilles de temps » par l’OLAF, il n’a pas été en mesure de se prononcer en pleine connaissance de cause
sur l’existence et la gravité des irrégularités financières qui lui étaient reprochées. Ce n’est qu’à l’issue de la procédure
écrite devant le Tribunal qu’il a eu accès à ces documents (voir points 89 et 96 ci-dessus). Il y a lieu, par conséquent,
de condamner chaque partie à supporter la moitié de ses propres dépens ainsi que la moitié de ceux exposés par l’autre partie.
Par ces motifs,
LE TRIBUNAL (sixième chambre)
déclare et arrête :
1)
Les recours sont rejetés.
2)
Chaque partie supportera la moitié de ses propres dépens ainsi que la moitié de ceux exposés par l’autre partie.
Meij
Vadapalas
Truchot
Ainsi prononcé en audience publique à Luxembourg, le 17 juin 2010.
Signatures
*
Langue de procédure : le français.